生物多様性保全推進交付金（生物多様性保全推進支援事業）交付要綱
制
定
一部改正
一部改正
一部改正
一部改正
一部改正
一部改正
一部改正
一部改正

平成 20 年５月１日
平成 26 年２月 13 日
平成 29 年２月 20 日
平成 30 年３月 30 日
平成 31 年４月２日
令和２年３月 12 日
令和３年３月 30 日
令和５年３月 13 日
令和６年２月６日

環自計発第 080501002 号
環自計発第 1402133 号
環自計発第 1702203 号
環自計発第 1803303 号
環自計発第 1904021 号
環自計発第 2003122 号
環自計発第 2103303 号
環自計発第 2303133 号
環自計発第 2402061 号（通則）
第１条 生物多様性保全推進支援事業に係る交付金（以下「交付金」という。）の交付に関しては、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和 30 年法律第 179号。以下「適正化法」という。）、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律施行令（昭和 30 年政令第 255 号。以下「適正化法施行令」という。）及びその他の法令の定めによるほか、この要綱の定めるところによる。
（交付の目的）第２条 この交付金は、別表１に掲げる交付対象事業者を事業の実施者とし、これが行う地域における生物多様性の保全再生に資する取組等に対し、必要な経費を国が交付することにより、地域の自然特性に応じた、地域における生物多様性の保全再生に資する活動を支援し、もって自然共生社会づくりの推進を図ることを目的とする。
（交付対象事業者）
第３条 この交付金は、別表１に掲げる交付対象事業者に対し、その申請に基づいて交付する。
（交付の対象となる事業）
第４条 この交付金を充てることができる事業は、別表２に掲げるものとする。
（交付額、交付対象経費）
第５条 環境大臣（以下「大臣」という。）は、交付対象事業者が前条に掲げる事業（以下「交付金事業」という。）を実施するために必要な経費のうち、交付金交付の対象として大臣が承認した経費（以下「交付対象経費」という。）について、予算の範囲内で交付金を交付する。
（交付額の算定基準）
第６条 この交付金の交付額は、総事業費から寄付金その他の収入額を差し引いた額、
別表３の第２欄に掲げる交付対象経費の支出予定額及び第３欄に掲げる基準額を比較して最も少ない額に第４欄に掲げる交付率を乗じて算出した額とするものとする。
ただし、平成 28 年度税制改正により創設された「地方創生応援税制（企業版ふるさと納税）」による寄付については、総事業費から控除せず算出することができる。
なお、算出された額に 1,000 円未満の端数が生じた場合には、これを切り捨てるも
のとする。

２

交付対象事業者は、交付金の交付申請に当たって、当該交付金事業における仕入に係る消費税等相当額（交付対象経費に含まれる消費税及び地方消費税のうち、消費税法に規定する仕入に係る消費税額として控除できる部分の金額と当該金額に地方税法に規定する地方消費税率を乗じて得た金額との合計額に交付率を乗じて得た金額をいう。以下「消費税等相当額」という。）があり、かつ、その金額が明らかな場合には、これを減額して申請しなければならない。ただし、申請時において当該消費税等相当額が明らかでない場合については、この限りでない。

（交付申請）
第７条 交付対象事業者は、交付金の交付を受けようとするときは、自然環境局長が別に定める日までに別記様式第１号による生物多様性保全推進交付金交付申請書（以下「交付申請書」という。）を大臣に提出しなければならない。
（変更交付申請）
第８条 交付対象事業者は、この交付金の交付決定後の事情の変更により申請の内容を変更して交付金の額の変更申請を行う必要がある場合には、速やかに別記様式第２号
による生物多様性保全推進交付金変更交付申請書（以下「変更交付申請書」という。）
を大臣に提出しなければならない。
２

第６条第２項の規定は、前項の変更申請を行う場合において準用する。

（交付の決定）第９条 大臣は、第７条の規定による交付申請書又は前条第１項の規定による変更交付
申請書の提出があったときは、原則として、当該交付申請書の到達した日から起算して２か月以内に内容の審査を行い、交付決定又は変更交付決定を行うものとする。
２ 大臣は、前項の規定による交付決定又は変更交付決定を行ったときは、別記様式第３号による生物多様性保全推進交付金交付決定通知書又は別記様式第４号による生物多様性保全推進交付金変更交付決定通知書を交付対象事業者あてに送付するものとする。
３ 大臣は、交付の決定を行うに当たっては、第６条第２項の規定により当該交付金事
業に係る消費税等相当額について減額して交付の申請がなされたものについては、これを審査し、適当と認めたときは、当該消費税等相当額を減額するものとする。
４ 大臣は、交付の申請がなされた全ての交付金事業について、当該消費税等相当額について、交付金の額の確定又は消費税の申告後において精算減額又は返還を行うこととし、その旨の条件を付して交付の決定を行うものとする。
（交付の条件）
第 10 条 この交付金の交付の決定には、次の条件が付されるものとする。
交付金事業に係る経費については、帳簿及び全ての証拠書類を備え、他の経理と明確に区分して経理し、常にその収支の状況を明らかにしておくとともに、これらの帳簿及び証拠書類を交付金事業の完了（中止又は廃止の承認を受けた場合を含む。）の日の属する年度の終了後５年間、大臣の要求があったときは、いつでも閲覧に供せるよ
う保存しておかなければならない。
２ 前項に掲げる条件のほか、大臣は、交付金事業の実施に関し必要な条件を付すことができる。

（申請の取下げ）
第 11 条 交付金の交付決定通知を受けた交付対象事業者は、交付の決定の内容又はこれに付された条件に対して不服があるときは、交付金の交付申請を取り下げることができるものとする。
２ 前項の規定により申請を取り下げようとするときは、第９条第２項の規定による通知を受けた日から起算して 20 日以内に、その旨を記載した書面を大臣に提出しなけ
ればならない。
３ 第１項の規定により申請を取り下げたときは、当該申請に係る交付金の交付決定はなかったものとみなす。
（交付金事業の着手）
第 12 条 交付対象事業者は、原則として、交付金交付決定に基づき、交付対象事業に着手するものとする。ただし、地域の実情に応じて交付対象事業の効果的な実施を図る上で、緊急かつやむを得ない事情により、交付決定前に事業着手をしようとするときは、速やかにその旨を別記様式第５号により、その理由を具体的に明記した生物多様性保全推進交付金交付決定前着手届を、自然環境局長に提出するものとする。
（交付金事業の変更）
第 13 条 交付対象事業者は、次の各号の一に該当するときは、あらかじめ別記様式第６号による生物多様性保全推進交付金事業変更承認申請書を大臣に提出し、その承認を受けなければならない。なお、交付金の額に変更を伴う場合は、第８条に定める手続によるものとする。
（１） 交付金事業の事業内容を変更しようとするとき。ただし、軽微な変更を除く。
（２） 別表４の経費区分欄に定める対象経費の費目間の配分の変更（変更前のそれぞれの配分額の 30％以内の変更を除く。）をしようとするとき。
（契約）
第 14 条 交付対象事業を遂行するため、売買、請負その他の契約をする場合は、一般の競争に付さなければならない。ただし、交付対象事業の運営上、一般の競争に付することが困難又は不適当である場合は、指名競争に付し、又は随意契約によることができる。
（交付金事業の中止又は廃止）
第 15 条 交付対象事業者は、交付金事業を中止又は廃止しようとするときは、別記様式第７号による生物多様性保全推進交付金事業中止（廃止）承認申請書を大臣に提出し、その承認を受けなければならない。
（交付金事業の遅延の報告）
第 16 条 交付対象事業者は、交付金事業が予定期間内に完了しない場合又は交付金事業の遂行が困難となった場合には、速やかに別記様式第８号による生物多様性保全推進交付金事業遅延報告書を大臣に提出し、その指示を受けなければならない。ただし、変更後の完了予定期日が当該年度を超えない場合で、かつ当初の完了予定期日後２ヶ月以内である場合は、この限りではない。
（状況報告）
第 17 条 交付対象事業者は、交付金事業の遂行又は支出状況について大臣の要求があったときは、速やかに別記様式第９号による生物多様性保全推進交付金事業状況報告書を大臣に提出しなければならない。
（実績報告等）
第 18 条 交付対象事業者は、交付金事業が完了した日（第 15 条の規定により交付金事
業の中止又は廃止の承認を受けた場合は、その承認を受けた日）から起算して 30 日を経過した日又は翌年度の４月 10 日のいずれか早い日までに、別記様式第 10 号による生物多様性保全推進交付金事業実績報告書（以下「実績報告書」という。）を大臣に提出しなければならない。
２ 交付金事業の実施期間内において、国の会計年度が終了したときは、翌年度の４月
30 日までに前項に準ずる実績報告書を大臣に提出しなければならない。
３ 実績報告書の提出期限について大臣の別段の承認を受けたときは、前項の規定にかかわらず、当該承認に基づく期限によることとする。
４ 交付対象事業者は、第６条第２項ただし書の規定により交付の申請を行った場合において、実績報告書を提出するに当たって、当該交付金に係る消費税等相当額が明らかになった場合には、これを交付金の額から減額して報告しなければならない。
（交付金の額の確定等）
第 19 条 大臣は、前条第１項の規定による実績報告書の提出を受けたときは、当該実績報告書の審査及び必要に応じて現地調査等を行い、当該報告に係る交付金事業の実施結果が交付金の交付決定の内容（第 13 条に基づく承認をした場合は、その承認をした内容）及びこれに付した条件に適合すると認めたときは、交付すべき交付金の額を確定し、交付対象事業者に通知するものとする。
２ 大臣は、交付対象事業者に交付すべき交付金の額を確定した場合において、既にその額を超える交付金が交付されているときは、その超える部分の額に相当する交付金の返還を命ずるものとする。
３ 前項の交付金の返還期限は、当該命令のなされた日から起算して 20 日以内とする。
４ 大臣は、前項の期限内に納付されない場合には、未納に係る金額に対して、その未納に係る期間に応じて年利 10.95％の割合で計算した延滞金を徴するものとする。
（交付金の支払）第 20 条 交付金は、前条の規定により交付すべき交付金の額を確定した後に支払うものとする。ただし、必要があると認められる場合には、交付金の交付決定の後に概算払をすることができる。
２ 交付対象事業者は、前項の規定により交付金の支払を受けようとするときは、別記
様式第 11 号による生物多様性保全推進交付金精算（概算）払請求書を大臣に提出しなければならない。
（交付決定の取消等）
第 21 条 大臣は、第 15 条の規定による交付金事業の中止若しくは廃止の申請があった
場合又は次の各号のいずれかに該当する場合には、第９条第１項の交付決定の全部若
しくは一部を取り消すことができるものとする。
（１）交付対象事業者が、この要綱の規定に違反したことにより受けた大臣の処分又は指示に従わない場合（２）交付対象事業者が、交付金を交付金事業以外の用途に使用した場合（３）交付対象事業者が、交付金事業に関して不正、怠慢、その他不適当な行為をした場合（４）第９条の交付決定後に生じた事情の変更等により、交付金事業の全部又は一部を継続する必要がなくなった場合
２ 大臣は、前項の規定により交付決定の取消しを行った場合において、当該取消しに係る部分に相当する交付金が既に交付されているときは、期限を定めて当該交付金の全部又は一部の返還を命ずるものとする。
３ 大臣は、前項の返還を命ずる場合（第１項第４号に規定する場合を除く。）には、当該返還命令に係る交付金を交付対象事業者が受領した日から当該返還命令がなされた日までの期間に応じて、年利 10.95％の割合で計算した加算金の納付を併せて命ずるものとする。
４ 第２項の規定に基づく交付金の返還及び前項の加算金の納付については、第 19 条
第３項及び第４項の規定を準用する。
５ 大臣は前２項の場合において、やむを得ない事情があると認めるときは、加算金又は延滞金の全部若しくは一部を免除することができるものとする。
６ 本条の規定は、交付金事業について交付すべき交付金の額の確定があった後においても適用があるものとする。
（取得財産等の管理）
第 22 条 交付対象事業者は、交付対象経費により取得し、又は効用の増加した財産（以下「取得財産等」という。）については、交付金事業の完了後においても、善良な管理者の注意をもって管理し、交付金の交付の目的に従って、その効率的運用を図らなければならない。
２ 交付対象事業者は、取得財産等について、別記様式第 12 号による取得財産等管理台帳を備え、管理しなければならない。
３ 取得財産等を処分することにより収入があり、又はあると見込まれるときは、その収入の全部又は一部を国に納付させることがある。
（取得財産等の処分の制限）
第 23 条 取得財産等のうち、適正化法施行令第 13 条第４号及び第５号の規定に基づき大臣が定める処分を制限する財産は、取得価格又は効用の増加価格が 50 万円を超える機械、重要な器具及び工作物とする。
２ 適正化法第 22 条に定める財産の処分を制限する期間は、交付金の交付の目的及び減価償却資産の耐用年数等に関する省令（昭和 40 年大蔵省令第 15 号）に定める期間とする。
３ 交付対象事業者は、前項の規定により定められた期間内において、処分を制限された取得財産等を処分しようとするときは、あらかじめ環境省所管の補助金等で取得した財産の処分承認基準について(平成 20 年５月 15 日付け環境会発第 080515002 号大臣官房会計課長通知。以下「財産処分承認基準」という。)に定める別紙様式１による申請書を大臣に提出し、その承認を受けなければならない。
４ 前項の承認をする場合においては、前条第３項の規定を準用する。
５ 前項の納付については、第 19 条第３項の規定を準用する。
（消費税等相当額の確定に伴う交付金の返還）
第 24 条 交付対象事業者は、事業完了後に、消費税の申告により当該交付金に係る消費税等相当額が確定した場合には、速やかに別記様式第 13 号による生物多様性保全推進交付金事業の仕入に係る消費税等相当額報告書を大臣に提出しなければならな

い。
２ 大臣は、前項の規定による報告書の提出を受けたときは、当該消費税等相当額の返還を命ずるものとする。
３ 前項の返還については、第 19 条第３項及び第４項の規定を準用する。
（電子情報処理組織による申請等）
第 25 条 補助事業者は、第７条の規定に基づく交付の申請、第８条の規定に基づく変更交付の申請、第 11 条の規定に基づく申請の取下げ、第 12 条の規定に基づく交付金
事業の着手の届け、第 13 条の規定に基づく交付金事業の変更の申請、第 15 条の規定に基づく中止又は廃止の申請、第 16 条の規定に基づく事業遅延の報告、第 17 条の規定に基づく状況報告、第 18 条の規定に基づく実績報告、第 20 条第２項の規定に基づく支払請求、第 23 条第３項の規定に基づく財産の処分の承認申請、又は第 24 条の規定に基づく消費税等相当額の確定に伴う報告（以下「交付申請等」という。）については、電子情報処理組織を使用する方法（適正化法第 26 条の２及び３の規定に基づき大臣が定めるものをいう。）により行うことができる。
（電子情報処理組織による通知等）
第 26 条 大臣は、前条の規定により行われた交付申請等に係る通知、承認、指示又は命令について、当該通知等を電子情報処理組織を使用する方法により行うことができる。
（その他）
第 27 条 特別の事情により、第６条、第７条、第８条、第 11 条、第 13 条、第 16 条及び第 18 条に定める算定方法又は手続等によることができない場合には、あらかじめ大臣の承認を受けて、その定めるところによるものとする。
２ この要綱に定めるもののほか、交付金事業の実施に関し必要な事項は、自然環境局長が別に定めるものとする。
（附則）
この要綱は、平成 20 年 5 月 1 日から適用する。
（附則）
１．この要綱は、平成 26 年 4 月 1 日から適用する。
２．この要綱による改正後の規定は、平成 26 年度予算に係る交付金から適用し、平成 25 年度以前の予算にかかる交付金については、なお従前の例による。
（附則）
１．この要綱は、平成 29 年 4 月 1 日から適用する。
２．この要綱による改正後の規定は、平成 29 年度予算に係る交付金から適用し、平成 28 年度以前の予算にかかる交付金については、なお従前の例による。
（附則）
１．この要綱は、平成 30 年 4 月 1 日から適用する。
２．この要綱による改正後の規定は、平成 30 年度予算に係る交付金から適用し、平成 29 年度以前の予算にかかる交付金については、なお従前の例による。

（附則）１．この要綱は、平成 31 年 4 月 2 日から適用する。
２．この要綱による改正後の規定は、平成 31 年度予算に係る交付金から適用し、平成 30 年度以前の予算にかかる交付金については、なお従前の例による。
（附則）
１．この要綱は、令和 2 年 3 月 12 日から適用する。
２．この要綱による改正後の規定は、令和 2 年度予算に係る交付金から適用し、令和元年度以前の予算にかかる交付金については、なお従前の例による。
（附則）
１．この要綱は、令和 3 年 3 月 30 日から適用する。
２．この要綱による改正後の規定は、令和 3 年度予算に係る交付金から適用し、令和
2 年度以前の予算にかかる交付金については、なお従前の例による。
（附則）
１．この要綱は、令和 5 年 3 月 13 日から適用する。
２．この要綱による改正後の規定は、令和 5 年度予算に係る交付金から適用し、令和
4 年度以前の予算にかかる交付金については、なお従前の例による。
（附則）
１．この要綱は、令和 6 年 2 月 6 日から適用する。
２．この要綱による改正後の規定は、令和 6 年度予算に係る交付金から適用し、令和
5 年度以前の予算にかかる交付金については、なお従前の例による。

別表１ 交付対象事業者
交付対象事業
交付対象事業者(１) 重要生物多様 地域生物多様性協議会（地方公共団体等※１と、その他の主体で性保護地域等 構成され、別に定める要件を満たした団体）
保全再生(２) 広域連携生態系保全のための活動計画策定等支援(３) 地域民間連携 地域連携保全活動支援センターの設置者又は管理者、同センター
促進活動の設置を予定している地方公共団体(４) 国内希少野生 動物園、植物園、水族館、昆虫館又はこれらに類する施設（野生動植物種生息 動植物の生きている個体の販売若しくは貸出し又は飲食物の提域外保全
供を主たる目的とするものを除く。）の設置者又は管理者※２(５) 国内希少野生 地方公共団体、民間事業者（法人に限る）、公益社団法人、公益
動植物種生息 財団法人、一般社団法人、一般財団法人、特定非営利活動法人、
国立大学法人、公立大学法人、学校法人、独立行政法人若しくは域内保全
地方独立行政法人又は法人格を有しない団体であって自然環境局長が特に必要と認めるもの（以下「特認団体」という。）（地方公共団体以外の者が交付対象事業者である場合は、地方公共団体の長又は地方環境事務所長若しくは自然環境事務所長が事前に適切な活動であるとして確認したものに限る。）(６)里山未来拠点 里山未来拠点協議会（地方公共団体等※１とその他の主体で構成
形成支援
され、別に定める要件を満たした団体）※１ 地方公共団体（都道府県、市町村及び地方自治法（昭和 22 年法律第 67 号）第 281条に規定する特別区をいう。）又はその他の団体であって、それに代わる者として
自然環境局長が承認した者とする。
なお、上記団体の承認は、当該団体等の定款又は規約、財務状況、活動状況等に基づき審査を行った上で行うものとする。
※２ 設置又は管理運営を行う地方公共団体、民間事業者（法人に限る）、公益社団法人、公益財団法人、一般社団法人、一般財団法人、特定非営利活動法人、国立大学法人、公立大学法人、学校法人、独立行政法人又は地方独立行政法人とする。

別表２ 交付対象事業の内容
国の生物多様性保全施策の観点から保全対策推進の必要性が高い事業であり、次の（１）～（６）に掲げる各事業のいずれかに該当すること。
交付対象事業

交付対象事業の内容（１）重要生物多様 ・自然公園法に基づく国立公園又は国定公園
性保護地域等 ・自然環境保全法に基づく原生自然環境保全地域又は自然環境保全地域
保全再生
・鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律に基づく国指定鳥獣保護区・ラムサール条約に基づくラムサール条約湿地・世界遺産条約に基づく世界自然遺産
・ユネスコの人間と生物圏（ＭＡＢ）計画に基づくユネスコエコパー
ク・環自計発第 2303272 号第２条に基づく自然共生サイト
における生物の生息環境の保全再生のための事業（２）広域連携生態 地域における多様な主体の連携による生物の多様性の保全のための系保全のため 活動の促進等に関する法律又は自然再生推進法に基づく計画の策定の活動計画策 又は当該計画に基づく事業であって生態系ネットワークの構築に係定等支援
る広域の取組( ３ ) 地 域 民 間 連 携 地域における多様な主体の連携による生物の多様性の保全のための促進活動
活動の促進等に関する法律に基づく地域連携保全活動支援センターの設置又は運営に係る体制の構築並びに同センターが実施する、地域・民間に対する連携のあっせん（企業と地域・NPO 法人等とのマッチングを含む。）、専門家の紹介等の取組(４)国内希少野生動 種の保存法に基づく国内希少野生動植物種について、動植物園等が実植物種生息域外 施する種の保存に資する飼育・繁殖・野生復帰の取組
保全(５)国内希少野生動 種の保存法に基づく国内希少野生動植物種について、地方公共団体や植物種生息域内 特定非営利活動法人、民間事業者等が主体的に実施する生息環境改善
保全のほか、これに付随する分布状況調査、保全計画策定等の生息域内保全のための取組(６)里山未来拠点形 重要里地里山、都道府県立自然公園、都道府県指定鳥獣保護区、自然成支援
共生サイト等の生物多様性保全上重要な地域における環境的課題と社会経済的課題を統合的に解決しようとする活動

別表３ 交付対象経費及び交付率
１ 交付対象事業
２ 交付対象経費
３ 基準額
大臣が承(１) 重要生物多様 交付金事業を行うため性保護地域等 に必要な諸謝金、
認した額
保全再生
旅費、備品費、消耗品費、(２) 広域連携生態 印刷製本費、系保全のため 通信運搬費、借料及び損の活動計画策 料、会議費、賃金等、定等支援
雑役務費、資材購入費、無償労務費・その他（交付対象経費 の内 容については、別表４に定めるものとする。）

４ 交付率
１／２以内

（３) 地域民間連携 交付金事業を行うため
促進活動に必要な諸謝金、旅費、備品費、消耗品費、印刷製本費、
通信運搬費、借料及び損料、会議費、賃金等、雑役務費、資材購入費・その他（交付対象経費の内容については、別表４に定めるものとする。）(４) 国内希少野生 交付金事業を行うため
動植物種生息 に必要な諸謝金、域外保全
旅費、備品費、消耗品費、印刷製本費、(５) 国内希少野生 通信運搬費、借料及び損
動植物種生息 料、会議費、賃金等、雑役務費、資材購入費・
域内保全
その他（交付対象経費 の内 容
(６)里山未来拠点 については、別表４に定めるものとする。）
形成支援

定額（１種につき 200 万円を上限とする）

定額（１件につき 150 万円を上限とする）※ 保全計画策定を含む
場合は初年度に限り
250 万円を上限とする
３／４以内

別表４ 交付対象経費の区分と内容
経費区分
内容
１ 諸謝金
講師、専門家等の招聘、原稿執筆に対する諸謝金に要する経費を
いう。
２ 旅 費
航空機、鉄道、バス、船等の運賃、日当及び宿泊に要する経費を
いう。
３ 備品費
概ね単価が５万円以上で、反復利用に耐える物品や機器の購入等に要する経費をいう。
４ 消耗品費
概ね単価が５万円未満の物品や機器であって、おもに消耗される物品の購入等に要する経費をいう。
５ 印刷製本費資料等の印刷、製本、写真焼付、図面焼増等に要する経費をいう。
６ 通信運搬費
郵便料、電話料、配送業務、その他通信運搬に要する経費をいう。
７ 借料及び損料
車両、会場、機器類等の使用賃借、光熱水費、借入金の金利支払等に要する経費をいう。
８ 会議費
会議、作業等の際の茶菓等の提供に要する経費をいう。
９ 賃金等
日々雇用者に対する賃金のほか、地方公共団体の会計年度任用職員に支給する報酬、給与、期末手当の支払に要する費用をいう。
10 雑役務費
保険料、手数料、広告料、調査、測量の実施等、役務の対価として支払う経費をいう。
11 資材購入費事業を実施する上で必要な資材購入等に要する経費（直接施工が困難な場合の必要最低限の工事請負費を含む。）をいう。
12 無償労務費
事業計画に位置づけられた活動であって、満 16 歳以上の者の行う活動に係る無償労務の延べ時間人数に、最低賃金法に基づき定められる地域別最低賃金を乗じて得られた金額をいう。ただし、全体事業費の３割を超えないものとする。
13 その他
その他必要な経費で自然環境局長が承認した経費。