資料 ３

第２回研究運営委員会作業部会資料
データベース受け入れの方針案
2007年10月1日(月）目次１）統合データベースの概要と国内データベース受け入れ
２）データベース検索のタイプと受け入れ
３）対象DB選定の方針
４）DBポータル
５）横断検索対象DBの選定
６）統合検索対象DBの選定
７）受け入れ対象DBの選定
８）ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト・ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクトの産生データと出口・ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクトの概要
・文部科学省関連大型プロジェクト成果公開とセンターでの受け入れ方針案
９）年次計画

ライフサイエンス統合データベースセンター

統合データベースの概要と国内データベース受け入れ
ライフサイ
エンス研究者

利用者

バイオ産業
従事者

PJ企画立案
評価者

統合データベースサービス

技術導入と開発
・辞書、オントロジー
・情報処理技術

収集ﾃﾞｰﾀと外部ﾃﾞｰﾀ
生物種
霊長、ほ乳、昆虫、植物、脊索、微生物
データ種類
配列、発現、構造、多型、形質、臨床、化合物など

分担機関
京都大学

化合物データ

東京医歯大Gr

臨床データ

東京大学Gr

疾患データ

DB構築者

データの
整理・統合

・データベースリンク集・バイオイインフォツールリンク集
・国内データベース横断検索
・ヒト・ﾓﾃﾞﾙ生物・微生物統合検索
・教育プログラム・ニュース
・解説

国内データベース受け入れ(補完課題DB、ﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄDB)

分子と文献からの情報

分子DB

日本語文献

欧文フル
ペーパー
図表・画像

データベース検索のタイプと受け入れ
メタデータ取得

センター

ＤＢ1●DBポータル
ｸｴﾘｰ

ＤＢ2

メタデータ
DB

ＤＢ3

●バイオインフォツールポータル
●横断検索

メタデータ
・ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽのﾒﾀﾃﾞｰﾀ
・ｺﾝﾃﾝﾂのﾒﾀﾃﾞｰﾀ

ＤＢ1

ｸｴﾘｰ
ＤＢ2
ＤＢ3
ＤＢ4

データベース受け入れ

ＤＢ4

API作成

ｸｴﾘｰ

検索結果
統合表示

●分散型
●統合検索

ｵﾝﾄﾛｼﾞｰ、辞書、
ｲﾝﾃﾞｯｸｽ

ＤＢ1’

ＤＢ1

ＤＢ2’

ＤＢ2

ＤＢ3’

ＤＢ3

データ受け入れ

●集中型

ｸｴﾘｰ

ｻﾏﾘｰ

ﾃﾞｰﾀ1

ＤＢ1

ﾃﾞｰﾀ2

ＤＢ2

ﾃﾞｰﾀ3

ＤＢ3

コンテンツのﾒﾀﾃﾞｰﾀ

ｺﾝﾃﾝﾂのﾒﾀﾃﾞｰﾀ

ｵﾝﾄﾛｼﾞｰ、辞書、
ｲﾝﾃﾞｯｸｽによるﾃﾞｰﾀ編成対象DB選定の方針● DBポータル
・DBリストの拡充
・メタデータの収集●横断検索対象DBの選定
・第１段階
・今後

国内主要サイトDBポータルの対象DBを網羅
辞書、オントロジーや整理棚の活用による改善●統合検索対象DBの選定
・分担機関DB・補完課題DB・独自一次データ（公共DBに登録されていない実験情報）を含むDBを優先DBポータル●DBリストの拡充●内閣府調査によるデータベースリストの現状と問題点●内閣府調査によるデータベースリストの現状と問題点
・４省庁からのDBリスト等より調査（文科省165、４省庁225、添付資料参照）
・４省庁からのDBリスト等より調査（文科省165、４省庁225、添付資料参照）
・各省庁から取得したリストであるため、漏れている可能性もある。
・各省庁から取得したリストであるため、漏れている可能性もある。
・新規に開発されたDBがある。
・新規に開発されたDBがある。
●漏れている分や、新規DBを同定するために、主要サイトを直接調査して追加した。
●漏れている分や、新規DBを同定するために、主要サイトを直接調査して追加した。
・理研、ｹﾞﾉﾑ特定領域（新旧）、JST・理研、ｹﾞﾉﾑ特定領域（新旧）、JST SNPポータル、JBIRC、CBRC、
SNPポータル、JBIRC、CBRC、
かずさDNA研究所、農業生物資源研究所等のサイト
かずさDNA研究所、農業生物資源研究所等のサイト
・旧リスト
文科省165、４省庁225
・旧リスト
文科省165、４省庁225
・新リスト
文科省271、４省庁353
・新リスト
文科省271、４省庁353 グルーピング後グルーピング後 文科省235、４省庁317
文科省235、４省庁317●今後●今後 ・拡充したDBの内容調査の継続・拡充したDBの内容調査の継続
・データベースリストの継続的な拡充
・データベースリストの継続的な拡充●メタデータの収集●現状●現状 ・データベースに関するメタデータを収集
・データベースに関するメタデータを収集●今後●今後 ・コンテンツに関するメタデータを収集
・コンテンツに関するメタデータを収集

JST担当
JST担当

横断検索対象DBの選定●第１段階
・国内主要サイト
・国内主要サイト
DDBJ、PDBj、ゲノムネットワーク、FANTOM、
DDBJ、PDBj、ゲノムネットワーク、FANTOM、
J-SNP、MusBanks、GemDBJ、農業生物資源研究所のDNAバンク、
J-SNP、MusBanks、GemDBJ、農業生物資源研究所のDNAバンク、
H-inv、CBRC-DB、かずさ-DB等
H-inv、CBRC-DB、かずさ-DB等
・辞書、オントロジーや整理棚の活用による、検索結果表示の機能向上プロト
・辞書、オントロジーや整理棚の活用による、検索結果表示の機能向上プロト●今後・対象DBの拡充
・対象DBの拡充
来年度までに、DBポータルの対象DBを網羅（約３００）
来年度までに、DBポータルの対象DBを網羅（約３００）
・機能向上
・機能向上
辞書の活用により、データベース間の相互リンクを改善
辞書の活用により、データベース間の相互リンクを改善
既開発辞書を活用
既開発辞書を活用
遺伝子辞書、施設名辞書、生物種名辞書、解剖学辞書等
遺伝子辞書、施設名辞書、生物種名辞書、解剖学辞書等
辞書の改良と、新規辞書の開発
辞書の改良と、新規辞書の開発
オントロジーや整理棚の活用により、検索結果表示の機能向上
オントロジーや整理棚の活用により、検索結果表示の機能向上

統合検索対象DBの選定●独自一次データ（公共DBに登録されていない実験情報）を含むDBを優先●独自一次データ（公共DBに登録されていない実験情報）を含むDBを優先●内閣府調査国内DBリストに基づき、独自一次データを保有するDBを調査●内閣府調査国内DBリストに基づき、独自一次データを保有するDBを調査
DB数

独自データ保有DB数

独自データの例（添付資料参照）●４省庁DB

225

83

36.7%

●遺伝子発現

55

40

72.7%

EST、tagの頻度、ESTｱｾﾝﾌﾞﾘｰ、ﾗｲﾌﾞﾗﾘｰ情報、ﾀｲﾘﾝｸﾞｱﾚｲ実験結果、
in-situ hybridization遺伝子発現画像、マイクロアレイデータ等●DNA、配列

37

19

51.4%

ゲノムアノテーション、EST、マッピング等●DNA、多型

11

6

54.5%

SNP、アレル頻度、ハプロタイプ頻度、疾患、病態の情報等

●形態

4

4

100%

発生過程の形態の写真、変異株画像、脳の3D画像等

●蛋白質

26

3

11.5%

2次元ゲル電気泳動写真●アノテーション

12

1

8.3%

遺伝子へのアノテーション

●相互作用

16

0

0%

●形態、発現、DNA
多型、DNA配列

107

69

64.5%

全独自データ保有DBの83%●発現、 DNA配列、 DNA多型、形態だけでDBの約半数を占め、全独自データ保有DBのうち、83%を占める。

●発現、●発現、 DNA配列、
DNA配列、 DNA多型、形態の分野のDBを、優先的に統合検索対象DBとする。
DNA多型、形態の分野のDBを、優先的に統合検索対象DBとする。
●本年度は、遺伝子発現分野のDBを統合検索対象DBとして統合DB構築を試行。
●本年度は、遺伝子発現分野のDBを統合検索対象DBとして統合DB構築を試行。

受け入れ対象DBの選定●横断検索対象DB

候補DBの条件
候補DBの条件・維持が困難・維持が困難・統合検索の必要性が小さい
・統合検索の必要性が小さい
・著作権上の問題がない
・著作権上の問題がない
以上を満たすDBは、サーバーごとセンターに移設し、以上を満たすDBは、サーバーごとセンターに移設し、横断検索の一つのDBとして運用する。
横断検索の一つのDBとして運用する。

●統合検索対象DB

候補DBの条件
候補DBの条件
・独自一次データを有する・独自一次データを有する・統合検索の有効性が大きい
・統合検索の有効性が大きい
・著作権上の問題がない
・著作権上の問題がない
以上を満たすDBは、メタデータと共にデータをセンターに以上を満たすDBは、メタデータと共にデータをセンターに移設し、統合検索に用いるデータの一つとして利用する。
移設し、統合検索に用いるデータの一つとして利用する。

●アンケートの実施

・コンテンツの内容
・コンテンツの内容
・データベース開発に関わる契約に関して（著作権に関して）
・データベース開発に関わる契約に関して（著作権に関して）・コンテンツ提供の意思
・コンテンツ提供の意思
・コンテンツ提供に必要な費用
・コンテンツ提供に必要な費用

ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクトの産生データと出口
SNP情報
遺伝子発現
DNA、蛋白
配列情報

厚生労働省

農林水産省

＜疾患ゲノムデータベース＞
SNP、遺伝子発現＜トキシコゲノミクス＞
遺伝子発現＜疾患関連蛋白質＞
蛋白発現

GeMDBJ＜完全長cDNA＞

Private
DB

FL‐DB
DBTSS
HUGE

＜蛋白質機能解析＞
遺伝子発現、蛋白間相互作用など

H‐inv

ゲノム、cDNA、遺伝子発現
プロテオーム、ミュータント
PEDE

配列：ゲノム、cDNA、蛋白

膜蛋白立体構造

KAIKO
base

構造：蛋白、相互作用部位
発現：遺伝子、蛋白
変異：SNP、ミュータント

In‐
house

＜遺伝子多様性モデル解析＞
GDBS
遺伝子多型情報＜標準SNP解析＞ アレル頻度

FANTOM
等＜統合DB＞PDBｊ＜家畜ゲノム＞
ブタcDNA、連鎖地図＜蚕ゲノム＞
ゲノム、cDNA配列

文部科学省

相互作用：蛋白−蛋白、
蛋白−DNA（疾患、薬剤）

コンソ 生物システム
開示 制御基盤技術＜生体高分子立体構造＞
文献
DNA配列（DDBJ等）
蛋白情報（PIR, PDB等）

INE
RAD
RiceGAAS
等

PrivateDB

経済産業省
cDNA配列農林水産生物
ゲノム情報統合DB＜イネゲノム＞

ゲノムネットワークプラット
フォーム＜理研＞
ゲノム、植物、遺伝子多型＜ゲノムネットワーク＞

遺伝子発現に関わる
網羅的情報＜タンパク3000＞＜未来開拓事業（ゲノム研究）＞＜オーダーメイド SNPゲノムワイド関連解析/
医療実現化＞ マイクロサテライト多型
JSNP

蛋白情報
（PIR, PDB等）
DNA配列（DDBJ等）＜遺伝子多型研究＞
遺伝子領域のSNP

SNP情報
DNA配列
（DDBJ等）
蛋白情報（PIR, PDB等）（内閣府連携施策群調査研究資料を改変）ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクトの概要
ゲノム・ポストゲノム
主要プロジェクト名●文部科学省ゲノムネットワーク
タンパク3000
未来開拓事業（ゲノム研究）
遺伝子多型研究
テーラーメイド医療実現化
理研ゲノム、植物、遺伝子多型
バイオインフォマティクス研究
統合データベース●経済産業省データベース結合
ゲノム情報統合
完全長cDNA

年 度
H12 H13 H14 H15 H16 H17 H18

プロジェクトの概要（ 内閣府連携施策群
調査研究資料を改変 ）遺伝子の発現調節機能に関わる網羅的な解析
主要タンパク質約3000種の基本構造及びその機能解明
体系的遺伝子発現解析、ゲノムワイドSNP解析/
マイクロサテライト多型解析による疾患関連遺伝子解析
ヒトゲノム遺伝子領域中のSNP関連情報の取得と解析
約30万人のSNPと薬剤の効果、副作用などとの関係解明
ヒト、マウス、植物のゲノム、cDNA解析、遺伝子多型解析
生命科学分野の基幹データベースの構築・高度化
生命科学分野DB戦略立案支援、ポータルサイト整備
国内外の有用なヒトゲノム関連情報、解析ソフトの統合的整備
約3万のヒトの全長cDNA配列情報の取得と解析

生物システム制御基盤技術

創薬支援のためのゲノム、タンパク、化合物一貫解析技術開発

生体高分子立体構造

膜タンパク質及び関連複合体の立体構造・機能解明
完全長cDNAの遺伝子発現頻度など多方面からの機能解析

蛋白質機能解析
遺伝子多様性モデル解析
標準SNP解析●厚生労働省疾患ゲノムデータベース
トキシコゲノミクス
疾患関連蛋白質●農林水産省
イネゲノム
家畜ゲノム
蚕ゲノム
農林水産生物ゲノム情報統合DB

ヒトのモデル疾患に関わる遺伝子多型情報の取得と解析
日本人集団768人に関するSNP15万種のアレル頻度の解析
がん等5疾患のゲノムワイドなSNP解析などのデータベース化
遺伝子発現解析によるゲノムレベルでの毒性発現機構解明
主要疾患を対象とした疾患関連たんぱく質の探索、同定
イネゲノム配列の解読および遺伝子の機能解明
ブタのcDNA配列情報、発現頻度、マーカー情報の取得と解析
蚕のゲノム、cDNA配列情報、連鎖地図情報の取得と解析
イネその他農林水産生物統合ゲノムデータベースの整備文部科学省関連大型プロジェクト成果公開とセンターでの受け入れ方針案
プロジェクト
名称

タンパク3000

期間
総予算 億\

産生データの概要

H14〜H18 ・構造解析終了タンパク質数：4517（487億円） （うちPDB登録数：3923）

公開状況

受け入れ方針案

・当面は横断検索の対象
・原則はPDBjに登録（ホームページにて解析したタンパク・センターでの受け入れについ質のリストを公開）ては、タンパク質解析基盤技
・タンパク3000成果の加工DB構築予定
術開発プロジェクト（後継プロあり
ジェクト）終了後を見据えて、・後継プロジェクトにて統合的DB構築予関係者との協議を行い、方針
定 （解析支援用のため非公開）
決定・HapMapデータは公開

オーダーメイ H15〜H19
ド医療実現化 （138億円）

ゲノム
ネットワーク・国際HapMapプロジェクトに参加：25万か所のSNPデータ提供
・網羅的な高速SNPタイピング実施：47疾患、29億SNPタイピング

・臨床SNPデータ公開についてはオー
ダーメイド医療実現化PJ作業部会中・関係者と協議のうえ、本プロ間報告書に提言あり
ジェクトで開発予定のデポジ- 全ゲノム網羅的解析などの適切な情
トリ−システムでの公開を検報公開
討- 質の評価のための研究者コミュニティとの連携と公開- raw data公開のためのインフォームド
コンセ ント等の検討

・個別研究でホールド、コンソーシアム開・当面は横断検索の対象
・ゲノム機能情報解析、個別生命機 示を経てゲノムネットワークプラット
能解析をターゲットに、転写開始点 フォームで公開
H16〜H20・センターでの受け入れについ- CAGE(human)Tags 19,233,780に関するCAGE法解析、転写因子（99億円*）ては、後継プロジェクトの動- PPI(Y2H)interactions 830のY2H解析、定量PCR解析、ゲノム
向等を見て決定- qRT-PCRgenes 1,911
タイリングアレイ解析等を実施- Tiling Array(titech)locations 2,357*：H19まで

年次計画
府省連携オール
府省連携オール
ジャパン統合DB
ジャパン統合DB

2007年
DBﾘｽﾄの拡充
DBﾘｽﾄの拡充
DBポータルDBポータルJST

ﾒﾀﾃﾞｰﾀの収集
ﾒﾀﾃﾞｰﾀの収集

2008年

横断検索
横断検索

機能向上
機能向上
DB受け入れDB受け入れ受け入れ優先順位付
受け入れ優先順位付
けのための調査
けのための調査
DB受け入れDB受け入れ統合検索機能の構築
統合検索機能の構築

2010年

・データベースリストの継続的な拡充・拡充したDBの内容調査の継続

ﾚﾎﾟｼﾞﾄﾘ調査（国際標準、既存ﾒﾀﾃﾞｰﾀ）

ﾚﾎﾟｼﾞﾄﾘｼｽﾃﾑによるメタデータ収集運用

ﾚﾎﾟｼﾞﾄﾘｼｽﾃﾑ仕様検討

対象DBの拡充
対象DBの拡充

2009年

ﾚﾎﾟｼﾞﾄﾘｼｽﾃﾑ構築

ﾚﾎﾟｼﾞﾄﾘｼｽﾃﾑ機能拡張

国内主要サイト DBポータルの対象DBを網羅

横
横
断
断
検
検
索
索
シ
シ
ス
ス
テ
テ
ム
ム

辞書、オントロジーや整理棚の活用による機能改善
ｻｰﾊﾞｰ一式の受入の試行

受入の運用

DB受け入れアンケート（著作権等の調査）
受入の試行
遺伝子発現分野

独自データの割合が多い分野を優先して受入運用

受入ﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄの仕様検討

受入ﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄの構築
ｵﾝﾄﾛｼﾞｰ、辞書、ｲﾝﾃﾞｯｸｽによるﾃﾞｰﾀ編成、ｻﾏﾘｰによる整理

統合検索
統合検索
補完課題
補完課題

実験データのアノテーションの実施
センター仕様への変換
補完課題データの統合

京大
京大
医科歯科大
医科歯科大
東大
東大

DD
BB
ポ
ポ
｜
｜
タ
タ
ル
ル

LinkDB、医薬品化合物ﾃﾞｰﾀﾊﾞﾝｸ構築
統合疾患DB構築
GWAS-DB、リシークエンシングDB、ゲノム多様性DB構築
中核・分担機関データの統合

統
統
合
合
検
検
索
索
シ
シ
ス
ス
テ
テ
ム
ム

国内データベースリスト
情報源

名称

開発機関

概要

対象

バンク登録済み
一次データ

独自の一次データ

DNA, モチ文科省 FREP
理研
Functional repeats in mouse cDNAs
ーフ
各種の生物種の遺伝子転写開始点
DNA, 制御とその上流の転写制御配列に関す
文科省 DBTSS東大
EST は登録済み 転写開始位置
領域
るデータベース。
Bacillus subtilis promoters andDNA, 制御
文科省 DBTBS
東大
transcription factors
領域
植物を対象に mRNA の翻訳レベルでDNA, 制御TRSIG（翻訳シグナルデー
九工大のシグナル配列と機能活性データを
文科省
領域
タベース）
集めたデータベース
単一精子由来のヒト胞状奇胎 DNA
SNP、アレル頻度、ハプロタイ
文科省 D-HaploDB
九大を用いて約 28 万個の SNP をタイピン DNA, 多型
プ頻度
グ、ハプロタイプ等を表示
Quantification of SNP allele
文科省 dbQSNP
九大DNA, 多型
SNP 付近の配列、アレル頻度
frequencies database
SNP 頻度（SNP 自体は JSNP,
国立がんセンタ アルツハイマーなど 5 疾患とファーマ
MGP で既報のもの）、
疾患ゲノムデータベース ー研究所/ミレニ コジェネティックスに関わるゲノムワ
GeneChip 遺伝子発現、
厚労省
DNA, 多型(GeMDBJ)
2D-DIGE タンパク質発現、
アムゲノムプロ イドな SNP 解析とチップによる遺伝
子発現データジェクト
LC-MS/MS タンパク質発現、
患者情報
Polymorphism of
遺伝学距離が明確な 4868 マイクロ
文科省 Microsatellite Marker Loci 九大DNA, 多型マーカーのヘテロ接合度
サテライトマーカーの多型度情報
in the Japanese Population
各集団の特徴（パーキンソン
ミトコンドリアゲノム多型の相互連病、東京百寿者、肥満若年男
文科省 GiiB-JST mtSNP
JST
鎖、疾患関連、機能的相違に関する DNA, 多型性など）、集団ごとの多型頻総合情報を提供度
東京都老人医
老年病に関する臨床および病理所
患者の性別、年齢区分、病
文科省 老人病 SNP データベース 療センター
DNA, 多型
見データと遺伝子多型情報
態、多型タイピング結果（JST）
モデル疾患の感受性遺伝子を同定
バイオ産業情報 する目的で行なったタイピング実験
Gene Diversity DataBase
化コンソーシア の結果（遺伝子多型情報）や解析情 DNA, 多型
経産省
System (GDBS)ム(JBIC)報，感受性候補領域の詳細情報についてのデータベース
マウス系統のマイクロサテライトマー
Moue Microsatellite Data
遺伝研
文科省DNA, 多型
カーの多型情報の統合データベース
Base of Japan (MMDBJ)SNP は dbSNP
文科省 JSNP
東大
Japanese SNP database
DNA, 多型 (HGVbase) に登録済み
dbProP（タンパク質多型デ
放射線医学総 コード領域のアミノ酸変化多型など
文科省 ータベース：a Protein
DNA, 多型合研究所の情報を提供．
Polymorphism database）
慶応大/ヒト遺伝 ヒトの疾患と関連する遺伝子変異・ヒト疾患関連遺伝子・多型
子疾患変異研 遺伝子多型に関する統合データベー DNA, 多型
文科省
総合データベース
ス究会
ラン藻 Synechocystis sp. strain
PCC 6803, Anabaena sp. PCC 7120,
2D-PAGE プロテオーム、N 末
かずさ DNA 研究 Thermosynechococcus elongatus
ゲノム、プラスミド
アミノ酸配列、変異株、ゲノム
経産省 CyanoBase
DNA, 配列
所
BP-1 ならびに光合成細菌
配列は登録済み
アノテーション
Chlorobium tepidum TLS のゲノムデータベース
製品評価技術 NITE でゲノム解析した微生物とそのa genome database of
基盤機構/産業 ゲノムの特徴を公開している。塩基ゲノム配列は登 2D-PAGE プロテオーム、ゲノ
経産省 microorganisms sequenced
DNA, 配列
技術総合研究 配列データや、遺伝子地図、推定遺録済み
ムアノテーションat NITE. (DOGAN)
伝子領域などの情報。
所
Full-length cDNA library from
cDNA 配列は登録されていな
文科省 Full-Malaria
東大erythrocytic-stage Plasmodium
DNA, 配列
い模様、ドラフトゲノムへのfalciparum
EST マップあり
PAC/BAC クロー
イネの遺伝地図、物理地図、遺伝子
ン、EST、PCR マ EST, BAC/PAC コンティグのIntegrated Rice Genome 農業生物資源
農水省
発現地図及び配列情報を統合した DNA, 配列
ーカー配列は公 ゲノムへのマップ
Explorer (INE)
研究所
データベース
開済み

産業技術総合研究所、酒類総合研究所、食品
総合研究所、名 酒・味噌・醤油など 発酵・醸造工業
Database of genomes and 古屋大学農学 に広く用いられている麹菌
経産省 transcriptional regulations 部、愛知県食品 Aspergillus oryzae 塩基配列および DNA, 配列
工業技術センタ 発現制御などの情報をデータベース
for filamentous fungiー、東京大学農 化。
学部、東京農工
大学農学部、東北大学農学部
厚労省

Mycoplasma penetransgenome国立感染研

文科省 Silver

遺伝研

ARCHAebacterial
経産省 Information Collection(ARCHAIC)

産業技術総合研究所

EST 配列Mycoplasma penetrans ゲノムの全DNA, 配列 配列は登録済み アノテーション(遺伝子予測）
塩基配列データと解析結果
独自データは登
録済み、そのほか
遺伝子ツリー
類人猿ゲノム配列データベース
DNA, 配列に DDBJ 由来データ
ARCHAIC（古細菌情報コレクション）、古細菌ゲノム DNA 配列

DNA, 配列

ゲノム配列は登録済み

ゲノムアノテーション

根粒菌 Mesorhizobium loti
MAFF303099, Bradyrhizobium
japonicum USDA110, Sinorhizobium
かずさ DNA 研究
ゲノム、プラスミド
ゲノムアノテーション
経産省 RhizoBase
meliloti 1021 ならびに Rhizobium DNA, 配列
所
配列は登録済み
sp. NGR234 symbiotic plasmid, M. loti
R7A symbiosis island のゲノムデー
タベース
駆虫薬エバーメクチンを生産する工Streptomyces avermitilis
ゲノム、プラスミド
北里大
業微生物 Streptomyces avermitilis DNA, 配列
ゲノムアノテーション
文科省
ゲノムデータベース
配列は登録済みのゲノム配列データベース
海洋開発研究極限環境微生物 DB
機構極限環境 極限環境微生物の遺伝子情報のゲノム配列は登ゲノムアノテーション
文科省
DNA, 配列（Extremo Base）
生物圏研究セン DB；全ゲノム配列 2
録済み
ター
Escherichia coli O157:H7
腸管出血性大腸菌 O157 のゲノム
ゲノム、プラスミド
文科省
阪大DNA, 配列
ゲノムアノテーション
Sakai
統合データベース．
配列は登録済み
腸炎ビブリオの全ゲノム配列情報の腸炎ビブリオゲノム配列デ
ゲノム、プラスミド
阪大
ゲノムアノテーション
文科省
DNA, 配列
データベースータベース
配列は登録済み
病原性放線菌 Nocardia farcinica IFM
ゲノム、プラスミド
ゲノムアノテーション
DNA, 配列
10152 株のゲノム配列データベース
配列は登録済み
全長 cDNA は登ヒトに寄生するトキソプラズマ
録済みの模様だ
ドラフトゲノムへの EST マップ
文科省 Full-Toxoplasma
東大（Toxoplasma gondii）の全長 cDNA デ DNA, 配列
が、アクセッション
ータベース
番号の記述なし
登録しているほとんどすべての ES 細
タグ配列は登録 遺伝子導入／破壊系統の一胞からキメラマウスを作製し、マウス DNA, 配列
文科省 EGTC
熊本大済み
覧
ラインを樹立しています。
マメ科モデル植物ミヤコグサ Lotus
TAC 配列、葉緑
Lotus japonicus Genome かずさ DNA 研究
染色体遺伝子マップ、TAC ク
経産省
japonicus のゲノム塩基配列解析情 DNA, 配列 体配列は登録済
Sequence Project所
ローンのアノテーション報み
かずさ DNA 研究 ヒト長鎖 cDNA (KIAA cDNA) 解析
経産省 HUGE
DNA, 配列 配列は登録済み 配列に対するアノテーション
所
情報データベース
かずさ DNA 研究 マウス長鎖 cDNA (mKIAA cDNA)
経産省 ROUGE
DNA, 配列 配列は登録済み 配列に対するアノテーション
所
解析情報データベース
HIV 感染症統合データベ
ＨＩＶｎｉ関するクリニカルデータとウイ
厚労省
国立感染研
DNA, 配列ース(HIV-DB)
ルスデータを統合化
Nocardia farcinica ゲノムの全塩基
厚労省 Nocardia farcinica genome 国立感染研
DNA, 配列
配列データと解析結果
Alternative Splicing and
産業技術総合 選択的プライシングと転写の基本パ
経産省 Transcription Archives
DNA, 配列研究所
ターンに関するデータベース(ASTRA)
かずさ DNA 研究
遺伝暗号使用頻度データベース
経産省 Codon Usage Database
DNA, 配列所
PLAnt Cis-acting
農業生物資源 文献情報から抽出した植物の転写
農水省 Regulatory DNA Elements
DNA, 配列研究所
因子結合シス配列データベース
Database (PLACE)
文科省

Nocardia farcinica ゲノムデ
国立感染研
ータベース

国内データベースリスト
Rice Mitochondrial
農水省 Genome Information(RMG)

農業生物資源研究所

文科省 HOWDYJST

Genome Information
遺伝研
文科省
BrokerDDBJ - DNA Data Bank of
遺伝研
文科省
Japan
古代 DNA データベース
文科省 (Ancient Genome
遺伝研
Encyclopedia : AGE)
文科省

Microbial Genome
Workbench

遺伝研

文科省 ODB京大
MitoFish (魚類ミトコンドリ
東大
文科省
アデータベース)
文科省 RPG
宮崎大
文科省

Cytokine Family cDNA
Database (dbCFC)

熊本大

Hepatitis Virus Database
文科省 （肝炎ウイルスデータベー 名古屋市立大ス）
文科省

ヒト新規遺伝子候補データ
理研
ベース

文科省

腸炎ビブリオゲノムデータ
宮崎大
ベース

文科省 snoOPY

宮崎大

CYORF (Cyanobacteria
文科省 Gene Annotation
Database)

京大

Human organized whole genome
database
DDBJʼs collection of genome
databases
All known nucleotide and protein
sequences

DNA, 配列
DNA, 配列
DNA, 配列古代 DNA に関する論文の内容をDNA, 配列
表示・分類している．
ゲノム配列が公開されているバクテ
リアおよび古細菌を対象とした遺伝 DNA, 配列子の検索や各種解析ツール
Operon database
DNA, 配列
魚類のミトコンドリアゲノムデータをDNA, 配列収集
Ribosomal protein gene database
DNA, 配列 配列は登録済み
サイトカインの EST を含む cDNA 及
び遺伝子、タンパク質に関するレコ DNA, 配列
ードの収集
肝炎ウイルスの遺伝子配列等が掲
DNA, 配列
載されている．
ヒト遺伝子発見プログラム DIGIT を使用して発見したヒト新規遺伝子候 DNA, 配列
補のデータベース
腸炎ビブリオのゲノム情報データベースであり、種々の検索が可能であ DNA, 配列る。
核小体に存在する低分子
non-coding RNA (snoRNA) のデータ RNA
ベース
らん藻遺伝子の機能アノテーション アノテーシ ゲノム配列は登データベース
ョン
録済み

H-InvDB はヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース、,ヒト アノテーシのすべての転写産物の配列をあら ョン
ゆる手法で解析
かずさ DNA 研究 シロイヌナズナ（Arabidopsis
アノテーシ
経産省 KATANA
所
thaliana）遺伝情報統合データベース ョン
RAP-DB は主にイネの遺伝子と転写
アノテーシ
Rice Annotation Project 農業生物資源 産物を対象とした統合データベー
農水省
ス、イネを中心にイネ科作物等の転 ョン
DataBase (RAP-DB)
研究所
写産物の配列をあらゆる手法で解析
公的データベースから収集したイネ
Rice Genome Automated
農業生物資源 ゲノム配列情報に自動で遺伝子領 アノテーシ
農水省 Annotation System (Rice
研究所
域を推定する解析ツールであり、か ョンGAAS)つ解析した情報を公開
Rice Annotation Database 農業生物資源 解読したイネゲノム配列のアノテー アノテーシ
農水省
ョン
(RAD)
研究所
ションデータベース
カイコゲノム配列情報に自動で遺伝
Kaiko Genome Automated
農業生物資源アノテーシ
子領域を推定する解析ツールであ
農水省 Annotation System研究所
ョンり、かつ解析した情報を公開(KAIKO GAAS)
アノテーシ
文科省 PEC
遺伝研
Profiling of E. coli chromosomeョン
アノテーシ
文科省 RAP-DB
遺伝研
Rice annotation project databaseョン
信頼性の高い遺伝子発見プログラ
アノテーシ
文科省 HAL
東大
ム群を用いて作成したヒトゲノムのョン
網羅的で体系的なアノテーション
Functional annotation of mouse
アノテーシ
文科省 FANTOM
理研
full-length cDNA clones
ョン
経産省 H-Invitational Database

産業技術総合研究所

データ統合検索システム
文科省 （GPS:Genome-Phenome 理研
Superhighway）

イネミトコンドリアゲノム情報データベ
DNA, 配列ース

遺伝子へのアノテーション

Forward Genetics、Reverse
アノテーシ
Genetics、Data Integration 等を連携ョンさせた統合システム．
破壊実験の結果表ひとつ、マBacillus subtilis genome database at 機能ゲノム
配列は登録済み
文科省 BSORF
ゲノムネットイクロアレイ遺伝子発現多数
Kyoto U.
データ
メダカゲノムのドラフト配列の公開
ゲノムマッ ゲノム配列は登UT Genome Browser
BAC クローンマップなど
東大
機械的なアノテーション（EST, 遺伝
文科省
プ
録済み
(Medaka)子予測, 他種との比較ゲノム）マップ（遺伝子、RH、FISH、転ゲノムマッ
文科省 GDBJAPAN
JST
ヒト遺伝子地図情報
写産物）、疾患関連遺伝子座
プ
ヒトの第 1・3・6・8・9・21・22 染色体デ ゲノムマッ
HGS (Human Genome
JST
文科省ータベース．
プ
Sequencing)
タンパク質,
Physicochemical properties of amino
文科省 AAindex
ゲノムネット
アミノ酸特
acids
性
タンパク質,
農業生物資源 イネの２次元電気泳動情報を主とす
プロテオー
農水省 Rice Proteome Database
2D-PAGE プロテオーム
研究所
るプロテオ ムデータベース
ム
タンパク質,
ﾋﾄ唾液腺腺癌細胞ﾀﾝﾊﾟｸﾋﾄ唾液腺腺癌細胞ﾀﾝﾊﾟｸ質の 2 次
2 次元ゲル電気泳動写真、ス
文科省 質の 2 次元電気泳動ﾃﾞｰ 岩手医科大
プロテオー
元電気泳動ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
ポットの同定結果一覧
ﾀﾍﾞｰｽ
ム
国立循環器病セタンパク質,
生体内ペプチドのファクト
ペプチドの電荷、疎水性、分ンター/生体内 生体内ペプチドのファクトデータベー
厚労省 データベース
プロテオー
子量ペプチドファクト スの構築と維持のためのシステム(PEPTIDOME)ム
DB 作成委員会
酵素立体構造情報、文献情報などに
A Database of Enzyme
産業技術総合タンパク質,
基いて、酵素触媒機構を階層的に分経産省 Catalytic Mechanisms
研究所
機能類(EzCatDB)
立命館大/Ｇｌｙｃ 糖鎖抗原とそれを認識する抗体の総ｏＥｐｉｔｏｐｅＤａｔａ 合的なデータベースであり、糖鎖の タンパク質,
糖鎖抗原データベース
文科省
ｂａｓｅ作成委員 化学的データに加えて、その機能研 抗体(GlycoEpitope)
究に関与する情報を提示
会遺伝子のアミノ酸配列を蓄積したも タンパク質,
文科省 GENES
京大の．
配列
Protein research foundation
PRF（蛋白質研
タンパク質,
database of peptides: sequences,
文科省 PRF
究奨励会)
配列
literature and unnatural amino acids
タンパク質,
文科省 PMD
遺伝研
Compilation of protein mutant data
変異
創薬のターゲットとして最も重要な G
7 回膜貫通タンパク質デー 産業技術総合タンパク質,
タンパク質共役型受容体データベー
経産省
タベース(SEVENS)
研究所
立体構造
ス
多重媒介配列検索法（MISS 法）を用
タンパク質立体構造データ 産業技術総合 いて各生物種ゲノムの全 ORF を構 タンパク質,
経産省
ベース(GENIUS Ⅱ)
研究所
造既知のタンパク質の立体構造に帰 立体構造属したデータベースシステム
タンパク質立体構造を配列および構
代表的タンパク質チェイン
産業技術総合タンパク質,
造類似性を考慮して分類し代表タン
経産省 決定システム研究所
立体構造
パク質チェインを決定するシステム(PDB-REPRDB)
タンパク質,
Rice Protein Structure
農業生物資源
農水省
イネタンパク質構造データベース
立体構造
Databace (RPSD)
研究所
Protein fold predictions from genome タンパク質,
文科省 GTOP
遺伝研
sequences
立体構造
タンパク質、核酸の立体構造データ タンパク質,
文科省 PDBSTR
京大
ベース．
立体構造
Electrostatic surface of Functionalsite: electrostatic potentials andタンパク質,
文科省 eF-site
阪大hydrophobic properties of the active 立体構造
sites
蛋白質および生体高分子の立体構
日本蛋白質構造データバ
タンパク質,
阪大
造データベースとそれに関連する二文科省
ンク (PDBj)
立体構造
次データベース
eProtS (タンパク質構造百タンパク質の構造と機能について解 タンパク質,
文科省
阪大
立体構造
科辞典)
説したもの．
蛋白質と核酸の複合体構造を集め タンパク質,
蛋白質・核酸複合体構造
九工大
文科省
たデータベースで、認識モチーフや 立体構造
データベース

国内データベースリスト
構造型にしたがって分類
生体分子の構造、機能と物性に関す
タンパク質,
るデータを統合するためのバックボ
立体構造ーンデータベース。
Thermodynamic data for wild-type タンパク質,
文科省 ProTherm
九工大
and mutant proteins
立体構造
タンパク質,
文科省 Gallery of Biomolecules 九工大
分子構造の画像データベース．
立体構造ﾀﾝﾊﾟｸ質水素･水和水ﾃﾞｰﾀ 日本原子力研
タンパク質, 構造データはﾀﾝﾊﾟｸ質水素･水和水ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
文科省
ﾍﾞｰｽ
究所
立体構造 PDB に登録済み
タンパク質,
文科省 Het-PDB Navi
長浜バイオ大 Hetero-atoms in protein structures
立体構造
Experimentally-characterized
タンパク質,
文科省 TMPDB
弘前大
transmembrane topologies
立体構造
タンパク質立体構造の基準振動解 タンパク質,
文科省 ProMode
早稲田大析データベース
立体構造
老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)研究協議
老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)
信州大会作成の老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM) 文献
文科省
ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ
トランスポータに関する統合的なデ薬物トランスポーター情報
薬物
東大
文科省
ータベース
統合データベース
小脳形成における遺伝子発現の時 遺伝子発 (2001)は GEO 登 (2005)GeneChip 遺伝子発現
文科省 脳形成遺伝子発現 DB
理研
空間的情報の DB
現録済み
データ
2D ゲル画像と同定されたスポットの一覧、マイクロアレイス
Archaeal Gene Network 産業技術総合 古細菌 Thermoplasma volcanium
遺伝子発経産省
ポット画像と定量化された値(Arch GeNet)
研究所
GSS1 の遺伝子発現プロファイル
現の一覧
Human and mouse gene expression 遺伝子発 3' EST の一部は 3' EST、組織、細胞の種類ご
文科省 BodyMap
東大
data
現
登録済み
との頻度
3' EST のコンセンサス配列とかずさ DNA 研究 ミヤコグサ（Lotus japonicus）EST 解 遺伝子発EST は登録済み
経産省 ミヤコグサ EST Index
アノテーション
所
析情報データベース
現アダプター付加競合 PCR 法で測定しBrain Gene Expression
遺伝子発
奈良先端大
たマウス脳の遺伝子発現プロファイ
ATAC-PCR 遺伝子発現
文科省
Database (BGED)
現
ルデータベース。
CAGE 遺伝子発現／転写開CAGE tags for cap-analysis of gene 遺伝子発
文科省 CAGE
理研
始位置
expression
現モデル植物ヒメツリガネゴケについてのプロトコール集、完全長 cDNA およ 遺伝子発EST は登録済み EST アセンブルコンティグ
文科省 PHYSCObase
基生研
び EST クローンの塩基配列解析結 現
果
コオロギの胚発生、器官形成・再生
Cricket EST DB and
遺伝子発
文科省
徳島大
に関する EST および時空間発現デEST は登録済み EST クラスタリング結果
Expression DB
現ータベース
クラミドモナス（Chlamydomonas
EST コンティグ、コンティグにかずさ DNA 研究
遺伝子発reinhardtii）EST 解析情報データベ
EST は登録済み
経産省 クラミドモナス ESI Index
対するアノテーション所
現ース
EST に対応する遺伝子の発
脊索動物尾索類であるマボヤの遺伝子発配列は登録済み 現位置／ステージ、EST クラ
文科省 MAGEST
ゲノムネットEST データベース。
現
スタリング結果
岡山大由来の本領域で作成した約 93,000 のデータ
遺伝子発 EST 配列は登録を quality file に基づいて整理し直し
EST のアセンブルコンティグ
文科省 HarvEST
岡山大
現済み、他は未確て登録した．
認
シロイヌナズナ（Arabidopsis
かずさ DNA 研究
遺伝子発thaliana）EST 解析情報データベー
経産省 シロイヌナズナ EST Index
EST は登録済み EST のアノテーション所
現ス
かずさ DNA 研究 スサビノリ（Porphyra yezoensis）EST 遺伝子発EST は登録済み EST のアノテーション
経産省 スサビノリ EST Index
現所
解析情報データベース
タバコ培養細胞 BY-2 株由来 cDNA
EST のアノテーション、クラス
Transcription Analysis of
遺伝子発
理研
断片の配列情報とそれのホモロジー
EST は登録済み
文科省
タリング結果BY-2
現検索結果
小規模のマウス脳３ʼ末端 EST のデ
遺伝子発
文科省 BED (Brain EST Database)奈良先端大ータベース。BLAST、FASTA など簡EST 配列現
単な検索機能がある。
文科省 LeEST データベース
島根大
シイタケの EST データベース．
遺伝子発
EST 配列文科省 3DinSight

九工大

現
Knowledge-Oriented
農水省 Molecular Biological
Encyclopedia (KOME)

農業生物資源研究所

文科省 barley EST database

岡山大

文科省

カタユウレイボヤ EST プ
高知大
ロジェクトホームページ

文科省 Atlas (ISH Data Base)筑波大

文科省 XDB

基生研

文科省

GETDB - Gal4 Enhancer
理研
Trap Insertion Database -農水省

RGP Rice cDNA Sequence 農業生物資源
Database研究所

イネ完全長 cDNA 情報データベース

遺伝子発
公開済み
現

当研究で開発された約９万３千の遺伝子発
EST 配列について配列情報および
現blast 検索が可能なデータベース
カタユウレイボヤゲノムプロジェクトコ
遺伝子発ンソーシアムが行った EST 解析と現網羅的 in situ 解析の結果
Dictyostelium discoideum cDNA クロ
ーンの Whole-mount in situ
遺伝子発hybridization での空間的遺伝子発 現
現情報ツメガエルの EST 解析データベー
遺伝子発ス。神経胚、尾芽胚より約 7 万 EST
現を収集。
ショウジョウバエにおいて Gal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統
遺伝子発を NP コンソーシアムとして約４６００
現の挿入系統を作成し、すべてを検定。
遺伝子発イネ EST データベース
現

EST 配列は未公開、アノテー
ション

EST 配列は登録 Germplasm リソース一覧、種済み
子および出芽の画像
in-situ hybridization 遺伝子発EST は登録済み 現画像、そのテキスト記述、EST クラスタリング結果
EST は登録済み WISH 遺伝子発現（画像）

EST は登録済み

WISH 遺伝子発現（画像）、
EST アセンブルコンティグ
エンハンサートラップ挿入系
統、挿入位置のマップ、in-situ
hybridizaion による遺伝子発
現

EST は登録済み クラスタリング結果

全長 cDNA は未登録の模様、EST アセンブルコンティグ、そ遺伝子発
EST は登録済みのアノテーション(BLASTX,
現GO)
Arabidopsis tiling-array-based
遺伝子発 cDNA 配列は登録 タイリングアレイ実験結果（染文科省 ARTADEdb
理研
detection of exons
現済み
色体に沿った発現の有無）
遺伝子発タグ配列と頻度
文科省 BloodSAGE
東大
ヒト血液系発現頻度プロファイル
現
タグ配列と頻度、細胞間のタ遺伝子発
文科省 遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ
東大
SAGE 法による遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ
グ頻度比較
現5'-end serial analysis of gene
タグ配列と頻度、対応する遺遺伝子発
文科省 5'SAGE
東大
expression
現伝子、染色体マウス ES 細胞中の遺伝子をレトロウ
トラップされた遺伝子のタグ配
The NAISTrap database or
遺伝子発
奈良先端大
イルス型ベクターによってランダムに
文科省
列（バンク未登録）
NAISTrap データベース
現
トラップして得た ES 細胞
シロイヌナズナのトランスポゾン挿入
PFGWEB, トランスポゾン
遺伝子発
理研
変異体約 12,000 ラインの挿入位置
トランスポゾン変異株
文科省
挿入変異体データベース
現情報や近傍遺伝子を公開
シロイヌナズナのトランスポゾン挿入
RARGE, トランスポゾン挿
遺伝子発
文科省
理研
変異体約 12,000 ラインの挿入位置
トランスポゾン変異株
入変異体データベース
現情報や近傍遺伝子を検索
かずさ DNA 研究 マウス DNA マイクロアレイ 解析情報 遺伝子発マイクロアレイデータ
経産省 Mouse DNA Microarray
現所
データベース
カタユウレイボヤ EST 解析に用いMicroarray analysis of
マイクロアレイデータはバンク
た 9287 クローンの cDNA を載せ 遺伝子発
embryonic retinoic acid高知大
未登録、in-situ hybridization
文科省
たマイクロアレイを用いた発現解析 現target genes in the
遺伝子発現画像結果
ascidian Ciona intestinalis
Platform は GEO
マイクロアレイデータは未登
Rice Expression Database 農業生物資源 マイクロアレイ解析による遺伝子発 遺伝子発
に登録済み
農水省
録の模様
(RED)
研究所
現情報データベース
現(GPL1245)
矮性トマト品種マイクロトムの EST、マイクロアレイ遺伝子発現、
かずさ DNA 研究
遺伝子発Unigene、マーカー、GO などのデータ
経産省 MiBASE
EST は登録済み 独自 UNIGENE クラスタとその所
現ベース
アノテーション
遺伝子発ライブラリ情報、アノテーション
農業生物資源EST は登録済み
農水省 KAIKO cDNA
カイコ EST データベース
現(BLASTX)
研究所
InGaP:mKIAA 抗体及び mKIAA cDNA
マイクロアレイデ 遺伝子 ectopic expression 画
かずさ DNA 研究 マイクロアレイ解析情報 データベー 遺伝子発ータは GEO 登録 像、タンパク質発現画像、タン
経産省 CREAT portal
ス、InCeP:KIAA/mKIAA 遺伝子が関 現
所
パク質相互作用済み
連するパスウェーデータベース
線虫の生殖腺特異的発現 168 遺伝
線虫の生殖腺関連遺伝子
遺伝子発
文科省
東大
子を対象に RNAi 法を用いて機能阻
遺伝子ごとの RNAi 表現型の RNAi 結果
現害を行った結果を記載
農水省

Pig EST Data Explorer(PEDE)

農業生物資源
研究所

ブタ完全長 cDNA クローン由来のEST データベース

国内データベースリスト
SBM データベース
文科省 （Systems Biology andMedicine Database）

東大

文科省 RAFL cDNAs

理研

医薬基盤研究
カニクイザル cDNA データ 所生物資源研
究部遺伝子資ベース (Qfbase)
源研究室
医薬基盤研究
チンパンジーcDNA データ 所生物資源研
厚労省
究部遺伝子資ベース (PRIGEN)
源研究室
Rice Microarray Opening 農業生物資源
農水省
Site (RMOS)
研究所
厚労省

文科省 BodyMap-Xs

遺伝研

文科省 CIBEX

遺伝研

文科省 EXPRESSION

京大

文科省 Medaka EST database

東大

文科省 SilkBase

東大

文科省

カイコ完全長 cDNA データ
東大
ベース

文科省 EICO DB

文科省

理研

MAEDA (Micro Array
理研
Expression DAta search)

シロイヌナズナ完全長
理研
cDNA クローンカタログ. ヒメツリガネゴケ完全長
文科省
理研
cDNA クローンカタログ
Transcriptome analysis of
文科省 2 component system in名古屋大Eschericia coli
Chick Eye EST DB and徳島大
文科省
Expression DB
文科省

Brain Atlas Database of
経産省 Japanese Monkey for
WWW

産業技術総合研究所

文科省 ABA

遺伝研

ヒトの包括的な遺伝子発現データベ 遺伝子発ース．
現

遺伝子発現は（おそらく）未登
録

配列に対する BLASTX アノテ
シロイヌナズナの完全長 cDNA 情報 遺伝子発配列は登録済みーションのデータベース．
現
配列は多くが登録
カニクイザルオリゴキャップクローン
遺伝子発 済みだが一部未の 5'端 63,000 配列、3'端 22,000 配登録のものがあ
現列、全長 4,500 配列る
チンパンジーオリゴキャップクローン 遺伝子発 配列は登録済みの 5ʼ端 cDNA15,000 シーケンス
現(EST は一部のみ)
イネマイクロアレイデータベース

遺伝子発
現A database for cross-species
遺伝子発comparison of vertebrate gene
現
expression
マイクロアレイデータを中心とする遺 遺伝子発
伝子発現データベース
現マイクロアレイによる遺伝子発現情 遺伝子発報のデータベース．
現
EST データ、迅速変異マッピングシス
遺伝子発
EST は登録済み
テム、オリゴチップ Medaka
現Microarray 8K に関する情報を提供
カイコ Bombyx mori（鱗翅目カイコガ科の昆虫）の EST データベース。
今のところ約 30,000 個の cDNA の 5' 遺伝子発EST は登録済み
現端塩基配列が登録されている。
三田和英博士（農業生物資源研）ほかとの共同研究により作成した。
カイコの完全長 cDNA 配列データベ 遺伝子発EST は登録済みース
現Expression-based imprint candidate
遺伝子発organiser: a database for discovery
現of novel imprinted genes
GEO に登録されシロイヌナズナの遺伝子発現データ 遺伝子発 ている模様
ベース．
GEO:GSE4203,
現GPL3181
シロイヌナズナの完全長 cDNA クロ 遺伝子発ーンのカタログ．
現
ヒメツリガネゴケの完全長 cDNA ク 遺伝子発 EST 配列は登録
現済み
ローンのカタログ。
大腸菌２成分制御系の欠失変異株
遺伝子発における遺伝子発現プロファイルの現
マイクロアレイ解析データ。
ニワトリの眼の発生に着目した EST 遺伝子発および発現データベース
現脳画像データベース。ニホンザルの脳の画像をデジタル化して公開。高
次機能を調べるうえで重要な脳皮質
形態
3D 画像(Voxel データ)全体を含む組織標本の連続切片データベース。マウス操作のみで簡便に参照可能。
Ascidian body atlas: digital 3D model形態
ホヤ発生過程の形態の写真
of ascidian development

産業技術総合研究所、(株)映 ラットの脳断面画像。現バージョンでRat Brain Sections:
経産省
形態
は 7 枚の脳断面画像を公開。
像美術院、Super-fine images(株)PFU
Saccharomyces cerevisiae
文科省 SCMD
東大morphological database: micrographs 形態
of budding yeast mutants
御茶ノ水大学/ 脂質の物理化学的性質、生理活性、メタボロームと生理活性脂
日本脂質生化 メタボリズム、遺伝情報を構造式、ス 脂質
文科省
質データベース学会
ペクトルデータなども含めて表示

経産省

Transcription Product
Database (TraP)

産業技術総合研究所

文科省 KEGG Pathway

ゲノムネット

文科省 BRITE

ゲノムネット

文科省 LIGAND

ゲノムネット

文科省 KEGG

ゲノムネット

文科省 GLIDA

京大

文科省 DBTGR

東大

文科省 Kinase Pathway Database 東大PRIME (PRotein
文科省 Interaction and Molecular 東大
information databasE)
文科省 INOH pathway database

東大

文科省

生体分子・リガンド相互作
九工大
用データベース、ProLINT

文科省

アミノ酸・塩基相互作用デ
九工大
ータベース

文科省 ProNIT

九工大

The Signaling PAthway
九大
文科省
Database (SPAD)
Cytokine Signaling
Pathway Database（サイト
熊本大
文科省
カインシグナル伝達経路
データベース）
文科省

Genomic Object Net
Pathway Database山口大

文科省 GALAXY

名古屋市立大文科省 Glycan

ゲノムネット

文科省 MBGD

ゲノムネットSSDB (Sequence
文科省
Similarity Database)

京大

文科省 ライフサイエンス辞書

京大

文科省

GENA (Gene Name
Dictionary)

画像

文科省 FACTS

野生型および変異株の写真、その特徴量（軸長、出芽角度
など）

農水省

Rice Tos17 Insertion
Mutant Database

文科省 GenoBase

東大
理研
農業生物資源研究所
奈良先端大

古細菌の生合成・代謝経路に関わる相互作用
遺伝子産物データベース
Metabolic and regulatory pathways in
相互作用
complete genomes
Biomolecular relations in informationtransmission and expression, part of 相互作用
KEGG
Chemical compounds and reactions
相互作用
in biological pathways
Kyoto encyclopedia of genes andgenomes: databases on genes,
相互作用
proteins, and metabolic pathways
G-protein coupled receptors ligand
相互作用database
A database of tunicate (Ciona) gene
相互作用
regulation
ゲノム配列が決定された主な真核生物のキナーゼに関する統合データベ 相互作用ース.
ゲノム配列が決定された主な真核生物のキナーゼに関する統合データベ 相互作用ース.
グラフ表現とオントロジーアノテーシ
ョンにより、高付加価値情報を文献相互作用から抽出したモデル生物のパスウエ
イデータベース
生体分子とリガンドの相互作用に関する定量的な実験データを文献から 相互作用
集めたデータベース。
アミノ酸と塩基の特異的相互作用を相互作用検索するためのデータベース
Thermodynamic data on
相互作用
protein-nucleic acid interactions
シグナル伝達のパスウェイを可視化
相互作用
している．
サイトカインシグナル経路に関する相互作用
データベース．
ハイブリッド関数ペトリネットを用いてこれまでに作成した生命パスウエイ 相互作用を掲載している．
GALAXY は N 型糖鎖の構造解析を
糖鎖の構造（糖残基のつなが支援する WEB アプリケーションであ 糖り方）
る。
Carbohydrate database, part of the糖
KEGG system
Microbial genome database for
比較ゲノム
comparative analysis
遺伝子間の関連を示すジーンユニ
比較ゲノム
バースデータベース．
広範な生命科学（ライフサイエンス）の学問領域で使われる専門用語，
文献
対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集し，辞書，ツールをを作成
遺伝子と遺伝子産物の正式名、シンボル（記号）、同義語を容易に見つけ 文献ることができるデータベース.
遺伝子に、文献情報をマッピングし文献たデータベース．
レトロトランスポゾンによる遺伝子破トランスポゾン隣
トランスポゾン変異株
壊系統のデータベース。表現型情報
接配列と挿入領域情報を公開。
マイクロアレイ遺伝子発現、ゲノム配列は登E. coli genome database at Nara
2D-PAGE プロテオーム、タン
録済み
Institute
パク質局在国内データベースリスト

文科省 RARGE

理研

文科省 CGH データベース

東京医歯大

RIKEN Arabidopsis genome
encyclopedia: cDNAs, mutants andmicroarray data
各種癌αゲノム異常の網羅的解析
DB
ｼﾛｲﾇﾅｽﾞﾅｱｸﾁﾍﾞｰｼｮﾝﾀｷﾞﾝｷﾞﾗｲﾝ
で、T1 世代で表現形のでたラインからタグ挿入近傍の遺伝子を予測

シロイヌナズナアクチベー
文科省 ションタギングラインデータ 理研
ベース
病原真菌データ
ベース運営委員 真菌菌種リスト（塩基配列による菌厚労省 病原真菌データベース
会/帝京大学真 種分類など)および真菌症リストなど
菌研究センター
微細藻類の遺伝子組み換えに役に立つ情報をデータベース化。ホスト
Database for Genetic
産業技術総合 ーベクター系、遺伝子導入法、有用
経産省
Engineering of Microalgae 研究所
物質の生産、インヒビター耐性変異
株、合成トランスポゾン系 、選択マ
ーカー
微生物データベースシス 産業技術総合 微生物データベース。微生物のキー
経産省
テム (MRCD)
研究所
ワード検索が可能。
NBRC で保存している生物遺伝資源のデータベース。NITE で分譲してい製品評価技術経産省 NBRC Culture Catalogue
る微生物株を、学名で検索したり、微基盤機構
生物株の詳細な情報を得ることができる。
NITE で分譲しているヒト完全長Distribution of Full-length 製品評価技術
cDNA クローンを DDBJ Accession 番
経産省
Human cDNA Clones
基盤機構
号や配列で検索ができる
東京大学医科学研究所、バイ日本人一般集団７８６人を対象に遺オ産業情報化コ
伝子型の決定を行い、アレル（対立
経産省 標準 SNPs 解析事業
ンソーシアム、
遺伝子）頻度のデータベースを構築
製品評価技術基盤機構
完全長 cDNA 構造解析プロジェクト
バイオテクノロジで解析された新規ヒト遺伝子全長配完全長 cDNA データベース
ー開発技術研
経産省
列および解析結果を統合したデータ(FL-DB)
究組合
ベース
農業生物資源 イネ関連データベースの横断的検索
農水省 Rice PIPELINE
研究所
ツール
日本のイネを中心に品種、系譜図、
農業・食品産業
特性情報（出穂期、草丈、種子形態
農水省 Rice Research
技術総合研究等）を網羅的に公開しているデータ機構
ベース
病原微生物統合データベ
JST
病原微生物統合データベース．
文科省ース
文科省 Oryzabase
遺伝研
Rice genetics and genomics
国際 DNA データベースに公開された
DDBJ/CIB ヒトゲノム情報
文科省
遺伝研
配列情報を独自の方法で染色体配工房
列を作成し、公開
線虫の遺伝子構造を基礎に、線虫
実験動物「線虫」変異体デ
遺伝研
変異体を逆遺伝学的に収集・保存・
文科省
ータベース
提供を行っている．
JMSR(Japan Mouse Strain
遺伝研
マウス系統の統合検索システム．
文科省
Resources Database)
広範囲にわたる分子生物学データベースに対する単純なデータベース取文科省 DBGET
ゲノムネット得システム．
生物学・医学のデータベースと解析
文科省 GenomeNet:ゲノムネット 京大
ツールが掲載．
様々なプロジェクトで構築されている
リンク情報データベース
京大
分子生物学データベース間の関連
文科省
LinkDB
情報を網羅的に抽出
siDirect は、ヒトおよびマウスの遺伝
文科省 siDirect
東大
子配列を受け取ると、siRNA 配列を短時間で計算するウェブサーバー

cDNA 配列は登録 マイクロアレイ遺伝子発現、ト済み
ランスポゾン変異株
染色体上の異常の位置と種類を表す絵（細胞ごと）
変異株の表現型の記述と写真文科省 CGED
東大
Protein Interaction
東大
文科省
Prediction Server (PIPS)
文科省 KEGG DAS

東大

文科省 GenomeSURF

東大

文科省 Gene Resource Locator

東大

Bombyx Mutants
Photographs

東大

文科省 アサガオホームページ

九大

文科省

文科省

Cancer Gene Expression
Database (CGED)

奈良先端大

文科省

TATA-less Promoters in
Plants名古屋大

文科省 CARD R-BASE

熊本大

文科省 DeinoBase

日本原子力研究所

文科省 SayaMatcher

埼玉医科大

文科省 READ

埼玉医科大

文科省 FAMSBASE

長浜バイオ大日本ショウジョウバエデー
文科省 タベース（JDD：Japan
京都工繊大
Drosophila Database)Cancer gene expression database
配列からタンパク質の相互作用を予測するシステム.
ゲノムが決定された生物種の配列と分散アノテーション（DAS）情報
プライマ、オリゴマ設計のための頻度分布情報
Alignment of ESTs with finishedhuman sequence
Silkworm Bombyx mori ESTs,
mutants, photographs
モデル植物であるアサガオの突然変異系統情報、突然変異遺伝子リス
ト、連鎖地図などの情報を収集
アダプター付加競合 PCR 法で測定したヒト癌組織の遺伝子発現プロファイルデータベース。
植物核遺伝子の TATA ボックスの有無を解析．
マウスの系統、遺伝子、疾患などのデータが記載．
ＤＮＡ修復関連タンパク質研究の基礎として Deinococcus radiodurans ゲ
ノムのコンピュータ解析結果
転写因子予測結合領域解析パイプ
ライン
Riken Expression Array Database
立体構造データベース。99 生物種のゲノム情報から得られる全 ORF から
ホモロジーモデリングで構築
ショウジョウバエ系統とその特性などを掲載．

放射活性を利用したＤＮＡアレイを利用して、統合失調症の脳３領域における病態遺伝子プロファイルを取得
北海道大学病 免疫組織化学に関わる総合データ
免疫組織化学総合データ
院病理部/ワー ベースで、ここの抗体に関わる記述
文科省
ベース
キンググループ とコラムから構成。
ショウジョウバエの既知遺伝子のリスト、会報、画像、実験に関するムー
文科省 J*FLY
東大
ビー等が掲載されている．
病原性大腸菌 O157 のゲノム情報
病原性大腸菌 O157 ゲノ
宮崎大
データベースであり、種々の情報検
文科省
ムデータベース
索や、関連論文の検索が可能
Dictyostelium discoideum cDNA クロ
Dictyostelium cDNA
筑波大
ーンの塩基配列・相同性・モチーフ
文科省
Database (略称 Dicty̲cDB)
検索・局在性予測等の情報
国内の医学会抄録集から、家系・家
日本人遺伝性疾患家系デ
文科省
琉球大族・遺伝をキーワードに収集したデータベース
ータベース。
遺伝子が関与する疾患を奇形症候
琉球大学遺伝性疾患デー
琉球大
文科省
群を中心にまとめたデータベース。
タベース第 9 版
文科省

統合失調症の脳内遺伝子
新潟大
発現プロファイル