タンパク質溶液散乱法―高分解能構造と低分解能構造の橋渡し―
藤澤哲郎
要

旨

独立行政法人 理化学研究所播磨研究所放射光科学総合研究センター

近年，タンパク質結晶構造解析により非常に多くのタンパク質断片の結晶構造が解かれるにつれ，タンパク質の機能と関連した，より native な構造を研究したいという需要が高まっている。これを実現する最も有効な方法の一つがタンパク質溶液散乱である。これまで，タンパク質溶液散乱を解析する際に 2 つの大きな障害があった。第一は，高分解能結晶構造から水和されたタンパク質の溶液散乱を計算する計算法であり，第二は，実験データに基づき三次元のモデル構造を最適化する計算法である。1990年代半ば以降，タンパク質溶液散乱解析技術は，効率的な非線形最小自乗法の最適化アルゴリズム，計算機速度の高速化に伴い急速に発展した。我々が最近行った 2 つのドメインからなる人工タ
ンパク質を例に取り，EMBL Svergun 博士らが開発した ATSAS プログラムパッケージとテキサス大 Wrigger 博士らが開発した SITUS プログラムパッケージを使ったタンパク質溶液散乱解析の応用例を紹介する。

1. はじめに
近年 X 線結晶構造解析の進歩により，大きなタンパク質複合体も含めて高分解能構造を得る事が容易になってきた。放射光は，タンパク質結晶ユーザーの裾野を広げ，より微小な，より不安定な結晶のデータ取得に重要な役割を果たしている。同時にゲノム科学的アプローチはおびただ
しい量のタンパク質の断片構造を産出している。タンパク質の機能を理解する上で“生”のタンパク質の構造はどの

Fig. 1

Principle of protein solution scattering.

ようになっているのかという疑問がますます着目されている。本稿ではマルチドメインタンパク質の溶液構造解析を

子密度よりも高いために，タンパク質溶液からの散乱と水例に挙げながら溶液散乱法を使ってタンパク質分子の形をからの散乱の差が，得られるタンパク質からの散乱 I ( S )見るモデリング技術の概略を解説する。より詳しい情報はとなる（Fig. 1）。

最近出た総説13) あるいは教科書4,5) を参照されたい。な

観測される I(S) はお，本稿ではタンパク質は塩ないし緩衝剤を含む水溶液に分散しているものとし，溶媒に脂質などを含む 3 成分系

I(S)＝Ni(S)F(S)は取り扱わない。
で表すことができ， N は照射体積中の散乱体数， i (S ) は

2. 小角散乱パラメーターの導出と動径分布関数の計算

タンパク質一個からの散乱，F(S ) は構造因子と呼ばれる粒子間相互作用を表す関数である。F (S) は複数の濃度点
で I(S) を測定しゼロ濃度外挿する事により F(S)＝1 とな

2.1

タンパク質溶液散乱の原理4,5)

る。また，i(S) はタンパク質溶液散乱の原理は非常に単純である。タンパ
ク質が溶液中で入射光に対し等方的に向いていると，タンi(S)＝ishape(S)＋ishape-fluctuation(S)＋ifluctuation(S)

パク質からの溶液散乱は散乱方位依存性を失くし散乱角のみに依存する一次元の測定量となる。通常散乱ベクトルはタンパク質の形状項 ishape( S )，内部微細構造の項 ifluctuation

S ＝ 2 sin u/ l＝ 1 /d で定義され，その時の 2u は散乱角，l( S ) 及び両者の cross 項 ishape-fluctuation ( S ) から成る6) 。 d ＝は波長，d は Bragg Spacing に対応する。q＝2pS＝4p sin

20 Å から30 Å ぐらいまでの角度領域では形状項の寄与がu/l もよく使用される。タンパク質の電子密度が溶媒の電ほとんどで S が大きくなると内部微細構造の項が大きく

放射光 Nov. 2006 Vol.19 No.6 ● 429(C) 2006 The Japanese Society for Synchrotron Radiation Researchなる。本稿で取り扱うタンパク質溶液散乱の解析は，形状ス関数で近似できる。

項の解析を中心にして，単分散で均一系の場合を想定して話を進める。

2.2

I(S)＝I(0) exp

(

－

4p2 2
R
3

)

解析結果を歪める実験上の主な要因

解析の第一歩は，タンパク質溶液散乱を正しく計測する

縦軸に ln (I(S）），横軸に S 2 をプロット（ギニエプロッ事である。それは経験の積んだ専門家でも生のデータからト）し，内側の直線領域の傾きと y 切片からそれぞれ散乱は分からない。筆者自身，多大な解析時間を費やした後，体の回転半径 Rと原点散乱強度 I ( 0 ) とが求まる。この測定がどうもおかしいと気づいた経験が少なくない。ユー

近似は厳密には 2pSR＜1 の小角の範囲で成立する。大きザーは正しい結果を導くのを歪める放射光実験上の要因とな会合体が混在する時にはギニエプロットでの小角部の直して以下のような可能性がある事を知っておく必要があ

線性が無くなる。Rは分子量 M に対しおおよその目安と

 散乱体のサイズに対して小角部の散乱データが不十る。

して タンパク質溶液からの散乱と溶媒からの散乱分である。

R＝0.762 3 M

 タンパク質が単分散でが同一条件で取得できていない。
 タンパク質の放射光による損傷。それぞれについない。
 は，溶液散乱の原理から散乱体が大て簡潔に説明するとが成 立するの で散乱体の 分子量を予想 する事も可 能できくなればなるほど入射光近傍の散乱角の小さな部分に構ある10)。より厳密に分子量を知るには I ( 0 ) を重量濃度 C

造情報が局在する。理論上，散乱体最大長 Dmax の 2 倍の( mg /ml) で割った量 I (0 )/C を使用する。I ( 0 )/C は分子大きさに対応する散乱角まで計測できていないとタンパク量に比例するので，分子量既知で濃度の分かっているタン は，光学系
質溶液構造は決定できないとされている7)。

パク質の I(0)/C と比較することにより散乱体の分子量がの不安定性によるビーム位置強度の変動，検出器測定回推定できる。I (0 )/C を濃度に対してプロットすると，単路の安定性など計測技術上の問題点と，タンパク質溶液と分散の場合濃度が高くなるにつれて通常わずかに減少する

溶媒が化学的に平衡に達していないなどの化学的な問題点

が，単量体と会合体の平衡状態にある場合は濃度が高くながある。後者の場合には溶媒散乱に透析外液を使用するのるに連れて急激に増加する。複数の濃度に対して I (S ) を に関しては最も問題が生じやすい。
が最も適している。

測定しゼロ濃度外挿を行う事は，データの信頼性のチェッ放射光の登場により従来の X 線発生装置よりも希薄なタ

クのみならず，タンパク質溶液の単分散性を間接的に知る

ンパク質溶液で計測できるようになったが8)，それでも分上で重要である。これ以降の文では I(S ) を濃度外挿され光学 的 なタ ン パク 質 解析 方 法 に比 べ 1 桁 以上 濃 度 が濃た散乱強度関数として扱う。

い。従って，サイズカラムクロマトグラフィーで精製した
後，濃縮の過程で会合が発生したりする。また，散乱の性

2.4

動径（二体間距離）分布関数

質上限定的に会合が起こっている場合，例えば細長いタン

次に，散乱体電子密度の convolution （）を空間平均パク質で単量体分子と 2 量体分子が混在している場合は（〈 〉）した P(r)＝〈Dr(r)Dr(r)〉で定義される P(r) 関数

判断が非常に難しくなる。単分散性をチェックする事は解を考える。 P (r ) 関数は動径分布関数と呼ばれタンパク質析の過程で最も大事で，以降の項においてより詳しく解説の 3 次元形状情報を 1 次化したものであり，より具体的

 に関しては，タンパク質溶液に強力な放射する。最後にには，タンパク質内部の 2 点間距離の分布を表すので二光が照射されるとタンパク質が変性する前に水ラジカルに

体間距離分布関数とも呼ばれる。タンパク質の場合， P

よるタンパク質表面の性質が変化し，ある閾値以上では会( r ) 関数はタンパク質の最大長 Dmax より大きい r ＞ Dmax

合が起こる。閾値はタンパク質と溶媒条件によって異なで P(r)＝0 となる。P(r) 関数を使うと I(S) はり，今のところ残基配列，構造と溶液散乱における放射線
損傷の相関は明らかでなく実際の実験で実証するしかな
い。ちなみにリゾチームなど比較的放射線損傷に弱いタン

Dmax

f

I(S)＝4pP(r)0

sin (2prS)sin (2prS)dr2prS

パク質では 400 Gy である9) 。閾値時間以降では照射時間に対して会合が指数関数的に増加するので最初に放射線損と書ける。式の形から判断できるように P (r) 関数は，散傷の閾値時間を決めておく必要がある。

乱強度の逆フーリエ変換から直接計算できるが，非常に信頼性に乏しい。そこでより一般的な方法11,12)として，

2.3

小角散乱パラメーターの導出

小角散乱から得られる構造パラメーターの決定は解析の最初に必ず行うステップである。散乱関数 I(S ) は S が非常に小さい領域，小角領域では散乱体の形状によらずガウ

430 ● 放射光 Nov. 2006 Vol.19 No.6

K

P(r)＝∑ cifi(r)i＝1小角散乱特集 ■ タンパク質溶液散乱法―高分解能構造と低分解能構造の橋渡し―

Fig. 3

Representation of lysozyme structure by space ˆlling beads(red sphere). The beads were created by SITUS25) and drawn
by VMD27).

純な 形でタン パク質を近 似し散乱体の 形を評価し ていた4,5)。しかし，より汎用性のある 3 次元モデルとして，
タンパク質を Fig. 3 のように数百から千程度の小さな球からなる球充填モデル（ビーズモデル）で表現する事が広く使用されている1517)。
一般的に 3 次元のビーズモデルを 1 次元データから再構成する事は不可能である。しかし，電子密度一様としてモデリングを簡略化し，モデル X のコンパクト性，充填Fig. 2

Determination procedure of P ( r ) andtropomodulin13). Dmax is indicted by an arrow.

Dmax

of

球の連続性など，タンパク質構造特徴を取り入れたペナル
ティ関数 P ( X ) を導入すればタンパク質三次元モデルの信頼性，一意性は大幅に向上する。近年，モデルの散乱強度 Itheor (S) を計算し，実験散乱強度 Iexp (S ) に対して下記と 0＜r＜Dmax の範囲内で P(r) 関数を多項式 qi(r) の線形式に 従ったモ デルの最適 化が広く行わ れるように なっ和で表し，係数 Ci は実験データに対して

た16)。

N

Iexp(Si)－



Fa＝∑
k＝1

K

2

∑c f (S )
i i

i＝ 1

s(Si)

i

f(X)＝

＋af[P ′(r)] dr
Dmax

2



[

2

] ＋bP(X)N
1
Iexp(Sj)－Itheor(Sj)∑N－1 j＝1s(Sj)0

上式で b は重み係数である。最適化アルゴリズムとしてを最小にする形で決定する。パラメーター a は第 2 項が遺 伝 アル ゴ リズ ム15) ， 焼き な まし 法16) ， モン テ カル ロ

示す P (r) 関数の平滑性と第 1 項が示すフィットの残差を

法17) ，などを用いる 3 つのソフトが存在する。多くのタバランスさせるパラメーターである。

ンパク質の場合，いずれのアルゴリズムも3040 万のモデこのような計算法を間接フーリエ変換法といい，今最も使われている GNOM 12) というソフトでは D

max を入力すると自動的に P ( r) 関数の平滑性や正値性などを満たす aルから2030 Å 分解能で似たような形に収束し，結晶構造解析や高分解能 NMR などの原子構造とも整合性のある結果が得られる事が知られている18,19)。

を計算する。従って P ( r ) 関数を決定するには Dmax を決める事に他ならない。それでは未知の Dmax をどのように

3.2

DAMMIN によるビーズモデルの計算

Fig. 2 は P ( r ) 関数と散乱曲

この節では最も一般的に使用されている，Svergun 博士線へのフィットが入力 Dmax に対しどのように変わるか示

らによって開発された，焼きなまし法の最適化アルゴリズ

して決めるのであろうかしたものである。散乱曲線への近似が十分良くなる最小のムを用いた ab initio ビーズモデリングソフト DAMMIN

Dmax の値がいわゆる Dmax の真の値，最大長になる。Fig. 2を，2 つの円筒状ドメインをリンカーで繋いだ人工タンパの場合，Dmax＝62.5 A となる13)（右下図矢印参照）。

ク質の解析に利用した例を取り紹介する20)。DAMMIN を
実 行 さ せ るに は 前 述し た GNOM に よ る P ( r ) 計算 を 行

3. Ab initio 法

い ， 最 大 長 Dmax を 決 定 す る 事 が 必 要 で あ る 。 Fig. 4 はDAMMIN によるプログラムの流れを示したものである。

3.1 Ab initio ビーズモデリング

プログラムは Dmax を直径とする探索空間を小球で充填以下に扱うモデリングでは電子密度を一様と仮定する。

する（ Fig. 4A ）。タンパク質の対称性があらかじめわかっ

この仮定は I ( S )≒ Ishape ( S ) が成立する小角領域を解析すている際にはモデルの対称性を縛る事も可能である。1 次

る上では十分成立する。従来，球，楕円体，円柱などの単

元 の 散乱 曲 線を 満 たす 3 次元 モ デル は 多数 存 在 する の放射光 Nov. 2006 Vol.19 No.6 ● 431

で，プログラム実行時毎に微妙に形が変化してくる（ Fig.

る（ Fig. 4D ）。平均処理の方法により最終モデルがいかに

4B ）。従って， ab initio ビーズモデリングで低分解能構造

変わるかを Fig. 5 で示した。図中の緑色で描かれたモデルを再構成する際には， 10 回程度ソフトを実行し得られたは Volkov らの方法によった 1 段階の標準手順による平均モデルの向きを揃え重ね合わせ（Fig. 4C 上図)21)，平均化

構造，青色が 2 段階ステップによる平均構造である。

して代表的なモデル構造として抽出する22) 。この処理はFig. 5 から ab initio モデリングで重要な 2 つの点が導き

DAMAVER というプログラムでバッチ処理により 1 段階出せる。第一に，ab initio モデルは，タンパク質の形によステップで計算する23) 。特に，タンパク質が変性した状っては解の線形性が成り立たないという事である。すなわ

態のように揺らぎが大きい場合は，ビーズモデルはソフト

ち，個々に実験データによくフィットするモデルの平均構の実行毎に大きく異なる場合がある。そこで，我々は 2造からの Itheor (S ) が実験散乱強度 Iexp( S) と必ずしも一致

段階ステップによる平均構造の計算を行っている20) 。最しない。第二に，1 次元の散乱曲線が微妙な 3 次元構造の初のステップで平均化した後に，平均モデル構造の体積を違いに大きく反映される事である。 Fig. 5 では， 2 つのモ

通常より10大きめにとり（Fig. 4C 下図），さらにそれをデルはいずれも細長く共通のドメイン構造の特徴を持つよ

探索空間として最終的に散乱曲線に対してモデルを計算すうに見えるが，散乱曲線では意外と違っている。

3.3

SITUS24,25)による低分解能構造をベースとした高分解能構造による解釈

低分解能構造が Fig. 5 のように得られると次のステップ
は，低分解能構造の意味を知る事，すなわち，「低分解能構造の高分解能構造による解釈」が必要となる。例に挙げた人工タンパク質の場合，既知の 2 つのドメインを繋ぐ
リンカー部分を設計し，ドメインの配置と距離を変え，蛍光プローブとしての人工タンパク質の機能可変を目的としていた。ドメインの配置の自由度が高いため結晶構造解析は困難で，小角散乱による低分解能構造に基づき構造を予測しようという事になる。「低分解能構造の解釈」という点では電子顕微鏡における一粒子データ解析と共通している。一粒子データ解析を小角散乱の低分解能構造に応用す

Fig. 4

Data ‰ow of ab initio beads modeling by DAMMIN program. The results of multiple runs were averaged and taken
as a low-resolution model. The protein has a linker sequence,
HL520).

Fig. 5

EŠect of averaging procedure of ab initio beads models. The
protein has a HL4 linker.

Fig. 6432 ● 放射光 Nov. 2006 Vol.19 No.6

Data ‰ow of docking high-resolution and low-resolution
structures. The protein has a HL5 linker. The contour map
was generated by SITUS and drawn by VMD27).

小角散乱特集 ■ タンパク質溶液散乱法―高分解能構造と低分解能構造の橋渡し―る事を Willy Wrigger 博士のグループが SITUS26) というプログラムパッケージで提唱している。

Fig. 6 は HL5 というリンカー配列を持つ人工タンパク質の小角散乱低分解能構造の例を示したものである。最初にビーズモデル構造を convolution 演算操作で電子顕微鏡のような電子密度マップに変換する。次に，マップを半分に切断し（Fig. 6A ）各部分に対してドメインの高分解能構造を当てはめる（ Fig. 6B ）。一般に低分解能マップは実験エラーを多く含む。SITUS は，スケルトンアニメーションの技術を応用して，低分解能，高分解能共にタンパク質の形状を code vectors という点列で抽象化し，点列間で高分解能構造とのドッキングを行う事で，低分解能データによるエラーを克服している24) 。最後のステップでは，両ドメインを繋ぐヘリックスリンカー部分を当てはめ，分子Fig. 7

動力学計算で形を整える。 S タグや Hisタグと呼ばれる断片は無視して構築した最終的な高分解能モデル構造はProtein hydration in solution scattering. The lower left ˆgure
represents proteins in vacuum. Lower right ˆgure shows protein surface (blue) and hydration layer (orange).

Fig. 6C に示される20)。

3.4

Dummy residues modeling 法28)

Ab initio ビーズモデリングに対して，さらにタンパク

強度 I(S) が正確に計算されなくてはならない。I(S) は以下のような式で定義できる29)。

質の構造性質を組み込んだ方法が Svergun らによって開発された dummy residues modeling 法28) である。タンパ

I(S)＝〈|A( •S)|2〉V＝〈|A( •S)－rPROTE( •S)＋drbB( •S)|2〉V

ク質は Ca 原子が約 3.8 Å づつ離れて存在し， 5 Å の分解
能では Ca 原子を中心とした模擬残基（ dummy residues ）A (S )， E( S )， B (S ) はそれぞれ真空中，排除体積中，水球の集まりと考える事ができる。モデルの最適化はビーズ

和層からの散乱因子で rPROT がバルク水の電子密度， drb

モデリングの場合と同様であるが，大きな違いは散乱曲線

は水和層とバルク水の電子密度差すなわちコントラストでをより広角（5 Å）までフィットさせる事ができる事，模ある（Fig. 7）。特に，後ろの 2 項はタンパク質の体積，水擬残基球と仮想水和水球を分けて計算する事，さらに単純

和と大きく関わっているので計算は単純ではない。分子動にコンパクトさだけではなく Ca 原子の統計的幾何分布に力学法によりタンパク質の水和構造を計算し溶液散乱を計

基づき擬似折れ畳みを生成する点にある28) 。計算結果は算する事も考えられるが30,31)，時間と手間がかかってしま

模擬残基球と水和水球のモデルとして与えられる。現在，

い，モデルの最適化の際に使用するのはあまり現実的ではアミノ酸残基のペプチド角や 2 次構造情報などを簡便にない。現在最も使用されており，多くの実験データの解析取り込んでいるが正しい折れ畳みを予測できるレベルではに使用されているソフトが Svergun 博士により開発されなく，むしろより広角情報を使用したビーズモデリング法

た CRYSOL である29)。彼は，水和層の微細構造を無視しの 一種 と 考 え た 方 が 良か ろ う 。 ま た ， dummy residuesて電子密度一様として単純化している。 CRYSOL によるmodeling 法による低分解能構造は“充填された”球モデ

理論曲線は実験データを 5 Å の分解能まで十分にフィッ

ルではないため SITUS による解析には適さない事を付けトする事が示されているが32) ，広角領域においての散乱

加えておく。

曲線の寄与は依然解明されていない。 CRYSOL は実験
データの存在の有無に関わらず使用できるが，実験データ

4. Rigid body modeling 法があれば水和水層の厚さやコントラストを微調できるのでより正確な結晶構造と溶液構造の比較が可能となる。

4.1

原子構造からの溶液散乱の計算法

られた低分解能構造を高分解能構造で解釈するのが容易でMASHA による散乱強度をベースとした高分解能構造による解析はない。断片的に高分解能原子構造が分かっている際にはRigid Body Modeling 法では，様々なサブユニット位置

既知の断片構造を並進回転し，その Itheor(S ) と Iexp(S ) をでのタンパク質複合体の散乱曲線を大量に計算する事が不直接比較する事によってモデルを最適化する，いわゆる散可欠である。説明を簡単にするために，2 つのサブユニッ

Ab initio 法は汎用性が非常に高いが，溶液散乱から得4.2

乱強度をベースとした rigid body modeling 法がより人気

ト A, B から成るタンパク質複合体を考える。A を固定しがある。このためには，原子構造からタンパク質溶液散乱

B を動かした時に，複合体の散乱強度 I(S) は

放射光 Nov. 2006 Vol.19 No.6 ● 433

ing 法は初期構造の近傍でモデルを探索するので， local

I(S)＝IA(S)＋IB(S)＋2〈A( •S)C( •S)〉V

minimum に解が拘束されやすく解を最適化するのが簡易ではない。我々はできるだけ計算を効率化するために，abと書ける。 IA (S ), IB ( S ) はそれぞれサブユニット A, B のinitio 法でだいたいの配置の見当をつけてから初期位置を

散乱強度，A(S) が原点位置におけるサブユニット A の散与えたり，大きく解がずれないように一度に散乱曲線全体

乱因子，C(S) が動かした後のサブユニット B の散乱因子をフィットするのではなく，小角部分から多段階でフィッである33)。1 つのドメインを固定し，もう 1 つのドメイン

トする領域を広げたりした。 Rigid body modeling 法のドを動かには 3 次元の回転（オイラー角，a, b, g）と 3 次元

メインの位置は高分解能モデルのドメインの位置と非常にの並進の計 6 次元パラメーターを必要とする。通常，小似通っている事が分かる（Fig. 6C）。

角散乱で行う rigid body modeling 法では，動かすドメイ
ンは一つだけで，それ以上の場合は対称性を仮定するのが4.3

実際的である。上式に基づき I (S) を計算するには速度が高分解能構造が部分的にしかわからないタンパク質の散乱強度をベースとした解析

重要な因子である。 Svergun 博士らは CRYSOL を用いて

前項では高分解能構造未知の部分の寄与は無視したがそ水和された各サブユニットの散乱因子を計算し，球面調和

れらをモデルに取り込むにはどうすればよいのだろうか

関数を用いる事により I(S) 計算速度を高速化していSvergun 博士らのグループでは BUNCH というプログラる33) 。本項では人工タンパク質全残基数の約 15 を構成

ムを提供している34) 。このプログラムは，先に欠損してするリンカー部分とタグ部分を無視し，2 つのドメイン位いる部分を dummy residues modeling で任意構造をシミ

置 を rigid body modeling 法 で 決 め ， Fig. 6C で 示 し た abュレーションし，お互いの部分が衝突しないようにしながinitio 法 に よ る 高 分 解 能 モ デ ル と の 比 較 を 行 っ た20) 。

ら既知の構造の配置を探索する事を同時に行う。

MASHA と呼ばれる対話的に rigid body modeling を行う
ソフトを使用して計算した結果が Fig. 8 である。

このプログラムを実行させるためには既知 PDB 構造とdummy residues でシミュレーションする部分のアミノ酸

Ab initio 法と違い， MASHA による Rigid body model-

Fig. 9Fig. 8

Example of rigid body modeling method by MASHA. The
model obtained by rigid body modeling method (blue) andhigh resolution model based on low resolution bead structure(red, same as Fig. 6C). The corresponding scattering curves
were plotted in B. Some part of structure was ignored foranalysis.

434 ● 放射光 Nov. 2006 Vol.19 No.6

Eexample of rigid body modeling method on the protein thatincorporates the missing part of high-resolution structure.
Experimental data was the same as Fig. 8. The blue model(A) ignored the secondary structure of missing part, while
the green model (B) took into account of it. The red model isthe high-resolution model same as Fig.6(C). The corresponding scattering curves were plotted in lower part.

小角散乱特集 ■ タンパク質溶液散乱法―高分解能構造と低分解能構造の橋渡し―

配列を入力する。 Fig. 9 は， His タグ，リンカー部を導入

本稿は解析技術という事をテーマとしているが，放射光して rigid body modeling 法を行った結果である。欠損しの重要性についても最後にぜひとも強調しておきたい。現

てい る リン カ ー部 分 の 2 次 構造 を 指定 し てい な い 場合

在， PDB で登録されているタンパク質結晶構造で放射光（ Fig. 9A ）とヘリックス構造を指定した場合（ Fig. 9B ）のを利用した例は最低でも 7 割は超すという。しかし，タ

いずれの場合も，散乱曲線に対するフィットが大幅に改善

ンパク質溶液散乱では中性子を除けば実験室系の X 線小されている事が分かる。また，2 次構造の指定によらずモ

角散乱装置のデータで論文になっている例はほとんど無い

デルのドメインの位置は安定しており，ab initio 法に基づといって過言でない。何故なら2.1.の項で示したようにタ

く高分解能モデル（Fig. 6C）の位置とも大きく変わらない。

ンパク質溶液散乱の実験原理は非常に単純であるため，光しかし，2 次構造の有無により予測されるドメインの向き

源，光学系，検出器の性質が装置のバックグランド，寄生が全く逆になってしまう。このように，タンパク質溶液散

散乱を減らすのに決定的な役割を果たす。タンパク質溶液乱の解析において他の手法による情報は非常に重要な役割のようにシグナルが弱く，不安定で分子量も大きいサンプを果たす。

ルから散乱を計測するには，放射光という施設においてタ
ンパク質溶液散乱測定に特化したビームラインが不可欠で

5. 考察

あるとういうのが，長年ビームラインを建設運営してきた筆者の信念である。昨今のように散乱データの情報をよこれまで紹介した解析例は現行のソフトの可能性を示す

り細かく引き出す事が可能な時代においては，国際的に通のにはベストの系ではないかもしれないが，以下のような用するデータを得る事，すなわち，散乱計測の正確さ，信事が言えよう。第一に，タンパク質溶液散乱は解析アプ

頼性が大事である。欧米は言うに及ばず近隣アジア諸国でローチに関わらず，タンパク質の 4 次構造と呼ばれるタも小角散乱ビームラインの新規建設，更新が盛んに行われンパク質及びサブユニット配置に関しては安定した結果がている。タンパク質溶液散乱の装置，解析はこの数年で確得られる。この点はタンパク質溶液散乱自体の情報量を示

実に進んでおり，放射光を中心としたユーザー数も欧米でし，他の実験手法と比較して重要な特色となっている。第は著しく増加している。タンパク質溶液散乱法は，長い歴二に，単純に既存のソフトを実行したからといって一概に史を持つが依然発展途上にあり，タンパク質構造のデータ満足できる答えは得られないという事である。Fig. 9 の例

ベースが発達する時代においては，その未来は明るいと筆のように，構造未知の部分をシミュレーションして散乱関者は考える。

数を最適化するなど，よりタンパク質のモデリング的作業が必要となっている。最後に，タンパク質溶液散乱のフィ謝辞

ティングに総じて言える事であるが，回転半径に代表され本稿の例となった人工タンパク質の溶液散乱は新井亮一

る小角パラメーターを軽視してはならない。広い範囲の散博士との共同研究により計測されたものです。また本稿の乱曲線に対しフィットを行うと相対的に小角パラメーター

執筆 にあたり ，私と共に 理研構造生物 学ビームラ インを決定する小角部の寄与が小さくなってしまう。球状のタ

BL45XU 小角散乱ステーションの建設，維持管理に携わ

ンパク質複合体であるとそれほど問題にはならないかもしった研究者，技術者，特に，前田雄一郎前主任研究員，西れないが，細長い形状や扁平な形状など異方性が増すにつ川幸宏博士，桑本滋氏，秋山修志博士，飯塚崇氏，芝田晃

れて小角部の情報が形状の決定に関して重要になってく

一氏，伊藤和輝博士，松尾博史博士の各位にこの場を借りる。

て深く感謝いたします。

今後の方向としては，散乱曲線にいかに構造情報を取り参考文献入れるかがポイントとなろう。散乱曲線の最適化のプログ
ラムにより複雑なタンパク質の構造情報を取り込むのでは

1)

なく，既存のタンパク質分子動力学のソフトを改良してタンパク質溶液散乱の情報を制限条件として構造モデルを作成するソフトが試みられているが35) ，まだ完全とは言え2)3)ない。また，溶液散乱自体の情報量を増やす試みが大事である。本特集号でも扱われているが，より散乱角の大きい

4)中広角領域（20, 30 Å ～5 Å の領域）はタンパク質の折れ畳み構造に敏感に反映される事が知られている36,37)。実験
的には今計測しているレベルの 2 桁，3 桁小さいシグナルを計測しなくてはならず検出器等の開発も必要である。今後のタンパク質溶液散乱の解析に重要な役割を果たすであ
ろう。

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放射光 Nov. 2006 Vol.19 No.6 ● 435

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● 著者紹介 ●藤澤哲郎
独立行政法人理化学研究所 播磨研究所
放射光科学総合研究センター 城生体金
属科学研究室先任研究員
E-mail: fujisawa＠spring8.or.jp
専門生物物理学，タンパク質溶液散乱［略歴］
1989 年大阪大学基礎工学研究科物理系
生物工学専攻博士課程終了。工学博士取得， 1989 1990 年米国 Yale 大学博士研
究 員 ， 1990 年 理 化 学 研 究 所 研 究 員 ，
1998年同先任研究員。19962006年理研
ビームライン BL45XU 小角散乱ステー
ションの建設運営責任者。2002 年兵庫県立大学連携大学院理学研究科客員助教
授， 2005 年名古屋大学大学院理学研究科客員助教授。

Solution Scattering from proteins―a bridge between
low- and high-resolution structures―
Tetsuro FUJISAWA

SPring-8 Center, RIKEN Harima Institute,111 Kouto, Sayo, Hyogo, 6795148, Japan

Abstract As a number of fragmental protein structures are being solved, more interest is growing on the native structure of proteins in relation to their functions. There were two main obstacles to advance structural
analyses from solution scattering data of proteins. The ˆrst was the calculation method of theoretical solution
scattering for hydrated proteins from atomic coordinates. The second was the optimization of three-dimensional models from one-dimensional experimental data. Since the mid 1990's, the technology of scattering
analyses has been greatly developed, owing to both modern e‹cient algorithm for non-linear optimization
problem and speeding up the computational power. Exampled our recent studies on designed proteins consisting of two domains with ‰uorescent probes, the usage of two program packages, ATSAS (Dr. Svergun,
EMBL, Hamburg) and SITUS (Dr. Wriggers, Texas Univ. Houston), was outlined.

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