スーパーコンピ ュータ システム
平成 30 年度

研

究

成

果

報

京都大学化学研究所

告

書

はじめに
京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムは、1992 年 1 月より運用を開始した京都大学の研究設備で、複数のスーパーコンピュータが高速ネット
ワークで結ばれたネットワークスーパーコンピューティングシステムを提供しています。2016 年 1 月に導入されたシステムは、化学計算サーバとゲノムネッ
ト計算サーバとして SGI UV2000(総 CPU コア数 1,024)および SGI C2112(総 CPU
コア数 3,000)を採用し、ゲノムネットウェブサーバとゲノムネット開発サーバとして DELL PowerEdge R930(総 CPU コア数 640)を採用しました。化学研究所スーパーコンピュータシステムは、分子シミュレーションをはじめとする計算化学関連の応用ソフトウェア、ゲノム解析やバイオインフォマティクス研究で必要となる分子生物学関連のデータベースとソフトウェアが整備されており、こうした分野の研究環境をサポートすることを目的に、学内外の研究者に広く開放されています。また、分子生物学関連のデータベースとソフトウェアはゲノ
ムネットデータベースサービス（http://www.genome.jp/）として、広く国内外の研究者に提供しています。
この報告書は、平成 30 年度の 361 名の登録利用者の中から電子メールだけの利用者や、特に報告する内容のなかった利用者を除き、82 件の研究成果報告をまとめたものです。システム稼働状況、化学研究所 WWW サービスの利用状況、
ゲノムネットデータベースサービス利用状況についても報告しています。
また、当システムは化学研究所共同利用・共同研究拠点の共通設備として利用され、平成 30 年度は 8 件の採択課題（バイオ情報学分野）推進に利用されました。
今後とも、スーパーコンピュータシステムをより良いものにしていくために、
皆さまのご意見やご要望を以下のメールアドレスまでお寄せくださいますようお願い申し上げます。
送付先メールアドレス：spradm@scl.kyoto-u.ac.jp
2019 年 3 月
京都大学化学研究所

バイオインフォマティクスセンター
http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/
スーパーコンピュータシステム
http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/

化学研究所
新規な結合様式を持つ高周期典型元素化合物の反応解析

時任 宣博

・・・・

1

高周期典型元素を含む新規結合様式の創出

水畑 吉行

・・・・

2

フラットで完璧なπ共役二次元シート「シリセン」の理論設計とその物性探索

高橋 まさえ・・・・

3

特異な構造をもつ有機分子の電子的性質

村田 靖次郎・・・・

4

punicafolin及びmacranganinの配座解析

上田 善弘

・・・・

5

リビングラジカル重合法を用いたヤヌス型ボトルブラシの合成と高次構造の創製

榊原 圭太

・・・・

6

透過型電子顕微鏡による高分子結晶の高分解能観察

登阪 雅聡

・・・・

7

含歪みπ共役化合物の合成とその物性評価

茅原 栄一

・・・・

8

電子不足部位を有する環状π共役分子の合成

橋本 士雄磨・・・・

9

新規ラジカル重合の開発

藤田 健弘

・・・・

10

有機デバイスの基礎科学と高機能化

梶 弘典

・・・・

11

界面の振動分光学

長谷川 健

・・・・

12

EELSスペクトルの計算機シミュレーション

根本 隆

・・・・

13

X線管からのスペクトル解析

正岡 聖

・・・・

14

効率的有機分子変換反応を可能とする新規金属触媒の設計と合成

中村 正治

・・・・

15

バイオインフォマティクス実習

チョウ ルイシャン ・・・・

16

赤潮期間に沿岸生態システムの巨大ウイルスと藻類と細菌との相互関係分析

夏骏

・・・・

17

海洋巨大ウイルス宿主同定に関する研究

孟 令傑

・・・・

18

生物情報ネットワークの解析と制御

阿久津 達也・・・・

19

数理モデルによる生体ネットワーク制御手法の開発

田村 武幸

・・・・

20

次世代シーケンシングデータの解析

森 智弥

・・・・

21

新規な結合様式を持つ高周期典型元素化合物の反応解析

郭 晶東

・・・・

22

化学生命科学研究領域の研究報告

緒方 博之

・・・・

23

海洋性プランクトン群の進化と生態についての研究

Blanc-Mathieu Romain ・・・・

25

遠藤 寿

・・・・

26

巨大ウイルスゲノムの解析

吉川 元貴

・・・・

28

炎症性腸疾患における腸内微生物叢のメタゲノム解析

西山 拓輝

・・・・

29

配列類似性に基づいたウイルスゲノム分類法の開発

黒西 愛

・・・・

30

メガウイルス科のDNAポリメラーゼ遺伝子を標的とするアンプリコ
ン解析

李 岩沢

・・・・

31

KEGG Orthologyに関する研究

荒巻 拓哉

・・・・

32

海洋巨大ウイルスとその宿主の多様性解析について

Prodinger Florian ・・・・

33

海洋の真核プランクトンと巨大ウイルスの生物地理に関する研究

共起ネットワーク解析に基づく腸内細菌のメタゲノム解析

加藤 恭崇

・・・・

34

海洋微生物生態系における種間相互作用の研究

金子 博人

・・・・

35

巨大ウイルスの分離

吉田 亘騎

・・・・

36

小島 崇寛

・・・・

37

井上 智裕

・・・・

38

がん遺伝子に見られるグアニン四重鎖構造を検出する結合性環状ポリアミドリガンドの開発

朝光 世煌

・・・・

39

量子化学計算と固体NMRを用いた新規無機物質の構造解析

野田 泰斗

・・・・

40

分子性導電・磁性材料の設計と理論的解析

中野 義明

・・・・

41

大野 浩章

・・・・

42

エポキシ樹脂の架橋反応による構造形成と力学特性発現の関
係の評価

内藤 悠太

・・・・

43

プラズマ曝露により形成される材料中の局所構造解析

吉川 侑汰

・・・・

44

カーボンナノリングとカーボンナノチューブの相互作用

三木 康嗣

・・・・

45

遷移金属触媒を用いた新規変換反応

岡本 和紘

・・・・

46

有機活性種を駆使した新規反応開発と機能性物質の合成

岡本 和紘

・・・・

47

光触媒・光電極による高効率水分解システムの開発

東 正信

・・・・

48

触媒有機化学に関する研究

辻 康之

・・・・

49

13族元素含有有機金属錯体の特異な光学特性の機構解明

伊藤 峻一郎・・・・

50

HOPG基板上における分子配列のモデリング

松田 建児

・・・・

51

吸着工学・乾燥工学等に関する分子論的検討

鈴木 哲夫

・・・・

52

引間 悠太

・・・・

53

溶媒依存性らせん反転を示すポリ（キノキサリン-2,3-ジイル）の
構造解明

長田 裕也

・・・・

54

計算化学的手法による有機物および無機物の熱物性・輸送特性
予測

松本 充弘

・・・・

55

エネルギー理工学研究所
ナノ炭素材料の理論的研究
防災研究所
SSEに伴う海面地殻変動の推定
理学研究科

薬学研究科
生物活性化合物の創製を指向した有機化学研究
工学研究科

ATR-FTIR法を用いた高分子成形プロセスの品質管理法の開発

エネルギー科学研究科
エネルギー機能材料の電子構造と光物性

蜂谷 寛

・・・・

56

軽金属・合金の力学特性

馬渕 守

・・・・

57

多孔質金属の表面特性

袴田 昌高

・・・・

58

変調磁場による微結晶の三次元配向

木村 史子

・・・・

59

磁場配向を利用した固体NMR解析手法の開発

久住 亮介

・・・・

60

一酸化炭素資化菌と水圏ウイルスの分子生物学的研究

吉田 天士

・・・・

61

有機分子性結晶の気体吸着特性の解析

津江 広人

・・・・

62

三次元π共役分子の合成の機能性の創出

廣戸 聡

・・・・

63

有機構造体を用いたイオン伝導体合成

堀毛 悟史

・・・・

64

自己集合を利用したタンパク質のカプセル化

藤田 大士

・・・・

65

混合マトリクス膜中のガス輸送特性に関する計算機シミュレーション

ウ チイ

・・・・

66

佐藤 徹

・・・・

67

固液界面におけるエネルギー変換

湊 丈俊

・・・・

68

電池材料のラマンスペクトルの計算

山中 俊朗

・・・・

70

フッ化物シャトル電池における、塩可溶性のLiBOBの効果とBiF3電極の電気化学的特性

CelikKucuk Asuman ・・・・

71

生体分子情報データベースの開発とその応用

五斗 進

・・・・

73

遺伝子情報を用いた海洋生態系研究

西村 陽介

・・・・

74

グラフに基づく分子系統解析手法の開発と適用

松井 求

・・・・

75

典型元素を活用した機能性材料の開発

吾郷 友宏

・・・・

76

規則性合金の触媒作用に関する理論的研究

古川 森也

・・・・

77

カロテノイドデータベース化学フィンガープリントを用いたカロテノ
イドの生合成パスウェイの再構築

薮崎 純子

・・・・

78

密度汎関数法を用いたNO還元用代替触媒探索

蒲池 高志

・・・・

79

農学研究科

人間・環境学研究科

高等研究院

福井謙一記念研究センター
振電相互作用に関する理論的研究
産官学連携本部

京都大学以外菌類の系統解析

齋藤 勝晴

・・・・

80

琵琶湖沖に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析

岡崎 友輔

・・・・

81

高次高調波によるアト秒X線パルスの増幅

Carles Serrat

・・・・

82

スギゲノムの解読と解析

笠原 雅弘

・・・・

83

スギゲノムの解読と解析

藤野 健

・・・・

84

タンパク質の電子状態計算

平野 敏行

・・・・

85

アミノアシルtRNA合成酵素の系統解析で示すミトコンドリアのモ
ザイク起源

浜口 悠貴

・・・・

86

システム稼働状況

西川 和嗣
福本 淳司
大久保 宏一
上原 英也

・・・・

87

京都大学化学研究所WWWサービスの利用状況

西川 和嗣

・・・・

92

ゲノムネットサービス利用統計

西川 和嗣

・・・・

93

スーパーコンピュータシステム講習会等開催履歴

福本 淳司

・・・・ 127

スーパーコンピュータシステム

平成30年度研究課題一覧

・・・・ 133平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
新規な結合様式を持つ高周期典型元素化合物の反応解析

Theoretical studies on the reactions of novel main group elements compounds
京都大学化学研究所 物質創製化学研究系 有機元素化学研究領域
研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、スズ核
置換ベンゼン 1 およびフェニルアニオン
K+(thf)·2–の性質に関する検証を行った。

t-Bu
Ar
Sn

Sn

t-Bu

Sn
t-Bu Ar

1

時任 宣博

Me3Si

Ar

SiMe3
SiMe3
R
SiMe3

Ar =
Me3Si

SiMe3
Tbt: R = H
Bbt: R = SiMe33

1 は溶液中で単量体と二量体 3 の平衡状態にあり、その X 線結晶構造解析による構造の確
定 に は 至 っ て い な い 。 そ こ で 、 1 に 対 す る 構 造 最 適 化 を Gaussian 09 {B3LYP/lanl2DZ[Sn],6-31G(d,p)[CH]} に て 行 っ た 。 そ の 構 造 を 用 い た GIAO お よ び TD 計 算{B3LYP/TZVP[Sn],6-311G(2df,2p)[CHSi]}による NMR ケミカルシフトおよび UV/vis 吸収スペ
クトル吸収極大の計算結果は実測値と良い一致を示したことから、最適化構造は実際の構造をよく再現していると考えている。
また上記平衡混合物に対し、KC8 を作用させることにより、Tbt 基の還元的脱離反応が進行し、K+(thf)·2– が 得 ら れ る こ と を 見 出 し た 。 K+(thf)·2– のNICS(1){GIAO-B3LYP/TZVP[Sn],6-311G(2df,2p)[CHSi]]//B3LYP/lanl2DZ[Sn],6-311G(d,p)[CHSi]}は−7.26 と算出された。既報のゲルマニウムの系[NICS(1) = –8.10]に比してその絶対値はやや小さくなっていたが、依然として負に大きく、芳香族性

31
Ar = Tbt

KC8(2.1 eq.)
THF

K+(thf)を示すものと考えられる。

Sn

t-Bu

K+(thf)•2– (43%)

発表論文（謝辞あり）(1)

Fujimori, S.; Mizuhata, Y.; Tokitoh, N. Heavy Phenyllithium and -Sodium: Synthesis andCharacterization of Germanium Analogues of Phenyl Anion (‘Germabenzenyl Anions’). Chem.
Lett. 2018, 47, 708–710.

(2)

Fujimori, S.; Mizuhata, Y.; Tokitoh, N. Ru-Complexes of an Anionic Germabenzenyl Ligand.
Chem. Commun. 2018, 54, 8044–8047.

(3)Mizuhata, Y.; Fujimori, S.; Noda, N.; Kanesato, S.; Tokitoh, N. Generation of Stannabenzenes andTheir Monomer–Dimer Equilibration. Dalton Trans. 2018, 47, 14436–14444.

(4)

Fujimori, S.; Mizuhata, Y.; Tokitoh, N. Stannabenzenylpotassium: The First Isolable
Tin‐Containing Benzene Derivative. Chem. Eur. J. 2018, 24, 17039–17045.

(5)

Fujimori, S.; Mizuhata, Y.; Tokitoh, N. A Mixed-Anion System Consisting of a Germyl Anion andAnions Delocalized on Conjugated Carbon Ring Skeletons. Chem. Eur. J. in press.

1平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
高周期典型元素を含む新規結合様式の創出

Synthesis of Compounds Having Novel Bonds of Heavier Main Group Elements
京都大学化学研究所 物質創製化学研究系 有機元素化学研究領域

水畑 吉行

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパー

t-Bu

Ge

K+

THF
room temperature

コンピュータシステムを利用し、筆者らがごく最K+⋅1–

近合成・単離することに成功したゲルマニウム

t-Bu Cp*

核置換フェニルアニオン K+·1–の反応生成物[C5Me5]–)との反応生成物を分離・精製したとこ

Ru
Cp*

ろ、錯体 2 と 3 を単離することに成功した。X 線

Ge

Ru

Ge

の性質に関する検証を行った。
K+·1– と 0.25 当 量 の [RuClCp*]4 (Cp* =[Cp*RuCl]4

t-Bu
Cp*

+ Cp*Ru
Ge

Ru
Ge

RuCp*
Ge
t-Bu
t-Bu

t-Bu
2

3

結晶構造解析の結果から、これらの錯体は母体フェニルアニオンとは大きく異なる配位様式を示していることが明らかになった。
これらの結合・配位様式を明確化するために、以下の検証を行った。まず、得られた錯体の構造最適化を Gaussian 09 {B3PW91/LanL2DZ(Ge,Ru),6-31G(d)(C,H)}にて行い、最適化構
造が X 線単結晶構造解析による実測値と極めて良い一致を示すことを確認した。その上で、
NBO6.0 および AIMAll プログラムによる評価{B3PW91/TZVP(Ge,Ru),6-311++G(2df,2p)}を行った。その結果、図に示す配位形式での記述が妥当であることを明らかにした。
発表論文（謝辞あり）(1)

Fujimori, S.; Mizuhata, Y.; Tokitoh, N. Heavy Phenyllithium and -Sodium: Synthesis andCharacterization of Germanium Analogues of Phenyl Anion (‘Germabenzenyl Anions’).
Chem. Lett. 2018, 47, 708–710.

(2)

Fujimori, S.; Mizuhata, Y.; Tokitoh, N. Ru-Complexes of an Anionic Germabenzenyl
Ligand. Chem. Commun. 2018, 54, 8044–8047.

(3)Mizuhata, Y.; Fujimori, S.; Noda, N.; Kanesato, S.; Tokitoh, N. Generation of
Stannabenzenes and Their Monomer–Dimer Equilibration. Dalton Trans. 2018, 47,
14436–14444.

(4)

Fujimori, S.; Mizuhata, Y.; Tokitoh, N. Stannabenzenylpotassium: The First Isolable
Tin‐Containing Benzene Derivative. Chem. Eur. J. 2018, 24, 17039–17045.

(5)

Fujimori, S.; Mizuhata, Y.; Tokitoh, N. A Mixed-Anion System Consisting of a Germyl
Anion and Anions Delocalized on Conjugated Carbon Ring Skeletons. Chem. Eur. J. inpress.

2

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

フラットで完璧なπ共役二次元シート「シリセン」の理論設計とその物性探索
Theoretical design of flat and perfect two-dimensional -conjugated “silicene” and the search of
their solid-state properties
京都大学 化学研究所 物質創製化学研究系 有機元素化学研究領域
高橋まさえ
研究成果概要フラットなグラフェンと異なり、グラフェンのケイ素版シリセンはジグザグ構造をとり不安定であることが知られています。これは、グラフェンの構成単位ベンゼンがフラットであるのに対し、シリセンの構成単位ヘキサシラベンゼンが椅子型であることに起因しています。フラット構造のヘキサシラベンゼンの実現は長い間ケイ素化学分野の課題でした。安定でフラットなシリセン実現には、まずフラットな構成単位の構築が鍵となります。研究代表者は、昨年度 9 月、ジグザグ構造をとるケイ素二次元シート『シリセン』を、グラフェンと同じようにフラットにできる構成単位の構築に成功し、論文発表しました[M. Takahashi Sci. Rep. 2017, 7, 10855.]。
本研究では、京都大学化学研究所のスーパーコンピュータを利用し、研究代表者が設計したフラットな構成単位をベースに二次元に拡張したフラットなシリセンを構築し、その物性を探索することを目的としています。分子の場合には、Gaussian シリーズの汎用ソフトが広く使われていますが、周期的に配列したシート状シリセンの計算には適していません。また、第一原理計算による物質設計では、最適構造を求めたのちに、その構造がポテンシャル曲面上で極小点にある安定な構造であることを確認する必要があります。そのためには振動解析を行う必要があります。周期系の構造の決定において格子定数も含めた最適化と振動解析の可能なア
プリケーションは限られています。京都大学化学研究所のスーパーコンピュータにはこの目的にかなったアプリケーション（Materials Studio）が公開されています。
今年度は、まず、このアプリケーションを利用し、昨年度設計した分子がこの計算方法においても安定構造として得られるか、また、通常いわれているシリセンが確かに平面構造では安定ではなく 虚の振 動数 を有するか などを 通常 の方法 で レベルを 上 げ て確 認しま した。
Materials Studio は使い慣れておりましたが、システムが異なることや、バージョンが上ったため、以前可能であった計算がうまく走らないというトラブルに見舞われ難航しました。まだ期待する
計算が完全に走るシステムにたどりついていません。今後、いくつかの方法で、基本分子の確認に加え、あらたな二次元シートの設計に挑戦する予定です。6 月に、グラフェンでノーベル賞を受賞したアンドレ・ガイムが基調講演を行う 10th ICMAT 2019 での招待講演を依頼されており、それまでには、フラットで完璧なπ共役二次元シート「シリセン」の構築にたどりつきたいと考えています。

3平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
特異な構造をもつ有機分子の電子的性質
Electronic Properties of Organic Molecules with Novel Structure

京都大学化学研究所 物質創製化学研究系 構造有機化学領域

村田 靖次郎研究成果概要
水素結合に誘起された水分子の動的挙動は興味深く，水一分子が関与した水素結合について理論研究が盛んに行われてきた．しかし，外的環境と複雑な水素結合ネットワークを構築するため，実験研究は困難を極める．本研究では，3 つの OH 基を開口部にもつ水酸化開口フ
ラーレン C60 誘導体 2 を設計・合成し，その内部空間に水単分子を隔離することで，開口部上の OH 基との水素結合の形成・解離に基づく単一水分子の性質に着目した．
H2O@1 に対して，CeCl3 存在下，10 equiv のNaBH4 を反応させることで，3 つのカルボニル基が選択的に還元された H2O@2 を 75%の収率で得た (Scheme 1). 単結晶 X 線構造解析の結果，
H2O@2 は開口部上に強固な分子内水素結合を形成し，分子間水素結合を介してダイマー化す
ることがわかった．さらに，骨格内部では中心部と開口部付近において内包水分子のディスオーダーが見られ，占有率はそれぞれ 0.11(2),0.81(2)であった． (Figure 1). 分散力を加味した理論計算からも (Figure 2)，2 つの異なる水分子の配置が再現され，2 に内包された水分子は広い内部空間に由来し，開口部上の OH 基との間の水素結合の形成・開裂に応答した並進運動を引き起こすことがわかった．
発表論文（謝辞なし）
Hashikawa, Y.; Hasegawa, S.; Murata, Y. Chem. Commun. 2018, 54, 13686–13689.

4

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
punicafolin 及び macranganin の配座解析
Conformational Analyses of Punicafolin and Macranganin

京都大学化学研究所 精密有機合成化学研究領域

上田 善弘

研究成果概要
エラジタンニンは植物二次代謝産物の一種で加水分解性ポリフェノールに属する配糖体天然物である。その多くはグルコースを基本構造とし、没食子酸により修飾される水酸基の位置や没食子酸ユニットの置換様式によって、千を超える化合物が天然に存在しており、顕著な生物活性を有するものも数多く報告されている。我々は無保護グルコースの直接位置選択的官能基化を基盤とする全合成研究に取り組んでおり、最近 punicafolin (1)及び macranganin (2)の初の全合成をグルコースから 7 工程で達成した。1 と 2 は没食子酸ユニットが酸化的に C-C結合形成によってできる HHDP 基の軸不斉が異なるジアステレオマーである (Figure 1)。1 と 2の合成品の 1H NMR から糖由来のシグナルのカップリングコンスタントが大きく異なることに興味を持ち、1 及び 2 の MacroModel を用いた配座探索を行った。その結果、1 は Figure 1 の構造式に示す通り、グルコースのピラノース環がフリップし、置換基が全てアキシアルに向いた
1

C4 配座をとるのに対し、2 はアノマー位の置換基がエクアトリアルに向いた boat 型の配座が安定であることが示唆された。配座探索で得られた 227 配座 (<5 kcal/mol) を初期構造とした
DFT 計算により構造最適化した結果、得られた最安定構造を Figure 2 に示した。本構造を用いた NMR 計算によって算出したピラノース環上水素のカップリングコンスタントの計算値は、実測値と似た傾向を示したことから、溶液中でも同様の配座を取っていることが示唆された。1
は 1C4 配座を無理なくとれるのに対して、2 は全ての置換基がアキシアルに向いた場合、
HHDP 基とアノマー位の没食子酸ユニットとの間に立体障害が生じるため、アノマー位の没食
子酸ユニットをエクアトリアルに向けた boat 型配座が安定配座となったと考えられる。

発表論文（謝辞あり）
H. Shibayama, Y. Ueda, T. Kawabata, 投稿準備中.

5

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

リビングラジカル重合法を用いたヤヌス型ボトルブラシの合成と高次構造の創製
Fabrication of Higher-order Structures of Molecular Janus-type Bottlebrushes Synthesized
through Living Radical Polymerization
京都大学 化学研究所 材料機能化学研究系 高分子材料設計化学研究領域 榊原圭太

研究成果概要高密度に異種側鎖を有するボトルブラシは、ヤヌス型ボトルブラシと呼ばれ、異種側鎖のミクロ相分離を駆動力とした高次構造のビルディングブロックとして着目されている。我々はこれまで、セルロースを主鎖として、6 位水酸基に polystyrene（PSt、Mn = 3,100）鎖を、2,3 位水酸基に poly(ethylene glycol)（PEG、Mn = 730）鎖を有するヤヌス型ボトルブラシ（セルロース系ヤヌ
ス型ボトルブラシ）の主鎖のコンホメーションが、希薄溶液中において、捻率と曲率を有するワ
イヤーモデルであるらせんみみず鎖（HW）モデルにより再現できることを見出している 1)。本研
究では、側鎖長と主鎖のコンホメーションの相間を明らかにすべく、種々のセルロース系ヤヌス型ボトルブラシを合成し、サイズ排除クロマトグラフィー-多角度光散乱（SEC-MALS）測定および小角 X 線散乱（SAXS）測定による希薄溶液中におけるコンホメーション解析を行った。PSt
鎖の Mn が大きくなるに連れて、ボトルブラシの断面方向の平均二乗回転半径 Sc2 の値が大きくなり、側鎖はより広がっていることがわかった。Sc2 の値と S2 の DPw 依存性を総合的に考察す
ると、いずれのボトルブラシも主鎖のコンホメーションは HW 鎖モデルで再現できることがわかった。これは PEG 鎖のみを有するボトルブラシ主鎖がみみず鎖（KP）モデルにより再現できたことと対照的であり、PEG 鎖の有無が主鎖のコンホメーションに大きな影響を与えていることがわかった。
発表論文（謝辞あり）
該当無し
発表論文（謝辞なし）
1) K. Sakakibara, Y. Kinose, Y. Tsujii, "Synthesis of Cellulosic Bottlebrushes with
Regioselectively Substituted Side Chains and their Self-assembly", In Cellulose Science andTechnology: Chemistry, Analysis, and Applications, ed. T. Rosenau, A. Potthast, J. Hell, John
Wiley & Sons Inc., NJ, USA, 2019, pp. 51-66.
2) H. Miyamoto, K. Sakakibara, I. Wataoka, Y. Tsujii, C. Yamane, K. Kajiwara, "Interaction of
Water Molecules with Carboxyalkyl Cellulose", In Cellulose Science and Technology:
Chemistry, Analysis, and Applications, ed. T. Rosenau, A. Potthast, J. Hell, John Wiley & Sons
Inc., NJ, USA, 2019, pp. 127-142.

6

平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
透過型電子顕微鏡による高分子結晶の高分解能観察

High-Resolution Observation of Polymer Crystals with a Transmission Electron Microscope
京都大学化学研究所 高分子制御合成研究領域

登阪雅聡

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、ポリジメチルシロ
キサン（PDMS）の結晶構造解析に取り組んだ。PDMS はエラストマーやオイル、消泡剤としての食品添加など、幅広く使われている。この PDMS は低温で結晶化するが、その原子座標を決める構造解析は未だ行われていない。
我々は昨年度までに、透過型電子顕微鏡（TEM）中で PDMS を冷却することにより単結晶を得て、その制限視野電子線回折（SAED）パターンから、５種類の結晶構造が存在することを明らかにしていた。この SAED パターンからは、結晶の ab 面内における分子充填の情報が得られるが、c 軸方向の情報は欠損している。そこで c 軸方向の情報はバルク試料からの X 線
回折（WAXD）パターンより推定することで、エネルギー的に安定であり、かつ、回折パターンの特徴を再現できる構造モデルを Materials Studio を用いて探索した。その結果、最初に見つけた４種類について確からしい構造を提案した（図１）。また、架橋した PDMS（いわゆるシリコーンゴム）を延伸して冷却結晶化させると、WAXD パターンが延伸倍率に応じて変化するという特異な現象についても、これら４種類の結晶が混在すると考えることで説明することができた。

b

b

b

a
Form 2aForm 1aForm 3b
図１ PDMS の結晶構造モデル（ab 面投影）aForm 4Form 4 の分子鎖は ab 面に対して傾いている

発表論文 （謝辞あり）
M. Tosaka, K. Tashiro, Polymer, 2018, 153, 507-520.

7

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
含歪みπ共役化合物の合成とその物性評価

Synthesis of Strained π-Conjugated Molecules and Evaluation of their Physical Properties
京都大学化学研究所 材料機能化学研究系 高分子制御合成研究領域 茅原 栄一
シクロパラフェニレン (CPP) をはじめとした環状π共役分子は、基礎および応用研
究の両面から近年大いに注目されている。我々は、最近、CPP の歪んだ炭素-炭素 (C-C)
結合に着目し、遷移金属錯体に対する反応性について検討を行ったところ、0 価白金錯体により CPP の二つの C-C 結合が一度に活性化され、環状白金二核錯体が得られることを見出した (Scheme 1)。そこで、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシス
テムを利用し、 DFT 計算による本反応の反応機構の推定を行った
まず、[5]CPP の C-C結合に対して、Pt(PMe3)2
が段階的に挿入する機構の探索を行った(Figure 1)。その結果、CPP の C-Cσ結合に白金が配位した後に、3 中心遷移状態を経由し、単核錯体 1a が生成する経路が見つかった。さらに、
1a から、同様に白金錯体の配位と挿入により、二核錯体 2a が生成した。
1 つめ、2 つめの挿入反応の活性化エンタルピーは+52、47 kJ/mol といずれも低く、これは、実験において、80℃程度の穏和な条件で反応が進行した結果とよい一致を示していた。また、この結果は最初の C-C 活性化が律速段階であることを示唆している。また、いずれの段階も大きく
発熱的な反応であり、1a の生成は 129kJ/mol、2a の生成は 146kJ/mol であった。
発表論文（謝辞あり）
Kayahara, E.; Hayashi, T.; Takeuchi, K.; Ozawa, F.; Ashida, K.; Ogoshi, S.; Yamago, S. Angew.
Chem. Int. Ed. 2018, 57, 11418-11421.

8

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
電子不足部位を有する環状π共役分子の合成

Synthesis of cyclic π-conjugated molecules with electron deficient moieties
京都大学化学研究所 材料機能化学研究系 高分子制御合成研究領域

橋本 士雄磨研究成果概要環状π共役分子であるシクロパラフェニレン（CPP）及びその誘導体は、化学と材料科学の両面から注目を集める分子群である。中でも、π共役骨格に電子求引性基を導入したものは、n 型半導体材料などへの応用も期待できる。本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、新たに電子不足なテトラフルオロアリーレン部位を有する CPP 誘導体の理論計算に取り組んだ。
目 的 の CPP 誘 導 体 で あ る 8F-[6]CPP と 12F-[9]CPP に つ い て TD-DFT 計 算[B3LYP/6-311+G(d,p)]を行なったところ、HOMO から LUMO への遷移はいずれも禁制と予測され、実際の吸収スペクトル波形の傾向と一致していることがわかった。また、フッ素原子導入
により HOMO、LUMO 準位を制御できる知見は、今後の材料研究への応用にも期待できる。

Figure 1. Summary of TD-DFT calculation [B3LYP/6-311+G(d,p) level of theory].
発表論文（謝辞あり）“Synthesis and Physical Properties of Polyfluorinated Cycloparaphenylenes”
Hashimoto, S.; Kayahara, E.; Mizuhata, Y.; Tokitoh, N.; Takeuchi, K.; Ozawa, F.; Yamago, S.
Org. Lett. 2018, 20, 5973-5976.

9平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
新規ラジカル重合の開発
Development of new radical polymerization
京都大学化学研究所 高分子制御合成領域

藤田健弘

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピューターシステムを利用し、新規モノマーを用いたラジカル重合の開発に関わる分子設計を行った。
これまで、新規モノマーの置換基を変えることで大きく反応性が変わる事が実験的に明らかになっている。これらの反応性の差を調べるために、Gaussian ソフトウェアを用いてモノマーの最安定構造を求めた。得られた構造を用いることで反応性の差を説明することが出来た。さらに、この結果に基づいて置換基の構造をデザインした。今後は、重合機構を明らかにするために計算サーバーを利用する予定である。

10

平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
有機デバイスの基礎科学と高機能化
Basic Science and Functionalization of Organic Devices
京都大学 化学研究所 分子材料化学研究領域

梶 弘典

研究成果概要曲面状共役系を有するユニークな環状分子である[n]シクロパラフェニレン([n]CPP，Fig. 1)
は，これまでサイズ選択的な合成が進められるとともに，有機電子材料としての応用例として，
疎水基修飾した CPP 非晶系の電子移動度が報告されている。しかしながら，CPP 非晶系の電荷輸送特性に関する系統的な理解は十分でない。本研究では，京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムに実装されている分子動力学(MD)ならびに量子化学計算ソフトウェアを使用して CPP 非晶系の電荷輸送シミュレーションを行い， CPP の環サイズや特異な分子構造が電荷輸送特性に与える影響について検討した。MD 計算には Linux 版 LAMMPS を,
量子化学計算には Linux 版 Gaussian 16 プログラムを, 分子軌道の可視化には Windows 版
GaussView 6 を用いた。
孤立した CPP 分子の構造最適化には密度汎関数法(DFT, B3LYP/6-31G*)を用いた。得られた構造
を初期構造として MD 計算を行い, 4000 分子からなる CPP の非晶凝集体を作製した。5-10 Å 程度の近接した分子間においては herring-bone 様の配置をとる一方， 10 Å 以上離れた場合は分子間においては, 環が横並びになる傾向が見られた。さらに
25 A 以上の長距離においては非晶状態にあること Figure 2. Calculated hole mobility μ of[4], [6], and [10]CPP. F is appliedが示唆された。DFT を用いて非晶凝集系における electric field.
分子間電荷移動積分および電荷移動に伴う再配列エネルギーを計算した。周辺分子から受ける静電相互作用も考慮しながら, Marcus 理論に従って電荷移動速度定数を算出し，動的Monte Carlo 法による電荷輸送シミュレーションを行った。得られた正孔移動度を Fig. 2 に示す。CPP 環サイズの増大するにつれても増加し, [10]CPP は[4]CPP よりも 1-2 桁程度高い移動度を示した。
発表論文（謝辞あり）[1] Gram-Scale Syntheses and Conductivities of [10]Cycloparaphenylene and Its Tetraalkoxy
Derivatives. Eiichi Kayahara, Liansheng Sun, Hiroaki Onishi, Katsuaki Suzuki, Tatsuya
Fukushima, Ayaka Sawada, Hironori Kaji, and Shigeru Yamago. J. Am. Chem. Soc., 2017, 139(51), pp 18480–18483

11平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
界面の振動分光学
Vibrational Spectroscopic Study of Surface Chemistry
京都大学 化学研究所 分子環境解析化学領域

長谷川 健

研究成果概要パーフルオロアルキル（Rf）鎖は，鎖内で隣接する CF2 基間の立体反発に起因するねじれ構造をとるため[1, 2]，不斉炭素を持たないものの右・左巻き 2 つのねじれ構造をとりうるアトロ
プ異性を示す．Rf 鎖が凝集していない孤立鎖では，この 2 つの構造間のポテンシャル障壁は低いため[3]，溶液試料はラセミ混合で光学活性を示さないことがわかっている．Stratified
Dipole-Arrays（SDA）理論[1, 2]によると，Rf 化合物はねじれ構造と大きな双極子支配の相互作用による自発的な二次元集合能を有し，集合体中では同じねじれ構造の Rf 鎖の集合が予想される．すなわち，溶液状態の Rf 化合物を自己集合させると，右巻きまたは左巻きのねじれ構造の Rf 鎖が集合したドメインの形成が予想され，これらは光学活性を示すはずである．本研
究では，数m 程度の微小領域を制御できるラマン分光イメージング装置を用いたラマン光学活性（ROA; Raman Optical Activity）解析を検討し，これまで測定例がほとんどなかった固体
試料の ROA 測定に成功し，集合能が高い長鎖の Rf 化合物の集合体は，予想通り同じねじれ構造の Rf 鎖どうしが集合していることを明らかにした．
Rf 化合物の ROA 解析を行う前に，不斉炭素を有するアラニンの 2 つの光学異性体（L 体お
よび D 体）について，それぞれ水溶液から再結晶させて得た粒子を用いて ROA 解析を検討した．円偏光の崩れに注意しながら，試料表面からの照射深さを変えた ROA 測定を行ったところ，アラニンの L 体および D 体でシグナルが反転した ROA スペクトルが得られる条件を見出し，固体試料の ROA 解析に成功した．この最適化した測定条件で，自己集合能が高いことがわ
かっている Rf 鎖（CF3(CF2)9–）をもつ化合物[4]の ROA 解析を行った．Rf 化合物を有機溶媒に溶かし，ROA 解析が容易にできる数 mm のサイズになるまで，溶液をゆっくりと濃縮して得た複数の粒子について解析したところ，いずれも明瞭な ROA シグナルが観測された．これらのROA シグナルは，量子化学計算により得た ROA スペクトルでほぼ再現できた．これは，それぞれの粒子がラセミ混合物の集合体ではなく，右・左巻きの存在量が偏っていることを意味し，
SDA 理論が示唆する同じねじれ構造の Rf 鎖どうしが二次元集合する性質を裏付けることができた[5]．
参考文献[1] T. Hasegawa, et al., ChemPlusChem 79, 1421 (2014). [2] T. Hasegawa, Chem. Rec. 17, 903(2017). [3] G. D. Smith et al., Macromolecules 27, 3166 (1994). [4] T. Shimoaka, et al., J.
Colloid Interf. Sci. 483, 353 (2016).
発表論文（謝辞なし）[5] T. Shimoaka, M. Sonoyama, H. Amii, T. Takagi, T. Kanamori, and T. Hasegawa, J. Phys.
Chem. A in press (2019).

12平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
EELS スペクトルの計算機シミュレーション
Computer simulation of EEL Spectrum
京都大学 化学研究所 複合ナノ解析化学

根本 隆

研究成果概要電子顕微鏡法と電子エネルギー損失分光法を組み合わせることにより、nm オーダーの微小領域の構造観察と同時に局所領域の元素分析や電子構造の解析が可能となる。また、電子源を単色化するモノクロメータを併用することで、低損失エネルギー領域に現れる価電子励
起や振動励起の情報を得ることも可能となる。しかしながら、電子線を局所領域に照射するた
め、試料の損傷が生じ、本来の状態とは異なる状態のスペクトルが得られることも多い。特に有機物の結晶では試料損傷が起こりやすく、損傷の影響を受けやすい振動スペクトルや価電子スペクトルの解析は困難である。このような試料のスペクトルの取得にはいくつかの手法が提案されており、今回は非弾性散乱の非局在性を用いて、試料に直接電子線を照射せず、試料近傍を通過した電子の損失エネルギーを解析する aloof 測定法によって得られた振動励
起のスペクトルの解析を試みた。
本年度は、主として TCNQ および Ag-TCNQ を対象として、京都大学化学研究所スーパ
ーコンピュータシステムに導入されている Materials Studio の DMol パッケージを使用して振動励起のシミュレーションを行い、実験で得られたピークの帰属を行った。
1. DMol ソフトウェアを用い、X 線構造解析の結果を元に、分子構造・結晶構造の構造最適化を行った。 Ag-TCNQ については、TCNQ アニオンラジカルについて計算した。
2. 構造最適化後、DMol ソフトウェアを用いて単分子、及び結晶としての振動解析を行った。
単分子では TCNQ のシアノ基は等価であるが結晶中では周辺環境の違いにより非等価である。しかし、計算により得られた振動モードはわずかに異なるエネルギー値を示すものの、結果として単分子の計算結果とほぼ同じ値となっていた。実験によって得られた振動励起のピー
クは 165 meV, 270 meV にあらわれており、それぞれ、C-C, C=C と C≡N の振動モードと推定される。これらの値は計算値や赤外吸収スペクトル法による文献値と良い一致を示しており、
aloof EELS 法により、振動スペクトルの測定ができていると判断できた。

13平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
X 線管からのスペクトル解析
X-ray spectrum analysis from X-ray tube

京都大学化学研究所 先端ビームナノ化学センター 原子分子構造研究領域

正岡聖

背景と目的
被写体に X 線管からのコーンビーム状の X 線束を照射して CT 撮影を行う場合、X 線減衰定数の高い物質が被写体に含まれている場合、CT 画像に影響を及ぼすことが分かっている。これをビームハードニング現象といい、これがアーチファクトの原因となる。ここでは、各撮影角度において、計算により散乱放射線を分離した投影画像を用いて再構成することにより、アーチファクトが抑えられた CT 画像を得ることを目的とした計算
を行った。
検討内容
下図のようなジオメトリーで、アルミロッドを内部に含む被写体を１回転させながら投影画像で得られる X 線の数を計算した。被写体内部で散乱を起こす場合は X 線の進行方向が変化するので、ディテクタで得られたX 線が直接放射線であるか散乱放射線であるかが分かる。ディテクタで得られる輝度値から X 線の進行方向が変化したことによる寄与分を差し引くことで散乱放射線の影響を除くことができる。比較のため散乱放射線を除かない場合と除いた場合について再構成を行い、この両者の CT 画像を比較した。

X-ray generator
Additional filter

detector

X-ray
Pb slit結果
上記結果を比較することにより、散乱線を取り除くことによって、アルミロッド間のアーチファクトが解消されており、その重要性を確認することができた。

14

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

効率的有機分子変換反応を可能とする新規金属触媒の設計と合成
Design and Synthesis of Metal Catalysts toward Efficient Organic Molecular Transformation
京都大学 化学研究所 元素科学国際研究センター

中村 正治

研究成果概要芳香族塩化物とアルキル Grignard 反応剤との鉄触媒クロスカップリング反応は，生理活性物質や機能性材料等の簡便かつ持続可能な合成戦略として注目を集めている。本利用者は近年，フッ化鉄/SIPr (1,3-ビス(2,6-ジイソプロピルフェニル)イミダゾリジン-2-イリデン)
触媒系を用いることで，広範なアルキル Grignard 反応剤と芳香族塩化物から良好な収率で目的のカップリング体が得られることを見出した。特に，従来法では適用不可能であったメチル基や Me3SiCH2 基など水素を持たないアルキル基を電子豊富で不活性な芳香族塩化物に導入することに初めて成功した。
本フッ化鉄/SIPr 触媒系は特有の反応性と選択性を示したことから，その反応機構にも興味が持たれる。そこで本研究では，京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し，フッ化鉄/SIPr 触媒系による芳香族塩化物とアルキル Grignard 反応剤とのクロスカップリング反応の反応機構解析を行った。まず対象原子の酸化数や隣接原子の種類，結合距離の情報が得られる溶液 XAS (X 線吸収分光法) および DFT 計算を用いることにより，反応溶液中で+II 価のアート錯体 [MgX][FeIIF2(SIPr)(Me/alkyl)] (S = 2) が形成されていることが明らかにした。 加えて DFT 計算の結果から，本反応はアート錯体を反応活性種とする
FeII/FeIV 触媒サイクルで進行し，フッ素配位子とマグネシウムカチオンが重要な役割を果たしていることが示唆された。すなわち，フッ化鉄に架橋配位しているルイス酸性のマグネ
シウムカチオンが芳香族塩化物の脱離能向上に寄与し，酸化的付加を促進していることが明らかとなった。ここで，フッ素配位子は鉄の過剰な還元反応を抑制するとともにアート錯体の生成と安定化に対して重要な役割を果たしていることが示唆された。本機構研究は
フッ化鉄/SIPr 触媒系が従来の鉄触媒系と全く異なる機構を経由していることを明らかにしただけでなく，さらなる触媒開発・反応設計へと繋がる知見を与えた。尚，本研究の DFT
計算は京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを活用することで迅速かつ正確に行うことができた。
発表論文（謝辞なし）
R. Agata, H. Takaya, H. Matsuda, N. Nakatani, K. Takeuchi, T. Iwamoto, T. Hatakeyama, M.
Nakamura, “Iron-Catalyzed Cross-Coupling of Aryl Chlorides with Alkyl Grignard Reagents:
Synthetic scope and FeII/FeIV mechanism supported by X-ray absorption spectroscopy anddensity functional theory calculations”, Bull. Chem. Soc. Jpn. 2019, 92, 381–390.

15平成30年度 京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
バイオインフォマティクス実習
Bioinformatics Training

京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
チョウ ルイシャン
研究成果概要During the last five months, I have finished all 8 bioinformatics exercises in Professor Ogata’slab (uploaded before February 2019) by using the Supercomputer system in Kyoto university. In
the future, I will continue to deal with exercises on python, 16S rRNA sequence analysis and soon to acquire more knowledge on bioinformatics.

16平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

赤潮期間に沿岸生態システムの巨大ウイルスと藻類と細菌との相互関係分析
Analysis of interaction among giant viruses, algae and bacteria in the costal ecosystem during
bloom period
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学領域 夏駿
研究成果概要This research used the super computer system in Institute for Chemical Research of Kyoto
University and was cooperated with Graduate School of Agriculture of Kyoto University.
Uranouhci Bay is an enclosed, eutrophic bay in the south-west Japan, only with a narrow
inlet to Tosa Bay. Temporal change from 1985 to 2014 showed that from early spring to latesummer the water temperature was usually increasing and was decreasing from late summer towinter. There were harmful algae blooms happened from spring to the early autumn almost
every year. Blooms usually happened from inner bay to inlet. The major harmful algae werebelonging to Chattonella and Karenia, which cost large fishery damage in this area.
This research is to figure out that (1) what is the relationship among algae, bacteria andgiant viruses in gulf ecosystem; (2) is there any succession between hosts and viruses indifferent stages of algae bloom; (3) what is the role playing by giant viruses during algae bloom
period; (4) can giant virus species be applied to algae bloom monitoring, even forecasting. The
sample collection will be performed by membranes with different pore sizes. And then in thelaboratory, DNA extraction, amplification with different primers and MiSeq sequencing will be
done. After getting the sequence data, (1) survey of seasonal variation among giant viruses,
algae and bacteria; (2) community dynamics analysis; (3) network analysis based on
quantitative relationship will be finished. The most important part is the network analysis, it will
indicate which group is the center position, which connection among algae, bacteria, giant virus,
and if there are any community successions in different periods of the bloom. With all theanalysis done by the super computer, it shows a big diagram of interaction of coastal ecosystem
in microbial scale.
発表論文（謝辞あり）
なし
発表論文（謝辞なし）
なし

17平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
海洋巨大ウイルス宿主同定に関する研究
Study on the host identification of giant viruses

京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学領域 Lingjie Meng

研究成果概要Megaviridae, also termed as the Giant virus, is a family of viruses proposed to infect mainly
protists. Large genomes (280kb-1.51Mb) and particles (140nm-1μm) make them unique innature. The evolutional origin and the ecological function of Megaviridae are attractive but
mysterious. With the development of sequencing and omics, it has been demonstrated
Megaviridae is abundant and diverse in the oceans, the diversity of which is three orders
magnitude greater than the number of their hosts to date. “What do they infect?” is a challenge
faced with us.
In regard to hosts identification of giant viruses, I make use of the SuperComputer System ofInstitute for Chemical Research, Kyoto University. Mainly, I focus on the Megaviridae, as wellas other NCLDVs and their eukaryotic host candidates from TARA oceans data in silico. In thisproject, I need to use various software and packages to do deal with short reads sequences, toalignment the different sequences and reconstruct phylogenetic trees, and to conduct theco-occurrence analyses.

発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）

18

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
生物情報ネットワークの解析と制御
Analysis and Control of Biological Information Networks
京都大学化学研究所数理生物情報研究領域

阿久津 達也

研究成果概要生物情報ネットワークの解析について、ブーリアンネットワーク（BN）とスケールフリーネットワ
ークいう数理モデルを主対象にこれまでの研究を継続・発展させた。
BN は遺伝子ネットワークの離散数理モデルである。今年度は BN を与えられた初期状態か
ら目標状態まで制御するのに必要な頂点（ドライバー頂点）の個数について研究を行った[1]。
特に、目標所帯を定常状態（アトラクター）に限定し、かつ、最初に１回の制御を与える場合におけるドライバー頂点数の理論解析を行った。各アトラクターに至る状態が一様に分布するという仮定のもとで、ドライバー頂点数と離散数学でよく知られた概念である「クーポン収集家問題」との関連性を見出した。その結果、頂点数を N、アトラクター数を M として、平均で O(log M+ log N)個のドライバー頂点があれば十分であることを見出した。この結果は、制御対象をアトラクターに限定することにより効率よく制御できることを示唆するものとなった。また、以前から行っていた確率 BN に対する例からのネットワーク構造とブール関数の正確な同定可能性についても研究を進め、ニューラルネットワークの離散モデルの一つである閾値 BN において、同定可能なクラスと不可能なクラスを特徴づけた[2]。
スケールフリーネットワークは次数分布がべき乗則にほぼ従うネットワークのことで、多くの生物情報ネットワークがこの性質を持つとされている。このスケールフリーネットワークに関して、
我々が近年行発展させてきた最小支配集合（MDS)を用いたネットワーク制御手法・理論を、複数のネットワークの同時制御に対応するように拡張した[3]。このモデルのもとでドライバー頂点数の理論解析を行うとともに、公開ネットワークデータを用いたデータ解析を行い、選択されたドライバー頂点が生物学的に重要なものが多いことなどを示した。
発表論文（謝辞なし）[1] W. Hou, P. Ruan, W-K. Ching and T. Akutsu, On the number of driver nodes for controllinga Boolean network when the targets are restricted to attractors, Journal of Theoretical
Biology, 463, 1-11, 2019.
[2] A. A. Melkman, X. Cheng, W-K. Ching and T. Akutsu, Identifying a probabilistic Boolean
threshold network from samples, IEEE Transactions on Neural Networks and Learning
Systems, 29(4), 869-881, 2018.
[3] J. C. Nacher, M. Ishitsuka, S. Miyazaki and T. Akutsu, Finding and analysing the minimum
set of driver nodes required to control multilayer networks, Scientific Reports, 9(1), 576,
2019.

19

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
数理モデルによる生体ネットワーク制御手法の開発

Developing control methods for biological networks on mathematical models
京都大学化学研究所数理生物情報田村 武幸

研究成果概要細胞内には様々な化合物が存在し、互いに化学反応を繰り返すことにより生命活動が維持される。これらの化合物と反応の関係は代謝ネットワークにより表現される。この時、反応の触媒として機能するのが、遺伝子から作られた酵素と呼ばれるタンパク質である。代謝ネットワーク
も下図のようなブーリアンモデルで記述することが可能である。 は反応、 は化合物を表すノードである。例えば反応は化合物と から化合物 と を生成する。よって反応 が起こるための条件は ∧ と表せる。一方、化合物 は反応 と から生成されるので、化合物 の生成条件は ∨ と表せる。このように代謝ネットワークは反応を∧、化合物を∨のノードで表現した否定を含まない二部グラフで表現できる。

ブーリアンモデルの代謝ネットワークにおいては各ノードに０か１が割り当てられる。化合物に１が割り当てられれば、その化合物は生成可能あるいは存在するということを意味し、０が割り当てられれば、その化合物は生成不可能あるいは存在しないということを意味する。一方で反応に１が割り当てられれば、その反応はおこることができることを意味し、０が割り当てられれば、その反応はおこることができないことを意味する。
本研究では、ブーリアンモデルのみならず流束均衡モデルでも、ネットワークを制御する手法の計算を行った。

20

平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
次世代シーケンシングデータの解析
Analysis of next-generation sequencing data

京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 数理生物情報研究領域

森 智弥

研究成果概要本年度は具体的な計算機実験を行っていない。今後、大量の次世代シーケンスデータ解析の必要が生じた場合に、改めて利用する予定である。

発表論文（謝辞あり）
該当なし

発表論文（謝辞なし）
該当なし

21

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
新規な結合様式を持つ高周期典型元素化合物の反応解析

Theoretical Studies on the Reactions of Novel Main Group Element Compounds
京都大学化学研究所 物質創製化学研究系有機元素化学研究領域

郭 晶東

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムにおいて、Gaussian 09 プ
ログラムによる量子化学計算により、高周期１４族元素であるケイ素を二つ含む 1,2-ジシラベン
ゼ ン に つ い て 、 そ の 生 成 機 構 を 明 ら か と し た 。 か さ 高 い 置 換 基 で あ る Tbb 基（2,6-[CH(SiMe3)2]2-4-t-Bu-phenyl））を有するケイ素—ケイ素三重結合化合物とフェニルアセチ
レンとの反応により、3,5-ジフェニル-1,2-ジシラベンゼンが選択的に得られることが実験的に分か っ て い る 。 そ こ で ま ず 、 Gaussian 09 プ ロ グ ラ ム を 用 い 、 反 応 経 路 計 算 を 行 っ た 。
B3PW91-D3(BJ)/3-21G*の 計 算 レ ベ ル に て 、 構 造 最 適 化 を 行 い 、

B3PW91-D3(BJ)/lanl2dz+d for Si, 6-31G(d) for C,H レベルにて振動数計算および IRC 計算を行い反応経路を確かめた。その結果、1,2-ジシラシクロブタジエンを鍵中間体とする反応経路を明らかとし、高い選択性を合理的に説明できる結果をえることができた。
CA PCA /"3EDMO49@FHNO<;=>31,2-EDLJOGO4?
R

R

Si

Si

Si

R

+

R
Si

-0 ( < &62
[2+2+2]5,%
KIPB:
CA $1

R=

SiMe3
SiMe3

Me3Si
Me3Si

R
Si

R
Si

Si
+

Ph

R

R
Ph

Si
Ph

7<# ;;:.85,%Ph*!:+);=>?'

発表論文（謝辞あり）：Sugahara, T.; Guo, J.-D.; Hashizume, D.; Sasamori, T.; Nagase, S.;
Tokitoh, N. Dalton Trans. 2018, 47, 13318-13322.
発表論文（謝辞なし）：特になし

22平成 29 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
化学生命科学研究領域の研究報告

Research Achievement of the Laboratory of Chemical Life Science
京都大学化学研究所化学生命科学研究領域 緒方博之
研究成果概要京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用して、巨大ウイルスおよびウイル
スゲノムの解析・関連ツール開発を行うと同時に、微生物生態学関連のバイオインフォマティク
ス研究を行った。
具体的には、（１）東京理科大との共同による巨大ウイルス・メドゥーサウイルスのゲノム解析（吉川元貴他）、トランスクリプトーム解析（吉田亘騎）、（２）生物炭素ポンプを駆動する真核ウ
イルスの同定（Roman Blanc-Mathieu、金子博人他）、（３）メガウイルス科ウイルスの多様性及び生物地理・環境動態の解析（三原知子他、李岩沢他、Florian Prodinger 他）、（４）北極圏における巨大ウイルスの生物地理（遠藤寿、夏駿）、（５）NCLDV の生物地理（遠藤寿、孟令傑）、（６）ウイルス新種発見ツールの開発（黒西愛）、（７）農学研究科との共同研究による、海洋ウイ
ルスの局所的生産・日周変動の解析（吉田天士他）、（８）ウイルス―ホストデータベースの開発（山本留美子他）、（９）アメーバを利用した巨大ウイルスの単離。ウイルス関連以外の研究では、（１０）近畿大学との共同により、ガンキリンが腸内細菌叢に及ぼす影響の評価（西山拓輝
他）、（１１）腸内細菌叢のネットワーク解析（加藤恭崇他）、（１２）KO の予測ツールの開発（荒巻拓哉他）、（１３）珪藻、パルマ叢のゲノム解析（Roman Blanc-Mathieu 他）を行った。
発表論文（謝辞あり）
1.

Yoshikawa G., Blanc-Mathieu R., Song C., Kayama Y., Mochizuki T., Murata K., Ogata H.,
Takemura M. Medusavirus, a novel large DNA virus discovered from hot spring water. J.
Virol. doi: 10.1128/JVI.02130-18. (2019).

2.

Inoue M., Nakamoto I., Omae K., Oguro T., Ogata H., Yoshida T., Sako Y. Structural andphylogenetic diversity of anaerobic carbon-monoxide dehydrogenases. Front. Microbiol. 9,3353 (2019).

3.

Li Y., Hingamp P., Watai H., Endo H., Yoshida T., Ogata H. Degenerate PCR primers toreveal the diversity of giant viruses in coastal waters. Viruses, 10, 496 (2018).

4.

Arai W., Taniguchi T., Goto S., Moriya Y., Uehara H., Takemoto K., Ogata H., Takami H.
MAPLE 2.3.0: an improved system for evaluating the functionomes of genomes andmetagenomes. Biosci. Biotechnol. Biochem., 82, 1515-1517 (2018).

5.

Mihara, T., Koyano, H., Hingamp, P., Grimsley, N., Goto, S., and Ogata H.; Taxon richnessof “Megaviridae” exceeds those of Bacteria and Archaea in the ocean. Microbes Environ.,2333, 162-171 (2018).
6.

Yoshida, T., Nishimura, Y., Watai, H., Haruki, N., Morimoto, D., Kaneko, H., Honda, T.,
Yamamoto, K., Hingamp, P., Sako, Y., Goto, S., and Ogata H.; Locality and diel cycling ofviral production revealed by a 24 h time course cross-omics analysis in a coastal region ofJapan. ISME J., 12, 1287-1295, doi:10.1038/s41396-018-0052-x (2018).

発表論文（謝辞なし）
7.

Caputi L., Carradec Q., Eveillard D., et al.; Community-level responses to iron availability
in open ocean planktonic ecosystems. Global Biogeochem. Cycles (2019)8.

Roux S., Adriaenssens E.M., Dutilh B.E., et al.; Minimum Information about UncultivatedVirus Genomes (MIUViG): a community consensus on standards and best practices fordescribing genome sequences from uncultivated viruses. Nat. Biotechnol. 37, 29–37(2019).

9.

Piredda R., Claverie J.-M., Decelle J., et al.; Diatom diversity through HTS-metabarcoding
in coastal European seas. Sci. Rep., 8, 18059 (2018).

10. Endo H., Ogata H., Suzuki K.; Contrasting biogeography and diversity patterns between
diatoms and haptophytes in the central Pacific Ocean. Sci. Rep., 8, 10916 (2018).
11. Ogata H. Habitat Alterations by Viruses: Strategies by Tupanviruses and Others. Microbes
Environ, 33, 117-119 (2018).

24

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
海洋性プランクトン群の進化と生態についての研究

Research in evolution and ecology of marine planktonic communities
Chemical Life Science Laboratory, Institute for Chemical Research, Kyoto University
Blanc-Mathieu Romain
研究成果概要My current projects are as follow:
1. Assessing the diversity and deciphering the roles of marine eukaryotic viruses in
epipelagic oceans using environmental genomics and contextual data.
2. Understanding the evolutionary history of large nucleocytoplasmic DNA viruses via
genomic analysis of in-lab isolated viruses.
3. Study of standing genomic variation in the phytoplankton Triparma laevis: whatmechanisms shape this variation and how this variation channels future evolutionarychanges?
4. Understand the processes that led to functional diversification of theirphosphatidylinositol phosphate 5-kinases in core eudicotyledons.
To conduct these research projects I make use of the SuperComputer System of Institute for
Chemical Research, Kyoto University. I am using various software to reconstruct
phylogenies (phylobayes, RaXML, ete3 package), to assemble genomes (Spades andABySS), to trim and map short read sequences (trimmomatic, bowtie, bwa), to perform
sequence alignment and manipulation (Diamonds, Blast, Seqtk, Emboss) and to run myown scripts for parsing and downstream analysis.

発表論文（謝辞あり）
Yoshikawa G., Blanc-Mathieu R., Song C., Kayama Y., Mochizuki T., Murata K., Ogata
H., Takemura M. Medusavirus, a novel large DNA virus discovered from hot springwater. J. Virol. doi: 10.1128/JVI.02130-18. (2019).
Yoshikawa G, Askora A, Blanc-Mathieu R, Kawasaki T, Li Y, Nakano M, Ogata H, andYamada T., Xanthomonas citri jumbo phage XacN1 exhibits a wide host range and highcomplement of tRNA genes. Sci. Rep. 8, 4486 (2018)25

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

海洋の真核プランクトンと巨大ウイルスの生物地理に関する研究
Biogeography of eukaryotic plankton and giant viruses across the global ocean
京都大学 化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学研究領域
遠藤 寿

研究成果概要本研究では、日本沿岸域および全球海洋調査で得られたゲノムデータから、巨大核細胞
質 DNA ウイルス（NCLDV）の全球的な分布と多様性を解明するため、京都大学化学研究所
スーパーコンピュータシステムを利用し解析を行った。
近年の研究により、NCLDV が海洋に普遍的かつ豊富に存在することが明らかになったが、その多様性については正確な定量がなされてこなかった。本研究では、新たに設計した 82 のプライマーセットを用いることで、NCLDV の中でも海洋で特に優占するメガウイルス科の定量を試みた。その結果、沿岸海水数リットル中に 5,000 を超えるメガウイルス科の OTU が存在することが示された[1]。
大規模な海洋調査 Tara Oceans Expedition で得られたメタゲノムデータを解析することで、
NDLDV の海洋生物地理区分の推定を行った。結果、NCLDV の群集構造は熱帯から亜寒帯にかけてほぼ一様なのに対し、極域（特に北極域）において他海域と著しく異なることが示された。また、その群集変化は種単位で生じており、北極域群集の 17%以上が同海域の固有種で構成されることが示唆された。今後、NCLDV 群集の変遷を環境勾配と宿主群集変化の両面から精査し、亜極域に生物地理学的フロントが形成された要因を特定する。
さらに、渦鞭毛藻類 Heterocapsa circularisquama に感染する二本鎖 DNA ウイルス
（HcDNAV）の全ゲノム配列を決定するため、スーパーコンピュータシステムを用いてゲノムシーケンスデータのアセンブリと遺伝子予測、およびホモロジー検索を行った。
発表論文（謝辞あり）[1]. Li, Y., Hingamp, P., Watai, H., Endo, H., Yoshida, T., & Ogata, H. (2018). Degenerate PCR
Primers to Reveal the Diversity of Giant Viruses in Coastal Waters. Viruses, 10(9), 496.
発表論文（謝辞なし）[2]. Yoshida, K., Endo, H., Lawrenz, E., Isada, T., Hooker, S. B., Prášil, O., & Suzuki, K. (2018).
Community composition and photophysiology of phytoplankton assemblages in coastal
Oyashio waters of the western North Pacific during early spring. Estuar, Coast. Shelf Sci.
212, 80–94.

26

[3]. Endo, H., Ogata, H., & Suzuki, K. (2018). Contrasting biogeography and diversity patterns
between diatoms and haptophytes in the central Pacific Ocean. Sci. Rep., 8(1), 10916.
[4]. Xia, X., Cheung, S., Endo, H., Suzuki, K., & Liu, H. (2019). Latitudinal and Vertical
Variation of Synechococcus Assemblage Composition Along 170° W Transect From theSouth Pacific to the Arctic Ocean. Microb. Ecol, 1–10.

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
巨大ウイルスゲノムの解析
Genome analysis of giant viruses

京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター化学生命科学研究領域

吉川 元貴

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用して、アカントアメーバに感染する新規巨大ウイルス、メドゥーサウイルスのゲノム解析を行った。
メドゥーサウイルスは約 38 万塩基対の直鎖状二本鎖 DNA ゲノムを有していることが明らかになった。ゲノム中に 443 個のタンパク質遺伝子をコードすることが予測され、その 61%がデー
タベースに類似した遺伝子がない新規遺伝子であることが判明した。また、数個の遺伝子にはイントロン様配列が含まれていることが明らかになった。メドゥーサウイルスは核細胞質性大型 DNA ウイルス（Nucleocytoplasmic Large DNA Virus: NCLDV）に共通して保存されている遺伝子群（コア遺伝子）のうち 15 個を保持することから、NCLDV と共通祖先を持つと推定された。一方で、分子系統解析の結果、既知のウイルスグループと進化的に極めて遠い関係であることが明らかとなり、新規の科を形成することが示唆された。メドゥーサウイルスが保有する遺伝子に関する興味深い特徴として、真核生物ヒストン遺伝子と相同性の高い遺伝子を全セット（H1、H2A、H2B、H3、H4）持つことが判明した。真核生物と同様に 5 種類全てのヒストン遺伝
子を持つことが明らかとなったウイルスはメドゥーサウイルスが初めてである。分子系統解析の結果、これらのヒストン遺伝子はその進化の枝が、真核生物の系統樹の根（root）の部分から派生しており、その起源が真核生物の共通祖先よりも古いことが明らかになった。さらに、メドゥー
サウイルスの DNA ポリメラーゼ遺伝子は真核生物の DNA ポリメラーゼ δ と極めて近縁であり、同様の進化的関係が推測された。これらの結果は、真核生物の先祖がヒストン遺伝子や DNA
ポリメラーゼ遺伝子などを古代のウイルスから獲得した可能性を示唆している。また、アカント
アメーバとメドゥーサウイルスのゲノム比較により、進化の過程で数多くの遺伝子交換が行われていることが明らかになり、自然宿主がアカントアメーバであることが示唆された。

発表論文（謝辞あり）[1] Yoshikawa G., Blanc-Mathieu R., Song C., Kayama Y., Mochizuki T., Murata K., Ogata H.,
and Takemura M., Medusavirus, a novel large DNA virus discovered from hot spring water,
Journal of virology, JVI.02130-18 (2019).
発表論文（謝辞なし）なし。

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平成 30 年度 京都大学化学研究所 スーパーコンピューターシステム利用報告書
炎症性腸疾患における腸内微生物叢のメタゲノム解析
Metagenomic analyses of intestinal microbiota affected by inflammatory bowel disease
京都大学 化学研究所 化学生命科学研究領域

西山 拓輝

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用して、腸内微生物叢のメタゲノムの解析を実施した。具体的には、（１）近畿大学の櫻井俊治博士等との共同研
究において癌タンパク質であるガンキリンの遺伝子ノックアウトが炎症性腸疾患モデルマウスの腸内細菌叢の群集構造に及ぼす影響について細菌性 16S ｒRNA 遺伝子解析により調査を行い、（2）Nantes 大学の Samuel Chaffron 博士等との共同で実施した予備研究において
IBDMDB（www.ibdmdb.org)から取得した炎症性腸疾患患者と健常者の腸内微生物群集の全メタゲノム配列から metagenome-assembled genomes（MAG）を構築した。
本研究において、次世代シークエンサーから得られた塩基配列からの低品質領域やプライマー配列の除去に Trimmomatic や Cutadapt 等のツールを使用した。これらの配列に対し、細菌性 16S rRNA 遺伝子の解析では QIIME 等のツールを用いて操作的分類群解析を実施し、全メタゲノム解析では IDBA-UD や BinSanity 等のツールを用いて MAG を構築した。
発表論文（謝辞あり）
該当なし
発表論文（謝辞なし）
該当なし

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
配列類似性に基づいたウイルスゲノム分類法の開発

Development of viral genome classification method based on sequence similarity
京都大学化学研究所 化学生命科学研究領域

黒西 愛

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、配列類似性に基づいたウイルスゲノム分類法の開発を行った。
配列解析技術の進展によって、生体あるいは環境からウイルスの完全長ゲノム配列が高速かつ容易に検出・決定できるようになった。その結果、配列情報のみが得られているウイルスが増加しており、ウイルスゲノム配列からウイルスを正確に分類する必要性が高まっている。同じ種のメンバーである 2 つのウイルスゲノム間の配列類似度は種によって変動するが、種によって異なるゲノム類似度閾値（適応的閾値）を用いたゲノム自動分類法はこれまで開発されていなかった。そこで、Virus-Host DB1 に登録されているウイルスゲノム配列を用いて、新規ウイ
ルスゲノム配列を適応的閾値に基づいて正確に分類する手法を開発した。
Virus-Host DB（2018 年 12 月版）に含まれるウイルスのうち、ゲノム配列が 2 つ以上登録されている分類群のゲノム配列を配列解析ツールである Mash2 を用いて比較し、各分類群の配列
類似度閾値を学習した。学習した適応的閾値を基に既知ウイルスゲノム配列の分類予測を行い、実際のウイルス分類と比較した。
適応的閾値を採用した分類方法は単純な方法よりも高い適合率でゲノム配列を分類することができた。データベースに含まれていない種のゲノム配列を分類した場合、適応的閾値によって高い精度でそれが新種であることを判定出来た。今後さらに多くのウイルスゲノム配列が公開データベースに蓄積されていくと考えられる。これにより閾値計算の元となる配列データと閾値の決定できる分類群が増加し、新規ウイルスゲノム配列の分類精度をより向上できることが期待できる。
発表論文（謝辞あり）
発表論文（謝辞なし）
なし
参考文献
1. Mihara T, Nishimura Y, Shimizu Y, et al. Linking virus genomes with host taxonomy. Viruses.
2016;8(3):66.
2. Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, et al. Mash: Fast genome and metagenome distanceestimation using MinHash. Genome Biol. 2016;17(1):132-016-0997-x.

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

メガウイルス科の DNA ポリメラーゼ遺伝子を標的とするアンプリコン解析
Amplicon analysis of Megaviridae DNA polymerase gene京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学領域 李岩沢
研究成果概要To gauge the diversity of the Megaviridae family at the population level, members of
the Ogata laboratory and their collaborators designed a set of 82 pairs of degenerated primers(referred to as MEGAPRIMER), targeting DNA polymerase genes (polBs) of Megaviridae. As
the target regions of 82 pairs of primers on polB were not exactly the same at their extremities,
their meta-barcode data were incompatible with previous meta-barcode processing pipelines. To
appropriately process the meta-barcode data from MEGAPRIMER,
I designed a bioinformatics pipeline named Megaviridae Amplicon Processing System(MAPS), which was a set of scripts to automatically process meta-barcode raw reads in parallel
processing. MAPS was designed to be able to trim meta-barcodes so that the user can retain
only the common regions among reads that were amplified with different primers.
To conduct this research project I make use of the SuperComputer System of Institutefor Chemical Research, Kyoto University. I am using the free software such as FLASh,
Trimmomatic and MAFFT for developing the MAPS. PBS system on SuperComputer System
was also used in the process management of MAPS.
By analyzing sequence data from environmental DNA meta-barcoding of 5
water samples from various aquatic environments with MAPS, 220-5662 non-singleton
operational taxonomic units (OTUs) of Megaviridae at 97% nucleotide sequence identity
were identified from individual samples. Most of reads (88.6%) were belonging to OTUs
which contained reads from more than one sample. This observation suggests a
relatively wide habitat and niche for individual viruses of Megaviridae and theirtransport between distant geographic locations.

発表論文（謝辞あり）
Li Y, Hingamp P, Watai H, Endo H, Yoshida T, Ogata H. 2018. Degenerate PCR Primers to
Reveal the Diversity of Giant Viruses in Coastal Waters. Viruses 10:496
発表論文（謝辞なし）
該当なし

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
KEGG Orthology に関する研究
Research about KEGG Orthology

京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学領域 荒巻 拓哉
研究成果概要KEGG Orthology (KO) は、遺伝子を機能と配列類似性を元に分類した遺伝子機能データベースで、各 KO の ID（K 番号）と遺伝子を対応させることで機能アノテーションを行える。機能未知のアミノ酸配列に KO を割り当てるツールとしては、現在 KAAS、BlastKOALA、
GhostKOALA の 3 つが存在する。
本研究では既存のツールに代わる新たな手法として、KO データベースの配列をプロファイル
HMM 化した KOfam データベースを構築し、隠れマルコフモデル (HMM) による配列検索を用いた遺伝子機能予測法を開発した。またこの予測法に必要となる、ある配列がある KO に含まれるかの判定基準となる類似度スコアの閾値を KO ごとに設定する方法を開発した。具体的には、KO
配列の 3 分の 2 で作成したプロファイル HMM を用いて、残りの 3 分の 1 の配列および他 KO の配列を検索することで、同じ KO の配列のみをよく判別できる類似度スコアの閾値を探索するという方法である。

KOfam データベースによる遺伝子機能予測法の予測精度および計算時間を KAAS、
BlastKOALA、GhostKOALA と比較したところ、計算時間の面で各ツールよりそれぞれ 1.9～
3.4 倍、68～87 倍、1.05～1.7 倍の高速だっ た。また予測精度で も KAAS を上回り、BlastKOALA、GhostKOALA とも同等の予測精度を示した。
開発した KOfam データベースおよびそれを用いた遺伝子機能予測ツールは、GenomeNet(https://www.genome.jp/) で公開する予定である。
発表論文（謝辞あり）
発表論文（謝辞なし）
本年は共になし。

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平成30年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
海洋巨大ウイルスとその宿主の多様性解析について
Diversity analysis of giant marine viruses and their hosts.

京都大学化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学研究領域

Florian Prodinger
研究成果概要My research focuses around diversity analysis of megaviridae in sea water samples of OsakaandUranouchibay.

Usually,thediversity

analysisofmegaviridae

involves

metagenomics[1]–[3], however recently a primer base method was published with promising
results[4]. I have been improving the referenced method and generated datasets using the socalled MEGAPRIMERs, a set of 82 primers which target the megaviridae polymerase B gene.
The generated data is stored on the supercomputer. Additionally, I use the supercomputer toanalyze MEGAPRIMER sequencing datasets using MAPS[4] and 18S rRNA sequencing datawith qiime2[5] and I utilize python 3 and R scripts for data manipulation and plotting.
References[1] W. H. Wilson et al., “Genomic exploration of individual giant ocean viruses,” ISME J., vol.
11, no. 8, pp. 1736–1745, 2017.
[2] T. Mihara, H. Koyano, P. Hingamp, N. Grimsley, S. Goto, and H. Ogata, “Taxon Richnessof ‘Megaviridae’ Exceeds those of Bacteria and Archaea in the Ocean,” Microbes Environ.,
vol. 33, no. 2, pp. 162–171, 2018.
[3] P. Hingamp et al., “Exploring nucleo-cytoplasmic large DNA viruses in Tara Oceans
microbial metagenomes,” ISME J., vol. 7, no. 9, pp. 1678–1695, Sep. 2013.
[4] Y. Li et al., “Degenerate PCR Primers to Reveal the Diversity of Giant Viruses in Coastal
Waters,” Viruses, vol. 10, no. 9, p. 496, Sep. 2018.
[5] J. G. Caporaso et al., “QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing
data,” Nat. Methods, vol. 7, no. 5, p. 335, May 2010.

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平成 30 年度 京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
共起ネットワーク解析に基づく腸内細菌のメタゲノム解析
Analysis of human gut microbiome using co-occurrence network
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター化学生命科学領域 加藤恭崇
研究成果概要本研究では、健常者と患者の腸内細菌叢を分かつ特徴を明らかにすることを目的とし、健常者と患者の腸内細菌叢を比較した複数のデータセットを用いることで、細菌種の同定を行い、同定した細菌種の共存関係を数学的モデルにより解析した。数学モデルには共起ネットワークを用いた。共起ネットワークの特徴量を調べる際にはグラフ理論に基づく複数のネットワーク指標を用いた。私は、本研究を進めるに当たり、京都大学
化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、必要な計算処理を行った。
本研究の結果、疾患のネットワーク変動は疾患毎に多様である事を確認した。このことは疾患毎に腸内細菌叢のディスバイオシスは異なり、腸内細菌叢をターゲットとする治療は疾患毎に多様になり得ることを示唆している。しかし、ネットワーク指標の 1
つである、平均クラスター係数は疾患間で共通の変動を示した。このことより、私は健常者と患者を分かつネットワークの特徴として、「健常者には存在し、患者では失われる 3 つの細菌の共存関係」を見出した。そして、これを健康トライアングルと定義した。
健康トライアングルに関与する細菌の多くは短鎖脂肪酸を産生する特徴を有していた。
このことより、実験系での解析は必要であるが、確認した健康トライアングルは健康維
持に重要な役割を担っている可能性が考えられる。
今後は他のネットワーク指標を用いることで、さらに多様にネットワークを特徴づけていきたいと考えている。

発表論文（謝辞あり）
発表論文（謝辞なし）
本年度は共になし。

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平成 30 年度 京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

海洋微生物生態系における種間相互作用の研究
Analysis of interspesific interactions in marine microbial ecology
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学領域 金子博人
研究成果概要本年度私は、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、生物炭素ポンプを駆動する海洋ウイルスの探索を行った。
生物炭素ポンプは、地球規模の炭素循環を形成する経路のひとつである。この経路では、大気中の二酸化炭素が光合成によって有機炭素に変換された後に、その有機炭素が深海に沈降する粒子に変換されることにより、炭素が大気中から深海へと輸送される。
どの生物がどのように生物炭素ポンプを駆動しているかを知ることは、地球規模の気候変動を評価する観点から非常に重要である。とりわけ、海洋ウイルスと生物炭素ポンプの関係は、いくつかの実験や理論から予想されているが、未だその全体像は不明である。
私は、海洋ウイルスの中でも核細胞質性大型 DNA ウイルス（NCLDV）に着目し、生物
炭素ポンプとの関係を地球規模のメタゲノムデータを利用して調査した。
具体的には、タラ号海洋探査プロジェクトで得られた地球の海洋全体を網羅した海洋
メタゲノムを使用して、スーパーコンピュータを用いた解析を行った。その結果、
NCLDV の存在量プロファイルのみから、炭素移出フラックスの分散の 50%弱を説明できることを明らかにした。このことは、NCLDV のいくつかの系統が生物炭素ポンプの駆動に関係していることを強く示唆している。さらに、NCLDV が生物炭素ポンプに貢献するメカニズムとして、宿主の凝集を促すことが考えられるが、この宿主の凝集の情報を海洋メタバーコードから抽出する新手法も考案し、その有効性をスーパーコンピュータによる解析により確認した。本手法は、生物炭素ポンプとウイルス感染の関係のメ
カニズムを理解するために今後利用できるものと考えられる。
発表論文（謝辞あり）
発表論文（謝辞なし）
本年度は共になし。

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
巨大ウイルスの分離
Isolation of large DNA viruses

京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター化学生命科学

吉田亘騎

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、巨大ウイルスのRNA-seq データを用いたトランスクリプトーム解析を行った。具体的には RNA-seq により得られた配列をゲノムにツールを用いてマッピングを行い、ウイルスのカプシドを構成する Major
capsid protein 遺伝子をコードする転写産物のイントロン領域を検出することで翻訳領域を推定した。こうして推定された遺伝子配列は以前に推定された配列よりも他の種との相同性が高く、またタンパク質質量が実験により推定された結果と近いことから、より真の配列に近いことが示唆された。またその他の注釈付けされた遺伝子群の発現量の時間変化について解析を行っている。

発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
ナノ炭素材料の理論的研究
Theoretical study of nanocarbon materials
京都大学 エネルギー理工学研究所

エネルギー利用過程研究部門

分子ナノ工学研究分野 小島崇寛
ナノ炭素細線物質であるグラフェンナノリボン(GNR)は、分子幅・炭素骨格に依存した物性を有し、優れた電子・磁気特性を示す次世代型の高機能材料として期待されている。極細分子幅・エッジ構造を制御して GNR を作り分ける合成法として、我々は 2 ゾ
ーン気相成長法(2Z-CVD 法)を開発した。2Z-CVD 法により GNR を高効率合成すること
でボトムアップ型 GNR 薄膜の単離が可能となり、実験的な物性計測に成功している。
また、我々は新規に開発した Z 型前駆体分子を用いることでアセン型 GNR の表面合成に成功している。[1] 高選択的に進行した Z 型分子の表面重合反応のメカニズムについて、表面分子種の構造を計算機シミュレーションにより考察を行うと、面不斉が発現する表面キラリティーに加え，反応活性なラジカル中心の存在する Z 型の蝶つがいの 2つのベンゼン環に高さ方向の非対称を有する構造が最安定構造として得られた．高さ非対称性の発現により，“鍵と鍵穴”構造を自発的に形成し同種のみ選択的する自己組織化表面重合の機構を明らかにした．
さらに Z 型分子の枝長を伸ばした分子を設計し CVDを行うと、GNR は得られず、Z 型分子のアレイが観測された。この理由を明らかにするため、計算を行った結果、Z 型分子の Au(111)上の吸着構造が異なることが明らかとなり、この吸着構造の違いが反応経路の違いとなったことを明らかにした。[2]Ref.
[1] Homochiral polymerization-driven selective growth of graphene nanoribbons,
H. Sakaguchi, S. Song, T. Kojima, T. Nakae, Nat. Chem., 2017, 9(1), 57-63.
発表論文（謝辞あり）[2] Z. Xu, T. Kojima, W, Wang, K. Kaushik, A. Saliniemi, T. Nakae, H. Sakaguchi, Mater. Chem.
Front., 2018, 2, 775.

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
SSE に伴う海面地殻変動の推定
An estimation of seafloor crustal deformation with SSE

京都大学理学研究科地球惑星科学専攻 地球物理学分野 伊藤喜宏研究室

井上智裕

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、海面気圧、風速を駆動力した地球物理学モデルを全球で計算した。その計算による出力を用いて、海底での圧力値に変換し、それを地殻変動でない成分である非潮汐成分として、海底圧力計に記録される水圧記録から、取り除くことができた。しかし、依然として水圧記録に含まれる地殻変動成
分でないノイズが大きいため、地殻変動を精度よく求めることは難しい。そこで、これからは出力された非潮汐成分を係数補正行うことで、さらなる精度向上に試みる。
発表論文（謝辞なし）
1. Tomohiro Inoue, Tomoya Muramoto, Daisuke Inazu, Yoshihiro Ito, Ryota Hino, Kazuaki
Ohta, Syuichi Suzuki, ヒクランギ沈み込み帯における海底圧力計の解析, 日本地震学会
地震学夏の学校 2018, Shizuoka, Japan, 2018/9/5-2018/9/6
2. Tomohiro Inoue, Tomoya Muramoto, Daisuke Inazu, Yoshihiro Ito, Ryota Hino, Kazuaki
Ohta, Syuichi Suzuki, Analysis of Ocean Bottom Pressure in Hikurangi subduction zone,
The work shop on slow earthquake 2018, Fukuoka, Japan, 2018/9/21-2018/9/23. 英語：ポスター
3. Tomohiro Inoue, Tomoya Muramoto, Daisuke Inazu, Yoshihiro Ito, Ryota Hino, Kazuaki
Ohta, Syuichi Suzuki, Detection of seafloor crustal deformation from ocean bottom pressure
data using amplitude correction of non-tidal components, American Geophysics Union 2018
Fall Meeting, WashingtonD.C., Washington, USA, 2018/12/10-2018/12/14. 英語：ポスター
4. Tomohiro Inoue, Tomoya Muramoto, Daisuke Inazu, Yoshihiro Ito, Ryota Hino, Kazuaki
Ohta, Syuichi Suzuki, ヒクランギ沈み込み帯における海底圧力計の解析, 防災研講演会
2019, 2019/02/19-2019/02/20. 日本語：ポスター

38平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

がん遺伝子に見られるグアニン四重鎖構造を検出する結合性環状ポリアミドリガンドの開発
Development of cyclic polyamides as the specific G-quadruplex DNA probes in oncogenes
京都大学大学院 理学研究科 化学専攻

朝光 世煌

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、がんや遺伝子疾患との関連が示されている DNA 高次構造、グアニン四重鎖構造（G4）とそのリガンドとの相互作用の特性を計算科学的アプローチにより検討した。その結果、Discovery studio のドッキ
ングプログラム（cDOCKER）によって、実験データを支持する重要なデータを得ることに成功した。今回の分子モデリング解析の計算は研究室保有の local server を使用して実施したが、今後はスーパーコンピュータシステムの計算サーバーを使用することによって、関連する新規
DNA 結合性タンパク質と G4 DNA との相互作用、並びに前述したリガンドとの関係性を検討する。

発表論文（謝辞あり）
なし.

発表論文（謝辞なし）
Asamitsu S., Obata S., Phan A. T., Hashiya K., Bando T., Sugiyama H.
Simultaneous Binding of Hybrid Molecules Constructed with Dual DNA-Binding Components
to a G-Quadruplex and Its Proximal Duplex.
Chem. Eur. J., 24, 4428-4435 (2018)39

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
量子化学計算と固体 NMR を用いた新規無機物質の構造解析

Structure analysis of novel inorganic materials by using quantum chemical computing andsolid-state NMR
京都大学大学院 理学研究科 化学専攻 分子構造化学研究室
野田 泰斗
研究成果概要
構成原子数の精密に揃った貨幣金属クラスターはエネルギー材料や触媒としての応用に有望な新規物質として注目を集めている。これらのクラスターは有機配位子により保護され、大きさは金属状態であるナノ粒子よりも小さい。合金化や配位子交換により新機能付加を目的とした研究が行われており、交換による原子配置の変化を知ることが強く求められている。固体高分解能 NMR は結晶・アモルファスを問わず原子レベルで物質の局所構造の情報を引き出すことができる一方で、新規無機物質に対しては信号の帰属が困難である。そこで本研究
では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し DFT 計算を行うことで信号の帰属を目指した。対象物質は最も基本的な銀クラスターである Ag25(SPhMe2)18 （Ph =phenyl 基、Me = methyl 基）で、正二十面体を構成する Ag13 コアを 6 個の SR-Ag-SR-Ag-SR
配位子の両端が各頂点に結合することで有機分子が保護している。クラスターを構成する原子数は 385 個と非常に多く分子軌道を用いた計算は困難であると予想されることから、並進対称性を活用し低計算コストで固体の NMR 化学シフトを精度よく DFT 計算できるようにした
Gauge Including Projected Augmented Wave (GIPAW) 法を用いた。
まず最適な cut-off エネルギーの検討を行ったところ、700 eV 程度で十分なことが判明した。
次に構造最適化を試みた。Ag25(SPhMe2)18 は硬い Ag13 コアと柔らかい有機配位子から成る複合材料であるため構造最適化が難しく、コアと配位子を交互に固定化してそれぞれを異なる条件で最適化することで計算コストの低減を試みた。以上の検討を行い、NMR の化学シフト計算を行った。また、実験でも相関 NMR を用いて信号の帰属を試みた。両者を比較した結果、計算値は実験から予想される帰属と定性的には一致した。一方で、化学シフト異方性の大きさ
や軸性パラメータは定量的に一致しなかった。これは数値計算に相対論効果を取り入れていないなどの効果によるものと考えられるが、今回行った検討に要したコストを鑑みると、相対論効果を取り入れた計算はコストが膨れ上がり非現実的であると予想される。
本研究は第 64 回 固体 NMR・材料フォーラムにてポスター発表（謝辞あり）を行ったが論文投稿まで至っていない。今後は実験データを充実させて論文を投稿する予定である。

40

平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
分子性導電・磁性材料の設計と理論的解析

Design and theoretical analysis of molecular conducting and magnetic materials
京都大学大学院理学研究科化学専攻 分子性材料分科

中野 義明

研究成果概要これまで、D6h 対称性のコロネンを用いた絶縁性中性錯体から導電性陽イオンラジカル塩までの電荷移動（CT）錯体を作製し、その動的・電子的機能を明らかにしてきた。本研究では、コロネンよりも対称性の低い、C2v 対称性のベンゾ[ghi]ペリレン（bper）を用いた TCNQ との CT 錯体や Mo6O192−

コロネンとの陽イオンラジカル塩を作製し、その構造と物性を調べた。
単結晶については、(bper)(TCNQ) (1)は溶媒蒸発法、(bper)2(TCNQ)(2)は共昇華法、(bper)3(TCNQ) (3)は溶媒蒸発法、(bper)3Mo6O19 (4)は電解法により作製した。1 では、bper と TCNQ が交互に積層することにより積層カラムを形成していた。2 では、結晶学的に独立な bper 分子が 2 分子存bper

在し（bper-2A、bper-2B）、bper-2A と TCNQ が交互積層カラムを形成し、
bper-2B がその交互積層カラムを分離するように積層カラムの間に存在していた。3 では、bper 分子 1 個（bper-3A）、bper 半分（bper-3B）、TCNQ 半
分が結晶学的に独立で、bper-3B が 2 つの配向で乱れていた。bper-3A とTCNQ

TCNQ は、[bper-3A, bper-3A, TCNQ]を繰り返し単位とする積層カラムを形成し、bper-3B がその積層カラムを分離するように積層カラムの間に存在していた。4 は、初めての bper の陽イオ
ンラジカル塩であり、bper 分子 1 個（bper-4A）、bper 半分（bper-4B）、Mo6O192−半分が結晶学的に独立で、bper-4B が 2 つの配向で乱れていた。この塩は[bper-4A, bper-4A, bper-4B]から成る分離積層カラムを形成しており、室温伝導度は 5×10−2 S cm−1 であった。また活性化エネ
ルギーは 0.18 eV であり、同形の(coronene)3Mo6O19 (0.04 eV)の 4 倍以上であった。bper-4A、
bper-4B の結合長と DFT 法で計算した bper0、bper•+の結合長を比較することにより、bper-4Aの方がよりイオン化していることが示唆された。また、DFT 法によるバンド計算からも bper-4A、
bper-4B の価数は+0.82、+0.37 と見積もられ、不均一な電荷分布をしていることが分かった。
発表論文（謝辞あり）
1.

D. V. Konarev, A. V. Kuzmin, Y. Nakano, S. S. Khasanov, A. Otsuka, H. Yamochi, H.
Kitagawa, R. N. Lyubovskaya, Dalton Trans., 47, 4661-4671 (2018)

2.

Y. Yoshida, S. Tango, K. Isomura, Y. Nakamura, H. Kishida, T. Koretsune, M. Sakata, Y.
Nakano, H. Yamochi, G. Saito, Mater. Chem. Front., 2, 1165-1174 (2018)

発表論文（謝辞なし）
3.

D. V. Konarev, S. S. Khasanov, Y. Nakano, A. F. Shestakov, M Ishikawa, A. Otsuka, H.
Yamochi, H. Kitagawa, R. N. Lyubovskaya, Eur. J. Org. Chem., 2018, 3410-3415 (2018)41

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
生物活性化合物の創製を指向した有機化学研究

Study on Organic Chemistry Directed toward Identification of Novel Bioactive Compounds
京都大学大学院薬学研究科ケモゲノミクス・薬品有機製造学分野

大野 浩章

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、スフィンゴシンキ
ナーゼ（SphK）阻害剤開発研究のためのドッキングシミュレーションを検討している。
SphK は細胞増殖に関与し、腫瘍細胞中での過剰発現が認められているため、抗癌剤の分子標的として注目されている。申請者らは、SphK に対する阻害活性を有することが知られている海洋天然物 jaspine B に着目し、構造展開を行っている。これまでに、申請者らは jaspine Bのテトラヒドロフラン環上の置換基の立体異性体および位置異性体に関する検討を行ってきた。
Jaspine B の全ての立体および位置異性体を分岐的に合成可能な方法論を確立し、分子中の3 つの不斉中心および官能基の SphK 阻害活性に対する影響を精査した結果、4-epi 体が最も高い阻害活性を示すことを明らかにした。また、jaspine B の側鎖アルキル鎖部分の構造展開も検討しており。様々な官能基を側鎖アルキル鎖部位に導入した誘導体を設計して、阻害活性を評価した結果、SphK の 2 つのアイソフォーム SphK1 および SphK2 のうち、SphK2 に対する選択的阻害活性を示す誘導体を複数見出している。現在、これらの結果を元に、jaspine
B 誘導体と SphK とのドッキングシミュレーションを行い、詳細な相互作用の解析を検討している。今後、シミュレーション結果を利用して新たな阻害剤設計に取り組む予定である。

発表論文（謝辞なし）
Inuki, S.; Miyagawa, T.; Oishi, S.; Ohno, H. Introduction of a Polar Functional Group to the
Lipid Tail of 4-epi-Jaspine B Affects Sphingosine Kinase Isoform Selectivity. Chem. Pharm.
Bull. 2018, 66, 866–872.

42平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

エポキシ樹脂の架橋反応による構造形成と力学特性発現の関係の評価
Evaluation of Structure-Property Relationship of Epoxy Resin via Crosslinking Reaction
京都大学 工学研究科 機械理工学専攻 適応材料力学研究室

内藤 悠太

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、エポキシ樹脂の架橋反応における構造変化と物性変化の関係を評価することを目的に、Material studio を活用した分子動力学法による架橋反応シミュレーション、および形成した構造に対する粘弾性特性などの力学特性を評価する手法の構築を検討している。
先進材料である炭素繊維強化プラスチックの成形性と力学特性については、炭素繊維だけ
でなく、マトリクス樹脂の影響を適切に把握することが求められている。一方で、マトリクス樹脂として一般に広く用いられるエポキシ樹脂は、用いられる主剤と硬化剤の種類や配合比、温度・圧力といったプロセス条件などによって、架橋反応やそれに伴う分子構造形成が変化する
ため、これらが成形中の挙動や最終的に発現する力学特性に影響を及ぼす。このような観点で、分子シミュレーションを利用して、エポキシ樹脂の特性変化を把握することを検討している。
本年度は、エポキシ樹脂の架橋反応シミュレーションの手法の確認と検討のみの実施であり、具体的な成果は現時点で得られていない。次年度以降については、継続して検討を進める予定である。

発表論文 該当なし

43平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
プラズマ曝露により形成される材料中の局所構造解析
Analysis of local structures in plasma-damaged materials

京都大学大学院 工学研究科 航空宇宙工学専攻 推進工学分野

吉川侑汰

研究成果概要プラズマプロセス中に材料表面に生じる欠陥（プラズマ誘起欠陥）は、材料の電気特性変化
や機械特性変化を誘発し、半導体デバイスの性能劣化や信頼性劣化に繋がる[1]。これら劣化の起源は、プラズマ誘起欠陥による材料中の電子状態変化であるが、その詳細はわかっていない。本研究では、密度汎関数理論[2]に基づく第一原理計算コード Quantum-Espresso[3]を用いて、プラズマからの原子侵入に起因する潜在欠陥形成による電子状態変化を解析した。
実プロセスで用いられるガス種（Ar、Cl、Br など）を種々の材料（Si、Si3N4、SiO2、BN など）中に挿入したときの電子状態変化を計算した。また、計算から予測される電気特性変化を実験的手法から検証した。Fig. 1 に、プラズマプロセス中に形成される潜在欠陥の一例として、絶縁体である-Si3N4 に Ar 原子を一つ挿入した計算モデルを示す。カットオフエネルギーを 200 Ryとし、PAW 擬波動関数、PBE 汎関数近似を用いて構造最適化を施した。Fig. 2 に、計算から求めた -Si3N4 の電子状態密度（DOS）分布を示す。侵入原子によってバンドギャップ幅が狭まり、さらにバンドギャップ中に原子種に依存したエネルギー準位が出現した。伝導帯近くに形成されたエネルギー準位は、電子伝導のホッピング準位として振る舞い、電気特性変化を誘発すると考えられる。そこで、Ar プラズマ曝露による Si3N4 薄膜のリーク電流変化を実験的手法から解析した。Fig. 3 に電流–電圧特性の測定結果を示す。低電圧領域において、伝導帯近傍でのエネルギー準位形成に対応するリーク電流の増加が見られた。以上より、プラズマ誘起欠陥による材料物性劣化の詳細な理解・予測には、第一原理計算を用いた電子状態解析が有効と考えられる。今後、プラズマ誘起欠陥のさらなる理解に向け解析を進める予定である。
参考文献：[1] K. Eriguchi, J. Phys. D 50, 333001 (2017). [2] W. Kohm and L. J. Sham, Phys.
Rev. 140, 1133 (1965). [3] P. Giannozzi et al., J. Phys.: Condens. Matter 29, 465901 (2017).
発表論文（謝辞あり）：Y. Yoshikawa et al., Proc. Int. Symp. Dry Process, Nagoya, 307 (2018).
発表論文（謝辞なし）：Y. Yoshikawa and K. Eriguchi, Jpn. J. Appl. Phys. 57, 06JD04 (2018).

2

Si

N

Ar

Fig. 1 Starting structure of
-Si3N4 with an Ar interstitial.

Ar

Cl

Br

Ar

Br
Cl

0

a
b

EC

4

−2

EV

ValenceBand

Leakage current (A)

c

10−2

Conduction
Band

Band gap

Energy E−EV [eV]

6

Vg

Hg

10−4

Si3N4

Vdc

Si sub.

10−6

Vdc (V)

10−8

−200
−350
−500
−650
−950

Ar

10−10
Ref.

Density of state [arb. u.]

Fig. 2 DOS of -Si3N4 in local damaged
structures with Ar, Cl and Br interstitials.

44

10−12
0

20

40

60

|Vg| (V)Fig. 3 I – V characteristics of
Si3N4 films exposed to Ar plasma.

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
カーボンナノリングとカーボンナノチューブの相互作用
Interaction of Carbon Nanorings with Carbon Nanotubes
京都大学大学院工学研究科物質エネルギー化学専攻 三木康嗣

研究成果概要カーボンナノチューブ（CNT）は炭素クラスターとして光電変換素子、セラノスティック材料など様々な分野での応用が期待されている。化学修飾によりその機能を増大させることを目的に、
パイ共役系を損傷しない超分子的な CNT の化学修飾が注目されている。本研究では、開発したカーボンナノリング[9]CPPA が π–π 相互作用により CNT と"tube-in-ring"型複合体を形成することを見出した（Figure 1a）。理論計算により、リング径とチューブ径が π–π 相互作用に適する組み合わせである場合、"tube-in-ring"型複合化が有利であると予想された（Figures 1b、1c）。[9]CPPA と直径 1.1~1.4 nm の CNT との複合体のラマン分光法や熱重量測定から"tube-in-ring"型複合体の形成が示唆された。また、透過型電子顕微鏡や原子間力顕微鏡から"tube-in-ring"型複合体の形成が確認された（Figures 1d-f）。
(a)complexation[9]CPPA(b)

CNT@[9]CPPA complexes
(e)

(d)

P
(f)

(c)

1.25 nm (red lines), 0.38 nm (green lines)

1.77 nm (red lines)

Figure 1. (a) CNT@CPPA complexes through “ring toss” method. (b) “Tube-in-ring” and (c)ring-on-tube” structures of CNT@CPPA complex of (14,0)CNT and [9]CPPA optimized with Forcite
program and visualized by Mercury 3.6. Both terminals of CNT are capped with hydrogen atoms. (d)Representative SPM image of CNT@[9]CPPA. CNT@[9]CPPA were observed as bright spots pointed
out by white and red arrows. Height profiles (at spot P) between two (e) blue and (f) green dots.

発表論文（謝辞あり）
K. Miki, K. Saiki, T. Umeyama, J. Baek, T. Noda, H. Imahori, Y. Sato, K. Suenaga, K. Ohe,
Small 2018, 14, 1800720.

45平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
遷移金属触媒を用いた新規変換反応

Development of Novel Transition-Metal Catalyzed Transformation
京都大学大学院工学研究科 物質エネルギー化学専攻

岡本 和紘

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し，我々が最近見出した特異な双性イオン型構造を有する白金錯体の性質について DFT 計算を行った．
遷移金属錯体触媒の研究において，様々な炭素骨格を有する多座配位子が触媒の配位圏を規定するために開発されてきたが，配位子が自身の骨格変化を伴って新たな配位圏を構築する例はあまりない．我々はアルキン部位を有するビスホスフィン配位子を基盤とする遷移金属との錯形成について研究を行っており，白金を用いると，白金上に形式負電荷を有する双性イオン型白金(II)錯体が得られ，この錯体がクロスカップリング反応の触媒としてふるまうことを見出した（Scheme 1）．白金錯体ではパラジウムで通常見られる Pd(0⇄II) サイクルとは異なり，Pt(II⇄IV) サイクルでの酸化的付加・還元的脱離が進行することが知られているが，この原理を触媒反応へと応用した例は稀である．DFT 計算の結果，双性イオン型錯体では酸化的付
加に深く関わる軌道である白金の 5dz2 軌道の寄与が最も大きい準位のエネルギーが上昇しており，これによる酸化的付加の加速効果が本触媒の利点の一つであると考えられる（Table 1）．
Scheme 1. Proposed catalytic cycle for a cross-coupling reaction with zwitterionic platinum catalysts.
KI + B(OH)3ArB(OH)2+
KOH Ar

I
Pt

PPh2

Ar

Ar
Pt

PPh2

P
Ph2

StoichiometricandCatalytic
Studies

P
Ph2
Ar R

R I

R
Ar

R

I
Ar

Pt

Ar

PPh2

Ar
Pt

PPh2

I
P
Ph2

P
Ph2

Table 1. Parameters of calculated structures of zwitterionic complexes 1-3 and Me2Pt(dppe).
complexR

Me2Pt(dppe)MO

5dz2 coefficientenergy (eV)

HOMO

0.183

–5.28

HOMO–3

0.468

–6.02

1

Me

HOMO

0.597

–4.64

2

Ph

HOMO–2

0.547

–4.97

3

tBuCC

HOMO–4

0.720

–5.36

R

R
Pt

PPh2

P
Ph2
1 (R = Me)
2 (R = Ph)
3 (R = t-BuC≡C)

今後の研究計画
以上の結果をもとに学術誌への投稿準備を進め，次年度初頭には投稿する見通しである．

46

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
有機活性種を駆使した新規反応開発と機能性物質の合成

Development of Novel Transition-Metal Catalyzed Transformation
岡本 和紘

京都大学大学院工学研究科 物質エネルギー化学専攻
研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し，我々が最近見出した特異な二核構造を有するロジウムあるいはイリジウム錯体の形成機構について DFT 計算を行った．
.

31 (II)
多核錯体にはその構造中にある複数の金属中心の協働的作用によって，単核錯体にはない反応性が期待できる．一方，その合成手法の多くは既存の骨格を基に二核錯体を合成する
テンプレート合成に限られており，新たな合成手法の開発が期待されている．我々は骨格内にアルキンを有するビスホスフィン配位子 1 の後周期遷移金属との錯形成反応とその構造変化について研究しており，ロジウムあるいはイリジウムとの錯形成反応において，特異な骨格を有する二核錯体 2, 3 が生成することを見出している．このように配位子内に反応点としてアルキンを導入することで，単核錯体を前駆体として，新たな炭素-炭素結合と新たな配位構造お1–

Rh(OAc)2]2

よび金属-金属結合を同時に構築する手法を確立し，既存の方法では困難な複核構造の構(a)L'
L [M] [M] L
L' [M] [M] L'
築を達成している．本研究では，これらの錯形成挙動について，用いる金属種によって得られ

–

L

L

L'

L'

る錯体が異なる理由を調査した．DFT計算の結果から，ロジウム，イリジウムいずれの場合もア(b)(b) 1,8[M] [M]
[M]

L
L
L
L
ルキンが配位した単核錯体の二量化を経て生成しており，二つの金属種の違いは，二量体かScheme 1. Typical methods for formation of dinuclear
らの反応性の違いに起因することを見出している．
(Scheme complex with metal-metal bonding.

–

P
P

Ir

ΔG (kcal/mol)

Ph 2 ClP
Rh P Ph 2

1

Ir

Cl

Cl

Cl

C6D 6, 50 °C

PPh 2 Ph 2P

Cl
Ph 2P

[M]

P Ph 2

P Rh P
Ph 2
Ph 2
Cl
2

1

key intermediate[IrCl(coe)2]2
C6D 6, rt

2x P(SchemePPh 2

Ir

This work
Scheme 2. Complexes of alkyne-containing bisphosphine ligands.

P

P

Cl

TS2
–8.7

Ir

Cl
TS4
+8.6

Ir

P

25.6 kcal/mol(P = PMe2)

Ir

P

P
P
Cl

P

Cl
Cl

Ir
Ir

Cl –34.3
IM1

Ir

TS3
–19.7

IM2
–25.7

P
P

P

P Ph 2

3

Cl

Cl
Ir

P

P

Ir

Ir

P

P

Cl

Ir

TM2
–30.3 Cl

P
P

Ir

P
Cl

Ir

Cl

P
P

P

P
–49.3
TM1

P
dimerization

-

Ir

P

Cl

Cl

Cl

Ph 2P

Ir

P

0.0
SM

Ph 2P

2

P

P
TS1
+4.3

[RhCl(cod)] 2

PPP

oxidative
cyclization

flipping

Ir
Ir

P

Cl
P

今後の研究計画以上の結果をまとめ，学術誌への投稿準備を進めているため次年度初頭には投稿できる見(I)通しである．
Ir–Ir-

31 (I)

47

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
光触媒・光電極による高効率水分解システムの開発

Fabrication of photocatalysts and photoanodes for water splitting under visible light irradiation
京都大学大学院工学研究科物質エネルギー化学専攻阿部研究室

東 正信

研究成果概要我々はこれまでに、Sillén 系層状酸ハロゲン化物 ABiO2X (A: Pb, Sr, Ba, X: Cl, Br, I)において、Pb の導入がバンドギャップを大幅に狭小化し、優れた可視光応答性を発現できることを報告してきた。Pb 導入による可視光応答化は、Pb2+の 6s 軌道と O2−の 2p 軌道との相互作用によって、価電子帯上端を構成する O-2p 軌道が不安定化されることが主たる要因である。しかし、このバンドギャップ狭小化に不可欠な Pb は生体毒性があるため、Pb に頼らない層状酸ハロゲ
ン化物の可視光応答化は重要な課題である。今回我々は、[Bi2MO4]層を有する Sillén 系化
合物 Bi2MO4Cl において、M サイトカチオンの種類によって結晶構造の歪みが変化する性質に着目し、Pb に依存しないバンド制御の可能性を検証するとともに、それらの可視光照射下における水分解活性を検討した。Bi2MO4Cl (M: Y, La, Bi)の XRD 測定の結果、Bi2YO4Cl は正方晶である一方で、Bi2LaO4Cl と Bi3O4Cl は単斜晶であり、前者と比べ後者では[Bi2MO4]層が歪んだ構造をとっていることが明らかとなった。光吸収端は、対称性の高い Y 置換体は、La,
Bi 置換体と比べて約 80 nm 長波長側に位置した。解析した結晶構造を基に DFT 計算により推定した Bi2MO4Cl (M: Y, La, Bi)のバンド構造を見ると、Y 置換体は他の 2 つと比べバンドのエネルギー分散がかなり大きいことがわかる（図 1）。時間分解マイクロ波電導度測定において、
Bi2YO4Cl は Bi2LaO4Cl および Bi3O4Cl と比べて 20 倍以上高い励起キャリアの電導度を示したことから、計算で示された広いバンド分散を実験的にも証明されたと考えている。すなわち、対称性の高い層構造では軌道の重なりが大きくなることで広いバンド分散が発現し、バンドギ
ャップが狭小化したと結論付けられる。各置換体を用いて可視光照射下、Fe3+を電子受容体とした水の酸化反応を行うと、Bi2YO4Cl のみ定常的に酸素を生成することが明らかとなった。
Bi2YO4Cl は他の Bi2MO4Cl(M: La, Bi)と比較して、可視
光吸収および励起キャリア特性の二つの側面で有利であり、結果として優れた光触媒
特性が 発現 したと考 えられる。

図 1. Bi2MO4Cl (M: Y, La, Bi)のバンド構造

発表論文（謝辞なし）
Suzuki, H.; Kunioku, H.; Higashi, M.; Tomita, O.; Kato, D.; Kageyama, H.; Abe, R., Chem.
Mater. 2018, 30, 5862-5869.

48

平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
触媒有機化学に関する研究
Studies on Catalytic Organic Chemistry
京都大学工学研究科物質エネルギー化学専攻

辻 康之

研究成果概要パラジウム触媒による分子内 C(sp2)–H 結合アリール化反応をモデル反応として選択し、種々の  位に 3 級アルキル基を有するカルボン酸を配位子として適用した（表 1）。
N,N-ジメチルアセトアミド (DMA) 溶媒中、70 ℃の条件で、 ピバル酸 (1a) の添加では反応がほとんど進行しなかった。また、2 つのメチル基とかさ高い置換基を 1 つ有するカルボン酸 (1b) や長鎖のアルキル基を 3 つ有するカルボン酸 (1c) を用いた際も、低収率に留まった。これに対し、ピバル酸のメチル基をすべてシクロヘキシルメチル基に変更したトリ（シクロヘキシルメチル）酢酸 (1d) は効果的であり、目的物を高収率で与えた。一方、1d に類似した構造を有するカルボン酸 1e や 1f を用いた場合、収率は低下した。これらの結果より、カルボン酸 1d が C–H 結合活性化反応の触媒活性を向上させる最適な配位子であることが明らかになった。基質適用範囲を検討したところ、様々な 1,2-ジエンで目的の反応が進行することが分かった。アセタールを有するアレン
や、塩素官能基を有するアレンに対しては良好な収率で目的物が得られた。

発表論文（謝辞なし）
1) Y. Tanji, N. Mitsutake, T. Fujihara, Y. Tsuji, Angew. Chem. Int. Ed., 57, 10314-10317 (2018).

49

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
13 族元素含有有機金属錯体の特異な光学特性の機構解明

Investigation of optical properties of organometallic complexes containing group 13 elements
京都大学大学院 工学研究科 高分子化学専攻

伊藤 峻一郎研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、13 族元素を含有する金属錯体の光学特性について、量子化学計算を用いた解析を行ってきた。当研究室
ではこれまでに、13 族元素であるホウ素やガリウムなどを中心元素とする種々の錯体を合成し、それらの吸収・発光特性に関する評価を行ってきた[1]。今回、それらの特性を評価するため、Gaussian 16 を用い、密度汎関数理論（DFT）計算並びに時間依存（TD-）DFT 計算を行った。
対象とする分子は Fig. 1 に示したアルミニウム錯体
LAlCl であり、真空中一分子を仮定した計算を行った。基底状態における構造最適化条件として、遠距離相互作用を考慮した CAM-B3LYP 汎関数を用い、基底関数として 6-31+G(d,p)を採用した。得られた基底状
態における最適化構造を用い、種々の汎関数を用いた TD-DFT 計算を行った結果を Table 1 に示す。

Fig. 1 Chemical structure of LAlCl.
(Dipp = 2,6-diisopropylphenyl).

この結果、経験的パラメータを含む M06 汎関数が実験値を最も精度よく再現することが明らかとなり、この系を評価するモデルとして最適な条件を見出すことができた。
Table 1. Results of the series of TD-DFT calculations
functional

basis set

ES0–S1 / eV

λ / nmfb

CAM-B3LYP

6-311++G(d,p)

3.76

329

0.5287M06

6-311++G(d,p)

3.58

347

0.4033

M06-HF

6-311++G(d,p)

3.67

337

0.5191MN15

6-311++G(d,p)

3.61

344

0.6967

ωB97X-D

6-311++G(d,p)

3.78

328

0.5313

3.21

386

a

Exp
a

Determined from UV–vis absorption spectrum in toluene/2-methylpentane (99/1 v/v) solution(1 × 10–5 M). b Oscillator strength.
発表論文（謝辞あり）
特になし
発表論文（謝辞なし）[1] Chujo, Y. et. al. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 18131; J. Mater. Chem. C 2016, 4, 5564.

50

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
HOPG 基板上における分子配列のモデリング
Model study of molecular ordering on the HOPG surface
京都大学工学研究科 合成・生物化学専攻

松田 建児

研究成果概要協同的な自己組織化プロセスを制御することで、外部刺激に対して高感度な応答を示す超分子システムの構築が可能となる。
本研究では、芳香環コア部や、コア部と長鎖アルキル基を繋ぐリンカー部位の分子構造が、二次元界面における核生成–伸長プロセスに与える影響について詳細な検討を行った(Figure 1)。その結果、水素結合をもたないエステル誘導体でも高い協同性を示すことが分かった。伸長プロセスのギブスエネルギー変化はコアが大きくなると大きくなることも分かった。
Materials Studio を用いた分子力学計算により、エステル誘導体の分子配列では、エステル同士の相互作用が見られた(Figure 2)。

Figure 1. (a) Chemical structures of compounds 1e–3e bearing an ester group and 1a–2a-OC8
bearing an amide group. (b) Concentration dependence of surface coverage at the octanoic
acid/HOPG interface.

Figure 2. High-resolution STM images and molecular models of the ordering of (a) 1e ,(b) 2e, and(c) 3e at the octanoic acid/HOPG interface. Molecular models of the orderings of (d) 1e, (e) 2e, and(f) 3e simulated by MM/MD calculations.

発表論文（謝辞なし）
1. N. Nishitani, T. Hirose, K. Matsuda, Chem. Lett. 2019, 48, 253–256.

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京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
吸着工学・乾燥工学等に関する分子論的検討

Theoretical Studies on Microscopic Problems in Separation Engineering and Drying
京都大学 大学院 工学研究科 化学工学専攻 分離工学分野

鈴木哲夫

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、吸着工学や乾燥工学などの種々のプロセスに関連する物理化学的な諸問題を取り上げ、分子軌道法や分子動力学法などの計算機化学的手法を用いて検討を行うことを目的としている。今年度はア
ガロオリゴ糖の水和状態を分子動力学（MD）シミュレーションにより検討した。以下その概要を報告する。
糖鎖高分子であるアガロースは、寒天の主要成分であり、食品や電気泳動用支持体に用いられている。そのアガロースを低分子化して得られるアガロオリゴ糖は、抗炎症作用、発がん予防作用などの固有の性質が報告されており、機能性食品への応用が期待されるユニークなオリゴ糖である。本研究では、食品工学、生化学などで有用な基礎的知見を得ることを目的として、分子動力学（MD）計算を用いたアガロオリゴ糖の水和状態に関する研究を行った。特に、糖鎖の水和状態に及ぼす共存成分の影響の検討例として、KCl や NaCl のイオンが共存する
場合の水和状態を調べた。
MD 計算には Amber 14 を用いた。糖残基数 6 のアガロオリゴ糖を取り上げ、糖鎖 1, 2 本、糖鎖の質量濃度 0.6, 1.8 wt%、KCl, NaCl の質量モル濃度 0, 0.19 mol/kg、の各場合について、
NPT アンサンブル（1 atm, 25℃, 75℃）の MD 計算を実施した。なお糖鎖 2 本の系では、糖濃度 0.6, 1.8 wt%の各場合に糖鎖がそれぞれ 40 Å, 30 Å 離れて独立に水和した状態を初期配置とした。2 本の糖鎖の会合状態について、糖鎖間距離 D [Å]、糖鎖同士がなす角度 θ [deg]、
片方の糖鎖の一方の末端水素原子と他方の糖鎖の両末端水素原子までの距離 d1, d2 [Å]などを調べ、アガロオリゴ糖の動的挙動について検討した。
各条件における MD シミュレーションの結果から、2 本の糖鎖は共存イオンの有無に関わらず会合することがわかった。計算結果の一例として、糖鎖 2 本、糖濃度 1.8 wt%、25 °C、KCl
濃度 0.19 mol/kg の場合の θ および d1, d2 の経時変化の概要を述べる。この系の場合、糖鎖は初期配置から 20 ns 後に会合した。会合後の θ の経時変化に着目すると、55 ns 付近と 160 ns
付近にて θ の値が大きく変化した。これは、会合中の 2 本の糖鎖が 55 ns にて最初の向きから完全に反転し、160 ns で再び反転して元の向きに戻ったためである。この反転に伴い、d1, d2の値の大小は、θ の変化と対応した時刻で入れ替わった。さらに、d1, d2 のうち、大きい方の値に着目すると、55 ns から 160 ns では約 30 Å であるのに対し、160 ns 以降は約 20 Å であった。
この変化を動画で調べたところ、前者は 2 本の糖鎖が比較的伸びた状態で会合しているのに対し、後者は比較的縮んだ状態で会合していた。以上，糖鎖は会合後でも互いの向きが反転するなど，数 ns から数十 ns の時間スケールで絶えず形状が変化していることがわかった。

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京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

ATR-FTIR 法を用いた高分子成形プロセスの品質管理法の開発
Development of monitoring technique for polymer processing processes using ATR-FTIR
京都大学 工学研究科 化学工学専攻 材料プロセス工学研究室 引間悠太
研究成果概要フッ素ゴム(FKM)は耐熱性，耐薬品性，耐油性などに優れたゴム材料で，化学プラントのシール材用途などに利用されている．FKM を所望の形状に成形する際には，FKM に架橋剤，架橋開始剤，物性向上のためのフィラーを配合した原料を，熱プレス成形等により加熱・賦形をしながら，架橋反応を進行させ，構造を固定化する．フィラーにはカーボンブラック(CB)や，
近年ではカーボンナノチューブ(CNT)が用いられ，機械的，熱的な物性改善に利用されているが，架橋反応の進行に影響を及ぼすため，架橋不良等の原因となる場合がある．しかし，従来の加硫試験ではフィラーによる補強効果により架橋不良の有無を正確に評価することが難しかった．そこで我々は材料の化学構造変化を迅速簡便に評価できる ATR-FTIR 法を用いてその問題の解決に取り組んできた．
本研究を通して，架橋剤である TAIC(図 1)のカルボニル基に由来する赤外吸収バンド幅の変化が架橋反応の進行と密接に関わっていることが明らかになった．この妥当性を検証するため，京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し，TAIC 分子のアリル基開裂前後でのカルボニル基吸収バンドの波数シフトを，半経験的分子軌道法により計算した．その結果，アリル基の開裂に伴うカルボニル基吸収バンドのシフトが確認され，実験結果との整合性が見られた．

図１ 架橋剤分子の化学構造発表論文（謝辞あり）
なし
発表論文（謝辞なし）
なし

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京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

溶媒依存性らせん反転を示すポリ（キノキサリン-2,3-ジイル）の構造解明
Elucidation of the Structures of Poly(quinoxaline-2,3-diyl)s
Exhibiting Solvent-dependent Helix Inversion
京都大学 工学研究科 合成・生物化学専攻 長田裕也
研究成果概要主鎖にらせん構造を有する合成高分子は、不斉触媒や不斉光学材料への応用が期待され近年大きな注目を集めている。特に、主鎖らせん不斉を外部刺激によって反転させることのできる合成高分子は、キラリティスイッチング型材料の基本骨格として大きな注目が集まっている
ものの、不斉らせん構造反転のメカニズムについての知見は極めて限られていた。
我々のこれまでの研究において、光学活性側鎖に有するらせん高分子ポリ(キノキサリン-2,3-ジイル) (以下 PQX と略する)について、分子動力学計算による分子モデル構築を行った。
計算には BIOVIA Materials Studio を用い、分子力場として COMPASS II を用いた。得られた分子モデルに基づいた小角中性子散乱パターンのシミュレーションと比較することで、右巻き／左巻き構造を持つ PQX の構造の推定したところ、溶液中で PQX が周囲との相互作用を持たないときには側鎖がコンパクトに縮まり左巻き構造をとり、適切な溶媒を用いることで側鎖が外側に引き出された場合には右巻き構造をとることが明らかとなった。1
本年度の研究では、溶媒依存性らせん反転を示す PQX の構造とそのダイナミクスを明らかにすることを目的とし、BIOVIA Materials Studio を用いた分子動力学シミュレーションを行った。
現在、得られたトラジェクトリについて溶液中での中性子準弾性散乱測定の結果と比較を行う
ことで、溶液中での PQX 側鎖のダイナミクスについて検討を進めている。また、高分子主鎖の不斉らせん構造の量子化学計算に関する知見を活かし、面不斉光学活性化合物の不斉光学特性についても検討し論文報告を行った。2
発表論文（謝辞あり）(1) Nagata, Y.; Nishikawa, T.; Suginome, M.; Sato, S.; Sugiyama, M.; Porcar, L.; Martel, A.;
Inoue, R.; Sato, N. J. Am. Chem. Soc. 2018, 140, 2722-2726.
(2) Kikuchi, K.; Nakamura, J.; Nagata, Y.; Tsuchida, H.; Kakuta, T.; Ogoshi, T.; Morisaki, Y.
Chem. Asian J. 2019 (in press).
発表論文（謝辞なし）(3) Shimizu, Y.; Shoji, Y.; Hashizume, D.; Nagata, Y.; Fukushima, T. Chem. Commun. 2018,54, 12314-12317.
(4) Nagata, Y.; Shimada, Y.; Nishikawa, T.; Takeda, R.; Uno, M.; Ogoshi, T.; Suginome, M.
Synlett 2018, 29, 2167-2170.
(5) Nagata, Y.; Nishikawa, T.; Terao, K.; Hasegawa, H.; Suginome, M. J. Polym. Sci., Part A:
Polym. Chem. 2019, 57, 260-263.

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京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

計算化学的手法による有機物および無機物の熱物性・輸送特性予測
Investigation of thermal and transport properties of organic and inorganic compounds
京都大学工学研究科

機械理工学専攻 松本 充弘

研究成果概要本研究は，量子論的効果を考慮した分子モデルに基づき，さまざまな物質の凝縮相の性質（相転移挙動，輸送現象など）を分子シミュレーションにより評価することを目的とする．昨年度
来，いくつかの手法を予備的に検討した上で，密度汎関数 density functional 法と強結合
tight binding 近似に基づく DFTB+ パッケージを利用することとし，京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムでの計算を進めている．年度当初は，同システム上の Materials
Studio をフロントエンドとして各種ポリマー凝縮相の計算を行った．その後，半導体表面のchemical vapor deposition (CVD) 過程などを主なターゲットとするため，オープンソースである
DFTB+ を単独で同システムにインストールし，計算条件に合わせてカスタマイズし，またツール類を作成しながら利用している．さまざまな条
件下での計算を進めている途中であり，まだ成果をまとめるまでには至っていないが，例えば，シリコン結晶表面へのシランガス由来のラジカ
ルの CVD の例（スナップショット）を図

シリコン結晶表面への SiH3 ラジカルの衝突と反応のdftb+による計算結果の例．

図に示す．表面に衝突した SiH3 が結晶の Si と新たな結合を形成するのと引き換えに，表面終端していた H 原子が H2 となって離脱する様子がわかる．
Tersoff モデルなどの経験的相互作用モデルを用いる従来の古典分子動力学シミュレーショ
ンでは，このような化学反応を伴う過程の解析は相互作用モデルに強く依存するため，各種条件の定量的な比較は困難であったが，DFTB などの手法を用いることでそれが可能となることが見込まれる．ただし，full ab initio 量子化学計算と比較すると，電子相関に経験的な汎関数を必要とするなど，完全に非経験的な手法ではないため，計算精度などの点についてさらに検討を行いながら，引き続き物性予測へのアプローチを進めていく予定である．
発表論文（謝辞あり）
現在執筆中

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平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
エネルギー機能材料の電子構造と光物性Electronic states and optical properties of the functional energy materials
京都大学 大学院エネルギー科学研究科 エネルギー基礎科学専攻
量子エネルギープロセス分野

蜂谷 寛

研究成果概要昨年度に引き続き、溶融 CsCl-AlCl3 二元系に着目して第一原理分子動力学法 ADMP(Atom-centered Density Matrix Propagation) によるイオン拡散のダイナミクスを検討した。
	  （8×CsAlCl4）を配置したユニットセルでの計算を行った。
GAUSSIAN09 を用い、汎関数 HSE06 (HSEh1PBE), 基底関数として Modified def2-SVPを用い、0.2 fs の time step での時間発展を計算し、温度設定を 700 K とした。
	
  昨年度計算を行った、構成イオンの 1
ps 後の座標を初期座標とし、さらに 1 ps
にわたるダイナミクスの計算を進めた。
	  FIG. 1 にイオン配置の一例を示す。
	  ACl-AlCl3 (A: alkaline metals) 溶融塩における、1:1 の組成付近での Al(III)イオンのとる錯体構造 （M. P. Tosi, D. L. Price,
M.-L. Saboungi, Annu. Rev. Phys. Chem. 44
173 (1993)） において, A = Cs の場合の1：1 組成を境とする AlCl4– アニオン構造
のみの構造と、二つの四面体 AlCl4- アニオン構造が頂点共有で連なった Al2Cl7–構造を含む構造、両者が共存に加えて、。
AlCl4– ア ニ オ ン が 多 数 配 位 し た 形 で のCs+ カチオンみられ、やや不均質な構造をとっている。AlCl4– アニオン中の Al,
Cs+とも相対的に動きは小さく、Cl– の動きは大きいため、頻繁に Cl– の交換が起FIG. 1 Ionic configurations after 1.0 ps following

こっていることは変わらない。

another 1.0 ps of equilibration calculated with
ADMP dynamics for molten CsCl-AlCl3 at 700 K

発表論文（謝辞あり、謝辞なし）
該当なし

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京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
軽金属・合金の力学特性
Mechanical properties of light metals and alloys
京都大学大学院エネルギー科学研究科 馬渕守

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、マグネシウム(Mg)のねじれ粒界と刃状転位の相互作用の分子動力学シミュレーションを行った。
Mg は次世代の軽量金属構造材料として注目を集めているが、延性が低く加工性に乏しいという欠点がある。マグネシウムの延性向上に向けてこれまでに様々な研究がなされているが、添加元
素の微量添加が特に有効であることが知られている。添加元素は転位と粒界の相互作用に大きく影響することが知られているが、Mg は六方細密充填構造を有しらせん転位が運動しやすいことから、これまでらせん転位を中心とした解析が行われてきた。しかし Mg では刃状転位が運動することも知られており、刃状転位と粒界との相互作用を解析することも重要である。そこで本研究では、分子動力学計算を用いて種々の添加元素を偏析させた Mg のねじれ粒界と刃状転位との相互作用を解析した。
本研究では母相に対しねじれ角度 93.5°の結晶粒からなる計算モデルを用いて解析を行った。
セルサイズは 8.9×83.9×19.8nm、原子数は 63 万原子とした。温度は 5K で計算を行った。母相の中心に刃状転位を導入し、バーガスベクトル方向にせん断応力を載荷することで刃状転位を粒界に伝播させた。応力は一定時間ごとに 0MPa から 50MPa ずつ増加させていくことで載荷した。また、
添加元素の影響を調べるため粒界に銅(Cu)、鉄(Fe)及び、アルミニウム(Al)をそれぞれ偏析させ、刃状転位との相互作用を調べた。各添加元素は Mg よりも原子半径が小さいため、粒界の圧縮サ
イトの Mg 原子を添加元素に置換することで偏析粒界モデルを作製した。
計算の結果、純 Mg 粒界では刃状転位が二つの部分転位となって運動し、先頭転位は粒界に到達したのち外部応力 50MPa で粒界に吸収された。後続転位も粒界に到達した後外部応力
100MPa で粒界に吸収された。その後、外部応力を 900MPa まで載荷しても吸収された転位は粒界から放出されなかった。次に、先頭転位および後続転位が粒界に吸収された後もう一つの刃状
転位を母相に生成させ、外部応力を付加した。その結果、二つ目の刃状転位は二つの部分転位となって運動した後に粒界に吸収され、外部応力 500MPa で粒界から転位ループとなって放出された。各添加元素を偏析させた粒界でも同様の現象が見られた。偏析粒界では添加元素の影響によって粒界の幅が増加する現象が確認されたが、各粒界の粒界の幅が大きいほど、粒界が転位
ループを放出する際の外部応力が大きいということが明らかになった。これは、粒界の幅が大きいほど刃状転位が粒界を通り抜けて放出されるまでの変位が大きくなることに起因すると考えられる。
以上から、添加元素は粒界の幅を変化させ転位の放出を抑制することが明らかになった。
発表論文: なし

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京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
多孔質金属の表面特性
Surface properties of porous metals
京都大学大学院エネルギー科学研究科

袴田昌高

研究成果概要ナノポーラス金属は、ナノメートルオーダにまで微細化された孔径・リガメント径の多孔質構造を有する金属であり、比表面積の大きさ・触媒特性・力学特性など、バルクの金属にはない性質が現れる。最近、ナノポーラス金が平滑金に比べ高い抗菌活性を示すという実験結果が得られた。ナノポーラス金はその特異な表面効果によって抗菌性を発現していると考えられる。最近の実験により、種々のナノポーラス金属(ナノポーラス金及び金-白金合金)の抗菌性が金属表面の仕事関数と正の相関を示すことが分かった。そこで本研究では、第一原理計算を用いてナノポーラス金属の仕事関数を計算し、実験結果と比較することを試みた。また、ナノポーラス金属の仕事関数値を金属表面の電子密度を用いて考察した。
本研究では第一原理計算(ソフトウェア：Materials Studio) を使用し、平滑金、ナノポー
ラス金及び金-白金合金をモデル化し安定化計算を行った。先行研究からナノポーラス金属
表面には格子定数の乱れが存在することが知られている。そこで本研究では金(111)面を 4層積層させた平滑金モデルに対し-5%の圧縮ひずみを加えたモデルをナノポーラス金モデ
ルとして作製した。また、ナノポーラス金モデルの表面の 3 つの金原子を白金原子と置換し、ナノポーラス金-白金合金モデルを作製した。
第一原理計算の結果、仕事関数値は平滑金<ナノポーラス金-白金合金<ナノポーラス金の順であった。これは先述の実験結果と合致した値である。先行研究から、仕事関数値の大小
は金属表面における電子の染み出しによって形成される表面電気二重層の大小によって決まることが分かっている。特に圧縮ひずみを加えると、表面の電気二重層の密度が増加する
ため仕事関数が増加することが報告されている。従ってナノポーラス金の仕事関数の増加は圧縮ひずみに起因すると考えられる。一方ナノポーラス金-白金合金モデルでは、電気陰性度に従って表面の原子が内部の原子に電子を奪われていることが分かった。実際金属表面に垂直な面の電子密度分布をプロットしたところ、ナノポーラス金-白金合金モデルでは
ナノポーラス金モデルに比べ表面の電子密度が低下しており、電子の染み出しが抑制されていることが分かった。ナノポーラス金属の高い仕事関数は細菌の表層構造の分極状態を変化させると考えられ、このことにより高い抗菌性を発現させると考えられる。
発表論文(謝辞なし): Electronic origin of antimicrobial activity owing to surface effect, N. Miyazawa,
S. Sakakibara, M. Hakamada and M. Mabuchi, Sci. Rep. (2019) 9, 1091.

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
変調磁場 による微結晶の三次元配向

Three dimensional alignments of microcrystals under modulated magnetic fields
京都大学大学院

エネルギー科学研究科

木村史子

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムの Mathematica を用いて、異方性磁気エネルギーを計算し、種々の磁場印加方法で 3 次元配向させる条件の最適を行
い、実験条件の最適化を行った。
３次元配向体と単結晶の構造を比較するため、ケンブリッジデータベースを用いた。

発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）
Determination of the Anisotropic Rotational Diffusion Constant of Microcrystals Dispersed in
Liquid Medium
Fumiko Kimura, Shigeru Horii, Itsuki Arimoto, Toshiya Doi, Masato Yoshimura, Masahisa
Wada, and Tsunehisa Kimura
J. Phys. Chem. A 2018, 122, 9123−9127.

59平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
磁場配向を利用した固体 NMR 解析手法の開発

Applications of magnetic orientation techniques to solid-state NMR spectroscopy
京都大学大学院 農学研究科 森林科学専攻

久住 亮介

研究成果概要時間的に変調された動的磁場を用いると，微結晶粉末を三次元的に配向させることができる．
微結晶をあらかじめ UV 硬化樹脂へ分散させておけば，配向の達成後に UV を照射すること
で配向を固定することができる．こうして得られる微結晶の三次元配向体を擬単結晶と呼ぶ[1]．
擬単結晶を固体 NMR へと応用すれば，微結晶粉末から化学シフトテンソル（CS テンソル）の主値と主軸方向を決定することが可能となる[2]．特に CS テンソルの主軸方向は数 mm サイズの巨大な単結晶が得られる場合にのみ精度よく決定できることから，擬単結晶化法は微結晶粉末から CS テンソルを得るための強力なツールとなる．一方，CS テンソルは単結晶 X 線回折などにより得られた結晶構造からの量子化学計算によっても得ることができる．そこで本研
究では，量子化学計算により得られた CS テンソルを，擬単結晶の固体 NMR 測定により決定された実測の結果と比較した．
擬単結晶の固体 NMR により得られた CS テンソルとして，L-アラニン擬単結晶について得られた結果[2]を使用した．量子化学計算には BIOVIA Materials Studio に内包された NMRCASTEP を 使 用 し た ． Perdew-Burke-Ernzerhof generalised gradient approximation (PBEGGA)[3]を用いた密度汎関数理論（DFT）により，L-アラニンの単結晶データ[4]から CS テンソルの第一原理計算を行った．計算により得られた CS テンソルは MagresView[5]を用いて可視化させた．
Fig. 1 に，DFT 計算により得られた結果を示す．楕円体は原子核周りの電子による遮蔽の程度と方向（遮蔽テンソル）を表している．カルボキシ基炭素 C1 に着目すると，COO–面に直行する方向の遮蔽が大きくなっていることが分かる．また，COO–面内では，C1–C2 結合の方向の遮蔽軸が O2 原子側へと僅かにずれていることも分かった．これらの結果は擬単結晶の固体 NMR により得られた CS テンソルとよく一致している．今後，両手法による
CS テンソルの決定精度について検討する予定である．
参考文献： [1], T. Kimura et al., Langmuir 22, 3464
(2006); [2], R. Kusumi et al., J. Magn. Reson. 223, 68(2012); [3], J. P. Perdew et al., Phys. Rev. Lett. 77, 3865
(1996); [4], H. J. Simpson, Acta Crystallogr. 20, 550(1966); [5], S. Sturniolo et al., Solid State Nucl. Magn.
Reson. 78, 64 (2016).

60

Fig. 1 Shielding tensors calculated
for the L-alanine single crystal.

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
一酸化炭素資化菌と水圏ウイルスの分子生物学的研究
Molecular biology of carboxydotrophs and aquatic viruses
京都大学 農学研究科 応用生物科学専攻

吉田 天士

研究成果概要水素 (H2) 生成型一酸化炭素 (CO) 資化菌は、CO を次世代エネルギーである H2に変換する。そのため、H2 生成型 CO 資化菌は合成ガス中の CO を利用して、高効率に H2を生成する微生物触媒への応用が期待される。H2 生成型 CO 資化菌の資源化を目的とし、CO 代謝の鍵酵素 CO デヒドロゲナーゼ (CODH)の網羅的探索とカタログ化を行った。
130,000 を超えるデータベース上の全微生物ゲノムに対して、京都大学化学研究所
スーパーコンピュータシステムを利用して CODH の網羅的探索を行った。その結果、CODH
は幅広い生物群 (バクテリア 27 門、アーキア 9 門) に含まれており、これらは新規な系統群を含む 7 つの系統群に分類され、さらに構造モチーフに従って 24 のグループに細分化された。続いて CODH の活性に重要なアミノ酸残基の多様性を明らかにし、新規な金属配位
モチーフを持つ CODH を見出した。また、その構造的な特徴に応じて同一遺伝子領域にコードされるタンパク質と共役する多数の機能未知 CODH を見出した。
有毒アオコ原因ラン藻は環境中で多様なウイルスとの相互作用が示唆される。上記の成果に加え、当研究室では網羅的転写解析により、唯一の本種ウイルス分離例
Ma-LMM01 の感染様式を明らかにし、多様な宿主ウイルス耐性機構をステルス感染により回避することを示した。また、環境中で本種は多様なウイルス感染を受けるものの、完全な選択的淘汰が起こらず、ウイルス感染履歴に基づく個体群が多様化していくことをアン
プリコン解析により明らかにした。現在、海洋性ラン藻を標的として、環境中での個体群の多様性をウイルスとの相互作用から説明するべく、被感染ラン藻細胞からの新規ウイル
スゲノム構築手法の確立を目指しており、その成果は平成 30 年度日本水産学会近畿支部優秀発表賞に選出されるに至った。

発表論文（謝辞あり）
Structural and phylogenetic diversity of anaerobic carbon-monoxide dehydrogenases. Front.
Microbiol. (2019) 10.3389/fmicb.2018.03353
他2報
発表論文（謝辞なし）
Transcriptome Analysis of a Bloom-Forming Cyanobacterium Microcystis aeruginosa during
Ma-LMM01 Phage Infection. Front Microbiol. (2018) 10.3389/fmicb.2018.00002
他1報

61平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
有機分子性結晶の気体吸着特性の解析

Analysis of the gas sorption behavior of organic molecular crystals
京都大学 大学院人間・環境学研究科 相関環境学専攻 分子・生命環境論講座 津江 広人

研究成果概要多孔性材料は，気体分子の分離・精製・貯蔵などの用途に幅広く適用可能なため，古くから研究され，現在でもなお新規材料の開拓が活発に進められている．これまでに当研究室では，有機分子性結晶が発現する気体吸着特性の解明を目的として，安価かつ生体適合性をもつジペプチドに着目し，その結晶構造と気体吸着挙動の関係について報告してきた．その研究過程において，N 末端を保護した BocGly-L-Phe （以下，1 と略記．図１）の単結晶が，二酸化炭素を高選択的に吸着することが明らかになっている．

O
BocNH

N
H

COOH

図１ 1 の分子構造
そこで本研究では，1 の結晶が示す二酸化炭素に対する親和性を解明することを目的として，
1 の単結晶が二酸化炭素を吸着した状態の結晶構造解析を行った（図２）．次いで，計算化学
統合パッケージ Materials Studio の DMol3 を用いて，二酸化炭素の吸着状態の原子座標から結晶構造の最適化を行った．今後，京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムにインストールされている量子化学計算プログラム Gaussian を用いて，結晶中での 1 と二酸化炭素との分子間相互作用を解析する予定である．

図２ 1 の CO2 吸着状態

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
三次元π共役分子の合成の機能性の創出
Synthesis of three-dimensional pi-conjugated molecules
京都大学大学院人間・環境学研究科

廣戸 聡

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、三次元パイ共役
分子の分子構造および物性の解析を行った。特に、曲面をもつ分子の構造を Gaussian 16 を用いて密度汎関数法（DFT 法）により最適化し、予測される分子の安定性を評価した。さらに、
TD-DFT 法を用いることで、実際に測定した吸収スペクトルを計算により算出することによって、計算によって最適化した構造が実測に則しているかどうかを判断した。
本研究では特に、ポルフィリンを用いた鞍型分子の酸化状態および還元状態における吸収スペクトル変化、および HOMO や LUMO などの分子軌道を求めた。その結果、構成している元素の分子全体に及ぼす電子的な効果が、反応の前後で変化していることを明らかにした。
また、酸化・還元によるスペクトル変化がそれぞれ、ラジカルカチオンやジカチオンなど、通常安定に単離できない化学種の発生によるものであることを明らかにした。特に、最長波長吸収帯がラジカル特有の SOMO 軌道を起点とする遷移によるものと同定し、電気刺激によって色を変化させる現象の原因がラジカルカチオンの発生であることを明らかにした。本研究の成果はChemistry Letters 誌に掲載され、Editor’s Choice に選ばれた。
今後はさらに複雑な三次元構造をもつパイ共役分子の構造最適化を行っていき、構造やそれに伴う物性を精度の高い計算によって予測することによって、新たな機能をもつ分子の合成を進めていく予定である。

発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）“Synthesis of dihydropyrazine-fused porphyrin dimers”
A. Takiguchi, M. Wakita, *S. Hiroto, *H. Shinokubo
Chem. Lett., in press. (2019). doi:10.1246/cl.190002

63平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
有機構造体を用いたイオン伝導体合成
Synthesis of ion conductive covalent organic frameworks
京都大学高等研究院物質－細胞統合システム拠点

堀毛悟史

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、共有結合から組み上がる有機の結晶性高次元構造体（Covalent organic framework, COF と呼ぶ）の構造推定、シミュレーションを行った。対象とした COF はポリエチレンオキシド（PEO）が内部に修飾された
ヒドラジン系の構造体であり、下図にその合成スキームを示している。それぞれ粉末 X 線回折
測定より回折ピークのアサインを行った。そのデータをもとに、下記の要領で構造推定を検討した。
合成した COF は二次元構造を有するヘキサゴナル構造であることが推定されたため、過去のレポートを参考にし、空間群 P3, セルパラメータ a = b = 29.00 Å, c = 4.00 Å と設定し、Material Studio Reflex Plus module を用いて開始した。ミスリードを防ぐため、始めは空間群をP1 に落とし、その後好適化において Material Studio Forcite molecular dynamics module(Universal force fields)を用いて検討を行い、最後は Pawley フィッティングで最適化したところ、
a = b = 29.5499 Å and c = 3.7737 Å, Rwp of 1.80% and Re of 2.00%とよい収束を示し、実験の粉末 X 線回折結果とも良い一致を示した。以上の検討により、全体の結晶構造を高精度で推定することができた。この構造は他にガス吸着測定や固体 NMR などから多角的にその信頼性を検討し、間違いがないことを確かめている。この構造体にリチウム塩（LiTFSI）を導入し、その固体材料のイオン伝導特性を測定すると、PEO 由来のリチウムイオンホッピングが観察され、200℃において 1.0  104 S/cm のイオン伝導度を示すことがわかった。

発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）
Zhang, G., Hong, Y. L., Nishiyama, Y., Bai, S., Kitagawa, S. & Horike, S. Accumulation of
Glassy Poly(ethylene oxide) Anchored in Covalent Organic Framework as Solid-state Li+
Electrolyte. J. Am. Chem. Soc. 141, 1227-1234 (201９).

64平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
自己集合を利用したタンパク質のカプセル化
Protein encapsulation within synthetic cages
京都大学 高等研究院

藤田大士

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを、合成対象分子の設計に活用している。 三次元分子構造の内部に適当な大きさの空洞があり、その中に他の分子を包接する異分子複合体を「ホスト-ゲスト化合物」と呼ぶ。前者の骨組みを作る分子がホスト、後者の骨組みにはいり込んでいる分子がゲストである。このホスト分子を設計するにあたり、空洞のサイズ、および空洞を規定する分子骨格上にどのような官能基が配置されているかは、系の特性を決定する極めて重要なパラメータとなる。今回は、内部にタンパク質分子を包接する
巨大分子を合成し、合成分子–タンパク質複合体を実現するために、BIOVIA 社製 Materials
Studio, 同じく BIOVIA 社製 Discovery Studio、富士通社製 SCIGRESS を用途に応じて組み合わせながら分子設計を試みた。分子モデリング、および Materials Studio の Forcite など古典
力学計算を用いた構造最適化を通して、目的のタンパク質を包接するに十分な内部体積を有する分子の骨格に大凡の目処をつけることができた。現在は、分子の自己集合現象を活用し、モデリングした目的の分子骨格を形成する条件を鋭意検討中である（WET 実験）。分子自己集合実験の結果は随時分子設計にフィードバックする予定であり、その度に分子設計の部分
修正とモデリングによる確認を行う。

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

混合マトリクス膜中のガス輸送特性に関する計算機シミュレーション
Computational Studies of Gas Transport Properties of Mix Matrix Membrane
京都大学高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 Sivaniah group Wu Chih Yi
研究成果概要:Membranes used for gas separation has become an important role in industrial
application. Mix matrix membranes (MMMs) combines the advantages of polymer and inorganic
membranes, that is, adding inorganic fillers into polymer. Fillers with functional groups increases
gas selectivity while the polymer acts like a solution of fillers and maintains the membrane structure.
Based on our previous work, which we added different functionalized polyhedral oligomericsilsesquioxane (POSS) into polymer of intrinsic microporosity (PIM-1). MMMs with amine andnitro functionalized POSS particles (OAPS and ONPS) results in great dispersibility in PIM-1,
enhancement of selectivity in gas separation, and a better aging behavior comparing to PIM-1.
Since characterization of these results in atomic scale may be challenging, Molecular simulation
techniques becomes important at microscopic level. Our goal is to simulated OAPS and ONPS
MMMs at different weight percentages and studied their mechanical and gas properties.

Solubility (×10-3 cm3(STP)/ cm3
polymer cmHg)

Fig.1 Simulated PIM-1

Fig.3 20wt% ONPS MMM

This work

Exp

CO2

1356

700

CH4

86.1

163

O2

38.8

39

N2

34.1

37

Fig.2 PIM-1 simulated solubility with experimental data

Fig.4 Radial distribution function of POSS in MMMs.
(Yellow: OAPS 20wt%, Gray: ONPS 20wt%)

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平成 30 年度

京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム利用報告書
振電相互作用に関する理論的研究
Theoretical Study on Vibronic Couplings
京都大学福井謙一記念研究センター理論研究部門

佐藤徹【研究成果概要】触媒反応の反応機構を解明するため、また新規の触媒材料を設計するため、触媒表面上における反応分子の吸着領域を予測することが必要である。フロンティア軌道理論は化学反応の反応性指標として用いられているが、固体表面のような大きな系に対して非局在化する傾向が強く、表面上における反応分子の吸着領域を予測することは困難である。振電相互作用密度 (VCD)[1] は、電子状態に加え、原子核の振動状態を考慮することで、フロンティア軌道よりも局在化する傾向が強く、より正確に反応の領域選択性を説明することが可能である [2]。本研究では、VCD を用いることで三元触媒 Cu/γ-alumina 表面 [3] における NO の吸着領域を予測し、NO の還元機構を明らかにした。

VCD の計算は、当研究室で開発したプログラムを用いた。DFT 計算は、Gaussian09 Rev.E01 を用い、計算レベルは B3LYP/3-21G とした。
γ-alumina は、計算によって予測されている結晶構造 [4] からクラスターを切り出し、末端の O 原子を H 原子で終端することでモデル化した。その際、実験によって測定されているバンドギャップと一致するまで、H 原子を付与した。このようにモデルを作成する方法は、一般の金属酸化物に対して適用することが可能である。γ-alumina 表面の VCD は、Lewis 塩基点として振る舞う O 原子上に局在した。触媒として機能する Cu 原子は、その O 原子上に配置した。さらに、Cu/γ-alumina の
VCD は、Cu 原子と Cu 原子と結合する O 原子上に局在した。これより、NO は γ-alumina 表面と相互作用している Cu 原子上に吸着することが予測された。予測された NO の吸着領域は、構造最適化計算によって得られた安定構造と一致した。以上より、VCD は固体表面の反応性指標として有効であることが示された。また、NO の還元機構を明らかにするため、Cu/γ-alumina の軌道準位を計算した。その結果、γ-alumina と相互作用することで、Cu 原子の HOMO が 0.5eV 程度上昇し、NOの LUMO に接近することがわかった。したがって、γ-alumina 表面に担持された Cu から NO への電子移動が容易となり、NO の還元が促進することが示された。
[1] T. Sato et. al, J. Phys. Chem. A 112,758 (2008). [2] T. Sato et. al., Chem. Phys. Lett. 531,
257 (2012). [3] S. Hosokawa et. al, Molecular Catalysis 442,74 (2017). [4] M. Digne et. al, J.
Catal. 226, 54 (2004).
【発表論文】(謝辞あり) (1) Y.-J. Pu , R. Satake , Y. Koyama , T. Otomo , R. Hayashi , N. Haruta , H. Katagiri, D. Otsuki , D.G. Kim, T. Sato, J. Mater. Chem. C 7, 2459 (2019). (2) Y. Kojima, W. Ota,
K. Teramura, S. Hosokawa, T. Tanaka, T. Sato, Chem. Phys. Lett. 715, 239–243 (2019). (3) W.
Ota, K. Teramura, S. Hosokawa, T. Tanaka, T. Sato, J. Comput. Chem. Jpn. 17, 138-141 (2018).
(謝辞なし) (1) W. Ota, T. Sato, J. Phys.: Conf. Ser. 1148 012004 1-13(2018). (2) Z. Lian, M.
Sakamoto, H. Matsunaga, J.J.M. Vequizo, A. Yamakata, Mi. Haruta, H. Kurata, W. Ota, T. Sato,T. Teranishi, Nature Commun. 9, 2314 (2018). (3) D. Liu, Y. Niwa, N. Iwahara, T. Sato, L. F.
Chibotaru, Phys. Rev. B 98, 035402 (2018). (4) S. Kimura, A. Tanushi, T. Kusamoto, S. Kochi,
T. Sato, H. Nishihara, Chem. Sci. 9, 1996-2007(2018).

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平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
固液界面におけるエネルギー変換
Energy conversion at the interface between solid and liquid
京都大学 産官学連携本部 湊 丈俊

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、電気化学、触媒、
電子デバイス、生化学などで反応場となる、固体と液体の界面（固液界面）におけるエネルギ
ー変換現象の機構を原子・分子レベルで解明するために、構造、物性などを第一原理計算及び分子動力学計算によって研究した。
我々は、既存の二次電池のエネルギー密度を超える新しい二次電池として、「フッ化物シャトル二次電池」 [1-4] の開発を進めている。二次電池において、電極と電解液の界面（電極電解液界面）の物性や反応は電池性能に大きな影響を与える [5] が、埋もれた界面であること
から解析手法が限られ、その議論は想像に頼っている場合が多い。我々は、電極電解液界面における反応を制御することで、フッ化物シャトル電池の電極反応の反応性を向上させることに成功した [2-3] が、その反応機構は不明な点が多く残っていた。そこで、反応機構を解明するために、電解液中の分子構造を第一原理計算で解析し、キャリアイオンであるフッ化物イオンが添加物と配位結合を作り、支持塩の溶解度やイオン伝導性を高めていることを明らかとした [3, 4]。
また、水溶液中で固液界面に生成する水和構造は、様々な物理、化学、生物的なエネルギ
ー変換現象に著しい効果を与えるが、その原子・分子レベルでの描像も想像に頼っている部
分が大きい。我々は、液中で動作する周波数変調原子間力顕微鏡 [5] による観測と分子動力学計算を用いて、水和構造における固体表面の次元性の効果 [6] と、粘度分布における局所構造の効果 [7] の解明を原子レベルで達成することに成功した。
文献[1] Hiroaki Konishi, Taketoshi Minato, Takeshi Abe, and Zempachi Ogumi, Electrochemical
Performance of a Bismuth Fluoride Electrode in a Reserve-type Fluoride Shuttle Battery,
Journal of The Electrochemical Society, 164, A3702-A3708 (2017). （謝辞あり）[2] Hiroaki Konishi, Taketoshi Minato, Takeshi Abe, and Zempachi Ogumi, Improvement ofcycling performance in bismuth fluoride electrodes by controlling electrolyte composition influoride shuttle batteries, Journal of Applied Electrochemistry, 48, 1205-1211 (2018).
[3] Hiroaki Konishi, Taketoshi Minato, Takeshi Abe, Zempachi Ogumi, Electrochemical
performance of a lead fluoride electrode mixed with carbon in an electrolyte containing
triphenylboroxine as an anion acceptor for fluoride shuttle batteries, Materials Chemistry andPhysics, 226, 1-5 (2018). （謝辞あり）

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[4] Asuman Celik Kucuk, Taketoshi Minato, Toshiro Yamanaka, Takeshi Abe, Journal of
Materials Chemistry A, in press. （謝辞あり）[5] Taketoshi Minato and Takeshi Abe, Surface and Interface Sciences of Li-ion Batteries,
Progress in Surface Science, 92, 240–280 (2017).
[6] Kenichi Umeda, Kei Kobayashi, Taketoshi Minato, Hirofumi Yamada, Atomic-Scale 3D
Local Hydration Structures Influenced by Water-Restricting Dimensions, Langmuir, 34,9114–9121 (2018). （謝辞あり）[7] Kenichi Umeda, Kei Kobayashi, Taketoshi Minato, Hirofumi Yamada, Atomic-levelviscosity distribution in the hydration layer, Physical Review Letters, 122, 116001 (2019). （謝
辞あり）

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
電池材料のラマンスペクトルの計算
Simulation of Raman spectrum of battery materials
京都大学 産官学連携本部

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムの CASTEP を利用し、LaF3 のラマンス
ペクトル中のピークについて、対応する振動モードの原子の動きを調べた。
計算結果（図 b,c）が実験結果(図 a)を非常によく再現している。ピーク A に対応する原子の動きを図 d に示す。このモードでは主に層間のフッ素（F1）が層に垂直方向((001)方向)に振動することがわかった。ピー
ク B に対応する原子の動きを図 e に示す。このモード
では主に層内のフッ素（F2、F3）が層に並行方向に振動することがわかった。LaF3 の（001）面からフッ素を
電気化学的に脱離させるとピーク A の強度が減少した。計算結果から、（001）方向に振動する F1 が（001）
面から脱離したことがわかった。
100cm-1 以下の遅い振動は La の振動であることもわかった。
発表論文（謝辞あり） Toshiro Yamanaka, Hirofumi
Nakamoto, Takeshi Abe, Koji Nishio, Zempachi
Ogumi,“Formation

andPropagationofFluorine-Deficient Phases in Large LaF3 Single
Crystals during Electrochemical Defluorination”, ACS
Applied Energy Materials (2019) in press
発表論文（謝辞なし） なし

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山中俊朗

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

フッ化物シャトル電池における、塩可溶性の LiBOB の効果と BiF3 電極の電気化学的特性
Effects of LiBOB on Salt Solubility and BiF3 Electrode Electrochemical Properties
in Fluoride Shuttle Batteries

京都大学 産官学連携本部

Asuman Celik Kucuk

研究成果概要Density Functional Theory (DFT) framework, is used as the computational calculation to determining of
the ionic interactions between the electrolyte and salt and between the salt and electrode surfaces. Thus,
to investigate the molecular structures in the electrolytes of rechargeable batteries, it is favorable to use
DFT calculation.
In one of our study, to confirm some interaction in the electrolyte system we applied the DFT calculation.
To validate the assumption based on some interaction which improve the fluoride based salt solubility byion exchange, the change in the total energy by the reaction between the components was calculated by
DFT. The most stable structures were determined based on the DFT calculation.

Please find the abstract of the related study and revealed part of DFT calculation as in the following.

Effects of LiBOB on Salt Solubility and BiF3 Electrode Electrochemical
Properties in Fluoride Shuttle Batteries
Asuman Celik Kucuka*, Taketoshi Minatoa, Toshiro Yamanakaa, Takeshi Abeb*
In this study, lithium bis(oxalato)borate (LiBOB) was used for the first time in a fluoride shuttle battery (FSB) to overcome the solubility problemof fluorine-based salts typically present in organic solvents. For this purpose, tetraglyme (G4) electrolytes containing CsF salt and LiBOB with threedifferent concentrations (LiBOB0.06/CsF/G4, LiBOB0.25/CsF/G4, and LiBOB0.5/CsF/G4) were prepared. The effects of LiBOB on the electrochemicalcompatibility of the bismuth fluoride positive electrode were examined by cyclic voltammetry, charge–discharge tests, and alternating current
impedance measurements. The related discharge and charge reactions were confirmed by X-ray diffractometry, whereas Raman spectroscopy
was used to detect potential interactios in the various LiBOB/CsF/G4 systems. At the lowest and highest LiBOB concentrations (i.e., in
LiBOB0.06/CsF/G4 and LiBOB0.5/CsF/G4, respectively), the electrolyte decomposition was dominant, whereas the intermediate concentration in
LiBOB0.25/CsF/G4 was found to be the optimum condition and played a critical role in CsF solubility, allowing a successful fluoride shuttle-based
redox reaction.

Relevant study:
According to the Raman results, we can assume that the effect of LiBOB in the electrolyte is to enhance the CsF solubility
by ion exchange. To validate this assumption, the change in the total energy by the reaction between LiBOB and CsF
was calculated by DFT. Their ion-exchange reaction (Equation 3) form CsBOB and LiF as follows.

71

𝐿𝑖𝐵𝑂𝐵 + 𝐶𝑠𝐹 → 𝐶𝑠𝐵𝑂𝐵 + 𝐿𝑖𝐹
𝑇𝑜𝑡𝑎𝑙 𝑒𝑛𝑒𝑟𝑔𝑦 𝑑𝑖𝑓𝑓𝑒𝑟𝑒𝑛𝑐𝑒𝑠 = − 0.41 𝑒𝑉(3)

The resulting change of the total energy in the system was estimated as follows:
𝑇𝑜𝑡𝑎𝑙 𝑒𝑛𝑒𝑟𝑔𝑦 𝑑𝑖𝑓𝑓𝑒𝑟𝑒𝑛𝑐𝑒𝑠 =,(𝐸𝐶𝑠𝐵𝑂𝐵 + 𝐸𝐿𝑖𝐹 ) − (𝐸𝐿𝑖𝐵𝑂𝐵 + 𝐸𝐶𝑠𝐹 )(4)

where ELiBOB, ECsF, ECsBOB, and ELiF are the total energies of free LiBOB, CsF, CsBOB, and LiF, respectively. According to aprevious work,29 three sites of Li and Cs in LiBOB and CsBOB, respectively, were considered in the calculations. The moststable structures of LiBOB, CsF, CsBOB, and LiF are shown in Chart 1, and the total energy difference calculated fromthese structures was –0.41 eV. This means that, after the ion-exchange reaction, energetically favorable CsBOB and LiF
were formed. On the contrary, G4 is known to strongly form complexes with Li +. Therefore, Equation 4 is likely realized
and F– becomes free (Chart 1).

Chart 1 Proposed possible interactions in the LiBOB0.25/CsF/G4 system (LiBOB: lithium bis(oxalato)borate; G4: tetraglyme).

The results obtained from DFT calculations, Raman analysis and 19F NMR spectroscopic data suggest that the LiBOB
addition enhances the solubility of CsF in G4 through the interaction between Cs+ and BOB–. From that result it can beassumed that free fluoride is stabilized by M+ coordinated G4 (M; Cs+ or Li+). This assumption is also in agreement withthe previous report based on the stabilization of complex fluoroanions by glyme- coordinated alkali metal cations.31 The
authors believe that the interactions occur in the manner of solvent-shared ions pairs rather than contact ion pairs([M(G4)X], M; Li or Cs, X; F- or BOB-).

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
生体分子情報データベースの開発とその応用

Development of Databases for Biomolecular Information and its Application
情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設
ライフサイエンス統合データベースセンター

五斗 進

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、生体分子情報
データベースおよびバイオインフォマティクス技術の開発に取り組み、その成果をゲノムネット（http://www.genome.jp/）から広く公開している。2018 年度は、2017 年度までにゲノムネットサ
ービスとして公開してきたデータベースと解析ツールに対し、引き続き改良を加えるとともに、ネットワークや表現型の観点から遺伝子機能推定などの応用に結びつけることを目指した。具体的には、微生物の表現型として生育環境を反映する培養培地情報と代謝・生理機能を反映するパスウェイモジュール情報とに着目し、両者を結びつけるための基盤開発を行った。まず、嫌気性細菌 50 種、好気性細菌 50 種を幅広い系統分類群から選定し、KEGG MODULE を用いて代謝・生理機能を定量化する Module Completion Ratio をゲノム情報から計算し、微生物間の代謝機能類似性を計算した。MCR をもとに主成分分析を行ったところ、第 2 主軸により嫌気性と好気性を大まかに分類できることを確認した。次に、選定した嫌気性細菌と好気性細菌を配布しているバイオリソースセンターが提供するウェブサイトや文献から培養培地情報を抽出してデータベース化した。この情報を培地成分によるベクトルで表現し、クラスタリングすることによって、微生物間の培養培地類似性を計算した。現在、その結果を代謝・生理機能による主成分分析結果と対応付け、代謝機能類似性と培地類似性の相関について解釈を行っているところである。今後、その結果を用いてゲノムデータから培地情報を予測するシステムを構築するために、更に多くの微生物に対して培地情報や表現型の情報をデータベース化する予定である。
発表論文（謝辞あり）
1. Arai, W., Taniguchi, T., Goto, S., Moriya, Y., Uehara, H., Takemoto, K., Ogata, H. andTakami, H.; MAPLE 2.3.0: An improved system for evaluating the functionomes ofgenomes and metagenomes. Biosci. Biotechnol. Biochem., 82:1515-1517 (2018).
2. Yoshida, T., Nishimura, Y., Watai, H., Haruki, N., Morimoto, D., Kaneko, H., Honda, T.,
Yamamoto, K., Hingamp, P., Sako, Y., Goto, S. and Ogata, H.; Locality and diel cyclingof viral production revealed by a 24 h time course cross-omics analysis in a coastal
region of Japan. ISME J., 12:1287-1295 (2018).

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
遺伝子情報を用いた海洋生態系研究
Research on marine ecology using genetic information

東京大学 大気海洋研究所 地球表層圏変動研究センター 生物遺伝子変動分野
西村 陽介
研究成果概要昨年度に引き続き、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、海洋等の微生物生態系の研究や、微生物ゲノム解析ツールの開発を行った。
多くの海洋微生物は「ロドプシン」等の光受容体を用いて光エネルギーを利用していることが知られている。一方で、微生物の持つ遺伝子の多くは依然として機能が分かっていない。そのため、微生物の機能未知遺伝子の中には、光受容体として機能する遺伝子があることが期待される。本研究では、海洋において利用可能な光量は深度に応じて異なることを利用して、Tara Oceans や Station ALOHA の大規模海洋メタゲノムデータを用いて深度別の遺伝子分布を調べることにより、未知の光受容体遺伝子の候補を探索し、23 個の遺伝子ホモログを選抜した。今後はこれらの候補について、大腸菌等を用いた異種発現系を利用して光受容体としての性質を調べる予定である。

発表論文（謝辞あり）
なし
発表論文（謝辞なし）
なし

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平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
グラフに基づく分子系統解析手法の開発と適用

Development and application of the graph-based phylogenetic method
東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻岩崎研究室 松井求研究成果概要タンパク質スーパーファミリーの進化過程は，現存するあらゆるタンパク質の進化の歴史を含んでおり，もしそれがまるごと解明できれば，タンパク質の諸機能と進化を結ぶ統合的知見が得られると考えられる．しかしながら，一連の従来手法(近隣結合法、最大節約法、最尤法、およびベイズ法) には根本的な弱点があり，タンパク質スーパーファミリースケールの信頼性の高い系統樹これまで得られていなかった．そこで，我々は既存手法の代わりとなる Graph
Splitting (GS) 法，Edge Perturbation（EP）法，Mixed Inference（MI）法という三つの新規手法を開発した．GS 法は配列類似性グラフに基づいて系統樹再構築を行う方法，EP 法は同じく
配列類似性グラフに基づいて内部枝支持率を計算するための方法，MI 法はペアワイズアライ
メントとマルチプルアライメントの両方の情報を用いて距離行列を計算するための方法であり，それぞれ既存手法の弱点を克服するために，グラフを利用した新たなアルゴリズムに基づいて開発された．
京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利 用 し 、タンパク質スーパーファミリーのデータベースである SCOP から得られた全てのデータに対し，GS 法・EP 法・MI 法を網羅的に適用した結果，190 のタンパク質スーパーファミリーについて内部枝が支持された信頼性の高 い 系 統 樹 を 初 め て得ることができた． 特 に T-fold ， DNA/RNA polymerase ， Toxins’
membrane translocation domains の各スーパーファミリーは系統樹全体にわたって内部枝が強く支持されており，代謝，転写・複製，膜輸送の初期進化を照らす新たな知見が示唆された．
発表論文（謝辞あり）
なし
発表論文（謝辞なし）
なし

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平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
典型元素を活用した機能性材料の開発

Development of functional materials by taking advantage of main group elements
茨城大学工学部物質科学工学科

吾郷 友宏

研究成果概要電子受容性配位子は遷移金属のルイス酸性を向上させると共に、トランスメタル化や還元的脱離を加速するため、触媒反応開発において重視されるようになってきた。我々のグループでは、強力な電子求引性骨格である 3,3,4,4,5,5-ヘキサフルオロシクロペンテン-1,2-ジイル（以下、HFCP と略す）を活用した電子不足化合物や電子受容性配位子の開発を行ってきた。今回、HFCP を架橋基としたπ受容性ホスフィンの開発と配位特性の解明、および触媒反応への利用を検討した（発表論文 1）。
HFCP 骨格を有するホスフィン
1,2 は、1,2-ジクロロヘキサフルオロ
シクロペンテンとクロロホスフィンから合成し、さらにセレンで処理することで P-セレニド 3,4 を得た。これ
らのセレニドは、9-ホスファトリプチ
セン-P-セレニドと同程度の 1JPSe 値を示し、ホスフィン 1,2 のσ供与能が特異的に低いことがわかった。量子化学計算からも、ホスフィン 1,2 のσ供与性が極めて低い一方で、ホスファイト等に近い強いπ需要能を持つことが示された。ホスフィン 1,2 の触媒反応への応用を検討したところ、1a が Au(I)触媒によるアルキンの水和およびヒドロアリール化といった反応に活性を示すことが分かった。
その他、HFCP を導入した縮環芳香族化合物の電子状態・光物性に関し、量子化学計算を用いた理論的な検討を行った（発表論文 2，3）。
発 表 論 文 （ 謝 辞 あ り ） 1) Syntheses and Structures of d10 Coinage Metal Complexes ofElectron-Accepting Phosphine Ligands Featuring a 3,3,4,4,5,5-Hexafluorocyclopentene
Framework, Agou, T.; Wada, N.; Fujisawa, K.; Hosoya, T.; Mizuhata, Y.; Tokitoh, N.; Fukumoto,H.; Kubota, T. Inorg. Chem. 2018, 57, 9105-9114; 2) A Straightforward Synthesis of
Polyfluorinated Furan Derivatives and Their Property, Agou, T.; Nemoto, S.; Yamada, S.; Konno,T.; Mizuhata, Y.; Toitoh, N.; Ebina, R.; Ishii, A.; Hosoya, T.; Fukumoto, H.; Kubota, T. Asian J.
Org.

Chem.

2018,

7,

2484-2489;

3)

Fluorine-Containing

Dibenzoanthracene

andBenzoperylene-Type Polycyclic Aromatic Hydrocarbons: Synthesis, Structure, and Basic
Chemical Properties, Gotsu, O.; Shiota, T.; Fukumoto, H.; Kawasaki-Takasuka, T.; Yamazaki,T.; Yajima, T.; Agou, T.; Kubota, T. Molecules 2018, 23, 3337.

76

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
規則性合金の触媒作用に関する理論的研究
Theoretical study on catalysis of ordered alloys
北海道大学 触媒科学研究所

古川 森也

研究成果概要我々は最近、PdIn/Al2O3 触媒が CO による NO の還元反応において、低温領域においても副生成物である N2O を生成することなく高い N2 選択性を示すことを見出している。また In の
一部を Cu に置換した Pd(In0.33Cu0.67)/Al2O3 触媒は幅広い温度領域において N2 選択性を低下させることなく NO 転化率を大幅に向上させることが出来、200℃という低温においても NO を
100%無害な N2 に変換できることが見出された。この触媒性能向上のメカニズムについて、速度論的検討に基づく反応機構解析が行われたが、原子レベルにおける詳細については明らかにされていなかった。
今回京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、PdIn 表面での関連分
子（NO、CO、N2O）の反応挙動に関して詳細な DFT 計算を行うことで、そのメカニズムを詳細に解明することを目指した。
PdIn(120)面（(110)面のステップ）における N2O 分解を計算した結果、活性化障壁は<0.1kJmol-1 でありほぼバリアレスであることが判明した（図 a）。このことから PdIn 上では副生成物である N2O が速やかに N2 へと分解されるために N2 選択性が高くなることが分かった。次に低温領域での律速段階である
CO 酸化過程について PdIn(110)面上で計算を行ったところ（図 b）In の存在により活性化障
壁が低下することが分かった（図 c）。一方高温領域での律速段階である NO 解離について In を一部 Cu で置換した PdIn(120)面で計算を行った結果（図 d）、Cu で一部置換することで NO 解離の活性化障壁が低下することが分かった。以上の様に、In は N2 選択性と低温活性の向上、また Cu は高温活性の向上に寄与していることが DFT 計算の結果から明らかにされた。
発表論文（謝辞あり）“Design of Pd-Based Pseudo-Binary Alloy Catalysts for Highly Active and Selective NO
Reduction”, J. Jeon, S. Furukawa, K. Kon, T. Toyao, K. Shimizu, Chem. Sci., in revision.

77平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

カロテノイドデータベース化学フィンガープリントを用いたカロテノイドの生合成パスウェイの再構築
Pathway reconstruction of carotenoid biosynthesis using
Carotenoid DB Chemical Fingerprints
藪崎純子
研究成果概要我々は、独自に開発したカロテノイド DB フィンガープリントを用いて 569 の生物種における 508 のカロテノイドの生合成経路の再構築を行なった。再構築したカロテノイドは、我々が構築した Carotenoids Database に収録している 1182 の天然のカロテノイド、及び 447 件の酵 素 的 ・ 非 酵 素 的 カ ロ テ ノ イ ド の 生 化 学 反 応 デ ー タ(http://carotenoiddb.jp/Reaction/list1.html)、137 件の既知のカロテノイド生合成パスウェ
イ (http://carotenoiddb.jp/Pathway/list1.html) を基にしている。
再構築した全カロテノイドの生合成経路を統合した結果、化学修飾の複雑化と進化との相関が見られた。古細菌で末端器の β 環化、ε 環化、末端器とポリエン鎖のアルコ
ール化、飽和化、不飽和化、開裂反応(アポ)、エポキシ化、シス化、トランス化、配糖化、アルデヒドの生成反応、イソプレンとの縮合反応(C40 と C45 のカロテノイドの生合成反応)が生まれた。加えて、バクテリアで末端器の芳香環化（γ 環化、φ 環化、χ環化）、末端器とポリエン鎖のケトン化、アルコキシ化、カルボキシル化、ラクトンの形成（レトロ）、エステル化、C30 カロテノイドの生合成経路が出現しているように思われた。さらに真核生物では末端器 β 環から κ 環への生合成反応、末端器とポリエン鎖の炭素の脱離反応(ノル)、ゲラニルゲラニルを含む他の化合物との縮合反応、オリド環の形成、末端器の環の開裂反応（セコ）、末端器の環化反応（シクロ）が出現してきた。一方、退化した化学修飾もあり、真核生物ではイソプレンとの縮合反応、及び C30 カロテノイドの生合成経路が消失しているように思われた。（下図、及びhttp://carotenoiddb.jp/stats/org_statistics_phylum.html を参照）これらから、谷本係数に基き系統関係を調べた結果、16S rRNA の系統解析とは異なり、カロテノイドの化学修飾
においては、真核生物は古細菌よりもバクテ
リアに近いことが示唆された。同様の事が、真核生物とバクテリアと古細菌の共通のカロ
テノイドの数からも示唆された。
(http://carotenoiddb.jp/ORGANISMS/common_carotenoids.html を参照)
また、再構築したパスウェイの全体像から、生物はおおよそ門のレベルでまとまって棲み分けを行なっているのではないかと思われた。

78

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
密度汎関数法を用いた NO 還元用代替触媒探索
DFT-based screening of NO reduction catalyst
福岡工業大学工学部生命環境科学科 蒲池高志

研究成果概要
現在ガソリン車の排ガスに含まれる NOx を還元する触媒として Pd、Pt、Rh などのレアメタルが使われている。これらレアメタルに大きく依存しない社会の構築は長期的課題であり、「元素戦略」として様々な取り組みがなされている。本研究では、密度汎関数法を用いた網羅的な計算により、NOx を還元する触媒として最適な２成分合金を探索している。これまでの計算から、
N-O 結合開裂の活性化エネルギーは金属の表面エネルギーと相関していることが明らかとなっている。これまでに、密度汎関数計算に基づいた AFLOW データベースに登録されている337 種類の２成分合金について、最も安定な面の表面エネルギーを京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムの CASTEP プログラムを用いて決定した。平成３０年度は、８種類の金属について、N-O 結合開裂および N2,O2 生成活性化エネルギーや反応熱を計算し、活性化エネルギーが表面エネルギーと高い相関関係にあることが判明した。この結果に基づき、将来的には新触媒の開発につなげたい。

発表論文（謝辞なし）
1. “Combined theoretical and experimental study on alcoholysis of amides on CeO 2 surface: A catalyticinterplay between Lewis acid and base sites”
T. Kamachi, S. M. A. H. Siddiki, Y. Morita, Md. N. Rashes, K. Kon, T. Toyao, K. Shimizu, K. Yoshizawa,
Catalysis Today, 303, 256-262, (2018).
2. “Dynamic Kinetic Resolution of N-Protected Amino Acid Esters via Phase-Transfer Catalytic Base
Hydrolysis”
E. Yamamoto, K. Wakafuji, Y. Furutachi, K. Kobayashi, T. Kamachi, M. Tokunaga, ACS Catalysis 8,5708-5713, (2018).
3. “Density Functional Theory Calculations of Oxygen Vacancy Formation and Subsequent Molecular
Adsorption on Oxide Surfaces”
Y. Hinuma, T. Toyao, T. Kamachi, Z. Maeno, S. Takakusagi, S. Furukawa, I. Takigawa, K. Shimizu, The
Journal of Physical Chemistry C, 122, 29435-29444, (2018).

79平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
菌類の系統解析
Phylogenetic analysis of fungi
信州大学農学部

齋藤勝晴

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、アツギケカビ目菌を含む菌類の全体のゲノムレベルでの系統解析を行った。アツギケカビ目はグロムス亜門とともに菌根共生の進化を考えるうえで重要な菌群であり、Bidartondo ら（2011）は、ア
ツギケカビ目はグロムス亜門よりも祖先的な系統群であると提唱している。しかし、詳細な系統関係は不明である。そこで、ゲノム配列を用いて菌類を広くカバーする約 50 種を対象に系統解析を行った。オーソログ遺伝子を数百個抽出し、アミノ酸配列をもとに RAxML
または Phylobayes を用いて最尤系統樹を作成した。アツギケカビ目とグロムス亜門はケカビ門に含まれ、さらにケカビ門はクサレケカビ亜門、グロムス亜門、アツギケカビ目、ウンベロプシス目、ケカビ目の順で分岐することが高い確率で支持された。今後はさらにア
ツギケカビ目菌類のゲノム構造について詳細に解析する予定である。

発表論文（謝辞あり）
なし

発表論文（謝辞なし）
なし

80

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
琵琶湖沖に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析
Metagenomics of prokaryotes and viruses in pelagic Lake Biwa

産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門 生物資源情報基盤研究グループ 岡崎 友輔
研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、琵琶湖を中心とする様々な大水深淡水湖の水中に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析を行った。琵琶湖においては 9 か月×2 水深、その他の湖 （池田湖・本栖湖・十和田湖・支笏湖・Maggiore 湖・
Zurich 湖等）においては 1 回の調査で 3～5 水深より採水し、得られた湖水からフィルターにて細菌画分(0.2–5.0 μm)を分離、DNA を抽出し、Hiseq, Miseq または Nextseq シーケンサーによるショットガンメタゲノムシーケンスを行った。さらに琵琶湖についてはウイルス画分(<0.2μm)の濃縮・精製サンプルより DNA を抽出し、ウイルスのショットガンメタゲノムシーケンスを行った。得られたシーケンスリードは SPAdes を用いてアセンブリした。得られた細菌ゲノムの品質
は checkM にて、ウイルスゲノムの品質は terminal redundancy の有無によって評価した。ゲノム上の遺伝子は Prodigal によってアミノ酸配列に翻訳した後、UniRef90 データベースに対す
る DIAMOND による相同性検索等によってアノテーションした。
その結果、これまでに琵琶湖のサンプルにおいて、57 の細菌ドラフトゲノム、183 の完全長ウ
イルス配列が得られた（その他の湖のサンプルは解析中である）。細菌ゲノムからは acI, LD12,
Limnohabitans,等の、淡水湖において量的に優占し、物質循環や微生物食物網において重要な機能を担うと考えられる系統のゲノムが多数得られたほか、深水層のメタゲノム解析からは、琵琶湖深水層で優占する CL500-11, Nitrospira, MGI 等の系統のゲノムも得られた。そのうち、CL500-11 は深水層の全細菌の現存量の約 25％を占めることもある特に優占的な系統であるが、ゲノム上にコードされた遺伝子の解析から、ペプチドのトランスポーター遺伝子を多数保有していることや、光の届かない深水層に生息しているにも関わらずロドプシン遺伝子を保有していることなど、興味深い生理・生態的な特性が明らかとなった。さらに欧州や北米の湖で同様にして得られた CL500-11 ゲノムとの比較からは、琵琶湖に生息する CL500-11 と大陸由来のものとの間に「種」レベルの遺伝的な差異が見られ、異なる湖に生息する細菌の間に明確な遺伝的な隔離があることが示された。一方、ウイルスメタゲノムからは優占的な細菌系
統に感染すると見られるウイルスや、ホストは不明だが現存量が非常に多いウイルス等、生態学的に重要とみられるウイルスの候補を新たに多数特定することができた。
発表論文（謝辞あり）
Mehrshad M, Salcher MM, Okazaki Y, Nakano S, Šimek K, Andrei AS, Ghai R. (2018) Hiddenin plain sight—highly abundant and diverse planktonic freshwater Chloroflexi. Microbiome 6:
176.

81

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
高次高調波によるアト秒 X 線パルスの増幅
Amplification of X-ray attosecond pulses

Department of Physics, UPC-Polytechnic University of Catalonia, Carles Serrat
We have investigated the amplification of attosecond pulses in different atomic gases. The
research is based on the single-electron numerical solution of the time-dependent Schrödinger
equation (TDSE) for atomic processes in intense laser fields. We have characterized XUVamplification by synchronization of a strong IR fs light pulse with a weak XUV attosecond
pulse in Ar. Our results have been compared with experimental results and have nicely
confirmed the amplification in the 25 - 50 eV photon energy region.
The results allow us to give a physical explanation of the amplification processes in Ar, which
are based on the recombination of highly excited Rydberg states to the 3s sub-valence shell,
where atoms are strongly ionized. An study of the different scattering processes has revealed
different mechanisms for the amplification, which include continuum-continuum parametric
processes (C-C) induced by the XUV pulse. These type of amplifications have not been
described yet. The studies for the characterization of such C-C processes include themonotorization of the electron states in time, which is accomplished by projecting thetime-dependent electron wave function on the field-free eigenstates and adopting statisticalstudies for the different absorption and emission. This is a truly computationallytime-and-memory consuming study which results however essential to understand the physicalmechanisms behind the amplification processes. These C-C processes would in principle allow
the amplification of frequencies which are not necessarily linked to the bound states structure of
the atomic system, and therefore those are candidates to observe amplification in atoms with ahigher ionization potential, such as He and Ne.

Figure: (a) Amplification map of H21 in Ar. (b) Photon energy region of the amplification in Ar.
Right panel: Experimental results for Ar and Ne.

82

平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
スギゲノムの解読と解析
Genome sequencing and analysis of Japanese cedar

東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 笠原 雅弘
研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、スギゲノムの解読と解析を行う。また、利用開始から間もないため、主に今後の京都大学化学研究所スーパ
ーコンピューターシステムの利用計画について述べる。
スギ花粉症は日本で大きな社会問題となっており、その解決は喫緊の課題である。特に、高度成長期に植えられ、花粉を大量に放出している（伐採にはちょうど適した時期の）スギ人
工林を伐採し新たに植林を行う（条件が悪い土地ではあるいは植えない）ことが重要である。しかし、輸入材と比べた場合に日本林業の商業的な採算性は厳しく、特に私有地のスギ人工林の植え替えを促進するには多額の補助金を注ぎ込む必要があり、財政事情が厳しい政府ある
いは地方自治体では二の足を踏んでいた。
また、スギ花粉を出さないいわゆる無花粉スギ（雄性不稔スギ）はスギ花粉症への抜本的対策として期待されているが、自然変異体を利用しているため原因遺伝子は不明であり、各地の気候に適し商業的に優れた特性を持つ様々な雄性不稔スギを大量生産することはできない。
これらの課題を解決するための基礎研究として我々はスギゲノム配列を解読している。スギゲノム（約 11Gb）はヒトゲノム（約 3Gb）の 3.8 倍の大きさを持ち、予備解析の結果、ヒトゲノムより遙かに解読が難しいゲノム構造（極めて頻度の高い反復配列）を持っていることが分かっており、ゲノム解読には予測不能な極めて大きな計算量を必要とすることが予想されている。
このため、今後改良していく自作のソフトウェアや MaSuRCA, Flye, HERA, wtdbg2, Pilon,
BUSCO などの、各種ゲノムアセンブラ−や各種ゲノム解析ソフトを用いてスギゲノム概要配列の構築・解析を行っていくことを予定している。
本年度は弊ラボの研究員である藤野健と共に本解析を行い、本アカウントでは主に環境構
築やスーパーコンピューターシステム毎に必要なカスタマイズを行った。
発表論文（謝辞あり）
該当無し
発表論文（謝辞なし）
該当無し

83

平成３０年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
スギゲノムの解読と解析
Genome sequencing and analysis of Japanese cedar

東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 笠原研究室 藤野 健
研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、スギゲノムの解読と解析を行う。また、利用開始から間もないため、今後の京都大学化学研究所スーパーコン
ピューターシステムの利用計画について述べる。
スギ花粉症は日本で大きな社会問題となっており、その解決は喫緊の課題である。特に、高度成長期に植えられ、花粉を大量に放出している（伐採にはちょうど適した時期の）スギ人
工林を伐採し新たに植林を行う（条件が悪い土地ではあるいは植えない）ことが重要である。しかし、輸入材と比べた場合に日本林業の商業的な採算性は厳しく、特に私有地のスギ人工林の植え替えを促進するには多額の補助金を注ぎ込む必要があり、財政事情が厳しい政府ある
いは地方自治体では二の足を踏んでいた。
また、スギ花粉を出さないいわゆる無花粉スギ（雄性不稔スギ）はスギ花粉症への抜本的対策として期待されているが、自然変異体を利用しているため原因遺伝子は不明であり、各地の気候に適し商業的に優れた特性を持つ様々な雄性不稔スギを大量生産することはできない。
これらの課題を解決するための基礎研究として我々はスギゲノム配列を解読している。スギゲノム（約 11Gb）はヒトゲノム（約 3Gb）の 3.8 倍の大きさを持ち、予備解析の結果、ヒトゲノムより遙かに解読が難しいゲノム構造（極めて頻度の高い反復配列）を持っていることが分かっており、ゲノム解読には予測不能な極めて大きな計算量を必要とすることが予想されている。
このため、今後改良していく自作のソフトウェアや MaSuRCA, Flye, HERA, wtdbg2, Pilon,
BUSCO などの、各種ゲノムアセンブラ−や各種ゲノム解析ソフトを用いてスギゲノム概要配列の構築・解析を行っていくことを予定している。
本年度は PacBio リードを入力とし、wtdbg2 を用いて概要配列の構築を目指した。また、アセンブリ結果の遺伝子アノテーションのためには高精度な配列が必要となるため、PacBio リー
ドや Illumina リードを合わせたエラー訂正の手法を検討し、Pilon や自作プログラムなどを組み合わせたパイプラインの構築に向けて取り組んだ。
発表論文（謝辞あり）
該当無し
発表論文（謝辞なし）
該当無し

84

平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
タンパク質の電子状態計算
Electronic state calculation of proteins
東京大学 生産技術研究所 機械・生体系部門 平野 敏行

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用して、タンパク質の電子状態計算を行い、理論化学的手法によりタンパク質の物性・反応性を理解することを目的としている。
使用するプログラムは自らが開発している量子化学計算プログラム ProteinDF である。
ProteinDF は、QM/MM 法や FMO 法・分割統治法などと異なり、計算領域を分割することなく、金属を含むタンパク質のカノニカル分子軌道計算を達成できる点が特長である。ProteinDF のコードは C++で記述され、MPI/OpenMP によるハイブリッド並列計算を行うことができる。
タンパク質の電子状態計算を達成するためには、高精度な初期値を作成することも重要である。そこで擬カノニカル局在化軌道(QCLO)法を利用した自動計算 Python プログラム
QCLObot を開発している。QCLObot では、YAML フォーマットで用意した計算シナリオに基づき、適宜サブユニットの作成・末端処理を行い、QCLO を作成して巨大分子の電子状態計
算を達成することができる。最近では、PDB から得られたタンパク質構造から、水素付加や構造緩和を行い、量子化学計算に耐えうる分子構造のモデリングを行う機能も追加している。
本年度は計算環境の構築、テスト計算を行った。ProteinDF や QCLObot ならびに Python モ
ジュールなどを利用した関連ツールは github をはじめとするインターネット上で管理されており、それら最新パッケージの取得およびビルドに手間取ってしまった。今後、いくつかの小規模
タンパク質のテスト計算からはじめ、電子状態計算の事例を増やしていきたい。

85平成 30 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

アミノアシル tRNA 合成酵素の系統解析で示すミトコンドリアのモザイク起源
Phylogenetic analysis of aminoacyl tRNA synthetases to demonstrate the mosaic origin of
mitochondria
東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻

浜口 悠貴

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、真核生物 81 生
物種・古細菌 80 生物種・細菌 149 生物種の合計 310 生物種の ARS２０種類を取得し、RAxMLの最尤法を用いて系統解析を用いて、真核生物のミトコンドリア ARS の由来を明らかにすることを試みた。解析の結果、以下の３点が示唆された。
①ミトコンドリア ARS は数多くの α- proteobacteria 以外の細菌が由来である。
②真核生物のスーパーグループ毎にミトコンドリア ARS の由来となる細菌が異なる。
③ミトソームやハイドロジェノソームのようなミトコンドリア退化オルガネラを持つ真核生物で、ミトコンドリア ARS が数種類保持されている。
今後は引き続き PSI-BLAST を用いた相同性検索を行い、21 番目のアミノ酸セレノシステイ
ン(Sep)に対応する ARS である、SepRS が真核生物・古細菌・細菌にどのように分布しているかを明らかにし、RAxML などの最尤法を用いてミトコンドリア ARS と細菌 ARS の系統関係を明らかにしていく。さらに、HMMER や MEME を用いてドメインとモチーフ構造を探索し、MMSeq2 を用いた配列クラスタリングの解析を行うなど bioinformatics 解析を適宜行っていき、
ミトコンドリア ARS が α- proteobacteria だけではなく様々な細菌由来になった所以について探っていく。
発表論文（謝辞なし） 修士論文（科学）Phylogenetic analysis of aminoacyl tRNA synthetases to demonstrate the mosaic origin of mitochondria

86京大化学研究所 - 2018年度 システム稼働状況

システム稼働時間
部門別利用状況
バッチジョブ処理状況
応用ソフトウェア利用状況

スーパーコンピュータシステム

システム稼働時間

日本ヒューレット・パッカード株式会社 福本 淳司、大久保 宏一、上原 英也、西川 和嗣

稼働状況

年間運転時間(h)稼働 保守 運休
システム運転状況
8742.5 17.5
システム稼働率 : 99.8 %(h) (h)システム名
大規模共有メモリサーバ(uv1/uv2)8736.0 24.0(h) (h)CPUクラスタサーバ

システム稼働率 : 99.7 %(jp001-jp134)

8760
(h)

GPUクラスタシステム稼働率 : 100 %(システム停止なし)(pk01-pk14)

計算サーバの月別システム稼働時間
システム名

大規模共有メモリサーバ(uv1/uv2)

CPUクラスタサーバ(jp001-jp134)

GPUクラスタ(pk01-pk14)

年月 稼働時間(b) 保守時間(c) 故障時間(d) 運転時間(e=b+c+d) 稼働率(b/e)
4月
720:00
720:00100 %
5月
744:00744:00100 %
6月
720:00
720:00100 %
7月
744:00744:00100 %
8月
742:002:00
744:0099 %
9月
720:00
720:00100 %
10月
728:3015:30
744:0097 %
11月
720:00
720:00100 %
12月
744:00744:00100 %
1月
744:00744:00100 %
2月
672:00672:00100 %
3月
744:00744:00100 %
計8742:30
2:00
15:30
8760:00
99.8 %
月平均
4月
720:00
720:00100 %
5月
744:00744:00100 %
6月
720:00
720:00100 %
7月
744:00744:00100 %
8月
744:00744:00100 %
9月
720:00
720:00100 %
10月
720:00
24:00
744:0096 %
11月
720:00
720:00100 %
12月
744:00744:00100 %
1月
744:00744:00100 %
2月
672:00672:00100 %
3月
744:00744:00100 %
計8736:00
24:00
8760:00
99.7 %
月平均
4月
720:00
720:00100 %
5月
744:00744:00100 %
6月
720:00
720:00100 %
7月
744:00744:00100 %
8月
744:00744:00100 %
9月
720:00
720:00100 %
10月
744:00744:00100 %
11月
720:00
720:00100 %
12月
744:00744:00100 %
1月
744:00744:00100 %
2月
672:00672:00100 %
3月
744:00744:00100 %
計8760:00
8760:00
100.0 %
月平均

サーバの消費電力量

728:320:10

728:00

2:00

730:00

1:17

729:5999.8 %

730:0099.7 %

730:00100.0 %

87

京大化学研究所 - 2018年度 -システム稼働時間
部門別利用状況
バッチジョブ処理状況
応用ソフトウェア利用状況

システム稼働状況
スーパーコンピュータシステム

日本ヒューレット・パッカード株式会社 福本 淳司、大久保 宏一、上原 英也、西川 和嗣

利用者数の月別推移

利用者 計算ノード アプリ
項番
部局名(人) 利用者数 登録者数 (人) 利用者数
(42)
(154)
1 化学研究所(1)(3)
2 エネルギー理工学研究所
3 生存圏研究所(1)(2)
4 防災研究所(95)
5 宇治地区事務部(4)(9)
6 理学研究科・理学部(1)(2)
7 医学研究科・医学部
8 附属病院
9 再生医科学研究所(2)(5)
10 薬学研究科・薬学部
(23)
(48)
11 工学研究科・工学部(6)(6)
12 エネルギー科学研究科(3)(5)
13 農学研究科・農学部
14 総合人間学部(3)(4)
15 人間・環境学研究科
16 経済研究所
17 数理解析研究所
18 情報学研究科
19 生命科学研究科
20 学術情報メディアセンター
21 生態学研究センター(4)(4)
22 高等研究院
23 次世代開拓研究ユニット
24 先端医工学研究ユニット
25 触媒・電池元素戦略ユニット
26 iPS細胞研究所
27 ウイルス研究所(1)(1)
28 福井謙一記念研究センター(3)(3)
29 産官学連携本部(1)(1)
30 学際融合教育研究推進センター
(18)
(19)
31 その他

154
3
2
95
9
2

■(Email利用者) ■(計算ノード利用者)

5
48
6
5
4

4

部局別のCPU使用時間

1
3
1
19

項番
部局名
共有メモリサーバ CPUクラスタ
GPUクラスタ ログインノード
6277日09時間13分 57825日12時間10分 3870日10時間09分 11日19時間09分
1 化学研究所
2 エネルギー理工学研究所
3 生存圏研究所
36日09時間40分
00時間43分
4 防災研究所
5 宇治地区事務部
06時間16分
6 理学研究科・理学部
7 医学研究科・医学部
8 附属病院
9 再生医科学研究所
02時間57分
00時間04分
10 薬学研究科・薬学部
7018日04時間11分 51217日05時間12分 2436日03時間09分 3日10時間18分
11 工学研究科・工学部
10日06時間19分 6889日07時間15分 940日07時間50分
09時間03分
12 エネルギー科学研究科
1日04時間32分 629日18時間48分 90日07時間30分 13日08時間30分
13 農学研究科・農学部
14 総合人間学部
1031日16時間21分 18日19時間24分
02時間35分
15 人間・環境学研究科
16 経済研究所
17 数理解析研究所
18 情報学研究科
19 生命科学研究科
20 学術情報メディアセンター
21 生態学研究センター
05時間47分
01時間57分
00時間53分
00時間01分
22 高等研究院
23 次世代開拓研究ユニット
24 先端医工学研究ユニット
25 触媒・電池元素戦略ユニット
26 iPS細胞研究所
27 ウイルス研究所
577日13時間50分
15時間10分
00時間02分
28 福井謙一記念研究センター
02時間23分
00時間53分
05時間43分
29 産官学連携本部
30 学際融合教育研究推進センター
635日16時間51分 44595日04時間17分 1448日14時間40分 16日02時間34分
31 その他

88京大化学研究所 - 2018年度 システム稼働状況

システム稼働時間
部門別利用状況
バッチジョブ処理状況
応用ソフトウェア利用状況

スーパーコンピュータシステム
日本ヒューレット・パッカード株式会社 福本 淳司、大久保 宏一、上原 英也、西川 和嗣

バッチジョブ実行時間 (大規模共有メモリサーバ)

項番
項目
JP1,JP4,JP10,JP20 キュー
14976758
1 総ジョブ件数
368749日9時間30分
2 総CPU時間
0時間35分
3 平均CPU時間
19日9時間51分
4 最大CPU時間
0時間05分
5 平均ジョブ実行時間
23時間37分
6 最大ジョブ実行時間
0時間00分
7 平均ジョブ待ち時間
8時間15分
8 最大ジョブ待ち時間(件)

バッチジョブ件数

計算サーバのCPU使用率

PK5 キュー

UVM1,UV16,UV128 キュー415
178日0時間21分
10時間16分
8時間44分
10時間45分
8時間45分
0時間21分
0時間22分

17901
69083日17時間25分
3日20時間36分
83日8時間15分
4時間56分
22時間16分
0時間37分
8時間39分

CPU時間

(時間)

CPU使用率 (新大規模共有メモリサーバ)

User CPU System CPU I/O wait

CPU使用率 (CPUクラスタ)

User CPU System CPU I/O wait

CPU使用率 (GPUクラスタ)

User CPU System CPU I/O wait

バッチジョブ状況 (JP1 キュー)

Running Queueing Request CPU

バッチジョブ状況 (JP4 キュー)

Running Queueing Request CPU

バッチジョブ状況 (JP10 キュー)

Running Queueing Request CPU

バッチジョブ状況 (JP20 キュー)

Running Queueing Request CPU89

バッチジョブ状況 (PK5 キュー)

Running Queueing Request CPU

バッチジョブ状況 (UV16 キュー)

Running Queueing Request CPU

バッチジョブ状況 (UV128 キュー)

Running Queueing Request CPU

バッチジョブ状況 (UVM1 キュー)

Running Queueing Request CPU

月別のCPU使用時間とバッチジョブ件数(2018年度)

月 CPU使用率
CPU時間
バッチジョブ件数
4月
49.4 % 20590日06時間52分
32070885月
51.9 % 31615日20時間16分
10576826月
56.9 % 21675日17時間48分
20905377月
45.0 % 22212日18時間56分
564111
8月
54.9 % 30178日00時間12分
16944389月
58.7 % 32026日08時間29分
65687610月
58.9 % 29092日17時間28分
2386545
11月
47.1 % 18727日05時間08分
73000612月
45.8 % 20748日23時間02分
12458871月
59.9 % 35768日04時間22分
10986032月
66.7 % 34210日08時間18分
2273683月
54.3 % 30471日16時間39分
35933
年度計
- 327318日03時間35分
14995074
月平均54.1 % 27276日12時間17分
1249589■ CPU時間h)90

CPU使用率(%)

京大化学研究所 - 2018年度 システム稼働状況

システム稼働時間
部門別利用状況
バッチジョブ処理状況
応用ソフトウェア利用状況

スーパーコンピュータシステム
日本ヒューレット・パッカード株式会社 福本 淳司、大久保 宏一、上原 英也、西川 和嗣

応用ソフトウェア利用時間 (ジョブ件数とCPU時間)
ジョブ件数とCPU時間

ジョブ件数とCPU時間

ジョブ件数とCPU時間

ジョブ件数とCPU時間

ジョブ件数とCPU時間912018年度
WWWサービスの利⽤状況
⽇本ヒューレット・パッカード株式会社⻄川和嗣

更新⽇時：2019年4⽉1⽇ 00時30分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

9,446

17,249106,993565,100

44.52 GB

5⽉

9,648

23,952

123,233

542,882

52.13 GB

6⽉

9,129

22,810139,109530,658

65.48 GB

7⽉

7,868

19,012

113,018

489,174

50.00 GB

8⽉

7,128

20,131

130,212486,90244.83 GB

9⽉

7,119

19,423

121,149

485,175

30.42 GB

10⽉

8,132

20,326

124,412516,752

55.65 GB

11⽉

7,468

17,832

127,627

494,42852.13 GB

12⽉

7,610

18,204

122,377

450,40246.56 GB

1⽉

8,056

19,023

127,744

502,49044.48 GB

2⽉

7,337

16,711

124,493

478,465

41.65 GB

3⽉

8,066

18,210124,858

507,975

45.99 GB合計

97,007

232,883

1,485,225

6,050,403

573.84 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

2010年

2011年

2012年

2013年

2014年

2015年

訪問者数の推移 (2010年1⽉より表⽰)

92

2016年

2017年

2018年

2018年度
ゲノムネットサービス利用統計西川 和嗣(日本ヒューレット・パッカード株式会社)
KEGG 生命システム情報統合データベース
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) はシステム情報、ゲノム情報、ケミカル情報、疾患・医薬品情報に大別された 16 のデータベースから構成される「生命システム情報統合データベース」です。ゲノ
ム情報とケミカル情報は生命の基本部品である DNA・RNA・タンパク質と低分子化合物・糖鎖・脂質等の分子構造情報、システム情報は基本部品から構成される生命システム、すなわち細胞・個体などの高次機能情報です。また、疾患・医薬品情報はシステムに対するゆらぎに関する高次機能情報です。

カテゴリ

システム情報ゲノム情報

ケミカル情報疾患・医薬品情報

データベースKEGG PATHWAY
KEGG BRITE
KEGG MODULE
KEGG ORTHOLOGYKEGG GENOME
KEGG GENES
KEGG SSDB
KEGG COMPOUND
KEGG GLYCANKEGG REACTION
KEGG RCLASSKEGG ENZYMEKEGG NETWORKKEGG VARIANT
KEGG DISEASE
KEGG DRUG
KEGG DGROUP
KEGG ENVIRON
KEGG MEDICUS

内容

KEGG パスウェイマップ
BRITE 機能階層
機能単位 KEGG モジュール
KO オーソロググループ
全ゲノム配列既知の KEGG 生物種
各生物種の遺伝子カタログ
GENES の配列類似度とベストヒット情報
代謝物質など低分子化合物
糖鎖
生体内化学反応反応クラス
酵素
疾患関連のネットワーク要素
ヒト遺伝子バリアント
ヒト疾患
医薬品
医薬品グループ
生薬、天然物など
疾患・医薬品の統合リソース

ゲノムネットデータベースリソース

サービス

KEGG OC
Virus-Host DB
Taxonomy内容

KEGG OC (KEGG Ortholog Cluster) へのインタフェース
ウィルスとその宿主のデータベース
生物種分類の早見表および検索

ゲノムネットの計算ツール
ゲノムネットでは以下の３つのカテゴリーで計算サービスを提供しています。配列解析の標準的なプログラ
ム以外はすべて京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターで開発されたものです。
配列解析

サービス

BLAST
FASTA
MOTIF
CLUSTALW
MAFFT
PRRN
TREE
ゲノム情報解析サービス

ViPTree内容
配列類似性検索
配列モチーフ検索
配列のマルチプルアライメントおよび進化系統樹解析

内容

ウィルスゲノムのproteomic treeを生成
93

KAAS
MAPLE
EGassembler
GENIESDINIES
ケミカル情報解析サービス

SIMCOMPSUBCOMP
KCaM
PathComp
PathSearch
PathPred
E-zymeゲノムまたはESTコンティグの自動アノテーションとパスウェイマッピング
ゲノム・メタゲノムに潜む代謝・生理機能ポテンシャル評価システム
大量のESTデータからコンセンサスコンティグ自動生成
カーネル法での多様なオミクスデータ統合による遺伝子ネットワーク予測
医薬品ー標的ネットワーク予測

内容

化合物類似構造検索
化合物部分構造検索
糖鎖類似構造検索
化合物間の反応経路計算
類似反応経路検索
分解・合成反応経路予測
化合物間の酵素反応と酵素遺伝子予測

DBGET/LinkDB: ゲノムネット統合データベース検索システム
DBGET は世界中に存在する分子生物学データベースを対象とした統合データベースシステムです。ゲノム
ネットや KEGG のバックボーンシステムとして利用されています。DBGET でサポートする分子生物学データ
は、各データベースのエントリー（ページ）をノード、エントリー間の参照情報をエッジ（リンク）とした膨大なグラ
フとして表現されます。各データベースエントリーはデータベース名とエントリー名（またはアクセッション番号）のペアで指定され、これは一般には対応するページのURLに変換することができます。このような名前空間を考え、名前同士のつながりを蓄積したのが LinkDB データベースです。
DBGET/LinkDB システムでは多数のデータベースを統合するために、データベース利用条件の違い（ミラーリング可、キーワードインデクシング可、リンクのみ）を考慮して、各データベースを以下の５つのカテゴリーに分類しています。

カテゴリー
1. KEGGデータベース
2. その他のDBGETデータベース
3. Web上の検索可能データベース
4. Web上のリンクのみのデータベース
5. PubMedデータベース

検索コマンド

備考

bget bfind blink
yes yes yes
ゲノムネットでミラーリング
yes yes yes
no yes yesnono
yes 各サイトのサービスを利用
yes noyes

KEGGデータベース (カテゴリー1)
ゲノムネットが提供するKEGGデータベースは以下の通りで、多くのものは毎日更新されています。

データベース
内容
brite
機能階層・オントロジー
pathway
パスウェイマップ
moduleKEGGモジュールorthology
オーソログ (KO) グループ
genomeKEGG生物種
mgenome
メタゲノム
genes
高精度ゲノム中の遺伝子カタログ
mgenes
メタゲノム中の遺伝子カタログ
compound化合物
glycan糖鎖
reaction
化学反応
rclass
反応クラス
enzyme酵素分類
network
疾患関連のネットワーク要素
variant
ヒト遺伝子バリアント
94

備考

KEGG BRITE

KEGG PATHWAY
KEGG ORTHOLOGYKEGG GENOME
KEGG GENES
KEGG COMPOUND
KEGG GLYCANKEGG REACTION
KEGG NETWORKKEGG VARIANT

disease
ヒト疾患
drug
医薬品
dgroup医薬品グループ
environ
生薬・天然物、環境物質、ほか
expression マイクロアレイ遺伝子発現プロフィール
その他のDBGETデータベース (カテゴリー2)

KEGG DISEASE
KEGG DRUG
KEGG ENVIRON
著者による登録

ゲノムネットがミラーリングしているデータベースは以下の通りです。

データベース内容
元サイト
核酸塩基配列refseq refnuc
NCBI
refpep タンパク質アミノ酸配列
uniprot swissprot
ExPASy / EBI
trembl タンパク質アミノ酸配列
rg001 海洋微生物メタゲノムのリファレンス遺伝子セット（OM-RGC） EMBL
refgene rg002 ヒト腸内細菌メタゲノムのリファレンス遺伝子セット（IGC） BGI/EMBL
rg003 海洋微生物メタゲノムのリファレンス遺伝子セット（MATOU） Tara Oceans
egenes
ESTコンティグとしての遺伝子カタログ
京都大学
egenome
ESTコンティグのデータセット
京都大学
pdb
タンパク質立体構造
RCSB
pdbstr
PDBアミノ酸配列
京都大学
epd
真核生物プロモーター
ISREC
prositeExPASymotifdic pfam タンパク質配列モチーフ
Sangerncbi-cdd
NCBI
pmd
変異タンパク質
国立遺伝学研究所
aaindex
アミノ酸指標京都大学
carbbank
糖鎖構造 (更新なし)
帝京大学/ジョージア大学
prosdoc
PROSITE文献ExPASyWeb上の検索可能データベース (カテゴリー3)
ゲノムネットでキーワード検索のみできるデータベースは以下の通りです。

データベース
genbank
insdc ddbj
embl
ncbi-gene
unigeneensemblhgnc
brc-dna
brc-epdgointerproomim
pubchemchebi
pdb-ccd
lipidmaps
lipidbankknapsack

内容
核酸塩基配列Entrez 遺伝子データベース
UniGene 遺伝子データベース
真核ゲノムアノテーション
ヒト遺伝子名
ヒト完全長cDNAクローン
植物の完全長cDNAクローン
遺伝子オントロジー
タンパク質ファミリー・ドメイン
遺伝病
PubChem 化合物データベース
ChEBI 化合物データベース
PDB リガンド辞書
脂質代謝
脂質
植物二次代謝産物 95

元サイト

NCBI
国立遺伝学研究所
EBI
NCBI
NCBI
Ensembl
HGNC
理研BRC
理研BRC
GO
EBI
NCBI
NCBI
EBI
PDB
LIPIDMAPS
LipidBank
KNApSAcKhmdb
ヒトメタボローム
3dmet
天然化合物の立体構造
drugbank
医薬品とターゲット
ligandbox
医薬品の立体構造
sider
医薬品の副作用
LinkDB検索のみ可能なデータベース (カテゴリー4)

HMDB
3DMET
DrugBank
LigandBox
SIDER

LinkDBで検索可能なデータベースは以下のとおりです。
https://www.genome.jp/linkdb/link_only.html

PubMedデータベース (カテゴリー5)
データベース
内容
pubmed
医学・生化学文献データベース

96

元サイト

NCBI

⽉別のWWWサービス利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 16時21分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

1,160,346

2,141,085

8,460,523

29,397,002

1084.90 GB

5⽉

1,121,860

2,120,135

8,736,995

33,400,977

1184.83 GB

6⽉

1,095,900

1,889,572

7,888,365

28,856,719

975.58 GB

7⽉

1,080,996

1,854,790

8,357,963

28,969,276

928.45 GB

8⽉

922,891

1,708,523

9,347,320

26,826,953

891.88 GB

9⽉

780,433

1,296,522

8,926,857

26,217,938

911.22 GB

10⽉

1,604,220

2,771,565

9,624,184

37,420,074

1213.68 GB

11⽉

1,905,585

3,385,597

12,125,695

43,119,136

1236.21 GB

12⽉

1,889,925

3,309,968

12,793,781

40,951,562

1332.76 GB

1⽉

2,366,228

4,287,173

15,087,377

49,094,798

1392.17 GB

2⽉

2,792,591

5,251,280

13,523,466

54,382,215

1396.88 GB

3⽉

3,110,871

5,980,614

20,222,575

67,738,018

1744.21 GB

合計

19,831,846

35,996,824

135,095,101

466,374,668

14292.77 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

97

⽉別のKEGG利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 15時07分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

979,761

1,744,464

4,937,490

17,568,195449.44 GB

5⽉

894,921

1,616,824

4,808,888

17,636,823

469.88 GB

6⽉

872,944

1,428,075

4,067,199

14,933,139384.97 GB

7⽉

848,348

1,368,043

3,806,015

14,411,884

374.22 GB

8⽉

690,616

1,248,379

5,786,726

13,778,776

395.90 GB

9⽉

535,567

832,9813,825,939

11,565,636

410.94 GB

10⽉

1,358,368

2,256,838

5,703,440

21,677,134

516.02 GB

11⽉

1,661,203

2,855,435

6,167,534

24,967,504

498.99 GB

12⽉

1,680,381

2,848,394

6,724,150

24,837,665

582.33 GB

1⽉

2,161,922

3,847,260

9,628,303

33,403,499

702.43 GB

2⽉

2,601,440

4,845,611

10,122,985

39,359,244

663.80 GB

3⽉

2,899,784

5,536,209

16,883,269

51,069,417

937.74 GB

合計

17,185,255

30,428,513

82,461,938

285,208,916

6386.65 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

2013年

2014年

2015年

2016年

訪問者数の推移 (2013年1⽉より表⽰)

98

2017年

2018年

⽉別のMEDICUS利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 18時37分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

899,550

1,551,300

2,686,152

11,122,034

117.88 GB

5⽉

801,287

1,385,558

2,345,779

9,898,480

106.56 GB

6⽉

775,902

1,228,814

2,137,713

8,553,234

96.45 GB7⽉

743,659

1,157,489

2,008,663

8,101,055

90.43 GB8⽉

566,269

840,795

1,755,824

5,801,381

70.11 GB9⽉

455,875

647,896

1,352,356

4,576,403

54.13 GB10⽉

1,272,499

2,061,331

3,314,697

13,704,847

144.48 GB

11⽉

1,571,178

2,656,477

4,177,922

17,581,880

183.40 GB

12⽉

1,591,281

2,655,542

4,326,501

17,467,753

189.10 GB

1⽉

2,082,503

3,672,094

5,628,018

23,914,304

256.62 GB

2⽉

2,527,012

4,685,328

7,055,583

31,295,313

339.36 GB

3⽉

2,806,746

5,316,154

8,015,629

35,105,978393.71 GB

合計

16,093,761

27,858,778

44,804,837

187,122,662

2042.24 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

2013年

2014年

2015年

2016年

訪問者数の推移 (2013年1⽉より表⽰)

99

2017年

2018年

⽉別のお薬⼿帳利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 10時04分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

573

1,385

10,554

12,57767.13 MB

5⽉

631

1,485

12,743

15,38777.39 MB

6⽉

534

1,112

15,024

19,07688.62 MB

7⽉

715

1,492

16,876

20,969102.62 MB

8⽉

915

1,634

22,672

29,220147.14 MB

9⽉

881

1,554

20,10425,888126.90 MB

10⽉

1,362

2,089

35,56045,929222.55 MB

11⽉

1,454

2,239

40,55757,477249.35 MB

12⽉

1,313

2,084

36,70847,440236.73 MB

1⽉

1,577

2,547

47,91462,172294.76 MB

2⽉

1,515

2,502

35,22846,055237.06 MB

3⽉

3,893

5,177

59,837

77,470387.00 MB

合計

15,36325,300353,777

459,660

2.18 GB

2017年

2018年

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

2013年

2014年

2015年

2016年

訪問者数の推移 (2013年4⽉より表⽰)

100

⽉別のKEGG API利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉5⽇ 05時04分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

10,561

31,30954,912,198

54,912,994

336.12 GB

5⽉

15,39544,214

24,762,796

24,763,594

369.65 GB

6⽉

13,55934,97921,779,035

21,779,760

229.74 GB

7⽉

11,19333,55330,711,371

30,712,125323.53 GB

8⽉

11,33434,297

26,105,589

26,106,502

265.67 GB

9⽉

13,73338,68360,942,653

60,943,468

327.43 GB

10⽉

15,01343,47652,535,630

52,536,385

461.25 GB

11⽉

13,07538,321

31,129,961

31,130,775

429.18 GB

12⽉

12,47433,546

26,268,141

26,268,913

295.53 GB

1⽉

12,58036,17827,064,331

27,065,196

420.94 GB

2⽉

11,71632,21625,167,145

25,167,968

369.74 GB

3⽉

14,72641,99038,232,573

38,233,412

1142.60 GB

合計

155,359442,762

419,611,423

419,621,092

4971.39 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

2014年

2015年

2016年

2017年

訪問者数の推移 (2014年1⽉より表⽰)

101

2018年

⽉別のLinkDB利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 15時53分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

13,63921,101106,011

127,748

17.79 GB5⽉

14,254

22,116

151,715

183,374

30.98 GB

6⽉

11,762

18,198

123,453

151,147

26.01 GB7⽉

11,416

17,86469,907

96,19024.78 GB

8⽉

10,992

17,194

92,909117,71726.55 GB9⽉

12,161

17,991

74,666102,124

25.98 GB10⽉

14,435

20,95996,046

128,67837.71 GB11⽉

15,181

22,472

106,818

141,298

31.84 GB12⽉

12,51318,301

101,959

130,133

54.40 GB

1⽉

13,046

19,24785,406

114,684

47.99 GB

2⽉

13,10919,256125,941

154,518

41.36 GB3⽉

15,17922,197

92,167125,970

49.42 GB合計

157,687

236,896

1,226,998

1,573,581

414.82 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

102

⽉別のMGENES利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 09時51分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

2,077

3,786

8,563

19,376

1.10 GB

5⽉

2,814

4,563

15,43235,4701.74 GB

6⽉

1,957

4,652

8,187

27,0281.75 GB

7⽉

2,076

4,473

10,15629,232

1.56 GB

8⽉

1,831

2,790

5,175

19,458848.91 MB

9⽉

1,916

2,740

5,331

18,984769.32 MB

10⽉

2,175

3,263

6,415

21,260839.93 MB

11⽉

2,505

4,039

6,536

23,5931.05 GB

12⽉

2,082

3,558

25,892

38,4271.05 GB

1⽉

1,902

3,022

5,996

19,594728.80 MB

2⽉

2,156

3,179

4,912

21,473696.69 MB

3⽉

1,685

2,627

5,734

17,327788.56 MB

合計

25,176

42,692

108,329291,22212.82 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

103

⽉別のOC利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 09時57分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

393

637

4,693

6,606

32.03 GB

5⽉

382

581

4,426

6,304

31.70 GB

6⽉

312

479

4,055

5,996

2.45 GB

7⽉

308

521

1,549

3,270

42.52 GB

8⽉

299

643

1,723

3,392

8.30 GB

9⽉

714

1,272

2,514

4,330

12.00 GB

10⽉

1,207

6,116

9,787

11,45144.29 GB

11⽉

867

3,635

6,138

7,692

41.59 GB12⽉

652

16,08140,18542,29391.94 GB

1⽉

613

950

1,965

3,941

24.15 GB

2⽉

920

2,209

3,348

5,397

53.70 GB

3⽉

737

1,288

4,212

6,905

81.00 GB

合計

7,404

34,412

84,595

107,577465.67 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

104

⽉別のVirus-Host DB利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 10時30分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

5,875

8,279

35,387112,391

2.21 GB

5⽉

8,157

11,482

23,427

133,300

2.97 GB

6⽉

7,311

10,52419,993

118,760

2.70 GB

7⽉

7,036

9,609

22,281

114,588

2.56 GB

8⽉

9,277

11,79920,804

141,361

2.97 GB9⽉

12,984

17,17730,111

190,863

3.88 GB

10⽉

11,692

16,08932,878173,275

3.64 GB

11⽉

10,745

14,92529,859154,984

3.33 GB

12⽉

9,805

18,10135,269143,275

2.96 GB

1⽉

8,733

11,73425,396

133,9313.02 GB

2⽉

9,837

21,57339,632

155,389

3.20 GB3⽉

11,572

16,024

47,133

187,013

4.33 GB

合計

113,024

167,316

362,170

1,759,130

37.76 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

2016年

2017年

2018年

訪問者数の推移 (2016年8⽉より表⽰)

105

⽉別のTaxonomy利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 10時25分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

508

621

864

5,359

2.38 GB

5⽉

630

794

1,174

7,161

2.01 GB

6⽉

612

751

1,043

6,412

177.50 MB

7⽉

611

723

1,144

6,995

930.84 MB

8⽉

748

890

1,531

8,958

577.24 MB

9⽉

1,270

1,518

3,682

20,840696.68 MB

10⽉

1,679

1,908

4,391

26,364229.52 MB

11⽉

1,724

2,074

3,393

19,0912.62 GB

12⽉

1,521

2,662

3,529

14,191

171.71 MB

1⽉

1,134

1,334

3,686

18,217

1.10 GB

2⽉

1,481

2,278

20,58561,503

3.56 GB

3⽉

1,386

1,671

9,212

32,452314.36 MB

合計

13,304

17,224

54,234

227,543

14.70 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

2017年

2018年

訪問者数の推移 (2017年1⽉より表⽰)

106

⽉別のReaction Ontology利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 10時11分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

1,460

2,021

7,369

26,390366.12 MB

5⽉

1,620

2,314

11,12932,692397.86 MB

6⽉

1,204

1,632

6,036

21,513255.97 MB

7⽉

1,106

1,558

5,731

18,710249.09 MB

8⽉

1,098

1,504

4,513

16,476215.36 MB

9⽉

1,367

1,848

5,793

20,816254.66 MB

10⽉

1,488

1,992

6,821

25,249326.25 MB

11⽉

1,460

1,940

6,309

26,565348.48 MB

12⽉

1,335

1,789

5,683

20,712283.98 MB

1⽉

1,374

1,968

6,598

20,896272.17 MB

2⽉

1,396

1,829

5,977

21,739335.63 MB

3⽉

1,563

2,055

10,23528,140338.83 MB

合計

16,471

22,45082,194

279,898

3.56 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

107

⽉別のSequence Analysis利⽤状況（2018年度）(BLAST / FASTA / MOTIF/ MAFFT / CLUSTALW / PRRN / TREE)
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 10時22分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

30,04259,312495,721963,045

20.08 GB

5⽉

30,252

61,913

460,288929,01620.74 GB

6⽉

23,53449,053408,961

800,572

38.03 GB7⽉

23,691

51,614391,119

790,934

23.08 GB

8⽉

21,302

47,793360,174

721,538

20.55 GB

9⽉

23,50350,113

342,575

711,534

16.01 GB10⽉

29,68562,226

689,563

1,225,914

34.35 GB

11⽉

30,142

61,675592,587

1,083,247

23.62 GB

12⽉

25,68461,097

511,970

988,208

27.11 GB

1⽉

26,67756,250468,931

942,79626.69 GB2⽉

26,34552,373428,274

860,14832.30 GB3⽉

32,371

62,027549,323

1,121,192

26.18 GB合計

323,228

675,446

5,699,486

11,138,144

308.75 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

⽉別のサービス訪問者数⽐較（2018年度）
⽉

BLAST

FASTA

MOTIF

MAFFT

CLUSTALW

PRRN

TREE

4⽉

4,845

1,183

4,035

809

22,748

459

621

5⽉

5,579

1,294

4,068

833

22,354

445

580

6⽉

4,438

998

3,391

572

17,050

345

725

7⽉

4,567

991

3,405

517

17,133

335

1,133

8⽉

3,893

873

2,965

562

15,366

299

437

9⽉

3,937

899

3,254

511

16,990

343

438

10⽉

4,976

1,134

4,066

859

21,489

469

486

11⽉

5,176

1,123

3,764

874

22,288

480

768

12⽉

4,567

1,035

3,326

629

18,884

361

993

1⽉

4,420

1,077

3,489

608

19,864

357

748

2⽉

4,189

989

3,605

572

19,270

386

539

3⽉

4,901

1,099

3,868

720

24,457

436

733

合計

55,488

12,69543,236

8,066

237,893

4,715

8,201

108

⽉別のBLAST利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉1⽇ 19時36分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

4,845

8,239

47,12977,1283.39 GB

5⽉

5,579

9,729

58,365

92,6264.01 GB

6⽉

4,438

8,613

50,65180,761

5.19 GB

7⽉

4,567

10,701

61,144

94,246

4.61 GB

8⽉

3,893

10,05543,676

68,7853.77 GB

9⽉

3,937

10,80549,302

76,1013.77 GB

10⽉

4,976

13,505317,529424,788

9.68 GB

11⽉

5,176

12,42858,36289,0184.77 GB

12⽉

4,567

19,23772,753102,969

5.22 GB

1⽉

4,420

10,45951,41780,652

4.27 GB

2⽉

4,189

8,331

38,69561,417

3.54 GB

3⽉

4,901

8,748

43,26371,0833.83 GB

合計

55,488130,850

892,286

1,319,574

56.05 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

109

⽉別のFASTA利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 10時59分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

1,183

1,439

4,358

7,720

225.76 MB

5⽉

1,294

1,573

4,723

8,368

253.13 MB

6⽉

998

1,274

3,803

6,861

176.93 MB

7⽉

991

1,285

4,497

7,455

167.52 MB

8⽉

873

1,075

2,972

5,284

163.75 MB

9⽉

899

1,128

2,870

5,175

582.74 MB

10⽉

1,134

1,438

4,388

7,412

223.42 MB

11⽉

1,123

1,511

3,527

6,577

166.64 MB

12⽉

1,035

1,446

4,130

7,341

309.59 MB

1⽉

1,077

1,493

4,010

7,291

283.52 MB

2⽉

989

1,359

3,573

6,233

203.58 MB

3⽉

1,099

1,493

3,491

6,272

202.02 MB

合計

12,695

16,514

46,342

81,9892.89 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

110

⽉別のMOTIF利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 09時54分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

4,035

6,153

25,15033,175

1.19 GB

5⽉

4,068

6,281

26,13734,4851.67 GB

6⽉

3,391

5,067

22,05029,0242.38 GB

7⽉

3,405

5,191

21,96628,9185.51 GB

8⽉

2,965

4,483

19,01525,1472.22 GB

9⽉

3,254

4,798

21,16727,9982.80 GB

10⽉

4,066

5,777

23,81632,2983.70 GB

11⽉

3,764

5,556

22,81730,776

1.62 GB

12⽉

3,326

4,820

19,13525,443

1.73 GB

1⽉

3,489

5,221

21,07728,254

1.46 GB

2⽉

3,605

5,261

21,08828,561

1.19 GB

3⽉

3,868

5,674

22,69530,733925.22 MB

合計

43,23664,282

266,113354,81226.36 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

111

⽉別のMAFFT利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 16時01分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

809

963

3,947

7,821

57.18 MB

5⽉

833

1,016

3,881

8,817

61.82 MB

6⽉

572

710

2,561

5,674

47.96 MB

7⽉

517

662

2,501

5,174

51.02 MB

8⽉

562

679

2,493

5,390

35.91 MB

9⽉

511

619

2,031

4,362

37.77 MB

10⽉

859

1,070

5,243

11,098137.10 MB

11⽉

874

1,152

6,912

14,132101.58 MB

12⽉

629

788

2,982

6,579

49.46 MB

1⽉

608

765

3,428

7,419

52.76 MB

2⽉

572

669

2,525

5,301

26.72 MB

3⽉

720

867

3,203

7,192

50.91 MB

合計

8,066

9,960

41,707

88,959710.19 MB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

112

⽉別のCLUSTALW利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 09時42分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

22,74844,653

317,070

723,511

8.41 GB

5⽉

22,35445,807313,721716,733

7.75 GB

6⽉

17,05035,254

240,864

568,332

6.15 GB7⽉

17,13335,981

245,936576,206

6.31 GB8⽉

15,36632,729239,457

552,552

6.41 GB

9⽉

16,99033,437245,332

563,119

5.77 GB

10⽉

21,48941,750310,215707,378

6.16 GB

11⽉

22,28843,003326,734

750,341

8.09 GB

12⽉

18,88436,426

328,731734,657

10.75 GB1⽉

19,86440,320313,190

723,988

10.43 GB2⽉

19,27037,773285,122655,092

9.47 GB

3⽉

24,45746,435

380,844881,647

8.16 GB

合計

237,893473,568

3,547,216

8,153,556

93.87 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

113

⽉別のPRRN利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 10時08分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

459

527

1,362

2,469

10.58 MB

5⽉

445

504

1,177

2,139

9.85 MB

6⽉

345

395

1,083

2,058

7.95 MB

7⽉

335

402

1,006

1,849

9.89 MB

8⽉

299

325

1,021

1,883

8.38 MB

9⽉

343

389

915

1,740

7.71 MB

10⽉

469

559

2,606

4,476

18.53 MB

11⽉

480

565

2,279

4,183

18.32 MB

12⽉

361

409

1,224

2,290

9.38 MB

1⽉

357

435

1,176

2,112

9.06 MB

2⽉

386

415

1,328

2,261

9.07 MB

3⽉

436

481

1,144

2,172

10.36 MB

合計

4,715

5,406

16,321

29,632129.08 MB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

114

⽉別のTREE利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 10時47分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

621

858

97,011

103,566

236.37 MB

5⽉

580

733

52,721

57,853159.75 MB

6⽉

725

988

87,63899,909270.82 MB

7⽉

1,133

1,490

53,92069,812264.67 MB

8⽉

437

613

50,70956,279188.23 MB

9⽉

438

593

18,92424,490113.39 MB

10⽉

486

610

23,16328,518113.35 MB

11⽉

768

1,026

173,008

182,702357.82 MB

12⽉

993

1,295

84,282103,943318.72 MB

1⽉

748

1,007

75,20687,784237.57 MB

2⽉

539

741

75,632

94,567225.75 MB

3⽉

733

1,011

94,368115,132

692.41 MB

合計

8,201

10,965886,582

1,024,555

3.10 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

115

⽉別のGenome Analysis利⽤状況（2018年度）(ViPTree / KAAS / MAPLE / EGassembler / GENIES / DINIES)
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 11時28分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

4,924

10,907140,336

217,808

33.17 GB

5⽉

5,059

10,927

85,233

134,725

13.39 GB

6⽉

4,169

9,417

153,662

210,80223.60 GB

7⽉

4,204

9,741

138,397

196,99619.14 GB

8⽉

3,883

7,853

138,989

197,732

8.31 GB

9⽉

4,344

8,197

2,021,873

2,092,553

10.50 GB

10⽉

4,526

8,910

132,148

200,453

11.14 GB

11⽉

5,067

9,542

83,459151,719

13.52 GB

12⽉

4,518

13,30088,265

141,495

14.57 GB

1⽉

4,153

8,073

106,887

165,7149.47 GB

2⽉

4,230

12,84884,277139,00912.31 GB

3⽉

4,704

8,842

74,136

162,948

8.56 GB

合計

53,781

118,557

3,247,662

4,011,954

177.69 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

⽉別のサービス訪問者数⽐較（2018年度）
⽉

ViPTree

KAAS

MAPLE

EGassembler

GENIESDINIES

4⽉

388

3,566

455

734

222

204

5⽉

226

3,649

759

683

227

251

6⽉

185

3,173

297

658

162

168

7⽉

170

3,297

286

572

155

191

8⽉

180

2,915

295

635

175

168

9⽉

231

2,980

352

906

162

173

10⽉

230

3,247

485

665

164

191

11⽉

197

3,524

532

866

144

166

12⽉

204

3,404

588

647

171

187

1⽉

181

3,225

251

660

162

178

2⽉

191

3,015

544

713

173

169

3⽉

240

3,539

0
116

704

180

166

合計

2,623

39,534

4,844

8,443

2,097

2,212

⽉別のVipTree利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉3⽇ 10時34分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

388

596

10,044

40,465648.20 MB

5⽉

226

337

2,845

10,787265.08 MB

6⽉

185

313

4,116

14,453257.27 MB

7⽉

170

409

6,252

18,709353.68 MB

8⽉

180

327

5,764

21,585260.50 MB

9⽉

231

387

7,491

34,852397.30 MB

10⽉

230

471

8,324

29,262470.74 MB

11⽉

197

348

8,092

28,310368.91 MB

12⽉

204

364

4,935

12,934288.28 MB

1⽉

181

322

5,998

23,705385.18 MB

2⽉

191

296

5,519

20,667312.00 MB

3⽉

240

460

11,31340,9721.30 GB

合計

2,623

4,630

80,693296,701

5.22 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

117

⽉別のKAAS利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 11時34分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

3,566

7,839

52,90583,39027.09 GB

5⽉

3,649

7,716

45,71876,7404.90 GB

6⽉

3,173

6,648

52,602

88,5704.21 GB

7⽉

3,297

7,327

50,02084,5644.39 GB

8⽉

2,915

5,647

40,482

72,2004.13 GB

9⽉

2,980

5,874

41,16370,9884.33 GB

10⽉

3,247

6,304

43,97676,5254.67 GB

11⽉

3,524

6,874

53,59889,6914.97 GB

12⽉

3,404

6,524

50,352

85,4683.52 GB

1⽉

3,225

6,468

51,41885,2745.64 GB

2⽉

3,015

5,762

39,29968,842

4.09 GB

3⽉

3,539

7,010

53,282

103,711

4.54 GB

合計

39,534

79,993574,815

985,963

76.48 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

118

⽉別のMAPLE利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年3⽉4⽇ 11時27分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

455

1,031

66,25677,5054.60 GB

5⽉

759

1,425

25,29030,406

7.64 GB

6⽉

297

1,012

85,38091,92316.03 GB

7⽉

286

740

71,51478,1606.38 GB

8⽉

295

629

83,50589,9601.60 GB

9⽉

352

754

1,967,328

1,977,054

1.35 GB

10⽉

485

1,274

74,22984,481

3.12 GB

11⽉

532

1,060

11,946

17,3293.70 GB

12⽉

588

5,763

26,37432,1603.28 GB

1⽉

251

456

43,12946,101860.51 MB

2⽉

544

5,958

30,50034,536

4.49 GB

3⽉

0

0

0

0

0

合計

4,844

20,102

2,485,451

2,559,615

53.02 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

119

⽉別のEGassembler利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 10時43分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

734

1,551

9,777

12,724622.85 MB

5⽉

683

1,537

9,104

11,473426.54 MB

6⽉

658

1,529

9,547

11,8232.86 GB

7⽉

572

1,428

8,984

12,162

7.84 GB

8⽉

635

1,340

7,866

11,3102.18 GB

9⽉

906

1,327

4,693

7,183

4.29 GB

10⽉

665

976

3,861

6,605

1.64 GB

11⽉

866

1,244

7,808

12,7064.00 GB

12⽉

647

899

5,248

8,176

7.36 GB

1⽉

660

1,069

4,847

7,774

2.45 GB

2⽉

713

1,079

6,893

11,4543.21 GB

3⽉

704

1,032

6,690

10,6562.14 GB

合計

8,443

15,011

85,318124,04638.99 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

120

⽉別のGENIES利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 11時32分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

222

336

679

1,192

74.26 MB

5⽉

227

394

1,248

2,828

59.33 MB

6⽉

162

345

684

1,099

55.07 MB

7⽉

155

347

736

1,156

63.46 MB

8⽉

175

307

643

1,129

43.49 MB

9⽉

162

307

619

1,027

53.75 MB

10⽉

164

302

605

1,092

62.68 MB

11⽉

144

266

798

1,397

124.72 MB

12⽉

171

292

677

1,146

49.81 MB

1⽉

162

322

685

1,155

58.21 MB

2⽉

173

311

803

1,402

72.37 MB

3⽉

180

328

849

1,502

65.67 MB

合計

2,097

3,857

9,026

16,125782.82 MB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

121

⽉別のDINIES利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 10時31分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

204

342

728

2,599

201.11 MB

5⽉

251

409

1,090

2,582

158.84 MB

6⽉

168

343

1,382

3,003

218.60 MB

7⽉

191

326

936

2,362

139.21 MB

8⽉

168

227

749

1,577

108.23 MB

9⽉

173

234

568

1,447

119.21 MB

10⽉

191

275

1,185

2,530

1.21 GB

11⽉

166

259

1,227

2,323

391.23 MB

12⽉

187

262

761

1,717

122.58 MB

1⽉

178

278

801

1,700

109.48 MB

2⽉

169

242

1,254

2,104

152.17 MB

3⽉

166

256

1,419

2,624

209.29 MB

合計

2,212

3,453

12,10026,5683.10 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

122

⽉別のChemical Analysis利⽤状況（2018年度）(SIMCOMP / SUBCOMP / KCaM / PathComp / PathSearch / PathPred / Ezyme)
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 09時31分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

1,398

1,905

9,912

18,524489.93 MB

5⽉

1,597

2,284

10,50719,026659.75 MB

6⽉

1,579

2,149

7,415

15,980469.49 MB

7⽉

1,482

1,952

205,987

212,768

353.97 MB

8⽉

1,493

2,006

5,525

11,289267.63 MB

9⽉

1,520

2,089

12,992

21,049378.62 MB

10⽉

2,099

3,031

40,07947,761591.31 MB

11⽉

2,195

4,513

57,90665,400899.41 MB

12⽉

1,994

7,394

14,192

23,375393.95 MB

1⽉

1,658

2,464

17,882

26,343380.17 MB

2⽉

1,856

7,865

14,32721,507427.04 MB

3⽉

1,616

2,540

8,952

17,010512.24 MB

合計

20,48740,192405,676

500,032

5.69 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

123

⽉別のGenomeNet API利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉1⽇ 17時49分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

574

1,428

6,639,474

6,639,474

2.41 GB

5⽉

1,096

2,080

185,822

185,8222.90 GB

6⽉

2,570

3,499

421,049

421,049

2.23 GB

7⽉

1,472

2,462

89,94989,9491.51 GB

8⽉

1,324

2,064

50,68450,684

1.17 GB

9⽉

1,217

2,043

246,358

246,358

2.58 GB

10⽉

1,301

2,017

374,388374,388

7.60 GB

11⽉

1,239

2,126

2,125,201

2,125,201

6.49 GB

12⽉

1,726

2,802

172,401

172,404

2.98 GB

1⽉

1,224

2,004

52,43052,4311.62 GB

2⽉

1,062

1,747

784,684784,686

10.03 GB

3⽉

1,132

2,032

845,324845,325

2.61 GB

合計

15,93726,304

11,987,764

11,987,771

44.12 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

124

⽉別のFTPサービス利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 11時11分

4⽉ 5⽉ 6⽉ 7⽉ 8⽉ 9⽉ 10⽉ 11⽉ 12⽉ 1⽉ 2⽉ 3⽉

⽉

訪問

訪問

者

数

/db/rclass//db/community/ /db/mgenes//db/refgene/ /db/virushostdb/(件数 バイ(件数 バイト)(件数 バイト)(件数 バイト)(件数 バイト)
ト)

件数

バイト

2,577 1.42 GB 50

4
⽉

327

624

14,008

95.49
GB

5
⽉

384

852

22,517338.61GB

1,504 2.58 GB 36 4.51 MB 29

6
⽉

306

692

4,732

239.61
GB

1,455

7
⽉

293

796

25,433

8
⽉

266

588

9
⽉

317

16.30
MB

105.8681
63 4.43 GB 254
MB677.29MB/kegg/(件数 バイ/tools/(件数 バイ

ト)

ト)

518

2.87
GB

97

70.79
MB

213.8235MB238.71GB

516

1.35 GB

611

3.69
GB

47

548.40KB

14 5.17 MB 27

165.40
MB

8

14.74
KB

656

1.97 GB

475

2.54
GB

13

120.04
KB

177.53GB

3,685 2.60 GB 33 7.22 MB 24

96.91
MB

17

31.33
KB

842

2.23 GB

564

3.84
GB

69

27.32
MB

5,744

273.92GB

2,138 8.07 GB 33 7.40 MB 20

153.76
20
MB

36.86
KB

546

1.59 GB

470

2.36
GB

80

79.24
MB

607

22,722

181.14GB

2,117 5.41 GB 20 6.94 MB 20

90.28
MB

16

29.48
KB

283

725.12
MB

465

2.60
GB

71

54.08
MB

10
337
⽉

548

33,791

208.14GB

2,274 2.74 GB 17 3.90 MB 17

72.21
MB

9

16.58
KB

478

1.44 GB

537

3.13
GB

35

469.12
KB

11
350
⽉

650

44,982719.13
GB

6,426

28.05
GB

30 6.07 MB 27

198.88
11
MB

20.27
KB

349

873.32
MB

510

3.04
GB

37

439.59
KB

12
336
⽉

761

46,329455.04
GB

5,514

12.48
GB

32 5.79 MB 16

24.66
MB

9

21.84
KB

273

780.22
MB

494

3.24
57.34
110
GB
MB

1
⽉

386

964

39,32631.32
GB4,057 1.82 GB 20 6.08 MB 26

137.03
16
MB

46.31
KB

407

1.15 GB

533

4.14
GB

2
⽉

365

882

13,495389.68GB

3,148 1.63 GB 36 7.28 MB 19

97.07
MB

19

55.00
KB

314

916.78
MB

485

3.25
44.35
123
GB
MB

3
⽉

374

725

30,86877.47
GB2,825 4.38 GB 16 4.71 MB 28

379.41
MB

8

23.16
KB

254

609.10
MB

633

4.29
GB

1.69
GB

231

243.1538.99
471.305,172 14.20 GB 6,295
855
GB
GB
MB

合
計

4,041 8,689 303,947

3187.08
37,720
GB

18.11
GB

89.27
GB

337

81.38
MB

334

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

125

94

79

109.83
MB

26.80
MB

⽉別のMEDICUS FTP利⽤状況（2018年度）
更新⽇時：2019年4⽉2⽇ 11時23分

4⽉ 5⽉ 6⽉ 7⽉ 8⽉ 9⽉ 10⽉ 11⽉ 12⽉ 1⽉ 2⽉ 3⽉
⽉

訪問者

訪問数

件数

バイト

4⽉

123

184

10,3822.90 GB

5⽉

153

229

19,2913.75 GB

6⽉

120

175

2,076

2.54 GB

7⽉

119

186

19,7203.90 GB

8⽉

108

177

2,136

2.37 GB

9⽉

141

202

18,5852.66 GB

10⽉

111

166

30,2303.23 GB

11⽉

124

182

37,022

3.16 GB

12⽉

104

165

39,201

3.37 GB

1⽉

116

210

33,9404.26 GB

2⽉

103

174

9,318

3.28 GB

3⽉

112

224

26,2914.37 GB

合計

1,434

2,274

248,192

39.80 GB

国内外の利⽤⽐率（2018年度）

126

講習会等開催履歴
1991 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

1992.01.04

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

スーパーコンピューター稼働開始

1992.01.14

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会(宇治地区)

約70
名1992.01.28

2⽇ QUANTA 講習会

15名 CTCラボ社 今村

1992.02.19

1⽇ スーパーコンピューターラボラトリー披露式

1992.02.27

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会(京⼤、ゲノム)

約50名1992.02.27

2⽇ QUANTA 講習会

17名 CTCラボ社 今村浩三

浩三

1992 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

1992.06.02

1⽇ CHARMm 講習会

48名 CTCラボ社 今村 浩三

1992.11.18

1⽇ UniChem1.1 講習会

16名 ⽇本クレイ社 ⽥村 祐介

1992.11.24

1⽇ BIOSYM 講習会

8名 菱化システム社 ⽚岡

1992.12.01

2⽇ FORTRAN 講習会

25名 ⽇本クレイ社 ⽊下 利博

良⼀

1993 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

1993.04.19

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

約50
名1993.04.20

1⽇ データベース利⽤講習会

32名 化学研究所 荻原 淳

1993.05.18

3⽇ UNICOS 講習会

18名 ⽇本クレイ社 飯坂 剛⼀

1993.06.15

3⽇ Ｃ⾔語⼊⾨ 講習会

8名 ⽇本クレイ社 飯坂 剛⼀

1993.07.13

1⽇ QUANTA/CHARMm 講習会

14名 CTCラボ社 今村 浩三

1993.07.28

1⽇ Insight2/Discover 講習会

9名 菱化システム社 ⽚岡

1993.10.19

1⽇ UniChem2.0 講習会

4名 ⽇本クレイ社 飯坂 剛⼀

1993.10.21

1⽇ FORTRAN/C 最適化講習会

8名 ⽇本クレイ社 飯坂 剛⼀

1993.11.24

1⽇ CHARMm22 講習会(応⽤編)

11名 CTCラボ社 今村 浩三

1994.01.28

1⽇ ドキュメントツール講習会

7名 ⽇本クレイ社 飯坂 剛⼀

良⼀

1994 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

1994.04.19

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

56名

1994.05.27

1⽇ AVS 講習会

4名 旭化成情報システム社 ⼭⼝

1994.06.24

1⽇ FORTRAN最適化 講習会

7名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1994.07.14

2⽇ UNIX 講習会

16名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1994.07.29

1⽇ UniChem2.0 講習会

4名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1994.09.21

1⽇ ドキュメントツール 講習会

10名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1994.09.27

1⽇ QUANTA4.0/CHARMm22.2 講習会

15名 CTCラボ社 今村 浩三

1994.10.21

1⽇ FORTRAN90 講習会

5名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1994.11.18

1⽇ UniChem2.3 講習会

1名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.02.17

1⽇ ドキュメントツール 講習会

10名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

講 師 (敬称略)
宏1995 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

1995.04.18

0.5⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会(宇治地区)

30名

1995.04.19

0.5⽇ ゲノムネットデータベース利⽤説明会

21名 京都⼤学化学研究所 秋⼭ 泰

1995.04.25

0.5⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会(吉⽥地区)

29名

1995.04.25

0.5⽇ ゲノムネットデータベース利⽤説明会(吉⽥地区)

78名 京都⼤学化学研究所 秋⼭ 泰

1995.05.19

0.5⽇ ネットワーク⼊⾨

16名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.05.19

0.5⽇ UNIX⼊⾨

15名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.05.25

1⽇ QUANTA/CHARMm

1995.06.02

1⽇ UNIX応⽤

5名 CTCラボ社 ⾼橋 伸⼀
127

7名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.07.28

1⽇ UniChem

5名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.08.11

1⽇ Ｃ⾔語⼊⾨

5名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.08.24

1⽇ FORTRAN最適化

5名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.08.25

1⽇ Fortran90

4名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1⽇ ドキュメントツール

2名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.09.01
1995.09.14

0.5⽇ ネットワーク⼊⾨

4名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.10.20

0.5⽇ WWW講習会

13名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.11.15

0.5⽇ ゲノムネットデータベース利⽤説明会(病院地区)

51名 京都⼤学化学研究所 ⾦久 實

1995.11.17

0.5⽇ ＣＲＡＹツール

3名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.12.13

0.5⽇ QUANTA-NMRオプション説明会

3名 CTCラボ社 ⾼橋 伸⼀

1996.02.14

1⽇ QUANTA/CHARMm

18名 CTCラボ社 ⾼橋 伸⼀

1996.03.14

1⽇ ドキュメントツール

2名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1996 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

8名

1996.04.19

0.5⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

1996.05.16

0.5⽇ UNIX⼊⾨

9名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1996.05.17

0.5⽇ ネットワーク⼊⾨

12名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1996.05.22

0.5⽇ ゲノムネットデータベース利⽤説明会(吉⽥地区)

1996.06.21
1996.06.28
1996.07.16

4名 京都⼤学化学研究所 五⽃ 進
11名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1⽇ UniChem

8名 CTCラボ社 ⾼橋 伸⼀

1⽇ QUANTA/CHARMm

36名 京都⼤学化学研究所 五⽃ 進

0.5⽇ ゲノムネットデータベース利⽤説明会

1996.07.25

1⽇ Fortran90

2名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1996.09.26

1⽇ FORTRAN最適化

2名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1996.10.02

1⽇ ドキュメントツール

5名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1997 年度の講習会等開催記録
開催⽇
1997.04.15

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

39名

0.5⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

1997.06.12

1⽇ Origin2000最適化

12名 ⽇本SGIクレイ社 芦沢

芳夫

1997.06.19

1⽇ ネットワーク⼊⾨

15名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.06.19

1⽇ UNIX⼊⾨

16名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.07.17

1⽇ UniChem

10名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.09.04

1⽇ Fortran90

4名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.09.08

1⽇ QUANTA/CHARMm

6名 CTCラボ社 盛 崇

1997.09.11

1⽇ Ｃ⾔語⼊⾨

4名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.09.17

1⽇ Cerius2基礎

3名 CTCラボ社 安⽥ 誠

1997.09.24

1⽇ InsightII/Discover基礎

3名 CTCラボ社 ⻑浜 明⼦

1997.10.16

1⽇ ドキュメントツール

3名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.12.18

1⽇ MIPSproFortranプログラミング

6名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.12.09

1⽇ QUANTA/CHARMm応⽤

1名 CTCラボ社 盛 崇

1997.12.15

1⽇ Cerius2基礎

2名 CTCラボ社 安⽥ 誠

1997.12.26

1⽇ InsightII/Discover応⽤

1名 CTCラボ社 ⻑浜 明⼦

1998.01.12

1⽇ QUANTA/Biodolvmer

1名 CTCラボ社 盛 崇

1998.01.13

1⽇ QUANTA/Homologv

1名 CTCラボ社 盛 崇

1998.01.23

1⽇ InsightII/Homologv

1名 CTCラボ社 盛 崇1998 年度の講習会等開催記録
開催⽇
1998.04.21
1998.04.22
1998.04.21

期間

内

容

参加者
1 名 CTCラボ社 盛 崇

1⽇ InsightII/Discover基礎

1 名 CTCラボ社 盛 崇

1⽇ InsightII/Discover応⽤
0.5⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

22名 京都⼤学化学研究所 ⾦久 實

1998.05.14

0.5⽇ パソコンからの利⽤

9 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1998.05.14

0.5⽇ UNIX⼊⾨

5 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1998.05.15

1⽇ UNIX応⽤

5 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1998.05.22

1⽇ UNIX⼊⾨

5 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1998.06.19

1⽇ HTML⼊⾨

7 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1998.06.23

1⽇ FORTRAN最適化

5 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司
128

講 師 (敬称略)

1998.07.17

1⽇ UniChem

10 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1998.08.07

1⽇ HTML⼊⾨

5 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1998.08.12

1⽇ HTML⼊⾨

3 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1998.07.14

1⽇ InsightII/Discover基礎

1 名 CTCラボ社 盛 崇

1998.07.15

1⽇ InsightII/Discover応⽤

1 名 CTCラボ社 盛 崇

1998.09.29

1⽇ QUANTA/CHARMm

8 名 CTCラボ社 盛 崇

1998.09.11

1⽇ InsightII/Discover基礎

7 名 CTCラボ社 盛 崇

1998.10.02

1⽇ Cerius2基礎

6 名 CTCラボ社 盛 崇

1998.10.30

1⽇ Ｃ⾔語⼊⾨

4 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1998.12.18

1⽇ ドキュメントツール

3 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1998.12.24

1⽇ VIDEOシステムの利⽤

4 名 住商エレクトロニクス 倉⽥ 真宏

1999 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

1999.04.22

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

15 名 京都⼤学化学研究所 五⽃ 進

1999.06.23

1⽇ QUANTA/CHARMm

2 名 住商エレクトロニクス 盛 崇

1999.06.24

1⽇ Cerius2基礎

9 名 菱化システム 千葉 貢治

1999.06.25

1⽇ InsightII/Discover基礎

5 名 菱化システム 千葉 貢治

1999.11.12

1⽇ UNIX⼊⾨

5 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1999.11.19

1⽇ UNIX応⽤

5 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

講 師 (敬称略)

2000 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

2000.04.21

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

5 名 京都⼤学化学研究所 ⾦久 實

2000.05.17

1⽇ UNIX⼊⾨

7 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2000.05.25

1⽇ ホモロジーモデリング3 名 菱化システム 千葉 貢治

2000.05.24

1⽇ UNIX応⽤

2 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2000.05.18

1⽇ UNIX⼊⾨

3 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2000.06.15

1⽇ UniChem

5 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2000.07.18

1⽇ Cerius2基礎

2 名 菱化システム 佐藤 史⼀

2000.07.19

1⽇ InsightII/Discover基礎

3 名 菱化システム 濱⽥ 史⼦

2000.09.21

1⽇ HTML⼊⾨

3 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2000.12.07

1⽇ ドキュメントツール

1 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

講 師 (敬称略)

2001 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

2001.05.24

1⽇ UNIX⼊⾨

7 名 ⽇本SGI社 上原 英也

2001.05.31

1⽇ Ｃ⾔語⼊⾨

6 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2001.07.05

1⽇ Cerius2基礎

5 名 菱化システム 佐藤 史⼀

2001.07.06

1⽇ InsightII/Discover基礎

5 名 菱化システム 濱⽥ 史⼦

2001.08.23

1⽇ UniChem

3 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2001.12.11

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

17 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

講 師 (敬称略)

2002 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

2002.04.25

1⽇ UNIX⼊⾨

8 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2002.05.23

1⽇ Materials Studio講習会

7 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2002.07.25

1⽇ SpaceFinder

2 名 ダイキン⼯業 末綱 聖

2002.07.26

1⽇ Origin並列化プログラミング

7 名 ⽇本SGI社 松本 明⼦

2002.09.26

1⽇ HTML⼊⾨

4 名 ⽇本SGI社 ⼭崎 正道

2002.10.25

1⽇ MPI/OpenMP

8 名 ⽇本SGI社 松本 明⼦

2002.11.28

1⽇ Ｃ⾔語⼊⾨

4 名 ⽇本SGI社 ⼭崎 正道

講師 (敬称略)2003 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2003.05.07

1⽇ UNIX⼊⾨

5 名 ⽇本SGI社 ⼭崎 正道

2003.06.06

1⽇ HTML⼊⾨

2 名 ⽇本SGI社 ⼭崎 正道

2003.07.23

1⽇ Materials Studio/CASTEP

8 名 アクセルリス株式会社 稲⽥ 安治

2003.08.25

1⽇ InsightII/Homology Modeling7 名 アクセルリス株式会社 Hongwei Huang

2003.09.26

1⽇ VMD基礎

3 名 ⽇本SGI社 ⼭崎 正道
1292004 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2004.05.25〜27

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

13 名 ⽇本MDLインフォメーションシステムズ 岸本、⽻島、橋野、有⽥

3⽇ MDL/ISIS化学情報データベース

2004.07.14〜16

3⽇ Materials Studio

9 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス アプリケーションサイエンテ

2004.09.02〜03

2⽇ InsightII/CHARMm,Homology

14 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス アプリケーションサイエンテ

2004.12.07

1⽇ Cerius2⼊⾨

2 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2005 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2005.05.24

1⽇ UNIX⼊⾨

7 名 ⽇本SGI ⼭崎 正道

2005.05.26

1⽇ HTML⼊⾨

8 名 ⽇本SGI ⼭崎 正道

2005.06.15

1⽇ Materials Studio/Discover

7 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2005.06.16

1⽇ CASTEP

3 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2005.07.21

1⽇ MDL-ISIS化学情報データベース

9 名 ⽇本MDLインフォメーションシステムズ ⽇本MDLエンジニア

2005.10.27

1⽇ QUANTA/DSセミナー

2 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2005.10.28

1⽇ InsightII/Homology Modeling

15 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2006 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講

師 (敬称略)2006.06.14

1⽇ Materials Studio/基礎

13 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2006.06.15

1⽇ Materials Studio/応⽤

13 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2006.07.19

1⽇ InsightII/CHARMm

1 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2007 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2007.06.19

1⽇ Materials Studio/Visualizer

1 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2007.06.19

1⽇ Materials Studio/Discover,Amorphous cell

2 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2007.06.20

1⽇ Materials Studio/CASTEP

2 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2007.06.20

1⽇ Materials Studio/Discover_BTCL⼊⾨

3 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2007.07.26,27

2⽇ Elsevier MDL ISIS/Isentris化学情報データベース 16 名 Elsevier MDL Elsevier MDL エンジニア

2008 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2008.05.29

期間

内

容

参加者

講

師 (敬称略)

1⽇ Gaussian⼊⾨

14 名 ⽇本SGI(株) HPCサービス事業本部 五⼗⽊ 秀⼀

2008.06.19

1⽇ MOPAC⼊⾨

4 名 富⼠通(株) バイオIT事業開発本部 鮫島圭⼀郎

2008.07.31

2⽇ Materials Studio

4 名 アクセルリス(株) 稲⽥ 安治

2008.08.07

1⽇ Q-Chem⼊⾨

2 名 ビヨンド・コンピューティング(株) ⽥島 澄恵

2008.08.26

1⽇ Mathematica

4 名 ⽇本電⼦計算(株) ⼤阪産業開発部 ⾦光 安芸⼦

2008.09.11

1⽇ IMSL

1 名 ⽇本ビジュアルニューメリックス(株) 技術部

2008.11.06

1⽇ Altix並列化プログラミング

1 名 ⽇本SGI(株) HPCサービス事業本部 五⼗⽊ 秀⼀

2008.11.14

1⽇ Isentris概要

7 名 シミックステクノロジーズジャパン(株) カスタマーケア部 吉岡

須賀恵美⼦

2009 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2009.08.07

1⽇ AVS/Express Viz

1 名 (株)KGT 松岡 憲昭

2009.08.26

1⽇ Discovery Studio

4 名 アクセルリス(株) 斎藤 丈

2009.08.27

1⽇ Materials Studio/Discover,Amorphous cell

9 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2009.08.28

1⽇ Materials Studio/CASTEP

8 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2009.10.23

1⽇ Isentris概要

6 名 シミックステクノロジーズジャパン(株) 出⽻ 俊和

2009.11.20

1⽇ Reaxys概要

15 名 エルゼビアジャパン(株) エンジニア

2010 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講

師 (敬称略)2010.07.30

1⽇ AVS/Express Viz

1 名 (株)KGT 松岡 憲昭

2010.08.03

2⽇ Materials Studio/基礎

3 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2010.08.05

1⽇ Discovery Studio

3 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2010.10.15

1⽇ Mathematica

5 名 ⽇本電⼦計算(株) 産業システム本部 伊藤雅将

2010.11.11

1⽇ Reaxys概要

24 名 エルゼビアジャパン(株) Elsevier MDL エンジニア

2010.11.11

1⽇ Isentris/DiscoveryGate

12 名 シミックステクノロジーズジャパン(株) アプリ担当

2011 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

130

参加者

講

師 (敬称略)出⽻ 俊和

2011.07.21

1⽇ Mathematica

3 名 ⽇本電⼦計算(株) ⼤阪産業開発部 ⾦光 安芸⼦

2011.09.14,15

2⽇ Materials Studio

15 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2011.09.16

1⽇ Discovery Studio

11 名 アクセルリス(株) ⾼岡 雄司

2011.10.21

1⽇ Reaxys概要

4 名 ゼファー・ビヨンド(株) 瀧本まゆみ

2012 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2012.06.15

1⽇ 計算サーバ利⽤講習会

6 名 ⽇本SGI(株) 福本 淳司

2012.06.29

1⽇ 並列化プログラミング講習会

4 名 ⽇本SGI(株) 五⼗⽊ 秀⼀

2012.07.05

1⽇ AVS/Express Viz講習会

1 名 サイバネットシステム(株) 松岡 憲昭

2012.07.13

1⽇ SCIGRESS講習会

3 名 富⼠通(株) TCソリ事業本部 ⼤輔

2012.09.04

1⽇ Discovery Studio

7 名 アクセルリス(株) ⼤村 忠宏

2012.09.05,06

5 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2⽇ Materials Studio2012.09.14

0.5⽇ Gaussian

16 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2012.09.20

0.5⽇ Mathematica

15 名 ⽇本電⼦計算(株) ⼤阪産業開発部 ⾦光 安芸⼦

2012.09.25
2012.12.13

1⽇ DS Developer Client講習会

2 名 アクセルリス(株) ⼤村 忠宏
10 名 ゼファー・ビヨンド(株) 瀧本まゆみ

0.5⽇ Reaxys講習会

2013 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

2013.07.03

1⽇ 最適化・並列化プログラミング講習会

1 名 ⽇本SGI(株) 五⼗⽊ 秀⼀

2013.07.23

1⽇ Discovery Studio 講習会

6 名 アクセルリス(株) ⼤村 忠弘

2⽇ Materials Studio 講習会

6 名 アクセルリス(株) 永⽥ 徹哉

2013.07.25

講師 (敬称略)2013.07.30

0.5⽇ Mathematica 講習会

2 名 ⽇本電⼦計算(株) ⼤阪産業開発部 ⾦光 安芸⼦

2013.09.18

0.5⽇ Gaussian 講習会

6 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2014 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

2014.07.18

1⽇ Discovery Studio 講習会

3 名 アクセルリス(株) ⼤村 忠弘

2014.07.23

2⽇ Materials Studio 講習会

13 名 アクセルリス(株) 永⽥ 徹哉

2014.08.27

0.5⽇ Discovery Studio 講習会

6 名 アクセルリス(株) ⼤村 忠弘

2014.07.30

1⽇ 最適化・並列化プログラミング講習会

講

師 (敬称略)2 名 ⽇本SGI(株) 五⼗⽊ 秀⼀

2014.09.03

0.5⽇ Gaussian 講習会

5 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2014.10.16

0.5⽇ Mathematica 講習会

1 名 ⽇本電⼦計算(株) 産業事業部 伊藤 雅将

2014.11.06

0.5⽇ Reaxys講習会

1 名 ゼファー・ビヨンド(株) 瀧本 まゆみ

2015 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2015.06.17
2015.07.14
2015.07.16
2015.08.07

期間

内

容

0.5⽇ Gaussian 講習会

参加者

講師 (敬称略)9 名 (株)ヒューリンクス ⾼橋 ⿇⾥奈

2⽇ Materials Studio 講習会

10 名 BIOVIA Abhijit Chatterjee

1⽇ Discovery Studio 講習会

9 名 BIOVIA 髙岡 雄司

0.5⽇ SCIGRESS 講習会

2 名 富⼠通(株) 松本 ⼤輔

2016 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2016.05.13
2016.07.05
2016.07.06

期間

内

容

0.5⽇ 第1回ゲノムネット講習会京⼤化研スパコン利⽤法

参加者

講師 (敬称略)27 名 ⽇本SGI(株)上原英也、京⼤化研 緒⽅博之・五⽃進

1⽇ Discovery Studio 講習会

2 名 BIOVIA 髙岡 雄司

2⽇ Materials Studio 講習会

16 名 BIOVIA Abhijit Chatterjee

2016.07.20

0.5⽇ Gaussian 講習会

6 名 (株)ヒューリンクス ⾼橋 ⿇⾥奈

2016.09.02

0.5⽇ SCIGRESS 講習会

2 名 富⼠通(株) 松本 ⼤輔

2016.09.15

0.5⽇ Mathematica 講習会

1 名 (株)ヒューリンクス 勝 明次郎

2016.11.18

0.5⽇ Reaxys講習会

3 名 エルゼビア社認定講師 瀧本 まゆみ

2016.11.25

1⽇ 最適化・並列化プログラミング講習会

1 名 ⽇本SGI(株) 五⼗⽊ 秀⼀

2017 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2017.07.11
2017.07.12

期間

内

容

参加者

1⽇ Discovery Studio 講習会

2 名 BIOVIA 髙岡 雄司

2⽇ Materials Studio 講習会

6 名 BIOVIA Abhijit Chatterjee

講師 (敬称略)2017.07.20

0.5⽇ Reaxys講習会

2 名 エルゼビア社認定講師 瀧本 まゆみ

2017.09.07

0.5⽇ Gaussian 講習会

15 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2017.09.15

0.5⽇ バイオユーザのための化研スパコンシステム利⽤法 23 名 ⽇本ヒューレット・パッカード(株) 上原 英也
1312018 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2018.07.17
2018.07.18

期間

内

容

参加者

1⽇ Discovery Studio 講習会

3 名 BIOVIA 髙岡 雄司

2⽇ Materials Studio 講習会

13 名 BIOVIA Abhijit Chatterjee

講 師 (敬称略)

2018.07.20

0.5⽇ Mathematica 講習会

1 名 (株)ヒューリンクス 勝 明次郎

2018.09.11

0.5⽇ Gaussian 講習会

19 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2018.09.13

0.5⽇ SCIGRESS 講習会

1 名 富⼠通(株) ⾼橋 篤也

2018.10.25

0.5⽇ バイオユーザのための化研スパコンシステム利⽤法 26 名 ⽇本ヒューレット・パッカード(株) 上原 英也

2018.11.16

0.5⽇ Materials Science Suite 講習会

11 名 シュレーディンガー(株) 永⽥ 徹哉

132平成30年度研究課題一覧（京都大学所属）
化学研究所 物質創製化学研究 有機元素化学
化学研究所 物質創製化学研究 有機元素化学
化学研究所 物質創製化学研究 有機元素化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密有機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 材料機能化学研究 高分子材料設計化学
化学研究所 材料機能化学研究 高分子材料設計化学
化学研究所 材料機能化学研究 高分子材料設計化学

時任 宣博
水畑 吉行
高橋 まさえ村田 靖次郎村田 靖次郎村田 靖次郎
廣瀬 崇至
橋川 祥史
安達 愛結美
上田 善弘
寺西 利治
寺西 利治
寺西 利治
坂本 雅典
佐藤 良太
猿山 雅亮
Trinh Thuy
松本 憲志
川脇 徳久
高畑 遼
劉 明翰
辻井 敬亘
大野 工司
榊原 圭太

化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成

山子 茂
高見 佐織
登阪 雅聡
茅原 栄一
橋本 士雄磨化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 無機フォトニクス材料
化学研究所 材料機能化学研究 無機フォトニクス材料
化学研究所 材料機能化学研究 無機フォトニクス材料
化学研究所 材料機能化学研究 無機フォトニクス材料
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体触媒化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体触媒化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 環境物質化学研究 分子材料化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子材料化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子材料化学
化学研究所 環境物質化学研究 水圏環境解析化学

李 文娟
藤田 健弘
水落 憲和
森下 弘樹
藤原 正規
林寛
小野 輝男
小野 輝男
山口 美保
楠田 敏之
森山 貴広
塩田 陽一
二木 史朗
二木 史朗
二木 史朗
田中 由美
今西 未来
河野 健一
山口 信次郎
渡辺 文太
青山 卓史
青山 卓史
安田 敬子
柘植 知彦
加藤 真理子
寺本 日出美上杉 志成
佐藤 慎一
Perron Amelie
竹本 靖
安保 真裕
中島 光恵
ﾌﾟﾝｻﾞﾗﾝ ﾙｰﾋﾞｰ
八塚 研治
Mendoza Aileen
Vu Hue
茅迪
髙嶋 一平
梶 弘典
梶 弘典
志津 功將
宗林 由樹

133

新規な結合様式を持つ高周期典型元素化合物の反応解析
高周期典型元素を含む新規結合様式の創出
フラットで完璧なπ共役二次元シート「シリセン」の理論設計とその物性探索
新規フラーレン誘導体の電子的性質
特異な構造をもつ有機分子の電子的性質
フラーレンの構造変換に関する研究
新規構造を有するπ共役系化合物の構造有機化学
三次元π共役系の合成と性質に関する研究
内包フラーレンの有機合成
多官能基性化合物の位置選択的分子変換
化学研究所連絡用
精密無機合成化学
不斉化学
ナノ粒子超構造の構築
無機ナノ粒子の精密合成と機能デバイスへの応用
可視光応答性水分解光触媒の開発
物質創製化学研究系 精密無機合成化学研究領域
第三元素添加による新奇規則化合金相Fe-Pdナノ粒子の創製
新規なヘテロ接合ナノ粒子合成経路の開発と人工光合成系への展開
単一構造カドミウムカルコゲニドクラスター群の精密合成と光物性評価
E-mail利用
高分子ブラシの構造と物性
リビングラジカル重合法による新規機能性高分子の合成
リビングラジカル重合法を用いたヤヌス型ボトルブラシの合成と高次構造の創製
精密合成反応の設計
E-mail利用
透過型電子顕微鏡による高分子結晶の高分解能観察
環状π共役分子の合成とその物性
CPP,CPP誘導体の合成と三次元構造体への展開と、超分子構造体の合成と機能探索
新規重合開始剤および関連反応開発に関する研究
新規ラジカル重合の開発
ダイヤモンド中のNV中心を用いた研究
ダイヤモンド発光中心を利用した光ﾅﾉ材料研究
ダイヤモンドを用いた量子情報およびバイオイメージング研究
E-mail利用
ナノスピントロニクス
ナノスピントロニクスの研究
ナノスピントロニクス研究に関する事務補佐
極低温物性化学実験室の管理
高周波スピントロニクスデバイスの研究
ナノスピントロニクス
機能性人工蛋白質の創出
機能性ペプチドの創製
ペプチド
生体機能設計化学の研究支援
亜鉛ファンガータンパク質を用いた転写制御分子の創製
ペプチドの膜透過
植物ホルモンの分子機構
酵素阻害剤の設計と合成研究
植物の細胞内の情報伝達
分子生物学
分子生物学
植物環境応答制御機構の分子基盤
植物形態形成に関わる細胞内情報伝達機構の解析
植物分子生物学の研究
ケミカルバイオロジー：小分子化合物を起爆剤とした生物学の研究
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
有機非晶質科学の研究
有機デバイスの基礎科学と高機能化
理論化学、計算化学に基づいた新規有機デバイス材料の開発
水圏微量元素の研究

化学研究所 環境物質化学研究 水圏環境解析化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子環境解析化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子環境解析化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子環境解析化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子環境解析化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子微生物科学
化学研究所 環境物質化学研究 分子微生物科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 分子レオロジー
化学研究所 複合基盤化学研究 分子レオロジー
化学研究所 複合基盤化学研究 分子集合解析
化学研究所 複合基盤化学研究 分子集合解析
化学研究所 先端ビームナノ科学センタ レーザー物質科学
化学研究所 先端ビームナノ科学センタ レーザー物質科学
化学研究所 先端ビームナノ科学センタ 複合ナノ解析化学
化学研究所 先端ビームナノ科学センタ 原子分子構造
化学研究所 先端ビームナノ科学センタ 原子分子構造
化学研究所 先端ビームナノ科学センタ 原子分子構造
化学研究所 先端ビームナノ科学センタ 原子分子構造
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学

梅谷 重夫
長谷川 健
長谷川 健
下赤 卓史
中原 勝
栗原 達夫
栗原 達夫
竹中 幹人
竹中 幹人
石田 華子
西田 幸次
井上 倫太郎
小川 紘樹
金谷 利治
金谷 利治
渡辺 宏
松宮 由実
若宮 淳志
矢沢 健児
阪部 周二
橋田 昌樹
根本 隆
伊藤 嘉昭
正岡 聖
永井 一弘
藤井 知実
中村 正治

化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 遷移金属錯体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 遷移金属錯体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 遷移金属錯体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 遷移金属錯体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 遷移金属錯体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 光ナノ量子物性科学
化学研究所 元素科学国際研究センター 光ナノ量子物性科学
化学研究所 元素科学国際研究センター 光ナノ量子物性科学
化学研究所 元素科学国際研究センター 光ナノ量子物性科学
化学研究所 元素科学国際研究センター 無機先端機能化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 無機先端機能化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 無機先端機能化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 無機先端機能化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 無機先端機能化学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学

中村 正治
高谷 光
岩本 貴寛
礒崎 勝弘
松田 博
縣 亮介
ﾋﾟﾝﾁｪﾗ ﾌﾗﾝﾁｪｽｶ
ｹﾞﾙﾂｪｯﾂｧｰ ﾔﾝ
小澤 文幸
池田 奈緒子
竹内 勝彦
脇岡 正幸
竹内 勝彦
金光 義彦
金光 義彦
廣理 英基
永田 貴美子
島川 祐一
島川 祐一
市川 能也
菅 大介
齊藤 高志
緒方 博之
伊藤 悦子
伴 広輝
ｴﾙﾅﾝﾃﾞｽ ﾛﾄﾞﾘｺﾞ

化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 数理生物情報
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 数理生物情報
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 数理生物情報
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 生命知識工学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 生命知識工学
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 物質創製化学研究 有機元素化学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学

ﾌｧﾝ ﾐﾝﾕｳ
ﾁｮｳ ﾙｲｼｬﾝ
夏骏
孟 令傑
阿久津 達也
田村 武幸
森 智弥
馬見塚 拓
Nguyen Hao
八代 幸造
八代 幸造
谷村 道子
藤橋 明子
上村 美由紀中村 かおり
中野 友佳子
濵岡 芽里
古田 智代
郭 晶東
緒方 博之
Blanc-Mathieu Romain

遠藤 寿
134

新規配位子の分子設計
界面の振動分光学
界面の振動分光
凝縮系の振動分光学
超臨界水の化学
低温菌の低温適応機構の解析
極限環境微生物の生理機能解析
量子ビームによる高分子構造解析
高分子物質科学のホームページ
Eメールの利用
高分子電解質溶液の構造
散乱法による高分子ダイナミクス
量子ビームを用いた高分子構造解析
アモルファス高分子のダイナミックス
高分子物質科学領域のホームページ
からみ合い高分子の分子レオロジー
高分子系の流動誘電緩和
機能性π共役系化合物の開発
高性能フィルム型太陽電池の開発
レーザー物質科学
レーザー物質科学
EELSスペクトルの計算機シミュレーション
X線スペクトルの微細構造
CTスペクトル分析
X線透過画像処理技術の開発
タンパク質のX線結晶構造解析
新たな機能および反応性を有する有機金属化合物による次世代合成化学の開拓
高効率有機分子変換反応を可能とする新規金属触媒の設計と合成
新奇なペプチド触媒を用いる木質バイオマスの循環資源化
合成化学を基盤とした新規金属触媒の開発
分子性金属活性種の解析手法の開発と超分子反応場の構築・反応制御
人工漆材料の高効率合成のための研究
精密鉄触媒クロスカップリング反応の開発とその合成応用
木質バイオマスの高度利用を志向した金属ナノ粒子触媒の開発
次世代有機分子変換反応の開発
研究・教育
元素科学研究にかかる事務処理
遷移金属錯体の構造探索
遷移金属触媒によるπ共役系高分子の構造制御合成
Eメールの利用
光ナノ科学
光ナノ元素科学
Eメールの利用
光ナノ元素科学
無機機能性材料の合成と評価
機能性酸化物材料の研究
遷移金属酸化物の合成と物性
機能性遷移金属酸化物の研究
無機固体化学の研究
微生物生態学の研究
秘書業務
微生物ゲノム・メタゲノムのバイオインフォマティクス解析
共起ネットワーク解析を用いたTARA Oceansサンプルにおけるウィルス-ホスト間の関係の開明
ハプト藻に感染する巨大ウイルスPkV-RF01のゲノム解析
バイオインフォマティクス実習
巨大ウイルスの宿主同定
巨大ウイルスの宿主同定
生物情報ネットワークの解析と制御
数理モデルによる生体ネットワーク制御手法の開発
次世代シーケンシングデータの解析
機械学習に基づく生体分子パスウェイの解析
バイオインフォマティクス
広報関係業務
広報関係業務
広報関係業務
質量分析業務
同窓会事務関連業務
広報関係業務
広報関係業務
広報関係業務
広報関係業務
新規な結合様式を持つ高周期典型元素化合物の反応解析
巨大DNAウィルスゲノムの解析
海洋性プランクトン群の進化と生態についての研究
海洋の真核プランクトンと巨大ウイルスの生物地理に関する研究

化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学

吉川 元貴
西山 拓輝

化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 物質創製化学研究 精密有機合成化学
エネルギー理工学研究所 エネルギー機能変換研究部門
エネルギー理工学研究所 エネルギー機能変換研究部門
エネルギー理工学研究所 エネルギー利用過程研究部門
防災研究所 地震防災研究部門
防災研究所 附属地震予知研究センター
防災研究所 附属地震予知研究センター
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
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宇治地区事務部 総務課
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宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
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宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課

黒西 愛
李 岩沢
荒巻 拓哉
Prodinger Florian
加藤 恭崇
金子 博人
吉田 亘騎
川端 猛夫
松田 一成
松田 一成
小島 崇寛
倉田 真宏
井上 智裕
劉 弋鋒
土田 英弘
廣中 保彦
村上 加代子
若山 裕美
今井 政敏
八代 幸造
松山 晋治
隅井 妙
大平 直子
由井 佳子
延原 由紀
太田 浩二
大村 慶子
中村 亜都子宮本 真理子
酒井 博美
上地 恭子
立花 則子
上道 京子
大山 慶子
廣庭 朋世
東城 初和
澤田 尚美
池田 純子
松本 真紀
安村 純子
辻 久美子
桶谷 真理子
竹辺 公子
小栗 知子
藤本 ちなみ
高橋 知世
野田 麻紀
岡田 哲也
小森 陽子
赤塚 亮太
鈴川 匠
三代 由姫
元野 信子
乃一 寛子
山本 守雄
池田 竜也
鵜飼 健司
中野 留美子
森田 将也
松木 達
黒田 常平
三木 好未
柿本 紗也子
尾崎 さゆり落越 祐介
渡邊 沙也香
畑 真理子
佐藤 拓
瀬戸 祐輔
福田 美菜穂
明智 歩未
小西 喜久男
南口 敬司
有井 秀幸
135

巨大ウイルスゲノムの解析
バイオインフォマテイクスの手法を用いたパンクレリパーゼ投与潰瘍性大腸炎モデルマウスの腸内細菌叢の解析
ゲノムデータに基づく知識発見
ガウイルス科のDNAポリメラーゼ遺伝子を標的とするアンプリコン解析
KEGG Orthologyに関する研究
海洋巨大ウイルスとその宿主の多様性解析について
バイオインフォマティクスによる生物ゲノムの解析
海洋微生物生態系における種間相互作用の研究
巨大ウイルスの分離
軸性不斉エノラートを用いる４置換炭素の不斉構築
E-mail利用
E-mail利用
ナノ炭素材料の理論的研究
地震時における構造物の破壊
SSEに伴う海面地殻変動の推定
津波地震に伴う前震活動
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
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宇治地区事務部 研究協力課
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宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 施設環境課
宇治地区事務部 総合環境安全管理センタ
宇治地区事務部 総合環境安全管理センタ
理学研究科 理学部 物理学・宇宙物理学専攻
理学研究科 理学部 物理学・宇宙物理学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻

井上 祐樹
福田 光宏
後藤 慶太
春木 淳
山本 啓
橋本 伸
日下部 忠繁
八木 裕美
大戸 瑞穂
杉山 かおり
新井 智子
永田 明世
谷川 禅
福島 典子
北川 伸代
中谷 浩美
鹿間 順子
木下 亜紀子柴田 由香里宮内 徹也
伊勢脇 純子
小澤 亜耶
中野 直子
井出 恵美子
太田 妃登美大下 美圭
原田 ひろみ
森西 桂子
沢田 裕美
工藤 亜矢
大西 愛
田上 款
吉岡 佐知子
山本 和人
西川 知延
小林 宏隆
南雲 円
西浦 利行
古田 学
西島 千賀
濱本 文平
北脇 朋樹
山本 潮
松本 春奈
金澤 真美子
清水 節子
宮井 信和
寺嶋 孝仁
荒木 武昭
渡邊 一也
藤橋 雅宏
朝光 世煌

理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
医学研究科 医学部 人間健康科学系専攻
医学研究科 医学部 人間健康科学系専攻
医学研究科 医学部 医学・医科学専攻
薬学研究科 薬学部 薬科学専攻
薬学研究科 薬学部 薬学専攻

野木 馨介
野田 泰斗
中野 義明
奥野 恭史
石田 祥一
古川 喜規
瀧川 紘
長島 卓也

薬学研究科 薬学部 医薬創成情報科学専攻
薬学研究科 薬学部 医薬創成情報科学専攻

大野 浩章
掛谷 秀昭

薬学研究科 薬学部 薬科学専攻
工学研究科 工学部 機械理工学専攻
工学研究科 工学部 機械理工学専攻
工学研究科 工学部 マイクロエンジニアリング専攻
工学研究科 工学部 航空宇宙工学専攻
工学研究科 工学部 電子工学専攻
工学研究科 工学部 電子工学専攻
工学研究科 工学部 材料化学専攻
工学研究科 工学部 材料化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻

竹本 佳司
内藤 悠太
上野 哲也
立花 明知
吉川 侑汰
重松 英
竹内 繁樹
木村 俊作
宇治 広隆
大江 浩一
三木 康嗣
岡本 和紘

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遷移金属酸化物薄膜の合成と物性
ソフトマターの相転移ダイナミクス
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がん遺伝子に見られるグアニン四重鎖構造を検出する結合性環状ポリアミ
ドリガンドの開発
遷移金属触媒を用いたヘテロ環化合物の再構築反応開発
量子化学計算と固体NMRを用いた新規無機物質の構造解析
分子性導電・磁性材料の設計と理論的解析
創薬のための合成反応予測
E-mail利用細胞の生存と死を決定する制御システムの数理モデル化
高反応性化学種を活用する有機合成化学
モレキュラードッキングシミュレーションを用いた薬物有害事象メカニズムの推定
生物活性化合物の創製を指向した有機化学研究
ケモインフォマティクスおよびバイオインフォマティクスを活用したケミカルバ
イオロジー研究
E-mail利用
エポキシ樹脂の架橋反応による構造形成と力学特性発現の関係の評価
計算化学を活用した無機物の分子レベル挙動に関する研究
原子分子相互作用系に関する理論的研究
プラズマ曝露により形成される材料中の局所構造解析
IV族半導体へのスピン注入物性測定
光子を用いた量子情報科学に関する研究
ポリペプチドのコンホメーションに関する研究
ヘリックスペプチドの電気的特性の解析
含窒素複素環をニトレン前駆体とする触媒
カーボンナノリングとカーボンナノチューブの相互作用
遷移金属触媒を用いた新規変換反応の開発
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工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
岡本 和紘
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
陰山 洋
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
野㞍 聡子
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
ﾀｯｾﾙ ｾﾄﾞﾘｯｸ
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
小林 洋治
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
高津 浩
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
山本 隆文
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
中島 崇秀
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
樋熊 亮輔
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
唐亜
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
近藤 輝幸
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
木村 祐
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
阿部 竜
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
阿部 竜
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
東 正信
工学研究科 工学部 経理事務センターAクラスター事務区会計掛 東 正信
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
辻 康之
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
藤原 哲晶
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
藤原 哲晶
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
小久見 善八工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
江口 浩一
工学研究科 工学部 分子工学専攻
伊藤 彰浩
工学研究科 工学部 分子工学専攻
細川 三郎
工学研究科 工学部 分子工学専攻
今堀 博
工学研究科 工学部 分子工学専攻
梅山 有和
工学研究科 工学部 分子工学専攻
東野 智洋
工学研究科 工学部 分子工学専攻
櫻井 庸明
工学研究科 工学部 高分子化学専攻
伊藤 峻一郎
工学研究科 工学部 合成・生物化学専攻
松田 建児
工学研究科 工学部 化学工学専攻
鈴木 哲夫
工学研究科 工学部 化学工学専攻
田中 秀樹
工学研究科 工学部 化学工学専攻
山本 量一
工学研究科 工学部 附属工学基盤教育研究センター
大嶋 光昭
工学研究科 工学部 化学工学専攻
引間 悠太
工学研究科 工学部 合成・生物化学専攻
長田 裕也
工学研究科 工学部 機械理工学専攻
西川 雅章
工学研究科 工学部 機械理工学専攻
松本 充弘
工学研究科 工学部 機械理工学専攻
上野 哲也
エネルギー科学研究科 エネルギー基礎科学専攻
蜂谷 寛
エネルギー科学研究科 エネルギー応用科学専攻
馬渕 守
エネルギー科学研究科 エネルギー応用科学専攻
楠田 啓
エネルギー科学研究科 エネルギー応用科学専攻
袴田 昌高
エネルギー科学研究科 エネルギー応用科学専攻
陳 友晴
エネルギー科学研究科 エネルギー応用科学専攻
木村 史子
農学研究科 農学部 森林科学専攻
久住 亮介
農学研究科 農学部 応用生命科学専攻
植田 充美
農学研究科 農学部 応用生物科学専攻
吉田 天士
農学研究科 農学部 応用生物科学専攻
吉田 天士
農学研究科 農学部 地域環境科学専攻
赤松 美紀
人間 環境学研究科 相関環境学専攻
津江 広人
人間 環境学研究科 相関環境学専攻
廣戸 聡
人間 環境学研究科 相関環境学専攻
上田 純平
人間 環境学研究科 相関環境学専攻
高橋 弘樹
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 堀毛グループ
堀毛 悟史
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 藤田グループ
藤田 大士
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 Sivaniahグループ
ｳ ﾁｲ
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 北川グループ
細野 暢彦
福井謙一記念研究センター 理論研究部門
佐藤 徹
産官学連携本部
湊 丈俊
産官学連携本部
山中 俊朗
CelikKucuk Asuman
産官学連携本部
学際融合教育研究推進センター
吉元 健治（京都大学以外所属）
情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設
五斗 進
東京大学 大気海洋研究所 地球表層圏変動研究センター
西村 陽介
東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻岩崎研究室
松井 求
東京工業大学 生命理工学院 山田研究室
上田 敦史
茨城大学 工学部 生体分子機能工学科
吾郷 友宏
北海道大学 触媒科学研究所
古川 森也
久留米工業高等専門学校
黒飛 敬
福岡工業大学 工学部 生命環境科学科
蒲池 高志
株式会社生物技研
半田 佳宏
信州大学 農学部
齋藤 勝晴
国立研究開発法人 産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門 岡崎 友輔
株式会社KRI ナノ構造制御研究部
中江 隆博
広島大学大学院 工学研究科 機械物理工学専攻
Carles Serrat

有機活性種を駆使した新規反応開発と機能性物質の合成
固体化学
固体化学
固体化学
固体化学
固体化学
低温還元法を用いた鉄酸化物の合成
新規液相ヒドリドの合成
溶液中におけるヒドリドイオンの単離
酸水素化物への表面吸着・反応
高次生体イメージング先端テクノハブプロジェクト研究
高感度Gd-MRI造影剤のPEG化および抗体修飾によるDDS構築
高効率可視光応答型光触媒系の開発
高効率可視光応答型光触媒系の開発
光触媒・光電極による高効率水分解システムの開発
物質エネルギー化学専攻の研究推進
触媒有機化学に関する研究
遷移金属錯体触媒を利用する二酸化炭素固定化反応の開拓
銅触媒を用いる新規分子変換反応の開発
リチウムイオン電池に関する研究
炭化水素の低温燃焼触媒の研究
開殻分子の電子構造に関する理論的研究
金属酸化物ナノ粒子の合成とその応用
人工光合成系の開発
光合成モデル化合物の合成
有機分子を用いた新規な機能性材料の開発
有機電子機能性材料の素子形成と界面伝導特性評価
13族元素含有有機金属錯体の特異な光学特性の機構解明
HOPG基板上における分子配列のモデリング
吸着工学・乾燥工学等に関する分子論的検討
多孔性配位高分子の吸着誘起構造転移
ソフトマターの研究
E-mail利用
ATR-FTIR法を用いた高分子成形プロセスの品質管理法の開発
溶媒依存性らせん反転を示すポリ（キノキサリン-2,3-ジイル）の構造解明
エポキシ樹脂の架橋反応による構造形成と力学特性発現の関係の評価
計算化学的手法による有機物の熱物性・輸送特性予測
計算化学を活用した有機物の分子レベル挙動に関する研究
エネルギー機能材料の電子構造と光物性
軽金属・合金の力学特性
材料界面・表面の電子論的研究
多孔質金属の表面特性
ポーラス金属の機能解明
変調磁場による微結晶の三次元配向
磁場配向を利用した固体NMR解析手法の開発
コンビナトリアル・バイオ工学
ウイルスは海洋生物多様性を創生・維持する素粒子か？
ウイルスは海洋生物多様性を創生・維持する素粒子か？
生理活性物質の構造活性相関
有機分子性結晶の気体吸着特性の解析
三次元π共役分子の合成の機能性の創出
長残光蛍光体における電子トラップ準位の解析
優先富化現象を示す有機化合物の検索
有機構造体を用いたイオン伝導体合成
自己集合を利用したタンパク質のカプセル化
混合マトリクス膜中のガス輸送特性に関する計算機シミュレーション
多能性細孔物質の深化
振電相互作用に関する理論的研究
蓄電池材料の構造と物性
電池材料のラマンスペクトルの計算
蓄電池の電解液中のイオン間相互作用の計算科学的検討
高分子溶液の相分離に関する大規模なシミュレーション

生体分子情報データベースの開発とその応用
遺伝子情報を用いた海洋生態系研究
グラフに基づく分子系統解析手法の開発と適用
ヒト腸内菌叢のメタゲノム解析
典型元素を活用した機能性材料の開発
規則性合金の触媒作用に関する理論的研究
密度汎関数法を用いたNO還元用代替触媒探索
ゲノム解析
共生菌のゲノム解析
琵琶湖沖に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析
炭素材料の物性研究
高次高調波によるアト秒X線パルスの増幅
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東京大学 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
東京大学 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
株式会社ゲノムアナリティクスジャパン
東京大学 生産技術研究所 機械・生体系部門
東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻

笠原 雅弘
藤野 健
八谷 剛史
平野 敏行
浜口 悠貴

スギゲノムの解読と解析
スギゲノムの解読と解析

薮崎 純子

カロテノイドデータベース化学フィンガープリントを用いたカロテノイドの生合成パスウェイの再構築

タンパク質の電子状態計算
アミノアシルtRNA合成酵素の系統解析で示すミトコンドリアのモザイク起源

(無所属)

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京都大学化学研究所
スーパーコンピュータシステム〒611-0011 京都府宇治市五ケ庄
TEL 0774-38-3265
spradm@scl.kyoto-u.ac.jp
http://www.scl.kyoto-u.ac.jp