大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

国立遺伝学研究所
2 01 8 要 覧

National Institute of Genetics
国立大学法人 総合研究大学院大学

遺伝学専攻

Department of Genetics, SOKENDAI

2

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

3

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

4国立遺伝学研究所は、遺伝学の基礎とその応用に関する総合的研究を行い、学術研究の発展に寄与することを目的として設置された大学共同利用機関※です。
※大学共同利用機関は、個別の大学では整備や維持が困難な大型装置などを有し、全国の研究者との共同利用・共同研究を推進する研究機関です。

National Institute of Genetics (NIG) was established to carry out broad and comprehensive research in genetics. NIG contributes to the development of
academic research as one of the inter-university research institutes constituting the Research Organization of Information and Systems (ROIS).
5

Message from the Director-General
遺伝学と「遺伝研の役割」

グレゴール・ヨハン・メンデルが修道院の庭でエンドウを交配し「遺伝の単位」を見つけたとき、誰が今日の遺伝学の隆盛を予見したでしょうか。その後、遺伝学は 20 世紀を通して学問として進歩し続け、ついに生命の究極の秘密に到達しました。それは、「すべての生命活動は DNA の遺伝情報が基盤となる」、すなわち「いのちは、ことばに支えられている」という秘密です。ここから遺伝学の全面的な展開が始まり、現在では生物学全体だけでなく医・薬・農・工など様々な応用科学にまで、遺伝学の果たす役割は広がっています。
国立遺伝学研究所（遺伝研）は、1949 年に文部省の研究所として設立され、木村資生博士による分子進化の中立説をはじめ、数多くの研究業績を上げてきました。また、1984年には、大学共同利用機関として、学術コミュニティー
全体の研究を促進する役割を引き受け、1988 年には、総合研究大学院大学の遺伝学専攻を受け持って、独自の大学
院教育を行うようになりました。2004 年に法人化されて、
国立情報学研究所、国立極地研究所、統計数理研究所とともに大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構を構成し、情報とシステムという観点から未来の課題にも取り組んでいます。
現在の遺伝研では、約500人の様々な職種の人達が働き、研究、研究基盤整備、教育・人材育成という仕事をしています。研究では 36 のグループが、大腸菌からヒトまで、分子レベルから生物集団レベルまで、理論から実験まで、遺伝学に関わる幅広い分野で独創的な研究を行い、世界的な評価を受けています。研究基盤整備では、DNA データバ
ンク（DDBJ）、実験生物系統の分与、先端ゲノミクス事業などにより、学術コミュニティーの研究に貢献しています。
また、教育・人材育成では、学生当りの教員数の多さを生かした大学院教育を行うとともに、有望な若手研究者が新しい分野を開拓する新分野創造センターを作り、将来を見すえた体制作りも進めて来ました。
生物にはまだ多くの謎がありますが、遺伝情報という切り口から攻めることにより着実な成果が期待できます。私たちは、先達の努力を引き継ぎ、世界中の研究者と協力しWho could foresee the success of genetics when Gregor Johann Mendel cultivatedpea plants in a monastery garden and foundthe unit of inheritance? After this great event,
genetics, namely, the study of inheritance andvariation of biological organisms, developed
continuously through the 20th century and uncovered the ultimate secret of life: the activityof biological organisms is based on the genetic information of DNA, or life is supported by asimple linear code, i.e., “words”. On this basis,
genetics has now expanded not only to all
fields of basic biology but also to many appliedsciences.
The National Institute of Genetics was established at Mishima in 1949, and since has
produced many outstanding scientific achievements including the neutral theory of molecular
evolution by Motoo Kimura. Continuing the
tradition, we are conducting research in many
fields of genetics and related fields, ranging
from bacteria to humans, from molecules topopulations, and from theory to experiments.
We consider this diversity of research is essential to the stimulating environment that fosters a community of researchers.
We serve the scientific community inJapan and the world by providing research infrastructure, including the DNA database (DDBJ),
bio-resources of various experimental organisms, and advanced genomic services. Science education is also a central part of ouractivity, and we provide graduate education as
the Department of Genetics, SOKENDAI (The
Graduate University for Advanced Studies). In
addition, constant dialog with non-scientists is
an important part of our mission.
Genetic approaches remain critical for addressing key issues in the life sciences, andwe will continue our commitment to excellencein research, service, and education.

て研究を進め、その成果を人類全体の財産とすることが仕事と考えています。また、一般社会との対話を行いながら、この使命を果たしたいと考えています。

所長

6

桂

所長あいさつ／ Message from the Director-General

勲KATSURA, Isao Director-General

所長あいさつ／ Message from the Director-General

7

Contents
目 次

06 所長あいさつ

70 国際交流09 概 要72 研究を促進するための活動と行事

14 遺伝研へのアクセス

73 遺伝学電子博物館

15 遺伝研マップ

74 総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻

遺伝研の研究活動

遺伝研データ

17 研究活動

81 運 営

53 国際戦略アドバイザー／客員研究部門

85 研究教育職員・研究員・学生

55 産学連携・知的財産室

89 管理部と技術課職員

56 リサーチ・アドミニストレーター室

90 沿 革57 ライフサイエンス統合データベースセンター

92 2017年に発行された論文一覧

58 ゲノムデータ解析支援センター

95 予 算Message from the Director-General

OutlineAccess to the InstituteCampus Map

Research Activities

International Strategic Advisor / Visiting Faculty

NIG INNOVATION

Office for Research Development

Database Center for Life Science

Center for Genome Infomatics

共同利用・共同研究

Activities and Events for Research Promotion

Cyber Museum of Genetics

Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAIManagement

Research Staff and Students

Staff of Administration Department and Technical Section

History

Publications in 2017

Budget95 科学研究費

Grant-in-Aid for Scientific Research

60 生物遺伝資源センター

96 バイオロジカルシンポジウム

61 先端ゲノミクス推進センター

98 表彰・受賞歴

62 DDBJセンター

98 知的財産権

63 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム

99 情報・システム研究機構

64 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

100 国立大学法人 総合研究大学院大学

Genetic Resource Center

Advanced Genomics Center

DDBJ Center

NIG Supercomputer System

Platform for Advanced Genome Science

65 共同研究・研究会

NIG-JOINT (Joint Research and Research Meeting)

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International Activities

目次／ Contents

Biological Symposia

Awards and Honors

Intellectual Property Rights

Research Organization of Information and Systems

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced
Studies)Our Mission
遺伝研の活動研究

教育

Research

Education and Career Development

遺伝学の先端的研究と新たな研究分野の開拓に取り組んでいます。

大学院教育と若手研究者の育成に取り組んでいます。
NIG takes part in graduate level education. It also offers
various systems to enhance research ability of young
researchers.

NIG conducts top-level research in life sciences leveraging on approaches and resources in Genetics. NIG
also develops new research fields within the
broader concept of Genetics.

遺伝学の共同利用・共同研究の場を世界中の遺伝学に対する国民の理解増進と産業界の発研究者へ提供しています。

展に取り組んでいます。

NIG provides various research infrastructures (genetic
resources and information/services) to the scientific community. It also functions as a hub for international and domestic collaborations.

NIG actively disseminates the achievements from genetic
research to the society. It also promotes alliance between
industry and academia.

共同利用・共同研究

社会貢献Intellectual Infrastructure and Collaboration ResearchSocial Contribution

大学共同利用機関法人

情報・システム研究機構

Research Organization of Information and Systems (ROIS)

国立大学法人

総合研究大学院大学

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)

国立極地研究所
National Institute of Polar Research

極域科学専攻Department of Polar Science

国立情報学研究所
National Institute of Informatics

情報学専攻
Department of Informatics

統計数理研究所
The Institute of Statistical Mathematics

統計科学専攻Department of Statistical Science

国立遺伝学研究所
National Institute of Genetics

遺伝学専攻
Department of Genetics

データサイエンス共同利用基盤施設
Joint Support-Center for Data Science Research

基礎生物学専攻
Department of Basic Biology

複合科学研究科
School of Multidisciplinary Sciences

生命科学研究科
School of Life Science

生理科学専攻Department of Physiological Sciences

概要／ Outline

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Outline of Departments, Research Centers and Experimental Farm
研究系・研究センター等の概要■ 分子遺伝研究系■ Department of Molecular Genetics■ 細胞遺伝研究系■ Department of Cell Genetics

染色体の動態について複合的な方法を取り入れ研究を行うとともに、新たな研究手法の開発も行っている。
細胞内で観察される遺伝現象を分子レベルで解明することを目指して、生細胞及び無細胞系を用いた研究を行っている。
■ 個体遺伝研究系

ゼブラフィッシュ、マウスなどのモデル生物を用い、発生や行動など動物のさま
ざまな生命現象における遺伝子や細胞の役割についての研究を行っている。
■ 集団遺伝研究系

生物進化の歴史とその機構を解明する目的で、実験的及び理論的手法を用いて、遺伝子やゲノムのレベルから集団のレベルまで幅広く研究している。
■ 総合遺伝研究系

ヒトの高次表現型のシステム医学、脊椎動物の神経回路形成機構、および植物のエピジェネティック制御に関しての総合的な研究を行っている。

■ 新分野創造センター

若手の優れた研究者が独立して研究室を運営し、遺伝学とその周辺領域に新しい分野を開拓する研究を行う。これにより、研究共同体の中で重要な役割を果たす人材を育成する。
■ 系統生物研究センター

独自に開発・収集したマウス、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、イネ、原核生物の実験系統など有用な生物遺伝資源に立脚して、特色のある先端的研究を推進している。
■ 構造遺伝学研究センター

Fundamental genetic phenomena are being studied in living cells and incell-free systems to explain the phenomena observed at the cellular level in molecular terms.
■ Department of Developmental Genetics

We study roles of genes and cells during various biological phenomena ofanimals including development and behavior by using model organisms, such aszebrafish, and mouse.
■ Department of Population Genetics

We are conducting experimental and theoretical studies on the history andmechanisms of organismal evolution from the gene and genome level to the
population level using various organisms, such as human, Drosophila, fish, andmouse.
■ Department of Integrated Genetics

By integrating various approaches in genetics, we study systems medicine
on complex human traits, neural network formation of vertebrates, and epigenetic controls of plants.
■ Center for Frontier Research

The Center for Frontier Research provides promising young scientists withindependent positions and an opportunity of developing new frontiers in genetics and related research fields. The Center thereby brings up scientists who willplay crucial roles in academic fields in the future.
■ Genetic Strains Research Center

This center promotes forefront researches of life science based upon uniquebioresources of mice, zebrafishes, Drosophila, rice and microorganisms, which
are developed and collected by this center.

分子から多細胞の各レベルで、遺伝学と構造生物学の境界領域で最先端の研究を行うとともに、生体内の構造を観察・解析する様々な手法を開発し、遺伝学に導入している。

■ Structural Biology Center

生命情報学の拠点として、情報処理技術を駆使して生命現象の解明を目指した発見研究と生命科学の推進のための技術開発を行っている。

■ Center for Information Biology

植物遺伝資源、特にイネ属遺伝資源の収集、保存、分譲、利活用促進に関連する業務・共同研究を、系統生物研究センターと連携して推進する。

■ Experimental Farm

■ 生命情報研究センター■ 実験圃場■ 放射線・アイソトープセンター

放射線や放射性同位元素を、研究利用するための共同利用施設である。
137
Cs を線源としたガンマー線照射装置を備えている。

□ 生物遺伝資源センター

生命科学を先導する様々なバイオリソースを開発し、それらの維持と国内外の大学や研究機関への分譲を行っている。関連情報は、データベース化して世界中に公開している。また、日本医療研究開発機構（AMED）のナショナルバイオリソー
スプロジェクトにも参加している。
□ 先端ゲノミクス推進センター

学術分野における超大規模ゲノム情報研究推進の中核として先端ゲノミクス研究を進めるとともに、次世代型ゲノム情報解析パイプラインの提供等による共同
利用・共同研究を推進する。
□ DDBJ センター

DDBJ（DNA Data Bank of Japan）は論文や特許で公知にされる塩基配列
データを網羅し管理公開する、米国（NCBI)と欧州（ENA/EBI）との協力事業である。他の生命系主要データベースや解析ツールと共にスーパーコンピューターを用いて公開している。
□ 情報基盤ユニット

研究所全体のネットワーク・ウェブサーバー管理および情報セキュリティ対策を行う。また利用者向けセキュリティ講習会やメール等のアカウント管理も実施している。
□ マウス研究支援ユニット

研究所内のマウスを用いた研究のサポートを目的とし、胚及び精子凍結、マウ
スクリーニング、トランスジェニック及びノックアウトマウス作製などを行う。また外部の研究機関に対するマウス作製サービスを共同研究として行う。
□ 動物飼育実験施設

所内におけるマウス・ラットなどの実験動物の主要な飼養保管施設として、動物の飼育及び実験のサポートを行い、研究・教育の推進に貢献する。

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The dynamics of chromosome have been studied using innovative andmulti-disciplinary approaches, as well as development of new technology for research.

概要／ Outline

This center was founded to perform the pioneering researches in the newarea between genetics and structural biology, and to develop new methods andtechniques for the area.
Develop the technologies and resources to make the massive data available, useful and meaningful for the domain. Also conducts some wet or dry
experiments for knowledge discovery.
The Experimental Farm conducts the collection, conservation and distribution of plant genetic resources, especially the genus Oryza resources, and supports resource users in cooperation with Genetic Strains Research Center.
■ Radioisotope Center

The Radioisotope Center has facilities for biochemical experiments using
radioactive tracers. Irradiation treatment of 137Cs is also available.
□ Genetic Resource Center

The center develops and preserves forefront bioresources of various organisms, and distributes them to domestic and overseas universities and institutes.
The related information is open to the public through the databases. The center
participates actively in “National BioResource Project (NBRP)” of AMED.
□ Advanced Genomics Center

This center is designed to conduct most advanced genomic researches
and to provide resources based on new-generation sequencing pipeline to thecommunity.
□ DDBJ Center

DDBJ (DNA Data Bank of Japan) is a member of the international collaboration with NCBI (USA) and ENA/EBI (Europe) that releases a whole catalogue ofidentified DNA sequences. DDBJ is hosted by a supercomputer that also provides powerful analytical tools and other databases.
□ Information and Technology Unit

The unit maintains the network and web servers of the entire institute andensures information security. It also provides training courses for security andmanages email and web accounts.
□ Mouse Research Supporting Unit

To facilitate mouse research in NIG, the unit offer service such as embryo
freezing, in vitro fertilization and transgenic mouse production. We also support
other academic institutes as collaborative research.
□ Unit for Experimental Animal Care

The unit run a main animal facility of NIG, and aim to contribute to researchand education by providing suitable rearing condition and research environment
to use mice and rats.

Organization
組

織
運営会議

所長

Advisory Committee

Director-General

総合企画会議アドバイザリーボード
Advisory Board

Vice-Director

分子遺伝研究系 Department of Molecular Genetics
Molecular Cell Engineering

勲

副所長

Council for Strategy Planning and Coordination

分子細胞工学研究部門

桂

KATSURA, Isao

城石俊彦

荒木弘之

SHIROISHI, Toshihiko

ARAKI, Hiroyuki

生命情報研究センター Center for Information Biology

鐘巻将人

KANEMAKI, Masato

P17

遺伝情報分析研究室

池尾一穂

P44

生命ネットワーク研究室

有田正規

P45

DNA Data Analysis

Biological Networks

細胞遺伝研究系 Department of Cell Genetics

IKEO, Kazuho
ARITA, Masanori

微生物遺伝研究部門

荒木弘之

P18

大量遺伝情報研究室

中村保一

P46

共生細胞進化研究部門

宮城島進也

P19

データベース運用開発研究室

高木利久

P47

遺伝子発現解析研究室

大久保公策

P48

比較ゲノム解析研究室

豊田

敦

P49

ゲノム進化研究室

黒川

顕

P50

Microbial Genetics

Symbiosis and Cell Evolution

ARAKI, Hiroyuki

MIYAGISHIMA, Shin-ya

形質遺伝研究部門

岩里琢治

P20

初期発生研究部門

川上浩一

P21

Molecular and Developmental Biology

IWASATO, Takuji
KAWAKAMI, Koichi

集団遺伝研究部門

斎藤成也

P22

進化遺伝研究部門

明石

P23

Evolutionary Genetics

生態遺伝学研究部門
Ecological Genetics

SAITOU, Naruya

裕AKASHI, Hiroshi

北野潤

KITANO, Jun

P24

人類遺伝研究部門

井ノ上逸朗

P25

育種遺伝研究部門

角谷徹仁

P26

脳機能研究部門

平田たつみ

P27

Agricultural Genetics
Brain Function

INOUE, Ituro

KAKUTANI, Tetsuji
HIRATA, Tatsumi

細胞空間制御研究室

小田祥久

P28

定量メカノバイオロジー研究室

島本勇太

P29

染色体生化学研究室

村山泰斗

P30

Quantitative Mechanobiology
Chromosome Biochemistry

システム神経科学研究室
Systems Neuroscience

ODA, Yoshihisa
SHIMAMOTO, Yuta
MURAYAMA, Yasuto

久保郁

KUBO, Fumi

P31

系統生物研究センター Genetic Strains Research Center

NONOMURA, Ken-ichi

安達佳樹

ANDACHI, Yoshiki

HENSCH, Takao K
BERGER, FredericHENIKOFF, Steven
MIZUUCHI, Kiyoshi
ZHANG, Feng

Division of Bioresources Management

データベース事業部

Division of Bioresources Databases

先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Center

P61

DDBJ センター DDBJ Center

P62

システム管理部門

High Performance Computing Division

相賀裕美子

P33

マウス開発研究室

小出

剛

P34

小型魚類開発研究室

酒井則良

P35

植物遺伝研究室

佐藤

豊

P36

原核生物遺伝研究室

仁木宏典

P37

無脊椎動物遺伝研究室

齋藤都暁

P38

産学連携・知的財産室 NIG INNOVATION

系統情報研究室

川本祥子

P39

鈴木睦昭

Plant Genetics

Microbial Genetics

Invertebrate Genetics
Genetic Informatics

SHIROISHI, Toshihiko
SAGA, Yumiko

KOIDE, Tsuyoshi
SAKAI, Noriyoshi
SATO, Yutaka
NIKI, Hironori
SAITO, Kuniaki
KAWAMOTO, Shoko

生体高分子研究室

前島一博

P40

細胞建築研究室木村P41

多細胞構築研究室

澤

斉

P42

遺伝子回路研究室

鈴木えみ子

P43

Biological Macromolecules
Cell Architecture

Multicellular Organization
Gene Network

データベース部門
Database Division（支援センター Support Center）
情報基盤ユニット IT Unit
マウス研究支援ユニット Mouse Research Supporting Unit
動物飼育実験施設 Unit for Experimental Animal Care

MAESHIMA, Kazuhiro

暁

KIMURA, Akatsuki
SAWA, Hitoshi

SUZUKI, EmikoP55

SUZUKI, Mutsuaki
リサーチ・アドミニストレーター室 Office for Research Development

構造遺伝学研究センター Structural Biology Center

P60

バイオリソース事業部

発生工学研究室

Model Fish Genomics Resource

P53

DIFFLEY, John F.X.
STAINIER, Didier
FU, Yun-Xin
YANG, Ziheng
JORDE, Lynn

生物遺伝資源センター Genetic Resource Center

P32

Mouse Genomics Resource

P52

放射線・アイソトープセンター Radioisotope Center

城石俊彦

Mammalian Development

P51

野々村賢一

哺乳動物遺伝研究室
Mammalian Genetics

KUROKAWA, Ken（共同利用事業センター Intellectual Infrastructure Center）

新分野創造センター Center for Frontier Research
Cell Dynamics and Organization

Genome Evolution

TOYODA, Atsushi

国際戦略アドバイザー／客員研究部門 International Strategic Advisor / Visiting Faculty

総合遺伝研究系 Department of Integrated Genetics
Human Genetics

Comparative Genomics

OKUBO, Kosaku

実験圃場 Experimental Farm

集団遺伝研究系 Department of Population Genetics
Population Genetics

NAKAMURA, Yasukazu

Research and Development of Biological Databases TAKAGI, Toshihisa
Gene-Expression Analysis

個体遺伝研究系 Department of Developmental Genetics
Neurogenetics

Genome Informatics

広海

P56

健

HIROMI, Yasushi
男女共同参画推進室 Office for Gender Equality

平田たつみ

HIRATA, Tatsumi
管理部 Department of Administration

P89

総務企画課

General Affairs and Project Section

財務課

Financial Affairs Section2018 年 4 月 1 日現在
as of April 1, 2018

技術課 Technical Section

P89
概要／ Outline

11

Cutting-edge Research : A Core Institute for Life Sciences
遺伝学の中核拠点としての先端研究活動
生命はゲノムに書き込まれた遺伝情報と内外環

境との相互作用で作りだされる複雑なシステムです。

この生命システムの解明をめざして、細胞機能、発生・分化、進化・生物多様性、ゲノム情報などについて
先端研究を進めています。

Life is a complex system generated by the mutual interaction between genetic information engraved in the genome and the internal andexternal environments. At the National Institute of Genetics (NIG), cutting-edge research is conducted in areas such as cell function, development and differentiation, evolution and diversity, and genome
information, aiming to clarify the system of life.

▶ Research Highlights

最近の研究成果より

DNA 複製の失敗に対するバックアップ機構
DNA を複製する際には、二本鎖 DNA を開く必要があります。これは「スライダー」により服のファスナーを開く様子に似ていますが、細胞内ではスライダータンパク質が外れてしまい、複製に失敗する事があります。鐘巻教授と夏目助教は、通常のスライダーを人為破壊して「特別なスライダー」によるバックアップ機構が存在することを発見しました。

DNA のファスナー

通常のスライダー( 複製ヘリカーゼ ) が停止

通常のスライダーが障害物の前で外れる

特別なスライダー(MCM8-9 ヘリカーゼ ) が再開

スライダーが DNA のファスナーから外れる事があるが、細胞は特別なスライダーを用いてコピーを再開する。
Although the slider protein occasionally falls off, cells can restore the DNA zipper
by using a special slider protein.

A new backup system against failure in DNA replication
Double-stranded DNA is unwound for DNA replication. This process is similar
to open a cloth zipper by a ‘slider’. Occasionally, the slider protein falls off from
DNA, leading to failure in DNA replication. The group of Drs. Kanemaki and Natsume revealed a new backup system involving a special slider protein.

Natsume, T., Nishimura, K., Minocherhomji, S., Bhowmick, R., Hickson, I. D., and Kanemaki, M. T. (2017). Acute inactivation of the replicative helicase in humancells triggers MCM8-9-dependent DNA synthesis. Genes Dev 31, 816-829.

選択交配

マウスの
選択交配
マウス 11 番染色体

相同領域

イヌの
家畜化

ヒトになつくマウスの遺伝のしくみを解明
イヌをはじめとした家畜動物の多くは、たとえ飼いならされていなくてもあまり逃げることはなく、むしろ人に近づいてくるものさえいます。これまで、動物が自ら人に近づく行動のしくみは分かっていませんでしたが、今回小出准教授らは、野生由来マウス集団からヒトになつくマウスを新たに作出して、その遺伝的しくみを解明しました。

イヌ 9 番染色体

Characterization of genetic basis for tameness in mice
家畜化

ヒトになつくマウスに関わる遺伝領域がイヌの家畜化に関わる領域と関連していることが分かりました。

Genetic loci related to tameness in mouse are syntenic to the genomic regions
which were selected during dog domestication.

Domesticated animals including dogs exhibit high level of approaching to humans. However, the mechanism underlying the high level of approaching behavior remained to be clarified. We identified genetic loci related to the approaching
behavior by using mouse stocks which were established by selective breeding fortameness from wild stock of mice.

Matsumoto,Y., Goto, T., Nishino, J., Nakaoka, H., Tanave, A., Takano-Shimizu, T., Mott, R. F., and Koide, T. (2017). Selective breeding and selection mapping using
a novel wild-derived heterogeneous stock of mice revealed two closely-linked loci for tameness. Sci Rep 7, 4607.

植物におけるセルロース合成の制御機構
紙や綿、木材の主成分であるセルロースは植物細胞の表面で合成され、細胞壁として蓄積します。小田准教授らは新規のタンパク質 IQD13 がセルロース合成の足場として働く微小管を増加させ、道管の細胞において細胞壁の沈着パターンを制御していることを明らかにしました。

Regulatory mechanism of cellulose synthesis in plants
IQD13 を発現しない細胞（左）と発現している細胞（右）の表面。IQD13 が微小管を増加させる。
Microtubules and cellulose synthesis in the absence (left) and presence (right) of
IQD13.

Cellulose, a major component of paper, cotton, and wood, is synthesized at
the surface of plant cells. Oda group revealed that a novel protein, IQD13, stabilizes and amplifies the scaffold for cellulose synthesis, microtubules, thereby regulates deposition pattern of cellulose in xylem vessel cells.

Sugiyama, Y., Wakazaki, M., Toyooka, K., Fukuda, H., and Oda, Y. (2017). A novel plasma membrane-anchored protein regulates xylem cell-wall deposition throughmicrotubule-dependent lateral inhibition of Rho GTPase domains. Curr Biol 27, 2522-2528.

12

概要／ Outline

Intellectual Infrastructure Supporting Life Sciences
生命科学を支える共同利用
生物遺伝資源（バイオリソース）、先端ゲノミクス
推進、DDBJ（日本 DNA データバンク）の 3 つの研究事業を国際的な中核拠点として運営しています。
他の大学や研究機関とも連携したこれらの事業により生命科学を先導し、研究コミュニティを支援しています。

NIG operates three research infrastructure projects as an international center of life sciences: BioResource Project, Advanced Genomics
Project, and DDBJ Project. Through promoting research collaborations
with other universities and research institutions, NIG advances the frontier of life science and supports the entire scientific research community.

生物遺伝資源（バイオリソース）事業
学術研究用生物系統の開発、収集、提供を主体としたバイオリソース事業を展開し、全国の中核拠点として機能しています。日本医療研究開発機構（AMED）NBRP の生物種

別の中核代表機関としても活動し、さらに情報センターとして大学等と連携してバイオリソー

スデータベースの構築と公開運用を進めています。

BioResource Project
NIG serves as a center for developing, collecting, and distributing biologicalresources of various strains of experimental organisms for academic research.
NIG also plays an important role as a central institution for individual National BioResource Projects and functions as its information center to promote development of biological resource databases in collaboration with universities and otherorganizations.

先端ゲノミクス推進事業
2011 年度から、先端ゲノミクス推進センターを中心に活動しています。これまでに、微生物から大型真核生物にいたる多様な生物種において、最新のシーケンシング技術を駆使してゲノム情報を産出してきており、学術分野における先端ゲノミクス推進の中核として事業を進めています。

Advanced Genomics Project
NIG is top in the nation for technical know-how for complete sequencing ofmulticellular organism genomes. NIG has conducted analyses of genes and genomes in collaboration with many organizations (universities and researchgroups). NIG is a key producer of genomic information.

DDBJ（日本 DNA データバンク）事業
DDBJセンターは、NCBI（米）、ENA/EBI（欧）との協力の下で国際塩基配列データベース（INSD）ならびに次世代シークエンサー出力データアーカイブを運営しています。
INSDには、日・米・欧・韓国特許データも登録されています。また、科学技術振興機構（JST）

DNA Data Bank of JapanDDBJ Sequence Read Archive
DDBJ Trace Archive
BioProject

IAC
ICM
GenBank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

EMBL¯EBI
EMBL-Bank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProjectと共同で、ヒトに関する研究データ共有のための制限公開データ用データベース（JGA）
も運用しています。

また、データベース構築と研究者への計算機資源の提供を目的として、スーパーコンピュー

タシステムの運用を行っています。

DDBJ Project
DDBJ Center maintains International Nucleotide Sequence Database(INSD)
and Sequence Read Archive under collaboration with NCBI in US and ENA/EBIin Europe. INSD also includes Japan, US, European, and Korean patent data by
the collaboration of Japan, US, European patent offices and KOBIC in Korea.
Additionally, collaborating with JST, DDBJ center maintains a controlled accessdatabase, Japanese Genotype-pheontype Archive (JGA).
Moreover, DDBJ operates NIG supercomputer system for the construction of
databases and provision of computational resources to researchers.
概要／ Outline

13

Access to the Institute
遺伝研へのアクセス
遺伝研周辺地図
大場
川him

JR Mis

東海
道
道本
本線
線

OUTH 市立公園

南口 S

楽寿園

三島広小路駅

錦田中学校
錦田中学校

国立遺伝学研究所

National Institute of Genetics

至東京

谷田宿舎

や た

谷田

三島田町駅

Yata

三島警察署
三島警察署

錦田小学校

三島二日町駅

国道136号

1号
国道 e1
t
Rou

至沼津

三島東海病院

三嶋大社

伊豆
箱
箱根
根鉄
鉄道
道

至箱根

東海
道
道新
新幹
幹線
線

RTH

O
北口 N

三島a駅
n
Statio駿

三島塚原 IC

市民体育館
市民体育館

至静岡
至静岡

東

日本大学国際関係学部
日本大学国際関係学部

道
車 ）
動
自 道路
貫
縦 環状
豆
伊 河湾

文教宿舎

（

至沼津 IC

富士山

Mt.Fuji

遺伝研詳細地図
至箱根三島塚原 ICNIG 国立遺伝学研究所

通用門

遺伝研坂下
バス停 A
そば店

や た

谷田
国道
伊

豆

箱

根

JA

道

コンビニエンスストア

三島二日町駅

遺伝研前
バス停

大阪市

名古屋市

Nagoya City

スーパー
マーケット

東京都
Tokyo

成田空港

Narita Airport

羽田空港

Haneda Airport

Osaka City

三島市

Mishima City
Shizuoka Prefecture

静岡県

銀行

三島警察署

鉄

京都市

Kyoto City薬局

自動車販売店

1号

正門

遺伝研坂下
バス停 B

錦田小学校

谷田公民館

踏切

三島駅までのアクセス

三島駅から遺伝研までのアクセス

How to get to JR Mishima Station● 羽田空港品川駅

Haneda Airport

JR Shinagawa Station
京急 約 20 分● 成田空港JR Shinagawa Station
JR 約 1 時間

1hr by JR Narita Express

JR Shin-Osaka

三島駅からの距離 約 4km
About 4km from JR Mishima Station●

JR Mishima Station●

遺伝研へのアクセス／ Access to the Institute

路線バス
南口 5 番乗り場から約 20 分
「柳郷地行き」遺伝研前下車、または、「夏梅木行き」「玉沢・社会保険病院行き」遺伝研坂下下車徒歩 10 分
20min by Local Bus (South Exit #5)

50min by Shinkansen (Kodama)

三島駅

2hr by Shinkansen (Hikari)

シャトルバス
北口 4 番乗り場から約 15 分（平日のみ運行）
15min by the NIG Free Shuttle Bus (North Exit #4)

三島駅

新幹線こだま 約 50 分

JR Mishima Station

新幹線ひかり 約 2 時間

14

JR Mishima Station

50min by Shinkansen (Kodama)

品川駅

Narita Airport

三島駅

新幹線こだま 約 50 分

20min by Keikyu Line● 新大阪駅

Access from JR Mishima Station to NIG●

タクシー
南口・北口共に約 15 分
15min by Taxi

Campus Map
遺伝研マップ

実験動物慰霊碑

太陽光発電設備

展示室

Photovoltaic Facility

Memorial Monument for
Experimental Animals

Exhibition Room

W
M
V

H

RY

G

C
B

R
A

X

S

D

正門

Main Entrance

Z1
Q

Z2

研究員宿泊施設

講堂

Guest House

食堂

Lecture Hall

Cafeteria

研究所の敷地と建物

A 本館

M 電子計算機棟

W 生命情報研究センター

B 図書館

Q 研究員宿泊施設

X 動物飼育実験棟

C 研究実験棟

R 系統生物研究センター

Z1 所内宿舎１号棟

D 講堂棟

RY 系統生物附属プレハブ棟

Z2 所内宿舎２号棟

G 構造遺伝学研究センター

S 系統生物西附属棟

Building Area

H RI 実験棟

V 実験圃場管理施設(Total Floor Space)

Main Building

Library

Laboratory Building

Lecture Hall

Structural Biology Center

Radioisotope Laboratory

Computer Building

Guest House

Genetic Strains Research Center

Genetic Strains Research Center Annex

Center for Information Biology

土地総面積

Animal Research Building

Official Housing Ⅰ

Genetic Strains Research Center West Building

Administration Building for Experimental Farm

Official Housing Ⅱ

101,363㎡

Institute Facilities and Grounds

内訳

Details

研究所敷地 94,095㎡
Institute Area

宿舎敷地

Residential Area

建築面積

建物延面積

7,268㎡
16,912㎡
41,816㎡（2018 年 4 月 1 日現在）

遺伝研マップ／ Campus Map

15

Research Activities
遺伝研の研究活動

Department of Molecular Genetics 分子遺伝研究系

A new genetics of human cells for the study of DNA transactions
ヒト細胞における新たな遺伝学を用いたDNAトランスアクションの解析
(A)

(B)

RAD21-mAID-mClover
20 min40 min0 min

Short-homology mediated tagging(in OsTIR1 expressing cells)

60 minShort-arm donormAID

Target gene

Marker✂>125 bp>125 bp

CAS9
mAID

Marker(C)
Target protein mAID

Auxin
Targetprotein mAID

Ubiquitin

auxin
Target protein

OsTIR1E3 ligase

mAID

Proteasome

Cul1
E2

Rapid depletion(typical half-life is 10 to 20 min)Human conditional AID mutant

100

mClover signal (%)

Target gene

50

0

- auxin+ auxin0 10 20 30 40 50 60 70 80 90

Time (min)オーキシンデグロン（AID）技術（A）CRISPR-Cas9 により標的とする遺伝子を切断し、ドナープラスミドを利用してAID タグの挿入を行う。発現した融合タンパク質は、オーキシン存在下では植物由来 TIR1 を含む E3 ユ
ビキチンリガーゼにより認識されて分解に導かれる。
（B）コヒーシンを構成する RAD21 に改変 AID タグと蛍光タンパク質を付加した。この細胞では、オーキシン添加により迅速に
RAD21 タンパク質が分解される。
（C）RAD21 のシグナルを定量化した。
The auxin-inducible degron (AID) technology(A) The AID tag was inserted to a target gene by CRIPSPR-Cas9 mediated knock-in using a donor plasmid. In the presence of auxin, the fusion protein will be recognized by an ubiquitin
ligase with A containing plant-derived TIR1 for rapid degradation.(B) RAD21, a component of cohesion, was fused with AID and fluorescent tags. RAD21 is depleted rapidly upon auxin
addition. (C) Quantification of the level of RAD21.

当研究室は、植物ホルモンオーキシンにより活性化される、植物内のタンパク質分解メカニズムをヒト細胞に移植することで、特定のタンパク質をオーキシン依存的に分解除去するAID 技術を開発しました。さらに、CRISPR–Cas9 ゲノム編集技術と組み合わせ、
ヒトコンディショナル変異細胞を作る方法を確立しました。作成した変異細胞では、半減期 30 分以下で標的タンパク質を分解除去することができます。AID 技術を応用してヒトゲノム DNA がいかに安定維持されているのか、特に DNA 複製と他の DNAトランスア
クションの関連性を明らかにしようとしています。

We established the auxin-inducible degron (AID) technology, by which the expression of a protein of interest can be
rapidly controlled by the addition of a plant hormone, auxin.
By combining the CRISPR–Cas9-based genome-editing
technology with the AID system, we can now make humanconditional mutants, in which a protein of interest can be depleted in a half-life of less than 30 min. By applying the AID
technology, we wish to understand how genomic DNA ismaintained in human cells. In particular, we are focusing on
the relationship between DNA replication and other DNA
transactions.

Selected Publications
Natsume, T., Nishimura, K., Minocherhomji, S., Bhowmick, R., Hickson, I. D., andKanemaki, M. T. (2017). Acute inactivation of the replicative helicase in humancells triggers MCM8-9-dependent DNA synthesis. Genes Dev 31, 816-829.

Natsume, T., Kiyomitsu, T., Saga, Y., and Kanemaki, M. T. (2016). Rapid protein
depletion in human cells by auxin-inducible degron tagging with short homology
donors. Cell Reports 15, 210-218.

Natsume, T., and Kanemaki, M. T. (2017). Conditional degrons for controlling
protein expression at the protein level. Annu Rev Genet 51, 83-102.

Division of Molecular Cell Engineering

分子細胞工学研究部門

Kanemaki Group 鐘巻研究室

KANEMAKI, Masato
Professor

鐘巻将人

教授

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kanemaki

NATSUME, Toyoaki
Assistant Professor

夏目豊彰

助教

研究活動／ Research Activities

17

Department of Cell Genetics

細胞遺伝研究系

Molecular mechanism of eukaryotic DNA replication in the cell cycle
真核生物染色体の DNA 複製機構とその細胞周期による調節（A）複製開始領域を決定するORC複合体は、ヌクレオソームとの相互作用を介して安定に複製開始領域に結合する。図はORC-ヌクレオソーム複合体のAFM像。
（B）
複製開始のタイミングは Sld3-Sld7-Cdc45 複合体が制御している。細胞内でこの複合体を過剰発現させる（図中 “ON”）と複製のタイミングが異常を示し、lateorigin の複製が早期に開始する（図中矢印）。
(A) AFM image of ORC-chromatin complexes. ORC (origin recognition complex) binds to replication origins, where DNA replication is initiated. We revealed thatchromatin structure stabilizes origin-ORC interaction. (B) Origin association of the low abundance replication proteins Sld3, Sld7, and Cdc45 is the key todetermining the temporal order of origin firing. Simultaneous over-expression of these proteins (“ON” in the figure) allows the late-firing origins to fire earlier in S
phase (arrow in the figure).

真核生物の染色体 DNA は、細胞周期の S 期に一度だけ正確に複製され、娘細胞に分配されます。この機構により、遺伝情報は親から子に過不足無く正確に伝わります。真核生物の DNA 複製は、染色体上に散在する複数の場所から開始し、その開始が細胞周期により厳密に制御されています。しかし、染色体 DNA 複製の開始がどのように行われ、どうしてS 期のみに複製されるのか、その詳
細はよく分かっていません。本研究室ではこの問題に答えるため、出芽酵母を真核生物のモデル系として、染色体 DNA 複製機構とその制御の研究を行っています。

Eukaryotic chromosome DNA is replicated exactly only
once per cell cycle and segregated to daughter cells. This
process ensures cells to transmit accurate genomic information to their progeny. Eukaryotic DNA replication initiates frommultiple sites, called replication origins, scattered throughout
chromosomes and this initiation process is strictly regulatedby the cell cycle. However, molecular mechanism of DNA
replication and its regulation in eukaryotic cell cycle have notbeen well elucidated. To approach this subject, we have isolated novel replication factors of budding yeast and analyzed
their functions.

Selected Publications
Miyazawa-Onami, M., Araki, H. and Tanaka, S. (2017). Pre‐initiation complex
assembly functions as a molecular switch that splits the Mcm2‐7 double hexamer.
EMBO Rep 18, 1752-1761.

Itou, H., Shirakihara, Y., and Araki, H. (2015). The quaternary structure of the
eukaryotic DNA replication proteins Sld7 and Sld3. Acta Crystallogr D Biol
Crystallogr 71, 1649-1656.

Hizume, K., Kominami, H., Kobayashi, K., Yamada, H. and Araki, H. (2017).
Flexible DNA path in the MCM double hexamer loaded on DNA. Biochemistry 56,
2435-2445.

Division of Microbial Genetics

Araki Group

荒木研究室

ARAKI, Hiroyuki
Professor

荒木弘之

18

微生物遺伝研究部門

教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/araki

Department of Cell Genetics

細胞遺伝研究系

Evolutionary integration of two independent organisms by endosymbioses
細胞内共生による異種細胞の統合機構の解明

祖先のシアノバクテリア（A）と同様に、葉緑体は分裂によって増殖します（B,
単細胞の藻類；C, 陸上植物の細胞）。
我々は、葉緑体分裂がその分裂面に形成される分裂装置（リング）の収縮によって行われること（D）、分裂装置がシアノバクテリア由来の FtsZと宿主細胞が加えた Dynamin 等から構成されていることを明らかにしま
した（E）。
Reminiscent of their cyanobacterial (A)ancestor, chloroplasts replicate bybinary division (B, unicellular alga; C,land plant cells). Chloroplast division
is performed by the division ring (D)which involves cyanobacterial FtsZand eukaryotic dynamin (E).

真核細胞内のエネルギー変換器、ミトコンドリアと葉緑体は、バクテリアが真核細胞内に共生して誕生しました。その他にも、真核細胞が別の細胞を取り込み、新機能を獲得する例は広く存在します。
このような二種の細胞の世代を超えた持続的統合には、宿主細胞と共生細胞の協調増殖機構の確立が必須です。私たちは、（1）真核細胞による葉緑体とミトコンドリアの増殖制御、（2）細胞内小器官によるエネルギー供給と細胞の増殖の関係、（3）葉緑体とミ
トコンドリア以外の細胞内共生系における宿主細胞と共生体細胞の協調増殖機構を理解することで、細胞内共生成立の基本原理の解明を目指しています。

Mitochondria and chloroplasts, energy-converting organelles in eukaryotic cells, are relicts of ancient bacterial endosymbionts. In addition to these particular organelles, there
are many other endosymbiotic events which have integrated
new functions into eukaryotic host cells. In order to maintaina permanent endosymbiotic relationship, a host cell and an
endosymbiotic cell coordinate their proliferation. The major
goal of our study is to understand how organelle (or otherendosymbiotic cell) division is controlled by host cells andhow host cells proliferate depending on chemical energy thatare supplied by organelles (or other endosymbiotic cells).

Selected Publications
Hirooka, S., Hirose, Y., Kanesaki, Y., Higuchi, S., Fujiwara, T., Onuma, R., Era, A.,
Ohbayashi, R., Uzuka, A., Nozaki, H., Yoshikawa, H., and Miyagishima, S. (2017).
Acidophilic green algal genome provides insights into adaptation to an acidic
environment. Proc Natl Acad Sci USA 114, 8304-8313.

Miyagishima, S., Fujiwara, T., Sumiya, N., Hirooka, S., Nakano, A., Kabeya, Y.,
and Nakamura, M. (2014). Translation-independent circadian control of the cell
cycle in a unicellular photosynthetic eukaryote. Nat Commun 5, 3807.

Sumiya, N., Fujiwara, T., Era, A., and Miyagishima, S. (2016). Chloroplast divisioncheckpoint in eukaryotic algae. Proc Natl Acad Sci USA 113, 7629-7638.

Division of Symbiosis and Cell Evolution

Miyagishima Group

宮城島研究室MIYAGISHIMA, Shin-ya
Professor

FUJIWARA, Takayuki
Assistant Professor

教授

助教

宮城島進也

共生細胞進化研究部門

藤原崇之

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/miyagishima

研究活動／ Research Activities

19

Department of Developmental Genetics

個体遺伝研究系

Neuronal circuit development and function in the mouse brain
マウスを用いた脳神経回路発達の分子から個体までの統合的解析

新生児の脳の中で神経回路が発達する過程を、二光子顕微鏡を用いて直接観察することに成功した。マウス大脳皮質の中の単一の神経細胞を明るく蛍光標識（赤色）し、生後5日目、4.5、9、18 時間後の時点でイメージングしたところ、樹状突起の枝が激しく伸縮しながら、正しい結合相手の軸索（緑色）に向かって広がっていく様子が観察された。

A process of neuronal circuit development in the neonatal brain was observed using two-photon microscopy. Dendrites of cortical neurons (red) were highly motile and expanded towards
proper presynaptic targets (thalamocortical axons: green). Images of a single neuron in the mouse somatosensory cortex at 0h, 4.5h, 9h and 18h after postnatal day 5 are shown.

哺乳類の脳は高度な情報処理能力をもっていますが、その基盤となるのは、精密に構築された複雑な神経回路です。その発達の仕組みを理解するためには、分子から動物個体までの統合的な研究が必要不可欠です。本研究室では、分子生物学、マウス遺伝学を基盤とし、in vivo での遺伝子操作や 2 光子顕微鏡イメージングなど多角的なアプローチによって、哺乳類の神経回路が発達し機能する仕組みを明らかにすることを目指しています。特に、外界からの刺激の影響を強く受ける子どもの時期の回路発達（神経活動依存的回路発達）に興味を持っています。

To understand development of complex yet sophisticated neuronal circuits underlying higher brain function of mammals, integrative studies which cover from molecules towhole animals are indispensable. By using a wide range oftechniques, such as mouse genetics (gene knockout),
2-photon microscopy, confocal microscopy, histology andbehavioral analyses, we are studying mechanisms of development and function of mammalian neuronal circuits. In particular, we are interested in activity-dependent circuit
development during postnatal stages.

Selected Publications
Mizuno, H., Ikezoe, K., Nakazawa, S., Sato, T., Kitamura, K., and Iwasato, T. (2018).
Patchwork-Type Spontaneous Activity in Neonatal Barrel Cortex Layer 4
Transmitted via Thalamocortical Projections. Cell Rep 22, 123-135.

Mizuno, H., Luo, W., Tarusawa, E., Saito, Y. M., Sato, T., Yoshimura, Y., Itohara, S.,
and Iwasato, T. (2014). NMDAR-regulated dynamics of layer 4 neuronal dendrites
during thalamocortical reorganization in neonates. Neuron 82, 365-379.

Luo, W., Mizuno, H., Iwata, R., Nakazawa, S., Yasuda, K., Itohara, S., andIwasato, T. (2016). Supernova: A versatile vector system for single-cell labelingand gene function studies in vivo. Sci Rep 6, 35747.

Division of Neurogenetics

Iwasato GroupIWASATO, Takuji
Professor

岩里琢治

20

教授

研究活動／ Research Activities

形質遺伝研究部門

岩里研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/iwasato

Department of Developmental Genetics

個体遺伝研究系

The genetic basis of development and behaviors in zebrafish
ゼブラフィッシュを用いた高次生命現象の遺伝学的解析

遺伝子トラップ・エンハンサートラップ
法による細胞・組織・器官特異的 GFP発現。
（左上）骨格、（右上）表皮上の細胞、（左下）血管、（右下）感覚神経。

GFP expression in specific cells, tissues
and organs by gene trapping andenhancer trapping. (upper, left) skeleton,(upper, right) cells on the skin, (lower,
left) blood vessels, (lower, right) sensory
neurons.

私たちはゼブラフィッシュを用いて、世界で初めて高効率なトラ
ンスポゾン転移システムを開発し、それを用いて、遺伝子導入動物作製法、遺伝子／エンハンサートラップ法、Gal4-UAS 法を開発してきました。これらの方法を駆使して世界最大規模のトランスジェ
ニックフィッシュリソースを構築し、特定の細胞や器官の可視化や機能操作を実現させました。これらの研究リソースを基に世界中の研究者と共同研究を展開しています。さらに私たちは、行動・学
習・記憶に重要な神経回路の可視化、神経細胞機能阻害、神経活
動のイメージングなどを通じて脳機能の解明を目指しています。

We developed the highly efficient transposon transposition system in zebrafish, and developed powerful genetic
methods, including the transgenesis, gene trap, enhancer
trap, Gal4-UAS methods. By using these methods, we created a large number of transgenic fish lines that express theyeast Gal4 transcription activator in specific cells, tissues andorgans for the applications in developmental biology andneuroscience. We are studying the structure and function of
specific neuronal circuits that regulate locomotion, learningand memory. Also, we visualize neuronal activity during behavior by calcium imaging to identify functional neuronal circuits.

Selected Publications
Muto, A., Lal, P., Ailani, D., Abe, G., Itoh, M., and Kawakami, K. (2017). Activationof the hypothalamic feeding centre upon visual prey detection. Nat Commun 8,
15029.

Kawakami, K., Largaespada, D. A., and Ivics, Z. (2017). Transposons as tools forfunctional genomics in vertebrate models. Trends Genet 33, 784-801.

Kawakami, K., Asakawa, K., Hibi, M., Itoh, M., Muto, A., and Wada, H.(2016).
Gal4 driver transgenic zebrafish: powerful tools to study developmental biology,
organogenesis, and neuroscience. Adv Genet 95, 65-87.

Division of Molecular and Developmental Biology

Kawakami GroupKAWAKAMI, Koichi
Professor

川上浩一

教授

川上研究室

ASAKAWA, Kazuhide
Assistant Professor

浅川和秀

助教

初期発生研究部門

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kawakami

MUTO, Akira
Assistant Professor

武藤

彩

助教

研究活動／ Research Activities

21

Department of Population Genetics

集団遺伝研究系

Genome evolution of organisms with special reference to human
ヒトを中心とした生物のゲノム進化

デニソワ人ゲノムから現代人への遺伝子移入パターン。
Jinam et al.（ 2017）より。
Patterns of gene introgression from Denisowan tomodern humans. From Jinam et al. (2017).

生物のゲノム進化をおもにコンピュータ解析で研究しています。
特に現代人の進化とヒトにいたる霊長類と哺乳類の進化に焦点をあてています。研究対象としては（1）古代 DNA 解析をふくめたさまざまな人類集団、特に日本列島人のゲノム規模データの解析、（2）
ヒト科、霊長類、哺乳類，脊椎動物などにおいて各系統で進化的に保存された非コード領域の解析、（3）ゲノム進化学研究に有用な解析法の開発、があります。

We study genome evolution of organisms mainly throughcomputer analyses. We are particularly interested in evolutionof modern humans and primate and mammalian evolution
toward human. Research interests are (1) genome data analysis of modern humans with special reference to those inJapanese Archipelago including ancient DNA, (2) lineagespecific evolutionary changes at different levels of organismgroups such as Hominidae, primates, mammals, and vertebrates, (3) development of methods useful for evolutionary
genomic studies.

Selected Publications
Jinam, T. A., Phipps, M. E., Aghakhanian, F., Majumder, P. P., Datar, F., Stoneking,M., Sawai, H., Nishida, N., Tokunaga, K., Kawamura, S., Omoto, K., and Saitou,
N. (2017). Discerning the origins of the Negritos, First Sundaland People: deep
divergence and archaic admixture. Genome Biol Evol 9, 2013–2022.

Saitou, N. and Jinam, T. A. (2017). Language diversity of the JapaneseArchipelago and its relationship with human DNA diversity. Man in India 95,
205-228.

Saber, M. M., and Saitou, N. (2017). Silencing effect of Hominoid highly
conserved noncoding sequences on embryonic brain development. Genome Biol
Evol 9, 2122–2133.

Division of Population Genetics

Saitou Group

斎藤研究室

SAITOU, Naruya
Professor

斎藤成也

22

集団遺伝研究部門

教授

研究活動／ Research Activities

JINAM, Timothy A.
Assistant Professor

ジナム ティモシー A.

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saitou

Department of Population Genetics

集団遺伝研究系

Population genetics and genome evolution
集団遺伝とゲノム進化A）バクテリアでの生合成にかかるエネルギーの割合。バクテリアの細胞では約 75% のエネルギーがタンパク質合成に使われています（Neidhardt et al.
1990)。B）エネルギーコストに関わるタンパク質の進化。枯草菌のゲノムを見てみると、量の多いタンパク質はコストの安いアミノ酸を使って合成されていることが分かります。
Metabolic economics and microbrial proteome evolution. A) Chemical energy allocations for biosynthesis of a bacterial cell. About 75% of the budget isused for protein synthesis. Based on data from E. coli (Neidhardt et al. 1990). B) Protein adaptation for energetic efficiency. In Bacillus subtilis, abundant
proteins employ less energetically costly amino acids.

本研究室では、ゲノム進化のメカニズムを解明するために、理論と実験を組み合わせた研究を行っています。現在の研究テーマ
は以下のようなものです。
1）生合成における制約やその効率にかかる自然選択が、ゲノムおよびタンパク質の進化に与える影響の解明。
2）ゲノム進化に関する理論的研究。特にコンピューターシミュレー
ションを用いた、ゲノム進化に影響を与えた要因を統計的に検出する方法の開発。
3）キイロショウジョウバエの近縁種間でみられる、系統特異的なゲノム進化パターンとそれを引き起こした要因の解明。

We combine theoretical and laboratory studies to study
mechanisms of genome evolution. Current interests include:
1 ) Phenotypic bases of weak selection: biosynthetic con-straints or selection for efficient synthesis may be important global factors in genome and proteome evolution.

2 ) Modeling evolutionary processes: we employ computer

simulations of weak selection and fitness interactions
among mutations to determine statistical methods to detect subtle evolutionary forces.

3 ) lineage-specific genome evolution: we are trying to under-

stand why nucleotide and amino acid composition varystrongly among closely related Drosophila.

Selected Publications
Matsumoto, T., John, A., Baeza-Centurion, P., Li, B., and Akashi, H. (2016).
Codon usage selection can bias estimation of the fraction of adaptive amino acidfixations. Mol Biol Evol 33, 1580-1589.

Akashi, H., Osada, N., and Ohta, T. (2012). Weak selection and protein evolution.
Genetics 192, 15-31.

Matsumoto, T., Akashi, H., and Yang, Z. (2015). Evaluation of ancestral sequence
reconstruction methods to infer nonstationary patterns of nucleotide substitution.
Genetics 200, 873-890.

Division of Evolutionary Genetics

Akashi GroupAKASHI, Hiroshi
Professor

明石

裕

教授

進化遺伝研究部門

明石研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/akashi

MATSUMOTO, Tomotaka
Assistant Professor

松本知高

助教

研究活動／ Research Activities

23

Department of Population Genetics

集団遺伝研究系

Genetics of adaptive radiation
適応放散の遺伝機構

地道なフィールド調査と飼育室内での実験によって、野外生物にみられる行動や生理や形態の変異を解析します。ついで、古典的な遺伝的手法や最新のゲノミックス技術などを援用し、遺伝基盤や候補遺伝子を解明していきます。また、遺伝子操作法による分子機能解析に加え、ビオトープ池を用いたミクロ生態系での生態実験を用いて分子から生態までをつないでいきます。

Our research takes an integrative approach across diverse disciplines. The first step is to conduct a detailed ecological survey of natural variation among stickleback populations collectedfrom diverse environments. Next, we use genetic and genomic tools to study the genetic architecture of ecologically important phenotypic traits and also identify candidate genes responsible
for adaptation and speciation. Then, we use transgenic and knockout approaches to study the detailed molecular and physiological functions of these candidate genes in vivo. Furthermore,
we plan to use semi-natural ponds to get insight into how different alleles behave within natural populations.

どうやって新たな種が生まれるのか。生き物がどのようにして多様な環境に適応していくのか。生物多様性進化を巡るこれらの問いに対して、トゲウオやメダカを用いながら迫ります。表現型変化に関わる遺伝子は、実験モデル生物において多く同定されてきましたが、野外生物における種分化や適応進化の分子機構は多くが未解明です。また、原因対立遺伝子が野外集団内でどのように広まっていくのかについても多くが未解明です。これらを解明するために、フィールド調査から始まり、ゲノミックスや遺伝子工学、生態実験などを統合的に用います。

Our research goal is to understand the molecular mechanisms underlying the evolution of biodiversity. Althoughmany genes important for animal development and behavior
have been identified in model organisms, little is known
about the molecular mechanisms underlying naturally occurring phenotypic variation important for adaptation and speciation in wild populations. Furthermore, little is known about
how newly evolved alleles important for adaptation and speciation spread within natural populations. To understandthese ecological and genetic mechanisms, we mainly use
stickleback fishes as a model. Our research takes an integrative approach across diverse disciplines.

Selected Publications
Matsumoto, T., Yoshida, K., and Kitano, J. (2017). Contribution of gene flow tothe evolution of recombination suppression in sex chromosomes. J Theor Biol
431, 25-31.
Kusakabe, M., Ishikawa, A., Ravinet, M., Yoshida, K., Makino, T., Toyoda, A.,
Fujiyama, A., and Kitano, J. (2017). Genetic basis for variation in salinity tolerance
between stickleback ecotypes. Mol Ecol 26, 304-319.

Division of Ecological Genetics

Kitano Group

北野研究室

KITANO, Jun
Professor

北野

24

潤

生態遺伝学研究部門

ISHIKAWA, Asano
Assistant Professor
教授

研究活動／ Research Activities

石川麻乃

助教

Ishikawa, A., Kusakabe, M., Ravinet, M., Yoshida, K., Makino, T., Toyoda, A.
Fujiyama, A., and Kitano, J. (2017). Different contributions of local- anddistantregulatory changes to transcriptome divergence between stickleback
ecotypes. Evolution 71, 565-581.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kitano

Department of Integrated Genetics

総合遺伝研究系

Genomic medicine with next generation sequencing technology
次世代シーケンサーを駆使したゲノム医学研究

疾患メカニズムの解明にはゲノム配列だけでなく、遺伝子を含む全ての転写産物とそれらを制御する領域および因子を合わせて理解する必要があります。次世代シーケンサーを使ったこれらの解析により、疾患メカニズムを明らかにすることを目指しています。
The basic unit of heredity as disease causality might well be the regulatory region and not only the gene. The integrated functional properties based on a Next generation sequencer will open the way
to understand the disease mechanisms.

本研究室では、次世代シーケンサーで得られる膨大な塩基配列
情報を医学研究に活用し、ヒト疾患の理解、治療法の開発に寄与することを目指しています。疾患ゲノム研究は原因となっている遺伝子変異、多型を検出することを当初の目標としていますが、病変組織における遺伝子発現プロファイル、ネットワーク解析を組み合わせることにより、疾患メカニズム理解につなげる研究も推進します。また多因子疾患における疾患感受性遺伝子は進化的な意義を有することが多く、集団遺伝学的な検討も試みています。

Our research goal is to elucidate disease causalities andtheir patho-etiologies, and ultimately to develop therapeutic
tool. With the advent of next generation sequencing technologies, it becomes very handy to identify causalities of monogenic diseases as well as complex diseases. With the vast of
genomic information at hand, we will combine gene expression profiles of the responsible tissues together with clinicalinformation to understand the global picture of diseases.

Selected Publications
Ito, J., Sugimoto, R., Nakaoka, H., Yamada, S., Kimura, T., Hayano, T., andInoue, I. (2017). Systematic identification and characterization of regulatory
elements derived from human endogenous retroviruses. PLoS Genet 13,
e1006883.

Nakaoka, H., Gurumurthy, A., Hayano, T., Ahmadloo, S., Omer, W. H., Yoshihara, K.,
Yamamoto, A., Kurose, K., Enomoto, T., Akira, S., Hosomichi, K., and Inoue, I. (2016).
Allelic imbalance in regulation of ANRIL through chromatin interaction at 9p21
endometriosis risk locus. PLoS Genet 12, e1005893.

Romero, V., Hosomichi, K., Nakaoka, H., Shibata, H., and Inoue, I. (2017).
Structure and evolution of the filaggrin gene repeated region in primates. BMC
Evol Biol 17, 10.

Division of Human Genetics

Inoue GroupINOUE, Ituro
Professor

井ノ上逸朗

人類遺伝研究部門

井ノ上研究室https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/inoue

NAKAOKA, Hirofumi
Assistant Professor

教授

中岡博史

助教

研究活動／ Research Activities

25

総合遺伝研究系

Department of Integrated Genetics

Genetics of epigenetics
エピジェネティクスの遺伝学

H3K9メチル化が H3K4me1 を排除する（Inagaki et al 2017 より）。野生型個体（WT）では、トランスポゾンには H3K9me2 があり（灰色）、遺伝子に H3K4me1 があります（黄緑色）。H3K9メチル化酵素の変異体（suvh456）では、トランスポゾンで、H3K9me2 が無くなるのにともない、H3K4me1 が蓄積します。

H3K9 directs loss of H3K4me1 (from Inagaki et al 2017). Wild type plants have H3K9me2 in transposons (gray) and H3K4me1 in gene bodies (light green). In the mutant of
H3K9 methylase genes (suvh456), transposons loose H3K9me2 and accumulate H3K4me1.

細胞分裂後に継承される遺伝情報の実体は塩基配列です。一方、
塩基配列以外の形で、遺伝子の ON ／ OFF 情報が娘細胞に伝わる現象が多くの生物で観察されます。このような「エピジェネティッ
ク」な現象の実体は、DNA のメチル化などのクロマチンの修飾であることがわかってきています。私達は、シロイヌナズナのゲノム
DNA のメチル化を制御する因子の変異体を用いたアプローチで、ゲノム進化や個体発生におけるエピジェネティックな制御の役割とその機構について研究しています。

To understand control and function of DNA methylation,
we are taking genetic approaches using mutants of Arabidopsis. An Arabidopsis protein DDM1 (decrease in DNA
methylation) is necessary for methylating transposons andrepeats. On the other hand, IBM1 (increase in BONSAI methylation) is necessary for not methylating genes. In mutants ofgenes encoding these proteins, several types of developmental abnormalities were induced. Characterization of theseabnormalities is revealing impact of DNA methylation on genome evolution and appropriate gene expression.

Selected Publications
Hosaka, A., Saito, R., Takashima, K., Sasaki, T., Fu, Y., Kawabe, A., Ito, T.,
Toyoda, A., Fujiyama, A., Tarutani, Y., and Kakutani, T. (2017). Evolution ofsequence-specific anti-silencing systems in Arabidopsis. Nat Commun 8, 2161.
Inagaki, S., Takahashi, M., Hosaka, A., Ito, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Tarutani, Y.,
and Kakutani, T. (2017). Gene-body chromatin modification dynamics mediate
epigenome differentiation in Arabidopsis. EMBO J 36, 970-980.

Division of Agricultural Genetics

Kakutani GroupKAKUTANI, Tetsuji
Professor

角谷徹仁

26

教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kakutani

育種遺伝研究部門

角谷研究室

TARUTANI, Yoshiaki
Assistant Professor

樽谷芳明

助教

INAGAKI, Soichi
Assistant Professor

稲垣宗一

Fu, Y., Kawabe, A., Etcheverry, M., Ito, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Colot, V.,
Tarutani, Y., and Kakutani, T. (2013). Mobilization of a plant transposon by
expression of the transposon-encoded anti-silencing factor. EMBO J 32,
2407-2417.

助教

Department of Integrated Genetics

総合遺伝研究系

Approaching brain function through studying development of nervous systems
神経発生から眺める脳機能遺伝子型の異なる3 匹のマウス胚終脳を腹側からみた写真。左右前端部の嗅球（矢じり）の神経細胞と軸索が青く染まっている。
（左）正常脳では、軸索は腹側の脳を避けるように弧を描いて伸びて神経回路を作る。
（中・右）軸索ガイド分子遺伝子を欠損したマウス脳では、軸索の伸長パターンが乱れ、異所的回路が作られる。

Ventral aspects of three mouse embryonic brains with different genotypes. Olfactory bulb (arrowheads) neurons and their axons are labeled in blue. (left) in the normal brain, olfactory bulb axons growaround the ventral brain part and make neural circuits. (middle, right) in mutant brains for axon guidance molecules, the axons ectopically grow and make aberrant connections.

脳は膨大な数の神経細胞が織りなす回路です。遺伝子に記された発生プログラムに従って、神経細胞が生まれ、移動し、軸索を伸長して、標的細胞と配線されて作られます。この配線パターンが、動物の行動や思考といった脳機能の特徴を決めています。経験や学習によって柔軟に変化できる脳ですが、実のところ、いったん作られた配線のほとんどは固定されており、書き換え不能です。当研究室では、発生期につくられる神経回路の配線のルールを理解する事で、脳の頑固な部分に迫りたいと考えています。

The brain circuitry is made up of an enormous numberof neurons. It is constructed by sequential developmental
steps, involving neuronal differentiation, migration, axon guidance, and synaptogensis. The resulting wiring patterns determine the characteristics of animals’ behavior and mental
activities. Although the brain maintains a certain degree ofplasticity, the core element is almost fixed and non-rewireable after the completion. We focus on this rigid feature of
the brain by attempting to reveal the rules of neural development and to understand how the wiring design shapes brain
function.

Selected Publications
Yamauchi, K., Yamazaki, M., Abe, M., Sakimura, K., Lickert, H., Kawasaki, T.,
Murakami, F., and Hirata, T. (2017). Netrin-1 derived from the ventricular zone, but
not the floor plate, directs hindbrain commissural axons to the ventral midline. Sci
Rep 7, 11992.

Mita, S., de Monasterio-Schrader, P., Fünfschilling, U., Kawasaki, T., Mizuno, H.,
Iwasato, T., Nave, K. A., Werner, H. B., and Hirata, T. (2015). Transcallosal
projections require glycoprotein M6-Dependent neurite growth and guidance.
Cereb Cortex 25, 4111-4125.

Zhu, Y., Matsumoto, T., Nagasawa, T., Mackay, F., and Murakami, F. (2015).
Chemokine signaling controls integrity of radial glial scaffold in developing spinal
cord and consequential proper position of boundary cap cells. J Neurosci 35,
9211-9224.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/hirata

Division of Brain Function 脳機能研究部門

Hirata GroupHIRATA, Tatsumi
Professor

平田たつみ

平田研究室

KAWASAKI, Takahiko
Assistant Professor

教授

川崎能彦

助教

ZHU, Yan
Assistant Professor

トウー ヤン

助教

研究活動／ Research Activities

27

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Molecular basis of plant cell morphogenesis
植物細胞の形態形成：空間を制御する分子システムの理解

A）木部道管の様々な二次細胞壁パターン。B）木部道管分化誘導系。二次細胞壁（赤）の沈着が認められる。C）二次細胞壁の沈着を誘導する微小管。D）Rho GTPase が活性化（緑）し、二次細胞壁（黄）の沈着を阻害している。E）細胞壁パターンの再構築。Rho GTPase（紫）が細胞膜ドメインを形成し、微小管（緑）と相互作用している。
(A) Xylem vessels develop various secondary cell wall patterns. (B) Xylogenic Arabidopsis cultured cells. Red signals indicate secondary cell walls. (C) Cortical microtubules in the differentiating xylem
cell. (D) Secondary cell walls (yellow) and plasma membrane domains (green). (E) Reconstruction assay for secondary cell wall patterns. Magenta: plasma membrane domains. Green: microtubules.

多細胞生物の発生は個々の細胞が適切な形態と機能を獲得することによって成し遂げられます。植物細胞は堅い細胞壁に覆われており、この細胞壁の沈着パターンを変化させることにより様々な細胞を作り出しています。私たちの研究室では、螺旋、網目、孔紋などのパターンに従って二次細胞壁を形成する木部道管に着目し、植物細胞が空間的なパターンを創り出す仕組みを研究しています。
独自に開発した木部道管分化誘導系と細胞壁パターンの再構築実
験系を用い、主に細胞骨格とRho GTPaseの働きを調べています。

A specifically patterned cell wall is a determinant of plant
cell shape. However, the precise mechanism underlying thecell wall patterning is still elusive. The main purpose of ourstudy is to reveal how plant cells establish proper cell wall
patterns. We focus on xylem vessel cells that deposit secondary cell walls in various patterns such as spiral, reticulate,and pitted patterns. By using our xylogenic cell culture system and pattern reconstruction assay, we have revealed thatcortical cytoskeletons and Rho GTPases play a central rolein the secondary cell wall patterning.

Selected Publications
Sasaki, T., Fukuda, H., and Oda, Y. (2017). CORTICAL MICROTUBULEDISORDERING1 is required for secondary cell wall patterning in xylem
vessels. Plant Cell 29, 3123-3139.
Sugiyama, Y., Wakazaki, M., Toyooka, K., Fukuda, H., and Oda, Y. (2017). A
novel plasma membrane-anchored protein regulates xylem cell-wall deposition
through microtubule-dependent lateral inhibition of Rho GTPase domains. Curr
Biol 27, 2522-2528.

Cell Dynamics and Organization Laboratory 細胞空間制御研究室

Oda Group

小田研究室

ODA, Yoshihisa
Associate Professor

小田祥久

28

准教授

研究活動／ Research Activities

Oda, Y., Iida, Y., Nagashima, Y., Sugiyama, Y., and Fukuda, H. (2015). Novelcoiled-coil proteins regulate exocyst association with cortical microtubules inxylem cells via the Conserved Oligomeric Golgi-complex 2 protein. Plant Cell
Physiol 56, 277-286.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/oda

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Cellular mechanochemistry regulating eukaryotic chromosome dynamics
真核生物の染色体動態を制御する細胞のメカノケミストリー

研究室で行っているマイクロマニピュレーション実験を捉えた写真。A は染色体分配装置である紡錘体、B は遺伝情報の保持や複製を担う細胞核。硬さが較正された一対のガラスマイクロ
ニードル（先端位置を白矢頭で示す）を使って、これらの細胞装置がメカニカルな力に応答しながらいかにその構造と機能を維持し、遺伝情報の伝達や制御を行っているかを調べている。
Images show micromanipulation experiments performed in our laboratory for examining the mechanical properties of the (A) and the cell nucleus (B). Using a pair of force-calibrated
microneedles (white arrowheads), we study how these structures respond to force while maintaining their structural and functional in order to ensure the stable transmission and regulationof the genome in a cell.

細胞がメカニカルな力を発生し、またそれを感知して応答する
能力は、分裂や分化を初めとするさまざまな生命プロセスにとって必要不可欠です。私達の研究室では、レーザーピンセットやガラ
スファイバーを用いた力学操作技術、細胞生物学の分子摂動ツール、
高解像度の蛍光イメージング手法を組み合わせ、遺伝子動態制御の中核を担う紡錘体や細胞核がどのような物理化学特性を備えているかを調べています。それらのメカニクスと分子反応ケミスト
リーの関係を定量的に明らかにすることを通して、細胞が機械シグ
ナルに適切に応答するためにどのように構造化されているかを理解し、最終的にはその知識を使って細胞の挙動を任意に制御することを目指して研究しています。

The cell’s ability to generate, sense, and respond to mechanical force is crucial to many biological processes, including cell division and differentiation. Our laboratory takes amulti-disciplinary approach, integrating quantitative micromanipulation (e.g., optical tweezers, glass microfibers), biochemical perturbation, and high-resolution fluorescencemicroscopy (e.g., confocal and TIRF imaging) to characterize
physicochemical nature of the mitotic spindle and the cell
nucleus. Through quantitative analyses of their micromechanics and molecular biochemistry, we aim to understandthe principles of how cells are structured to respond to defined mechanical cues and aim ultimately to use the knowledge to control complex cellular behavior.

Selected Publications
Takagi, J., and Shimamoto, Y. (2017). High-quality frozen extracts of Xenopus
laevis eggs reveal size-dependent control of metaphase spindle micromechanics.
Mol Biol Cell 28, 2170-2177.

Shimamoto, Y., Maeda, Y. T., Ishiwata, S., Libchaber, A. J., and Kapoor, T. M. (2011).
Insights into the micromechanical properties of the metaphase spindle. Cell 145,
1062-1074.

Shimamoto, Y., Tamura, S., Masumoto, H., and Maeshima, K. (2017).
Nucleosome-nucleosome interactions via histone tails and linker DNA regulate
nuclear rigidity. Mol Biol Cell 28, 1580-1589.

Quantitative Mechanobiology Laboratory 定量メカノバイオロジー研究室

Shimamoto Group 島本研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/shimamoto

SHIMAMOTO, Yuta
Associate Professor

島本勇太

准教授

研究活動／ Research Activities

29

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Revealing molecular function of SMC complexes in chromosome structural control
B
(kDa)
250

loaderA

cohesin

SMC 複合体による染色体構造形成機構の解明

150
100
75
chromosome

50
a molecular model“sister chromatid cohesion”

37

C

D
loa der

circularlinear+ ATP
Retrieve
DNA-cohesin by IP

wash (high salt)
gel electrophoresis

Beads
Beads

circular

ゲノム情報を保持する染色体は、細胞の大きさに比べてはるかに長大な分子です。細胞は、これを核内に絡まることなく納め、遺伝子発現、複製、分配といった複雑でダイナミックな反応を同時に制御しています。巨大なリング状の SMC 複合体 (コヒーシン、コン
デンシン、SMC5/6 複合体 ) は染色体構造形成の中心となる制御因子であり、ゴムバンドのように DNA を束ねて働くと考えられています。私たちは、SMC 複合体を含む染色体構造の制御を行うタ
ンパク質を精製し、試験管内再構成することによって、その分子メカニズムを解明しようとしています。

Beads
Beads

linearcircularlinearinput boundcircular DNA + cohesin + loader

Ａ．コヒーシン（SMC1/3）複合体による姉妹染色体接着形成モデル。Ｂ．精製した分裂酵母コヒーシン、及びローダー複合体。Ｃ，Ｄ．コヒーシンのＤＮＡ結合反応の試験
管内再構成実験、及びアガロースゲル電気泳動による解析。

A. A molecular model how cohesin complex mediates
sister chromatid cohesion. B. Purified cohesin proteins. C,
D. Biochemical reconstitution of topological DNA loadingby the cohesin ring.

Controlling chromosome structure is essential not only
for faithful chromosome segregation but also for gene transcription and DNA replication and repair. Ring-shaped SMC
complexes (cohesin, condensin and SMC5/6) are central architects of the chromosome structure. These large complexes topologically entrap DNA strands to allow vitalchromosomal functions to be carried out. We have successfully purified the SMC1/3 complex and reconstituted its functional DNA binding reaction. Our aim is to investigate themolecular mechanisms by which SMC complexes regulate
the chromosome structure.

Selected Publications
Murayama, Y., Samora, C. P., Kurokawa, Y., Iwasaki, H., and Uhlmann, F. (2018).
Establishment of DNA-DNA interactions by the cohesin ring. Cell 172, 465477.

Murayama, Y., and Uhlmann, F. (2014). Biochemical reconstitution of
topological DNA binding by the cohesin ring. Nature 505, 367-371.

Murayama, Y., and Uhlmann, F. (2015). DNA entry into and exit out of thecohesin ring by an interlocking gate mechanism. Cell 163, 1628-1640.

Chromosome Biochemistry Laboratory

染色体生化学研究室

Murayama Group 村山研究室

MURAYAMA, Yasuto
Associate Professor

村山泰斗

30

准教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/murayama

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Neural circuit mechanisms for visual processing and behavior in zebrafish
視覚情報処理と行動制御の神経回路メカニズム（A）受精後 5 日目のゼブラフィッシュ稚魚。矢印は運動視覚刺激の方向を示す。
（B）カルシウムイメージングによる神経活動の記録と定量的な解析を行うことで、視覚情報処理に関わる
脳領域の神経活動パターンを調べることができる（ここでは前視蓋（pretectum）を示す）。
（C）運動視覚情報を抽出し、適切な行動を生み出すための神経回路のモデル。
(A) A larval zebrafish at 5 days post fertilization. Arrows indicate visual motion stimuli presented to the zebrafish. (B) Calcium imaging and quantitative analysis reveal the activity pattern ofmultiple neuron types in a brain region (e.g. pretectum) involved in the visual processing. (C) Predicted wiring diagram of the whole-field motion processing circuit in the pretectum.

多くの動物は、外界の視覚情報にもとづいて目的に応じた行動を生み出します。私たちの研究室では、ゼブラフィッシュをモデルとし、動物が視覚情報を読みとり適切な行動を生み出すための神経回路メカニズムを研究しています。ゼブラフィッシュの利点である
遺伝学的、光学的、行動学的アプローチ、さらに定量的データ解
析を組み合わせることによって、個々の神経細胞タイプとそれらが構成する神経ネットワークの役割を理解することを目指しています。

Animals generate a range of behaviors depending on visual information that they receive from their outside world.
Using zebrafish as a model, our lab studies the neural circuitmechanisms by which visual inputs produce goal-directedbehavioral outputs. In particular, we aim to understand theroles of genetically defined neuron types and their circuit
connectivity underlying the visually guided behaviors. The
approaches that our lab uses include behavioral, genetic andoptical techniques, as well as quantitative data analyses.

Selected Publications
Förster, D., Arnold-Ammer, I., Laurell, E., Barker, A. J., Fernandes, A. M.,
Finger-Baier, K., Filosa, A., Helmbrecht, T. O., Kölsch, Y., Kühn, E., Robles, E.,
Slanchev, K., Thiele, T. R., Baier, H., and Kubo, F. (2017). Sci Rep 7, 5230.

Kubo, F., Hablitzel, B., Dal Maschio, M., Driever, W., Baier, H., and Arrenberg, A. B.
Functional architecture of an optic flow-responsive area that drives horizontal eye
movements in zebrafish. (2014). Neuron 81, 1344-1359

Hoffman, E. J., Turner, K. J., Fernandez, J. M., Cifuentes, D., Ghosh, M., Ijaz, S.,
Jain, R. A., Kubo, F., Bill, B. R., Baier, H., Granato, M., Barresi, M. J., Wilson, S. W.,
Rihel, J., State, M. W., and Giraldez, A. J. (2016). Estrogens suppress abehavioral phenotype in zebrafish mutants of the autism risk gene, CNTNAP2.
Neuron 89, 725-733.

Systems Neuroscience Laboratory システム神経科学研究室

Kubo Group

久保研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kubo

KUBO, Fumi
Associate Professor

久保

郁

准教授

研究活動／ Research Activities

31Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Integrative genetics of mouse complex traits
マウス高次形質の統合的遺伝解析

エンハンサー獲得による手の形態変化：（A）合指を示すマウス変異体 Hammer toe（Hm）の原因変異が、染色体の構造変化であることを明らかにしました。
（B）X 線マイクロCT スキャンによる新生仔の手の画像。複数のエンハンサーを含む
DNA 断片の挿入によって、形態形成に働くShh 遺伝子が指間部での発現を獲得し、それによって指間部に皮膜が形成されました。
（C）エンハンサーの獲得というゲノムの変化が組織形態を変化させるプ
ロセスを明らかにしました。
Enhancer adoption changes limb morphology:(A) Hm has an insertion into the upstream region of
Shh gene. Inserted fragment includes threeinterdigital enhancers. (B) X-ray micro-CT images oflimb (P0). Shh is ectopically expressed in theinterdigital region, and causes interdigital webbingin Hm. (C) We revealed the process that themorphological alteration in Hm was caused by theenhancer adoption.

当研究室では、マウス近交系統や突然変異体の表現型に着目した“順遺伝学”と遺伝子改変マウスを用いた“逆遺伝学”の両方
法論を駆使して、形態形成やエネルギー代謝などの高次生命現象を制御する遺伝メカニズムの統合的理解をめざしています。また、
生物遺伝資源事業として、野生マウス由来系統を含めたゲノム多型情報や表現型情報の収集と整備を行うとともに、亜種間コンソミッ
ク系統など、マウス機能ゲノム学のためのバイオリソースの開発を進めています。

In order to understand genetic basis underlying complex
traits, such as morphology and energy metabolism, we areconducting genetic analyses based upon both of “Forward
Genetics” using existing mouse mutants and “Reverse Genetics” using genetically engineered mice. In parallel, we arealso compiling information of the genome diversity of inbred
mouse strains, and developing new inter-subspecific consomic strains, in which every chromosome of a classical inbred
strain C57BL/6J is replaced by the counterpart of a wild
mouse-derived MSM/Ms strain. These bioresources arefreely available for research community.

Selected Publications
Mouri, K., Sagai, T., Maeno, A., Amano, T., Toyoda, A., and Shiroishi, T. (2017).
Enhancer adoption caused by genomic insertion elicits interdigital Shh
expression and syndactyly in mouse. Proc Natl Acad Sci USA, doi: 10.1073/
pnas.1713339115.

Sagai, T., Amano, T., Maeno, A., Kimura, T., Nakamoto, M., Takehana, Y.,
Naruse, K., Okada, N., Kiyonari, H., amd Shiroishi, T. (2017). Evolution of
Shh endoderm enhancers during morphological transition from ventral lungs
to dorsal gas bladder. Nat Commun 8, 14300.

Amano, T., Sagai, T., Seki, R., and Shiroishi, T. (2017). Two types of
etiological mutation in the limb-specific enhancer of Shh. G3 (Bethesda) 7,
2991-2998.

Mammalian Genetics Laboratory 哺乳動物遺伝研究室

Shiroishi GroupSHIROISHI, Toshihiko
Professor

城石俊彦

32

教授

研究活動／ Research Activities

城石研究室

TAKADA, Toyoyuki
Assistant Professor

高田豊行

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/shiroishi

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Developmental genetic studies using gene engineering technology in mice
マウス発生工学を用いた発生分化機構の解析
A

E16.5 Testis

C
RA

B

P1 Ovary

Ovary
RA
BMP

BMP

x x

STRA8 SMAD4

STRA8 SMAD4

meiosis oogenesis

meiosisoogenesis

Male genes

Male genes(NANOS2, DNMT3)

Wild-type

Smad4, Stra8-DKO

D

NANOS2+FOXL2+TRA98

Ovary

発生過程ではいろいろな遺伝子が時間的・空間的に正確な制御下で発現し、機能を発揮します。そのような遺伝子の機能及び発現調節機構を解明するためにはマウスを用いた個体レベルの解析は重要です。当研究室では発生工学的手法を用いて、中胚葉形
成機構、生殖細胞の性決定機構、また精子形成、卵子形成を支配する RNA 制御機構の解明を目指しています。最近はクリスパーを用いた遺伝子改変技術を用いて、多くの有用マウスを作製し解析することにより、生体内における本来の遺伝子機能の解明を目指しています。

（A）胎生期の雄生殖細胞（赤）における雄特異的タンパク
質 NANOS2（緑）の局在。
（B）生後直後の卵巣切片。雌の生殖細胞（赤）は体細胞（緑）に囲まれて卵子へと成熟する。
（C）生殖細胞の性分化モデル。卵巣内でレチノイン酸とBMP の刺激を受けた生殖細胞は STRA8，SMAD4 の 2つの因子によって雌化する。この 2 つの遺伝子を欠損す
ると生殖細胞は雄化する。
（D）卵巣で SMAD4 を欠損した生殖細胞をレチノイン酸不在化で培養すると雄化因子NANOS2（赤）が誘導される。
FOXL2 は雌の体細胞マーカー、TRA98 は生殖細胞マー
カー。
(A) Nanos2 proteins (green) are localized in the P-bodies incytoplasm of embryonic male germ cells (red).
(B) A section of ovary at one day after birth (P1). Germ cells (red)are enclosed by granulosa cells (green), thereby oocyte
maturation is promoted.
(C) A model for sex determination of germ cells. In ovary, RA
and BMP signaling act on germ cells to direct female
pathway. If those pathways are disrupted by STRA8/
SMAD4-dKO, germ cells enter to male pathway.
(D) Sex reversal of germ cells induced by disrupting RA
signaling in SMAD4-KO ovary, in which NANOS2
expression (red) was induced even in the ovary. FOXL2 (blue)
is a marker for female somatic cells. TRA98 (green)is a
germ cell marker.

We aim to elucidate molecular mechanisms involved inseveral developmental processes. Major targets are mesoderm tissues and germ cell development; sexual fate decision, spermatogenesis and oogeneis. We like to understandmechanisms how germ cells chose two alternative pathways
to form sperm or oocyte. For the functional analyses, we use
Cas9-mediated gene editing technology to facilitate mutant
mouse production.

Selected Publications
Zhou, Z., Kawabe, H., Suzuki, A., Shinmyozu, K., and Saga, Y. (2017). NEDD4
controls spermatogonial stem cell homeostasis and stress response by regulating
messenger ribonucleoprotein complexes. Nat Commun 8, 15662.

Kato, Y., Katsuki, T., Kokubo, H., Masuda, A., and Saga, Y. (2016). Dazl is atarget RNA suppressed by mammalian NANOS2 in sexually differentiating malegerm cells. Nat Commun 7, 11272.

Wu, Q., Fukuda, K., Kato, Y., Zhou, Z., Deng, C. X., and Saga, Y. (2016). Sexualfate change of XX germ cells caused by the deletion of SMAD4 and STRA8
independent of somatic sex reprogramming. PLoS Biol 14, e1002553.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saga

Mammalian Development Laboratory 発生工学研究室

Saga Group

SAGA, Yumiko
Professor

相賀裕美子

相賀研究室

KATO, Yuzuru
Assistant Professor
教授

加藤

譲

助教

AJIMA, Rieko
Assistant Professor

安島理恵子

助教

研究活動／ Research Activities

33

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Behavioral genetics using wild-derived mouse strains
野生由来マウスを用いた行動遺伝学
イヌゲノムとの比較解析

野生マウスから選択交配でヒトになつくマウス樹立

高い能動的従順性を示すイヌとマウス

Dog genome (Mb)

イヌとマウスで従順性に関わる候補領域

Mouse genome (Mb)
野生由来の遺伝的に多様なマウス集団を用いて選択交配を行い、遺伝的にヒトになついたマウス集団を樹立した。遺伝解析の結果、ヒトになつく行動に関わる遺伝子はマウス 11 番染色体上に存在しており、この相同領域はイヌの家畜化にも重要な役割を果たしていることが分かった。今後、様々な動物の家畜化への応用が期待できる。

We applied selective breeding on wild stock of mice and established genetically tamed mice. As a result of genetic analyses, we found a genomic signature of selection on
chromosome 11. The region is syntenic to the genomic region which are selected during dog domestication. These results will be useful for domestication of other animals.

生物の個体差をもたらす遺伝的機構の多くは未だ解明されていません。私たちは、世界各地から捕獲された野生由来マウス系統
を用い、様々な行動の多様性を生み出すメカニズムの解明に取り組んでいます。野生由来の近交系統は、特徴的な行動を示し、顕著な系統差を示すことから、行動遺伝学研究に有用です。加えて、ゲノム編集技術を用いた効率的な遺伝子改変動物の開発にも取り組んでいます。これらを駆使することで、行動の多様性に関わる遺伝子を同定し、その機能を分子、細胞、更には神経レベルで明らかにすることを目指しています。

The genetic basis for individual differences in complex
traits is still unclear. In order to clarify the mechanisms related
to behavioral diversity, we are using a series of wild-derived
mouse strains. Wild derived strains exhibit a prominent degree of wildness and phenotypic diversity among them. We
are also developing efficient genome editing methodologies
in rodents with CRISPR/Cas9. We are identifying genes
related to behavioral diversity using these tools, and are aiming to understand the role of these genes in the molecular,
cellular, and neural mechanisms that underlie this behavioral
diversity.

Selected Publications
Matsumoto, Y., Goto, T., Nishino, J., Nakaoka, H., Tanave, A., Takano-Shimizu, T.,
Mott, R. F., and Koide, T. (2017). Selective breeding and selection mapping using
a novel wild-derived heterogeneous stock of mice revealed two closely-linked locifor tameness. Sci Rep 7, 4607.

Takahashi, A., Lee, R. X., Iwasato, T., Itohara, S., Arima, H., Bettler, B., Miczek, K.
A., and Koide, T. (2015). Glutamate input in the dorsal raphe nucleus as adeterminant of escalated aggression in male mice. J Neurosci 35, 6452-6463.

Horii, Y., Nagasawa, T., Sakakibara, H., Takahashi, A., Tanave, A., Matsumoto, Y.,
Nagayama, H., Yoshimi, K., Yasuda, M. T., Shimoi, K., and Koide, T. (2017).
Hierarchy in the home cage affects behaviour and gene expression in grouphoused C57BL/6 male mice. Sci Rep 7, 6991.

Mouse Genomics Resource Laboratory マウス開発研究室

Koide Group

小出研究室

KOIDE, Tsuyoshi
Associate Professor

小出

34

剛

准教授

研究活動／ Research Activities

TAKANAMI, Keiko
Assistant Professor

高浪景子

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/koide

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Analyses of regulatory mechanisms in zebrafish germ cells
ゼブラフィッシュを用いた生殖細胞制御機構の解析
精原幹細胞培養
1 day

精原幹細胞培養の継続

精子への分化培養系に移行

37 days

32 days (1 day a-er replate)

41 days

41 days (10 days a-er replate)48 days

48 days (17 days a-er replate)

7 days31 days

精原幹細胞で緑色蛍光タンパクを発現する系統を用いた精原幹細胞−精子の細胞培養。精原幹細胞培養系では精原幹細胞が増殖するのに対して（左および中央パネル）、精子への分化培養系では精原幹細胞が機能的精子へと分化していく（右パネル）。
Propagation and differentiation of spermatogonial stem cells (SSCs) in culture. SSCs that express green fluorescent protein grow in propagation culture (left and middle panels),
while they differentiate into sperm in differentiation culture (the right panel).

精子形成は精原幹細胞の自己再生と分化によって維持され、分化した精原細胞は細胞架橋でつながったシスト分裂により増幅した後、減数分裂を経て機能的な精子へと分化します。こうした複雑な過程を制御する因子の解析に細胞培養系は有用な方法となります。私たちは、ゼブラフィッシュを用いて精原幹細胞の自己再生から機能的精子までの精子形成全過程を再現する細胞培養系を確立しました。Forward genetics による精子形成異常変異体を組み合わせて、脊椎動物に普遍的な精子形成の制御因子の解明を進めています。

Spermatogenesis is characterized by sequential transitions of multiple processes: self-renewal of spermatogonial
stem cells, mitotic growth of differentiating spermatogonia,
and meiosis leading to the production of sperm. Moleculardissection of these complex processes and transitions could
be facilitated by cell culture approaches. We have developed
techniques to recapitulate the entire spermatogenesis process, from stem cell propagation to differentiation of functional sperm, solely in culture. In addition, we have alreadyisolated several ENU-induced zebrafish mutants that have adefect in spermatogenesis. We are working on the molecularmechanisms to regulate spermatogenesis of vertebrates
both in vivo and in vitro.

Selected Publications
Kawasaki, T., Maeno, A., Shiroishi, T., and Sakai, N. (2017). Development andgrowth of organs in living whole embryo and larval grafts in zebrafish. Sci Rep 7,16508.

Saito, K., Sakai, C., Kawasaki, T., and Sakai, N. (2014). Telomere distribution
pattern and synapsis initiation during spermatogenesis in zebrafish. Dev Dyn 243,
1448-1456.

Kawasaki, T., Siegfried, K. R., and Sakai, N. (2016). Differentiation of zebrafish
spermatogonial stem cells to functional sperm in culture. Development 143,566-574.

Model Fish Genomics Resource Laboratory

Sakai GroupSAKAI, Noriyoshi
Associate Professor

酒井則良

准教授

酒井研究室

小型魚類開発研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sakai

KAWASAKI, Toshihiro
Assistant Professor

河﨑敏広

助教

研究活動／ Research Activities

35

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Molecular genetics of plant embryogenesis
イネ分子遺伝学による植物初期発生機構の解明

写真上段：共焦点レーザー蛍光顕微鏡
観察によるイネ胚（完熟胚）の中央断面。
写真下段：左から、イネ籾、コメ（左上に胚がある）、茎頂分裂組織のマーカーとなるOSH1 タンパクを検出した免疫染
色、実験室内で開花したイネの花。
Upper panel: mature rice embryoobserved by confocal laser scanningmicroscope.
Lower panels from left: rice grain, brown
rice, immunohistochemical staining of amarker of undifferentiated stem cells inthe shoot apical meristem in rice (OSH1),
rice flowers.

穀類モデル植物であるイネを主な実験材料にして、植物初期発
生の分子基盤についての研究を進めています。突然変異系統など多様なイネ遺伝資源を活用して、受精後の植物胚における、頂部−基部また背−腹といった軸形成や器官分化の遺伝的制御機構の解明に取り組んでいます。また、イネだけでなくイネ属、イネ科
植物を用いた比較ゲノム解析から、発生過程やその制御機構の可塑性の分子基盤とゲノム進化機構の解明を目指しています。イネ
遺伝資源事業として、突然変異系統の選抜、野生イネの特性解析などの研究、開発、分譲も行っています。

The goal of our research is to elucidate the mechanismof plant embryogenesis. We are focusing on processes ofthe patterning of apical-basal or dorsal-ventral axis formation, and the organogenesis during early stages of rice embryogenesis. We are taking a molecular genetic approach
using a series of rice embryogenesis defective mutants aswell as comparative embryology and genomics approaches
in grass species. We are also responsible for managing,preservation, propagation, and distribution of rice genetic
resources of wild rice species collected in the NIG under the
NBRP.

Selected Publications
Suzuki, M., Sato, Y., Wu, S., Kang, B. H., and McCartly, D. R. (2015). Conserved
functions of the MATE transporter BIG EMBRYO 1 in regulation of lateral organ
size and initiation rate. Plant Cell 27, 2288-2300.

Nosaka, M., Itoh, J., Nagato, Y., Ono, A., Ishiwata, A., and Sato, Y. (2012). Roleof transposon-derived small RNAs in the interplay between genomes andparasitic DNA in rice. PLoS Genet 8, e1002953.

Ishiwata, A., Ozawa, M., Nagasaki, H., Kato, M., Noda, Y., Yamaguchi, T.,
Nosaka, M., Shimizu-Sato, S., Nagasaki, A., Maekawa, M., Hirano, H. Y., andSato, Y. (2013). Two WUSCHEL-related homeobox Genes, narrow leaf2 andnarrow leaf3, control leaf width in rice. Plant Cell Physiol 54, 779-792.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sato

Plant Genetics Laboratory 植物遺伝研究室

Sato Group佐藤研究室

SATO, Yutaka
Professor

佐藤

36

豊

教授

研究活動／ Research Activities

SUZUKI, Toshiya
Assistant Professor

TAKAHASHI (NOSAKA), Misuzu
Assistant Professor

助教

助教

鈴木俊哉

高橋（野坂）実鈴

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Genetic dissection of the cell division mechanism using single-cellular model organisms
モデル単細胞を使った細胞分裂の遺伝制御メカニズム

(A)

(B)
oriC

B. subtilis
chromosomal (C)DNA

Condensin
Spo0J-parS sites
rDNA（A）枯草菌コンデンシン複合体は複製起点近傍の Spo0J-parS サイトとrDNA にローディングされる。
（B）枯草菌野生株の顕微鏡像。
（C）枯草菌 spo0J 遺伝子とrDNA の二重欠失株の顕微鏡像。染色体 DNA を DAPI 染色し、マゼンタの擬似カラーを付けた。spo0J 遺伝子とrDNA の二重欠失株ではコンデンシンが染色体に結合することが出来ず、染色体がフィラメント状になる。
(A) Bacillus subtilis condensin complex is loaded to Spo0J-parS site and rDNA located close to oriC. (B) Image of B. subtilis wild-type strain. (C) Image of double deletion mutant of spo0J
and rDNA. Chromosomal DNA was stained with DAPI and pseudocolored with magenta. Since condensin complex cannot be loaded to the chromosome in the double deletion mutant,chromosomal DNA appears to be filamentous.

大腸菌や酵母は、細胞増殖の基本メカニズムを解明する上で極めて有効なモデル生物です。これまでに原核細胞と真核細胞を研究材
料に、染色体 DNA の折れたたみを司るコンデンシンの機能、光や温度に対する細胞応答、細胞の形が決まる仕組み等の研究を進めています。遺伝学的もしくは細胞生物学的手法を用いて、細胞内で起こる現象を観察しています。蛍光タンパク質によるDNA やタンパク質のイ
メージングにより、細胞増殖の過程で新しい現象を発見してきました。
特に、酵母と菌糸という2 つの生活環を持つジャポニカス分裂酵母は環境刺激に対する細胞応答のモデル細胞として適しており、現在、温度変化に応答した同調的な細胞分裂の遺伝制御に注目しています。
大腸菌バイオリソース https://shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/
枯草菌バイオリソース https://shigen.nig.ac.jp/bsub/

Bacteria and yeasts are suitable model organisms tounderstand the fundamental mechanisms on cell proliferation. Our laboratory studies the mechanisms behind chromosome and plasmid DNA dynamics in the cell or the mechanism underlies cell shape formation. Genetic methods aswell as cell-biological methods were used to observe those
intracellular events. We have made several novel observations in cell proliferation mechanism by using fluorescentbased protein or DNA imaging. Especially S. japonicus yeast
suits for those cell biological analyses, and studies of hyphal
growth and cell cycle add special value on this organism.
Novel genetic system has been elucidated by recent ourworks.

Selected Publications
Yano, K., and Niki, H. (2017). Multiple cis-acting rDNAs contribute to nucleoidseparation and recruit the bacterial condensin Smc-ScpAB. Cell Rep 21,
1347-1360.

Seike, T., and Niki, H. (2017). Mating response and construction of heterothallic
strains of the fission yeast Schizosaccharomyces octosporus. FEMS Yeast Res
17, doi: 10.1093/femsyr/fox045.

Aoki, K., and Niki, H. (2017). Release of condensin from mitotic chromosomes
requires the Ran-GTP gradient in the reorganized nucleus. Biol Open 6, 16141628.

Microbial Genetics Laboratory

Niki Group

NIKI, Hironori
Professor

仁木宏典

原核生物遺伝研究室

仁木研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/niki

AOKI, Keita
Assistant Professor

教授

青木敬太

助教

研究活動／ Research Activities

37Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

The mechanisms of transposon regulation in Drosophila
ショウジョウバエにおけるトランスポゾン制御のメカニズム（A）piRNA によるショウジョウバエ転移因子制御機構の概要 （B）卵巣性体細胞とVasa 遺伝子を発現する生殖細胞（赤）におけるPiwi（緑）の発現 （C）ナショナルバイオリソースプロジェクトの一貫として管理、供給しているハエ系統群
(A) Schematic representation of piRNA-mediated TE silencing system in Drosophila. (B) Piwi (Green) is expressed in ovarian somatic
cells and Vasa-positve (Red) germ cells. (C) Fly strains we are maintaining and providing under the National Bioresource Project.

真核生物ゲノムの膨大な領域を占める転移因子（トランスポゾン）
は、ゲノム進化に重要な役割を果たしてきました。しかし、どのようにして転移因子が転移因子として識別され、制御されているかは不明です。私たちの研究室ではモデル動物ショウジョウバエを用いてこの問題を分子レベルで解き明かします。特に、piRNA 経路、クロマチン制御、生殖細胞の発生過程を主な研究対象とし、分子生物学、情報科学、更に私たちが管理する強力な遺伝子資源（NIG-Fly）を活用した遺伝学を駆使することで転移因子の制御機構に迫る予定です。

Transposable elements (TEs) occupy a large proportionof many eukaryotic genomes and play beneficial effects forthe evolution of organisms. However, we do not have a clear
understanding of how individual TEs are recognized and regulated in cells. Our laboratory is interested in molecularmechanisms on epigenetic regulations of TEs in Drosophila.
To understand them, we are engaged in studying the piRNA
pathways, chromatin regulation and germ line developmentusing biochemical and high-throughput technologies, andgenetic tools which are managed and distributed by genetic
resources project (NIG-Fly).

Selected Publications
Iwasaki, Y. W., Murano, K., Ishizu, H., Shibuya, A., Iyoda, Y., Siomi, M. C., Siomi, H.,
and Saito, K. (2016). Piwi modulates chromatin accessibility by regulating multiple
factors including histone H1 to represss transposons. Mol Cell 63, 408-419.

Ohtani, H., Iwasaki, Y. W., Shibuya, A., Siomi, H., Siomi, M. C., and Saito, K. (2013).
DmGTSF1 is necessary for Piwi–piRISC-mediated transcriptional transposon
silencing in Drosophila. Genes Dev 27, 1656-1661.

Shibata, N., Kashima, M., Ishiko, T., Nishimura, O., Rouhana, L., Misaki, K.,
Yonemura, S., Saito, K., Siomi, H., Siomi, M. C., and Agata, K. (2016). Inheritanceof a nuclear PIWI from pluripotent stem cells by somatic descendants ensuresdifferentiation by silencing transposons in planarian. Dev Cell 37, 226-237.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saito

Invertebrate Genetics Laboratory 無脊椎動物遺伝研究室

Saito Group

齋藤研究室

SAITO, Kuniaki
Professor

齋藤都暁

38

教授

研究活動／ Research Activities

KONDO, Shu
Assistant Professor

MIYOSHI, Keita
Assistant Professor

助教

助教

近藤

周

三好啓太

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Research on utilization of biological resource and database
遺伝資源情報の利用とデータベースに関する研究

ナショナルバイオリソースプロジェクトの情報公開サイト。国内で提供されている様々な生物資源の情報を集約している。各リソースへのリンクの他、統合検索の機能を備える。

National BioResource Project web portal.
Information of biological resources provided inJapan can be obtained.

生命科学分野では、ゲノム解読やゲノム編集をはじめとする革新的な技術をベースに、日々新たな成果が生まれています。それらの基盤となるのがバイオリソースでありデータベースです。本研究室では、日本で進められているバイオリソースやデータベースの整備プロジェクトに貢献するとともに、遺伝医療を中心にリソースやデー
タベースを社会に役立てるための研究を行います。
ナショナルバイオリソースプロジェクト

http://www.nbrp.jp/

ライフサイエンス統合データベースセンター http://dbcls.rois.ac.jp/

In the field of life science, innovative technologies suchas genome sequencing and genome editing give rise to new
findings day after day. In order to advance research and facilitate new findings, the effective utilization of bio-resourcesand databases play a critical role. Our laboratory has beenworking in research and development of databases and information retrieval system for the National Bio-Resource
Project (NBRP) and integrated database project for life science. We are continuing to improve the quality of databases
and study to make use of biological resources.

Selected Publications
Katayama, T., Wilkinson, M. D., Aoki-Kinoshita, K. F., Kawashima, S., Yamamoto, Y., Yamaguchi, A.,
Okamoto, S., Kawano, S., Kim, J. D., Wang, Y., Wu, H., Kano, Y., Ono, H., Bono. H., Kocbek, S.,
Aerts, J., Akune, Y., Antezana, E., Arakawa, K., Aranda, B., Baran, J., Bolleman, J., Bonnal, R. J.,
Buttigieg, P. L., Campbell, M. P., Chen, Y. A., Chiba, H., Cock, P. J., Cohen, K. B., Constantin, A.,
Duck, G., Dumontier, M., Fujisawa, T., Fujiwara, T., Goto, N., Hoehndorf, R., Igarashi, Y., Itaya, H.,
Ito, M., Iwasaki, W., Kalaš, M., Katoda, T., Kim, T., Kokubu, A., Komiyama, Y., Kotera, M., Laibe, C.,
Lapp, H., Lütteke, T., Marshall, M. S., Mori, T., Mori, H., Morita, M., Murakami, K., Nakao, M.,
Narimatsu, H., Nishide, H., Nishimura, Y., Nystrom-Persson, J., Ogishima, S., Okamura, Y.,

Genetic Informatics Laboratory 系統情報研究室

Kawamoto Group 川本研究室

Okuda, S., Oshita, K., Packer, N. H., Prins, P., Ranzinger, R., Rocca-Serra, P., Sansone, S.,
Sawaki, H., Shin, S. H., Splendiani, A., Strozzi, F., Tadaka, S., Toukach, P., Uchiyama, I.,
Umezaki, M., Vos, R., Whetzel, P. L., Yamada, I., Yamasaki, C., Yamashita, R., York, W. S.,
Zmasek, C. M., Kawamoto, S., and Takagi, T. (2014). BioHackathon series in 2011 and 2012:
penetration of ontology and linked data in life science domains. J biomed semantics 5, 5.
Kawamoto, S., and Bono, H. (2008). Portal services of life science databaseproject in Japan. Tanpakushitsu kakusan koso 53, 281-287.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kawamoto

KAWAMOTO, Shoko
Associate Professor

川本祥子

准教授

研究活動／ Research Activities

39

Structural Biology Center

構造遺伝学研究センター

3D-organization and dynamics of human genome chromatin
ゲノムクロマチンの折り畳み構造とダイナミクス

ヌクレオソーム線維（10-nm 線維）は細胞の核内でとても不規則な形で折り畳まれ、
ドメインを形成している。クロマチンは「液体」のようにふるまい、規則性を持つ大きな構造に比べて、物理的な束縛が少なく、より動きやすい。NPC, 核膜孔 ; NE, 核膜
Chromatin consists of irregularly folded
10-nm fibers and forms numerous
chromatin domains in the cell nuclei.
Chromatin dynamically behaves like “liquid”.
NPC, nuclear pore complex; NE, nuclear
envelope.

本研究室では、「ゲノム DNA が細胞のなかに、三次元的にどのように折り畳まれ、そしてどのようにゲノムが読み出されるのか？」を研究しています。最近、細胞内のクロマチンがとても不規則な形
で柔軟に折り畳まれていることを発見しました。今後、この知見を、遺伝子発現、発生分化、エピジェネティックスなど、幅広い研究につなげていきます。1分子イメージング、超解像顕微鏡イメージング、X 線散乱解析、シミュレーション、さらには新しいクロマチン精製法などを組み合わせて、ユニークな研究を目指しています。

Our research interest is to know how a long string of genomic DNA is three-dimensionally organized in the cell, andhow the genome is read out for cellular proliferation, differentiation and development. For this purpose, we are using aunique combination of molecular cell biology and biophysics,
such as single molecule imaging, superresolution imaging,
X-ray scattering and computational simulation.

Selected Publications
Maeshima, K., Matsuda, T., Shindo, Y., Imamura, H., Tamura, S., Imai, R.,
Kawakami, S., Nagashima, R., Soga, T., Noji, H., Oka, K., and Nagai, T. (2018). A
transient rise in free Mg(2+) ions released from ATP-Mg hydrolysis contributes tomitotic chromosome condensation. Curr Biol 28, 444-451.

Nozaki, T., Imai, R., Tanbo, M., Nagashima, R., Tamura, S., Tani, T., Joti, Y.,
Tomita, M., Hibino, K., Kanemaki, M. T., Wendt, K. S., Okada, Y., Nagai, T., andMaeshima, K. (2017). Dynamic organization of chromatin domains revealed bysuper-resolution live-cell imaging. Mol Cell 67, 282-293.

Imai, R., Nozaki, T., Tani, T., Kaizu, K., Hibino, K., Ide, S., Tamura, S., Takahashi, K.,
Shribak, M., and Maeshima, K. (2017). Density imaging of heterochromatin in live
cells using orientation-independent-DIC microscopy. Mol Biol Cell 28, 3349-3359.

Biological Macromolecules Laboratory

Maeshima Group

MAESHIMA, Kazuhiro
Professor

前島一博

40

教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/maeshima

生体高分子研究室

前島研究室

IDE, Satoru
Assistant Professor

井手

聖

助教

HIBINO, Kayo
Assistant Professor

日比野佳代

助教

Structural Biology Center

構造遺伝学研究センター

Understanding cell architecture through quantitative microscopy and structural calculations
細胞建築学：細胞の定量観察と構造計算をとおして「建築家のいない建築」を理解する

線虫の細胞分裂（左）、および胚発生における細胞配置（右）。上段は実際の胚の顕微鏡像で、下段は定量的シミュレーション。
（右下の細胞配置の計算結果は慶應義塾大学・舟橋啓博士開発のソフトウェアを用いて表示したもの。
）

Cell division at the 1-cell stage (left) and cell arrangement pattern during development (right) in the C. elegans embryo. The upper panels show actual C. elegans
embryos and the lower panels show our quantitative simulations. (The lower right visualization was obtained using software developed by Dr. A. Funahashi [KeioUniv].)

細胞は自然が造りあげたみごとな建築物です。細胞はその内部で、“適切なサイズ”で形成された細胞内小器官が“適材適所に”配置
していますが、この『建築家のいない建築』がどのように構築されているかは、多くの謎につつまれています。細胞建築研究室では、細胞の顕微鏡観察と定量化、力学計算などの手法を駆使し、細胞核などの細胞内小器官が適切なサイズに制御され、適切な場所に配置するしくみを解析しています。これらの研究により「多数の遺伝子産物が集まって、細胞という調和のとれた生命の単位ができる」
秘密を理解することをめざしています。

Cells are a beautiful example of architecture made by thenature. How such architecture is constructed ‘without an architect’ remains a mystery. This laboratory is studying themechanisms underlying the movement and positioning of intracellular organelles (such as the cell nucleus) at appropriate
positions with appropriate sizes, using approaches involving
quantitative microscopy and structural calculations of cells.
Through our studies, we aim to understand the secrets ofconstructing the cell –which is the unit of life– from a population of gene products.

Selected Publications
Kimura, K., Mamane, A., Sasaki, T., Sato, K., Takagi, J., Niwayama, R., Hufnagel, L.,
Shimamoto, Y., Joanny, J. F., Uchida, S., and Kimura, A. (2017). Endoplasmicreticulum-mediated microtubule alignment governs cytoplasmic streaming. Nat
Cell Biol 19, 399-406.

Arai, R., Sugawara, T., Sato, Y., Minakuchi, Y., Toyoda, A., Nabeshima, K.,
Kimura, H., and Kimura, A. (2017). Reduction in chromosome mobility
accompanies nuclear organization during early embryogenesis in Caenorhabditis
elegans. Sci Rep 7, 3631.

Yamamoto, K., and Kimura, A. (2017). An asymmetric attraction model for thediversity and robustness of cell arrangement in nematodes. Development 144,4437-4449.

Cell Architecture Laboratory 細胞建築研究室

Kimura Group

KIMURA, Akatsuki
Professor

木村

暁

教授

木村研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kimura

TORISAWA, Takayuki
Assistant Professor

鳥澤嵩征

助教

（6月1日着任予定）

研究活動／ Research Activities

41

Structural Biology Center

構造遺伝学研究センター

Generation of cellular diversity by asymmetric cell division
非対称分裂による細胞多様性創出機構

非対称分裂前（A）、分裂終期（B）でのβカテニンの非対称な局在。矢頭は細胞の輪郭。
（C）表皮幹細胞（水色）の極性方向（矢印）は三種類の Wnt 分子（CWN-1, CWN-2,
EGL-20）によって冗長的に制御されている。

Asymmetric localization of β-catenin before (A) and at telophase (B) of asymmetric division. Arrowheads indicate cell boundary. (C) Polarity orientation (arrows) of epithelial stem
cells (light blue) is redundantly controlled by three Wnt proteins (CWN-1, CWN-2, EGL-20).

幹細胞など様々な細胞は極性を持ち、非対称に分裂して多種多様な細胞を作ります。線虫 C. elegans のほとんどの細胞は分裂時にβカテニンなどを非対称に局在させ、前後方向に分裂し、異なる娘細胞を作ります。βカテニンの非対称な局在はマウスの幹細胞でも観察されています。この局在は同じ方向性を持っているので、全ての細胞は前後の方向を知っています。どのように細胞が方向を知り、非対称に分裂し、娘細胞間で異なる遺伝子を発現して特異的な運命を獲得するのか研究しています。

Various cells including stem cells undergo asymmetriccell divisions to produce daughter cells with distinct cellfates. Most cells in C. elegans have the same anterior-posterior polarity in terms of localizations of Wnt signaling components such as β-catenin, and divide asymmetrically to
produce a variety of cell types. Similar asymmetric localization was reported in mouse ES cells. We are studying howeach cell knows the correct orientation, how it divides asymmetrically and how the daughter cells acquire specific cellfates.

Selected Publications
Sugioka, K., Fielmich, L. E., Mizumoto, K., Bowerman, B., van den Heuvel, S.,
Kimura, A., and Sawa, H. (2018). Tumor suppressor APC is an attenuator ofspindle-pulling forces during C.elegans asymmetric cell division. Proc Natl Acad
Sci USA, doi: 10.1073/pnas.1712052115.

Yamamoto, Y., Takeshita, H., and Sawa, H. (2011). Multiple Wnts redundantly
control polarity orientation in Caenorhabditis elegans epithelial stem cells. PLoS
Genet 7, e1002308.

Sugioka, K., Mizumoto, K., and Sawa, H. (2011). Wnt regulates spindle
asymmetry to generate asymmetric nuclear β-catenin C. elegans. Cell 146,
942-954.

Multicellular Organization Laboratory 多細胞構築研究室

Sawa Group

澤 研究室

SAWA, Hitoshi
Professor

澤

42

斉

教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sawa

Structural Biology Center

構造遺伝学研究センター

Studies on cell structure – function relation using Drosophila molecular genetics
ショウジョウバエ分子遺伝学を用いた細胞機能−構造連関の研究
AB（A）特定のニューロンを遺伝学的に標識したショウジョウバエ脳。
（B）分裂終了期の濾胞上皮で誘導された、細胞競合による
mahj-/-クローン（青い核）の細胞死（矢印）と野生型クロ−ン（水色の核）の補償的細胞肥大（矢頭）。
（C）腫瘍形成のモデルとなる成虫原基上皮組織。
(A) Genetically labeled neurons in a
Drosophila brain. (B) Cell competitiondependent apoptosis (arrows) in
mhj-/- clones (blue nuclei) and compensatory cellular hypertrophy (arrowheads) inwild-type clones (pale blue nuclei), inducedin post-mitotic follicular epithelium. (C)Imaginal disc epithelium, a model forstudies on tumorigenesis.

C

当研究室では組織内における細胞の機能発現と細胞構造との関係をモデル生物であるショウジョウバエを用いて研究しています。
細胞内微細構造上でどのような分子ネットワークが互いにどのように協調して働いているのか、といった側面に注目し、分子遺伝学の手法と様々なイメージングの手法を駆使して解析を行っています。現在、「神経回路の形成と機能発現機構」および「組織の恒常性維持とその破綻による腫瘍形成機構」のテーマを中心に研究を進めています。

Our laboratory is interested in relation of cellular finestructures and their functions in tissue organization. We are
studying the molecular networks on cellular fine structures
involved in various cell activities by molecular genetics andvarious imaging techniques, using a model animal, Drosophilamelanogaster. Currently we are addressing the following issues; 1. Development and function of neural networks, 2.
homeostasis of tissue organization and its impairment causing tumor generation.

Selected Publications
Tamori, Y., Suzuki, E., and Deng, W. M. (2016). Epithelial tumors originate intumor hotspots, a tissue-intrinsic microenvironment. PLoS Biol 14, e1002537.
Tamori, Y., and Deng, W. M. (2014). Compensatory cellular hypertrophy: the otherstrategy for tissue homeostasis. Trends Cell Biol 24, 230-237.

Gene Network Laboratory

Suzuki GroupSUZUKI, Emiko
Associate Professor

鈴木えみ子 准教授

遺伝子回路研究室

鈴木研究室

Kurusu, M., Katsuki, T., Zinn, K., and Suzuki, E. (2012). Developmental changes
in expression, subcellular distribution, and function of Drosophila N-cadherin,
guided by a cellintrinsic program during neuronal differentiation. Dev Biol 366,
204-217.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/suzuki

TAMORI, Yoichiro
Assistant Professor

田守洋一郎

助教

研究活動／ Research Activities

43

生命情報研究センター

Center for Information Biology

Study for molecular evolution using genome sequence and gene expression
ゲノム配列と遺伝子発現からみた分子進化学

Nematostella_vectensis_opsin15_FAA00396

AcrDig_aug_v2a.10282.t1

AnthozoaⅠ

Acropora_palmata_opsin3_JQ966102(Hering & Mayer, 2014)

ExaPal_AIPGENE7313

Nematostella_vectensis_opsin11_FAA00401

Cnidops

GorVen_c203581_g3_i3_m.133547(Plachetzki et al., 2007)

CorRub_c86322_g1_i1_m.39952

GorVen_c213432_g3_i2_m.158393
0.2

NemVec_EDO45233
Nematostella_vectensis_opsin1_FAA00408
Nematostella_vectensis_opsin9_FAA00403
Nematostella_vectensis_opsin8_FAA00404
ExaPal_AIPGENE24583

AnthozoaⅡ

Nematostella_vectensis_opsin4_FAA00409
Nematostella_vectensis_opsin19_FAA00412(Hering & Mayer, 2014)

Nematostella_vectensis_opsin5_FAA00407
Nematostella_vectensis_opsin7_FAA00405
AcrDig_aug_v2a.15348.t1
NemVec_EDO35171
ExaPal_AIPGENE27116
Nematostella_vectensis_opsin3_FAA00410
Nematostella_vectensis_opsin12_FAA00399
Nematostella_vectensis_opsin6_FAA00406
Nematostella_vectensis_opsin13_FAA00398
Nematostella_vectensis_opsin14_FAA00397
AcrDig_aug_v2a.19625.t1_XP_015763203● Scyphozoa (A B C)

AcrDig_aug_v2a.07396.t1_visual_pigment_like_receptor_peropsin1● Hydrozoa (D E F G)

AcrDig_aug_v2a.07397.t1_melanopsin_like_XP_015773304● Cubozoa (H)ExaPal_AIPGENE18994● Octocorallia (J K L)

ExaPal_AIPGENE19040● Hexacorallia (M N O)

ExaPal_AIPGENE22067
ExaPal_AIPGENE3477
0.4(Zapata et al., 2015)

CorRub_c82157_g4_i1_m.30500
GorVen_c225015_g1_i1_m.177782
GorVen_c196788_g2_i1_m.118083
CorRub_c98146_g1_i1_m.70026
GorVen_c180271_g2_i1_m.90334
Acropora_palmata_opsin2_JQ966101
Aursp8_c39035_g1_i1_m.2635
GorVen_c280305_g1_i1_m.186644
NemVec_EDO42908
NemVec_EDO41487
Nematostella_vectensis_opsin25_FAA00389
Nematostella_vectensis_opsin17_FAA00395
Nematostella_vectensis_opsin26_FAA00388
ExaPal_AIPGENE12075
Nematostella_vectensis_opsin2_FAA00400
Nematostella_vectensis_opsin21_FAA00393
Nematostella_vectensis_opsin22_FAA00392
Nematostella_vectensis_opsin23_FAA00391
TriCysTR14763_c0_g1_i1_m.13441
AlaAla_c120308_g1_i1_m.15267
Tripedalia_cystophora_opsin14_JQ968419
Tripedalia_cystophora_opsin11_JQ968422
Tripedalia_cystophora_opsin1_JQ968432
Tripedalia_cystophora_opsin6_JQ968427
Tripedalia_cystophora_opsin7_JQ968426
Acropora_palmata_opsin1_JQ966100
NemVec_EDO25576
Nematostella_vectensis_opsin27_FAA00387
NemVec_EDO28933
NemVec_EDO31648
Nematostella_vectensis_opsin31_FAA00383
Nematostella_vectensis_opsin30_FAA00384
Nematostella_vectensis_opsin28_FAA00386
Nematostella_vectensis_opsin29_FAA00385
Tripedalia_cystophora_opsin17_JQ968416
PolHyd_c34495_g1_i1_m.23712
PolHyd_c61478_g1_i1_m.26375
TriCysTR3820_c0_g2_i1_m.2194
TriCysTR3820_c0_g1_i1_m.2193
Tripedalia_cystophora_opsin16_JQ968417
AlaAla_c261700_g1_i1_m.53244
Tripedalia_cystophora_opsin4_JQ968429
Tripedalia_cystophora_opsin10_JQ968423
Tripedalia_cystophora_opsin2_JQ968431
Tripedalia_cystophora_opsin3_JQ968430
Tripedalia_cystophora_opsin12_JQ968421
Tripedalia_cystophora_opsin15_JQ968418
Tripedalia_cystophora_opsin8_JQ968425
Aursp8_c117486_g1_i1_m.14490
Aursp8_c120535_g1_i1_m.16489
Aursp8_c192514_g1_i1_m.53914
Aursp8_c4881_g1_i1_m.336
Tripedalia_cystophora_opsin5_JQ968428
Tripedalia_cystophora_opsin9_JQ968424
Aursp8_c113475_g1_i2_m.12522
Aursp8_c132705_g2_i2_m.28098
Carybdea_rastonii_opsin_AB435549
Tripedalia_cystophora_opsin13_JQ968420
TriCysTR16917_c0_g1_i1_m.14190
TriCysTR7013_c0_g10_i1_m.5631
Aursp8_c139903_g2_i2_m.36819
Aursp8_c51607_g1_i1_m.3614
StoMel_c15844_g1_i1_m.3623
Podocoryna_carnea_opsinB_AB332434
HydVul_XP_012563888.1
HydVul_XP_004211965.1
HydVul_XP_012566343.1
HydVul_XP_012553708.1
HydVul_XP_012553542.1
HydVul_XP_012564474.1
HydVul_XP_012555438.1
HydVul_XP_012563749.1
HydVul_XP_012561008.1
HydVul_XP_012564631.1
HydVul_XP_012561474.1
HydVul_XP_012560188.1
HydVul_XP_004208213.1
Hydra_vulgaris_opsin5_NM_001287786
HydVul_XP_012556969.1
HydVul_XP_012563781.1
HydVul_XP_012563909.1
Hydra_vulgaris_opsin4_NM_001309786
HydVul_XP_012561673.1
HydVul_XP_012563654.1
HydVul_XP_004206137.1
HydVul_XP_012559708.1
HydVul_XP_012559098.1
Hydra_vulgaris_opsin6_NM_001287773
HydVul_XP_012562923.1
HydVul_XP_002160448.1
HydVul_XP_004209180.1
HydVul_NP_001274719.1
Hydra_vulgaris_opsin7_NM_001287790
HydVul_XP_012561250.1
HydVul_XP_012561431.1
HydVul_XP_012564259.1
HydVul_XP_004205844.1
HydVul_XP_012560869.1
HydVul_NP_001274709.1
Hydra_vulgaris_opsin8_NM_001287780
HydVul_XP_012557437.1
HydVul_XP_012555848.1
HydVul_XP_012562542.1
HydVul_XP_012556650.1
HydVul_XP_012557991.1
HydVul_XP_012561930.1
HydVul_XP_012562617.1
HydPol_c135754_g1_i1_m.50643
CraSow_c30956_g1_i1_m.2473
CraSow_c18257_g1_i1_m.1379
CraSow_c15413_g1_i1_m.1194
CraSow_c114426_g1_i1_m.61902
CraSow_c21302_g1_i1_m.1611
Cladonema_radiatum_opsinB1_AB332416
Cladonema_radiatum_opsinB4_AB332417
Cladonema_radiatum_opsinM_AB332418
Cladonema_radiatum_opsinO_AB332419
AgaEle_c127060_g1_i1_m.16963
AgaEle_c126943_g1_i3_m.16905
AgaEle_c129561_g1_i1_m.18059
AgaEle_c189018_g1_i1_m.49218
NanBij_c23443_g2_i1_m.2074
AgaEle_c193534_g1_i1_m.49825
NanBij_c300232_g1_i1_m.67856
CraSow_c54382_g1_i1_m.6115
CraSow_c64064_g1_i1_m.10421
CraSow_c104591_g1_i1_m.61466
CraSow_c154174_g1_i1_m.64011
CraSow_c102802_g1_i1_m.61315
CraSow_c148743_g1_i1_m.63895
CraSow_c38623_g1_i2_m.3343
CraSow_c60863_g2_i1_m.8532
Podocoryna_carnea_opsinC_AB332435
AgaEle_c71935_g2_i1_m.5277
AgaEle_c166275_g1_i1_m.46324
NanBij_c232266_g1_i1_m.62590
NanBij_c244741_g1_i1_m.63383
AgaEle_c176145_g1_i1_m.47474
AgaEle_c150580_g2_i1_m.37540
NanBij_c225119_g1_i1_m.61989
AgaEle_c212106_g1_i1_m.52261
NanBij_c219486_g1_i1_m.61288
HydVul_XP_002163327.1
Hydra_vulgaris_LWS1_XM_002163173
Hydra_vulgaris_MWS1_XM_002163322
Hydra_vulgaris_opsin3_NM_001309697
Hydra_vulgaris_opsin1_NM_001287777
Hydra_vulgaris_opsin2_NM_001309757
ClaPacTR37477_c0_g1_i1_m.20466
Cladonema_radiatum_opsinJ_AB332433
Cladonema_radiatum_opsinK1_AB332431
Cladonema_radiatum_opsinK2_AB332432
Cladonema_radiatum_opsinG1_AB332427
Cladonema_radiatum_opsinG2_AB332428
Cladonema_radiatum_opsinN1_AB332429
Cladonema_radiatum_opsinN2_AB332430
Cladonema_radiatum_opsinF_AB332426
Cladonema_radiatum_opsinL_AB332425
Cladonema_radiatum_opsinC_AB332420
Cladonema_radiatum_opsinE_AB332421
Cladonema_radiatum_opsinI_AB332424
Cladonema_radiatum_opsinD_AB332422
Cladonema_radiatum_opsinH_AB332423

刺胞動物のオプシン系統解析。刺胞動物の持つオプシンは、大きく3 つのグループに分かれ、且つそれぞれの系統内で独自に進化してきたことが分かった。
Molecular phylogeny of cnidarian opsin genes. We found that cnidarian
opsin genes are divided into three groups and evolved independently ineach lineages (class/subclass).

0.4

本研究室では、生物が新規の形質や特性を獲得するための分子基盤とその進化過程の解明を目指し、動物や菌類、細菌類を材料としてゲノム配列や遺伝子発現情報の比較解析を行っています。
特に（1）感覚器の進化に伴う遺伝子の分子進化解析、(2) 菌類の隔壁進化、（3）メタゲノム解析を用いた微生物の多様性と環境ダイナミクスの解明、（4）ミトコンドリア及び核 DNA に基づく分子系統解析、（5）データ解析による疾患原因遺伝子の探索と疾患モデルの構築、（6）情報科学を用いた大規模データ解析システムの開発と知識発見に力を注いで研究を行っております。

We study the evolutionary process for acquisition ofnovel phenotypic characters by comparative genomics andmolecular evolutionary approaches, using various materials
such as animals, fungi, or bacteria. Particularly, we have recently focused more on (1) Molecular evolutionary analysis ofgenes associated with sensory organs, (2) Evolution of septal
pore cap in fungi, (3) Biodiversity and dynamics of marine
microbes based on metagenomic analysis, (4) Molecularphylogeny based on mitochondrial and nuclear genes, (5)Study of disease causal gene and gene model of disease, (6)Knowledge finding and system development for big data inlife science.

Selected Publications
Kinjo, S., Kiyomoto, M., Yamamoto, T., Ikeo, K., and Yaguchi, S. HpBase: agenome database of a sea urchin, Hemicentrotus pulcherrimus. Development,
Growth & Differentiation. in press.
Hashimoto, S., Tabuchi, Y., Yurino, H., Hirohashi, Y., Deshimaru, S., Asano, T., Mariya, T.,
Oshima, K., Takamura, Y., Ukita, Y., Ametani, A., Kondo, N., Monma, N., Takeda, T.,
Misu, S., Okayama, T., Ikeo, K., Saito, T., Kaneko, S., Suzuki, Y., Hattori, M., Matsushima,K., and Torigoe, T. (2017). Comprehensive single-cell transcriptome analysis reveals
heterogeneity in endometrioid adenocarcinoma tissues. Sci Rep 7, 14225.

Laboratory for DNA Data Analysis

Ikeo Group

池尾研究室

IKEO, Kazuho
Associate Professor

池尾一穂

44

遺伝情報分析研究室

准教授

研究活動／ Research Activities

Gojobori, T., Ikeo, K., Katayama, Y., Kawabata, T., Kinjo, A. R., Kinoshita, K.,
Kwon, Y., Migita, O., Mizutani, H., Muraoka, M., Nagata, K., Omori, S., Sugawara,
H., Yamada, D., and Yura, K. (2016). VaProS: a database-integration approachfor protein/genome information retrieval. J Struct Funct Genomics 17, 69-81.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/ikeo

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Finding the link between metabolic variation and evolution
生物界における代謝の多様性と進化の関係を解き明かす
Lactobacillus Core Genome

Bifidobacterium Core Genome
D, 2%

-, 1%

N, 0%

-, 8%

U, 1%

M, 5%
O, 4%

S, 4%

S, 9%

R, 8%

W, 0%
Z, 0%

D, 2%
M, 7%

V, 1%
T, 3%

Q,
0%

Y, 0%

U, 2%
N, 0%

T, 2%

W, 0%

O, 4%

Y, 0%

R, 10%

A, 1%
B, 0%

Z, 0%
A, 0%

Q, 0%

B, 0%

P, 3%

P, 4%
I, 3%

J, 15%

H, 3%

V, 0%

I, 3%

H, 3%

G, 6%

J, 22%

G, 5%
K, 4%

F, 5%
L, 7%
E, 11%

C, 5%

F, 5%
E, 1%

C, 3%
L, 11%

K, 5%

ビフィズス菌と乳酸菌のゲノム比較解析。ビフィズス菌（左）は乳酸菌（右）に比べてアミノ酸代謝の遺伝子が多い（図中ラベル E）。アルファベットはCOGデータベー
スのカテゴリーを示す。

Comparative genomics of Bifidobacterium and Lactobacillus. Bifidobacterium (left) contains more genes for amino acid metabolism (Label E) than Lactobacillus
does. Alphabet letters indicate COG database categories.

主なテーマはゲノミクスとメタボロミクス（代謝‘metabolism’からきた言葉です）による代謝ネットワークの解析です。計算機による解析の対象とする生物種は幅広く、乳酸菌や微細藻類から、後生動物まで扱います。様々な代謝物がどのように生成され利用されるのかを、生物界という広い視点で明らかにしたいと考えています。MassBank（http://massbank.jp）や LipidBank（http://
lipidbank.jp）のようなデータベースのほか様々な解析ツールも作成しています。

Our activity is summarized as the network analysis using
genomics and metabolomics (this word comes from ‘metabolism’). Our computational analysis targets many biological
species from lactobacilli and microalgae to metazoa. The research goal is the understanding of metabolite evolution anddistribution in the biosphere. Major research results include
databases such as MassBank (http://massbank.jp) and LipidBank (http://lipidbank.jp), as well as analytical softwaretools for genomics and metabolomics.

Selected Publications
Tada, I., Tanizawa, Y., Endo, A., Tohno, M., and Arita, M. (2017). Revealing the
genomic differences between two subgroups in Lactobacillus gasseri. Biosci
Microbiota Food Health 36, 155-159.

Simakov, O., and Kawashima, T. (2017). Independent evolution of genomic
characters during major metazoan transitions. Dev Biol 427, 179-192.

Satti, M., Tanizawa, Y., Endo, A., and Arita, M. (2017). Comparative Analysis ofprobiotic genus Bifidobacterium and Lactobacillus based on a new definition ofcore genome. GIW/BIOINFO2017, Seoul, Korea (to appear in JBCB).

Laboratory of Biological Networks

Arita GroupARITA, Masanori
Professor

有田正規

教授

生命ネットワーク研究室

有田研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/arita

KAWASHIMA, Takeshi
Assistant Professor

川島武士

助教

研究活動／ Research Activities

45

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Promotion of DDBJ as an infrastructure database for lifescience
生物研究の基盤データベースとしての DDBJ 事業の推進

NGS 自動配列解析システム「DDBJ Read Annotation
Pipeline」の reference mapping のツール選択画面

A screenshot of reference mapping tools on a NGS
automatic analytical system

高速シークエンサの技術革新と共に、塩基配列のデータベース
は大規模化が進んでいます。このことによりデータ処理が難しくなり、配列注釈不足や特徴情報の記載誤りも問題となっています。中村研究室は、日本 DNA データバンク（DDBJ）業務担当研究室として、データベース運用の高度化と配列注釈の質向上に取り組みます。特に、①次世代シークエンサ（NGS）の大量データ配列解析、②クラウド型データ解析システム構築、③ゲノム配列注釈の評価尺度研究を中心に、ゲノム配列のアノテーション・キュレーション処
理の効率化を目指します。

Ultra high-throughput sequencing technologies allow biologists to obtain larger amounts of nucleotide sequence
data. Reliable database operation and high-quality annotation supply are essential. As the core part of DNA Data Bankof Japan (DDBJ), Nakamura laboratory attempts 1) to develop advanced database management systems, and 2) to improve quality of annotations in DDBJ databases. We havebeen constructing an automatic analytical system “DDBJ
Read Annotation Pipeline” in NIG supercomputers, and “TogoAnnotation” system as the integrated support tool for
manual curations. Structural and functional annotations byautomatic and manual processing are evaluated by using
proposed statistical methods.

Selected Publications
Kodama, Y., Mashima, J., Kosuge, T., Kaminuma, E., Ogasawara, O., Okubo, K.,
Nakamura, Y., and Takagi, T. (2018). DNA Data Bank of Japan: 30th anniversary.
Nucleic Acids Res 46, D30-D35.

Tanizawa, Y., Fujisawa, T., and Nakamura, Y. (2017). DFAST: a flexible prokaryotic
genome annotation pipeline for faster genome publication. Bioinformatics, doi:
10.1093/bioinformatics/btx713.

Shimizu, T., Tanizawa, Y., Mochizuki, T., Nagasaki, H., Yoshioka, T., Toyoda, A.,
Fujiyama, A., Kaminuma, E., and Nakamura, Y. (2017). Draft sequencing of theheterozygous diploid genome of Satsuma (Citrus unshiu Marc.) using a hybrid
assembly approach. Front Genet 8, 180.

Genome Informatics Laboratory

大量遺伝情報研究室

Nakamura Group 中村研究室

NAKAMURA, Yasukazu
Professor

中村保一

46

教授

研究活動／ Research Activities

KAMINUMA, Eli
Assistant Professor

神沼英里

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/nakamura

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Studies on a large-scale data processing of biomedical knowledge
ゲノム情報・バイオメディカル知識の大規模データ処理手法の研究

Hadoop を利用した分散デー
タ処理のテストDistributed data processing
test using Hadoop

遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用したゲノム情報処理への並列分散コンピューティング技術、広域分散処理技術の適用研究を行っています。

An application study is being conducted involving parallel-distributed computing technology and wide-area distributed processing technology to process genome information.

急激に容量が増大する各種遺伝子情報解析データを処理するための技術として、ビッグデータをハンドリングするための各種並列分散処理技術の適用研究を行っています。また、従来共有メモ
リ型大型計算機で処理していた各種大規模 DB データを、データ量の増大に対応が容易なコストパフォーマンスの高い分散メモリ型クラスタ計算機上で高速処理するための研究を行っています。

This study involves various types of parallel distributed
processing technologies, that are designed to handle big
data for processing genetic information analysis data. Research aimed at high-speed processing of various types ofdata in large-scale databases is also being carrying out. This
study is using a distributed memory cluster computer thatcan easily accommodate the increase in data volume and offers high cost performance.

Selected Publications
Kodama, Y., Mashima, J., Kosuge, T., Kaminuma, E., Ogasawara, O., Okubo, K.,
Nakamura, Y., and Takagi, T. (2018). DNA data bank of Japan: 30th anniversary.
Nucleic Acids Res 46, D30-D35.

Cochrane, G., Karsch-Mizrachi, I., Takagi, T., and International Nucleotide
Sequence Database Collaboration. (2016). The international nucleotide sequence
database collaboration. Nucleic Acids Res 44, D48-D50.

Mashima, J., Kodama, Y., Fujisawa, T., Katayama, T., Okuda, Y., Kaminuma, E.,
Ogasawara, O., Okubo, K., Nakamura, Y., and Takagi, T. (2017). DNA data bankof Japan. Nucleic Acids Res 45, D25-D31.

Laboratory for Research and Development of Biological Databases データベース運用開発研究室

Takagi Group高木研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/takagi

TAKAGI, Toshihisa
Professor

高木利久

教授

研究活動／ Research Activities

47

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Developing technologies to make BioMedicine comprehensible and tractable
生命科学を機械に扱いやすく人に解りやすくする技術の開発
(A)

(B)

Anatomography サービス構成 (A) 利用例 (B).
医学現象は身体を場とします。情報整理５特徴（場所、時間、文字、内容分類、値の大小）のうち医学に欠けていた場所による整理を可能にするために現在も技術開発中の Anatomography サービス
は統合データベースセンターで実装開発され 2007 年から公開されています。
Architecture of anatomical mapping service in Anatomography (A) and a use case (B). Service, still under development, is constructed and maintained in DBCLS. Similarly to Google Maps, custom
anatomical maps can be exchanged as map URL with or without superimposed data. In (B), shown is body distribution of a bacterial species in http://microbedb.jp/MDB/.

生命科学の知識は二つのステップで作られます。ステップ A：記述やデータに現象をキャプチャして保存交換する。ステップ B：キャ
プチャされた現象の集合をドグマや関係式のセットの形で圧縮近似して利用可能にする。
現在ステップ B は A に対し圧倒的に劣勢です。A に比べ B はより高度なインテリジェンスを要すので、機械的支援が行われていない為だと思われます。この不均衡は学問の効率的な進展の為にも知識の広い利用の為にも是正しなければなりません。当室では Bの為の技術を開発しています。

A body of biomedical knowledge is developed in 2
steps: StepA: accumulating and exchanging situations captured in descriptions and data; and StepB: abstract situations into a coherent set of dogmatic or mathematicalstatements so that people can use in decision-making. The
overwhelming output of A, mainly due to the technologicalassistance by diagnostic, laboratory and communication machines, is making a stressful situation called “information
over-load” or “data deluge”. New technologies must be invented for B to make bigger return from investment in biomedicine.

Selected Publications
Mitsuhashi, N., Fujieda, K., Tamura, T., Kawamoto, S., Takagi, T., and Okubo, K. (2009).
BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts. Nucleic Acids Res
37 (Database issue), D782-785.

Okubo, K., and Tamura, T. (2011). System and computer software program forvisibly processing an observed information's relationship with knowledge
accumulations. US patent 20050203889.

Ogasawara, O., Mashima, J., Kodama, Y., Kaminuma, E., Nakamura, Y., Okubo, K.,
and Takagi, T. (2013). DDBJ new system and service refactoring. Nucleic Acids
Res 41 (Database issue), D25-29.

Laboratory for Gene-Expression Analysis

Okubo Group

大久保研究室OKUBO, Kousaku
Professor

大久保公策

48

遺伝子発現解析研究室

教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/okubo

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Comparative genomics through ultra-large scale sequencing
大規模比較ゲノム研究による生命の多様性と特異性の理解

比較ゲノム解析研究室でゲノム解読を実施した生物たち。
上左：解剖前のシーラカンス稚魚 上右：ニホンザル 下左：セレベンシスメダカ 下右：オオコオモリの一種

Picture of the animals whose genomes have been analyzed

当研究室では、ヒトを含む霊長類から生命科学研究において重要な生物種や極地などの極限環境に棲息する生物まで、高精度なゲノム配列決定を通じてゲノムの多様性を明らかにすることにより生命現象の原理原則を理解することを目標に研究活動を行っています。また、先端ゲノミクス推進センターと連携して最新のゲノム解読技術を用いた先端ゲノミクス研究を進めており、多くの国内外の研究機関との共同研究を積極的に進めています。

The Comparative Genomics Laboratory was establishedin April 2008 with the task to understand basic rules of biological systems based on actively reading and analyzing various genomes of interest using cutting-edge DNA sequencing
and analysis technology. Currently, we are analyzing personalized genomes of primates in addition to the organisms
those living in the extreme environmental conditions. Figures
show examples of such activities.

Selected Publications
Session, A. M., Uno, Y., Kwon, T., Chapman, J. A., Toyoda, A., Takahashi, S., Fukui, A., Hikosaka, A.,
Suzuki, A., Kondo, M., van Heeringen, S. J., Quigley, I., Heinz, S., Ogino, H., Ochi, H., Hellsten, U., Lyons, J.
B., Simakov, O., Putnam, N., Stites, J., Kuroki, Y., Tanaka, T., Michiue, T., Watanabe, M., Bogdanovic, O.,
Lister, R., Georgiou, G., Paranjpe, S. S., van Kruijsbergen, I., Shu, S., Carlson, J., Kinoshita, T., Ohta, Y.,
Mawaribuchi, S., Jenkins, J., Grimwood, J., Schmutz, J., Mitros, T., Mozaffari, S. V., Suzuki, Y., Haramoto, Y.,
Yamamoto, T. S., Takagi, C., Heald, R., Miller, K., Haudenschild, C., Kitzman, J., Nakayama, T., Izutsu, Y.,
Robert, J., Fortriede, J., Burns, K., Lotay, V., Karimi, K., Yasuoka, Y., Dichmann, D. S., Flajnik, M. F.,
Houston, D. W., Shendure, J., DuPasquier, L., Vize, P. D., Zorn, A. M., Ito, M., Marcotte, E. M., Wallingford, J.
B., Ito, Y., Asashima, M., Ueno, N., Matsuda, Y., Veenstra, G. J., Fujiyama, A., Harland, R. M., Taira, M., andRokhsar, D. S. (2016). Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis. Nature 538, 336-343.

Comparative Genomics Laboratory 比較ゲノム解析研究室

Toyoda Group豊田研究室

Hashimoto, T., Horikawa, D. D., Saito, Y., Kuwahara, H., Kozuka-Hata, H., Shin-I, T., Minakuchi, Y.,
Ohishi, K., Motoyama, A., Aizu, T., Enomoto, A., Kondo, K., Tanaka, S., Hara, Y., Koshikawa, S., Sagara,
H., Miura, T., Yokobori, S., Miyagawa, K., Suzuki, Y., Kubo, T., Oyama, M., Kohara, Y., Fujiyama, A.,
Arakawa, K., Katayama, T., Toyoda, A., and Kunieda, T. (2016). Extremotolerant tardigrade genome andimproved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein. Nat Commun 7, 12808.
Hoshino, A., Jayakumar, V., Nitasaka, E., Toyoda, A., Noguchi, H., Itoh, T., Shin-I, T., Minakuchi, Y., Koda, Y.,
Nagano, A. J., Yasugi, M., Honjo, M. N., Kudoh, H., Seki, M., Kamiya, A., Shiraki, T., Carninci, P., Asamizu, E.,
Nishide, H., Tanaka, S., Park, K. I., Morita, Y., Yokoyama, K., Uchiyama, I., Tanaka, Y., Tabata, S.,
Shinozaki, K., Hayashizaki, Y., Kohara, Y., Suzuki, Y., Sugano, S., Fujiyama, A., Iida, S., and Sakakibara, Y. (2016).
Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil. Nat Commun 7, 13295.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/toyoda

TOYODA, Atsushi
Project Professor

豊田

敦

特任教授

研究活動／ Research Activities

49

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Unveiling microbial community dynamics
微生物ゲノム進化と群集ダイナミクスの解明

陸上蛇紋岩熱水系からの微生物サンプリング、メタゲノム解析。
Exploring microbial diversity in a continental serpentinite-hosted hydrothermal system.

生命の進化と地球の進化は密接に関係していますが、その共進化の痕跡は生物のゲノムに残されています。本研究室では、バイオインフォマティクスを駆使した微生物のゲノム・メタゲノム解析や統合データベース「MicrobeDB.jp」を武器として、生命科学や地球科学などからもたらされる多元情報を統合的に解析することで、微生物の進化、微生物群集ダイナミクスさらには生命と地球の共進化をゲノムレベルで解き明かす研究を進めています。また、化石の骨などからDNAを抽出し、古代生物のゲノムを復元することで、進化の謎に迫る研究も行っています。

In our laboratory, we are interested in understanding
about microbial genome evolution and microbial community
dynamics, and we are currently reaching out in the following
two major research directions; I. Facilitate the developmentof an integrated database “MicrobeDB.jp”, II. Microbial community dynamics. Our research interests blend a backgroundin microbial genomics and metagenomics with bioinformatics
and integrated database developments that are just now allowing the prospect of illuminating microbial community dynamics. We are trying to gain a better understanding of how
microbial diversity maintain as well as how it emerged. We
are also trying to propose a new evolutionary scenario by recovering DNA information from paleontological remains.

Selected Publications
Yonezawa, T., Segawa, T., Mori, H., Campos, P. F., Hongoh, Y., Endo, H., Akiyoshi, A.,
Manabe, M., Kohno, N., Nishida, S., Wu, J., Jin, H., Kishino, H., Kurokawa, K., Yoshifumi, N.,
Tanabe, H., Mukoyama, H., Yoshida, K., Rasoamiaramanana, A., Yamagishi, S., Hayashi, Y.,
Yoshida, A., Koike, H., Akishinonomiya, F., Willerslev, E., and Hasegawa, M. (2017).
Phylogenomics and morphology of extinct paleognaths reveal the origin and evolution of theratites. Curr Biol 27, 68-77.

Genome Evolution Laboratory ゲノム進化研究室

Kurokawa Group

KUROKAWA, Ken
Professor

黒川

50

顕

教授

研究活動／ Research Activities

黒川研究室

MORI, Hiroshi
Assistant Professor

森

宙史

助教

Matsuki, T., Yahagi, K., Mori, H., Matsumoto, H., Hara, T., Tajima, S., Ogawa, E., Kodama, H.,
Yamamoto, K., Yamada, T., Matsumoto, S., and Kurokawa, K. (2016). A key genetic factor
for fucosyllactose utilization affects infant gut microbiota development. Nat Commun 7,11939.
Okai, S., Usui, F., Yokota, S., Hori-I, Y., Hasegawa, M., Nakamura, T., Okada, S.,
Yamamoto, K., Nishiyama, E., Mori, H., Yamada, T., Kurokawa, K., Matsumoto, S., Nanno, M.,
Naito, T., Kato, T., Miyauchi, E., Ohno, H., and Shinkura, R. (2016). High-affinity monoclonal
IgA regulates gut microbiota and prevents colitis in mice. Nat Microbiol 1, 16103.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kurokawa

Experimental Farm実験圃場

Molecular cytogenetics of plant germ-cell development
植物の生殖細胞発生過程の分子細胞遺伝学

植物のシュート幹細胞を維持する KNOX-BLH 転写因子複合体。
（A）トウモロコシの芽生え（緑丸は茎頂）。
（B）幹細胞を持つ茎頂メリステム（マゼンタ）。
（C）KNOX・BLH 転写因子の免疫染色。
これらは複合体を形成し、メリステムの幹細胞を未分化な状態に維持する。
（D）KNOX の直接の下流遺伝子経路。

KNOX-BLH transcription factor complex maintains shoot stem cells in flowering plants. (A) The shoot apex in maize is indicated with a green circle. (B) Plant stem cell population, the shoot meristem(magenta). (C) Immunostaining of two transcription factors, KNOX and BLH. They form a heterodimer in shoot meristems to maintain stem cell indeterminacy. (D) Current view of KNOX downstream
pathways.

植物の生殖サイクル、特に減数分裂を制御する分子メカニズムについて、主にイネを用いて研究しています。減数分裂は、遺伝情報の安定的伝達に加え、減数分裂組み換えを通じて遺伝的多様性を創出する複雑かつ巧妙な生命現象です。減数分裂を制御する
分子機構の解明は、育種効率の向上や野生種の育種利用につながる重要な研究課題です。
また、植物遺伝研究室と共同で野生イネや在来栽培イネ品種な
どのイネ遺伝資源保存事業に従事し、国内外の研究者に配布しています。現地で失われつつある貴重な遺伝資源が数多く含まれています。

We study molecular mechanisms promoting the reproductive cycle, including meiosis, in rice. Meiosis is a highly
orchestrated biological event to transmit genetic information
stably, and to simultaneously create a genetic diversity via
meiotic recombination. Elucidation of the underlying mechanisms is important also for applications to improve breeding
efficiency and extend breeding use to wild species.
In addition, we engage in the conservation program ofgenetic rice resources, such as wild species and local varieties. It contains many precious strains going to be lost at their
original habitats.

Selected Publications
Ono, S., Liu, H., Tsuda, K., Fukai, E., Tanaka, K., Sasaki, T., and Nonomura, K. I. (2018).
EAT1 transcription factor, a non-cell-autonomous regulator of pollen production,
activates meiotic small RNA biogenesis in rice anther tapetum. PLoS Genet 14,
e1007238.

Liu, H., and Nonomura, K. I. (2016). A wide reprogramming of histone H3
modifications during male meiosis I in rice is dependent on the Argonaute protein
MEL1. J Cell Sci 129, 3553-3561.

Tsuda, K., Abraham-Juarez, M. J., Maeno, A., Dong, Z., Aromdee, D., Meeley, R.,
Shiroishi, T., Nonomura, K. I., and Hake, S. (2017). KNOTTED1 cofactors, BLH12
and BLH14, regulate internode patterning and vein anastomosis in maize. Plant
Cell 29, 1105-1118.

Experimental Farm実験圃場

Nonomura Group 野々村研究室

NONOMURA, Ken-ichi
Associate Professor

野々村賢一 准教授

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/nonomura

TSUDA, Katsutoshi
Assistant Professor

津田勝利

助教

研究活動／ Research Activities

51

Radioisotope Center

放射線・アイソトープセンター

Reverse genetic analysis of gene regulatory system in C. elegans
逆遺伝学による線虫遺伝子制御システムの解析（A）開発した whole-mount in situ hybridization 法による全発生時期を通じた mir-1 miRNA 発現パターン。
（B）mir-1 遺伝子プロモーターによるGFP 発現パターン。これらの一致は、mir-1 miRNA が転写後生合成過程での発現調節を受けないことを示す。
(A) The expression patterns of mir-1 miRNA detected by a whole-mount in situ hybridization method that we developed. (B) The expression patterns of a mir-1 promoter::GFP
reporter transgene. The coincidence between the expression patterns indicates the absence of post-transcriptional regulation of the miRNA during biogenesis.

線虫 Caenorhabditis elegans は、多細胞動物で最初にゲノム配列が決定され、発現遺伝子が網羅された生物です。遺伝子配列より遺伝子機能を探る逆遺伝学に必須である遺伝子発現細胞の検出や、遺伝子改変体の作製も容易に行えます。こうした特徴を生かして、遺伝子制御システムの解明を目指しています。遺伝子発現の転写後調節因子である microRNA を研究対象に、機能解析に役立つ新規方法を開発し、発現調節を受ける標的遺伝子の特定と、その調節がもたらす生理機能の解析を進めています。

Caenorhabditis elegans is the first multicellular organism
whose entire genome sequence has been determined, andits transcriptome has been extensively investigated. In addition, easy ways are available to determine gene expression
patterns and to generate gene-modified strains, which arenecessary for reverse genetic analysis. Based on these features, we aim at elucidating gene regulatory system. We
study microRNAs (miRNAs), which serve as post-transcriptional regulators of gene expression. Our approaches are todevelop novel methods for functional analysis, to identify target genes, and to unravel the physiological roles of miRNAs.

Selected Publications
Andachi, Y., and Kohara, Y. (2018). MicroRNA detection by whole-mount in situ
hybridization in C. elegans. Methods Mol Biol 1680, 75-86.
Andachi, Y., and Kohara, Y. (2016). A whole-mount in situ hybridization method
for microRNA detection in Caenorhabditis elegans. RNA 22, 1099-1106.

Radioisotope Center

放射線・アイソトープセンター

Andachi Group 安達研究室

ANDACHI, Yoshiki
Assistant Professor

安達佳樹

52

助教

研究活動／ Research Activities

Hamashima, K., Mori, M., Andachi, Y., Tomita, M., Kohara, Y., and Kanai, A. (2015).
Analysis of genetic code ambiguity arising from nematode-specific misacylated
tRNAs. PLoS One 10, e0116981.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/andachi

International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー ／ Visiting Faculty

客員研究部門Critical periods of brain development
脳発達における臨界期
私たちは、子ども期の経験が脳機能を形作る仕組みを解明してきました：特定のGABA 回路が「臨界期」を引きおこし、その後大脳皮質の可塑性を制限します。こうした基本原理のヒトの革新的治療戦略や新たなAIへの応用に精力的に取り組んでいます。
We have revealed how early life experience shapes brain function:
specific GABA circuits trigger these “critical periods” then later limit cortical plasticity. We actively translate these basic principles into innovative
therapeutic strategies for humans and novel AI.

International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー

https://henschlab.mcb.harvard.edu/

HENSCH, Takao K

International Strategic Advisor(Professor, Center for Brain Science, Harvard University)

ヘンシュ，タカオ K

国際戦略アドバイザー（ハーバード大学脳科学センター教授）

Chromatin dynamics and evolution
クロマチン動態と進化
私たちは、生化学、分子、および系統学的なアプローチを組み合わせることで、

ヒストンバリアントの役割や、クロマチンの機能ドメイン形成におけるその動態を調べています。


We combine biochemical, molecular and phylogenetic approaches tostudy the role of histone variants and their dynamics in shaping functional
chromatin domains.

International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー

https://www.gmi.oeaw.ac.at/research-groups/frederic-berger/

BERGER, Frederic

International Strategic Advisor(Senior group leader, Gregor Mendel Institute)

べルシェ，フレデリック

国際戦略アドバイザー（グレゴール・メンデル研究所シニアグループリーダー）

Epigenetics and chromatin
エピジェネティックスとクロマチン
クロマチン構造とエピジェネティックな情報継承機構との関係の解明を目指します。ゲノム解析・計算解析ツールを開発することで、転写と複製におけるクロマ

チンダイナミクスや多様なセントロメアを作るクロマチン基盤を明らかにします。
To better understand the relationship between chromatin conformation and epigenetic inheritance, we have developed genomic and computational tools to elucidate chromatin dynamics during transcription andreplication, and the chromatin basis for centromere diversity.

Division of Nucleic Acid Chemistry 核酸化学客員研究部門

http://research.fhcrc.org/henikoff/en.html

HENIKOFF, Steven

Visiting Professor(Member, Fred Hutchinson Cancer Research Center)

ヘニコフ，スティーブン

客員教授（フレッドハッチンソンがん研究センターメンバー）

Spatial control of bacterial cell division processes by reaction-diffusion mechanisms
反応拡散メカニズムによるバクテリア細胞分裂過程の空間的制御
多くの生物システムの空間的制御にはチューリングの反応拡散に基づく原理が関与していると考えられています。私たちは、この種の制御メカニズムの例として、
バクテリアの染色体分配と細胞の分裂位置について研究しています。


Spatial control of many biological systems is considered to involve
mechanisms based on Turing-style reaction-diffusion principles. We study
bacterial chromosome partition and cell division position control systems
as examples of this type of bio-control mechanisms.

Division of Nucleic Acid Chemistry 核酸化学客員研究部門

https://irp.nih.gov/pi/kiyoshi-mizuuchi

MIZUUCHI, Kiyoshi

Visiting Professor(Distinguished Investigator, NIDDKD, NIH)

水内

清

客員教授
（米国立保健研究所卓越研究者）

Development of technologies for genome editing and optogenetics
ゲノム編集と光遺伝学のための新規技術開発
私たちは、健康・疾患状態の脳機能を研究するため、ゲノム編集、光遺伝学のテクノロジー開発・応用を行っています。これらの新規技術が、私たちの脳疾患とその治療に対する理解を深めてくれることを期待しています。


Our group is developing and applying molecular and optical technologies for probing brain function in health and disease. We hope that these
new approaches will improve our understanding and treatment of brain
diseases.

Division of Cytoplasmic Genetics 細胞質遺伝客員研究部門

http://zlab.mit.edu

ZHANG, Feng

Visiting Associate Professor(Assistant Professor, McGovern Institute for Brain Research at MIT)チャン，フェン

客員准教授（マサチューセッツ工科大学マクガヴァン脳研究所助教授）

研究活動／ Research Activities

53

International Strategic Advisor 国際戦略アドバイザー ／ Visiting Faculty

客員研究部門DNA Replication: Mechanism, Regulation and Misregulation
DNA 複製：メカニズム、制御、破綻
酵母と哺乳動物細胞の遺伝学的・細胞生物学的手法と精製タンパク質からの再構成系を用いて、細胞周期ごとにどのようにゲノムが効率よく完全に複製されるのかを理解することを目標としています。

We aim to understand how our genomes are replicated efficiently andcompletely in each cell cycle using biochemical reconstitution with purified
proteins alongside genetics and cell biology in yeast and mammaliancells.

Division of Cytoplasmic Genetics 細胞質遺伝客員研究部門

http://www.crick.ac.uk/john-diffley

DIFFLEY, John F.X.

Visiting Professor(Associate Research Director, The Francis Crick Institute)

ディフリー，ジョン F.X.

客員教授
（フランシスクリック研究所アソシエイトリサーチディレクター）

Organogenesis in vertebrates
脊椎動物の器官形成
私たちは、中胚葉由来（心臓・血管系）および内胚葉由来（膵臓・肺・肝臓）の臓器の器官形成研究を行っています。私たちの目的のひとつは、脊椎動物の器官形成を単一細胞レベルで理解することです。

We investigate questions related to organogenesis of mesodermal (heart,vasculature) and endodermal (pancreas, lung, liver) organs using zebrafish
and mouse. One goal of our studies is to gain understanding of vertebrateorgan development at the single-cell level.

Division of Physiological Genetics 生理遺伝客員研究部門

http://www.mpi-hlr.de/index.php?id=18&L=1

STAINIER, Didier

Visiting Professor(Director, MAX Planck Institute)

スタニア，ディディエ

客員教授（マックスプランク研究所ディレクター）

Population genetics theory and its application to genomic data
集団遺伝学理論とゲノムデータへのその応用
集団、個体、細胞というさまざまな段階における進化パターンを理解するための、DNA 配列変異解析の集団・進化遺伝学理論と統計手法の開発。

Development of population/evolutionary genetics theory and statistical methods for analyzing DNA sequence variation at various levels, including between populations, individuals and cells within an individual forunderstanding underlying evolutionary forces.

Division of Theoretical Genetics

理論遺伝客員研究部門

https://gsbs.uth.edu/faculty/faculty-directory/
faculty-profiles.htm?id=1346199

FU, Yun-Xin

Visiting Professor(Professor, School of Public Health, University of Texas Health
Science Center at Houston)

フー，ユンシン

客員教授（テキサス大学ヒューストン健康科学センター公衆衛生学部教授）

Developing methods for evolutionary analyses of DNA and protein sequences
DNA 及びタンパク質配列の進化を解析するための方法論の開発
種間系統樹を作成するための統計モデル・メソッドの開発、および特に適応進化に注目をした分子進化メカニズムの研究を行っています。また集団遺伝学の理論的研究も行っています。

I am interested in developing statstical models/methods for reconstructing species phylogenies and in understanding the mechanisms ofmolecular evolution, especially adaptive evolution. I am also interested intheoretical population genetics.

Division of Theoretical Genetics

理論遺伝客員研究部門

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/ziheng/

YANG, Ziheng

Visiting Professor(Professor, University College London)

ヤン，ジーヘン客員教授（ユニヴァーシティ・カレッジ・ロンドン教授）

Human genetic variation and disease
ヒトゲノム変異と病気
私どもの研究室はさまざまな疾患遺伝子について研究してきました。それらはメンデル型遺伝病から複合疾患にいたります。同時に mobile element の病気への関与および集団遺伝学的観点からの研究を行っています。

We study human genetic variation to make inferences about human
evolutionary history and to understand the ways in which genes contribute to disease.

54

研究活動／ Research Activities

Division of Applied Genetics 応用遺伝客員研究部門

http://www.genetics.utah.edu/lynne-b-jorde/

JORDE, Lynn

Visiting Professor(Professor, University of Utah School of Medicine)

ジョーデ，リン

客員教授（ユタ大学医学部教授）

NIG INNOVATION

産学連携・知的財産室

Share our research findings with society through the technology transfer
研究成果の社会還元、イノベーション創出を目指した産学連携活動（2017 年度実績）
知的財産Intellectual Property

件数
QUANTITY

特許出願

Patent application

5件

特許登録

Patent registration

2件

ライセンス､有償MTA契約

License agreement

MTA Material Transfer Agreement

研究所から生まれた研究成果を活用し、社会に還元、新しいイ
ノベーション創出を目指すことで、基礎研究の進歩に貢献することが我々の使命です。戦略的な知的財産の発掘、保護、活用を図る
と共に、共同、受託研究、技術移転等の積極的な産学連携活動、
地域、社会連携活動を推進して、研究所の「知」を社会につなげてまいります。
また、名古屋議定書に対応した遺伝資源の取扱いに関する相談窓口として、大学・研究機関への啓発、体制構築支援活動（出張セミナー、講習会、情報発信、国際ワークショップ、意見交換会等）を行なっています。

13件
1,053件Aiming at sharing our research findings with society andcreating new innovation, we are vigorously promoting active
collaboration with industries through joint research and technology transfer.
We are committed to managing our intellectual property
derived from research by patenting, maintaining, and licensing in a strategic and efficient way.
We also play an active role as ABS Support Team for
Academia to support researchers at universities and research
institutions to obtain genetic resources from overseas andutilize them smoothly in accordance with the CBD provisions
and the regulations of each country.

Selected Publications
鈴木睦昭 (2017). 名古屋議定書国内発効、国内措置（ABS 指針）開始
野における対応は？ ファルマシア Vol.53 No.10 2017

薬学分鈴木睦昭 (2014). 学術研究分野における名古屋議定書の国内措置検討の課題 植
物科学最前線 5, 67-73.

NIG INNOVATION

産学連携・知的財産室

鈴木睦昭 (2014).「研究成果有体物と遺伝資源に関する円滑な流通に向けて―課
題分析と今後の課題解決の展望―」知的財産イノベーション研究の諸相 p114125. コンテンツシティー出版

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/suzukim

SUZUKI, Mutsuaki
Director

鈴木睦昭

室長

研究活動／ Research Activities

55

Office for Research Development リサーチ・アドミニストレーター室

Strengthening and support of research
研究力の強化・支援

遺伝研入所

研究計画

研究

発表

キャリアアップ

Enter NIG

Planning

Research

OutputCareer Progression

研究立ち上げサポート

研究よろず相談

Support for Research Start-up

Counseling for Research「論文・プレゼン」道場

研究費申請書作成サポート

Support for Preparation of Grant Application

Scientific Writing / Presentation DOJO
キャリア相談共同研究仲人

Career Counseling

Matchmaker for Collaborative Research
ワークショップ企画

IR活動

広報
Public Affairs

Institutional
Research

リサーチ・アドミニストレーター室（ORD）は、研究に携わる人
材がその能力を最大限に発揮し、さらに能力を伸ばすための活動をしています。
ワークショップ企画や異分野交流の仲介、論文発表やプレゼンテー
ションについての議論や助言、研究費申請のサポート、国際連携活動などを通じ、研究者が新しいアイデアに挑戦するための手助けをします。このような活動が遺伝研の優れた研究環境や活発な研究交流と相乗効果を及ぼして研究者コミュニティーの研究力が向上することを目指しています。研究所の広報活動，IR（Institutional
Research）活動や遺伝研で開発された科学プレゼンテーションカ
リキュラム（遺伝研メソッド）の普及・啓発活動も担当しています。

Workshop Planning

遺伝研メソッドNIG Method

国際連携活動Arrangementsof International
Cooperation

Office for Research Development (ORD) offers various
help to those involved in research. Our activities include organizing workshops, mediating collaborative research, discussion and advice on manuscripts and scientific presentations, grant-application support, and arrangements ofinternational cooperation. Synergizing with the superb research environment and the interactive atmosphere of NIG,
we aim to contribute to the strengthening of research activityof the scientific community. ORD also takes part in the public
relationship, IR (Institutional Research) of the institute, as wellas activities to disseminate the scientific presentation curriculum (NIG Method) developed at NIG.

Writings and Talks
平田たつみ，タジ・ゴルマン，広海 健 (2016).「遺伝研メソッドで学ぶ科学英語プレゼンテーション―感じる力、考える力、討論する力を育てる」dZERO.

広海 健 (2017). 研究発表の新機軸：「遺伝研メソッド」による研究力強化とグロー
バル化支援 . 総研大全学的英語教育事業セミナー (2017.12.26).

来栖光彦 , 礒野靖子 , 岡本基 , 小川洋子 , 笹山浩二 , 蓮池岳司 , 横尾成子 (2017).
⼤学への貢献を可視化 : 共同利⽤・共同研究の改善に向けた取り組み . RA 協議会
第 3 回年次大会 (2017.8.29-30).

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/ord

Office for Research Development
リサーチ・アドミニストレーター室

HIROMI, Yasushi
Director

広海

56

健

室長

研究活動／ Research Activities

KURUSU, Mitsuhiko
Chief URA

来栖光彦

主任 URA

SEINO, Hiroaki
Assistant Professor

清野浩明

助教

Database Center for Life Science ライフサイエンス統合データベースセンター

Database Center for Life Science (DBCLS)
ライフサイエンス統合データベースセンター

遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索可能
なウェブツール「RefEx」（http://refex.dbcls.jp/）。遺伝
子発現状況の詳細の画面で、遺伝子発現量を人体 3D モデルと測定手法別で一覧可能。

RefEx is a web tool for a comfortable search of reference
data for gene expression analysis (http://refex.dbcls.jp/).
Relative expression levels of troponin T types 2 geneamong various tissues measured by four different
methods are shown in the right panels. In the left
expression levels are reflected on 3-D human model.

ライフサイエンス分野では、世界中で数千をこえる多様なデータベース（DB）が公開されており、その活用が研究の進展に不可欠になっています。
しかし、「必要な DB が見つからない」「使い方がわからない」「データを組み合わせた高度な解析ができない」など、DB の効率的な利用のための環境整備は充分ではありません。本センターは DB 統合化の中核組織として2007 年に機構直轄のセンターとして設置され、以来、DB の統合

化と保全に努め、利用者の利便性を高める情報技術の研究開発やサービスの開発、DB の国際標準化を行ってきました。本センターはまだ専用の施設がなく、2014 年度に柏の東京大学施設に移転しましたが、同時に一部を遺伝研内に移しました。ビッグデータの有効活用の点から
DDBJ センター等とのシナジーを発揮したいと考えています。

In life science, thousands of database(DB)s are publicly available worldwide, and become indispensable. However, many comments from users complaining the hard-to-use DBs suggest thatthese DBs and the surrounding environment are not sufficiently
refined. DBCLS was established in ROIS in 2007 as a core organization of DB integration, and has been aiming to solve these issues through R&D for DB reusability, international DB standardization and various training programs. In 2014, while the main labof DBCLS moved to Kashiwa, some members moved to NIG as
the Mishima lab. It is highly expected to maximize the synergy
with DDBJ in effective use of Big Data.

Selected Publications
Ono, H., Ogasawara, O., Okubo, K., and Bono, H. (2017). RefEx, a reference
gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes. Sci
Data 4, 170105.

Naito, Y., Hino, K., Bono, H., and Ui-Tei, K. (2015). CRISPRdirect: software fordesigning CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites. Bioinformatics
31, 1120-1123.

Ohta, T., Nakazato, T., and Bono, H. (2017). Calculating the quality of public
high-throughput sequencing data to obtain a suitable subset for reanalysis fromthe Sequence Read Archive. Gigascience 6, 1-8.

Database Center for Life Science (DBCLS)

 イフサイエンス統合データベースセンターラ
Members at NIG

遺伝研で研究しているメンバー

BONO, Hidemasa Project Associate Professor

ONO, Hiromasa Project Assistant Professor

NAITO, Yuki Project Assistant Professor

NAKAZATO, Takeru Project Assistant Professor

坊農秀雅 特任准教授
内藤雄樹 特任助教

http://dbcls.rois.ac.jp

小野浩雅
仲里猛留

特任助教
特任助教

OHTA, Tazro Researcher

大田達郎 研究員

左から、小野、坊農、仲里、内藤、大田Ono, Bono, Nakazato, Naito, Ohta (from left)

研究活動／ Research Activities57

Center for Genome Informatics (CGI) ゲノムデータ解析支援センター

Center for Genome Informatics (CGI)
ゲノムデータ解析支援センター

シーラカンスのゲノムブラウザー。シーラカンス
ゲノム上に注釈付けされた遺伝子や SNV などの情報の検索と閲覧が行える。BLAST/BLATを用いた相同性検索にも対応しており、アライ
メントの結果を他のアノテーション情報と共に視覚的に確認することができる。

Coelacanth Genome Browser. Information
about the annotated genes and SNVs on the
coelacanth genome can be searched andbrowsed. Homology search using BLAST/BLAT is also available, and the results are visually displayed on the genome browser withother annotations.

次世代シーケンシング（NGS）技術の発展によってDNAシーケンサーのスループットは飛躍的に向上し、様々な研究分野で塩基配列レベルの研究解析が行われるようになってきました。いまやモデル生物だけではなく、あらゆる生物種を対象に、新規ゲノムシーケンスやリシーケンス（変異解析）、トランスクリプトーム解析、メタゲノム解析といった多様な配列解析が行われています。これらの配列データを効率的に解析し、目的に応じた結果を正しく得るためには、生物学の知識に加えてバイオインフォ

マティクスの知識と技術が不可欠です。本センターは、最先端の解析技術を用いたデータ解析支援事業を中心に、大量のゲノムデータを迅速かつ高精度に解析する新規技術の開発や、そのための人材育成といった活動を通して、ゲノム科学の推進に貢献します。

Next generation sequencing (NGS) technologies have dramatically increased the throughput of DNA sequencing, and is
now widely applied to various areas of life science research. Not
only model organisms but all sorts of species are studied basedon their nucleotide sequences through de novo sequencing/resequencing of genome, transcriptome analysis, and metagenome
analysis. In order to analyze NGS data and to obtain proper results, special knowledge and skills of bioinformatics are requiredin addition to knowledge of biology. CGI is engaged in the promotion of genome sciences by providing sophisticated technical support to researchers analyzing genomic data, and by developing
novel bioinformatics tools and human resources.

Selected Publications
Tatsumoto, S., Go, Y., Fukuta, K., Noguchi, H., Hayakawa, T., Tomonaga, M.,
Hirai, H., Matsuzawa, T., Agata, K., and Fujiyama, A. (2017). Direct estimation of
de novo mutation rates in a chimpanzee parent-offspring trio by ultra-deep wholegenome sequencing. Sci Rep 7, 13561.
Maeda, J., Kato, D., Arima, K., Ito, Y., Toyoda, A., and Noguchi, H. (2017). The
complete mitogenome and phylogenetic analysis of Japanese firefly ‘Genji Botaru’Luciola cruciata (Coleoptera: Lampyridae). Mitochondrial DNA B 2, 522-523.

https://genome-info.nig.ac.jp

Center for Genome Informatics (CGI)ゲノムデータ解析支援センター
Members at NIG

遺伝研で研究しているメンバー

NOGUCHI, Hideki Head

FUKUTA, Kentaro Postdoc

KONDO, Shinji Project Associate Professor

TERAUCHI, Makoto Postdoc

野口英樹 センター長

近藤伸二 特任准教授

58

研究活動／ Research Activities

福多賢太郎 博士研究員
寺内

Hoshino, A., Jayakumar, V., Nitasaka, E., Toyoda, A., Noguchi, H., Itoh, T., Shin-I, T.,
Minakuchi, Y., Koda, Y., Nagano, A. J., Yasugi, M., Honjo, M. N., Kudoh, H., Seki,
M., Kamiya, A., Shiraki, T., Carninci, P., Asamizu, E., Nishide, H., Tanaka, S.,
Park, K. I., Morita, Y., Yokoyama, K., Uchiyama, I., Tanaka, Y., Tabata, S.,
Shinozaki, K., Hayashizaki, Y., Kohara, Y., Suzuki, Y., Sugano, S., Fujiyama, A.,
Iida, S., and Sakakibara, Y. (2016). Genome sequence and analysis of theJapanese morning glory Ipomoea nil. Nat Commun 7,13295.

真 博士研究員

Intellectual Infrastructure and Collaborative Research
共同利用・共同研究

Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Genetic Resource Center
生物遺伝資源センター
生物遺伝資源センターは、バイオリソース事業部とデータベース
事業部の 2 部門で以下の内容の事業を進めています。バイオリソー
ス事業部では、大腸菌／枯草菌、イネ、マウス、ショウジョウバエ、
ゼブラフィッシュ、線虫、ヒドラなどの生物種について、生命科学を先導する様々な有用実験生物系統を開発するとともに、野生種系
統の解析や情報整備も行い、それらの安定維持と国内外の大学や研究機関への分譲サービスを行っています。またデータベース
事業部では、これらのバイオリソースに関する情報を、関連する知識情報とともに下記公開サイトから世界中に発信しています。特に、大腸菌／枯草菌、イネ、ショウジョウバエ、ゼブラフィッシュでは、
日本医療研究開発機構（AMED）のナショナルバイオリソースプロ
ジェクト（NBRP）に参画し、各生物種の中核またはサブ機関として活動しています。さらにデータベース事業部は、NBRP の情報センターとしての役割も果たしており、国内のバイオリソース関連情報発信の中核として活動しています。

The Genetic Resource Center is composed of two divisions of “Bioresource Division” and “Database Division”. The
Bioresource Division takes responsibility for development,
preservation and distribution of forefront bioresources of various organisms including E. coli/B. subtilis, Rice, Mouse, Drosophila, Zebrafish, C. elegans and Hydra, and of collectedwild species of those organisms. The Database division
makes the above information available to the public throughweb sites shown below. The BRC/NIG participates actively inthe “National Bioresource Project (NBRP)” under the organization of Japan Agency for Medical Research and Development (AMED), in the Cabinet Office of Government of Japan,
and takes a role for management of E. coli/B. subtilis, Rice,
Drosophila and Zebrafish as central or sub-central organization for each organism in the project. Furthermore, the Database Division also contributes to NBRP as the national
center of bioresource information, by taking responsibility fordevelopment and management of the relevant databases.

生物遺伝資源センターで提供しているサービスは、遺伝研ホームページのプルダウンメニュー「モデル生物リソース」からアクセスできます。
Services of the Genetic Resource Center are accessible from the pull-down menu (Model Organism Resources) at the NIG website.

Genetic Resource Center

生物遺伝資源センター□バイオリソース事業部 Division of Bioresources Management

NIKI, Hironori
Head, Genetic Resource Center
Division Head, Division of Bioresources Management

仁木宏典

センター長（兼）バイオリソース事業部長（兼）SHIROISHI, Toshihiko Professor

ASAKAWA, Kazuhide Assistant Professor

KAWAKAMI, Koichi Professor

MUTO, Akira Assistant Professor

城石俊彦 教授（兼）川上浩一 教授（兼）SAITO, Kuniaki Professor

齋藤都暁 教授（兼）SATO, Yutaka Professor

佐藤

豊 教授（兼）KOHARA, Yuji Project Professor

小原雄治 特任教授（兼）KAWAMOTO, Shoko
Division Head, Division of Bioresources Databases

川本祥子

データベース事業部長（兼）SAKAI, Noriyoshi Associate Professor

酒井則良 准教授（兼）IKEO, Kazuho Associate Professor

彩 助教（兼）KAWASAKI, Toshihiro Assistant Professor

河﨑敏広 助教（兼）KONDO, Shu Assistant Professor

近藤

周 助教（兼）MIYOSHI, Keita Assistant Professor

三好啓太

助教（兼）

AOKI, Keita Assistant Professor

青木敬太 助教（兼）SUZUKI, Toshiya Assistant Professor

鈴木俊哉 助教（兼）野々村賢一

高橋実鈴 助教（兼）NONOMURA, Ken-ichi Associate Professor
准教授（兼）

高田豊行 助教（兼）共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research武藤

池尾一穂 准教授（兼）TAKADA, Toyoyuki Assistant Professor

60

浅川和秀 助教（兼）TAKAHASHI, Misuzu Assistant Professor

TSUDA, Katsutoshi Assistant Professor

津田勝利 助教（兼）Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Advanced Genomics Center
先端ゲノミクス推進センター
国立遺伝学研究所は、学術コミュニティからの大規模ゲノム解析の要望に応え、国内唯一のアカデミアDNAシーケンシングセンターを運用してきました。この間、メダカゲノム、ホヤゲノム、原始紅藻
ゲノムの構造決定や、各種生物を対象とした cDNA 解析など多くの成果を挙げています。

2011 年 10 月に設立された先端ゲノミクス推進センターは、学術界および産業界からの高度なゲノム解読の要請に対し、最新のゲノム解析技術を基盤とした先端的ゲノム科学研究の共同利用・共同研究拠点として活動を進め、ゲノム科学の普及に努めています。
また、情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設のゲノムデータ解析支援センターと密接に連携し、ゲノム解読か
ら情報解析までをシームレスに接続した包括的な研究と共同利用事業を推進しています。
■ 先端ゲノミクス推進センターの活動⃝大規模DNA シーケンシング、
１分子DNA シーケンシング、
1 細胞
シーケンシング⃝ゲノム情報解析パイプラインの開発と提供⃝所内外との連携による共同利用・共同研究の推進⃝受託研究の受け入れ⃝情報共有と情報セキュリティ体制の確立⃝生命研究各分野への先端ゲノミクスの応用と支援

Advanced Genomics Center was established October
1st., 2011, with the aim to combine the latest genomics
technology, i.e., next generation sequencing, for example,
and the genetic resources, that have been collected andconstructed throughout the history of this institute, to create
resources for new-generation genetics.
Since such resources should have links among biological (phenotypic) annotations, data from genetic as well as
genomic researches, this center will work closely with otherlaboratories of Genetic Strains Research Center, andresearch communities around the country. This center is also
expected to become core facility for research communities
to provide latest technologies and tools of the present-day
genomics.
To answer the expectations and heavy demand of genome analyses from the universities and research communities, the target projects that will be conducted in this center
will be chosen through NIG’s Collaborative Research Program that is open to researchers outside of NIG.
■ 共同研究・共同利用・受託研究の流れ■ 先端ゲノミクス推進センターは、常に最先端の技術と情報をコミュニティに提供できるよう施設の整備を進めています。

学術界および産業界
大学A

大学B ・ ・ ・ 大学F

企業A

連携

結果

サンプル
ゲノムデータ
解析支援センター
DS共同利用
基盤施設

連携・ ・ 企業コンソ

先端ゲノミクス
推進センター
解析
DDBJスパコン

活用

蓄積
情報・システム
研究機構

DDBJ
統合DB

国立遺伝学研究所■ 大学や他の研究機関、企業と連携して、多様な生物種のゲノム・メタゲノムや遺伝子の配列解析を行っています。

先端ゲノミクス推進センターでは、以下の生物種のゲノムやヒト・環境のメタゲノム解析を共同研究・共同利用・受託研究を通して実施しています。

⃝動物：ヒト、ラット、マウス、チンパンジー、
ニホンザル、クジラ、イヌ、
コウモリ、
スンクス、
ワラビー、
アフリカツメガエル、
シーラカンス、メダカ、
線虫、
ショウジョウバエ、
アゲハ、
カイコ、クワコ、クマムシなど⃝植物：イネ、
シロイヌナズナ、
アサガオ、
ナンヨウアブラギリ、トマト、
ヒメツリガネゴケ、サンゴ共生褐虫藻、緑藻類、紅藻類、
微細藻類など⃝微生物：ヒト常在菌、病原菌、光合成菌、極限領域生息細菌類、シロアリ共生細菌類、難培養細菌⃝メタゲノム：ヒト（腸内、皮膚、口腔）、海洋、河川、湖沼、土壌、
温泉、
活性汚泥、
工業廃水

Advanced Genomics Center

先端ゲノミクス推進センター
KOHARA, Yuji Project Professor

NOGUCHI, Hideki Project Professor

FUJIYAMA, Asao Project Professor

BABA, Tomoya Project Associate Professor

小原雄治 特任教授（兼）KUROKAWA, Ken
Head, Advanced Genomics Center黒川顕

藤山秋佐夫 特任教授（兼）TOYODA, Atsushi Project Professor

豊田

敦 特任教授（兼）野口英樹 特任教授（兼）MORI, Hiroshi Assistant Professor

森

宙史 助教（兼）馬場知哉 特任准教授（兼）KONDO, Shinji Project Associate Professor

近藤伸二 特任准教授（兼）センター長（兼）

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

61Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

DDBJ Center
DDBJセンター
DDBJ（DNA Data Bank of Japan）は 1987 年に設立されました。生命科学研究をサポートするため、米国の NCBI および欧州の EBIと協力して、世界の公共財『国際塩基配列データベース・
コラボレーション（INSDC）』を維持しています。また日・米・欧の特許庁と協力し、特許由来の DNA 配列及びアミノ酸配列も公開しています。韓国生物情報センター（KOBIC）とも協力し、韓国特許庁のデータも公開しています。
2009 年からは、次世代シークエンサ出力データを収集する
Sequence Read Archive、研究プロジェクトとデータを関連づけ
るBioProject、生物試料の情報を管理するBioSampleも日・米・欧で協力して運営しています（下図 A）。2013 年には、科学技術振興機構（JST）バイオサイエンスデータベースセンターと、日本
人ゲノムのデータベース（JGA）の運用を開始しました。時代の要請に応じて、今後も生命科学研究の基盤となるデータベースを提供していきます。
DDBJ へ登録する研究者は国内が殆どで、アジア諸国や中近東の研究者も少し含みます。登録件数では全 INSD の 10% 強を占めています（下図B）。またDDBJへのインターネットアクセス統計は、ドメイン名で実施しています。.com および .net が 5 割（企業アドレス）、.jp が 2 割（日本）、.gov アドレスが 1 割弱（米国政府）、そして残りの殆どが匿名または不明アドレスです。
センターでは国内研究者向けにスーパーコンピュータ（スパコン）の無償貸出もおこなっています。毎年 500 名以上の登録者がスパコンを利用した生命科学研究を実施しています。
DNA Data Bank of Japan (DDBJ) Homepage
https://www.ddbj.nig.ac.jp/

The DNA Data Bank of Japan (DDBJ) was established in
1987. It collaborates with the NCBI in the United States andwith ENA/EBI in Europe, and maintains the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) to provide a worldwide public asset for life sciences. Data on
patent-related DNA and amino acid sequences are available
through the cooperation of INSDC and patent offices in Japan, the United States, and Europe. We also cooperate with
the Korean Bioinformation Center (KOBIC) to publish datafrom Korean patent offices.
Since 2009, the three parties (DDBJ, NCBI, and ENA)
have cooperated to maintain the Sequence Read Archive fornext-generation sequence data, BioProject for research projects, and BioSample for biological sources, materials andsamples (Figure A). In 2013, DDBJ started the Japanese
Genotype-phenotype Archive (JGA) in collaboration with the
National Bioscience Database Center of the Japan Scienceand Technology Agency (JST). We will continue to provide
fundamental databases for life sciences.
Data submission to DDBJ is mainly from Japan; somecome from other Asian and Middle-eastern countries. The
number of submissions from these sources represents a little
over 10% of all INSD submissions (Figure B). Internet accessto DDBJ is obtained via domain names, e.g. 50% from ‘.com’and ‘.net’ (from companies), 20% from ‘.jp’ (from Japan),and 7% from ‘.gov’ (from the US government). The remaining accesses are from anonymous sources or unknown addresses.
Our supercomputer platform is free for Japanese investigators. Each year, more than 500 registered users conduct
life science research on our supercomputer system.

NIG Supercomputer
https://sc.ddbj.nig.ac.jp/
A

DDBJ Center

DDBJセンター

DNA Data Bank of JapanDDBJ Sequence Read Archive
DDBJ Trace Archive
BioProject

IAC
ICM
GenBank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProjectB

センター長（兼）EMBL-Bank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

OGASAWARA, Osamu
Division Head, High Performance Computing Division

小笠原

GenBank incl USPTO
EMBL incl EPO
DDBJ incl JPO and KIPO

200
150

NAKAMURA, Yasukazu
Division Head, Database Division

100

中村保一

データベース部門長（兼）Rel.107 (2016.12)

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative ResearchRel.111 (2017.12)

Rel.99 (2014.12)

Rel.103 (2015.12)

Rel.95 (2013.12)

Rel.91 (2012.12)

Rel.88 (2011.12)

Rel.84 (2010.12)

Rel.80 (2009.12)

Rel.76 (2008.12)

Rel.72 (2007.12)

Rel.68 (2006.12)

Rel.64 (2005.12)

Rel.60 (2004.12)

Rel.56 (2003.12)

Rel.52 (2002.12)

Rel.48 (2002.01)

Rel.44 (2001.01)

Rel.40 (2000.01)

50
0

理

システム管理部門長

250

Number of bases (billion )有田正規

EMBL¯EBIThe Number of Bases by Contributors to DDBJ Release

300

62

ARITA, Masanori
Head, DDBJ Center□DDBJセンター DDBJ Center
TAKAGI, Toshihisa

KAMINUMA, Eli

OKUBO, Kousaku

KAWASHIMA, Takeshi

高木利久 （兼）大久保公策 （兼）神沼英里 （兼）川島武士 （兼）NIG Supercomputer System
国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム

3500
3000
2500
2000

Total Number of NIG Supercomputer System Accounts
3376
SE
DDBJ
3005
2946
Web user (DDBJ pipeline)
Web user (MiGAP)
2600
login user (large scale)2375
login user (normal)
2080
1811

1500

1196

1000
500

1438

856
595
320

0

遺伝研は、国際塩基配列データベース（INSD）構築および大学共同利用機関としての計算機資源の研究者への提供を目的として、スーパーコンピュータシステムの運用を行っています。
2013 年から、個人に由来する遺伝学的データと匿名化された表現型情報の制限公開データベース（JGA）構築のための計算イ
ンフラの提供を開始しています。
遺伝研スパコンは生命系に特化した解析環境や充実した公共デー
タの提供が特徴です。現行システムは 2012 年より運用を開始し、2014 年の中間増強と2018 年 3 月の大規模なストレージの増強を経て、大規模なデータ解析を可能とするための大型の高速ストレー
ジシステム（Lustreファイルシステム）10PB を持ち、これが最新
鋭の分散メモリ型計算機システム（thin 計算ノード）と共有メモリ型計算機システム（Medium 計算ノード、Fat 計算ノード）から利用可能となっています。さらに INSD および JGA のデータを保存するための大容量ストレージ35.5PB（20.5PBディスク＋15PBテープ）を備えています。
（下表参照）
ユーザ登録は随時受け付けており、ログインサービスの他、次世代シークエンサーの解析パイプライン（DDBJ Read Annotation
Pipeline）および微生物ゲノムアノテーションパイプライン（MiGAP）
が利用可能となっています。詳細は遺伝研スパコンホームページ（https://sc.ddbj.nig.ac.jp/）をご参照ください。

項 目
Items

National Institute of Genetics (NIG) operates a supercomputer system with the aim of contributing to the developmentof the International Nucleotide Sequence Database (INSD)
and providing computational resources to researchers, as an
Inter-University Research Institute. In 2013 NIG began providing computational infrastructure for the development of a restricted-access database (JGA) of genetic data derived fromindividuals and anonymized phenotypic information.
The key features of the NIG Supercomputer System arethat it serves an analysis environment specializing in the life
sciences together with the complehensive set of public DNA
sequence data. The current system starting its operation in2012, through an enhancement in 2014 and an extensive
storage enhancement in March 2018, has 10 PB of a largescale high-speed storage system (Lustre file System) which isavailable from state-of-the-art distributed memory type computer system (thin calculation node) and shared memory typecomputer system (Medium calculation node, Fat calculationnode). It also has a massive volume storage of 35.5 PB (20.5
PB disk + 15 PB tape) for storing INSD and JGA data. (Seetable below)
Users can register at any time, and in addition to login
services, they can make use of a next-generation sequence
analysis pipeline (DDBJ read pipeline), as well as the Microbial
Genome Annotation Pipeline (MiGAP). For details, please visit
the NIG Supercomputer System web site (https://sc.ddbj.nig.
ac.jp/ [This URL belongs to the Japanese version of the NIG
Supercomputer System web site.]).

機器仕様・用途概要
Specifications

導入数量
Amount of hardware

Memory 64GByte CPU Xeon E5-2670×2 16 Core

352 node（64 台に GPGPU 搭載）
202 node（64台にGPGPU、32台にXeon Phi搭載）

1

Thin 計算ノード
Thin node2

Medium 計算ノード
Medium node

Memory 2TByte CPU Xeon E7-4870 ×10 80 Core

10 node3

Fat 計算ノード
Fat node

Memory 10TB

1 node4

大容量ストレージ
Large scale storage system

DDBJ データベース構築および関連プロジェクト用
For the construction of DDBJ databases and related projects.

35.5 PB(Disk: 20.5PB, Tape: 15PB)

5

ディスク装置（高速領域）
High performance storage

並列ファイルシステム Lustre により全計算ノードからの高速並列アクセスが可能なディスク領域。ホーム／scratch 領域に利用
Every computing node can access the high performance storage via
Lustre file system. This storage used as home area or job scratch area

10 PByte

Memory 64GByte CPU Xeon E5-2680v2×2 20 Core

表1

CPU Intel Xeon E7-8837 768 Core

2012 年、2014 年、2018 年導入計算機システム概要 Table1 Computing system installed in 2012, 2014, and 2018.

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

63

National Projects ナショナルプロジェクト

Platform for Advanced Genome Science (PAGS)
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（略称：先進ゲノム支援）
生命の理解のためには大量かつ高精度の DNA 配列解析が以前にも増して重要になっていますが、これを推進するには実験・情報解析の両面での大規模かつ最先端の解析システムの整備と共有が必須です。
「先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（先進ゲノム支援）」は文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』に 2014 年から 6 年間の予定で採択されたもので、最先端のゲノム解析及び情報解析のシステムを整備し、科研費課題から公募により選定された課題（毎年 100 件程度）の支援等を通じて我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作
りとすそ野拡大を進めます。
「先進ゲノム支援」には、以下のように大規模配列解析において6 項目及び高度情報解析における 5 項目の支援と高度化の支援
技術項目を設定し、それらを縦糸横糸として組み合わせた多様か
つ高度な実験・情報解析支援をおこないます（図 A）。
■ 大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動⃝新規ゲノム決定⃝ RNA 解析

⃝修飾解析

⃝超高感度解析⃝変異解析■ Large-scale DNA sequence analysis⃝de novo genome analysis⃝Variation analysis⃝Epigenetic analysis⃝メタ・環境・ホロゲノム解析■ 高度情報解析支援ネットワーク活動⃝基盤的解析パイプライン⃝総合的ゲノムアノテーション⃝超高度情報処理技術

これらの支援活動を推進するために、国立遺伝学研究所を中核機関とし、参加する班員が所属する主な機関を連携機関とするネットワークを形成し、分担して支援及びその高度化にあたります（図B）。研究支援代表者の下、現在研究支援分担者 22 名、連携研究
支援者 25 名、総勢 48 名の班員が全国 16 の大学・研究機関（部
局数は 25）から参加しています。
(A)⃝Pipelines for basic analysis ⃝Knowledge database for AI⃝Comprehensive annotation ⃝More advanced bioinformatics⃝Multi-omics analysis

To promote the PAGS activity, the National Institute of
Genetics as the core institution of PAGS has established a
network for cooperation with the institutions to which theparticipating members belong to promote the PAGS activity.
Currently 48 members in total are participating in PAGS from
16 universities and research institutes (25 departments).

5HVHDUFKSDSHUV

5HVHDUFKHUVJUDQWHG0(;7-636.DNHQKL(B)

5HVHDUFKHUVJUDQWHG0(;7-636.DNHQKL

2SHQ
6FLHQFH

1DWLRQDO,QVWLWXWH
RI*HQHWLFV
87RN\R

87RN\R+RVSLWDO

*UDG6FKRRORI)URQWLHU6FLHQFHV2WKHU
SODWIRUPV

87RN\R*UDGXDWH6FKRRORI6FLHQFH$GYDQFHGELRLQIRUPDWLFVJURXS/DUJHVFDOH'1$
VHTXHQFLQJJURXS6DSSRUR0HGLFDO8&RRSHUDWLRQ
7RN\R,QVWLWXWHRI7HFKQRORJ\

2WKHUV.\XVKX8

6FKRRORI0HGLFLQH

'DWDSXEOLFDWLRQVKDULQJ$GYDQFHGELRLQIRUPDWLFVJURXS3ODWIRUPIRU$GYDQFHG*HQRPH6FLHQFH

''%- 1%'&'%&/6

7HFKQRORJ\'HYHORSPHQW

3ODWIRUPIRU$GYDQFHG*HQRPH6FLHQFH

遺伝研で活動する参加班員

http://www.genome-sci.jp/□大規模ゲノム解析

Large-scale DNA sequencing group
TOYODA, Atsushi Project Professor

KOHARA, Yuji
Principal Investigator, Project Professor

小原雄治

研究支援代表者・特任教授（兼）参加研究機関0DQDJLQJJURXS*UDG6FKRRORI0HGLFLQH

6FKRRORI0HGLFLQH

/DUJHVFDOH'1$
VHTXHQFLQJJURXS

Members at NIG

2VDND8

'DWDSXEOLFDWLRQVKDULQJ8OWUDKLJKVHQVLWLYLW\DQDO\VLV

0RUHDGYDQFHGELRLQIRUPDWLFV

0HWDJHQRPLFV.QRZOHGJH'%IRU$,

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DQDO\VLV&RPSUHKHQVLYHDQQRWDWLRQ

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3LSHOLQHVIRUEDVLFDQDO\VLV'HQRYRJHQRPHDQDO\VLV'DWD5HVXOWV6DPSOHV'DWDUHVXOWV

6DPSOHV⃝RNA analysis⃝Metagenome analysis⃝Ultra-high sensitivity analysis■ Advanced bioinformatics analysis⃝ AI 化知識ベースの構築⃝多層統合ゲノム情報解析技術

In order to understand life, massive and highly accurate
DNA sequence analysis has become more important than
before. To meet this situation, it is essential to develop alarge-scale and state-of-the-art genome analysis system andto share it with the research community. Platform for Advanced Genome Science (PAGS) was adopted for this purpose for six years from 2014 as a platform in Grant-in-Aid for
Scientific Research (KAKENHI) on Innovative Areas ― Platforms for Advanced Technologies and Research Resources
funded by MEXT. We provide such a genome analysis system for researchers who are granted KAKENHI and selectedby the selection committee.
In PAGS we will provide a variety of technologies, combining the following 6 items in large-scale DNA sequence
analysis and 5 items in advanced bioinformatics analysis aswarp and weft as shown in Figure.

○豊田

敦

特任教授

FUJIYAMA, Asao Project Professor－藤山秋佐夫

特任教授（兼）－井ノ上逸朗教授

INOUE, Ituro Professor□高度情報解析

Advanced bioinformatics group
KUROKAWA, Ken Professor

○黒川

顕 教授

MORI, Hiroshi Assistant Professor－森

OGASAWARA, Osamu Project Associate Professor－小笠原理 特任准教授

NOGUCHI, Hideki Project Professor

宙史 助教○野口英樹 特任教授※○中村保一 教授

－近藤伸二 特任准教授※

NAKAMURA, Yasukazu Professor※情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設所属

KONDO, Shinji Project Associate Professor（○：研究支援分担者、－：連携研究支援者）

東京大学、東京工業大学、大阪大学、九州大学、札幌医科大学、千葉大学、情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設、産業技術総合研究所、慶応義塾大学、滋賀大学、山梨大学、京都大学、京都府立医科大学、早稲田大学、かずさDNA 研究所

64

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative ResearchNIG-JOINT (Joint Research and Research Meeting)

共同研究・研究会

国立遺伝学研究所は、遺伝学に関する総合研究の中核として、大学、他研究機関との共同研究を積極的に受け入れています。
国内外の研究者に共同利用の機会を提供するため、従前より所内の教員と所外の研究者による「共同研究」及び「研究会」を実施しています。
次頁に示すように、毎年多くの共同研究が行われており、2017 年度も計 103 件の共同研究と計 18 件の研究会を行い、着実な成果をあげています。

As the central institute to study various aspects of genetics, the National Institute of Genetics (NIG) positively accepts collaborative research between NIG and universities or other institutes. In order to offer collaborative research opportunities to researchers, NIG has been
conducting “Collaborative Research” and “Research Meeting” between researchers inside and outside of NIG.
As shown in the next page, many collaborative researches are held every year. In 2017, 103 Collaborative Researches and 18 Research
Meetings have been held and achieved excellent results.
▶ NIG-JOINT

共同研究「共同研究」とは、国立遺伝学研究所外の研究者からの申込みに基づき、国立遺伝学研究所内外の研究者数名により、特定の研究課題について共同して行う研究です。次の３種類に分けて募集を行っています。

「共同研究（A）」「国際共同研究」に採択されると、実験・討論のために遺伝研を訪問するための旅費・滞在費が支給されます。
「共同研究（B）」
では旅費・滞在費及び研究費が支給されます。

Based on the application from researchers outside NIG, NIG
researchers collaborate with them for conducting the research on
the subject of application. The following three categories are solicited for NIG-JOINT [A], [I] and [B]. In NIG-JOINT [A] and [I], travel
and accommodation expenses are provided to visit NIG for conducting discussion and experiment. In NIG-JOINT [B], travel, accommodation and research expenses are provided.

Developmental genetic studies on the morphogenesis and meristem function of rice
イネの形態形成とメリステム機能に関する発生遺伝学的研究
東京大学
大学院理学系研究科

安居佑季子 学振 PD
平野博之 教授
花メリステムにおける幹細胞の有限性の制御機構の解明は，植物発生学の中でも重要な課題の１つである。私たちは，幹細胞の維持が不全となった fon2 変異を昂進する原因遺伝子として OsMADS3 を同定した。この成果をもとに発生遺伝学的

School of Science
The University of TokyoYASUI, Yukiko, Postdoctoral Fellow (JSPS)HIRANO, Hiro-Yuki, Professor
We revealed that FON2, a negative regulator of stem cells, and OsMADS3, an organ identity gene, playa crucial role in regulating the determinacy and maintenance of the floral
stem cells in rice.

研究を進め，FON2とOsMADS3 がイネの花メリステムの有限性とその維持に重要なはたらきをしていることを明らかにした。
有限性が損なわれた fon2 osmads3 二重変異体（右）Loss-of-determinacy in the fon2 osmads3 mutant (right)▶ Joint Research Meeting

研究会「研究会」とは、国立遺伝学研究所内外の研究者からの申込みに基づき、国立遺伝学研究所内外の比較的少人数で実施する研究集会です。各研究会
では、活発な討論が行われています。

Based on the application from researchers outside of NIG, Joint Research Meetings in small groups are held for information exchange and active discussion.

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

65List of Funded Proposals (NIG-JOINT)
共同研究（A）
研究課題
1A2017
2A2017
3A2017
4A2017
5A2017
6A2017
7A2017
8A2017
9A2017
10A2017
11A2017
12A2017
13A2017
14A2017
15A2017
16A2017
17A2017
18A2017

Study on development and anatomy of liver in Gal4 transgenic zebrafish lines
ゼブラフィッシュ造血幹細胞ニッチェの主要構成細胞であるストロマ細胞を特異的に標識するエンハンサー
トラップ系統の探索
Optogenetic dissection of neuron-glia interactions in behavioral circuits

19A2017

Identification of Interneuron Subtypes in the Zebrafish Spinal Cord

20A2017
21A2017
22A2017
23A2017
24A2017
25A2017
26A2017
27A2017
28A2017
29A2017
30A2017
31A2017

Identification of Pronephros-specific Enhancer-Trap Lines of Zebrafish
インターフェロンラムダ遺伝子族の進化機能解析
オーストリック民族の起源・民族移動過程の検証：インドシナ半島・島嶼部間の少数民族を中心にゲノムデータに基づく分子進化のほぼ中立モデルの理論的研究
イトヨの脳における浸透圧調節を司る最重要因子の同定
タンガニイカ湖産鱗食魚の利きに関わる遺伝子の同定
スラウェシ島のメダカにおける性染色体ターンオーバーの進化的役割
薬物代謝酵素カルボキシルエステラーゼの消化器癌における発現調節機構の解明
NICU 入院児におけるグルココルチコイドレセプター遺伝子メチル化の解析
増幅遺伝子のゲノム DNAコピー数減少の分子機構解明
HLA-omics に基づく薬剤副作用予防診断システムの構築
Transcriptome Profiling of Tobacco induced Oral Squamous Cell Carcinoma ofSouth India using Next Generation Sequencing
高温ストレス活性型レトロトランスポゾンのエピジェネティックな転移制御機構の解析
ニューロン移動停止の動的解析
造血系細胞における神経軸索ガイダンス因子 Sema6b の機能解析
マイクロフォーカス X 線 CT を用いた昆虫の気管および筋肉の比較発生学的研究
Gsdm 遺伝子ファミリーの mutant マウスを用いた炎症性大腸がんに関する研究
マウス実験腎炎における腎糸球体半月体形成 の遺伝的影響
種内多様性を有する頭蓋顔面形態の遺伝学的解析
NGLY1 欠損症の病態解明を目指した、JF1 マウスにおける修飾遺伝子座の同定
micro-CT イメージングを用いたマウス骨形態の遺伝学的解析
イネの花序形態の制御機構の解明
日本産野生マウス由来コンソミック系統を用いた、マウス肺腫瘍発生関連遺伝子のマッピング
毛周期の繰り返し回数をカウントするマウス長周期生物時計遺伝子の同定
減数分裂の誘導機構に関する研究
Notch シグナルの調節因子 Tm2d3 の機能
心筋分化機構の解析
雄性生殖細胞の分化過程におけるPramef12 の機能解析
マウスの集団内順位が過剰な攻撃行動に及ぼす影響
野生由来コンソミックマウス系統群を用いたアルコール嗜好性の遺伝子メカニズム解析
マウス順向遺伝学を用いた情動伝染にかかわる遺伝子の探索
Prkar1b 変異マウスの行動学的解析
聴覚過敏モデルマウスの聴覚機能の行動実験による解析
琵琶湖固有魚ホンモロコ生殖細胞の未分化維持、in vitro 分化培養の開発
ゼブラフィッシュにおける性転換の起源となる未分化生殖細胞の同定と分離培養
低線量放射線被曝がシロサケ孵化稚魚に及ぼす遺伝的影響
イネにおける種子休眠・発芽制御の分子メカニズムの解明
植物免疫制御ペプチドによるイネの成長制御に関する分子遺伝学的解析
イネ科植物の維管束細胞分化における転写制御ネットワークの解析
外生乳酸菌による植物成長促進機構の解明と局所微生物相変化についての遺伝学的検証
大腸菌染色体の新奇分配因子 CrfC ダイナミンホモログのタイムラプス動態解析
バクテリアアクチンによる細胞極性制御機構の解析
３種から構成される人工生態系の長期培養における大腸菌の進化：全ゲノム DNA 配列と形質の解析
DNA 二本鎖切断修復に関与するRecN SMC 様タンパク質の機能解析
チェックポイントタンパク質 Rad9 の分裂期キナーゼによるリン酸化の普遍的意義

32A2017
33A2017
34A2017
35A2017
36A2017
37A2017
38A2017
39A2017
40A2017
41A2017
42A2017
43A2017
44A2017
45A2017
46A2017
47A2017
48A2017
49A2017
50A2017
51A2017
52A2017
53A2017
54A2017
55A2017
56A2017
57A2017
58A2017
59A2017
60A2017
61A2017
62A2017
63A2017
64A201766

ヒストン H3K36メチル化酵素による転写とDNA 損傷修復の分子共役
オミクスとオーキシンデグロン法を組み合わせたクロマチン研究法の開発
ヒト細胞におけるDNA ポリメラーゼ機能のゲノムワイド解析
老化細胞が分泌するcell free DNA の解析
オーキシンデグロン法を用いた複製クランプ PCNA の新規機能の解析
真核生物染色体分配複合体の構造と機能解析
光合成能を喪失させた“藻類”における分裂制御メカニズムの解明に向けてミトコンドリアとリソソームの相互作用における分子メカニズムの解明
EphA4 シグナルが Aβ産生過程に及ぼす影響の解析
Single-cell manipulation of cerebellar granule cells
Intensive Shelf Screen for the Identification of Novel Hindbrain Labeling Zebrafish
Transgenic Lines
ゼブラフィッシュ触鬚の神経支配
シナプス可塑性操作による動物行動操作
Using zebrafish to investigate and interfere with activity dependent myelination in vivo
Atlas registration of transgene expression

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

研究代表者
千葉大学 大学院理学研究科
大阪大学 大学院理学研究科
東北大学 学際科学フロンティア研究所
がん研究会がん研究所 がん生物部
九州大学 大学院理学研究院
東京理科大学 大学院基礎工学研究科
京都大学 地球環境学堂
琉球大学 研究基盤センター
東京大学 大学院薬学系研究科
The University of Texas at Austin, Dept. NeuroscienceCentre for Integrative Neuroscience,
University Tuebingen
鹿児島大学 大学院理工学研究科
青山学院大学 理工学部
The Institute of Anatomy, University of Bonn, Germany
National Institute of Child Health and Human Development,
Section on Behavioral
University of Yangon Zoology Department
パスツール研究所 発生・幹細胞生物学部門

浦 聖恵
小布施力史
大学保一
高橋暁子
高橋達郎
西野達哉
神川龍馬
八木沢芙美
富田泰輔
Hiroshi Nishiyama
Aristides Arrenberg
池永隆徳
平田普三
Changsheng Liu
Harold Burgess
Moe Thida Htway
村山英未
Shih-Wei Chou

University of California, UC Berkeley,Department of Molecular and Cellular Biology
Karlsruhe Institute of Technology,
Institute of Toxicology and Genetics
University of Michigan
東海大学 マイクロ・ナノ研究開発センター
天理大学 国際学部
九州大学 大学院理学研究院
静岡大学 理学部
富山大学 大学院医学薬学研究部（医学）琉球大学 熱帯生物圏研究センター
順天堂大学 医学部附属静岡病院外科
順天堂大学 医学部附属静岡病院小児科
鹿児島大学 医歯学総合研究科分子腫瘍学分野
金沢大学 医薬保健研究域医学系
University of Madras

Weibin Zhou
上田真保子
奥島美夏
舘田英典
日下部 誠
竹内勇一
山平寿智
折田 創
寒竹正人
古川龍彦
細道一善
A. K. Munirajan

北海道大学 大学院理学研究院
中部大学 生命健康科学部
東京大学 医科学研究所先端医療研究センター
京都大学 大学院農学研究科
順天堂大学 医学部附属静岡病院外科
順天堂大学 医学部付属静岡病院腎臓内科
慶應義塾大学 商学部
理化学研究所 グローバル研究クラスタ
理化学研究所 バイオリソースセンター
東京大学 大学院理学系研究科
香川大学 総合生命科学研究センター
長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部
熊本大学 発生医学研究所 発生制御部門
国際医療福祉大学 医学部
広島大学 大学院医歯薬保健学研究院
長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部
早稲田大学 人間科学学術院
東京都医学総合研究所 依存性薬物プロジェクト
麻布大学 獣医学部
京都大学 医学研究科
長岡技術科学大学 生物機能工学専攻
立命館大学 薬学部
静岡大学 理学部
東北大学 大学院農学研究科
静岡大学 理学部
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科
愛媛大学 理工学研究科（理学系）
九州大学 大学院薬学研究院
立教大学 理学部
愛媛大学 大学院理工学研究科
学習院大学 理学部
京都大学 放射線生物研究センター

伊藤秀臣
榊原 明
福山朋房
大出高弘
折田 創
清水芳男
新屋みのり
鈴木 匡
田村 勝
平野博之
宮下信泉
山本博章
石黒啓一郎
北川元生
小久保博樹
中村肇伸
掛山正心
笠井慎也
菊水健史
庫本高志
霜田 靖
高田達之
徳元俊伸
中嶋正道
木嵜暁子
西條雄介
出村 拓
井上雅裕
片山 勉
塩見大輔
中島敏幸
菱田 卓
古谷寛治

Uwe Strähle

2017 年度 公募による共同研究
研究課題

研究代表者

ショウジョウバエ成虫脳のグリアサブタイプ特異的に発現する遺伝子の機能解析
生細胞内における高次クロマチン構造の解析
HP1 による動的クロマチン構造変換の制御
微少重力環境におけるオルガネラ恒常性についての解析
シナプス前終末でのミトコンドリア減少によって引き起こされる神経軸索変性のメカニズム
細胞内オルガネラゾーンの解析
細胞内小胞輸送に関与するショウジョウバエ分子変異体の機能形態解析
ヒメイカ神経系の電子顕微鏡解析
The mechanism of intercellular-endosomes-mediated cell-to-cell transport in
Drosophila
74A2017 セントロメアのクロマチン解析
75A2017 RNAi によるサンゴー褐虫藻の細胞内共生関連遺伝子の機能解析
76A2017 ドメインレベルのオーソログ解析に基づくタンパク質のドメイン構造の進化解析
77A2017 比較ゲノム解析によるビフィズス菌の機能性の解明
78A2017 ハプロタイプを区別したゲノムアセンブラの開発
79A2017 デメキン原因遺伝子の同定
80A2017 リピート配列の新規解析方法
81A2017 比較ゲノム解析手法によるType III アクネ菌ゲノムの解析
82A2017 セントロメア特異的なヒストン修飾の分子機構
83A2017 イネの栽培化関連遺伝子の機能解析
84A2017 イネにおける葉の表皮構造の遺伝的制御機構の解析
85A2017 イネ花粉突然変異体 waf1 の解析
86A2017 イネの形づくりと分裂組織の維持に関する遺伝学的研究
87A2017 植物の生殖細胞系列におけるレトロトランスポゾン LORE1a の転写機構の解析
88A2017 日本産ゲンジおよびヘイケボタルのゲノム解析と遺伝子の地域間比較による多様性解析
118A2017 Genetic Profiling of Iron Age Human Remains from the Altay Mountains, Kazakstan

杏林大学 医学部
早稲田大学 理工学術院
基礎生物学研究所 クロマチン制御研究部門
東京女子医科大学 看護学部
首都大学東京 理工学研究科
立教大学 理学部
東邦大学 理学部
北海道大学 大学院理学研究院
Institute of Molecular Medicine,National Tsing Hua University
大阪大学 大学院生命機能研究科
筑波大学 生命環境系
基礎生物学研究所 ゲノム情報研究室
東京農業大学 生物産業学部
東京工業大学 生命理工学院
大阪大学 蛋白質研究所
東京医科歯科大学 大学院脳神経病態学分野
岡山大学 大学院医歯薬学総合研究科
大阪大学 大学院生命機能研究科
神戸大学 大学院農学研究科
東京大学 大学院農学生命科学研究科
秋田県立大学 生物資源科学部
東京大学 大学院理学系研究科
新潟大学 自然科学系
鹿児島大学 学術研究院理工学域理学系
Astana Medical University,
Department of Molecular Biology and Medical Genetics
神戸大学 大学院医学研究科
Sao Paulo State University (UNESP), Brazil
IIM-CSIC(Spanish National Council for Scientific Research)

65A2017
66A2017
67A2017
68A2017
69A2017
70A2017
71A2017
72A2017
73A2017

119A2017 冠動脈病変の重症化に関与する遺伝子候補の同定
120A2017 Investigation of the effects of microRNA arm-switching in zebrafish
121A2017 Transgenic Gal4 fish lines Shelf-Screen

粟崎 健
胡桃坂仁志
中山潤一
榊 建二郎
安藤香奈絵
後藤 聡
曽根雅紀
田中暢明
Jui-Chou Hsu
深川竜郎
湯山育子
内山郁夫
遠藤明仁
伊藤武彦
大森義裕
尾崎 心
冨田秀太
堀 哲也
石井尊生
伊藤純一
上田健治
田中若奈
深井英吾
加藤太一郎
Ayken Askapuli
塩見雅志
Danillo Pinhal
Josep Rotllant

共同研究（B）
研究課題

研究代表者

89B2017
90B2017

ゼブラフィッシュ鱗における幹細胞の同定と解析
Somatic mutation detection in primary central nervous systems lymphoma

91B2017
92B2017

ノックアウトマウスを用いた新生仔の生理学的機能性における母乳中ケモカインの役割の検討
Identifying essential genes for early embryogenesis in rice and maize by comparative
genomics approach
シナプスの可塑性におけるWg シグナルの役割
イネの花粉成熟過程における葯タペート細胞のプログラム細胞死 ･ オートファジー･ 活性酸素
シグナル制御機構の解明

93B2017
94B2017

北里大学 一般教育部
The Institutes of Biomedical Sciences, Shanxi University
Affiliated Hospital of The Academy of Military Medical Sciences
静岡大学 学術院農学専攻
University of Florida Horticultural Sciences
Department
東京工業大学 生命理工学院
東京理科大学 理工学部

和田浩則
Hua YOU
茶山和敏
Masaharu Suzuki
鈴木崇之
朽津和幸

国際共同研究研究課題

研究代表者

95I2017
96I2017
97I2017
98I2017
99I2017

University of Texas Southwestern Medical Center
University of Oregon
University of Geneva
University of Oslo
INSERM / Univ. Lyon, FRANCE

Genetic and Translational Modeling of Pediatric Fusion Gene-Positive Sarcomas in Zebrafish
Sex determination in zebrafish: a screen for transgenics expressed in transitioning gonads
Understanding the physics and cell biology of animal reflectors
Genomics of parallel evolution in Japanese and European sticklebacks
Control of DNA dynamics: Interplay between DNA compaction and gene expression

James F. Amatruda
John H. Postlethwait
Rita Mateus
Mark Ravinet
LESTERLIN, Christian

研究会
研究課題

研究代表者

100R2017 生物種間における遺伝情報の水平移動
101R2017 哺乳類脳の機能的神経回路の構築メカニズム
102R2017 ビッグデータ時代の分子進化学研究と人材育成
103R2017 日本列島（ヤポネシア）人のゲノム歴史学
104R2017 進化遺伝学における実験的研究と理論的研究の融合
105R2017 生態と分子をつなぐトゲウオ研究の最前線
106R2017 生物リズム若手研究者の集い 2017
107R2017 Evo-devo 青年の会 第 10 回研究会
108R2017 ゲノム医科学とバイオインフォマティクスの接点と集学研究
109R2017 Second Meeting of the Plant Epigenetics Consortium
110R2017 ラットとマウスで拓く新しい比較実験動物学

広島大学 大学院理学研究科
鹿児島大学 大学院医歯学総合研究科
長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部
北海道大学 大学院情報科学研究科
国立遺伝学研究所 進化遺伝研究部門
岐阜経済大学 経済学部
京都大学 大学院生命科学研究科
東京大学 大学院理学系研究科
国立遺伝学研究所 人類遺伝研究部門
University of Tsukuba
京都大学 医学研究科

守口和基
田川義晃
池村淑道
長田直樹
松本知高
森 誠一
遠藤 求
古賀皓之
井ノ上逸朗
Diana Buzas
庫本高志

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

67

List of Funded Proposals (NIG-JOINT)

2017 年度 公募による共同研究

研究課題

研究代表者

111R2017 イネ分子遺伝学の方向性
112R2017 植物 RNA 研究ネットワーク 第７回シンポジウム
113R2017 染色体構築と安定化を担う分子機構
114R2017 単細胞システム細胞内装置の構造と機能
115R2017 エピジェネティクスの基盤となるクロマチン・細胞核の動的構造変換
116R2017 細菌の構造と代謝の根幹解析研究会
117R2017 第 2 回 生命科学データベースの利用価値向上のためのアノテーションマラソン

東京大学 大学院農学生命科学研究科
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科
群馬大学 先端科学研究指導者育成ユニット
京都大学 ウイルス再生医科学研究所
基礎生物学研究所 クロマチン制御研究部門
東京農業大学 生命科学部
ライフサイエンス統合データベースセンター

Joint Research with the Private Sector
共同研究先

研究課題（研究題目）

協和発酵キリン株式会社
トランスポゾンの哺乳動物細胞への応用に関する研究
株式会社ブリヂストン
パラゴムノキの遺伝子データベース構築
株式会社モノクローナル抗体研究所 モノクローナル抗体によるクロマチン修飾解析法の評価
メタゲノム情報による微生物叢の機能解析技術に関する研究
三菱ケミカル株式会社
創薬ツールとしての遺伝子改変魚の作製
田辺三菱製薬株式会社
Synthetic growth and lethal screenings with the loss of
Genome Research Limited
MCM8/9 using CRISPR/Cas9
アサヒグループホールディングス株式会社 大宜味村高齢者由来乳酸菌の全ゲノム比較解析
居住環境中における微生物のヒト心身への影響の研究
トヨタ自動車株式会社
工業廃水処理汚泥のメタゲノム解析
三菱ケミカル株式会社
名古屋大学・大日本住友製薬株式会社
理化学研究所
理化学研究所
理化学研究所・東北大学
理化学研究所・九州大学

腸内細菌とパーキンソン病との関係を検討する共同研究
形態異常を示す各種突然変異マウスの解析
微小管形成中心を阻害する低分子化合物の探索
水鳥とカモ類の水かき形成の分子プログラムの理解へ向けた
種横断的遺伝子発現解析
メダカ科の尻鰭形態の性的二型の遺伝基盤2017 年度 民間等との共同研究

研究代表者
初期発生研究部門
大量遺伝情報研究室
先端ゲノミクス推進センター
ゲノム進化研究室
初期発生研究部門
分子細胞工学研究部門

契約期間
教授 川上浩一
教授 中村保一
特任教授 藤山秋佐夫
教授 黒川 顕教授 川上浩一
教授 鐘巻将人’10.01.01 ～ ’18.03.31’17.04.01 ～ ’18.03.31’16.04.01 ～ ’18.03.31’17.04.01 ～ ’18.03.31’16.07.01 ～ ’18.03.31’16.09.20 ～ ’19.09.20

生命ネットワーク研究室 教授 有田正規
教授 黒川 顕ゲノム進化研究室
先端ゲノミクス推進センター 教授 黒川 顕
特任教授 豊田 敦
教授 黒川 顕ゲノム進化研究室
哺乳動物遺伝研究室 教授 城石俊彦
中心体生物学研究部門 教授 北川大樹
哺乳動物遺伝研究室 特任研究員 関 亮平

’17.03.17 ～ ’17.12.31’17.08.01 ～ ’18.03.31’17.11.01 ～ ’18.03.31

生態遺伝学研究部門’16.12.01 ～ ’18.03.31’17.09.07 ～ ’19.03.06’08.04.01 ～ ’18.03.31’16.07.01 ～ ’18.03.31’17.01.10 ～ ’18.02.28

理化学研究所・先端医療振興財団 野生由来系統を用いた老化関連遺伝子機能の解明

哺乳動物遺伝研究室

海洋研究開発機構
東北大学 東北メディカル･バンク機構

環境影響評価・修復法の開発へ向けた環境メタゲノム解析
ゲノム情報などの機微性が高い情報の震災に備えたバックアップの研究
東北大学 東北メディカル･バンク機構 日本列島人のゲノム多様性に関する研究

比較ゲノム解析研究室
データベース運用開発研究室

教授 北野 潤特別研究員 安齋 賢
教授 城石俊彦
助教 高田豊行
特任教授 豊田 敦
教授 高木利久
教授 斎藤成也
教授 井ノ上逸朗
教授 井ノ上逸朗
教授 川上浩一
特任教授 藤山秋佐夫
教授 相賀裕美子
准教授 小出 剛’17.04.01 ～ ’18.03.31

東海大学
大阪医科薬科大学
大阪大学蛋白質研究所
千葉大学
残留農薬研究所

集団遺伝研究部門
人類遺伝研究部門
人類遺伝研究部門
初期発生研究部門
先端ゲノミクス推進センター
発生工学研究室
マウス開発研究室
発生工学研究室
発生工学研究室
発生工学研究室
発生工学研究室
発生工学研究室

教授
教授
教授
教授
教授

相賀裕美子
相賀裕美子
相賀裕美子
相賀裕美子
相賀裕美子

’17.06.01〜 ’18.03.31’17.09.01 ～ ’18.08.31’17.08.01 ～ ’18.03.31’17.10.27 ～ ’18.03.31’18.01.20 ～ ’19.03.31

北川大樹
前島一博
川上浩一

’17.10.16 ～ ’18.03.31’18.02.16〜 ’21.03.31’18.02.01〜 ’21.01.31

佐藤’18.01.01〜 ’20.12.31

国際医療福祉大学
がん研究所
横浜国立大学
名古屋大学
北海道大学
京都大学高等研究院
京都大学 iPS 細胞研究所
京都大学 iPS 細胞研究所
Konkuk University
大日本住友製薬株式会社

臍帯血を利用した再生医学、免疫学、腫瘍医学研究
小型魚類を用いた新規心臓関連遺伝子の同定と解析
キンギョゲノム解読を目指した研究
Tm2d3ノックアウトマウスの作成と表現型解析
毒性試験に用いる実験動物の遺伝的基盤整備：近交系マウスを用いたステロイドホルモンに対する感受性を修飾する遺伝子群の解析
Tm2d3ノックアウトマウスの作成と表現型解析
細胞老化の生体内における機能解析
マウス Igf2bp33 の機能解析
肢芽の位置特異的形態形成機構の解明
骨細胞特異的アルカリフォスファターゼ , ENPP1 過剰発現マウ
ス骨組織における組織学的検索
中心体複製メカニズムの解明
赤芽球分化におけるクロマチン構造解析
iPS 細胞およびゼブラフィッシュを用いた筋萎縮性側索硬化症の研究
Molecular analysis of seed dormancy and germination in wild
species of rice
野生由来 MSM マウス及びその他遺伝的変異マウス（JF1）を用いた中枢性薬剤の薬理評価

中心体生物学研究部門 教授
教授
生体高分子研究室
教授
初期発生研究部門
植物遺伝研究室教授

マウス開発研究室

准教授

Commissioned Research

68

伊藤純一
大谷美沙都
柴田淳史
森 博幸
中山潤一
朝井 計
仲里猛留

剛

’14.04.01 ～ ’19.03.31’14.08.01 ～ ’19.03.31’15.02.19 ～ ’18.03.31’15.04.01 ～ ’18.03.31’15.07.01 ～ ’17.06.30’16.12.01 ～ ’17.11.30’17.04.01 ～ ’18.03.31’18.03.01〜 ’19.02.28

2017 年度 受託研究委託者

研 究 課 題 （研究題目）

研究代表者

科学技術振興機構
科学技術振興機構

高いバイオマス生産能及び環境耐性能を持つ藻類の作出
ゲノム折り畳み・転写動態のイメージングと転写モデルの検証

共生細胞進化研究部門 教授
生体高分子研究室
教授

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

小出豊’17.11.01 ～ ’18.03.31

契約期間
宮城島進也
前島一博

’12.04.01〜 ’18.03.31’15.10.01〜 ’19.03.31

2017 年度 受託研究

Commissioned Research
委託者

研 究 課 題 （研究題目）

研究代表者

包括的 1 細胞トランスクリプトーム解析と組織多様性のバイオイ
ンフォマティックス
ゲノム解析アプリケーション技術に関する研究
科学技術振興機構
DNAメチル化変動のゲノムワイド解析を中心としたエピゲノム
科学技術振興機構
頑健性の理解と設計基盤の構築
植物のタンパク質分解系を応用した高機能RNAウイルスベクター
科学技術振興機構
遺伝子操作・細胞改変技術の開発
植物免疫のエピジェネティック制御機構の解明とその人為的制
科学技術振興機構
御疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オー
科学技術振興機構
ミクスデータの統合
データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度
科学技術振興機構
実用化開発
弱酸性海水を用いた微細藻類培養系及び利用系の構築
科学技術振興機構
病原体による宿主脂質ハイジャック機序の解明と創薬への応用
日本医療研究開発機構
細胞核のマイクロメカニクスと機械受容メカニズムの解明
日本医療研究開発機構
ヒトマイクロバイオーム研究開発支援拠点の形成
日本医療研究開発機構
モデル動物等研究コーディネーティングネットワークによる希少・
日本医療研究開発機構
未診断疾患の病因遺伝子変異候補の機能解析研究名古屋市立大学（日本医療研究開発機構） 次世代シークエンスデータの解析とアノテーション
理化学研究所（日本医療研究開発機構） 生体試料を用いた大規模機能ゲノミクス解析による創薬等支援
及び技術基盤の整備（高度化）名古屋大学（日本医療研究開発機構） ゲノム不安定性疾患データベースの構築
名古屋大学（日本医療研究開発機構） ゲノム不安定性疾患遺伝子変異データベースの構築
九州大学（日本医療研究開発機構） 地域と拠点を結び世界へ展開する新規医療技術の研究・開発
農業・食品産業技術総合研究機構 早生カンキツ育種効率化のための選抜育種技術の開発とその利用魚類において生殖系細胞を皮下移植して卵を得る技術の開発
農林水産省
シングルセルゲノミクスによる中枢神経原発リンパ腫の分子病
日本学術振興会
態理解
インド・日本脳動脈瘤患者における感受性領域 9p21 のゲノム
日本学術振興会
およびエピゲノム解析
麹菌株のゲノム解析、機能性の評価と新規発酵デザインプロセ
東京工業大学スの構築
ヘテロジニアス・メコーニア計算機による大規模計算科学（ゲノ理化学研究所
ム解析）
科学技術振興機構

契約期間

遺伝情報分析研究室

准教授

DDBJ センター
育種遺伝研究部門

特任准教授 小笠原教授 角谷徹仁’15.10.01〜 ’19.03.31

池尾一穂
理’15.10.01〜 ’19.03.31’15.12.01〜 ’19.03.31

分子細胞工学研究部門 教授

鐘巻将人’17.10.01〜 ’19.03.31

育種遺伝研究部門

助教

稲垣宗一’17.10.01〜 ’19.03.31

人類遺伝研究部門

教授

井ノ上逸朗

’17.04.01〜 ’19.03.31

ゲノム進化研究室教授

黒川’17.04.01〜 ’19.03.31

共生細胞進化研究部門
生命ネットワーク研究室
定量メカノバイオロジー研究室
比較ゲノム解析研究室
人類遺伝研究部門

教授 宮城島進也
教授 有田正規
准教授 島本勇太
特任教授 豊田 敦
教授 井ノ上逸朗’17.11.01〜 ’19.03.31’17.04.01〜 ’18.03.31’17.04.01〜 ’18.03.31’17.10.01〜 ’18.03.31’17.11.14〜 ’18.03.31

遺伝情報分析研究室
遺伝情報分析研究室

准教授
准教授

池尾一穂
池尾一穂

’17.04.01〜 ’18.03.31’17.04.01〜 ’18.03.31

大量遺伝情報研究室
大量遺伝情報研究室
遺伝子回路研究室
大量遺伝情報研究室

教授
教授
助教
助教

中村保一
中村保一
田守洋一郎
神沼英里

’17.04.14〜 ’18.03.31’17.04.27〜 ’18.03.31’17.04.01〜 ’18.03.31’17.04.01〜 ’18.03.30

小型魚類開発研究室
人類遺伝研究部門

准教授 酒井則良
教授 井ノ上逸朗’17.08.23〜 ’18.03.31’17.04.01〜 ’19.12.31

人類遺伝研究部門

教授

井ノ上逸朗

’17.06.01〜 ’19.01.31

ゲノム進化研究室

教授

黒川

顕

’17.06.01〜 ’18.03.31

ゲノム進化研究室

教授

黒川

顕

’17.11.10〜 ’18.03.31

顕2017 年度 科学技術人材育成費補助金
文部科学省

事業名

事業実施センター責任者

テニュアトラック普及・定着事業

新分野創造センター

事業実施期間

センター長

相賀裕美子

’15.08.06〜 ’18.03.31

2017 年度 医療研究開発推進事業費補助金
ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）

日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構

研 究 課 題 （研究題目）

課題管理者

イネ属遺伝資源の利活用高度化プロジェクト
モデル原核生物（大腸菌・枯草菌）リソースの維持、拡充と利用促進
ショウジョウバエ遺伝資源の戦略的収集・維持管理および提供
ゼブラフィッシュの収集・保存および提供（トランスジェニックゼ
ブラフィッシュ系統及び近交系ゼブラフィッシュの収集・保存及び提供）
情報発信体制の整備とプロジェクトの総合的推進
野生イネ遺伝資源へのゲノム編集技術適用のための基盤技術
整備
系統保存の高信頼化を可能にする基盤技術整備
日本産愛玩由来 JF1/Ms 系統の高精細ゲノム情報整備

植物遺伝研究室
原核生物遺伝研究室

研究期間
教授
教授

佐藤 豊
仁木宏典

’17.04.01 ～ ’18.03.31’17.04.01 ～ ’18.03.31

無脊椎動物遺伝研究室 特任教授 上田 龍
教授 川上浩一
初期発生研究部門’17.04.01 ～ ’18.03.31’17.04.01 ～ ’18.03.31

准教授 川本祥子
教授 佐藤 豊’17.04.01 ～ ’18.03.31’17.10.02 ～ ’18.03.31

系統情報研究室
植物遺伝研究室

無脊椎動物遺伝研究室 助教
哺乳動物遺伝研究室 助教

近藤 周
高田豊行

’17.10.02 ～ ’18.03.31’17.10.02 ～ ’18.03.31

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research69International Activities
国際交流■ 国際交流・国際連携の強化のための活動■ Activities toward international cooperations

国立遺伝学研究所では国際交流や国際連携をさらに強化させるために様々な活動を行っています。
「遺伝研共同研究」の制度では、2015 年に国際共同研究のための新たな枠を作り、積極的に国外からの研究者を受け入れています。生物遺伝資源事業においても、提供しているリソー
スの約 40％が国外の研究機関宛です。近年では機構の国際ネットワー
ク形成・MOU 推進プロジェクトを活用して、将来有望な国際共同研究にむけた国際交流の支援を行ってきました。その成果として、過去 3 年
間に 2 件の国際交流協定が締結されました（メルボルン大学、フィリピン
大学ディリマン校）。
また、日本の研究者コミュニティのグローバル化を支援するために、
科学英語教育プログラム「遺伝研メソッド」を開発し、その普及をめざした活動を行っています。このような活動や取り組みを通じ、国際研究
コミュニティ全体の研究力強化に貢献しています。

NIG conducts various programs to support the entire scientific community and to strengthen interactions among researchers
worldwide. The “NIG-Joint” collaboration grant includes a special
program to support visitors from abroad. Among the genetic
strains resources that NIG develops and provides to the community, more than 40% are sent to researchers outside Japan. NIG
has supported many workshops aimed towards promising international collaborations and cooperations in the future. Enhancing
scientific communication skills is another way that NIG contributes
to promote international collaborations. NIG has developed an
educational curriculum for effective scientific presentation - called
the “NIG Method” - and disseminates this methodology to aid
globalization of the scientific community.

■ 国際シンポジウム■ NIG International Symposium

国立遺伝学研究所は、多様な分野の研究者との連携を強化し、研究の発展に資することを目的に、毎年国際シンポジウムを主催しています。
2017 年は国際塩基配列データベース INSD のひとつ、三島の DNA
Data Bank of Japan（DDBJ）の 30 周年を兼ねたシンポジウム“Life,
Environment, and Evolution Revealed by Genomes”を開催しました（助成：テルモ生命科学芸術財団、後援：三島市、三島市教育委員会、
日本学術会議、静岡県ファルマバレープロジェクト、協賛：アサヒ、サントリー、キリン、森永乳業、TRAHED、JCHM）。招待講演と査読付き口頭発表の他に国内 4 研究機関のデータベース利用講習会、研究者のみ
ならず県内外の 8 高校を含んだポスター発表も実施し、3 日間でのべ293 名が参加しました。講演内容の一部は統合 TV から動画配信しています。

Each year NIG organizes an international symposium to promote research and academic interaction among researchers fromdiverse backgrounds. The 2017 event was titled “Life, Environment, and Evolution Revealed by Genomes” commemorating the30th anniversary of DNA Data Bank of Japan (DDBJ) in Mishima,
which is a part of International Nucleotide Sequence Databases (INSD).
The support came from TERUMO Foundation for Life Sciences
and Arts, Mishima City, Mishima City Board of Education, Science
Council of Japan, Pharma Valley Project of Shizuoka Prefecture,and six companies (Asahi, Suntory, Kirin, Morinaga, TRAHED, andJCHM). In addition to invited or reviewed oral presentations, a
training course of databases by four domestic research institutes
and a poster session including submissions from eight neighboring high schools attracted total 293 people in three days. Videolectures are available online from TogoTV.

シンポジウム詳細 = https://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbj30th/
講演動画サイト = http://togotv.dbcls.jp/?search=NIG▪会期：2017 年 5 月 27-29 日▪場所：三島市民文化会館（三島）70

国際交流／ International Activities

Symposium website = https://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbj30th/
Video lecture website = http://togotv.dbcls.jp/en/?search=NIG▪ Date: May 27-29, 2017

▪ Venue: City Hall of Mishima■ 英語での研究・生活のサポート

遺伝研の国際的な研究環境を整備・発展させるために、国際化推進委員会が様々な活動を行っています。国外出身の研究員・留学生が言葉の壁を感じることなく研究に専念できるよう、国際化推進グループ（GIP）
が来日前のビザ申請から、来日後の事務手続き、住居探しや三島エリアの生活情報の提供に至るまで、幅広いサポートを提供しています。また、
日本語の無料レッスンも行っています。

■ Support for International Researchers

NIG is committed to support international researchers so thatthey can dedicate themselves to research in a stimulating but yet
unfamiliar environment. New international NIG members will receive assistance from the Group for Internationalization Promotion(GIP) with their initial move to Japan – and throughout their stay at
NIG / SOKENDAI. The support offered by GIP includes help in
visa applications, administrative procedures upon relocation/employment, flat hunting and medical care. GIP will also provide useful information of the area to enrich your academic and personal
life in Mishima. Free Japanese lessons are offered to those whowish to learn Japanese language.
For more details, visit GIP web page:https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/GIP/index.html

International Researchers in NIG
Postdoc 博士研究員
LEE, KyungBum
李 慶範

国外出身の研究者の研究課題

Name / Subject title / Affiliation

氏名／研究課題／所属

Reception and quality control of the massive submissions at DDBJ

DDBJ Center
DDBJセンター

Study on asymmetric cell division in C. elegans

Multicellular Organization Laboratory
多細胞構築研究室

Genetic studies on behaviors and brain functions in zebrafish

Division of Molecular and Developmental Biology
初期発生研究部門

Analysis of lipid spectra and international coordination

Laboratory of Biological Networks
生命ネットワーク研究室

Genome sequence analyses of various organisms

Division of Population Genetics
集団遺伝研究部門

Genome wide association study on seed traits in wild species of rice

Plant Genetics Laboratory
植物遺伝研究室

DDBJ における塩基配列大量登録情報の受入対応と高水準化

Postdoc 博士研究員
SHIBATA, Misa (JIN, Yinhua)
柴田珠杉（金 銀華）

線虫の非対称分裂機構の研究

Postdoc 博士研究員
AILANI, Deepak
アイラニ，ディーパック

ゼブラフィッシュにおける行動と脳機能の遺伝学的解析

Postdoc 博士研究員
LI, Donghan
李 東晗

脂質マススペクトルの解析と国際連携

Postdoc 博士研究員
HETTIARACHCHI, Nadeeka Nilmini
ヘッティアラチッチ，ナディーカ ニルミニ

さまざまな生物のゲノム配列解析

Postdoc 博士研究員
TA, Kim Nhung
タ，キム ニュング

野生イネが示す種子関連形質のゲノムワイドアソシエーション解析

国際交流／ International Activities

71

Activities and Events for Research Promotion
研究を促進するための活動と行事▶ Activities for Research Promotion

研究を促進するための活動

NIG Colloquium
内部交流セミナー

Biological Symposium presented by Dr. Mizuuchi Kiyoshiバイオロジカルシンポジウム Dr. Mizuuchi Kiyoshi 講演■ 内部交流セミナー■ NIG Colloquia

研究所内における研究成果を発表し、討論する会で、毎週金曜日に開かれます。教員による発表の他、D5プログレスレポートとして博士課
程５年生の研究紹介の場としても利用されています。
■ バイオロジカルシンポジウム

Seminars are held every Friday by researchers at the instituteto discuss their progress during the past year. Presentations are
made not only by faculty, but also by fifth year graduate students
as a part of their D5 Progress Report.
■ Biological Symposia

先端の研究を行っている国内外の研究者を研究所に招き、講演討論を行います。幅広い分野の優れた講演が年間約 70 回行われています。

Biological Symposia are held throughout the year, featuring
distinguished speakers in many areas of biological sciences, fromuniversities and institutions worldwide.

▶ Events

行Open House on April 7, 2018
一般公開 2018 年 4 月 7 日

Public Lecture Presented by Dr. Sato Yutaka

公開講演会 佐藤 豊 教授講演

■ 研究所の一般公開■ Open House

科学技術週間における行事の一環として、毎年４月上旬に各研究部門の展示や学術講演を行い、研究所の一部を一般の方々に公開しています。
■ 公開講演会

年 1 回、東京地区を中心に本研究所教員を講師として、一般の方々を対象に遺伝学公開講演会を開催しています。
国立遺伝学研究所⃝講演タイトル2017 年度の公開講演会

ヒトの細胞が分裂するしくみ／北川大樹 教授
植物の形作りと作物育種／佐藤

72

事

豊 教授

研究を促進するための活動と行事／ Activities and Events for Research Promotion

As one of the events of the Science and Technology Week,
NIG opens its grounds and facilities to the public. Visitors attend
exhibits and special lectures as well as enjoying cherry blossoms
in the campus.
■ Public Lecture

Once every autumn, NIG holds a public lecture in Tokyo, presented by its faculty.

Cyber Museum of Genetics

https://www.nig.ac.jp/museum/

遺伝学電子博物館

この博物館は、1999 年に国立遺伝学研究所の創立 50 周年を記念して、遺伝学の研究の中身を、わかりやすく、楽しく知っていただけるようにと企画して作ったものです。2009 年、創立 60 周年にあたり、構成を一新するとともに、時代の流れに則した内容を新たに付け加えました。
新聞やニュースなどで、「遺伝子」、「DNA」、「ゲノム」といった言葉が毎日のように流れています。いまや、遺伝学の研究は専門家だけに任せておいてはいけない時代、沢山の方が理解して判断を迫られる時代となっているのです。この「遺伝学電子博物館」では、学生・学校の先生・ジャーナリストだけでなく、科学の研究に興味のある多くの方々に向けて、遺伝学についての正確な情報を提供しています。では、少しだけ中身を紹介しましょう。

■ 遺伝学の歴史 …… メンデルから現代まで

昔から「子は親に似る」ということわざがあるように、親子、兄弟は何となく顔や姿が似ていることは疑う余地がありません。遺伝現象の研究が近代科学として成立したのは、オーストリアの修道院の牧師であったメンデルが重要な遺伝の法則を発見したことから始まります。

生物種の遺伝学■ 進化と遺伝 …… 生きものはどこから来たか

科学としての進化論は、C. ダーウィンが1859年に『種の起原』を発表したことから始まりました。ダーウィンは遺伝の原理を知りませんでしたので、自然淘汰の機構について充分説明できず大変悩んだようです。1968年、木村資生が提唱した中立説に始まり、分子レベルで進化を考えることが始まりました。
■ 分子遺伝学 …… DNA の視点から生命を考える

1953 年、X 線を使ってDNA の二重らせん構造が発見されました。そこには遺伝情報を正確に子孫に伝え、体のかたちを作り、生命活動を行う精巧な仕組みが秘められていました。近年活発なゲノムプ

マルチメディア資料館：DNA の複製

ロジェクトについてもご紹介します。

■ 生物種の遺伝学 …… いろんな生物のゲノム研究

ゲノムプロジェクトにより、生命現象の基本プログラムの詳細な姿を明らかにするための基礎となる「情報」が日々蓄積されています。それらは、ゲノムの構造と密接に関連した生物情報知識ベースとしてコンピュータ化され、バイオサイエンス研究の基盤情報として広く使われているのです。
■ マルチメディア資料館 生物・ザ・ムービー …… ムービーで見る分子の世界

DNA が複製・転写・翻訳される様子を 3D のムービーにしました。RNA ポリメラーゼの専門家と生物・ザ・ムービータンパク質の立体構造の専門家が製作に参加し、分子生物学の正確な知見を踏まえて作られています。
■ クイズ遺伝学 ゲノムアニメ劇場 電脳紙芝居 …… 楽しく遺伝学を知ろう！

ゲノムって何？オーダーメイド医療って？研究者はどんな考え方をしているの？素朴な疑問にクイズやアニメで楽しみながら学べます。狙った遺伝子を破壊できるノックアウト技術を使ったマウスの研究の紹介アニメが新たに追加されました。

ゲノムアニメ劇場

遺伝学電子博物館／ Cyber Museum of Genetics

73

国立大学法人 総合研究大学院大学 生命科学研究科

遺伝学専攻

Department of Genetics

SOKENDAI

国立遺伝学研究所（遺伝研）は、総合研究大学院大学（SOKENDAI）生命科学研究科 遺伝学専攻として、大学院生の教育を行っています。遺伝学を中核に多様な分野の研究が集積する優れた環境の元で、幅広い視野をもつ研究者を育成し、次世代の生命科学研究に貢献したいと考えています。5 年一貫制博士課程と3 年間の博士後期課
程の 2 種類の課程があります。5 年一貫制課程の対象者は大学卒業、または、それと同等の資格を有する方、博士後期課程の対象者は修士号取得者、または、それと同等以上の学力があると認められた方です。
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/phd-program/main-page-top/main-page

National Institute of Genetics (NIG) functions as
the Department of Genetics, SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies) and offers PhD
programs in Genetics. Our 5-year program accepts
those with a bachelor’s degree or equivalent. Thosewith Master’s degree or similar qualifications are also
eligible to apply to our 3-year program. Our graduate
programs provide interdisciplinary education with frequent seminars, journal clubs, and workshops on scientific writing and presentation. Highly qualified
students can receive financial aid. For more information please visit the web site of our graduate program.
https://www.nig.ac.jp/nig/phd-program/main-page-top/main-page74

Department of Genetics,
School of Life Science, SOKENDAI
総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻

遺伝研で学びませんか？
▶ SOKENDAI

遺伝学専攻の特色■ 質の高い研究■ High Quality Research

遺伝研は国内外の研究者の共同利用を目的とした研究機関です。

整備されたDNAデータベース、数多くの実験生物系統などの遺伝資源、最先端の共通機器等、生命科学の基礎研究を遂行するための環境が全て揃っています。ここでは、約 40 の研究グループがそれぞれのテー

マに向かって自由に研究活動を展開し、得られた研究成果を世界へと発信しています。論文引用度や科学研究費の採択率がここ数年間
常にトップクラスであることも、当研究所で行われている研究が国際的にみても高水準であることを裏付けています。質の高い研究に支えられた研究主導型の教育は、SOKENDAI・遺伝学専攻で学ぶ大きな利点です。

■ Small Lab Size

■ 少人数教育

遺伝研では、教授も准教授もそれぞれ独立の研究室を組織して研究を行っています。各研究室の構成員は10 人前後と小規模ですので、教員と頻繁な密度の濃い議論が可能です。博士課程の大学院生１人あたりの教員数は 2.08 人であり、大学院大学ならではの非常に恵まれた研究教育環境であるといえます。

United under the term “Genetics”, graduate students at NIG
continue to expand the frontiers of life sciences in molecular and cellbiology, development, neurosciences, evolution, structural biology
and bioinformatics. The quality of NIG research is evident from thefrequent citations of papers published from the institute and the highfunding rates for our grant proposals. NIG houses tremendous resources for basic research in life sciences, such as the well-established DNA database (DDBJ), an extensive collection of naturalvariants and mutant strains of various model organisms, and stateof the art research equipments.

Unlike most other Japanese universities that retain the “pyramid”
lab structure, professors and associate professors organize independent research groups at NIG. Each group is small; a typical lab
consists of fewer than ten people. Thus, the ratio of faculty to students is extremely high, an average of 2.08 faculty / student. This
enables the graduate students to have frequent and in-depth discussions with faculty – something not possible at institutions with anundergraduate program, which must accept several students per
faculty every year, not counting undergraduate students!

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

75

■ 多彩な授業と豊富なセミナー

遺伝学専攻では、生命科学をはじめとする様々な分野について基礎から最先端まで学べます。基礎的知識の教授と議論が中心の授業を併設し、原著論文を批判的に読み、ディスカッションすることを通して「考える力」や「討論する力」を育てることを重視しています。遺伝研で行われる授業だけでなく、遠隔講義システムを活用して他の専攻で実施されている幅広い分野の授業に参加することも可能です。また、英語による口頭発表や論文作成など、成果発表のための実践的技術を身につけるための授業も行っています。遺伝研では、多岐分野にわたるセミナーが頻繁に開催されています。週 1 度の所内演者による内部交流セミナーに加えて、国内外の著名研究者を招いたバイオロジカルシンポジウムが毎週のように開かれ、活発な論議が行われています。セミナー演者と大学院生との昼食会に参加すれば、あこがれの研究者と実際に会って個人的に話をすることができます。

■ 複数教員による教育制度

遺伝学専攻は、「一人一人の大学院生を全教員で指導する」という理念のもとに大学院教育を行っています。もちろん各大学院生はそれぞれ一人の指導教員のもとでその研究グループに所属して研究を行いますが、それを補う形で、複数教員の指導によるユニークな「生命科学プログレス制度」を実施しています。この制度は、「各々の学生が選んだ教員が小委員会を組織し、学生の相談にのり助言をおこなう」というものです。

５年一貫制博士課程の１、３年次では、指導教員以外の教員１名との個人面談で研究計画の討論を行い、研究テーマの設定について助言を得ることができます（生命科学プログレスⅠ、Ⅲ）。２、４年次には、それまでの研究内容のレポートを提出し、指導教員以外の４人の教員からなる小委員会に対して口頭で発表を行います（生命科学プログレスⅡ、Ⅳ）。

さらに５年次には、研究所全体での公開のセミナーを行い、聴衆や小委

員会のメンバーと討論します（生命科学プログレスⅤ）。それ以外にも学生は年一回プログレスポスター発表会で研究発表を行います。これらの制度が、研究が行き詰まったときの助けになるのはもちろんですが、様々■ Diverse Courses and Frequent Seminars

The Department of Genetics offers diverse courses aimed atproviding in-depth as well as basic knowledge on various fields oflife sciences. The courses are designed to foster critical thinking
and logical discussion skills. Courses on scientific presentationand scientific writing are also offered. Using a remote lecture system students can take courses in various disciplines provided byother departments of SOKENDAI. A large number of seminars
covering various fields of life sciences are held at NIG, including“Biological Symposia” featuring eminent scientists from all over
the world. In addition, members of NIG present their progress
during the past year at weekly “NIG Colloquia”. Graduate students
are invited to lunch with seminar speakers, where students have achance to personally talk with internationally renowned scientists.
Almost all the seminars are given in English, and the graduate
course lectures are also given in English. Knowledge of Japanese
is not required for completing the graduate program and obtaining
PhD degree.
■ Team Teaching

NIG has a policy that “all” faculty members should be involvedin the education of each student. In addition to the thesis advisor (PIof the lab in which the student belongs to) students receive guidance and support from the “Progress Committee”, whose members are selected by each student from outside their own researchgroup. This committee meets with the student once per year (ormore often if requested by the student) and gives advice on thestudent’s thesis project. In addition, students have opportunities
to present their work every year in poster progress sessions, andhave discussions with the committee as well as other faculty andpostdoctoral fellows. By providing a friendly and stimulating environment to have in-depth discussions with researchers in otherfields, this program helps students to broaden their views and tofind breakthroughs when research is not going smoothly. It also
gives opportunity to prepare for presenting seminars at conferences.

な分野の研究者の意見を聞く機会をもつことで、研究者としての視野を広げるのに役立っています。また、英語論文を書くための準備やプレゼ

ンテーションの訓練という意味でも経験を積むことができます。

76

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

■ 研究者間の活発な交流■ Close Network of Research Groups

遺伝研・遺伝学専攻は、研究者間の交流や議論が活発な事で有名です。

各研究室が小規模なこともあり、研究室間の合同セミナーや、共同研究が活発に行われています。大学院生も、他の研究室に出入りして自分に必要な知識や実験手技を学んだりするなど、自由で積極的な交流を行っており、講座制にはない魅力となっています。研究所には、教員や大学院生以外にも、博士研究員、共同利用研究員、外国人招へい研究者等、様々な立場の研究者がいるので、いろいろなレベルでの交流が行われています。このような研究室間の垣根のない交流は、幅広い学際的視野をもつ研究者の育成のために、非常に良い環境であるといえるでしょう。

■ 生命科学リトリート

NIG is famous for active interactions and discussions among
the in-house researchers. Because each research group is small,many groups have joint lab meetings with other labs, and collaborations between groups are very common. Graduate students
also actively and freely visit other research groups to acquire newtechniques and knowledge, which is another advantage of small
groups. NIG also hosts various types of researchers, such as
postdoctoral fellows, collaborative researchers and visiting scientists from abroad. Interacting and networking with researcherswith diverse levels and backgrounds is an ideal way for students
to develop broad and balanced views as mature scientists.
■ Life Science Joint Retreat

総研大の生命科学研究科は、遺伝研を基盤機関とする遺伝学専攻、岡崎の生理研、基生研を基盤機関とする生理科学専攻、基礎生物学専

攻から成り立っています。これら３専攻に葉山の生命共生体進化学専攻

を加えた 4 専攻合同の生命科学リトリートが年１回開催されています。

SOKENDAI houses the largest number of life science facultyin Japan. In addition to the Department of Genetics in Mishima,
the Okazaki area has two departments, the Department of Physiological Sciences and the Department of Basic Biology, and afourth department, the Department of Evolutionary Studies andBiosystems, is located in Hayama. These four life science departments hold a joint retreat every year for scientific interactions.

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI77

▶ Various Aids to Students

学生に対する様々な支援活動

大学院生としての生活は人生の中で決して「楽な」時期ではありません。一人前の研究者と同様に高いレベルの研究成果をあげることを期待されているにもかかわらず、「指導を受けている」学生という身分であるため、仕事をするために授業料を支払わなければなりません。アメリカでは、大学院生の授業料は学部や指導教官が申請するグラントによって負担され、また学生には給与（stipend）が支給されるのが普通ですが、現在の日本の制度では大学院が学生に経済的な援助を与えるシステムは極めて限られています。このような制約の下でも、遺伝学専攻は、学生が「一人前の研究者に育つ」と言う目標を達成するために出来る限りの支援をしようとしています。

NIG and the Department of Genetics conduct various activities to support graduate students and enrich its graduate program.
■ 経済的支援

遺伝学専攻では、大学院生をリサーチアシスタントに採用し、給与を支給しています。額は５年一貫制１、２年次が年額 55 万円、３年次以上が年額 60 万円です。また、日本学生支援機構の奨学金の貸与を希望する
者は、入学後選考のうえ、日本学生支援機構に推薦します。最近の実績
では、希望者全員が奨学金給付を認められています。入学料、授業料については、経済的理由により納付が困難で、かつ学業優秀な者等に対し、入学後選考のうえ、半額免除又は徴収猶予が認められる制度があります。
■ 就職支援活動

在学生や修了生を対象に、「求人情報のメーリングリスト」を作成しています。個々の教員に寄せられるポスドクなどの求人情報が素早く入手できる便利な制度です。静岡大学キャリア創造プログラム及び広島大学
次世代研究者育成プログラムに参画しており、企業への就職を希望する
学生の相談にも対応します。

Students accepted to the special graduate program for international students will be granted financial support. Third year students can also apply to a “Research Fellowship for Young
Scientists” grant sponsored by JSPS. Other financial aids are alsoavailable.

■ Aid in Finding a Job

To help our graduates find jobs after obtaining their degrees,
NIG collects recruitment information for positions such as postdocs and assistant professors and informs the graduate students
and alumni using a web page and a mailing list. The Departmentof Genetics has agreements with two external programs that support career development of students in PhD courses.

■ Travel Funds

研究成果をあげたら、次は国際学会での発表です。遺伝学専攻では、学生の国際学会への参加旅費を援助し、発表を奨励しています。国際共同研究活動や国際的研究能力育成のための長期間海外派遣で、研究や研修を行う制度もあります。

Once you have obtained interesting results and polished yourpresentation skills, it’s time to show them off at international meetings. Indeed, many NIG graduate students have been selected topresent their work as oral presentations at prestigious international conferences. NIG students are eligible to apply to several travel
funds to cover the costs of attending international conferences.

■ 遺伝研宿舎■ NIG Dormitory■ 海外での学会参加の助成

遺伝学専攻には学生が入居できる宿舎があります。一人部屋と3 人部屋があり、それぞれに、バス・キッチン・トイレを完備しています（3 人用は共用になります）。
■ 科学発表の授業

研究者にとっては、単に研究能力だけでなくその成果を外に発表する能力も大切です。特に英語で表現・議論する能力は国際的に活躍するためには是非身につけたい能力です。博士号取得までに「英語で理解・議論・表現する力」を獲得できるよう、遺伝学専攻は独自に開発した「遺伝研メソッド」による研究者育成を行っています。詳細は以下 URL をご覧ください。
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/OSC/OSC_I.html

78■ Financial Aid

The NIG dormitories are available for students. There are two
options: Private Unit and Shared Unit (residents will be provided
their own rooms).

■ Courses on Scientific Writing and Presentation

Scientist must not only make new discoveries, but also communicate new findings effectively to others. The ability to present
and discuss science in English is thus an essential skill that mustbe learned within your graduate career. The Department of Genetics offers many courses and workshops on scientific writing andpresentation, including a special scientist training program called “NIG
Method”. For details please take a look at the following URL:
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/OSC/OSC_I.html

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI▶ Research Internship

体験入学プログラム■ 学部学生のための遺伝研体験プログラム■ Undergraduate Research Internships at NIG

遺伝研では学部学生のための「体験入学プログラム」

を実施しています。１週間程度、遺伝研の宿泊施設に泊

まり込み、実験、セミナー参加など、たくさんのプログラ
ムで遺伝研の研究生活を実体験することができます。旅費・宿泊費は遺伝研から支給されます。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/phd-program/taiken

NIG offers a 6-week undergraduate research internship program for international students who wish to gain experience in scientific lab work. Each intern will
join ongoing research projects in a world class research group, and will be provided with latitude as well as responsibility to conduct “real” research, i.e. somethingthat no one in the world has done before. Interns also participate in various departmental activities, such as lectures for our graduate students, journal clubs, andseminars by outstanding researchers in and out of NIG. Japanese lessons are alsoavailable. Stipend will be provided to cover travel and living expenses. If you wantto find out what it is like to do research, this is the best way to spend a summer.
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/intern/index.html▶ Graduate Education at NIG

大学院進学を考えている人へ

遺伝学専攻の大学院教育は、「自立した研究者」の育成を目指しています。しかし、この目標は優れた研究環境や充実した指導体制だけで達成できるわけではありません。大学院生が各自、何を研究したいのか目的

意識をきちんと持ち、自ら積極的に行動することが必要です。遺伝学専

攻に興味を持たれた方は、まずは興味をもつ研究室の教員に直接連絡を取ってみてください。下記は遺伝学専攻生とその発表論文の一例です。

Educating future generations of scientists is central to themission of NIG. Our graduate program provides many opportunities for students to gain scientific knowledge and professional
skills. We look forward to your active participation in the program.
Below is an example of a first-authored recent publication by a
NIG graduate student.

Systematic identification and characterization of regulatory elements derived from human endogenous retroviruses.
Ito, J., Sugimoto, R., Nakaoka, H., Yamada, S., Kimura, T., Hayano, T., and Inoue, I. (2017). PLoS Genet 13,
e1006883.
伊東潤平

遺伝研は研究に集中できる素晴らしい環境です。体験入学・説明会等の制度もあるので、是非一度遺伝研に来て、空気を感じてみてください。

▶ Programs to Host Researchers

ITO, Jumpei

NIG provides good opportunities to research for students.
I recommend students to come and feel the atmosphere of NIG.

遺伝研で研究しよう

遺伝研は、他大学の大学院生の教育にも貢献しています。遺伝学またはこれに関連する学問分野を専攻している大学院生（修士・博士課程）
であれば、「特別共同利用研究員」として遺伝研で研究することが可能です。授業料などの費用はかかりません。そのほか、企業に所属しながら遺伝研で研究する「受託研究員」制度や、大学卒業の資格で遺伝研で研究する「遺伝研研究生」の制度もあります。詳細は以下 URL をご覧ください。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/about-nig/how-to

NIG accepts students who belong to other graduate programs (master’s course or doctor’s course) and provides research
environment at the Institute. NIG also offers ample opportunity forpost-graduate education and international exchanges. In addition
to institutionally-funded postdoc positions (NIG postdoctral fellow), one can also work at NIG through externally-funded postdoc
grants (MEXT and JSPS Programs) or grants to individual laboratory. In addition, NIG welcomes sabbatical stays of foreign faculty.
Please contact your proposed mentor/host/hostess for details on
the programs.

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

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NIG Data
遺伝研データManagement運

営（2018 年 4 月 1 日現在）

運営会議 Advisory Committee
研究所の運営に関する重要事項その他共同研究計画に関する事項で、所長が必要と認めるものについて、所長の諮問に応じる。
The Advisory Committee gives advice to the Director-General on administrative affairs including joint research programs.
漆原秀子

筑波大学名誉教授
URUSHIHARA, Hideko Professor Emeritus, University of Tsukuba

舘田英典

九州大学大学院理学研究院教授

黒田真也

東京大学大学院理学系研究科教授

西田栄介

理化学研究所生命機能科学研究センター長

篠崎一雄

理化学研究所環境資源科学研究センター長

花岡文雄

KURODA, Sinya
SHINOZAKI, Kazuo

菅野純夫

SUGANO, Sumio

杉本亜砂子

SUGIMOTO, Asako

TACHIDA, Hidenori
NISHIDA, Eisuke

Professor, Graduate School of Sciences, The University of TokyoHANAOKA, Fumio

Director, Center for Sustainable Resource Science, RIKEN

東京医科歯科大学非常勤講師

松崎文雄

Part-time Lecturer, Tokyo Medical and Dental University

東北大学大学院生命科学研究科教授

Professor, Graduate School of Life Sciences, Tohoku University

Professor, Faculty of Sciences, Kyusyu University

Director, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

筑波大学・生存ダイナミクス研究センター長

Director, Life Science Center for Survival Dynamics, Tsukuba Advanced
Research Alliance, University of Tsukuba

理化学研究所生命機能科学研究センターチームリーダー

MATSUZAKI, Fumio

Team Leader, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research森川耿右

京都大学大学院生命科学研究科研究員

MORIKAWA, Kousuke

Researcher, Graduate School of Biostudies, Kyoto University（所外委員）

城石俊彦

SHIROISHI, Toshihiko

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

川上浩一

KAWAKAMI, Koichi

斎藤成也

SAITOU, Naruya

副所長

角谷徹仁

副所長

相賀裕美子

個体遺伝研究系研究主幹

仁木宏典

NIKI, Hironori

Head, Genetic Strains Research Center

集団遺伝研究系研究主幹

澤構造遺伝学研究センター長

KAKUTANI, Tetsuji

Vice-Director

SAGA, YumikoVice-Director
Head, Department of Developmental Genetics
Head, Department of Population Genetics

斉

SAWA, Hitoshi

総合遺伝研究系研究主幹

大久保公策

新分野創造センター長岩里琢治

系統生物研究センター長

前島一博

Head, Department of Integrated Genetics

OKUBO, Kousaku
IWASATO, Takuji

Head, Center for Frontier Research

MAESHIMA, Kazuhiro

生命情報研究センター長

Head, Center for Information Biology

個体遺伝研究系教授

Professor, Department of Developmental Genetics

構造遺伝学研究センター教授

Professor, Structural Biology Center（所内委員）

Head, Structural Biology Center

アドバイザリーボード Advisory Board
研究所に係る重要事項について、所長又は運営会議の求めに応じ助言を行う。
The board members give advice to the Director-General and/or the Advisory Committee regarding the principles and policies of the institute.
大隅良典

OHSUMI, Yoshinori

榊佳之

東京工業大学栄誉教授

Honorary Professor, Tokyo Institute of Technology

東京大学名誉教授

SAKAKI, Yoshiyuki

Professor Emeritus, The University of Tokyo

竹市雅俊

理化学研究所生命機能科学研究センターチームリーダー

TAKEICHI, Masatoshi

WIESCHAUS, Eric Professor, Princeton University
HUNT, Tim

Emeritus Group Leader, The Francis Crick InstituteTeam Leader, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

総合企画会議 Council for Strategy Planning and Coordination
所長の指揮の下、研究所の運営に関する基本方針の企画立案等を行うとともに、機構本部と連携する。
Under the Director-General’s supervision, the Council makes basic plans and policies on NIG management in addition to coordinating with ROIS headquarters.
桂

議長

勲

KATSURA, Isao

Chair

研究企画担当Research Planning

城石俊彦

情報・システム研究機構
戦略企画会議担当

SHIROISHI, Toshihiko

ROIS Strategic Planning Committee SHIROISHI, Toshihiko

荒木弘之

評価担当

ARAKI, Hiroyuki

仁木宏典

NIKI, Hironori

広海

斉SAWA, Hitoshi

構造遺伝学研究センター教授

Professor, Structural Biology Center

舘田英典

九州大学大学院理学研究院教授

花岡文雄

筑波大学・生存ダイナミクス研究センター長

Professor, Faculty of Sciences, Kyusyu University

HANAOKA, Fumio

Director, Life Science Center for Survival Dynamics, Tsukuba Advanced
Research Alliance, University of Tsukuba

菅野純夫

東京医科歯科大学非常勤講師

SUGANO, Sumio

産学連携・知的財産担当

鈴木睦昭

男女共同参画推進室担当
Gender Equality

SUZUKI, Mutsuaki

平田たつみ

HIRATA, Tatsumi（所内委員）NIG members（所外委員）Non-NIG members
TACHIDA, Hidenori

NAKAMURA, Yasukazu

Inter-University Collaboration Committee（委員長）Chair澤中村保一

Evaluation

NIG INNOVATION健

HIROMI, Yasushi

運営会議共同利用委員会

城石俊彦

澤

斉

SAWA, Hitoshi

角谷徹仁

KAKUTANI, Tetsuji

相賀裕美子

構造遺伝学研究センター教授

Professor, Structural Biology Center

総合遺伝研究系教授

Professor, Department of Integrated Genetics

系統生物研究センター教授

SAGA, Yumiko

Professor, Genetic Strains Research Center佐藤

系統生物研究センター教授

豊

SATO, Yutaka

Professor, Genetic Strains Research Center

Part-time Lecturer, Tokyo Medical and Dental University

運営／ Management81（2018 年度委員）

各種／個別委員会

委員長

将来計画委員会

城石俊彦

図書委員会
Library

KITANO, Jun

予算委員会
Budget荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

セミナー委員会

施設整備委員会

仁木宏典

事業委員会

共通機器委員会

川上浩一

広報委員会
Publicity

KIMURA, Akatsuki

電子計算機委員会

黒川顕

知的財産委員会

角谷徹仁

SHIROISHI, Toshihiko

Future Planning

Seminar

NIKI, Hironori

Facility Management

NIG Projects

KAWAKAMI, Koichi

Common Equipment

KUROKAWA, Ken

ComputerIntellectual Property

北野潤

遺伝学博物館委員会

斎藤成也

岩里琢治

国際化推進委員会

木村

暁

前島一博

博士研究員選考委員会

北野潤

ヒトゲノム・遺伝子解析
研究倫理審査委員会

大久保公策

安全衛生委員会

井ノ上逸朗

利益相反委員会

所長

DNA データ研究利用委員会

有田正規

マウス研究支援ユニット運営委員会

相賀裕美子

IWASATO, Takuji
MAESHIMA, Kazuhiro

木村

荒木弘之

マウス小委員会

城石俊彦

遺伝子組換え実験安全委員会

井ノ上逸朗

イネ小委員会佐藤

動物実験委員会

城石俊彦

大腸菌小委員会

仁木宏典

防火・防災管理委員会
Fire & Disaster Prevention

管理部長

General Manager

ハラスメント防止・対策委員会

荒木弘之

生物遺伝資源委員会

仁木宏典

人を対象とする研究倫理審査委員会

大久保公策

Recombinant Experiments

INOUE, Ituro

SHIROISHI, Toshihiko

Animal Experiment（2017 年度委員）

DNA データ研究利用委員会
剛

E. Coli Bioresource
Harassment Prevention

NIKI, Hironori

Genetic Resources

伊藤Rice Bioresource

農業・食品産業技術総合研究機構 高度解析センター ゲノム情報
大規模解析チーム長

Leader, Advanced Analysis Center National Agriculture and Food
Research Organization

金城

大阪大学蛋白質研究所准教授

KINJO, Akira

Associate Professor, Institute for Protein Research, Osaka University

菅野純夫

東京大学大学院新領域創成科学研究科教授

SUGANO, Sumio

Professor, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo

長洲毅志

科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター統合化推進プログラム研究総括

NAGASU, Takeshi

服部正平

HATTORI, Masahira

林

哲也

HAYASHI, Tetsuya

Research Supervisor, Database Integration Coordination Program, NBDCJapan Science and Technology Agency

早稲田大学理工学術院先進理工学研究科教授

Professor, Graduate School of Advanced Science and Engineering,
Faculty of Science and Engineering, Waseda University

所外委員

静岡県立静岡がんセンター研究所免疫治療研究部部長

動物実験委員会

所外委員

良

AKASHI, Ryo

浅野雅秀

所外委員

小笠原直毅

OGASAWARA, Naotake

運営／ Management

SAGA, Yumiko

藤田信之

東京農業大学 生命科学部分子微生物学科 教授

星科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター企画運
営室長

FUJITA, Nobuyuki

潤一

Professor, Department of Molecular Microbiology Faculty of Life Sciences,
Tokyo University of Agriculture

HOSHI, Jun-ichi

Director, Department of Planninng and management, NBDC Japan
Science and Technology Agency

松岡聡

東京工業大学学術国際情報センター教授

宮野

MIYANO, Satoru

悟

Professor, Human Genome Center, Institute of Medical Science, The
University of Tokyo水島洋

国立保健医療科学院研究情報支援研究センター長

MATSUOKA, Satoshi

MIZUSHIMA, Hiroshi

小林公子

KOBAYASHI, Kimiko

宮崎大学農学部畜産草地科学科教授

岡田清孝

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設教授

岡本

仁

荻野

肇

Professor, Department of Animal and Grassland Science, Miyazaki
University

筑波大学生命環境系教授

OHKUMA, Moriya

Mouse Research Supporting Unit

ARITA, Masanori

Professor, Global Scientific Information and Computing Center, Tokyo
Institute of Technology

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター教授

Director of Center for Public Health Informatics, National Institute of
Public Health静岡県立大学食品栄養科学部食品生命化学科 教授

Professor, School of Food and Nutritional Sciences, University of
Shizuoka

Genetic Resources Committee (Non-NIG members)

江面

大熊盛也

DDBJ

Director-General

静岡大学理学部教授

Professor, Institute of Laboratory Animails, Graduate School of Medicine,
Kyoto University

EZURA, Hiroshi

Conflict of Interests

INOUE, Ituro

Animal Experiments Committee (Non-NIG members)

ASANO, Masahide

浩

ARAKI, Hiroyuki

Safety & HealthProfessor, Faculty of Science, Shizuoka University

生物遺伝資源委員会
明石

NIKI, Hironori

Ethics of Human Genome Research OKUBO, Kosaku

Recombinant Experiments Committee (Non-NIG members)Chief, Immunotherapy Division, Shizuoka Cancer Center ResearchInstitute

SHIOJIRI, Nobuyoshi

豊

SATO, Yutaka

九州大学大学院医学研究院教授

AKIYAMA, Yasuto

塩尻信義

KITANO, Jun

Professor, Department of Bacteriology, Faculty of Medical Sciences,
Kyushu University

遺伝子組換え実験安全委員会
秋山靖人

PD Selection

KIMURA, Akatsuki

DNA Database Advisory Committee (Non-NIG members)

ITOH,Takeshi

玲

SHIROISHI, Toshihiko

Ethics of Human Subjects Research OKUBO, Kosaku

所外委員Internationalization

SAITOU, Naruya

KAKUTANI, Tetsuji

ARAKI, Hiroyuki

Mouse Bioresource

Museum of Genetics

暁

RI Safety

放射線安全委員会

82

NIG Committees (Chair)

Professor, Faculty of Life and Environmental Sciences, University ofTsukuba

理化学研究所バイオリソースセンター微生物材料開発室長

Head, Microbe Division, RIKEN BioResource Center

奈良先端科学技術大学院大学名誉教授

Professor Emeritus, Nara Institute of Science and Technology

OKADA, Kiyotaka

OKAMOTO, Hitoshi
OGINO, Hajime

小幡裕一

OBATA, Yuichi

折原裕

ORIHARA, Yutaka

龍谷大学農学部植物生命科学科教授

Professor, Department of Plant Life Science, Faculty of Agriculture,
Ryukoku University

理化学研究所脳科学総合研究センター副センター長

Deputy Director, RIKEN Brain Science Institute

広島大学両生類研究センター教授

Pfofessor, Amphibian Research Center, Hiroshima University

理化学研究所バイオリソースセンター長

Director, RIKEN BioResource Center

東京大学大学院薬学系研究科准教授

Associtate Professor, Graduate School of Pharmaceutical Sciences,
Faculty of Pharmaceutical Sciences, The University of Tokyo

Management
河地正伸
KAWACHI, Masanobu

草場

信

KUSABA, Makoto

桑山秀一

KUWAYAMA, Hidekazu

小林正智

国立環境研究所生物・生態系環境研究センター生物多様性資源保全研究推進室長
Head, Biodiversity Resource Conservation Office, Center for
Environmental Biology and Ecosystem Studies, National Institute forEnvironmental Studies

広島大学大学院理学研究科附属植物遺伝子保管実験施設長

Director, Laboratory of Plant Chromosome and Gene Stock, Graduate
School of Science, Hiroshima University

筑波大学生命環境系准教授

Associate Professor, Faculty of Life and Environmental Sciences,
University of Tsukuba

笹倉靖徳

剛

NISHIO, Takeshi

仁田坂英二

NITASAKA, Eiji

仁藤伸昌

東北大学大学院農学研究科教授

Professor, Graduate School of Agricultural Science, Tohoku University

九州大学大学院理学研究院講師

Lecturer, Department of Biology, Faculty of Sciences, Kyushu University

近畿大学生物理工学部地域交流センター長

博

農業・食品産業技術総合研究機構遺伝資源センター長

Research Leader, Laboratory of Cell Cultures, National Institutes ofBiomedical Innovation, Health and Nutrition

伴野豊

新潟大学自然科学系教授

BANNO, Yutaka

九州大学大学院農学研究院附属遺伝子資源開発研究センター教
授

医薬基盤・健康・栄養研究所培養資源研究室研究リーダー満西尾Specially Appointed Professor, Evolutionary Biology and Biodiversity,
National Institute for Basic Biology

根本

理化学研究所バイオリソースセンター実験植物開発室長

小原有弘

SAKAIZUMI, Mitsuru

NARUSE, Kiyoshi

自然科学研究機構基礎生物学研究所進化多様性生物学領域特任教授

Director, Regional Exchange Center, Faculty of Biology-Oriented Scienceand Technology, Kindai University

Head, Experimental Plant Division, RIKEN BioResource Center

酒泉

清

営

NITO, Nobumasa

KOBAYASHI, Masatomo
KOHARA, Arihiro

成瀬

運Professor, Dept. of Environmental Science, Faculty of Science, Niigata
University

筑波大学下田臨海実験センター教授

NEMOTO, Hiroshi

福田裕穂

Director, Genetic Resources Center, National Agriculture and Food
Reserch Organization

Professor, Institute of Genetic Resources, Faculty of Agriculture,
Graduate School of Bio Resources and Bioenvironmental Science,
Kyushu University

東京大学大学院理学系研究科教授

SASAKURA, Yasunori

Professor, Shimoda Marine Research Center, University of Tsukuba

佐藤和広

岡山大学資源植物科学研究所附属大麦・野生植物資源研究セン
ター教授

藤島政博

京都大学ウィルス・再生医科学研究所准教授

細矢

HOSOYA, Tsuyoshi

Senior Curator, Department of Botany, National Museum of Nature andScience

理化学研究所バイオリソースセンターマウス表現型知識化研究開発ユニットリーダー

SATO, Kazuhiro

末盛博文

SUEMORI, Hirofumi

杉山峰崇

Professor, Institute of Plant Science and Resources, Okayama University
Associate Professor, Laboratory of Embryonic Stem Cell Research,Institute for Frontier Life and Medical Sciences, Kyoto University

FUKUDA, Hiroo
FUJISHIMA, Masahiro

剛

SUGIYAMA, Minetaka

Associate Professor, Graduate School of Engineering, Osaka University

大阪大学大学院工学研究科准教授

桝屋啓志

高野敏行

京都工芸繊維大学昆虫先端研究推進センターショウジョウバエ遺伝資源研究部門教授

MASUYA, Hiroshi

TAKANO, Toshiyuki

Professor, Department of Drosophila Genomics and Genetic Resources,
Kyoto Institute of Technology

中潟直己

熊本大学生命資源研究・支援センター資源開発分野教授

中川恭好

製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター生物資源利用促進課課長

NAKAGATA, Naomi

Professor, Division of Reproductive Engineering, Institute of Resource
Development and Analysis, Kumamoto University

NAKAGAWA, Yasuyoshi

Director, Culture Collection Division, Biological Resource Center, National
Institute of Technology and Evaluation中桐

鳥取大学農学部附属菌類きのこ遺伝資源研究センター長昭NAKAGIRI, Akira

Director, Fungus/Mushroom Resource and Research Center, Faculty ofAgriculture, Tottori University

中村克樹

京都大学霊長類研究所教授

中村太郎

大阪市立大学大学院理学研究科教授

NAKAMURA, Katsuki

NAKAMURA, Taro

中村幸夫

Professor, Cognitive Neuroscience Section, Primate Research Institute,
Kyoto University

Professor, Graduate School of Science, Osaka City University

理化学研究所バイオリソースセンター細胞材料開発室長

NAKAMURA, Yukio

Head, Cell Engineering Division, RIKEN BioResource Center

長村登紀子

東京大学医科学研究所附属病院セルプロセッシング・輸血部准教授

NAGAMURA, Tokiko

那須田周平

Associate Professor, Department of Cell Processing and Transfusion, Cell
Resource Center, The Institute of Medical Science, The University ofTokyo

京都大学大学院農学研究科准教授

NASUDA, Shuhei

Associate Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

マウス小委員会

所外委員

荒木喜美

ARAKI, Kimi

小幡裕一

山口大学大学院創成科学研究科教授（特命）Professor (Specially Disignated), Graduate School of Sciences andTechnology for Innovation, Yamaguchi University

国立科学博物館植物研究部菌類・藻類研究グループ長

Unit Leader, Technology and Development Unit for Knowledge Base of
Mouse Phenotype, RIKEN BioResource Center

松居靖久

東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センター教授

松田洋一

名古屋大学大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研
究センター長MATSUI, Yasuhisa

MATSUDA, Yoichi

三谷昌平

Professor, Cell Resource Center for Biomedical Research, Institute ofDevelopment, Aging and Cancer, Tohoku University

Director, Avian Bioscience Research Center, Nagoya University Graduate
School of Bioagricultural Sciences

東京女子医科大学医学部第二生理学教室教授

MITANI, Shohei

Professor, Department of Physiology, Tokyo Women’s Medical University
School of Medicine

村田武英

理化学研究所バイオリソースセンター遺伝子材料開発室専任研究員

MURATA, Takehide

Senior Research Scientist , Gene Engineering Division, RIKEN
BioResource Center

森

名古屋大学大学院理学研究科教授

郁恵

MORI, Ikue

矢口貴志

Professor, Graduate School of Science, Nagoya University

千葉大学真菌医学研究センター准教授

YAGUCHI, Takashi

Associate Pfrofessor, Medical Mycology Research Center, Chiba
University

湯本貴和

京都大学霊長類研究所長

吉木

理化学研究所バイオリソースセンター実験動物開発室長

YUMOTO, Takakazu

淳

Director, Primate Research Institute, Kyoto University

YOSHIKI, Atsushi

Head, Experimental Animal Division, RIKEN BioResource Center

渡辺敦史

九州大学大学院農学研究院准教授

WATANABE, Atsushi

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

Mouse Bioresource Committee (Non-NIG members)

熊本大学生命資源研究・支援センター疾患モデル分野教授

中潟直己

理化学研究所バイオリソースセンター長

林元展人

Professor, Division of Developmental Genetics, Institute of Resource
Development and Analysis, Kumamoto University

OBATA, Yuichi

Director, RIKEN BioResource Center

庫本高志

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設准教授

KURAMOTO, Takashi

Professor, Graduate School of Science, The University of Tokyo

Associate Professor, Institute of Laboratory Animals, Graduate School of
Medicine, Kyoto University

NAKAGATA, Naomi

HAYASHIMOTO, Nobuhito

吉木淳

YOSHIKI, Atsushi

熊本大学生命資源研究・支援センター資源開発分野教授

Professor, Division of Reproductive Engineering, Institute of Resource
Development and Analysis, Kumamoto University

実験動物中央研究所 ICLAS モニタリングセンター長

Director, ICLAS Monitoring Center, Central Institute for Experimental
Animals

理化学研究所バイオリソースセンター実験動物開発室長

Head, Experimental Animal Division, RIKEN BioResource Center

木南

KOMINAMI, Ryo

凌Professor Emeritus, School of Medicine, Niigata University

新潟大学医学部名誉教授

米川博通

YONEKAWA, Hiromichi

Senior Researcher, Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science鈴木治

医薬基盤・健康・栄養研究所疾患モデル小動物研究室研究リー
ダー

若林雄一

千葉県がんセンター研究所発がん研究グループ実験動物研究室
長

SUZUKI, Osamu

Research Leader, Laboratory of Animal Models for Human Diseases,
National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition(NIBIOHN)WAKABAYASHI, Yuichi

東京都医学総合研究所シニア研究員

Team Leader, Division of Experimental Animal Research, Chiba Cancer
Center Research Institute

運営／ Management

83Management（2017 年度委員）

イネ小委員会

所外委員

芦苅基行

ASHIKARI, Motoyuki

井澤毅名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

佐藤和広

東京大学大学院農学生命科学研究科教授

寺内良平

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University
Professor, Graduate School of Agricultural and Life sciences, University of
Tokyo

石川隆二

弘前大学農学生命科学部教授

江花薫子

Professor, Faculty of Agriculture and Life Science, Hirosaki University

農業・食品産業技術総合研究機構遺伝資源センターチーム長

EBANA, Kaworu

Team Leader, Genetic Resources Center, National Agriculture and Food
Research Organization

奥本

京都大学大学院農学研究科教授

裕

OKUMOTO, Yutaka

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

河瀬眞琴

筑波大学生命環境系教授

KAWASE, Makoto

北野英己

KITANO, Hidemi

久保貴彦

KUBO, Takahiko

熊丸敏博

吉村

淳

九州大学大学院農学研究院教授

鈴鹿医療科学大学薬学部客員教授

秋山芳展

京都大学ウイルス・再生医科学研究所教授

ITO, Koreaki

小笠原直毅

OGASAWARA, Naotake

MATSUOKA, Makoto
YASUI, Hideshi
YOSHIMURA, Atsushi

Visiting Professor, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Suzuka Universityof Medical Science

Professor, Institute for Frontier Life and Medical Sciences, Kyoto
University

慶應義塾大学環境情報学部教授

川岸郁朗

関根靖彦

SEKINE, Yasuhiko戸邉亨

奈良先端科学技術大学院大学名誉教授

矢口貴志

YAGUCHI, Takashi

Associate professor, Medical Mycology Research Center, Chiba University

東京農業大学生命科学部名誉教授

Professor Emeritus, Nara Institute of Science and Technology

TOBE, Toru

Professor, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Kyushu University

所外委員

YOSHIKAWA, Hirofumi

YOSHIDA, Ken-ichi

日本大学名誉教授

小林設郎

KOBAYASHI, Setsuro

Emeritus Professor, Nihon University

Professor, School of Law, Nihon University

日本大学法学部教授

野口基子

黒澤健司

神奈川県立こども医療センター部長

渡邉妙子

AOKI, Hisanao

小田司

NOGUCHI, Motoko
WATANABE, Taeko

Director, Kanagawa Children’s Medical Center

ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理審査委員会

所外委員

日本大学名誉教授

小林設郎

Emeritus Professor, Nihon University

KOBAYASHI, Setsuro

Professor, School of Law, Nihon University

日本大学法学部教授

野口基子

黒澤健司

神奈川県立こども医療センター部長

渡邉妙子

利益相反委員会

所外委員

瀬戸

篤

SETO, Atsushi

運営／ Management

Director, Kanagawa Children’s Medical Center

NOGUCHI, Motoko
WATANABE, Taeko

Conflict of Interests Committee (Non-NIG members)

小樽商科大学大学院商学研究科教授

大阪大学大学院医学系研究科教授

Professor, Graduate School of Medicine, Osaka University

千葉大学真菌医学研究センター准教授

Professor Emeritus, Faculty of Life Sciences, Tokyo University ofAgriculture

神戸大学大学院科学技術イノベーション研究科教授

Professor, Graduate School of Science, Technology and Innovation, Kobe
University

静岡県立三島北高等学校教諭

Teacher, Mishima Kita High School

元・静岡大学教授

Former Professor, Shizuoka University

佐野美術館館長

Curator, Sano Art Museum

Ethics of Human Genome Research Committee (Non-NIG members)

ODA, Tsukasa
KUROSAWA, Kenji

東京工業大学科学技術創成研究院教授

Professor, Institute of Innovative Research, Tokyo Institute of Technology

Ethics of Research Involving Human Subject Committee (Non- NIG members)

ODA, Tsukasa

青木久尚

Professor, College of Science, Rikkyo University

京都産業大学研究機構シニアリサーチフェロー

Senior Research Fellow, Research Organization, Kyoto Sangyo University

人を対象とする研究倫理審査委員会

KUROSAWA, Kenji

Professor, Department of Frontier Bioscience, Hosei University

立教大学理学部教授

寛

TANAKA, Kan

吉田健一

司

法政大学生命科学部教授

田中Professor, Faculty of Environment and Information Studies, Keio
University

九州大学大学院薬学研究院教授

小田九州大学大学院農学研究院教授

Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

法政大学生命科学部教授

勉

SATO, Tsutomu

片山AOKI, Hisanao

九州大学大学院農学研究院准教授

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

佐藤

吉川博文

青木久尚

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

Professor, Department of Frontier Bioscience, Hosei University

東海大学海洋研究所教授

勉

京都大学大学院農学研究科准教授

Associate Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

KAWAGISHI, Ikuro

Professor, Institute of Oceanic Research and Development, Tokai
University

KATAYAMA, Tsutomu

Senior Researcher, Genetic Resources Center, National Agriculture andFood Research Organization

E. Coli Bioresource Committee (Non-NIG members)

OGURA, Mitsuo

小倉光雄

84

DOMON, Eiji

秀

饗場弘二

伊藤維昭

農業・食品産業技術総合研究機構遺伝資源センター調整室上席研究員

安井

九州大学大学院農学研究院准教授

名古屋大学大学院生命農学研究科准教授

土門英司

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

京都大学大学院農学研究科教授

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University
Associate Professor, Graduate School of Bioagricultural Sciences,
Nagoya University

那須田周平

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

岡山大学資源植物科学研究所教授

Professor, Institute of Plant Science and Resources, Okayama University

DOI, Kazuyuki

信

所外委員

ITAYA, Mitsuhiro

土井一行

松岡

大腸菌小委員会

板谷光泰

TERAUCHI, Ryohei

Professor, Faculty of Life and Enviromental Sciences, University ofTsukuba

Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

AKIYAMA, Yoshinori

SATO, Kazuhiro

NASUDA, Shuhei

KUMAMARU, Toshihiro

AIBA, Hiroji

営

Rice Bioresource Committee (Non-NIG members)

IZAWA, Takeshi

ISHIKAWA, Ryuji

運

Professor, Graduate School of Commerce, Otaru University of Commerce

静岡県立三島北高等学校教諭

Teacher, Mishima Kita High School

元・静岡大学教授

Former Professor, Shizuoka University

佐野美術館館長

Curator, Sano Art Museum

Research Staff and Students of NIG（2018 年 4 月 1 日現在）



所

長

桂

Vice-Director

SHIROISHI, Toshihiko

副所長

荒木弘之

Vice-Director

ARAKI, Hiroyuki

教

授

助

教

研究員
研究員
総研大生

Head

鐘巻将人
夏目豊彰
水口明美
芦川朋子

授



教

授

助

教

博士研究員
博士研究員

宮城島進也
藤原崇之

廣岡俊亮
大林龍胆

日本学術振興会
大沼 亮
特別研究員
日本学術振興会
小林優介
特別研究員
日本学術振興会
宇塚明洋
特別研究員
総研大生
（学振特別研究員） 渡辺紘己

総研大生

▪形質遺伝研究部門
教

授

総研大生

中沢信吾

教

授

総研大生

SOKENDAI Student

助

教

助

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員

日本学術振興会
特別研究員

浅川和秀
武藤

彩

田辺英幸
白木知也

山下永香

MIZUGUCHI, Akemi

Researcher

ASHIKAWA, Tomoko▪生態遺伝学研究部門

YESBOLATOVA, Aisha

教

授

助

教

Prof.

博士研究員
博士研究員
総研大生

北野



潤

柿岡
山﨑

MIYAGISHIMA, Shin-ya▪人類遺伝研究部門

FUJIWARA, Takayuki

教授

Postdoc

HIROOKA, Shunsuke

助教

Postdoc

OHBAYASHI, Ryudo

博士研究員
研究員

JSPS Research Fellow KOBAYASHI, Yusuke

研究員

JSPS Research Fellow UZUKA, Akihiro

総研大生

JSPS Research Fellow DC WATANABE, Koki

総研大生
総研大生


KAWAKAMI, Koichi

Prof.

IWASATO, Takuji

SOKENDAI Student

NAKAZAWA, Shingo
KANDASAMY, Ramasamy
WANG, Luwei
BANERJEE, Piu

Prof.

KAWAKAMI, Koichi

Assist. Prof.

ASAKAWA, Kazuhide

Assist. Prof.

MUTO, Akira

Postdoc

TANABE, Hideyuki

Postdoc

SHIRAKI, Tomoya
AILANI, Deepak

JSPS Research Fellow KOTANI, Yuri

授

助

教

助

教

博士研究員
総研大生

井ノ上逸朗
中岡博史

木村哲晃

杉本竜太
秦千比呂

中倉沙弥
羅

鈞軒

下山凌太

教

授

助

教

助

教

日本学術振興会
特別研究員

KITANO, Jun

Assist. Prof.

ISHIKAWA, Asano

Postdoc

KAKIOKA, Ryo

Postdoc

YAMASAKI, Yo

SOKENDAI Student

HOSOKI, Takuya

樽谷芳明
稲垣宗一
保坂

齋藤

KAKUTANI, Tetsuji

Prof.

INOUE, Ituro

Assist. Prof.

NAKAOKA, Hirofumi

Postdoc

KIMURA, Tetsuaki

Researcher

SUGIMOTO, Ryota

Researcher

HATA, Chihiro

SOKENDAI Student

NAKAKURA, Saya

SOKENDAI Student

LO, Chun-Hsuan

SOKENDAI Student

SHIMOYAMA, Ryota

Division of Agricultural Genetics

角谷徹仁▪脳機能研究部門

KAWASHIMA Kent, Diel
YAMASHITA, Haruka

Prof.

Head

碧

絡

特別共同利用研究員（東京大学大学院） 大矢恵代

MATSUMOTO, Tomotaka

Division of Human Genetics▪育種遺伝研究部門
教

AKASHI, Hiroshi

Department of Integrated Genetics

Prof.

Head

曜

細木拓也

Assist. Prof.

JONG, Lin Wei

諒

研究主幹（兼） 角谷徹仁

JSPS Research Fellow ONUMA, Ryo

Prof.
Assist. Prof.

Division of Ecological Genetics

石川麻乃

総合遺伝研究系

ARAKI, Hiroyuki

Division of Symbiosis and Cell Evolution

アイラニ，ディーパック Postdoc
小谷友理

松本知高

Researcher

Division of Molecular and Developmental Biology

川上浩一

アカシ，ヒロシ

SANTOSA, Venny

SAITOU, Naruya

Division of Evolutionary Genetics

カワシマ ケント，ディエル SOKENDAI Student

バネルジー，ピユ SOKENDAI Student▪初期発生研究部門

HETTIARACHCHI, Nadeeka Nilmini

総研大生

SOKENDAI Student

ヘッティアラチッチ，ナディーカ ニルミニ Postdoc

NATSUME, Toyoaki

総研大生
総研大生

博士研究員

Assist. Prof.

カンダサーミ，ラーマサーミ SOKENDAI Student
魯偉

JINAM, Timothy A.

Prof.

教

総研大生

王

ジナム，ティモシー A. Assist. Prof.

授

Division of Neurogenetics

岩里琢治

教

助

Department of Developmental Genetics

研究主幹（兼） 川上浩一

斎藤成也

授

教

ジョン，リン ウェイ SOKENDAI Student

個体遺伝研究系

Division of Population Genetics

助▪進化遺伝研究部門

ARAKI, Hiroyuki

SAITOU, Naruya

教Division of Microbial Genetics▪共生細胞進化研究部門

Head

KANEMAKI, Masato

Head

荒木弘之

研究主幹（兼） 斎藤成也

▪集団遺伝研究部門

Department of Cell Genetics▪微生物遺伝研究部門

Department of Population Genetics

Prof.

イエスボラトヴァ，アイシャ SOKENDAI Student

研究主幹（兼） 荒木弘之

教

ARAKI, Hiroyuki

Division of Molecular Cell Engineering

サントーサ，ベニー Postdoc

細胞遺伝研究系

Department of Molecular Genetics

研究主幹（兼） 荒木弘之

博士研究員



KATSURA, Isao

城石俊彦

▪分子細胞工学研究部門



集団遺伝研究系
Director-General副所長

分子遺伝研究系


勲

研究教育職員・研究員・学生

Prof.

KAKUTANI, Tetsuji

Assist. Prof.

TARUTANI, Yoshiaki

Assist. Prof.

INAGAKI, Soichi

Postdoc

HOSAKA, Aoi

SOKENDAI Student

SAITO, Raku

Special Collaboration
Research Student

OYA, Satoyo

Division of Brain Function

平田たつみ
川崎能彦

トウー，ヤンProf.

HIRATA, Tatsumi

Assist. Prof.

KAWASAKI, Takahiko

Assist. Prof.

ZHU, Yan

岩井（竹越）玲奈 JSPS Research Fellow IWAI (TAKEKOSHI), Lena

新分野創造センター Center for Frontier Research

センター長（兼） 相賀裕美子▪細胞空間制御研究室
准教授
博士研究員

小田祥久

SAGA, Yumiko

Cell Dynamics and Organization Laboratory

佐々木武馬

特別共同利用研究員（東京大学大学院） 長島慶宜

HeadAssoc. Prof.

ODA, Yoshihisa

Postdoc

SASAKI, Takema

Special Collaboration
Research Student

NAGASHIMA, Yoshinobu

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students85

Special Collaboration
Research Student

特別共同利用研究員（東京大学大学院） 杉山友希



SUGIYAMA, Yuki

▪原核生物遺伝研究室▪定量メカノバイオロジー研究室 Quantitative Mechanobiology Laboratory
准教授
博士研究員
研究員



島本勇太
白土

玄

山岡恵美

▪染色体生化学研究室
准教授
博士研究員



村山泰斗

黒川裕美子

久保

SHIMAMOTO, Yuta

Postdoc

SHIRATSUCHI, Gen

Researcher

YAMAOKA, Megumi

Chromosome Biochemistry Laboratory▪システム神経科学研究室
准教授

Assoc. Prof.

Assoc. Prof.

MURAYAMA, Yasuto

Postdoc

KUROKAWA, Yumiko

Assoc. Prof.



センター長（兼） 仁木宏典

▪哺乳動物遺伝研究室
教

授

助

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員


授

助

教

助

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員
研究員

Prof.

高田豊行

Assist. Prof.

TAKADA, Toyoyuki

Postdoc

AMANO, Takanori

Postdoc

OKA (KISO), Ayako

嵯峨井知子

Postdoc

SAGAI, Tomoko

岡（木曽）彩子

相賀裕美子
加藤

譲

安島理恵子
平野孝昌
井上弘貴
岡田

甫

村岡正文

Prof.

SAGA, Yumiko

Assist. Prof.

KATO, Yuzuru

Assist. Prof.

AJIMA, Rieko

Postdoc

HIRANO, Takamasa

Postdoc

INOUE, Hiroki

Postdoc

OKADA Hajime

Researcher

MURAOKA,Masafumi

SOKENDAI Student

WRIGHT, Danelle

特別共同利用研究員（東京大学大学院） 金

Special Collaboration
Research Student

KIM, Jessica

秀娟

教

博士研究員
総研大生
総研大生
総研大生

小出

Mouse Genomics Resource Laboratory
剛

高浪景子
田邉

彰

永山博通

上田奈央子

▪小型魚類開発研究室
助

教

博士研究員
博士研究員


授

助

教

助

教

博士研究員

Assist. Prof.

TAKANAMI, Keiko

Postdoc

TANAVE, Akira

SOKENDAI Student

NAGAYAMA, Hiromichi

SOKENDAI Student

UEDA, Naoko

河﨑敏広

今井裕紀子
竹本一政

佐藤

Assoc. Prof.

KAWASAKI, Toshihiro
IMAI, Yukiko

Postdoc

TAKEMOTO, Kazumasa

鈴木俊哉

Prof.

SATO, Yutaka

Assist. Prof.

SUZUKI, Toshiya

高橋（野坂）実鈴 Assist. Prof.
タ，キム ニュング Postdoc

青木敬太

野崎晋五
岡本

尚

矢野晃一

秋山光市郎

助

教

近藤

周

三好啓太

加藤秀理

猪谷紗来

▪系統情報研究室
准教授

TAKAHASHI (NOSAKA), Misuzu
TA, Kim Nhung

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

Prof.

NIKI, Hironori

Assist. Prof.

AOKI, Keita

Postdoc

NOZAKI, Shingo

Postdoc

OKAMOTO, Sho

Postdoc

YANO, Koichi

Postdoc

AKIYAMA, Koichiro

Invertebrate Genetics Laboratory

齋藤都暁

Prof.

SAITO, Kuniaki

Assist. Prof.

KONDO, Shu

Assist. Prof.

MIYOSHI, Keita

Postdoc

KATOW, Hidetaka

SOKENDAI Student

ITANI, Sara

Genetic Informatics Laboratory

川本祥子

Assoc. Prof.

KAWAMOTO, Shoko

構造遺伝学研究センター Structural Biology Center

センター長（兼） 澤斉▪生体高分子研究室

Head

教

授

助

教

助

教

研究員

前島一博
井手

聖

日比野佳代
田村佐知子

日本学術振興会
野崎 慎
特別研究員
総研大生
（学振特別研究員） 佐々木飛鳥

総研大生

総研大生


永島崚甫
山口智洋

▪細胞建築研究室
教

授

博士研究員
博士研究員
総研大生


授

博士研究員

暁

木村健二
菊池窯平

藤井



澤

謙

准教授
教

博士研究員

日本学術振興会
特別研究員

MAESHIMA, Kazuhiro

Assist. Prof.

IDE, Satoru

Assist. Prof.

HIBINO, KayoResearcher

TAMURA, Sachiko

JSPS Research Fellow NOZAKI, Tadasu
JSPS Research Fellow DC SASAKI, Asuka
SOKENDAI Student

NAGASHIMA, Ryosuke

SOKENDAI Student

YAMAGUCHI, Tomohiro

Prof.

KIMURA, Akatsuki

Postdoc

KIMURA, Kenji

Postdoc

KIKUCHI, Yohei

SOKENDAI Student

FUJII, Ken

Multicellular Organization Laboratory

斉

柴田珠杉

▪遺伝子回路研究室
助

Prof.

Cell Architecture Laboratory

木村▪多細胞構築研究室
教

SAWA, Hitoshi

Biological Macromolecules Laboratory

Prof.

SAWA, Hitoshi

Postdoc

SHIBATA, Misa

Gene Network Laboratory

鈴木えみ子

田守洋一郎
宮崎隆明

Assoc. Prof.

SUZUKI, Emiko

Assist. Prof.

TAMORI, Yoichiro

Postdoc

MIYAZAKI, Takaaki

ワン，シャンフォン JSPS Research Fellow WANG, Xian-Feng

生命情報研究センター Center for Information Biology
センター長（兼） 大久保公策▪遺伝情報分析研究室

Plant Genetics Laboratory
豊

教

総研大生

SAKAI, Noriyoshi

Postdoc

授助



MALLARAPU, Lalitha Devi

Assist. Prof.

教

博士研究員

Model Fish Genomics Resource Laboratory酒井則良▪植物遺伝研究室
教

KOIDE, Tsuyoshi

マラーラプ，ラリータ デヴィ SOKENDAI Student



准教授

Assoc. Prof.

仁木宏典▪無脊椎動物遺伝研究室

JSPS Research Fellow DC SHIMADA, Ryuki

ライト，ダネル▪マウス開発研究室助Mammalian Development Laboratory

JSPS Research Fellow DC FUKUDA, Kurumi

准教授

博士研究員

SHIROISHI, Toshihiko

天野孝紀



86

NIKI, Hironori

総研大生（学振特別研究員） 福田胡桃
総研大生
（学振特別研究員） 島田龍輝

総研大生

博士研究員

Mammalian Genetics Laboratory

城石俊彦▪発生工学研究室
教

Head

教

博士研究員

KUBO, Fumi

系統生物研究センター Genetic Strains Research Center

授

助

博士研究員

Systems Neuroscience Laboratory

郁教

Microbial Genetics Laboratory

准教授
博士研究員
博士研究員
博士研究員

Head

OKUBO, Kousaku

Laboratory for DNA Data Analysis

池尾一穂

Assoc. Prof.

IKEO, Kazuho

Postdoc

KINJO, Sonoko

北村徳一

Postdoc

KITAMURA, Norikazu

Postdoc

MATSUMOTO, Kaoru

金城その子
松本

薫

研究教育職員・研究員・学生

Research Staff and Students of NIG
井元順一

博士研究員

Postdoc

総研大生（学振特別研究員） 飯塚朋代

▪生命ネットワーク研究室
教

授

助

教

Laboratory of Biological Networks

有田正規
川島武士
李

博士研究員

東晗

佐藤允治

博士研究員

Postdoc

LI, Donghan

シニアグループリーダー べルシェ，フレデリック Senior group leader

Postdoc

SATO, Mitsuharu

Researcher

YOSHIMOTO, Miwa

総研大生

ノウリーン，メウィッシュ SOKENDAI Student

NOUREEN, Mehwish

助教

JSPS Research Fellow DC TADA, Ipputa

Genome Informatics Laboratory

中村保一
神沼英里

谷澤靖洋

博士研究員

藤澤貴智

研究員

望月孝子

研究員


▪データベース運用開発研究室
教

高木利久

授



教

▪比較ゲノム解析研究室
豊田

特任教授

敦

清岡美穂

研究員

吉田

研究員

悟

石﨑比奈子

研究員

陳

研究員

薇

塚本ゆみ

研究員

許山肖子

研究員

江島史緒

研究員


▪ゲノム進化研究室
教

授

助

教

東

博士研究員

実験圃場

顕

宙史

光一

村上

博士研究員

KAMINUMA, Eli

Postdoc

TANIZAWA, Yasuhiro

Researcher

FUJISAWA, Takatomo

Researcher

MOCHIZUKI, Takako

Laboratory for Reseach andDevelopment of Biological Databases

TAKAGI, Toshihisa

Prof.

OKUBO, Kousaku



客員准教授
客員教授

Project Prof.

TOYODA, Atsushi

Researcher

AIZU, Tomoyuki

Researcher

KIYOOKA, Miho

Researcher

YOSHIDA, Satoru

匠

客員教授
客員教授


客員教授



▪バイオリソース事業部
事業部長（兼） 仁木宏典

Researcher

TSUKAMOTO, Yumi

教

授（兼）

Researcher

MOTOYAMA, Ayuko

教

授（兼）

Researcher

EJIMA, Fumiwo

教

授（兼）

教

授（兼）

KUROKAWA, Ken

准教授（兼）

Assist. Prof.

MORI, Hiroshi

准教授（兼）

Postdoc

HIGASHI, Koichi

准教授（兼）

Postdoc

MURAKAMI, Takumi

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）
教（兼）

准教授

野々村賢一

Assoc. Prof.

NONOMURA, Ken-ichi

助

教（兼）

Assist. Prof.

TSUDA, Katsutoshi

助

教（兼）

ONO, Seijiro

助

教（兼）

MIMURA, Manaki

助

教（兼）

助

教（兼）

放射線・アイソトープセンター Radioisotope Center

助

教

安達佳樹

Head

NIKI, Hironori

Assist. Prof.

ANDACHI, Yoshiki

Visiting Prof.

FU, Yun-Xin

Visiting Prof.

YANG, Ziheng

Visiting Prof.

HeadJORDE, Lynn

城石俊彦
川上浩一
齋藤都暁
佐藤



NIKI, Hironori

Division of Bioresources Management

豊

Division Head

NIKI, HironoriProf.

SHIROISHI, Toshihiko

Prof.

KAWAKAMI, Koichi

Prof.

SAITO, KuniakiProf.

SATO, Yutaka

Project Prof.

KOHARA, Yuji

酒井則良

Assoc. Prof.

SAKAI, Noriyoshi

Assoc. Prof.

IKEO, Kazuho

野々村賢一

Assoc. Prof.

NONOMURA, Ken-ichi

Assist. Prof.

TAKADA, Toyoyuki

Assist. Prof.

ASAKAWA, Kazuhide

Assist. Prof.

MUTO, Akira

Assist. Prof.

KAWASAKI, Toshihiro

Assist. Prof.

KONDO, Shu

Assist. Prof.

MIYOSHI, Keita

Assist. Prof.

AOKI, Keita

Assist. Prof.

SUZUKI, Toshiya

Assist. Prof.

TAKAHASHI, Misuzu

Assist. Prof.

TSUDA, Katsutoshi

特任教授（兼） 小原雄治

Prof.

Postdoc

STAINIER, Didier

Division of Applied Genetics

ジョーデ，リン

CHEN, Wei

教（兼）センター長（兼） 仁木宏典

ヤン，ジーヘンISHIZAKI, Hinako

助

三村真生

ZHANG, Feng
DIFFLEY, John F.X.

Division of Theoretical Genetics

フー，ユンシンResearcher

助

博士研究員

スタニア，ディディエ Visiting Prof.

Researcher

Postdoc

Visiting Assoc. Prof.

Division of Physiological Genetics

センター長（兼） 仁木宏典

NONOMURA, Ken-ichi

小野聖二郎

チャン，フェン

生物遺伝資源センター Genetic Resource Center

Head

博士研究員

Division of Cytoplasmic Genetics

ディフリー，ジョン F.X. Visiting Prof.

▪応用遺伝客員研究部門

Experimental Farm

津田勝利

MIZUUCHI, Kiyoshi▪理論遺伝客員研究部門

野々村賢一

教

HENIKOFF, Steven

Visiting Prof.

清▪生理遺伝客員研究部門
客員教授

BERGER, Frederic

ヘニコフ，スティーブン Visiting Prof.

水内





Gregor Mendel Institute

Division of Nucleic Acid Chemistry▪細胞質遺伝客員研究部門

圃場長（兼）

助



客員教授
客員教授

HENSCH, Takao K

Visiting Faculty▪核酸化学客員研究部門

Genome Evolution Laboratory

黒川森Assist. Prof.

客員研究部門Comparative Genomics Laboratory

会津智幸

研究員

NAKAMURA, Yasukazu

Laboratory for Gene-Expression Analysis

大久保公策

授



Prof.

Prof.

▪遺伝子発現解析研究室

ヘンシュ，タカオ K Professor▪グレゴール・メンデル研究所

SATTI, Maria Altaf

授

授

KAWASHIMA, Takeshi

サッティ，マリア アルタフ SOKENDAI Student

教教Assist. Prof.

総研大生▪大量遺伝情報研究室▪ハーバード大学脳科学センター Center for Brain Science, Harvard University

ARITA, Masanori

吉本美和



国際戦略アドバイザー International Strategic Advisor

Prof.

研究員

総研大生
（学振特別研究員） 多田一風太

IMOTO, Junichi

JSPS Research Fellow DC IIZUKA, Tomoyo

池尾一穂
高田豊行

浅川和秀
武藤

彩

近藤

周

河﨑敏広
三好啓太
青木敬太
鈴木俊哉
高橋実鈴
津田勝利

▪データベース事業部

Division of Bioresources Databases

事業部長（兼） 川本祥子

Division Head

KAWAMOTO, Shoko

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

87Research Staff and Students of NIG
研究員

先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Center

センター長（兼） 黒川

顕

Head

KUROKAWA, Ken

黒川

顕

Prof.

KUROKAWA, Ken

Project Prof.

KOHARA, Yuji

Project Prof.

FUJIYAMA, Asao

Project Prof.

TOYODA, Atsushi

Project Prof.

NOGUCHI, Hideki

Project Assoc. Prof.

BABA, Tomoya

Project Assoc. Prof.

KONDO, Shinji

教

授（兼）

特任教授（兼） 小原雄治

特任教授（兼） 藤山秋佐夫
特任教授（兼） 豊田

敦

特任教授（兼） 野口英樹

特任准教授（兼） 馬場 知哉

特任准教授（兼） 近藤伸二

森宙史

Assist. Prof.

MORI, Hiroshi

Postdoc

TERAUCHI, Makoto

博士研究員（兼） 東光一

Postdoc

HIGASHI, Koichi

助

教（兼）

博士研究員（兼） 寺内

博士研究員

研究員（兼）
研究員（兼）
研究員
研究員

真

金野宏之

石﨑比奈子
陳

薇

平木秀明

植田ゆみ子

Postdoc

KONNO, Hiroyuki

Researcher

ISHIZAKI, Hinako

Researcher

CHEN, Wei

Researcher

HIRAKI, Hideaki

Researcher

UETA, Yumiko

DDBJセンター DDBJ Center

Head

ARITA, Masanori

高木利久

Prof.

TAKAGI, Toshihisa

Prof.

OKUBO, Kousaku

神沼英里

Assist. Prof.

KAMINUMA, Eli

Assist. Prof.

KAWASHIMA, Takeshi

授（兼）

教

授（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）



大久保公策
川島武士

▪システム管理部門

High Performance Computing Division

部門長・特任准教授 小笠原
博士研究員


奥田喜弘

▪データベース部門
部門長（兼）
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員

理

研究員

Division Head

OGASAWARA, Osamu

Postdoc

OKUDA, Yoshihiro



李

慶範

大城戸利久
小菅武英
児玉悠一
坂井勝呂
時松敏明
真島

淳

Division Head

NAKAMURA, Yasukazu

Postdoc

LEE, KyungBum

Postdoc

OKIDO, Toshihisa

Postdoc

KOSUGE, Takehide

Postdoc

KODAMA, Yuichi

Postdoc

SAKAI, Katsunaga

Postdoc

TOKIMATSU, Toshiaki

Postdoc

MASHIMA, Jun

Researcher

AONO, Hideo

Researcher

TSUTSUI, Haru

Researcher

FUKUDA, Asami

顕

Head

KUROKAWA, Ken

高木利久

Prof.

TAKAGI, Toshihisa

Prof.

OKUBO, Kousaku

筒井波留

福田亜沙美

ユニット長（兼） 黒川
教

授（兼）

教

授（兼）

大久保公策

マウス研究支援ユニット Mouse Research Supporting Unit

ユニット長（兼） 相賀裕美子
助

教（兼）

安島理恵子

技術係長（兼） 木曾誠

技術職員（兼） 山谷宣子

動物飼育実験施設
施設長（兼）

小出

助



センター長

野口英樹

Head

NOGUCHI, Hideki

特任准教授

近藤伸二

Project Assoc. Prof.

KONDO, Shinji

Postdoc

FUKUTA, Kentaro

Postdoc

TERAUCHI, Makoto

博士研究員
博士研究員

福多賢太郎
寺内

真

AJIMA, Rieko
KISO, Makoto

Technical Staff

YAMATANI, Noriko

剛

高浪景子

Assist. Prof.

TAKANAMI, Keiko

産学連携・知的財産室

NIG INNOVATION

教（兼）

長

鈴木睦昭

博士研究員

鹿児島

浩

Director

SUZUKI, Mutsuaki

Postdoc

KAGOSHIMA,Hiroshi

リサーチ・アドミニストレーター室


室長・上席URA・特任教授

広海

主任URA・
特任准教授

来栖光彦

助

教



健

清野浩明

男女共同参画推進室

Office for Research Development

Director

HIROMI, Yasushi

Chief URA

KURUSU, Mitsuhiko

Assist. Prof.

SEINO, Hiroaki

Office for Gender Equality

室

長（兼）

平田たつみ

Director

HIRATA, Tatsumi

室

員（兼）

SUGIYAMA, Oki

員（兼）

杉山

Staff

室

Staff

YASUIKE,Yuki

室

員（兼）

Staff

YAMATANI, Noriko

興

安池友紀
山谷宣子

研究教育職員・研究員・学生

ライフサイエンス統合データベースセンター Database Center for Life Science▪遺伝研で研究しているメンバー Members at NIG
センター長
教

授（兼）

特任准教授
特任助教
特任助教
研究員

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

Assist. Prof.
Technical Chief

KOIDE, Tsuyoshi

特任助教

88

SAGA, Yumiko

Unit for Experimental Animal Care

Research Staff and Students of ROIS
ゲノムデータ解析支援センター Center for Genome Informatics

Head

Head

室


Database Division

中村保一

青野英雄

情報基盤ユニット IT Unit

センター長（兼） 有田正規
教

研究員

研究教育職員・研究員・学生

小原雄治

大久保公策

坊農秀雅

小野浩雅
内藤雄樹
仲里猛留

大田達郎

Head

KOHARA, Yuji

Prof.

OKUBO, Kousaku

Project Assoc. Prof.

BONO, Hidemasa

Project Assist. Prof.

ONO, Hiromasa

Project Assist. Prof.

NAITO, Yuki

Project Assist. Prof.

NAKAZATO, Takeru

Researcher

OHTA, TazroStaff of Administration Department and Technical Section
管理部
管理部長

General Manager



総務企画課

Manager

副課長

Deputy Manager▪総務・教育チーム
係長（兼）▪研究推進チーム

財務課

伊藤信浩
杉山

興

杉山

興

齊藤麻衣子

係

佐藤隆介

Manager

宍戸文雄

係

新田清隆

Head

▪財務チームFinancial Affairs Team

係長

Subsection Chief▪調達チーム係長

SAITO, Maiko

Subsection Chief

専門職員

Specialist

技術職員

Technical Staff

技術職員

Technical Staff

技術職員

Technical Staff▪遺伝資源事業支援チーム

SHISHIDO, Fumio係

晃

NITTA, Kiyotaka▪共通機器チーム

内藤顕之

長

MITSUE, Kazuyuki
NAITO, Akiyuki

KISO, Makoto
YAMATANI, Noriko

季美子

SAKA, Kimiko
SAKAMOTO, Sachiko

Genetic Resource Project Team矢野弘之

YANO, Hiroyuki

宮林登志江

MIYABAYASHI, Toshie

Facility and Equipment Technical Unit
Common Equipment Team

Subsection Chief▪実験施設チーム

WATANABE, Akira

誠

坂本佐知子

Technical Staff

施設機器技術班SUZUKI, Masatoshi

坂

技術職員


木曾

Project Support Team

Subsection Chief

係

光江一之

NAGURA, Masahiko

山谷宣子

長

係

渡邊

奈倉雅彦

Project Technical Unit

▪プロジェクト支援チーム

SATO, Ryusuke

Facilities Team

係長

Subsection Chief

プロジェクト技術班

Supplies Team
Subsection Chief▪施設チーム鈴木政敏

長

▪資産管理・検収室 Office for Property Management / Receiving Inspection
室長

Information Technology Team

Subsection Chief▪リソース開発支援チーム Resource Development TeamSUGIYAMA, Oki

Financial Affairs Section

課長

長

FURUUMI, Hiroyasu

Research Infrastructure Technical Unit

▪情報基盤支援チーム

SUGIYAMA, Oki

古海弘康

Manager

基盤支援技術班
ITO, Nobuhiro

Research Promotion Team

Subsection Chief

長Technical SectionPersonnel Team

Subsection Chief

係長

課

HIRAO, Koji

General Affairs / Education Team

Subsection Chief▪人事・労務チーム
係長

平尾耕二

General Affairs and Project Section

課長



技術課

Department of Administration

管理部と技術課職員

大石あかね

OISHI, Akane

Experimental Facility Team長

Subsection Chief

技術職員

Technical Staff

技術職員

Technical Staff

前野哲輝

今井悠二

MAENO, Akiteru
IMAI, Yuji

柏原美紗子

KASHIHARA, Misako

所長

1

Director - General教授

23

Professors

准教授

10

Associate Professors

助教

31

Assistant Professors

客員教授

8

Visiting Professors

小計（所長、客員教授を除く）
管理部
技術課

合計（所長、客員教授を除く）

64

Subtotal（excluding Director - General and Visiting Professors）

19

Administration Staffs

12Technicians

95（excluding Director - General and Visiting Professors）

Total（2018 年 4 月 1 日現在）

管理部と技術課職員／ Staff of Administration Department and Technical Section

89

History
1949 年1953 年６月１日

文部省所轄研究所として設置
庶務部及び 3 研究部で発足

８月10日

小熊

１月１日

研究部を形質遺伝部，細胞遺伝部，
生理遺伝部に改組捍

1949

生化学遺伝部設置

1954 年

７月１日

応用遺伝部設置1955 年

９月15日

変異遺伝部設置

10月１日

木原

均

1960 年

４月30日

人類遺伝部設置

1962 年

４月１日

微生物遺伝部設置

1964 年

４月１日

集団遺伝部設置

1969 年

４月１日

森脇大五郎 第 3 代所長就任，
分子遺伝部設置

1974 年

４月１日

植物保存研究室設置

1975 年

３月１日

田島彌太郎

10月１日

遺伝実験生物保存研究施設動物保存
研究室設置

10月１日

遺伝実験生物保存研究施設微生物保存研究室設置

第 4 代所長就任

1983 年

10月１日

松永

1984 年

４月12日

大学共同利用機関に改組 遺伝実験
生物保存研究センター（哺乳動物保存・
無脊椎動物保存・植物保存・微生物
保存・遺伝資源の 5 研究室），遺伝情報研究センター（構造・組換えの 2研究室），実験圃場設置

Three research departments were reorganized
as the Departments of Morphological
Genetics, Cytological Genetics andPhysiological Genetics.

Aug. 1

Department of Biochemical Genetics wasadded.

1954

Jul. 1

Department of Applied Genetics was added.

1955

Sep. 15

Department of Induced Mutation was added.

Oct. 1

Prof. Hitoshi Kihara was elected the 2nd
Director.

1960

Apr. 30

Department of Human Genetics was added.

1962

Apr. 1

Department of Microbial Genetics was added.

1964

Apr. 1

Department of Population Genetics wasadded.

1969

Apr. 1

Prof. Daigoro Moriwaki was elected the 3rd
Director. Department of Molecular Biology
was added.

1974

Apr. 1

Plant Genetic Stock Laboratory wasestablished.

1975

Mar. 1

Dr. Yataro Tajima was elected the 4th Director.

Oct. 1

Animal Section was added in the Genetic
Stock Center.

1976

Oct. 1

Microbial Section was added in the Genetic
Stock Center.

KIHARA, Hitoshi(2nd Director)

1983

Oct. 1

Dr. Ei Matsunaga was elected the 5th Director.

1984

Apr. 12

Reorganized as an inter-university research
institute for joint use by universities. The DNA
R e s e a rc h C e n t e r ( D N A S t r u c t u re a n d
Recombinant DNA Laboratories) and theExperimental Farm were established. The
Genetic Stock Research Center was
expanded into five laboratories: the Genetic
Resources Laboratory was added and theAnimal Section was divided into theMammalian and Invertebrate Laboratories.

1985

Apr. 1

The DNA Synthesis and DNA Data Analysis
L a b o r a t o r i e s w e re a d d e d i n t h e D N A
Research Center.

1987

Jan. 12

The DNA Data Bank of Japan began its
operations.

1988

Apr. 8The Radio-isotope Center was established.
The Gene Library Laboratory was added in
the DNA Research Center.

Oct. 1The Graduate University for Advanced Studies
was established. The Department of Genetics,
School of Life Science of the University began
accepting students.

1989

Oct. 1

Dr. Jun-ichi Tomizawa was elected the 6th
Director.

1993

Apr. 1The Mammalian Development Laboratory wasadded in the Genetic Stock Research Center.

1994

Jun. 24

The Gene Function Research Laboratory wasadded in the DNA Research Center.

1995

Apr. 1The Center for Information Biology wasestablished.

1996

May. 11

The DNA Research Center was reorganized
as the Structural Biology Center consisting of
5 laboratories (Biological Macromolecules,
Molecular Biomechanism, Multicellular
Organization, Biomolecular Structure andGene Network).

第 5 代所長就任

1985 年

４月１日

遺伝情報研究センターに合成・遺伝
情報分析の 2 研究室を設置

1987 年

１月12日

日本 DNA データバンク稼働

1988 年

４月８日

放射線・アイソトープセンター設置，
遺伝情報研究センターにライブラリー
研究室を設置

10月１日

総合研究大学院大学生命科学研究科
遺伝学専攻設置

1989 年

10月１日

富澤純一

1993 年

４月１日

遺伝実験生物保存研究センターに発生工学研究室を設置

1994 年

６月24日

遺伝情報研究センターに遺伝子機能研究室を設置1995 年

４月１日

生命情報研究センター設置

1996 年

５月11日

構造遺伝学研究センター設置
（遺伝情報研究センターの改組）
（生体高分子研究室設置，超分子機能・
構造制御・超分子構造・遺伝子回路の 4 研究室振替）

沿革／ History

Prof. Kan Oguma was elected the 1st Director.

Jan. 1

第 2 代所長就任(1st Director)

90Aug. 10
1953

OGUMA, Kan

英Established under the jurisdiction of the
Ministry of Education, Science, Sports andCulture. Started with an administrative
department and three research departments.

初代所長就任８月１日

1976 年

Jun. 1

第 6 代所長就任

MORIWAKI, Daigoro(3rd Director)

TAJIMA, Yataro(4th Director)

MATSUNAGA, Ei(5th Director)

沿1997 年

1998 年

４月１日

系統生物研究センター設置
（遺伝実験生物保存研究センターの改組）
（マウス系統研究分野哺乳動物遺伝研究室・発生工学研究室，イネ系統研究分野植物遺伝研究室，大腸菌系
統研究分野原核生物遺伝研究室，無脊椎動物系統研究分野無脊椎動物遺伝研究室の 5 研究室振替）
生物遺伝資源情報総合センター設置（系統情報研究室振替，生物遺伝資源情報研究室設置）

10月１日

堀田凱樹

４月９日

個体遺伝研究系に初期発生研究部門を設置，総合遺伝研究系に脳機能研究部門を設置４月１日

生命情報・DDBJ研究センター設置（生命情報研究センターの改組）（分子分類研究室振替，データベース運用開
発研究室設置，遺伝子発現解析研究室設置）2002 年

４月１日

系統生物研究センターに遺伝子改変
系統開発研究分野マウス開発研究室，
小型魚類開発研究室を設置

2003 年

４月１日

分子遺伝研究系に分子機構研究室，
系統生物研究センターに新分野創造
研究室，生物遺伝資源情報総合セン
ターに比較ゲノム解析研究室，広報
知財権研究室を設置

４月１日

大学共同利用機関法人情報・システ
ム研究機構国立遺伝学研究所設置

12月１日

小原雄治

2005 年

４月１日

知的財産室を設置（2018 年 4 月 1
日付産学連携・知的財産室に改称）

2006 年

４月１日

新分野創造センター設置
（細胞系譜研究室，神経形態研究室，
細胞建築研究室設置）

2011 年

10月１日

先端ゲノミクス推進センター設置

2012 年

４月１日

研究センターの改組、共同利用事業
センター（生物遺伝資源センター、
DDBJ センター）、支援センター（情報基盤ユニット、マウス研究支援ユニット）を設置

2014 年2015 年

第 8 代所長就任

12月１日

桂

４月１日

リサーチ・アドミニストレーター室を
設置

４月１日

勲

TOMIZAWA, Jun-ichi(6th Director)

Apr. 1The Genetic Stock Research Center was
reorganized as the Genetic Strains ResearchCenter consisting of 5 laboratories (Mammalian
Genetics, Mammalian Development, Plant
Genetics, Microbial Genetics and Invertebrate
Genetics), and as the Center for Genetic
R e s o u rc e I n f o r m a t i o n c o n s i s t i n g o f 2laboratories (Genetic Informatics and Genetic
Resources).

Oct. 1

Dr. Yoshiki Hotta was elected the 7th Director.

1998

Apr. 9The Division of Early Embryogenesis wasadded in the Department of Developmental
Genetics. The Division of Brain Function wasadded in the Department of Integrated
Genetics.

2001

Apr. 1The Center for Information Biology was
reorganized as the Center for Information
Biology and DNA Data Bank of Japan. The
new center consists of 5 laboratories. The
Laboratory of Molecular Classification of theformer center was renamed as the Laboratory
for Research and Development of Biological
Databases in the new center. The Laboratory
for Gene-Expression Analysis was added in
the new center.

2002

Apr. 1

Two laboratories, Mouse Genomics Resource
Laboratory and Model Fish Genomics
Resource Laboratory, were added to the
Genetic Strains Research Center.

2003

Apr. 1The Molecular Mechanisms was added to themolecular Genetics. The Laboratry for Frontier
Research was added to the Genetic Strains
R e s e a r c h C e n t e r. Tw o l a b o r a t o r i e s ,Comparative Genomics Laboratory andPublicity and Intellectual Propery Unit, wereadded to the Center for Genetic Resource
Information.

2004

Apr. 1

Reorganized as Research Organization ofInformation and Systems, Inter-University
Research Institute Corporation, together withthree other national institutes.

第 7 代所長就任

2001 年

2004 年

1997

HOTTA, Yoshiki(7th Director)

KOHARA, Yuji
(8th Director)

KATSURA, Isao
(9th Director)

Dec. 1

Dr. Yuji Kohara was elected the 8th Director.

2005

Apr. 1Intellectual Property Unit was added.
Renamed as NIG INNOVATION (as of 2018
Apr.1)

2006

Apr. 1The Center for Frontier Research wasestablished. The Laboratory for Cell Lineage,
Neural Morphogenesis and Cell Architecture
was added in the new center.

2011

Oct. 1

Advanced Genomics Center was established.

2012

Apr. 1

Research centers were reorganized. Intellectual
Infrastructure Centers (Genetic Resource
Center and DDBJ Center) and Support
Centers (IT Unit, Mouse Research Supporting
Unit) were established.

第 9 代所長就任

動物飼育実験施設を設置，女性研究者活動支援室を設置（2017 年 4 月
1 日付男女共同参画推進室に改称）

革Dec. 1

Dr. Isao Katsura was elected the 9th Director.

2014

Apr. 1

Office for Research Development was added.

2015

Apr. 1

Unit for Experimental Animal Care wasestablished. Office for Female Researcher
Development was added. Renamed as Officefor Gender Equality (as of 2017 Apr. 1)

沿革／ History91

Publications in 2017
Journal Title
Cell
Nature Cell Biology
Gastroenterology
Molecular Cell
NeuronAnn. Rheumatic Diseases
J. Clin. Invest.

# of published
1
1
1
2
1
1
1

Journal Title
Nature Communications
J. Exp. Medicine
Genome Biology
Nature Plants
Nucleic Acids Research
EMBO Journal
ISME Journal

Ahmadloo, S., Nakaoka, H., Hayano, T., Hosomichi, K., You, H., Utsuno, E., Sangai, T., Nishimura, M.,
Matsushita, K., Hata, A., Nomura, F., and Inoue, I. (2017). Rapid and cost-effective high-throughput
sequencing for identification of germline mutations of BRCA1 and BRCA2. J Hum Genet 62:561-567.
Ajima, R., Suzuki, E., and Saga, Y. (2017). Pofut1 point-mutations that disrupt O-fucosyltransferase
activity destabilize the protein and abolish Notch1 signaling during mouse somitogenesis. PLoS One
12:e0187248.
Akatsuka, H., Kuga, S., Masuhara, K., Davaadorj, O., Okada, C., Iida, Y., Okada, Y., Fukunishi, N.,
Suzuki, T., Hosomichi, K., Ohtsuka, M., Tanaka, M., Inoue, I., Kimura, M., and Sato, T. (2017).
AMBRA1 is involved in T cell receptor-mediated metabolic reprogramming through an ATG7independent pathway. Biochem Biophys Res Commun 491:1098-1104.
Akter, A., Ooka, T., Gotoh, Y., Yamamoto, S., Fujita, H., Terasoma, F., Kida, K., Taira, M.,
Nakadouzono, F., Gokuden, M., Hirano, M., Miyashiro, M., Inari, K., Shimazu, Y., Tabara, K., Toyoda, A.,
Yoshimura, D., Itoh, T., Kitano, T., Sato, M.P., Katsura, K., Mondal, S.I., Ogura, Y., Ando, S., andHayashi, T. (2017). Extremely Low Genomic Diversity of Rickettsia Japonica Distributed in Japan.
Genome Biol Evol 9:124-133.
Amano, T., Sagai, T., Seki, R., and Shiroishi, T. (2017). Two Types of Etiological Mutation in the
Limb-Specific Enhancer of Shh. G3 (Bethesda) 7:2991-2998.
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gradient in the reorganized nucleus. Biol Open 6:1614-1628.
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Arakaki, Y., Fujiwara, T., Kawai-Toyooka, H., Kawafune, K., Featherston, J., Durand, P.M.,
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Arnott, Z.L.P., Nozaki, S., Monteiro, D.C.F., Morgan, H.E., Pearson, A.R., Niki, H., and Webb, M.E. (2017).
The Mechanism of Regulation of Pantothenate Biosynthesis by the PanD-PanZ.AcCoA Complex
Reveals an Additional Mode of Action for the Antimetabolite N-Pentyl Pantothenamide (N5-Pan).
Biochemistry 56:4931-4939.
Bowman, J.L., Kohchi, T., Yamato, K.T., Jenkins, J., Shu, S., Ishizaki, K., Yamaoka, S., Nishihama, R.,
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Cell 171:287-304.e15.
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Chang, C.C., Huang, T.L., Shimamoto, Y., Tsai, S.Y., and Hsia, K.C. (2017). Regulation of mitotic
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Journal Title
PNAS
Genes & Development
Developmental Cell
Cancer Research
Current Biology
Plant Cell

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2017 年に発行された論文一覧／ Publications in 201793

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94

2017 年に発行された論文一覧

2017 年に発行された論文一覧／ Publications in 2017

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謙多郎、門田 幸二 (2017). 次世代シーケンサーデータの解析手法 第10回 DDBJへの塩基配列の登録（実践編）. 日本乳酸菌学会誌 Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria 28:94-100.
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Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research
予算

予算・科学研究費

Budget2018 年度(FY2018)

(×1,000yen)

収入

Revenue

支出

区

金

区

分

2,541,448

運営費交付金 Grants for Operating Corporation
補助金等収入 Various Grants
産学連携等研究収入及び寄附金収入等

27,014

産学連携等研究経費及び寄附金事業費等※

3,620,895

合計 Total

補助金等収入 13.8％
Various Grants

産学連携等
研究収入及び
寄付金収入等15.3％

Industry-Academia
Collaboration andDonations(×1,000yen)

補助金等 13.8％

産学連携等
研究経費及び
寄付金事業費等
15.3％

Industry-Academia
Collaboration andprojects

教育研究経費 70.9％

Education and Research

挑戦的研究（萌芽）0.4％

Amount / the Number of Applications Granted

基盤研究（C）0.9％

若手研究（A）1.1％

1,148,200 ／ 19

基盤研究（B）3.9％

若手研究（B）1.6％

60,800 ／ 2

基盤研究（A）3.9％

研究活動スタート支援 0.3％

基盤研究（S）4.4％

特別研究員奨励費 0.6％

For Scientific Research on Innovative Areas

基盤研究（S）

For Scientific Research (S)

基盤研究（A）

交付額／交付件数

For Scientific Research (A)54,700 ／ 6

For Scientific Research (B)53,800 ／ 14

基盤研究（B）

基盤研究（C）

For Scientific Research (C)挑戦的萌芽研究9,200 ／ 8

For Challenging Research (Exploratory)

6,000 ／ 3

挑戦的研究（萌芽）若手研究（A）

For Young Scientists (A)15,900 ／ 4

For Young Scientists (B)22,700 ／ 15

若手研究（B）

研究活動スタート支援

For Challenging Exploratory Research
For Scientific Research (C)For Scientific Research (B)For Scientific Research (A)For Scientific Research (S)For Challenging Research (Exploratory)
For Young Scientists (A)For Young Scientists (B)For Research Activity Start-Up
For JSPS Fellows

12,200 ／ 8

For Challenging Exploratory Research

For Research Activity Start-Up

4,400 ／ 4

For JSPS Fellows

8,100 ／ 8

Total

※

挑戦的萌芽研究 0.7％

新学術領域研究特別研究員奨励費

3,620,895

GrantsGrants for Operating
Corporation(FY2017)

553,702※機構長裁量経費を除く

運営費交付金 70.2％

2017 年度

498,731

合計 Total

Miscellaneous

Grant-in-Aid for Scientific Research

額2,568,462

Industry-Academia Collaboration and Projects

雑収入 0.7％

科学研究費

研究種目

金

教育研究経費 Education and Research

498,731553,702

Industry-Academia Collaboration and Donations

Expenditure分

補助金等 Grants

雑収入 Miscellaneous

合計

額

新学術領域研究 82.2%

For Scientific Research on
Innovative Areas

1,396,000 ／ 91（2018. 3 月末現在）

予算・科学研究費／ Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research95

Biological Symposia in FY 201796

開催日
（Date）

演者（Speaker）

所属（Affiliation）

演題（Title）

2017/4/3

Craig E.Wheelock

Department of Medical Biochemistry and Biophysics,
Karolinska Institutet, Sweden

Metabolomics for molecular phenotyping in respiratory
disease2017/4/10

Matthias Weiss

University of Bayreuth, Germany

Exploring cellular dynamics from molecules to embryos

2017/4/14

Nozomu Takata

Center for Vascular and Developmental Biology,
Feinberg School of Medicine, Northwestern University,
USA

Repressive role of R-spondin 2 on optic vesicle andretina specification in vivo and in vitro

2017/4/20

Masahiko
Imashimizu

Institute of Medical Science, The University of Tokyo

Control of transcriptional pausing by biased thermal
fluctuations on repetitive genomic sequences

2017/4/24

Kirill Kryukov

Biomedical Informatics Laboratory, Department of
Molecular Life Science, Tokai University School of
Medicine

GenomeSync - a comprehensive auto-updating
genome database and its applications

2017/4/25

Jun Kato

National Institute of Advanced Industrial Science andTechnology (AIST)

Session 1: Being an interdisciplinary computer scientist
in-between academia and industry Session 2: Liveprogramming for all

2017/5/1

Stefan SchulteMerker

Institute of Cardiovascular Organogenesis andRegeneration, Faculty of Medicine, WWU, Germany

Intracellular uptake of macromolecules by brain
lymphatic endothelial cells during embryonicdevelopment

2017/5/9

Kanzawa-Kiriyama,
HideakiDepartment of Anthropology, National Museum of
Nature and Science

Genomic insights into the population structure andhistory of ancient Japanese Archipelago population

2017/5/25

John Diffley

Associate Research Director, The Francis Crick
Institute, UK

Regulation of DNA replication processes by the DNA
damage checkpoint

2017/6/12

Camilla Sjögren

Department of Cell and Molecular Biology, Karolinska
Institutet, Sweden

The Smc5/6 complex; sensing DNA topology tomaintain genome stability?

2017/6/19

Stephan Gruber

University of Lausanne, Switzerland

Higher order chromosome organization: How do SMC
complexes make the right connections

2017/6/20

Masaru Ueno

Department of Molecular Biotechnology, Hiroshima
University

Analysis of chromatin live dynamics and stability ofcircular chromosome in fission yeast

2017/7/10

Kenta Adachi

School of Marine Biosciences, Kitasato University

Study of chromosome and genome size in 5 Limoida
species (Bivalvia, Mollusca)

2017/7/12

Yoh-suke
Mukoyama

Genetics and Developmental Biology Center National
Heart, Lung, and Blood Institute, National Institutes of
Health, USA

Building the Organ-specific Vascular Tree:
Heterogeneous Origins of Vascular Cells

2017/7/13

Miho Murayama

Wildlife Research Center, Kyoto University, Wildlife
Genome Collaborative Research Group, National
Institute for Environmental Studies

Uncovering the Lives of Wild Animals through Genetic
Approaches

2017/7/13

Rob Ogden

Royal (Dick) School of Veterinary Studies, University of
Edinburgh, UK

Conservation Genetics: Applied Tools for Wildlife
Management and Law Enforcement

2017/7/14

Kazuyuki Fujimitsu

Cell Cycle Control, UCL Cancer Institute, University
College London, UK

Two distinct functions of flexible loop domains in
phosphorylation-dependent activation of a multisubunit
E3 ubiquitin ligase APC/C

2017/7/24

Yumiko Kurokawa

Education Academy of Computational Life Sciences,
Tokyo Institute of Technology

Regulation of homologous recombination by F-box
helicase Fbh1 in fission yeast

2017/8/9

Adrian Moore

Brain Science Institute, RIKENSpecification of neuron type: from transcription to
wiring2017/8/29

Didier Stainier

Max Plank Institute for Heart and Lung Research,
Germany

Endothelial cell differentiation and genetic compensation

2017/9/1

John H.
Postlethwait

Institute of Neuroscience, University of Oregon, USA

Genomic revolutions: Antarctic fish and the teleostgenome duplication and Hot sex and wild sex in
Zebrafish

2017/9/11

Kunimasa Ohta

Department of Developmental Neurobiology,
Ribosome incorporation into somatic cells promotes
Kumamoto University Graduate School of Life Sciences reprogramming towards multipotency

2017/9/20

Makiko IwafuchiDoi

Cell and Developmental Biology, University ofPennsylvania, USA

Developmental Role and Mechanistic Insight into
Chromatin Opening by Pioneer Factor FoxA

2017/9/22

Hongkui Zeng

Allen Institute for Brain Science, Seattle, USA

Cell Type-Based Brain-Wide Connectomics

2017/9/27

Keita Miyoshi

School of Medicine and Dentistry, University ofRochester, USA

Tudor-SN-mediated endonucleolytic decay of humancell microRNAs promotes G1/S phase transition

2017/10/2

Yohei Hayashi

Institute of Development, Aging and Cancer, Tohoku
University

Analysis of regulatory mechanisms of energy metabolic
conversion in mouse primordial germ cell development

2017/10/4

You WuGraduate School of Biostudies, Kyoto University

Cytoskeletal control of nuclear dynamics in migrationneurons of developing brain

バイオロジカルシンポジウム／ Biological Symposia

2017 年度 バイオロジカルシンポジウム
開催日（Date）

演者（Speaker）

所属（Affiliation）

演題（Title）

2017/10/17 Atsushi Shimada

Cold Spring Harbor Laboratory, USA

RNA interference promotes Arabidopsis chromosome
segregation in the absence of DNA methylation

2017/11/2

Kei-ichiro Ishiguro

Institute of Molecular Embryology and Genetics,
Kumamoto University

A novel STRA8 interacting factor plays a crucial role ininitiation of meiosis

2017/11/7

Harumi Saito

School of Medical Sciences, Fukui University

Study the neural network with a focus on a single
olfactory receptor (OR) module in the mouse main
olfactory system.

2017/11/7

Mitsuo Nunome

Avian Bioscience Research Center, Nagoya University

Genetic population histories of wild Japanese mammals(house mice and Japanese hares) and domestic avian
species (chicken and quail)2017/11/7

Keiko Takanami

Marine Institute, Natural Science, Okayama University

Gastrin-releasing peptide system as itch neural circuits
in rodents

2017/11/21 Steve Henikoff

HHMI & Basic Sciences Division Fred Hutchinson
Cancer Research Center, USA

Genome-wide mapping of protein-DNA interaction
dynamics

2017/11/22 Fumitaka Inoue

Department of Bioengineering and Therapeutic
Sciences, Institute for Human Genetics, University ofCalifornia, USA

Decoding neural differentiation using massively parallelreporter assays

2017/11/27 Shimpei Ishiyama

Humboldt-Universität zu Berlin, Germany

What is fun in terms of neuroscience? –in theperspective of ticklish laughter2017/12/1

University of Paris-Saclay

Epigenetic views of life and evolution: Evidence fromgenomics, methylomics, and transcriptomics in bacteria

2017/12/13 Spyros Goulas

Department of Molecular Biology, Yokohama City
University, School of Medicine

Cell Polarity Regulates Tensional Integrity during
Epithelial Barrier Homeostasis

2017/12/13 Kiyoshi Mizuuchi

NIDDK, NIH, Bethesda, MD, USA

Spatio-temporal control of cell-biological processes
through molecular pattern self-organization: A study ofbacterial cell division positional control by the Min
system2017/12/18 Shuji Fujii

Division of Applied Physics, Hokkaido University

Viscoelastic Properties of Living Cell Nucleus

2017/12/20 Aki Takahashi

University of Tsukuba

Individual difference of aggression and immune system

2018/1/10

Daniel Zilberman

John Innes Centre, Norwick, UK

Stable epigenetic inheritance of DNA methylation
through pathway integration

2018/1/11

Daniel Zilberman

John Innes Centre, Norwick, UK

Nucleosome remodelling, linker histones, and theevolution of DNA methylation-based epigenetic
inheritance

2018/1/15

Kohta Yoshida

Mac Plank Institute for Developmental Biology

Specification genetics of Pristionchus nematode2018/1/29

Takayuki Torisawa

Advanced ICT Research Institute, National Institute ofInformation and Communications Technology

In vitro reconstitution approaches for understanding the
dynamic cellular processed: intracellular transport andcell locomotion

2018/1/29

Tomo Kondo

Graduate School of Sciences and Technology for
Innovation, Yamaguchi University, JSPS Research
Fellow

Magnetic manipulation of centrosom: Toward anunderstanding of the role of its positioning during cell
migration

2018/2/26

Daniel I Bolnick

The University of Texas

Rapid evolution of cestode resistance and an
associated immunopathology in stickleback

2018/3/1

Romanas Chaleckis Assistant Professor, Gunma University Initiative forAdvanced Research (GIAR)

2018/3/14

Yota Murakami

Department of Chemistry, Faculity of Science, Hokkaido Maintenance of epigenetic landscape defined by H3K9
University
methylation by a JmjC-domain protein

2018/3/28

James Amatruda

University of Texas Southwestern Medical Center

The two faces of DICER1: Oncogenic and tumorsuppressive mechanisms of DICER1 mutations inchildhood cancer

2018/3/28

Genevieve Kendall

University of Texas Southwestern Medical Center

Zebrafish modeling of the novel VGLL2-NCOA2 fusion
oncogene generates rhabdomyosarcoma that reflects
aberrant embryonic muscle development

2018/3/30

Nozomu Sakurai

Metabolomic Team, Kazusa DNA Research Institute

Developments of databases and tools for metabolomics

2018/3/30

Tomomi Kiyomitsu

Division of Biological Science, Graduate School of
Science, Nagoya University

Optogenetic reconstitution reveals that DyneinDynactin-NuMA clusters generate cortical spindlepulling forces as a multi-arm ensemble

Ichizo Kobayashi

Analytical and clinical challenges in performing
molecular phenotyping at the population level

バイオロジカルシンポジウム／ Biological Symposia

97

Awards and Honors

2017 年度 表彰・受賞歴

内容

氏名

総研大未来科学者賞 「比較ゲノム解析による平行進化機構の解明て〜」〜担子菌類を例とし遺伝情報分析研究室大学院生

平成 28 年度特別研究員等審査会専門委員（書面担当）の表彰

脳機能研究部門

平成 28 年度特別研究員等審査会専門委員（書面担当）の表彰

多細胞構築研究室

第 89 回大会日本遺伝学会奨励賞 「コヒーシンによる姉妹染色体接着の制御機構に関す

染色体生化学研究室

准教授

総合研究大学院大学

微生物遺伝研究部門

大学院生

る研究」

遺伝学専攻

森島奨励賞

教授

飯塚朋代

平田たつみ

教授

澤

第 51 回日本味と匂学会「味覚部門」 優秀発表賞

遺伝子回路研究室

研究員

第一回「せりか基金」賞

初期発生研究部門

助教

LOD チャレンジ 2017 アイデア賞優秀賞

大量遺伝情報研究室

総合研究大学院大学

生体高分子研究室

遺伝学専攻

森島奨励賞

斉
村山泰斗

NAGPAL, Harsh

宮崎隆明
浅川和秀

特任研究員
大学院生

藤澤貴智

今井亮輔

※所属・肩書は、受賞当時のものですIntellectual Property Rights
特許出願

2017 年度 知的財産権

5件

出願番号

トランスジェニック植物、トランスジェニック植物の製造方法、ポリヌクレオチド、 角谷徹仁／保坂

鐘巻将人／夏目豊彰

特願 2017-228310

次世代シーケンサーを用いた迅速な遺伝子検査方法

井ノ上逸朗／中岡博史

PCT/JP2018/952

情報処理システム、情報処理方法、及びプログラム

黒川

アフリカツメガエル卵抽出液の冷凍保存方法及び冷凍保存用キット、アフリカツメ

島本勇太／高木

顕／東

2件

光一／森
潤

共願人

宙史

岡山理科大学

PCT/JP2018/1594
PCT/JP2018/2546

特許番号タンパク質の生産方法

川上浩一

タンパク質の生産方法（台湾）川上浩一

表彰・受賞歴、知的財産権／ Awards and Honors, Intellectual Property Rights

卓／高嶋和哉

特願 2017-176009

オーキシンデグロンシステムにおけるタンパク質分解阻害剤及びその使用

特許登録

98

煜／

齋藤

ガエル卵濃縮抽出液、並びに細胞周期の分析方法

絡／佐々木

碧／付

ポリヌクレオチドのクラスター、ベクター、及びキット

第 6152402 号
共願人

協和発酵キリン

I617664

共願人

協和発酵キリン

Research Organization of Information and Systems
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

機構長

機構本部

機構所属研究所〒105-0001
東京都港区虎ノ門 4-3-13
ヒューリック神谷町ビル 2 階
TEL 03-6402-6200
http://www.rois.ac.jp/

国立極地研究所

統計数理研究所〒190-8518 東京都立川市緑町 10-3
TEL 042-512-0608 http://www.nipr.ac.jp/〒190-8562 東京都立川市緑町 10-3
TEL 050-5533-8500 http://www.ism.ac.jp/

国立情報学研究所

国立遺伝学研究所〒101-8430 東京都千代田区一ツ橋 2-1-2
TEL 03-4212-2000 http://www.nii.ac.jp/〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
TEL 055-981-6707 https://www.nig.ac.jp/nig/ja/

藤井良一

FUJII, Ryoichi
President

National Institute of Polar Research

National Institute of Informatics■ 機構長の挨拶

今、私達は変革の時代をまさに目の当たりにしています。情報通信技

術の急速かつ飛躍的な発展、多種多様なビッグデータの出現、そして計算性能の急激な向上は、社会を変容させ、また研究環境を大きく変化させています。このような現代社会における科学が「データ駆動型」となることは時代の必然であり、第４の科学ともいわれる「データサイエンス」の推進こそが、科学技術イノベーションを牽引するといっても過言ではありません。

このような背景から、情報とシステムの観点から新たな研究領域を切り拓き、現代の諸問題の解決を目指す当機構は、今まさに研究コミュニティ
において中核的な役割が求められております。大学共同利用機関としての使命、社会のニーズへの貢献を存立の基盤として強く自覚しつつ、全力でその責務を果たさなければなりません。そのためには、社会や大学等に役立つデータの整備・統合、ビッグデータから意味ある知識を獲得する方法の革新、散在する大量のデータをリアルタイムに制御するデー
タ処理技術、膨大な高次元データや計算結果を人間が把握可能にするデー
タ可視化など、多くの研究開発を今後さらに発展させることが必須となります。

これらを推進するには、まず国立極地研究所、国立情報学研究所、統計数理研究所、国立遺伝学研究所という機構の４つの研究所が、極域科学、情報学、統計数理、遺伝学というそれぞれの分野の学理における世界最先端の研究拠点であることが求められます。それなしに大学の機能強化や社会への十分な貢献はあり得ません。これら研究所が核となって、それぞれの研究コミュニティとのデータ共同利用や共同研究を推進し、大学等における研究力強化に貢献するかたわら、機構はこれを全力で

The Institute of Statistical Mathematics

National Institute of Genetics■ About the organization

The Research Organization of Information and Systems (ROIS)
was established in 2004 to bring together the four national institutes: the National Institute of Polar Research, the National Institute of Informatics, the Institute of Statistical Mathematics, and the
National Institute of Genetics, upon the incorporation of the InterUniversity Research Institutes for the purpose of understanding
and predicting our complex world from the perspective of information and systems. ROIS has been promoted cross-institutional
research and collaboration between universities, providing accessto various scientific databases, analytical tools, computing resources, and academic internet backbones.
In 2016, we established Joint Support-Center for Data Science Research in order to enhance our support of next-generation
data-oriented research activities in universities. It promotes data
science of wide research communities by providing support functions of data sharing and data analysis for natural sciences, social
sciences and humanities research. It is also planning to foster
data scientists through collaborative research and on-the-job
training.
Along with these cutting-edge research activities, ROIS alsofunctions as the core organization behind SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies), training human resources tolead academic research in a new age.

支援します。そして、大学や機関の垣根を越える研究者交流プログラム

やクロスアポイントメント制度等の活用と併せて、分野の枠組みを越える融合研究や新学術領域の創成を促進し、研究者が循環する、ダイナミッ
クで豊かな研究環境を実現することにより、大学・研究機関と機構双方の機能強化を目指します。またこのような中で大学共同利用機関のもう一つの重要な使命である大学院教育を実践し、総合研究大学院大学の基盤機関としてデータサイエンス時代にふさわしい人材を育成してまいります。

法人第 3 期を迎えた平成 28 年度には、機構の本部機能と4 研究所との連携を強化する戦略企画本部と、データ共有・統合・解析手法の開発を担うフラッグシップ・プラットフォームであるデータサイエンス共同利用基盤施設を設置しました。これらを有機的に機能させることによってオー

プンサイエンスを加速し、基盤学理の発展を基に、課題解決型の科学や、
超スマート社会への貢献といった社会の要請に応えていきたいと考えております。よりよい時代へ向けて、情報・システム研究機構の挑戦に、皆様のご支援とご鞭撻をお願い申し上げます。

情報・システム研究機構／ Research Organization of Information and Systems

99

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)
国立大学法人 総合研究大学院大学（総研大）

総研大は、大学共同利用機関である研究所を基盤とする専攻と本部直結の先導科学研究科からなる大学院大学です。建学以来、教育目標に「高い専門性」「国際的な通用性」と「広い視野」を掲げています。
「広い視野」

学長とは、自分の研究対象を人類の知的長谷川眞理子な活動全体の中で位置づけて語る能

HASEGAWA, Mariko
President

力、専門分野を越えて新たな地平を所在カバーする専攻をそろえた本学の特色想像する能力です。幅広い知識領域を〒240-0193 神奈川県三浦郡葉山町（湘南国際村）
Shonan Village, Hayama, Kanagawa 240-0193 JapanTEL 046-858-1500

https://www.soken.ac.jp/

を活かし、世界で活躍できる人材を輩出しています。

SOKENDAI (The Graduate University for
Advanced Studies) is a graduate university consisting of departments housed in affiliated InterUniversity Research Institutes and the School of
Advanced Sciences attached directly to SOKENDAI. Its educational goals are “advanced
specialties and expertise,” “international competitiveness” and “broad perspective”. “Broad
perspective” entails the ability to define one’s research within the entire human intellectual activity, and to envision new horizons that transcendcurrent disciplinary boundaries. Taking full advantage of departments that collectively encompass vast intellectual fields, SOKENDAI nurtures
future generations of global professionals.

▶ Inter-University Research Institutes participating in SOKENDAI education

総研大に参加する大学共同利用機関❶ 総研大本部（生命共生体進化学専攻）

The Graduate University for Advanced Studies(Department of Evolutionary Studies of Biosystems)❷ 国立民族学博物館（地域文化学専攻・比較文化学専攻）

National Museum of Ethnology(Department of Regional Studies・Department of Comparative Studies)❸ 国際日本文化研究センター（国際日本研究専攻）

International Research Center for Japanese Studies (Department of Japanese Studies)❹ 国立歴史民俗博物館（日本歴史研究専攻）

National Museum of Japanese History (Department of Japanese History)❺ 国文学研究資料館（日本文学研究専攻）

National Institute of Japanese Literature (Department of Japanese Literature)❻ a. 分子科学研究所（構造分子科学専攻・機能分子科学専攻）

Institute for Molecular Science(Department of Structural Molecular Science・Department of Functional Molecular Science)b. 基礎生物学研究所（基礎生物学専攻）

National Institute for Basic Biology (Department of Basic Biology)c. 生理学研究所（生理科学専攻）

National Institute for Physiological Sciences (Department of Physiological Sciences)❼ 国立天文台（天文科学専攻）

National Astronomical Observatory (Department of Astronomical Science)❽ 核融合科学研究所（核融合科学専攻）

National Institute for Fusion Science (Department of Fusion Science)10❾ 宇宙科学研究所（宇宙科学専攻）

Institute of Space and Astronautical Science (Department of Space and Astronautical Science)❿ a. 加速器研究施設・共通基盤研究施設（加速器科学専攻）
Accelerator Laboratory・Applied Research Laboratory(Department of Accelerator Science)

3

2

8
6

9
1
14

4

b. 物質構造科学研究所（物質構造科学専攻）

Institute of Materials Structure Science (Department of Materials Structure Science)c. 素粒子原子核研究所（素粒子原子核専攻）

Institute of Particle and Nuclear Studies (Department of Particle and Nuclear Physics)⓫ 統計数理研究所（統計科学専攻）

The Institute of Statistical Mathematics (Department of Statistical Science)⓬ 国立極地研究所（極域科学専攻）

National Institute of Polar Research (Department of Polar Science)⓭ 国立情報学研究所（情報学専攻）

National Institute of Informatics (Department of Informatics)⓮ 国立遺伝学研究所（遺伝学専攻）

National Institute of Genetics (Department of Genetics)

100

国立大学法人 総合研究大学院大学／ SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)

5

11

12

7

13

シンボルマークは減数分裂第一中期の分裂像を図案化したもので，「地球の歴史は地層に、生物の歴史は染色体に記されてある」（木原均、1946）を表している。

Symbol mark of the Institute, which designs the metaphase plate of the first meiotic division and symbolizes the remark by
Dr. Hitoshi Kihara (1946): “The history of
the earth is recorded in the layers of its
crust; the history of all organisms is inscribed in the chromosomes.”

要覧 2018 年度
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/

国立遺伝学研究所管理部〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
1111 Yata, Mishima, Shizuoka-ken 411-8540 JAPANTEL 055-981-6707 FAX 055-981-6715

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/