DBCLS
Database Center
for Life Science

国際開発者会議BioHackathonの10年ポスター番号

片山 俊明（情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター）

No.5+ 10年間のBioHackathon参加者・オーガナイザー・NBDC/DBCLSスタッフ・センター長・機構長・共催関係各位
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では2008年から国際開発者会議BioHackathonを開催してきた。この間、無数にある生命科学のデータベースを統合的に利活用するための技術開発を進め、近年ではセマンティック・ウェブ技術による多種多様なデータのRDFとしての統合に繋がってきている。データベースに国境はないため、このような標準化には国際連携が欠かせない。BioHackathonは、毎年1週間に渡って合宿形式で開催することにより、標準化に必要となる国際的な人的ネットワークと信頼関係の形成を促進してきた。とくに、現場で活躍する研究者・技術者の参加を重視しており、最先端の技術交流を行うと同時に、会期中にソフトウェア開発を行うことによって課題解決を進める実務的な会を目指してきた。一方で、ハッカソンというユニー
クな形式の会議を主催し、国際的な参加者を1週間に渡りホストする運営にも様々なノウハウが求められてきた。
10年目を迎える今年、これまでの成果と今後の方向性について総括する。

わりと参加メンバーの入れ替わりがある

国際版BioHackathon

BioHackathon成功のノウハウ

http://www.biohackathon.org/
国際版のBioHackathonは、分散したデータベースの統合的な利活用を実現するための技術開発を目的として2008年に始まった。
現状の課題をコミュニティのメンバーで出し合い、1週間に及ぶ合宿形式のソフトウェア開発によって解決する国際会議というフォーマットは、もともとOpenBioFoundationが企業のスポンサードを得て2002-2003年に開催したBioHackathonを踏襲している。

継続したいポイント✴ 開催地：合宿で1週間綿密に交流することに意味があるので、参加者が宿泊せざるを得ない隔離された地理的環境で、会場と宿泊が同じ施設かつ、大浴場・カラオケ等リフレッシュできる
Web Service から設備があることが望ましい（都心での開催は主催者が通う必要

Semantic Web へがあり無意味、参加者が出歩く飲食街の近くも避けるべき）。
地方の研究機関との連携も新たな共同研究を生むために重要。
✴ 会場：24時間貸切で利用可能かつ、高速なインターネット光回線の敷設と十分な電源容量を確保できる広い会議室。大量のコーヒー等を消費するためサーバや茶菓子・飲料等の持ち込みに柔軟な対応が可能な施設が求められる。
✴ 期間：近年1〜2日のハッカソンが多いが、十分な成果を出すには1週間必要。他の学会等と重ならないように注意を払う。
✴ 招聘：実務者は自前の予算が十分でない場合があり、遠い日本まで来てもらうにはコアな専門家は選定して招聘する必要あり。
2016年から開始した公募はコミュニティの新メンバー発掘に

2008年当初は分散したデータベースをウェブ・サービスにより統合することを目指していたが、2010年ごろからセマンティッ
ク・ウェブ技術によってデータそのものを有機的に統合できるよ
うにデータベースを開発・標準化する方が本質的に良い、というコミュニティの判断で方向性が転換された。いずれにしても、主要なデータベースやサービス提供者間での国際標準化と相互運用性の確保が重要、という点は10年間変わっていない。
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Web Services
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貢献、国内旅費だけの補助でも参加者は多数あった。
なテーマに取り組めるのはこのハッカソンならではの特徴。
✴ 運営：人数が増えたため、月曜に課題出し、水曜に中間報告、金曜にラップアップ、土曜に論文ドラフト執筆のスケジュール。
全員に喋る機会があると良く、起立して名前と１分トークなど。
Google docsやslidesを活用した同時並行での編集は壮観。
✴ チーム：ハッカソンの準備には半年以上かかり、会場手配、事務手続きと書類作成、旅行代理店と招聘手配、補助金申請、申込フォーム、公募査読、宿泊・食事・ロジ手配、部屋割、受付

Semantic Web

業務、キャンセル対応、買い出し、ポスターやTシャツ等のデ/L²_LS

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日本+20カ国からの参加（2008年:68名→2017年:109名)✴ テーマ：一般にはスポンサー次第だが、参加者が制限なく自由2017)6£³¡

10年間で371名のべ803名£³¡O&

EBI/NCBI/NBDC RDF3d
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ザイン・発注、ネットワーク構築、荷物発送、進捗管理などに加え、連絡メール・Wiki・SNSの管理、イベントを盛り上げる工夫、おもてなしの心など、多才なチームとの連携が必須。
改善したいポイント✴ 参加メンバーの増加から、全員の開発内容を把握するのが困難に。テーマ別ハッカソンに分けるか、運営の工夫。
✴ 予算逼迫。自費参加者の増加もしくは新スポンサーの獲得。
✴ 語学力・開発力・執筆力・説得力・交渉力・知力・体力。

BioHackathon 4yv{

SIBのUniProtを筆頭に、ここ数年でEBI, NCBI, NBDCなどのセンターから主要なDBがRDFとして提供されるようになって

国内版バイオハッカソンとSPARQLthon

きたことは、BioHackathonの継続なしには達成し得なかった成果の１つと考えられ、バイオインフォマティクスを日常的なデータ処理からデータ科学に引き上げる効果が期待される。
現状ではまだセマンティック・ウェブの利用は十分に成熟したとはいえないが、これまでのDB技術が長い歴史を持つことを考えれば、様々なオントロジーやソフトウェアの開発を進めてきたこと自体が、多種多様なデータを統合的に扱える次世代のデータ科学に必要なインフラ整備を担っていると思われる。

http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/BH17.11
国際版のBioHackathonの成果をふまえ、国内でも最新技術の情報共有と実務者間での交流を促進するため、DBCLSでは国内版のバイオハッカソンも毎年開催してきている。第8回目となる今
年度は、11月に熊本大学のご協力および質量分析インフォマ
ティクス研究会との共催により、熊本市で開催予定。

今後の方向性
BioHackathonでの議論を元に、データ公開に対するFAIR

http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon

principlesの提案などもELIXIRなどで進展している他、今後はSPARQLによるデータベースの構築と利用を推進するため、2012

LODの普及とML/AIによる解析や、GA4GHやAMED等との連年の10月から先月の第60回まで、毎月SPARQLthonを開催して携による基礎生物学から医科学や産業への応用等が期待される。

おり、その成果はトーゴーの日とNBDC RDFポータルに集約。

DBCLSでは、NBDC統合化推進プログラムと連携し、RDFとhttp://biohackathon.org/10years
BioHackathonの10周年記念特別サイトをRDF/SPARQL+TogoStanzaで構築

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