医療機関等における税制のあり方に関する提言−充実した医療・介護提供体制の確立と医療機関等の経営安定化のために−

令和 3 年（2021 年）10 月１日

公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会
会

長

永 山

正 人

〔医療機関等における税制のあり方に関する提言〕−充実した医療・介護提供体制の確立と医療機関等の経営安定化のために−

提言の目的
公益社団法人日本医業経営コンサルタント協会では、平成 22 年度から令和２年度にかけて９回にわたり、充実した医療・介護提供体制の確立と医業経営安定化のために「医療機関等における税制のあり方に関する提言」を行ってきた。令和３年度においても継続して提言を行うこととする。
おおよそこの 1 年半、全国的に新型コロナウイルス感染症の感染拡大という緊急事態がおき、病床や人材の不足、医療機関の間での役割分担や連携体制の不具合、感染防護具や人工呼吸器等の医療用物資・機器等の確保不備など様々な課題が浮き彫りとなった。令和３年２月から始まったワクチン接種は、９月には国民の過半数が接種を終えたものの終息に向けた道筋は依然不透明な状況にあり、今後、第６波、第７波と感染拡大が再燃する可能性も否定できない。
ところで、このようなコロナ禍であっても我が国の少子超高齢社会の進展状況に変化はない。第８次医療計画等に関する検討会では「今後の人口減少・高齢化に伴う医療ニーズの質・量の変化や労働力人口の減少を見据え、質の高い医療を効率的に提供できる体制を構築するため、地域医療構想及び医師確保計画を通じて、病床の機能の分化・連携の取組と、地域の医療ニーズに応じた医師の適正な配置を一体的に進めていく必要がある」として新興感染症等への対応に配慮しつつ、今後に向けた検討がされている。
このように厳しい経営環境下に置かれている医療機関等の経営の安定化を図るためには、税制面から経営を支える施策を講ずることが喫緊の課題と考え、前回までの提言も踏まえて改めて「医療機関等における税制についての提言」を行うものである。

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提言１．医療法人・個人立医療機関の承継税制等の整備について持分なし医療法人への移行を促進するための認定医療法人制度について、持分のない医療法人に円滑に移行できるよう、出資者が持分を基金として拠出し基金拠出型医療法人へ移行した場合には、みなし配当課税の納税を猶予すること及び基金拠出型医療法人への移行後、相続・贈与発生時の基金にかかる相続税・贈与税についても納税を猶予すること。また、現在経過措置とされている「持分あり医療法人」について、経過措置を改め、適切な承継税制の創設や持分の評価方法に関する改正を行うこと。さらには、個人版事業承継税制について、個人立医療機関の医療法人成りの際の取扱いなどについて改善措置を講ずること。
１．持分なし医療法人への移行を促進するための認定医療法人について、持分のない医療法人に円滑に移行できるよう、出資者が持分を基金として拠出し基金拠出型医療法人へ移行した場合には、そこで生じるみなし配当課税を基金が払い戻しされるまでの間猶予すること及び基金拠出型医療法人への移行後、相続・贈与発生時の基金にかかる相続税・贈与税についても基金が払い戻されるまでの間納税を猶予すること。
２．現在、「当分の間」存続するとされている「持分あり医療法人」について、経過措置を改め、令和３年３月３１日現在、医療法人総数の６７．６％（３８，０８３法人）を占めるという実態を受容して、以下の税制措置を講ずること。
（１）持分あり医療法人の医業継続を図るため、持分あり医療法人に係る新たな相続税及び贈与税の納税猶予・免除制度を創設すること。その場合には、医療法人の公益性及び非営利性に鑑み、中小企業の事業承継税制である取引相場のない株式等についての相続税及び贈与税の納税猶予制度と同等以上の措置とすること。
（２）持分あり医療法人の出資評価方法について、類似業種比準価額方式の出資評価方法を配当のない普通法人の株式評価と同じ方法（評価算式の分母を３とし、分子の配当要素は０とする評価）に改めること。また、純資産価額方式については、医療法人の社員は各一個の議決権を有するとされており、特定の出資社員が独占的な支配権を有することはできないため、支配割合５０％未満の同族株主同様に純資産価額の８０％評価とすること。
３．個人版事業承継税制について、この特例を利用して納税猶予を受けた後継者が、その後医療法人成りした場合には、設立される医療法人が「持分なし」となるため、個人事業廃止に伴う猶予税額及び延滞税の納付をしなければならない。そこで、特例事業用資産のすべてを基金として拠出した場合には、当該基金を持分とみなして納税猶予の特例が継続できるようにすること。また、全額免除要件である事業を継続することができなくなったことについての「やむを得ない理由」について、「身体上の障害の程度が１級又は２級」や「要介護状態区分が要介護５」という基準を緩和すること。
- 2 -提言２．医師の勤務環境改善支援のための税制措置創設について都道府県に設置された医療勤務環境改善支援センター（勤改センター）の助言を受けて「医師等勤務時間短縮計画」を作成した医療法人等において、医師の勤務時間を短縮するため、給与費等の金額が増加した場合には、増加した給与費等の金額の１５％を税額控除する制度の創設を要望する。
本年５月に成立した改正医療法では、医師に対する時間外労働の上限規制の適用開始（令和６年４月１日）に向け、勤務する医師が長時間労働となる医療機関における医師労働時間短縮計画の作成や地域医療の確保や集中的な研修実施の観点から、やむを得ず高い上限時間を適用する医療機関を都道府県知事が指定する制度の創設等が定められた。そこで、都道府県に設置された医療勤務環境改善支援センター（勤改センター）の助言を受けて「医師等勤務時間短縮計画」を作成した青色申告書を提出する法人又は個人で医療保健業を営むものにおいて、医師の勤務時間を短縮するため、給与費等の金額が増加した場合には、増加した給与費等の金額の１５%を税額控除する制度を創設すること。なお、短縮計画開始後６か月後に、計画の対象とした医師の労働時間の短縮についての記録を、計画の確認を受けた勤改センターに提出し、確認及び助言を受けることも条件とする。

- 3 -提言３．医療及び介護に係る控除対象外消費税問題の抜本的解決について
社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供に係る控除対象外消費税問題について、抜本的な解決が図られることを要望する。そのためには、これら給付等及びサービスの提供に係る消費税を非課税から課税に改めること。なお、抜本的な解決策は消費税率１０％の間に措置すること。
現行の消費税法においては、社会政策的配慮から、社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供は原則非課税取引とされている。そのため、医療機関等が支払った消費税の一部について仕入税額控除が認められず、控除対象外消費税等の金額を事業者である医療機関等が負担するという多段階課税方式の消費税法に沿わない取扱いがされてきた。政府は、その解決策として、消費税率に応じて医療機関等が負担する消費税相当額を社会保険診療報酬等に反映して補てんする方策を講じてきたが、その補てんは十分とはいえない結果となっている。また、
この解決策は、個別の医療機関等が負担した消費税額に応じた厳密な対応ではないため、特に設備投資を多く行う医療機関等に大きな補てん不足を生じさせる結果となっておりこれが医業経営を圧迫している。
そこで、社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供に係る消費税について、医療機関等の適正な経営が維持されるよう非課税から課税に改めること。
また、抜本的な解決策は消費税率１０％の間に措置すること。
（付言）
課税に改める際には、患者・国民の負担が増えることがないような対策を合わせて講じること。

- 4 -提言４．新型コロナウイルス感染症に関する税制措置について新型コロナウイルス感染症に関連して医療従事者等が慰労目的で受ける金銭等について非課税措置を講ずると共に、医療機関等が行う新型コロナウイルス感染症対策に係る設備投資について税の優遇措置を創設すること。また、医療機関を運営する財団法人の純資産額の規定について猶予期間を設けること。
１．医療・介護従事者や職員が、新型コロナウイルス感染症に関連して、医療機関又は介護施設等から受ける金銭等については、それが医療従事者等の慰労目的である場合には、非課税として取扱う措置を講ずること。
２．医療機関等が行う新型コロナウイルス感染症対策の設備投資について、即時償却又は税額控除制度を創設すること。合わせて、当該設備投資に対する固定資産税等、不動産取得税、登録免許税の減免措置を創設すること。
３．医療機関を運営する財団法人が、純資産額の規定により即座に解散となる法の運用について、新型コロナウイルス感染症のやんだ日から５年程度の猶予期間を設けること。

- 5 -(公社)日本医業経営コンサルタント協会

委員氏名委員長

青木 惠一

委

石井 孝宜

員

〃竹田 秀

〃

船本 智睦

〃政木 和夫

税制専門分科会 委員名簿
（順不同・敬称略）

事務所名・その他の所属等
税理士法人青木会計 代表社員
税理士・行政書士
石井公認会計士事務所 所長
税理士・公認会計士
一般財団法人竹田健康財団

理事長

京都紫明税理士法人 代表社員
税理士
officeKMAC、調査研究・提言委員会委員（問い合せ先）公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会
事務局 事業第二課 TEL：03-5275-6994- 6 -