理化学研究所 情報統合本部 基盤研究開発部門
データ管理システム開発ユニット
實本 英之 <hideyuki.jitsumoto@riken.jp>

社会インフラとして、オープンサイエンスのためのデータ基盤構
築が必要である - 統合イノベーション戦略:内閣府(2018/6/15)
 理研データポリシー(2019)
 研究データの取り扱いに対する基本方針
 研究データは研究者の魂であるとともに、「公的資金で運営される研究所で生成された国民の知の共有財産」
原則、最終的に公開する方針→利活用データ・研究証跡

理研発の研究データを適切に管理・公開する各種機能を備えたリポジトリの運用 研究データ
 研究所の研究活動を通じて得られたすべてのデータ

 利活用データ
 論文発表等に伴い公開が義務付けられたデータ


業績・成果の把握と不正防止

 利活用によって科学技術の発展に貢献できると研究所が判断したデータ

 研究データリポジトリの運用 メタデータやデータアクセス権の適切な付与 研究データの改ざん、消失、不正取得を防止する機能を備える

 研究ドメイン毎にデータの取り扱い方法には差がある→ 理研データポリシーは最低限の内容しか定められていない
 利活用データは原則リポジトリに登録し研究所が管理する
 利活用データを取り扱う基準は研究所の規定及び研究契約に従う
 原則10年保持する

 研究センタ毎にデータガイドラインを策定
 どのリポジトリにデータを保管するか

Ex. 公的レポジトリにデータを保管し、そのリンクを研究所が取得できるようにする

 データの取り扱い基準はどうするか

Ex. 個人情報の含まれるデータは匿名化して復号情報は機密レベル３として非公開、匿名化情報は特定のリポジトリで公開 利活用データの内、公的リポジトリがないものに関して適切なオープンクローズ戦略を設定し、公開が可能なリポジトリ
 公的リポジトリに収められたデータへのリンクも管理可能
 研究所内業績管理システムと連携可能

 メタデータを利用した高度な検索が可能
 公開データの利用傾向をデータ公開者にフィードバック可能（インセンティブ）
一方……研究室毎がデータサーバを抱えることに対するセキュリティ／コストのリスクが提起

多数の研究所が多数のサーバをそれぞれのクオリティで管理
プロジェクト終了時や縮小時の保守費用不足の懸念

 利活用データ以外の研究データ管理も行えるのでは？
 結果的にはこちらの顧客の方が多い

 NII が OSF を日本学術機関に合わせてカスタマイズした Webアプリケーション

 プロジェクトを管理するための各種機能を持つ


データセットの参照、プロジェクト概要説明、ライセンス表示、ブランディング、バージョニ
ング、データ追跡、データスタンプ……

 NIIが Shibboleth SP として GakuNin を用いてサービス展開している

GakuNin フェデレーションに入っていれば利用可能

 RIKEN GakuNinRDM : NII GakuNinRDM Clone
 研究管理と公開を高度に連携したい


GakuNinRDM<->Jairo Cloud の連携機構が未完成だった（計画はある）

 理研内部の研究フローとの融合のために、特別な開発・運用・改造の可能性


NIIと合流するにも事前運用テストは必要

 理研と共同研究をしている中小企業との連携（GakuNin外アカウント）


経産省系統一認証基盤や OpenIdP で利用可能になる見込みはある 内部基盤サービスとの連携最終的に合流の可能性も視野に入れたシステム設計を開始

 GakuNinRDM はデータの保存や転送方法に関しての拡張は最重要課題

ではない データの見せ方やプロジェクト間の関係、共有範囲の設定
 データの公開や、研究促進のための共有事項の整理及び不正防止に用いることを期待

もちろん拡張はされて続けていますが…

 スパコンやデータプロバイダーとのシームレスな連携をつかさどるレイヤがあった方が便利→ Online Storage 計算機へのマウント機能や同期機能（バックアップ）


マウントしたディレクトリにセンサーが書き込むだけで、リポジトリにデータを送れる GakuNinRDM がストレージとしてすでに利用可能な設計

いくつかの実装では変更履歴等も追跡してくれる GakuNinRDM/NextCloud から成るデータ・著作保管公開基盤
 プロジェクト管理システムによる研究の管理（管理・公開基盤）
 オンラインストレージによるファイルの管理（保存・連携基盤）-

Project Management System• Presents research abstract• Manages disclosure range• Activity/Log fileOnline Storage• Data storing/sharing by
webUI• URL based file sharing

File reference from NextCloud and S3 etc.
Permanent URL
WikiTimestamp for research trail-File-level sharing
Temporal/small-scale sharing withoutside of RIKENWebDAVS3 Interface
Storage Infrastructure• Provides data vault• Various type of storage• Private/Public• Commercial/nonCommercial• S3/CIFS/SFTP/WebDAV…

CIFS/SFTP/WebDAV

Open-Sci.
Storage

Cloud Storage

ResearcherResearchStorage

30PB Lustre Storage
with 21120 CPU cores

Data Science Infrastructure

Labo. Server
Data Producer

業績登録システム(所内向け)

研究者

文献メタデータBib• 業績を登録・リスト化する
サービス• 所内における業績評価等で利用

文献管理システム• 外部発表・論文について登録する文献公開基盤• 外部検索基盤とも連携し、論文への到達度を高める

研究概要
Bib

研究データ・著作

Permanent

URL
理研研究情報管理システム(R2DMS)• 研究データや著作物を保管可能なリポジトリ• 研究データや著作物を生成した研究の概要や公開範囲等を管理可能な研究管理・公開基盤

RIKEN Research Data
& copyrighted-workManagement System

理研メタデータベース•

Metadata
RDF•

研究の内容詳細を示すメタデータ(deeply metadata) を登録、検索可
能な研究検索基盤
研究データ間の関連等により研究者が必要とするデータへの到達を容易にする 情報（情報＝データ＋著作）の管理方法や課金ポリシーを決定するために研究管理と研究公開を区別する
 利活用情報領域（公開）

論文発表等により公開が義務付けられたもの
 利活用によって科学技術の発展に貢献できると理研（各センター）が判断したもの

理研の規定により公開を求めているもの→基本無料
データの利用法・拡張性を考慮し S3 プロトコルで用いるオブジェクトストレージを利用 一般情報領域（管理）その他の研究データ管理に用いる領域
 ユーザ間で限定的にデータを共有し、研究活動促進のために用いる

常のデータ置き場としてユーザが選択し利用する→基本有料
ユーザの用意する様々なストレージを利用可能としそちらに支払をする R2DMS でデータセットを共有する単位
 情報領域上にデータを配置するあらゆる課題

 R2DMS では（業績に関する情報を除き）特にプロジェクトの規模・単位・目的を限らない 個人データを管理するためだけのプロジェクト
 論文データを管理するためだけのプロジェクト
 チームの研究を管理するプロジェクト
 センター全体のすべての研究を管理するプロジェクト

ここからサブプロジェクトとして所属者の研究プロジェクトに分けていくことも可能 理研所属員
 基本的には理研統合認証基盤 (Shibboleth IdP) or Okta 認証

双方とも人事DBが元帳
 HSS Tenant, GakuNinRDM, NextCloud, Box 一部非連携アカウント（領域ベースアカウント）

データ基盤連携アカウント
 NextCloud と HSS を結び付けるのに利用し領域毎に発行
 個人に紐づけられていないので、引継ぎが必要な設定等に利用 アクセスキーペア
 S3バケット毎に発行 ゲスト NextCloud: 理研職員が本人の責任の下、既定数まで発行可能
NextCloud に外部システムを追加し、ゲストアカウントの発行とグループの設定をユーザができるようにしてある。

 GakuNinRDM: 管理部局による生成が必要（フロー未定）

 情報領域管理責任者・情報領域管理担当者
 情報領域において研究情報の管理を積極的に行うもの
 データ管理計画(DMP)の検討や、データ品質の管理（できる限り）、プロジェクトメンバへの情報領域の割り当てを行う。

HSS

HSSプロジェクト
支払責任者・代行

情報管理担当者同じ人の場合もあり研究者
データプロバイダ

R2DMSにプロジェクトページを作成• プロジェクトの設定• タイトル• メンバー• DMP

プロジェクト自体はタイトルのみで作成可能

RIKEN Research Data
& copyrighted-workManagement System

適切な一般情報領域の接続• 各センターの DMP/ガイドラインに従った決定• 電磁的情報管理者の管理する領域(NextCloud: 有料)• 個人アカウントが管理する領域(Box: 無料)

ファイルを入れて共有開始• メタデータの付与等 GakuNinRDM のプロジェクトページに情報領域を外部アドオンで結び付けて用いる

 退職する可能性のある個人の権限による操作をなるべく避ける 2つの基本情報領域
 NextCloud

主にHokusai Sailing Ship 上に有料で領域を作り利用 情報領域ごとにデータ連携アカウント等で管理し、所属員の退所等に関わらず存続していく


 Box

理研が無料で所属者に割り当てるクラウド領域
 主に個人のアカウントで提供し一次的なものに用いる
 結び付けるにあたり個人アカウントを使うことになるが、アクセスコントロー
ル自体は組織主体のものになっているため、引継ぎ手続きを明確化するなら利用可能(DMP)

他にもGitlab や S3 などが DMP 次第で考えられる
 プロジェクトページをブランチすることで容易な研究公開ページの作成手段を提供

各センターに該当データが利活用情報か等に関する検討をする• センターガイドライン・理研データポリシーに従った判断• 利用条件・範囲の設定

R2DMSに研究ページを作成• 既存研究ページの利用も可能• 限定公開→完全公開• 研究共有用ページのブランチ

理研へ利活用情報領域（ストレージ）の申請• 申請代表者氏名• 連絡先• 研究ページ名→研究ページに理研がストレージを接続
ファイルを入れて公開

RIKEN Research Data
& copyrighted-workManagement System GakuNinRDM に公開用のプロジェクトページを作成し、理研側から利活用情報領域を割り振って利用する プロジェクトページは新規作成、既存研究管理ページをブランチ双方が可能。
 ユーザに RIH Maintainer アカウントを招待させ、情報領域申請をWeb サービ

スで行うと、プロジェクトページに利活用情報領域が結び付けられる。

RIH Maintainer 権限で、外部アドオンで情報領域を結び付け
 主としてS3バケット、データの規模によっては Box
 情報領域の確保は外部サーバ、外部アドオンの設定はヘッドレスブラウザを用いることにより自動化されている
 申請サービスでは S3 バケットのアクセスエンドポイントの確認や全公開・非公開設定も可能
RIH Maintainer キーペア管理領域


HSS S3DS②バケット作成③ヘッドレスブラウザでバケット接続

RIH Maintainer①URL/必要サイズ等添えて申請 利活用情報領域にユーザがデータをアップロードする
 研究管理ページのブランチの場合 GakuNinRDM 上でドラッグ＆ドロップが可能 アップロード後は一般情報領域は切断する必要がある
 プロジェクトページのユニークURLを公開に利用 ページ内公開ボタンを押す 現在は公開のためのキュレーションフローがまだない→釦押し即公開 理研の業績に当たる内容は R2DMS 若しくは外部の公共リポジトリへの情報登録が必要となる予定
 業績管理システム RARS から該当情報へのリンクがたどれるよう登録が必要になる


現時点ではまだ強制性はない

 R2DMS では利活用情報としての取り扱いになる

 業績管理システムの持つ業績タイトル名でGakuNinRDMに自動的にプロジェクトページが作成されるような連携を計画中 R2DMS 内サービスを利用したデータフロー設計のパイロットスタディ
 RIKEN IMS(生命医科学研究センター) とのテストプロジェクト
 シーケンサにかけた人以外のすべてのゲノム解析結果について、R2DMS内に格納、必要に応じて公開できる体制


現時点でR2DMSは個人情報を格納できるシステムではない NextCloud をハブにしたシステム構成

 RIKEN での運用・研究連携手法が確立し、必要な機能がそろった段

階で NII GRDM へ合流を予定→ GRDM の保守コストはとても高い 所内センターの持つ計算資源・ストレージとの連携


アドオン開発 NII GRDM(管理基盤) – JAIRO Cloud(公開基盤) の連携手法が確立


ユーザの二度手間の排除

 JAIRO Cloud におけるデータ提出者評価につながるデータの取得

閲覧数・データダウンロード数→研究・データの利用率
 データDL時のDL者情報の任意な取得→データ提出者へ共同研究の機会提供 ユーザが削除されたときのデータ管理継続性
 GakuNin外ユーザの利用 (OpenIdP)

1,2年をめどに、NII とトランジションプランを検討中

 GakuNinRDM による MetaData の管理 プロジェクトに対してメタデータを付与するようなGakuNinRDMアドオンを開発中
 あらかじめ登録されているか、ユーザが用意するテンプレートに対してデータを入力しGakuNinRDM のファイルリスト下に保存する メタデータはjson形式で保存され他サービスとの連携に用いる


RIKEN Metadatabase におけるカタログ自動生成等
MetadataABC＋Metadata :{A: value,
B: value,C:{
0: value,}} 公開キュレーションフローの実装
 ユーザの公開釦から直接公開に行かず、一度図書館部署等でのキュレーションを行う（著作権等の解決）
 GakuNinRDM のアドオンによる実装を目指す


GakuNinRDM – JAIRO Cloud 連携次第によってはJAIROのキュレーティングが使える可能性がある

 DOIの付与と管理