PubMedをフル活用して論文執筆を効率化する
ライフサイエンス統合データベースセンター山本 泰智

AJACSオンライン６
2021年6月17日

文献情報

文献

イラスト © 2016 DBCLS TogoTV / CC-BY-4.0

PubMed“on June 26, 1997, a Capitol Hill
Press conference officiallyannounced free MEDLINE access
via PubMed.”

1996
11,937,110
456,362

現状• 3000万件を超える文献情報

21/6/17時点で32,682,784 (16日は32,678,839 +3945)
20/9/16時点で31,502,489
19/11/25時点で30,348,625• 2020年発表分だけで1,514,199件（平均 4137件/日）• 5200件を超える学術誌
FY2020FY2019FY2018FY2017FY2016FY2015FY2014FY2013

PubMed Searches

3.3 Billion

3.1 Billion

3.3 Billion

3.3 Billion

3.1 Billion

2.8 Billion

2.7 Billion

2.5 Billion

Web/Interactive

1,076 Million

896 Million

831 Million

846 Million

853 Million

910 Million

900 Million

932 Million

Script/E-Utilities

2.2 Billion

2.2 Billion

2.5 Billion

2.5 Billion

2.2 Billion

1.9 Billion

1.8 Billion

1.6 Billion

https://www.nlm.nih.gov/bsd/medline_pubmed_production_stats.html

PubMed最新情報

新PubMedの目標• Modern cloud architecture• High-quality search• Fast• Reliable• Modern experience• Beloved

NCBI資料より ( https://go.usa.gov/xVcdT )https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/

Trending articlesのトレンド

お手元で試してみましょう

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=SARS-CoV-2

https://tinyurl.com/coviderrorイラスト ©DBCLS TogoTV / CC-BY-4.0

MeSHタームの活用

MeSH (Medical Subject Headings) ターム•

概念階層関係を持つ統制語彙（語彙数は3万弱）で毎年更新される•

MEDLINE収録の全文献に対しNational Library of Medicine (NLM) の専門ス
タッフおよび契約事業者がMeSHタームを用いた注釈付けを行う•

全員が生物医学関係の学士以上の学位を有す•

PubMed検索時に利用することで効率良く目的の文献を見つけられる•

MEDLINEの代表的な特徴•

セマンティックウェブにおけるデータ表現、RDFによる配布も

2021新登場
300近く（≒1%）のMeSHタームが新たに追加される

2021年6月

2020年9月

SARS-CoV-2: an Emerging Coronavirus that Causes a Global Threat - PubMed (nih.gov)
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32226285/

削除されたターム群（2020年）

https://meshb.nlm.nih.gov/searchお手元で試しましょうhttps://tinyurl.com/sarscov2mesh

③
④

②

①

検索語を含む部分抜粋が表示されない。

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#search-tags

AND, OR, NOT• 検索語を複数入力して、それらの間の条件を指定できる•

AND: すべての検索語を含む•

OR: いずれかの検索語を含む•

NOT: NOT直後の検索語を含まない

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#combining-with-boolean-operatorshttps://tinyurl.com/sarscov2rss

https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemandhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#covid19-article-filters

特定の検索目的に特化

https://www.nlm.nih.gov/databases/download/mesh.html

https://id.nlm.nih.gov/mesh/PubMed検索の注意• 大文字・小文字の違いはない• 複合語の検索は二重引用符(")で囲むことで可能•

PubMed内の辞書にない場合は挙動が変わる• 最新の文献およびPubMedのみに含まれる文献はMeSHタームでは検索できない•

人手により付けられており時間がかかるため•

平均すると、2から3か月程度•

MeSHタームはMEDLINEに書誌情報が収められる文献が対象
PubMed検索対象はMEDLINE＋α
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#searching-for-a-phrase
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5392968/

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25814886/

ワイルドカード（*）
検索語の直後にワイルドカード（*）を加えると、その検索語を語幹に含む全ての語が検索対象になる・語幹の長さは4文字以上必要
・MeSHタームへの自動マップは行われない・複数の検索語を入力する場合は、最後に含める

vaccinevaccines
vaccinatedvaccination…

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/

PubMed Central (PMC)• 生物医学・生命科学系の論文全文を無料で閲覧できるアーカイブ• 米国医学図書館（National Library of Medicine: NLM）が法的に生物医学系の文献を収集し保存することが求められているため• 2000年にPNASとCellを収集して始まる• 現在は1700年代に発表された論文を含む700万件程度を収める• 出版社や学界などから直接寄託された論文のほかに、NIHからの研究資金を利用して得られた研究成果を著者自ら寄託する論文や、古い論文をスキャンして得られたものが含まれる• 全文が無料で読めるが、全て著作権フリーということではない内訳

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/intro/

PMCへのアクセス数の変化
米国会計年度（10月ー9月）

閲覧可能論文数

平日の平均ユニークアクセス数

FY206,471,176

340万

FY195,725,819

260万

FY185,107,590

240万

FY174,553,343

210万

FY164,054,283

130万

FY153,623,566

120万

FY143,227,379

886,000

FY132,859,268834,000

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/intro/

検索PMC International (PMCI)• 米国外の組織が研究資金を提供した研究成果に対して、PMCと同様のアクセス手段と保存を促進する国際的な協力体制• 現在は、ヨーロッパの研究助成金提供組織と協力してEuropePMCが提供されている• Europe PMCは2007年に英国ウェルカムトラスト財団などと開始したUKPMCの発展版• 2012年11月にEuropean Research Councilらを加えて始まるhttp://europepmc.org/

検索対象
Search more than abstracts• アブストラクト: 38.9 million•

PubMed, Agricola, etc.

• 全文: 7 million• 書籍や文書: 28,250• プレプリント: 309,121

検索文の作り方
書き方例
J.Inorg. Biochem. 101:7479(2007)

結果
journal + volume + pageInfo + pub year

microtubule glycosylated

空白区切りで検索語を並べると、それらをすべて含む文献を検索。

microtubule OR glycosylated

大文字ORで結ぶと、いずれかの検索語を含む文献を検索。

(fish OR bird) AND disease

かっこを利用して、検索条件を明確化。Fishまたはbirdを含み、かつ、diseaseも含む。かっこがないと、ANDが先に評価される。

microtub* disease

検索語の直後に * で、その語を語幹とする語がすべてORで結ばれる。

microtubule cardiac -toxicity

検索語の直前に – を付けると、その後を含まない文献を検索。

With quotes: "green grass"green grass か 'green grass'

重引用符で囲むと、その通りのフレーズが含まれる文献を検索。ただし、フレーズ中に、頻出語である、a、and、in、ifなどを含むとうまくいかない。
シングルクオートは、それが無いのと同じで、AND検索。

キーワードが注釈付けされる

DBCLSで提供している文献情報関連サービスの紹介

文献知識抽出https://dbcls.rois.ac.jp/services.html

inMeXes (インメクセズ)
アブストラクト中の英語表現を検索

https://docman.dbcls.jp/im/

動画チュートリアル(統合TV)

https://togotv.dbcls.jp/20180126.html

Allie (アリー)
文献で使われる略語の情報を検索

https://allie.dbcls.jp/

動画チュートリアル(統合TV)

http://togotv.dbcls.jp/20171025.html

Colil (コリル)
引用文献に関する情報を検索

https://colil.dbcls.jp/

動画チュートリアル(統合TV)

http://togotv.dbcls.jp/20150207.html

Questions?
yy@dbcls.rois.ac.jp@yayamamo