1

大島聡史（九州大学 情報基盤研究開発センター 学際計算科学研究部門 助教）（スパコンサービスの状況と研究例の紹介）

2

by Google マップ

↑北•
••
•

箱崎キャンパスから伊都キャンパスへ全学的に移転中、今秋完了予定
2005年10月移転開始、riitは2016年10月に移転
日本一の単一キャンパス敷地面積（約272万m^2）
福岡空港から約一時間、博多・天神から直通高速バス有り

3

• 組織図

• 略称 RIIT• Research Institutefor Information
Technology• 本務教員18名• 兼務教員・スタッフとあわせて42名• 学部や学府（大学院）とは独立した組織• 一部の教員は兼担
や担当講義あり

HPC事業室スパコン

4• 2000.04

情報基盤センター 設置– 前身：大型計算機センター（全国共同利用施設）、情報処理教育センター、中央計数施設、総合情報伝達システム運用センター、付属図書館の一部• 2001.01 FUJITSU VPP5000/64 導入• 2007.06 FUJITSU PRIMEQUEST 580, FUJITSU PRIMERGY
GX200S3, HITACHI SR11000 導入• 2007.04 情報基盤研究開発センター 設置 （＝現体制）• 2009.05 HITACHI SR16000 L2 導入• 2011.06 FUJITSU PRIMERGY RX200S6 導入• 2012.07 FUJITSU PRIMEHPC FX10導入• 2012.09 FUJITSU PRIMERGY CX400 導入• 2013.11 HITACHI HA8000, HITACHI SR16000VM1 導入• 2016.10 伊都キャンパスへ移転• 2017.10/2018.01 ITO（FUJITSU PRIMERGY他）導入5

従来のシステム（箱崎に設置、サービス終了済）

最新スパコン（詳細は夕方）6• 6つの研究部門に様々な研究分野の教員が在席– 括弧内は現在の在席教員数– 学際計算科学3人＋先端計算基盤2人がスパコンサービスに関わる→HPC事業室
学術情報（4）

情報の蓄積・検索・分析など

科学技術計算法とプログラミング技術など

先端計算基盤言語教育環境

（2）

（2）

計算科学と計算機科学

学際計算科学

学習環境デザ（5）イン（3）先端ネットワーク（3）

外国語の学習システムやeラーニングなど

eラーニングや遠隔講義システムなど

次世代ネットワーク技術やネットワークセキュリティなど

7• 学術情報研究部門– 手掛語と内容語の双対ブートストラップ・マイニング– 特徴語抽出による感性分析– 利用者投稿型コンテンツの多様性動向分析– 研究動向分析、研究調査手法に関する研究• 言語教育環境研究部門– ICTを活用した外国語教授法研究– 日本人の成人学習者のためのドイツ語、エスペラント、オランド語の学習教材・学習法の開発– 電子書籍の学習者のために有意義学習に基づいた学習環境– 個人適応型の学習支援システムとその評価• 学習環境デザイン研究部門– 学習支援及び学習改善のための学習データ分析– 大学生を主要な対象とする情報倫理教育に関する研究8• 先端ネットワーク研究部門– 次世代ネットワークに関する研究– サイバーセキュリティ– 安定した情報サービスのためのサーバ品質の監視・異常検知・品質改善– ネットワーク監視に基づく侵入検知・異常検知• 学際計算科学研究部門– AR, VR技術を用いた実世界と仮想世界とのインタラクション– 機械学習による乱流解析手法の再構築– 汎用的な計算環境のための拡張公平性スレッドスケジューリングの研究– 数値計算アルゴリズムを対象とした形式手法• 先端計算基盤研究部門– 非線形偏微分方程式の解に対する事後誤差評価– 大規模並列計算機向け通信ライブラリの動的高速化手法に関する研究– 階層型クラスタシステム上のプログラム開発環境に関する研究

9• 戦略的国際共同研究プログラム（SICORP) 代表– 安全なIoTサイバー空間の実現（Security in the Internet of Things Space）• 岡村 耕二（H28～H33）• 戦略的創造研究推進事業（CREST） 共同研究者– モデリングのための精密保証付き数値計算論の展開• 渡部 善隆（H26.10.1～H30.3.31）– インタークラウドを活用したアプリケーション中心型オーバーレイクラウド技術に関する研究• 小野 謙二（H27.10.1～H30.3.31）• 文部科学省 科学技術試験研究委託事業分担– 近未来型ものづくりを先導する革新的設計・製造プロセスの開発• 小野 謙二（H26～H31）• 国際共同研究– Orr-Sommerfeld 方程式に対する計算機援用証明• 渡部 善隆（H16.3～）

10• HPC事業室のミッション– 最新鋭の計算機システムによる科学技術計算サービス– 研究用計算機システムの調達・運用・管理– 利用者への技術支援、啓発活動および広報活動• HPC事業室の体制– 情報基盤研究開発センター 教員と情報システム部 情報基盤課 職員により構成– 合計10名• 事業室長×1（セ1）• 副事業室長×4（セ3、基1）• 室員×5（セ1、基4）

HPC事業室

情報基盤研究開発

情報システム部センター

情報基盤課

11

• 学内
– 研究用計算機システムの運用・管理・調達– 次期システムの導入計画立案・政府調達手続き• 学外– 最新鋭の研究用計算機システムによる科学技術計算サービスの提供（全国共同利用）– 利用者支援施策の実施– 講習会やセミナーの実施– 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点（JHPCN）の活動• https://jhpcn-kyoten.itc.u-tokyo.ac.jp/ja/– 革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ（HPCI）のシステム構成機関 http://www.hpci-office.jp/– HPCIコンソーシアムでの活動 http://www.hpci-c.jp/– 民間企業へのサービス提供を通じた国内産業の振興

12• 連携部局等– 学内の連携部局– システム情報科学研究院– 生体防御医学研究所– 応用力学研究所– サイバーセキュリティセンター
– マス・フォア・インダストリ研究所• 学外の連携先– 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点（JHPCN大学間連携）• 協調的相補的な研究が展開されるよう、幅広い専門領域の研究者の協力体制による学際的な共同研究を推進• 共同研究はネットワーク型拠点としての特徴を生かし、8 大学の研究者と緊密な連携のもと、各機関の計算機資源を有機的に連携させ、学際的かつ大規模に展開

13• 個々の大学では整備運営が困難な最先端の計算機システムを全国の研究者に提供し、学術研究の基盤強化、および学術の新たな展開に資する– スパコンサービス• 全国の共同利用・共同研究拠点と連携し、大学の枠を超えた横串の取組み– JHPCN/HPCIの活動• 取組みを通じた各大学の機能強化– 西日本地区における計算科学のハブ拠点– 大型プロジェクトの推進（科研、CREST、戦略分野、重点課題）– インパクトの高い論文への寄与

14• 基本的な利用サービス– ノード固定利用（占有利用）と共有利用の二本立て• 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点（JHPCN）– 構成拠点参加、計算資源の提供、共同研究の推進– 独自の利用制度JHPCN-Qも展開（萌芽研究、若手・女性研究者発掘）• 革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)– HPCI機関（国内の主要なHPC推進機関）が提供する計算機資源を活用して、全国規模でニーズとリソースのマッチング– 萌芽的研究から大規模研究まで、また産業利用にわたる幅広いHPC活用– 計算科学コミュニティを醸成・拡大し、成果の社会還元を図る活動– 計算資源の提供、シングルサインオン環境（一元管理）の提供• 包括契約– 他大学の大口ユーザへの包括的支援（資源貸与、セミナー、研究支援）– 九工大、豊橋技科大、福大、長崎大、山口大

15• 先端的計算科学研究プロジェクト– スーパーコンピュータシステムの高度な利用技術および学術研究を推進することを目的として公募– 毎年10件程度を採択• 新規利用促進制度– 潜在的な利用者および萌芽的な研究課題の発掘を目的とした公募制度– センターの計算機を利用したことが無い方を対象として、講習会と無償利用をセットとした制度– （トライアルユース制度としてリニューアル予定）• 講義での利用• 講習会での利用• 民間利用（成果公開型のみ）– 2017年度– 2016年度– 2015年度

8社
7社
5社

16• 2016年度（７社）
– 機械系
– 建築系
– 自動車会社
– 電気系
– 電気系
– 電気系
– 機械系

（HA8000 / 64ノード）（CX400 / ノード共有）（CX400 / 16ノード共有）（HA8000 / 16ノード共有）（FX10 / 12ノード共有）（FX10 / 48ノード共有）（HA8000 / 64ノード）• 2015年度（５社）
– 機械系
– 建築系
– 自動車会社
– 電気系
– 電気系

（HA8000 / 64ノード）（CX400 / ノード共有）（CX400 / 16ノード共有）（HA8000 / 16ノード共有）（CX400 / 64ノード共有）

17• 安定運用– 長い停止期間がない

2016年度

2010年度– 総サービス提供時間に対するジョブ実行時間の割合– システムによりばらつき、すべて平均すると約６０％
100.0%– 年度末に向けて上昇傾向 80.0%– ITOでは向上を目指して 60.0%
40.0%
制度改善中

共有

2016年度0
2015年度0

2014年度

500

2013年度

500

2012年度

1000

2010年度

1000

2015年度

1500

2014年度

• 利用率

1500

2013年度– 共有・専有の両方のニーズに応えている

2000

2012年度• 利用形態

利用形態別利用登録者数

2000

2011年度– 1,500件/年程度利用登録者数

2011年度• 利用登録者数

2⽉

3⽉

占有

システム全体の利⽤率

20.0%
0.0%
4⽉

5⽉

6⽉

7⽉

8⽉

9⽉

平成26年度

10⽉

11⽉

平成27年度

12⽉

1⽉

18

• 利用者からの問い合わせ対応– 2017年度– 2016年度– 2015年度

565件（2/14現在）
401件以上450件以上• 講習会・セミナーの開催– 2017年度– 2016年度– 2015年度

27件
29件
25件

• 研究用計算機システムニュース発行（メール配信）– 2017年度 26回（2018.02.13現在）– 2016年度 24回– 2015年度 20回• 情報共有の機会を提供– シンポジウム、フォーラムなどの開催• 可視化サーバーのウェブ予約（従来システム）– 30分単位での利用予約により利便性向上– 待ち時間の解消、稼働率の向上
提供計算機システム利用による研究成果登録件数

2015年度

2016年度

論文

303248

特許

01

受賞

41

その他

153

19

• 講習会（2017年度分のみ）• セミナー

講習会名

開催日・開催場所

セミナー名

開催日

Linux入門講習会

5月19日（伊都キャンパス）シンポジウム「HPCとIoT -観測・計測系IoTとHPCを繋ぐ-」

2017年8月25日

Gaussian講習会

5月23日（伊都キャンパス）2017年8月21日

Marc/Mentat講習会

6月28日（伊都キャンパス）フォーラム「粒子法による流体シミュレーションの並列化技術」

2017年7月26日

FEA（Nastran+Patran）講習会

7月21日（伊都キャンパス）講演会「エクサスケール核融合プラズマシミュレーションに向けた計算技術開発」

SCIGRESS ME講習会

7月28日（伊都キャンパス）並列プログラミング入門（自動並列・OpenMP）

8月23日（伊都キャンパス）先駆的科学計算に関するフォーラム2016～先端的計算科学研究2016年4月27日
プロジェクト成果報告～

並列プログラミング入門（MPI）

8月24日（伊都キャンパス）シミュレーション結果を診る技術・魅せる技術- スーパーコン
ピューティングにおける可視化技術 -AVS/Express講習会

8月29日（伊都キャンパス）先駆的科学計算に関するフォーラム2015～先端的計算科学研究2015年4月24日
プロジェクト成果報告～

MicroAVS講習会

8月30日（伊都キャンパス）先駆的科学計算に関するフォーラム2014 ～数値シミュレーショ
2014年8月5～6日
ンと並列化技術～

新スーパーコンピュータ利用講習会

10月5日,10月13日（伊都キャンパス）先駆的科学計算に関するフォーラム2014 ～先端的計算科学研究2014年4月25日
プロジェクト成果報告～

Matlab講習会

12月21日（伊都キャンパス）先駆的科学計算に関するフォーラム2013～先端的計算科学研究2013年4月26日
プロジェクト成果報告会を兼ねて～FEA（MSC Nastran+Patran）講習会

1月16日（伊都キャンパス）Marc/Mentat講習会

1月26日（伊都キャンパス）先駆的科学計算に関するフォーラム2012～先端的計算科学研究2012年4月26日
プロジェクト成果報告会を兼ねて～IDL入門用講習会

先駆的科学計算に関するフォーラム2017～先端的計算科学研究2017年4月28日
プロジェクト成果報告～

2016年1月30日

2月1日（伊都キャンパス）HPCに関する研究発表，新スーパーコンピュータシステムの紹介
先端的計算科学研究プロジェクト成果報告会

2011年3月17～18日

ENVI入門用講習会

2月2日（伊都キャンパス）大規模量子化学計算の現状

2011年1月26日

AMBER講習会

2月13日（伊都キャンパス）GPGPU技術とその適応性を探る

2010年9月29日

OpenFOAMハンズオン講習会

3月16日（伊都キャンパス）先端的計算科学研究プロジェクト成果報告会

2010年5月25日

予定

20

• 低料金サービスの提供– 調達努力や学内交渉により、運用原資を融通し定額制を実現– 利用者の負担を低減し、スパコン利用のハードルを下げた• 多様な計算機環境の提供– 超並列計算機、GPU搭載機、大容量メモリ搭載機など多様な資源を提供– 最新の計算機が利用できるようにシステムの半分を2年ごとに更新→ ITOでは全体を一括して更新• スーパーコンピュータの利便性向上に向けた研究開発– 計算科学研究者と計算機科学研究者の協同により、ユーザの利便性改善を目的に研究• 利用促進普及活動– SCを含む国内外の学会等での成果報告、広報活動• 全ノード利用のベンチマーク– 大規模な計算資源を用いた先端科学アプリの性能測定機会の提供• ユーザプログラムのチューニングサービス

21– 機械学習やデータサイエンス研
究のサポート• データサイエンス研究に必要なHW/SWシステムの整備• パブリッククラウドの導入による新しいスパコン利用領域の拡大– 新サービスによる裾野拡大• ファイル課金制度– CPU時間と別体系、データサイエンス系の研究に細かく対応• フロントエンド機能の強化• OSSの環境整備• 外部連携• 低消費電力化– 運用コストの大部分を占める電力料金の低減は急務– 電力あたりの演算性能が高い
GPUコンピューティングの支援– 再生エネルギー利用のコン
ピューティングの検討
電力使用量の推移
電力使用量 [kWh]• 利用者数・利用分野の拡大

15,000,000
10,000,000
5,000,000
02010

2011

2012

2013

年度

2014

2015

22

• スパコン利用者による研究事例の紹介として、2017年4月に実施した「先端的計算科学研究プロジェクト成果報告」（2016年度の先端的計算科学研究プロジェクト利用者による報告会）で発表された研究の概要を紹介します• 発表資料等がWebページに掲載されていますので興味を持った方は是非ご覧ください– https://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/users/forum/– 研究用計算機システムホームページの「お知らせ」＞「フォーラム・シンポジウム」からたどれます23

Fig. 2: Computational domain

Fig. 3: Grid around car body

安倍 賢一 (九州大学 大学院工学研究院)「壁面乱流特性スケールを反映した LES/RANS ハイ
ブリッドモデルによる自動車空気力学における流体現象の予測精度改善の検証」
簡易車体形状モデル周りの乱流を計算。粗めの格子でも実験結果に近い抵抗係数を得られることを確認。
FrontFlow/redを使用。

古山 通久 (九州大学 稲盛フロンティア研究センター)「固体酸化物形燃料電池電極における網羅的安定表面構造の探索と酸素解離反応機構の解析」
高効率燃料電池の電極構成を探るため、様々な原子の組み合わせについて計算を実施。
16ノード単位で計算。第一原理計算ソフトウェア
VASPを使用。

24

難波 優輔 (九州大学 稲盛フロンティア研究センター)「大規模第一原理計算を用いた担時金属ナノ粒子の電子状態解析」
金属ナノ粒子の構造・電子状態の解析。Pt原子数200以上・粒径2nm以上のモデルの第一原理全電子状態計算に成功。従来より厳しい収束条件での最適化により現密度の高い結果の取得に成功。
CX400 128ノードを使用。第一原理計算ソフトウェアVASPを使用。

石元 孝佳 (九州大学 稲盛フロンティア研究センター)「大規模計算を活用した金属ナノ粒子の機能発現機構に関する第一原理計算」
原子数の大きい金属ナノ粒子の計算のため再規模計算を実施。既報の計算サイズを上回る世界最大サイズの金属ナノ粒子の電子状態計算に成功。
CX400 256ノードを使用。第一原理計算ソフトウェアVASPを使用。

25

近藤 正章，坂本 龍一 (東京大学 大学院情報理工学系研究科)「大規模スーパーコンピュータにおける電力資源管理システムのスケーラビリティ評価」
HPC事業室と協力し、電力制約内でジョブスケジューリングを行うスケジューラをHA8000に導入。最大消費電力制約下での最適なジョブ実行やエネルギー効率の高いジョブ実行などが行えることを示した。

井上 弘士, 小野 貴継 (九州大学 大学院システム情報科学研究院)「スーパーコンピュータにおける電力性能最適化フレームワークの評価」
LSIの製造ばらつきによりCPU/DRAMの性能と消費電力の関係が一定ではないことを踏まえた性能推定方法を開発し、HA8000にて多ノードでの性能予測実験を実施。平均10-15%の予測誤差で推定に成功。

26

プラズマ流
電子数密度の分布

高橋 裕介 (北海道大学 大学院工学研究院)
柴村 英智 (九州先端科学技術研究所)「エクサスケール向け通信ライブラリACPの性能評 「地球大気再突入時における小型衛星の空力加熱・電磁波挙動解析に対するCFD-FDTDソルバーの特性価と高度利用技術の実証実験」
片側通信ライブラリACPの性能評価を実施。基本ベ 評価」
ンチマークに加えて、粒子系シミュレーション、ス 再突入時の通信ブラックアウトの低減化を目指し、テンシル計算、マスターワーカープログラムを使用。 プラズマ流と電磁波挙動を解析。
さらにバックエンドと可視化ノードの連携利用実験 CX400 128ノードを使用。JAXAのFaSTARを使用。
も実施。

27

荻野 正雄 (名古屋大学 情報基盤センター)「沿岸構造物におけるFEM-SPH法による大規模シミュレーション」
流体解析および流体剛体連成解析のV&V。大規模な橋梁流出シミュレーションを実行。
REVOCAP_Couplerによる粒子法コードとFEMコードの連成。

山田 和豊 (九州大学 大学院工学研究院)「格子ボルツマン法を用いた最適設計ファンの空力性能・騒音評価」
小型ファンやレンズ風車の乱流解析。GAによる空力最適化なども実施。小型で高出力のレンズ風車を設計することに成功。

28

古川 雅人，齋藤 誠志朗 (九州大学 大学院工学研究院)「遷音速軸流圧縮機における衝撃波を伴う複雑内部流動現象の解明」
先進ガスタービン用2段遷音速軸流圧縮機における遷音速流れ場の解析、総計算セル数約4.5億の格子計算。有限体積法により計算し、10TB超のデータを出力、後処理を行い渦構造を可視化。

大川 恭行 (九州大学 生体防御医学研究所)「大規模情報処理パイプラインによる次世代シークエンサーによるエピゲノム解析」
蛋白質等の電子顕微鏡画像から立体構造を算出する解析や、塩基ゲノムへのアラインメント等の統計処
理をCX400にて並列高速化。TB級のデータの扱いが課題となることを確認。

29• 九大起業部の会社第1号、ソフトウェア開発にITOを利用と新聞報道

30• 九州大学情報基盤研究開発センターの沿革・組織・提供サービス・研究事例などを紹介した• 九州地方に限らず中国地方・四国地方を含めた西日本のHPCのハブとして、またJHPCN/HPCI参加拠点として、そしてもちろん全国共同利用施設として、さらに貢献していく予定• 夕方には最新のスーパーコンピュータシステムITOの紹介と見学会もあります。是非ご参加ください＆ご利用ください。
– 総理論演算性能 約10PF– Skylake-SP 2000ノードと+ Pascal*4搭載128ノードのバックエンド– 事前資源予約制160ノード（Skylake-SP）の基本フロントエンド– 12TBメモリの大容量フロントエンド– クラウド連携サービス– 25PBのストレージ– Infiniband EDRによるFull Bisection Bandwidth Fat Tree