統合データベース講習会：AJACS本郷
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DBCLSのサービス紹介
使い方紹介

ライフサイエンス統合データベースセンター
特任准教授
川本祥子

© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

ライフサイエンス統合データベースセンター© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

http://dbcls.rois.ac.jp1

文科省：統合データベースプロジェクト H19~H22© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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NBDC:ライフサイエンスデータベース統合推進事業

オントロジー
自然言語処理技術の開発
アノテーションキュレーション技術の開発

大規模データの利用技術開発

セマンティックウェブ技術によるデータベース統合

生命科学文献知識の活用技術開発
特色あるコンテンツ開発© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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LSDB 統合ホームページ http://lifesciencedb.jp/© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本4

LSDBのサービス説明を始めます.
下記いずれかの方法でブラウザの準備をお願いします.

• http://lifesciencedb.jp/ とタイプ
•Google検索を利用– 統合データベース– LSDB– DBCLS•講習用Macのお気に入りから© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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研究者と研究, 社会をつなぐコンテンツ© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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DBやツールを使いこなそう：統合TV• 統合TVは、生命科学分野の有用なデータベースやウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサ
イトです• 2007年の開始から通算で564動画を制作公開しました• 統合プロジェクトの講演動画、講習会動画もここから公開されています• DBCLSのリサーチアシスタントが非常に大きな戦力です© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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3月16日 AJACS本郷12 （第三回統合牧場収穫祭）

DBCLSのRAとしてアルバイトすることと生命科学に興味のある方。主に生命科学系の学部生、大学院生を対象に開催します© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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生命科学のデータベースの歴史
アミノ酸配列データベース•1968年 デイホフAtlas of Protein Sequence and Structure•1980年 NBRFデータベース•1984年 PIR (Protein Identification Resource) データベース
塩基配列データベース•1982年 米国ＤＮＡデータベース GenBank ロスアラモス国立研究所•1982年 欧州EMBL データベース 欧州分子生物学研究所•1984年 日本 DDBJ(DNA Data Bank of Japan） 遺伝学研究所•1992年 GenBank ロスアラモスから NCBI へ移管•1994年 EMBL 本部から英国の EBI へ移転
立体構造データベース•1971年 Protein Data Bank (PDB)米国ブルックヘブン国立研究所•1999年 PDB Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) に移管
文献データベース•1879年 Index Medicus創刊•1926年 Biological Abstracts 米国フィラデルフィアの非営利組織 BIOSIS•1907年 Chemical Abstracts 米国化学会•1971年 MEDLINE オンラインサービス•1996年 PubMed公開

現在はより多様で複雑, 全てを使いこなすことは困難に© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

代表的な生命科学関係のデータベース
データベースの内容

データベース例

DNA塩基配列

GenBank, EMBL, DDBJ, UCSC

アミノ酸配列Swiss-Prot, PIR, UniProt

タンパク質立体構造

PDB, SCOP, CATH

アミノ酸配列ドメイン

Pfam

アミノ酸配列モチーフ

PROSITE, BLOCKS

パスウェイ

KEGG, Reactome

遺伝病

OMIM

文献

MEDLINE

遺伝子発現

GEO

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まとめサイト:統合TV Curated から必要なDBを探すやツール© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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統合TV活用例：
研究対象の生物種の配列を他の生物種のゲノムに対して網羅的に相同性検索したい
統合TVCurated > ゲノム, 核酸配列・構造解析 >自分のマシンでBLAST検索をする

概要

作成
日

Local BLAST の使い方～導入・準備編 BLASTプログラムのインストールおよび（MacOSX版）～ 2011
検索用データベース作成（MacOSX版）

2011.
6.8

Local BLAST の使い方～検索実行・オ BLAST検索の実行方法および検索結果のプション編（MacOSX版）～ 2011
絞込みと表示形式の変更（MacOSX版）

2011.
4.20

Local BLAST の使い方～導入・準備編 BLASTプログラムのインストールおよび～ 2011
検索用データベース作成（Windows版）

2011.
1.19

Local BLAST の使い方～検索実行・オ BLAST検索の実行方法および検索結果のプション編～ 2011
絞込みと表示形式の変更（Windows版）

2011.
2.25

番組タイトル© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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統合TV活用例 : DBから特定の遺伝子を探す• ゲノム, 核酸配列・構造解析 >塩基配列やIDを取得したい
番組タイトル

概要

KazusaMart を使い倒す～塩基配列を入手す シアノバクテリア由来塩基配列をまとめて取得
る～
UCSC Genome Browserの使い方 ～配列取 UCSCゲノムブラウザを用いて検索した遺伝子の詳得編
細情報および塩基配列を取得
biomart を使い倒す～遺伝子の上流配列を取 目的遺伝子の上流配列から指定して塩基配列を取得
得する～2011
Ensembl tips ～配列を取得する～ 2011
ウェブ上での塩基配列取得
ESTデータベース Entrez Unigeneを使い倒 EST配列の取得
す 2011
BLAST 検索でヒットしたエントリ群のmulti BLASTの問い合わせ配列と類似性のある配列群をま
fastaファイルを取得する
とめて取得
遺伝子のRefSeq IDを調べる 2011
目的遺伝子のRefSeq ID取得

作成日2010.2.5
2009.12.
17
2011.5.2
7
2011.4.1
3
2011.3.22007.9.2
6
2011.2.1
8
2011.2.2
4

BioMart を用いて Affymetrix と Agilent のマ BioMart を用いてAffymetrix と Agilent のプローブ ID
イクロアレイのプローブ ID 対応表を作成す 対応表を作成する
る 2011
BioMartを使ってさまざまなIDの変換対応表 BioMartを使ってさまざまなIDの対応表を作成する 2011.9.2
7を作成する© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

13実験する人に便利なサービス：GGRNA© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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TogoDB : Database hosting serviceでオリジナルＤＢを公開する
エクセルのデータをたった5分でＤＢ化
ウェブで公開できるサービスです① Login by OpenID② DB構築開始→DB名入力③ Uploadデータを選択(CSV形式)④ テーブルのヘッダー行を指定⑤ カラムのラベルやタイプを指定⑥ Data Import, Create database実行⑦ 設定(リンクの指定, 見た目の設定
RDFの設定など）⑧ 公開（公開範囲の限定など）⑨ DB及びレコードの閲覧,追加,編集⑩ CSVに加えRDFやJSONでのデー
タ配布機能が追加

①②

④
⑤

⑥

© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本⑧15

TogoDoc/TogoDocClent•

生命科学分野の書誌情報を論文(PDF)を管理するためのサービスとツール© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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TogoDocClient© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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ライフサイエンスQAで質問する© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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DBCLSからの発表はこれで終了

ご静聴ありがとうございました

茶太郎先生© 2012川本祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示2.1日本

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