第138回お試しアカウント付き講習会「スーパーコンピューター超入門」
2020年9月18日

講義編

2020/9/23 v2.0 (修正版)スーパーコンピューター超入門：講義編

本講習会の内容
1. 注意事項
2. 本講習会での質問の仕方、ZoomおよびSlackの使い方
3. スパコンの特徴、スパコンでできること。
4. スパコンの使い方（座学）
n SSH、Linux、CLI、モジュール、ジョブスケジューラ
5. 実習
1. スパコンへのログイン
2. プログラムのコンパイル、実行
3. 並列プログラムのコンパイル、実行
4. 結果のファイル転送
6. スパコンの利用申請

2

スーパーコンピューター超入門：講義編

3

講習会の注意事項
n 1か月利用可能なアカウントが配布されます。
l 利用規定に記載の用途以外に使用しないでください。
ü 研究、教育、社会貢献のために使用
l 1か月経過後(10/19)にはアカウントが削除されるため、ファイルも削除されます。
l アカウントの継続利用のためには、講習会を最後まで受講いただく必要があります。
n 企業の方がスパコンの利用申請をする場合、センターが開催するいずれかの講習会への参加が要件となります。
l 講習会の最後までの受講が申し込みの要件となります。
n 本講習会に関する質問はtut138@cc.u-tokyo.ac.jpに送付ください。センターのスパコン相談窓口等には送付しないようご注意ください。

スーパーコンピューター超入門：講義編

本講習会の内容
1. 注意事項
2. 本講習会での質問の仕方、ZoomおよびSlackの使い方
3. スパコンの特徴、スパコンでできること。
4. スパコンの使い方（座学）
n SSH、Linux、CLI、モジュール、ジョブスケジューラ
5. 実習
1. スパコンへのログイン
2. プログラムのコンパイル、実行
3. 並列プログラムのコンパイル、実行
4. 結果のファイル転送
6. スパコンの利用申請

4

スーパーコンピューター超入門：講義編

質問の方法
n 講義中の質問方法
l Zoomの挙手後の発言
l Slackへの書き込み
n 実習中の質問方法
l Zoomの挙手後の発言
l Slackへの書き込み
l Zoomの“ヘルプを求める”機能の利用
ü 画面を共有してのヘルプ

5スーパーコンピューター超入門：講義編

Zoomでの挙手 1/3

n “参加者”をクリック
n 画面の右側に参加者リストが出現

7

スーパーコンピューター超入門：講義編

Zoomでの挙手 2/3

n 右下の“手を挙げる”をクリック

8

スーパーコンピューター超入門：講義編

Zoomでの挙手 3/3

n ユーザー名の横に手のアイコンが出現
n “手を降ろす”をクリックでキャンセル

9

スーパーコンピューター超入門：講義編

10

Zoomでヘルプを求める

n 実習時、講師のヘルプを求めるために使用 （受講者の画面を共有します。）
n Zoom画面の下の一覧の中の“ヘルプを求める”をクリック

スーパーコンピューター超入門：講義編

ブレークアウトルーム待機中n ”ホストを招待“をクリック
n ホストの承認待ちに移行
注：すぐにブレイクアウトルームには入りません。（他の受講者のヘルプ中）11スーパーコンピューター超入門：講義編

ブレイクアウトルームn この状態なら講師と会話可能

12

スーパーコンピューター超入門：講義編

ブレークアウトルームからの退出

2

1n 一定時間経過後に自動的に退出します。
n 任意に退出したい場合の手順になります。

13スーパーコンピューター超入門：講義編

Slackの使い方
質問にはSlackもご利用ください。

“スーパーコンピュータ超入門”（質問チャンネル）をクリック

ここに質問を書いて Ctrl+Enter14

スーパーコンピューター超入門：講義編

15

Slackでの名前の変え方 1/2
名前の変え方ここをクリック“プロフィールを編集”をクリック

スーパーコンピューター超入門：講義編

16

Slackでの名前の変え方 2/2
名前の変え方“氏名”と“表示名”の両方を編集スーパーコンピューター超入門：講義編

本講習会の内容
1. 注意事項
2. 本講習会での質問の仕方、ZoomおよびSlackの使い方
3. スパコンの特徴、スパコンでできること。
4. スパコンの使い方（座学）
n SSH、Linux、CLI、モジュール、ジョブスケジューラ
5. 実習
1. スパコンへのログイン
2. プログラムのコンパイル、実行
3. 並列プログラムのコンパイル、実行
4. 結果のファイル転送
6. スパコンの利用申請

17

スーパーコンピューター超入門：講義編

スパコンとパソコンの違い
高い性能をもつ大規模計算機
ノード≈パソコン

コア
CPU

ノード0
メモリ
CPU

メモリ

ノード1
メモリ

メモリ

CPU

CPU

CPU

ネットワークn 高性能なノード
n 多くのノードn 高速なネットワーク
n 大容量かつ高速なストレージ
今回ご利用いただくOBCXを例に説明

ストレージ

19

20

スーパーコンピューター超入門：講義編

ノードの違い基本的に、コア数が多く、メモリの転送速度が速い
Mac
book

Mac
Pro

コア数

8

28

56
(2ソケット)

周波数 [GHz]

2.3

2.5

2.7

理論演算性能[TFlops]

0.59

2.24

4.84

容量 [GByte]

16

1500

192

転送速度 [GByte/秒]

42.6

140.8

281.6

CPU

MemoryOBCXのノード

OBCX

174.3mm

数字が大きいほど良い。

ものによってはGPU付き
580mm

21

スーパーコンピューター超入門：講義編

数(ノード数)の違い
たくさんのパソコンを並列に使用するスパコンが大規模といわれる所以

×4

×21

×17
全部で1,368台

スーパーコンピューター超入門：講義編

ネットワークの違い
ノード数が多い(1,368)ため、ネットワークは非常に高速
無線(Wifi ac)
転送速度
[Gbit/秒]

有線(Gigabit Ether)
6.9

1

Omni-path(OBCX)
100

22

23

スーパーコンピューター超入門：講義編

ストレージの違い
全体からのアクセスに対応するため、大容量かつ高速
OBCXのストレージ(Luster)の仕様
n 容量 ： 12.4PByte (12400TByte)n 構成 ： HDD 1,360本
n 転送速度 ： 193.9GByte/秒
HDD,SSDの転送速度はHDD ：0.1～0.2GByte/秒
SSD ： 4～5GByte/秒*2020年9月現在

スーパーコンピューター超入門：講義編

スパコンを効率的に使うためには目的とスパコンの構成を把握し、適切な最適化を考える。
コア
CPU

ノード0
メモリ
CPU

メモリ

ノード1
メモリ

メモリ

CPU

CPU

CPU

ネットワークn 計算を早くしたい
l ノード内：OpenMPl GPUの使用：CUDA、OpenACC
l 複数ノードの使用：MPI
n I/Oを早くしたい：MPI (MPI_IO)
n 大規模な問題を解きたい：MPI

ストレージ

24

スーパーコンピューター超入門：講義編

OBCX ハードウェア仕様

25

スーパーコンピューター超入門：講義編

スパコン向け最適化に関する講習会
目的に応じて受講をご検討ください。

26スーパーコンピューター超入門：講義編

スパコン向け最適化に関する講習会
ノード内並列（OpenMP）に関する講習会

27スーパーコンピューター超入門：講義編

スパコン向け最適化に関する講習会
GPUを使用する講習会

28スーパーコンピューター超入門：講義編

スパコン向け最適化に関する講習会
ノード間並列（MPI）に関する講習会

29スーパーコンピューター超入門：講義編

スパコン向け最適化に関する講習会
I/Oの高速化（MPI）に関する講習会

30

スーパーコンピューター超入門：講義編

スパコン向け最適化に関する講習会
ライブラリやツール、ソフトウェアの使用に関する講習会

31スーパーコンピューター超入門：講義編

本講習会の内容
1. 注意事項
2. 本講習会での質問の仕方、ZoomおよびSlackの使い方
3. スパコンの特徴、スパコンでできること。
4. スパコンの使い方（座学）
n SSH、Linux、CLI、モジュール、ジョブスケジューラ
5. 実習
1. スパコンへのログイン
2. プログラムのコンパイル、実行
3. 並列プログラムのコンパイル、実行
4. 結果のファイル転送
6. スパコンの利用申請

32

スーパーコンピューター超入門：講義編

33

スパコンの使い方
システムへのログイン、および必要な計算資源の要求が必要
パソコン

スパコン
OBCX
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
OBCX
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード

一人で使用

みんなで使用1. スパコンへのログイン
2. コンパイル
3. ジョブの投入
4. 結果の確認

スーパーコンピューター超入門：講義編

34

ログインノードとは？
多くのユーザーで1つのシステムを使うためのノード
SSH（Secure Shell)プロトコルを使用してログイン

SS
H

SSH

H
SS

OBCX

ログイン
ノード×6

計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード

ログインノードから計算ノードへの割り振りは？

スーパーコンピューター超入門：講義編

35

ジョブスケジューラ
ユーザーが要求するリソースを確保し、計算ノードを割り当てる機構
128ノード、1時間
OBCX

16ノード、4時間
SSH
4ノード、24時間 SSH

ログイン
ノード×6

ジョブ
スケジューラ

SS
H

計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード

ジョブスケジューラの仕事
n 要求されたノード数や時間に応じてリソースを割り当てる。
l すぐに実行されるわけではない。
l ジョブを投入しておけば自動的に実行してくれる。
n エラーがあるとメールでユーザーに知らせる。

スーパーコンピューター超入門：講義編

36

スパコンを使うための手順 (本日の実習内容)
本日の実習内容はスパコンへのログインからプログラムの実行、結果の確認まで
SSHでログイン

Putty、Cygwin、SSH、鍵認証

コンパイル

Linuxコマンド、エディタ(emacs, vi, nano)、 module

ジョブの投入ジョブファイル、ジョブ管理

結果の確認

スーパーコンピューター超入門：講義編

37

スパコンを使うための手順 (本日の実習内容)
本日の実習内容はスパコンへのログインからプログラムの実行、結果の確認まで
SSHでログイン

Putty、Cygwin、SSH、鍵認証

コンパイル

Linuxコマンド、エディタ(emacs, vi, nano)、 module

ジョブの投入ジョブファイル、ジョブ管理

結果の確認

スーパーコンピューター超入門：講義編

Secure Shell プロトコル
通信が暗号化されたShelln ShellはOSとユーザーの仲介をする
コマンドベースのソフトウェア
n 通信データを暗号化し、リモートマシンにアクセスできる通信方法:SSH

暗号化

暗号化された通信を使用して、様々なことが可能
n ファイルのコピー
n グラフィカル画面の転送
n トンネリングn ディレクトリのマウント

OBCX

ログイン後の画面の一例

38

スパコン利用者のための基礎講習

（仮）

鍵認証方式
より安全な接続をする→鍵認証方式
n パスワードではなく、鍵ペアを使用してログインする方法
n 秘密鍵にもパスワードを設定可能
初期設定（初回ログイン時のみ）
n 鍵ペアを作成
n 公開鍵をログインノードに登録④秘密鍵を使用
して復号①ログインをリクエスト

OBCX③暗号を返信

②公開鍵を使用して暗号を作成⑤復号結果を送信⑥返信結果を確認⑦ログインを許可

暗号通信開始39スーパーコンピューター超入門：講義編

40

鍵認証方式の注意点
注意点
n 秘密鍵の取り扱いに注意
l 厳重に管理してください。
ü 漏洩すると容易にログインできてしまうため。
l 秘密鍵の入ったPCの紛失などがあった場合は速やかに公開鍵を更新してください。
n 鍵の生成時には必ずパスワードを設定してください。
よく間違える点n 秘密鍵のパスワードはOBCXのポータルのログインパスワー
ドやログイン後のアカウントのパスワードとは異なります。

スーパーコンピューター超入門：講義編

41

スパコンを使うための手順 (本日の実習内容)
本日の実習内容はスパコンへのログインからプログラムの実行、結果の確認まで
SSHでログイン

Putty、Cygwin、SSH、鍵認証

コンパイル

Linuxコマンド、エディタ(emacs, vi)、 module

ジョブの投入ジョブファイル、ジョブ管理

結果の確認

スーパーコンピューター超入門：講義編

Linux OS
世界中のスパコンのほとんどが採用しているOS
n 現在のTOP500（上位500台のスパコンランキング）のシェアは100％n スパコンだけでなく、サーバーの多くはLinuxn 基本的にOpenSourceで構成されている。
n CLI（Command Line Interface)で完結するよう、
高機能なShellが用意されている。
Tux
l 本講習ではBashを扱う
l GUI(Graphical User Interface)も用意されている。
スパコンではあまり使わない。
講習会では基本的なコマンドとBashについて扱います。
Linuxではフォルダをディレクトリといいます。
（この後頻出します。）

42スーパーコンピューター超入門：講義編

43

コマンドとは？
特定の機能を実行する命令
n コマンドの基本的なフォーマット
$コマンド [オプション1、オプション2・・・] 引数1、引数2・・・・・
n オプションは“-”をつける。たとえば、$コマンド –hとすると、そのコマンドのヘルプが出力される。
基本的なコマンド一覧
コマンド

用途

よく使うオプション

pwd

現在のディレクトリを表示

cd

ディレクトリを変更

ls

ファイル一覧を表示-l ： 詳細表示

cp

ファイルまたはディレクトリのコピー-r ： 再帰的にコピー

mv

ファイル、またはディレクトリの移動-r ： 再帰的に移動

rm

ファイルまたはディレクトリの削除-r ： 再帰的に削除

mkdir

ディレクトリの作成-r ： 最適的に作成

man

コマンドの説明exit

セッションの終了

スーパーコンピューター超入門：講義編

44

Bashの機能
コマンド入力を簡易にする機能を提供
基本的な機能一覧

操作

動作内容

Auto filltab

途中まで入力したコマンドやパスの残りを補完

履歴↑

過去に実行したコマンドを1つずつさかのぼる

履歴探索モード ctrl+r

過去に実行したコマンドを検索

リダイレクト>

結果をファイルなどに出力
例：ls > list.txt list.txtにlsの結果が出力される

パイプ|

結果を次のコマンドに渡す
例：ls | sort
lsコマンドの結果をソートする

コマンドとbashの機能を使用したスクリプトも記述可能

46

スーパーコンピューター超入門：講義編

Linux(OBCX)でのディレクトリ構造/home/home/tUVXYZ

ログイン時のディレクトリ/home/kUVXYZ/home/mUVXYZ/
ルート
ディレクトリ/work/work/gt00/work/gt00/tUVXYZ/work/po****/work/jh******

LUSTRE ファイルシステム
/usr
/etc

n OBCXの固有ディレクトリ
n 高速なファイルの読み書きができる
n OBCXスパコンの計算は、全部ここから実施
l Home上での実行は不可
n トラブルもたまにあるので /homeから隔離されていますスーパーコンピューター超入門：講義編

47

Linuxでのディレクトリ
Linuxでのディレクトリの参照方法
n ホームディレクトリ
l “~/”
l /home/tUVXYZと同じ
n 絶対パスl ルートディレクトリ“/“から始まるパス
例：/home/tUVXYZn 相対パスl 現在のディレクトリから見たパスl “../”が1つ上のディレクトリ
例： ../../work/
現在のディレクトリが“home/tUVXYZ”とすると “/work”と同じ

スーパーコンピューター超入門：講義編

48

コマンドの実行例
コマンドの実行例
現在のディレクトリを出力
講習会用ディレクトリに移動
1つ上のディレクトリに移動

ホームディレクトリに移動

testディレクトリを作成
現在のディレクトリにあるファイルおよびディレクトリ一覧を表示

スーパーコンピューター超入門：講義編

49

スパコンを使うための手順 (本日の実習内容)
本日の実習内容はスパコンへのログインからプログラムの実行、結果の確認まで
SSHでログイン

Putty、Cygwin、SSH、鍵認証

コンパイル

Linuxコマンド、エディタ(emacs, vi, nano)、 module

ジョブの投入ジョブファイル、ジョブ管理

結果の確認

スーパーコンピューター超入門：講義編

エディタ
ファイルを編集するためのソフトウェア
Windowsの標準だとメモ帳に該当 → ただし、もっと高機能かつマウスなしで操作可Linuxでは以下のエディタが有名（ほかにもたくさんあります）
n Emacsl 高機能
l 拡張機能も豊富 (LISPで記述されている)
n Vim
l 軽量
l Linuxの初期状態でインストールされている
n Nanon 一番簡易n コマンドが下段に表示されるため、わかりやすい
機能性
使いやすさ
Emacs

Vim

Nano

50

スーパーコンピューター超入門：講義編

51

Emacs
Emacsの基本的な操作方法について$emacs で起動

編集画面

n C→Ctrlキー、M→Metaキー（ESC)、- → 同時押し
n Ctrl-zを押さないように注意

コマンド確認画面

操作

コマンド

ファイルを開く

C-x, C-f ファイル名 Ret

別名保存

C-x, C-w ファイル名 Ret

上書き保存

C-x, C-s

Mark Set

C-space

コピーMark Set, 範囲選択, M, w

切り取りMark Set, 範囲選択, C-w

貼り付け

C-y

検索

C-s

Undo

C-x, u

キャンセル

C-g

終了

C-x, C-c

52

スーパーコンピューター超入門：講義編

Vim
編集画面

Vimの基本的な操作方法について$vim で起動
Vimではノーマルモード、入力モードとコマンドラインモードを切り替えて使う
現在のモード
ノーマル
ノーマル
入力

モードおよびコマンド確認画面
n ブランク → ノーマルモード
n : → コマンドモード
l :w Ret 上書き保存
n --挿入-- → 入力モード

移行先モード入力
コマンドラインノーマル

キー
i, a, Ins:
esc, ctrl-c

操作

コマンド

ファイルを開く

e Ret

別名保存

w ファイル名 Ret

上書き保存

w Ret

1行コピー

yy

1行切り取り

dd

貼り付け

p

検索

/検索対象 Ret

終了

q

スーパーコンピューター超入門：講義編

53

Nano
編集画面

Nanoの基本的な操作方法について$nano で起動
n ^G → CtrlとGキーを同時押し
n M-U → Escキー、Uキーを順番に押す

コマンド確認画面
n ^ → Ctrl
n M → Escn - → 順次押す

操作

コマンド

ファイルを開く^R

別名保存^O ファイル名 Ret

上書き保存

^O

マーク

M-A

マークキャンセル

M-A

コピー

M-6

切り取り

^K

貼り付け

^U

検索

^W

終了

^X

スーパーコンピューター超入門：講義編

54

スパコンを使うための手順 (本日の実習内容)
本日の実習内容はスパコンへのログインからプログラムの実行、結果の確認まで
SSHでログイン

Putty、Cygwin、SSH、鍵認証

コンパイル

Linuxコマンド、エディタ(emacs, vi, nano)、 module

ジョブの投入ジョブファイル、ジョブ管理

結果の確認

スーパーコンピューター超入門：講義編

55

コンパイル、実行環境構築
コンパイル、実行環境を整えるために、moduleコマンドを使用$ module [オプション] 引数
オプション

内容

avail

利用可能な環境の一覧を表示

list

現在ロードしている環境一覧を表示

load

指定した環境のロード

unload

指定した環境のアンロード

switch環境のロードとアンロードを同時に実行

purge

環境を全てアンロード

例えば、Pythonを使用する場合、$ module load python/3.7.3

スーパーコンピューター超入門：講義編

56

プログラムのコンパイル
IntelおよびGNUコンパイラがインストール済み
ソースコードのタイプ

コンパイラ開発元

Intel
非MPIコード
GNU
Intel
MPIコードGNU

言語

呼び出しコマンドC

icc

Fortran

ifort

C

gcc

FortrangfortranC

mpiiccFortranmpiifortC

mpicc

Fortranmpif77 or mpif90

IntelでC言語のコードをコンパイルする場合$ icc [オプション] “ソースコード.c” –o “出力ファイル名”
GNUでFortran90/95のコードをコンパイルする場合$ gfortran [オプション] -free-line-length-none “ソースコード.f90” –o “出力ファイル名”-free-line-length-none : Fortranの自由形式を有効化

スーパーコンピューター超入門：講義編

57

コンパイルオプション一例
IntelおよびGNUでよく使うコンパイルオプション一覧
タイプ

言語

Intel
オプション

GNU
オプション

内容

共通

共通

-qopenmp-fopenmp

OpenMPを有効化

デバッグ
オプション

共通

-g

実行ファイルにソース
コードの情報を付与-Wall

コンパイル時にバグの元になりそうな箇所を検知-traceback
Fortran -check bounds

最適化
オプション

-fbacktrace

実行時にエラー発生個所を特定-fbounds-check

実行中に初期化していない
値へのアクセスなどを検知-O0、-O1、-O2、-O3

数字が大きいほど積極的な最適化を適用-xHostCPUアーキテクチャを考慮した最適化を有効化

共通-march=native

スーパーコンピューター超入門：講義編

58

スパコンを使うための手順 (本日の実習内容)
本日の実習内容はスパコンへのログインからプログラムの実行、結果の確認まで
SSHでログイン

Putty、Cygwin、SSH、鍵認証

コンパイル

Linuxコマンド、エディタ(emacs, vi, nano)、 module

ジョブの投入ジョブファイル、ジョブ管理

結果の確認

スーパーコンピューター超入門：講義編

59

ジョブスケジューラを使うためには
ジョブスクリプトを用意し、コマンドでジョブを投入
128ノード、1時間

OBCX

16ノード、4時間

4ノード、24時間

script2.sh

.sh
3
t
p
i
scr

ジョブ
スケジューラscript1.sh

計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード
計算ノード

ジョブスクリプトの中身
n 要求ノード数n 予想実行時間
n ジョブグループn 実行コマンドなど・・・・・

スーパーコンピューター超入門：講義編

60

ジョブスクリプトの作成
ジョブスクリプトはジョブスケジューラーへのオプション群を最初に記述
サンプルジョブスクリプト#リソースグループの指定(後述)#要求ノード数#MPIプロセス数#1MPIプロセス辺りのスレッド数#ジョブの推定実行時間#ジョブグループの指定#------- Program execution -------#
mpiexec.hydra -n ${PJM_MPI_PROC} ./a.out
・・#プログラム実行

通常のシェルスクリプトとしても使用可能

ジョブスケジューラに渡されるオプション群#!/bin/bash#PJM -L rscgrp=lecture#PJM -L node=4#PJM --mpi proc=8#PJM --omp thread=28#PJM -L elapse=00:15:00#PJM -g gt00

スーパーコンピューター超入門：講義編

61

リソースグループ
リソースグループ毎のノード数および最長実行時間一覧
リソース
グループ名

ノード数

最長実行
時間

説明

debug

1～16

30分 デバッグ用

short

1～8

8時間 短いジョブ用

1～128

48時間

129～256

24時間

1

2時間

2～8

10分

tutorial

1～8

15分 講習会用

lecture1～8

15分 講習会後一か月間有効

regularinteractive

通常使うリソースグループ

インタラクティブジョブ用（後述）n 講習会中はtutorialをご使用ください。
n 講習会後から利用期限まではlectureをご利用ください。
n それ以外のリソースグループは使用できません。

スーパーコンピューター超入門：講義編

ジョブの管理コマンド
以下のコマンドを使用して、ジョブの投入、削除、確認を行う
コマンド

内容

使い方

pjsub

ジョブの投入$pjsub “script.sh”

pjdel

ジョブの削除$pjdel “job ID”

pjstatジョブの状態$pjstat

注＊これらのコマンドはスパコンによって異なる

pjstatのオプション
n -H: 終了したジョブの確認
n --rsc -b : 各リソースグループの混雑具合を確認可能
n --rsc -x : 各リソースグループで要求可能なリソース量を出力

62スーパーコンピューター超入門：講義編

63

インタラクティブジョブ
対話型のジョブ デバッグなどに便利
手元で実行しているのと同様の挙動[tUVXYZ@obcx04 tUVXYZ]$ pjsub --interact -g gt00 -L rscgrp=interactive,node=1[INFO] PJM 0000 pjsub Job 517079 submitted.
[INFO] PJM 0081 .connected.
[INFO] PJM 0082 pjsub Interactive job 517079 started.
[tUVXYZ@cx0065 tUVXYZ]$

ログインノード(obcx04)から計算ノード(cx0065)へ
手元で操作するのと同様にプログラムの実行が可能スーパーコンピューター超入門：講義編

64

スパコンを使うための手順 (本日の実習内容)
本日の実習内容はスパコンへのログインからプログラムの実行、結果の確認まで
SSHでログイン

Putty、Cygwin、SSH、鍵認証

コンパイル

Linuxコマンド、エディタ(emacs, vi)、 module

ジョブの投入ジョブファイル、ジョブ管理

結果の確認

スーパーコンピューター超入門：講義編

結果の確認
Linux上でデータを整理するかローカルマシンにコピー
n Linux上l コマンドを駆使してデータを成型（実習内容）
l gnuplotなどのグラフ作成ソフトを使用
n ローカルにコピーl SFTPプロトコルを使用してデータを手元にコピー
実習ではWinSCPまたはsftpコマンドを使用
gnuplotの一例

65

スーパーコンピューター超入門：講義編

以上が講義の内容になります。
休憩の後、実習になります。
ご質問等はSlackに書き込み、またはZoomの挙手にてお願いします。

66スーパーコンピューター超入門：講義編利用可能なライブラリ一覧------------------------------ /home/opt/local/modulefiles/L/mpi/intel/2019.5.281/impi/2019.5.281 ------------------------------alps/2.3.0(default)
openmx/3.8(default)
ppohFDM/0.3.1(default)
feram/0.26.04(default)parmetis/4.0.3(default)
ppohFEM/1.0.1(default)
frontflow_blue/8.1(default)
petsc/3.11.2(default)
ppohFVM/0.3.0(default)
frontistr/4.5(default)
phase/2019.01(default)
pt-scotch/6.0.6(default)
modylas/1.0.4(default)
phdf5/1.10.5(default)
revocap_coupler/2.1(default)
mpi-fftw/3.3.8(default)
pnetcdf/1.11.2(default)
superlu_dist/6.1.1(default)
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67スパコン利用者のための基礎講習

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