大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

国立遺伝学研究所
2 01 7 要 覧

National Institute of Genetics
国立大学法人 総合研究大学院大学

遺伝学専攻

Department of Genetics, SOKENDAI

2

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

3

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

4国立遺伝学研究所は、遺伝学の基礎とその応用に関する総合的研究を行い、学術研究の発展に寄与することを目的として設置された大学共同利用機関※です。
※大学共同利用機関は、個別の大学では整備や維持が困難な大型装置などを有し、全国の研究者との共同利用・共同研究を推進する研究機関です。

National Institute of Genetics (NIG) was established to carry out broad and comprehensive research in genetics. NIG contributes to the development of
academic research as one of the inter-university research institutes constituting the Research Organization of Information and Systems (ROIS).
5

Message from the Director-General
遺伝学と「遺伝研の役割」

グレゴール・ヨハン・メンデルが修道院の庭でエンドウを交配し「遺伝の単位」を見つけたとき、誰が今日の遺伝学の隆盛を予見したでしょうか。その後、遺伝学は 20 世紀を通して学問として進歩し続け、ついに生命の究極の秘密に到達しました。それは、「すべての生命活動は DNA の遺伝情報が基盤となる」、すなわち「いのちは、ことばに支えられている」という秘密です。ここから遺伝学の全面的な展開が始まり、現在では生物学全体だけでなく医・薬・農・工など様々な応用科学にまで、遺伝学の果たす役割は広がっています。
国立遺伝学研究所（遺伝研）は、1949 年に文部省の研究所として設立され、木村資生博士による分子進化の中立説をはじめ、数多くの研究業績を上げてきました。また、1984年には、大学共同利用機関として、学術コミュニティー
全体の研究を促進する役割を引き受け、1988 年には、総合研究大学院大学の遺伝学専攻を受け持って、独自の大学
院教育を行うようになりました。2004 年に法人化されて、
国立情報学研究所、国立極地研究所、統計数理研究所とともに大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構を構成し、情報とシステムという観点から未来の課題にも取り組んでいます。
現在の遺伝研では、約500人の様々な職種の人達が働き、研究、研究基盤整備、教育・人材育成という仕事をしています。研究では 36 のグループが、大腸菌からヒトまで、分子レベルから生物集団レベルまで、理論から実験まで、遺伝学に関わる幅広い分野で独創的な研究を行い、世界的な評価を受けています。研究基盤整備では、DNA データバ
ンク（DDBJ）、実験生物系統の分与、先端ゲノミクス事業などにより、学術コミュニティーの研究に貢献しています。
また、教育・人材育成では、学生当りの教員数の多さを生かした大学院教育を行うとともに、有望な若手研究者が新しい分野を開拓する新分野創造センターを作り、将来を見すえた体制作りも進めて来ました。
生物にはまだ多くの謎がありますが、遺伝情報という切り口から攻めることにより着実な成果が期待できます。私たちは、先達の努力を引き継ぎ、世界中の研究者と協力しWho could foresee the success of genetics when Gregor Johann Mendel cultivatedpea plants in a monastery garden and foundthe unit of inheritance? After this great event,
genetics, namely, the study of inheritance andvariation of biological organisms, developed
continuously through the 20th century and uncovered the ultimate secret of life: the activityof biological organisms is based on the genetic information of DNA, or life is supported by asimple linear code, i.e., “words”. On this basis,
genetics has now expanded not only to all
fields of basic biology but also to many appliedsciences.
The National Institute of Genetics was established at Mishima in 1949, and since has
produced many outstanding scientific achievements including the neutral theory of molecular
evolution by Motoo Kimura. Continuing the
tradition, we are conducting research in many
fields of genetics and related fields, ranging
from bacteria to humans, from molecules topopulations, and from theory to experiments.
We consider this diversity of research is essential to the stimulating environment that fosters a community of researchers.
We serve the scientific community inJapan and the world by providing research infrastructure, including the DNA database (DDBJ),
bio-resources of various experimental organisms, and advanced genomic services. Science education is also a central part of ouractivity, and we provide graduate education as
the Department of Genetics, SOKENDAI (The
Graduate University for Advanced Studies). In
addition, constant dialog with non-scientists is
an important part of our mission.
Genetic approaches remain critical for addressing key issues in the life sciences, andwe will continue our commitment to excellencein research, service, and education.

て研究を進め、その成果を人類全体の財産とすることが仕事と考えています。また、一般社会との対話を行いながら、この使命を果たしたいと考えています。

所長

6

桂

所長あいさつ／ Message from the Director-General

勲KATSURA, Isao Director-General

所長あいさつ／ Message from the Director-General

7

Contents
目 次

06 所長あいさつ

70 国際交流09 概 要72 研究を促進するための活動と行事

14 遺伝研へのアクセス

73 遺伝学電子博物館

15 遺伝研マップ

74 総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻

遺伝研の研究活動

遺伝研データ

17 研究活動

81 運 営

53 国際戦略アドバイザー／客員研究部門

85 研究教育職員・研究員・学生

55 知的財産室

89 管理部と技術課職員

56 リサーチ・アドミニストレーター室

90 沿 革57 ライフサイエンス統合データベースセンター

92 2016年に発行された論文一覧

58 ゲノムデータ解析支援センター

95 予 算Message from the Director-General

OutlineAccess to the InstituteCampus Map

Research Activities

International Strategic Advisor / Visiting FacultyIntellectual Property Unit

Office for Research Development

Database Center for Life Science

Center for Genome Infomatics

共同利用・共同研究

Activities and Events for Research Promotion

Cyber Museum of Genetics

Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAIManagement

Research Staff and Students

Staff of Administration Department and Technical Section

History

Publications in 2016

Budget95 科学研究費

Grant-in-Aid for Scientific Research

60 生物遺伝資源センター

96 バイオロジカルシンポジウム

61 先端ゲノミクス推進センター

98 表彰・受賞歴

62 DDBJセンター

98 知的財産権

63 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム

99 情報・システム研究機構

64 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

100 国立大学法人 総合研究大学院大学

Genetic Resource Center

Advanced Genomics Center

DDBJ Center

NIG Supercomputer System

Platform for Advanced Genome Science

65 共同研究・研究会

Collaborative Research and Research Meetings

8

International Activities

目次／ Contents

Biological Symposia

Awards and Honors

Intellectual Property Rights

Research Organization of Information and Systems

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced
Studies)Our Mission
遺伝研の活動研究

教育

Research

Education and Career Development

遺伝学の先端的研究と新たな研究分野の開拓に取り組んでいます。

大学院教育と若手研究者の育成に取り組んでいます。

NIG conducts top-level research in life sciences leveraging on
approaches and resources in Genetics. NIG also develops new
research fields within the broader concept of Genetics.

NIG takes part in graduate level education. It also offers various
systems to enhance research ability of young researchers.

遺伝学に対する国民の理解増進と産業界の発展に

遺伝学の共同利用・共同研究の場を世界中の研究取り組んでいます。

者へ提供しています。

NIG provides various research infrastructures (genetic
resources and information/services) to the scientific community.
It also functions as a hub for international and domestic collaborations.

NIG actively disseminates the achievements from genetic
research to the society. It also promotes alliance between industry and academia.

共同利用・共同研究

社会貢献Intellectual Infrastructure and Collaboration ResearchSocial Contribution

大学共同利用機関法人

情報・システム研究機構

Research Organization of Information and Systems (ROIS)

国立大学法人

総合研究大学院大学

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)

国立極地研究所
National Institute of Polar Research

極域科学専攻Department of Polar Science

国立情報学研究所
National Institute of Informatics

情報学専攻
Department of Informatics

統計数理研究所
The Institute of Statistical Mathematics

統計科学専攻Department of Statistical Science

国立遺伝学研究所
National Institute of Genetics

遺伝学専攻
Department of Genetics

データサイエンス共同利用基盤施設
Joint Support-Center for Data Science Research

基礎生物学専攻
Department of Basic Biology

複合科学研究科
School of Multidisciplinary Sciences

生命科学研究科
School of Life Science

生理科学専攻Department of Physiological Sciences

概要／ Outline

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Outline of Departments, Research Centers and Experimental Farm
研究系・研究センター等の概要■ 分子遺伝研究系■ Department of Molecular Genetics■ 細胞遺伝研究系■ Department of Cell Genetics

染色体や中心体の生体内動態について複合的な方法を取り入れ研究を行うとともに、新たな研究手法の開発も行っている。
細胞内で観察される遺伝現象を分子レベルで解明することを目指して、生細胞及び無細胞系を用いた研究を行っている。
■ 個体遺伝研究系

ゼブラフィッシュ、マウスなどのモデル生物を用い、発生や行動など動物のさま
ざまな生命現象における遺伝子や細胞の役割についての研究を行っている。
■ 集団遺伝研究系

生物進化の歴史とその機構を解明する目的で、実験的及び理論的手法を用いて、遺伝子やゲノムのレベルから集団のレベルまで幅広く研究している。
■ 総合遺伝研究系

ヒトの高次表現型のシステム医学、脊椎動物の神経回路形成機構、および植物のエピジェネティック制御に関しての総合的な研究を行っている。

■ 新分野創造センター

若手の優れた研究者が独立して研究室を運営し、遺伝学とその周辺領域に新しい分野を開拓する研究を行う。これにより、研究共同体の中で重要な役割を果たす人材を育成する。
■ 系統生物研究センター

独自に開発・収集したマウス、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、イネ、原核生物の実験系統など有用な生物遺伝資源に立脚して、特色のある先端的研究を推進している。
■ 構造遺伝学研究センター

Fundamental genetic phenomena are being studied in living cells and incell-free systems to explain the phenomena observed at the cellular level in molecular terms.
■ Department of Developmental Genetics

We study roles of genes and cells during various biological phenomena ofanimals including development and behavior by using model organisms, such aszebrafish, and mouse.
■ Department of Population Genetics

We are conducting experimental and theoretical studies on the history andmechanisms of organismal evolution from the gene and genome level to the
population level using various organisms, such as human, Drosophila, fish, andmouse.
■ Department of Integrated Genetics

By integrating various approaches in genetics, we study systems medicine
on complex human traits, neural network formation of vertebrates, and epigenetic controls of plants.
■ Center for Frontier Research

The Center for Frontier Research provides promising young scientists withindependent positions and an opportunity of developing new frontiers in genetics and related research fields. The Center thereby brings up scientists who willplay crucial roles in academic fields in the future.
■ Genetic Strains Research Center

This center promotes forefront researches of life science based upon uniquebioresources of mice, zebrafishes, Drosophila, rice and microorganisms, which
are developed and collected by this center.

分子から多細胞の各レベルで、遺伝学と構造生物学の境界領域で最先端の研究を行うとともに、生体内の構造を観察・解析する様々な手法を開発し、遺伝学に導入している。

■ Structural Biology Center

生命情報学の拠点として、情報処理技術を駆使して生命現象の解明を目指した発見研究と生命科学の推進のための技術開発を行っている。

■ Center for Information Biology

植物の生殖研究を行うとともに、系統生物研究センターと連携して植物遺伝資源の収集、保存、分譲を行っている。

■ Experimental Farm

■ 生命情報研究センター■ 実験圃場■ 放射線・アイソトープセンター

放射線や放射性同位元素を、研究利用するための共同利用施設である。
Cs を線源としたガンマー線照射装置を備えている。

137□ 生物遺伝資源センター

生命科学を先導する様々なバイオリソースを開発し、それらの維持と国内外の大学や研究機関への分譲を行っている。関連情報は、データベース化して世界中に公開している。また、日本医療研究開発機構（AMED）のナショナルバイオリソー
スプロジェクトにも参加している。
□ 先端ゲノミクス推進センター

学術分野における超大規模ゲノム情報研究推進の中核として先端ゲノミクス研究を進めるとともに、次世代型ゲノム情報解析パイプラインの提供等による共同
利用・共同研究を推進する。
□ DDBJ センター

DDBJ（DNA Data Bank of Japan）は論文や特許で公知にされる塩基配列
データを網羅し管理公開する、米国（NCBI)と欧州（ENA/EBI）との協力事業である。他の生命系主要データベースや解析ツールと共にスーパーコンピューターを用いて公開している。
□ 情報基盤ユニット

研究所全体のネットワーク・ウェブサーバー管理および情報セキュリティ対策を行う。また利用者向けセキュリティ講習会やメール等のアカウント管理も実施している。
□ マウス研究支援ユニット

研究所内のマウスを用いた研究のサポートを目的とし、胚及び精子凍結、マウ
スクリーニング、トランスジェニック及びノックアウトマウス作製などを行う。今年度から共同研究として外部の研究機関に対するマウス作製サービスも開始した。
□ 動物飼育実験施設

所内におけるマウス・ラットなどの実験動物の主要な飼養保管施設として、動物の飼育及び実験のサポートを行い、研究・教育の推進に貢献する。

10

The dynamics of chromosome and centrosome have been studied using
innovative and multi-disciplinary approaches, as well as development of newtechnology for research.

概要／ Outline

This center was founded to perform the pioneering researches in the newarea between genetics and structural biology, and to develop new methods andtechniques for the area.
Develop the technologies and resources to make the massive data available, useful and meaningful for the domain. Also conducts some wet or dry
experiments for knowledge discovery.
We study plant reproduction, and also conduct collection, conservation anddistribution of plant genetic resources in cooperation with Genetic Strains
Research Center.
■ Radioisotope Center

The Radioisotope Center has facilities for biochemical experiments using
radioactive tracers. Irradiation treatment of 137Cs is also available.
□ Genetic Resource Center

The center develops and preserves forefront bioresources of various organisms, and distributes them to domestic and overseas universities and institutes.
The related information is open to the public through the databases. The center
participates actively in “National BioResource Project (NBRP)” of AMED.
□ Advanced Genomics Center

This Center is designed to conduct most advanced genomic researches
and to provide resources based on new-generation sequencing pipeline to thecommunity.
□ DDBJ Center

DDBJ (DNA Data Bank of Japan) is a member of the international collaboration with NCBI (USA) and ENA/EBI (Europe) that releases a whole catalogue ofidentified DNA sequences. DDBJ is hosted by a supercomputer that also provides powerful analytical tools and other databases.
□ Information and Technology Unit

The unit maintains the network and web servers of the entire institute andensures information security. It also provides training courses for security andmanages email and web accounts.
□ Mouse Research Supporting Unit

To facilitate mouse research in NIG, the unit offer service such as embryo
freezing, in vitro fertilization and transgenic mouse production. The mouse production service is now opened to other academic institutes as collaborative
research.
□ Unit for Experimental Animal Care

The unit run a main animal facility of NIG, and aim to contribute to researchand education by providing suitable rearing condition and research environment
to use mice and rats.

Organization
組

織
運営会議

所長

Advisory Committee

Director-General

総合企画会議桂

勲アドバイザリーボード

KATSURA, Isao

Advisory Board

副所長

Council for Strategy Planning and CoordinationVice-Director

分子遺伝研究系 Department of Molecular Genetics

城石俊彦

荒木弘之

SHIROISHI, Toshihiko

ARAKI, Hiroyuki

生命情報研究センター Center for Information Biology

中心体生物学研究部門

北川大樹

P17

遺伝情報分析研究室

池尾一穂

P45

分子細胞工学研究部門

鐘巻将人

P18

生命ネットワーク研究室

有田正規

P46

大量遺伝情報研究室

中村保一

P47

Centrosome Biology

Molecular Cell Engineering

KITAGAWA, Daiju
KANEMAKI, Masato

DNA Data Analysis

Biological Networks

Genome Informatics

細胞遺伝研究系 Department of Cell Genetics

IKEO, Kazuho
ARITA, Masanori
NAKAMURA, Yasukazu

微生物遺伝研究部門

荒木弘之

P19

データベース運用開発研究室

高木利久

P48

共生細胞進化研究部門

宮城島進也

P20

遺伝子発現解析研究室

大久保公策

P49

比較ゲノム解析研究室

豊田

敦

P50

ゲノム進化研究室

黒川

顕

P51

Microbial Genetics

Symbiosis and Cell Evolution

ARAKI, Hiroyuki

MIYAGISHIMA, Shin-ya

形質遺伝研究部門

岩里琢治

P21

初期発生研究部門

川上浩一

P22

Molecular and Developmental Biology

IWASATO, Takuji
KAWAKAMI, Koichi

Population Genetics

斎藤成也

SAITOU, Naruya

P23

明石

裕

P24

生態遺伝学研究部門

北野

潤

P25

Ecological Genetics

AKASHI, Hiroshi
KITANO, Jun

総合遺伝研究系 Department of Integrated Genetics
人類遺伝研究部門

井ノ上逸朗

P26

育種遺伝研究部門

角谷徹仁

P27

脳機能研究部門

平田たつみ

P28

Human Genetics

Agricultural Genetics
Brain Function

TOYODA, Atsushi
KUROKAWA, Ken

P52

実験圃場 Experimental FarmNONOMURA, Ken-ichi

進化遺伝研究部門

Evolutionary Genetics

Genome Evolution

OKUBO, Kosaku

野々村賢一

集団遺伝研究系 Department of Population Genetics
集団遺伝研究部門

Gene-Expression Analysis
Comparative Genomics

個体遺伝研究系 Department of Developmental Genetics
Neurogenetics

Research and Development of Biological Databases TAKAGI, Toshihisa

INOUE, Ituro

KAKUTANI, Tetsuji
HIRATA, Tatsumi

国際戦略アドバイザー／客員研究部門 International Strategic Advisor / Visiting Faculty

MIZUUCHI, Kiyoshi
HENIKOFF, Steven
ZHANG, Feng
DIFFLEY, John F.X.
STAINIER, Didier

P53

ZENG, Hongkui
EXCOFFIER, Laurent
YANG, Ziheng
JORDE, Lynn
ZILBERMAN, Daniel

放射線・アイソトープセンター Radioisotope Center（共同利用事業センター Intellectual Infrastructure Center）
生物遺伝資源センター Genetic Resource Center

P60

バイオリソース事業部

Division of Bioresources Management

新分野創造センター Center for Frontier Research

データベース事業部

細胞空間制御研究室

小田祥久

P29

定量メカノバイオロジー研究室

島本勇太

P30

先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Center

P61

村山泰斗

P31

DDBJ センター DDBJ Center

P62

Cell Dynamics and Organization
Quantitative Mechanobiology

染色体生化学研究室

Chromosome Biochemistry

ODA, Yoshihisa
SHIMAMOTO, Yuta
MURAYAMA, Yasuto

Division of Bioresources Databases

システム管理部門（ 7 月 1 日着任予定）

High Performance Computing Division

系統生物研究センター Genetic Strains Research Center

データベース部門
Database Division

哺乳動物遺伝研究室

城石俊彦

P32

発生工学研究室

相賀裕美子

P33

マウス開発研究室

小出

剛

P34

小型魚類開発研究室

酒井則良

P35

マウス研究支援ユニット Mouse Research Supporting Unit

植物遺伝研究室

佐藤

豊

P36

動物飼育実験施設 Unit for Experimental Animal Care

原核生物遺伝研究室

仁木宏典

P37

無脊椎動物遺伝研究室

齋藤都暁

P38

系統情報研究室

川本祥子

P39

生物遺伝資源情報研究室

安達佳樹

P40

Mammalian Genetics

Mammalian Development
Mouse Genomics Resource
Model Fish Genomics Resource
Plant Genetics

Microbial Genetics

Invertebrate Genetics
Genetic Informatics
Genome Biology

SHIROISHI, Toshihiko
SAGA, Yumiko

KOIDE, Tsuyoshi
SAKAI, Noriyoshi
SATO, Yutaka
NIKI, Hironori
SAITO, Kuniaki
KAWAMOTO, Shoko
ANDACHI, Yoshiki

前島一博

P41

細胞建築研究室木村P42

多細胞構築研究室

澤

斉

P43

遺伝子回路研究室

鈴木えみ子

P44

Multicellular Organization
Gene Network

知的財産室 Intellectual Property Unit

P55

鈴木睦昭

SUZUKI, Mutsuaki
リサーチ・アドミニストレーター室 Office for Research Development

P56

健

HIROMI, Yasushi

生体高分子研究室
Cell Architecture

情報基盤ユニット IT Unit

広海

構造遺伝学研究センター Structural Biology Center
Biological Macromolecules（支援センター Support Center）

MAESHIMA, Kazuhiro

暁

KIMURA, Akatsuki
SAWA, Hitoshi

SUZUKI, Emiko

男女共同参画推進室 Office for Gender Equality

平田たつみ

HIRATA, Tatsumi
管理部 Department of Administration

P89

総務企画課

General Affairs and Project Section

財務課

Financial Affairs Section2017 年 4 月 1 日現在
as of April 1, 2017

技術課 Technical Section

P89
概要／ Outline

11

Cutting-edge Research : A Core Institute for Life Sciences
遺伝学の中核拠点としての先端研究活動
生命はゲノムに書き込まれた遺伝情報と内外環

境との相互作用で作りだされる複雑なシステムです。

この生命システムの解明をめざして、細胞機能、発生・分化、進化・生物多様性、ゲノム情報などについて
先端研究を進めています。

Life is a complex system generated by the mutual interaction between genetic information engraved in the genome and the internal andexternal environments. At the National Institute of Genetics (NIG), cutting-edge research is conducted in areas such as cell function, development and differentiation, evolution and diversity, and genome
information, aiming to clarify the system of life.

▶ Research Highlights

最近の研究成果より

葉緑体分裂による細胞周期制御機構
光合成を行う葉緑体は、シアノバクテリアが真核細胞内に共生して誕生しました。細胞が葉緑体を維持するためには、細胞分裂時に葉緑体も分裂することが必須です。宮城島教授らは、葉緑体分裂の開始が細胞の M 期中期への進行に必須であること、この機構により細胞と葉緑体の分裂が同期されていることを明らかにしました。

Regulation of cell cycle progression by chloroplast division
葉緑体分裂は S 期に形成されるリングによって行われる。リングが収縮すると細胞は M 期中期に進む。
The chloroplast division ring is formed in S phase. Constriction of the ring permits
the cell to enter metaphase.

Chloroplasts evolved from a cyanobacterial endosymbiont and their continuity has been maintained by chloroplast division prior to cell division. Miyagishimagroup found that constriction of the chloroplast division site is required for prophase to metaphase transition of the host cell, thereby synchronizing the cell andchloroplast division.

Sumiya, N., Fujiwara, T., Era, A., and Miyagishima, S. (2016). Chloroplast division checkpoint in eukaryotic algae. Proc Natl Acad Sci USA 113, 7629-7638.

縄文人の核ゲノム配列をはじめて決定
福島県三貫地貝塚出土の 3000 年ほど前に生きた縄文人の歯から、核ゲノムの一部配列が斎藤教授らによってはじめて決定されました。縄文人はアイヌ人にもっとも近く、現代人の祖先が東ユーラシアに移り住んだころに分岐した古い系統であること、現代本土
日本人に伝えられた縄文人ゲノムの割合は 20％未満であることがわかりました。

First determination of nuclear genome sequence of Jomon people
縄文人と他集団の系統樹。赤数字は系統樹の枝の信頼性をしめす確率を、矢印は混血をあらわす。
Phylogenetic tree of Jomon and other populations. Red values are probabilities toindicate credibility of branches and arrows are admixtures.

Partial nuclear genome sequences were determined by Saitou group from 3,000
year-old teeth of Jomon exavated from Sanganji Shell Mound, Fukushima. Jomon was closest to Ainu people, and their lineage diverged when modern humans moved to East Eurasia. Jomon genome transmitted to Mainland Japanese
was less than 20%.

Kanzawa-Kiriyama, H., Kryukov, K., Jinam, T. A., Hosomichi, K., Saso, A., Suwa, G., Ueda, S., Yoneda, M., Tajima, A., Shinoda, K., Inoue I., and Saitou, N. (2017).
A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima, Japan. J Hum Genet 62, 213-221 (Advance access on Sept 1, 2016).

データ同化法で細胞内部の力を推定
細胞内では様々な力が働き、ものの配置や動きを制御していますが、細胞内部で働く力を測定することは困難です。木村教授らは統計数理研究所で研究・開発されてきた「データ同化法」を用いて、細胞質流動の原動力の分布と大きさを推定することに成功しました。
本手法は多くの研究者に活用されることが期待されます。

Estimation of intracellular forces using data assimilation
本研究で推定した力を用いたシミュレーション（右）は、実際の細胞内の流動（左）をよく再現しました。

A simulation performed using the estimated forces (right) agrees well with flows in
the experiment (left).

Forces exerted inside the cell are important but difficult to measure. Kimuragroup, in collaboration with researchers in The Institute of Statistical Mathematics, developed a computational method to estimate the localization and amplitude of the forces generating cytoplasmic streaming. This method has diverse
applications in cell biology.

Niwayama, R., Nagao, H., Kitajima, T.S., Hufnagel, L., Shinohara, K., Higuchi, T., Ishikawa, T., and Kimura, A. (2016). Bayesian inference of forces causing
cytoplasmic streaming in Caenorhabditis elegans embryos and mouse oocytes. PLoS One 11, e0159917.

12

概要／ Outline

Intellectual Infrastructure Supporting Life Sciences
生命科学を支える共同利用
生物遺伝資源（バイオリソース）、先端ゲノミクス
推進、DDBJ（日本 DNA データバンク）の 3 つの研究事業を国際的な中核拠点として運営しています。
他の大学や研究機関とも連携したこれらの事業により生命科学を先導し、研究コミュニティを支援しています。

NIG operates three research infrastructure projects as an international center of life sciences: BioResource Project, Advanced Genomics
Project, and DDBJ Project. Through promoting research collaborations
with other universities and research institutions, NIG advances the frontier of life science and supports the entire scientific research community.

生物遺伝資源（バイオリソース）事業
学術研究用生物系統の開発、収集、提供を主体としたバイオリソース事業を展開し、全国の中核拠点として機能しています。日本医療研究開発機構（AMED）NBRP の生物種

別の中核代表機関としても活動し、さらに情報センターとして大学等と連携してバイオリソー

スデータベースの構築と公開運用を進めています。

BioResource Project
NIG serves as a center for developing, collecting, and distributing biologicalresources of various strains of experimental organisms for academic research.
NIG also plays an important role as a central institution for individual National BioResource Projects and functions as its information center to promote development of biological resource databases in collaboration with universities and otherorganizations.

先端ゲノミクス推進事業
2011 年度から、先端ゲノミクス推進センターを中心に活動しています。これまでに、微生物から大型真核生物にいたる多様な生物種において、最新のシーケンシング技術を駆使してゲノム情報を産出してきており、学術分野における先端ゲノミクス推進の中核として事業を進めています。

Advanced Genomics Project
NIG is top in the nation for technical know-how for complete sequencing ofmulticellular organism genomes. NIG has conducted analyses of genes and genomes in collaboration with many organizations (universities and researchgroups). NIG is a key producer of genomic information.

DDBJ（日本 DNA データバンク）事業
DDBJ；DNA Data Bank of Japan は、生命科学の研究活動をサポートするために、

米国のNCBIおよび欧州のENA/EBIとの協力体制の下で世界の公共財『国際塩基配列デー
タベース（INSD）』を維持管理しています。INSD には、日・米・欧の特許庁と韓国のDNA Data Bank of JapanDDBJ Sequence Read Archive
DDBJ Trace Archive
BioProject

KOBIC の協力により日・米・欧・韓国特許データ登録されています。

さらに、次世代シークエンサ出力データアーカイブも三者の協力体制で運営されています。また、2013 年より科学技術振興機構（JST）と共同でヒトに関する研究データ共有のための制限公開データ用データベース（JGA）の運用を開始しています。

IACICM
GenBank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

DDBJ Project

EMBL¯EBI
EMBL-Bank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

DNA Data Bank of Japan (DDBJ), collecting nucleotide sequence data,
under collaboration with NCBI in U.S. and ENA/EBI in Europe, maintains International Nucleotide Sequence Database (INSD). Japan, US, European, and Korean
patent data is also included in the database by the collaboration of Japan, US,
European patent offices, and by the courtesy of KOBIC in Korea. The three parties also cooperate to Sequence Read Archive. In 2013, DDBJ started a controlled access database, Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA) in
collaboration with JST.
概要／ Outline

13

Access to the Institute
遺伝研へのアクセス
遺伝研周辺地図
大場
川him

JR Mis

東海
道
道本
本線
線

OUTH 市立公園

南口 S

楽寿園

三島広小路駅

錦田中学校
錦田中学校

国立遺伝学研究所

National Institute of Genetics

至東京

谷田宿舎

や た

谷田

三島田町駅

Yata

三島警察署
三島警察署

錦田小学校

三島二日町駅

国道136号

1号
国道 e1
t
Rou

至沼津

三島東海病院

三嶋大社

伊豆
箱
箱根
根鉄
鉄道
道

至箱根

東海
道
道新
新幹
幹線
線

RTH

O
北口 N

三島a駅
n
Statio駿

三島塚原 IC

市民体育館
市民体育館

至静岡
至静岡

東

日本大学国際関係学部
日本大学国際関係学部

道
車 ）
動
自 道路
貫
縦 環状
豆
伊 河湾

文教宿舎

（

至沼津 IC

富士山

Mt.Fuji

遺伝研詳細地図
至箱根三島塚原 ICNIG 国立遺伝学研究所

通用門

遺伝研坂下
バス停 A
そば店

や た

谷田
国道
伊

豆

箱

根

JA

道

コンビニエンスストア

三島二日町駅

遺伝研前
バス停

大阪市

名古屋市

Nagoya City

スーパー
マーケット

東京都
Tokyo

成田空港

Narita Airport

羽田空港

Haneda Airport

Osaka City

三島市

Mishima City
Shizuoka Prefecture

静岡県

銀行

三島警察署

鉄

京都市

Kyoto City薬局

自動車販売店

1号

正門

遺伝研坂下
バス停 B

錦田小学校

谷田公民館

踏切

三島駅までのアクセス

三島駅から遺伝研までのアクセス

How to get to JR Mishima Station● 羽田空港品川駅

Haneda Airport

JR Shinagawa Station
京急 約 20 分● 成田空港JR Shinagawa Station
JR 約 1 時間

1hr by JR Narita Express

JR Shin-Osaka

三島駅からの距離 約 4km
About 4km from JR Mishima Station●

JR Mishima Station●

遺伝研へのアクセス／ Access to the Institute

路線バス
南口 5 番乗り場から約 20 分
「柳郷地行き」遺伝研前下車、または、「夏梅木行き」「玉沢・社会保険病院行き」遺伝研坂下下車徒歩 10 分
20min by Local Bus (South Exit #5)

50min by Shinkansen (Kodama)

三島駅

2hr by Shinkansen (Hikari)

シャトルバス
北口 4 番乗り場から約 15 分（平日のみ運行）
15min by the NIG Free Shuttle Bus (North Exit #4)

三島駅

新幹線こだま 約 50 分

JR Mishima Station

新幹線ひかり 約 2 時間

14

JR Mishima Station

50min by Shinkansen (Kodama)

品川駅

Narita Airport

三島駅

新幹線こだま 約 50 分

20min by Keikyu Line● 新大阪駅

Access from JR Mishima Station to NIG●

タクシー
南口・北口共に約 15 分
15min by Taxi

Campus Map
遺伝研マップ

実験動物慰霊碑

太陽光発電設備

展示室

Photovoltaic Facility

Memorial Monument for
Experimental Animals

Exhibition Room

W
M
V

H

RY

G

C
B

R
A

X

S

D

正門

Main Entrance

Z1
Q

Z2

研究員宿泊施設

講堂

Guest House

食堂

Lecture Hall

Cafeteria

研究所の敷地と建物

A 本館

M 電子計算機棟

W 生命情報研究センター

B 図書館

Q 研究員宿泊施設

X 動物飼育実験棟

C 研究実験棟

R 系統生物研究センター

Z1 所内宿舎１号棟

D 講堂棟

RY 系統生物附属プレハブ棟

Z2 所内宿舎２号棟

G 構造遺伝学研究センター

S 系統生物西附属棟

Building Area

H RI 実験棟

V 実験圃場管理施設(Total Floor Space)

Main Building

Library

Laboratory Building

Lecture Hall

Structural Biology Center

Radioisotope Laboratory

Computer Building I

Guest House

Genetic Strains Research Center

Genetic Strains Research Center Annex

Center for Information Biology

土地総面積

Animal Research Building

Official Housing Ⅰ

Genetic Strains Research Center West Building

Administration Building for Experimental Farm

Official Housing Ⅱ

101,363㎡

Institute Facilities and Grounds

内訳

Details

研究所敷地 94,095㎡
Institute Area

宿舎敷地

Residential Area

建築面積

建物延面積

7,268㎡
16,972㎡
41,816㎡（2017 年 4 月 1 日現在）

遺伝研マップ／ Campus Map

15

Research Activities
遺伝研の研究活動

Department of Molecular Genetics 分子遺伝研究系

The mechanisms of centrosome duplication and dynamics
中心体の自己複製機構と生体内動態、そして起源の解明（A）細胞周期に依存した中心小体の構
築。
（B）SAS-6 二量体がカートホイール
構造の中心部分を形成し、９回対称性を規定する。
（C）SAS-6 は中心小体複製に必要である。ヒト培養細胞において RNAi 法によりSAS-6 を発現抑制す
ると中 心 小 体 複 製 が 阻 害 さ れる 。
Centrin: 中心小体マーカー。
(A) Cell cycle-dependent centriole
formation. (B) SAS-6 homodimers
dictate the universal 9-fold symmetry ofcentrioles. (C) HsSAS-6, human SAS-6,
is required for centriole formation inhuman cells. Centrin: centriole marker.

進化上保存された細胞小器官である中心体は微小管ネットワー
ク形成、ゲノム安定性維持を含む多様な生理現象を制御すること
で細胞がん化、遺伝病、不妊症を含む様々な疾患と密接に関与しています。これらの現象を司る上で、細胞分裂時に中心体は一度だけ自己複製する必要がありますが、そのメカニズムに関しては未解明な部分が多く、生物学の最大の謎の一つとされています。
当研究室ではヒト培養細胞、マウス、線虫を材料とし、多彩な手法を融合することで中心体構築、複製、動態の基本原理を解明することを目指します。

The centrosome is a conserved organelle that serves as
the microtubule organizing center and regulates many biological processes. However, the mechanisms governing centrosome duplication and the underlying structural principles
remained poorly understood and represent a long-lasting important question in biology.
We mainly focus on understanding the mechanisms ofcentrosome biogenesis and dynamics by using the combination of innovative and multi-disciplinary approaches. We areinvestigating the following specific aims by using humancells, mouse, and C. elegans as model systems.

Selected Publications
Tsuchiya, Y., Yoshiba, S., Gupta, A., Watanabe, K., and Kitagawa, D. (2016).
Cep295 is a conserved scaffold protein required for generation of a bona fidemother centriole. Nat Commun 7, 12567.

Ohta, M., Ashikawa, T., Nozaki, Y., Kozuka-Hata, H., Goto, H., Inagaki, M.,
Oyama, M., and Kitagawa, D. (2014). Direct interaction of Plk4 with STIL ensuresformation of a single procentriole per parental centriole. Nat Commun 5, 5267.

Shiratsuchi, G., Takaoka, K., Ashikawa, T., Hamada, H., and Kitagawa, D. (2015).
RBM14 prevents assembly of centriolar protein complexes and maintains mitotic
spindle integrity. EMBO J 34, 97-114.

Division of Centrosome Biology

Kitagawa GroupKITAGAWA, Daiju
Professor

北川大樹

教授

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kitagawa

中心体生物学研究部門

北川研究室

TAKAO, Daisuke
Assistant Professor

高尾大輔

助教

YOSHIBA, Satoko
Assistant Professor

吉場聡子

助教

研究活動／ Research Activities

17

Department of Molecular Genetics 分子遺伝研究系

A new genetics of human cells for the study of DNA transactions
ヒト細胞における新たな遺伝学を用いたDNAトランスアクションの解析

オーキシンデグロン（AID）技術（A）AID 法の原理。植物由来の F-box 因子 TIR1 を発現させた細胞において、TIR1 は内在性因子とSCF-TIR1 E3 ユビキチンリガーゼ複合体を形成する。オーキシンは TIR1とAID タグの結合を促進することで、AID 融合タンパク質を分解に導く。
（B）TIR1とGFP-AID に核局在シグナルを融合したタンパク質を人 293 細胞に発現させた。培地にオーキシン添加後、経時的に GFP を観察した。
（C）
GFP シグナルを定量化した。60 分程度で大部分の GFP が分解されていることがわかる。
The auxin-inducible degron (AID) technology(A) Schematic illustration of the AID system. TIR1 derived from a plant forms an SCF-TIR1 E3 ubiquitin ligase with the endogenous factors when expressed in human cells. Auxin promotes theinteraction between TIR1 and AID for poly-ubiqutylation of AID. Therefore, AID-fused proteins are degraded by the proteasome. (B) TIR1 and GFP-AID fused with a nuclear localization signal wereexpressed in human 293 cells. After addition of auxin, GFP was detected by a time-lapse microscopy. (C) Quantification of GFP signal. Most of GFP was degraded by 60 min.

当研究室は、植物ホルモンオーキシンにより活性化される、植物内のタンパク質分解メカニズムをヒト細胞に移植することで、特定のタンパク質をオーキシン依存的に分解除去するAID 技術を開発しました。さらに、CRISPR–Cas ゲノム編集技術と組み合わせ、
ヒトコンディショナル変異細胞を作る方法を確立しました。作成した変異細胞では、半減期 30 分以下で標的タンパク質を分解除去することができます。AID 技術を応用してヒトゲノム DNA がいかに安定維持されているのか、特に DNA 複製と他の DNAトランスア
クションの関連性を明らかにしようとしています。

We established the auxin-inducible degron (AID) technology, by which the expression of a protein of interest can be
rapidly controlled by the addition of a plant hormone, auxin.
By combining the CRISPR–Cas-based genome-editing technology with the AID system, we can now make human conditional mutants, in which a protein of interest can be
depleted in a half-life of less than 30 min. By applying the
AID technology, we wish to understand how genomic DNA ismaintained in human cells. In particular, we are focusing on
the relationship between DNA replication and other DNA
transactions.

Selected Publications
Natsume, T., Kiyomitsu, T., Saga, Y., and Kanemaki, M.T. (2016). Rapid protein
depletion in human cells by auxin-inducible degron tagging with short homology
donors. Cell Reports 15, 210-218.
Nishimura, K., and Kanemaki, M.T. (2014). Rapid depletion of budding yeast
proteins via the fusion of an auxin-inducible degron (AID). Curr Protoc Cell Biol64, 20.9.1-20.9.16.

Division of Molecular Cell Engineering

分子細胞工学研究部門

Kanemaki Group 鐘巻研究室

KANEMAKI, Masato
Professor

鐘巻将人

18

教授

研究活動／ Research Activities

NATSUME, Toyoaki
Assistant Professor

夏目豊彰

助教

Nishimura, K., Ishiai, M., Horikawa, K., Fukagawa, T., Takata, M., Takisawa, H.,
and Kanemaki, M.T. (2012). Mcm8 and Mcm9 form a complex that functions inhomologous recombination repair induced by DNA interstrand crosslinks.
Molecular Cell 47, 511-522.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kanemakiDepartment of Cell Genetics

細胞遺伝研究系

Molecular mechanism of eukaryotic DNA replication in the cell cycle
真核生物染色体の DNA 複製機構とその細胞周期による調節（A）複製開始領域を決定するORC複合体は、ヌクレオソームとの相互作用を介して安定に複製開始領域に結合する。図はORC-ヌクレオソーム複合体のAFM像。
（B）
複製開始のタイミングは Sld3-Sld7-Cdc45 複合体が制御している。細胞内でこの複合体を過剰発現させる（図中 “ON”）と複製のタイミングが異常を示し、lateorigin の複製が早期に開始する（図中矢印）。
(A) AFM image of ORC-chromatin complexes. ORC (origin recognition complex) binds to replication origins, where DNA replication is initiated. We revealed thatchromatin structure stabilizes origin-ORC interaction. (B) Origin association of the low abundance replication proteins Sld3, Sld7, and Cdc45 is the key todetermining the temporal order of origin firing. Simultaneous over-expression of these proteins (“ON” in the figure) allows the late-firing origins to fire earlier in S
phase (arrow in the figure).

真核生物の染色体 DNA は、細胞周期の S 期に一度だけ正確に複製され、娘細胞に分配されます。この機構により、遺伝情報は親から子に過不足無く正確に伝わります。真核生物の DNA 複製は、染色体上に散在する複数の場所から開始し、その開始が細胞周期により厳密に制御されています。しかし、染色体 DNA 複製の開始がどのように行われ、どうしてS 期のみに複製されるのか、その詳
細はよく分かっていません。本研究室ではこの問題に答えるため、出芽酵母を真核生物のモデル系として、染色体 DNA 複製機構とその制御の研究を行っています。

Eukaryotic chromosome DNA is replicated exactly only
once per cell cycle and segregated to daughter cells. This
process ensures cells to transmit accurate genomic information to their progeny. Eukaryotic DNA replication initiates frommultiple sites, called replication origins, scattered throughout
chromosomes and this initiation process is strictly regulatedby the cell cycle. However, molecular mechanism of DNA
replication and its regulation in eukaryotic cell cycle have notbeen well elucidated. To approach this subject, we have isolated novel replication factors of budding yeast and analyzed
their functions.

Selected Publications
Tanaka, S., and Araki, H. (2016). Role of CDK in replication initiation. In “Theinitiation of DNA replication in eukaryotes (ed. D. Kaplan)”, pp. 263-278.
Itou, H., Muramatsu, S., Shirakihara, Y., and Araki, H. (2014). Crystal Structure of
the homology domain of the eukaryotic DNA replication proteins Sld3/Treslin.
Structure 22, 1341-1347.

Division of Microbial Genetics

Araki GroupARAKI, Hiroyuki
Professor

荒木弘之

教授

微生物遺伝研究部門

荒木研究室

Hizume, K., Yagura, M., and Araki, H. (2013). Concerted interaction between
origin recognition complex (ORC), nucleosomes and replication origin DNA
ensures stable ORC-origin binding. Genes Cells 18, 764-779.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/araki

HIZUME, Kohji
Assistant Professor

日詰光治

助教

研究活動／ Research Activities

19

Department of Cell Genetics

細胞遺伝研究系

Evolutionary integration of two independent organisms by endosymbioses
細胞内共生による異種細胞の統合機構の解明

祖先のシアノバクテリア（A）と同様に、葉緑体は分裂によって増殖します（B,
単細胞の藻類；C, 陸上植物の細胞）。
我々は、葉緑体分裂がその分裂面に形成される分裂装置（リング）の収縮によって行われること（D）、分裂装置がシアノバクテリア由来の FtsZと宿主細胞が加えた Dynamin 等から構成されていることを明らかにしま
した（E）。
Reminiscent of their cyanobacterial (A)ancestor, chloroplasts replicate bybinary division (B, unicellular alga; C,land plant cells). Chloroplast division
is performed by the division ring (D)which involves cyanobacterial FtsZand eukaryotic dynamin (E).

真核細胞内のエネルギー変換器、ミトコンドリアと葉緑体は、バクテリアが真核細胞内に共生して誕生しました。その他にも、真核細胞が別の細胞を取り込み、新機能を獲得する例は広く存在します。
このような二種の細胞の世代を超えた持続的統合には、宿主細胞と共生細胞の協調増殖機構の確立が必須です。私たちは、（1）真核細胞による葉緑体とミトコンドリアの増殖制御、（2）細胞内小器官によるエネルギー供給と細胞の増殖の関係、（3）葉緑体とミ
トコンドリア以外の細胞内共生系における宿主細胞と共生体細胞の協調増殖機構を理解することで、細胞内共生成立の基本原理の解明を目指しています。

Mitochondria and chloroplasts, energy-converting organelles in eukaryotic cells, are relicts of ancient bacterial endosymbionts. In addition to these particular organelles, there
are many other endosymbiotic events which have integrated
new functions into eukaryotic host cells. In order to maintaina permanent endosymbiotic relationship, a host cell and an
endosymbiotic cell coordinate their proliferation. The major
goal of our study is to understand how organelle (or otherendosymbiotic cell) division is controlled by host cells andhow host cells proliferate depending on chemical energy thatare supplied by organelles (or other endosymbiotic cells).

Selected Publications
Sumiya, N., Fujiwara, T., Era, A., and Miyagishima, S. (2016). Chloroplast divisioncheckpoint in eukaryotic algae. Proc Natl Acad Sci USA 113, 7629-7638.
Nakabachi, A., Ishida, K., Hongoh, Y., Ohkuma, M., and Miyagishima, S. (2014).
Aphid gene of bacterial origin encodes a protein transported to an obligate
endosymbiont. Curr Biol 24, 640-641.

Division of Symbiosis and Cell Evolution

Miyagishima Group20

宮城島研究室MIYAGISHIMA, Shin-ya
Professor

FUJIWARA, Takayuki
Assistant Professor

教授

助教

宮城島進也

研究活動／ Research Activities

共生細胞進化研究部門

藤原崇之

Miyagishima, S., Fujiwara, T., Sumiya, N., Hirooka, S., Nakano, A., Kabeya, Y.,
and, Nakamura, M. (2014). Translation-independent circadian control of the cell
cycle in a unicellular photosynthetic eukaryote. Nat Commun 5, 3807.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/miyagishima

Department of Developmental Genetics

個体遺伝研究系

Neuronal circuit development and function in the mouse brain
マウスを用いた脳神経回路発達の分子から個体までの統合的解析

新生児の脳の中で神経回路が発達する過程を、二光子顕微鏡を用いて直接観察することに成功した。マウス大脳皮質の中の単一の神経細胞を明るく蛍光標識（赤色）し、生後5日目、4.5、9、18 時間後の時点でイメージングしたところ、樹状突起の枝が激しく伸縮しながら、正しい結合相手の軸索（緑色）に向かって広がっていく様子が観察された。

A process of neuronal circuit development in the neonatal brain was observed using two-photon microscopy. Dendrites of cortical neurons (red) were highly motile and expanded towards
proper presynaptic targets (thalamocortical axons: green). Images of a single neuron in the mouse somatosensory cortex at 0h, 4.5h, 9h and 18h after postnatal day 5 are shown.

哺乳類の脳は高度な情報処理能力をもっていますが、その基盤となるのは、精密に構築された複雑な神経回路です。その発達の仕組みを理解するためには、分子から動物個体までの統合的な研究が必要不可欠です。本研究室では、分子生物学、マウス遺伝学を基盤とし、in vivo での遺伝子操作や 2 光子顕微鏡イメージングなど多角的なアプローチによって、哺乳類の神経回路が発達し機能する仕組みを明らかにすることを目指しています。特に、外界からの刺激の影響を強く受ける子どもの時期の回路発達（神経活動依存的回路発達）に興味を持っています。

To understand development of complex yet sophisticated neuronal circuits underlying higher brain function of mammals, integrative studies which cover from molecules towhole animals are indispensable. By using a wide range oftechniques, such as mouse genetics (gene knockout),
2-photon microscopy, confocal microscopy, histology andbehavioral analyses, we are studying mechanisms of development and function of mammalian neuronal circuits. In particular, we are interested in activity-dependent circuit
development during postnatal stages.

Selected Publications
Luo, W., Mizuno, H., Iwata, R., Nakazawa, S., Yasuda, K., Itohara, S., andIwasato, T. (2016). Supernova: A versatile vector system for single-cell labelingand gene function studies in vivo. Sci Rep 6, 35747.

Mizuno, H., Luo, W., Tarusawa, E., Saito, Y.M., Sato, T., Yoshimura, Y., Itohara, S.,
and Iwasato, T. (2014). NMDAR-regulated dynamics of layer 4 neuronal dendrites
during thalamocortical reorganization in neonates. Neuron 82, 365-379.

Iwata, R., Matsukawa, H., Yasuda, K., Mizuno, H., Itohara, S., and Iwasato, T. (2015).
Developmental RacGAP α2-chimaerin signaling is a determinant of themorphological features of dendritic spines in adulthood. J Neurosci 35, 1372813744.

Division of Neurogenetics

Iwasato GroupIWASATO, Takuji
Professor

岩里琢治

教授

形質遺伝研究部門

岩里研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/iwasato

MIZUNO, Hidenobu
Assistant Professor

水野秀信

助教

研究活動／ Research Activities

21

Department of Developmental Genetics

個体遺伝研究系

The genetic basis of development and behaviors in zebrafish
ゼブラフィッシュを用いた高次生命現象の遺伝学的解析

遺伝子トラップ・エンハンサートラップ
法による細胞・組織・器官特異的 GFP発現。
（左上）骨格、（右上）表皮上の細胞、（左下）血管、（右下）感覚神経。

GFP expression in specific cells, tissues
and organs by gene trapping andenhancer trapping. (upper, left) skeleton,(upper, right) cells on the skin, (lower,
left) blood vessels, (lower, right) sensory
neurons.

私たちはゼブラフィッシュを用いて、世界で初めて高効率なトラ
ンスポゾン転移システムを開発し、それを用いて、遺伝子導入動物作製法、遺伝子／エンハンサートラップ法、Gal4-UAS 法を開発してきました。これらの方法を駆使して世界最大規模のトランスジェ
ニックフィッシュリソースを構築し、特定の細胞や器官の可視化や機能操作を実現させました。これらの研究リソースを基に世界中の研究者と共同研究を展開しています。、さらに私たちは、行動・学習・記憶に重要な神経回路の可視化、神経細胞機能阻害、神経活動のイメージングなどを通じて脳機能の解明を目指しています。

We developed the highly efficient transposon transposition system in zebrafish, and developed powerful genetic
methods, including the transgenesis, gene trap, enhancer
trap, Gal4-UAS methods. By using these methods, we created a large number of transgenic fish lines that express theyeast Gal4 transcription activator in specific cells, tissues andorgans for the applications in developmental biology andneuroscience. We are studying the structure and function of
specific neuronal circuits that regulate locomotion, learningand memory. Also, we visualize neuronal activity during behavior by calcium imaging to identify functional neuronal circuits.

Selected Publications
Wada, H., Iwasaki, M., and Kawakami, K. (2014). Development of the lateral line
canal system through a bone remodeling process in zebrafish. Dev Biol 392,
1-14.

Asakawa, K., Abe, G., and Kawakami, K. (2013). Cellular dissection of the spinal
cord motor column by BAC transgenesis and gene trapping in zebrafish. Front
Neural Circuits 7, 100.

Muto, A., Ohkura, M., Abe, G., Nakai, J., and Kawakami, K. (2013). Real-timevisualization of neuronal activity during perception. Curr Biol 23, 307-311.

Division of Molecular and Developmental Biology

Kawakami GroupKAWAKAMI, Koichi
Professor

川上浩一

22

教授

研究活動／ Research Activities

川上研究室

ASAKAWA, Kazuhide
Assistant Professor

浅川和秀

助教

初期発生研究部門

MUTO, Akira
Assistant Professor

武藤

彩

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kawakami

Department of Population Genetics

集団遺伝研究系

Genome evolution of organisms with special reference to human
ヒトを中心とした生物のゲノム進化

ヒト科（ヒト、チンパンジー、ゴリラ、オランウータン）でのみ同一である非コード配列とその周辺の配列保存率。Saber et al.（ 2016）より。
Conservation levels of noncoding sequences identical only among Hominidae (human, chimpanzee, gorilla, and orangutan) and theirflanking regions. From Saber et al. (2016).

生物のゲノム進化をおもにコンピュータ解析で研究しています。
特に現代人の進化とヒトにいたる霊長類と哺乳類の進化に焦点をあてています。研究対象としては（1）古代 DNA 解析をふくめたさまざまな人類集団、特に日本列島人のゲノム規模データの解析、（2）
ヒト科、霊長類、哺乳類，脊椎動物などにおいて各系統で進化的に保存された非コード領域の解析、（3）ゲノム進化学研究に有用な解析法の開発、があります。

We study genome evolution of organisms mainly throughcomputer analyses. We are particularly interested in evolutionof modern humans and primate and mammalian evolution
toward human. Research interests are (1) genome data analysis of modern humans with special reference to those inJapanese Archipelago including ancient DNA, (2) lineagespecific evolutionary changes at different levels of organismgroups such as Hominidae, primates, mammals, and vertebrates, (3) development of methods useful for evolutionary
genomic studies.

Selected Publications
Kanzawa-Kiriyama, H., Kryukov, K., Jinam, T.A., Hosomichi, K., Saso, A., Suwa, G.,
Ueda, S., Yoneda, M., Tajima, A., Shinoda, K., Inoue I., and Saitou, N. (2017). A
partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima,
Japan. J Hum Genet 62, 213-221.

Babarinde, I.A., and Saitou, N. (2016). Genomic locations of conserved
noncoding sequences and their proximal protein-coding genes in mammalian
expression dynamics. Mol Biol Evol 33, 1807-1817.

Saber, M.M., Babarinde, I.A., Hettiarachchi, N., and Saitou, N. (2016). Emergenceand evolution of Hominidae-specific coding and noncoding genomic sequences.
Genome Biol Evol 8, 2076-2092.

Division of Population Genetics

Saitou GroupSAITOU, Naruya
Professor

斎藤成也

教授

集団遺伝研究部門

斎藤研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saitou

JINAM, Timothy A.
Assistant Professor

ジナム ティモシー A.

助教

研究活動／ Research Activities

23

Department of Population Genetics

集団遺伝研究系

Population genetics and genome evolution
集団遺伝とゲノム進化A）バクテリアでの生合成にかかるエネルギーの割合。バクテリアの細胞では約 75% のエネルギーがタンパク質合成に使われています（Neidhardt et al.
1990)。B）エネルギーコストに関わるタンパク質の進化。枯草菌のゲノムを見てみると、量の多いタンパク質はコストの安いアミノ酸を使って合成されていることが分かります。
Metabolic economics and microbrial proteome evolution. A) Chemical energy allocations for biosynthesis of a bacterial cell. About 75% of the budget isused for protein synthesis. Based on data from E. coli (Neidhardt et al. 1990). B) Protein adaptation for energetic efficiency. In Bacillus subtilis, abundant
proteins employ less energetically costly amino acids.

本研究室では、ゲノム進化のメカニズムを解明するために、理論と実験を組み合わせた研究を行っています。現在の研究テーマ
は以下のようなものです。
1）生合成における制約やその効率にかかる自然選択が、ゲノムおよびタンパク質の進化に与える影響の解明。
2）ゲノム進化に関する理論的研究。特にコンピューターシミュレー
ションを用いた、ゲノム進化に影響を与えた要因を統計的に検出する方法の開発。
3）キイロショウジョウバエの近縁種間でみられる、系統特異的なゲノム進化パターンとそれを引き起こした要因の解明。

We combine theoretical and laboratory studies to study
mechanisms of genome evolution. Current interests include:
1 ) Phenotypic bases of weak selection: biosynthetic con-straints or selection for efficient synthesis may be important global factors in genome and proteome evolution.

2 ) Modeling evolutionary processes: we employ computer

simulations of weak selection and fitness interactions
among mutations to determine statistical methods to detect subtle evolutionary forces.

3 ) lineage-specific genome evolution: we are trying to under-

stand why nucleotide and amino acid composition varystrongly among closely related Drosophila.

Selected Publications
Matsumoto, T., John, A., Baeza-Centurion, P., Li, B., and Akashi, H. (2016).
Codon usage selection can bias estimation of the fraction of adaptive amino acidfixations. Mol Biol Evol 33, 1580-1589.

Akashi, H., Osada, N., and Ohta, T. (2012). Weak selection and protein evolution.
Genetics 192, 15-31.

Matsumoto, T., Akashi, H., and Yang, Z. (2015). Evaluation of ancestral sequence
reconstruction methods to infer nonstationary patterns of nucleotide substitution.
Genetics 200, 873-890.

Division of Evolutionary Genetics

Akashi Group

明石研究室

AKASHI, Hiroshi
Professor

明石

24

裕

進化遺伝研究部門

教授

研究活動／ Research Activities

MATSUMOTO, Tomotaka
Assistant Professor

松本知高

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/akashi

Department of Population Genetics

集団遺伝研究系

Genetics of adaptive radiation
適応放散の遺伝機構

地道なフィールド調査と飼育室内での実験によって、野外生物にみられる行動や生理や形態の変異を解析します。ついで、古典的な遺伝的手法や最新のゲノミックス技術などを援用し、遺伝基盤や候補遺伝子を解明していきます。また、遺伝子操作法による分子機能解析に加え、ビオトープ池を用いたミクロ生態系での生態実験を用いて分子から生態までをつないでいきます。

Our research takes an integrative approach across diverse disciplines. The first step is to conduct a detailed ecological survey of natural variation among stickleback populations collectedfrom diverse environments. Next, we use genetic and genomic tools to study the genetic architecture of ecologically important phenotypic traits and also identify candidate genes responsible
for adaptation and speciation. Then, we use transgenic and knockout approaches to study the detailed molecular and physiological functions of these candidate genes in vivo. Furthermore,
we plan to use semi-natural ponds to get insight into how different alleles behave within natural populations.

どうやって新たな種が生まれるのか。生き物がどのようにして多様な環境に適応していくのか。生物多様性進化を巡るこれらの問いに対して、トゲウオやメダカを用いながら迫ります。表現型変化に関わる遺伝子は、実験モデル生物において多く同定されてきましたが、野外生物における種分化や適応進化の分子機構は多くが未解明です。また、原因対立遺伝子が野外集団内でどのように広まっていくのかについても多くが未解明です。これらを解明するために、フィールド調査から始まり、ゲノミックスや遺伝子工学、生態実験などを統合的に用います。

Our research goal is to understand the molecular mechanisms underlying the evolution of biodiversity. Althoughmany genes important for animal development and behavior
have been identified in model organisms, little is known
about the molecular mechanisms underlying naturally occurring phenotypic variation important for adaptation and speciation in wild populations. Furthermore, little is known about
how newly evolved alleles important for adaptation and speciation spread within natural populations. To understandthese ecological and genetic mechanisms, we mainly use
stickleback fishes as a model. Our research takes an integrative approach across diverse disciplines.

Selected Publications
Ishikawa, A., Kusakabe, M., Ravinet, M., Yoshida, K., Makino, T., Toyoda, A.
Fujiyama, A., and Kitano, J. (2017). Different contributions of local- and distantregulatory changes to transcriptome divergence between stickleback ecotypes.
Evolution, 71, 565-581.

Ishikawa, A., Takeuchi, N., Kusakabe, M., Kume, M., Mori, S., Takahashi, H., andKitano, J. (2013). Speciation in ninespine sticklebacks: reproductive isolation andphenotypic divergence among cryptic species of Japanese ninespine stickleback.
J Evol Biol 26, 1417-1430.

Yoshida, K., Makino, T., Yamaguchi, K., Shigenobu, S., Hasebe, M., Kawata, M.,
Kume, M., Mori, S., L. Peichel, C.L., Toyoda, A., Fujiyama, A., and Kitano, J. (2014).
Sex chromosome turnover contributes to genomic divergence between incipient
stickleback species. PLoS Genet 10, e1004223.

Division of Ecological Genetics

Kitano GroupKITANO, Jun
Professor

北野潤

生態遺伝学研究部門

北野研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kitano

ISHIKAWA, Asano
Assistant Professor
教授

石川麻乃

助教

研究活動／ Research Activities

25

Department of Integrated Genetics

総合遺伝研究系

Genomic medicine with next generation sequencing technology
次世代シーケンサーを駆使したゲノム医学研究

疾患メカニズムの解明にはゲノム配列だけでなく、遺伝子を含む全ての転写産物とそれらを制御する領域および因子を合わせて理解する必要があります。次世代シーケンサーを使ったこれらの解析により、疾患メカニズムを明らかにすることを目指しています。
The basic unit of heredity as disease causality might well be the regulatory region and not only the gene. The integrated functional properties based on a Next generation sequencer will open the way
to understand the disease mechanisms.

本研究室では、次世代シーケンサーで得られる膨大な塩基配列
情報を医学研究に活用し、ヒト疾患の理解、治療法の開発に寄与することを目指しています。疾患ゲノム研究は原因となっている遺伝子変異、多型を検出することを当初の目標としていますが、病変組織における遺伝子発現プロファイル、ネットワーク解析を組み合わせることにより、疾患メカニズム理解につなげる研究も推進します。また多因子疾患における疾患感受性遺伝子は進化的な意義を有することが多く、集団遺伝学的な検討も試みています。

Our research goal is to elucidate disease causalities andtheir patho-etiologies, and ultimately to develop therapeutic
tool. With the advent of next generation sequencing technologies, it becomes very handy to identify causalities of monogenic diseases as well as complex diseases. With the vast of
genomic information at hand, we will combine gene expression profiles of the responsible tissues together with clinicalinformation to understand the global picture of diseases.

Selected Publications
Romero,V., Hosomichi, K., Nakaoka,H., Shibata,H., and Inoue, I. (2017) Structureand evolution of the filaggrin gene repeated region in primates. BMC Evol Biol 17,
10.
Ahmadloo, S., Nakaoka, H., Hayano, T., Hosomichi, K., You, H., Utsuno, E.,
Sangai, T., Nishimura, M., Matsushita, K., Hata, A., Nomura, F., Inoue, I. (2017)
Rapid and cost-effective high-throughput sequencing for identification of germline
mutations of BRCA1 and BRCA2. J Hum Genet 62, 561-567.

Division of Human Genetics

Inoue Group

井ノ上研究室INOUE, Ituro
Professor

井ノ上逸朗

26

人類遺伝研究部門

NAKAOKA, Hirofumi
Assistant Professor

教授

研究活動／ Research Activities

中岡博史

助教

Nakaoka, H., Gurumurthy, A., Hayano, T., Ahmadloo, S., Omer, W.H., Yoshihara, K.,
Yamamoto, A., Kurose K., Enomoto, T., Akira, S., Hosomichi, K., and Inoue, I. (2016).
Allelic imbalance in regulation of ANRIL through chromatin interaction at 9p21
endometriosis risk locus. PLoS Genet 12, e1005893.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/inoue

総合遺伝研究系

Department of Integrated Genetics

Genetics of epigenetics
エピジェネティクスの遺伝学

シロイヌナズナの ibm1 突然変異による発生異常
表現型は、H3K9 メチル化酵素遺伝子 KYP や非CpG メチル化酵素遺伝子 CMT3 の突然変異で抑圧される。
The ibm1 (increase in BONSAI methylation)
mutation induces developmental defects, which
are suppressed by mutation in the H3K9
methylase gene KYP or non-CG methylase gene
CMT3. The results suggest that these
phenotypes are due to ectopic deposition ofheterochromatin marks, such as H3K9
methylation and non-CG methylation.

細胞分裂後に継承される遺伝情報の実体は塩基配列です。一方、
塩基配列以外の形で、遺伝子の ON ／ OFF 情報が娘細胞に伝わる現象が多くの生物で観察されます。このような「エピジェネティッ
ク」な現象の実体は、DNA のメチル化などのクロマチンの修飾であることがわかってきています。私達は、シロイヌナズナのゲノム
DNA のメチル化を制御する因子の変異体を用いたアプローチで、ゲノム進化や個体発生におけるエピジェネティックな制御の役割とその機構について研究しています。

To understand control and function of DNA methylation,
we are taking genetic approaches using mutants of Arabidopsis. An Arabidopsis protein DDM1 (decrease in DNA
methylation) is necessary for methylating transposons andrepeats. On the other hand, IBM1 (increase in BONSAI methylation) is necessary for not methylating genes. In mutants ofgenes encoding these proteins, several types of developmental abnormalities were induced. Characterization of theseabnormalities is revealing impact of DNA methylation on genome evolution and appropriate gene expression.

Selected Publications
Inagaki, S., Takahashi, M., Hosaka, A., Ito, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Tarutani, Y.,
and Kakutani, T. (2017). Gene-body chromatin modification dynamics mediate
epigenome differentiation in Arabidopsis. EMBO J 36, 970-980.
Fu, Y., Kawabe, A., Etcheverry, M., Ito, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Colot, V.,
Tarutani, Y., and Kakutani, T. (2013). Mobilization of a plant transposon by
expression of the transposon-encoded anti-silencing factor. EMBO J 32,
2407-2417.

Division of Agricultural Genetics

Kakutani GroupKAKUTANI, Tetsuji
Professor

角谷徹仁

教授

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kakutani

育種遺伝研究部門

角谷研究室

TARUTANI, Yoshiaki
Assistant Professor

樽谷芳明

助教

Tsukahara, S., Kawabe, A., Kobayashi, A., Ito, T., Aizu, T., Shin-I, T., Toyoda, A.,
Fujiyama, A., Tarutani, Y., and Kakutani, T. (2012). Centromere-targeted de novo
integrations of an LTR retrotransposon of Arabidopsis lyrata. Genes Dev 26,
705-713.

INAGAKI, Soichi
Assistant Professor

稲垣宗一

助教

研究活動／ Research Activities

27

Department of Integrated Genetics

総合遺伝研究系

Approaching brain function through studying development of nervous systems
神経発生から眺める脳機能遺伝子型の異なる3 匹のマウス胚終脳を腹側からみた写真。左右前端部の嗅球（矢じり）の神経細胞と軸索が青く染まっている。
（左）正常脳では、軸索は腹側の脳を避けるように弧を描いて伸びて神経回路を作る。
（中・右）軸索ガイド分子遺伝子を欠損したマウス脳では、軸索の伸長パターンが乱れ、異所的回路が作られる。

Ventral aspects of three mouse embryonic brains with different genotypes. Olfactory bulb (arrowheads) neurons and their axons are labeled in blue. (left) in the normal brain, olfactory bulb axons growaround the ventral brain part and make neural circuits. (middle, right) in mutant brains for axon guidance molecules, the axons ectopically grow and make aberrant connections.

脳は膨大な数の神経細胞が織りなす回路です。遺伝子に記された発生プログラムに従って、神経細胞が生まれ、移動し、軸索を伸長して、標的細胞と配線されて作られます。この配線パターンが、動物の行動や思考といった脳機能の特徴を決めています。経験や学習によって柔軟に変化できる脳ですが、実のところ、いったん作られた配線のほとんどは固定されており、書き換え不能です。当研究室では、発生期につくられる神経回路の配線のルールを理解する事で、脳の頑固な部分に迫りたいと考えています。

The brain circuitry is made up of an enormous numberof neurons. It is constructed by sequential developmental
steps, involving neuronal differentiation, migration, axon guidance, and synaptogensis. The resulting wiring patterns determine the characteristics of animals’ behavior and mental
activities. Although the brain maintains a certain degree ofplasticity, the core element is almost fixed and non-rewireable after the completion. We focus on this rigid feature of
the brain by attempting to reveal the rules of neural development and to understand how the wiring design shapes brain
function.

Selected Publications
Zhu, Y., Matsumoto, T., Nagasawa, T., Mackay, F., and Murakami, F. (2015).
Chemokine signaling controls integrity of radial glial scaffold in developing spinal
cord and consequential proper position of boundary cap cells. J Neurosci 35,
9211-9224.

Suzuki, K., and Hirata, T. (2014). A common developmental plan for neocorticalgeneexpressing neurons in the pallium of the domestic chicken Gallus gallus
domesticus and the Chinese softshell turtle Pelodiscus sinensis. Front Neuroanat 8,
20.

Mita, S., de Monasterio-Schrader, P., Fünfschilling, U., Kawasaki, T., Mizuno, H.,
Iwasato, T., Nave, K.A., Werner, H.B., and Hirata, T. (2015). Transcallosal
projections require glycoprotein M6-Dependent neurite growth and guidance.
Cereb Cortex 25, 4111-4125.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/hirata

Division of Brain Function 脳機能研究部門

Hirata Group

平田研究室

HIRATA, Tatsumi
Professor

平田たつみ

28

KAWASAKI, Takahiko
Assistant Professor

教授

研究活動／ Research Activities

川崎能彦

助教

ZHU, Yan
Assistant Professor

トウー ヤン

助教

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Molecular basis of plant cell morphogenesis
植物細胞の形態形成：空間を制御する分子システムの理解

A）木部道管の様々な二次細胞壁パターン。B）木部道管分化誘導系。二次細胞壁（赤）の沈着が認められる。C）二次細胞壁の沈着を誘導する微小管。D）Rho GTPase が活性化（緑）し、二次細胞壁（黄）の沈着を阻害している。E）細胞壁パターンの再構築。Rho GTPase（紫）が細胞膜ドメインを形成し、微小管（緑）と相互作用している。
(A) Xylem vessels develop various secondary cell wall patterns. (B) Xylogenic Arabidopsis cultured cells. Red signals indicate secondary cell walls. (C) Cortical microtubules in the differentiating xylem
cell. (D) Secondary cell walls (yellow) and plasma membrane domains (green). (E) Reconstruction assay for secondary cell wall patterns. Magenta: plasma membrane domains. Green: microtubules.

多細胞生物の発生は個々の細胞が適切な形態と機能を獲得することによって成し遂げられます。植物細胞は堅い細胞壁に覆われており、この細胞壁の沈着パターンを変化させることにより様々な細胞を作り出しています。私たちの研究室では、螺旋、網目、孔紋などのパターンに従って二次細胞壁を形成する木部道管に着目し、植物細胞が空間的なパターンを創り出す仕組みを研究しています。
独自に開発した木部道管分化誘導系と細胞壁パターンの再構築実
験系を用い、主に細胞骨格とRho GTPaseの働きを調べています。

A specifically patterned cell wall is a determinant of plant
cell shape. However, the precise mechanism underlying thecell wall patterning is still elusive. The main purpose of ourstudy is to reveal how plant cells establish proper cell wall
patterns. We focus on xylem vessel cells that deposit secondary cell walls in various patterns such as spiral, reticulate,and pitted patterns. By using our xylogenic cell culture system and pattern reconstruction assay, we have revealed thatcortical cytoskeletons and Rho GTPases play a central rolein the secondary cell wall patterning.

Selected Publications
Oda, Y., and Fukuda, H. (2013). Rho of plant GTPase signaling regulates the
behavior of Arabidopsis kinesin-13A to establish secondary cell wall patterns.
Plant Cell 25, 4439-4450.

Oda, Y., Iida, Y., Kondo, Y., and Fukuda, H. (2010). Wood cell-wall structure
requires local 2D-microtubule disassembly by a novel plasma
membraneanchored protein. Current Biology 20, 1197-1202.

Oda, Y., and Fukuda, H. (2012). Initiation of cell wall pattern by a Rho- andmicrotubule-driven symmetry breaking. Science 337, 1333-1336.

Cell Dynamics and Organization Laboratory 細胞空間制御研究室

Oda Group

小田研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/oda

ODA, Yoshihisa
Associate Professor

小田祥久

准教授

研究活動／ Research Activities

29

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Cellular mechanochemistry regulating eukaryotic chromosome dynamics
真核生物の染色体動態を制御する細胞のメカノケミストリー（A）モデル生物として主に用いているアフリカツメガ
エル。メスの卵（B）から調製される細胞質抽出液を用いて紡錘体や細胞核を in vitro 再構成し、顕微鏡下で直接力学操作することができる。
（C）の写真は、抽出液内で形成した分裂中期紡錘体（写真中央）に２本の微小ガラスファイバーを用いて力の刺激を与えているところ。挿絵はその模式図。
(A) Xenopus laevis, our primary model organism.
Eggs from female frogs (B) are used to prepare cytoplasmic extracts, in which the spindle apparatus andthe cell nucleus can be in vitro assembled andmicromanipulated. Image in (C) shows a metaphasespindle assembled in extracts and visualized by fluorescently labeled tubulin. A pair of glass microfibers
can be used to apply mechanical force. Inset
illustrates the geometry of the set-up

細胞がメカニカルな力を感知して応答する能力は、細胞分裂や分化を初めとするさまざまな生命プロセスにとって必要不可欠です。
私達の研究室では、レーザーピンセットやガラスファイバーを用いたマイクロマニピュレーション技術と高解像度の蛍光イメージング手法を用いて、遺伝子動態制御の中核を担う紡錘体や細胞核がどのような物理化学特性を備えているかを調べています。それらのメカニクスと分子反応ケミストリーの関係を定量的に明らかにすることを通して、細胞が規定された機械シグナルに適切に応答す
るためにどのように構造化されているかを理解し、最終的にはその知識を使って細胞の挙動を任意に制御することを目指して研究しています。

The cell’s ability to sense and respond to mechanicalforce is crucial to many biological processes, including cell
division and differentiation. Our laboratory uses novel biophysical methods which combine controlled micromanipulation techniques (e.g., laser tweezers, glass microfibers) andhigh-resolution fluorescence microscopy (e.g., confocal and
TIRF imaging) to characterize physicochemical nature of themitotic spindle and the cell nucleus. Thorough quantitative
analyses of their micromechanics and molecular biochemistry, we aim to understand the principles of how cells are
structured to respond to defined mechanical cues and aim
ultimately to use the knowledge to control cellular behavior.

Selected Publications
Shimamoto, Y., Forth, S., and Kapoor, T.M. (2015). Measuring pushing andbraking forces generated by ensembles of kinesin-5 crosslinking two
microtubules. Dev Cell 34, 669-681.

Shimamoto, Y., Maeda, Y.T., Ishiwata, S., Libchaber, A.J., and Kapoor, T.M. (2011).
Insights into the micromechanical properties of the metaphase spindle. Cell 145,
1062-1074.

Takagi, J., Itabashi, T., Suzuki, K., Kapoor, T.M., Shimamoto, Y., and Ishiwata, S. (2013).
Using micromanipulation to analyze control of vertebrate meiotic spindle size. Cell
Rep 5, 44-50.

Quantitative Mechanobiology Laboratory 定量メカノバイオロジー研究室

Shimamoto Group 島本研究室

SHIMAMOTO, Yuta
Associate Professor

島本勇太

30

准教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/shimamoto

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Revealing molecular function of SMC complexes in chromosome structural control

B
(kDa)
250

loaderA

cohesin

SMC 複合体による染色体構造形成機構の解明

150
100
75
chromosome

50
a molecular model“sister chromatid cohesion”

37

C

D
loa der

circularlinear+ ATP
Retrieve
DNA-cohesin by IP

wash (high salt)
gel electrophoresis

Beads
Beads

circular

ゲノム情報を保持する染色体は、細胞の大きさに比べてはるに
長大な分子です。細胞は、これを核内に絡まることなく納め、遺伝
子発現、複製、分配といった複雑でダイナミックな反応を同時に制御しています。巨大なリング状の SMC 複合体は染色体構造形成の中心となる制御因子であり、ゴムバンドのように DNA を束ねて働くと考えられています。私たちは、SMC 複合体を含む染色体構造の制御を行うタンパク質を精製し、試験管内再構成することによって、その分子メカニズムを解明しようとしています。

Beads
Beads

linearcircularlinearinput boundcircular DNA + cohesin + loader

Ａ．コヒーシン（SMC1/3）複合体による姉妹染色体接着形成モデル。Ｂ．精製した分裂酵母コヒーシン、及びローダー複合体。Ｃ，Ｄ．コヒーシンのＤＮＡ結合反応の試験管内再構成実験、及びアガロースゲ
ル電気泳動による解析。

A. A molecular model how cohesin complex
mediates sister chromatid cohesion. B. Purified
cohesin proteins. C, D. Biochemical reconstitutionof topological DNA loading by the cohesin ring.

Controlling of chromosome structure is essential for not
only faithful chromosome segregation but also gene transcription, DNA replication and repair. Ring-shaped SMC
complexes are central architects of chromosome. The complexes topologically entraps DNA strand to exert their vitalchromosomal functions. We have successfully purified cohesin (SMC1/3) complex and reconstituted its functional DNA
binding reaction. Our aim is to investigate molecular mechanism how SMC complexes mediate structural control ofchromosome.

Selected Publications
Murayama, Y., and Uhlmann, F. (2017). An in vitro assay for monitoring
topological DNA entrapment by the chromosomal cohesin complex. Methods
Mol Biol 1515, 23-35.

Murayama, Y., and Uhlmann, F. (2014). Biochemical reconstitution of
topological DNA binding by the cohesin ring. Nature 505, 367-371.

Murayama, Y., and Uhlmann, F. (2015). DNA entry into and exit out of thecohesin ring by an interlocking gate mechanism. Cell 163, 1628-1640.

Chromosome Biochemistry Laboratory

Murayama Group

染色体生化学研究室

村山研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/murayama

MURAYAMA, Yasuto
Associate Professor

村山泰斗

准教授

（7月1日着任予定）

研究活動／ Research Activities

31Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Integrative genetics of mouse complex traits
マウス高次形質の統合的遺伝解析

肺から魚の浮袋への形態転換に伴うShh 遺伝子エンハンサーの進化：
形態形成に働くShh 遺伝子発現を調節する
エンハンサー配列が、肺を持つ陸生動物では消化管の腹側で活性を持つこと、一方、浮袋を持つ真骨魚類では、このエンハンサー
活性が喪失し別のエンハンサー配列が消化管の背側で活性を獲得したことが明らかになりました。つまり、肺から浮袋への形態進化に伴ってエンハンサー活性の腹側から背側への軸性転換が生じたことがわかりました。
Shh enhancer evolution:
MACS1 is a Shh endoderm enhancer thatemerged prior to the divergence of
cartilaginous and bony fishes. Ray-finned
fishes evolved a novel conserved
non-coding sequence named Block-2. The
MACS1 activity in the ventral digestive tube
has been lost in the euteleost lineage, andBlock-2 acquired an enhancer activity for
dorsal epithelial expression in the digestive
tube. It implicates that evolution of these
two enhancers is relevant to the morphological transition from ventral lungs to dorsal
gasbladder.

当研究室では、マウス近交系統や突然変異体の表現型に着目した“順遺伝学”と遺伝子改変マウスを用いた“逆遺伝学”の両方
法論を駆使して、形態形成やエネルギー代謝などの高次生命現象を制御する遺伝メカニズムの統合的理解をめざしています。また、
生物遺伝資源事業として、野生マウス由来系統を含めたゲノム多型情報や表現型情報の収集と整備を行うとともに、亜種間コンソミッ
ク系統など、マウス機能ゲノム学のためのバイオリソースの開発を進めています。

In order to understand genetic basis underlying complex
traits, such as morphology and energy metabolism, we areconducting genetic analyses based upon both of “Forward
Genetics” using existing mouse mutants and “Reverse Genetics” using genetically engineered mice. In parallel, we arealso compiling information of the genome diversity of inbred
mouse strains, and developing new inter-subspecific consomic strains, in which every chromosome of a classical inbred
strain C57BL/6J is replaced by the counterpart of a wild
mouse-derived MSM/Ms strain. These bioresources arefreely available for research community.

Selected Publications
Sagai, T., Amano, T., Maeno, A., Kimura, T., Nakamoto, M., Takehana, Y.,
Naruse, K., Okada, N., Kiyonari, H., and Shiroishi, T. (2017). Evolution of Shhendoderm enhancers during morphological transition from ventral lungs to
dorsal gas bladder. Nat commun 8, 14300.

Oka, A., Takada, T., Fujisawa, H., and Shiroishi, T. (2014). Evolutionarily
diverged regulation of X-chromosomal genes as a primal event in mouse
reproductive isolation. PLoS Genet 10, e1004301.

Takada, T., Yoshiki, A., Obata, Y., Yamazaki, Y., and Shiroishi, T. (2015).
NIG_MoG: a mouse genome navigator for exploring intersubspecific genetic
polymorphisms. Mamm Genome 26, 331-337.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/shiroishi

Mammalian Genetics Laboratory 哺乳動物遺伝研究室

Shiroishi GroupSHIROISHI, Toshihiko
Professor

城石俊彦

32

教授

研究活動／ Research Activities

城石研究室

TAKADA, Toyoyuki
Assistant Professor

高田豊行

助教

AMANO, Takanori
Assistant Professor

天野孝紀

助教

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Developmental genetic studies using gene engineering technology in mice
マウス発生工学を用いた発生分化機構の解析

A-B．体節におけるNotch シグナルの活性を GFPレポーターで可視化した。Notch シグナルは体節の後方部でのみ活性化。C．胎生期の雄生殖細胞（赤）におけるNanos2 タンパク質（緑）の局在。D．Nanos2を持続発現（緑）すると、分化した精子細胞は失われ、幹細胞（マゼンタ）が増加する。生後６週の精細管。E. 生後直後の卵巣切片。生殖細胞 ( マゼンタ) は体細胞 ( 緑 ) に囲まれたシストとして存在する。F. 生後
12 日目の卵巣切片。シストは崩壊して原始卵胞は活性化 ( 緑 )し卵子として成長する。原始卵胞活性化機構の解明を目指している。
(A-B) Notch signaling is activated only in the caudal part of each somite. (C) Nanos2 proteins (green) are localized in the P-bodies in cytoplasm of embryonic male germ cells (red). (D) A section of adultseminiferous tubule, in which Nanos2 (green) expression is maintained in the spermatogonial stem cell (magenta). Only stem cells remain, while sperm differentiation is suppressed. (E-F) Sections of ovaries atbirthday (E) and 12 days after birth (F). We are interested in the mechanism of primordial follicle activation (green in F) after cyst (magenta in E) breakdown.

発生過程ではいろいろな遺伝子が時間的・空間的に正確な制御下で発現し、機能を発揮します。そのような遺伝子の機能及び発現調節機構を解明するためにはマウスを用いた個体レベルの解析は重要です。当研究室では発生工学的手法を用いて、中胚葉形
成機構、生殖細胞の性決定機構、また精子形成、卵子形成を支配する RNA 制御機構の解明を目指しています。最近はクリスパーを用いた遺伝子改変技術を用いて、多くの有用マウスを作製し解析することにより、生体内における本来の遺伝子機能の解明を目指しています。

We aim to elucidate molecular mechanisms involved inseveral developmental processes. Major targets are mesoderm tissues and germ cell development; sexual fate decision, spermatogenesis and oogeneis. We like to understandmechanisms how germ cells chose two alternative pathways
to form sperm or oocyte. For the functional analyses, we use
Cas9-mediated gene editing technology to facilitate mutant
mouse production.

Selected Publications
Wu, Q., Fukuda, K., Kato, Y., Zhou, Z., Deng, C.X., and Saga, Y. (2016). Sexualfate change of XX germ cells caused by the deletion of SMAD4 and STRA8
independent of somatic sex reprogramming. PLoS Biol 14, e1002553.

Suzuki, A., Niimi, Y., Shinmyozu, K., Zhou, Z., Kiso, M., and Saga, Y. (2016).
Dead end1 is an essential partner of NANOS2 for selective binding of target
RNAs in male germ cell development. EMBO Rep 17, 37-46.

Kato, Y., Katsuki, T., Kokubo, H., Masuda, A., and Saga, Y. (2016). Dazl is atarget RNA suppressed by mammalian NANOS2 in sexually differentiating malegerm cells. Nat Commun 7, 11272.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saga

Mammalian Development Laboratory 発生工学研究室

Saga Group

SAGA, Yumiko
Professor

相賀裕美子

相賀研究室

KATO, Yuzuru
Assistant Professor
教授

加藤

譲

助教

AJIMA, Rieko
Assistant Professor

安島理恵子

助教

研究活動／ Research Activities

33

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Behavioral genetics using wild-derived mouse strains
野生由来マウスを用いた行動遺伝学（A）世界各地の野生マウスから樹立された野生マウス系統群と、実験用マウス系統との行動の違い。野生マウスは実験用マウスに比べ、ヒトに触られるのを嫌がる。
（B）様々な行動における遺伝的基盤を解明するためのゲノム編集技術の利用。
(A) Notable strain differences of
behavioral patterns between
wild-derived and laboratory strainsusing a variety of behavioral studies.
(B) Efficient genome editing
technologies in rodents withCRISPR/Cas9 for behavioral
research.

生物の個体差をもたらす遺伝的機構の多くは未だ解明されていません。私たちは、世界各地から捕獲された野生由来マウス系統
を用い、様々な行動の多様性を生み出すメカニズムの解明に取り組んでいます。野生由来の近交系統は、特徴的な行動を示し、顕著な系統差を示すことから、行動遺伝学研究に有用です。加えて、ゲノム編集技術を用いた効率的な遺伝子改変動物の開発にも取り組んでいます。これらを駆使することで、行動の多様性に関わる遺伝子を同定し、その機能を分子、細胞、更には神経レベルで明らかにすることを目指しています。

The genetic basis for individual differences in complex
traits is still unclear. In order to clarify the mechanisms related
to behavioral diversity, we are using a series of wild-derived
mouse strains. Wild derived strains exhibit a prominent degree of wildness and phenotypic diversity among them. We
are also developing efficient genome editing methodologies
in rodents with CRISPR/Cas9. We are identifying genes
related to behavioral diversity using these tools, and are aiming to understand the role of these genes in the molecular,
cellular, and neural mechanisms that underlie this behavioral
diversity.

Selected Publications
Yoshimi, K., Kunihiro, Y., Kaneko, T., Nagahora, H., Voigt, B., and Mashimo, T. (2016).
ssODN-mediated knock-in with CRISPR-Cas for large genomic regions inzygotes. Nat Commun 7, 10431.

Takahashi, A., Lee, R.X., Iwasato, T., Itohara, S., Arima, H., Bettler, B., Miczek, K.A.,
and Koide, T. (2015). Glutamate input in the dorsal raphe nucleus as adeterminant of escalated aggression in male mice. J Neurosci 35, 6452-6463.

Hirata, H., Takahashi, A., Shimoda, Y., and Koide, T. (2016). Caspr3-deficient
mice exhibit low motor learning during the early phase of the accelerated rotarod
task. PLoS One 11, e0147887.

Mouse Genomics Resource Laboratory マウス開発研究室

Koide Group

小出研究室

KOIDE, Tsuyoshi
Associate Professor

小出

34

剛

准教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/koide

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Analyses of regulatory mechanisms in zebrafish germ cells
ゼブラフィッシュを用いた生殖細胞制御機構の解析
精原幹細胞培養
1 day

精原幹細胞培養の継続

精子への分化培養系に移行

37 days

32 days (1 day a-er replate)

41 days

41 days (10 days a-er replate)48 days

48 days (17 days a-er replate)

7 days31 days

精原幹細胞で緑色蛍光タンパクを発現する系統を用いた精原幹細胞−精子の細胞培養。精原幹細胞培養系では精原幹細胞が増殖するのに対して（左および中央パネル）、精子への分化培養系では精原幹細胞が機能的精子へと分化していく（右パネル）。
Propagation and differentiation of spermatogonial stem cells (SSCs) in culture. SSCs that express green fluorescent protein grow in propagation culture (left and middle panels),
while they differentiate into sperm in differentiation culture (the right panel).

精子形成は精原幹細胞の自己再生と分化によって維持され、分化した精原細胞は細胞架橋でつながったシスト分裂により増幅した後、減数分裂を経て機能的な精子へと分化します。こうした複雑な過程を制御する因子の解析に細胞培養系は有用な方法となります。私たちは、ゼブラフィッシュを用いて精原幹細胞の自己再生から機能的精子までの精子形成全過程を再現する細胞培養系を確立しました。Forward genetics による精子形成異常変異体を組み合わせて、脊椎動物に普遍的な精子形成の制御因子の解明を進めています。

Spermatogenesis is characterized by sequential transitions of multiple processes: self-renewal of spermatogonial
stem cells, mitotic growth of differentiating spermatogonia,
and meiosis leading to the production of sperm. Moleculardissection of these complex processes and transitions could
be facilitated by cell culture approaches. We have developed
techniques to recapitulate the entire spermatogenesis process, from stem cell propagation to differentiation of functional sperm, solely in culture. In addition, we have alreadyisolated several ENU-induced zebrafish mutants that have adefect in spermatogenesis. We are working on the molecularmechanisms to regulate spermatogenesis of vertebrates
both in vivo and in vitro.

Selected Publications
Kawasaki, T., Siegfried, K.R., and Sakai, N. (2016). Differentiation of zebrafish
spermatogonial stem cells to functional sperm in culture. Development 143,566-574.

Shinya, M., Kobayashi, K., Masuda, A., Tokumoto, M., Ozaki, Y., Saito, K.,
Kawasaki, T., Sado, Y., and Sakai, N. (2013). Properties of gene knockdown
system by vector-based siRNA in zebrafish. Dev Growth Differ 55, 755-765.

Saito, K., Sakai, C., Kawasaki, T., and Sakai, N. (2014). Telomere distribution
pattern and synapsis initiation during spermatogenesis in zebrafish. Dev Dyn 243,
1448-1456.

Model Fish Genomics Resource Laboratory

Sakai GroupSAKAI, Noriyoshi
Associate Professor

酒井則良

准教授

酒井研究室

小型魚類開発研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sakai

KAWASAKI, Toshihiro
Assistant Professor

河﨑敏広

助教

研究活動／ Research Activities

35

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Molecular genetics of plant embryogenesis
イネ分子遺伝学による植物初期発生機構の解明

写真上段：共焦点レーザー蛍光顕微鏡
観察によるイネ胚（完熟胚）の中央断面。
写真下段：左から、イネ籾、コメ（左上に胚がある）、茎頂分裂組織のマーカーとなるOSH1 タンパクを検出した免疫染
色、実験室内で開花したイネの花。
Upper panel: mature rice embryoobserved by confocal laser scanningmicroscope.
Lower panels from left: rice grain, brown
rice, immunohistochemical staining of amarker of undifferentiated stem cells inthe shoot apical meristem in rice (OSH1),
rice flowers.

穀類モデル植物であるイネを主な実験材料にして、植物初期発
生の分子基盤についての研究を進めています。突然変異系統など多様なイネ遺伝資源を活用して、受精後の植物胚における、頂部−基部また背−腹といった軸形成や器官分化の遺伝的制御機構の解明に取り組んでいます。また、イネだけでなくイネ属、イネ科
植物を用いた比較ゲノム解析から、発生過程やその制御機構の可塑性の分子基盤とゲノム進化機構の解明を目指しています。イネ
遺伝資源事業として、突然変異系統の選抜、野生イネの特性解析などの研究、開発、分譲も行っています。

The goal of our research is to elucidate the mechanismof plant embryogenesis. We are focusing on processes ofthe patterning of apical-basal or dorsal-ventral axis formation, and the organogenesis during early stages of rice embryogenesis. We are taking a molecular genetic approach
using a series of rice embryogenesis defective mutants aswell as comparative embryology and genomics approaches
in grass species. We are also responsible for managing,preservation, propagation, and distribution of rice genetic
resources of wild rice species collected in the NIG under the
NBRP.

Selected Publications
Suzuki, M., Sato, Y., Wu, S., Kang, B.H., and McCartly, D.R. (2015). Conserved
functions of the MATE transporter BIG EMBRYO 1 in regulation of lateral organ
size and initiation rate. Plant Cell 27, 2288-2300.

Nosaka, M., Itoh, J., Nagato, Y., Ono, A., Ishiwata, A., and Sato, Y. (2012). Roleof transposon-derived small RNAs in the interplay between genomes andparasitic DNA in rice. PLoS Genet 8, e1002953.

Ishiwata, A., Ozawa, M., Nagasaki, H., Kato, M., Noda, Y., Yamaguchi, T.,
Nosaka, M., Shimizu-Sato, S., Nagasaki, A., Maekawa, M., Hirano, H.Y., andSato, Y. (2013). Two WUSCHEL-related homeobox Genes, narrow leaf2 andnarrow leaf3, control leaf width in rice. Plant Cell Physiol 54, 779-792.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sato

Plant Genetics Laboratory 植物遺伝研究室

Sato Group佐藤研究室

SATO, Yutaka
Professor

佐藤

36

豊

教授

研究活動／ Research Activities

SUZUKI, Toshiya
Assistant Professor

TAKAHASHI (NOSAKA), Misuzu
Assistant Professor

助教

助教

鈴木俊哉

高橋（野坂）実鈴

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Genetic dissection of the cell division mechanism using single-cellular model organisms
モデル単細胞を使った細胞分裂の遺伝制御メカニズム

ジャポニカス分裂酵母の菌糸型細胞。核を緑色蛍光タンパク質で、細胞質を赤色
蛍光タンパク質で識別した。
Hyphal cells of Schizosaccharomyces
japonicas. Green fluorescent protein
indicates nuclei and red fluorescent protein
indicates cytosolic region.

大腸菌や酵母は、細胞増殖の基本メカニズムを解明する上で極めて有効なモデル生物です。これまでに原核細胞と真核細胞を適宜に取り扱い、染色体の折れたたみ、プラスミドDNAが動く仕組み、細胞の形が決まる仕組み等の研究を進めています。遺伝学的もし
くは細胞生物学的手法を用いて、細胞内で起こる現象を観察しています。蛍光タンパク質による DNA やタンパク質のイメージング
により、細胞増殖の過程で新しい現象を発見してきました。特に、このような細胞観察に適したジャポニカス分裂酵母は菌糸増殖と細胞周期のモデル細胞として適しており、酵母から菌糸に転換する
遺伝的制御が次々と明らかになってきています。
大腸菌バイオリソース https://shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain
枯草菌バイオリソース https://shigen.nig.ac.jp/bsub/

Bacteria and yeasts are suitable model organisms tounderstand the fundamental mechanisms on cell proliferation. Our laboratory studies the mechanisms behind chromosome and plasmid DNA dynamics in the cell or the mechanism underlies cell shape formation. Genetic methods aswell as cell-biological methods were used to observe those
intracellular events. We have made several novel observations in cell proliferation mechanism by using fluorescentbased protein or DNA imaging. Especially S. japonicus yeast
suits for those cell biological analyses, and studies of hyphal
growth and cell cycle add special value on this organism.
Novel genetic system has been elucidated by recent ourworks.

Selected Publications
Niki, H., and Yano, K. (2016). In vitro topological loading of bacterial condensin
MukB on DNA, preferentially single-stranded DNA rather than double-stranded
DNA. Sci Rep 6, 29469.
Aoki, K., Furuya, K., and Niki, H. (2016). Schizosaccharomyces japonicus: adistinct dimorphic yeast among the fission yeast. CSHL Protocol doi:10.1101/
pdb.top082651.

Microbial Genetics Laboratory

Niki Group

NIKI, Hironori
Professor

仁木宏典

原核生物遺伝研究室

仁木研究室

Monteiro, D.C., Patel, V., Bartlett, C.P., Nozaki, S., Grant, T.D., Gowdy, J.A.,
Thompson, G.S., Kalverda, A.P., Snell, E.H., Niki, H., Pearson, A.R., and Webb, M.E.
(2015). The structure of the PanD/PanZ protein complex reveals negativefeedback
regulation of pantothenate biosynthesis by coenzyme A. Chem Biol 22, 492-503.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/niki

AOKI, Keita
Assistant Professor

教授

青木敬太

助教

研究活動／ Research Activities

37Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

The mechanisms of transposon regulation in Drosophila
ショウジョウバエにおけるトランスポゾン制御のメカニズム（A）piRNA によるショウジョウバエ転移因子制御機構の概要 （B）卵巣性体細胞とVasa 遺伝子を発現する生殖細胞（赤）におけるPiwi（緑）の発現 （C）ナショナルバイオリソースプロジェクトの一貫として管理、供給しているハエ系統群
(A) Schematic representation of piRNA-mediated TE silencing system in Drosophila. (B) Piwi (Green) is expressed in ovarian somatic
cells and Vasa-positve (Red) germ cells. (C) Fly strains we are maintaining and providing under the National Bioresource Project.

真核生物ゲノムの膨大な領域を占める転移因子（トランスポゾン）
は、ゲノム進化に重要な役割を果たしてきました。しかし、どのようにして転移因子が転移因子として識別され、制御されているかは不明です。私たちの研究室ではモデル動物ショウジョウバエを用いてこの問題を分子レベルで解き明かします。特に、piRNA 経路、クロマチン制御、生殖細胞の発生過程を主な研究対象とし、分子生物学、情報科学、更に私たちが管理する強力な遺伝子資源（NIG-Fly）を活用した遺伝学を駆使することで転移因子の制御機構に迫る予定です。

Transposable elements (TEs) occupy a large proportionof many eukaryotic genomes and play beneficial effects forthe evolution of organisms. However, we do not have a clear
understanding of how individual TEs are recognized and regulated in cells. Our laboratory is interested in molecularmechanisms on epigenetic regulations of TEs in Drosophila.
To understand them, we are engaged in studying the piRNA
pathways, chromatin regulation and germ line developmentusing biochemical and high-throughput technologies, andgenetic tools which are managed and distributed by genetic
resources project (NIG-Fly).

Selected Publications
Iwasaki, Y.W., Murano, K., Ishizu, H., Shibuya, A., Iyoda, Y., Siomi, M.C., Siomi, H.,
and Saito, K. (2016). Piwi modulates chromatin accessibility by regulating multiple
factors including histone H1 to represss transposons. Mol Cell 63, 408-419.

Ohtani, H., Iwasaki, Y.W., Shibuya, A., Siomi, H., Siomi, M.C., and Saito K. (2013).
DmGTSF1 is necessary for Piwi–piRISC-mediated transcriptional transposon
silencing in Drosophila. Genes Dev 27, 1656-1661.

Shibata, N., Kashima, M., Ishiko, T., Nishimura, O., Rouhana, L., Misaki, K.,
Yonemura, S., Saito, K., Siomi, H., Siomi, M.C., and Agata, K. (2016). Inheritanceof a nuclear PIWI from pluripotent stem cells by somatic descendants ensuresdifferentiation by silencing transposons in planarian. Dev Cell 37, 226-237.

Invertebrate Genetics Laboratory 無脊椎動物遺伝研究室

Saito Group

齋藤研究室

SAITO, Kuniaki
Professor

齋藤都暁

38

教授

研究活動／ Research Activities

KONDO, Shu
Assistant Professor

近藤

周

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saito

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Research on utilization of biological resource and database
遺伝資源情報の利用とデータベースに関する研究

ナショナルバイオリソースプロジェクトの情報公開サイト。国内で提供されている様々な生物資源の情報を集約している。各リソースへのリンクの他、統合検索の機能を備える。

National BioResource Project web portal.
Information of biological resources provided inJapan can be obtained.

生命科学分野では、ゲノム解読やゲノム編集をはじめとする革新的な技術をベースに、日々新たな成果が生まれています。それらの基盤となるのがバイオリソースでありデータベースです。本研究室では、日本で進められているバイオリソースやデータベースの整備プロジェクトに貢献するとともに、遺伝医療を中心にリソースやデー
タベースを社会に役立てるための研究を行います。
ナショナルバイオリソースプロジェクト

http://www.nbrp.jp/

ライフサイエンス統合データベースセンター http://dbcls.rois.ac.jp/

In the field of life science, innovative technologies suchas genome sequencing and genome editing give rise to new
findings day after day. In order to advance research and facilitate new findings, the effective utilization of bio-resourcesand databases play a critical role. Our laboratory has beenworking in research and development of databases and information retrieval system for the National Bio-Resource
Project (NBRP) and integrated database project for life science. We are continuing to improve the quality of databases
and study to make use of biological resources.

Selected Publications
Katayama, T., Wilkinson, M.D., Aoki-Kinoshita, K.F., Kawashima, S., Yamamoto, Y., Yamaguchi, A.,
Okamoto, S., Kawano, S., Kim, J.D., Wang, Y., Wu, H., Kano, Y., Ono, H., Bono. H., Kocbek, S.,
Aerts, J., Akune, Y., Antezana, E., Arakawa, K., Aranda, B., Baran, J., Bolleman, J., Bonnal, R.J.,
Buttigieg, P.L., Campbell, M.P., Chen, Y.A., Chiba, H., Cock, P.J., Cohen, K.B., Constantin, A.,
Duck, G., Dumontier, M., Fujisawa, T., Fujiwara, T., Goto, N., Hoehndorf, R., Igarashi, Y., Itaya, H.,
Ito, M., Iwasaki, W., Kalaš, M., Katoda, T., Kim, T., Kokubu, A., Komiyama, Y., Kotera, M., Laibe,
C., Lapp, H., Lütteke, T., Marshall, M.S., Mori, T., Mori, H., Morita, M., Murakami, K., Nakao, M.,
Narimatsu, H., Nishide, H., Nishimura, Y., Nystrom-Persson, J., Ogishima, S., Okamura, Y.,

Genetic Informatics Laboratory 系統情報研究室

Kawamoto Group 川本研究室

Okuda, S., Oshita, K., Packer, N.H., Prins, P., Ranzinger, R., Rocca-Serra, P., Sansone, S.,
Sawaki, H., Shin, S.H., Splendiani, A., Strozzi, F., Tadaka, S., Toukach, P., Uchiyama, I.,
Umezaki, M., Vos, R., Whetzel, P.L., Yamada, I., Yamasaki, C., Yamashita, R., York, W.S.,
Zmasek, C.M., Kawamoto, S., and Takagi, T. (2014). BioHackathon series in 2011 and 2012:
penetration of ontology and linked data in life science domains. J biomed semantics 5, 5.
Kawamoto, S., and Bono, H. (2008). Portal services of life science databaseproject in Japan. Tanpakushitsu kakusan koso 53, 281-287.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kawamoto

KAWAMOTO, Shoko
Associate Professor

川本祥子

准教授

研究活動／ Research Activities

39

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Reverse genetic analysis of gene regulatory system in C. elegans
逆遺伝学による線虫遺伝子制御システムの解析（A）開発した whole-mount in situ hybridization 法による全発生時期を通じた mir-1 miRNA 発現パターン。
（B）mir-1 遺伝子プロモーターによるGFP 発現パターン。これらの一致は、mir-1 miRNA が転写後生合成過程での発現調節を受けないことを示す。
(A) The expression patterns of mir-1 miRNA detected by a whole-mount in situ hybridization method that we developed. (B) The expression patterns of a mir-1 promoter::GFP
reporter transgene. The coincidence between the expression patterns indicates the absence of post-transcriptional regulation of the miRNA during biogenesis.

線虫 Caenorhabditis elegans は、多細胞動物で最初にゲノム配列が決定され、発現遺伝子が網羅された生物です。遺伝子配列より遺伝子機能を探る逆遺伝学に必須である遺伝子発現細胞の検出や、遺伝子改変体の作製も容易に行えます。こうした特徴を生かして、遺伝子制御システムの解明を目指しています。遺伝子発現の転写後調節因子である microRNA を研究対象に、機能解析に役立つ新規方法を開発し、発現調節を受ける標的遺伝子の特定と、その調節がもたらす生理機能の解析を進めています。

Caenorhabditis elegans is the first multicellular organism
whose entire genome sequence has been determined, andits transcriptome has been extensively investigated. In addition, easy ways are available to determine gene expression
patterns and to generate gene-modified strains, which arenecessary for reverse genetic analysis. Based on these features, we aim at elucidating gene regulatory system. We
study microRNAs (miRNAs), which serve as post-transcriptional regulators of gene expression. Our approaches are todevelop novel methods for functional analysis, to identify target genes, and to unravel the physiological roles of miRNAs.

Selected Publications
Andachi, Y., and Kohara, Y. (2016). A whole-mount in situ hybridization method
for microRNA detection in Caenorhabditis elegans. RNA 22, 1099-1106.
Hamashima, K., Mori, M., Andachi, Y., Tomita, M., Kohara, Y., and Kanai, A. (2015).
Analysis of genetic code ambiguity arising from nematode-specific misacylated
tRNAs. PLoS One 10, e0116981.

Genome Biology Laboratory 生物遺伝資源情報研究室

Andachi Group 安達研究室

ANDACHI, Yoshiki
Assistant Professor

安達佳樹

40

助教

研究活動／ Research Activities

Andachi, Y. (2008). A novel biochemical method to identify target genes ofindividual microRNAs: identification of a new Caenorhabditis elegans let-7 target.
RNA 14, 2440-2451.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/andachiStructural Biology Center

構造遺伝学研究センター

3D-organization and dynamics of human genome chromatin
ゲノムクロマチンの折り畳み構造とダイナミクス

ヌクレオソーム線維（10-nm 線維）は細胞の核内でとても不規則な形で折り畳まれ、
ドメインを形成している。クロマチンは「液体」のようにふるまい、規則性を持つ大きな構造に比べて、物理的な束縛が少なく、より動きやすい。NPC, 核膜孔 ; NE, 核膜
Chromatin consists of irregularly folded
10-nm fibers and forms numerous
chromatin domains in the cell nuclei.
Chromatin dynamically behaves like “liquid”.
NPC, nuclear pore complex; NE, nuclear
envelope.

本研究室では、「ゲノム DNA が細胞のなかに、三次元的にどのように折り畳まれ、そしてどのようにゲノムが読み出されるのか？」を研究しています。最近、細胞内のクロマチンがとても不規則な形
で柔軟に折り畳まれていることを発見しました。今後、この知見を、遺伝子発現、発生分化、エピジェネティックスなど、幅広い研究につなげていきます。1分子イメージング、超解像顕微鏡イメージング、X 線散乱解析、シミュレーション、さらには新しいクロマチン精製法などを組み合わせて、ユニークな研究を目指しています。

Our research interest is to know how a long string of genomic DNA is three-dimensionally organized in the cell, andhow the genome is read out for cellular proliferation, differentiation and development. For this purpose, we are using aunique combination of molecular cell biology and biophysics,
such as single molecule imaging, superresolution imaging,
X-ray scattering and computational simulation.

Selected Publications
Maeshima, K., Ide, S., Hibino, K., and Sasai, M. (2016). Liquid-like behavior ofchromatin. Curr Opin Genet 37, 36-45.
Maeshima, K., Rogge, R., Tamura, S., Joti, Y., Hikima, T., Szerlong, H., Krause, C.,
Herman, J., Seidel, E., DeLuca, J., Ishikawa, T., and Hansen, J.C. (2016).
Nucleosomal arrays self-assemble into supramolecular globular structures lacking
30-nm fibers. EMBO J 35, 1115-1132.

Biological Macromolecules Laboratory

Maeshima Group

MAESHIMA, Kazuhiro
Professor

前島一博

教授

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/maeshima

生体高分子研究室

前島研究室

IDE, Satoru
Assistant Professor

井手

聖

助教

Sasaki, A., Ide, S., Kawamoto, Y., Bando, T., Murata, Y., Shimura, M., Yamada, K.,
Hirata, A., Nokihara, K., Hirata, T., Sugiyama, H., and Maeshima, K. (2016).
Telomere Visualization in Tissue Sections using Pyrrole-Imidazole Polyamide
Probes. Sci Rep 6, 29261.

HIBINO, Kayo
Assistant Professor

日比野佳代

助教

研究活動／ Research Activities

41

Structural Biology Center

構造遺伝学研究センター

Understanding cell architecture through quantification and modeling
細胞建築学：定量計測とモデル構築をとおして細胞構造を理解する

我々が製作した定量的模型。
（左）線虫１細胞期の細胞分裂。
（右）異なる発生ステージにおける紡錘体構造の伸長モデル。上側が実際の細胞の顕微鏡像で、下側が我々の模型を表しています。

Our quantitative models on cell division at 1-cell stage (left) and on spindle elongation at different developmental stages (right) in C. elegans. The upper
panels show actual C. elegans embryos and the lower panels show our models.

細胞は生命の最小単位であると同時に、自然が作り上げたみごとな建築物です。
「どのようにして多くの小さな分子があつまって、細胞という調和のとれた構造体ができあがるのか？」この問いに答えるために、我々は細胞の 3 次元的な構造とその時間軸に伴う動きを再現し予測する「４次元模型」の製作を行っています。細胞
建築研究室では現在、細胞核と染色体が細胞内の適切な位置に配置するしくみに注目しています。細胞骨格がもたらす力が、核や染色体、細胞質にどのように作用して細胞が建築されるかを理解することを目指しています。

Cells are the minimal unit of life, and are beautiful architecture in nature. One big mystery in cell biology is ‘how ahuge number of tiny macromolecules assemble into a cellwith organized and dynamic structure?’ To tackle this question, we are constructing quantitative 4-dimensional modelsof Cell Architecture. Our primary focus is on the intracellular
positioning of the nucleus and chromosomes. Through ourstudy, we aim to understand the mechanics of the nucleus,
chromosomes, and the cytoplasm, as well as the force generated by the cytoskeletons.

Selected Publications
Kimura, K., Mamane, A., Sasaki, T., Sato, K., Takagi, J., Niwayama, R., Hufnagel, L.,
Shimamoto, Y., Joanny, J.-F., Uchida, S., and Kimura, A. (2017). Endoplasmic
reticulum-mediated microtubule alignment governs cytoplasmic streaming. Nat
Cell Biol, doi: 10.1038/ncb3490.

Niwayama, R., Nagao, H., Kitajima, T.S., Hufnagel, L., Shinohara, K., Higuchi, T.,
Ishikawa, T., and Kimura, A. (2016). Bayesian inference of forces causing
cytoplasmic streaming in Caenorhabditis elegans embryos and mouse oocytes.
PLoS One 11, e0159917.
Tanimoto, H., Kimura, A., and Minc, N. (2016). Shape-motion relationships ofcentering microtubule asters. J Cell Biol 212, 777-787.

Cell Architecture Laboratory 細胞建築研究室

Kimura Group

KIMURA, Akatsuki
Professor

木村

42

暁

教授

研究活動／ Research Activities

木村研究室

KIMURA, Kenji
Assistant Professor

木村健二

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kimura

Structural Biology Center

構造遺伝学研究センター

Developmental cell biology using C. elegans
線虫を用いた発生細胞生物学

非対称分裂前（A）、分裂終期（B）でのβカテニンの非対称な局在。矢頭は細胞の輪郭。
（C）表皮幹細胞（水色）の極性方向（矢印）は三種類の Wnt 分子（CWN-1, CWN-2, EGL-20）によって冗長的に制御されている。野生型 (D)と新規変異体（E）の咽頭における基底膜蛋白の局在。変異体では蛋白が凝集し分泌されない。

Asymmetric localization of β-catenin before (A) and at telophase (B) of asymmetric division. Arrowheads indicate cell boundary. (C) Polarity orientation (arrows)of epithelial stem cells (light blue) is redundantly controlled by three Wnt molecules (CWN-1, CWN-2, EGL-20). Localization of a basement membraneprotein in pharynx in wild type (D) and a mutant (E). In the mutant, the protein forms aggregation.

体が透明な線虫 C. elegans は細胞レベルでの研究に最適です。
線虫を構成する多様な細胞は非対称分裂によって作られます。分
裂時にβカテニンなどを非対称に局在させて異なる娘細胞を作ります。同様な局在はマウスの幹細胞でも観察されています。この局
在は同じ方向性を持っているので、全ての細胞は前後の方向を知っています。どのように細胞が方向を知り、非対称に分裂し、娘細胞間で異なる遺伝子を発現して特異的な運命を獲得しているのか研究しています。また、基底膜成分の分泌や細胞浸潤の機構についても研究しています。

Asymmetric cell division that produces daughter cellswith distinct cell fates is a fundamental mechanism by which
cellular diversity is produced. Most cells in C. elegans havethe same anterior-posterior polarity in terms of localizationsof Wnt signaling components such as β-catenin, and divide
asymmetrically to produce a variety of cell types. We are
studying how each cell knows the correct orientation, how it
divides asymmetrically and how the daughter cells acquire
specific cell fates. We are also studying mechanisms of cell
invasion and secretion of basement membrane proteins.

Selected Publications
Ihara, S., Nakayama, S, Murakami, Y., Suzuki, E., Asakawa, M., Kinoshita, T., andSawa, H. (2017). PIGN prevents protein aggregation in the endoplasmic reticulum
independently of its function in the GPI synthesis. J Cell Sci 130, 602-613.

Yamamoto, Y., Takeshita, H., and Sawa, H. (2011). Multiple Wnts redundantly
control polarity orientation in Caenorhabditis elegans epithelial stem cells. PLoS
Genet 7, e1002308.

Sugioka, K., Mizumoto, K., and Sawa, H. (2011). Wnt regulates spindle
asymmetry to generate asymmetric nuclear β-catenin C. elegans. Cell 146,
942-954.

Multicellular Organization Laboratory 多細胞構築研究室

Sawa Group

澤 研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sawa

SAWA, Hitoshi
Professor

澤 斉

教授

研究活動／ Research Activities

43

構造遺伝学研究センター

Structural Biology Center

Studies on cell structure – function relation using Drosophila molecular genetics
ショウジョウバエ分子遺伝学を用いた細胞機能−構造連関の研究
AB（A）特定のニューロンを遺伝学的に標識したショウジョウバエ脳。
（B）分裂終了期の濾胞上皮で誘導された、細胞競合による
mahj-/-クローン（青い核）の細胞死（矢印）と野生型クロ−ン（水色の核）の補償的細胞肥大（矢頭）。
（C）腫瘍形成のモデルとなる成虫原基上皮組織。
(A) Genetically labeled neurons in a
Drosophila brain. (B) Cell competitiondependent apoptosis (arrows) in
mhj-/- clones (blue nuclei) and compensatory cellular hypertrophy (arrowheads) inwild-type clones (pale blue nuclei), inducedin post-mitotic follicular epithelium. (C)Imaginal disc epithelium, a model forstudies on tumorigenesis.

C

当研究室では組織内における細胞の機能発現と細胞構造との関係をモデル生物であるショウジョウバエを用いて研究しています。
細胞内微細構造上でどのような分子ネットワークが互いにどのように協調して働いているのか、といった側面に注目し、分子遺伝学の手法と様々なイメージングの手法を駆使して解析を行っています。現在、「神経回路の形成と機能発現機構」および「組織の恒常性維持とその破綻による腫瘍形成機構」のテーマを中心に研究を進めています。

Our laboratory is interested in relation of cellular finestructures and their functions in tissue organization. We are
studying the molecular networks on cellular fine structures
involved in various cell activities by molecular genetics andvarious imaging techniques, using a model animal, Drosophilamelanogaster. Currently we are addressing the following issues; 1. Development and function of neural networks, 2.
homeostasis of tissue organization and its impairment causing tumor generation.

Selected Publications
Tamori, Y., Suzuki, E., and Deng, W.M. (2016). Epithelial tumors originate in tumor
hotspots, a tissue-intrinsic microenvironment. PLoS Biol 14, e1002537.
Tamori, Y., and Deng, W.M. (2014). Compensatory cellular hypertrophy: the otherstrategy for tissue homeostasis. Trends Cell Biol 24, 230-237.

Gene Network Laboratory

Suzuki Group鈴木研究室

SUZUKI, Emiko
Associate Professor

鈴木えみ子 准教授

44

遺伝子回路研究室

研究活動／ Research Activities

TAMORI, Yoichiro
Assistant Professor

田守洋一郎

助教

Kurusu, M., Katsuki, T., Zinn, K., and Suzuki, E. (2012). Developmental changes
in expression, subcellular distribution, and function of Drosophila N-cadherin,
guided by a cellintrinsic program during neuronal differentiation. Dev Biol 366,
204-217.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/suzuki

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Study for molecular evolution using genome sequence and gene expression
ゲノム配列と遺伝子発現からみた分子進化学

2 種の刺胞動物におけるpaxB とsix1/2 の発現。
（左）ミズクラゲ、（右）エダアシクラゲ、Ocelli：眼点。ミズクラゲはカップ眼、エダアシクラゲはレンズ眼を持つ。pax6（paxB）
は動物全般において眼の形成を司るマスター遺伝子であるが、刺胞動物においてはsix1/2 がより眼の近傍に発現しており、眼形成において重要な役割を果たしている可能性がある。
Expression of eye patterning genes, paxB and six1/2 in two species of jellyfishes. While pax6 is well known as a master control gene for eye formation, six1/2 is also expressedin the area adjacent to ocellus and possibly takes a major role in the eye formation of these jellyfishes.

本研究室では、生物が新規の形質や特性を獲得するための分子基盤とその進化過程の解明を目指し、動物や細菌などを材料としてゲノム配列や遺伝子発現情報の比較解析を用いた様々な研究を行っています。特に（1）メタゲノム解析を用いた微生物の多様性と環境ダイナミクスの解明、（2）中枢神経系や感覚器の起源と進化に伴う遺伝子ネットワーク変化の解明、（3）ヒドラ‒ 緑藻間の（4）データ解
細胞内共生の分子機構の解明とその進化的意義、析による疾患原因遺伝子の探索と疾患モデルの構築、（5）情報科学を用いた大規模データ解析システムの開発と知識発見に力を注
いで研究を行っております。

We have studied the evolutionary process for acquisitionof novel phenotypic characters by comparative genomics
and molecular evolutionary approaches, using various materials such as an animals or bacteria. Particularly, we haverecently focused more on (1) Biodiversity and dynamics ofmarine microbes based on metagenomic analysis, (2) Evolutionary dynamics of gene expression profiles underling theevolution of central nervous system and sensory organs, (3)Molecular mechanism of endosymbiosis between hydra andalgae and its evolutionary significance, (4) Study of diseasecausal gene and gene model of disease, (5) Knowledge finding and system development for big data in life science.

Selected Publications
Shenton, M., Iwamoto, C., Kurata, N., and Ikeo, K. (2016). Effect of wild andcultivated rice genotypes on rhizosphere bacterial community composition. Rice (NY) 9, 42.
Ishikawa, M., Yuyama, I., Shimizu, H., Nozawa, M., and Ikeo, K., and Gojobori, T.
(2016). Different endosymbiotic interactions in two hydra species reflect theevolutionary history of endosymbiosis. Genome Biol Evol 8, 2155-2163.

Laboratory for DNA Data Analysis

Ikeo Group

遺伝情報分析研究室

池尾研究室

Gojobori, T., Ikeo, K., Katayama, Y., Kawabata, T., Kinjo, A.R., Kinoshita, K.,
Kwon, Y., Migita, O., Mizutani, H., Muraoka, M., Nagata, K., Omori, S., Sugawara,
H., Yamada, D., and Yura, K. (2016). VaProS: a database-integration approachfor protein/genome information retrieval. J Struct Funct Genomics 17, 69-81.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/ikeo

IKEO, Kazuho
Associate Professor

池尾一穂

准教授

研究活動／ Research Activities

45

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Finding the link between metabolic variation and evolution
生物界における代謝の多様性と進化の関係を解き明かす
A

B

C

D
ピロリ菌 73 株の全ゲノム比較と多次元尺度法（MDS）プロット。ａ．21 株のゲノムを回転して揃える前。ｂ．揃えた後。ｃ．
回転させる前の MDSプロット。色は研究グループを 示 す。ｄ．回 転させ た 後 のMDSプロット。大きく3 グループに分かれる。
Circular view of 73 Helicobacter pylori
strains and their MDS plot. a. Before
rotation of the outmost 21 genomes. b.
After rotation. c. MDS plot of before therotation. Colors indicate research groups.
d. MDS plot of after the rotation. Threelarge groups are found. (Figure from thearticle Tada et al. 20175 [open access])

主なテーマはゲノミクスとメタボロミクス（代謝‘metabolism’からきた言葉です）による代謝ネットワークの解析です。計算機による解析の対象とする生物種は幅広く、乳酸菌や微細藻類から、後生動物まで扱います。様々な代謝物がどのように生成され利用されるのかを、生物界という広い視点で明らかにしたいと考えています。MassBank（http://massbank.jp）や LipidBank（http://
lipidbank.jp）のようなデータベースのほか様々な解析ツールも作成しています。

Our activity is summarized as the network analysis using
genomics and metabolomics (this word comes from ‘metabolism’). Our computational analysis targets many biological
species from lactobacilli and microalgae to metazoa. The research goal is the understanding of metabolite evolution anddistribution in the biosphere. Major research results include
databases such as MassBank (http:// massbank.jp) and LipidBank (http://lipidbank.jp), as well as analytical softwaretools for genomics and metabolomics.

Selected Publications
Wohlgemuth, G., Mehta, S.S., Mejia, R.F., Neumann, S., Pedrosa, D., Pluskal, T.,
Schymanski, E.L., Willighagen, E.L., Wilson, M., Wishart, D.S., Arita, M.,
Dorrestein, P.C., Bandeira, N., Wang, M., Schulze, T., Salek, R.M., Steinbeck, C.,
Nainala, V.C., Mistrik, R., Nishioka, T., and Fiehn, O. (2016). SPLASH, a hashedidentifier for mass spectra. Nat Biotechnol 34, 1099-1101.

Simakov, O., and Kawashima, T. (2016). Independent evolution of genomic
characters during major metazoan transitions. Dev Biol, in press.

Tanizawa, Y., Fujisawa, T., Kaminuma, E., Nakamura, Y., and Arita, M. (2016).
DFAST and DAGA: web-based integrated genome annotation tools andresources. Biosci Microbiota Food Health 35, 173-184.

Laboratory of Biological Networks

Arita Group

有田研究室

ARITA, Masanori
Professor

有田正規

46

生命ネットワーク研究室

教授

研究活動／ Research Activities

KAWASHIMA, Takeshi
Assistant Professor

川島武士

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/arita

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Promotion of DDBJ as an infrastructure database for lifescience
生物研究の基盤データベースとしての DDBJ 事業の推進

NGS 自動配列解析システム「DDBJ Read
Annotation Pipeline」の reference mapping のツール選択画面

A screenshot of reference mapping tools on
a NGS automatic analytical system

高速シークエンサの技術革新と共に、塩基配列のデータベース
は大規模化が進んでいます。このことによりデータ処理が難しくなり、配列注釈不足や特徴情報の記載誤りも問題となっています。中村研究室は、日本 DNA データバンク（DDBJ）業務担当研究室として、データベース運用の高度化と配列注釈の質向上に取り組みます。特に、①次世代シークエンサ（NGS）の大量データ配列解析、②クラウド型データ解析システム構築、③ゲノム配列注釈の評価尺度研究を中心に、ゲノム配列のアノテーション・キュレーション処
理の効率化を目指します。

Ultra high-throughput sequencing technologies allow biologists to obtain larger amounts of nucleotide sequence
data. Reliable database operation and high-quality annotation supply are essential. As the core part of DNA Data Bankof Japan (DDBJ), Nakamura laboratory attempts 1) to develop advanced database management systems, and 2) to improve quality of annotations in DDBJ databases. We havebeen constructing an automatic analytical system “DDBJ
Read Annotation Pipeline” in NIG supercomputers, and “TogoAnnotation” system as the integrated support tool for
manual curations. Structural and functional annotations byautomatic and manual processing are evaluated by using
proposed statistical methods.

Selected Publications
Mashima, J., Kodama, Y., Fujisawa, T., Katayama, T., Okuda Y, Kaminuma, E.,
Ogasawara, O., Okubo, K., Nakamura, Y., and Takagi, T. (2017). DNA Data Bankof Japan. Nucleic Acids Res 45, D25-D31.
Shimizu, T., Kitajima, A., Nonaka, K., Yoshioka, T., Ohta, S., Goto, S., Toyoda, A.,
Fujiyama, A., Kaminuma, E., and Nakamura, Y. (2016). Hybrid origins of citrus
varieties inferred from DNA marker analysis of nuclear and organelle genomes.
PLoS One 11, e0166969.

Genome Informatics Laboratory

大量遺伝情報研究室

Nakamura Group 中村研究室

NAKAMURA, Yasukazu
Professor

中村保一

教授

Fujisawa, T., Narikawa, R., Maeda, S.I., Watanabe, S., Kanesaki, Y., Kobayashi, K.,
Nomata, J., Hanaoka, M., Watanabe, M., Ehira, S., Suzuki, E., Awai, K., andNakamura, Y. (2017). CyanoBase: a large-scale update on its 20th anniversary.
Nucleic Acids Res 45, D551-D554.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/nakamura

KAMINUMA, Eli
Assistant Professor

神沼英里

助教

研究活動／ Research Activities

47

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Studies on a Large-Scale Data Processing of Biomedical Knowledge
ゲノム情報・バイオメディカル知識の大規模データ処理手法の研究

Hadoop を利用した分散デー
タ処理のテストDistributed data processing
test using Hadoop

遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用したゲノム情報処理への並列分散コンピューティング技術、広域分散処理技術の適用研究を行っています。
急激に容量が増大する各種遺伝子情報解析データを処理するための技術として、ビッグデータをハンドリングするための各種並列分散処理技術（Hadoop、分散 KeyValueStore 等）の適用研究を行っています。また、従来共有メモリ型大型計算機で処理していた各種大規模 DB データを、データ量の増大に対応が容易なコス
トパフォーマンスの高い分散メモリ型クラスタ計算機上で高速処理するための研究を行っています。

An application study is being conducted involving parallel-distributed computing technology and wide-area distributed processing technology to process genome information.
This study involves various types of parallel distributed processing technologies such as Hadoop and distributed keyvalue stores, that are designed to handle big data forprocessing genetic information analysis data. Research
aimed at high-speed processing of various types of data inlarge-scale databases is also being carrying out. This study
is using a distributed memory cluster computer that can easily accommodate the increase in data volume and offers highcost performance.

Selected Publications
Mashima, J., Kodama, Y., Fujisawa, T., Katayama, T., Okuda, Y., Kaminuma, E.,
Ogasawara, O., Okubo, K., Nakamura, Y., and Takagi, T. (2017). DNA data bankof Japan. Nucleic Acids Res 45, D25-D31.
Cochrane, G., Karsch-Mizrachi, I., Takagi, T., and International Nucleotide
Sequence Database Collaboration. (2016). The international nucleotide sequence
database collaboration. Nucleic Acids Res 44, D48-D50.

Laboratory for Research and Development of Biological Databases データベース運用開発研究室

Takagi Group

高木研究室

TAKAGI, Toshihisa
Professor

高木利久

48

教授

研究活動／ Research Activities

Kodama, Y., Mashima, J., Kosuge, T., Katayama, T., Fujisawa, T., Kaminuma, E.,
Ogasawara, O., Okubo, K., Takagi, T., and Nakamura, Y. (2014). The DDBJ
Japanese Genotype-phenotype Archive for genetic and phenotypic human data.
Nucleic Acids Res 43, D18-D22.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/takagi

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Developing technologies to make BioMedicine comprehensible and tractable
生命科学を機械に扱いやすく人に解りやすくする技術の開発
(A)

(B)

Anatomography サービス構成 (A) 利用例 (B).
医学現象は身体を場とします。情報整理５特徴（場所、時間、文字、内容分類、値の大小）のうち医学に欠けていた場所による整理を可能にするために現在も技術開発中の Anatomography サービス
は統合データベースセンターで実装開発され 2007 年から公開されています。
Architecture of anatomical mapping service in Anatomography (A) and a use case (B). Service, still under development, is constructed and maintained in DBCLS. Similarly to Google Maps, custom
anatomical maps can be exchanged as map URL with or without superimposed data. In (B), shown is body distribution of a bacterial species in meta-genome.jp.

生命科学の知識は二つのステップで作られます。ステップ A：記述やデータに現象をキャプチャして保存交換する。ステップ B：キャ
プチャされた現象の集合をドグマや関係式のセットの形で圧縮近似して利用可能にする。
現在ステップ B は A に対し圧倒的に劣勢です。A に比べ B はより高度なインテリジェンスを要すので、機械的支援が行われていない為だと思われます。この不均衡は学問の効率的な進展の為にも知識の広い利用の為にも是正しなければなりません。当室では Bの為の技術を開発しています。

A body of biomedical knowledge is developed in 2
steps: StepA: accumulating and exchanging situations captured in descriptions and data; and StepB: abstract situations into a coherent set of dogmatic or mathematicalstatements so that people can use in decision-making. The
overwhelming output of A, mainly due to the technologicalassistance by diagnostic, laboratory and communication machines, is making a stressful situation called “information
over-load” or “data deluge”. New technologies must be invented for B to make bigger return from investment in biomedicine.

Selected Publications
Mitsuhashi, N., Fujieda, K., Tamura, T., Kawamoto, S., Takagi, T., and Okubo, K. (2009).
BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts. Nucleic Acids Res
37 (Database issue), D782-785.

Okubo, K., and Tamura, T. (2011). System and computer software program forvisibly processing an observed information's relationship with knowledge
accumulations. US patent 20050203889.

Ogasawara, O., Mashima, J., Kodama, Y., Kaminuma, E., Nakamura, Y., Okubo, K.,
and Takagi, T. (2013). DDBJ new system and service refactoring. Nucleic Acids
Res 41 (Database issue), D25-29.

Laboratory for Gene-Expression Analysis

Okubo Group

OKUBO, Kousaku
Professor

大久保公策

教授

遺伝子発現解析研究室

大久保研究室https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/okubo

HARA, Kazuo
Assistant Professor

原

一夫

助教

研究活動／ Research Activities

49

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Comparative genomics through ultra-large scale sequencing
大規模比較ゲノム研究による生命の多様性と特異性の理解

比較ゲノム解析研究室でゲノム解読を実施した生物たち。
上左：解剖前のシーラカンス稚魚 上右：ニホンザル 下左：カンガルー 下右：オオコオモリの一種

Picture of the animals whose genomes have been analyzed

当研究室では、ヒトを含む霊長類から、生命研究上の重要生物
種や極地などの極限環境に棲息する生物まで、ゲノム構造多様性の徹底的な解読を通じて生命現象の原理原則を理解することを目標に研究活動を行っています。
当研究室は、先端ゲノミクス推進センターと協力して最新のゲノム解読技術とインフォマティクスをコアとする先端ゲノミクス研究を進めており、多くの外部研究機関との共同研究を積極的に進めています。

The Comparative Genomics Laboratory was establishedin April 2008 with the task to understand basic rules of biological systems based on actively reading and analyzing various genomes of interest using cutting-edge DNA sequencing
and analysis technology. Currently, we are analyzing personalized genomes of primates in addition to the organisms
those living in the extreme environmental conditions. The figures in the left column show examples of such activities.

Selected Publications
Session, A.M., Uno, Y., Kwon, T., Chapman, J.A., Toyoda, A., Takahashi, S., Fukui, A., Hikosaka, A.,
Suzuki, A., Kondo, M., van Heeringen, S.J., Quigley, I., Heinz, S., Ogino, H., Ochi, H., Hellsten, U., Lyons, J.B.,
Simakov, O., Putnam, N., Stites, J., Kuroki, Y., Tanaka, T., Michiue, T., Watanabe, M., Bogdanovic, O.,
Lister, R., Georgiou, G., Paranjpe, S.S., van Kruijsbergen, I., Shu, S., Carlson, J., Kinoshita, T., Ohta, Y.,
Mawaribuchi, S., Jenkins, J., Grimwood, J., Schmutz, J., Mitros, T., Mozaffari, S.V., Suzuki, Y., Haramoto, Y.,
Yamamoto, T.S., Takagi, C., Heald, R., Miller, K., Haudenschild, C., Kitzman, J., Nakayama, T., Izutsu, Y.,
Robert, J., Fortriede, J., Burns, K., Lotay, V., Karimi, K., Yasuoka, Y., Dichmann, D.S., Flajnik, M.F.,
Houston, D.W., Shendure, J., DuPasquier, L., Vize, P.D., Zorn, A.M., Ito, M., Marcotte, E.M., Wallingford, J.B.,
Ito, Y., Asashima, M., Ueno, N., Matsuda, Y., Veenstra, G.J., Fujiyama, A., Harland, R.M., Taira, M., andRokhsar, D.S. (2016). Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis. Nature 538, 336-343.

Comparative Genomics Laboratory 比較ゲノム解析研究室

Toyoda GroupTOYODA, Atsushi
Project Professor

豊田

50

敦

特任教授

研究活動／ Research Activities

豊田研究室

Hashimoto, T., Horikawa, D.D., Saito, Y., Kuwahara, H., Kozuka-Hata, H., Shin-I, T., Minakuchi, Y.,
Ohishi, K., Motoyama, A., Aizu, T., Enomoto, A., Kondo, K., Tanaka, S., Hara, Y., Koshikawa, S., Sagara,
H., Miura, T., Yokobori, S., Miyagawa, K., Suzuki, Y., Kubo, T., Oyama, M., Kohara, Y., Fujiyama, A.,
Arakawa, K., Katayama, T., Toyoda, A., and Kunieda, T. (2016). Extremotolerant tardigrade genome andimproved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein. Nat Commun 7, 12808.
Nikaido, M., Noguchi, H., Nishihara, H., Toyoda, A., Suzuki, Y., Rei Kajitani, R., Suzuki, H., Okuno, M.,
Aibara, M., Ngatunga, B.P., Mzighani, S.I., Kalombo, H.W.J., Masengi, K.W.A., Tuda, J., Nogami, S.,
Maeda, R., Iwata,M., Abe, Y., Fujimura, K., Okabe, M., Amano, T., Maeno, A., Shiroishi, T., Itoh, T.,
Sugano, S., Kohara, Y., Fujiyama, A., and Okada, N. (2013). Coelacanth genomes reveal signatures
for evolutionary transition from water to land. Genome Res 23, 1740-1748.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/toyoda

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Unveiling microbial community dynamics
微生物ゲノム進化と群集ダイナミクスの解明

陸上蛇紋岩熱水系からの微生物サンプリング、メタゲノム解析。
Exploring microbial diversity in a continental serpentinite-hosted hydrothermal system.

生命の進化と地球の進化は密接に関係していますが、その共進化の痕跡は生物のゲノムに残されています。本研究室では、バイオインフォマティクスを駆使した微生物のゲノム・メタゲノム解析や統合データベース「MicrobeDB.jp」を武器として、生命科学や地球科学などからもたらされる多元情報を統合的に解析することで、微生物の進化、微生物群集ダイナミクスさらには生命と地球の共進化をゲノムレベルで解き明かす研究を進めています。また、化石の骨などからDNAを抽出し、古代生物のゲノムを復元することで、進化の謎に迫る研究も行っています。

In our laboratory, we are interested in understanding
about microbial genome evolution and microbial community
dynamics, and we are currently reaching out in the following
two major research directions; I. Facilitate the developmentof an integrated database “MicrobeDB.jp”, II. Microbial community dynamics. Our research interests blend a backgroundin microbial genomics and metagenomics with bioinformatics
and integrated database developments that are just now allowing the prospect of illuminating microbial community dynamics. We are trying to gain a better understanding of how
microbial diversity maintain as well as how it emerged. We
are also trying to propose a new evolutionary scenario by recovering DNA information from paleontological remains.

Selected Publications
Yonezawa, T., Segawa, T., Mori, H., Campos, P.F., Hongoh, Y., Endo, H., Akiyoshi, A.,
Manabe, M., Kohno, N., Nishida, S., Wu, J., Jin, H., Kishino, H., Kurokawa, K., Yoshifumi, N.,
Tanabe, H., Mukoyama, H., Yoshida, K., Rasoamiaramanana, A., Yamagishi, S., Hayashi, Y.,
Yoshida, A., Koike, H., Akishinonomiya, F., Willerslev, E., and Hasegawa, M. (2017).
Phylogenomics and morphology of extinct paleognaths reveal the origin and evolution of theratites. Curr Biol 27, 68-77.

Genome Evolution Laboratory ゲノム進化研究室

Kurokawa Group

KUROKAWA, Ken
Professor

黒川

顕

教授

黒川研究室

Matsuki, T., Yahagi, K., Mori, H., Matsumoto, H., Hara, T., Tajima, S., Ogawa, E., Kodama, H.,
Yamamoto, K., Yamada, T., Matsumoto, S., and Kurokawa, K. (2016). A key genetic factor
for fucosyllactose utilization affects infant gut microbiota development. Nat Commun 7,11939.
Okai, S., Usui, F., Yokota, S., Hori-I, Y., Hasegawa, M., Nakamura, T., Okada, S.,
Yamamoto, K., Nishiyama, E., Mori, H., Yamada, T., Kurokawa, K., Matsumoto, S., Nanno, M.,
Naito, T., Kato, T., Miyauchi, E., Ohno, H., and Shinkura, R. (2016). High-affinity monoclonal
IgA regulates gut microbiota and prevents colitis in mice. Nat Microbiol 1, 16103.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kurokawa

MORI, Hiroshi
Assistant Professor

森

宙史

助教

研究活動／ Research Activities

51

Experimental Farm実験圃場

Molecular cytogenetics of plant germ-cell development
植物の生殖細胞発生過程の分子細胞遺伝学

減数分裂染色体の大規模リモデリング（LMR）を促進するMEL1。
（A）減数分裂異常によりmel1 変異体は不稔。
（B）MEL1（緑）は生殖細胞のみで発現。
（C，D）正常型生殖細胞の LMR。減数分
裂移行後の染色体では H3K9 のジメチル化が広範囲に上昇し、アセチル化は逆に低下。
（E，F）mel1 変異体では LMR が欠損。
MEL1 promotes large-scale meiotic chromosome remodeling (LMR). (A) The mel1 mutant is sterile due to defective meiosis. (B) MEL1 expression (green) was restricted to germ cells in anthers. (C, D)
LMR in wild-type meiocytes. The H3K9me2 level (red) was dramatically increased during meiosis transition, while H3K9ac (green) was diminished (D). (E, F) LMR was disrupted in the mel1 mutant.

植物の生殖サイクル、特に減数分裂を制御する遺伝的メカニズ
ムについて、主にイネを用いて研究しています。減数分裂は、遺伝情報の安定的伝達に加え、減数分裂組み換えを通じて遺伝的多様性を創出する複雑かつ巧妙な生命現象です。減数分裂を制御する分子機構の解明は、育種効率の向上や野生種の育種利用につながる重要な研究課題です。
また、植物遺伝研究室と共同で野生イネや在来栽培イネ品種な
どのイネ遺伝資源保存事業に従事し、国内外の研究者に配布しています。現地で失われつつある貴重な遺伝資源が数多く含まれています。

We study genetic systems promoting the reproductive
cycle, including meiosis, in rice. Meiosis is a highly orchestrated biological event to transmit genetic information stably,
and to simultaneously create a genetic diversity via meiotic
recombination. Elucidation of the underlying mechanisms isimportant also for applications to improve breeding efficiency
and extend breeding use to wild species.
In addition, we engage in the conservation program ofgenetic rice resources, such as wild species and local varieties. It contains many precious strains going to be lost at their
original habitats.

Selected Publications
Liu, H., and Nonomura, K. (2016). A wide reprogramming of histone H3
modifications during male meiosis I in rice is dependent on the Argonaute protein
MEL1. J Cell Sci 129, 3553-3561.

Komiya, R., Ohyanagi, H., Niihama, M., Watanabe, T., Nakano, M., Kurata, N.,
and Nonomura, K. (2014). Rice germline-specific Argonaute MEL1 protein binds
to phasiRNAs generated from more than 700 lincRNAs. Plant J 78, 385-397.

Miyazaki, S., Sato, Y., Asano, T., Nagamura, Y., and Nonomura, K. (2015). Rice
MEL, the RNA recognition motif (RRM) protein, binds in vitro to meiosis-expressed
genes containing U-rich RNA consensus sequences in the 3'-UTR. Plant Mol Biol89, 293-307.

Experimental Farm実験圃場

Nonomura Group 野々村研究室

NONOMURA, Ken-ichi
Associate Professor

野々村賢一 准教授

52

研究活動／ Research Activities

TSUDA, Katsutoshi
Assistant Professor

津田勝利

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/nonomura

International Strategic Advisor 国際戦略アドバイザー ／ Visiting Faculty

客員研究部門Spatial control of bacterial cell division processes by reaction-diffusion mechanisms
反応拡散メカニズムによるバクテリア細胞分裂過程の空間的制御
多くの生物システムの空間的制御にはチューリングの反応拡散に基づく原理が関与していると考えられています。私たちは、この種の制御メカニズムの例として、
バクテリアの染色体分配と細胞の分裂位置について研究しています。


Spatial control of many biological systems is considered to involve
mechanisms based on Turing-style reaction-diffusion principles. We study
bacterial chromosome partition and cell division position control systems
as examples of this type of bio-control mechanisms.

International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー

https://irp.nih.gov/pi/kiyoshi-mizuuchi

MIZUUCHI, Kiyoshi

International Strategic Advisor(NIH Distinguished Investigator, National Institutes of Health)

水内

清

国際戦略アドバイザー（米国立保健研究所卓越研究者）

Epigenetics and chromatin
エピジェネティックスとクロマチン
クロマチン構造とエピジェネティックな情報継承機構との関係の解明を目指します。ゲノム解析・計算解析ツールを開発することで、転写と複製におけるクロマ

チンダイナミクスや多様なセントロメアを作るクロマチン基盤を明らかにします。
To better understand the relationship between chromatin conformation and epigenetic inheritance, we have developed genomic and computational tools to elucidate chromatin dynamics during transcription andreplication, and the chromatin basis for centromere diversity.

International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー

http://research.fhcrc.org/henikoff/en.html

HENIKOFF, Steven

International Strategic Advisor(Member, Fred Hutchinson Cancer Research Center)

ヘニコフ，スティーブン

国際戦略アドバイザー(フレッドハッチンソンがん研究センターメンバー )Development of technologies for genome editing and optogenetics
ゲノム編集と光遺伝学のための新規技術開発
私たちは、健康・疾患状態の脳機能を研究するため、ゲノム編集、光遺伝学のテクノロジー開発・応用を行っています。これらの新規技術が、私たちの脳疾患とその治療に対する理解を深めてくれることを期待しています。


Our group is developing and applying molecular and optical technologies for probing brain function in health and disease. We hope that these
new approaches will improve our understanding and treatment of brain
diseases.

Division of Cytoplasmic Genetics 細胞質遺伝客員研究部門

http://zlab.mit.edu

ZHANG, Feng

Visiting Associate Professor(Assistant Professor, McGovern Institute for Brain Research at MIT)チャン，フェン

客員准教授（マサチューセッツ工科大学マクガヴァン脳研究所助教授）

DNA Replication: Mechanism, Regulation and Misregulation
DNA 複製：メカニズム、制御、破綻
酵母と哺乳動物細胞の遺伝学的・細胞生物学的手法と精製タンパク質からの再構成系を用いて、細胞周期ごとにどのようにゲノムが効率よく完全に複製されるのかを理解することを目標としています。
We aim to understand how our genomes are replicated efficiently andcompletely in each cell cycle using biochemical reconstitution with purified
proteins alongside genetics and cell biology in yeast and mammaliancells.

Division of Cytoplasmic Genetics 細胞質遺伝客員研究部門

http://www.crick.ac.uk/john-diffley

DIFFLEY, John F.X.

Visiting Professor(Associate Research Director, The Francis Crick Institute)

ディフリー，ジョン F.X.

客員教授
（フランシスクリック研究所アソシエイトリサーチディレクター）

Organogenesis in vertebrates
脊椎動物の器官形成
私たちは、中胚葉由来（心臓・血管系）および内胚葉由来（膵臓・肺・肝臓）の臓器の器官形成研究を行っています。私たちの目的のひとつは、脊椎動物の器官形成を単一細胞レベルで理解することです。


We investigate questions related to organogenesis of mesodermal (heart,vasculature) and endodermal (pancreas, lung, liver) organs using zebrafish
and mouse. One goal of our studies is to gain understanding of vertebrateorgan development at the single-cell level.

Division of Physiological Genetics 生理遺伝客員研究部門

http://www.mpi-hlr.de/index.php?id=18&L=1

STAINIER, Didier

Visiting Professor(Director, MAX Planck Institute)

スタニア，ディディエ

客員教授（マックスプランク研究所ディレクター）

研究活動／ Research Activities

53

International Strategic Advisor 国際戦略アドバイザー ／ Visiting Faculty

客員研究部門Brain circuit mapping and cell type characterization
脳回路のマッピングと神経細胞多様性の解析
マウス視覚系回路における神経細胞の多様性を分子生物学的、解剖学的、生理学的に明らかにし、それらの神経細胞の脳全体における結合様式を解明することを目指しています。
We aim to unravel the diversity of neuronal cell types in the mouse visual circuits at molecular, anatomical and physiological levels, and theirconnectivity throughout the brain.

Division of Physiological Genetics 生理遺伝客員研究部門

http://www.alleninstitute.org/what-we-do/brain-science/about/team/staff-profiles/hongkui-zeng/

ZENG, Hongkui

Visiting Professor(Senior Director, Allen Institute for Brain Science)

ゼン，ホンクイ客員教授（アレン脳科学研究所シニアディレクター）

Computational population genomics
計算集団遺伝学
ゲノムデータ解析による集団の人口変動と淘汰パターンの推定および、居住域拡大による中立進化と遺伝子の機能に関連したゲノム多様性への影響の解析を行っています。
Analysis of genomic data to infer population demographic history andpatterns of selection. Describe the effects of range expansions on neutral
and functional genomic diversity.

Division of Theoretical Genetics

理論遺伝客員研究部門

http://www.cmpg.iee.unibe.ch/about_us/team/researchers/prof_dr_excoffier_laurent/index_eng.html

EXCOFFIER, Laurent

Visiting Professor(Professor, University of Bern)

エクスコフィア，ローレント

客員教授（ベルン大学教授）

Developing methods for evolutionary analyses of DNA and protein sequences
DNA 及びタンパク質配列の進化を解析するための方法論の開発
種間系統樹を作成するための統計モデル・メソッドの開発、および特に適応進化に注目をした分子進化メカニズムの研究を行っています。また集団遺伝学の理論的研究も行っています。
I am interested in developing statstical models/methods for reconstructing species phylogenies and in understanding the mechanisms ofmolecular evolution, especially adaptive evolution. I am also interested intheoretical population genetics.

Division of Theoretical Genetics

理論遺伝客員研究部門

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/ziheng/

YANG, Ziheng

Visiting Professor(Professor, University College London)

ヤン，ジーヘン客員教授（ユニヴァーシティ・カレッジ・ロンドン教授）

Human genetic variation and disease
ヒトゲノム変異と病気
私どもの研究室はさまざまな疾患遺伝子について研究してきました。それらはメンデル型遺伝病から複合疾患にいたります。同時に mobile element の病気への関与および集団遺伝学的観点からの研究を行っています。
We study human genetic variation to make inferences about human
evolutionary history and to understand the ways in which genes contribute to disease.

Division of Applied Genetics 応用遺伝客員研究部門

http://jorde-lab.genetics.utah.edu

JORDE, Lynn

Visiting Professor(Professor, University of Utah School of Medicine)

ジョーデ，リン
客員教授（ユタ医科大学教授）

Evolution and function of DNA methylation
DNAメチル化の機能と進化
真核生物における DNA メチル化および関連したクロマチン経路について、その進化、制御機構、生物学的役割を研究しています。
We study the evolution, mechanism, and biological function of eukaryotic DNA methylation and related chromatin pathways.

Division of Applied Genetics 応用遺伝客員研究部門

http://plantandmicrobiology.berkeley.edu/profile/dzilberman

ZILBERMAN, Daniel

Visiting Associate Professor(Associate Professor, University of California, Berkeley)

ジルバマン，ダニエル客員准教授（カリフォルニア大学バークレー校副教授）

54

研究活動／ Research Activities

Intellectual Property Unit

知的財産室

Communicate research findings at NIG with the outer world
研究成果の知財マネジメント・技術移転・産学連携を進め、社会連携を行う。円滑な研究成果の流通のための大学支援の課題に対応する。

（2016 年度実績）
知的財産
IP

件数
QUANTITY

特許出願

Patent application

7件

特許登録

Patent registraton

5件

ライセンス､有償MTA契約

License agreement

MTA Material Transfer Agreement

遺伝研の研究成果による技術移転・共同研究などにより、産学連携を積極的に進めています。知財・生物遺伝資源・研究データの円滑な流通を第一に、知財面・契約面での管理・運営・交渉を行っています。HP・展示会等により研究成果を積極的に社会に発信し、産学連携・社会連携・地域連携を進め、さらに、教育機関
に対する科学啓蒙活動や教育支援として研究所見学や出前授業などを行っています。また、大学等への支援活動として、生物多様性条約及び名古屋議定書に基づいた海外遺伝資源に関するアクセスと利益配分（ABS）への大学等の対応について啓発・支援活動を行っています。

14件
1,311件Our mission is to promote and support the research of
NIG researchers from the perspective of intellectual property
and to give back the benefits of research results to society
by knowledge and technology transfers through the collaboration with societies, local communities, and industries.
We are mainly engaged in providing a full support to enable our researchers smoothly obtain materials and genetic
resources from overseas and managing our intellectual property derived from research by patenting, maintaining, and licensing. We focus on facilitating favorable environment for
our researchers to collaborate with industries and developing
an appropriate way to handle copyrights of digital contents.
We also play an active role as ABS Task Force Team for Academia to support and promote the research utilization of genetic resources.

Selected Publications
鈴木睦昭 (2014). 学術研究分野における名古屋議定書の国内措置検討の課題 植物科学最前線 5,

67-73.

鈴木睦昭 (2013). 遺伝資源のアクセスと利益配分に関する名古屋議定書の国内措置の現状―特に学術における課題について― Microbiol Cult Coll 29, 113-120.

鈴木睦昭 (2014).「研究成果有体物と遺伝資源に関する円滑な流通に向けて―課題分析と今後の課

題解決の展望―」知的財産イノベーション研究の諸相 p114-125. コンテンツシティー出版

Intellectual Property Unit

知的財産室https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/suzukim

SUZUKI, Mutsuaki
Director

鈴木睦昭

室長

研究活動／ Research Activities

55

Office for Research Development リサーチ・アドミニストレーター室

Strengthening and support of research
研究力の強化・支援

リサーチ・アドミニストレーター室（ORD）は、研究に携わる人
材がその能力を最大限に発揮し、さらに能力を伸ばすための活動をしています。
ワークショップ企画や異分野交流の仲介、論文発表やプレゼンテー
ションについての議論や助言、研究費申請のサポート、国際連携
活動、共通機器の運用支援などを通じ、研究者が新しいアイデアに挑戦するための手助けをします。このような活動が遺伝研の優れた研究環境や活発な研究交流と相乗効果を及ぼして研究者コミュ
ニティーの研究力が向上することを目指しています。研究所の広報活動，IR（Institutional Research）活動や遺伝研で開発された科学プレゼンテーションカリキュラム（遺伝研メソッド）の普及・啓発活動も担当しています。

Office for Research Development (ORD) offers various
help to those involved in research. Our activities include organizing workshops, mediating collaborative research, discussion and advice on manuscripts and scientific presentations, grant-application support, arrangements ofinternational cooperation, and research infrastructure support. Synergizing with the superb research environment andthe interactive atmosphere of NIG, we aim to contribute to
the strengthening of research activity of the scientific community. ORD also takes part in the public relationship, IR (Institutional Research) of the institute, as well as activities todisseminate the scientific presentation curriculum (NIG Method) developed at NIG.

Writings and Talks
平田たつみ，タジ・ゴルマン，広海 健 (2016).「遺伝研メソッドで学ぶ科学英語プレゼンテーション―感じる力、考える力、討論する力を育てる」dZERO.

広海 健 (2016). “遺伝研メソッドによる研究プレゼンテーション指導の試みとその効果” 京都大学大

学院 総合生存学館 (2016.8.9) ．

伊東真知子 (2017).「遺伝子バンク30 年」静岡新聞朝刊 全 16 回 .

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/ord

Office for Research Development
リサーチ・アドミニストレーター室

HIROMI, Yasushi
Director

広海

56

健

室長

研究活動／ Research Activities

KURUSU, Mitsuhiko
Research Administrator

来栖光彦

リ サーチ・アドミニストレーター

SEINO, Hiroaki
Assistant Professor

清野浩明

助教

Database Center for Life Science ライフサイエンス統合データベースセンター

Database Center for Life Science (DBCLS)
ライフサイエンス統合データベースセンター
ライフサイエンス分野では、世界中で数千をこえる多様なデータベース（DB）が公開されており、その活用が研究の進展に不可欠になっています。
しかし、「必要な DB が見つからない」「使い方がわからない」「データを組み合わせた高度な解析ができない」など、DB の効率的な利用のための環境整備は充分ではありません。本センターは DB 統合化の中核組織として平成 19 年に機構直轄のセンターとして設置され、以来、DB の統合化と保全に努め、利用者の利便性を高める情報技術の研究開発やサービスの開発、DB の国際標準化を行ってきました。本センターはまだ専用の施設がなく、平成 26 年度に柏の東京大学施設に移転しましたが、同時に一部を遺伝研内に移しました。ビッグデータの有効活用の点から
DDBJ センター等とのシナジーを発揮したいと考えています。

遺伝研で研究しているメンバー

Members at NIG

左から、小野、坊農、仲里、内藤、大田。
Ono, Bono, Nakazato, Naito, Ohta (from left)
BONO, Hidemasa Project Associate Professor

ONO, Hiromasa Project Assistant Professor

NAITO, Yuki Project Assistant Professor

NAKAZATO, Takeru Project Assistant Professor

坊農秀雅 特任准教授
内藤雄樹 特任助教

In life science, thousands of database(DB)s are publicly available worldwide, and become indispensable. However, many comments from users complaining the hard-to-use DBs suggest thatthese DBs and the surrounding environment are not sufficiently
refined. DBCLS was established in ROIS in 2007 as a core organization of DB integration, and has been aiming to solve these issues through R&D for DB reusability, international DB standardization and various training programs. In 2014, while the main labof DBCLS moved to Kashiwa, some members moved to NIG as
the Mishima lab. It is highly expected to maximize the synergy
with DDBJ in effective use of Big Data.

公共遺伝子発現データベースの中身をひと目で、登録データランキングでより探しやすく、動的にグラフを描画できる目次サイトAOE（All Of gene Expression；http://aoe.dbcls.jp/）
AOE (All Of gene Expression; http://aoe.dbcls.jp/en/) is the index of public gene expression
database.

小野浩雅 特任助教
仲里猛留 特任助教

OHTA, Tazro Researcher

大田達郎 研究員

研究活動／ Research Activities57

Center for Genome Informatics (CGI) ゲノムデータ解析支援センター

Center for Genome Informatics (CGI)
ゲノムデータ解析支援センター
次世代シーケンシング（NGS）技術の発展によってDNAシーケンサーのスループットは飛躍的に向上し、様々な研究分野で塩基配列レベルの研究解析が行われるようになってきました。いまやモデル生物だけではなく、あらゆる生物種を対象に、新規ゲノムシーケンスやリシーケンス（変異解析）、トランスクリプトーム解析、メタゲノム解析といった多様な配列解析が行われています。これらの配列データを効率的に解析し、目的に応じた結果を正しく得るためには、生物学の知識に加えてバイオインフォ

マティクスの知識と技術が不可欠です。本センターは、最先端の解析技術を用いたデータ解析支援事業を中心に、大量のゲノムデータを迅速かつ高精度に解析する新規技術の開発や、そのための人材育成といった活動を通して、ゲノム科学の推進に貢献します。

遺伝研で研究しているメンバー

Members at NIG

NOGUCHI, Hideki Head

FUKUTA, Kentaro

Postdoc

KONDO, Shinji Project Associate Professor

EJIMA, Fumiwo Researcher

野口英樹 センター長

近藤伸二 特任准教授

58

研究活動／ Research Activities

福多賢太郎 博士研究員
江島史緒 研究員

Next generation sequencing (NGS) technologies have dramatically increased the throughput of DNA sequencing, and is
now widely applied to various areas of life science research. Not
only model organisms but all sorts of species are studied basedon their nucleotide sequences through de novo sequencing/resequencing of genome, transcriptome analysis, and metagenome
analysis. In order to analyze NGS data and to obtain proper results, special knowledge and skills of bioinformatics are requiredin addition to knowledge of biology. CGI is engaged in the promotion of genome sciences by providing sophisticated technical support to researchers analyzing genomic data, and by developing
novel bioinformatics tools and human resources.

Intellectual Infrastructure and Collaborative Research
共同利用・共同研究

Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Genetic Resource Center
生物遺伝資源センター
生物遺伝資源センターは、バイオリソース事業部とデータベース
事業部の 2 部門で以下の内容の事業を進めています。バイオリソー
ス事業部では、大腸菌／枯草菌、イネ、マウス、ショウジョウバエ、
ゼブラフィッシュ、線虫、ヒドラなどの生物種について、生命科学を先導する様々な有用実験生物系統を開発するとともに、野生種系
統の解析や情報整備も行い、それらの安定維持と国内外の大学や研究機関への分譲サービスを行っています。またデータベース
事業部では、これらのバイオリソースに関する情報を、関連する知識情報とともに下記公開サイトから世界中に発信しています。特に、大腸菌／枯草菌、イネ、ショウジョウバエ、ゼブラフィッシュでは、
日本医療研究開発機構（AMED）のナショナルバイオリソースプロ
ジェクト（NBRP）に参画し、各生物種の中核またはサブ機関として活動しています。さらにデータベース事業部は、NBRP の情報センターとしての役割も果たしており、国内のバイオリソース関連情報発信の中核として活動しています。

The Genetic Resource Center is composed of two divisions of “Bioresource Division” and “Database Division”. The
Bioresource Division takes responsibility for development,
preservation and distribution of forefront bioresources of various organisms including E. coli/B. subtilis, Rice, Mouse, Drosophila, Zebrafish, C. elegans and Hydra, and of collectedwild species of those organisms. The Database division
makes the above information available to the public throughweb sites shown below. The BRC/NIG participates actively inthe “National Bioresource Project (NBRP)” under the organization of Japan Agency for Medical Research and Development (AMED), in the Cabinet Office of Government of Japan,
and takes a role for management of E. coli/B. subtilis, Rice,
Drosophila and Zebrafish as central or sub-central organization for each organism in the project. Furthermore, the Database Division also contributes to NBRP as the national
center of bioresource information, by taking responsibility fordevelopment and management of the relevant databases.

生物遺伝資源センターで提供しているサービスは、遺伝研ホームページのプルダウンメニュー「モデル生物リソース」からアクセスできます。
Services of the Genetic Resource Center are accessible from the pull-down menu (Model Organism Resources) at the NIG website.

Genetic Resource Center

生物遺伝資源センター□バイオリソース事業部 Division of Bioresources Management

NIKI, Hironori
Head, Genetic Resource Center
Division Head, Division of Bioresources Management

仁木宏典

センター長（兼）バイオリソース事業部長（兼）SHIROISHI, Toshihiko Professor

TAKADA, Toyoyuki Assistant Professor

KAWAKAMI, Koichi Professor

ASAKAWA, Kazuhide Assistant Professor

城石俊彦 教授（兼）川上浩一 教授（兼）SAITO, Kuniaki Professor

齋藤都暁 教授（兼）SATO, Yutaka Professor

佐藤

豊 教授（兼）上田

龍 特任教授UEDA, Ryu Project Professor

KAWAMOTO, Shoko
Division Head, Division of Bioresources Databases

川本祥子

データベース事業部長（兼）KOHARA, Yuji Project Professor

小原雄治 特任教授（兼）SAKAI, Noriyoshi Associate Professor

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

浅川和秀 助教（兼）MUTO, Akira Assistant Professor武藤

彩 助教（兼）KAWASAKI, Toshihiro Assistant Professor

河﨑敏広 助教（兼）KONDO, Shu Assistant Professor

近藤

周 助教（兼）AOKI, Keita Assistant Professor

青木敬太 助教（兼）SUZUKI, Toshiya Assistant Professor

酒井則良 准教授（兼）鈴木俊哉 助教（兼）池尾一穂 准教授（兼）高橋実鈴 助教（兼）野々村賢一

津田勝利 助教（兼）IKEO, Kazuho Associate Professor
NONOMURA, Ken-ichi Associate Professor

60

高田豊行 助教（兼）

准教授（兼）

TAKAHASHI, Misuzu Assistant Professor

TSUDA, Katsutoshi Assistant Professor

Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Advanced Genomics Center
先端ゲノミクス推進センター
国立遺伝学研究所は、学術コミュニティからの大規模ゲノム解析の要望に応え、国内唯一のアカデミアDNAシーケンシングセンターを運用してきました。この間、メダカゲノム、ホヤゲノム、原始紅藻
ゲノムの構造決定や、各種生物を対象とした cDNA 解析など多くの成果を挙げています。

2011 年 10 月に設立された先端ゲノミクス推進センターは、学術界および産業界からの高度なゲノム解読の要請に対し、最新のゲノム解析技術を基盤とした先端的ゲノム科学研究の共同利用・共同研究拠点として活動を進め、ゲノム科学の普及に努めています。
また、情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設のゲノムデータ解析支援センターと密接に連携し、ゲノム解読か
ら情報解析までをシームレスに接続した包括的な研究と共同利用事業を推進しています。
■ 先端ゲノミクス推進センターの活動⃝大規模DNA シーケンシング、
１分子DNA シーケンシング、
1 細胞
シーケンシング⃝ゲノム情報解析パイプラインの開発と提供⃝所内外との連携による共同利用・共同研究の推進⃝受託研究の受け入れ⃝情報共有と情報セキュリティ体制の確立⃝生命研究各分野への先端ゲノミクスの応用と支援

Advanced Genomics Center was established October
1st., 2011, with the aim to combine the latest genomics
technology, i.e., next generation sequencing, for example,
and the genetic resources, that have been collected andconstructed throughout the history of this institute, to create
resources for new-generation genetics.
Since such resources should have links among biological (phenotypic) annotations, data from genetic as well as
genomic researches, this center will work closely with otherlaboratories of Genetic Strains Research Center, andresearch communities around the country. This center is also
expected to become core facility for research communities
to provide latest technologies and tools of the present-day
genomics.
To answer the expectations and heavy demand of genome analyses from the universities and research communities, the target projects that will be conducted in this center
will be chosen through NIG’s Collaborative Research Program that is open to researchers outside of NIG.
■ 共同研究・共同利用・受託研究の流れ■ 先端ゲノミクス推進センターは、常に最先端の技術と情報をコミュニティに提供できるよう施設の整備を進めています。

学術界および産業界
大学A

大学B ・ ・ ・ 大学F

連携

企業A

結果

サンプル
ゲノムデータ
解析支援センター
DS共同利用
基盤施設

連携・ ・ 企業コンソ

先端ゲノミクス
推進センター
解析
DDBJスパコン

活用

蓄積
情報・システム
研究機構

DDBJ
統合DB

国立遺伝学研究所■ 大学や他の研究機関、企業と連携して、多様な生物種のゲノム・メタゲノムや遺伝子の配列解析を行っています。

先端ゲノミクス推進センターでは、以下の生物種のゲノムやヒト・環境のメタゲノム解析を共同研究・共同利用・受託研究を通して実施しています。

⃝動物：ヒト、ラット、マウス、チンパンジー、
ニホンザル、クジラ、イヌ、
コウモリ、
スンクス、
ワラビー、
アフリカツメガエル、
シーラカンス、メダカ、
線虫、
ショウジョウバエ、
アゲハ、
カイコ、クワコ、クマムシなど⃝植物：イネ、
シロイヌナズナ、
アサガオ、
ナンヨウアブラギリ、トマト、
ヒメツリガネゴケ、サンゴ共生褐虫藻、緑藻類、紅藻類、
微細藻類など⃝微生物：ヒト常在菌、病原菌、光合成菌、極限領域生息細菌類、シロアリ共生細菌類、難培養細菌⃝メタゲノム：ヒト（腸内、皮膚、口腔）、海洋、河川、湖沼、土壌、
温泉、
活性汚泥、
工業廃水

Advanced Genomics Center

先端ゲノミクス推進センター□先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Center
KOHARA, Yuji Project Professor

NOGUCHI, Hideki Project Professor

FUJIYAMA, Asao Project Professor

BABA, Tomoya Project Associate Professor

小原雄治 特任教授（兼）KUROKAWA, Ken
Head, Advanced Genomics Center黒川顕センター長（兼）野口英樹

特任教授（兼）藤山秋佐夫 特任教授（兼）馬場知哉

特任准教授（兼）豊田近藤伸二

特任准教授（兼）TOYODA, Atsushi Project Professor

敦 特任教授（兼）KONDO, Shinji Project Associate Professor

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

61Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

DDBJ Center
DDBJセンター
DDBJ；DNA Data Bank of Japan は 1987 年に設立され、生命科学の研究活動をサポートするために、米国の NCBI および欧州の ENA/EBIとの協力体制の下で塩基配列データを収集し、世界の公共財『国際塩基配列データベース（INSD）』を維持管理しています。また、日・米・欧の特許庁の協力により特許由来 DNA
塩基配列及びアミノ酸配列が INSD からデータ公開されています。
日本に加えて韓国特許庁由来のデータも韓国バイオインフォマティッ
ク研究所（KOBIC）の協力のもとDDBJ からデータが公開されています。2009 年からは、次世代シークエンサ出力データを収集す
るSequence Read Archiveと従来のシークエンサからの出力デー
タを収集するTrace Archiveも3者の協力体制で運営されています。

DDBJ事業はDDBJセンターが運営し、所外委員会のDNAデー
タ研究利用委員会と、NCBI，EBI，DDBJ がそれぞれ委嘱する外部委員会である国際諮問委員会によって監督されています（A）。
DDBJ センターには、教員、キュレータ、システムエンジニア、広報担当、秘書などが所属しており、受付査定・データの交換・更新・提供などデータベース構築業務の他、解析ツールの開発などを通じて、研究活動に貢献しています。
DDBJ へ登録する研究者は国内の研究者が中心ですが、アジア諸国や中近東の研究者も含まれます。件数では全 INSD の 10%強を占めています（B）。

また、DDBJ センターでは科学技術振興機構（JST）に拠点を置
くバイオサイエンスデータベースセンターが推進するライフサイエ
ンスデータベース統合推進事業にも参画しています。さらに、2013 年より科学技術振興機構（JST）と共同でヒトに関する研究
データ共有のための制限公開データ用データベース（JGA）の運用を開始しています。
DDBJ ホームページ DDBJ web
http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Sequence Read Archive など Sequence Read Archive, etc
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/

問い合わせ Contact Us
http://www.ddbj.nig.ac.jp/addresses-e.html
A

DNA Data Bank of Japan (DDBJ), established in 1987,
collects nucleotide sequence data, under collaboration withNCBI in U.S. and ENA/EBI in Europe, and maintains International Nucleotide Sequence Database (INSD) as a worldwide
public asset for the life sciences. Through cooperation patentoffices of Japan, U.S., and Europe, data on patent-derived
DNA and amino acid sequences are also made publicly available from INSD. Moreover, DDBJ cooperates with the Korean
Bioinformation Center (KOBIC) to publish data from Korean
Patent Office. Since 2009. The three parties (DDBJ, NCBI,
ENA) also cooperates to Sequence Read Archive, a repository of raw sequence data from “next-generation” sequencing technologies, and the Trace Archive, a repository of
sequence data from gel/capillary platforms.
DDBJ activities are operated by DDBJ Center, which issupervised by the (external) DNA Database Advisory Committee and the (external) International Advisory Committee (IAC),
whose members are appointed by NCBI, EBI, and DDBJ(A).
DDBJ Center, staffed by professors, curators, systems engineers, public relations officers, and secretaries, engages indatabase development tasks, such as data acceptance andappraisal, data exchange, updating, and data sharing, as
well as the development of data analysis tools to support
research.
Data submissions to DDBJ by the researchers are mainly
from Japan, but also from Asian countries and the Middle
East. It accounts for over 10% of all INSDs in the number ofsubmission.
DDBJ Center also takes part in the Life Science Integrated Database Project, an initiative of the National Bioscience Database Center (NBDC) of the Japan Science andTechnology Agency (JST). Furthermore, in 2013 DDBJ joinedwith JST to begin running a controlled access database forsharing human-related research data, the Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA).

DDBJセンター

DDBJ Center
DNA Data Bank of JapanDDBJ Sequence Read Archive
DDBJ Trace Archive
BioProject

TAKAGI, Toshihisa
Head, DDBJ Center

IAC
ICM
GenBank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

B

高木利久

EMBL¯EBIセンター長（兼）EMBL-Bank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

OGASAWARA, Osamu
Division Head, High Performance Computing Division
Project Associate Professor

The Number of Bases by Contributors to DDBJ Release(billion)
250

小笠原

200

□DDBJセンター DDBJ Center

150

ARITA, Masanori Professor

有田正規 教授（兼）100

OKUBO, Kousaku Professor

大久保公策 教授（兼）50

62

Rel.98 (2014.09)

Rel.106 (2016.09)

Rel.90 (2012.09)

Rel.83 (2010.09)

Rel.75 (2008.09)

Rel.67 (2006.09)

Rel.59 (2004.09)

Rel.51 (2002.09)

Rel.47 (2001.10)

Rel.45 (2001.04)

Rel.44 (2001.01)

Rel.43 (2000.10)

Rel.42 (2000.07)

KAMINUMA, Eli Assistant Professor
Rel.41 (2000.04)

0理システム管理部門長・特任准教授

GenBank incl USPTO
EMBL incl EPO
DDBJ incl JPO and KIPO

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

NAKAMURA, Yasukazu
Division Head, Database Division

中村保一

データベース部門長（兼）神沼英里 助教（兼）KAWASHIMA, Takeshi

川島武士 助教（兼）Assistant Professor

HARA, Kazuo Assistant Professor

原一夫 助教（兼）NIG Supercomputer System
国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム
Total Number of NIG Supercomputer System Accounts

3500
SE
3000

DDBJ

2500

Web user (MiGAP)Web user(DDBJ pipeline)

2000

login user (large scale)

1500

login user (normal)

1000

734

500

110

320

467

595

856

1196
1017

1999
1811
1643
1438
1317

2212
2080

2600
2595
2375

2796

2946

0

遺伝研は、国際塩基配列データベース（INSD）構築および大学共同利用機関としての計算機資源の研究者への提供を目的として、スーパーコンピュータシステムの運用を行っています。
2013 年から、個人に由来する遺伝学的データと匿名化された表現型情報の制限公開データベース（JGA）構築のための計算イ
ンフラの提供を開始しています。
遺伝研スパコンは、生命系に特化した解析環境や充実した公共
データの提供が特徴となっています。大規模なデータ解析を可能とするために大型の高速ストレージシステム（Lustreファイルシステム）7PB を持ち、これが最新鋭の分散メモリ型計算機システム（thin計算ノード）と共有メモリ型計算機システム（Medium計算ノード，Fat 計算ノード）と共有メモリ型計算機システムから利用可能となっています。さらに INSD および JGA のデータを保存するた
めの省電力ディスク5.5PB を備えています。
（下表参照）
ユーザー登録は随時受け付けており、ログインサービスの他、次世代シーケンサーの解析パイプライン（DDBJ read pipeline）および微生物のゲノムアノテーションパイプライン（MiGAP）が利用可能となっています。詳細は遺伝研スパコンホームページ（http://
sc.ddbj.nig.ac.jp）をご参照ください。

1

National Institute of Genetics (NIG) operates a supercomputer system with the aim of contributing to the developmentof the International Nucleotide Sequence Database (INSD)
and providing computational resources to researchers, as an
Inter-University Research Institute. In 2013 NIG began providing computational infrastructure for the development of a
restricted-access database (JGA) of genetic data derived
from individuals and anonymized phenotypic information.
The key features of the NIG Supercomputer System arethat it serves as an analysis environment specializing in the life
sciences and that it provides complete public data. To enable
analysis of massive quantities of data, it is equipped with amassive 7-PB high-speed storage system (Lustre file system),
which can be used as a state-of-the-art distributed memorycomputer system (thin compute nodes), a shared memorycomputer system (medium compute nodes, fat computenodes), or a shared memory computer system. Furthermore,
it is also equipped with an energy-saving 5.5 PB disk for storing INSD and JGA data. (Refer to the table below.)
Users can register at any time, and in addition to login
services, they can make use of a next-generation sequence
analysis pipeline (DDBJ read pipeline), as well as the Microbial
Genome Annotation Pipeline (MiGAP). For details, please visit
the NIG Supercomputer System web site (http://sc.ddbj.nig.
ac.jp [This URL belongs to the Japanese version of the NIG
Supercomputer System web site. Please confirm.]).

項 目
Items

機器仕様・用途概要
Specifications

Thin 計算ノード
Thin node

Memory 64GByte CPU Xeon E5-2670×2 16 Core

導入数量
Amount of hardware
352 node（64 台に GPGPU 搭載）
202 node（64台にGPGPU、32台にXeon Phi搭載）

Memory 64GByte CPU Xeon E5-2680v2×2 20 Core
2

Medium 計算ノード
Medium node

Memory 2TByte CPU Xeon E7-4870 ×10 80 Core

10 node3

Fat 計算ノード
Fat node

Memory 10TB

1 node4

ディスク装置（省電力領域）
Electric power saving storage

バックアップ、アーカイブ用途
For archive or backup use.

5

ディスク装置（高速領域）
High performance storage

並列ファイルシステム Lustre により全計算ノードからの高速並列アクセスが可能なディスク領域。ホーム／scratch 領域に利用
Every computing node can access the high performance storage
via Lustre file system. This storage used as home area or job
scratch area
表1

CPU Intel Xeon E7-8837 768 Core

5.5 PByte

2012 年および 2014 年導入計算機システム概要

7 PByteTable1: Computing system installed in 2012 and 2014

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

63

National Projects ナショナルプロジェクト

Platform for Advanced Genome Science (PAGS)
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（略称：先進ゲノム支援）
生命の理解のためには大量かつ高精度の DNA 配列解析が以前にも増して重要になっていますが、これを推進するには実験・情報解析の両面での大規模かつ最先端の解析システムの整備と共有が必須です。
「先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（先進ゲノム支援）」は文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』に 2014 年から 6 年間の予定で採択されたもので、最先端のゲノム解析及び情報解析のシステムを整備し、科研費課題から公募により選定された課題の支援等を通じて我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めます。
「先進ゲノム支援」には、以下のように大規模配列解析において6 項目及び高度情報解析における 5 項目の支援と高度化の支援
技術項目を設定し、それらを縦糸横糸として組み合わせた多様か
つ高度な実験・情報解析支援をおこないます（図 A）。
■ 大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動⃝新規ゲノム決定⃝ RNA 解析

⃝修飾解析

⃝超高感度解析⃝変異解析■ Large-scale DNA sequence analysis⃝de novo genome analysis⃝Variation analysis⃝Epigenetic analysis⃝メタ・環境・ホロゲノム解析■ 高度情報解析支援ネットワーク活動⃝基盤的解析パイプライン⃝総合的ゲノムアノテーション⃝超高度情報処理技術

これらの支援活動を推進するために、国立遺伝学研究所を中核機関とし、参加する班員が所属する主な機関を連携機関とするネットワークを形成し、分担して支援及びその高度化にあたります（図B）。研究支援代表者の下、現在研究支援分担者 21 名、連携研究
支援者 25 名、総勢 47 名の班員が全国 15 の大学・研究機関（部
局数は 24）から参加しています。
(A)⃝Pipelines for basic analysis ⃝Knowledge database for AI⃝Comprehensive annotation ⃝More advanced bioinformatics⃝Multi-omics analysis

To promote the PAGS activity, the National Institute of
Genetics as the core institution of PAGS has established a
network for cooperation with the institutions to which theparticipating members belong to promote the PAGS activity.
Currently 47 members in total are participating in PAGS from15 universities and research institutes (24 departments).

5HVHDUFKSDSHUV

5HVHDUFKHUVJUDQWHG0(;7-636.DNHQKL(B)

5HVHDUFKHUVJUDQWHG0(;7-636.DNHQKL

2SHQ
6FLHQFH

1DWLRQDO,QVWLWXWH
RI*HQHWLFV
87RN\R

87RN\R+RVSLWDO

*UDG6FKRRORI)URQWLHU6FLHQFHV2WKHU
SODWIRUPV

87RN\R*UDGXDWH6FKRRORI6FLHQFH$GYDQFHGELRLQIRUPDWLFVJURXS/DUJHVFDOH'1$
VHTXHQFLQJJURXS6DSSRUR0HGLFDO8&RRSHUDWLRQ
7RN\R,QVWLWXWHRI7HFKQRORJ\

2WKHUV.\XVKX8

6FKRRORI0HGLFLQH

'DWDSXEOLFDWLRQVKDULQJ$GYDQFHGELRLQIRUPDWLFVJURXS3ODWIRUPIRU$GYDQFHG*HQRPH6FLHQFH

''%- 1%'&'%&/6

7HFKQRORJ\'HYHORSPHQW

3ODWIRUPIRU$GYDQFHG*HQRPH6FLHQFH

遺伝研で活動する参加班員

http://www.genome-sci.jp/□大規模ゲノム解析

Large-scale DNA sequencing group
TOYODA, Atsushi Project Professor

KOHARA, Yuji
Principal Investigator, Project Professor

小原雄治

研究支援代表者・特任教授（兼）参加研究機関0DQDJLQJJURXS*UDG6FKRRORI0HGLFLQH

6FKRRORI0HGLFLQH

/DUJHVFDOH'1$
VHTXHQFLQJJURXS

Members at NIG

2VDND8

'DWDSXEOLFDWLRQVKDULQJ8OWUDKLJKVHQVLWLYLW\DQDO\VLV

0RUHDGYDQFHGELRLQIRUPDWLFV

0HWDJHQRPLFV.QRZOHGJH'%IRU$,

51$DQDO\VLV

0XOWLRPLFVDQDO\VLV

0DQDJLQJJURXS(SLJHQHWLF
DQDO\VLV&RPSUHKHQVLYHDQQRWDWLRQ

9DULDWLRQDQDO\VLV

3LSHOLQHVIRUEDVLFDQDO\VLV'HQRYRJHQRPHDQDO\VLV'DWD5HVXOWV6DPSOHV'DWDUHVXOWV

6DPSOHV⃝RNA analysis⃝Metagenome analysis⃝Ultra-high sensitivity analysis■ Advanced bioinformatics analysis⃝ AI 化知識ベースの構築⃝多層統合ゲノム情報解析技術

In order to understand life, massive and highly accurate
DNA sequence analysis has become more important than
before. To meet this situation, it is essential to develop alarge-scale and state-of-the-art genome analysis system andto share it with the research community. Platform for Advanced Genome Science (PAGS) was adopted for this purpose for six years from 2014 as a platform in Grant-in-Aid for
Scientific Research (KAKENHI) on Innovative Areas ― Platforms for Advanced Technologies and Research Resources
funded by MEXT. We provide such a genome analysis system for researchers who are granted KAKENHI and selectedby the selection committee.
In PAGS we will provide a variety of technologies, combining the following 6 items in large-scale DNA sequence
analysis and 5 items in advanced bioinformatics analysis aswarp and weft as shown in Figure.

○豊田

敦

特任教授

FUJIYAMA, Asao Project Professor－藤山秋佐夫

特任教授（兼）－井ノ上逸朗教授

INOUE, Ituro Professor□高度情報解析

Advanced bioinformatics group
KUROKAWA, Ken Professor

OGASAWARA, Osamu Project Associate Professor

○黒川

顕 教授

－森

宙史 助教

○野口英樹 特任教授※○中村保一 教授

－近藤伸二 特任准教授※

MORI, Hiroshi Assistant Professor
NAKAMURA, Yasukazu Professor※情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設所属－小笠原理 特任准教授

NOGUCHI, Hideki Project Professor
KONDO, Shinji Project Associate Professor（○：研究支援分担者、－：連携研究支援者）

東京大学、東京工業大学、大阪大学、九州大学、札幌医科大学、千葉大学、情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設、産業技術総合研究所、慶応義塾大学、滋賀大学、山梨大学、京都大学、京都府立医科大学、早稲田大学、かずさDNA 研究所

64

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative ResearchCollaborative Research and Research Meetings

共同研究・研究会

国立遺伝学研究所は、遺伝学に関する総合研究の中核として、大学、他研究機関との共同研究を積極的に受け入れています。
国内外の研究者に共同利用の機会を提供するため、所内の教員と所外の研究者による「共同研究」及び「研究会」を実施しています。
次頁に示すように、毎年多くの共同研究が行われており、2016 年度も計 79 件の共同研究と計 13 件の研究会を行い、着実な成果をあげています。

As the central institute to study various aspects of genetics, the National Institute of Genetics (NIG) positively accepts collaborative research between NIG and universities or other institutes. In order to offer collaborative research opportunities to researchers, NIG has been
conducting “Collaborative Research” and “Research Meeting” between researchers inside and outside of NIG.
As shown in the next page, many collaborative researches are held every year. In 2016, 79 Collaborative Researches and 13 Research
Meetings have been held and achieved excellent results.
▶ Collaborative Research

共同研究「共同研究」とは、国立遺伝学研究所外の研究者からの申込みに基づBased on the application from researchers outside NIG, NIG
researchers collaborate with them for conducting the research on
the subject of application. The following three categories are solicited for Collaborative Research [A1], [A2] and [B]. In Collaborative
Research [A1] and [A2], travel and accommodation expenses areprovided to visit NIG for conducting discussion and experiment. In
Collaborative Research [B], travel, accommodation and researchexpenses are provided.

き、国立遺伝学研究所内外の研究者数名により、特定の研究課題について共同して行う研究です。次の３種類に分けて募集を行っています。

「共同研究（A1）」「共同研究（A2）」に採択されると、実験・討論のために遺伝研を訪問するための旅費・滞在費が支給されます。
「共同研究（B）」では旅費・滞在費及び研究費が支給されます。

Evolution of dynamin-like gene family in the initial stage of multicellularity
多細胞化初期段階におけるダイナミン遺伝子ファミリーの進化
東京大学大学院
理学系研究科新垣陽子 大学院生
野崎久義 准教授
多細胞化モデル生物群の緑藻ボルボッ
クス系列は、単細胞のクラミドモナスから
500 細胞以上のボルボックスまでの中間的進化段階の種を含む。本研究では細胞質分裂に関与するダイナミン様タンパク質
DRP1 の特異的抗体を作成して局在解析を行った。DRP1 はクラミドモナスの第二分裂直後の細胞では主に第二分裂面に局在し、4 〜 16 細胞性の 2 種の 4 細胞胚でGraduate School of Science,
University of TokyoARAKAKI, Yoko, Graduate Student
NOZAKI, Hisayoshi, Associate Professor
Volvocine lineage is a powerfulmodel for studies of multicellularity.
Here our immunofluorescence microscopy with an antibody raised
against the volvocine Tetrabaena
DRP1 demonstrated difference in
DPR1 localization in the four-celled
stages/embryos between the unicellular and ancestral multicellular volvocine species.

は第一・第二分裂面の両方に同程度に局在することが明らかになった。

緑藻ボルボックス系列の系統と4 細胞期
Phylogeny and four-celled stages in volvocine algae.

▶ Research Meetings

研究会「研究会」とは、国立遺伝学研究所内外の研究者からの申込みに基づき、国立遺伝学研究所内外の比較的少人数で実施する研究集会です。各研究会
では、活発な討論が行われています。

Based on the application from researchers inside or outside of NIG, Research Meetings in small groups are held for information exchange and active discussion.

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

65

NIG Collaboration Grant
国立遺伝学研究所は、遺伝学に関する総合研究の中核として、大学、他研究機関との共同研究を積極的に受け入れています。
「共同研究（A1）」、「共同研究（A2）」に採択されると、実験・討論のために遺伝研を訪問するための旅費・滞在費が支給されます。
「共同研究（B）」では旅費・滞在費及び研究費が支給されます。

共同研究（A1）
研究課題

66

研究代表者

1

DNA 複製開始因子 -DNA 修復酵素複合体の X 線結晶構造解析

山梨大学

大学院総合研究部

大山拓次

2

解糖系の活性化を引き起こす代謝制御機構の解明

長崎大学

医学部共同利用研究センター

増本博司

3

微細藻類の形質転換体系を用いた光合成遺伝子の機能解析

東北大学

大学院生命科学研究科

丸山真一朗

4

ミトコンドリアとリソソームの相互作用における分子メカニズムの解明

琉球大学

機器分析支援センター

八木沢芙美

5

Screening of zebrafish transgenic lines in search for fluorescent reporters inpronephros, muscle and nervous system

Department of Physiological Sciences II. Faculty of
Medicine. University of Barcelona

Alejandro Barrallo-Gimeno

6

Screening of Gal4 Zebrafish lines

Institute of Neuropathology, University Medical Center Bonn

Anna Sophia Japp

7

シナプス可塑性操作による動物行動操作

青山学院大学平田普三

8

Screening for thyroid hormones responsive zTRAP lines

Center from Marine Sciences of the Algarve

9

Genetic Profiling of Iron Age Human Remains from the Altay Mountains, Kazakstan

National Laboratory Astana Nazarbayev University, Astana, Kazakstan

Ayken Askapuli

10 国立遺伝学研究所所蔵資料のアーカイブズ研究―特に木村資生関係資料および同研究所創設に関する資料について

総合研究大学院大学

飯田香穂里

11 古代ゲノムデータに対する解析パイプラインの構築

東京大学

12 縄文人リファレンスゲノムの構築および日本列島人・東アジア人の成立史解明

国立科学博物館

13 Computer simulation of modern human colonisation of Japanese Archipelago using
genetic data

Department of Genetics and Evolution, Universityof Geneve

Da DI

14 海型・淡水型イトヨにおける浸透圧調節因子の同定

静岡大学

理学部

日下部

15 タンガニイカ湖産鱗食魚の利きに関わる遺伝子の同定

富山大学

大学院医学薬学研究部

竹内勇一

16 メダカ属の日長応答性進化の遺伝機構

琉球大学

熱帯生物圏研究センター

山平寿智

17 Transcriptome Profiling of Oral Squamous Cell Carcinoma of South India using Next
Generation Sequencing

University of Madras

18 ゲノム難読領域解読を目指した解析法の検討と実践

国立成育医療研究センター研究所 ゲノム医療研究部 要

19 HLA-omics に基づく薬剤副作用予防診断システムの構築

金沢大学

20 熱活性型トランスポゾンの転移とその制御機構の解明

北海道大学

21 植物におけるエピゲノム動態の解析

筑波大学

22 AID 法とCRISPR/Cas 技術の融合によるヒトRan-GTP 濃度勾配の分裂期特異的破壊操作と分裂期機能の解明

名古屋大学

理工学部

先導科学研究科

Marco António Campinho

植田信太郎

大学院理学系研究科

神澤秀明

人類研究部

誠

A.K.Munirajan匡

細道一善

医薬保健研究域医学系

伊藤秀臣

大学院理学研究院

柴

生命環境系

博史

大学院理学研究科

清光智美

大学院医学系研究科

小西昭充

23 AID システムを利用したヒト細胞でのシェルテリン複合体によるテロメア機能の解析

群馬大学

24 AID 法によるコンディショナル変異ヒト細胞を用いた Elg1-RFC の機能解析

兵庫県立大学25 ゲノム編集技術を用いた誘導性ノックダウン法による染色体分配制御機構の解明

東北大学

26 真核生物染色体分配複合体の構造と機能解析

東京理科大学27 X 線 CT 装置を用いた祖先型新口動物およびその寄生動物の発生学的・自然史学的
研究

東京大学

28 ストレスによる消化管機能異常に対する腸炎モデルマウスを用いた検討

順天堂大学

医学部附属静岡病院

外科折田

29 マウス実験腎炎における腎糸球体半月体形成の遺伝的影響

順天堂大学

医学部附属静岡病院

腎臓内科

清水芳男

30 マウス胎仔高速表現型解析技術の開発

理化学研究所

31 日本産野生マウス由来の MSM 系統およびコンソミック系統を用いた、マウス肺腫瘍
発生関連遺伝子のマッピング

香川大学

総合生命科学研究センター

宮下信泉

32 心筋分化機構の解析

広島大学大学院医歯薬保健学研究院

小久保博樹

33 マウス生殖細胞発生におけるRNA 結合タンパク質 DND1 の機能解析

横浜国立大学34 野生由来コンソミックマウス系統群を用いたアルコール嗜好性の遺伝子メカニズム解析

東京都医学総合研究所

35 野生種マウスにおける情動伝染様式の解析

麻布大学

36 琵琶湖固有魚ホンモロコ生殖細胞の未分化維持、in vitro 分化培養の開発

立命館大学

37 ゼブラフィッシュにおける性転換の起源となる未分化生殖細胞の同定と分離培養

静岡大学

理学部

徳元俊伸

38 外生乳酸菌による植物成長促進機構の解明と局所微生物相変化についての遺伝学
的検証

愛媛大学

理工学研究科井上雅裕

39 大腸菌染色体の複製ヘリカーゼと新奇分配因子 CrfC の細胞内分子動態の解析

九州大学

大学院薬学研究院

片山

40 バクテリアアクチンによる細胞極性制御機構の解析

立教大学

理学部

塩見大輔

41 染色体制御複合体の質量分析解析

名古屋市立大学

42 DNA 二本鎖切断修復に関与するRecN SMC 様タンパク質の機能解析

学習院大学

43 チェックポイントタンパク質 Rad9 の分裂期キナーゼによるリン酸化の普遍的意義

京都大学

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

大学院生命理学研究科

西野達哉

基礎工学部

大学院理学系研究科附属臨海実験所

バイオリソースセンター

工学研究院
依存性薬物プロジェクト

獣医学部
薬学部

大学院システム自然科学研究科

理学部
放射線生物研究センター

塩見泰史
田中耕三

加齢医学研究所

大森紹仁

田村

鈴木

創
勝

敦

笠井慎也
菊水健史
高田達之

勉

田上英明
菱田

卓

古谷寛治

2016 年度 公募による共同研究
研究課題

研究代表者

44 ショウジョウバエ成虫脳のグリアサブタイプ特異的に発現する遺伝子の機能解析

杏林大学

45 Engineering and analysis of ABC transporter genes in Dorosophila

University of Massachusetts Amherst

Michele Markstein

46 コンパクトな染色体 3D 構造および動態のシュミレーション研究および実験との融合
研究

秋田県立大学 システム科学技術学部

石本志高

47 クロマチン構造ダイナミクスの動力学計算シミュレーション

名古屋大学

笹井理生

48 変異ラミン A の発現により誘起されるクロマチン動態変化の分子機構

千葉大学

大学院融合科学研究科

松浦

49 線虫 C. elegans 染色体の無細胞再構築系の確立

山口大学

大学院創成科学研究科

原

50 シナプス前終末でのミトコンドリア減少によって引き起こされる神経軸索変性のメカ
ニズム

首都大学東京51 細胞内オルガネラの局域の解析

立教大学

理学部

後藤

52 セントロメア変動の分子機構

大阪大学

大学院生命機能研究科

深川竜郎

53 フルクトフィリック乳酸菌の比較ゲノム解析

東京農業大学54 低温耐性乳酸菌の低温環境・バイオマス糖質利用下における増殖機構の解明

農業・食品産業技術総合研究機構

55 シニア専門家との協働作業による遺伝学関係データベースのアノテーションの高品
質化

新潟大学

56 ゼニゴケゲノム情報ポータルサイトmarchantia.info の構築

かずさDNA 研究所

長崎英樹

57 ゲノム進化の動態解析

学習院大学

阿形清和

58 １細胞解析を利用したマウス生殖細胞におけるde novo 突然変異の解明

大阪大学

大学院生命機能研究科

内村有邦

59 ショウジョウバエの生殖様式を決定づける遺伝的機構の解明

杏林大学

医学部

平井和之

60 イネの栽培化関連遺伝子の機能解析

神戸大学

大学院農学研究科

石井尊生

61 イネにおける葉の表皮構造の遺伝的制御機構の解析

東京大学

大学院農学生命科学研究科

伊藤純一

62 イネ花粉突然変異体 waf1 の解析

秋田県立大学

生物資源科学部

上田健治

63 イネの胚乳発生にみられる生殖的隔離機構の解明

横浜市立大学

木原生物学研究所

木下

64 イネの形態形成とメリステム機能に関する発生遺伝学的研究

東京大学

大学院理学系研究科

平野博之

65 植物の生殖細胞系列におけるレトロトランスポゾン LORE1a の転写機構の解析

新潟大学

自然科学系

深井英吾

66 日本産ゲンジおよびヘイケボタルのゲノム解析と遺伝子の地域間比較による多様性
解析

鹿児島大学

67 大型類人猿におけるサブテロメア近傍領域の比較ゲノム解析

国立成育医療研究センター ゲノム医療研究部

黒木陽子

68 木材侵食に関わる昆虫共生微生物群の解明

北海道大学

高須賀太一

粟崎

医学部

大学院工学研究科

健

彰
裕貴

安藤香奈絵

理工学研究科聡

遠藤明仁

生物産業学部
畜産研究部門

自然科学系

大学院自然科学研究科

学術研究院理工学域理学系

大学院農学研究院連携部門

遠野雅徳
阿部貴志

哲

加藤太一郎

共同研究（A2）
研究課題

研究代表者

1

NMDA receptor silencing in developing cortical subplate neurons

National Taiwan University

Li-Jen Lee

2

Genetic and Translational Modeling of Pediatric Fusion Gene-Positive Sarcomas in
Zebrafish

University of Texas Southwestern Medical CenterJames F. Amatruda

3

Identification of zebrafish gene/enhancer TRAP lines for the differential analysis of
autonomic innervation in the endocrine pancreas

Max Planck Institute for Heart and Lung Research

Yu Hsuan Carol Yang

4

Somatic mutation detection in primary central nervous systems lymphoma

Cancer Center, Affiliated Hospital of The Academyof Military Medical Sciences (AMMS), Beijing, China

Hua You

5

Control of DNA dynamics : Interplay between DNA compaction and gene expression

INSERM / University of Lyon, FRANCE

Lesterlin Christian6

1 分子蛍光偏光顕微鏡法による細胞内染色体 DNA の分子配向マッピング

ウッズホール海洋生物学研究所

谷知己

共同研究（B）
研究課題

研究代表者

1

多細胞化初期段階におけるダイナミン遺伝子ファミリーの進化

東京大学

2

環境 DNA を用いた回遊性魚類における季節性検出技術の開発

北海道大学

大学院理学系研究科

3

ヒト細胞におけるDNA ポリメラーゼ機能のゲノムワイド解析

東北大学

4

毛周期の繰り返し回数をカウントするマウス長周期生物時計遺伝子の同定

長浜バイオ大学

5

デメキン原因遺伝子の同定

大阪大学

大学院農学研究院
学際科学フロンティア研究所
バイオサイエンス学部

蛋白質研究所

野崎久義
荒木仁志
大学保一
山本博章
大森義裕

研究会
研究課題

研究代表者

1

水圏微生物のエネルギー利用戦略とその相互作用に関する研究会

福井工業大学2

ゲノム医科学とバイオインフォマティクスの接点と集学研究

国立遺伝学研究所

環境情報学部

3

転移因子と宿主の相互作用による生命機能と進化

名古屋大学

人類遺伝研究部門

大学院生命農学研究科

柏山祐一郎
井ノ上逸朗
一柳健司

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research67

2016 年度 公募による共同研究

Collaborative Research
研究課題

研究代表者

4

Fine tuning of Notch signaling activity : its importance and mechanisms

大阪大学

大学院理学研究科

松野健治

5

行動遺伝学研究会：個体の繋がりの分子進化研究

麻布大学

獣医学部

菊水健史

6

単細胞システム細胞装置のダイナミズム

京都大学 ウイルス研究所

秋山芳展

7

生物ゲノム安定維持の分子機構

名古屋大学

荻

8

ショウジョウバエの生殖生物学

杏林大学

9

クロマチン・細胞核の動的構造変換とエピジェネティック制御

基礎生物学研究所

環境医学研究所
医学部
クロマチン制御研究部門

都市教養学部

健

中山潤一

10 分子進化学の現状と今後の展望

首都大学東京11 次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ

ライフサイエンス統合データベースセンター

坊農秀雅

12 イネ属近縁野生種研究会―遺伝的多様性の分子育種への活用―

神戸大学

大学院農学研究科

石川

13 イネ分子遺伝学の彷徨

東京大学

大学院農学生命科学研究科

伊藤純一

Joint Research with the Private Sector
共同研究先

研究課題（研究題目）

研究代表者

野澤昌文
亮

2016 年度 民間等との共同研究
契約期間

協和発酵キリン株式会社

トランスポゾンの哺乳動物細胞への応用に関する研究

初期発生研究部門教授

川上浩一’10.01.01 〜 ’17.03.31

キリン株式会社

酵母の醸造形質原因遺伝子の解明

大量遺伝情報研究室

教授

中村保一

’15.10.15 〜 ’16.10.14

株式会社ブリヂストン

パラゴムノキの遺伝子データベース構築

大量遺伝情報研究室

教授

中村保一

’16.04.01 〜 ’17.03.31

旭化成ファーマ株式会社

次世代シーケンサーを用いた自己免疫疾患関連遺伝子の発現解析に関する研究

人類遺伝研究部門

教授

井ノ上逸朗

’16.04.01 〜 ’17.03.31

協同乳業株式会社

ポリミアン合成関連遺伝子改変マウスの作製及び系統樹立

マウス開発研究室

准教授 小出 剛
助教 吉見一人’16.04.01 〜 ’17.03.31

株式会社モノクローナル抗体研究所

モノクローナル抗体によるクロマチン修飾解析法の評価

先端ゲノミクス推進センター 特任教授 藤山秋佐夫

メタゲノム情報による微生物叢の機能解析技術に関する研究
三菱レイヨン株式会社
株式会社三菱化学科学技術研究センター’16.04.01 〜 ’17.03.31

ゲノム進化研究室

教授

黒川

顕

’16.04.01 〜 ’17.03.31

田辺三菱製薬株式会社

創薬ツールとしての遺伝子改変魚の作製

初期発生研究部門教授

川上浩一’16.07.01 〜 ’17.06.30

Genome Research Limited

Synthetic growth and lethal screenings with the loss of
MCM8/9 using CRISPR/Cas9

分子細胞工学研究部門 教授

鐘巻将人’16.09.20 〜 ’19.09.20

フェノバンス・リサーチ・アンド・テクノロジー合同会社

集団型全自動マウス行動試験装置を用いた基礎データの収集

マウス開発研究室

准教授

理化学研究所

形態異常を示す各種突然変異マウスの解析

哺乳動物遺伝研究室

教授

城石俊彦

’08.04.01 〜 ’17.03.31

理化学研究所非対称細胞分裂に関与する遺伝子の研究

多細胞構築研究室教授

澤’11.10.01 〜 ’17.03.31

理化学研究所

FANTOM5プロジェクトのための新データセットの作成

生命情報研究センター 特任教授 五條堀 孝
准教授 池尾一穂

理化学研究所

次世代シークエンサの定量データベース DDBJ Omics
Archive(DOR) の登録補助ツール仕様構築

大量遺伝情報研究室

教授

中村保一

理化学研究所

微小官形成中心を阻害する低分子化合物の探索

中心体生物学研究部門 教授

北川大樹

海洋研究開発機構

環境影響評価・修復法の開発へ向けた環境メタゲノム解析

比較ゲノム解析研究室

特任教授 豊田東北大学 東北メディカル･バンク機構

ゲノム情報などの機微性が高い情報の震災に備えたバックアッ
プの研究

データベース運用開発研究室

教授

高木利久

’14.08.01 〜 ’19.03.31

東北大学 東北メディカル･バンク機構

日本列島人のゲノム多様性に関する研究

集団遺伝研究部門

教授

斎藤成也’16.07.08 〜 ’17.3.31

東海大学

臍帯血を利用した再生医学、免疫学、腫瘍医学研究

人類遺伝研究部門

教授

井ノ上逸朗

’15.02.19 〜 ’18.03.31

大阪医科薬科大学

小型魚類を用いた新規心臓関連遺伝子の同定と解析

初期発生研究部門教授

川上浩一’15.04.01 〜 ’17.03.31

大阪大学蛋白質研究所

キンギョゲノム解読を目指した研究

先端ゲノミクス推進センター 特任教授 藤山秋佐夫’15.07.01 〜 ’17.06.30

千葉大学

Tm2d3ノックアウトマウスの作成と表現型解析

発生工学研究室’16.12.01 〜 ’17.11.30

教授

小出

委託者

斉

’11.02.18 〜 ’17.03.31’11.09.01 〜 ’17.03.31’16.07.01 〜 ’18.03.31’14.04.01 〜 ’19.03.31

敦

相賀裕美子

2016 年度 受託研究

研 究 課 題 （研究題目）

研究代表者

科学技術振興機構

高いバイオマス生産能及び環境耐性能を持つ藻類の作出

共生細胞進化研究部門 教授

科学技術振興機構

メタゲノム解析による微生物叢の動態の把握及び環境評価技術の開発

生命情報研究センター 特任教授 五條堀科学技術振興機構

ゲノム折り畳み・転写動態のイメージングと転写モデルの検証

生体高分子研究室

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research’16.10.20 〜 ’17.03.31

剛

Commissioned Research

68

朋男

粟崎

契約期間

教授

’12.04.01 〜 ’17.03.31

宮城島進也

前島一博

孝

’12.04.01 〜 ’17.03.31’15.10.01 〜 ’18.03.31

2016 年度 受託研究

Commissioned Research
委託者

研 究 課 題 （研究題目）

科学技術振興機構

包括的 1 細胞トランスクリプトーム解析と組織多様性のバイオイ 遺伝情報分析研究室
ンフォマティックス

科学技術振興機構

ゲノム解析アプリケーション技術に関する研究

DDBJ センター

特任准教授 小笠原

科学技術振興機構

DNAメチル化変動のゲノムワイド解析を中心としたエピゲノム
頑健性の理解と設計基盤の構築

育種遺伝研究部門教授

角谷徹仁’15.12.01 〜 ’18.03.31

科学技術振興機構

デグロン変異細胞創出のための基盤技術開発

分子細胞工学研究部門 教授

鐘巻将人’13.10.01 〜 ’17.03.31

科学技術振興機構

病害応答時におけるクロマチン動態に関するQTL 解析集団の作成

育種遺伝研究部門

助教

稲垣宗一’16.10.01 〜 ’17.03.31

科学技術振興機構

遺伝統計学的計算手法の開発とデータ登録

人類遺伝研究部門

教授

井ノ上逸朗

’14.04.01 〜 ’17.03.31

科学技術振興機構

微生物 DB の高度化と配列解析支援系の開発と提供

大量遺伝情報研究室

教授

中村保一

’14.04.01 〜 ’17.03.31

科学技術振興機構

メタゲノム及び微生物 DB システムの高度化と統合解析システムの開発

ゲノム進化研究室

教授

黒川

顕

’16.04.01 〜 ’17.03.31

科学技術振興機構

系統関係検証生命ネットワーク研究室

教授

有田正規

’16.10.01 〜 ’17.03.31

科学技術振興機構

スペクトル解析プラットフォームの構築

生命ネットワーク研究室

教授

有田正規

’13.11.01 〜 ’17.03.31

日本医療研究開発機構

細胞核のマイクロメカニクスと機械受容メカニズムの解明

定量メカノバイオロジー研究室

准教授

島本勇太

’16.04.01 〜 ’17.03.31

名古屋市立大学（日本医療研究開発機構） 次世代シークエンサー（NGS）によるホスト因子探索のためのシステム開発とデータ解析

遺伝情報分析研究室

准教授

池尾一穂

’16.04.01 〜 ’17.03.31

名古屋大学（日本医療研究開発機構） ゲノム不安定性疾患遺伝子変異データベースの構築

大量遺伝情報研究室

教授

中村保一

’16.04.01 〜 ’17.03.31

大量遺伝情報研究室

助教

神沼英里

’16.04.01 〜 ’17.03.31

生命ネットワーク研究室

教授

有田正規

’16.04.01 〜 ’17.03.31

農林・食品産業技術総合研究機構

研究代表者

カンキツの育種選抜に利用可能なゲノムワイドSNP の拡充

高機能遺伝子デザイン技術研究組合（経済産業省） 生合成パスウェイデータベースの構築

契約期間
准教授

池尾一穂

’16.10.01 〜 ’17.03.31
理’15.10.01 〜 ’17.03.31

2016 年度 科学技術人材育成費補助金
文部科学省

事業名

事業実施センター責任者

テニュアトラック普及・定着事業

新分野創造センター

事業実施期間

センター長

相賀裕美子

’15.08.06 〜 ’17.03.31

2016 年度 医療研究開発推進事業費補助金
ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）
研 究 課 題 （研究題目）

課題管理者

研究期間

日本医療研究開発機構

イネ属の多様性を生かすリソース基盤の構築

植物遺伝研究室教授

佐藤

日本医療研究開発機構

モデル原核生物（大腸菌・枯草菌）遺伝資源の整備と活用

原核生物遺伝研究室

教授

仁木宏典

日本医療研究開発機構

ショウジョウバエ遺伝資源の総合的維持管理および提供

生物遺伝資源センター 特任教授 上田

日本医療研究開発機構

ゼブラフィッシュの収集・保存および提供（トランスジェニックゼ
ブラフィッシュ系統及び近交系ゼブラフィッシュの収集・保存及び提供）

初期発生研究部門

教授

日本医療研究開発機構

情報発信体制の整備とプロジェクトの総合的推進

系統情報研究室准教授

日本医療研究開発機構

起源を異にするカイコ近交系のゲノムリシークエンシング（2）比較ゲノム解析研究室

特任教授 豊田

日本医療研究開発機構

1 分子リアルタイム DNA シーケンサーによるMSM/Ms 系統のリシーケンスと公開

哺乳動物遺伝研究室

助教

高田豊行

’16.10.01～ ’17.03.31

日本医療研究開発機構

NIESコレクションのシアノバクテリアのゲノム情報整備

大量遺伝情報研究室

教授

中村保一

’16.10.01～ ’17.03.31’16.04.01 〜 ’17.03.31

豊’16.04.01 〜 ’17.03.31
龍

川上浩一’16.04.01 〜 ’17.03.31’16.04.01 〜 ’17.03.31

山﨑由紀子
敦

’16.04.01 〜 ’17.03.31’16.10.01～ ’17.03.31

創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業
日本医療研究開発機構

構造生命科学データクラウドの構築運用と高度化

生命情報研究センター 特任教授 由良日本医療研究開発機構

創薬等支援のための大規模シーケンスデータのためのゲノミク
ス解析支援と高度化

遺伝情報分析研究室 准教授

敬’15.04.01 〜 ’17.03.31

池尾一穂’15.04.01 〜 ’17.03.31

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research69International Activities
国際交流■ 国際共同研究や国際トレーニングコースの開催

国立遺伝学研究所では、国外の研究者との共同研究を推進しています。

一例として「初期発生研究部門 川上研究室」では、世界最大規模のトランスジェニックゼブラフィッシュリソースを活用した発生生物学・神経科

学研究の分野での国際共同研究を展開しています。2016 年度は、アルガルヴェ大学（ポルトガル）、ボン大学（ドイツ）、バルセロナ大学（スペイン）、マックスプランク研究所（ドイツ）、テキサス大学（アメリカ）、センターヘルムホルツ（ドイツ）等からの研究者を短期間受け入れ、研究に有用なトランスジェニックフィッシュをスクリーニングにより見つけ出してもらう「shelf-screening」を実施しました。また、日本の研究者コミュ

ニティ全体のグローバル化を支援するために、独自に開発した科学英語
教育プログラム「遺伝研メソッド」の普及をめざした啓発活動や支援活動を行っています。2016年度は遺伝研でScientific Presentationのトレー

ニングコースを実施したほか、大学等で研修や講習会を開催しました。

■ 国際シンポジウム

国立遺伝学研究所は、国際的な学術交流を推進することにより多様な分野の研究者との連携を強化し、遺伝学および共同研究の発展に資することを目的に、毎年国際シンポジウムを支援しています。2016 年度

は “Genome Evolution at Mishima”（GEM）と銘打って、集団遺伝研

究部門の斎藤成也教授を委員長とする国際シンポジウム実行委員会メンバーがこのシンポジウムを遺伝研の講堂で開催しました。太田朋子名誉教授を含めて、のべ 70 名を越える参加者（うち海外から11 名、外国人 17 名、学生 12 名）が参加し、3 日間にわたり熱心な議論を繰り広げました。またこのシンポジウムを第 1 回目として、今後もゲノム進化に関する国際シンポジウムを開催してゆくことを決議しました。
GEMウェブサイト =http://www.saitou-naruya-laboratory.org/meetings/GEM_March0017.html▪会期：2017 年 3 月 27-29 日▪場所：国立遺伝学研究所（三島）70

国際交流／ International Activities■ International Collaboration and International Training Course

NIG actively supports international collaboration among researchers
worldwide. For instance, the Division of Molecular and Developmental Biology under the direction of Prof. Kawakami is conducting joint research in
the field of developmental biology and neuroscience using the world’s largest transgenic zebrafish resource. In 2016, researchers from the Universityof Algarve (Portugal), University Medical Center Bonn (Germany), Universityof Barcelona (Spain), Max Planck Institute (Germany), University of Texas (USA),and Helmholtz Centre (Germany) visited Kawakami lab and performed genetic screens to find fish that will be useful for their research (“shelf-screen”).
NIG also aims to promote international collaboration through enhancing
scientific communication skills. NIG has developed an educational curriculum for effective scientific presentation – called the “NIG Method” – anddisseminates this methodology to aid globalization of the scientific community. In 2016 we organized a training course on scientific presentation at
NIG, and also gave lectures and courses at various universities.

■ NIG International Symposium

NIG has been organizing and sponsoring international symposia and promoting academic interactions among researchers
from diverse backgrounds and disciplines for contributing to advance the frontiers of genetics. This year we supported the international symposium “Genome Evolution at Mishima: GEM”.
Members of GEM Symposium organizing committee, chaired by
Prof. Saitou Naruya at Division of Population Genetics, ran the
symposium. More than 70 investigators, including Professor
emeritus Ohta Tomoko, attended this three-day symposium. Attendees included 11 invited speakers from abroad, 17 foreigners,
and 12 students. We decided to continue symposia on genome
evolution as GEM at Mishima as the first one.
GEM website =http://www.saitou-naruya-laboratory.org/meetings/GEM_March0017.html.
▪ Date: March. 27-29, 2017
▪ Venue: Conference Hall, National Institute of Genetics (Mishima)

■ 外国人研究者に対するサポート

遺伝研の国際的な研究環境を整備・発展させるために、国際化推進委員会が様々な活動を行っています。外国人研究員・留学生が言葉の壁を感じることなく研究に専念できるよう、国際化推進グループ（GIP）
が来日前のビザ申請から、来日後の事務手続き、住居探しや三島エリアの生活情報の提供に至るまで、幅広いサポートを提供しています。また、
日本語の無料レッスンも行っています。

■ Support for International Researchers

NIG is committed to support international researchers so thatthey can dedicate themselves to research in a stimulating but yet
unfamiliar environment. New international NIG members will receive assistance from the Group for Internationalization Promotion(GIP) with their initial move to Japan – and throughout their stay at
NIG / SOKENDAI. The support offered by GIP includes help in
visa applications, administrative procedures upon relocation/employment, flat hunting and medical care. GIP will also provide useful information of the area to enrich your academic and personal
life in Mishima. Free Japanese lessons are offered to those whowish to learn Japanese language.
For more details, visit GIP web page: https://www.nig.ac.jp/
jimu/soken/GIP/index.html
Please feel free to contact us if you have any questions about
working/studying at NIG / SOKENDAI.
▪ GIP Help Desk Coordinator (General Affairs /Education Team):

MIURA, Chikako

cmiura@nig.ac.jp▪ Chair of Internationalization Promotion Committee:

Professor AKASHI, Hiroshi

Hosting Foreign Scientists

外国人研究者の受け入れ

hiakashi@nig.ac.jp

Name / Subject title / Affiliation

氏名／研究課題／所属

Postdoc

博士研究員

Reception and quality control of the massive submissions at DDBJ

DDBJ Center
DDBJセンター

Postdoc

博士研究員
華

イネの生殖細胞発生に関わるRNA 結合蛋白質の解析

Analysis of RNA-binding proteins promoting germ-cell development in rice

Experimental Farm実験圃場

Postdoc

博士研究員

Study on asymmetric cell division in C. elegans

Multicellular Organization Laboratory
多細胞構築研究室

Postdoc

博士研究員

Genetic studies on behaviors and brain functions in zebrafish

Division of Molecular and Developmental Biology
初期発生研究部門

Postdoc

博士研究員

Large-scale NGS data based population genetics research and analysis tool development

Genome Informatics Laboratory
大量遺伝情報研究室

LEE, KyungBum 李 慶範
LIU, Hua 劉JIN, Yinhua 金 銀華
AILANI, Deepak アイラニ，ディーパックMISHRA, Neha ミシュラ，ネハ

DDBJ における塩基配列大量登録情報の受入対応と高水準化

線虫の非対称分裂機構の研究

ゼブラフィッシュにおける行動と脳機能の遺伝学的解析
NGS 大量配列を用いた集団遺伝学研究と解析ツール開発

Researcher

研究員

Analysis of lipid spectra and international coordination

Laboratory of Biological Networks
生命ネットワーク研究室

Researcher

研究員

Development of the database of bioactive lipids

Laboratory of Biological Networks
生命ネットワーク研究室

LI, Donghan 李 東晗
HETTIARACHCHI, Nadeeka Nilmini

ナディカ，ニルミニ，ヒッチアラチ

脂質マススペクトルの解析と国際連携
生理活性脂質データベースの構築

国際交流／ International Activities

71

Activities and Events for Research Promotion
研究を促進するための活動と行事▶ Activities for Research Promotion

研究を促進するための活動

NIG Colloquium
内部交流セミナー

Biological Symposium presented by Dr. Job Dekkerバイオロジカルシンポジウム Dr. Job Dekker 講演■ 内部交流セミナー■ NIG Colloquia

研究所内における研究成果を発表し、討論する会で、毎週金曜日に開かれます。教員による発表の他、D5プログレスレポートとして博士課
程５年生の研究紹介の場としても利用されています。
■ バイオロジカルシンポジウム

Seminars are held every Friday by researchers at the instituteto discuss their progress during the past year. Presentations are
made not only by faculty, but also by fifth year graduate students
as a part of their D5 Progress Report.
■ Biological Symposia

先端の研究を行っている国内外の研究者を研究所に招き、講演討論を行います。幅広い分野の優れた講演が年間約 70 回行われています。

Biological Symposia are held throughout the year, featuring
distinguished speakers in many areas of biological sciences, fromuniversities and institutions worldwide.

▶ Events

行Open House on April 8, 2017

一般公開 2017 年 4 月 8 日

Public Lecture Presented by Dr. Oda Yoshihisa

公開講演会 小田祥久 准教授講演■ 研究所の一般公開■ Open House

科学技術週間における行事の一環として、毎年４月上旬に各研究部門の展示や学術講演を行い、研究所の一部を一般の方々に公開しています。
■ 公開講演会

年 1 回、東京地区を中心に本研究所教員を講師として、一般の方々を対象に遺伝学公開講演会を開催しています。
国立遺伝学研究所⃝講演タイトル2016 年度の公開講演会

細胞を見ればわかる！ 植物の不思議／小田祥久 准教授
バイオインフォマティクスと未来社会／黒川

72

事

顕 教授

研究を促進するための活動と行事／ Activities and Events for Research Promotion

As one of the events of the Science and Technology Week,
NIG opens its grounds and facilities to the public. Visitors attend
exhibits and special lectures as well as enjoying cherry blossoms
in the campus.
■ Public Lecture

Once every autumn, NIG holds a public lecture in Tokyo, presented by its faculty.

Cyber Museum of Genetics

https://www.nig.ac.jp/museum/

遺伝学電子博物館

この博物館は、1999 年に国立遺伝学研究所の創立 50 周年を記念して、遺伝学の研究の中身を、わかりやすく、楽しく知っていただけるようにと企画して作ったものです。2009 年、創立 60 周年にあたり、構成を一新するとともに、時代の流れに則した内容を新たに付け加えました。
新聞やニュースなどで、「遺伝子」、「DNA」、「ゲノム」といった言葉が毎日のように流れています。いまや、遺伝学の研究は専門家だけに任せておいてはいけない時代、沢山の方が理解して判断を迫られる時代となっているのです。この「遺伝学電子博物館」では、学生・学校の先生・ジャーナリストだけでなく、科学の研究に興味のある多くの方々に向けて、遺伝学についての正確な情報を提供しています。では、少しだけ中身を紹介しましょう。

■ 遺伝学の歴史 …… メンデルから現代まで

昔から「子は親に似る」ということわざがあるように、親子、兄弟は何となく顔や姿が似ていることは疑う余地がありません。遺伝現象の研究が近代科学として成立したのは、オーストリアの修道院の牧師であったメンデルが重要な遺伝の法則を発見したことから始まります。

生物種の遺伝学■ 進化と遺伝 …… 生きものはどこから来たか

科学としての進化論は、C. ダーウィンが1859年に『種の起原』を発表したことから始まりました。ダーウィンは遺伝の原理を知りませんでしたので、自然淘汰の機構について充分説明できず大変悩んだようです。1968年、木村資生が提唱した中立説に始まり、分子レベルで進化を考えることが始まりました。
■ 分子遺伝学 …… DNA の視点から生命を考える

1953 年、X 線を使ってDNA の二重らせん構造が発見されました。そこには遺伝情報を正確に子孫に伝え、体のかたちを作り、生命活動を行う精巧な仕組みが秘められていました。近年活発なゲノムプ

マルチメディア資料館：DNA の複製

ロジェクトについてもご紹介します。

■ 生物種の遺伝学 …… いろんな生物のゲノム研究

ゲノムプロジェクトにより、生命現象の基本プログラムの詳細な姿を明らかにするための基礎となる「情報」が日々蓄積されています。それらは、ゲノムの構造と密接に関連した生物情報知識ベースとしてコンピュータ化され、バイオサイエンス研究の基盤情報として広く使われているのです。
■ マルチメディア資料館 生物・ザ・ムービー …… ムービーで見る分子の世界

DNA が複製・転写・翻訳される様子を 3D のムービーにしました。RNA ポリメラーゼの専門家と生物・ザ・ムービータンパク質の立体構造の専門家が製作に参加し、分子生物学の正確な知見を踏まえて作られています。
■ クイズ遺伝学 ゲノムアニメ劇場 電脳紙芝居 …… 楽しく遺伝学を知ろう！

ゲノムって何？オーダーメイド医療って？研究者はどんな考え方をしているの？素朴な疑問にクイズやアニメで楽しみながら学べます。狙った遺伝子を破壊できるノックアウト技術を使ったマウスの研究の紹介アニメが新たに追加されました。

ゲノムアニメ劇場

遺伝学電子博物館／ Cyber Museum of Genetics

73

国立大学法人 総合研究大学院大学 生命科学研究科

遺伝学専攻

Department of Genetics

SOKENDAI

国立遺伝学研究所（遺伝研）は、総合研究大学院大学（SOKENDAI）生命科学研究科 遺伝学専攻として、大学院生の教育を行っています。遺伝学を中核に多様な分野の研究が集積する優れた環境の元で、幅広い視野をもつ研究者を育成し、次世代の生命科学研究に貢献したいと考えています。5 年一貫制博士課程と3 年間の博士後期課
程の 2 種類の課程があります。5 年一貫制課程の対象者は大学卒業、または、それと同等の資格を有する方、博士後期課程の対象者は修士号取得者、または、それと同等以上の学力があると認められた方です。
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/phd-program/main-page-top/main-page

National Institute of Genetics (NIG) functions as
the Department of Genetics, SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies) and offers PhD
programs in Genetics. Our 5-year program accepts
those with a bachelor’s degree or equivalent. Thosewith Master’s degree or similar qualifications are also
eligible to apply to our 3-year program. Our graduate
programs provide interdisciplinary education with frequent seminars, journal clubs, and workshops on scientific writing and presentation. Highly qualified
students can receive financial aid. For more information please visit the web site of our graduate program.
https://www.nig.ac.jp/nig/phd-program/main-page-top/main-page74

Department of Genetics,
School of Life Science, SOKENDAI
総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻

遺伝研で学びませんか？
▶ SOKENDAI

遺伝学専攻の特色■ 質の高い研究■ High Quality Research

遺伝研は国内外の研究者の共同利用を目的とした研究機関です。

整備されたDNAデータベース、数多くの実験生物系統などの遺伝資源、最先端の共通機器等、生命科学の基礎研究を遂行するための環境が全て揃っています。ここでは、約 40 の研究グループがそれぞれのテー

マに向かって自由に研究活動を展開し、得られた研究成果を世界へと発信しています。論文引用度や科学研究費の採択率がここ数年間
常にトップクラスであることも、当研究所で行われている研究が国際的にみても高水準であることを裏付けています。質の高い研究に支えられた研究主導型の教育は、SOKENDAI・遺伝学専攻で学ぶ大きな利点です。

■ Small Lab Size

■ 少人数教育

遺伝研では、教授も准教授もそれぞれ独立の研究室を組織して研究を行っています。各研究室の構成員は10 人前後と小規模ですので、教員と頻繁な密度の濃い議論が可能です。博士課程の大学院生１人あたりの教員数は 2.08 人であり、大学院大学ならではの非常に恵まれた研究教育環境であるといえます。

United under the term “Genetics”, graduate students at NIG
continue to expand the frontiers of life sciences in molecular and cellbiology, development, neurosciences, evolution, structural biology
and bioinformatics. The quality of NIG research is evident from thefrequent citations of papers published from the institute and the highfunding rates for our grant proposals. NIG houses tremendous resources for basic research in life sciences, such as the well-established DNA database (DDBJ), an extensive collection of naturalvariants and mutant strains of various model organisms, and stateof the art research equipments.

Unlike most other Japanese universities that retain the “pyramid”
lab structure, professors and associate professors organize independent research groups at NIG. Each group is small; a typical lab
consists of fewer than ten people. Thus, the ratio of faculty to students is extremely high, an average of 2.08 faculty / student. This
enables the graduate students to have frequent and in-depth discussions with faculty – something not possible at institutions with anundergraduate program, which must accept several students per
faculty every year, not counting undergraduate students!

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

75

■ 多彩な授業と豊富なセミナー

遺伝学専攻では、生命科学をはじめとする様々な分野について基礎から最先端まで学べます。基礎的知識の教授と議論が中心の授業を併設し、原著論文を批判的に読み、ディスカッションすることを通して「考える力」や「討論する力」を育てることを重視しています。遺伝研で行われる授業だけでなく、遠隔講義システムを活用して他の専攻で実施されている幅広い分野の授業に参加することも可能です。また、英語による口頭発表や論文作成など、成果発表のための実践的技術を身につけるための授業も行っています。遺伝研では、多岐分野にわたるセミナーが頻繁に開催されています。週 1 度の所内演者による内部交流セミナーに加えて、国内外の著名研究者を招いたバイオロジカルシンポジウムが毎週のように開かれ、活発な論議が行われています。セミナー演者と大学院生との昼食会に参加すれば、あこがれの研究者と実際に会って個人的に話をすることができます。

■ 複数教員による教育制度

遺伝学専攻は、「一人一人の大学院生を全教員で指導する」という理念のもとに大学院教育を行っています。もちろん各大学院生はそれぞれ一人の指導教員のもとでその研究グループに所属して研究を行いますが、それを補う形で、複数教員の指導によるユニークな「生命科学プログレス制度」を実施しています。この制度は、「各々の学生が選んだ教員が小委員会を組織し、学生の相談にのり助言をおこなう」というものです。

５年一貫制博士課程の１、３年次では、指導教員以外の教員１名との個人面談で研究計画の討論を行い、研究テーマの設定について助言を得ることができます（生命科学プログレスⅠ、Ⅲ）。２、４年次には、それまでの研究内容のレポートを提出し、指導教員以外の４人の教員からなる小委員会に対して口頭で発表を行います（生命科学プログレスⅡ、Ⅳ）。

さらに５年次には、研究所全体での公開のセミナーを行い、聴衆や小委

員会のメンバーと討論します（生命科学プログレスⅤ）。それ以外にも学生は年一回プログレスポスター発表会で研究発表を行います。これらの制度が、研究が行き詰まったときの助けになるのはもちろんですが、様々■ Diverse Courses and Frequent Seminars

The Department of Genetics offers diverse courses aimed atproviding in-depth as well as basic knowledge on various fields oflife sciences. The courses are designed to foster critical thinking
and logical discussion skills. Courses on scientific presentationand scientific writing are also offered. Using a remote lecture system students can take courses in various disciplines provided byother departments of SOKENDAI. A large number of seminars
covering various fields of life sciences are held at NIG, including“Biological Symposia” featuring eminent scientists from all over
the world. In addition, members of NIG present their progress
during the past year at weekly “NIG Colloquia”. Graduate students
are invited to lunch with seminar speakers, where students have achance to personally talk with internationally renowned scientists.
Almost all the seminars are given in English, and the graduate
course lectures are also given in English. Knowledge of Japanese
is not required for completing the graduate program and obtaining
PhD degree.
■ Team Teaching

NIG has a policy that “all” faculty members should be involvedin the education of each student. In addition to the thesis advisor (PIof the lab in which the student belongs to) students receive guidance and support from the “Progress Committee”, whose members are selected by each student from outside their own researchgroup. This committee meets with the student once per year (ormore often if requested by the student) and gives advice on thestudent’s thesis project. In addition, students have opportunities
to present their work every year in poster progress sessions, andhave discussions with the committee as well as other faculty andpostdoctoral fellows. By providing a friendly and stimulating environment to have in-depth discussions with researchers in otherfields, this program helps students to broaden their views and tofind breakthroughs when research is not going smoothly. It also
gives opportunity to prepare for presenting seminars at conferences.

な分野の研究者の意見を聞く機会をもつことで、研究者としての視野を広げるのに役立っています。また、英語論文を書くための準備やプレゼ

ンテーションの訓練という意味でも経験を積むことができます。

76

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

■ 研究者間の活発な交流■ Close Network of Research Groups

遺伝研・遺伝学専攻は、研究者間の交流や議論が活発な事で有名です。

各研究室が小規模なこともあり、研究室間の合同セミナーや、共同研究が活発に行われています。大学院生も、他の研究室に出入りして自分に必要な知識や実験手技を学んだりするなど、自由で積極的な交流を行っており、講座制にはない魅力となっています。研究所には、教員や大学院生以外にも、博士研究員、共同利用研究員、外国人招へい研究者等、様々な立場の研究者がいるので、いろいろなレベルでの交流が行われています。このような研究室間の垣根のない交流は、幅広い学際的視野をもつ研究者の育成のために、非常に良い環境であるといえるでしょう。

■ 生命科学リトリート

NIG is famous for active interactions and discussions among
the in-house researchers. Because each research group is small,many groups have joint lab meetings with other labs, and collaborations between groups are very common. Graduate students
also actively and freely visit other research groups to acquire newtechniques and knowledge, which is another advantage of small
groups. NIG also hosts various types of researchers, such as
postdoctoral fellows, collaborative researchers and visiting scientists from abroad. Interacting and networking with researcherswith diverse levels and backgrounds is an ideal way for students
to develop broad and balanced views as mature scientists.
■ Life Science Joint Retreat

総研大の生命科学研究科は、遺伝研を基盤機関とする遺伝学専攻、岡崎の生理研、基生研を基盤機関とする生理科学専攻、基礎生物学専

攻から成り立っています。これら３専攻に葉山の生命共生体進化学専攻

を加えた 4 専攻合同の生命科学リトリートが年１回開催されています。

SOKENDAI houses the largest number of life science facultyin Japan. In addition to the Department of Genetics in Mishima,
the Okazaki area has two departments, the Department of Physiological Sciences and the Department of Basic Biology, and afourth department, the Department of Evolutionary Studies andBiosystems, is located in Hayama. These four life science departments hold a joint retreat every year for scientific interactions.

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI77

▶ Various Aids to Students

学生に対する様々な支援活動

大学院生としての生活は人生の中で決して「楽な」時期ではありません。一人前の研究者と同様に高いレベルの研究成果をあげることを期待されているにもかかわらず、「指導を受けている」学生という身分であるため、仕事をするために授業料を支払わなければなりません。アメリカでは、大学院生の授業料は学部や指導教官が申請するグラントによって負担され、また学生には給与（stipend）が支給されるのが普通ですが、現在の日本の制度では大学院が学生に経済的な援助を与えるシステムは極めて限られています。このような制約の下でも、遺伝学専攻は、学生が「一人前の研究者に育つ」と言う目標を達成するために出来る限りの支援をしようとしています。

NIG and the Department of Genetics conduct various activities to support graduate students and enrich its graduate program.
■ 経済的支援

遺伝学専攻では、大学院生をリサーチアシスタントに採用し、給与を支給しています。額は５年一貫制１、２年次が年額 55 万円、３年次以上が年額 60 万円です。また、日本学生支援機構の奨学金の貸与を希望する
者は、入学後選考のうえ、日本学生支援機構に推薦します。最近の実績
では、希望者全員が奨学金給付を認められています。入学料、授業料については、経済的理由により納付が困難で、かつ学業優秀な者等に対し、入学後選考のうえ、半額免除又は徴収猶予が認められる制度があります。
■ 就職支援活動

在学生や修了生を対象に、「求人情報のメーリングリスト」を作成しています。個々の教員に寄せられるポスドクなどの求人情報が素早く入手できる便利な制度です。遺伝学専攻は、静岡大学博士人材キャリア創造
プログラムと、岡山大学若手研究者キャリア支援センターと協定を結んでおり、企業への就職を希望する学生の相談にも対応します。

Students accepted to the International Graduate Program at
NIG will be nominated as candidates to receive the scholarshipfrom the Japanese government (MEXT fellowship). Third year students can also apply to a “Research Fellowship for Young Scientists” grant sponsored by JSPS. Other financial aids are alsoavailable.

■ Aid in Finding a Job

To help our graduates find jobs after obtaining their degrees,
NIG collects recruitment information for positions such as postdocs and assistant professors and informs the graduate students
and alumni using a web page and a mailing list. The Departmentof Genetics has agreements with two external programs that support career development of students in PhD courses.

■ Travel Funds

研究成果をあげたら、次は国際学会での発表です。遺伝学専攻では、学生の国際学会への参加旅費を援助し、発表を奨励しています。国際共同研究活動や国際的研究能力育成のための長期間海外派遣で、研究や研修を行う制度もあります。

Once you have obtained interesting results and polished yourpresentation skills, it’s time to show them off at international meetings. Indeed, many NIG graduate students have been selected topresent their work as oral presentations at prestigious international conferences. NIG students are eligible to apply to several travel
funds to cover the costs of attending international conferences.

■ 遺伝研宿舎■ NIG Dormitory■ 海外での学会参加の助成

遺伝学専攻には学生が入居できる宿舎があります。一人部屋と3 人部屋があり、それぞれに、バス・キッチン・トイレを完備しています（3 人用は共用になります）。
■ 科学発表の授業

研究者にとっては、単に研究能力だけでなくその成果を外に発表する能力も大切です。特に英語で表現・議論する能力は国際的に活躍するためには是非身につけたい能力です。博士号取得までに「英語で理解・議論・表現する力」を獲得できるよう、遺伝学専攻は独自に開発した「遺伝研メソッド」による研究者育成を行っています。詳細は以下 URL をご覧ください。
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/OSC/OSC_I.html

78■ Financial Aid

The NIG dormitories are available for students. There are two
options: Private Unit and Shared Unit (residents will be provided
their own rooms).

■ Courses on Scientific Writing and Presentation

Scientist must not only make new discoveries, but also communicate new findings effectively to others. The ability to present
and discuss science in English is thus an essential skill that mustbe learned within your graduate career. The Department of Genetics offers many courses and workshops on scientific writing andpresentation, including a special scientist training program called “NIG
Method”. For details please take a look at the following URL:
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/OSC/OSC_I.html

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI▶ Research Internship

体験入学プログラム■ 学部学生のための遺伝研体験プログラム■ Undergraduate Research Internships at NIG

遺伝研では学部学生のための「体験入学プログ

NIG offers a 6-week undergraduate research internship program for international
students who wish to gain experience in scientific lab work. Each intern will join ongoing research projects in a world class research group, and will be provided with latitude as well as responsibility to conduct “real” research, i.e. something that no one in
the world has done before. Interns also participate in various departmental activities,
such as lectures for our graduate students, journal clubs, and seminars by outstanding researchers in and out of NIG. Japanese lessons are also available. Stipend will
be provided to cover travel and living expenses. If you want to find out what it is liketo do research, this is the best way to spend a summer.
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/intern/index.html

ラム」を実施しています。１週間程度、遺伝研の宿

泊施設に泊まり込み、実験、セミナー参加など、たくさんのプログラムで遺伝研の研究生活を実体験することができます。旅費・宿泊費は遺伝研から支給されます。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/phd-program/taiken▶ Graduate Education at NIG

大学院進学を考えている人へ

遺伝学専攻の大学院教育は、「自立した研究者」の育成を目指しています。しかし、この目標は優れた研究環境や充実した指導体制だけで達成できるわけではありません。大学院生が各自、何を研究したいのか目的

意識をきちんと持ち、自ら積極的に行動することが必要です。遺伝学専

攻に興味を持たれた方は、まずは興味をもつ研究室の教員に直接連絡を取ってみてください。下記は遺伝学専攻生とその発表論文の一例です。

Educating future generations of scientists is central to themission of NIG. Our graduate program provides many opportunities for students to gain scientific knowledge and professional
skills. We look forward to your active participation in the program.
Below is an example of a first-authored recent publication by a
NIG graduate student.

Telomere visualization in tissue sections using pyrrole-imidazole polyamide probes.
Sasaki, A., Ide, S., Kawamoto, Y., Bando, T., Murata, Y., Shimura, M., Yamada, K., Hirata, A., Nokihara, K., Hirata, T.,
Sugiyama, H., and Maeshima, K. (2016). Sci Rep 6, 29261.
佐々木飛鳥（D4）

遺伝研は研究に集中できる素晴らしい環境です。進学を悩んでいる人は、まず体験入学や説明会などで遺伝研に来て空気を感じてみてください。

▶ Programs to Host Researchers

SASAKI, Asuka (D4)NIG is the good place for students to research. I recommend
students to come and feel the atmosphere of NIG.

遺伝研で研究しよう

遺伝研は、他大学の大学院生の教育にも貢献しています。遺伝学またはこれに関連する学問分野を専攻している大学院生（修士・博士課程）
であれば、「特別共同利用研究員」として遺伝研で研究することが可能です。授業料などの費用はかかりません。そのほか、企業に所属しながら遺伝研で研究する「受託研究員」制度や、大学卒業の資格で遺伝研で研究する「遺伝研研究生」の制度もあります。詳細は以下 URL をご覧ください。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/about-nig/how-to

NIG accepts students who belong to other graduate programs (master’s course or doctor’s course) and provides research
environment at the Institute. NIG also offers ample opportunity forpost-graduate education and international exchanges. In addition
to institutionally-funded postdoc positions (NIG postdoctral fellow), one can also work at NIG through externally-funded postdoc
grants (MEXT and JSPS Programs) or grants to individual laboratory. In addition, NIG welcomes sabbatical stays of foreign faculty.
Please contact your proposed mentor/host/hostess for details on
the programs.

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

79

NIG Data
遺伝研データManagement運

営（2017 年 4 月 1 日現在）

運営会議 Advisory Committee
研究所の運営に関する重要事項その他共同研究計画に関する事項で、所長が必要と認めるものについて、所長の諮問に応じる。
The Advisory Committee gives advice to the Director-General on administrative affairs including joint research programs.
漆原秀子

筑波大学名誉教授
URUSHIHARA, Hideko Professor Emeritus, University of Tsukuba

舘田英典

九州大学大学院理学研究院教授

黒田真也

東京大学大学院理学系研究科教授

西田栄介

京都大学大学院生命科学研究科教授

篠崎一雄

理化学研究所環境資源科学研究センター長

花岡文雄

東京大学大学院新領域創成科学研究科教授

松崎文雄

MATSUZAKI, Fumio

Team Leader, Center for Developmental Biology, RIKEN

東北大学大学院生命科学研究科教授

森川耿右

㈶国際高等研究所チーフリサーチフェロー

KURODA, Sinya
SHINOZAKI, Kazuo

菅野純夫

SUGANO, Sumio

杉本亜砂子

SUGIMOTO, Asako

TACHIDA, Hidenori
NISHIDA, Eisuke

Professor, Graduate School of Sciences, The University of TokyoHANAOKA, Fumio

Director, Center for Sustainable Resource Science, RIKEN

Professor, Graduate School of Frontier Sciences, The University of TokyoMORIKAWA, Kousuke

Professor, Graduate School of Life Sciences, Tohoku University

Professor, Faculty of Sciences, Kyusyu University

Professor, Graduate School of Biostudies, Kyoto University

筑波大学生命領域学際研究センター長

Research Director, Life Science Center of Tsukuba Advanced Research Alliance理化学研究所多細胞システム形成研究センターチームリーダー

Chief Research Fellow, International Institute for Advanced Studies（所外委員）

城石俊彦

SHIROISHI, Toshihiko

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

川上浩一

KAWAKAMI, Koichi

斎藤成也

SAITOU, Naruya

副所長

角谷徹仁

副所長

相賀裕美子

個体遺伝研究系研究主幹

仁木宏典

NIKI, Hironori

Head, Genetic Strains Research Center

集団遺伝研究系研究主幹

澤構造遺伝学研究センター長

KAKUTANI, Tetsuji

Vice-Director

SAGA, YumikoVice-Director
Head, Department of Developmental Genetics
Head, Department of Population Genetics

斉

SAWA, Hitoshi

総合遺伝研究系研究主幹

大久保公策

新分野創造センター長岩里琢治

系統生物研究センター長

前島一博

Head, Department of Integrated Genetics

OKUBO, Kousaku
IWASATO, Takuji

Head, Center for Frontier Research

MAESHIMA, Kazuhiro

生命情報研究センター長

Head, Center for Information Biology

個体遺伝研究系教授

Professor, Department of Developmental Genetics

構造遺伝学研究センター教授

Professor, Structural Biology Center（所内委員）

Head, Structural Biology Center

アドバイザリーボード Advisory Board
研究所に係る重要事項について、所長又は運営会議の求めに応じ助言を行う。
The board members give advice to the Director-General and/or the Advisory Committee regarding the principles and policies of the institute.
大隅良典

東京工業大学栄誉教授

OHSUMI, Yoshinori

Honorary Professor, Tokyo Institute of Technology

榊

東京大学名誉教授

佳之

SAKAKI, Yoshiyuki

Professor Emeritus, The University of Tokyo

竹市雅俊

理化学研究所多細胞システム形成研究センター特別顧問

TAKEICHI, Masatoshi

WIESCHAUS, Eric Professor, Princeton University
SULSTON, John

Honorary Faculty, Sanger Institute

HUNT, Tim

Emeritus Group Leader, The Francis Crick InstituteSenior Advisor, Center for Developmental Biology, RIKEN

総合企画会議 Council for Strategy Planning and Coordination
所長の指揮の下、研究所の運営に関する基本方針の企画立案等を行うとともに、機構本部と連携する。
Under the Director-General’s supervision, the Council makes basic plans and policies on NIG management in addition to coordinating with ROIS headquarters.
城石俊彦

研究企画担当SHIROISHI, Toshihiko

Research Planning

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

仁木宏典

NIKI, Hironori

広海

情報・システム研究機構
戦略企画会議担当

城石俊彦

男女共同参画推進室担当
Gender Equality

ROIS Strategic Planning Committee SHIROISHI, Toshihiko

評価担当

中村保一

Evaluation

NAKAMURA, Yasukazu

知財担当

鈴木睦昭

健

Intellectual Property

平田たつみ

HIRATA, Tatsumi

SUZUKI, Mutsuaki

HIROMI, Yasushi

運営会議共同利用委員会

Inter-University Collaboration Committee（委員長）Chair
北川大樹

KITAGAWA, Daiju（所内委員）NIG members
分子遺伝研究系教授

Professor, Department of Molecular Genetics（所外委員）Non-NIG members
舘田英典

TACHIDA, Hidenori

花岡文雄

HANAOKA, Fumio

菅野純夫

SUGANO, Sumio

九州大学大学院理学研究院教授

Professor, Faculty of Sciences, Kyusyu University

筑波大学生命領域学際研究センター長

Research Director, Life Science Center of Tsukuba Advanced Research Alliance東京大学大学院新領域創成科学研究科教授

北川大樹

KITAGAWA, Daiju

角谷徹仁

KAKUTANI, Tetsuji

城石俊彦

SHIROISHI, Toshihiko

相賀裕美子

SAGA, Yumiko

分子遺伝研究系教授

Professor, Department of Molecular Genetics

総合遺伝研究系教授

Professor, Department of Integrated Genetics

系統生物研究センター教授

Professor, Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター教授

Professor, Genetic Strains Research Center

Professor, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo

運営／ Management81（2017 年度委員）

各種／個別委員会

委員長

将来計画委員会

城石俊彦

図書委員会
Library

KITANO, Jun

予算委員会
Budget荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

セミナー委員会

施設整備委員会

仁木宏典

事業委員会

共通機器委員会

川上浩一

広報委員会
Publicity

KIMURA, Akatsuki

電子計算機委員会

有田正規

知的財産委員会

角谷徹仁

SHIROISHI, Toshihiko

Future Planning

Seminar

NIKI, Hironori

Facility Management

NIG Projects

KAWAKAMI, Koichi

Common Equipment

ARITA, MasanoriComputerIntellectual Property

北野潤

遺伝学博物館委員会

斎藤成也

宮城島進也

国際化推進委員会

明石

裕

前島一博

博士研究員選考委員会

木村暁

ヒトゲノム・遺伝子解析
研究倫理審査委員会

大久保公策

安全衛生委員会

井ノ上逸朗

利益相反委員会

所長

DNA データ研究利用委員会

高木利久

マウス研究支援ユニット運営委員会

相賀裕美子

MIYAGISHIMA, Shin-ya
MAESHIMA, Kazuhiro

木村

荒木弘之

マウス小委員会

城石俊彦

遺伝子組換え実験安全委員会

井ノ上逸朗

イネ小委員会佐藤

動物実験委員会

城石俊彦

大腸菌小委員会

仁木宏典

防火・防災管理委員会
Fire & Disaster Prevention

管理部長

General Manager

ハラスメント防止・対策委員会

副所長

生物遺伝資源委員会

生物遺伝資源センター長人を対象とする研究倫理審査委員会

大久保公策

Recombinant Experiments

INOUE, Ituro

SHIROISHI, Toshihiko

Animal Experiment（2016 年度委員）

DNA データ研究利用委員会
玲

KINJO, Akira

菅野純夫

E. Coli Bioresource
Harassment Prevention

Head, Genetic Resource Center

Genetic Resources

金城Rice Bioresource

所外委員

哲也

HAYASHI, Tetsuya

深海

薫

HOSHI, Jun-ichi

Research Supervisor, Database Integration Coordination Program, NBDCJapan Science and Technology Agency

早稲田大学理工学術院先進理工学研究科教授

Professor, Graduate School of Advanced Science and Engineering,
Faculty of Science and Engineering, Waseda University

稲葉一男

聡

東京工業大学学術国際情報センター教授

松本隆

農業・食品産業技術総合研究機構次世代作物開発研究センター
基盤研究領域長

MATSUOKA, Satoshi

MATSUMOTO, Takashi

Acting Director-General, National Institute of Technology and Evaluation

所外委員

MIZUSHIMA, Hiroshi

武藤香織

MUTO, Kaori

静岡県立静岡がんセンター研究所免疫治療研究部部長

小田司

ODA, Tsukasa

Chief Senior Researcher, Center for Public Health Informatics, National
Institute of Public Health

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター教授

Professor, Human Genome Center, Institute of Medical Science,
The University of Tokyo

日本大学法学部教授

Professor, School of Law, Nihon University

静岡大学理学部教授

所外委員

Genetic Resources Committee (Non-NIG members)

宮崎大学農学部畜産草地科学科教授

Professor, Department of Animal and Grassland Science, Miyazaki
University

北海道大学大学院農学研究院教授

Professor, Research Faculty of Agriculture, Hokkaido University

小笠原直毅

OGASAWARA, Naotake岡田清孝

理化学研究所脳科学総合研究センター副センター長

小幡裕一

理化学研究所バイオリソースセンター微生物材料開発室長

Head, Microbe Division, RIKEN BioResource Center

龍谷大学農学部植物生命科学科教授

Professor,Department of Plant Life Science, Faculty of Agriculture,
Ryukoku University

筑波大学生命環境系教授

Professor, Faculty of Life and Environmental Sciences, University ofTsukuba

奈良先端科学技術大学院大学長

President, Nara Institute of Science and Technology

OKADA, Kiyotaka

江面

運営／ Management

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター教授

Professor, Faculty of Science, Shizuoka University

岡本

OHKUMA, Moriya

Director, Division of Basic Research, Institute of Crop Science, National
Agriculture and Food Research Organization

Animal Experiments Committee (Non-NIG members)

筑波大学下田臨海実験センター長

大熊盛也

Professor, Tokyo Institute of Technology Global Scientific Information andComputing Center

Recombinant Experiments Committee (Non-NIG members)

Director, Shimoda Marine Research Center, University of Tsukuba

EZURA, Hiroshi

Director, Department of Planninng and management, NBDC Japan
Science and Technology Agency

松岡

INABA, Kazuo

浩

科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター企画運
営室長

国立保健医療科学院研究情報支援研究センター上席主任研究官

生物遺伝資源委員会

純

潤一

洋

所外委員

ABE, Jun

SAGA, Yumiko

水島

動物実験委員会

阿部

Mouse Research Supporting Unit

TAKAGI, Toshihisa

理化学研究所バイオリソースセンター情報解析技術室室長

Chief, Immunotherapy Division, Shizuoka Cancer Center ResearchInstitute良DNA Database Advisory

Director-General

Professor, Human Genome Center, Institute of Medical Science,
The University of Tokyo

AKIYAMA, Yasuto

AKASHI, Ryo

Conflict of Interests

INOUE, Ituro

悟

遺伝子組換え実験安全委員会

明石

Safety & Health

MIYANO, Satoru

製品評価技術基盤機構技監

SHIOJIRI, Nobuyoshi

Ethics of Human Genome Research OKUBO, Kosaku

宮野

藤田信之

塩尻信義

KIMURA, Akatsuki

九州大学大学院医学研究院教授

Professor, Department of Bacteriology, Faculty of Medical Sciences,
Kyushu University
Head, Bioresource Information Division, RIKEN BioResource Center

秋山靖人

Vice-Director

東京大学大学院新領域創成科学研究科教授

FUKAMI-KOBAYASHI, Kaoru
FUJITA, Nobuyuki

NIKI, Hironori

星

科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター統合化推進プログラム研究総括

林豊

SATO, Yutaka

大阪大学蛋白質研究所准教授

Associate Professor, Institute for Protein Research, Osaka University

長洲毅志

HATTORI, Masahira

PD Selection

AKASHI, Hiroshi

DNA Database Advisory Committee (Non-NIG members)Professor, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo服部正平

SHIROISHI, Toshihiko

Ethics of Research Involving Human Subject OKUBO, Kosaku

SUGANO, SumioNAGASU, TakeshiInternationalization

SAITOU, Naruya

KAKUTANI, Tetsuji

ARAKI, Hiroyuki

Mouse Bioresource

Museum of Genetics

暁

RI Safety

放射線安全委員会

82

NIG Committees (Chair)

仁

OKAMOTO, Hitoshi
OBATA, Yuichi

折原裕

ORIHARA, Yutaka

Deputy Director, RIKEN Brain Science Institute

理化学研究所バイオリソースセンター長

Director, RIKEN BioResource Center

東京大学大学院薬学系研究科・薬学部准教授

Associtate Professor, Graduate School of Pharmaceutical Sciences,
Faculty of Pharmaceutical Sciences, The University of Tokyo

Management
柏木昭彦

運

営

KASHIWAGI, Akihiko

Specially Appointed Professor, Institute for Amphibian Biology, Graduate
School of Science, Hiroshima University

広島大学大学院理学研究科附属両生類研究施設特任教授

成瀬清

自然科学研究機構基礎生物学研究所進化多様性生物学領域准教授

河地正伸

国立環境研究所生物・生態系環境研究センター生物資源保存研
究推進室長

南部

篤

自然科学研究機構生理学研究所統合生理研究系教授

西尾剛

KAWACHI, Masanobu

Head, Biodiversity Resource Conservation Section, Center for Environmental
Biology and Ecosystem Studies, National Institute for Environmental Studies

草場

広島大学大学院理学研究科附属植物遺伝子保管実験施設長

信

KUSABA, Makoto

庫本高志

KURAMOTO, Takashi

桑山秀一

KUWAYAMA, Hidekazu

小林正智

Director, Laboratory of Plant Chromosome and Gene Stock, Graduate
School of Science, Hiroshima University

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設准教授

Associate Professor, Institute of Laboratory Animals, Graduate School of
Medicine, Kyoto Universiry

筑波大学生命環境系准教授

Associate Professor, Faculty of Life and Environmental Sciences,
University of Tsukuba

理化学研究所バイオリソースセンター実験植物開発室長

KOBAYASHI, Masatomo

Head, Experimental Plant Division, RIKEN BioResource Center小原有弘

医薬基盤・健康・栄養研究所培養資源研究室研究リーダー

酒泉

新潟大学自然科学系教授

KOHARA, Arihiro

満

Research Leader, Department of Disease Bioresources Research,
National Institute of Biomedical Innovation, Health and Nutrition

SAKAIZUMI, Mitsuru

Professor, Faculty of Science, Niigata University

佐藤和広

岡山大学資源植物科学研究所附属大麦・野生植物資源研究セン
ター教授

SATO, Kazuhiro

末盛博文

SUEMORI, Hirofumi

杉山峰崇

Professor, Barley and Wild Plant Resource Center, Research Institute for
Bioresources, Okayama University

京都大学再生医科学研究所准教授

Associate Professor, Institute for Frontier Medical Sciences, Kyoto
University

大阪大学大学院工学研究科准教授

SUGIYAMA, Minetaka

Associate Professor, Graduate School of Engineering, Osaka University

高野敏行

京都工芸繊維大学昆虫先端研究推進センターショウジョウバエ遺伝資源研究部門教授

TAKANO, Toshiyuki

Professor, Department of Drosophila Genomics and Genetic Resources,
Kyoto Institute of Technology

中潟直己

熊本大学生命資源研究・支援センター動物資源開発研究部門教授

NAKAGATA, Naomi

中川恭好

Professor, Center for Animal Resources and Development, Institute ofResource Development and Analysis, Kumamoto University

製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター生物資源利用促進課課長

NAKAGAWA, Yasuyoshi

Director, Biological Resource Center, National Institute of Technology and
Evaluation中桐

鳥取大学農学部附属菌類きのこ遺伝資源研究センター長昭NAKAGIRI, Akira

中村太郎

NAKAMURA, Taro

中村幸夫

Director, Fungus/Mushroom Resource and Research Center, Faculty ofAgriculture, Tottori University

大阪市立大学大学院理学研究科教授

Professor, Graduate School of Science, Osaka City University

理化学研究所バイオリソースセンター細胞材料開発室長

NARUSE, Kiyoshi

NAMBU, Atsushi

NISHIO, Takeshi

仁田坂英二

NITASAKA, Eiji

仁藤伸昌

Associate Professor, Evolutionary Biology and Biodiversity, National
Institute for Basic Biology

Professor, Department of Integrative Physiology, National Institute forPhyslogical Sciences

東北大学大学院農学研究科教授

Professor, Graduate School of Agricultural Science, Tohoku University

九州大学大学院理学研究院講師

Lecturer, Graduate School of Science, Kyushu University

近畿大学生物理工学部地域交流センター長

NITO, Nobumasa

Director, Regional Exchange Center, Faculty of Biology-Oriented Scienceand Technology, Kinki University

根本博

農業・食品産業技術総合研究機構遺伝資源センター長

伴野豊

九州大学大学院農学研究院附属遺伝子資源開発研究センター准教授

NEMOTO, Hiroshi

BANNO, Yutaka

深海

薫

FUKAMI-KOBAYASHI, Kaoru

福田裕穂

FUKUDA, Hiroo

藤島政博

FUJISHIMA, Masahiro

細矢

剛

Director, National Agriculture and Food Reserch Organization

Associate Professor, Institute of Genetic Resources, Faculty ofAgriculture, Graduate School of Bio Resources and Bioenvironmental
Science, Kyushu University

理化学研究所バイオリソースセンター情報解析技術室長

Head, Bioresource Information Division, RIKEN BioResource Center

東京大学大学院理学系研究科教授

Professor, Graduate School of Science, The University of Tokyo

山口大学大学院創成科学研究科教授

Professor, Graduate School of Science and Technology for Innovation,
Yamaguchi University

国立科学博物館植物研究部菌類・藻類研究グループ長HOSOYA, Tsuyoshi

Director, Division of Fungi and Algae, Department of Botany, the National
Museum of Nature and Science松居靖久

東北大学加齢医学研究所附属医用細胞資源センター教授

松田洋一

名古屋大学大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研
究センター長MATSUI, Yasuhisa

MATSUDA, Yoichi

三谷昌平

Professor, Institute of Development, Aging and Cancer, Tohoku University

Director, Avian Bioscience Research Center, Graduate School of
Bioagricultural Sciences, Nagoya University

東京女子医科大学医学部第二生理学教室教授

MITANI, Shohei

Professor, Department of Physiology, School of Medicine, Tokyo
Women’s Medical University

村田武英

理化学研究所バイオリソースセンター遺伝子材料開発室専任研究員

MURATA, Takehide

Permanent Researcher, Bioresource Information Division, RIKEN
BioResource Center

森

名古屋大学大学院理学研究科教授

郁恵

MORI, Ikue

矢口貴志

Professor, Graduate School of Science, Nagoya University

千葉大学真菌医学研究センターバイオリソース管理室長

YAGUCHI, Takashi

Head, Management Unit, Medical Mycology Research Center, Chiba
University

湯本貴和

京都大学霊長類研究所長

理化学研究所バイオリソースセンター実験動物開発室長

NAKAMURA, Yukio

Head, Cell Engineering Division, RIKEN BioResource Center

長村登紀子

NAGAMURA, Tokiko

東京大学医科学研究所准教授

Associate Professor, Institute of Medical Science, The University of Tokyo

吉木

那須田周平

京都大学大学院農学研究科准教授

YOSHIKI, Atsushi

Head, Experimental Animal Division, RIKEN BioResource Center

渡辺敦史

九州大学大学院農学研究院准教授

NASUDA, Shuhei

Associate Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

マウス小委員会

所外委員

荒木喜美

ARAKI, Kimi

小幡裕一

OBATA, Yuichi

庫本高志

KURAMOTO, Takashi

淳

WATANABE, Atsushi

Director, Primate Research Institute, Kyoto University

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

Mouse Bioresource Committee (Non-NIG members)

熊本大学生命資源研究・支援センター疾患モデル分野教授

林元展人

HAYASHIMOTO, Nobuhito

Director, ICLAS Monitoring Center Central Institute for Experimental
Animals

理化学研究所バイオリソースセンター長

松田潤一郎

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設准教授

MATSUDA, Junichiro

医薬基盤・健康・栄養研究所難病 ･ 疾患資源研究部疾患モデル
小動物研究室研究リーダー

Professor, Division of Developmental Genetics, Institute of Resource
Development and Analysis, Kumamoto University
Director, RIKEN BioResource Center

Associate Professor, Institute of Laboratory Animals, Graduate School of
Medicine, Kyoto University

木南

KOMINAMI, Ryo

凌Professor Emeritus, School of Medical Science, Niigata University

鈴木治

医薬基盤・健康・栄養研究所難病 ･ 疾患資源研究部疾患モデル
小動物研究室研究リーダー

新潟大学医学部名誉教授

SUZUKI, Osamu

Research Leader, Laboratory of Experimental Animal Models andExperimental Animals Resource Bank, National Institute of Biomedical
Innovation, Health and Nutrition

中潟直己

熊本大学生命資源研究・支援センター資源開発分野教授

NAKAGATA, Naomi

YUMOTO, Takakazu

Professor, Institute of Resource Development and Analysis, Division of
Reproductive Engineering, Kumamoto University

八神健一

YAGAMI, Ken-ichi

吉木淳

YOSHIKI, Atsushi

米川博通

実験動物中央研究所 ICLAS モニタリングセンター長

Research Leader, Laboratory of Experimental Animal Models andExperimental Animals Resource Bank, National Institute of Biomedical
Innovation, Health and Nutrition

筑波大学医学医療系教授

Professor, Faculty of Medicine, University of Tsukuba

理化学研究所バイオリソースセンター実験動物開発室長

Head, Experimental Animal Division, RIKEN BioResource Center

東京都医学総合研究所シニア研究員

YONEKAWA, Hiromichi

Senior Researcher, Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science若林雄一

千葉県がんセンター研究所発がん研究グループ実験動物研究室
室長

WAKABAYASHI, Yuichi Head, Division of Experimental Animal Research, Chiba Cancer Center

運営／ Management

83Management（2016 年度委員）

イネ小委員会

所外委員

芦苅基行

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

熊丸敏博

九州大学大学院農学研究院教授

井澤

東京大学大学院農学生命科学研究科教授

寺内良平

京都大学大学院農学研究科教授

IZAWA, Takeshi

Professor, Graduate School of Agricultural Life sciences, University of
Tokyo

石川隆二

弘前大学農学生命科学部教授

ISHIKAWA, Ryuji

江花薫子

Professor, Faculty of Agriculture and Life Science, Hirosaki University

農業・食品産業技術総合研究機構遺伝資源センターチーム長

EBANA, Kaworu

Team Leader, Genetic Resources Center, National Agriculture and Food
Research Organization

奥本

京都大学大学院農学研究科教授

裕

OKUMOTO, Yutaka

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

河瀬眞琴

筑波大学生命環境系教授

KAWASE, Makoto

北野英己

KITANO, Hidemi

久保貴彦

吉村

淳

Professor, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Suzuka University of
Medical Science

京都大学ウイルス研究所教授

板谷光泰

慶應義塾大学環境情報学部教授

Professor, Faculty of Environment and Information Studies, Keio
University

伊藤維昭

京都産業大学研究機構シニアリサーチフェロー

ITO, Koreaki

Senior Research Fellow, Research Organization, Kyoto Sangyo University

小笠原直毅

奈良先端科学技術大学院大学長

President, Nara Institute of Science and Technology

片山

九州大学大学院薬学研究院教授

Professor, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Kyushu University

法政大学生命科学部教授

小田

司

関根靖彦
田中

寛

戸邉

亨

TANAKA, Kan

TOBE, Toru林

哲也

YAGUCHI, Takashi

吉川博文

YOSHIKAWA, Hirofumi

吉田健一

YOSHIDA, Ken-ichi

所外委員

日本大学名誉教授

小林設郎

KOBAYASHI, Setsuro

Emeritus Professor, Nihon University

Professor, School of Law, Nihon University

日本大学法学部教授

野口基子

黒澤健司

神奈川県立こども医療センター部長

渡邉妙子

AOKI, Hisanao

小田司

NOGUCHI, Motoko
WATANABE, Taeko

Director, Kanagawa Children’s Medical Center

ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理審査委員会
青木久尚

所外委員

日本大学名誉教授

小林設郎

Emeritus Professor, Nihon University

KOBAYASHI, Setsuro

Professor, School of Law, Nihon University

日本大学法学部教授

野口基子

黒澤健司

神奈川県立こども医療センター部長

渡邉妙子

利益相反委員会

所外委員

瀬戸

篤

SETO, Atsushi

運営／ Management

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

九州大学大学院農学研究院准教授

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

九州大学大学院農学研究院教授

Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

Director, Kanagawa Children’s Medical Center

NOGUCHI, Motoko
WATANABE, Taeko

Conflict of Interests Committee (Non-NIG members)

小樽商科大学大学院商学研究科教授

法政大学生命科学部教授

Professor, Department of Frontier Bioscience, Hosei University

立教大学理学部教授

Professor, College of Science, Rikkyo University

東京工業大学化学生命科学研究所教授

Professor, Laboratory for Chemistry and Life Science, Tokyo Institute ofTechnology

大阪大学大学院医学系研究科教授

Professor, Graduate School of Medicine, Osaka University

九州大学大学院医学研究院教授

Professor, Faculty of Medical Sceineces, Kyushu University

千葉大学真菌医学研究センター准教授

Associate professor, Medical Mycology Research Center, Chiba University

東京農業大学応用生物科学部教授

Professor, Faculty of Applied Bio-Science, Tokyo University of Agriculture

神戸大学大学院農学研究科教授

Professor, Graduate School of Science, Technology and Innovation, Kobe
University

静岡県立三島北高等学校教諭

Teacher, Mishima Kita High School

元・静岡大学教授

Former Professor, Shizuoka University

佐野美術館館長

Curator, Sano Art Museum

Ethics of Human Genome Research Committee (Non-NIG members)

ODA, Tsukasa
KUROSAWA, Kenji

京都大学大学院農学研究科教授

Associate Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

Ethics of Research Involving Human Subject Committee (Non- NIG members)

ODA, Tsukasa
KUROSAWA, Kenji

84

勉

SATO, Tsutomu

Professor, Department of Frontier Bioscience, Hosei University

人を対象とする研究倫理審査委員会
AOKI, Hisanao

佐藤

矢口貴志

東海大学海洋研究所教授

Professor, Institute of Oceanic Research and Development, Tokai
University

青木久尚

YOSHIMURA, Atsushi

HAYASHI, Tetsuya

OGURA, Mitsuo

KAWAGISHI, Ikuro

YASUI, Hideshi

SEKINE, Yasuhiko

Professor, Institute for Virus Research, Kyoto University

ITAYA, Mitsuhiro

KATAYAMA, Tsutomu

MATSUOKA, Makoto

Senior Researcher, Genetic Resources Center, National Agriculture andFood Research Organization

E. Coli Bioresource Committee (Non-NIG members)

秋山芳展

川岸郁朗

DOMON, Eiji

秀鈴鹿医療科学大学薬学部教授

勉

農業・食品産業技術総合研究機構遺伝資源センター調整室上席
研究員

安井

饗場弘二

名古屋大学大学院生命農学研究科准教授

土門英司

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授
九州大学大学院農学研究院准教授

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University
Associate Professor, Graduate School of Bioagricultural Sciences,
Nagoya University

信Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

DOI, Kazuyuki

松岡

所外委員

OGASAWARA, Naotake

土井一行

Professor, Faculty of Life and Enviromental Sciences, University ofTsukuba

大腸菌小委員会

小倉光雄

TERAUCHI, Ryohei

NASUDA, Shuhei

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

AKIYAMA, Yoshinori

KUMAMARU, Toshihiro

那須田周平

KUBO, Takahiko

AIBA, Hiroji

営

Rice Bioresource Committee (Non-NIG members)

ASHIKARI, Motoyuki

毅運Professor, Graduate School of Commerce, Otaru University of Commerce

静岡県立三島北高等学校教諭

Teacher, Mishima Kita High School

元・静岡大学教授

Former Professor, Shizuoka University

佐野美術館館長

Curator, Sano Art Museum

Research Staff and Students of NIG（2017 年 4 月 1 日現在）



所

長

副所長
副所長

桂

Vice-Director

荒木弘之

Vice-Director

Head▪中心体生物学研究部門
授

助

教

助

教

博士研究員

日本学術振興会
特別研究員

総研大 D5

北川大樹
高尾大輔

助

教

研究員

知念拓実

グプタ，アクシャリ D5 Student SOKENDAI GUPTA, Akshari

助

教

藤井

謙

D1 Student SOKENDAI FUJII, Ken
Special Collaborative
Research Student

Prof.

夏目豊彰
水口明美

岩井かほる

助

教

博士研究員


授

助

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員

荒木弘之
日詰光治
矢倉

勝

宮城島進也
藤原崇之

廣岡俊亮
大沼

亮

大林龍胆
小林優介
永井千晴

▪形質遺伝研究部門
教

授

助

教

博士研究員

総研大 D1Prof.

ARAKI, Hiroyuki

Assist. Prof.

HIZUME, Kohji

Postdoc

YAGURA, Masaru

岩里琢治
水野秀信

香取将太

魯偉

授

助

教

総研大 D1TANABE, Hideyuki

Postdoc

SHIRAKI, Tomoya

Postdoc

KOTANI, Yuri

Head

SAITOU, Naruya

ジナム，ティモシー A.

JINAM, Timothy A.

Division of Evolutionary Genetics

アカシ，ヒロシ
松本知高

授
教

Prof.

AKASHI, Hiroshi

Assist. Prof.

MATSUMOTO, Tomotaka

カワシマ ケント，ディエル D4 Student SOKENDAI KAWASHIMA Kent, Diel
山下永香

北野

D1 Student SOKENDAI YAMASHITA, Haruka

Division of Ecological Genetics

潤

Prof.

KITANO, Jun

石川麻乃

Assist. Prof.

ISHIKAWA, Asano

Postdoc

KAKIOKA, Ryo

安齋

JSPS Research Fellow ANSAI, Satoshi

柿岡

諒

賢

細木拓也

D1 Student SOKENDAI HOSOKI, Takuya

Department of Integrated Genetics▪人類遺伝研究部門
助

SAITOU, Naruya

Assist. Prof.

研究主幹（兼） 角谷徹仁

教

AILANI, DeepakProf.

総合遺伝研究系


MUTO, Akira

Postdoc

Head

KAKUTANI, Tetsuji

Division of Human Genetics

井ノ上逸朗
中岡博史

Prof.

INOUE, Ituro

Assist. Prof.

NAKAOKA, Hirofumi

Postdoc

KIMURA, Tetsuaki

Postdoc

HAYANO, Takahide

Prof.

MIYAGISHIMA, Shin-ya

Assist. Prof.

FUJIWARA, Takayuki

博士研究員

HIROOKA, Shunsuke

博士研究員

Postdoc

ONUMA, Ryo

総研大 D5

ロメロ，バネッサ

D5 Student SOKENDAI ROMERO, Vanessa

Postdoc

OHBAYASHI, Ryudo

Postdoc

KOBAYASHI, Yusuke

総研大 D5秦D5 Student SOKENDAI HATA, Chihiro

Postdoc

Postdoc

NAGAI, Chiharu

D5 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

UZUKA, Akihiro

Head

総研大 D1IWASATO, Takuji

Assist. Prof.

MIZUNO, Hidenobu

Postdoc

KATORI, Shota

D5 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

NAKAZAWA, Shingo

D1 Student SOKENDAI WANG, Luwei

早野崇英

千比呂

中倉沙弥

▪育種遺伝研究部門
教

授

助

教

助

教

博士研究員
総研大 D3

Prof.

木村哲晃

総研大 D5（学振特別研究員） 伊東潤平

KAWAKAMI, Koichi

カンダサミー，ラマサミー D3 Student SOKENDAI KANDASAMY, Ramasamy
王

教

日本学術振興会
特別研究員

Division of Symbiosis and Cell Evolution

Division of Neurogenetics

総研大 D5（学振特別研究員） 中沢信吾

総研大 D3

ARAKI, Hiroyuki

Assist. Prof.

Division of Population Genetics▪生態遺伝学研究部門

Department of Developmental Genetics

研究主幹（兼） 川上浩一

教

博士研究員

ジョン，リン ウェイ D2 Student SOKENDAI JONG, Lin Wei

個体遺伝研究系
IWAI, Kaoru

授助

総研大 D1Division of Microbial Genetics

総研大 D5（学振特別研究員） 宇塚明洋

総研大 D2

Researcher

Head▪共生細胞進化研究部門
教

MIZUGUCHI, Akemi

教

総研大 D4

Department of Cell Genetics▪微生物遺伝研究部門
授NATSUME, Toyoaki

Researcher

ASAKAWA, Kazuhide

斎藤成也▪進化遺伝研究部門

KANEMAKI, Masato

KAWAKAMI, Koichi

Assist. Prof.

Department of Population Genetics



YAMAMOTO, Shohei

Assist. Prof.

小谷友理▪集団遺伝研究部門

Division of Molecular Cell Engineering

鐘巻将人

白木知也

研究主幹（兼） 斎藤成也

授



彩

田辺英幸

集団遺伝研究系

教

WATANABE, Koki

武藤

Prof.

ミラー アンドリュー，スティーブン D5 Student SOKENDAI MILLER Andrew, Steven

SHIRATSUCHI, Gen

D4 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

浅川和秀

総研大 D5

Postdoc

玄

川上浩一

アイラニ，ディーパック Postdoc

JSPS Research Fellow CHINEN, Takumi

白土

研究主幹（兼） 荒木弘之

教

Division of Centrosome Biology

Division of Molecular and Developmental Biology

博士研究員

YOSHIBA, Satoko

細胞遺伝研究系
博士研究員

TAKAO, Daisuke▪分子細胞工学研究部門

研究員

教

Assist. Prof.



授

助

博士研究員

ARAKI, Hiroyuki

KITAGAWA, Daiju

教

博士研究員

ARAKI, Hiroyuki

Prof.

授

助

Assist. Prof.

特別共同利用研究員（東京大学大学院） 山本昌平

教

SHIROISHI, Toshihiko

教

吉場聡子

総研大 D4（学振特別研究員） 渡辺紘己

総研大 D1

KATSURA, Isao

Department of Molecular Genetics

研究主幹（兼） 荒木弘之

教▪初期発生研究部門
Director-General

城石俊彦

分子遺伝研究系


勲

研究教育職員・研究員・学生



樽谷芳明
稲垣宗一
齋藤

▪脳機能研究部門
教

授

助

教

助

教

博士研究員

ITO, Jumpei

D1 Student SOKENDAI NAKAKURA, Saya

Division of Agricultural Genetics

角谷徹仁

保坂

D5 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

碧

絡

Prof.

KAKUTANI, Tetsuji

Assist. Prof.

TARUTANI, Yoshiaki

Assist. Prof.

INAGAKI, Soichi

Postdoc

HOSAKA, Aoi

D3 Student SOKENDAI SAITO, Raku

Division of Brain Function

平田たつみ
川崎能彦

トウー，ヤン
山内健太

Prof.

HIRATA, Tatsumi

Assist. Prof.

KAWASAKI, Takahiko

Assist. Prof.

ZHU, Yan

Postdoc

YAMAUCHI, Kenta

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

85

博士研究員岩井（竹越）玲奈 Postdoc

▪細胞空間制御研究室
准教授
博士研究員

Head

佐々木武馬

特別共同利用研究員（東京大学大学院） 長島慶宜
特別共同利用研究員（東京大学大学院） 杉山友希

SAGA, Yumiko

Assoc. Prof.

ODA, Yoshihisa

Postdoc

SASAKI, Takema

Special Collaborative
Research Student
Special Collaborative
Research Student

NAGASHIMA, Yoshinobu
SUGIYAMA, Yuki

▪定量メカノバイオロジー研究室 Quantitative Mechanobiology Laboratory
准教授
研究員
研究員
研究員

日本学術振興会
特別研究員

島本勇太

青野眞由美
島本美元
山岡恵美
高木

潤

Assoc. Prof.

SHIMAMOTO, Yuta

Researcher

AONO, Mayumi

Researcher

SHIMAMOTO, Miyuki

Researcher

YAMAOKA, Megumi

JSPS Research Fellow TAKAGI, Jun

系統生物研究センター Genetic Strains Research Center

センター長（兼） 仁木宏典

▪哺乳動物遺伝研究室
教

授

助

教

助

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員

日本学術振興会
特別研究員

総研大 D5

SHIROISHI, Toshihiko

Assist. Prof.

TAKADA, Toyoyuki

Assist. Prof.

AMANO, Takanori

岡（木曽）彩子

Postdoc

OKA (KISO), Ayako

Postdoc

SAGAI, Tomoko

関Postdoc

SEKI, Ryohei

高田豊行
天野孝紀

嵯峨井知子

授

助

教

助

教

博士研究員

亮平

毛利亘輔

JSPS Research Fellow MOURI, Kousuke

伊藤史博

D5 Student SOKENDAI ITO, Fumihiro

Mammalian Development Laboratory

相賀裕美子
加藤

譲

安島理恵子
平野孝昌

SAGA, Yumiko

Assist. Prof.

KATO, Yuzuru

Assist. Prof.

AJIMA, Rieko

Postdoc

HIRANO, Takamasa

総研大 D5坂口あかね

D5 Student SOKENDAI SAKAGUCHI, Akane

総研大 D3島田龍輝

D3 Student SOKENDAI SHIMADA, Ryuki

総研大 D4（学振特別研究員） 福田胡桃

総研大 D2ライト，ダネル▪マウス開発研究室
准教授
博士研究員

小出

田邉

総研大 D3



剛

彰

永山博通

▪小型魚類開発研究室
准教授
助

教

総研大 D5


酒井則良
河﨑敏広

竹本一政

▪植物遺伝研究室
教

授

助

教

佐藤

D4 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

D2 Student SOKENDAI WRIGHT, Danelle

Assoc. Prof.
Postdoc

TANAVE, Akira
MATSUMOTO, Yuki

D3 Student SOKENDAI NAGAYAMA, Hiromichi

Model Fish Genomics Resource Laboratory
Assoc. Prof.

SAKAI, Noriyoshi

Assist. Prof.

KAWASAKI, Toshihiro

D5 Student SOKENDAI TAKEMOTO, Kazumasa

Plant Genetics Laboratory
豊

鈴木俊哉

Prof.

SATO, Yutaka

Assist. Prof.

SUZUKI, Toshiya

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

教

研究員


日本学術振興会
特別研究員

仁木宏典

Prof.

青木敬太

野崎晋五
岡本

教

授

助

教

尚

矢野晃一

秋山光市郎
清家泰介



准教授


教

AOKI, Keita

Postdoc

NOZAKI, Shingo

Postdoc

OKAMOTO, Sho

Postdoc

YANO, Koichi

Researcher

AKIYAMA, KoichiroProf.

SAITO, Kuniaki

Assist. Prof.

KONDO, Shu

Genetic Informatics Laboratory

川本祥子▪生物遺伝資源情報研究室
助

Assist. Prof.

Invertebrate Genetics Laboratory

周▪系統情報研究室

NIKI, Hironori

JSPS Research Fellow SEIKE, Taisuke

齋藤都暁
近藤

TAKAHASHI(NOSAKA), Misuzu

Microbial Genetics Laboratory▪無脊椎動物遺伝研究室

安達佳樹

Assoc. Prof.

KAWAMOTO, Shoko

Genome Biology Laboratory
Assist. Prof.

ANDACHI, Yoshiki

構造遺伝学研究センター Structural Biology Center

センター長（兼） 澤斉▪生体高分子研究室
教

授

助

教

助

教

研究員

Head

前島一博
井手

総研大 D4

総研大 D1


聖

日比野佳代
田村佐知子

永島崚甫
山口智洋

▪細胞建築研究室
教

授

助

教

博士研究員


日本学術振興会
特別研究員

授

博士研究員

木村

暁

木村健二

菊池窯平

山本一徳



澤

金

准教授
教

博士研究員

日本学術振興会
特別研究員

MAESHIMA, Kazuhiro

Assist. Prof.

IDE, Satoru

Assist. Prof.

HIBINO, KayoResearcher

TAMURA, Sachiko

JSPS Research Fellow NOZAKI, Tadasu
D5 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC
D4 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

IMAI, Ryosuke
SASAKI, Asuka

D4 Student SOKENDAI NAGASHIMA, Ryosuke
D1 Student SOKENDAI YAMAGUCHI, Tomohiro

Prof.

KIMURA, Akatsuki

Assist. Prof.

KIMURA, Kenji

Postdoc

KIKUCHI, Yohei

JSPS Research Fellow YAMAMOTO, Kazunori

Multicellular Organization Laboratory

斉

銀華▪遺伝子回路研究室
助

Prof.

Cell Architecture Laboratory▪多細胞構築研究室
教

SAWA, Hitoshi

Biological Macromolecules Laboratory

日本学術振興会
野崎 慎
特別研究員
総研大 D5今井亮輔（学振特別研究員）
総研大 D4（学振特別研究員） 佐々木飛鳥

KOIDE, Tsuyoshi

D5 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

助

博士研究員

FUKUDA, Kurumi

Mouse Genomics Resource Laboratory

総研大 D5（学振特別研究員） 松本悠貴

86

Prof.

授

博士研究員

NIKI, Hironori

Prof.

教

博士研究員

Mammalian Genetics Laboratory

城石俊彦▪発生工学研究室
教

Head

高橋（野坂）実鈴 Assist. Prof.

▪原核生物遺伝研究室

Cell Dynamics and Organization Laboratory

小田祥久

教



新分野創造センター Center for Frontier Researchセンター長（兼） 相賀裕美子

助

IWAI(TAKEKOSHI), Lena

Prof.

SAWA, Hitoshi

Postdoc

JIN, Yinhua

Gene Network Laboratory

鈴木えみ子

田守洋一郎
宮崎隆明

Assoc. Prof.

SUZUKI, Emiko

Assist. Prof.

TAMORI, Yoichiro

Postdoc

MIYAZAKI, Takaaki

ワン，シャンフォン JSPS Research Fellow WANG, Xian-Feng

研究教育職員・研究員・学生

Research Staff and Students of NIG
生命情報研究センター Center for Information Biology
センター長（兼） 大久保公策▪遺伝情報分析研究室
准教授
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
研究員
総研大 D3


池尾一穂

金城その子
北村徳一
松本

授

助

教

研究員

薫

井元順一

村岡正文

飯塚朋代

研究員
総研大 D5
総研大 D2
総研大 D1
総研大 D1

助

教

博士研究員
博士研究員
研究員
研究員


授



田中

弥

授

助

教



多田一風太

特任教授
研究員
研究員
研究員
研究員
研究員
研究員


授

助

教

博士研究員
博士研究員

MATSUMOTO, Kaoru

Postdoc

IMOTO, Junichi

Researcher

MURAOKA, Masafumi

谷澤靖洋

ミシュラ，ネハ

藤澤貴智
望月孝子

高木利久

原

豊田

敦

清岡美穂
吉田

悟

石﨑比奈子
陳

薇

塚本ゆみ

許山肖子

森

東

顕

宙史

光一

岩崎裕貴

野々村賢一

Assoc. Prof.

NONOMURA, Ken-ichi

教

博士研究員
博士研究員

津田勝利

Assist. Prof.

TSUDA, Katsutoshi

華

Postdoc

LIU, Hua

Postdoc

ONO, Seijiro

三村真生

Postdoc

MIMURA, Manaki

劉

小野聖二郎

国際戦略アドバイザー International Strategic Advisor▪米国立保健研究所
卓越研究者

水内

National Institutes of Health
清NIH Distinguished Investigator MIZUUCHI, Kiyoshi

KAWASHIMA, Takeshi

メンバー

ヘニコフ，スティーブン Member

LI, Donghan

客員研究部門Visiting Faculty

HETTIARACHCHI, Nadeeka Nilmini

Prof.

NAKAMURA, Yasukazu

Assist. Prof.

KAMINUMA, Eli

Postdoc

TANIZAWA, Yasuhiro

Postdoc

MISHRA, Neha

Researcher

FUJISAWA, Takatomo

Researcher

MOCHIZUKI, Takako

Laboratory for Reseach andDevelopment of Biological Databases▪細胞質遺伝客員研究部門
客員准教授
客員教授

客員教授
客員教授


Prof.

OKUBO, Kousaku

Assist. Prof.

HARA, Kazuo

Project Prof.

TOYODA, Atsushi

Researcher

AIZU, Tomoyuki

Researcher

KIYOOKA, Miho

Researcher

YOSHIDA, Satoru

Researcher

ISHIZAKI, Hinako

Researcher

CHEN, Wei

Researcher

TSUKAMOTO, Yumi

Researcher

MOTOYAMA, Ayuko

KUROKAWA, Ken

Assist. Prof.

MORI, Hiroshi

Postdoc

HIGASHI, Koichi

Postdoc

IWASAKI, Yuki

STAINIER, Didier

Visiting Prof.

ZENG, Hongkui

ゼン，ホンクイ

Division of Theoretical Genetics

客員教授

エクスコフィア，ローレント Visiting Prof.
Visiting Prof.

ヤン，ジーヘン▪応用遺伝客員研究部門
客員教授
客員准教授

DIFFLEY, John F.X.

スタニア，ディディエ Visiting Prof.

客員教授


ZHANG, Feng

Division of Physiological Genetics▪理論遺伝客員研究部門

EXCOFFIER, Laurent
YANG, Ziheng

Division of Applied Genetics

ジョーデ，リン

Visiting Prof.

ジルバマン，ダニエル Visiting Assoc. Prof.

JORDE, Lynn
ZILBERMAN, Daniel

放射線・アイソトープセンター Radioisotope Centerセンター長（兼） 仁木宏典

Head

NIKI, Hironori

生物遺伝資源センター Genetic Resource Center

センター長（兼） 仁木宏典

▪バイオリソース事業部

Head

教

授（兼）

教

授（兼）

教

授（兼）

教

授（兼）

城石俊彦
川上浩一
齋藤都暁
佐藤

上田

豊

龍

特任教授（兼） 小原雄治
准教授（兼）
准教授（兼）
准教授（兼）
助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

NIKI, Hironori

Division of Bioresources Management

事業部長（兼） 仁木宏典

特任教授

Prof.

Visiting Assoc. Prof.

ディフリー，ジョン F.X. Visiting Prof.

▪生理遺伝客員研究部門

HENIKOFF, Steven

Division of Cytoplasmic Genetics

チャン，フェン

TAKAGI, Toshihisa

Genome Evolution Laboratory

黒川

准教授
助

Comparative Genomics Laboratory

会津智幸

NONOMURA, Ken-ichi

博士研究員

Laboratory for Gene-Expression Analysis

一夫

Head

Researcher

Prof.

大久保公策

野々村賢一

Assist. Prof.

Genome Informatics Laboratory

神沼英里

圃場長（兼）▪フレッドハッチンソンがん研究センター Fred Hutchinson Cancer Research Center

D2 Student SOKENDAI TADA, Ipputa

中村保一

Experimental Farm

ARITA, Masanori

ノウリーン，メウィッシュ D1 Student SOKENDAI NOUREEN, Mehwish▪ゲノム進化研究室
教

Postdoc

サッティ，マリア アルタフ D1 Student SOKENDAI SATTI, Maria Altaf▪比較ゲノム解析研究室
研究員

KITAMURA, Norikazu

D5 Student SOKENDAI TANAKA, Wataru▪遺伝子発現解析研究室
教

Postdoc

ヒッチアラチ，ナディカ ニルミニ Researcher▪データベース運用開発研究室
教

KINJO, Sonoko

Prof.

東晗



授

IKEO, Kazuho

Postdoc

Laboratory of Biological Networks

川島武士▪大量遺伝情報研究室
教

Assoc. Prof.

D3 Student SOKENDAI IIZUKA, Tomoyo

有田正規
李OKUBO, Kousaku

Laboratory for DNA Data Analysis▪生命ネットワーク研究室
教

Head

実験圃場

Division Head

NIKI, HironoriProf.

SHIROISHI, Toshihiko

Prof.

KAWAKAMI, Koichi

Prof.

SAITO, KuniakiProf.

SATO, Yutaka

Project Prof.

UEDA, Ryu

Project Prof.

KOHARA, Yuji

酒井則良

Assoc. Prof.

SAKAI, Noriyoshi

Assoc. Prof.

IKEO, Kazuho

野々村賢一

Assoc. Prof.

NONOMURA, Ken-ichi

Assist. Prof.

TAKADA, Toyoyuki

Assist. Prof.

ASAKAWA, Kazuhide

Assist. Prof.

MUTO, Akira

Assist. Prof.

KAWASAKI, Toshihiro

池尾一穂
高田豊行

浅川和秀
武藤

彩

河﨑敏広

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

87Research Staff and Students of NIG
助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）



近藤

周

青木敬太
鈴木俊哉
高橋実鈴
津田勝利

▪データベース事業部

Assist. Prof.

KONDO, Shu

Assist. Prof.

AOKI, Keita

Assist. Prof.

SUZUKI, Toshiya

Assist. Prof.

TAKAHASHI, Misuzu

Assist. Prof.

TSUDA, Katsutoshi

Division Headセンター長（兼） 黒川

顕

Head

KUROKAWA, Ken

黒川

顕

Prof.

KUROKAWA, Ken

Project Prof.

KOHARA, Yuji

Project Prof.

FUJIYAMA, Asao

Project Prof.

TOYODA, Atsushi

Project Prof.

NOGUCHI, Hideki

Project Assoc. Prof.

BABA, Tomoya

特任准教授（兼） 近藤伸二

Project Assoc. Prof.

KONDO, Shinji

Postdoc

FUKUTA, Kentaro

博士研究員（兼） 東

Postdoc

HIGASHI, Koichi

Postdoc

KONNO, Hiroyuki

Researcher

EJIMA, Fumiwo

Researcher

HIRAKI, Hideaki

Researcher

UETA, Yumiko

Head

TAKAGI, Toshihisa

Prof.

ARITA, MasanoriProf.

OKUBO, Kousaku

Assist. Prof.

KAMINUMA, Eli

Assist. Prof.

KAWASHIMA, Takeshi

Assist. Prof.

HARA, Kazuo

教

授（兼）

特任教授（兼） 小原雄治

特任教授（兼） 藤山秋佐夫
特任教授（兼） 豊田

敦

特任教授（兼） 野口英樹

特任准教授（兼） 馬場 知哉

博士研究員（兼） 福多賢太郎
博士研究員

研究員（兼）
研究員
研究員

光一

金野宏之

江島史緒

平木秀明

植田ゆみ子

DDBJセンター DDBJ Centerセンター長（兼） 高木利久
教

授（兼）

教

授（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）



有田正規

大久保公策
神沼英里
川島武士
原

一夫

▪システム管理部門

奥田喜弘▪データベース部門
部門長（兼）
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
研究員
研究員
研究員

88

理

Division Head

OGASAWARA, Osamu

Postdoc

OKUDA, Yoshihiro

Database Division

中村保一

Division Head

NAKAMURA, Yasukazu

慶範

Postdoc

LEE, KyungBum

Postdoc

OKIDO, Toshihisa

小菅武英

Postdoc

KOSUGE, Takehide

Postdoc

KODAMA, Yuichi

Postdoc

SAKAI, Katsunaga

Postdoc

TOKIMATSU, Toshiaki

Postdoc

MASHIMA, Jun

Postdoc

MUKAIDA, Shiho

Researcher

AONO, Hideo

Researcher

TSUTSUI, Haru

Researcher

FUKUDA, Asami

李

大城戸利久
児玉悠一
坂井勝呂
時松敏明
真島

淳

向田志保

青野英雄
筒井波留

福田亜沙美

ユニット長（兼） 有田正規

Head

ARITA, Masanori

高木利久

Prof.

TAKAGI, Toshihisa

Prof.

OKUBO, Kousaku

教

授（兼）

教

授（兼）

大久保公策

マウス研究支援ユニット Mouse Research Supporting Unit

ユニット長（兼） 相賀裕美子
助

教（兼）

安島理恵子

動物飼育実験施設

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

Head

SAGA, Yumiko

Assist. Prof.

AJIMA, Rieko

Unit for Experimental Animal Care

施設長（兼）

小出

知的財産室

Intellectual Property Unit

室

鈴木睦昭

長

博士研究員

剛

鹿児島

浩

Head

室長・特任教授 広海

健

リサーチ・アドミニストレーター 来栖光彦
助

教

博士研究員
博士研究員

清野浩明

小林百合

伊東真知子

室

長（兼）

室

員（兼）

室

員（兼）

KOIDE, Tsuyoshi

Director

SUZUKI, Mutsuaki

Postdoc

KAGOSHIMA,Hiroshi

リサーチ・アドミニストレーター室

男女共同参画推進室

High Performance Computing Division

部門長・特任准教授 小笠原
博士研究員



KAWAMOTO, Shoko

先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Center

情報基盤ユニット IT Unit

Division of Bioresources Databases

事業部長（兼） 川本祥子

研究教育職員・研究員・学生

Office for Research Development

Director

HIROMI, Yasushi

Research Administrator KURUSU, Mitsuhiko
Assist. Prof.

SEINO, Hiroaki

Postdoc

KOBAYASHI, Yuri

Postdoc

ITOH, Machiko

Office for Gender Equality

平田たつみ
安池友紀
小林百合

Director

HIRATA, Tatsumi

Staff

YASUIKE,Yuki

Staff

KOBAYASHI,Yuri

Research Staff and Students of ROIS
ゲノムデータ解析支援センター Center for Genome Informatics


センター長

野口英樹

Head

NOGUCHI, Hideki

特任准教授

近藤伸二

Project Assoc. Prof.

KONDO, Shinji

博士研究員
研究員

福多賢太郎

江島史緒

Postdoc

FUKUTA, Kentaro

Researcher

EJIMA, Fumiwo

研究教育職員・研究員・学生

ライフサイエンス統合データベースセンター Database Center for Life Science▪遺伝研で研究しているメンバー Members at NIG
センター長
教

授（兼）

特任准教授
特任助教
特任助教
特任助教
研究員

小原雄治

大久保公策

坊農秀雅

小野浩雅
内藤雄樹
仲里猛留

大田達郎

Head

KOHARA, Yuji

Prof.

OKUBO, Kousaku

Project Assoc. Prof.

BONO, Hidemasa

Project Assist. Prof.

ONO, Hiromasa

Project Assist. Prof.

NAITO, Yuki

Project Assist. Prof.

NAKAZATO, Takeru

Researcher

OHTA, Tazro

Staff of Administration Department and Technical Section
管理部
管理部長

General Manager



総務企画課

Manager

副課長

Deputy Manager▪総務・教育チーム
係長（兼）▪研究推進チーム

財務課

伊藤信浩
杉山

興

杉山

興

齊藤麻衣子

係

鈴木由美子

Manager

副課長（施設担当） Deputy Manager

小山浩幸

岡嶋知洋

係

新田清隆

Head

▪財務チームFinancial Affairs Team

係長

Subsection Chief▪調達チームSupplies Team

係長

Subsection Chief▪施設チーム

Facilities Team

係長

Subsection Chief

鈴木政敏
渡邊

晃

光江一之

Information Technology Team

Subsection Chief

長Subsection Chief

技術職員

Technical Staff

SAITO, Maiko

プロジェクト技術班
班

SUZUKI, Yumiko

長

奈倉雅彦

NAGURA, MasahikoTechnical Staff

KOYAMA, Hiroyuki

技術職員Technical Staff

OKAJIMA, Tomohiro▪遺伝資源事業支援チーム

NITTA, Kiyotaka

長係

MITSUE, Kazuyuki

季美子

SAKA, Kimiko
SAKAMOTO, Sachiko

Genetic Resource Project Team矢野弘之

YANO, Hiroyuki

宮林登志江

MIYABAYASHI, Toshie

Facility and Equipment Technical Unit
Common Equipment Team

Subsection Chief▪実験施設チーム

FURUUMI, Hiroyasu

坂本佐知子

Technical Staff

係

WATANABE, Akira

坂

技術職員

▪共通機器チーム

YAMATANI, Noriko

Project Support Team長

施設機器技術班SUZUKI, Masatoshi

KISO, Makoto

古海弘康

Subsection Chief誠Project Technical Unit

技術職員

係

木曾

山谷宣子

Unit Leader▪プロジェクト支援チーム▪資産管理・検収室 Office for Property Management / Receiving Inspection
室長

EIGUCHI, Mitsugu▪リソース開発支援チーム Resource Development TeamSUGIYAMA, Oki

Financial Affairs Section

課長

長

貢

Research Infrastructure Technical Unit

▪情報基盤支援チーム

SUGIYAMA, Oki

永口Manager

基盤支援技術班
ITO, Nobuhiro

Research Promotion Team

Subsection Chief

長Technical SectionPersonnel Team

Subsection Chief

係長

課

NAKASHIMA, Kenji

General Affairs / Education Team

Subsection Chief▪人事・労務チーム係長

中島健次

General Affairs and Project Section

課長



技術課

Department of Administration

管理部と技術課職員

大石あかね

OISHI, Akane

Experimental Facility Team長

Subsection Chief

技術職員

Technical Staff

前野哲輝

今井悠二

MAENO, Akiteru
IMAI, Yuji

所長

1

Director - General教授

24

Professors

准教授

8

Associate Professors

助教

36

Assistant Professors

客員教授

8

Visiting Professors

小計（所長、客員教授を除く）
管理部
技術課

合計（所長、客員教授を除く）

68

Subtotal（excluding Director - General and Visiting Professors）

20

Administration Staffs

12Technicians

100（excluding Director - General and Visiting Professors）

Total（2017 年 4 月 1 日現在）
管理部と技術課職員／ Staff of Administration Department and Technical Section

89

History
1949 年1953 年６月１日

文部省所轄研究所として設置
庶務部及び 3 研究部で発足

８月10日

小熊

１月１日

研究部を形質遺伝部，細胞遺伝部，
生理遺伝部に改組

捍

生化学遺伝部設置

1954 年

７月１日

応用遺伝部設置1955 年

９月15日

変異遺伝部設置

10月１日

木原

均

1960 年

４月30日

人類遺伝部設置

1962 年

４月１日

微生物遺伝部設置

1964 年

４月１日

集団遺伝部設置

1969 年

４月１日

森脇大五郎 第 3 代所長就任，
分子遺伝部設置

1974 年

４月１日

植物保存研究室設置

1975 年

３月１日

田島彌太郎

10月１日

遺伝実験生物保存研究施設動物保存
研究室設置

10月１日

遺伝実験生物保存研究施設微生物保存研究室設置

第 4 代所長就任

1983 年

10月１日

松永

1984 年

４月12日

大学共同利用機関に改組 遺伝実験
生物保存研究センター（哺乳動物保存・
無脊椎動物保存・植物保存・微生物
保存・遺伝資源の 5 研究室），遺伝情報研究センター（構造・組換えの 2研究室），実験圃場設置

Three research departments were reorganized
as the Departments of Morphological
Genetics, Cytological Genetics andPhysiological Genetics.

Aug. 1

Department of Biochemical Genetics wasadded.

1954

Jul. 1

Department of Applied Genetics was added.

1955

Sep. 15

Department of Induced Mutation was added.

Oct. 1

Prof. Hitoshi Kihara was elected the 2nd
Director.

1960

Apr. 30

Department of Human Genetics was added.

1962

Apr. 1

Department of Microbial Genetics was added.

1964

Apr. 1

Department of Population Genetics wasadded.

1969

Apr. 1

Prof. Daigoro Moriwaki was elected the 3rd
Director. Department of Molecular Biology
was added.

1974

Apr. 1

Plant Genetic Stock Laboratory wasestablished.

1975

Mar. 1

Dr. Yataro Tajima was elected the 4th Director.

Oct. 1

Animal Section was added in the Genetic
Stock Center.

1976

Oct. 1

Microbial Section was added in the Genetic
Stock Center.

KIHARA, Hitoshi(2nd Director)

1983

Oct. 1

Dr. Ei Matsunaga was elected the 5th Director.

1984

Apr. 12

Reorganized as an inter-university research
institute for joint use by universities. The DNA
R e s e a rc h C e n t e r ( D N A S t r u c t u re a n d
Recombinant DNA Laboratories) and theExperimental Farm were established. The
Genetic Stock Research Center was
expanded into five laboratories: the Genetic
Resources Laboratory was added and theAnimal Section was divided into theMammalian and Invertebrate Laboratories.

1985

Apr. 1

The DNA Synthesis and DNA Data Analysis
L a b o r a t o r i e s w e re a d d e d i n t h e D N A
Research Center.

1987

Jan. 12

The DNA Data Bank of Japan began its
operations.

1988

Apr. 8The Radio-isotope Center was established.
The Gene Library Laboratory was added in
the DNA Research Center.

Oct. 1The Graduate University for Advanced Studies
was established. The Department of Genetics,
School of Life Science of the University began
accepting students.

1989

Oct. 1

Dr. Jun-ichi Tomizawa was elected the 6th
Director.

1993

Apr. 1The Mammalian Development Laboratory wasadded in the Genetic Stock Research Center.

1994

Jun. 24

The Gene Function Research Laboratory wasadded in the DNA Research Center.

1995

Apr. 1The Center for Information Biology wasestablished.

1996

May. 11

The DNA Research Center was reorganized
as the Structural Biology Center consisting of
5 laboratories (Biological Macromolecules,
Molecular Biomechanism, Multicellular
Organization, Biomolecular Structure andGene Network).

第 5 代所長就任

1985 年

４月１日

遺伝情報研究センターに合成・遺伝
情報分析の 2 研究室を設置

1987 年

１月12日

日本 DNA データバンク稼働

1988 年

４月８日

放射線・アイソトープセンター設置，
遺伝情報研究センターにライブラリー
研究室を設置

10月１日

総合研究大学院大学生命科学研究科
遺伝学専攻設置

1989 年

10月１日

富澤純一

1993 年

４月１日

遺伝実験生物保存研究センターに発生工学研究室を設置

1994 年

６月24日

遺伝情報研究センターに遺伝子機能研究室を設置1995 年

４月１日

生命情報研究センター設置

1996 年

５月11日

構造遺伝学研究センター設置
（遺伝情報研究センターの改組）
（生体高分子研究室設置，超分子機能・
構造制御・超分子構造・遺伝子回路の 4 研究室振替）

沿革／ History

Prof. Kan Oguma was elected the 1st Director.

Jan. 1

第 2 代所長就任(1st Director)

90Aug. 10
1953

OGUMA, Kan

英Established under the jurisdiction of the
Ministry of Education, Science, Sports andCulture. Started with an administrative
department and three research departments.

初代所長就任８月１日

1976 年

Jun. 11949

第 6 代所長就任

MORIWAKI, Daigoro(3rd Director)

TAJIMA, Yataro(4th Director)

MATSUNAGA, Ei(5th Director)

沿1997 年

1998 年

４月１日

系統生物研究センター設置
（遺伝実験生物保存研究センターの改組）
（マウス系統研究分野哺乳動物遺伝研究室・発生工学研究室，イネ系統研究分野植物遺伝研究室，大腸菌系
統研究分野原核生物遺伝研究室，無脊椎動物系統研究分野無脊椎動物遺伝研究室の 5 研究室振替）
生物遺伝資源情報総合センター設置（系統情報研究室振替，生物遺伝資源情報研究室設置）

10月１日

堀田凱樹

４月９日

個体遺伝研究系に初期発生研究部門を設置，総合遺伝研究系に脳機能研究部門を設置４月１日

生命情報・DDBJ研究センター設置（生命情報研究センターの改組）（分子分類研究室振替，データベース運用開
発研究室設置，遺伝子発現解析研究室設置）2002 年

４月１日

系統生物研究センターに遺伝子改変
系統開発研究分野マウス開発研究室，
小型魚類開発研究室を設置

2003 年

４月１日

分子遺伝研究系に分子機構研究室，
系統生物研究センターに新分野創造
研究室，生物遺伝資源情報総合セン
ターに比較ゲノム解析研究室，広報
知財権研究室を設置

４月１日

大学共同利用機関法人情報・システ
ム研究機構国立遺伝学研究所設置

12月１日

小原雄治

2005 年

４月１日

知的財産室を設置

2006 年

４月１日

新分野創造センター設置
（細胞系譜研究室，神経形態研究室，
細胞建築研究室設置）

2011 年

10月１日

先端ゲノミクス推進センター設置

2012 年

４月１日

研究センターの改組、共同利用事業
センター（生物遺伝資源センター、
DDBJ センター）、支援センター（情報基盤ユニット、マウス研究支援ユニット）を設置
勲TOMIZAWA, Jun-ichi(6th Director)

Apr. 1The Genetic Stock Research Center was
reorganized as the Genetic Strains ResearchCenter consisting of 5 laboratories (Mammalian
Genetics, Mammalian Development, Plant
Genetics, Microbial Genetics and Invertebrate
Genetics), and as the Center for Genetic
R e s o u rc e I n f o r m a t i o n c o n s i s t i n g o f 2laboratories (Genetic Informatics and Genetic
Resources).

Oct. 1

Dr. Yoshiki Hotta was elected the 7th Director.

1998

Apr. 9The Division of Early Embryogenesis wasadded in the Department of Developmental
Genetics. The Division of Brain Function wasadded in the Department of Integrated
Genetics.

2001

Apr. 1The Center for Information Biology was
reorganized as the Center for Information
Biology and DNA Data Bank of Japan. The
new center consists of 5 laboratories. The
Laboratory of Molecular Classification of theformer center was renamed as the Laboratory
for Research and Development of Biological
Databases in the new center. The Laboratory
for Gene-Expression Analysis was added in
the new center.

2002

Apr. 1

Two laboratories, Mouse Genomics Resource
Laboratory and Model Fish Genomics
Resource Laboratory, were added to the
Genetic Strains Research Center.

2003

Apr. 1The Molecular Mechanisms was added to themolecular Genetics. The Laboratry for Frontier
Research was added to the Genetic Strains
R e s e a r c h C e n t e r. Tw o l a b o r a t o r i e s ,Comparative Genomics Laboratory andPublicity and Intellectual Propery Unit, wereadded to the Center for Genetic Resource
Information.

2004

Apr. 1

Reorganized as Research Organization ofInformation and Systems, Inter-University
Research Institute Corporation, together withthree other national institutes.

第 7 代所長就任

2001 年

2004 年

1997

第 8 代所長就任

12月１日

桂

第 9 代所長就任

2014 年

４月１日

リサーチ・アドミニストレーター室を設置

2015 年

４月１日

動物飼育実験施設を設置，女性研究者活動支援室を設置（2017 年 4 月
1 日付男女共同参画推進室に改称）

革

HOTTA, Yoshiki(7th Director)

KOHARA, Yuji
(8th Director)

Dec. 1

Dr. Yuji Kohara was elected the 8th Director.

2005

Apr. 1Intellectual Property Unit was added.

2006

Apr. 1The Center for Frontier Research wasestablished. The Laboratory for Cell Lineage,
Neural Morphogenesis and Cell Architecture
was added in the new center.

2011

Oct. 1

Advanced Genomics Center was established.

2012

Apr. 1

Research centers were reorganized. Intellectual
Infrastructure Centers (Genetic Resource
Center and DDBJ Center) and Support
Centers (IT Unit, Mouse Research Supporting
Unit) were established.

KATSURA, Isao
(9th Director)

Dec. 1

Dr. Isao Katsura was elected the 9th Director.

2014

Apr. 1

Office for Research Development was added.

2015

Apr. 1

Unit for Experimental Animal Care wasestablished. Office for Female Researcher
Development was added. Renamed as Officefor Gender Equality (as of 2017 Apr. 1)

沿革／ History91

Publications in 2016
Journal Title

Nature Biotechnology
NatureImmunity
NeuronMol. Biol. Evol.

J. American Chemical Society

Number1
1
1
1
2
1

Journal Title

Ann. Rheumatic Diseases

1

Nature Communications

16

Genes & Development

1Amer. J. Hum. Genet.
EMBO journal
PNAS

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1
2

Journal Title

Developmental Cell

Nucleic Acids Research
Microbiome

Current Biology

Number1
61
43
protein. Nat Commun 7, 12808.
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Nakamura, Y., Kawachi, M., Yoshikawa, H., Eki, T., and Kanesaki, Y. (2016) Complete Genome
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Hirose, Y., Fujisawa, T., Ohtsubo, Y., Katayama, M., Misawa, N., Wakazuki, S., Shimura, Y.,
Nakamura, Y., Kawachi, M., Yoshikawa, H., Eki, T., and Kanesaki, Y. (2016) Complete genome
sequence of cyanobacterium Nostoc sp. NIES-3756, a potentially useful strain for phytochromebased bioengineering. J Biotechnol 218, 51-52.
Hirose, Y., Fujisawa, T., Ohtsubo, Y., Katayama, M., Misawa, N., Wakazuki, S., Shimura, Y.,
Nakamura, Y., Kawachi, M., Yoshikawa, H., Eki, T., and Kanesaki, Y. (2016) Complete genome
sequence of cyanobacterium Fischerella sp. NIES-3754, providing thermoresistant optogenetic tools.
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Koda, Y., Nagano, A.J., Yasugi, M., Honjo, M.N., Kudoh, H., Seki, M., Kamiya, A., Shiraki, T.,
Carninci, P., Asamizu, E., Nishide, H., Tanaka, S., Park, K.I., Morita, Y., Yokoyama, K., Uchiyama, I.,
Tanaka, Y., Tabata, S., Shinozaki, K., Hayashizaki, Y., Kohara, Y., Suzuki, Y., Sugano, S., Fujiyama, A.,
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Matsunaga, A., Hiratani, I., Takata, H., Uemura, M., Iida, Y., Yoshikawa, Y., Hansen, J.C., Yamauchi, K.,
Kanemaki, M.T., and Maeshima, K. (2016) Chromatin folding and DNA replication inhibition mediatedby a highly antitumor-active tetrazolato-bridged dinuclear platinum(II) complex. Sci Rep 6, 24712.
Imamura, K., Sahara, N., Kanaan, N.M., Tsukita, K., Kondo, T., Kutoku, Y., Ohsawa, Y., Sunada, Y.,
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Suhara, T., Higuchi, M., and Inoue, H. (2016) Calcium dysregulation contributes to neurodegeneration
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Inaba, Y., Shinohara, K., Botilde, Y., Nabeshima, R., Takaoka, K., Ajima, R., Lamri, L., Takeda, H.,
Saga, Y., Nakamura, T., and Hamada, H. (2016) Transport of the outer dynein arm complex to cilia
requires a cytoplasmic protein Lrrc6. Genes Cells 21, 728-739.

Funato, N., Kokubo, H., Nakamura, M., Yanagisawa, H., and Saga, Y. (2016) Specification of jaw
identity by the Hand2 transcription factor. Sci Rep 6, 28405.

Ishihama, A., Shimada, T., and Yamazaki, Y. (2016) Transcription profile of Escherichia coli: genomic
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Furuta, M., Hori, T., and Fukagawa, T. (2016) Chromatin binding of RCC1 during mitosis is importantfor its nuclear localization in interphase. Mol Biol Cell 27, 371-381.

Ishikawa, A., Kusakabe, M., Kume, M., and Kitano, J. (2016) Comparison of freshwater tolerance
during spawning migration between two sympatric Japanese marine threespine stickleback species
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Gojobori, T., Ikeo, K., Katayama, Y., Kawabata, T., Kinjo, A.R., Kinoshita, K., Kwon, Y., Migita, O.,
Mizutani, H., Muraoka, M., Nagata, K., Omori, S., Sugawara, H., Yamada, D., and Yura, K. (2016)
VaProS: a database-integration approach for protein/genome information retrieval. J Struct Funct
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Grants, J.M., Ying, L.T., Yoda, A., You, C.C., Okano, H., Sawa, H., and Taubert, S. (2016) The
Mediator Kinase Module Restrains Epidermal Growth Factor Receptor Signaling and Represses Vulval
Cell Fate Specification in Caenorhabditis elegans. Genetics 202, 583-599.
Hamaji, T., Mogi, Y., Ferris, P.J., Mori, T., Miyagishima, S., Kabeya, Y., Nishimura, Y., Toyoda, A.,
Noguchi, H., Fujiyama, A., Olson, B.J., Marriage, T.N., Nishii, I., Umen, J.G., and Nozaki, H. (2016)
Sequence of the Gonium pectorale Mating Locus Reveals a Complex and Dynamic History of
Changes in Volvocine Algal Mating Haplotypes. G3 (Bethesda) 6, 1179-1189.
Hanschen, E.R., Marriage, T.N., Ferris, P.J., Hamaji, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Neme, R., Noguchi, H.,
Minakuchi, Y., Suzuki, M., Kawai-Toyooka, H., Smith, D.R., Sparks, H., Anderson, J., Bakaric, R.,
Luria, V., Karger, A., Kirschner, M.W., Durand, P.M., Michod, R.E., Nozaki, H., and Olson, B.J. (2016)
The Gonium pectorale genome demonstrates co-option of cell cycle regulation during the evolution ofmulticellularity. Nat Commun 7, 11370.
Hara, K., Suzuki, I., Kobayashi, K., Fukumizu, K., and Radovanović, M. (2016) Flattening the Density
Gradient for Eliminating Spatial Centrality to Reduce Hubness In Proc. the 30th AAAI Conference on
Artificial Intelligence (AAAI)1659-1665.
Hashimoto, T., Horikawa, D.D., Saito, Y., Kuwahara, H., Kozuka-Hata, H., Shin-I, T., Minakuchi, Y.,
Ohishi, K., Motoyama, A., Aizu, T., Enomoto, A., Kondo, K., Tanaka, S., Hara, Y., Koshikawa, S.,
Sagara, H., Miura, T., Yokobori, S., Miyagawa, K., Suzuki, Y., Kubo, T., Oyama, M., Kohara, Y.,
Fujiyama, A., Arakawa, K., Katayama, T., Toyoda, A., and Kunieda, T. (2016) Extremotoleranttardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique

92

Number2016 年に発行された論文一覧／ Publications in 2016

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Ishikawa, M., Yuyama, I., Shimizu, H., Nozawa, M., Ikeo, K., and Gojobori, T. (2016) Different
Endosymbiotic Interactions in Two Hydra Species Reflect the Evolutionary History of Endosymbiosis.
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Ito, H., Kim, J.M., Matsunaga, W., Saze, H., Matsui, A., Endo, T.A., Harukawa, Y., Takagi, H.,
Yaegashi, H., Masuta, Y., Masuda, S., Ishida, J., Tanaka, M., Takahashi, S., Morosawa, T., Toyoda, T.,
Kakutani, T., Kato, A., and Seki, M. (2016) A Stress-Activated Transposon in Arabidopsis Induces
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Ito, H., Sato, K., Kondo, S., Ueda, R., and Yamamoto, D. (2016) Fruitless Represses robo1
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Kamezaki, A., Sato, F., Aoki, K., Asakawa, K., Kawakami, K., Matsuzaki, F., and Sehara-Fujisawa, A. (2016)
Visualization of Neuregulin 1 ectodomain shedding reveals its local processing in vitro and in vivo. Sci
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Kanazawa, T., Era, A., Minamino, N., Shikano, Y., Fujimoto, M., Uemura, T., Nishihama, R., Yamato, K.T.,
Ishizaki, K., Nishiyama, T., Kohchi, T., Nakano, A., and Ueda, T. (2016) SNARE Molecules inMarchantia polymorpha: Unique and Conserved Features of the Membrane Fusion Machinery. Plant
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2016 年に発行された論文一覧
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and Iwata, T. (2016) RPE65 Mutations in Two Japanese Families with Leber Congenital Amaurosis.
Ophthalmic Genet 37, 161-169.
Katagiri, S., Hayashi, T., Yoshitake, K., Akahori, M., Ikeo, K., Gekka, T., Tsuneoka, H., and Iwata, T. (2016)
Novel C8orf37 Mutations in Patients with Early-onset Retinal Dystrophy, Macular Atrophy, Cataracts,and High Myopia. Ophthalmic Genet 37, 68-75.
Kato, Y., Katsuki, T., Kokubo, H., Masuda, A., and Saga, Y. (2016) Dazl is a target RNA suppressedby mammalian NANOS2 in sexually differentiating male germ cells. Nat Commun 7, 11272.
Kawakami, E., Nakaoka, S., Ohta, T., and Kitano, H. (2016) Weighted enrichment method forprediction of transcription regulators from transcriptome and global chromatin immunoprecipitation
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Kawakami, K., Asakawa, K., Hibi, M., Itoh, M., Muto, A., and Wada, H. (2016) Gal4 Driver Transgenic
Zebrafish: Powerful Tools to Study Developmental Biology, Organogenesis, and Neuroscience. Adv
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Kawamoto, Y., Sasaki, A., Chandran, A., Hashiya, K., Ide, S., Bando, T., Maeshima, K., andSugiyama, H. (2016) Targeting 24 bp within Telomere Repeat Sequences with Tandem Tetramer
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Kawanabe, T., Ishikura, S., Miyaji, N., Sasaki, T., Wu, L.M., Itabashi, E., Takada, S., Shimizu, M.,
Takasaki-Yasuda, T., Osabe, K., Peacock, W.J., Dennis, E.S., and Fujimoto, R. (2016) Role of DNA
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Knierim, E., Hirata, H., Wolf, N.I., Morales-Gonzalez, S., Schottmann, G., Tanaka, Y., RudnikSchoneborn, S., Orgeur, M., Zerres, K., Vogt, S., van, Riesen A., Gill, E., Seifert, F., Zwirner, A.,
Kirschner, J., Goebel, H.H., Hubner, C., Stricker, S., Meierhofer, D., Stenzel, W., and Schuelke, M. (2016)
Mutations in Subunits of the Activating Signal Cointegrator 1 Complex Are Associated with Prenatal
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Koga, H., Fujitani, H., Morino, Y., Miyamoto, N., Tsuchimoto, J., Shibata, T.F., Nozawa, M.,
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Nomura, H., Yoshiji, H., Imamura, M., Masaki, N., Hayakawa, T., Ide, T., Shimada, N., Ikeda, F., Hino, K.,
Nishiguchi, S., Okuse, C., Nojiri, S., Sawamoto, K., Tokunaga, K., Joh, T., and Tanaka, Y. (2016)
Genome-Wide Association Study Identifies ZNF354C Variants Associated with Depression fromInterferon-Based Therapy for Chronic Hepatitis C. PLoS One 11, e0164418.
Matsuo, H., Yamamoto, K., Nakaoka, H., Nakayama, A., Sakiyama, M., Chiba, T., Takahashi, A.,
Nakamura, T., Nakashima, H., Takada, Y., Danjoh, I., Shimizu, S., Abe, J., Kawamura, Y., Terashige, S.,
Ogata, H., Tatsukawa, S., Yin, G., Okada, R., Morita, E., Naito, M., Tokumasu, A., Onoue, H., Iwaya, K.,
Ito, T., Takada, T., Inoue, K., Kato, Y., Nakamura, Y., Sakurai, Y., Suzuki, H., Kanai, Y., Hosoya, T.,
Hamajima, N., Inoue, I., Kubo, M., Ichida, K., Ooyama, H., Shimizu, T., and Shinomiya, N. (2016)
Genome-wide association study of clinically defined gout identifies multiple risk loci and its association
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Kato, A., Ichikawa, N., Sekine, M., Fujita, N., Kanesaki, Y., Yoshikawa, H., and Utsumi, R. (2016)
Identification of the Three Genes Involved in Controlling Production of a Phytotoxin Tropolone in

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Miyasaka, Y., Shitara, H., Suzuki, S., Yoshimoto, S., Seki, Y., Ohshiba, Y., Okumura, K., Taya, C.,
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Zitouni, S., Francia, M.E., Leal, F., Montenegro, Gouveia S., Nabais, C., Duarte, P., Gilberto, S., Brito, D.,
Moyer, T., Kandels-Lewis, S., Ohta, M., Kitagawa, D., Holland, A.J., Karsenti, E., Lorca, T.,
Lince-Faria, M., and Bettencourt-Dias, M. (2016) CDK1 Prevents Unscheduled PLK4-STIL Complex
Assembly in Centriole Biogenesis. Curr Biol 26, 1127-1137.

Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research
予算

予算・科学研究費

Budget2017 年度(FY2017)

(×1,000yen)

収入

Revenue

支出

区

金

区

分

2,553,134

運営費交付金 Grants for Operating Corporation
補助金等収入 Various Grants
産学連携等研究収入及び寄附金収入等

18,328

産学連携等研究経費及び寄附金事業費等※

3,714,572

合計 Total

補助金等収入 13.2％
Various Grants

産学連携等
研究収入及び
寄付金収入等
17.6％
Industry-Academia
Collaboration andDonations(×1,000yen)

産学連携等
研究経費及び
寄付金事業費等
17.6％
Industry-Academia
Collaboration andprojects

教育研究経費 69.2％

Education and Research

Amount / the Number of Applications Granted

基盤研究（C）0.6％

若手研究（B）1.4％

1,142,400 ／ 18

基盤研究（B）3.4％

研究活動スタート支援 0.2％

31,800 ／ 1

基盤研究（A）5.4％

特別研究員奨励費 0.9％

基盤研究（S）

For Scientific Research (S)

基盤研究（A）

交付額／交付件数

For Scientific Research (A)75,700 ／ 9

For Scientific Research (B)48,200 ／ 11

基盤研究（B）

基盤研究（C）

For Scientific Research (C)挑戦的萌芽研究

24,900 ／ 18

For Young Scientists (A)45,600 ／ 5

For Young Scientists (B)19,400 ／ 14

若手研究（A）
若手研究（B）

研究活動スタート支援

For Research Activity Start-Up

For Challenging Exploratory Research
For Scientific Research (C)For Scientific Research (B)For Scientific Research (A)For Young Scientists (A)For Young Scientists (B)For Research Activity Start-Up
For JSPS Fellows

基盤研究（S）2.3％

For Scientific Research (S)9,000 ／ 7

For Challenging Exploratory Research

Total

補助金等 13.2％

若手研究（A）3.2％

For Scientific Research on Innovative Areas

For JSPS Fellows※

挑戦的萌芽研究 1.8％

新学術領域研究特別研究員奨励費

3,714,572

GrantsGrants for Operating
Corporation(FY2016)

653,822※機構長裁量経費を除く

運営費交付金 68.7％

2016 年度

489,288

合計 Total

Miscellaneous

Grant-in-Aid for Scientific Research

額2,571,462

Industry-Academia Collaboration and Projects

雑収入 0.5％

科学研究費

研究種目

金

教育研究経費 Education and Research489,288653,822

Industry-Academia Collaboration and Donations

Expenditure分

補助金等 Grants

雑収入 Miscellaneous

合計額

3,100 ／ 3
12,100 ／ 11
1,412,200 ／ 97

新学術領域研究 80.9%

For Scientific Research on
Innovative Areas（2017. 3 月末現在）

予算・科学研究費／ Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research95

Biological Symposia in FY 2016
開催日
（Date）

演者（Speaker）

所属（Affiliation）

演題（Title）

4/5

Hongkui Zeng

Allen Institute for Brain Science, USA

Building a cell type taxonomy for mouse cortical neurons

4/8

Minako Izutsu

Laboratory for Molecular Developmental Biology, Graduate
School of Science, Kyoto University

Searching for genes involved in the adaptation of “Dark-fly”, aDrosophila line reared long-term in a dark environment

5/16

Daniel Zilberman

University of California, Berkeley, USA

Molecular co-evolution of genomes and chromatin

5/17

Daniel Zilberman

University of California, Berkeley, USA

Epigenetic inheritance of DNA methylation within chromatin

5/24

Yusuke Sakai

University of Tokyo

Biogenesis and function of tRNA modification involved in the
decoding process

6/3

Yasukazu Daigaku

Frontier Research Institute for Interdisciplinary Sciences, Tohoku
University

Division of labour in usage of replicative polymerases and its
flexibility during genome replication

6/8

Masayuki Oginuma

Department of Genetics, Harvard Medical School andDepartment of Pathology, Brigham and Woman’s Hospital, USA

Warburg-like metabolism regulates vertebrate somitogenesis

6/9

Kazuo Hara

Laboratory for Gene-Expression Analysis, National Institute of
Genetics

Information Retrieval and Natural Language Processing for Life
Science

6/15

Hiroshi Mori

Graduate School of Bioscience and Biotechnology, Tokyo
Institute of Technology

Adaptation mechanisms of microbial communities against
environmental disturbances

7/5

Nadav Ahituv

Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences,
University of California, San Francisco, USA

Functional Characterization of Gene Regulatory Elements

7/6

Toyoaki Natsume

Division of Molecular Cell Engineering, National Institute of
Genetics

Studying the coordination between chromosome replication andsegregation by the use of the AID technology in human cells

7/6

Kentaro Noma

University of California, San Diego, USA

Optogenetic mutagenesis for forward genetic screens in C.elegans

7/21

Shogo Ozaki

Biozentrum, University of Basel, Switzerland

Cycle-di-GMP drives the cell cycle of Caulobacter crescentus

8/1

Oliver Hobert

Department of Biological Sciences, Columbia University, USA

Map making in C.elegans: Charting the nervous system

8/1

Takashi Toda

Hiroshima Research Center for Healthy Aging (HiHA), Graduate
School of Advanced Sciences of Matter, Hiroshima University

Exploring the molecular mechanism of mitotic progression -The
spindle microtubule as a key player

8/8

Herwing BaierMax Planck Institute of Neurobiology, Germany

Vision to Behavior Neural circuits for action selection in zebrafish

8/10

Laurent ExcoffierInstitute of Ecology and Evolution, University of Berne,
Switzerland

Genomic insights into the settlement of Australia by modern
humans

9/12

Tomoya Kitajima

Laboratory for Chromosome Segregation, RIKEN Center for
Developmental Biology

Oocytes-why so error-prone?

9/12

Shigeki Yoshiura

RIKEN Center for Developmental Biology

Wnt proteins serve as directional cues for the Par-complex
polarity and the nervous tissue growth

9/21

Hiroko Sano

Institute of Life Science, Kurume University

Toward an understanding of endocrine regulation using a
Drosophila model

9/21

Takashi Koyama

Development, Evolution and the Environment Lab, Instituto
Gulbenkian de Ciência, Oeiras, Portugal

Inter-Organ Communication for Body Size Regulation

9/21

Kuniaki Saito

Keio University, School of Medicine

piRNAs: The key players in the fight against genome parasites

9/26

Gabriela Toledo-Ortiz

Lancaster Environment Centre, Lancaster University, UK

Regulatory modules that coordinate light and temperature
control of photopigment production

9/28

Shweta Yadav

National Center for Biological Sciences, Bangalore, India

Information transfer at specialized regions of Plasma membrane:role of PM-ER contact sites in cellular signalling

9/28

Joachim Wittbrodt

Heidelberg University, Germany

Stem cells in the neural retina set the pace of eye growth and
shape

10/5

Robert S. Haitiwanger Complex Carbohydrate Research Center, University of Georgia,
Athens, USA

Regulation of Notch Signaling by Glycosylation

10/7

Yu-Ling Shin

Institute of Biological Chemistry, Academia Sinica, Taiwan

Membrane localization of metabolic enzymes and metabolic
modulation in the Δmin mutant of Escherichia coli

Institute of Materials Structure Science, High Energy Accelerator
Research Organization (KEK)

Uncovering ancient transcription systems with a novel
evolutionary indicator

10/18 Didier Stainier

Max Plank Institute for Heart and Lung Research, Germany

Endothelial cell differentiation and genetic compensation

10/28 Hitoshi Okamoto

RIKEN Brain Science Institute

Evolutionarily conserved role of the habenula in resolution ofsocial conflict

10/28 Norihiro Okada

Foundation for Advancement of International Science, National
Cheng Kung University, Taiwan

Fighting fish (Betta splendens) provides an excellent platform forinvestigating the neurogenomic state of aggression

10/31 Yukiko Yasui

The Graduate School of Science, the University of Tokyo

The analysis of the central regulator of early leaf development inrice

10/31 Toshiya Suzuki

Graduate School of Bioagricultural Sciences, Nagoya University

Cell cycle regulation and organ growth in plants

11/1

Andrew Belmont

Department of Cell and Developmental Biology, University of
Illinois, Urbana-Champaign, USA

TSA-Seq Mapping of Nuclear Genome Organization

11/2

Yoshiharu Yamaichi

Institute for Integrative Biology of Cell (I2BC), Centre National dela Recherche Scientifique (CNRS), Gif-sur Yvette, France

Organization of bacterial cells: from chromosome dynamics via
cell pole development

11/2

Christian Lesterlin

Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), France

Visualization of acquisition and establishment of drug resistancein bacteria

The Francis Crick Institute, UK

Reconstituting Chromosome Replication

10/13 Naruhiko Adachi

11/11 John Diffley

96

バイオロジカルシンポジウム／ Biological Symposia

2016 年度 バイオロジカルシンポジウム
開催日（Date）

所属（Affiliation）

演題（Title）

11/21 David Rudner

演者（Speaker）

Department of Microbiology and Immunobiology, Harvard
Medical School, USA

How SMC condensin complexes compact and resolve
replicated chromosomes (what Bacillus subtilis tells us)

11/21 Katsunori Sugimoto

New Jersey Medical School, Rutgers, The State University of
New Jersey, USA

Two distinctive Tel2 pathways regulate protein maturation andrefolding of ATM/ATR-related protein kinase Mec1 and Tel1 in
budding yeast

11/21 Tomomi Tani

Marine Biological Laboratory, Woods Hole, USA

Dissection of molecular assembly dynamics by tracking
orientation and position of single molecules in live cells

11/22 Ikuo K. Suzuki

Institute of Interdisciplinary Research and ULB Neuroscience
Institute, University of Brussels, Belgium

Deciphering the molecular mechanisms linking development andevolution of the human cerebral cortex

11/28 Anne Donaldson

University of Aberdeen, UK

Roles of yeast and human Rif1 in targeting Protein Phosphatase
1 for chromosome maintenance

11/28 Eduardo Moreno

Champalimaud Research, Lisbon, Portugal

Regulating the cellular composition of our bodies using fitness
fingerprints

11/28 Miguel Torres

Spanish National Center for Cardiovascular Research, Madrid,
Spain

Live analysis of mammalian pluripotent cell competition

11/30 Karen Oegema

Department of Cellular & Molecular Medicine, Ludwig Institutefor Cancer Research, University of California, San Diego, USA

Contractile force feedback drives evolution of the contractile ring
during cytokinesis

12/7

Tsutomu Endo

Whitehead Institute for Biomedical Research, Massachusetts
Institute of Technology (MIT), USA

Retinoic acid signal for continuous sperm production:
undifferentiated cells toward functional gametes

12/8

Satoko Yoshiba

Division of Centrosome Biology, National Institute of Genetics

Determinate and crucial functions of the cartwheel structure in
human procentriole formation

12/12 Yan Yan Wang

College of Medicine and Beckman Institute, University of Illinois
at Urbana and Champaign, USA

Multidisciplinary Approaches to Uncovering the Role of
Dopamine D2 Receptor Isoforms in Cognition and Aging

12/14 James Amatruda

University of Texas Southwestern Medical Center, USA

Functional genomics of pediatric sarcoma fusion oncoproteinsin the zebrafish system

12/19 Job Dekker

Program in Systems Biology, Department of Biochemistry andMolecular Pharmacology, University of Massachusetts Medical
School, USA

How to fit big genomes in tiny spaces

12/20 Takeshi Kawashima

Center for Information Biology, Lab. Biological Networks,
National Institute of Genetics

Comparative Genomics for Understanding the Origin of
Deuterostomia

12/22 Misuzu NosakaTakahashi

International Cooperation Center for Agricultural Education,
Nagoya University

Role of transposon-derived small RNA as a countermeasureagainst host defense in rice

12/26 Takashi Fukaya

Princeton University, USA

Enhancer dynamics in living Drosophila embryos

12/26 Yasuto Murayama

Tokyo Institute of Technology

Reconstituting of the central chromosomal architect, the cohesinring

12/26 Setsu Kato

Yale University, USA

What can we learn from single-cell analysis in bacteria?

12/26 Fumi Kubo

Max Planck Institute of Neurobiology, Germany

Dissecting neural circuits for visually guided behavior in zebrafish

12/26 Shigeyuki Koshikawa

Kyoto University

Origins of evolutionary novelty: Developmental regulation andevolution of color pattern formation in a polka-dotted fruit fly,Drosophila guttifera

12/26 Toshiyuki Harumoto

École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), School ofLife Sciences, Global Health Institute (SV-GHI), Switzerland

Host Manipulation by bacterial symbionts: Towards
understanding molecular basis and evolution

12/26 Eriko Sasaki

Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology, Austria

Moving beyond classical genome-wide association studies– complex traits and extended models

12/26 Keishi Shintomi

RIKEN

Reconstitution and manipulation of mitotic chromosomes in atest tube

1/5

Shoko Kawamoto

Database Center for Life Science (DBCLS)

Integration of database and bio-resource for life science
research in the personal genomics era

1/6

Yoshihiro Yoshihara

RIKEN Brain Science Institute

Olfaction in Zebrafish – Does It Smell Good, Bad or Sexy? –1/25

Kozo Tanaka

Department of Molecular Oncology, Institute of Development,
Aging and Cancer, Tohoku University

Impact of chromosome dynamics on the fidelity of chromosometransmission

1/27

Peter R. Cook

The Sir William Dunn School of Pathology, Oxford University, UK

Transcription factories: genome organization and gene regulation

1/30

Ziheng Yang

Department of Genetics, Evolution and Environment, University
College London, UK

Reconstructing the recent histories of species using genomic
sequence data: Opportunities and challenges

3/15

Michele Markstein

Biology Department, University of Massachusetts, Amherst,
USA

Viva La Resistance! Multidrug Resistance in Drosophila Stem
Cells

3/15

Ryo Ishikawa

Graduate School of Agricultural Science, Kobe University

Evaluation of the domestication –related traits in rice

3/22

Masayuki Takahashi

Tokyo Institute of Technology

Activation of RecA-promoted DNA strand exchange reaction by
Mg2+ ions: Requirement of two molecules of Mg2+ ions for the
optimal activity

3/23

Kosuke Yusa

Wellcome Trust Sanger Institute, UK

Development and application of CRISPR-based genetic
screening

3/29

Fillipo Del Bene

Centre de Recherche, Institut Curie, France

An attractive Reelin gradient establishes synaptic lamination in
the vertebrate visual system

バイオロジカルシンポジウム／ Biological Symposia

97

Awards and Honors

2016 年度 表彰・受賞歴

内容

氏名

総合研究大学院大学 遺伝学専攻

森島奨励賞

中心体生物学研究部門

総合研究大学院大学 遺伝学専攻

森島奨励賞

細胞建築研究室

大学院生

大学院生

土屋裕樹

山本一徳

第 10 回（平成 28 年度）風戸賞 「電子顕微鏡を用いた中心小体構造形成過程の解析」

中心体生物学研究部門

教授

北川大樹

第 13 回日本学術振興会賞 「宿主細胞とオルガネラの協調増殖機構を司るタンパク質群の同定」

共生細胞進化研究部門

教授

宮城島進也

平成 28 年日本生化学会奨励賞 「中心小体複製の分子機構の研究」

中心体生物学研究部門

教授

北川大樹

日本菌学会六十周年記念大会

遺伝情報分析研究室

大学院生

飯塚朋代

第 18 回日本進化学会 優秀学生ポスター発表賞 「担子菌類における隔壁孔キャップの平行進化の原因遺伝子予測」

遺伝情報分析研究室

大学院生

飯塚朋代

2016 年度日本育種学会春季大会（第 129 回講演会）優秀発表賞 「トウモロコシ KNOTTED1の共役因子 BEL1‒like homeobox 転写因子のシュート形成における機能」

実験圃場

助教

2016 年度日本育種学会春季大会（第 129 回講演会）優秀発表賞 「イネ減数分裂期タペート組
織におけるsmall RNA 生合成関連遺伝子の転写制御因子」

実験圃場

研究員

平成 28 年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞 「細胞の形態形成を導く空間シグ
ナルの研究」

細胞空間制御研究室

学生優秀発表賞

津田勝利
小野聖二郎
准教授

小田祥久

2016 年文化勲章

文化勲章は、我が国の文化の発達に関して顕著な功績のあった者に対して授与される勲章です。

名誉教授

原則として前年度までの文化功労者の中から受章者が選ばれ、毎年 11 月 3 日の文化の日に、宮太田朋子

中において天皇陛下から勲章を親授されます。

Intellectual Property Rights
特許出願

7件

出願番号

NRG1 の切断検出用プローブ、NRG1 の切断検出用プローブをコードするポリヌクレオチド、NRG1 の切断検出用プローブの発現ベクター、NRG1 の切断検出用
形質転換体、NRG1の切断検出方法、およびNRG1切断酵素の阻害剤のスクリー
ニング方法

川上浩一

特願 2016-053156

インビボクローニング可能な細胞株をスクリーニングするための方法、インビボク
ローニング可能な細胞株の製造方法、細胞株、インビボクローニング方法、及びインビボクローニングを行うためのキット

仁木宏典／野崎晋五

特願 2016-137170

ベクターシステム、遺伝子発現方法、標的遺伝子ノックアウト方法、標的遺伝子ノッ 岩里琢治／水野秀信／羅ブンジュウ／
クダウン方法、標的遺伝子編集方法、及び遺伝子発現キット
岩田亮平

特願 2016-165093

情報処理システム、情報処理方法、及びプログラム

黒川

特願 2017-012340

アフリカツメガエル卵抽出液の冷凍保存方法及び冷凍保存用キット、アフリカツメ
ガエル卵濃縮抽出液、並びに細胞周期の分析方法

島本勇太／高木次世代シーケンサーを用いた迅速な遺伝子検査方法

井ノ上逸朗／中岡博史

特願 2017-006314

情報処理装置、情報処理方法及び情報処理プログラム

神沼英里

特願 2017-032011

特許登録

98

2016 年度 知的財産権

顕／東

計5件

光一／森
潤

宙史

特願 2017-014441

特許番号

真核細胞におけるタンパク質分解誘導方法（日本）

鐘巻将人第 6021116 号

タンパク質の生産方法（日本）

川上浩一

第 6039181 号

タンパク質の生産方法（日本）川上浩一

第 6087148 号

タンパク質の生産方法（ロシア）

川上浩一

No.2598255

タンパク質の生産方法（シンガポール）

川上浩一

No.191124

表彰・受賞歴、知的財産権／ Awards and Honors, Intellectual Property Rights

Research Organization of Information and Systems
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

機構長

機構本部

機構所属研究所〒105-0001
東京都港区虎ノ門 4-3-13
ヒューリック神谷町ビル 2 階
TEL 03-6402-6200
http://www.rois.ac.jp/

国立極地研究所

統計数理研究所〒190-8518 東京都立川市緑町 10-3
TEL 042-512-0608 http://www.nipr.ac.jp/〒190-8562 東京都立川市緑町 10-3
TEL 050-5533-8500 http://www.ism.ac.jp/

国立情報学研究所

国立遺伝学研究所〒101-8430 東京都千代田区一ツ橋 2-1-2
TEL 03-4212-2000 http://www.nii.ac.jp/〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
TEL 055-981-6707 https://www.nig.ac.jp/nig/ja/

藤井良一

FUJII, Ryoichi
President

National Institute of Polar Research

National Institute of Informatics■ 機構長の挨拶

今、私達は変革の時代をまさに目の当たりにしています。情報通信技

術の急速かつ飛躍的な発展、多種多様なビッグデータの出現、そして計算性能の急激な向上は、社会を変容させ、また研究環境を大きく変化させています。このような現代社会における科学が「データ駆動型」となることは時代の必然であり、第４の科学ともいわれる「データサイエンス」の推進こそが、科学技術イノベーションを牽引するといっても過言ではありません。

このような背景から、情報とシステムの観点から新たな研究領域を切り拓き、現代の諸問題の解決を目指す当機構は、今まさに研究コミュニティ
において中核的な役割が求められております。大学共同利用機関としての使命、社会のニーズへの貢献を存立の基盤として強く自覚しつつ、全力でその責務を果たさなければなりません。そのためには、社会や大学等に役立つデータの整備・統合、ビッグデータから意味ある知識を獲得する方法の革新、散在する大量のデータをリアルタイムに制御するデー
タ処理技術、膨大な高次元データや計算結果を人間が把握可能にするデー
タ可視化など、多くの研究開発を今後さらに発展させることが必須となります。

これらを推進するには、まず国立極地研究所、国立情報学研究所、統計数理研究所、国立遺伝学研究所という機構の４つの研究所が、極域科学、情報学、統計数理、遺伝学というそれぞれの分野の学理における世界最先端の研究拠点であることが求められます。それなしに大学の機能強化や社会への十分な貢献はあり得ません。これら研究所が核となって、それぞれの研究コミュニティとのデータ共同利用や共同研究を推進し、大学等における研究力強化に貢献するかたわら、機構はこれを全力で

The Institute of Statistical Mathematics

National Institute of Genetics■ About the organization

The Research Organization of Information and Systems (ROIS)
was established in 2004 to bring together the four national institutes: the National Institute of Polar Research, the National Institute of Informatics, the Institute of Statistical Mathematics, and the
National Institute of Genetics, upon the incorporation of the InterUniversity Research Institutes for the purpose of understanding
and predicting our complex world from the perspective of information and systems. ROIS has been promoted cross-institutional
research and collaboration between universities, providing accessto various scientific databases, analytical tools, computing resources, and academic internet backbones.
In 2016, we established Joint Support-Center for Data Science Research in order to enhance our support of next-generation
data-oriented research activities in universities. It promotes data
science of wide research communities by providing support functions of data sharing and data analysis for natural sciences, social
sciences and humanities research. It is also planning to foster
data scientists through collaborative research and on-the-job
training.
Along with these cutting-edge research activities, ROIS alsofunctions as the core organization behind SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies), training human resources tolead academic research in a new age.

支援します。そして、大学や機関の垣根を越える研究者交流プログラム

やクロスアポイントメント制度等の活用と併せて、分野の枠組みを越える融合研究や新学術領域の創成を促進し、研究者が循環する、ダイナミッ
クで豊かな研究環境を実現することにより、大学・研究機関と機構双方の機能強化を目指します。またこのような中で大学共同利用機関のもう一つの重要な使命である大学院教育を実践し、総合研究大学院大学の基盤機関としてデータサイエンス時代にふさわしい人材を育成してまいります。

法人第 3 期を迎えた平成 28 年度には、機構の本部機能と4 研究所との連携を強化する戦略企画本部と、データ共有・統合・解析手法の開発を担うフラッグシップ・プラットフォームであるデータサイエンス共同利用基盤施設を設置しました。これらを有機的に機能させることによってオー

プンサイエンスを加速し、基盤学理の発展を基に、課題解決型の科学や、
超スマート社会への貢献といった社会の要請に応えていきたいと考えております。よりよい時代へ向けて、情報・システム研究機構の挑戦に、皆様のご支援とご鞭撻をお願い申し上げます。

情報・システム研究機構／ Research Organization of Information and Systems

99

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)
国立大学法人 総合研究大学院大学（総研大）

総研大は、大学共同利用機関である研究所を基盤とする専攻と本部直結の先導科学研究科からなる大学院大学です。建学以来、教育目標に「高い専門性」「国際的な通用性」と「広い視野」を掲げています。
「広い視野」

学長とは、自分の研究対象を人類の知的長谷川眞理子な活動全体の中で位置づけて語る能

HASEGAWA, Mariko
President

力、専門分野を越えて新たな地平を所在カバーする専攻をそろえた本学の特色想像する能力です。幅広い知識領域を〒240-0193 神奈川県三浦郡葉山町（湘南国際村）
Shonan Village, Hayama, Kanagawa 240-0193 JapanTEL 046-858-1500

http://www.soken.ac.jp/

を活かし、世界で活躍できる人材を輩出しています。

SOKENDAI (The Graduate University for
Advanced Studies) is a graduate university consisting of departments housed in affiliated InterUniversity Research Institutes and the School of
Advanced Sciences attached directly to SOKENDAI. Its educational goals are “advanced
specialties and expertise,” “international competitiveness” and “broad perspective”. “Broad
perspective” entails the ability to define one’s research within the entire human intellectual activity, and to envision new horizons that transcendcurrent disciplinary boundaries. Taking full advantage of departments that collectively encompass vast intellectual fields, SOKENDAI nurtures
future generations of global professionals.

▶ Inter-University Research Institutes participating in the Graduate University for Advanced Studies

総研大に参加する大学共同利用機関❶ 総研大本部（生命共生体進化学専攻）

The Graduate University for Advanced Studies(Department of Evolutionary Studies of Biosystems)❷ 国立民族学博物館（地域文化学専攻・比較文化学専攻）

National Museum of Ethnology(Department of Regional Studies・Department of Comparative Studies)❸ 国際日本文化研究センター（国際日本研究専攻）

International Research Center for Japanese Studies (Department of Japanese Studies)❹ 国立歴史民俗博物館（日本歴史研究専攻）

National Museum of Japanese History (Department of Japanese History)❺ 国文学研究資料館（日本文学研究専攻）

National Institute of Japanese Literature (Department of Japanese Literature)❻ a. 分子科学研究所（構造分子科学研究科・機能分子科学専攻）

Institute for Molecular Science(Department of Structural Molecular Science・Department of Functional Molecular Science)b. 基礎生物学研究所（基礎生物学専攻）

National Institute for Basic Biology (Department of Basic Biology)c. 生理学研究所（生理科学専攻）

National Institute for Physiological Sciences (Department of Physiological Sciences)❼ 国立天文台（天文科学専攻）

National Astronomical Observatory (Department of Astronomical Science)❽ 核融合科学研究所（核融合科学専攻）

National Institute for Fusion Science (Department of Fusion Science)10❾ 宇宙科学研究所（宇宙科学専攻）

Institute of Space and Astronautical Science (Department of Space and Astronautical Science)❿ a. 加速器研究施設・共通基盤研究施設（加速器科学専攻）
Accelerator Laboratory・Applied Research Laboratory(Department of Accelerator Science)

3

2

8
6

9
1
14

4

b. 物質構造科学研究所（物質構造科学専攻）

Institute of Materials Structure Science (Department of Materials Structure Science)c. 素粒子原子核研究所（素粒子原子核専攻）

Institute of Particle and Nuclear Studies (Department of Particle and Nuclear Physics)⓫ 統計数理研究所（統計科学専攻）

The Institute of Statistical Mathematics (Department of Statistical Science)⓬ 国立極地研究所（極域科学専攻）

National Institute of Polar Research (Department of Polar Science)⓭ 国立情報学研究所（情報学専攻）

National Institute of Informatics (Department of Informatics)⓮ 国立遺伝学研究所（遺伝学専攻）

National Institute of Genetics (Department of Genetics)

100

国立大学法人 総合研究大学院大学／ SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)

5

11

12

7

13

シンボルマークは減数分裂第一中期の分裂像を図案化したもので，「地球の歴史は地層に、生物の歴史は染色体に記されてある」（木原均、1946）を表している。

Symbol mark of the Institute, which designs the metaphase plate of the first meiotic division and symbolizes the remark by
Dr. Hitoshi Kihara (1946): “The history of
the earth is recorded in the layers of its
crust; the history of all organisms is inscribed in the chromosomes.”

要覧 2017 年度
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/

国立遺伝学研究所管理部〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
1111 Yata, Mishima, Shizuoka-ken 411-8540 JAPANTEL 055-981-6707 FAX 055-981-6715

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/