公益社団法人・公益財団法人に対する個人からの現物資産寄附のみなし譲渡所得税非課税承認～証明申請等の手引き～／都道府県
この手引きは、平成 30 年４月 19 日現在のものです。
使用に際しては、下記にて最新版の有無をご確認ください。
https://www.koeki-info.go.jp/目次

１．みなし譲渡所得税非課税について································ １

２．公益法人において必要な準備···································· ３
⑴

基金の設置

⑵

②の基金の業務に充てることについて⑶③の基金内の運用益の考え方について⑷ ④の合議制の機関について⑸⑤の基金明細書について

３．承認特例の申請から承認後までの全体像 ·························· ８⑴

寄附者と公益法人の間での手続き⑵

寄附者による手続き⑶

承認後の手続き

４．特定買換資産の特例を受けるための必要書類の提出について ········ 11

５．非課税承認の取り消しについて·································· 12（参考）
基金明細書の様式雛形

１. みなし譲渡所得税非課税について
概要
公益社団法人及び公益財団法人（以下、「公益法人」という。）に対して個人が現物資産を寄附した場合、租税特別措置法第４０条第１項後段の規定に基づき国税庁長官の承認を得ることで、みなし譲渡所得税が非課税（以下「非課税措置」という。）となりますが、平成３０年度税制改正により、この非課税措置及び非課税措置における承認に係る特例（以下「承認特例」という。）が拡充されました。
拡充の内容は２つあり、１つ目は承認特例における寄附先として一定の要件を満たす公益法人が追加されたことです。
現行、個人が公益法人に対して土地等の現物資産を寄附した場合、租税特別措置法第４０条第１項後段の規定に基づき、当該寄附資産を公益法人が２年以内に公益目的事業の用に直接供すること等の要件を満たすときは、国税庁長官の承認を得、非課税措置の適用を受けることができます。また、この非課税措置には承認特例があり、一定の要件を満たす場合には国税庁長官の非課税承認決定が申請から一定の期間内に（※）に行われなかったときは、自動的に承認があったものとみなされます。
今回、この承認特例における寄附先として、行政庁（公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第３条に規定する行政庁を言う。以下同じ。）の確認を受けた「基金」の中で寄附資産を管理する等の一定の要件を満たす公益法人が追加されました。また、「基金」の中で管理する資産については、資産の構成を組み替えること（土地⇒有価証券等）が可能です。
※ 「一定の期間」は、寄附された現物資産が、株式、新株予約権、特定受益証券発行信託の受益権及び社債的受益権等の場合は３か月以内、寄附された現物資産がそれ以外の場合は１か月以内となります。
２つ目は特定買換資産の特例の創設です。
現行、公益法人が租税特別措置法第 40 条第１項後段の規定に基づき非課税措置の対象となる寄附資産（以下、「４０条１項対象資産」という。）を受入れている場合に買換えを行う際には、４０条１項対象資産を２年以上公益目的事業の用に直接供した後に同種の資産に買換え、かつ、当該買換え後の資産を１年以内に公益目的事業の用に直接供する場合にのみ、引き続き非課税措置を受けることができます。
今回、特定買換資産の特例が創設され、４０条１項対象資産であっても、「基金」に組み入れて管理し、その後買換えた資産（以下「特定買換資産」という。）を当該基金の中で管理する等の一定の要件を満たす場合には、公益法人が国税庁長官へ必要書類を提出することで、引き続き非課税措置を受けることができるようになります。
※ 平成 30 年度税制改正の内容については、国税庁ＨＰに掲載されているリーフレット「『公益法人等に財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税の特例』の税制改正のあらまし」を併せて参照ください。

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（承認特例のイメージ）2

２. 公益法人において必要な準備（１）基金の設置承認特例及び特定買換資産の特例を受けるためには、承認特例の場合は寄附前に、特定買換資産の特例の場合は第 40 条第 1 項対象資産を譲渡する前に、公益法人において、告示に定める要件を満たした基金を設置し、行政庁が要件の確認をした証明を受ける必要があります。
行政庁への申請に当たっては、申請書とともに、告示に定める要件を規定した基金規程（基金明細書の様式含む）等を提出していただくことになります。
なお、現在既に設置している基金について、当該証明を受けるに当たっては、現在の基金規程を告示に定める要件を満たすよう改正し、申請することで、証明を受けることができます。当該証明についての有効期限はありません。
また、非課税承認の特例を受けるために設置する基金は、税法上規定されている基金であり、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律第 131 条に規定されている基金とは異なります。
【基金の要件】① 当該基金が、他の経理と区分して整理されていること（注）基金に関する経理書類として、⑤にある基金明細書を作成すればよく、正味財産増減計算書や貸借対照表の中で区分して経理されることまでが求められるものではありません。
② 当該基金が公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第２条第４号に規定する公益目的事業に充てられることが確実であること③ 当該基金に組み入れた財産の運用によって生じた利子その他の収入金（当該収入金をもって取得した資産を含む。）を当該基金に組み入れることとしていること④ 当該基金への財産の組入れ、当該基金に組み入れた財産の運用、当該基金に組み入れた財産の運用によって生じた利子その他の収入金の使途等基金の管理及び運用に関する重要事項について審議する合議制の機関を設置していること⑤ 当該基金に組み入れた財産の種類、贈与等をした者の当該財産の取得価額、当該財産の贈与等の時における価額（当該贈与等に係る財産の譲渡をし、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもって資産を取得した場合には当該譲渡による収入金額、当該資産の種類及び取得価額を含む。）及びその他参考となるべき事項を記載した基金明細書であって監事の監査を受けたものを、毎事業年度終了後３月以内に、行政庁に提出するとともに、その写しを作成した日の属する事業年度の翌年度の開始の日から５年間、当該公益法人の主たる事務所の所在地に保存することとしていること3

（申請書のイメージ）

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（証明書のイメージ）（基金規程のイメージ） ※あくまでイメージであり、各法人の実態に即してご検討ください。
○基金規程（イメージ）(設置)
第 1 条 〔法人の名称〕（以下「本法人」という。
）に、○○基金（以下「基金」という。
）を置く。
(目的)
第 2 条 基金は、本法人における○○○○に資することを目的とする。
(事業)
第 3 条 基金は、前条の目的を達成するため、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第２条第４号に規定する公益目的事業に充てることとする。
(基金の構成)第 4 条 基金は、寄附者が基金に組み入れることを指定した寄附財産及びその運用益その他〔合議制の機関の名称〕において受入れることを決定した財産をもって構成する。
(財産の受入れ)第 5 条 基金に係る財産の受入決定は、〔合議制の機関の名称〕の受入審査を経て理事会が行う。
(基金の支出方針)第 6 条 基金内の財産の用途及び運用益の用途については、〔合議制の機関の名称〕において決定する。
(基金明細書)第 7 条 基金については、別記様式に定める、基金の状況等を明らかにした基金明細書を作成し、当該明細書を本法人に 5 年間保存するとともに、その写しを毎事業年度終了後３月以内に、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第３条に規定する行政庁に提出することとする。
(基金の管理運営)
第 8 条 本規程で定めるもののほか、基金の管理及び運用に関する事項については〔合議制の機関の名称〕において決定する。
(事業年度)
第 9 条 基金の事業年度は、毎年○月○日に始まり、翌年○月○日に終わるものとする。
(事務局)
第 10 条 基金に、基金の管理及び運用に関する事務の遂行のために、事務局を置く。
2 事務局の組織及び業務運営に関しては、別に定める。

5（２）②の基金の業務に充てることについて基金に組み入れた財産は、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第２条第４号に規定する公益目的事業に充てることが必要であり、例えば、寄附を受けた土地を収益目的で貸し付け、その賃貸収入を将来的にこれらの業務に充てるようなことは認められません（貸付けた時点で、寄附を受けた土地をこれらの業務以外に充てることとなるため）。一方、例えば、寄附を受けた土地を有価証券等に買換え、その運用益を将来的にこれらの業務に充てるため基金に組み入れることは可能です（有価証券等については、土地の貸付けと異なり、これらの業務以外に充てていないため）。
なお、特例寄附資産（国税庁長官の承認を得、非課税措置を受けた資産）を譲渡した場合は、その譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもって資産を取得する必要があるため、新たな資産を取得するまでの間は、その収入金（現預金）を基金内に留保しておくことが必要です。
（３）③の基金内の運用益の考え方について基金内で生じた運用益（配当金、利息等）については、すべからく、基金に組み入れる必要があります。この運用益については、基金の事業の範囲内であれば、資産の購入、助成金等の費消する経費への充当など、自由に使うことができますが、支出を行った場合は基金明細書に必要な事項を記載いただく必要があります。また、当該運用益を基に資産を購入し、当該資産を譲渡した場合の譲渡収入及びその収入金額で取得した資産も同じ扱いとなります。
（４）④の合議制の機関について合議制の機関を設置することを基金の証明の要件としているのは、基金に組み入れた資産を恣意的に寄附者やその関係者の利益に資するように使われることがないようにするためです。合議制の機関の構成要件等の決まりは特にありませんが、このような趣旨を踏まえ、適切な機関を設置するようにしてください。なお、理事会を当該合議制の機関として定めることも可能です。
申請に当たっては、当該合議制の機関として、理事会以外の機関を設置する場合には、当該機関の構成員がわかるものをご提出ください。
なお、合議制の機関においては、資産を基金へ組み入れる決定等を行った際に議事録の作成が必要になります（後述３．（１）は４．をご参照ください。）。
（５）⑤の基金明細書について
基金明細書は基金に組み入れた資産が適正に管理されているかを毎年度、行政庁が確認するために提出いただくものです。この確認において、後述するような不適正な事例が発見され、課税庁において非課税承認が取り消された場合は、公益法人に対して課税されることとなります。
※基金明細書の雛形は別紙参照。
行政庁で確認するポイントは以下のとおりです。
・基金が告示に定める要件を満たしているか（前述の（２）のとおり、基金が各公益法人の基金規程に定められている事業に充てられているか、また、（３）のとおり、基金内の運用益が適正に取り扱われているか）
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・資産の買換えを行った場合、適切に買換えが行われているか（譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもって買換資産を取得しているかどうか）・寄附資産が寄附者に利益を還元するような形で使われていないか

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３. 申請から証明までの全体像
新たな非課税承認の特例を寄附者が受けるために、公益法人に必要な手続きと寄附者個人に必要な手続きの流れは以下のとおりです。
（イメージ）（１）寄附者と公益法人の間での手続き
寄附者から行政庁の証明を受けた基金への現物資産の寄附の申出があった場合、公益法人の合議制の機関において寄附の申出の受入れの可否を判断し、基金への組み入れを決定していただくこととなります。
基金への組み入れを決定した場合は、①法人の登記事項証明書及び定款、②行政庁からの基金の証明書のコピー、③基金への組み入れの決定を行った合議制の機関の議事録のコピー、④寄附者が役員等及び社員並びにこれらの者の親族等に該当しないことを確認した旨の証明書等をそれぞれ、寄附者に交付していただきます。
なお、寄附資産の受け入れに当たっては、寄附者に対して寄附資産を他の資産に買換える場合があること等について十分に説明し、理解を得ておく必要があります。

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（２）寄附者による手続き
寄附者は、以下に掲げる租税特別措置法第 40 条第 1 項の規定による承認申請書に、公益法人から交付された上記（１）の書類及びその他の添付書類を添付し所轄の税務署長を経由し国税庁長官に対して非課税承認の申請を行っていただきます。
※申請書類の様式は国税庁ＨＰを参照
内容

主な添付書類

第１表 寄附者の住所、氏名、生年月日、職業 ・寄附者が死亡している場合、寄附者と申等請者の関係（親子等）が確認できる戸籍寄附を受けた法人の所在地、名称、設謄本立年月日等
第２表 寄附を受けた法人の設立年月日及び ・法人の登記事項証明書・定款等
事業の目的・寄附の目的
第３表 寄付財産の明細及び使用目的（承認（※使用目的は、基金に組み入れる旨特例用 記載すれば足り、付表１・２の添付は）・寄附を申し込んだ事実が確認できる書類（寄附申込書、遺言書の写し等）
・寄附財産の明細を確認できる書類（寄附不要）

財産に応じたもの。登記簿謄本等）等

第５、６ 法人の役員の氏名及び寄附者との関表係等

その他①承認申請書及び添付書類の記載事項が事実に相違ない旨の確認書②所轄庁から交付された基金に係る証明書の写し③寄附の申し出の受入れ及び寄附財産の基金への組み入れについて合議制の機関において決定されていることを証明するための議事録等の写し④贈与又は遺贈をした者が法人の役員等及び社員並びにこれらの者の親族等に該当しない旨の誓約書、贈与又は遺贈をした者が法人の役員等及び社員並びにこれらの者の親族等に該当しないことを確認した旨の証明書※下線部は法人から寄付者に渡すもの（３）承認後の手続き
公益法人は寄附を受けた日の属する事業年度終了後３月以内（６月末まで）に当該年度の基金の状況を明らかにした基金明細書を行政庁に提出するとともに、当該基金明細書のコピーを寄附者に交付し、この交付を受けた寄附者は所轄税務署に当該基金明細書のコピーを提出する必要があります。なお、公益法人から寄附者に当該基金明細書のコピーを交付する際、基金明細書の別紙様式は、当該寄附者の特例寄附資産に関するもののみを交付して下さい。
寄附者が所轄税務署に基金明細書のコピーを提出する期限も、寄附をした年度の公益法人の事業年度終了後３月以内であり、公益法人は余裕をもって基金明細書のコピーを寄附者に交付し9てください。寄附者から所轄税務署に当該基金明細書のコピーが提出されなかった場合は、非課税承認が取り消され、寄附者に課税されることとなります。
また、公益法人は寄附を受けた日の属する事業年度後も毎年度、事業年度終了後３月以内に基金明細書を行政庁に提出するとともに、当該基金明細書のコピーを５年間保存しておく必要があります。
※

承認後に、基金の名称を変更する場合には、証明書の取り直しをする必要があります。この場合、基金の名称変更を決定した後、実際に名称を変更する日までに、基金に係る証明の申請をし、証明を受ける必要があります。
なお、既に証明を受けた基金規程の重大な改正を行う場合には、予め行政庁に相談していただきますようお願いします。

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４．特定買換資産の特例を受けるための必要書類の提出について特定買換資産の特例を受けるためには、租税特別措置法第４０条第 1 項の適用を受けて受け入れた現物資産を基金に組み入れ、当該寄附資産を譲渡する日の前日までに、以下の事項を記載した書類を公益法人から、公益法人の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出する必要があります。
① 公益法人の名称、主たる事務所の所在地及び法人番号② 譲渡財産を管理している方法、行政庁の名称、基金の証明書の発行年月日、当該譲渡財産を基金で管理することが合議制の機関において決定された年月日③ 譲渡財産の種類、所在地及び数量並びに公益目的事業の用に直接供した年月日、譲渡財産の譲渡予定価額及び譲渡予定年月日④ 譲渡財産を公益法人に贈与等を行った者の氏名及び住所等、贈与等を行った年月日並びに贈与等の承認年月日⑤ 特定買換資産の種類、所在地、数量、取得予定価額、取得予定年月日、使用目的及び当該特定買換資産を基金で管理することの合議制の機関における決定予定年月日⑥ その他参考となるべき事項※届出書の様式等は国税庁ＨＰを参照
名称

主な添付書類

租税特別措置法第 40 条第５項第２号の規 ・所轄庁が発行した基金の証明書の写し定による特定買換資産の届出書・譲渡する財産を特定管理方法により管理する旨の記載のある合議制の機関の議事録等の写し・基金明細書の写し
なお、承認特例と同様、特定買換資産を組み入れた基金については、公益法人は毎年度、事業年度終了後３月以内に基金明細書を行政庁に提出するとともに、当該基金明細書のコピーを５年間保存していただく必要があります。

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５．非課税承認の取り消しについて非課税措置において、以下の事由に該当する場合には非課税承認が取り消され、当該年度に課税されることがあります。
（寄附者に課税される場合）・寄附者が寄附をした公益法人の事業年度終了後３月以内に当該公益法人から交付される基金明細書のコピーを所轄税務署に提出しなかった場合 ※承認特例の場合のみ（公益法人に課税される場合）・基金に組み入れた資産が基金で管理されなくなり、かつ、その資産（譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもって買換えた資産を含む）を公益目的事業の用に直接供しなくなった場合
・資産の買換えを行った際に、資産の売却額全額が買換資産の購入に充てられていない場合・寄附により、寄附をした者の所得税の負担を不当に減少させること又はその親族等の相続税又は贈与税の負担を不当に減少させることと認められた場合
・申請書の提出の時において、寄附先の公益法人の役員等及び社員又はその親族等に該当しないこととする要件に該当していなかった場合及び、申請書の提出の時において当該要件に該当しないこととなることが明らかであると認められ、かつ、申請書の提出後に当該要件に該当しないこととなった場合

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