医療機関等における税制のあり方に関する提言−充実した医療・介護提供体制の確立と医療機関等の経営安定化のために−

令和 5 年（2023 年）10 月 6 日

公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会会長

川 原 丈貴〔医療機関等における税制のあり方に関する提言〕−充実した医療・介護提供体制の確立と医療機関等の経営安定化のために−

提言の目的
公益社団法人日本医業経営コンサルタント協会では、平成 22 年度から令和 4 年度にかけて 11 回にわたり、充実した医療・介護提供体制の確立と医業経営安定化のために「医療機関等における税制のあり方に関する提言」を行ってきた。令和 5
年度においても継続して提言を行うこととする。
令和元年 10 月の消費税率引上げによって「社会保障と税の一体改革」が一区切りとなったことを踏まえ、厚生労働省内には「2040 年を展望した社会保障・働き方改革本部」が設置され、第二次ベビーブーマーである団塊ジュニア世代が高齢者となる 2040 年を見据えた医療・介護等の提供体制への検討が進められることとなった。2040 年を展望すると、高齢者人口の伸びは落ち着く。しかし、担い手である現役世代が急減するため、総就業者数の減少とともに、「より少ない人手でも回る医療・福祉の現場を実現」することが必要とされ、「医療・福祉サービスの改革による生産性の向上」、「給付と負担の見直し等による社会保障の持続可能性の確保」といった取組みが進められることになる。
また、経済財政運営と改革の基本方針 2023 では「医療・介護等の不断の改革により、ワイズスペンディングを徹底し、保険料負担の上昇を抑制することが極めて重要である。このため、全ての世代で能力に応じて負担し支え合い、必要な社会保障サービスが必要な方に適切に提供される全世代型社会保障の実現に向けて、改革の工程の具体化を進めていく。」とされ、さらに社会保障分野における経済・財政一体改革の強化・推進策として、医療費の地域差半減に向けて都道府県が医療費適正化に取り組むことや地域医療構想の推進、都道府県のガバナンス強化、かかりつけ医機能が発揮される制度の整備と実効性を伴う着実な推進、地域医療連携推進法
人制度の有効活用、地域で安全に分娩できる周産期医療の確保、ドクターヘリの推進、救急医療体制の確保、訪問看護の推進、医療法人等の経営情報に関する全国的なデータベースの構築を図ることなどが示されている。
このような環境下、医療機関等の経営の安定化を図るためには、税制面から経営を支える施策を講ずることが喫緊の課題と考え、前回までの提言も踏まえて改めて「医療機関等における税制についての提言」を行うものである。

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提言１．社会保険医療の給付等に係る消費税の見直しについて社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供に係る消費税について、診療所においては非課税取引のまま診療報酬による補填を継続し、病院においては軽減税率による課税取引に改めて医療機関の控除対象外消費税問題について現実的な解決を図ること。
現行の消費税法においては、社会政策的配慮から、社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供は原則非課税取引とされている。そのため、医療機関等の仕入に係る消費税の一部について仕入税額控除が認められず、控除対象外消費税等の金額を事業者である医療機関等が負担するという多段階課税方式を採用している我が国の消費税法の考え方にそぐわない取扱いがされている。
政府は、それへの配慮として、医療機関等が負担する消費税相当額を社会保険診療報酬等に反映させて補てんするよう診療報酬の引き上げをしてきた。しかしその補てんは消費税導入時においても、その後の税率引上げ（3％→5％）時においても十分とはいえず補填不足が生じている。また、平成 26 年 4 月の「5％→8％」への税率引上げ対応分については、検証の結果、補填不足が判明して見直しが行われた経緯がある。さらには、令和元年 10 月に消費税率は 10％とされたが未だ個々の医療機関の消費税負担は課題として残されたままである。
診療報酬等に反映させて補填する方法は、個別の医療機関の課税仕入れに対応する仕組みではないため、医療機関ごとの補填率に差が生じるという不平等が生まれる。また、病院建築や高額医療用機器などの設備投資を行う医療機関には大きな補填不足が生じる。さらには、昨今の物価高による給食材料費、光熱費等の負担増に係る消費税への機動的な対応もできない。
本来であれば、社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供に係る消費税について、課税取引に改めれば問題は解決するのであるが、一方で小規模医療機関等への影響にも配慮した慎重な対応が望まれる。そこで、診療所においては、診療報酬上の補填を継続して消費税は非課税取引のままとし、病院においては消費税率を軽減して課税取引に改めることを提言する。

- 2 -提言２．医療法人の承継税制等の整備について
認定医療法人制度について、相続開始後に認定を受けた場合の相続税の納税猶予制度の適用において、納付する相続税額が生前に認定を受けて持分なし医療法人へ移行した場合と同額となるよう計算方法を見直すこと。
また、「当分の間」存続するとされている「持分あり医療法人」について、経過措置を改め、適切な承継税制の創設や持分の評価方法に関する改正を行うこと。
１．「持分なし医療法人」への移行を促進するための認定医療法人制度について、相続開始後に認定を受けた場合の相続税の納税猶予制度の適用において、納付する相続税額が生前に認定を受けて持分なし医療法人へ移行した場合と同額となるよう計算方法を見直すことを提言する。
２．現在、「当分の間」存続するとされている「持分あり医療法人」について、経過措置を改め、令和５年３月３１日現在、医療法人総数の６３．５％（３６，８４４法人）を占めるという実態を受容して、以下の税制措置を講ずることを提言する。
（１）持分あり医療法人の医業継続を図るため、持分あり医療法人に係る新たな相続税及び贈与税の納税猶予・免除制度を創設すること。その場合には、医療法人の公益性及び非営利性に鑑み、中小企業の事業承継税制である「取引相場のない株式等についての相続税及び贈与税の納税猶予制度」と同等以上の措置とすること。また、合わせて中小企業と同様に「民法特例」も措置すること。
（２）持分あり医療法人の出資評価方法について、イコール・フッティングの観点から類似業種比準価額方式の出資評価方法を配当のない普通法人の株式評価と同じ方法（評価算式の分母を３とし、分子の配当要素は０とする評価）に改めること。また、純資産価額方式については、医療法人の社員は各一個の議決権を有するとされており、特定の出資社員が独占的な支配権を有することはできないため、支配割合５０％未満の同族株主同様に純資産価額の８０％評価とすること。
（３）医療法人を運営するには多額の設備投資が必要とされるため普通法人と比較して相対的に純資産額は厚くなる。ところで、剰余金の配当が禁止されている医療法人は、利益金額が赤字になると「比準要素数１の会社」と判定され、「純資産価額」をベースとして持分評価を行う。その場合、ほとんどのケースで業績が悪化しているにもかかわらず持分評価が高くなるという矛盾が生じる。これにより、出資者の相続に際し、持分あり医療法人の存続が危うくなることがないよう早急に対応策を講ずること。

- 3 -提言３．医療サービスの生産性向上に資する機器の税制優遇措置の創設について
医療法人等が行う医療ＤＸに関連した設備投資で医師や看護師など医療従事者が提供する医療サービスの生産性向上に資する機器について、固定資産税（償却資産税）を非課税とする制度の創設をすること。
青色申告書を提出する法人又は個人で医療保健業を営むものが、医療ＤＸに関連した設備投資で医師や看護師など医療従事者が提供する医療サービスの生産性向上に資する機器（短時間で正確な診断を行うための画像診断装置等や手術支援ロボット手術ユニット、コンピュータ診断支援装置、医療画像情報システム、センサー機能を使用した院内搬送用ロボット、患者離床センサー、遠隔診療システ
ム、通信機能付きバイタルサイン測定機器、電子カルテなど）を取得した場合には固定資産税（償却資産税）を非課税とすることを提言する。

提言４．医師の勤務環境改善支援のための税制措置創設について都道府県に設置された医療勤務環境改善支援センター（勤改センター）の助言を受けて「医師等勤務時間短縮計画」を作成した医療法人等において、医師の勤務時間を短縮するため、給与費等の金額が増加した場合には、増加した給与費等の金額の１５％を税額控除する制度の創設をすること。
医師に対する時間外労働の上限規制の適用開始（令和６年４月１日）に向け、勤務する医師が長時間労働となる医療機関における医師労働時間短縮計画の作成
や地域医療の確保や集中的な研修実施の観点から、やむを得ず高い上限時間を適用する医療機関を都道府県知事が指定する制度の創設等が定められた。そこで、都道府県に設置された医療勤務環境改善支援センター（勤改センター）の助言を受けて「医師等勤務時間短縮計画」を作成した青色申告書を提出する法人又は個人で医療保健業を営むものにおいて、医師の勤務時間を短縮するため、給与費等の金額が増加した場合には、増加した給与費等の金額の１５%を税額控除する制度を創設することを提言する。なお、短縮計画開始後６か月後に、計画の対象とした医師の労働時間の短縮についての記録を、計画の確認を受けた勤改センターに提出し、確認及び助言を受けることも条件とする。

- 4 -(公社)日本医業経営コンサルタント協会

委

員

氏

名

委員長

青木 惠一

委

石井 孝宜

員

〃北島 亜紀

〃竹田 秀

〃

船本 智睦

税制専門分科会 委員名簿
（順不同・敬称略）

事務所名・その他の所属等
税理士法人青木会計 代表社員
税理士・行政書士
石井公認会計士事務所 所長
税理士・公認会計士
あおい会計社 代表
税理士
一般財団法人竹田健康財団

理事長

京都紫明税理士法人 代表社員
税理士

（問い合せ先）公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会
事務局 企画課 TEL：03-5275-6994- 5 -