肌フローラ解析
口腔内細菌検査
腸内フローラ検査
マイニング情報提供

メタゲノム、トランスクリプトーム、次世代シーケンス データ解析
各種アノテーションサービス

株式会社ワールドフュージョン

肌フローラ検査
研究用キット１検体から受託

皮膚常在菌検査キット
長年のバイオインフォマティックスの経験を基に、高度なデータ分析やアノテーションを提供致します。
常在菌と肌の状態、健康や疾患の関係は、まだまだ解明されていない点も多々ありますが、皮膚からの分泌物である皮脂を餌とする常在菌の平衡状態の解明は、様々な健康状態をモニターできると考えています。また、様々な疾患に関連していることも確かです。
S-Kin Proは、肌研究を支援するキットです。皮膚の常在菌の状態をさまざまな角度から分析してレポートします。
スワブした綿棒からバクテリア（細菌）の16s-rRNA遺伝子を取り出し、次世代シーケンサーで同遺伝子配列を読み取ります。その配列をリファレンスの全バクテリアDNA配列データベースと比較して、種レベルまでの菌種同定と、各菌種に割り当てられたDNA断片の数を基に相対的なバクテリアの量を算出しています。
その後、着目菌種の含有率、多様性を算出し、当社基準の学習データベースを利用して肌タイプの判定を行います。
常在菌のモニターで、医薬品、サプリメント、化粧品による効果の検証に、さらに特定の機能を持った菌の探索研究にご利用ください。動物での利用も可能です。

S-KIN Proは様々な目的で利用可能••••••

今後、常在菌に着目したいので基礎データを収集したい
生活環境に常在菌がどのように関係するのかを知りたい
特定の肌状態の人に関する菌を特定したい
常在菌の状態からお勧め化粧品を誘導したい
化粧品やサプリメントでのBefore/Afterを知りたい
肌測定データやアンケートデータ（背景情報）と有意な菌の関係を求めたい• 顔以外の皮膚常在菌を調べたい• 創薬に利用したい• 動物実験に利用したい

解析の処理の流れ
打ち合わせによるデータ処理方法の決定
事前に打ち合わせし、目的に合わせた処理のパイプラインを準備します。
次世代シーケンサによる分析
できるだけ多くの種類の常在菌を求めるために、細菌が共通で持つ16srRNA遺伝子をシーケンスして、シーケンスされた細菌の配列を約15000種類の細菌データベースと照合し、菌種特定と各菌の含有率を求めます。
主成分分析などでグループ間比較を実施
アンケートやBefore/Afterと菌の分布の特徴を求めるために、主成分分析や有意差検定などをおこないます。

S-KIN proスワブキット送付
常在菌の採取・返送
ＤＮＡ抽出・次世代シーケンサによる分析

菌種と含有率の特定多群比較・ 主成分分析など

レポート
オプション解析肌フローラ検査
データ解析例
サンプル毎の棒グラフ
関東地方

各サンプルの菌の含有率をバーグラフで視覚化。この例は上半分が関東地方、下半分が九州地方のサンプ
ルを示しています。個体差はありますが、関東地方と九州地方では大きく差がないことが視覚的に示されています。

九州地方

主成分分析
サンプル群の菌叢の特徴の違いに地域差は見られない。
Propionibacterium sp. 215(113zx)
Propionibacterium acnes
Enhydrobacter aerosaccus
Xanthomonas axonopodis
Staphylococcus sp. a10Staphylococcus caprae

PC1-0.94219-0.26283
0.129416
0.070276
0.049009
0.046887

Xanthomonas axonopodis
Xanthomonas sp. Esch5-62
Enhydrobacter aerosaccus
Xanthomonas campestris
Staphylococcus caprae
Staphylococcus sp. a10

PC2-0.7212-0.46885
0.352786-0.23638
0.121174
0.105667

その他解析

多様性指数の解析

その他の統計解析では、階層型クラスタリング、SOM解析、PCoA解析など準備しています。

肌状態は多様性指数が高いほどよいと言われます。
本解析項目では多様性指数を算出し、特定の菌が多くの割合を占めていないかどうかをチェックします。

High Diversity

階層型クラスタリング

Low Diversity

自己組織化マップ(SOM)

オプション： アンケート項目等による有意差検定
オプションとして、アンケートなどを利用し、項目に有意な菌の有意差検定など実施します。
下記例では、肌に艶があるかないかという項目に対して有意な菌を求めています。
Taxon

Name

1747 Propionibacterium acnes

肌にツヤがないあるP-value 肌にツヤがない/ある

種レベルでのサンプルごとのパイチャート
51736.76
18898.30
0.000

組織2.74 ひたい267747 Propionibacterium acnes KPA171202

51960.79

18909.53

0.000

2.75 ひたい

997355 Propionibacterium avidum ATCC 25577

9175.182903.80

0.000

3.16 ひたい

762948 Rothia dentocariosa ATCC 17931

136.98551.370.005

0.25 ひたい147645 Paracoccus yeei

107.32

22.51

0.008

4.77 ひたい33028 Staphylococcus saccharolyticus208.87

18.170.005

11.49 ほほ

肌につやがない
肌につやがある

口腔内細菌検査
研究用キットCOMA Pro

１検体から受託

Clinical Oral Metagenome Analysis
口腔内の細菌の研究に特化した受託サービスで解析部分に特徴
COMA Pro、口内細菌検査サービスは、口腔内細菌の研究用の検査キットと次世代シーケンサーによる実験およびそのデータ解析をパックにした商品です。唾液収集キットとペーパーポイントのキットを準備しており、1検体からの解析に対応したします。
データ解析は、HOMD（Human Oral Microbiome Database）を基準とした当社独自の約４００種類の歯科専用データベースを用いた解析とNCBI 16s Microbialの約15000種類の菌データベースを用いた解析を実施します。

歯科専用DB利用の解析の特徴

NCBI 16s Microbial DB利用の解析の特徴••••••

約４００種の口腔内細菌のうち、歯周病・齲歯,・全身疾患に強く関連する３５菌種を特定

正確な多様性の提供
サンプルごとのパイチャートの提供
全サンプルのバーチャートの提供
主成分分析など統計結果を提供
約15000種類の菌データベースを用いた解析

サービスの流れ
ペーパポイント又は唾液サンプ
ル収取キットの送付

ペーパーポイントキットで歯周ポケットから収集

サンプルの採取・返送

ＤＮＡ抽出・次世代シーケンサによる分析

菌種と含有率の特定多群比較・ 主成分分析など

レポート

オプション解析唾液収集キットで唾液から収集

口腔内細菌検査
解析例
歯科専用ＤＢ利用の解析

Tier1：3種のカテゴリ分類において、それぞれの菌占有率を用いてリスクを判定。
Tier1： Red Complex
Tier2: その他Complex、歯周病やう歯に関連する菌種
Tier3: 内科疾患など、疾患に関連する菌種

Red Complex

NCBI 16s Microbial DB利用の解析
ERP001440 (DDBJ): Periodontitis(歯周炎)患者のプラークに由来する解析結果例

治療前治療後Treponema putidum(歯周炎から検出）が治療後には検出されなかった
Filifactor alocis (歯周病の唾液から検出）が治療後には検出されなかった（注意：治療前、治療後の円グラフの色は各サンプリングごとに検出されたトップ10の菌種を表示している為、同菌種が同色で表示されているわけではありません。）

その他解析
棒グラフ

主成分分析

治療前
治療後治療後の検体(_Post)ではTreponemaとPorphyromonasが少なくなりActinomycesが多くなっている

歯周炎治療前のサンプルと治療後のサンプル間で主成分分析のプロット位置が大きく二つに分かれる

腸内フローラ検査

腸内フローラpro

研究用キット１検体から受託

様々な腸内フローラプロジェクトに対応
腸内細菌検査は創薬、疾患、および健康管理など、様々な分野で注目されています。
弊社ではキットからの通常解析だけではなく、オプションとしてプロジェクトに特化した解析のお手伝いをいたします。
 投薬による腸内の経時変化
 疾患特有の菌種の検査
 生活習慣を目的とした腸内環境の検査、など特定菌種の同定まで解析に重点を置く弊社だからこそ可能な解析を提供します。
検査開始プロトコル実施時から相談に応じます。
検査はキットからＤＮＡ抽出、次世代シーケンサーによる実験、および菌種同定、群間比較まですべてキット価格として提供しており、１サンプルからの実施が可能です。
国内で実験、解析まで実施しております。

サービスの流れ便採取キットの送付

サンプルの採取・返送

ＤＮＡ抽出・次世代シーケンサによる分析

菌種と含有率の特定多群比較・ 主成分分析など

レポート
便採取キットオプション解析各種フローラ解析

オプション

各条件下における有意差検定
アンケートやフェノタイプ毎の有意差検定や、各種データからの総合解析を実施します。
腸内フローラと肌フローラ、口腔内細菌の解析などお客様との詳細の打ち合わせを行い実施します。

菌の定量
菌叢解析と一緒に菌の定量も実施したい場合に対応いたします。
PCRにより菌の総数を算出し、次世代シーケンサーから算出している各菌の含有率と合わせ各菌種の定量を行います。
但し、正確な数を算出するものではないので菌数の目安としてのご利用となります。

着目菌種の優先順位付と疾患や化合物情報の提供
着目菌種の詳細情報や、テキストマイニングで関連する疾患、化合物、組織などを提供します。
アッセイのレポートと各化合物の活性値の提供、テキストマイニングによる論文情報抽出など実施します。

着目菌種の優先順位付け疾患

疾患に関連する細菌リスクの判定ツール作成
疾患リスク細菌などを医学論文、メルクマニュアルなどから作成。
菌の存在率によるリスク判定ツールの開発を行います。

皮膚疾患と関連する微生物をリストし、判定できるようにした例

化合物

真菌解析・NGSデータ解析受託
真菌メタゲノム解析受託

研究用キット
検体数要相談弊社が持つ真菌のデータベースを利用した解析を実施します。
Ｓ－ＫＩＮproで使用する綿棒キットでスワブし、返送ください。
菌種同定、階層ごとの円グラフ・ドーナツグラフ・棒グラフの作成、検体のクラスター解析結果を返却します。

その他ＮＧＳデータ解析受託
バイオインフォマティクス専門の会社だからこその解析を実施しています。
NGSのデータがあるが解析できていない、時間がない、解析ツールがない、ハードウエアの問題で解析できない、解析方法が全く分からない、など弊社では解析戦略、パイプラインの提案を含めサポートします。
まずはお問い合わせください。

細菌(16s rRNA)、真菌 (ITS)
データ解析
既にメタゲノム解析において多くの実績を持っております。様々な条件下でのご相談に応じております。

RNA-Seq / Chip-Seq
格安でのデータ解析
ツール提供
RNA-Seq/ Chip-Seqのデータ解析を格安で提供いたします。
詳細は弊社ＨＰまたはお問い合わせください。

変異解析・アノテーション提供

メタトランスクリプトーム解析

一般的な解析をしてみたが具体的な疾患との関弊社が持つメタトランスクリプトーム解析ツー
ルを利用した解析結果を提供いたします。
タンパク質、パスウエイ情報、化合物との関連性等結果としてお返しいたします。

連情報や詳細の情報が全くわからない疾患や表現型、パスウエイ情報を知りたい
弊社のマイニング技術からの情報を提供します。

上記以外にもバイオインフォマティクス、ケモインフォマティクスを利用した解析受託、判定プログラムの開発、解析パイプラインの構築など実施しております。ご興味ある方はお気軽にお問い合わせください。
お問い合わせはこちらへ

株式会社ワールドフュージョン
TEL. 03-3662-0521
http://www.w-fusion.co.jp
oshirase@w-fusion.co.jp
東京都中央区日本橋蛎殻町1-38-12