ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
代表者氏名：奥野恭史

サブ課題Ａ：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化
サブ課題代表者：杉田 有治
1．学会誌・雑誌等における論文掲載
No.

掲載した論文（発表題目）

発表者氏名

発表した場所（学会誌・雑誌名等）

Ryuhei Harada(University ofNontargeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for
Tsukuba), Akio Kitao(TheJ. Chem. Theor. Comput., 11, 5493-5502
Enhancing the Conformational Sampling of Proteins
University of Tokyo)
Cheng Tan(Kyoto
Journal of the American Chemical Society,
Dynamic Coupling among Protein Binding, Sliding, and DNA
University), Tsuyoshi
2
Vol.138 (27), pp.8512－8522
Bending Revealed by Molecular Dynamics
Terakawa(Columbia
University), Shoji
Histone acetylation dependent energy landscapes in triLe Chang(kyoto University), Scientific Reports, 6: 34441 (13 pages) , doi:
3
nucleosome revealed by residue-resolved molecular simulations Shoji Takada(kyoto
10.1038/srep34441
Tadashi Ando(RIKEN, Japan;
RIKEN Quantitative Biology
Center, Japan.), Isseki
Yu(RIKEN, Japan), Michael
Thermodynamics of Macromolecular Association in
Feig(Michigan State
J. Phys. Chem. B, 120(46), 11856-11865
4 Heterogeneous Crowding Environments: Theoretical andUniversity, United States),(2016)
Simulation Studies with a Simplified Model
Yuji Sugita(RIKEN, Japan;
RIKEN Quantitative Biology
Center, Japan; RIKEN
Advanced Institute for
Computational Science
1

別添1-1

発表した時期

国内・国際の 査読（有りの場 招待講演
別合○を記入）（○を記

2015年11月

英語2016年6月

英語2016年10月

英語2016年10月

英語2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

5

Biomolecular interactions modulate macromolecular structureand dynamics in atomistic model of a bacterial cytoplasm

Isseki Yu(iTHES ResearchGroup, RIKEN, Theoretical
Molecular Science Laboratory,
RIKEN), Takaharu
Mori(Theoretical Molecular
Science Laboratory, RIKEN),
Tadashi Ando(Laboratory for
Biomolecular Function
Simulation, RIKEN Quantitative
Biology Center), Ryuhei
Harada(Computational
Biophysics Research Team,RIKEN Advanced Institute for
Computational Science),
Jaewoon Jung(Computational
Biophysics Research Team,eLife, 2016;5:e19274
RIKEN Advanced Institute for
Computational Science), Yuji
Sugita(Theoretical Molecular
Science Laboratory, RIKEN,iTHES Research Group, RIKEN,
Theoretical Molecular Science
Laboratory, RIKEN, Laboratory
for Biomolecular Function
Simulation, RIKEN Quantitative
Biology Center, Computational
Biophysics Research Team,RIKEN Advanced Institute for
Computational Science),
Michael Feig(Department ofBiochemistry and Molecular

Communication: Constant uncertainty molecular dynamics: A
Taisuke Hasegawa(Kyoto
J. Chem. Phys., 145, 171101 (2016)
6 simple and efficient algorithm to incorporate quantum nature into
University)a real-time molecular dynamics simulation
Masahiro Shimizu(Kyoto
University), Yasunori
Noguchi(Kyushu University),
Yukari Sakiyama(Kyushu
Proceedings of the National Academy of
Near-atomic structural model for bacterial DNA replication
University), Hironori
Sciences USA, vol.113, E8021－E8030, doi:
7
initiation complex and its functional insights
Kawakami(Kyushu
10.1073/pnas.1609649113
University), Tsutomu
Katayama(Kyushu
University), Shoji
Po-hung Wang(Theoretical
Molecular Science
Laboratory, RIKEN), Isseki
Influence of protein crowder size on hydration structure andYu(iTHES Research Group. Chemical Physics Letters 671 (2017) 63－
8
dynamics in macromolecular crowding
70
RIKEN, Theoretical
Molecular Science
Laboratory, RIKEN), Yuji
Sugita(Theoretical Molecular
Enhanced Conformational Sampling of N-Glycans in Solution
Raimondas Galvelis, Suyong J. Chem. Theory Comput., 13, 1934-1942
9with Replica State Exchange Metadynamics
Re, and Yuji Sugita.
(2017).
Raimondas
Journal of Chemical Theory and
Neural Network and Nearest Neighbor Algorithms for Enhancing Galvelis(TheoreticalComputation (in press) DOI:
10
Sampling of Molecular Dynamics
Molecular Science, RIKEN),
10.1021/acs.jctc.7b00188
Yuji Sugita(Theoretical

別添1-2

2016年11月

英語2016年11月

英語2016年11月

英語2017年1月

英語2017年4月

英語2017年4月

英語2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Motoshi Kamiya(Kyoto
Journal of Physical Chemistry B, 121, 3842Photoactivation Intermediates of a G-Protein Coupled Receptor
University), Shigehiko
3852 (2017)
Rhodopsin Investigated by a Hybrid Molecular Simulation
Hayashi(Kyoto University)
Alexander Krah(Korea
Institute for Advanced
The structural basis of a high affinity ATP binding epsilon subunit
Study), Yasuyuki Kato12
PLOS ONE, Vol.12, e0177907(2017)from a bacterial ATP synthase
Yamada(Rikkyo University),
Shoji Takada(Kyoto
Shigehiko Hayashi(Kyoto
University), Yoshihiro
Uchida(Kyoto University),
Taisuke Hasegawa(Kyoto
QM/MM geometry optimization on extensive free-energy
University), Masahiro
13 surfaces for examination of enzymatic reactions and design ofAnnu. Rev. Phys. Chem., 68, 135-154 (2017)
Higashi(University of thenovel functional properties of proteins
Ryukyus), Takahiro
Kosugi(Institute for
Molecular Science), Motoshi
Kamiya(Kyoto University)
Hisham M. Dokainish(TheUniversity of Tokyo), Daichi
Yamada(Nagoya Institute ofTechnology), Tatsuya
Electron Fate and Mutational Robustness in the Mechanism of
Iwata(Nagoya Institute of
ACS Catalysis, Vol.7 pp4835－4845 (2017)14(6-4)Photolyase-Mediated DNA Repair
Technology), Hideki
Kandori(Nagoya Institute ofTechnology), Akio Kitao(TheUniversity of Tokyo)
Jaewoon Jung(RIKEN AICS,
Multiple program/multiple data molecular dynamics method with RIKEN), Yuji Sugita(RIKEN Journal of Computational Chemistry, Vol.
15
multiple time step integrator for large biological systems
AICS, RIKEN, RIKEN QBiC, 38, pp. 1410-1418
RIKEN iTHES)
Mami Saito(Kyoto
How one-dimensional diffusion of transcription factors are
University), Tsuyoshi
16
Molecular Simulation, Vol.43, pp.1315-1321
affected by obstacles: coarse-grained molecular dynamics study Terakawa(Columbia
University), Shoji
Kazuhiro Takemura(The
University of Tokyo), Kyoko
Hanawa-Suetsugu(NaraAdvanced Institute ofSalt Bridge Formation between the I-BAR Domain and Lipids
Science and Technology),
17
Scientific Reports 7, Article number: 6808
Increases Lipid Density and Membrane Curvature
Shiro Suetsugu(NaraAdvanced Institute of
Science and Technology),
Akio KItao(The University of
Koichi Tamura(Kyoto
Atomistic modeling of alternating access of a mitochondrial
University), Shigehiko
PLOS ONE, 12, e0181489 (2017)18
ADP/ATP membrane transporter with molecular simulations
Hayashi(Kyoto University)
医学のあゆみ - 第5土曜特集号「生命現象ハイブリッド分子シミュレーションによるロドプシン光受容体の分を観る－革新的な構造生命科学が観せてく19
林重彦(京都大学)
子機能の理解と設計れる世界」, 262, 552-558
11

別添1-3

2017年4月

英語2017年5月

英語2017年5月

英語2017年6月

英語2017年6月

英語2017年6月

英語2017年7月

英語2017年7月

英語2017年7月

日本語2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

20 A polyaromatic nanocapsule as a sucrose receptor in water

Masahiro Yamashina(Tokyo
Institute of Technology),
Munetaka Akita(Tokyo
Institute of Technology),
Taisuke Hasegawa(Kyoto
University), ShigehikoHayashi(Kyoto University),
Michito Yoshizawa(Tokyo
Institute of Technology)

Science Advances, 3, e1701126

2017年8月

英語Michael Feig, Grzegorz
Nawrocki(Department ofBiochemistry and Molecular
Biology, Michigan State
University), Isseki Yu(iTHES
Research Group, RIKEN, andTheoretical Molecular Science
Laboratory, RIKEN), Po-hung
Journal of Physical Chemistry B, vol.121,
21 Crowding in Cellular Environments at an Atomistic Level from ComWang(Theoretical Molecular
8009-8025, 2017
Science Laboratory, RIKEN),
Yuji Sugita(Theoretical
Molecular Science Laboratory,
RIKEN, Advanced Institute for
Computational Science, RIKEN,
Quantitative Biology Center,
RIKEN, and iTHES ResearchGroup, RIKEN)

2017年8月

英語22

2017年9月

英語2017年11月

英語

Shintaroh Kubo(Kyoto
Allosteric conformational change cascade in cytoplasmic dynein University), Wenfei Li(Nanjin PLOS Computational Biology, Vol.13,
e1005748(2017)
revealed by structurebased molecular simulations
University), Shoji
Takada(Kyoto University)
Akio Kitao(Tokyo Institute23 Molecular dynamics simulation of bacterial flagellaof Technology), Hiroaki
Biophysical Reviews, pp.1-13 (2017)
Hata(The University of

別添1-4

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Grzegorz Nawrocki (1), Pohung Wang (2), Isseki Yu(2,3), Yuji Sugita (2,3,4,5),
Michael Feig (1)(1) Department ofBiochemistry and Molecular
Biology, Michigan State
University, East Lansing,Michigan 48824, UnitedStates(2) RIKEN Theoretical
Molecular Science
Slow-Down in Diffusion in Crowded Protein Solutions Correlates Laboratory, 2-1 Hirosawa, Journal of Physical Chemistry B 2017, 121,
24
Wako-shi, Saitama 35111072-11084
with Transient Cluster Formation
0198, Japan(3) RIKEN iTHES, 2-1
Hirosawa, Wako-shi, Saitama
351-0198, Japan(4) RIKEN Quantitative
Biology Center, Integrated
Innovation Building 7F, 6-71 Minaotojima-Minamimachi,
Chuo-ku, Kobe, Hyogo
650-0047, Japan(5) RIKEN Advanced
Institute for Computational
Toru Niina(Kyoto
University), Giovanni B.
Sequence-dependent nucleosome sliding in rotation-coupled andBrandani(Kyoto University), PLOS Computational Biology, Vol.13, pp.e100
25
uncoupled modes revealed by molecular simulations
Cheng Tan(Kyoto
University), Shoji
Duy Phuoc Tran(TheUniversity of Tokyo),
Journal of Chemical Theory andProtein-Ligand Dissociation Simulated by Parallel Cascade
Kazuhiro Takemura(The26
Selection Molecular Dynamics
University of Tokyo), Kazuo Computation, 14, 404-417 (2018)
Kuwata(Gifu University),
Akio Kitao(Tokyo InstituteSuyong Re(RIKEN),
Shigehisa Watabe(RIKEN),
Wataru Nishima(RIKEN), Eiro
Characterization of Conformational Ensembles of Protonated NMuneyuki(Chuo Univ.),
Scientific Reports, 8, 1644 (2018).
27
glycans in the Gas-Phase
Yoshiki Yamaguchi(RIKEN),
Alexander D. MacKerellJr.(Univ. Maryland), Yuji
Giovanni B Brandani(Kyoto
University), Toru
Nucleic Acids Research, Vol.46, pp.2788DNA sliding in nucleosomes via twist defect propagation revealed
Niina(Kyoto University),
28
2801 (2018)by molecular simulations
Cheng Tan(Kyoto
University), Shoji
Kazuhiro Takemura(The
University of Tokyo),Binding free energy analysis of protein-protein docking model
Nobuyuki Matubayasi(Osaka The Journal of Chemical Physics Vol.148,
29
structures by evERdock
University), Akio Kitao(The 105101
University of Tokyo, Tokyo
Institute of Technology)

別添1-5

2017年11月

英語2017年12月

英語2018年1月

英語2018年1月

英語2018年2月

英語2018年3月

英語2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Masahiro Shimizu(Kyoto
Journal of Chemical Theory andUniversity), Shoji
Computation, Vol.14, pp.1682-1694 (2018)
Takada(Kyoto University)
Jung, Jaewoon; Sugita,
Yuji(RIKEN Cluster
Pioneering Res, Theoret Mol
Sci Lab, 2-1 Hirosawa,
Wako, Saitama 3510198,
Japan), Jung, Jaewoon;
Kobayashi, Chigusa; Sugita,
Yuji(RIKEN Ctr Computat
JOURNAL OF CHEMICAL
Kinetic energy definition in velocity Verlet integration for
31
Sci, Computat Biophys Res
PHYSICS,Vol.148(2018)
accurate pressure evaluation
Team, Chuo Ku, 7-1-26
Minatojima Minamimachi,
Kobe, Hyogo 6400047,
Japan), Sugita, Yuji(RIKEN
Ctr Biosyst Dynam Res, Lab
Biomol Funct Simulat, Chuo
Ku, 6-7-1 Minatojima
Minamimachi Kobe Hyogo
Dynamic and Structural Modeling of the Specificity in Protein- Cheng Tan(Kyoto
Journal of Chemical Theory and32
DNA Interactions Guided by Binding Assay and Structure Data University), Shoji
Computation, Vol.14, pp.3877-3889 (2018)
Shuhei Watanabe(Kyoto
University), Yuichi
Mishima(Osaka University),
Biophysical Journal, Vol.114, pp.2336Interactions of HP1 Bound to H3K9me3 Dinucleosome by
Masahiro Shimizu(Kyoto
33
2351(2018)
Molecular Simulations and Biochemical Assays
University), Isao
Suetake(Osaka University),
Shoji Takada(Kyoto
Kazuhiro Takemura(Schoolof Life Science andTechnology, Tokyo Instituteof Technology, 2 Chome12-1, Ookayama, Meguro,
Tokyo 152-8550, Japan),
The Journal of Physical Chemistry B,
ColDock: Concentrated Ligand Docking with All-Atom Molecular
34
Chika Sato(The University
122(29), pp.7191-7200 (2018)
Dynamics Simulationof Tokyo), Akio Kitao(Schoolof Life Science andTechnology, Tokyo Instituteof Technology, 2 Chome12-1, Ookayama, Meguro,
Tokyo 152-8550 Japan)
Hisham M. Dokainish(Schoolof Life Science andTechnology, Tokyo Instituteof Technology, M6-13, 212-1 Ookayama, Meguro,
Similarities and Differences between Thymine(6The Journal of Physical Chemistry B,
35
Tokyo 152-8550, Japan),4)Thymine/Cytosine DNA Lesion Repairs by Photolyases
Vol.122(36), pp.8537-8547 (2018)
Akio Kitao(School of Life
Science and Technology,
Tokyo Institute ofTechnology, M6-13, 2-12-1
Ookayama Meguro Tokyo
30

Reconstruction of Atomistic Structures from Coarse-Grained
Models for Protein-DNA Complexes

別添1-6

2018年3月

英語2018年4月

英語2018年5月

英語2018年5月

英語2018年7月

英語2018年8月

英語2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Cheng Cheng(Kyoto
University), Motoshi
Kamiya(Kyoto University),
Mizuki Takemoto(TheUniversity of Tokyo),
An Atomistic Model of a Precursor State of Light-Induced
36
Biophysical Journal, 115, 1281-1291(2018)
Ryuichiro Ishitani(TheChannel Opening of Channelrhodopsin
University of Tokyo), Osamu
Nureki(The University ofTokyo), Norio
Yoshida(Kyushu University),
Shigehiko Hayashi(Kyoto
Hiraku Oshima(RIKEN
Center for Biosystems
Dynamics Research),
Suyong Re(RIKEN Center
for Biosystems Dynamics
Research), Masayoshi
Sakakura(Graduate School
Population Shift Mechanism for Partial Agonism of AMPA
Biophysical Journal 116, 57-68, 201837
of Medical Life Science,
Receptor
Yokohama City University),
Hideo Takahashi(Graduate
School of Medical Life
Science, Yokohama City
University), Yuji
Sugita(RIKEN Center for
Biosystems
Dynamics
Ai
Shinobu(Schoolof Life
Science and Technology,
Tokyo Institute ofTechnology, 2-12-1
Ookayama, Meguro, Tokyo
152-8550, Japan), Kazuhiro
Takemura(School of Life
Science and Technology,
Tokyo Institute of
Refining evERdock: Improved selection of good protein-protein Technology, 2-12-1
The Journal of Chemical Physics, Vol.149,
38 complex models achieved by MD optimization and use of multiple Ookayama, Meguro, Tokyo
pp.195101 (2018)152-8550, Japan), Nobuyuki
conformations
Matubayasi(Division ofChemical Engineering,
Graduate School ofEngineering Science, Osaka
University, Toyonaka, Osaka
560-8531, Japan), Akio
Kitao(School of Life Scienceand Technology, Tokyo
Institute of Technology 2Giovanni B Brandan(Kyoto
Chromatin remodelers couple inchworm motion with twist-defect
University), Shoji
39
PLoS Comput Biol 14(11):e1006512.
formation to slide nucleosomal DNA
Takada(Kyoto University)
Steven Hayward(Universityof East Anglia), Akio
Journal of Biomolecular Structure andMulti-strand beta-sheet of Alzheimer Abeta(1-40) folds to betaKitao(School of Life Science40
Dynamics, pp.1-11 (2018)
strip helix: Implication for protofilament formation
and Technology, Tokyo
Institute of Technology)

別添1-7

2018年10月

英語2018年11月

英語2018年11月

英語2018年11月

英語2018年12月

英語2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Dissociation Process of a MDM2/p53 Complex Investigated by
41 Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics and the Markov
State Model

Duy Phuoc Tran(School ofLife Sciences andTechnology, Tokyo Instituteof Technology, 2-12-1,
The Journal of Physical Chemistry B,
Ookayama, Meguro-ku,
Vol.123, pp.2469-2478 (2019)
Tokyo 152-8550, Japan),
Akio Kitao(School of Life
Sciences and Technology,
Tokyo Institute ofTechnology, 2-12-1,

2019年1月

英語2．学会等における口頭・ポスター発表（国際会議）
No.

発表した成果（発表題目）

発表者氏名
発表した場所（学会名等）
Yuta Endo, Keisuke
Mizutani, Noriyuki Yoshii,
Atsushi Yamada, Yoshimichi
Andoh, Kazushi Fujimoto,The 2015 Conference on Foundations of
A MOLECULAR DYNAMICS CALCULATION STUDY OF
Hidekazu Kojima, Wataru
Molecular Modeling and Simulation
1
POLIOVIRUS AND POLIOVIRUS RECEPTOR CD155
Shinoda(Nagoya University),(FOMMS2015)
Atsushi Nakagawa(Osaka
University), Akio
Nomoto(Institute ofMicrobial Chemistry),
Structure, dynamics, and function of bacterial flagella
Akio Kitao(The University of The International Chemical Congress of2
investigated by molecular dynamics simulation
Tokyo)
Pacific Basin Societies 2015
Akio Kitao(The University of ICCMSE2016, Computational Chemistry
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Efficient3
Tokyo)
Conformational Sampling and Free Energy Calculation of(CC) Symposium
IAS Focused Program on “Molecular
Shigehiko Hayashi(Kyoto
4 Crucial Role of Protein Flexibility in Enzymatic Catalysis
Machines of Life: Simulations Meets
University)
Molecular Machines of Life: Simulation
Multiscale Modeling of Molecular Motors and Dynamic Protein- Shoji Takada(Kyoto
5
University)
Meets Experiment
Nucleic Acid Complexes
Yuji Sugita(RIKENInternational Workshop on Frontiers in
Enhanced Conformational Sampling Methods for Conformational Theoretical Moleculr
6
Dynamics of Proteins, Membranes, and N-glycans
Science Laboratory, RIKEN Molecular Biophysics at Shanghai
iTHES, RIKEN AICS, RIKEN
Shigehiko Hayashi(Kyoto
The 16th KIAS Conference on Protein
7 Crucial Role of Protein Flexibility in Enzymatic Catalysis
University)
Structure and Function
Akio Kitao(The University of The 4th International Conference on
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Efficient8
Conformational Sampling of Biomoleculer Systems
Tokyo)
Molecular Simulation
Japan-France-Spain Joint-Symposium on
Shigehiko Hayashi(Kyoto
9 Crucial Role of Protein Flexibility in Enzymatic Catalysis
Theoretical and Computational Science ofUniversity)
Complex Systems
The 4 th International Conference on
Shoji Takada(Kyoto
10 Multiscale modeling of flexible biomolecular complexes
Molecular Simulation
University)
Akio Kitao(The University of International Symposium on Research and
11 Simulating biomolecular interactions and functions
Education of Computational Science
Tokyo)
Hiroaki Hata(The Universityof Tokyo), Yasutaka
Nishihara(The University ofPressure Effects on Dissociation of CheY-FliM Complex Studied Tokyo), Masayoshi
12
Biophysical Society 61st Annual Meetingby Molecular Dynamics Simulations
Nishiyama(Kyoto University),
Ikuro Kawagishi(Hosei
University), Akio Kitao(TheUniversity of Tokyo)

別添1-8

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別招待講演（○を記入）

2015年7月 ポスター発表

2015年12月 招待講演
2016年3月 招待講演
2016年5月 口頭発表
2016年5月 招待講演
2016年7月 招待講演
2016年9月 招待講演
2016年10月 招待講演
2016年10月 招待講演
2016年10月 招待講演
2016年11月 招待講演

2017年2月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Protein-Protein complex structure prediction using the solution
13
theory in the energy representation
14

Dissociation Simulation of CheY-FliM Complex by Parallel
Cascade Selection Molecular Dynamics

Kazuhiro Takemura(Univ.
Tokyo), Nobuyuki
Matubayasi(Osaka Univ.),
Akio Kitao(Univ. Tokyo)
Hiroaki Hata(Univ. Tokyo)

Biophysical Society 61st Annual Meeting2017年2月 ポスター発表

Bacterial Flagella, Injectisome and Type III
Secretion System

2017年3月 ポスター発表

Giovanni Brandani(Kyoto
University), Toru
The 5th International Symposium of the
DNA sliding on nucleosomes via twist defects revealed by
Niina(Kyoto University),
15
Mathematics on Chromatin Dynamics
molecular dynamics simulations
Cheng Tan(Kyoto
University), Shoji
Hiroaki Hata(The Universityof Tokyo), Yasutaka
Nishihara(The University of
Bacterial Flagella, Injectisomes & Type III
Dissociation Simulation of CheY-FIiM Complex by Parallel
Tokyo), Masayoshi
16
Cascade Selection Molecular Dynamics
Nishiyama(Kyoto University), Secretion Systems
Ikuro Kawagishi(Hosei
University), Akio Kitao(TheUniversity of Tokyo)
Dynamic structure of bacterial flagellar proteins observed in
Akio Kitao(The University of Bacterial Flagella, Injectisomes & Type III
17silicoTokyo)
Secretion Systems
CECAM workshop "Multiscale Modeling andNucleosome Repositioning Investigated by Coarse-Grained MD Giovanni Brandani(Kyoto
Experimental Approaches to Genome
18
Simulations
University)
Organization"
Shigehiko Hayashi(Kyoto
253rd American Chemical Society National
Understanding and designing color variants of retinal binding
19
proteins by molecular simulations
University)
Meeting
Telluride Summer Conference on
Molecular Dynamics Analysis of Membrane Protein Structure and Yuji Sugita (RIKEN TMS,
20
AICS, QBiC, iTHES)
Macromolecular Crowding
Dynamics
Telluride Summer Conference on Free
Machine Learning Approach for Protein Dynamics by combining Yuji Sugita (RIKEN TMS,
Energy Calculations: Three decades of
21
smFRET and MD simulations
AICS)
adventure in chemistry and biophysics
Conformational Ensembles from
Refining binding free energies of docked complexes by samplingAi Shinobu(Univ. Tokyo)
22
Experimental Data and Computerconfigurations during molecular dynamics simulations
Molecular Dynamics Simulations of Conformational Changes in
Yuji Sugita (RIKEN TMS,
15th International Conference on “Na,K23
SR Ca2+-ATPase
AICS)
ATPase and Related Transport ATPases”
Shintaroh Kubo(Kyoto
Allosteric conformational change pathway of Cytoplasmic dynein University), Wenfei Li(Nanjin
International Workshop Dynein2017
24
revealed by coarse-grained molecularsimulation
University), Shoji
Takada(Kyoto University)
The 1st Samsung Global Research
Rapid Nitric Oxide Transport in the Nitrite Reductase:Nitric
25
Yuji Sugita (RIKEN TMS)
Symposium on “Structure Dynamics, andOxide Reductase Complex
Thermodynamics of Biomolecular
Shigehiko Hayashi(Kyoto
Recent Advances in Modelling in Rare
Quantum Chemical Geometry Optimization on Extensive Free
26
University)
Events (RARE2017)
Energy Surfaces of Proteins
Machine Learning Approach to Connect Time-Series Data of
Yuji Sugita (RIKEN TMS,
Greater Boston Area Lecture Series (MIT)27 Single-Molecular Experiments with Molecular Dynamics
AICS)
Simulations of Protein Folding Dynamics

別添1-9

2017年3月 ポスター発表

2017年3月 ポスター発表

2017年3月 口頭発表
2017年4月 口頭発表
2017年4月 招待講演
2017年6月 招待講演
2017年7月 招待講演
2017年8月 ポスター発表
2017年9月 招待講演
2017年10月 ポスター発表

2017年11月 招待講演
2017年12月 招待講演
2018年2月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Isseki Yu (1,2), Takaharu
Mori (1), Tadashi Ando (3),Ryuhei Harada (4), Jaewoon
Jung (4), Yuji Sugita(1,2,3,4), Michael Feig (5)(1) RIKEN Theoretical
Molecular Science
Dynamics and Interactions of Proteins And Metabolites inLaboratory
28 Cellular Crowding Environments: All-atom Molecular dynamics
62nd Annual Meeting of Biophysical Society(2) RIKEN iTHES
study(3) RIKEN Quantitative
Biology Center(4) RIKEN Advanced
Institute for Computational
Science(5) Department ofBiochemistry and MolecularKazuhiro Takemura(Tokyo
ColDock: Concentrated ligand Docking method for an efficient
The 23rd Biophysics Conference
29
protein-ligand complex structure prediction using all atom MD
Institute of Technology)
TSRC Workshop on Coarse-Grained
A Machine Learning Approach for Linking Simulations with30
Yuji Sugita (RIKEN)
Modeling of Structure and Dynamics ofSingle-Molecule Experiments
Biomacromolecules V
TSRC Workshop on "Protein and Peptide
Protein-Ligand Binding in Dilute Solution and Cellular
Yuji Sugita (RIKEN)
31
Environments
Interactions in Cellular Environments"
Coarse-Grained Modeling of Structure andModeling protein-DNA interaction for coarse-grained molecular Shoji Takada(Kyoto
32
University)
Dynamics of Biomacromolecules
dynamics
the 256th ACS National Meeting in Boston
Conformational changes between E1P to E2P states of SERCA
Yuji Sugita (RIKEN) andon "Membrane Protein Simulations & Free
33 by MD simulations based on string method and free-energy
Chigusa Kobayashi (RIKEN)
Energy Approaches"
calculations
the 256th ACS National Meeting in Boston
Development of the flexible-fitting MD simulation method for
Yuji Sugita (RIKEN) andon "SESSION: COMP Meets CRYO: New
34 cryo-EM images of large macromolecular structures and
Takaharu Mori (RIKEN)
Frontiers in Flexible Fitting, Image
dynamics
Processing & Refinement of Cryo-EM Data"
Computational approach to investigate protein complex
Akio Kitao(Tokyo Institute Computational Biophysics at the Molecular
35
formation and dissociationof Technology)
and Meso scales
Protein-Drug Interaction in Dilute Solution and In Cellular
XIVth ICISE Workshop on Computational
36
Yuji Sugita (RIKEN)
Environments
Biophysics at the Molecular and Meso
14th Rencontres du Vietnam”Computational
Chromatin and transcription factor dynamics via coarse-grained Shoji Takada(Kyoto
37
Biophysics at the Molecular andmolecular simulations
University)
Masahiko Taguchi(Kyoto
University), Cheng
Photoactivation Intermediate of AsLOV2 Photoreceptor Protein Cheng(Kyoto University),38
FUKUI 2018 Satelite Symposium
Investigated by a Hybrid Molecular Simulation
Chika Higashimura(Kyoto
University), Chika
Higashimura(Kyoto
Akio Kitao(Tokyo Institute WRHI International Workshop on Advanced
39 Investigating protein complex formation and dissociation in silicoof Technology)
Laser Spectroscopy for Soft Molecular
Mechanisms for Protein-Ligand Binding in Solution and In
The 18th KIAS Conference on "Protein
40
Yuji Sugita (RIKEN)
Cellular Environments
Structure and Function"

別添1-102018年3月 口頭発表

2018年5月 ポスター発表
2018年7月 招待講演
2018年7月 招待講演
2018年7月 招待講演
2018年8月 招待講演

2018年8月 招待講演
2018年10月 招待講演
2018年10月 招待講演
2018年10月 招待講演

2018年10月 ポスター発表

2018年11月 招待講演
2018年11月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Kento Kasahara, Hiraku
Oshima, Suyong Re, Yuji
Sugita(RIKEN Center for
Biosystems Dynamics
Joint Conference of EMLG/JMLG Meeting
Protein-ligand binding in crowded environments: Molecular
Research), Yuji
2018 and 41st Symposium on Solution
41
dynamics simulation study
Sugita(RIKEN Center for
Chemistry of Japan
Computational Science), Yuji
Sugita(RIKEN Theoretical
Molecular Science
Towards integration of high-speed AFM data with biomolecular Shoji Takada(Kyoto
Workshop “Trends in Computational
42
simulations
University)
Molecular Biophysics”
The 2nd workshop on Advances in Theory
Data-driven molecular simulations for integrative dynamic
Yuji Sugita (RIKEN) andand Computation of Complex Systems 43
structural biology
Yasuhiro Matsunaga (RIKEN)
Biological Systems
2nd workshop on Advances in Theory andInvestigating dissociation andassociation mechanisms of protein Akio Kitao(Tokyo InstituteComputation of Complex Systems --44
complexesof Technology)
Biological Systems
International Workshop on GPU accelerated
45 Optimization and Parallelization of GENESIS on GPU platforms Yuji Sugita (RIKEN)
Molecular Dynamics Simulations
the 2nd workshop on “Advances in Theory
Chromatin and transcription factor dynamics via coarse-grained Shoji Takada(Kyoto
and Computation of Complex Systems 46
molecular simulations
University)
Biological Systems”
Akio Kitao(Tokyo Institute TSRC workshop on Fluctuations andSimulating dissociation and association processes of protein
47
of Technology)
Dynamics in Biomolecular Function
complexes
3．学会等における口頭・ポスター発表（国内学会）
No.

発表した成果（発表題目）

発表者氏名

発表した場所（学会名等）

川本周平(名古屋大学工学研究科 化学・生物工学専
第29回分子シミュレーション討論会攻), 篠田 渉(名古屋大学工学研究科 化学・生物工学専
QM/MM RWFE-SCF法によるHen Egg White Lysozyme荷電性ア 長谷川太祐(京都大学), 林
2
柔らかな分子系第５回全体合宿
重彦(京都大学)
ミノ酸残基のpKa計算
2.竹村和浩，末次志郎，北アンキリンリピートドメインと脂質の相互作用によるTRPV1 チャネ
尾彰朗(東京大学、奈良先端 第16回日本蛋白質科学会年会
3
ル活性の制御科学技術大、東京大学)
長谷川太祐(京都大学), 林
第１０回分子科学討論会
4 QM/MM RWFE-SCF法によるタンパク質荷電残基のpKa値の決定
重彦(京都大学)
5 タンパク質との相互作用による脂質膜の構造変化ダイナミクス
第８９回日本生化学大会
北尾彰朗(東京大学)
タンパク質と薬剤分子のQM/MM RWFE-SCF法による結合自由 長谷川太祐(京都大学), 林
6
ポスト「Ｋ」重点課題１ ワークショップ
重彦(京都大学)
エネルギー計算の高精度化
7 柔らかいタンパク質の分子機能理解と設計
第10回分子科学討論会
林 重彦(京都大学)
Hiroaki Hata, Yasutaka
Nishihara, Masayoshi
Molecular dynamics study of pressure effects on unbinding of
Nishiyama, Ikuro Kawagishi,
8
第54回日本生物物理年会
the CheY-FliM complex
Akio Kitao(Univ. Tokyo,
Univ. Tokyo, Kyoto Univ.,
Hosei Univ., Univ. Tokyo)
Kazuhiro Takemura(The
University of Tokyo), Shiro
Regulatory mechanism of TRPV1 channel activity by the
Suetsugu(Nara Institute of 54th Annual Meeting of Biophysical Society o
9interaction of ankyrin repeat domain with phospholipids
Science and Technology),
Akio Kitao(The University of
Elucidating biophysical properties of the Minute Virus of Mice
Koji Ono(Kyoto University),
10
第54回日本生物物理学会年会
capsid: Coarse-Grained Molecular simulation
Shoji Takada(Kyoto
1 粗視化分子モデリング：膜タンパクへの拡張

別添1-11

2018年11月 ポスター発表

2018年11月 招待講演
2018年12月 招待講演
2018年12月 招待講演
2018年12月 招待講演
2018年12月 招待講演
2019年1月 招待講演

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別招待講演（○を記入）

2015年11月 口頭発表
2016年5月 ポスター発表
2016年6月 ポスター発表
2016年6月 口頭発表
2016年9月 招待講演
2016年9月 口頭発表
2016年9月 招待講演

2016年11月 ポスター発表

2016年11月 招待講演

2016年11月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

11

Influence of Macromolecular Crowding on the Dynamics andInteractions of proteins: All-atom Molecular Dynamics Study

12

Molecular dynamics of transcription factor-nucleosome
interactions

13

The movement of DNA binding protein including ob > stacles
along DNApKa prediction of ionizable residues in proteins by QM/MM
14 RWFE-SCF method combined with microsecond-long MD
simulation

15

Theoretical Study of the Influence of Cellular Crowding on the
Dynamics and Interactions of proteins

16 複雑生体分子系のマルチスケールシミュレーション
柔らかな蛋白質ドメインと脂質との相互作用によるTRPチャネル
17
活性の変化

Isseki Yu(RIKEN iTHES),
Takaharu Mori(RIKEN
Theoretical Molecular
Science Laboratory),
Tadashi Ando(RIKEN QBIC),
Jaewoon Jung(RIKEN
第54回日本生物物理学会年会
AICS), Ryhei Harada(RIKEN
AICS), Michael
Feig(Michigan State
University), Yuji
Sugita(RIKEN Theoretical
Molecular Science
Brandani Giovanni(Kyoto
University), Shoji
第54回日本生物物理学会年会
Takada(Kyoto University)
Mami Saito(Kyoto
University), Tsuyoshi
第54回日本生物物理学会年会
Terakawa(Columbia
University), Shoji
Taisuke Hasegawa(Kyoto
University), Shigehiko
第５４回生物物理学会
Hayashi(Kyoto University)
Isseki Yu(RIKEN iTHES,RIKEN Theoretical Moleculr
Science Laboratory),
Takaharu Mori(RIKEN
Theoretical Moleculr
Science Laboratory),
Tadashi Ando(RIKEN QBIC), 第39回日本分子生物学会年会
Ryuhei Harada(RIKEN
AICS), Jaewoon
Jung(RIKEN AICS), Michael
Feig(Michigan State
University), Yuji
Sugita(RIKEN Theoretical
第14回京都大学福井謙一記念研究センター
高田彰二(京都大学)
シンポジウム竹村和浩(東京大学)

日本薬学会第137年会

Akio Kitao(The University ofTokyo), Kiyoto
Target DNA sequence search mechanism of p53 studied by
Kamagata(Tohoku
日本化学会第９７春季年会
18single-molecule experiments and molecular dynamics simulations
University), Satoshi
Takahashi(Tohoku
19 分子シミュレーションによる･細菌べん毛モーターの分子機構
日本物理学会第72回年次大会
北尾 彰朗(東京大学)
尾嶋 拓(理化学研究所 生命システム研究センター), 李秀栄(理化学研究所 生命システム研究センター), 坂倉
AMPA受容体リガンド結合ドメインの変異による自由エネルギー
正義(横浜市立大学 生命医 第17回蛋白質科学会年会
20
地形の変化
科学研究科), 高橋 栄夫(横浜市立大学 生命医科学研究科), 杉田 有治(理化学研
究所 生命システム研究セ

別添1-12

2016年11月 ポスター発表

2016年11月 ポスター発表

2016年11月 ポスター発表

2016年11月 口頭発表

2016年12月 招待講演

2017年1月 招待講演
2017年3月 招待講演

2017年3月 招待講演
2017年3月 招待講演

2017年6月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Masahiko Taguchi(Kyoto
University), Cheng
Cheng(Kyoto University),
21 Light-activation mechanism of LOV photoreceptor protein
柔らかな分子系 第5回 公開シンポジウム
Chika Higashimura(Kyoto
University), ShigehikoHayashi(Kyoto University)
Molecular Dynamics Analysis of Membrane Protein Structure and Yuji Sugita (RIKEN TMS,
22
第17回日本蛋白質科学会年会
Dynamics
AICS)
Molecular dynamics simulations on biomolecular-structureYuji Sugita (RIKEN TMS,
23
第17回日本蛋白質科学会年会
dynamics-function relationship in cellular environments
AICS, QBiC, iTHES)
Masahiro Shimizu(Kyoto
University), Yasunori
Noguchi(Kyushu University),
Yukari Sakiyama(Kyushu
Near-atomic structural model for bacterial DNA replication
University), Hironori
第17回日本蛋白質科学会年会
24
initiation complex and its functional insights
Kawakami(Kyushu
University), Tsutomu
Katayama(Kyushu
University), Shoji
25 Nucleosome dynamics studied by coarse-grained molecular
第17回日本蛋白質科学会年会
Shoji Takada(Kyoto
分子動力学計算を用いた細胞質ダイニンの構造変化経路に関す 久保進太郎(京都大学), 高
26
第17回日本蛋白質科学会年会
る構造解析
田彰二(京都大学)
李秀栄(理化学研究所),渡部茂久(理化学研究所) ,二島
イオンモビリティー質量分析における衝突断面積の物理化学的な 渉(理化学研究所) ,第36回日本糖質学会年会
27
決定因子
宗行英朗(中央大学理工学部) ,山口芳樹(理化学研究所) ,杉田有治(理化学研究
HIV-1 proteaseの基質および反応阻害剤に関する分子シミュレー 田口真彦(京都大学), 金曽28
ポスト京 重点課題1 第3回ワークショップション
将弘(京都大学), 林重彦(京Hiroaki Hata(Univ. Tokyo),
Yasutaka Nishihara(Univ.
Protein-peptide dissociation at high pressure studied by parallel Tokyo), Masayoshi
29
第55回日本生物物理学会
cascade selection molecular dynamics simulations
Nishiyama(Kyoto Univ.),
Ikuro Kawagishi(Hosei Univ.),
Akio Kitao(Tokyo Inst.
Protein-protein complex structure prediction using the solution Kazuhiro Takemura(Univ.
30
第55回日本生物物理学会
theory in the energy representation
Tokyo)Ai Shinobu(Univ. Tokyo),
Refining binding free energies of docked protein-protein
Kazuhiro Takemura(Univ.
第55回日本生物物理学会
31 complexes by sampling conformations during molecular dynamics
Tokyo), Akio Kitao(Tokyo
simulations
Inst. Tech.)
優乙石 (1,2), 森貴治 (1), 安
藤格士 (3), 原田隆平 (4),Jung Jaewoon (4), 杉田有治
(1,2,3,4), Feig Michale (5)細胞混雑中の蛋白質と代謝物のダイナミクス: 全原子分子動力 (1) 理研 理論分子科学研究32
第55回日本生物物理学会年会
学法による研究室(2) 理研 iTHES(3) 理研 QBiC
(4) 理研 AICS
(5) ミシガン州立大学 生化
A New Coarse-Grained Lipid Model for the Study of LipidDiego Ugarte(Kyoto
33
第55回日本生物物理学会年会
Membrane Protein Systems
University), Shoji
Shigehiko Hayashi(Kyoto
Atomistically deciphering functional processes of membrane
日本生物物理学会・シンポジウム “いろんなス
34
University)transporter and receptor with molecular simulations

別添1-132017年6月 ポスター発表

2017年6月 招待講演
2017年6月 招待講演

2017年6月 口頭発表＆ポスター発表

2017年6月 招待講演
2017年6月 ポスター発表

2017年7月 口頭発表

2017年8月 口頭発表

2017年9月 ポスター発表

2017年9月 招待講演
2017年9月 ポスター発表

2017年9月 口頭発表

2017年9月 ポスター発表
2017年9月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Dynamics of nucleosomes and transcription factors studied bymolecular simulations
Experimental and Computational Analysis of Protein-Protein
36Interaction in Cellular Environments
HIV-1 proteaseの触媒的加水分解反応に関する理論科学的研
37
究Modeling Sequence-Specific Protein-DNA Interaction from38
High-Throughput Experiments

Shoji Takada(Kyoto
第55回日本生物物理学会年会
University)
Yuji Sugita (RIKEN TMS,
第55回日本生物物理学会年会
AICS, QBiC)
金曽将弘(京都大学), 田口
第55回日本生物物理学会年会
真彦(京都大学), 林重彦(京Cheng Tan(Kyoto
第55回日本生物物理学会年会
University), Shoji
Giovanni Brandani(Kyoto
University), Toru
Nucleosome Repositioning Investigated by Coarse-Grained MD
Niina(Kyoto University),
第55回日本生物物理学会年会
39
Simulations and Markov State Modeling
Cheng Tan(Kyoto
University), Shoji
Masahiro Shimizu(Kyoto
Reverse mapping to reconstruct atomistic structures from
University), Shoji
40
第55回日本生物物理学会年会
coarse-grained models for DNA-protein complexes
Takada(Kyoto University)
Toru Niina(Kyoto
University), Giovanni
Sequence Dependent Spontaneous Nucleosome Slidings
Brandani(Kyoto University), 第55回日本生物物理学会年会
41
Revealed by Molecular Dynamics Simulation
Cheng Tan(Kyoto
University), Shoji
Masahiko Taguchi(Kyoto
University), Cheng
Theoretical study on light-activation mechanism of LOVCheng(Kyoto University),
第55回日本生物物理学会年会
42
photoreceptor protein
Chika Higashimura(Kyoto
University), ShigehikoHayashi(Kyoto University)
Ryo Oyama(Kyoto
Theoretical study on molecular mechanism of a light-driven ion University), Taisuke
43
第55回日本生物物理学会年会
transport of Halorhodopsin
Hasegawa(Kyoto University),
Shigehiko Hayashi(Kyoto
Shintaoh Kubo(Kyoto
Theoretical study on the anisotropy of Cytoplasmic dynein
University), Shoji
44
第55回日本生物物理学会年会
locomotion
Takada(Kyoto University)
Suyong Re (RIKEN QBiC),
Hiraku Oshima (RIKEN
リガンド結合シミュレーションへのタンパク質構造揺らぎの取り込
QBiC), Motoshi Kamiya
45
第55回日本生物物理学会年会
み(RIKEN AICS), Yuji Sugita(RIKEN QBiC, RIKEN AICS,
成せい(京都大学), 神谷基
46 光誘起チャネルロドプシンに関する理論研究
司(理化学研究所), 吉田紀 第55回日本生物物理学会年会生(九州大学), 林重彦(京都47 柔らかいタンパク質の分子機能の理解と設計
第 66 会高分子討論会シンポジウム「「柔らか林重彦(京都大学)
35

別添1-142017年9月 招待講演
2017年9月 招待講演
2017年9月 ポスター発表
2017年9月 口頭発表

2017年9月 口頭発表

2017年9月 口頭発表

2017年9月 ポスター発表

2017年9月 ポスター発表

2017年9月 ポスター発表

2017年9月 ポスター発表

2017年9月 ポスター発表

2017年9月 ポスター発表
2017年9月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

Isseki Yu (1,2), Takaharu
Mori (1), Tadashi Ando (3),Ryuhei Harada (4), Jaewoon
Jung (4), Yuji Sugita(1,2,3,4), Michael Feig (5)(1) RIKEN Theoretical
Molecular Science
Characteristics of Biomolecule Dynamics under the Crowding
Laboratory
48 Environment of Cytoplasm Discovered by Massive All-atom
CBI学会2017年大会(2) RIKEN iTHES
simulation and Big-data analysis(3) RIKEN Quantitative
Biology Center(4) RIKEN Advanced
Institute for Computational
Science(5) Department ofBiochemistry and Molecular
蛋白質構造変化を考慮したリガンド結合自由エネルギー計算法 尾嶋 拓(理化学研究所 生命
CBI学会2017年大会
49の開発
システム研究センター)
Suyong Re (RIKEN QBiC),
Hiraku Oshima (RIKEN
Flexible Docking using Replica-Exchange Molecular Dynamics
QBiC), Motoshi Kamiya
CBI学会2017年大会
50
Simulation(RIKEN AICS), Yuji Sugita(RIKEN QBiC, RIKEN AICS,
杉田有治(RIKEN TMS,
51 動的構造と生体環境を考慮した創薬応用シミュレーション
CBI学会2017年大会
AICS, QBiC)
細胞質ダイニンの一方向輸送性能に関する分子シミュレーション 久保進太郎(京都大学), 高
第11回分子科学討論会
52
研究
田彰二(京都大学)
杉田有治(RIKEN TMS,
第45回構造活性相関シンポジウム
53 分子動力学を用いた細胞内分子動態の解析
AICS, QBiC)
Effect of non-specific interactions on macromolecular structure Yuji Sugita (RIKEN TMS,
第40回日本分子生物学会年会（2017年度生命54
AICS, QBiC)
and dynamics in cellular environments
尾嶋 拓(理化学研究所 生命システム研究センター), 李秀栄(理化学研究所 生命システム研究センター), 坂倉
AMPA受容体リガンド結合ドメインにおける隠れた安定状態と部
正義(横浜市立大学 生命医 日本物理学会 第73回年次大会（2018年）
55
分作動との関係科学研究科), 高橋 栄夫(横浜市立大学 生命医科学研究科), 杉田 有治(理化学研
究所 生命システム研究セ
カスケード型超並列シミュレーションでみるCheY-FliM 複合体解 畑 宏明(東京大学), 北尾
第23 回 べん毛研究交流会
56
彰朗(東京工業大学)
離 に対する圧力の影響
1 尾上靖宏，2 岩城雅代，3
信夫愛、3 西原泰孝、1 岩月
Na+駆動型べん毛モーターPomA/PomB のThr 残基のイオン透 哲人、1 寺島浩行、4 北尾
第23 回 べん毛研究交流会
57
過に おける役割: MD シミュレーション結果
彰朗、2 神取秀樹、1 本間道夫(1名大、2 名工大、3 東
大、4 東工大)李 秀栄(理化学研究所 生命
58 分子動力学シミュレーションによる生体分子機能モデリング
第 1 回近畿大学生物理工学部 HPC シンポジ
システム研究センター)
北尾彰朗(東京工業大学生
59 PaCS-MDによる タンパク質のダイナミクスと離合集散
物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研
命理工学院)
ColDock : 高濃度リガンド条件での全原子 MD シミュレーョンを用 竹村和浩、北尾彰朗(東京工第18回日本蛋白質科学会年会
60
いた蛋白質－リガンド複合体構造の効率的な探索手法
業大学生命理工学院)
61 Molecular simulations of protein dynamics in crowded
WS on "Protein Aggregation and anti-aggrega
Yuji Sugita (RIKEN)

別添1-152017年10月 口頭発表

2017年10月 招待講演

2017年10月 口頭発表＆ポスター発表

2017年10月 招待講演
2017年10月 ポスター発表
2017年11月 招待講演
2017年12月 招待講演

2018年3月 口頭発表

2018年3月 口頭発表

2018年3月 口頭発表

2018年3月 招待講演
2018年4月 招待講演
2018年6月 ポスター発表
2018年6月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化尾嶋 拓(理化学研究所 生命
機能科学研究センター), 李秀栄(理化学研究所 生命機
能科学研究センター), 坂倉正義(横浜市立大学 生命医 第18回日本蛋白質科学会年会
62 AMPA受容体リガンド結合ドメインの隠れた安定状態
科学研究科), 高橋 栄夫(横浜市立大学 生命医科学研究科), 杉田 有治(理化学研
究所 生命機能科学研究セ
信夫愛、竹村和浩、北尾彰
Refining binding free energies of docked protein-protein
第18回日本蛋白質科学会年会
63complexes by sampling conformations during molecular dynamics 朗(東京工業大学生命理工
畑宏明(東工大・生命理工)、西原泰孝(東大・分生研)、西
カスケード型超並列シミュレーションで見るタンパク質間結合の圧
山雅祥(京大・白眉セン
第18回日本蛋白質科学会年会
64
力依存性
ター)、川岸郁朗(法政大・生
命科学)、北尾彰朗(東工大・Coarse-Grained Force Field for Molecular Simulations of Lipid- Diego Ugarte(Kyoto
65
第18回日本蛋白質科学会年会
Protein System
University), Shoji
Kazuhiro Takemura, Akio
ColDock: Concentrated ligand Docking method for an efficient
Kitao(Tokyo Institute of
第56回日本生物物理学会年会
66
protein-ligand complex structure prediction using all-atom MD
Technology)
Hisham Dokainish 1, Daichi
Yamada 3, Hideki Kandori 3,
Akio Kitao 2 (1 Theoretical
Differences and similarities in (6-4) Photolyase DNA repair
Molecular Science67
第56回日本生物物理学会年会
pathways
Laboratory, Riken, 2 Tokyo
Institute of Technology, 3
Nagoya Institute of
Hiraku Oshima(RIKEN
Center for Biosystems
Dynamics Research),
Suyong Re(RIKEN Center
for Biosystems Dynamics
Research), Masayoshi
Sakakura(Graduate School
Free-energy landscapes reveal partial agonism at T686A
68
The 56th Annual Meeting of The Biophysicalof Medical Life Science,mutation of AMPA receptor
Yokohama City University),
Hideo Takahashi(Graduate
School of Medical Life
Science, Yokohama City
University), Yuji
Sugita(RIKEN Center for
Biosystems Dynamics
Suyong Re (RIKEN), Hiraku
Extensive molecular dynamics sampling characterizes ligand
Oshima (RIKEN), Motoshi
第 56 回日本生物物理学会年会
69
binding pathway to Src kinase
Kamiya (RIKEN) and Yuji
Sugita (RIKEN)
Yasushiro Onoue 1, Masayo
Iwaki 2, Ai Shinobu 3,
Yasutaka Nishihara 4, Hiroto
Role of Threonine residues in ion permeation for the Na+ driven Iwatsuki 1, Hiroyuki
第56回日本生物物理学会年会
70
flagellar motor PomA/PomB: insights from MD simulations
Terashima 1, Akio Kitao 3,
Hideki Kandori 2, Michio
Homma 1 (1 Nagoya Univ., 2
Nitech, 3 Tokyo Tech, 4

別添1-162018年6月 ポスター発表

2018年6月 ポスター発表

2018年6月 ポスター発表

2018年6月 ポスター発表
2018年9月 口頭発表

2018年9月 口頭発表

2018年9月 ポスター発表

2018年9月 口頭発表

2018年9月 口頭発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化尾嶋 拓(理化学研究所 生命
機能科学研究センター), 李
レプリカ交換とGaussian accelerated MDを組合せた自由エネル 秀栄(理化学研究所 生命機
71
日本物理学会2018年秋季大会
ギー計算法の開発
能科学研究センター), 杉田有治(理化学研究所 生命機
能科学研究センター)
Cheng Cheng(Kyoto
72 Ab initio evaluation of redox potential of metalloprotein
University), Shigehiko
第56回日本生物物理学会年会
Hayashi(Kyoto University)
Giovanni Brandani(Kyoto
Chromatin remodelers couple inchworm motion with twist-defect
University), Shoji
第56回日本生物物理学会年会
73
formation to slide nucleosomal DNA
Takada(Kyoto University)
Cheng Tan(Kyoto
Combinatorial DNA Binding of Sox/Oct Transcription Factors
第56回日本生物物理学会年会
74
University), Shoji
Studied with Molecular Dynamics Simulations
Diego Ugarte(Kyoto
Implicit Solvent Coarse-Grained Lipid Model for Molecular
第56回日本生物物理学会年会
75
University), Shoji
Simulations of Multicomponent Membrane Systems
Investigating Genome Organization and Regulation with Coarse- Cheng Tan(Kyoto
第56回日本生物物理学会年会
76
Grained Molecular Simulations
University), Shoji
Masahiko Taguchi(Kyoto
University), Cheng
Molecular simulation on light-activation mechanism of LOVCheng(Kyoto University),
第56回日本生物物理学会年会
77
photoreceptor protein
Chika Higashimura(Kyoto
University), ShigehikoHayashi(Kyoto University)
Ryo
Oyama(KyotoUniversity),
Theoretical study on molecular mechanism of a light-driven ion
Taisuke
第56回日本生物物理学会年会
78
transport of Halorhodopsin
Hasegawa(KyotoUniversity),
Shigehiko
田口真彦(京都大学), 山本
V字型アントラセンパネルを持つ両親媒性分子の分子動力学シ
裕生(京都大学), 田中大地 第12回分子科学討論会
79
ミュレーション
(京都大学), 林重彦(京都大ヌクレオソームと転写制御の動構造：分子シミュレーションによる Shoji Takada(Kyoto
大阪大学蛋白質研究所セミナー：構造生物学
80
アプローチ
University)
ヘテロクロマチンタンパク質1のジ・ヌクレオソームへの結合：分子 Shoji Takada(Kyoto
第91回日本生化学会大会
81
University)
シミュレーショ ンによる解析
82 ダイナミックドッキングによる結合親和性予測
CBI2018年大会
李秀栄(理化学研究所)
Molecular Simulations for Understanding Protein Functions in
The 41st Annual Meeting of the Molecular
83
Yuji Sugita (RIKEN)
Biology Society of Japan
Cellular Environments
4．研究会等
No.
1
2
3

4

5

発表した成果（発表題目）

発表者氏名

発表した場所（研究会名等）

分子動力学ソフトウェアGENESISの開発と細胞内分子ダイナミク 杉田有治(RIKEN TMS,
第9回シグナルネットワーク研究会
スのシミュレーション
AICS, iTHES)Free energy-based drug discovery using MD simulation with
Hiraku Oshima(RIKEN QBiC) RIKEN Kansai Joint Retreat 2017
HPC: Development
Free energy-based drug discovery using MD simulation with highSuyong Re (RIKEN QBiC)
RIKEN Kansai Joint Retreat 2017
performance computing: Application
Suyong Re (RIKEN QBiC),
Hiraku Oshima (RIKEN
Flexible Docking using Replica-Exchange Molecular Dynamics
QBiC), Motoshi Kamiya
第3回 ポスト「京」重点課題1ワークショップ
Simulation(RIKEN AICS), and Yuji
Sugita (RIKEN QBiC, RIKEN
Shigehiko Hayashi(Kyoto
Telluride Science Research Center
Understanding and designing color variants of retinal binding
proteins by molecular simulations
University)
Workshop on “Protein Dynamics”

別添1-172018年9月 口頭発表

2018年9月 ポスター発表
2018年9月 口頭発表
2018年9月 ポスター発表
2018年9月 ポスター発表
2018年9月 招待講演

2018年9月 口頭発表

2018年9月 ポスター発表

2018年9月 口頭発表
2018年9月 招待講演
2018年9月 招待講演
2018年10月 招待講演
2018年11月 招待講演

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別招待講演（○を記入）

2017年6月 招待講演
2017年7月 ポスター発表
2017年7月 ポスター発表

2017年8月 口頭発表

2017年8月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化

バクテリア細胞質の全原子分子動力学シミュレーションによる分 杉田有治(RIKEN TMS,
第4回森野ディスカッション
子ダイナミクスの解析
AICS, QBiC)
分子動力学ソフトウェアGENESISの開発と生体分子系のシミュ
杉田有治(RIKEN TMS,
第3回重点課題1ワークショップ
7
レーション
AICS, QBiC)
Theoretical Understanding and Design of Molecular Functions of Shigehiko Hayashi(Kyoto
第912回分子研コロキウム
8
Proteins
University)
リガンド・蛋白質構造変化を考慮した自由エネルギー計算法の開 尾嶋 拓(理化学研究所 生 近畿化学協会コンピュータ化学部会 公開講
9発と応用
命システム研究センター)
演会(第101回例会)
10 細胞環境を考慮した分子ダイナミクスと創薬応用計算
杉田有治(RIKEN TMS,
産総研バイオメディカル研究部門セミナー
MD simulations and cryo-EM flexible fitting of biomolecular
Yuji Sugita (RIKEN) andPioneering Project "Dynamic Structural
11
systems
Takaharu Mori (RIKEN)
Biology" 第2回研究報告会
An accurate evaluation of protein-protein complex models and a Kazuhiro Takemura(Tokyo
Advance in Structural Byology and Beyond
12Institute of Technology)
simple prediction of protein-ligand complex structures
Suyong Re (RIKEN), Hiraku
Seminar at Centre of New Technologies,
Molecular Mechanisms for Protein-Ligand Binding studied by
Oshima (RIKEN), Motoshi
University of Warsaw (Hosted by Prof.
13
Molecular Dynamics Simulations
Kamiya (RIKEN), Yuji Sugita
Joanna Trylska)(RIKEN)
実験データとシミュレーションを融合して蛋白質の構造変化を理
14
Yuji Sugita (RIKEN)
新学術領域研究「動的構造生命」班会議解する手法の開発
Cheng Cheng(Kyoto
新学術領域「革新的光物質変換」班会議
15 Ab initio evaluation of redox potential of metalloprotein
University), ShigehikoHayashi(Kyoto University)
Recent Progress on Biomolecular Dynamics Simulations in
16
Yuji Sugita (RIKEN)
R-CCS Cafe
Cellular Environments
信夫愛(東京工業大学生命evERdock: refined with MD optimization, accelerated with
第５回ポスト「京」重点課題１WS
17
理工学院)
machine learning
田口真彦(京都大学), 金曽HIV-1 proteaseの基質および反応阻害剤に関する分子シミュレー
将弘(京都大学), 小山糧(京18 ションと水溶性光受容タンパク質の光活性化機構に関する分子
第5回ポスト京 重点課題1 ワークショップ
都大学), 成セイ(京都大学),
シミュレーション
東村智佳(京都大学), 林重
Kento Kasahara, Hiraku
Oshima, Suyong Re, Yuji
Sugita(RIKEN Center for
Biosystems Dynamics
Research), Yuji
第5回ポスト「京」重点課題１ワークショップ
19 Protein-ligand binding in crowded environments
Sugita(RIKEN Center for
Computational Science), Yuji
Sugita(RIKEN Theoretical
Molecular Science
18th International Conference on Retinal
Functional molecular dynamics of rhodopsins revealed by hybrid Shigehiko Hayashi(Kyoto
20
Proteins
molecular simulations
University)
マルチスケール・フィジクスで見えてくる生体高分子のダイナミク
林重彦(京都大学)
第56回日本生物物理学会年会
21
スと機能機序Indo-Japan mini-workshop “Frontiers inFunctional Molecular Dynamics of Photo-Receptor Proteins
Shigehiko Hayashi(Kyoto
Molecular Spectroscopy: From
22
Revealed by a Hybrid Molecular Simulation Technique
University)
Fundamentals to Applications in Chemistry
近畿化学協会コンピュータ化学部会（第10323 柔らかな分子がもたらす分子機能の理解と設計
林重彦(京都大学)回例会）公開講演会
Akio Kitao(Tokyo Institute Ho Chi Minh City University of Technology
24 Investigating protein complex formation and dissociation in silico
Seminarof Technology)
25 コンピュータで観るタンパク質複合体の形成と解離
北尾彰朗(東京工業大学)
シンポジウム「理論生物物理学の現在と未小山 糧(京都大学), 長谷川
第 16 回 京都大学 福井謙一記念研究セン
ハロロドプシン Cl-イオンポンプの光活性化の分子機構に関する
太佑(京都大学), 林 重彦
26
ターシンポジウム
理論的研究(京都大学)
6

別添1-182017年8月 口頭発表
2017年8月 口頭発表
2017年12月 招待講演
2018年2月 招待講演
2018年2月 招待講演
2018年4月 招待講演
2018年5月 招待講演
2018年5月 口頭発表
2018年6月 招待講演
2018年6月 ポスター発表
2018年8月 招待講演
2018年8月 口頭発表
2018年8月 口頭発表

2018年8月 口頭発表

2018年9月 招待講演
2018年9月 招待講演
2018年10月 招待講演
2018年10月 招待講演
2018年11月 招待講演
2019年2月 口頭発表
2019年2月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題A：ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化田口 真彦(京都大学), 成
分子シミュレーションによる AsLOV2 光受容タンパク質の光活性 Cheng(京都大学), 東村 智 第 16 回 京都大学 福井謙一記念研究セン
27
化中間状態
佳(京都大学), 内田 芳裕(京 ターシンポジウム
都大学), 林 重彦(京都大学)
5．一般向け講演会
No.

発表した成果（発表題目）

発表者氏名

Yuji Sugita (RIKEN TMS,
Machine Learning Approach to Link Single-Molecule FRET and
AICS) and Yasuhiro
Molecular Dynamics for Understanding Protein Folding Dynamics
Matsunaga (RIKEN AICS)
Yuji Sugita (RIKEN TMS,
2 Protein Diffusion, Dynamics, Stability in Cellular Environments
AICS, QBiC, iTHES)
6．新聞/TV/WEB配信/広報誌/雑誌/等のメディア
1

No.

発表した場所（講演会名等）

2019年2月 ポスター発表

発表した時期2017年7月 口頭発表〇

Seminar at National Institutes of Health(NIH)

2017年7月 口頭発表

〇

発表者氏名
発表した場所（書籍名等）
杉田有治(理化学研究所),李秀栄(理化学研究所),渡部茂久(理化学研究所),二島
1 糖鎖構造から衝突断面積を予測 －精密な糖鎖構造決定への新た渉(理化学研究所),山口 芳 理研広報（プレスリリース）、日本経済新聞
樹(理化学研究所),宗行 英朗(中央大学),Alexander D.
MacKerell Jr.(米国メリーラン
7．書籍

発表した時期No.

発表した時期

1 Chapter 10. Structure of the MotA/B Proton Channel

発表者氏名

招待講演
（○を記入）

Seminar at Department of Biochemistry(Michigan State University)

発表した成果（発表題目）

発表した成果（発表題目）

口頭・ポス
ター発表の別発表した場所（書籍名等）

Akio Kitao(The University of Humana Press, Methods in Molecular
BIology Vol.1593, "The Bacterial Flagellum.
Tokyo), Yasutaka
Nishihara(The University of Methods and Protocols", Pages 133-145

別添1-192018年2月

2017年5月

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発
サブ課題代表者：池口 満徳
1．学会誌・雑誌等における論文掲載
No.

掲載した論文（発表題目）

Coarse-grained molecular dynamics study of membrane fusion:
1 Curvature effects on free energy barriers along the stalkmechanism

発表者氏名発表した場所（学会誌・雑誌名等）

Shuhei Kawamoto(Nagoya
University), Michael L.
Klein(Temple University),
Wataru Shinoda(Nagoya
University)

The Journal of Chemical Physics, Vol. 143,
243112 (2015)

発表した時期

国内・国際の 査読（有りの場 招待講演
別合○を記入）（○を記

2015年10月

英語Anami Y, Egawa D, Itoh T,
Yamamoto K(Showa
Pharmaceutical University),
Apo- and Antagonist-Binding Structures of Vitamin D Receptor
Shimizu N(Photon Factory,
2 Ligand-Binding Domain Revealed by Hybrid Approach Combining
J Med Chem., 59, 7888-900
Institute of Materials
Small-Angle X-ray Scattering and Molecular Dynamics
Structure Science, HighEnergy Accelerator
Research Organization

2016年9月

英語

Towards Physical Understanding of Molecular Recognition in the
Takefumi Yamashita(Univ.
3 Cell: Recent Evolution of Molecular Dynamics Techniques andTokyo)
Free Energy Theories

Biomedical Sciences 2016; 2(5): 34-47 doi:
10.11648/j.bs.20160205.11

2016年11月

英語

J Chem Theory Comput., 12, 5990-6000

2016年12月

英語2017年2月

日本語

4Computational Methods for Configurational Entropy Using
Internal and Cartesian Coordinates

Hikiri S, Yoshidome T,
Ikeguchi M(Yokohama City
University)5

ヌクレオソーム中におけるH3ヒストンテールの構造とアセチル化の影響

池部仁善(量研機構), 櫻庭俊(東大), 河野秀俊(量研機 日本生物物理学会誌 2017, 57 (2), 095-097.
構)

別添1-202019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

Yuta Isaka(Yokohama City
University), Toru
Ekimoto(Yokohama City
Rotation Mechanism of Molecular Motor V-1-ATPase Studied by University), Yuichi
Biophysical Journal, 112, 911-920
6Multiscale Molecular Dynamics Simulation
Kokabu(Yokohama City
University), Ichiro
Yamato(Tokyo University of
Science), Takeshi

7

京速コンピューティングによる創薬への挑戦: ポスト「京」時代に向けて

8 創薬基盤としての分子動力学シミュレーション技術

9

H4 Tails Potentially Produce the Diversity in the Orientation of
Two Nucleosomes

10 高速分子動力学シミュレーションと創薬

11

Covalent modifications of histone H3K9 promote binding of
CHD3

2017年3月

英語山下雄史(東京大学)

分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」19(2) 81-87 (2017)2017年4月

日本語

藤谷秀章(東京大学 先端科学技術研究センター)

学術の動向, 22巻(2017) 7号 p. 7_58-7_61

2017年7月

日本語

Ishida, Hisashi; Kono, Hidetoshi(Molecular
Modeling and Simulation Group, Quantum
Beam Science Research Directorate,
National Institutes fo Quantum andRadiologicalScience and Technology)

BIOPHYSICAL JOURNAL, Vol.113-5(2017), pp.978-990

2017年9月

英語藤谷 秀章(東京大学 先端 日本シミュレーション学会誌 「シミュレーショ
科学技術研究センター)ン」Vol.36 No.3 pp16-21

2017年9月

日本語

Adam H. Tencer(Departmentof Pharmacology, Universityof Colorado School of
Medicine), Khan L.
Cell Reports, Vol.21, pp.455-466 (2017)
Cox(Department of Physics,
Ohio State University), Luo
Di(Molecular Modeling and
Simulation Group, Natinal

2017年10月

英語

別添1-21

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

Jovylyn
Gatchalian(Department ofPharmacology, University ofAccessibility of the histone H3 tail in the nucleosome for binding Colorado School of
Nature Communications, Vol.8, 1489(2017)12of paired readers
Medicine, Aurora, CO 80045,
USA.), Xiaodong
Wang(Department ofBiochemistry and2017年11月

英語

PROCEEDINGS OF THE INTERNATIONALCONFERENCE OF COMPUTATIONALMETHODS IN SCIENCES AND
ENGINEERING 2017 (ICCMSE-2017), Vol
1906 p030022 (2017)2017年12月

英語Takefumi Yamashita,
Yuichiro Takamatsu(theUniversity of Tokyo)

13

An Ensemble Docking Calculation of Lysozyme and HyHEL-10:
Insight into the Binding Mechanism

14

Keiko Shinoda(RCAST, The
Initiation of prolyl cis-trans isomerisation in the CDR-H3 loop of University of Tokyo), Hideaki
Scientific Reports 7(1):16964 (2017)
Fujitani(RCAST, Thean antibody in response to antigen binding
University of Tokyo)

2017年12月

英語

15

Identification of Factors Promoting HBV Capsid Self-Assemblyby Assembly-Promoting Antivirals

Soumya Lipsa Rath(Nagoya
University, Department ofMaterials Chemistry), Huihui
Liu(Nagoya University,
J. Chem. Info. Mod. vol.58. 328-337
Department of Materials
Chemistry), Susumu
Okazaki(Nagoya University,
Department of Materials

2018年1月

英語16Free energy profiles for unwrapping the outer superhelical turnof nucleosomal DNA

Hidetoshi Kono(QST), Shun
PLOS Computational Biology, Vol.14,
Sakuraba(Univ. of Tokyo),pp.e1006024 (2018)
Hisashi Ishida(QST)

2018年3月

英語

17

Toward rational antibody design: recent advancements inmolecular dynamics simulations

Takefumi Yamashita(The
University of Tokyo)

2018年4月

英語International Immunology, Vol. 30, No. 4, pp.
133－140

別添1-22

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

Multiscale Molecular Dynamics Simulations of Rotary Motor
18
Proteins

Toru Ekimoto(Yokohama
City University), Mitsunori
Ikeguchi(Yokohama City
University)

2018年4月

英語2018年6月

英語2018年8月

英語2018年9月

英語

AIP Conference Proceedings 2040, 020014(2018)

2018年11月

英語

Kohei Sasaki(the Universityof Tokyo), Ryo Okajima(theAIP Conference Proceedings 2040, 020015
Liquid structures characterized by a combination of the
University of Tokyo),
23(2018)
persistent homology analysis and molecular dynamics simulation
Takefumi Yamashita(theUniversity of Tokyo)

2018年11月

英語

19

MNase, as a probe to study the sequence-dependent site
exposures in the+1 nucleosomes of yeast

20 Multiplicity in Long Noncoding RNA in Living Cells

Investigating the Influence of Arginine Dimethylation on
21 Nucleosome Dynamics Using All-Atom Simulations and Kinetic
Analysis

Efficiency strategy for peptide design: A comparative study on
22
all-atom, coarse- grained, and machine learning approaches

Biophys. Rev., 10, 605-615

Di Luo(Molecular Modelingand Simulation
Group,Department of
Nucleic Acids Research, Vol.46, pp.7124Quantum Beam Life
Science,National Institutes 7137 (2018)
for Quantum andRadiological Science andTechnology, Kizugawa,Riki Kurokawa(Saitama
Medical University), Reina
Komiya(Okinawa InstituteScience and Technology
Biomedical Sciences 2018; 4(2): 18-23
Graduate University),
Takanori Oyoshi(Shizuoka
University,), Yoko
Matsuno(Niigata University,),
Zhenhai Li(Molecular
Modeling and Simulation(MMS) Group, National
Institutes for Quantum and The Journal of Physical Chemistry B,
Vol.122, pp.9625-9634 (2018)
Radiological Science andTechnology (QST), 8-1-7,
Umemidai, Kizugawa, Kyoto
619-0215, Japan), Hidetoshi
Takefumi Yamashita(theUniversity of Tokyo), Ryo
Okajima(the University ofTokyo), Naoyuki Shoji(theUniversity of Tokyo)

別添1-23

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

24

25

Elimination of Finite-Size Effects on Binding Free Energies via
the Warp-Drive Method

Toru Ekimoto(Yokohama
City University), Tsutomu
Yamane(Yokohama City
University), Mitsunori
IKeguchi(Yokohama City
University)

SPICA Force Field for Lipid Membranes: Domain Formation
Induced by Cholesterol

Sangjae Seo(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
J. Chem. Theory Comput. Vol. 15, pp. 762Universty), Wataru
774.
Shinoda(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
Universty)

J. Chem. Theory Comput., 14, 65446559(2018)

Takefumi Yamashita,
Takeshi Kawamura,
Tatsuhiko Kodama, Hideaki
Fujitani(Laboratory for
Structure 27, 1－9, March 5, 2019
Systems Biology andMedicine, Research Center
for Advanced Science andTechnology, The University
Abhishek Singharoy(ArizonaState University), Chris
Chipot(Universite deLorraine, University of
Front. Physiol. 10:46, 1-12 (2019)
Illinois at UrbanaChampaign), Toru
Ekimoto(Yokohama City
University), Kano

26

Affinity Improvement of a Cancer-Targeted Antibody through
Alanine-Induced Adjustment of Antigen-Antibody Interface

27

Rotational Mechanism Model of the Bacterial V-1 Motor Basedon Structural and Computational Analyses

28

Yusuke Miyazaki, Susumu
Free energy analysis of membrane pore formation process in the
Okazaki, Wataru
presence of multiple melittin peptides
Shinoda(Nagoya Univerity)

BBA-Biomembranes, in press

2018年11月

英語2018年12月

英語2018年12月

英語

2019年2月

英語2019年3月

英語2．学会等における口頭・ポスター発表（国際会議）
No.

1

発表した成果（発表題目）

A MOLECULAR DYNAMICS CALCULATION STUDY OF
POLIOVIRUS AND POLIOVIRUS RECEPTOR CD155

発表者氏名発表した場所（学会名等）

Yuta Endo, Keisuke
Mizutani, Noriyuki Yoshii,
Atsushi Yamada, Yoshimichi
The 2015 Conference on Foundations ofAndoh, Kazushi Fujimoto,Molecular Modeling and Simulation
Hidekazu Kojima, Wataru(FOMMS2015)
Shinoda(Nagoya University),
Atsushi Nakagawa(Osaka
University), Akio

別添1-24

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別招待講演（○を記入）

2015年7月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

2

An accurate and efficient, computational method for thehydration free energy of large and complex molecules

3 Water Pathway Analysis of Multi-Drug Efflux Transporter AcrB

4

Distinct Roles of Histone H3 and H2A Tails in Nucleosome
Stability

7

2016年2月 ポスター発表

2016年2月 ポスター発表

Zhenhai Li(QST), Hidetoshi
Kono(QST)

Chromatin Structure & Function, Gordon
Conference

2016年5月 ポスター発表

Hidetoshi Kono(QST)

Colorado Chromatin Meeting

2016年8月 招待講演

Molecular dynamics study of the interaction between poliovirus
capsid and its receptor

Susumu Okazaki(Nagoya
University, Department ofApplied Chemistry)

Joint EMLG/JMLG Annual Meeting 20162016年9月 口頭発表

All-atomistic molecular dynamics study of the interaction
between poliovirus capsid and its receptor

K. Fujimoto(Nagoya
University, Department ofApplied Chemistry), K.
Mizutani(Nagoya University, The 4th International Conference on
Molecular Simulation
Department of Applied
Chemistry), Y.
Endoh(Nagoya University,
Department of Applied

5 Role of Histone H3 and H2A Tails in Nucleosome Stability

6

Takashi Yoshidome, Toru
Ekimoto, Mitsunori
Ikeguchi(Yokohama City
University), Nobuyuki
Biophysical society 60th Annual Meeting
Matubayasi(Osaka
University), Yuichi
Harano(Himeji Dokkyo
University), Masahiro
Tsutomu Yamane, Akinori
Kidera, Mitsunori
Ikeguchi(Yokohama City
University), Ryotaro Koike,
Biophysical society 60th Annual Meeting
Motonori Ota(Nagoya
University), Satoshi
Murakami(Tokyo Institute ofTechnology)

別添1-252016年10月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

8

All-atomistic molecular dynamics study of the interaction
between poliovirus capsid and its receptor

K.Fujimoto(Nagoya
University, Department ofApplied Chemistry),
The 4th International Conference on
K.Mizutani(Nagoya
Molecular Simulation
University, Department ofApplied Chemistry),
Y,Endoh(Nagoya University,
Department of Applied

9

Coarse-Grained Molecular Dynamics of Macromolecular SelfAssembly

Wataru Shinoda(Nagoya
University, Department ofApplied Chemistry)The 4th International Conference on
Molecular Simulation

2016年10月 口頭発表

10

Coarse-Grained Molecular Simulations of Macromolecular SelfAssembly

Wataru Shinoda(Nagoya
University, Department ofApplied Chemistry)

10th International Conference on
Computational Physics

2017年1月 口頭発表

Takefumi Yamashita(Univ.
Tokyo)

10th International Conference on
Computational Physics (ICCP10)2017年1月 招待講演

3rd Symposium on Biophysics Postgraduate
Research in Hong Kong

2017年1月 招待講演

11 Molecular Dynamics Analysis of Protein Complex Structures

12

On Quantitative Understanding on Antigen-Antibody Interaction Takefumi Yamashita(Univ.
through All-atom Molecular Dynamics Simulations
Tokyo)

Apo- and antagonist-binding structures of vitamin D receptor
13 ligand-binding domain revealed by a combination analysis of MD
simulations and SAXS experiments

Yasuaki Anami(Showa
Pharmaceutical University),
Nobutaka Shimizu(High
Energy Accelerator
Biophysical society 61th annual meeting
Research Organization),
Toru Ekimoto(Yokohama
City University), Daichi
Egawa(Showa

別添1-262016年10月 招待講演

2017年2月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

Tsutomu Yamane, Yoshihito
Moriwaki, Hideaki Ohtomo,
Mitsunori Ikeguchi, Jun-ichi
Determination of the solution structure of isolated histone H2A- Kurita, Masahiko Sato,
Biophysical society 61th annual meeting
14
H2B heterodimer by using CS-Rosetta
Aritake Nagadoi, Hideaki
Shimojyo, Yoshifumi
Nishimura(Yokohama City
University)
Yuta Isaka(Yokohama City
University), Toru
Ekimoto(Yokohama City
Rotation mechanism of molecular motor V1-ATPase elucidated University), Yuichi
Biophysical society 61th annual meeting15
by multiscale molecular dynamics simulation
Kokabu(Yokohama City
University), Takeshi
Murata(Chiba University),
Mitsunori

2017年2月 ポスター発表

2017年2月 ポスター発表

16 Distinct Roles of H3 and H2A tails in linker DNA dynamics

Zhenhai Li, Jinzen
Ikebe(QST), Shun
Sakuraba(Univ. of Tokyo),
Hidetoshi Kono(QST)

Biophysical Society 61th Annual Meeting2017年2月 ポスター発表

MOLECULAR DYNAMICS STUDY FOR STREPTAVIDIN
MUTANT WITH/WITHOUT BIOTIN ANALOG

Keiko Shinoda, Hideaki
Fujitani(RCAST, The Univ.
of Tokyo)

61st Annual Meeting of the BiophysicalSociety

2017年2月 ポスター発表

THE FREE-ENERGY LANDSCAPE OF THE DI-NUCLEOSOME:
18 A CRITICAL ROLE OF THE H4 TAILS FOR THE
NUCLEOSOME-NUCLEOSOME CONFORMATION

Hisashi Ishida, Hidetoshi
Kono(QST)

Biophysical Society 61th Annual Meeting2017年2月 ポスター発表

19 A Molecular Dynamics Study on Antigen-Antibody Recognition

Takefumi Yamashita(theUniversity of Tokyo)

13th International Conference ofComputational Methods in Sciences andEngineering (CC symposium of ICCMSE
2017)

2017年4月 招待講演

17

別添1-27

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

Free energy analysis of topological and morphologicaldeformation of membranes

Wataru Shinoda(Nagoya
University, Department ofMaterials Chemistry)

A coarse-grained force field for lipid phase separation
simulations

Sangjae Seo(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
The future of biomembrane simulations:
University), Wataru
hidden pitfalls and future challenges
Shinoda(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
University)

2017年6月 ポスター発表

22 Refined AMBER force field (FUJI) for phospholipids

Nozomu Kamiya(FUJITSU),
Hideaki Fujitani(The
University of Tokyo)

American Chemical Society 253rd National
Meeting2017年6月 口頭発表

23 Biosupercomputing in Japan

Mitsunori
Ikeguchi(Yokohama City
University)

The 5th Asia Pacific Protein Association
Conference

2017年7月 招待講演

24 Molecular dynamics simulations of molecular rotary motors

Mitsunori
Ikeguchi(Yokohama City
University)

The 5th Asia Pacific Protein Association
Conference

2017年7月 招待講演

Hidetoshi Kono, Luo
Di(Molecular Modeling and
Simulation Group, National
Institutes for Quantum andRadiological Science andTechnology)

1st QST International Symposium Quantum
Life Science

2017年7月 ポスター発表

20

21

25

Impact of post-translational modifications on the structure anddynamics of nucleosome

The future of biomembrane simulations:hidden pitfalls and future challenges

別添1-282017年6月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

MNase, as a probe to study the sequence-dependent site
exposure in the +1 nucleosomes of yeast

Luo Di, Hidetoshi
Kono(Molecular Modelingand Simulation, National
Institutes for Quantum andRadiological Science andTechnology)

1st QST International Symposium Quantum
Life Science

2017年7月 ポスター発表

MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION OF STREPTAVIDIN27
MUTANT-BIOTIN ANALOG SYSTEMS

Keiko Shinoda(RCAST, The
Univ. of Tokyo), Hideaki
Fujitani(RCAST, The Univ.
of Tokyo)

19th International Union of Pure andApplied Biophysics (IUPAB) and 11th
European Biophysical Societies' Association(EBSA) Congress2017年7月 ポスター発表

Hisashi Ishida, Hidetoshi
Kono(Molecular Modeing andFree energy analysis of the Nucleosome-Nucleosome interaction Simulation Group, National 1st QST International Symposium Quantum
28
Institutes for Quantum and Life Science
analyzed by Biomolecular Simulations
Radiological Science andTechnology)

2017年7月 ポスター発表

26

29

All-atomistic Molecular Dynamics Study of Viruses using Kcomputer

Susumu Okazaki(Nagoya
University, Graduate School Joint EMLG/JMLG Meeting 2017of Engineering)

2017年9月 招待講演

30

Wataru Shinoda(Nagoya
Free energy analysis of topological and morphological changes in
University, Graduate School Joint EMLG/JMLG Meeting 2017
lipid membranesof Engineering)

2017年9月 口頭発表

31

New lipid force fields to include anisotropic membranecharacters

Hideaki Fujitani(The
University of Tokyo,
RCAST), Keiko Shinoda(The Second Adriatic Symposium on BiophysicalApproaches in Biomedical Studies
University of Tokyo,
RCAST), Nozomu
Kamiya(Fujitsu)

別添1-292017年9月 口頭発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

32

Coarse-Grained Molecular Simulation of Lipid Membranes: Free
Energy Analyses of morphological and topological changes

REFINED AMBER FORCE FIELD (FUJI) FORCE FIELD FOR
33 PHOSPHOLIPIDS AND THE APPLICATION TO ACRB
TRANSPORTER EMBEDDED IN POPE BILAYER

Wataru Shinoda(Nagoya
University, Department ofMaterials Chemisetry)

Frontiers in Computational Biophysics:
understanding conformational dynamics ofcomplex lipid mixtures relevant to biology

2018年1月 招待講演

Keiko Shinoda(RCAST, The
University of Tokyo), Hideaki
62nd Annual Meeting Biophysical Society
Fujitani(RCAST, The
University of Tokyo)

2018年2月 ポスター発表

Gordon Research Conference: Antibody
Biology and Engineering

2018年3月 ポスター発表

34

Molecular dynamics analysis of drastic structure changes of an
antibody on the binding process to its antigen

Keiko Shinoda(ResearchCenter for Advanced
Science and Technology,
The University of Tokyo),
Hideaki Fujitani(ResearchCenter for Advanced
Science and Technology,
The University of Tokyo)

35

Structural effects on the antigen-antibody interaction: Insightfrom molecular dynamics simulations of biopolymers

Takefumi Yamashita(theUniversity of Tokyo)

14th International Conference ofComputational Methods in Sciences andEngineering (CC symposium of ICCMSE
2017)

2018年3月 招待講演

36

MNase, as a probe to study the sequence-dependent site
exposures in the +1 nucleosomes of yeast

Di Luo(QST), Hidetoshi
Kono(QST)

Cold Spring Harbor Asia conference on
Chromatin, Epigenetics & Transcription

2018年4月 ポスター発表

Takefumi Yamashita(theUniversity of Tokyo)

Symposium on Eukaryotic Regulatory
Biology in honor of M. Geoffrey Rosenfeld

2018年8月 招待講演

37 Molecular dynamics in the antibody-antigen recognition

別添1-302019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

Keiko Shinoda(ResearchCenter for Advanced
Science and Technology
Molecular dynamics simulations of multidrug efflux transport,University Of Tokyo),256th ACS National Meeting
38
complex AcrAB-TolC embedded in lipid bilayers
Hideaki Fujitani(ResearchCenter for Advanced
Science and Technology,University Of Tokyo)
YusukeMiyazaki(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
Joint Conference of EMLG/JMLG Meeting
A novel polar coarse-grained water model for molecular
University), Susumu
39
2018 and 41st Symposium on Solution
dynamics simulations of lipid membrane systems
Okazaki(Department ofChemistry of Japan
Materials Chemistry, Nagoya
University), Wataru
Shinoda(Department ofYouhei
Yamaguchi(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
Joint Conference of EMLG/JMLG Meeting
Elucidation of physical properties of hepatitis B virus containing University), Hajime Imai,2018 and 41st Symposium on Solution
40
pregenome RNA by molecular dynamics simulation
Kazushi
Chemistry of Japan
Fujimoto(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
University), Ryo
Miyu Tamura(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
University), Susumu
Joint Conference of EMLG/JMLG Meeting
Free energy calculation on the permeation of the ionic drug
Okazaki(Department of
41
2018 and 41st Symposium on Solution
across the lipid membrane
Materials Chemistry, Nagoya
Chemistry of Japan
University), Wataru
Shinoda(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya

Wataru Shinoda(Department 6th European Joint Theoretical/
Experimental Meeting on Membranes
42 Coarse-grained molecular simulation study of liposomal stability of Materials Chemistry,(EJTEMM2018)
Nagoya University)

43

Effect of interface structure on the binding affinity of proteins: A Takefumi Yamashita(themolecular dynamics study
University of Tokyo)

IMS symposium "Water at interfaces 2018"

別添1-31

2018年8月 ポスター発表

2018年11月 ポスター発表

2018年11月 ポスター発表

2018年11月 ポスター発表

2018年12月 招待講演

2019年1月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

44

45

ELIMINATION OF FINITE-SIZE EFFECTS ON BINDING FREE
ENERGIES BY THE WARP-DRIVE METHOD

Toru Ekimoto(Yokohama
City University), Tsutomu
Yamane(Yokohama City
University), Mitsunori
Ikeguchi(Yokohama City
University, RIKEN)

Biophysical Society 63th Annual Meeting2019年3月 ポスター発表

Sequence-Dependent Asymmetric Unwrapping of nucleosomesof yeast

Luo, D.(Nat. Inst. for
Quantum and RadiologicalSci. and Tech.), Kato,D.(Waseda Univ.), Nogami,J.(Kyushu Univ.), Ohkawa,
Y.(Kyushu Univ.),
Kurumizaka, H.(Univ. ofTokyo), Kono, H.(Nat. Inst.

The 63rd Annual Meeting of the BiophysicalSociety

2019年3月 ポスター発表

発表者氏名発表した場所（学会名等）

3．学会等における口頭・ポスター発表（国内学会）
No.

発表した成果（発表題目）

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別1 MD-SAXS analysis for biomolecules

Mitsunori
Ikeguchi(Yokohama City
University)

The wwPDB Symposium, Integrative
Structural Biology with Hybrid Methods

2015年10月 招待講演

2 MD-SAXSによるタンパク質構造のゆらぎ解析

池口満徳, 小甲裕一, 佐藤衛(横浜市立大学)

日本結晶学会年会

2015年10月 招待講演

3 粗視化分子モデリング：膜タンパクへの拡張

川本周平(名古屋大学工学研究科 化学・生物工学専
攻), 篠田 渉(名古屋大学工 第29回分子シミュレーション討論会
学研究科 化学・生物工学専
攻)2015年11月 口頭発表

池口満徳(横浜市立大学)

2016年3月 招待講演

4

分子動力学計算とX線小角散乱の連携によるタンパク質の動的構造解析

日本農芸化学会2016年度大会

別添1-32

招待講演（○を記入）

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

5

分子シミュレーションを用いた生体超分子の構造・機能解析に向篠田恵子(東大先端研)
けてLSBM Symposium 2016 超分子構造の計
算科学

2016年5月 口頭発表

6 PDE10A阻害剤の結合能のin silico解析

湯浅千紗, 小甲裕一, 山根
努, 浴本亨, 池口満徳(横浜 第16回蛋白質科学会年会
市立大学)

2016年6月 ポスター発表

7 マルチスケール解析によるV1-ATPaseの回転機構の解明

井阪悠太,浴本亨,小甲裕一,
池口満徳(横浜市立大学), 第16回蛋白質科学会年会
村田武士(千葉大学)

2016年6月 ポスター発表

浴本亨,池口満徳(横浜市立大学), 西出旭,水島恒裕(兵分子動力学計算（MD）とX線小角散乱実験（SAXS）を組み合わせ
庫県立大学), 桑原直之,加第１６回蛋白質科学会年会
8 たMD-SAXS法による赤痢菌エフェクター蛋白質IpaH1880とIpaH3
藤龍一(高エネルギー加速の溶液構造解析器研究機構), Kim Minsoo(京都大学)

2016年6月 ポスター発表

9 回転分子モーターの分子動力学シミュレーション

2016年6月 招待講演

10

池口満徳(横浜市立大学)

日本蛋白質科学会第16回年会

下地恵令奈, 山根努, 浴本
神経軸索伸長ガイダンス分子セマフォリンと受容体プレキシンの亨, 禾晃和, 池口満徳(横浜 第16回蛋白質科学会年
タンパク質複合体の分子モデリング
市立大学)

別添1-332016年6月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

11

抗原結合によって誘起される抗体のプロリンスイッチ:分子動力学 篠田恵子、藤谷秀章(東大先第16回日本蛋白質科学会年会
シミュレーションからの考察
端研)

12 MD-SAXS相関構造解析による蛋白質の溶液構造解析

浴本亨, 池口満徳(横浜市立
第89回日本生化学会大会
大学)

2016年6月 ポスター発表

2016年9月 招待講演

穴見康昭, 江川大地, 伊藤
俊将, 山本恵子(昭和薬科大
Apo- and antagonist-binding structures of vitamin D receptor
13 ligand-binding domain in solution studied by MD and SAXS hybrid 学), 清水伸隆(高エネルギー 情報計算科学生物学会2016年大会
加速器研究機構), 浴本亨,
approach.
池口満徳(横浜市立大学)

2016年10月 ポスター発表

分子動力学シミュレーションとX線小角散乱法を組み合わせた手浴本亨, 池口満徳(横浜市立
情報計算科学生物学会2016年大会
14 法による、ビタミンD受容体リガンド結合ドメインのアポ体及びアン大学)
タゴニスト複合体の溶液構造探索

2016年10月 招待講演

15 多剤排出トランスポーターAcrBの分子シミュレーション

16

全原子MDと粗視化MDを組み合わせたマルチスケールMD解析
によるV1-ATPaseの回転機構の解明

池口満徳(横浜市立大学)

情報計算科学生物学会2016年大会

2016年10月 招待講演

井阪悠太, 浴本亨, 小甲裕
一, 池口満徳(横浜市立大学), 村田武士(千葉大学)

第54回日本生物物理学会

2016年11月 ポスター発表

別添1-34

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

17

分子動力学シミュレーションとX線溶液散乱法の連携によるタン
パク質動的構造解析

18 溶質構造エントロピー計算法の理論的研究

19

第44回構造活性相関シンポジウム・第31回
農薬デザイン研究会

肥喜里志門, 池口満徳(横浜市立大学), 吉留崇(東北大 第54回日本生物物理学会年会
学)

Jinzen Ikebe(QST), Shun
Effects of cumulative acetylation in histone H3 tail studied by an
Sakuraba(Univ. of Tokyo),enhanced conformational sampling MD simulation
Hidetoshi Kono(QST)

20 ポリオウィルス-レセプター間相互作用の分子論的研究

21

池口満徳(横浜市立大学)

第54回日本生物物理学会年会

藤本和士(名古屋大学工学研究科), 水谷圭介(名古屋大学工学研究科), 小嶋秀和
(名古屋大学工学研究科),
第30回分子シミュレーション討論会
山田篤志(名古屋大学工学研究科), 安藤嘉倫(名古屋大学工学研究科), 吉井範行
(名古屋大学工学研究科),

宮﨑裕介(名古屋大学工学
分子動力学シミュレーションによる膜の細孔形成自由エネルギー 研究科), 篠田渉(名古屋大学工学研究科), 岡崎進(名解析
古屋大学工学研究科)

深井基裕(名古屋大学工学研究科), 藤本和士(名古屋
分子動力学法による抗B型肝炎ウイルス薬の機能解明に向けた 大学工学研究科), 篠田渉
22(名古屋大学工学研究科),
力場開発
岡崎進(名古屋大学工学研究科)

2016年11月 招待講演

2016年11月 ポスター発表

2016年11月 ポスター発表

2016年11月 口頭発表

第54回日本生物物理学会年会

2016年11月 ポスター発表

第30回分子シミュレーション討論会

2016年11月 ポスター発表

別添1-35

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

23 分子動力学法を用いた抗B型肝炎ウイルス薬の力場開発

深井基裕(名古屋大学工学研究科), 藤本和士(名古屋大学工学研究科), 篠田渉(名古屋大学工学研究科),
岡崎進(名古屋大学工学研究科)

第３９回溶液化学シンポジウム

2016年11月 ポスター発表

分子動力学法を用いた脂質膜における細孔形成過程の自由エ
24
ネルギー解析

宮﨑裕介(名古屋大学工学研究科), 篠田渉(名古屋大学工学研究科), 岡崎進(名古屋大学工学研究科)

第30回分子シミュレーション討論会

2016年11月 ポスター発表

藤本和士(名古屋大学工学研究科), 小嶋秀和(名古屋大学工学研究科), 水谷圭佑
分子動力学計算を用いた、ポリオウィルスのCD155レセプター結 (名古屋大学工学研究科),
第３９回溶液化学シンポジウム
25
合の研究遠藤裕太(名古屋大学工学研究科), 山田篤志(名古屋大学工学研究科), 安藤嘉倫
(名古屋大学工学研究科),

2016年11月 口頭発表

島航平(名古屋大学工学研究科), 小嶋秀和(名古屋大学工学研究科), 藤本和士
電解質水溶液中の一様に帯電した球殻内に生成される負圧の分(名古屋大学工学研究科),
26
子論的解明
篠田渉(名古屋大学工学研究科), 岡崎進(名古屋大学
工学研究科)

第30回分子シミュレーション討論会

2016年11月 ポスター発表

Advancement and challenge in the all-atom molecular dynamics
27
simulation for biomolecular systems

Takefumi Yamashita(Univ.
Tokyo)

第３９回日本分子生物学会年会（Symposium: Integration of leading-edge
technologies induces insight into physiology
of long noncoding RNA and possibilities oftherapeutics）

2017年1月 招待講演

28 創薬基盤としての 分子動力学シミュレーション技術

藤谷 秀章(東京大学 先端 日本学術会議 薬学委員会 生物系薬学分
科学技術研究センター)
科会シンポジウム

2017年1月 招待講演

別添1-36

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

29 ストレプトアビジン改変体ー人工ビオチンのMDシミュレーション

篠田恵子、藤谷秀章(東京大第72回日本物理学会年会
先端研)2017年3月 口頭発表

30 分子動力学計算による 抗原抗体複合体の形成過程の研究

山下雄史(東京大学), 高松佑一郎(東京大学)

日本化学会春季年会

2017年3月 口頭発表

岡島亮、山下雄史(東京大学)第20回理論化学討論会

2017年5月 ポスター発表

32 脂質膜における細孔形成過程の定量的解析法の探究

宮崎裕介,篠田渉,岡崎進(名第10回分子科学討論会
古屋大学工学研究科)

2017年5月 ポスター発表

Apo- and antagonist-binding structures of vitamin D receptor
33 ligand-binding domain in solution revealed by MD and SAXS
hybrid approach

Toru Ekimoto(Yokohama
City University), Yasuaki
Anami(Showa
Pharmaceutical University),
第17回日本蛋白質科学会年会
Nobutaka Shimizu(High
Energy Accelerator
Research Organization),
Daichi Egawa(Showa

2017年6月 招待講演

X線小角散乱実験と分子動力学計算を組み合わせた相関構造解 浴本亨,池口満徳(横浜市立
第17回日本蛋白質科学会年会
析による蛋白質の溶液構造解析
大学)

2017年6月 招待講演

31

34

抗原抗体界面における塩橋安定性の分子動力学計算による研究

別添1-37

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

35 ホスホジエステラーゼ(PDE)-10Aのin silicoリガンド結合解析

湯浅千紗, 浴本亨, 山根努,
池口満徳(横浜市立大学)

第17回日本蛋白質科学会年会

2017年6月 ポスター発表下地恵令奈, 山根努, 浴本亨, 禾晃和, 池口満徳(横浜 第17回日本蛋白質科学会年会
市立大学)

2017年6月 ポスター発表

37 ヒストンH3翻訳後修飾のヌクレオソーム動態に与える影響

河野 秀俊(量子科学技術研
日本蛋白質科学会
究開発機構)

2017年6月 招待講演

38 抗原-抗体系におけるプロリン・スイッチ

篠田恵子(東大先端研), 藤
谷秀章(東大先端研)

第3回ポスト「京」重点課題１ワークショップ

2017年8月 口頭発表

Apo- and antagonist-binding structures of vitamin D receptor
39 ligand-binding domain elucidated by SAXS experiments and MD
simulations

穴見康昭(昭和薬科大学),
清水伸隆(高エネルギー加速器研究機構), 浴本亨(横浜市立大学), 江川大地(昭和薬科大学), 伊藤俊将(昭和薬科大学), 池口満徳(横浜市立大学), 山本恵子(昭和薬科大学)

第55回日本生物物理学会年会

2017年9月 ポスター発表

Protein dynamics revealed by a combination analysis of
40 molecular dynamics (MD) simulations and small-angle x-ray
scattering (SAXS) experiments

Toru Ekimoto(Yokohama
City Univ.), Mitsunori
Ikeguchi(Yokohama City
Univ.)

第55回日本生物物理学会年会

2017年9月 招待講演

36

神経軸索ガイダンス分子セマフォリンと受容体の相互作用のinsilico解析

別添1-38

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

Free energy calculations of melittin pore formation in lipid
41
membranes with molecular dynamics simulations

Yusuke Miyazaki, Wataru
Shinoda, Susumu
Okazaki(Nagoya University,
Graduate School ofEngineering)

第55回生物物理学会

2017年9月 ポスター発表

42

Molecular Environment effects on the protein structure:
Molecular dynamics studies on the antigen-antibody interface

Takefumi Yamashita(theUniversity of Tokyo)

生物物理学会2017年9月 招待講演

43

ウイルス粒子の全原子分子動力学シミュレーション－電解質水
溶液中の荷電粒子について

岡崎進(名古屋大学工学研
究科)

コロイドおよび界面化学討論会

2017年9月 口頭発表

44

分子動力学法を用いたメリチンペプチドによる膜細孔形成の自由 宮﨑裕介,篠田渉,岡崎進(名第11回分子科学討論会
エネルギー計算
古屋大学工学研究科)

山下雄史(東京大学), 高松佑一郎(東京大学)

分子科学討論会

2017年9月 口頭発表

分子動力学計算による抗原抗体界面環境の塩橋安定性への効 岡島亮、山下雄史(東京大果に関する研究学)

分子科学討論会

2017年9月 ポスター発表

45 分子動力学計算による抗原と抗体の結合過程の研究

46

2017年9月 口頭発表

別添1-392019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

47

島航平,小嶋秀和,藤本和士,
電解質水溶液中の一様に帯電した球殻内に生成される負圧の分篠田渉,岡崎進(名古屋大学 第11回分子科学討論会
子論的解明
工学研究科)

Keiko Shinoda(RCAST, The
Molecular dynamics simulations for the study of thermodynamic Univ. of Tokyo), Hideaki
第55回日本生物物理学会年会
48
Fujitani(RCAST, The Univ.
properties in streptavidin mutant-biotin analog
of Tokyo)49 脂質膜融合過程の自由エネルギー解析

2017年9月 ポスター発表

2017年9月 招待講演

篠田渉, Sangjae Seo, 川本
周平(名古屋大学工学部応用物質化学専攻)

第11回分子科学討論会

2017年9月 口頭発表

50

Finite-size effect on the charging free energy in the alchemical
perturbation and ``warp drive'' method

浴本亨(横浜市立大学), 山根努(横浜市立大学), 池口
満徳(横浜市立大学)

情報計算科学生物学会2017年大会

2017年10月 口頭発表＆ポスター発表

51

In silico binding affinity analysis for phosphodiesterase-10A
inhibitors

湯浅千紗(横浜市立大学),
浴本亨(横浜市立大学), 山根努(横浜市立大学), 池口
満徳(横浜市立大学)

情報計算科学生物学会2017年大会

2017年10月 ポスター発表

In silico protein design for functional modification of thephotoactivated adenylate cyclase

田中真結(横浜市立大学),
浴本亨(横浜市立大学), 大木規央(横浜市立大学), 山根努(横浜市立大学), 朴三
用(横浜市立大学), 池口満
徳(横浜市立大学)

情報計算科学生物学会2017年大会

2017年10月 ポスター発表

52

別添1-402019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

In silico protein-protein interaction analysis of axon guidance
53
molecule semaphorin and receptor plexin

下地恵令奈(横浜市立大学),
山根努(横浜市立大学), 浴
本亨(横浜市立大学), 禾晃 情報計算科学生物学会2017年大会
和(横浜市立大学), 池口満
徳(横浜市立大学)

2017年10月 ポスター発表

54

分子動力学法を用いた抗B型肝炎薬のウイルスカプシド透過機
構解明

深井基裕,藤本和士,篠田渉,
岡崎進(名古屋大学工学研 第40回溶液化学シンポジウム究科)2017年10月 ポスター発表

55

島航平,小嶋秀和,藤本和士,
電解質水溶液中の一様に帯電した球殻内に生成される負圧の分篠田渉, 岡崎進(名古屋大学 第40回溶液化学シンポジウム
子論的解明
工学研究科)

2017年10月 ポスター発表

56

山口陽平,今井甫,藤本和士,
pg-RNAを内包したB型肝炎ウイルスの全原子分子動力学シミュ 浦野諒,尾曲克己,田中靖人,
第31回分子シミュレーション討論会
石川哲也,中川敦史,篠田渉,
レーション
岡崎進

2017年11月 ポスター発表

57

分子動力学法による電解質水溶液中の一様に帯電した球殻内に生成される負圧の分子論的解明

島航平,藤本和士,篠田渉,岡崎進(名古屋大学工学部応 第31回分子シミュレーション討論会
用物質化学専攻)2017年11月 ポスター発表

58

分子動力学法を用いた抗B型肝炎薬のウイルスカプシド透過機
構の研究

深井基裕,浦野諒,藤本和士,
篠田渉,岡崎進(名古屋大学 第31回分子シミュレーション討論会
工学部応用物質化学専攻)

2017年11月 ポスター発表

別添1-41

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

59

ストレプトアビジン改変体ー人工ビオチンの分子動力学シミュレー 篠田恵子(東大先端研), 藤
ション：より良い創薬を目指して
谷秀章(東大先端研)2017年度生命科学系学会合同年次大会（ConBio2017）2017年12月 ポスター発表

60

分子動力学シミュレーションによる生体高分子の研究：RNAへの山下雄史(東京大学)
展開の現状と可能性

2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)2017年12月 招待講演

61

分子動力学計算を用いた抗原抗体界面に存在する塩橋の安定性への周辺環境の影響の研究

日本化学会春季年会

2018年3月 ポスター発表

岡島亮、山下雄史(東京大学)浦野 諒(名古屋大学工学研
究科応用物質化学専攻), 吉
井 範行(名古屋大学工学研
高速多極子展開法（FMM）をもちいた荷電系の自由エネルギー計 究科応用物質化学専攻), 篠
第21回理論化学討論会
62
算法
田 渉(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻), 岡崎進(名古屋大学工学研究科
応用物質化学専攻)

2018年5月 口頭発表

63 シクロスポリンAのCHARMM力場の開発

山根努(横浜市立大学), 渡邊裕太(横浜市立大学), 浴
本亨(横浜市立大学), 池口
満徳(横浜市立大学)

第18回日本蛋白質科学会年会

2018年6月 ポスター発表

ファーマコフォア解析によるビタミンD受容体アゴニスト/アンタゴ64
ニスト活性調節機構の研究工藤崇文(横浜市立大学),
浴本亨(横浜市立大学), 山根努(横浜市立大学), 池口
満徳(横浜市立大学)

第18回日本蛋白質科学会年会

2018年6月 ポスター発表

別添1-42

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

65

浴本亨(横浜市立大学), 山
新規アルケミカル結合自由エネルギー計算手法ワープドライブ法
根努(横浜市立大学), 池口の開発と有限サイズ効果
満徳(横浜市立大学)

高精度な脂質分子のFUJI力場の開発と 多剤排出トランスポー
66
ター膜系への適用

第18回日本蛋白質科学会年会

2018年6月 ポスター発表

篠田恵子(東京大学 先端科
学技術研究センター), 藤谷
第18回日本蛋白質科学会年会
秀章(東京大学 先端科学技
術研究センター)2018年6月 ポスター発表

67

分子動力学計算を用いた抗原抗体界面に存在する塩橋の安定性を決定する要因の研究

岡島亮、山下雄史(東京大学)

分子科学討論会

2018年9月 ポスター発表

68

Free energy profiles of the intra- and inter-nucleosomalinteractions by all-atom molecular dynamics simulations

Hisashi Ishida(QST),
Hidetoshi Kono(QST)

第56回日本生物物理学会年会

2018年9月 招待講演

Investigating the influence of Argine Dimethylation on
69 Nucleosome Dynamics using All-atom Simulation and Kinetic
Analysis

Zhenhai Li(QST), Hidetoshi
Kono(QST)

第56回日本生物物理学会年会

2018年9月 口頭発表

70 シクロスポリンAのCHARMM力場の開発

山根 努(横浜市立大学), 渡邊 裕太(横浜市立大学), 浴
第56回日本生物物理学会年会
本 亨(横浜市立大学), 池口
満徳(横浜市立大学)

別添1-432018年9月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

工藤 崇文(横浜市立大学),
ファーマコフォア解析を用いたビタミンD受容体のアゴニスト/アン
浴本 亨(横浜市立大学), 池 第56回日本生物物理学会年会
タゴニスト活性調節機構の研究
口 満徳(横浜市立大学)

2018年9月 ポスター発表

周期境界条件下の分子動力学シミュレーションを使った結合自由 浴本 亨(横浜市立大学), 山
72 エネルギー計算で生じる有限サイズ効果を抑えるアルケミカル摂 根 努(横浜市立大学), 池口 第56回日本生物物理学会年会
満徳(横浜市立大学)
動法の開発

2018年9月 ポスター発表

71

73 B型肝炎ウイルスの薬剤の吸収に関する自由エネルギー計算

74 B型肝炎ウイルスの薬剤の吸収に関する自由エネルギー計算

7576

Development of a polarized coarse-grained water model and its
application in lipid membrane systems

Molecular dynamics simulations of domain formation in mixed
lipid bilayers

浦野 諒(名古屋大学工学研
究科応用物質化学専攻), 吉
井 範行(名古屋大学工学研
究科応用物質化学専攻), 篠
第56回日本生物物理学会年会
田 渉(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻), 岡崎進(名古屋大学工学研究科
応用物質化学専攻)
浦野 諒(名古屋大学工学研
究科応用物質化学専攻), 吉
井 範行(名古屋大学工学研
究科応用物質化学専攻), 篠
第12回分子科学討論会
田 渉(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻), 岡崎進(名古屋大学工学研究科
応用物質化学専攻)
YusukeMiyazaki(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
University), Susumu
第56回日本生物物理学会年会
Okazaki(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
University), Wataru
Shinoda(Department of

2018年9月 口頭発表

Sangjae Seo(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
University), Wataru
第56回日本生物物理学会年会
Shinoda(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
University)

2018年9月 口頭発表

別添1-442018年9月 口頭発表

2018年9月 口頭発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

77

Quantitative Coarse-Grained Molecular Modeling ofBiomembranes

Wataru Shinoda(Departmentof Materials Chemistry,
第56回日本生物物理学会年会
Nagoya University)

篠田 渉(名古屋大学工学研
究科応用物質化学専攻),
膜融合過程における脂質組成の影響：定量的粗視化分子シミュ
Sangjae Seo(名古屋大学工 第69回コロイド及び界面化学討論会
78
レーション
学研究科応用物質化学専
攻)2018年9月 口頭発表

2018年9月 口頭発表

79 Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A

山根努(横浜市立大学), 高
橋遼(横浜市立大学), 浴本亨(横浜市立大学), 池口満
徳(横浜市立大学)

情報計算科学生物学会2018年大会

2018年10月 口頭発表＆ポスター発表

In silico binding affinity analysis for phosphodiesterase-10A
inhibitors

湯浅千紗(横浜市立大学),
浴本亨(横浜市立大学), 山根努(横浜市立大学), 池口
満徳(横浜市立大学)

情報計算科学生物学会2018年大会

2018年10月 ポスター発表

In silico protein-protein interaction analysis of axon guidance
molecule semaphorin and receptor plexin

下地恵令奈(横浜市立大学),
山根努(横浜市立大学), 浴
本亨(横浜市立大学), 永友
情報計算科学生物学会2018年大会
芽里(横浜市立大学), 禾晃和(横浜市立大学), 池口満
徳(横浜市立大学)

2018年10月 ポスター発表

82 Protein-ligand binding process studied by Markov state model

浴本亨(横浜市立大学), 荒木望嗣(京都大学), 井阪悠太(神戸医療産業都市推進
情報計算科学生物学会2018年大会
機構), 山根努(横浜市立大学), 奥野恭史(京都大学), 池
口満徳(横浜市立大学)

2018年10月 口頭発表＆ポスター発表

80

81

別添1-45

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

Study of regulation mechanism of agonistic/antagonistic
83
activities of viramin D receptor ligand-binding domain

工藤崇文(横浜市立大学),
浴本亨(横浜市立大学), 山根努(横浜市立大学), 池口
満徳(横浜市立大学)

情報計算科学生物学会2018年大会

浦野 諒(名古屋大学工学研
究科応用物質化学専攻), 吉
井 範行(名古屋大学工学研
究科応用物質化学専攻), 篠
第32回分子シミュレーション討論会
84 B型肝炎ウイルスの薬剤の吸収に関する自由エネルギー計算
田 渉(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻), 岡崎進(名古屋大学工学研究科
応用物質化学専攻)
Takanori Ono(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
University), Susumu
Joint Conference of EMLG/JMLG Meeting
Effect of PEGylated Lipids on Physical Properties of Lipid
Okazaki(Department of852018 and 41st Symposium on Solution
Membranes Coarse-Grained Molecular Dynamics Study
Materials Chemistry, Nagoya
Chemistry of Japan
University), Wataru
Shinoda(Department ofMaterials Chemistry, Nagoya
Ryo Urano(Department ofMatrials Chemistry, Nagoya
University), Noriyuki
Joint Conference of EMLG/JMLG Meeting
Free energy evaluation of drug absorption on Hepatitis B virus
Yoshii(Department of2018 and 41st Symposium on Solution
86
capsid using all-atom molecular dynamics simulation
Matrials Chemistry, Nagoya
Chemistry of Japan
University), Wataru
Shinoda(Department ofMatrials Chemistry, Nagoya
小野貴憲(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻),
田中裕貴(名古屋大学工学
PEG修飾脂質が膜物性に与える影響：粗視化分子シミュレーショ 研究科応用物質化学専攻),
第32回分子シミュレーション討論会
87
ン
岡崎進(名古屋大学工学研
究科応用物質化学専攻), 篠
田渉(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻)
田村美侑(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻),
pKa位置依存性を考慮したイオン性薬物膜透過の多次元自由エ 岡崎進(名古屋大学工学研第32回分子シミュレーション討論会
88
究科応用物質化学専攻), 篠
ネルギー解析
田渉(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻)

別添1-462018年10月 ポスター発表

2018年11月 口頭発表

2018年11月 ポスター発表

2018年11月 ポスター発表

2018年11月 ポスター発表

2018年11月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

89

全原子分動力学計算によるウイルスが電解液中に生成する表面 岡崎進(名古屋大学工学研
電場と分子間相互作用
究科応用物質化学専攻)

2018年日本表面真空学会学術講演会

山口陽平(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻),
今井甫, 藤本和士(名古屋大
分子動力学法を用いた pregenome RNA を内包したB型肝炎ウイ 学工学研究科応用物質化
第32回分子シミュレーション討論会
90
ルスの物性解明
学専攻), 浦野諒(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻), 篠田渉(名古屋大学工学研究科応用物質化

91 極性を持つ粗視化水モデルの開発と生体分子系における応用

2018年11月 招待講演

2018年11月 ポスター発表

宮﨑裕介(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻),
岡崎進(名古屋大学工学研第32回分子シミュレーション討論会
究科応用物質化学専攻), 篠
田渉(名古屋大学工学研究科応用物質化学専攻)

2018年11月 口頭発表92

分子動力学シミュレーションを用いたビタミンD受容体リガンド結合ドメインの溶液構造解析

浴本亨(横浜市立大学), 工藤崇文(横浜市立大学), 山根努(横浜市立大学), 池口
満徳(横浜市立大学)

第46回構造活性相関シンポジウム

2018年12月 ポスター発表

93

定量的粗視化分子シミュレーションによる脂質膜の安定性と形
態・トポロジー変化の分子論

篠田 渉(名古屋大学)

第66回応用物理学会春季学術講演会

2019年3月 招待講演

4．研究会等No.

発表した成果（発表題目）

発表者氏名

発表した場所（研究会名等）

1 ビタミンD受容体リガンド結合ドメインのMD-SAXS相関構造解析

浴本亨, 池口満徳(横浜市立 ポスト京 重点課題(1) 第一回ワークショッ
大学)
プ

2 抗原抗体系のMD計算と界面構造の解析

山下雄史(東京大学)

2016年度 ポスト「京」重点課題1 第1回
ワークショップ

別添1-47

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別招待講演（○を記入）

2016年9月 口頭発表

2016年9月 口頭発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

3 構造多形をもつ生体高分子の全原子モデルの構築

河野秀俊(量研機構)

JSBi関西地域部会 第21回バイオメディカル研究会

2016年9月 招待講演

4 アセチル化、メチル化によるヒストンH3テールの振る舞いの変化

河野秀俊、Luo Di, 池部仁善 第34回染色体ワークショップ・第15回核ダイ(量研機構), 櫻庭俊(東大)ナミクス研究会

2017年1月 口頭発表

5

分子動力学シミュレーションによるタンパク質の分子認識の研究：
山下雄史(東京大学)
分子デザインへの挑戦

6

New lipid force fields to include anisotropic membranecharacters7

生体分子のダイナミクスと機能：分子動力学シミュレーションの非山下雄史(東京大学)
コードRNA研究ツールとしての可能性

一般財団法人バイオインダストリー協会主催"未来へのバイオ技術" 勉強会「長鎖非コードRNA研究の進歩と可能性」

2017年11月 招待講演

8

Theoretical study on molecular dynamics in biomolecularfunctionsTakefumi Yamashita(theUniversity of Tokyo)

第12回システム生物医学（LSBM）研究会

2018年3月 口頭発表

河野秀俊(QST)

量子生命科学研究会第２回学術集会

2018年5月 ポスター発表

9 クロマチンダイナミクスによる遺伝子発現制御

量子系分子科学セミナー（理化学研究所計算科学研究機構）

篠田恵子、藤谷秀章(東大先
膜タンパク質研究会
端研)10

分子動力学シミュレーションによる多剤排出トランスポーター
AcrB と基質間の反応機構の解明

篠田恵子(東京大学 先端科 H29年度 インターン・後期「若手・女性利用学技術研究センター)者推薦」成果報告会

11

ストレプトアビジン変異体ービオチンアナログのMDシミュレーショ 篠田恵子(東京大学 先端科 2018年度 ポスト｢京｣重点課題1 第5回
ン
学技術研究センター)
ワークショップ

2017年10月 招待講演

2017年10月 ポスター発表

2018年6月 ポスター発表

2018年8月 口頭発表

5．一般向け講演会
No.

発表した成果（発表題目）

発表者氏名

発表した場所（講演会名等）

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別東大駒場キャンパス公開2018 生命科学講
山下雄史(東京大学先端研) 演会 「計測・情報科学をもちいた新しい生命科学の潮流」

2018年6月 講演

2 創薬標的蛋白質の分子動力学シミュレーション

浴本亨(横浜市立大学)

2018年6月 講演

3 スーパーコンピュータで知るタンパク質、DNAの形と動き

河野 秀俊(量子科学技術研
スパコンを知る集い
究開発機構)

1

理論物理学とスーパーコンピュータによる新しい分子バイオロ
ジーと分子デザイン新潟大学物性理論研究室セミナー

招待講演（○を記入）

2019年3月 招待講演

6．新聞/TV/WEB配信/広報誌/雑誌/等のメディア

別添1-48

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１ 生体分子システムの機能制御による革新的創薬
サブ課題Ｂ：次世代創薬計算技術の開発

No.

発表した成果（発表題目）

発表者氏名

山本恵子(昭和薬科大学),
ビタミンD受容体の不活性型と活性阻害型の構造を解明 ー創薬
清水伸隆(高エネルギー加
1 ターゲットとなるビタミンD受容体とリガンドとの相互作用機構を原
速器研究機構), 池口満徳
子レベルで明らかにー(横浜市立大学)
2

第11800号 ビタミンD受容体の全構造解明 新手法を組み合わせ初めて成功山本恵子(昭和薬科大学)

発表した場所（媒体名等）

発表した時期

媒体別昭和薬科大学・高エネルギー加速器研究機
構・横浜市立大学 プレスリリース

2016年9月

Web配信(動画なし)

薬事日報 第11800号 2016年11月18日

2016年11月 新聞

7．書籍
No.

発表した成果（発表題目）

1 Chapter 10. Structure of the MotA/B Proton Channel

発表者氏名発表した場所（書籍名等）
Akio Kitao(The University of Humana Press, Methods in MolecularTokyo), Yasutaka
BIology Vol.1593, "The Bacterial Flagellum.

別添1-49

発表した時期2017年5月

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発
サブ課題代表者：奥野 恭史
1．学会誌・雑誌等における論文掲載
No.

1

2

3

掲載した論文（発表題目）

発表した場所（学会誌・雑誌名等）

発表した時期

国内・国際の 査読（有りの場 招待講演
別合○を記入）（○を記

COMBO: An efficient Bayesian optimization library for materials
scienceTsuyoshi Ueno(Department ofComputational Biology andMedical Sciences, Graduate
School of Frontier Sciences,
Materials Discovery, Volume 4, Pages 18－
The University of Tokyo, 5-15-CB02 Kashiwanoha, Kashiwa 21277-8561, Japan), Trevor David
Rhone(Department of Physics,
Harvard University, 17 Oxford

2016年6月

英語

CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchicalstructure of cell populations from single-cell RNA-seq data

David A. duVerle(Universityof Tokyo), Sohiya
Yotsukura(Kyoto University),
Seitaro Nomura(University
BMC Bioinformatics, Vol.17, 363 (2016)of Tokyo), Hiroyuki
Aburatani(University ofTokyo), Koji
Tsuda(University of Tokyo)

2016年9月

英語2016年12月

英語2017年3月

英語2017年4月

英語

The Effect of Conformational Flexibility on Binding Free Energy
Estimation between Kinases and Their Inhibitors

Brigatinib combined with anti-EGFR antibody overcomes
4 osimertinib resistance in EGFR-mutated non-small-cell lungcancer5

発表者氏名

Association between UGT1A1*28*28 genotype and lung cancer
in the Japanese population

Mitsugu Araki(RIKEN Advanced
Institute for Computational
Science), Narutoshi
Kamiya(Graduate School of
Journal of Chemical Information and
Simulation Studies, University
Modeling, Vol.56, 12, pp2445-2456
of Hyogo), Miwa Sato(Mitsui
Knowledge Industry Co., Ltd.),
Masahiko Nakatsui(Graduate
School of Medicine, Kyoto
Ken Uchibori(JapaneseFoundation for Cancer
Research), Naohiko
Inase(Tokyo Medical and Dental
Nature Communications, Vol.8, pp.14768
University), Mitsugu(2017)
Araki(RIKEN), Mayumi
Kamada(Kyoto University),
Shigeo Sato(JapaneseFoundation for Cancer
Nishikawa, Y(Kyoto University),
Kanai, M(Kyoto University),
Narahara, M(Kyoto University,
McGill University), Tamon,
INTERNATIONAL JOURNAL OF CLINICAL
A(Kyoto University), Brown,
J.B.(Kyoto University), Taneishi, ONCOLOGY, 22-2, 269-273(2017)
K(RIKEN), Nakatsui, M.(Kyoto
University), Okamoto, K(Kyoto
University Hospital), Uneno,

別添1-502019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

6

Accurate prediction of complex structure and affinity for a
flexible protein receptor and its inhibitor

7

CGBVS-DNN: Prediction of Compound-protein Interactions
Based on Deep Learning

8

臨床ビッグデータ解析の展望─実臨床データとゲノム情報への応用

Temperature-Sensitive Substrate and Product Binding Underlie
Temperature-Compensated Phosphorylation in the Clock9

10 創薬におけるAIの可能性

11

Bekker, G(Osaka University),
Kamiya, N(Osaka University,
RIKEN, University of Hyogo),
Journal of Chemical Theory andAraki, M(RIKEN, Kyoto
University), Fukuda, I(Osaka Computation 13(6), 2389－2399, 2017.
University), Okuno,
Y(RIKEN, Kyoto University),
Nakamura, H(Osaka
Hamanaka, M(Kyoto
University), Tanaishi,
Kei(RIKEN), Iwata,
H(Foundation for Biomedical
Molecular Informatics. 36(1-2), 2017
Research and Innovation),
Ye, J(Intel Corporation), Pei,
J(Intel Corporation), Hou,
J(Intel Corporation), Okuno,

2017年6月

英語2017年8月

英語内野詠一郎、中津井雅彦、
鎌田真由美、荒木望嗣、奥 日本エム・イー学会誌「生体医工学」
野恭史(京都大学), 種石 慶 55(4):173-182,2017.
(理化学研究所)2017年8月

日本語

Yuta Shinohara(Laboratory
for Synthetic Biology,
RIKEN Quantitative Biology
Molecular Cell, Vol.67, pp.783-798.e20
Center), Yohei M.
(2017)
Koyama(Laboratory for
Synthetic Biology, RIKEN
Quantitative Biology
Center), Maki Ukai-

2017年9月

英語

種石 慶(理化学研究所), 岩
日本化学会情報化学部会誌、35(3), 212,
田浩明、小島諒介、奥野恭2017, 10月号
史(京都大学)2017年10月

日本語

2017年10月

日本語

広川貴次(産業技術総合研
アンサンブル、分子シミュレーション研究会、
構造データと分子シミュレーション技術によるインシリコ創薬支援
究所 創薬分子プロファイリ
19 巻 4 号 225 頁～ 229 頁
研究
ング研究センター)

別添1-51

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

Xiufeng Yang(Graduate
School of Frontier Sciences,
The University of Tokyo,
Science and Technology of Advanced
Kashiwa, Japan.), Jinzhe
Materials, Vol.18, pp.972-976 (2017)
Zhang(Department of
Biosciences, INSA Lyon,
Villeurbanne Cedex,
France.), Kazuki

2017年11月

英語

Xiufeng Yang(University ofTokyo), Kazuki
Yoshizoe(University of
BMC Bioinformatics, Vol.18, 468 (2017)
Tokyo), Akito
Taneda(Hirosaki University),
Koji Tsuda(University ofTokyo)

2017年11月

英語2018年1月

英語2018年2月

英語

16Machine learning accelerates MD-based binding pose prediction
between ligands and proteins

Kei Terayama(Department ofComputational Biology and Medical
Science, Graduate School of
Frontier Sciences, The University ofTokyo, Chiba, Japan), Hiroaki
Bioinformatics, Vol.34, pp.770-778 (2018)
Iwata(Foundation for Biomedical
Research and Innovation, Hyogo,
Japan), Mitsugu Araki(RIKEN
Advanced Institute for
Computational Science, Hyogo,

2018年3月

英語17

Kei Terayama(RIKEN, Kyoto
University), Tomoki
Fine-grained optimization method for crystal structure prediction Yamashita(Osaka University), Tamio npj Computational Materials, Vol.4 (2018)
Oguchi(Osaka University), Koji
Tsuda(University of Tokyo, RIKEN)

2018年7月

英語12

ChemTS: an efficient python library for de novo molecular
generation

13 RNA inverse folding using Monte Carlo tree search

14Core Binding Site of a Thioflavin-T-Derived Imaging Probe on
Amyloid beta Fibrils Predicted by Computational Methods

15

A secondary RET mutation in the activation loop conferring
resistance to vandetanib

Ryoko
Kawai(GraduateSchool of
Pharmaceutical Sciences,
Kyoto University, 46-29
ACS Chemical Neuroscience (2018)
YoshidaShimoadachi-cho,
Sakyo-ku, Kyoto 606-8501,
Japan), Mitsugu
Araki(GraduateSchool of
Takashi Nakaoku(National
Cancer Center ResearchInstitute), Takashi
Kohno(National Cancer
Nature Communications, Vol.9 (2018)
Center Research Institute,
National Cancer Center),
Mitsugu Araki(RIKEN,
Kyoto-University), Seiji

別添1-52

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

18

Hunting for Organic Molecules with Artificial Intelligence:
Molecules Optimized for Desired Excitation Energies

19

Fibronectin type III domain-containing protein 5 interacts with
APP and decreases amyloid production in Alzheimer's disease

20

Population-based De Novo Molecule Generation, Using
Grammatical Evolution

Improving the Accuracy of Protein-Ligand Binding Mode
21 Prediction Using a Molecular Dynamics-Based Pocket
Generation Approach

22

Ligand binding to human prostaglandin E receptor EP4 at thelipid-bilayer interface

23

Dynamic Docking of a Medium-Sized Molecule to Its Receptor
by Multicanonical MD Simulations

Masato Sumita(Center for
Advanced Intelligence Project,
RIKEN, 1-4-1 Nihombashi, Chuo-ku,
Tokyo 103-0027, Japan;
ACS Central Science, Vol.4, pp.1126-1133
International Center for Materials
Nanoarchitectonics (WPI-MANA),(2018)
National Institute for Materials
Science, 1-1 Namiki, Tsukuba,
Ibaraki 305-0044, Japan), Xiufeng
Yang(Center for Advanced

Yasuha Noda(Department of
Human Health Sciences,
Graduated School of
Medicine, Kyoto University),
Moleccular Brain (2018) 11:61
Akira Kuzuya(Department of
Neurology, Graduated
School of Medicine, Kyoto
University), Kyosuke
Naruki
Yoshikawa(Department ofComputational Biology andMedical Sciences, Graduate Chemistry Letters, Vol.47, pp.1431-1434
School of Frontier Sciences, (2018)
The University of Tokyo, 51-5 Kashiwa-no-ha,
Kashiwa, Chiba 277-8561,
Mitsugu Araki(Graduate School of
Medicine; Kyoto University; 53 ShogoinKawaharacho, Sakyo-ku Kyoto 606-8507
Japan; RIKEN Advanced Institute for
Computational Sciences; 7-1-26
Minatojima-Minamimachi, Chuo-ku Kobe Journal of Computational Chemistry, Vol.39,
Hyogo 650-0047 Japan), Hiroaki
pp.2679-2689 (2018)
Iwata(Graduate School of Medicine;
Kyoto University; 53 ShogoinKawaharacho, Sakyo-ku Kyoto 606-8507
Japan; Research and Development Groupfor In Silico
Drug Discovery
Pro Cluster
YosukeToyoda(Kyoto
University
Graduate School of Medicine), Kazushi
Morimoto(Kyoto University Graduate
School of Medicine), Ryoji Suno(Kyoto
University Graduate School of Medicine),
Nature Chemical Biology, Vol.15, pp.18-26
Shoichiro Horita(Kyoto University
Graduate School of Medicine), Keitaro(2018)
Yamashita(RIKEN SPring-8 Center),
Kunio Hirata(RIKEN SPring-8 Center),
Yusuke Sekiguchi(Kyoto University
Graduate School of Medicine), Satoshi
Yasuda(Chiba
University) Mitsunori
Gert-Jan
Bekker(Institutefor Protein
Research, Osaka University, 3-2
Yamadaoka, Suita, Osaka 565-0871,
Japan), Mitsugu Araki(Graduate School of
Medicine, Kyoto University, 53 ShogoinThe Journal of Physical Chemistry B,
Kawaharacho, Sakyo-ku, Kyoto 6068507, Japan), Kanji
Vol.123, pp.2479-2490 (2019)
Oshima(Biotechnology ResearchLaboratories, Kaneka Corporation, 1-8
Miyamae-cho, Takasago-cho, Takasago,
Hyogo 676-8688, Japan), Yasushi
Okuno(Graduate School of Medicine

別添1-532018年8月

英語2018年10月

英語2018年11月

英語2018年12月

英語2018年12月

英語

2019年3月

英語2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

24

Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance anddrug re-purposing to overcome the resistance25

Stratifin Inhibits SCFFBW7 Formation and Blocks Ubiquitinationof Oncoproteins during the Course of Lung Adenocarcinogenesis

Koutaroh Okada(Japanese Foundation forCancer Research, Graduate School ofFrounteir Science, The University ofTokyo), Mitsugu Araki(RIKEN Advanced
Institute for Computational Science,
Graduate School of Medicine, Kyoto
University), Takuya Sakashita(Japanese EBioMedicine, Vol.41, pp.105-119 (2019)
Foundation for Cancer Research), Biao
Ma(Research and Development Group for
In Silico Drug Discovery, Pro-ClucterKobe, FBRI), Ryo Kanada(RIKEN
Compassto Healthy Life Research
Aya Shiba-Ishii(Universityof Tsukuba),
Jeongmin Hong(University of Tsukuba),
Takatsugu Hirokawa(Molecular ProfilingResearch Center for Drug Discovery,
National Institutes of Advanced Industrial
Science and Technology), Yunjung
Clinical Cancer Research (2019)
Kim(University of Tsukuba), Tomoki
Nakagawa(University of Tsukuba), Shingo
Sakashita(University of Tsukuba), Noriaki
Sakamoto(University of Tsukuba),
Yukinori Kozuma(Kumamoto Health
Science University) Yukio

2019年3月

英語

2019年3月

英語Structural insights into the differences among lactisole
26 derivatives in inhibitory mechanisms against the human sweet
taste receptor

Tomoya Nakagita(The
University of Tokyo), Akiko
Ishida(The University ofTokyo), Takumi
PLOS ONE, Vol.14, pp.e0213552 (2019)
Matsuya(The University ofTokyo), Takuya
Kobayashi(Kyoto University),
Masataka Narukawa(The2019年3月

英語

27 ビッグデータ創薬

奥野恭史(理化学研究所，京最新医学 74(3), 62-66, 2019.
都大学大学院医学研究科)

2019年3月

日本語2．学会等における口頭・ポスター発表（国際会議）
No.

発表した成果（発表題目）

発表者氏名

発表した場所（学会名等）

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別Prediction of compound-protein interactions based on deeplayered learning

Masatoshi Hamanaka(Kyoto
university),Kei
Pacifichem 2015 “Chemical Networking:Taneishi(RIKEN),J.B.
Building Bridges Across the Pacific”
Brown(Kyoto（Pacifichem)
university),Yasushi
Okuno(Kyoto university)

2015年12月 口頭発表

Insight into a rapid heme transfer reaction between near
2 transporter domains of Staphylococcus aureus: a theoretical
study using QM/MM and MD simulations

Yoshitaka Moriwaki(The
University of Tokyo), Tohru
Terada(The University ofTokyo), Kouhei
Biophysical Society 60th Annual Meeting
Tsumoto(The University ofTokyo), Kentaro
Shimizu(The University ofTokyo)

2016年3月 ポスター発表

1

別添1-54

招待講演（○を記入）

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

3

Prediction of Compound-Protein Interactions Based on Deep
Learning Technique

Validation of the Set of Six Adaptable Prognosis Prediction(SAP) Models for Cancer Patients in Palliative Care Settings : A
4
sub analysis of the Japan-Prognostic assessment tools
Validation (J-ProVal) study

5

6

7

CREST国際シンポジウム ビッグデータ応用
国際シンポジウム “Advanced Application
Technologies to Boost Big Data Utilization
浜中雅俊(京都大学大学院),
for Multiple-Field Scientific Discovery and奥野恭史(京都大学大学院)
Social Problem Solving (Big Data
Application)”（国立研究開発法人 科学技術振興機構 主催）

2016年3月 口頭発表

Kei Taneishi(RIKEN),
Masahiko Nakatui(Kyoto
University), Yasushi
Okuno(Kyoto University)

2016年12月 口頭発表

ESMO Asia 2016 Congress Singapore（ESMO 主催）

Ligand binding site analysis with protein flexibility for ligand
docking, lead optimization and virtual screening

Takatsugu
Hirokawa(Molecular ProfilingInternational Conference of Computational
Research Center for Drug
Discovery, National Institute Methods in Sciences and Engineering 2017of Advanced Industrial
Science and Technology)

2017年4月 口頭発表

Prediction of complex structure and affinity of CDK2 and its
inhibitor using McMD and TI simulations

G.J.Bekker(Kyoto
University),
The joint 19th International Union of Pure
N.Kamiya(University ofand Applied Biophysics (IUPAB) and 11th
Hyogo), M. Araki(Kyoto
University), I. Fukuda(Osaka European Biophysical Societies' Association
University), Y. Okuno(Kyoto (EBSA) Congress
University),H.
Nakamura(Osaka University)

2017年7月 ポスター発表

Construction of Knowledge-base for Clinical Interpretation of
Genomic Variants

Kamada M(Kyoto
University), Katayama
T(DBCLS), Kawashima
S(DBCLS), Kojima R(Kyoto 10th International SWAT4HCLS Conference
University), Nakatsui
M(Kyoto University), Okuno
Y(Kyoto University)

2017年12月 ポスター発表

Hiroaki Iwata, Yasushi
Okuno(Kyoto University)

2018年1月 招待講演

8 Application of Deep Learning to Drug Discovery

Crest International Symposium on Big Data
Application

別添1-55

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

9Comparing ensembles of protein structures from molecular
dynamics simulations in terms of residue-residue interaction

Molecular mechanism of resistance to kinase inhibitors clarified
10 by a binding free energy computation method and its
improvement by incorporating protein flexibility

11

Conformational Transition Dynamics of a Potassium Channel
Voltage Sensor Domain

12 Development of in silico Drug Design Suite Combined with HPCs

Chie Motono(Molecular
Profiling Research Center
for Drug Discovery,
Advanced Industrial Science The Asia Pacific Bioinformatics Conference
and Technology), Takatsugu (APBC) 2018
Hirokawa(Molecular ProfilingResearch Center for Drug
Discovery, Advanced

2018年1月 ポスター発表

Araki M, Okuno Y(Kyoto
University)

Biophysical Society 62nd annual meeting2018年2月 ポスター発表

Tohru Terada(The
University of Tokyo)

Biophysical Society 62nd Annual Meeting2018年2月 ポスター発表

Ma Biao, Isaka Yuta(IBRI),
Araki Mitsugu, Iwata Hiroaki, Life Science Association of Chinese inJapan (LSACJ conference (2018))
Okuno Yasushi(Kyoto
University)

2018年10月 口頭発表

Ma, B(FBRI), Isaka, Y(FBRI),
Araki,M, Iwata, H(Kyoto
LSACJ conference (2018)
University), Okuno,
Y(RIKEN, kyoto University)

2018年10月 口頭発表

13

Development of in silico Drug Design Suite Combined with
HPCs", Life Science Association of Chinese in Japan

14

Araki, M.(Kyoto University),
Drug Resistance Induced by Local and Allosteric Conformational
Okuno, Y(RIKEN, Kyoto
Biophysical Society 63rd annual meeting
Changes in Oncologenic Tyrosine Kinases
University)

別添1-562019年3月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

15

Drug resistance acquired by local and allosteric conformationalchanges in oncogenic tyrosine kinases

Araki, M(Kyoto University),
Okuno, Y(RIKEN, Kyoto
University)

Spring 2019 ACS National Meeting2019年3月 ポスター発表

3．学会等における口頭・ポスター発表（国内学会）
No.

発表した成果（発表題目）

1 M-path Database: Navigating Potential Metabolic Pathways

2

3

発表者氏名

発表した場所（学会名等）

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別小川哲平(東海大学), 牧口 生命医薬情報学連合大会2015年大会 生
大旭(三井情報株式会社), 命情報ビッグデータ時代のバイオインフォマ
中津井雅彦(京都大学大学 ティクスの挑戦～環境から医療まで～（日本院), Cox III, R(神戸大学), 近 バイオインフォマティクス学会、日本オミック
藤昭彦(神戸大学), 荒木通 ス医療学会、情報計算化学生物学会 主催）
啓(神戸大学)2015年10月 ポスター発表

生命医薬情報学連合大会2015年大会 生
命情報ビッグデータ時代のバイオインフォマ
ティクスの挑戦～環境から医療まで～（日本バイオインフォマティクス学会、日本オミック
ス医療学会、情報計算化学生物学会 主催）

2015年10月 ポスター発表

Prediction of cancer drug efficiency by combining clinicalgenetics and molecular dynamics

鎌田真由美(京都大学大学院), 中津井雅彦(京都大学大学院), 荒木望嗣(理化学研究所), 奥野恭史(京都大学大学院)Protein-ligand binding pathways revealed by coarse-grained
molecular dynamics simulations

Tatsuki Negami(The
University of Tokyo),
Kentaro Shimizu(The
CBI学会2015年大会
University of Tokyo), Tohru
Terada(The University ofTokyo)

2015年10月 ポスター発表

奥野恭史(京都大学大学院),
鎌田真由美(京都大学大学
第 53 回日本癌治療学会教育シンポジウム“がん治療医のためのバイオインフォーマテイクス実践講座”「が院), 松村謙臣(京都大学大4
講演 (日本癌治療学会 主催)
ん研究者のための、本当にわかるがんゲノム解析実践講座」
学院), 村上隆介(京都大学
大学院)

2015年10月 招待講演

生命医薬情報学連合大会2015 生命情報
ビッグデータ時代のバイオインフォマティクス
浜中雅俊(京都大学大学院) の挑戦～環境から医療まで～（日本バイオインフォマティクス学会、日本オミックス医療学会、情報計算化学生物学会 主催）

2015年10月 口頭発表

5 「ディープラーニングを用いたビッグデータ創薬」

別添1-57

招待講演（○を記入）

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

6 「ポスト「京」によるスパコン創薬の未来」

生命医薬情報学連合大会2015 生命情報
ビッグデータ時代のバイオインフォマティクス
奥野恭史(京都大学大学院) の挑戦～環境から医療まで～（日本バイオインフォマティクス学会、日本オミックス医療学会、情報計算化学生物学会 主催）

2015年10月 招待講演

7 「京大発ベンチャーから生まれたスパコン創薬コンソーシアム」

CBI学会2015年大会 創薬のオープンイノ
ベーション－新領域と in silico の接点－iPS
奥野恭史(京都大学大学院)
創薬・アカデミア創薬・ビッグデータ（CBI学会
主催）

2015年10月 招待講演

8 データ主導型の予測医療と精密医療

奥野恭史(京都大学大学院)

日本人類遺伝学会 第60回大会（日本人類遺伝学会 主催）

2015年10月 招待講演

寺田 透(東京大学)

CBI学会2015年大会

2015年10月 招待講演

10 計算機科学と結晶解析との融合に向けて

奥野恭史(京都大学大学院)

平成27年度結晶学会年会及び総会（日本結晶学会 主催）2015年10月 招待講演

11 創薬分野における機械学習応用と情報科学への期待

第18回情報論的学習理論ワークショップ
奥野恭史(京都大学大学院) IBIS2015（電子情報通信学会 情報論的学
習理論と機械学習研究専門委員会 主催）

2015年11月 招待講演

9

粗視化分子動力学シミュレーションで探るタンパク質・リガンド結合過程

別添1-58

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

12 ドラッグデザインする人工知能「オミックス創薬シンポジウム」AI創薬 ～ 人
奥野恭史(京都大学大学院) 工知能(AI)を用いてビッグデータから創薬を目指す ～（日本オミックス医療学会 主催）

2015年12月 招待講演

13 ポスト「京」による次世代計算創薬の展望

第38回日本分子生物学会年会・第88回日本
奥野恭史(京都大学大学院) 生化学会大会合同大会BMB2015（日本分子生物学会、日本生化学会 主催）

2015年12月 招待講演

14 「ポスト「京」が拓く創薬計算の未来」

第368回CBI学会研究講演会「「京」からポスト「京」へ－革新的創薬基盤の構築に向けた
奥野恭史(京都大学大学院) 取り組み」(情報計算化学生物学会（CBI学会）東北メディカル・メガバンク機構、東京医科歯科大学 主催）

2016年1月 招待講演

15 「ビッグデータからの予測医療と精密医療」

奥野恭史(京都大学大学院)

第358回川崎医学会講演会(川崎医科大学
川崎医学会講演会事務局 主催）

2016年2月 招待講演

16 ビッグデータ時代の創薬

奥野恭史(京都大学大学院)

第89回日本薬理学会年会企画シンポジウ
ム【7】「計算科学的アプローチによる薬理学
研究の新展開」"New paradigms for in silico
approaches in Pharmacological Research"

2016年3月 招待講演

17 分子シミュレーションで探るタンパク質－リガンド間相互作用

寺田 透(東京大学), 森脇由隆(東京大学), 根上 樹
(東京大学), 吉野 龍ノ介(東 日本農芸化学会2016年度大会京大学), 清水 謙多郎(東京大学)

別添1-592016年3月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

18

臨床から基礎へのReverse Translational Research ~in silico研究
日本薬学会第136年会 「次世代の薬学への奥野恭史(京都大学大学院)
羅針盤 ~新しい薬学への出帆~」の視点から~

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

ヘルスケアIT 2016
社 主催

Precision Medicineを目指した医療ビッグデータ解析とシミュレー
ション創薬

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

関西健康・医療創生会議 シンポジウム「医療と健康に貢献する人工知能」

2016年5月 招待講演

Flexible docking simulation between cyclin-dependent kinase 2
21
and its inhibitor using multicanonical MD method

Narutoshi Kamiya(Kyoto
University),
G.J.Bekker(RIKEN), Mitugu
Araki(RIKEN), Okuno
Yasushi(Kyoto University)

第16回日本蛋白質科学会年会 日本蛋白質科学会 主催2016年6月 ポスター発表

22

スーパーコンピュータが拓く創薬イノベーション Drug discovery
innovation from the supercomputer

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)JASIS 2016「ライフサイエンス イノベーションゾーン」（一般社団法人 日本分析機器工業会・一般社団法人 日本科学機器協会 主催）

2016年9月 基調講演

23

創薬分析科学とオミクス解析 ~スーパーコンピュータが拓く創薬
計算の未来~

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

第29回バイオメディカル分析科学シンポジウ
ム(BMAS2016)（日本薬学会物理系薬学部
会 主催）

2016年9月 招待講演

19 ビッグデータからの予測医療と個別化医療20

別添1-60UBMジャパン株式会

2016年3月 招待講演

2016年4月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

Exploration of Protein-Ligand Complex Configuration in The
Equilibrium State

佐藤美和(三井情報株式会社), 波内良樹(理化学研究所), 荒木望嗣(京都大学)

CBI学会2016年大会

2016年10月 招待講演

in silico 創薬の将来 生体分子シミュレーション、構造生物学、
ビッグデータの連携からアカデミア創薬へ

北島 哲郎(ISP（システム計画研究所）), 種石 慶(理化学研究所), 岩田浩明(京都大学), 上島 仁(ISP（システ
CBI学会2016年大会
ム計画研究所）), 山本 真司(ISP（システム計画研究所）),
稲荷 和典(ISP（システム計画研究所）), 奥野恭史(京都2016年10月 招待講演

26

「Application of deep learning for large scale data with standard
performance workstation(s)」種石慶(理化学研究所・計算科学研究機構、先端医療振 CBI学会2016年大会「in silico 創薬の将来
興財団), 岩田浩明(京都大 生体分子シミュレーション、構造生物学、ビッ学大学院 医学研究科), 奥 グデータの連携からアカデミア創薬へ」（情
野恭史(京都大学大学院 医 報計算化学生物学会 主催）
学研究科)

2016年10月 口頭発表

27

「生体分子シミュレーションの実用化への道」「スパコン創薬の実 奥野恭史(京都大学大学院
用化を目指して」
医学研究科)

CBI学会2016年大会「in silico 創薬の将来
生体分子シミュレーション、構造生物学、ビッ
グデータの連携からアカデミア創薬へ」(情報計算化学生物学会 主催）

2016年10月 招待講演

24

25

28 スパコン創薬の実用化を目指して

奥野恭史(京都大学／理化学研究所)

CBI学会2016年大会

2016年10月 招待講演

29 ポスト京が拓く創薬計算の未来

奥野恭史(理化学研究所)

ATI2016年度第1回バイオ単分子研究会

2016年10月 招待講演

別添1-61

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

30 創薬 Deep Learning ワークロードの最適化

31

32

CBI学会2016年大会「in silico 創薬の将来
種石 慶(理化学研究所・計
生体分子シミュレーション、構造生物学、ビッ
算科学研究機構、先端医療
グデータの連携からアカデミア創薬へ」（情振興財団)
報計算化学生物学会 主催）

2016年10月 招待講演

日本薬物動態学会第31回年会「薬物動態研
究が切り拓く創薬と薬物治療の新機軸」(日本薬物動態学会 株式会社メディセオ 主催)

2016年10月 招待講演

創薬動態を躍進させる関連異分野・融合領域のin silico技術「ビッ 奥野恭史(京都大学大学院
グデータ・スパコン時代の医療と創薬
医学研究科)

Coarse-grained simulations of protein-ligand binding: effect ofmutations near the ligand-binding pathways

Tatsuki Negami(The
University of Tokyo), Tohru
Terada(The University of
第54回日本生物物理学会年会
Tokyo), Kentaro
Shimizu(The University ofTokyo)

2016年11月 ポスター発表

荒木望嗣(京都大学), 神谷成敏(兵庫県立大学), 佐藤
キナーゼとATP競争阻害剤との結合自由エネルギー計算におけ 美和(三井情報株式会社),
33
中津井雅彦(京都大学), 広る、薬剤結合サイトの立体構造柔軟性がもたらす影響
川貴次(産業技術総合研究所), 奥野恭史(京都大学)

第54回日本生物物理学会大会

2016年11月 招待講演

34 スパコン・ビッグデータが拓くIT創薬の未来

奥野恭史(京都大学)

ImPACT未来開拓研究会2016

2016年11月 招待講演

35 分子シミュレーションで探るタンパク質－リガンド間相互作用

寺田 透(東京大学), 森脇由隆(東京大学), 根上 樹
(東京大学), 清水 謙多郎(東京大学)

第44回構造活性相関シンポジウム 第31回
農薬デザイン研究会

2016年11月 招待講演

別添1-62

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

36 計算科学・情報科学が拓く創薬の未来

奥野恭史(京都大学)

第30回分子シミュレーション討論会

37 「スパコン・ビッグデータ時代の創薬」

日本学術会議 薬学委員会 生物系薬学分
科会 シンポジウム「ITと創薬の融合～ビッグ
データとスーパーコンピューティングで生命
奥野泰史(京都大学大学院)
現象を解く～」（日本学術会議 薬学委員会
生物系薬学分科会、化学・物理系薬学分科会、日本薬学会 主催）

38 スパコン・ビッグデータ時代の創薬

奥野恭史(京都大学)

日本学術会議 薬学委員会 生物系薬学分
科会 シンポジウム

2017年1月 招待講演

39 スーパーコンピュータ・人工知能が拓く創薬と医療の未来

奥野恭史(京都大学)

第17回京都コモンズ会員セミナー

2017年1月 招待講演

40 ビッグデータ解析研究最前線

奥野恭史(京都大学)

弘前大学COIヘルシーエイジング・イノベー
ションサミット2017

2017年1月 招待講演

41 ビッグデータ・スパコンが拓く医療・創薬の未来

奥野恭史(京都大学)

第9回BKCバイオインフォマティクス研究会
立命館大学

2017年2月 招待講演

別添1-632016年12月 招待講演

2017年1月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

42 医療ビッグデータサイエンティスト養成プログラムについて

高度医療専門職大学院シンポジウム「人間健康科学科の未来像を語る」（京都大学大奥野恭史(京都大学大学院)
学院 医学研究科人間健康科学系専攻 主催）2017.2.1

2017年2月 招待講演

43 医療・創薬におけるビッグデータの可能性

奥野恭史(京都大学)

メディカル ジャパン 第3回日本医療総合展
大阪 第2回ITソリューション展

2017年2月 招待講演

44 創薬・医療応用を目指す産学連携AIコンソーシアム

奥野恭史(京都大学)

第382回CBI学会講演会「人工知能と創薬－創薬現場で備えておくべきこと－」（情報計算化学生物学会（CBI学会）主催）(2017.3.2)

2017年3月 招待講演

45 スーパーコンピュータ・人工知能が拓く創薬の未来

奥野恭史(京都大学)

高分子学会17-1ポリマーフロンティア21（公益社団法人 高分子学会 主催）

2017年4月 招待講演

46 保健医療分野におけるAI活用の意義と可能性

原総合知的通信システム基金主催特別セミ
奥野恭史(京都大学、理化学 ナー「保健医療分野におけるAI活用の意義と可能性」（公益財団法人原総合知的通信研究所)
システム基金 主催）

2017年5月 招待講演

47 AI創薬の現状と可能性

奥野恭史(京都大学)

原総合知的通信システム基金主催特別セミナー

2017年5月 招待講演

別添1-64

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

48 スーパーコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療

奥野恭史(京都大学)

第17回遺伝子デリバリー研究会シンポジウ
ム

2017年5月 招待講演

49 スパコン・AIで挑む創薬と医療

奥野恭史(京都大学、理化学 第30回インターフェックスジャパン2017 （リー研究所)
ド エグジビション ジャパン株式会社 主催）

2017年6月 招待講演

50 スーパーコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療

奥野恭史(京都大学)

2017年6月 招待講演

51 ビッグデータ・人工知能が拓く医療の未来

奥野恭史(京都大学、理化学 日本がんと炎症・代謝研究会 第4回学術総
研究所)
会・講演会

2017年6月 招待講演

52 AI創薬の現状と可能性

奥野恭史(京都大学、理化学
第15回日本臨床腫瘍学会学術集会
研究所)

2017年7月 招待講演

53 AI創薬の現状と可能性

奥野恭史(京都大学)

2017年7月 招待講演

第116回日本皮膚科学会総会

第15回日本臨床腫瘍学会学術集会

別添1-65

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

奥野恭史(京都大学)

第33回創薬セミナー（公益社団法人 日本薬学会 創薬セミナー委員会 主催）

2017年7月 招待講演

55 ビッグデータの活用による医療の未来

奥野恭史(京都大学)

3.関西再生医療産業コンソーシアム 第3回
KRICフォーラム『オープンイノベーションが拓く再生医療の実用化』（近畿経済産業局 関
西再生医療産業コンソーシアム（KRIC） 主催）

2017年7月 招待講演

56 人工知能が拓く創薬の未来

奥野恭史(京都大学)"未来へのバイオ技術"勉強会（一般財団法人 バイオインダストリー協会 主催）

2017年7月 招待講演

57 医療・創薬におけるビッグデータの可能性

奥野恭史(京都大学)

第18回 薬制研究会

2017年7月 招待講演

58 AI創薬の現状と可能性

京都バイオ計測センターシンポジウム（京都
奥野恭史(京都大学、理化学
市、地方独立行政法人 京都市産業技術研
研究所)
究所 主催）

2017年8月 招待講演

59 臨床ゲノム情報のデータベース基盤とAI利活用の展望

奥野恭史(京都大学、理化学
第23回日本家族性腫瘍学学術集会
研究所)

2017年8月 招待講演

54 スーパーコンピュータ・人工知能が拓く創薬と医療の未来

別添1-66

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

F. Ono(Kyoto University), S.
Kohsaka(University ofTokyo), R. Kanada(RIKEN),
Conformational difference in drug efficiency on EGFR mutations B. Ma(FBRI), M.
第6回生命医薬情報連合大会2017年大会
60
based on protein structural analysis
Kamada(Kyoto University),
M. Araki(RIKEN, Kyoto
University), H.
Mano(University of Tokyo),

2017年9月 ポスター発表

徳久淳師、金田 亮、千葉
峻太朗(理化学研究所), 井XFELテンプレートマッチング法と粗視化法を用いたクロマチン多阪悠太、馬 彪(先端医療振 第55回日本生物物理学会年会
61
重立体配座解析の実現可能性に関する研究
興財団), 奥野恭史(京都大学、理化学研究所)

2017年9月 ポスター発表

荒木望嗣, 奥野恭史(京都大日本生物物理学会第55回年会
学、理化学研究所)

2017年9月 ポスター発表

62 創薬ビッグデータ統合システムの開発とゲノム医療への応用

Kei Terayama(The
University of Tokyo), Hiroaki
Iwata(Found. for Biomedical
Acceleration of MD-based Binding-Pose Prediction with Ligands Researcha and Innovation), The 55th Annual Meeting of the Biophysical63
Society of Japanand Proteins by Machine Learning
Mitsugu Araki(Kyoto
University, AICS RIKEN),
Yasushi Okuno(Kyoto
University, AICS RIKEN),

64 hERGイオンチャネルと薬剤分子の相互作用予測手法の開発

65

Comparing two molecular dynamics simulation trajectories interms of residue-residue interaction

2017年9月 招待講演

根上 樹(東京大学大学院農学生命科学研究科), 寺田
第55回日本生物物理学会年会
透(東京大学大学院農学生
命科学研究科)2017年9月 ポスター発表

Chie Motono(Molecular
Profiling Research Center
for Drug Discovery,
Advanced Industrial Science
CBI 学会2017年大会
and Technology), Takatsugu
Hirokawa(Molecular ProfilingResearch Center for Drug
Discovery, Advanced

2017年10月 口頭発表＆ポスター発表

別添1-67

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

Masaaki Itoh(Ube Industries,Inc.), Takatsugu
Hirokawa(Molecular Profiling
Ligand binding site analysis with protein flexibility for fragment to
CBI学会年会2017
Research Center for Drug66
lead optimization
Discovery, Advanced
Industrial Science andTechnology)

2017年10月 ポスター発表

67 MDとQMの融合から創薬へ（KBDDの歩み）

荒木望嗣(京都大学)

2017年10月 ポスター発表

68 ライフサイエンス分野におけるビッグデータ・AI戦略

奥野恭史(京都大学、理化学
旭化成ファーマ講演会
研究所)

2017年10月 招待講演

69 がんゲノム医療における人工知能（AI）の応用

奥野恭史(京都大学、理化学
第27回日本医療薬学会年会
研究所)

2017年11月 招待講演

70 スパコン・ビッグデータ時代の創薬

奥野恭史(京都大学)

第44回構造活性相関シンポジウム・第31回
農薬デザイン研究会（日本薬学会構造活性相関部会・日本農薬学会農薬デザイン研究会 主催）

2017年11月 招待講演

71 ライフサイエンスにおけるAIの現状と展望

奥野恭史(京都大学、理化学
日本農芸化学会産学官若手交流会セミナー
研究所)

2017年12月 招待講演

CBI学会2017年大会

別添1-68

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

72 産学連携コンソーシアム LINCで挑むAI創薬

73 ゲノム・データベースと医療応用74

奥野恭史(京都大学、理化学
CBI学会関西講演会
研究所)

奥野恭史(京都大学)

Medical Genomics Japan Variant Database(MGeND)の公開と展望. 平成29年度「ゲノム医療の実装に資する臨床ゲノム情報統合
データベースの整備とわが国の継続的なゲ
ノム医療実施体制の構築」研究班シンポジ
ウム

広川貴次(産業技術総合研
レジデンスを考慮した構造情報と情報科学アプローチによる構造
究所 創薬分子プロファイリ 日本薬学会 第138回年会
機能相関解析
ング研究センター)

75 次世代創薬計算技術の開発とゲノム医療への応用

荒木望嗣(京都大学)

Cyber HPC Symposium2018

佐山美沙(東京大学薬学部),
井上飛鳥(東京大学薬学部),
青木淳賢(東北大学薬学部),
脂質リガンドのGPCRへの結合機構の解明のための膜誘導体合 広川 貴次(産業技術総合研
日本薬学会 第138回年会
76
成と計算科学の融合研究
究所 創薬分子プロファイリ
ング研究センター), 関嶋政和(東京工業大学スマート創薬ユニット), 尾谷優子(東京77 ゲノム医療にみるAIの現状と可能性

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 第106回日本泌尿器科学会総会
科技ハブ産連本部)

別添1-692017年12月 招待講演

2018年1月 招待講演

2018年3月 口頭発表

2018年3月 ポスター発表

2018年3月 口頭発表

2018年4月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

78 ビッグデータ・AIが拓く医療・創薬の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 第22回日本心血管内分泌代謝学会
科技ハブ産連本部)

2018年4月 招待講演

79 医療・製薬などライフサイエンス分野へのAIの活用

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 ヘルスケアIT 2018
科技ハブ産連本部)

2018年4月 招待講演

80 AI・ビッグデータの活用で広がる医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 メディカル・デバイス産業振興協議会
科技ハブ産連本部)

2018年5月 招待講演

81

奥野恭史(京都大学大学院
臨床ゲノム情報統合データベース “MGeND” Medical Genomics
医学研究科、理化学研究所 第59回日本神経学会学術集会
Japan Variant Database (MGeND)
科技ハブ産連本部)

2018年5月 招待講演

82 AIが拓く創薬のイノベーション

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 第55回薬剤学懇談会研究討論会
科技ハブ産連本部)

2018年6月 招待講演

83 LINCの成果活用に向けて

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 LINC成果活用のための講演会
科技ハブ産連本部)

2018年7月 招待講演

別添1-702019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

Takatsugu
Hirokawa(National Institute84 Ligand binding site analysis with protein flexibility for drug designof Advanced Industrial
Science and Technology)

第56回日本生物物理学会年会

2018年9月 口頭発表

Tokuhisa Atsushi, Kanada
Ryo, Chiba Suntaro,
Matsumoto
単粒子コヒーレント回折パターンを用いた粗視化分子モデリング Shigeyuki(RIKEN), Isaka
第56回日本生物物理学会年会
85のためのテンプレートマッチング法
Yuta, Ma Biao(IBRI), Kamiya
Naruhito(University of
Hyogo), Terayama Kei,
Okuno Yasushi(kyoto

2018年9月 口頭発表

86

Tohru Terada(TheAnalysis of the dynamics of protein conformational change using University of Tokyo),
Tatsuki Negami(TheMarkov state model
University of Tokyo)

87

Prediction of hERG-drug binding affinities by free energy
calculation

88 AIが引き起こす創薬革命

89

AI創薬の現状と未来（Today and Future of AI-based Drug
Discovery)

第56回日本生物物理学会年会

2018年9月 招待講演

Tatsuki Negami(The
University of Tokyo), Tohru
第56回日本生物物理学会年会
Terada(The University ofTokyo)

2018年9月 口頭発表

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 第8回CSJ化学フェスタ2018
科技ハブ産連本部)

2018年10月 招待講演

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 日本レチノイド研究会第29回学術集会
科技ハブ産連本部)

2018年10月 招待講演

別添1-71

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

90 ゲノム医療にみるAIの現状と可能性

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 第56回日本癌治療学会学術集会
科技ハブ産連本部)

2018年10月 招待講演

91 ヘルスケア分野におけるAI・ビッグデータの可能性

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 健康科学ビジネス推進機構講演会
科技ハブ産連本部)

2018年10月 招待講演

92 ビッグデータ・人工知能が拓く医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 北海道国民健康保険団体連合会講演会
科技ハブ産連本部)

2018年11月 招待講演

93 分子シュミレーションによる 薬剤開発

広川貴次(産業技術総合研究所)

2018年11月 招待講演

94 創薬化学にみるAIの現状と可能性

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 第2回化学MOP講演会
科技ハブ産連本部)

95

日本防菌防黴学会第 45 回年次大会

動径分布関数・エネルギー分布関数をもとにした進化戦略による 千葉峻太朗、池口満徳、奥第32 回分子シミュレーション討論会
力場パラメータ決定手法
野恭史(理化学研究所)

別添1-72

2018年11月 招待講演

2018年11月 ポスター発表

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

96 証明数探索を用いた化合物合成経路列挙アルゴリズム

渋川亮祐(東京大学), 石田祥一(京都大学大学院), 美
添一樹(理化学研究所), 津田宏治(東京大学、理化学研 第21回情報論的学習理論ワークショップ
究所、NIMS), 寺山慧，奥野恭史(京都大学大学院医学研究科、理化学研究所)

2018年11月 口頭発表

97 AI創薬の現状と未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

2019年1月 招待講演

98 ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院 第53回日本成人病（生活習慣病）学会学術
医学研究科)
集会

2019年1月 招待講演

99 AIが拓く創薬イノベーション

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

ファーマIT 20192019年3月 招待講演

100 分子シミュレーションによる分子レジデンス解析

広川貴次(産業技術総合研
究所)

日本化学会第99春季年会

2019年3月 招待講演

日本メディカルAI学会第1回学術集会

4．研究会等No.

1

発表した成果（発表題目）「分子動力学シミュレーションを使用した創薬分野での応用研究
事例」

発表者氏名

発表した場所（研究会名等）

荒木望嗣(理化学研究所)

近畿化学協会コンピュータ化学部会 公開
講演会（第94回例会）スーパーコンピュータ
が拓く新しい創薬研究 －スパコン創薬の現状と未来－（近畿化学協会コンピュータ化
学部会 主催）別添1-73

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別招待講演（○を記入）

2015年10月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

第38回ケモインフォマティクス討論会 (日本
化学会情報化学部会 主催）

2015年10月 招待講演

3 「次世代スパコン・ポスト「京」が拓くコンピュータ創薬の展望」

近畿化学協会コンピュータ化学部会 公開講
演会（第94回例会）スーパーコンピュータが奥野恭史(京都大学大学院) 拓く新しい創薬研究 －スパコン創薬の現状と未来－（近畿化学協会コンピュータ化学部会 主催）

2015年10月 招待講演

4 ディープラーニングに基づく化合物とタンパク質の相互作用予測浜中雅俊(京都大学大学院),
種石慶(理化学研究所), 岩 第38回ケモインフォマティクス討論会（日本
田浩明(先端医療振興財団), 化学会情報化学部会 主催）
奥野恭史(京都大学大学院)

2015年10月 口頭発表

5 ライフビッグデータの医療・創薬応用「医療健康分野のビッグデータ活用・研究奥野恭史(京都大学大学院) 会」第二回エキスパート勉強会（日本製薬工業協会 医薬産業政策研究所 主催）

2015年10月 招待講演

6 Big data and simulation approaches for drug discovery

ケモインフォマティックス秋の学校（東京大学
奥野恭史(京都大学大学院) 大学院工学系研究科化学システム工学専
攻船津研究室 主催）

2015年11月 招待講演

7 「ビッグデータからの予測医療と個別化医療の可能性」

奥野恭史(京都大学大学院)

2「新薬開発を加速する「京」インシリコ創薬基盤の構築」プロジェク
荒木望嗣(理化学研究所)
トの取り組み

第207回 関西眼科先進医療研究会（大阪大学医学部眼科学教室 主催）

別添1-742015年11月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

8 スパコン・ビッグデータ時代の創薬と医療

奥野恭史(京都大学大学院) 科研製薬株式会社 社内講演会

2015年12月 招待講演

9 スーパーコンピュータ「京」から観えてきた計算創薬の現状と未来 奥野恭史(京都大学大学院) マルホ株式会社 社内講演会

2016年1月 招待講演

10 スーパーコンピュータ「京」から観えてきた計算創薬の現状と未来 奥野泰史(京都大学大学院) 千寿製薬株式会社 社内講演会

2016年1月 招待講演

11 ライフビッグデータの医療健康分野応用研究の最前線

弘前大大学院医科研究科COI特別講演会「認知症・生活習慣病研究とビッグデータ解
奥野恭史(京都大学大学院) 析の融合による画期的な疾患予兆発見の仕組み構築と予防法の開発」 (COI拠点研究推進機構 主催)

2016年1月 招待講演

12 スパコン・ビッグデータ時代の創薬と医療

奥野恭史(京都大学大学院) アスビオファーマ株式会社 社内講演会

2016年2月 招待講演

13 スーパーコンピュータ「京」から観えてきた計算創薬の現状と未来 奥野恭史(京都大学大学院) 杏林製薬株式会社 社内講演会

別添1-752016年2月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

Prediction of Compound-Protein Interactions based on Deep
14
Learning

浜中雅俊(京都大学大学院),
第6回日仏ワークショップ（京都大学,
種石慶(理化学研究所), 岩
Foundation for Biomedical Research and田浩明(先端医療振興財団),
Innovation 主催）
奥野恭史(京都大学大学院)

15 スーパーコンピュータ「京」から観えてきた計算創薬の現状と未来 奥野恭史(京都大学大学院) 富士フイルム株式会社 社内講演会

2016年3月 口頭発表

2016年3月 招待講演

16 KBDDの概要と今後の展開

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

バイオグリッド研究会2016 ～実用化に向けて動き出したスパコン創薬新時代～

2016年5月 招待講演

17 スパコン・ビッグデータ時代の創薬

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

フォーラム富山「創薬」第43回研究会「情報科学・計算科学・数理科学から創薬への新展開」～ウェット研究とドライ研究のコラボ
レーション～

2016年5月 招待講演

18 スーパーコンピュータが拓く計算創薬の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

第29期CAMMフォーラム 本例会「コンピュータによる材料開発・物質設計を考える会」（一般社団法人 企業研究会 主催）

2016年6月 招待講演

19 スーパーコンピューターを使った創薬ビッグデータの解析

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

インシリコ創薬セミナー「インシリコ創薬活用のポイントと運用ノウハウ」（（株）技術情報
協会 医薬グループ 主催）

2016年6月 招待講演

別添1-76

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

20 創薬分野における機械学習応用と情報科学への期待

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

日本学術振興会 第181委員会「分子系の複合電子機能」第24回研究会「進化する機械
学習 データマイニング：ディープラーニングへの発展」（日本学術振興会・産学協力委員
会 主催）

2016年6月 招待講演

21 新薬開発を加速する「京」インシリコ創薬基盤の構築

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

旭化成ファーマ株式会社 社内講演会（旭化成ファーマ株式会社 医薬研究センター
合成化学研究部 主催）

2016年6月 招待講演

22 スパコン・ビッグデータ時代における創薬のご紹介について

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

大塚製薬株式会社社内講演（大塚製薬株式会社 主催）

2016年7月 招待講演

23

バイオインフォマティクスの臨床応用に向けて「Bioinformatics」か 奥野恭史(京都大学大学院
ら「Biomedical informatics」へ
医学研究科)

第2回クリニカルバイオバンク研究会シンポジウム（クリニカルバイオバンク研究会 主催）

2016年7月 招待講演

24

化合物-タンパク質-フェノタイプの多階層モデルによる標的タン
パク質予測奥野恭史(京都大学大学院
第39回ケモインフォマティクス討論会（日本
医学研究科), 岩田浩明(京化学会情報化学部会 主催）
都大学大学院 医学研究科)

2016年9月 招待講演

第82回バイオメクフォーラム21研究会（バイオメクフォーラム21研究会BioMecForum21
主催）

2016年10月 招待講演

25 ビッグデータからの予測医療と精密医療

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

別添1-77

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

26 ポスト京が拓く創薬計算の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)「人工知能×医療の今後」スパコン・ビッグデータ時代の創薬と医27
奥野恭史(京都大学)
療ATI2016年度第1回バイオ単分子研究会（公益財団法人 新世代研究所 主催）

2016年10月 招待講演

PBI公開講座「医療産業イノベーションフォー
ラム」（東京大学大学院薬学系研究科 寄付
講座 ファーマコビジネス・イノベーション教
室 主催）

2016年11月 招待講演

CREST「ビッグデータ応用」若手合宿（CREST 主催）

2016年11月 口頭発表

28 「化合物－タンパク質－フェノタイプの多階層数理モデルの開発」

岩田浩明(京都大学大学院
医学研究科)

29 スパコン・ビッグデータが拓くIT創薬の未来

ImPACT未来開拓研究会2016（国立研究開
奥野恭史(京都大学大学院
発法人 科学技術振興機構 革新的研究開
医学研究科)
発推進プログラム 主催）

2016年11月 招待講演

30 スパコン・ビッグデータ時代の創薬

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

第44回構造活性相関シンポジウム・第31回
農薬デザイン研究会（日本薬学会構造活性相関部会・日本農薬学会農薬デザイン研究会 主催）

2016年11月 招待講演

31 人工知能・シミュレーション技術の創薬応用

奥野恭史(京都大学)

生命情報と人工知能セミナー「情報生命科学特別講義Ⅲ」2016年11月 招待講演

別添1-78

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

32 化合物－タンパク質－フェノタイプの多階層数理モデルの開発

岩田浩明(京都大学)

CREST「ビッグデータ応用」若手合宿

2016年11月 口頭発表

33 シミュレーション・人工知能が拓く創薬と医療の未来

奥野恭史(京都大学)

シスメックス技術成果発表会

2016年12月 招待講演

34 産学連携コンソーシアムによる創薬計算基盤の構築

奥野恭史(京都大学大学院 応用数理ものづくり研究会 第15回技術セミ
医学研究科)
ナー（日本応用数理学会 主催）

2016年12月 招待講演

35 計算科学・情報科学が拓く創薬の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

第30回分子シミュレーション討論会（分子シミュレーション研究会 主催）

2016年12月 招待講演

36 ビッグデータ・スパコンが拓く医療・創薬の未来

第9回BKCバイオインフォマティクス研究会
奥野恭史(京都大学大学院) 立命館大学（立命館大学 生命情報学科 主催）2017.2.1

2017年2月 招待講演

高度医療専門職大学院シンポジウム「人間健康科学科の未来像を語る」（京都大学大学院 医学研究科人間健康科学系専攻 主催）

2017年2月 招待講演

37 医療ビッグデータサイエンティスト養成プログラムについて

奥野恭史(京都大学)

別添1-792019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

38 ～AIとライフサイエンスの今後の展望～

奥野恭史(京都大学)

AI×Life Scienceシンポジウム（一般社団法
人 ライフサイエンス・イノベーション・ネット
ワーク・ジャパン（LINK-J） 主催）

2017年5月 基調講演

39 人工知能が拓く創薬の未来"未来へのバイオ技術"勉強会「AIが生み出
奥野恭史(京都大学、理化学
すこれからの産業・市場・社会」（一般財団研究所)
法人 バイオインダストリー協会 主催）

2017年7月 招待講演

40 創薬化学における人工知能の展望

奥野恭史(京都大学、理化学 AIと有機合成化学（有機合成化学協会 主研究所)
催）

2017年7月 招待講演

41 医療・創薬におけるビッグデータの可能性

奥野恭史(京都大学、理化学
第18回 薬制研究会（薬制研究会 主催）
研究所)

2017年7月 招待講演

42 AI創薬の現状と可能性

奥野恭史(京都大学、理化学
よこはまNMR研究会
研究所)

2017年9月 招待講演

43 GPCR構造決定後に求められるインシリコ解析について

広川貴次(産業技術総合研
日本バイオインフォマティクス学会 創薬イ
究所 創薬分子プロファイリ
ンフォマティクス研究会
ング研究センター)

2017年9月 口頭発表

別添1-802019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

44 人工知能・スパコンで挑む創薬

奥野恭史(京都大学、理化学 2017年度東京大学医学部基礎臨床社会医
研究所)
学統合講義

2017年9月 招待講演

45 AI創薬の現状と可能性

奥野恭史(京都大学、理化学
大阪医薬品協会セミナー
研究所)

2017年10月 招待講演

奥野恭史(京都大学,理化学 第15回全国遺伝子医療部門連絡会議研究所)（2017.11.18）

2017年11月 招待講演

奥野恭史(京都大学、理化学
Health2.0 Asia-Japan 2017
研究所)

2017年12月 招待講演

46

ゲノム医療の実装に資する臨床ゲノム情報統合データベースの整備と我が国の継続的なゲノム医療実施体制の構築

47 AIで描く未来48

池口茉莉恵、濱谷 枝里、
分子動力学シミュレーションによる臨床ゲノム情報からの薬剤反鎌田真由美、荒木望嗣、奥 第53回BIO研究発表会─情報処理学会
応性予測
野恭史(京都大学)

49

産官学連携で目指すAI創薬 ライフインテリジェンスコンソーシア
ム (LINC) の取組みについて

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科、理化学研究所 経済産業省ヘルスケアIT研究会
科技ハブ産連本部)

別添1-81

2018年2月 ポスター発表

2018年4月 招待講演

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

50 AIが拓く創薬イノベーション

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

理研 創薬・医療技術基盤プログラム 第４回ワークショップ

51 ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院
脳心血管抗加齢研究会2018
医学研究科)

2018年12月 招待講演

52 AIが拓く創薬・医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

東北大学 講演会

2019年1月 招待講演

53 医療におけるビッグデータ・AIの可能性

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

第41回近畿小児血液・がん研究会

2019年2月 招待講演

54 AIが拓く創薬イノベーション

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

千葉大学キックオフミーティング：自動問診
項目解析による診断支援システムの研究

2019年3月 招待講演

55 AIが拓く創薬イノベーション

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

公益財団法人医療科学研究所 産官学少人数懇談会

2019年3月 招待講演

発表者氏名発表した場所（講演会名等）

2018年11月 招待講演

5．一般向け講演会
No.

発表した成果（発表題目）

別添1-82

発表した時期

口頭・ポス
ター発表の別招待講演（○を記入）

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

1 「時系列臨床データの解析とシミュレーションに基づく予測医療」

奥野恭史京都大学大学院(京都大学大学院)

日本・デンマーク・ライフサイエンスセミナー『健康・医療ビッグデータとバイオバンクの活用』～ QOLの向上とより健康的な生活のためのデンマーク・日本両国の取組み～（デンマーク大使館、大阪商工会議所 主催）

2015年11月 招待講演

2 次世代スーパーコンピュータ・ポスト「京」が拓く創薬計算の未来

奥野恭史京都大学大学院(京都大学大学院)

第20回「プロテイン・モール関西」情報交流
セミナー（プロテイン・モール関西、公益財団法人千里ライフサイエンス振興財団 主催）

2015年11月 招待講演

第2編 タンパク質からみる生命科学2.3「分子動力学計算によるタ 中津井雅彦(京都大学大学
3
ンパク質の機能解析」
院)

遠隔インタラクティブ講義「計算生命科学の基礎(Ⅱ) 生命科学と理工学の融合による生命理解と健康・医療への応用」（神戸大学計算科学教育センター 主催）

2015年11月 講義

4 「HPC で挑む創薬イノベーション」

奥野恭史(京都大学大学院)

東京 Day 2: HPC Developer ConferenceUNLEASH YOUR CODE'S POTENTIAL －（インテル コーポレーション、インテル株式
会社 主催）

2015年12月 招待講演

5 スーパーコンピュータの今とこれからスパコン「京」がひらく科学と社会シンポジウ
奥野恭史(京都大学大学院) ム（理化学研究所計算科学研究機構、高度情報科学技術研究機構 主催）

2016年1月 招待講演

遠隔インタラクティブ講義「計算生命科学の基礎(Ⅱ) 生命科学と理工学の融合による生命理解と健康・医療への応用」（神戸大学計算科学教育センター 主催）

6

第3編 医療・創薬における計算生命科学3.3「創薬と医療のためのシミュレーション科学とビッグデータ科学」

7

スパコンを知る集いin高松～「京」からポストスパコンで目指す速い・安い・うまい薬づくり～病気の原因分子と奥野恭史(京都大学大学院) 「京」へ～ （理化学研究所 計算科学研究機
薬の作用を予測する～構 主催）

奥野恭史(京都大学大学院)

2016年1月 講義

2016年2月 招待講演

8 スパコン・ビッグデータ時代における創薬

奥野恭史(京都大学大学院) 第7回製薬CIOフォーラム

2016年3月 招待講演

9 創薬・生命科学のためのシミュレーション研究基盤の構築

セミナー「インシリコ創薬の展望」公益財団
奥野恭史(国立大学法人 京法人先端医療振興財団 臨床研究情報セン
都大学大学院 医学研究科)
ター 主催

2016年4月 招待講演

10 スーパーコンピュータと人工知能で挑む創薬と医療

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

2016年5月 招待講演

11 「コンピュータで挑む創薬と医療」

奥野恭史(京都大学大学院 スーパーサイエンスハイスクール韮崎高校
医学研究科)
特別講義

12 スーパーコンピュータとタイムマシン

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

第6回慶應義塾大学GESL (Global
Environmental System Leaders) セミナー
（慶応義塾大学GESL事務局 主催）

2016年9月 招待講演

13 健康未来予測: ビッグデータ研究最前線

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

弘前大学COIヘルシーエイジング・イノベー
ションフォーラム～健康「ビッグデータ」研究最前線～（国立大学法人 弘前大学・青森
県・弘前市 主催）

2016年9月 招待講演

岡山大学病院 市民フォーラム「ゲノム医療と科学の最先端」

別添1-832016年7月 講義

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

ライフサイエンス・アントレプレナー入門塾～第5回「ライフサイエンスビジネスMOT」講座（神戸大学連携創造本部・公益財団法人
都市活力研究所 主催）

2016年9月 招待講演

藤田淳人(公益財団法人先VINAS Users Conference 2016「医療・創薬
HPCと連携した高精度予測計算用創薬アプリケーションの開発と
端医療振興財団 クラスターと大規模解析」（株式会社ヴァイナス 主催）
展望推進センター)

2016年10月 招待講演

14 医療・創薬におけるICTの可能性

15

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

16 スーパーコンピュータが拓く創薬計算の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)VINAS Users Conference 2016「医療・創薬と大規模解析」（株式会社ヴァイナス 主催）

2016年10月 基調講演

17 ビッグデータ・人工知能の医療創薬における可能性

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

Scramble Crossing Forum October 11,2016（MSD株式会社 主催）

2016年10月 招待講演

「人工知能×医療の今後」スパコン・ビッグデータ時代の創薬と医 奥野恭史(京都大学大学院
療医学研究科)

PBI公開講座「医療産業イノベーションフォー
ラム」（東京大学大学院薬学系研究科 寄付
講座 ファーマコビジネス・イノベーション教
室 主催）

2016年11月 招待講演

19 スーパーコンピュータで目指す創薬と医療の未来

中津井雅彦(京都大学大学
院 医学研究科)

平成28年度 石川県高等学校文化連盟理科部秋期行事「高校生のための実験・実習セミナー」（石川県高等学校文化連盟 主催）

2016年11月 講義

20 人工知能・シミュレーション技術の創薬応用

生命情報と人工知能セミナー「情報生命科学特別講義Ⅲ」（産業技術総合研究所人工
奥野恭史(京都大学大学院
知能研究センター(AIRC)・東京大学大学院
医学研究科)
新領域創成科学研究科メディカル情報生命
専攻 主催）

2016年11月 招待講演

21 シミュレーション・人工知能が拓く創薬と医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

シスメックス技術成果発表会（シスメックス株
式会社 主催）2016年12月 招待講演

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

あこがれ“いこまびと”講演会 生駒市立光明中学校（生駒市 主催）

2016年12月 基調講演

奥野恭史(京都大学)

サントリー社内セミナー（サントリーグローバ
ルイノベーションセンター株式会社 主催）

2017年2月 招待講演

日経ビッグデータ 読者セミナー

2017年2月 招待講演

18

22

未来を予測する、未来を変える～タイムマシンとスーパーコン
ピュータ～

23 スーパーコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療24

日経ビッグデータ 読者セミナー「いよいよ活用元年 ビッグデー
奥野恭史(京都大学)
タ×AI×IoTが生み出す経済インパクトを生む年へ」

日経ビッグデータ 読者セミナー「いよいよ活用元年 ビッグデータ×AI×IoTが生み出す産学連携コンソーシアムで挑むライフサイエンス分野におけるAI25
奥野恭史(京都大学大学院)
経済インパクトを生む年へ」（日経BP社 主
戦略催）2017.2.27

2017年2月 招待講演

メディカル ジャパン 第3回日本医療総合展
奥野恭史(京都大学大学院) 大阪（リード エグジビション ジャパン株式会
社 主催）(2017.2.15)

2017年2月 招待講演

27 ビッグデータ・スーパーコンピュータが拓く創薬の未来

奥野恭史(京都大学、理化学 ヘルスケアIT 2017（UBMジャパン株式会社
研究所)
主催）

2017年4月 招待講演

28 「ビッグデータ・スーパーコンピュータが拓く創薬の未来」

奥野恭史(京都大学大学院)

ヘルスケアIT 2017（UBMジャパン株式会社
主催）（2017.4.21)

2017年4月 招待講演

26

第2回ITソリューション展 ビッグデータが拓く新しい医療「医療・創薬におけるビッグデータの可能性」

別添1-84

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

29 AIが生み出すこれからの産業・市場・社会

奥野恭史(京都大学、理化学
富士通フォーラム大阪2017研究所)

2017年5月 招待講演

30 ビッグデータ・人工知能が拓く医療の未来

奥野恭史(京都大学、理化学 First Penguin Salon（株式会社オズマピー
研究所)
アール 主催）2017年5月 招待講演

31 「ビッグデータ・人工知能が拓く医療の未来」

奥野恭史(京都大学大学院)

First Penguin Salon（株式会社オズマピー
アール 主催)(2017.5.10)

2017年5月 招待講演

32 ビッグデータ・AIで挑む創薬と医療

奥野恭史(京都大学大学院)

第8回Pharma Al Forum(PHAIFO)（株式会社
シード・プランニング 主催) (2017.6.22）

2017年6月 招待講演

33 スパコン・AIで挑む創薬と医療

奥野恭史(京都大学)

第30回インターフェックスジャパン20172017年6月 招待講演

34

AI創薬の現状と可能性 「ChemistはAIによりどのように創薬を加 奥野恭史(京都大学、理化学 AI創薬JTオフサイトミーティング（日本たばこ
速できるか
研究所)
産業株式会社 医薬総合研究所 主催）

2017年7月 招待講演

35 コンピュータで挑む創薬と医療

奥野恭史(京都大学、理化学 スーパーサイエンスハイスクール韮崎高校
研究所)
特別講義

2017年7月 講義

36 スーパーコンピュータ・人工知能が拓く創薬と医療の未来

奥野恭史(京都大学、理化学 第33回創薬セミナー（公益社団法人 日本薬研究所)
学会 創薬セミナー委員会 主催）

2017年7月 招待講演

37 ChemistはAIによりどのように創薬を加速できるか

奥野恭史(京都大学)

AI創薬オフサイトミーティング（日本たばこ産業株式会社 医薬総合研究所 主催）

2017年7月 招待講演

38

AI×ビッグデータが織り成す新たな未来！ヘルスケア分野からみ 奥野恭史(京都大学、理化学 富士通フォーラム2017 大阪（富士通株式会
るAI産業革命の可能性～
研究所)
社 主催）

2017年8月 招待講演

39

AI×ビッグデータが織り成す新たな未来！～ヘルスケア分野から
奥野恭史(京都大学)
みるAI産業革命の可能性～

富士通フォーラム2017 大阪（富士通株式会
社 主催）

2017年8月 招待講演

40

スーパーコンピュータで薬をつくる～病気の原因分子と薬の作用 奥野恭史(京都大学、理化学 理化学研究所・計算科学研究機構 スパコを予測する～
研究所)
ンセミナー

2017年9月 招待講演

遠隔インタラクティブ講義「計算生命科学の基礎（Ⅳ）～特別編～」（神戸大学計算科学
教育センター 主催）

2017年9月 講義

41 ディープラーニングの計算原理

種石 慶(理化学研究所)

42 ビッグデータ・人工知能が拓く医療・創薬の未来

奥野恭史(京都大学、理化学
ライサ5周年設立記念研究所)

2017年9月 招待講演

43 AI創薬の現状と可能性

奥野恭史(京都大学、理化学
VINAS Users Conference 2017
研究所)

2017年10月 招待講演

馬 彪(先端医療振興財団)

VINAS Users Conference 20172017年10月 招待講演

45 AIが拓くパラダイムシフト

奥野恭史(京都大学、理化学
製薬協メディアフォーラム2017
研究所)

2017年11月 招待講演

46 AI創薬の現状と未来

奥野恭史(京都大学、理化学
徳島大学薬学部講義研究所)

2017年11月 講義

44

K4：スーパーコンピューターと連携したインシリコ創薬アプリケー
ション

別添1-85

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

47

Prediction of interactions from compounds to target proteinsand from target proteins to phenotypes

奥野恭史(京都大学、理化学 The 5th Autumn School of研究所)
Chemoinformatics in Nara
CREST「ビッグデータ応用」若手合宿（CREST 主催、2017.11.25）

2017年11月 招待講演
2017年11月 講演

48 ケミカル情報とバイオ情報の相互作用ビックデータ解析

藤原 大(京都大学)

49 創薬・医療・ものづくりにおけるAI戦略

奥野恭史(京都大学、理化学 富士フィルム株式会社生産技術シンポジウ
研究所)
ム

2017年11月 招待講演

50 AI創薬にかかる期待

種石 慶(理化学研究所)

インテル株式会社主催記者説明会

2017年12月 招待講演

51 より深い計算創薬へ

種石 慶(理化学研究所)

NVIDIA主催記者説明会

2017年12月 招待講演

52 医療・創薬におけるビッグデータ・AIの可能性

奥野恭史(京都大学、理化学 東京医科歯科大学 データ関連人材プログ
研究所)
ラムカリキュラム

Development of a molecular simulation platform for genomic
53 medicine:Simulation study for multi-conformationalanalysis of
biomolecule by assimilation of single particle XFEL data

徳久淳師(理化学研究所)

理化学研究所主催 第31回量子系分子科学セミナー

2018年1月 講義

54 Precision Medicicneと医療ビッグデータ解析1

中津井雅彦(京都大学)

理化学研究所 健康“生き活き”羅針盤リサーチコンプレックス推進プログラム 人材育成プログラムシリーズ（2018.1.25）

2018年1月 招待講演

55 AIが拓く創薬イノベーション

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

クラリベイト・アナリティクス講演会（東京）2018年2月 招待講演

56 AIが拓く創薬イノベーション

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

クラリベイト・アナリティクス講演会（大阪）2018年2月 招待講演

自民党人工知能未来社会経済戦略本部講演会（自民党主催）

2018年2月 招待講演

千葉大学講演会

2018年2月 招待講演

57

産学官連携で目指すAI創薬：ライフインテリジェンスコンソーシア 奥野恭史(京都大学大学院
ム（LINC）の取り組みについて
医学研究科)

2017年12月 招待講演

58 産学連携で目指すAI医療

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

59 AI・ビッグデータが拓く創薬・医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院
富士通DDWorksユーザ会
医学研究科)

2018年3月 招待講演

60 AI・ビッグデータが拓く創薬・医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院
ファイザー株式会社講演会
医学研究科)

2018年3月 招待講演

61 AI創薬の現状と未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

岐阜薬科大学・大学院創薬学演習講義

2018年6月 講義

62 AI、スパコンで挑むゲノム医療、創薬

奥野恭史(京都大学大学院
京都大学薬学部第15回生涯教育講演会
医学研究科)

2018年7月 講演

63 スーパーコンピュータと人工知能で挑む創薬と医療

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

スーパーサイエンスハイスクール韮崎高校
特別講義

2018年7月 講義

64 より論理的な分子設計を目指したインシリコ創薬支援

広川貴次(産業技術総合研
究所)

私大戦略的研究基盤形成支援事業 「稀少疾患・難治疾患の原因究明と治療法の開発に向けた基盤研究」 第4回稀少疾患セミ2018年9月 講演

別添1-86

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

65 ビッグデータ・AIが拓く医療・創薬の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

ノバルティスファーマ株式会社講演会

2018年10月 招待講演

66 人工知能が拓く創薬・医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

帝人ファーマ株式会社講演会

2018年10月 招待講演

67 構造データベースを活用した インシリコ創薬支援研究広川貴次(産業技術総合研
究所)

トーゴーの日シンポジウム2018

2018年10月 講演

68 AIが拓く医療・創薬のイノベーション

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

情報化連携推進機構

2018年11月 招待講演

69 AIが拓く創薬・医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

技術同友会

2018年12月 招待講演

70 ビッグデータ・AIが拓く創薬・医療の未来

奥野恭史(京都大学大学院
IQVIA講演会
医学研究科)

2018年12月 招待講演

71 生命現象の科学とそのシミュレーション

徳久淳師、金田 亮(理化学 リサーチコンプレックスセミナー 2018人材研究所)
育成プログラムシリーズ 第10回

2019年2月 講義

72 AIが拓く創薬イノベーション

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

山口大学医学部講演会

2019年3月 招待講演

73 産学連携で目指すAI創薬革命

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

京都府京大オフィス産学連携セミナー

2019年3月 招待講演

6．書籍
No.

発表した成果（発表題目）

1 人工知能・機械学習・ディープラーニング関連技術とその活用

発表者氏名発表した場所（書籍名等）

発表した時期

岩田浩明(先端医療振興財団), 種石慶(理化学研究所),(株)情報機構
奥野恭史(国立大学法人 京都大学大学院 医学研究科)

2016年6月

中津井雅彦, 鎌田真由美,
荒木望嗣, 奥野恭史(京都大 日本薬理学雑誌149(6),281-287
学)

2017年6月

2

創薬シリーズ(8) 創薬研究の新潮流14「スパコン「京」によるインシリコ創薬」

3

Precision Medicine実現に必要なシミュレーション科学とデータ科 佐藤憲明,内野詠一郎,鎌田 科学評論社、腫瘍内科: 20(4), 306-312,
学（data centric science）
真由美,奥野恭史(京都大学) 20172017年10月

4

人工知能と医療のハーモニー「人工知能を用いたビッグデータ創 藤原 大、中津井雅彦、奥薬」
野恭史(京都大学)

医歯薬出版、 医学のあゆみ Vol. 263, No.
8 (2017.11.25)

2017年11月

5種石 慶(理化学研究所), 岩
あなたのラボにAI（人工知能）×ロボットがやってくる「創薬とAIの田浩明，小島諒介，奥野恭 羊土社「実験医学」別冊 P50-53 (2017.12)
良好な関係」
史(京都大学)2017年12月

別添1-87

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発「in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術」
6 2章1節 スーパーコンピュータによる創薬プロセスの高速化と精度向上

徳久淳師、金田亮(理化学研究所), 岩田浩明、奥野恭史 技術情報協会（2018.1.31発刊）(京都大学)

2018年1月「in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術」
7 7章6節 神戸医療産業都市におけるインシリコ創薬拠点の構築と創薬推進の取り組み

田宮憲一、馬彪、井阪悠太
技術情報協会 （2018.1.31発刊）(先端医療振興財団)

2018年1月

8 AI導入によるバイオテクノロジーの発展

徳久淳師、奥野恭史(京都大学), 種石 慶(理化学研究(株)シーエムシー出版 P85-93（2018.2.9)
所)

2018年2月

9 スーパーコンピュータが可能にする医療と創薬

内野詠一郎、中津井雅彦、 科学評論社、月刊腎臓内科・泌尿器科7巻2
奥野恭史(京都大学)
号、160－164（2018.2.28）

2018年2月

10

千葉峻太朗, 荒木望嗣, 奥最先端研究：ビッグデータ解析と分子シミュレーションを活用した
野恭史(京都大学大学院医
インシリコ創薬学研究科)

日本シミュレーション学会発行、シミュレー
ション 37(1), 42-49

2018年3月

11 人工知能を用いた創薬（AI創薬）

藤原 大, 鎌田真由美, 奥野
恭史(京都大学大学院医学 癌と化学療法 45(4), 593-596
研究科)

2018年4月

12 スーパーコンピュータ・人工知能によるインシリコ創薬

岩田浩明, 荒木望嗣, 奥野恭史(京都大学大学院医学研究科)

化学工業社、化学工業 69(5), 58-66

2018年5月

荒木通啓, 中津井正彦, 奥野恭史(京都大学大学院医学研究科)

国際医薬品情報 1106, 16-22

2018年5月

14 ビッグデータ時代のゲノム創薬

内野詠一郎, 荒木通啓, 奥野恭史(京都大学大学院医学研究科)

分子精神医学 2018年7月号

2018年7月

15 AIを用いた創薬の実際と今後の展望

小島諒介, 奥野恭史(京都大INNERVISION 33(7), 71-73
学大学院医学研究科)

2018年8月

16 次世代創薬シミュレーション

荒木望嗣, 奥野恭史(京都大医学書院、生体の科学 69(4), 310-314
学大学院医学研究科)

2018年8月

13

集合知によるAI創薬の展開-ライフインテリジェンスコンソーシア
ム（LINC）

別添1-88

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

17 がんゲノム医療用知識データベース

中津井雅彦, 鎌田真由美,
奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

実験医学 増刊 36(15), 36-40

奥野恭史(京都大学大学院
人工知能（AI）がもたらす創薬イノベーション」1. 序文～LINCの設医学研究科、理化学研究所 医薬ジャーナル 54(9) 65-67
立とAI創薬～科技ハブ産連本部), 水口賢
内野詠一郎，佐藤憲明，奥人工知能（AI）がもたらす創薬イノベーション」２．予防・先制医療19
野恭史(京都大学大学院医 医薬ジャーナル 54(9), 69-72
における疾患発症予測モデルと細菌叢
学研究科)
奥野恭史, 中津井雅彦, 鎌
日本医師会雑誌 第147巻第7号, 139520 疾患レジストリーと知識データベース
田真由美(京都大学院医学1399, 平成30年10月1日発行
研究科)
18

21

非小細胞肺がん（NSCLC）における薬剤耐性獲得メカニズムの予 荒木望嗣、奥野恭史(京都大 メディカルレビュー社、がん分子標的治療
測学大学院医学研究科)
16(3)、53-58

22 AIと創薬─コンピュータ支援有機合成の現在

23 AIと創薬─序文 特集にあたって

24 スーパーコンピュータと創薬

松原誠二郎(京都大学大学
院工学研究科), 寺山 慧(理 日本薬学会発行、MEDCHEM NEWS 28(4)、
化学研究所 革新知能統合 181-186
研究センター、京都大学大奥野恭史(京都大学大学院
日本薬学会発行、MEDCHEM NEWS 28(4)、
医学研究科、理化学研究所
160-162
科技ハブ産連本部)
奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

実教出版、サイエンスビュー化学総合資料
四訂版第2刷

発表者氏名発表した場所（媒体名等）

2018年9月

2018年9月
2018年9月
2018年10月

2018年10月

2018年11月

2018年11月

2018年11月

7．新聞/TV/WEB配信/広報誌/雑誌/等のメディアNo.

発表した成果（発表題目）

1「予測精度80-90% 血液検査値3種から客観判断終末期の治療最適化」

2「京大、製薬会社が“創薬ビッグデータ”で新手法 ディ─プラーニ
日経BP社 日経BigData 2015年10月5日
奥野恭史(京都大学大学院)（16P）
ングで学習データを10倍以上に」

2015年10月 雑誌

3サイエンスZERO 『これが世界一のシミュレーション！スーパーコ奥野恭史(京都大学大学院) NHK サイエンスZERO 2015.10.4放送
ンピュータ「京」』2015年10月 TV

4 「予測医療 現状と展望は 弘大でCOI特別講演会」

5「医療ビッグデータからの創薬、予防医療、並びに京大病院
Biobank & Informatics for Cancer プロジェクトの概要」

奥野恭史(京都大学大学院) 日刊工業新聞 2015年10月1日掲載

奥野恭史(京都大学大学院) 陸奥新報 2016年1月9日（5面）

奥野恭史(京都大学大学院)

平成27年度 創薬資源調査報告書「医療ビッグデータの活用並びにバイオマーカー実用化の最新動向」─創薬並びに個別化医療や予防医療への可能性を探る─（22P-35P）

発表した時期分類

2015年10月 新聞

2016年1月 新聞

2016年2月 冊子

6 スパコン「京」の後継、「最速」は目標にせず

奥野恭史(京都大学大学院) 朝日新聞 2016年2月25日（33面）

2016年2月 新聞

7 Supercomputer K Opens Doors to the Future (re)Okuno Yasushi(Kyoto
University)

2016年4月 TV

NHK World Science View

健康"生き活き"羅針盤リサーチコンプレックス事業開始記念シン
奥野恭史(国立大学法人 京読売新聞
8 ポジウム 個別健康の最大化～"ヒト(human)"を軸とした異分野
都大学大学院 医学研究科)
融合研究開発の推進～

別添1-892016年5月

Web配信(動画なし)

2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

9Superior Performance Commits Kyoto University to CPUs Over Yasushi Okuno(kyoto
GPUs
university)

Web配信(動画なし)

insideHPC（Web）

2016年7月

読売新聞（12面）

2016年7月 新聞

奥野恭史(国立大学法人 京 PHARMA TECH JAPAN Vol.32 No.9 August
都大学大学院 医学研究科) 2016 別冊

2016年8月 雑誌

12 末期がん余命予測～京大と理研 血中成分から～

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

日経新聞（15面）

2016年8月 新聞

13 G7で神戸猛アピール 医療産業や「京」手応えも奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

神戸新聞NEXT（社会面）

2016年9月 新聞

14 G7保健相が「京」視察 iPS関連技術も紹介

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

日経新聞（地方経済面）

2016年9月 新聞

15 『これが世界一のシミュレーション！スーパーコンピュータ「京」』奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

NHKオンデマンド（Web）サイエンスZERO

2016年9月 TV

16 「ゲノムと病因をAIで解析 京大など、個人別の最適治療めざす」

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

日本経済新聞2016年10月 新聞

朝日新聞&M 企業リリース（Web）

2016年10月

Web配信(動画なし)

朝日新聞（Web）

2016年10月

Web配信(動画なし)

日本経済新聞2016年11月 新聞

朝日新聞&M 企業リリース（Web）

2016年11月

10 「医で拓く 関西 ⑤ iPSと「京」強みに」
11

17

スーパーコンピューター「京」を基盤とした創薬オープンイノベー
ション「京大と富士通、平成28年度の日本医療研究開発機構「臨床ゲノ 奥野恭史(京都大学大学院
ム情報統合データベース整備事業」に採択」
医学研究科)

18 「医療用ワトソン、日本版開発へ 人工知能で治療法探る」
19

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)「創薬AIで50社連合 武田やNEC 新薬探し短縮、成功率高め国 奥野恭史(京都大学大学院
際競争力」
医学研究科)「富士通、AI「Zinrai」関連のサービス5種を開発～世界最速クラス
奥野恭史(京都大学大学院
20 のディープラーニング基盤と、業種・業務に対応したAIサービスを医学研究科)
提供～」
21

創薬AIで50社連合 武田やNEC 新薬探し短縮、成功率高め国際 奥野恭史(京都大学、理化学
日本経済新聞 2016年11月16日
競争力
研究所)

「医療・医学の発展をリードしてきた京大病院の新たなチャレンジ
中津井雅彦(京都大学大学
22 ～ビジョンは「データサイエンスの拠点」統合データウェアハウス
院 医学研究科)がデータ活用の中核を担う～」

日経デジタルヘルス（Web）

Web配信(動画なし)

2016年11月 新聞

2016年12月

Web配信(動画なし)「密着!命の現場最前線 日本初ドクターヘリ&移動処置室の“劇奥野恭史(京都大学大学院
BS-TBS
23 的救命”に迫る!～ビッグデータが医療の未来を変える!病気予防
医学研究科)の新常識とは?!～」2016年12月 TV

24 創薬は、ビッグデータ活用で激変する

2017年1月

奥野恭史(京都大学大学院) 2017年1月17日 Top Researchers（WebWeb配信(動画なし)

25「創薬 新潮流㊤ 新薬の候補物質探索 スパコン・AIが活躍 開
奥野恭史(京都大学大学院) 2017年3月6日 日本経済新聞
発期間やコスト低減 ビッグデータの充実が後押し」

2017年3月 新聞

26

創薬 新潮流㊤ 新薬の候補物質探索 スパコン・AIが活躍 開
発期間やコスト低減 ビッグデータの充実が後押し

27 創薬は、ビッグデータ活用で激変する

奥野恭史(京都大学)

日本経済新聞 2017年3月6日

2017年3月 新聞

奥野恭史(京都大学)

株式会社 経営共創基盤 共創IGPI レポート
2017春号vol.26, 8-10（2017.5.17)

2017年5月 広報誌

別添1-902019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

28

がん治療AIがサポート 患者データ解析 適薬提案 実用化へ開奥野恭史(京都大学)
発進む

読売新聞（2017.6.11)

2017年6月 新聞

29 AI創薬について

奥野恭史(京都大学)

TBSラジオ THE FROGMAN SHOW A.I.共存ラジオ「好奇心家族」（2017.10.24)

2017年10月

30 創薬で用いられ始めた人工知能

奥野恭史(京都大学)

日経バイオテク（2017.10.9）

2017年10月 雑誌

31 命の費用対効果「AIは画期的な薬を生み出せるのか？」

奥野恭史(京都大学)

朝日新聞 Web版GLOBE（2017.10.19）

2017年10月 新聞

奥野恭史(京都大学)

日刊薬業（2017.11.7）

2017年11月 新聞

32

LINC、3年後めどに『創薬AI』構築へ、新薬企業など89機関が参加 30プロジェクトが始動

33 これまでの創薬の“常識”をくつがえす新薬たち34

奥野恭史(京都大学、理化学 ニュートンプレス社 Newton別冊MOOKくす研究所)
りの科学（2017.12.5）

病気の原因を見極めるゲノム解析に深層学習、理研や京大など
奥野恭史(京都大学)
が2018年3月から

35 医療健康分野におけるAI／ビッグデータの活用について
36 日本人のためのゲノム医療用AI、2018年度中に試行開始
37 ビッグデータの創薬への応用
38 新薬開発によく効く100社で挑む創薬AI
39 理研の最前線14：科学技術ハブ 奥野恭史

奥野恭史(京都大学)

その他[ラジオ]

2017年12月 雑誌
Web配信(動画なし)

速報ITpro 日経BP（2017.12.5）

2017年12月

JPMA NEWS LETTER 2018年1月号

2018年1月 広報誌

鎌田真由美、奥野恭史(京都 医学書院、週刊医学界新聞 第3254号
大学)（2018.1.1）
種石 慶(理化学研究所), 徳
久淳師、奥野恭史(京都大 EPSホールディングス「遥か」Vol.11（2018.2）
学)
奥野恭史(京都大学大学院
日経コンピュータ
医学研究科)

2018年2月 広報誌

奥野恭史(理化学研究所)

日刊工業新聞2018年6月 新聞

2018年1月 新聞

2018年6月 雑誌

40

サイエンスBOX 完成したら当たり前の技術 それでもいい 創薬 奥野恭史(京都大学大学院
コスト AIで半減
医学研究科)

読売新聞

2018年7月 新聞

41

サイエンスView 次世代スパコン「ポスト京」で変わる社会「使い勝手けた違い」奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

読売新聞

2018年7月 新聞

42 薬開発 AIで早く

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

日本経済新聞2018年8月 新聞

43 ニュース：創薬AI開発の産学連携プロジェクト,「大半が順調」

奥野恭史(京都大学大学院
医学研究科)

日経XTECH2018年9月

44 AI創薬 イノベーションへ新たな挑戦
45 創薬を加速する心毒性スクリーニングシステムの開発
46

奥野恭史(理化学研究所、京 化学工業日報 CCSコンピュータケミストリー
都大学大学院医学研究科) システム第2部
寺田透, 根上樹(東京大学), ポスト「京」重点課題２ 個別化・予防医療を
奥野恭史(京都大学), 久田 支援する統合計算生命科学 NEWS LETTER
俊明(（株）UT-Heart研究所) Vol.12「AI活用の未来考える 左京で府などセミナー」（京都府産学連携 奥野恭史(理化学研究所、京京都新聞
ものづくり支援セミナー）
都大学大学院医学研究科)

Web配信(動画なし)

2018年12月 新聞
2019年2月 広報誌
2019年3月 新聞

8．特許出願・取得
No.

発表した成果（発表題目）

発表者氏名

出願人

別添1-91

発表した時期

出願番号2019/3/31

ポスト｢京｣重点課題１：「生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築」
サブ課題Ｃ：創薬ビッグデータ統合システムの開発

奥野恭史(国立大学法人 京
都大学 京都大学大学院 医学研究科), 金井千里(（株）京都コンステラ・テクノロジー 国立大学法人 京都大学,（株）京都コンステ
1 化合物設計装置、化合物設計方法、及びコンピュータプログラムズ), 吉川達也(（株）京都コン ラ・テクノロジーズ
ステラ・テクノロジーズ), 多門啓子(（株）京都コンステ
ラ・テクノロジーズ)

別添1-92

2014-532989
2015年8月 (2015年8月24日)

2019/3/31