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詳細情報／Detailed Information

2024年度シラバス（ 最終更新日： 2024年01月23日 ）>>授業計画詳細情報／Class Schedule Details

基本情報/Basic Information
開講科目名／Course
時間割コード／Course Code

バイオデータプログラミング演習Ⅱ／Exercise of Biological Data ProgrammingⅡ47243-24

共通科目コード／Common Course CodeGFS-MJ6D05S1

学部/大学院／Undergraduate/Graduate

大学院／Graduate

開講所属／Course Offered by

新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻／Graduate School of Frontier Sciences
Computational Biology and Medical Sciences

ターム・学期／Term・Semester

2024年度／Academic Year

曜限／Day, Period木／Thu

開講区分／semester offered

Ａ２／Ａ２

4,Ａ２／A2

木／Thu 5

単位数／Credits

1.0

学年／YearM1/M2/D1/D2/D3

他学部履修／Available to students in other 可faculties
備考／Notes
主担当教員／Main Instructor

鈴木絢子

教室
／Classroom

担当教員情報/Instructor Information
教員名／Instructor
鈴木
関絢子
真秀

教員所属名
／Affiliation

職名／Job Title

新領域創成科学研究科

准教授

メディカル情報生命専攻

特任准教授

伊藤耕一

メディカル情報生命専攻

教授

木立尚孝

メディカル情報生命専攻

准教授

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基本情報／Basic Information

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講義題目／Subtitle>>

授業計画詳細情報／Class Schedule Details

バイオデータプログラミング演習II

授業の目標、概要／Course Objectives/
Overview「バイオデータプログラミング演習II」では、現在、先駆的に開発され試用が開始されている情報解析ツール群を用い、その利用法について、実データを用いた実践的演習形式で習熟する。生物学的に解析意義をもった実データに対して、データの抽出と解釈、それぞれの目的に即した考慮条件およびパラメーター等の解析条件を最適化する手法を習得する。

授業情報／Class information

演習形式で、実際に大規模シークエンスデータの解析を行う。
日本語用／Japanese

授業のキーワード／Keywords

英語用／English

バイオインフォマティクス、大規模シークエンスデー
タ解析、オミクス解析、シングルセル解析、ロングリード解析
Bioinformatics, Next-generation sequencing
analysis, Multi-omics analysis, Single-cellanalysis, Long-read analysis

日程：12/5、12/12、12/19、1/9、1/16、1/23、1/30（予備日：12/26）
木曜 4限・5限※オンライン・対面等の授業形態未定

授業計画／Schedule［参考］昨年度授業内容：
1. 計算機環境の説明、オミクス解析準備
2. オミクス解析（トランスクリプトーム・エピゲノム）
3. ロングリード解析
4. シングルセル解析 基礎
5. シングルセル解析 発展
6. GWAS
7. テスト
詳細は下記HPを参照ください。
http://dstep.cbms.k.u-tokyo.ac.jp/

授業の方法／Teaching Methods
成績評価方法／Grade Evaluation

演習形式で、実際に大規模シークエンスデータの解析を行う。授業コンテンツおよび習熟度
確認テストは、講義終了後にe-learning形式でも提供する。

出席、e-learningによる習熟度確認テスト、および、最終開講日に行う試験の結果による。

教科書／Textbook「東大式参考書／Reference

特になし

生命データサイエンス即戦力講座」羊土社

日本語による。
バイオデータプログラミング演習I既習相当の情報解析力を前提としているため、履修希望者履修上の注意・準備学習等（予習、 の数によっては、第一回の講義で簡単な確認テストを行う場合がある。基本的な情報リテラ復習）シーを問うものであるので、受講者はこのテストに合格できることが望ましい。テストの内／Notes on Taking the Course 容は、基礎的なlinuxコマンド、簡単なプログラミング（ファイルの開閉、文字列の検索・抜／Assignments / Instructions き出しなど； 言語は問わない）等を想定している。
for Preparation and Review 受講者はMacまたはWindowsノートPCを用意する必要がある。第一回の講義で計算機環境のアカウント配布や解析準備を行う予定なので、履修者は第一回の講義を必ず受講するものとする。
関連ホームページ／Course-Related Websites
その他／Others
メールアドレス／e-mail address
研究室電話番号／Laboratory room phone no

http://dstep.cbms.k.u-tokyo.ac.jp/
特になし
dstep@edu.k.u-tokyo.ac.jp
64076

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授業使用言語／Language Used in Class
優評価「上位3割」適用科目／Grading guidelines subject

日本語適用しない／Not apply

後期教養教育科目／Liberal Arts Education for
該当科目でない／Course not applicable
Undergraduate (SeniorDivision) & Graduate Students
LMS連携有無／LMS link or not

LMS連携有／Link

オンライン授業URL／Online Class URL
オンライン授業内容／Online Class Information

オンライン・対面等の授業形態未定
オンライン授業の場合はZoomを用いて行います。

授業実施形態／Course delivery modalities

オンライン型（オンラインのみで実施）／Fully Online: All classes conducted online

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