講習会 事前準備の手引き
第193回お試しアカウント付き講習会「科学技術計算の効率化入門」
2022年10月20日

東京大学情報基盤センター
質問等は河合: kawai@cc.u-tokyo.ac.jp まで

2020/10/12 v1.0

第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

目次
・ビデオ会議システム Zoom の準備

p. 3
・講習会当日の質疑応答ツールの準備
p. 4
・スパコン アカウントの確認
p. 5
・スパコン利用支援ポータルの確認
p. 6 - 9
スーパーコンピュータ利用のための事前環境準備
A.

Windowsの場合 (p.10)
オプション1 - PuTTY
p. 11-14
オプション2 - Cygwin
p. 15-26
B.
Mac の場合
p. 27-29
C.
Linux の場合
p. 30

スーパーコンピュータへのログイン• 鍵認証方式とその注意点 p. 31• ログイン方法
p. 35

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ビデオ会議システム Zoomの準備• ダウンロード：https://zoom.us/download#client_4meeting• クライアントを事前にインストールしてください。
• 今回、各自のZoomアカウントを作る必要はありません。

• インストール済みの方は、必ず最新バージョンに更新してください。
• 10/19現在、5.8.1 (Windows)

OSによって最新バージョンは異なります。
• バージョン5 でないと接続できません!!

• 使い方：

https://utelecon.github.io/zoom/how_to_us3

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講習会当日の質疑応答ツールの準備• 質疑応答には、Slack を使います（グループチャット）。
• 講習会２時間前までに準備してください。

講習会申込時の自動応答メールに、会議室に入室するためのリンクがあります。
• 専用アプリもありますが、今回の講習会のみであれば、Webブラウザで十分です。
• 本講習会に関連する質問は、Slack中の#第１９３回-科学技術計算の効率化入門
チャンネルでお願いします。
• 用件によっては、ダイレクトメッセージでも結構です。
• Zoom のチャット機能で質問をいただいても結構です。

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スーパーコンピューター アカウントの確認
本講習会ではセンター設置のスーパーコンピューター
Oakbridge-CX (OBCX) を利用します。

本講習会でのユーザ名
利用者番号 : tUVXYZ (t + 数字５桁)
利用グループ： gt00
利用期限
11/20 9:00まで有効
アカウントは10月17頃にメールで皆さんに送付されます。

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利用支援ページ（ポータル）の確認
センター設置のスーパーコンピューターを利用するためには、「利用支援ポータルサイト」上で準備が必要です。

システム情報https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/supercomputer/obcx/service/

利用支援ポータルサイト【受講前にログイン可能なことを確認してください】
https://obcx-www.cc.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/hpcportal.ja/index.cgi

第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備①スパコンポータルサイトにログイン（1/3）
情報基盤センターから送付されたファイル

tUVXYZ

01234567

情報基盤センターから送付された利用者
ID（tUVXYZ）

情報基盤センターから送付された初期パスワード（8桁）

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備②スパコンポータルサイトにログイン（2/3）
https://obcx-www.cc.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/hpcportal.ja/index.cgi

情報基盤センターから送付された利用者
ID（tUVXYZ）

情報基盤センターから送付された初期パスワード8

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9③初期パスワードの変更（3/3）

情報基盤センターから送付された初期パスワード

パスワード規約• 8文字以上，現在と3文字以上異なる• 2世代前までと異なる• 英字（小文字，大文字），数字，特殊文
字各1字以上• Linux辞書に登録されている語は不可• 全角文字不可

変更後のパスワードを入力（2回）

第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

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Windows の方
以下の2つ方法をご案内いたします。

1. PuTTY + WinSCP を利用軽量で動作します。 ( < 10MB 程度)

2. Cygwin を利用
より本格的な利用に向いています。

大きい空きディスク容量が必要です。 ( 100 MB - 2GB 程度)

Linuxご使用の経験がある場合は、WSLでも可能です。

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PuTTY のインストール

PuTTY (パティ)スーパーコンピューター上での様々な操作に必要となります。
◼ ダウンロードサイト
http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/→ “Download it here” をクリック→ MSI ファイルをダウンロード（分からない人は 32-bit を選択）
→ セットアップウィザードに従ってインストール

11第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

WinSCP のインストール
WinSCP
スーパーコンピューターからデータを転送するのに使用します◼ ダウンロードサイト (英語)https://winscp.net/eng/download.php→ “Download WINSCP *** (?? MB) ” をクリック→ WinSCP-*.**.**.exe を実行→ セットアップウィザードに従ってインストール
推奨設定
セットアップ形式：「標準的なインストール」を選択
インターフェーススタイル：「コマンダー」を選択

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インストールされたことの確認
３つのソフトウェア（PuTTY, PuTTYgen,WinSCP)がインストールされたことを確認してください。当日使用します。
PuTTY

PuTTYgen

スパコンへのログインに使用

スパコンへのログイン鍵作成に使用

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インストールされたことの確認
３つのソフトウェア（PuTTY, PuTTYgen,WinSCP)がインストールされたことを確認してください。当日使用します。
WinSCP

スーパーコンピューターからのデータの転送に使用

デスクトップにショートカットができる ⇨ 起動14

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Cygwin のインストール
・ Cygwin = Windows 上でUNIX のような環境を使えるソフト• 利用者ガイド• https://cygwin.com/cygwin-ug-net.html• まずやるべきこと• インストーラ（setup-x86_64/32.exe）を入手• インターネットに接続し，インストーラをダブルクリック• 以下指示に従ってインストールを進めてください15

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Cygwin のインストール

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Cygwin のインストール• 基本的な機能はデフォルトのインストールでOKです。
• インストーラの項目をダブルクリックすれば後で追加も可能です• 本講習会では下記が必須です（デフォルトのインストールでは抜けている可能性があります：特にopenssh）• openssh (for all users)• openssl (for all users)• インストールされているかどうかは確認が可能です17

第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備“openssh”の確認（1/3）
Type “openssh”

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備“openssh”の確認（2/3）“Keep”と出てきたら“openssh”はインストール済み

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備“openssh”の確認（3/3）“Skip” が現れたら「未インストール」を意味する

以下「openssh」を例にマニュアルインストールの実施方法を紹介する

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備“openssh”のインストール（1/3）

プルダウンメニューをクリック

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備“openssh”のインストール（2/3）

適切なバージョンを選択（通常は最新版）

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

23“openssh”のインストール（3/3）

「Skip」のかわりにバージョン番号が出てきたら“openssh” のインストール準備完了（インストールは完了していない）「次へ」をクリックしてインストールを実行第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

24“ssh-keygen (OpenSSH)” ：インストールの確認$ ssh-keygen --hssh-keygen: unknown option -- usage: ssh-keygen [-q] [-b bits] [-C comment] [-f output_keyfile] [-m format][-t dsa | ecdsa | ecdsa-sk | ed25519 | ed25519-sk | rsa][-N new_passphrase] [-O option] [-w provider]ssh-keygen -p [-f keyfile] [-m format] [-N new_passphrase][-P old_passphrase]ssh-keygen -i [-f input_keyfile] [-m key_format]
ssh-keygen -e [-f input_keyfile] [-m key_format]
ssh-keygen -y [-f input_keyfile](…)
ssh-keygen -L [-f input_keyfile]ssh-keygen -A [-f prefix_path]ssh-keygen -k -f krl_file [-u] [-s ca_public] [-z version_number]file ...
ssh-keygen -Q -f krl_file file ...
ssh-keygen -Y find-principals -s signature_file -f allowed_signers_file
ssh-keygen -Y check-novalidate -n namespace -s signature_file
ssh-keygen -Y sign -f key_file -n namespace file ...
ssh-keygen -Y verify -f allowed_signers_file -I signer_identity-n namespace -s signature_file [-r revocation_file]第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備“ssh (OpenSSH)” ：インストールの確認$ sshusage: ssh [-46AaCfGgKkMNnqsTtVvXxYy] [-B bind_interface][-b bind_address] [-c cipher_spec] [-D [bind_address:]port][-E log_file] [-e escape_char] [-F configfile] [-I pkcs11][-i identity_file] [-J [user@]host[:port]] [-L address][-l login_name] [-m mac_spec] [-O ctl_cmd] [-o option] [-p port][-Q query_option] [-R address] [-S ctl_path] [-W host:port][-w local_tun[:remote_tun]] destination [command]25

第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

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その他• Cygwinのインストールには60-90分程度を要します• 週末中にインストールしておくことをお勧めいたします。
• Windows 10以降であればCygwinの替わりにWSL（WindowsSubsystem for Linux）を使うことも考えられます。
• Windows，Linuxに詳しい方はお試し頂いても結構ですが、C，Fortran，OpenSSH等の機能のインストールをご確認ください

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Mac OS の方 (1)Mac OS 10.12 以降では、ユーティリティアプリケーショ
ン 「ターミナル」 がプリインストールされており、これを利用してスーパーコンピューターに接続できます。

起動方法：“Finder”→ “アプリケーション”→ “ユーティリティ”→ “ターミナル”

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Mac OS の方 (2)
いつでも起動できるように、Dockに追加するのがおすすめです。

ドラッグ

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Mac OS の方 (3)起動すると、コマンドラインが表示されます。
> ssh -Vと入力して、sshコマンドが存在することを確認

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Linux OS の方Linux に慣れていれば使用していただいて結構ですが、トラブルシューティングについては可能な限りご自身で対応してください。
openSSH, openSSL のインストールをしておいてください。
● Ubuntu (v18.04 以降), Debian (9系以降)> sudo apt install openssh-server openssh-client● Red Hat ・ CentOS (6系以降), Fedora (v22以降)> yum install openssh-server openssh-client30

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スーパーコンピューター (スパコン) 利用のイメージ
通常、スパコンではログインノードと呼ばれる玄関口から実行命令を出します

1. ログイン[tut138@obcx02~]$ ls -l
drwxr-x--- 2 shiba group 10 1
Apr 13:00 test.out[tut138@obcx02~]$ ./test.out
Hello world[tut138@obcx02~]$ qsub a.sh

3. プログラム動作

2. ジョブ投入

SSH

端末

SSH で接続するには鍵の準備が必要！

ログインノード

計算ノード
= 本体

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

Secure Shell プロトコル
通信が暗号化されたShell◼ ShellはOSとユーザーの仲介をする
コマンドベースのソフトウェア◼ 通信データを暗号化し、リモートマシンにアクセスできる通信方法:SSH

暗号化

暗号化された通信を使用して、様々なことが可能◼ ファイルのコピー◼ グラフィカル画面の転送◼ トンネリング◼ ディレクトリのマウントOBCX

ログイン後の画面の一例

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鍵認証方式
より安全な接続をする→鍵認証方式◼ パスワードではなく、鍵ペアを使用してログインする方法◼ 秘密鍵にもパスワードを設定可能
初期設定（初回ログイン時のみ）◼ 鍵ペアを作成◼ 公開鍵をログインノードに登録④秘密鍵を使用して復号①ログインをリクエスト

OBCX③暗号を返信

②公開鍵を使用して暗号を作成⑤復号結果を送信⑥返信結果を確認⑦ログインを許可

暗号通信開始33

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鍵認証方式の注意点
注意点◼秘密鍵の取り扱いに注意⚫ 厳重に管理してください。
✓ 漏洩すると容易にログインできてしまうため。
⚫ 秘密鍵は他のところにコピーしたりしないでください。
⚫ 秘密鍵の入ったPCの紛失などがあった場合は速やかに公開鍵を更新してください。
◼ 鍵の生成時には必ずパスワードを設定してください。
よく間違える点◼ 秘密鍵のパスワードはOBCXのポータルのログインパスワードやログイン後のアカウントのパスワードとは異なります。

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鍵の作成 (Cygwin, Mac, Linux の方)
PC上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を生成（1/3）
Cygwin またはターミナルを開いたその場所から下記の操作を開始$ ssh-keygen -t rsa

Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/user/.ssh/id_rsa): Return
パスフレーズを設定
Enter passphrase (empty for no passphrase):Return
Enter same passphrase again: 同じパスフレーズ Return
Your identification has been saved in /home/user/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/user/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
SHA256:vt88O+PTcscHkOyabvxGjeRsMWLAWds+ENsDcReNwKo tut138@ITCUT-VAIO
The key's randomart image is:+---[RSA 2048]----+|. o=oo.o+ ||+ O... .|操作手順|.+o+. ||+oB.
|
• ssh-keygen -t rsa <Return>|
So *o* ||.E
B.o |• <Return>|.. = . o |• お好きなパスフレーズ <Return>|.=oB o +||.+o+*O ..|• 同じパスフレーズ <Return>+----[SHA256]-----+

鍵が作成できたはず第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

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鍵の作成 (Cygwin, Mac, Linux の方)
PC上に秘密鍵、公開鍵があることを確認（2/3）
コマンドの意味がわからない方も、黄色の文字を打って、同じような画面になる確認してください。
$ cd .ssh$ ls

id_rsaid_rsa.pub⇒秘密鍵（Private Key）
⇒公開鍵（Public Key）

$ cat id_rsa.pub
ssh-rsa
AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDa6InmOYYaCrWjQDukjiNEfdW8veUwJyZtEI3oDu0A28eey6p0wbtI7JB
09xnI17O7HG4yYvOM81+/nlAHy5tAfJly0dsPzjTgdTBLdgi3cSf5pWEY6U96yaEr0Ei8Wge1HkXrhcwUjGDVTz
vT0Refe6zLdRziL/KNmmesSQfR5lsZ/ihsjMgFxGaKsHHq/IErCtHIIIf9V/Ds2yj6vkAaWH6asBn+ZsRiRFvwH
PhkYAnp/j3LY6b8Qfqg0p4WZRenh/HgySWTYIGi8x67VzMaUlm9qlK0QFMCaK2rivX1fmbwyWJ/vrWDqiek6YXoxLDu+GPeQ4CPvxJcZnqF9gf3 tut138@ITCUT-VAIO

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鍵の作成 (Cygwin, Mac, Linux)
公開鍵をコピーする（3/3）
通常のカットアンドペーストの手順で「公開鍵」をコピー$ cd .ssh
$ ls

id_rsaid_rsa.pub$ cat id_rsa.pub

操作手順• cat id_rsa.pub <Return>• “ssh-rsa”にカーソルを合わせ⇒秘密鍵（Private Key）
⇒公開鍵（Public Key）
• 最後の行の”f3”までを選択して「Copy」によって記憶• 最後の「tut138@ITCUT-VAIO」まで含んでも良いが，ここに漢字が含まれていると登録に失敗します。

ssh-rsa
AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDa6InmOYYaCrWjQDukjiNEfdW8veUwJyZtEI3oDu0A28eey6p0wbtI7JB
09xnI17O7HG4yYvOM81+/nlAHy5tAfJly0dsPzjTgdTBLdgi3cSf5pWEY6U96yaEr0Ei8Wge1HkXrhcwUjGDVTz
vT0Refe6zLdRziL/KNmmesSQfR5lsZ/ihsjMgFxGaKsHHq/IErCtHIIIf9V/Ds2yj6vkAaWH6asBn+ZsRiRFvwH
PhkYAnp/j3LY6b8Qfqg0p4WZRenh/HgySWTYIGi8x67VzMaUlm9qlK0QFMCaK2rivX1fmbwyWJ/vrWDqiek6YXo
xLDu+GPeQ4CPvxJcZnqF9gf3 tut138@ITCUT-VAIO

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SSH 公開鍵認証
id_rsa• Private Key（秘密鍵） ：PC上
• 文字通り「秘密」にしておく

作成した場所からコピー・移動しない、他の人に送らない

id_rsa.pub• Public Key（公開鍵）：スパコン上• コピー可能，他の人にe-mailで送ることも可能• もし複数のPCからスパコンにログインする場合は，各PCごとに「公開鍵・秘密鍵」のペアをssh-keygenによって作成• 各スパコンには、複数の公開鍵を登録できます

スパコン上の公開鍵のうちの一つがPC上の「秘密鍵＋Passphrase」とマッチすると確認されるとログインできる38

第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備①スパコンポータルサイトにログイン
https://obcx-www.cc.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/hpcportal.ja/index.cgi

情報基盤センターから送付された利用者
ID（tUVXYZ）

情報基盤センターから送付された初期パスワード

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備②初期パスワードの変更

情報基盤センターから送付された初期パスワード

パスワード規約• 8文字以上，現在と3文字以上異なる• 2世代前までと異なる• 英字（小文字，大文字），数字，特殊文
字各1字以上• Linux辞書に登録されている語は不可• 全角文字不可

変更後のパスワードを入力（2回）

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備③公開鍵登録（id_rsa.pub）

1. 「SSH公開鍵登録」を選択
2. 先ほどCopyした公開鍵 （ id_rsa.pub ) を貼り付ける
3. 「登録」をクリック
よくトラブルが起きますので、先に進めなければ質問してください

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

スパコンには複数の公開鍵を登録できる

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

ポータルサイトでのマニュアル等閲覧（1/2）

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

ポータルサイトでのマニュアル等閲覧（2/2）

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第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

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スパコンにログイン (Cygwin, Mac, Linux)$ ssh tUVXYZ@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp
Enter passphrase for key '/home/tut138/.ssh/id_rsa:

Your Passphrase

1. ssh tUVXYZ@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp <Return>2. 鍵生成時に打ち込んだPassphrase <Return>

Return第１９３回講習会「科学技術計算の効率化入門」事前準備

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スパコンにログイン (Cygwin, Mac, Linux)
Last login: Sun Apr 12 15:05:47 2020 from obcx01.cc.u-tokyo.ac.jp----------------------------------------------------------------------------Oakbridge-CX Information
Date: Apr. 03, 2020---------------------------------------------------------------------------ログインに成功しWelcome to Oakbridge-CX system
たら，今後のメイ* Operation Schedule
ンテナンスのスケ
04/24(Fri) 09:00 – 04/24(Fri) 20:00 System Maintenance
04/24(Fri) 20:00 Normal Operation ジュールなどが表示される
For more information about this service, see
https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/supercomputer/schedule.php* How to use
Users Guide can be found at the User Portal (https://obcx-www.cc.utokyo.ac.jp/).
If you have any questions, please refer to the following URL and contact us:
https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/supports/contact/* Updated OBCX Users Guide
10/01(Tue): v1.0
Set your email address on the User Portal [https://obcx-www.cc.u-tokyo.ac.jp][tUVXYZ@obcx01 ~]$