次世代シーケンス解析室（NGS室）概要
https://www.lif.kyoto-u.ac.jp/dynamiclivingsystems/cat_microscopes/nsg/

室⻑：上村 匡委員： ⼭銅 ゆかり
吉⽵ 良洋
服部 佑佳⼦
河内 孝之
碓井 理夫

⽣命次世代シーケンス室（NGS室）概要
室⻑：上村 匡＜保有機器＞
Illumina
Nextseq500
シーケンサーhttps://www.lif.kyoto-u.ac.jp/dynamiclivingsystems/cat_microscopes/nsg/＜利⽤⽅法＞
1. 機器利⽤ (Nextseq, C1)・利⽤者が必要なキットや消耗品を準備
・NGS室が利⽤をサポート

2. 受託解析 (Nextseq)
・NGS室が⽤意するキットや消耗品を使⽤
DNA/RNAサンプルの受付

Fluidigm
C1
シングルセル
核酸調製システム

ライブラリ調製Nextseq500によるシークエンス解析
シークエンスデータ(FASTQファイル）の返却

実績：120~の解析依頼
1,400~のライブラリ調製特長!""#$%&'()*+,)-.//• 研究ニーズに合わせた高い柔軟性
幅広いアプリケーションをサポートし、リード長の選択と複数のデータ出力の設定が可能• 迅速なデータ取得
スピードが重視される研究のための迅速なデータ生成と、X(YZ,)-U4/98/LU[)'1,Q\R]^
基礎研究の加速が可能• 傑出したデータ品質
Prepare Library | Sequence | Analyze Data
8/9@/\R]^:_`;<@//LMANOPQAR

実績ある Sequence by Synthesis（SBS）ケミストリーにより困難なホモポリマー領域でも高品質な結果を提供

ST48/UVW',)QAR

3a!bZ,)-U8/9./LU[)'1,Q\R]^• タッチパネル操作と簡単なデータ解析

c98/\R]^:_`;<
DNA からデータ出力までが自動化され、さらに合理化

表 2：NextSeq 550 システムパフォーマンス項目
NextSeq 550 システムパフォーマンス項目 a
フローセル設定

リード長アウトプット100 〜 120 Gb

75 bp × 2

50 〜 60 Gb

75 bp × 1

25 〜 30 Gb

11 時間

150 bp × 2

32 〜 39 Gb

Q30 以上の塩基が26 時間
LMN2234356789O;<P>*K7
75% 以上75 bp × 2

16 〜 19 Gb

最大 8 億ペアエンドリード

中出力フローセル
最大 1.3 億シングルリード
最大 2.6 億ペアエンドリードd(YZ,)-

以上の塩基が のスキャンが可能
Q30• 選択したイルミナ
BeadChips
時間
29 01234356789:;<!=>?=>@AB7
75% 以上アレイで差次的メチル化
Infinium™
MethylationEPIC
CD,E!-."*:F2G3H@IJ?K
Q30 以上の塩基が領域を決定したり、選択した
CytoSNP アレイを用いた
18 時間

150 bp × 2
高出力フローセル
最大 4 億シングルリードされたバイオインフォマティクスにより、データ解析をローカルか、クラウド上で選択して実施できる
ランタイム
データ品質
必要なインプット量

98c\R]^:_`;<
コピー数バリアントの計測が可能80% 以上Q30 以上の塩基が80% 以上

TruSeq™ ライブラリー調製キット
使用時 100 ng 〜 1 µg

はじめにCD,E!-."* :F2G3H@IJ?K
Q30 以上の塩基が15 時間
80% 以上4\R]^:;<QAR
NextSeq 550 シーケンスシステムは、実績あるイルミナの次世

a. 時間は NextSeq 550 システム上で実施するクラスター形成、シーケンス、ベースコールを含みます。据付時の仕様は、イルミナ
PhiX コントロールライブラリーを使い、サポー代シーケンサー（NGS）に、高い相補性のあるマイクロアレイ
ト範囲内でのクラスター密度（129 〜 165 k/mm2 パスフィルタークラスター）を基にしています。実際のパフォーマンス項目は、サンプルの種類、クオリティ、そしてパスフィルタースキャンに加えた革新的なシステムで、ハイスループットのパワークラスターに依存します。 Q30 以上の塩基の割合は、そのラン全体の平均値です。
https://jp.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/apac/japan/documents/pdf/products/datasheets/nextseq-550-system-spec-sheet-770-2013-053-jpn.pdf

受託解析の流れ
・受託解析を依頼される場合には計画段階でご相談ください。

次世代シーケンス室

解析依頼者
お問い合わせ(メール)

解析計画の立案
事前打ち合わせ

計画の確認

解析可否の判断、計画・費⽤の確定サンプルの準備

サンプル・申請書の提出

解析の開始
サンプルQC

結果の確認

ライブラリ調製進捗状況の報告
解析結果の報告

シーケンス解析・研究計画の相談も受け付けていますので、お気軽にお問い合わせください。
・年度末は特に込み合いますので、早めにお問い合わせください。

・受託ライブラリ調製については、主に以下のサンプル・解析を受け付けています・Total RNA
・ mRNA-seq
・Genomic DNA
・ DNA-seq (whole genome sequencing)・Fragmented DNA ・ ChIP-seq, Cut&Run など
・ライブラリ調製から依頼される場合には、以下のサンプル条件を満たしていただく必要があります。
（サンプル量についてはこれに満たない場合でも受付できる場合もあります）
sampleconc.

amountQuality

DNA-seq

Purified
genomic DNA> 20 ng/µl> 200ng

No degradation

mRNA-seq

Purified
total RNA

> 50ng> 500 ng

RIN > 8.0

ChIP-seqなど

FragmentedDNA

サイズ分布の⽬安:
100-400bp

・ご⾃⾝で調製されたライブラリの定量およびシークエンスも受け付けています。
・柔軟に対応致しますので、お気軽にお問い合わせください。

連絡先：⽣命NGS室

ngs[at]lif.kyoto-u.ac.jp

https://www.lif.kyoto-u.ac.jp/dynamiclivingsystems/cat_microscopes/nsg/

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