FOCUS スパコン向け Winmostar インストールマニュアル
2022 年 2 月 5 日
本書は、Winmostar を使用して公益財団法人計算科学振興財団（通称 FOCUS）のスパコン上で計算を実行したい方および、FOCUS 主催の LAMMPS 講習会、Quantum ESPRESSO & OpenMX 利用講習会（年度により名称が異なる場合があります）にオンラインで参加される方向けの、Winmostar およびLAMMPS、Quantum ESPRESSO 等のソルバのインストール手順を示すものです。
【注意】 PC および LAN のセキュリティ設定の変更が必要な場合はインストール作業全体に数日掛かる場合があるため、FOCUS 主催講習会の準備をされる方は余裕をもって本書の手順を実行してください。
本書の手順で想定通りに行かない場合は、FOCUS への接続については FOCUS ご担当者に直接連絡、Winmostar およびソルバのインストールについてはよくある質問を確認してください。

1.

PC の準備Winmostar のネイティブ動作は Windows OS のみサポートしているため、Windows PC を準備してください。推奨スペック、対応 OS 等は Winmostar の動作環境で確認してください。

2.

FOCUS への接続環境の準備
FOCUS スパコンへの接続には VPN クライアント（Cisco AnyConnect Secure Mobility Client など）が必要です。FOCUS より案内された手順に従って VPN クライアント、Tera Term、WinSCP をインストールしてください。
FOCUS 主催講習会に参加される方は、FOCUS から受講者用アカウントが発行された後（概ね開催 1 週間前）にこの準備を行うことができます。
参考までに、過去の講習会の準備手順はこちらでご確認できます。

3.

Winmostar およびソルバのインストール
インストール方法に記載の手順で Winmostar およびソルバをインストールしてください。
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手順 10 は不要です。FOCUS にインストール済みのソルバを使う場合は手順 11 も不要です。

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FOCUS 主催講習会を受講される方で、V10 以降の Winmostar プロフェッショナル版をお持ちでない方は、1 か月間使用可能な無料トライアルをご利用頂けます。すでに他の目的で無料トライアルを登録し期限切れとなった方はお問い合わせフォームからその旨をお知らせください。

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FOCUS 主催の LAMMPS 講習会を受講される方は、Winmostar 本体だけでなく、手順 6 のCygwinWM、手順 7 の LAMMPS も必ずインストールしてください。手順 10、11 は不要です。

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FOCUS 主催の Quantum ESPRESSO & OpenMX 講習会を受講される方は、Winmostar 本体だけでなく、手順 6 の CygwinWM（OpenMX を含む）
、手順 7 の Quantum ESPRESSO も必ずインストールしてください。手順 10、11 は不要です。

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FOCUS スパコンシステムの更新に合わせるため、過去にインストールした Winmostar および1

CygwinWM をご利用中の方は、Winmostar の安定版最新バージョンと CygwinWM の最新バージョンにアップデートしてください。アップデート方法はこちらです。Winmostar の FOCUS
スパコンへの対応状況は更新履歴から確認できます。

FOCUS 主催の LAMMPS 講習会基礎編または Quantum ESPRESSO & OpenMX 講習会を受講される方は、以降の操作が不要です。LAMMPS 講習会応用編を受講される方は以下の操作を実行してください。

4.

動作確認（LAMMPS の場合）
ここでは VPN 接続の場合の方法のみ示します。SSH 多段接続の場合は 6 を参照してください。
1.

FOCUS から案内のあった方法に従い、Cisco AnyConnect Secure Mobility Client でFOCUS に接続してください。下図は本書作成時点での参考画面です。

2.

Winmostar を起動してください。

2

3.

Winmostar メインウィンドウで MD｜LAMMPS｜キーワード設定をクリックしてください。

4.

次のダイアログではいをクリックしてください。

5.

次のダイアログではいをクリックしてください。

3

6.

次のウィンドウで OK をクリックしてください。

7.

黒いコンソールウィンドウが出現し数秒処理が流れた後、次のダイアログで OK をクリックしてください。

8.

次のダイアログで OK をクリックしてください。

4

9.

次のウィンドウで OK をクリックしてください。

10. 黒いコンソールウィンドウが出現し数秒処理が流れた後、次のダイアログで OK をクリックしてください。

511. 次のウィンドウで OK（Run ではない）をクリックしてください。

12. Winmostar メインウィンドウでツール｜リモートジョブ投入をクリックしてください。

613. Submit Remote Job ウィンドウの Profile で「focus_lammps」を選択してください。

14. Submit Remote Job ウィンドウで Profile｜Edit Profile をクリックしてください。

715. Edit Profile ウィンドウで User Name と Password に FOCUS から配布されたアカウントを入力してください（必ず半角英数字で）。その後、ウィンドウ下部の Test Connection ボ
タンをクリックし、「Successfully connected.」というダイアログが表示されたら正常に接続設定ができたことになります。「Successfully connected.」が表示されなかったら User
Name と Password を注意深く再入力してください。

816. Edit Profile ウィンドウの Queue&Solver の Shell Script で「lammps.focus210614.txt」を選択してください。

17. Edit Profile ウィンドウで OK をクリックしてください。

18. Submit Remote Job ウィンドウで Send & Submit ボタンをクリックしてください。

19. 次のダイアログが出現したらファイル名に「focuslammps」と入力し保存をクリックする。

9

20. 数秒処理が流れた後、Submit Remote Job ウィンドウの下部に「Submitted batch job ….」と表示されることを確認します。

21. Submit Remote Job ウィンドウの squeue ボタン（squeues ではない）をクリックし、ウィンドウ下部に「>」とだけ表示されることを確認します（ジョブが完了したことを意味します）。もし何らかのメッセージが表示される場合は、しばらく時間を置いて（数秒～数分）また squeue ボタンをクリックしてください。

1022. Submit Remote Job ウィンドウの Get All Files ボタンをクリックします。しばらく処理が流れた後、ウィンドウ下部に「(done.)」と表示されることを確認します。

23. Winmostar のメインウィンドウに戻り、MD｜LAMMPS｜ログを表示をクリックします。

24. 次のダイアログで開くをクリックします。

11

25. メモ帳で先ほどの計算のログが開きます。下の方にスクロールし、下図と似たような内容になっていることを確認します。動作確認は以上です。

12

5.

動作確認（Quantum ESPRESSO の場合）
ここでは VPN 接続の場合の方法のみ示します。SSH 多段接続の場合は 6 を参照してください。
1.

FOCUS から案内のあった方法に従い、Cisco AnyConnect Secure Mobility Client でFOCUS に接続してください。下図は本書作成時点での参考画面です。

2.

Winmostar を起動してください。

13

3.

Winmostar メインウィンドウで固体｜Quantum ESPRESSO｜キーワード設定をクリックしてください。

4.

次のダイアログではいをクリックしてください。

5.

次のダイアログで OK をクリックしてください。

6.

「Analyzing symmetry using Spglib…」というダイアログが出現し数秒処理が流れた後、次のダイアログで OK をクリックしてください。

14

7.

次のウィンドウで OK（Run ではない）をクリックしてください。

8.

Winmostar メインウィンドウでツール｜リモートジョブ投入をクリックしてください。

15

9.

Submit Remote Job ウィンドウの Profile で「focus_qe」を選択してください。

10. Submit Remote Job ウィンドウで Profile｜Edit Profile をクリックしてください。

1611. Edit Profile ウィンドウで User Name と Password に FOCUS から配布されたアカウントを入力してください（必ず半角英数字で）。その後、ウィンドウ下部の Test Connection ボタンをクリックし、「Successfully connected.」というダイアログが表示されたら正常に接続設定ができたことになります。「Successfully connected.」が表示されなかったら UserName と Password を注意深く再入力してください。

1712. Edit

Profileウ ィ ン ド ウのQueue&SolverのShell

Script「quantumespresso.focus210524.txt」を選択してください。

13. Edit Profile ウィンドウで OK をクリックしてください。

14. Submit Remote Job ウィンドウで Send & Submit ボタンをクリックしてください。

15. 次のダイアログが出現したらファイル名に「focusqe」と入力し保存をクリックする。

18で

16. 数秒処理が流れた後、Submit Remote Job ウィンドウの下部に「Submitted batch job ….」と表示されることを確認します。

17. Submit Remote Job ウィンドウの squeue ボタン（squeues ではない）をクリックし、ウィンドウ下部に「>」とだけ表示されることを確認します（ジョブが完了したことを意味します）。もし何らかのメッセージが表示される場合は、しばらく時間を置いて（数秒～数分）また squeue ボタンをクリックしてください。

1918. Submit Remote Job ウィンドウの Get All Files ボタンをクリックします。しばらく処理が流れた後、ウィンドウ下部に「(done.)」と表示されることを確認します。

19. Winmostar のメインウィンドウに戻り、固体｜Quantum ESPRESSO｜ログを表示をクリックします。

20. 次のダイアログで開くをクリックします。

20

21. メモ帳で先ほどの計算のログが開きます。下の方にスクロールし、下図と似たような内容になっていることを確認します。動作確認は以上です。

21

6.

多段 SSH 接続の手順
VPN 接続ができない場合、多段 SSH 接続を行います。
1.

FOCUS スパコン HP の「システムへのログイン」→「インターネットからの SSH 接続によるログイン」の手順を参考に、TeraTerm を用いてログインサーバ（ssh.j-focus.jp）にログインします。

2.

ログインサーバにログインした状態で TeraTerm の設定｜SSH 転送をクリックします。

3.

追加をクリックします。

22

4.

以下のように入力し、OK をクリックします。ローカルのポートは、10335 が他の接続で使われている場合は適宜別のポートにしてください。

5.

OK をクリックします。

23

6.

上記の状態で「4. 動作確認（LAMMPS の場合）」または「5. 動作確認（Quantum ESPRESSOの場合）」の手順を実施します。ただし、Cisco AnyConnect Secure Mobility Client の起動と接続は不要です。操作中は TeraTerm でログインサーバに接続している状態を維持してください。
そして、Winmostar のツール｜リモートジョブ投入｜Profile｜Edit Profile のウィンドウで操作する際に、Host Name を「localhost」、Port を「10335」（4.でローカルのポートを変更したときはその番号）に変更します。

以上

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