π-computer(FX10) 利用準備2018年3月14日
理化学研究所 計算科学研究機構
八木学

1KOBE HPC Spring School 20182018/3/14

内容
 本スクールの実習で利用するスーパーコンピュータ

神戸大学 π-computer （FX10）について
 システム概要
 ログイン準備

2神戸大学 π-computer：システム概要
 富士通PRIMEHPC FX10：シングルラックモデル
 SPARC64TM IXfx プロセッサ x 96ノード
 総理論演算性能：20.2TFLOPS

 総主記憶容量：3TByte

 1ノード諸元表（京との比較）
FX10 (SPARC64TM IXfx ) 京 (SPARC64TM VIIIfx )

3

コア数

168

L1キャッシュ（コア）

32KB(D)/32KB(I)←

共有L2キャッシュ

12MB

6MB

動作周波数

1.65GHz

2.0GHz理論演算性能211.2GFlops

128GFlops

メモリ容量32GB16GB

π-computer の利用について
 ログインIDは、2018年3月23日まで有効

 それ以降はログインできなくなります。データのバックアップ等が必要な方はご注意ください。
リソースグループ

利用可能ノード数

最大経過時間スケジュールsmall

1~1210分

常時

medium

1~48

24時間

*常時

*2017年11月1日よりlargeキューは廃止、土日も含めてmediumキューでの運用に変更となりました4ログイン準備 公開鍵認証によりログイン ログインサーバ: pi.ircpi.kobe-u.ac.jp

 手順の概要
1.
2.

3.
4.
5.

5

自身の鍵ペア（公開鍵・秘密鍵）の作成
仮の鍵ペアでログイン
自身の公開鍵を登録
自身の鍵ペアでログイン出来ることを確認
仮の公開鍵を削除

手順
1.

自身の鍵ペアの作成

2.

仮の鍵ペアでログイン

各自のパソコン
1. 作成
自身の秘密鍵

仮の秘密鍵

自身の公開鍵2. ログイン↑ 指定の場所よりDL

3.

自身の秘密鍵

4.

6

仮の公開鍵

↑ 登録済み3. 登録（コピー）

自身の公開鍵を登録

自身の鍵ペアでログイン
5. 確認後、仮の鍵は削除

π-computer

自身の公開鍵自身の公開鍵4. ログイン
仮の秘密鍵

5. 削除

仮の公開鍵

準備
 PuTTYの使用を推奨
http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ 使い方は後半の補足を参照
 Xming（https://sourceforge.net/projects/xming/）もインストール

 慣れている場合はMobaXtermやCygwin等を使用しても構いません Cygwinを使用する場合は、上記のXmingをインストールする

インストールされていない場合、PuTTYをダウンロードしてください
7

PuTTY

1. 自身の鍵ペアの作成
 スタートメニューより PuTTYgen を起動
 以下の手順で鍵ペアを作成

i) 生成をクリック

8ii) マウスを動かし乱数生成iii) 自身で決めたパスフ
レーズを入力PuTTY

1. 自身の鍵ペアの作成
iv) 鍵ペアを保存
公開鍵 後にコピー＆ペーストで登録を行う（ウィンドウは開いたままにする）
秘密鍵 秘密鍵の保存をクリック

してファイルに保存（拡張子： .ppk）
次に、公開鍵を登録するために仮の鍵ペアでログイン
9

PuTTY

2. 仮の鍵ペアでログイン 指定の場所より秘密鍵をダウンロードしておく PuTTY を起動I) ホスト名を入力
pi.ircpi.kobe-u.ac.jp

II) 左メニューの[接続]-[SSH]-[認証] を選択
III) DLした秘密鍵を指定

IV) 「開く」でログイン画面へ
10

PuTTY

2. 仮の鍵ペアでログイン ログイン画面
 注）初回のみセキュリティの警告が出るので「はい」をクリック

V) 各自のログインIDを入力

VI) 配布した初期パスフレーズを入力
注）入力文字は画面に表示されない

次に、自身の公開鍵の登録を行う
11

PuTTY

3. 自身の公開鍵を登録
 authorized_keys の編集
 ~/.ssh/authorized_keys をエディタ（vi, emacs 等）で開く

二行目に自身の公開鍵を追記
しファイルを保存（PuTTYgen からコピー＆ペースト）
4.

別にターミナル（PuTTY）を開き自身の秘密鍵・パスフレーズでログインできることを確認
注） 2. を参考にし、仮の鍵・パスではなく自身の鍵・パスでログイン

5.
12

確認後、仮の公開鍵を削除

π-computer

仮の公開鍵
自身の公開鍵コピペ

PuTTY

4. X11 フォワーディングの設定
 再度、設定画面を開く（PuTTYを起動）

接続 → SSH → X11
X11 フォワーディングを有効にする（E）にチェックを入れる＊サーバー上で直接、出力データのプロットを確認するための設定

13

Cygwin / MobaXterm

1. 自身の鍵ペアの作成
 鍵ペアの作成コマンド

各自のパソコン

π-computer

1. 作成$ ssh-keygen 鍵の保存先を聞かれるが何も入力しなければデフォルトで以下に作成される
 秘密鍵： ~/.ssh/id_rsa
 公開鍵： ~/.ssh/id_rsa.pub

自身の秘密鍵自身の公開鍵~/.ssh/id_rsa ~/.ssh/id_rsa.pub
仮の秘密鍵~/.ssh/id_rsa_tmp

仮の公開鍵↑ 登録済み 設定するパスフレーズを聞かれるので、自身で決めたパスフレーズを入力する
次に、公開鍵を登録するために仮の鍵ペアでログイン

14

Cygwin / MobaXterm

2. 仮の鍵ペアでログイン 指定の場所より仮の鍵をDL

各自のパソコン

π-computer 保存先: ~/.ssh/id_rsa_tmp

 DLした仮の秘密鍵のアクセス権限を 600 に設定$ chmod 600 ~/.ssh/id_rsa_tmp

 SSHコマンドでログイン

自身の秘密鍵自身の公開鍵~/.ssh/id_rsa ~/.ssh/id_rsa.pub
仮の秘密鍵

2. ログイン~/.ssh/id_rsa_tmp

仮の公開鍵↑ 登録済み$ ssh -i ~/.ssh/id_rsa_tmp ログインID@pi.ircpi.kobe-u.ac.jp
 “-i”オプションで秘密鍵を指定配布した各自のログインID

 初回のみ警告が出るので “yes” と入力 パスフレーズを聞かれるので、配布した初期パスフレーズを入力

次に、自身の公開鍵の登録を行う
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Cygwin / MobaXterm

3. 自身の公開鍵を登録
 authorized_keys の編集

各自のパソコン

3. 登録（コピー）（π-computer 内で）
 ~/.ssh/authorized_keys をエディタ（vi, emacs 等）で開く
π-computer~/.ssh/authorized_keys

仮の公開鍵
自身の公開鍵を追記

コピー&ペースト
二行目に自身の公開鍵を追記しファイルを保存（各自のPCの ~/.ssh/id_rsa.pub の中身をコピー&ペースト）
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π-computer

自身の秘密鍵自身の公開鍵~/.ssh/id_rsa ~/.ssh/id_rsa.pub
仮の秘密鍵~/.ssh/authorized_keys

仮の公開鍵~/.ssh/id_rsa_tmp
各自のPC

自身の公開鍵↑ 登録済み~/.ssh/id_rsa.pub~/.ssh/id_rsa.pub の中身

Cygwin / MobaXterm

4. 自身の鍵ペアでログイン
 SSHコマンドでログイン$ ssh -i ~/.ssh/id_rsa ログインID@pi.ircpi.kobe-u.ac.jp
 自身の鍵・パスフレーズでログインできることを確認する

5. 仮の鍵ペアを削除
π-computer~/.ssh/authorized_keys

仮の公開鍵を削除

自身の公開鍵

各自のパソコン自身の秘密鍵

4.自身のログイン
公開鍵~/.ssh/id_rsa ~/.ssh/id_rsa.pub
仮の秘密鍵

5. 削除

~/.ssh/id_rsa_tmp

確認後、仮の鍵ペアを削除

π-computer

自身の公開鍵~/.ssh/authorized_keys

仮の公開鍵↑ 登録済み各自のPC$ rm ~/.ssh/id_rsa_tmp
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