【様式】

租税特別措置等に係る政策の事前評価書
1

政策評価の対象とした政策の名称試験研究を行った場合の法人税額等の特別控除の拡充及び延長

2

対象税目

（法人税：義、所得税：外）（国税 31）①

政策評価の対象税目（法人住民税：義）（地方税 29）3

上記以外の税目
要望区分等の別【新設・拡充・延長】4

内容《現行制度の概要》②【単独・主管・共管】

所得の計算上損金の額に算入される試験研究費の額がある場合、その事業年度の法人税額（国税）から、試験研究費の額に税額控除割合を乗じて計算した金額を控除することを認める制度。
《要望の内容》
我が国の国際競争力を支える民間研究開発の維持・拡大を図るため、イノベーションに繋がる中長期・革新的な民間研究開発投資を促す仕組みとする。
具体的には、企業が研究開発投資を増加させるインセンティブの更なる向上を図るため、投資インセンティブが効果的に働くよう見直しを行うともに、オープンイノベーションの促進を図るための制度の見直し等を行う。
○一般型のインセンティブを強化〇オープンイノベーション型におけるスタートアップ企業の定義の見直し及び控除率の引上げ〇サービス開発の要件の見直し○一般型の控除率の上乗措置の適用期限の延長（2 年間延長（令和 6 年度末まで））○試験研究費の額が平均売上金額の 10%超の場合の上乗措置の適用期限の延長（2 年間延長（令和 6 年度末まで））○中小企業者等について、試験研究費が 9.4％超増加した場
合の上乗措置の適用期限を延長（2 年間延長（令和 6 年度末まで））○オープンイノベーション型の共同試験研究及び委託試験研究先として、特別研究機関等に福島国際研究教育機構を追加するとともに、成果活用促進事業者及び新事業開拓における研究開発の成果を活用する事業者に同機構から出資を受ける者を追加

等《関係条項》
租税特別措置法（昭和 32 年法律第 26 号）第 10 条、第 42 条の 4

３１－１５

5

担当部局

復興庁福島国際研究教育機構準備室

6

評価実施時期及び分析対象期間

評価実施時期：令和 4 年 8 月
分析対象期間：令和 2年度～令和 6 年度

7創設年度及び改正経緯・増加型：昭和 42 年度創設
・中小企業技術基盤強化税制：昭和 60 年度創設
・特別試験研究費税額控除制度：平成 5 年度創設
・総額型：平成 15 年度創設
・高水準型：平成 20 年度創設
・平成 26 年度税制改正にて、上乗せ措置（増加型及び高水準型）を３年間延長するとともに、増加型の控除率を定率 5％から5～30％（試験研究費の増加率に応じて控除率が変化する仕組み）に変更
・平成 27 年度税制改正にて、控除上限を法人税額の 30％に引上げる（総額型 25％、特別試験研究費税額控除制度（オープンイノベーション型）5％（ともに適用期限の定めなし））とともに、オープンイノベーション型の控除率（12％から 20％又は30％）及び対象費用（中小企業からの知財権の使用料）を拡充し、繰越控除制度を廃止。
・平成 29 年度改正にて、増加型を廃止した上で、総額型に増加インセンティブを組み込み、高水準型を延長しつつ、売上高試験研究費割合が 10％超の場合や中小企業者等の試験研究費が5％超増加した場合に控除上限を上乗せできる措置を導入。加えて、試験研究費の定義を見直し（第４次産業革命型のサービスの開発を追加）、特別試験研究費税額控除制度の要件を緩和。
・令和元年度改正にて、特別試験研究費税額控除制度の控除上限を法人税額の 5％から 10％に引き上げるとともに、支援対象を拡大し、一部控除率を引上げ。総額型の控除率を見直し、増加インセンティブを強化。高水準型を廃止し、試験研究費割合が10％超の場合の控除率上乗せ措置を創設（令和 2 年度末まで）。ベンチャー企業が総額型を利用する場合の控除上限の引上げ。控除率及び控除上限の上乗せ措置を 2 年間延長（令和 2年度末まで）
・令和 3 年度改正にて、 一般型（総額型から改名）の控除上限を 25％から 30％に引き上げるとともに、一般型の控除率を見直し増加インセンティブを強化。自社利用ソフトウェアに区分されるソフトウェアに関する試験研究費を税額控除対象に追加。
特別試験研究費における共同研究の相手方に国立研究法人の外部化法人及び人文系の研究機関を追加。控除率及び控除上限の8

適用又は延長期間上乗せ措置を 2 年間延長（令和 4 年度末まで）○一般型のインセンティブを強化○ オープンイノベーション型におけるスタートアップ企業の定義の見直し及び控除率の引上げ○ サービス開発の要件の見直し○ オープンイノベーション型の共同試験研究及び委託試験研究先として、特別研究機関等に福島国際研究教育機構を追加すると

３１－１６

ともに、成果活用促進事業者及び新事業開拓における研究開発の成果を活用する事業者に同機構から出資を受ける者を追加（以上、適用期限の定めなし）○ 一般型の控除率の上乗措置の適用期限の延長○ 試験研究費の額が平均売上金額の 10%を超える場合の上乗せ措
置○ 中小企業者等について、試験研究費が 9.4％超増加した場合に控除率及び控除上限を上乗せする仕組み（以上、令和 5 年 4 月 1 日～令和 7 年 3 月 31 日（2 年間））
9必要性等

①

政策目的及びその根拠《租税特別措置等により実現しようとする政策目的》
我が国の研究開発投資総額（令和 2 年度：19.2 兆円）の約 7 割（同：13.8 兆円）を占める民間企業の研究開発投資を維持・拡大することにより、イノベーション創出に繋がる中長期・革新的な研究開発等を促し、我が国の成長力・国際競争力を強化する。あわせて、自律的なイノベーションエコシステムを構築する。
《政策目的の根拠》○科学技術・イノベーション基本計画［令和 3 年 3 月 26 日閣 議決定］第３章 科学技術・イノベーション政策の推進体制の強化
１．知と価値の創出のための資金循環の活性化(b) あるべき姿とその実現に向けた方向性【科学技術・イノベーション政策において目指す主要な数値目標】（主要指標）
・ 2021 年度より 2025 年度までの、政府研究開発投資の総額の規模：約 30 兆円
・ 2021 年度より 2025 年度までの、官民合わせた研究開発投資の総額：約 120 兆円（政府投資が呼び水となり民間投資が促進される相乗効果や我が国の政府負担研究費割合の水準等を勘案）〇

経済財政運営と改革の基本方針 2022 （骨太の方針）［令和4 年 6 月 7 日閣議決定］
第２章 新しい資本主義に向けた改革
１．新しい資本主義に向けた重点投資分野（２）科学技術・イノベーションへの投資～略～研究開発投資を増加する企業に対しては、インセンティブを付与していく。～略～（３）スタートアップ（新規創業）への投資～略～ベンチャーキャピタルとも連携した支援の拡充や創薬ベンチャーへの支援の強化を行うほか、革新技術の研究開発とスタートアップ創出を行う拠点づくりを海外の大学等とも連携し、民間資金を基盤として運営される形で進める。～略～○

新しい資本主義のグランドデザイン及び実行計画［令和 4 年6 月 7 日閣議決定］
Ⅲ．新しい資本主義に向けた計画的な重点投資
２．科学技術・イノベーションへの重点的投資～略～民間の現預金を活用した研究開発投資に対するインセンティブを強化する。具体的には、オープンイノベーションを更に加速し、研究開発投資全体を押し上げられるよう、民間企業の研究開発投資を促進するための税制の在り方につい３１－１７

て検討を進める。
～略～
その上で、研究開発投資を増加する企業に対しては、インセンティブを付与していく。
３．スタートアップの起業加速及びオープンイノベーションの推進（２）付加価値創造とオープンイノベーション②既存企業のオープンイノベーションの推進のための税制等の在り方やルールの見直し～略～スタートアップに投資し、さらに買収することが、スタートアップの出口戦略としても、既存の大企業のオープンイノベーションの推進策としても重要である。このため、オープンイノベーションを促進する
ため、税制等の在り方をこれまでの効果も勘案 し再検証する。
〇②③

政策体系における政策目的の位置
付け
達成目標及びその実現
による寄与

激変する世界・日本における今後の中小企業政策の方向性―成長に向けた自己変革に挑戦し、地域を支える中小企業が「成長と分配の好循環」をリードする―［令和 4 年 6 月 22 日
中小企業政策審議会 総会］
第４章（略）世界や日本が構造変化に直面する中、日本経済全体のパフォーマンスを向上させ、「成長と分配の好循環」を実現する
上でも、また、新たな価値観や地政学リスクに対応するサプライチェーンを構築する上でも、中小企業・小規模事業者が本来持つ強み（分厚い構造、イノベーションに適した特性等）を発揮し、成長・生産性向上を目指していくことが重要である。
（略）こうした企業が成長志向に変革していき、一者でも多くの中小企業・小規模事業者が成長志向になることを目指して、政策支援を展開していきたい。
３．産業技術・環境対策の促進並びに産業標準の整備及び普及《租税特別措置等により達成しようとする目標》
官民合わせた研究開発投資の総額を 2021 年度より 2025 年度までに約 120 兆円にする。
（政府投資が呼び水となり民間投資が促進される相乗効果や我が国の政府負担研究費割合の水準等を勘案）《政策目的に対する租税特別措置等の達成目標実現による寄与》
我が国全体の研究開発投資の 7 割以上を占める企業の研究開発投資を押し上げることにより、国全体の研究開発投資を高め、イノベーションの加速を通じた我が国の成長力・国際競争力を強化することに大きく寄与することが可能。
なお、研究論文（Kasahara et al.（2014））によれば、研究開発税制（総額型）の導入により、研究開発投資が 3.0～3.4％増加した。
また、経済産業省と連携した上で、経済産業研究所が EBPM の一環として行った研究のディスカッションペーパー(池内(2022))３１－１８

によれば、2015 年度の税制改正におけるオープンイノベーション型の拡充により、平均で 14.4%の外部支出研究開発投資の増加に寄与したことが示されている。

10有効性等① 適用数○適用事業者（法人）数実績（うち、資本金 1 億円以下の法人分）＜一般型＞
令和 2 年度
令和 3 年度
令和 4 年度

3,504 法人（1,024 法人）
3,698 法人（3,687 法人）（見込み）
3,698 法人（3,687 法人）（見込み）＜中小企業技術基盤強化税制＞
令和 2 年度 5,164 法人（5,148 法人）
令和 3 年度
6,091 法人（6,072 法人）（見込み）
令和 4 年度
6,091 法人（6,072 法人）（見込み）＜オープンイノベーション型＞
令和 2 年度 562 法人（281 法人）
令和 3 年度
692 法人（346 法人）（見込み）
令和 4 年度
692 法人（346 法人）（見込み）※令和 2 年度は「租税特別措置の適用実態調査（財務省）」により把握。
※令和 3 年度、令和 4 年度は、「令和 3 年度経産省アンケート調査」の集計結果を元に、「租税特別措置の適用実態調査（財務省）」の数字で割り戻した数値で補正し算出している。
○将来推計＜令和 5 年度＞
・一般型
・中小企業技術基盤強化税制
・オープンイノベーション型

3,698 法人／事業年度
6,091 法人／事業年度
692 法人／事業年度＜令和 6 年度＞
・一般型
・中小企業技術基盤強化税制
・オープンイノベーション型

3,698 法人／事業年度
6,091 法人／事業年度
692 法人／事業年度※適用件数については、現時点において増減させる要素が明確でないことから、令和 5 年度、令和 6 年度は、令和 4 年度推計値と同数とした。
○業種別適用件数（実績）
業種別に適用件数をみると、一般型、中小企業技術基盤強化税制、オープンイノベーション型いずれも下記のとおり幅広い業種の企業で適用されている。

３１－１９

○令和 2 年度一般型適用件数
業種名

適用企業数

（うち資本金 1 億円以下の法人）

総計

3,504

1,024

製造業

2,360

614

化学工業

473

98

機械製造業

286

75

電気機械

260

68

食料品

235

61

輸送用機械

150

23

金属製品

166

53

その他製造業

790

236

サービス業

429

169

卸売業

319

123

その他

396

118

（出典：租税特別措置の適用実態調査（財務省））○令和 2 年度中小企業技術基盤強化税制適用件数
業種名

適用企業数

（うち資本金 1 億円以下の法人）

総計

5,164

5,148

製造業

3,160

3,158

化学工業

394

394

機械製造業

442

442

電気機械

396

396

食料品

283

282

輸送用機械

107

107

金属製品

377

377

1,161

1,160

サービス業

730728

卸売業

787782

その他

487480その他製造業（出典：租税特別措置の適用実態調査（財務省））○令和 2 年度オープンイノベーション型適用件数
業種名

適用企業数

（うち資本金 1 億円以下の法人）

総計562281

製造業

333142

化学工業

9133

機械製造業

3012

電気機械

39

17３１－２０

食料品

3415

輸送用機械

142

金属製品

1715

その他製造業

10848

サービス業

9467

卸売業

5034

その他

85

38

（出典：租税特別措置の適用実態調査（財務省））②適用額※試験研究を行った場合の法人税額等の特別控除については、制度の対象の大宗が法人であり、所得税の活用については、国税庁による申告所得税標本調査 第 10 表 租税特別措置法関連項目によると、令和 2 年度の適用は 8 人（適用金額 23 百万円）となっている。それ以前の平成 30・令和元年度の本税制の利用動向に大きな変化が生じていないことを踏まえると、個人の活用状況は極めて僅少であることが見込まれる。
【国税】○減収額実績
＜一般型＞
令和 2 年度 4,737 億円（132 億円）
令和 3 年度 4,999 億円（504 億円）（見込み）
令和 4 年度 4,999 億円（504 億円）（見込み）＜中小企業技術基盤強化税制＞
令和 2 年度 208 億円（206 億円）
令和 3 年度 245 億円（243 億円）（見込み）
令和 4 年度 245 億円（243 億円）（見込み）＜オープンイノベーション型＞
令和 2 年度 108 億円（4.5 億円）
令和 3 年度
133 億円（5.5 億円）（見込み）
令和 4 年度
133 億円（5.5 億円）（見込み）○将来推計＜令和 5 年度＞
・一般型
・中小企業技術基盤強化税制
・オープンイノベーション型

4,999 億円億円
245 億円億円
133 億円＜令和 6 年度＞
・一般型
・中小企業技術基盤強化税制
・オープンイノベーション型

4,999 億円億円
245 億円億円
133 億円※令和 2 年度は「租税特別措置の適用実態調査（財務省）」により把握。
※令和 3 年度、令和 4 年度及び将来推計は、「令和 3 年度経産省アンケート調査」の集計結果を元に、「租税特別措置の適用実３１－２１

態調査（財務省）」の数字で割り戻した数値で補正し算出している。
【地方税】○減収額実績
＜中小企業技術基盤強化税制＞
令和 2 年度
17 億円＜オープンイノベーション型＞
令和 2 年度
0.36 億円（出典：総務省「地方税における税負担軽減措置等の適用状況等に関する報告書」）○将来推計＜令和 3 年度＞
・中小企業技術基盤強化税制
・オープンイノベーション型

17 億円
0.39 億円＜令和 4 年度＞
・中小企業技術基盤強化税制
・オープンイノベーション型

17 億円
0.39 億円※国税における適用額の推計のうち、資本金 1 億円以下の法人分の推計額に法人住民税率（7.0%）を乗じた数を計上した。
○業種別適用金額（実績）
業種別の適用金額では、一般型（輸送用機械）及びオープンイノベーション型（化学工業）の割合が高くなっている。
一般型については、輸送用機械が全産業の研究開発費に占める割合が 19.5％と非常に高いことから、積極的に研究開発投資を行っていると考えられる。また、オープンイノベーション型については、全産業の研究開発費に占める化学工業の割合が 55.4%と非常に高く、オープンイノベーションを積極的に行っているものと考えられる。
○令和 2 年度一般型適用金額（単位：百万円）
業種名

適用金額（うち資本金 1 億円以下の法人）

総計

473,720

13,230

製造業

378,419

9,086

化学工業

85,850

3,041

機械製造業

32,069491

電気機械

68,092721

食料品

16,083741

輸送用機械

92,594

165

金属製品

3,942

338

３１－２２

79,788

3,589

サービス業

14,511

1,599卸売業

25,1401,328

その他

55,6501,217

その他製造業（出典：租税特別措置の適用実態調査（財務省））○令和 2 年度中小企業技術基盤強化税制適用金額（単位：百万円）
業種名

適用金額

（うち資本金 1 億円以下の法人）

総計

20,766

20,620製造業

14,963

14,959

化学工業

3,075

3,075

機械製造業

1,972

1,972

電気機械

1,786

1,786

食料品

1,346

1,342

輸送用機械

426

426

金属製品

1,238

1,238

その他製造

5,120

5,120

サービス業

1,744

1,737

卸売業

2,765

2,639

その他

1,294

1,285

業

（出典：租税特別措置の適用実態調査（財務省））○令和 2 年度オープンイノベーション型適用金額（単位：百万円）
業種名

適用金額（うち資本金 1 億円以下の法人）

総計

10,768

449

製造業

9,314

283

化学工業5,969

189

機械製造業

388

13

電気機械

580

13

食料品

179

17

輸送用機械

582

1

金属製品

1811

1,597

40

サービス業

296

71

卸売業

36751

その他製造業３１－２３791

その他

44（出典：租税特別措置の適用実態調査（財務省））※なお、総務省「科学技術研究調査」令和 3 年調査結果（令和 2年度実績）によれば、民間研究開発投資額（13.8 兆円）のうち、製造業の割合は 89.9％であり、業種別研究開発投資構成比の上位業種としては、「輸送用機械器具製造業（28.0％）」、「医薬品製造業（9.5％）」、「電子部品・デバイス・電子回路製造業（8.3%）」、「情報通信機械器具製造業（8.3％）」となっているほか、非製造業の割合は 10.1％となっている。
③

減収額

適用額に同じ。

④効果《政策目的の達成状況及び達成目標の実現状況》
我が国の政府研究開発投資は増加したものの、民間投資は減少したことから、研究開発投資の総額は減少している。
研究主体別研究費の推移（億円）

総額
企業
非営利団体・公共機関
大学等

2016年度

2017年度

2018年度

2019年度

2020
年度

前年比
(%)

184,326

190,504

195,260

195,757

192,365-1.7

133,183

137,989

142,316

142,121

138,608-2.4

151,102

16,097

16,16016,435

16,997

3.4

36,042

36,41836,78437,202

36,760-1.1

そのため、「官民合わせて研究開発投資の総額を 2021 年度より 2025 年度までに約 120 兆円」を達成するためには、引き続き本制度において、企業におけるイノベーションに繋がる中長期・革新的な研究開発への積極的な投資やイノベーション経営に向けた企業の意識・行動改革を最大限後押しすることが重要であると考えられる。

11

相当性

⑤

税収減を是認する理由
等①

租税特別措置等によるべき妥当性等

研究論文（Kasahara et al.（2014））によれば、2003 年度の税制改正における総額型の導入により、研究開発投資が 3.0～3.4％増加したとされている。また、経済産業省と連携した上で、経済産業研究所が EBPM の一環として行った研究のディスカッションペーパー(池内(2022))によれば、2015 年度の税制改正におけるオープンイノベーション型の拡充により、平均で 14.4%の外部支出研究開発投資の増加に寄与したことが示されている。
以上のように、本税制の効果分析は一定程度行われているところであるが、こうした過去の分析等を踏まえつつ、引き続き、本税制の効果分析について検討していく。
革新的なイノベーションがどのような業種・分野・企業形態から生まれてくるかを予測するのは困難であり、業種・分野・企業形態を問わず、幅広く技術・知識の基盤を確立させることが重要

３１－２４

であることから、民間企業の研究開発投資に対しては、中立・公平な支援措置として税制措置を講じることが妥当。
研究開発税制については、平成 29 年度税制改正において、総額型の仕組みに研究開発投資の増減に応じて支援にメリハリをつける仕組みを導入した。さらに、令和元年度税制改正、令和 3 年度税制改正のそれぞれにおいて控除率カーブを変更し、更なるメリハリの強化を進めてきたところ。
しかしながら、2021 年に閣議決定された「科学技術・イノベーション基本計画」において「官民合わせた研究開発投資の総額を2021 年度より 2025 年度までに約 120 兆円にする」ことが目標として示されており、これを達成するためには、今まで以上のスピードで、研究開発投資を増加させていくことが必要な状況となっており、インセンティブをさらに強化し、民間の研究開発投資を後押ししていく。
大企業とスタートアップの委託・共同研究を促すことは、大企業にとっては、新しい技術・アイデアを取り込むことにつながり、新領域への研究開発投資の機会を生み出すことにつながる。
また、スタートアップにとっては、大企業の経営資源を活用することで、成長のスピードを加速化することができ、その成長過程で多額の研究開発投資を行うことができる。
そのため、大企業のスタートアップとの委託・共同研究を支援するオープンイノベーション型を、より使いやすい制度に見直す
ことは、我が国の研究開発投資を増やすことに効果的であり、政府目標の達成を目指す上で妥当であると考えられる。
②

他の支援措置や義務付け等との役割分担

一般に、研究開発投資を促す政策的な手段としては、税制に加えて、規制緩和、補助金等の予算事業による支援が考えられるため、これらの政策ツールとの税制の役割の違いについて述べる。
規制緩和については、規制を理由に現在生まれていない市場を生み出す、または、これまで制限されていた市場を拡大するという効果が期待されるものである。しかし、これらの効果は、主に規制の強い産業領域において有効であり、規制緩和が行われた領域の周辺で影響を及ぼす。そのため、あらゆる分野のイノベーションが期待できる訳ではない。
予算事業については、量子、AI、医療、バイオ等の重点分野に対し、国からの資金を呼び水に集中的に民間投資を促すことができるという意味で効果的である。しかし、イノベーションがどのような領域の組み合わせによって生まれるかを事前に予測することは困難であること、研究開発は長期間継続して行うことによって、はじめて成果が生まれるケースも多々あることから、民間企業の自由な発想にもとづく、研究開発を支援することも必要。その意味で、研究開発税制は、研究開発テーマについて、特定のものに限定しておらず、市場原理、民間の創意工夫に基づいて、研究開発投資額を増やした領域に対してのインセンティブが生まれる仕組みとなっている。
実際、OECD ペーパー（Appelt, S. et al. (2016)）においても、研究開発税制と予算等による直接的な支援措置とでは政策目的が異なるとされており、予算等による直接的な支援措置は社会３１－２５

的リターンが大きい特定のプロジェクトを支援するものである一方、研究開発税制は、民間企業にどのような研究開発を行うかの選択の余地を残している点で、市場原理に基づく措置であるとされており、上記の考え方とも一致する。
③

地方公共団体が協力する相当性

地方税法第 23 条第 1 項第 4 号及び第 292 条第 1 項第 4 号において、法人住民税は試験研究費税額控除前の法人税額を課税標準とすることとされている。その中で、中小企業者等においては、地方税法附則第 8 条により、試験研究費税額控除後の法人税額を課税標準とすることが定められている。

12

有識者の見解－13

前回の事前評価又は事後評価の実施時期

令和 2 年 9 月

３１－２６