"IO2ESOURCE NOW  6OL  #HN3DRNTQBDMNV䎭䏘䏏䏜䎃䎕䎓䎓䎘#HN3DRNTQBDMNV.OǛƓ‫ފ‬ƚƠǇƢ#HN3DRNTQBDMNVŠෙ‫ٳ‬țȃȈऴ‫إ‬Ტ)GPG1PVQNQI[Უ0Q

このような問題を解決するために、GOは遺伝子データの概念を語彙࡮)GPG1PVQNQI[とそれに対応するID番号によって提供しています。

࡮)GPG1PVQNQI[#PPQVCKVQP%COR

GOは3つのGO（biological̲process、molecular̲function、ŠȪǽȸǹཎᨼᲢႹ‫ݰ‬ཚᲣ0Q

celluer̲component）を根とする階層構造になっており（下図参照）、下位ųųȷΟᑣႹ‫ݰ‬ཚƷᢡˡ‫܇‬ȐȳǯƴƭƍƯのGOは上位のGOの概念を受け継いでいます。
この階層構造がGOの特ŠƪǐƬƱऒ৷Ɩƴȷȷȷ)QQING'CTVJǛჷƬƯǇƢƔᲹ徴であり、利用者（論文の著者、アノテーター等）は目的の遺伝子についてŠᡲ᠍ųơǐƏǄƏᡫ̮ᲢᲣ

上下の階層関係を考慮することで的確なGOを振ることが可能です（注）。

ȷ౨ኧǨȳǸȳƴƭƍƯ

さらにGOが振られた遺伝子はそれを振った本人ではなくても、階層構造からその遺伝子がどのような遺伝子なのかを知ることが可能です。
また、GOによって提供される語彙は基本的に遺伝子を主体として定義されておẅẮỉἝἷὊἋἾἑὊỉἒỸὅἿὊἛέ 3')ἧỳỶἽẅKWWSZZZVKLJHQQLJDFMSVKLJHQQHZVQHZVMVS

り、生物種の枠はありません（一部例外がありますが）。多くの生物種の遺伝子データを統合する際に、GOが統合の鍵となってくれるのです。

ෙ‫ٳ‬țȃȈऴ‫إ‬Ტ*HQH2QWRORJ\Უ1R

（注） GOはIDと一緒に語彙を提供していますが、論文等でその語彙をそෘ↢ഭ௛⋭⎇ⓥ⾗Ḯࡃࡦࠢߩߥߔߴ߈੐
*HQH2QWRORJ\のまま使わないといけないわけではありません。遺伝子の説明には細かい表現や言い回しも必要です。重要なことは遺伝子に細かい説明ととも*HQH2QWRORJ\߇ᵈ⋡ߐࠇߡ޿߹ߔにGOが振られているということです。GOは遺伝子データの表現方法の制限を行うものではありません。
また、遺伝子1つに対してGOが1つとは限りGene Ontologyが注目されていますません。

近年、生物学者や生物情報学者の間でGene Ontologyという言葉が交わされるようになっています。Gene Ontologyについて詳しく知っている方、聞いたことがある方、初めて聞いたという方、様々だと思いますが学生時代

GOの階層図上層の一部を抜粋。
GO : 0008150 biological̲process
GO : 0007610 : behavior
GO : 0000004 : biological process unknownに生命科学を専攻していた私も1年前まで全くこの言葉を知りませんでした。
Gene Ontologyについて初めて聞いたという方はまず試しにGoogle等の検索エンジンで”Gene Ontology”を検索してみて下さい。多くのHit数からその注目度がおわかりになるかと思います。

GO : 0009987 : cellular process
GO : 0007154 : cell communication
GO : 0030154 : cell differentiation
・＊ Gene Ontologyの略についてGene Ontologyの略である「GO」は“ゴー”と呼ばれています。

・GO : 0007275 : development*HQH2QWRORJ\ߣߪ

GO : 0040007 : growth・・GO : 0005575 molecular̲fanction

現在、世界中で何人の研究者が何個の遺伝子を研究しているのでしょうか。その数は想像もつきませんが莫大な数であることは確かです。
また研究技術の進歩も手伝って、非常に多くの論文が発表されています。

GO : 0005623 : cell

年々増加する山のような論文の中から目的の論文を探すことも大変

GO : 0008372 : cellular component unknown
GO : 0031012 : extracellular matrix
・・ですが、さらに論文を正確に理解する際に問題になるのが研究者ごとの表現方法の違いです。ある研究者がある遺伝子についての論文を発表した際、同じ生物種を研究している研究者であれば理解するのにそれ程時

GO : 0003674 celluer̲component
GO : 0016209 : antioxidant activity
GO : 0005488 : binding

間を要しません。
しかし他の生物種を研究している人や、生物種をまたがって研究を行っている人、さらには多種多様なデータをまとめ、公開する

GO : 0003824 : catalytic activity
・・

データベース作成者にとってはこの問題は深刻です。他の生物種の研究を行っている研究者は分野特有の表現が正確なデータを得る際の障害となります。データベース作成者は異なる生物の遺伝子データをいかに統合するかという課題に苦戦しています。

"IO2ESOURCE NOW  6OL  Fig.1に示した論文にはRsf-1とhSNF2Hの2つの遺伝子に関する実験ෘ↢ഭ௛⋭⎇ⓥ⾗Ḯࡃࡦࠢߩߥߔߴ߈੐
*HQH2QWRORJ\$QQRWDLWRQ&DPS

結果が書いてあり、Rsf-1 GO:0005634 IDA、hSNF2H GO:0005634 IDA,
GO: 0000793 IDAを振ることが出来ます（この例は論文の一部抜粋です

Gene Ontology Annotaiton Campが6月1日から6月4日までの計4日がGOを振る際には基本的に論文全体を読む必要があります）。
またGO番

間、アメリカ カリフォルニア州 スタンフォード大学のクラークセンターで号の後ろにIDAという文字が書かれていることに気づかれたと思います

開催されました。
日本でも大学や研究機関は比較的大きいですが、スタンフォード大学の広さには圧倒されました。Campにはアメリカ、カナダ、イが、これはEvidence Codeと呼ばれるもので、GOの信頼性の指標のようなギリス、日本等から約50人が集まりました。中には生物学や、生物情報学

ものです。IDAはInferred from Direct Assayの略で、Direct Assayによってではなく、情報アーカイブの研究をされている方も参加していました。

結果を出したということを意味しています。IDAと合わせてEvidence

CampはGene

Ontologyの紹介から始まり、有名なデータベース（Codeは計13個あります。

SGD、MGI、UniProt、DictyBase、ZFIN、TAIR、TIGR、Wormbase等）におけ
Evidence Code

るGOの利用方法の説明があった後、実際に論文を読み、GOを振る演習

IC: Inferred by Curator

等を行いました。GOを振る演習では参加者全員が5人くらいのグループ

IDA: Inferred from Direct Assayに分かれ、2グループが同じ論文を読んでGOを振り、その結果を報告し合IEA: Inferred from Electronic Annotation

いました。理想的には同じ結果になるべきですが、グループ間で完全に同IEP: Inferred from Expression Pattern

じ結果にはなりませんでした。人間が行う作業ですので完全というわけ

IGI: Inferred from Genetic Interactionにはいきません。
しかしここでGOの階層構造が活きてきます。完全に同じ

IMP: Inferred from Mutant Phenotype

でなくてもGOの階層においてそれほど離れてはいません。GOの下位のIPI: Inferred from Physical Interaction

概念は上位の概念を受け継いでいるので上位のGOで結果をまとめるこ

ISS: Inferred from Sequence or Structural Similarityとも可能です。ただし、論文をよく読むと下位のGOがより適切であるといNAS: Non-traceable Author Statement

うケースもあります。GOを振る際には曖昧な場合上位のGOを振るべき

ND: No biological Data available

ですが、論文を細かく読むことも忘れてはなりません。

RCA: inferred from Reviewed Computational Analysis
TAS: Traceable Author Statement
NR: Not Recorded

Evidence Codeについて詳しく知りたい方は以下のアドレスを御覧下さい。
（スタンフォード大学）（Palm Drive）

圧倒的な広さ(8200エーカー；大学内にあるPalm Driveにはその1エーカーは約4047平方メートル)を誇

名の通り、ヤシの木が延々と並んでるキャンパス。大学内の移動は無料のいます。

KWWSZZZJHQHRQWRORJ\RUJ*2HYLGHQFHVKWPOKLHU
今回ミーティングに参加して感じたのはGOは今後いっそう広がっていくバスを利用しました。

だろうということでした。
ミーティングの主催者や発表者からはGOを推し進めていく意気込みが感じられましたし、質疑応答では日本ではあまりみることができない非常に活発な議論が行われました。
また、
データベース
Fig.1 今回のCampで行われたGO Annotationの一部作成に関わる私達としても生物種を超えた遺伝子レベルでの統合化が可

Functional Analysis of the Subunits of the Chromatin Assembly Factor RSF

能なGOにはとても期待しています。是非ともGOを利用してみて下さい。

Molecular and Cellular Biology, October 2003, p. 6759-6768, Vol.
23, No. 19より抜粋。
6762ページ Rsf-1 is a nuclear protein
Immunoﬂuorescence experiments in HeLa cells with highly
speciﬁc antibodies to the RSF subunits Rsf-1 and hSNF2H (Fig. 2A)（クラークセンター）

showed that the large subunit of RSF and hSNF2H localized to the

近代的な建築のクラークセンター。

nuclei (Fig. 2B),

（スタンフォード市）
綺麗な町並みのスタンフォード市

今回のCampの開催場所。

Rsf-1 GO:0005634 IDA
SHIGENにおけるGOhSNF2H GO:0005634 IDA
correlating with its puriﬁcation procedure, which began with a*2$//KWWSVKLJHQODEQLJDFMSRQWRORJ\2U\]DEDVHKWWSVKLJHQODEQLJDFMSULFHRU\]DEDVHWRS

HeLa cell-derived nuclear fraction. The staining pattern obtainedwith the antibodies appears to be speciﬁc; a similar pattern was

Gene Ontologyについて詳しく知りたい方は、Gene Ontology コンソー

obtained with antibodies directed against different regions ofRsf-1. Interestingly, during mitosis, Rsf-1 exhibited a more diffuse

シアムのホームページ（http://www.geneontology.org/）を御覧下さい。

localization, whereas hSNF2H remained associated with mitotic（文責 : 生物遺伝資源情報総合センター 系統情報研究室

chromosomes.
hSNF2H GO:0000793 IDA坂庭真悟）

"IO2ESOURCE NOW  6OL  すでに2002年には日本（８施設）、韓国（１施設）、台湾（２施設）がAsia
GuideDogs Breeding Network (AGBN)を設立しており、今後データベース構築でも連携していくことになります。

ȪǽȸǹཎᨼᲢႹ‫ݰ‬ཚᲣ1R㧡ఝ⦟⋤ዉ›ߩㆮવሶࡃࡦࠢߦߟ޿ߡ

ർᶏ㆏⋤ዉ›දળᣉ⸳⷗ቇߣ૕㛎ᱠⴕ੹‫⋤ޔ‬ዉ›߇ਇ⿷ߒߡ޿ࠆ㧍

プロジェクトの報告会を帯広畜産大学で行った翌日は、札幌にある今回は「盲導犬の遺伝子バンク」についてご紹介します。最近テレビで盲導犬の訓練風景や実際に活躍している盲導犬の姿、あるいはお役目北海道盲導犬協会にお邪魔しました。施設見学とアイマスクをつけて盲導犬と歩く体験歩行もさせていただきました。
施設見学では、特に視覚障害者用の I T 設備を見せていただきましを終えた老犬のための介護などが紹介されましたが、「盲導犬」と「遺伝子バンク」を結びつけて考える機会はありませんでした。盲導犬が足りないのは単に基金不足が原因であると私は漠然と思っておりました。

た。最近対応を迫られているWebアクセシビリテイの分野です。音声対応
Webブラウザ一、弱視の方のための色調補正デイスプレイを見せていただきました。 総務省情報通信政策研究所の資料によると聴覚障害者の現在日本では約900頭の盲導犬が働いているそうですが、この数は今盲導犬を希望している人の5分の1に過ぎず、また潜在的な希望者を含めると必要数のおよそ10分の1ということですから、圧倒的に足りない状況で81.1%、視覚障害者の69.7%の方がインターネットを利用しているそうです。
これは日本人の平均インターネット利用度が60.6%(2003年)であることを考えると、いかにインターネットが障害者の役立っているのかがわかあることがわかります。その上、たとえ厳しい訓練を受けても、適性試験に合格して実際に盲導犬として働くことができる犬はそのうちの3割程度だります。そういう意味でWebアクセシビリテイへの対応は最重要課題であるという認識を新たにいたしました。
体験歩行に付き合ってくれる犬は「ＰＲ犬」と呼ばれる犬で、一度はそうです。持って産まれた性格が盲導犬の条件に合うかどうか、ということは重要な要素のようです。
また盲導犬としての訓練は避妊・去勢手術後に行われるため、その犬がたとえ優秀な盲導犬であっても子孫を残すことができません。 つまり盲導犬か繁殖犬かの二者択一であり、盲導犬が繁盲導犬として働いたけれど何らかの理由で今は働いていない犬や、厳しい評価試験で残念ながら不合格だった犬たちです（写真2）。 実際にアイマスクをつけてハーネ殖犬になることはできないのです。 繁殖犬の数が少なくなると、産まれてくる犬が遺伝的に近くなっていろいろな問題が出てきます。かといってス（馬具に似た硬い引具）を手にした瞬間から、初めて味わう恐怖の世界に入ります。 PR犬に引かれてなんとか歩き始めたものの、かなり不恰好な歩き方だったはずです。 結構な早足に写真2 : ＰＲ犬
感じました。全身の神経を耳と足の裏に集中し、特に靴底の下の道路の微妙な起伏を感じながら恐る恐る歩きます。盲導
犬は障害物の存在を知らせてくれますが、それがどのような障害物なのかを明らかにするのはとても難しいことでした。
30分ほどの歩行体験で感じたことは、犬と人間との生物同志のコミュニケーションがいかに大事か、ということでした。犬にも個性があり、感情があります。相性というものあるそうです。 どんなに優
写真3 : おとなしく一時 秀な盲導犬でも上手に誘導してもらうためには長滞在ケージで過ごす 期滞在して双方の理解を深める必要があるようで現役盲導犬たちす。
（写真3）
リタイアした老犬が手厚く介護されている
様子は感動的でした（写真4）。生後2ヶ月の子犬海外から盲導犬を輸入することも難しいのが現状です。

↢ᱺᎿቇߢఝ⦟⋤ዉ›ߩ⢒ᚑࠍଦㅴ㧍
このような盲導犬不足を繁殖学的な試みで解決しようとしているグループがあります。帯広畜産大学原虫病センターの鈴木宏志教授を代表とする研究グループです。鈴木教授は、北海道盲導犬協会・諏訪チームリーダーとともに、科学技術振興調整費重点課題解決型研究として「優良盲導犬の育成に関する生殖工学的研究」
プロジェクトを推進しています。
プロジェクトでは優秀な盲導犬の遺伝子資源（精子、胚、卵巣）を凍結保存し、（写真1）必要に応じて優良盲導犬を供給するという「Ｋ９バイオバンク（イヌ科の英語canineに由来）」の設立を目指しています。精子・胚や卵巣の凍結・融解技術が実用化すると、遺伝子資源の長期保存や輸送が容易になり、海外からの導入も可能になります。
鈴木教授はもともとマウスの生殖工学のエキスパートとして活躍されていましたので、マウスで培った技術をイヌに応用することになりますが、イヌとマウスではずいぶんを10ヶ月間飼育してくれるパピーウォーカーをはじめとし、繁殖犬の飼育、リタイア犬の介勝手が違うので苦労をされているそうです。凍結
保存された資源から個体を得るまでには生殖工学の技術がとても重要なのです。人工繁殖も犬では難しいとされているのですが、鈴木教授等のグ
写真1：凍結精子を保存
ループは凍結精子を使った人工繁殖に一昨年成する液体窒素タンク功し、今度は凍結卵巣を使った繁殖も成功間近と護などかなりの部分が地元のボランテイアの方に支えられていることも驚きでした。

写真4 : 介護されているリタイア犬੹ᓟ

いうことでした。また、サテライトマーカーを利用した親子鑑別法の開発など、ゲノム情報を使った近代的な手法も積極的に取り入れていこうとしています。

本プロジェクトは3年間で終了してしまいますが、利用者のニーズに十分応えられる体制が出来上がるまでなんとか継続して欲しいと思います。日本の盲導犬は質的に世界でも高い水準にあるようですが、視覚障害者への普及率や凍結精子の流通、人工授精技術の普及など組織的な取り組みが少ない点で、残念ながら欧米諸国に比べると遅れているのです。
また、盲導犬に必要な資質の多くは、介助犬や聴導犬など補助犬全体にも共通しているということで、本プロジェクトの成果に大きな期待が寄せ࠺࡯࠲ࡌ࡯߽ࠬ᭴▽㐿ᆎ
盲導犬の訓練風景
K9バイオバンクのデータベース構築も進めています。当センター（遺伝研・生物遺伝資源情報総合センター）
も今年から協力をさせていただくられています。
（文責：山崎由紀子）

ことになりました。
データベースには、バンクに保存する優良盲導犬の胚・精子の基本情報や由来する個体の情報（血統、病歴、病因遺伝子の有無、性格評価の結果、SNP）などを集約し、関連機関が情報を共有することによってリクエストに十分対応できる体制を作る計画です。

ǥ 1HZV/HWWHUʱ୛ᤊʛ˒ʬʊˑʈˏˌˑӈ࠻ʴ࿬௷ᤀᤊ̴ᝍᝉ˘ቝʞ˄ʟɲʟʿʬʴӈ࠻ʵ఍ಙʴᗵϷ෉ຢɱ‫ۋʹ׌‬ᬢಲ᎓ʱˎːЩᠮʛ˒ʬʊ˄ʟɲ

"IO2ESOURCE NOW  6OL  ちょっと息抜きに…

ᡲ᠍ ᲱơǐƏǄƏᡫ̮- Google Earthを知ってますか？ -“ 2. 検索エンジンの種類 ”
検索サイトで有名なGoogle社から、バーチャル地球儀ソフト「Google今まで検索エンジン（SEO）と一言で紹介してきましたが、実Earth」（お試し版）が公開されました。（http://earth.google.com/）
綺麗な衛星写真と面白い機能満載と評判が良いので試してみました。

は大きく以下の２種類に分ける事が出来ます。

上記アドレスより無料版をダウンロード

ト型検索エンジン・ロボッ
ロボット型検索エンジンとは、検索するための情報を「ロボット」が自動的に巡回して収集するようなタイプの検索エンジンです。

し、インストールします。起動すると宇宙に浮かぶ地球が現れます。

トリ型検索エンジン
・ディレク
ディレクトリ型の検索エンジンとは、人間がホームページをカテゴリ毎に整理・分類していくようなタイプの検索エンジンです。

アメリカ、ニューヨークに行って見たいと思います。操作方法は簡単。左クリックしながらマウス移動で上下左右移動、右クリッ

タイプ別にメリット・デメリットをまとめてみます。

クしながらマウス移動でズーム、スクロール
ボタンをクリックしながらマウス移動で視点の角度変更が可能です。

タイプ
ロボット型「自由の女神」を見つけました。衛星写真は非常に鮮明で、公園に植えられている木の本数が数えられそうです。
また、良く見ると個々の観光客の影も確認できます。

メリット

非常に大量のHPが検 ヒットする情報量が多すぎる為に、目的のペ索できる。
ージを探すためにはある程度の慣れが必要

ディレクトリ型 人間が判断している
ため検索結果の精度がロボット検索に比べて高い。

ビルを３D表示することも可能です。
図はマンハッタン島を横から見た状態。ひとデメリット

代表SEO
Google,infoseek

登録されている以外のページは検索することが出来ない。

上表を見て頂ければわかるように、どちらのタイプにもメリッつひとつのビルの形、大きさまで細かく再現されています。

トとデメリットが存在します。そのため最近では、ディレクトリ型とロボット型を組み合わせた「ハイブリッド型」検索エンジンサイトが主流になってきています。
Yahoo!では、検索キーワードが登録されているページにヒットすればそれを表示しますが、存在しない場合はロボット検索で地形の高低差を３D表示することも可能です。図は富士山を河口湖方向から見て取得した結果に対して検索を行います。

います。英語版ソフトウェアなので、表示が「Huji San」だったり「fusiyama」だったりすることは気にしないことにします。

ロボット型
まるで地球上を飛び回っているような爽快感があり、時間を忘れて世界中の観光名所を巡ってしまいました。

ディレクトリ型

次回は検索エンジンで上位にランクされる方法に関して紹介また楽しいだけではなく、業務用有料版はカーナビ等他のシステムとの連携が可能とのことなので、工夫次第で様々な用途に使える素晴らしいソフトです。おっと・・・仕事に戻らなきゃ（N.K.）（参考文献：ホームページアクセスアップ完全計画）
していく予定です。

(生物遺伝資源情報総合センター 系統情報研究室 山川武廣)ᏸᬹ঵ឞƓ໖‫ݰ‬ʴ̵̜̃ˠ̰˭ʱ‫׈‬Չʟˑʴʵԕˇʬʭԕ఍ʵʑʰːᏩউʝʬʝ˄ʊ˄ʝʥʒ‫׈‬Չᒊʴᆌʛ˙ʴဌʊᠪ៬˘ᒢʊʬʊˑʌʧʱˈʩʮ᮱উˏʰʊʮʰʮʊʌ๟ଡʧʱʰː˄ʝʥɲ˄ʥɱθ‫ۂ‬ታʴοʱ఍ಙαʴ௻ʒ3‫׈׵‬Չʛ˒˄ʝʥʒɱ&DPSʒᎰΒʝʥ঵ʱʵ˲̰̦̰̒˴˶˰ʴഒӈ˄ʭʝʬᮩʊʥːʮಙকʱʐͪែʱʰː˄ʝʥɲʈːʒʮʌʚʜʊ˄ʝʥɲ(66)ᦞϞᡸ༽ʱʑʑ˕ˑˎʌʱʰʩʬ10भɲᇴˏʰʊͪᄖʱᯝʹ᤿˙ʭ੘ՠʴ᥯Ꮠʭʟʒɱᆶ࡭ၗᦞϞࠄ̰̍ˬʴႲၛˈ̪̔˵ˤˬ̅ʱҸʩʬԕˇʬᇴː˄ʝʥɲҜҪॄʴ᱔ʊ៟ᯃʭʟɲ(Y.Y.)᥯ᎿҪ :ɰʁ411-8540ɰ᭷࢟ᇁ͡ࢺइᠼᄈ1111‫ۋ‬ዉᦞϞࠓᇿካ૎̴ᄀ၈ᦞϞᡸ༽਱‫ܢ‬Ꮻ‫̵˼̰˸װ‬ɰ
TELɰ055-981-6885 (࢘ࣀ)ɰ
(PDLO%5QHZV#FKDQNRODEQLJDFMSǥ 1HZV/HWWHUʱ୛ᤊʛ˒ʬʊˑʈˏˌˑӈ࠻ʴ࿬௷ᤀᤊ̴ᝍᝉ˘ቝʞ˄ʟɲʟʿʬʴӈ࠻ʵ఍ಙʴᗵϷ෉ຢɱ‫ۋʹ׌‬ᬢಲ᎓ʱˎːЩᠮʛ˒ʬʊ˄ʟɲ