GROMACS-Viewer

利用者マニュアル

平成 26 年 3 月

独立行政法人理化学研究所
HPCI 計算生命科学推進プログラム

目次
1.

はじめに .......................................................................................................................... 32.

動作環境 .......................................................................................................................... 33.

インストールと起動 ........................................................................................................ 4

4.

操作手順 .......................................................................................................................... 5

5.

4.1.

トラジェクトリの読み込みと表示 ........................................................................... 5

4.2.

２次元プロットの表示 ............................................................................................. 94.3.

トラジェクトリと２次元プロットの時間同期 ...................................................... 14

4.4.

表示モデルの変更 .................................................................................................. 16

4.4.1.

原子の選択 ...................................................................................................... 16

4.4.2.

表示モデルの変更 ........................................................................................... 174.4.3.

色の変更.......................................................................................................... 184.4.4.

原子選択とトラジェクトリフレームの関係 ................................................... 18

4.4.5.

スクリプトの利用 ........................................................................................... 194.4.6.

Display メニュー ............................................................................................ 19

4.4.7.

Open Trajectory ダイアログの Filter について ............................................ 23

4.5.

２次構造の表示 ...................................................................................................... 244.6.

水素結合の表示 ...................................................................................................... 25

4.7.

画像出力 ................................................................................................................. 27

jV 機能の制限 ................................................................................................................ 28

2

1. はじめにこの利用者マニュアルでは、GROMACS-Viewer を実行する時の利用手順について記述します

2. 動作環境
本アプリケーションは以下の環境で動作します。
プラットフォーム

Windows7 以上
Linux kernel 2.6 以上かつ glibc 2.12 以上

Java 実行環境JRE 1.7

ユーザーの PATH 環境変数において、Java 実行環境へのパスが設定されている必要があります。

3

3. インストールと起動アプリケーションの配布物をハードディスクにコピーすることで使用可能になります。配布物に含まれる以下の起動ファイルをダブルクリックするとアプリケーションが起動します。
Windows の場合： gromacs-viewer.bat
Linux の場合： gromacs-viewer.shLinux の場合はあらかじめ起動ファイルに実行権限を付与する必要があります（chmod +x）。
使用メモリの設定

アプリケーションが使用するメモリ量を設定するためには起動ファイルを編集します。起動ファイルをテキストエディタで開くと最後の行が次のように記述されています。
Windows の場合
java -Xmx1024M -cp "%CLASSPATH%" %MAINCLASS%Linux の場合
java -Xmx1024M -cp $CLASSPATH $MAINCLASS
最大使用可能メモリが 1GB に設定されています。例として 2GB に設定する場合、「-Xmx1024M」の部分を「-Xmx2048M」と編集して保存します。

4

4. 操作手順
4.1. トラジェクトリの読み込みと表示
起動時は立体構造表示ウィンドウのみ表示されます。

[File]-[Open]-[Trajectory]を選択すると以下の画面が出ます。
画面例：Open Trajectory ダイアログ

5[Reference file] と [Trajectory file] を必ず選択します。

[Reference file] は、参照構造のファイルとして、PDB 形式または GRO ファイルを読み込めます（ファイル拡張子で判別）。

[Trajectory file] は、XTC ファイルを読み込めます。

[Frames] で、トラジェクトリの全てのフレームを読むのではなく、開始、終了、ステップを指定できます。上図のデフォルトでは、開始 1 ステップから、終了ステップまで 1 ステップ毎に全フレームを読み込みます。

[Filter] で、参照構造ファイル中の全ての原子を読むのではなく、特定の原子のみ読むことを指定できます。上図のデフォルトでは、SOL 残基（溶媒分子）を読み込みません。詳細は 4.4.7 節を参照してください。

画面例：Open Trajectory ダイアログで[Reference file] と [Trajectory file] を指定して[OK]をクリック

トラジェクトリファイルの読み込みが終了すると、読み込んだ系をワイヤーフレーム表示します。

6トラジェクトリファイルのサイズが大きい場合は、読み込みに時間がかかる場合があります。
トラジェクトリファイル読み込み中は、コマンドウィンドウの以下の表示で確認できます。

メモリ使用量の限界を超えた大きなサイズのトラジェクトリファイルは読み込めません。
gromacs-viewer.bat または gromacs-viewer.sh のデフォルト設定値である 1GB のメモリ使用量で読み込める系の目安は、原子数 4,896 の系（タンパク分子とリガンド分子）で 4,879フレーム、原子数 44,352 の系（タンパク分子、リガンド分子、水分子）の場合、623 フレーム程度です。
それより、大きなサイズのトラジェクトリファイルを読み込みたい場合は、前節の方法でgromacs-viewer.bat または gromacs-viewer.sh を編集して最大使用メモリ量を拡大してから再実行します。

7

なお、水分子を含んだ３Ｄ表示をした際に、GROMACS では水分子の一部原子が周期境界条件によりボックスの反対側へ移った座標で記述されているため、下図のような線状の結合が表示されることがあります。

分子の移動や回転といった基本的な操作はマウスで行うことができます。操作方法は下表の通りです。
動作
X 軸（左右方向軸）回転
Y 軸（上下方向軸）回転
Z 軸（奥行き方向軸）回転
X 軸（左右）方向に移動
Y 軸（上下）方向に移動
Z 軸（奥行き）方向に移動（拡大縮小）

マウス操作

左ドラッグ
Shift ＋ 右ドラッグ（左右方向）
右ドラッグ
Shift ＋ 左ドラッグ

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4.2. ２次元プロットの表示[File]-[Open]-[XVG, XPM, PCA]メニュー項目を用います。

ファイルセレクション画面で、２次元プロットを表示したい XVG, XPM, PCA ファイルを選択するとグラフを表示します。
表示できるグラフ数に制限はありません。
XVG ファイル、XPM ファイルの形式であれば必要な情報を読み取り、一般的に描画できます。その際に、・データ数と最大、最小値を読み取って縦横軸を自動スケールします。
・title, subtitle, legend, xaxis label/x-label, yaxis label/y-label の語句をパースして自動的に表記します。
PCA ファイルは以下で説明するフォーマット指定があります。

9

＜XVG ファイル描画例＞＜XPM ファイル描画例＞

10

＜PCA ファイル描画例＞

２次元プロット図は x 軸方向、y 軸方向独立にメニューから拡大・縮小表示ができます。

11

２次元プロット図の[Y-axis]-[range]メニューを使うと、y 軸方向のスケールの最大値と最小値をユーザが指定できます。
[Reset]をクリックすると初期表示に戻ります。



PCA データファイルに関して

現在 PCA データファイルは、分子構造を記述する GRO ファイルのフォーマットが用いられ、以下のファイル形式に対応しています。
[ファイル例]
3D proj. of traj. on eigenv. 1, 2 and 3
5001
1 ???
C
1 5.988 -1.202 -1.015
2 ???
C
2 6.324 -1.603 -2.970
3 ???
C
3 5.871 -1.352 -2.953
4 ???
C
4 6.316 -0.956 -3.825
5 ???
C
5 6.295 -0.326 -3.668
6 ???
C
6 6.234 -0.043 -4.025
7 ???
C
7 5.631 -0.793 -3.689
8 ???
C
8 6.186 -0.073 -4.733
9 ???
C
9 5.804 -1.086 -3.960
10 ???
C 10 5.548 -0.265 -4.768…
4999 ???
C 4999 -6.343 -4.850 -4.058
5000 ???
C 5000 -6.597 -5.667 -4.2355001 ???
C 5001 -6.558 -4.802 -3.750
1.00000 1.00000 1.00000

以下のフォーマットと解釈
第 4 カラム：時刻
第 5 カラム：第 1 主成分軸の射影値(nm)第 6 カラム：第 2 主成分軸の射影値(nm)第 7 カラム：第 3 主成分軸の射影値(nm)12そのため、[File]-[Open]-[PCA]で開くファイル選択画面では、下図の通り、スタート時間(ps)と、ステップ(ps)をユーザが指定します（デフォルト値は、スタート時間 0ps、ステップ 10ps）。
この指定は、トラジェクトリファイルの時間と表示の同期をとるために必要です。

13

4.3. トラジェクトリと２次元プロットの時間同期トラジェクトリ（３Ｄ表示）と２次元プロットは時間同期します。

３Ｄ表示画面の下にあるスライドバーまたはスピナーによって、トラジェクトリ内のフレーム位置を変更できます。
x 軸が時間であるすべての２次元プロットに、３Ｄ表示の表示時間に該当する位置に赤い縦線を表示します。
２次元プロット上でマウスクリックにより時間を選択した場合、その時間の３Ｄ表示をします。
ただし、同一時刻のデータを保持していない場合は以下の動作となります。
[３Ｄ表示側で時間を選択した場合]
２次元プロットでは、描画範囲内ならば縦線を表示します、グラフ下部の y 座標の値は出力しません。
[２次元プロット側で時間を選択した場合]３Ｄ表示では最も近い時間のフレームを表示します（ちょうど中間の場合は時刻の小さい方）。
PCA データファイルの２次元プロットに関して
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PCA データファイルの２次元プロットの場合は、３Ｄ表示側で時間を選択した場合のみ、対応点が白く光ります。２次元プロット側からの時間選択はできません。

15

4.4. 表示モデルの変更
原子単位で表示モデルや色を変更できます。まず対象とする原子を選択し、選択された原子に対して表示モデルや色を変更します。これらは jV が提供しているコマンドラインインターフェースによって行います。[File]-[Option]-[Command Line]メニューを選択するとコマンドラインウィンドウが表示され、コマンドを使用できるようになります。jV のコマンド一覧は jV のマニュアル http://pdbj.org/jv/manual/comlist_category_ja.html を参照してください。ただし、一部本アプリケーションで使用できないコマンドがあります（5 章参照）。
4.4.1. 原子の選択
原子の選択には select コマンドを用います。select コマンドの引数には選択したい原子を表わした原子表現を指定します。以下のような指定が可能です（詳細は jV のマニュアル
http://pdbj.org/jv/manual/atom_ja.html を参照）。
1) 基本表現による指定
以下の書式により原子群を指定します。
残基名 [残基 ID][:鎖 ID][.原子名][;交代位置]
角括弧で囲まれた語句は省略できます。
使用例）
コマンド

用途
リガンドを選択

select LIG

溶媒を選択

select SOL

セリン残基に含まれるα炭素

select SER.CA

2) 既定グループ名による指定
予め定義されたキーワードにより原子群を指定します。
使用例）
用途
タンパク分子を選択

コマンド
select protein3) 比較演算子による指定
予め定義された項目に対する比較演算により原子群を指定します。
使用例）
コマンド

用途
原子 ID が 100 番の原子を選択

select atomno=100

水素原子を全て選択

select elemno=1164) 残基範囲による指定
残基 ID により原子群を指定します。
使用例）
コマンド

用途
1～20 番までの残基を選択

select 1-205) 距離による指定
原子表現で指定された原子群から指定された距離以内の原子群を選択します。
使用例）
コマンド

用途
リガンドから 5Å以内の原子を全て選択

select within(5.0, LIG)

6) 上記の論理結合による指定
原子表現を論理積（&）
、論理和（|）、否定（!）で結合することができます。
使用例）
コマンド

用途
溶媒以外を選択

select !SOL

リガンドから 5Å以内の溶媒を選択

select within(5.0, LIG) & SOL

4.4.2. 表示モデルの変更
以下のコマンドが使用できます。選択されている原子の表示モデルが更新されます。
コマンド

用途
原子間結合のワイヤーフレーム表示

wireframe

原子の球表示spacefill

バックボーン結合のワイヤーフレーム表示

backbone

残基のリボン表示ribbon残基の厚いリボン表示

cartoon

残基のチューブ表示

trace

水素結合のワイヤーフレーム表示

hbond（太さ 0 の場合は破線）
ジスルフィド結合のワイヤーフレーム表示

ssbond（太さ 0 の場合は破線）
wireframe または wireframe on とすると太さ 0 のワイヤーフレームが表示され、wireframe
17

off とするとワイヤーフレーム表示が消えます。また wireframe <raidus>のように数値引数を与えると、指定した太さ（半径）でワイヤーフレームが表示されます（stick 表示）。他のコマンドも同様に使用します。数値引数はÅ単位ですが、小数点を含む場合はそのままの値、小数点を含まない整数値だと 250 で割った値（Rasmol 単位）となります。残基に対する操作は Cα原子が選択されている場合、操作対象となります。原子間結合、バックボーン結合（Cα間の仮想結合）、水素結合、ジスルフィド結合は両端の原子がともに選択されている場合に操作対象となります。少なくとも一方の原子が選択されている場合に操作対象としたい場合は、set bondmode or コマンドを事前に発行しておきます。アプリケーション
起動時は set bondmode and コマンドが発行された状態になっています。
4.4.3. 色の変更
color コマンドを使用します。選択されている原子の色が更新されます。以下のような色の指定が可能です。
コマンド

用途
定義済みの名前で指定

color green

RGB 値で指定

color [0,255,0]

また、定義済みの配色を指定することもできます。
コマンド

用途
分子鎖ごとに色を変える

color chain

２次構造ごとに色を変える

color structure

詳細は jV のマニュアル http://pdbj.org/jv/manual/color_ja.html を参照してください。
本アプリケーションでは独自に dssp 配色を定義しています。4.5 節の内容に沿ってGromacs の DSSP 計算結果を読み込んだ場合、そこに記述されている配色を使用することができます。
color コマンドは引数を二つ取る書式を用いて残基単位や結合単位で色を設定することもできます。color ribbons green のように使用できます。
4.4.4. 原子選択とトラジェクトリフレームの関係
原子の選択状態は全てのフレームで共通となります。例として、リガンドから 5Å以内の溶媒を選択するコマンド（select within(5.0, LIG) & SOL）を発行した場合、どの原子が選択されるかはコマンドを発行したときに表示しているフレームに基づいて評価されます。他のフレームでリガンドから 5Å以内の条件が満たされているとは限りません。

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4.4.5. スクリプトの利用
頻繁に使用する一連のコマンドを外部ファイルに記録しておき、読み込んで実行することができます。[File]-[Open]-[Script]メニューからファイルを選択して実行できます。または
コマンドラインインターフェースにおいて script <filepath> コマンドを使用します。
4.4.6. Display メニュー
使用頻度の高いと思われる表示モデルが Display メニューに用意されています。メニュー
項目は以下の通りです。
動作内容と等価なコマンド

メニュー項目
Protein-Wireframe

タンパク質分子をワイヤーフレーム表示します。
set bondmode andselect protein
wireframe on
spacefill off
backbone off
ribbon off

Protein-Backbone

タンパク質分子をバックボーン表示します。
set bondmode andselect protein
wireframe off
spacefill off
backbone 0.3
ribbon off

Protein-Stick

タンパク質分子をスティック表示します。
set bondmode andselect protein
wireframe 0.2
spacefill off
backbone off
ribbon off

Protein-Spacefill

タンパク質分子を球表示します。
set bondmode andselect protein
wireframe off
spacefill on
backbone off
19

ribbon off
Protein-Ball & Stick

タンパク質分子を球とスティックで表示します。
set bondmode andselect protein
wireframe 0.2
spacefill 0.5
backbone off
ribbon off

Protein-Ribbon

タンパク質分子をリボン表示します。
set bondmode andselect protein
wireframe off
spacefill off
backbone off
ribbon on

Protein-Cartoon

タンパク質分子を厚いリボンで表示します。
set bondmode andselect protein
wireframe off
spacefill off
backbone off
cartoon on

Ligand-Wireframe

リガンド分子をワイヤーフレーム表示します。
set bondmode andselect LIG
wireframe on
spacefill off
backbone off
ribbon offLigand -Stick

リガンド分子をスティック表示します。
set bondmode andselect LIG
wireframe 0.2
spacefill off
backbone off
ribbon off
20

Ligand -Spacefill

リガンド分子を球表示します。
set bondmode andselect LIG
wireframe off
spacefill on
backbone off
ribbon off

Ligand -Ball & Stick

リガンド分子を球とスティックで表示します。
set bondmode andselect LIG
wireframe 0.2
spacefill 0.5
backbone off
ribbon off

Ligand Neighbor-Wireframe

リガンドから 5Å以内のタンパク質分子側鎖をワイ
ヤーフレーム表示します。
set bondmode andselect within(5.0,LIG) & protein & sidechain
wireframe on
spacefill off
backbone off
ribbon offLigand Neighbor -Stick

リガンドから 5Å以内のタンパク質分子側鎖をスティック表示します。
set bondmode andselect within(5.0,LIG) & protein & sidechain
wireframe 0.2
spacefill off
backbone off
ribbon off

Ligand Neighbor -Spacefill

リガンドから 5Å以内のタンパク質分子側鎖を球表示します。
set bondmode andselect within(5.0,LIG) & protein & sidechain
wireframe off
spacefill on21

backbone off
ribbon off
Ligand Neighbor -Ball & Stick

リガンドから 5Å以内のタンパク質分子側鎖を球とスティックで表示します。
set bondmode andselect within(5.0,LIG) & protein & sidechain
wireframe 0.2
spacefill 0.5
backbone off
ribbon off

Ligand Neighbor -off

リガンドから 5Å以内のタンパク質分子側鎖の表示を消します。
set bondmode andselect within(5.0,LIG) & protein & sidechain
wireframe off
spacefill off
backbone off
ribbon off

Ligand Hbond-Dashed Line

リガンドに端点を持つ水素結合を破線で表示します。
set bondmode or
select LIG
hbond on

Ligand Hbond-Stick

リガンドに端点を持つ水素結合をスティックで表示します。
set bondmode or
select LIG
hbond 0.2

Ligand Hbond-off

リガンドに端点を持つ水素結合の表示を消します。
set bondmode or
select LIG
hbond off

Solvent-Wireframe

溶媒をワイヤーフレームで表示します。
set bondmode or
select SOL
wireframe on
22spacefill off
backbone off
ribbon off
Solvent-off

溶媒の表示を消します。
set bondmode or
select SOL
wireframe off
spacefill off
backbone off
ribbon off

4.4.7. Open Trajectory ダイアログの Filter についてOpen Trajectory ダイアログの Filter 欄は、select コマンドの引数と同じ書式（原子表現）で読み込む原子を設定できます。ただし、select コマンドで使用できる以下のキーワードは利用できないように制限されます。
bonded（共有結合を持つ原子）helix（ヘリックス構造領域）

sheet（シート構造領域

turn（ターン構造領域）

within（原子群からの距離指定）

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4.5. ２次構造の表示[File]-[Open]-[DSSP] において、DSSP（２次構造）ファイルを選択して２Ｄ表示します。

DSSP（２次構造）ファイルで指定した同じ色で、対応する３Ｄ構造をすべての時間で表示します。
24

4.6. 水素結合の表示[File]-[Open]-[H-bond] を選択すると、下図の[Open H-bond]画面が出ます。

ここで、GROMACS の g_hbond コマンドでユーザが出力しておいた水素結合情報の２つのファイルを指定して[OK]をクリックします。


水素結合情報の２つのファイル.ndx ファイルは、水素結合のインデックスファイルです。
.xpm ファイルは、インデックスファイルの複数の水素結合の時間変化（ON-OFF）情報ファイルです（H-bond Existense map）。

25

上図のように、H-bond Existense map と連動して指定時間での水素結合を３Ｄ表示します。
26

4.7. 画像出力

[File]-[Save]-[PNG, JPEG] を選択すると、３Ｄ表示画面を PNG ファイルや JPEG ファイ
ルに出力できます。

27

5. jV 機能の制限
コマンドの制限

本アプリケーションでは jV バージョン 4.3.1 が提供しているコマンドのうち、下記のコマンドは使用できません。
anim コマンド

animframe コマンド

animmode コマンド

animrange コマンド

animselect コマンド

animspeed コマンド

animstep コマンド

colorvertex コマンド

display コマンド

displayvertex コマンド

fit コマンドfselect コマンドload コマンド

pause コマンド

pdbj_describe コマンド

pdbj_execute コマンド

reset line_width コマンド

reset point_size コマンド

reset polyline_width コマンド

reset transparency コマンド

reset point_transparency コマンド

reset line_transparency コマンド

reset triangle_transparency コマンド

reset quad_transparency コマンド

reset polyline_transparency コマンド

save pdb コマンド

save script コマンド

selectvertex コマンドset efsite_url コマンド

set ext_site_url コマンド28



set line_width コマンド

set loadcenter コマンド

set pdbml_noatom_url コマンド

set pdbml_extatom_url コマンド

set pdbml_plus_url コマンド

set point_size コマンド

set polyline_width コマンド

set stereo コマンド

set transparency コマンド

set point_transparency コマンド

set line_transparency コマンド

set triangle_transparency コマンド

set quad_transparency コマンド

set polyline_transparency コマンドshow efsite_url コマンドshow ext_site_url コマンドshow godata コマンドshow pdbml_url コマンドshow site コマンドshow pdbj コマンド

stereo コマンド

write pdb コマンド

write script コマンド

zap コマンド

原子表現の制限jV バージョン 4.3.1 が提供している原子表現のうち、PDBj 表現（pdbj:プレフィクスを用いる表現）は本アプリケーションでは使用できません。

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