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PF-UA だより
タンパク質結晶構造解析グループ（PX-UG）
紹介

２．PX-UG の活動
PX-UG は PF-UA の下にあるユーザーグループの中でも「第 3 回タンパク質結晶構造解析ビームライン中級者向け講習会〜タンパク質結晶構造解析ソフトウェアの使い方について学ぶ〜」開催報告

最大の会員数から構成されています。正確なメンバー数を

茨城大学・海野昌喜（PX-UG 代表）

把握することはできませんが，有効課題数を参考に換算す

放射光第二研究系 山田悠介

北海道大学・尾瀬農之（PX-UG 幹事）

ると，700 名程度であると考えられます。これまで PX-UG

2018 年 10 月 27 日（土），東京理科大学葛飾キャンパス

東京理科大学・西野達哉（PX-UG 幹事）

では量子ビームサイエンスフェスタの開催に合わせて会合において，タンパク質結晶構造解析ビームラインのユーザ

産業技術総合研究所・沼田倫征（PX-UG 幹事）を開いてきましたが，その他に幹事会を中心として企画しーを対象とした講習会を開催した。この会は，PF-UA タた講習会も開催してきました。

ンパク質結晶構造解析ユーザーグループ幹事会が主催し，京都大学・藤橋雅宏（PX-UG 幹事）
量子科学技術研究開発機構・平野優（PX-UG 幹事）

PX-UG のホームページの URL は（http://research.kek.jp/

創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム事業，構造解析

東京大学・鯨井智也（PX-UG 幹事）

group/pxpfug/）で，そこにも紹介しておりますが，現在まユニット / 構造解析領域の代表機関である高エネルギー加で 3 回の「中級者講習会」を開催しました（表 1）。

速器研究機構と共催で行った。

富士フイルム株式会社・藤川乃り映（PX-UG 幹事）

中級者講習会には，毎回 100 名程度の人が参加します。

PF-UA の幹事会が企画する中級者向け講習会は一昨年

図 1 講習会の様子

学生も教員も研究員も，まさに「今更聞けない」ことをから始まり，今年で 3 回目となったが，今回はこれまでのSHELX を用いた Native-SAD データの解析と，徳島大真タンパク質結晶構造解析グループ（PX-UG）は，1999

貪欲に学びたいという方々が集まります。写真は 2018 年

講習会の目的であったある程度経験を積んだユーザーを対板氏による CCP4/Coot の使い方に関する演習が行われた。

年度に三木邦夫先生（京都大学・現名誉教授）を代表とし10 月に開催した第 3 回の中級者講習会の様子です（図 1）。

象に，今更聞けない構造解析の最新事情について情報共有

実際のデータを用いて演習を行うことで初心者にとってはて発足しました。その当時，PF 所内には坂部知平先生の今年は新たな試みとして，プログラムのインストールや実を行うことに加えて，より経験の浅いユーザーにも有用なより良い理解につながったと思われるし，中 / 上級者の参グループがあり，タンパク質結晶用ビームラインのユーザ際にソフトウェアを使って実践的な構造解析を体験しまし情報を提供するようにした。今回はテーマを「タンパク質加者からも「おぉー，こんな使い方があるのか！」などのーには仮想的なグループ意識はあったようですが，正式た。参加者の皆さんには大好評だったと思います。この活結晶構造解析ソフトウェアの使い方」と設定し，午前中は反応を見ることが出来た。最後には KEK 千田氏より，本にユーザーグループを立ち上げることになったようです。

動は今後も続けていきたいと思います（本誌 p.22 参照）。

初心者を対象とした解析ソフトウェアのインストールに関講習会の総括および解析技術共有に関するユーザーへの期するサポートと，構造解析の基礎講習を，午後は XDS や待などが述べられ講習会は幕を閉じた。

１．PX-UG の歴史

三木先生はその後 2016 年 3 月まで長きにわたって PX-UGの代表を務められましたが，その年の量子ビームサイエン

３．タンパク質結晶構造解析用ビームライン

SHELX，CCP4 に関する使い方の講習と，実際のデータ処

スフェスタの時に，清水敏之先生（東京大学）に代表職がPF，PF-AR に は 5 本 の タ ン パ ク 質 結 晶 構 造 解 析 用 ビ

引き継がれました。また，そのタイミングで若手ユーザーー ム ラ イ ン（BL-1A，BL-5A，BL-17A，AR-NE3A，AR-

講習会は盛況で土曜日開催にもかかわらず会場での参加を中心とした「幹事会」が発足し，ユーザー側の意見や要NW12A）があります。それぞれのビームラインの特徴は以者は合計 94 名，Youtube によるライブ配信の視聴数は 78

望を吸い上げ実質的に PF の装置グループに伝えたり，装このように本講習会は大変有意義なものであったが，こ理，精密化の演習を行った。

れは単に PF-UA タンパク質結晶構造解析ユーザーグルー
プ幹事会の皆様，そして講師の皆様のご尽力の賜である。
この場を借りて感謝の意を表したい。

であり，関心の高さが伺えた。

置グループと協力して講習会を企画・開催するようになり午前の部でのソフトウェアインストールサポートでは，ました。幹事会は，全国の大学や研究機関の若手，企業のXDS のインストールに対するサポート希望が多かったが，（午前の部）ユーザー 8 名で構成されました。幹事会では PX-UG のホ

2019 年度より PF タンパク質Ｘ線結晶構造解析ビームライ「XDS/SHELX/CCP4/coot のインストールサポート」

ームページを作製し，活動記録や講習会の資料を適宜公開

ンにおいて回折データ処理プログラム HKL2000 が廃止さして，ユーザーが情報を共有できるようにしました。清水れることも影響していると思われる。その後，初心者を対先生が PF-UA 会長に就任された 2018 年 4 月からは海野（茨象とした構造解析の基礎講習が東理大の西野氏により行わ城大学）が PX-UG の代表を仰せつかっております。またれた。午後の部では，KEK 松垣氏によるビームラインで同時に，幹事会のメンバーのうち 3 名が入れ替わり，現在，の開発紹介の後，PF で 2018 年度から開始された全自動測（午後の部）第二期の新たな幹事会（上記）を構成しています。今後，定ビームタイムについて京大藤橋氏による実例を交えた紹「PF ビームラインの現状」

一定期間ごとにメンバーを少しずつ入れ換えながら多くの介があった。全自動測定だけでなく，BL-17A の In-situ 回

ユーザーに活動に関心を持っていただき，活動の幅を広げていきたいと考えています。

図 1 第 3 回タンパク質結晶構造解析ビームラインユーザー中級者講習会の様子（2018 年 10 月）

折計を利用した複合体結晶探索など PF ビームラインを最＜プログラム＞

有志メンバー「タンパク質結晶構造解析の基礎」
西野達哉（東理大）

松垣直宏（高エネ研）「全自動測定ビームタイムを使ってみて」

大限駆使した実例の紹介，そしてそれらを踏まえた一般ユーザーへの利用提案およびビームラインへの要望提示は

藤橋雅宏（京大）「XDS による回折データ処理 (DIALS も少々 )」大変有意義であった。次に行われた東大山下氏による回
折データ処理プログラム XDS の紹介では，その動作原理
表 1 タンパク質結晶構造解析ビームライン中級者講習会
開催年月日
2016 年 6 月 24 日

会場
東京医科歯科大学

講習会内容
講習会 HP
第 1 回「今更聞けないビームラインの使い方」 http://pfwww.kek.jp/tanpaku/chukyu/1st.html

湯島キャンパス2017 年 10 月 25 日

東京大学薬学部

第 2 回「今更聞けないデータ処理プログラム http://pfwww.kek.jp/tanpaku/chukyu/2nd.html

2018 年 10 月 27 日

東京理科大学第 3 回「タンパク質結晶構造解析ソフトウェ葛飾キャンパス

アの使い方について学ぶ」の使い方，上手な回折データの取り方」

PF NEWS Vol. 36 No. 4 FEB 2019http://pfwww.kek.jp/tanpaku/chukyu/3rd.html- 30 -

http://pfwww.kek.jp/publications/pfnews/36_4/pfua.pdf

山下恵太郎（東大）「SHELX による精密化の紹介」

や HKL2000 との違いなどを分かりやすく解説していただ

平野優（量研）き，また最近開発が活発に行われている新しいプログラ「XDS/SHELX の演習」

ム DIALS についても紹介があった。量研機構平野氏によ山田悠介（高エネ研）

る SHELXL を用いた精密化の紹介では，高分解能構造解

「CCP4/Coot の講義と演習」

析ではスタンダードでありながら，多くの人にとって普段真板宣夫（徳島大）なかなか利用する機会がない SHELXL の使い方について実例とともに分かりやすく解説いただいた。午後の部，後半では東京理科大学の端末室に移動し，筆者による XDS/PF-UA だより

PF NEWS Vol. 36 No.4 FEB 2019- 23 -

研究会等の開催・参加報告

http://pfwww.kek.jp/publications/pfnews/36_4/kenkyukai.pdf

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https://youtu.be/x9AW032FOWA

http://research.kek.jp/group/pxpfug/katsudo/20181027_6.pdf
http://research.kek.jp/group/pxpfug/katsudo/20181027_7.pdf/
https://youtu.be/oTvzZNoQfN0
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