医療機関等における税制のあり方に関する提言−充実した医療・介護提供体制の確立と医療機関等の経営安定化のために−

令和 2 年（2020 年）12 月 4 日

公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会会長

永 山正 人〔医療機関等における税制のあり方に関する提言〕−充実した医療・介護提供体制の確立と医療機関等の経営安定化のために−

提言の目的
公益社団法人日本医業経営コンサルタント協会では、平成 22 年度から令和元年
度にかけて 8 回にわたり、充実した医療・介護提供体制の確立と医業経営安定化のために「医療機関等における税制のあり方に関する提言」を行ってきた。
令和 2 年度においても継続して提言を行うが、もともと近年の予算編成では、社会保障関係費について、高齢化などに伴う自然増をどれだけ抑制するかが焦点とされてきた。令和 2 年度予算でも社会保障関係費は 5.1％増の 35 兆 8,608 億円と金額は増加したものの高齢化などに伴う約 5,300 億円と見られていた自然増分は、消費税増税に伴う社会保障の充実分を除くと 4,100 億円程度に抑えられる厳しい状況となった。そこに、新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の拡大という異常事態が発生し、医療機関等の経営は甚大な影響を受けている。当初予算に追加して、一次補正予算、二次補正予算と緊急措置が講じられてきたが、感染症拡大に伴って大きく悪化した医療機関等の経営を完全に支えるには至らず、今後の展望は予断を許さない状況にある。
このように厳しい経営環境下に置かれている医療機関等の経営の安定化を図るた
めには、税制面から経営を支える施策を講ずることが喫緊の課題と考え、前回までの提言も踏まえて改めて「医療機関等における税制についての提言」を行うものである。

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提言１．医療及び介護に係る控除対象外消費税問題の抜本的解決について
社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供に係る控除対象外消費税問題について、抜本的な解決が図られることを要望する。そのためには、これら給付等及びサービスの提供に係る消費税を非課税から課税に改めること。なお、抜本的な解決策は消費税率１０％の間に措置すること。
現行の消費税法においては、社会政策的配慮から、社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供は原則非課税取引とされている。そのため、医療機関等が支払った消費税の一部について仕入税額控除が認められず、控除対象外消費税等の金額を事業者である医療機関等が負担するという多段階課税方式の消費税法に沿わない取扱いがされてきた。政府は、その解決策として、消費税率に応じて医療機関等が負担する消費税相当額を社会保険診療報酬等に反映して補てんする方策を講じてきたが、その補てんは十分とはいえない結果となっている。また、
この解決策は、個別の医療機関等が負担した消費税額に応じた厳密な対応ではないため、特に設備投資を多く行う医療機関等に大きな補てん不足を生じさせる結果となっておりこれが医業経営を圧迫している。
そこで、社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供に係る消費税について、医療機関等の適正な経営が維持されるよう非課税から課税に改めること。
また、抜本的な解決策は消費税率１０％の間に措置すること。
（付言）
課税に改める際には、患者・国民の負担が増えることがないような対策を合わせて講じること。

- 2 -提言２．新型コロナウイルス感染症に対する税制措置について
新型コロナ特例法における「欠損金の繰戻しによる還付の特例」や「納税の猶予制度の特例」について拡充するとともに、新型コロナウイルス感染症対策のための設備投資や新型コロナウイルス感染症に関する補助金等について税制優遇措置を講ずること。また、社会医療法人の救急医療等確保事業に係る業務の実績基準等の緩和や医療機関を運営する財団法人の純資産額の規定について猶予期間を設けること。
１．新型コロナ特例法における「欠損金の繰戻しによる還付の特例」について、適用対象法人の制限を撤廃し、すべての法人が当該制度を利用できるようにすること。合わせて、還付請求の遡及期間を５年程度に拡充すること。また、地方税にも同様の措置を設けること。
２．新型コロナ特例法における「納税の猶予制度の特例」について、1 年を限度とする猶予期間を５年程度に拡充すること。なお、社会保険料の猶予期間も同様とすること。
３．医療機関等が行う新型コロナウイルス感染症対策の設備投資について、即時償却又は税額控除制度を創設すること。合わせて、当該設備投資に対する固定資産税等、不動産取得税、登録免許税の減免措置を講ずること。なお、感染対策で行われた既往の設備投資についても遡及してこれらの税制措置を適用すること。
４．新型コロナウイルス感染症に関連した医療機関が給付を受ける補助金等について非課税とすること。また、これに対する寄附については、受贈益を非課税とするとともに寄附者の所得控除又は損金算入枠の拡充を図ること。
５．社会医療法人制度の安定と普及を図る観点から、社会医療法人の救急医療等確保事業に係る業務の実績基準等を新型コロナウイルス感染症がやむまでの期間、地域の実情に応じて緩和すること。
６．医療機関を運営する財団法人が、純資産額の規定により即座に解散となる法の運用について、新型コロナウイルス感染症のやんだ日から５年程度の猶予期間を設けること。

- 3 -提言３．認定医療法人制度の延長と医療法人・個人立医療機関の承継税制等の整備について持分なし医療法人への移行を促進するための認定医療法人制度について、速やかに医療法を延長して令和５年９月３０日まで制度が存続するよう対応するとともに、持分あり医療法人に対する適切な承継税制の創設や持分の評価方法に関する改正を行うこと。また、個人版事業承継税制について、個人立医療機関の医療法人成りの際の取扱いなどについて改善措置を講ずること。
１．持分なし医療法人への移行を促進するための認定医療法人制度について、速やかに医療法を延長して令和５年９月３０日まで制度が存続するよう対応すること。
２．持分あり医療法人についても、平成３１年３月３１日現在、医療法人総数の７１．６％を占めるという実態を受容して、医業継続を図るため、持分あり医療法人に係る新たな相続税及び贈与税の納税猶予・免除制度を早急に創設すること。その場合には、医療法人の公益性及び非営利性に鑑み、取引相場のない株式等についての相続税及び贈与税の納税猶予制度と同等以上の措置とすること。
３．現行の「持分あり医療法人」の出資評価方法について、類似業種比準価額方式の出資評価方法を配当のない普通法人の株式評価と同じ方法（評価算式の分母を３とし、分子の配当要素は０とする評価）に改めること。また、純資産価額方式については、医療法人の社員は各一個の議決権を有するとされており、特定の出資社員が独占的な支配権を有することはできないため、支配割合５０％未満の同族株主同様に純資産価額の８０％評価とすること。
４．個人版事業承継税制について、この特例を利用して納税猶予を受けた後継者が、その後医療法人成りした場合には、設立される医療法人が「持分なし」となるため、個人事業廃止に伴う猶予税額及び延滞税の納付をしなければならない。そこで、個人版事業承継税制の適用を受けている後継者が、特例事業用資産のすべてを基金として拠出して医療法人を設立した場合には、当該基金を現物出資により取得した持分とみなして納税猶予の特例が継続できるようにすること。また、猶予税額の全額免除要件である事業を継続することができなくなったことについての「やむを得ない理由」について、現行の「身体上の障害の程度が１級又は２級」や「要介護状態区分が要介護５」という基準を緩和すること。

- 4 -提言４．医師の勤務環境改善支援のための税制措置創設について
都道府県に設置された医療勤務環境改善支援センター（勤改センター）の助言を受けて「医師等勤務時間短縮計画」を作成した医療法人等において、医師の勤務時間を短縮するため、給与費等の金額が増加した場合には、増加した給与費等の金額の１５％を税額控除する制度の創設を要望する。
「医師は全業種の中で最も長時間労働の実態にある」ことに対応し、地域における安全で質の高い医療を提供するため、平成３１年度税制改正において、２年間の時限措置として、医師・医療従事者の勤務時間短縮に資する一定の設備（勤務時間短縮用設備等）について特別償却制度が創設された。この制度について、令和３年４月以降も２年程度延長することを要望する。合わせて、都道府県に設置された医療勤務環境改善支援センター（勤改センター）の助言を受けて「医師等勤務時間短縮計画」を作成した青色申告書を提出する法人又は個人で医療保健業を営むものにおいて、医師の勤務時間を短縮するため、給与費等の金額が増加した場合には、増加した給与費等の金額の１５%を税額控除する制度を創設すること。なお、短縮計画開始後６か月後に、計画の対象とした医師の労働時間の短縮についての記録を、計画の確認を受けた勤改センターに提出し、確認及び助言を受けることも条件とする。

- 5 -(公社)日本医業経営コンサルタント協会

委

員

氏名委員長

青木 惠一

委

石井 孝宜員

〃竹田 秀

〃

船本 智睦

〃政木 和夫

税制専門分科会 委員名簿
（順不同・敬称略）

事務所名・その他の所属等
税理士法人青木会計 代表社員
税理士・行政書士
石井公認会計士事務所 所長
税理士・公認会計士
一般財団法人竹田健康財団

理事長

京都紫明税理士法人 代表社員
税理士
officeKMAC、調査研究・提言委員会委員（問い合せ先）公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会
事務局 事業第二課 TEL：03-5275-6994- 6 -