公益法人運営における法制上の留意点
令和4年度テーマ別セミナー

内閣府公益認定等委員会事務局
Public Interest Commission
Cabinet Office, Government of Japan概要

1. 理事会、社員総会等の機関運営
2. 公益認定基準
3. 変更認定・届出
4. 関係法令の動き等

2１．理事会、社員総会等の機関運営

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法人運営の全体像
公益法人・一般法人（社団、財団）社員（社団）

評議員（財団）

社員総会（社団）、評議員会（財団）
選任・解任

説明（求めに応じ）

理事
業務執行の決定、理事の職務監視法人の代表業務の執行

監事※
監査理事会※
報告

説明（求めに応じ）理事の職務執行の監査

会計監査人（大規模法人は必置）
選定、解職

代表理事※

※理事会、代表理事、監事は、公益法人には必置（一般財団法人にも必置、一般社団法人には置かないことも可能）

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理事

各機関の職務、職責〇公益法人の理事は、理事会の構成員として、法人の業務上の意思決定に参画し、代表理事等の業務執行を監視する役割を担う。
理事の義務等（主なもの）〇善管注意義務（64条、172条1項、民法644条）〇忠実義務（83条、197条）
理事の選任、解任、 〇競業及び利益相反取引の制限（84条、92条、197条）
報酬等の決定〇社員総会・評議員会における説明義務（53条、190条）〇監事に対する報告義務（85条、197条）

社員総会（社団）
評議員会（財団）
説明理事・理事会の招集・招集請求

報告

監事

理事会

理事の責任（主なもの）〇法人に対する損害賠償責任（111条、198条）〇第三者に対する損害賠償責任（117条、198条）〇特別背任罪（334条）〇法人財産処分罪（335条）〇収賄罪（337条1項）

それぞれの義務・責任に係る一般法人法等の規律をよく確認し、迷ったときは関係行政機関に御確認ください！
※特に断りがない場合、条文番号は一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（平成１８年法律第４８号）の条文5を指す（以下同じ）。

理事会、代表理事
各機関の職務、職責〇理事会は、法人の業務執行を決定し、理事の職務執行を監督するとともに、代表理事を選定、解職する権限を持つ。
〇代表理事は、法人を代表し、業務の執行に当たる役割を担う。

理事
・理事会の招集理事会

・招集請求 代理出席、書代表理事の選定、理事の職務執行の監督

代表理事

面表決は不可（決議の省略は可）

理事会の権限（主なもの）〇法人の業務執行の決定（90条2項1号、197条）〇理事の職務の執行の監督（90条2項2号、197条）〇代表理事の選定及び解職（90条2項3号、197条）〇社員総会、評議員会の招集の決定（38条、181条1項）〇競業、利益相反取引の承認（84条、92条1項、197条）〇計算書類・事業報告の承認（124条3条、199条）

代表理事の権限
職務執行状況 〇法人の業務に関する一切の裁判上、裁判外の行為（77条4項、197条）の上告〇法人の業務の執行（91条1項、197条）
代表理事の義務〇理事会への職務執行状況の報告義務（91条2項、197条）

特に理事会の決議方法や、議事録の作成は一般法人法等で規律されており、それぞれの手続き等が有効なものとして扱われる要件を満たしているかをよく確認してください！
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監事

各機関の職務、職責〇監事は、理事の職務の執行を監査する。

監事の権限等（主なもの）〇理事の職務の執行の監査（99条1項、197条）〇計算書類等の監査（124条1項、2項、199条）
監事の選任、解任、 〇事業の報告要求、業務、財産の状況調査（99条2項、議案等の報酬等の決定197条）
調査、説明〇理事会の招集請求（101条2項、3項、197条）〇理事時の行為の差し止め請求（103条、197条）
監事〇法人と理事との間の訴えにおける法人の代表（104条、197条）
出席、職務執行の監査招集請求 〇会計監査人の解任（71条、177条）
事業の報告要求
監事の義務（主なもの）
行為の差し止め請求〇善管注意義務（64条、172条）
理事会〇理事会への出席義務（101条、197条）〇理事会への報告義務（100条、197条）理事〇社員総会、評議員会の議案等の調査・報告義務（102条、197条）〇社員総会、評議員会における説明義務（53条、190条）
社員総会（社団）
評議員会（財団）

監事の責任→※理事に同じ

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評議員・評議員会
各機関の職務、職責〇評議員は、公益（一般）財団法人の評議員会の構成員。
〇評議員会は、法人の基本的な業務執行体制（理事・監事等の選任・解任）や業務運営の基本ルール（定款の変更）を決定するとともに、計算書類の承認等を通じて、法人運営が法令や定款に基づき適正に行われているか監視する役割を担う。
評議員
評議員会の招集請求、議案等の提案

評議員の権限〇評議員会の招集（180条）〇評議員提案権（184条、185条）〇理事・監事・評議員解任の訴え（284条）
評議員の義務〇善管注意義務（理事と同じ）（172条1項、民法644条）

評議員会

評議員の責任→理事に同じ
選任、解任

理事

監事

会計監査人

評議員会の権限〇理事、会計監査人の選任・解任、監事の選任（63条1項176条、177条）〇監事の解任（176条1項）〇定款の変更（200条）〇計算書類の承認（126条2項、199条）〇理事等の責任の一部免除（113条1項、198条）〇合併の承認（247条、251条1項、257条）

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社員・社員総会
各機関の職務、職責〇社員は、公益（一般）社団法人の基本的な構成要素。最高議決機関である社員総会の構成員としての役割のほか、代表訴訟等を通じて理事・監事等の責任を追及することが可能。
〇公益社団法人（※理事会必置）における社員総会は、法人の基本的な業務執行体制（理事監・監事等の選任・解任）や業務運営の基本ルール（定款の変更）を決定するとともに、計算書類の承認などを通じて、法人運営が法令や定款に基づき適正に行われているか監視する役割を担う。

社員
社員総会の招集請求、議案等の提案

社員の除名

社員総会

選任、解任

理事

監事

会計監査人

社員の権限
〇社員総会の招集（37条）〇社員提案権（43条、44条）○理事・監事の責任追及の訴えの提起（278条）〇理事・監事の解任の訴え（284条）
社員の義務〇経費の負担（27条）
社員総会の権限〇理事、会計監査人の選任・解任、監事の選任（63条1項
70条1項）〇監事の解任（70条1項）○社員の除名（30条1項）〇定款の変更（146条）〇計算書類の承認（126条2項）〇理事等の責任の一部免除（113条1項）〇合併の承認（247条、251条1項、257条）

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新型コロナウイルス感染症流行下、デジタル時代における法人運営
議決権の書面行使／決議の省略、Web会議の開催など

１．社員総会における書面、電磁的方法による議決権の行使○書面投票又は電子投票によって決議が可能。（第38条、第39条、第41条、第42条、第51条、第52条）※社員総会を招集する際、これらの方法で議決権を行使することができる旨を定めておくことが必要（基本的に理事会決議が必要）。
※令和４年９月に施行された改正一般法人法により、社員総会の資料をより簡単に電子提供可能に。（詳しくは「関連法令の動き等」を参照）２．みなし決議（決議の省略）○社員の全員が書面又は電磁的記録により議案への同意の意思表示をしたときに、その議案について社員総会の決議があったものとみなすことが可能。（第58条）※評議員会においても同様（当該事項について議決に加わることができるもの全員の同意）※理事会においては、決議の省略を行うためには定款でこれを定める必要

Web会議、テレビ会議、電話会議などについて○Web会議等の適切な活用が望まれますが、実施する際には、出席者が一堂に会するのと同等に、相互に十分議論できる環境を整えることが重要です。

10２．公益認定基準※詳細は「公益認定等ガイドライン」参照

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経理的基礎／技術的能力認定法第５条第２号

１．経理的基礎を満たすためには○財政基盤の明確化

・申請に際して提出される貸借対象表、収支予算書等から財務状態を確認
・法人の規模に見合った事業実施のための収入が適切に見積もられているかを確認（寄付金収入について、大口拠出上位５者の見込み、会費収入について、積算の根拠、借り入れ予定の有無・計画）○情報開示の適正性・外部監査を受けているか※外部監査を受けていない場合、ア費用及び損失の額又は収益の額が１億円以上の法人監事（２人以上の場合は少なくとも１名、以下同じ）を公認会計士又は税理士が務めること（会計監査人は公認会計士又は監査法人）
イ費用及び損失の額又は収益の額が１億円未満の法人
営利又は非営利法人の経理事務を例えば５年以上従事した者等が監事を務めていること

上記ア・イについては、これを法人に義務付けるものではなく、このような体制にない
法人においては、公認会計士、税理士又はその他の経理事務の精通者が法人の情報開示にどのように関与するかの説明をもとに個別に判断。
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経理的基礎／技術的能力認定法第５条第２号○経理処理、財産管理の適正性
・法人財産の管理、運用について役員が適切に関与する体制がとられていること・開示情報や行政庁への提出資料の基礎となる十分な会計帳簿を備え付けていること
・法人の支出に使途不明金がないこと、虚偽の記載がないこと、その他の不適正な経理を行わないこと

２．技術的能力を満たすためには○事業実施のための技術、専門的人材や設備などの能力の確保

・「公益目的事業のチェックポイント」において、人員や検査機器の能力の水準の設定とその確保が掲げられていることから、検査検定事業を行う法人は、申請時に、当該チェックポイントを満たしていることが必要。

○法令上必要な許認可等・事業を行うにあたり、法令上許認可等を必要とする場合には、申請時に添付する当該許認可等があったこと等を証する書類でもって技術的能力を確認。

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特別の利益認定法第５条第３号、第４号

特別の利益とは⇒「利益を与える個人又は団体の選定や利益の規模が、事業の内容や実施方法等具体的事情に即し、社会通念に照らして合理性を欠く不当な利益の供与その他の優遇」○特別の利益の判断
・申請時は、提出書類等から判断
・公益認定後においては、確定的に利益が移転するに至らなくとも、そのおそれがあると認められる場合には報告聴取（認定法第２７条第１項）等の監督措置が取られる可能性も○留意いただきたい点・寄附を行うことが直ちに特別の利益に該当するものではない（行政庁へ相談）
・また、条文中の「その事業を行うにあたり」とは、公益目的事業の実施に係る場合に限られない14

役員の３分の１規定

認定法第５条第１０号及び第１１号

３分の１規制とは⇒親族等や他の同一の団体（公益法人を除く）の関係者が理事及び監事に占める割合について、各々の総数の３分の１を超えてはならない○他の同一の団体の関係者
・当該他の同一の団体の理事又は使用人
・当該他の同一の団体の理事以外の役員、業務を執行する社員である者
・国の期間、地方公共団体、独立行政法人等の職員である者※監事の総数が２人の場合に別の団体からそれぞれ１人ずつ監事を受け入れた場合、「合計数」を観念できないため、基準には抵触しない。
※なお、2人とも同じ団体から受け入れた場合は、「合計数」が２人となるため、基準に抵触する。

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公益目的取得財産残額の贈与認定法第５条第１７号

公益法人が公益認定を取り消された場合等⇒公益法人は、公益認定取り消し等の場合に「公益目的取得財産残額」に相当する財産を、取消し等の日から1箇月以内に類似の事業を目的とする他の公益法人等に贈与する旨を定款に定めている必要※財産の帰属先に係る定款の定めは、申請時には、認定法第５条第１７号に掲げられた者と定めることで足る（ガイドラインⅠ－１６）※公益法人が解散した場合の残余財産の帰属先についても同様（認定法第５条第１８号）

公益目的事業財産

公益目的取得財
産残額
公益目的事
業費

贈与
他の公益法人等16

３．変更認定申請・届出

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変更認定・変更届出が必要な場合は？
１．変更認定が必要な場合○認定法第１１条第１項
・公益目的事業を行う都道府県の区域又は主たる事務所若しくは従たる事務所の所在場所の変更
・公益目的事業の種類又は内容の変更
・収益事業等の内容の変更
２．１．のうち変更認定が必要ではない場合（軽微な変更）○認定法施行規則第７条
・行政庁の変更を要しないもの
・事業（公益目的事業又は収益事業等）の内容の変更であって、申請書の記載事項の変更を伴わないもの※申請書：公益認定時のもの（その後変更認定を受けていればその時のもの）⇒変更認定は不要だが、変更届出が必要

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変更認定・変更届出が必要な場合は？
３．変更届出が必要な場合○認定法第１３条第１項
・名称又は代表者の氏名の変更
・認定法施行規則第７条で定める軽微な変更⇒２．参照

・定款の変更（変更認定及び上記２点に係るものを除く）
・認定法施行規則第１１条第２項で定める事項の変更○認定法施行規則第１１条第２項
・理事等（代表者以外）又は会計監査人の氏名若しくは名称の変更
・役員報酬等の支給基準（認定法第５条第１３号）の変更
・事業を行う上で必要となる行政機関の許認可等（認定法第６条第４号）に係る変更

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申請？ 届出？

事業を変更したい時○申請書の記載事項の変更を伴わない場合

・事業の公益性についての判断が明らかに変わらず、・申請書に参考情報として記載されているにすぎない事項の変更の場合には、申請書の記載事項の変更を伴わないものとする。
※そもそも事業の日程や財務数値など毎年度変動することが一般的に想定されるような事項の変更は事業内容の変更に当たらない。

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申請？ 届出？

事業を変更したい時○事業の公益性についての判断が明らかに変わらず、申請書に参考情報として記載されているに過ぎない事項の変更
・事業目的に照らして当該公益目的事業における受益の対象や規模が拡大する場合・チェックポイントの事業区分が変わらず、かつ、チェックポイントに沿った説明に実質的な変更がない場合など判断に迷う場合は行政庁へお早めに（事業に着手する前に）お問い合わせください！
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変更認定申請・届出の時期
１．変更認定申請
変更しようとするときは、認定を受けなければならない⇒変更する前（事業を開始する前）には行政庁の認定を受けていることが必要

２．変更届出変更があったときは、遅滞なく届出⇒変更後に、遅滞なく行政庁へ届け出る必要タイミングに迷う時は事前に行政庁へ御相談ください！

22変更認定申請における注意点
変更認定申請をしていなかったケース
１．変更認定申請が必要であると知らなかった

２．変更認定（又は申請）前に事業を開始（変更認定申請が必要であることは認識）

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４．関連法令の動き等24法人法の改正について（令和４年９月１日施行）

会社法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律

１．社員総会における資料の電子提供に関する規定の新設○社員総会において以下の資料の内容である情報について電子提供措置をとる旨を定款で定めることができる（第４７条の２（新設））・社員総会参考書類
・議決権行使書面
・第125条の計算書類及び事業報告並びに監査報告※電子提供措置期間や召集の通知、書面交付等に関する規定も新設（第４７条の３～第４７条の６）

２．従たる事務所の所在地における登記に関する規定の削除○第３１２条から第３１４条、第３１５条の一部及び第３２９条に規定する従たる事務所の所在地における登記に関する規定が削除⇒従たる事務所の所在地における登記が不要に※改正内容の詳細については一般法人法を所管する法務省へお尋ねください25

整備法施行規則改正に伴う登記情報システムとの連携開始について（令和３年６月開始）○電子申請に際して、自法人の登記事項証明書を添付する手続の場合、ログイン中の法人の登記情報データを登記情報システムから連携取得し、添付書類として使用することができます。
（１）様式・添付書類の登記事項証明書の項目にて、<登記情報システムから取得する>
ボタン左のチェックボックスにチェックを付けた後、<登記情報システムから取得する>
ボタンを押下し、表示される確認ポップアップにて「はい」を押下します。
登記事項証明書※「⒈登記情報システムから取得する」又は「⒉スキャンした登記事項証明書を添付する」を選択してください。

□↓⒈登記情報システムから取得する□⒉スキャンした登記事項証明書を添付する
参照…

（２）登記連携進捗状況が「取得依頼受付」になったことを確認し、画面下部にある<申請書類を保存する>ボタンを押下することで登記情報システムへの連携依頼が行われます。
□登記事項証明書※「⒈登記情報システムから取得する」又は「⒉スキャンした登記事項証明書を添付する」を選択してください。

↓⒈登記情報システムから取得する

取得依頼受付□⒉スキャンした登記事項証明書を添付する

参照…

詳しくは公益informationの電子申請マニュアルをご覧ください。
https://www.koeki-info.go.jp/sinsei_dp.html
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その他関係諸法令における改正
１．公益通報者保護制度に係る改正

詳しくは消費者庁のホームページをご確認ください
https://www.caa.go.jp/policies/policy/consumer_partnerships/whisleblower_protection_syst
em/overview/

２．個人情報保護制度に係る改正
詳しくは個人情報保護委員会のホームページをご確認ください
https://www.ppc.go.jp/news/kaiseihou_feature/

３．パワハラ・セクハラ防止に係る改正
詳しくは厚生労働省のホームページをご確認ください
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/koyoukintou/seisaku06/index.html

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