http://metadb.riken.jp
ライフ系データの流通・統合を目指した理研メタデータベース運用の試み
戀津

1
1,2
2,1
魁 , 小林 紀郎 , 桝屋 啓志

1. 情報基盤センター 2.

バイオリソースセンター

概要

データベース一覧

ライフサイエンス特有の多様で複雑な研究成果データの説明や統合のためにメタデータの活用が始まっており、高度なデータ解析への応用が期待されている。理化学研究所においてもデータ産出機関としてこの潮流に乗った形で研究データの公開を進め、世界規模で研究データの活発な流通、データ統合、利用促進を図るために、理研メタデータベース(http://metadb.riken.jp/)を開発した。理研
メタデータベースはメタデータ基盤の世界標準仕様であるResource Description Framework (RDF)に準じて設計された、複数のデータベースを公開できるデータベース公開基盤である。データ公開者は、RDF の知識がなくてもデータ作成ができる。具体的には、表形式データ(スプレッドシート)を利用したテンプレートにRDF リソースを入力することでデータを作成することができ、当該基盤上でRDF に変換することで世界標準の形で公開が可能となる。さらに、表形式でデータを表示するGUI(グラフィカルユーザインタフェース)が備わっており、RDF におけるグラフ・クラス・インスタンスの概念を利用し、それぞれの概念に応じた分かりやすい閲覧が可能である。グラフは個別のデータベースに対応しており、個別のデータベースについての情報の閲覧と、データベース間を横断した閲覧・検索を両立している。

・理研データベース電話帳
・FANTOM5 SSTAR
・FANTOM4・FANTOM eeDB
・BRC マウスリソース表現型メタデータ（ベータ版）
・BRC細胞リソースメタデータ（ベータ版）
・JCM微生物リソースメタデータ（ベータ版）
・NBRPメダカ表現型メタデータ（ベータ版）
・SSBD: 生命動態システム科学の統合データベースに登録されている定量データと顕微鏡画像セットのメタデータ
・FOX Hunting
・RIKEN Arabidopsis Activation tagging line
・DS tag line
・SSBC (Systems and Structural Biology Center)
・RIKEN Protein Database
・RIKEN Harima Heavy-atom Database [Data]
・Bacpedia (Riken Harima SPring8-Center)・Bacpedia data download project・The Rice Gene From RAP-DB
・理研 Plant gene family
・理研 Ortholog
・シロイヌナズナ変異体フェノーム情報・理研 RARGE Promoter
・Gramene O.sativa GO Annotation [Data]
・Promoter collection for genome design
・理研 RARGE Transposon Mutant
・理研 RAFL cDNA
・RIKEN Arabidopsis Phenome Information Database
・RAPID: Resource of Primary Immunodeficiency Diseases
・理研 RARGE Alternative Splicing
・理研 シロイヌナズナ転写因子データベース (RARTF)
・ARTADE2 予測遺伝子モデル データベース
・Sorghum bicolor gene
・Cerebellar Development Transcriptome Database・Codon Usage Database・Selaginella moellendorffii gene・タンパク質実験・構造統合データベース
・Pfam
・Domain・遺伝子組み換え生物等の規制
・SMART・Bacterial Transcriptional Regulations
・Populus trichocarpa (JGI v1.1)
・Vitis vinifera gene
・植物フェノーム・A.thaliana cDNA・Genome Annotation
・Plant Small RNAs
・フェノームミーティング・AraCyc Pathway (BioPAX Level2)
・PDFファイルリポジトリ
・科学誌一覧
・JavaScriptサンプル集
・Experimental condition
・Supp Data
・Evidence Code Description
・合理的ゲノム設計：パーツ集・配列設計プロジェクト
・SciNeS公開仕様集
・SciNeSデータ構造
・A.thaliana locus
・GO Evidence Codes
・Ontology template
・Entrez Human
・TAIR PO Annotation[growth]・TAIR PO Annotation[structure]
・Human Ensembl Gene
・Protein Data Bank・Entrez Rat
・RefSeq Human
・HGNC
・Biorel・MGI gene - Gene Ontology
・TAIR GO Annotation
・MGI Strains and Polymorphisms
・MGI Allele-Mammalian Phenotype
・HGNC-OMIM
・TIGR Rice Gene Models
・Genome Sequence・A.thaliana gene・InterPro・Rat Genome Database
・Rat Ensembl Gene
・Dog Ensembl Gene
・Chimpanzee Ensembl Gene・Mammalian Ortholog
・miRBase (Sanger Institute)・Dublin Core Metadata
・MGI gene-MP link
・NAR Categories
・MGI Alleles
・GenoCon 2010
・コンテスト公開プロジェクト（フラグ用）
・Portal Page
・植物統合データベース
・SemanticTable
・synthetic-biology.jp
・Swiss-Prot・植物リン酸化プロテオームデータベース
・Entrez Mouse
・理研哺乳類統合データベース
・実験テンプレート
・ダウンロードファイル保存場所
・DNA in RIKEN BioResource Center
・Type project・TAIR Annotation

メタデータの作成・流通を容易に①スプレッドシートに記入②システムでRDFに変換③メタデータベースで公開④SPARQL検索
RDFダウンロード

世界標準仕様スプレッドシートからデータベースへスプレッドシートを利用し記述する。上4行分の内容がRDFのプロパティとなり、GUIにおけるテーブル画面でのヘッダーに対応する。

理研メタデータベースのGUI紹介
トップページ

テーブル画面（クラス）

データベース絞り込み

カード画面（インスタンス）
一行分の情報を詳細表示

データベース一覧
データ検索

エンドポイント

カード画面（読み込み）

ダウンロードRDFのダウンロード

SPARQLクエリを実行しデータベースを横断した検索が可能

別のカード画面を読み込み

各種メタデータのダウンロード
逆リンク情報も取得・表示

個々のデータベースの独立性とRDFによる柔軟な接続・横断的な検索や閲覧を実現