七．
所
得税
法等の一部を改正す
る
法
律（令和五年法律第三号）

七．所得税法等の一部を改正する法律（令和五年法律第三号）

正後○租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）（抄）改第 三 章 法 人 税 の 特例
第三節の二 対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の 課税 の 特 例
第五十九条の二 青色申告書を提出する法人で、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律（平成二十年法律第五十三号）の施行の日から令和七年三月三十一日までの間に海上運送法第三十五条第一項に規定する日本船舶・船員確保計画（以下この項において「日本船舶・船員確保計画」という。）について同条第三項第五号（同条第五項において準用する場合を含む。）に掲げる基準に適合するものとして同条第三項又は第四項の認定（同項の認定にあつては、当該認定により当該基準に適合することとなつたものに限る。）を受けた同法第三十四条第二項第三号に規定する船舶運航事業者等（日本船舶（同法第三十七条の二に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）を用いて対外船舶運航事業（同法第三十五条第三項第五号に規定する対外船舶運航事業をいう。）を営むものに限る。）に該当するものが、同法第三十五条第三項の認定を受けた日本船舶・船員確保計画（同条第四項の規定による変更の認定があつたときは、その変更後のもの。以下この条において「認定計画」という。）に記載された計画期間（同法第三十五条第二項第三号に掲げる計画期間をいう。第四項において同じ。）内の日を含む各事業年度終了の時において当該認定計画に従つて同法第三十四条第一項に規定する日本船舶及び船員の確保を実施している場合において、当該事業年度における第一号に掲げる金額が改正（傍線の部分は改正部分）

前第 三 章 法 人 税の 特 例
第三節の二 対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例
第五十九条の二 青色申告書を提出する法人で、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律（平成二十年法律第五十三号）の施行の日から令和二年三月三十一日までの間に海上運送法第三十五条第一項に規定する日本船舶・船員確保計画（以下この項において「日本船舶・船員確保計画」という。）について同条第三項第五号（同条第五項において準用する場合を含む。）に掲げる基準に適合するものとして同条第三項又は第四項の認定（同項の認定にあつては、当該認定により当該基準に適合することとなつたものに限る。）を受けた同法第三十四条第二項第三号に規定する船舶運航事業者等（日本船舶（同法第三十八条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）を用いて対外船舶運航事業（同法第三十五条第三項第五号に規定する対外船舶運航事業をいう。）を営むものに限る。）に該当するものが、同法第三十五条第三項の認定を受けた日本船舶・船員確保計画（同条第四項の規定による変更の認定があつたときは、その変更後のもの。以下この条において「認定計画」という。）に記載された計画期間（同法第三十五条第二項第三号に掲げる計画期間をいう。第四項において同じ。）内の日を含む各事業年度終了の時において当該認定計画に従つて同法第三十四条第一項に規定する日本船舶及び船員の確保を実施している場合において、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二- 64 -

２

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第二号に掲げる金額を超えるときは、その超える部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入し、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額に満たないときは、その満たない部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額 に算 入 す る 。
一 当該法人の当該事業年度における日本船舶（特定準日本船舶（海上運送法第三十八条第七項に規定する準日本船舶のうち安定的な海上輸送の確保に資するものとして財務省令で定めるものをいう。）を含む。次号において同じ。）を用いた対外船舶運航事業等（同法第三十七条の二に規定する対外船舶運航事業等をいう。）による収入金額に係る所得の金額として政令で定める金額
二 当該法人の当該事業年度における日本船舶の純トン数（船舶のトン数の測度に関する法律（昭和五十五年法律第四十号）第六条に規定する純トン数をいう。）に応じた利益の金額として政令で定める
金額
（略）

（略）

４ 認定計画に記載された計画期間内の日を含む各事業年度（以下この項において「適用対象年度」という。）において第一項の規定の適用を受けた法人が、海上運送法第三十七条の四第二項の規定によりその認定を取り消された場合には、当該適用対象年度において第一項の規定により損金の額に算入された金額の合計額は、当該認定を取り消された日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
（略）
５号に掲げる金額を超えるときは、その超える部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入し、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額に満たないときは、その満たない部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する。
一 当該法人の当該事業年度における日本船舶（特定準日本船舶（海上運送法第三十九条の五第七項に規定する準日本船舶のうち安定的な海上輸送の確保に資するものとして財務省令で定めるものをいう。）を含む。次号において同じ。）を用いた対外船舶運航事業等（
同法第三十八条に規定する対外船舶運航事業等をいう。）による収入金額に係る所得の金額として政令で定める金額
二 当該法人の当該事業年度における日本船舶の純トン数（船舶のトン数の測度に関する法律（昭和五十五年法律第四十号）第六条に規定する純トン数をいう。）に応じた利益の金額として政令で定める金額
２ 前項の規定は、同項に規定する法人が、その適用を受けようとする最初の事業年度開始の日の前日までに、財務省令で定める事項を記載した届出書に同項に規定する日本船舶・船員確保計画の写しその他財務省令で定める書類を添付して、これを納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
３ 第一項の規定の適用を受ける法人は、その適用を受ける各事業年度の確定申告書等に同項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額の計算に関する明細書を添付しなければならない。
４ 認定計画に記載された計画期間内の日を含む各事業年度（以下この項において「適用対象年度」という。）において第一項の規定の適用を受けた法人が、海上運送法第三十九条の二第二項の規定によりその認定を取り消された場合には、当該適用対象年度において第一項の規定により損金の額に算入された金額の合計額は、当該認定を取り消された日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
第一項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算５- 65 -

６ 第一項の規定の適用を受ける法人が有する外航船舶（本邦と外国との間又は外国と外国との間を往来する船舶をいう。以下この項において同じ。）のうち日本船舶（船舶法第一条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）に該当するもの及び当該法人の子会社（海上運送法第三十八条第一項に規定する子会社をいう。）に該当する法人が有する外航船舶のうち日本船舶に該当しないものについては、第一項の規定の適用を受ける法人の同項の規定の適用を受ける事業年度（当該子会社に該当する法人にあつては、当該事業年度内の日を含む事業年度）においては、第四十三条、第五十七条の八（第一項及び第九項に係る部分に限る。）、第六十五条の七（第一項及び第九項に係る部分に限る。）及び第六十五条の八（第一項、第二項、第七項及び第八項に係る部分に限る。）の規定その他政令で定める規定は、適用 し な い 。
（略 ）７

入された金額は、法人税法第六十七条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとし、第一項又は前項の規定により益金の額に算入された金額は、同条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれないものとする。
６ 第一項の規定の適用を受ける法人が有する外航船舶（本邦と外国との間又は外国と外国との間を往来する船舶をいう。以下この項において同じ。）のうち日本船舶（船舶法第一条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）に該当するもの及び当該法人の子会社（海上運送法第三十九条の五第一項に規定する子会社をいう。）に該当する法人が有する外航船舶のうち日本船舶に該当しないものについては、第一項の規定の適用を受ける法人の同項の規定の適用を受ける事業年度（当該子会社に該当する法人にあつては、当該事業年度内の日を含む事業年度）においては、第四十三条、第五十七条の八（第一項及び第九項に係る部分に限る。）、第六十五条の七（第一項及び第九項に係る部分に限る。）及び第六十五条の八（第一項、第二項、第七項及び第八項に係る部分に限る。）の規定その他政令で定める規定は、適用しない。
７ 第二項、第三項及び前二項に定めるもののほか、第一項又は第四項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他これらの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

（令二法八・一部改正)

附 則施( 行期日 )第一条 この法律は、令和五年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一 ～ 十一 （ 略 ）十二 第十条中租税特別措置法第十一条第一項第一号及び第二号の改正規定、同項第三号を同項第四号とし、同項第二号の次に一号を加える改正規
定、同法第四十三条第一項第一号及び第二号の改正規定、同項第三号を同項第四号とし、同項第二号の次に一号を加える改正規定、同法第五十九- 66 -

条 の 二 第一 項 の 改正 規 定 「(令和二年三月三十一日」を「令和七年三月三十一日」に改める部分を除く。 、)同条第四項の改正規定並びに同条第六項の改正規定並びに附則第二十九条第一項及び第四十二条第一項の規定 海上運送法等の一部を改正する法律 令(和五年法律第二十四号 附)則第一条第三号に掲げる規定の施行の日
十三 （略）（対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例に関する経過措置）
第四十四条 施行日以後に海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）第三十五条第三項の認定を受ける法人の施行日から令和六年三月三十一日までの間に開始する事業年度における新租税特別措置法第五十九条の二の規定の適用については、同条第二項中「開始の日」とあるのは、「開始の日以後二月を経過した日」とする。

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参照条文○地方税法 （昭和 二十五年 法律第二 百二十 六号）（抄 ）第二章 道府県 の普通 税
第二節 事業 税
第 二款 法 人の事業 税に係る 課税標 準及び税率 等（ 付加価 値割の課税 標準の 算定の方 法）
第七十二 条の十四 第七十 二条の十 二第一 号の各事業 年度の 付加価値 額は、 各事業年度 の報酬 給与額、 純支払利 子及び純 支払賃 借料の合 計額（第 七十二条 の二十に おいて 「収益配分 額」と いう。） と各事業 年度の単 年度損 益との合 計額によ る。
（単年 度損益 の算定の 方法）
第七 十二条の 十八 第 七十二 条の十四 の各事業 年度の単 年度損 益は、次の 各号に 掲げる法 人の区分 に応じ、 それぞ れ当該各 号に定め るところ により算 定する ものとする 。
一 次条 に規定 する内国法 人 各 事業年度 の益金の 額から 損金の額 を控除し た金額に よるも のとし、こ の法律 又は政令 で特別 の定めをす る場合 を除くほ か、当該 各事業年 度の法人 税の課税 標準で ある所得 の計算 の例によつ て算定 する。
二 外 国法人 各事業 年度の 法人税法 第百四十 一条第一 号イに掲 げる国 内源泉所 得に係る 所得の金 額又は 欠損金額（ 同法第 二条第十 九号に規 定する欠 損金額を いう。 以下この 号におい て同じ 。）及び同 法第百 四十一条 第一号 ロに掲げる 国内源 泉所得に 係る所得 の金額又 は欠損 金額の合 算額に よるもの とし、 この法律 又は政令 で特別の 定めを する場合を 除くほ か、当該 各事業 年度の法人 税の課 税標準で ある同号 イに掲げ る国内源 泉所得に係る 所得及び 同号ロ に掲げる 国内源泉 所得に係 る所得 の計算の例 によつ て算定す る。
２ 前項 の規定 により第 七十二 条の十四の 各事業 年度の単年 度損益 を算定す る場合 には、法 人税法第 二十七条 、第五十 七条、 第五十七 条の二、 第五十九 条第五項 、第六十 四条の 五及び第 六十四条 の八並び に租税特 別措置 法第五十 五条（同 条第一項 及び第 八項に規定 する特 定株式等 で政令で 定める ものに係 る部分を 除く。） 、第五 十九条の 二及び第 六十六条 の五の三 （第二 項に係る 部分を除 く。）の 規定の 例によらな いもの とする。

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