The FANTOM web resource, update 2018
Shuhei Noguchi1), Marina Lizio1), Imad Abugessaisa1), Jessica Severin1), Takeya Kasukawa1), Hideya Kawaji1)
1) RIKEN IMS
哺乳類ゲノムの機能アノテーションを目的とした国際共同研究FANTOM (Functional ANnoTation Of Mammalian Genome) プロジェクトの第五回目である
FANTOM5では、ヒトやマウスなどの様々な初代培養細胞や臓器、細胞株、時系列サンプルより構成される約3000サンプルを対象に、転写開始の頻度を一塩基単位でゲノムワイドに測定した。本測定データを元にヒトゲノムの機能領域として重要な役割を果たすプロモーター、エンハンサー、そして非コードRNAのアトラス(地図)を作成し、得られたデータや解析結果についてはデータアーカイブ、そして複数のデータベースに格納され、多様な側面からの利用に供されている。
今回のアップデートではdog、 rat、 chicken、 macaqueのCAGE（Cap Analysis of Gene Expression）データ、および、それを用いた解析により同定したプロモーター領域のデータを追加した。これらのデータはFANTOM5のヒトやマウスのデータと同様に利用可能である。また、UCSCゲノムブラウザのTrack hubにFANTOM5とChIP-Atlasのデータを並べて表示することを可能にした。

Resources in FANTOM5• 約3,000サンプルから得たトランスクリプトーム– ~180種以上のヒト細胞を含む。
– 単一手法・プロジェクトでの解析としては世界最大規模

Organization of FANTOM5 web resources• 一塩基解像度での転写開始活性 (CAGE)• ヒトゲノム機能領域の「アトラス」
エンハンサーTSS activities

Interactivenavigation

プロモーター (20万個)
Nature 507:462–470 (2014), Science 347:1010-1014 (2015)

Nature 507:455–461 (2014), Science 347:1010-1014 (2015)

非コードRNA

非コードRNA (2.9万個)

FANTOM5 miRNA atlas

プロモーターUCSC datahub

Nature 543:199–204 (2017)

miRNA (6千個)Co-expressedclusters

DNA motif

FANTOM CAT Browser

遺伝子エンハンサー (6.5万個)

Sampleinformation

ZENBU

ゲノムDNAヒト(hg19,hg38)

TSS
coordination

Reference toanalyzed data

BioLayout
Express3D
SSTAR

Nature Biotech 35:872-878 (2017)

マウス(mm9,mm10)

Data retrieval

プロモーター (15万個)

TET

BioMartFile explorer

Genome Biol. 16:22 (2015); Nucleic Acids Res. 45: D737-D743 (2017)

ラット(rn6)
プロモーター (28497個)
ニワトリ(galGal5)
プロモーター (31863個)
イヌ(canFam3)
プロモーター (23147個)
マカク(rheMac8)
プロモーター (25869個)

FANTOM5 web resources for data browsingFANTOM web portal (http://fantom.gsc.riken.jp/)

FANTOM5 resources with ChIP-Atlas
Track hub interface for overlaying
FANTOM5 resources with ChIP-Atlas
in UCSC genome browser

SSTAR - semantic representationof the FANTOM5 resources

http://fantom.gsc.riken.jp/5/sstar/

Track hub interface for overlaying
FANTOM5 resources
in UCSC genome browser

ZENBU - dynamic visualizationof the FANTOM5 resources

http://fantom.gsc.riken.jp/zenbu/

biolayout - 3-D dynamic visualizationof expression states

FANTOM5https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgHubConnect

FANTOM CAT browser

http://fantom.gsc.riken.jp/5/biolayout/

FANTOM5 miRNA atlas

ChIP-Atlas

http://fantom.gsc.riken.jp/5prim/external/ChIP-Atlas/current/hub.txt

FANTOM5 collections

http://fantom.gsc.riken.jp/cat/v1

http://fantom.gsc.riken.jp/5/suppl/De_Rie_et_
al_2017/vis_viewer/

FANTOM5 web resources for data downloading
TET - easy-to-use interface todownload subsets of
the FANTOM5 expression data

http://www.nature.com/collections/fantom5

http://fantom.gsc.riken.jp/5/tet/

Biomart interface for retrieving data
sets in resources of FANTOM5

http://biomart.gsc.riken.jp/Acknowledge
FANTOM5 was made possible by a Research Grant for RIKEN Omics Science Center from MEXT and a Grant of the Innovative Cell Biology by Innovative Technology (Cell Innovation Program) from the MEXT.
This study is also supported by Research Grants from MEXT through RIKEN Preventive Medicine and Diagnosis Innovation Program, RIKEN Centre for Life Science, Division of Genomic Technologies, andRIKEN Center for Integrative Medical Sciences. We would also like to thank all members of the FANTOM5 consortium for contributing to generation of samples and analysis of the data-set and thank GeNAS fordata production
Licensed under a Creative Commons表示4.0国際ライセンス(c)2018 野口修平（理研IMS）

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