開発チーム

日本人ゲノム多様性統合データベースTogoVarを使ってみる

TogoVarとは● NBDCヒトデータベースから個人特定されない加工データ（頻度情報）を作成して、データの概要を把握可能に● 国内外で公開されている頻度情報、ゲノム多様性と疾患との関連情報を統合して、ワンストップで検索可能に

WSプログラム （以下の内容を２回実施）

1. TogoTVを使ったハンズオンデモ
2. 今後の開発予定と話題提供
3. 自由討論
資料URL https://bit.ly/2DNGELE

１０分
１０分
５分

TogoTVを使ったハンズオンデモ
約１０分

TogoTVの手順に沿ってTogoVarを使ってみます。
PCやタブレットをお持ちの方は一緒に操作できます。
質問等は近くにいる開発チームメンバーまでお願いします。

2https://biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際

TogoVarでヒトゲノムに存在するバリアントに関連する情報を調べる（8分36秒）

3
https://biosciencedbc.jp/© 2018 統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

今後の開発予定と話題提供
約１０分
1. 2018年度中に公開予定

1. 具体的な実装方法や公開時期は検討中
1. 取り組むべきか否か
1. TogoVarデータの再利用
4
https://biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際

1. 2018年度中に公開予定
1.

機能追加
–
頻度データ（tsvファイル）の一括ダウンロード––■ https://togovar.biosciencedbc.jp/downloads

GRCh38やJRGのゲノム位置で検索可能にする
HGVS表記（例：11:g.112241766G>A）での検索

1.

日本人バリアントデータの追加・更新–
3.5KJPNv2 へのバージョンアップ
–MGeND の臨床的意義(Clinical significance）追加

1.

その他リファレンスデータの追加–
gnomAD（12万WES、1万WGSのアレル頻度）追加– dbSNP（約3億バリアントのID）追加– GTEx (eQTL: バリアントと発現の関係）追加

5
https://biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際

2. 具体的な実装方法や公開時期は検討中
1.

遺伝統計学的な切り口–
連鎖不平衡係数（r2やD’）の追加–アレイデータ（JGA-SNP）のインピュテーション–ゲノムワイド関連解析(GWAS)データの追加■ GWAS-Catalog、JENGERなど

1.

遺伝子、ゲノム、分子的な切り口–
タンパク質立体構造上でバリアント位置を可視化–
ミスセンス変異の有害性予測ツールの予測値の追加■ SIFT、PolyPhen2よりも高精度のツールが登場

1.

疾患、表現型的な切り口–
PubCaseFinder（症状と疾患名の対応）との連携■ 症状⇄疾患⇄バリアント

6
https://biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際

2. 具体的な実装方法や公開時期は検討中 (続き）

4.

文献中のバリアント情報の抽出の高度化–
バリアントが有害か否かまで自動的に抽出したい■ 現在はバリアントが出現する文献名を表示するのみ（NCBIPubTator利用)

4.

エンドユーザー手持ちのバリアントリストの一括処理–
DBに登録済みの既知のバリアントのフィルタリング■ 希少疾患では対象の患者のみに存在するバリアントを優先的に解析したい■ 本当に欲しいのはフィルタリング後のVUS(VariantUncertain Significance)を解釈するための情報。1から4はそれに資するものにしたい7
https://biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際

3. 取り組むべきか？
1.

遺伝子発現–組織別の発現データ■ 特定の臓器で発現する遺伝子のバリアントを検索

1.

比較ゲノム–
疾患モデル生物（バイオリソースへのリンク）–
オーソログや近縁種の遺伝子との系統樹

1.

パスウェイ、エピゲノムなど

TogoVar単独ではしっかりしたものを作るのは難しい
TogoVarのデータを再利用しやすくして、各分野の専門家にお任せする
8
https://biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際

4. TogoVarデータの再利用
JGA-NGS、JGA-SNPの日本人情報およびその他の頻度情報、論文情報が一括取得できるように

1.

ダウンロードファイル–
tsvファイル (https://togovar.biosciencedbc.jp/downloads)–
vcfファイル–
ttlファイル（RDFデータ）

1.

SPARQList–
REST URLをSPARQLクエリに変換してRDFストア検索

1.

SPARQL Endpoint–
TogoVar RDFストアをSPARQLで直接検索可能

9
https://biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際

4. TogoVarデータの再利用
どういうデータがAPIやSPARQLで取得できると使われるか？
入力データ種別

値例

出力結果

Diseasebreast cancer

関連バリアントのリスト

Diseasebreast cancer

関連遺伝子のリスト

GenePCK9

当該遺伝子上のバリアントのリスト

GenePCK９

関連疾患のリスト

SNPID

rs7988901
tgv123450

当該バリアント関連情報（１バリアントビュー）

位置＋アレル22-46661580-T-C

該当する遺伝子関連情報（１遺伝子ビュー）

ゲノム上の範囲

22-46661580-46661680

当該領域に存在するバリアント一覧

ゲノム上の範囲

22-46661580-46661680

当該領域に存在する遺伝子一覧

10
https://biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際

自由討論
約５分
以下に限らず、ご意見をいただけますと幸いです。
ユーザーの皆様：
TogoVarに格納しているデータや機能について
開発者の皆様：
TogoVarとのシステム連携について
11https://biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際

いただいたご意見と回答いただいたご意見やご質問

回答

１バリアントのアレルやジェノタイプだけでなく、ハプロタイプ、ディプロタイプの情報も個人特定できない粒度でよいので表示してほしい。

どのくらいの近傍を表示すればよいのか、どのくらいの頻度なら個人特定できないと判断するのかなどの課題はありますが、検討したいと思います。

頻度情報再解析前の１次データを取得可能か。 JGA-NGS、JGA-SNPデータセットの１次データはNBDCヒトデータベースから取得可能です。
DNAメチル化の情報も表示してほしい。

エピゲノムデータの必要性を指摘していただきありがとうございます。検討したいと思います。

SIFT/PolyPhen2が表示されていなかったり、 SIFT/PolyPhen2はアミノ酸置換を伴うmissenseバ
詳細画面で１バリアントに対して複数の値が リアントに対してのみ計算される値です。また、表示されたるのはどういう意味か。
スプライシングバリアントなどで、当該バリアン
トを含む領域の翻訳アミノ酸配列が複数存在する場合は、各々に対して値を計算しています。検索結果の表には重大度が最大の値のみを表示しています。

12https://biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際