BioResource Now ! Vol.6 No.9

BioResource Now !
Issue Number 6 September 2010

リソースセンター紹介
No.35

じょうほう通信No. 53

Wu Linhuan, 助教 中国科学院 微生物研究所 情報センター

中国科学院における微生物リソースデータ基盤整備活動
Excel でバイオインフォマティクス

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リソースセンター紹介 No. 35

中国科学院 微生物研究所 情報センター

Wu Linhuan, 助教

2004 年に実施された、中国における微生物リソースの調査によ る と、49 の 研 究 機
関と大学で合計 29 万 写真：
899 の微生物株が収集 北京オリンピックセンター
さ れ て い ま す。中 国 科 学 院 Type Culture
Collection（タイプカルチャーコレクション）
委員会は、1996 年 4 月に組織され、委員会には、以下の 9 つの機関が含まれています。
・China General Microbiological Culture
Collection Center(CGMCC)
・China Center for General Viruses CultureCollection(CCGVCC)
・Cell Bank・Kunming Cell Bank・Gene Bank・In vitro Plant Germplasm Collection(IVPGC)
・Rare, Endangered and Endemic Plant
Germplasm Collection(REEP)・Marine Biological Germplasm Collection
・Freshwater Algae Culture Collection(FACHB)
中国政府および学術機関は、生物資源への一層の理解と維持のための一連のプロジェクトとして、「科学技術部国際協力局（MOST）による生物資源を共有するための国家体制」、「国家環境保護総局（SEPA）によって実施された生物種調査」、「中国科学院が開始したバイオリソース利用の保全・維持」の各プロジェクトを立ち上げました。

中国科学院における微生物リソースデータ基盤整備活動

中国科学院 (CAS) に属する China General
Microbiological Culture Collection Center(CGMCC) は、微生物株の保存と配布、微生物関連技術の公的サービスを提供する非営利組 織 と し て、1979 年 に 設 立 さ れ ま し た。
CGMCC は特許手続きの目的で微生物菌株を保 存 す る た め に、State Intellectual Property
Oﬃce of China の委託を受けており、1995 年にブダペスト条約に基づく国際寄託機関として承認されています。
これまで CGMCC は、4,000 種以上の細菌、放線菌、真菌、酵母について 37,000 株以上と、特許系統 3,200 株を保存してきました。
さらに、合計 418 Mbp の DNA が挿入された、76,000 のクローンで構成される 2 メタゲノ
ムライブラリーを保存しています (1 つは温泉 , もう 1 つはヤクの第一胃中の微生物菌 )。
CGMCC は、世界中のカルチャーコレクションと、微生物リソース系統の交換や共同研 究 を 行 う 目 的 で、設 立 さ れ ま し た。
CGMCC は、生物安全性と知的財産権の国内および国際法に従って、産業、農業生産、健康、環境保護、学術調査や教育などの様々な分野にわたって、微生物培養、遺伝子資源、バイオ情報、および関連する技術サービスを提供しています。2010 年には、CGMCC の品質管理システムは、ISO 9001:2008 の要求条件と、OECD の BRC（生物資源センター）基準に準拠して監査を受け、認証されました。
中国科学院微生物研究所（IMCAS）は、CGMCC の微生物リソースを基として、ChinaInformation Network of Biological Resource
Center（BRC）を設立し、多数のデータを統合し、資源の有効活用を促進することを目指しています。

写真 : CGMCC 内にある微生物系統の保存施設

CGMCC と、その他の 7 つのカルチャー
コレクションセンターのデータ管理は、微生物研究所情報センターによってサポートされています。微生物研究所の情報センターとして、微生物リソースデータベース管理プ
ラットフォームの開発や、データの標準化だけでなく、微生物資源データベースと情報共有のゲートウェイとなっています。
また情報データセンターは、中国科学院タイプカルチャーコレクション委員会、微生物資源の保全と維持可能な利用のための ア ジ ア コ ン ソ ー シ ア ム の 中 国 ノ ー ド、
Bio-Mirror の中国ノード、およびグローバ
ル BRC ネットワークメンバーのためのセンターとして、機能しています。さらに 情 報 セ ン タ ー で は、Microbial Culture Information Database, Strain
Physiological Database, 写真 :Nucleic Acid Sequence 情報センター
Database, Culture Marketing Database,
Client Management Database, CAS Type
Culture Collection Database, Asian
Microbial Resources Catalog Database, 中
国最大の微生物情報共有ネットワークなどのデータベースを開発しました。アクセス可能なデータ量は 1TB を超えています。微生物資源管理システムは、中国の微生物コレクションセンターで広く採用されており、アジア微生物資源ネットワークの情報プ
ラットフォームとなっております。
2005 年、中 国 の CGMCC、日 本 のNBRC、韓国の KCTC、タイの BIOTEC とでアジア生物遺伝資源センターネットワーク（ABRCN）を設立し、情報公開のためのデータポータルが完成しました。現在 30,000 株以上のデータが統合されています。ABRCN では、さらに多くのコレクションの登録を期待しています。
図 : ABRCN のホームページ
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2010 年、中国科学院（CAS）は、微生物学分野における、重要な科学や技術の問題を解決するための、応用微生物研究ネットワーク（RNAM）の設立に着手しました。
RNAM は、Advanced Industrial Biotecnology Innovation Base の研究ユニットで、
Bureau of Life Sciences and Biotechnology
Chinese Academy of Sciences を担当（管理）しており、微生物学者のためのネットワー
クの確立、微生物資源と技術の共有プラッ
トフォームの構築、バイオ産業におけるより多くの微生物の利用、化石経済（石油・石炭）からバイオ経済への移行促進などをめ
ざ し て い ま す。RNAM は、Center for Industrial Microbiology ( 産業微生物センター（南）、（北）)、Center for Environmental Microbiology ( 環境微生物センター（南）、（北）)、Center for Agricultural Microbiology ( 農 業微生物センター )、Center for Marine Microbiology( 海洋微生物センター ) で構成されています。すべての RNAM のメンバーは、資源と技術の標準化、資源や情報のバックアップライブラリ、技術サービスプラットフォー
ムなどを通じて、相互にコミュニケーションを図っています。
RNAM のタスクの一つは、RNAM 情報センターを設立することです。RNAM 情報センターは、微生物資源のデー
タ仕様の規定、データ標準の統一、応用微生物学研究のためのデータウェアハウスの開発、微生物資源データの収集と利用などを行います。

Excel でバイオインフォマティクス
今回はマイクロソフトの関連研究機関である Microsoft Researchが提供している「Microsoft Research Biology Extension for Excel」（以降 Biology Extension とします）を紹介します。Biology Extension
は Excel 2007/2010 にバイオインフォマティクスを行うための機能を追加します。

共同研究のための、仮想実験室やネットワークプラットフォームの開発をします。また、RNAM のプロジェクト管理プラットフォー
ムを構築し、重要な無形資産（例えば科学的 な 業 績、専 門 知 識、管 理 経 験 な ど）を、情報ネットワークリソースや知識ベース、シンクタンクなどで管理・共有・運用できるようにします。さらに、応用微生物研究を推進するために、科学交流と研究成果を強化する RNAM の CAS 情報ポータルを開発していきます。
情報センターは、CAS の微生物リソースデータ整備活動を継続的に支援し、国際協力が更に広がることを、期待しています。■

じょうほう通信AAC
GTCTGA TCTGATGATTACAAGA[ 第 53 回 ]10 分

Query Sequence に A1セルが指定されていることを確認して「OK」ボタンを押します（図 3）
図3Biology Extension のインストール方法
BLAST のパラメータを指定し、Use Browser Proxy のチェックを外してから「Submit」ボタンを押します。（図４）

http://research.microsoft.com/en-us/projects/bio/mbt.aspx ペ ー
ジ 内 の Install the Microsoft Research Biology Extension for Excel を クリックしてインストールします。
Biology Extension をインストールするためには Excel 2007/2010の他に .NET Framework、VSTO Runtime、NodeXL がインストールされている必要があります。Biology Extension のインストール途中でこれらのソフトのダウンロードボタンが表示されるのでそれぞれインス
ト ー ル し て く だ さ い。（必 要 な ソ フ ト の イ ン ス ト ー ル が 終 わ る とBiology Extension をインストールできるようになります）

BLAST̲Result シートに結果が出力されます。（図５）（シートが作成されるまでに 10 秒〜程度かかります）

インストール後に Excel を起動すると図１のように Bioinformatics用のメニューが追加されています。
試しに BLAST を実行してみたいと思います。A1 セルにクエリーとなる塩基配列を入力し、BLAST のメニューを選択します。（塩基配列は、空白や改行を含めないで下さい）（図 2）
図4

図1

お 知らせ

この他にも Alignment や Assemble 等の機能もあるようです。
インストールは少し大変ですが Excel で手軽にバイオインフォマティ
クスをやってみたいという方は試してみてはいかがでしょうか。
（坂庭真悟）

図2

詳細は http://www.nbrp.jp/ からご覧になれます

ニュースレターのダウンロード先
URL: www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

第 4 回国際バイオキュレーション会議の開催
日時：2010 年 10 月 11-14 日 今年は日本のお台場で行われます。
詳細はこちらから http://hinv.jp/biocuration2010/

Contact Address
連絡先 〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
TEL055-981-6885 ( 山崎 )E-mail brnews@chanko.lab.nig.ac.jp

第 18 回国際ラット遺伝システムワークショップ
日時：2010 年 11 月 30 日（火）-12 月 3 日（金）会場：京都大学百周年時計台記念館
詳細はこちらから http://www.anim.med.kyoto-u.ac.jp/workshop2010/

バ イ オリソ ー ス 情 報

Editor's Note(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

中国においてもバイオリソースの整備が着々と 進んでいるようですね。
Wu さんは 8 月に日本にいらっしゃり、NITE と理研 JCM と遺伝研（NIG）を訪問して情報交流を 深められました。リソースのアジアネットワークが今後益々広がりそうです。
（Y. Y.)

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図52