医療機関等における税制のあり方に関する提言−充実した医療・介護提供体制の確立と医療機関等の経営安定化のために−

令和 4 年（2022 年）10 月５日

公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会
会長

川 原 丈

貴

〔医療機関等における税制のあり方に関する提言〕−充実した医療・介護提供体制の確立と医療機関等の経営安定化のために−

提言の目的
公益社団法人日本医業経営コンサルタント協会では、平成 22 年度から令和３年度にかけて１０回にわたり、充実した医療・介護提供体制の確立と医業経営安定化のために「医療機関等における税制のあり方に関する提言」を行ってきた。令和４
年度においても継続して提言を行うこととする。
猛威を振るった新型コロナウイルス感染症の第 7 波はピークアウトの兆しが見えつつあるが、さらに、第 8 波、第 9 波と感染拡大が再燃する可能性は否定できない。そのため今後も新型コロナ対応は続いていくことになる。しかし、「2025 年の医療需要と病床の必要量」及び「目指すべき医療提供体制を実施するための施策」をその内容とする地域医療構想の背景とされた我が国の中長期的な状況や見通しは何ら変わっていない。人口減少・高齢化は着実に進展しており、それに伴い医療ニーズの質と量は変化している。また、マンパワーの制約もますます厳しくなることは明白である。今後、各地域において質の高い効率的な医療提供体制を維持していくためには、医療機能の分化と連携への取組は必要不可欠なことであると考えられる。全世代型社会保障構築会議でも、ICT の活用によりサービスの質の向上、人材配置の効率化などを進めることが重要とされる一方、社会保障制度基盤の強化について「地域完結型」の医療・介護サービス提供体制構築を進めるとともに、地域医療構想の推進など骨太の方針や改革工程表に沿った取り組みを着実に進める必要があること、また、コロナ禍で顕在化した課題や得られた教訓も踏まえ、機能分化と連携の視点を一層重視した医療提供体制等の改革を進める必要があることを当面の論点として掲げている。また、骨太の方針 2022 では、持続可能な社会保障制度の構築を目指して総理を本部長とする「医療 DX 推進本部(仮称)」の設置や保険証の原則廃止を目指した取組を推進するとともに、良質な医療を効率的に提供する体制を整備することなどが盛り込まれている。
ウイズコロナ、アフターコロナを見据えたこのような流れは我が国の現状に照らすと当然のことであろう。しかし、この 2 年半余りコロナ禍で厳しい経営を強いられてきた医療機関等にとって経営のギアチェンジは容易ではない。新たなフェーズに入ることで経営環境がより厳しくなることが予想される。このような環境下、医療機関等の経営の安定化を図るためには、税制面から経営を支える施策を講ずることが喫緊の課題と考え、前回までの提言も踏まえて改めて「医療機関等における税制についての提言」を行うものである。

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提言１．医療法人・個人立医療機関の承継税制等の整備について「持分なし医療法人」への移行を促進するための認定医療法人制度について、適用期限を 3 年間延長すること。また、認定から３年以内の移行期限を、認定から５年以内に緩和すること。さらには、相続開始後に認定を受けた場合の相続税の納税猶予制度の適用において、納付する相続税額が生前に認定を受けて持分なし医療法人へ移行した場合と同額となるよう計算方法を見直すこと。
また、「当分の間」存続するとされている「持分あり医療法人」について、経過措置を改め、適切な承継税制の創設や持分の評価方法に関する改正を行うこと。さらには、個人版事業承継税制について、個人立医療機関の医療法人成りの際の取扱いなどについて改善措置を講ずること。
１．「持分なし医療法人」への移行を促進するための認定医療法人制度について、適用期限（令和５年９月３０日まで）を３年間延長すること。また、認定から３年以内の移行期限を、制度の実効性を確保する観点から認定から５年以内に緩和すること。さらには、相続開始後に認定を受けた場合の相続税の納税猶予制度の適用において、納付する相続税額が生前に認定を受けて持分なし医療法人へ移行した場合と同額となるよう計算方法を見直すこと。
２．現在、「当分の間」存続するとされている「持分あり医療法人」について、経過措置を改め、令和４年３月３１日現在、医療法人総数の６５．６％（３７，４９０法人）を占めるという実態を受容して、以下の税制措置を講ずること。
（１）持分あり医療法人の医業継続を図るため、持分あり医療法人に係る新たな相続税及び贈与税の納税猶予・免除制度を創設すること。その場合には、医療法人の公益性及び非営利性に鑑み、中小企業の事業承継税制である取引相場のない株式等についての相続税及び贈与税の納税猶予制度と同等以上の措置とすること。
（２）持分あり医療法人の出資評価方法について、イコール・フッティングの観点から類似業種比準価額方式の出資評価方法を配当のない普通法人の株式評価と同じ方法（評価算式の分母を３とし、分子の配当要素は０とする評価）に改めること。また、純資産価額方式については、医療法人の社員は各一個の議決権を有するとされており、特定の出資社員が独占的な支配権を有することはできないため、支配割合５０％未満の同族株主同様に純資産価額の８０％評価とすること。
（３）医療法人を運営するには多額の設備投資が必要とされるため普通法人と比較して相対的に純資産額は厚くなる。ところで、剰余金の配当が禁止されている医療法人が新型コロナウイルス感染症（ＣＯＶＩＤ−１９）の影響により利益金額が赤字となって「比準要素数１の会社」と判定された場合には、業績が悪化しているにもかかわらず持分評価が高くなるという矛盾が生じている。これにより、出資者の相続に際し、持分あり医療法人の存続が危うくなることがないよう早急に対応策を講ずること。
- 2 -３．個人版事業承継税制について、この特例を利用して納税猶予を受けた後継者が、その後医療法人成りした場合には、設立される医療法人が「持分なし」となるため、個人事業廃止に伴う猶予税額及び延滞税の納付をしなければならない。そこで、特例事業用資産のすべてを基金として拠出した場合には、当該基金を持分とみなして納税猶予の特例が継続できるようにすること。また、全額免除要件である事業を継続することができなくなったことについての「やむを得ない理由」について、「身体上の障害の程度が１級又は２級」や「要介護状態区分が要介護５」という基準を緩和すること。

提言２．医師の勤務環境改善支援のための税制措置創設について
都道府県に設置された医療勤務環境改善支援センター（勤改センター）の助言を受けて「医師等勤務時間短縮計画」を作成した医療法人等において、医師の勤務時間を短縮するため、給与費等の金額が増加した場合には、増加した給与費等の金額の１５％を税額控除する制度の創設を要望する。
医師に対する時間外労働の上限規制の適用開始（令和６年４月１日）に向け、勤務する医師が長時間労働となる医療機関における医師労働時間短縮計画の作成
や地域医療の確保や集中的な研修実施の観点から、やむを得ず高い上限時間を適用する医療機関を都道府県知事が指定する制度の創設等が定められた。そこで、都道府県に設置された医療勤務環境改善支援センター（勤改センター）の助言を受けて「医師等勤務時間短縮計画」を作成した青色申告書を提出する法人又は個人で医療保健業を営むものにおいて、医師の勤務時間を短縮するため、給与費等の金額が増加した場合には、増加した給与費等の金額の１５%を税額控除する制度を創設すること。なお、短縮計画開始後６か月後に、計画の対象とした医師の労働時間の短縮についての記録を、計画の確認を受けた勤改センターに提出し、確認及び助言を受けることも条件とする。

提言３．医療及び介護に係る控除対象外消費税問題の抜本的解決について社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供に係る控除対象外消費税問題について、抜本的な解決が図られることを要望する。そのためには、これら給付等及びサービスの提供に係る消費税を非課税から課税に改めること。なお、抜本的な解決策は消費税率１０％の間に措置すること。
現行の消費税法においては、社会政策的配慮から、社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供は原則非課税取引とされている。そのため、医療機関等が支払った消費税の一部について仕入税額控除が認められず、控除対象外消費税等の金額を事業者である医療機関等が負担するという多段階課税方式の消費税法に沿わない取扱いがされてきた。政府は、その解決策として、消費税率に応じて医療機関等が負担する消費税相当額を社会保険診療報酬等に反映して補てんする- 3 -方策を講じてきたが、その補てんは十分とはいえない結果となっている。また、
この解決策は、個別の医療機関等が負担した消費税額に応じた厳密な対応ではないため、特に設備投資を多く行う医療機関等に大きな補てん不足を生じさせる結果となっておりこれが医業経営を圧迫している。
そこで、社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供に係る消費税について、医療機関等の適正な経営が維持されるよう非課税から課税に改めること。
また、抜本的な解決策は消費税率１０％の間に措置すること。
（付言）
課税に改める際には、患者・国民の負担が増えることがないような対策を合わせて講じること。

提言４．医療サービスの生産性向上に資する機器の税制優遇措置の創設について
医療法人等が行う医療ＤＸに関連した設備投資で医師や看護師など医療従事者が提供する医療サービスの生産性向上に資する機器について、固定資産税（償却資産税）を非課税とすること。
青色申告書を提出する法人又は個人で医療保健業を営むものが、医療ＤＸに関連した設備投資で医師や看護師など医療従事者が提供する医療サービスの生産性向上に資する機器（短時間で正確な診断を行うための画像診断装置等や手術支援
ロボット手術ユニット、コンピュータ診断支援装置、医療画像情報システム、センサー機能を使用した院内搬送用ロボット、患者離床センサー、遠隔診療システ
ム、通信機能付きバイタルサイン測定機器、電子カルテなど）を取得した場合には固定資産税（償却資産税）を非課税とすること。

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委

員

氏名委員長

青木 惠一

委

石井 孝宜

員

〃北島 亜紀

〃

竹田 秀

〃

船本 智睦

〃政木 和夫

税制専門分科会 委員名簿
（順不同・敬称略）

事務所名・その他の所属等
税理士法人青木会計 代表社員
税理士・行政書士
石井公認会計士事務所 所長
税理士・公認会計士
あおい会計社 代表
税理士
一般財団法人竹田健康財団

理事長

京都紫明税理士法人 代表社員
税理士
officeKMAC、調査研究・提言委員会委員（問い合せ先）公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会
事務局 企画課 TEL：03-5275-6994- 5 -