令和 3 年 8 月 20 日
厚生労働大臣田村 憲久

殿
四病院団体協議会
一般社団法人 日本病院会会 長 相 澤 孝 夫
公益社団法人 全日本病院協会会 長 猪 口 雄 二
一般社団法人 日本医療法人協会会 長 加 納 繁 照
公益社団法人 日本精神科病院協会会 長 山 崎學

令和 4 年度税制改正要望の重点事項について
超高齢社会に突入したわが国では、医療ニーズが今後一層高まっていくと考えられます。また、未曽有の被害をもたらした東日本大震災や平成２８年熊本地震、平成３０年７月豪雨、北海道胆振東部地震、令和元年台風第 19 号、令和 2 年 7 月豪雨は、いつ発生するかわからない自然災害に備えるには、平時から医療体制を充実すべきという教訓を与えるものでした。
そして、昨年から全世界的に猛威を振るっている新型コロナウイルス感染症
は、変異株の出現によって未だ終息の兆しが見えない状況にあります。病院における新型コロナウイルス感染拡大による経営面での影響が甚大であることは『新型コロナウイルス感染拡大による病院経営状況調査（2020 年度第 1・第 2・第 3・第 4 四半期結果）［日病、全日病、医法協］』においても明らかです。このため、令和 4 年度税制改正要望においても昨年同様に平時の要望と緊急的措置も含めた有事の要望の二本立てにより行なわざるを得ない状況が続いております。
こうした状況の中、医療体制の維持のためには医師、看護師等の医療人を養成、確保するとともに、医療機関に対する税制を含めた各種の支援措置が不可

欠ですが、残念ながら医業税制は必ずしも医療の実情を踏まえたものになっておりません。
特に医療に係る消費税制は、建物、設備や医療機器、各種の運営コストに含まれる消費税を医療機関に負担するよう強いており、長期化する新型コロナウ
イルス感染症による感染防止のための設備投資、消耗品等の支出の増加、令和元年 10 月の消費税率引上げが相まって、ただでさえ低い利益率しかない医療機
関の経営を一層圧迫しております。
消費税率 10％超へのさらなる引上げも想定される中で、医療機関の経営破綻を防ぎ、医療体制を維持・確保するためにも、この問題を抜本的に解決する税制上の措置を講ずるべきです。
新型コロナウイルス感染症対策、消費税問題等をはじめ、四病院団体協議会
は令和 4 年度税制改正に関して、別紙のとおり重点的な要望事項を掲げましたので、その実現に向け格段のご配慮をお願いいたします。

1

（別

紙）
Ⅰ

社会保険診療報酬等の非課税に伴う控除対象外消費税問題の抜本的な解決控除対象外消費税問題の解消のため、医療および介護に係る消費税について、社会保険診療報酬および介護報酬の非課税を見直し、消費税制度のあり方に合致する原則課税に改められたい。
（消費税法（昭和 63・12・30 法律 108）第 6 条、第 30 条、別表第一関係）[理由]
医療機関は消費税の上乗せされた医療機器や医薬品、医療材料、消耗品等を購入しているが、医療が非課税であるため仕入税額控除を通じて仕入税額の還付を受けることはできない。他の非課税事業者ならば、この仕入税額分を商品価格に転嫁して回収できるのに対し、医療の対価は法令上、社会保険診療報酬として決定されているという特殊性があり、転嫁することもできない。
これをカバーするため、社会保険診療報酬には仕入消費税相当額を補填することとされているが、補填の十分性や、医療機関種別ごとの補填のばらつきの大きさが課題となっている。特に病院は高額な設備投資を行うことが多いため、補填不足が生じやすい。中央社会保険医療協議会・診療報酬調査専門組織「医療機関等における消費税負担に関する分科会」において、平成 30 年 7 月に公表された「消費税率 8％への引上げに伴う補てん状況把握結果」によれば、病院の補填率は 85％であり、15％もの補填不足が生じている。
こうした状況に対し、与党の平成 31 年度税制改正大綱において「所轄省庁を中心に、実際の補填状況を継続的に調査するとともに、その結果を踏まえて、
必要に応じて診療報酬の配点方法の見直しなど対応をしていくことが望まれる」との記載がなされた。これらの措置により、全体としての補填不足や補填のばらつきについて、是正が進むことが期待される。
しかしながら、そのような画一的補填方式には個々の医療機関の仕入税額が考慮されていないことから、どれほど補填方法を精緻化しようとも、税負担の不公平性は解消し得ない。そもそも、消費税非課税制度と診療報酬等の公定価2格制度は、その目的を異にする以上、消費税問題を診療報酬によって補填する
方法にはおのずと限界がある。
令和元年 10 月の消費税率引上げ、長期化する新型コロナウイルス感染症による感染防止のための設備投資の増加、マスクや消毒薬等、特に防護服の大幅な価格上昇によって支出が増加していることも相俟って、病院における補填不足はより深刻な状況となっている。消費税率 10％超へのさらなる引上げも想定される中で、病院の経営破綻を防ぎ、医療体制を維持・確保するためには、病院にかかる社会保険診療報酬等に対する消費税を原則として課税に改め、仕入税額控除を認めるほかない。

3

Ⅱ 医療機関に対する事業税の特例措置の存続
事業税における次の特例措置を恒久的に存続されたい。
①社会保険診療報酬に対する非課税（個人、医療法人共通）②自由診療収入等に対する軽減税率（医療法人のみ）（地方税法（昭和 25・7・31 法律 226）第 72 条の 23、第 72 条の 24 の 7、第 72 条の 49 の 12 関係）
[理

由]
1）

与党の令和 2 年度税制改正大綱は、医療機関に対する事業税の特例措置について、「事業税における社会保険診療報酬に係る実質的非課税措置及び医療法人に対する軽減税率については、税負担の公平性を図る観点や、地域医療の確保を図る観点から、そのあり方について検討する」と、見直しがあり得ることを示唆している。
この見直し論の論拠は「適正公平課税に反する」ということである。
事業税の趣旨は、事業に対する行政サービスの享受に応じた負担ということであるが、そもそも医療は公共的なものであり、そのため医療法でも非営利性が義務付けられ、医療機関は住民健診、予防接種、学校医等の地域医療活動に積極的に取り組んでいる。
すなわち、医療機関は行政サービスを享受するというより、行政が行うべき公共的サービスを自ら担っている側である以上、税法の趣旨からみても、医療機関への特例措置が適正公平課税に反するというのは誤りである。

2）

事業税の非課税としては、非課税事業（林業、農業、鉱業）や非課税所得（公益法人等の収益事業以外の所得）等の包括的な規定により非課税とされているものが広範に存在する。
これに対し社会保険診療報酬に対する現行の措置内容は、課税標準の算定上の「課税除外措置」という限定的なものにすぎない。事業税の非課税制度全般の見直しもせず、ひとり医療のみを犠牲にすることは、あまりに社会保障を軽視するものである。
4

Ⅲ

認定医療法人制度の存続と認定期限の緩和平成 26 年度税制改正により創設された認定医療法人に係る相続税・贈与税の納税猶予等の特例措置について、令和 5 年 10 月 1 日以後も延長していただ
きたい。あわせて、相続発生後に移行申請を行う際の、申請期限につき緩和を図られたい。
（租税特別措置法第 70 条の 7 の 5～第 70 条の 7 の 14）[理由]1）認定医療法人に係る相続税・贈与税の納税猶予等の特例措置とは、持分のある医療法人の出資者に相続が発生した場合でも、持分のない医療法人への移行計画が認定されるならば、移行計画の期間満了まで相続税の納税を猶予し、その間に持分を放棄すると猶予税額を免除する制度である。
この認定制度は令和 5 年 9 月末を期限とする時限措置であるが、中小企業の事業承継税制のような優遇措置のない医療法人にとって、相続問題に直面した際の支援措置となっているため、期限を当分の間、延長していただきたい。

2） 持分のある医療法人の出資者に相続が発生した後に移行計画の申請手続を開始した場合、相続税の申告期限までに移行計画の認定を受け、移行計画の認定を受けた認定医療法人である旨を記載した定款変更の認可を受けた上で、納税猶予の手続きを行わなければ、当該税制措置の対象とはならない。
相続税の申告期限は相続発生後 10 カ月であり、この期限内に認定要件を満たし、移行手続を行うこととなる。
しかし、認定要件には、これを満たすために時間がかかる項目もあるため、期限内にすべての要件を満たし、移行手続を行うことは困難である。このこと
は、認定医療法人制度を利用する上で大きな障害となっている。
制度の実効性を確保し、持分のある医療法人から持分のない医療法人への移行を促進するためにも、相続が発生した後の移行申請につき、認定要件の達成
時期の延期などの緩和を図られたい。

5

Ⅳ

持分のある医療法人に係る相続税・贈与税の納税猶予・免除制度の創設
持分のある医療法人に対して、中小企業の事業承継における相続税・贈与税の納税猶予・免除制度と同様の制度を創設されたい。
（租税特別措置法（昭和 32・3・31 法律 26）第 70 条の 7～第 70 条の 7 の 8、中小企業における経営の承継の円滑化に関する法律（平成 20・5・16 法律33）関係）[理由]1）中小企業の事業承継に関しては、「非上場株式等に係る納税猶予・免除制度」が設けられている。
これは、経営者が自分の保有株式等を後継者に贈与したり、相続等によって取得させた場合、その後継者が会社を経営していくならば、贈与税は株式等に対応する税額の全額、相続税は株式等に対応する税額の 80％の納税が猶予され、後継者が死亡時まで株式等を保有し続ければ最終的に納税が免除されるというものである。
さらに本制度は平成 30 年度税制改正で抜本的な拡充が行われ、10 年間に限って次の特例措置が追加されることになった。
① 従来は総株式数の 3 分の 2 までに制限されていた対象株数の上限を撤廃
するとともに、相続税の猶予割合も 100％に拡大することで、事業承継時の贈与税・相続税の現金負担をゼロにする。
② 1 人の後継者のみでなく最大 3 人までの後継者への承継も対象とする。
③ 事業承継後 5 年平均で雇用の 8 割維持要件を弾力化し、満たせなかった
場合も納税猶予を継続可能とする。

2）企業には消費者、従業員、株主、債権者、仕入先、得意先、地域社会、行政機関等のさまざまなステークホルダーが取り巻いている以上、中小企業の事業承継の円滑化は、地域経済の活力維持や雇用確保の観点から極めて重要であるというのが承継税制の趣旨と考えられる。
6

民間医療の中心をなす医療法人についてみた場合、平成 18 年医療法改正により医療法人は持分のないことを原則とすることとされたものの、いまだに 7
割以上は持分のある医療法人で占められている。
これらの医療法人も相続税の課税対象となるが、こちらには中小企業の事業承継税制のような税制上の措置が設けられていない。
持分のある医療法人は平成 18 年改正法の経過措置に「当分の間…効力を有する」と位置付けられているものではあるが、決して暫定的な存在ではないし、事業承継せずに消滅していいものでもない。
むしろ、医療の公共性という面から言えば、患者を含めた地域社会全体が医療機関のステークホルダーであり、失われた場合の社会的損失は営利企業よりも大きいと思われる。

3）事業承継における営利企業優遇、医療機関冷遇は明らかに政策上のバランスを失しており、その不均衡は平成 30 年度税制改正により拡大の一途をたどっている。持分のある医療法人についても、中小営利企業と同様に相続税・贈与税の納税猶予・免除制度を創設すべきである。
なお、これについては厚生労働省の医療従事者の需給に関する検討会でも、「地域の医療機関の事業の承継に関し、中小企業と同様、事業承継に当たっての優遇税制について検討してはどうか」と指摘している。

7

Ⅴ

社会医療法人に対する寄附金税制の整備
および非課税範囲の拡大等

社会医療法人に対して、次の措置を講じられたい。
1）

社会医療法人を税法上の特定公益増進法人とし、これらに対して寄付が行われた場合、寄付をした側については支出額の一定部分を所得税法上の寄付金控除の対象および法人税法上の損金としていただきたい。

2）

社会医療法人が行う医療保健業は法人税法上の「収益事業」から除外され非課税であるが、このうち附帯業務として行うものは例外的に課税されている。社会医療法人の行う医療保健業をすべて「収益事業」から除外し、非課税としていただきたい。

3）

社会医療法人が「救急医療等確保事業の用に供する固定資産」に対しては、固定資産税が非課税とされている。この非課税範囲の取扱いが全国の市町村で必ずしも統一されていないため、通知等により範囲を明示されたい。併せて、今後は非課税の範囲を「医療の用に供する固定資産」全般に拡大していただきたい。

(医療法（昭和 23・7・30 法律 205）第 42 条の 2、所得税法（昭和 40・3・
31 法律 33）第 78 条、所得税法施行令（昭和 40・3・31 政令 96）第 217 条、
法人税法（昭和 40・3・31 法律 34）第 7 条、第 37 条、別表第二、法人税法施行令（昭和 40・3・31 政令 97）第 5 条第 1 項第 29 号、第 77 条、地方税法第 348 条第 2 項第 11 号の 5、地方税法施行令（昭和 25・7・31 政令 245）
第 50 条の 3 の 2、地方税法施行規則（昭和 29・5・13 総令 23）第 10 条の 7の 7 関係)[理

由]1）①社会医療法人は救急、へき地、小児、周産期医療のような、採算性の乏しい医療に自治体病院に代わって取り組んでいる、公共性・公益性のきわめて高い医療法人であり、その存続・発展を図ることは公益の増進に資する。
②教育の分野では学校法人が、福祉の分野では社会福祉法人が特定公益増進
8

法人とされているが、社会医療法人がこれらに比して公益性において劣るとは考えられない。
③社会医療法人を特定公益増進法人とすることにより、一般医療法人がこれらに移行することを促し、医療の非営利性を徹底することは、今後の超高齢社
会を支えるためにぜひとも必要である。

2）

医療法人の業務には病院、診療所の運営という本来業務に加え、医療関係者の養成や薬局の開設等の附帯業務があるほか、社会医療法人には広範な収益業務が認められている。
法人税法上の「収益事業」から除外されているのは、このうち社会医療法人の本来業務たる医療保健業だけであるが、附帯業務には巡回診療所やへき地診療所の開設等も含まれるなど、公共性・公益性の面において必ずしも本来業務に劣るとは言えない。
したがって、附帯業務の医療保健業も「収益事業」から除外すべきである。

3） ①平成 21 年度税制改正により「社会医療法人が直接救急医療等確保事業に係る業務の用に供する固定資産」は、固定資産税が非課税とされたところである。しかしながら、この非課税の範囲については、必ずしも全国の市町村で統一的な運用がなされておらず、本来非課税とされるべきものが課税されるな
どの混乱が生じている。これを解消するため、通知等により非課税の範囲を明示し、全国の自治体の運用を統一していただきたい。
②社会医療法人は法人単位で認定を受けるものであるため、認定対象となった施設以外の医療施設にも高い公益性が認められる。今後、非課税の範囲をこうした医療施設全般に拡大していただきたい。

9

Ⅵ 医療法人の法人税率軽減と特定医療法人の法人税非課税
医療法人の法人税率を、公益法人等の収益事業並みに引き下げられたい。
また、特定医療法人に対する法人税は、原則非課税とされたい。
（法人税法第 66 条、租税特別措置法第 42 条の 3 の 2、第 67 条の 2 関係）
[理

由]
1）

医療法人は医療法に基づき設立された法人で、医療の公益性を反映して多くの規制を受けている。特に同法で剰余金の配当が禁止され、営利追求を目的としていないにもかかわらず、営利法人並みの税率を課されているのはき
わめて不公平である。公益法人等や協同組合等の営む医療保健業に対する課税との公平を図る観点からも、医療法人の法人税率は現行の 23.2％から 19％へ引き下げるべきである。

2）

特定医療法人は、その組織、運営、最終財産の帰属等において、高い

公益性の課された医療法人であり、その要件は、原則として法人税が非課税の社会福祉法人や農業協同組合連合会と同様であるにもかかわらず、特定医療法
人のみが原則課税（税率 19％）とされていることは、きわめて不公平である。
したがって特定医療法人についても、原則として法人税は非課税とすべきであ
る。

10

Ⅶ

特定医療法人の存続と要件の緩和

特定医療法人制度を存続させていただきたい。
また、特定医療法人の要件のうち、①差額ベッド数が全病床の 30％以下であること、②役職員 1 人につき年間給与総額が 3,600 万円以下であること等の項目を緩和されたい。
(租税特別措置法第 67 条の 2、租税特別措置法施行令第 39 条の 25 第 1 項
第 1 号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準（平成 15・
3・31 厚労告 147）関係)
[理

由]
1）

公益性が高く税制上の優遇措置も講じられている社会医療法人制度の創設に伴い、租税特別措置の整理対象に特定医療法人制度を挙げる動きが予想される。
しかしながら、急性期医療を主体とする社会医療法人に対して、特定医療法人は慢性期医療をもカバーするという相違があり、一方の制度だけ存置す
れば医療上の必要性を満たせるという性格のものではない。
社会医療法人制度とは別に、特定医療法人制度も存続させていただきたい。

2）

近年は、医療においても患者のニーズが多様化し、特別の療養環境を求める階層が増加している。このような患者が多い病院等で、患者のニーズに的確に応えるためには、差額ベッドの上限を一律に制限すべきではない。

3）

質の高い医療人材を集めて、高度な医療を提供するうえで、形式的な給与制限が阻害要因となっている。給与制限は社会医療法人におけると同様、「不当に高額なものとならないような支給の基準」の制定によることとされた
い。

11

Ⅷ

訪日外国人向け医療提供体制の整備と医療税制の整合性の確保

訪日外国人向け医療提供体制の整備が必要とされている中で、医療機関
が外国人への医療提供を実施することにより、自費患者への医療費の価格設定や、社会保険診療収入外の収入増加の面で、税制上の不利益を生じないように、整合性を確保していただきたい。
（平成 30 年 4 月 27 日・自由民主党政務調査会・外国人観光客に対する医療
PT 第一次提言、医療法施行規則（昭和 23・11・5 厚令 50）第 30 条の 35 の3、租税特別措置法第 67 条の 2、租税特別措置法施行令第 39 条の 25 第 1 項
第 1 号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準関係）[理由]
新型コロナウイルス感染症の世界的まん延の直前までは、近年のインバウ

ンド拡大政策により、外国人観光客の増加は顕著であった。今後ワクチン接種の普及などにより新型コロナウイルス感染症が通常感染症となった暁には、
インバウンドは再加速すると予想できる。
そこで、現在も厳然として存在して一定程度流入する外国人への医療提供体制の整備は喫緊の課題であり、インバウンド再加速時点での対応とするのではなく、現時点での対応が望まれる。すなわち、医療機関には多言語でのコミュニケーション体制整備、医療コーディネーターの養成・配置等による負担が新たに発生してくるが、その費用は自由診療の枠組みの中で患者に請求せざるを得ない。
一方、社会医療法人や特定医療法人、認定医療法人には、次のような制約が課されている。
① 自費患者への請求金額は社会保険診療報酬と同一の基準により計算されること。
② 社会保険診療収入が全収入の 80％を超えていること。
現行制度のままでは、外国人医療という政策課題に応ずることが、上記法人の認定、承認の取消し事由にならないとも限らないのである。
12

外国人への医療提供の拡大に際しては、上記のような医療税制と整合性をとり、医療機関が不利益を被ることのないよう措置していただきたい。

13

Ⅸ

介護医療院への転換時の改修等に関する税制上の支援措置の創設

平成 30 年 4 月から新たな介護保険施設として創設された「介護医療院」に、既存の病院や診療所が転換した場合、新施設の施設基準を満たすために要した建物の改修等について、取得価額の 30％の特別償却または 7％税額控除を認めるほか、固定資産税・不動産取得税の減免等の支援措置を講じていただきたい。
（介護保険法（平成 9・12・17 法律 123）第 107 条～第 115 条関係）
[理由]
今後、増加が見込まれる慢性期の医療・介護ニーズへの対応のため、平成

30 年 4 月から「日常的な医学管理が必要な重介護者の受入れ」や「看取り・ターミナル」等の機能と、「生活施設」としての機能を兼ね備えた「介護医療院」が創設された。
新施設には、従来の介護療養病床や医療療養病床を有する病院、診療所からの転換が期待されるが、新たな施設類型の施設基準に合致させるためには、改修等に少なからぬ投資が必要となる。
そこで、予算面で地域医療介護総合確保基金等による補助を行うほか、税制面でも改修後の施設について特別償却や税額控除、固定資産税・不動産取得税の減免等による支援措置を講じていただきたい。

14

Ⅹ

中小企業関係設備投資減税の
医療界への適用拡大

中小医療機関の設備投資を支援するため、次の措置を講じていただきたい。
1）中小企業経営強化税制の医療保健業についての対象設備に医療用機器及び建物附属設備を追加するとともに、適用期限を令和 5 年 4 月 1
日以後も延長すること。
2）中小医療機関の医療機器購入については中小企業経営強化税制と商業・サービス業・農林水産業活性化税制、高額医療用機器の特別償却制度の選択適用を認めること。
3）中小企業投資促進税制の適用期限を令和 5 年 4 月 1 日以後も延長すること。
（中小企業等経営強化法（平成 11・3・31 法律 18）第 19 条、第 20 条、租税特別措置法第 10 条の 3、第 10 条の 5 の 2、第 10 条の 5 の 3、第 42 条の 6、第 42 条の 12 の 3、第 42 条の 12 の 4 関係）[理由]1）中小企業者等が、中小企業等経営強化法の認定を受けた経営力向上計画に基づき、一定の設備を新規取得した場合、中小企業経営強化税制により、即時償却か 10％税額控除（出資金が 3,000 万円超の法人は 7％）の選択適用が認められている。
しかし、医療保健業を行う事業者が取得する医療機器や建物附属設備は、対象から除外されているため、医療機関が検査機器や手術機器を購入した場合でも適用できない。
中小企業経営強化税制においても、医療保健業を行う事業者が取得する医療機器を適用対象としたうえで、その適用期限を延長していただきたい。

2）上記の 1）を実施した上で、中小医療機関の医療機器取得には中小企業
経営強化税制、商業・サービス業・農林水産業活性化税制、高額医療用機器の15

特別償却制度の選択適用を認めるべきである。

3）中小企業投資促進税制は、電子カルテシステムや医事会計システム等のソフトウエア、機械装置の取得に 30％特別償却や 7％税額控除（出資金等 3,000万円超の法人には税額控除不適用）が適用される。本税制の適用期限を令和 5
年 4 月 1 日以後も延長していただきたい。

16

Ⅺ

病院用建物等の耐用年数の短縮

病院･診療所用の建物の耐用年数を短縮されたい。
（減価償却資産の耐用年数等に関する省令（昭和 40・3・31 蔵令 15）別表
第一関係）
[理

由]
病院･診療所用の建物および附属設備については、医学・医療の進歩に対応した構造や機能が要求され、陳腐化が激しいのが実情である。
平成 10 年度税制改正において、建物の減価償却方法が定額法に限定された
際に耐用年数も短縮されたが、医療の質の向上を図り、次に到来が必至と考えられる新興感染症にも備えつつ、快適な医療環境を確保するにはいまだ十分とは言えないため、これら減価償却資産の耐用年数をさらに短縮されたい。
要望年数は下表の通りであるが、これは四病院団体協議会と日本医師会の実施した実態調査によっても裏付けられたところである。
減価償却資産の種類等

現行耐用年数

要望耐用年数

39 年

31 年

病院・診療所用建物
鉄骨鉄筋コンクリート造又は鉄筋コンクリート造のもの

17

ⅩⅡ

社団医療法人の出資評価の見直し

財産評価基本通達における社団医療法人の出資の評価方法を見直し、営利企業の株式等の評価に比して著しく不利とならないよう改めていただきたい。(国税庁通達「財産評価に関する基本通達」（昭和 39・4・25 直 56／直審（資 17、194-2 関係)[理由]1）持分のある医療法人においてとくに問題となるのは、事業承継の際の課税問題である。
出資持分が存する以上、これが相続税の課税対象となるのは当然であるが、その際の課税評価が一般の営利企業より高額になる現行の評価方法を見直し、せめて営利企業並みに改めていただきたいというのが本要望の主旨である。
現行の国税庁財産評価基本通達は、出資評価について規定した 194-2 において、評価方法として類似業種比準方式を掲げている。この方式は、市場性のな
い株式や出資持分について上場株式に準拠して評価するもので、営利企業に関しては配当、利益、純資産の 3 要素から評価額を算出する計算式が設定されている。
しかし、医療法人は配当が禁止されているため、営利企業の評価ではカウントされる配当要素が除外されるのである。
理論上これは一見正当ではあるが、いざ実際に適用すると、医療法人の出資
評価額は無配当の営利企業よりも高額になってしまう（後出「取引相場のない
株式と医療法人出資の評価方法の比較（現行）」参照）。
こうした現状は医療資源保護という政策的な観点から見て不適切であるば
かりでなく、財産評価理論としても、出資の財産価値という点でマイナスに作用する配当禁止が反映されていないという問題がある。
そこで現行の評価方法を見直し、持分ある医療法人の出資評価は、取引相場のない株式で無配当のものと同様の方法を適用することとしていただきたい。
具体的には、現行の計算式の分母を「2」から「3」とし、分子に置くべき配当要素は「0」とするよう要望する。

182）平成 29 年度与党税制改正大綱に基づき、国税庁は取引相場のない株式の評価の見直しを行い、類似業種比準価額の計算式については、配当、利益、純資産の比重を 1：1：1 へと変更した。
医療法人の出資評価の計算式も変更されたが、利益、純資産の比重を 1：1としたのみで、配当要素を取り入れていないため、医療法人の出資評価に対する不利益な取扱いは変わっていない。
平成 18 年医療法改正において「経過措置医療法人」とされた持分のある医療法人は、あたかも「当分の間」存続するにすぎないかのように、事業承継税制等で冷遇されている。
財産評価について見直しを行うのであれば、持分のある医療法人の事業承継税制における位置づけとも照らし合わせて、今後は矛盾のない評価体系としていくべきである。

3）持ち分のある医療法人においては、過去からの経営努力や配当禁止規定
等により、構造的に純資産が多額になりがちであるが、病院機能を確保するための設備投資は行わざるを得ないため、純資産額と同等ないしははるかに超え
る借入金が同時に存在している事も多い。この状況下で、新型コロナウイルス
感染症の影響により赤字に転落した場合、赤字経営や資金繰りの悪化による追加借入が発生するものの、形式的な内部留保額（純資産額）は大幅に減少することがないまま、出資持分の多くを所有している高齢の理事長に相続が発生するケースが考えられる。そして、大会社として評価される医療法人の場合、赤字により利益要素が０となることにより比準要素数 1 の会社と判定され、業績が悪化したにもかかわらず評価が高くなるという矛盾も生じている。
こうした状況においても、現在適用されている相続税基本通達によって持ち分の評価を行い、相続税を計算することが妥当であるか、地域医療の保持、医療提供体制の確保の観点から再考する必要がある。少なくとも、取引相場のない株式で無配当の営利企業よりも高額になってしまう現状の計算方法については、早急に改める必要がある。

19

〔参 考〕
取引相場のない株式と医療法人出資の評価方法の比較（現行）1

取引相場のない株式評価における類似業種比準価額の計算式（財産評価基本通達 180）

Ａ ×

⎧
⎪

Ⓑ

Ｂ

⎨
⎪
⎩

Ⓒ

+

Ｃ
3

+

Ⓓ

Ｄ

⎫
⎪
⎬
⎪
⎭

× 0．7～0．5

Ａ＝類似業種の株価
Ｂ○＝評価会社の 1 株当たりの配当金額
Ｃ
○＝

〃

〃

1 年間の利益金額

Ｄ
○＝

〃

〃

直前期末の純資産価

額（帳簿価額）Ｂ＝類似業種の 1 株当たりの配当金額
Ｃ＝

〃

〃

Ｄ＝

〃

〃

年利益金額
純資産価額（帳簿価額）

2

医療法人の出資評価における類似業種比準価額の計算式（財産評価基本通達 194－2）

Ａ ×

⎧
⎪
⎨
⎪
⎩

Ⓒ

Ｃ

+

Ⓓ

Ｄ

2

⎫
⎪
⎬
⎪
⎭

× 0．7～0．5

類似業種目は「その他の産業」とする。

20

ⅩⅢ 医療機関同士での再編による資産の取得を行った場合における不動産取得税及び固定資産税の軽減措置
地域医療構想を実現するための地域の医療機関同士の再編について、必要な土地、建物の取得につき、登録免許税の軽減措置に加え、不動産取得税、固定資産税の軽減措置を講じること。
[理由]

地域医療構想の実現においては、民間医療機関についても、地域医療の重要な担い手であるという点において、公立医療機関や公的医療機関とは何ら変わらないものである。また、公立・公的医療機関は当然に営利を目的としないが、医療法人等の民間医療機関も営利を目的としない存在であり、医療機関は基本的には非営利の開設主体によって運営がなされている。
しかしながら、資産の取得を行った場合において、基本的に非課税の公立・
公的医療機関と課税される民間医療機関の間には、地域に必要な医療を補完し合っているにも関わらず、税の負担においては公平性が担保されていない状況である。
令和３年度税制改正により、医療機関同士での再編による資産の取得を行った場合における登録免許税の軽減措置が創設された。これにより、民間医療機
関が再編により資産を取得した場合において、登録免許税の税負担が緩和されたところである。
民間医療機関を含めて地域医療構想の実現を進めていくのであれば、公立・
公的医療機関と民間医療機関の間において、税負担の公平性を担保することは当然のことであり、医療機関同士で再編統合を行う際に必要な土地、建物の取得につき、経済的負担となる不動産取得税、固定資産税についても、登録免許税と同様に軽減措置を講ずるべきである。

21

ⅩⅣ 医療従事者確保対策用資産および公益社団法人等に対する固定資産税等の減免措置
次の土地、建物について、固定資産税および都市計画税ならびに不動産取得税、登録免許税の減免措置を講じていただきたい。
①医療従事者確保対策の用に供される土地、建物②公益社団法人および公益財団法人ならびに一般社団法人、一般財団法人
で医療保健業を営むもののうち、当該医療保健業が法人税法上の収益事業から除外されているものについて、当該業務の用に供する土地、建物（法人税法第 2 条第 6 号、第 13 号、法人税法施行令第 5 条第 1 項第 29 号、
法人税法施行規則（昭和 40・3・31 蔵令 12）第 6 条、登録免許税法（昭和42・6・12 法律 35）第 4 条第 2 項、別表第三、地方税法第 6 条、第 73 条の4 第 1 項第 3 号の 2、第 8 号の 2、第 348 条第 2 項第 9 号の 2、第 11 号の 5、第 702 条の 2 第 2 項関係）
[理

由]
1）

医療機能の高度化、医療ニーズの拡大に伴い、医師、看護師等の不足を訴える医療機関が増加している。絶対数の不足に加え、地域偏在が重なり、地方の医療機関ほど医療従事者確保に困難を感じており、その打開のためには住環境の整備や子育て支援の実施など、各種の対策が必要とされる。
医療機関が医療従事者を確保するため、職員寮等を取得した場合、税制上の負担軽減措置を講じていただきたい。

2）

法人税法上、医療保健業は原則として収益事業とされているものの、一定の公益法人等が行う当該業務に関しては収益事業から除外されている。
これは税法上も十分な公益性を有すると認めていることを意味するから、同じく公益性による非課税制度の定められている固定資産税等に関しても、減免措置を講じるべきである。

22