BioResource Now ! Vol.10 No.5

BioResource Now !
Issue Number 10 May 2014

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。
ホット情報
No. 46

佐藤和広（岡山大学資源植物科学研究所 大麦・野生植物資源研究センター ）スバルバル世界種子貯蔵庫へのオオムギ種子預託

じょうほう通信：No.88

Mac の Automator アプリ

今月のデータベース

NBRP Nenkin データベース

P1 - 2
P2
P2

NewsLetter に掲載されているあらゆる内容の無断転載・複製を禁じます。すべての内容は日本の著作権法、及び国際条約により保護されています。
ニュースレターのダウンロード先
URL: www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

ホット情報〈NO. 46〉

スバルバル世界種子貯蔵庫へのオオムギ種子預託
北極圏の北緯 78 度に位置するスバルバル諸島のスピッツベルゲン島 ( 図 1) には、世界最大の種 子 貯 蔵 庫 Svalbard Global
Seed Vault（世 界 種 子 貯 蔵 庫）があります。2014 年 2 月 25 日、岡山大学の保有するオオムギ
575 系統が、我が国からはじめて世界種子貯蔵庫へ預託されましたので、その経緯についてご報告します。

ノルウェー フィンランド
スウェーデン

岡山大学（預託責任者：資源植
物 科 学 研 究 所 佐 藤 和 広）は
MTA に規定された種子の調整法、保存袋、保存箱に従って預託種子を準備し、１箱に収まる575 系統（日本、朝鮮半島、中国、ネパール原産）を準備し、２月７日にオスロ空港に向けて発送しました。

預託の実施
佐藤を含む日本側 3 名は 2 月
22 日羽田を出発し、同日オスロに到着しました。翌日オスロ
で、スウェーデンから北欧遺伝資源センター所属で、世界種子貯蔵庫上級アドバイザーのRoland von Bothmer 教 授（1997 年岡山大学資源植物科学研究所 客員教授）が到着して打ち合わせし、24 日空路スバルバルに向かいました。

佐藤和広

岡山大学資源植物科学研究所
大麦・野生植物資源研究センター 教授

写真 2：世界種子貯蔵庫の搬入路

25 日午前、世界種子貯蔵庫において、Global Crop Diversity Trust（グローバル作物多様性トラスト）の Marie Haga 事 務 局 長、Michael Koch 財 務 部 長 同 席 のもと、預託歓迎のセレモニーがあり、無事貯蔵庫内への預託を完了しました（写真 3 および 4）。

図 1：スピッツベルゲン島

預託までの経過
岡山大学では、オオムギ系統の世界種子貯蔵庫への預託を約２年かけて NBRP 運営委員会、生物遺伝資源委員会等へも報告承認を得ながら進めてきました。
預託に先立って、国立大学法人岡山大学とノルウェー王国農業食糧省（北欧遺伝資源センターが代理）の 間 で、MTA を 締 結しました。この中で輸送経費は預託者が負担し、貯蔵経費はノルウェー王国食糧省が負担することが明記されています。

写真 3：世界種子貯蔵庫の貯蔵室内部

写真 1：世界種子貯蔵庫搬入路の入り口

現地で、北欧遺伝資源センターの実務担当者でオスロ在住、ノルウェー国籍の Ola Westengen
研究員と合流し、種子の検査ならびに貯蔵庫までの輸送に同行しました（写真１および 2）。

写真 4：世界種子貯蔵庫への預託種子の格納（手前が佐藤先生）

今回の預託は、他の機関からの預託と合わせてその内容について26 日、国際プレス発表されました。
次ページへ続く

BioResource Now ! Vol.10 No.5

世界種子貯蔵庫の現状
世界種子貯蔵庫はノルウェー政府 が 約 9 億 円 か け て 整 備 し、2008 年から預託を開始しています。現在は、国連食糧農業機
関 (FAO) と国際農業研究協議グ
ル ー プ (CGIAR) の 協 力 で、2004 年に設立されたグローバ
ル作物多様性トラストによって運営されています。

また、それぞれ約 100 万点が収蔵可能な貯蔵庫 3 棟は、まだ１棟のみが稼働している状況で、今 回 の 預 託 を 含 め て 現 在80 万点あまりが保存されています。種子庫内部を見学したところ、グローバル作物多様性トラストと関連の深い国際農業研究協議グループからの預託が多く、米国農務省、ドイツ（IPK）、カナダ農務省、北朝鮮、韓国等

じょうほう通信 [ 第 88 回 ] 10 分

Mac の Automator アプリ
アカデミック分野では Mac を利用されている方も多く、リソースの写真を Web で公開するためにはリサイズが必要になることから、2011 年 10 月のニュースレター
では Mac で簡単に写真のリサイズを行うコマンドを紹介しました。今回は第二弾として、「Automator」というアプリでファイル名の変更と連番付けを行う方法を紹介します。

⑤ 次に「Automator」の右側２段目の「Finder 項目をコピー」にある「保存先」に、あらかじめ作成しておいた「変換後フォルダ」を選択（図 2−A）、３段目の「Finder 項目の名前を変更」で「連番付きの名前にする」を選択、「新しい名前」にチェックを入れ、ここでは系統番号として「STRAIN̲A」と入力、「区切り記号」を「アンダースコア」にし、「すべての番号を」の部分に "3" を入力します（図 2−B）。

C 「実行」ボタン

デジカメで写真を撮ると、一般的にファイル名は IMG0001.jpg やDSC0001.jpg のような名前になります。しかし、これだと何の写真か分からないため、系統番号などを入れたファイル名に変更したいところですが、写真が大量にあると手作業で変更するのは大変な労力となります。そこで、Mac に標準で付属する「Automator」アプリの出番となります。「Automator」は Mac での様々な作業を自動化することができますが、ファイルの変更や連番付けもその中の一つとなります。それでは手順を追って説明します。

② アプリケーションフォルダに「Automator」があります「Automator」のアイコン④「Automator」の画面右側（「ワークフローを作成するには、ここにアクションまたはファイルをドラッグしてください。」と書いてある部分）に、ファイル名を変更する写真をまとめてドラッグします。次に、左側にある「Finder 項目をコピー」と「Finder 項目の名前を変更」を右側にドラッグします（図 1）。

ドラッグ「連番付きの名前にする」を選択

B
図 2. 名前の変更と連番付けを行うワークフローので起動します。

ので「ワークフロー」を選択します。

「変換後フォルダ」を選択

A① 事前準備としてデスクトップに「変換後フォルダ」を作成しておきます。

③「書類の種類を選択してください」の画面が表示される

国立種子貯蔵施設からの預託などがみられました。貯蔵庫の温度 は、−18℃に冷却されていますが、冷却がなくとも平均気温−3℃の永久凍土に位置しており、海抜約 130m の地質学的に安定な岩盤内部 約 120m の地点に設けられています。■

ドラッグ
Finder 項目をコピー
Finder 項目の名前を変更「新しい名前」を入力「区切り記号」を「アンダースコア」にし「すべての番号を」の部分に "3" を入力⑥ 写真を「変換後フォルダ」にコピーした上で名前を変更するワークフローが作成されたので、右上の「実行」ボタン（図 2−C）をクリックし、名前の変更と連番付けを行います（図 3）。
図 3. 名前の変更と連番付け結果「Automator」は Mac の付属アプリの中では地味な存在で、起動しても使い方がよく分からないアプリの一つだと思いますが、今回紹介したファイル名の変更と連番付けだけでも、普段からリソースの写真を多く撮られる方にとっては大変有用だと思いますので、活用してみてはいかがでしょうか。
（佐賀正和）

図 1. ワークフローの作成

今月のデータベース

Contact Address

NBRP Nenkinデータベース

連絡先 〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源センター
TEL 055-981-6885 ( 山崎 )E-mail：brnews@shigen.info

系統数：875
遺伝子：11277

DB名：NBRP Nenkin
URL ：http://nenkin.lab.nig.ac.jp/
言 語：日本語 英語オリジナルのコンテンツ：
・細胞性粘菌系統/遺伝子リソース情報、・多彩な発現ベクター、細胞性粘菌由来化合物一覧
・初心者案内、NBRP-nenkinニュースなど。
特徴： 系統とcDNAクローンをWebオーダーができる。
初心者向けコンテンツが充実している。
プラスミドの取り寄せ代行など。
連携DB：Dictybase、RRC(成果論文データベース)
DB構築グループ：NBRP細胞性粘菌、NBRP情報
運用機関：国立遺伝学研究所生物遺伝資源センター
DB公開開始年：2007年
DB最終更新年：2014年

Editor's Note
北極にある世界規模の種子貯蔵庫を利用して日本のオオムギの種子を保存するという、少し前なら夢物語のような話題を佐藤先生に提供していただきました。実は本ニュースレターの Vo.2-6（2005 年）でコムギの遠藤先生が書かれた記事の中にも Global Crop Diversity Trust が登場し、その当時「効率的な系統の長期保存を世界的レベルで実現していく議論をした」とありました。それを具現化したのがスバルバルの貯蔵庫ということになるのですね。もっと知りたい方、見たい方に以下のサイトをお薦めします。
（Y.Y.)
https://www.youtube.com/watch?v=BYK11SJzgJk&feature=
youtube̲gdata̲player（4:19 からの映像）
http://en.wikipedia.org/wiki/Svalbard̲Global̲Seed̲Vault(2014年5月現在)

現役開発者のコメント：NBRP Nenkinは筑波大学で2007年に公開されました。その後、2010年に系統・遺伝子分譲機能を備えてリニューアルオープンするに当たり、国立遺伝学研究所生物遺伝資源センターに移管され今に至ります。NBRP Nenkinが他のプロジ
ェクトと大きく異なる点は、開発言語にRubyを使用し、リニューアルオープン時にはRuby On Rails（RoR）を採用した事です。RoRは様々な工夫がされたフレームワーク（開発環境の土台）で開発効率の増加に寄与しましたが、年数が経つにつれ開発当時と現在とのギャップを埋める事が難しくなってきました。そこで、今年度はフレームワークの換装を行い、ギャップを埋めると共に、NBRP Nenkinに最新技術を導入していきます。
その後も継続してユーザビリティ向上につながる機能追加・拡張を予定していますのでご期待下さい。ご意見ご要望がございましたらページトップの「お問い合わせ」よりお気軽にご連絡ください。

バイオリソース情報(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

BioResource Now !
Issue Number 10 May 2014