大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

国立遺伝学研究所
2 02 0 要 覧

National Institute of Genetics
国立大学法人 総合研究大学院大学

遺伝学専攻

Department of Genetics, SOKENDAI

2

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

NIG Retreat 20192019 年 10 月 3 日（木）～ 4 日（金）開催

3

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

4国立遺伝学研究所は、遺伝学の基礎とその応用に関する総合的研究を行い、学術研究の発展に寄与することを目的として設置された大学共同利用機関※です。
※大学共同利用機関は、個別の大学では整備や維持が困難な大型装置などを有し、全国の研究者との共同利用・共同研究を推進する研究機関です。

National Institute of Genetics (NIG) was established to carry out broad and comprehensive research in genetics. NIG contributes to the development of
academic research as one of the inter-university research institutes constituting the Research Organization of Information and Systems (ROIS).
5

6

所長あいさつ／ Message from the Director-GeneralMessage from the Director-General
遺伝学と「遺伝研の役割」

DNA の二重らせん構造の発見は、遺伝学を物理学や化The National Institute of Genetics (NIG) was estab-

学も包含する自然科学全体の基礎となる学問にまで発展さ

lished by the Ministry of Education in 1949, for basic

せました。さらには遺伝子組換え動植物の作成、DNA シー

research in genetics, as well as its instruction and pro-

ケンサー、そしてゲノム編集と急速な技術の発展・応用に

motion. Its history has overlapped with the explosive

伴い、遺伝学は人文・社会科学分野へも多大な影響を与え

development of life science, and we have produced

る研究領域へと変貌を遂げつつあります。

many outstanding scientific achievements including the

国立遺伝学研究所は遺伝学に関する基礎的研究とその指導・促進を図ることを目的として 1949 年に文部省の研究所として発足しました。その歴史は生命科学の爆発的な

neutral theory of molecular evolution, the discovery of
the mRNA capping mechanism, and the identificationof DNA replication origins, among others.

発展と重なり、分子進化の中立説、mRNA のキャップ構造

Since NIG was reorganized as an Inter-Universityの発見、DNA 複製起点の同定など、数々の優れた研究業

Research Institute in 1984, we have taken the role of績を挙げてきました。また 1984 年には大学共同利用機関

stimulating the entire academic community as a na-

として学術コミュニティー全体の研究を促進する役割を担い

tional core center for genetics. Additionally, NIG has

つつ、1988 年には新たに設置された総合研究大学院大学

functioned as the Department of Genetics, the Gradu-

で生命科学研究科遺伝学専攻を担当し、独自の大学院教

ate University for Advanced Studies, SOKENDAI offer-

育を行うようになりました。2004 年には大学共同利用機

ing a unique postgraduate program since 1988.

関法人 情報・システム研究機構の一員として法人化され、
国立情報学研究所、国立極地研究所、統計数理研究所とともに「情報」と「システム」という視点から、人類の将来的な課題にも取り組んでおります。

Currently we have about 400 members working
in research, maintenance, education and supervision.
There are 31 internationally acclaimed groups in varied
fields ranging from bacteria to humans, from molecules

現在、遺伝研では約 400 人の様々な職種の人たちが遺伝学の先端的研究、遺伝資源の保存と利用、遺伝情報デー
タベースの整備と利用、遺伝学を基盤とした高度な教育と人材育成などに日々励んでおります。研究に関しては、大腸菌からイネ、マウス、ヒトに至る様々な生物を対象に、遺伝学に関する独創的な研究を推進し、世界的にも高く評価されています。研究基盤整備では、DNAデータバンク（DDBJ）、
実験生物系統の分与、先端ゲノミクス推進事業などによって学術コミュニティーに貢献しています。また教育・人材育
成では学生数に対する教員数の多さを活かした大学院教育を行うとともに、有望な若手研究者に新しい分野を開拓させるための将来を見据えた体制を構築しております。
研究所の果たすべき役割は、当該研究分野を発展させ、その成果を世界中の人々と分かち合い、得られた知識の社
会還元を目指して努力することにあります。生命科学には無数の謎が残されており、遺伝研は世界中の研究者たちとto populations, and from theory to experiments.
We also serve the scientific community in Japanand the world by providing research infrastructure, including the DNA database (DDBJ), bio-resources ofvarious experimental organisms, and advanced genomic services.
Our role is to promote our research fields, to share
our research achievements worldwide, and to introduce them to society. There are many wonders in life
science and NIG is dedicated to tackling such mysteries from the genetic point of view through collaboration with international researchers and driven by new
discoveries that will lead to improvements in humanwelfare. Your understanding and continued support ofour activities is cordially appreciated.

切磋琢磨し、あるいは協力しつつそれらの謎を解き、人類の幸福に貢献していきます。皆さまの一層のご理解とご支援をお願い申し上げます。

所長

HANAOKA, Fumio Director-General

花岡 文雄

所長あいさつ／ Message from the Director-General

7

Contents
目 次

06 所長あいさつ

Message from the Director-General

09 概 要Outline14 遺伝研へのアクセス

Access to the Institute69 国際交流International Activities

72 遺伝学電子博物館

Cyber Museum of Genetics

73 総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻

Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

遺伝研の研究活動

17 研究活動

Research Activities

48

国際戦略アドバイザー／客員教授
International Strategic Advisor / Visiting Professor

50

産学連携・知的財産室
NIG INNOVATION

51

リサーチ・アドミニストレーター室
Office for Research Development

52 男女共同参画推進室

Office for Gender Equality

53 技術課Technical Section

共同利用・共同研究

55 生命情報・DDBJセンター

Bioinformation and DDBJ Center

56 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム
NIG Supercomputer System

57 先端ゲノミクス推進センター

Advanced Genomics Center

58 生物遺伝資源センター

Genetic Resource Center

61 ライフサイエンス統合データベースセンター
Database Center for Life Science

62 ゲノムデータ解析支援センター
Center for Genome Infomatics

63 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

Platform for Advanced Genome Science

64 共同研究・研究会

NIG-JOINT (Joint Research and Research Meeting)

8

目次／ Contents

遺伝研データ80 運 営Management

85 沿 革History

87 予算／科学研究費

Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research

88 表彰・受賞歴／知的財産権／論文

Awards and Honors / Intellectual Property Rights /Journals

89 情報・システム研究機構

Research Organization of Information and Systems

90 国立大学法人 総合研究大学院大学

The Graduate University for Advanced Studies,
SOKENDAIOur Mission
遺伝研の活動研究

教育

Research

Education and Career Development

遺伝学の先端的研究と新たな研究分野の開拓に取り組んでいます。

大学院教育と若手研究者の育成に取り組んでいます。
NIG takes part in graduate level education. It also offers
various systems to enhance research ability of young
researchers.

NIG conducts top-level research in life sciences leveraging on approaches and resources in Genetics. NIG
also develops new research fields within the
broader concept of Genetics.

遺伝学の共同利用・共同研究の場を世界中の遺伝学に対する国民の理解増進と産業界の発研究者へ提供しています。

展に取り組んでいます。

NIG provides various research infrastructures (genetic
resources and information/services) to the scientific community. It also functions as a hub for international and domestic collaborations.

NIG actively disseminates the achievements from genetic
research to the society. It also promotes alliance between
industry and academia.

共同利用・共同研究

社会貢献Intellectual Infrastructure and Collaboration ResearchSocial Contribution

大学共同利用機関法人

情報・システム研究機構

Research Organization of Information and Systems (ROIS)

国立大学法人

総合研究大学院大学

The Graduate University for Advanced Studies, SOKENDAI

国立極地研究所
National Institute of Polar Research

極域科学専攻Department of Polar Science

国立情報学研究所
National Institute of Informatics

情報学専攻
Department of Informatics

統計数理研究所
The Institute of Statistical Mathematics

統計科学専攻Department of Statistical Science

国立遺伝学研究所
National Institute of Genetics

遺伝学専攻
Department of Genetics

データサイエンス共同利用基盤施設
Joint Support-Center for Data Science Research

基礎生物学専攻
Department of Basic Biology

複合科学研究科
School of Multidisciplinary Sciences

生命科学研究科
School of Life Science

生理科学専攻Department of Physiological Sciences

概要／ Outline

9

Outline of Departments and Centers for Research Infrastructures
研究系・共同利用事業センター等■ 情報研究系

データ・知識・材料の利活用に資する技術課題の発見と克服の為の研究開発■ ゲノム・進化研究系

ゲノム配列解析や進化史を中心とした生物の多様な側面の研究■ 遺伝形質研究系

細胞から個体レベルの遺伝形質の研究や生物遺伝資源の特性解析■ 遺伝メカニズム研究系

遺伝情報の継承・修飾・発現などの遺伝メカニズムの研究■ 新分野創造センター

若手の優れた研究者が独立して研究室を運営し、遺伝学とその周辺領域に新しい分野を開拓する研究を行う。これにより、研究共同体の中で重要な役割を果たす人材を育成する。
■ 生命情報・DDBJ（DNA Data Bank of Japan）センター

当センターは、米国国立生物工学情報センター（NCBI)、欧州バイオインフォ

Develop technologies and resources that enable users to extract actionable
information from data and knowledge in life sciences.
■ Department of Genomics and Evolutionary Biology

Research many aspects of organisms with special reference to genome sequence analyses and their evolutionary histories.
■ Department of Gene Function and Phenomics

Research on genetic traits at the cellular and organismal levels and on characteristics of biological and genetic resources.
■ Department of Chromosome Science

Research on genetic mechanisms, such as inheritance, modifications andexpression of genetic information.
■ Center for Frontier Research

The Center for Frontier Research provides promising young scientists withindependent positions and an opportunity of developing new frontiers in genetics and related research fields. The Center thereby brings up scientists who willplay crucial roles in academic fields in the future.
■ Bioinformation and DDBJ Center

また遺伝研スーパーコンピュータを運用しています。

Bioinformation and DDBJ Center collaborates with NCBI (USA) and ENA/EBI (Europe) to maintain the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). It also service a public supercomputing system.

■ 先端ゲノミクス推進センター■ Advanced Genomics Center

マティクス研究所（EBI)と連携して、国際塩基配列データベースを運営しています。

学術分野における超大規模ゲノム情報研究推進の中核として先端ゲノミクス研究を進めるとともに、次世代型ゲノム情報解析パイプラインの提供等による共同
利用・共同研究を推進する。
■ 生物遺伝資源センター

生命科学を先導する様々なバイオリソースを開発し、それらの維持と国内外の大学や研究機関への分譲を行っている。関連情報は、データベース化して世界中に公開している。また、日本医療研究開発機構（AMED）のナショナルバイオリソー
スプロジェクトにも参加している。
■ 情報基盤ユニット

研究所全体のネットワーク・ウェブサーバー管理および情報セキュリティ対策を行う。また利用者向けセキュリティ講習会やメール等のアカウント管理も実施している。
■ 放射線・アイソトープ支援ユニット

放射性同位元素を活用する研究を支援している。また、研究所内にある放射線の管理を担当している。
■ 動物飼育実験施設

研究所内におけるマウス・ラットなどの実験動物の主要な飼養保管施設として、This center is designed to conduct most advanced genomic researches
and to provide resources based on new-generation sequencing pipeline to thecommunity.
■ Genetic Resource Center

The center develops and preserves forefront bioresources of various organisms, and distributes them to domestic and overseas universities and institutes.
The related information is open to the public through the databases. The center
participates actively in “National BioResource Project (NBRP)” of AMED.
■ IT Unit

The unit maintains the network and web servers of the entire institute andensures information security. It also provides training courses for security andmanages email and web accounts.
■ Radioisotope Unit

The Radioisotope Unit provides support for biochemical experiments thattake advantage of radioactive tracers, and is in charge of the administration ofradiation in NIG.
■ Unit for Experimental Animal Care

The unit run a main animal facility of NIG, and aim to contribute to researchand education by providing suitable rearing condition and research environment
to use mice and rats.
■ NIG INNOVATION

積極的な産学連携活動、地域連携活動を推進。研究所の「知」を社会につなげる。

Aiming at sharing our research findings with society and creating innovation,
NIG INNOVATION is actively promoting collaboration with industry and management of intellectual property by patenting and licensing in a strategic and efficientway.
NIG INNOVATION also plays an active role as ABS Support Team to support researchers at universities to obtain genetic resources from overseas.

全国の大学等の遺伝資源の取得に関するABS 相談窓口も務める。

■ Office for Research Development■ リサーチ・アドミニストレーター室

The aim of the Office for Research Development is to contribute to the enhancement of the research ability of the Institute as well as the entire scientificcommunity.

動物の飼育及び実験のサポートを行い、研究・教育の推進に貢献する。
■ 産学連携・知的財産室

研究成果の社会還元、イノベーション創出に貢献する。知的財産の活用を図り、研究所および大学等の研究力向上に資することを目的とした活動をおこなう。
■ 男女共同参画推進室

性別や職種に関わらず研究所の全構成員が能力を発揮できるように環境整備や支援活動を行う。

10■ Department of Informatics

概要／ Outline■ Office for Gender Equality

The office aims to ensure a comfortable work environment where people
can deliver their full potential regardless of sex, age, job category or other personal matters.

Organization
組

織
運営会議

所長

Advisory Committee

Director-General

総合企画会議・機構本部連携調整会議

生命ネットワーク研究室

有田正規

ARITA, Masanori

P17

系統情報研究室

川本祥子

KAWAMOTO, Shoko

P18

ゲノム進化研究室

黒川

KUROKAWA, Ken

P19

NAKAMURA, Yasukazu

P20

Genome Evolution

顕大量遺伝情報研究室

中村保一

遺伝子発現解析研究室

大久保公策 OKUBO, Kousaku

Genome Informatics

Gene-Expression Analysis

ゲノム・進化研究系

P21

Department of Genomics and Evolutionary Biology

進化遺伝研究室明石

遺伝情報分析研究室

池尾一穂

裕

AKASHI, Hiroshi

P22

IKEO, Kazuho

P23

人類遺伝研究室

井ノ上逸朗 INOUE, IturoP24

生態遺伝学研究室

北野

KITANO, Jun

P25

集団遺伝研究室

斎藤成也

SAITOU, Naruya

P26

植物遺伝研究室佐藤豊

SATO, Yutaka

P27

比較ゲノム解析研究室

豊田敦

TOYODA, Atsushi

P28

Evolutionary Genetics
DNA Data Analysis
Human Genetics

Ecological Genetics

Population Genetics
Plant Genetics

Comparative Genomics

遺伝形質研究系

仁木宏典

NIKI, Hironori

所長補佐

Assistant to the
Director-General

Department of Informatics

Genetic Informatics

Advisory Board

副所長

研究系 Research Departments

Biological Networks

アドバイザリーボード

Vice-Director

Council for Strategy Planning・Council for intra-ROIS liaison and Coordination

情報研究系

花岡文雄

HANAOKA, Fumio

潤

中村保一

NAKAMURA, Yasukazu

相賀裕美子
SAGA, Yumiko

平田たつみ

HIRATA, Tatsumi

LIEBERMAN-AIDEN, Erez
COHEN, Kevin B.
FU, Yun-Xin

PEICHEL, Katie

BERGER, Frederic

共同利用事業センター Intellectual Infrastructure Center

システム管理部門

Division of High Performance Computing

データベース部門

Division of Biological Databases

国際連携部門Division of International Affairs

シーケンシング部門
Sequencing Division

データ解析部門

P30

発生遺伝学研究室

川上浩一

KAWAKAMI, Koichi

P31

植物育成・開発支援部門

マウス開発研究室

小出

KOIDE, Tsuyoshi

P32

ゲノム変異マウス開発支援部門

共生細胞進化研究室

宮城島進也

MIYAGISHIMA, Shin-ya

P33

微生物機能研究室

仁木宏典

P34

バイオリソース情報部門

NIKI, Hironori

植物細胞遺伝研究室

野々村賢一 NONOMURA, Ken-ichi

P35

細胞制御研究室小田祥久

ODA, Yoshihisa

P36

発生工学研究室

相賀裕美子 SAGA, Yumiko

P37

小型魚類遺伝研究室

酒井則良

SAKAI, Noriyoshi

P38

多細胞構築研究室

澤SAWA, Hitoshi

P39

Plant Cytogenetics

Cell Dynamics and Signaling
Mammalian Development
Model Fish Genetics

Multicellular Organization

斉遺伝メカニズム研究系 Department of Chromosome Science

角谷徹仁

KAKUTANI, Tetsuji

P40

分子細胞工学研究室

鐘巻将人

KANEMAKI, Masato

P41

細胞建築研究室

木村

KIMURA, Akatsuki

P42

ゲノムダイナミクス研究室

前島一博

MAESHIMA, Kazuhiro

P43

無脊椎動物遺伝研究室

齋藤都暁

SAITO, Kuniaki

P44

物理細胞生物学研究室

島本勇太

SHIMAMOTO, Yuta

P45

Epigenomics

Molecular Cell Engineering
Cell Architecture

Genome Dynamics

Invertebrate Genetics

Physics and Cell Biology

暁

バイオリソース部門

Bioresource Management Division
Plant Resource Development Division
Division for Development of Genetic-Engineered Mouse Resource
Bioresource Database Division

支援センター Support Center

P59

情報基盤ユニット
IT Unit

放射線・アイソトープ支援ユニット
Radioisotope Unit

動物飼育実験施設

Unit for Experimental Animal Care
産学連携・知的財産室 NIG INNOVATION

エピゲノム研究室

P58

生物遺伝資源センター Genetic Resource Center

IWASATO, Takuji

Microbial Physiology

P57

先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Center

岩里琢治

Symbiosis and Cell Evolution

P55

生命情報・DDBJ センター Bioinformation and DDBJ Center

神経回路構築研究室

剛

P48

BEHRINGER, Richard R.

P29

Mouse Genomics Resource

剛

HENSCH, Takao K.

平田たつみ HIRATA, Tatsumi

Molecular and Developmental Biology

小出KOIDE, Tsuyoshi

国際戦略アドバイザー／客員教授 International Strategic Advisor / Visiting Professor

脳機能研究室Mammalian Neural Circuits

顕

Data Analysis Division

Department of Gene Function and Phenomics

Brain Function

黒川

KUROKAWA, Ken

P50

鈴木睦昭

SUZUKI, Mutsuaki
リサーチ・アドミニストレーター室 Office for Research Development

P51

来栖光彦

KURUSU, Mitsuhiko
男女共同参画推進室 Office for Gender Equality

P52

平田たつみ

HIRATA, Tatsumi
新分野創造センター Center for Frontier Research
システム神経科学研究室

久保

染色体生化学研究室

村山泰斗

Systems Neuroscience

Chromosome Biochemistry

郁

KUBO, Fumi

P46

MURAYAMA, Yasuto

P47

管理部 Department of Administration

総務企画課

General Affairs and Project Section

財務課

Financial Affairs Section
技術課 Technical Section

P53

2020 年 4 月現在 as of April 2020

概要／ Outline

11

Cutting-edge Research : A Core Institute for Life Sciences
遺伝学の中核拠点としての先端研究活動
生命はゲノムに書き込まれた遺伝情報と内外環

境との相互作用で作りだされる複雑なシステムです。

この生命システムの解明をめざして、細胞機能、発生・分化、進化・生物多様性、ゲノム情報などについて
先端研究を進めています。

Life is a complex system generated by the mutual interaction between genetic information engraved in the genome and the internal andexternal environments. At the National Institute of Genetics (NIG), cutting-edge research is conducted in areas such as cell function, development and differentiation, evolution and diversity, and genome
information, aiming to clarify the system of life.

▶ Research Highlights

最近の研究成果より

魚の淡水進出を支えた鍵遺伝子の発見
北野教授らは、魚が海から淡水域へ進出する鍵となる遺伝子 Fads2 を発見しました。
Fads2 は必須脂肪酸のドコサヘキサエン酸（DHA）を作るのに必要な遺伝子です。
DHA は、海の餌には多く含まれますが、淡水域の餌にはあまり含まれていません。
Fads2 遺伝子を多く持つ魚は、淡水進出に有利なことを発見しました。

A key gene for freshwater colonization in fishes
ニホンイトヨ（下）は、Fads2コピー数が少なく淡水進出できなかったが、多いイト
ヨ（上）はできた。
The Japan Sea stickleback (lower) with fewer Fads2 copies couldn’t colonize
freshwater, while the threespine stickleback (upper) with more could.

Kitano group has identified Fads2 as a key gene for freshwater colonizationin fishes. Fads2 is important for making an essential fatty acid DHA. Marine-derived diets, but not freshwater diets, contain a lot of DHA. Fishes with more copies of Fads2 likely have a higher advantage in freshwater colonization.

Ishikawa A, Kabeya N, Ikeya K, Kakioka R, Cech JN, Osada N, Leal MC, Inoue J, Kume M, Toyoda A, Tezuka A, Nagano AJ, Yamasaki YY, Suzuki Y, Kokita T,
Takahashi H, Lucek K, Marques D, Takehana Y, Naruse K, Mori S, Monroig O, Ladd N, Schubert CJ, Matthews B, Peichel CL, Seehausen O, Yoshizaki G, Kitano J.
A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes. Science. 2019 May 31;364(6443):886-889.

染色体分配装置の設計原理
細胞分裂期に生じる染色体の分配異常は、がんや不妊症と関連する重要な形質です。
島本准教授らは、独自に開発した力計測顕微鏡を使って染色体分配装置である紡錘体の力学的性質をこれまでにない空間分解能で捉えることに成功しました。この発見により、紡錘体が細胞内で適切に機能するための設計原理を新たに提唱しました。

The mechanical design principle of the eukaryotic chromosome segregation machinery

ガラスファイバー製の探針と蛍光可視化技術の融合により、紡錘体の力学構造を高精度で決定することに成功。
Combining glass-fiber force sensor with fluorescence imaging enabled foranalyzing the local mechanical architecture of the spindle.

The faithful segregation of chromosomes in cell division depends on thespindle, the micron-sized complex protein machinery. The group of Dr. Shimamoto developed a state-of-the-art force microscopy to reveal the mechanical architecture of the metazoan spindle at unprecedented resolution. Their finding
proposed a novel model explaining spindle’s robust and adaptable nature neededfor error-free cell division.

Takagi J, Sakamoto R, Shiratsuchi G, Maeda YT, Shimamoto Y. Mechanically Distinct Microtubule Arrays Determine the Length and Force Response of the Meiotic
Spindle. Dev Cell. 2019 Apr 22;49(2):267-278.e5.

新規開発技術による嗅覚神経回路の分解
脳の嗅球で整理された匂いの情報は、その後ランダムに次の中枢へと伝えられると考えられていました。平田教授らは、神経細胞の発生タイミングの違いを利用して遺伝子組換えを誘導する技術（誕生日タグづけ法）を開発し、嗅球の誕生時期の異なる神経細胞が異なる標的に出力することを明らかにしました。

Dissection of central olfactory circuits by a newly developed method
誕生日タグづけ法によるマウス嗅球投射神経細胞の分類と軸索投射のパターン。

Dissection of mouse olfactory bulb projection neurons and their axon trajectories
using neuronal birthdate tag method.

The odor representation in the olfactory bulb was supposed to be randomly
mixed in the subsequent targets. Hirata group revisited the axon targeting using
a newly developed method that genetically tags neurons based on their birthtimes. This birthdate tag analysis exposed parallel segregated projections by early-born and late-born olfactory bulb neurons.

Hirata T, Shioi G, Abe T, Kiyonari H, Kato S, Kobayashi K, Mori K, Kawasaki T. A Novel Birthdate-Labeling Method Reveals Segregated Parallel Projections of Mitraland External Tufted Cells in the Main Olfactory System. eNeuro. 2019 Nov 20;6(6). pii: ENEURO.0234-19.2019.

12

概要／ Outline

Intellectual Infrastructure Supporting Life Sciences
生命科学を支える共同利用
DDBJ（日本 DNA データバンク）、先端ゲノミク
ス推進、生物遺伝資源（バイオリソース）の 3 つの研究事業を国際的な中核拠点として運営しています。
他の大学や研究機関とも連携したこれらの事業により生命科学を先導し、研究コミュニティを支援しています。

NIG operates three research infrastructure projects as an international hub of life sciences: DDBJ Project, Advanced Genomics Project,
and BioResource Project. Through promoting research collaborations
among / between universities and research institutions, NIG advances
the frontier of life science and supports the entire scientific researchcommunity.

DDBJ（日本 DNA データバンク）事業
当センターは、米国国立生物工学情報センター（NCBI)、欧州バイオインフォマティク

ス研究所（EBI)と連携して、国際塩基配列データベースを運営しています。また日米欧おDNA Data Bank of JapanDDBJ Sequence Read Archive
DDBJ Trace Archive
BioProject

IAC
ICM
GenBank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

EMBL¯EBI
EMBL-Bank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

よび韓国の特許庁と協力し、特許由来の DNA 配列及びアミノ酸配列も公開しています。
国内研究者には、スーパーコンピュータ( スパコン ) の無償貸出もおこなっています。毎年600 名以上の登録者がスパコンを利用した生命科学研究を実施しています。

DDBJ Project
Bioinformation & DDBJ Center is a part of International Nucleotide Sequence
Database Collaboration (INSDC) with National Center for Biotechnology Information in the United States and European Bioinformatics Institute. The center alsocollaborates with patent offices in Japan, the United States, Europe, and Korea
on patent-related DNA and amino acid sequences. Our supercomputer platform
is free for Japanese investigators. Each year, more than 600 registered users
conduct life science research on our supercomputer system.

先端ゲノミクス推進事業
2011 年度から、先端ゲノミクス推進センターを中心に活動しています。これまでに、微生物から大型真核生物にいたる多様な生物種において、最新のシーケンシング技術を駆使してゲノム情報を産出してきており、学術分野における先端ゲノミクス推進の中核として事業を進めています。

Advanced Genomics Project
NIG is top in the nation for technical know-how for complete sequencing ofmulticellular organism genomes. NIG has conducted analyses of genes and genomes in collaboration with many organizations (universities and researchgroups). NIG is a key producer of genomic information.

生物遺伝資源（バイオリソース）事業
学術研究用生物系統の開発、収集、提供を主体としたバイオリソース事業を展開し、全国の中核拠点として機能しています。日本医療研究開発機構（AMED）NBRP の生物種

別の中核代表機関としても活動し、さらに情報センターとして大学等と連携してバイオリソー

スデータベースの構築と公開運用を進めています。

BioResource Project
NIG serves as a center for developing, collecting, and distributing biologicalresources of various strains of experimental organisms for academic research.
NIG also plays an important role as a central institution for individual National BioResource Projects and functions as its information center to promote development of biological resource databases in collaboration with universities and otherorganizations.
概要／ Outline

13

Access to the Institute
遺伝研へのアクセス
遺伝研周辺地図
大場
川him

JR Mis

東海
道
道本
本線
線

OUTH 市立公園

南口 S

楽寿園

三島広小路駅

錦田中学校
錦田中学校

国立遺伝学研究所

至東京

谷田宿舎

National Institute of Genetics

や た

谷田

三島田町駅

Yata

三島警察署
三島警察署

錦田小学校

三島二日町駅

国道136号

1号
国道 e1
t
Rou

至沼津

三島東海病院

三嶋大社

伊豆
箱
箱根
根鉄
鉄道
道

至箱根

東海
道
道新
新幹
幹線
線

RTH

O
北口 N

三島a駅
n
Statio駿

三島塚原 IC

市民体育館
市民体育館
至静岡
至静岡

東

日本大学国際関係学部
日本大学国際関係学部

道
車 ）
動
自 道路
貫
縦 環状
豆
伊 河湾

文教宿舎

（

至沼津 IC

富士山

Mt.Fuji

遺伝研詳細地図
至箱根三島塚原 ICNIG 国立遺伝学研究所

通用門

遺伝研坂下
バス停 A
そば店

や た

谷田
国道
伊

豆

箱

根

JA

道

コンビニエンスストア

三島二日町駅

大阪市

名古屋市

Nagoya City

スーパー
マーケット

東京都
Tokyo

成田空港

Narita Airport

羽田空港

Haneda Airport

Osaka City

静岡県

三島市

Mishima City
Shizuoka Prefecture

銀行

三島警察署

鉄

遺伝研前
バス停

京都市

Kyoto City薬局

自動車販売店

1号

正門

遺伝研坂下
バス停 B

錦田小学校

谷田公民館

踏切

三島駅までのアクセス

三島駅から遺伝研までのアクセス

How to get to JR Mishima Station● 羽田空港品川駅

Haneda Airport

JR Shinagawa Station● 成田空港JR Shinagawa Station
JR 約 1 時間

1hr by JR Narita Express

JR Shin-Osaka

三島駅からの距離 約 4km
About 4km from JR Mishima Station●

JR Mishima Station●

遺伝研へのアクセス／ Access to the Institute

路線バス

南口 5 番乗り場から約 20 分
「柳郷地行き」遺伝研前下車、または、「夏梅木行き」「玉沢・社会保険病院行き」遺伝研坂下下車徒歩 10 分
20min by Local Bus (South Exit #5)

50min by Shinkansen (Kodama)

三島駅

2hr by Shinkansen (Hikari)

シャトルバス

北口 4 番乗り場から約 15 分（平日のみ運行）
15min by the NIG Free Shuttle Bus (North Exit #4)

三島駅

新幹線こだま 約 50 分

JR Mishima Station

新幹線ひかり 約 2 時間

14

JR Mishima Station

50min by Shinkansen (Kodama)

品川駅

Narita Airport

三島駅

新幹線こだま 約 50 分

京急 約 20 分

20min by Keikyu Line● 新大阪駅

Access from JR Mishima Station to NIG

●

タクシー

南口・北口共に約 15 分
15min by Taxi

Campus Map
遺伝研マップ

実験動物慰霊碑

太陽光発電設備

展示室

Photovoltaic Facility

Memorial Monument for
Experimental Animals

Exhibition Room

W
M
V

H

RY

G

C
B

R
A

X

S

D

正門

Main Entrance

Z1
Q

Z2

研究員宿泊施設

講堂

Guest House

A 本館

M 電子計算機棟

W 生命情報研究センター

B 図書館

Q 研究員宿泊施設

X 動物飼育実験棟

C 研究実験棟

R 系統生物研究センター

Z1 所内宿舎１号棟

D 講堂棟

RY 系統生物附属プレハブ棟

Z2 所内宿舎２号棟

G 構造遺伝学研究センター

S 系統生物西附属棟

H RI 実験棟

V 実験圃場管理棟

Main Building

Library

Laboratory Building

Lecture Hall

Structural Biology Center

Radioisotope Laboratory

Computer Building

Guest House

Genetic Strains Research Center

Genetic Strains Research Center Annex

食堂

Lecture Hall

Center for Information Biology

Animal Research Building

Official Housing Ⅰ

Genetic Strains Research Center West Building

Administration Building for Experimental Farm

Official Housing Ⅱ

Cafeteria

研究所の敷地と建物
土地総面積

101,363㎡

Institute Facilities and Grounds

内訳

Details

研究所敷地 94,095㎡
Institute Area

宿舎敷地

Residential Area

7,268㎡

建築面積

17,068㎡

建物延面積

41,972㎡

Building Area

(Total Floor Space)（2020 年 4 月 1 日現在）

遺伝研マップ／ Campus Map

15

Research Activities
遺伝研の研究活動

Department of Informatics

情報研究系

Finding the link between metabolic variation and evolution
生物界における代謝の多様性と進化の関係を解き明かす

化合物合成機構の進化の一例。左が生物の種系統樹で、脊椎動物（赤）、無脊椎の新口動物（紫）、脱皮動物（黄）などの類縁関係を示す。右は、それらの動物が持つ構造や化合物に関する知見をまとめてある。脊椎動物における髄鞘の絶縁性を司るスフィンゴミエリンの合成は、合成酵素 SMS1とSMS2 が担っている。節足動物などは別の相同遺伝子 SMSe を持つ。
An example of evolutionary studies of compound synthesis. The left is the species tree of metazoan: vertebrates (red), invertebrate deuterostomes (purple), ecdysozoans (yellow),
and others. The right is the distribution of the related structures and compounds. SMS1 and SMS2 in vertebrates synthesize sphingomyelin, the insulator of myelin sheath.
Arthropods possess another homologous gene SMSe.

研究室の主テーマはゲノミクスとメタボロミクス（代謝‘metabolism’からきた言葉）による代謝ネットワークの解析です。計算機による解析の対象とする生物種は幅広く、乳酸菌や微細藻類から、後生動物まで扱います。様々な代謝系がどのような過程で生まれ利用されるのかを、生物界という広い視点で明らかにしたいと考えています。MetaboBank（http://metabobank.riken.jp/）やLipidBank（http://lipidbank.jp/）のようなデータベースのほか様々な解析ツールも作成しています。

Our activity is summarized as the network analysis using
genomics and metabolomics (this word comes from ‘metabolism’). Our computational analysis targets many biological
species from lactobacilli and microalgae to metazoans. The
research goal is the understanding of metabolite evolution
and distribution in the biosphere. Major research results include databases such as MetaboBank (http://metabobank.
riken.jp/) and LipidBank (http://lipidbank.jp/), as well as analytical software tools for genomics and metabolomics.

Selected Publications
Noureen M, Tada I, Kawashima T, Arita M. Rearrangement analysis of multiple
bacterial genomes. BMC Bioinformatics. 2019 Dec 27;20(Suppl 23):631.
Tada I, Tsugawa H, Meister I, Zhang P, Shu R, Katsumi R, Wheelock CE, Arita M,
Chaleckis R. Creating a Reliable Mass Spectral-Retention Time Library for All Ion
Fragmentation-Based Metabolomics. Metabolites. 2019 Oct 26;9(11). pii: E251.

Biological Networks Laboratory 生命ネットワーク研究室

Arita GroupARITA, Masanori
Professor

有田正規

教授

有田研究室

Sato M, Arita M, Kawashima T. Uncovering Ecdysozoa-specific Sphingomyelin
Synthase by Phylogenetic Analysis of Metazoan Sequences. Zoological Science
2019; 36(4), 316-321.
Kawashima T. Comparative and Evolutionary Genomics. In: Ranganathan S,
Nakai K, Schönbach C. and Gribskov M. (eds.) Encyclopedia of Bioinformatics
and Computational Biology 2019; 2:257-267.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/arita/

KAWASHIMA, Takeshi
Assistant Professor

川島武士

助教

研究活動／ Research Activities

17

Department of Informatics

情報研究系

Research on utilization of biological resource and database
遺伝資源情報の利用とデータベースに関する研究

ナショナルバイオリソースプロジェクトの Web サイト。当研究室では国内で整備されている様々な生物資源の情報を集約している。各リソースの特性やゲノム情報等のデータベースを開発している。

Our laboratory is in charge of National BioResource Project information center to provide biological resources for the researcher.

生命科学分野では、ゲノム解読やゲノム編集をはじめとする革新的な技術をベースに、日々新たな成果が生まれています。それらの基盤となるのがバイオリソースでありデータベースです。本研究室では、日本で進められているバイオリソースやデータベースの整備プロジェクトに貢献するとともに、遺伝医療を中心にリソースやデー
タベースを社会に役立てるための研究を行います。
ナショナルバイオリソースプロジェクト

https://www.nbrp.jp/

ライフサイエンス統合データベースセンター https://dbcls.rois.ac.jp/

In the field of life science, innovative technologies suchas genome sequencing and genome editing give rise to new
findings day after day. In order to advance research and facilitate new findings, the effective utilization of bio-resourcesand databases play a critical role. Our laboratory has beenworking in research and development of databases and information retrieval system for the National BioResource Project (NBRP) and integrated database project for life science.
We are continuing to improve the quality of databases andstudy to make use of biological resources.

Selected Publications
Katayama T, Wilkinson MD, Aoki-Kinoshita KF, Kawashima S, Yamamoto Y,
Yamaguchi A, Okamoto S, Kawano S, Kim JD, Wang Y, Wu H, Kano Y, Ono H,
Bono H, Kocbek S, Aerts J, Akune Y, Antezana E, Arakawa K, Aranda B, Baran J,
Bolleman J, Bonnal RJ, Buttigieg PL, Campbell MP, Chen YA, Chiba H, Cock PJ,
Cohen KB, Constantin A, Duck G, Dumontier M, Fujisawa T, Fujiwara T, Goto N,
Hoehndorf R, Igarashi Y, Itaya H, Ito M, Iwasaki W, Kalaš M, Katoda T, Kim T,
Kokubu A, Komiyama Y, Kotera M, Laibe C, Lapp H, Lütteke T, Marshall MS, Mori
T, Mori H, Morita M, Murakami K, Nakao M, Narimatsu H, Nishide H, Nishimura Y,

Genetic Informatics Laboratory 系統情報研究室

Kawamoto GroupKAWAMOTO, Shoko
Associate Professor

川本祥子

18

准教授

研究活動／ Research Activities

川本研究室

Nystrom-Persson J, Ogishima S, Okamura Y, Okuda S, Oshita K, Packer NH,
Prins P, Ranzinger R, Rocca-Serra P, Sansone S, Sawaki H, Shin SH, Splendiani A,
Strozzi F, Tadaka S, Toukach P, Uchiyama I, Umezaki M, Vos R, Whetzel PL,
Yamada I, Yamasaki C, Yamashita R, York WS, Zmasek CM, Kawamoto S, Takagi
T. BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked
data in life science domains. J Biomed Semantics. 2014 Feb 5;5(1):5.
Kawamoto S, Bono H. [Portal services of life science database project in Japan].
Tanpakushitsu Kakusan Koso. 2008 Mar;53(3):281-7.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kawamoto/情報研究系

Department of Informatics

Unveiling microbial community dynamics
微生物ゲノム進化と群集ダイナミクスの解明

陸上蛇紋岩熱水系からの微生物サンプリング、メタゲノム解析。
Exploring microbial diversity in a continental serpentinite-hosted hydrothermal system.

生命の進化と地球の進化は密接に関係していますが、その共進化の痕跡は生物のゲノムに残されています。本研究室では、バイオインフォマティクスを駆使した微生物のゲノム・メタゲノム解析や統合データベース「MicrobeDB.jp」を武器として、生命科学や地球科学などからもたらされる多元情報を統合的に解析することで、微生物の進化、微生物群集ダイナミクスさらには生命と地球の共進化をゲノムレベルで解き明かす研究を進めています。また、化石の骨などからDNAを抽出し、古代生物のゲノムを復元することで、進化の謎に迫る研究も行っています。

Selected Publications
Yonezawa T, Segawa T, Mori H, Campos PF, Hongoh Y, Endo H, Akiyoshi A,
Kohno N, Nishida S, Wu J, Jin H, Adachi J, Kishino H, Kurokawa K, Nogi Y,
Tanabe H, Mukoyama H, Yoshida K, Rasoamiaramanana A, Yamagishi S, Hayashi
Y, Yoshida A, Koike H, Akishinonomiya F, Willerslev E, Hasegawa M.
Phylogenomics and Morphology of Extinct Paleognaths Reveal the Origin and
Evolution of the Ratites. Curr Biol. 2017 Jan 9;27(1):68-77.
Mori H, Maruyama T, Yano M, Yamada T, Kurokawa K. VITCOMIC2: visualization
tool for the phylogenetic composition of microbial communities based on 16S

Genome Evolution Laboratory ゲノム進化研究室

Kurokawa Group

MORI, Hiroshi
Assistant Professor

教授

助教

顕

森

rRNA gene amplicons and metagenomic shotgun sequencing. BMC Syst Biol.
2018 Mar 19;12(Suppl 2):30.
Higashi K, Suzuki S, Kurosawa S, Mori H, Kurokawa K. Latent environment
allocation of microbial community data. PLoS Comput Biol. 2018 Jun
6;14(6):e1006143.
Segawa T, Matsuzaki R, Takeuchi N, Akiyoshi A, Navarro F, Sugiyama S,
Yonezawa T, Mori H. Bipolar dispersal of red-snow algae. Nat Commun. 2018
Aug 6;9(1):3094.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kurokawa/

黒川研究室

KUROKAWA, Ken
Professor

黒川

In our laboratory, we are interested in understanding
about microbial genome evolution and microbial community
dynamics, and we are currently reaching out in the following
two major research directions; I. Facilitate the developmentof an integrated database “MicrobeDB.jp”, II. Microbial community dynamics. Our research interests blend a backgroundin microbial genomics and metagenomics with bioinformatics
and integrated database developments that are just now allowing the prospect of illuminating microbial community dynamics. We are trying to gain a better understanding of how
microbial diversity maintain as well as how it emerged. We
are also trying to propose a new evolutionary scenario by recovering DNA information from paleontological remains.

宙史

研究活動／ Research Activities

19

Department of Informatics

情報研究系

Advancement of large-scale genome sequences and promotion of DDBJ
大規模ゲノム塩基配列解析の高度化とDDBJ 事業の推進
(A)

(B)

（A）DFAST：DDBJ Fast Annotation and Submission Tool
（B）MarpolBase：ゼニゴケ（Marchantia polymorpha）ゲノム情報データベース
(A) Screenshot of DDBJ Fast Annotation and Submission Tool (DFAST)(B) Screenshot of MarpolBase: a liverwort Marchantia polymorpha genome database

高速シークエンサの技術革新と共に、生物学者が大量の塩基配列データを得ることが可能になってきています。そのような大量の塩基配列データがうまく再利用されるためには、参照データとして高品質な塩基配列データベースの提供が不可欠です。信頼性の高い配列解析を実現するために、高速かつ可能な限り正確な結果を提供する自動化注釈システムを提供することも重要になります。
中村研究室は日本 DNA データバンク（DDBJ）の業務を担当する研究室として、高度なゲノム情報解析とそのデータベース化や、
アノテーションの質の向上に取り組んでいます。DFAST は原核生物の自動注釈システムであり、DDBJ への高速かつ正確なデータ登録を支援します。また、苔類ゼニゴケMarchantia polymorphaや、
ウンシュウミカン Citrus unshu のような進化研究上、あるいは産業上重要な生物種の高精度な解析を共同研究により実施し、そのゲノム情報を提供しています。

Ultra high-throughput sequencing technologies allow biologists to obtain larger amounts of nucleotide sequence
data. To facilitate for reuse such huge nucleotide data, it isnecessary to create a high-quality sequence database as
reference data. It is also important to equip automated annotation system that make it possible fast and accurate results
for reliable sequencing analysis. Our laboratory is in chargeof DNA Data Bank of Japan (DDBJ) and attempts to develop
advanced database management systems, and to improve
quality of annotations in genome databases. We have been
constructing an automatic annotation system for prokaryotes: DDBJ Fast Annotation and Submission Tool (DFAST).
We are also providing several high-quality annotated genome
information for important plant species such as a liverwort
Marchantia polymorpha and a japanese orange Citrus unshu.

Selected Publications
Montgomery SA, Tanizawa Y, Galik B, Wang N, Ito T, Mochizuki T, Akimcheva S,
Bowman JL, Cognat V, Maréchal-Drouard L, Ekker H, Hong SF, Kohchi T, Lin SS,
Liu LD, Nakamura Y, Valeeva LR, Shakirov EV, Shippen DE, Wei WL, Yagura M,
Yamaoka S, Yamato KT, Liu C, Berger F. Chromatin Organization in Early Land
Plants Reveals an Ancestral Association between H3K27me3, Transposons, andConstitutive Heterochromatin. Curr Biol. 2020 Jan 24. pii: S0960-9822(19)316100. [Epub ahead of print]

Genome Informatics Laboratory

大量遺伝情報研究室

Nakamura Group 中村研究室

NAKAMURA, Yasukazu
Professor

中村保一

20

教授

研究活動／ Research Activities

TANIZAWA, Yasuhiro
Assistant Professor

谷澤靖洋

助教

Tanizawa Y, Fujisawa T, Nakamura Y. DFAST: a flexible prokaryotic genome
annotation pipeline for faster genome publication. Bioinformatics. 2018 Mar
15;34(6):1037-1039.
Bowman JL, Kohchi T, Yamato KT, Jenkins J, Shu S, Ishizaki K, Yamaoka S,
Nishihama R, Nakamura Y, Berger F, et al., Insights into Land Plant Evolution
Garnered from the Marchantia polymorpha Genome. Cell. 2017 Oct 5;171(2):287304.e15.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/nakamura/Department of Informatics

情報研究系

Developing technologies to make BioMedicine comprehensible and tractable
生命科学を機械に扱いやすく人に解りやすくする技術の開発
(A)

(B)

Anatomography サービス構成 (A) 利用例 (B).
医学現象は身体を場とします。情報整理５特徴（場所、時間、文字、内容分類、値の大小）のうち医学に欠けていた場所による整理を可能にするために現在も技術開発中の Anatomography サービス
は統合データベースセンターで実装開発され 2007 年から公開されています。
Architecture of anatomical mapping service in Anatomography (A) and a use case (B). Service, still under development, is constructed and maintained in DBCLS. Similarly to Google Maps, custom
anatomical maps can be exchanged as map URL with or without superimposed data. In (B), shown is body distribution of a bacterial species in https://microbedb.jp/MDB/.

生命科学の知識は二つのステップで作られます。ステップ A：記述やデータに現象をキャプチャして保存交換する。ステップ B：キャ
プチャされた現象の集合をドグマや関係式のセットの形で圧縮近似して利用可能にする。
現在ステップ B は A に対し圧倒的に劣勢です。A に比べ B はより高度なインテリジェンスを要すので、機械的支援が行われていない為だと思われます。この不均衡は学問の効率的な進展の為にも知識の広い利用の為にも是正しなければなりません。当室では Bの為の技術を開発しています。

A body of biomedical knowledge is developed in 2
steps: StepA: accumulating and exchanging situations
captured in descriptions and data; and StepB: abstract
situations into a coherent set of dogmatic or mathematicalstatements so that people can use in decision-making. The
overwhelming output of A, mainly due to the technologicalassistance by diagnostic, laboratory and communication
machines, is making a stressful situation called “information
over-load” or “data deluge”. New technologies must be invented for B to make bigger return from investment in biomedicine.

Selected Publications
Fujieda K, Okubo K. A reusable anatomically segmented digital mannequin for
public health communication. J Vis Commun Med. 2016 Jan-Jun;39(1-2):18-26.
Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H. RefEx, a reference gene expression
dataset as a web tool for the functional analysis of genes. Sci Data. 2017 Aug
29;4:170105.

Gene-Expression Analysis Laboratory

Okubo Group

遺伝子発現解析研究室

大久保研究室Mitsuhashi N, Fujieda K, Tamura T, Kawamoto S, Takagi T, Okubo K.
BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts. Nucleic Acids
Res. 2009 Jan;37(Database issue):D782-5.
Okubo K, Tamura T. System and computer software program for visibly
processing an observed information's relationship with knowledge accumulations.
2011 US patent 20050203889

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/okubo/

OKUBO, Kousaku
Professor

大久保公策

教授

研究活動／ Research Activities

21

Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Population genetics and genome evolution
集団遺伝とゲノム進化A）バクテリアでの生合成にかかるエネルギーの割合。バクテリアの細胞では約 75% のエネルギーがタンパク質合成に使われています（Neidhardt et al.
1990)。B）エネルギーコストに関わるタンパク質の進化。枯草菌のゲノムを見てみると、量の多いタンパク質はコストの安いアミノ酸を使って合成されていることが分かります。
Metabolic economics and microbrial proteome evolution. A) Chemical energy allocations for biosynthesis of a bacterial cell. About 75% of the budget isused for protein synthesis. Based on data from E. coli (Neidhardt et al. 1990). B) Protein adaptation for energetic efficiency. In Bacillus subtilis, abundant
proteins employ less energetically costly amino acids.

本研究室では、ゲノム進化のメカニズムを解明するために、理論と実験を組み合わせた研究を行っています。現在の研究テーマ
は以下のようなものです。
1）生合成における制約やその効率にかかる自然選択が、ゲノムおよびタンパク質の進化に与える影響の解明。
2）ゲノム進化に関する理論的研究。特にコンピューターシミュレー
ションを用いた、ゲノム進化に影響を与えた要因を統計的に検出する方法の開発。
3）キイロショウジョウバエの近縁種間でみられる、系統特異的なゲノム進化パターンとそれを引き起こした要因の解明。

We combine theoretical and laboratory studies to study
mechanisms of genome evolution. Current interests include:
1 ) Phenotypic bases of weak selection: biosynthetic con-straints or selection for efficient synthesis may be important global factors in genome and proteome evolution.

2 ) Modeling evolutionary processes: we employ computer

simulations of weak selection and fitness interactions
among mutations to determine statistical methods to detect subtle evolutionary forces.

3) lineage-specific genome evolution: we are trying to under-

stand why nucleotide and amino acid composition varystrongly among closely related Drosophila.

Selected Publications
Matsumoto T, John A, Baeza-Centurion P, Li B, Akashi H. Codon Usage Selection
Can Bias Estimation of the Fraction of Adaptive Amino Acid Fixations. Mol Biol
Evol. 2016 Jun;33(6):1580-9.
Matsumoto T, Akashi H, Yang Z. Evaluation of Ancestral Sequence Reconstruction
Methods to Infer Nonstationary Patterns of Nucleotide Substitution. Genetics.
2015 Jul;200(3):873-90.

Evolutionary Genetics Laboratory 進化遺伝研究室

Akashi Group

明石研究室

AKASHI, Hiroshi
Professor

明石

22

裕

教授

研究活動／ Research Activities

MATSUMOTO, Tomotaka
Assistant Professor

松本知高

助教

Akashi H, Osada N, Ohta T. Weak selection and protein evolution. Genetics. 2012
Sep;192(1):15-31.
Matsumoto T, Akashi H. Distinguishing Among Evolutionary Forces Acting on
Genome-Wide Base Composition: Computer Simulation Analysis of Approximate
Methods for Inferring Site Frequency Spectra of Derived Mutations. G3 (Bethesda).
2018 May 4;8(5):1755-1769.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/akashi/Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Study for molecular evolution using genome sequence and gene expression
ゲノム配列と遺伝子発現からみた分子進化学

Nematostella_vectensis_opsin15_FAA00396

AcrDig_aug_v2a.10282.t1

AnthozoaⅠ

Acropora_palmata_opsin3_JQ966102(Hering & Mayer, 2014)

ExaPal_AIPGENE7313

Nematostella_vectensis_opsin11_FAA00401

Cnidops

GorVen_c203581_g3_i3_m.133547(Plachetzki et al., 2007)

CorRub_c86322_g1_i1_m.39952

GorVen_c213432_g3_i2_m.158393
0.2

NemVec_EDO45233
Nematostella_vectensis_opsin1_FAA00408
Nematostella_vectensis_opsin9_FAA00403
Nematostella_vectensis_opsin8_FAA00404
ExaPal_AIPGENE24583

AnthozoaⅡ

Nematostella_vectensis_opsin4_FAA00409
Nematostella_vectensis_opsin19_FAA00412(Hering & Mayer, 2014)

Nematostella_vectensis_opsin5_FAA00407
Nematostella_vectensis_opsin7_FAA00405
AcrDig_aug_v2a.15348.t1
NemVec_EDO35171
ExaPal_AIPGENE27116
Nematostella_vectensis_opsin3_FAA00410
Nematostella_vectensis_opsin12_FAA00399
Nematostella_vectensis_opsin6_FAA00406
Nematostella_vectensis_opsin13_FAA00398
Nematostella_vectensis_opsin14_FAA00397● Scyphozoa (A B C)
● Hydrozoa (D E F G)
● Cubozoa (H)● Octocorallia (J K L)
● Hexacorallia (M N O)

AcrDig_aug_v2a.19625.t1_XP_015763203
AcrDig_aug_v2a.07396.t1_visual_pigment_like_receptor_peropsin1
AcrDig_aug_v2a.07397.t1_melanopsin_like_XP_015773304
ExaPal_AIPGENE18994
ExaPal_AIPGENE19040
ExaPal_AIPGENE22067
ExaPal_AIPGENE3477
0.4(Zapata et al., 2015)

CorRub_c82157_g4_i1_m.30500
GorVen_c225015_g1_i1_m.177782
GorVen_c196788_g2_i1_m.118083
CorRub_c98146_g1_i1_m.70026
GorVen_c180271_g2_i1_m.90334
Acropora_palmata_opsin2_JQ966101
Aursp8_c39035_g1_i1_m.2635
GorVen_c280305_g1_i1_m.186644
NemVec_EDO42908
NemVec_EDO41487
Nematostella_vectensis_opsin25_FAA00389
Nematostella_vectensis_opsin17_FAA00395
Nematostella_vectensis_opsin26_FAA00388
ExaPal_AIPGENE12075
Nematostella_vectensis_opsin2_FAA00400
Nematostella_vectensis_opsin21_FAA00393
Nematostella_vectensis_opsin22_FAA00392
Nematostella_vectensis_opsin23_FAA00391
TriCysTR14763_c0_g1_i1_m.13441
AlaAla_c120308_g1_i1_m.15267
Tripedalia_cystophora_opsin14_JQ968419
Tripedalia_cystophora_opsin11_JQ968422
Tripedalia_cystophora_opsin1_JQ968432
Tripedalia_cystophora_opsin6_JQ968427
Tripedalia_cystophora_opsin7_JQ968426
Acropora_palmata_opsin1_JQ966100
NemVec_EDO25576
Nematostella_vectensis_opsin27_FAA00387
NemVec_EDO28933
NemVec_EDO31648
Nematostella_vectensis_opsin31_FAA00383
Nematostella_vectensis_opsin30_FAA00384
Nematostella_vectensis_opsin28_FAA00386
Nematostella_vectensis_opsin29_FAA00385
Tripedalia_cystophora_opsin17_JQ968416
PolHyd_c34495_g1_i1_m.23712
PolHyd_c61478_g1_i1_m.26375
TriCysTR3820_c0_g2_i1_m.2194
TriCysTR3820_c0_g1_i1_m.2193
Tripedalia_cystophora_opsin16_JQ968417
AlaAla_c261700_g1_i1_m.53244
Tripedalia_cystophora_opsin4_JQ968429
Tripedalia_cystophora_opsin10_JQ968423
Tripedalia_cystophora_opsin2_JQ968431
Tripedalia_cystophora_opsin3_JQ968430
Tripedalia_cystophora_opsin12_JQ968421
Tripedalia_cystophora_opsin15_JQ968418
Tripedalia_cystophora_opsin8_JQ968425
Aursp8_c117486_g1_i1_m.14490
Aursp8_c120535_g1_i1_m.16489
Aursp8_c192514_g1_i1_m.53914
Aursp8_c4881_g1_i1_m.336
Tripedalia_cystophora_opsin5_JQ968428
Tripedalia_cystophora_opsin9_JQ968424
Aursp8_c113475_g1_i2_m.12522
Aursp8_c132705_g2_i2_m.28098
Carybdea_rastonii_opsin_AB435549
Tripedalia_cystophora_opsin13_JQ968420
TriCysTR16917_c0_g1_i1_m.14190
TriCysTR7013_c0_g10_i1_m.5631
Aursp8_c139903_g2_i2_m.36819
Aursp8_c51607_g1_i1_m.3614
StoMel_c15844_g1_i1_m.3623
Podocoryna_carnea_opsinB_AB332434
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Cladonema_radiatum_opsinJ_AB332433
Cladonema_radiatum_opsinK1_AB332431
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Cladonema_radiatum_opsinI_AB332424
Cladonema_radiatum_opsinD_AB332422
Cladonema_radiatum_opsinH_AB332423

刺胞動物のオプシン系統解析。刺胞動物の持つオプシンは、大きく3 つのグループに分かれ、且つそれぞれの系統内で独自に進化してきたことが分かった。
Molecular phylogeny of cnidarian opsin genes. We found that cnidarian
opsin genes are divided into three groups and evolved independently ineach lineages (class/subclass).

0.4

本研究室では、生物が新規の形質や特性を獲得するための分子基盤とその進化過程の解明を目指し、動物や菌類、細菌類を材料としてゲノム配列や遺伝子発現情報の比較解析を行っています。
特に（1）感覚器の進化に伴う遺伝子の分子進化解析、(2) 菌類の隔壁進化、（3）メタゲノム解析を用いた微生物の多様性と環境ダイナミクスの解明、（4）ミトコンドリア及び核 DNA に基づく分子系統解析、（5）データ解析による疾患原因遺伝子の探索と疾患モデルの構築、（6）情報科学を用いた大規模データ解析システムの開発と知識発見に力を注いで研究を行っております。

We study the evolutionary process for acquisition ofnovel phenotypic characters by comparative genomics andmolecular evolutionary approaches, using various materials
such as animals, fungi, or bacteria. Particularly, we have recently focused more on (1) Molecular evolutionary analysis ofgenes associated with sensory organs, (2) Evolution of septal
pore cap in fungi, (3) Biodiversity and dynamics of marine
microbes based on metagenomic analysis, (4) Molecularphylogeny based on mitochondrial and nuclear genes, (5)Study of disease causal gene and gene model of disease, (6)Knowledge finding and system development for big data inlife science.

Selected Publications
Yuyama I, Ishikawa M, Nozawa M, Yoshida MA, Ikeo K. Transcriptomic changes
with increasing algal symbiont reveal the detailed process underlying
establishment of coral-algal symbiosis. Sci Rep. 2018 Nov 14;8(1):16802.

Kinjo S, Monma N, Misu S, Kitamura N, Imoto J, Yoshitake K, Gojobori T, Ikeo K.
Maser: one-stop platform for NGS big data from analysis to visualization.
Database (Oxford). 2018 Jan 1;2018.

Sultana Z, Asakura A, Kinjo S, Nozawa M, Nakano T, Ikeo K. Molecular phylogenyof ten intertidal hermit crabs of the genus Pagurus inferred from multiple
mitochondrial genes, with special emphasis on the evolutionary relationship ofPagurus lanuginosus and Pagurus maculosus. Genetica. 2018 Jul 10.

DNA Data Analysis Laboratory 遺伝情報分析研究室

Ikeo Group 池尾研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/ikeo/

IKEO, Kazuho
Associate Professor

池尾一穂

准教授

研究活動／ Research Activities

23

Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Genomic medicine with next generation sequencing technology
次世代シーケンサーを駆使したゲノム医学研究

研究結果に基づいて、子宮内膜症における月経血逆流説を表した図。正常子宮内膜に由来する癌関連遺伝子（KRAS、PIK3CA が代表的）をもった子宮内膜細胞が月経時に卵管を逆流して腹腔内に到達します。卵巣表面に生着した子宮内膜細胞が増殖し、卵巣子宮内膜症を形成します。
Graphical representation for retrograde hypothesis of theorigin of endometriosis according to the results of thisstudy. Endometriosis and uterine endometrium harbor
cancer-associated somatic mutations. Endometrial glands
carry distinct mutations of cancer-associated genes such
as KRAS and PIK3CA. Retrograde flow of endometrial
cells harboring cancer-associated mutations haveselective advantages and go through clonal expansion at
ectopic sites (peritoneal surface and ovary), leading to thedevelopment of endometriosis.

本研究室では、次世代シーケンサーで得られる膨大な塩基配列
情報を医学研究に活用し、ヒト疾患の理解、治療法の開発に寄与することを目指しています。疾患ゲノム研究は原因となっている遺伝子変異、多型を検出するのみならず病変組織における遺伝子発
現プロファイル、ネットワーク解析を組み合わせることにより、疾患メカニズム理解につなげる研究も推進します。また多因子疾患
における疾患感受性遺伝子は進化的な意義を有することが多く、
集団遺伝学的な検討も試みています。

Selected Publications
Kawamura Y, Nakaoka H, Nakayama A, Okada Y, Yamamoto K, Higashino T, Sakiyama M, Shimizu T, Ooyama H,
Ooyama K, Nagase M, Hidaka Y, Shirahama Y, Hosomichi K, Nishida Y, Shimoshikiryo I, Hishida A,
Katsuura-Kamano S, Shimizu S, Kawaguchi M, Uemura H, Ibusuki R, Hara M, Naito M, Takao M, Nakajima M,
Iwasawa S, Nakashima H, Ohnaka K, Nakamura T, Stiburkova B, Merriman TR, Nakatochi M, Ichihara S,
Yokota M, Takada T, Saitoh T, Kamatani Y, Takahashi A, Arisawa K, Takezaki T, Tanaka K, Wakai K, Kubo M,
Hosoya T, Ichida K, Inoue I, Shinomiya N, Matsuo H. Genome-wide association study revealed novel lociwhich aggravate asymptomatic hyperuricaemia into gout. Ann Rheum Dis. 2019 Oct;78(10):1430-1437.
Suda K, Nakaoka H, Hata C, Yahata N, Isobe M, Kameyama H, Wakai T, Motoyama T, Inoue I,

Human Genetics Laboratory 人類遺伝研究室

Inoue Group 井ノ上研究室

INOUE, Ituro
Professor

井ノ上逸朗

24

教授

研究活動／ Research Activities

Our research goal is to elucidate disease causalities andtheir patho-mechanisms, and ultimately to develop therapeutic tool. With the advent of next generation sequencing technologies, it becomes very handy to identify causalities ofmonogenic diseases as well as complex diseases. With thevast of genomic information at hand, we will combine gene
expression profiles of the responsible tissues together withclinical information to understand the global picture of diseases.

Yoshihara K, Enomoto T. Concurrent isolated retroperitoneal HGSC and STIC defined by somatic
mutation analysis: a case report. Diagn Pathol. 2019 Feb 11;14(1):17.
Hirata J, Hosomichi K, Sakaue S, Kanai M, Nakaoka H, Ishigaki K, Suzuki K, Akiyama M, Kishikawa T, Ogawa K,
Masuda T, Yamamoto K, Hirata M, Matsuda K, Momozawa Y, Inoue I, Kubo M, Kamatani Y, Okada Y. Genetic
and phenotypic landscape of the MHC region in the Japanese population. Nat Genet 3, 470-480, 2019.
Suda K, Nakaoka H, Yoshihara K, Ishiguro T, Tamura R, Mori Y, Yamawaki K, Adachi S, Takahashi T, Kase H,
Tanaka K, Yamamoto T, Motoyama T, Inoue I, Enomoto T. Clonal Expansion and Diversification of CancerAssociated Mutations in Endometriosis and Normal Endometrium. Cell Rep. 2018 Aug 14;24(7):1777-1789.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/inoue/Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Genetics of adaptive radiation
適応放散の遺伝機構

地道なフィールド調査と飼育室内での実験によって、野外生物にみられる行動や生理や形態の変異を解析します。ついで、古典的な遺伝的手法や最新のゲノミックス技術などを援用し、遺伝基盤や候補遺伝子を解明していきます。また、遺伝子操作法による分子機能解析に加え、ビオトープ池を用いたミクロ生態系での生態実験を用いて分子から生態までをつないでいきます。

Our research takes an integrative approach across diverse disciplines. The first step is to conduct a detailed ecological survey of natural variation among stickleback populations collectedfrom diverse environments. Next, we use genetic and genomic tools to study the genetic architecture of ecologically important phenotypic traits and also identify candidate genes responsible
for adaptation and speciation. Then, we use transgenic and knockout approaches to study the detailed molecular and physiological functions of these candidate genes in vivo. Furthermore,
we plan to use semi-natural ponds to get insight into how different alleles behave within natural populations.

どうやって新たな種が生まれるのか。生き物がどのようにして多様な環境に適応していくのか。生物多様性進化を巡るこれらの問いに対して、トゲウオやメダカを用いながら迫ります。表現型変化に関わる遺伝子は、実験モデル生物において多く同定されてきましたが、野外生物における種分化や適応進化の分子機構は多くが未解明です。また、原因対立遺伝子が野外集団内でどのように広まっていくのかについても多くが未解明です。これらを解明するために、フィールド調査から始まり、ゲノミックスや遺伝子工学、生態実験などを統合的に用います。

Our research goal is to understand the molecular mechanisms underlying the evolution of biodiversity. Althoughmany genes important for animal development and behavior
have been identified in model organisms, little is known
about the molecular mechanisms underlying naturally occurring phenotypic variation important for adaptation and speciation in wild populations. Furthermore, little is known about
how newly evolved alleles important for adaptation and speciation spread within natural populations. To understandthese ecological and genetic mechanisms, we mainly use
stickleback fishes as a model. Our research takes an integrative approach across diverse disciplines.

Selected Publications

Mol Ecol. 2019 Mar;28(6):1563-1578.

Ishikawa A, Kabeya N, Ikeya K, Kakioka R, Cech JN, Osada N, Leal MC, Inoue J,
Kume M, Toyoda A, Tezuka A, Nagano AJ, Yamasaki YY, Suzuki Y, Kokita T,
Takahashi H, Lucek K, Marques D, Takehana Y, Naruse K, Mori S, Monroig O,
Ladd N, Schubert CJ, Matthews B, Peichel CL, Seehausen O, Yoshizaki G,
Kitano J. A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiationin fishes. Science. 2019 May 31;364(6443):886-889.

Ravinet M, Yoshida K, Shigenobu S, Toyoda A, Fujiyama A, Kitano J. The
genomic landscape at a late stage of stickleback speciation: High genomic
divergence interspersed by small localized regions of introgression. PLoS Genet.
2018 May 23;14(5):e1007358.

Yoshida K, Ishikawa A, Toyoda A, Shigenobu S, Fujiyama A, Kitano J. Functional
divergence of a heterochromatin-binding protein during stickleback speciation.

Ecological Genetics Laboratory 生態遺伝学研究室

Kitano GroupKITANO, Jun
Professor

北野

潤

北野研究室

Ishikawa A, Kusakabe M, Yoshida K, Ravinet M, Makino T, Toyoda A, Fujiyama A,
Kitano J. Different contributions of local- and distant-regulatory changes totranscriptome divergence between stickleback ecotypes. Evolution. 2017
Mar;71(3):565-581.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kitano/

ISHIKAWA, Asano
Assistant Professor
教授

石川麻乃

助教

研究活動／ Research Activities

25

Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Genome evolution of organisms with special reference to human
ヒトを中心とした生物のゲノム進化

ゲノムデータから推定した過去の人口変動。Kanzawa-Kiriyama et al. (2019) 図 7a より。

Past demographic changes estimated from genome data. From Figure 7a of Kanzawa-Kiriyama et al. (2019).

生物のゲノム進化をおもにコンピュータ解析で研究しています。
特に現代人の進化とヒトにいたる霊長類と哺乳類の進化に焦点をあてています。研究対象としては（1）古代 DNA 解析をふくめたさまざまな人類集団、特に日本列島人のゲノム規模データの解析、（2）
ヒト科、霊長類、哺乳類，脊椎動物などにおいて各系統で進化的に保存された非コード領域の解析、（3）ゲノム進化学研究に有用な解析法の開発、があります。

We study genome evolution of organisms mainly throughcomputer analyses. We are particularly interested in evolutionof modern humans and primate and mammalian evolution
toward human. Research interests are (1) genome data analysis of modern humans with special reference to those in
Yaponesia (Japanese Archipelago) including ancient genomes, (2) lineagespecific evolutionary changes at different
levels of organism groups such as Hominidae, primates,
mammals, and vertebrates, (3) development of methods
useful for evolutionary genomic studies.

Selected Publications
Kanzawa-Kiriyama H., Jinam T. A., Saitou N. et al. (2019) Late Jomon male andfemale genome sequences from the Funadomari site in Hokkaido, Japan.
Anthropological Science, vol.127, pp.83–108.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saitou/

Population Genetics Laboratory 集団遺伝研究室

Saitou GroupSAITOU, Naruya
Professor

斎藤成也

26

教授

斎藤研究室

INOUE, Jun
SUZUKI, Rumiko
JINAM, Timothy A.
Project Associate Professor Project Associate Professor Assistant Professor

鈴木留美子 特任准教授 井上 潤

研究活動／ Research Activities

特任准教授

ジナム ティモシー A. 助教

Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Molecular genetics of plant embryogenesis
イネ分子遺伝学による植物初期発生機構の解明

写真上段：共焦点レーザー蛍光顕微鏡
観察によるイネ胚（完熟胚）の中央断面。
写真下段：左から、イネ籾、コメ（左上に胚がある）、茎頂分裂組織のマーカーとなるOSH1 タンパクを検出した免疫染
色、実験室内で開花したイネの花。
Upper panel: mature rice embryoobserved by confocal laser scanningmicroscope.
Lower panels from left: rice grain, brown
rice, immunohistochemical staining of amarker of undifferentiated stem cells inthe shoot apical meristem in rice (OSH1),
rice flowers.

穀類モデル植物であるイネを主な実験材料にして、植物初期発
生の分子基盤についての研究を進めています。突然変異系統など多様なイネ遺伝資源を活用して、受精後の植物胚における、頂部−基部また背−腹といった軸形成や器官分化の遺伝的制御機構の解明に取り組んでいます。また、イネだけでなくイネ属、イネ科
植物を用いた比較ゲノム解析から、発生過程やその制御機構の可塑性の分子基盤とゲノム進化機構の解明を目指しています。イネ
遺伝資源事業として、突然変異系統の選抜、野生イネの特性解析などの研究、開発、分譲も行っています。

Selected Publications

The goal of our research is to elucidate the mechanismof plant embryogenesis. We are focusing on processes ofthe patterning of apical-basal or dorsal-ventral axis formation, and the organogenesis during early stages of rice embryogenesis. We are taking a molecular genetic approach
using a series of rice embryogenesis defective mutants aswell as comparative embryology and genomics approaches
in grass species. We are also responsible for managing,preservation, propagation, and distribution of rice genetic
resources of wild rice species collected in the NIG under the
NBRP.

of basal region identity after asymmetric zygotic division requires mitogen-activatedprotein kinase 6 in rice. Development. 2019 Jun 21;146(13). pii: dev176305.

Shenton M, Kobayashi M, Terashima S, Ohyanagi H, Copetti D, HernándezHernández T, Zhang J, Ohmido N, Fujita M, Toyoda A, Ikawa H, Fujiyama A, Furuumi H,
Miyabayashi T, Kubo T, Kudrna D, Wing R, Yano K, Nonomura KI, Sato Y, Kurata N.
Evolution and diversity of the wild rice Oryza officinalis complex, across continents
genome types, and ploidy levels. Genome Biol Evol. 2020 Mar 3. pii: evaa037.

Itoh J, Sato Y, Sato Y, Hibara K, Shimizu-Sato S, Kobayashi H, Takehisa H,
Sanguinet KA, Namiki N, Nagamura Y. Genome-wide analysis of spatiotemporalgene expression patterns during early embryogenesis in rice. Development. 2016
Apr 1;143(7):1217-27.

Ishimoto K, Sohonahra S, Kishi-Kaboshi M, Itoh JI, Hibara KI, Sato Y, Watanabe T,
Abe K, Miyao A, Nosaka-Takahashi M, Suzuki T, Ta NK, Shimizu-Sato S, Suzuki T,
Toyoda A, Takahashi H, Nakazono M, Nagato Y, Hirochika H, Sato Y. Specification

Suzuki M, Sato Y, Wu S, Kang BH, McCarty DR. Conserved Functions of the
MATE Transporter BIG EMBRYO1 in Regulation of Lateral Organ Size andInitiation Rate. Plant Cell. 2015 Aug;27(8):2288-300.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sato/

Plant Genetics Laboratory 植物遺伝研究室

Sato Group

SATO, Yutaka
Professor

佐藤

豊

教授

佐藤研究室

SUZUKI, Toshiya
Assistant Professor

NOSAKA-T, Misuzu
Assistant Professor

助教

助教

鈴木俊哉

野坂実鈴

研究活動／ Research Activities

27

Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Understanding of the diversity and specificity by comparative genomic analysis using advanced sequencing technologies
比較ゲノム研究による生命の多様性と特異性の理解

比較ゲノム解析研究室でゲノム解読を実施した生物種。 上左：解剖前のシーラカンス稚魚
スメダカ 下右：オオコオモリの一種

Pictures of the animals whose genomes have been analyzed

当研究室では、ヒトを含む霊長類から生命科学研究において重要な生物種や極限環境に棲息する生物、マイクロバイオーム、環境サンプルなど様々な生物を対象に比較ゲノム解析を通じて生命現象の原理原則を理解することを目標に研究活動を行っています。
また、先端ゲノミクス推進センターと連携して、最新のゲノム解読
技術を用いた先端ゲノミクス研究を実施しており、多くの国内外の研究機関との共同研究を積極的に進めています。

上右：ニホンザル

下左：セレベンシ

The Comparative Genomics Laboratory was establishedin April 2008 with the task to understand basic rules of biological systems using cutting-edge DNA sequencing andanalysis technologies. Currently, we are analyzing personalized genomes of primates in addition to the organisms thoseliving in the extreme environmental conditions. Furthermore,
we have started supporting and developing metagenomic
and bioinformatic analyses to promote human microbiome
research. Figures show examples of such activities.

Selected Publications
Nishiyama T, Sakayama H, de Vries J, Buschmann H, Saint-Marcoux D, Ullrich KK, Haas FB, Vanderstraeten L, Becker D, Lang D, Vosolsobě S, Rombauts S,
Wilhelmsson PKI, Janitza P, Kern R, Heyl A, Rümpler F, Villalobos LIAC, Clay JM, Skokan R, Toyoda A, Suzuki Y, Kagoshima H, Schijlen E, Tajeshwar N,
Catarino B, Hetherington AJ, Saltykova A, Bonnot C, Breuninger H, Symeonidi A, Radhakrishnan GV, Van Nieuwerburgh F, Deforce D, Chang C, Karol KG,
Hedrich R, Ulvskov P, Glöckner G, Delwiche CF, Petrášek J, Van de Peer Y, Friml J, Beilby M, Dolan L, Kohara Y, Sugano S, Fujiyama A, Delaux PM, Quint M,
Theißen G, Hagemann M, Harholt J, Dunand C, Zachgo S, Langdale J, Maumus F, Van Der Straeten D, Gould SB, Rensing SA. The Chara Genome: SecondaryComplexity and Implications for Plant Terrestrialization. Cell. 2018 Jul 12;174(2):448-464.e24.
McColl H, Racimo F, Vinner L, Demeter F, Gakuhari T, Moreno-Mayar JV, van Driem G, Gram Wilken U, Seguin-Orlando A, de la Fuente Castro C, Wasef S,
Shoocongdej R, Souksavatdy V, Sayavongkhamdy T, Saidin MM, Allentoft ME, Sato T, Malaspinas AS, Aghakhanian FA, Korneliussen T, Prohaska A, Margaryan
A, de Barros Damgaard P, Kaewsutthi S, Lertrit P, Nguyen TMH, Hung HC, Minh Tran T, Nghia Truong H, Nguyen GH, Shahidan S, Wiradnyana K, Matsumae H,
Shigehara N, Yoneda M, Ishida H, Masuyama T, Yamada Y, Tajima A, Shibata H, Toyoda A, Hanihara T, Nakagome S, Deviese T, Bacon AM, Duringer P, Ponche
JL, Shackelford L, Patole-Edoumba E, Nguyen AT, Bellina-Pryce B, Galipaud JC, Kinaston R, Buckley H, Pottier C, Rasmussen S, Higham T, Foley RA, LahrMM, Orlando L, Sikora M, Phipps ME, Oota H, Higham C, Lambert DM, Willerslev E. The prehistoric peopling of Southeast Asia. Science. 2018 Jul

Comparative Genomics Laboratory 比較ゲノム解析研究室

Toyoda GroupTOYODA, Atsushi
Project Professor

豊田

28

敦

特任教授

研究活動／ Research Activities

豊田研究室

6;361(6397):88-92.
Session AM, Uno Y, Kwon T, Chapman JA, Toyoda A, Takahashi S, Fukui A, Hikosaka A, Suzuki A, Kondo M, van Heeringen SJ, Quigley I, Heinz S, Ogino H,
Ochi H, Hellsten U, Lyons JB, Simakov O, Putnam N, Stites J, Kuroki Y, Tanaka T, Michiue T, Watanabe M, Bogdanovic O, Lister R, Georgiou G, Paranjpe SS,
van Kruijsbergen I, Shu S, Carlson J, Kinoshita T, Ohta Y, Mawaribuchi S, Jenkins J, Grimwood J, Schmutz J, Mitros T, Mozaffari SV, Suzuki Y, Haramoto Y,
Yamamoto TS, Takagi C, Heald R, Miller K, Haudenschild C, Kitzman J, Nakayama T, Izutsu Y, Robert J, Fortriede J, Burns K, Lotay V, Karimi K, Yasuoka Y,
Dichmann DS, Flajnik MF, Houston DW, Shendure J, DuPasquier L, Vize PD, Zorn AM, Ito M, Marcotte EM, Wallingford JB, Ito Y, Asashima M, Ueno N, Matsuda
Y, Veenstra GJ, Fujiyama A, Harland RM, Taira M, Rokhsar DS. Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis. Nature. 2016 Oct 20;538(7625):336343.
Hashimoto T, Horikawa DD, Saito Y, Kuwahara H, Kozuka-Hata H, Shin-I T, Minakuchi Y, Ohishi K, Motoyama A, Aizu T, Enomoto A, Kondo K, Tanaka S, Hara Y,
Koshikawa S, Sagara H, Miura T, Yokobori SI, Miyagawa K, Suzuki Y, Kubo T, Oyama M, Kohara Y, Fujiyama A, Arakawa K, Katayama T, Toyoda A, Kunieda T.
Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein. Nat Commun. 2016 Sep 20;7:12808.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/toyoda/

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Approaching brain function through studying development of nervous systems
神経発生から眺める脳機能

誕生日タグづけ法による嗅球投射神経細胞の分類と軸索投射のパターン。タグづけ時期 (TM10.5~17.5) の違いにより、副嗅球（AOB）、僧帽細胞（MC）、房飾細胞（TC）を分類でき（円グラフ）、それらが異なる標的に軸索を投射することが明らかとなった（模式図）。
Dissection of olfactory bulb projection neurons and their axon trajectories using neuronal birthdate tagging. Depending on tamoxifen injection stages (TM10.5~17.5), different classes of neurons suchas accessory olfactory bulb neurons (AOB), mitral cells (MC) or tufted cells (TC) are tagged (pie charts), and their axon trajectories are revealed (diagrams).

脳は膨大な数の神経細胞が織りなす回路です。遺伝子に記された発生プログラムに従って、神経細胞が生まれ、移動し、軸索を伸長して、標的細胞とシナプス結合を作ります。この配線パターンが、動物の行動や思考といった脳機能の特徴を決めています。経験や学習によって柔軟に変化できる脳ですが、実のところ、いったん作られた配線のほとんどは固定されており、書き換え不能です。当研究室では、発生期につくられる神経回路の配線のルールを理解する事で、脳の頑固な部分に迫りたいと考えています。

The brain circuitry is made up of an enormous numberof neurons. It is constructed by sequential developmental
steps, involving neuronal differentiation, migration, axon guidance, and synaptogensis. The resulting wiring patterns determine the characteristics of animals’ behavior and mental
activities. Although the brain maintains a certain degree ofplasticity, the core element is almost fixed and non-rewireable after the completion. We focus on this rigid feature of
the brain by attempting to reveal the rules of neural development and to understand how the wiring design shapes brain
function.

Selected Publications
Hirata T, Shioi G, Abe T, Kiyonari H, Kato S, Kobayashi K, Mori K, Kawasaki T. A
Novel Birthdate-Labeling Method Reveals Segregated Parallel Projections of
Mitral and External Tufted Cells in the Main Olfactory System. eNeuro. 2019 Nov
20;6(6). pii: ENEURO.0234-19.2019.
Hatanaka Y, Kawasaki T, Abe T, Shioi G, Kohno T, Hattori M, Sakakibara A,
Kawaguchi Y, Hirata T. Semaphorin 6A-Plexin A2/A4 Interactions with Radial Glia
Regulate Migration Termination of Superficial Layer Cortical Neurons. iScience.
2019 Nov 22;21:359-374.

HIRATA, Tatsumi
Professor

平田たつみ

平田研究室

KAWASAKI, Takahiko
Assistant Professor
教授

川崎能彦

助教

Hirata T, Iwai L. Timing matters: A strategy for neurons to make diverse
connections. Neurosci Res. 2019 Jan;138:79-83.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/hirata/

Brain Function Laboratory 脳機能研究室

Hirata GroupIto F, Matsumoto T, Hirata T. Frequent nonrandom shifts in the temporal sequenceof developmental landmark events during teleost evolutionary diversification. Evol
Dev. 2019 May;21(3):120-134.

ZHU, Yan
Assistant Professor

トウー ヤン

助教

研究活動／ Research Activities

29

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Neuronal circuit development and function in the mouse brain
マウスを用いた脳神経回路発達の分子から個体までの統合的解析

P 3 ( 生 後 3 日 目)

P4

P5

P6

大脳皮質
嗅球

体性感覚地図

脳幹

後肢
前肢
下顎
上顎

ヒゲ (barrel)（左図）大脳皮質の“体表面感覚の地図”（マウスでは主にヒゲ感覚）を遺伝子操作によりGFP 標識した。
（右図）独自に開発した手法でヒゲ地図の神経細胞を疎らに RFP 標識し、その成長を二光子顕微鏡を用いて経時観察した。新生仔脳の神経細胞が特定の入力（写真では右側に 1 本のヒ
ゲからの入力）に向かって樹状突起を展開する過程の観察に成功した（世界初！）。
(Left) The barrel map is visualized by generating thalamocortical axon (TCA)-GFP transgenic mouse.
(Right) A single layer 4 neuron is labeled by Supernova-RFP and dendritic refinement is analyzed by long-term in vivo two-photon imaging in neonates.

哺乳類の脳は高度な情報処理能力をもっていますが、その基盤となるのは、精密に構築された複雑な神経回路です。その発達の仕組みを理解するためには、分子から動物個体までの統合的な研究が必要不可欠です。本研究室では、分子生物学、マウス遺伝学を基盤とし、in vivo での遺伝子操作や二光子顕微鏡イメージングなど多角的なアプローチによって、哺乳類の神経回路が発達し機能する仕組みを明らかにすることを目指しています。特に、外界からの刺激の影響を強く受ける子どもの時期の回路発達（神経活動依存的回路発達）に興味を持っています。

To understand development of complex yet sophisticated neuronal circuits underlying higher brain function of mammals, integrative studies which cover from molecules towhole animals are indispensable. By using a wide range oftechniques, such as mouse genetics (gene knockout),
2-photon microscopy, confocal microscopy, histology andbehavioral analyses, we are studying mechanisms of development and function of mammalian neuronal circuits. In particular, we are interested in activity-dependent circuit
development during postnatal stages.

Selected Publications
Nakazawa S, Mizuno H, Iwasato T. Differential dynamics of cortical neuron
dendritic trees revealed by long-term in vivo imaging in neonates. Nat Commun.
2018 Aug 6;9(1):3106.

Luo W, Mizuno H, Iwata R, Nakazawa S, Yasuda K, Itohara S, Iwasato T.
Supernova: A versatile vector system for single-cell labeling and gene function
studies in vivo. Sci Rep. 2016 Oct 24;6:35747.

Mizuno H, Ikezoe K, Nakazawa S, Sato T, Kitamura K, Iwasato T. Patchwork-type
spontaneous activity in neonatal barrel cortex layer 4 transmitted via
thalamocortical projections. Cell Rep. 2018 Jan 2;22(1):123-135.

Mizuno H, Luo W, Tarusawa E, Saito YM, Sato T, Yoshimura Y, Itohara S, Iwasato T.
NMDAR-regulated dynamics of layer 4 neuronal dendrites during thalamocorticalreorganization in neonates. Neuron. 2014 Apr 16;82(2):365-79.

Laboratory of Mammalian Neural Circuits 神経回路構築研究室

Iwasato GroupIWASATO, Takuji
Professor

岩里琢治

30

教授

研究活動／ Research Activities

岩里研究室

NAKAGAWA, Naoki
Assistant Professor

中川直樹

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/iwasato/Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

The genetic basis of development and behaviors in zebrafish
ゼブラフィッシュを用いた高次生命現象の遺伝学的解析
A

C

B

D

E

（A）インド原産のゼブラフィッシュ。体長約 4cm。
（B，C）ゼブラフィッシュの恐怖条件付け学習に必須な神経回路（Lal et al. 2018）。
（D）ゼブラフィッシュの摂餌行動（Muto et al. 2017）。
（E）ゼブラフィッシュの外転神経の形成メカニズム（Asakawa and Kawakami 2018）。
(A) Adult zebrafish. (B, C) Neuronal circuits essential for fear conditioning in zebrafish (Lal et al. 2018). (D) Prey hunting in zebrafish (Muto et al.
2017). (E) A developmental mechanism of abducens neurons in zebrafish (Asakawa and Kawakami 2018).

私たちは、メダカ由来の転移因子 Tol2 の解析を行い、脊椎動物
において機能する高効率なトランスポゾン転移システムを世界に先駆けて開発してきました。また、モデル脊椎動物ゼブラフィッシュ
において、トランスポゾン転移システムを用いたトランスジェニック
フィッシュ作製法、遺伝子トラップ／エンハンサートラップ法、
Gal4-UAS 法等有用な遺伝学的方法論を開発してきました。私たちは、これらの方法を駆使して特定の細胞や器官の可視化や機能操作を可能にする世界最大のトランスジェニックフィッシュリソース
を構築し、世界中の研究者と共同研究を展開しています。さらに
私たちは、これらの研究リソースを用いて、行動・学習・記憶に重要な神経回路の可視化、神経細胞機能阻害、神経活動のイメージ
ングなどを通じて脳機能を解明する研究を行っています。

We have developed the highly efficient transposon system in vertebrates by using the Tol2 transposable elementfrom Japanese medaka fish. Further, in a model vertebratezebrafish, we have developed powerful genetic methods, including the transposon-mediated transgenesis, gene trap,
enhancer trap, and Gal4-UAS methods. By using thesemethods, we created a large number of transgenic fish linesthat express the yeast Gal4 transcription activator in specificcells, tissues and organs. We are collaborating researchers
all over the world based on the transgenic fish resources.
Furthermore, we are studying the structure and function of
specific neuronal circuits that regulate complex behaviors
such as learning and memory by genetic approaches andcalcium imaging.

Selected Publications
Shiraki T, Kawakami K. A tRNA-based multiplex sgRNA expression system inzebrafish and its application to generation of transgenic albino fish. Sci Rep. 2018
Sep 6;8(1):13366.

Asakawa K, Kawakami K. Protocadherin-Mediated Cell Repulsion Controls theCentral Topography and Efferent Projections of the Abducens Nucleus. Cell Rep.
2018 Aug 7;24(6):1562-1572.

Lal P, Tanabe H, Suster ML, Ailani D, Kotani Y, Muto A, Itoh M, Iwasaki M, Wada H,
Yaksi E, Kawakami K. Identification of a neuronal population in the telencephalon
essential for fear conditioning in zebrafish. BMC Biol. 2018 Apr 25;16(1):45.

Muto A, Lal P, Ailani D, Abe G, Itoh M, Kawakami K. Activation of the
hypothalamic feeding centre upon visual prey detection. Nat Commun. 2017 Apr
20;8:15029.

Laboratory of Molecular and Developmental Biology 発生遺伝学研究室

Kawakami Group

川上研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kawakami/

KAWAKAMI, Koichi
Professor

川上浩一

教授

研究活動／ Research Activities

31

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Behavioral genetics using wild-derived mouse strains
野生由来マウスを用いた行動遺伝学
イヌゲノムとの比較解析

野生マウスから選択交配でヒトになつくマウス樹立

高い能動的従順性を示すイヌとマウス

Dog genome (Mb)

イヌとマウスで従順性に関わる候補領域

Mouse genome (Mb)
野生由来の遺伝的に多様なマウス集団を用いて選択交配を行い、遺伝的にヒトになついたマウス集団を樹立した。遺伝解析の結果、ヒトになつく行動に関わる遺伝子はマウス 11 番染色体上に存在しており、この相同領域はイヌの家畜化にも重要な役割を果たしていることが分かった。現在、アフリカで食用に供される大型げっ歯類の家畜化も試みている。

We applied selective breeding on wild stock of mice and established genetically tamed mice. As a result of genetic analyses, we found a genomic signature of selection on chromosome 11. The
region is syntenic to the genomic region which are selected during dog domestication. Currently, we are trying to apply this method to domestication of large rodents used for food in Africa.

生物の個体差をもたらす遺伝的機構の多くは未だ解明されていません。私たちは、世界各地から捕獲された野生由来マウス系統
を用い、様々な行動の多様性を生み出すメカニズムの解明に取り組んでいます。野生由来の近交系統は、特徴的な行動を示し、顕著な系統差を示すことから、行動遺伝学研究に有用です。加えて、ゲノム編集技術を用いた効率的な遺伝子改変動物の開発にも取り組んでいます。これらを駆使することで、行動の多様性に関わる遺伝子を同定し、その機能を分子、細胞、更には神経レベルで明らかにすることを目指しています。

The genetic basis for individual differences in complex
traits is still unclear. In order to clarify the mechanisms related
to behavioral diversity, we are using a series of wild-derived
mouse strains. Wild derived strains exhibit a prominent degree of wildness and phenotypic diversity among them. We
are also developing efficient genome editing methodologies
in rodents with CRISPR/Cas9. We are identifying genes
related to behavioral diversity using these tools, and are aiming to understand the role of these genes in the molecular,
cellular, and neural mechanisms that underlie this behavioral
diversity.

Selected Publications
Tanave A, Imai Y, Koide T. Nested retrotransposition in the East Asian mouse
genome causes the classical nonagouti mutation. Commun Biol. 2019 Aug 2;2(1):283.
Matsumoto Y, Goto T, Nishino J, Nakaoka H, Tanave A, Takano-Shimizu T, Mott
RF, Koide T. Selective breeding and selection mapping using a novel wild-derived
heterogeneous stock of mice revealed two closely-linked loci for tameness.
SciRep. 2017 Jul 4;7(1):4607.

Mouse Genomics Resource Laboratory マウス開発研究室

Koide Group

小出研究室

KOIDE, Tsuyoshi
Associate Professor

小出

32

剛

准教授

研究活動／ Research Activities

TAKANAMI, Keiko
Assistant Professor

高浪景子

助教

Horii Y, Nagasawa T, Sakakibara H, Takahashi A, Tanave A, Matsumoto Y,
Nagayama H, Yoshimi K, Yasuda MT, Shimoi K, Koide T. Hierarchy in the home
cage affects behaviour and gene expression in group-housed C57BL/6 malemice. Sci Rep. 2017 Aug 1;7(1):6991.
Hirata H, Takahashi A, Shimoda Y, Koide T. Caspr3-Deficient Mice Exhibit Low
Motor Learning during the Early Phase of the Accelerated Rotarod Task. PLoS
One. 2016 Jan 25;11(1):e0147887.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/koide/Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Evolutionary integration of two independent organisms by endosymbioses
細胞内共生による異種細胞の統合機構の解明

祖先のシアノバクテリア（A）と同様に、葉緑体は分裂によって増殖します（B,
単細胞の藻類；C, 陸上植物の細胞）。
我々は、葉緑体分裂がその分裂面に形成される分裂装置（リング）の収縮によって行われること（D）、分裂装置がシアノバクテリア由来の FtsZと宿主細胞が加えた Dynamin 等から構成されていることを明らかにしま
した（E）。
Reminiscent of their cyanobacterial (A)ancestor, chloroplasts replicate bybinary division (B, unicellular alga; C,land plant cells). Chloroplast division
is performed by the division ring (D)which involves cyanobacterial FtsZand eukaryotic dynamin (E).

真核細胞内のエネルギー変換器、ミトコンドリアと葉緑体は、バクテリアが真核細胞内に共生して誕生しました。その他にも、真核細胞が別の細胞を取り込み、新機能を獲得する例は広く存在します。
このような二種の細胞の世代を超えた持続的統合には、宿主細胞と共生細胞の協調増殖機構の確立が必須です。私たちは、（1）真核細胞による葉緑体とミトコンドリアの増殖制御、（2）細胞内小器官によるエネルギー供給と細胞の増殖の関係、（3）葉緑体とミ
トコンドリア以外の細胞内共生系における宿主細胞と共生体細胞の協調増殖機構を理解することで、細胞内共生成立の基本原理の解明を目指しています。

Mitochondria and chloroplasts, energy-converting organelles in eukaryotic cells, are relicts of ancient bacterial endosymbionts. In addition to these particular organelles, there
are many other endosymbiotic events which have integrated
new functions into eukaryotic host cells. In order to maintaina permanent endosymbiotic relationship, a host cell and an
endosymbiotic cell coordinate their proliferation. The major
goal of our study is to understand how organelle (or otherendosymbiotic cell) division is controlled by host cells andhow host cells proliferate depending on chemical energy thatare supplied by organelles (or other endosymbiotic cells).

Selected Publications
Uzuka A, Kobayashi Y, Onuma R, Hirooka S, Kanesaki Y, Yoshikawa H, Fujiwara T,
Miyagishima SY. Responses of unicellular predators to cope with the phototoxicityof photosynthetic prey. Nat Commun. 2019 Dec 6;10(1):5606.
Miyagishima SY, Era A, Hasunuma T, Matsuda M, Hirooka S, Sumiya N, Kondo A,
Fujiwara T. Day/Night Separation of Oxygenic Energy Metabolism and Nuclear
DNA Replication in the Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae. mBio.
2019 Jul 2;10(4). pii: e00833-19.

Symbiosis and Cell Evolution Laboratory

Miyagishima Group

宮城島研究室MIYAGISHIMA, Shin-ya
Professor

FUJIWARA, Takayuki
Assistant Professor

教授

助教

宮城島進也

共生細胞進化研究室

藤原崇之

Hirooka S, Hirose Y, Kanesaki Y, Higuchi S, Fujiwara T, Onuma R, Era A,
Ohbayashi R, Uzuka A, Nozaki H, Yoshikawa H, Miyagishima SY. Acidophilic
green algal genome provides insights into adaptation to an acidic environment.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Sep 26;114(39):E8304-E8313.
Sumiya N, Fujiwara T, Era A, Miyagishima SY. Chloroplast division checkpoint ineukaryotic algae. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7629-E7638.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/miyagishima/

研究活動／ Research Activities

33

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Genetic dissection of the cell division mechanism using single-cellular model organisms
モデル単細胞を使った細胞分裂の遺伝制御メカニズム
A

A

大腸菌
複数断片の取り込み
5’
3’
3’
5’

相同配列のアニーリングとギャップの修復

3’末端の分解による5’突出末端の露出

3’
5’

5’

5’
3’

ライゲーション
5’
3’

5’
5’

5’

XthA

E. coli
Resection ofMultiple-fragment 3’ ends and exposure
Uptakeof 5’ overhangs
3’
5’

5’
3’

3’
5’

5’

Anealing and
gap filling

Ligation

5’
5’

5’

XthA

PolA等のDNAポリメラーゼ

PolA and other polymerase(s)

B

B 植菌

TSS溶液
DNA断片

静置培養
37 ºC、一晩

氷冷
5分

遠心

L培地

凍結 融解・氷冷(液体窒素) 20分

抗生物質を含む培地へ塗布

37 ºC
30分

遠心

上清除去

上清除去

実作業時間: 約10分

Inoculation

Culturestanding
at 37 ºC
for O/NTSS andDNA

Ice bath
5 min

L medium

Centrifuge Freeze(Liquid
Nitrogen)Thaw
on icePlating

37 ºC
30 minCentrifuge

Remove Sup

Remove Sup

Actual work time: about 10 minutes

相同配列を持つ DNA 断片とベクター DNA の間で効率よく組換え反応が起こり、形質転換するだけでクローニングが可能になる大腸菌宿主 iVEC 株を開発。NBRP 大腸菌より公開中。大腸菌への DNA の導入までの形質転換は“One-tube”可能。
Model of the mechanism of iVEC (in vivo E. coli cloning). Work flow of “one-tube” transformation. Preparation of competent cells and introduction of DNA can be done with a single tube.
For more information: https://shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/

大腸菌や酵母は、細胞増殖の基本メカニズムを解明する上で極めて有効なモデル生物です。原核細胞と真核細胞を研究材料に、染色体 DNA の折れたたみを司るコンデンシンの機能、光や温度に対する細胞応答、細胞の形が決まる仕組み等の研究を進めています。遺伝学的もしくは細胞生物学的手法を用いて、細胞内で起こる現象を観察しています。特に、酵母と菌糸という2 つの生活環を持つジャポニカス分裂酵母は環境刺激に対する細胞応答のモデル細胞として適しています。また DNA 組換え技術の宿主として、より優れた大腸菌の開発も担っています。
大腸菌バイオリソース https://shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/
枯草菌バイオリソース https://shigen.nig.ac.jp/bsub/

Bacteria and yeast are important model organisms to
elucidate the fundamental mechanisms of cell proliferation.
Our laboratory studies the mechanisms behind the cell division cycle and adaptations to external stresses under environments. We focused on compaction of chromosomal DNA
as a nucleoid inside a tiny bacterial cell during cell division.
Bacterial condensin is an essential factor for packaging of a
nucleoid to properly segregate into daughter cells. Also, we
study on hyphal development and growth by using a newmodel organism, Schizosaccharomyces japonicus. We established new investigative methodologies to investigated S.
japonicus.

Selected Publications
Nozaki S, Niki H. Exonuclease III (XthA) Enforces In Vivo DNA Cloning ofEscherichia coli To Create Cohesive Ends. J Bacteriol. 2019 Feb 11;201(5). pii:
e00660-18.
Seike T, Shimoda C, Niki H. Asymmetric diversification of mating pheromones infission yeast. PLoS Biol. 2019 Jan 22;17(1):e3000101.

Microbial Physiology Laboratory

Niki Group

仁木研究室

NIKI, Hironori
Professor

仁木宏典

34

微生物機能研究室

AOKI, Keita
Assistant Professor
教授

研究活動／ Research Activities

青木敬太

助教

Nozaki S, Furuya K, Niki H. The Ras1-Cdc42 pathway is involved in hyphal
development of Schizosaccharomyces japonicus. FEMS Yeast Res. 2018 Jun 1;18(4).
Yano K, Niki H. Multiple cis-Acting rDNAs Contribute to Nucleoid Separation and
Recruit the Bacterial Condensin Smc-ScpAB. Cell Rep. 2017 Oct 31;21(5):13471360.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/niki/

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Molecular cytogenetics of plant germ-cell development

Spore mother cells

植物の生殖細胞発生過程の分子細胞遺伝学

MEL2

イネの葯の中の生殖母細胞（Spore mother cells）は、体細胞分裂により数百に増殖した後、ほぼ同時に減数分裂（Meiosis）へと移行して、その後の同調的な花粉形成を誘導する。私たちが同定したイネの RNA 結合タンパク質 MEL2 は、減数分裂直前の生殖母細胞で細胞質顆粒を形成し、減数分裂関連遺伝子の転写後制御を介して減数分裂への移行タイミングを制御する。

After multiplied by mitosis, hundreds of spore mother cells go together to meiotic phases, and contribute to establish synchronous pollen formation in rice anthers. The rice RNA binding protein MEL2
that we previously identified forms cytoplasmic granules in spore mother cells, and controls the timing of mitosis-to-meiosis transition by post-transcriptional regulation of meiosis-related genes.

植物の生殖サイクル、特に減数分裂を制御する分子メカニズムについて、主にイネを用いて研究しています。減数分裂は、遺伝情報の安定的伝達に加え、減数分裂組み換えを通じて遺伝的多様性を創出する複雑かつ巧妙な生命現象です。減数分裂を制御する
分子機構の解明は、育種効率の向上や野生種の育種利用につながる重要な研究課題です。
また、植物遺伝研究室と共同で野生イネや在来栽培イネ品種な
どのイネ遺伝資源保存事業に従事し、国内外の研究者に配布しています。現地で失われつつある貴重な遺伝資源が数多く含まれています。

We study molecular mechanisms promoting the reproductive cycle, including meiosis, in rice. Meiosis is a highly
orchestrated biological event to transmit genetic information
stably, and to simultaneously create a genetic diversity via
meiotic recombination. Elucidation of the underlying mechanisms is important also for applications to improve breeding
efficiency and extend breeding use to wild species.
In addition, we engage in the conservation program ofgenetic rice resources, such as wild species and local varieties. It contains many precious strains going to be lost at their
original habitats.

Selected Publications
Sera Y, Hanamata S, Sakamoto S, Ono S, Kaneko K, Mitsui Y, Koyano T, Fujita N,
Sasou A, Masumura T, Saji H, Nonomura KI, Mitsuda N, Mitsui T, Kurusu T,
Kuchitsu K. Essential roles of autophagy in metabolic regulation in endosperm
development during rice seed maturation. Sci Rep. 2019 Dec 6;9(1):18544.

Tsuda K, Abraham-Juarez MJ, Maeno A, Dong Z, Aromdee D, Meeley R, Shiroishi
T, Nonomura KI, Hake S. KNOTTED1 Cofactors, BLH12 and BLH14, RegulateInternode Patterning and Vein Anastomosis in Maize. Plant Cell. 2017
May;29(5):1105-1118.

Ono S, Liu H, Tsuda K, Fukai E, Tanaka K, Sasaki T, Nonomura KI. EAT1
transcription factor, a non-cell-autonomous regulator of pollen production,
activates meiotic small RNA biogenesis in rice anther tapetum. PLoS Genet. 2018
Feb 12;14(2):e1007238.

Liu H, Nonomura KI. A wide reprogramming of histone H3 modifications during
male meiosis I in rice is dependent on the Argonaute protein MEL1. J Cell Sci.
2016 Oct 1;129(19):3553-3561.

Plant Cytogenetics Laboratory 植物細胞遺伝研究室

Nonomura Group 野々村研究室

NONOMURA, Ken-ichi
Associate Professor

野々村賢一 准教授

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/nonomura/

TSUDA, Katsutoshi
Assistant Professor

津田勝利

助教

研究活動／ Research Activities

35

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Molecular basis of plant cell morphogenesis
植物細胞の形態形成：空間を制御する分子システムの理解（A）木部道管の様々な二次細胞壁パターン。
（B）木部道管分化誘導系。二次細胞壁（赤）の沈着が認められる。
（C）二次細胞壁の沈着を誘導する微小管。
（D）低分子量 G タンパク質が活性化（緑）し、二次細胞壁（黄）の沈着を阻害している。
（E）細胞壁パターンの再構築。低分子量 G タンパク質（紫）が細胞膜ドメインを形成し、微小管（緑）と相互作用している。
(A) Xylem vessels develop various secondary cell wall patterns. (B) Xylogenic Arabidopsis cultured cells. Red signals indicate secondary cell walls. (C) Cortical microtubules in the differentiating xylem
cell. (D) Secondary cell walls (yellow) and plasma membrane domains (green). (E) Reconstruction of cell wall patterns. Plasma membrane domains (magenta) associate with microtubules (green).

多細胞生物の発生は個々の細胞が適切な形態と機能を獲得することによって成し遂げられます。植物細胞は堅い細胞壁に覆われており、この細胞壁の沈着パターンを変化させることにより様々な細胞を作り出しています。私たちの研究室では、規則的なパターンの二次細胞壁を形成する木部道管の分化や、新たな細胞壁を作り出す細胞分裂をモデルとして、植物細胞が細胞壁をいつどこにどのように沈着させるか決定する仕組みを研究しています。独自に開発した細胞培養系や再構築実験系を用い、主に細胞骨格とその挙動を制御する低分子量 G タンパク質のシグナルに着目して研究を進めています。

A specifically patterned cell wall is a determinant of plant
cell shape. However, the precise mechanism underlying thecell wall patterning is still elusive. The main purpose of ourstudy is to reveal how plant cells establish proper cell wall
patterns. We focus on xylem vessel cells that deposit secondary cell walls in various patterns and cell division during
which de novo cell walls assemble at cell plates. By using
our cell culture system and pattern reconstruction assays,
we are investigating the behavior of cortical cytoskeletonsand Rho GTPase signaling that determine the deposition
patterns of cell walls.

Selected Publications
Sasaki T, Tsutsumi M, Otomo K, Murata T, Yagi N, Nakamura M, Nemoto T,
Hasebe M, Oda Y. A Novel Katanin-Tethering Machinery Accelerates
Cytokinesis. Curr Biol. 2019 Dec 2;29(23):4060-4070.e3.

Nagashima Y, Tsugawa S, Mochizuki A, Sasaki T, Fukuda H, Oda Y. A
Rho-based reaction-diffusion system governs cell wall patterning in metaxylem
vessels. Sci Rep. 2018 Aug 1;8(1):11542.

Sugiyama Y, Nagashima Y, Wakazaki M, Sato M, Toyooka K, Fukuda H, Oda Y.
A Rho-actin signaling pathway shapes cell wall boundaries in Arabidopsis
xylem vessels. Nat Commun. 2019 Jan 28;10(1):468.

Sugiyama Y, Wakazaki M, Toyooka K, Fukuda H, Oda Y. A Novel Plasma
Membrane-Anchored Protein Regulates Xylem Cell-Wall Deposition throughMicrotubule-Dependent Lateral Inhibition of Rho GTPase Domains. Curr Biol.
2017 Aug 21;27(16):2522-2528.e4.

Cell Dynamics and Signaling Laboratory 細胞制御研究室

Oda Group

小田研究室

ODA, Yoshihisa
Professor

小田祥久

36

教授

研究活動／ Research Activities

SASAKI, Takema
Assistant Professor

佐々木武馬

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/oda/

遺伝形質研究系

Department of Gene Function and Phenomics

Developmental genetic studies using gene engineering technology in mice
マウス発生工学を用いた発生分化機構の解析
A

E16.5 Testis

C
RA

B

P1 Ovary

Ovary
RA
BMP

BMP

x x

STRA8 SMAD4

STRA8 SMAD4

meiosis oogenesis

meiosisoogenesis

Male genes

Male genes(NANOS2, DNMT3)

Wild-type

Smad4, Stra8-DKO

D

NANOS2+FOXL2+TRA98

Ovary

発生過程ではいろいろな遺伝子が時間的・空間的に正確な制御下で発現し、機能を発揮します。そのような遺伝子の機能及び発現調節機構を解明するためにはマウスを用いた個体レベルの解析は重要です。当研究室では発生工学的手法を用いて、中胚葉形
成機構、生殖細胞の性決定機構、また精子形成、卵子形成を支配する RNA 制御機構の解明を目指しています。最近はクリスパーを用いた遺伝子改変技術を用いて、多くの有用マウスを作製し解析することにより、生体内における本来の遺伝子機能の解明を目指しています。

（A）胎生期の雄生殖細胞（赤）における雄特異的タンパク
質 NANOS2（緑）の局在。
（B）生後直後の卵巣切片。雌の生殖細胞（赤）は体細胞（緑）に囲まれて卵子へと成熟する。
（C）生殖細胞の性分化モデル。卵巣内でレチノイン酸とBMP の刺激を受けた生殖細胞は STRA8，SMAD4 の 2つの因子によって雌化する。この 2 つの遺伝子を欠損す
ると生殖細胞は雄化する。
（D）卵巣で SMAD4 を欠損した生殖細胞をレチノイン酸不在化で培養すると雄化因子NANOS2（赤）が誘導される。
FOXL2 は雌の体細胞マーカー、TRA98 は生殖細胞マー
カー。
(A) Nanos2 proteins (green) are localized in the P-bodies incytoplasm of embryonic male germ cells (red).
(B) A section of ovary at one day after birth (P1). Germ cells (red)are enclosed by granulosa cells (green), thereby oocyte
maturation is promoted.
(C) A model for sex determination of germ cells. In ovary, RA
and BMP signaling act on germ cells to direct female
pathway. If those pathways are disrupted by STRA8/
SMAD4-dKO, germ cells enter to male pathway.
(D) Sex reversal of germ cells induced by disrupting RA
signaling in SMAD4-KO ovary, in which NANOS2
expression (red) was induced even in the ovary. FOXL2 (blue)
is a marker for female somatic cells. TRA98 (green)is a
germ cell marker.

We aim to elucidate molecular mechanisms involved inseveral developmental processes. Major targets are mesoderm tissues and germ cell development; sexual fate decision, spermatogenesis and oogeneis. We like to understandmechanisms how germ cells chose two alternative pathways
to form sperm or oocyte. For the functional analyses, we use
Cas9-mediated gene editing technology to facilitate mutant
mouse production.

Selected Publications
Kato Y, Iwamori T, Ninomiya Y, Kohda T, Miyashita J, Sato M, Saga Y. ELAVL2directed RNA regulatory network drives the formation of quiescent primordial
follicles. EMBO Rep. 2019 Dec 5;20(12):e48251.

Wu Q, Fukuda K, Kato Y, Zhou Z, Deng CX, Saga Y. Sexual Fate Change of XX
Germ Cells Caused by the Deletion of SMAD4 and STRA8 Independent ofSomatic Sex Reprogramming. PLoS Biol. 2016 Sep 8;14(9):e1002553.

Zhou Z, Kawabe H, Suzuki A, Shinmyozu K, Saga Y. NEDD4 controls
spermatogonial stem cell homeostasis and stress response by regulating
messenger ribonucleoprotein complexes. Nat Commun. 2017 Jun 6;8:15662.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saga/

Mammalian Development Laboratory 発生工学研究室

Saga Group

SAGA, Yumiko
Professor

相賀裕美子

相賀研究室

KATO, Yuzuru
Assistant Professor
教授

加藤

譲

助教

AJIMA, Rieko
Assistant Professor

安島理恵子

助教

研究活動／ Research Activities

37

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Analyses of regulatory mechanisms in zebrafish germ cells
ゼブラフィッシュを用いた生殖細胞制御機構の解析
精原幹細胞培養
1 day

精原幹細胞培養の継続

精子への分化培養系に移行

37 days

32 days (1 day a-er replate)

41 days

41 days (10 days a-er replate)48 days

48 days (17 days a-er replate)

7 days31 days

精原幹細胞で緑色蛍光タンパクを発現する系統を用いた精原幹細胞−精子の細胞培養。精原幹細胞培養系では精原幹細胞が増殖するのに対して（左および中央パネル）、精子への分化培養系では精原幹細胞が機能的精子へと分化していく（右パネル）。
Propagation and differentiation of spermatogonial stem cells (SSCs) in culture. SSCs that express green fluorescent protein grow in propagation culture (left and middle panels),
while they differentiate into sperm in differentiation culture (the right panel).

精子形成は精原幹細胞の自己再生と分化によって維持され、分化した精原細胞は細胞架橋でつながったシスト分裂により増幅した後、減数分裂を経て機能的な精子へと分化します。こうした複雑な過程を制御する因子の解析に細胞培養系は有用な方法となります。私たちは、ゼブラフィッシュを用いて精原幹細胞の自己再生から機能的精子までの精子形成全過程を再現する細胞培養系を確立しました。Forward genetics による精子形成異常変異体を組み合わせて、脊椎動物に普遍的な精子形成の制御因子の解明を進めています。

Spermatogenesis is characterized by sequential transitions of multiple processes: self-renewal of spermatogonial
stem cells, mitotic growth of differentiating spermatogonia,
and meiosis leading to the production of sperm. Moleculardissection of these complex processes and transitions could
be facilitated by cell culture approaches. We have developed
techniques to recapitulate the entire spermatogenesis process, from stem cell propagation to differentiation of functional sperm, solely in culture. In addition, we have alreadyisolated several ENU-induced zebrafish mutants that have adefect in spermatogenesis. We are working on the molecularmechanisms to regulate spermatogenesis of vertebrates
both in vivo and in vitro.

Selected Publications
Takemoto K, Imai Y, Saito K, Kawasaki T, Carlton PM, Ishiguro K, Sakai N. Sycp2
is essential for synaptonemal complex assembly, early meiotic recombination andhomologous pairing in zebrafish spermatocytes. PLOS Genetics (in press)
Kawasaki T, Maeno A, Shiroishi T, Sakai N. Development and growth of organs inliving whole embryo and larval grafts in zebrafish. Sci Rep. 2017 Nov
28;7(1):16508.

Model Fish Genetics Laboratory 小型魚類遺伝研究室

Sakai Group酒井研究室

SAKAI, Noriyoshi
Associate Professor

酒井則良

38

准教授

研究活動／ Research Activities

KAWASAKI, Toshihiro
Assistant Professor

河﨑敏広

助教

Higaki S, Shimada M, Kawamoto K, Todo T, Kawasaki T, Tooyama I, Fujioka Y,
Sakai N, Takada T. In vitro differentiation of fertile sperm from cryopreserved
spermatogonia of the endangered endemic cyprinid honmoroko (Gnathopogon
caerulescens). Sci Rep. 2017 Feb 17;7:42852.
Kawasaki T, Siegfried KR, Sakai N. Differentiation of zebrafish spermatogonial
stem cells to functional sperm in culture. Development. 2016 Feb 15;143(4):56674.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sakai/

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Generation of cellular diversity by asymmetric cell division
非対称分裂による細胞多様性創出機構

非対称分裂前（A）、分裂終期（B）でのβカテニンの非対称な局在。矢頭は細胞の輪郭。
（C）表皮幹細胞（水色）の極性方向（矢印）は三種類の Wnt 分子（CWN-1, CWN-2,
EGL-20）によって冗長的に制御されている。

Asymmetric localization of β-catenin before (A) and at telophase (B) of asymmetric division. Arrowheads indicate cell boundary. (C) Polarity orientation (arrows) of epithelial stem
cells (light blue) is redundantly controlled by three Wnt proteins (CWN-1, CWN-2, EGL-20).

幹細胞など様々な細胞は極性を持ち、非対称に分裂して多種多様な細胞を作ります。線虫 C. elegans のほとんどの細胞は分裂時にβカテニンなどを非対称に局在させ、前後方向に分裂し、異なる娘細胞を作ります。βカテニンの非対称な局在はマウスの幹細胞でも観察されています。この局在は同じ方向性を持っているので、全ての細胞は前後の方向を知っています。どのように細胞が方向を知り、非対称に分裂し、娘細胞間で異なる遺伝子を発現して特異的な運命を獲得するのか研究しています。

Various cells including stem cells undergo asymmetriccell divisions to produce daughter cells with distinct cellfates. Most cells in C. elegans have the same anterior-posterior polarity in terms of localizations of Wnt signaling components such as β-catenin, and divide asymmetrically to
produce a variety of cell types. Similar asymmetric localization was reported in mouse ES cells. We are studying howeach cell knows the correct orientation, how it divides asymmetrically and how the daughter cells acquire specific cellfates.

Selected Publications
Sugioka K, Fielmich LE, Mizumoto K, Bowerman B, van den Heuvel S, Kimura A,
Sawa H. Tumor suppressor APC is an attenuator of spindle-pulling forces during C.
elegans asymmetric cell division. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Jan
30;115(5):E954-E963.

Yamamoto Y, Takeshita H, Sawa H. Multiple Wnts redundantly control polarity
orientation in Caenorhabditis elegans epithelial stem cells. PLoS Genet. 2011
Oct;7(10):e1002308.

Sugioka K, Mizumoto K, Sawa H. Wnt regulates spindle asymmetry to generate
asymmetric nuclear β-catenin in C. elegans. Cell. 2011 Sep 16;146(6):942-54.

Multicellular Organization Laboratory 多細胞構築研究室

Sawa Group

SAWA, Hitoshi
Professor

澤

斉

教授

澤 研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sawa/

NEGISHI, Takefumi
Assistant Professor

根岸剛文

助教

研究活動／ Research Activities

39

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

Genetics of epigenetics
エピジェネティクスの遺伝学

H3K9メチル化が H3K4me1 を排除する（Inagaki et al 2017 より）。野生型個体（WT）では、トランスポゾンには H3K9me2 があり（灰色）、遺伝子に H3K4me1 があります（黄緑色）。H3K9メチル化酵素の変異体（suvh456）では、トランスポゾンで、H3K9me2 が無くなるのにともない、H3K4me1 が蓄積します。

H3K9 directs loss of H3K4me1 (from Inagaki et al 2017). Wild type plants have H3K9me2 in transposons (gray) and H3K4me1 in gene bodies (light green). In the mutant of
H3K9 methylase genes (suvh456), transposons loose H3K9me2 and accumulate H3K4me1.

細胞分裂後に継承される遺伝情報の実体は塩基配列です。一方、
塩基配列以外の形で、遺伝子の ON ／ OFF 情報が娘細胞に伝わる現象が多くの生物で観察されます。このような「エピジェネティッ
ク」な現象の実体は、DNA のメチル化などのクロマチンの修飾であることがわかってきています。私達は、シロイヌナズナのゲノム
DNA のメチル化を制御する因子の変異体を用いたアプローチで、ゲノム進化や個体発生におけるエピジェネティックな制御の役割とその機構について研究しています。

To understand control and function of DNA methylation,
we are taking genetic approaches using mutants of Arabidopsis. An Arabidopsis protein DDM1 (decrease in DNA
methylation) is necessary for methylating transposons andrepeats. On the other hand, IBM1 (increase in BONSAI methylation) is necessary for not methylating genes. In mutants ofgenes encoding these proteins, several types of developmental abnormalities were induced. Characterization of theseabnormalities is revealing impact of DNA methylation on genome evolution and appropriate gene expression.

Selected Publications
Hosaka A, Saito R, Takashima K, Sasaki T, Fu Y, Kawabe A, Ito T, Toyoda A,
Fujiyama A, Tarutani Y, Kakutani T. Evolution of sequence-specific anti-silencing
systems in Arabidopsis. Nat Commun. 2017 Dec 18;8(1):2161.

Fu Y, Kawabe A, Etcheverry M, Ito T, Toyoda A, Fujiyama A, Colot V, Tarutani Y,
Kakutani T. Mobilization of a plant transposon by expression of the transposonencoded anti-silencing factor. EMBO J. 2013 Aug 28;32(17):2407-17.

Inagaki S, Takahashi M, Hosaka A, Ito T, Toyoda A, Fujiyama A, Tarutani Y,
Kakutani T. Gene-body chromatin modification dynamics mediate epigenome
differentiation in Arabidopsis. EMBO J. 2017 Apr 13;36(8):970-980.

Hosaka A, Kakutani T. Transposable elements, genome evolution andtransgenerational epigenetic variation. Curr Opin Genet Dev. 2018 Apr;49:43-48.

Epigenomics Laboratory エピゲノム研究室

Kakutani GroupKAKUTANI, Tetsuji
Professor

角谷徹仁

40

教授

研究活動／ Research Activities

角谷研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kakutani/Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

A new genetics of human cells for the study of DNA replication
ヒト細胞における新たな遺伝学を用いたDNA 複製の解析
(A)

(B)

RAD21-mAID-mClover
20 min40 min0 min

Short-homology mediated tagging(in OsTIR1 expressing cells)

60 minShort-arm donormAID

Target gene

Marker✂>125 bp>125 bp

CAS9
mAID

Marker(C)
Target protein mAID

Auxin
Targetprotein mAID

Ubiquitin

auxin
Target protein

OsTIR1E3 ligase

mAID

Proteasome

Cul1
E2

Rapid depletion(typical half-life is 10 to 20 min)Human conditional AID mutant

100

mClover signal (%)

Target gene

50

0

- auxin+ auxin0 10 20 30 40 50 60 70 80 90

Time (min)オーキシンデグロン（AID）技術（A）CRISPR-Cas9 により標的とする遺伝子を切断し、ドナープラスミドを利用してAID タグの挿入を行う。発現した融合タンパク質は、オーキシン存在下では植物由来 TIR1 を含む E3 ユ
ビキチンリガーゼにより認識されて分解に導かれる。
（B）コヒーシンを構成する RAD21 に改変 AID タグと蛍光タンパク質を付加した。この細胞では、オーキシン添加により迅速に
RAD21 タンパク質が分解される。
（C）RAD21 のシグナルを定量化した。
The auxin-inducible degron (AID) technology(A) The AID tag was inserted to a target gene by CRISPR-Cas9 mediated knock-in using a donor plasmid. In the presence of auxin, the fusion protein will be recognized by an ubiquitin
ligase with A containing plant-derived TIR1 for rapid degradation. (B) RAD21, a component of cohesion, was fused with AID and fluorescent tags. RAD21 is depleted rapidly upon auxin
addition. (C) Quantification of the level of RAD21.

当研究室は、植物ホルモンオーキシンにより活性化される、植物内のタンパク質分解メカニズムをヒト細胞に移植することで、特定のタンパク質をオーキシン依存的に分解除去するAID 技術を開発しました。さらに、CRISPR–Cas9 ゲノム編集技術と組み合わせ、
ヒトコンディショナル変異細胞を作る方法を確立しました。AID 技
術の発展技術開発をおこなうとともに、AID 関連技術を応用してヒトゲノム DNA がいかに安定維持されているのか、特に DNA 複製と他の DNAトランスアクションの関連性を明らかにしようとしています。

We established the auxin-inducible degron (AID) technology, by which the expression of a protein of interest can be
rapidly controlled by the addition of a plant hormone, auxin.
By combining the CRISPR–Cas9-based genome-editing
technology with the AID system, we can now make humanconditional mutants. We continue to make new technologies
related to AID and, by applying them, we wish to understandhow genomic DNA is maintained in human cells. In particular,
we are focusing on the relationship between DNA replicationand other DNA transactions.

Selected Publications
Yesbolatova A, Natsume T, Hayashi KI, Kanemaki MT. Generation of conditional
auxin-inducible degron (AID) cells and tight control of degron-fused proteins using
the degradation inhibitor auxinole. Methods. 2019 Jul 15;164-165:73-80.
Natsume T, Nishimura K, Minocherhomji S, Bhowmick R, Hickson ID, Kanemaki
MT. Acute inactivation of the replicative helicase in human cells triggers MCM89-dependent DNA synthesis. Genes Dev. 2017 Apr 15;31(8):816-829.

Molecular Cell Engineering Laboratory 分子細胞工学研究室

Kanemaki Group 鐘巻研究室

KANEMAKI, Masato
Professor

NATSUME, Toyoaki
Assistant Professor

教授

助教

鐘巻将人

夏目豊彰

Natsume T, Kanemaki MT. Conditional Degrons for Controlling Protein Expression
at the Protein Level. Annu Rev Genet. 2017 Nov 27;51:83-102.
Natsume T, Kiyomitsu T, Saga Y, Kanemaki MT. Rapid Protein Depletion in Human
Cells by Auxin-Inducible Degron Tagging with Short Homology Donors. Cell Rep.
2016 Apr 5;15(1):210-218.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kanemaki/

研究活動／ Research Activities

41

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

Understanding cell architecture through quantitative microscopy and structural calculations
細胞建築学：細胞の定量観察と構造計算をとおして「建築家のいない建築」を理解する

線虫の細胞分裂（左）、および胚発生における細胞配置（右）。上段は実際の胚の顕微鏡像で、下段は定量的シミュレーション。
（右下の細胞配置の計算結果は慶應義塾大学・舟橋啓博士開発のソフトウェアを用いて表示したもの。
）

Cell division at the 1-cell stage (left) and cell arrangement pattern during development (right) in the C. elegans embryo. The upper panels show actual C. elegans
embryos and the lower panels show our quantitative simulations. (The lower right visualization was obtained using software developed by Dr. A. Funahashi [KeioUniv].)

細胞は自然が造りあげたみごとな建築物です。細胞はその内部で、“適切なサイズ”で形成された細胞内小器官が“適材適所に”配置
していますが、この調和は中枢からの指令に基づくものではなく、多くの分子が自己組織的に作り上げています。細胞建築研究室では、「『建築家のいない建築』がどのように構築されているか？」をテー
マに、細胞の顕微鏡観察と定量化、力学計算などの手法を駆使し、細胞核などの細胞内小器官が適切なサイズに制御され、適切な場所に配置するしくみを研究しています。

Cells are a beautiful example of architecture made by thenature. How such harmonious architecture is constructed‘without an architect’ remains a mystery. This laboratory is
studying the mechanisms underlying the movement and positioning of intracellular organelles (such as the cell nucleus)
at appropriate positions with appropriate sizes, using approaches involving quantitative microscopy and structural
calculations of cells. Through our studies, we aim to understand the secrets of constructing the cell.

Selected Publications
木村暁「細胞建築学入門」工学社 2019.
Torisawa T, Kimura A. The generation of dynein networks by multi-layered
regulation and their implication in cell division. Front Cell Dev Biol. 2020 Jan 31; 8:22.

Kimura K, Mamane A, Sasaki T, Sato K, Takagi J, Niwayama R, Hufnagel L,
Shimamoto Y, Joanny JF, Uchida S, Kimura A. Endoplasmic-reticulum-mediatedmicrotubule alignment governs cytoplasmic streaming. Nat Cell Biol. 2017
Apr;19(4):399-406.

Kondo T, Kimura A. Choice between 1- and 2-furrow cytokinesis in
Caenorhabditis elegans embryos with tripolar spindles. Mol Biol Cell. 2019 Jul
22;30(16):2065-2075.

Cell Architecture Laboratory 細胞建築研究室

Kimura Group

KIMURA, Akatsuki
Professor

木村

42

暁

教授

研究活動／ Research Activities

木村研究室

TORISAWA, Takayuki
Assistant Professor

鳥澤嵩征

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kimura/Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

3D-organization and dynamics of human genome
ヒトゲノムの折り畳み構造とダイナミクス

ヌクレオソーム線維（10-nm 線維）はヒト細胞の核内でとても不規則な形で折り畳まれ、ドメインを形成している。クロマチンは「液体」のようにふるまい、規則性を持つ大きな構造に比べて、物理的な束縛が少なく、より動きやすい。
NPC，核膜孔；NE，核膜
Human genome chromatin consists ofirregularly folded 10-nm fibers and forms
numerous chromatin domains in the cell nuclei.
Chromatin dynamically behaves like “liquid”.
NPC, nuclear pore complex; NE, nuclear
envelope.

本研究室では、「ヒトゲノム DNA が細胞のなかに、三次元的にどのように折り畳まれ、そしてどのようにヒトゲノムが読み出されるのか？」を研究しています。最近、ヒト細胞内のクロマチンがとても不規則な形で柔軟に折り畳まれていることを発見しました。
今後、この知見を、遺伝子発現、発生分化、エピジェネティックスなど、幅広い研究につなげていきます。1 分子イメージング、超解像顕微鏡イメージング、X 線散乱解析、シミュレーション、さらには新しいクロマチン精製法などを組み合わせて、ユニークな研究を目指しています。

Our research interest is to know how a long string of human genome is three-dimensionally organized in the cell, andhow the human genome is read out for cellular proliferation,differentiation and development. For this purpose, we are using a unique combination of molecular cell biology and biophysics, such as single molecule imaging, superresolution
imaging, X-ray scattering and computational simulation.

Selected Publications
Nagashima R, Hibino K, Ashwin SS, Babokhov M, Fujishiro S, Imai R, Nozaki T,
Tamura S, Tani T, Kimura H, Shribak M, Kanemaki MT, Sasai M, Maeshima K.
Single nucleosome imaging reveals loose genome chromatin networks via active
RNA polymerase II. J Cell Biol. 2019 May 6;218(5):1511-1530.

Maeshima K, Matsuda T, Shindo Y, Imamura H, Tamura S, Imai R, Kawakami S,
Nagashima R, Soga T, Noji H, Oka K, Nagai T. A Transient Rise in Free Mg(2+)
Ions Released from ATP-Mg Hydrolysis Contributes to Mitotic Chromosome
Condensation. Curr Biol. 2018 Feb 5;28(3):444-451.e6.

Maeshima K, Ide S, Babokhov M. Dynamic chromatin organization without the
30-nm fiber. Curr Opin Cell Biol. 2019 Jun;58:95-104.

Nozaki T, Imai R, Tanbo M, Nagashima R, Tamura S, Tani T, Joti Y, Tomita M,
Hibino K, Kanemaki MT, Wendt KS, Okada Y, Nagai T, Maeshima K. Dynamic
Organization of Chromatin Domains Revealed by Super-Resolution Live-Cell
Imaging. Mol Cell. 2017 Jul 20;67(2):282-293.e7.

Genome Dynamics Laboratory

Maeshima Group

MAESHIMA, Kazuhiro
Professor

前島一博

教授

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/maeshima/

ゲノムダイナミクス研究室

前島研究室

IDE, Satoru
Assistant Professor

井手

聖

助教

HIBINO, Kayo
Assistant Professor

日比野佳代

助教

研究活動／ Research Activities

43

遺伝メカニズム研究系

Department of Chromosome Science

The mechanisms of transposon regulation in Drosophila
ショウジョウバエにおけるトランスポゾン制御のメカニズム（A）piRNA によるショウジョウバエ転移因子制御機構の概要 （B）卵巣性体細胞とVasa 遺伝子を発現する生殖細胞（赤）におけるPiwi（緑）の発現 （C）ナショナルバイオリソースプロジェクトの一貫として管理、供給しているハエ系統群(A) Schematic representation of piRNA-mediated TE silencing system in Drosophila. (B) Piwi (Green) is expressed in ovarian somatic
cells and Vasa-positve (Red) germ cells. (C) Fly strains we are maintaining and providing under the National Bioresource Project.

真核生物ゲノムの膨大な領域を占める転移因子（トランスポゾン）
は、ゲノム進化に重要な役割を果たしてきました。しかし、どのようにして転移因子が転移因子として識別され、制御されているかは不明です。私たちの研究室ではモデル動物ショウジョウバエを用いてこの問題を分子レベルで解き明かします。特に、piRNA 経路、クロマチン制御、生殖細胞の発生過程を主な研究対象とし、分子生物学、情報科学、更に私たちが管理する強力な遺伝子資源（NIG-Fly）を活用した遺伝学を駆使することで転移因子の制御機構に迫る予定です。

Transposable elements (TEs) occupy a large proportionof many eukaryotic genomes and play beneficial effects forthe evolution of organisms. However, we do not have a clear
understanding of how individual TEs are recognized and regulated in cells. Our laboratory is interested in molecularmechanisms on epigenetic regulations of TEs in Drosophila.
To understand them, we are engaged in studying the piRNA
pathways, chromatin regulation and germ line developmentusing biochemical and high-throughput technologies, andgenetic tools which are managed and distributed by genetic
resources project (NIG-Fly).

Selected Publications
Katow H, Takahashi T, Saito K, Tanimoto H, Kondo S. Tango knock-ins visualize
endogenous activity of G protein-coupled receptors in Drosophila. J Neurogenet.
2019 Mar - Jun;33(2):44-51.

Iwasaki YW, Murano K, Ishizu H, Shibuya A, Iyoda Y, Siomi MC, Siomi H, Saito K.
Piwi Modulates Chromatin Accessibility by Regulating Multiple Factors Including
Histone H1 to Repress Transposons. Mol Cell. 2016 Aug 4;63(3):408-19.

Kondo S, Vedanayagam J, Mohammed J, Eizadshenass S, Kan L, Pang N,
Aradhya R, Siepel A, Steinhauer J, Lai EC. New genes often acquire male-specificfunctions but rarely become essential in Drosophila. Genes Dev. 2017 Sep
15;31(18):1841-1846.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saito/

Invertebrate Genetics Laboratory 無脊椎動物遺伝研究室

Saito Group

齋藤研究室

SAITO, Kuniaki
Professor

齋藤都暁

44

教授

研究活動／ Research Activities

KONDO, Shu
Assistant Professor

MIYOSHI, Keita
Assistant Professor

助教

助教

近藤

周

三好啓太

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

Cellular mechanochemistry regulating eukaryotic chromosome dynamics
真核生物の染色体動態を制御する細胞のメカノケミストリー

研究室で行っているマイクロマニピュレーション実験を捉えた写真。A は染色体分配装置である紡錘体、B は遺伝情報の維持や複製を担う細胞核。ガラス製の探針（先端位置を白矢頭で示す）と高解像の顕微鏡を使って力の刺激に対する応答を解析し、これらの細胞装置が備えた未解明の力学特性を調べている。
Images show micromanipulation experiments performed in our laboratory for examining the micromechanical properties of the spindle (A) and the cell nucleus (B). Using
microneedle-based force probes (white arrowheads) and high-resolution microscopy, we study how these structures generate and respond to forces while properly functioning
in a cell.

細胞がメカニカルな力を発生し、また力を感知して応答する能力は、分裂や分化を初めとするさまざまな生命プロセスに必要不可欠です。私達の研究室は、１）レーザーピンセットやガラスファイ
バーを使った生物物理の力計測・操作技術、２）細胞生物学の分子摂動ツール、３）1 分子蛍光イメージング、４）材料科学のレオロ
ジー解析、等を組み合わせた学際的アプローチにより、紡錘体と呼ばれる染色体分配装置が細胞内で正しい大きさとかたに集合し、適切に力を発生・応答しながら機能するしくみを調べています。また、開発した手法を応用して、細胞の核が備えた力学的イン
テグリティと機械受容のしくみについても研究を進めています。

The cell’s ability to generate, sense, and respond to mechanical force is crucial in many biological processes, including cell division and differentiation. Our laboratory takes amulti-disciplinary approach, integrating biophysical micromanipulation tools (e.g., optical tweezers, glass microfibers) withbiochemical perturbation, single-molecule imaging, and material science methods to study how the spindle – the chromosome segregation machinery – can assemble into a
proper size and shape and generate and respond to forces
for error-free cell division. We also use our micromanipulation
technique to analyze the mechanical integrity of the nucleus.

Selected Publications
Takagi J, Sakamoto R, Shiratsuchi G, Maeda YT, Shimamoto Y. MechanicallyDistinct Microtubule Arrays Determine the Length and Force Response of the
Meiotic Spindle. Dev Cell. 2019 Apr 22;49(2):267-278.e5.

Takagi J, Shimamoto Y. High-quality frozen extracts of Xenopus laevis eggs reveal
size-dependent control of metaphase spindle micromechanics. Mol Biol Cell.
2017 Aug 1;28(16):2170-2177.

Shimamoto Y, Tamura S, Masumoto H, Maeshima K. Nucleosome-nucleosome
interactions via histone tails and linker DNA regulate nuclear rigidity. Mol Biol Cell.
2017 Jun 1;28(11):1580-1589.

Shimamoto Y, Forth S, Kapoor TM. Measuring Pushing and Braking Forces
Generated by Ensembles of Kinesin-5 Crosslinking Two Microtubules. Dev Cell.
2015 Sep 28;34(6):669-81.

Physics and Cell Biology Laboratory 物理細胞生物学研究室

Shimamoto Group 島本研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/shimamoto/

SHIMAMOTO, Yuta
Associate Professor

島本勇太

准教授

研究活動／ Research Activities

45

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Neural circuit mechanisms for visual processing and behavior in zebrafish
視覚情報処理と行動制御の神経回路メカニズム（A）受精後 5 日目のゼブラフィッシュ稚魚。矢印は運動視覚刺激の方向を示す。
（B）カルシウムイメージングによる神経活動の記録と定量的な解析を行うことで、視覚情報処理に関わる
脳領域の神経活動パターンを調べることができる（ここでは前視蓋（pretectum）を示す）。
（C）視野の動きの情報を抽出し、適切な行動を生み出すための神経回路のモデル。
(A) A larval zebrafish at 5 days post fertilization. Arrows indicate visual motion stimuli presented to the zebrafish. (B) Calcium imaging and quantitative analysis reveal the activity pattern ofmultiple neuron types in a brain region (e.g. pretectum) involved in the visual processing. (C) Predicted wiring diagram of the whole-field motion processing circuit in the pretectum.

多くの動物は、外界の視覚情報にもとづいて目的に応じた行動を生み出します。私たちの研究室では、ゼブラフィッシュをモデルとし、動物が視覚情報を読みとり適切な行動を生み出すための神経回路メカニズムを研究しています。ゼブラフィッシュの利点である
遺伝学的、光学的、行動学的アプローチ、さらに定量的データ解
析を組み合わせることによって、個々の神経細胞タイプとそれらが構成する神経ネットワークの役割を理解することを目指しています。

Animals generate a range of behaviors depending on visual information that they receive from their outside world.
Using zebrafish as a model, our lab studies the neural circuitmechanisms by which visual inputs produce goal-directedbehavioral outputs. In particular, we aim to understand theroles of genetically defined neuron types and their circuit
connectivity underlying the visually guided behaviors. The
approaches that our lab uses include behavioral, genetic andoptical techniques, as well as quantitative data analyses.

Selected Publications
Kramer A, Wu Y, Baier H, Kubo F. Neuronal Architecture of a Visual Center that
Processes Optic Flow. Neuron. 2019 Jul 3;103(1):118-132.e7.
Förster D, Kramer A, Baier H, Kubo F. Optogenetic precision toolkit to reveal
form, function and connectivity of single neurons. Methods. 2018 Nov 1;150:42-48.
Förster D, Arnold-Ammer I, Laurell E, Barker AJ, Fernandes AM, Finger-Baier K,
Filosa A, Helmbrecht TO, Kölsch Y, Kühn E, Robles E, Slanchev K, Thiele TR,

Systems Neuroscience Laboratory システム神経科学研究室

Kubo Group

久保研究室

KUBO, Fumi
Associate Professor

久保

46

郁

准教授

研究活動／ Research Activities

Baier H, Kubo F. Genetic targeting and anatomical registration of neuronal
populations in the zebrafish brain with a new set of BAC transgenic tools. Sci
Rep. 2017 Jul 12;7(1):5230.
Hoffman EJ, Turner KJ, Fernandez JM, Cifuentes D, Ghosh M, Ijaz S, Jain RA,
Kubo F, Bill BR, Baier H, Granato M, Barresi MJ, Wilson SW, Rihel J, State MW,
Giraldez AJ. Estrogens Suppress a Behavioral Phenotype in Zebrafish Mutants of
the Autism Risk Gene, CNTNAP2. Neuron. 2016 Feb 17;89(4):725-33.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kubo/

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Revealing molecular function of SMC complexes in chromosome structural control
B
(kDa)
250

loaderA

cohesin

SMC 複合体による染色体構造形成機構の解明

150
100
75
chromosome

50
a molecular model“sister chromatid cohesion”

37

C

D
loa der

circularlinear+ ATP
Retrieve
DNA-cohesin by IP

wash (high salt)
gel electrophoresis

Beads
Beads

circular

ゲノム情報を保持する染色体は、細胞の大きさに比べてはるかに長大な分子です。細胞は、これを核内に絡まることなく納め、遺伝子発現、複製、分配といった複雑でダイナミックな反応を同時に制御しています。巨大なリング状の SMC 複合体 (コヒーシン、コン
デンシン、SMC5/6 複合体 ) は染色体構造形成の中心となる制御因子であり、ゴムバンドのように DNA を束ねて働くと考えられています。私たちは、SMC 複合体を含む染色体構造の制御を行うタ
ンパク質を精製し、試験管内再構成することによって、その分子メカニズムを解明しようとしています。

Beads
Beads

linearcircularlinearinput boundcircular DNA + cohesin + loader

Ａ．コヒーシン（SMC1/3）複合体による姉妹染色体接着形成モデル。Ｂ．精製した分裂酵母コヒーシン、及びローダー複合体。Ｃ，Ｄ．コヒーシンのＤＮＡ結合反応の試験
管内再構成実験、及びアガロースゲル電気泳動による解析。

A. A molecular model how cohesin complex mediates
sister chromatid cohesion. B. Purified cohesin proteins. C,
D. Biochemical reconstitution of topological DNA loadingby the cohesin ring.

Controlling chromosome structure is essential not only
for faithful chromosome segregation but also for gene transcription and DNA replication and repair. Ring-shaped SMC
complexes (cohesin, condensin and SMC5/6) are central
architects of the chromosome structure. These large complexes topologically entrap DNA strands to allow vital chromosomal functions to be carried out. We have successfully
purified the SMC1/3 complex and reconstituted its functional
DNA binding reaction. Our aim is to investigate the molecularmechanisms by which SMC complexes regulate the chromosome structure.

Selected Publications
Murayama Y. DNA entry, exit and second DNA capture by cohesin: insightsfrom biochemical experiments. Nucleus. 2018;9(1):492-502.

Murayama Y, Uhlmann F. DNA Entry into and Exit out of the Cohesin Ring by
an Interlocking Gate Mechanism. Cell. 2015 Dec 17;163(7):1628-40.

Murayama Y, Samora CP, Kurokawa Y, Iwasaki H, Uhlmann F. Establishment
of DNA-DNA Interactions by the Cohesin Ring. Cell. 2018 Jan 25;172(3):465477.e15.

Murayama Y, Uhlmann F. Biochemical reconstitution of topological DNA
binding by the cohesin ring. Nature. 2014 Jan 16;505(7483):367-71.

Chromosome Biochemistry Laboratory

Murayama Group

染色体生化学研究室

村山研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/murayama/

MURAYAMA, Yasuto
Associate Professor

村山泰斗

准教授

研究活動／ Research Activities

47

International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー ／ Visiting Professor 客員教授

Exploring the three-dimensional structure of the human genome
ヒトゲノムの三次元構造を探る
私たちの研究は分子生物学、シーケンス、コンピューター解析を駆使した Hi-C

法により染色体の折りたたみと立体構造を明らかにしようとしています。また、
新規ゲノムアッセンブリー用のツールの作成もおこなっています。


Our work centers on the experimental interrogation of genome folding
and structure revealed by a combination of molecular biology, sequencing, and computer analyses, namely Hi-C. We also develop powerful genome assembly tools.

48

研究活動／ Research Activities

International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー

https://www.aidenlab.org/

LIEBERMAN-AIDEN, Erez

International Strategic Advisor(Assistant Professor, Baylor College of Medicine, Molecular & Human Genetics)(Assistant Professor, Rice University, Computer Science)

リーバーマン・エイデン，エレツ

国際戦略アドバイザー（ベイラー医科大学分子・人類遺伝学助教授）（ライス大学コンピューターサイエンス助教授）

International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー ／ Visiting Professor

客員教授

Population genetics theory and its application to genomic data
集団遺伝学理論とゲノムデータへのその応用
集団、個体、細胞というさまざまな段階における進化パターンを理解するための、DNA 配列変異解析の集団・進化遺伝学理論と統計手法の開発。

Department of Genomics and Evolutionary Biology ゲノム・進化研究系

https://gsbs.uth.edu/faculty/faculty-directory/facultyprofiles.htm?id=c7addee2-c39f-4c3c-b41d-3868472c0fa3

Development of population/evolutionary genetics theory and statistical methods for analyzing DNA sequence variation at various levels, including between populations, individuals and cells within an individual forunderstanding underlying evolutionary forces.

FU, Yun-Xin

Visiting Professor(Professor, University of Texas)

フー，ユンシン

客員教授（テキサス大学教授）

Genetics and genomics of adaptation and speciation
適応と種分化の遺伝ゲノム機構
適応進化と種分化の遺伝基盤とゲノム基盤、行動進化の遺伝基盤と神経基盤、および、性染色体の進化を明らかにする。
My current research is focused on the genetic and genomic basis ofadaptation and speciation, the genetic and neural basis of behavioral evolution, and the evolution of sex chromosomes.

Department of Genomics and Evolutionary Biology ゲノム・進化研究系

http://www.ee.iee.unibe.ch/

PEICHEL, Katie

Visiting Professor(Professor, University of Bern)パイケル，ケイティー

客員教授（ベルン大学教授）

Critical periods of brain development
脳発達における臨界期
私たちは、子ども期の経験が脳機能を形作る仕組みを解明してきました：特定のGABA 回路が「臨界期」を引きおこし、その後大脳皮質の可塑性を制限します。こうした基本原理のヒトの革新的治療戦略や新たなAIへの応用に精力的に取り組んでいます。
We have revealed how early life experience shapes brain function:
specific GABA circuits trigger these “critical periods” then later limit cortical plasticity. We actively translate these basic principles into innovative
therapeutic strategies for humans and novel AI.

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

https://henschlab.mcb.harvard.edu/

HENSCH, Takao K.

Visiting Professor(Professor, Harvard University)

ヘンシュ，タカオ K.

客員教授（ハーバード大学教授）

Vertebrate sex development
脊椎動物における性分化機構
哺乳類の胚形成、性分化、器官形成に関わる細胞系譜を同定し、その形態形

成機構に関わる分子メカニズムの解明を目指す。


Our research focuses on the molecular and cellular mechanisms thatlead to the formation of a mammalian embryo, the genesis of tissues andorgans during development, and the pathological consequences of developmental defects.

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

https://www.mdanderson.org/research/departmentslabs-institutes/labs/behringer-laboratory.html

BEHRINGER, Richard R.

Visiting Professor(Professor, Department of Genetics, University of Texas MD
Anderson Cancer Center)

ベーリンガー，リチャード R.

客員教授（テキサス大学MDアンダーソンがんセンター遺伝学部門教授）

Chromatin dynamics and evolution
クロマチン動態と進化
私たちは、生化学、分子、および系統学的なアプローチを組み合わせることで、

ヒストンバリアントの役割や、クロマチンの機能ドメイン形成におけるその動態を調べています。


We combine biochemical, molecular and phylogenetic approaches tostudy the role of histone variants and their dynamics in shaping functional
chromatin domains.

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

https://www.gmi.oeaw.ac.at/research-groups/frederic-berger/

BERGER, Frederic

Visiting Professor(Senior Principal Investigator, Gregor Mendel Institute)

べルシェ，フレデリック

客員教授（グレゴール・メンデル研究所シニア研究室主宰者）

研究活動／ Research Activities

49

NIG INNOVATION

産学連携・知的財産室

Share our research findings with society through the technology transfer
研究成果の社会還元、イノベーション創出を目指した産学連携活動（2019 年度実績）
知的財産Intellectual Property
特許出願

Patent application

8件

特許登録

Patent registration

6件

企業との共同研究契約
Joint research agreement with the private sector

19件

ライセンス､有償MTA契約

33件

MTA

研究所から生まれた研究成果を活用し、社会に還元、新しいイ
ノベーション創出を目指すことで、基礎研究の進歩に貢献することが我々の使命です。戦略的な知的財産の発掘、保護、活用を図る
と共に、共同、受託研究、技術移転等の積極的な産学連携活動、
地域、社会連携活動を推進して、研究所の「知」を社会につなげてまいります。
また、名古屋議定書に対応した遺伝資源の取扱いに関する相談窓口として、全国の大学・研究機関に対する啓発、体制構築支援
活動（出張セミナー、講習会、情報発信、国際ワークショップ、意見交換会等）を行なっています。

件数
QUANTITY

License agreement

Material Transfer Agreement

882件

Aiming at sharing our research findings with society andcreating new innovation, we are vigorously promoting active
collaboration with industries through joint research and technology transfer.
We are committed to managing our intellectual property
derived from research by patenting, maintaining, and licensing in a strategic and efficient way.
We also play an active role as ABS Support Team for
Academia to support researchers at universities and research
institutions throughout Japan to obtain genetic resourcesfrom overseas and utilize them smoothly in accordance with
the CBD provisions and the regulations of each country.

Selected Publications
鈴木睦昭．海外遺伝資源の大学における利用状況と、名古屋議定書国内措置開始に関しての議題．環境情報科学．2018 47 巻 [pp.35]

鈴木睦昭．名古屋議定書国内発効、国内措置（ABS 指針）開始薬学分野における対応は？ ファルマシア．2017 Vol.53 No.10

鈴木睦昭．我が国の国内措置の概要と学術分野の必要な取り組みについて．海外
遺伝資源利用研究の課題および円滑な推進に必要な取り組みについて．2018 23
巻 9 号 p. 9_60-9_64

鈴木睦昭．
「研究成果有体物と遺伝資源に関する円滑な流通に向けて―課題分析と今後の課題解決の展望―」．知的財産イノベーション研究の諸相．2014 p114125．コンテンツシティー出版

NIG INNOVATION

産学連携・知的財産室

SUZUKI, Mutsuaki
Director

鈴木睦昭

50

室長

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/suzukim/

Office for Research Development リサーチ・アドミニストレーター室

Strengthening of research activity, IR (Institutional Research), and Public relations
研究力強化、IR（Institutional Research）、広報「研究に携わる人材が、その能力を最大限に発揮し、さらに能力を伸ばすために」
私達は、この言葉をモットーに 3 つのミッション（研究力強化、IR、広報）を推進しています。研究力強化策として、論文発表やプ
レゼンについての議論や助言、研究費申請の支援、遺伝研メソッ
ドの啓蒙活動、ワークショップ企画や異分野交流の仲介、国際連携活動などを通じ、研究者が新しいアイデアに挑戦するための手
助けをします。IR では、研究活動に関する様々な定量 / 定性データを収集・分析します。これらの活動で得た情報は、広報活動に展開しています。私たちの活動が遺伝研の優れた研究環境や活発な研究交流と相乗効果を及ぼして、研究者コミュニティーの研究力が向上することを目指しています。

“To maximize and further develop the potentials of those
involved in research”
With this motto, Office for Research Development (ORD)
promotes three missions: Strengthening of research activity,
IR, and Public relations. Our activities include organizing
workshops, mediating collaborative research, discussion andadvice on manuscripts and scientific presentations, dissemination of NIG Method, grant-application support, and arrangements of international cooperation. Data collection andanalysis of research activities of NIG contributes to continuous improvement of the institute as well as public relations.
Synergizing with the superb research environment and theinteractive atmosphere of NIG, we aim to play an instrumental role in strengthening of research activity of the scientificcommunity.

Writings and Talks
来栖光彦，礒野靖子，岡本基，小川洋子，笹山浩二，蓮池岳司，横尾成子．⼤学への貢献を可視化：共同利⽤・共同研究の改善に向けた取り組み．RA 協議会 第 3回年次大会 (2017.8.29-30)．
広海健．研究発表の新機軸：「遺伝研メソッド」による研究力強化とグローバル化支援．
総研大全学的英語教育事業セミナー (2017.12.26)．

Office for Research Development
リサーチ・アドミニストレーター室

KURUSU, MitsuhikoDirector

SEINO, Hiroaki
Assistant Professor

室長

助教

来栖光彦

清野浩明

来栖光彦．IR・研究力評価について：大学共同利用機関の貢献度を可視化．RA 協
議会 第２回年次大会 (2016.9.1-2)．
平田たつみ，タジ・ゴルマン，広海健．
「遺伝研メソッドで学ぶ科学英語プレゼンテー
ション―感じる力、考える力、討論する力を育てる」2016 dZERO．

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/ord/

研究活動／ Research Activities51男女共同参画推進室

Office for Gender Equality

Office for Gender Equality
男女共同参画推進室

多目的保育室Multi-purpose nursery room

一時保育の様子
A snapshot from In-house temporary childcare

科学プレゼンテーション講習会
Training seminar for scientific presentation

男女共同参画推進室は、遺伝研のニーズや地域性に合わせ、以下のような支援活動を展開しています。

The Office for Gender Equality provides support to meetneeds of NIG people in all categories. Currently we can offer;⃝多目的保育室の運営⃝一時保育の提供⃝研究支援者の配置による育児介護支援⃝近郊の保育情報の提供⃝研究力強化のためのセミナー提供⃝ A multi-purpose nursery room
⃝ In-house temporary childcare⃝ programs to allocate a lab assistant for childcare assistance⃝ local information about family care⃝ seminars for research development

詳しくは遺伝研男女共同参画推進室ホームページ（https://sites.google.com/site/nigdanjo/home/）をご覧ください。遺伝研における男女共同参画の歴史や推進室の活動の軌跡も掲載しています。
男女共同参画推進室では、様々な立場で働くみなさんが安心して能力を発揮できる環境整備を目指しています。 ご意見、ご要望、
ご相談は、お気軽に（danjo-nig@nig.ac.jp）までおよせください。

Please visit our homepage for more detail.
https://sites.google.com/site/nigdanjoenglish/
The office aims to ensure a comfortable work environment where people can deliver their full potential regardlessof sex, age, job category or other personal matters. If you
have any problems or requests, please feel free to contact us
at “danjo-nig@nig.ac.jp”.

https://sites.google.com/site/nigdanjo/home/

Office for Gender Equality男女共同参画推進室

HIRATA, Tatsumi
Director

平田たつみ

52

YASUIKE, Yuki
Staff

室長（兼） 安池友紀

研究活動／ Research Activities

YAMATANI, Noriko
Staff
室員（兼）

山谷宣子

室員（兼）

TAKIDA, Masatoshi
Staff

滝田昌稔

室員（兼）

Technical Section

技術課

Technical Section
技術課

遺伝子改変マウス作製支援Transgenic mouse production service

ショウジョウバエストックの維持・分譲

Maintenance of Drosophila strains

実験圃場の水田・温室管理
Management of rice paddy fields and green houses

技術課は、所長直属の組織で、12名の技術職員が所属しています。各々は研究室や支援ユニットに配属され、それぞれがもつ専門性の高い技
術を通じて遺伝研内外の研究活動を支援しています。その専門技術は多岐にわたり、以下のような様々な研究支援を行っています。

⃝Maintenance and management:• The network and information security of the entire institute.
• Common equipment such as electron microscopes.
• Paddy fields and green houses in the experimental farm.
• Breeding environment in the animal research building.
⃝Transgenic mouse and knock-out mouse production services.
⃝3D imaging analysis services using microfocus X-ray CT⃝D evelopment, preservation and distribution of bioresources
such as drosophila, rice and zebrafish.
⃝Genetic and biochemical experiments using budding yeast.
We help to improve the research environment at NIG in numerous ways such as procedures for animal experiments andrecombinant DNA experiments, safety and health management,chemical management, and laboratory work.

この他にも、作業環境測定、動物実験・遺伝子組換え実験に関わる事務手続き、所内の安全衛生管理および薬品管理を担い、研究所全体の研究環境の整備に貢献しています。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/techTechnical Section

技術課

NAGURA, MasahikoS enior Technical Specialist

奈倉雅彦 技術専門員▪ Research infrastructure Technical Unit
基盤支援技術班

古海弘康

課長

作業環境測定の実施
Working environment monitoring

The technical section, to which 12 technical staff members
belong, is under the direct supervision of the Director-General.
Each technical staff member works in a laboratory, division or unit
and supports the following research activities inside and outsideof NIG using their highly specialized skills.

⃝研究所全体のネットワーク管理及び情報セキュリティ対策⃝電子顕微鏡等の共通機器の保守・管理⃝実験圃場の水田や温室の管理・運営⃝動物飼育実験施設の飼育環境の維持⃝トランスジェニックマウス・ノックアウトマウスの作製支援⃝X 線マイクロCT 装置による3 次元データ解析支援⃝ショウジョウバエ、イネ、ゼブラフィッシュなどの生物遺伝資源の作出、維持、国内外への分譲⃝酵母を使った遺伝学的・生化学的実験

FURUUMI, Hiroyasu
Manager

トランスジェニックゼブラフィッシュの作出

Development of transgenic zebrafish▪ Information Technology Team
情報基盤支援チーム

NAGURA, Masahiko Subsection Chief

奈倉雅彦 係長（兼）▪ Resource Development Team
リソース開発支援チーム

KISO, Makoto Subsection Chief

木曾

誠 係長

YAMATANI, Noriko Technical Staff

山谷宣子 技術職員▪ Project Technical Unit
プロジェクト技術班▪ Project Support Team
プロジェクト支援チーム

SAKAMOTO, Sachiko Subsection Chief

坂本佐知子 係長

▪ Genetic Resource Project Team
遺伝資源事業支援チーム

YANO, Hiroyuki Subsection Chief

矢野弘之

係長

MIYABAYASHI, Toshie Technical Staff

宮林登志江

技術職員

柏原美紗子

技術職員（兼）KASHIHARA, Misako Technical Staff▪ Facility and Equipment Technical Unit
施設機器技術班
MAENO, Akiteru Technical Specialist

前野哲輝

技術専門職員▪ Common Equipment Team
共通機器チーム

OISHI, Akane Subsection Chief

大石あかね

係長

▪ Experimental Facility Team
実験施設チーム

SAKA, Kimiko Subsection Chief

坂季美子 係長IMAI, Yuji Technical Staff

今井悠二 技術職員

KASHIHARA, Misako Technical Staff

柏原美紗子 技術職員

技術課／ Technical Section

53

Intellectual Infrastructure and Collaborative Research
共同利用・共同研究

Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Bioinformation and DDBJ Center
生命情報・DDBJセンター
DDBJ（DNA Data Bank of Japan）は 1987 年に設立されました。生命科学研究をサポートするため、米国の NCBI および欧州の EBIと協力して、世界の公共財『国際塩基配列データベース・
コラボレーション（INSDC）』を維持しています。また日・米・欧の特許庁と協力し、特許由来の DNA 配列及びアミノ酸配列も公開しています。韓国生物情報センター（KOBIC）とも協力し、韓国特許庁のデータも公開しています。
2009 年からは、次世代シークエンサ出力データを収集する
Sequence Read Archive、研究プロジェクトとデータを関連づけ
るBioProject、生物試料の情報を管理するBioSampleも日・米・欧で協力して運営しています（下図 A）。2013 年には、科学技術振興機構（JST）バイオサイエンスデータベースセンターと、日本
人ゲノムのデータベース（JGA）の運用を開始しました。時代の要請に応じて、今後も生命科学研究の基盤となるデータベースを提供していきます。
DDBJ へ登録する研究者は国内が殆どで、アジア諸国や中近東の研究者も少し含みます。登録件数では全 INSD の 10% 強を占めています（下図B）。またDDBJへのインターネットアクセス統計は、ドメイン名で実施しています。.com および .net が 5 割（企業アドレス）、.jp が 2 割（日本）、.gov アドレスが 1 割弱（米国政府）、そして残りの殆どが匿名または不明アドレスです。
センターでは国内研究者向けにスーパーコンピュータ（スパコン）の無償貸出もおこなっています。毎年 600 名以上の登録者がスパコンを利用した生命科学研究を実施しています。
DNA Data Bank of Japan (DDBJ) Homepage
https://www.ddbj.nig.ac.jp/

The DNA Data Bank of Japan (DDBJ) was establishedin 1987. It collaborates with the NCBI in the United States
and with ENA/EBI in Europe, and maintains the International
Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) to
provide a worldwide public asset for life sciences. Data on
patent-related DNA and amino acid sequences are available
through the cooperation of INSDC and patent offices in Japan, the United States, and Europe. We also cooperate with
the Korean Bioinformation Center (KOBIC) to publish datafrom Korean patent offices.
Since 2009, the three parties (DDBJ, NCBI, and ENA)
have cooperated to maintain the Sequence Read Archivefor next-generation sequence data, BioProject for research
projects, and BioSample for biological sources, materials
and samples (Figure A). In 2013, DDBJ started the Japanese
Genotype-phenotype Archive (JGA) in collaboration with the
National Bioscience Database Center of the Japan Scienceand Technology Agency (JST). We will continue to provide
fundamental databases for life sciences.
Data submission to DDBJ is mainly from Japan; somecome from other Asian and Middle-eastern countries. The
number of submissions from these sources represents a little
over 10% of all INSD submissions (Figure B). Internet access to DDBJ is obtained via domain names, e.g. 50% from‘.com’ and ‘.net’ (from companies), 20% from ‘.jp’ (from Japan), and 7% from ‘.gov’ (from the US government). The remaining accesses are from anonymous sources or unknown
addresses.
Our supercomputer platform is free for Japanese investigators. Each year, more than 600 registered users conduct
life science research on our supercomputer system.

NIG Supercomputer
https://sc.ddbj.nig.ac.jp/

Bioinformation and DDBJ Center生命情報・DDBJセンター

A

DNA Data Bank of JapanDDBJ Sequence Read Archive
DDBJ Trace Archive
BioProject

IAC
ICM
GenBank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

B

ARITA, Masanori
Head, Bioinformation and DDBJ Center

有田正規

EMBL-Bank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

250

GenBank incl USPTO
EMBL incl EPO
DDBJ incl JPO and KIPO200

FUJISAWA, Takatomo
Division Head (Database)

150

藤澤貴智

100

データベース部門長

小笠原 理

システム管理部門長

Rel.107 (2016.12)

Rel.111 (2017.12)

Rel.99 (2014.12)

Rel.103 (2015.12)

Rel.95 (2013.12)

Rel.91 (2012.12)

Rel.88 (2011.12)

Rel.84 (2010.12)

Rel.80 (2009.12)

Rel.76 (2008.12)

Rel.72 (2007.12)

Rel.68 (2006.12)

Rel.64 (2005.12)

Rel.60 (2004.12)

Rel.56 (2003.12)

Rel.52 (2002.12)

Rel.48 (2002.01)

Rel.44 (2001.01)

Rel.40 (2000.01)

NAKAMURA, Yasukazu
Division Head (International Affairs)

中村保一

国際連携部門長SHIMIZU, Atsushi

SAKURAI, Nozomu

SHIRAISHI, Yuichi

KAWASHIMA, Takeshi

清水厚志 （岩手医科大）

500センター長（兼）OGASAWARA, Osamu
Division Head (High Performance Computing)

The Number of Bases by Contributors to DDBJ Release

300

Number of bases (billion )EMBL¯EBI

白石友一 （国立がん研究センター）
KINOSHITA, Kengo

木下賢吾 （東北大学）
OKUBO, Kousaku

櫻井

望 （兼）

川島武士 （兼）TANIZAWA, Yasuhiro

谷澤靖洋 （兼）大久保公策 （兼）
共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

55

NIG Supercomputer System
国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム

遺伝研は、国際塩基配列データベース（INSD）の構築および全国の研究者に計算機資源を提供するため、スーパーコンピュータ
システム（遺伝研スパコン）を運用しています。
遺伝研スパコンは生命科学研究に特化した解析環境や充実した
公共データの提供が特徴です。2018年に導入した大規模ストレー
ジと、2019 年に導入した新しい計算機システムにより、遺伝研
JGA が提供するヒト全ゲノムデータのような、大規模情報を解析できる環境を整えています（下表参照）。国内の研究者からユーザ登録を随時受け付けており、ディスク容量が 30TB 以下ならば無料で利用いただけます。大規模ユーザにはディスク容量に基づく課金の他、計算ノードを有償で専有するオプションも用意されています。毎年全国 130 以上の機関から平均して 600 人のユーザが利用しています。詳 細は遺 伝 研スパコンホームページ（https://
sc.ddbj.nig.ac.jp/）をご参照ください。

National Institute of Genetics (NIG) operates a supercomputer system to develop the International Nucleotide
Sequence Database (INSD) and to provide computational resources to domestic researchers.
The key features of the NIG Supercomputer System are
the analysis environment specialized to life science researchand the comprehensiveness of public data. In 2018 we installa large-scale storage system and in 2019 we replaced theold computer system to analyze massive-scale data such as
full human genomes that our JGA repository provides (Seetable below). Domestic researchers can request for a user
account throughout the year, and the cost is free for usersof less than 30 TB disk usage. Large-scale users exceeding
this threshold must pay a prorated volume fee, and other options to rent computation nodes are available for a fee. Every
year, average 600 users from 130 institutions register to our
computing environment. For details, please visit our website(https://sc.ddbj.nig.ac.jp/).

2012 年導入スパコン

2019 年導入スパコン(2012 年導入分は撤去）

2020 年スパコン増強

計算機システム

計算機システム 554 台

計算機システム 204 台
AMD EPYC 512GB×136
Intel Xeon Gold 384GB×68

計算機システム 22 台
AMD EPYC 512GB×22

特殊用途の計算機

10TBメモリ計算機 ×1
2TBメモリ計算機 ×10

12TBメモリ計算機 ×1
3TBメモリ計算機 ×10( いずれも Intel Xeon Gold)

該当なし

計算用高速ストレージ

7PB

2019 年導入分
2018 年導入分

該当なし

データベース用ストレージ

5.6PB

ディスク 15PB
テープ 15PB

該当なし

ノード間相互結合網

InfiniBand
4×QDR (40Gbps),
4×FDR (56Gbps)

InfiniBand
4×EDR (100Gbps)

該当なし

10PB
3.8PB

導入計算機システム概要

56

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

Computing system installed

Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Advanced Genomics Center
先端ゲノミクス推進センター
国立遺伝学研究所は、学術コミュニティからの大規模ゲノム解析の要望に応え、国内唯一のアカデミアDNAシーケンシングセンターを運用してきました。この間、メダカゲノム、ホヤゲノム、原始紅藻
ゲノムの構造決定や、各種生物を対象とした cDNA 解析など多くの成果を挙げています。

2011 年 10 月に設立された先端ゲノミクス推進センターは、学術界および産業界からの高度なゲノム解読の要請に対し、最新のゲノム解析技術を基盤とした先端的ゲノム科学研究の共同利用・共同研究拠点として活動を進め、ゲノム科学の普及に努めています。
また、情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設のゲノムデータ解析支援センターと密接に連携し、ゲノム解読か
ら情報解析までをシームレスに接続した包括的な研究と共同利用事業を推進しています。
■ 先端ゲノミクス推進センターの活動⃝大規模DNA シーケンシング、
１分子DNA シーケンシング、
1 細胞
シーケンシング⃝ゲノム情報解析パイプラインの開発と提供⃝所内外との連携による共同利用・共同研究の推進⃝受託研究の受け入れ⃝情報共有と情報セキュリティ体制の確立⃝生命研究各分野への先端ゲノミクスの応用と支援

Advanced Genomics Center was established October
1st., 2011, with the aim to combine the latest genomics
technology, i.e., next generation sequencing, for example,
and the genetic resources, that have been collected andconstructed throughout the history of this institute, to create
resources for new-generation genetics.
Since such resources should have links among biological (phenotypic) annotations, data from genetic as wellas genomic researches, this center will work closely withother laboratories of Genetic Strains Research Center, andresearch communities around the country. This center is also
expected to become core facility for research communities
to provide latest technologies and tools of the present-day
genomics.
To answer the expectations and heavy demand of genome analyses from the universities and research communities, the target projects that will be conducted in this center
will be chosen through NIG’s Collaborative Research Program that is open to researchers outside of NIG.
■ 共同研究・共同利用・受託研究の流れ■ 先端ゲノミクス推進センターは、常に最先端の技術と情報をコミュニティに提供できるよう施設の整備を進めています。

学術界および産業界
大学A

大学B ・ ・ ・ 大学F

企業A

連携

結果

サンプル
ゲノムデータ
解析支援
センター

連携

DS共同利用
基盤施設

・ ・ 企業コンソ

先端ゲノミクス
推進センター
解析
DDBJスパコン

活用

蓄積
情報・システム
研究機構

DDBJ
統合DB

国立遺伝学研究所■ 大学や他の研究機関、企業と連携して、多様な生物種のゲノム・メタゲノムや遺伝子の配列解析を行っています。

先端ゲノミクス推進センターでは、以下の生物種のゲノムやヒト・環境のメタゲノム解析を共同研究・共同利用・受託研究を通して実施しています。

⃝動物：ヒト、ラット、マウス、チンパンジー、
ニホンザル、クジラ、イヌ、
コウモリ、
スンクス、
ワラビー、
アフリカツメガエル、
シーラカンス、メダカ、
線虫、
ショウジョウバエ、
アゲハ、
カイコ、クワコ、クマムシなど⃝植物：イネ、
シロイヌナズナ、
アサガオ、
ナンヨウアブラギリ、トマト、
ヒメツリガネゴケ、サンゴ共生褐虫藻、緑藻類、紅藻類、
微細藻類など⃝微生物：ヒト常在菌、病原菌、光合成菌、極限領域生息細菌類、シロアリ共生細菌類、難培養細菌⃝メタゲノム：ヒト（腸内、皮膚、口腔）、海洋、河川、湖沼、土壌、
温泉、
活性汚泥、
工業廃水

Advanced Genomics Center

先端ゲノミクス推進センター

KUROKAWA, Ken
Head, Advanced Genomics Center
Division Head (Data Analysis)

黒川顕センター長（兼）データ解析部門長（兼）□ Sequencing Division
シーケンシング部門□ Data Analysis Division
データ解析部門

TOYODA, AtsushiP roject Professor

KOHARA, Yuji

豊田

FUJIYAMA, Asao Project Professor

Division Head (Sequencing)小原雄治

敦 シーケンシング部門長（兼）Project Professor

特任教授（兼）藤山秋佐夫

特任教授（兼）

井ノ上逸朗

教授（兼）

INOUE, Ituro Professor

NOGUCHI, Hideki Project Professor

野口英樹 特任教授（兼）BABA, Tomoya Project Associate Professor

馬場知哉 特任准教授（兼）KONDO, Shinji Project Associate Professor

近藤伸二 特任准教授（兼）MORI, Hiroshi Assistant Professor

森

宙史 助教（兼）

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research57共同利用事業センター

Intellectual Infrastructure Center

Genetic Resource Center
生物遺伝資源センター
生物遺伝資源センターは、バイオリソース部門、植物育成・開発
支援部門、ゲノム変異マウス開発支援部門、バイオリソース情報部
門から成り以下の事業を進めています。バイオリソース部門では大腸菌／枯草菌、イネ、マウス、ショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、線虫、ヒドラなどの生命科学を先導する様々な有用実験生物系統を開発すると共に国内外の大学や研究機関への分譲サービス、植物育成・開発支援部門ではイネの実験圃場の管理運営、ゲノム変異マウス開発支援部門では遺伝子改変マウスの開発の共同研究や受託を行なっています。またバイオリソース部門では、これらのバイオリソースに関する情報を、関連する知識情報とともに公開サ
イトから世界中に発信しています。大腸菌／枯草菌、イネ、ショウジョ
ウバエ、ゼブラフィッシュのリソースについては日本医療研究開発機構（AMED）のナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）に参画し、各生物種のリソースセンターの中核またはサブ機関として活動しています。バイオリソース部門は NBRP の情報センターとして国内のバイオリソース関連情報発信の中核として活動しています。

Genetic Resource Center

The Genetic Resource Center is composed of “Bioresource Management Division”, “Plant Resource Development
Division”, “Division for Development of Genetic-Engineered
Mouse Resource”, and “Bioresource Database Division”. The
Bioresource Division takes responsibility for development,
preservation and distribution of forefront bioresources ofvarious organisms including E. coli/B. subtilis, Rice, Mouse,
Drosophila, Zebrafish, C. elegans and Hydra, and of collected wild species of those organisms. The Database division
makes the above information available to the public throughweb sites shown below. The BRC/NIG participates actively
in the “National Bioresource Project (NBRP)” under the organization of Japan Agency for Medical Research and Development (AMED), in the Cabinet Office of Government ofJapan, and takes a role for management of E. coli/B. subtilis,
Rice, Drosophila and Zebrafish as central or sub-central organization for each organism in the project. Furthermore, theDatabase Division also contributes to NBRP as the national
center of bioresource information, by taking responsibility fordevelopment and management of the relevant databases.

生物遺伝資源センター

NIKI, Hironori
Head, Genetic Resource Center
Division Head (Bioresource Management)

仁木宏典

センター長（兼）バイオリソース部門長（兼）NONOMURA, Ken-ichi
Division Head (Plant Resource Development)

野々村賢一

植物育成・開発支援部門長（兼）SAGA, Yumiko
Division Head (Development of Genetic-Engineered Mouse Resource)

相賀裕美子

ゲノム変異マウス開発支援部門長（兼）KAWAMOTO, Shoko
Division Head (Bioresource Databases)

川本祥子

生物遺伝資源センターで提供しているサービスは、遺伝研ホームページのプルダウンメニュー「モデル生物
リソース」からアクセスできます。
Services of the Genetic Resource Center are accessible from the pull-down menu (Model Organism
Resources) at the NIG website.

バイオリソース情報部門長（兼）□ Bioresource Management Division
バイオリソース部門
KAWAKAMI, Koichi Professor

KOIDE, Tsuyoshi Associate Professor

SUZUKI, Toshiya Assistant Professor

SAITO, Kuniaki Professor

NONOMURA, Ken-ichi Associate Professor

TAKANAMI, Keiko Assistant Professor

川上浩一 教授（兼）齋藤都暁 教授（兼）SATO, Yutaka Professor

佐藤

豊 教授（兼）KOHARA, Yuji

Project Professor

小原雄治 特任教授（兼）SAKAI, Noriyoshi Associate Professor

酒井則良 准教授（兼）IKEO, Kazuho Associate Professor

池尾一穂 准教授（兼）58

小出剛 准教授（兼）野々村賢一

准教授（兼）KAWASAKI, Toshihiro Assistant Professor

河﨑敏広 助教（兼）KONDO, Shu Assistant Professor

近藤

周 助教（兼）MIYOSHI, Keita Assistant Professor

三好啓太 助教（兼）AOKI, Keita Assistant Professor

青木敬太 助教（兼）共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

鈴木俊哉 助教（兼）高浪景子 助教（兼）NOSAKA-T, Misuzu Assistant Professor

野坂実鈴 助教（兼）TSUDA, Katsutoshi Assistant Professor

津田勝利 助教（兼）□ Plant Resource Development Division
植物育成・開発支援部門
TSUDA, Katsutoshi Assistant Professor

津田勝利 助教（兼）□ Division for Development of Genetic-Engineered Mouse Resource
ゲノム変異マウス開発支援部門
AJIMA, Rieko Assistant Professor

安島理恵子 助教（兼）□ Bioresources Databases Division
バイオリソース情報部門

Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Division for Development of Genetic-Engineered Mouse Resource
ゲノム変異マウス開発支援部門
大学共同利用機関である国立遺伝学研究所では、ゲノム変異マウス開発支援部門が 2011 年に生殖工学技術を一括して行う組織として創設され、研究所内および大学等の公的研究機関からの依頼を受け、支援を行っています。今後は企業からの受け入れも予定しています。
〈主な内容〉
1．遺伝子導入マウスの作製
2．CRISPR/Cas9 を用いた遺伝子改変マウスの作製
3．ES 細胞への遺伝子導入・キメラマウスの作製
4．凍結胚・凍結精子の作製と保存
5．マウスクリーニング（SPF 化）
6．その他、様々な研究支援

The Division for Development of Genetic-Engineered Mouse
Resource was established in 2011 to provide mouse reproductiveengineering services. We are providing services not only for our
institute, but also for other universities and institutes. We are planning to expand our services to industry.
<Main services>
1. Establish transgenic mice
2. Establish knock-out/knock-in mice using the CRISPR/Cas9 technique
3. Establish knock-out/knock-in mice using ES cell lines
4. Cryopreservation of embryos and sperm
5. Microbiological cleaning
6. Other services are also available upon request

https://shigen.nig.ac.jp/mouse/researchSupportingUnit/

Division for Development of Genetic-Engineered Mouse Resource

ゲノム変異マウス開発支援部門

Support Center

キメラマウス（左）受精卵への遺伝子導入（右）Chimera mice (left), Microinjection into fertilized eggs (right)

支援センター

Unit for Experimental Animal Care
動物飼育実験施設
動物飼育実験棟は、マウス・ラットなどの実験動物を用いて先端的な研究が行えるように設置された、遺伝研の主要な飼養保管施設です。同施設では、所内におけるマウス・ラットの飼育及び実験のサポートを行い、研究・教育の推進に貢献しています。研究所内及び所外の研究者に向けて、野生マウス系統などの遺伝研独自の貴重なリソースを用いた研究の支援も行っています。

The Animal Research Building is a major animal facility which
was set up for advanced research using experimental animals
such as mouse and rat. The facility supports breeding and experiments of mouse and rat, and contributes to the promotion of research and education. We also support research using valuable
resources such as wild mouse strains for researchers inside andoutside the institute.

https://www.nig.ac.jp/facilities/Animal/index.html

Unit for Experimental Animal Care

動物飼育実験施設

KOIDE, Tsuyoshi
Head

小出

剛

施設長（兼）TAKANAMI, Keiko
Assistant Professor

高浪景子

助教（兼）



動物飼育実験施設の様子

建物（左）と飼育室内（右）The Animal Research Building (left) and animal room (right)

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research59Support Center

支援センターRadioisotope Unit
放射線・アイソトープ支援ユニット

放射線とアイソトープの管理に用いる台帳と放射線測定器。
Survey meters and files used for the administration of radiation and radioisotopes.

放射線は、生体に及ぼす影響を研究する対象であり、また様々な生命研究において標識として使われます。放射線・アイソトープ
支援ユニットは、放射線の管理に携わり、アイソトープを活用する研究をサポートします。
線虫 Caenorhabditis elegans には、遺伝子配列より遺伝子機
能を探る逆遺伝学に必須である、遺伝子発現細胞の検出や遺伝
子改変体の作製を容易に実施できる利点があります。遺伝子制御システムの解明を目指し、遺伝子発現の転写後調節因子であるマイクロRNA を対象に、機能解析に役立つ新規方法の開発、発現調節を受ける標的遺伝子の特定、その調節がもたらす生理機能の解析を進めています。

Radiation is a subject of research to investigate effects
on living organisms, and is used for labels in various fields oflife science. The Radioisotope Unit is responsible for the administration of radiation, and provides support for studies
that take advantage of radioisotopes.
In Caenorhabditis elegans, sophisticated methods areavailable to determine gene expression patterns and to generate genetically modified strains, which are indispensable
for reverse genetic analysis. Aiming at the elucidation of gene
regulatory system, we study microRNAs, which serve as
post-transcriptional regulators of gene expression. Our approaches are to develop novel methods for functional analysis, to identify target genes, and to unravel the physiologicalroles of microRNAs.

Selected Publications
Andachi Y, Kohara Y. MicroRNA Detection by Whole-Mount In Situ Hybridizationin C. elegans. Methods Mol Biol. 2018;1680:75-86.
Andachi Y, Kohara Y. A whole-mount in situ hybridization method for microRNAdetection in Caenorhabditis elegans. RNA. 2016 Jul;22(7):1099-106.

Radioisotope Unit

放射線・アイソトープ支援ユニット

ANDACHI, Yoshiki
Assistant Professor

安達佳樹

60

助教

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

Hamashima K, Mori M, Andachi Y, Tomita M, Kohara Y, Kanai A. Analysis ofgenetic code ambiguity arising from nematode-specific misacylated tRNAs. PLoS
One. 2015 Jan 20;10(1):e0116981.
Andachi Y. A novel biochemical method to identify target genes of individual
microRNAs: identification of a new Caenorhabditis elegans let-7 target. RNA.
2008 Nov;14(11):2440-51.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/andachi/

Database Center for Life Science ライフサイエンス統合データベースセンター

Database Center for Life Science (DBCLS)
ライフサイエンス統合データベースセンター

公共データベース（SRA［NCBI］，ENA［EBI］，DRA［DDBJ］）に登録された「次世代シーケンサ」データについて、さまざまな統計情報からデータの検索やダウンロードができる目次サイトDBCLS SRA（http://sra.dbcls.jp/）

DBCLS SRA (http://sra.dbcls.jp/) is a highly organized index website of huge quantities of next-generation sequencing data available at public databases (SRA [NCBI], ENA [EBI],DRA [DDBJ]). Users can download NGS data after browsing comparing and selecting them in various aspects.

ライフサイエンス分野では、世界中で数千をこえる多様なデー
タベース（DB）が公開されており、その活用が研究の進展に不可欠になっています。しかし、「必要な DB が見つからない」「使い方がわからない」「データを組み合わせた高度な解析ができない」など、DBの効率的な利用のための環境整備は充分ではありません。
本センターは DB 統合化の中核組織として 2007 年に機構直轄のセンターとして設置され、以来、DB の統合化と保全に努め、利用者の利便性を高める情報技術の研究開発やサービスの開発、DBの国際標準化を行ってきました。本センターはまだ専用の施設がなく、2014 年度に柏の東京大学施設に移転しましたが、同時に一部を遺伝研内に移しました。ビッグデータの有効活用の点から
DDBJ センター等とのシナジーを発揮したいと考えています。

In life science, thousands of database(DB)s are publicly
available worldwide, and become indispensable. However,many comments from users complaining the hard-to-use
DBs suggest that these DBs and the surrounding environment are not sufficiently refined. DBCLS was established in
ROIS in 2007 as a core organization of DB integration, andhas been aiming to solve these issues through R&D for DB
reusability, international DB standardization and various training programs. In 2014, while the main lab of DBCLS moved
to Kashiwa, some members moved to NIG as the Mishimalab. It is highly expected to maximize the synergy with DDBJ
in effective use of Big Data.

Selected Publications
Bono H, Hirota K. Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes from Public
Databases. Biomedicines. 2020 Jan 9;8(1). pii: E10.
Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H. RefEx, a reference gene expression
dataset as a web tool for the functional analysis of genes. Sci Data. 2017 Aug
29;4:170105.

Database Center for Life Science (DBCLS)

 イフサイエンス統合データベースセンターラ
Members at NIG
BONO, Hidemasa

Naito Y, Hino K, Bono H, Ui-Tei K. CRISPRdirect: software for designing CRISPR/
Cas guide RNA with reduced off-target sites. Bioinformatics. 2015 Apr
1;31(7):1120-3.

https://dbcls.rois.ac.jp/

遺伝研で研究しているメンバー

Visiting Professor

ONO, Hiromasa Project Assistant Professor

坊農秀雅

客員教授

NAITO, Yuki

Project Assistant Professor NAKAZATO, Takeru Project Assistant Professor

内藤雄樹

Ohta T, Nakazato T, Bono H. Calculating the quality of public high-throughput
sequencing data to obtain a suitable subset for reanalysis from the Sequence
Read Archive. Gigascience. 2017 Jun 1;6(6):1-8.

特任助教

小野浩雅
仲里猛留

特任助教
特任助教

OHTA, Tazro Project Assistant Professor

大田達郎

特任助教

左から、小野、坊農、仲里、内藤、大田Ono, Bono, Nakazato, Naito, Ohta (from left)

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

61

Center for Genome Informatics (CGI) ゲノムデータ解析支援センター

Center for Genome Informatics (CGI)
ゲノムデータ解析支援センター

シーラカンスのゲノムブラウザー。シーラカンス
ゲノム上に注釈付けされた遺伝子や SNV などの情報の検索と閲覧が行える。BLAST/BLATを用いた相同性検索にも対応しており、アライ
メントの結果を他のアノテーション情報と共に視覚的に確認することができる。

Coelacanth Genome Browser. Information
about the annotated genes and SNVs on the
coelacanth genome can be searched andbrowsed. Homology search using BLAST/BLAT is also available, and the results arevisually displayed on the genome browser withother annotations.

次世代シーケンシング（NGS）技術の発展によって DNA シー
ケンサーのスループットは飛躍的に向上し、様々な研究分野で塩基配列レベルの研究解析が行われるようになってきました。いまやモデル生物だけではなく、あらゆる生物種を対象に、新規ゲノム
シーケンスやリシーケンス（変異解析）、トランスクリプトーム解析、
メタゲノム解析といった多様な配列解析が行われています。これらの配列データを効率的に解析し、目的に応じた結果を正しく得る
ためには、生物学の知識に加えてバイオインフォマティクスの知識と技術が不可欠です。本センターは、最先端の解析技術を用いたデータ解析支援事業を中心に、大量のゲノムデータを迅速かつ高精度に解析する新規技術の開発や、そのための人材育成といった活動を通して、ゲノム科学の推進に貢献します。

Next generation sequencing (NGS) technologies havedramatically increased the throughput of DNA sequencing,and is now widely applied to various areas of life science
research. Not only model organisms but all sorts of species
are studied based on their nucleotide sequences throughde novo sequencing/resequencing of genome, transcriptome analysis, and metagenome analysis. In order to analyze
NGS data and to obtain proper results, special knowledge
and skills of bioinformatics are required in addition to knowledge of biology. CGI is engaged in the promotion of genome
sciences by providing sophisticated technical support to researchers analyzing genomic data, and by developing novel
bioinformatics tools and human resources.

Selected Publications
Tatsumoto S, Go Y, Fukuta K, Noguchi H, Hayakawa T, Tomonaga M, Hirai H,
Matsuzawa T, Agata K, Fujiyama A. Direct estimation of de novo mutation rates ina chimpanzee parent-offspring trio by ultra-deep whole genome sequencing. Sci
Rep. 2017 Nov 1;7(1):13561.
Maeda J, Kato D, Arima K, Ito Y, Toyoda A, Noguchi H. The complete
mitogenome and phylogenetic analysis of Japanese firefly ‘Genji Botaru’ Luciola
cruciata (Coleoptera: Lampyridae). Mitochondrial DNA B. 2017 2(2), 522-523.

https://genome-info.nig.ac.jp/

Center for Genome Informatics (CGI)ゲノムデータ解析支援センター
Members at NIG
NOGUCHI, Hideki

野口英樹

Head

センター長

遺伝研で研究しているメンバー
FUKUTA, Kentaro Postdoc

福多賢太郎

Postdoc

MIYAZAWA, Hideyuki

Postdoc

特任准教授

寺内

真

宮澤秀幸

62

博士研究員

KONDO, Shinji Project Associate Professor TERAUCHI, Makoto

近藤伸二

Hoshino A, Jayakumar V, Nitasaka E, Toyoda A, Noguchi H, Itoh T, Shin-I T,
Minakuchi Y, Koda Y, Nagano AJ, Yasugi M, Honjo MN, Kudoh H, Seki M, Kamiya
A, Shiraki T, Carninci P, Asamizu E, Nishide H, Tanaka S, Park KI, Morita Y,
Yokoyama K, Uchiyama I, Tanaka Y, Tabata S, Shinozaki K, Hayashizaki Y, Kohara
Y, Suzuki Y, Sugano S, Fujiyama A, Iida S, Sakakibara Y. Genome sequence andanalysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil. Nat Commun. 2016 Nov 8;7:13295.

博士研究員
博士研究員

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative ResearchNational Projects ナショナルプロジェクト

Platform for Advanced Genome Science (PAGS)
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（略称：先進ゲノム支援）
生命の理解のためには大量かつ高精度の DNA 配列解析が以前にも増して重要になっていますが、これを推進するには実験・情報解析の両面での大規模かつ最先端の解析システムの整備と共有が必須です。
「先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（先進ゲノム支援）」は文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』に 2016 年から 6 年間の予定で採択されたもので、最先端のゲノム解析及び情報解析のシステムを整備し、科研費課題から公募により選定された課題（2019年度は168件）の支援等を通じて我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク
作りとすそ野拡大を進めます。
「先進ゲノム支援」には、以下のように大規模配列解析において6 項目及び高度情報解析における 5 項目の支援と高度化の支援
技術項目を設定し、それらを縦糸横糸として組み合わせた多様か
つ高度な実験・情報解析支援をおこないます（図 A）。
■ 大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動⃝新規ゲノム決定⃝ RNA 解析

⃝修飾解析

⃝超高感度解析⃝変異解析■ Large-scale DNA sequence analysis⃝de novo genome analysis⃝Variation analysis⃝Epigenetic analysis⃝メタ・環境・ホロゲノム解析■ 高度情報解析支援ネットワーク活動⃝基盤的解析パイプライン⃝総合的ゲノムアノテーション⃝超高度情報処理技術

これらの支援活動を推進するために、国立遺伝学研究所を中核機関とし、参加する班員が所属する主な機関を連携機関とするネットワークを形成し、分担して支援及びその高度化にあたります（図B）。研究支援代表者の下、現在研究支援分担者 22 名、研究支援
協力者 27 名、総勢 50 名の班員が全国 18 の大学・研究機関（部
局数は 27）から参加しています。
(A)⃝Pipelines for basic analysis ⃝Knowledge database for AI⃝Comprehensive annotation ⃝More advanced bioinformatics⃝Multi-omics analysis

To promote the PAGS activity, the National Institute of
Genetics as the core institution of PAGS has established a
network for cooperation with the institutions to which theparticipating members belong to promote the PAGS activity.
Currently 50 members in total are participating in PAGS from18 universities and research institutes (27 departments).

5HVHDUFKSDSHUV

5HVHDUFKHUVJUDQWHG0(;7-636.DNHQKL(B)

5HVHDUFKHUVJUDQWHG0(;7-636.DNHQKL*UDG6FKRRORI0HGLFLQH

2SHQ
6FLHQFH

87RN\R

87RN\R+RVSLWDO

*UDG6FKRRORI)URQWLHU6FLHQFHV2WKHU
SODWIRUPV

87RN\R*UDGXDWH6FKRRORI6FLHQFH$GYDQFHGELRLQIRUPDWLFVJURXS/DUJHVFDOH'1$
VHTXHQFLQJJURXS6DSSRUR0HGLFDO8&RRSHUDWLRQ
7RN\R,QVWLWXWHRI7HFKQRORJ\

2WKHUV.\XVKX8

6FKRRORI0HGLFLQH

'DWDSXEOLFDWLRQVKDULQJ$GYDQFHGELRLQIRUPDWLFVJURXS3ODWIRUPIRU$GYDQFHG*HQRPH6FLHQFH

''%- 1%'&'%&/6

7HFKQRORJ\'HYHORSPHQW

3ODWIRUPIRU$GYDQFHG*HQRPH6FLHQFH

遺伝研で活動する参加班員

https://www.genome-sci.jp/□Large-scale DNA sequencing group
大規模ゲノム解析□ Advanced bioinformatics group
高度情報解析

－谷澤靖洋

○豊田

○黒川

－小笠原

TOYODA, Atsushi Project Professor

KOHARA, Yuji
Principal Investigator, Project Professor

小原雄治

研究支援代表者・特任教授（兼）他の班員所属機関

1DWLRQDO,QVWLWXWH
RI*HQHWLFV6FKRRORI0HGLFLQH

/DUJHVFDOH'1$
VHTXHQFLQJJURXS

Members at NIG

0DQDJLQJJURXS2VDND8

'DWDSXEOLFDWLRQVKDULQJ8OWUDKLJKVHQVLWLYLW\DQDO\VLV

0RUHDGYDQFHGELRLQIRUPDWLFV

0HWDJHQRPLFV.QRZOHGJH'%IRU$,

51$DQDO\VLV

0XOWLRPLFVDQDO\VLV

0DQDJLQJJURXS(SLJHQHWLF
DQDO\VLV&RPSUHKHQVLYHDQQRWDWLRQ

9DULDWLRQDQDO\VLV

3LSHOLQHVIRUEDVLFDQDO\VLV'HQRYRJHQRPHDQDO\VLV'DWD5HVXOWV6DPSOHV'DWDUHVXOWV

6DPSOHV⃝RNA analysis⃝Metagenome analysis⃝Ultra-high sensitivity analysis■ Advanced bioinformatics analysis⃝ AI 化知識ベースの構築⃝多層統合ゲノム情報解析技術

In order to understand life, massive and highly accurate
DNA sequence analysis has become more important than
before. To meet this situation, it is essential to develop alarge-scale and state-of-the-art genome analysis system andto share it with the research community. Platform for Advanced Genome Science (PAGS) was adopted for this purpose for six years from 2016 as a platform in Grant-in-Aid for
Scientific Research (KAKENHI) on Innovative Areas ― Platforms for Advanced Technologies and Research Resources
funded by MEXT. We provide such a genome analysis system for researchers who are granted KAKENHI and selectedby the selection committee.
In PAGS we will provide a variety of technologies, combining the following 6 items in large-scale DNA sequence
analysis and 5 items in advanced bioinformatics analysis aswarp and weft as shown in Figure.

敦

特任教授

FUJIYAMA, Asao Project Professor

KUROKAWA, Ken Professor

顕 教授

MORI, Hiroshi

Assistant Professor－藤山秋佐夫 特任教授（兼）－森－井ノ上逸朗○中村保一 教授

INOUE, Ituro Professor
教授

宙史 助教

NAKAMURA, Yasukazu Professor※情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設所属

TANIZAWA, Yasuhiro Assistant Professor
助教

OGASAWARA, Osamu Project Associate Professor

理

特任准教授

NOGUCHI, Hideki Project Professor

○野口英樹

特任教授※

－近藤伸二

特任准教授※

KONDO, Shinji Project Associate Professor（○：研究支援分担者、－：研究支援協力者）

東京大学、東京工業大学、大阪大学、九州大学、札幌医科大学、千葉大学、富山国際大学、産業技術総合研究所、慶応義塾大学、滋賀大学、山梨大学、京都大学、京都府立医科大学、早稲田大学、かずさDNA 研究所、東京医科歯科大学、科学技術振興機構

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

63

NIG-JOINT (Joint Research and Research Meeting)

共同研究・研究会

国立遺伝学研究所は、遺伝学に関する総合研究の中核として、大学、他研究機関との共同研究を積極的に受け入れています。
国内外の研究者に共同利用の機会を提供するため、従前より所内の教員と所外の研究者による「共同研究」及び「研究会」を実施しています。
次頁に示すように、毎年多くの共同研究が行われており、2019 年度も計 106 件の共同研究と計 15 件の研究会を行い、着実な成果をあげています。

As the central institute to study various aspects of genetics, the National Institute of Genetics (NIG) positively accepts joint research between NIG and universities or other institutes. In order to offer joint research opportunities to researchers, NIG has been conducting “Joint
Research” and “Joint Research Meeting” between researchers inside and outside of NIG.
As shown in the next page, many joint researches are held every year. In 2019, 106 Joint Researches and 15 Joint Research Meetings
have been held and achieved excellent results.
▶ NIG-JOINT

共同研究「共同研究」とは、国立遺伝学研究所外の研究者からの申込みに基づBased on the application from researchers outside NIG, NIG
researchers collaborate with them for conducting the research on
the subject of application. The following three categories are solicited for NIG-JOINT [A], [I] and [B].

き、国立遺伝学研究所内外の研究者数名により、特定の研究課題について共同して行う研究です。次の３種類に分けて募集を行っています。

「共同研究（A）」「国際共同研究」に採択されると、実験・討論のため

In NIG-JOINT [A] and [I], travel and accommodation expenses
are provided to visit NIG for conducting discussion and experiment. In NIG-JOINT [B], travel, accommodation and research expenses are provided.

に遺伝研を訪問するための旅費・滞在費が支給されます。
「共同研究（B）」
では旅費・滞在費及び研究費が支給されます。

Whole-genome sequencing of goldfish with a wide variety of morphological phenotypes
キンギョのゲノム解読と表現型の多様性を生み出す機構の解明
長浜バイオ大学大学院
バイオサイエンス研究科

大森義裕 教授

キンギョは中国のフナから家畜化された観賞魚であるが、デメキン、ランチュウなど、様々な形態や体色の品種が開発され現在、約 180 種類以上が存在する。私たちは、キンギョの全ゲノムを解読し、キンギョの祖先種で異質４倍体化による全ゲ
ノム重複が約 1,400 万年前に起こったことを明らかにした（Science Adv 2019, 5,

Graduate School of Bioscience
Nagahama Institute of Bioscience and Technology

OMORI, Yoshihiro, Professor

The goldfish (Carassius auratus)
is a domesticated cyprinid teleost. At
least 180 variants are currently produced. Goldfish are a useful model forstudying genome evolution after the
WGD event and understanding themolecular basis of vertebrate development.

eaav0547）。得られたゲノム情報を元にサブゲノムの進化やデメキンを含むキンギョの表現型の多様性を生みだすメカニズムの研究を進めている。

キャリコデメキン：出目の他、尾びれの伸長、キャリコ（三色）、三ツ尾、体軸の短縮などの変異を持つ。
Calico Telescope-eye goldfish show the telescope-eye, long-tail, calico,
twin-tail, and short-body phenotypes.

▶ Joint Research Meeting

研究会「研究会」とは、国立遺伝学研究所内外の研究者からの申込みに基づき、国立遺伝学研究所内外の比較的少人数で実施する研究集会です。各研究会
では、活発な討論が行われています。

Based on the application from researchers inside or outside of NIG,
Joint Research Meetings in small groups are held for information exchange
and active discussion.

64

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative ResearchList of Funded Proposals (NIG-JOINT)

2019 年度 公募による共同研究

共同研究（A）
研究課題
1A20192A20193A20194A20195A2019
6A2019
7A20198A20199A2019
10A2019
11A2019
12A2019
13A2019
14A2019
15A2019
16A2019
17A2019
18A2019
19A2019
20A2019
21A2019
22A2019
23A2019
24A2019
25A2019
26A2019
27A2019
28A2019
29A2019
30A2019
31A2019
32A2019
33A2019
34A2019
35A2019
36A2019
37A2019
38A2019
39A2019
40A2019
41A2019
42A2019
43A2019
44A2019
45A2019
46A2019
47A2019
48A2019
49A2019
50A2019
51A2019
52A2019
53A2019
54A2019
55A2019
56A2019
57A2019
58A2019
59A2019
60A2019
61A2019
62A2019
63A2019
64A2019
65A2019
66A2019
67A2019
68A2019

研究代表者

ゲノム情報からのビフィズス菌の機能性および糖代謝の解析
Multi-omics analysis of mangosteen (Garcinia mangostana) fruit ripening
DNA 配列注釈予測における注釈品質評価とオンライン機械学習の実効性の検討
脊椎動物の肝臓構築メカニズム解明に向けた比較ゲノム解析
RADseqを用いた九州南部の同所的ウノアシガイPatelloida saccharina種複合体間のhybridizationパターンの同定
カイコ体内でのサナギタケ（Cordyceps militaris）感染戦略の解析
動脈硬化抑制に寄与する核内受容体の標的因子の網羅的探索
NGS 解析プラットフォーム Maser への解析パイプラインの構築
イネ胚乳におけるトランスポゾンの挙動
植物免疫制御ペプチドによるイネの成長制御に関する分子遺伝学的解析
イネ科植物の維管束細胞分化における転写制御ネットワークの解析
イネ胚乳発生機構に関する研究
イネ胚サイズ制御に関わる遺伝子の機能解析
Integrating protein biophysics and population genomics in Drosophila
Transcriptome Profiling of Tobacco induced Oral Squamous Cell Carcinoma of South India using Next Generation Sequencing
薬剤性難聴の遺伝的要因と発症機構の解明
増幅遺伝子のゲノム DNAコピー数減少の分子機構解明
機能的 KIR 遺伝子群解析によるNK 細胞活性調節システムの解明
Whole exome sequencing of Syndactyly patients in Vietnam
メダカ科魚類における性的二型の多様化に関わる分子遺伝基盤の解明
淡水イトヨにおける海水適応能喪失メカニズムの解明
発達段階および経験依存的に変化する鱗食魚の利きの遺伝的基盤
スラウェシ島のメダカにおける性染色体ターンオーバーの進化的役割
醸造酵母ゲノムの異数染色体解析
シナプス前終末でのタンパク質恒常性におけるミトコンドリアの役割
ショウジョウバエにおける配偶者選好性に寄与する神経回路の進化的改変
緑内障リスク遺伝子のミトコンドリア構造を維持する分子機構の解明
細胞内小胞輸送に関与するショウジョウバエ分子変異体の機能形態解析
ヒメイカ神経系の電子顕微鏡解析
光合成能を喪失させた珪藻類における細胞分裂制御メカニズムの解明に向けてミトコンドリアとリソソームの相互作用における生理的意義の解明
減数分裂の誘導機構に関する研究
琵琶湖固有魚ホンモロコ生殖細胞の in vitro 培養による解析
超短命魚ターコイズキリフィシュを用いた老化制御機構の解明
Analysis of the nuclear function of the Argonaute protein MEL1 in rice meiocytes
イネにおける表皮形質の遺伝的多様性の解析
遺伝子改変マウスの 3 次元筋骨格形態変化
マイクロCT スキャンを用いた脊椎動物の体幹部形成機構の解析
イネの花粉成熟過程における葯タペート細胞のプログラム細胞死･オートファジー･活性酸素シグナル制御機構の解明
オートファジー欠損による野生イネからの効率的な有用形質の単離植物の生殖細胞系列におけるレトロトランスポゾンの抑制機構の研究
マイクロフォーカス X 線 CT を用いた昆虫の性的形質の比較生物学的研究
脳神経回路形成メカニズムの生体イメージングによる解析
脳梁軸索発達過程においてアクチン足場依存的な軸索間接着を担う接着因子の同定
大脳皮質中間神経前駆細胞を介して分化するニューロンタイプの解析
造血系細胞における神経軸索ガイダンス因子 Sema6b の機能解析
脊髄交連軸索の腹側正中線交差制御機構の解明
Identification of Gal4 expression lines in brain regions involved in social behavior in zebrafish.
Screening for zebrafish transgenic lines for in vivo studies of cardiovascular development and disease
Study of neural circuits and behavior in the zebrafish larva
Investigating the Evolution of Vertebrate Appendage Patterning Systems
Identification and characterization of Schwann cells subpopulations in zebrafish
Transgenic approaches for understanding stem and progenitor cell behaviors in the visual system of embryonic and larval zebrafish.
Screening for eye-specific expression patterns in a collection of transgenic zebrafish lines
Optical interrogation of freely behaving larval zebrafish
Identification of a highly selective marker for satellite glial cells in zebrafish
Development of spatio-temporal transgene expression system in the turquoise killifish
てんかん脳の神経活動イメージング
Control of DNA dynamics : Interplay between DNA compaction and gene expression
Rod 複合体とDivisome 複合体による細菌細胞形態制御機構の解明
分裂酵母 Schizosaccharomyces japonicus の M 型フェロモン遺伝子の同定及び構造解析
クロマチン制御複合体の質量分析解析
生薬由来抗菌成分ベルベリンの抗菌メカニズムの解明
MSM マウス系統におけるアルコール低嗜好性の脳内遺伝子メカニズムの解明
社会的環境要因と加齢がマウスの行動および脳機能に与える影響
聴覚過敏モデルマウスの聴覚機能の行動実験による解析
マウスの系統差を利用した、弱視回復の遺伝学的解析
ゲノム不均等分配による環境適応仮説の検証

東京農業大学 生物産業学部
Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM)
東京医科歯科大学 医療データ科学推進室
静岡大学 理学部
京都大学 瀬戸臨界実験所
静岡大学 グリーン科学技術研究所
福山大学 薬学部
東京大学 大学院農学生命科学研究科
横浜市立大学 木原生物学研究所
奈良先端科学技術大学院大学 先端科学技術研究科
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス領域
名古屋大学 生物機能開発利用研究センター
吉備国際大学 農学部
BRAC University, Department of Pharmacy
University of Madras
国立成育医療研究センター研究所 ゲノム医療研究部
鹿児島大学 医歯学総合研究科
金沢大学 医薬保健研究域医学系
Institute of Genome Research, Vietnam Academy of Science and Technology
東北大学 生命科学研究科
静岡大学 理学部
富山大学 大学院医学薬学研究部（医学）琉球大学 熱帯生物圏研究センター
佐賀大学 農学部
首都大学東京 理学部生命科学科
名古屋大学 大学院理学研究科
新潟大学 研究推進機構超域学術院
東邦大学 理学部
北海道大学 理学研究院
京都大学 人間・環境学研究科
琉球大学 研究基盤センター
熊本大学 発生医学研究所
立命館大学 薬学部
群馬大学 生体調節研究所
Zhejiang A&F university
東京大学 大学院農学生命科学研究科
東京大学 大学院理学系研究科
埼玉大学 大学院理工学研究科
東京理科大学 理工学部
公立諏訪東京理科大学 工学部
新潟大学 自然科学系
基礎生物学研究所 進化発生研究部門
熊本大学 国際先端医学研究機構
兵庫県立大学 大学院生命理学研究科
大阪大学 大学院生命機能研究科
東京大学 医科学研究所先端医療研究センター
順天堂大学 医学研究科
Yale-NUS College
University of Madras
INSERM
Australian Regenerative Medicine InstituteHelmholtz Zentrum Munich
Reed College
Universidad Mayor, Center for Integrative Biology
University of Science and Technology of China
University of Virginia, Department of Biology
IBS center for plant aging / DGIST青山学院大学 理工学部
INSERM / Univ. Lyon, FRANCE
立教大学 理学部
理化学研究所 生命機能科学研究センター
名古屋市立大学 大学院システム自然科学研究科
大分大学 医学部附属臨床医工学センター
東京都医学総合研究所 依存性薬物プロジェクト
静岡県立大学 食品栄養科学部
長岡技術科学大学 生物機能工学専攻
帝京大学 医学部
愛知県心身障害者コロニー発達障害研究所 病理学部

遠藤明仁
Hoe-Han Goh
神沼英里
塩尻信義
中野智之
朴 龍洙
松岡浩史
吉武和敏
木下 哲
西條雄介
出村 拓
服部束穂
桧原健一郎
MK Sharif Siam
A. K. Munirajan
要 匡
古川龍彦
細道一善
Nguyen Thuy Duong
安齋 賢
日下部 誠
竹内勇一
山平寿智
北垣浩志
安藤香奈絵
石川由希
杉江 淳
曽根雅紀
田中暢明
神川龍馬
八木沢芙美
石黒啓一郎
高田達之
石谷 太
Hua LIU
伊藤純一
荻原直道
川村哲規
朽津和幸
来須孝光
深井英吾
森田慎一
水野秀信
生沼 泉
畠中由美子
福山朋房
山内健太
Ajay S. MATHURU
B. Anandan
Candat VirginieFrank Tulenko
Hernán López-SchierKara L. Cerveny
Leonardo E. Valdivia
Quan Wen
Sarah Kucenas
Yumi Kim
平田普三
LESTERLIN, Christian
塩見大輔
清家泰介
田上英明
花田克浩
笠井慎也
下位香代子
霜田 靖
宮下俊雄
吉崎嘉一

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

65List of Funded Proposals (NIG-JOINT)

2019 年度 公募による共同研究

研究課題

研究代表者

69A2019 マウスの性成熟と社会性行動の関連解析
70A2019 高温ストレス活性型レトロトランスポゾンのエピジェネティックな転移制御機構の解析
71A2019 トランスポゾン由来の抗抑制因子を利用した植物発現ベクターの開発
72A2019 遺伝子様トランスポゾン GLT が喪失したトランスポゾン識別標識の探索
73A2019 シロイヌナズナのトランスポゾン VANDAL21 による抗抑制機構の解析
74A2019 生細胞での高次クロマチン構造と動態の解析
75A2019 HP1 による動的クロマチン構造変換の制御
76A2019 線虫の生殖巣形成メカニズムの解析
77A2019 線虫初期胚における細胞位置決定モデルの構築
78A2019 細胞骨格動態を介した原形質流動・繊毛運動連関の解明
79A2019 単鞭毛クラミドモナスの集団遊泳
80A2019 精製タンパク質を用いた再現実験から探索する複製フォーク停止機構
81A2019 新規ゲノム編集技術CRISPR/Transposon gene integration (CRITGI)を使った様々な生物種でのタンパク発現システムの確立
82A2019 増殖因子に応答する早期誘導遺伝子の転写機構解析
83A2019 ヒト細胞における岡崎フラグメント分布のゲノムワイド解析
84A2019 中心体複製と細胞周期の制御に関わるメカニズムの解明
85A2019 真核生物 DNA 二本鎖架橋修復複合体の構造機能解析
86A2019 ショウジョウバエにおけるヒストン H3K36メチル化酵素の網羅的解析
87A2019 Epigenetic analysis of xylem cell differentiation in VND6-unduced Arabidopsis cell suspension
88A2019 維管束植物の道管細胞の二次壁肥厚パターンを制御する分子機構の解明
89A2019 微小管切断機構の道管分化における機能解析
90A2019 植物細胞の成長極性を制御する微小管依存的なメカニズムの解析
91A2019 微小管集団の動的な秩序形成メカニズムと力学特性の解明
114A2019 Hi-C 法を活用したゲノムアセンブラの開発
115A2019 クラゲ個体の環境応答および再生における細胞機能の形態解析
116A2019 微小重力環境におけるオルガネラ恒常性についての解析
117A2019 大腸菌染色体の新奇分配因子 CrfC ダイナミンホモログのタイムラプス動態解析
118A2019 SMC タンパク質 RecN によるDNA 二本鎖切断修復時の染色体動態制御機構
119A2019 PACAPノックアウトマウス系統群を用いた不安異常を左右する神経系遺伝子ネットワークの解析
120A2019 Screening Gal4 transgenic zebrafish in the pancreas, liver and heart lineages
121A2019 Identification of zebrafish enhancer trap lines expressing in the gonad

岡山大学 大学院自然科学研究科理学部附属臨海実験所
北海道大学 大学院理学研究院
横浜市立大学 木原生物学研究所
東京大学 理学系研究科
東京大学 大学院理学系研究科
東京大学 定量生命科学研究所
基礎生物学研究所 クロマチン制御研究部門
関西学院大学 理工学部
慶應義塾大学 理工学部
豊橋技術科学大学 機械工学系
北陸先端科学技術大学院大学 先端科学技術研究科
埼玉医科大学 中央研究施設 RI 部門
長崎大学 医学部共同利用研究センター
東京大学 アイソトープ総合センター
東北大学 学際科学フロンティア研究所
東京大学 大学院薬学系研究科
東京理科大学 基礎工学部
千葉大学 理学研究院
Gregor Mendel Institute東京大学 大学院新領域創成科学研究科
名古屋大学 トランスフォーマティブ生命分子研究所
岡山大学 自然科学研究科
九州大学 理学研究院
東京工業大学 生命理工学院
東北大学 学際科学フロンティア研究所
東京女子医科大学 看護学部
九州大学 大学院薬学研究院
学習院大学 理学部
理化学研究所 生命機能科学研究センター
Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute
Institute of Molecular Biology gGmbH (IMB)

坂本浩隆
伊藤秀臣
保坂 碧
藤 泰子
佐々木 卓
胡桃坂仁志
中山潤一
西脇清二
舟橋 啓
鹿毛あずさ
永井 健
日詰光治
増本博司
神吉康晴
大学保一
高尾大輔
西野達哉
浦 聖恵
Frederic Berger
大谷美沙都
中村匡良
本瀬宏康
前多裕介
伊藤武彦
中嶋悠一朗
榊 建二郎
片山 勉
菱田 卓
田邉 彰
Sean Xin-Xin Zeng
Renè Ketting

共同研究（B）
研究課題
92B2019
93B2019
94B2019

イネにおける種子休眠・発芽制御の分子メカニズムの解明
キンギョ体色の表現型に関する遺伝子変異の同定
侵害受容感覚を忌避行動へと変換する神経回路の遺伝学的解析研究代表者
静岡大学 理学部
長浜バイオ大学 フロンティアバイオサイエンス学科
帝京科学大学 総合教育センター

木嵜暁子
大森義裕
小出哲也

国際共同研究研究課題

研究代表者

95I2019
96I2019
97I2019
98I2019

Queen Mary University of London
Fred Hutchinson Cancer Research Center
University of Wisconsin-Madison, School of Medicine and Public Health
University of Aberdeen

Identifying and characterising Gal4 GFP transgenic zebrafish lines for discrimination behaviors including numerosity.
Identification of Vagal Reflex Circuits in Zebrafish
細胞分裂期におけるKinesin-5 の新機能の解明
What are the different functions of the long and short human RIF1 isoforms?

Caroline Brennan
Takuya Kaneko
鈴木應志
Anne Donaldson

研究会

66

研究課題

研究代表者

99R2019 微生物における大規模ゲノム・代謝改変技術とその利用
100R2019 植物インフォマティクス研究会 2019
101R2019 分子進化研究の多様な世界
102R2019 イネ分子遺伝学の夢
103R2019 ゲノム医科学とバイオインフォマティクスの接点と集学研究
104R2019 「環境中の DNA 循環」 研究会
105R2019 有性生殖にかかわる染色体・クロマチン・核動態に関する研究会
106R2019 Oryza 属ゲノム情報を活用した遺伝的多様性研究の推進
107R2019 環境ストレス応答に対する生体のダイナミズム
108R2019 単細胞システムにおける細胞内装置の動的相互作用
109R2019 Biennial Meeting of the Plant Epigenetics Consortium in Japan
110R2019 クロマチン・核構造の形成とダイナミクスによるゲノム制御
111R2019 流れと澱みを語る会 2019
112R2019 第 9 回分子モーター討論会
113R2019 染色体安定維持研究会

東京農業大学 生命科学部
明治大学 農学部
九州大学 理学研究院
東京大学 大学院農学生命科学研究科
国立遺伝学研究所 人類遺伝研究室
富山県立大学 工学部
熊本大学 発生医学研究所 染色体制御分野
九州大学 大学院農学研究院
京都大学 生命科学研究科附属放射線生物研究センター
京都大学 ウイルス再生医科学研究所
長岡技術科学大学 大学院工学研究科
基礎生物学研究所 クロマチン制御研究部門
名古屋大学 医学系研究科
情報通信研究機構 未来 ICT 研究所
九州大学 大学院理学研究院

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

渡辺 智
矢野健太郎
手島康介
伊藤純一
井ノ上逸朗
大島 拓
石黒啓一郎
山形悦透
古谷寛治
森 博幸
西村泰介
中山潤一
宮田卓樹
古田健也
高橋達郎

Joint Research2019 年度 その他の共同研究

共同研究先

研究課題（研究題目）

研究代表者

静岡がんセンター

点突然変異のあるヒトp53 遺伝子を保有する遺伝子改変マウスの作出

マウス開発研究室

准教授

小出

剛

’18.08.01 ～ ’20.03.31

理化学研究所D1x 遺伝子変異が社会性行動に及ぼす影響の解析

マウス開発研究室

准教授

小出

剛

’18.11.01 ～ ’21.03.31

慶應義塾大学

腸管上皮幹細胞の制御機構における味覚受容体の役割

発生工学研究室教授

相賀裕美子’18.04.01 ～ ’20.03.31

京都大学 iPS 細胞研究所

赤芽球分化におけるクロマチン構造解析

ゲノムダイナミクス研究室

教授

前島一博

’18.02.16 ～ ’21.03.31

京都大学 iPS 細胞研究所

iPS 細胞及びゼブラフィッシュを用いた筋萎縮性側索硬化症の研究

発生遺伝学研究室教授

川上浩一’18.02.01 ～ ’21.01.31

Konkuk University

Molecular analysis of seed dormacy and germination in wild
species of rice

植物遺伝研究室教授

佐藤豊’18.01.01 ～ ’20.12.31

植物遺伝研究室教授

佐藤豊’18.04.01 ～ ’21.03.31

敦’19.04.01 ～ ’22.03.31

奈良先端科学技術大学院大学・東京工業大学 イネ種子微生物叢を介した種子形質及び微生物共生の制御基
板構築

契約期間

海洋研究開発機構

1）MAPLE による効率的海洋メタゲノム機能解析へ向けた配列決定技術の最適化
2）配列情報解析とMAPLE 等を用いた生物情報学的解析

比較ゲノム解析研究室

特任教授 豊田

岡山理科大学

AID 技術に必要な化合物開発

分子細胞工学研究室

教授

鐘巻将人

’19.01.18 ～ ’20.03.31

九州大学

味細胞－味神経可塑的マッチング機構の解明

発生工学研究室

教授
助教

相賀裕美子
安島理恵子

’19.01.04 ～ ’20.03.31

帝京大学

キサンチンデヒドロゲナーゼ発現抑制によるヒト尿酸代謝完全
モデルマウスの作出

発生工学研究室

教授
助教

相賀裕美子
安島理恵子

’18.09.15 ～ ’19.09.14

福島県立医科大学

Cldn-6/9 double KO マウスの表現型解析

発生工学研究室

教授
助教

相賀裕美子
安島理恵子

’19.08.22 ～ ’20.04.30

鹿児島大学

成人発症Ⅱ型シトルリン血症（CTLN2）患者肝臓
Argininosuccinate synthetase（ASS）たんぱく質低下の機構解明

人類遺伝研究室教授

井ノ上逸朗’19.08.01 ～ ’20.03.31

名古屋市立大学

肺腺維症時の肺胞上皮細胞解析を目的とした新たなトランス
ジェニックマウス作成

発生工学研究室

教授
助教

相賀裕美子
安島理恵子

’19.11.19 ～ ’22.11.18

理化学研究所

薬用資源植物の科学的多様性のゲノム研究

比較ゲノム解析研究室

特任教授 豊田敦’19.09.01 ～ ’20.03.31

その他民間等との共同研究 24 件

Commissioned Research2019 年度 受託研究委託者

研 究 課 題 （研究題目）

研究代表者

契約期間

科学技術振興機構

ゲノム折り畳み・転写動態のイメージングと転写モデルの検証

ゲノムダイナミクス研究室

科学技術振興機構

包括的 1 細胞トランスクリプトーム解析と組織多様性のバイオイ 遺伝情報分析研究室
ンフォマティックス

科学技術振興機構

ゲノム解析アプリケーション技術に関する研究

生命情報・DDBJ センター 特任准教授

小笠原

科学技術振興機構

DNAメチル化変動のゲノムワイド解析を中心としたエピゲノム
頑健性の理解と設計基盤の構築

エピゲノム研究室教授

角谷徹仁’15.12.01 ～ ’21.03.31

科学技術振興機構

植物のタンパク質分解系を応用した高機能 RNAウイルスベク
ター遺伝子操作・細胞改変技術の開発

分子細胞工学研究室

教授

鐘巻将人

’17.10.01 ～ ’20.03.31

科学技術振興機構

植物免疫のエピジェネティック制御機構の解明とその人為的制
御エピゲノム研究室

助教

稲垣宗一’17.10.01 ～ ’19.08.31

科学技術振興機構

ヒトゲノム多型・変異データベースの拡充

人類遺伝研究室教授

井ノ上逸朗’17.04.01 ～ ’21.03.31

科学技術振興機構

MicrobeDB.jp の実用化に向けた研究開発と運用

ゲノム進化研究室教授

黒川’17.04.01 ～ ’21.03.31

科学技術振興機構

弱酸性海水を用いた微細藻類培養系及び利用系の構築

共生細胞進化研究室

教授

宮城島進也

’17.11.01 ～ ’21.03.31

科学技術振興機構

物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤

生命ネットワーク研究室

教授

有田正規

’18.04.01 ～ ’21.03.31

科学技術振興機構

根圏ケミカルワールドの解明と作物頑健性制御への応用

生命ネットワーク研究室

特任准教授

櫻井

望

’18.06.01 ～ ’21.03.31

科学技術振興機構

ショウジョウバエ染色体工学による超巨大 DNA や大規模遺伝子回路の構築法

無脊椎動物遺伝研究室 助教

近藤周’18.10.01 ～ ’21.03.31

日本医療研究開発機構

病原体による宿主脂質ハイジャック機序の解明と創薬への応用

生命ネットワーク研究室

教授

有田正規

’17.04.01 ～ ’20.03.31

日本医療研究開発機構

ヒトマイクロバイオーム研究開発支援拠点の形成

比較ゲノム解析研究室

特任教授 豊田

日本医療研究開発機構

モデル動物等研究コーディネーティングネットワークによる希少・未診断疾患の病因遺伝子変異候補の機能解析研究

人類遺伝研究室

教授

教授

前島一博

’15.10.01 ～ ’21.03.31

准教授

池尾一穂

’15.10.01 ～ ’21.03.31
理

顕

敦

井ノ上逸朗

’15.10.01 ～ ’21.03.31’17.10.01 ～ ’20.03.31’17.11.14 ～ ’20.03.31

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research672019 年度 受託研究

Commissioned Research
委託者

研 究 課 題 （研究題目）

研究代表者

契約期間

名古屋市立大学（日本医療研究開発機構 )次世代シークエンスデータの解析とアノテーション

遺伝情報分析研究室

准教授

池尾一穂

’17.04.01 ～ ’20.03.31

理化学研究所（日本医療研究開発機構）

生体試料を用いた大規模機能ゲノミクス解析による創薬等支援
及び技術基盤の整備（高度化）

遺伝情報分析研究室

准教授

池尾一穂

’17.04.01 ～ ’20.03.31

名古屋大学（日本医療研究開発機構 )ゲノム不安定性疾患データベースの構築

大量遺伝情報研究室

教授

中村保一

’17.04.14 ～ ’20.03.31

京都大学（日本医療研究開発機構 )成熟個体の機能低下を起こす栄養履歴の特性の追求ならびに老化マーカーの探索

生命ネットワーク研究室

特任准教授

櫻井

望

’18.06.01 ～ ’20.03.31

京都大学（日本医療研究開発機構 )ヒトサンプルおよび食品成分のメタボロームデータの統合的解
析によるマクロ栄養素摂取量に関するバイオマーカーの開発

生命ネットワーク研究室

特任准教授

櫻井

望

’18.06.01 ～ ’20.03.31

農業・食品産業技術総合研究機構

魚類において生殖系幹細胞を皮下移植して卵を得る技術の開発

小型魚類遺伝研究室

准教授

酒井則良

’17.08.23 ～ ’20.03.31

学校法人慶應義塾( 日本医療研究開発機構 )真に個別患者の診療に役立ち領域横断的に高い拡張性を有す
る変異・多型情報データベースの創成

生命情報・DDBJ センター 特任准教授

小笠原理’18.12.28 ～ ’20.03.31

日本学術振興会

シングルセルゲノミクスによる中枢神経原発リンパ腫の分子病
態理解

人類遺伝研究室教授

井ノ上逸朗’17.04.01 ～ ’19.12.31

理化学研究所

ヘテロジニアス・メニーコア計算機による大規模計算科学（ゲノム解析）

ゲノム進化研究室

教授

黒川

顕

’17.11.10 ～ ’20.03.31

農業・食品産業技術総合研究機構

食を通じた健康システムの確立による健康寿命の延伸への影
響

ゲノム進化研究室
生命ネットワーク研究室教授
黒川 顕
特任准教授 櫻井 望

’18.11.09 ～ ’20.03.31

農業・食品産業技術総合研究機構

バイオ・デジタルデータ統合流通基盤の構築

ゲノム進化研究室

教授

黒川

顕

’18.11.07 ～ ’20.03.31

科学技術振興機構

ゲノム複製・組換えにおけるDNA 高次構造制御機構の解明

染色体生化学研究室

准教授

村山泰斗

’19.10.01 ～ ’21.03.31

科学技術振興機構

養殖魚における同種移植法の開発

小型魚類遺伝研究室

准教授

酒井則良

’19.11.01 ～ ’21.03.31

国立研究開発法人国立国際医療研究センター

ゲノム解析のためのクラウド環境の構築

生命情報・DDBJ センター 特任准教授

小笠原理’19.10.01 ～ ’20.03.31

2019 年度 科学技術人材育成費補助金
文部科学省

事業名

事業実施センター責任者

テニュアトラック普及・定着事業

新分野創造センター

事業実施期間センター長 相賀裕美子 ’15.08.06 〜 ’20.03.31’15.08.06 〜 ’18.12.31
センター長 澤 斉
’19.01.01 〜

2019 年度 医療研究開発推進事業費補助金
ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）

68

研 究 課 題 （研究題目）

課題管理者

日本医療研究開発機構

イネ属遺伝資源の利活用高度化プロジェクト

植物遺伝研究室教授

佐藤豊’19.04.01 ～ ’20.03.31

日本医療研究開発機構

モデル原核生物（大腸菌・枯草菌）リソースの維持、拡充と利用促進

微生物機能研究室

教授

仁木宏典’19.04.01 ～ ’20.03.31

日本医療研究開発機構

ショウジョウバエ遺伝資源の戦略的収集・維持管理および提供

無脊椎動物遺伝研究室 教授

齋藤都暁’19.04.01 ～ ’20.03.31

日本医療研究開発機構

ゼブラフィッシュの収集・保存および提供（トランスジェニックゼ
ブラフィッシュ系統及び近交系ゼブラフィッシュの収集・保存及び提供）

発生遺伝学研究室教授

川上浩一’19.04.01 ～ ’20.03.31

日本医療研究開発機構

情報発信体制の整備とプロジェクトの総合的推進

系統情報研究室准教授

川本祥子’19.04.01 ～ ’20.03.31

日本医療研究開発機構

マウスの監視微生物ゲノム情報整備（マウス病原細菌のゲノム配列決定と寄生原虫の RNA-seq 解析）

比較ゲノム研究室

特任教授 豊田

日本医療研究開発機構

マウス個体で機能するタンパク質分解デグロンシステムの技術
開発

発生工学研究室教授

相賀裕美子’19.05.01 ～ ’20.03.31

日本医療研究開発機構

特定の細胞の標識および操作を可能にするトランスジェニック
フィッシュ系統の開発

発生遺伝学研究室教授

川上浩一’19.05.01 ～ ’20.03.31

日本医療研究開発機構

Oryza 属に関するゲノム情報整備

植物遺伝研究室教授

佐藤’19.05.01 ～ ’20.03.31

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

研究期間

敦

豊

’19.04.01 ～ ’20.03.31

International Activities
国際交流■ 国際交流・国際連携の強化のための活動

国立遺伝学研究所では国際交流や国際連携をさらに強化させるために様々な活動を行っています。
「遺伝研共同研究」の制度では、2015 年に国際共同研究のための新たな枠を作り、積極的に国外からの研究者を受け入れています。生物遺伝資源事業においても、提供しているリソー

スの約 40％が国外の研究機関宛です。近年では機構の国際ネットワー
ク形成・MOU 推進プロジェクトを活用して、将来有望な国際共同研究にむけた国際交流の支援を行ってきました。その成果として、過去 5 年
間に 9 件の国際交流協定が締結されました。

また、日本の研究者コミュニティのグローバル化を支援するために、

科学英語教育プログラム「遺伝研メソッド」を開発し、その普及をめざした活動を行っています。このような活動や取り組みを通じ、国際研究
コミュニティ全体の研究力強化に貢献しています。

■ 国際シンポジウム

国立遺伝学研究所は、国内外の最先端の研究を推進している研究者と交流し、研究の発展に資することを目的に、毎年さまざまな分野の国
際シンポジウムを主催しています。

2019 年度は、“国立遺伝学研究所国際シンポジウム 2019 Molecular

Mechanism of Chromosome Replication（染色体の複製機構）”を開催する予定でしたが、新型コロナウィルス（SARS-CoV-2）による感染症（COVID-19）の拡大防止の観点から開催を中止いたしました。

■ Activities toward international cooperations

NIG conducts various programs to support the entire scientific community and to strengthen interactions among researchers
worldwide. The “NIG-Joint” collaboration grant includes a special
program to support visitors from abroad. Among the genetic
strains resources that NIG develops and provides to the community, more than 40% are sent to researchers outside Japan. NIG
has supported many workshops aimed towards promising international collaborations and cooperations in the future. Enhancing
scientific communication skills is another way that NIG contributes
to promote international collaborations. NIG has developed an
educational curriculum for effective scientific presentation - called
the “NIG Method” - and disseminates this methodology to aid
globalization of the scientific community.

■ NIG International Symposium

Every year National Institute of Genetics (NIG) organizes aninternational symposium of various fields of biology and genetics
to promote research and academic interactions among researchers from NIG, Japan, and all over the world. In 2019, “Molecular
Mechanism of Chromosome Replication” was scheduled to beheld in March, 2020. However we regretfully cancelled the symposium due to concerns about the spread of COVID-19 diseasecaused by the coronavirus (SARS-CoV-2) infection.

【中止】国際シンポジウム 2019

Symposium website:
http://kanemaki-lab.sakura.ne.jp/symposium/

シンポジウムウェブサイト：▪ Date: March 4-5, 2020
▪ Venue: KKR Hotel Atami

Molecular Mechanism of Chromosome Replication
http://kanemaki-lab.sakura.ne.jp/symposium/▪会期：2020 年 3 月 4-5 日▪場所：KKR ホテル（静岡県熱海市）

国際交流／ International Activities

69International Activities■ 英語での研究・生活のサポート

遺伝研の国際的な研究環境を整備・発展させるために、国際化推進委員会が様々な活動を行っています。国外出身の研究員・留学生が言葉の壁を感じることなく研究に専念できるよう、国際化推進ヘルプデス

クが来日前のビザ申請から、来日後の事務手続き、住居探しや三島エリ

アの生活情報の提供に至るまで、幅広いサポートを提供しています。また、
日本語の無料レッスンも行っています。

国際交流■ Support for International Researchers

NIG is committed to support international researchers so thatthey can dedicate themselves to research in a stimulating but yet
unfamiliar environment. New international NIG members will receive assistance from the NIG Internationalization Promotion
Committee with their initial move to Japan – and throughout theirstay at NIG / SOKENDAI. The support includes help in visa applications, administrative procedures upon relocation/employment,
flat hunting and medical care. We will also provide useful information of the area to enrich your academic and personal life in Mishima. Free Japanese lessons are offered to those who wish to learn
Japanese language.
For more details, visit Committee web page:https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/info-int/Support.html
Please contact the English Help Desk with any inquiries:
info-int@nig.ac.jp■ NIG International Members■ 国外出身の研究員・留学生

遺伝研には長期、短期様々な形で国外出身の教員・研究員や留学生（総合研究大学院大学・遺伝学専攻学生）が滞在し、研究活動を行っています。その総数は、2020 年 2 月現在で 35 名（内留学生が 19 名）。出身地についてみると、多い順にインド（7名）、カザフスタン（5名）、中国（4名）で、続いてマレーシア、英国、ベトナム、韓国、パキスタン、メキシコから各 2 名ずつ。さらにフランス、スペイン、米国、台湾、フィリピン、ガーナ、スリランカから各 1 名ずつという顔ぶれです。

定期的に開催される交流会では、新メンバーのポートレートが“出身地マップ”に加えられますが、多彩な地域から多くの研究員・留学生等を迎え、地図も一層賑やかになっています。

70

国際交流／ International Activities

NIG has always had international researchers and students
carrying out research activities for various period of time. We currently have a total of 35 international members (including 19 graduate students of the Department of Genetics, SOKENDAI) as ofFebruary 2020. They are from India (7 members), Kazakhstan (5members), China (4 members), Malaysia/UK/Vietnam/Korea/Pakistan/Mexico (2 members from each) and France/Spain/USA/Taiwan/Philippines/Ghana/Sri Lanka (1 member from each).
In tea gatherings held regularly for the international members,
newcomers would attach their portraits to a world map showing
where they come from. With time passing, the map has become
filled up as more people joining NIG from all over the world.

Activities and Events for Research Promotion
研究を促進するための活動と行事▶ Activities for Research Promotion

研究を促進するための活動

NIG Colloquium
内部交流セミナー■ 内部交流セミナー

研究所内における研究成果を発表し、討論する会で、毎週金曜日に開かれます。教員による発表の他、D5プログレスレポートとして博士課
程５年生の研究紹介の場としても利用されています。
■ バイオロジカルシンポジウム

先端の研究を行っている国内外の研究者を研究所に招き、講演討論を行います。幅広い分野の優れた講演が年間約 70 回行われています。

Biological Symposium presented by Dr. HENSCH, Takao K.
バイオロジカルシンポジウム Dr. HENSCH, Takao K. 講演■ NIG Colloquia

Seminars are held every Friday by researchers at the instituteto discuss their progress during the past year. Presentations are
made not only by faculty, but also by fifth year graduate students
as a part of their D5 Progress Report.
■ Biological Symposia

Biological Symposia are held throughout the year, featuring
distinguished speakers in many areas of biological sciences, fromuniversities and institutions worldwide.

▶ Events

行

70th Anniversary Commemoration and Lecture on June 1, 2019

70 周年記念式典・講演会 2019 年 6 月 1 日■ 70 周年記念式典・講演会

創立 70 周年を記念して、2019 年 6 月 1 日に記念式典・講演会を開催しました。記念講演会では 100 名以上の近隣の中高校生・教育関係者が出席しました。当日の模様は遺伝研のサイトでご覧いただけます。
https://www.nig.ac.jp/anniversary/70th/■ 研究所の一般公開

科学技術週間における行事の一環として、毎年４月上旬に各研究部門の展示や学術講演を行い、研究所の一部を一般の方々に公開しています。
■ 公開講演会

年 1 回、本研究所教員を講師として、一般の方々を対象に遺伝学公開
講演会を東京都にて開催しています。
⃝ 2019 年講演タイトル
透明な魚で『見る』脳のはたらき／久保 郁 准教授
RNA の生体機能〜 DNAじゃない方の話〜／齋藤都暁 教授

事Public Lecture Presented by Dr. KUBO, Fumi
公開講演会 久保 郁 准教授講演■ 70th Anniversary Commemoration and Lecture

In commemoration of the NIG’s 70th anniversary, a commemorative ceremony and lecture were held on June 1, 2019. The
commemorative lecture was attended by more than 100 nearby
high school students and educators.
■ Open House

As one of the events of the Science and Technology Week,
NIG opens its grounds and facilities to the public. Visitors attend
exhibits and special lectures as well as enjoying cherry blossoms
in the campus.
■ Public Lecture

Once every autumn, NIG holds a public lecture in Tokyo, presented by its faculty.

研究を促進するための活動と行事／ Activities and Events for Research Promotion

71Cyber Museum of Genetics

https://www.nig.ac.jp/museum/

遺伝学電子博物館

この電子博物館は、西暦 1999 年、国立遺伝学研究所がその創立 50 周年を記念して、市民の皆様に少しでも遺伝学研究の中身を知っていただけ
るようにと作成したものが、そのはじまりです。さいわい、インターネットの普及によって、スマホからもラップトップからも簡単にアクセスしていただけ
る時代となりました。一方で、遺伝学の知識なしには理解のむずかしいニュースが、毎日のようにメディアをにぎわしています。そのような内容を、さま
ざまなかたちでみなさまに提供するのが、この「遺伝学電子博物館」の目標です。どうぞ楽しんでみてください。2009 年、創立 60 周年にあたり、構成を一新するとともに、時代の流れに則した内容を新たに付け加えました。さらに創立 70 周年に、内容はそれほど変更しておりませんが、デザインを変更しました。

■ 遺伝学の歴史 …… メンデルから現代まで

昔から「子は親に似る」ということわざがあるように、親子、兄弟は何となく顔や姿が似ていることは疑う余地がありません。遺伝現象の研究が近代科学として成立したのは、オーストリアの修道院の牧

マルチメディア資料館：DNA の複製師であったメンデルが重要な遺伝の法則を発見したことから始まります。
■ 進化と遺伝 …… 生きものはどこから来たか

科学としての進化論は、チャールズ・ダーウィンが 1859 年に『種の起原』を発表したことから始まりました。ダーウィンは遺伝の原理を知りませんでしたので、自然淘汰の機構について充分説明できず大変悩んだようです。木村資生が提唱した中立進化論を代表とする、分子レベルで進化を考える「分子進化学」が 1960 年代に始まりました。

生物・ザ・ムービー■ 分子遺伝学 …… DNA の視点から生命を考える

1953 年、ワトソンとクリックが DNA の二重らせん構造を提唱しました。そこには遺伝情報を正確に子孫に伝え、体のかたちを作り、生命活動を行う精巧な仕組みが秘められていました。近年活発なゲノ

ムプロジェクトについてもご紹介します。

■ 生物種の遺伝学 …… いろんな生物のゲノム研究

ゲノムプロジェクトにより、生命現象の基本プログラムの詳細な姿を明らかにするための基礎となる「情報」が日々蓄積されています。それらは、ゲノムの構造と密接に関連した生物情報知識ベースとしてコンピュータ化され、バイオサイエンス研究の基盤情報として広く使われているのです。
■ マルチメディア資料館 生物・ザ・ムービー …… ムービーで見る分子の世界

DNA が複製・転写・翻訳される様子を 3D のムービーにしました。RNA ポリメラーゼの専門家とタン

パク質の立体構造の専門家が製作に参加し、分子生物学の正確な知見を踏まえて作られています。
■ クイズ遺伝学 ゲノムアニメ劇場 電脳紙芝居 …… 楽しく遺伝学を知ろう！

ゲノムってなに？など、素朴な疑問にクイズやアニメで楽しみながら学べます。ねらった遺伝子を破壊できるノックアウト技術を使ったマウスの研究の紹介アニメもあります。

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遺伝学電子博物館／ Cyber Museum of Genetics

ゲノムアニメ劇場

遺伝学博物館委員会 委員
池尾一穂 （遺伝情報分析研究室 准教授）
川本祥子 （系統情報研究室 准教授）
北野 潤 （生態遺伝学研究室 教授）
来栖光彦 （リサーチ・アドミニストレーター室 室長）
小出 剛 （マウス開発研究室 准教授）
斎藤成也 （集団遺伝研究室 教授）委員長
酒井則良 （小型魚類遺伝研究室 准教授）
野々村賢一 （植物細胞遺伝研究室 准教授）
平田たつみ （脳機能研究室 教授）

国立大学法人 総合研究大学院大学 生命科学研究科

遺伝学専攻

Department of Genetics

SOKENDAI

国立遺伝学研究所（遺伝研）は、総合研究大学院大学（SOKENDAI）生命科学研究科 遺伝学専攻として、大学院生の教育を行っています。遺伝学を中核に多様な分野の研究が集積する優れた環境の元で、幅広い視野をもつ研究者を育成し、次世代の生命科学研究に貢献したいと考えています。5 年一貫制博士課程と3 年次編入学の 2 種類の課程があります。5年一貫制課程の対象者は大学卒業、または、それと同等の資格を有する方、3 年次編入学の対象者は修士号取得者、または、それと同等以上の学力があると認められた方です。
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/phd-program/main-page-top/main-page/

National Institute of Genetics (NIG) functions as
the Department of Genetics, the Graduate University
for Advanced Studies, SOKENDAI and offers PhD
programs in Genetics. Our 5-year program accepts
those with a bachelor’s degree or equivalent. Thosewith Master’s degree or similar qualifications are also
eligible to apply to our 3-year program. Our graduate
programs provide interdisciplinary education with frequent seminars, journal clubs, and workshops on scientific writing and presentation. Highly qualified
students can receive financial aid. For more information please visit the web site of our graduate program.
https://www.nig.ac.jp/nig/phd-program/main-page-top/main-page/73

Department of Genetics,
School of Life Science, SOKENDAI
総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻

遺伝研で学びませんか？
▶ SOKENDAI■ 質の高い研究

遺伝研は国内外の研究者の共同利用を目的とした研究機関です。

整備されたDNAデータベース、数多くの実験生物系統などの遺伝資源、最先端の共通機器等、生命科学の基礎研究を遂行するための環境が全て揃っています。ここでは、約 40 の研究グループがそれぞれのテー

マに向かって自由に研究活動を展開し、得られた研究成果を世界へと発信しています。論文引用度や科学研究費の採択率がここ数年間
常にトップクラスであることも、当研究所で行われている研究が国際的にみても高水準であることを裏付けています。質の高い研究に支えられた研究主導型の教育は、SOKENDAI・遺伝学専攻で学ぶ大きな利点です。

■ 少人数教育

遺伝研では、教授も准教授もそれぞれ独立の研究室を組織して研究を行っています。各研究室の構成員は10 人前後と小規模ですので、教員と頻繁な密度の濃い議論が可能です。博士課程の大学院生１人あたりの教員数は 2.08 人であり、大学院大学ならではの非常に恵まれた研究教育環境であるといえます。

74

遺伝学専攻の特色■ High Quality Research

United under the term “Genetics”, graduate students at NIG
continue to expand the frontiers of life sciences in molecular and cellbiology, development, neurosciences, evolution, structural biology
and bioinformatics. The quality of NIG research is evident from thefrequent citations of papers published from the institute and the highfunding rates for our grant proposals. NIG houses tremendous resources for basic research in life sciences, such as the well-established DNA database (DDBJ), an extensive collection of naturalvariants and mutant strains of various model organisms, and stateof the art research equipments.
■ Small Lab Size

Unlike most other Japanese universities that retain the “pyramid”
lab structure, professors and associate professors organize independent research groups at NIG. Each group is small; a typical lab
consists of fewer than ten people. Thus, the ratio of faculty to students is extremely high, an average of 2.08 faculty / student. This
enables the graduate students to have frequent and in-depth discussions with faculty – something not possible at institutions with anundergraduate program, which must accept several students per
faculty every year, not counting undergraduate students!

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

■ 多彩な授業と豊富なセミナー■ Diverse Courses and Frequent Seminars

遺伝学専攻では、生命科学をはじめとする様々な分野について基礎から最先端まで学べます。基礎的知識の教授と議論が中心の授業を併設し、原著論文を批判的に読み、ディスカッションすることを通して「考える力」や「討論する力」を育てることを重視しています。遺伝研で行われる授業だけでなく、遠隔講義システムを活用して他の専攻で実施されている幅広い分野の授業に参加することも可能です。また、英語による口頭発表や論文作成など、成果発表のための実践的技術を身につけるための授業も行っています。遺伝研では、多岐分野にわたるセミナーが頻繁に開催されています。週 1 度の所内演者による内部交流セミナーに加えて、国内外の著名研究者を招いたバイオロジカルシンポジウムが毎週のように開かれ、活発な論議が行われています。セミナー演者と大学院生との昼食会に参加すれば、あこがれの研究者と実際に会って個人的に話をすることができます。

■ 複数教員による教育制度

The Department of Genetics offers diverse courses aimed atproviding in-depth as well as basic knowledge on various fields oflife sciences. The courses are designed to foster critical thinking
and logical discussion skills. Courses on scientific presentationand scientific writing are also offered. Using a remote lecture system students can take courses in various disciplines provided byother departments of SOKENDAI. A large number of seminars
covering various fields of life sciences are held at NIG, including“Biological Symposia” featuring eminent scientists from all over
the world. In addition, members of NIG present their progress
during the past year at weekly “NIG Colloquia”. Graduate students
are invited to lunch with seminar speakers, where students have achance to personally talk with internationally renowned scientists.
Almost all the seminars are given in English, and the graduate
course lectures are also given in English. Knowledge of Japanese
is not required for completing the graduate program and obtaining
PhD degree.
■ Team Teaching

遺伝学専攻は、「一人一人の大学院生を全教員で指導する」という理念のもとに大学院教育を行っています。もちろん各大学院生はそれぞれ一人の指導教員のもとでその研究グループに所属して研究を行いますが、それを補う形で、複数教員の指導によるユニークな「生命科学プログレス制度」を実施しています。この制度は、「各々の学生が選んだ教員が小委員会を組織し、学生の相談にのり助言をおこなう」というものです。

５年一貫制博士課程の１、３年次では、指導教員以外の教員１名との個人面談で研究計画の討論を行い、研究テーマの設定について助言を得ることができます（生命科学プログレスⅠ、Ⅲ）。２、４年次には、それまでの研究内容のレポートを提出し、指導教員以外の４人の教員からなる小委員会に対して口頭で発表を行います（生命科学プログレスⅡ、Ⅳ）。

さらに５年次には、研究所全体での公開のセミナーを行い、聴衆や小委

員会のメンバーと討論します（生命科学プログレスⅤ）。それ以外にも学生は年一回プログレスポスター発表会で研究発表を行います。これらの制度が、研究が行き詰まったときの助けになるのはもちろんですが、様々

NIG has a policy that “all” faculty members should be involvedin the education of each student. In addition to the thesis advisor (PIof the lab in which the student belongs to) students receive guidance and support from the “Progress Committee”, whose members are selected by each student from outside their own researchgroup. This committee meets with the student once per year (ormore often if requested by the student) and gives advice on thestudent’s thesis project. In addition, students have opportunities
to present their work every year in poster progress sessions, andhave discussions with the committee as well as other faculty andpostdoctoral fellows. By providing a friendly and stimulating environment to have in-depth discussions with researchers in otherfields, this program helps students to broaden their views and tofind breakthroughs when research is not going smoothly. It also
gives opportunity to prepare for presenting seminars at conferences.

な分野の研究者の意見を聞く機会をもつことで、研究者としての視野を広げるのに役立っています。また、英語論文を書くための準備やプレゼ

ンテーションの訓練という意味でも経験を積むことができます。

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

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■ 研究者間の活発な交流

遺伝研・遺伝学専攻は、研究者間の交流や議論が活発な事で有名です。

各研究室が小規模なこともあり、研究室間の合同セミナーや、共同研究が活発に行われています。大学院生も、他の研究室に出入りして自分に必要な知識や実験手技を学んだりするなど、自由で積極的な交流を行っており、講座制にはない魅力となっています。研究所には、教員や大学院生以外にも、博士研究員、共同利用研究員、外国人招へい研究者等、様々な立場の研究者がいるので、いろいろなレベルでの交流が行われています。このような研究室間の垣根のない交流は、幅広い学際的視野をもつ研究者の育成のために、非常に良い環境であるといえるでしょう。

■ 生命科学リトリート

総研大の生命科学研究科は、遺伝研を基盤機関とする遺伝学専攻、岡崎の生理研、基生研を基盤機関とする生理科学専攻、基礎生物学専

攻から成り立っています。これら３専攻に葉山の生命共生体進化学専攻

を加えた 4 専攻合同の生命科学リトリートが年１回開催されています。

76■ Close Network of Research Groups

NIG is famous for active interactions and discussions among
the in-house researchers. Because each research group is small,many groups have joint lab meetings with other labs, and collaborations between groups are very common. Graduate students
also actively and freely visit other research groups to acquire newtechniques and knowledge, which is another advantage of small
groups. NIG also hosts various types of researchers, such as
postdoctoral fellows, collaborative researchers and visiting scientists from abroad. Interacting and networking with researcherswith diverse levels and backgrounds is an ideal way for students
to develop broad and balanced views as mature scientists.
■ Life Science Joint Retreat

SOKENDAI houses the largest number of life science facultyin Japan. In addition to the Department of Genetics in Mishima,
the Okazaki area has two departments, the Department of Physiological Sciences and the Department of Basic Biology, and afourth department, the Department of Evolutionary Studies andBiosystems, is located in Hayama. These four life science departments hold a joint retreat every year for scientific interactions.

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI▶ Various Aids to Students

学生に対する様々な支援活動

大学院生としての生活は人生の中で決して「楽な」時期ではありません。一人前の研究者と同様に高いレベルの研究成果をあげることを期待されているにもかかわらず、「指導を受けている」学生という身分であるため、仕事をするために授業料を支払わなければなりません。アメリカでは、大学院生の授業料は学部や指導教官が申請するグラントによって負担され、また学生には給与（stipend）が支給されるのが普通ですが、現在の日本の制度では大学院が学生に経済的な援助を与えるシステムは極めて限られています。このような制約の下でも、遺伝学専攻は、学生が「一人前の研究者に育つ」という目標を達成するために出来る限りの支援をしようとしています。

NIG and the Department of Genetics conduct various activities to support graduate students and enrich its graduate program.
■ 経済的支援

遺伝学専攻では、大学院生をリサーチアシスタントに採用し、給与を支給しています。額は５年一貫制１、２年次が年額 71 万円、３年次以上が年額 78 万円です。また、日本学生支援機構の奨学金の貸与を希望する
者は、入学後選考のうえ、日本学生支援機構に推薦します。最近の実績
では、希望者全員が奨学金貸与を認められています。入学料、授業料については、経済的理由により納付が困難で、かつ学業優秀な者等に対し、入学後選考のうえ、全額・半額免除又は徴収猶予が認められる制度があります。
■ 就職支援活動

在学生や修了生を対象に、「求人情報のメーリングリスト」を作成しています。個々の教員に寄せられるポスドクなどの求人情報が素早く入手できる便利な制度です。静岡大学キャリア創造プログラム及び広島大学
次世代研究者育成プログラムに参画しており、企業への就職を希望する
学生の相談にも対応します。
■ 海外での学会参加の助成

研究成果をあげたら、次は国際学会での発表です。遺伝学専攻では、学生の国際学会への参加旅費を援助し、発表を奨励しています。国際共同研究活動や国際的研究能力育成のための長期間海外派遣で、研究や研修を行う制度もあります。

Students accepted to the special graduate program for international students will be granted financial support. Third year students can also apply to a “Research Fellowship for Young
Scientists” grant sponsored by JSPS. Other financial aids are alsoavailable.

■ Aid in Finding a Job

To help our graduates find jobs after obtaining their degrees,
NIG collects recruitment information for positions such as postdocs and assistant professors and informs the graduate students
and alumni using a web page and a mailing list. The Departmentof Genetics has agreements with two external programs that support career development of students in PhD courses.

■ Travel Funds

Once you have obtained interesting results and polished yourpresentation skills, it’s time to show them off at international meetings. Indeed, many NIG graduate students have been selected topresent their work as oral presentations at prestigious international conferences. NIG students are eligible to apply to several travel
funds to cover the costs of attending international conferences.

■ NIG Dormitory■ 遺伝研宿舎

遺伝学専攻には学生が入居できる宿舎があります。一人部屋と3 人部屋があり、それぞれに、バス・キッチン・トイレを完備しています（3 人用は共用になります）。
■ 科学発表の授業■ Financial Aid

The NIG dormitories are available for students. There are two
options: Private Unit and Shared Unit (residents will be provided
their own rooms).

■ Courses on Scientific Writing and Presentation

研究者にとっては、単に研究能力だけでなくその成果を外に発表する能力も大切です。特に英語で表現・議論する能力は国際的に活躍するためには是非身につけたい能力です。博士号取得までに「英語で理解・議論・表現する力」を獲得できるよう、遺伝学専攻は独自に開発した「遺伝研メソッド」による研究者育成を行っています。詳細は以下 URL をご覧ください。
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/OSC/OSC_I.html

Scientist must not only make new discoveries, but also communicate new findings effectively to others. The ability to present
and discuss science in English is thus an essential skill that mustbe learned within your graduate career. The Department of Genetics offers many courses and workshops on scientific writing andpresentation, including a special scientist training program called “NIG
Method”. For details please take a look at the following URL:
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/OSC/OSC_I.html

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

77

▶ Research Internship

体験入学プログラム■ 学部学生のための遺伝研体験プログラム

遺伝研では学部学生のための「体験入学プログラム」

を実施しています。１週間程度、遺伝研の宿泊施設に泊

まり込み、実験、セミナー参加など、たくさんのプログラ
ムで遺伝研の研究生活を実体験することができます。旅費・宿泊費は遺伝研から支給されます。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/phd-program/taiken/■ Undergraduate Research Internships at NIG

NIG offers a 6-week undergraduate research internship program for international students who wish to gain experience in scientific lab work. Each intern will
join ongoing research projects in a world class research group, and will be provided with latitude as well as responsibility to conduct “real” research, i.e. somethingthat no one in the world has done before. Interns also participate in various departmental activities, such as lectures for our graduate students, journal clubs, andseminars by outstanding researchers in and out of NIG. Japanese lessons are alsoavailable. Stipend will be provided to cover travel and living expenses. If you wantto find out what it is like to do research, this is the best way to spend a summer.
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/intern/index.html▶ Graduate Education at NIG

大学院進学を考えている人へ

遺伝学専攻の大学院教育は、「自立した研究者」の育成を目指しています。しかし、この目標は優れた研究環境や充実した指導体制だけで達成できるわけではありません。大学院生が各自、何を研究したいのか目的
意識をきちんと持ち、自ら積極的に行動することが必要です。遺伝学専
攻に興味を持たれた方は、まずは興味をもつ研究室の教員に直接連絡を取ってみてください。下記は遺伝学専攻生とその発表論文の一例です。

Educating future generations of scientists is central to themission of NIG. Our graduate program provides many opportunities for students to gain scientific knowledge and professional
skills. We look forward to your active participation in the program.
Below is an example of a first-authored recent publication by a
NIG graduate student.

Creating a Reliable Mass Spectral-Retention Time Libraryfor All Ion Fragmentation-Based Metabolomics.
Tada I, Tsugawa H, Meister I, Zhang P, Shu R, Katsumi R, Wheelock CE, Arita M,
Chaleckis R. Metabolites. 2019 Oct 26;9(11). pii: E251.
多田一風太

TADA, Ipputa▶ Programs to Host Researchers
遺伝研は、他大学の大学院生の教育にも貢献しています。遺伝学またはこれに関連する学問分野を専攻している大学院生（修士・博士課程）
であれば、「特別共同利用研究員」として遺伝研で研究することが可能です。授業料などの費用はかかりません。そのほか、企業に所属しながら遺伝研で研究する「受託研究員」制度や、大学卒業の資格で遺伝研で研究する「遺伝研研究生」の制度もあります。詳細は以下 URL をご覧ください。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/about-nig/how-to/78

遺伝研で研究しよう
NIG accepts students who belong to other graduate programs (master’s course or doctor’s course) and provides research
environment at the Institute. NIG also offers ample opportunity forpost-graduate education and international exchanges. In addition
to institutionally-funded postdoc positions (NIG postdoctral fellow), one can also work at NIG through externally-funded postdoc
grants (MEXT and JSPS Programs) or grants to individual laboratory. In addition, NIG welcomes sabbatical stays of foreign faculty.
Please contact your proposed mentor/host/hostess for details on
the programs.

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAINIG Data
遺伝研データManagement（2020 年 4 月 1 日現在）

運営会議 Advisory Committee
研究所の運営に関する重要事項その他共同研究計画に関する事項で、所長が必要と認めるものについて、所長の諮問に応じる。
The Advisory Committee gives advice to the Director-General on administrative affairs including joint research programs.

筑波大学名誉教授
漆原秀子
URUSHIHARA, Hideko Professor Emeritus, University of Tsukuba

TAKAHASHI, Satoru

高橋Professor, Faculty of Medicine, University of Tsukuba

東京大学定量生命科学研究所教授
KURUMIZAKA, Hitoshi Professor, Institute for Quantitative Biosciences, The University of TokyoTACHIDA, Hidenori

Professor Emeritus, Kyusyu University

NISHIDA, Eisuke

Director, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

胡桃坂仁志
塩見美喜子

Professor, Graduate School of Sciences, The University of TokyoSHINOZAKI, Kazuo

Senior Advisor, RIKEN Center for Sustainable Resource Science

篠崎一雄
菅野純夫

SUGANO, Sumio高木利久

TAKAGI, Toshihisa

仁木宏典

NIKI, Hironori

相賀裕美子

SAGA, Yumiko黒川顕

九州大学名誉教授

西田栄介

理化学研究所環境資源科学研究センター特別顧問

理化学研究所生命機能科学研究センター長

松崎文雄

理化学研究所生命機能科学研究センターチームリーダー

森川耿右

京都大学大学院生命科学研究科研究員

MATSUZAKI, Fumio

千葉大学未来医療教育研究機構特任教授

Professor, Future Medicine Education and Research Organization, Chiba
University

Team Leader, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

MORIKAWA, Kousuke

Researcher, Graduate School of Biostudies, Kyoto University（所外委員）

富山国際大学学長

President, Toyama University of International Studies

副所長

Vice-Director

副所長

Vice-Director

副所長

KUROKAWA, Ken

Vice-Director

OKUBO, Kousaku

Head, Department of Informatics

大久保公策

筑波大学医学医療系教授

舘田英典

東京大学大学院理学系研究科教授

SIOMI, Mikiko

智

情報研究系研究主幹

斎藤成也

SAITOU, Naruya

岩里琢治

ゲノム・進化研究系研究主幹

Head, Department of Genomics andEvolutionary Biology

澤斉

新分野創造センター長川上浩一

遺伝形質研究系教授

SAWA, Hitoshi

IWASATO, Takuji

Head, Department of Gene Function
and Phenomics

遺伝形質研究系研究主幹

KAWAKAMI, Koichi

前島一博

遺伝メカニズム研究系研究主幹

KAKUTANI, Tetsuji

MAESHIMA, KazuhiroHead, Department of Chromosome
Science

角谷徹仁

Head, Center for Frontier Research
Professor, Department of Gene
Function and Phenomics

遺伝メカニズム研究系教授

Professor, Department of
Chromosome Science（所内委員）

アドバイザリーボード Advisory Board
研究所に係る重要事項について、所長又は運営会議の求めに応じ助言を行う。
The board members give advice to the Director-General and/or the Advisory Committee regarding the principles and policies of the institute.
榊佳之

SAKAKI, Yoshiyuki

田中啓二

TANAKA, Keiji

WIESCHAUS, Eric Professor, Princeton University

東京大学名誉教授

Professor Emeritus, The University of Tokyo東京都医学総合研究所理事長

Chairperson, Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science

ROSSANT, Janet

Professor, University of Toronto

HUNT, Tim

Emeritus Scientist, The Francis Crick Institute総合企画会議 Council for Strategy Planning
所長の指揮の下、研究所の運営に関する基本方針の企画立案等を行う。
Under the Director-General’s supervision, the Council makes basic plans and policies on NIG management.
議長		
Chair		

花岡文雄

機構本部連携調整会議

Council for intra-ROIS liaison and Coordination

HANAOKA, Fumio

メンバー		
Members		

仁木宏典

NIKI, Hironori

相賀裕美子SAGA, Yumiko黒川 顕
KUROKAWA, Ken

機構本部との連携に関する必要な調整等を行う。
The Council plays the coordination role to cooperate with ROIS headquarters.
議長		
Chair		

花岡文雄

HANAOKA, Fumio

研究企画担当		Research Planning		

仁木宏典

		

相賀裕美子

SAGA, Yumiko

NIG INNOVATION		

		

黒川

		
		

情報・システム研究機構戦略企画会議担当
ROIS Strategic Planning Committee

NIKI, Hironori

顕

KUROKAWA, Ken

仁木宏典

NIKI, Hironori

評価担当		
Evaluation		

NAKAMURA, Yasukazu

産学連携・知的財産担当

鈴木睦昭

男女共同参画推進室担当
Gender Equality		

HIRATA, Tatsumi

広報担当		

来栖光彦

Public Relations		中村保一

SUZUKI, Mutsuaki

平田たつみ

KURUSU, Mitsuhiko

所長補佐 Assistant to the Director-General
所長の命を受け、特命事項を迅速かつ機動的に処理する。
Under the order from the Director-General, the Assistant to the Director-General carries out special missions flexibly and expeditiously.
評価担当		
Evaluation		

80

運営／ Management

中村保一

NAKAMURA, Yasukazu

教育担当		

Education		平田たつみ

HIRATA, Tatsumi

動物実験担当		Animal Experiments		小出剛

KOIDE, Tsuyoshi

運
運営会議共同利用委員会

Inter-University Collaboration Committee（委員長）Chair
澤（所内委員）NIG members

斉澤

新分野創造センター長

SAWA, Hitoshi

舘田英典

角谷徹仁

九州大学名誉教授

TACHIDA, Hidenori

千葉大学未来医療教育研究機構特任教授

SUGANO, Sumio

Professor, Future Medicine Education and Research Organization, Chiba
University

塩見美喜子

新分野創造センター長

Head, Center for Frontier Research

遺伝メカニズム研究系教授

KAKUTANI, Tetsuji

Professor, Department of Chromosome Science

SAGA, YumikoVice-Director

SATO, Yutaka

Professor, Department of Genomics and Evolutionary Biology

相賀裕美子

Professor Emeritus, Kyusyu University

菅野純夫

斉

SAWA, Hitoshi

Head, Center for Frontier Research（所外委員）Non-NIG members

佐藤

豊

北野

潤

副所長

ゲノム・進化研究系教授

東京大学大学院理学系研究科教授

SIOMI, Mikiko

Professor, Graduate School of Sciences, The University of Tokyo（2020 年度委員）

各種／個別委員会

委員長

将来計画委員会		
Future Planning		NIG Committees (Chair)

仁木宏典

図書委員会		Library		

KITANO, Jun

黒川

IWASATO, Takuji

Museum of Genetics		

前島一博

NIKI, Hironori

北野潤

遺伝学博物館委員会		

斎藤成也

国際化推進委員会		
Internationalization		木村

KITANO, Jun

KUROKAWA, Ken

顕セミナー委員会		
Seminar		

施設整備委員会		

Facility Management

仁木宏典

NIKI, Hironori

事業委員会		NIG Projects		

MAESHIMA, Kazuhiro

共通機器委員会		
Common Equipment		木村暁

広報委員会		Publicity		

SATO, Yutaka

黒川顕

知的財産委員会		
Intellectual Property		

鐘巻将人

井ノ上逸朗

マウス小委員会		
Mouse Bioresource		

小出剛

ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理審査委員会

大久保公策

遺伝子組換え実験安全委員会
Recombinant Experiments		

井ノ上逸朗

イネ小委員会		
Rice Bioresource		佐藤豊

安全衛生委員会		
Safety & Health		

井ノ上逸朗

動物実験委員会		
Animal Experiment		

小出KOIDE, Tsuyoshi

大腸菌小委員会		
E.coli Bioresource		

防火・防災管理委員会		
Fire & Disaster Prevention		

管理部長

General Manager

先端ゲノミクス推進センター運営委員会

Advanced Genomics CenterDNA データ研究利用委員会
DDBJ		

有田正規

ハラスメント防止・対策委員会 相賀裕美子
Harassment Prevention		
SAGA, Yumiko

生物遺伝資源委員会		
Genetic Resources 		

仁木宏典

人を対象とする研究倫理審査委員会 大久保公策
Ethical Review Committee 		
OKUBO, Kousaku

KIMURA, Akatsuki

電子計算機委員会		
Computer		

KUROKAWA, Ken

放射線安全委員会		
RI Safety		

INOUE, Ituro

INOUE, Ituro

ARITA, Masanori
NIKI, Hironori

DNA データ研究利用委員会
伊藤

剛

剛

所外委員

岩里琢治

博士研究員選考委員会		

NIG PD Selection 		

予算委員会		Budget		（2019 年度委員）

佐藤

SAITOU, Naruya

暁

KIMURA, Akatsuki

豊

KANEMAKI, Masato

KOIDE, Tsuyoshi

SATO, Yutaka

Ethics of Human Genome Research

OKUBO, Kousaku

INOUE, Ituro

仁木宏典

NIKI, Hironori

利益相反委員会		
所長
Conflict of Interests		Director-General黒川

新分野創造センター運営委員会

所長

変異マウス開発支援運営委員会

相賀裕美子

顕

KUROKAWA, Ken

Center for Frontier ResearchEngineered mouse supporting

Director-General

SAGA, Yumiko

on Research Involving Human Subjects

DNA Database Advisory Committee (Non-NIG members)

農業・食品産業技術総合研究機構高度解析センターゲノム情報
大規模解析チーム長

ITOH,Takeshi

Leader, Advanced Analysis Center National Agriculture and Food
Research Organization

笠原雅弘

東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻
准教授

林

哲也

九州大学大学院医学研究院教授

HAYASHI, Tetsuya

Professor, Department of Bacteriology, Faculty of Medical Sciences,
Kyushu University

平井優美

理化学研究所環境資源科学研究センター代謝システム研究チーム
リーダー

HIRAI Yokota, Masami

Team Leader, RIKEN Center for Sustainable Resource Science

KASAHARA, Masahiro

Associate Professor, Department of Computational Biology and Medical
Science, Graduate School of Frontier Science, The University of Tokyo

菅野純夫

千葉大学未来医療教育研究機構特任教授

HOSHI, Junichi

長洲毅志

科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター統合化推進プログラム研究総括

MATSUOKA, Satoshi

Director, RIKEN Center for Computational Science

MIYANO, Satoru

Professor, Human Genome Center, Institute of Medical Science, The
University of Tokyo

SUGANO, Sumio

Professor, Future Medicine Education and Research Organization, Chiba
University

NAGASU, Takeshi

Research Supervisor, Database Integration Coordination Program, NBDCJapan Science and Technology Agency

二階堂

理化学研究所生命機能科学研究センターバイオインフォマティク
ス研究開発チームリーダー

愛NIKAIDO,Itoshi

服部正平

HATTORI, Masahira

営

Team Leader, Laboratory for Bioinformatics Research RIKEN Center for
Biosystems Dynamics Research

星

潤一

松岡

聡

宮野

悟

水島

洋

MIZUSHIMA, Hiroshi

科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター企画運
営室長

Director, Department of Planninng and management, NBDC Japan
Science and Technology Agency

理化学研究所計算科学研究センター長

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター教授
国立保健医療科学院研究情報支援研究センター長

Director of Center for Public Health Informatics, National Institute of
Public Health

早稲田大学理工学術院先進理工学研究科教授

Professor, Graduate School of Advanced Science and Engineering,
Faculty of Science and Engineering, Waseda University

運営／ Management81

遺伝子組換え実験安全委員会
浦上研一

Recombinant Experiments Committee (Non-NIG members)

静岡県立静岡がんセンター研究所副所長

URAKAMI,Kenichi

Deputy Director, Shizuoka Cancer Center Research Institute

動物実験委員会

所外委員

塩尻信義

SHIOJIRI, Nobuyoshi

明石良

AKASHI, Ryo

浅野雅秀

静岡大学理学部教授

所外委員

Genetic Resources Committee (Non-NIG members)

宮崎大学農学部畜産草地科学科教授

Professor, Department of Animal and Grassland Science, University ofMiyazaki

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設教授

Professor, Institute of Laboratory Animails, Graduate School of Medicine,
Kyoto University

荒木喜美

熊本大学生命資源研究・支援センター疾患モデル分野教授

射場

厚

江面

浩

Professor, Division of Developmental Genetics, Institute of Resource
Development and Analysis, Kumamoto University

九州大学大学院理学研究院主幹教授

杉山峰崇

大阪大学大学院工学研究科准教授

高野敏行

京都工芸繊維大学昆虫先端研究推進拠点ショウジョウバエ遺伝資源研究部門長SUGIYAMA, Minetaka

TAKANO, Toshiyuki

田中香お里

TANAKA, Kaori

中桐昭

IBA, Koh

Distinguished Professor, Faculty of Science, Kyushu University

EZURA, Hiroshi

Professor, Faculty of Life and Environmental Sciences, University ofTsukuba

大熊盛也

理化学研究所バイオリソース研究センター微生物材料開発室長

小笠原直毅

奈良先端科学技術大学院大学名誉教授

NAKAMURA, Taro

理化学研究所脳神経科学研究センター意思決定回路動態研究
チームリーダー

NAKAMURA, Yukio

OHKUMA, Moriya
OGASAWARA, Naotake

岡本仁

OKAMOTO, Hitoshi

荻野

肇

OGINO, Hajime

小幡裕一

OBATA, Yuichi

加藤浩

筑波大学生命環境系教授

Head, Microbe Division, RIKEN BioResource Research Center

Professor Emeritus, Nara Institute of Science and Technology

Team Leader, Neural Circuit Dynamics of Decision Making, RIKEN Center
for Brain Science

広島大学両生類研究センター教授

Professor, Amphibian Research Center, Hiroshima University

理化学研究所バイオリソース研究センター特別顧問

Special Advisor, RIKEN BioResource Research Center

農業・食品産業技術総合研究機構遺伝資源センター長

KATO, Hiroshi

Director, Genetic Resources Center, National Agriculture and Food
Research Organization

上村陽一郎

理化学研究所生命機能科学研究センター細胞シグナル動態研究
チーム上級研究員

KAMIMURA, Yoichiro

河地正伸
KAWACHI, Masanobu

静岡県立大学食品栄養科学部食品生命科学科教授

Professor, School of Food and Nutritional Sciences, University of Shizuoka

Animal Experiments Committee (Non-NIG members)

ASANO, Masahide

ARAKI, Kimi

小林公子

KOBAYASHI,Kimiko

Professor, Faculty of Science, Shizuoka University

生物遺伝資源委員会

Senior Research Scientist, Laboratory for Cell Signaling Dynamics, RIKEN
Center for Biosystems Dynamics Research

NAKAGIRI, Akira

中村克樹

Associate Professor, Graduate School of Engineering, Osaka University

Head, Department of Drosophila Genomics and Genetic Resources,
Kyoto Institute of Technology

岐阜大学科学研究基盤センター嫌気性菌研究分野教授

Professor, Division of Anaerobe Research, Life Science Research Center,
Gifu University

鳥取大学農学部附属菌類きのこ遺伝資源研究センター教授

Professor, Fungus/Mushroom Resource and Research Center, Faculty ofAgriculture, Tottori University

京都大学霊長類研究所教授

NAKAMURA, Katsuki

Professor, Cognitive Neuroscience Section, Primate Research InstituteKyoto University

中村太郎

大阪市立大学大学院理学研究科教授

中村幸夫

理化学研究所バイオリソース研究センター細胞材料開発室長

長村登紀子

NAGAMURA, Tokiko

那須田周平

NASUDA, Shuhei

成瀬清NARUSE, Kiyoshi

仁田坂英二

NITASAKA, Eiji

仁藤伸昌

Professor, Graduate School of Science, Osaka City University

Head, Cell Engineering Division, RIKEN BioResource Research Center

東京大学医科学研究所附属病院セルプロセッシング・輸血部准教授

Associate Professor, Department of Cell Processing and Transfusion, Cell
Resource Center, The Institute of Medical Science, The University of Tokyo

京都大学大学院農学研究科教授

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

自然科学研究機構基礎生物学研究所進化多様性生物学領域特任教授

Project Professor, Laboratory of Bioresources, Evolutionary Biology andBiodiversity, National Institute for Basic Biology

九州大学大学院理学研究院准教授

Associate Professor, Department of Biology, Faculty of Sciences, Kyushu
University

近畿大学生物理工学部地域交流センター長

国立環境研究所生物・生態系環境研究センター生物多様性資源保全研究推進室長

NITO, Nobumasa

Director, Regional Exchange Center, Faculty of Biology-Oriented Scienceand Technology, Kindai University

伴野

九州大学大学院農学研究院附属教育研究施設遺伝子資源開発研究センター教授

Head, Biodiversity Resource Conservation Office, Center for Environmental
Biology and Ecosystem Studies, National Institute for Environmental Studies

豊医薬基盤・健康・栄養研究所薬用植物資源研究センター長BANNO, Yutaka

KAWAHARA, Nobuo

Director, Research Center for Medical Plant Resources, National Institutesof Biomedical Innovation, Health and Nutrition

Professor, Institute of Genetic Resources, Faculty of Agriculture, Kyushu
University

北柴大泰

FUKUDA, Hiroo

福田裕穂

東京大学未来ビジョン研究センター特任教授

東北大学大学院農学研究科教授

FUJISHIMA, Masahiro

山口大学大学院創成科学研究科教授（特命）広島大学大学院統合生命科学研究科附属植物遺伝子保管実験施
設長

藤島政博

川原信夫

KITASHIBA, Hiroyasu

草場

信Professor, Graduate School of Agricultural Science, Tohoku University

KUSABA, Makoto

Director, Laboratory of Plant Chromosome and Gene Stock, Graduate
School of Integrated Sciences for Life, Hiroshima University

小林正智

理化学研究所バイオリソース研究センター実験植物開発室長

KOBAYASHI, Masatomo

小原有弘

Head, Experimental Plant Division, RIKEN BioResource Research Center

医薬基盤・健康・栄養研究所培養資源研究室研究リーダー

KOHARA, Arihiro

Project Leader, Laboratory of Cell Cultures, National Institutes ofBiomedical Innovation, Health and Nutrition

笹倉靖徳

筑波大学下田臨海実験センター長SASAKURA, Yasunori

Director, Shimoda Marine Research Center, University of Tsukuba

細矢

剛

HOSOYA, Tsuyoshi

桝屋啓志

MASUYA, Hiroshi

松居靖久

MATSUI, Yasuhisa

松田勝

Project Professor, Institute for Future Initiatives, The University of Tokyo

Specially Appointed Professor, Graduate School of Sciences andTechnology for Innovation, Yamaguchi University

国立科学博物館植物研究部菌類・藻類研究グループ長

Chief Curator, Division of Fungi and Algae, Department of Botany,
National Museum of Nature and Science

理化学研究所バイオリソース研究センター統合情報開発室長

Head, Integrated Bioresource Information Division, RIKEN BioResource
Research Center

東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センター教授

Professor, Cell Resource Center for Biomedical Research, Institute ofDevelopment, Aging and Cancer, Tohoku University

宇都宮大学バイオサイエンス教育研究センター教授

佐藤和広

岡山大学資源植物科学研究所教授

MATUSDA, Masaru

Professor, Center for Bioscience Research and Education, Utsunomiya
University

城石俊彦

理化学研究所バイオリソース研究センター長

松田洋一

製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター生物資源利用促進課長

MATSUDA, Yoichi

名古屋大学大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研
究センター長SATO, Kazuhiro
SHIROISHI, Toshihiko

神野浩二

JINNO, Koji

末盛博文

SUEMORI, Hirofumi

82

所外委員

運営／ Management

Professor, Institute of Plant Science and Resources, Okayama University

Director, RIKEN BioResource Research Center

Director, Culture Collection Division, Biological Resource Center, National
Institute of Technology and Evaluation

京都大学ウィルス・再生医科学研究所准教授

Associate Professor, Laboratory of Embryonic Stem Cell Research,Institute for Frontier Life and Medical Sciences, Kyoto University

三谷昌平

Director, Avian Bioscience Research Center, Nagoya University Graduate
School of Bioagricultural Sciences

東京女子医科大学医学部生理学講座教授

MITANI, Shohei

Professor, Department of Physiology, Tokyo Women’s Medical University
School of Medicine

村田武英

理化学研究所バイオリソース研究センター遺伝子材料開発室専任
研究員

MURATA, Takehide

Senior Research Scientist , Gene Engineering Division, RIKEN
BioResource Research Center

Management
森郁恵

名古屋大学大学院理学研究院附属ニューロサイエンス研究セン
ター長MORI, Ikue

Director, Nagoya University Neuroscience Institute of the Graduate
School of Science

矢口貴志

千葉大学真菌医学研究センター准教授

YAGUCHI, Takashi

Associate Pfrofessor, Medical Mycology Research Center, Chiba
University

マウス小委員会

所外委員

浅野雅秀

湯本貴和

Director, Primate Research Institute, Kyoto University

YOSHIKI, Atsushi

Head, Experimental Animal Division, RIKEN BioResource ResearchCenter

吉木

淳

渡辺敦史

WATANABE, Atsushi

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設教授

中潟直己

NAKAGATA, Naomi

荒木喜美

熊本大学生命資源研究・支援センター疾患モデル分野教授

林元展人

Professor, Division of Developmental Genetics, Institute of Resource
Development and Analysis, Kumamoto University

理化学研究所バイオリソース研究センター特別顧問

OBATA, Yuichi

Special Advisor, RIKEN BioResource Research Center

KOMINAMI, Ryo

Professor Emeritus, School of Medicine, Niigata University

木南凌

新潟大学医学部名誉教授

城石俊彦

SHIROISHI, Toshihiko

鈴木治

SUZUKI, Osamu

イネ小委員会芦苅基行
毅

IZAWA, Takeshi

石川隆二

ISHIKAWA, Ryuji

江花薫子

EBANA, Kaworu

奥本裕

OKUMOTO, Yutaka

河瀬眞琴

KAWASE, Makoto

久保貴彦

YONEKAWA, Hiromichi

WAKABAYASHI, Yuichi

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

東京大学大学院農学生命科学研究科教授

東京都医学総合研究所シニア研究員

Senior Researcher, Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science

千葉県がんセンター研究所発がん研究グループ実験動物研究室
長

Team Leader, Division of Experimental Animal Research, Chiba Cancer
Center Research Institute寺内良平

京都大学大学院農学研究科教授

土井一行

名古屋大学大学院生命農学研究科准教授

TERAUCHI, Ryohei

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

弘前大学農学生命科学部教授

土門英司

農業・食品産業技術総合研究機構遺伝資源センター植物多様性活用チーム長DOMON, Eiji

農業・食品産業技術総合研究機構本部知的財産室知的財産戦略室上級研究員Professor, Faculty of Agriculture and Life Science, Hirosaki University

Team Leader of Plant Diversity Research Team, Genetic Resources
Center, National Agriculture and Food Research Organization

京都大学大学院農学研究科教授

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

東京農業大学農学部教授

Professor, Faculty of Agriculture, Tokyo University of Agriculture

九州大学大学院農学研究院准教授
九州大学大学院農学研究院教授

所外委員

那須田周平

Principal Researcher, Office for Intellectnal Property Strategy, Intellectual
Property department, National Agriculture and Food Research Organization

京都大学大学院農学研究科教授

NASUDA, Shuhei

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

MATSUOKA, Makoto

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

YASUI, Hideshi

Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

YAMAGATA, Yoshiyuki

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

YOSHIMURA, Atsushi

Specially Appointed Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

松岡

信

安井

秀

山形悦秀
吉村

淳

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授
九州大学大学院農学研究院教授

九州大学大学院農学研究院准教授
九州大学特任教授

Professor, Institute of Plant Science and Resources, Okayama University

E. Coli Bioresource Committee (Non-NIG members)

鈴鹿医療科学大学薬学部客員教授

AIBA, Hiroji

Visiting Professor, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Suzuka Universityof Medical Science

秋山芳展

京都大学ウイルス・再生医科学研究所教授

AKIYAMA, Yoshinori

Professor, Institute for Frontier Life and Medical Sciences, Kyoto
University

板谷光泰

高機能遺伝子デザイン技術研究組合理事長

伊藤維昭

京都産業大学タンパク質動態研究所シニアリサーチフェロー

小笠原直毅

ITO, Koreaki

理化学研究所バイオリソース研究センター実験動物開発室長

Head, Experimental Animal Division, RIKEN BioResource ResearchCenter

Associate Professor, Graduate School of Bioagricultural Sciences,
Nagoya University

大腸菌小委員会

ITAYA, Mitsuhiro

実験動物中央研究所 ICLAS モニタリングセンター長

Director, ICLAS Monitoring Center, Central Institute for Experimental
Animals

DOI, Kazuyuki

岡山大学資源植物科学研究所教授

饗場弘二

熊本大学生命資源研究・支援センター資源開発分野教授

Professor, Division of Reproductive Engineer, Institute of Resource
Development and Analysis, Kumamoto University

Professor, Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The
University of Tokyo佐藤和広

SATO, Kazuhiro

九州大学大学院農学研究院准教授

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

Rice Bioresource Committee (Non-NIG members)Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

Director, Technology Research Association of Highly Efficient Gene
Design

川岸郁朗

法政大学生命科学部教授

KAWAGISHI, Ikuro

Professor, Department of Frontier Bioscience, Hosei University

SATO, Tsutomu

Professor, Department of Frontier Bioscience, Hosei University

佐藤勉

法政大学生命科学部教授

関根靖彦

立教大学理学部教授

田中寛

東京工業大学科学技術創成研究院教授

戸邉

亨

SEKINE, Yasuhiko

Professor, College of Science, Rikkyo University

TANAKA, Kan

Professor, Institute of Innovative Research, Tokyo Institute of Technology

Senior Research Fellow, Institute for Protein Dynamics, Kyoto Sangyo
University

TOBE, Toru

Professor, Graduate School of Medicine, Osaka University

奈良先端科学技術大学院大学名誉教授

YAGUCHI, Takashi

Associate Professor, Medical Mycology Research Center, Chiba
University

東海大学海洋研究所教授

吉川博文

OGASAWARA, Naotake

Professor Emeritus, Nara Institute of Science and Technology

OGURA, Mitsuo

Professor, Institute of Oceanic Research and Development, Tokai
University

九州大学大学院医学研究院准教授

OGURA, Yoshitoshi

Associate Professor, Faculty of Medical Sciences, Kyushu University

KATAYAMA, Tsutomu

Professor, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Kyushu University

勉

米川博通
若林雄一

KUMAMARU, Toshihiro

熊丸敏博

片山

淳

医薬基盤・健康・栄養研究所疾患モデル小動物研究室研究リー
ダー

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

小椋義俊

吉木

YOSHIKI, Atsushi

Director, RIKEN BioResource Research Center

KUBO, Takahiko

小倉光雄

HAYASHIMOTO, Nobuhito

Research Leader, Laboratory of Animal Models for Human Diseases,
National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition (NIBIOHN)ASHIKARI, Motoyuki

井澤

理化学研究所バイオリソース研究センター長

所外委員

理化学研究所バイオリソース研究センター実験動物開発室長

Mouse Bioresource Committee (Non-NIG members)Professor, Institute of Laboratory Animals, Graduate School of Medicine,
Kyoto University

小幡裕一

営

京都大学霊長類研究所長

YUMOTO, Takakazu

ASANO, Masahide

ARAKI, Kimi

運

九州大学大学院薬学研究院教授

矢口貴志

YOSHIKAWA, Hirofumi

吉田健一

YOSHIDA, Ken-ichi

大阪大学大学院医学系研究科教授

千葉大学真菌医学研究センター准教授
東京農業大学生命科学部名誉教授

Professor Emeritus, Faculty of Life Sciences, Tokyo University ofAgriculture

神戸大学大学院科学技術イノベーション研究科教授

Professor, Graduate School of Science, Technology and Innovation, Kobe
University

運営／ Management

83Management
人を対象とする研究倫理審査委員会
上田龍太郎

UEDA, Ryutaro

小田

司

所外委員

野口基子

KUROSAWA, Kenji

Director, Division of Medical Genetics, Kanagawa Children's Medical
CenterUEDA, Ryutaro

小田

司

所外委員

利益相反委員会

所外委員

公益財団法人佐野美術館館長

静岡県立富士宮東高等学校学校教諭

Senior High School Teacher, Shizuoka Prefectural Fujinomiya East HighSchool

元・静岡大学教授

NOGUCHI, Motoko

Former Professor, Shizuoka University

WATANABE, Taeko

Director, Public Interest Incorporated Foundation Sano Art Museum

渡邉妙子

公益財団法人佐野美術館館長

Conflict of Interests Committee (Non-NIG members)

小樽商科大学大学院商学研究科教授

Professor, Graduate School of Commerce, Otaru University of Commerce

所外委員 Center for Frontier Research Committee (Non-NIG members)
大杉美穂

大学共同利用機関法人自然科学研究機構基礎生物学研究所生物進化研究部門教授

HASEBE, Mitsuyasu

Professor, Division of Evolutionary, Evolutionary Biology and Biodiversity,
The National Institute for Basic Biology

黒田真也

東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻教授

KURODA, Shinya

野口基子

神奈川県立こども医療センター遺伝科部長

新分野創造センター運営委員会
長谷部光泰

Director, Public Interest Incorporated Foundation Sano Art Museum

KOBAYASHI, Setsuro

日本大学法学部教授

Director, Division of Medical Genetics, Kanagawa Children's Medical
Center篤

WATANABE, Taeko

小林設郎

日本大学短期大学部食物栄養学科教授

Professor, Department of Food and Nutrition Junior College at Mishima
Nihon University

KUROSAWA, Kenji

瀬戸元・静岡大学教授

Former Professor, Shizuoka University

Ethics of Human Genome Research Committee (Non-NIG members)Professor, Nihon University College of Law

SETO, Atsushi

静岡県立富士宮東高等学校学校教諭

Senior High School Teacher, Shizuoka Prefectural Fujinomiya East HighSchoolNOGUCHI, Motoko

渡邉妙子

神奈川県立こども医療センター遺伝科部長

ODA, Tsukasa

黒澤健司

KOBAYASHI, Setsuro

日本大学法学部教授

Professor, Nihon University College of Law

上田龍太郎

小林設郎

日本大学短期大学部食物栄養学科教授

Professor, Department of Food and Nutrition Junior College at Mishima
Nihon University

ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理審査委員会

東京大学大学院総合文化研究科広域科学専攻教授

OHSUGI, Miho

Professor, Graduate School of Arts and Sciences, College of Arts andSciences, The University of Tokyo

Professor, Department of Biological Sciences, Graduate School of
Science, The University of Tokyo

The Number of NIG Faculty and Staff

国立遺伝学研究所教職員数

所長

1

Director - General教授

22

Professors

准教授

8

Associate Professors

助教

28

Assistant Professors

客員教授

6

Visiting Professors

小計（所長、客員教授を除く）
管理部
技術課

営

Ethical Review Committee on Research Involving Human Subjects (Non-NIG members)

ODA, Tsukasa

黒澤健司

運

合計（所長、客員教授を除く）

58

Subtotal（excluding Director - General and Visiting Professors）

18

Administration Staffs

12Technicians

88（excluding Director - General and Visiting Professors）

Total（2020 年 4 月 1 日現在）

84

運営／ Management

History
1949 年1953 年

沿６月１日

文部省所轄研究所として設置
庶務部及び 3 研究部で発足

８月10日

小熊

１月１日

研究部を形質遺伝部，細胞遺伝部，
生理遺伝部に改組

捍

1949

Jun. 1

Established under the jurisdiction of the
Ministry of Education, Science, Sports
and Culture. Started with an administrative
department and three research departments.

Aug. 10

Prof. Kan Oguma was elected the 1st Director.

Jan. 1Three research departments were reorganized
as the Departments of Morphological Genetics,
Cytological Genetics and Physiological
Genetics.

Aug. 1

Department of Biochemical Genetics wasadded.

1954

Jul. 1

Department of Applied Genetics was added.

1955

Sep. 15

Department of Induced Mutation was added.

Oct. 1

Prof. Hitoshi Kihara was elected the 2nd
Director.

1960

Apr. 30

Department of Human Genetics was added.

1962

Apr. 1

Department of Microbial Genetics was added.

1964

Apr. 1

Department of Population Genetics wasadded.

1969

Apr. 1

Prof. Daigoro Moriwaki was elected the 3rd
Director. Department of Molecular Biology wasadded.

1974

Apr. 1

Plant Genetic Stock Laboratory wasestablished.

1975

Mar. 1

Dr. Yataro Tajima was elected the 4th Director.

Oct. 1

Animal Section was added in the Genetic
Stock Center.

初代所長就任８月１日

生化学遺伝部設置

1954 年

７月１日

応用遺伝部設置1955 年

９月15日

変異遺伝部設置

10月１日

木原

均

革

1953

第 2 代所長就任

OGUMA, Kan(1st Director)

1960 年

４月30日

人類遺伝部設置

1962 年

４月１日

微生物遺伝部設置

1964 年

４月１日

集団遺伝部設置

1976

Oct. 11969 年

４月１日

森脇大五郎 第 3 代所長就任，

分子遺伝部設置

Microbial Section was added in the Genetic
Stock Center.

1983

Oct. 1

Dr. Ei Matsunaga was elected the 5th Director.

1984

Apr. 12

Reorganized as an inter-university research
institute for joint use by universities. The
DNA Research Center (DNA Structure andRecombinant DNA Laboratories) and theExperimental Farm were established. The
Genetic Stock Research Center was expanded
into five laboratories: the Genetic Resources
Laboratory was added and the Animal
Section was divided into the Mammalian andInvertebrate Laboratories.

1985

Apr. 1

The DNA Synthesis and DNA Data Analysis
Laboratories were added in the DNA ResearchCenter.

1987

Jan. 12

The DNA Data Bank of Japan began its
operations.

1988

Apr. 8The Radio-isotope Center was established.
The Gene Library Laboratory was added in the
DNA Research Center.

Oct. 1The Graduate University for Advanced Studies
was established. The Department of Genetics,
School of Life Science of the University began
accepting students.

1989

Oct. 1

Dr. Jun-ichi Tomizawa was elected the 6th
Director.

1993

Apr. 1The Mammalian Development Laboratory wasadded in the Genetic Stock Research Center.

1994

Jun. 24

The Gene Function Research Laboratory wasadded in the DNA Research Center.

1995

Apr. 1The Center for Information Biology wasestablished.

1974 年

４月１日

植物保存研究室設置

1975 年

３月１日

田島彌太郎

10月１日

遺伝実験生物保存研究施設動物保存
研究室設置

1976 年

10月１日

遺伝実験生物保存研究施設微生物保存研究室設置1983 年

10月１日

松永

1984 年

４月12日

大学共同利用機関に改組 遺伝実験
生物保存研究センター（哺乳動物保存・
無脊椎動物保存・植物保存・微生物
保存・遺伝資源の 5 研究室），遺伝情報研究センター（構造・組換えの 2研究室），実験圃場設置

英

第 4 代所長就任

KIHARA, Hitoshi(2nd Director)

第 5 代所長就任

1985 年

４月１日

遺伝情報研究センターに合成・遺伝
情報分析の 2 研究室を設置

1987 年

１月12日

日本 DNA データバンク稼働

1988 年

４月８日

放射線・アイソトープセンター設置，
遺伝情報研究センターにライブラリー
研究室を設置

10月１日

総合研究大学院大学生命科学研究科
遺伝学専攻設置

1989 年

10月１日

富澤純一

1993 年

４月１日

遺伝実験生物保存研究センターに発生工学研究室を設置

MORIWAKI, Daigoro(3rd Director)

第 6 代所長就任
TAJIMA, Yataro(4th Director)

1994 年

６月24日

遺伝情報研究センターに遺伝子機能研究室を設置1995 年

４月１日

生命情報研究センター設置

1996

May. 11

1996 年

５月11日

構造遺伝学研究センター設置
（遺伝情報研究センターの改組）
（生体高分子研究室設置，超分子機能・
構造制御・超分子構造・遺伝子回路の 4 研究室振替）The DNA Research Center was reorganized
as the Structural Biology Center consistingof 5 laboratories (Biological Macromolecules,
Molecular Biomechanism, Multicellular
Organization, Biomolecular Structure andGene Network).

1997 年

４月１日

系統生物研究センター設置
（遺伝実験生物保存研究センターの
改組）

1997

Apr. 1The Genetic Stock Research Center was
reorganized as the Genetic Strains ResearchCenter consisting of 5 laboratories (Mammalian
Genetics, Mammalian Development, Plant
Genetics, Microbial Genetics and Invertebrate

MATSUNAGA, Ei(5th Director)

沿革／ History85

History（マウス系統研究分野哺乳動物遺伝研究室・発生工学研究室，イネ系統研究分野植物遺伝研究室，大腸菌系
統研究分野原核生物遺伝研究室，無脊椎動物系統研究分野無脊椎動物遺伝研究室の 5 研究室振替）
生物遺伝資源情報総合センター設置（系統情報研究室振替，生物遺伝資源情報研究室設置）

86

10月１日

堀田凱樹

1998 年

４月９日

個体遺伝研究系に初期発生研究部門を設置，総合遺伝研究系に脳機能研究部門を設置第 7 代所長就任

2001 年

４月１日

生命情報・DDBJ研究センター設置（生命情報研究センターの改組）（分子分類研究室振替，データベース運用開
発研究室設置，遺伝子発現解析研究室設置）2002 年

４月１日

系統生物研究センターに遺伝子改変
系統開発研究分野マウス開発研究室，
小型魚類開発研究室を設置

2003 年

４月１日

分子遺伝研究系に分子機構研究室，
系統生物研究センターに新分野創造
研究室，生物遺伝資源情報総合セン
ターに比較ゲノム解析研究室，広報
知財権研究室を設置

2004 年

４月１日

大学共同利用機関法人情報・システ
ム研究機構国立遺伝学研究所設置

12月１日

小原雄治

2005 年

４月１日

知的財産室を設置（2018 年 4 月 1
日付産学連携・知的財産室に改称）

2006 年

４月１日

新分野創造センター設置
（細胞系譜研究室，神経形態研究室，
細胞建築研究室設置）

10月１日

先端ゲノミクス推進センター設置

2012 年

４月１日

研究センターの改組、共同利用事業
センター（生物遺伝資源センター、
DDBJ センター）、支援センター（情報基盤ユニット、マウス研究支援ユニッ
ト）を設置

12月１日

桂

2014 年

４月１日

リサーチ・アドミニストレーター室を設置

2015 年

４月１日

動物飼育実験施設を設置，女性研究者活動支援室を設置（2017 年 4 月
1 日付男女共同参画推進室に改称）

2018 年

12月１日

花岡文雄

2019 年

１月１日

既存の 5 研究系、3 研究センター（系統生物研究センター、構造遺伝学研究センター、生命情報研究センター）、実験圃場、放射線・RIセンターを廃止。
新たに、4 つの研究系（情報研究系、
ゲノム・進化研究系、遺伝形質研究系、
遺伝メカニズム研究系）を設置。共同利用事業センターである DDBJ セ
ンターを生命情報・DDBJ センターに名称変更。支援センターの改組（放射線・アイソトープユニットの設置等）

沿革／ History

勲

革Genetics), and as the Center for Genetic
Resource Information consisting of 2
laboratories (Genetic Informatics and Genetic
Resources).

TOMIZAWA, Jun-ichi(6th Director)

HOTTA, Yoshiki(7th Director)

第 8 代所長就任

2011 年

沿Oct. 1

Dr. Yoshiki Hotta was elected the 7th Director.

1998

Apr. 9The Division of Early Embryogenesis wasadded in the Department of Developmental
Genetics. The Division of Brain Function
was added in the Department of Integrated
Genetics.

2001

Apr. 1The Center for Information Biology was
reorganized as the Center for Information
Biology and DNA Data Bank of Japan. The
new center consists of 5 laboratories. The
Laboratory of Molecular Classification of theformer center was renamed as the Laboratory
for Research and Development of Biological
Databases in the new center. The Laboratory
for Gene-Expression Analysis was added in
the new center.

2002

Apr. 1

Two laboratories, Mouse Genomics Resource
Laboratory and Model Fish Genomics
Resource Laboratory, were added to the
Genetic Strains Research Center.

2003

Apr. 1The Molecular Mechanisms was added tothe molecular Genetics. The Laboratry for
Frontier Research was added to the Genetic
Strains Research Center. Two laboratories,
Comparative Genomics Laboratory andPublicity and Intellectual Propery Unit, wereadded to the Center for Genetic Resource
Information.

2004

Apr. 1

Reorganized as Research Organization ofInformation and Systems, Inter-University
Research Institute Corporation, together withthree other national institutes.

Dec. 1

Dr. Yuji Kohara was elected the 8th Director.

2005

Apr. 1Intellectual Property Unit was added.
Renamed as NIG INNOVATION (as of 2018
Apr.1)

2006

Apr. 1The Center for Frontier Research wasestablished. The Laboratory for Cell Lineage,
Neural Morphogenesis and Cell Architecture
was added in the new center.

2011

Oct. 1

Advanced Genomics Center was established.

2012

Apr. 1R e s e a rc h c e n t e r s w e re re o r g a n i z e d .
Intellectual Infrastructure Centers (Genetic
Resource Center and DDBJ Center) andSupport Centers (IT Unit, Mouse Research
Supporting Unit) were established.

KOHARA, Yuji
(8th Director)

第 9 代所長就任

KATSURA, Isao
(9th Director)

第 10 代所長就任

HANAOKA, Fumio(10th Director)

Dec. 1

Dr. Isao Katsura was elected the 9th Director.

2014

Apr. 1

Office for Research Development was added.

2015

Apr. 1

Unit for Experimental Animal Care wasestablished. Office for Female Researcher
Development was added. Renamed as Officefor Gender Equality (as of 2017 Apr. 1)

2018

Dec. 1

Dr. Fumio Hanaoka was elected the 10th
Director.

2019

Jan. 1The existing 5 departments, 3 research centers(Genetic Strains Research Center, Structural
Biology Center and Center for Information
Biology), Experimental Farm and Radioisotope Center were abolished. Four research
departments (Dept. of Informatics, Dept. of
Genomics and Evolutionary Biology, Dept.
of Gene Function and Phenomics and Dept.
of Chromosome Science) were established.
The DDBJ Center, as one of the Intellectual
Infrastructure Centers, was renamed as the
Bioinformation and DDBJ Center. The Support
Center was reorganized. (The Radioisotope
Unit was added.)Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research
予算

予算・科学研究費

Budget2020 年度(FY2020)

(×1,000yen)

収入

Revenue

支出

区

金

区

分

2,625,373

運営費交付金 Grants for Operating Corporation
補助金等収入 Various Grants
産学連携等研究収入及び寄附金収入等

53,533

産学連携等研究経費及び寄附金事業費等※

3,842,830

合計 Total

補助金等収入 9.7％
Various Grants

産学連携等
研究収入及び
寄付金収入等
20.6％

Industry-Academia
Collaboration andDonations

科学研究費(FY2019)

2,678,906
372,651
791,273

Industry-Academia Collaboration and Projects※

3,842,830

合計 Total※機構長裁量経費を除く

補助金等 9.7％

雑収入 1.4％
Miscellaneous

Grants

産学連携等
研究経費及び
寄付金事業費等
20.6％

Industry-Academia
Collaboration andprojects

運営費交付金 68.3％
Grants for Operating
Corporation

教育研究経費 69.7％

Education and Research(×1,000yen)
交付額／交付件数

Amount / the Number of Applications Granted

新学術領域研究for Scientific Research on Innovative Areas

基盤研究（S）

for Scientific Research (S)

基盤研究（A）

for Scientific Research (A)

基盤研究（B）

for Scientific Research (B)

基盤研究（C）

for Scientific Research (C)

挑戦的研究（萌芽）for Challenging Research (Exploratory)

若手研究（B）

for Young Scientists (B)

若手研究

for Early-Career Scientists

研究活動スタート支援

for Research Activity Start-up

特別研究員奨励費
for JSPS Fellows

国際共同研究強化（B）

Fostering Joint International Research (B)

帰国発展研究Home-Returning Researcher Development Research

研究成果公開促進費

for Publication of Scientific Research Results (Databases)
for Encouragement of Scientists

合計 Total

額Grant-in-Aid for Scientific Research

研究種目

奨励研究

金

教育研究経費 Education and Research

372,651
791,273

Industry-Academia Collaboration and Donations

Expenditure分

補助金等 Grants

雑収入 Miscellaneous

2019 年度

額

1,131,400 ／ 16
31,600 ／ 1
26,500 ／ 364,800 ／ 15

研究活動スタート支援 0.5％

特別研究員奨励費 0.7％

若手研究 1.6％

国際共同研究強化（B）0.8％

挑戦的研究（萌芽）0.8％

帰国発展研究 0.5％

for Research Activity Start-up
for Early-Career Scientists

for Challenging Research (Exploratory)

基盤研究（C）1.6％
for Scientific Research (C)

基盤研究（B）4.8％
for Scientific Research (B)21,400 ／ 18

基盤研究（A）2.0％

10,600 ／ 5

基盤研究（S）2.3％

for Scientific Research (A)for JSPS Fellows

Fostering Joint International Research (B)Home-Returning Researcher
Development Research

研究成果公開促進費 0.2％
for Publication of Scientific
Research Results (Databases)

若手研究（B）、奨励研究 0.0％
for Young Scientists (B),for Encouragement of Scientists

for Scientific Research (S)500 ／ 1
21,600 ／ 16
6,400 ／ 69,000 ／ 7
10,300 ／ 3
7,360 ／ 1

新学術領域研究 84.1%
for Scientific Research on
Innovative Areas

3,100 ／ 1
540 ／ 1
1,345,100 ／ 94

（2020. 3 月末現在）

予算・科学研究費／ Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research87

Awards and Honors

2019 年度 表彰・受賞歴

内容
氏名
瑞宝中綬章
所長 花岡文雄
システム神経科学研究室 准教授 久保 郁
平成 31 年度文部科学大臣表彰 若手科学者賞「視覚情報処理と行動制御の神経メカニズムに関する研究」
第 52 回発生生物学会 ベストポスター賞
発生工学研究室 大学院生 島田龍輝
「Exploring the murine germ cell masculinization mechanism using scRNA-Seq data」
NEURO2019（第 42 回日本神経科学大会・第 62 回日本神経化学会大会合同大会）
神経回路構築研究室 研究員 中沢信吾
時実利彦記念神経科学優秀博士研究賞「新生仔マウス大脳皮質の長期 in vivo イメージングによる神経回路再編の動的機構の解明」
LOD チャレンジ 2019 基盤技術部門 優秀賞
大量遺伝情報研究室 特任研究員 藤澤貴智
「JSON2LD Mapper Reiwa Edition」
第 48 回内藤コンファレンス 優秀ポスター賞
遺伝子回路研究室 研究員 宮崎隆明
「Comprehensive set of genetic drivers to label gustatory second-order neurons in Drosophila」
第 36 回（2019 年度）井上研究奨励賞
細胞制御研究室 日本学術振興会特別研究員 PD
細胞骨格付随タンパク質による二次細胞壁パターン制御の研究
杉山友希
第 24 回日本生態学会 宮地賞
生態遺伝学研究室 助教 石川麻乃
発生工学研究室 大学院生 島田龍輝
総合研究大学院大学 遺伝学専攻 森島奨励賞「The molecular dissection of NANOS2 function required for male germ cell differentiation」
2019 年光ファイバ応用技術研究会 奨励賞
生命ネットワーク研究室 特任研究員 細木 藍
「脂質膜を固定化したヘテロコア光ファイバの化学センシングへの応用」
総合研究大学院大学 生命科学研究科 研究科長賞
発生工学研究室 大学院生 島田龍輝
「The molecular dissection of NANOS2 function required for male germ cell differentiation」※所属・肩書は、受賞当時のものですIntellectual Property Rights

2019 年度 知的財産権

特許出願 8 件
オーキシンデグロンシステムのキット、及びその使用

鐘巻将人

ヘテロコア光ファイバセンサ装置

櫻井

融合タンパク質及びその利用
情報処理システム、情報処理方法、及びプログラム
情報処理システム、情報処理方法、及びプログラム
次世代シーケンサーを用いた迅速な遺伝子検査方法
アフリカツメガエル卵抽出液の冷凍保存方法及び冷凍保存用キット、ア
フリカツメガエル卵濃縮抽出液、並びに細胞周期の分析方法
トランスジェニック植物、トランスジェニック植物の製造方法、ポリヌクレ
オチド、ポリヌクレオチドのクラスター、ベクター、及びキット

浅川和秀／川上浩一
黒川 顕／東 光一／森黒川 顕／東 光一／森
井ノ上逸朗／中岡博史
島本勇太／高木 潤

望／細木

藍
宙史
宙史

角谷徹仁／保坂 碧／付 煜／
齋藤 絡／佐々木 卓／高嶋和哉

特許登録 6 件
アイテム推薦システム及びアイテム推薦方法
PROTEIN PRODUCTION METHOD

原 一夫／鈴木郁美
川上浩一

PROCESS FOR PRODUCTION OF PROTEIN

川上浩一

PROCESS FOR PRODUCTION OF PROTEIN

川上浩一

PROCESS FOR PRODUCTION OF PROTEIN

川上浩一

PROCESS FOR PRODUCTION OF PROTEIN

川上浩一

88

# of published
1
1
1
1
1
1
1
1
1

Journal Title
MOL. BIOL. EVOL.
NeuronAnn. Rheum. Dis.
Nature Plants
Science Advances
Nature Communication
EMBO Journal
Nucleic Acids Res.
Genome Research

表彰・受賞歴、知的財産権、論文／ Awards and Honors, Intellectual Property Rights, Journals# of published
1
2
1
1
1
10
1
2
1

日本国移行

特願 2019-542287

登録番号
第 6566515 号
10-2058658（韓国）
共願人 協和キリン
315906（インド）
共願人 協和キリン
US 10,358,671（アメリカ）
共願人 協和キリン
2,765,242（カナダ）
共願人 協和キリン
PI 1010759-2（ブラジル）
共願人 協和キリン2019 Publications in High-Impact Factor Journals
Journal Title
NatureScienceNature Biotechnology
Nature Medicine
Nature Methods
Nature Genetics
Circulation
Immunity
Hepatology

出願番号
特願 2019-131464
共願人 加計学園
特願 2020-025847
共願人 創価大学 コアシステムジャパン
PCT/JP2019/037829
米国移行 16/480,539
日本国移行 特願 2018-564532
日本国移行 特願 2018-563325
日本国移行 特願 2018-564660

2019 年 高インパクト雑誌掲載数

Journal Title
PNAS
ISME Journal
Current Biology
Developmental Cell
Genes & Development
Total # of Published Papers in NIG# of published
4
1
2
1
1
168

Research Organization of Information and Systems
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

機構長

機構本部

機構所属研究所〒105-0001
東京都港区虎ノ門 4-3-13
ヒューリック神谷町ビル 2 階
TEL 03-6402-6200
https://www.rois.ac.jp/

国立極地研究所

統計数理研究所〒190-8518 東京都立川市緑町 10-3
TEL 042-512-0608 https://www.nipr.ac.jp/〒190-8562 東京都立川市緑町10-3
TEL 050-5533-8500 https://www.ism.ac.jp/

国立情報学研究所

国立遺伝学研究所〒101-8430 東京都千代田区一ツ橋 2-1-2
TEL 03-4212-2000 https://www.nii.ac.jp/〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
TEL 055-981-6707 https://www.nig.ac.jp/

藤井良一

FUJII, Ryoichi
President

National Institute of Polar Research

National Institute of Informatics■ 機構長の挨拶

今、私達は変革の時代をまさに目の当たりにしています。情報通信技

術の急速かつ飛躍的な発展、多種多様なビッグデータの出現、そして計算性能の急激な向上は、社会を変容させ、また研究環境を大きく変化させています。このような現代社会における科学が「データ駆動型」となることは時代の必然であり、第４の科学ともいわれる「データサイエンス」の推進こそが、科学技術イノベーションを牽引するといっても過言ではありません。

このような背景から、情報とシステムの観点から新たな研究領域を切り拓き、現代の諸問題の解決を目指す当機構は、今まさに研究コミュニティ
において中核的な役割が求められております。大学共同利用機関としての使命、社会のニーズへの貢献を存立の基盤として強く自覚しつつ、全力でその責務を果たさなければなりません。そのためには、社会や大学等に役立つデータの整備・統合、ビッグデータから意味ある知識を獲得する方法の革新、散在する大量のデータをリアルタイムに制御するデー

タ処理技術、膨大な高次元データや計算結果を人間が把握可能にするデー
タ可視化など、多くの研究開発を今後さらに発展させることが必須となります。

これらを推進するには、まず国立極地研究所、国立情報学研究所、統計数理研究所、国立遺伝学研究所という機構の４つの研究所が、極域科学、情報学、統計数理、遺伝学というそれぞれの分野の学理における世界最先端の研究拠点であることが求められます。それなしに大学の機能強化や社会への十分な貢献はあり得ません。これら研究所が核となって、それぞれの研究コミュニティとのデータ共同利用や共同研究を推進し、大学等における研究力強化に貢献するかたわら、機構はこれを全力で

The Institute of Statistical Mathematics

National Institute of Genetics■ About the organization

The Research Organization of Information and Systems (ROIS)
was established in 2004 to bring together the four national institutes: the National Institute of Polar Research, the National Institute of Informatics, the Institute of Statistical Mathematics, and the
National Institute of Genetics, upon the incorporation of the InterUniversity Research Institutes for the purpose of understanding
and predicting our complex world from the perspective of information and systems. ROIS has been promoted cross-institutional
research and collaboration between universities, providing accessto various scientific databases, analytical tools, computing resources, and academic internet backbones.
In 2016, we established Joint Support-Center for Data Science Research in order to enhance our support of next-generation
data-oriented research activities in universities. It promotes data
science of wide research communities by providing support functions of data sharing and data analysis for natural sciences, social
sciences and humanities research. It is also planning to foster
data scientists through collaborative research and on-the-job
training.
Along with these cutting-edge research activities, ROIS alsofunctions as the core organization behind the Graduate University
for Advanced Studies, SOKENDAI, training human resources tolead academic research in a new age.

支援します。そして、大学や機関の垣根を越える研究者交流プログラム

やクロスアポイントメント制度等の活用と併せて、分野の枠組みを越える融合研究や新学術領域の創成を促進し、研究者が循環する、ダイナミッ
クで豊かな研究環境を実現することにより、大学・研究機関と機構双方の機能強化を目指します。またこのような中で大学共同利用機関のもう一つの重要な使命である大学院教育を実践し、総合研究大学院大学の基盤機関としてデータサイエンス時代にふさわしい人材を育成してまいります。

法人第 3 期を迎えた平成 28 年度には、機構の本部機能と4 研究所との連携を強化する戦略企画本部と、データ共有・統合・解析手法の開発を担うフラッグシップ・プラットフォームであるデータサイエンス共同利用基盤施設を設置しました。これらを有機的に機能させることによってオー

プンサイエンスを加速し、基盤学理の発展を基に、課題解決型の科学や、
超スマート社会への貢献といった社会の要請に応えていきたいと考えております。よりよい時代へ向けて、情報・システム研究機構の挑戦に、皆様のご支援とご鞭撻をお願い申し上げます。

情報・システム研究機構／ Research Organization of Information and Systems

89

The Graduate University for Advanced Studies, SOKENDAI
国立大学法人 総合研究大学院大学（総研大）

総研大は、大学共同利用機関である研究所を基盤とする専攻と本部直結の先導科学研究科からなる大学院大学です。建学以来、教育目標に「高い専門性」「国際的な通用性」と「広い視野」を掲げています。
「広い視野」

学長とは、自分の研究対象を人類の知的長谷川眞理子な活動全体の中で位置づけて語る能

HASEGAWA, Mariko
President

力、専門分野を越えて新たな地平を所在カバーする専攻をそろえた本学の特色想像する能力です。幅広い知識領域を〒240-0193 神奈川県三浦郡葉山町（湘南国際村）
Shonan Village, Hayama, Kanagawa 240-0193 JapanTEL 046-858-1500

https://www.soken.ac.jp/

を活かし、世界で活躍できる人材を輩出しています。

The Graduate University for Advanced
Studies, SOKENDAI is a graduate university
consisting of departments housed in affiliatedInter-University Research Institutes and the
School of Advanced Sciences attached directly
to SOKENDAI. Its educational goals are “advanced
specialties and expertise,” “international competitiveness” and “broad perspective”. “Broad
perspective” entails the ability to define one’s research within the entire human intellectual activity, and to envision new horizons that transcendcurrent disciplinary boundaries. Taking full advantage of departments that collectively encompass vast intellectual fields, SOKENDAI nurtures
future generations of global professionals.

▶ Inter-University Research Institutes participating in SOKENDAI education

総研大に参加する大学共同利用機関❶ 総研大本部（生命共生体進化学専攻）

SOKENDAI Headquarter(Department of Evolutionary Studies of Biosystems)❷ 国立民族学博物館（地域文化学専攻・比較文化学専攻）

National Museum of Ethnology(Department of Regional Studies・Department of Comparative Studies)❸ 国際日本文化研究センター（国際日本研究専攻）

International Research Center for Japanese Studies (Department of Japanese Studies)❹ 国立歴史民俗博物館（日本歴史研究専攻）

National Museum of Japanese History (Department of Japanese History)❺ 国文学研究資料館（日本文学研究専攻）

National Institute of Japanese Literature (Department of Japanese Literature)❻ a. 分子科学研究所（構造分子科学専攻・機能分子科学専攻）

Institute for Molecular Science(Department of Structural Molecular Science・Department of Functional Molecular Science)b. 基礎生物学研究所（基礎生物学専攻）

National Institute for Basic Biology (Department of Basic Biology)c. 生理学研究所（生理科学専攻）

National Institute for Physiological Sciences (Department of Physiological Sciences)❼ 国立天文台（天文科学専攻）

National Astronomical Observatory (Department of Astronomical Science)❽ 核融合科学研究所（核融合科学専攻）

National Institute for Fusion Science (Department of Fusion Science)10❾ 宇宙科学研究所（宇宙科学専攻）

Institute of Space and Astronautical Science (Department of Space and Astronautical Science)❿ a. 加速器研究施設・共通基盤研究施設（加速器科学専攻）
Accelerator Laboratory・Applied Research Laboratory(Department of Accelerator Science)

3

2

8
6

9
1
14

4

b. 物質構造科学研究所（物質構造科学専攻）

Institute of Materials Structure Science (Department of Materials Structure Science)c. 素粒子原子核研究所（素粒子原子核専攻）

Institute of Particle and Nuclear Studies (Department of Particle and Nuclear Physics)⓫ 統計数理研究所（統計科学専攻）

The Institute of Statistical Mathematics (Department of Statistical Science)⓬ 国立極地研究所（極域科学専攻）

National Institute of Polar Research (Department of Polar Science)⓭ 国立情報学研究所（情報学専攻）

National Institute of Informatics (Department of Informatics)⓮ 国立遺伝学研究所（遺伝学専攻）

National Institute of Genetics (Department of Genetics)

90

国立大学法人 総合研究大学院大学／ The Graduate University for Advanced Studies, SOKENDAI

5

11

12

7

13

シンボルマークは減数分裂第一中期の分裂像を図案化したもので，「地球の歴史は地層に、生物の歴史は染色体に記されてある」（木原均、1946）を表している。

Symbol mark of the Institute, which designs the metaphase plate of the first meiotic division and symbolizes the remark by
Dr. Hitoshi Kihara (1946): “The history of
the earth is recorded in the layers of its
crust; the history of all organisms is inscribed in the chromosomes.”

要覧 2020 年度
https://www.nig.ac.jp/

国立遺伝学研究所管理部〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
1111 Yata, Mishima, Shizuoka-ken 411-8540 JAPANTEL 055-981-6707 FAX 055-981-6715

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

https://www.nig.ac.jp/