qPCR

rhAmp™ SNP Genotyping System
進化した新しいPCR
正確で低価格なジェノタイピングシステム

rhAmp SNP Genotyping Systemを用いれば、既存のPCRベースのSNPジェノタイピングの正確性を改善できます。この技術は正しくSNPsを検出するために2種のユニークな酵素とRNA-DNAハイブリッドのプライマーを用いています（Figure1）。IDTの有するレポーターケミストリーと組み合わせることで、高性能なSNP検出法でありながら、低価格での提供を実現できました。

従来法との比較

ブロッキング修飾を施したプライマーが非特異増幅を最小化します。
rhAmpプライマーの3'末端には、ブロッキング修飾が付加されており、酵素：(RNaseH2)による切断が起こらなければ、伸長が抑制されます。
RNaseH2により、正確なPCRが起こります。rhAmpプライマーは、3'末端近くにRNA塩基を含みます。RNaseH2は相補鎖とハイブリダイズしたRNAのみを認識・切断します。切断により、プライマーの3'末端が露出し、DNAの伸長反応が進みます。

beneﬁts
99.5%以上の精度(call accuracy)を試行の90%以上で示しました。最も安定性に優れている測定手法です。
アンプリコンサイズが40bpしかないよ
うな難しい領域にあるSNPsでも検出できます。

バリデート済みのADMEマーカーでも安価にご利用頂けます。
コントロールテンプレートとして
gBlocks Gene Fragments（二本鎖DNA断片）を使って、実験の正確性を確認できます。

Discover more at

sg.idtdna.com/jp/site/rhAmp.html

高い識別能力を持つTaq DNAポリメレース。rhAmp Genotypingは、IDT
ホークアイ

Hawkeye™ Taq Polymeraseというアレルミスマッチに対して特異性の高いユニークな改変が施されたポリメレースを採用しています。
rhAmp™ SNP Genotyping systemの原理

1

A

2

RLEGEND
RRGC

3

R

GGC

4

アレル特異的プライマー 1
R

アレル特異的プライマー 2
Locus-specific reverse primer
Blocking modification
RNase H2

GPolymerase extension
Universal forward primer

CC

Universal probe 1
Universal probe 2

Figure 1. rhAmp SNP Genotyping System の原理①②③④

両アレル特異的プライマーがPCR開始前にすべてのSNPをチェックします。
ターゲット配列に完全にハイブリダイズしている場合、RNaseH2酵素が3'末端のブロッキング部位を切断し、ホークアイ
Hawkeye™ Taq Polymeraseにより伸長反応が起こります。
最初の2回の増幅サイクルでテール配列が増幅産物に付加されることで、プローブが増幅産物を認識し、プローブ法の様に増幅をモニタリングできます。
ポリメレースの伸長により、プローブが分解され、シグナルを発します。

sg.idtdna.com/jp/site(not shown)

qPCR
シンプルなプローブデザインと簡単な実験操作
rhAmp SNP Genotyping System は、一般的なリアルタイムPCR機器で高品質なジェノタイピングが行えます。
• プレデザインアッセイ - ヒト遺伝子のジェノタイピングに• カスタムデザインツール - 新規のヒトSNPsやヒト以外の種での設計に• マスターミックスとユニバーサルレポーターミックス - 複雑な試薬の調製なしにすぐにお使い頂けます。
リファレンスダイの有無も選択できます。

rhAmpプレデザインアッセイ

rhAmpプレデザインアッセイは、頻度の低いSNP(>1%)に対してもプレデザインを提供しています。rhAmp
SNPアッセイは、試行の90%以上で、99.5%以上の精度（call accuracy)を示します。弊社のデータベースには数百万のプレデザインが設計されており、現在も増え続けています。アッセイライブラリーには下記が含まれています。
• 約 70,000 個のCoding SNPs ＊• RefSeqで検索可能な330,000 個のcommon SNPs＊• 薬物動態のADME - 吸収（absorption)、分布(distribution)、代謝( metabolism), 排泄(excretion）に対するバリデートされたSNPsアッセイ＊2017年9月現在

カスタムアッセイデザインツールrhAmp Genotyping Design Toolは、現在プレデザインされていないヒトSNPsやヒト以外の種のSNPsに使用可能です。IDTのカスタムアッセイは、短いものでは40bpのアンプリコンでデザインできるため、高い確率でデザインを提供でき、これまで他のツールでは解析ができなかった難しい領域のSNPsが検出できます。
カスタムアッセイのデザインは、ターゲットのSNPsをFASTA形式でウェブサイトにアップロードして頂くだけで簡単に完了します。

シングルチューブで迅速かつ効率的に
rhAmp SNP Genotyping Systemはとても簡単に使うことができます（Figure 2）。シングルチューブで特別な操作もなく、90分のサイクリングタイムでジェノタイピングデータが得られます。rhAmpジェノタイピングは、リアルタイムPCR機器で実施でき、サーマルサイクラーとしてPCR機器を用い、それをリアルタイムPCR機器に移して分析することも可能です。 rhAmp SNP Genotyping Systemは、様々なリファレンスダイを必要とする機器に対するマスターミックス及びレポーターミックスを提供しています。
ワークフロー
マスターミックス＆レポーターミックス

5432

rhAmp Assay Mix

100

精製したテンプレートDNA

Reaction setup

Thermal cycling& detection

Figure 2. シンプルな実験操作は、ラボワークを効率化します。

1234

Data analysis

ジェノタイピングに必要な試薬は全て製品中に含まれており、室温でも48時間は安定です。
rhAmp SNP Genotyping Systemは、一般的なPCR機器でお使い頂けます。

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SN比の向上で得られるより信頼性の高いコール

rhAmp SNP Assays は、これまでの5'ヌクレースアッセイ法よりも高いSN比が得られます(Figure 3 - 4)。
rhAmpテクノロジーは、RNA-DNAハイブリッドプライマーが3'末端をマスクしているためプライマーダイマーや非特異アンプリコンの増幅を防ぎ、リアクション試薬の無駄な消費も避けられます。
さらにrhAmp universal reporterの配列は、安定したシグナルの供給に最適化されており、クラスターの分離を改善することでより信頼性の高いジェノタイピングコールが得られます(Figure3)。

AB

Assays targeting rs762551

544Allele C (∆Rn)

3Allele C (∆Rn)

Assays targeting rs776746

21321000123Allele T (∆Rn)

450

123Allele T (∆Rn)

456

Figure 3. rhAmp™ SNP Genotypingは、Supplier Tと比較して、より強い蛍光シグナルとはっきりとしたクラスターの分離が見られました。

rhAmp ADME Assays(● blue circles)のアレル識別プロットは、ADME遺伝子である(A)CYP1A2(rs762551)、(B)CYB3A5(rs776746)
において、Supplier T(● green circles)の5'ヌクレースアッセイよりも強いシグナルを示しています。Coriell Instituteで91名のゲノムDNAを5µLの系に3ngずつ用いて分析を行い、分析にはQuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR System (Thermo Fisher)を用いました。
ADME = absorption (吸収), distribution(分布), metabolism(代謝), and excretion(排泄).

A

B

rhAmpTM SNP Assay

Supplier TFAM

FAM

ROX™

6x10

Fluorescence

Fluorescence

6x10

ROX™

YAK

54x105VIC®

54x105

2x105

2x105

01020Cycle

304001020304050

Cycle

Figure 4. rhAmp™ SNP Assayは、Supplier Tと比較して、少ないサイクル数で高いシグナルを示します。

ADME遺伝子のCYP3A5(rs776746)をターゲットとしたマルチプレックスのジェノタイピングアッセイにおいて、(a)rhAmp SNPAssayは、(B) Supplier Tの5'ヌクレースアッセイと比較して、より均一で高い蛍光を示しています。Coriell Instituteで5名のゲノムDNAを5µLの系に3ngずつ用いて分析を行い、分析にはQuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR System (Thermo Fisher)を用いました。サイクル条件は、それぞれのサプライヤーの推奨条件に従いました。rhAmp SNP Genotyping : 40サイクル、5'ヌクレースジェノタイピングアッセイ (Supplier T) : 50サイクル

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Ordering informationrhAmp SNP Genotyping Systemには、ご選択頂いたアッセイとGenotyping Master Mix、Reporter Mixが必要です。マスターミックスとレポーターミックスは、ご使用量に応じたサイズをご選択頂けます。SNP及びADMEアッセイはチューブ及びプレート形式でオーダー頂けます。コントロールテンプレート(二本鎖DNA)もオーダープロセス中に簡単にご購入いただけます。

rhAmp SNP Assays and rhAmp ADME SNP Assays

rhAmp SNP Assaysは、ユニバーサルレポーターをべースとし、特異性と正確性を向上させたカスタムデザインツールによって設計され、RNaseH2反応型プライマーを用いるSNPジェノタイピングアッセイです。rhAmp ADME SNP Assaysは、薬物動態に重要な吸収、分布、代謝、排泄に関わる遺伝子群を対象としたバリデート済みのアッセイです。
納期：1 〜 2 週間
サイズ
XSSＭ
Ｌ

ProductrhAmp™ SNP Assay or

rhAmp™ ADME SNP Assay

反応数100750
2500
6000

濃度
20Ｘ
20Ｘ
80Ｘ
80Ｘ

価格（Assay）¥11,540¥29,070¥50,980¥102,100価格（ADME Assay）¥12,690¥31,970¥56,075¥112,310*反応数は10 µL反応系での回数です。

rhAmp Genotyping Master Mix

rhAmp SNP アッセイに必要な酵素と試薬類を含む2xのマスターミックスです。
ProductrhAmp™ Genotyping Master Mix

rhAmp Reporter Mixサイズ
0.55102550

ユニットサイズ1 x 0.5 mL
1 x 5 mL
2 x 5 mL5 x 5 mL
1 x 50 mL

納期：1 週間

カタログ #1076014
10760151076016
1076017
1076018

価格¥7,300¥40,750¥72,300¥145,920¥281,760

40xのユニバーサルレポータープローブミックスです。リファレンスダイの有無を選択できます。rhAmp Genotyping Master Mix、rhAmp
Assaysと合わせて使います。
納期：1 週間
Product

ユニットサイズ
25µL
250µL
500µL
1250µL
2500µL
25µL
250µL
500µL
1250µL
2500µL

rhAmp™ Reporter Mix w/Reference

rhAmp™ Reporter Mix

カタログ #1076020
107602110760221076023
1076024
1076025
1076026
1076027
1076028
1076029

gBlocks® Gene Fragments (optional)

価格¥1,930¥7,230¥8,840¥12,050¥15,910¥1,750¥6,570¥8,030¥10,955¥14,460

gBlocks Gene Fragmentsは、コントロールとして有用な配列確認済みの2本鎖DNAです。
主に500bp以下の配列を提案させて頂きます。(¥11,000、納期：5営業日〜) 詳細はウェブサイトをご確認ください。

ご注文の流れ新規登録＆ログイン

Web から

http://sg.idtdna.com/jp/site/rhAmp.html
もしくは［IDT DNA］で検索し IDT の HP へ。
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納品
弊社で行う事2017.10※本製品は研究用試薬です。それ以外の目的では使用できません。※価格は全て税別です。