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1yir s日目

遺伝子や遺伝子バリアントについて読者の皆さんの中には，すでにがんゲノム解析結果や，結果報告書が手元にあるという方もおられると思います．遺伝子解析の結果を示すのには，いろいろな表記法があり，どの表記法で書いてあるのかをまず判断しないといけません．解析した業者により表記法が違っています．ある業者は，KRAS p.Gly12Asp……①と，“p.” で示された結果を返します．これが，他の業者だと，もう少し簡略化されていて，KRAS p.G12D……②と，短く書かれている場合もあります．これはまだ番号の “12” のところが一緒だったりするので，記載が多少省略されているのかな，となんとなく感じられます．ただ，業者によってはさらに違った形式で，KRAS c.35G>A……③と，“c.” を使った，上の①や②の p. の時と違った表記で結果が出ることがあります．こうなると，ちょっと迷ってしまうかと思います．
さらに，こんなふうに結果を返却されることもあります．こうなると①〜③でみられた，初めの KRAS という文字列すらありません．
chr12-25398284-C-T（hg19）……④

chr12:g.25398284 C>T（hg19） ……⑤
いろいろな表記方法があって読者の皆さんは当惑されているかと思いますが，実は①〜⑤の 5 つとも，すべて同じ内容となる遺伝子の変化を示しています．
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遺伝子や遺伝子バリアントについて多数のヒトの遺伝子配列をいっぺんに解析できるようになったのはごく最近のことで，結果を示す時の表記法はまだ業界で統一されていません．
まずは，これらの表記されている内容がある程度つかめるように，以降で解説したいと思います．

細胞とは遺伝子の変化のことを知りたいのに，細胞の話？ ちょっと回りくどいです
ね．どうもすみません．ただ，ここで細胞の概念について少し知っていただきたいのです．そうでなければ，がん細胞の理解が進みにくいと考えるからです．
地球上に初めて生物が登場したのは，いまからおよそ 38 億年前とされています．この時の生物は，今でいうところの細菌，つまり「ばい菌」のような生き物であったと考えられています．その後，膨大な時が流れ進化し，現在のように多様な生命体がみられるようになりました．
地球上の生物は，すべて細胞と呼ばれる構造物でできています．細胞の大きさは直径がだいたい 10〜140μm で，mm の単位にすると 0.01〜0.14 mm です．ヒトの肉眼で識別できる最小の物体は約 0.2 mm（200μm）で，したがってヒトの肉眼では細胞を直接見ることはできません．顕微鏡などを用いて観察する必要があります．この小さな細胞が集まって，ヒトという生物を作っています．その数は成人の場合，37 兆個と膨大です．
細胞には，実にいろいろな種類のものがあります．皮膚の細胞は，外力や紫外線から人体を守る働きや，熱や冷気などから人体を保護する働きがあります．筋肉ももちろん細胞からできており，筋肉の細胞は，タンパク質の力を利用して細胞自体が縮み，筋肉の収縮を起こして体を運動させます．また，涙を作る細胞や，胃液を作る細胞など，ものを分泌する性質をもった細胞も存在します．

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3foth d4ayur日目

既報のデータベースにあたる─ソマティック編検出された腫瘍細胞のバリアント（2 日目の 23 ページにてすでにお話ししましたように，ソマティックのほうです）が，どのくらい「知られて」いるのか，という情報は重要です．よく知られたソマティックバリアントは比較的多くの患者さんで見つかり，そのようなバリアントへは薬剤開発が進み，治療法も革新されやすいという傾向があります．それゆえ，ソマティックバリアントについての結果報告書には，薬剤開発状況なども入れるようにとの提言がなされており，実際にそういった情報が得られるサイトがあります．それらをこれから紹介します．

ClinVar米国の National Institute of Health（国立衛生研究所）が管理している，遺伝子バリアント全般（ジャームラインとソマティック両方です）のサイトです．非常に大きな規模でありたくさんの情報がありますが，なかには信ぴょう性の低い情報もあるので，他のサイトでも確認したほうが無難です．
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
へアクセスすると，以下の画面となります．

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 日目

矢印で示した検索ボックスに遺伝子名などを入力すると，情報が出てきます．
ここでは例として “EGFR” を入れて検索してみましょう．以下のような画面が現れます．
②①

Variation のところでは，翻訳されたタンパク質のどの位置に変化が入るか，ならびにリファレンス配列（GRCh37 と GRCh38 があります）でのバリアントの位置が表記されています．掲載されているバリアント情報の順番としては，最初に大規模な遺伝子の欠失や重複・融合遺伝子が取り上げられており，複数の遺伝子を巻き込んだ変化が掲載されています．その次に，一つの塩基が置換したタイプが続きます．
また，①の箇所は，一つひとつのバリアントを示しています．1 日目（15ページ）にお話ししましたが，c.-191A>C とあり，コーディング配列の情報を示しています．マイナス符号がついているので，コーディング配列の上流の，タンパク質の配列の手前のところを意味します．こういった領域には，1 日目（14 ページ）でもお話ししましたプロモーターなどの重要な配列が存在することもあります．
②の箇所は，もし仮にこのバリアントがジャームラインで存在している場合，どういった影響を生じるかを，ACMG（72 ページ「coffee break ④」参照）の定義に当てはめて記載しています．以下のような区分となります．
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既報のデータベースにあたる─ソマティック編

Benign：病原性なし
Likely benign：病原性なしの可能性が高い
Likely pathogenic：病原性を有する可能性が高い
Pathogenic：病原性あり
Uncertain significance：解釈不明（上の 4 つのカテゴリーに当てはまらない）
これらのカテゴリーのうち，Likely pathogenic と Pathogenic については，病原性がありと判断する場合が多いです．
また，これらの判断の根拠となった状況を，Review status として，星の数で表しています．星の数が多ければ多いほど，より信頼性が高いことになります．
星 4 つ Practice guideline

ガイドラインにより決定されている

星 3 つ Reviewed by expert panel

専門家による合議にて解釈が決定されているCriteria provided, multiple 複数の情報提供者がおり，かつ解釈が一致している
星2つsubmitters, no conflicts
Criteria provided, conflicting 複数の情報提供者がいるが，解釈が一致していな
星 1 つ interpretations or criteria い．あるいは，情報提供者が 1 グループしかいない
provided, single submitter
No assertion for the individ- 単にバリアントが見つかったという報告のみ，ある
ual variant or no assertion いは解釈がついているものの解釈の基準や判断根拠
星なし
criteria provided or no as- が不明，あるいは解釈そのものが付随しない
sertion provided

情報量は多く，ジャームラインのデータベースとしても相当に有用です．探しているバリアント情報が見つかることが多いですが，念のために他のデータベースでもご確認下さい．

OncoKB
米国の有力な医療機関である Memorial Sloan Kettering Cancer Center が498-00854

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日目

演習問題

ここからは，バリアントの評価を行い，どういった対応をするかの演習を行いたいと思います．これまでに解説した内容を思い浮かべつつ，実際にサイトにアクセスしながら取り組みましょう．

問題●第 1 問（☞解説は 158 ページ）
67 歳，日本人男性．1 年前に進行肝内胆管癌が判明し，以後ゲムシタビン（ジェムシタビン）を用いた化学療法が施行されていました．このたび多発肺転移をきたしたため，同部を生検し，FGFR 融合遺伝子の検索も兼ねて検体をゲノム解析に提供し，結果が返却されてきました．提出検体には，腫瘍細胞が約20％（健常細胞が 80％となります）含まれていました．
KRAS G12V

VAF: 13.1％●第 2 問（☞解説は 165 ページ）
72 歳，日本人女性．ちょうど 1 年前に，右の腋窩のしこりに自身で気づき，精査にて皮膚のアポクリン腺癌と判明しました．右腋下リンパ節にも転移をいくつか認め，手術にて病巣は全摘出されました．乳癌との鑑別が問題となったのですが，免疫染色ではエストロゲン・プロゲステロン受容体陰性，HER2 は 1＋でKi67 は 25％であり，腋窩アポクリン腺癌であり，乳腺アポクリン癌ではないとされました．最近になり CT 上頸部リンパ節腫脹が複数出現してきています．
もともと稀な腫瘍であり，本人の希望もあり標準的治療が存在しないことから，手術検体を用いたゲノム解析がなされ，いくつかのバリアントが判明しました．
科のみんなでバリアント解釈を分担することとなり，あなたの担当するバリアン
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演習問題

トが以下の 2 つとなりました．
提出検体には，腫瘍細胞が約 50％含まれていました．
chr19-1223125-C-G, STK11 Phe354Leu

VAF: 42.3％

chr10-114925405-C-G, TCF7L2 Pro495Ala

VAF: 47.7％●第 3 問（☞解説は 171 ページ）
69 歳，日本人男性．血縁者では，父を 90 歳で肺扁平上皮癌で亡くされているほかは，悪性疾患の既往のある方は近い親族ではいないとのことです．重喫煙者（1 日 20 本をおおよそ 50 年）で，ほぼ毎日飲酒していました．8 カ月前に中咽頭 癌 と 診 断 さ れ ました．病理組織は低分化扁 平 上 皮 癌 で， 臨 床 病 期 は
T3N2M0，免疫染色では p16 陰性でした．シスプラチンと併用して根治的放射線療法がなされ，腫瘍はいったん大幅に縮小したのですが，3 カ月後に多発肺転移が出現し，シスプラチンと 5-FU，ドセタキセルを併用した治療がなされました．肺野病変の多くは縮小しているのですが，最近になり新たな小結節影が肺野に出現しています．ニボルマブの投与を検討中ですが，本人よりゲノム解析の希望があり，初回治療前の生検検体のみを用いた解析がなされました．下記のバリアントが検出されています．
提出検体には，腫瘍細胞が約 60％含まれていました．
chr17:7579313-G-T, TP53 Thr125Lys

VAF: 40.9％●第 4 問（☞解説は 175 ページ）
55 歳，日本人女性．3 年前までは，病気一つせず検診にも引っかかったことがないのが自慢でした．3 年前に頸部のしこりに気づき，精査にて多発肺転移を有する甲状腺乳頭癌と分かりました．手術的に甲状腺を全摘出し，その後標準的治療である放射性ヨウ素治療が開始となりました．最近になって放射性ヨウ素治療への反応が乏しくなり，分子標的薬が開始となったのですが，治療法を検索する目的にてがんゲノム解析を本人が希望されました．手術検体（検体内の腫瘍組織の割合は 30％）のみで検査がなされ，以下のバリアントが検出されました．
chr6:117631426-AT-A, ROS1 Asn2084IlefsTer6
chr5:149754617-G-T, TCOF1 Gly460Val

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VAF: 15.6％

VAF: 38.9％
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