公益社団法人・公益財団法人に対する個人からの現物資産寄附のみなし譲渡所得税非課税承認～証明申請等の手引き～／都道府県
この手引きは、令和２年５月 28 日現在のものです。
使用に際しては、下記にて最新版の有無をご確認ください。
https://www.koeki-info.go.jp/目次

１．みなし譲渡所得税非課税について ······························· １

２．公益法人において必要な準備 ··································· ３
⑴

基金の設置

⑵

②の基金の業務に充てることについて⑶③の基金内の運用益の考え方について⑷④の合議制の機関について⑸⑤の基金明細書について

３．申請から証明までの全体像 ····································· ８⑴

寄附者と公益法人の間での手続き⑵

寄附者による手続き⑶

承認後の手続き

４．特定買換資産の特例を受けるための必要書類の提出について ······· 11

５．非課税承認の取り消しについて ································· 12（参考）
基金明細書の様式雛形

１. みなし譲渡所得税非課税について
概要
公益社団法人及び公益財団法人（以下、「公益法人」といいます。）に対して個人が現物資産を寄附した場合、租税特別措置法第４０条第１項後段の規定に基づき国税庁長官の承認を得ることで、みなし譲渡所得税が非課税（以下「非課税措置」といいます。）となりますが、公益法人に対する現物資産の寄附については、この非課税措置について特例が設けられています。
（参考）

特例の内容は２つあり、１つ目は一定の要件を満たす公益法人に対する現物資産の寄附について、非課税措置における承認手続に係る特例（以下「承認特例」といいます。）です。
個人が公益法人に対して土地等の現物資産を寄附した場合、租税特別措置法第４０条第１項後段の規定に基づき、当該寄附資産を公益法人が２年以内に公益目的事業の用に直接供すること等の要件を満たすときは、国税庁長官の承認を得、寄附者が非課税措置の適用を受けることができることが原則です（以下「一般特例」といいます。）。
承認特例においては、行政庁（公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第３条に規定する行政庁をいいます。以下同じです。）の証明を受けた「基金」の中で寄附資産を管理する等の一定の要件を満たす場合には、国税庁長官の非課税承認又は不承認の決定が申請から一定の期間内（※）に行われなかったときに、自動的に承認があったものとみなされます。
なお、「基金」の中で管理する資産については、資産の構成を組み替えること（例：土地⇒有価証券等の買換え）が柔軟となります。
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※ 「一定の期間」は、寄附された現物資産が、株式、新株予約権、特定受益証券発行信託の受益権及び社債的受益権等の場合は３か月以内、寄附された現物資産がそれ以外のものである場合は１か月以内となります。
（承認特例のイメージ）

２つ目は特定買換資産の特例です。
公益法人が租税特別措置法第４０条第１項後段の規定に基づき非課税措置の対象となる寄附資産（以下、「４０条１項対象資産」といいます。）を受け入れている場合にその買換えを行う際には、４０条１項対象資産を２年以上公益目的事業の用に直接供した後に同種の資産に買換え、かつ、当該買換え後の資産を１年以内に公益目的事業の用に直接供する場合にのみ、引き続き非課税措置を受けることができることが原則です（以下「買換特例」といいます。）。
特定買換資産の特例においては、４０条１項対象資産を「基金」に組み入れて管理し、その後買い換えた資産（以下「特定買換資産」といいます。）を当該基金の中で管理する等の一定の要件を満たす場合には、公益法人が国税庁長官へ必要書類を提出することで、引き続き非課税措置を受けることができるようになります。
【注意点】
承認特例及び特定買換資産の特例は、公益法人が適用対象であり、公益認定が取り消された場合などは、これらの特例の適用要件を満たさなくなり、寄附資産の利用状況によっては非課税承認が取り消されて寄附者又は寄附を受けた公益法人に課税されることがあるので注意してください。
詳細については、12 ページ『非課税承認の取消について』をご参照ください。

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２. 公益法人において必要な準備（１）基金の設置及び証明申請
承認特例及び特定買換資産の特例を受けるためには、承認特例の場合は寄附前に、特定買換資産の特例の場合は４０条１項対象資産を譲渡する前に、公益法人において、告示に定める要件を満たした基金を設置し、行政庁が要件の確認をした証明を受ける必要があります。
行政庁への申請に当たっては、証明申請書とともに、告示に定める要件を規定した基金規程（基金明細書の様式を含みます。）等を提出することとなります。
なお、現在既に設置している基金について、当該証明を受けるに当たっては、現在の基金規程を告示に定める要件を満たすよう改正し、申請することで、証明を受けることができます。当該証明についての有効期限はありません。
また、上記基金は、税法上規定されている基金であり、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律第１３１条に規定されている基金とは異なります。
【基金の要件】

平成 30 年３月 31 日付内閣府、総務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省告示第１号（最終改正：令和２年３月 31 日）① 当該基金が、他の経理と区分して整理されていること（注）基金に関する経理書類として、⑤にある基金明細書を作成すればよく、正味財産増減計算書や貸借対照表の中で区分して経理されることまでが求められるものではありません。
② 当該基金が公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第２条第４号に規定する公益目的事業に充てられることが確実であること③ 当該基金に組み入れた財産の運用によって生じた利子その他の収入金（当該収入金をもって取得した資産を含む。）を当該基金に組み入れることとしていること④ 当該基金への財産の組入れ、当該基金に組み入れた財産の運用、当該基金に組み入れた財産の運用によって生じた利子その他の収入金の使途等基金の管理及び運用に関する重要事項について審議する合議制の機関を設置していること⑤ 当該基金に組み入れた財産の種類、贈与等をした者の当該財産の取得価額、当該財産の贈与等の時における価額（当該贈与等に係る財産の譲渡をし、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもって資産を取得した場合には当該譲渡による収入金額、当該資産の種類及び取得価額を含む。）及びその他参考となるべき事項を記載した基金明細書であって監事の監査を受けたものを、毎事業年度終了後３か月以内に、行政庁に提出するとともに、その写しを作成した日の属する事業年度の翌年度の開始の日から５年間、当該公益法
人の主たる事務所の所在地に保存することとしていること【基金の証明申請に当たっての提出書類】○ 証明申請書○ 基金規程（基金明細書の様式を含む。）○ 合議制の機関の名簿（合議制の機関を理事会以外にする場合に限る。）

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（申請書のイメージ）

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（証明書のイメージ）（基金規程のイメージ） ※あくまでイメージであり、各法人の実態に即してご検討ください。
○基金規程（イメージ）(設置)
第 1 条 〔法人の名称〕（以下「本法人」という。
）に、○○基金（以下「基金」という。
）を置く。
(目的)
第 2 条 基金は、本法人における○○○○に資することを目的とする。
(事業)
第 3 条 基金は、前条の目的を達成するため、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第２条第４号に規定する公益目的事業に充てることとする。
(基金の構成)第 4 条 基金は、寄附者が基金に組み入れることを指定した寄附財産及びその運用益その他〔合議制の機関の名称〕において受入れることを決定した財産をもって構成する。
(財産の受入れ)第 5 条 基金に係る財産の受入決定は、〔合議制の機関の名称〕の受入審査を経て理事会が行う。
(基金の支出方針)第 6 条 基金内の財産の用途及び運用益の用途については、〔合議制の機関の名称〕において決定する。
(基金明細書)第 7 条 基金については、別記様式に定める、基金の状況等を明らかにした基金明細書を作成し、毎事業年度終了後３月以内に、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第３条に規定する行政庁に提出するとともに、その写しを作成した日の属する事業年度の翌年度の開始の日から５年間、本法人の主たる事務所に保存することとする。
(基金の管理運営)
第 8 条 本規程で定めるもののほか、基金の管理及び運用に関する事項については〔合議制の機関の名称〕において決定する。
(事業年度)
第 9 条 基金の事業年度は、毎年○月○日に始まり、翌年○月○日に終わるものとする。
(事務局)
第 10 条 基金に、基金の管理及び運用に関する事務の遂行のために、事務局を置く。
2 事務局の組織及び業務運営に関しては、別に定める。

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（２）②の基金内の寄附資産の業務への充当について基金に組み入れた資産は、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第２条第４号に規定する公益目的事業に速やかに充てることが必要であり、例えば、寄附を受けた土地を収益目的で貸し付け、その賃貸収入を将来的にこれらの業務に充てるようなことは認められません（貸付けた時点で、寄附を受けた土地をこれらの業務以外に充てることとなるため）。一方、例えば、寄附を受けた土地を有価証券等に買い換え、その運用益を将来的にこれらの業務に充てるため基金に組み入れることは可能です（有価証券等については、土地の貸付けと異なり、これらの業務以外に充てていないため）。
なお、特例寄附資産（承認特例又は特定買換資産の特例の適用を受けた資産をいいます。以下同じです。）については、基金内で他の現物資産への買い換えを行うことが可能ですが、特例寄附資産の買い換えを行った場合は、その譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもって資産を取得する必要があるため、新たな資産を取得するまでの間は、その収入金（現預金）を基金内に留保しておくことが必要です。
【注意点】
特例寄附資産を寄附日から２年以内に事業供用しなかった場合には、将来、公益法人の公益認定が取り消された際等に非課税承認が取り消され、寄附者に対してみなし譲渡所得税の課税がされる場合があります（12 ページ参照）。
（３）③の基金内の運用益の考え方について基金内で生じた運用益（配当金、利息等）については、すべからく、基金に組み入れる必要があります。この運用益については、基金の事業の範囲内であれば、資産の購入、助成金等の費消する経費への充当など、自由に使うことができますが、支出を行った場合は基金明細書に必要な事項を記載する必要があります。また、当該運用益を基に資産を購入し、当該資産を譲渡した場合の譲渡収入及びその収入金額で取得した資産も同じ扱いとなります。
（４）④の合議制の機関について合議制の機関を設置することを基金の証明の要件としているのは、基金に組み入れた資産を恣意的に寄附者やその関係者の利益に資するように使われることがないようにするためです。合議制の機関の構成要件等の決まりは特にありませんが、このような趣旨を踏まえ、適切な機関を設置するようにしてください。なお、理事会を当該合議制の機関として定めることも可能です。
基金の証明申請に当たっては、当該合議制の機関として、理事会以外の機関を設置する場合には、当該機関の構成員が分かるものをご提出ください。
なお、合議制の機関においては、資産を基金へ組み入れる決定等を行った際に議事録の作成が必要になります（後述３（１）及び４をご参照ください。）。

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（５）⑤の基金明細書について
基金明細書は基金に組み入れた資産が適正に管理されているかを毎年度、行政庁が確認するために提出いただくものです。この確認において、12 ページに掲げる事由に該当していることが確認され、非課税承認が取り消された場合は、寄附者又は公益法人に対して課税されることとなります。
行政庁で確認するポイントは以下のとおりです。
・基金が告示に定める要件を満たしているか（前述の（２）のとおり、基金が各公益法人の基金規程に定められている事業に充てられているか、また、（３）のとおり、基金内の運用益が適正に取り扱われているか）
・資産の買換えを行った場合、適切に買換えが行われているか（譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもって買換資産を取得しているかどうか）・特例寄附資産が寄附者に利益を還元するような形で使われていないか※１ 基金明細書は別途内閣府から示す雛形を参照。
※２ 特例寄附資産の買換えを行った場合には、その買換えの内容を基金明細書に記載する必要があります。

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３. 申請から証明までの全体像
寄附者が承認特例の適用を受けるために、公益法人に必要な手続きと寄附者個人に必要な手続きの流れは以下のとおりです。
（イメージ）（１）寄附者と公益法人の間での手続き
行政庁の証明を受けた基金を有する公益法人に対し、個人から現物資産の寄附の申出があった場合、公益法人の合議制の機関において寄附の申出の受入れの可否を判断し、基金への組み入れを決定することとなります。
基金への組み入れを決定した場合は、その公益法人は、①法人の定款、②行政庁からの基金の証明書の写し、③寄附の申出を受け入れること及び寄附資産の基金への組み入れの決定を行った合議制の機関の議事録の写し、④寄附者が役員等及び社員並びにこれらの者の親族等に該当しないことを確認した旨の証明書等をそれぞれ、寄附者に交付します。
なお、寄附資産の受け入れに当たっては、寄附者に対して寄附資産を他の資産に買換える場合があること等について十分に説明し、理解を得ておく必要があります。

8（２）寄附者による手続き
寄附者は、公益法人に現物資産を寄附した後、以下に掲げる租税特別措置法第４０条の規定による承認申請書に、公益法人から交付された上記（１）の書類及びその他の添付書類を添付し、寄附者の所轄税務署長を経由し国税庁長官に対して非課税承認の申請を行います。
なお、承認申請書の提出に当たっては、下表に掲げる申請書及び添付書類が全て揃っていることを確認した上で提出してください。
※１ 申請書類の様式は国税庁ホームページ（https://www.nta.go.jp）に掲載されています。
【掲載場所】「ホーム＞税の情報・手続・用紙＞申告手続・用紙＞申告・申請・届出等、用紙（手続の案内・様式）＞税務手続の案内（税目別一覧）＞譲渡所得税関係＞［手続名］租税特別措置法第 40 条の規定による承認申請」（令和２年５月現在）※２ 承認申請書の提出後に、所轄税務署から事実関係の確認や書類の追加提出等を依頼することがありますので、その際は早期に対応いただくようお願いします。
内容

承認申請書
第１表

主な添付書類・寄附者の住所、氏名、生年月日、個人 ・寄附者が死亡している場合、寄附者と申番号、職業等請者の関係（親子等）が確認できる戸籍・寄附を受けた法人の所在地、名称、代 謄本
表者名等
第２表

寄附を受けた法人の設立年月日及び・法人の定款等

事業の目的、寄附の目的
第３表

寄附資産の明細及び使用目的・寄附を申し込んだ事実が確認できる書類

承 認

使用目的は、基金に組み入れる旨記（寄附申込書、遺言書の写し等）特例用載すれば足り、付表１の添付は不要

・寄附資産の明細を確認できる書類（寄附資産に応じたもの）等

第５表

法人の役員等の氏名及び寄附者との第６表

関係等

添付書類
①承認申請書及び添付書類の記載事項が事実に相違ない旨の確認書②行政庁から交付された基金に係る証明書の写し③寄附を受けた法人の合議制の機関において寄附の申出を受け入れること及び寄附資産について基金に組み入れる方法により管理することを決定した旨及びその決定をした事項の記載のある議事録等の写し④上記③の決定に係る寄附資産の種類、所在地、数量、価額などの事項を記載した書類（上記③の議事録等にこの内容の記載がある場合には不要）⑤贈与又は遺贈をした者が法人の役員等及び社員並びにこれらの者の親族等に該当しない旨の誓約書、贈与又は遺贈をした者が法人の役員等及び社員並びにこれらの者の親族等に該当しないことを確認した旨の証明書※下線部は法人から寄附者に交付する書類

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（３）承認後の手続き
公益法人は寄附を受けた日の属する事業年度終了後３か月以内に当該年度の基金の状況を明らかにした基金明細書を行政庁に提出するとともに、当該基金明細書の写しを寄附者に交付し、この交付を受けた寄附者は所轄税務署に当該基金明細書の写しを提出する必要があります。なお、公益法人から寄附者に当該基金明細書の写しを交付する際、基金明細書の別紙様式は、当該寄附者の特例寄附資産に関するもののみを交付してください。
なお、寄附者が所轄税務署に基金明細書の写しを提出する期限も、公益法人の寄附を受けた日の属する事業年度の終了後３か月以内であるため、公益法人は余裕をもって基金明細書の写しを寄附者に交付してください。上記期限内に、寄附者から所轄税務署に当該基金明細書の写しが提出されなかった場合は、非課税承認が取り消され、寄附者に課税されることとなります。
また、公益法人は寄附を受けた日の属する事業年度後も毎年度、事業年度終了後３か月以内に基金明細書を行政庁に提出するとともに、当該基金明細書の写しを５年間保存しておく必要があります。
※

承認後に、基金の名称を変更する場合には、証明書の取り直しをする必要があります。この場合、基金の名称変更を決定した後、実際に名称を変更する日までに、基金に係る証明の申請をし、証明を受ける必要があります。
なお、既に証明を受けた基金規程の重大な改正を行う場合には、予め行政庁に相談してください。

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４．特定買換資産の特例を受けるための必要書類の提出について特定買換資産の特例を受けるためには、租税特別措置法第４０条第 1 項後段の適用を受けて受け入れた現物資産を行政庁の証明を受けた基金に組み入れ、当該寄附資産を譲渡する日の前日までに、以下の事項を記載した届出書を公益法人から、公益法人の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出する必要があります。
① 公益法人の名称、主たる事務所の所在地及び法人番号② 譲渡資産を基金で管理していること、行政庁の名称、基金の証明書の発行年月日、当該譲渡資産を基金で管理することが合議制の機関において決定された年月日③ 譲渡資産の種類、所在地、数量、譲渡資産の譲渡予定価額及び譲渡予定年月日④ 譲渡資産を公益法人に贈与等を行った者の氏名及び住所等、贈与等を行った年月日並びに当該贈与等に係る非課税承認年月日⑤ 特定買換資産の種類、所在地、数量、取得予定価額、取得予定年月日、使用目的及び当該特定買換資産を基金で管理することの合議制の機関における決定予定年月日⑥ その他参考となるべき事項※ 届出書の様式等は国税庁ホームページ（https://www.nta.go.jp）に掲載されています。
【掲載場所】「ホーム＞税の情報・手続・用紙＞申告手続・用紙＞申告・申請・届出等、用紙（手続の案内・様式）＞税務手続の案内（税目別一覧）＞譲渡所得税関係＞［手続名］租税特別措置法第 40 条第５項第２号の規定による特定買換資産の届出」（令和２年５月現在）【提出書類】
届出書

主な添付書類

租税特別措置法第 40 条第５項第２号の規 ・行政庁が発行した基金の証明書の写し定による特定買換資産の届出書・譲渡する資産を基金で管理する旨の記載のある合議制の機関の議事録等の写し・譲渡する資産が記載されている基金明細書の写し
なお、承認特例と同様、特定買換資産を組み入れた基金については、公益法人は毎年度、事業年度終了後３か月以内に基金明細書を行政庁に提出するとともに、当該基金明細書の写しを５年間保存していただく必要があります。

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５．非課税承認の取り消しについて
公益法人への現物資産の寄附について非課税措置の適用を受けた後において、一定の事由に該当することが判明した場合には、その寄附資産に関する非課税承認が取り消されてその取り消された年分等の所得として寄附者又は公益法人に課税されることがあります。
非課税承認が取り消されることとなる主な事由は次のとおりです。
（１）寄附者に課税される場合
次に掲げる事実が生じたことにより非課税承認が取り消された場合は、寄附者に対して所得税が課税されます（措法 40②、措令 25 の 17⑩～⑫）。
イ 基金に組み入れた資産を基金で管理しなくなり、かつ、その資産（その資産を譲渡し、譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもって買い換えた資産を含みます。）を寄附日から２年以内に公益目的事業の用に直接供していない場合
ロ 寄附資産（基金に組み入れる方法により管理されているものを除きます。）が公益法人の公益目的事業の用に直接供される前に、寄附により寄附者の所得税の負担を不当に減少させ、又はその親族等の相続税又は贈与税の負担を不当に減少させることと認められる場合（※）
ハ 承認特例の適用を受けた寄附者が、寄附をした日の属する公益法人の事業年度終了後３か月以内に当該公益法人から交付される基金明細書の写しを所轄税務署に提出しなかった場合（２）公益法人に課税される場合
次に掲げる事実（上記（１）に該当する場合を除きます。）が生じたことにより非課税承認が取り消された場合には、寄附を受けた公益法人に対して所得税が課税されます（措法 40③、措令 25 の 17⑬、⑮～⑱）。
イ 基金に組み入れた資産を基金で管理しなくなり、かつ、その資産（その資産を譲渡し、譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもって買い換えた資産を含む。）を公益目的事
業の用に直接供しなくなった場合
ロ 寄附により、寄附者の所得税の負担を不当に減少させ、又はその親族等の相続税又は贈与税の負担を不当に減少させることと認められる場合（※）
ハ 承認申請書の提出の時において、寄附者が寄附先の公益法人の役員等及び社員又はその親族等に該当しないこととする要件に該当していなかった場合、及び承認申請書の提出の時において当該要件に該当しないこととなることが明らかであると認められ、かつ、承認申請書の提出後に当該要件に該当しないこととなった場合※ 例えば、寄附資産を寄附者又はその親族その他特殊の関係がある者に無償若しくは著しく低い価額で譲渡した場合などがこれに該当します。
【注意点】○ 上記（１）イ及び（２）イの「基金に組み入れた資産を基金で管理しなくなった場合」には、公益法人の公益認定が取り消された場合も含まれます。
○ 資産の買換えを行った際に、資産の譲渡による収入金額の全額が買換資産の購入に充てられていない場合には、上記（１）イ又は（２）イに該当して寄附者又は公益法人に課税されることがあります。
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