BioResource now !
Vol.3 (11) 2007

Issue Number 3 November 2007

BioResource now !

ニュースレターのダウンロード先 (PDFファイル)

http://www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

バイオリソース情報

リソースセンター紹介 No.21

NBRP
SHIGEN
WGR
JGR

ナショナルバイオリソースプロジェクト「一般微生物」
辨野義己 独立行政法人理化学研究所バイオリソースセンター
微生物材料開発室(BRC-JCM) 室長

http://www.nbrp.jp/
http://www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm
http://www.shigen.nig.ac.jp/wgr/
http://www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

海外ホット情報 No.20

第2回国際バイオキューレーションミーテイング（IBC2007）参加報告

BMB2007
12月11−14日（ 第30回日本分子生物学会年会・ NBRPのパネル展示を予定しています。
第80回日本生化学会大会 合同大会 ）Victoria Petri, Ph.D.

Research Scientist, Rat Genome Database, Medical College of Wisconsin

じょうほう通信 No.27

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「第1回 ラットリソースリサーチ研究会」

リソースセンター紹介 No.21

1

ナショナルバイオリソースプロジェクト「一般微生物」

日時：平成20年1月18日(金) 13:00 - 17:30
会場：聖護院御殿荘（京都市）第2ホール
参加費：無料 (※参加には事前登録が必要です)「健康」
に関する研究に資する微生物

乳酸菌・Biﬁdobacterium 属・ Clostridium 属等は健康維持・増進に密接に関与している微生物ですが、未知なる菌種・菌株も多く、基準株のコレクションだけではユーザーの多様なニーズに応えきれていません。 参考株を含めて広範囲な菌株を収集するために研究コミュニティとの連携や自己開発を図ることで整備しつつあります。

辨野義己 (独)理化学研究所バイオリソースセンター微生物材料開発室 室長
http://www.jcm.riken.jp/JCM/JCM̲Home̲J.html
独立行政法人理化学研究所バイオリソースセンタ
ー微生物材料開発室(BRC-JCM)は、1981年よりJapan Collection of Microorganisms (JCM)として学術研究用微生物株の収集・保存・提供業務を実施してきました。 2004年にはJCMは理研BRCに移管され、 これ以降は産官学の研究コミュニティの提言を受けて健康と環境の研究に資する研究基盤用微生物に焦点をあて、 国内外の研究開発の動向を把握しながら我が国の中核機関として世界最高水準のリソース基盤を構築することを目指しております。
これまでにもバイオセイフティーレベル(BSL)２の微生物株の積極的な公開、IJSEM誌に提出する「寄託及び公開証明書」の発行など利用者への支援を行ってきており、 BRCとの統合以降はさらに新規微生物株の寄託と提供事業を強化するため事業内容を大きく変化させております。特に生物遺伝資源寄託同意書および生物遺伝資源提供同意書(MTA)の導入により、これまで認識の低かった微生物株の「知的財産権」の確立と啓発に努めているところであります。
一方、保存・提供にあたっては、国際マネジメント規格IS09001:2000認証をすでに取得し、それに基づいた品質管理を実施しております。 さらに、微生物株やその他の有用な情報を積極的に広報するために、毎月のメールニュース、年１回のJCMニュースレターおよび３年毎のBRC-JCMカタログの発行を行い、また学会等には積極的に活動内容の展示を行い、微生物株利用者の要望などを聞く機会としております。 一方、微生物株のさらなる利用促進のためその保存・培養法などの研修事業も行っております。
本年度より文部科学省が推進している第２期ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）
において、BRC-JCMは微生物全般における中核的拠点機関として位置づけられ、 我が国として研究開発に必要な微生物リソースを戦略的に完備することを目指しています。
この他、 国内の微生物保存機関との連携やアジア各国の微生物保存機関との協力関係を深め、 国際イニシアティブを確保することも視野にいれております。
BRC-JCMが対象としている研究基盤用微生物は、多種多様の微生物リソースであり、微生物を用いた研究開発にとって不可欠な「基準株」
や健康 ・ 環境に関する研究で用いられる微生物株を中心に収集・同定・品質管理・保存・提供 を実施しております（図１）。 具体的には、乳酸菌、嫌気性細菌、好気性細菌、放線菌、古細菌（アーキア）
・ 極限環境微生物、酵母及び糸状菌であります。

2「環境保全」に関する研究に資する微生物

環境保全に関与する微生物に係わる研究は黎明期にあり、さまざまな研究室で環境保全に係わる微生物株が検出・分離されています。
この分野に関与する微生物は、放線菌を含めた細菌、アーキア、真菌類（酵母及び糸状菌）であり、これまでの系統保存事業の実績を基盤にして、研究コミュニティと連携し、環境保全機能を有する微生物の同定、収集、保存、提供を推進しております。

3「極限環境」
に関する研究に資する微生物

アーキアや極限環境微生物の探索技術や培養技術は開発途中
ではあり、さらなる菌株の種類・数の増加を図っていきたいと思います。
さらに北方系菌類の収集を行い、地球温暖化による絶滅危惧種の増加を踏まえた種の保存及び分離株の有効利用を図っていこうとしています。

21世紀の微生物研究を支えるために「健康と環境の研究に資する研究基盤用微生物の保存・提供事業を推進」

大学・研究機関
理研BRC− JCM

NBRP
病原微生物
中核機関

学術研究に重要な微生物資源：乳酸菌、嫌気性細菌、好気性細菌、放線菌、古細菌（アーキア）・極
限環境微生物、酵母及び糸状菌等〕の基準株等
・収集同定・保存・品質管理(ISO9001) ・提供
連携
・難培養微生物ゲノムDNAの提供
・同定法・培養法の研修事業

微生物保存機関から移管：大量微生物株(東大 IAMコレクション3000株），感染研病原菌(BSL2)等

国
際
連
携

アジアの微生物保存機関
韓国・中国・タイ・ベトナム等

図1

1

助言
提言

BRCアドバイザ
リーカウンシル
微生物材料検討委員会

新規微生物の正式発表するために
１）16S リボゾームRNA遺伝子配列の登録
２）2ケ国以上の公的な微生物保存機関への寄託
３）MTAに基づく寄託：寄託微生物保存機関から「寄託証明書」発行

寄託証明書の発行数：年間250件以上（発行数：世界第２位）（発行数：世界第２位）

国内外の研究コミュニテイーへの貢献

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Vol.3 (11) 2007

410 分

微生物株のゲノムDNAの整備及び提供
供一般の研究室では培養が困難な嫌気性微生物等については、いてはゲノムDNAでの提供の要望が多いため、当センターの遺伝子材料開発室と共同で、培養困難な絶対嫌気性菌やBSL2株、植物防疫法によって提供の制限のある微生物株のゲノムDNAの提供事業を開始しております。

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GoogleG
oogle ggadgetを作成しよう
adgetを作成しよう！
ガジェットって何? という人は、よく見る天気予報・カレンダーツールを思い浮かべてください。インターネットで使われているガジェットには、この他にも色々な種類があり、基本的には何でもガジェットにすることができます。
その手軽さと、提供されている種類の豊富さで、便利に使われています。
今回は、そんなちょっとした道具である「Googleガジェット」を作成して、実際にGoogleデスクトップで使用してみたいと思います。

5

危機的な状況にある微生物保存機関からの微生物株移管
移管
管
文部科学省ライフサイエンス課の仲介により、東京大学分子細胞生物学研究所IAMコレクションを、すでに当室に移管いたしました。
我が国では、運営上極めて危機的状況にあるコレクションも多く、これらの貴重な微生物株を移管、保存・提供することも中核機関としての責務であります。
1997年より2006年まで、BRC-JCMより提供された微生物株がどのように利用されているかを論文検索により調査しましたところ、年々微生物株を利用された論文数および利用菌株が年々増加しております。多くの研究者にJCM株が利用され、研究成果として表れくる数値は微生物系統保存事業の評価として考えられ、BRC-JCMが研究者、研究機関から信頼を得ている証であるとして誇りにしております。

Google ガジェットを作成
普通のエディタでも作成できますが、今回はGoogleが提供している(1)スクラッチパッドというオンラインエディッタを使用します。プレビュー機
能がついているので、動作確認をしながら製作できるのが特徴です。
●スクラッチパッド:
http://www.google.co.jp/intl/ja/apis/gadgets/gs.html#Scratchpad

連絡先：〒351-0198 埼玉県和光市広沢2-1（独）理化学研究所バイオリソースセンター 微生物材料開発室
電話：048-467-9560 FAX: 048-462-4617
URL:www.jcm.riken.jp 問い合わせ：inquiry@jcm.riken.jp

図1:スクラッチパッド Edit画面

海外ホット情報No.20

ガジェットはxmlで構成されています。3行目のModulePrefs要素のtitle属性にガジェットのタイトルを記述します。
4行目の <!CDATA[から9行目の ]]> の間にガジェットの中身を記述します。HTML、javascript、stylesheetが使用できるので、最低HTMLを知っていればガジェットを作成することができます。
5行目から8行目にかけて、最も簡単なBio Resource World検索フォームを記述しました。動作確認は、Previewタブで行います。
テキス
トボックスにキーワードを入れ、検索ボタンを押すと別画面に Bio
Resource World の検索結果が表示されました。
図2はstylesheetを適用して、見た目を整えた画面です。
参考URL http://www.shigen.nig.ac.jp/newsletter/brw_samplegadget.xml
スクラッチパッドのFile→OpenでURLを指定すると、Preview画面でみられます。完成したら、Editorタブ内のコードをファイルに保存して下さい。

第2回国際バイオキューレーションミーテイング（IBC2007）参加報告
Victoria Petri, Ph.D.
Research Scientist, Rat Genome Database
Medical College of Wisconsin
IBC2007は米国サンホセの南側にあるDolce Hayes Mansion（写真）で10月25-28日に行われました。口頭発表、 ワークショップ、 ポスター発表が３日間続き、米国内外の研究機関や企業から、 curator、研究者、学生、プログラマーなどおよそ150名が集まりました。
主 な ト ピッ ク ス は 、１ ）文 献 収 集 とcuration、２）ゲノムアノテーションと比較ゲノム、３）オントロジー開発、
４）機能ゲノミックスデータのcuration、５）コミュニティによるcurationでした。
このほかtraining/professional developmentやDBツール、curationの標準化と演習、 出版社とcuratorとの共同作業などの話題が取り上げられました。
筆者の印象に残った発表は、
１）遺伝子 - 化合物 - 疾病を関連付けて検索できる Comparative
Toxicogenomics、２）植物の発現データベースPLEXdbが提供する便利なviewer（遺伝子発現パターンのプロットや、発現パターンから遺伝子を抽出することができる）、３）BIRNが提供しているマウスの脳アトラス、４）TAIRが代謝経路のcurationの質を高めるために採用した専門家とcuratorの共同作業、５）大腸菌で試みられている
w i k i - b a s e の アノテ ー ション、など でし た 。ま た N a t u r e がpre-publishingやテキストマイニングなどのリソースを提供しようとしているということでした。会場の雰囲気はとても活気に満ちて和やかで、食べて飲んで時折カリフォルニアの太陽を浴びて大いに語り合うことができました。

図2:BRW Quick Search 検索画面

(2)
作成したガジェットは一般公開できます。次にガジェットを公開してみましょう。今回は Google Page Creatorを使ってガジェットを公開します。
（※ Google Page Creatorを使うためには、Gmailアカウントが必要です。）●Google Page Creator: http://pages.google.com/

図3:アップロード画面

Google Page Creatorにログインしたら、Site Managerの端の Uploaded stuff からupload を選択し、ファイルに保存したガジェットをアップロードします。ガジェットのURLは、http://<ユーザ名>.googlepages.com/<ガジェット名>となります。

(３) 最後に、Googleデスクトップにガジェットを登録しましょう。
Googleデスクトップを起動して、サイドバーを表示してください。
サイドバー右上の+ボタンを押して、ガジェット追加画面を表示します。
次に、検索ボックスに、(2)で公開したガジェットのURLを記入し、 検索します。 すると、 ガジェットが表示されるので、 選択して追加します。
サイドバーにガジェットが表示されたら成功です。
さらにiGoogleガジェットとして公開する場合は、登録画面から登録する必要があります。
Googleガジェット登録画面:http://www.google.com/ig/submit?hl=ja「Abstract公開先」
http://genome-www.stanford.edu/biocurator/IBC2007/absht
ml/abstract-table.html「ミーテイングの写真」
http://picasaweb.google.co.kr/seungyonrhee/Biocuration200
702?authkey=s7A03UL525k

ほんの簡単な例でしたが、iGoogleなどスタートアップページを用いている人は、さらに自分のページを便利にするためガジェットを自作してみてはいかかでしょうか。
(渡邉融)「ミーテイングの公式サイト」
http://www.biocurator.org/Mtg2007/index.html(意訳 山崎由紀子)

連絡先

編集後記 ：「腸内細菌のことなら辨野先生！」とテレビで大活躍の先生が持つもう一つのお顔は、理研BRCの微生物リソース（JCM)ご担当でした。
IBC2007のレポートは、ラットゲノムセンターのVictoriaさんがボランテイアで引き受けてくださいました。お二人に感謝。
（Y.Y.)〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
TEL055-981-6885 (山崎)E-mail BRnews@chanko.lab.nig.ac.jp
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