PDBjのサービス・使い方紹介	

統合データベース講習会：AJACS本郷11	  2012/3/2	  大阪大学蛋白質研究所 工藤 高裕 	概要	
1. PDBについて	  組織とデータの概要	
2. PDBのデータについて	  具体的データの紹介	
3. PDBj	  Mineによる検索	  検索をやってみましょう	‹#›	１．PDBについて	
Q:	

PDB（蛋白質構造データバンク）とは	  A:	

主に蛋白質、核酸の分子立体構造データを収めたデータバンク	  １つの蛋白質でもリガンドの有無などの違いで複数のエントリーが登録されていることがある。現在エントリー数は約80,000。	  

α-­‐amylase	  (PDB:1c8q)	

α-­‐amylase	  +inhibitor	  (PDB:1c8q)	

‹#›	inhibitor	  (acarbose)	

MutaLon	  (ASN→Ser)	

α-­‐amylase	  N298S	  mutant	  (PDB:3bax)	

１．PDBについて	
Q:	

PDBのデータはどうやって決めたもの？	  

A:	

X線結晶解析、NMR、電子顕微鏡等を使った「実験」に基づいて決定されたもの	  （昔は理論モデルも含まれていた）	  ‹#›	

１．PDBについて	
Q:	

PDBは誰が運営している？	  

A:	

wwPDB（世界蛋白質構造データバンク）。米国のRCSB-­‐PDB、欧州のPDBe、日本
PDBjの3部局＋米国BMRB（NMR関係）の4極で協同して運営。	
登録業務は分担して実施。	  
公開データは同一だが、これに基づき各極独自にサービスや二次データベースを提供。	  

‹#›	

１．PDBについて	
Q:	

PDBjの国内での位置づけ	  A:	JST-­‐NBDCと大阪大学の支援を受けて運営。	  

‹#›	

１．PDBについて	
Q:	

PDBjのやっていること	  A:	

1. 国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）の運営	
2. 蛋白質立体構造データベース登録作業	
3. 蛋白質構造情報の記述フォーマット（v3.2, 4.0,mmCIF, PDBML, PDB/RDF）の開発とその応用	
4. 蛋白質構造解析実験情報、蛋白質機能に関する文献情報の付加（PDBMLplus）	
5. 蛋白質立体構造に関する新規二次データベース構築、解析ツールの開発	‹#›	２. PDBデータについて	
PDB	  format	

最も歴史ある形式、1行80文字固定。情報は一部。	

mmCIF	

大元となるデータ	

PDBML	

mmCIFをXML形式に変換したもの	
PDBMLplus	

PDBMLに実験情報等を追加（PDBj独自）	

PDB/RDF	RDF形式に変換したもの（現在はPDBj独自）	

いずれもテキストデータ（エディタで読める）	  mmCIF:	  macromolecular	  Crystallographic	  InformaLon	  File	  RDF:	  Resource	  DescripLon	  Framework	‹#›	３．PDBj Mineによる検索	
PDBj の検索サービス「PDBj Mine」で「αアミラーゼ」を検索をしてみましょう。		
同一IDのPDBのデータは３極どこで見ても同じ。	
但しPDBjだと日本語でも検索可能。	

‹#›	３．PDBj Mineによる検索	Step	  1:	  PDBj	  トップページを開く	  Google等の検索サイトで、キーワード「PDBj」で検索。	
または直接 http://pdbj.org/ にアクセス。		

‹#›	３．PDBj Mineによる検索	Step	  2:	  キーワードを入力して「検索」	  ページ中央にあるテキストボックスにキーワードを入力（日本語OK）。		

アミノ酸１文字表記での配列、著者名、電子顕微鏡データベースIDでの検索指定も可能。	

‹#›	英語に自動変換して検索	
個別エントリーページへ	‹#›	マウスで動かせる画像	‹#›	↑Windowsの場合	Javaの拡張機能（分子画像をローカルに保存する機能）を有効化する	

←Mac	  OS	  10.6	  の場合	‹#›	‹#›	配列情報	  アミノ酸・ヌクレオチド1文
字表記による	‹#›	

構造情報	

二次構造、ジスルフィド結合、結合部位など	

‹#›	実験情報	‹#›	機能情報	

詳細表示	

‹#›	

配列が似ているPDBエントリー	

鎖が複数あるエントリーではどの鎖を対象とするか聞かれる（1本の場合は直接結果リストページへ）	

Sequence	  Navigator	  と同じ	‹#›	‹#›	‹#›	ここが違う	‹#›	各種データのダウンロード	‹#›	分子名	

PDB	  format	  １行80列固定	  （フラットファイル）	  配列情報	

原子座標	

‹#›	

データが１つだけの場合	

データが２つ以上ある場合	

mmCIF	  行長可変	  （STAR形式）	  現在はこれが大元	  鎖ID（label_asym_id）	
…auth_asym_id（著者が定義した鎖ID）	  と異なる場合もある	
原子座標	
mmCIF:	  macromolecular	  Crystallographic	  	  	  	  	  	  	  	  	  	  	  	  	  	  	  	  	  InformaLon	  File	  ‹#›	PDBML	  mmCIFから変換	  ‹#›	

PDBML（noatom）	
原子座標（atom_site）部分の情報量が多いのでその部分を除外したものも提供。	  

‹#›	PDBML（extatom）	
逆に原子座標（atom_site）部分のみを圧縮して収めたものも提供。	  

‹#›	PDB/RDF	  PDBMLを機械が利用するための書式に変換したもの。	  
ここでは人が見やすいようhtmlにして表示している（ソースはRDF）	  PDBMLの内容を、リンクをたどりながらみるのに良い	‹#›	含まれるアミノ酸やリガンドの3文字以内での表記記号のリスト	

‹#›	

‹#›	

トップページと同じ簡易検索を行うための入力Box	  ↓	  「2tmv	  」と入力して「検索」	

‹#›	

登録されている座標データ
は最低限の繰り返し単位（非対称単位）	

生物学的に意味のある単位（生物学的単位）は異なる場合がある	  生物学的単位用ページ	  ‹#›	

より多機能な「万見」（よろづみ）	  

非対称単位はここ	  
蛋白質１鎖、RNA	  １鎖	  計２鎖	  

生物学的単位は非対称単位が49セット（98鎖）	  ‹#›	

生物学的単位の表示に切り替え	  ‹#›	

「構成要素」パネルを出す	  ‹#›	

RNAを光らせる	  ‹#›	

中央付近にあるRNAが光った	  ‹#›	109	  タバコモザイクウイルス（2009年）	  ‹#›	‹#›	

最近の「今月の分子」では、「理解を深めるためのトピックス」という課題が掲載されている。	  

‹#›	細かい条件を指定して検索も可能（詳細検索）	  ‹#›	

各サービスの紹介などが掲載されている
ヘルプページ	  ‹#›	

随時質問を受け付けております。	  
お気軽にご質問下さい。	  

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