生命科学系データベース横断検索サービスの現状と今後○大波純一1、杉崎太一朗2、青木健一2、平井信一2、牧口大旭2、奥村利幸2、川本祥子3、畠中秀樹1、三橋信孝1
1.独立行政法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）、2.三井情報株式会社、
3.大学共同利用法人情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）

現在の生命科学データベース横断検索システム概観■システム構成■機能と特徴 （赤字：機能更新・追加）■検索インターフェース
検索ボックス
データベースツリー（カテゴリごとの件数表示、絞込み）

クラスタサーバ

生命科学関連
公開データベース

検索ノード

日本語検索
感覚的でスピーディな検索結果取得

検索結果

検索語サジェスト
検索ボックスに語句の提案表示

検索結果の絞込み
DBカテゴリ
ヒトの遺伝子名
Wikipediaシソーラス

インデックスクローリングインデックス作成
検索P2Pノード分散配置※Hyper Estraierの機能を利用
組織を超越したデータ連携

インデックス

ツールボックス

インデックスディープWeb検索

検索語の自動変換

検索バーへの登録

対象DB:378件

Googleでヒットしない情報も！

京都大学ライフサイエンス辞書

IEやFireFoxの検索ボックスから(2013/09/30時点)
総データ数は1000万件～

質問

検索インタフェース

検索ノード

インデックスクローリングインデックス作成
検索

結果表示
答え

インデックス

検索ノード

お気に入り検索公開DBサイト監視

頻繁に検索するDBを選択

サイト移転や閉鎖を検知し対応

パスウェイ
DB
微生物DB

インデックス
インデックスHyperEstraier■モバイル版■英語版

クローリング
データダウンロード
リンク

インデックスクローリングインデックス作成
検索

http://biosciencedbc.jp/dbsearch/ もしくは「生命科学横断検索」でWeb検索

遺伝子発現
DB

インデックスHyperEstraier

利用者

タンパクDB

インデックスHyperEstraier

DB詳細説明

ゲノムDB

インデックスクローリングインデックス作成
検索

Webサーバ

遺伝子DB

インデックスHyperEstraier
検索ノード

文献

検索ノード

インデックスクローリングインデックス作成
検索

辞書

インデックス
インデックスHyperEstraieretc
連携機関に設置したクラスタサーバ

DBリストダウンロード

利用マニュアル設置

タブ区切りリストを参照可能

詳細な使い方を参照可能

検索ノード

インデックスクローリングインデックス作成
検索インデックス
インデックスHyperEstraier

http://biosciencedbc.jp/dbsearch/?lang=en

http://biosciencedbc.jp/dbsearch/mobile/■外部サービスとの連携■クラスタサーバの組織間での相互乗り入れ図

Integbioデータベースカタログ

Sagace(医薬基盤研)

農業生物資源研

http://togo.dna.affrc.go.jp/※外部参照リンク・
インターフェース設置準備中

生命科学系データベースアーカイブ

TogoProt
蛋白質関連データベース統合検索

DBCLS Gallaxy

統合的な検索に向け

http://sagace.nibio.go.jp/

１．幅広い分野のデータベースの相互接続

MEDALS横断検索(産総研 創薬分子プロファイリング研究センター)

・検索データベースのインデックス（46件）

・検索データベースのインデックス（61件）
・データベースの詳細情報・追加予定データベース

・検索環境

J-GLOBAL

２．メタ情報統合化の基準を統合DBプロジェクト内で検討

http://biosciencedbc.jp/dbsearch/

JCGGDB横断検索(産総研、糖鎖医工学研究センター)

J-STAGE・J-STAGEデータの検索インデックス供与

NBDCポータルサイト

凡例参照関係参照関係（H23年度以前から） （H24年度追加）

・遺伝子カテゴリ検索ボタン
・Read & Researchmap
データ

生命科学データベース
横断検索・外部リンク

・検索結果経由のアクセス
検索窓設置

http://jcggdb.jp/search/search.cgi?lang=jp

参照・被参照の両方

・APIによるアクセス

生命科学DB横断検索（NBDC/DBCLS）

http://medals.jp/xsearch/

被参照のみ

・検索環境

・リンク

検索窓設置

検索窓設置

Integbio.jpポータルサイト

LSDB統合データベースプロジェクト
ポータルサイト参照関係（設置準備中）これからのシステム機能強化方針■データベースの更新頻度分析
1年以上更新なし: 929件

件数1年以内に更新あり: 206件

■そして理想的な統合検索へ・・・【現状】人間によるデータベースの取得範囲の調査・取得作業3025

取得するデータの例（赤枠：検索インデックスに登録する範囲）

20

無構造なデータベースでも直接アクセスし、要素を見分ける

15
10
50
1994/9/23

1997/6/19

2000/3/15

2002/12/10

2005/9/5

2008/6/1

2011/2/26■インデックスファイル更新の効率化/自動化案
RSS FEED

91/364件利用可能

The DATABASE
was UPDATED!

Twitter /Social media

生命科学系
公開データベース

横断検索サーバ
インデックスファイル更新26/364件
利用可能
Antennae-mailsitemap.xml

12/364件利用可能※バナーは対象DBサイトの一部です

5422

POLA1, POLA, p180

Definition

polymerase (DNA directed), alpha 1, catalytic subunit (EC:2.7.7.7)

Orthology

2013/11/22

Integbioデータベースカタログ（ポスター番号１を参照）で公開されている、稼働中のライフサイエンス系データベース情報１１３５件を利用し、2013年9月2日時点の、ＤＢサイトトップページの最終更新日を確認した。この結果、最終更新日が直近1年以内のデータベースサイトは206件（約18%）に留まっていた。定期的に公開ＤＢのデータを取得し、インデックスファイルを更新する横断検索シス
テムでは、より効率的なデータ更新の確認と取得が必要と考えられる。

Ｅｎｔｒｙ
Gene name①全データの件数は？
②各データのＵＲＬは何と何と何？
③どのような方法で全データをダウンロードできる？
④サイトが利用規約や検索エンジン宛の通達でダウンロードについて許可している？
⑤英語版のデータと日本語版のデータはどのように分かれている？
⑥ダウンロードの時に相手のサーバに負荷をかけて壊してしまわないか？
⑦各データの中の検索範囲はどうするか（著作権表記や宣伝は検索対象にしない）⑧データ内容に更新があったらどのようにして分かるか？最終更新日はいつか？
⑨現在の横断検索に搭載してパフォーマンスに問題はないか？
⑩各データがオリジナルではなく、他のデータベースのコピーではないか？
⑪過去に横断検索に搭載した類似データベースではどのように扱っているか？
⑫ページ内で生命科学系データとして検索するべき範囲はどこか。
⑬遺伝子名は他のDBサイトと共通でLinked Dataとして利用できるか。
⑭生物種は学名か一般名か？
⑮構造データやバインディングモチーフ、タンパク質ファミリーなどのリンクは可能か。
⑯配列データはどのようなフォーマットで利用可能か。
etc…

CDST01001

K02320 DNA polymerase alpha subunit A [EC:2.7.7.7]

Organismhsa Homo sapiens (human)

Pathwayhsa00230 Purine metabolism

Modulehsa_M00261 DNA polymerase alpha / primase complex

ClassMetabolism; Nucleotide metabolism; Purine metabolism [PATH:hsa00230]
Metabolism; Nucleotide metabolism; Pyrimidine metabolism [PATH:hsa00240]
Genetic Information Processing; Replication and repair; DNA replication [PATH:hsa03030]
BRITE hierarchy

Motif

Pfam: DNA_pol_B DNA_pol_B_exo1 zf-DNA_Pol DNA_pol_alpha_N Motif

Other DBs

NCBI-GI: 106507301 NCBI-GeneID: 5422
OMIM: 312040 HGNC: 9173
HPRD: 02416 Ensembl: ENSG00000101868
Vega: OTTHUMG00000021277 UniProt: P09884

PositionXp22.1-p21.3

AA seq

MAPVHGDDSLSDSGSFVSSRARREKKSKKGRQEALERLKKAKAGEKYKYEVEDFTGVYEEVDEEQYSKLVQARQDDDWIVDDDGIGYVEDGREIFDDDLEDDALDADEKGKDGKARNKDKRNVKKLAVTKPNNIKSMFIACAGKKTADKAVDLSKDGLLGDILQDLNTETPQITPPPVMILKKKRSIGASPNPFSVHTATAVPSGKIASPVSRKEPPLTPVPLKRAEFAGDDVQVESTEEEQESGAMEFEDGDFDEPMEVEEVDLEPMAAKAWDKESEPAEEVKQEADSGKGTVSYLGSFLPDVSCWDIDQEGDSSFSVQEVQVDSSHLPLVKGADEEQVFHFYWLDAYEDQYNQPGVVFLFGKVWIESAETHVSCCVMVKNIERTLYFLPREMKIDLNTGKETGTPISMKDVYEEFDEK
IATKYKIMKFKSKPVEKNYAFEIPDVPEKSEYLEVKYSAEMPQLPQDLKGETFSHVFGTN

現在横断検索では、人手で最新の情報を確認し、公開データベースのエントリーごとに重要な要素を見分けて検索インデックスに登録している。このため、一般的なWeb検索と比べ、高い網羅性と精度で生命科学系データにアクセスすることができる。但しこの手法では、統合的な検索（ＤＢ内項目の意味を理解した検索方法）とならない上、情報確認に時間がかかる。
【将来】データベースの構造化・公開データベースごとのRDFメタ情報スキーマの埋め込み■robots.txtを公開しているDBサイトの割合
A. 2012年9月時点での生命科学データベース横断検索におけるrobots.txt設定データベースの割合

B. 2013年10月1日時点の生命科学データベース横断検索におけるrobots.txt設定データベースの割合

117件（約36％）
209件（約64％）

171件（約47％）
193件（約53％）■robots.txt設定有り■robots.txt設定無し

生命科学系データの統合的な利用
ユニバーサルで負担の少ない取得機構

RDF化・構造化された
公開データベース

今後は、統合的な検索の実現のため、構造化（RDF化など）されたデータベースへの取得方法の検討や、生命科学分野の研究に有用な統合項目の検討、データベース取得機構のユニバーサル化などを実施し、情報確認の効率化を推進する。また、連携機関、検索対象データベース管理者、利用者からの意見も積極的に取り入れて、更なる改善に努める方針である。

トーゴーの日シンポジウム 2013 ここまできたライフサイエンスデータベースの統合
会期：2013年10月4 日 （金）・ 5 日 （土）於：時事通信ホール

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