13DBCLS

JSON2LD Mapper

Database Centerfor Life Science

https://json2ld.mapper.tokyo/
藤澤 貴智2)

山本 泰智1)
1) 情報・システム研究機構

データサイエンス共同利用基盤施設

2) 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター

JSONデータを効率よくリンクトデータ化するウェブアプリJSONは軽量かつ可読性が高く、Webアプリケーション等で広く使われているデータ形式です。JSON形式は、バイオ分野においても、E-Utilitiesなどの公開APIの出力、配列多重アライメントの変換仕様であるbioJSON、JBrowseリソースやそのデータ交換形式として利活用されています。ウェブリソースとしてすでに流通し、蓄積されているJSON形式データを、低コストでリンクト・オープン・データ（LOD）にするために、最近注目されているJSON-LD形式への変換アプリケーション、JSON2LD Mapperを開発しました。
JSON-LD形式の特徴である、データのオントロジー部分、すなわちコンテキストを独立したファイルに定義し、それをデータが記述されているファイルから参照できることから、一度定義したコンテキストは容易に多くのデータで再利用できる設計になっています。従って、本アプリの出力するコンテキストファイルをインターネット上で誰でも参照可能な状態で公開すれば、さらにLOD化の流れを加速できると考えています。

リンクト・オープン・データ (LOD)

Integration of RDF data for genome
annotation

JSON2LD Mapper

JSON-LDJSON-LDは、JSON形式を用いてリンクト・データ（LinkedData; LD）を表現するための仕様です。従って、JSON-LDデー
タはJSONデータであるとともに、多くはリンクト・データの標準的な表現方法である、Resource Description Framework(RDF)データとしても表現できます。また、JSONデータのそれぞれの値 (value) をRDFで表現するための対応関係、すなわちオントロジーをcontextファイルにまとめて定義できるので、可読性が確保できます。
一方で、JSON-LDの採用により、全てのRDFデータをJSON形式で表現できるので、これまでに開発されてきた多くのJSONデータを扱うアプリケーションでRDFデータを処理できます。

テキスト
テキストテキスト

JSON-LDデータ{"@context": "https://json-ld.org/contexts/person.jsonld","@id": "http://dbpedia.org/resource/John_Lennon","name": "John Lennon","born": "1940-10-09","spouse": "http://dbpedia.org/resource/Cynthia_Lennon"

https://lod-cloud.net/

リンクト・オープン・データ（Linked Open Data; LOD）は、インターネットを介してコンピューターで処理しやすい技術的な枠組みとライセンスの下で公開されているデータセットです。
上図はLODが互いを参照し合う様を可視化したもので、ノードが一つのデータセットを表し、エッジがデータセット間の参照関係を表しています。数あるデータセットの中で、生命科学分野のデータセットが最も大きな割合を占めています。

}

JSON Data}

contextファイル{"@context":{"Person": "http://xmlns.com/foaf/0.1/Person","xsd": "http://www.w3.org/2001/XMLSchema#","name": "http://xmlns.com/foaf/0.1/name","affiliation": "http://schema.org/affiliation","born":{"@id": "http://schema.org/birthDate","@type": "xsd:date"},"spouse":{"@id": "http://schema.org/spouse","@type": "@id"},"telephone": "http://schema.org/telephone","Address": "http://www.w3.org/2006/vcard/ns#Address"}

JSON2LD Mapperは既存のJSONデータを効率よくJSON-LDデータにするためのツールです。JSONデータを入力とし、各直に対してURIもしくはリテラルを割り当てられます。特徴は以下の通りです。
JSONデータを入力することで構造解析し、マッピングが必要なキー、値の要素を抽出• 既存語彙の自動マッピング• 作成したcontextファイルの編集• JSON-LDデータの出力• githubアカウントによるユーザ認証によってcontextファイルの保存が可能•

さらに、動的に表示されるチュートリアルを用いた作業支援機
能があり、使いやすさの向上が図られています。

オントロジーからの選択
自 動 マ ッ ピ ン グ 機 能 に つ いて は 、 既 存 語 彙 の 対 象 と してLinked Open Vocabularies (LOV)およびBioPortalで公開されている再利用可能な366のowl:Ontologyを対象としました。大量の語彙を選択することが可能ですが、JSONから抽出された要素からオートマッピングを実現するため継続して開発中です。

LOV

RDFデータ<http://dbpedia.org/resource/John̲Lennon><http://schema.org/birthDate> "1940-10-09"^^xsd:date ;JSON Dataはプログラム間でデータ交換を行うための簡単な表現形式で、人も読みやすいように作られています。現在、インターネットを介したウェブアプリケーションにおけるデータ交換形式として広く利用されています。

<http://schema.org/spouse><http://dbpedia.org/resource/Cynthia̲Lennon> ;<http://xmlns.com/foaf/0.1/name> "John Lennon" .

https://json-ld.org/

既存のJSONをJSON-LDにする
アプリケーション開発時に直接JSON-LDデータを出力する仕様とすれば特に変換は必要ありませんが、JSON-LDではな
いJSONデータを出力する既存アプリケーションは多数あります。生命科学分野においては、例えばNCBIにより開発されているE-Utilitiesには、EntrezデータベースのデータをJSON形式で出力する機能があります。
また、現状ではJSON形式のデータを処理するツールや、入力インターフェース

JSON形式についての知識のあるアプリケーション開発者は多数である一方で、RDFに関しては比較的少ないことから、JSONデータをJSON-LDデータに効率的に変換できるツールがあれば、両者の橋渡しが容易になり、RDF化およびリンク
ト・データ化を促進できると考えています。
http://json.org/

Licensed under CC-BY 4.0 ©2018 山本泰智、藤澤貴智