チュートリアル

分子モデリング
超分子編
V11.2.3
2022年10月7日

株式会社クロスアビリティ

Copyright 2008-2023 X-Ability Co., Ltd.

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本書について•本書はWinmostar V11の使用例を示すチュートリアルです。

•初めてWinmostar V11をお使いになる方はビギナーズマニュアルを参照してください。

•各機能の詳細を調べたい方はユーザマニュアルを参照してください。

•

本書の内容の実習を希望される方は、講習会を受講ください。
– Winmostar導入講習会：基礎編チュートリアルの操作方法のみ紹介します。
– Winmostar基礎講習会：理論的な背景、結果の解釈の解説、基礎編チュートリアルの操作方法、基礎編以外のチュートリアルの一部の操作方法を紹介します。
– 個別講習会：ご希望に応じて講習内容を自由にカスタマイズして頂けます。

•

本書の内容通りに操作が進まない場合は、まずよくある質問を参照してください。

•よくある質問で解決しない場合は、情報の蓄積・管理のため、お問合せフォームに、不具合の再現方法とその時に生成されたファイルを添付しご連絡ください。

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本書の著作権は株式会社クロスアビリティが有します。株式会社クロスアビリティの許諾な
く、いかなる形態での内容のコピー、複製を禁じます。
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概要
•

本チュートリアルでは以下の二量体構造の作成方法を紹介します。

（サンドイッチ型）（平行ずれ型）(T字型)

ベンゼン二量体

異なる分子の二量体
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I. ベンゼン二量体（サンドイッチ）
1分子構造の作成方法の詳細は分子モデリング有機分子編チュートリアルを参照してください。
1. ファイル｜新規ファイル、新規プロジェクトまたは編集｜構造をリセットをクリックします。

2. フラグメントを「-C6H5」に変更しReplaceをクリックしベンゼンを作成します。
3.

X軸方向から表示をクリックします。

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I. ベンゼン二量体（サンドイッチ）
1. 選択｜すべてグループ選択をクリックします。（またはベンゼンをShift+クリック）2.

グループ編集｜グループを複製をクリックします。

3. XのNumberを「1」、ZのIntervalを「3」、ZのNumberを「2」に変更しOKをクリックします。
4.

ファイルをエクスポートをクリックし「benzene_sandwich.mol2」として保存します。

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II. ベンゼン二量体（平行ずれ型）
1. ファイル｜新規ファイル、新規プロジェクトまたは編集｜構造をリセットをクリックします。
2.

ファイルをインポートをクリックしP.6で保存したbenzene_sandwich.mol2を開き破棄して読み込みをクリックします。

3. 結合する炭素原子を続けてクリックし分子表示エリア左上の「Length=…」で結合長を確認します。この結合長分だけ後で平行移動します。
4. 選択｜分子によるグループ選択をクリックし、「Mole 1」の行をクリックしCloseをクリックします。（あるいは対象の分子をShift＋クリック）

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II. ベンゼン二量体（平行ずれ型）1.

グループ編集｜グループを並進移動（数値を指定）をクリックします。

2. XにP. 7で確認した結合長を入力しOKをクリックします。

3. 視線を適当に回転し（分子表示エリアをドラッグ）、構造を確認します。

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III.ベンゼン二量体（T字型）方法1
1. ファイル｜新規ファイル、新規プロジェクトまたは編集｜構造をリセットをクリックします。
2.

ファイルをインポートをクリックしP.6で保存したbenzene_sandwich.mol2を開き破棄して読み込みをクリックします。

3. 選択｜分子によるグループ選択をクリックし、「Mole 1」の行をクリックしCloseをクリックします。（あるいは対象の分子をShift＋クリック）
4.

グループ編集｜グループを回転（数値を指定）をクリックし、BetaとGammaをそれぞれ「90」と「30」に変更しOKをクリックします。

5. 視線を適当に回転し（分子表示エリアをドラッグ）、構造を確認します。

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IV.ベンゼン二量体（T字型）方法2
1. ファイル｜新規ファイル、新規プロジェクトまたは編集｜構造をリセットをクリックします。
2.

ファイルをインポートをクリックしP.6で保存したbenzene_sandwich.mol2を開き破棄して読み込みをクリックします。

3. 視線を下図のように回転します（分子表示エリアをドラッグ）。
4. 結合する炭素原子と水素原子を続けてクリックします。（後に任意の座標軸に配向させたい結合がこれで指定）
5. 4でクリックした原子を含む分子をShift＋クリックしグループ選択します、

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IV.ベンゼン二量体（T字型）方法2
1.

グループ編集｜グループを回転（配向を指定）をクリックし、Align 2 marked atoms
to target directionにチェックを入れOKをクリックします。

2. 視線を適当に回転し（分子表示エリアをドラッグ）、構造を確認します。

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V. 異なる分子の二量体 方法1
1. ファイル｜新規ファイル、新規プロジェクトまたは編集｜構造をリセットをクリックします。
2. 下図（左）の分子を作成します。

3.

ファイルをエクスポートをクリックし「donor.mol2」として保存します。

4. 編集｜構造をリセットをクリックし下図（中央）の分子を作成します。
5.

ファイルをインポートをクリックしdonor.mol2を開き、追加読み込みをクリックします。この状態でdonor.mol2の分子がグループ選択された状態になります。

6.

グループ編集｜グループを回転（数値を指定）をクリックし、Zを「3」に変更しOKをクリックします。

7. 視線を適当に回転し（分子表示エリアをドラッグ）、構造を確認します。

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VI.異なる分子の二量体 方法2
1. ファイル｜新規ファイル、新規プロジェクトまたは編集｜構造をリセットをクリックします。
2. 下図（左）の分子を作成します。

3. Winmostarをもう一つ追加で起動しファイル｜新規ファイルをクリックします。下図（中央）の分子を作成し、選択｜すべてをグループ選択をクリックし、グループ選択｜グループをコピーをクリック（またはCtrl+C）します。
4. 元のWinmostarに戻り、グループ選択｜グループをペーストをクリック（またはCtrl+V）し、分子表示エリア内の適当な場所を1回クリックします。（ドラッグしないこと）
5.

グループ編集｜グループを回転（数値を指定）をクリックし、Zを「3」に変更しOKをクリックします。

6. 視線を適当に回転し（分子表示エリアをドラッグ）、構造を確認します。

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補足 グループ選択の手順
グループ選択（青丸）の手順には、選択メニューの機能を使う手順と、分子表示エリア上で以下に示す方法で選択する手順があります。
原子単位でのグループ選択
Ctrlキーを押しながら原子をクリック

分子単位でのグループ選択
Shiftキーを押しながら分子をクリック

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矩形を指定してグループ選択
Ctrlキーを押しながらドラッグ13

補足 グループ編集の動作
グループ編集または編集｜グループ編集の機能は以下の対象に対し動作します。
•グループ選択されていない場合(単分子のモデリングで有利)→2つのマーク原子（赤丸）で分断される構造が対象
例：
この部分が対象
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番号順に矢印の原子をクリック•

Ctrl + R(グループを回転)

ドラッグで対象を回転

グループ選択されている場合 (複数分子のモデリングに有利)→グループ選択原子（青丸）が対象
例：

Shiftを押しながら矢印の分子をクリック

Ctrl + M(グループを並進移動)

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ドラッグで対象を移動

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最後に
•

各機能の詳細を調べたい方はユーザマニュアルを参照してください。

ユーザマニュアル

Winmostar 講習会の風景•

本書の内容の実習を希望される方は、基礎編チュートリアルについてはWinmostar基礎講習会へご登録、基礎編以外のチュートリアルについては個別講習会のご依頼をご検討ください。

•本書の内容通りに操作が進まない場合は、まずよくある質問を参照してください。

•

よくある質問で解決しない場合は、情報の蓄積・管理のため、お問合せフォームに、不具合の再現方法とその時に生成されたファイルを添付しご連絡ください。
以上
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