mac への xds install
初版 2018/10/29
最終改訂 2019/07/01
PF-UA PX-UG 幹事 藤橋雅宏(mfuji@kuchem.kyoto-u.ac.jp)
2018/10/27 に行われた、第三回中級者講習会での xds install の tutorial でお知らせしたことついてまとめました。間違いや OS の version による違いがあるかもしれません。テストは Mac OS 10.12.6(sierra)で行っています。間違いやコメント等がありましたら是非お知らせ下さい。最後の方に、CentOS7 への install も少し書いておきます。
作業は管理者権限のあるアカウントで作業して下さい。
管理者権限がないと実行出来ないコマンドがあります。
◎まず、mac のターミナルを開く
以下、ターミナル内のコマンドを$ commandのように記します。最初の$はターミナルのコマンド入力部分の右端に出ている記号で、作業時に入力する必要はありません。つまり、$ command と書いてあれば、単に command と入力し、returnkey を押して下さい。
◎XDS の install
https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/Installationに、従う$ sudo su ここで管理者パスワード (=いまのアカウントのパスワードのはず) が要求されます。この先のコマンドを管理者権限で実行します。
$ mkdir /usr/local/bin$ cd /usr/local/bin /usr/local/bin を作成して、その directory に移動します。
$ curl -L -o - ftp://ftp.mpimf-heidelberg.mpg.de/pub/kabsch/XDS-OSX_64.tar.gz
 ftp.mpimf-heidelberg.mpg.de から、XDS-OSX_64.tar.gz をダウンロードします。/usr/local/binに XDS-OSX_64.tar.gz がダウンロード出来ているはずです。
ここがうまくいかない例を聞いています。その場合、ご利用中のネットワークが ftp を認めているかを、ネットワーク管理者に問い合わせるなどして調べてください。ノート PC の場合など
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は、ネットワーク環境を変更する(自宅からアクセスするなど)のも、一つの対処方法になります。
$ tar xvf XDS-OSX_64.tar.gz
 ダウンロードした XDS-OSX_64.tar.gz を展開します。OS の version によっては、tar xvf XDSOSX_64.tar.gz のところを、tar xvfz XDS-OSX_64.tar.gz でなければ上手くいかない場合もあるようです。
 この curl と tar のコマンドは、上記の xds wiki では一つのコマンドとして実施しています。どちらのやり方でも問題ないと思いますが、分けた方が trouble shooting しやすいとおもいます。
$ ln -sf XDS-OSX_64/* .
 実行ファイルのエイリアスを作っています。
この状態で xds は install されています。試しにコマンドラインから実行する場合は、必ず$ exitするなどして管理者権限のない状態に戻してください。新しいターミナルを開き、そちらでテストするのも良いと思います。
◎XDS 関連 package の install
以下は、上記の xds をインストールしたのと同じ terminal を使うことを想定しています。違うterminal を使うときは、もう一度 sudo su をしてから下記コマンドを実行してください。
$ mkdir -p /usr/local/bin/mac_bin$ cd /usr/local/bin/mac_bin
 xds をインストールする directory /usr/local/bin/mac_bin を作って、そこに移動します。インス
トール先の directory 名は何でも良いようなので、自分で整理しやすいようにしても良いようです。
$ curl -O -R ftp://turn5.biologie.uni-konstanz.de/pub/mac_bin/get_folder.sh turn5.biologie.uni-konstanz.de から、get_folder.sh をダウンロードします$ chmod +x get_folder.sh get_folder.sh を実行可能にします。
$ ./get_folder.sh get_folder.sh を実行します。

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◎.h5 を処理できるようにする。
上記.get_folder.sh の実行で、eiger のデータ(.h5 形式)も処理できるようになるという話もあります
が、未検証です。もし動かない場合、下記の様に brew command を使って install します。
まず、https://brew.sh/index_ja に従って brew を install します。
上記の website の script をコピーします。
$ /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
このコマンドは、管理者権限を出した terminal だと動かないことがありました。
その場合、新しい terminal を開いて実行して下さい。
続いて下記のコマンドをタイプして下さい。
$ sudo su$ brew install hdf5
 システムに brew がインストールされます。
さらに、山下恵太郎さんの書かれた website
https://github.com/keitaroyam/yamtbx/blob/master/doc/eiger-ja.md#eiger2cbfh5toxds%E4%BA%92%E6%8F%9B
を、参考に、eiger2cbf をインストールし、H5ToXds を作成します。
以下、上記山下さんのサイト内容の再掲となりますが、・https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/harry/imosflm/ver721/downloads.html#Eiger2CBFの下の方、converter for Eiger Files から、OS に対応する eiger2cbf をダウンロードして下さい
・端末で path の通っているところ(例えば/usr/local/bin/mac_bin)に cd で行き、下の緑文字の部分を端末内に copy & paste してください
cat <<+ > H5ToXds#!/bin/sheiger2cbf ¥$@ 2>/dev/null+
chmod +x H5ToXds
 1-4 行目で、スクリプト H5ToXds を作成します。
5 行目で作成した H5ToXds を実行形式にしています
これで、Eiger のデータを処理出来るようになると思います。

最後に、$ exitするなどして管理者権限のない状態にターミナルを戻してください。

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Linux (CentOS7)の場合
Linux の場合も
https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/xdswiki/index.php/Installation に基本的に従って install します。
.h5 file については、brew の代わりに yum を使って処理可能にします。以下のコマンドは su や sudoを使って、管理者として実行して下さい。管理者権限について学ぶには、例えばhttps://eng-entrance.com/linux-root を読んでください。
$ yum –y install epel-release.noarch yum で epel の repository を有効にします。これをやらないと、yum で hdf5 がインストールできません。
$ yum –y install hdf5
 たぶんこれで eiger のデータも処理できると思います。もしダメなら$ yum –y intall hdf5-develも、試して下さい。
mac と同様に、eiger2cbf のインストールと H5ToXds の作成も必要になるかと思います。
こちらも、install 後は$ exitするなどして管理者権限のない状態にターミナルを戻してください。

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