SSBD：国内連携、国際連携およびデータリポジトリ
遠⾥ 由佳⼦1,2), ホー ケネス1), 京⽥ 耕司1), ⼤浪 修⼀1)

1) 理化学研究所 ⽣命システム研究センター 発⽣動態研究チーム, 2) ⼤阪電気通信⼤学 情報通信⼯学部 情報⼯学科
⽣命動態データ、および画像データ共有の国内連携

⽣命動態データ、および画像データ共有の国際連携

概要

概要

我が国の⽣命動態の定量解析に関する全てのデータ、および細胞⽣物学、発⽣⽣物学分野の全ての画像データの収集と共有を⽬指し、我が国の⽣命動態システム科学推進のための⼤型事業、細胞⽣物学、150％
発⽣⽣物学分野の主要な関連学会、主要な研究所、主要な⽀援事業とSSBDとの連携を進めている。

⽣命動態の定量データ、および画像データの世界規模での共有の実現を⽬指し、英国のOMEプロジェ
クトと欧州のEuro-bioimagingプロジェクトと連携し、Global BioImagingプロジェクト（GBI）を推進している。

Logo Mark Design Manual

ロゴ マ ークデ ザ イン マ ニュア ル

ロゴ マ ークSubject02

マ ーク＋ロゴタイポ（ Bタイプ 縦・横 組 仕 様 ）Content「QUANTITATIVE BIOLOGY CENTER」表記なし

OBiC

Remarks

QUANTITATIVE
BIOLOGY
CENTEROBiC

QUANTITATIVE BIOLOGY CENTER

JST-CREST
⽣命動態

理研QBiC

OBiC

⽣命動態システム
科学推進拠点QUANTITATIVE BIOLOGY CENTER

Specification

理研CDB
先端バイオイメージング
⽀援プラットフォーム

細胞⽣物学会
発⽣⽣物学会

連携の内容
連携先

連携内容

⽣命動態システム科学推進の⼤型事業
理研QBiC（23研究室）

新規発表論⽂に含まれる⽣命動態定量データ、画像データの提供

JST CREST⽣命動態（15課題）

新規発表論⽂に含まれる⽣命動態定量データ、画像データの提供

⽣命動態システム科学推進拠点（4拠点）

新規発表論⽂に含まれる⽣命動態定量データ、画像データの提供

細胞⽣物学、発⽣⽣物学関連学会
⽇本細胞⽣物学会

SSBD利⽤促進の協⼒、HPからのリンク、2018年
度年会でのランチョンセミナー（予定）

⽇本発⽣⽣物学会

SSBD利⽤促進の協⼒、2018年度年会でのランチョンセミナー（予定）

細胞⽣物学、発⽣⽣物学の主要な研究所
理研CDB（21研究室）

新規発表論⽂に含まれる⽣命動態定量データ、画像データの提供

細胞⽣物学、発⽣⽣物学の主要な⽀援事業
先端バイオイメージング⽀援事業（ABiS）

SSBD利⽤促進の協⼒、GBIにおける連携

データリポジトリとしてのSSBD活⽤の推進
背景• 近年、多くの主要な学術論⽂誌において、学術論⽂の原データの公開の義務化が急速に進んでいる。
• 学術論⽂の原データには、学術的にも商業的にも価値の⾼い多くの情報が未使⽤のまま残されており、これらのデータを保管する公的なリポジトリの整備が望まれる。
• 国内連携のために⾏った研究者との意⾒交換の中で、データリポジトリの整備に対してデータ産出者から多くの希望が寄せられた。

データリポジトリサービス• 学術論⽂の公開と同時に学術論⽂の原データの公開を⾏うデータレポジトリとしてのサービスを開始した。
• 学術論⽂誌の要求に応じて、論⽂査読中の原データの限定公開にも対応。
• 原データにアクセスできるURLを論⽂中に記載することが可能に。

連携の内容
Global BioImagingプロジェクト（GBI）
Euro-bioimagingプロジェクトが中⼼となり、先端イメージング機器へのアクセス、先端イメージング⽀援施設のトレーニング、画像データリポジトリと画像解析ツールの世界規模での共有を⽬指すプロ
ジェクト。欧州、オーストラリア、インド、⽇本、アルゼンチン、南アフリカ、⽶国等から代表機関が参加している。⽇本からは、基⽣研/ABiSとOIST、SSBDがそれぞれ、先端イメージング機器へのアクセス、先端イメージング⽀援施設のトレーニング、画像データリポジトリと画像解析ツールの担当として参加している。
Euro BioImagingプロジェクト（EuBI）
欧州の15カ国とEMBLの間で、先端イメージング機器へのアクセス、先端イメージング⽀援施設のトレーニング、画像データリポジトリと画像解析ツールの世界規模での共有を⽬指すプロジェクト。
SSBDとEuBIのIDR（Image Data Resource）とのデータ共有に向けて協議中。
OMEプロジェクトUniversity of DundeeのJason Swedlow博⼠を中⼼とした、顕微鏡画像データの処理と保管のためのオープンソースのソフトウェアを開発するプロジェクト。当プロジェクトが開発を進めているOMEROは画像保管ソフトウェアの世界標準になりつつある。OMEプロジェクトは、EuBIの画像データリポジトリと画像解析ツール部⾨の中核プロジェクトでもある。SSBDは画像データや表現型データを記述するメタデータの標準化およびデータ共有の部分で連携している。

連携に関する主な打ち合わせなど
⽇時

場所

イベント名

2016年6⽉8⽇-10⽇

Heidelberg,
Germany

GBI, Exchange of Experience I

2017年2⽉21⽇

神⼾Jan Ellenberg博⼠（EuBI共同代表）との打合せ

2017年5⽉31⽇-6⽉1⽇

Dundee, UK

Jason Swedlow博⼠（OME代表）との打合せ

2017年9⽉15⽇-16⽇

Bangalore, India

GBI, Exchange of Experience II

今後の展開• 国内で⽣産される⽣命動態定量データおよび画像データをより網羅的に共有するために、より多くの事業、学会、研究所と連携する。
• ⽣命動態定量データと画像データの国際的な共有を⽬指し、GBIを中核メンバーの⼀員として牽引する。
• 主に国内から発表される学術論⽂の原データを共有する公的なデータリポジトリとしてSSBDの機能を充実させる。
• 実験研究者によるデータの再利⽤、および情報科学者によるデータ駆動解析を容易にするため、メタデータの付与⽅法、データの管理⽅法、データのアクセス⽅法の改良を引き続き精⼒的に継続する。

参考⽂献(Toyoshima et al., 2016)• Tohsato, Y. et al. (2016) SSBD: a database of quan<ta<ve data of spa<otemporal dynamics of biologicalphenomena. Bioinforma-cs 32, 3471-3479.
• Kyoda, K. et al. (2015) Biological Dynamics Markup Language (BDML): an open format for represen<ngquan<ta<ve biological dynamics data. Bioinforma-cs 31, 1044-1052.

謝辞
本研究の⼀部は、科学技術振興機構（JST）バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）の統合化推進事業と戦略的創造研究推進事業(CREST)、理化学研究所の戦略的研究展開事業の補助により⾏なわれました。
Licensed under a Creative Commons表⽰4.0国際ライセンス(c)2017 遠⾥由佳⼦ (理化学研究所)