計算機およびソフトの準備
on PC-Win:Let’s install cygwin•• Unix/Linux（必須ではありませんが，DL-POLYがPC-Win上でも動きます。自分なりにMDのプログラムを変更したりすることも可能ですので，ぜひソースコードからコンパイルして実行ファイルを作ることをおすすめします。また，PCwinとUnixマシーンとの接続にも便利です。cygwinはとてもpopularなsoftwareです。
sokolovさんも使ってました。)••

http://www.cygwin.com/
http://programnet.hp.infoseek.co.jp/coloum/colum.html 第１回から第４回までのインストール，第７回のsshのインストール•

http://journal.mycom.co.jp/special/2002/cygwin/index.html

ここも参考に。

We need gcc(ver4 more） + FORTRAN. Please install g95 from the site below
http://www.g95.org/<< cygwin binary is OK.

• You can find the DL-POLY source code(program) at• d54649@sakura.kudpc.kyoto-u.ac.jp• /home/d/d54649/DL_POLY• dl_poly_2.17.tar.gz dl_poly_3.07.tar.gz

How to file-transfer the source code? :sftp command• sftp d54649@sakura.kudpc.kyoto-u.ac.jp• d54649@sakura.kudpc.kyoto-u.ac.jp's password?: ********** [ask me if you don’t
know. It is the same passwd to modify new lab HomePage. = MY’s nickname+217]• sftp> cd DL_POLY• sftp>ls• dl_poly_2.17.tar.gz• dl_poly_3.07.tar.gz• sftp> get dl_poly_2.17.tar.gz• sftp> get dl_poly_3.07.tar.gz• sftp> quit
• your home > gunzip dl_poly_2.17.tar.gz• your home > tar xvf dl_poly_2.17.tar• 以上。 winscp等のソフトでも file-transfer可能です。
•研究室内の使用は自由に使っていいアカデミックライセンスを頂いております。研究
室外であれば直接W. Smithのサイトhttp://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/DL_POLY/からregistrationして使用してください。

How to compile the source code (program) to make executablebinary file?: in the case of cygwin• copy DL_POLY/dl_poly_2.17/build/makeWIN to DL_POLY/
dl_poly_2.17/srcf90/Makefile• cd DL_POLY/dl_poly_2.17/srcf90• type “make cygwin-g95”• If there is no error, you can find a “executable file”

DLPOLY.X in the DL_POLY/dl_poly_2.17/execute directory.
Now you can run MD code.

• If it does not work, check the g95 and gcc are installed
correctly (or ask someone else. It’s faster!)• cygwin 補足：PCの容量にもよるがなるべく多くのオプションを選択する。
• makeは必須だがオプションになっている。
•gcc text.c•

x端末が使えるようになるとマウスも使えます。（それ以外の方法でも使えるようです。）

••••
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DL̲POLY.X ができた人は，dl̲poly̲2.17/data/TEST3/VV にcd で移動し
１）cp OUTPUT OUTPUT̲keep2) DLPOLY.X をdl̲poly̲2.17/execute/DLPOLY.Xからコピーしてください。
3) ./DLPOLY.X
でMDが動きます。

•内容は•

OUTPUTの最後の方の出力が以下のようになるかチェックください。（OUTPUT̲keepとは微妙にちがいますね。？？）

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でa.exeで動くと思います。コマンドはすべて打ち込んでください。

TEST3 - Valinomycin molecule in water. 3837 atoms.です。

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------stepeng̲tot temp̲toteng̲cfgeng̲vdw
eng̲coueng̲bndeng̲ang
eng̲diheng̲tettime(ps)eng̲pv temp̲rotvir̲cfgvir̲vdw
vir̲couvir̲bnd
vir̲angvir̲convir̲tetcpu (s)volume temp̲shl
eng̲shlvir̲shl
alpha
beta
gamma
vir̲pmfpress---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------500 -9.2499E+03 3.0933E+02 -1.1595E+04 1.9096E+03 -1.3600E+04 0.0000E+00 7.6160E+01 1.9610E+01 0.0000E+00
1.000 -9.0291E+03 3.0816E+02 1.8454E+03 -5.0936E+04 1.4077E+04 0.0000E+00 0.0000E+00 1.8875E+03 0.0000E+00
200.96 3.9370E+04 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00 9.0000E+01 9.0000E+01 9.0000E+01 0.0000E+00

r.m.s. 3.8947E-01 4.2466E+00 3.1046E+01 6.2081E+01 6.9004E+01 0.0000E+00 5.1895E+00 2.9127E+00 0.0000E+00
ﬂuctn. 2.0614E+02 6.6820E+00 6.1084E+02 8.1895E+02 1.2696E+02 0.0000E+00 0.0000E+00 2.7855E+02 0.0000E+00
1.5060E-11 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00 2.6430E-14 2.6430E-14 2.6430E-14 0.0000E+00 3.4955E-01---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------これでMDは動きました。あとは入力ファイルの作成です。

3.6180E-01

TEST3 benchmark
Valinomycin molecule in water. 3837 atoms, 1 ps simulation

CPU time
IBM Power5+ (fermi.ehcc.kyoto-u.ac.jp)

270 s

SGI Origin(化研origin.scl.kyoto-u.ac.jp)

500 sIntel Itanium2 (landau.ehcc.kyoto-u.ac.jp)

230 sIntel Pentium4 (YK machine, 416 3GHz, NN machine 2.8GHz) 755, 610, 702 s
Intel CeleronM (YY machine)

1108 sIntel 2x2.66GHz Dual Core Xeon(MY machine)

201 s (2CPUs?)☞fastestIntel Core ２ Duo 2.66GHz (room 416)

377 s (2CPUs?)• Now you can run MD calculation. Congratulations!!
•In this occasion you can see the 3 input ﬁles CONTROL, FIELD, CONFIG atdl̲poly̲2.17/data/TEST3/VV•

We should make these 3 ﬁles without error!!
out!)

••
•
•

For example, in CONTROL file, you may ask
What means VV (integrator velocity Verlet?
What means “ensemble nvt hoover 0.5”? What is the unit 0.5?
What means “cutoﬀ” or “rvdw cutoﬀ”?

•How can we make forceﬁeld in FIELD?

•How can we make simulation cell size and atomic positions, velocity, force inCONFIG?

(remember “Garbage in Garbage

You can see all of the meaning in the DL_POLY USER Manual Chap4,• fromthe information you can make them from scratch, and can do MD
simulation by yourself. But I strongly recommend that you should
understand the meaning of these before you will jump in the MD
simulation.

simulation cell,atomic position
simulation control
variables such astemperature
force fieldTEST3: CONTROLDL_POLY TEST CASE 3:Valinomycin in water
integrator velocity verlet
temperature
310.00pressure0.0000
ensemble nvt hoover 0.5
stepsequilibration
multiple step
restart scale
scale
printstackstats

500
1001111005

timestep
0.0020cutoff12.000delr width
1.2000rvdw cutoff
10.000shift
shake tolerance 1.0E-8
quaternion tolerance 1.0E-5
job timeclose timefinish6000.00
100.00FIELD

DL_POLY TEST CASE 3:Valinomycin in water : forcefield
UNITS kcal
molecular types 2
Valinomycin
nummols 1
atoms 168 mass
charge reptCT
12.0100
0.2820 3
C12.01000.4670 3
CT12.0100 -0.0183 3
CT12.0100 -0.1390 6
CT12.0100 -0.1495 3
CT12.0100 -0.0183 3
CT
12.0100 -0.0730 2
CT
12.0100 -0.1390 5
CT
12.0100 -0.0730 1
CT12.0100 -0.1390 1
CT
12.0100 -0.0183 3
CT
12.0100 -0.1390 6C12.0100
0.6920 3
CT
12.0100
0.2720 3
C
12.0100
0.4770 3
CT
12.0100 -0.0730 3
C12.0100
0.6920 3
H
1.00800.2110 2HC
1.0080 -0.0090 3HC
1.00800.0370 3
HC
1.00800.0473 18
HC
1.00800.0580 9HC
1.00800.0370 3
HC
1.00800.0580 2.......

CONFIG

DL_POLY TEST CASE 3:Valinomycin in water : structure
24 53968 .2000000000E-02
42.8612871524.0000000000.0000000000.0000000000
42.8612871524.0000000000.0000000000.0000000000
42.8612871524
CT
1-5.367652772-4.974650238-5.990217152-3.753414027-2.997453843
4.469020573-4347.618322
785.7157385
1473.633382
CT2
3.003781357-2.113965206-9.072751563-.1064779764-7.995944387-2.124247219-7659.821296
7084.040034
1636.186068
CT
3.6161357221-.7620477643.2241570309.7626881371-3.230043534.5300852274
672.8034938-5115.436464
1472.292984
C
4-4.576445424-6.095700053-6.560959051-6.435542296-2.986174745.6915005257-11128.04339
313.0420425-6860.330915
C
54.017562150-2.837127352-8.279575916
1.956722880-2.753762280.6392392670E-01-8757.712215
5604.322459
1079.930166
C
6.7083687555-2.226753838.7166232424
2.665657890-2.667111059
1.859027677-2433.464352-3213.498004
7581.488044........

In the next correspondence, I will explain
system with Ar atoms (gas, liquid, solid)interatomic force only
vdW origin
periodic boundary condition
cut-off
minimum image convention
initial positions, velocity
equation of motion:Verlet, Leapfrog,Velocity Verlet
DL-POLY source code, unit, input files