情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター

資料２－４

中核機関の業務内容概要
サブテーマ

項目

小項目
１．ライフサイエンス（医療、農業などの応用も含む）、ＤＢ、情報技術の動向調査
２．ライフサイエンスプロジェクトの現状、動向調査
３．上記に基づく報告書作成、戦略立案、情報提供(ホームページ、ポータルサイト他にて）【研究運営委員会】
秋山泰(東工大教授)、浅井潔（CBRC センター長）、大久保公策（遺伝研教授）、大倉克美（JST 部長）、勝木元也（自然機構理事）、金岡昌治（大日本住友製薬研究所長）、金久實（京大センター長）、久原哲（九大教授）、五條堀孝（遺伝研副所長）、小原雄治（遺伝研所長）、坂内正夫（情報研所長）,榊佳之（理研センター長）、菅原秀明（遺伝研教授）、高木利久（ROIS/東大教授）、田中博（医歯大センター長）、田畑哲之（かずさ DNA 研副所長）、徳永勝士（東大教授）、中村桂子（JT 生命誌館長）、中村春木（阪大教授）、
長村吉晃（農業生物資源研センター長）、堀田凱樹（ROIS 機構長）、松原謙一（DNA チップ研社長）、吉田輝彦（国立がんセンター部長）、吉田光昭（東大名誉教授）①動向調査、及び戦略立案（１）戦略立案・実行評価
責任者：高木利久（ROIS/東京大学）

１．戦略立案委員会の事務局機能
２．各省庁および関係機関・団体との連携のための連絡調整機能
３．ＤＢ利用者、産業界との協議会の事務局機能
４．出版社や学会および DB サービス業者との連携のための連絡調整機能
５．外国の関連機関との連携のための情報提供と連絡調整機能６．下記のプロジェクトチームの連絡調整統合機能②事務局、及び連絡調整機能

①共通基盤
技術開発
責任者：高木利 久 （ ROIS/東京大学）

1)テキストを中心とする知識獲得利用技術の開発

１．文献検索・クラスタリング・ランキング・要約技術の開発、高速検索・情報収集エンジンの開発
２．オントロジー（辞書、インデックス、専門用語）自動構築技術の開発
３．論文、教科書からの知識の表現、抽出、利用に関する技術の開発、オープンアクセス化への対応
４．画像、ポンチ絵、図表など文字以外のデータからの知識発見とアノテーション技術の開発

2)統合 DB 構築技術、DB 標準化技術、DB 相互運用性向上技術の開発

１．情報共有、情報交換のためのＷＥＢ技術開発
２．ワークフロー技術等との連携（２）統合データ
ベース開発
責任者：大久保公策（遺伝研）②統合データベースの開発・運用
責任者：大久保公策（遺伝研）②-1 ヒト統合データベースの開発・運用
責任者：大久保公策（遺伝研）

1)ヒト統合化のための辞書構築と知識整理

１．論文、教科書からの知識抽出システム開発とそれによるヒト知識の整理
２．ヒトデータ統合化のためのインデックスや各種辞書の構築
３．細胞、組織、器官、個体などの高次レベルの整理棚構築
４．知識整理や辞書構築のための専門家（がん、免疫、脳など）集団からの意見集約と事務局機能
５．文献情報（おもに日本語解説記事や特許情報）との連携による情報提供

2)ヒト統合ＤＢの開発

１．（知識、機能を中心とした）ヒト統合ＤＢ構築とその運用・公開
２．既存の（構造、測定データを中心とした）ヒト統合 DB との連携による相互運用性の向上
３．ヒト統合 DB のための高精度アノテーション実施

3)医学、薬学関連
情報との連携１．医療、医薬品に関するデータとの連携研究参画者/研究協力者(研究参画者)
永井啓一（DBCLS）
新規雇用研究員 A、B、C(研究協力者)
バイオ・医療の専門家(教授クラス、交渉中)、知財・特許の専門家(准教授クラス、交渉中)(研究参画者)
高野明彦（国立情報学研究所）、浅井潔(産総研 CBRC)、野口保(産総研CBRC)、山口敦子(DBCLS)、山本泰智(DBCLS)
新規雇用特任准教授 A
新規雇用特任研究員 A,B,C,D,E,F(研究協力者)
片山俊明（東京大学）
新保仁(奈良先端大)川島秀一（東京大学）(研究参画者)
小笠原理（国立遺伝学研究所）
林健志(九州大学)、三橋信孝(DBCLS)、新規雇用研究員 A(研究協力者)
大江和彦(東京大学)、金城玲(大阪大学)、中村桂子（JT 生命誌館）、加藤菊也（大阪府立成人病センター）
医学系の専門家(教授クラス、交渉中)

②-2 モデル生
物・産業応用生物統合データベースの開発・運用
責任者：菅原秀明（遺伝研）

1)モデル生物統合化、産業応用生物統合化のための辞書構築と知識整理
2)モデル生物統合
ＤＢ、産業応用生
物統合ＤＢの開発

１）ポータル整備

１．ＤＢサービス・解析サービスサイトに関する最新情報の自動収集エンジンの開発、運用
２．上記のサービスのために必要なインデックスや用語の収集とその自動化技術開発
３．データベースやソフトウェアの利用法に関する情報の収集・編集・提供およびその自動化技術開発
４．検索のパーソナル化（利用者の興味、レベルに応じた情報提供）とそのための技術開発

2）ポータル運用

１．ポータルサイト、高度検索サービスの維持・管理・更新・運用・公開
２．ポータルサイト構築のための専門家の意見集約システムの開発、運用
３．利用者の意見集約（モニター・ランキングシステム）の開発、運用
４．データベース、ソフトウェアの利用法等に関する相談窓口
５．他のポータルサイト、情報提供機関との連携
６．センター全体のホームページ（日本語、英語）の構築、運用
７．講習会、シンポジウムの開催
８．ニュースレター、パンフレットの発行

3）広報、普及啓発

１．情報提供の日本語化とそのための対訳辞書、技術開発
２．我が国の活動や研究者に関する情報の外国への提供（英語）・海外の情報のサマリー
３．教育プログラム、教材の開発
４．ニュース記事、コラムの作成①ポータル整備・運用、広報、普及啓発
責任者：川本祥子（情報研）（３）統合データ
ベース支援
責任者：高木利久（ROIS/東京大学）②データベースの受入と運用

１．基盤的なＤＢの相互運用
２．プロジェクトＤＢの受け入れと相互運用可能ＤＢへの変換と運用・公開
３．国内外の主要ＤＢの更新維持管理

責任者：未定③人材育成
責任者：未定１．論文、教科書からの知識抽出システム開発とそれによる各モデル生物、産業応用生物知識の整理
２．これらの生物の遺伝子名や機能の辞書の構築
３．比較ゲノム解析、相互運用性向上のための整理棚の構築
４．それぞれの生物毎の専門家集団（発生、微生物、植物、など）からの意見集約と事務局機能
５．文献情報（おもに日本語解説記事や特許情報）との連携による情報提供
１．（知識、機能を中心とした）モデル生物、産業応用生物それぞれの統合 DB 構築とその運用・公開
２．生物種を横断した比較解析用統合 DB 構築とその運用・公開
３．それぞれの生物毎のゲノムブラウザの構築・運用・公開
４．モデル生物、産業応用生物の高精度アノテーション実施
５．生命研究、及び産業応用との連携のためのソフトウェア開発

1）アノテータ・キュレータ教育

１．実データを用いたキュレータ・アノテータ教育の実践
２．チームによる分散型の高度なキュレーションモデルの確立

2）ＤＢ構築者の養成

１．学部教育と連携し、過去に蓄積された演習プログラムを本プロジェクト要員への実践

3）ＤＢ高度利用者の養成

１．大学院教育と連携した DB 高度利用者養成のための、体系的なカリキュラムの作成、評価(研究参画者)
中村保一（かずさ DNA 研）
新規雇用特任准教授 A
新規雇用研究員 A、B(研究協力者)
黒川顕(奈良先端大)、内山郁夫(基礎生物学研究所)、伊藤剛(農業生物資源研究所)(研究参画者)
藤山秋佐夫(国立情報学研究所)
大倉克美（JST）、黒田雅子（JST）
松本裕治（奈良先端大）坊農秀雅（DBCLS）、河野信(DBCLS)
新規雇用特任教授 A、B
新規雇用特任研究員 A（研究参画者）
大倉克美（JST）、黒田雅子（JST）
高木利久（ROIS/東京大学）
西川哲夫(DBCLS)
新規雇用研究員(研究協力者)
川島秀一(東京大学)(研究参画者) 池村淑道、白井剛、大島一彦、高橋健一、清水信義（以上長浜バイオ大）、森下真一、山田智之、笠原雅弘(以上東京大学)、瀬々潤、小口正人、近藤るみ、渡辺知恵美(以上お茶の水女子大)、新規雇用特任教授 A 新規雇用特任准教授 A、新規雇用特任助教 A、新規雇用研究
員 A、B、C、D、E