資料 ３−２〜日本糖鎖科学統合DBの取り組みについて〜

独立行政法人産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター
2008年4月3日

糖鎖DBの統合
H19年度：ポータル構築＋産総研DB公開
H20年度：糖鎖業界に散在するDBの統合

日本糖鎖科学コンソーシアムのデータベース

糖鎖のポータルサイト立ち上げ
WWW.JCGGDB.JP

平成19年度JCGGDB.JP

横断検索〜ポータルサイト検索 “全文検索”〜

公開・了解が得られたサイトのデータベースを追加していく
MEXT Project糖鎖関連遺伝子・糖転移酵素・糖分解酵素
・糖ヌクレオチド輸送体
・硫酸転移酵素・レクチン
・合成と分解パスウェイ
・ライブラリー化
糖鎖欠損動物・糖鎖改変動物
・フェノタイプ解析
・ライブラリー化

糖鎖関連疾患・先天代謝異常・癌転移・感染・アレルギー

糖鎖大量合成・ケミカル・バクテリア系
・ライブラリー化

糖鎖の分析
・質量分析計
・2-D/3-D 糖鎖マッピング法
・糖鎖抗体・レクチン

日本糖鎖科学統合データベース（糖鎖のポータルサイト）

JCGGDB

糖タンパク質・生物種別、組織別のタンパク質およびその糖鎖構造

糖鎖構造DB
・糖脂質・糖タンパク質・多糖・プロテオグリカン

糖鎖関連分化マーカー
・癌、免疫、再生医療、受精

糖鎖機能・タンパク質の機能調節
・細胞間コミュニケーション

経産省・NEDOプロジェクトの成果を、文科省の統合DBプロジェクトの枠組みを利用して改良し公開していく

まずは産総研のデータベースから公開
公開予定：平成20年４〜５月
平成20年度GGDB ver.2

NEDO Projectの成果

レクチンDB

3D構造

糖鎖を認識する構造ある１つのレクチンに対して１００種類以上の糖鎖との相互作用情報
相互作用情報があるレクチンが１００種類以上
NEDO Projectの成果

糖タンパク質DB•

生物種毎、組織毎、細胞毎に糖鎖付加位置の情報をグラフィカルに表示

Glycosylation site
Mouse
Lung

Signalpeptide

膜貫通領域
Potential Site
673

Mouse
Liver

準備が整い次第
線虫とマウスのDBを公開する
IGOT法により同定された糖ペプチド情報

NEDO Projectの成果

平成20年度開発•更新の自動化の仕組み•「糖鎖の分析」•糖鎖構造を同定・推定できる技術から生まれたデータを統合→同定するための方法論を選択するサポート•「糖鎖と病気」•ノックアウトマウスのDB構築

平成20年度開発•更新の自動化の仕組み•「糖鎖の分析」•糖鎖構造を同定・推定できる技術から生まれたデータを統合→同定するための方法論を選択するサポート•「糖鎖と病気」•ノックアウトマウスのDB構築

自動更新チェックシステム
研究機関

JCGGDB運営事務局

Ver.1

JCGGDB
定期的に更新確認Ver.2

更新チェックシステム

更新を反映

データリスト取得
登録済みのIDリスト

差分を判断
Ver.2
Ver.1

Ver.1

今回取得

前回取得

SOAPを使い各機関のDBの詳細情報をXMLで取得
研究機関
JCGGDB運営事務局

URL+引数IDでアクセス

詳細データ（XML）取得

統合DBの画面で統合表示する

DB

共通のIDで各機関のDBにアクセスし統合検索の結果に集約

糖鎖DB・統合検索
SOAP

糖鎖統合型

XML

ｸｴﾘｰ
検索結果
統合表示

DBCLS
ｸｴﾘｰ

ｵﾝﾄﾛｼﾞｰ、辞書、ｲﾝﾃﾞｯｸｽ

ｵﾝﾄﾛｼﾞｰ、辞書、ｲﾝﾃﾞｯｸ
ｽによるﾃﾞｰﾀ編成

SOAP
サーバ
構築

連携用
I/F

SOAP
サーバ
構築

連携用
I/F

SOAP
サーバ
構築

連携用
I/F

SOAPサーバ
構築

連携用
I/F

平成20年度開発•更新の自動化の仕組み•「糖鎖の分析」•糖鎖構造を同定・推定できる技術から生まれたデータを統合→同定するための方法論を選択するサポート•「糖鎖と病気」•ノックアウトマウスのDB構築

「糖鎖と病気」に関するデータベース
糖鎖が関与した疾患のDBを構築（平成21年度以降）•GM1-ガンクリオシドーシス•GM2-ガンクリオシドーシス（Tay-Sachs病、Sandhoff病、AB型）•ファブリー病（Fabry病） など

登録用Webイ
ンターフェース開発

各組織への影響を登録

研究者自らが開発したKOマウスの情報を登録できるようにする

協力体制を築くための取り組み

日本の糖鎖DBを統合するために• 糖鎖業界の中で最大の団体である日本糖鎖科学コンソーシ
アム(JCGG : Japan Consortium for Glycobiology andGlycotechnology)の活動の一環としてデータベースを構築• JCGGのシンポジウムで業界が一体となって統合DBを構築できるように、産総研の費用でサポート– 平成20年度、立命館大学、名古屋市立大学、名古屋大学、LipidBank
構築委員会が参画– 平成２１年度以降、参加を希望する団体が２，３ある

糖鎖統合DBのコンセプト•

様々な生命現象の中での糖鎖の役割（重要性と必要性）をサイトを通して発信していく– 教育サイトの拡充• GlycoForum (生化学工業の貢献)• 新たなコンテンツの試み•

糖鎖研究以外の方でも利用できるようにやさしいインターフェースを開発– マニュアルなしの直感的に利用できるサイト•

統合したデータを公開するだけでなく、バイオインフォの強みを活かし、研究支援型・提案型のデータベース構築を行う– 専門性の高い情報を提供– グライコインフォマティクスのツールの成熟化– 他分野のインフォマティクスへの波及効果あるいは融合を狙う（糖鎖付加位置を利用した立体構造予測・トポロジー予測等の予測プログラムの精度向上）

基本方針
•
•

産業技術総合研究所・糖鎖医工学研究センターがデータベースを統合するための窓口になる（毎年度文科省に計画を提案）
産総研と各研究機関とが話し合いを行い事業計画を作成する‒‒•

協力機関は自動的にJCGGDBワーキンググループに所属することになる‒•

産総研だけの「成果」及び「権利」にならないようにするために、産総研が関与し新たに構築した部分については各機関と共同研究計画を結び著作権を共同所有することにする（産総研案）
将来的にJCGGへ移管
定期的にミーティングを行う

文科省等への報告は産業技術総合研究所が代表して行う‒‒‒

協力機関になったとしても文科省への報告は産総研が代表して行う
業務協力者リストに名前が入ります
計画書にもDB名と組織の名前が入ります

日本糖鎖科学コンソーシアム(JCGG)
JCGGDBワーキンググループ
研究機関

JCGG組織委員会

報告
文科省
JST契約報告

大学

産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター

企業コンソーシアム

共同研究契約締結

団体

日本糖鎖科学統合データベース（糖鎖のポータルサイト）JCGGDB
日本糖鎖科学統合データベース運営事務局
独立行政法人産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター

運営事務局では・ワーキンググループ
・定例会議（研究機関・大学・企業）・統合する際の技術的支援
・新規DB構築のサポート
・進捗報告→DBCLS, MEXT, METI, JCGG

平成19年度参加
・産業技術総合研究所
平成20年度参加
・立命館大学・名古屋市立大学
・名古屋大学・LipidBank構築委員会

次年度以降の参画機関
・研究機関
・大学
・企業・団体日本糖鎖科学統合データベース
ワーキンググループ

新規加入

理化学研究所
加藤氏
野口研究所
白井先生

文部科学省ライフサイエンス
統合データベースプロジェクト• プロジェクト期間内の計画
2008年4月3日現在
計画
産総研DB
統合第1期

19年度
構築

20年度

22年度

更新

更新

公開
構築

公開

構築

統合第2期
統合第3期

21年度

更新

公開

打合せ

公開
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構築