資料３
前回資料
机上配布

第９回
新しい時代の公益法人制度の在り方に関する有識者会議
事務局説明資料
主要論点ごとの制度改正の具体的な方向性
令和５年４月１７日
内閣府大臣官房公益法人行政担当室
Office for the Public Interest Corporation,Cabinet Office, Government of Japan

※第９回会議以降の議論を踏まえた修正あり

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目次
・改革の全体像・主要論点ごとの制度改正の具体的な方向性
・施行スケジュール（予定）2

改⾰の全体像「公」の担い⼿である公益法⼈が社会的課題への取組を継続的・発展的に実施していけるよう、時代に合わせた改⾰を推進

法⼈活動の⾃由度拡⼤

⾃由度拡⼤に伴うガバナンスの充実

⺠間公益活動の活性化のための環境整備⑦法⼈機関ガバナンスの充実⑨公益法⼈による出資等の資⾦供給⑧事後チェックの重点化⑩公益信託制度改⾰

財務規律の柔軟化・明確化①収⽀相償原則の⾒直し②遊休財産規制の⾒直し⾏政⼿続の簡素化・運⽤明確化③公益認定・変更⼿続の柔軟化・迅速化④合併⼿続等の柔軟化・迅速化⑤法⼈運営の透明性向上とＤＸ推進⑥わかりやすい財務情報の開⽰
次⾴以降のスライドの各項⽬末尾のかっこ書き（）は予定される規定レベルを表す（GLは内閣府公益認定等委員会決定のガイドライン、FAQは内閣府作成の「公益法⼈制度等に関するよくある質問」のこと）。

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①収⽀相償原則の⾒直し現 状

⾒ 直 し 案

【制度の趣旨】公益⽬的事業の収⼊と適正な費⽤を透明化し⽐較することで、公益⽬的事業に充てられるべき財源の最⼤限の活⽤を促す規律

法⼈の経営判断で財源の配分を⾏い、公益⽬的事業への効果的活⽤を促進（※公益⽬的事業⾮課税等の税制優遇の前提） 公益⽬的事業の実施に要する適正な費⽤を償う額を超える収⼊を得てはならない（法律） 公益⽬的事業ごと（公１、公２等）の収⽀差と公益⽬的事業全体の収⽀差の2段階で判定（GL）
 特定費⽤準備資⾦（特費）の積⽴ては、使途の特定（最⼤でも各公益⽬的事業単位）が必要（GL）
 寄附⾦について、指定正味財産（使⽤時に収⼊計上）とするには、個々の事業レベルの具体的な使途指定が必要（「公益のために」では不可）（FAQ）

 ⿊字が出た場合は2年間で解消（FAQ等）

課 題
 単年度の収⽀が⾚字でなければならないという誤解
 収⽀判定において過去の⾚字が考慮されない 事業ごとの⾚字が求められる ［現⾏］
⿊字が出たことで、効率的な資⾦活⽤が 60
45 場合は2年困難40間で解消 特費の使い勝⼿が悪い
過去の⾚20字は考慮（使途の特定を厳格にされず求められる）0 指定正味財産の使途‐20「指定」を厳格に求め‐20‐20‐25
られ、寄附者の意思‐40 r-1年 r年 r＋1年r＋2年確認がしにくい 公益⽬的事業の収⼊と費⽤について、中期的に均衡を図る趣旨を明確化（法律） 公益⽬的事業全体で過去の⾚字も含めた収⽀差に着⽬（事業ごとの収⽀はP/L内訳表で透明化。構造的に⿊字が⽣じるような事業は、⾏政が公益性の確認等を⾏う）（府令・GL）
 ⿊字がある場合は中期的に収⽀均衡を回復（府令・GL）※収⽀均衡の判定及び均衡状態を回復する際の「中期的」は５年間とする

 「公益充実資⾦」：従来の公益⽬的事業に係る特費・資産取得資⾦の使い勝⼿を改善（以下のような設定も可能）

・細かな事業単位での設定でなく横断的・⼤くくりな設定
・認定前の新規事業のための資⾦の積⽴て 指定正味財産に繰⼊れる寄附⾦の使途指定について、最⼤で「法⼈の公益⽬的事業全体」とする指定も可能にし、寄附者の意思の確認を容易化（FAQ）
 「収⽀相償」という呼称についても今後検討（GL）
604020［イメージ］45
過去の⾚字を繰越可能 1000‐20

公益充実資⾦の積⽴て‐520

⿊字が出た場合は中期的に収⽀均衡を回復15‐600‐3‐5r-4年 r-3年 r-2年目 r-1年r年‐4‐2r＋1年 r＋2年 r＋3年 r＋4年 r＋5年

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②遊休財産規制の⾒直し現 状【制度の趣旨】安定した法⼈運営を継続するための余裕財産を確保しつつ、その死蔵を避けるための規律（※公益⽬的事業⾮課税等の税制優遇の前提）

 法⼈全体で公益⽬的事業費１年（当該年度の公益⽬的事業費）相当分を超えて遊休財産を保有することはできない（法律）課 題 安定した法⼈運営の継続や不測の事態に備えるために必要な財産は、法⼈の事業内容・規模等によって異なり、事業費１年分を超えた保有が必要な場合もある コロナ等の突発的な理由により、例年並みに事業を実施できなかった場合など、上限額の急激な変動に対処困難。また、毎年度末まで上限が確定せず、予⾒可能性が低い

⾒ 直 し 案
法⼈の経営判断で必要な財産を確保、不測の事態に対応できる安定した法⼈運営が可能に
 遊休財産（使途不特定財産）が合理的な理由により上限額を超えた場合、法⼈⾃ら、・超過した理由・超過額を将来の公益⽬的事業に使⽤する旨を⾏政庁の定める様式に記載し、公表することで明らかにし、継続的にフォローアップを⾏う（法律・府令・GL）
 財産の状況はB/S内訳表で透明化（上限超過額が公益⽬的事業会計に帰属するように他会計から繰り⼊れ）（GL）
 上限額となる１年分の公益⽬的事業費は、過去5年間の事業費の平均額を基本とし、当年度⼜は前年度事業費を選択することも可（府令）※当年度⼜は前年度の事業費を選択した場合、法⼈は選択した理由を公表することとする

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③公益認定・変更⼿続の柔軟化・迅速化
現 状

⾒ 直 し 案 公益法⼈が、①公益⽬的事業の種類⼜は内容、②収益事業等の内容、③公益⽬的事業を⾏う都道府県の区域⼜は主たる事務所等、を変更する場合は、「認定」⼿続が必要（法律）【変更⼿続】

公益法⼈の柔軟・迅速な事業改編を阻害しないよう、⼿続を簡素化・明確化 ①・②のうち、認定申請書の記載事項の変更を伴わない場合や、③のうち⾏政庁の変更を伴わない場合は、「軽微な変更」として届出（府令）【変更⼿続】
 法令で個別に規定された書類のほか、「⾏政庁が必要と認める書類」を提出する必要【⼿続全般】

課 題
 ⼿続に⼀定期間を要する「認定」事項が多く、法⼈への負担や審査期間の⻑期化【変更⼿続】
 審査過程でガイドライン等に明記されていない書類を随時求められることにより、法⼈の負担が増加、審査期間が⻑期化【⼿続全般】

 変更⼿続について、
・「事業の公益性（不特定多数者の利益の増進への寄与）に実質的に⼤きな影響を与えない変更」であって、かつ、・「当該変更後に不適切な事態が発⽣した場合には事後の監督⼿段で是正しうると想定されるもの」は届出化するという⽅針の下、以下の⽅向で検討。
変更事項

⾒直しの⽅向性①公益⽬的事業の種類⼜は内容の変更

新規事業の追加及び事業内容の変更のうち当該事業の公益性に⼤きな影響を及ぼすものを除き届出化（届出化の例：事業の再編・統合、縮⼩・廃⽌等）②収益事業等の内容の変更

届出化③事業の実施区域等の変更認定（審査のメリハリ付け等）※他の法令等を踏まえつつ、事前届出化も検討

 認定か届出かの具体的な基準を明確化（GL)【変更⼿続】※事業⽬的の公益性、受益の機会、事業の質、公正性等への影響を基準とすることを検討

 審査に必要な書類を簡素化・合理化、審査期間を公表し短縮を図る（GL）【⼿続全般】
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④合併⼿続等の柔軟化・迅速化
現 状

⾒ 直 し 案 公益法⼈が吸収合併をする場合は、あらかじめ、⾏政庁への変更認定申請・合併届出が必要（法律）

公益法⼈の迅速な事業・組織再編を阻害しないよう⼿続を簡素化・明確化

 公益法⼈の新設を伴う合併については、消滅する公益法⼈による認可申請により、新設法⼈に公益法⼈の地位を承継することが可能（法律） 吸収合併については、消滅する公益法⼈が実施していた事業を引き継ぐ場合、③の変更⼿続（公益⽬的事業の統合・再編等）の考え⽅に沿って、届出化を検討（新規事業の追加等があれば変更認定が必要）
 新設合併については、地位承継の認可⼿続に関する審査のメリハリ付け、必要書類の明確化・合理化等による迅速化を検討（GL)課 題
 合併に係る⼿続は概ね標準処理期間内で処理されているが、形式（吸収合併・新設合併）・主体（存続法⼈・消滅法⼈・新設法⼈）・法⼈形態（公益法⼈、移⾏法⼈、⼀般法⼈）によって⼿続が異なり、必要な段取り・⼿続がわかりにくいとの声 新法制に基づき合併⼿続きのマニュアル化・周知
吸収合併⼿続のイメージ（⾒直し案）
公益法⼈A（存続法⼈）
公１

公２

吸収合併⼿続のイメージ（現状）
公益法⼈A（存続法⼈）
公１

公２

公益法⼈B
（消滅法⼈）
公１

公２

合併の届出変更認定
申請

公益法⼈A（存続法⼈）
公１

公２

公３

公４

〇法⼈Aにとっては新しい事業のため変更認定申請が必要

公益法⼈B（消滅法⼈）
公１

公２

公益法⼈A
（存続法⼈）
合併の届出

公１

公２

公３

公４

〇公益法⼈Bにおいて公益性を認められていた事業の追加は届出化

合併の届出 経営判断による公益法⼈・⼀般法⼈間の転換容易化の観点から、認定取消後、5年間は再認定を受けることができないとする⽋格事由について、⾃発的な申請に基づく取消の場合を除外することを検討（法律） 7

⑤法⼈運営の透明性向上とＤＸ推進
現 状

⾒ 直 し 案

【制度の趣旨】公益法⼈は、税制優遇等を受けつつ不特定多数の者に対して公益⽬的事業を⾏うことから、社会に対して広く情報開⽰を⾏うことが求められる

法⼈運営の⼀層の透明性向上により、国⺠からの信頼確保。法⼈負担の軽減、⼿続の迅速化を促進 法⼈は、財産⽬録等（財務諸表、報酬基準等）を事務所に備え置き、閲覧請求に応じなければならない（法律） ⾏政庁は法⼈から提出を受けた財産⽬録等を公表

 ⾏政庁は、法⼈から提出された財産⽬録等について閲覧請求に応じなければならない（法律） 内閣府は、法⼈情報を⼀元的に閲覧・利活⽤できるプラットフォームを整備、都道府県とともに運⽤

 ⾏政庁への各種申請は、PICTIS（公益認定等総合情報システム）で可能であり、99.7％が電⼦申請

 新たに開⽰する情報として、個⼈情報の保護等に配慮しつつ、以下の追加を検討（府令）

課 題

 法⼈による財産⽬録等の公表（努⼒義務）(※)（法律）（法律）・透明性の確保が必要な取引情報（理事会での承認が必要な役員の利益相反取引、法⼈と密接な関係を有する特別の利益供与が禁じられている者との取引）

 財務規律柔軟化（①②）、⾏政⼿続簡素化（③）、
社会環境の変化に伴い、国⺠の信頼を得ていくために、情報開⽰の拡充が必要・構成員への利益分配について疑念を招かないようにするために必要な情報（役職ごとの役員報酬）

 法⼈情報がバラバラに存在し、利活⽤しにくく、国⺠からのチェック機能が働きにくい 公益法⼈⾏政に関する全ての⼿続のデジタル完結、ユーザビリティ向上のために必要なPICTISの改修・テロ資⾦供与等対策のために必要な海外送⾦に関する情報

 ⾏政庁から法⼈に対する⼀部⼿続（認定通知等）は、書⾯（郵送）で実施。また、法⼈から「PICTISの⼊⼒が難しい」「転記作業が多い」等現⾏システ
ムの使い勝⼿が悪いとの声(※)現状、90％以上の法⼈はＨＰを開設している（Ｒ３年概況報告）

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⑥わかりやすい財務情報の開⽰
現 状 収益事業等会計は公益⽬的事業会計から区分し、事業ごとに区分（法律）・損益計算書（P/L）内訳表を作成することが原則（⼀つの公益⽬的事業のみを⾏う法⼈は除く）（GL）
・貸借対照表（B/S）内訳表については、法⼈の負担に鑑み、収益事業等の「利益の50%超」を公益⽬的事業に繰り⼊れる場合に作成必須。それ以外は任意（GL）
 財務関係の基準適合性を確認するため、定期提出書類において別表ＡからＦを提出するとともに、毎年度末時点での公益⽬的取得財産残額を算定するため別表Hを提出（府令・⼿引き）

⾒ 直 し 案
財務規律柔軟化（①②）に伴い、法⼈⾃ら財務内容について寄附者等への説明責任を果たす必要性が増⼤（公益⽬的事業ごとの収⽀状況や、上限額を超えた使途不特定財産を公益⽬的事業に活⽤することを、財務諸表において明⽰する必要） 公益⽬的事業会計、収益事業等会計、法⼈会計の区分経理を求める（法律・府令）（すべての法⼈においてB/S・P/L内訳表の作成を必須とする）

 別表については、できる限り内訳表で代替すること
で廃⽌⼜は記載事項を簡素化（内閣府令に基づく各種様式・会計基準）課 題
 区分経理を⾏わない場合、公益⽬的事業会計、収益事業等会計、法⼈会計の会計区分が不明瞭なため、法18条で定める公益⽬的事業財産が⾒える化されていない。
 ⼀⽅で、毎年度別表Ｈを作成しているが、通常到来しない認定取消し等のために毎年度複雑かつ正確な計算が必要、解釈に様々な⾒解があるなど、法⼈・⾏政庁ともに多⼤な負担（他⽅、残額が過少に評価されることも不適切） その他各別表の作成も煩雑で、記⼊誤りも多い 公益⽬的取得財産残額については、その前提となる公益⽬的事業財産とともに概念・定義を分かりやすく再整理。
別表Hの代わりに、B/S内訳表の公益⽬的事業会計を基礎としたシンプルな把握⽅法とする⽅向で検討（法律・内閣府令）

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⑦法⼈機関ガバナンスの充実
現 状

⾒ 直 し 案

 ⼤規模法⼈は内部統制システムを理事会決定（法律）法⼈運営の中⼼である理事会・理事の役割機能強化
や、監査機能の強化により、国⺠からの信頼性を向上

 理事同⼠・監事同⼠は特別利害関係排除。理事・監事には３分の１ルール（法律） 会計監査⼈は原則設置。ただし、収益1000億未満・負債50億未満は除外（法律） ⾃⺠党⾏⾰本部提⾔なども踏まえ、各法⼈制度（学校法⼈、社会福祉法⼈など）において、国⺠への説明責任の観点でガバナンス強化の動き

課 題
 法⼈による⾃発的・⾃律的なガバナンス強化の取組が⾒えにくい。
 財務規律の柔軟化に伴い、法⼈⾃⾝が⾃らのガバナンスにおいて適正な判断を⾏い、説明責任を果たしていく必要性も増⼤。
 ⼀部の法⼈における理事による法⼈の私物化、法⼈機関の機能不全が制度全体の信頼を損なう恐れ
× 内輪の法⼈運営で代表理事に丸投げした結果、虚偽報告等を看過
× 監事が代表理事の配偶者である法⼈で不適正な経理× 理事を選任解任する評議員会の評議員を理事が実質的に選任

 外部の視点の導⼊や寄附者等への説明責任が⼗分でない場合も

１ ⾃律的ガバナンスの強化 法⼈⾃ら取り組んだガバナンス強化策（内部統制システムなど）を事業報告書等に記載
 法⼈、経済界等と⾏政の協働による法⼈⽀援や好事例の公表・展開
２ 外部理事・監事の導⼊（法律） 理事のうち少なくとも１⼈は過去10年間法⼈の業務執⾏理事⼜は使⽤⼈でなかった者とする。⼩規模法⼈の規律の在り⽅は検討
 監事のうち少なくとも１⼈は過去10年間法⼈の理事
⼜は使⽤⼈でなかった者とする
３ 理事と監事との特別利害関係排除（法律） 相互に配偶者、三親等以内の親族等は除外
４ 会計監査⼈による監査機能強化（政令等）
 他法⼈制度とも⽐較し、会計監査⼈必置とする範囲を拡⼤（収益100億、費⽤損失100億、負債50億以上※⼤多数の法⼈が任意で会計監査⼈を設置）
 会計監査⼈必置ではない法⼈への⽀援（監事研修等）

５ 評議員の選任
 理事が評議員の選任に実質的な影響⼒を⾏使するような不当な関与を排除する⽅策として、評議員の選任等のための選考委員会の設置等を推奨
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⑧事後チェックの重点化
現 状

⾒ 直 し 案 公益法⼈の事業の適正な運営を確保するために必要な限度において、報告徴収、⽴⼊検査を実施（法律）

１ ⽴⼊検査の重点化
 内外からの通報や関係省庁との連携を重視し、着実・迅速な情報収集と事実把握を⾏い、不適切事案の端緒を掴んだ法⼈に対し機動的・集中的に実施

 ⽴⼊検査は定期的・網羅的に実施。
 複数回の⽴⼊検査を受けた法⼈が⼤半（８割超）。
立入検査実施総数（H22-R4）：約5,300回（R4末法人数 約2,600法人）※いずれも内閣府所管の公益法人

課 題
 透明性向上・ガバナンス強化により、国⺠によるチェックや法⼈の⾃浄作⽤向上を図った上でも、なお不適切な法⼈は⽣じ得る。
 その場合、公益法⼈制度の信頼性を確保するため、迅速に実効性が⾼い措置を講じる必要。
 ⽴⼊検査の資源（知⾒、情報、⼈材）が分散⇒

組織的・戦略的な⽴⼊検査へ体制・⼿法を⾒直し２ 監督措置の実効性向上
 ⾏政庁における定期提出書類等の事後チェックの⼿法を確⽴・強化（特に事後届出化した事項）
 監督の考え⽅をあらかじめ明確化・公表。法⼈の予⾒可能性を⾼め、⾃律や⾃発的な改善を促しつつ、不適切事案には果断に処分や罰則を適⽤
 監督状況や改善状況は現状を⼀覧性をもって内閣府が公表
 その他、緊急性の⾼い事案について勧告を前置しない命令などの措置や、⾏政庁による監督を待たずに⾃律的な改善をした法⼈に対する監督措置の減免など⾃発的改善を促すための⽅策を検討

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⑨公益法⼈による出資等の資⾦供給
現 状

⾒ 直 し 案

<公益法⼈による株式保有等の資産運⽤＞
 認定法が規定する「投機的な取引を⾏う事業」や「他の団体の意思決定への関与」に該当しない限
り、可能（法律） 両項⽬に該当しない例を提⽰（GL）＜公益法⼈による株式保有等の資産運⽤＞
 資産運⽤における株式保有等について認定法による制約をより具体的に明確化（GL）<公益⽬的事業としての出資> 現⾏でも⼀部の公益法⼈が社会的課題解決のための資⾦供給の⼀環として実施

課 題<公益法⼈による株式保有等の資産運⽤>
 ガイドラインの「該当しない例」の記述が限定的であることや、旧指導・監督基準において株式保有等を制限していた影響もあり、法⼈が資産運⽤に対して委縮している可能性＜公益⽬的事業としての出資＞
 社会的課題解決に資する資⾦供給の⼀環として公益性を認定する際の考え⽅・基準を整理、明確化（GL）※資⾦の出し⼿（公益法⼈）及び受け⼿のニーズ、⺠間営利組織による出資との違い等の観点を踏まえ、今後検討<公益⽬的事業としての出資>
 資⾦供給の⼀環としての出資を実施している法⼈数は限定的であり、公益等認定委員会での審査例も少ない

12⑩公益信託制度改⾰【公益信託制度】財産を有する者（委託者）が、公益⽬的のため、その財産を信頼できる者（受託者）に託し、管理・処分させ、受託者の専⾨性を活⽤して公益⽬的の実現を図る制度〔公益信託ニ関スル法律（⼤正１１年法律第６２号）〕

現状及び課題⾒ 直 し 案 主務官庁による許可・監督制度の下にあり、実質な許可の基準が主務官庁毎に異なる。

平成３１年法制審議会の答申を踏まえ、公益信託制度を公益認定制度に⼀元化し、公益法⼈認定法と共通の枠組みで公益信託の認可を⾏う仕組みとなるように制度を構築する。
 公益信託の認可・監督は、内閣総理⼤⾂⼜は都道府県知事が⾏い、公益認定等委員会等の合議制の機関が公益性の判断を⾏う。

 公益信託の許可審査基準等により、事実上、助成など⾦銭の給付に限定され、美術館の運営等の積極的な信託事務ができない。
 公益信託の許可審査基準等により、事実上、受託者は信託会社に限定され、公益信託の担い⼿の多様性が確保されない。
信託法（平成18年法律第108号）の衆・参両院の附帯決議において、公益信託制度が、公益法⼈と社会的に同様の機能を営むものであることに鑑みて、公益法⼈制度と整合性のとれた制度とする観点から、所要の⾒直しを⾏うものとされる。

平成31年法制審議会の答申
 主務官庁制による許可・監督制を廃⽌し、統⼀的な⾏政庁が公益信託を認可・監督する。信託管理⼈を必置として⾃律的なガバナンスを強化する。
 信託財産を⾦銭に限定せず、不動産等を信託財産とすることも可能とする。
 受託者を信託会社に限定せず、公益の増進のため活動する担い⼿を拡⼤する。

 収⽀相償原則や遊休財産規制等の規律、⾏政庁による監督等について、信託制度としての特殊性を考慮しつつ、新しい公益法⼈制度の⾒直しに整合させる。
 公益法⼈制度と整合する制度とする観点から、新たな公益信託制度に適した税制改正要望を検討する。
⺠間公益活動の活性化のため環境整備
公益信託

公益法⼈
法⼈による公益活動（機関設置）

公益活動における相互のシナジー契約による公益活動（軽量・軽装備）

⾏政庁による公益認定・認可／監督
⺠間公益活動に関する選択肢の多様化

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施⾏スケジュール（予定）
令和５年

令和６年

夏

令和７年

常会

４⽉
、

予算
要
求・税制
改
正要
望改正法案
国会
提出

政省令・ガイドライン改正、会計基準の⾒直し等

審査・監督業務の⾒直し業務改⾰（BPR）、システム要件定義

⼀元的PF、BPRを踏まえたシステム等順次整備

新
公益信
託法
令
施行

経移過行措
期置
間終既了存
まので公に益申信
請託の移行

次期
シス
テム
完成
運用開始））

明信
・託
周事
知業者
・都
道
府
県への説

４⽉

基経
準過へ措の置
適
合ガ等バ
ナン
ス
新（

※ 現⾏制度で可能な⾒直しは順次先⾏実施

シス
テム
改修
（法施⾏対応）３⽉（

公益信託制度政省令・ガイドライン制定、会計基準の策定、体制整備等

Ｒ
７
年
度
決
算から
新基
準での財
表
作成改
正認
定
法令施
行３⽉）

新
しい
資本
主
義実
行
計
画・
骨
太方針

４⽉

（

公益法⼈
制度有識者
会議
最終
報
告知法人
経・済都
界道と府の県対へ話の説
明・
周

令和８年 令和９年 令和10年 令和11年

14