SCLS計算機システム講習会

GROMACSを使用した
温度レプリカ交換分子動力学法(T-REMD)
実習

独立行政法人理化学研究所
HPCI計算生命科学推進プログラム
チーム員

波内 良樹

yoshiki.namiuchi@riken.jp

GROMACSによるT-REMDシミュレーション
温度レプリカ交換分子動力学法の実装方法

GROMACSの温度レプリカ交換分子動力学法(T-REMD)シミュレーション

・温度を交換・構造を交換GROMACSはこちら(構造を交換)温度 (T)
シミュレーション#1

T1

Replica 1

Replica 1

Replica 1

交換不成立

シミュレーション#2

T2

Replica 2

Replica 2

Replica 4

T1

交換成立

Replica 4

Replica 1

T2

Replica 2

T3

交換成立

シミュレーション#3

T3

Replica 3

Replica 4

Replica 2

交換成立

シミュレーション#4

T4

Replica 4

温度が異なる
シミュレーション環境

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Replica 3

交換不成立

Replica 3

Replica 3

T4

シミュレーション時間
交換の試行
2レプリカ毎の温度の決定
期待する交換確率(0.2～0.3)になるように、短いT-REMDシミュレーショ
ンを繰り返して温度を調整する。
Temperature generator for REMD-simulations

入力

http://folding.bmc.uu.se/remd/

Exchange probability:

0.2

Lower temperature limit:

298

Upper temperature limit:

302

Number of water molecules:

10824

Number of protein atoms:

1960

タンパク質の原子数、水分子の数、
温度範囲、交換確率を入力すると、レプリカ毎の温度を生成してくれる。

出力

4個の温度を生成

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3

実習のながれ

実習で行う
ステップ

Lysozyme in Water

・溶媒(水)中のリゾチーム (PDBID: 1AKI)

平衡化

・4種類の温度で平衡化してレプリカを作成

T-REMDシミュレーション

・温度レプリカ交換分子動力学法(T-REMD)でシミュレーション

後処理

・T-REMDシミュレーションの実行結果の確認・多重化されたトラジェクトリの再構成※ エネルギー極小化まで実施済み※ 本実習では、平衡化およびT-REMDシミュレーションはNVTサンプリングで行っています。
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4

SCLS計算機システムのGROMACS
実習で使用するGROMACSGROMACS
4.6.2

倍精度、MPI、OpenMP※ GROMACSのコマンド名に、サフィックス「_mpi_d」が付きます。
※ すべてのコマンドで並列処理が可能な訳ではありません。
(gromppは逐次、mdrunはMPI並列、等々)

GROMACSを使用するにあたって

ジョブスクリプトに以下の記述を追加 (環境変数の設定)
module load Gromacs/4.6.2
export FLIB_FASTOMP=FALSE※ GROMACSコマンド実行時に、以下のメッセージが表示されます。
jwe1050i-w The hardware barrier couldn't be used and continues processing using the software barrier.
SCLS計算機システム(FX10)に実装されているハードウェアバリア機能が利用できない場合に表示されます。
(FLIB_FASTOMP=FALSEに設定しているため) 動作に問題はありません。
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実習の準備[user1@scls ~]$ cp -r ~namiuchi/lec/lec_gmx_remd .

[user1@scls ~]$ cd lec_gmx_remd

実習用環境を格納したディレクトリlec_gmx_remdを
自身のホームディレクトリ配下にコピー

カレントディレクトリを、コピーしたlec_gromacs_remdディレクトリに変更[user1@scls lec_gmx_remd]$ ls -lF

lec_gromacs_remdディレクトリの内容を表示

合計 24
drwxr-xr-x 2 user1 group1 4096

6月 24 16:47 2014 pre/drwxr-xr-x 2 user1 group1 4096

6月 24 16:47 2014 script/

ジョブスクリプトを格納しているディレクトリ

drwxr-xr-x 3 user1 group1 4096
drwxr-xr-x 3 user1 group1 4096
drwxr-xr-x 3 user1 group1 4096
drwxr-xr-x 3 user1 group1 4096

6月 24 16:47 2014 sim0/
6月 24 16:47 2014 sim1/
6月 24 16:47 2014 sim2/
6月 24 16:47 2014 sim3/

4種類の温度のシミュレーション環境を格納するディレクトリ

トポロジーファイルやエネルギー極小化済み構造ファイルを格納しているディレクトリ

[user1@scls lec_gmx_remd]$

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平衡化
各シミュレーション環境のディレクトリに、それぞれの温度で平衡化したレプリカを作成

平衡化のパラメータファイル[user1@scls lec_gmx_remd]$ less sim0/equil.mdp; Temperature couplingtcoupl= V-rescale; pressure coupling
pcoupl= nogen-vel= yes

シミュレーション#0ディレクトリ(sim0)の平衡化用パラメータファイル(equil.mdp) を参照; modified Berendsen thermostat; no pressure coupling in NVT

一部抜粋[user1@scls lec_gmx_remd]$

レプリカ毎の温度設定[user1@scls lec_gmx_remd]$ grep ref-t sim*/equil.mdp
sim0/equil.mdp:ref-t
sim1/equil.mdp:ref-t
sim2/equil.mdp:ref-t
sim3/equil.mdp:ref-t= 298.00= 299.57= 301.14= 302.72

各シミュレーションディレクトリ(sim*)の平衡化用パラメータファイル(equil.mdp)の温度設定パラメータを参照; reference temperature, one for each group, in K
; reference temperature, one for each group, in K
; reference temperature, one for each group, in K
; reference temperature, one for each group, in K

[user1@scls lec_gmx_remd]$
それぞれの温度設定パラメータの値
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平衡化 [grompp] (1)ジョブスクリプト[user1@scls lec_gmx_remd]$ cat script/grompp_equil.sh#!/bin/sh#------ pjsub options ------#
リソースグループ「small」#PJM -L "rscgrp=small"
使用ノード数「1」#PJM -L "node=1"
最大経過時間「10分」#PJM -L "elapse=10:00"
標準エラー出力を標準出力に向ける#PJM -j#------ Program Execution --------#
module load Gromacs/4.6.2
GROMACS環境変数の設定

export FLIB_FASTOMP=FALSE
for dir in sim[0123]
do
cd $dir
grompp_mpi_d -f equil.mdp -c ../pre/em.gro -p ../pre/topol.top -o equil.tpr
cd ..
done
[user1@scls lec_gmx_remd]$
各シミュレーションディレクトリで順にgromppを実行

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平衡化 [grompp] (2)ジョブの投入と状態確認[user1@scls lec_gmx_remd]$ pjsub script/grompp_equil.sh[INFO] PJM 0000 pjsub Job 15151 submitted.
[user1@scls lec_gmx_remd]$ pjstat
ACCEPT QUEUED
0
0
s
0
0
JOB_ID
15151

STGIN
0
0

READY RUNING RUNOUT STGOUT
0
1
0
0
0
1
0
0

JOB_NAME
MD ST USER
grompp_equ NM RUN user1

HOLD
0
0

START_DATE
04/22 10:33:54

ERROR
0
0

TOTAL
1
1

ELAPSE_LIM NODE_REQUIRE
0000:10:00 1[user1@scls lec_gmx_remd]$

ジョブ実行結果[user1@scls lec_gmx_remd]$ less grompp_equil.sh.oXXXX

ジョブの実行結果の確認…
…

[user1@scls lec_gmx_remd]$ ls -lF sim*/equil.tpr-rw-r--r-- 1 user1 group1 2157740 4月 22 10:33 2014 sim0/equil.tpr-rw-r--r-- 1 user1 group1 2157740 4月 22 10:33 2014 sim1/equil.tpr-rw-r--r-- 1 user1 group1 2157740 4月 22 10:34 2014 sim2/equil.tpr-rw-r--r-- 1 user1 group1 2157740 4月 22 10:34 2014 sim3/equil.tpr

生成された各レプリカの平衡化用実行入力ファイル[user1@scls lec_gmx_remd]$
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平衡化 [mdrun] (1)ジョブスクリプト[user1@scls lec_gromacs]$ cat script/mdrun_equil.sh#!/bin/sh#------ pjsub options ------##PJM -L "rscgrp=small"
リソースグループ「small」
使用ノード数「8」#PJM -L "node=12"
プロセス数「128」#PJM --mpi "proc=192"
各ノードへのプロセスの割り振りの指定#PJM --mpi "rank-map-bychip"
最大経過時間「10分」#PJM -L "elapse=10:00"
標準エラー出力を標準出力に向ける#PJM -j#------ Program Execution ------#
module load Gromacs/4.6.2
GROMACS環境変数の設定

export FLIB_FASTOMP=FALSE
mpiexec mdrun_mpi_d -v -multidir sim[0123] -deffnm equil

mdrunの実行※ 講習会向けにシミュレーション時間を短く設定(10ps)【 -multidir オプション 】… 複数のディレクトリに格納された系を並列処理
sim0, sim1, sim2, sim3の4個のディレクトリに格納された実行入力ファイルを、それぞれ3ノード(48プロセス)使用して並列に処理

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平衡化 [mdrun] (2)ジョブの投入と状態確認[user1@scls lec_gmx_remd]$ pjsub script/mdrun_equil.sh[INFO] PJM 0000 pjsub Job 15152 submitted.
[user1@scls lec_gmx_remd]$ pjstat
ACCEPT QUEUED
0
0
s
0
0
JOB_ID
15152

STGIN
0
0

READY RUNING RUNOUT STGOUT
0
1
0
0
0
1
0
0

JOB_NAME
MD ST USER
mdrun_equl NM RUN user1

START_DATE
04/22 11:00:16

HOLD
0
0

ERROR
0
0

TOTAL
1
1

ELAPSE_LIM NODE_REQUIRE
0000:10:00 8[user1@scls lec_gmx_remd]$

ジョブ実行結果[user1@scls lec_gmx_remd]$ less mdrun_equil.sh.oXXXX

ジョブの実行結果の確認…
[user1@scls lec_gmx_remd]$ less sim0/equil.log

レプリカ0の平衡化処理のログファイル…
…

[user1@scls lec_gmx_remd]$ less sim3/equil.log

レプリカ3の平衡化処理のログファイル…
[user1@scls lec_gmx_remd]$
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平衡化 [結果]Equilibration for T-REMD
310

300

Temperature (K)

290

280

270

260

replica #0 (Ave. 297.938 K)
replica #1 (Ave. 299.511 K)
replica #2 (Ave. 300.995 K)
replica #3 (Ave. 302.665 K)

250

240
0

50

100

150

200

Time (ns)※ 実習と同じパラメータで平衡化を200ps実行した結果
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12

T-REMD シミュレーション
平衡化とのパラメータの違い[user1@scls lec_gmx_remd]$ diff sim0/equil.mdp sim0/sim.mdp
54c54< gen-vel= yes--> gen-vel= no
速度は生成しない
63c63< continuation= no--> continuation= yes
実行環境を引き継ぐ[user1@scls lec_gmx_remd]$

シミュレーション間のパラメータの違い[user1@scls lec_gmx_remd]$ diff sim0/sim.mdp sim1/sim.mdp
49c49< ref-t= 298.00 ; reference temperature, one for each group, in K--> ref-t= 299.57 ; reference temperature, one for each group, in K
55c55
< gen-temp= 298.00 ; temperature for Maxwell distribution--> gen-temp= 299.57 ; temperature for Maxwell distribution[user1@scls lec_gmx_remd]$

違いは
温度のみ

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13

T-REMD シミュレーション [grompp] (1)ジョブスクリプト[user1@scls lec_gmx_remd]$ cat script/grompp_sim.sh#!/bin/sh#------ pjsub options ------#
リソースグループ「small」#PJM -L "rscgrp=small"
使用ノード数「1」#PJM -L "node=1"
最大経過時間「10分」#PJM -L "elapse=10:00"
標準エラー出力を標準出力に向ける#PJM -j#------ Program Execution --------#
module load Gromacs/4.6.2
GROMACS環境変数の設定

export FLIB_FASTOMP=FALSE※平衡化の結果は、
for dir in sim[0123]
あらかじめ用意したもの(200ps実行)を使用
do
cd $dir
grompp_mpi_d -f sim.mdp -c _equil_200ps/equil.gro -t _equil_200ps/equil.cpt ¥-p ../pre/topol.top -o sim.tpr
cd ..
done

[user1@scls lec_gmx_remd]$

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各シミュレーションディレクトリで、順にgromppを実行

14

T-REMD シミュレーション [grompp] (2)ジョブの投入と状態確認[user1@scls lec_gmx_remd]$ pjsub script/grompp_sim.sh[INFO] PJM 0000 pjsub Job 15153 submitted.
[user1@scls lec_gmx_remd]$ pjstat
ACCEPT QUEUED
0
0
s
0
0
JOB_ID
15153

STGIN
0
0

READY RUNING RUNOUT STGOUT
0
1
0
0
0
1
0
0

JOB_NAME
MD ST USER
grompp_sim NM RUN user1

START_DATE
04/22 11:43:28

HOLD
0
0

ERROR
0
0

TOTAL
1
1

ELAPSE_LIM NODE_REQUIRE
0000:10:00 1[user1@scls lec_gmx_remd]$

ジョブ実行結果[user1@scls lec_gmx_remd]$ less grompp_sim.sh.oXXXX

ジョブの実行結果の確認…
…

[user1@scls lec_gmx_remd]$ ls -lF sim*/sim.tpr-rw-r--r-- 1 user1 group1 2157740 4月 22 11:43 2014 sim0/sim.tpr-rw-r--r-- 1 user1 group1 2157740 4月 22 11:43 2014 sim1/sim.tpr-rw-r--r-- 1 user1 group1 2157740 4月 22 11:43 2014 sim2/sim.tpr-rw-r--r-- 1 user1 group1 2157740 4月 22 11:43 2014 sim3/sim.tpr

生成された
各シミュレーションの実行入力ファイル

[user1@scls lec_gmx_remd]$
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15

T-REMD シミュレーション [mdrun] (1)ジョブスクリプト[user1@scls lec_gromacs]$ cat script/mdrun_sim.sh#!/bin/sh#------ pjsub options ------##PJM -L "rscgrp=small"
リソースグループ「small」
使用ノード数「8」#PJM -L "node=12"
プロセス数「128」#PJM --mpi "proc=192"
各ノードへのプロセスの割り振りの指定#PJM --mpi "rank-map-bychip"
最大経過時間「10分」#PJM -L "elapse=10:00"
標準エラー出力を標準出力に向ける#PJM -j#------ Program Execution ------#
module load Gromacs/4.6.2
GROMACS環境変数の設定

export FLIB_FASTOMP=FALSE
mpiexec mdrun_mpi_d -v -multidir sim[0123] -replex 100 -deffnm md【 -replex オプション 】… T-REMD実行

mdrunの実行※ 講習会向けにシミュレーション時間を短く(10ps)設定-multidirで指定されたsim0, sim1, sim2, sim3のシミュレーション環境に対して、
100ステップ毎にレプリカ交換を試行する。1ステップの時間はパラメータファイル
で設定 (この実習では2fs)(100ステップは講習会向け、通常は500～1000ステップ程度)
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16

T-REMD シミュレーション [mdrun] (2)ジョブの投入と状態確認[user1@scls lec_gmx_remd]$ pjsub script/mdrun_sim.sh[INFO] PJM 0000 pjsub Job 15154 submitted.
[user1@scls lec_gmx_remd]$ pjstat
ACCEPT QUEUED
0
0
s
0
0
JOB_ID
15154

STGIN
0
0

READY RUNING RUNOUT STGOUT
0
1
0
0
0
1
0
0

JOB_NAME
MD ST USER
mdrun_sim. NM RUN user1

START_DATE
04/22 11:53:46

HOLD
0
0

ERROR
0
0

TOTAL
1
1

ELAPSE_LIM NODE_REQUIRE
0000:10:00 8[user1@scls lec_gmx_remd]$

ジョブ実行結果[user1@scls lec_gmx_remd]$ less mdrun_sim.sh.oXXXX

ジョブの実行結果の確認…
[user1@scls lec_gmx_remd]$…
…
…
独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム

17

T-REMD シミュレーションの実行結果の確認 (1)
各シミュレーション環境のディレクトリに、それぞれの実行ログファイルが出力されている。

[user1@scls lec_gmx_remd]$ less sim1/sim.log

シミュレーション#1の実行ログファイルを表示…
Replica exchange in temperature
298.0 299.6 301.1 302.7
REMDシミュレーションの情報

Replica exchange interval: 100
Replica random seed: 25511
Replica exchange information below: x=exchange, pr=probability
Initial temperature: 300.779 K
Started mdrun on node 0 Thu Jul

3 16:12:23 2014…
Replica exchange at step 100 time 0.2
交換を試行する対象となる隣接シミュレーション環境 (このステップでRepl 0 <-> 1 dE_term = 3.926e+00 (kT)はシミュレーション#0) とのポテンシャルエネルギーの比較
Repl ex 0
1
2 x 3
Repl pr.02
1.0
このステップ全体では、#0と#1、#2と#3の間で交換を試行し、#2と#3の間で交換成立 (x印)
Replica exchange at step 200 time 0.4
このステップの交換試行の対象はシミュレーション#2
Repl 1 <-> 2 dE_term = 2.432e+00 (kT)
Repl ex 0
1
2
3
Repl pr.09
このステップ全体では、#1と#2の間で交換を試行し、交換は不成立…
独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム

18

T-REMD シミュレーションの実行結果の確認 (2)…
Replica exchange at step 300 time 0.6
Repl 0 <-> 1 dE_term = 4.279e+00 (kT)
Repl ex 0
1
2
3
Repl pr.01.04

ポテンシャルエネルギーは、#0より1#の方が約4.3 kT高い
交換確率は1%で交換は不成立…
Replica exchange at step 2600 time 5.2
Repl 1 <-> 2 dE_term = 1.796e+00 (kT)
Repl ex 0
1 x 2
3
Repl pr.17

ポテンシャルエネルギーは、#1より#2の方が約1.8 kT高い
交換確率は17%で交換は成立…
Replica exchange at step 4800 time 9.6
Repl 1 <-> 2 dE_term = -2.206e+00 (kT)
Repl ex 0
1 x 2
3
Repl pr1.0

ポテンシャルエネルギーは、#1より#2の方が約2.2 kT低い
交換確率は100%で交換は成立…
Replica exchange statistics
Repl 49 attempts, 25 odd, 24 even
Repl average probabilities:
Repl
0
1
2
3
Repl
.33 .23 .21
Repl number of exchanges:
Repl
0
1
2
3
Repl
9
6
6
Repl average number of exchanges:
Repl
0
1
2
3
Repl
.36 .25 .24

REMDシミュレーションのサマリ(平均交換確率、交換回数、平均交換回数)…
独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム

19

T-REMDシミュレーションの実行結果の確認 (3)T-REMDのシミュレーション#0と、同じ初期構造(温度)を単体のMDで実行した結果のPCA
PCA Backbone
2
T-REMD (Simulation #0)
Standalone MD
1.5

1

PC2

0.5

0

-0.5

-1

単体MDで現れていない構造が、T-REMDでサンプリングできている
-1.5

-2
-2

-1.5

-1

-0.5

0

0.5

1

1.5

2

PC1

※ 実習と同じパラメータで、交換試行ステップを500でT-REMDを1ns実行したトラジェクトリを使用

独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム20

多重化されたトラジェクトリの再構成 (1)GROMACSのT-REMDシミュレーションは、構造を交換

各シミュレーションで出力されたトラジェクトリは、温度について連続的構造について連続的なトラジェクトリは、
トラジェクトリファイルを再構成して生成

独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム21

多重化されたトラジェクトリの再構成 (2)
交換情報ファイルの生成
いずれか一つのシミュレーション環境のログファイルから、交換情報を抽出してファイルに出力[user1@scls lec_gmx_remd]$ pjsub --interact
会話型ジョブの投入[INFO] PJM 0000 pjsub Job 15155 submitted.
[INFO] PJM 0081 .connected.
[INFO] PJM 0082 pjsub Interactive job 15155 started.
GROMACS環境変数の設定[user1@a01-008 lec_gmx_remd]$ module load Gromacs/4.6.2
交換情報を抽出するPerlスクリプト[user1@a01-008 lec_gmx_remd]$ demux.pl sim0/sim.log(ここではシミュレーション#0のログを使用)----------------------------------------------------------------Going to read a file containing the exchange information fromyour mdrun log file (sim0/sim.log).
This will produce a file (replica_index.xvg) suitable fordemultiplexing your trajectories using trjcat,
as well as a replica temperature file (replica_temp.xvg).
Each entry in the log file will be copied 0 times.
----------------------------------------------------------------There are 4 replicas.
Finished writing replica_index.xvg and replica_temp.xvg with 50 lines[user1@a01-008 lec_gmx_remd]$

独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム

ログファイルから、4レプリカの交換情報を50行(初期配置 + 交換試行49回)分抽出して、replica_index.xvgとreplica_temp.xvgの2つのファイルに出力22多重化されたトラジェクトリの再構成 (3)demux.plが生成するファイル(1) - replica_index.xvg[user1@scls lec_gmx_remd]$ less replica_index.xvg
0
0
1
2
3
0.2
0
1
3
2
0.4
0
1
3
2
カラムはシミュレーション環境 (左から#0, #1, ...)
0.6
0
1
3
2
値はレプリカのインデックス
0.8
0
3
1
2
1
0
3
1
2
1.2
0
3
1
2
1.4
3
0
1
2
1.6
3
0
1
2

…

Simulation #0 (298.00K)[user1@scls lec_gmx_remd]$#3

Replica #グラフ化すると...

#2#1

特定のシミュレーション環境(右図はシミュレーショ
ン#0)に遷移したレプリカの様子
#0

0

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Time (ps)

独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム23

多重化されたトラジェクトリの再構成 (4)demux.plが生成するファイル(2) - replica_temp.xvg[user1@scls lec_gmx_remd]$ less replica_temp.xvg
0
0
1
2
3
0.2
0
1
3
2
0.4
0
1
3
2
カラムはレプリカのインデックス
0.6
0
1
3
2
値はシミュレーション環境
0.8
0
2
3
1
1
0
2
3
1
1.2
0
2
3
1
1.4
1
2
3
0
Replica Exchange Statistics
1.6
1
2
3
0

…

replica #0
replica #1
replica #2
replica #3[user1@scls lec_gmx_remd]$#3 (302.72K)

Simulation #グラフ化すると...
#2 (301.14K)#1 (299.57K)

シミュレーション環境間を遷移するレプリカの様子#0 (298.00K)

0

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Time (ps)

独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム24

多重化されたトラジェクトリの再構成 (5)トラジェクトリの再構成
demul.plが生成したreplica_index.xvgを使用して、各シミュレーションのトラジェクトリを再構成[user1@a01-008 lec_gmx_remd]$ trjcat_mpi_d -demux replica_index.xvg -f sim0/sim.xtc
sim1/sim.xtc sim2/sim.xtc sim3/sim.xtc:-) G R O M A C S (-:多重化されたトラジェクトリを再構成するコマンド…
Read 4 sets of 50 points, dt = 0.2…
[user1@a01-008 lec_gmx_remd]$ exit
[INFO] PJM 0083 pjsub Interactive job 15155 completed.
[user1@scls lec_gmx_remd]$

会話型ジョブの終了

再構成されたトラジェクトリファイル[user1@scls lec_gmx_remd]$ ls -lF *.xtc
total 280-rw-r--r-- 1 user1 group1 743536 Apr 22 14:20 0_trajout.xtc-rw-r--r-- 1 user1 group1 743736 Apr 22 14:20 1_trajout.xtc-rw-r--r-- 1 user1 group1 743560 Apr 22 14:20 2_trajout.xtc-rw-r--r-- 1 user1 group1 743584 Apr 22 14:20 3_trajout.xtc[user1@scls lec_gmx_remd]$
独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム25

多重化されたトラジェクトリの再構成 (6)再構成したトラジェクトリから計算した各レプリカのRMSD
RMSD Backbone
0.16

0.14

RMSD (nm)

0.12

0.1

0.08

0.06

0.04

replica #0
replica #1
replica #2
replica #3

0.02

0
0

200

600

400

800

1000

Time (ps)※ 実習と同じパラメータで、交換試行ステップを500でT-REMDを1ns実行したトラジェクトリを使用

独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム26

多重化されたトラジェクトリの再構成 (7)T-REMDのレプリカ#0と、同じ初期構造(温度)を単体のMDで実行した結果(RMSD)との比較
RMSD Backbone (Temperature=298.00K)
0.14

0.12

RMSD (nm)

0.1

0.08

0.06

0.04

0.02
T-REMD replica #0
Standalone MD

0
0

200

400

600

800

1000

Time (ps)※ 実習と同じパラメータで、交換試行ステップを500でT-REMDを1ns実行したトラジェクトリを使用

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27

おわりに

○ GROMACSに関する情報、マニュアル、ソースコード入手など

http://www.gromacs.org/○ ご意見、ご質問などありましたらお知らせください。

mailto: Yoshiki.namiuchi@riken.jp

独立行政法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム28

2014年9月30日 (第1.1版)
独立行政法人理化学研究所
HPCI計算生命科学推進プログラム