福岡県保健環境研究所年報第48号，98－101，2021

資料
福岡県保健環境研究所における新型コロナウイルス感染症(COVID-19)に係る検査・解析・研修等の対応について(2020年1月-2021年3月)
上田紗織・小林孝行・中村麻子・大隈英子・石橋哲也・堀川和美・廣瀬美和子・佐藤洸・芦塚由紀
片宗千春・カール由起・重村洋明・大石明・江藤良樹・濱崎光宏・西巧・中島淳一
市原祥子・高尾佳子・枇杷美紀・原田純子・新谷俊二・村田美奈子・高橋浩司
古谷貴志・佐藤環・平川周作・田中義人・香月進
当所では、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)による感染症(COVID-19)に係る検査を2020年1月31日から開始した。2020年1月31日から2021年3月31日までに、SARS-CoV-2検査を32,020件行い、うち2,299件が陽性であった(陽性率7.2%)。また、他自治体からの依頼検査を990件、宿泊療養施設退所に必要な陰性確認検査を637件行った。COVID-19の流行が継続する中、変異株の流行状況の把握やCOVID-19の感染伝播の解明の重要性が高まった。このことから、2021年1月以降、SARS-CoV-2検査に加えて、
N501Y変異に係る変異株スクリーニングを919件行い、うち5件が変異陽性であった。また、次世代シークエンサー(NGS)によるSARS-CoV-2の全ゲノム配列の解析を714検体行い、うち460検体(64.4%)の配列を取得した。得られた配列情報についてデータベースへの登録及び疫学情報と併せて保健所等への情報提供を行った。さらに、COVID-19に関する技術や知識を共有するために、SARS-CoV-2検査の技術研修や保健所等に対する研修会等を行った。
［キーワード：新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)、核酸増幅法、
N501Y変異、変異株スクリーニング、次世代シークエンサー(NGS)］
１

はじめにった。また、九州・山口9県における感染症に対する広域

新 型 コ ロ ナ ウ イ ル ス (SARS-CoV-2) に よ る 感 染 症

連携に関する協定書に基づき他自治体からの依頼検査を(COVID-19)は、2019年12月に中国湖北省武漢において初め行った。て患者発生が報告された。その後、2020年1月16日に国内

２・１

検査方法初の感染例が報告され1)、全国に感染が拡大した。当所でCOVID-19疑い患者の検体(咽頭ぬぐい液、鼻咽頭ぬぐいは、2020年1月31日にCOVID-19疑いの検体について初めて液、唾液、喀痰等)について、核酸増幅法(RT-qPCR法、TMA検査を行った。そして、福岡県では2020年2月20日に福岡法)を用いてSARS-CoV-2の検査を行った。また、2020年12

市で最初の患者が報告され2)、当所でも2020年3月19日に最月から2021年1月にかけて、県内3ヶ所の検査課(筑紫保健初の陽性を検出した。COVID-19の流行が継続する中、変福祉環境事務所、北筑後保健福祉環境事務所及び田川保健

異株の流行状況の把握や、COVID-19感染伝播の解明の重福祉事務所)で抗原定量検査が開始され、当所では、抗原要性が増した。そこで、当所ではSARS-CoV-2検査に加え定量検査において判定保留となった検体について、福岡県て、変異株スクリーニング、次世代シークエンサー(NGS)

新型コロナウイルス抗原定量検査実施要領に基づき、核酸を用いたCOVID-19の感染伝播の解明や変異株の確定を行増幅法による確定検査を行った。

った。また、保健所への技術研修や研修会等を通して

２・２

県域の検査数及び検査結果

COVID-19に関する情報共有を行った。今回、2020年1月31

当所では、SARS-CoV-2 の検査を 2020 年 1 月 31 日から日から2021年3月31日にかけて当所で行ったCOVID-19に開始した。その後、2021 年 3 月 31 日までに、北九州市及係る対応について報告する。

び福岡市を除く県内 9 ヶ所の保健所、久留米市、大牟田市(2020 年 3 月まで)及び県内 3 ヶ所の検査課の確定検査を含

２

新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の検査

む 32,020 件について検査した。その結果、2,299 件が陽性

SARS-CoV-2の検査は、感染症の予防及び感染症の患者であった(陽性率 7.2%)。月毎の検査数及び陽性数を表 1 にに対する医療に関する法律(感染症法)第15条に基づいて行示す。なお、検査数は、当所における検査日と検査数に基福岡県保健環境研究所 (〒818-0135 太宰府市大字向佐野 39)

づき集計したため、公表されている検査件数とは異なる。

- 98 -

月毎の検査数は、2021 年 1 月に 8,046 件と最多であった。

立感染症研究所(感染研)に検体を送付し、ゲノム解析を依次いで、2020 年 8 月に 5,142 件であった。1 日最多検査数

頼した(合計 971 検体)。2020 年 9 月に次世代シークエンサ

は、月毎の検査数同様、2021 年 1 月に 1 日 559 件と最多ー (NGS) を 導 入 し 、 感 染 研 の 協 力 を 得 て 当 所 で もであった。次いで、2020 年 12 月の 1 日 416 件であった。

SARS-CoV-2 の全ゲノム配列の解析を開始した。

陽性数は、2021 年 1 月に 555 件と最多であった。次いで、

４・１

検査方法

2020 年 4 月の 401 件であった。一方、陽性率は 2020 年 4

当所、保健所検査課、民間検査会社による検査及び他自月が 13.7%、次いで 2020 年 5 月の 11.8%であった。また、治体の検査において SARS-CoV-2 陽性となった検体を対2020 年 6 月以降は、10%未満で推移した。

象とした。ゲノム解析の開始当初の 2020 年 5 月は、陽性２・３検体から抽出した RNA を感染研に送付しゲノム解析を依他自治体からの依頼検査

2020 年 3 月に大分県から 174 件、2020 年 4 月から 7 月頼した。当所で NGS 解析を開始して以降は、当所にて、にかけて北九州市から 696 件、2020 年 12 月に福岡市から検体から抽出した RNA について糸川ら 8)の方法により全120 件の計 990 件について検査を行った(表 1)。

ゲノム配列を取得した。

２・４

４・２

宿泊療養施設における陰性確認検査

検査数および検査結果

COVID-19 の流行当初、COVID-19 患者又は無症状病原感染研に送付した 971 件のうち、689 件(71%)について体保有者について、症状改善後または 10 日間の入院後に、配列が取得された。
当所においては、
2020 年 11 月から 2021

2 回核酸増幅法による検査を行い、両方で陰性が確認され

年 3 月 31 日までに 714 件ついてゲノム解析を行い、460た場合に退院または宿泊療養施設からの退所ができると件(64.4%)について配列を取得した (表 1)。得られた配列を、いう基準を厚生労働省が定めていた 3)。この基準に基づき、感染研のサーバーで組み立てを行い、国際的なデータベー

2020 年 4 月から 6 月にかけて、県内に設けられた 3 ヶ所ス Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID)への宿泊療養施設(2020 年 6 月 15 日時点)の延べ 637 検体に登録した 9)。また、得られた配列について疫学情報を併せついて陰性確認検査を行った(表 1)。なお、基準の改正等てネットワーク解析を行い保健所に情報提供した。変異株に伴い、当該検査は 2020 年 6 月 15 日で終了した。の流行以降は変異株の確定を行った。

３５変異株スクリーニング

技術研修

COVID-19 の流行が継続する中、2020 年 9 月に英国にお2021 年 3 月に北筑後保健福祉環境事務所から 4 名の研いて N501Y 変異があるアルファ株が検出された 4)。その修者を受け入れ、SARS-CoV-2 検査等について実習を含め後、2020 年 12 月 25 日に国内で初めて検出されて以降 5)、た研修を行った。

全国に感染が広がった。アルファ株について、厚生労働省による監視体制の強化が行われ 6)、当所でも 2021 年 1 月

６から、N501Y 変異について、変異の有無を確認する変異情報提供
COVID-19 に係る検査体制や NGS 解析の結果等の情報株スクリーニングを開始した。

提供のために、2020 年 1 月から 2021 年 3 月にかけて、保３・１健所を対象とした研修会を計 12 回、また、保健所、本庁

検査方法

変異株スクリーニングは、当所、保健所検査課及び民間検査会社の SARS-CoV-2 検査で陽性となった検体の一部及び医療機関に対して個別に NGS 解析等に関する情報提供を計 7 回実施した(表 2)。

を対象に、RT-qPCR 法で行った。一部の検体は、変異株スクリーニングによる N501Y 変異の有無を確認せず、直接７４のゲノム解析により変異株の確定を行った。
３・２

検査に係る応援体制
COVID-19 に対する検査対応において、所内の病理細菌検査数および検査結果課、企画情報管理課、生活化学課及び水質課から計 18 名

N501Y 変異スクリーニング検査は 919 件について検査を行った。その結果、5 件が変異陽性となった(表 1)。の応援を受けた。また、筑紫保健福祉環境事務所、北筑後保健福祉環境事務所及び田川保健福祉事務所の検査課から計 3 名の応援を受けた。

４ゲノム解析
COVID-19 の流行に伴い、感染伝播の解明や変異株の流行状況を把握することの重要性が高まった。厚生労働省からの通知「新型コロナウイルス感染症における積極的疫学調査について(協力依頼)」7)に基づき、2020 年 4 月から国- 99 -

表 12020 年 1 月から 2021 年 3 月までに当所で行った新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)に係る検査及び解析の種類と月毎の実施数
N501Y

県内の検査

2020 年

2021 年

保健所からの検査課の検査

確定検査

1月

4-

4

2月

85-

3月

400

4月

検査数計

1 日最多

他自治体

宿泊療養施設

依頼検査

陰性確認

陽性数

陽性率

400.0%

085

1600.0%-

400

43

15

2,925

-

2,925

224

5月

1,080

-

1,080

6月

560

-

7月

2,972

8月

ゲノム解析 *

変異株スクリーニング

得られた

検査数

陽性数

解析数

0-

-

-

-

0

0

-

-

-

-

3.8%

174

0-

-

-

-

401

13.7%

337

256

-

-

-

-

86

127

11.8%

26

377

-

-

-

-

560

50

00.0%

270

4-

-

-

-

-

2,972

334

188

6.3%

63

-

-

-

-

-

5,142

-

5,142

358

350

6.8%

0

-

-

-

-

-

9月

1,513

-

1,513

321

53

3.5%

0

-

-

-

-

-

10 月

583

-583

129

24

4.1%

0-

-

-

-

-

11 月1,795-

1,795

273

140

7.8%

0-

--

3140

12 月

4,109

109

4,218

416

252

6.0%

120-

--

103

58

1月

7,900

146

8,046

559

555

6.9%

0-

381

0

126

88

2月

1,704

76

1,780

274

144

8.1%

0-

178

087

363月

877

40

917

103

50

5.5%

0-

360

5367

238

合計

31,649371

32,020

-

2,299

7.2%

990

637

919

5714

460

検査数

配列数

* 当所の次世代シークエンサー（NGS）による解析数を示す。
（感染研への解析依頼数は 2020 年 4 月～2021 年 1 月までで合計 971 検体）- 100 -

表 2 保健所等に対する情報提供の回数と対象回数
2020 年対象1)

厚生労働省：新型コロナウイルスに関連した肺炎の3月

1

全保健所(研修会)

患者の発生について(1 例目), 令和 2 年 1 月 16 日,

4月

1

保健所(個別情報提供)

https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_08906.html

5月

1

保健所(個別情報提供)(2021/8/26 アクセス)

6月

3

全保健所(研修会)

7月

3

全保健所(研修会)症の発生について, 令和 2 年 2 月 20 日,

保健所(個別情報提供)

https://www.pref.fukuoka.lg.jp/uploaded/attachment/6256

本庁(個別情報提供)

4.pdf (2021/8/26 アクセス)2)

3)

福岡市：福岡県内における新型コロナウイルス感染

厚生労働省：感染症の予防及び感染症の患者に対す

8月

2

全保健所(研修会)

10 月

1

全保健所(研修会)

る医療に関する法律における新型コロナウイルス感

11 月

1

全保健所(研修会)

染症患者の退院及び就業制限の取扱いについて, 健

12 月

2

全保健所(研修会)

感発 0203 第 3 号, 令和 2 年 2 月 3 日

本庁(個別情報提供)
2021 年

文献3月44)

WHO：COVID-19 Weekly Epidemiological Update

全保健所(研修会)

Edition 46, published 29 June 2021,

保健所(個別情報提供)

file:///C:/Users/ueda/Downloads/20210629_Weekly_Epi_
Update_46.pdf (2021/8/26 アクセス)

本庁(個別情報提供)
5)

国立感染症研究所：感染性の増加が懸念される
SARS-CoV-2 新規変異株について(第 2 報), 2020 年
12 月 25 日 20:00 時点,
https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/20
19-ncov/10084-covid19-28.html (2021/9/1 アクセス)6)

厚生労働省：新型コロナウイルス感染症の積極的疫学調査における検体提出等について(要請), 健感発0205 第 4 号, 令和 3 年 2 月 5 日

7)

厚生労働省：新型コロナウイルス感染症における積極的疫学調査について(協力依頼) , 健感発 0316 第 3号, 令和 2 年 3 月 16 日

8)

K. Itokawa et al.：PLoS One, 2020 Sep
18;15(9):e0239403.

9)- 101 -GISAID：https://www.gisaid.org/ (2021/8/26 アクセス)