オンライン講習会の⼿引き「第6回 GPUミニキャンプ」
東京⼤学情報基盤センター
2022年12⽉

質問は下川辺まで：shimokawabe(at)cc.u-tokyo.ac.jp

はじめに• 東京⼤学情報基盤センター（以下，本センター）では2022年12⽉12⽇，19⽇に第197回お試しアカウント付き並列プログラ
ミング講習会「第6回 GPUミニキャンプ」を開催します。
• 本ミニキャンプでは，既存のCPUシミュレーションコードをGPU化する⽅や，
既存の単体GPUコードを複数GPUコードにする⽅などを対象に，Wisteria/BDEC-01システムを活⽤した実践を⾏います。
• GPUミニキャンプでは、参加者がコードやデータセットを持ち込み、GPUに関連した課題に対して、メンターからの助⾔を受けながら、その課題解決に取り組みます。
• 本講習会は，ZoomおよびSlackを⽤いたオンライン講習会として実施します。

• 本資料は，オンライン講習会受講のための事前準備について記載します。
• 本講習会においては，Wisteria/BDEC-01システムへログインできるようになっていることを前提とします。

お願い等• ハンズオンのためのPC，Zoom及びスパコンへ接続するためのネット
ワーク環境は各受講者でご準備ください。
• PCは Windows/Microsoft Update，Apple Security Updateなどで最新のセキュリティアップデートを⾏ってください。
• 必ずウィルス対策ソフトウェアをインストールし，ウィルス検索を実⾏して問題がないことを事前に確認してから受講してください。
• セキュリティ対策未実施の場合はオンライン講習会受講を認めません。

• OSは、Windows、Macどちらでも構いませんが、SSHを⽤いてセンターのスーパーコンピューターへ接続ができることが必要です（後述）。
• 演習の実施に当たり，受講⽣にセンターのスーパーコンピューターを1⽉間利⽤できる無料アカウント（お試しアカウント）を発⾏します。

• PC上のソフトウェア類の準備• スパコンへのログイン• ログインしたら・・・• 講習会で使うコミュニケーションツール
(Zoom, Slack)の設定• 東大情報基盤センターのスパコン

SSH環境の準備• Mac/Linuxの方はTerminalからsshコマンドが実行できればOK– Macは 「アプリケーション」è「ユーティリティ」è「ターミナル」– $ sudo dnf install openssh-clients # RHEL系ディストリビューションの場合– $ sudo apt install openssh-client # Debian系ディストリビューションの場合• Windowsの方の場合，下記の選択肢があります– WSLを使用（インストールに管理者権限が必要．簡単にLinuxを使う方法）– Cygwinを使用（管理者権限は不要だが，手順が煩雑）– OpenSSHクライアントをインストールして，PowerShellから使用– VirtualBox/VMware上に構築したLinuxを使用（中・上級者向け）

Windows向け環境• WSL（Windows Subsystem for Linux）‒ 簡単・お勧め‒ Windows 10以降
‒ 「管理者権限」が必要• Cygwin‒ 以前はお勧めしていたが，インストールがやや煩雑，時間もかかる‒ メモリ・ディスクスペースもそれなりに必要‒ 管理者権限不要• SSHログインのみであれば，Windows PowerShellもしくはWindowsコマンドプロンプトからも可能‒ 管理者権限不要‒ OpenSSH Clientがインストールされていることを確認• 下記に従って確認，インストール（OpenSSH Serverは不要）• https://docs.microsoft.com/ja-jp/windowsserver/administration/openssh/openssh_install_firstuse

5

WSL（1/2）
Windows-Subsystem-for-Linux• Windows 10 Ver.2004 (build 19041) or later, Widows 11‒ Win+r > type [winver] > click [OK]
• 「管理者権限で」PowershellまたはWindowsコマンドプロンプトを⽴ち上げ，下記を⼊⼒すれば⼀通りインストールしてくれる‒ ssh-keygen, cc, gcc，nanoなどはデフォルトでインストール$ wsl --installWSL（2/2）
Windows-Subsystem-for-Linux• Linux環境では・・・もしインストールされていないツール等（e.g. gfortran）があったら，インストール法も指⽰してくれる（下記のようにmakeもインストールできる）$> sudo apt install gfortran$> sudo apt install make• emacs$> sudo add-apt-repository ppa:kelleyk/emacs$> sudo apt update$> sudo apt install emacs26•

頻繁にupdate/upgradeしてください$> sudo apt update$> sudo apt upgradeCygwin: Windows上のUNIXライクな環境
https://www.cygwin.com/• 利用者ガイド– https://cygwin.com/cygwin-ug-net.html• まずやるべきこと– インストーラ（setup-x86_64/32.exe）を予め入手– インターネットに接続し，インストーラをダブルクリック– 以下指示に従ってインストールを進めてください

以下しばらくはCygwinの話
Mac/Linuxの方はスキップしてください指示に従ってください
https://www.cygwin.com/

1

3

2

ダウンロード元のサイトを選択してください。
「jp」ドメインの方がよさそうです4まずはデフォルト機能のインストールからhttps://www.cygwin.com/• 基本的な機能はデフォルトのインストールで入りますが，必要なものが抜けている可能性があります。
– 従ってマニュアルで指定する必要があります– インストーラをダブルクリックすれば後で追加も可能です• 本講義では下記が必要です（デフォルトのインストールでは抜けている可能性あり）– openssh (for all users)– openssl (for all users)• インストールされているかどうかは確認が可能です“openssh”の確認（1/3）

Type “openssh”

“openssh”の確認（2/3）“Keep”と出てきたら“openssh”はインストール済み“openssh”の確認（3/3）“Skip” が現れたら「未インストール」を意味する

以下「openssh」を例にマニュアルインストールの実施方法を紹介する

“openssh”のインストール（1/3）

プルダウンメニューをクリック

“openssh”のインストール（2/3）

適切なバージョンを選択（通常は最新版）

“openssh”のインストール（3/3）

「Skip」のかわりにバージョン番号が出てきたら“openssh” のインストール準備完了（インストールは完了していない）「次へ」をクリックしてインストールを実行“ssh-keygen (OpenSSH)” ：インストールの確認$ ssh-keygen --hssh-keygen: unknown option -- usage: ssh-keygen [-q] [-b bits] [-C comment] [-f output_keyfile] [-m format][-t dsa | ecdsa | ecdsa-sk | ed25519 | ed25519-sk | rsa][-N new_passphrase] [-O option] [-w provider]ssh-keygen -p [-f keyfile] [-m format] [-N new_passphrase][-P old_passphrase]ssh-keygen -i [-f input_keyfile] [-m key_format]
ssh-keygen -e [-f input_keyfile] [-m key_format]
ssh-keygen -y [-f input_keyfile](…)
ssh-keygen -L [-f input_keyfile]ssh-keygen -A [-f prefix_path]ssh-keygen -k -f krl_file [-u] [-s ca_public] [-z version_number]file ...
ssh-keygen -Q -f krl_file file ...
ssh-keygen -Y find-principals -s signature_file -f allowed_signers_file
ssh-keygen -Y check-novalidate -n namespace -s signature_file
ssh-keygen -Y sign -f key_file -n namespace file ...
ssh-keygen -Y verify -f allowed_signers_file -I signer_identity-n namespace -s signature_file [-r revocation_file]“ssh (OpenSSH)” ：インストールの確認$ sshusage: ssh [-46AaCfGgKkMNnqsTtVvXxYy] [-B bind_interface][-b bind_address] [-c cipher_spec] [-D [bind_address:]port][-E log_file] [-e escape_char] [-F configfile] [-I pkcs11][-i identity_file] [-J [user@]host[:port]] [-L address][-l login_name] [-m mac_spec] [-O ctl_cmd] [-o option] [-p port][-Q query_option] [-R address] [-S ctl_path] [-W host:port][-w local_tun[:remote_tun]] destination [command]

その他• Cygwinのインストールに60-90分程度かかる場合もあります• 十分時間のあるときにインストールしておくことをお勧めいたします• PC上のソフトウェア類の準備• スパコンへのログイン• ログインしたら・・・• 講習会で使うコミュニケーションツール
(Zoom, Slack)の設定• 東大情報基盤センターのスパコン

スパコンへのログイン• SSH公開鍵認証（SSH Public Key Authentication, SSH=Secure
Shell）に基づく– パスワード認証よりも安全，と言われている• 手順– Windows：WSLでLinux環境を立ち上げる，Mac・Unix：Terminal起動– ①PC上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を生成する• 秘密鍵，公開鍵• パスフレーズ（Passphrase）：鍵認証のためのパスワード– ②スパコンポータルサイトにログインする• センターから供給された利用者ＩＤ（tVWXYZ）と「初期パスワード」を使用• 本ミニキャンプでは、一般利用のIDも利用可（ただし事前申告が必要）• ポータルサイトにログイン後，パスワード（Password）変更を求められる，字数，使用
文字等に色々規則があるので注意すること– ③スパコンポータルサイトに「公開鍵」を登録する– ④ＰＣからsshによってスパコンにログインする①PC上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を生成（1/3）$ ssh-keygen -t rsa
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/user/.ssh/id_rsa):
Enter passphrase (empty for no passphrase): Your Favorite Passphrase
Enter same passphrase again: Same Passphrase
Enter
Your identification has been saved in /home/user/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/user/.ssh/id_rsa.pub.

Enter
Enter

The key fingerprint is:
SHA256:vt88O+PTcscHkOyabvxGjeRsMWLAWds+ENsDcReNwKo nakajima@KNs-NEW-VAIO
The key's randomart image is:+---[RSA 2048]----+|. o=oo.o+ ||+ O... .|
操作手順
|
.+o+.
|
|
+oB.
|
• ssh-keygen –t rsa <Enter>|So *o*|• <Enter>
|
.E
B.o |
• お好きなPassphrase <Enter>|.. = . o ||.=oB o +|• 同じPassphrase <Enter>|.+o+*O ..|+----[SHA256]-----+

①PC上で鍵（秘密鍵，公開鍵）を確認（2/3）$ cd .ssh$ ls
id_rsaid_rsa.pub⇒秘密鍵（Private Key）
⇒公開鍵（Public Key）

$ cat id_rsa.pub
ssh-rsa
AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDa6InmOYYaCrWjQDukjiNEfdW8veUwJyZtEI3
oDu0A28eey6p0wbtI7JB09xnI17O7HG4yYvOM81+/nlAHy5tAfJly0dsPzjTgdTBLdg
i3cSf5pWEY6U96yaEr0Ei8Wge1HkXrhcwUjGDVTzvT0Refe6zLdRziL/KNmmesSQfR5
lsZ/ihsjMgFxGaKsHHq/IErCtHIIIf9V/Ds2yj6vkAaWH6asBn+ZsRiRFvwHPhkYAnp/j3LY6b8Qfqg0p4WZRenh/HgySWTYIGi8x67VzMaUlm9qlK0QFMCaK2rivX1fmbwyWJ/vrWDqiek6YXoxLDu+GPeQ4CPvxJcZnqF9gf3 nakajima@KNs-NEW-VAIO

①公開鍵をコピー（3/3）$ cd .ssh

操作手順• cat id_rsa.pub <Enter>$ ls• “ssh-rsa”にカーソルを合わせ
id_rsa• 最後の行の”f3”までを選択して「Copy」によって記憶id_rsa.pub• 最後の「nakaima@KNs-NEW-VAIO」まで含める。ここに$ cat id_rsa.pub
漢字が含まれている場合は含めず、後で適当に付け足す。
ssh-rsa
AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDa6InmOYYaCrWjQDukjiNEfdW8veUwJyZtEI3oDu0A
28eey6p0wbtI7JB09xnI17O7HG4yYvOM81+/nlAHy5tAfJly0dsPzjTgdTBLdgi3cSf5pWEY
6U96yaEr0Ei8Wge1HkXrhcwUjGDVTzvT0Refe6zLdRziL/KNmmesSQfR5lsZ/ihsjMgFxGaK
sHHq/IErCtHIIIf9V/Ds2yj6vkAaWH6asBn+ZsRiRFvwHPhkYAnp/j3LY6b8Qfqg0p4WZRenh/HgySWTYIGi8x67VzMaUlm9qlK0QFMCaK2rivX1fmbwyWJ/vrWDqiek6YXoxLDu+GPeQ4CP
vxJcZnqF9gf3 nakajima@KNs-NEW-VAIO

②スパコンポータルサイトにログイン（1/3）
情報基盤センターから送付されたファイル䠄ᩍ⫱฼⏝䠅

㼃㼕㼟㼠㼑㼞㼕㼍㻛㻮㻰㻱㻯㻙㻜㻝㻌฼⏝Ⓩ㘓䛾䛚▱䜙䛫
Wisteria/BDEC-01)ሮ䚷ᩄ༤䚷ᵝୗグ䛾䛸䛚䜚Ⓩ㘓䛧䜎䛧䛯䛾䛷䛚▱䜙䛫䛧䜎䛩䚹㻞㻜㻞㻝ᖺ㻡᭶㻝㻞᪥

2022年12月7日
ᮾி኱Ꮫ᝟ሗᇶ┙䝉䞁䝍䞊㛗ㅮ⩏ྡ䝇䝟䝁䞁䝥䝻䜾䝷䝭䞁䜾㻔㻝㻕䚸䝇䝟䝁䞁䝥䝻䜾䝷䝭䞁䜾㻔䠥㻕฼⏝ᮇ㛫䝥䝻䝆䜵䜽䝖䝁䞊䝗㻞㻜㻞㻝ᖺ㻡᭶㻌䚷㻌䡚䚷䚷㻞㻜㻞㻝ᖺ㻥᭶
2022年12月
2023年1月䝕䜱䝇䜽㔞㻣㻜䚷ྡ฼⏝Ⓩ㘓⪅ᩘ

01234567䜻䝳䞊ྡ䈜 lecture-o,lecture8-o,lecture-a,lecture8-atVWXYZ䈜㻌ᩍ⫱฼⏝䛷䛿௨ୗ䛾䛂ㅮ⩏⏝䜻䝳䞊䛃䛾䜏฼⏝ྍ⬟䛷䛩䚹䛭䛾௚䛾䜻䝳䞊䛿౑⏝䛷䛝䜎䛫䜣䚹
情報基盤センター
情報基盤センターから送付された利ㅮ⩏᫬㛫୰䠖
lecture8-o

用者ID（tVWXYZ）
lecture-oㅮ⩏᫬㛫௨እ䠖から送付された初期パスワード（8桁）

බ ༳
┬ ␎

gt68

24 TB

システム情報・利⽤⽀援ポータルサイト• Wisteria/BDEC-01 ⽇本語• https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/supercomputer/wisteria/service/• https://wisteria-www.cc.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/hpcportal.ja/index.cgi• Wisteria/BDEC-01 English• https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/en/supercomputer/wisteria/service/• https://wisteria-www.cc.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/hpcportal.en/index.cgi

②スパコンポータルサイトにログイン（2/3）
https://wisteria-www.cc.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/hpcportal.ja/index.cgi

情報基盤センターから送付された利用者ID（tVWXYZ）

情報基盤センターから送付された初期パスワード

②初期パスワードの変更（3/3）
情報基盤センターから送付された初期パスワード

変更後のパスワードを入力（2回）

パスワード規約に注意

③ 公開鍵登録（id_rsa.pub） (1/3)

1. 「SSH公開鍵登録」を選択
2. 先ほどCopyした「id_rsa.pub」を貼り付ける
3. 「登録」をクリック

③ うまく行かない場合は(id_rsa.pub）を直接アップロード(2/3)¥cygwin64¥home¥XXXX¥.ssh¥id_rsa.pub
PCの設定によって鍵の場所は変わります（下記は主な置き場所）
Linuxの場合: /home/XXXX/.ssh/id_rsa.pub または ~/.ssh/id_rsa.pub
PowerShellの場合： C:¥Users¥XXXX¥.ssh¥id_rsa.pub
WSLの場合: ¥¥wsl.localhost¥OSname¥home¥XXXX¥.ssh¥id_rsa.pub

③ 公開鍵登録（id_rsa.pub） (3/3)

4. ここを確認！

④PCからログイン（1/2）$ ssh tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp

ReturnThe authenticity of host ‘wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp' can't be established.
ECDSA key fingerprint is SHA256:/XXXXX …
Returnyes
Are you sure you want to continue connecting (yes/no/[fingerprint])? yes
Warning: Permanently added ‘wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp' to the list of known hosts.
ReturnEnter passphrase for key '/home/nakajima/.ssh/id_rsa': Your Passphrase

1. ssh tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp <Return>
2. yes <Return>3. 鍵生成時に打ち込んだPassphrase <Return>④PCからログイン（1/2）（2回目以降）$ ssh tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp

ReturnEnter passphrase for key '/home/nakajima/.ssh/id_rsa': Your Passphrase

Return1. ssh tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp <Return>2. 鍵生成時に打ち込んだPassphrase <Return>④PCからログイン（2/2）-------------------------------------------------------------------------------Wisteria/BDEC-01 Information
Date: May. 28, 2021-------------------------------------------------------------------------------Welcome to Wisteria/BDEC-01 system* Operation Schedule
05/28(Fri) 22:00 - 06/09(Fri) 08:30
06/09(Wed) 08:30 - 06/09(Wed) 17:30
06/09(Wed) 17:30 - 06/25(Fri) 09:00
06/25(Fri) 09:00 - 06/25(Fri) 22:00
06/25(Fri) 22:00 -Normal Operation
HPC Challenge
Normal Operation
System Maintenance
Normal Operation

ログインに成功したら，今後のメインテナンスのスケジュールなどが表示される

For more information about this service, see
https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/supercomputer/schedule.php* How to use
Users Guide can be found at the User Portal (https://wisteria-www.cc.u-tokyo.ac.jp/).
If you have any questions, please refer to the following URL and contact us:
https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/supports/contact/
Last login: Sat May 29 21:35:15 2021 from 133.11.59.131[tVWXYZ@wisteria01 ~]$SSH公開鍵認証の手順（1/4）①PC上での秘密鍵・公開鍵作成
Wisteria$> ssh-keygen –t rsa

OBCX

id_rsa
秘密鍵/Private Key+ Passphrase
id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

OFPPortal Site
WisteriatVWXYZ+ Password

Portal Site
OBCX

id_rsa
秘密鍵/Private Key+ Passphrase
id_rsa.pub
公開鍵/Public KeytIJKLM+ Password

tABCDE+ Password

Portal Site
OFP

SSH公開鍵認証の手順（2/4）②スパコンポータルサイトへのログイン

Wisteria

OBCX

OFP

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key
id_rsa
秘密鍵/Private Key+ Passphrase

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

Portal Site
OBCX

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

Portal Site
OFP

同じ公開鍵を複数のスパコンに登録可能

Portal Site
Wisteria

SSH公開鍵認証の手順（3/4）③公開鍵（id_rsa.pub）の登録

Wisteria

OBCX

OFP

Wisteria

Portal Site
OBCX

id_rsa
秘密鍵/Private Key+ Passphrase

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

Portal Site
OFP

同じ公開鍵を複数のスパコンに登録可能

Portal Site
Wisteria

SSH公開鍵認証の手順（3/4）③公開鍵（id_rsa.pub）の登録

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

OBCX

OFP

SSH Public Key Authentication
SSH公開鍵認証
SSH= Secure Shell• id_rsa• Private Key（秘密鍵） ：PC上
• ⽂字通り「秘密」にしておくこと• 他の⼈に送ってはいけない• 基本的には作成した場所からコピーしたり移動することもしないこと• id_rsa.pub• Public Key（公開鍵）：スパコン上• コピー可能，他の⼈にe-mailで送ることも可能• もし複数のPCからスパコンにログインする場合は，各PCごとに「公開鍵・秘密鍵」のペアをssh-keygenによって作成• 各スパコンに複数の公開鍵を登録することは可能• スパコン上の公開鍵のうちの⼀つがPC上の「秘密鍵＋Passphrase」とマッチすると確認されるとログインできる

id_rsa
秘密鍵/Private Key+ Passphrase
id_rsa
秘密鍵/Private Key+ Passphrase

Wisteria

Portal Site
OBCX

id_rsa
秘密鍵/Private Key+ Passphrase

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

Portal Site
OFP

秘密鍵（id_rsa）＋Passphrase

Portal Site
Wisteria

SSH公開鍵認証の手順（4/4）④PCからスパコンへのログイン

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

OBCX

OFP

id_rsa
秘密鍵/Private Key+ Passphrase
id_rsa.pub+ Passphrase

公開鍵/Public Key

公開鍵/Public Key

id_rsa.pub

Wisteria

Portal Site
OBCX

id_rsa
秘密鍵/Private Key

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

id_rsa.pub
OBCX
公開鍵/Public Key

Portal Site
OFP$> ssh-keygen –t rsa

Portal Site
Wisteria

複数のPCからスパコンへログインする場合には各PCで「公開鍵・秘密鍵」のペア作成

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

OBCX

OFP

OFP

スパコンには複数の公開鍵を登録できる

スパコンには複数の公開鍵を登録できる$ cd .ssh$ ls authorized_keys
authorized_keys.ssh/authorized_keysには登録された公開鍵が格納されている。このファイルの後ろに新たな公開鍵（new_public.key）
を付け加えることもできる。

$ cat authorized_keys
ssh-rsa
HGCAB3NzaC1yc2EAAAABIwAAAQEA1r0Hr8M1JIJBO2n9S0GQm0xzGCwh3PpcJo7Z8oDr6HCAXhbKz
HA0ibRMJFCwDJCRGNJlYiHEYHWzouuXGNa9teso7aXYkq2PxbO76C60ZCPoLqf/jQRqnUSnjHJ4Ug
mDdlQWaAks+q/2ExOwjBB6GZmaHGijTximOFGiM1DI78OHkHC8pFzjvP2kT9yRvykvOVvlG10VYi+
5CawYfuROiRBjfUS47RSOlCzjNP20pYO57DUCfOv+/8B1+l1wilbjKQHjuNp5XuclFfFdGaxfJchD/sB5sRxtYfz80xzwGmN8pVecpUjd//xAqdYYHmLAKUE2oH8MnBIRybpWGVie6w64
ssh-rsa
AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDa6InmOYYaCrWjQDukjiNEfdW8veUwJyZtEI3oDu0A28eey
6p0wbtI7JB09xnI17O7HG4yYvOM81+/nlAHy5tAfJly0dsPzjTgdTBLdgi3cSf5pWEY6U96yaEr0E
i8Wge1HkXrhcwUjGDVTzvT0Refe6zLdRziL/KNmmesSQfR5lsZ/ihsjMgFxGaKsHHq/IErCtHIIIf
9V/Ds2yj6vkAaWH6asBn+ZsRiRFvwHPhkYAnp/j3LY6b8Qfqg0p4WZRenh/HgySWTYIGi8x67VzMa
Ulm9qlK0QFMCaK2rivX1fmbwyWJ/vrWDqiek6YXoxLDu+GPeQ4CPvxJcZnqF9gf3$ cp authorized_keys tmp$ cat tmp new_public.key > authorized_keys

id_rsa
秘密鍵/Private Key+ Passphrase
id_rsa.pub+ Passphrase

公開鍵/Public Key

公開鍵/Public Key

id_rsa.pub

id_rsa.pub
公開鍵/PublicWisteria Key

Portal Site
OBCX

id_rsa
秘密鍵/Private Key

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

id_rsa.pub
OBCX
公開鍵/Public Key

Portal Site
OFP$> ssh-keygen –t rsa

Portal Site
Wisteria

各スパコンに複数の鍵を登録する

id_rsa.pub
公開鍵/Public Key

id_rsa.pub
OBCX
公開鍵/PublicKey

id_rsa.pub
OFP

OFP Key
公開鍵/Public• PC上のソフトウェア類の準備• スパコンへのログイン• ログインしたら・・・• 講習会で使うコミュニケーションツール
(Zoom, Slack)の設定• 東大情報基盤センターのスパコン

PCからログイン$ ssh tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp
Enter passphrase for key '/home/user/.ssh/id_rsa: Your PassphraseEnter

1. ssh tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp <Enter>2. 鍵生成時に打ち込んだPassphrase <Enter>ログインノードと計算ノード
Wisteria は主にログインノードと計算ノードから構成されています。
• ログインノード：プログラム作成、コンパイル、ジョブ投入• 計算ノード： ユーザプログラムを実行– バッチジョブ実行：バッチジョブシステムに処理を依頼して実行する方法。スパコン環境で一般的。実行処理をスクリプトで指示。長時間、大規模実行。
– インタラクティブジョブ実行：PCでの実行のように、コマンド入力で対話的に実行する方法。デバッグ用、短時間、数ノード実行。

•/home はログインノードからのみ参照できます。/work はログインノードと計算ノード両方から参照できます。基本的には /work で作業します。

ログインノード
SSH接続

> ls

・ プログラム作成
・ コンパイル・ ジョブ投入/home
領域

バッチジョブ・ 大規模実行

計算ノード

インタラクティブジョブ
・ デバッグ利用/work 領域

ログインしたら$ pwd/home/tVWXYZ$ cd /work/gt00/tVWXYZ$ pwd/work/gt00/tVWXYZ
$ cd
$ pwd
/home/tVWXYZ

1. ログインしたら「/home/tVWXYZ」に入る
2. /homeは容量が少ないので「/work/gt00/tVWXYZ」に移動すること
3. 「cd」でホームに戻れますチーム専用ディレクトリ
• 本ミニキャンプでは、個人利用の /work/gt00/tVWXYZ ディレクトリの他に、チーム専用のディレクトリが利用できます。チームで共有するコードやデータなどはこちらに転送ください。
• チーム専用ディレクトリへは、同一チームのメンバーの講習会アカウン
トと一般アカウント（事前申告があった場合のみ）、メンターのアカウン
トがアクセスできます。
• チーム専用ディレクトリは、講習会の受付番号が k22-24-197-xxのとき、以下となります。
– /work/gt00/GROUP_xx

Copy：PC to Wisteria$ scp ./a.dat

tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp:

PC上のCurrent Directoryに例えば「a.dat」というファイルがあるとき、「a.dat」をWisteriaのホーム
ディレクトリ（/home/tVWXYZ）の下にコピーする$ scp ./a.dat

tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp:/work/gt00/tVWXYZ/test/

PC上のCurrent Directoryに例えば「a.dat」というファイルがあるとき、「a.dat」をWisteria上のディレクトリ「/work/gt00/tVWXYZ/test」の下にコピーする$ scp -r ./testL tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp:
PC上のCurrent Directory下に例えば「testL」というディレクトリがあるとき、「testL」及びその中身をWisteriaのホームディレクトリ（/home/tVWXYZ）の下にコピーする$ scp -r ./testL tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp:/work/gt00/tVWXYZ/test
PC上のCurrent Directory下に例えば「testL」というディレクトリがあるとき、 「testL」及びその中身をWisteria上のディレクトリ「/work/gt00/tVWXYZ/test」の下にコピーするCopy：Wisteria to PC$ scp tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp:~/a.dat ./Wisteriaのホームディレクトリ（/home/tVWXYZ）下に例えば「a.dat」があるとき、PC上のCurrent
Directory下に「a.dat」をコピーする$ scp tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp:/work/gt00/tVWXYZ/test/a.dat ./Wisteria上にディレクトリ「/work/gt00/tVWXYZ/test/」があり、その中に「a.dat」があるとき、「a.dat」をPC上のCurrent Directoryにコピーする$ scp -r tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp:~/L1 ./Wisteriaのホームディレクトリ（/home/tVWXYZ）下にディレクトリ「L1」があるとき、「L1」とその中身をPC上のCurrent Directoryにコピーする$ scp -r tVWXYZ@wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp:/work/gt00/tVWXYZ/test/L1 ./Wisteria上のディレクトリ「/work/gt00/tVWXYZ/test/L1」があるとき、「L1」とその中身をPC上のCurrent Directoryにコピーするポータルサイトでのマニュアル等閲覧（1/2）

ポータルサイトでのマニュアル等閲覧（2/2）

ライブラリのインストールなど• 個人利用するライブラリなどは、計算ノードから参照できるように /work 以下のディレクトリ（/work/gt00/tVWXYZ）にインストールしてください。
• コンパイルに必要なシステムにインストール済みのライブラリは事前に module load
してください。プログラム実行時にもそれらを module load する必要があります。
• ライブラリはログインノードでコンパイルして構いません。ただし、ログインノードは他ユーザと共有して利用されているため、コンパイルやファイル表示・編集などを除いてプログラムの実行は禁止されていますので、ご注意ください。
• Python利用者で必要なモジュールを PyPIでインストールする（pip コマンドを使う）
場合は、事前に必要なモジュールを module load して、いくつかオプションを与えてpip install する必要があります。詳細は下記などを参照してください。この他に
Anaconda や miniconda を使うこともできます。
– https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/public/VOL21/No4/11.201907python.pdf

• PC上のソフトウェア類の準備• スパコンへのログイン• ログインしたら・・・• 講習会で使うコミュニケーションツール
(Zoom, Slack)の設定• 東大情報基盤センターのスパコン

Zoomの準備• ダウンロード：https://zoom.us/download#client_4meeting• クライアントを事前にインストールしてください。
– 今回、各自のZoomアカウントを作る必要はありません。

• インストール済みの方は、必ず最新バージョンに更新してください。
– 12/6 現在、5.12.9– バージョン5でないと接続できません!!

• 使い方：
https://utelecon.adm.u-tokyo.ac.jp/zoom/how_to_use

Slackの登録• 質疑応答には、Slackを使います。
• 本ミニキャンプでは、申込時に登録されたメールアドレスに対して、ミニ
キャンプ用のSlack ワークスペースへ招待致します。
• 申込時と異なるメールアドレスを登録したい場合は、ご相談ください。
• チャンネルは、– 「第6回 GPUミニキャンプ」は、utokyo-20221212
を利用します。

• PC上のソフトウェア類の準備• スパコンへのログイン• ログインしたら・・・• 講習会で使うコミュニケーションツール
(Zoom, Slack)の設定• 東大情報基盤センターのスパコン

Platform for Integration of (S+D+L)
Big Data & Extreme Computing

Reedbush (HPE, Intel BDW + NVIDIA P100 (Pascal))

Simulation Nodes:
Odyssey
Fujitsu/Arm A64FX
25.9PF, 7.8 PB/s

Shared File
System
（SFS）
25.8 PB, 500 GB/s

2.0 TB/s

Data/Learning
Nodes: AquariusIntel Ice Lake + NVIDIA A100

Fast File
System（FFS）
1 PB, 1.0 TB/s

7.20 PF, 578.2 TB/s

External
Resources
External Network

Simulation Nodes（Odyssey）

Oakforest-PACS (OFP) (Fujitsu, Intel Xeon Phi (KNL))• JCAHPC （筑波大CCS・東大ITC），2016年10月～2022年3月末• 25 PF, #39 in 58th TOP 500 (November 2021)

Oakbridge-CX (OBCX) (Fujitsu, Intel Xeon CLX)

800 Gbps

External
Resources• データ解析・シミュレーション融合スーパーコンピュータ• 2016年7月～2021年11月末• 東大ITC初のGPUクラスタ，ピーク性能3.36 PF• 2019年7月～2023年6月末（予定）• 6.61 PF, #119 in 59th TOP500 (June 2022)

Wisteria/BDEC-01（Fujitsu）• シミュレーションノード群（Odyssey）：A64FX (#20)• データ・学習ノード群（Aquarius）：Intel Icelake+NVIDIA A100) (#115)• 33.1 PF, #20 in 59th TOP 500，2021年5月14日運用開始• 「計算・データ・学習（S+D+L）」融合のためのプラットフォーム• 革新的ソフトウェア基盤「h3-Open-BDEC」（科研費基盤（S） 2019年度～2023年度）

Data/Learning
Nodes（Aquarius）

Reedbush

Oakforest-PACS

Oakbridge-CX

Wisteria/BDEC-01• 2021年5月14日運用開始– 東京大学柏Ⅱキャンパス

BDEC:「計算・データ・学習（S+D+L）」
融合のためのプラットフォーム（Big Data & Extreme Computing）• 33.1 PF, 8.38 PB/sec. ，富士通製

Platform for Integration of (S+D+L)
Big Data & Extreme Computing– ~4.5 MVA（空調込み）, ~360m2• Hierarchical, Hybrid, Heterogeneous (h3)• 2種類のノード群– シミュレーションノード群（S, SIM）：Odyssey• 従来のスパコン• Fujitsu PRIMEHPC FX1000 (A64FX), 25.9 PF– 7,680ノード（368,640 コア），20ラック，Tofu-D

シミュレーションノード群

Odyssey
Fujitsu/Arm A64FX
25.9PF, 7.8PB/s

Shared File
System

2.0TB/s

Fast File
System

共有ファイル
システム（SFS）

データ・学習ノード群
Aquarius

高速ファイルシステム（FFS）

25.8 PB, 500GB/s

Intel Ice Lake + NVIDIA A100

7.20PF, 578.2TB/s

800 Gbps– データ・学習ノード群（D/L, DL）：Aquarius• データ解析，機械学習• Intel Xeon Ice Lake + NVIDIA A100, 7.2 PF– 45ノード（Ice Lake：90基，A100：360基）, IB-HDR• 一部は外部リソース（ストレージ，サーバー，センサー
ネットワーク他）に直接接続– ファイルシステム：共有（大容量）＋高速

1PB, 1.0TB/s

External
Resources
External Network
外部ネットワーク

外部リソース

2020年度分野別
RB-H

バイオ
インフォマ
ティクス

生物科学・
生体力学
材料科学
情報科学：AI
情報科学：
アルゴリズム
生物科学・
生体力学
産業利用
エネルギー・
物理学

工学・
ものつくり

材料科学

OBCX

■汎用CPU，■GPUEngineering
Engineering
Earth/Space データ
Earth/Space
Material
Material
RB-L
OFP 科学バイオ
Energy/Physics
Energy/Physics
生物科学・
インフォマ
Info. Sci.
: SystemInfo. Sci.ティクス: System 材料科学
生体力学
Info.
Sci.
:
Algrorithms 地球科学・
Info. Sci. : Algrorithms
生物科学・
宇宙科学
Info.
Sci. : AI
情報科学： Info. Sci. : AI
生体力学
エネルギー・
アルゴリズム Education
Education
物理学
Industry
Industry
情報科学：AI
Bio
Bio
Bioinformatics
材料科学
Bioinformatics
SocialSci.
&
Economics
Social Sci. & Economics
Engineering
Data
Data
Earth/Space
Material
Energy/Physics
Info. Sci. : System
Info. Sci. : Algrorithms
Info. Sci. : AI
Education
Industry
Bio
Bioinformatics
Social Sci. & Economics• 工学・ものつくり• 地球科学・宇宙科学• 材料科学

Engineering
工学・ものつくり
Earth/Space
地球科学・宇宙科学
Material
材料科学
Energy/Physics
エネルギー・物理学
Info.
Sci. : System
情報科学：システム
Info.
Sci. : Algrorithms
情報科学：アルゴリズム
Info.
Sci. : AI
情報科学：AI
教育
Education
Industry
産業利用
Bio
生物科学・生体力学
バイオインフォマティクス
Bioinformatics
社会科学・経済学
SocialSci. & Economics
Data
データ科学・データ同化

2022/4/27

2021年度分野別 ■汎用CPU，■GPU
は 月末時点 Engineering
Odyssey，Aquariusは8月以降，RB-H，RB-L
Engineering 11
工学・ものつくり

RB-H
バイオ
インフォマ
ティクス
材料科学
生物科学・
生体力学
情報科学：
AI
生物科学・
生体力学
企業利用

工学・
ものつくり

エネルギー・
物理学

地球科学・
材料科学 宇宙科学

OBCXEngineering
Earth/Space 社会科学
RB-L
Material
材料科学
Energy/Physics
Info. Sci. : System
Info. Sci.
: Algrorithms
バイオ
情報科学：AI
Info. Sci.
: AI
インフォマ
ティクス
Education
Industry
Bio
生物科学・
Bioinformatics 生体力学
SocialSci. & Economics
Engineering
データ
Data
Earth/Space 科学
Material生物科学・Energy/Physics
生体力学
工学・
Info. Sci. : System
ものつくり
Info. Sci. : Algrorithms
Info. Sci. : AI
Education
地球科学・
Industry
宇宙科学
Bio
Bioinformatics
Social Sci.Odyssey& Economics

Earth/Space
Material
OFP
工学・
Energy/Physics ものつくり
Info. Sci. : System
Info. Sci. : Algrorithms
地球科学・
Info.エネルギー・
Sci. : AI
宇宙科学
Education
物理学
Industry
Bio
Bioinformatics 材料科学
SocialSci. & Economics
Engineering
Data
Earth/Space
工学・
Material
ものつくり
Energy/Physics
Info. Sci. : System
情報科学：
地球科学・
Info.
AI Sci. : Algrorithms宇宙科学
Info. Sci. : AI
アルゴリズム
Education
Industry
材料科学
Bio
Bioinformatics
Aquarius
Social Sci. & Economics

地球科学・宇宙科学
Earth/Space
材料科学
Material
エネルギー・物理学
Energy/Physics
情報科学：システム
Info.
Sci. : System
情報科学：アルゴリズム
Info. Sci. : Algrorithms
情報科学：AI
Info.
Sci. : AI
教育
Education
産業利用
Industry
生物科学・生体力学
Bio
バイオインフォマティクス
Bioinformatics
社会科学・経済学
SocialSci. & Economics
Engineering
データ科学・データ同化
Data
Earth/Space
Material
Energy/Physics
地球科学・宇宙科学
Info. Sci. : System⇒
分野ではOFP
Info. Sci. : Algrorithms
Wisteria/BDEC-01
Info. Sci. : AIへの移行が順調に
Education
進んでいるIndustry
Bio
Bioinformatics
Social Sci. & Economics

YouTubeチャンネルのご紹介
研究事例紹介や、セミナー・講習会の録画などをご覧になれます。
• 「東京大学情報基盤センター」チャンネル
https://www.youtube.com/channel/UC2CHaGp1AO-vqRlV7wmU0-w– Wisteria/BDEC-01システム紹介
https://www.youtube.com/watch?v=SXjYtatzo-4– Wisteria/BDEC-01利用説明会
https://www.youtube.com/watch?v=1bbZVO6-UQg– Wisteria/BDEC-01 & h3-Open-BDEC紹介講演（日本語）https://www.youtube.com/watch?v=CsJ_9aGNXCg– Wisteria/BDEC-01 & h3-Open-BDEC紹介講演（英語）https://www.youtube.com/watch?v=jX51NF2LniE