スーパーコ ンピュータシステム
令和２年度

研

究

成

果

報

京都大学化学研究所

告

書

はじめに
京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムは、1992 年 1 月より運用を開始した京都大学の研究設備で、複数のスーパーコンピュータが高速ネット
ワークで結ばれたネットワークスーパーコンピューティングシステムを提供しています。2020 年 1 月に導入されたシステムは、ゲノムネット計算サーバシ

ステム A として HPE Superdome Flex(総 CPU コア数 1,152)、ゲノムネット計算
サーバ

システム B および化学計算サーバとして HPE Apollo 2000(総 CPU コア

数 5,680)、ゲノムネット公開サーバとゲノムネット開発サーバとして HPE
ProLiant DL560(総 CPU コア数 640)を採用しました。化学研究所スーパーコンピュータシステムは、分子シミュレーションをはじめとする計算化学関連の応用
ソフトウェア、ゲノム解析やバイオインフォマティクス研究で必要となる分子生物学関連のデータベースとソフトウェアが整備されており、こうした分野の研究環境をサポートすることを目的に、学内外の研究者に広く開放されています。また、分子生物学関連のデータベースとソフトウェアはゲノムネットデー
タベースサービス（https://www.genome.jp/）として、広く国内外の研究者に提供しています。
この報告書は、令和 2 年度の 363 名の登録利用者の中から、電子メールだけの利用者、特に報告する内容のなかった利用者、特許出願などの理由で研究成果を非公開としたい利用者を除き、77 件の研究成果報告をまとめたものです。
システム稼働状況、化学研究所 WWW サービスの利用状況、ゲノムネットデータ
ベースサービス利用状況についても報告しています。
また、当システムは化学研究所共同利用・共同研究拠点の共通設備として利用され、令和 2 年度は 11 件の採択課題（バイオ情報学分野）推進に利用されました。
今後とも、スーパーコンピュータシステムをより良いものにしていくために、
皆さまのご意見やご要望を以下のメールアドレスまでお寄せくださいますようお願い申し上げます。
送付先メールアドレス：spradm@scl.kyoto-u.ac.jp
2021 年 3 月
京都大学化学研究所

バイオインフォマティクスセンターhttps://www.bic.kyoto-u.ac.jp/
スーパーコンピュータシステム
https://www.scl.kyoto-u.ac.jp/

化学研究所
新規な結合様式を持つ高周期典型元素化合物の反応解析

時任 宣博

・・・・

1

高周期典型元素を含む新規結合様式の創出

水畑 吉行

・・・・

2

平面シリセンナノリボンの理論設計と新しい動作原理の探求

高橋 まさえ・・・・

3

特異な構造をもつ有機分子の電子的性質

村田 靖次郎・・・・

4

透過型電子顕微鏡による高分子結晶の高分解能観察

登阪 雅聡

・・・・

5

含歪みπ共役化合物の合成とその物性評価

茅原 栄一

・・・・

6

Simulation of radical addition and ring-opening reaction upon theradical polymerization

路 楊天

・・・・

7

高周波スピントロニクスデバイスの研究

森山 貴広

・・・・

8

植物におけるTRY/CPC相同転写因子遺伝子の探索

藤原 崇志

・・・・

9

有機デバイスの基礎科学と高機能化

梶 弘典

・・・・

10

EELSスペクトルの計算機シミュレーション

根本 隆

・・・・

11

高効率有機分子変換反応を可能とする新規金属触媒の設計と

中村 正治

・・・・

12

機能性高分子合成を指向した遷移金属錯体触媒の開発

脇岡 正幸

・・・・

13

生物情報ネットワークの解析と制御

阿久津 達也・・・・

14

数理モデルによる生体ネットワーク制御手法の開発

田村 武幸

・・・・

15

化学生命科学研究領域の研究報告

緒方 博之

・・・・

16

メタゲノム解析に基づく海洋微生物およびウイルスの生理生態の

遠藤 寿

・・・・

18

ウイルス―宿主データベースの入力

朱 梦迪

・・・・

20

溶原性ファージが炎症性腸疾患患者の腸内微生物群集において担う役割の解明

西山 拓輝

・・・・

21

海洋微生物コミュニティにおける種間ネットワークの研究

金子 博人

・・・・

22

パルマ藻・珪藻の比較ゲノム解析

伴 広輝

・・・・

23

バイオインフォマティクスによる微生物学・進化学の研究

木島 壮一朗・・・・

24

Medusavirusトランスクリプトーム解析

チョウ ルイシャン ・・・・

26

Comparing Mimiviridae communities using meta-barcoding during
a red tide period in an enclosed bay

夏骏

・・・・

27

巨大ウイルスの進化過程に関する研究

張 利雯

・・・・

28

位置選択的反応の開発及び新規不斉反応の開発

森崎 一宏

・・・・

29

多官能基性化合物の位置選択的分子変換

上田 善弘

・・・・

30

Using supercomputer to finish M1 Bioinformatics Exercise from
Ogata Lab

楊 青偉

・・・・

31

海洋微生物におけるウイルス誘導HGTの存在と効果

呉 君毅

・・・・

32

海洋ウイルスの群集分析

陳 婧潔

・・・・

33

湖沼に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析

岡崎 友輔

・・・・

34

エネルギー理工学研究所
ナノ炭素材料の理論的研究

小島 崇寛

・・・・

35

井上 智裕

・・・・

36

蛍光性核酸の開発と応用

ヨム ジヘ

・・・・

37

典型元素を活用した有機合成法の創出

下川 淳

・・・・

38

ピレン骨格をもつ柔軟な光機能分子の電子構造と光物性の解明

山角 拓也

・・・・

39

計算化学的手法による有機物・無機物の熱物性・輸送特性予測

松本 充弘

・・・・

40

刺激応答性プローブの創製

三木 康嗣

・・・・

41

層状アンチモン化合物の構造シミュレーション

新井 一功

・・・・

42

可視光応答型光触媒を用いる高効率水分解システムの開発

鈴木 肇

・・・・

43

有機電子機能性材料の素子形成と界面伝導特性評価

筒井 祐介

・・・・

44

13族元素含有有機金属錯体の特異な光学特性の機構解明

伊藤 峻一郎・・・・

45

吸着工学・乾燥工学等に関する分子論的検討

鈴木 哲夫

・・・・

46

パラジウム触媒による分子間炭素-水素結合アリール化反応におけるカルボキシラト配位子の立体効果

藤原 哲晶

・・・・

47

エポキシ樹脂の架橋反応による構造形成と力学特性発現の関係
の評価

内藤 悠太

・・・・

48

琵琶湖水中におけるウイルスメタゲノム解析

沈尚

・・・・

49

HOPG基板上における分子配列のモデリング

松田 建児

・・・・

50

エネルギー機能材料の電子構造と光物性

蜂谷 寛

・・・・

51

生体系物質の原子・電子解析

馬渕 守

・・・・

52

材料界面・表面の原子～電子論的研究

楠田 啓

・・・・

53

金属材料の表面特性

袴田 昌高

・・・・

54

生態系タンパク質の動的解析

陳 友晴

・・・・

55

磁場配向を利用した固体NMR解析手法の開発

久住 亮介

・・・・

56

一酸化炭素資化菌と水圏ウイルスの分子生物学的研究

吉田 天士

・・・・

57

微細藻類の分子育種に関する研究

澤山 茂樹

・・・・

58

防災研究所
SSEに伴う海面地殻変動の推定
理学研究科

工学研究科

エネルギー科学研究科

農学研究科

量子化学計算によるリグニンモデル化合物の間接電解反応機構
の解析

平野 義貴

・・・・

59

海洋微生物のメタゲノム解析

中川 聡

・・・・

60

三次元π共役分子の合成の機能性の創出

廣戸 聡

・・・・

61

ペロブスカイト関連構造を有するEu2+添加水素化物蛍光体の開
発

上田 純平

・・・・

62

ジペプチド保護体のCO2吸着状態の解析

津江 広人

・・・・

63

藤田 博昭

・・・・

64

多能性細孔物質の深化

大竹 研一

・・・・

65

金属錯体ソフトマテリアルの創成

古川 修平

・・・・

67

有機構造体を用いたイオン伝導体合成

堀毛 悟史

・・・・

68

自己集合を利用したタンパク質のカプセル化

藤田 大士

・・・・

69

佐藤 徹

・・・・

70

山中 俊朗

・・・・

71

遺伝子情報を用いた海洋生態学研究

西村 陽介

・・・・

72

グラフに基づく分子系統解析手法の開発と適用

松井 求

・・・・

73

規則性合金の触媒作用に関する理論的研究

古川 森也

・・・・

74

密度汎関数法を用いたNO還元用代替触媒探索

蒲池 高志

・・・・

75

高次高調波によるアト秒X線パルスの増幅

Carles Serrat

・・・・

76

スギゲノムの解読と解析

藤野 健

・・・・

78

真核生物の細胞内共生後のアミノアシルtRNA合成酵素の進化

浜口 悠貴

・・・・

79

DNA配列空間に新規機能を予測する情報技術

大前 公保

・・・・

80

計算化学を活用した天然物の合成研究

占部 大介

・・・・

81

トリアシルグリセロールのグリセロール骨格コンフォメーションの振動スペクトルへの影響

武智 恭世

・・・・

82

人間・環境学研究科

生態学研究センター
細菌群集ネットワークの動態予測
高等研究院

福井謙一記念研究センター
振電相互作用に関する理論的研究
産官学連携本部
電池材料のラマンスペクトルの計算
京都大学以外重い元素を含む有機無機化合物

笹森 貴裕

・・・・

83

高活性遷移金属錯体の合成による新反応開拓

岩本 貴寛

・・・・

84

大学教育と労働市場の機会の地理的差異

石丸 翔也

・・・・

85

システム稼働状況

西川 和嗣
福本 淳司
大久保 宏一
上原 英也

・・・・

86

京都大学化学研究所WWWサービスの利用状況

西川 和嗣

・・・・

92

ゲノムネットサービス利用統計

西川 和嗣

・・・・

93

スーパーコンピュータシステム講習会等開催履歴

福本 淳司

・・・・ 129

スーパーコンピュータシステム

令和２年度研究課題一覧

・・・・ 135令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
新規な結合様式を持つ高周期典型元素化合物の反応解析

Theoretical studies on the reactions of novel main group elements compounds
京都大学化学研究所 物質創製化学研究系 有機元素化学研究領域

時任 宣博

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、最近合成に成功した炭素置換基のみを有する新規なホスファニルアルマン 1 [Yanagisawa, T., Mizuhata, Y.
& Tokitoh, N. Inorganics 7, 132–143 (2019)]とアルキン等小分子との反応に関して検証を行っ
た。

t-Bu

1 は、加熱によって反応性 Mesの低い内部アルキンにシス

P

t-Bu

Mes

型で 1,2-付加し、2 を与える。

R

Al

1

R

R = Ph: sealed tube
C6H6, 100 ºC, 60 h
R = Et:
C6H6, 40 ºC, 20 h

Mes2P
R

Al(t-Bu)2R

2Ph (R = Ph, 54%)
2Et (R = Et, 66%)

P–B 結合を有する化合物や P/Al 原子をベースとした分子間 FLP ではこの反応は実現できないことを確認し、P–Al 結合化合物に特徴的な反応であると言える。さらに得られた P/Al 原子付
加体 2 が新たな反応性化学種(FLP)として機能することを見出すとともに、アセチレンジカルボ
ン酸ジメチル(DMAD)との反応によって、通常切断困難な芳香環炭素と置換メチル基間の結合切断を伴うユニークな縮環化合物が得られることを明らかにした。
Gaussian16 を用いて、1 とアルキン（RCºCR; R = Et or Ph）との反応機構を検証し、アルキン上の置換基の種類によって中間体における相互作用様式が異なること、それに伴って活性化
障壁が Ph の系で大きくなることを明らかにした。この結果は反応により高温を必要とした実験
事実とも合致する。
発表論文（謝辞あり）
1.

Iwai, K., Mizuhata, Y. & Tokitoh, N. Alkali-Metal-Ion-Centered Sandwich Structures of
4-Bromophenyl[tris(pentafluorophenyl)]borates

and

Their

Synthetic

Utility.

Organometallics acs.organomet.0c00711 (2021).
2.

Mizuhata, Y., Fujimori, S. & Tokitoh, N. Reaction of germabenzenylpotassium withTBDMSCl: Unusual trimerization of germabenzene skeletons. Phosphorus Sulfur Silicon
Relat. Elem. 195, 936–939 (2020).

3.

Mizuhata, Y., Tokitoh, N. & Yanagisawa, T. Insertion Reaction of Chalcogens into an Al–P
Bond. Heterocycles 100, 1084 (2020).

4.

Yanagisawa, T., Mizuhata, Y. & Tokitoh, N. Additive‐Free Conversion of Internal Alkynes
by Phosphanylalumanes: Production of Phosphorus/Aluminum Frustrated Lewis Pairs.
Chempluschem 85, 933–942 (2020).

1令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
高周期典型元素を含む新規結合様式の創出

Synthesis of Compounds Having Novel Bonds of Heavier Main Group Elements
京都大学化学研究所 物質創製化学研究系 有機元素化学研究領域

水畑 吉行

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、環状オリゴシランの立体配座に関する検証を行った。
ジハロシランの還元は環状オリゴシランの合成に対して多用される手法であるが、一般に、その環サイズおよび置換基の立体に対する選択性は乏しく、その生成物分離が困難である場合が多い。我々は環形成後の官能基化を指向し、酸によって脱離可能なフェニルおよび p-アニ
シル基を導入したジクロロシランの還元反応を検討した。フェニル基の系においては、五員環および六員環化合物が主生成物として得られたが、それぞれの立体異性体分離は困難であった。一方、p-アニシル基の系(1)においては、四員環(2)および五員環(3)化合物の立体異性体混合物が得られたが、p-アニシル基の極性を反映し、それら全ての異性体はカラムクロマト
グラフィーによって単離可能であり、NMR および X 線結晶構造解析によってその構造を決定した。

Stereoisomer-separable cyclooligosilanes

得られた p-アニシル基置換五員環オリ
ゴシラン 3 に対し、トリフルオロメタンスル

R
Anis

Li

異性体および分離イオン対構造に対して、

Si

R = CH2SiMe3
Anis = p-methoxyphenyl

トリフラート 4 が得られることがわかった。
Gaussian 16 を用いて、考えられる全ての

TfOH

TfO
R
TfO

構造最適化および GIAO 計算による

Si

+

R

Anis

Anis

R

Si

Anis
R
Si Anis

Si

Si

Si

3
R

R

Si
Si

Si

Si

Si

OTf

R
Anis

R

OTf
X–

R
OTf

R
4

NMR 化学シフト値の予測を行ったが、適

R
Anis

2

R
3

Anis
R
Si

R Si
Anis

Cl
1

ホン酸により脱離反応を検討したところ、いずれの立体異性体からも同一のペンタ

Si Cl

R
Anis

X
R
X

X
R

Si
Si

Si

Si

Si

X

R
X
R
5: X = Cl, Br, I

A sole stereoisomer

切なモデルを提唱することはできなかった。一方、得られた 4 に対し、アルカリ金属塩によるハロゲン化を行うとそれぞれペンタハロゲン化体 5 を単一の異性体として与えた。本手法は、ポリトリフラートを経由した立体選択的多官能基化の初めての例である。5 に対しても、全ての異性体に対して構造最適化を行い、異性体間のエネルギー差を見積もった。
発表論文（謝辞あり）
1.

Omatsu, Y., Mizuhata, Y. & Tokitoh, N. Easily Separable Cyclic Oligosilanes with p‐Methoxyphenyl Groups and Their Stereoselective Functionalization. Eur. J. Inorg. Chem.
ejic.202001076 (2021).

2

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
平面シリセンナノリボンの理論設計と新しい動作原理の探究

Theoretical design of planar silicene nanoribbons and search for new operating principles
京都大学 化学研究所 物質創製化学研究系 有機元素化学研究領域

高橋まさえ

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、Materials Studioを用いて、二次元に拡張した平面構造のナノスケール帯状物質シリセンナノリボンを構築し、既存の動作原理とは異なる新しい動作原理を探究することを目的としています。第一原理計
算による物質設計では、最適化構造を求めたのちに、その構造がポテンシャル曲面上で極小点にある安定な構造であることを振動解析により確認する必要があります。周期系の第一原理計算において、格子定数も含めた構造最適化とその振動解析の可能なアプリケーションは限られています。京都大学化学研究所のスーパーコンピュータにはこの目的にかなったアプリケーション（Materials Studio）が公開されています。
「ケイ素版グラフェン」とも呼ばれる新材料「シリセン」は、炭素原子の代わりに同じ 14 族であるケイ素原子を使ったシートです。グラフェンは電子構造にエネルギーギャップがないため論理回路への応用が望めなく、シリセンの実現が切望されています。しかし、平面構造のグラフ
ェンとは異なり、シリセンは一部の原子が浮き上がって座屈した凹凸構造をとるため空気中できわめて不安定です。シリセンとグラフェンの構造の違いはその構成要素六員環の構造の違いに起因します。グラフェンの構成要素ベンゼンは平面構造ですが、シリセンの構成要素は椅子型です。研究代表者は、理論的にも実験的にも得られていなかった平面構造ケイ素六員環を含むシリセン分子の理論設計に成功しています[M. Takahashi Sci. Rep. 2017, 7, 10855.]。
2018 年度より本共同利用に採択していただき、研究代表者が見出した平面構造のシリセン分子をもとに平面ケイ素 2 次元シートの設計を進めてまいりました。研究代表者が見出した平面シリセン分子を単純に二次元へ拡張しただけでは目的とする平面二次元シートは得られず難航しました。しかし、新しい着想によりようやく平面構造のナノリボンの設計にたどりつきました。2020 年度はコロナ感染症拡大のため、思うように共同研究を進めることができませんでし
たが、解析をすすめる中で、この平面シリセンナノリボンが興味深い物性を有することがわかってきました。バンド構造から、得られた平面シリセンナノリボンは負の間接バンドギャップを有する半金属であることがわかりました。非平面のジグザグシリセンナノリボンが磁性を有するのとは異なり、今回設計した平面シリセンナノリボンは非磁性を示しました。ケイ素の 3p 軌道に由来する面外のπおよびπ*軌道による明瞭な直線的分散特性がバンド構造に観測され、フェルミ準位のわずか上にディラク点の存在が見出されました。
発表論文（謝辞なし）
M. Takahashi, M. Kowada, H. Matsui, E. Kwon, Y. Ikemoto, J. Phys. Chem. A 2021, in press.

3

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
特異な構造をもつ有機分子の電子的性質
Electronic Properties of Organic Molecules with Novel Structure

京都大学化学研究所 物質創製化学研究系 構造有機化学領域

村田 靖次郎研究成果概要ホスフィンは一般式 PR3 で表される化合物であり，同族元素誘導体である
アミンと同様に求核性をもつ一方で，優れた脱離能を示すことから，炭素－炭素結合形成や環化反応の触媒として
1990 年以降盛んに研究されてきた．これらの反応では，α,β-不飽和カルボニル部位への phospha-Michael 付加反応を起点とし，対応するホスホニウムベタイ
ン体が生成すると考えられているが，その Michael 付加体 A の単離に成功した例は 2010 年の 1 例のみに限られており，反応機構解析についても大きく立ち遅れている（右図）．また，1960 年代
から，ホスフィンと 1,2-ジカルボニル化
合物との反応により，Kukhtin-Ramirez
付加体 B を経由して，リンイリド体が生成することが知られているが，提案されている反応機構には議論の余地がある．
本研究では，α,β-不飽和カルボニルおよび 1,2-ジカルボニルの両方の構造特性をもつ開口
フラーレン C60 誘導体に着目した．C60 は電子受容性骨格であり，開口部上のオレフィンやカルボニル基はホスフィンに対して反応活性であると期待され，ベタイン体やリンイリド体の構造特性や反応機構を解明する上で理想的なモデル分子系であると考えた．そこで，
開口 C60 誘導体を用いて，ホスフィンとの一連の反応について検討した． その結果，

phospha-Michael 付加体が速度論支配の生成物として，リンイリド体が熱力学支配の生成物として得られ，後者はカルベン中間体を経由して生成したわけではなく，ベタイン体を鍵中間体とし，SN2 機構により生成したことが示された 1．
発表論文（謝辞なし）
1. Hashikawa, Y.; Okamoto, S.; Murata, Y. Commun. Chem. 2020, 3, 90.

4

令和 ２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

透過型電子顕微鏡による高分子結晶の高分解能観察
High-Resolution Observation of Polymer Crystals with a Transmission Electron Microscope
京都大学化学研究所 高分子制御合成研究領域

登阪雅聡

研究成果概要制御ラジカル重合により得られる分子量分布の狭い高分子材料は、従来のラジカル重合による同種高分子材料とは異なる物性を示す事から、新しい機能材料として期待されている。当研究室では、分子量と立体規則性の両方を同時に制御しながらラジカル重合を行う手法を開発した。この技術により合成された高分子材料は結晶化が可能となるため、さらに新しい機能が発現する可能性を有する。そこで、実際に合成された isotactic poly(N,N-diethylacrylamide)(iPDEAA)の結晶性について研究を行った。
試料として用いた iPDEAA は分子量 18,500、分子量分布 Ð = 1.09、立体規則性の指標 m =94%のものである。条件検討において、良溶媒であるメタノールと貧溶媒であるジエチルエー
テルを体積比 2:14 とした混合溶媒を用いることにより、0.1 g/L の溶液から単結晶を得ることが出来た。この試料を透過型電子顕微鏡で観察したところ、Fig. 1a に示すような外形が明らかとなり、Fig. 1b に示す電子回折パターンも得られた。この回折パターンを与える結晶(Form 1)については試料を傾斜して電子線回折を得ることにも成功し、格子定数の値として a = 0.530 nm,
b = 0.342 nm, c = 1.009 nm α = β = γ = 90°を得た。
b*

b*

020
a*
200

a

1 µm

a*
200

Au111
(lattice spacing = 0.2350 nm)bFig. 1. Form 1 単結晶の外形(a)と電子回折パターン(b)Fig. 2. Form 2 単結晶の電子回折パターン

iPDEAA の単結晶には、Fig. 2 に示すように異なる特徴を持つ電子回折パターンを与える結晶(Form 2)も観察された。Form 2 結晶の格子定数としては、暫定的に a = 0.73 nm, b = 0.49nm, γ = 90°という値が見積もられた。
発表論文（謝辞なし）
Park, B.; Tosaka, M.; Yamago S. Polym. J., accepted for publication.

5

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
含歪みπ共役化合物の合成とその物性評価

Synthesis of Strained π-Conjugated Molecules and Evaluation of their Physical Properties
京都大学 化学研究所 材料機能化学研究系 高分子制御合成研究領域

茅原 栄一[n]シクロパラフェニレン ([n]CPP) は、大量合成法が確立されたことから、CPP の歪んだπ結合や σ 結合に由来する反応性の解明や、それを利用した CPP 誘導体や新しい環状π共役分子の合成には大きな興味が持たれている。この研究の一環として、我々は、最近、大量合成に成功したテトラトリフラート[10]CPP (1)と遷移金属錯体との反応について検討を行った。1) その結果、1 の歪んだ骨格が、パラジウム錯体に対する酸化的付加反応に対して有利であることを明らかにした。
まず、1 と直鎖状ビ
ストリフラートター
フェニル 2 との競争反応 を 行 っ た （ Scheme
1a）。 1 と 2 の 1：2の混合物に対して、パ
ラジウム触媒存在下、8.8 当量のアリールボ
ロン酸を加え、65 ℃で加熱し、それぞれの基
質の消費の経時変化

Scheme 1. (a) Competition experiments between 1 and 2. Calculated
pathways of the oxidative addition of Pd(PMe3)2 to (b) 1 and (c) 2.

を 19F NMR により観察した。その結果、1, 2 の半減期はそれぞれ約 1 分、10 分であり、1 が約 10 倍優先的に消費された。この結果は CPP 骨格が酸化的付加に対して有利であることを示す結果である。
さらに、1 の高い反応性の起源を明らかにするために、1 および 2 と Pd(PMe3)2 の酸化的付 加 反 応 を モ デ ル 反 応 と し て 用 い 、 DFT 計 算 (B97X-D//6-311G(d)(C,H,O,F,P,S),SDD(Pd)//ωB97X-D/6-31G(d) (C,H,O,F,P,S), LANL2DZ (Pd) ) を行った。その結果、3 中心遷移状態を経由し、アリールパラジウム錯体が生成する経路が見つかった（Scheme 1b-c）。1 の反応における活性化エンタルピーと生成エンタルピーは、2 の反応に比べ、約 10kJ/mol 低く、
約 20kJ/mol 発熱性が大きいことが分かった。この傾向は実験で明らかになった反応性の傾向と一致していた。さらに、反応における歪みエネルギーの変化を計算したところ、反応点ではない 1 のパラフェニレン骨格の歪みの解消が反応の駆動力になっていることが分かった。

発表論文（謝辞あり）
1) Kayahara, E.; Nakano, M.; Sun, L.; Ishida, K.; Yamago, S. Chem. Asian J. 2020, 15,2451-2455.

6

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

Simulation of radical addition and ring-opening reaction upon the radical polymerization
京都大学 化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成

Yangtian Lu

研究成果概要This year, our lab carried out DFT calculation to simulate the reactions occurred during ourdesigned polymerization. There were mainly three projects were highly relied on DFT
calculation. The first one is to calculated the substituent effect on the copolymerization of vinyl
tellurides, which were designed as the monomer for the formation of branched structure on
copolymer. We systematically calculated all of the possible reaction routes during thecopolymerization for all of the target substituents. The resulting calculation data will be applied
for training the prediction model. The second one is to calculate the substituent and ring-size
effect on the ring-opening polymerization of cyclic monomers. Through DFT calculation, we
successfully proved that ring-size are the most crucial factors for the ring-opening efficiency forour designed cyclic monomer. Now we are trying to synthesize the cyclic monomer according to
the calculation results. The third one is to calculated substituent effect on the oxidation reactionof designed polymer backbone, which potentially perform as polymer degradation reaction.
Currently, we are still trying to screening the potential substituent.

7

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
高周波スピントロニクスデバイスの研究
High frequency spintronic devices

京都大学 化学研究所 材料機能化学研究系 ナノスピントロニクス領域

森山 貴広

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、反強磁性体における磁気ドメインの形状や振舞について予想できるシミュレーションプログラムの開発を行った。
反強磁性体は、原子スケールでミクロな磁気モーメントを有するが、隣り合う磁気モーメントが互いに打ち消しあうように整列しているため、全体として自発磁化を持たない。その性質から、強磁性体に比べて、磁化方向を制御・検出することが一般的に困難であると考えられてきた。
これらの性質は反強磁性体のスピントロニクスデバイス応用において致命的欠陥であり、スピン自由度に起因した基礎物理現象をとらえるうえでも重大な障害であった。しかしながら、最近の研究結果から、強磁性体と同様に、スピン流と反強磁性体の磁化との相互作用（スピントルク効果）が存在することが示唆され、スピン流による反強磁性体のネールベクトル方向の制御、磁気抵抗効果、磁化のダイナミクスの励起などの研究が活発に行われている。これらの研究の進展を踏まえて、反強磁性体が次世代スピントロニクスにおける新材料として認識されつつある。
しかしながら、反強磁性体の磁気的なダイナミクス（磁気ドメインの振舞など）は、強磁性体のそれに比べて十分に理解されておらず、実験結果を十分に説明できていないのが現状である。そこで、本研究では反強磁性体磁気ドメインの形状や振舞について予想できるシミュレ
ーションプログラムを開発することを目的とした。
系の磁気的および結晶学的な自由エネルギーに基づいて有限要素法的に計算する手法を考案し、実際に磁気ドメインの外部磁場に対する振舞をシミュレートし、XMLD-PEEM 法による反強磁性磁気ドメインの実験観察結果と一致することを確認した。本研究課題で開発した計算手法およびシミュレーションプログラムは反強磁性体の磁気ダイナミクスの仮想実験を行ったり、様々な実験結果を理解する上で礎になるものである。
発表論文（謝辞あり）
1) T. Moriyama, L. Sánchez-Tejerina, K. Oda, T. Ohkochi, M. Kimata, Y. Shiota, H. Nojiri, G.
Finocchio, and T. Ono, “Micromagnetic understanding of evolutions of antiferromagnetic
domains in NiO” submitted to Physical Review Letters.

8令和 2 年度 京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
植物における TRY/CPC 相同転写因子遺伝子の探索
Identification of TRY/CPC homologous genes in plants
京都大学 化学研究所 生体分子情報研究領域

藤原 崇志

研究成果概要トライコームは植物の葉や茎の表皮細胞が分化して形成される突起状の構造物であり、腺性トライコームと非腺性トライコームに大別される。ホップ (Humulus lupulus) 由来のビールの苦み成分の基となるフムロンや、アルテミシア (Artemisia annua) 由来の抗マラリア特効薬であるアルテミシニンなど、腺性トライコームでは様々な有用化合物
が合成・蓄積される。モデル植物であるシロイヌナズナ (Arabidopsis thaliana) では非腺性トライコームのみが形成され、TRY や CPC など R3 MYB に属する転写因子が負の転写因子として働き、非腺性トライコームの形成を抑制することが明らかにされている。
しかし、腺性トライコームの形成を制御する分子機構は殆ど明らかにされておらず、シロイヌナズナでの転写制御機構が植物で広く保存されているかは未知である。
そこで本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、様々な植物種において TRY/CPC 相同転写因子遺伝子が保存されているのかを検証した。
具体的には、腺性トライコームを形成する複数の植物種を用いて RNA-Seq 解析を行い、得られたリード配列から TRY/CPC 相同転写因子遺伝子の塩基配列を取得した。さらに、被子植物で既にゲノム情報が公開されている植物のうち、様々な目に属する植物から
TRY/CPC 相同転写因子遺伝子を探索し、タンパク質配列を基に分子系統樹を作製した。
その結果、これまで TRY/CPC 相同遺伝子の報告はイネ目のイネ (Oryza sativa) やナス
目のトマト (Solanum lycopersicum) 等に限られていたが、TRY/CPC 相同遺伝子は被子植
物で広く保存されていることが明らかとなった。

9令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
有機デバイスの基礎科学と高機能化
Basic Science and Functionalization of Organic Devices
京都大学 化学研究所 分子材料化学研究領域

梶 弘典

研究成果概要Singlet Fission（SF）は 1 つの一重項励起子が 2 つの三重項励起子に分裂する現象であり, SFによる三重項励起子の増感効果は, 有機デバイスの高機能化に有用である。有機デバイスのさらなる高機能化を目指し, 高いエネルギーを持つ三重項励起子を効率よく増幅できる SF 材料の開発が進められている。
本研究では, 京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムに実装されている量子化学計
算ソフトウェア QChem 使用して, 高い三重項エネルギーを持つ SF 材料（5,5′-Bitetracene, 55BT,
Figure 1）の分子設計を実施した（Shizu, K.; Adachi, C.; Kaji, ACS Omega 2021, 6, 2638）。SF 過程
において重要な三重項励起子の対 1(T1T1)は多電子励起状態であり, 一般に, 高い計算コストを要する。QChem に実装されている RAS-CI 法は, 低コストでありながら実用的な精度で 1(T1T1)状態を計算できるため, SF 材料の分子設計に有用である（Shizu, K.; Adachi, C.; Kaji, J. Phys. Chem. A
2020, 124, 3641; Shizu, K.; Adachi, C.; Kaji, H., Bull. Chem. Soc. Jpn. 2020, 93, 1305）。本研究では, RAS-CI 法の活性空間を 4 軌道 4 電子とし, 基底関数は 6-31G(d)を用いた。
RAS-CI 法による計算結果から,一重項励起子が片方のテトラセンに局在した励起状態 1(S1S0)の最適化構造においては, 1(S1S0)と 1(T1T1)の間のエネルギー差が小さく, 1011 s−1 の速い速度で1(S S )→1(T T )内部転換が起こることがわかった（Figure 1）。また, 大きくねじれた分子構造によっ
1 0
1 1て, 三重項励起子が片方のテトラセンに局在化する結果, 55BT の T1 エネルギーはテトラセンと同程度であることがわかった。以上の計算結果から, 2 つのテトラセンが直接結合した 55BT は, 高い
三重項エネルギーを持つ SF 材料の基本骨格として, 有望であると考えられる。

Figure 1. An energy-level diagram and transition rates (s−1) calculated at the 1(S0S0) and 1(S0S1)
geometries of 55BT. The calculated dihedral angle is 89.7° and 82.7° for the 1(S0S0) and 1(S0S1)
geometries, respectively.
発表論文(謝辞あり)
1) Correlated Triplet Pair Formation Activated by Geometry Relaxation in Directly Linked Tetracene Dimer(5,5'-Bitetracene), Shizu, K., Adachi, C. and Kaji, H. ACS Omega, 6, 2638-2643 (2021).
2) Conformation Control of Iminodibenzyl-Based Thermally Activated Delayed Fluorescence Material by Tilted
Face-to-Face Alignment With Optimal Distance (tFFO) Design, Kusakabe, Y., Wada, Y., Nakagawa, H., Shizu, K. andKaji, H. Front. Chem., 8, [530-1] - [530-9] (2020).
3) Organic light emitters exhibiting very fast reverse intersystem crossing, Wada, Y., Nakagawa, H., Matsumoto, S.,
Wakisaka, Y. and Kaji, H. Nat. Photon., 14, 643-649 (2020).
4) Visual Understanding of Vibronic Coupling and Quantitative Rate Expression for Singlet Fission in MolecularAggregates, Shizu, K., Adachi, C. and Kaji, H. Bull. Chem. Soc. Jpn., 93, 1305-1313 (2020).
5) Effect of Vibronic Coupling on Correlated Triplet Pair Formation in the Singlet Fission Process of Linked
Tetracene Dimers, Shizu, K., Adachi, C. and Kaji, H. J. Phys. Chem. A, 124, 3641-3651 (2020).

10

令和 2 年度 京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
EELS スペクトルの計算機シミュレーション
Computer simulation of EEL Spectrum
京都大学 化学研究所 複合ナノ解析化学

根本 隆

研究成果概要走査透過型電子顕微鏡法（STEM 法）と電子エネルギー損失分光法(EELS 法) の組み合わせは、非常に高い空間分解能をもった分光法の一つであり、究極的には原子オーダーの分光を可能とする分光法である。EELS の測定では、試料中を透過する電子が試料中の電子を励起することによりエネルギーを失い、減速される。得られるスペクトルより試料中の電子の状態を推定することができ、低エネルギー領域に現れるプラズモン励起から数百 eV 領域の内殻電子の励起まで様々な情報が得られるが、一方でこれらの情報は重畳してスペクトルに現れるため、その解釈は単純ではなく、計算科学的手法による解釈が不可欠である。
本年度は、主としてペロブスカイト系の酸化物及びその類似物の解析を行っており、STEMEELS 法によるスペクトラムイメージングという、各画素毎にスペクトルを取得する手法を用いて、異方性をもった軌道のマッピングを試みている。一例としては、チタン酸ストロンチウム(SrTiO3)の内殻励起スペクトルを用いて、STEM-EELS 法による試料中の酸素原子の p 軌道の可視化を試みている（図）
測定点によって、各ピークの形状や強度は異なっており、ピーク成分を分離して定量するために、第一原理計算による状態密度計算を行った。各電子の状態密度の計算を行い、実験的に得られた画像やスペクトルとの比較検討を行うた
め、 WIEN2k 計算パッケージを用いた。計算用のデータの作成及び予備計算は研究室の計算機で行い、最も計算時間のかかる SCF 計算のみを京都大学化学研究所のスーパーコンピュー
タシステムを用いて行った。計算結果は現在解析中であり、岩清水らにより、日本顕微鏡学会学術講演会での発表を予定している。

酸素 K 殻吸収端の EELS スペクトルと高空間分解能のピーク強度のマッ
ピングの例

11

令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

効率的有機分子変換反応を可能とする新規金属触媒の設計と合成
Design and Synthesis of Metal Catalysts toward Efficient Organic Molecular Transformation
京都大学 化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学

中村 正治

研究成果概要
クロスカップリング反応は工業化学プロセスにおける最も重要な基盤化学技術の一つであり，
液晶や EL 材料，医農薬品の分子骨格構築に幅広く利用されている。従来のクロスカップリング
反応はパラジウム等の貴金属触媒を用いて行われてきたが，地殻埋蔵量が少なく，地域遍在性も高い貴金属の利用は持続的な社会構築という観点から必ずしも望ましいことではない。加えて，貴金属の多くは生態系への悪影響が懸念される環境負荷の大きな元素であり，実用プロセスにおいては製品への残留度が問題になることが多い。我々はこの様な問題を解決するために，遷移金
属の中で最も高い地殻埋蔵量を有する鉄に着目した触媒開発に取り組んできた。鉄は安定供給が可能であるだけでなく，毒性が極めて低いという特徴を有する。このような背景から，我々の研究グループでは，鉄触媒クロスカップリング反応の開発に取り組んできた。
本課題では，鉄触媒によるハロアルカンカップリング反応の反応機構を大規模 DFT 計算によって精査した。その結果，左下図に示すような，アルキルラジカル中間体の発生と金属ラジカル
中心への結合を経由する，炭素−炭素結合生成段階の分子構造とエネルギーを明らかにすることができた。これによって右下図に示す，触媒サイクルを示す事ができ，これによってさらなる触媒開発・反応設計が可能となろう。京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを用いることにより，迅速な計算機化学的な検討ができた。この成果を報告すると共に謝意を表する。

発表論文（謝辞あり）“A DFT Study on FeI/FeII/FeIII Mechanism of the Cross-Coupling between Haloalkane and Aryl
Grignard Reagent Catalyzed by Iron-SciOPP Complexes”
Sharma, A. K.; Nakamura, M. Molecules 2020 25, 3612

12

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
機能性高分子合成を指向した遷移金属錯体触媒の開発

Development of Transition Metal Catalysts for Synthesis of Functional Polymers
京都大学化学研究所 附属元素科学国際研究センター

脇岡 正幸

研究成果概要ドナー・アクセプター型交互共重合体(DA ポリマー)は、有機薄膜太陽電池(OPV)の半導体材料として優れた特性を示す。我々は、P(2-MeOC6H4)3(L1)の hemilabile な配位子特性を利用して直接的アリール化重合(DArP)に高性能なパラジウム触媒が調製できることを見出し、様々な DA ポリマーを簡便かつ高精度に合成できることを示してきた。
特に、配位子 L1 に TMEDA を組み合わせた混合配位子触媒を開発し、C–H 結合活性化
を素反応とする DArP が抱えていたポリマーの分岐・架橋・不溶化の問題を劇的に改善できることを明らかにした。本研究では、混合配位子触媒を用いることにより、ベンゾ
ジチオフェンの 4 位と 8 位にチエニル基を有するベンゾジチオフェンをドナー単位とする DA ポリマーの DArP 合成について検討した(下式)。
下式にしたがって DArP 合成を行った結果、不溶化物の副生を伴うことなく、目的とする P1 が高収率で得られた。また、比較のため、文献に従って右田−Stille 型クロスカ
ップリング重合を行ったところ、DArP 生成物と同等の分子量を有するポリマーが得られた(P1Stille: Mn = 32,100 (PDI = 2.2))。
次に、1H NMR により二種類のポリマーの構造を解析したところ、合成法によって構造が大きく異なることが分かった。すなわち、DArP 生成物は高度に構造制御されているのに対し(ホモカップリング欠陥 2.0%)、Stille 生成物には相当量のホモカップリング
欠陥(14.8%)が含まれていることが分かった。続いて、二種類のポリマーの物性と材料特性を調べた。その結果、構造に大きな差があるにも関わらず、二種類のポリマーは同等の光学的および電気化学的性質を示した。それらの性質に及ぼす構造欠陥の影響が極めて小さいことは、モデル分子を用いた DFT 計算によっても再現された。また、ITICを組み合わせて、BHJ 型 OPV を作製して評価したところ、同程度の光電変換効率(PCE)を示すことがわかった(P1: 9.5 ± 0.3%, P1Stille: 9.5 ± 0.1%)。
SiPr3

SiPr3

S
N

R
N

S
N

S
Br + H

Br
S

S

S
F

(R = 2-hexyldecyl)FH

Pd2(dba)3·CHCl3 (1 mol%)P(2-MeOC6H4)3 (L1; 4 mol%)
TMEDA (10 mol%)
Cs2CO3 (3 equiv)
t-BuCO2H (1 equiv)
toluene, 100 °C

N

R
N

N

S
S

S

S
F

S

S

SiPr3

SiPr3

n

F

P1
89% yield
Mn = 31,500 (PDI = 4.1)

発表論文（謝辞あり）
Wakioka, M.; Torii, N.; Satio, M.; Osaka, I.; Ozawa, F. ACS Appl. Polym. Mater. 2021, ASAP
(DOI: 10.1021/acsapm.0c01163)

13

令和 ２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
生物情報ネットワークの解析と制御
Analysis and Control of Biological Information Networks
京都大学化学研究所数理生物情報研究領域

阿久津 達也

研究成果概要生物情報ネットワークの解析について、ブーリアンネットワーク（BN）とスケールフリーネットワ
ークいう数理モデルを主対象にこれまでの研究を継続・発展させた。
線形閾値関数に基づく階層型ニューラルネットワークは、ブール関数を線形閾値関数に制約した BN の部分クラスと解釈することができ、その計算能力などについてこれまで数多くの研究が行われてきた。今年度はシグモイド関数を閾値関数としてデータからパラメータを学習したニューラルネットワークから、ブール関数の形式で知識を抽出する方法を開発した。なお、シグモイド関数は線形閾値関数を連続関数で近似したものと考えられる。具体的には、閾値
関数が多数決関数および nested canalyzing と呼ばれるブール関数に相当する場合に、そこから効率的かつ正確にそれらの形式で関数を効率的に抽出するアルゴリズムを開発し、さらに、それらを組み合わせることにより学習ずみのニューラルネットワークからブール関数の形式で知識を抽出する手法を開発した。そして計算機実験により既存の知識抽出手法と比較し、より簡潔な表現が得られる場合が多いことなどを示した[1]。
スケールフリーネットワークは次数分布がべき乗則にほぼ従うネットワークのことで、多くの生物情報ネットワークがこの性質を持つとされている。このスケールフリーネットワークに関して、
我々が近年発展させてきた最小支配集合（MDS)を用いたネットワーク制御手法の改良と応用を行った。以前の研究で確率的に辺が故障（利用不可となる）するようなネットワークに対して確率的最小支配集合（PMDS）を定義し、その計算手法やサイズの解析を行ったが、今年度は PMDS に必ず含まれる頂点、必ず含まれない頂点などを同定するための計算手法の高速化を試みた。具体的には、前処理により比較的単純な規則でそれらの頂点の一部分を同定し、残りの頂点については以前に開発した整数計画法に基づく方法を用いて分類するという手法を開発した。これを動的に変化する神経系の複雑ネットワーク解析に適用した。有効性などについては現在、検討中となっている。
発表論文（謝辞なし）[1] P. Liu, A. A. Melkman, T. Akutsu, Extracting boolean and probabilistic rules from trainedneural networks, Neural Networks, 126, 300-311, 2020.

14令和2年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
数理モデルによる生体ネットワーク制御手法の開発

Developing control methods for biological networks on mathematical models
京都大学 化学研究所 数理生物情報田村 武幸

研究成果概要細胞内には様々な化合物が存在し、互いに化学反応を繰り返すことにより生命活動が維持される。これらの化合物と反応の関係は代謝ネットワークにより表現される。この時、反応の触媒として機能するのが、遺伝子から作られた酵素と呼ばれるタンパク質である。代謝ネットワーク
も下図のようなブーリアンモデルで記述することが可能である。 は反応、 は化合物を表すノードである。例えば反応は化合物と から化合物 と を生成する。よって反応 が起こるための条件は ∧ と表せる。一方、化合物 は反応 と から生成されるので、化合物 の生成条件は ∨ と表せる。このように代謝ネットワークは反応を∧、化合物を∨のノードで表現した否定を含まない二部グラフで表現できる。

ブーリアンモデルの代謝ネットワークにおいては各ノードに０か１が割り当てられる。化合物に１が割り当てられれば、その化合物は生成可能あるいは存在するということを意味し、０が割り当てられれば、その化合物は生成不可能あるいは存在しないということを意味する。一方で反応に１が割り当てられれば、その反応はおこることができることを意味し、０が割り当てられれば、その反応はおこることができないことを意味する。
本研究では、ブーリアンモデルに加えて流束均衡モデルでも、ネットワークを制御する手法の計算を行っている。

15令和２年度 京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
化学生命科学研究領域の研究報告
Research Achievement of the Laboratory of Chemical Life Science
京都大学化学研究所化学生命科学研究領域 緒方 博之
研究成果概要京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用して、巨大ウイルスのゲノム・メタ
ゲノム解析行うと同時に、微生物生態学関連のバイオインフォマティクス研究を行った。
具体的には下記を実施した。
（１）メドゥーサウイルス・ステンノのゲノム解析（張瑞軒、キンバリー・ガルシア）、東京理科大との共同研究によるメドゥーサウイルス・メドゥーサのトランスクリプトーム解析（張瑞軒）、ベルゲン
大学の Ruth-Anne Sanndaa、仏国 CEA の Romain Blanc-Mathieu と共同研究で、ハプト藻に感染する巨大ウイルス PkV RF01 のゲノム解析（伴広輝）、マルセイユウイルスのゲノム組換（キンバリー・ガルシア）など、巨大ウイルスのゲノム、感染戦略に関する研究、（２）生物炭素ポン
プと真核ウイルスの関係精査（Roman Blanc-Mathieu、金子博人、遠藤寿）、（３）京都大学農学研究科、高知大学との共同研究による、メガウイルス科ウイルスの多様性及び生物地理・環境動態の解析（Florian Prodinger、夏駿）、北極圏における真核生物と巨大ウイルスの生物地理（遠藤寿、夏駿）、（４）仏国 CNRS Samuel Chaffron、国 CEA の Romain Blanc-Mathieu との共同で、巨大ウイルスの宿主予測法の精度の検証（孟令傑、方悦）、（５）仏国 CNRS Tom
Delmont との共同で巨大ウイルス環境ゲノム中の新規遺伝子探索、特に巨大ウイルス由来のミ
オシン遺伝子の系統解析（木島壮一朗）、（６）ウイルス－宿主データベースの開発（朱梦迪）、（７）珪藻、パルマ叢のゲノム解析（伴広輝）、（８）リモートセンシングデータからの海洋微生物
群集構造の予測法開発（金子博人）、（９）近畿大学との共同により、ガンキリンが腸内細菌叢に及ぼす影響の評価（西山拓輝）、潰瘍性大腸炎患者の抗 TNF-α 療法後の長期寛解と腸内細菌叢の関連解析（西山拓輝）、irAE の疾患者の腸内細菌叢の解析（橋本謙太郎、西山拓輝）。
発表論文（謝辞あり）[1] Sakurai T., Nishiyama H., Sakai K., De Velasco M.A., Nagai T., Komeda Y., Kashida H.,
Okada A., Kawai I., Nishio K., Ogata H., Kudo M. Mucosal microbiota and gene
expression are associated with long-term remission after discontinuation of adalimumab inulcerative colitis. Sci. Rep., 10, 19186 (2020).
[2] Nishiyama H., Endo H., Blanc-Mathieu R., Ogata H. Ecological structuring of temperatebacteriophages in the inflammatory bowel disease-affected gut. Microorganisms, 8, E1663

16

(2020).
[3] Endo H., Blanc-Mathieu R., Li Y., Salazar G, Henry N., Labadie K., de Vargas C., Sullivan
M.B., Bowler C., Wincker P., Karp-Boss L., Sunagawa S., Ogata H. Biogeography ofmarine giant viruses reveals their interplay with eukaryotes and ecological functions. Nat.
Ecol. Evol., 4, 1639-1649 (2020).
[4] Miyazaki K., Watanabe H., Yoshikawa G., Chen K., Hidaka R., Aitani Y., Osawa K.,
Takeda R., Ochi Y., Tani-ichi S., Uehata T., Takeuchi O., Ikuta K., Ogawa S., Kondoh G.,
Lin Y.C., Ogata H., Miyazaki M. The transcription factor E2A activates multiple enhancers
that drive Rag expression in developing T and B cells. Sci. Immunol., 5, eabb1455 (2020).
[5] Tominaga K., Morimoto D., Nishimura Y., Ogata H., YoshidaT. In silico prediction ofvirus-host interactions for marine Bacteroidetes with the use of metagenome-assembled
genomes. Front. Microbiol., 11, 738 (2020).
[6] Prodinger F., Endo H., Gotoh Y., Li Y., Morimoto D., Omae K., Tominaga K.,
Blanc-Mathieu R., Takano Y., Hayashi T., Nagasaki K., Yoshida T., Ogata H. An optimized
metabarcoding method for Mimiviridae. Microorganisms, 8, E506 (2020).
[7] Sakurai T., Nishiyama H., Nagai T., Goto S., Ogata H., Kudo M. Deficiency of Gankyrin in
the small intestine is associated with augmented colitis accompanied by altered bacterial
composition of intestinal microbiota. BMC Gastroenterol., 20 12 (2020).
[8] Aramaki T., Blanc-Mathieu R., Endo H., Ohkubo K., Kanehisa M., Goto S., Ogata H.
KofamKOALA: KEGG ortholog assignment based on profile HMM and adaptive scorethreshold. Bioinformatics, 36, 2251-2252 (2020).
発表論文（謝辞なし）

17

令和 ２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

メタゲノム解析に基づく海洋微生物およびウイルスの生理生態の解明
Study on the physiology and ecology of marine microbes and viruses based on metagenomic
analysis
京都大学 化学研究所 化学生命科学研究領域

遠藤 寿

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、生体内あるいは環境中から取得したゲノムあるいはトランスクリプトーム情報の解析を実施した。
具体的な研究内容は下記の通りである。
•

海洋メタゲノム・メタトランスクリプトームデータを用いた微生物・ウイルス群集の動態解析、および環境パラメータとの相関解析。

•

青枯病菌を引き起こす細菌に感染するファージの全ゲノム解読。

•

海洋および塩水湖から単離した原生生物の全ゲノム解析。

•

アンプリコンシーケンスを用いた海洋植物プランクトン群集の生物地理に関する研究。

•

環境中のウイルスを網羅的に解析するための実験・バイオインフォマティクス手法の開発。

発表論文（謝辞あり）
1.

Kaneko H., Blanc-Mathieu R., Endo H., Chaffron S., Delmont TO., Gaia M., Henry N.,
Hernández-Velázquez R., Nguyen CH., Mamitsuka H., Forterre P., Jaillon O., de Varga C.,
Sullivan B., Suttle CA., Guidi L., Ogata H. Eukaryotic virus composition can predict theefficiency of carbon export in the global ocean. iScience, 24, 102002 (2021)

2.

Nishiyama H., Endo H., Blanc-Mathieu R., Ogata H. Ecological structuring of temperatebacteriophages in the inflammatory bowel disease-affected gut. Microorganisms, 8, E1663(2020).

3.

Endo H., Blanc-Mathieu R., Li Y., Salazar G, Henry N., Labadie K., de Vargas C., Sullivan
M.B., Bowler C., Wincker P., Karp-Boss L., Sunagawa S., Ogata H. Biogeography ofmarine giant viruses reveals their interplay with eukaryotes and ecological functions. Nat.
Ecol. Evol., 4, 1639-1649 (2020).

4.

Prodinger F., Endo H., Gotoh Y., Li Y., Morimoto D., Omae K., Tominaga K.,
Blanc-Mathieu R., Takano Y., Hayashi T., Nagasaki K., Yoshida T., Ogata H. An optimized
metabarcoding method for Mimiviridae. Microorganisms, 8, E506 (2020).

5.

Aramaki T., Blanc-Mathieu R., Endo H., Ohkubo K., Kanehisa M., Goto S., Ogata H.
KofamKOALA: KEGG ortholog assignment based on profile HMM and adaptive score18

threshold. Bioinformatics, 36, 2251-2252 (2020).
発表論文（謝辞なし）
1.

Kawasaki T., Endo H., Ogata H., Chatchawankanphanich O., Yamada T. The complete
genomic sequence of a novel myovirus RP13 infecting Ralstonia solanacearum, thecausative agent of bacterial wilt. Arch. Virol., 166, 651-654 (2021)

2.

Cheung S., Nitanai R., Tsurumoto C., Endo H, Nakaoka S., Cheah W., Lorda JF., Xia Z.,
Liu H., Suzuki K. Physical forcing controls the basin-scale occurrence of nitrogen-fixing
organisms

in

the

North

Pacific

doi.org/10.1029/2019GB006452 (2020)

19

Ocean.

GlobalBiogeochem.

Cy.,令和2年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
ウイルス－宿主データベースの入力
Virus-Host Database Curation

京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学 朱 梦迪

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、ウイルス－宿主
データベース Virus-Host DB（VHDB）の情報更新を行います。VHDB は、ウイルスと宿主の関係を、系統分類群を指定する TaxID（米 NCBI 系統生物分類 ID）の『ペア』として記載したデー
タベースです。
以前、ウイルス研究にとって欠かせないウイルス-宿主の分類学的情報データリソースが不十分でした。研究者はこのデータベースを利用することにより、ウイルス宿主のペア情報、ウイル
ス・生物種の学名や一般名を入手でき、他のデータベースとの相互参照ができます。
他のデータベースの更新に合わせて、2‐3 ヶ月毎に更新されています。
より正しい情報を研究者に提供するため、マニュアルキュレーションが行われています。

付表： 令和二年度マニュアルキュレーションによる更新件数
年月

ウイルス（単位：件）

配列 （単位：件）

2020 年

6月

38

54

7月

40

42

8月

19

27

9月

59

78

10 月

73

77

11 月

29

29

12 月

33

40

1月

87

139

378

486

2021 年
合 計20

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

溶原性ファージが炎症性腸疾患患者の腸内微生物群集において担う役割の解明
Analysis on the role of lysogenic phage in the intestinal microbiota ofinflammatory bowel disease patients京都大学 化学研究所 化学生命科学研究領域

西山拓輝

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、腸内メタゲノムの塩基配列データから微生物ゲノム配列を再構築し、ゲノム配列の比較により溶原性ファージを宿主細菌と関連付け、クローン病（CD）および潰瘍性大腸炎（UC）の病態における溶原性フ
ァージの役割について調べた。具体的には、まず The Inflammatory Bowel Disease Multi’
omics Database から CD 患者、UC 患者の腸内メタゲノムの塩基配列データを入手し、それらを繋ぎ合わせることで 17,536,516 のゲノム断片（コンティグ）を得た。次に、これらのコンティグの遺伝子組成を調べることで 50,624 個のウイルス領域を抽出し、配列類似性に基づいてこれらを種ごとにグループ化することで、17,331 個の viral operational taxonomy unit（OTU）を得た。
そして、これらの内、ウイルスインテグラーゼ遺伝子を持ち、且ついずれかのサンプルで 10 より高いファージ対宿主比を示した 1797 個の viral OTU のゲノム配列を、増殖能を保持した溶原性ファージとみなした。この後、これらの宿主推定のため、各コンティグを k-mer 頻度分布と各サンプルにおける頻度に基づいてグループ化することで得た 3133 個の細菌ドラフトゲノム（MAG クラスタ）のゲノム配列を viral OTU のゲノム配列と比較した。その結果、Actinobacteria
門、 Bacteroidetes 門、Firmicutes 門、Proteobacteria 門および、Verrucomicrobia 門（12 網、13目、28 科、63 属、101 種）における、広範囲な系統の腸内細菌が増殖能を保持した溶原性ファージに感染していることが判明した。さらに各サンプル間で溶原性ファージの群集組成を比較した結果、これらの群集組成は個人により大きく異なっていた。また、非 IBD 患者と比較して活動期の UC 患者で、腸内炎の抑制に有用な Bacteroides uniformis および B. thetaiotaomicronの頻度が有意に少なかったのに対し、それらに感染する溶原性ファージの頻度は有意に多かった。本研究ではインテグラーゼ遺伝子の有無やファージ対宿主比により増殖能を保持した
溶原性ファージに焦点を絞ったが、本研究で得た知見は今後、腸内細菌群集を介して溶原性ファージが IBD の発症および進行に与える影響の解明への糸口となると期待される。
発表論文（謝辞あり）[1] Nishiyama H, Endo H, Blanc-Mathieu R, Ogata H. Ecological Structuring of Temperate
Bacteriophages in the Inflammatory Bowel Disease-Affected Gut. Microorganisms. 2020 Oct
27;8(11):1663.
発表論文（謝辞なし）

21

令和 2 年度 京都⼤学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利⽤報告書
海洋微⽣物コミュニティにおける種間ネットワークの研究
Study on interspecific networks in marine microbial communities
京都⼤学化学研究所バイオインフォマティクスセンター 化学⽣命科学領域 ⾦⼦博⼈
研究成果概要本年度私は、メタオミクスデータを⽤いた海洋微⽣物の種間相互作⽤の解析を軸にして、スーパーコンピュータシステムを利⽤して以下の 2 つの仕事を⾏った。
1/ 地球規模のメタオミクスデータを⽤いた海洋ウイルスと炭素循環の関係の解析。
海洋表層に棲息するプランクトンの死骸は、凝集粒⼦（マリンスノー）の形で海洋表層から深層へと沈降する。この沈降輸送は「⽣物炭素ポンプ」と呼ばれ、⼤気中の CO2由来の炭素を海洋深層に隔離する働きを持っている。私たちは、昨年度に引き続き、国際海洋探査船タラ号により地球規模で採取された海⽔サンプル由来のメタゲノムやメ
タトランスクリプトームと、同時に測定された海中の炭素フラックスのデータを⽤いて、海洋ウイルスと⽣物炭素ポンプの効率の関係の解析を進めた。ここで⽤いたデータはテラバイトクラスの⼤規模なものであり、スーパーコンピュータシステムの⼤量演算性能を⼤いに活⽤した。その結果、海洋ウイルスの組成に基づく統計的予測モデルは⽣物炭素ポンプの効率を⾼精度で説明することを⾒出し、両者の相関関係を⽰すとともに、ある種の藻類や甲殻類に感染するウイルスが特に重要である可能性を指摘した。この成果
は、1 ⽉に iScience 誌に掲載された。
2/ 衛星データを⽤いた海洋微⽣物の種組成の予測技術の開発。タラ号のような海洋探査船を⽤いたサンプリングは、予算や⼈材の制約により定期的に⾏うことは難しく、利⽤できるサンプル数は限られている。⼀⽅で、地球観測衛星は地球全体の海洋の状態を常時観測しており、そのデータを⽤いた海洋微⽣物の種組成の予測が可能になれば、海洋微⽣物⽣態系の研究が⾶躍的に進むことが期待される。私たちは、これまで⼤量に蓄積されている衛星観測データと、タラ号により得られた地球規模のメタゲノムを組み合わせて、スーパーコンピュータシステムを活⽤して機械学習による解析を⾏い、予測技術の確⽴を⽬指している。
発表論⽂（謝辞あり）
Kaneko H., Blanc-Mathieu R., Endo H., Chaffron S., Delmont T.O., Gaia M., Henry N., HernándezVelázquez R., Nguyen C.H., Mamitsuka H., Forterre P., Jaillon O., de Vargas C., Sullivan M.B.,
Suttle C.A., Guidi L., Ogata H. Eukaryotic virus composition can predict the efficiency of carbon
export in the global ocean. iScience, 24, 102002 (2021).

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
パルマ藻・珪藻の比較ゲノム解析
Comparative gnome analysis of Parmales and Diatoms

京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学領域 伴 広輝
研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピューターシステムを利用し、パルマ藻と珪藻の比較ゲノム解析を行った。結果として、パルマ藻と珪藻の間では栄養獲得に関わる遺伝
子やケイ素や窒素といった元素の取り込み・代謝に関わる遺伝子の数について大きな差があることが明らかになった。さらに珪藻が多数持つことが報告されていた遺伝子グループの多様化が珪藻とパルマ藻の分岐の後に生じたことが確認されたほか、新たにパルマ藻で多様化している遺伝子群を明らかにすることができた。これらの成果は珪藻・パルマ藻の生態と進化過程について新たな知見をもたらすものである。
本研究において、複数のパルマ藻のゲノムのアセンブリやタンパク質のアノテーション、分子系統解析などを本システムのソフトウェアを用いて行った。また本システムの計算資源を利用して自身で作成したスクリプトを実行した。

発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）

23

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
バイオインフォマティクスによる微生物学・進化学の研究

Research for microbiology and evolutionay study with bioinformatics
京都大学 化学研究所 化学生命科学研究領域

木島 壮一朗

研究成果概要
Nucleocytoplasmic large DNA virus (NCLDV)は、その名が示す通り巨大なウイルスである。その大きさゆえに、NCLDV はウイルス粒子内部に多くの遺伝物質（遺伝子）を格納することができる。こうした遺伝子の中には、他のウイルスでは見られない遺伝子も見出される。そして、こうした NCLDV 固有の遺伝子は、他のウイルスでは見られない NCLDV 特有のウイルス-宿主間相互作用を示唆している。
我々は、NCLDV の環境メタゲノムからミオシン遺伝子を発見した。環境メタゲノムとは、海水などの環境サンプルから得られた微生物由来の DNA から、次世代シーケンサーにより得たゲノ
ムデータである。単離された生物から得られたゲノムデータではないため、生物種を特定する
ためには生物種記載済みのリファレンス配列とともに系統樹を作成して系統位置を調べる必要がある。
はじめに、どの科の NCLDV がミオシンをコードしているかを調べるために、NCLDV の DNA
ポリメラーゼ ファミリーB (PolB)の系統樹を作成した。この系統樹において、ミオシンを持つ
NCLDV はミミビリダエ科のクレードに幅広く多系統に分布していた。このことから、ミオシンを持つ NCLDV はミミビリダエ科であり、NCLDV のミオシンは複数回独立に水平伝播により獲得されたものであると考えられた。
次に、NCLDV がどの生物からミオシンを獲得したかを調べるために、幅広い生物種のミオシ
ンと NCLDV のミオシンからなる系統樹を作成した。この系統樹によると、NCLDV のミオシンはストラメノパイルから伝播したことが分かった。さらに、この系統樹において、NCLDV のミオシンは単系統であった。これは、PolB の系統樹においてミオシンを持つ NCLDV が多系統である
ことに反するように思われた。
PolB の系統とミオシン遺伝子の系統の相違を明らかにするために、NCLDV のミオシンの系統
樹と、ミオシンを持つ NCLDV の PolB の系統樹のトポロジーを比較した。これら二つの系統樹のトポロジーが大きく異なることが明らかになり、次の進化シナリオの着想を得た。ミミビリダエの祖先が、宿主であるストラメノパイルに属する真核微生物からミオシン遺伝子を水平伝播で獲得した。そして、その獲得されたミオシン遺伝子は子孫ウイルスへと垂直伝播していくとともに、ウイルス間の遺伝子水平伝播により系統的に離れた他のミミビリダエにも伝播していった。
最後に、NCLDV のミオシンの、宿主の生体内での役割を推定するための解析を行った。ミオ
シンを持つミミビリダエは、ミオシンを持たないミミビリダエと比べて、キネシンを持つものの割合が有意に高いことが明らかになった。キネシンは微小管上を細胞の外側に向かって物質を輸送するタンパク質である。一方、非筋細胞のミオシンの一部は、アクチンに沿って物質輸送を24

行う。微小管は細胞の核周辺から細胞の外側に向かって伸びており、アクチンは細胞周縁部に分布していることから、次のような仮説を立てた。核周辺で組み立てられた NCLDV 粒子はキネシンによって微小管に沿って細胞周縁部付近まで輸送される。次に、ミオシンによってアクチン上を輸送されることにより細胞膜直下まで運ばれ、最後に、NCLDV 粒子は細胞外へと放出される。

25令和２年度 京都大学化学研究所

スーパーコンピュータシステム

利用報告書

Medusavirus トランスクリプトーム解析
Medusavirus Transcriptome Analysis
京都大学化学研究所

バイオインフォマティクスセンター

化学生命科学 緒方研
Zhang Ruixuan

研究成果概要During the last year, by using SuperComputer System, I mainly did transcriptome analysis of
medusavirus and genome annotation of medusavirus stheno. In the first study, I quantified gene
expression activity and then cluster them together. Based on clusters, I summarized their function andpredicted their subcellular location. Putative motifs leading viral genes were also found. In the future,
I will focus on host gene alteration during the infection.
In the second study, we did the annotation of newly isolated medusavirus stheno. This result has been
published in Microbiology Resource Annoucements.
発表論文(謝辞あり)
Yoshida, Koki, et al. "Draft Genome Sequence of Medusavirus Stheno, Isolated from the Tatakai
River of Uji, Japan." Microbiology Resource Announcements 10.1 (2021).

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
Comparing Mimiviridae communities using meta-barcoding
during a red tide period in an enclosed bay

京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学領域

Xia Jun

研究成果概要This study is using the supercomputer of Institute for Chemical Research, Kyoto University, todo an analysis for comparing Mimiviridae communities during a red tide period in an enclosed
bay, west Japan.
“Mimiviridae” is a proposed family of giant viruses infecting unicellular eukaryotes. They
are very abundant and ubiquitous in the sea water and affect marine microbial community by
their lytic infection cycle. However, only a few Mimiviridae members have been explored in themarine environments, and their ecological roles in marine ecosystems remains unknow.
For studying the differences of Mimiviridae community in two different kind of water,
surface sea water samples (0.22-3 µm) were collected from an enclosed bay (Uranouchi Inret,Kochi) during a red tide period. A set of degenerated primers (called “MEGAPRIMER”), whichtarget family B DNA polymerase genes of Mimiviridae, was used to assess the composition ofMimiviridae community. Bioinformatic analysis was applied after sequencing. As a result,hundreds of operational taxonomic units (OTUs) were identified in each sample. When wecompared the Mimiviridae structures between within and without red-tide waters, there was aclear difference between these two samples in a community variation analysis. The difference
was also visible in dominant OTU proportions between the two types of samples. Phylogenetic
analysis based on a maximum-likelihood method showed that almost all of the OTUs belong to
unknown Mimiviridae branches. Future study will mainly focus on the host-virus interactions
and the relationship between viral community and environmental factors, that may reveal
ecological functions of Mimiviridae in a coastal ecosystem.

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
巨大ウイルスの進化過程に関する研究
Analysis of the evolution of giant viruses

京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学領域

張 利雯

研究成果概要Used R , python , jupyter notebook , etc,to practice how to analysis the genetic files.
Learned how to conduct the OTU table from the metagenome sequencing files. We used
cd-hit to cluster, and did alignment against silva database to annotate the otus we got. Next, we used
the python package , pandas , to calculate the frequency of each otu . And we can use the R package ,vegan , to calculate Bary-curtis dissimilarity and apply multidimensional scaling method using
the Bary-curtis dissimilarity as the distance matrix. Then plotted a
2d-dimensional distance map to show the beta-diversity between samples.
I’m in the process of learning machine learning , so basically what I do everyday isusing these biological tools to solve some problems for my further study.
For my main research – analysis of the evolution of giant viruses. I’m going to dosampling at serval sea spots, and sequencing. Then analyze the sequences I got. Maybe I
will do genome mapping and alignments , try to find out the genetic interactions between thegiant viruses and their hosts and explain why the genome size of giant viruses are so large,
and how it become so large.

発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
位置選択的反応の開発及び新規不斉反応の開発
京都大学 化学研究所 精密有機合成

森崎 一宏

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、当研究室で見出している不斉記憶型 enantiodivergent 環化の反応機構解析を行った。
当研究室で見出されている不斉記憶型 enantiodivergent 環化(JACS 2006, 128, 15394)は天然に豊富に存在する L-アミノ酸の誘導体から、医薬化学において重要な不斉四置換炭素含
有環状アミノ酸の両エナンチオマーを、外部不斉源を用いることなく条件を変えるのみで合成可能である。しかし、その特異な立体選択性発現機構は不明瞭であったため、計算化学による反応機構解析を行った。
立体選択性発現段階であるα位脱プロトンの遷移状態を網羅的に探索した。立体保持の環化体を与える条件である KHMDS/DMF の条件では、K カチオンが DMF で溶媒和された
separated ion pair による脱プロトンが進行すること、立体反転の環化体を与える条件である
LiTMP/THF の条件では基質の窒素上カルボニルのみが Li に配位した遷移状態から脱プロトンが進行することが示唆された。

発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
多官能基性化合物の位置選択的分子変換

Site-Selective Molecular Transformation of Multi-Functionalized Compounds
京都大学化学研究所 精密有機合成化学研究領域

上田 善弘

研究成果概要窒素官能基は医薬品の生物活性や機能性材料の機能発現に関わる重要な官能基である。
近年、最も直接的な窒素官能基導入法として、C-H アミノ化反応が活発に研究されている。ロジウムナイトレン錯体は C(sp3)-H 結合に対して高い挿入活性を有しており、これによってこれまでにベンジル位やアリル位、酸素原子 α 位 C-H 結合及び第三級 C-H 結合等の電子豊富な C(sp3)-H 結合が、分子間反応においても選択的に C-N 結合へと変換可能と報告されている。本研究ではシリル基の立体電子効果に着目し、ケイ素原子 β 位の C(sp3)-H 結合が分子間反応においても選択的にアミノ化可能と考え検討を行った。その結果、ケイ素原子 β 位の第一級 C(sp3)-H 結合やシラシクロアルカンの β 位第二級 C(sp3)-H 結合が高い反応性を有しており、β-アミノ化体 2 や 4 が単一の位置異性体として得られることがわかった (Figure 1a)。ケイ素
原子を炭素原子に置換した化合物で(a)

は反応は全く進行しなかったことから、

R3Si

ケイ素原子の β 効果が反応の成否の%鍵であることが示唆された。そこで、

1

Rh2(OAc)4 を触媒モデルとして、ジメチ%

ルシラシクロアルカン及びジメチルシク
ロペンタンの C(sp3)-H アミノ化段階の

R3Si

&

R2Si

1°

Rh2(tpa)4
TrocNHOTs
K2CO3

H
&
n

2

!C-Si → !*C-H

°H

R3Si

!C-Si → !*C-H

ネルギーの差は両遷移状態の活性化

4.07 kcal/mol
MeMe(Figure 1b)。以上の結果から、シリル基の β 効果を利用した分子間位置選択
的 C-H アミノ化反応を初めて報告することができた。

NHTrocn4 (n=1-3)(b)

子供与能を示しており、この安定化エ
自由エネルギー差と良い相関を示した

&

R2Si

H
β-silicon effect

状態構造の NBO 解析を行ったところ、
C-C 結合に比べて C-Si 結合が高い電NHTroc23 (n=1-3)遷移状態を導出した。それぞれの遷移

&

OO OO
Rh

Rh

O O OOMeMe!C-C → !*C-H

MeSi

2.12 kcal/mol
Me

Me

H

C
vs

N
Troc

Me

H
(AcO)4Rh2 N

Troc

Figure 1 (a) Dirhodium-catalyzed site-selective β-C(sp3)-H amination .
(b) NBO analysis in transition state structures.

発表論文（謝辞あり）
R. Ninomiya, K. Arai, G. Chen, K. Morisaki, T. Kawabata, Y. Ueda, Chem. Commun. 2020, 56,
5759–5762.

30

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令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
海洋微生物におけるウイルス誘導 HGT の存在と効果
The existence and effects of virus-induced HGT in marine microbes

京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学領域

呉君毅

研究成果概要研究生なので、研究はまだ始まってない。京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステ
ムを利用し、研究室内部の python 宿題を完成しました。今後は、京都大学化学研究所スーパ
ーコンピュータシステムを利用し、メタゲノムデータを分析して、海洋微生物におけるウイルス
誘導 HGT の存在を確かめたいです。

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
海洋ウイルスの群集分析
Analysis of the marine virus community

京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学領域
CHEN JINGJIE
研究成果概要For these days, I mainly used the Supercomputer system for practicing Python, R language
and tried to complete some small projects such as analysis of KEGG GENOME database andcreate the DBGET/BLAST database. I will continue the practice and tried more complicatedprojects using Supercomputer system in the following days.

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
湖沼に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析
Metagenomics of prokaryotes and viruses in freshwater systems
京都大学 化学研究所 化学生命科学研究領域 岡崎 友輔

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、湖沼に生息する細菌およびウイルスのメタゲノム解析を行っている。今年度は主に、琵琶湖沖において 2 水深、12 カ月にわたり採集した原核生物画分の 24 サンプルについて、ショートリードおよびロングリードシーケンサーを併用したハイブリッドメタゲノム解析を実施した。まずロングリードを Flye ま
たは Raven でアセンブリし、Racon および Medaka を用いたロングリードベースでのエラー補正、次いで pilon および Racon を用いたショートリードベースでのエラー補正を行った。得られたコ
ンティグは MetaBAT または MaxBin を用いてビニングし、metagenome assembled genome(MAG)を得た。それぞれのアセンブラ・ビニングソフトで得られた MAG を fastANI を用いて塩基配列相同性に基づいてクラスタリングし、quickmerge を用いて統合することで冗長性を取り除いた。さらに異なるサンプルで得られた MAG 間にも同様の手法を適用し、24 サンプル間での冗長性も取り除き、最終的に 4648 個の MAG が得られた。これらの MAG に元のシーケンス
リードをマッピングしたところ、8 割以上のリードが張り付いたことから、得られた MAG はサンプル中の生物多様性をおおむね網羅していることが示された。さらに得られた MAG のうち 303
個が高品質(completeness>90%, contamination<5%)の細菌ゲノムであり、そのうちの 106 個はコンティグ数 10 個以下、31 個は単一のコンティグにアセンブルされた細菌ゲノムであった。一方で、completeness が低い MAG を精査すると巨大核質 DNA ウイルス（NCLDV）や、jumbo
phage 等のウイルスゲノムが多数含まれており、これらの多くは 100 kb を超える長さにも関わらず、1～数本のコンティグにアセンブルされていた。総じて、従来のショートリードメタゲノム解析
では得られなかった高品質のゲノム情報が得られ、環境微生物・ウイルスのゲノム解析におけるハイブリッドメタゲノム解析の有効性を示すことができた。今後は、得られた高品質なデータを用いて、従来法ではアプローチできなかった、環境中の未培養細菌・ウイルスを対象としたゲノムの微小多様性（Microdiversity）の解明を進める計画である。

発表論文
なし

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令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
ナノ炭素材料の理論的研究
Theoretical study of nanocarbon materials
京都大学エネルギー理工学研究所

エネルギー利用過程研究部門
分子ナノ工学研究分野

小島崇寛

ナノ炭素細線物質であるグラフェンナノリボン(GNR)は、分子幅・炭素骨格に依存した物性を有し、優れた電子・磁気特性を示す次世代型の高機能材料として期待されている。極細分子幅・エッジ構造を制御して GNR を作り分ける合成法として、我々は 2 ゾ
ーン気相成長 (2Z-CVD) 法を開発した。2Z-CVD 法により GNR を高効率合成すること
でボトムアップ型 GNR 薄膜の単離が可能となり、実験的な物性計測に成功している。
[1] また、我々は新規に開発した Z 型前駆体分子を用いることでアセン型 GNR の表面合成に成功している。[2] 今回我々は２Z-CVD 法で合成した高密度自己組織化アセン型
GNR の分子間反応により、規則的空孔を有する２D ネットワーク、グラフェンナノリ
ボンネットワークの合成を行い、走査トンネル顕微鏡を用いてその構造の直接観察に成功した。この材料は従来のグラフェンに対して、電気伝導度を保ちつつ、規則的空孔による効果的なフォノンの散乱により、熱伝導性を低く抑えられることが理論的に予想された。膜に垂直方向の電気伝導度が 188 Sm-1 と高いにもかかわらず、熱電導度は 0.11
Wm-1K-1 と低く、この材料が熱電材料として有用であることを明らかにした。[3] これらの研究で、Z 型分子の反応メカニズムを明らかにするため、Z 型分子の金属基板上での吸着構造に着目して Materials Studio の吸着シミュレーション、QM/MM 計算を行った。計算より、
金（１１１）上に吸着した Z 型分子はアキラルからキラル構造に変形して、重合反応に最適な構造となることが明らかとなった。この吸着構造が GNR の前駆体高分子形成に大きく影響していることが示唆される。この結果を基に新たな GNR 合成のための分子デザインに反映させていく予定である。
Ref.
[1] Width‐Controlled Sub‐Nanometer Graphene Nanoribbon Films Synthesized by Radical‐
Polymerized Chemical Vapor Deposition, Adv. Mater., 2014, 26, 4134.
[2] Homochiral polymerization-driven selective growth of graphene nanoribbons,
H. Sakaguchi, S. Song, T. Kojima, T. Nakae, Nat. Chem., 2017, 9(1), 57-63.
[3] Bottom-Up On-Surface Synthesis of Two-Dimensional Graphene Nanoribbon Networks andTheir Thermoelectric Properties, Chem. Asian J., 2019, 14,4400-4407.

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
SSE に伴う海面地殻変動の推定
An estimation of seafloor crustal deformation with SSE

京都大学 理学研究科 地球惑星科学専攻 地球物理学分野

井上智裕

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、海面気圧、海上
風ベクトルを駆動力とした全球の地球物理学モデル(Inazu et al., 2012)を計算し、海底圧力計に含まれる海洋起源の非潮汐成分を計算した。本研究では、海底圧力計に含まれる地殻変動（SSE）成分と海洋起源成分を分離することで、地殻変動成分を精度よく推定することを目的としている。地殻変動を推定するための手法として、(i)地球物理学モデルの計算結果から得られる非潮汐成分を除去する、(ii)海底圧力の観測点間の差分をとる、が提案されている。(i)において、依然として水圧記録に含まれる地殻変動成分ではない成分の変動が大きいため、地殻変動を精度よく求めることは難しい(e.g., Muramoto et al., 2019)。本研究では、(ii)を用いて、ニュージーランドヒクランギ沈み込み帯における地殻変動の推定精度向上に大きく寄与した(Inoue et al., in revision)。今後、(i)(ii)を組み合わせた手法によって地殻変動を推定する予定
である。

参考文献
Inazu, D., Hino, R., & Fujimoto, H. (2012). A global barotropic ocean model driven by synoptic
atmospheric disturbances for detecting seafloor vertical displacements from in situ ocean
bottom pressure measurements. Marine Geophysical Research, 33(2), 127–148.
https://doi.org/10.1007/s11001-012-9151-7
Muramoto, T., Ito, Y., Inazu, D., Wallace, L. M., Hino, R., Suzuki, S., et al. (2019). Seafloor
Crustal Deformation on Ocean Bottom Pressure Records With Nontidal Variability
Corrections: Application to Hikurangi Margin, New Zealand. Geophysical Research
Letters, 46(1), 303–310. https://doi.org/10.1029/2018GL080830

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令和 ２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
蛍光性核酸の開発と応用
Devleopment and application of fluorescent nucleoside

Chemical Biology Lab, Faculty of Chemistry, Graduate of Science, Kyoto University
YUM JI HYE (ヨム ジヘ)
研究成果概要In the present study, we utilized the supercomputer system in Chemistry Research Institute,
Kyoto University to perform DFT calculation for developing new fluorescent nucleoside. We
mainly operated Guassian 16W software pack for the DFT and TD-DFT calculation in very highconvergence level (1.0X10-6) supported by supercomputer system (Figure 1). Due theimportance of the fluorescence small molecules applying for in vivo imaging and detection,
numerous fluorescent dyes and molecules have been designed and synthesized. Among them,
the utility of fluorescent nucleosides is amplified when incorporated sequence-specifically into
programmable DNA/RNA oligonucleotides. Because of their stable orientations, and minimal
disturbance of native DNA folding and interactions, emissive isomorphic nucleoside analogues
are versatile tools for the accurate analysis of DNA structural heterogeneity. We report on abifunctional

trifluoromethylphenylpyrrolocytidine

derivative(FPdC)

thatdisplaysanunprecedented quantum yield and highly sensitive 19F NMR signal. This is the first report of acytosine-based dual-purpose probe that can be used for both fluorescence and 19F NMR
spectroscopy. The synthesis and characterization of FPdC and FPdC-containing DNA are
described.

Figure 1. DFT calculation results of newly developed fluorescent nucleoside
発表論文（謝辞なし）“Synthesis and Application of 19F-labeled Fluorescent Nucleoside as a Dual-mode Probe for
I-motif DNAs”, RSC Chem. Biol. under revision.

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
典型元素を活用した有機合成法の創出

Development of Molecular Transformation by means of Typical Elements
京都大学大学院 理学研究科 化学専攻 有機化学研究室

下川 淳

研究成果概要ベンゼン環がらせん状に縮環した多環芳香族分子ヘリセンは、通常の平面芳香族化合物では発現しえない特徴的な物性や機能を示すことが知られている。中でもヘテロヘリセンは、ヘテロ環導入に起因する分子構造や電子状態への大きな摂動によって、物性や機能の新規発現や劇的な増強が期待される魅力的な合成標的である。そこで、新規ヘリセンの分子設計における指針となる、導入されるヘテロ原子と物性や構造の相関関係の理解が強く望まれる。しかし、適切な合成的アプロ―チの欠如により、大規模な系統的合成・物性検討例は限られていた。
今回我々は、所属研究室で開発されたビアリール合成反応と芳香環メタモルフォシス法に基づく、有機硫黄化合物の反応性を活用した合成戦略によって、4 種の異なる元素が置換したヘリセンの系統的不斉合成を達成した。さらに、実験と DFT 計算の両面から、環化反応の詳細な反応機構検討及び、生成物のヘリセンのらせん反転の活性化自由エネルギーの算出、各種光学物性の検討を行った。その結果、置換元素と炭素の共有結合長の伸長に伴い、らせん反転の活性化自由エネルギーが増加することが明らかになった。また蛍光量子収率やキラル光学特性は、埋め込み元素の種類に大きく依存し、特に窒素や酸素が置換したヘリセンが高い発光効率並びに CPL 特性を示すことが明らかになった。

R

O
S

O
S

X

R

Sulfur-based
cross-coupling

X = O
S

OH

Divergent and asymmetric synthesis of heterohelicenes

X

&

Y
HO
RS

OH
SR

Gram-scalediastereomeric resolutionYY
Y = NH, CR2

Systematic investigation of physical properties
structures, racemization dynamics, and (chir)optical properties

2

Endocyclic
atom-substitution
with chirality transfer

発表論文（謝辞あり）
T. Yanagi, T. Tanaka, H. Yorimitsu, “Asymmetric Systematic Synthesis, Structures, and(Chir)optical Properties of a Series of Dihetero[8]helicenes”, Chem. Sci. 2021, in press. (DOI:
10.1039/D1SC00044F)

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
ピレン骨格をもつ柔軟な光機能分子の電子構造と光物性の解明

Electronic structure and optical properties of flapping molecules bearing pyrene wings
京都大学大学院 理学研究科化学専攻 集合有機分子機能研究室

山角 拓也

研究成果概要独立した分子単位として力に応答して蛍光色変化を示すフォースプローブは、高分子鎖にかかる応力集中を分子レベルで解明する新たな技術として期待されている。当研究室では、張力により分子のコンフォメーションが V 字型から平面型になることで蛍光スペクトル変化を示す独自のフォースプローブ（FLAP）を開発している。
こうした FLAP のフォースプローブとしての機能は、共有結合の開裂ではなく分子のコンフォ
メーション変化に基づくため、破断応力の小さいゲルの局所応力解析にも利用できると期待される。しかし、従来のアントラセン骨格を基盤とした FLAP は、溶媒の存在下では励起状態で自発的に平面化して V 字型由来の蛍光帯が観測されないため、ゲル中では利用できなかった。この問題を解決するため最近溶媒存在下でも V 字型由来の蛍光帯を示すピレン型 FLAPを新たに開発することに成功した。蛍光スペクトル及び蛍光寿命測定の結果からピレン型
FLAP は、溶液中で励起状態(S1)において V 字型と平面型が平衡となっていると考えられる。
本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、ピレン型 FLAPの溶液中における励起状態構造変化の挙動を明らかにするため Gaussian 16 を使った
TD-DFT 計算を行った。汎関数および基底関数の条件検討の結果、PBE0/6-31+G(d)を用いた場合に、実験結果を概ね再現することが明らかとなった。

Figure. (a) Chemical structure of pyrene-based FLAP. (b) Excited-state energy diagram ofpyrene-based FLAP expected from fluorescence spectra. (c) Calculated excited-state energy
diagram of pyrene-based FLAP.

39令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
計算化学的手法による有機物・無機物の熱物性・輸送特性予測

Investigation of thermal and transport properties of organic and inorganic compounds
京都大学大学院工学研究科 機械理工学専攻 熱物理工学分野 松本充弘
研究成果概要本研究は，量子論的効果を考慮した分子モデルに基づき，さまざまな物質の凝縮相の性質（相変化挙動，輸送現象など）を分子シミュレーションにより評価することを目的としている．主として，密度汎関数法と強結合近似に基づくオープンソースパッケージの DFTB+ を利用しており，研究室所有の計算機や化研スパコン等に独自にインストールして計算を進めている．
今年度は，シリコン系半導体材料の物性評価や有機分子の化学反応機構の研究を実施した．その成果の一部は，国内学会や国際会議等で発表した．
１．SiC ナノチューブの電子物性評価 [1]：カーボ
ンナノチューブの電子物性については数多くの報告があるが，それ以外の半導体の１次元系ナノ材料については未解明の点が多い．SiC ナノチュー
ブをターゲットとして，そのサイズ（直径）やchirality が バ ン ド 構 造 に 与 え る 影 響 を 調 べ る（Fig. 1）とともに，側面への H 原子吸着によるフェルミレベル変化を詳細に調べた．
2. 超 臨 界 水 中 の セ ル ロ ー ス 加 水 分 解 の 機 構

Fig. 1: SiC ナノチューブのバンドギャップ[2]：木材などからセルロース
ナノファイバーを製造する際には，酸触媒による加水分
解や機械的な解繊が行われるが，新たな手法として超臨界水中での加水分解が提案

0.50 ps

0.750 ps

1.00 ps

Fig. 2: 臨界点近傍 (650K) の水中でのグリコシド結合開裂の例

されている．量子 MD 計算によりその反応機構を調べたところ，大きな運動エネルギーを持つ水分子が開裂部位に接近し，グリコシド結合の C 原子から電子を奪うことで反応が開始される（Fig. 2）ことを見出した．
発表論文（謝辞なし）[1] Q. Luo, M. Matsumoto, “Quantum simulation of SiC nanotubes,” 4th Int. Conf. Theoretical andApplied Nanoscience and Nanotechnology (Online, Nov. 2020), paper 134.
[2]

T. Oku, M. Matsumoto, “Hydrolysis of cellulose in supercritical water: Quantum simulation,” 4th Int.
Conf. Theoretical and Applied Nanoscience and Nanotechnology (Online, Nov. 2020), paper 132.

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京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

令和２年度

刺激応答性プローブの創製
Development of Stimuli-Responsive Probes
京都大学大学院工学研究科物質エネルギー化学専攻 三木康嗣
研究成果概要酵素応答性色素は、外部刺激が存在する時のみ発光するため、細胞中の酵素活性を追跡できる分子プローブとして注目されている。従来の分子設計では以下の問題点がある： (i) 酵
素応答性部位が発光団の近傍に位置し、酵素応答性が悪い、(ii) 酵素応答性を向上させる
自己犠牲リンカーを用いる場合、自己犠牲リンカーに由来する副生成物が発生する。本研究では、(a) 発光団から離れた位置に酵素基質を持ち酵素応答性が高い、(b) 酵素応答した後に発生する官能基が発光団を活性化する、という特徴を持つプローブ 1-C を開発した（Figure1a）。1-C がエステラーゼにより加水分解されるとカルボキシ基が生じ、これが消光基としてパイ共役系に付加しているメルカプト基を脱離させる活性化基として機能し、2-C が発光性の 2-Oへと変換される。ブタ肝臓由来エステラーゼの濃度依存的に発光強度が増加し、基質を含まない 3-C ではエステラーゼ応答性を持たない（Figure 1b）。1-C がヒト子宮頸がん細胞 HeLa
内のエステラーゼに応答することも確認した（Figure 1c）
。
(a)

活性化基

酵素基質

消光基の
脱離

esterase
消光基
1-C

2-C

fluorescence intensity (a.u.)

(b)

(c)

2-O
red channelbright field

5
4
3
3-C

1-C

2

1
0

0

15

30
45
time (min)60esterase (U/mL)
0.50
1.0
0.25
0
0.10
0.05
1.0 (3-C)

1-C
+
AEBSF

Figure 1. (a) Esterase-mediated transformation of 1-C to 2-C, followed by AiQd-based formation of 2-O.
(b) Time-dependent fluorescence intensity change at 670 nm (λex = 650 nm) of 1-C or 3-C (5.0 μM) with
0–1.0 U mL−1 Porcine liver esterase. (c) Confocal imaging of HeLa cells incubated with 1-C (1.0 μM) for
60 min (λex = 633 nm, λem = 647–759 nm). The cells for the negative control were pretreated with
AEBSF (inhibitor, 1.0 mM) for 30 min.

発表論文（謝辞あり）
M. Oe, K. Miki, K. Ohe, Org. Biomol. Chem. 2020, 18, 8620–8624.

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京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
層状アンチモン化合物の構造シミュレーション
Structure simulation of layered antimonides

京都大学大学院 工学研究科

物質エネルギー化学専攻 陰山研究室 新井一功

研究成果概要本研究ではスーパーコンピュータシステムを用いて、新規合成に成功した層状アンチモン化
合物における 3d 遷移金属とアンチモンの配列を、第一原理計算を用いてシミュレーションすること目的としている。
我々が合成した層状アンチモン化合物は 3d 遷移金属とアンチモンから成る正方格子を有しているが、構成する金属種によって秩序・無秩序が決定されることが判明した。具体的には、
Zr2ZnSb3 は秩序構造を有しているのに対し、Hf2ZnSb3 は無秩序構造を有している。しかし、実験的にこの違いの起源を明らかにすることは困難を極めており、そこで第一原理計算による理論からのアプローチを測った。
第一原理計算に用いるために Zr2ZnSb3 と Hf2ZnSb3 をそれぞれ秩序構造と無秩序構造のモデルを用意した。これらを Quantum Espresso を用いて第一原理計算を行い、全電子エネル
ギーを算出した。これら 2 つの化合物の秩序・無秩序モデル間に顕著なエネルギー差は見ら
れ ず、全電子エネルギー の観点から安定性を議論することは不可能で あっ た。 次に、LOBSTER を用いた結合の安定性から秩序・無秩序の優位性を議論することとした。Zn-Sb 結合が Sb-Sb 結合より強固であれば秩序相が優位であり、その逆は無秩序相が有利といえる。
LOBSTER から COHP を算出すると、Zr2ZnSb3 と Hf2ZnSb3 双方で、Sb-Sb 結合が Zn-Sb 結合が強固であることが判明した。COHP から秩序・無秩序相の優位性を議論することは不可能であった。
今後は、Zn 以外の 3d 遷移金属を含む化合物において上記の一連の計算を行い、系統的に秩序相・無秩序相の安定性の議論を行う。

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令和 ２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
可視光応答型光触媒を用いる高効率水分解システムの開発

Development of Efficient Water Splitting System by Using Visible Light Responsive
Photocatalyst
京都大学大学院工学研究科物質エネルギー化学専攻

鈴木 肇

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所
スーパーコンピュータシステムのCASTEP プログラム を利用し、水分解用可視光応答型光触媒である
Silleń−Aurivillius 型層状酸ハロゲン化物光触媒（(Bi2O2)2X(An−1MnO3n+1)）のバンド構造を明らかにした。我々はペロブスカイト層数の異なる 3 種類の
新 規 酸ハ ロゲ ン化物 光 触 媒
BaBi5Ti3O14Cl (n = 3), Ba2Bi5Ti4O17Cl(n = 4), Ba3Bi5Ti5O20Cl (n = 5)を合成し、これらが可視光二段階励起型水Figure 1 Crystal structures of Silleń−Aurivillius

分解システムの酸素生成用光触媒としphases with different number of perovskite layers (nて機能することを見出した（Figure 1）。

= 3, 4, 5)．

さらに、その活性はペロブスカイト層の層数が増加するにつれて向上した。活性向上の要因を検討するために、BaBi5Ti3O14Cl とBa3Bi5Ti5O20Cl について放射光 X 線回折から得られた結晶構造を基にバンド計算を行った。
それぞれの部分状態密度を描写すると、いずれの場合も価電子帯上端付近は主にペロブスカイト層の酸素で占められていた。一方で、伝導帯下端付近はフルオライト層のビスマスがバンド形成に大きく寄与していた。さらに、価電子帯上端付近の酸素の寄与を詳しく見てみると、ペロブスカイト層の中心からフルオライト層に向って寄与率が減少しており、ペロブスカイト層数の増加に伴って空間的に電荷分離が促進されることで光触媒活性が向上する可能性が示唆された。
発表論文（謝辞なし） Ozaki, D.; Suzuki, H.; Ogawa, K.; Sakamoto, R.; Inaguma, Y.;
Nakashima, K.; Tomita, O.; Kageyama, H.; Abe, R.: “Synthesis, band structure andphotocatalytic property of Sillén−Aurivillius oxychlorides BaBi5Ti3O14Cl, Ba2Bi5Ti4O17Cl andBa3Bi5Ti5O20Cl with triple-, quadruple- and quintuple-perovskite layers” J. Mater. Chem. A, in
press

43

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
有機電子機能性材料の素子形成と界面伝導特性評価
Functional organic electronic device formation andcharacterization of interfacial conductivity property
京都大学大学院 工学研究科 分子工学専攻 関研究室 筒井 祐介

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、計算化学統合
パッケージ Materials Studio を用いて、有機電子機能性材料の物性評価を理論的に行う予定である。
有機構成単位（例えば、芳香族アミンと芳香族アルデヒドなど）を拡張構造に共有結合した
多孔性共有結合有機骨格 (COF) は、その多孔質性に由来するガス吸着性や水素発生材料、
二次元無限共役構造およびパイ共役平面のスタックに由来する電気伝導性、開核分子の自由な組み込みにより磁気的性質などが期待されており、それら物理性質を理解するためには分子の結晶構造を知ることが重要である。現在のところ結晶性の高い COF の合成に成功しており、X 線回折測定において結晶性ピークを観測することができているが、ブロードピークのためその帰属は複雑であり、単結晶 X 線構造解析での解析も困難である。そこで、Materials
Studio に含まれる、DMol3, Forcite, Reflex Plus などを用いて、粉末回折の実験データから得られた回折パターンと理論計算で得られるシミュレーションを比較し、結晶構造の推測を行う予定である。これらの結果が、高機能性材料の模索に役立つことを期待する。

発表論文（謝辞あり）
なし

発表論文（謝辞なし）
なし

44令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
13 族元素含有有機金属錯体の特異な光学特性の機構解明

Investigation of optical properties of organometallic complexes containing group 13 elements
京都大学大学院 工学研究科 高分子化学専攻

伊藤 峻一郎研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、13 族元素を含有する金属錯体の光学特性について、量子化学計算を用いた解析を行ってきた。当研究室
ではこれまでに、13 族元素であるホウ素やガリウムなどを中心元素とする種々の錯体を合成し、それらの吸収・発光特性に関する評価を行ってきた。今回、それらの特性を評価するため、Gaussian 16 を用い、密度汎関数理論（DFT）計算並びに時間依存（TD-）DFT 計算を行った。
対象とする分子は Fig. 1 に示したアルミニウム
錯体（X = H）であり、真空中一分子を仮定した計算を行った。基底状態における構造最適化条件
として、遠距離相互作用を考慮した CAM-B3LYP
汎関数を用い、基底関数として 6-31+G(d,p)を採用した。続いて、得られた基底状態における最適化構造を用い、TD-DFT 計算によって一重項励

Fig. 1 Chemical structure of LAlH. (X = H,
Dipp = 2,6-diisopropylphenyl).

起状態における構造最適化を行った。得られたそれぞれの最適化構造は、振動計算によって対応するポテンシャルエネルギー曲面上の極小構造であることを確かめた。さらに、Franck-CondonHerzberg-Teller 法を用いて Huang–Rhys 因子を計算することにより、分子の振電相互作用の強さを見積もった。これらの結果より、分子の光化学過程に対して寄与の大きい基準振動モードは配位６員環の面外振動モードおよび芳香環の回転Fig. 2 Calculated Huang–Rhys factors for

振動モードであることを見出した。
これらの他に、ホウ素錯体やケイ素錯体を含有

LAlH.

する他の低分子・共役系高分子の吸収・発光特性の評価や予測についても検討した。
発表論文（謝辞あり）
Ito, S.; Tanaka, K.; Chujo, Y. Inorganics, 2019, 7, 100.
Kawano, Y.; Ito, Y.; Ito, S.; Tanaka, K.; Chujo, Y. Submitted.

45令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
吸着工学・乾燥工学等に関する分子論的検討

Theoretical Studies on Microscopic Problems in Separation Engineering and Drying
京都大学 大学院 工学研究科 化学工学専攻 分離工学分野

鈴木哲夫

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、吸着工学、乾燥工学、食品工学などの種々のプロセスに関連する物理化学的な諸問題を取り上げ、分子軌
道法や分子動力学法などの計算機化学的手法を用いて検討を行うことを目的としている。今
年度はアガロオリゴ糖の水和状態を分子動力学（MD）シミュレーションにより検討した。以下その概要を報告する。
糖鎖高分子であるアガロースは、寒天の主要成分であり、食品や電気泳動用支持体に用いられている。そのアガロースを低分子化して得られるアガロオリゴ糖は、抗炎症作用、発がん予防作用などの固有の性質が報告されており、機能性食品への応用が期待されるユニークなオリゴ糖である。本研究では、食品工学、生化学などで有用な基礎的知見を得ることを目的として、MD 計算を用いてアガロオリゴ糖の水和状態を調べた。比較のため、二糖類のマルトースとトレハロースについても同様の計算を実施した。
MD 計算には Amber18 を用いた。糖残基数 2 のアガロオリゴ糖と、マルトース、トレハロ
ースについて、糖 18 個、濃度 0.3, 0.6, 1.8 wt%の場合を取り上げた。基本セルに配置した水分子の個数は、濃度 0.3, 0.6, 1.8 wt%に対してそれぞれ 102600 個、51300 個、17100個だった。それらの基本セルを用いて、圧力 1 atm、温度 25, 50, 75°C の NPT アンサン
ブル MD 計算を行った。18 個の糖の会合状態について、任意の 2 つの糖の重心間距離などを調べ、糖の動的挙動について検討した。
検討例として、100 ns の期間において、水中に形成される糖クラスターに含まれる糖の個数（会合数）について調べた結果を述べる。なお 2 つの糖の重心間距離が 8 Å 以下である場合、それら 2 つは会合しているとみなして会合数を推算した。
アガロオリゴ糖濃度が 1.8 wt%の場合について、会合数の温度依存性を調べたところ、25℃ではほぼ常に会合数 18 個のクラスターが 1 個だけ形成されているが、温度が高くなるにつれて会合数が 17 個以下のクラスターが形成されるようになった。次に、25℃におけるアガロオリゴ糖の会合数の濃度依存性を調べたところ、濃度が低くなるにつれ会合数が減少し、特に 0.3 wt%では会合数 18 個のクラスターはほとんど形成されなかった。他の糖についても同様の温度依存性や濃度依存性が得られたが、糖による会合しやすさには違いがみられた。具体的には、アガロオリゴ糖は他の糖に比べ小さなクラスタを形成しやすかった。このような差が生じたのは、トレハロースとマルトースの OH 基の数は 8 個であるのに対し、アガロオリゴ糖の OH 基の数は 6 個で、他の糖より 2 個少ないことが大きく影響したと考えられる。

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令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

パラジウム触媒による分子間炭素-水素結合アリール化反応におけるカルボキシラト配位子の立体効果
Steric Effect of Carboxylate Ligands of the Palladium-Catalyzed Carbon-Hydrogen Bond
Arylation Reactions
京都大学 大学院工学研究科 物質エネルギー化学専攻 藤原 哲晶
研究成果概要
多くの有機分子に普遍的に含まれる炭素－水素 (C–H) 結合は，結合エネルギーは約100 kcal/mol と大きく，安定な結合である．この結合を切断する素過程が含まれるため，
C–H 結合官能基化反応は高温条件が必要となる．申請者は，遠隔位修飾に基づくかさ高いカルボキシラト配位子を用いるとパラジ
ウム触媒による分子内C–H 結 合 ア リ ー ル 化反応が温和な条件で進行することを見いだした （ Angew. Chem. Int.
Ed., 2018, 57, 10314）．

スキーム 1．パラジウム触媒による分子間 C(sp2-H) 結合アリール化
反応でのカルボン酸の効果

最近，パラジウム触媒 に よ る 分 子 間 C–H結合活性化を経るアリール化反応において
様々なカルボキシラト
配位子の効果を検討したところ，適切な立体をもつカルボキシラト
配位子を用いたとき，従来と比べて温和な条

スキーム 2．C–H 結合切断過程の反応座標（wB97XD/SDD for Pd,
others for 6-31G(d)）

件で反応が円滑に進行することを見出した（スキーム 1，Chem. Commun., 2020, 56, 3843）．DFT 計算による C–H
結合切断過程の解析を進めたところ，カルボキシラト配位子の立体は C–H 結合活性化
過程そのものには大きな影響を与えないこと示唆する結果を得た（スキーム 2）．しかし，計算精度の改善や溶媒効果の検討を含めた完全な機構解析には至っていない．今後，
計算化学的手法によるカルボキシラト配位子の効果に関する機構の完全解明を進める．

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令和 ２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

エポキシ樹脂の架橋反応による構造形成と力学特性発現の関係の評価
Evaluation of Structure-Property Relationship of Epoxy Resin via Crosslinking Reaction
京都大学 工学研究科 機械理工学専攻 適応材料力学研究室

内藤悠太

研究成果概要本研究では、炭素繊維強化プラスチック（Carbon Fiber Reinforced Plastic；CFRP）の代表的なマトリクス樹脂であるエポキシ樹脂を対象に，硬化による分子構造の変化と，CFRP の成形性に大きな影響を与える粘度の変化との関係を，全原子分子動力学法により分子構造レベルから検討している．
本年度は，反応障壁と生成熱を確率論的に考慮した架橋反応解析 1)と Lees-Edwards の境界条件による粘度評価 2)とを組み合わせたエポキシ樹脂の硬化過程の粘度シミュレーションを複数のモノマー種で実施した．その結果，実験系におけるモノマー種がエポキシ樹脂の粘度に与える影響を，本シミュレーション手法により定性的に評価できることがわかった．また，エポキシ樹脂の粘度の温度依存性を自由体積，硬化過程における粘度の上昇傾向を重量平均分子量によって記述できることを，全原子モデルからも明らかとすることができた．

引用文献
1) T. Okabe, T. Takehara, K. Inose, N. Hirano, M. Nishikawa, T. Uehara, Polymer. 54 (2013)
4660–4668.
2) A.W. Lees, S.F. Edwards, Journal of Physics C: Solid State Physics. 5 (1972) 1921–1928.
発表論文（謝辞あり）[1]内藤悠太，西川雅章，大矢豊大，岡部朋永，松田直樹，北條正樹，全原子分子動力学法を活用した熱硬化性樹脂の分子構造と粘度変化との関係の評価，日本複合材料学会
誌，47, 3 (2021).

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令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
琵琶湖水中におけるウイルスメタゲノム解析
Metagenomics of viruses in Lake Biwa
工学研究科 都市環境工学専攻 環境質管理分野

沈 尚

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、琵琶湖水中のウ
イルスのメタゲノム解析を実施した。2018 年 9 月～2019 年 12 月にかけて琵琶湖北湖今津沖
中央（全水深 90 m）の表水層（0.5 m）と深水層（60 m）から採取した試料を使用した。採水したサンプルのウイルス画分（～0.2 µm）を鉄共沈法および超遠心密度勾配法で濃縮・精製した。
その後、DNA 抽出を行い、ショットガンシーケンス（Miseq、2×300bp）を実施した。スーパーコ
ンピュータシステム上にて、得られたリードのクオリティーチェ ック（FastQC）、アセンブリ（SPAdes）を行い、10 kbp 以上を解析対象とした。
654 の完全長ウイルスゲノムと 21,889 のウイルスゲノムの断片を得ることができた。これらについて、同種の冗長性を排除するため、塩基配列相同性 95%でクラスタリングを行った結果、409 の完全長ウイルスゲノム（EnV）および 19,800 のウイルスゲノムの断片にクラスタリングされた。さらにこれらのウイルス種ごとに各月、各水深で出現頻度（FPKM）を求めたところ、水温躍層が最も強く形成される 7～9 月（表水層と深水層の水温差 15～20°C）では表水層と深水層でウイルス群集の組成が大きく異なることが明らかとなった。この時期では、深水層での出現頻度が全出現頻度の 95%以上を占める EnV が 81 種存在した。同様に、別の 117 種では 95%
以上が表水層に棲息していた。ところが、水温躍層が崩れてゆくにつれ、このようなウイルス群
集の二分化も弱まり、循環期（2019 年 2、3 月）には二つの水深で組成が均一化していることが明らかとなった。
発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）

49令和2年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
HOPG 基板上における分子配列のモデリング
Model study of molecular ordering on the HOPG surface
京都大学工学研究科 合成・生物化学専攻 松田 建児

研究成果概要
本年度は主に光機能性分子の設計、構造、および基礎物性の解析のため Gaussian を用いた量子化学計算を行った。具体的には、らせん状π共役系を有する[5]ヘリセンのらせんキラリ
ティに由来する円偏光発光（CPL）に着目した。当研究室での先行研究により、[5]ヘリセンの発光はフロンティア軌道の縮退に由来した配置間相互作用により禁制となっていることが示されていた。そこで、[5]ヘリセンに対する置換基効果を分子軌道計算により種々検討したところ、
5,10-位への電子求引基の導入及び 2,13-位への電子供与基の導入がフロンティア軌道の縮退を効果的に解くために有効であることが分かった。これらの知見をもとに、実際に Figure 1 に示す分子 1 を合成し、発光特性を調査したところ、[5]ヘリセンとしては良好な発光量子収率（62%）および有機化合物としては比較的高い非対称性因子（g = 4.2´10–3）が観測された。さらに、ドナー・アクセプター型である 1 は励起状態での高い極性に由来したソルバトクロミズムを示す一方、溶媒の極性が非対称性因子に与える影響は小さいことも明らかになった。

Figure 1. (a) Structure of 1. (b) Absorption spectrum of 1 in n-hexane (black), CHCl3 (blue),and MeOH (red). (c) Circular dichroism and circularly polarized luminescence spectra of 1 in
CHCl3. Blue and red lines denote fraction-1 and fraction-2 on chiral HPLC, respectively.
発表論文（謝辞あり）
1. H. Kubo, T. Hirose, D. Shimizu, K. Matsuda, Chem. Lett. 2021, on the web. [DOI:
10.1246/cl.200913]

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
エネルギー機能材料の電子構造と光物性Electronic states and optical properties of the functional energy materials
京都大学 大学院エネルギー科学研究科 エネルギー基礎科学専攻
量子エネルギープロセス分野 蜂谷 寛

研究成果概要光機能発現への応用の期待される究極のワイドギャップ半導体とされるダイヤモンド、およびフッ化物溶融塩中でのシリコンオキシフルオライド [1] の格子振動または分子振動を反映したラマン散乱スペクトルに関する共同研究を遂行し、実験及びデータ解析を行った。後者については Gaussian 09 をもちいた汎関数 B3LYP, 基底関数 6-311+G(d) でのラマン散乱ス
ペクトルのシミュレーションも行った。
さらに 、溶 融 CsCl-AlCl3 二 元 系 で の 第 一 原 理 分 子 動 力 学 法 ADMP (Atom-centeredDensity Matrix Propagation) によるイオン拡散のダイナミクスの計算も行った。 (8×CsAlCl4)を配置したユニットセルに対して Gaussian 09 を用い、汎関数 HSE06 (HSEh1PBE), 基底関数
Modified def2-SVP, time step 0.2 fs で時間発展を計算し、温度を 700 K に設定した。前年
度までに続き、ダイナミクスの計算を進めている。

FIG. 1 Examples of ionic configurations after 1.25 ps, following another 1.0 ps of equilibration
calculated with ADMP dynamics for molten CsCl-AlCl3 at 700 K.
発表論文（謝辞あり）
なし
発表論文（謝辞なし）[1] Y. Suzuki, T. Park, K. Hachiya, T. Goto, J. Fluorine Chem., 238, 109616 (2020)51

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
生体系物質の原子・電子解析
Atomic and electronic analyses on biological matters
京都大学大学院エネルギー科学研究科

馬渕守

研究成果概要
近年、深層学習を医療・創薬へと応用する試みが注目されている。例えば、患者のゲノム配列や疾患データを用いた疾病予測システムや、AlphaFold1)を始めとするアミノ酸配列に基づくタンパク質の第一原理構造予測等は従来の技術を大きく上回る性能を見せている。しかし、タンパク質の構造変化やリガンド結合といった動的情報の予測に関しては、計算速度や学習の安定性がネックとなり実用化が進んでいない。例えば、Boltzmann Generator (BG)２)は当初、分子動力学(MD)計算のサンプング性能向上を目的として導入された生成モデルであったが、既存の手法 より計算効率が高くなるのは、小規模なタンパク質を扱った場合に限られ、原子数が増えると学習に必要な訓練サンプル数は爆発的に増加してしまう。そこで、本研究では BG の層をよりディープにし、大規模タンパク質にも適用可能に拡張した Deep Boltzmann Generator (DBG) の開発に取組んだ。
平衡状態のタンパク質構造は Boltzmann 分布に従って生成される。しかし、従来の MD 計算では一度構造がポテンシャル障壁にトラップされると、抜け出すのに時間がかかり、Boltzmann 分布の全体を探索するのに膨大な計算時間を要する。DBG では、複雑な Boltzmann 分布と標準ガウス分
布の間の可逆な変換関係を学習し、複数のポテンシャル障壁で仕切られた準安定構造を、潜在空間上の単一極小値へと圧縮する。学習後に、ガウス分布からサンプルした点を逆変換することで一度に多様な構造を生成することができる。本研究では更に、訓練データ数を抑える手法として、「敵対的多様体学習(AML)」アルゴリズムを考案した。これは、DBG の学習領域を物理的に正しい
タンパク質構造が存在する多様体上に制限し、この多様体上で新たな構造の探索(シミュレーション)と評価を学習と同時に行う。AML を DBG の学習に埋め込むことで、訓練データを物理的に正しい (＝人為的な Data Augmentation ではない) 方向へと循環させることができる。
本研究では、約 13,000 原子からなるインテグリンに対して、DBG を学習させた。訓練データとして
短時間 MD 計算で取得した 100,000 配位の構造を用いた。DBG は 1 層の特徴変換レイヤと 15 層の RealNVP レイヤで構成した。学習は 25stage に分けて、ハイパーパラメータを段階的に調節しながら行い、最終的に損失関数が一定値へと収束した。学習後の DBG でインテグリン構造を生成したところ、X 線実験構造に類似した構造や、訓練データに元々含まれていない遷移状態も取得された。いずれもコンタクトマップ等の評価から物理的に妥当な構造であることが確認された。また、
MD 計算とのサンプリング性能を比較するために Boltzmann 分布を第一、第二主成分上に射影したところ、DBG で生成した場合の方が準安定構造間の広い遷移状態を再現できていることが確認された。また、AML で推定した潜在空間の多様体に沿って準安定構造を補間することで、従来のMD 計算の課題であった準安定構造間の最小エネルギー遷移経路の可視化にも成功した。
参考論文： 1) A. W. Senior et al., Nature 577 (2020) 706–710.
2) F. Noe et al., Science 365 (2019) eaaw1147.

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
材料界面・表面の原子～電子論的研究
Interface and surface in materials: atomic and electronic theory
京都大学大学院エネルギー科学研究科

楠田啓

研究成果概要接着性細胞は、基質に接着する際にインテグリンと呼ばれる膜貫通タンパク質を介して、基質の剛性やひずみといった機械的特性を認知することが知られている。インテグリンは基質上に分布す
る細胞外マトリクス(ECM)のリガンドと特異的に結合し、結合形態の変化に応じて細胞の生理的応答を決定する。例えば、ナノポーラス金と呼ばれる微小なポアを有する多孔質基板では、表面ひずみに基づく格子乱れにより、ECM リガンドとインテグリンの動的な結合が制限される。細胞の接着
斑形成の初期過程では、結合インテグリン同士のクラスタリングが重要な役割を担うため、ナノポー
ラス金によるインテグリン-ECM 結合の阻害は、細胞接着率の低下につながることが知られている 1)。
現在までのところ、単体のインテグリンに対しては第一原理計算や分子動力学等により、基質に依存した活性化や構造変化の詳細な機構が明らかになっている。しかし、単体のインテグリンに及ぼされる影響が、どのようにしてインテグリンの集団的挙動へと波及するかは明らかになっていない。
また、基質の機械的特性がインテグリン同士の相互作用に及ぼす影響についても不明な点が多い。
そこで、本研究では単体インテグリンの結合エネルギーや基質の剛性が集団的挙動(クラスタリン
グ)に及ぼす影響についてモンテカルロ（MC）シミュレーションを用いて解明することを試みた。
インテグリンは、リガンドと特異的に結合すると折れ曲がった不活性構造（Bend 構造）から直立した活性化構造(Extend 構造)に変形し、隣接するインテグリンとタリンやキンドリン等のアダプタータ
ンパク質を介して会合することでクラスターを形成する。本シミュレーションでは100 × 100で分割された正方形グリッド（細胞膜モデル）上にランダムにインテグリンを配置し、各計算ステップでそれぞれのインテグリンに対し活性化/非活性化、結合/分離、会合(クラスター化)/解離のいずれかの反応を一定の確率で生じさせた。反応しなかったインテグリンは、別のインテグリンが存在しない隣接位置へと拡散(ホッピング)するように設定した。基板の剛性率や活性化エネルギー、会合エネルギーをパラメータとして MC シミュレーションを実行し、平衡状態のクラスター化率を比較した。
クラスター化率の経時変化より、各 MC シミュレーションモデルは 400,000 step 以内に完全に平衡状態に緩和した。基質剛性を変化させた場合に平衡時のクラスター化率を調べると、剛性を増加させるとともにクラスター化率が上昇することが確認され、従来の実験傾向と一致した。また結合エネルギーと会合エネルギーを上昇させる(= 結合・会合を起こりにくくする)と、平衡状態でのクラスター化率が低下することが明らかとなった。結合・会合エネルギーの低下は小規模クラスターの形成を容易にし、拡散インテグリンとの相互作用を安定化させると考えられる。以上より、インテグリ
ン同士の相互作用を介し、単一インテグリンへの影響が集団的挙動に波及することが確認された。
参考論文: 1) S. Deguchi et al., Mater. Sci. Eng. C 119 (2021) 111461.

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
金属材料の表面特性Surface properties of porous metals
京都大学大学院エネルギー科学研究科

袴田昌高

研究成果概要ナノポーラス金は、表面に多数の格子ひずみを有する多孔質材料であり、その特異な表面電子状態やトポロジーにより、接着性細胞の生理的機能・活性に多様な影響を及ぼすことが明らかにされている 1)。例えば、大腸菌に対して強い抗菌性を示し 2)、一方で上皮癌（HeLa）細胞に対しては自発死（アポトーシス）シグナルを誘導することが示された 3)。さらに、間葉系幹細胞の接着率を低下させ、分化や増殖に影響を及ぼすことも明らかにされている。細胞は、細胞外マトリクス（ECM）
を介してナノポーラス金に接着するため、ECM の吸着挙動は細胞接着に強い影響を及ぼす。そこ
で、分子動力学(MD)計算を実行し、コラーゲン分子の吸着ダイナミクスの解明を試みた。
Type-1 ヒトコラーゲン分子のアミノ酸配列をもとに、60 残基×3 鎖を取り出したコラーゲン分子断片(CMS)モデルを作成した。本モデルは細胞接着標的となる GFOGER(グリシン-フェニルアラニン-ヒドロキシプロリン-グリシン-グルタミン酸-アルギニン)アミノ酸配列を中央に有している。ナノポーラ
ス金表面モデルとして、平滑金(111)面に対して 5 %の圧縮格子ひずみを加えた 6 原子層厚モデルを定義した 1-3)。また、分極効果をポテンシャルに取り入れるため、仮想電子を有する誘起双極
子金表面モデルを使用した。作成した CMS を各金モデル上に配置した後、TIP3P 水分子)とカウンターイオンを付加して、MD 計算を時間刻み 2fs で 50 ns 間実行した。MD 計算では NAMD を用いた。MD 計算の結果から、吸着率・エネルギーや基準振動モード解析を行った。
ナノポーラス金上にて、吸着に関与するアミノ酸残基が増えた一方で、吸着率・エネルギーが平滑金よりも低下した。この結果は、ナノポーラス金上で複数の残基が吸着/脱着を繰り返した結果であることが示唆された。そこで基準振動解析を実施したところ、ナノポーラス金上ではねじれや局所的な横波振動といった協調性の低いダイナミクスが支配的であることがわかった。このような低協調
運動は、吸着の安定性を著しく低下させ、細胞接着モチーフ(GFOGER)の構造を大きく歪曲させた。また、ナノポーラス金表面の格子ひずみは、アミノ酸吸着サイトを変形させるため、多くの荷電アミノ酸残基の吸着が不安定化し、表面上でふらつく様子が観察された。以上より、ナノポーラス金特有の格子ひずみによる分極効果だけでなく、格子配置の乱れに基づくトポロジカルな影響が
CMS の吸着ダイナミクスに強い影響を及ぼすことが示された。実験結果の裏付けとして、CMS の
ねじれ、振動等の低協調運動が誘発された結果、細胞の安定な接着が阻害されると考えられる。
参考文献：1) N. Miyazawa et al., Sci. Rep. 8 (2018) 3870.
2) N. Miyazawa et al., Sci. Rep. 9 (2019) 1091.
3) S. Deguchi et al., Materialia 7 (2019) 100370.
発表論文： S. Deguchi et al., Mater. Sci. Eng. C 119 (2021) 111461.

54令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
生体系タンパク質の動的解析
Dynamic analysis on biological proteins
京都大学大学院エネルギー科学研究科

陳友晴

研究成果概要接着性細胞は基板表面の形状やひずみ、剛性等の機械的特性を読み取って、増殖や分化といった様々な生理的機能へと反映する“メカノセンシング”機能を有する。基板の機械的情報は、インテグリンと呼ばれる膜貫通タンパク質を介して細胞内に伝達され、生体シグナルに変換されたのち
核内 DNA へと作用する。インテグリンは α, β 鎖と呼ばれる二つのサブユニットが非共有的に結合したヘテロ二量体タンパク質であり、24 種類の相同体が存在する。これらは、αI ドメインと呼ばれる挿入ドメインが α 鎖に存在するかに応じて、2 タイプ(αI/αI-less インテグリン)に大別される。当研究室では、特定のタイプのインテグリンを阻害剤により不活性化させた上で、ナノポーラス金アクチュ
エータを用いた周期的なひずみを基板に加えることで、機械的刺激を感受するインテグリンの種類を特定することを試みた。結果として、αI-less インテグリンのみが、機械的刺激を伝達することが可能であるという事実が示唆された。本研究では、この仮説を分子レベルで裏付けし、その機構を解明するために αI/αI-less インテグリンそれぞれに対して、分子動力学(MD)計算を実行した。
αI インテグリンの代表として αvβ3 インテグリンを、αI-less インテグリンの代表として α2β1 インテグリンのモデルを作成した。α2β1 インテグリンに関しては、結晶構造が実験的に得られていないため、MODELLER によるホモロジーモデリングにより、完全な結晶構造を作成した。また、αvβ3 インテグリ
ンの βA ドメインにフィブロネクチンⅢ10 ドメインを、α2β1 インテグリンの αI ドメインにコラーゲン分子を結合させ、これら細胞外マトリクス分子を介して周期的な外力を垂直に印加した。外力の大きさ
は 0 pN, 250 pN, 500 pN, 750 pN の 4 種類で設定し、1 ns の周期で印加した。MD 計算は NAMD
ソフトウェアを使用し、2 fs の時間刻みで 50 ns 間計算を行った。最終的に、各インテグリンが外力に依存して、構造が活性化するかどうかを分析した。
MD 計算で得られた経時的な構造変化を分析した結果、αvβ3 インテグリンは外力が大きくなるに
つれて活性化が促進されたが、α2β1 インテグリンは外力の大きさに依存せず活性化しなかった。この計算結果は、αI ドメインを有さない（αI-less）インテグリンのみが機械的感受性を有するという実験事実と一致している。αI ドメインを有さない場合、細胞外マトリクスが直接 β 鎖に外力を伝達し、局所的な構造変化を誘導する。具体的には、β 鎖の頂上に作用した外力は、インテグリンに配位した
2 価金属イオンを介して α1 ヘリックスの折れ曲がりが生じる。この変化は、T-junction と呼ばれる
Leu134-Leu333 間の疎水性結合を誘導し、最終的にグローバルな構造変化(βA-hybrid swingout)に発展する。一方で、αI ドメインを有するインテグリンでは、外力が αI ドメインを伝達する間に減衰してしまい、T-junction や続く巨視的構造変化が生じないことが明らかとなった。
参考論文：S. Deguchi et al., Acta Biomaterialia, 121 (2021), 418-430.

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令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
磁場配向を利用した固体 NMR 解析手法の開発

Applications of magnetic orientation techniques to solid-state NMR spectroscopy
京都大学大学院 農学研究科 森林科学専攻

久住 亮介

研究成果概要
単結晶についての固体 NMR（単結晶 NMR）を用いれば，化学シフト（CS）テンソルなどの異方的な相互作用の評価を通じて原子核周りの局所構造を解析できる．ただし，単結晶 NMR
法のためには mm 次元の巨大な単結晶を準備する必要がある．我々はこれまでに，変調回転
磁場による微結晶の三次元配向化法（擬単結晶化法）を固体 NMR へと適用し，μm サイズの微結晶粉末から相互作用の異方性を決定する手法を提案してきた．その結果，ロッシェル塩の微結晶粉末について 23Na 電場勾配（EFG）テンソルを決定することに成功している．そこで
本研究では，実測による結果の検証を目的として，京都大学化学研究所スーパーコンピュー
ターシステムを利用してロッシェル塩の 23Na CS および EFG テンソルの計算を試みた．
計算には Dassault Systems の Materials Studio 2018 を使用し，まずロッシェル塩単結晶の回折実験から決定された結晶構造モデルの最適化を行なった．次に，同アプリケーションに内包されている CASTEP モジュールを用いて量子化学計算を行い，ロッシェル塩の 23Na CS テ
ンソルと EFG テンソルを計算した．交換相関汎関数には GGA-PBE を使用した．得られた計算結果を図に示す．図の通り，DFT 計算によりロッシェル塩の 23Na CS テンソルと EFG テンソルを決定することができた．今後，擬単結晶化を通じて実験的に得られた両テンソルとの比較を行い，擬単結晶を用いた単結晶 NMR の精度について考察する予定である．

図 CASTEP により計算されたロッシェ

ル塩の CS および EFG テンソル．描画に は CCP-NC の MagresView （ S.
Sturniolo et al., Solid State Nucl. Magn.
Reson. 78, 64 (2016)）を使用した．

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
一酸化炭素資化菌と水圏ウイルスの分子生物学的研究
Molecular biology of carboxydotrophs and aquatic viruses
京都大学 農学研究科 応用生物科学専攻

吉田 天士

研究成果概要一酸化炭素 (CO) の還元力によって駆動される炭素・エネルギー代謝は始原的代謝経路の 1 つと 考え られ てい る 。 鬼界 カ ルデ ラ 海底 コア よ り 分離 され た 古代型 CO 資 化菌
Calderihabitans maritimus は, 既知の生物で最大の 7 つの CO 資化酵素を有し, 多様な CO
代謝を行うと予測されている。しかし, 本菌が CO に対してどのように応答し, 代謝を順応させるのかは未解明であった。本菌の RNA-Seq 解析によって, 2 つの CO 資化酵素とともに発現誘導される多数の炭素・エネルギー代謝酵素群を同定した。さらに, これらの酵素群の遺伝子発現は, CO 感知型転写因子と CO 代謝に伴い変動する NADH 量を感知する転写因子によって多段階に調節される可能性が示唆された。
Bacteroidetes 門細菌は海洋の主要な従属栄養細菌系統である。しかし、本門細菌に感染するウイルスは魚病原因菌などの一部の宿主系統に感染するウイルスに分離例が限られ、その多様性に関する知見は不足していた。そこで、メタゲノムから構築された海洋 Bacteroidetes 細菌のゲノムと未分離海洋ウイルスゲノムの配列比較により、未分離の本門細菌感染ウイルスゲ
ノムを探索した。新たに 81 ゲノムを本門細菌感染ウイルスとして同定し、それらの中から Far-T4系統などの海洋の優占系統を見出した。
海洋の原核生物は、海洋一次生産物の主要な消費者であるため、その動態の理解が求められる。近年、環境中で原核生物の種組成が日ごとに大きく変化することが報告されたが、その機構は不明である。そこで海洋優占一次生産者である Heterosigma akashiwo の有機物と海洋性原核生物群集を用いたミクロコズム培養系を構築し、一次生産者の生死が原核生物群
集に与える影響を調査した。その結果、原核生物群集の組成は一次生産者の死滅に応答して短期間のうちに大きく変化させることが示唆された。
発表論文（謝辞あり）
In silico prediction of virus-host interactions for marine Bacteroidetes with the use ofmetagenome-assembled genomes(2020) Front. Microbiol., fmicb.2020.00738.
他6報
発表論文（謝辞あり）
該当なし

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京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
微細藻類の分子育種に関する研究
Study on microalgal molecular breeding
京都大学 農学研究科 応用生物科学専攻

澤山 茂樹

研究成果概要真核微細藻類 Haematococcus lacustris は強力な抗酸化作用を示すアスタキサンチンの工業生産に用いられている。一方、その複雑なゲノム構造や生活環から、その分子生物学的知見は限定的である。本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピューターシステ
ムを利用し、本種ゲノムの遺伝子構造予測ならびに注釈付をおこない、その成果をMicrobiology Resource Announcements にて報告した。また、有用物質生産に用いられる複数の真核微生物を対象に未知有用物質生産関連遺伝子の探索および転写解析をおこなっている。後者に関する研究成果は現在投稿に向けた準備をおこなっている。
発表論文（謝辞あり）
Morimoto D, Yoshida T and Sawayama S. (2020) Draft genome sequence of theastaxanthin-producing microalga Haematococcus lacustris strain NIES-144. Microbiol. Resour.
Announc. 9 (23): e00128-20
発表論文（謝辞なし）
なし

58

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

量⼦化学計算によるリグニンモデル化合物の間接電解反応機構の解析
Mechanistic analysis of indirect electrolysis of lignin model compounds by quantum chemical
calculation
京都大学大学院 農学研究科 森林科学専攻 生物材料化学分野

平野 義貴

研究成果概要
リグニンは木材主要三成分の一つであり、難分解性の芳香族高分子である。効率的なリグニ
ン分解反応の開発は、紙パルプ製造工程の効率化やバイオマス由来芳香族化成品の製造などの観点で重要である。当研究室では温和で環境負荷が低いと期待される反応系として、間接電解反応によるリグニン分解を検討してきた。間接電解反応とは、電極-基質間の電子の授受を仲介する触媒(レドックスメディエーター)を用いた電解反応である。直接電解反応は不均一系である一方、間接電解反応は均一系であるため、高分子であるリグニンを効率的に電解できると期待される。本研究では、酸化還元反応による効率的なリグニン分解反応の探索を目的とし、量子化学計算によってリグニンの間接電解反応機構について考察する。具体的には、
間接電解反応を(1)メディエーターの電極反応と(2)リグニンモデル化合物-メディエーター間の反応、(3)リグニンモデル化合物のラジカル中間体の後続反応の 3 つに分け、これらの反応ギブズエネルギーや活性化ギブズエネルギーを計算し、電解実験と矛盾しない反応機構や効率的な反応条件を探る。
構造最適化計算や振動解析、溶媒和モデルを適用した一点エネルギー計算は Gaussian
16 で行った。まず 23 種類の芳香族化合物について、それらの 1 電子酸化還元反応の反応ギブズエネルギーを計算した。それらの酸化還元電位の実験値に対して、反応ギブズエネルギ
ーの計算値をプロットして検量線を作成した(RMSE = 0.1496 [eV]、R2 = 0.9938)。この結果か
ら、芳香族化合物の電子移動反応の反応ギブズエネルギーについてある程度定量的に評価できることが確認できた。更に塩基触媒として、ピリジン誘導体とその共役酸のギブズエネルギ
ー差を計算した。これらの計算値はそれぞれの pKa の実験値と線形関係にあることが確認できた。
次に新規レドックスメディエーターの候補化合物として、13 種類の N-複素環式芳香族化合物の 1 電子酸化反応の反応ギブズエネルギーを計算した。酸化還元電位の実験値が分かっている化合物について前述の検量線を参照したところ、いずれも回帰式とよく一致した。
また、リグニンモデル化合物のラジカル中間体の C-C 結合開裂について、遷移状態構造探索を行った。その結果、β-O-4 型 2 量体のラジカル中間体の C-C 結合開裂は活性化ギブズエ
ネルギーが数 kcal mol-1、反応ギブズエネルギーが負の値であり、速度論的にも熱力学的にも有利であることが分かった。
発表論文 該当なし

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令和 ２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
海洋微生物のメタゲノム解析

京都大学 大学院農学研究科 応用生物科学専攻 海洋環境微生物学分野

中川 聡

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、海洋性無脊椎動物に共生する未培養微生物のメタゲノム解析を試みた。
海洋性無脊椎動物は、抗菌ペプチドや抗がん剤といった未利用の生理活性物質の宝庫として注目されている。それらの生理活性物質の多くが、無脊椎動物自身ではなく、共生する微生物群により生産されている例が多数報告されるようになってきている。海洋性無脊椎動物の共生微生物に関しては、主に海綿やサンゴをモデルとして、微生物の種類や生理機能が極めて精力的に研究されている。共生微生物の活動が無脊椎動物の生理状態を制御する、といった画期的な知見が明らかとなる一方で、多様な無脊椎動物の共生微生物群集を包括的に微生物生態学的見地から研究した例は極めて少ない。
今回、海洋性無脊椎動物の中でも、特に棘皮動物の共生微生物を対象として、その性状解明を目的としてメタゲノム解析を実施した。配列データは次世代シーケンサーにより得たが、試料の特性上、宿主配列の混入は避けられないため、相同性検索だけでなくビニング等が不可欠である。
まずローカル環境において構築した予測遺伝子群を含む fasta ファイルを BLAST 検索に供し、共生微生物に由来する可能性が高い多数の遺伝子配列を特定することに成功した。
次にビニング等を試みようとしたが、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムにおいて、ユーザーが利用可能なディスク領域がシーケンスデータと比べて小さすぎ、スーパーコンピュータでないとできないような解析は行うことが出来なかった。サポート窓口に問い合わせたが、1 ヶ月以上待っても回答が得られないため、化学研究所スーパーコンピュータシステ
ムの利用は停止し、以降の解析には他の計算システムを利用することとした。
発表論文（謝辞あり）
発表論文（謝辞なし）

60

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
三次元π共役分子の合成の機能性の創出
Synthesis of three-dimensional π-conjugated molecules
京都大学大学院人間・環境学研究科

廣戸 聡

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、置換基の異なる
螺旋分子アザヘリセンの構造最適化を行った。我々は最近、アザヘリセンの位置選択的置換
基変換反応を開発し、それによる螺旋の外側および内側の置換基の発光特性および電気化学特性への影響を評価してきた。今回、螺旋の内側の置換基が異なるアザヘリセンの酸化状態における吸収スペクトルの構造依存性を調査するため、Gaussian 16 によるラジカルカチオンの構造最適化と吸収スペクトルのシミュレーションを行った。
まず、X 線構造解析により構造を明らかにしている中性状態のアザヘリセンの構造最適化を行った。構造最適化には、6-31G(d)を基底関数として、汎関数を B3LYP、CAM-B3LYP、および M06-2X の三種類を選択し、比較を行った。その結果、B3LYP 汎関数を用いた場合に実験値をよく再現することを明らかにした（Figure 1）。そこで、B3LYP を汎関数として、ラジカルカチオンの構造最適化を行い、吸収スペクトルのシミュレーションを TD-DFT 法を用いて行った。変更することによる計算は Gaussian 16 を用い、汎関数として B3LYP、基底関数を 6-31G(d)として計算を行った。その結果、吸収スペクトルは実験値とよい一致を示し、最長波長吸収帯がHOMO-SOMO 遷移であることを明らかにした。さらに、HOMO において螺旋のピッチ間の空間的な相互作用の存在を明らかにし、螺旋のピッチ間距離の変位が吸収スペクトルに影響を与えていることを見出した。
R

R

Ar

Ar

N
H Ar = 3,5-di-tBuphenyl
1: R = SiiPr3
2: R = SiEt3
3: R = 3,5-di-tBuphenyl

12
3

Figure 1. Selected distances and angles in 1, 2 and 3.
発表論文（謝辞あり）“Helical pitch dependent optical properties of π-extended aza[5]helicene radical cations”
S. Hiroto Bull. Chem. Soc. Jpn. 2020, 93, 1334.

発表論文（謝辞なし）

61

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
ペロブスカイト関連構造を有する Eu2+添加水素化物蛍光体の開発
Development of hydride perovskite phosphors doped with Eu2+

京都大学大学院 人間・環境学研究科

上田 純平

研究成果概要
Eu2+添加蛍光体は、白色 LED 用蛍光体として広く使用されており、市場の様々な要求により新規蛍光体開発や化学組成の調整による光学特性の制御など活発に研究されている。本蛍光体は、Eu2+の 5d-4f 発光を利用しており、ホストの化学組成と Eu2+の配位環境により電子雲
膨張効果と結晶場分裂の度合いが変化し、5d エネルギー準位が上下するため、吸収・発光波長の制御が可能である。Eu2+蛍光体のホスト材料として、酸化物、窒化物、硫化物やその複合
イオン化合物において積極的に探索されてきたが、その他ホスト化合物における Eu2+の光学特性の報告は少なく、特に純粋な水素化物となると報告例は 10 例程度である。一方で、水素化物イオンは非常に低い電気陰性度を有するため、共有結合性が高く、電子雲膨張効果による 5d エネルギーの大幅な低下が期待される。
本研究においては、水素化物中における Eu2+の発光特性を理解するため、ペロブスカイト関連構造（ペロブスカイト構造、K2NiF4 構造）を有する水素化物をホスト材料として KMgH3 とK2MgH4 を選択し、Eu2+:5d-4f 光学特性評価を行った。また、京都大学化学研究所スーパーコ
ンピュータシステムを利用し、それらペロ
ブスカイト関連構造を有する水素化物のバンドギャップと DOS・PDOS を明らかにした。
得られた発光特性から Eu2+発光の長波
長シフトは水素化物イオンの配位によるセントロイドシフトの増大と示唆された。
また、発光特性と計算されたバンド構造の結果より、新規 K2MgH4:Eu2+赤色蛍光体における温度上昇による発光強度の低下は、励起電子が伝導帯へ移動する
熱イオン化過程であると結論付けた。

発表論文（謝辞あり）[1] J. Ueda, T. Wylezich, N. Kunkel, S. Tanabe, J. Mater. Chem. C, 8 (2020) 5124-5130.

62

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
ジペプチド保護体の CO2 吸着状態の解析
Analysis of the CO2 sorption state of protected dipeptide

京都大学 大学院人間・環境学研究科 相関環境学専攻 分子・生命環境論講座
津江 広人
研究成果概要多孔性材料は，気体分子の分離・精製・貯蔵などの用途に広く適用可能なため，古くから研究され，現在でもなお新規材料の開拓が活発に進められている．これまでに当研究室では，有機分子性結晶が発現する気体吸着特性の解明を目的として，安価かつ生体適合性をもつ
ジペプチドに着目し，その結晶構造と気体吸着挙動の関係について報告してきた．その研究過程において，N 末端を保護した BocGly-L-Phe （以下，1 と略記．図１）の単結晶が，二酸化炭素を高選択的に吸着することが明らかになっている．また，1 の結晶が二酸化炭素を吸着した状態の結晶構造解析を行い（図 2），結晶を構成する 1 と結晶中に吸着された二酸化炭素との間に働く分子間相互作用の解析を行った結果，1 と二酸化炭素との間には主として分散力が働いていることが判明している．

図 1 1 の分子構造

図 2 1 の CO2 吸着状態

本研究では，1 が示す二酸化炭素に対する親和性をより詳細に解明することを目的として，
京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを用いて，1 と二酸化炭素との間に働く分子間相互作用の再解析を行った．
具体的には，結晶中で二酸化炭素とその周辺に存在する計八分子の 1 との分子間相互作用を解析した．計算化学アプリケーション Materials Studio の DMol3 を用いて，二酸化炭素の吸着状態の結晶構造を最適化し，次いで Gaussian 09 を用いた MP2 レベルでの一点計算を行った後，GDMA と Orient を用いたエネルギー分割計算を行った．その結果，二酸化炭素と1 との分子間相互作用には，軌道の重なりが主たる要因となる短距離力とクーロン力が要因となる長距離力が関与しており，前者は斥力として働いている一方，後者は引力として働いていることが明らかとなった．

63

令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
細菌群集ネットワークの動態予測
Prediction of microbiome dynamics
京都大学 生態学研究センター 東樹研究室 藤田博昭

研究成果概要細菌群集動態を予測する上で、種間相互作用の方向と強さを知ることは必要不可欠な要素である。近年、開発され、生態学にも応用されてきた Empirical dynamic modelling という手法
は、種間相互作用の向きと強さを、時間点ごとに推定することを可能とさせる。しかし、具体的な相互作用の中身までは分からない。そこで、本研究では、京都大学化学研究所スーパーコ
ンピュータシステムを利用し、培養系における細菌群集のメタゲノム解析を行い、群集の持つ遺伝子構造を調べることで、群集機能を明らかにし、Empirical dynamic modelling が示す種間相互作用を解明する。
6 つの異なる環境に属する細菌群集（8 個のレプリケート）、110 日間培養し、24 時間ごとにサンプリングし、合計で 5280 サンプルを得た。全てのサンプルに対して、既知濃度の標準 DNAを混ぜ込み、定量的に 16S rRNA amplicon sequence を行い、Amplicon sequence variace(ASV) を推定した。その後、Empirical dynamic modelling により、各 ASV の種間相互作用を予測した。機能解析には、ある一つの細菌群集について、10 日ごとの合計 12 サンプルを、ショットガンメタゲノムシーケンスにかけた。その後、得られた配列情報を用いて、ゲノムアセンブ
リ（metaSPAdes）を行い、得られたコンティグをビニング（MetaWRAP）して、ドラフトゲノムを得た。そして、機能アノテーション（Prokka）を行い、群集の機能の時間変動について調べた。現
在は、ASV とドラフトゲノムを対応させることを試みている段階である。そのために、1. ショット
ガンメタゲノムシーケンスで、16 rRNA を網羅的に取れているかを確認するため、phyloflash
を使い、rRNA のみをアセンブリ、またそれに対して、生リードをマッピングしてやることで、もれなく取れているかを確認し、2. 得られたドラフトゲノムにマッピングできなかった割合を見る
ことで、ドラフトゲノムのクオリティを確認したところ、90％のリードはマッピングできていたので、系統のアノテーションの結果から、ASV とドラフトゲノムを対応させて、昨日解析を行う予定である。

発表論文（謝辞あり）

該当なし
発表論文（謝辞なし）

該当なし

64

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
多能性細孔物質の深化
Development of multifunctional porous materials

京都⼤学 ⾼等研究院 物質－細胞統合システム拠点 北川グループ
大竹研一
研究成果概要多孔性物質は古代エジプトの時代（活性炭）から現代まで（ゼオライトなど）に至る長きにわたって人類の生活に不可欠なものとして利用されてきた。もし、活性炭やゼオライトが担ってきた貯蔵、分離、変換などの機能について、それらを凌駕する、もしくは全く新しい機能を有する多孔性物質が創製されれば、人類の生活に革新的な変化をもたらす事が期待される。そのためには、微少空間を持つ物質の合成、構造、性質についての新しいサイエンスの開拓が必要である。
我々は、有機配位子と金属イオンが自己組織化プロセスによって組み上がる結晶性の多孔体：多孔性配位高分子(Porous Coordination Polymer：PCP)を基盤として、多様な機能空間のデザインを試み、新現象・新機能の探索を行ってきた。PCP はその骨格構造に均一な細孔(直径数 Å〜数 nm)を有し、そこへ様々な気体分子を吸着させ取り込むことができる。さらに、一部の PCP は、ガス吸着に伴い結晶格子が変形する“フレキシブル”な挙動を見せる。この結晶
格子の変形はガス種選択的に起こり、通常、ある一定のガス圧力以上になると急激に格子が変形(開孔)し吸着が起こる。この現象は「ゲート型吸着」と呼ばれている。
既にあらゆる種類の PCP が開発され、多様なガス特異的ゲート吸着が報告されているが、そのメカニズムはそれぞれ異なる。種々のゲート型吸着メカニズムを理解するためには、格子変形に伴うエネルギー（格子変形エネルギー）と、ガス吸着による安定化エネルギー（吸着エネルギー）の両者を考慮する必要がある。本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、PCP の結晶構造を基にしてガス分子の吸着サイトを予測し、ゲート開閉前後のエネルギー変化とガス吸着エネルギーの計算を行った。
ゲート型吸着を示す PCP について、Material Studio の DMol3 パッケージを用いた密度汎関数法(LDA, VWN)による構造最適化、続い て Adsorption Locator パッ ケージを 用い た
Simulated-Annealing 法によるガス吸着サイトのモンテカルロ探索を行った。得られたガス吸着状態の構造を基に、一点計算(GGA, PBE)によりエネルギーを求め、PCP の格子変形エネル
ギーと吸着エネルギーの関係を明らかにすることで、ゲート型吸着の起源について解明した。
こうした知見は、PCP への選択的吸脱着を利用した将来のガス分離技術開発のための有用な知見となる。

65

発表論文（謝辞なし）
Mohana Shivanna, Ken-ichi Otake, Jia-Jia Zheng, Shigeyoshi Sakaki, and Susumu Kitagawa”Control of local flexibility towards p-xylene sieving in Hofmann-type porous coordination
polymers"

Chem. Commun., 2020, 56, 9632.
Yifan Gu, Jia-Jia Zheng, Ken-ichi Otake, Kunihisa Sugimoto, Nobuhiko Hosono, Shigeyoshi
Sakaki, Fengting Li, Susumu Kitagawa"Structural‐Deformation‐Energy‐Modulation Strategy in a Soft Porous Coordination Polymer
with an Interpenetrated Framework"

Angew. Chem. Int. Ed. 2020, 59, 15517–15521
Ming-Shui Yao, Jia-Jia Zheng, Ai-Qian Wu, Gang Xu, Sanjog S Nagarkar, Gen Zhang,
Masahiko Tsujimoto, Shigeyoshi Sakaki, Satoshi Horike, Ken-ichi Otake, Susumu Kitagawa“Dual-Ligand Porous Coordination Polymer Chemiresistor with Modulated Conductivity andPorosity”

Angew. Chem. Int. Ed., 59, 172–176, 202066

令和 2 年度

京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム

利用報告書

金属錯体ソフトマテリアルの創成
Fabrication of Coordination Soft Materials
京都大学 高等研究院 物質―細胞統合システム拠点

古川 修平

研究成果概要本研究では、銅二核パドルウィール錯体と、疑似 5 回対称性を持つ配位子を用いて、多孔性金属錯体中に幾何フラストレーションを誘起し、それが 3 次元空間におけるネッ
トワークとしてどのように緩和されるのかを調べた。銅二核パドルウィール構造を持つ
酢酸銅と、疑似 5 回対称性を持つ配位子を用いて、合成条件のみを変更させることで、3 つの異なる多孔性金属錯体を新規に合成した。
京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、X 線結晶構造データベース検索（Cambridge Structural Database）を用いて、これまでに報告されている銅二核
パドルウィール構造の構造データをすべて抽出し、理想となるパドルウィール構造でから、どの程度歪んでいるのかを 2 つの構造軸を決めてプロットした。そこに、今回新しく合成した幾何フラストレーションを持つ多孔性金属錯体の銅二核パドルウィール構
造のデータを重ねてみたところ、これまでの構造に比べて大きく歪んだ構造であることがわかった。このような局所的な構造の歪によるフラストレーションの緩和は、他の 4つの緩和プロセス（配位子の配位サイトの利用度、空間サイズ、配位子の孤立化、配位子の水素結合）との競合により決定され、幾何フラストレーション構造をもつ多孔性金属錯体では、決まった基底構造を持たず、条件によって構造が大きく変わることが明らかになった。

発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）“Pseudo-5-Fold-Symmetrical Ligand Drives Geometric Frustration in Porous Metal−Organicand Hydrogen-Bonded Frameworks”
Frederik Haase, Gavin A. Craig, Mickaële Bonneau, Kunihisa Sugimoto, Shuhei Furukawa
J. Am. Chem. Soc. 2020, 142, 13839-13845. DOI: 10.1021/jacs.0c04450

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
有機構造体を用いたイオン伝導体合成
Synthesis of ion conductive covalent organic frameworks
京都大学高等研究院物質－細胞統合システム拠点

堀毛 悟史

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、パーフルオロカ
ーボンによって修飾された COF (Covalent Organic Frameworks)の合成を行った。この COF は、
以前報告された COF-42 に対して化学修飾を施したものであり、修飾前よりも高い熱安定性及び酸に対する耐久性を示す。
具体的には、新規に合成したパーフルオロカーボンによって修飾された COF の構造の同定及び比較を行うために、X 線結晶構造データベース検索を行った（Cambridge Structural
Database を用いた）。その結果、新規に合成した COF は COF-42 と同様に、2 次元シート構造が重なることで 3 次元的フレームワークを形成していることが明らかとなり、さらに 2 次元シートに対して垂直な方向に空孔があることもわかった。以上の調査より、COF-42 に対してパーフル
オロカーボンによる修飾を行った新規 COF は、COF-42 と同様な全体構造を有していることが判明した。
さらに、その新規 COF に関して、各種強酸に対する安定性及びプロトン伝導度の調査を行った。その結果、新規 COF は強酸に対する耐久性の向上が確認され、さらにプロトン伝導度は修飾前よりも 10000 倍も高い値を示すこともわかった。本研究の成果は、既存の COF の機
能をボトムアップするための重要な知見を与えた。

発表論文（謝辞あり）

発表論文（謝辞なし）“Perfluoroalkyl-Functionalized Covalent Organic Frameworks with Superhydrophobicity for
Anhydrous Proton Conduction”
Xiaowei Wu, You-lee Hong, Bingqing Xu, Yusuke Nishiyama, Wei Jiang, Junwu Zhu, Gen
Zhang, Susumu Kitagawa, and Satoshi Horike
J. Am. Chem. Soc, 2020, 142, 14357.

68令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
自己集合を利用したタンパク質のカプセル化
Protein encapsulation within synthetic cages
京都大学 高等研究院 物質-細胞統合システム拠点

藤田大士

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用して、様々なサイズの生体高分子を内包できる有機ケージ分子の開発に取り組んでいる。適度な三次元空間を有する分子（ホスト）に対して、非共有結合的に別分子（ゲスト）が取り込まれ形成される異分子
複合体のことを「ホスト–ゲスト化合物」と呼ぶ。いままでに材料化学から生命科学に至るまで、様々なホスト–ゲスト化合物の合成研究が全世界的に進められており、孤立空間に内包された
ゲスト分子のエキゾチックな物性が詳らかされてきた。一方で、生命活動を担う最重要物質群といえるタンパク質を有機ケージ分子内部に包接した複合体の報告例はほぼない。そこで
我々は、タンパク質を包摂可能な 5nm 以上の内部空間を有する有機ケージ分子の合成を行
い、タンパク質の安定性や機能が受ける摂動の評価と新機能性材料としての可能性の探索に挑む。具体的には、タンパク質–有機ケージ分子複合体の合成を行う上で、BIOVIA 社製
Materials Studio, 同じく BIOVIA 社製 Discovery Studio、富士通社製 SCIGRESS を用途に応じて組み合わせながら分子設計を試みた。現在までの成果として、多面体分子の自己集合の性質を利用して最大 4.4nm サイズの内径を有する有機ケージの作製に成功している。精密な構造解析には至ってないが、これは共有結合で形成されたケージ状物質としては最大級の大きさである。同一の方法論で多様なサイズの巨大有機ケージの形成にも成功しており、合成ア
プローチの有意性を確認できたと言えるだろう。一方で、現状合成された有機ケージの内部空間サイズでは包接できるタンパク質が非常に小さいものに限られてしまう。また、自己集合プロ
セスで平面性の高く大きな芳香環ユニットを用いることから、ケージ構築時のゲル化問題や水溶媒系への適用を困難としている。これらの問題点を解決する方法を探るべく、更なる巨大ケージ合成に向けた分子設計指針の見直しを鋭意検討中である。

69

令和 2 年度

京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム利用報告書
振電相互作用に関する理論的研究
Theoretical Study on Vibronic Couplings
京都大学福井謙一記念研究センター理論研究部門

佐藤徹【研究成果概要】
有機発光ダイオード (OLED) において高効率なエレクトロルミネセンス (EL) を実現するためには、
電流励起によって生じる三重項励起子を発光に利用する必要がある。熱活性化遅延蛍光 (TADF) 材
料は、S1 -T1 間のエネルギー差 ∆ES1 −T1 を小さくし、T1 から S1 への熱的な逆系間交差を可能にすることで、高い外部量子収率 (EQE) を示すことが報告されている [1]。∆ES1 −T1 は近似的に HOMOと LUMO の重なりで表されるため、多くの TADF 材料は空間的に HOMO と LUMO を分離したドナー・アクセプター型構造を有する。しかしながら、一般にドナー・アクセプター分子は大きな振動緩和を示す。そのため、TADF 材料は深青色発光が困難であり、蛍光スペクトルの色純度が低いという欠点を持つ。

DABNA-1 はドナー・アクセプター分子でないにも関わらず高い EQE を示すことが報告されている [2]。DABNA-1 の ∆ES1 −T1 は実験で 0.2 eV、計算で 0.4 eV 程度と見積もられており、T1 からS1 への熱的な逆系間交差は困難であると考えられる。近年、OLED における高効率発光機構として、
T1 ではなく高次三重項励起状態 Tn (n > 1) を経由した蛍光である高次三重項経由蛍光 (FvHT) 機構が提案されている [3]。FvHT 機構の実現には、Kasha 則に反して、Tn からそれより下の三重項への内部転換が抑制されている必要がある。内部転換の抑制には擬縮退した電子状態が関与する。例えば、ビスアントラセン誘導体では、X-Y-X 型の構造に由来して生じる擬縮退した電子状態が内部転換の抑制に寄与する [3]。なお、このような X-Y-X 型の構造はドナー・アクセプター分子にも多く、TADF 材料においても FvHT 機構の発現が期待される。一方、DABNA-1 は X-Y-X 型の構造ではな
いが、Hückel 近似において、ホウ素と窒素によりメタ位に繋がったベンゼン環のトポロジーに由来
する電子状態の縮退が生じる。この縮退は近似を上げると分裂するためトポロジカルな擬縮退と呼ぶ。本研究では、DABNA-1 の高効率 EL がトポロジカルな擬縮退に由来した FvHT 機構に起因することを示した。
DFT 計算の結果、Franck–Condon 状態において T1 と S1 のエネルギー差は 0.46 eV と大きいた
め、T1 から S1 への熱的な逆系間交差は困難であると予想された。一方、Tn 断熱状態において Tn とS1 のエネルギー差は 17 meV であり、Tn から T1 への内部転換が抑制されていれば、Tn から S1 への逆系間交差が可能であるといえる。内部転換の速度定数に比例する非対角振電相互作用定数 (VCC)を計算したところ、その値は非常に小さく、Tn -T1 間の内部転換は抑制されていると予想された。振電相互作用密度 (VCD) 解析の結果、小さな非対角 VCC は原子上に対称に局在する重なり密度に起因することがわかった。
[1] C. Adachi, Jpn. J. Appl. Phys., 53, 060101 (2014). [2] T. Hatakeyama et al., Adv. Mater., 28,2777 (2016). [3] T. Sato et al., Sci. Rep., 7, 4820 (2017).
【発表論文】(謝辞あり) (1) W. Ota, K. Takahashi, K. Higashiguchi, K. Matsuda, and T. Sato, J. Mater. Chem.
C 8, 8036 (2020).

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令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
電池材料のラマンスペクトルの計算
Simulation of Raman spectrum of battery materials
京都大学 産官学連携本部

山中俊朗

研究成果概要
我々は金属フッ化物の脱フッ化とフッ化を用いる高容量の革新的 2 次電池である、フッ化物
シャトル電池の開発を進めている。BiF3 はこの電池の活物質としてよく研究されているが、実験で BiF3 電極の電位を下げていくときの脱フッ化の開始電位が、斜方晶 BiF3 の場合より立方晶 BiF3 の場合のほうが約 0.3V 程度低く、昨年度は CASTEP を利用し、斜方晶の BiF3 と立方晶の BiF3 のエネルギーを計算した。しかし斜方晶の Final energy は 立方晶の Finalenergy よりが F-1 つの引き抜きに対し 0.3V 程度安定であり、斜方晶の脱フッ化の電位のほうが 0.3V 程度低いと推測され、実験を説明できていない。
今年度は斜方晶の BiF3 と立方晶の BiF3 のフォノンの自由エネルギーを CASTEP で計算した。ここでも斜方晶のほうがエネルギーが低かった。さらに電子密度を計算したところ、斜方晶のほうがバンドギャップが大きく、電気伝導が低いと予想され、斜方晶のほうが脱フッ化しにく
いと予想され、実験を説明できなかった。今後さらに検討を続けていく。

図 1 (a)斜方晶と(b)立方晶の BiF3 のフォノンの自由エネルギー
発表論文（謝辞あり） なし。
発表論文（謝辞なし） なし

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図 2 電子状態密度令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
遺伝子情報を用いた海洋生態学研究
Research on marine ecology using genetic information

東京大学 大気海洋研究所 地球表層圏変動研究センター 生物遺伝子変動分野
西村 陽介
研究成果概要昨年度に引き続き、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、メタゲノム
データを活用した微生物生態系の研究および、微生物遺伝子解析ツールの開発を行った。
優占する系統群の多くが未培養である海洋微生物の研究においては、培養を行わずにゲノム多様性や代謝戦略、進化の過程を解明できるメタゲノミクスに期待が集まっている。公開された海洋メタゲノムデータを網羅的に利用して、2,057 メタゲノムから 5 万個以上の高品質な原核生物ゲノムを再構築した。これらのゲノムは海洋微生物生態系を理解する上で重要なリフ
ァレンスとなると期待される。
また、これらのメタゲノム由来のデータに含まれる機能未知遺伝子の中から、光受容体等の有用な微生物遺伝子資源の探索を行っている。そのために、莫大な配列データか
ら特定の遺伝子ファミリーの配列を抽出し、系統分類を行うためのツールの開発を行った。実際に、開発したツールを用いて、様々な環境に由来する公開されたメタゲノムデータやメタトランスクリプトームデータから、200,000 以上のロドプシン配列を網羅的に収集し、その系統分類を行った。
発表論文（謝辞あり）
1.

Kento Tominaga, Daichi Morimoto, Yosuke Nishimura, Hiroyuki Ogata, Takashi Yoshida.
2020. 'In silico Prediction of Virus-Host Interactions for Marine Bacteroidetes With the Useof Metagenome-Assembled Genomes.' Frontiers in Microbiology 11:738

発表論文（謝辞なし）
2.

Masumi Hasegawa, Toshiaki Hosaka, Keiichi Kojima, Yosuke Nishimura, Yu Nakajima,
Tomomi Kimura-Someya, Mikako Shirouzu, Yuki Sudo, Susumu Yoshizawa 'A uniqueclade of light-driven proton-pumping rhodopsins evolved in the cyanobacterial lineage.'
Scientific Reports 10(1):1-10

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令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
グラフに基づく分子系統解析手法の開発と適用

Development and application of the graph-based phylogenetic method
東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻 岩崎研究室

松井 求

研究成果概要進化距離の大きな遺伝子群の系統樹再構築は、例えばタンパク質の初期進化といった”古い”問題だけでなく、「病原菌・ウイルス・癌の短い時間スケールにおける高速な進化」といった“モダンな”問題を解決するためにも必要な技術である。我々はこれまでに Graph
Splitting（GS）法という新たな系統解析手法を開発し、GS 法こそが進化距離の大きな問題を解決できる手法であることを示している。そして、その手法開発の中で、（１）GS 法と既存手法を使い分けるための基準の制定、（２）塩基配列の進化解析への適用、（３）無根系統樹から root を決定する手法の開発、といった新たな研究課題が見出された。今年度は、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、大規模進化シミュレーションを繰り返して都度精度検証を行いながら、とくに「（１）GS 法と既存手法を使い分けるための基準の制定」に取り組んだ。
様々な条件のもと、一連の既存手法、すなわち近隣結合（NJ）法、最節約（MP）法、最尤（ML）法、ベイズ（BI）法と、我々が開発した GS 法の性能を比較した。その結果、進化距離が十分小さい時は GS 法のようにペアワイズ配列アライメント（PSA）に基づく NJ法を使用し、大きい時は GS 法を使う、というように使い分けることで常に最良の系統樹を推定できることがわかった。このことは、現在広く使用されている ML 法や BI 法ではなく、距離法に分類される NJ 法と GS 法の組み合わせが最良の系統樹推定法であることを示唆しており、分子系統学にとって大きなインパクトのある発見であると考えている。また我々
は、配列類似性グラフの密度がある一定の値を上回る時は NJ 法、下回る時は GS 法のように使い分けることが、最善の手法選択であることも見出した。さらに、PSA に基づく NJ 法には「内部枝支持率を計算する良い手法が存在しない」という問題があったため、その解決を試みた。PSA から擬似的な多重配列アライメントを構築する方法や、ランダムに PSA
をシャッフルする方法、といった古典的な手法とともに、GS 法を開発する際に合わせて開発した内部枝支持率計算手法である Edge Perturbation（EP）法を NJ 法に適用した結果、EP法を使用することで、適切な内部枝支持率を算出できることが明らかになった。
以上をまとめると、進化距離の小さな場合は PSA+NJ+EP という組み合わせで、進化距離の大きな場合は PSA+GS+EP という組み合わせで系統解析を行うのが最善であることが示
された。

発表論文
投稿準備中

73

令和 ２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
規則性合金の触媒作用に関する理論的研究
Theoretical study on catalysis of ordered alloys

京都大学触媒電池元素戦略研究拠点

古川 森也

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシ
ステムを利用し、アルカン脱水素に有効な Pt 系合金触媒の作用機構について DFT 計算を利用した詳細な機構解明を行った。PtGa 規則合金の最安定表面である(111)上には、Pt 原子 3個からなる Pt3 サイトと Pt 原子が孤立した Pt1 サイトがある。後者
はプロパンの脱水素に高い選択性を示す一方、前者は副反応も進行してしまう。そこで本研
究ではこれらのサイト上でのプ
ロパン脱水素過程に関して

図 1．Pt3Sn(111)および PtGa(111)表面上でのプロパン脱DFT 計算により活性障壁を計

水素過程とエネルギー障壁．

算した。（図 1）[1]。
その結果、選択性を決定づけるプロピレン脱離障壁と 3 回目の C-H 活性化（副反応）の障壁の差∆E が Pt1 サイト上では Pt3 サイト上と比較しきわめて高くなることが判明した。この結果はPt1 サイトが高い脱水素選択性を有することを実証するものであり、理論的なサポートを得ることに成功した。
またこれ以外にも類似の反応系としてメチルシクロヘキサン脱水素に有効な Pt-Fe-Zn 合金の触媒作用についても計算によるサポートを行った結果を論文に発表している[2]。
発表論文（謝辞あり）[1] Y. Nakaya, J. Hirayama, S. Yamazoe, K. Shimizu, S. Furukawa, Nat. Commun., 2020, 11,2838.
[2] Y. Nakaya, M. Miyazaki, S. Yamazoe, K. Shimizu, S. Furukawa, ACS Catal., 2020, 10,5163-5172.

74

令和 ２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
密度汎関数法を用いた NO 還元用代替触媒探索
DFT-based screening of NO reduction catalyst
福岡工業大学 工学部 生命環境化学科 蒲池高志

研究成果概要
現在ガソリン車の排ガスに含まれる NOx を還元する触媒として Pd、Pt、Rh などのレアメタルが使われている。これらレアメタルに大きく依存しない社会の構築は長期的課題であり、「元素戦略」として様々な取り組みがなされている。本研究では、密度汎関数法を用いた網羅的な計算により、NOx を還元する触媒として最適な２成分合金を探索している。これまでの計算から、
N-O 結合開裂の活性化エネルギーは金属の表面エネルギーと相関していることが明らかとなっている。これまでに、密度汎関数計算に基づいた AFLOW データベースに登録されている337 種類の２成分合金について、最も安定な面の表面エネルギーを京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムの CASTEP プログラムを用いて決定した。令和 2 年度は、各種遷移金属表面上のステップについて、N-O 結合開裂および N2,O2 生成活性化エネルギーや反応熱を計算しており、将来的にインフォマティクスに役立つ相関関係を見出したい。

発表論文（謝辞あり）
1. “Effect of Oxygen Vacancies on Adsorption of Small Molecules on Anatase and Rutile TiO2 Surfaces:
A Frontier Orbital Approach”
N. Hamamoto, T. Tatsumi, M. Takao, T. Toyao, Y. Hinuma, Shimizu, T. Kamachi, The Journal of Physical
Chemistry C, 125, 3827-3844, (2021).

発表論文（謝辞なし）
1. “Surface Oxygen Vacancy Formation Energy Calculations in 34 Orientations of β-Ga2O3 and θ-Al2O3”
Y. Hinuma, T. Kamachi, N. Hamamoto, M. Takao, T. Toyao, K. Shimizu, The Journal of Physical
Chemistry C, 124, 10509-10522, (2020).
2. “Frontier Molecular Orbital Based Analysis of Solid–Adsorbate Interactions over Group 13 Metal
Oxide Surfaces”
C. Liu, Y. Li, M. Takao, T. Toyao, Z. Maeno, T. Kamachi, Y. Hinuma, I. Takigawa, K. Shimizu, The
Journal of Physical Chemistry C, 124, 15355-15365, (2020).
3. “Changes in Surface Oxygen Vacancy Formation Energy at Metal/Oxide Perimeter Sites: A Systematic
Study on Metal Nanoparticles Deposited on an In2O3(111) Support”
Y. Hinuma, T. Toyao, N. Hamamoto, M. Takao, K. Shimizu, T. Kamachi, The Journal of Physical
Chemistry C, 124, 27621-27630, (2020).

75

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
高次高調波によるアト秒 X 線パルスの増幅
Amplification of X-ray attosecond pulses

Department of Physics, UPC-Polytechnic University of Catalonia, Carles Serrat
研究成果概要In 2020, as a continuation of our research performed in 2019, we have further investigated theamplification of attosecond pulses in helium. Initially, the research has been based on the singleelectron numerical solution of the time-dependent Schrödinger equation (TDSE) for atomic
processes in intense laser fields. The simulations performed with helium as amplifying medium
provided interesting insight of the physical processes involved in the experimentally observed
amplification around 100 eV, far from the ionization threshold of helium. In particular, from oursimulations it could be understood how having He+ ions in excited states results in a decisive
effect for parametric processes at high photon energies to be efficient in high-harmonic generation
with helium. The results from our numerical simulations are therefore an important step for theunderstanding and realization of full coherent plasma X-ray lasers seeded by parametricamplifyied high-harmonics. An article reporting both theoretical and experimental results was
published [C. Serrat, J. Seres, E. Seres, T-H. Dinh, N. Hasegawa, M. Nishikino and S. Namba,"Parametric attosecond pulse amplification from high order harmonic generation in He+ far fromthe ionization threshold.", Optics Express 28, 24243 (2020)], and an online presentation on the
results was presented at the 2020 OSA High-brightness Congress, 23 – 25 March 2020, Prague,
Czech Republic.
With the aim of going beyond the single-electron approximation, we are presently using realtime time-dependent density functional theory (RT-TDDFT). Such theory is currently widelyused with a high success in computational chemistry studies, and we expect that, although suchapproximation is less exact that the previous solution of the Schrödinger equation, it will allow
us to consider processes including interactions between the different electrons in systems withmore than one electron, such as helium. We have made several tests by using different software
packages available that implement RT-TDDFT, in particular we have tested OCTOPUS and
NWChem. We have observed that OCTOPUS is a possible candidate for this type of simulations
to be performed at the shared memory machine at Kyoto, while our first tests show that NWChem
would most optimally be executed in a distributed memory system instead.
発表論⽂（謝辞あり）“Parametric attosecond pulse amplification far from the ionization threshold from high orderharmonic generation in He+”,76

C. SERRAT, J. SERES, E. SERES, T. H. DINH, N. HASEGAWA, M. NISHIKINO, AND S.
NAMBA､Opt. Exp. 28, 24243 (2020).

77

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
スギゲノムの解読と解析
Genome sequencing and analysis of Japanese cedar

東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 笠原研究室 藤野 健

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、スギゲノムの解読と解析に取り組んだ。
スギ花粉症は日本で大きな社会問題となっており、その解決は喫緊の課題である。特に、高度成長期に植えられ、花粉を大量に放出している（伐採にはちょうど適した時期の）スギ人工林を伐採し新たに植林を行う（条件が悪い土地ではあるいは植えない）ことが重要である。しかし、輸入材と比べた場合に日本林業の商業的な採算性は厳しく、特に私有地のスギ人工林の植え替えを促進するには多額の補助金を注ぎ込む必要があり、財政事情が厳しい政府あるいは地方自治体では二の足を踏んでいた。
また、スギ花粉を出さないいわゆる無花粉スギ（雄性不稔スギ）はスギ花粉症への抜本的対策として期待されているが、自然変異体を利用しているため原因遺伝子は不明であり、各地の気候に適し商業的に優れた特性を持つ様々な雄性不稔スギを大量生産することはできない。
これらの課題を解決するための基礎研究として我々はスギゲノム配列を解読している。スギゲ
ノム（約 11 Gb）はヒトゲノム（約 3 Gb）の 3.8 倍の大きさを持ち、予備解析の結果、ヒトゲノムより遙かに解読が難しいゲノム構造（極めて頻度の高い反復配列）を持っていることが分かっており、ゲノム解読には予測不能な極めて大きな計算量を必要とする。
このため、スーパーコンピュータを用いてスギゲノム概要配列の構築を目的としたゲノムアセ
ンブリを行なった。アセンブリにおいては Oxford Nanopore 社のシークエンシング技術で得られたデータを用いた。まず、ゲノム配列の読み取りによって得られた信号データから、ゲノムア
センブラの入力となる塩基配列を得るにあたり GPU ノードを利用した計算の高速化を図った。
続いて、本年度得られたデータと昨年度までに得られていたデータを合わせて入力とし、
wtdbg2 アセンブラでゲノム概要配列の構築を行なった。この際、数十パターンにわたる様々な条件で並列に計算を行った。
Oxford Nanopore 社のシークエンシングデータはエラー率が高いことが知られているため、ゲノム概要配列に対して Illumina 社のシークエンシングデータをマップし、HyPo によってエラー訂正を行なった。このようにして得られたゲノムアセンブリに対する評価として BUSCO による
core gene set の検出数の計算や、別の実験で得られたマーカー配列のデータをもとにした遺伝地図とゲノムアセンブリとの整合性の調査などを行なっており、これらの評価を通じて今後も
ゲノムアセンブリの高精度化、コンティグ長の増大を目指す予定である。

78

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
真核生物の細胞内共生後のアミノアシル tRNA 合成酵素の進化

Eukaryote aminoacyl-tRNA synthetase evolution after endosymbiont

東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 岩崎研究室 浜口悠貴

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、様々な原生生物のミトコンドリア ARS の推定を試みた。対象とした生物種を以下に列挙する。
葉緑体を持たない生物種：真菌類の接合菌門やツボカビ門の生物種、ストラメノパイルの卵菌類やビギラの生物種、アルベオラータの繊毛虫門の生物種、アメーボゾアの生物種、盤状クリステ類の生物種、リザリア Plasmodiophora brassicae、アプソゾア Thecamonas trahens、ヌクレア
リア類 Fonticula alba、単細胞ホロゾア Capsaspora owczarzaki
葉緑体を持つ生物種：緑藻類、紅藻類、珪藻類、褐虫藻類の生物種解析の結果、以下の 3 点が示唆された。
①既知の動物や真菌類の担子菌門や子嚢菌門のミトコンドリア ARS とは配列類似性が低い、
ミトコンドリア ARS が数多くの葉緑体を持たない原生生物種で発見された。特に、卵菌類やビギラなどで顕著であった。
②既知の陸上植物のミトコンドリア ARS とは配列類似性が低い、ミトコンドリア ARS が数多くの葉緑体を持つ原生生物種で発見された。特に、紅藻類、珪藻類、褐虫藻類などの二次共生生物種で顕著であった。
③原生生物のミトコンドリア ARS は動物や真菌類・陸上植物よりも様々な細菌に由来していた。
発表論文(謝辞あり) なし
発表論文(謝辞なし) なし

79令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
DNA 配列空間に新規機能を予測する情報技術
Prediction of unknown function of proteins in sequence space
東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻 岩崎研究室

大前 公保

研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、DNA 配列空間に新規機能を予測する新たな情報技術の確立を目指す。これまでのところ、公開ゲノムデータ
ベースより延べ 12,000 件の高品質な原核生物ゲノム情報を取得し、大規模な比較ゲノム解
析、および各種タンパク質機能データベースとの紐づけを行った。今後は解析結果をさらに分析し、相同性検索に依らないタンパク質機能予測の新たな手法を開発する。

発表論文（謝辞あり）
該当なし

発表論文（謝辞なし）
該当なし

80

令和 2 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
計算化学を活用した天然物の合成研究
Natural products synthesis utilizing computational chemistry
富山県立大学 工学部 生物工学科 生物有機化学講座

占部 大介

研究成果概要本研究では、計算化学を活用した遷移状態探索、分光学的データの予測、網羅的な配座解析を全合成に組み合わせ、複雑天然物の効率的合成、希少天然物の構造決定、構造及び配座活性相関に基づく機能性分子の設計を行うことを目標としている。今年度は、キノコの、クモの巣病の真菌病原体の一種 Cladoboryum varium TAMA582 が有する新規天然物クラドア
ミド C を対象とし、NMR 計算と全合成を組み合わせた構造決定を実施した。
クラドアミド C は L-Ile、L-Leu、L-Phe および 2 残基の D-Phe からなる環状ペンタペプチドである。質量分析、NMR 解析および Marfey 法によってアミノ酸配列と絶対立体配置が決定されたが、3 つの連続する Phe 残基の配列は分光学的手法では決定できなかった。そこで Phe残基の配列の違いによる 3 つの可能な異性体を NMR 計算し、クラドアミド C の構造を推定した。B3LYP 汎関数もしくは M06-2X 汎関数を用いたいくつかの手法で各異性体を構造最適化
し、mPW1PW91/6-31+G(d,p)-PCM(DMSO)によって化学シフトを計算した。実験 NMR と計算 NMR を比較したところ、構造最適化の計算手法の違いにより異なる結果を与えた。すな
わ ち 、 B3LYP 汎 関 数 に よ る 構 造 最 適 を 経 た NMR 計 算 で は 、 3 つ の 異 性 体 の う ち
L-Ile-L-Leu-D-Ph-L-Phe-D-Phe

が 、 M06-2X

汎 関 数 を 用 い た 場 合 に は

L-Ile-L-Leu-L-Ph-D-Phe-D-Phe がクラドアミド C である、との結果を得た。そこで、候補化合物として絞り込んだこれらの 2 つの異性体を全合成し、NMR 値を天然物と比較することで、
L-Ile-L-Leu-L-Ph-D-Phe-D-Phe がクラドアミド C である事を決定した。

本研究により、クラドアミド C の構造を決定するとともに、M06-2X 汎関数は CH-π 相互作用などの非共有結合性相互作用を高精度で再現することから、複雑な構造を持つ天然物の構造最適化に適していることを示した。

発表論文（謝辞なし）
1. Zhou, T.; Katsuragawa, M.; Xing, T.; Fukaya, K.; Okuda, T.; Tokiwa, T.; Tashiro, E.; Imoto,M.; Oku, N.; Urabe, D.; Igarashi, Y. "Cyclopeptides from the Mushroom Pathogen Fungus
Cladobotryum varium," J. Nat. Prod., 2021, accepted. DOI:10.1021/acs.jnatprod.0c00980
2. Saito, S.; Atsumi, K.; Zhou, T.; Fukaya, K.; Urabe, D.; Oku, N.; Karim, Md. R. U.; Komaki,
H.; Igarashi, Y. "A cyclopeptide and three oligomycin-class polyketides produced by anunderexplored actinomycete of the genus Pseudosporangium," Beilstein J. Org. Chem.,
2020, 16, 1100-1110.

81

令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書

トリアシルグリセロールのグリセロール骨格コンフォメーションの振動スペクトルへの影響
Influence of glycerol conformation in triacylglycerol on vibrational spectra
大阪大学 理学研究科 高分子科学専攻

武智 恭世

研究成果概要目的： 本研究では、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用し、トリアシルグリセロールのグリセロール骨格部分のコンフォメーションの違Chain 2

いが、赤外吸収スペクトルにどのように反映されるかについて検討した。
計算： 量子化学計算プログラム（Gaussian 16）を用いて、密度汎関数法を用いた第一原理計算を行った。基底関数は 6-31G (d,p)である。トリアシルグリセロー
ルには、3 分子のパルミチン酸と 1 分子のグリセロールから構成されるトリパルミ
チン選び、グリセロール骨格に起因する赤外吸収スペクトルの変化を求めた。

Chain 1

Chain 3

結果： トリパルミチンは、結晶化条件の違いにより準安定相α、β’と安定相βと呼ばれる結晶多型を示す。結晶多型の違いにより、アルキル鎖のパッキングやグリセロール骨格部分のコンフォメーションが変化することが、XRD や赤外ス
ペクトルの実験結果からは示されている。

Figure 1 β相の分子鎖構造

特に本計算で注目するグリセロール骨格は、安定相βでは左図 1 のような伸びきり鎖(Chain 1 と 2)β相と折れ曲がり鎖(Chain 3)からなる椅子型構造と呼ばれる構造をとり、赤外スペクトルでは C＝O 伸縮振動が 1738cm-1(伸び切り鎖: Chain 1 と 2) と 1728
cm-1(折れ曲がり鎖: Chain 3) にそれぞれ出ることが確認されている。一方、融液の急冷固化で生じる準安定α相は、グリセロール骨格付近に乱れを含みすべてが伸び切り鎖からなる音叉型構造をとることがわかっている。その場合、赤外 C=O 伸縮バンド

α相

は折れ曲がり鎖に起因したバンドは消失し、伸びきり鎖に起因したブロードバンドが 1739 cm-1 に観測される。このようなスペクトルの特徴が基準振動計算
でも現れたので結果を図 2 に示す。β相では、伸びきり鎖と折れ曲がり鎖に起因するバンドが 1751
cm-1 （補正無し:1816 cm-1 ）と 1742 cm-1 (補正無し:1807 cm-1) に、α相では伸びきり鎖に起因した
一本のブロードなバンドが 1759 cm-1 (補正無し:1824
cm-1）に現れ、実測の IR と同様な傾向が確認された。

82

Figure 2 グリセロール C=O 伸縮バンド（補正なし）

令和２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
重い元素を含む有機無機化合物

Organic-Inorganic Compounds Containing Heavier Main Gorup Elements
名古屋市立大学大学院理学研究科

笹森貴裕（令和２年 10 月より筑波大学数理物質系）
研究成果概要本研究では、京都大学化学研究所・若宮淳志教授との共同研究に添って、京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムにおいて、Gaussian 16 プログラムによる量子化学計算により、高周期１４族元素であるケイ素の二価化学種（シリレン）の性質を明らかとした。一般にケ
イ素二価化学種シリレンは、その空の 3p 軌道に起因する高い求電子性を有し、単離困難な活性化学種であることが知られている。近年は、速度論的安定化を施した特殊なシリレンについて、いくつか合成・単離例が報告され、シリレンが小分子活性化反応に活用できる有用な反応中間体であることが示されている。そこで、活性なシリレンを温和な条件で発生することができ
る適切な前駆体として、ケイ素—炭素—炭素三員環化合物「シリラン」を設計し、シリレン等価体
としての機能を調べることとした。ケイ素上にどのような置換基を用いれば、温和な条件でシリレンを発生することのできるシリランとなりうるか、理論的に考察することとし、Gaussian 16 プロ
グラムを用い、TDDFT 計算を行った。計算レベルは、B3PW91-D3(BJ)/6-311G(3d)を用いた。
その結果、シリレンとシクロヘキセンの[1+2]環化付加体がシリレン前駆体として機能することが予想され、また、ケイ素上の置換基としては、フェニル基やメチル基よりも、フェロセニル基を導入した方が解離反応が有利に進行することが予想された。
Fc

Fc
Si
Fc

Fc

Ph

Ph
Si

Ph

Ph

Me

Me
Si

Me

Si:

+

ΔG = 14.0 kcal/mol

Si:+

ΔG = 26.0 kcal/mol

Si:+

ΔG = 27.6 kcal/molMe

発表論文（謝辞あり）：Pan, Y.; Morisako, S.; Aoyagi, S.; Sasamori, T. Molecules 2020, 25, 5917.
発表論文（謝辞なし）：特になし

83令和 2年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
高活性遷移金属錯体の合成による新反応開拓

Development of New Reaction Based on Novel Transition Metal Catalysts
中央大学 理工学部 応用化学科

岩本 貴寛

研究成果概要金属-炭素結合への不飽和結合の挿入反応は、有機金属化学において一般的な素反応過程であり、また挿入反応を利用した有用な触媒反応も数多く知られている。一方、逆反応に対応する β-炭素脱離の研究も古くからおこなわれており、これらの研究は挿入反応の制御に関する重要な知見を与えるだけでなく、独自の炭素-炭素結合活性化反応を可能にする。これまでに知られている β-炭素脱離はアルキル錯体やアルコキソ錯体からアルケンやカルボニル化
合物を与えるものが大多数を占めており、アルキンなどの三重結合挿入反応の逆プロセスであるアルケニル金属種からの β-炭素脱離に関する研究は前周期遷移金属を用いた一例に限られていた。ごく最近、当研究室では Cp*配位子を持つロジウム錯体がアルキンとの反応によりアルケニル基の交換反応を示すことを見出し、また種々の実験から本交換反応がアルケニ
ルロジウム種のβ-炭素脱離を経由していることを明らかにした。
本反応の反応機構に関する知見を得るために、Gaussian 09(B3PW91/SDD+6-311G(d))により中間体および遷移状態の最適化を行った。その結果、想定していたアルケニルロジウム種
からのβ-炭素脱離に対応する反応経路が求まり、またエネルギーや構造に関する詳細な知見も得られた（Figure 1）。

Figure 1. -Carbon elimination of alkenyl rhodium complex.

発表論文（謝辞あり）なし
発表論文（謝辞なし）なし

84令和 ２年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
大学教育と労働市場の地理的差異
Spatial Gaps in Local College and Labor Market Opportunities
一橋大学 経済学研究科 経済政策部門

石丸翔也

研究成果概要本研究では、生まれ育った地域が周辺の大学や労働市場へのアクセスを通じて将来の雇用や賃金に与える影響を分析する。大学の選択や労働市場の地理的選択を含む経済主体の行動モデルの推定とシミュレーションに計算資源を必要とし、その一部に京都大学化学研究
所スーパーコンピュータシステムを利用した。
米国の大学と労働市場のデータを用いた分析による暫定的な結果として、周辺の大学や労働市場へのアクセスに起因する地理的な差異は、公的教育や地域環境の質の違いに由来する高校卒業までに形成される人的資本の地理的な差異と同程度の量的重要性を大学進学率
や賃金に対して持つことが確認された。今後の詳細な分析にも、本システムを継続して利用する予定だ。

発表論文（謝辞あり）
なし

発表論文（謝辞なし）
なし

85京大化学研究所 - 2020年度 -システム稼働時間
部門別利用状況
バッチジョブ処理状況
応用ソフトウェア利用状況

システム稼働状況
スーパーコンピュータシステム

日本ヒューレット・パッカード株式会社 福本 淳司、大久保 宏一、上原 英也、西川 和嗣

システム稼働時間
稼働状況

年間運転時間(h)稼働 保守 運休
システム運転状況
8664.6 95.4
システム稼働率 : 98.9 %(h) (h)システム名
大規模共有メモリサーバ(sdf1/sdf2)

CPUクラスタ8473.5 286.5(h) (h)システム稼働率 : 96.7 %8529.8 230.2(h) (h)システム稼働率 : 97.4 %(ap001-ap124)

GPUクラスタ(apg01-apg18)

計算サーバの月別システム稼働時間
システム名
年月 稼働時間(b) 保守時間(c) 故障時間(d) 運転時間(e=b+c+d) 稼働率(b/e)
4月
720:00
720:00100 %
大規模共有メモリサーバ
5月
744:00744:00100 %(sdf1/sdf2)
6月
720:00
720:00100 %
7月
744:00744:00100 %
8月
744:00744:00100 %
9月
711:158:45
720:0098 %
10月
671:206:00
66:40
744:0090 %
11月
718:00
2:00
720:0099 %
12月
744:00744:00100 %
1月
726:00
18:00
744:0097 %86CPUクラスタ(ap001-ap124)

GPUクラスタ(apg01-apg18)

2月
3月
計
月平均
4月
5月
6月
7月
8月
9月
10月
11月
12月
1月
2月
3月
計
月平均
4月
5月
6月
7月
8月
9月
10月
11月
12月
1月
2月
3月
計
月平均

672:00744:008658:35
721:32
720:00744:00624:50744:00744:00631:40744:00617:00744:00744:00672:00744:008473:30
706:07
718:00744:00
720:00744:00675:50560:00744:00
720:00744:00744:00671:00744:008528:50
710:44

8:00
0:40

93:25
7:47
95:10
88:20
103:00

1:00

286:30
23:52
1:00

68:10
160:00

1:00
1:00
0:05

87

230:10
19:10

672:00744:008760:00
729:59720:00744:00
720:00744:00744:00
720:00744:00
720:00744:00744:00672:00744:008760:00
729:59720:00744:00
720:00744:00744:00
720:00744:00
720:00744:00744:00672:00744:008760:00
729:59100 %100 %98.8 %
98.8 %
100 %
100 %
86 %
100 %
100 %
87 %
100 %
85 %
100 %
100 %
100 %
100 %
96.7 %
96.7 %
99 %
100 %
100 %
100 %
90 %
77 %
100 %
100 %
100 %
100 %
99 %
100 %
97.4 %
97.4 %

京大化学研究所 - 2020年度 -システム稼働状況

システム稼働時間
部門別利用状況
バッチジョブ処理状況
応用ソフトウェア利用状況

スーパーコンピュータシステム
日本ヒューレット・パッカード株式会社 福本 淳司、大久保 宏一、上原 英也、西川 和嗣

利用者数の月別推移
利用者 計算ノード アプリ
項番
部局名(人) 利用者数 登録者数 (人) 利用者数
(47)
(17)
1 化学研究所
146(2)(3)
2 エネルギー理工学研究所
3
3 生存圏研究所
4 防災研究所
1
5 宇治地区事務部
83
(9)
(7)
6 理学研究科・理学部
13
7 医学研究科・医学部
2
8 附属病院
9 再生医科学研究所(2)(2)
10 薬学研究科・薬学部
5
(21)
(12)
11 工学研究科・工学部
47
(6)
(5)
12 エネルギー科学研究科
6
(6)
(1)
13 農学研究科・農学部
7
14 総合人間学部(3)(2)
15 人間・環境学研究科
4
16 経済研究所
17 数理解析研究所
18 情報学研究科
19 生命科学研究科
20 学術情報メディアセンター(2)
21 生態学研究センター
2
(5)
(4)
22 高等研究院
7
23 次世代開拓研究ユニット
24 先端医工学研究ユニット
25 触媒・電池元素戦略ユニット
26 iPS細胞研究所
27 ウイルス研究所(1)
28 福井謙一記念研究センター
1
(1)
(1)
29 産官学連携本部
1
30 学際融合教育研究推進センター(33)
31 その他
35

部局別のCPU使用時間
項番
部局名
1 化学研究所
2 エネルギー理工学研究所
3 生存圏研究所
4 防災研究所
5 宇治地区事務部
6 理学研究科・理学部
7 医学研究科・医学部
8 附属病院
9 再生医科学研究所
10 薬学研究科・薬学部
11 工学研究科・工学部
12 エネルギー科学研究科
13 農学研究科・農学部
14 総合人間学部
15 人間・環境学研究科
16 経済研究所
17 数理解析研究所
18 情報学研究科

共有メモリサーバ

CPUクラスタ■(Email利用者) ■(計算ノード利用者)

GPUクラスタログインノード

20689日02時間31分 145090日19時間13分 48594日11時間52分 9日12時間10分
3日18時間04分
00時間15分
01時間07分
1134日15時間31分

76日04時間16分

02時間29分

2146日00時間58分 53766日05時間31分 4440日16時間30分

21時間38分

14423日21時間27分 207611日02時間58分 18065日18時間17分 1日21時間44分
2043日12時間43分
300日12時間59分
89日11時間09分
03時間17分
303日04時間37分 5717日00時間49分 547日21時間43分 9日22時間27分
1587日16時間33分

88

13日23時間44分

00時間05分

19 生命科学研究科
20 学術情報メディアセンター
04時間05分 7681日14時間17分 817日16時間05分 5日13時間32分
21 生態学研究センター
34日00時間35分
22 高等研究院
23 次世代開拓研究ユニット
24 先端医工学研究ユニット
25 触媒・電池元素戦略ユニット
26 iPS細胞研究所
27 ウイルス研究所
28 福井謙一記念研究センター
23日10時間23分
29 産官学連携本部
30 学際融合教育研究推進センター
25246日10時間58分 268234日13時間15分 17784日05時間48分 21日10時間17分
31 その他89京大化学研究所 - 2020年度 -システム稼働状況

システム稼働時間
部門別利用状況
バッチジョブ処理状況
応用ソフトウェア利用状況

スーパーコンピュータシステム
日本ヒューレット・パッカード株式会社 福本 淳司、大久保 宏一、上原 英也、西川 和嗣

バッチジョブ実行時間 (HPE Superdome Flex & HPE Apollo 2000)
項番
項目
QUICKキュー SMALLキュー
APCキューAPGキュー
SDFキュー
1 総ジョブ件数
2339
148747250761518549846
2日21時間57分 2107日08時間46分 791544日23時間32分 1355日21時間59分 76495日11時間07分
2 総CPU時間
00時間01分
00時間20分
07時間34分
17時間32分
7日18時間26分
3 平均CPU時間
00時間01分
02時間24分
31日14時間35分
3日07時間00分
53日18時間31分
4 最大CPU時間
00時間05分
00時間46分
03時間50分
06時間51分
5 平均ジョブ実行時間 00時間02分
00時間01分
00時間12分
22時間08分
04時間25分
16時間05分
6 最大ジョブ実行時間
03時間07分
00時間04分
00時間46分
00時間47分
00時間34分
7 平均ジョブ待ち時間
03時間30分
03時間31分
13時間31分
01時間26分
13時間01分
8 最大ジョブ待ち時間(件)

バッチジョブ件数(時間)

月別のCPU使用時間とバッチジョブ件数(2020年度)
月 CPU使用率
CPU時間
バッチジョブ件数
4月
37.1 % 76168日03時間07分
1770415月
35.5 % 65845日16時間41分
1252436月
36.1 % 67354日09時間21分
83350
7月
40.9 % 82422日11時間39分
70183
8月
43.2 % 91472日18時間33分
4335499月
34.1 % 68749日06時間57分
30948810月
44.4 % 80021日03時間03分
42965211月
42.9 % 83087日21時間18分
25841512月
40.3 % 77246日18時間00分
117282
1月
49.3 % 92574日23時間10分
1824672月
61.3 % 105904日04時間14分
2089723月
54.0 % 103247日18時間11分
274759年度計- 994095日10時間18分
2670401
月平均43.3 % 82841日06時間51分
22253390■ CPU時間h)

CPU時間

CPU使用率(%)

京大化学研究所 - 2020年度 -システム稼働状況

システム稼働時間
部門別利用状況
バッチジョブ処理状況
応用ソフトウェア利用状況

スーパーコンピュータシステム
日本ヒューレット・パッカード株式会社 福本 淳司、大久保 宏一、上原 英也、西川 和嗣

応用ソフトウェア利用時間 (ジョブ件数とCPU時間)
ジョブ件数とCPU時間

ジョブ件数とCPU時間

ジョブ件数とCPU時間

ジョブ件数とCPU時間

ジョブ件数とCPU時間912020年度
WWWサービスの利⽤状況
⽇本ヒューレット・パッカード株式会社⻄川和嗣

更新⽇時：2021年4⽉1⽇ 00時30分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

7,013

14,872

107,863425,04243.63 GB

5⽉

6,871

16,241

105,907394,30447.19 GB

6⽉

6,988

17,719122,298

440,058

45.86 GB

7⽉

7,266

20,269104,294415,205

38.76 GB

8⽉

7,376

21,463

104,200

399,850

32.69 GB

9⽉

6,527

18,197

100,806

366,558

25.23 GB

10⽉

7,692

19,177

109,016

417,892

32.50 GB

11⽉

7,188

19,246

122,802394,55136.09 GB

12⽉

7,765

17,870148,147

449,459

27.73 GB

1⽉

8,141

19,930141,812463,387

30.66 GB

2⽉

7,070

16,846

128,917417,07728.35 GB

3⽉

8,184

21,453

155,900

492,152

33.57 GB合計

88,081

223,283

1,451,962

5,075,535

422.24 GB

国内外の利⽤⽐率（2020年度）

2011年

2012年

2013年

2014年

2015年

2016年

訪問者数の推移 (2011年1⽉より表⽰)

92

2017年

2018年

2019年

2020年

2020年度
ゲノムネットサービス利用統計西川 和嗣(日本ヒューレット・パッカード株式会社)
KEGG 生命システム情報統合データベース
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) はゲノムや分子レベルの情報から細胞、個体、エコシ
ステムといった生命システムの機能や有用性を理解するためのリソースです。生命システムのコンピュータ表現として、遺伝子やタンパク質（ゲノム情報）と化合物など（ケミカル情報）の分子部品の情報を、分子間の相互作用・反応・関係ネットワーク（システム情報）の知識で統合した生命システム情報統合データベースです。さらに生体システムのゆらぎとして疾患・医薬品情報（ヘルス情報）も統合されています。
カテゴリ
データベース内 容
KEGG PATHWAY
KEGG パスウェイマップ
システム情報KEGG BRITE
BRITE 機能階層・テーブルKEGG MODULE
KEGG モジュール
KEGG ORTHOLOGY
機能オーソログ
KEGG GENOME
全ゲノム配列既知の KEGG 生物種
ゲノム情報
KEGG GENES
遺伝子・タンパク質
KEGG SSDB
GENES の配列類情報
KEGG COMPOUND
化合物
KEGG GLYCAN
糖鎖
ケミカル情報KEGG REACTION
生体内化学反応
KEGG RCLASS
反応クラス
KEGG ENZYME
酵素
KEGG NETWORK
疾患関連のネットワーク要素
KEGG VARIANT
ヒト遺伝子バリアント
KEGG DISEASE
ヒト疾患
ヘルス情報
KEGG DRUG
医薬品
KEGG DGROUP
医薬品グループ
KEGG ENVIRON
生薬、天然物など
ゲノムネットデータベースリソース
サービス
内 容
KEGG OCKEGG OC (KEGG Ortholog Cluster) へのインタフェース
Virus-Host DB
ウィルスとその宿主のデータベース
Taxonomy
生物種分類の早見表および検索
varDB
抗原変異性遺伝子のデータベース
ゲノムネットの計算ツール
ゲノムネットでは以下の３つのカテゴリーで計算サービスを提供しています。配列解析の標準的なプログラム
以外はすべて京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターで開発されたものです。
配列解析
サービス
BLAST
FASTA
MOTIF
CLUSTALW
MAFFT
PRRN
TREE
ゲノム情報解析サービス
ViPTree内 容
配列類似性検索
配列モチーフ検索
配列のマルチプルアライメントおよび進化系統樹解析

内 容
ウィルスゲノムのproteomic treeを生成
93

KAAS
EGassembler
GENIESDINIES
KofamKOALA
ケミカル情報解析サービス
SIMCOMPSUBCOMP
KCaM
PathComp
PathSearch
PathPred
E-zymeゲノムまたはESTコンティグの自動アノテーションとパスウェイマッピング
大量のESTデータからコンセンサスコンティグ自動生成
カーネル法での多様なオミクスデータ統合による遺伝子ネットワーク予測
医薬品ー標的ネットワーク予測
遺伝子機能予測とKEGGマッピング
内 容
化合物類似構造検索
化合物部分構造検索
糖鎖類似構造検索
化合物間の反応経路計算
類似反応経路検索
分解・合成反応経路予測
化合物間の酵素反応と酵素遺伝子予測

DBGET/LinkDB: ゲノムネット統合データベース検索システム
DBGET は世界中に存在する分子生物学データベースを対象とした統合データベースシステムです。ゲノム
ネットや KEGG のバックボーンシステムとして利用されています。DBGET でサポートする分子生物学データ
は、各データベースのエントリー（ページ）をノード、エントリー間の参照情報をエッジ（リンク）とした膨大なグラフとして表現されます。各データベースエントリーはデータベース名とエントリー名（またはアクセッション番号）のペアで指定され、これは一般には対応するページのURLに変換することができます。このような名前空間を考え、名前同士のつながりを蓄積したのが LinkDB データベースです。
DBGET/LinkDB システムでは多数のデータベースを統合するために、データベース利用条件の違い（ミラーリング可、キーワードインデクシング可、リンクのみ）を考慮して、各データベースを以下の５つのカテゴリーに分類しています。
検索コマンド
備考
bget bfind blink
yes yes yes
ゲノムネットでミラーリング
yes yes yes
no yes yesnono yes 各サイトのサービスを利用
yes no yes

カテゴリー
1. KEGGデータベース
2. その他のDBGETデータベース
3. Web上の検索可能データベース
4. Web上のリンクのみのデータベース
5. PubMedデータベース
KEGGデータベース (カテゴリー1)

ゲノムネットが提供するKEGGデータベースは以下の通りで、多くのものは毎日更新されています。
データベース
brite
pathway
moduleorthology
genomemgenomegenes
mgenescompoundglycanreactionrclassenzymenetworkvariant
disease内 容
機能階層・オントロジー
パスウェイマップ
KEGGモジュールオーソログ (KO) グループ
KEGG生物種
メタゲノム
高精度ゲノム中の遺伝子カタログ
メタゲノム中の遺伝子カタログ
化合物
糖鎖
化学反応
反応クラス
酵素分類
疾患関連のネットワーク要素
ヒト遺伝子バリアント
ヒト疾患
94

備考
KEGG BRITE
KEGG PATHWAY
KEGG ORTHOLOGYKEGG GENOME
KEGG GENES
KEGG COMPOUND
KEGG GLYCANKEGG REACTION
KEGG NETWORKKEGG VARIANT
KEGG DISEASE

drugdgroupenvironexpression

医薬品
医薬品グループ
生薬・天然物、環境物質、ほか
マイクロアレイ遺伝子発現プロフィール

KEGG DRUG
KEGG ENVIRON
著者による登録

その他のDBGETデータベース (カテゴリー2)
ゲノムネットがミラーリングしているデータベースは以下の通りです。
データベース内 容
元サイト
refnuc
核酸塩基配列refseqNCBI
refpepタンパク質アミノ酸配列
swissprot
uniprot
タンパク質アミノ酸配列
ExPASy / EBI
tremblrg001
海洋微生物メタゲノムのリファレンス遺伝子セット（OM-RGC） EMBL
refgene rg002
ヒト腸内細菌メタゲノムのリファレンス遺伝子セット（IGC）
BGI/EMBL
rg003
海洋微生物メタゲノムのリファレンス遺伝子セット（MATOU） Tara Oceans
pdb
タンパク質立体構造
RCSB
pdbstr
PDBアミノ酸配列
京都大学
epd
真核生物プロモーター
ISREC
prositeExPASymotifdic pfam
タンパク質配列モチーフ
Sangerncbi-cdd
NCBI
pmd
変異タンパク質
国立遺伝学研究所
aaindex
アミノ酸指標京都大学
carbbank
糖鎖構造 (更新なし)
帝京大学/ジョージア大学
prosdoc
PROSITE文献ExPASyWeb上の検索可能データベース (カテゴリー3)
ゲノムネットでキーワード検索のみできるデータベースは以下の通りです。
データベース
genbank
insdc
ddbj
embl
ncbi-geneensemblhgnc
brc-dna
brc-epdgointerpropubchemchebi
pdb-ccd
lipidmaps
lipidbankknapsack
hmdb
3dmet
drugbank
ligandbox
sider

内 容
核酸塩基配列Entrez 遺伝子データベース
真核ゲノムアノテーション
ヒト遺伝子名
ヒト完全長cDNAクローン
植物の完全長cDNAクローン
遺伝子オントロジー
タンパク質ファミリー・ドメイン
PubChem 化合物データベース
ChEBI 化合物データベース
PDB リガンド辞書
脂質代謝
脂質
植物二次代謝産物
ヒトメタボローム
天然化合物の立体構造
医薬品とターゲット
医薬品の立体構造
医薬品の副作用
95

元サイト
NCBI
国立遺伝学研究所
EBI
NCBI
Ensembl
HGNC
理研BRC
理研BRC
GO
EBI
NCBI
EBI
PDB
LIPIDMAPS
LipidBank
KNApSAcKHMDB
3DMET
DrugBank
LigandBox
SIDERLinkDB検索のみ可能なデータベース (カテゴリー4)
LinkDBで検索可能なデータベースは以下のとおりです。
https://www.genome.jp/linkdb/link_only.html
PubMedデータベース (カテゴリー5)
データベース内 容
pubmed
医学・生化学文献データベース

96

元サイト
NCBI

⽉別のWWWサービス利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 20時10分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

3,501,659

6,708,805

27,590,320

74,516,276

2094.39 GB

5⽉

2,568,676

4,943,297

20,224,747

58,345,619

1791.83 GB

6⽉

2,222,477

4,448,563

23,126,186

59,054,859

1972.38 GB

7⽉

2,511,354

5,008,116

21,570,617

59,684,576

1768.51 GB

8⽉

2,443,956

4,718,372

17,567,533

52,966,474

1654.80 GB

9⽉

2,338,585

4,517,879

16,501,442

50,962,950

1602.76 GB

10⽉

2,497,480

4,970,458

16,980,500

55,760,973

1787.58 GB

11⽉

2,278,421

4,361,751

15,704,577

51,707,889

1849.19 GB

12⽉

1,926,331

3,613,218

30,342,132

61,351,687

2377.02 GB

1⽉

1,985,681

3,681,603

18,072,740

48,153,326

1804.07 GB

2⽉

2,020,766

3,562,249

14,482,454

42,371,468

1611.76 GB

3⽉

2,061,576

3,858,111

16,988,646

46,921,765

2086.16 GB

合計

28,356,962

54,392,422

239,151,894

661,797,862

22400.42 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

97

⽉別のKEGG利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 15時45分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

3,254,335

6,229,817

18,442,372

57,107,023

1152.52 GB

5⽉

2,337,196

4,475,694

13,197,820

42,875,351

872.51 GB

6⽉

2,016,746

4,005,193

9,978,377

37,863,595

738.34 GB

7⽉

2,302,658

4,555,149

10,991,831

41,788,135

785.29 GB

8⽉

2,256,627

4,318,435

10,907,549

40,385,653

790.14 GB

9⽉

2,134,876

4,100,992

10,650,372

38,214,643

808.82 GB

10⽉

2,269,885

4,496,715

11,456,496

42,203,920

945.27 GB

11⽉

2,057,762

3,897,932

9,843,994

37,577,435

848.44 GB

12⽉

1,697,945

3,132,916

11,380,693

34,370,934

1124.93 GB

1⽉

1,734,914

3,156,156

9,484,514

32,489,605

844.87 GB

2⽉

1,743,435

3,049,339

8,292,913

29,491,214

710.97 GB

3⽉

1,738,858

3,224,871

10,033,632

31,489,118877.83 GB

合計

25,545,237

48,643,209

134,660,563

465,856,626

10499.93 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）
4,653,620

2015年

2016年

2017年

2018年

訪問者数の推移 (2015年1⽉より表⽰)

98

2019年

2020年

⽉別のMEDICUS利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 16時51分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

2,989,557

5,686,404

9,623,756

42,553,551

516.59 GB

5⽉

2,210,876

4,143,148

7,363,654

31,338,688

387.13 GB

6⽉

1,899,028

3,720,208

6,867,999

29,116,773

362.42 GB

7⽉

2,179,787

4,257,562

7,475,037

32,913,724

396.02 GB

8⽉

2,134,425

4,038,379

7,232,947

31,510,487

384.06 GB

9⽉

1,906,636

3,632,783

6,506,438

28,375,768

346.92 GB

10⽉

2,048,182

4,028,720

7,345,335

31,974,716

393.28 GB

11⽉

1,895,381

3,535,455

6,232,238

27,857,995

334.01 GB

12⽉

1,559,702

2,811,873

5,015,263

22,217,490

270.25 GB

1⽉

1,600,279

2,846,802

4,973,091

22,497,069

267.11 GB

2⽉

1,582,598

2,749,559

4,789,965

21,405,848

251.90 GB

3⽉

1,470,607

2,567,206

4,810,082

19,593,517

239.41 GB

合計

23,477,058

44,018,099

78,235,805

341,355,626

4149.11 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）
2,989,557

2015年

2016年

2017年

2018年

訪問者数の推移 (2015年1⽉より表⽰)

99

2019年

2020年

⽉別のお薬⼿帳利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時23分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

3,419

4,446

36,80844,512223.04 MB

5⽉

2,645

3,637

28,65135,597167.38 MB

6⽉

2,510

3,563

25,341

29,818153.86 MB

7⽉

3,301

4,304

35,891

40,687170.36 MB

8⽉

3,284

4,086

25,182

29,348143.89 MB

9⽉

3,395

4,328

32,66739,708194.17 MB

10⽉

3,551

4,628

30,73036,271165.72 MB

11⽉

3,433

4,454

32,536

40,570190.51 MB

12⽉

3,768

4,928

35,882

43,880213.01 MB

1⽉

4,812

5,802

35,76942,770197.68 MB

2⽉

8,667

9,962

50,77559,559301.92 MB

3⽉

10,704

12,183

61,812

72,472334.54 MB

合計

53,48966,321

432,044515,192

2.40 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）
10,704

2015年

2016年

2017年

2018年

訪問者数の推移 (2015年4⽉より表⽰)

100

2019年

2020年

⽉別のKEGG API利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉6⽇ 16時07分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

24,33958,37843,055,451

43,056,109

475.35 GB

5⽉

23,67959,002

36,775,475

36,776,149

440.45 GB

6⽉

21,96953,60559,007,277

59,008,009

428.14 GB

7⽉

20,65553,83256,148,116

56,148,883

573.83 GB

8⽉

19,07659,05874,543,493

74,544,322

598.84 GB

9⽉

42,019123,659

29,531,149

29,531,846

440.33 GB

10⽉

19,787

52,84837,636,639

37,637,310

435.58 GB

11⽉

20,22953,28740,295,846

40,296,511

408.69 GB

12⽉

21,29359,36554,815,345

54,816,105

641.39 GB

1⽉

20,77854,546

49,771,967

49,772,741

435.99 GB

2⽉

19,262

48,96851,234,962

51,235,663

494.64 GB

3⽉

23,21162,097

59,163,631

59,164,295

560.15 GB

合計

276,297738,645591,979,351

591,987,943

5933.39 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）
64,066

2015年

2016年

2017年

2018年

訪問者数の推移 (2015年1⽉より表⽰)

101

2019年

2020年

⽉別のKEGGを除くサービス利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時22分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

88,450283,1112,378,508

3,649,383

105.64 GB

5⽉

79,116

221,802

1,756,708

3,161,203

135.94 GB

6⽉

70,944

134,930

5,206,003

6,690,219

174.07 GB

7⽉

73,382

131,3392,699,869

4,012,457

175.03 GB

8⽉

58,350107,322

1,424,777

2,372,140

117.02 GB

9⽉

69,841

122,520

1,149,563

2,197,966

115.83 GB

10⽉

79,188138,291

1,317,519

2,609,657

81.19 GB11⽉

78,451

137,513

1,645,903

3,158,103

124.19 GB

12⽉

74,256

132,779

1,584,572

3,139,170

109.71 GB

1⽉

74,734135,041

1,423,532

2,795,012

115.70 GB

2⽉

70,132

119,493

1,128,693

2,301,950

57.02 GB3⽉

83,873

153,4091,479,329

3,068,789

116.33 GB

合計

900,717

1,817,550

23,194,976

39,156,049

1427.68 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）
189,470

2016年

2017年

2018年

2019年

訪問者数の推移 (2016年4⽉より表⽰)

102

2020年

⽉別のLinkDB利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 16時06分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

17,38325,458103,771

138,365

55.57 GB5⽉

16,863

26,160319,134

353,39157.17 GB6⽉

15,136

22,7693,567,949

3,598,245

68.89 GB7⽉

14,69422,066

1,114,323

1,144,080

59.56 GB8⽉

12,924

19,670102,049

127,73152.60 GB9⽉

14,97321,02597,902

128,01745.56 GB10⽉

17,223

24,979129,896

164,656

69.79 GB11⽉

17,13525,207

320,135

421,360

46.82 GB12⽉

16,53023,502

167,462

307,09828.45 GB1⽉

16,961

24,944145,410

272,700

29.85 GB2⽉

16,07523,336

86,341

210,300

23.94 GB3⽉

20,24629,227

135,927

289,69728.73 GB合計

196,143

288,343

6,290,299

7,155,640

566.92 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

103

⽉別のMGENES利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時15分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

1,509

2,401

9,083

17,897738.75 MB

5⽉

1,498

2,444

12,376

20,324751.59 MB

6⽉

1,422

2,282

207,036

215,148

3.39 GB

7⽉

1,409

2,330

42,51047,8011.32 GB

8⽉

1,374

1,644

15,80819,983765.25 MB

9⽉

1,265

1,461

4,265

8,971

551.53 MB

10⽉

1,342

1,598

4,307

9,441

585.26 MB

11⽉

1,359

1,583

4,530

10,225593.01 MB

12⽉

1,518

1,743

5,186

11,237745.97 MB

1⽉

1,506

1,700

4,134

9,728

566.66 MB

2⽉

1,720

1,914

3,342

10,083689.84 MB

3⽉

1,688

1,956

4,869

11,538617.75 MB

合計

17,61023,056

317,446

392,376

11.16 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

104

⽉別のOC利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時19分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

618

1,014

2,371

4,926

38.77 GB

5⽉

528

1,587

3,074

4,838

53.96 GB

6⽉

406

2,349

10,587

12,31938.09 GB

7⽉

572

1,751

9,136

11,20469.54 GB

8⽉

648

1,652

5,066

6,962

54.74 GB

9⽉

542

1,189

2,320

3,998

2.56 GB

10⽉

541

1,018

2,094

3,991

2.48 GB

11⽉

452

775

2,028

4,120

38.09 GB

12⽉

500

910

25,28427,42762.13 GB

1⽉

541

908

1,733

3,434

62.11 GB

2⽉

456

685

2,264

4,465

4.77 GB

3⽉

646

1,233

2,835

4,749

48.00 GB

合計

6,450

15,071

68,792

92,433475.25 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

105

⽉別のVirus-Host DB利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時36分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

10,051

15,25430,752

142,767

3.92 GB

5⽉

10,574

15,666

28,660135,299

3.76 GB

6⽉

8,218

10,121

22,169118,806

3.09 GB

7⽉

7,784

9,748

30,325

119,307

3.04 GB

8⽉

7,032

9,098

32,576

107,540

2.84 GB

9⽉

8,051

9,921

21,264

107,418

3.18 GB

10⽉

7,632

9,599

19,798101,832

3.01 GB

11⽉

7,231

9,108

20,351

99,744

3.16 GB

12⽉

6,397

8,187

32,78599,9042.63 GB

1⽉

5,903

7,650

17,90980,8302.46 GB

2⽉

5,573

7,014

78,331

139,6292.90 GB

3⽉

6,531

8,302

62,588263,984

5.57 GB

合計

90,977

119,668

397,508

1,517,060

39.56 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）
12,984

2016年

2017年

2018年

2019年

訪問者数の推移 (2016年8⽉より表⽰)

106

2020年

⽉別のTaxonomy利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時34分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

1,625

2,260

3,276

14,320308.02 MB

5⽉

2,266

6,811

8,370

17,7572.52 GB

6⽉

825

1,012

4,533

11,5862.30 GB

7⽉

1,024

1,334

2,014

11,058476.32 MB

8⽉

944

1,226

1,747

10,1851.22 GB

9⽉

957

1,123

1,623

9,180

310.34 MB

10⽉

1,240

1,470

2,265

12,352

1.10 GB

11⽉

1,404

1,850

2,506

11,111604.44 MB

12⽉

1,632

2,967

3,616

11,296349.96 MB

1⽉

1,576

2,122

2,983

11,887942.39 MB

2⽉

1,166

1,514

2,365

11,424

1.98 GB

3⽉

1,432

1,755

2,914

14,909650.04 MB

合計

16,091

25,444

38,212147,065

12.67 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）
2,266

2017年

2018年

2019年

訪問者数の推移 (2017年1⽉より表⽰)

107

2020年

⽉別のReaction Ontology利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時28分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

1,654

2,075

6,945

35,202321.29 MB

5⽉

1,508

1,987

5,964

21,937289.24 MB

6⽉

1,429

2,217

6,586

20,817271.56 MB

7⽉

1,366

1,946

5,695

20,133263.66 MB

8⽉

1,241

1,659

6,361

17,416232.84 MB

9⽉

1,386

1,724

5,234

17,062304.40 MB

10⽉

1,517

1,869

6,248

22,227265.06 MB

11⽉

1,537

1,905

6,124

20,757327.17 MB

12⽉

1,497

1,987

5,540

18,923229.83 MB

1⽉

1,381

1,813

7,659

20,953268.59 MB

2⽉

1,314

1,624

6,007

18,090236.37 MB

3⽉

1,726

2,165

8,041

100,9411.05 GB

合計

17,55622,971

76,404334,458

3.99 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

108

⽉別のvarDB利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時35分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

654

1,229

2,692

4,372

65.40 MB

5⽉

724

1,351

3,057

4,739

65.43 MB

6⽉

537

983

2,403

3,524

62.02 MB

7⽉

695

1,008

2,046

3,227

59.68 MB

8⽉

772

1,222

2,795

4,082

67.02 MB

9⽉

793

1,099

2,472

4,181

64.76 MB

10⽉

788

1,152

2,626

4,329

74.02 MB

11⽉

697

1,001

2,272

3,841

61.60 MB

12⽉

1,030

1,441

2,658

4,477

71.68 MB

1⽉

2,002

2,514

3,690

5,499

68.63 MB

2⽉

718

989

2,378

4,437

71.74 MB

3⽉

879

1,327

5,469

8,068

126.53 MB

合計

10,28915,31634,55854,776858.50 MB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

109

⽉別のSequence Analysis利⽤状況（2020年度）(BLAST / FASTA / MOTIF/ MAFFT / CLUSTALW / PRRN / TREE)
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時32分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

41,706

185,946

1,857,098

2,344,033

60.16 GB5⽉

32,521125,046

1,094,992

1,528,351

47.42 GB

6⽉

30,54860,581

1,159,076

1,689,677

94.74 GB7⽉

29,64354,872

1,134,599

1,620,609

41.56 GB8⽉

24,05644,435

813,848

1,201,406

38.46 GB9⽉

28,32652,025703,211

1,138,697

43.87 GB10⽉

33,18859,882

913,595

1,444,801

63.96 GB11⽉

31,85457,629989,566

1,525,015

72.46 GB12⽉

31,14256,044

939,867

1,454,120

48.83 GB

1⽉

31,79957,601

867,680

1,408,180

40.69 GB2⽉

28,57249,758676,910

1,110,474

50.43 GB3⽉

35,20363,511

960,160

1,501,369

48.23 GB合計

378,558

867,330

12,110,602

17,966,732

650.82 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

⽉別のサービス訪問者数⽐較（2020年度）
⽉

BLAST

FASTA

MOTIF

MAFFT

CLUSTALW

PRRN

TREE

4⽉

12,965

1,205

4,528

877

24,378

505

5,902

5⽉

6,931

1,131

4,228

870

22,276

401

3,981

6⽉

6,312

1,222

3,972

822

21,400

391

4,280

7⽉

5,601

1,086

3,398

994

21,256

420

4,337

8⽉

4,149

894

2,893

620

17,587

311

3,453

9⽉

4,631

926

3,194

684

20,895

370

3,767

10⽉

5,212

1,039

3,656

960

24,847

536

4,850

11⽉

5,030

1,137

3,803

1,048

23,553

590

4,594

12⽉

5,167

1,139

3,656

1,015

22,795

581

4,943

1⽉

5,018

1,076

3,433

874

23,840

526

5,182

2⽉

4,674

886

3,366

749

21,056

422

3,974

3⽉

5,662

1,206

4,133

958

26,203

566

5,267

合計

71,352

12,94744,26010,471

270,086

5,619

54,530110

⽉別のBLAST利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時06分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

12,965

133,723

206,805

232,539

6.90 GB

5⽉

6,931

79,223

163,398

191,728

6.76 GB

6⽉

6,312

14,092

76,770107,052

5.91 GB

7⽉

5,601

9,147

52,71580,6784.01 GB

8⽉

4,149

6,774

81,720117,962

4.63 GB

9⽉

4,631

7,961

49,88877,057

3.89 GB

10⽉

5,212

8,420

64,598101,383

5.31 GB

11⽉

5,030

8,129

78,210118,580

5.45 GB

12⽉

5,167

8,214

66,15696,853

4.56 GB

1⽉

5,018

7,725

41,612

68,1633.80 GB

2⽉

4,674

7,179

59,98285,8993.54 GB

3⽉

5,662

9,186

56,122

87,7994.38 GB

合計

71,352299,773

997,976

1,365,693

59.14 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

111

⽉別のFASTA利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時23分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

1,205

1,908

4,309

7,670

258.20 MB

5⽉

1,131

1,648

3,438

5,842

133.34 MB

6⽉

1,222

1,551

3,510

6,148

227.09 MB

7⽉

1,086

1,339

3,192

5,661

152.54 MB

8⽉

894

1,153

2,255

4,053

853.77 MB

9⽉

926

1,058

2,162

4,096

142.47 MB

10⽉

1,039

1,253

2,493

4,871

138.50 MB

11⽉

1,137

1,342

2,641

5,155

136.39 MB

12⽉

1,139

1,407

3,031

5,637

117.59 MB

1⽉

1,076

1,378

2,767

5,139

142.80 MB

2⽉

886

1,087

2,300

4,068

84.58 MB

3⽉

1,206

1,532

2,839

5,324

106.38 MB

合計

12,947

16,65634,937

63,6642.44 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

112

⽉別のMOTIF利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時17分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

4,528

6,785

30,23038,915

3.22 GB

5⽉

4,228

6,520

32,51340,4951.88 GB

6⽉

3,972

5,969

25,25032,4428.37 GB

7⽉

3,398

4,988

22,40428,9891.67 GB

8⽉

2,893

4,294

30,921

36,5841.96 GB

9⽉

3,194

4,582

32,87038,9111.43 GB

10⽉

3,656

5,467

22,79030,0087.14 GB

11⽉

3,803

5,435

35,562

42,5981.43 GB

12⽉

3,656

5,464

66,206

73,1091.68 GB

1⽉

3,433

5,002

20,44327,023

1.94 GB

2⽉

3,366

5,036

23,02829,6191.55 GB

3⽉

4,133

6,115

24,42732,3622.28 GB

合計

44,26065,657

366,644451,055

34.55 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

113

⽉別のMAFFT利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 16時07分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

877

1,087

4,067

8,672

58.75 MB

5⽉

870

1,069

4,272

8,674

64.26 MB

6⽉

822

1,051

3,676

8,268

54.20 MB

7⽉

994

1,340

5,906

13,120111.37 MB

8⽉

620

759

2,595

5,752

29.44 MB

9⽉

684

823

2,851

6,465

35.30 MB

10⽉

960

1,295

7,166

15,692111.87 MB

11⽉

1,048

1,548

7,763

16,074101.67 MB

12⽉

1,015

1,321

5,250

11,47259.19 MB

1⽉

874

1,070

4,022

8,804

76.40 MB

2⽉

749

911

3,387

7,601

53.77 MB

3⽉

958

1,161

3,757

8,213

61.41 MB合計

10,471

13,43554,712

118,807817.64 MB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

114

⽉別のCLUSTALW利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時10分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

24,37843,891

265,793595,786

15.93 GB5⽉

22,27638,806

236,777

534,890

18.00 GB

6⽉

21,40040,017274,294

619,675

49.85 GB7⽉

21,256

39,778267,602612,462

16.02 GB8⽉

17,58732,656215,902492,871

11.82 GB9⽉

20,89538,591

256,387

590,370

12.06 GB10⽉

24,84744,792306,761

699,041

24.29 GB

11⽉

23,55342,857

296,693683,918

23.34 GB

12⽉

22,795

41,151

275,701

650,811

11.61 GB

1⽉

23,84043,978292,110

693,520

15.34 GB2⽉

21,05636,856

238,477

563,462

15.75 GB3⽉

26,203

47,114

316,752

727,842

16.36 GB合計

270,086

490,487

3,243,249

7,464,648

230.38 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

115

⽉別のPRRN利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時25分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

505

590

1,534

2,887

12.93 MB

5⽉

401

495

1,327

2,407

13.44 MB

6⽉

391

434

2,233

3,400

13.52 MB

7⽉

420

474

1,636

2,807

23.00 MB

8⽉

311

362

1,429

2,264

9.35 MB

9⽉

370

391

1,003

1,966

16.24 MB

10⽉

536

587

1,875

3,490

16.77 MB

11⽉

590

739

2,510

4,559

22.75 MB

12⽉

581

669

2,501

4,505

19.80 MB

1⽉

526

578

1,381

2,621

12.84 MB

2⽉

422

454

2,233

3,265

13.56 MB

3⽉

566

629

2,205

3,847

15.95 MB

合計

5,619

6,402

21,86738,018190.15 MB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

116

⽉別のTREE利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時14分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

5,902

8,549

1,357,889

1,462,174

2.48 GB

5⽉

3,981

5,544

662,648

743,454

1.35 GB

6⽉

4,280

6,422

783,532

914,716

1.64 GB

7⽉

4,337

6,359

791,647

880,346

1.65 GB

8⽉

3,453

4,973

487,437

544,2221.10 GB

9⽉

3,767

5,230

366,943

420,317954.28 MB

10⽉

4,850

6,610

519,833

594,461

1.24 GB

11⽉

4,594

6,637

579,942660,080

3.11 GB

12⽉

4,943

6,746

531,651

614,929

1.40 GB

1⽉

5,182

7,608

519,567

611,057

1.45 GB

2⽉

3,974

5,298

356,259

417,993928.44 MB

3⽉

5,267

7,094

566,474

641,464

1.26 GB

合計

54,53077,0707,523,822

8,505,213

18.52 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

117

⽉別のGenome Analysis利⽤状況（2020年度）(ViPTree / KAAS / KofamKOALA / EGassembler / GENIES / DINIES)
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時28分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

6,609

11,06385,945

191,919

12.52 GB

5⽉

5,933

10,414

94,228231,155

18.13 GB

6⽉

5,720

9,859

73,968165,050

22.09 GB

7⽉

5,289

9,286

71,494

159,306

42.97 GB

8⽉

4,773

8,081

65,976

146,113

10.33 GB

9⽉

4,804

8,410

61,223139,079

10.78 GB

10⽉

5,455

9,168

68,239152,945

10.21 GB9.71 GB

11⽉

5,947

10,28372,506

161,550

12⽉

5,123

8,925

104,744

280,053

9.37 GB

1⽉

5,719

9,985

91,676

209,684

17.15 GB

2⽉

5,658

9,050

89,650206,048

16.57 GB

3⽉

7,207

12,35796,445

233,461

11.16 GB合計

68,237

116,881

976,094

2,276,363

190.98 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

⽉別のサービス訪問者数⽐較（2020年度）
⽉

ViPTree

KAAS

KofamKOALA

EGassembler

GENIESDINIES

4⽉

507

4,238

1,302

895

211

258

5⽉

407

3,797

1,246

747

193

264

6⽉

388

3,827

1,165

630

168

232

7⽉

372

3,502

1,129

574

160

226

8⽉

359

3,100

979

576

156

176

9⽉

337

3,097

936

624

106

162

10⽉

306

3,486

1,094

721

118

188

11⽉

349

3,987

1,134

724

127

170

12⽉

296

3,333

1,001

692

125

152

1⽉

532

3,262

1,463

658

115

170

2⽉

423

3,549

1,089

748

158

223

3⽉

782

4,137

1,672

1,005

207

328

合計

5,058

43,315

14,210

8,594

1,844

2,549

118

⽉別のVipTree利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 17時38分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

507

941

17,47458,685

1.46 GB

5⽉

407

740

25,27688,7531.06 GB

6⽉

388

657

12,132

43,647986.23 MB

7⽉

372

719

11,292

43,0551.09 GB

8⽉

359

657

14,162

48,4981.53 GB

9⽉

337

599

10,53040,768762.12 MB

10⽉

306

598

11,94238,064938.23 MB

11⽉

349

675

13,31940,930939.14 MB

12⽉

296

656

45,745

166,137

1.24 GB

1⽉

532

1,030

26,34579,7691.14 GB

2⽉

423

856

25,56589,6391.13 GB

3⽉

782

1,321

26,19392,9861.35 GB

合計

5,058

9,449

239,975

830,93113.55 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

119

⽉別のKAAS利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時30分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

4,238

7,102

52,27487,1545.70 GB

5⽉

3,797

6,892

51,04884,184

6.19 GB

6⽉

3,827

6,721

47,587

79,6807.19 GB

7⽉

3,502

6,228

47,48778,9469.12 GB

8⽉

3,100

5,365

41,23866,7264.85 GB

9⽉

3,097

5,497

39,283

63,6877.29 GB

10⽉

3,486

5,833

41,227

66,825

6.29 GB

11⽉

3,987

6,839

43,41973,0686.30 GB

12⽉

3,333

5,830

44,066

69,9724.96 GB

1⽉

3,262

5,856

47,89273,6677.60 GB

2⽉

3,549

5,580

46,711

71,263

11.54 GB

3⽉

4,137

7,327

51,01082,586

4.71 GB合計

43,31575,070553,242

897,758

81.74 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

120

⽉別のKofamKOALA利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 16時03分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

1,302

2,117

8,384

31,3393.41 GB

5⽉

1,246

2,047

11,94644,401

3.25 GB

6⽉

1,165

1,820

7,016

27,1343.21 GB

7⽉

1,129

1,766

6,976

25,4981.15 GB

8⽉

979

1,510

5,471

19,8901.96 GB

9⽉

936

1,583

5,833

22,0911.97 GB

10⽉

1,094

1,791

8,543

33,5081.20 GB

11⽉

1,134

1,858

8,504

32,4601.08 GB

12⽉

1,001

1,557

6,814

28,4891.38 GB

1⽉

1,463

2,253

10,03041,2632.28 GB

2⽉

1,089

1,729

6,731

26,2081.34 GB

3⽉

1,672

2,563

9,200

35,827

1.94 GB

合計

14,21022,594

95,448368,10824.17 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

121

⽉別のEGassembler利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時12分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

895

1,206

4,932

9,967

1.71 GB

5⽉

747

1,032

3,482

9,317

7.39 GB

6⽉

630

840

3,891

9,311

10.52 GB

7⽉

574

791

3,719

8,349

31.46 GB

8⽉

576

754

2,919

7,484

1.84 GB

9⽉

624

791

3,972

9,270

654.97 MB

10⽉

721

920

4,613

10,5931.65 GB

11⽉

724

997

5,371

11,286

1.23 GB

12⽉

692

927

6,417

11,943

1.58 GB

1⽉

658

938

5,214

10,6195.96 GB

2⽉

748

989

8,117

14,3492.39 GB

3⽉

1,005

1,358

7,351

16,7322.93 GB

合計

8,594

11,54359,998129,22069.31 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

122

⽉別のGENIES利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時29分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

211

433

947

1,451

68.60 MB

5⽉

193

418

837

1,389

68.64 MB

6⽉

168

336

739

1,241

50.08 MB

7⽉

160

330

669

972

41.40 MB

8⽉

156

318

730

1,067

45.12 MB

9⽉

106

276

498

997

44.38 MB

10⽉

118

306

619

1,248

40.41 MB

11⽉

127

320

714

1,370

68.41 MB

12⽉

125

299

653

1,272

37.02 MB

1⽉

115

309

603

1,184

38.40 MB

2⽉

158

326

1,092

1,697

51.60 MB

3⽉

207

410

856

1,582

59.30 MB

合計

1,844

4,081

8,957

15,470613.35 MB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

123⽉別のDINIES利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時11分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

258

439

1,842

3,231

165.94 MB

5⽉

264

446

1,585

3,057

178.28 MB

6⽉

232

365

2,487

3,921

160.86 MB

7⽉

226

356

1,246

2,381

106.03 MB

8⽉

176

318

1,395

2,387

106.61 MB

9⽉

162

301

1,014

2,173

92.15 MB

10⽉

188

352

1,164

2,576

109.71 MB

11⽉

170

350

1,027

2,284

112.46 MB

12⽉

152

279

924

2,115

181.57 MB

1⽉

170

329

1,393

2,983

128.79 MB

2⽉

223

363

1,289

2,747

116.55 MB

3⽉

328

504

1,646

3,559

184.51 MB

合計

2,549

4,402

17,01233,4141.60 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

124

⽉別のChemical Analysis利⽤状況（2020年度）(SIMCOMP / SUBCOMP / KCaM / PathComp / PathSearch / PathPred / Ezyme)
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時07分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

2,343

3,555

11,51623,230563.32 MB

5⽉

2,233

3,516

12,392

22,397315.18 MB

6⽉

2,138

3,276

13,07826,067436.92 MB

7⽉

2,046

2,820

8,702

18,638312.11 MB

8⽉

1,664

2,337

7,257

15,068310.74 MB

9⽉

1,601

1,988

6,374

13,997166.63 MB

10⽉

1,985

2,644

8,555

18,089402.48 MB

11⽉

1,887

2,487

16,18027,103399.70 MB

12⽉

1,813

2,510

6,544

14,341200.29 MB

1⽉

1,862

2,601

6,689

14,674

192.32 MB

2⽉

1,681

2,208

6,411

15,166262.75 MB

3⽉

2,151

3,112

9,075

18,809257.55 MB

合計

23,40433,054

112,773

227,579

3.73 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

125

⽉別のGenomeNet API利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉1⽇ 16時18分

4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

10⽉ 11⽉ 12⽉

1⽉

2⽉

3⽉

⽉

訪問者

訪問数

ページ

件数

バイト

4⽉

943

1,661

568,533

568,533

1.82 GB

5⽉

1,009

1,730

22,184

22,1864.70 GB

6⽉

909

1,732

40,726

40,726

2.69 GB

7⽉

925

1,888

154,481

154,483

3.50 GB

8⽉

850

1,804

92,187

92,1885.78 GB

9⽉

933

1,800

8,391,181

8,391,182

2.14 GB

10⽉

1,130

2,116

245,756

245,758

3.00 GB

11⽉

1,109

2,120

36,48436,4854.08 GB

12⽉

957

1,732

32,78132,783

3.59 GB

1⽉

1,034

2,063

76,532

76,534

1.92 GB

2⽉

879

1,531

389,290389,291

1.72 GB

3⽉

1,621

2,462

318,861

318,8624.08 GB

合計

12,29922,63910,368,996

10,369,011

39.01 GB

国内外のアクセスページ数⽐率（2020年度）

126

⽉別のFTPサービス利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時25分

4⽉ 5⽉ 6⽉ 7⽉ 8⽉ 9⽉ 10⽉ 11⽉ 12⽉ 1⽉ 2⽉ 3⽉/db/rclass//db/community/ /db/mgenes//db/refgene/ /db/virushostdb/(件数 バイ(件数 バイト)(件数 バイト)(件数 バイト)(件数 バイト)ト)/kegg/(件数 バイ

訪問

訪問

者

数

4
⽉

403

805

44,522484.08GB

607

5.76 GB15 2.33 MB

3

46.28
MB

6 17.37 KB 482

1.24 GB

585

4.34
GB

167

4.57
MB

5
⽉

410

831

21,026431.28GB

719

7.51 GB13 3.27 MB

7

48.23
MB

2

230

654.01
MB

508

3.96
GB

149

878.01
KB

6
⽉

340

560

49,779383.55GB

253

473.72MB

8

1.50 MB 13

59.74
MB

6 17.37 KB 359

658.06
MB

470

3.54
GB

180

60.11
MB

7
⽉

372

596 403,005

1179.86
103.882,303 64.10 GB 56 4.88 MB 17
6 17.37 KB 365
GB
MB770.80
MB

498

3.52
GB

154

781.52
KB

8
⽉

295

674 142,324885.77GB

332

974.27
MB

475

2.87
GB

98

413.47
KB

9
⽉

348

759

25,628461.101,063 2.29 GB
GB

12 3.95 MB 31

183.844 11.58 KB 318
MB951.58
MB

375

2.67
GB

117

11.66
MB

10
332
⽉

909

22,488577.99GB765

1021.95
MB

10 2.48 MB

5

1.93
MB

6 17.37 KB 258

999.09
MB

536

2.93
GB

144

1.78
MB

11
349
⽉

812

6,081

448.84
GB

707

669.73MB

5

1.18 MB

4

92.56
MB

5 14.47 KB 301

1.42 GB

397

2.90
GB

138

49.81
MB

12
363
⽉

650

27,907435.77GB

659

3.50 GB7

1.93 MB 11

3.76
MB

6 17.37 KB 251

907.54
MB

403

3.05
GB

142

744.08
KB

1
⽉

316

491

10,510439.48GB324

241.35MB

62.35 MB

4

1.93
MB

2

5.79 KB

333

1.12 GB

299

2.33
GB

156

18.21
MB

2
⽉

274

415

2,549

384.65GB

335

266.05MB

10 1.50 MB

7

20.33
MB

3

8.68 KB

260

990.31
MB

273

1.71
GB

68

373.50
KB

3
⽉

298

432

43,658543.63GB446

342.36MB

61.28 MB

5

3.84
MB

2

5.79 KB

207

680.72
MB

364

3.27
GB

129

4.02
MB

6656.00
8,638 87.22 GB 167
GB

32.55
MB

114

660.8650MB144.73KB

3,696 11.19 GB 5,183

⽉

合
計

件数

4,100 7,934 799,477

バイト

457

1.13 GB19 5.90 MB

7

94.55
MB

2

5.79 KB

5.79 KB

国内外のアクセス件数⽐率（2020年度）

127

ト)

/tools/(件数 バイト)

37.10
153.271,642
GBMB

⽉別のMEDICUS FTP利⽤状況（2020年度）
更新⽇時：2021年4⽉2⽇ 14時26分

4⽉ 5⽉ 6⽉ 7⽉ 8⽉ 9⽉ 10⽉ 11⽉ 12⽉ 1⽉ 2⽉ 3⽉
⽉

訪問者

訪問数

件数

バイト

4⽉

93

176

35,467

4.46 GB

5⽉

98

191

18,7924.03 GB

6⽉

89

174

44,336

3.69 GB

7⽉

109

185

28,401

3.62 GB

8⽉

79

129

967

2.87 GB

9⽉

74

133

9,107

2.70 GB

10⽉

87

146

19,3352.99 GB

11⽉

86

144

475

2.90 GB

12⽉

84

132

1,444

3.10 GB

1⽉

73

111

447

2.33 GB

2⽉

56

78

324

1.71 GB

3⽉

63

101

35,142

3.38 GB

合計

991

1,700

194,23737.79 GB

国内外のアクセス件数⽐率（2020年度）

128

講習会等開催履歴
1991 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

1992.01.04

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

スーパーコンピューター稼働開始

1992.01.14

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会(宇治地区)

約70
名1992.01.28

2⽇ QUANTA 講習会

15名 CTCラボ社 今村 浩三

1992.02.19

1⽇ スーパーコンピューターラボラトリー披露式

1992.02.27

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会(京⼤、ゲノム)

約50名1992.02.27

2⽇ QUANTA 講習会

17名 CTCラボ社 今村 浩三

1992 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

1992.06.02

1⽇ CHARMm 講習会

48名 CTCラボ社 今村浩三

1992.11.18

1⽇ UniChem1.1 講習会

16名 ⽇本クレイ社 ⽥村 祐介

1992.11.24

1⽇ BIOSYM 講習会

8名 菱化システム社 ⽚岡

1992.12.01

2⽇ FORTRAN 講習会

25名 ⽇本クレイ社 ⽊下 利博

良⼀

1993 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

1993.04.19

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

約50
名1993.04.20

1⽇ データベース利⽤講習会

32名 化学研究所 荻原 淳

1993.05.18

3⽇ UNICOS 講習会

18名 ⽇本クレイ社 飯坂 剛⼀

1993.06.15

3⽇ Ｃ⾔語⼊⾨ 講習会

8名 ⽇本クレイ社 飯坂 剛⼀

1993.07.13

1⽇ QUANTA/CHARMm 講習会

14名 CTCラボ社 今村

1993.07.28

1⽇ Insight2/Discover 講習会

9名 菱化システム社 ⽚岡

1993.10.19

1⽇ UniChem2.0 講習会

4名 ⽇本クレイ社 飯坂 剛⼀

1993.10.21

1⽇ FORTRAN/C 最適化講習会

8名 ⽇本クレイ社 飯坂 剛⼀

1993.11.24

1⽇ CHARMm22 講習会(応⽤編)

11名 CTCラボ社 今村

1994.01.28

1⽇ ドキュメントツール講習会

7名 ⽇本クレイ社 飯坂 剛⼀

浩三
良⼀

浩三

1994 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

1994.04.19

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

56名

1994.05.27

1⽇ AVS 講習会

4名 旭化成情報システム社 ⼭⼝

1994.06.24

1⽇ FORTRAN最適化 講習会

7名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1994.07.14

2⽇ UNIX 講習会

16名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1994.07.29

1⽇ UniChem2.0 講習会

4名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1994.09.21

1⽇ ドキュメントツール 講習会

10名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1994.09.27

1⽇ QUANTA4.0/CHARMm22.2 講習会

15名 CTCラボ社 今村宏

浩三

1994.10.21

1⽇ FORTRAN90 講習会

5名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1994.11.18

1⽇ UniChem2.3 講習会

1名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.02.17

1⽇ ドキュメントツール 講習会

10名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

1995.04.18

0.5⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会(宇治地区)

30名

1995.04.19

0.5⽇ ゲノムネットデータベース利⽤説明会

21名 京都⼤学化学研究所 秋⼭ 泰

1995.04.25

0.5⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会(吉⽥地区)

29名

1995.04.25

0.5⽇ ゲノムネットデータベース利⽤説明会(吉⽥地区)

78名 京都⼤学化学研究所 秋⼭ 泰

1995.05.19

0.5⽇ ネットワーク⼊⾨

16名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.05.19

0.5⽇ UNIX⼊⾨

15名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.05.25

1⽇ QUANTA/CHARMm

1995.06.02

1⽇ UNIX応⽤

5名 CTCラボ社 ⾼橋
129

伸⼀

7名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.07.28

1⽇ UniChem

5名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.08.11

1⽇ Ｃ⾔語⼊⾨

5名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.08.24

1⽇ FORTRAN最適化

5名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.08.25

1⽇ Fortran90

4名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1⽇ ドキュメントツール

2名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.09.01
1995.09.14

0.5⽇ ネットワーク⼊⾨

4名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.10.20

0.5⽇ WWW講習会

13名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.11.15

0.5⽇ ゲノムネットデータベース利⽤説明会(病院地区)

51名 京都⼤学化学研究所 ⾦久 實

1995.11.17

0.5⽇ ＣＲＡＹツール

3名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1995.12.13

0.5⽇ QUANTA-NMRオプション説明会

3名 CTCラボ社 ⾼橋

伸⼀
伸⼀

1996.02.14

1⽇ QUANTA/CHARMm

18名 CTCラボ社 ⾼橋

1996.03.14

1⽇ ドキュメントツール

2名 ⽇本クレイ社 佐藤 ⼀茂

1996 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

8名

1996.04.19

0.5⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

1996.05.16

0.5⽇ UNIX⼊⾨

9名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1996.05.17

0.5⽇ ネットワーク⼊⾨

12名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1996.05.22

0.5⽇ ゲノムネットデータベース利⽤説明会(吉⽥地区)

1996.06.21
1996.06.28
1996.07.16

4名 京都⼤学化学研究所 五⽃ 進
11名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1⽇ UniChem

8名 CTCラボ社 ⾼橋

1⽇ QUANTA/CHARMm

伸⼀

36名 京都⼤学化学研究所 五⽃ 進

0.5⽇ ゲノムネットデータベース利⽤説明会

1996.07.25

1⽇ Fortran90

2名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1996.09.26

1⽇ FORTRAN最適化

2名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1996.10.02

1⽇ ドキュメントツール

5名 ⽇本クレイ社 福本 淳司

1997 年度の講習会等開催記録
開催⽇
1997.04.15

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

39名

0.5⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

1997.06.12

1⽇ Origin2000最適化

12名 ⽇本SGIクレイ社 芦沢

芳夫

1997.06.19

1⽇ ネットワーク⼊⾨

15名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.06.19

1⽇ UNIX⼊⾨

16名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.07.17

1⽇ UniChem

10名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.09.04

1⽇ Fortran90

4名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.09.08

1⽇ QUANTA/CHARMm

6名 CTCラボ社 盛 崇

1997.09.11

1⽇ Ｃ⾔語⼊⾨

4名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.09.17

1⽇ Cerius2基礎

3名 CTCラボ社 安⽥ 誠

1997.09.24

1⽇ InsightII/Discover基礎

3名 CTCラボ社 ⻑浜 明⼦

1997.10.16

1⽇ ドキュメントツール

3名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.12.18

1⽇ MIPSproFortranプログラミング

6名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1997.12.09

1⽇ QUANTA/CHARMm応⽤

1名 CTCラボ社 盛 崇

1997.12.15

1⽇ Cerius2基礎

2名 CTCラボ社 安⽥ 誠

1997.12.26

1⽇ InsightII/Discover応⽤

1名 CTCラボ社 ⻑浜 明⼦

1998.01.12

1⽇ QUANTA/Biodolvmer

1名 CTCラボ社 盛 崇

1998.01.13

1⽇ QUANTA/Homologv

1名 CTCラボ社 盛 崇

1998.01.23

1⽇ InsightII/Homologv

1名 CTCラボ社 盛 崇1998 年度の講習会等開催記録
開催⽇
1998.04.21
1998.04.22
1998.04.21

期間

内

容

参加者
1 名 CTCラボ社 盛 崇

1⽇ InsightII/Discover基礎

1 名 CTCラボ社 盛 崇

1⽇ InsightII/Discover応⽤
0.5⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

22名 京都⼤学化学研究所 ⾦久 實

1998.05.14

0.5⽇ パソコンからの利⽤

9 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1998.05.14

0.5⽇ UNIX⼊⾨

5 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1998.05.15

1⽇ UNIX応⽤

5 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1998.05.22

1⽇ UNIX⼊⾨

5 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1998.06.19

1⽇ HTML⼊⾨

7 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司

1998.06.23

1⽇ FORTRAN最適化

5 名 ⽇本SGIクレイ社 福本 淳司
130

講 師 (敬称略)

1998.07.17

1⽇ UniChem

10 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1998.08.07

1⽇ HTML⼊⾨

5 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1998.08.12

1⽇ HTML⼊⾨

3 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1998.07.14

1⽇ InsightII/Discover基礎

1 名 CTCラボ社 盛 崇

1998.07.15

1⽇ InsightII/Discover応⽤

1 名 CTCラボ社 盛 崇

1998.09.29

1⽇ QUANTA/CHARMm

8 名 CTCラボ社 盛 崇

1998.09.11

1⽇ InsightII/Discover基礎

7 名 CTCラボ社 盛 崇

1998.10.02

1⽇ Cerius2基礎

6 名 CTCラボ社 盛 崇

1998.10.30

1⽇ Ｃ⾔語⼊⾨

4 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1998.12.18

1⽇ ドキュメントツール

3 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1998.12.24

1⽇ VIDEOシステムの利⽤

4 名 住商エレクトロニクス 倉⽥ 真宏

1999 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

1999.04.22

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

15 名 京都⼤学化学研究所 五⽃ 進

1999.06.23

1⽇ QUANTA/CHARMm

2 名 住商エレクトロニクス 盛 崇

1999.06.24

1⽇ Cerius2基礎

9 名 菱化システム 千葉 貢治

1999.06.25

1⽇ InsightII/Discover基礎

5 名 菱化システム 千葉 貢治

1999.11.12

1⽇ UNIX⼊⾨

5 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

1999.11.19

1⽇ UNIX応⽤

5 名 ⽇本SGI社 福本 淳司

講 師 (敬称略)

2000 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

2000.04.21

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

5 名 京都⼤学化学研究所 ⾦久 實

2000.05.17

1⽇ UNIX⼊⾨

7 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2000.05.25

1⽇ ホモロジーモデリング3 名 菱化システム 千葉 貢治

2000.05.24

1⽇ UNIX応⽤

2 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2000.05.18

1⽇ UNIX⼊⾨

3 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2000.06.15

1⽇ UniChem

5 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2000.07.18

1⽇ Cerius2基礎

2 名 菱化システム 佐藤 史⼀

2000.07.19

1⽇ InsightII/Discover基礎

3 名 菱化システム 濱⽥ 史⼦

2000.09.21

1⽇ HTML⼊⾨

3 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2000.12.07

1⽇ ドキュメントツール

1 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

講 師 (敬称略)

2001 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

2001.05.24

1⽇ UNIX⼊⾨

7 名 ⽇本SGI社 上原 英也

2001.05.31

1⽇ Ｃ⾔語⼊⾨

6 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2001.07.05

1⽇ Cerius2基礎

5 名 菱化システム 佐藤 史⼀

2001.07.06

1⽇ InsightII/Discover基礎

5 名 菱化システム 濱⽥ 史⼦

2001.08.23

1⽇ UniChem

3 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2001.12.11

1⽇ スーパーコンピューター利⽤説明会

17 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

講 師 (敬称略)

2002 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

2002.04.25

1⽇ UNIX⼊⾨

8 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2002.05.23

1⽇ Materials Studio講習会

7 名 ⽇本SGI社 ⻄川 和嗣

2002.07.25

1⽇ SpaceFinder

2 名 ダイキン⼯業 末綱 聖

2002.07.26

1⽇ Origin並列化プログラミング

7 名 ⽇本SGI社 松本 明⼦

2002.09.26

1⽇ HTML⼊⾨

4 名 ⽇本SGI社 ⼭崎 正道

2002.10.25

1⽇ MPI/OpenMP

8 名 ⽇本SGI社 松本 明⼦

2002.11.28

1⽇ Ｃ⾔語⼊⾨

4 名 ⽇本SGI社 ⼭崎 正道

講師 (敬称略)2003 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2003.05.07

1⽇ UNIX⼊⾨

5 名 ⽇本SGI社 ⼭崎 正道

2003.06.06

1⽇ HTML⼊⾨

2 名 ⽇本SGI社 ⼭崎 正道

2003.07.23

1⽇ Materials Studio/CASTEP

8 名 アクセルリス株式会社 稲⽥ 安治

2003.08.25

1⽇ InsightII/Homology Modeling7 名 アクセルリス株式会社 Hongwei Huang

2003.09.26

1⽇ VMD基礎

3 名 ⽇本SGI社 ⼭崎 正道
1312004 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2004.05.25〜27

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

13 名 ⽇本MDLインフォメーションシステムズ 岸本、⽻島、橋野、有⽥

3⽇ MDL/ISIS化学情報データベース

2004.07.14〜16

3⽇ Materials Studio

9 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス アプリケーションサイエンテ

2004.09.02〜03

2⽇ InsightII/CHARMm,Homology

14 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス アプリケーションサイエンテ

2004.12.07

1⽇ Cerius2⼊⾨

2 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2005 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2005.05.24

1⽇ UNIX⼊⾨

7 名 ⽇本SGI ⼭崎 正道

2005.05.26

1⽇ HTML⼊⾨

8 名 ⽇本SGI ⼭崎 正道

2005.06.15

1⽇ Materials Studio/Discover

7 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2005.06.16

1⽇ CASTEP

3 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2005.07.21

1⽇ MDL-ISIS化学情報データベース

9 名 ⽇本MDLインフォメーションシステムズ ⽇本MDLエンジニア

2005.10.27

1⽇ QUANTA/DSセミナー

2 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2005.10.28

1⽇ InsightII/Homology Modeling

15 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2006 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講

師 (敬称略)2006.06.14

1⽇ Materials Studio/基礎

13 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2006.06.15

1⽇ Materials Studio/応⽤

13 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2006.07.19

1⽇ InsightII/CHARMm

1 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2007 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2007.06.19

1⽇ Materials Studio/Visualizer

1 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2007.06.19

1⽇ Materials Studio/Discover,Amorphous cell

2 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2007.06.20

1⽇ Materials Studio/CASTEP

2 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2007.06.20

1⽇ Materials Studio/Discover_BTCL⼊⾨

3 名 アクセルリス株式会社 アクセルリス・アプリケーションサイエン

2007.07.26,27

2⽇ Elsevier MDL ISIS/Isentris化学情報データベース 16 名 Elsevier MDL Elsevier MDL エンジニア

2008 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2008.05.29

期間

内

容

参加者

講

師 (敬称略)

1⽇ Gaussian⼊⾨

14 名 ⽇本SGI(株) HPCサービス事業本部 五⼗⽊ 秀⼀

2008.06.19

1⽇ MOPAC⼊⾨

4 名 富⼠通(株) バイオIT事業開発本部 鮫島圭⼀郎

2008.07.31

2⽇ Materials Studio

4 名 アクセルリス(株) 稲⽥ 安治

2008.08.07

1⽇ Q-Chem⼊⾨

2 名 ビヨンド・コンピューティング(株) ⽥島 澄恵

2008.08.26

1⽇ Mathematica

4 名 ⽇本電⼦計算(株) ⼤阪産業開発部 ⾦光 安芸⼦

2008.09.11

1⽇ IMSL

1 名 ⽇本ビジュアルニューメリックス(株) 技術部

2008.11.06

1⽇ Altix並列化プログラミング

1 名 ⽇本SGI(株) HPCサービス事業本部 五⼗⽊ 秀⼀

2008.11.14

1⽇ Isentris概要

7 名 シミックステクノロジーズジャパン(株) カスタマーケア部 吉岡

須賀恵美⼦

2009 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2009.08.07

1⽇ AVS/Express Viz

1 名 (株)KGT 松岡 憲昭

2009.08.26

1⽇ Discovery Studio

4 名 アクセルリス(株) 斎藤 丈

2009.08.27

1⽇ Materials Studio/Discover,Amorphous cell

9 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2009.08.28

1⽇ Materials Studio/CASTEP

8 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2009.10.23

1⽇ Isentris概要

6 名 シミックステクノロジーズジャパン(株) 出⽻ 俊和

2009.11.20

1⽇ Reaxys概要

15 名 エルゼビアジャパン(株) エンジニア

2010 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講

師 (敬称略)2010.07.30

1⽇ AVS/Express Viz

1 名 (株)KGT 松岡 憲昭

2010.08.03

2⽇ Materials Studio/基礎

3 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2010.08.05

1⽇ Discovery Studio

3 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2010.10.15

1⽇ Mathematica

5 名 ⽇本電⼦計算(株) 産業システム本部 伊藤雅将

2010.11.11

1⽇ Reaxys概要

24 名 エルゼビアジャパン(株) Elsevier MDL エンジニア

2010.11.11

1⽇ Isentris/DiscoveryGate

12 名 シミックステクノロジーズジャパン(株) アプリ担当

2011 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

132

参加者

講

師 (敬称略)出⽻ 俊和

2011.07.21

1⽇ Mathematica

3 名 ⽇本電⼦計算(株) ⼤阪産業開発部 ⾦光 安芸⼦

2011.09.14,15

2⽇ Materials Studio

15 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2011.09.16

1⽇ Discovery Studio

11 名 アクセルリス(株) ⾼岡 雄司

2011.10.21

1⽇ Reaxys概要

4 名 ゼファー・ビヨンド(株) 瀧本まゆみ

2012 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2012.06.15

1⽇ 計算サーバ利⽤講習会

6 名 ⽇本SGI(株) 福本 淳司

2012.06.29

1⽇ 並列化プログラミング講習会

4 名 ⽇本SGI(株) 五⼗⽊ 秀⼀

2012.07.05

1⽇ AVS/Express Viz講習会

1 名 サイバネットシステム(株) 松岡 憲昭

2012.07.13

1⽇ SCIGRESS講習会

3 名 富⼠通(株) TCソリ事業本部 ⼤輔

2012.09.04

1⽇ Discovery Studio

7 名 アクセルリス(株) ⼤村 忠宏

2012.09.05,06

5 名 アクセルリス(株) アブジット チャテジー

2⽇ Materials Studio2012.09.14

0.5⽇ Gaussian

16 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2012.09.20

0.5⽇ Mathematica

15 名 ⽇本電⼦計算(株) ⼤阪産業開発部 ⾦光 安芸⼦

2012.09.25
2012.12.13

1⽇ DS Developer Client講習会

2 名 アクセルリス(株) ⼤村 忠宏
10 名 ゼファー・ビヨンド(株) 瀧本まゆみ

0.5⽇ Reaxys講習会

2013 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講

2013.07.03

1⽇ 最適化・並列化プログラミング講習会

1 名 ⽇本SGI(株) 五⼗⽊ 秀⼀

2013.07.23

1⽇ Discovery Studio 講習会

6 名 アクセルリス(株) ⼤村 忠弘

2⽇ Materials Studio 講習会

6 名 アクセルリス(株) 永⽥ 徹哉

2013.07.25

師 (敬称略)2013.07.30

0.5⽇ Mathematica 講習会

2 名 ⽇本電⼦計算(株) ⼤阪産業開発部 ⾦光 安芸⼦

2013.09.18

0.5⽇ Gaussian 講習会

6 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2014 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講

2014.07.18

1⽇ Discovery Studio 講習会

3 名 アクセルリス(株) ⼤村 忠弘

2014.07.23

2⽇ Materials Studio 講習会

13 名 アクセルリス(株) 永⽥ 徹哉

2014.08.27

0.5⽇ Discovery Studio 講習会

6 名 アクセルリス(株) ⼤村 忠弘

2014.07.30

1⽇ 最適化・並列化プログラミング講習会

師 (敬称略)2 名 ⽇本SGI(株) 五⼗⽊ 秀⼀

2014.09.03

0.5⽇ Gaussian 講習会

5 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2014.10.16

0.5⽇ Mathematica 講習会

1 名 ⽇本電⼦計算(株) 産業事業部 伊藤 雅将

2014.11.06

0.5⽇ Reaxys講習会

1 名 ゼファー・ビヨンド(株) 瀧本 まゆみ

2015 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2015.06.17
2015.07.14
2015.07.16
2015.08.07

期間

内

容

0.5⽇ Gaussian 講習会

参加者

講師 (敬称略)9 名 (株)ヒューリンクス ⾼橋 ⿇⾥奈

2⽇ Materials Studio 講習会

10 名 BIOVIA Abhijit Chatterjee

1⽇ Discovery Studio 講習会

9 名 BIOVIA 髙岡 雄司

0.5⽇ SCIGRESS 講習会

2 名 富⼠通(株) 松本⼤輔

2016 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2016.05.13
2016.07.05
2016.07.06

期間

内

容

0.5⽇ 第1回ゲノムネット講習会京⼤化研スパコン利⽤法

参加者

講師 (敬称略)27 名 ⽇本SGI(株)上原英也、京⼤化研 緒⽅博之・五⽃進

1⽇ Discovery Studio 講習会

2 名 BIOVIA 髙岡 雄司

2⽇ Materials Studio 講習会

16 名 BIOVIA Abhijit Chatterjee

2016.07.20

0.5⽇ Gaussian 講習会

6 名 (株)ヒューリンクス ⾼橋 ⿇⾥奈

2016.09.02

0.5⽇ SCIGRESS 講習会

2 名 富⼠通(株) 松本 ⼤輔

2016.09.15

0.5⽇ Mathematica 講習会

1 名 (株)ヒューリンクス 勝 明次郎

2016.11.18

0.5⽇ Reaxys講習会

3 名 エルゼビア社認定講師 瀧本 まゆみ

2016.11.25

1⽇ 最適化・並列化プログラミング講習会

1 名 ⽇本SGI(株) 五⼗⽊ 秀⼀

2017 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2017.07.11
2017.07.12

期間

内

容

参加者

1⽇ Discovery Studio 講習会

2 名 BIOVIA 髙岡 雄司

2⽇ Materials Studio 講習会

6 名 BIOVIA Abhijit Chatterjee

講師 (敬称略)2017.07.20

0.5⽇ Reaxys講習会

2 名 エルゼビア社認定講師 瀧本 まゆみ

2017.09.07

0.5⽇ Gaussian 講習会

15 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2017.09.15

0.5⽇ バイオユーザのための化研スパコンシステム利⽤法 23 名 ⽇本ヒューレット・パッカード(株) 上原 英也
1332018 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2018.07.17
2018.07.18

期間

内

容

参加者

1⽇ Discovery Studio 講習会

3 名 BIOVIA 髙岡 雄司

2⽇ Materials Studio 講習会

13 名 BIOVIA Abhijit Chatterjee

講 師 (敬称略)

2018.07.20

0.5⽇ Mathematica 講習会

1 名 (株)ヒューリンクス 勝 明次郎

2018.09.11

0.5⽇ Gaussian 講習会

19 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2018.09.13

0.5⽇ SCIGRESS 講習会

1 名 富⼠通(株) ⾼橋 篤也

2018.10.25

0.5⽇ バイオユーザのための化研スパコンシステム利⽤法 26 名 ⽇本ヒューレット・パッカード(株) 上原 英也

2018.11.16

0.5⽇ Materials Science Suite 講習会

11 名 シュレーディンガー(株) 永⽥ 徹哉

2019 年度の講習会等開催記録
開催⽇
2019.07.09
2019.07.11

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2⽇ Materials Studio 講習会

7 名 ダッソー・システムズ（株）Abhijit Chatterjee

1⽇ Discovery Studio 講習会

4 名 ダッソー・システムズ（株）髙岡 雄司

2019.07.12

0.5⽇ Gaussian 講習会

8 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2019.07.24

0.5⽇ Mathematica 講習会

3 名 (株)ヒューリンクス 勝 明次郎

2019.07.25

0.5⽇ SCIGRESS 講習会

1 名 (株)富⼠通九州システムズ 杉原 裕介

2020 年度の講習会等開催記録
開催⽇

期間

内

容

参加者

講 師 (敬称略)

2020.05.07

0.5⽇ バイオユーザのための化研スパコンシステム利⽤法 28 名 ⽇本ヒューレット・パッカード(株)2020.07.30

0.5⽇ Gaussian 講習会

14 名 (株)ヒューリンクス ⽥島 澄恵

2020.10.02

0.5⽇ Mathematica 講習会

3 名 (株)ヒューリンクス 降籏 ⼤輔

上原 英也

2020.10.07

2⽇ Materials Studio 講習会

4 名 ダッソー・システムズ（株）美⾺ 俊喜、Abhijit Chatterjee

2020.10.09

1⽇ Discovery Studio 講習会

2 名 ダッソー・システムズ（株）⼤村 忠弘

2020.10.29

0.5⽇ Reaxys 講習会

3 名 エルゼビア社 礒辺 隆

134

令和2年度研究課題一覧
化学研究所 物質創製化学研究 有機元素化学
化学研究所 物質創製化学研究 有機元素化学
化学研究所 物質創製化学研究 有機元素化学
化学研究所 物質創製化学研究 有機元素化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 構造有機化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密有機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密有機合成化学

時任 宣博
水畑 吉行
行本 万里子
高橋 まさえ村田 靖次郎村田 靖次郎村田 靖次郎
廣瀬 崇至
橋川 祥史
川端 猛夫
山中 正浩

新規な結合様式を持つ高周期典型元素化合物の反応解析
高周期典型元素を含む新規結合様式の創出
互変異性化可能な重いケトン類の合成と性質
平面シリセンナノリボンの理論設計と新しい動作原理の探求
新規フラーレン誘導体の電子的性質
特異な構造をもつ有機分子の電子的性質
フラーレンの構造変換に関する研究
新規構造を有するπ共役系化合物の構造有機化学
三次元π共役系の合成と性質に関する研究
軸性不斉エノラートを用いる４置換炭素の不斉構築
4-ピロリジン-ピリジン型分子触媒による化学選択的アシル化反応の理論的解析
化学研究所連絡用
精密無機合成化学
不斉化学
ナノ粒子超構造の構築
無機ナノ粒子の精密合成と機能デバイスへの応用
可視光応答性水分解光触媒の開発
物質創製化学研究系 精密無機合成化学研究領域
単一構造カドミウムカルコゲニドクラスター群の精密合成と光物性評価

化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 物質創製化学研究 精密無機合成化学
化学研究所 材料機能化学研究 高分子材料設計化学
化学研究所 材料機能化学研究 高分子材料設計化学
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成

寺西 利治
寺西 利治
寺西 利治
坂本 雅典
佐藤 良太
猿山 雅亮
Trinh Thuy
高畑 遼
劉 明翰
鈴木 航
遠藤 健一
辻井 敬亘
大野 工司
山子 茂
山子 茂
高見 佐織
登阪 雅聡
茅原 栄一
路 楊天

化学研究所 材料機能化学研究 高分子制御合成
化学研究所 材料機能化学研究 無機フォトニクス材料
化学研究所 材料機能化学研究 無機フォトニクス材料
化学研究所 材料機能化学研究 無機フォトニクス材料
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 材料機能化学研究 ナノスピントロニクス
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体機能設計化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体触媒化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体触媒化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体触媒化学
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 生体分子情報
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 生体機能化学研究 ケミカルバイオロジー
化学研究所 環境物質化学研究 分子材料化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子材料化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子材料化学
化学研究所 環境物質化学研究 水圏環境解析化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子環境解析化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子環境解析化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子環境解析化学
化学研究所 環境物質化学研究 分子環境解析化学

李 文娟
水落 憲和
森下 弘樹
藤原 正規
小野 輝男
小野 輝男
山口 美保
森山 貴広
塩田 陽一
二木 史朗
二木 史朗
田中 由美
今西 未来
河野 健一
河野 健一
山口 信次郎
渡辺 文太
増口 潔
青山 卓史
青山 卓史
安田 敬子
柘植 知彦
加藤 真理子
寺本 日出美
藤原 崇志
上杉 志成
佐藤 慎一
Perron Amelie
竹本 靖
安保 真裕
中島 光恵
プンザラン ルービー
Mendoza Aileen
梶 弘典
梶 弘典
志津 功將
宗林 由樹
長谷川 健
長谷川 健
下赤 卓史
中原 勝

湾曲したπ共役面によって保護された金クラスターの合成と触媒反応への高分子ブラシの構造と物性
リビングラジカル重合法による新規機能性高分子の合成
精密合成反応の設計

135

透過型電子顕微鏡による高分子結晶の高分解能観察
含歪みπ共役化合物の合成とその物性評価
Simulation of radical addition and ring-opening reaction upon the radical
polymerization
新規重合開始剤および関連反応開発に関する研究
ダイヤモンド中のNV中心を用いた研究
ダイヤモンド発光中心を利用した光ﾅﾉ材料研究
ダイヤモンドを用いた量子情報およびバイオイメージング研究
ナノスピントロニクス
ナノスピントロニクスの研究
ナノスピントロニクス研究に関する事務補佐
高周波スピントロニクスデバイスの研究
ナノスピントロニクス
機能性人工蛋白質の創出
機能性ペプチドの創製
生体機能設計化学の研究支援
亜鉛ファンガータンパク質を用いた転写制御分子の創製
ペプチドの膜透過ペプチドの膜透過
植物ホルモンの分子機構の研究
植物ホルモンに関する研究
植物の細胞内の情報伝達
分子生物学
分子生物学
植物環境応答制御機構の分子基盤
植物形態形成に関わる細胞内情報伝達機構の解析
植物分子生物学の研究
植物におけるTRY/CPC相同転写因子遺伝子の探索
ケミカルバイオロジー：小分子化合物を起爆剤とした生物学の研究
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
ケミカルバイオロジー
有機非晶質科学の研究
有機デバイスの基礎科学と高機能化
理論化学、計算化学に基づいた新規有機デバイス材料の開発
水圏微量元素の研究
界面の振動分光学
界面の振動分光
凝縮系の振動分光学
超臨界水の化学

化学研究所 環境物質化学研究 分子微生物科学
化学研究所 環境物質化学研究 分子微生物科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 高分子物質科学
化学研究所 複合基盤化学研究 分子レオロジー
化学研究所 複合基盤化学研究 分子レオロジー
化学研究所 複合基盤化学研究 分子レオロジー
化学研究所 複合基盤化学研究 分子レオロジー
化学研究所 複合基盤化学研究 分子集合解析
化学研究所 複合基盤化学研究 分子集合解析
化学研究所 複合基盤化学研究 分子集合解析
化学研究所 複合基盤化学研究 分子集合解析
化学研究所 複合基盤化学研究 分子集合解析
化学研究所 先端ビームナノ科学センター レーザー物質科学
化学研究所 先端ビームナノ科学センター 複合ナノ解析化学
化学研究所 先端ビームナノ科学センター 原子分子構造
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学

栗原 達夫
栗原 達夫
竹中 幹人
竹中 幹人
石田 華子
小川 紘樹
金谷 利治
金谷 利治
渡辺 宏
松宮 由実
佐藤 健
三宅 晴美
若宮 淳志
若宮 淳志
若宮 淳志
中村 智也
矢沢 健児
井上 峻介
根本 隆
藤井 知実
中村 正治

化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 有機分子変換化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 遷移金属錯体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 遷移金属錯体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 遷移金属錯体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 光ナノ量子物性科学
化学研究所 元素科学国際研究センター 光ナノ量子物性科学
化学研究所 元素科学国際研究センター 光ナノ量子物性科学
化学研究所 元素科学国際研究センター 先端無機固体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 先端無機固体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 先端無機固体化学
化学研究所 元素科学国際研究センター 先端無機固体化学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 数理生物情報
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 数理生物情報
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 数理生物情報
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 生命知識工学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 生命知識工学
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 化学研究所共通
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学

中村 正治
池田 奈緒子高谷 光

低温菌の低温適応機構の解析
極限環境微生物の生理機能解析
量子ビームによる高分子構造解析
高分子物質科学のホームページ
Eメールの利用
量子ビームを用いた高分子構造解析
アモルファス高分子のダイナミックス
高分子物質科学領域のホームページ
からみ合い高分子の分子レオロジー
高分子系の流動誘電緩和

機能性π共役系化合物の開発

ピンチェラ フランチェスカ

岩本 貴寛
礒崎 勝弘
松田 博
大木 靖弘
脇岡 正幸
脇岡 正幸
金光 義彦
金光 義彦
廣理 英基
島川 祐一
島川 祐一
市川 能也
菅 大介
孙 玮佑
阿久津 達也
田村 武幸
森 智弥
馬見塚 拓
Nguyen Hao
八代 幸造
宮本 眞理子宮本 眞理子宮本 眞理子高石 茉耶
藤橋 明子
上村 美由紀中村 かおり濵岡 芽里
中野 友佳子
緒方 博之
緒方 博之
緒方 博之
緒方 博之

機能性高分子合成を指向した遷移金属錯体触媒の開発
遷移金属触媒によるπ共役系高分子の構造制御合成
光ナノ科学
光ナノ元素科学
無機機能性材料の合成と評価
機能性酸化物材料の研究
遷移金属酸化物の合成と物性
機能性遷移金属酸化物の研究
バイオインフォマティクスによるゲノム解析
生物情報ネットワークの解析と制御
数理モデルによる生体ネットワーク制御手法の開発
次世代シーケンシングデータの解析
機械学習に基づく生体分子パスウェイの解析
バイオインフォマティクス
広報関係業務化研担当事務室の人事公募用 問合せ先
化研広報室の人事公募用 問合せ先化学研究所研究発表会申込
広報
質量分析業務
同窓会事務関連業務
広報関係業務Blanc-Mathieu Romain

遠藤 寿
朱 梦迪
西山 拓輝

化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学

Prodinger Florian
金子 博人
伴 広輝
ガルシア キンバリ
木島 壮一朗橋本 謙太郎チョウ ルイシャン
夏骏

化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 物質創製化学研究 精密有機合成化学

孟 令傑
方悦
張 利雯
森崎 一宏

高性能フィルム型太陽電池の開発
レーザー物質科学
EELSスペクトルの計算機シミュレーション
タンパク質のX線結晶構造解析
新たな機能および反応性を有する有機金属化合物による次世代合成化学の開拓
高効率有機分子変換反応を可能とする新規金属触媒の設計と合成
元素科学研究にかかる事務処理
新奇なペプチド触媒を用いる木質バイオマスの循環資源化
木質バイオマスの高度利用を志向した金属ナノ粒子触媒の開発
合成化学を基盤とした新規金属触媒の開発
分子性金属活性種の解析手法の開発と超分子反応場の構築・反応制御
人工漆材料の高効率合成のための研究

136

広報関係業務
化学生命科学研究領域の研究報告
秘書業務
微生物生態学の研究
化学生命科学秘書業務
海洋性プランクトン群の進化と生態についての研究
メタゲノム解析に基づく海洋微生物およびウイルスの生理生態の解明
ウイルス―宿主データベースの入力
溶原性ファージが炎症性腸疾患患者の腸内微生物群集において担う役割の解明
海洋巨大ウィルスとその宿主の多様性解析について
海洋微生物コミュニティにおける種間ネットワークの研究
パルマ藻・珪藻の比較ゲノム解析
バイオインフォマティクス技術の習得
バイオインフォマティクスによる微生物学・進化学の研究
バイオインフォマティクスによるゲノム解析
Medusavirusトランスクリプトーム解析
Comparing Mimiviridae communities using meta-barcoding during a redtide period in an enclosed bay
巨大ウイルスの宿主同定方法の開発
バイオインフォマティクスによるゲノム解析
巨大ウイルスの進化過程に関する研究
位置選択的反応の開発及び新規不斉反応の開発

化学研究所 物質創製化学研究 精密有機合成化学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 化学生命科学
化学研究所 環境物質化学研究 分子材料化学
エネルギー理工学研究所 エネルギー機能変換研究部門
エネルギー理工学研究所 エネルギー利用過程研究部門
エネルギー理工学研究所 エネルギー利用過程研究部門
防災研究所 地震防災研究部門
防災研究所 附属地震予知研究センター
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 総務課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 経理課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課
宇治地区事務部 研究協力課

上田 善弘
楊 青偉
呉 君毅
陳 婧潔
岡崎 友輔
梶 弘典
松田 一成
小島 崇寛
中田 栄司
倉田 真宏
井上 智裕
土田 英弘
山手 章浩
村上 加代子
今井 政敏
平冨 勇介
八代 幸造
大平 直子
延原 由紀
太田 浩二
大村 慶子
鯵坂 久美子
大槻 薫
土屋 庸子
宮本 真理子
酒井 博美
上地 恭子
立花 則子
上道 京子
大山 慶子
東城 初和
澤田 尚美
辻 久美子
元野 信子
藤本 ちなみ高橋 知世
糸田 理江
松江 絵里子
澤田 奈津子朝子 愛
田邉 みどり
山岡 秀香
相澤 貴子
野田 麻紀
岡田 哲也
竹辺 公子
松井 華代
林 香織
新久 直子
平田 美穂
及川 厚
黒田 常平
渡邊 沙也香
畑 真理子
田嶌 琴美
川﨑 智子
三木 好未
柿本 紗也子
福田 美菜穂尾崎 さゆり
佐藤 拓
中尾 久乃
能勢 理絵
一井 信吾
南口 敬司
日下部 忠繁
春木 淳
山本 啓
三原 一晃
幸 俊烈
八木 裕美
田上 款
中野 留美子
永田 明世
福井 智加子
谷川 禅
福島 典子

多官能基性化合物の位置選択的分子変換
Using supercomputer to finish M1 Bioinformatics Exercise from Ogata Lab
海洋微生物におけるウイルス誘導HGTの存在と効果
海洋ウイルスの群集分析
湖沼に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析
有機デバイス材料の開発
ナノ炭素材料の理論的研究
DNAナノ構造体に精密配置したタンパク質の機能評価
地震時における構造物の破壊
SSEに伴う海面地殻変動の推定
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
E-mail利用
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E-mail利用137宇治地区事務部 研究協力課
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宇治地区事務部 施設環境課
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宇治地区事務部 施設環境課
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宇治地区事務部 総合環境安全管理センタ
宇治地区事務部 総合環境安全管理センタ
理学研究科 理学部 物理学・宇宙物理学専攻
理学研究科 理学部 物理学・宇宙物理学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 生物科学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
理学研究科 理学部 化学専攻
医学研究科 医学部 人間健康科学系専攻
医学研究科 医学部 人間健康科学系専攻
医学研究科 医学部 人間健康科学系専攻
医学研究科 医学部 人間健康科学系専攻
医学研究科 医学部 医学・医科学専攻
薬学研究科 薬学部 薬科学専攻
薬学研究科 薬学部 薬科学専攻
薬学研究科 薬学部 医薬創成情報科学専攻
薬学研究科 薬学部 医薬創成情報科学専攻

中谷 浩美
中野 直子
鹿間 順子
井出 恵美子木下 亜紀子大下 美圭
工藤 亜矢
柴田 由香里北川 伸代
伊勢脇 純子岡本 紗英
杉本 裕美
太田 妃登美
大西 愛
大橋 浩美
嶋津 里香
森脇 友里恵
菊本 恵二
本多 まき
小林 宏隆
南雲 円
古田 学
濱本 文平
光嶋 葵
松澤 ありさ眞木 麻香
金澤 真美子
米木 豊
長田 知己
清水 節子
水口 裕尊
寺嶋 孝仁
荒木 武昭
渡邊 一也
廣瀬 優希
ヨム ジヘ
平島 眞吾
杤尾 豪人
藤橋 雅宏
中野 義明
野田 泰斗
木下 誠志
下川 淳
山角 拓也
奥野 恭史
石田 祥一
新妻 諭
斎藤 憲子
古川 喜規
瀧川 紘
竹本 佳司
大野 浩章
掛谷 秀昭

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遷移金属酸化物薄膜の合成と物性
ソフトマターの相転移ダイナミクス

工学研究科 工学部 機械理工学専攻
工学研究科 工学部 航空宇宙工学専攻
工学研究科 工学部 電子工学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻

松本 充弘
占部 継一郎
竹内 繁樹
大江 浩一
三木 康嗣
岡本 和紘
陰山 洋
野㞍 聡子
小林 洋治
タッセル セドリック
高津 浩
新井 一功
加藤 大地
近藤 輝幸
木村 祐
阿部 竜
阿部 竜
坂本 良太
鈴木 肇
冨田 修
藤原 哲晶
藤原 哲晶
宮崎 晃平

環状ピロール-イミダゾールポリアミドの合成と評価
蛍光性核酸の開発と応用
非天然ヌクレオシドの開発
シグナル伝達タンパク質の構造解析
分子性導電・磁性材料の設計と理論的解析
量子化学計算と固体NMRを用いた新規無機物質の構造解析
金属マジックサイズクラスター群の固体高分解能NMR
典型元素を活用した有機合成法の創出
ピレン骨格をもつ柔軟な光機能分子の電子構造と光物性の解明
創薬のための合成反応予測
化合物の合成反応、経路を予測する人工システム構築の開発
化合物の合成反応、経路を予測する人工システム構築の開発
細胞の生存と死を決定する制御システムの数理モデル化
高反応性化学種を活用する有機合成化学

138

生物活性化合物の創製を指向した有機化学研究
ケモインフォマティクスおよびバイオインフォマティクスを活用したケミカルバ
イオロジー研究
計算化学的手法による有機物・無機物の熱物性・輸送特性予測
プラズマ曝露により形成される材料中の局所構造解析
光子を用いた量子情報科学に関する研究
含窒素複素環をニトレン前駆体とする触媒
刺激応答性プローブの創製
遷移金属触媒を用いた新規変換反応の開発
固体化学
固体化学
固体化学
固体化学
固体化学
層状アンチモン化合物の構造シミュレーション
高次生体イメージング先端テクノハブプロジェクト研究
高感度Gd-MRI造影剤のPEG化および抗体修飾によるDDS構築
高効率可視光応答型光触媒系の開発
高効率可視光応答型光触媒系の開発
機能性分子低次元系の創製
可視光応答型光触媒を用いる高効率水分解システムの開発
光触媒を用いた可視光水分解系の構築
物質エネルギー化学専攻の研究推進
銅触媒を用いる新規分子変換反応の開発
電極材料の電子構造計算

工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻
工学研究科 工学部 分子工学専攻
工学研究科 工学部 分子工学専攻
工学研究科 工学部 分子工学専攻
工学研究科 工学部 分子工学専攻
工学研究科 工学部 分子工学専攻
工学研究科 工学部 分子工学専攻
工学研究科 工学部 高分子化学専攻
工学研究科 工学部 化学工学専攻
工学研究科 工学部 化学工学専攻
工学研究科 工学部 附属工学基盤教育研究センター
工学研究科 工学部 物質エネルギー化学専攻

小久見 善八
江口 浩一
伊藤 彰浩
細川 三郎
今堀 博
梅山 有和
東野 智洋
筒井 祐介
伊藤 峻一郎
鈴木 哲夫
山本 量一
大嶋 光昭
藤原 哲晶

工学研究科 工学部 合成・生物化学専攻
工学研究科 工学部 機械理工学専攻
工学研究科 工学部 機械理工学専攻
工学研究科 工学部 都市環境工学専攻
工学研究科 工学部 合成・生物化学専攻
工学研究科 工学部 合成・生物化学専攻
工学研究科 工学部 流域圏総合環境質研究センター

野中 洋
西川 雅章
内藤 悠太
沈尚
山本 武司
藤江 峻也
賀凱

工学研究科 工学部 合成・生物化学専攻
工学研究科 工学部 材料化学専攻
工学研究科 工学部 機械理工学専攻
工学研究科 工学部 機械理工学専攻
エネルギー科学研究科 エネルギー基礎科学専攻
エネルギー科学研究科 エネルギー応用科学専攻
エネルギー科学研究科 エネルギー応用科学専攻
エネルギー科学研究科 エネルギー応用科学専攻
エネルギー科学研究科 エネルギー応用科学専攻
農学研究科 農学部 森林科学専攻
農学研究科 農学部 応用生命科学専攻
農学研究科 農学部 応用生物科学専攻
農学研究科 農学部 応用生物科学専攻
農学研究科 農学部 応用生物科学専攻
農学研究科 農学部 森林科学専攻
農学研究科 農学部 応用生物科学専攻
人間・環境学研究科 相関環境学専攻
人間・環境学研究科 相関環境学専攻
人間・環境学研究科 相関環境学専攻
人間・環境学研究科 相関環境学専攻
生態学研究センター 生態学研究部門
生態学研究センター 生態学研究部門
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 北川グループ
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 古川グループ
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 堀毛グループ
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 藤田グループ
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 深澤グループ
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 iCeMS解析センター
高等研究院 物質－細胞統合システム拠点 iCeMS解析センター
福井謙一記念研究センター 理論研究部門
産官学連携本部
産官学連携本部

松田 建児
宇治 広隆
上野 哲也
上野 哲也
蜂谷 寛
馬渕 守
楠田 啓
袴田 昌高
陳 友晴
久住 亮介
植田 充美
吉田 天士
吉田 天士
澤山 茂樹
平野 義貴
中川 聡
廣戸 聡
上田 純平
高橋 弘樹
津江 広人
藤田 博昭
Huang Yin-Tse
大竹 研一
古川 修平
堀毛 悟史
藤田 大士
深澤 愛子
張 育銓
隅田 健治
佐藤 徹
湊 丈俊
山中 俊朗

（京都大学以外の所属）
情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設
東京大学 大気海洋研究所 地球表層圏変動研究センター
東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻岩崎研究室
茨城大学 工学部 生体分子機能工学科
北海道大学 触媒科学研究所
久留米工業高等専門学校
福岡工業大学 工学部 生命環境科学科
株式会社 生物技研
株式会社KRI 構造制御材料研究部
広島大学大学院 工学研究科 機械物理工学専攻
東京大学 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
東京大学 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
株式会社ゲノムアナリティクスジャパン
東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻
東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻
富山県立大学 工学部 生物工学科
大阪大学 理学研究科 高分子科学専攻

五斗 進
西村 陽介
松井 求
吾郷 友宏
古川 森也
黒飛 敬
蒲池 高志
半田 佳宏
中江 隆博
Carles Serrat
笠原 雅弘
藤野 健
八谷 剛史
浜口 悠貴
大前 公保
占部 大介
武智 恭世

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
東レ株式会社 滋賀事業場 先端材料研究所

氏原 ともみ林 宣之
吉元 健治

リチウムイオン電池に関する研究
炭化水素の低温燃焼触媒の研究
開殻分子の電子構造に関する理論的研究
金属酸化物ナノ粒子の合成とその応用
人工光合成系の開発
光合成モデル化合物の合成
有機分子を用いた新規な機能性材料の開発
有機電子機能性材料の素子形成と界面伝導特性評価
13族元素含有有機金属錯体の特異な光学特性の機構解明
吸着工学・乾燥工学等に関する分子論的検討

パラジウム触媒による分子間炭素-水素結合アリール化反応におけるカル
ボキシラト配位子の立体効果
エポキシ樹脂の架橋反応による構造形成と力学特性発現の関係の評価
エポキシ樹脂の架橋反応による構造形成と力学特性発現の関係の評価
琵琶湖水中におけるウイルスメタゲノム解析
らせん高分子の立体配座の解析
らせん高分子の非結合性相互作用に基づいたキラルシフト試薬の開発
抗生物質処理のための木質系廃棄物からの酸化グラフェン・ナノTiO2複合材料の開発
HOPG基板上における分子配列のモデリング
計算化学を活用した無機物・有機物の分子レベル挙動に関する研究
計算化学を活用した無機物・有機物の分子レベル挙動に関する研究
エネルギー機能材料の電子構造と光物性
生体系物質の原子・電子解析
材料界面・表面の原子～電子論的研究
金属材料の表面特性
生態系タンパク質の動的解析
磁場配向を利用した固体NMR解析手法の開発
コンビナトリアル・バイオ工学
一酸化炭素資化菌と水圏ウイルスの分子生物学的研究
一酸化炭素資化菌と水圏ウイルスの分子生物学的研究
微細藻類の分子育種に関する研究
量子化学計算によるリグニンモデル化合物の間接電解反応機構の解析
海洋微生物のメタゲノム解析
三次元π共役分子の合成の機能性の創出
ペロブスカイト関連構造を有するEu2+添加水素化物蛍光体の開発
優先富化現象を示す有機化合物の検索
ジペプチド保護体のCO2吸着状態の解析
細菌群集ネットワークの動態予測
植物と真菌の共生系における遺伝子発現解析
多能性細孔物質の深化
金属錯体ソフトマテリアルの創成
有機構造体を用いたイオン伝導体合成
自己集合を利用したタンパク質のカプセル化
新奇非ベンゼン系π共役化合物の創製と機能開拓

振電相互作用に関する理論的研究
蓄電池材料の構造と物性
電池材料のラマンスペクトルの計算

生体分子情報データベースの開発とその応用
遺伝子情報を用いた海洋生態学研究
グラフに基づく分子系統解析手法の開発と適用
フッ素の元素特性を活かした機能性材料の開発
規則性合金の触媒作用に関する理論的研究
密度汎関数法を用いたNO還元用代替触媒探索
ゲノム解析
炭素材料の物性研究
高次高調波によるアト秒X線パルスの増幅
スギゲノムの解読と解析
スギゲノムの解読と解析
真核生物の細胞内共生後のアミノアシルtRNA合成酵素の進化
DNA配列空間に新規機能を予測する情報技術
計算化学を活用した天然物の合成研究
トリアシルグリセロールのグリセロール骨格コンフォメーションの振動スペクト
ルへの影響
食品成分の分子間相互作用の解析
電子構造解析による食品成分分子の理論的研究
高分子溶液の相分離に関する大規模計算

139

株式会社リコー イノベーション本部 材料技術開発センター
株式会社リコー イノベーション本部 材料技術開発センター
一橋大学 経理調達課 研究科会計統括係
京都大学 化学研究所 複合基盤化学研究 分子集合解析
千葉工業大学
東京理科大学 理学部第一部 教養学科
東京理科大学 理学部第一部 教養学科
中央大学 管財部 理工学部管財課
特定非営利活動法人バイオインフォマティクス・ジャパン

高島 健悟
後藤 大輔
砂川 武貴
笹森 貴裕
山本 典史
武村 政春
高橋 春菜
岩本 貴寛
阿久津 達也LG Japan Lab株式会社 Diaplay研究室
岡山大学大学院 環境生命科学研究科 生物機能化学講座
一橋大学 経済学研究科

髙城 淳
田村 隆
石丸 翔也

(無所属)

薮崎 純子

有機化合物に対する量子化学計算
有機化合物に対する量子化学計算
ゼロ金利制約のあるDSGEモデルのパラメータ推定
重い元素を含む有機無機化合物
凝集誘起発光についての理論的研究
日本で発見された巨大ウイルスのゲノム解析
日本で発見された巨大ウイルスのゲノム解析
高活性遷移金属錯体の合成による新反応開拓
特定非営利活動法人バイオインフォマティクス・ジャパンのホームページ運営のため
酵素・補酵素複合体の分子モデリング
大学教育と労働市場の機会の地理的差異
カロテノイドデータベース化学フィンガープリントを用いたカロテノイドの生合成パスウェイの再構築

140京都大学化学研究所
スーパーコンピュータシステム〒611-0011 京都府宇治市五ケ庄
TEL 0774-38-3265
spradm@scl.kyoto-u.ac.jp
https://www.scl.kyoto-u.ac.jp