オンライン講習会
オンライン講習会 事前準備
事前準備の準備の手引き「科学技術計算の効率化入門」
科学技術計算の効率化入門」
東京大学情報基盤センター
2020年10月
質問は伊田まで：ida(at)cc.u-tokyo.ac.jp

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はじめに
• 東京大学情報基盤センター（以下，本センター）では2020年10月7日に第140回お試しアカウント付き並列プログ
ラミング講習会「科学技術計算の効率化入門
科学技術計算の効率化入門」を開催します
科学技術計算の効率化入門– 本講習会では、Oakbridge-CXシステムを用いた実習を実施します– 本講習会は，Zoomを用いたオンライン講習会として実施します– 本講習会の質疑応答は、 Slackを使用します• 本資料は，オンライン講習会受講のための事前準備について記載します– 本講習会においては，Oakbridge-CXシステムへログインできるようになっていることを前提とします

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お願い等
• ハンズオンのためのPC，Zoom及びスパコンへ接続するためのネットワーク環境は各受講者でご準備ください• PCは Windows/Microsoft Update，Apple Security Updateな
どで最新のセキュリティアップデートを行ってください• 必ずウィルス対策ソフトウェアをインストールし，ウィルス検索を実行して問題がないことを事前に確認してから受講してください– セキュリティ対策未実施の場合はオンライン講習会受講を認めません• OSは、Windows、Macどちらでも構いませんが、SSHを用いてセンターのスーパーコンピューターへ接続ができることが必要です（後述）• 演習の実施に当たり，受講生にセンターのスーパーコンピューターを1月間利用できる無料アカウント（お試しアカウント）を発
行します

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• 講習会で使うコミュニケーションツール
(Zoom, Slack)の設定• スパコンへ接続するためのソフトウェア（Cygwin）の準備• スパコンへのログイン• ログインしたら・・・

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ビデオ会議システム Zoomの準備• ダウンロード：https://zoom.us/download#client_4meeting• クライアントを事前にインストールしてください• 今回、各自のZoomアカウントを作る必要はありません• 会議室へのログイン方法は、10月初め頃にアナウンスします• インストール済みの方は、必ず最新バージョンに更新してください。
• 8/20現在、5.2.1• バージョン5 でないと接続できません!

• 使い方：

https://utelecon.github.io/zoom/how_to_us

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講習会当日の質疑応答ツールの準備• 質疑応答には、Slack を使います（グループチャット）• 講習会２時間前までに準備してください

講習会申込時の自動応答メールに、会議室に入室するためのリンクがあります• 専用アプリもありますが、今回の講習会のみであれば、Webブラウザで十分です• 本講習会に関連する質問は、Slack中のチャンネル#q-and-aでお願いします• 用件によっては、ダイレクトメッセージでも結構です• slackでうまく行かない場合は、zoom のチャット機能を利用下さい7• 講習会で使うコミュニケーションツール
(Zoom, Slack)の設定• スパコンへ接続するためのソフトウェア（Cygwin）の準備• スパコンへのログイン• ログインしたら・・・

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スパコンへの接続ソフトウェアについて■ この資料では、Cygwinを用いた接続方法を説明します• Cygwinのインストールには60-90分程度を要します• 週末中にインストールしておくことをお勧めいたします■ Cygwin以外のソフトウェアを利用されても構いません• 他の代表的なソフトウェア： Putty, Tera Termなど• Windows 10以降であればCygwinの替わりにWSL（Windows
Subsystem for Linux）を使うことも考えられます– Windows，Linuxに詳しい方はお試し頂いても結構ですが、OpenSSH等の機能のインストールをご確認ください9

Cygwin: Windows上の上のUNIXライクな環境
ライクな環境上のhttps://www.cygwin.com/• 利用者ガイド– https://cygwin.com/cygwin-ug-net.html• まずやるべきこと– インストーラ（setup-x86_64/32.exe）を予め入手– インターネットに接続し，インストーラをダブルクリック– 以下指示に従ってインストールを進めてください10

指示に従ってください
https://www.cygwin.com/

1

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ダウンロード元のサイトを選択してください。
「jp」ドメインの方がよ
さそうです

3

4

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Cygwin のインストール• 基本的な機能はデフォルトのインストールでOKです。
• インストーラの項目をダブルクリックすれば後で追加も可能です• 下記のソフトウェアのインストールが必要です• openssh (for all users)• openssl (for all users)• インストールされているかどうかは確認が可能です12“ssh-keygen (OpenSSH)” ：インストールの確認$ sshssh-keygen --h--hssh-keygen: unknown option -- usage: ssh-keygen [-q] [-b bits] [-C comment] [-f output_keyfile] [-m format][-t dsa | ecdsa | ecdsa-sk | ed25519 | ed25519-sk | rsa][-N new_passphrase] [-O option] [-w provider]ssh-keygen -p [-f keyfile] [-m format] [-N new_passphrase][-P old_passphrase]ssh-keygen -i [-f input_keyfile] [-m key_format]
ssh-keygen -e [-f input_keyfile] [-m key_format]
ssh-keygen -y [-f input_keyfile](…)
ssh-keygen -L [-f input_keyfile]ssh-keygen -A [-f prefix_path]ssh-keygen -k -f krl_file [-u] [-s ca_public] [-z version_number]file ...
ssh-keygen -Q -f krl_file file ...
ssh-keygen -Y find-principals -s signature_file -f allowed_signers_file
ssh-keygen -Y check-novalidate -n namespace -s signature_file
ssh-keygen -Y sign -f key_file -n namespace file ...
ssh-keygen -Y verify -f allowed_signers_file -I signer_identity-n namespace -s signature_file [-r revocation_file]13“ssh (OpenSSH)” ：インストールの確認$ sshusage: ssh [-46AaCfGgKkMNnqsTtVvXxYy] [-B bind_interface][-b bind_address] [-c cipher_spec] [-D [bind_address:]port][-E log_file] [-e escape_char] [-F configfile] [-I pkcs11][-i identity_file] [-J [user@]host[:port]] [-L address][-l login_name] [-m mac_spec] [-O ctl_cmd] [-o option] [-p port][-Q query_option] [-R address] [-S ctl_path] [-W host:port][-w local_tun[:remote_tun]] destination [command]

14• 講習会で使うコミュニケーションツール
(Zoom, Slack)の設定• スパコンへ接続するためのソフトウェア（Cygwin）の準備• スパコンへのログイン• ログインしたら・・・

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東大情報基盤センターのスパコン• Reedbush (HPE, Intel BDW + NVIDIA P100 (Pascal))– データ解析・シミュレーション融合スーパーコンピュータ– 3.36 PF, 2016年7月〜 2021年3月末（予定）• Reedbush-H（2GPU’s/n），Reedbush-L（4GPU’s）– 東大ITC初GPUクラスタ , DDN IME (Burst Buffer)• Oakforest-PACS (OFP) (富士通, Intel Xeon Phi (KNL))– JCAHPC (筑波大CCS＆東大ITC)– 25 PF, TOP500で18位（日本3位）（2020年6月）– Omni-Path アーキテクチャ, DDN IME (Burst Buffer)• Oakbridge-CX (富士通, Intel Xeon Platinum 8280)– 大規模超並列スーパーコンピュータシステム– 6.61 PF, 2019年7月 〜 2023年6月，TOP500で59位（2020年6月）– 全1,368ノードの内128ノードにSSDを搭載
今回の講習会で使用

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スパコンのアカウントの確認
本講習会ではセンター設置のスーパーコンピューター
Oakbridge-CX (OBCX) を利用します

本講習会でのアカウント
利用者番号 : t00XYZ (英数字６桁)
利用グループ： gt00 (英数字４桁)
利用期限
2020年11月7日 9:00まで有効
アカウント情報(初期パスワードを含む)は、10月初め頃にメールで皆さんに送付されます17

スパコンへのログイン• SSH公開鍵認証（SSH Public Key Authentication,
SSH=Secure Shell）に基づく– パスワード認証よりも安全，と言われている• 手順– Windows：：Cygwinを立ち上げる，を立ち上げる，Mac・・Unix：：Terminal起動
起動を立ち上げる，– ①PC上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を生成する• 秘密鍵，公開鍵• パスフレーズ（Passphrase）：鍵認証のためのパスワード– ②スパコンポータルサイトにログインする• センターから供給された利用者ＩＤ（t00XYZ）と「初期パスワード」を使用• ポータルサイトにログイン後，パスワード（Password）変更を求められる，字数，
使用文字等に色々規則があるので注意すること– ③スパコンポータルサイトに「公開鍵」を登録する– ④ＰＣからsshによってスパコンにログインする18①PC上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を生成（
上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を生成（1/3）
上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を生成（ ）$ sshssh-keygen -t rsa
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/user/.ssh(/home/user/.ssh/
ssh/id_rsa):
id_rsa): Return
Enter passphrase (empty for no passphrase): Your Favorite Passphrase Return
Enter same passphrase again: Same Passphrase
ReturnYour identification has been saved in /home/user/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/user/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
SHA256:vt88O+PTcscHkOyabvxGjeRsMWLAWds+ENsDcReNwKo nakajima@KNs-NEW-VAIO
The key's randomart image is:+---[RSA 2048]----+|. o=oo.o+ ||+ O... .|
操作手順
|
.+o+.
|
|
+oB.
|
• ssh-keygen –t rsa <Return>|
So *o*|• <Return>|.E B.o ||.. = . o |• お好きなPassphrase <Return>|.=oB o +|• 同じPassphrase <Return>|.+o+*O ..|+----[SHA256]-----+

19①PC上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を確認（
上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を確認（2/3）
上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を確認（ ）$ cd .ssh.ssh$ ls
id_rsaid_rsa.pub⇒秘密鍵（Private Key）
⇒公開鍵（Public Key）

$ cat id_rsa.pub
ssh-rsa
AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDa6InmOYYaCrWjQDukjiNEfdW8veUwJyZtEI3oDu0A28
eey6p0wbtI7JB09xnI17O7HG4yYvOM81+/nlAHy5tAfJly0dsPzjTgdTBLdgi3cSf5pWEY6U96
yaEr0Ei8Wge1HkXrhcwUjGDVTzvT0Refe6zLdRziL/KNmmesSQfR5lsZ/ihsjMgFxGaKsHHq/I
ErCtHIIIf9V/Ds2yj6vkAaWH6asBn+ZsRiRFvwHPhkYAnp/j3LY6b8Qfqg0p4WZRenh/HgySWTYIGi8x67VzMaUlm9qlK0QFMCaK2rivX1fmbwyWJ/vrWDqiek6YXoxLDu+GPeQ4CPvxJcZnqF9g
f3 nakajima@KNs-NEW-VAIO

20①公開鍵をコピー（3/3）①公開鍵をコピー（ ）$ cd .ssh
.ssh

操作手順
$ ls
• cat id_rsa.pub <Return>
id_rsa• “ssh-rsa”にカーソルを合わせ
id_rsa.pub• 最後の行の”f3”までを選択して「Copy」によって記憶$ cat id_rsa.pub • 最後の「ida@NEW-VAIO」まで含んでも良いが，ここに漢字が含まれていると登録に失敗する
ssh-rsa
AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDa6InmOYYaCrWjQDukjiNEfdW8veUwJyZtEI3oDu0A28
eey6p0wbtI7JB09xnI17O7HG4yYvOM81+/nlAHy5tAfJly0dsPzjTgdTBLdgi3cSf5pWEY6U96
yaEr0Ei8Wge1HkXrhcwUjGDVTzvT0Refe6zLdRziL/KNmmesSQfR5lsZ/ihsjMgFxGaKsHHq/I
ErCtHIIIf9V/Ds2yj6vkAaWH6asBn+ZsRiRFvwHPhkYAnp/j3LY6b8Qfqg0p4WZRenh/HgySWTYIGi8x67VzMaUlm9qlK0QFMCaK2rivX1fmbwyWJ/vrWDqiek6YXoxLDu+GPeQ4CPvxJcZnqF9g
f3 ida@NEW-VAIO

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SSH Public Key Authentication
SSH公開鍵認証
公開鍵認証• id_rsa

SSH= Secure Shell– Private Key（秘密鍵） ：PC上
– 文字通り「秘密」にしておくこと• 他の人に送ってはいけない• 基本的には作成した場所からコピーしたり移動することもしないこと• id_rsa.pub– Public Key（公開鍵）：スパコン上– コピー可能，他の人にe-mailで送ることも可能• もし複数のPCからスパコンにログインする場合は，各もし複数の からスパコンにログインする場合は，各PCごからスパコンにログインする場合は，各 ごとに「公開鍵・秘密鍵」のペアをssh-keygenによって作成によって作成とに「公開鍵・秘密鍵」のペアを– 各スパコンに複数の公開鍵を登録することは可能– スパコン上の公開鍵のうちの一つがPC上の「秘密鍵＋Passphrase」とマッチすると確認されるとログインできる

②スパコンポータルサイトにログイン（1/3）②スパコンポータルサイトにログイン（ ）情報基盤センターから送付されたファイル

t00XYZ

01234567

情報基盤センターから送付された利用者
ID（t00XYZ（6桁））

情報基盤センターから送付された初期パスワード（8桁）

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各システム情報・利用支援ポータルサイト• Reedbush 日本語– https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/supercomputer/reedbush/service/– https://reedbush-www.cc.u-tokyo.ac.jp/• Reedbush English– https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/en/supercomputer/reedbush/service/– https://reedbush-www.cc.u-tokyo.ac.jp/• Oakforest-PACS（OFP）日本語– https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/supercomputer/ofp/service/– https://ofp-www.jcahpc.jp/cgi-bin/hpcportal.ja/index.cgi• Oakforest-PACS（OFP）English– https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/en/supercomputer/ofp/service/– https://ofp-www.jcahpc.jp/cgi-bin/hpcportal.en/index.cgi• Oakbridge-CX（OBCX）日本語– https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/supercomputer/obcx/service/– https://obcx-www.cc.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/hpcportal.ja/index.cgi• Oakbridge-CX（OBCX） English– https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/en/supercomputer/obcx/service/– https://obcx-www.cc.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/hpcportal.en/index.cgi

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②スパコンポータルサイトにログイン（2/3）②スパコンポータルサイトにログイン（ ）https://obcx-www.cc.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/hpcportal.ja/index.cgi

情報基盤センターから送付された利用者
ID（t00XYZ）

情報基盤センターから送付された初期パ
スワード

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②初期パスワードの変更（3/3）②初期パスワードの変更（ ）情報基盤センターから送付された初期パスワード

パスワード規約• 8文字以上，現在と文字以上，現在と3文字以上異なる
文字以上，現在と 文字以上異なる• 2世代前までと異なる
世代前までと異なる• 英字（小文字，大文字），数字，特殊文
字各1字以上字各 字以上• Linux辞書に登録されている語は不可
辞書に登録されている語は不可• 全角文字不可

変更後のパスワードを入力（2回）

26③ 公開鍵登録（id_rsa.pub））
公開鍵登録（

1. 「SSH公開鍵登録」を選択
公開鍵登録」を選択
2. 先ほどCopyした「した「id_rsa.pub」を貼り付ける」を貼り付ける
先ほどした「
3. 「登録」をクリック

27④PCからログイン（
からログイン（1/2）
からログイン（ ）$ ssh t00XYZ@obcx.cc.ut00XYZ@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp
Enter passphrase for key '/home/user/.ssh'/home/user/.ssh/
ssh/id_rsa:
id_rsa:Your Passphrase

1. ssh t00XYZ@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp <Return>2. 鍵生成時に打ち込んだPassphrase<Return>
鍵生成時に打ち込んだ

Return④PCからログイン（
からログイン（2/2）
からログイン（ ）Last login: Sun Apr 12 15:05:47 2020 from obcx01.cc.u-Tokyo.ac.jp-------------------------------------------------------------------------------Oakbridge-CX Information
Date: Apr. 03, 2020-------------------------------------------------------------------------------Welcome to Oakbridge-CX system* Operation Schedule
04/24(Fri) 09:00 – 04/24(Fri) 20:00
04/24(Fri) 20:00 -System Maintenance
Normal Operation

For more information about this service, see
https://www.cc.u-Tokyo.ac.jp/supercomputer/schedule.php

ログインに成功したら，今後のメインテ
ナンスのスケジュールなどが表示される* How to use
Users Guide can be found at the User Portal (https://obcx-www.cc.uTokyo.ac.jp/).
If you have any questions, please refer to the following URL and contact us:
https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/supports/contact/* Updated OBCX Users Guide
10/01(Tue): v1.0
Warning: /home/t00100/.forward does not exist.
Set your email address on the User Portal [https://obcx-www.cc.u-tokyo.ac.jp][t00XYZ@obcx01 ~]$

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• 講習会で使うコミュニケーションツール
(Zoom, Slack)の設定• スパコンへ接続するためのソフトウェア（Cygwin）の準備• スパコンへのログイン• ログインしたら・・・

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Copy：
：PC to OBCX
$ scp ./a.dat t00XYZ@obcx.cc.ut00XYZ@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp:
PC上のCurrent Directoryにある「a.dat」をOBCXのホームディレクトリ（/home/t00XYZ）の下にコピーする$ scp ./a.dat t00XYZ@obcx.cc.ut00XYZ@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp:/work/gt00/t00XYZ/test/
PC上のCurrent Directoryにある「a.dat」をOBCX上のディレクトリ「/work/gt00/t00XYZ/test」の下にコピーする$ scp -r ./testL./testL t00xyz@obcx.cc.ut00xyz@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp:
PC上のCurrent Directory下にあるディレクトリ「testL」及びその中身をOBCXのホームディレクトリ（/home/t00XYZ）の下にコピーする$ scp -r ./testL./testL t00xyz@obcx.cc.ut00xyz@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp:/work/gt00/t00XYZ/test
PC上のCurrent Directory下にあるディレクトリ「testL」及びその中身をOBCX上のディレクトリ「/work/gt00/t00XYZ/test」の下にコピーする

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Copy：
：OBCX to PC$ scp t00XYZ@obcx.cc.ut00XYZ@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp:~/a.dat ./OBCXのホームディレクトリ（/home/t00XYZ）下にある「a.dat」を，PC上のCurrent
Directory下にコピーする$ scp t00XYZ@obcx.cc.ut00XYZ@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp:/work/gt00/t00XYZ/test/a.dat ./OBCX上のディレクトリ「/work/gt00/t00XYZ/test/」下にある「a.dat」をPC上のCurrent Directoryにコピーする$ scp -r t00XYZ@obcx.cc.ut00XYZ@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp:L1 ./OBCXのホームディレクトリ（/home/t00XYZ）下にあるディレクトリ「/home/t00XYZ/L1」とその中身を，PC上のCurrent Directoryにあるディレクトリ「L1」にコピーする$ scp -r t00XYZ@obcx.cc.ut00XYZ@obcx.cc.u-tokyo.ac.jp:/work/gt00/t00XYZ/test/L1 ./OBCX上のディレクトリ「/work/gt00/t00XYZ/test/L1」とその中身をPC上のCurrent
Directory下にあるディレクトリ「L1」にコピーする

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32

ポータルサイトでのマニュアル等閲覧（1/2）
ポータルサイトでのマニュアル等閲覧（ ）33

ポータルサイトでのマニュアル等閲覧（2/2）
ポータルサイトでのマニュアル等閲覧（ ）