AJACS本郷11：プログラム
10:30‐11:20 「NBDCの紹介」
畠中秀樹（NBDC）
11:20‐12:10 「DBCLSのサービス・使い方紹介」
川本祥子（DBCLS）
13:30‐14:30 「DDBJのサービス紹介」
中村保一（国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター）
14:45‐15:45 「PDBjのサービス・使い方紹介」
工藤高裕（大阪大学蛋白質研究所）
16:00‐17:00 「KEGG、GenomeNetのサービス・利用法」
時松敏明（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
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2012年3月2日

NBDCの紹介畠中 秀樹
バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）
独立行政法人 科学技術振興機構（JST）

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NBDC（http://biosciencedbc.jp）“NBDC”でGoogle検索

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我が国におけるライフサイエンスDBの問題点• DBが散在していて所在情報や利用法が分からない– 我が国で1,000、世界で10,000ものDB– 似たようなものがいくつもありどれを使ってよいか分からない• DBやDBのエントリに信頼性の高い注釈がついていない– DB構築、維持を行える人材不足、DB構築への評価の低さ• 大型プロジェクトの成果公開、共有が不十分– 我が国のライフ関係予算は年間３,０００億円以上– 公開されているものもプロジェクトが終了すると更新ストップ• ばらばらに構築・管理されていて検索・解析・応用が困難– 現在の統合化は分子レベルで行われていて医療などへの応用困難– 日本語化されていないので研究動向や分野の状況の把握困難→バイオサイエンスデータベースセンター発足© 2012畠中秀樹(バイオサイエンスデータベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）
①

②
カタログ

③

④

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5バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）
バイオサイエンスデータベースセンター体制図
総合科学技術会議
総合科学技術会議
ライフサイエンスPT
ライフサイエンスPT

統合DB評価委員会（仮称）
統合DB評価委員会（仮称）

統合DB推進タスクフォース
統合DB推進タスクフォース

ＪＳＴ
ＪＳＴ バイオサイエンスデータベースセンター
バイオサイエンスデータベースセンター

センター長（PD） 大石 道夫
副センター長

高木 利久

運営委員会

基盤技術開発プログラム （研究総括：長洲 毅志）
統合関連の技術開発

企画運営室

研究員

http://biosciencedbc.jp/

統合化推進プログラム （研究総括：高木 利久）
ヒト脳画像

メタボローム

疾患・化合物

微生物

植物

ゲノム多型

フェノーム

蛋白質

糖鎖

ゲノム疫学

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6Integbioデータベースカタログ“NBDC”でGoogle検索

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7Integbioデータベースカタログ
国内外の生命科学系データベースの所在情報や説明を一覧に

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Integbioデータベースカタログ

実習
１．どのような項目がありますか？
２．生物種と運用機関国を一覧に加えてみて下さい。
３．日本のデータベースは何件記載されていますか？
４．「サイトカイン」でデータベースを検索してみて下さい。
５．得られたリストをダウンロードしてみて下さい。
６．ダウンロードしたリストは自由に使えるのでしょうか？
７．このカタログはどのようにしてできたのでしょうか？

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生命科学データベース横断検索“NBDC”でGoogle検索

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生命科学データベース横断検索
分子データ・文献・特許など、散在する多数のデータベースの中身をキーワードで一括全文検索

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生命科学データベース横断検索

実習

１．日本語「サイトカイン」で検索してみて下さい。
２．どんなデータベースが収録されているのでしょう。
３．「文献」「特許」 「食品・栄養」などに絞ってみて下さい。
４．「ミッドカイン」で検索してみて下さい。
５．「タンパク質」からPDBjのデータを見つけて下さい。
６．下方の「遺伝子リスト」の各リンク先を見てみて下さい。
７．「ウナギ」で検索してみて下さい。
８．HELPで検索・日英変換の方法を見てみて下さい。
９．検索語の入力方法の一覧はありますか？
10．「ヤツメウナギ」以外の「ウナギ」に絞ってみて下さい。
11. 「図鑑」から水生生物情報DBを見つけて下さい。
12.このサービスはどのようにしてできたのでしょうか？
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横断検索における省間連携
文部科学省側

経済産業省側

国内生命科学DB・文献・特許・・・

経済産業省関連DB

索引データ

横断検索システム

索引データ
索引データを相互に参照

どちらのサイトからでも統一的な横断検索サービスを利用できる
http://biosciencedbc.jp/

・・・

索引データ様式・
横断検索システムの共通化

横断検索システム

同じしくみで農水省・厚労省にも相互乗り入れが実現しつつある© 2012畠中秀樹(バイオサイエンスデータベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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生命科学系データベースアーカイブ“NBDC”でGoogle検索

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生命科学系データベースアーカイブ
国内で産生された生命科学系データベースを、誰もが利用できるよう、ダウンロード可能なかたちで長期にわたり維持一括ダウンロード
データセットを丸ごとダウンロードすることが可能
データの説明 (メタデータ)
データベースやデータ内容を十分に説明して、欲しいデータセットが見つかりやすくしている
簡易検索
データの閲覧や検索、ダウンロードができる「簡易検索ページ」を設置
アーカイブのWebサイト

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利用許諾の明示
データがさまざまな用途に活用されるよう、利用許諾条件を明確化© 2012畠中秀樹(バイオサイエンスデータベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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生命科学系データベースアーカイブ

実習
１．シダのデータベースAcESTを見つけてください。
２．データベースの説明を見て下さい。
３．オリジナルサイトを確認してください。
４．「ダウンロード」からデータセット一覧を見て下さい。
５．「データ名」からデータ項目の説明を見て下さい。
６．「検索＆ダウンロード」からデータを眺めて下さい。
７．「Show」から配列やBLASTのログを確認してみて下さい。
８．「AcESTcontig」から別のデータを眺めて下さい。
９．ダウンロードを試してみて下さい。
10．ダウンロードしたリストは自由に使えるのでしょうか？
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アーカイブにおける省間連携
各省でアーカイブを作成しやすいように、ガイドラインを作成・公開
D B保有者

メインデータファイル（CSV形式）

サブデータファイル１（任意の形式）

各省と り ま と め機関

N BD C①アーカイブ仕様検討（テーブル構成、CSV化方針等）（および利用許諾の予備的検討）②事前協議

サブデータファイル２（任意の形式）③アーカイブファイル
作成

確認・支援

受領

確認

確認・支援

⑤データベース及びアーカイブファイルのメタデータ作成

確認・支援

受領

⑥利用許諾決定

⑦承認

⑧最終承認

④簡易検索サイト作成

・・・・
サブデータファイル N（任意の形式）⑨アーカイブ公開

省間連携の成果（例）Open TG-GATEｓ (厚生労働省)
各種化合物に細胞やラットを曝露した際の遺伝子発現と毒性のDB
DIAM 微生物情報 (経済産業省)
微生物の同定・分類・安全・利用に関するDB
DGBY (農林水産省）
製パン関連ストレス下での酵母遺伝子の発現・破壊株のDB
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各省のデータベース統合

バイオサイエンスデータベースセンター

医薬基盤研究所

農業生物資源研究所

バイオメディシナル情報研究センター

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合同ポータルサイト integbio.jp
データベースカタログ、横断検索、アーカイブなどにおける省間連携の取り組みの状況を紹介

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