定期提出書類と立入検査における留意事項

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公益法人のガバナンス・情報開示と監督の概要
法人による自己規律と情報開示

行政庁による監督

公益法人

行政庁

社員総会（社団）、評議員会（財団）理事、監事の選任、解任

説明（求めに応じ）

理事会
報告

選定、解雇

代表理事

監査

立入検査・報告徴収（事業の適正な運営を確保するため必要な限度で実施）

説明（求めに応じ）

監事
会計監査人（大規模法人は必置）

勧告・命令（認定取消事由に該当する相当な疑いがある場合）

認定取消し（認定基準不適合、欠格事由該当、命令違反等の場合）

書類の作成・備置き
財産目録、役員名簿、役員報酬支給基準、定款、社員名簿（社団）、事業計画書、事業報告、計算書類（貸借対照表・損益計算書）等

内閣総理大臣・
都道府県知事
諮問

答申・
勧告

公益認定等委員会
・都道府県の合議制の機関

事業計画書・事業報告等（定期提出書類）の提出（毎年度）

公益目的事業の実施

財産目録等
閲覧請求

財産目録等
閲覧請求

処分の公表・公示

国 民２

公益法人に対する監督の基本的考え方＜公益法人に関する法令の規定＞【旧制度】 主務官庁に広範な裁量→【新制度】 各種の要件・基準等を明確に規定

 公益認定法 （認定基準、欠格事由、公益法人が遵守すべき規制、行政庁等による監督など）
 一般法人法 （法人の社員、機関（社員総会、評議員会、理事会、理事、監事等）、会計、など）【公益認定法】 公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律【一般法人法】 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律

公益法人

行政庁

法令・定款に基づく法人自治
適切な情報開示

公益認定等委員会（都道府県の合議制の機関）(1) 法令で明確に定められた要件に基づく監督(2) 法人自治を大前提としつつ、民による公益の増進のため公益法人が制度に適切に対応できるよう支援(3) 制度の信頼確保のため必要な場合は、問題ある法人に対し迅速かつ厳正に対処(4) あらゆる機会（認定審査、定期提出書類等の確認、立入検査など）を活用して法人の実態を把握「監督の基本的考え方」（平成20年11月21日 内閣府）より3

定期提出書類

4定期提出書類を提出する際の留意事項①○事業報告等（公益法人）① 当該年度の計算書類等及び前事業年度の事業報告等と整合がとれているか。
② 決算承認のための社員総会（評議員会）と理事会の開催間隔は適切か。
③ 役員等の変更がある場合、届出等は適切に行っているか。
④ 未認定の事業を実施していないか。
⑤ 収益事業を実施している場合、利益はきちんと生じているか。収益が０円以下である場合には、その理由や今後の改善方策を説明しているか。
⑥ 公益目的事業の事業収益を法人会計に計上していないか。剰余の５０％以上の繰入は行っているか。
⑦ 収支相償の充足に関し、前年度剰余金の加算忘れはないか。
⑧ 特定費用準備資金は、積み立て要件を満たしているか。
⑨ 不透明な資産運用・短期貸付がないか、多額の未払金がないか。
⑩ 管理費（法人会計）に計上すべき事務所賃料・役員報酬等が事業費に配賦されていないか。
⑪ 必要な添付書類の添付漏れはないか。
⑫ 提出期限を遵守しているか。
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定期提出書類を提出する際の留意事項②○

事業計画書（公益法人）① 公益認定（変更認定）時の申請内容から乖離した記載はないか。
② 決算において財務３基準を満たしていない場合、解消策を翌年度以降の事業計画に盛り込むことが必要。
③ 正味財産が赤字（又は僅少）とならないか（公益法人では、事業を適切に実施するための財政基盤が求められる）。

（参考）

○

公益目的支出計画実施報告書（移行法人）① 純資産額が公益目的財産額を大幅に下回っている場合は、公益目的支出計画の確実な実施確保のため、純資産額 の流出 を止める手立てが必要。
② 支出が計画に比べ著しく少なくなっている場合は、公益目的支出計画の変更認可申請が必要。
③ 計画期間の延長が確実な場合は、変更認可申請が必要。
④ 正味財産増減計算書内訳表の添付漏れはないか。

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事業報告等から見えてくるもの①＜指摘が目立つ項目＞
１．財務３基準未充足※収支相償については、単年度の収支が必ず均衡するよう杓子定規に求めるものではなく、翌年度以降の計画的な解消等によって中長期的に収支が均衡すれば、これを充たすものとして運用している。
※「新型コロナウイルス感染症の拡大に伴う公益法人等の運営に関するお知らせ」（令和３年５月１８日 内閣府）

２．理事会・社員総会（評議員会）の開催（例）決算承認に関する理事会と評議員会の承認手続が逆転。
計算書類等を承認するための理事会の開催日と社員総会・評議員会の開催日との間を中１４日間以上空けていない（同日開催）。

３．財産目録等の作成（例）共用財産の共用割合の記載がない。

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事業報告等から見えてくるもの②
４．事業の実施に関する概要（法人の事業の適正な運営）（例）認定を受けていない事業を実施している。

５．区分経理の状況（例）賛助会費の使途の定めに係る規程がないまま、法人会計に配分。

６．役員報酬等の支給基準（例）常勤等理事の報酬額を理事長が定める規程となっていた。
役員報酬の支出として選考委員への報酬を計上。
例年２回開催する理事会を４回開催したため、監事への報酬額が年間限度額を超過。

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事業報告等から見えてくるもの③
７．技術的能力の有無（例）会計処理、提出書類の手続き及び内閣府対応の一切を行政書士法人へ委任。
同法人はさらに事業報告等の作成を税理士事務所に依頼。
委任業者は多忙を理由に対応に時間を要し、法人の窓口担当がおらず、代表番号への直接連絡は不能。

８．公益目的事業財産の利用状況（例）寄附金の使途を定めた規程がなく、寄附者の使途指定が不明確のまま法人会計に配賦。

９．その他（例）監事監査報告書に理事の職務の執行に係る監査意見が付されていない。

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立入検査

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公益法人に対する立入検査の考え方（立入検査の観点）

 「公益法人の事業の適正な運営を確保するために必要な限度において」（第27条第1項）
・・・法令で明確に定められた公益法人として遵守すべき事項に関する法人の事業の運営実態を確認する観点から実施※認定法２７条１項： 行政庁は、公益法人の事業の適正な運営を確保するために必要な限度において、公益法人に対し、（省略）、その職員に、当該公益法人の事務所に立ち入り、その運営組織及び事業活動の状況若しくは帳簿、書類その他の物件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができる。

（立入検査の実施頻度等）

 公益認定後第1回の立入検査はできるだけ早期（認定後おおむね1～3年以内を目途）に実施するよう努める。第2回以降は直近の立入検査実施後3年以内に実施（立入検査の実施方法等）
 各種情報（認定審査の際の申送り事項、定期提出書類、変更届出、報告徴収で得た情報、外部から提供された情報等）を活用し、立入検査でなければ確認困難な事項（公益目的事業の実態など）を中心に、重点的に検査を実施。検査現場の状況等に応じ臨機応変に対応
 法人運営全般について、理事・監事など法人運営に責任を持つ者から説明を求める
 必要に応じ、制度への理解を深め、適切な法人運営を支援する観点から、制度の詳細について説明等を行う（問題ある法人に対する立入検査の実施）

 公益認定の基準や欠格事由等に関連する法人の問題点が発覚した場合→ 問題点の重大さを勘案し、適時適切に立入検査を実施「立入検査の考え方」（平成21年12月24日（平成26年5月14日一部改訂） 内閣府）より

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標準的な立入検査について
１．事前の連絡等① 対象法人の決定（通常６月～７月）後、行政庁から法人へ連絡（７月以降）があり、日程を調整② 法人への正式な通知は、検査実施日の１か月前を目途に行政庁から発出
２．検査当日の標準的なスケジュール（一例）（午前） 〇行政庁職員（２名以上）から立入検査の趣旨等について説明〇法人の運営に責任を持つ役員等から法人概要について説明、意見交換
・説明者は、代表理事又は業務執行理事が最適、状況に応じて監事や事務局長等が補足
・説明内容は、運営組織の管理や事業活動の実施についての現状、困っている点、今後の見通し等（昼食） 行政庁職員だけで食事（概ね１時間）（午後） 〇ガバナンス関係、会計処理、財産管理等について検査実施・各種書類等の確認、事務局長や各担当者から聴き取り調査・事務所（特に金庫・通帳・公印等の保管）の状況や関連施設等の現場確認〇行政庁職員だけで検査内容の打合せ、結果とりまとめ〇検査結果を講評、検査終了12

３．必要書類等（ご準備いただきたいもの）○事業報告書○事業計画書○社員総会又は評議員会の議事録、理事会の議事録○計算書類等の備置き書類○定款○役員等名簿、社員名簿（公益社団法人のみ）〇組織図、従業員名簿○内部規程類（全ての規程と一覧表）〇経理関係の帳簿、契約関係の書類〇役員等の就任承諾書・履歴書、欠格事由に係る確認書・兼職届○認定申請書（変更認定及び変更届を含む）○事業関係資料（機関紙、広報誌、各事業のパンフレット等）○その他・寄附の内容がわかる書類（募集の資料、寄付者からの寄附金申込書等）
・資産取得資金、特定費用準備資金に関する書類 等

13立入検査での確認ポイント①～ 公益目的事業等の実施状況 （変更認定・変更届出が必要な場合等） ～＜公益目的事業等の実施状況に関する主な留意点＞
 公益目的事業等が認定申請書や定期提出書類に記載された内容のとおり実施されているか 認定申請書に記載されていない事業が実施されていないか 公益目的事業において不特定多数の者の利益の増進は図られているか 事業の実施に当たり、法人関係者や特定の個人・団体等に対し特別の利益を与えていないか＜変更認定が必要な場合＞（第11条）＜変更届出が必要な場合＞（第13条）【公益目的事業等の変更関係】
・公益目的事業の種類又は内容の変更がある場合
・収益事業等の内容の変更がある場合
ただし、公益目的事業・収益事業等の内容の変更であっても申請書の記載事項の変更を伴わない場合
は、変更届出

【公益目的事業等の変更関係】
・公益目的事業・収益事業等の内容の変更で、申請書の記載事項の変更を伴わないもの※公益目的事業における受益の対象や規模が拡大する場合など、事業の公益性についての判断が明らかに変わらないと認められる場合は、変更届出で可【その他関係】
・公益目的事業を行う都道府県の区域又は主たる事務所・従たる事務所の所在場所の変更（ただし、行政庁の変更を伴わない場合は、変更届出）※事業の日程や財務数値など、毎年度変動することが一般的に想定されるような事項の変更は、変更届出も不要【その他関係】
・法人の名称又は代表者の変更
・公益目的事業を行う都道府県の区域又は主たる事務所・従たる事務所の所在場所の変更で、行政庁の変更を伴わないもの・定款の変更・理事、監事、評議員、会計監査人の変更
・役員報酬等の支給基準の変更
・事業を行うに当たり必要な行政機関の許認可等の変更
14立入検査での確認ポイント②～ 法人の財務状況（認定基準への適合性等） ～＜法人の財務状況に関する主な留意点＞（経理的基礎関係）

 会計処理や財産管理、計算書類等の作成や監査等は適正に行われているか 法人の財政基盤（借入金の状況、寄附金や会費等収入の見通し、財団における純資産額など）に問題はないか
 計算書類の承認手続きは適切か（公益目的事業財産関係）

 公益目的保有財産について、目的外使用はないか。共用財産について使用割合は適正か
 寄附金、会費、補助金等について、適切な収入計上、運用・管理が行われているか 公益目的取得財産残額について、正しく算定されているか 財産目録等の記載と管理財産が合致しているか（役員報酬関係）

 役員等の報酬が、支給基準に基づき適正に支給されているか。支給基準を公表しているか15立入検査での確認ポイント③～

法人のガバナンス （法人の機関運営等） ～＜法人のガバナンスに関する主な留意点＞
 社員総会・評議員会や理事会は適切に開催されているか。招集、決議等の手続は適正か 重要な決定事項について、法人内部での機関決定が適切に行われているか。
 代表理事等の業務報告は行われているか。
＜公益法人の機関に関する一般法人法、公益認定法の主な規定＞【社員総会・評議員会】
・権限：一般法人法又は定款で定める事項を決議（法人法第35条第2項、第178条第2項）

・招集：理事会決議が必要（法人法第38条第2項、第181条第1項）
・決議：評議員会は書面評決・代理評決とも不可、社員・評議員全員の同意で決議・報告の省略が可能（法人法第58条、第59条、第194条、第195条）【理事会】 ←公益法人は必置（認定法第5条第14号ハ）・権限：法人の業務執行決定、理事の職務執行監督等（法人法第90条、第197条）・招集：開催通知（理事・監事全員の同意で招集手続省略が可能）（法人法第94条、第197条）

・決議：書面評決・代理評決とも不可、定款の定め＋理事・監事全員の同意で決議の省略、全員への通知で報告の省略が可能（法人法第97条、第98条、第197条）※法人の機関決定が適切に行われない場合～訴訟により社員総会・評議員会の決議が不存在、無効（決議の内容が法令違反の場合）、取消し（招集手続や決議の方法に瑕疵がある場合、決議の内容が定款違反の場合等）となる可能性あり（法人法第265条、第266条）※役員の責任・法人に対する損害賠償責任（任務を怠ったとき）（法人法第111条、第198条）

・第三者に対する損害賠償責任（悪意又は重大な過失があったとき）（法人法第117条、第198条）

・一般社団法人の社員による役員の責任追及の訴え（法人法第278条）
・理事・監事等の特別背任罪、法人財産処分罪、贈収賄罪、その他一般法人法・公益認定法に定める罰則（法人法第334条～344条、認定法第62条～第66条）（代表理事等の職務執行状況報告は省略不可）
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立入検査での確認ポイント④～

法人の情報開示 （法定書類の備え置き・開示と定期提出書類の提出） ～＜法人の情報開示に関する主な留意点＞
 計算書類等の法令で定められた書類が、法人の事務所に適切に備え置かれ、閲覧可能な状態になっているか 定期提出書類（事業計画書等、事業報告等）が適切に作成され、行政庁に提出されているか＜公益認定法等の定める備置き書類＞

事業計画書等※何人も閲覧可能（認定法第21条第4項）

・事業計画書、収支予算書、資金調達及び設備投資の見込み（認定法第21条第1項）
・財産目録
・役員等名簿、役員報酬等支給基準
・キャッシュフロー計算書（会計監査人設置法人）
・運営組織及び事業活動の状況の概要及びこれらに関する数値のうち重要なものを記載した書類（「別紙１」）（以上認定法第21条第2項）

・社員名簿（法人法第32条）
・計算書類等（法人法第129条、第199条）（貸借対照表、損益計算書、事業報告及びこれらの附属明細書、監査報告・会計監査報告）
・定款（法人法第14条、第156条）
・特定費用準備資金、資産取得資金、５・６号財産に関する書類（認定法施行規則第18条第3項第5号、第22条第4項・第5項）＋

毎事業年度開始の日の前日までに行政庁に提出（認定法第22条第1項）

・提出書
・理事会等の承認を受けたことを証する書類

定期提出書類・提出書
・「別紙１」に記載された事項及び数値の計算の明細等
別紙２：法人の基本情報及び組織について
別紙３：法人の事業について
別紙４：法人の財務に関する公益認定の基準に係る書類について＋（別表A：収支相償関係）（別表B：公益目的事業比率関係）（別表C：遊休財産規制関係）（別表D：他の団体の意思決定に関与可能な財産）（別表E：経理的基礎関係）（別表F：各事業に関連する費用額の配賦）（別表H：公益目的取得財産残額関係）
・別紙５：その他の添付書類 （滞納処分に係る国税・地方税の納税証明書等）

事業報告等

毎事業年度の経過後3か月以内に行政庁に提出（認定法第22条第1項）

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立入検査における主な指摘事項(単位：件）（内閣府における立入検査実施実績）
平成２７年度

764

２８年度

２９年度

633

697

３０年度

令和元年度

670

２年度

617

３年度

322355

年度は通常の会計年度（各年4月1日から翌年3月31日まで）＊ 直近３年間（令和元年度～３年度）に実施した延べ１，２９０法人の立入検査結果、 指摘事項が多い項目は以下のとおり。
①規程の未整備、運用誤り（２４％）②備え置き資料、議事録不整備（１７％）③会計処理が不適切（１０％）④現金・印鑑・金庫管理が不十分（９％）⑤代表理事等の理事会での報告がない又はその確認ができない（８％）

次の円グラフのとおり、①と②で全体の約４割、③～⑤の合計は全体の約３割を占める。

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令和元年度～令和3年度立入検査における主な指摘事項

（参考）主な指摘事項に関するチェックリスト
１．規程の未整備 （例示）①印章・公印に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）②会計・経理に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）③謝金に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？）④個人情報保護に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）⑤旅費・交通費に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）⑥寄附金に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）⑦委員会・選考等に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）⑧古い規程を使用 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）２．規程の不遵守①規程と実態の不一致 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②役員報酬関係（報酬と見なされる実費以上の交通費） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）20

３．備え置き資料の整備①全く整備していない （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②一部に不備あり （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③ファイリング等が必要 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）４．議事録の不備①業務執行報告の未記載 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②必要事項の記載漏れ （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③個別決議の未記載 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）④議事録作成者氏名の記載漏れ （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）⑤作成していない （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）５．会計処理が不適切①公益目的事業会計の処理（公益目的事業との関連性なし、法人会計で計上すべき） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②勘定科目の誤り （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③経理処理体制（チェック・監査機能なし、契約関係業務の改善）（ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）2
1

６．現預金・印鑑・金庫の管理不十分①保管状態（通帳と印鑑を一緒に管理、無施錠、法人外での保管） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②牽制体制（担当一人で管理、ダブルチェックなし） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③公印使用簿（公印管理台帳）、現金出納簿の不備 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）７．理事等の理事会での業務報告なし①必要回数を満たしていない （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②代読・一括報告している （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③報告していない （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）８．社員総会・評議員会の招集決議等の不備①一括決議（個別協議をしていない） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②決議の省略（監事は同意でなく「異議なし」） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③招集手続（理事会決議なし、計算書類等の未送付） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）④開催間隔（中２週間以上開けていない） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）22

９．変更認定・変更届出等の未提出①変更認定申請（認定時に記載のない事業の実施） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②変更届出（事業の一部拡大、役員改選、事務所移転、定款変更） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）１０．その他①役員等の欠格事由関連（履歴書、確認書、保管期限等） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②選考基準・委員会運営等 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③監事の職務執行関連（理事会出席、監査業務） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）④法人の独立性（法人名称表示、事務所賃貸借契約、業務委託契約、出向契約） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）

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参考情報
※ 公益法人infomation（https://www.koeki-info.go.jp/）の『公益法人の皆様へ』
こちらに、法人運営に役立つ情報や、行政庁への変更認定申請・変更届出、定期提出書類に関する情報などを掲載しています。
公益法人の運営について
 公益法人の各機関の役割と責任

変更認定申請・変更届出、定期提出書類に関する事項
 各種申請様式と手引き 公益目的事業に係る変更認定・変更届出ガイド

行政庁による監督
 監督の基本的考え方
 立入検査の考え方
 法人運営における留意事項

参考 公益認定等ガイドラインやＦＡＱ（よくある質問への回答）等
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