“Dynamical Ordering & Integrated Functions”
Newsletter Vol. 16

December, 2014

業績紹介:動的解離は揺らぎが支配する"Transient Conformational Fluctuation of TePixD During a Reaction"
Kunisato Kuroi, Koji Okajima, Masahiko Ikeuchi, Satoru Tokutomi, and Masahide Terazima
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 111, 14764-14769, （2014）, DOI: 10.1073/pnas.1413222111

寺嶋正秀（京都大学大学院理学研究科・A01 計画研究代表者）

ると解離反応が起こらなくなることが我々のこれまでの研究で分かっていたが、その理由として、中間体の揺らぎが小さくなったためであることを明らかにすることができた(図)。光強度を制御することによって、「揺らぎ」を小さくすると、反応が起こらなくなるのタンパク質の化学反応がどのように起こっているかである。この結果は中間体で発生する「揺らぎ」が反を知ることは、生命現象を分子的に理解するために必応を引き起こす駆動力であることを示唆しており、「揺須であると同時に、医療や製薬の分野でも大切な問題らぎ」が解離反応過程に関与していることを直接的にである。特に、分子間の構造形成や崩壊は、機能を生示すことに初めて成功したものである。

み出すために必須であり、それがなぜ起こっているかを明らかにすることは重要な問題となる。タンパク質反応に伴う分子間相互作用変化の分子機構を明らかにするため、圧縮率と呼ばれる物理量の時間追跡を行い、反応している最中の「揺らぎ」を時々刻々と追跡した。等温圧縮率は物体の「揺らぎ」とよい相関があることが理論的に知られていたが、この量は定常状態でさえも非常に測定が難しく、時間分解測定はほとんど不可能と思われていた量である。ここでは、この熱力学量の短い時間での時間発展を直接観測することに世界で初めて成功した。
対象としたタンパク質は、TePixD と呼ばれる好熱性
シアノバクテリアのもつ青色光センサータンパク質である。青色光の受容のために、発色団としてフラビンを結合する BLUF (sensors of Blue Light Using FAD)ドメインを持ち、図に示したような 10 量体構造が溶液中でも保持されている。 TePixD を青色光で励起した後の過渡回折格子(TG)信号には、過渡吸収では検出されない 40 s の時定数をもつ体積膨張を表す信号が

図：TePixD の解離反応は揺らぎの大きなモノ観測され、この信号強度から体積変化量を求めることマー励起で起こるが、2 つのモノマーを励起するができる。この量を種々の圧力で定量したところ、中と揺らぎが小さくなり解離が起こらない間体では「揺らぎ」と直接相関を持つ圧縮率が大きくなっていることを示すことができた。さらに、光強度を増加させて多量体のうちの 2 つのモノマーを励起す1

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December, 2014

業績紹介：フェリチン－ルテニウムカルボニル錯体複合体からの細胞内一酸化炭素(CO)放出三本鎖ヘリックス針蛋白質の細胞膜貫通反応"Intracellular CO Release from Composite of Ferritin andRuthenium Carbonyl Complexes"
Kenta Fujita, Yuya Tanaka, Takeya Sho, Shuichi Ozeki, Satoshi Abe, Tatsuo Hikage,
Takahiro Kuchimaru, Shinae Kizaka-Kondoh, and Takafumi Ueno
J. Am. Chem. Soc., 136(48), 16902-16908, (2014), DOI: 10.1021/ja508938f

上野隆史（東京工業大学 大学院生命理工学研究科・A02 公募研究代表者）
生体内において鉄貯蔵の役割を担うフェリチン(Fr)は、蛋白質が自己集合することによって形成される蛋白質ケージの一種であり、高い構造安定性と生体適合性を有し、その 8 nm の内部空間へ金属分子を安定に保持させることができる（図 1a）。そのため、これまでに様々な薬剤分子やイメージング分子が内包され、細胞内への輸送が行われてきた。一方で、我々の研究グループでは、有機金属錯体分子の Fr への導入による人工金属酵素の作製手法及び、その複合体の結晶構造解析手法を確立しており、Fr 内部で詳細な化学反応の制御が行えることを報告してきた。本論文では、Fr へ一酸化炭素(Carbon monoxide, CO)ガスを放出可能なルテニウムカルボニル錯体を集積させることで、新規細胞内 CO 放出分子の開発を目指した（図 1b）。
近年、細胞内での CO ガスのシグナル伝達分子としての作用が着目されている。それらの作用は、CO
releasing molecules (CORM)と呼ばれる水溶性のルテニウムカルボニル錯体を用いて評価がなされてきたが、(1) 細胞内での安定性が低く、分解により CO をはやく放出してしまう、(2) 細胞への取り込み効率が低いといった問題点のために、未だ詳細は未解明な部分が多く残されている。そこで、Fr に CORM を内包させることによってそれらの問題点の改善を試みた。
Fr とルテニウムカルボニル錯体の複合体 1 を合成し、X 線結晶構造解析により、Fr 内部の RuCO の配位構造を明らかにした（図 1c）。解析によって得られたこの配位構造を元により多くの Ru を結合させ、配位構造を変換するための変異体を設計・合成した（複合体 2、図 1c）。
試験管内での CO 放出追跡実験より、複合体 1、2 は従来利用されてきた RuCO 錯体と比較しておよそ18 倍ゆっくりと CO を放出する性質をもつことと、複合体 2 が 1 と比較して CO の放出量が 2 倍多いことを見出した。さらに、ヒト胎児腎臓細胞（HEK293 細胞）へ複合体を導入し、ガンの成長に関与する核転写因子
nuclear factor B (NF-B)の活性への影響を RuCO 錯体のみと比較したところ、複合体 1 が 2.5 倍、複合体 2が 10 倍活性化していることが分かった（図 1d）。これらの成果から、(1) CO 放出速度を遅くすること、(2) より多くの CO を送り込むことが、NF-B の効率的な活性化に重要な点であるということを新たに見出した。
現在、この研究をもとに、養王田正文先生（東京農工大、A01 公募）と、カゴ型たんぱく質の機能化に関する共同研究を進めている。

図 1：(a) アポ Fr の X 線結晶構造。(b) Fr と RuCO 錯体との複合化反応。(c) 複合体 1、2 の X 線結晶構造。(d) 複合体のHEK293 細胞への導入及び CO 放出、NF-B への作用のイメージ図。
【本業績は以下のメディアで紹介されています。】
・日経産業新聞（11 月 21 日付）
・財経新聞（11 月 24 日付）
・日刊工業新聞（11 月 25 日付）
・マイナビニュース

http://news.mynavi.jp/news/2014/11/21/222/
・海外のウエブニュース

http://phys.org/news/2014-11-protein-engineered-ca
ges-aid-cell-functions.html
http://nanotechweb.org/cws/article/yournews/59371
http://www.nanowerk.com/nanotechnology-news/ne
wsid=38163.php

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December, 2014

業績紹介：エンド型脱ユビキチン化酵素 ataxin-3 のJosephin ドメインを介した基質認識様式
PbaA の立体構造解析"Mode of Substrate Recognition by タンパク質
the Josephin Domain of Ataxin-3, Which Has an
Endo-type Deubiquinase Aactivity"
Tadashi Satoh, Akira Sumiyoshi, Maho Yagi-Utsumi, Eri Sakata, Hiroaki Sasakawa, Eiji Kurimoto,
Yoshiki Yamaguchi, Wei Li, Claudio A.P. Joazeiro, Takatsugu Hirokawa, and Koichi Kato
FEBS Letters, 588, 4422-4430, (2014) DOI:10.1016/j.febslet.2014.10.013

佐藤匡史（名古屋市立大学 大学院薬学研究科・A03 計画研究分担者）るための新規な生化学実験系を確立し、ataxin-3 がLys48 連結型ユビキチン鎖に対するエンド型脱ユビキチン化酵素であることを明らかにした。さらに基質認識様式を決定するために、Josephin ドメインの NMR 解加藤晃一（自然科学研究機構 岡崎統合バ イオ サイ エン スセ ンタ ー・
A03 計画研究代表者）

析を行った。ユニット選択的な安定同位体標識あるいは部位選択的なスピンラベル剤を導入した Lys 48 連結型ジユビキチン鎖を用いて収集した相互作用情報を拘束条件としてドッキングシミュレーションを行った結果、Lys48 連結型ジユビキチン鎖の近位ユニットの C

ユビキチンは 76 残基からなる小さなタンパク質で末端が Josephin ドメインの活性部位に配向したモデすべての真核生物に存在し、様々な生体反応を制御すルが得られた。これにより、Josephin ドメインは遠位る「標識」として働いている。ユビキチンは C 末端のユニットにユビキチンを残しつつ両ユニット間の結合カルボキシル基を介して他のタンパク質の Lys 残基のをエンド型で切断する基質認識の構造基盤を明らかにアミノ基に連結する性質を有している。特にユビキチすることができた（図 1）。

ン同士が（イソ）ペプチド結合を介して連結すること

本論文では、触媒ドメインのみを研究対象としたが、により形成される重合体は、修飾されたタンパク質のataxin-3 の機能は分子内および分子間のドメイン連細胞内における機能や運命を制御する働きをもってい携による協奏的な分子機構によって成り立っているとる。ユビキチン修飾システムの多様性は、ユビキチン考えられている。ユビキチン化基質の受け渡しを、原鎖の長さや連結様式による多彩な修飾様式に由来し、子レベルの動きから 4 次構造の動きまで体系的に捉え基質となるタンパク質の選択的な「ユビキチン化」とた研究は現時点では存在せず、こうした研究が今後の「脱ユビキチン化」によって生み出されている。

重要な課題であると筆者らは考えている。

脱ユビキチン化酵素 ataxin-3 は、Lys48 連結型のポリユビキチン鎖を切断する活性を有し、プロテアソーム分解系に関わっている。本酵素は、マシャド・ジョセフ病とよばれる遺伝性運動失調症の原因遺伝子産物としても知られており、触媒活性を担う Josephin ドメインはこれまでに最も構造機能解析が進んだ脱ユビキチン化酵素の 1 つである。しかしながら、基質である
Lys48 連結型のユビキチン鎖との相互作用様式の詳細は明らかにされていなかった。
本論文では、まず脱ユビキチン化反応産物を同定す

図 1: 脱ユビキチン化酵素 ataxin-3 の Josephin ドメイ
ンと Lys 48 連結型ジユビキチン鎖の相互作用モデル

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業績紹介：ハミルトニアンレプリカ置換分子動力学シミュレーションによるアミロイドベータ(29-42)の二量体形成過程の研究"Dimerization Process of Amyloid-β(29–42) Studied by
the Hamiltonian Replica-Permutation Molecular Dynamics Simulations"
Satoru G. Itoh and Hisashi Okumura
J. Phys. Chem. B, 118, 11428-11436, (2014), DOI: 10.1021/jp505984e伊藤暁（分子科学研究所
・A03 公募研究連携研究者）
奥村久士（分子科学研究所計算科学研究センター
・A03 公募研究代表者）
図 1：ハミルトニアンレプリカ置換法の概略図。各レ
アルツハイマー病はアミロイドベータペプチド（A）プリカが占有するパラメータの時間発展を示す。

が凝集して不溶性のアミロイド線維を形成することでシミュレーションの結果、図 2（左）に示すように引き起こされると考えられている。A(29–42)は AのA(29–42)二分子が近づくと-ヘアピン構造が増加し、29 番目から 42 番目の残基からなる C 末端部分のフラさらに近づくと分子間-シート構造が増加することがグメントで、Aの膜貫通領域にあたる。この部分は分かった。
-ヘアピン構造が増加した理由は、
図（2 右）Aのアミロイド線維形成を促進する部分であり、このの構造のように-シート構造を作っている残基の疎水フラグメントのみでアミロイド線維を形成することが性側鎖間の分子内コンタクトが別の分子の疎水性側鎖実験的に知られている。アミロイド線維形成の初期段との分子間コンタクトによって安定になるためである

階には Aの二量体が形成されるが、その形成過程のことが分かった。また、二分子が近づくことにより生詳細は明らかになっていない。そこで、我々は水中の成される分子間-シート構造は分子内-シート構造をA(29–42)二分子に対するハミルトニアンレプリカ置作っている残基に生成されやすいことも分かった。す換分子動力学シミュレーションを行った。

なわち、安定な-シート構造に A(29–42)が近づくと、ハミルトニアンレプリカ置換法ではハミルトニアンにパラメータを導入し、このパラメータを 2 個のレA(29–42)と-シート構造の間で分子間-シート構造が生成されやすくなることが分かった。

プリカ間で交換するだけではなく、全てのレプリカ間で置換することを考える。つまり、この方法では図 1に示すように、従来のハミルトニアンレプリカ交換法
では起こりえないようなレプリカのパラメータ空間上の遷移を実現することが可能となる。パラメータ置換はメトロポリス法ではなく諏訪・藤堂法を用いて行う。
諏訪・藤堂法はメトロポリス法とは異なり詳細釣り合いの条件を課すことなく状態遷移を行うモンテカルロ法であり、状態遷移のリジェクト率を最小化することができる。これにより、レプリカの効率的なパラメータ空間のランダムウォークが実現可能となる。

図 2：二次構造を持つ平均残基数の分子間距離 dに対する変化(左)及び d=8Å で見られる典型的な構造(右）。

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サイエンスカフェ「分子の自己集合：なぜ？そしてどうやって？集まるのか」を終えてては貴重な体験となった。このような幅広い聴衆にできるだけ平易に伝えようとした結果、与えられた 1 時間半をあっという間に使い切り、引き続き立食の懇親会では多くの方から様々な質問を受け、食べ物をつまむこともままならない状況だった。最年少の中学 3 年

平岡秀一（東京大学大学院総合文化研究科・A02 計画研究代表）

生は大学で学ぶような難しい言葉が出てくるほどの科学好きで、沢山の質問を受けた。彼は理科の中でも数学や物理が特に好きだそうだが、今回のサイエンスカフェに参加し、化学の研究に数学や物理も大切であることがわかり、とても印象が変わったとのことだった。
1 時間程の 1 次会を終え、続いて 10 数名の方々と 22014 年 10 月 18 日に自然科学カフェ主催、本新学術領域共催のサイエンスカフェを開催しました。サイエンスカフェは科学に興味をもつ一般市民の方々に対して科学者がわかりやすく情報を提供し、一般市民と研究者がともに語り合う場である。このような運動は2000 年頃から始まり、現在では日本国内でも多くの団体が設立され、頻繁に開催されている。本新学術領域
では後で紹介する「自然科学カフェ」という団体と共催で定期的にサイエンスカフェを開くことを開始し、次会会場へ移動し、ここではサイエンスカフェでの内容から話題は広がり、最後まで盛況であった。この会を通して自然科学がとても好きな一般市民の方々が沢山いることを知り、サイエンスカフェの重要性を改めて認識した。また、今回のサイエンスカフェでは筆者と共同研究を進めている横浜市立大学の増子貴子さん(A01 班 立川研究室所属)も参加して下さり、1 次会、2次会では参加者への説明も手伝って頂くなど、大変助けられた。この場を借りて厚く御礼申し上げたい。

今回がその第一回目である。
自然科学カフェは今年から活動を開始した新しい団体だが、その名の通り、「自然科学」に焦点を絞り、役にたつ技術の紹介というよりも、純粋に知の共有を目指す点が特徴である。この団体は、大学の理系学部を卒業し、その後会社を勤め上げたシニアのお二人、後藤さんと古屋さんにより運営され、これぞ、第二の人生の楽しみ方といったところである。サイエンスカ
フェというと、「カフェ」とあるように、お茶とケーキとともに科学について語り合う会が多いが、自然科学
カフェでは参加者のほとんどが成人であることもあり、研究者からの情報提供の後は別室で立食の懇親会、その後参加者の中の有志との 2 次会の開催と、「大人の」サイエンスカフェといったところだろうか。
10 月 18 日(土)は、「分子の自己集合：なぜ？そしてどうやって？集まるのか」というタイトルで、会を開催した。幸いにも定員 30 名を満す事前申し込みがあり、多くの方々との語らいの時間をもつことができた。参加者は、中学 3 年生から 60 代後半まで、さらに理科系の大学を卒業された方が数名程度という、通常、我々研究者が発表もしくは講義を行う対象と比べると、年齢層も予備知識の幅もとても広く、発表する側にとっ自然科学カフェと共同開催するサイエンスカフェは、「生今後、杉安和憲先生(物質・材料研究機構、A02 班)、命 分 子 シ ス テ ム に 学 ぶ 機 能 分 子 設 計 ： BiomimeticChemistry」(2015 年 1 月 17 日)、高田十志和先生(東京工業大学、A01 班)(2015 年 2 月 28 日)と続きます。
また、女子中高生を対象としたサイエンスカフェ「物理や化学で紐解く生命科学の魅力-女性研究者と考えよう-」も茶谷絵理先生(神戸大学、A03 班)、真行寺千佳子先生（東京大学、A03 班）を講師として開催いたします(2015 年 3 月 21 日)。

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アウトリーチ活動報告

私の模擬授業には 54 名の生徒が参加し、熱心に聴講してくれました。大学では、講義に出て勉強し単位を佐藤宗太（東北大学 WPI-AIMR・A02 計画研究代表者）

とるだけでなく、後半からは研究室に所属して自ら率先して研究活動を始めること、その研究生活がどのようなものなのかを紹介しました。高校の一クラスにあたるほどの人数の人と研究生活を共にして、しかも教授から同期まで幅広い年代の人たちとコミュニケー

11 月 19 日に、東京都立武蔵高等学校にて 80 分の大学模擬授業を行い、その中で本研究領域の紹介や私のションしないといけないことは耳新しいことだったようです。

最近の研究成果を紹介する、アウトリーチ活動を行い研究の内容に関しては、分子の大きさや多様性を概ました。東京都立武蔵高等学校は武蔵野の緑豊かな住観し、特に 1 ナノメートルを超える、複雑で大きな分宅地の中にあり、都立校としては珍しく中高一貫教育

子システムの構築は、生命現象の中では普遍的に見ら校のシステムをとっていて、高校からの入学もできるれるものの、人工系で実現した例は限られていることユニークな学校です。早い段階から、卒業後の進路やを説明しました。分子同士を弱い相互作用で接続し、さらにその後の就職などを意識した、将来を見通す教動きのある分子複合体を構築する手法の新しさや有用育活動を行っているそうで、今回、その一環として大性、面白さ、研究の大変さなどを詳しく説明しました。

学での研究を紹介することになりました。

授業後半の質問時間では、研究の楽しさや実験の方

当日、大学模擬授業の時間帯には理系・文系を合わ

法、進路に関する質問など様々な疑問を投げかけてもせて 9 つの模擬授業が同時に開催され、高校１年生とらいました。短い時間ではありましたが、これからの2 年生が自分の希望する授業を選んで受講しました。

研究を担う世代の生徒たちに、研究の一端を知ってもらい、進路選択の参考になったら良いなと願っています。

新学術領域「動的秩序と機能」第 3 回国際シンポジウム開催のお知らせ

日時：2015 年 1 月 10 日（土）～11 日（日）場所：合歓の郷（三重県志摩市浜島町迫子 2692-3）
TEL.0599-52-1111
http://www.nemunosato.com/access/6

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また海外からは Prof. Alexander MacKerell (Universityof Maryland)、Prof. Maria Kurnikova (Carnegie Mellon

国際学会参加報告Univeristy) 、Prof. Steve Presse (Indiana University) ら 7名と、韓国の講演者を含めて、2 日半に 26 件の講演がありました。

芳坂貴弘（北陸先端科学技術大学院大学 マテリアルサイエンス研
究科・A02 計画研究代表者）

内容は、タンパク質を初めとする生体分子を実験あるいは理論から独創的にアプローチしつつ、さらにそのステージも基礎から医療応用を目指した幅広いものであり、個々の研究者のフィソロフィーも含めてじっくりと講演を聴くことができました。また、韓国研究2014 年 9 月 18 日～20 日に、Korea Institute forAdvanced Study（KIAS）において、”The 14th KIAS
Conference on Protein Structure and Function”が開催されました。この Conference は、2001 年に始まり、以後毎年 KIAS 主催で開催されており、これまでにも日本から本領域の関係者も含めて多くの方々が招待講演されています。本年は、KIAS の Jooyoung Lee 先生、桑島博邦先生を初めとする Organizer のもと、本領域の上久保裕生先生（奈良先端大）と、光武亜代理先生（慶応大学）と筆者が参加させて頂きました。

者の中には 、 ”Korea-Japan Seminars on BiomolecularSciences”も含めて度々参加されている方も多く、研究の進捗状況もうかがうことができました。
1 日目の夕刻には、ポスター発表が行なわれ、主に韓国国内の学生・ポスドクの方が成果を発表していました。筆者もポスター賞の審査員として参加させて頂きましたが、研究内容のレベルが高いことに加えて、英語力を含めたプレゼン能力が高く、韓国において若手研究者が着々と育成されている状況を感じる機会となりました。
最後になりましたが、今回の参加の機会を頂きました桑島博邦先生に深く感謝申し上げます。

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加藤グループの Tong Zhu さんが第 87 回日本生化学大会にて若手優秀発表者賞（鈴木紘一メモリアル賞）を受賞
佐藤匡史（名古屋市立大学 大学院薬学研究科・A03 計画研究分担者）
加藤晃一（自然科学研究機構 岡崎統合バイオサイエンスセンター・A03 計画研究代表者）

ンサーUGGT に着目し、その X 線結晶構造解析を軸とした構造解析研究を行いました。その結果、センサー領域は主に 3 つのチオレドキシン様ドメインから構成されることと、その 1 つのドメインについて立体構造を明らかにすることに成功しました。
Zhu さんの今後の研究の進展によって、このフォールディングセンサー酵素の作動メカニズムが解明され2014 年 10 月 15-18 日、京都国際会議場にて開催された第 87 回日本生化学大会において、私たちの研究グれば、細胞内おけるタンパク質の品質管理機構の理解が一層深められるものと期待されます。

ループの朱彤（Tong Zhu）さん（総合研究大学院大学博士後期課程 3 年）が“The ER folding sensor enzyme
UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase possesses
theee-tandem thioredoxin-like domains”の研究発表によって、若手優秀発表者賞（鈴木紘一メモリアル賞）を受賞いたしました。鈴木紘一メモリアル賞は、若手研究者や大学院生を対象としており、今年で第 4 回目になります。本賞は、カルパインの構造・生理機能の研究で著名な故鈴木紘一先生のご遺族からの寄付を基金としております。そこで今年度の大会において、多岐にわたる研究分野の発表の中から厳正な審査を経て、受賞者の 1 人として選ばれました。
最近の研究によって、タンパク質の細胞内における運命は、タンパク質の主要な翻訳後修飾として知られている N 型糖鎖の構造変化によって決定されることが明らかにされてきました。その中でも、小胞体で合成総研大・博士 3 年生の朱彤（Tong Zhu）さん

されたタンパク質は、N 型糖鎖の末端に付加されるグルコース残基を目印とした分子システムによって正しい立体構造を獲得しています。このシステムは工場に例えられ、小胞体品質管理機構と呼ばれています。この品質管理システムにおいて、ゲートキーパーとして働くのが UDP-グルコース糖タンパク質グルコース転移酵素（UGGT）です。この酵素は、変性状態にあるタンパク質に対してのみ作用することで、フォールディングセンサーとしての機能を果たしています。しかしながら、この酵素の分子認識および作動メカニズ
ムは未だ不明な点が多く存在しており、ほとんどその理解が進んでいないというのが現状でした。
Zhu さんはこの状況に鑑みて、フォールディングセ日本生化学会でのポスター発表の様子。

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寺嶋班員らの研究成果が新聞に掲載される
A01 計画研究代表者の寺嶋正秀班員らの研究成果がいくつかの新聞に掲載されました。
中日新聞 2014 年 10 月 19 日

その他日刊工業新聞 2014 年 10 月 1 日
財経新聞 2014 年 10 月 4 日
科学新聞 2014 年 10 月 31 日

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December, 2014

稲垣班員らの研究内容・成果が新聞に掲載される

A03計画研究代表者の稲垣直之班員の研究内容・成果の紹介が読売新聞（2014年11月18日）に掲載されました。

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December, 2014

3.

最近の動き

M. Iwamoto, S. Matsunaga, *S. Oiki,“Paradoxical One-ion Pore Behavior of a Long

プレスリースβ-helical Peptide of Marine Cytotoxic

メディア報道Polytheonamide B”, Sci. Rep., 4, 3636, (2014),

2014/10/19

10.1038/srep03636

A01 計画研究代表者の寺嶋正秀班員らの研究成果が 44.

社の新聞に掲載されました。
中日新聞

Dewa, *S. Oiki, “Gating-Associated2014 年 10 月 19 日

日刊工業新聞A. Sumino, D. Yamamoto, M. Iwamoto, T.
Clustering-Dispersion Dynamics of the KcsA2014 年 10 月 1 日

財経新聞

2014 年 10 月 4 日

Potassium Channel in a Lipid Membrane”, J.

科学新聞

2014 年 10 月 31 日

Phys. Chem. Lett., 5, 578-584, (2014),
10.1021/jz402491t

2014/11/18
A03 計画研究代表者の稲垣直之班員の研究成果が読5.

S. Phongphanphanee, N. Yoshida, *S. Oiki, F.
Hirata, “Distinct Configurations of Cations and売新聞（2014 年 11 月 18 日）に掲載されました。

Water in the Selectivity Filter of the KcsA
2014/11/21

Potassium Channel Proved by 3D-RISM Theory”

A02 計画研究代表者の上野隆史班員の研究成果が日J. Mol. Liq., in press ,経産業新聞（2014 年 11 月 21 日）に掲載され、以下10.1016/j.molliq.2014.03.050のニュースでも紹介されました。

6.

・マイナビニュースH. Nakao, K. Ikeda, M. Iwamoto, H. Shimizu,

http://news.mynavi.jp/news/2014/11/21/222/*S. Oiki, Y. Ishihara, M. Nakano,

・海外ウエブニュース“pH-Dependent Promotion of Phospholipid

http://phys.org/news/2014-11-protein-engineered-c

Flip-Flop by the KcsA Potassium Channel”,

ages-aid-cell-functions.html

BBA Biomemb. in press,

http://nanotechweb.org/cws/article/yournews/59371

10.1016/j.bbamem.2014.10.001

http://www.nanowerk.com/nanotechnology-news/ne
7.

wsid=38163.php

老木成稔, "KcsAカリウムチャネルでみるチャネ
ル－膜相互作用" 膜 39, 309-315, (2014).

8.

雑誌論文

1.

*H. Miyake, “Supramolecular Chirality in

老木成稔, "膜内KcsAカリウムチャネルの原子間力顕微鏡による構造・動態解析" 生物物理

Dynamic Coordination Chemistry”, Symmetry,
9.

6, 880-895, (2014), 10.3390/sym6040880

T. Satoh, A. Sumiyoshi, M. Yagi-Utsumi, E.
Sakata, H. Sasakawa, E. Kurimoto, Y.

2.

S. Phongphanphanee, N. Yoshida, *S. Oiki,F.

Yamaguchi, W. Li, C.A.P. Joazeiro, T. Hirokawa,

Hirata, “The ‘Ambivalent’ Snug-Fit Sites in the*K.Kato, “Mode of substrate recognition by theKcsA Potassium Channel Probed by ‘3D-RISM

Josephin domain of ataxin-3, which has an

Microscopy’, Pure and Applied Chemistry, 86,

endo-type deubiquitinase activity,” FEBS Lett.

97-104, (2014), 10.1515/pac-2014-5018

588, 4422-4430, (2014),
DOI:10.1016/j.febslet.2014.10.013

11

“Dynamical Ordering & Integrated Functions”
Newsletter Vol. 16

December, 2014

図書1.

*K. Singh, P. Kaur, *H. Miyake, H. Tsukube,“Supramolecularchemistrystrategies

fornaked-eye detection and sensing”, Synergy inSupramolecular Chemistry, (ed) T. Nabeshima,
CRC Press,USA., ISBN 9781466595026
2.

老木成稔
化学フロンティア２３“１分子ナノバイオ計測
分子から生命システムを探る革新的技術”
第 5 章「イオン透過装置：イオンチャネル」,
69-80 , (2014)、野地博行編、(化学同人、京都、日本)

3.

Y. Zhang, T. Yamaguchi, T. Satoh, M.
Yagi-Utsumi, Y. Kamiya, Y. Sakae, Y.
Okamoto, *K. Kato, “Conformationaldynamics of oligosaccharides characterized byparamagnetism-assisted NMR spectroscopy inconjunction with molecular dynamicssimulation”, Biochemical Roles of Eukaryotic
Cell Surface Macromolecules, Advances inExperimental Medicine and Biology, A.
Chakrabarti and A. Surolia ed. Springer,
Volume 842, pp 217-230, 2015,
DOI: 10.1007/978-3-319-11280-0_14

受賞報告
加藤晃一
2014 年 10 月 18 日に Tong Zhu(総研大 D3)が第 87 回日本生化学大会において若手優秀発表者賞（鈴木紘一メモリアル賞）を受賞

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