GOURMETご紹介
株式会社 日本総合研究所
サイエンス事業本部
芝野 真次

本日のMenu
前菜…What is GOURMET? （これまでのPre-Postに替えて）

魚料理…貴方のお好きなお魚は？ （解析者の望むPre-Post)
メインディッシュ…シェフのおすすめ （GOURMETの特徴）
デザート…Gourmet Demoのpython & GNUPLOT 風味

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What is GOURMET ?
進化し続ける変更しやすいPre‑Post
利用者がデータの構造を自由に規定
 利用者がデータの操作法を自由に変更
 利用者がエンジンの動作を制御可能
 データの編集・描画が容易
 他の研究者の利用法が理解しやすい 解析対象（エンジン）が変わっても操作法は同じ
=>GOURMET
Graphical Open User Interface foR
Multiscale‑analysis EnvironmenT2

既存Pre-Postとの相違点
既存Pre-Postの特徴
データの書式や種類が固定
 エンジン間のデータ受け渡しは個別対応



GOURMETの特徴
データの定義が自由
 書式も自由（構文文法があるのみ）
 データの構成を物理・化学から求めた


3

解析者の要望
解析エンジンは解析対象の空間スケールや解析対象物理量が異なるため、入出力データが異なり、それらの変換機構を持つ必要がある。
 ズーミング手法や解析手法には依然未知の部分があり、入出力データが頻繁に変更される可能性が高い。
 ズーミングエンジン作成者は変換対象となる解析エンジンの入出力データの物理特性は理解するものも、解析手法の詳細は理解しないですませたい。


これらをなるべく簡単に行いたい。
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物理量とは物理量意味

UDF help

名前

UDF Path型

UDF Type単位

UDF Unit

数値

UDF Data

ふるまいAction file5

GOURMETの特徴


物理量を定義するUDF書式を持っている。


物理量の意味（help),名前(Path),型（Type),単位(Unit),数値(data)を持っている。

物理量の振る舞いを規定するAction fileを持っている。
 エンジンの情報を制御するMessage Fileを持っている。
6

機能構成
UDF

データ構造を規定する

ファイル

処理構造を規定する

PythonAction

ライブラリ

ファイル

GOURMET

エンジン制御を規定する

Message
ファイル

解析
エンジン

解析結果
２D、３D可視化
分析処理
変換処理
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GOURMETとエンジンの関係
COGNACSUSHIMUFFIN

PASTA…

Platform Interface Library

GOURMET8

粗視化MD分子構造ビルダー
既存の書式規定型のファイルの書式と読み込み後のUDFファイルの構造を規定するだけで、既存ファイルをUDFファイルに変換可能
 PDBファイル & molファイルをサポート
 粗視化動力学エンジンに必要な情報を自動的に付加
 結合角、二面角、粗視化ポテンシャル情報
 pythonで記述されており、利用者により、容易に変更。高度化が可能
 サポート書式などは容易に拡張可能
9

FEM Pre-Processorとの連携


汎用データフィルタリング機能粗視化MD分子構造ビルダーでも用いた書式型データからUDF構文へのデータ変換機構を利用
 NASTRANのbulk data file書式の複雑なメッシュデータを読み込み可能 新たなデータ構造への拡張も容易

10変換後メッシュデータ表示例
NASTRAN bulk fileMUFFIN3用にサンプルとして作成した変換フィルタを利用して変換処理を行い、GOURMETで表示した

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エンジンマネージャ機能
ネットワーク上にある登録済みエンジンの起動・一旦停止・パラメータ変更・状況監視が可能
 エンジン実行を提供するサーバで稼動 エンジンとの情報の授受はUDF構文を用いているので、拡張が容易

クライアントエンジンサーバ
エンジンマネージャ

GOURMET
UDF
Files

解析エンジン稼動

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アクション機能
GOURMETでは、pythonによる簡易プログラミングを行うことができる エンジン開発時や分析時には柔軟な作業を行える But ...
完成したエンジン利用システムとして実行する際、操作が煩雑
 Then ...
Python スクリプトライブラリ管理 利用者の作成したスクリプトを登録・管理できる ReadyMadeからEasy OrderMadeに!
13データマネージャ機能
サーバアプリケーション
 UDFデータ管理機能を提供するサーバ上で稼動

クライアントUDFデータ管理サーバ

GOURMET

データマネージャ
UDF
Files
14

データマネージャ使用例

UDFファイルの管理
転送
情報参照を行うことができる

15

ＧＵＩ機能拡張Help



Select

単位変換機能Picking

UDF定義でデータ候補を記述し、GUIで選択

Unit



UDF定義に説明を記述し、 GUIで参照

オブジェクト選択機能

2Dプロット機能改良

内蔵GraphSheetによるグラフ用データ作成機能
gnuplotインタフェースライブラリ提供
16Unit機能
多くの解析エンジンは無次元の物性値を扱う
 But ...
従来の方式では計算方法をマニュアルで調べ、無次元化計算を行う必要があった
 Then ...
無次元化計算は、GOURMETが行う


無次元化方法はUDFで定義される
 無次元化方法をユーザが知る必要が無い17

単位系変換の利用例

単位系の変換・逆変換をGUIで行うことができる（データ毎のスケール変換も可能）
18

Picking機能
3次元表示された描画オブジェクトをマウス選択し、 そのオブジェクトに定義された任意のアクションを行う

例えば1分子の選択と再表示など解析結果の分析作業を支援する

19

Picking機能利用例
選択した２原子間の距離計算表示(このままアニメーションも可能)

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プロットアクションの実行例
COGNACの計算結果から1次元体積分率をプロットする
アクションの実行
例（３アクションでグラフ作成が可能）

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リリースまでの道のり
1999~開発開始
 2000/6 α版配布

2001/6 β版配布



システムが持つべき諸機能を検討
アーキテクチャ再構築、高速度・省メモリ追求

2002/4 リリース


利便性向上
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改善点
- α版、β版を使ってくださった方々へ

速度向上
I/O：２０倍 描画：３０〜５００倍（メモリキャッシュ使用時）


省メモリー化¼（サーバ・クライアントからローカル計算へ)

操作性・利便性の向上
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最後に

食材はそろった。

COGNAC, SUSHI, PASTA , MAFFIN, .....
貴方を一流のグルメするための道具もそろった。
GOURMET with Python & GNUPLOT
さあ、貴方の好きな料理を召し上がれ！
GOURMET Demo（デザート）をどうぞ！
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