試験研究用試薬

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット（E. クロアカ complex用）

Cica GeneusRE. cloacae complex POT KIT

藤田医科大学の鈴木匡弘先生により開発されたPCR-based ORF Typing（POT法）は、マルチプレックスPCRを用いて複数の特定遺伝子を同時に増幅し、アガロース電気泳動で検出された増幅バンドパターンを解析し、菌体間の相同性を比較する方法です。
Enterobacter cloacae complex(ECC)は、E. cloacae の近縁の菌種の総称であり、その中の一部はカルバペネマーゼ産生腸内細菌目細菌(CPE)としても問題になっております。本キットはECCを対象とし、主要菌種(E.
hormaechei / E. asburiae like*1 / E. kobei like*2)の菌種同定、E. hormaechei / E. asburiae likeのクローン同定及び菌株識別、E. kobei like / その他ECCの簡易的なクローン同定が可能です。
本キットは、藤田医科大学と関東化学 生命科学研究所との共同研究の成果を用いて開発されました。
*1, *2 詳細については、裏面の解析例をご確認ください。

特長■ 解析結果を数値化（POT値）することで、ECCの主要菌種の菌株識別が可能です。

■ 最適化したマルチプレックスPCRなので、約4時間以内で分子疫学解析が可能です。
■ 特別な装置は不要です。

■ E. hormaechei、E. asburiaeにおいては、MLSTと同程度以上の識別能を有しております。

キットの構成（30回分）
個別名称

操作手順
容量

試薬Ａ

AptaTaq DNA Master（5×Conc.）＊3240µL ×1本

試薬Ｂ

PCRサプリメント

240µL ×1本

試薬Ｃ

プライマーミックスα120µL ×1本

試薬Ｄ

プライマーミックスβ120µL ×1本

試薬Ｅ

ポジティブコントロール

240µL ×1本

試薬Ｆ

6× ローディングバッファー

240µL ×1本

*3 AptaTaq DNA Master（5×Conc.）は、Roche Diagnostics K.Kの商品です。

ECCをDNA抽出＊4を行い単離する（培養） テンプレートDNAを調製

2種類のマルチプレックスPCR

アガロースゲルバンドパターンの電気泳動（別途準備）
読み取り

POT値の算出

各検体でのPOT値の比較解析*4 シカジーニアス® DNA抽出試薬は別売です。

解析例
図１

電気泳動パターンの実例

M

Reaction mixture 1
P 1 2 3 4 56

M

Reaction mixture 2
P 1 2 3 4 5

表1 検出ORFの種類（ターゲット領域）とPCR増幅産物サイズ
POT No.

増幅サイズ
（bp）

POT 係数ターゲット領域

PCR PC
E. hormaechei PC
E. asburiae like PC
E. kobei like PC
POT1-1
POT1-2
POT1-3
POT1-4
POT1-5
POT1-6
POT1-7
POT1-8
E. hormaechei PC
POT2-1
POT2-2POT2-3
POT2-4
POT2-5
POT2-6
POT2-7
POT2-8
POT2-9
POT2-10
POT2-11

668
562
477
399
313261216
187
163
141116
93562
410
344
312
274
234
202
163
144
118
97
82

1000
2000
3000
128
64
32
1684211024
512
256
128
64
32
168421

ECC 判定領域
E. hormaechei 判定領域
E. asburiae like 判定領域
E. kobei like 判定領域
Genomic island-1
Genomic island-2
Genomic island-3
Genomic islet-1
Genomic island-4
Genomic island-5
Genomic island-6
blaIMP-1 group
E. hormaechei 判定領域
Genomic island-7
Genomic islet-2
Genomic island-8
Genomic island-9
Genomic island-10
Genomic islet-3
Genomic island-11
Genomic island-12
Genomic island-13
Genomic island-14
Genomic island-15

6Reaction
mixture 1

下記の菌株について解析した電気泳動パターンの実例
M: 50 bp DNA Ladder、P: ポジティブコントロール（試薬 E）、
1-6: Enterobacter sp. 分離株

Reaction
mixture 2①2 つのマルチプレックス PCR の電気泳動結果（図１）からバンドパターン（表１）を読み取ります。
②この電気泳動のバンドの有無の結果を用いて、POT 値解析用の計算シートに二進法で入力し、2 つのカテゴリーの POT 値を算出します。
Ⅰ PCR PC が陽性の場合、その検体は Enterobacter cloacae complex であることが確認できます。
Ⅱ POT 値 1 が 1000 以上 2000 未満であれば E. hormaechei、2000 以上 3000 未満であれば E. asburiae like( 一部の E. asburiae と一部の E. roggenkampii)、
3000 以上であれば E. kobei like(E. kobei と一部の E. roggenkampii)、1000 未満であれば Enterobacter cloacae complex であるが菌種は不明と判定されます。
Ⅲ POT 値 1 が奇数の場合は、blaIMP-1 group を保有していると推定出来ます。
Ⅳ 検体間の POT 値を比較することで、菌体間の相同性を客観的に推測出来ます。
Ⅴ 集団感染から得られた菌体は POT1、2 の POT 値が全て同一になります。
※ 試験株の菌種が E. kobei like、その他 ECC の場合、POT1 値と MLST 解析との相関性は低く、同じ ST 型の菌株でも異なる POT1 値または POT 型になることや、異なる ST 型の菌株でも同じ POT1 値または POT 型を示す場合があります。

解析結果
弊社製品 HP から POT 値解析用計算シートをダウンロード後、バンドの有無を二進法で入力し（バンドあり︓1、バンドなし︓0）、2 つのカテゴリーの POT 値を算出した。
図1におけるサンプル番号

11131509

POT1
POT2

211312029

32093
1872

41255
37

51239
943

63001429

製品情報
製品名

包装

保存

希望価格（円）

製品番号

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット（E. クロアカ complex用）

30回分

冷凍（-25～-20 ℃）

47,50008376-97

シカジーニアス® DNA抽出試薬

120回分

冷蔵（2 ℃～8 ℃）

24,00008178-96

その他POTキットシリーズ
製品名

包装 希望価格（円） 製品番号

製品名

包装 希望価格（円） 製品番号

120回分

87,00008180-96

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット（大腸菌用） 30回分

44,00008362-97

30回分

40,00008180-97

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット（C. ディフィシル用） 30回分

47,50008106-97

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット（緑膿菌用） 50回分

67,00008187-96

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット（アシネトバクター属菌用） 30回分

44,00008062-96

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット（黄色ブドウ球菌用）★上記の他に必要な機材・試薬などがございますので、弊社営業所もしくは販売店へお問合せください。
●本キットは、藤田医科大学から特許許諾を得て製造をしております。他メーカーの商品に関するライセンスについては、各メーカーにご確認ください。

● 本記載の製品は､試薬 ( 試験､研究用として用いる化学薬品 ) としての用途にご利用ください｡ ● 本記載価格に､消費税等は含まれておりません｡● 本記載の製品情報は予告なく変更する場合があります。 最新情報は､弊社ホームページ｢Cica-Web｣をご確認ください。

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BGa-27(202402)