R本体は最新のリリース版、Rパッケージは「必要最小限プラスアルファ」の推奨インストール手順を示します。
スライドはWindows10環境でのスクリーンショットです

R本体とパッケージのインストール
Windows版
東京大学・大学院農学生命科学研究科
アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム
門田幸二（かどた こうじ）
kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/
2018.03.12版

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R本体のインストール

R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です①

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①Rのインストーラ、②実行

R本体のインストール①②

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3①OK、②次へ

R本体のインストール①②

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R本体のインストール①ここにR本体がインストー
ルされます。このときはver.
3.4.3でした。②次へ、③次へ

①

②

③

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①次へ、②次へ

R本体のインストール①②

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①次へ、②インストール進行中…

R本体のインストール②①

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R本体のインストール

インストールが無事完了したようです。①完了①

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①ファイルの拡張子を明示させる作業です

PC環境設定①

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9PC環境設定

Windows10の場合は、こんな感じに見えるので、①設定。②のような画面になるので、③設定の検索のところで…
②③①

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①拡張子と打つと、すぐに直下に候補が見られるので、②を選択

PC環境設定①②

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11①エクスプローラーのオプションの表示タブが開く。②下にスクロールすると、③登録されている
拡張子は表示しないの項目が見つかるので…

PC環境設定①②③

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①チェックを外して、②適用、③OK

PC環境設定①②③
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Rの起動

デスクトップ上に2つのアイコンが作成されます。
①R i386 3.X.Yのほうは32 bit版で私は通常使わないのでゴミ箱行きにします。②R x64 3.X.Yのほうを使います。②をダブルクリックで起動①②

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起動直後は画面いっぱいに開くので、①最大化を解除

Rの起動

2018.03.12版①

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①赤枠で囲まれた部分
が「Rコンソール画面」

Rの起動①

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Rの終了
①

通常のソフトウェアと同様、①右上の×ボタンを押せばよい。②「作業スペースを保存しますか?」というダイアロ
グが出るが、最初のうちは③いいえでよい。間違って「はい」を押してしまっても.Rdataと.Rhistoryという2つのファイルが作成されるだ
けなので特に問題はない②③

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①必要最小限プラスアルファ、の推奨インストール手順を示します

Rパッケージのインストール①①
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①R本体を起動

Rパッケージのインストール1①

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Rパッケージのインストール2①CRANから提供されているパッ
ケージのインストールを行います。
ブラウザがInternet Explorerの場
合は、②赤枠内で「CTRL + Alt +左クリック」または「トリプルクリッ
ク」で全選択できます①②

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Rパッケージのインストール2

赤枠内で全選択し、右ク
リックで①コピーしたところ①

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Rコンソール画面上で①ペースト

Rパッケージのインストール2①

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①のように質問されたら、②はいRパッケージのインストール2①②

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R本体のバージョンが3.4.3の場合は、①「… ¥ Documents ¥ R ¥ win-library¥ 3.4」というフォルダを作成してRパッケージ群をインストールします。②はいRパッケージのインストール2①②

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どこからダウンロードするかを聞かれているので、ここでは①デフォルト（Cloud）で、②OKとします。③下にスクロールして、日本国内の近い場所を直接指定するほうが早いかも…

Rパッケージのインストール2①③②

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パッケージのインストールがスタートします。東大有線LAN環境では、①10分程度で起動直後と同じコマ
ンド入力待ち状態(>)になりますRパッケージのインストール2①

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Rパッケージのインストール3

ちょっと下にスクロールしたところ。①Bioconductorから提供されているパッケージ群のインストー
ルを行います。Internet Explorerの場合は、②赤枠内で「CTRL +Alt + 左クリック」または「トリプルクリック」で全選択できます①②

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Rパッケージのインストール3①赤枠内で全選択し、右クリックでコピーしたところ①

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①Rコンソール画面上でペースト。
東大有線LAN環境で約1時間かかります。コンピュータがスリープ状
態にならないようにしておきましょう

Rパッケージのインストール3①

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コピペ直後の状態

Rパッケージのインストール3

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終了後の状態

Rパッケージのインストール3

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Rパッケージのインストール4

Bioconductorから提供されているパッケージのうち、①1つ1つのサイズが大きいゲノム配列
パッケージ群のインストールを行います。R本体は、一旦終了
して再起動してもいいし、前のスライドの続きからやってもよい①

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インストール中…

Rパッケージのインストール4

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インストール完了

Rパッケージのインストール4

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パッケージインストール確認

パッケージが正しくインストールされているかを確認します。まず、Biostringsというパッケージの読み込みができるかどうかを調べるべく、①library(Biostrings)と打ってリターンキーを押す①

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パッケージインストール確認

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こんな感じでエラーメッセージが出ていなければOK36

パッケージインストール確認①キーボードの上矢印キーを1回押すと、②直前に打ち込んだコマンドが表示される①②

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パッケージインストール確認

2018.03.12版

もう一度リターンキーを押して実行すると、何のメッセージも表示されなくなる。これもエラーが出ていないのでOK38

パッケージインストール確認

キーボードの上矢印キーなどを利用して、次に①ShortRead
パッケージの確認を行う②

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パッケージインストール確認

2018.03.12版

このときは、こんな感じになりました。Rのバージョンによって、多少見栄えは変わります40パッケージインストール確認

キーボードの上矢印キーなどを利用して、①さらにもう一度実行。
何もメッセージが表示されず、エラーが出ていないのでOK②

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①スペルミスに注意

パッケージインストール確認①

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パッケージインストール確認

最後に①TCCパッケージのインストール確認。これはうまくいった場合の成功例①

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これは①TCCパッケージが（内部的に用いている②DESeq2パッケージが）要求している「③RcppArmadilloパッケージがないからだめ!」と文句を言われている例です

エラー遭遇例と対処法①③

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エラー遭遇例と対処法

基本的な対処法は、文句を言われたパッケージのみ、①個別にインストールすることです①
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ここでの目的は、 RcppArmadillo
パッケージの個別インストール。①
既存のRコードをテンプレートとして利用すべくコピー。②任意のテキス
トエディタにペーストして、③パッ
ケージ名部分のみ変更しコピー

エラー遭遇例と対処法①③②

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エラー遭遇例と対処法

ここでの目的は、 RcppArmadillo
パッケージの個別インストール。①
既存のRコードをテンプレートとして利用すべくコピー。②任意のテキス
トエディタにペーストして、③パッ
ケージ名部分のみ変更しコピー。
④Rコンソール画面でペースト。

①①②

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エラー遭遇例と対処法①

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もう一度①「library(TCC)」と打ち込んで確認。さきほどこけたRcppArmadilloのところでつまづくことなくTCCパッケージのロードに成功していることがわかる

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