BioResource Now ! Vol.8 No.5

BioResource Now !
Issue Number 8

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May 2012

ホット情報 No.39

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

5th International Biocuration Conference 報告

じょうほう通信 No.69

クラウドにデータを保存する

リソースセンター紹介 No.40

第３期 NBRP 中核拠点の新しい代表者からのメッセージ

お薦め Book！ No.5

P1 - 2「動的平衡２ - 生命は自由になれるのか」

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リソースセンター紹介〈No.40〉

第３期 NBRP 中核拠点の新しい代表者からのメッセージ
２００２年に立ちあがったナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP) は、今年の４月から第３期に入りました。
今月のニュースレターは、第３期で新たにリソース機関の代表者になられた５名の先生方に自己紹介と抱負を寄せていただきました。

「ラット」

庫本高志 京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設[ 自己紹介 ] 1967 年生、大阪府出身、京都大学農学部畜産学科卒（牛追いできます）。学部時代の実験動物学の講義に興味をもち、この道に入りました。現在は、所属施設（芹川忠夫施設長）で、実験動物を対象とした管理・教育・研究に従事しています。専門は、ラットの遺伝学、特に、疾患モデルラットの遺伝解析と病態発症機構の解明です。第 1 期、第 2 期とも、芹川教授のもとで本事業に参画しました。
[ 抱負 ] 第 1 期、第 2 期で整備された事業を着実に推進します。加えて、リソースがセンター化されている優位性を最大限生かした研究を提案していきたいです。例えば、疾患感受性遺伝子や特定の表現形質について、系統間スクリーニングを行う。また、亜系統間の遺伝子型と表現型の違いに着目した研究などがあります。さらに、「ラット」だけではなく、他のリソースを横断的に利用した研究をできればと思っています。よろしくお願いいたします。

「ショウジョウバエ」

上田 龍 国立遺伝学研究所系統生物研究センター

京都工芸繊維大学の山本雅敏先生の御退職を受けて、第 3 期の代表機関をお引き受けしました。今期のショウジョウバエリソースは、これまでの 4 機関（遺伝研、京都工芸繊維大学、愛媛大学、杏林大学）に加えて、宮崎大学に DNA リソースのバックアップをお願いし、計５機関のコンソーシアムで事業を運営して参ります。
これまでの 10 年間で NBRP ショウジョウバエは収容系統数でも世界最大規模にまで発展しました。100 年間のショウジョウバエ遺伝学で蓄積された歴史的な系統から、最近のゲノムシーケンスの対象となった種々の系統まで、遺伝学を基盤とするライフサイエンス研究に有用な系統が日々、多くの研究者に提供されています。また最近は、新しい遺伝子工学的技術の適用によって、体系的な変異体ライブラリ作成も国際的に展開されています。国際連携の下に、最新の研究にも対応できる有用なリソースの収集に努めるとともに、その質の向上にも努力していきたいと思っています。

「コムギ」那須田周平 京都大学大学院農学研究科

第 3 期 NBRP・コムギの中核機関課題管理者となりました京都大学の那須田です。専門は、ムギ類（コムギ、オオムギの仲間）の分子細胞遺伝学です。これまでずっと、コムギを材料として研究を行ってまいりました。遺伝子や分子マーカーの染色体マッピングを主な手法とする私の研究において、NBRP・コムギの保有する異数体や構造異常染色体は、なくてはならない重要な研究材料です。
NBRP・コムギには 12,000 を超える種子リソースと 78 万の DNA クローンが保存されています。第 1 期、第 2 期 NBRP そして、それに先立つ遺伝資源保存事業で収集されてきたこれらの貴重なリソースを、ユーザーにとって使いやすい形で提供するのが責務と思っています。所蔵する系統の高付加価値化・高品質化をめざして、表現型データやジェノタイプ情報を付加した、研究の即戦力となるリソースの保存・配布の体制を作っていきたいと考えています。どうぞ、よろしくお願いいたします。

「藻類」

河地 正伸 独立行政法人国立環境研究所

第 3 期から NBRP 藻類を担当することになりました。これまで大学院時代から一貫して藻類に関わる研究に携わってまいりました。
岩手県釜石市にあった（株）海洋バイオテクノロジー研究所におきまして、藻類の応用利用を想定した藻類カルチャーコレクションを担当した後、現在の国立環境研究所に異動、前任者の笠井文絵先生の研究室で藻類コレクションの整備等を分担させていただく傍ら、藻類に関わる様々な研究プロジェクトを担当させていただきました。
これまでに笠井先生のご尽力で、国内藻類リソースの集約、保存株の付加価値向上や情報の整備等が行われた結果、藻類の主要な分類群を網羅する、多様な保存株の保存・提供を行う体制が整備されてきました。2012 年 4 月の時点で NBRP 藻類では、50 に及ぶ綱レベルの大分類群を網羅する 443 属 870 種 2,664 株の多様な系統の保存株を公開するに至りました。第 3 期では、これまでの活動を継承しつつ、更に発展させるとともに、モデル生物やその候補となる保存株の拡充と整備等の、新たな活動にも取り組む所存です。NBRP の諸先生方との連携、藻類研究コミュニティとの連携、微生物系統保存機関との連携のもとで、藻類の多様性や重要性をアピールしつつ、ユーザー視点でのリソース整備に取り組みたいと考えております。どうぞよろしくお願い致します。

「病原微生物」

矢口貴志 千葉大学真菌医学研究センター

NBRP では｢病原微生物｣を担当させていただいております、千葉大学真菌医学研究センターの矢口貴志です。病原微生物は｢真菌｣｢細菌｣｢原虫｣と扱う生物種の幅が広く、単一の機関で取り扱うことができません。そのため、中核機関である千葉大学が｢真菌・放線菌｣を、分担機関として大阪大学及び岐阜大学が｢細菌｣を、長崎大学が｢原虫｣を担当し、各機関が責任を持って収集、保存、提供を実施しています。
どの機関においても (1) 基準株、(2) 高度病原菌、(3) 新鮮な臨床分離株を収集することで、今後いかなる感染症が起っても、それに対応できる病原微生物株コレクションを目指しております。また、MTA の作成、新感染症法への対応、提供における実費徴収システムの構築、実務担当者の確保・育成など運用面に関しては、情報を共有化し共通の課題として対処しております。今後も、研究コミュニティの要望を取り入れ、ユーザーの拡大を図っていきたいと考えておりますので、皆様のご意見・ご要望をいただければ幸いです。
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ホット情報〈No.39〉
5th International Biocuration Conference 報告− April 2-4, 2012 Washington DC, USA −4 月 2 日 - 4 日に Washington DC の Georgetown University Hotel and Conference Center で、Biocuration 2012 ( 第 5 回目 ) が開催されました。参加者は過去最多数の 307 名（17 カ国）で、USA と UK からの参加者が 80%、日本からは 6 名でした。
Plenary talk 3 題（Dr. Mark Yandell, Dr. Fritz Roth, Dr. Amos Bairoch）、７つの Session と４つの Workshop、ポスターセッショ
ン 159 題と終日大変充実した内容でした。プログラムなどは http://pir.georgetown.edu/biocuration2012/ こちらから公開されています。聴衆の席が円卓で、食事も同じテーブルでしたので非常にコミュニケーションが取りやすく、情報交流を図る上では効果的だったと思います。刺激と元気をもらって帰国しました。（山崎由紀子）

クラウドにデータを保存する
現在、インターネット上でサーバの容量を貸し出すサービス（以下オンラインストレージ）が、数多く提供されています。複数のパソコンやスマートフォンを使って作業する場合、ネットワーク上にファイルを保存する事で、異なる端末から同じファイルを簡単に使用できる
サ ー ビ ス で す。そ の 中 で、Microsoft 社 が 無 料 で 提 供 し て い る「Windows Live SkyDrive」（以下 SkyDrive）を紹介します。
SkyDrive を利用するには Windows Live ID が必要になります。ログイ
ンサイト (https://skydrive.live.com/) から「Windows Live ID をお持ちでない場合」をクリックし、メールアドレスの登録を行って下さい。
SkyDrive のオンラインストレージ機能
SkyDrive では、無料で 7GB のファイルの容量を使用することができ、ユーザはその容量内で、ファイルのアップロード（表 1）とダウンロードを行うことができます。※支払いをすれば容量を増やせます。
アップロードツール
1 ファイルのサイズ
WEB ブラウザ
300MB までアップロード可能
スマートフォンアプリ 100MB までアップロード可能
デスクトップアプリ
2GB までアップロード可能

じょうほう通信[ 第 69 回 ]10 分③ファイルの共有
共 有 方 法 は、ま ず 共 有 し た い フ ァ イ ル にチェックをし、右メニューに表示される「共リンクの取得をクリック有」をクリックします。次に、共有方法の設定画面が表示されるので、「リンクの取得」 図 3. ファイルを共有するをクリックします（図 3）。共有方法を選択 ための URK を作成してリンクを取得すると、作成したリンク右メニューからファイルの表示と保存ができます。

× ボタンで共有の停止
共有を停止する場合は、公開したファイルのチェックボックスにチェックをし、右メニュー 図 4. ファイルの共有をの共有から × ボタンを押します（図 4）。
キャンセル
Microsoft Oﬃce Web Apps( 一部機能 : 図 1Ａ)
WEB ブラウザから SkyDrive を使用する事で、Microsoft Oﬃce がイ ン ス ト ー ル さ れ て い な い パ ソ コ ン か ら も Word、Excel、PowerPoint、OneNote が利用できます。

SkyDrive アプリを利用
表 1. アップロードツー
ル 毎のサイズ制限

利用する方法は、WEB ブラウザから行う方法と、SkyDrive アプリをインストールする方法があります。
Web ブラウザからの利用アカウント設定の設定完了メールを受信した後、SkyDrive サイトから Windows Live ID とパスワードを入力して、サインインを行います。ここで、ファイルのアップロードやダウンロードなどの機能を利用するＡ事が出来ます。

アップロードをクリック①アップロードするには上メニューより「アップロード」をクリックし、そこにファイルをドロップします。
ブラウザによっては、ファイル選択画面 図 1. ファイルのアップロードが表示されるので、アップロードしたい
右メニュー
ファイル名のファイルを選択します。（図 1）
左をチェックSkyDrive ア プ リ は イ ン ス ト ー ル が 必 要 で す。SkyDrive ア プ リ(https://apps.live.com/skydrive) から、アプリの入手ボタンで「セットアッププログラム」をダウンロードし、プログラムを実行します。
サインインで Windows Live ID とパスワードを入力します。
次に、サーバと同期を行う場所となるローカルの SkyDrive フォルダを指定します。変更する場合は、「変更」ボタンで場所を変更します（図 5）。これでインストールは完了 図 5.SkyDrive と同期と行うフォルダの設定です。
自動で同期を行うため、サーバの SkyDrive フォルダのファイルを削除した場合、ローカルの SkyDrive フォルダのファイルも自動で削除されます。ファイルを削除する際は、注意して下さい。
オンラインストレージ使用時の注意事項
・ファイルの公開を行う際は、利用方法を確認して必要なファイルだけを公開しましょう。著作物を公開することでアカウントが停止される場合があります。
・アップロードするファイルのバックアップを必ず保存しましょう。
サービスやアカウントの停止がされた場合に、サーバ上のファイルが削除される事が考えられます。

②ダウンロードするにはファイル名の左にあるチェックボックスにチェックをすると、右にメニューが表
ダウンロードをクリック
示されるので「ダウンロード」をクリッ
図 2. ファイルのダウンロードクします。（図 2）

クラウドを利用しファイルを保存する事で、パソコン間のデータのやり取りがとても簡単にできます。一度使ってみてはいかがでしょうか？
（渡辺拓貴）

お薦め Book！〈NO.5〉

ニュースレターのダウンロード先
Contact Address「動的平衡２ - 生命は自由になれるのか」

福岡伸一著（木楽舎、2011 年）

今や売れっ子の著者による前著「動的平衡」の続編であるが、福岡節はますます快調であり、心地よくずんずん読める。腸内細菌、フェロモン、花粉症や、水道の浄水器と腎臓のちがいなど、知的で楽しい話題が続く。そして、それらすべてに通底する著者の主張は、生命はデカルト流の捉え方＝機械的な存在ではなく、絶え間ない流れの中にある持続的なもの＝動的平衡だという。
生命＝動的平衡という捉え方は、1930 年代の生化学者シェーンハイ
マーの実験に由来するという。アイソトープラベルしたアミノ酸をマウスに食べさせ追跡すると、ラベルされた分子はマウスの全身から検出される。つまり、アミノ酸は新しく合成された種々のタンパク質に組み込まれて全身に分布し、それとほぼ同量のタンパク質が分解され除去されたことを意味した。こうして生体内の物質代謝の一端が実験的に直接観察された。
著者は「生命は秩序を維持するために堅牢な構造を作るのを諦めた」のだという。そのかわり、「生命のシステムは、ミスが蓄積し、やがて障害が起こることをあらかじめ織り込み、エントロピー増大の法則が秩序を壊すよりも先に自らを壊し、そして再構築する」とみる。さらに、「動的平衡（＝生命）には因果律も決定論もなく」それゆえ「生命は自由」なのだという。また「動的平衡には美が宿る !」とも。(K.N.)

www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

連絡先 〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所 系統生物研究センター 系統情報研究室
TEL 055-981-6885 ( 山崎 ) E-mail：brnews@shigen.info
Editor's Note
バイオリソースセンターでは３大ミッションである「リソースの収集・保存・提供サービス」を継続するために弛まぬ努力を続けています。
しかし代表者の定年や異動は避けることができませんので、機関やコミュニテイの話し合いを通して次の代表者に引き継がれてきました。第 3 期でも 5 名の新代表者が前任者からのバトンを受けて 4 月 1 日から活動していらっしゃいますので、この機会に自己紹介と抱負などを寄せていただきました。
第 3 期 NBRP の新規採択４課題（ニワトリ・ウズラ、ゾウリムシ、ネッタイツメガエル、研究用ヒト臍帯血幹細胞）も決まり、第 3 期 NBRP は３２のバイオリソースセンターと当情報センターがプロジェクトを推進して参ります。（Y.Y.)

バイオリソース情報(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

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Issue Number 8 May 2012