PCR v reálném časeSoftware CFX Maestro Dx SE
12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687
Revize návodu: Květen 2022
Revize softwaru: 2.3

Uživatelská příručka k produktu
Verze 2.3

Software CFX Maestro Dx,
bezpečnostní ediceUživatelská příručka
Verze 2.3

Technická podpora Bio-Rad™
Oddělení technické podpory Bio-Rad je v USA k dispozici od pondělí do pátku od 5:00 do 17:00 hodin(pacifický čas).
Telefon: 1-800-424-6723, volba 2
E-mail: Support@bio-rad.com (pouze USA/Kanada)
Pro technickou pomoc mimo USA a Kanadu se obraťte na místní technickou podporu, nebo klikněte na odkaz
bio-rad.com.

Upozornění
Žádnou část této publikace nelze bez písemného souhlasu společnosti Bio-Rad Laboratories, Inc.
reprodukovat ani převádět, elektronicky ani mechanicky, jakýmkoliv způsobem či jakýmikoliv prostředky,včetně kopírování, záznamu či systémů pro uchovávání či vyhledávání informací
Společnost Bio-Rad si vyhrazuje právo kdykoliv své produkty a služby měnit. Změny této příručky jsou možné
bez předchozího upozornění. Ačkoliv jsou tyto informace sestaveny s cílem zajistit přesnost, nepřijímá
společnost Bio-Rad odpovědnost za případné chyby nebo opomenutí ani za škody vyplývající z jejich aplikacenebo použití.
BIO-RAD je ochranná známka společnosti Bio-Rad Laboratories, Inc.
SYBR je ochranná známka společnosti Thermo Fisher Scientific Inc.
EvaGreen je ochranná známka společnosti Biotium, Inc.
Všechny ochranné známky použité v této publikaci jsou majetkem příslušných vlastníků.
Copyright ©2022 od Bio-Rad Laboratories, Inc. Všechna práva vyhrazena.

Účel použití

Účel použití
PCR CFX Opus Dx pro práci v reálném časeTM a Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní ediceTM jeurčena k provádění PCR reakce s použitím flourescence k detekci a kvantifikaci sekvencí nukleových
kyselin. Systém a software jsou určeny k diagnostickému použití in vitro vyškolenými laboratorními
techniky. Systémy by se měly používat s diagnostickými testy nukleových kyselin třetích stran,
vyrobenými a označenými k diagnostickým účelům.

Použité symbolyVýrobceČíslo šarže

Spotřebujte do

Pro diagnostické použití in vitro

Teplotní limit

Katalogové číslo

Viz návod k použití

Počet testů

Pro použití s

Sériové číslo

Pouze na předpis

Obsahuje latexUživatelská příručka | iii

Označení CE – předpis(EU) 2017/746 IVDRPřeklady
Dokumenty k produktu mohou být k dispozici v jiných jazykových mutacích na elektronických médiích.

iv | Software CFX Maestro Dx SE

Historie revizí

Historie revizí
Dokument

Datum

Popis změny

Software CFX Maestro Dx,

Prosinec 2020

Verze A, první vydáníKvěten 2022

n Aktualizováno k zajištění podpory přístrojů CFX

bezpečnostní ediceUživatelská příručka, 2.0(ID dokumentu
č. 10000135545)
Software CFX Maestro Dx,
bezpečnostní edice

Opus Deepwell DxUživatelská příručka, 2.3

n Byla aktualizována tabulka lexikonu symbolů

(ID dokumentu

n Do úvodu přidejte poznámku o kybernetické

č. 10000135545)

bezpečnostiUživatelská příručka | v

vi | Software CFX Maestro Dx SE

ObsahÚčel použití

iii

Použité symbolyiiiPřekladyiv

Historie revizívBezpečnost a shoda s předpisy

17

Bezpečnostní výstražné štítky

17

Bezpečnost a shoda s předpisy

19

Soulad s bezpečností

19

Elektromagnetická kompatibilita (EMC)20Výstrahy a poznámky k elektromagnetické kompatibilitě

20Požadavky na prostředí

22

Rizika23

Biologická rizika

23

Chemická rizika

25

Rizika spojená s výbušností nebo hořlavostí

25

Rizika spojená s elektrickým proudem

26

Doprava

26

Baterie

26

Likvidace

26

Záruka26

Kapitola 1 Úvod27

Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a jeho hlavní funkční rysy

29

Kde najít více informací

29

Kapitola 2 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a jeho instalace31Požadavky na systém

32

Instalace softwaru CFX Maestro Dx SE

33

Detekce připojených přístrojů
Softwarové soubory3435Uživatelská příručka | vii

ObsahKapitola 3 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a správa uživatelských
účtů
Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a jeho spouštění

37
38

Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a přidání uživatelů systému Microsoft Windows do
počítače
40
Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a přidávání a odstraňování uživatelů

42

Správa rolí uživatelů v Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice

43

Zobrazení vaší role a oprávnění

Kapitola 4 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice a jeho použití

44

45

Zabezpečené soubory

45

Kapitola 5 Pracovní plocha

55

Okno Home (Domů)56

Startup Wizard (Průvodce spuštěním)57

Okno Protocol Editor (Editor protokolu)

58

Okno Plate Editor (Editor destiček)

59

Okno Data Analysis (Analýza dat)

60

Kapitola 6 Okno Home (Domů)61

Okno Home (Domů)62Příkazy nabídky File (Soubor)63Příkazy nabídky View (Zobrazit)

63Příkazy nabídky User (Uživatel)64Příkazy nabídky Run (Běh)

65Příkazy nabídky Tools (Nástroje)65Příkazy nabídky Help (Nápověda)66Příkazy panelu nástrojů

67

Startup Wizard (Průvodce spuštěním)68

Stavový řádek

68

Panel Detected Instruments (Detekované přístroje)

69

Zobrazení vlastností přístroje

72

Než začnete

73

Vytvoření reakčního Master Mixu

73

Kalibrace nových barviv

75

Nastavení uživatelských předvoleb

78

viii | Software CFX Maestro Dx SE

ObsahKapitola 7 Vytvoření protokolů

97

Parametry a rozsahy pro jednotlivé kroky protokolu

98

Okno Protocol Editor (Editor protokolu)

100Příkazy nabídky File (Soubor)100Příkaz karty Settings (Nastavení)101Příkazy nabídky Tools (Nástroje)101Příkazy panelu nástrojů

101

Ovládací prvky pro úpravu protokolu

102

Vytvoření protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor protokolu)

106Otevření nového souboru protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor protokolu)

106Otevření existujícího souboru protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor protokolu)

108

Nastavení nového protokolu

109Přidání kroků do protokolu

111Vložení kroku gradientu

112Vložení kroku GOTO

113

Vložení kroku Křivka tání113

Přidání nebo odstranění kroku Čtení destičky

115Změna nastavení kroku

115

Odstranění kroku

116

Kopírování, export nebo tisk protokolu

116

Vytvoření protokolu pomocí nástroje Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu)

117Použití nástroje Ta Calculator (Kalkulačka Ta)

119

O nástroji Ta Calculator (Kalkulačka Ta)

119

Kapitola 8 Příprava destiček

125

Okno Plate Editor (Editor destiček)

126Příkazy nabídky File (Soubor)126Příkazy nabídky Edit (Upravit)

127Příkazy karty Settings (Nastavení)

127Úprava příkazů nabídky Tools (Nástroje)

128Příkazy panelu nástrojů

128

Vytvoření souboru destičky pomocí Plate Editor (Editor destiček)

130Otevření nového souboru destičky v nástroji Plate Editor (Editor destiček)

130Otevření existujícího souboru destičky v nástroji Plate Editor (Editor destiček)

132

Nastavení nového souboru destičky133Uživatelská příručka | ix

ObsahPřiřazení volitelných parametrů k souboru destičky140Přiřazení produktu jamkám

140Přiřazení názvu vzorku jamkám

142Přiřazení biologických skupin jamkám

144Přiřazení čísel technických replikátů jamkám

146Přiřazení série ředění ke standardům

148

Kopírování obsahu jamky do jiné jamky

149Přidání poznámky k jamce

150

Vymazání informace k obsahu jamky

150Změna nastavení experimentu

152

Vytvoření skupin jamek

155Změna typu zobrazení křivky

157

Zobrazení, export a import destičky ve formátu tabulky

159

Vytvoření destičky pomocí nástroje Plate Setup Wizard (Průvodce nastavením destičky)161Použití Plate Setup Wizard (Průvodce nastavením destičky)

161

Kapitola 9 Provádění experimentů

165

Okno Run Setup (Nastavení běhu)166Otevření okna Run Setup (Nastavení běhu)167

Karta Protocol (Protokol)

168

Karta Plate (Destička)

171

Karta Start Run (Spustit běh)174

Zahájení experimentu

175

Dialogové okno Run Details (Podrobnosti o běhu)177

Karta Run Status (Stav běhu)177

Karta Real-time Status (Zobrazení v reálném čase)180

Karta Time Status (Časový údaj)183

Provádění experimentů PrimePCR

184

Přenos Stand-Alone dat k analýze

186

Přenos dat prostřednictvím e-mailu

186Přenos dat z PCR CFX Opus Dx pro práci v reálném čase186

Přenos dat prostřednictvím Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice188Přenos dat pomocí USB disku

188Přenos dat prostřednictvím sdílené síťové jednotky pomocí PCR CFX Opus Dx pro práciv reálném čase189

x | Software CFX Maestro Dx SE

Obsah

Vytvoření datového souboru

189

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

191

Okno Data Analysis (Analýza dat)

191

Panel nástrojů pro analýzu dat

192

Panel nabídek pro analýzu dat

193

Karta Details (Podrobnosti)

196

Nástroj pro výběr Step Number (Číslo kroku)

196

Zobrazení skupin jamek v analýze dat

197Změna obsahu jamky po ukončení běhu197

Nastavení analýzy dat

198

Nastavení hodnoty Threshold198

Nastavení baseline

198Režim analýzy

199

Počet cyklů zahrnutých do analýzy

200

Nástroj pro výběr jamky

201Položky nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši

202

Dočasné vyloučení jamek z analýzy

203

Grafy

204

Nástroje grafu

204Zvětšení oblasti v grafu

212

Kopírování grafů do souboru Microsoft

212

Společné položky nabídky pro grafy po kliknutí pravým tlačítkem myši

212

Tabulky
Společné položky nabídky pro tabulky po kliknutí pravým tlačítkem myši
Export

214
214
216

Export všech tabulek

216

Export souborů RDML

217

Tvorba vlastního souboru pro export

218

Export do složky LIMS

220

Export dat ve formátu Seegene

220

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

221

Karta Quantification (Kvantifikace)

222Možnosti pro fluorofor

222

Dialogové okno Trace Styles (Možnosti křivek)

223Uživatelská příručka | xi

ObsahMožnost Log Scale (Logaritmické měřítko)224

Standard Curve Chart (Graf standardních křivek)

225Možnosti nabídky grafu Amplification (Amplifikace)

226

Tabulka na kartě Quantification (Kvantifikace)

226

Karta Quantification Data (Kvantifikační data)

228

Tabulka Results (Výsledky)

228

Tabulka Standard Curve Results (Výsledky standardních křivek)

230

Tabulka Plate (Destička)

231

Tabulka RFU

232

Karta Melt Curve (Křivka tání)233Úprava dat Melt Curve (Křivka tání)

235

Karta Melt Curve Data (Data křivky tání)

236

Tabulka Melt Peaks (vrcholy křivky tání)

236

Tabulka Plate (Destička)

237

Tabulka RFU

238

Tabulka -d(RFU)/dT

239

Karta EndPoint (End-point analýza)240

Data výsledků

241Úprava analýzy dat end-point

242

Tabulka RFU pro analýzu end-point

242

Karta Allelic Discrimination (Alelická diskriminace)243Úprava dat pro alelickou diskriminaci

244Možnosti nabídky grafu

245

Tabulka Allelic Discrimination (Alelická diskriminace)245

Karta Custom Data View (Vlastní zobrazení dat)
Vytvoření vlastního zobrazení dat
Karta QC (Kontrola kvality)

247
248
249

Změna kritérií QC (Kontrola kvality)

250

Vyloučení jamek, které neprojdou QC (Kontrola kvality)

250

Karta Run Information (Informace o experimentu)

251

Report z analýzy dat

252Analýza dat - kategorie reportu

253

Vytvoření reportu z analýzy dat

256

Vytvoření reportu pro skupiny jamek258

xii | Software CFX Maestro Dx SE

ObsahKapitola 12 Analýza genové exprese

259

Nastavení destičky pro analýzu genové exprese259Průvodce nastavením destičky

260

Grafy genové exprese

261

Graphing (Grafy)

262Změna a anotace zobrazení grafu

264Úprava dat genové exprese

270

Nastavení experimentu272Možnosti nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši

273

Tabulka dat

274Možnost Show Details (Zobrazit podrobnosti)

276

Graf „clustergram“

278

Settings (Nastavení)

278Možnosti nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši

278

Tabulka dat

278

Rozptylový graf

279

Nastavení279Možnosti nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši

279

Tabulka dat

279

Tabulka Results (Výsledky)

280

Genová studie

281

Kalibrace mezi běhy281

Dialogové okno Gene Study (Genová studie)

282

Karta Study Setup (Nastavení studie)282Příprava genové studie

283

Karta Study Analysis (Analýza studie)

284

Kategorie reportu o genové studii

285

Vytvoření reportu o genové studii

287Příloha A Výpočty pro analýzu dat289Účinnost reakce289

Relativní množství

289

Relativní množství při výběru kontroly290Směrodatná odchylka relativního množství

290

Korigovaná účinnost Cq (CqE)291Uživatelská příručka | xiii

ObsahPrůměrná korigovaná účinnost Cq (MCqE)

291

Normalizovaná exprese

292

Exprese a relativní množství pro biologické skupiny

293

Normalizovaná exprese při výběru kontroly293Směrodatná odchylka pro normalizovanou expresi

294

Normalizovaná exprese upravená podle nejvyšší úroveň exprese

295

Normalizovaná exprese upravená podle nejnižší úrovně exprese

295

Normalizovaná exprese upravená podle průměrné úrovně exprese295Směrodatná odchylka pro normalizovanou expresi s upraveným rozsahem

297

Chybové úsečky pro směrodatnou odchylku (lg) a standardní chybu průměru (lg)298

Násobek exprese299

Vzorce pro korigované hodnoty

300Výpočet intervalu spolehlivosti pro analýzu biologických skupin

301

Grafy „Box“ a „Whiskers“ - výpočet301Příloha B Revizní záznamy

303

Prohlížení revizních záznamů

303

Auditovatelné události

305Příloha C Integrace LIMS

309

Vytvoření datových souborů kompatibilních s LIMS

309

Nastavení možností složky LIMS a exportu dat309

Vytvoření protokolu LIMS

311

Vytvoření souboru LIMS

311

Spuštění běhu LIMS

317

Export dat do LIMS

317

Příloha D Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice – poradce při potížích

319

Seznam povolených souborů a složek Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice

319

Protokol aplikací

320

Načtení souborů protokolů aplikace a firmwaru

321

Poradce při potížích

321Výpadek napájení

321Přenos souborů do počítače CFX Maestro Dx SE

322

Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice – ruční instalace322Přeinstalování ovladačů

323

xiv | Software CFX Maestro Dx SE

ObsahPříloha E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

325

Software Notices

326

ZedGraph

326

Standard Open License Text

326

LGPL-2.1

326Příloha F Literatura

339

Uživatelská příručka | xv

Obsahxvi | Software CFX Maestro Dx SE

Bezpečnost a shoda s předpisy
Systémy PCR pro práci v reálném čase CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx a CFX Opus Deepwell Dx(v této příručce označované jako Systém CFX Opus Dx) se během provozu velmi rychle zahřívají
a ochlazují. Pro bezpečný provoz systému PCR v reálném čase Bio-Rad důrazně doporučuje dodržovat
bezpečnostní specifikace uvedené v této části a v této příručce.

Bezpečnostní výstražné štítkyVýstražné štítky umístěné na Systém CFX Opus Dx a v této příručce vás upozorňují na možné příčiny
zranění nebo škody. Tabulka 1 popisuje každý bezpečnostní výstražný štítek.
Tabulka 1. Obecné bezpečnostní výstrahy

IkonaVýznam
Provozování Systém CFX Opus Dx bez předchozího seznámení se s tímto
návodem k použití může znamenat riziko úrazu. Použití tohoto přístroje způsobem,který není uveden v tomto návodu k použití nebo určen společností Bio-Rad můžemít za následek poškození nebo znehodnocení ochranných prvků přístroje.
Se Systém CFX Opus Dx jako takovým se nepojí žádná biologická ani radioaktivnírizika. Tato rizika mohou nastat až ve chvíli, kdy jsou do systému vložena
prostřednictvím testovaných vzorků. Při manipulaci s biologicky nebezpečnými
nebo radioaktivními vzorky dodržujte doporučená bezpečnostní opatření
a směrnice specifické pro vaši laboratoř a místo. Tyto směrnice by měly obsahovatzpůsoby čištění, monitorování a likvidace používaných nebezpečných materiálů.
Mimoto, jak je uvedeno výše, existuje malé riziko výbuchu nebo úniku kapalin nebo
par z nádob se vzorky. Při práci s nebezpečnými materiály je riziko úrazu uniklým
materiálem spojeno s rizikem, že by se samotný nebezpečný materiál mohlrozptýlit v přístroji a kolem něj. Uživatelé by měli pro takové situace přijmoutpříslušná preventivní opatření.

Uživatelská příručka | 17

Bezpečnost a shoda s předpisy

Tabulka 1. Obecné bezpečnostní výstrahy, pokračování

IkonaVýznamSystém CFX Opus Dx při vysokých teplotách, které mohou způsobit závažné
popáleniny. Před otevřením víka a vyjmutím vzorků vždy nechte blok vzorku
vychladnout na pokojovou teplotu. I po ochlazení bloku vzorků mohou okolníoblasti i topná deska ještě zůstat po nějakou dobu horké. V situacích, kdy nenídostatek času, aby mohl přístroj vychladnout, se doporučuje použít ochranné
prostředky, jako jsou termální rukavice nebo „chňapky“.
Za bezpečnost a výkon jakéhokoli systému zahrnujícího Systém CFX Opus Dx
odpovídá výhradně jeho montážní pracovník.

Systém CFX Opus Dx se může během běžného provozu natolik zahřát, žezpůsobí, že se kapaliny ve vzorcích začnou vařit nebo odpařovat, což vede
k natlakování nádob se vzorky. Existuje riziko porušení nádob se vzorky;důsledkem může být netěsnost/únik, rozstřik kapalin nebo explozivní prasknutía únik par nebo kapalin uvnitř přístroje a v jeho okolí.
Uživatelé by měli vždy pracovat s přístrojem se zavřeným víkem nebo mít během
provozu ochranné brýle, termální rukavice a další osobní ochranné prostředky, aby
nedošlo ke zranění. Při otevření přístroje, dokud jsou vzorky ještě horké, například
po přerušení běhu, hrozí únik, rozstříknutí nebo rozprášení kapaliny z tlakových
nádob. Před otevřením víka nechte vzorky vždy vychladnout.
Uživatelé by nikdy neměli spouštět reakci s víkem nebo fólií, které jsou otevřené,uvolněné, propíchnuté nebo jinak poškozené, protože se tím zvýší
pravděpodobnost nebezpečného prasknutí či výbuchu.
Uživatelé by nikdy neměli provádět reakci s těkavými reagenciemi, které by mohlyzvýšit pravděpodobnost nebezpečného prasknutí nebo výbuchu.

18 | Software CFX Maestro Dx SE

Bezpečnost a shoda s předpisy

Bezpečnost a shoda s předpisy
Soulad s bezpečností
Systém CFX Opus Dx byl testován a shledán v souladu se všemi příslušnými požadavky následujících
bezpečnostních a elektromagnetických norem:n

IEC 61010-1:2010 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení – Část1: Všeobecné požadavkyn

IEC 61010-2-010:2019 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení Část 2-010: Zvláštní požadavky na laboratorní zařízení pro ohřev materiálů

n

IEC 61010-2-081:2019 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení –Část 2-081: Zvláštní požadavky na automatická a poloautomatická zařízení pro analýzu a jiné účely

n

IEC 61010-2-101:2018 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení –Část 2-101: Zvláštní požadavky na zdravotnická zařízení pro diagnostiku in vitro (IVD)n

CAN/CSA-C22.2 č. 61010-1-12:2018 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí
a laboratorní zařízení, Část 1: Všeobecné požadavkyn

CAN/CSA-C22.2 č. 61010-2-010:19 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí
a laboratorní zařízení, Část 2-010: Zvláštní požadavky na laboratorní zařízení pro ohřev materiálů

n

CAN/CSA-C22.2 č. 61010-2-081:19 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí
a laboratorní zařízení, Část 2-081: Zvláštní požadavky na automatická a poloautomatická zařízení
pro analýzu a jiné účelyn

CSA-C22.2 č. 61010-2-101:19 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratornízařízení, Část 2-101: Zvláštní požadavky na in vitro diagnostické (IVD) zdravotnické vybavenín

EN 61010-1:2010 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení, Část 1:
Všeobecné požadavkyn

EN 61010-2-010:2014 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení –Část 2-010: Zvláštní požadavky na laboratorní vybavení pro ohřev materiálů

n

EN 61010-2-081:2015 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení –Část 2-081: Zvláštní požadavky na automatické a poloautomatické laboratorní vybavení pro účely
analýzy a jiné účely

Uživatelská příručka | 19

Bezpečnost a shoda s předpisyn

EN 61010-2-101:2017 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení –Část 2-101: Zvláštní požadavky na in vitro diagnostické (IVD) zdravotnické vybavenín

UL 61010-1:2012 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení – Část 1:
Všeobecné požadavkyn

UL 61010-2-010:2019 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení –Část 2-010: Zvláštní požadavky na laboratorní vybavení pro ohřev materiálůn

UL 61010-2-081:2019 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení –Část 2-081: Zvláštní požadavky na automatické a poloautomatické laboratorní vybavení pro účely
analýzy a jiné účelyn

UL 61010-2-101:19 Bezpečnostní požadavky na elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení – Část2-101: Zvláštní požadavky na in vitro diagnostické (IVD) zdravotnické vybavení

Elektromagnetická kompatibilita (EMC)
Systém CFX Opus Dx byl testován a shledán v souladu se všemi příslušnými požadavky následujících
norem o elektromagnetické kompatibilitě:n

IEC 61326-1:2012 Elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení - Požadavky na EMC - Část 1:
Obecné požadavky. Testováno jako zařízení třídy An

IEC 61326-2-6:2012 Elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení - Požadavky na EMC – Část 2-6:
Konkrétní požadavky - Zdravotnická zařízení pro diagnostiku in vitro (IVD)n

EN 61326-1:2013 Elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení - Požadavky na EMC – Část 1:
Obecné požadavky. Testováno jako zařízení třídy An

EN 61326-2-6:2013 Elektrická měřicí, řídicí a laboratorní zařízení - Požadavky na EMC – Část 2-6:
Konkrétní požadavky - Zdravotnická zařízení pro diagnostiku in vitro (IVD)n

FCC – část 15, hlava B, oddíly 15.107 a 15.109. Testováno jako digitální zařízení třídy A.

n

CAN ICES-003v6:2019 Norma zařízení způsobujícího rušení, zařízení informačních technologií(včetně digitálních přístrojů) – Limity a způsoby měření. Testováno na limity třídy AVýstrahy a poznámky k elektromagnetické kompatibilitě
nVýstraha: Změny nebo úpravy tohoto přístroje, které výslovně neschválí Bio-Rad, mohou mít za
následek zrušení oprávnění uživatele k provozu takového zařízení.

nPoznámka: Přezkoušením tohoto zařízení bylo zjištěno, že splňuje limity pro digitální zařízení třídy Av souladu s částí 15 předpisů FCC. Tyto limity jsou nastaveny tak, aby poskytovaly přiměřenou

20 | Software CFX Maestro Dx SE

Bezpečnost a shoda s předpisy

ochranu před škodlivým rušením při provozu zařízení v komerčním prostředí. Toto zařízení vytváří,využívá a může vyzařovat vysokofrekvenční energii, a pokud není instalováno a používáno ve shodě
s návodem k použití, může způsobovat škodlivá rušení radiokomunikací. Provozování tohotozařízení v obytných prostorách pravděpodobně způsobí škodlivé rušení; v takovém případě musíuživatel toto rušení na vlastní náklady odstranit.
nPoznámka týkající se shody s předpisy FCC: Ačkoliv se při testech zjistilo, že je tento přístroj
v souladu s částí 15, hlavy B předpisů FCC pro digitální zařízení třídy A, mějte na paměti, že tato
shoda není povinná, protože přístroj splňuje podmínky pro „vyňaté zařízení“ podle 47 CFR 15.103(c)s ohledem na uvedené předpisy FCC platné v okamžiku výroby.

n

Poznámka ohledně kabelů: Tento přístroj byl testován, zda vyhovuje elektromagnetické
kompatibilitě (EMC) za použití speciálně navržených kabelů USB, které jsou dodávány spolu s tímtopřístrojem. Tyto kabely, nebo jejich adekvátní náhrada schválená společností Bio-Rad, musí býtpoužity spolu s tímto přístrojem, aby bylo zajištěno trvalé dodržení emisních limitů EMC.

Uživatelská příručka | 21

Bezpečnost a shoda s předpisyPožadavky na prostředí
Systém CFX Opus DxSystémy CFX byly navrženy pro bezpečný provoz za podmínek prostředí
uvedených v následujících tabulce.
Tabulka 2. Požadavky na prostředí PCR CFX Opus Dx pro práci v reálném časeParametr

Specifikace

Prostředí

Pouze pro použití v krytých prostorech

Provozní nadmořská výška

Až 2 000 m n. m.

Teplota v místnosti

15–31 °CPřepravní a skladovací teplota–20–60 °C**
–4–140 °F

Relativní vlhkost

20–80 % (bez kondenzace)***Provozní napájení

100–240 V AC ± 10 %, 50/60 Hz, 850 W max.

Kolísání napětí hlavního zdroje napájení

±10%

Maximální spotřeba energie<850 W

Pojistky

10 A, 250 V, 5 × 20 mm, rychlý typ (počet: 2)

Kategorie přepětí

II

Stupeň znečištění

2*Použití přístroje mimo tento teplotní rozsah může být v rozporu s výkonnostními specifikacemi. Teplota
v místnosti v rozmezí 5–40 °C je považována za bezpečnou.
**Aby byly splněny tyto požadavky na teplotu, přístroj skladujte a přepravujte v přepravním obalu.
***Použití přístroje při teplotě 4 ⁰C omezte na 18 hodin provozu za těchto podmínek. Prodlevy za teploty
4 ⁰C lze provádět až po dobu 72 hodin, pokud je vlhkost nižší než 60 % (bez kondenzace).

22 | Software CFX Maestro Dx SE

Rizika

RizikaSystém CFX Opus Dx je navržen tak, aby fungoval bezpečně a efektivně při použití způsobempředepsaným výrobcem. Pokud je systém nebo jakákoli jeho přidružená součást používána způsobem,který není specifikován výrobcem, může dojít k narušení vlastní ochrany poskytované přístrojem. Bio-Rad
nenese odpovědnost za úrazy ani škody způsobené použitím tohoto zařízení jakýmkoli blíže neurčeným
způsobem nebo úpravami přístroje, které nebyly provedeny prostřednictvím Bio-Rad či autorizovaného
zástupce. Systém CFX Opus Dx smí servisovat pouze vyškolení pracovníci společnosti Bio-Rad.

Biologická rizika
Systém CFX Opus Dx je laboratorní produkt . Pokud se však vyskytnou biologicky nebezpečné vzorky,dodržujte následující pokyny a postupujte podle místních směrnic platných pro vaši laboratoř
a pracoviště.
Poznámka: Během normálního provozu tohoto přístroje se neuvolňují žádné biologicky nebezpečnélátky.

Všeobecná bezpečnostní opatření
nVždy používejte laboratorní rukavice, plášť a bezpečnostní brýle s bočními kryty nebo ochrannébrýle.

n

Nedotýkejte se rukama úst, nosu a očí.

nVšechny řezné rány a odřeniny zcela zakryjte ještě před zahájením práce s potenciálně infekčními
materiály.

n

Po práci s potenciálně infekčními materiály si ještě před odchodem z laboratoře pečlivě umyjte rucemýdlem a vodou.

nPřed zahájením práce na pracovním stole si sundejte náramkové hodinky a šperky.

nUchovávejte všechny infekční nebo potenciálně infekční materiály v nerozbitných nepropustných
nádobách.

nPřed opuštěním laboratoře si sundejte ochranný oděv.

n

V rukavicích nepište, neberte telefony, nerozsvěcejte světla a nedotýkejte se předmětů, kterých se
ostatní lidé mohou dotýkat bez rukavic.

nRukavice často měňte. Sejměte je okamžitě, pokud jsou viditelně kontaminovány.

n

Nevystavujte látky, u kterých nelze provést řádnou dekontaminaci, potenciálně infekčním látkám.

Uživatelská příručka | 23

Bezpečnost a shoda s předpisynPo dokončení práce s biologicky nebezpečným materiálem dekontaminujte pracovní plochu
vhodným dezinfekčním prostředkem (např. v domácnosti používaným dezinfekčním přípravkem
naředěným v poměru 1:10).

24 | Software CFX Maestro Dx SE

Rizika

Povrchová dekontaminaceVÝSTRAHA! Před dekontaminací přístroj vždy vypněte a odpojte od elektrické sítě, aby
nedošlo k úrazu elektrickým proudem.

Následující oblasti lze čistit jakýmkoli baktericidním, virucidním nebo fungicidním dezinfekčním
prostředkem určeným pro nemocniční použití:nvnější kryt a podvozek,nvnitřní povrch bloku vzorků a jamek bloku vzorků,novládací panel a displej.

Při přípravě a aplikaci dezinfekčního prostředku postupujte podle pokynů poskytnutých výrobcem
produktu. Po použití dezinfekčního prostředku několikrát opláchněte blok vzorků a jamky bloku vzorků
vodou. Po opláchnutí vodou důkladně blok vzorků a jamky bloku vzorků vysušte.
Důležité: Nepoužívejte abrazivní nebo korozivní čisticí prostředky ani silné alkalické roztoky. Tyto
prostředky mohou poškrábat povrchy a poškodit blok vzorků, což by vedlo ke ztrátě přesnosti teplotní
regulace.

Likvidace biologicky nebezpečného materiálu
Následující potenciálně kontaminované materiály likvidujte v souladu s místními a státními předpisy
platnými pro laboratoře:nklinické vzorky;nreagencie;

npoužité reagenční nádobky nebo jiné spotřební materiály, které mohou být kontaminované.

Chemická rizika
Systém CFX Opus Dx neobsahuje žádné potenciálně nebezpečné chemické materiály.

Rizika spojená s výbušností nebo hořlavostí
Systém CFX Opus Dx nepředstavuje žádná neobvyklá nebezpečí z hlediska hořlavosti nebo výbuchu,
pokud je správně používán tak, jak je stanoveno společností Bio-Rad Laboratories.

Uživatelská příručka | 25

Bezpečnost a shoda s předpisy

Rizika spojená s elektrickým proudem
Systém CFX Opus Dx nepředstavuje pro obsluhu žádná mimořádná rizika spojená s elektrickým
proudem, pokud se systém nainstaluje a obsluhuje správně bez provedení fyzické úpravy, a pokud sepřipojí ke zdroji elektrického napájení o náležité specifikaci.

DopravaDříve, než Systém CFX Opus Dx budete přesouvat nebo přepravovat, je nutné provést postupy
dekontaminace. Systém vždy přesunujte nebo přepravujte v samostatných nádobách v dodaném
obalovém materiálu od Bio-Rad, který ochrání systém před poškozením.
Informace o přepravě systému a vhodný obalový materiál si můžete vyžádat u místně příslušné prodejnípobočky Bio-Rad.

Baterie
Systém CFX Opus Dx používá jednu 3V knoflíkovou lithium-kovovou baterii pro zachování nastaveníčasu v případě přerušení napájení střídavým proudem. Pokud po vypnutí jednotky nezůstane zachován
nastavený čas, může to znamenat, že jsou baterie vybité.
VÝSTRAHA! Nepokoušejte se baterie sami vyměnit. Nejsou určeny k servisnímzásahům uživatele. Místo toho se obraťte na technickou podporu Bio-Rad.

Platí pouze pro stát Kalifornie, USAn

Chloristanový materiál – Lithiové baterie obsahují chloristanový materiál, a proto může být zapotřebí
zvláštní zacházení. Viz www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Likvidace
Systém CFX Opus Dx obsahuje elektrické materiály; ty nesmí být zlikvidovány jako netříděný odpad
a musí být shromažďovány odděleně podle směrnice Evropské unie 2012/19/EU o odpadních
elektrických a elektronických zařízeních – směrnice OEEZ. Před likvidací se obraťte na místního
zástupce společnosti Bio-Rad a požádejte o pokyny pro vaši zemi.

ZárukaSystém CFX Opus Dx a jeho příslušenství pokrývá standardní záruka Bio-Rad. Podrobnosti o záruce
získáte v místní pobočce společnosti Bio-Rad.

26 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 1 ÚvodVysoce výkonné systémy amplifikace PCR společnosti Bio-Rad se vyznačují nejnovějšími
technologickými pokroky a poskytují vyšší přesnost a reprodukovatelnost při amplifikaci nukleových
kyselin pro genomické experimenty.
Software Bio-Rad Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice je kompatibilní s následujícími přístroji
CFX a vyznačuje se optimalizovanými spouštěcími soubory pro analýzy využívající primery a sondy
PrimePCR společnosti Bio-Rad.
n

CFX Systém PCR v reálném čase Opus 96 Dx (v této příručce označovaný jako CFX Opus 96 Dx),n

CFX Systém PCR v reálném čase Opus 384 Dx (v této příručce označovaný jako CFX Opus 384 Dx),n

Systém PCR v reálném čase Opus Deepwell Dx CFX (v této příručce označovaný jako CFX Opus
Deepwell Dx).

Uživatelská příručka | 27

Kapitola 1 ÚvodSoftware CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice (v této příručce označovaný jako CFX Maestro Dx SE)
vám pomůže interpretovat komplexní data a vytvářet podrobné studie pro genetickou analýzu. Pouhými
několika kliknutími můžete vytvářet studie a udělat si dokonalý obrázek o své studii genové exprese díkynástrojům, jako jsou t-testy, jednofaktorová ANOVA, PrimePCR analýza kontrol a Následně můžete svévýsledky připravit k zveřejnění a tisku díky snadno nastavitelným nástrojům softwaru CFX Maestro Dx SE
pro vizualizaci dat a anotaci.
Poznámka: Zobrazení některých obrazovek v systému CFX Maestro se může lišit od zobrazení
v této uživatelské příručce. Zobrazení v softwaru je správné a funkce jsou stejné.
Důležité: Kyberbezpečnost je ochrana prostředků v kybernetickém prostoru před útoky.
Kyberbezpečnost je schopnost společnosti Bio-Rad chránit vlastní zaměstnance, informace,
systémy a reputaci v kybernetickém prostoru. Kybernetický prostor je nepřetržitě fungující
a technologicky propojený svět tvořený lidmi, organizacemi, informacemi a technologiemi.
Rychlá reakce na kyberbezpečnostní problémy je důležitá! Pokud máte podezření, že je vaše zařízení
ohroženo kyberbezpečnostním problémem nebo že na vašem pracovišti došlo k narušení
kyberzabezpečení, neprodleně požádejte zástupce společnosti Bio-Rad o technickou podporu.

28 | Software CFX Maestro Dx SE

Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a jeho hlavní funkční rysy

Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a jeho hlavní
funkční rysy
Pomocí CFX Maestro Dx SE můžete provádět následující:nAnalyzovat data pomocí sloupcových grafů, grafů „clustergram“ nebo rozptylových grafů, abyste
mohli rychle interpretovat a pochopit výsledky.

nPřizpůsobit reprezentaci dat a exportovat diagramy s vysokým rozlišením pro publikovánía reporting.

nUrčit kvalitu RNA a řešit experimenty pomocí kontrol analýzy PrimePCR.

n

Vybrat vhodný referenční gen a analyzovat jeho stabilitu pomocí nástroje pro výběr Reference Gene
(Referenční gen).

n

Provádět statistickou analýzu zahrnující jednofaktorovou analýzu rozptylu ANOVA genové exprese.

Tyto funkce a způsob jejich použití vysvětluje tato uživatelská příručka.

Kde najít více informací
Po instalaci softwaru CFX Maestro Dx SE a nastavení příslušného přístroje PCR společnosti Bio-Radmůžete tuto příručku i podrobná témata nápovědy pro software CFX Maestro Dx SE otevřít z nabídky
Help (Nápověda) v libovolném náhledu.
Tip: Pro otevření internetových stránek společnosti Bio-Rad klikněte na logo Bio-Rad v pravém
horním rohu libovolného okna CFX Maestro Dx SE. Tyto stránky obsahují odkazy na technické
poznámky, návody, videa, informace o výrobcích a technickou podporu. Na stránkách rovněž
najdete mnoho technických zdrojů týkajících se různých způsobů a aplikací souvisejících s PCR,
PCR v reálném čase a genovou expresí.

Uživatelská příručka | 29

Kapitola 1 Úvod30 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 2 Software CFX Maestro Dx,
bezpečnostní edice, a jeho instalace
Tato kapitola vysvětluje, jak nainstalovat Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice. Informaceo nastavení PCR přístrojů pro práci v reálném čase podporovaných společností Bio-Rad naleznete vpříslušné příručce.
CFX Maestro Dx SE je software určený k analýze dat PCR v reálném čase pro systémy CFX Opus 96 Dx,
CFX Opus 384 Dx a CFX Opus Deepwell Dx. Tímto softwarem můžete uvedené systémy rovněž ovládatv režimu softwarového ovládání.
Systémy CFX Opus Dx jsou dodávány s kabelem USB v brašně na příslušenství. Systém CFX Opus Dxpřipojte ke spuštěnému počítači s běžícím softwarem CFX Maestro Dx SE pomocí kabelu USB.
Uchovejte obal pro budoucí použití. Pokud vám nějaká položka chybí nebo je poškozena, obraťte se na
místní pobočku společnosti Bio-Rad.

Uživatelská příručka | 31Kapitola 2 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a jeho instalacePožadavky na systém
Tabulka 3 uvádí minimální a doporučené systémové požadavky pro počítač se softwarem CFX Maestro
Dx SE.
Tabulka 3. Požadavky na počítač pro software CFX Maestro Dx SE

SystémMinimální

Doporučené

Operační systém

Microsoft Windows 10 (pouze

Microsoft Windows 10 (pouze 64bitová verze),

64bitová verze), sestavení 1511

sestavení 1511 nebo novější, s nejnovějšími

nebo novější, s nejnovějšími

aktualizacemi zabezpečení

aktualizacemi zabezpečení
Poznámka: Windows 11 také podporuje Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice.
Důležité: Bezpečné spuštění musí být na počítačích, na kterých běží CFX Maestro Dx SE,
deaktivováno. Počítače, na kterých běží CFX Maestro Dx SE, musí být nakonfigurovány tak, aby se,
pokud probíhá cyklus, nerestartovaly automaticky po aktualizaci systému nebo zabezpečení.
Požádejte o pomoc správce systému.
Porty

2 vysokorychlostní porty USB 2.0

2 vysokorychlostní porty USB 2.0

Místo na

128 GB

128 GB

2,4 GHz, Dual Core2,4 GHz, Quad CoreRAM

4 GB RAM

8 GB RAM

Rozlišení

1 024 × 768 s režimem true color

1 280 × 1 024 s režimem true color

pevném disku
Rychlost
procesoru

obrazovkyČtečka PDF

Čtečka PDF Adobe nebo čtečka PDF Windowsz některé z podporovaných sad Microsoft Office:n 2016n 2019Lokalizace

Je podporován 64bitový operační

Je podporován 64bitový operační systém

systém Microsoft Windows v

Microsoft Windows v angličtině, čínštině aangličtině, čínštině a ruštině

ruštině

Poznámka: Pokud plánujete spustit software na stejném počítači jako CFX Maestro Dx SE, nastavte
rozlišení obrazovky na 1 280 × 1 024 s režimem true-color.

32 | Software CFX Maestro Dx SE

Instalace softwaru CFX Maestro Dx SE

Instalace softwaru CFX Maestro Dx SEDůležité: Před instalací nebo upgradem softwaru musíte od počítače CFX Maestro Dx SE odpojit
všechny připojené přístroje. Při instalaci softwaru není nutné vypínat přístroj. Ujistěte se, že jsteuložili všechny běhy a že neprobíhají žádné experimenty.
Poznámka: Před zahájením instalace ověřte, zda je bezpečné spuštění deaktivováno. Zajistěte, aby
byl počítač nakonfigurován tak, aby se automaticky nerestartoval po aktualizaci systému nebo
zabezpečení, pokud probíhá běh. Požádejte o pomoc správce systému.

Jak instalovat software CFX Maestro Dx SE
1.

V případě potřeby odpojte od počítače všechny připojené přístroje.
Najděte a odpojte USB kabel přístroje z počítače se softwarem CFX Maestro Dx SE. Systém CFX
Opus Dx může mít konec kabelu stále zapojený.

2.

Přihlaste se k počítači se softwarem CFX Maestro Dx SE s oprávněním správce.

3.

Zasuňte USB disk se softwarem CFX Maestro Dx SE do USB portu počítače.

4.

V Průzkumníkovi Windows přejděte na USB jednotku se softwarem CFX Maestro Dx SE a otevřete ji.
USB jednotka obsahuje poznámky k vydání a následující složky:
n

CFX,

n

Drivers (Ovladače),nFirmware,n

Quick Start (Rychlý start).
Spolu s dalšími soubory složka CFX obsahuje instalační program softwaru CFX Maestro Dx SE(CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Otevřete složku CFX a dvakrát klikněte na CFXMaestroDxSetup.exe a spusťte instalační program.

6.

Postupujte podle pokynů pro instalaci na obrazovce.
Po dokončení se na ploše počítače zobrazí ikona Bio-Rad Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní
edice.
Tip: Instalační program CFX Maestro automaticky nainstaluje uživatelskou příručku Software
CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice. Chcete-li tyto příručky vyhledat, přejděte do nabídky Help
(Nápověda) a vyberte možnost Open User Guides (Otevřít uživatelské příručky).

7.

Po dokončení instalace můžete USB disk bezpečně vyjmout.

Uživatelská příručka | 33

Kapitola 2 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a jeho instalace

Detekce připojených přístrojů
Během instalace CFX Maestro Dx SE instalační program automaticky nainstaluje ovladače přístroje do
počítače s CFX Maestro Dx SE. CFX Maestro Dx SE detekuje připojené přístroje při spuštění softwaru.

Jak detekovat připojené přístroje
1.

Pokud jste tak doposud neučinili, zapojte hranatý (samec) konec dodaného kabelu USB typu B do
portu USB typu B na zadní straně základny přístroje.

2.

Druhý konec (port) zapojte do USB portu počítače se softwarem CFX Maestro Dx SE.

3.

Pokud ještě není přístroj v provozu, zapněte jej stiskem vypínače napájení na zadní straně přístroje.

4.

Spusťte software CFX Maestro Dx SE.

Software automaticky rozpozná připojený přístroj a zobrazí v podokně Detected Instruments (Detekovanépřístroje) okna Home (Domů) jeho název.
Poznámka: Pokud se přístroj v podokně Detected Instruments (Detekované přístroje) neobjeví,ujistěte se, že je USB kabel správně připojen. Pro přeinstalování ovladačů vyberte v okně Home(Domů) softwaru CFX Maestro Dx SE položky Tools > Reinstall Instrument Drivers (Nástroje > Znovu
instalovat ovladače přístroje).

34 | Software CFX Maestro Dx SE

Softwarové soubory

Softwarové soubory
Tabulka 4 uvádí typy souborů softwaru CFX Maestro Dx SE.
Tabulka 4. Typy souborů softwaru CFX Maestro Dx SE

Typ souboru

Koncovka

Podrobnosti

Protokol.prcl

Obsahuje podrobnosti o nastavení protokolu pro provedeníběhu PCR.

Destička

.pltd

Obsahuje podrobnosti o nastavení destičky pro provedeníběhu PCR.

Data

.pcrd

Obsahuje výsledky experimentu a analýzy PCR.

PrimePCR.csv

Obsahuje protokol a uspořádání destičky pro destičky
PrimePCR.

Genová studie.mgxd

Obsahuje výsledky více cyklů PCR a analýzy genové
exprese.

Soubor předběžných

.zpcr

Stand-Alone dat
LIMS

Obsahuje hodnoty fluorescence z provozu stand-alone,které jsou převedeny do datového souboru.

.plrn

Obsahuje informace o nastavení destičky a protokolu,
které jsou nezbytné pro provedení LIMS kompatibilního
běhu.

JSON

.json

Soubor určený jen pro čtení generovaný pouze systémy
CFX Opus Dx. Tento soubor obsahuje data spouštěcího
souboru, která se zobrazí v podokně podrobností ve FileBrowser (Prohlížeč souborů) po vybrání spouštěcího
souboru. Tento soubor je vygenerován po dokončení
pracovního běhu. Vyexportuje se spolu se souborem .zpcr
a uloží se společně s datovými soubory, pokud je Save
Location (Místem uložení) buď jednotka USB, nebo sdílená
síťová složka.

Uživatelská příručka | 35

Kapitola 2 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a jeho instalace

36 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 3 Software CFX Maestro Dx,
bezpečnostní edice, a správa uživatelských účtůSoftware CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, vyžaduje od uživatelů přihlášení pomocí svéhouživatelského jména a hesla systému Windows. Osobě, která nainstalovala CFX Maestro Dx SE, je
automaticky přiřazena role správce a může vytvářet a spravovat uživatelské účty a role. Všichni ostatníuživatelé musí mít přiřazen uživatelský účet, aby se mohli přihlásit a používat software.
Důležité: Každý uživatel musí mít v systému Windows účet a heslo na počítači CFX Maestro Dx SE,
a teprve poté můžete přiřadit uživatelský účet a roli. Uživatelé mohou být buď členy skupiny uživatelů
Windows, nebo správců systému Windows. Členové skupiny uživatelů Windows mají přístup pouzeke svým souborům a složkám CFX Maestro Dx SE. Členové skupiny správců systému Windows majípřístup k souborům a složkám všech uživatelů v počítači.
Tato kapitola vysvětluje, jak vytvořit uživatele systému Microsoft Windows, aby je bylo možné přidat do
CFX Maestro Dx SE. Tato část také vysvětluje, jak přidat uživatele CFX Maestro Dx SE a spravovatuživatelské role a oprávnění.

Uživatelská příručka | 37

Kapitola 3 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a správa uživatelských účtůSoftware CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a jeho
spouštění
Poznámka: Každý uživatel se musí přihlásit pomocí svého uživatelského jména a hesla systému
Windows.

Pro spuštění CFX Maestro Dx SE
1.

Na ploše počítače CFX Maestro Dx SE poklepejte na ikonu CFX Maestro Dx SE zástupce pro
spuštění aplikace.

2.

V dialogovém okně Login (Přihlášení) zadejte heslo systému Windows a klikněte na OK.

V aplikaci CFX Maestro Dx SE se otevře okno Home (Domů). V záhlaví se zobrazuje uživatelské
jméno pro Windows přihlášeného uživatele a v pruhu nabídky se zobrazuje modrá nálepka
označující, že software vyhovuje předpisu 21 CFR, část 11, například:

38 | Software CFX Maestro Dx SE

Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a jeho spouštění

Uživatelská příručka | 39

Kapitola 3 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a správa uživatelských účtůSoftware CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a přidáníuživatelů systému Microsoft Windows do počítače
Všichni uživatelé se musí přihlásit na počítači, kde běží software CFX Maestro Dx SE, svým uživatelským
jménem a heslem systému Windows. Kvůli přesnému sledování auditu nelze uživatelské účty systému
Windows přidat pomocí dialogového okna Start > Settings > Accounts (Start > Nastavení > Účty).
Uživatelské účty systému Windows je nutné přidat prostřednictvím konzoly Computer Management(Správa počítače).
Důležité: Pokud ve vlastnostech uživatele systému Windows (včetně jména uživatele a celého
jména) provedete změny poté, co jste vytvořili přidruženého uživatele CFX Maestro Dx SE, ztratíuživatel CFX Maestro Dx SE platnost. Než uživatele systému Windows uložíte a vytvoříte
přidruženého uživatele CFX Maestro Dx SE, zkontrolujte, zda jsou tyto informace správné.
Tip: Než začnete vytvářet účty systému Windows, přečtěte si dokumentaci ke správě systému
Microsoft Windows a požádejte jeho správce o další informace.

Chcete-li přidat uživatelské účty systému Windows do počítače se softwarem CFX Maestro
Dx SE
1.

Přihlaste se na počítači CFX Maestro Dx SE jako člen skupiny správce systému Windows.

2.

Na ploše klikněte pravým tlačítkem na ikonu My Computer (Tento počítač) a výběrem možnosti
Manage (Spravovat) otevřete konzolu Computer Management (Správa počítače).

3.

V konzole Computer Management (Správa počítače) rozbalte položku Local Users and Groups(Místní uživatelé a skupiny).

4.

Klepněte pravým tlačítkem myši na složku Users (Uživatelé) a výběrem možnosti New User (Novýuživatel) otevřete dialogové okno New User (Nový uživatel).

40 | Software CFX Maestro Dx SE

Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a přidání uživatelů systému Microsoft Windows do počítače

5.

6.

V dialogovém okně New User (Nový uživatel) musíte vyplnit následující pole:nUser name (Uživatelské jméno),nFull name (Celé jméno),n

Password (Heslo),n

Confirm password (Potvrďte heslo).

Klikněte na Create (Vytvořit).

Uživatelská příručka | 41

Kapitola 3 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a správa uživatelských účtůSoftware CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a přidávání aodstraňování uživatelů
Tip: Pouze uživatelé v roli správce CFX Maestro Dx SE mohou vytvářet a odebírat CFX Maestro Dx
SE uživatelské účty. Osobě, která nainstalovala CFX Maestro Dx SE, je automaticky přiřazena role
správce. Tato osoba může přiřadit roli správce dalším uživatelům.
Poznámka: V CFX Maestro Dx SE se musí alespoň jednomu uživateli přiřadit role správce.

Jak přidat uživatelský účet v CFX Maestro Dx SE
1.

Ověřte, zda jsou všichni zamýšlení uživatelé členy skupiny uživatelů systému Windows nebo skupiny
správců systému Windows a mají v systému Windows heslo na počítač CFX Maestro Dx SE.

2.

Spusťte CFX Maestro Dx SE a přihlaste se jako Administrator (Správce).

3.

V okně Home (Domů) vyberte možnost User > User Administration (Uživatel > Správa uživatelů).
Otevře se dialogové okno User Administration (Správa uživatelů).

42 | Software CFX Maestro Dx SE

Správa rolí uživatelů v Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice4.

V části Manage Users (Správa uživatelů) uveďte ke každému uživateli následující informace:nUser name (Uživatelské jméno) – v aplikaci CFX Maestro Dx SE to musí být přihlašovacíuživatelské jméno uživatele Windows.

nFull name (Celé jméno) – celé jméno uživatele.
Toto jméno se objeví v poli Full User (Úplný uživatel) v revizním záznamu. Toto jméno musí být
stejné jako jméno zadané do pole Full name (Celé jméno) při vytváření uživatele systému
Windows.

nRole (Role) - role, která se má uživateli přiřadit.
Poznámka: Z rozevíracího seznamu můžete vybrat pouze jednu roli. Další informace
najdete v části Správa rolí uživatelů v Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice.

nDoména (Domain) – doména Windows, ze které uživatel přistupuje k softwaru.
Další informace získáte od správce systému Windows.

5.

Klikněte na OK a poté na Yes (Ano) pro uložení změn a zavření dialogového okna User
Administration (Správa uživatelů).

Odebrání uživatelského účtu CFX Maestro Dx SE
1.

Spusťte CFX Maestro Dx SE a přihlaste se jako Administrator (Správce).

2.

V okně Home (Domů) vyberte položku User > User Administration (Uživatel> Správa uživatelů)a otevřete dialogové okno User Administration (Správa uživatelů).

3.

V podokně Manage Users (Spravovat uživatele) vyberte možnost Remove (Odstranit) u každého
uživatele, kterého chcete odstranit.

4.

Klikněte na OK a poté na Yes (Ano) pro uložení změn a zavření dialogového okna User
Administration (Správa uživatelů).

Správa rolí uživatelů v Software CFX Maestro Dx,
bezpečnostní ediceDůležité: V CFX Maestro Dx SE je nutné, aby alespoň jeden uživatel měl přiřazenu roli správce. Tuto
roli můžete přiřadit více než jednomu uživateli.
CFX Maestro Dx SE má čtyři uživatelské role. Každý uživatel musí mít přiřazenou roli, aby měl přístup ksoftwaru. Ačkoli lze uživatelům přiřadit pouze jednu roli, můžete roli uživatele kdykoli změnit.
Kromě role správce můžete změnit oprávnění přiřazená každé roli. Všichni uživatelé, kterým bylapřiřazena role, dědí pouze oprávnění dané role.

Uživatelská příručka | 43

Kapitola 3 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, a správa uživatelských účtůVe výchozím nastavení jsou práva pro každou roli následující:nAdministrator (Správce) – tato role má všechna oprávnění; tato oprávnění nemůžete změnit.

nPrincipal (Vedoucí) – tato role má všechna oprávnění kromě nastavení e-mailu.

nOperator (Provozovatel) –– tato role má všechna oprávnění kromě přeskočení běhů a nastavení emailu.

nGuest (Host) – tato role může číst pouze soubory.

Při přiřazování rolí v CFX Maestro Dx SE pozorně určete požadavky pro každého uživatele. Například
bez oprávnění k ukládání nebudou uživatelé s rolí hosta moci podepsat soubor. Bez oprávnění
k nastavení e-mailového účtu nebude role po dokončení běhu dostávat e-maily.

Chcete-li upravit oprávnění pro roli1.

Spusťte CFX Maestro Dx SE a přihlaste se jako Administrator (Správce).

2.

V okně Home (Domů) vyberte položku User > User Administration (Uživatel> Správa uživatelů) aotevřete dialogové okno User Administration (Správa uživatelů).

3.

V části Manage Rights (Správa práv) u každé role zrušte nebo podle potřeby zaškrtněte políčko
konkrétních oprávnění.

4.

Klikněte na OK a poté na Yes (Ano) pro uložení změn a zavření dialogového okna User
Administration (Správa uživatelů).

Zobrazení vaší role a oprávnění
Tip: Uživatelé, kterým byla přiřazena role Principal (Vedoucí), Operator (Operátor) nebo Guest(Host), mohou zobrazit pouze svá uživatelská nastavení, oprávnění a role. Uživatelé s přiřazenou rolí
Administrator (Správce) mohou zobrazit všechna uživatelská oprávnění a role.

Zobrazení aktuální role a oprávnění uživateleu

V okně Home (Domů) vyberte možnost User > User Administration (Uživatel > Správa uživatelů).

Chcete-li upravit uživatelská nastavení, práva a role uvedené v okně User Administration (Správauživatelů), obraťte se na správce CFX Maestro Dx SE.

44 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 4 Software CFX Maestro Dx,
bezpečnostní edice a jeho použití
Důležité: Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice používá k ověření přístupu
k zabezpečeným datovým souborům CFX ověřování uživatelů systému Microsoft Windows.
Požádejte svého správce systému Windows o vytvoření prostředí, které vyhovuje požadavkům
předpisu 21 CFR, část 11.
Při použití CFX Maestro Dx SE mohou uživatelénPodepisovat datové soubory a soubory genových studií.

n

Chránit datové soubory heslem.

nZobrazit a vytisknout si revizní záznamy.

Tato část tyto funkce podrobně vysvětluje.

Zabezpečené soubory
Ve výchozím stavu ukládá CFX Maestro Dx SE zabezpečené soubory do osobní složky přihlášenéhouživatele, která je umístěna na
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCR
Soubory .pcrd můžete ukládat a upravovat v této složce. Tato složka obsahuje odkazy na ostatní složky
(například na složku se soubory vzorků), které obsahují soubory pouze ke čtení. Správce však obsah tétosložky může odstranit.
Tip: Alternativně může váš správce systému Windows vytvořit sdílenou složku a váš správce
CFX Maestro Dx SE může nastavit software tak, aby ukládal všechny soubory do této složky.
V CFX Maestro Dx SE se soubory destiček, protokolů, dat a genových studií označují při uložení jako
zabezpečené. Tyto soubory můžete vytvořit v softwaru CFX Maestro nebo v CFX Maestro Dx SE. Poté,co jsou uloženy v CFX Maestro Dx SE, můžete tyto soubory otevřít pouze v CFX Maestro Dx SE.
CFX Maestro Dx SE vytvoří revizní záznam pro všechny zabezpečené datové soubory a soubory
genových studií (soubory .pcrd a .mgxd). Software zaznamenává veškerou auditovatelnou aktivitu do
revizního záznamu souboru. Další informace najdete v části Revizní záznamy na straně 303.

Uživatelská příručka | 45

Kapitola 4 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice a jeho použití

Podepisování zabezpečených souborů
Po uložení souboru do CFX Maestro Dx SE mohou uživatelé přidat elektronický podpis. K podepsánísouboru musí uživatel mít roli s oprávněním k uložení souboru. Například ve výchozím nastavení nemárole Guest (Host) oprávnění k uložení souboru, a proto uživatelé s touto přiřazenou rolí nemohou soubor
podepsat.
V CFX Maestro Dx SE nejsou podepsané soubory nastaveny jen pro čtení. Mohou být zkontrolovány,
upraveny a podepsány několikrát. Všechny změny a podpisy jsou zachyceny v revizním záznamu
souboru. Můžete podepsat následující typy souborů:ndatové soubory (.pcrd),nsoubory genových studií (.mgxd).

Poznámka: Před podpisem je nutné soubory uložit. Pokud jste nedávno provedli běh v CFX Maestro
Dx SE, nejprve uložte výsledný datový soubor.

Chcete-li podepsat soubor
1.

Přihlaste se do CFX Maestro Dx SE pomocí přihlašovacích údajů pro Windows.

2.

Otevřete zabezpečený datový soubor nebo soubor genové studie určený k podpisu.

3.

Zvolte možnost File > Sign (Soubor > Podepsat). Zobrazí se dialogové okno Electronic Signature(Elektronický podpis).

46 | Software CFX Maestro Dx SE

4.

Zadejte své uživatelské jméno a heslo pro systém Windows a důvod podpisu souboru.
Uživatelské jméno a důvod podpisu jsou zahrnuty v revizním záznamu (více informací uvádí oddíl
Revizní záznamy na straně 303).

5.

Kliknutím na OK odešlete podpis a zavřete dialogové okno.

Úpravy zabezpečených souborů
V CFX Maestro Dx SE mohou uživatelé upravovat zabezpečené soubory, včetně podepsaných
a nepodepsaných datových souborů a souborů genových studií. Když uložíte upravený zabezpečený
soubor dat nebo soubor studie genů, software vás vyzve k uvedení důvodu této změny. Tyto změny jsou
zachyceny v revizním záznamu souboru.
Tip: Jelikož software nevytváří revizní záznamy pro soubory destiček nebo protokolů, nebudete přiuložení změn v těchto souborech vyzváni k uvedení důvodu.

Chcete-li uložit upravený datový soubor nebo soubor genové studie
1.

Přihlaste se do CFX Maestro Dx SE pomocí přihlašovacích údajů pro Windows.

2.

Otevřete a upravte zabezpečený datový soubor nebo soubor genové studie.
Tip: Seznam auditovatelných aktivit najdete v části Auditovatelné události na straně 305.

Uživatelská příručka | 47

Kapitola 4 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice a jeho použití

3.

Zvolte File > Save (Soubor > Uložit). Zobrazí se dialogové okno Audit Trail Change Reason (Důvod
změny revizního záznamu).

Toto dialogové okno zobrazuje následující informace, které jsou pro každou změnu zachycenyv záhlaví souboru revizních záznamů:nDate (Datum) – datum, kdy ke změně došlo.

nUser (Uživatel) – doména Windows a uživatelské jméno přihlášeného uživatele.

nComment (Komentář) – poslední uložený komentář.

n

Signature (Podpis) – elektronický podpis poslední osoby, která soubor podepsala.

nSignature reason (Důvod podpisu) – důvod podpisu.

nApplication (Aplikace) – CFX Maestro Dx SE (zobrazí se jako BioRadCFXManager.exe).

nApplication version (Verze aplikace) – aktuální verze CFX Maestro Dx SE.

nFull User (Úplný uživatel) – celé jméno přihlášeného uživatele.
Poznámka: Tento název se objeví v revizním záznamu.

nMachine (Stroj) – počítač, na kterém je nainstalován.

48 | Software CFX Maestro Dx SE

Tabulka změn zobrazuje auditovatelné změny, ke kterým došlo v důsledku úpravy. Může se také
zobrazit krátký popis důvodu změny.
Tip: Popisy můžete přidat nebo upravit ve sloupci Důvod změny.
4.

Projděte si seznam změn. V případě potřeby uveďte podrobné důvody.

5.

Postupujte následovně:n

Kliknutím na Save Changes (Uložit změny) uložíte změny do souboru i všechny změny
provedené v tabulce a zavřete dialogové okno.
Změny souboru a důvody těchto změn se objeví v revizním záznamu souboru.

nKliknutím na Cancel Changes (Zrušit změny) vrátíte soubor do předchozího stavu a zavřete
dialogové okno.
Změny se do souboru neuloží a revizní záznam se neaktualizuje.

Uživatelská příručka | 49

Kapitola 4 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice a jeho použití

Soubory chráněné heslem
Jako další úroveň zabezpečení umožňuje CFX Maestro Dx SE uživatelům nastavit hesla pro všechnyzabezpečené soubory. Když budete nastavovat hesla zabezpečeného souboru, uvažte také následující
podmínky:

Podmínka

AkceNevyžaduje se žádné heslo.

Všichni uživatelé mohou na základě svých oprávnění
zabezpečený soubor otevřít, upravit a uložit.

Soubor vyžaduje heslo pro

Zabezpečený soubor mohou otevřít všichni uživatelé,uložení (Save).

ale uživatelé, kteří znají heslo pro uložení, mohouzabezpečený soubor také upravit a uložit.

Soubor vyžaduje heslo pro

Pouze uživatelé, kteří znají heslo pro otevření, mohouotevření (Open).

zabezpečený soubor otevřít, upravit a uložit.

Soubor vyžaduje hesla proNěkteří uživatelé mohou zabezpečený soubor otevřít

otevření i uložení.

a podskupina těchto uživatelů může soubor upravit
a uložit.

Podle své role může uživatel pomocí příkazu Save as (Uložit jako) vytvořit nový zabezpečený soubors jiným názvem nebo uložit soubor se stejným názvem do jiného umístění, pokud ovšem platí některáz následujících možností:nZabezpečený soubor není chráněn heslem.

nUživatel má heslo pro otevření souboru.

Tip: Nový soubor se uloží bez ochrany heslem. Původní soubor si uchová svá hesla.
Podle své role může uživatel upravit a uložit původní soubor, pokud ovšem platí některá z následujících
možností:n

Soubor není chráněn heslem.

nUživatel má heslo pro otevření a heslo pro uložení souboru.

Poznámka: Aby mohl uživatel nastavovat hesla, musí jeho role zahrnovat právo ukládat soubory.
Například uživatelé s rolí Guest (Host) nemohou ukládat soubory, a proto nemohou nastavovat heslasouboru.
Důležité: Pouze správci CFX Maestro Dx SE mohou obnovit nebo odstranit hesla.

50 | Software CFX Maestro Dx SE

Pro ochranu souboru heslem
1.

Přihlaste se do CFX Maestro Dx SE pomocí svých přihlašovacích údajů Windows.

2.

Otevřete zabezpečený soubor.

3.

Zvolte možnost File > File Passwords (Soubor > Hesla souborů). Zobrazí se dialogové okno File
Passwords (Hesla souborů).

4.

Zadejte hesla do polí Save Password (Heslo pro uložení) a Open Password (Heslo pro otevření).
Tip: Ve výchozím nastavení se hesla při psaní zobrazují jako hvězdičky. Výběrem možnosti
Show Password (Zobrazit heslo) zobrazíte heslo při jeho zadávání.
Důležité: V heslech se rozlišují velká a malá písmena. CFX Maestro Dx SE nemá omezení
hesel. U správce systému můžete zjistit optimální postupy a požadavky na heslo na vašem
pracovišti.

5.

Kliknutím na možnost Set Passwords (Nastavit hesla) nastavíte hesla a zavřete dialogové okno.

6.

Pro uložení změn do souboru zvolte možnost File > Save (Soubor > Uložit).

Uživatelská příručka | 51

Kapitola 4 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice a jeho použití

Odebrání heselDůležité: Abyste mohli odebírat hesla, musíte být správcem CFX Maestro Dx SE.
1.

V dialogovém okně Password Required (Je vyžadováno heslo) klikněte na možnost Remove
Passwords (Odebrat hesla).

Zobrazí se dialogové okno Login (Přihlášení) do CFX Maestro Dx SE.

2.

Zadejte uživatelské jméno a heslo systému Windows pro správce CFX Maestro Dx SE a klikněte na
OK.
Zobrazí se původní datový soubor.
Důležité: Chcete-li hesla odstranit, musíte soubor uložit.

3.

Pro uložení změn do souboru zvolte možnost File > Save (Soubor > Uložit).

52 | Software CFX Maestro Dx SE

Pro změnu heselDůležité: Pouze správci CFX Maestro Dx SE mohou měnit hesla.
1.

Otevřete zabezpečený soubor.

2.

Zvolte možnost File > File Passwords (Soubor > Hesla souborů). Zobrazí se dialogové okno File
Passwords (Hesla souborů).

Tip: Možnosti Save Password (Heslo pro uložení), Open Password (Heslo pro otevření) a Show
Password (Zobrazit heslo) jsou deaktivovány.
3.

Klikněte na možnost Reset Passwords (Obnovit hesla).
Zobrazí se dialogové okno Login (Přihlášení) do CFX Maestro Dx SE.

Uživatelská příručka | 53

Kapitola 4 Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice a jeho použití

4.

Zadejte uživatelské jméno a heslo systému Windows pro správce CFX Maestro Dx SE a klikněte na
OK.
Zobrazí se dialogové okno File Passwords (Hesla souborů).

5.

6.

Postupujte následovně:n

Chcete-li obnovit ochranu heslem, zadejte nové heslo do příslušného pole pro heslo.

nChcete-li odstranit ochranu heslem, vymažte pole s hesly.

Kliknutím na možnost Set Passwords (Nastavit hesla) uložte změny hesla a zavřete dialogové okno.

54 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 5 Pracovní plocha
Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice nabízí rozhraní pro nastavení destiček, přípravu protokolů
PCR, jejich spouštění na přístrojích CFX Opus Dx Deepwell Dx a analýzu dat z cyklů PCR.
Software CFX Maestro Dx SE obsahuje pět primárních pracovních ploch:nokno Home (Domů),nStartup Wizard (Průvodce spuštěním),nokno Protocol Editor (Editor protokolu),nokno Plate Editor (Editor destiček),nokno Data Analysis (Analýza dat).

Každá pracovní plocha je zobrazena a stručně popsána v této kapitole.

Uživatelská příručka | 55

Kapitola 5 Pracovní plocha

Okno Home (Domů)CFX Maestro Dx SE se otevře v okně Home (Domů) a zobrazí se nástroj Startup Wizard (Průvodce
spuštěním), ze kterého můžete nastavit experiment, spustit nebo zopakovat běh nebo analyzovat
stávající běh. Z okna Home (Domů) můžete také prohlížet protokoly jednotlivých aplikací, vytvářet aspravovat uživatele a získat přístup k dalším užitečným nástrojům. Více informací naleznete v Kapitola 6,
Okno Home (Domů).

56 | Software CFX Maestro Dx SE

Startup Wizard (Průvodce spuštěním)Startup Wizard (Průvodce spuštěním)Pomocí nástroje Startup Wizard (Průvodce spouštěním) můžete rychle nastavit a provádět uživatelem
definované experimenty nebo vybrat a provést experiment PrimePCR. Rovněž je možné přes tohotoprůvodce zopakovat běh nebo analyzovat data běhu.

Uživatelská příručka | 57

Kapitola 5 Pracovní plocha

Okno Protocol Editor (Editor protokolu)
V nástroji Protocol Editor (Editor protokolu) můžete vytvářet, otevírat, kontrolovat a upravovat protokol.
Můžete také změnit teplotu víka pro otevřený protokol. Funkce Protocol Editor (Editor protokol) je
podrobně popsána v Kapitola 7, Vytvoření protokolů.

58 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Plate Editor (Editor destiček)

Okno Plate Editor (Editor destiček)
V nástroji Plate Editor (Editor destiček) můžete vytvářet, otevírat, kontrolovat a upravovat destičky.
Funkce nástroje Kapitola 8, Příprava destiček.

Uživatelská příručka | 59

Kapitola 5 Pracovní plocha

Okno Data Analysis (Analýza dat)
V okně Data Analysis (Analýza dat) můžete prohlížet a porovnávat data běhu, provádět statistickéanalýzy, exportovat data a vytvářet reporty připravené k publikování. Funkce analýzy dat jsou podrobně
popsány v Kapitola 10, Analýza dat - přehled a Kapitola 11, Podrobnosti o analýze dat.

60 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 6 Okno Home (Domů)Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice nabízí rozhraní pro vývoj protokolů PCR, jejich spouštění
na systémech CFX Dx a analýzu dat cyklu PCR.
Tato kapitola představuje software CFX Maestro Dx SE a popisuje funkce přístupné z okna Home(Domů).

Uživatelská příručka | 61

Kapitola 6 Okno Home (Domů)Okno Home (Domů)Software CFX Maestro Dx SE se otevře v okně Home (Domů) a zobrazí se nástroj Startup Wizard(Průvodce spuštěním), ze kterého můžete nastavit nebo zopakovat experiment nebo analyzovat stávajícíběh. Z okna Home (Domů) můžete také prohlížet protokoly jednotlivých aplikací, vytvářet a spravovatuživatele a získat přístup k dalším užitečným nástrojům.

LEGENDA
1.

Záhlaví softwaru obsahuje název softwaru a přihlášeného uživatele.

2.

Panel nabídek umožňuje rychlý přístup k příkazům nabídek File (Soubor), View (Zobrazit),
Users (Uživatelé), Run (Běh), Tools (Nástroje), Window (Okno) a Help (Nápověda).

3.

Příkazy na panelu nástrojů umožňují rychlý přístup k možnostem nabídek.

4.

Levý panel ukazuje přístroje připojené k počítači se softwarem CFX Maestro Dx SE a obsahuje
tlačítka, kterými můžete ovládat víko a zobrazovat stav přístrojů.

5.

Hlavní panel obsahuje pracovní okno. Výchozím pracovním oknem na obrazovce Home(Domů) je Startup Wizard (Průvodce spuštěním).

62 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Domů)6.

Na stavovém řádku jsou uvedeny názvy připojených přístrojů a přihlášený uživatel.

Příkazy nabídky File (Soubor)
New (Nový) – otevře dialogové okno, ze kterého můžete zvolit vytvoření nového protokolu, tabulky nebo
genové studie.
Open (Otevřít) – otevře dialogové okno, ze kterého můžete zvolit navigaci a otevření existujícího
protokolu, destičky, datového souboru, genové studie, souboru LIMS, spuštění z nepřipojeného přístroje(Stand-alone Run) nebo soubor běhu PrimePCR.
Recent Data Files (Poslední datové soubory) – zobrazí seznam naposledy otevřených souborů PCR.
Repeat a Run (Opakovat běh) – otevře Průzkumníka Windows do umístění uložených souborů PCR, ve
kterém můžete vyhledat běh, který se má opakovat.
Exit (Odejít) – zavře CFX Maestro Dx SE.

Příkazy nabídky View (Zobrazit)
Application Log (Protokol aplikací) – zobrazuje protokol o použití softwaru od počáteční instalace až
po aktuální den.
Run Reports (Reporty proběhlých experimentů) – zobrazí seznam reportů proběhlých experimentů.
Startup Wizard (Průvodce spuštěním) – zobrazí v hlavním panelu Startup Wizard (Průvodce
spuštěním).
Run Setup (Nastavení běhu) – zobrazí v hlavním panelu okno Run Setup (Nastavení běhu).
Instrument Summary (Ovládání přístroje) – zobrazí v hlavním panelu okno Instrument Summary(Ovládání přístroje).
Detected Instruments (Detekované přístroje) – přepíná mezi zobrazením a nezobrazovánímpřipojených přístrojů v levém podokně. Ve výchozím nastavení software zobrazuje v levém podokně
připojené přístroje.
Toolbar (Panel nástrojů) – přepíná mezi zobrazením a nezobrazováním panelu nástrojů v horní části
obrazovky. Ve výchozím nastavení software zobrazuje panel nástrojů.
Status Bar (Stavový řádek) – přepíná mezi zobrazením a nezobrazením stavového řádku ve spodníčásti obrazovky. Ve výchozím nastavení software zobrazuje stavový řádek.
Show (Zobrazit) – otevře dialogové okno, ze kterého můžete
n

Zobrazit nebo blokovat zobrazení protokolu Status (Stav).

nOtevřít a zobrazit datovou složku CFX Maestro Dx SE.

Uživatelská příručka | 63Kapitola 6 Okno Home (Domů)nOtevřít a zobrazit datovou složku uživatele.

nOtevřít a zobrazit složku se soubory LIMS.

nOtevřít a zobrazit složku PrimePCR.

n

Zobrazit historii běhů.

n

Zobrazit vlastnosti všech připojených přístrojů.

Příkazy nabídky User (Uživatel)
Select User (Vybrat uživatele) – otevře obrazovku Login (Přihlášení), na které můžete vybrat uživatelez rozevíracího seznamu User Name (Uživatelské jméno) a přihlásit se do aplikace.
Change Password (Změnit heslo) – otevře dialogové okno Change Password (Změnit heslo), ve
kterém mohou uživatelé měnit své heslo .
Poznámka: Tato možnost je pro CFX Maestro Dx SE deaktivovaná. Uživatelé musí změnit své heslo
pro Windows, aby si mohli změnit své heslo pro CFX Maestro Dx SE.
User Preferences (Uživatelské předvolby) – otevře dialogové okno User Preferences (Uživatelsképředvolby), ve kterém mohou uživatelé měnit výchozí nastavení pron

Odesílání a příjem e-mailových oznámení při dokončení běhun

Ukládání datových souborů

n

Vytváření protokolů pomocí nástroje Protocol Editor (Editor protokolu) nebo Protocol AutoWriter(Automatický generátor protokolu),nPopisy destičeknAnalýza datn

Provádění analýzy genové expresenNastavení kvality dat (QC)nExport dat pro přístroj CFX

User Administration (Správa uživatelů) – otevře dialogové okno User Administration (Správauživatelů), ve kterém mohou administrátoři vytvářet uživatele, měnit povolení rolí a přiřazovat roleuživatelům.
Bio-Rad Service Login (Servisní přihlášení Bio-Rad) – pouze pro použití pracovníky technického
servisu Bio-Rad. Tento příkaz nepoužívejte.

64 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Domů)Příkazy nabídky Run (Běh)
User-defined Run (Běh definovaný uživatelem) – otevře okno Run Setup (Nastavení běhu), ve kterémmůžete nastavit uživatelem definovaný protokol a destičku a následně provést PCR experiment na
vybraném přístroji.
PrimePCR Run (PrimePCR experiment) – otevře kartu Start Run (Spustit běh) v okně Run Setup(Nastavení běhu) s načteným výchozím protokolem PrimePCR s použitím definované destičky pro
vybraný přístroj.
End-Point Only Run (Běh pouze s koncovými body) – otevře kartu Start Run (Spustit běh) v okněRun Setup (Nastavení běhu) s načteným výchozím protokolem pro End-Point analýzu s použitím
definované destičky pro vybraný přístroj.
Qualification Run (Běh kvalifikace) – otevře kartu Start Run (Spustit běh) v okně Run Setup (Nastaveníběhu) s načteným výchozím protokolem Bio-Rad pro provedení standardního měření s použitím
kvalifikačního protokolu a destičky pro určený přístroj.

Příkazy nabídky Tools (Nástroje)
Master Mix Calculator (Kalkulačka Master Mix) – otevře Master Mix Calculator (Kalkulačka Master
Mix), ve které můžete vytvořit reakční směs a tisknout výpočty.
Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu) – otevře dialogové okno Protocol AutoWriter(Automatický generátor protokolu), ve kterém můžete snadno vytvořit nový protokol.
TaCalculator (Kalkulačka Ta) – otevře nástroj Ta Calculator (Kalkulačka Ta), ve kterém můžete snadno
spočítat teplotu nasedání primerů.
Dye Calibration Wizard (Průvodce kalibrací barviva) – otevře nástroj Dye Calibration (Průvodce
kalibrací barviva), ve kterém můžete kalibrovat přístroj pro nový fluorofor.
Reinstall Instrument Drivers (Přeinstalovat ovladače přístroje) – přeinstaluje ovladače, které řídíkomunikaci se systémy Bio-Rad PCR v reálném čase.
Zip Data and Log Files (Zip Data a soubory protokolu) – otevře dialogové okno, ve kterém můžete
vybrat soubory, které chcete komprimovat a uložit do zazipovaného souboru pro uložení nebo odeslání emailem.
Batch Analysis (Analýza dávek) – otevře dialogové okno Batch Analysis (Analýza dávek), ve kterémmůžete nastavit parametry pro analýzu více než jednoho datového souboru najednou.
Options (Možnosti) – otevře dialogové okno, ve kterém můžete
n

Konfigurovat nastavení e-mailového serveru.

nKonfigurovat nastavení exportu pro LIMS a další datové soubory.

Uživatelská příručka | 65

Kapitola 6 Okno Home (Domů)Tip: Můžete také vybrat možnost automatického spuštění prohlížeče Seegene při exportu,
pokud se rozhodnete exportovat data ve formátu Seegene.
nZměna jazyka uživatelského rozhraní (angličtina, čínština, ruština)Důležité: K zobrazení vybraného jazyka musíte CFX Maestro Dx SE restartovat.
Důležité: Jazyk operačního systému musí odpovídat jazyku, který chcete zobrazit
v rozhraní CFX Maestro Dx SE.

Příkazy nabídky Help (Nápověda)Tip: Nabídka Help (Nápověda) je k dispozici na panelu nástrojů ve všech oknech CFX Maestro Dx
SE.
Contents (Obsah) – zobrazí kartu Contents (Obsah) systému Help (Nápověda) softwaru CFX Maestro
Dx SE.
Index (Rejstřík) - zobrazí kartu Index (Rejstřík) v systému Help (Nápověda) softwaru CFX Maestro Dx
SE.
Search (Hledat) – zobrazí kartu Search (Hledat) systému Help (Nápověda) softwaru CFX Maestro Dx
SE.
Open User Guide (Otevřít uživatelskou příručku) – otevře soubor PDF této příručky.
Additional Documentation (Další dokumentace) – poskytuje přístup k provozní příručce systému PCR
typu CFX Opus Dx pro práci v reálném čase.
Release Notes (Poznámky k vydání) – otevře dokument Release Notes (Poznámky k vydání) pro
nainstalovanou verzi softwaru CFX Maestro Dx SE.
Video Resources (Video zdroje) – otevře internetové stránky s různými video zdroji Bio-Rad, například
výukovými videi.
qPCR Applications and Technologies Web Site (Internetové stránky qPCR aplikací a technologií)– otevře internetové stránky qPCR aplikací a technologií Bio-Rad, na kterých se dozvíte víceo zpracování PCR (qPCR) v reálném čase.
PCR Reagents Web Site (Internetové stránky pro qPCR reagencie) – otevře internetové stránky
Bio-Rad pro reagencie PCR a qPCR, na kterých si můžete objednat reagencie PCR, supermixy, barviva
a kity.
PCR Plastic Consumables Web Site (Internetové stránky s plasty a spotřebními materiály pro
PCR) – otevře internetové stránky společnosti Bio-Rad s plastovými díly a spotřebními materiály PCR, nakterých si můžete objednat destičky, fólie k destičkám, zkumavky, uzávěry a další plastové příslušenství.

66 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Domů)Software Web Site (Internetové stránky softwaru) – otevře internetové stránky společnosti Bio-Rad
pro software pro analýzu PCR, na kterých si můžete objednat aktualizované verze softwaru CFX Maestro
Dx SE této společnosti.
About (O softwaru) – zobrazí informace o autorských právech a verzi softwaru CFX Maestro Dx SE.

Příkazy panelu nástrojů
– otevře Průzkumníka Windows, ve kterém můžete procházet a otevírat datový soubor nebo
soubor genové studie.

– otevře Master Mix Calculator (Kalkulačka Master Mix).

– otevře okno Run Setup (Nastavení běhu).

– otevře okno Run Setup (Nastavení běhu) s výchozím protokolem PrimePCR a nastavením
destičky pro vybraný přístroj.

– otevře Startup Wizard (Průvodce spuštěním).

Uživatelská příručka | 67

Kapitola 6 Okno Home (Domů)Startup Wizard (Průvodce spuštěním)Když se spustí software CFX Maestro Dx SE, pracovní podokno zobrazí průvodce Startup Wizard(Průvodce spuštěním). Z dialogového okna Startup Wizard (Průvodce spuštěním) můžete
n

Vybrat přístroj ze seznamu nabízených možností a nastavit uživatelem definovaný běh nebo
PrimePCR běh.

nOtevřít a opakovat běh.

nOtevřít soubor s daty pro analýzu výsledků jednoho běhu nebo pro získání výsledků z několika běhůpři sledování genové exprese.

Tyto úkoly jsou podrobně vysvětleny v dalších kapitolách.

Stavový řádek
V levé části stavového řádku ve spodní části hlavního okna softwaru je zobrazen aktuální stav
detekovaných přístrojů. Na pravé straně stavového řádku je vidět jméno aktuálního uživatele a datuma čas.

68 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Domů)Panel Detected Instruments (Detekované přístroje)
Podokno Detected Instruments (Detekované přístroje) zobrazuje každý přístroj, který je připojen k počítači
CFX Maestro Dx SE. Ve výchozím nastavení se každý nástroj zobrazí jako ikona a jeho sériové číslo se zobrazíjako jeho název.
Z tohoto panelu můžete
n

Zobrazit vlastnosti a kalibrovaná barviva pro vybraný přístroj
Další informace o vlastnostech přístroje naleznete v části Zobrazení vlastností přístroje na straně 72.

n

Zobrazit stav připojeného přístrojenOtevřít motorizované víko na vybraném přístrojinZavřít motorizované víko na vybraném přístrojinZobrazit stav všech připojených přístrojů

Zobrazení stavu připojeného přístrojeu

V podokně Detected Instruments (Detekované přístroje) vyberte cílový přístroj a postupujtenásledovně:n

Klikněte na položku View Status (Zobrazit stav) v části Selected Instrument (Vybraný přístroj).

n

Klikněte pravým tlačítkem myši a v zobrazené nabídce vyberte příkaz View Status (Zobrazitstav).

Objeví se dialogové okno Run Details (Podrobnosti o běhu) zobrazující kartu Run Status (Stavběhu). Stav vybraného přístroje se zobrazí pod podoknem stavu spuštění, například:Uživatelská příručka | 69

Kapitola 6 Okno Home (Domů)Otevření nebo uzavření víka přístrojeu

V podokně Detected Instruments (Detekované přístroje) vyberte cílový přístroj a postupujtenásledovně:n

Klikněte na položku Open Lid (Otevřít víko) nebo Close Lid (Zavřít víko) v části Selected
Instrument (Vybraný přístroj).

n

Klikněte pravým tlačítkem myši a vyberte příslušnou akci v zobrazené nabídce.

nOtevřete dialogové okno Run Details (Podrobnosti o běhu) a vyberte kartu Run Status (Stavběhu) a klikněte na Open Lid (Otevřít víko) nebo Close Lid (Zavřít víko).

Zobrazení stavu všech detekovaných přístrojů
u

Postupujte následovně:n

V části All Instruments (Všechny přístroje) v podokně Detected Instruments (Detekovanépřístroje) klikněte na položku View Summary (Zobrazit souhrn).

n

V panelu nabídky vyberte položky View > Instrument Summary (Zobrazit > Ovládání přístroje).

Zobrazí se dialogové okno Instrument Summary (Ovládání přístroje).
Tip: Pokud systém detekuje pouze jeden připojený přístroj, část All Instruments (Všechnypřístroje) se na panelu Detected Instruments (Detekované přístroje) neobjeví. Chcete-li zobrazit
informace pouze pro jeden nástroj, vyberte položky View > Instrument Summary (Zobrazit >Ovládání přístroje).

70 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Domů)Ovládací prvky panelu nástrojů Instrument Summary (Ovládání přístroje)
Tabulka 5 uvádí seznam ovládacích prvků a funkcí na panelu nástrojů Instrument Summary (Ovládání
přístroje).
Tabulka 5. Ovládací prvky panelu nástrojů Instrument Summary (Ovládání přístroje)

Tlačítko

Název tlačítka

FunkceCreate a new Run (Vytvořit

Vytvoří běh na vybraném bloku otevřením

nový běh)okna Run Setup (Nastavení běhu).

Stop (Zastavit)

Zastaví aktuální běh na vybraných
blocích.

Pause (Pozastavit)

Pozastaví aktuální běh na vybraných
blocích.

Resume (Pokračovat)

Obnoví aktuální běh na vybraných
blocích.

Flash Block Indicator

Rozsvítí indikátor LED na víku vybraných

(Indikátor Flash Block)bloků.

Open Lid (Otevřít víko)Otevře motorizované víko na vybranémpřístroji.

Close Lid (Zavřít víko)Zavře motorizované víko na vybranémpřístroji.

Hide Selected Blocks

Skryje vybrané bloky v seznamu(Skrýt vybrané bloky)

Instrument Summary (Ovládání přístroje).

Show All Blocks (Zobrazit

Zobrazí všechny bloky v seznamu

všechny bloky)

Instrument Summary (Ovládání přístroje).

Show (Zobrazit)

Vyberte bloky, které chcete zobrazit
v seznamu. Vyberte jednu z možností pro
zobrazení všech zjištěných bloků, všech
neaktivních bloků, všech bloků, které jsou
spuštěny aktuálním uživatelem, nebo
všech běžících bloků.

Uživatelská příručka | 71Kapitola 6 Okno Home (Domů)Zobrazení vlastností přístroje
Na panelu Detected Instruments (Detekované přístroje) můžete zobrazit podrobnosti o vybranémpřístroji, včetně jeho vlastností, stavu jeho přepravního šroubu (pouze přístroje CFX Connect a CFX
Touch) a seznamu jeho kalibrovaných barviv (fluoroforů).

Zobrazení vlastností přístrojeu

V podokně Detected Instruments (Detekované přístroje) klikněte pravým tlačítkem myši na cílový
přístroj a v zobrazené nabídce vyberte položku Properties (Vlastnosti).

Karta Properties (Vlastnosti)
Karta Properties (Vlastnosti) obsahuje technické podrobnosti o vybraném přístroji včetně modelu,
sériových čísel jeho součástí a verzí firmwaru. Výchozí název přístroje (jeho sériové číslo) se objeví na
mnoha místech, včetně podokna Detected Instruments (Detekované přístroje) a v záhlaví dialogového
okna Instrument Properties (Vlastnosti přístroje). Přístroj můžete přejmenovat, abyste ho mohli snadněji
identifikovat.
Poznámka: Název nástroje CFX Opus nelze pomocí CFX Maestro změnit.

Karta Calibrated Dyes (Kalibrovaná barviva)
Karta Calibrated Dyes (Kalibrovaná barviva) zobrazuje kalibrované fluorofory a destičky pro vybraný
přístroj.

Chcete-li zobrazit podrobné informace o kalibraci, klepněte na tlačítko Informace ve sloupci Detail(Podrobnosti).

72 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

Než začnete
Tato část vysvětluje úkoly, které případně budete muset provést před použitím CFX Maestro Dx SE. To
zahrnujenvytvoření reakčního Master Mixu,nkalibrace nových barviv.

Vytvoření reakčního Master Mixu
Díky nástroji CFX Maestro Dx SE Master Mix Calculator (Kalkulačka Master Mix) můžete snadno
vypočítat požadovaný objem všech komponent ve svém Master Mixu. Tabulku s výpočtem Master Mixumůžete vytisknout na své výchozí tiskárně a výpočty pro každý cíl uložit pro pozdější použití.

Jak vytvořit reakční Master Mix pomocí nástroje Master Mix Calculator (Kalkulačka Master
Mix)
1.

Abyste otevřeli nástroj Master Mix Calculator (Kalkulačka Master Mix), postupujte následovně:n

Vyberte možnosti Tools > Master Mix Calculator (Nástroje > Kalkulačka Master Mix).

nNa panel nástrojů klikněte na možnost Master Mix Calculator (Kalkulačka Master Mix).

Zobrazí se Master Mix Calculator (Kalkulačka Master Mix).

Uživatelská příručka | 73

Kapitola 6 Okno Home (Domů)2.

V části Reaction (Reakce) vyberte metodu detekce:n

SYBR® Green/EvaGreen®

nProbes (Sondy)

3.

Abyste vytvořili nový cíl, klikněte v části Target (Produkt) na možnost Create New (Vytvořit nový).
V rozevíracím seznamu produktů se objeví nový název produktu.

4.

(Volitelné) Jak změnit výchozí název produktu:a.

V rozevíracím seznamu produktů zvýrazněte název produktu.

b.

V kolonce Target (Produkt) zadejte nový název produktu.

c.

Stiskněte tlačítko Enter.

5.

Nastavte počáteční a koncovou koncentraci obou primerů a všechny sondy.

6.

V části Master Mix Setup (Nastavení Master Mix) nastavte hodnotynplánovaný počet reakcí,

74 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

nreakční objem na jamku,nobjem templátu na jamku,

nkoncentrace supermixu na jamku,nnadbytečný reakční objem na jamku.

7.

(Volitelné) Proveďte kroky 2–6 pro potřebný počet produktů.

8.

V části Choose Target to Calculate (Vybrat produkt k výpočtu) vyberte produkt, který chcetevypočítat.
Tip: Můžete současně vypočítat buď jeden, nebo několik, nebo všechny produkty.
Vypočítané objemy požadovaných komponentů pro každý vybraný produkt se objeví v tabulce
Master Mix.

9.

Kliknutím na možnost Set as Default (Nastavit jako výchozí) nastavíte množství zadaná v částech
Target (Produkt) a Master Mix Setup (Nastavení Master Mix) jako nové výchozí hodnoty.

10. Kliknutím na OK uložíte obsah dialogového okna Master Mix Calculator (Kalkulačka Master Mix).

Jak vytisknout tabulku s výpočtem Master Mixuu

Abyste vytiskli tabulku s výpočtem Master Mixu, klikněte na možnost Print (Tisk).
Tabulka s výpočtem se vytiskne na vaší výchozí tiskárně.

Jak uložit tabulku s výpočtem Master Mixu jako PDF
uZměňte svou výchozí tiskárnu na ovladač PDF a klikněte na možnost Print (Tisk) v nástroji Master
Mix Calculator (Kalkulačka Master Mix).

Jak odstranit produktyu

V rozevíracím seznamu produktů vyberte produkt a klikněte na možnost Remove (Odstranit).
Důležité: Odstraněním produktu ze seznamu produktů se tento produkt odstraní i ze všechvýpočtů Master Mixu, pro který je použit. Při mazání produktu buďte opatrní.

Kalibrace nových barviv
Systémy CFX Opus 96 Dx a CFX Opus Deepwell Dx jsou z výroby kalibrovány pro běžně používané
fluorofory v destičkách s bílými a čirými jamkami. Systémy CFX Opus 384 Dx jsou z výroby kalibrovány proběžně používané fluorofory pouze na destičkách s bílými jamkami. Tabulka 6 uvádí fluorofory a kanály, pro
které je každý přístroj kalibrován.

Uživatelská příručka | 75

Kapitola 6 Okno Home (Domů)Poznámka: Systémy CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx a CFX Opus Deepwell Dx také obsahují
kanál věnovaný chemii FRET. Tento kanál nevyžaduje kalibraci pro specifická barviva.
Důležité: Pokud provedete uživatelem definovanou kalibraci barviva, které bylo kalibrovánoz výroby, použije přístroj místo původní kalibrace z výroby tuto nově definovanou kalibraci.
Tabulka 6. Továrně kalibrované fluorofory, kanály a nástroje

Fluorofory

Kanál

Excitace, nm

Detekce, nmPřístroj

FAM, SYBR®

1

450–490515–530

SystémyGreen I

CFX Opus
96 Dx, CFX
Opus 384 Dx
a CFX Opus
Deepwell Dx

VIC, HEX, CAL

2

515–535

560–580

SystémyFluor Gold 540,

CFX Opus

Cal Fluor Orange

96 Dx, CFX

560

Opus 384 Dx
a CFX Opus
Deepwell DxROX, Texas Red,3

560–590

610–650

SystémyCAL Fluor Red

CFX Opus

610, TEX 615

96 Dx, CFX
Opus 384 Dx
a CFX Opus
Deepwell Dx

CY5, Quasar 670

4

620–650

675–690

Systémy
CFX Opus
96 Dx, CFX
Opus 384 Dx
a CFX Opus
Deepwell Dx

Quasar 705,5

672–684705–730

Cy5.5

Pouze
systémy CFX
Opus 96 Dx

Chemie FRET (nekalibrovaná v továrně)76 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

Fluorofory

Kanál

Excitace, nm

Detekce, nmPřístroj

Barva

FRET

450–490560-580

Systémynekalibrovaná z

CFX Opusvýroby96 Dx, CFX
Opus 384 Dx
a CFX Opus
Deepwell Dx

Kalibrace nových barviv pro systémy CFX
1.

V okně Home (Domů) vyberte cílový přístroj v podokně Detected Instruments (Detekované přístroje).

2.

Vyberte položku Tools > Calibration Wizard (Nástroje > Průvodce kalibrací), chcete-li otevřít
průvodce Dye Calibration (Kalibrace barviva).

Již kalibrované fluorofory pro cílový přístroj se objeví v tabulce Calibrated Fluorophores (Kalibrované
fluorofory).
3.

V části Calibrate New or Existing Fluorophores (Kalibrace nových nebo existujících fluoroforů)vyberte v rozevíracím seznamu fluorofor, který chcete kalibrovat.
Není-li v seznamu uveden název fluoroforu, zadejte jeho název do textového pole a přidejte jej do
seznamu.

Uživatelská příručka | 77Kapitola 6 Okno Home (Domů)Důležité: Při pojmenovávání vlastních kalibrovaných fluoroforů buďte opatrní. Pokud vytvoříte
vlastní kalibraci barviva pro fluorofor se stejným názvem jako továrně kalibrovaný fluorofor, budepoužit vlastní fluorofor (nikoli továrně kalibrovaný fluorofor), který přístroj používá standardně.
4.

Vyberte typ destičky pro fluorofor.
Není-li v seznamu uveden typ destičky, zadejte jeho název do textového pole a přidejte jej do
seznamu.

5.

Vyberte kanál pro fluorofor.

6.

Vyberte sloupec pro fluorofor na destičce.

7.

(Volitelné) Zadejte barvu, kterou chcete přiřadit fluoroforu.

8.

Pro přidání fluoroforu klikněte na položku Add to Plate (Přidat na destičku).

9.

(Volitelné) Opakujte kroky 3–8 pro přidání každého fluoroforu, který chcete kalibrovat pro destičku.

10. Až dokončíte přidávání fluoroforů, otevřete kliknutím na položku View Plate (Zobrazit destičku) okno
Pure Dye Plate Display (Zobrazení destičky pro čisté barvivo).
Toto okno použijte jako vodítko pro vkládání barviv na destičku.
11. Připravte si 96-, 384- nebo hlubokojamkovou destičku pro kalibraci barviva:a.

Přidejte pipetou do každé jamky roztok barviva podle vzoru zobrazeného na displeji Pure Dye
Plate Display (Zobrazení destičky pro čisté barvivo).

b.

Pro každý fluorofor naplňte do čtyř jamek 50 µl (96jamková destička nebo destička s hlubokými
jamkami) 30 µl (384jamková destička) roztoku barviva 300 nM. Všimněte si, že alespoň polovina
destičky obsahuje prázdné jamky.

c.

Destičku utěsněte těsnicí metodou, kterou používáte ve svém experimentu.

12. Umístěte kalibrační destičku do bloku a zavřete víko.
13. V průvodci Dye Calibration (Kalibrace barviva) kliknutím na položku Calibrate (Kalibrovat) a OK
potvrďte, že je destička v bloku.
14. Jakmile Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice dokončí běh kalibrace, zobrazí se dialogové
okno. Kliknutím na tlačítko Yes (Ano) dokončete kalibraci a otevřete prohlížeč Dye Calibration Viewer(Prohlížeč kalibrace barviva).
15. Klepněte na tlačítko OK a okno se zavře.

Nastavení uživatelských předvoleb
Tip: Pro použití softwaru CFX Maestro Dx SE není nutné tyto úkony provádět. Tuto část můžete
klidně přeskočit nebo tyto úkony provést kdykoliv jindy.

78 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

V CFX Maestro Dx SE si každý uživatel může přizpůsobit své pracovní prostředí. Například v nabídce
Users > User Preferences (Uživatelé > Uživatelské předvolby) můžete provádět následující úkony:n

Nastavit e-mailové oznámení o dokončení běhu.
Poznámka: Tato funkce je k dispozici pouze uživatelům, jejichž roli bylo uděleno toto právo.
Další informace viz Správa rolí uživatelů v Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice na
straně 43.

nZměnit výchozí nastavení proo

Umístění pro ukládání souborů

o

Soubory nastavení běhuoPředpona názvu souborunNastavit výchozí parametry použité při tvorbě nového protokolu a destičky.

nNastavit výchozí parametry analýzy dat a genové exprese.

nPřizpůsobit výchozí parametry kontroly kvality (QC).

nPřizpůsobit parametry pro export dat.

V nabídce Tools (Nástroje) můžete provádět následující:nVytvořit Master Mix.

n

Kalibrovat barviva pro konkrétní přístroj.

Poznámka: Tvorba Master Mixu a kalibrace barviva jsou k dispozici každému, kdo se přihlásí dosoftwaru.
Tato část podrobně vysvětluje, jak tyto úkony provádět.

Nastavení e-mailových oznámení
Můžete software CFX Maestro Dx SE připojit ke svému serveru odchozí pošty, aby mohl odesílate-mailová oznámení o dokončení běhu na seznam uživatelů. K seznamu uživatelů můžete rovněž připojit
datový soubor a reporty z analýzy. K nastavení připojení mezi softwarem CFX Maestro Dx SE a serverem
SMTP viz část Připojení bezpečnostní edice k serveru SMTP na straně 81.
Poznámka: Možnosti přístupu uživatele k funkcím nastavení e-mailu závisejí na uživatelské rolia povoleních přiřazených správcem. Podrobnosti o správě uživatelů a jejich rolích jsou uvedeny včásti Správa rolí uživatelů v Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice na straně 43.

Uživatelská příručka | 79Kapitola 6 Okno Home (Domů)Jak nastavit e-mailová oznámení
1.

Vyberte User > User Preferences (Uživatel > Uživatelské předvolby) a otevře se dialogové okno User
Preferences (Uživatelské předvolby).
Otevře se dialogové okno User Preferences (Uživatelské předvolby) s kartou Email (E-mail).

Poznámka: Jestliže systém rozpozná, že jste nenastavili platný SMTP server pro software
CFX Maestro Dx SE, budete o tom informováni. Kliknutím na položku Configure Outgoing Email(Konfigurovat odchozí e-mail) otevřete dialogové okno Options (Možnosti), kde můžete
nakonfigurovat e-mailový SMTP server. Další informace naleznete v části Připojení
bezpečnostní edice k serveru SMTP na straně 81.
2.

V textovém rámečku To (Komu) zadejte e-mailovou adresu každé osoby, kterou chcete informovat
o dokončení běhu. Všichni příjemci obdrží po dokončení běhu e-mail.
Poznámka: Každou e-mailovou adresu musíte zadat na samostatném řádku. Za každou
e-mailovou adresou stiskněte Enter nebo Return.

3.

(Volitelné) V textovém rámečku cc (Kopie) zadejte e-mailovou adresy příjemců, kterým chcete poslat
kopii každého e-mailového oznámení.

4.

(Volitelné) Ve výchozím nastavení obdrží všichni příjemci kopii datového souboru v příloze.
Odznačte toto zaškrtávací políčko, pokud nechcete přiložit kopii datového souboru.

5.

(Volitelné) Vyberte možnost Attach Analysis Report (Připojit report o analýze), abyste k e-mailupřipojili PDF soubor reportu o analýze.

6.

Kliknutím na OK uložíte změny a zavřete dialogové okno User Preferences (Uživatelské předvolby).

Poznámka: Systém je možné nakonfigurovat pro odesílání e-mailových oznámení do mobilního
telefonu, je to však závislé na poskytovateli služeb. Informace o e-mailové adrese pro váš telefon
zjistíte kontaktováním mobilního operátora. Na obrazovce User Preferences (Uživatelské předvolby)

80 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

zadejte e-mailovou adresu telefonu (například 5552221234@e-mailovádoména_poskytovatele_služeb.net) do textového pole To (Komu).

Jak upravit e-mailovou adresu příjemceuUpravte e-mailovou adresu podle potřeby a klikněte na OK.

Jak odstranit příjemce e-mailu
1.

Vyberte příjemce e-mailu a stiskněte tlačítko Delete (Odstranit).

2.

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a zavřete dialogové okno.

Důležité: Kliknutím na možnost Restore Defaults (Obnovit výchozí hodnoty) v dialogovém okně User
Preferences (Uživatelské předvolby) se obnoví všechny předvolby na všech kartách na původnítovární nastavení. Při kliknutí na toto tlačítko postupujte opatrně.

Připojení bezpečnostní edice k serveru SMTP
Důležité: Někteří komerční poskytovatelé služeb webmailu mají zvýšené zabezpečení e-mailu.
Pokud použijete tyto účty, musíte povolit nastavení Allow less secure apps (Povolit ménězabezpečené aplikace) v nastavení účtu, které umožní CFX Maestro Dx SE odesílat e-maily. Další
informace naleznete v informacích o zabezpečení poskytovatele služeb webmailu.
Pokud k odesílání e-mailů používáte server SMTP služby Google Gmail nebo Microsoft Office 365,
musíte v nastavení účtu Gmail nebo Office365 povolit dvoufaktorové ověřování a vygenerovat „heslo
aplikace“. Pro ověření v dialogovém okně Maestro Email Setup (Nastavení e-mailu Mestro) zkopírujte„heslo aplikace“ do pole Heslo místo běžného e-mailového hesla.
Před odesláním e-mailového oznámení musíte navázat spojení ze softwaru CFX Maestro Dx SE na svůje-mailový server.

Připojení CFX Maestro Dx SE na e-mailový server
1.

Postupujte následovně:n

Vyberte položku User > User Preferences (Uživatel > Uživatelské předvolby) a klikněte napoložku Configure Outgoing Email (Konfigurovat odchozí e-mail) na kartě Email (E-mail).

n

Vyberte položky Tools > Options (Nástroje > Možnosti).

Otevře se dialogové okno Options (Možnosti) a zobrazí kartu Email (E-mail).

Uživatelská příručka | 81

Kapitola 6 Okno Home (Domů)2.

Zadejte pro vaši společnost následující informace:n

SMTP Server Name (Název serveru SMTP) – název odchozího e-mailového serveru vašíspolečnosti.

nPort – číslo portu serveru SMTP. To je obvykle 25.

n

Use SSL (Použít možnost SSL) – možnost Secure Sockets Layer (SSL). Toto nastavenívyžadují některé servery SMTP. Pokud to ve vaší společnosti není vyžadováno, zrušte
zaškrtnutí tohoto políčka.

n

Use Default “From” Address (Použít výchozí adresu „Od“) – název e-mailového serveru vevaší společnosti. Servery SMTP vyžadují, aby všechny odeslané e-maily měly adresu „Od“,která je z určité domény, například jméno@VašeSpolečnost.com. V takovém případě zrušte
zaškrtnutí tohoto políčka a zadejte platnou e-mailovou adresu.

nAuthentication Required (Požadováno ověření) – pokud vaše stránky vyžadují ověření účtu,ověřte, zda je toto políčko zaškrtnuto.

nUser Name (Jméno uživatele) – jméno ověřeného účtu. To je vyžadováno pouze v případě, že
je vybrána možnost Authentication Required (Požadováno ověření).

82 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

n

Password (Heslo) – heslo pro ověřený účet. To je vyžadováno pouze v případě, že je vybrána
možnost Authentication Required (Požadováno ověření).

Důležité: Pokud k odesílání e-mailů používáte server SMTP služby Google Gmail nebo
Microsoft Office 365, musíte v nastavení účtu Gmail nebo Office365 povolit dvoufaktorovéověřování a vygenerovat „heslo aplikace“. Pro ověření v dialogovém okně Maestro Email Setup(Nastavení e-mailu Mestro) zkopírujte „heslo aplikace“ do pole Heslo CFX Maestro Dx SE místoběžného e-mailového hesla.
Chcete-li ověřit, zda jsou nastavení serveru SMTP správná, zadejte do textového pole Test Email
Address (Test e-mailové adresy) platnou e-mailovou adresu a klikněte na položku Test Email(Testovat e-mail).
Poznámka: Některé servery SMTP nepovolují přílohy a jiné povolují přílohy pouze do určité
velikosti. Pokud plánujete e-mailové datové soubory nebo reporty pomocí softwaru
CFX Maestro Dx SE, vyberte položku Test Attachment (Příloha testu) a nastavte pro položku
Attachment Size in MB (Velikost přílohy v MB) hodnotu 5 megabytů (MB) nebo více.
3.

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a zavřete dialogové okno.

Změna výchozího nastavení souboru
Na kartě Files (Soubor) dialogového okna User Preference (Uživatelské předvolby) můžete měnit
následující:nvýchozí umístění pro ukládání souborů CFX Maestro Dx SE,nvýchozí soubory pro nastavení běhu,nvýchozí parametry pro pojmenovávání souborů.

Jak změnit výchozí nastavení souboru
1.

Vyberte User > User Preferences (Uživatel > Uživatelské předvolby) a otevře se dialogové okno User
Preferences (Uživatelské předvolby).

2.

V dialogovém okně User Preferences (Uživatelské předvolby) vyberte kartu Files (Soubory).

Uživatelská příručka | 83

Kapitola 6 Okno Home (Domů)3.

V části Default Folder for File Creation (Výchozí složka pro tvorbu souborů) najděte a vyberte výchozísložku, do které chcete ukládat nové soubory. Pro každý typ souboru můžete vybrat jiné umístění:nProtokolnPlate (Destička)nData File (Datový soubor)nGene Study (Genová studie)

4.

V části File Selection for Run Setup (Výběr souboru pro nastavení běhu) najděte a vyberte cílové
soubory protokolu a destičky, které se mají zobrazit, když otevřete okno Experiment Setup(Nastavení experimentu).

5.

V části Data File (Datový soubor) definujte předponu nebo příponu datových souborů. Pro každý dílvyberte z rozevíracího seznamu novou hodnotu. V textových rámečcích Prefix (Předpona) a Suffix(Přípona) můžete také uvést vlastní hodnoty předpony a přípony.
Software CFX Maestro Dx SE zobrazí pod rámečky pro výběr náhled názvu souboru.

6.

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a zavřete dialogové okno.

Důležité: Kliknutím na možnost Restore Defaults (Obnovit výchozí hodnoty) v dialogovém okně User
Preferences (Uživatelské předvolby) se obnoví všechny předvolby na všech kartách na původnítovární nastavení. Při kliknutí na toto tlačítko postupujte opatrně.

84 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

Nastavení výchozích parametrů protokolu
Nastavení výchozích parametrů protokolu pro Protocol Editor (Editor protokolu) a Protocol
AutoWriter (Automatický generátor protokolu)
1.

Vyberte User > User Preferences (Uživatel > Uživatelské předvolby) a otevře se dialogové okno User
Preferences (Uživatelské předvolby).

2.

V dialogovém okně User Preferences (Uživatelské předvolby) vyberte kartu Protocol (Protokol).

3.

V části Protocol Editor (Editor protokolu) zadejte hodnoty pro následující nastavení, která se zobrazív editoru Protocol Editor (Editor protokolu):

4.

5.

n

Sample volume (Objem vzorku) – objem vzorku v jamkách (v μl).

n

Lid Shutoff temperature (Teplota vypínání víka) – teplota v °C, při které se vypne vyhřívání
víka v průběhu experimentu.

V části Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu) zadejte hodnoty pro následující
nastavení, která se zobrazí v nástroji Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu):nAnnealing temperature (Teplota nasedání primerů) – teplota v °C pro experimenty, kterépoužívají iProof DNA polymerázu, iTaq DNA polymerázu nebo jiné polymerázy.

n

Amplicon length (Délka amplikonu) – délka amplikonu v párech bází (bp).

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a zavřete dialogové okno.

Důležité: Kliknutím na možnost Restore Defaults (Obnovit výchozí hodnoty) v dialogovém okně User
Preferences (Uživatelské předvolby) se obnoví všechny předvolby na všech kartách na původnítovární nastavení. Při kliknutí na toto tlačítko postupujte opatrně.

Uživatelská příručka | 85

Kapitola 6 Okno Home (Domů)

Nastavení výchozích parametrů destičkyZměny, které provedete na kartě Plate (Destička), jsou dostupné všem uživatelům softwaru. Změny
provedené během nastavení destičky jsou uživatelům k dispozici po uložení a zavření souboru destičky.
V dialogovém okně User Preferences (Uživatelské předvolby) můžete provádět následující akce:nNastavit výchozí parametry destičky.

nPřidávat nové názvy produktů, vzorků a biologických skupin do příslušných knihoven.

nOdstranit nové názvy produktů, vzorků a biologických skupin produktů a vzorků z příslušných
knihoven.

Nastavení výchozích parametrů destičky
1.

Vyberte User > User Preferences (Uživatel > Uživatelské předvolby) a otevře se dialogové okno User
Preferences (Uživatelské předvolby).

2.

V dialogovém okně User Preferences (Uživatelské předvolby) vyberte kartu Plate (Destička).

86 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

3.

Zadejte hodnoty pro následující nastavení nového souboru destiček. Tyto hodnoty se objevují v okněPlate Editor (Editor destiček):nPlate type (Typ destičky)nPlate size (Velikost destičky)nUnits (Jednotky) – koncentrace počátečního množství templátu pro jamky, které obsahují
standardy.
CFX Maestro Dx SE používá tyto jednotky k vytvoření standardní křivky na kartě Data Analysis
Quantification (Kvantifikace dat analýzy).

4.

n

Scientific notation (Vědecký zápis) – když je vybrán, software CFX Maestro Dx SE zobrazíjednotky koncentrace ve formátu vědeckého zápisu.

nScan mode (Režim skenování) – počet nebo typ kanálů, které mají být skenovány v době
běhu.

n

Fluorophores (Fluorofory) – výchozí fluorofory, které se objevují v editoru Plate Editor (Editor
destiček).

n

Libraries (Knihovny) – názvy produktů, vzorků a biologických skupin, které obvykle používáte
ve svých experimentech:oTarget names (Názvy produktů) – názvy cílových genů a sekvencí.

oSample names (Názvy vzorků) – názvy experimentálních vzorků nebo identifikačnícharakteristika vzorků (například Myš1, Myš2, Myš3).

oBiological group names (Názvy biologických skupin) – názvy skupin podobných
vzorků, které mají stejný léčebný status nebo podmínky (například 0hod, 1hod, 2hod).

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a zavřete dialogové okno.

Chcete-li přidat nový produkt, vzorek nebo název biologické skupinyu

Do pole příslušné knihovny zadejte název produktu, vzorku nebo biologické skupiny a klikněte na
tlačítko OK.

Odstranění názvu produktu, vzorku nebo biologické skupinyuV příslušném poli knihovny vyberte název, stiskněte klávesu Delete a klikněte na tlačítko OK.

Důležité: Názvy, které odstraníte z knihovny, jsou ze softwaru trvale odstraněny a uživatelům již
nejsou k dispozici. Pro obnovení možností do výchozích názvů CFX Maestro Dx SE klikněte na
Restore Defaults (Obnovit výchozí hodnoty). Kliknutím na možnost Restore Defaults (Obnovitvýchozí hodnoty) v dialogovém okně User Preferences (Uživatelské předvolby) se obnoví všechnyUživatelská příručka | 87Kapitola 6 Okno Home (Domů)předvolby na všech kartách na původní tovární nastavení. Při odstraňování výchozích názvů
CFX Maestro Dx SE a při klepnutí na toto tlačítko buďte opatrní.

88 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

Nastavení výchozích parametrů analýzy dat
Nastavení výchozích parametrů analýzy dat
1.

Vyberte User > User Preferences (Uživatel > Uživatelské předvolby) a otevře se dialogové okno User
Preferences (Uživatelské předvolby).

2.

V dialogovém okně User Preferences (Uživatelské předvolby) vyberte kartu Data Analysis (Analýza
dat).

3.

V části Analysis Mode (Režim analýzy) vyberte režim, ve kterém chcete analyzovat data (buďFluorophore (Fluorofor), nebo Target (Produkt)).

4.

V části PCR Quantitation (Kvantifikace PCR) nastavte výchozí parametry pro následující možnosti:nBaseline Setting (Poloha baseline) – základní metoda pro režim analýzy.

n

Cq Determination Mode (Režim stanovení hodnoty Cq) – režim, ve kterém jsou hodnoty Cqvypočteny pro každou fluorescenční stopu (buď regresní, nebo jednoprahovou).

nThreshold Calc. Mode (Režim výpoč. prahové hodnoty) – hodnota end-point.
Výchozí hodnota je Auto (Automaticky). To znamená, že software automaticky vypočítá hodnotu
end-point. Chcete-li nastavit konkrétní prahovou hodnotu, zrušte zaškrtnutí políčka Auto
(Automaticky) a zadejte hodnotu end-point vypočítanou v jednotkách relativní fluorescenceUživatelská příručka | 89Kapitola 6 Okno Home (Domů)(nebo RFU). Maximální hodnota je 65 000,00 RFU. Datové soubory pro následné běhy budoupoužívat toto nastavení prahu.
nBaseline Calc. Mode (Režim výpoč. hodnoty baseline) – hodnota baseline pro všechnykřivky.
Výchozí hodnota je Auto (Automaticky). To znamená, že software automaticky vypočítá hodnotu
baseline pro všechny křivky. Chcete-li nastavit konkrétní hodnotu baseline, zrušte zaškrtnutípolíčka Auto (Automaticky) a zadejte minimální a maximální hodnoty pro rozsah běhu (1 až
9 999). Datové soubory pro následné běhy budou používat tento rozsah běhu.

n5.

Log View (Zobrazení protokolu) – určuje, jak bude software zobrazovat data amplifikace:o

On (Zapnuto) – data amplifikace jsou zobrazena v semilogaritmickém grafu.

o

Off (Vypnuto) – (výchozí) data amplifikace jsou zobrazena v lineárním grafu.

V části End Point (Koncový bod) vyberte počet koncových cyklů, které se mají při výpočtu hodnoty
end-point průměrovat:n

PCR – počet ukončených cyklů pro stanovení průměru pro výpočet kvantifikace (výchozí
hodnota je 5).

n

End Point Only run (End-Point reakce) – počet ukončených cyklů pro end-point analýzu
(výchozí hodnota je 2).

6.

V části Melt Curve (Křivka tání) vyberte typ vrcholu, který chcete detekovat (buď pozitivní, nebo
negativní).

7.

V části Well Selector (Nástroj pro výběr jamky) vyberte, jak zobrazit popisky jamky (podle typu
vzorku, názvu produktu nebo názvu vzorku).

8.

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a zavřete dialogové okno.

Důležité: Kliknutím na možnost Restore Defaults (Obnovit výchozí hodnoty) v dialogovém okně User
Preferences (Uživatelské předvolby) se obnoví všechny předvolby na všech kartách na původnítovární nastavení. Při kliknutí na toto tlačítko postupujte opatrně.

90 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

Nastavení výchozích parametrů datového souboru genové exprese
Jak nastavit výchozí parametry nového datového souboru genové exprese1.

Vyberte User > User Preferences (Uživatel > Uživatelské předvolby) a otevře se dialogové okno User
Preferences (Uživatelské předvolby).

2.

V dialogovém okně User Preferences (Uživatelské předvolby) vyberte kartu Gene Expression(Genová exprese).

3.

Nastavte výchozí hodnoty pro následující nastavení:n

Relative to (Vzhledem k) – sestaví graf z dat genové exprese vzhledem ke kontrole(s počátkem v bodě 1) nebo nule:o

Zero (Nula) – software kontrolu ignoruje. Toto je výchozí hodnota, když není v okněExperiment Settings (Nastavení experimentu) přiřazen žádný kontrolní vzorek.

oControl (Kontrola) – software vypočítá data vzhledem ke kontrolnímu vzorku přiřazenému
v okně Experiment Setup (Nastavení experimentu).

nX-axis (Osa X) – sestaví graf vzorku nebo produktu na ose X.

nY-axis (Osa Y) – sestaví graf v lineárním, log2 nebo log10 měřítku na ose Y.

n

Scaling (Úprava měřítka) – možnost úpravy měřítka grafu (výchozí možnost je bez úpravyměřítka):oHighest (Nejvyšší) – software upraví měřítko grafu podle datového bodu s nejvyšší
hodnotou.

oLowest (Nejnižší) – software upraví měřítko grafu podle datového bodu s nejnižší
hodnotou.

o

Unscaled (Bez úpravy měřítka) – software prezentuje data v grafu bez úpravy měřítka.

nMode (Režim) – režim analýzy, buď relativní množství (∆Cq), nebo normalizovaná exprese(∆∆Cq).

nError Bar (Chybová úsečka) – variabilita dat prezentovaná jako směrodatná odchylka (Std.
Dev.), nebo jako standardní chyba průměru (Std. Error Mean).

nError Bar Multiplier (Násobitel chybové úsečky) – násobitel směrodatné odchylky použitý
k sestavení grafu chybových úseček (výchozí hodnota je 1).
Násobitel můžete zvýšit na 2 nebo 3.

nSample Types to Exclude (Vyloučené typy vzorků) – typy vzorků, které budou vyloučeny
z analýzy.

Uživatelská příručka | 91

Kapitola 6 Okno Home (Domů)Můžete vybrat jeden nebo několik vzorků, které budou vyloučeny z analýzy. Pokud chcete
vyloučit všechny typy vzorků, odznačte zaškrtávací políčka všech vybraných typů vzorků.
4.

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a zavřete dialogové okno.

Důležité: Kliknutím na možnost Restore Defaults (Obnovit výchozí hodnoty) v dialogovém okně User
Preferences (Uživatelské předvolby) se obnoví všechny předvolby na všech kartách na původnítovární nastavení. Při kliknutí na toto tlačítko postupujte opatrně.

Přizpůsobení pravidel pro kontrolu kvality
V softwaru CFX Maestro Dx SE můžete nastavit pravidla kontroly kvality, která se použijí na data v okněData Analysis (Analýza dat). Software validuje data podle nastavených pravidel.
Poznámka: Ve výchozím nastavení jsou povolena všechna pravidla kontroly kvality.
Tip: Jamky, které nesplňují parametry QC (Kontrola kvality), můžete snadno vyloučit z analýzy
v modulu QC okna Data Analysis (Analýza dat).

Přizpůsobení pravidel pro kontrolu kvality
1.

Vyberte User > User Preferences (Uživatel > Uživatelské předvolby) a otevře se dialogové okno User
Preferences (Uživatelské předvolby).

2.

V dialogovém okně User Preferences (Uživatelské předvolby) vyberte kartu QC (Kontrola kvality).

92 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

Kde:

3.

4.

n

NTC (No template control) – kontrola bez templátun

NRT (No reverse transcriptase control) – kontrola bez reverzní transkriptázynEfficiency (Účinnost) – účinnost reakcen

Std Curve R^2 (Std křivka R^2) – Hodnota R^2 pro standardní křivku

n

Replicate group Cq Std Dev (Vyp. std. odch. skupiny replikátů) – směrodatná odchylka
vypočtená pro každou skupinu replikátů

U každého pravidla QC (Kontrola kvality) postupujte následovně:n

Chcete-li použít výchozí hodnotu, nedělejte nic.

nChcete-li změnit hodnotu, klikněte na textové pole Value (Hodnota), zadejte novou hodnotu
a stiskněte klávesu Enter.

nChcete-li pravidlo zakázat, zrušte zaškrtnutí políčka Use (Použít).

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a zavřete dialogové okno.

Důležité: Kliknutím na možnost Restore Defaults (Obnovit výchozí hodnoty) v dialogovém okně User
Preferences (Uživatelské předvolby) se obnoví všechny předvolby na všech kartách na původnítovární nastavení. Při kliknutí na toto tlačítko postupujte opatrně.

Přizpůsobení parametrů pro export dat
Data CFX Maestro Dx SE můžete exportovat v následujících formátech:n

Text (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Důležité: Abyste mohli exportovat data do tabulky Microsoft Excel, musí být v počítači nainstalovánprogram Microsoft Excel.
Můžete určit typ dat pro export a přizpůsobit výstup exportovaných dat.

Uživatelská příručka | 93

Kapitola 6 Okno Home (Domů)Přizpůsobení parametrů pro export dat
1.

Vyberte User > User Preferences (Uživatel > Uživatelské předvolby) a otevře se dialogové okno User
Preferences (Uživatelské předvolby).

2.

V dialogovém okně User Preferences (Uživatelské předvolby) vyberte kartu Custom Export (Vlastní
export).

3.

V rozevíracím seznamu Export Format (Formát exportu) vyberte formát, do kterého chcete data
exportovat.

4.

V části Data to Export (Data do exportu) zaškrtněte nebo odznačte zaškrtávací políčka pro typ dat,která mají být exportována. Vybrané položky se zobrazí v seznamu Exported Columns (Exportované
sloupce).
Poznámka: Ve výchozím nastavení jsou informace o běhu zahrnuty do záhlaví. Odznačte toto
zaškrtávací políčko, pokud nechcete zahrnout informace o běhu.

5.

Můžete změnit pořadí zobrazení výstupu vybraných položek.
V seznamu Exported Columns (Exportované sloupce) zvýrazněte položku a potom klikněte pro
pohyb nahoru nebo dolů na tlačítka se šipkami vlevo od seznamu.

6.

Volitelně můžete změnit názvy sloupců výstupu vybraných položek:94 | Software CFX Maestro Dx SENež začnete

a.

Klikněte na Customize Column Names (Upravit názvy sloupců).
Zobrazí se dialogové okno Column Name Customizer (Vlastní název sloupce).

7.

b.

Pro každý výchozí název sloupce, který chcete změnit, zadejte nový název do pole Custom
Name (Vlastní název).

c.

Postupujte následovně:n

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a vraťte se na kartu Custom Export (Vlastní export).
Nový název se zobrazí v závorkách vedle výchozího názvu sloupce v seznamu Exported
Columns (Exportované sloupce).

n

Kliknutím na tlačítko Cancel (Zrušit) zrušte změny a vraťte se na kartu Custom Export(Vlastní export).

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a zavřete dialogové okno.

Důležité: Kliknutím na možnost Restore Defaults (Obnovit výchozí hodnoty) v dialogovém okně User
Preferences (Uživatelské předvolby) se obnoví všechny předvolby na všech kartách na původnítovární nastavení. Při kliknutí na toto tlačítko postupujte opatrně.

Uživatelská příručka | 95

Kapitola 6 Okno Home (Domů)96 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 7 Vytvoření protokolů
Protokol je sada kroků, které jsou prováděny v definovaném pořadí. Software CFX Maestro Dx,
bezpečnostní edice umožňuje nastavení následujících kroků. Kontrola teploty bloku a víka, udržování
teplotního rozdílu bloku, odečet fluorescence destičky a analýza křivky tání. Každá varianta je definována
pro různé typy destiček a cyklů.
CFX Maestro Dx SE poskytuje dvě možnosti pro vytváření protokolů: Protocol Editor (Editor protokolu)
a Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu).
Funkce nástroje Protocol Editor (Editor protokolu) zahrnují následující:nstandardní ovládací prvky pro rychlé vytváření protokolů,nschopnost rychle vypočítat gradient pro vybraný počet řádků,nschopnost rychle vypočítat dobu běhu pro vybraný typ destičky,nschopnost upravovat kroky protokolu,nschopnost ukládat protokoly pro opětovné použití,nschopnost vytisknout protokol na výchozí tiskárně.

Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu) automaticky generuje přizpůsobený protokol PCRs kroky horkého startu, počáteční denaturace, nasedání primerů a extense na základě zadaných
parametrů. Následně je možné zobrazit grafické znázornění návrhu protokolu a tento protokol upravit,
spustit nebo uložit.

Uživatelská příručka | 97

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Parametry a rozsahy pro jednotlivé kroky protokolu
Tabulka 7 uvádí informace, podle kterých upravte výchozí nastavení kroků ve vašem protokolu.

Teplotní kroky
Cílová teplota je hodnota v rozsahu od 4,0 do 100,0 °C, nastavitelná v desetinách stupně. Systém navýší
teplotu na tuto hodnotu a udržuje ji po stanovenou dobu (doba prodlevy).

Kroky gradientu
Rozsah gradientu je rozdíl mezi dolní a horní teplotou v kroku gradientu. Maximální povolený rozsah je
24 °C. Dolní teplota je hodnota mezi 30,0 a 99,0 °C, nastavitelná v desetinách stupně. Maximální horní
teplota je 100 °C. Termocykler navýší teplotu na cílový teplotní gradient napříč celým blokem a udržuje
tuto teplotu po stanovenou dobu prodlevy.
Důležité: Přístroj vypočítá hodnotu gradientu. Pokud zadáte hodnotu do horního a dolního polekalkulačky výpočtu gradientu, software pak automaticky vypočítá a přiřadí teploty zbývajícím polím.
Zadáte-li teplotu do některého pole mezi horním a dolním polem, přístroj automaticky dopočítázbývající pole. Nelze ručně zadat hodnotu teploty do každého pole.
Tabulka 7. Parametry a rozsahy pro jednotlivé kroky protokolu

Parametr

RozsahPopis

Ramp rate (Rychlost

n Pro systémy CFX Opus 96 Dx:

Dává termocykleru pokyn, aby v danémohřevu/ochlazování)0,1–5 °C za sekundu
n Pro systémy CFX Opus 384
Dx:kroku dosáhl cílové teploty stanovenou
rychlostí ohřevu/ochlazování.
K dispozici pouze pro teplotní kroky.

0,1–2,5 °C za sekundu
n Pro systémy CFX Opus
Deepwell Dx:
0,1–2,5 °C za sekundu
Increment (Přírůstek)Číslo od –10,0 do 10,0 ° C za

Dává termocykleru pokyn, aby s každým

cyklus na desetiny stupně

cyklem změnil cílovou teplotu kroku, kde
kladné číslo znamená zvýšení teploty azáporné číslo její snížení.
K dispozici pouze pro teplotní kroky.

98 | Software CFX Maestro Dx SE

Parametry a rozsahy pro jednotlivé kroky protokolu

Tabulka 7. Parametry a rozsahy pro jednotlivé kroky protokolu, pokračováníParametr

RozsahPopis

Extend (Prodloužení)

Doba v rozsahu od –60 do 60

Dává termocykleru pokyn, aby s každým

sekund na cyklus

cyklem prodloužil dobu prodlevy. Kladnéčíslo zvyšuje dobu prodlevy a záporné jizkracuje.
K dispozici pro kroky teploty i gradientu.

Zvuková signalizace(Žádné parametry)(pípnutí)Dává termocykleru pokyn, aby pípnutím
signalizoval, že termocykler dosáhl
cílové teploty pro daný krok.
K dispozici pouze pro teplotní kroky.

Plate Read (Čtení
destičky)(Žádné parametry)

Dává termocykleru pokyn, aby do
vybraného kroku přidal čtení destičky.
K dispozici pro kroky teploty i gradientu.

Uživatelská příručka | 99

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Okno Protocol Editor (Editor protokolu)
Pomocí nástroje Protocol Editor (Editor protokolu) můžete vytvářet, otevírat, kontrolovat a upravovat
protokoly. Ve výchozím nastavení se nástroj Protocol Editor (Editor protokolu) otevře s obecným
protokolem pro destičku s 96 jamkami pro detekci v reálném čase ve dvou krocích.

LEGENDA
1.

Panel nabídek poskytuje rychlý přístup k příkazům nabídek File (Soubor), Settings (Nastavení)a Tools (Nástroje).

2.

Panel nástrojů umožňuje rychlý přístup k uložení a tisku protokolu, k vložení kroku, stanovení
objemu vzorku a zobrazení předpokládané doby trvání cyklu protokolu.

3.

Hlavní podokno obsahuje grafické zobrazení protokolu.

4.

V dolním podokně je přehled protokolu.

5.

V levém podokně jsou ovládací prvky protokolu, které můžete přidávat, abyste protokolpřizpůsobili svým potřebám.

Příkazy nabídky File (Soubor)
Save (Uložit) – uloží aktuální protokol.

100 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Protocol Editor (Editor protokolu)

Save As (Uložit jako) – uloží aktuální protokol s novým názvem nebo do nového umístění.
File Passwords (Hesla souborů) – umožňuje uživatelům nastavit hesla pro ukládání souborů a otevření
souborů.
Tip: Další informace najdete v části Soubory chráněné heslem na straně 50.
Close (Zavřít) – zavře nástroj Protocol Editor (Editor protokolu).

Příkaz karty Settings (Nastavení)
Lid Settings (Nastavení víka) – otevře dialogové okno Lid Setting (Nastavení víka), ve kterém můžete
měnit nebo nastavovat teplotu víka.

Příkazy nabídky Tools (Nástroje)
Gradient Calculator (Kalkulačka gradientu) – otevře dialogové okno, ze kterého můžete vybrat typ
bloku pro krok gradientu. Výchozí hodnota je 96 jamek.
Run time Calculator (Kalkulačka doby trvání běhu) – otevře dialogové okno, ze kterého můžete
vybrat typ destičky a režim skenování, abyste mohli vypočítat odhadovaný čas trvání běhu v okně Run
Setup (Nastavení běhu). Výchozí hodnota je 96 jamek, všechny kanály.

Příkazy panelu nástrojů
– uloží soubor aktuálního protokolu.

– vytiskne vybrané okno.

– pomocí tohoto příkazu vyberte, kam mají být vloženy kroky vzhledem
k aktuálně vybranému kroku.

– pomocí tohoto příkazu zadáte objem vzorku v µl. Objemy vzorků se lišív závislosti na typu bloku:n

Pro 96jamkový blok je rozsah 0–50 µl.

n

Pro 384jamkový blok je rozsah 0–30 µl.

n

Pro 96jamkový, hluboký blok je rozsah 0–125 µl.

Uživatelská příručka | 101

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

– zobrazí odhadovanou dobu běhu podle jednotlivých kroků protokolu, rychlostiohřevu a typu vybraného bloku.

– zobrazí nápovědu k protokolům.

Ovládací prvky pro úpravu protokolu
Levé podokno okna Protocol Editor (Editor protokolu) nabízí ovládací prvky pro vytváření protokolů.
Každý prvek je tvořen sadou parametrů, které představují kroky protokolu. Každý parametr můžete
upravit nebo je přidávat či odstraňovat tak, abyste protokol přizpůsobili svým potřebám. Tato kapitola
popisuje možnosti těchto ovládacích prvků.
nInsert Step (Vložit krok) – vloží krok před nebo za vybraný krok.
Teplotu a dobu prodlevy můžete upravit v grafickém znázornění
protokolu nebo v přehledu protokolu.

nInsert Gradient (Vložit gradient) – vloží krok gradient podle typu bloku
vybraného v kalkulačce gradientu. Rozsah gradientu můžete upravovat
na panelu Gradient, který se otevře po vložení kroku Gradient.

nInsert GOTO (Vložit GOTO) – vloží krok cyklování (smyčky), podle
kterého software opakuje konkrétní kroky v sekvenci po stanovený početcyklů. Opakování začne po dokončení prvního cyklu. Můžete například
nastavit software, aby provedl 39 opakování kroků 2–4. Po posledním
opakování provede software kroky 2–4 celkem 40krát. Krok návratu(GOTO) a počet cyklů můžete upravit v grafickém znázornění protokolu nebo v přehledu protokolu.
nInsert Melt Curve (Vložit křivku tání) – vloží krok čtení křivky tání.

nInsert Plate Read to Step (Vložit čtení destičky do kroku) – přidá povel pro čtení destičky do
vybraného kroku. Při čtení destičky se změří množství fluorescence na konci cyklu. Krok čtení
destičky je obecně posledním krokem smyčky GOTO.
Tip: Po přidání povelu pro čtení destičky do kroku se tlačítko změní na Remove Plate Read
(Odstranit čtení destičky), když tento krok vyberete.

nRemove Plate Read (Odstranit čtení destičky) – odstraní povel pro čtení destičky z vybraného
kroku.
Tip: Po odstranění povelu pro čtení destičky z kroku se tlačítko změní na Add Plate Read to
Step (Přidat čtení destičky do kroku), když tento krok vyberete.

102 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Protocol Editor (Editor protokolu)nStep Options (Možnosti kroku) – otevře dialogové okno Step Options (Možnosti kroku) a zobrazí
dostupné možnosti pro vybraný krok. Podrobné informace o možnostech kroku jsou uvedeny v části
Možnosti kroku na straně 104.
Tip: Do nabídky Step Options (Možnosti kroku) se rovněž dostanete kliknutím pravým tlačítkem
myši na krok v grafickém zobrazení.

nDelete Step (Vymazat krok) – vymaže vybraný krok z protokolu.

Uživatelská příručka | 103

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Možnosti krokuOtevřete dialogové okno Step Options (Možnosti kroku), zobrazí se vám možnosti, které můžete přidat,změnit nebo odstranit z kroku.

nPlate Read (Číst destičku) – je-li toto políčko zaškrtnuto, přidá se do kroku čtení destičky.

nTemperature (Teplota) – stanoví cílovou teplotu pro vybraný krok.

nGradient – stanoví rozsah gradientu pro krok; rozsah je 1–24 °C.
Poznámka: Gradient pracuje s nejnižší teplotou na přední straně bloku (na tomto obrázku řádek
H) a nejvyšší teplotou na zadní straně bloku (na tomto obrázku řádek A).

n

Increment (Přírůstek) – hodnota zvýšení (nebo snížení) teploty vybraného kroku; tato hodnota jev každém cyklu přidána k cílové teplotě. Rozsah je ±0,1–10 °C.
Poznámka: Pro snížení teploty zadejte před číselnou hodnotu záporné znaménko (–) (například
−5 °C).

nRamp Rate (Rychlost ohřevu/ochlazování) – rychlost ohřevu/ochlazování pro vybraný krok;
rozsah závisí na typu bloku.

nTime (Doba) – doba trvání pro vybraný krok.

104 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Protocol Editor (Editor protokolu)nExtend (Prodloužení) – doba, o kterou se vybraný krok prodlouží nebo zkrátí (v sekundách); tatomožnost je v každém cyklu přidána k době trvání; rozsah je 1–60 s.

nBeep (Pípnutí) - je-li vybráno, během kroku zazní pípnutí.
Tip: Pokud zadáte číslo mimo rozsah možnosti, software tuto hodnotu změní na nejbližší údajv daném rozsahu.

Uživatelská příručka | 105

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Vytvoření protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor
protokolu)
Pomocí nástroje Protocol Editor (Editor protokolu) můžete vytvářet vlastní soubory protokolu. Současně
můžete upravovat a ukládat již uložené soubory protokolů nebo vzorové soubory protokolů dodané sesoftwarem CFX Maestro Dx SE.
Abyste vytvořili nový soubor protokolu, postupujte následovně:nOtevřete soubor protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor protokolu).
Tip: V nástroji Protocol Editor (Editor protokolu) můžete otevřít nový nebo existující protokol.

nNastavte nový protokol.

nPřidejte do protokolu kroky z podokna s ovládacími prvky pro protokoly.

nUpravte vlastnosti kroků.

nUložte protokol.

Tip: Informace o tvorbě nového protokolu z již uloženého vzorového souboru protokolu jsou uvedenyv části Otevření existujícího souboru protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor protokolu) na straně
108.

Otevření nového souboru protokolu v nástroji Protocol Editor(Editor protokolu)
CFX Maestro Dx SE nabízí více možností otevření nového souboru protokolu:nZ nabídky File (Soubor) v okně Home (Domů)n

V dialogovém okně Run Setup (Spustit nastavení) v okně Home (Domů)n

V dialogovém okně Startup Wizard (Průvodce spuštěním) v okně Home (Domů)Jak otevřít nový soubor protokolu z nabídky Home (Domů)u

V okně Home (Domů) vyberte položky File > New > Protocol (Soubor > Nový > Protokol).
Otevře se okno Protocol Editor (Editor protokolu), které zobrazí výchozí soubor protokolu.
Tip: Informace o nastavení výchozího souboru protokolu jsou uvedeny v části Změna výchozího
nastavení souboru na straně 83.

106 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor protokolu)

Jak otevřít nový protokol z dialogového okna Run Setup (Nastavení běhu)1.

V okně Home (Domů) postupujte následovně, abyste otevřeli dialogové okno Run Setup (Nastaveníběhu):n

Vyberte možnost Run > User-defined Run (Běh > Běh definovaný uživatelem).

n

Na panelu nástrojů klikněte na možnost User-defined Run Setup (Nastavení běhu definovanéhouživatelem).

Otevře se dialogové okno Run Setup (Nastavení běhu) na kartě Protocol (Protokol) a zobrazí sevýchozí soubor protokolu.
2.

Klikněte na Create New (Vytvořit nový).
Otevře se okno Protocol Editor (Editor protokolu), které zobrazí výchozí protokol v reálném čase.

Otevření nového souboru protokolu z nástroje Startup Wizard (Průvodce spuštěním)1.

V okně Home (Domů) postupujte následovně, abyste otevřeli nástroj Startup Wizard (Průvodce
spuštěním), pokud ještě není otevřen:n

Vyberte možnost View > Startup Wizard (Zobrazit > Průvodce spuštěním).

n

Na panelu nástrojů klikněte na Startup Wizard (Průvodce spuštěním).

2.

V případě potřeby vyberte typ přístroje z rozevíracího seznamu.

3.

Jako typ běhu vyberte kliknutím položku User-defined (Definovaný uživatelem).
Otevře se dialogové okno Run Setup (Nastavení běhu), na kartě Protocol (Protokol) a zobrazívýchozí soubor protokolu.

4.

Klikněte na Create New (Vytvořit nový).
Otevře se okno Protocol Editor (Editor protokolu), které zobrazí výchozí protokol v reálném čase.

Chcete-li otevřít nový protokol z nabídky Run (Spustit)1.

V okně Home (Domů) postupujte následovně, abyste otevřeli dialogové okno Run Setup (Nastaveníběhu):n

Vyberte možnost Run > User-defined Run (Běh > Běh definovaný uživatelem).

n

Na panelu nástrojů klikněte na možnost User-defined Run Setup (Nastavení běhu definovanéhouživatelem).

Otevře se dialogové okno Run Setup (Nastavení běhu) na kartě Protocol (Protokol) a zobrazí sevýchozí soubor protokolu.
2.

Klikněte na Create New (Vytvořit nový).

Uživatelská příručka | 107

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Otevře se okno Protocol Editor (Editor protokolu), které zobrazí výchozí protokol v reálném čase.

Otevření existujícího souboru protokolu v nástroji Protocol Editor(Editor protokolu)
CFX Maestro Dx SE nabízí vzorové protokoly, které můžete upravovat a ukládat jako vlastní nové
protokoly. Můžete také vytvořit nový protokol z existujícího vlastního protokolu.

Otevření souboru se vzorovým protokolem
1.

V okně Home (Domů) vyberte položky File > Open > Protocol (Soubor > Otevřít > Protokol).
Ve výchozím nastavení Průzkumník Windows otevře složku Sample files (Soubory vzorků).
CFX Maestro Dx SE.

2.

Otevřete složku Sample files (Soubory vzorků). Zobrazí se následující složky:nConventionalProtocols (Běžné protokoly) – obsahuje příklady souborů protokolu pro
konvenční analýzu PCR.

n

DataFiles (Datové soubory) – obsahuje příklady datových souborů, které můžete použít
k prozkoumání funkcí CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration (Kalibrace táni) – obsahuje ukázkové soubory protokolů pro použití
s programem Bio-Rad pro Precision Melt Analysis (Přesnou analýzu tání).

nPlates (Destičky) – obsahuje vzorové templáty.

n

RealTimeProtocols (Protokoly v reálném čase) – obsahuje příklady souborů protokolu proanalýzu PCR v reálném čase.

3.

Otevřete složku protokolu pro typ běhu, který chcete provést, buď ConventionalProtocols (Běžné
protokoly), anebo RealTimeProtocols (Protokoly v reálném čase).

4.

Vyberte požadovaný protokol a klikněte na tlačítko Open (Otevřít).
Soubor se vzorovým protokolem se otevře v okně Protocol Editor (Editor protokolu).

5.

Vyberte položky File > Save As (Soubor > Uložit jako) a uložte protokol s novým názvem nebo do
nové složky.

Otevření existujícího protokolu
1.

V okně Home (Domů) postupujte následovně:n

Vyberte položky File > Open > Protocol (Soubor > Otevřít > Protokol), přejděte na cílový soubor,vyberte ho a klikněte na položku Open (Otevřít).

nOtevřete Startup Wizard (Průvodce spuštěním) a postupujte následovně:108 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor protokolu)oChcete-li zobrazený protokol upravit, klikněte na tlačítko Edit Selected (Upravit vybraný).

o

Chcete-li upravit jiný existující protokol, klikněte na tlačítko Select Existing (Vybrat existující)a přejděte na cílový soubor.

Protokol se otevře v okně Protocol Editor (Editor protokolu).
2.

Vyberte položky File > Save As (Soubor > Uložit jako) a uložte protokol s novým názvem nebo do
nové složky.

Nastavení nového protokolu
Tip: Pokud váš soubor protokolu obsahuje požadované parametry (například, pokud upravujete
existující soubor destičky), můžete tuto část přeskočit. Přejděte na Přidání kroků do protokolu na
straně 111.
Nové soubory protokolu vyžadují následující parametry:n

typ bloku,nrežim skenování pro zvolený typ bloku,n

Lid temperature (Teplota víka).

nobjem vzorku.

Uživatelská příručka | 109

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Nastavení typu bloku
CFX Maestro Dx SE automaticky vypočítává teplotní přírůstky pro kroky gradientu podle typu bloku.
Poznámka: Typ destičky nastavený v editoru Protocol Editor (Editor protokolu) musí být stejný jako
destička v reakčním modulu.

Nastavení typu blokuu

V okně Protocol Editor (Editor protokolu) vyberte Tools > Gradient Calculator (Nástroje > Kalkulačka
gradientu) a v rozevíracím seznamu, který se objeví, vyberte příslušný typ destičky.

Výběr režimu skenování pro zvolený typ bloku
Abyste určili délku trvání běhu pro zvolený protokol, vyberte typ cílového bloku a režim skenování.

Výběr skenovacího módu pro daný typ blokuu

V okně Protocol Editor (Editor protokolu) vyberte položky Tools > Run time Calculator (Nástroje >Kalkulačka doby běhu) a v otevřeném rozevíracím seznamu zvolte vhodný typ destičky a režim
skenování.

Nastavení teploty víka
Software CFX Maestro Dx SE nastaví výchozí teplotu víka následujícím způsobem:n96jamkové přístroje a přístroje s hlubokými jamkami – 105,0 °Cn384jamkové přístroje – 95,0 °C

Pokud to protokol vyžaduje, můžete změnit výchozí nastavení nebo vypnout ohřev víka.

Nastavení teploty víka1.

V okně Plate Editor (Editor destiček) vyberte Settings > Lid Settings (Nastavení > Nastavení víka).
Zobrazí se dialogové okno Lid Settings (Nastavení víka).

2.

3.

Postupujte následovně:n

Vyberte User Defined (Uživatelsky definovaná) a do textového pole zadejte hodnotu teploty.

nVyberte Turn Off Lid Heater (Vypnout ohřev víka).

Dotykem na tlačítko OK změny potvrďte a zavřete dialogové okno.

110 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor protokolu)

Nastavení objemu vzorku
Standardně nastavuje CFX Maestro Dx SE objem vzorku pro každou jamku na 25 μl. Objemy vzorků se
liší v závislosti na typu bloku, například:n

0–50 µl pro 96jamkový blokn

0–30 µl pro 384jamkový blokPřístroj používá jeden ze dvou režimů regulace teploty, aby určil, kdy vzorek dosáhne cílové teploty
v protokolu:nCalculated mode (Vypočítaný režim) – když je objem vzorku nastaven na nenulový objem
odpovídající bloku, přístroj vypočítá teplotu vzorku na základě objemu vzorku. Toto je výchozí režim.

nBlock mode (Režim bloku) – když je objem vzorku nastaven na nulu (0) μl, přístroj zaznamená
teplotu vzorku jako naměřenou teplotu bloku.

Nastavení objemu vzorku pro konkrétní bloku

V okně Plate Editor (Editor destiček) zadejte správnou hodnotu na panelu nástrojů do textového pole
Sample Volume (Objem vzorku).

Tip: Výchozí objem vzorku můžete změnit v dialogovém okně User Preferences (Uživatelsképředvolby). Více informací naleznete v části Změna výchozího nastavení souboru na straně 83.

Přidání kroků do protokolu
Jak přidat krok do protokolu
1.

Otevřete protokol v okně Protocol Editor (Editor protokolu).

2.

Určete, kam chcete nový krok vložit. Na panelu nástrojů vyberte v rozevíracím seznamu Step (Krok)možnost Before (Před) nebo After (Za).

3.

V grafu vyberte krok, před kterým nebo za který chcete vložit nový krok.

4.

V levém podokně klikněte na položku Insert Step (Vložit krok).

5.

Chcete-li změnit teplotu nebo dobu prodlevy, klikněte na výchozí hodnotu v grafu nebo v přehledu
protokolu a zadejte novou hodnotu.

6.

(Volitelné) V levém podokně klikněte na Step Options (Možnosti kroku), otevře se dialogové okno
Step Options (Možnosti kroku), ve kterém můžete upravovat dostupné možnosti pro vybraný krok.
Tip: Dialogové okno Step Options (Možnosti kroku) můžete otevřít přes nabídku po kliknutípravým tlačítkem myši na podokno grafu nebo podokno přehledu protokolu.

7.

Abyste uložili změny v protokolu, klikněte na OK a následně na Yes (Ano).

Uživatelská příručka | 111

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Otevře se dialogové okno Save As (Uložit jako).
8.

V dialogovém okně Save As (Uložit jako) zadejte název nového souboru protokolu a klikněte napoložku Save (Uložit).

Vložení kroku gradientu
Jak vložit krok gradientu
1.

Ujistěte se, že velikost destičky pro gradient je stejná jako typ bloku přístroje, 96 jamek, 384 jamek
nebo hluboké jamky.

2.

Pokud jste tak doposud neučinili, vyberte velikost destičky pro gradient:
Vyberte položku Tools > Gradient Calculator (Nástroje > Kalkulačka gradientu) a zvolte v rozevíracím
seznamu odpovídající typ destičky.

3.

Na panelu nástrojů vyberte v rozevíracím seznamu Insert Step (Vložit krok) možnost Before (Před)nebo After (Za).

4.

V grafu nebo na přehledovém panelu vyberte krok, před kterým nebo za který chcete vložit krok
gradientu.

5.

Na levém panelu klikněte na Insert Gradient (Vložit gradient). Nový krok gradientu bude v grafu
a v přehledovém podokně zvýrazněn, například:

112 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor protokolu)

Teplota každého řádku v gradientu se objeví v tabulce Gradient v pravém podokně.
6.

Při úpravě rozsahu teploty gradientu postupujte následovně:n

Klikněte na výchozí teplotu v grafu nebo v přehledovém podokně a zadejte novou teplotu.

nKlikněte na Step Options (Možnosti kroku) pro zadání rozsahu gradientu v okně Step Options(Možnosti kroku).

nZměňte hodnotu Range (Rozsah) v tabulce Gradient.

7.

Chcete-li upravit délku kroku, klikněte v grafickém nebo textovém zobrazení na výchozí dobu
a zadejte novou hodnotu.

8.

Kliknutím na OK a poté na Yes (Ano) změny uložíte.

Vložení kroku GOTO
Poznámka: Krok GOTO nelze vložit do souboru GOTO; nelze vytvořit vnořené smyčky GOTO.

Jak vložit krok GOTO
1.

Na panelu nástrojů vyberte v rozevíracím seznamu Insert Step (Vložit krok) možnost Before (Před)nebo After (Za).

2.

V grafu vyberte krok, před kterým nebo za který chcete vložit krok GOTO.

3.

V levém podokně klikněte na Insert GOTO (Vložit GOTO).

4.

Chcete-li změnit počet kroků GOTO nebo opakování GOTO, vyberte v grafu nebo na přehledovém
panelu výchozí hodnotu a zadejte novou hodnotu.

5.

Kliknutím na OK a poté na Yes (Ano) změny uložíte.

Vložení kroku Křivka tání
Tip: Není možné vložit krok Křivka tání dovnitř smyčky GOTO.
Poznámka: Krok křivka tání obsahuje na začátku 30s prodlevu, která není v protokolu zobrazena.

Jak vložit krok Křivka tání1.

Na panelu nástrojů vyberte v rozevíracím seznamu Insert Step (Vložit krok) možnost Before (Před)nebo After (Za).

2.

V grafu vyberte krok, před který nebo za který chcete vložit krok Křivka tání.

Uživatelská příručka | 113

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

3.

Na levém panelu klikněte na Insert Melt Curve (Vložit křivku tání). Nový krok Křivka tání bude v grafu
a v přehledovém podokně zvýrazněn, například:

4.

Chcete-li upravit rozsah teploty tání nebo délku kroku, vyberte v grafu nebo v přehledovém podokně
výchozí hodnotu a zadejte novou hodnotu.

5.

Kliknutím na OK a poté na Yes (Ano) změny uložíte.

114 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření protokolu v nástroji Protocol Editor (Editor protokolu)Přidání nebo odstranění kroku Čtení destičky
Tip: Po přidání povelu pro čtení destičky do kroku se tlačítko změní na Remove Plate Read
(Odstranit čtení destičky), když tento krok vyberete.

Jak přidat čtení destičky do kroku
1.

Na panelu nástrojů vyberte v rozevíracím seznamu Insert Step (Vložit krok) možnost Before (Před)nebo After (Za).

2.

V grafu vyberte krok, před který nebo za který chcete vložit krok čtení destičky.

3.

Chcete-li přidat čtení destičky do vybraného kroku, klikněte v levém podokně na možnost Add Plate
Read to Step (Přidat čtení destičky do kroku).

4.

Kliknutím na OK a poté na Yes (Ano) změny uložíte.

Jak odstranit čtení destičky z krokuu

V grafu vyberte krok, jenž obsahuje čtení destičky, a v levém podokně klikněte na položku Remove
Plate Read (Odstranit čtení destičky).

Změna nastavení krokuZměna nastavení kroku pro vybraný krok
1.

V grafu nebo na přehledovém panelu vyberte cílový krok.

2.

V levém podokně klikněte na položku Step Options (Možnosti kroku). Otevře se dialogové okno Step
Options (Možnosti kroku).
Případně klikněte pravým tlačítkem myši na cílový krok v libovolném podokně a v zobrazené nabídce
vyberte položku Step Options (Možnosti kroku).

3.

Přidání, úprava nebo odstranění možností:n

Do příslušného textového pole zadejte hodnotu.

nUpravte hodnotu v konkrétním textovém poli.

nOznačte nebo odznačte zaškrtávací políčko.

4.

Kliknutím na tlačítko OK uložíte změny a zavřete dialogové okno Step Options (Možnosti kroku).

5.

Klepnutím na OK a poté na Yes (Ano) protokol uložíte.

Uživatelská příručka | 115

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Odstranění krokuDůležité: Tuto funkci nelze vrátit zpět. Při odstraňování kroků buďte opatrní.

Odstranění kroku v protokolu
1.

V grafu nebo na přehledovém panelu vyberte krok.

2.

Chcete-li odstranit vybraný krok, klikněte na levém panelu na možnost Delete Step (Odstranit krok).

3.

Klepnutím na OK a poté na Yes (Ano) protokol uložíte.

Kopírování, export nebo tisk protokolu
Jak kopírovat protokoluKlikněte pravým tlačítkem myši na přehled protokolu a vyberte možnost Copy Protocol (Kopírovat
protokol).
Přehled můžete vložit do souboru .txt, .xls, .doc nebo .ppt.

Jak exportovat protokol
1.

Klikněte pravým tlačítkem myši na přehled protokolu a vyberte možnost Export Protocol (Exportovat
protokol).
Otevře se dialogové okno Save As (Uložit jako).

2.

(Volitelné) V Průzkumníkovi Windows přejděte do složky, do které chcete soubor protokolu uložit.

3.

Do pole File name (Název souboru) zadejte název exportovaného souboru protokolu.

4.

Klikněte na Save (Uložit).

Jak vytisknout protokoluKlikněte pravým tlačítkem myši na přehled protokolu a vyberte možnost Print (Tisk).
Na své výchozí tiskárně můžete vytisknout přehled protokolu.

116 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření protokolu pomocí nástroje Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu)

Vytvoření protokolu pomocí nástroje Protocol AutoWriter(Automatický generátor protokolu)Důležité: Společnost Bio-Rad neručí za to, že použití protokolu vytvořeného pomocí nástroje
Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu) vždy povede k očekávanému produktu PCR.
Nástroj softwaru CFX Maestro Dx SE Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu) automaticky
vytváří protokoly cyklů na základě následujících vstupních parametrů:n

Amplicon length (Délka amplikonu) – předpokládaná délka produktu PCRnAnnealing temperature (Teplota nasedání primerů) – reakční Ta pro použité primery
Pokud je Ta neznámá, můžete pro její automatický výpočet na základě sekvencí primerů použít
nástroj Ta Calculator (Kalkulačka Ta).
Poznámka: Hodnota Ta je upravena na základě informací o teplotě tání primeru (Tm), která
vychází z vybraného enzymu a rychlosti protokolu.

nEnzyme type (Typ enzymu) – enzym polymeráza DNA (polymeráza iTaq, iProof DNA, nebo Other(Jiné))
Pokud použijete jiný enzym než iTaq nebo iProof DNA, můžete zadat další informace, včetně
rozsahu gradientu, doby pro hot-start aktivace (s) a doby závěrečné extense (s).

nRun speed (Rychlost běhu) – rychlost reakce (standardní, rychlá, ultrarychlá)
Nástroj Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu) optimalizuje protokol podle vybraného
nastavení rychlosti. Celková doba běhu je určena počtem kroků a cyklů, dobou inkubace v každém
kroku a dobou dosažení teplotní uniformity při cílové teplotě.

Na základě vámi zadaných parametrů a standardních pokynů PCR nástroj Protocol AutoWriter(Automatický generátor protokolu) automaticky vygeneruje přizpůsobený protokol PCR s kroky hot-startu,
počáteční denaturace, nasedání primerů a extense. Následně můžete zobrazit grafické znázornění
návrhu protokolu a tento protokol upravit, spustit nebo uložit.

Uživatelská příručka | 117

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Jak vytvořit nový protokol nástrojem Protocol AutoWriter (Automatický generátor
protokolu) softwaru CFX Maestro Dx SE
1.

V okně Home (Domů) vyberte Tools > Protocol AutoWriter (Nástroje > Automatický generátor
protokolu).
Objeví se dialogové okno Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu).

2.

V části Enter Target Values/Enzyme (Zadat cílové hodnoty/enzym) postupujte následovně:n

Zadejte teplotu hybridizace (Ta) pro primery, pokud ji znáte.
Tip: Více informací naleznete v části Použití nástroje Ta Calculator (Kalkulačka Ta) na
straně 119.
Poznámka: Pro informace o výpočtech použitých nástrojem Ta Calculator (Kalkulačka Ta)
viz Breslauer a kol. 1986.

n

Zadejte délku amplikonu v párech bází (bp).

nVyberte typ enzymu ze seznamu možností (polymeráza iTaq DNA, polymeráza iProof DNA
nebo Other (Jiné)).
Tip: Pokud jako typ enzymu zvolíte Other (Jiné), aktivují se parametry v části Additional
Parameters (Optional) (Další parametry (volitelné)).

118 | Software CFX Maestro Dx SEPoužití nástroje Ta Calculator (Kalkulačka Ta)

3.

Jestliže jste jako typ enzymu vybrali Other (Jiné), můžete do protokolu přidávat následující
parametry:n

Rozsah gradientunAktivační teplota hot-startn

Doba závěrečné extense4.

V části Type (Typ) přesuňte posuvnou lištu pro výběr rychlosti protokolu Standard, Fast (Rychlá),
Ultrafast (Ultrarychlá). CFX Maestro Dx SE upraví celkovou dobu běhu.

5.

Vyberte prováděný typ PCR (výchozí je Real-time PCR (PCR v reálném čase)).
Při použití PCR v reálném čase přidá software CFX Maestro Dx SE krok čtení destičky pro sběrfluorescenčních dat.

6.

V části Preview (Náhled) protokol zkontrolujte. Podle potřeby můžete provádět změny.

7.

Postupujte následovně:n

Kliknutím na OK nový protokol uložíte. Po uložení se protokol otevře v nástroji Startup Wizard(Průvodce spuštěním). Po kliknutí na položku Edit Selected (Editovat vybrané) můžete
v protokolu provádět změny. Můžete například změnit teplotu víka a objem vzorku.

nKliknutím na Cancel (Zrušit) okno zavřete bez uložení protokolu.

Použití nástroje Ta Calculator (Kalkulačka Ta)
Je-li teplota nasedání primeru neznámá, můžete pro výpočet hodnoty použít nástroj Ta Calculator(Kalkulačka Ta). Hodnotu můžete použít k vytvoření protokolu v okně Protocol AutoWriter (Automatický
generátor protokolu) nebo Protocol Editor (Editor protokolu).

O nástroji Ta Calculator (Kalkulačka Ta)
Nástroj Ta Calculator (Kalkulačka Ta) počítá hodnotu Tm pro každý primer a hodnotu Ta pro protokol při
standardní rychlosti.
Hodnota Ta pro protokol vychází z průměrných hodnot Tm primerů s použitím následujících pravidel:nPokud je rozdíl mezi hodnotami Tm primerů >4 °C, pak Ta = (nižší z obou hodnot Tm primerů + 2) –4 °C

nPokud je rozdíl mezi hodnotami Tm ≤ 4 °C, pak Ta = (průměr hodnot Tm primeru) – 4 °CUživatelská příručka | 119

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Metoda počítání párů bází
Pro každý primer používá Ta Calculator (Kalkulačka Ta) metodu počítání párů bází pro sekvence 14 párůbází (bp) nebo méně.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)
kde w, x, y a z jsou počty bází A, T, G, a C v daném pořadí.

Metoda „nejbližších sousedů“Pro sekvence delší než 14 párů bází (bp) se používá metoda nejbližšího souseda. V metodě nejbližších
sousedů jsou výpočty teploty tání založeny na termodynamickém vztahu mezi entropií (pořadí nebo míranáhodnosti oligonukleotidu), entalpií (teplo uvolněné nebo absorbované oligonukleotidem), volnou
energií a teplotou.
∆H = ∆G + T* ∆S
kde:n∆H = hodnota entalpie, cal/mol*Kn

T = teplota, Kelvinn∆S = hodnota entropie, cal/mol*Kn∆G = Gibbsova volná energie v cal/mol*KZměna entropie a entalpie se vypočítá přímo součtem hodnot pro nukleotidové páry uvedené v Tabulka 8(Breslauer et al. 1986).
Vztah mezi volnou energií a koncentrací reaktantů a produktů v rovnováze je dán vztahem:∆G = R*T*ln ((DNA * Primer)/(DNA + Primer))
kde R je plynová konstanta (1,986 cal/mol*K).
Nahrazení G ve dvou rovnicích a řešení pro T dává
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNA * Primer)/(DNA + Primer)))za předpokladu, že koncentrace komplexu DNA a DNA-primeru je stejná.
Empiricky bylo stanoveno, že během přechodu z jednovláknové DNA na B-formu existuje 5 kcal volnéenergie (3,4 kcal) (Sugimoto et al. 1996). To je pravděpodobně spirálová iniciační energie. Přidání úpravy
pro sůl nakonec dává rovnici, kterou kalkulačka Ta používá:T = (∆H – 5(KCal/K*mol))/(∆S + (R * ln(1/(primer)))) + 16.6 log10 (molarita soli)

120 | Software CFX Maestro Dx SEPoužití nástroje Ta Calculator (Kalkulačka Ta)

Nastavení konstantní hodnoty pro koncentraci soli není třeba vzhledem k tomu, že parametry byly
stanoveny při 1 M NaCl a hodnota log10 z 1 je nula.
Termodynamické výpočty předpokládají, že nasedání primerů probíhá při pH 7,0. Výpočty Tmpředpokládají, že sekvence nejsou symetrické a obsahují alespoň jednu G nebo C.
Oligonukleotidová sekvence by měla být alespoň 14 bází dlouhá, aby poskytla rozumné hodnoty Tm.
Méně než 14 bází používá metody párování základních párů (viz Tabulka 8 níže).
Tabulka 8. Breslauerovy interakční konstanty

Interakce

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

Uživatelská příručka | 121

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

Použití nástroje Ta Calculator (Kalkulačka Ta)
Jak používat nástroj Ta Calculator (Kalkulačka Ta)
1.

Abyste otevřeli nástroj Ta Calculator (Kalkulačka Ta), postupujte následovně:n

Pokud se aktuálně nacházíte v nástroji Protocol AutoWriter (Automatický generátor protokolu),
klikněte na T a Calculator (Kalkulačka Ta).

nV okně Home (Domů) vyberte položky Tools (Nástroje) > Ta Calculator (Kalkulačka Ta).

Otevře se dialogové okno Ta Calculator (Kalkulačka Ta).

2.

Do textového rámečku Forward Primer (Přední primer) zadejte nebo vložte sekvenci předního
primeru.
Tip: Pro zadání sekvence můžete rovněž využít tlačítka A, T, G, C na levé straně dialogového
okna.

3.

Do textového rámečku Reverse Primer (Zadní primer) zadejte nebo vložte sekvenci zadního primeru.

4.

Klikněte na Calculate (Vypočítat).

122 | Software CFX Maestro Dx SEPoužití nástroje Ta Calculator (Kalkulačka Ta)

Nástroj Ta Calculator (Kalkulačka T a) vypočítá a zobrazí Tm pro každý primer a průměrné hodnoty
Tm a Ta , například:

Pokud jsou hodnoty Tm primerů více než 4 °C od sebe, použije nástroj Protocol AutoWriter(Automatický generátor protokolu) nižší hodnotu Tm primerů + 2 °C jako základ pro výpočet hodnoty
Ta, kterou můžete dále upravit změnou enzymu a rychlosti reakce.
Nástroj Ta Calculator (Kalkulačka Ta) vygeneruje teplotu nasedání primerů pro standardní rychlosts polymerázou iTaq DNA. Při použití jiného enzymu nastavení rychlosti automaticky upraví hodnotu
T a.
5.

Postupujte následovně:n

Pokud jste nástroj Ta Calculator (Kalkulačka Ta) otevřeli z nástroje Protocol AutoWriter(Automatický generátor protokolu), klikněte na OK. Vrátíte se do nástroje Protocol AutoWriter(Automatický generátor protokolu). Teplota nasedání primerů se automaticky upraví.

nPokud jste nástroj Ta Calculator (Kalkulačka Ta) otevřeli z nabídky Tools (Nástroje),zaznamenejte si výpočty a klikněte na možnost Cancel (Zrušit). Kalkulačka se zavře.

Uživatelská příručka | 123

Kapitola 7 Vytvoření protokolů

124 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 8 Příprava destiček
Soubor destičky obsahuje informace o parametrech běhu, jako je režim skenování, fluorofory a obsah
jamky. Po běhu Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice propojí obsah jamky s fluorescenčními
daty shromážděnými během experimentu a v okně Data Analysis (Analýza dat) zobrazí průběh příslušnéanalýzy. Např. pro vytvoření standardní křivky jsou využity jamky obsahující vzorky standardu.
CFX Maestro Dx SE poskytuje dvě možnosti pro přípravu destiček: Spustí se Plate Editor (Editor
destiček) pro PCR v reálném čase a Setup Wizard (Průvodce nastavením) pro analýzu normalizované
genové exprese.
Plate Editor (Editor destiček) obsahuje následující funkce:
nstandardní fluorofory a typy vzorků, které mají být přiřazeny jamkám destiček;nmožnost nastavit referenční produkt a kontrolní vzorek pro analýzu genové exprese;nmožnost upravovat nastavení destičky před spuštěním běhu, v jeho průběhu nebo až po dokončení;nmožnost ukládat soubory destiček pro opakované použití;nmožnost vytisknout soubor destičky na výchozí tiskárnu.

Setup Wizard (Průvodce nastavením) vás provede vytvořením destičky pro analýzu normalizované
genové exprese. Nástroj Setup Wizard (Průvodce nastavením) můžete použít před během, v jehoprůběhu i po něm.

Uživatelská příručka | 125

Kapitola 8 Příprava destiček

Okno Plate Editor (Editor destiček)
Pomocí nástroje Plate Editor (Editor destiček) můžete vytvářet vlastní destičky nebo měnit existující
destičky.

LEGENDA
1.

Panel nabídek poskytuje rychlý přístup k příkazům nabídek File (Soubor) a Settings(Nastavení) i k možnostem nástrojů pro úpravu destiček.

2.

Panel nástrojů poskytuje rychlý přístup k důležitým funkcím zakládání destiček.

3.

Hlavní podokno obsahuje přehled destičky a možnosti pro destičku, které můžete použít.

4.

Pravé podokno obsahuje možnosti, kterými můžete svou destičku přizpůsobit.

5.

Spodní podokno zobrazuje typ destičky a poskytuje rychlý přístup k možnostem zobrazení.

Příkazy nabídky File (Soubor)
Save (Uložit) – uloží datový soubor destičky do umístění stanoveného na kartě File (Soubor)v dialogovém okně User Preferences (Uživatelské předvolby). Více informací naleznete v části Změna
výchozího nastavení souboru na straně 83. Tato položka nabídky je dostupná pouze při vytváření nového
souboru destičky.

126 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Plate Editor (Editor destiček)

Save As (Uložit jako) – uloží otevřený soubor destičky s novým názvem, který zadáte. Tato položka
nabídky je dostupná pouze při vytváření nového souboru destičky.
File Passwords (Hesla souborů) – umožňuje uživatelům nastavit hesla pro ukládání souborů a otevření
souborů.
Extract Plate (Vybrat destičku) – otevře dialogové okno, ve kterém můžete vybrat/uložit soubor
destičky (.pltd). Tato položka nabídky je dostupná pouze při zobrazení nebo úpravách existujícího
souboru destičky.
Print (Tisk) – vytiskne otevřený datový soubor destičky.
Close (Zavřít) – zavře nástroj Plate Editor (Editor destiček).

Příkazy nabídky Edit (Upravit)
Undo (Vrátit zpět) – vrátí zpět změnu souboru destičky, dokud nebude soubor uložen.
Redo (Znovu) – vrátí zpět poslední akci Undo (Zrušit), pokud nebyl soubor destičky uložen.

Příkazy karty Settings (Nastavení)
Plate Size (Velikost destičky) – dialogové okno poskytuje možnosti, ze kterých můžete vybrat velikost
destičky pro daný běh.
Poznámka: Velikost destičky musí být totožná jako velikost bloku na přístroji, na kterém je běh
prováděn.
96jamková se hodí pro:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

384jamková se hodí pro:n

CFX Opus 384Dx

Plate Type (Typ destičky) – umožňuje vybrat typ jamek na destičce, na které jsou uloženy vzorky, buďjako BR White (BR bílá), nebo BR Clear (BR čirá). Pro přesnou analýzu dat musí být zvolený typ destičky
shodný s typem destičky použitým v běhu.
Poznámka: Je nutné provést kalibraci nových typů destiček. Více informací je uvedeno v části
Kalibrace nových barviv na straně 75.
Number Convention (Konvence čísel) – umožňuje vybrat nebo zrušit výběr možností zobrazení
jednotek ve formátu vědeckého zápisu. Výchozí nastavení je zobrazení jednotek ve formátu vědeckého
zápisu.

Uživatelská příručka | 127

Kapitola 8 Příprava destiček

Units (Jednotky) – umožňuje vybrat jednotky, které se mají zobrazovat v tabulkách při kvantifikaci
neznámých hodnot oproti standardní křivce.

Úprava příkazů nabídky Tools (Nástroje)
Setup Wizard (Průvodce nastavením) – otevře nástroj Setup Wizard (Průvodce nastavením), ve
kterém můžete definovat parametry rozložení a analýzy pro aktuální destičku. Nástroj Setup Wizard(Průvodce nastavením) můžete použít před spuštěním běhu, během něj i po jeho dokončení.
Spreadsheet View/Importer (Zobrazení/import tabulky)– otevře dialogové okno View (Zobrazit), které
ukazuje nastavení destičky jako šablonu ve formátu tabulky. V tomto dialogovém okně můžete exportovat
nebo importovat data o šabloně destičky ve formátu .csv.
Flip Plate (Otočit destičku) – otočí obsah destičky o 180o.

Příkazy panelu nástrojů
Vrátí změnu destičky. CFX Maestro Dx SE podporuje až deset akcí zpětObrátí poslední akci Undo (Vrátit zpět). CFX Maestro Dx SE podporuje až
deset opakovaných akcí.
Uloží aktuální soubor destičky.

Zobrazí rozevírací seznam, ze kterého můžete zvýšit nebo snížit zvětšenínáhledu destičky.
Zobrazí rozevírací seznam, ze kterého můžete vybrat režim skenování,jenž přístroji řekne, ze kterých kanálů má v průběhu experimentu sbírat
fluorescenční data.
Otevře nástroj Well Groups Manager (Správce skupin jamek), ve kterémmůžete vytvářet skupiny jamek pro aktuální destičku.
Zobrazí dialogové okno, ve kterém můžete zvolit barvy a symboly pro
amplifikační křivky.
Otevře dialogové okno View (Zobrazit), které ukazuje nastavení destičky
jako šablonu ve formátu tabulky. V tomto dialogovém okně můžete
exportovat nebo importovat data o šabloně destičky ve formátu .csv.
Otevře nástroj Setup Wizard (Průvodce nastavením), ve kterém můžete
definovat parametry rozložení a analýzy pro aktuální destičku. Nástroj
Setup Wizard (Průvodce nastavením) můžete použít před během, v jehoprůběhu i po něm.

128 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Plate Editor (Editor destiček)Otevře kartu Plate (Destička) v dialogovém okně User Preferences(Uživatelské předvolby), na které můžete definovat parametry nastavení
destičky a vytvářet nebo odstraňovat názvy produktů, vzorků
a biologických skupin. Změny, které provedete na kartě Plate (Destička),budou dostupné při příštím otevření nástroje Plate Editor (Editor
destiček).
Zobrazí nezbytné kroky pro přípravu a nastavení destičky a jamek.

Uživatelská příručka | 129

Kapitola 8 Příprava destiček

Vytvoření souboru destičky pomocí Plate Editor (Editor
destiček)Pomocí nástroje Plate Editor (Editor destiček) můžete vytvářet vlastní design destičky. Můžete také
upravovat a ukládat již uložené soubory destiček nebo soubory vzorku, které byly součástí dodávky pro
Systém CFX Opus Dx.
Abyste vytvořili nový soubor destičky, postupujte následovně:nOtevřete soubor destičky v nástroji Plate Editor (Editor destiček).

n

Vyberte typ destičky.
Poznámka: Typ destičky pro soubor destičky musí být stejný jako destička v reakčním modulu.

nVyberte režim skenování, který má být použit v protokolu.

nVyberte fluorofory, které budou použity na destičce.

nVyberte typy vzorků, produkty a vzorky.

nV případě potřeby vyberte technické replikáty.

nUložte uspořádání destičky.

Tip: Chcete-li vytvořit novou destičku z dříve uložených nebo souborů destiček, viz Otevření
existujícího souboru destičky v nástroji Plate Editor (Editor destiček) na straně 132.

Otevření nového souboru destičky v nástroji Plate Editor (Editor
destiček)CFX Maestro Dx SE nabízí několik možností, jak otevřít nový soubor destičky:n

Z okna Home (Domů)n

Z dialogového okna Startup Wizard (Průvodce spuštěním)n

Z dialogového okna Run Setup (Nastavení běhu)Jak otevřít nový soubor destičky z okna Home (Domů)u

Vyberte možnost File > New Plate (Soubor > Nová destička).
Otevře se okno Plate Editor (Editor destiček), které zobrazí výchozí soubor destičky pro vybraný
přístroj.
Tip: Informace o nastavení vašeho výchozího souboru destičky jsou uvedeny v části Změna
výchozího nastavení souboru na straně 83.

130 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření souboru destičky pomocí Plate Editor (Editor destiček)

Jak otevřít nový soubor destičky z nástroje Startup Wizard (Průvodce spuštěním)1.

V okně Home (Domů) postupujte následovně, abyste otevřeli nástroj Startup Wizard (Průvodce
spuštěním), pokud ještě není otevřen:n

Vyberte možnost View > Startup Wizard (Zobrazit > Průvodce spuštěním).

n

Na panelu nástrojů klikněte na Startup Wizard (Průvodce spuštěním).

2.

V případě potřeby vyberte typ přístroje z rozevíracího seznamu.

3.

Pro vytvoření nové destičky klikněte na User-defined (Definovaný uživatelem) jako typ běhu.
Otevře se dialogové okno Run Setup (Nastavení běhu), které obsahuje kartu Protocol (Protokol).

4.

Klikněte na kartu Plate (Destička) a na možnost Create New (Vytvořit novou).
Otevře se okno Plate Editor (Editor destiček), které zobrazí výchozí nastavení destičky pro vybraný
přístroj.

Jak otevřít nový soubor destičky z dialogového okna Run Setup (Nastavení běhu)1.

V okně Home (Domů) postupujte následovně, abyste otevřeli dialogové okno Run Setup (Nastaveníběhu):n

Vyberte možnost Run > User-defined Run (Běh > Běh definovaný uživatelem).

n

Na panelu nástrojů klikněte na možnost User-defined Run Setup (Nastavení běhu definovanéhouživatelem).

Otevře se dialogové okno Run Setup (Nastavení běhu) na kartě Protocol (Protokol).
2.

Abyste vytvořili novou destičku, klikněte na kartu Plate (Destička) a na možnost Create New (Vytvořit
novou).
Otevře se okno Plate Editor (Editor destiček), které zobrazí výchozí nastavení destičky pro vybraný
přístroj.

Uživatelská příručka | 131

Kapitola 8 Příprava destičekOtevření existujícího souboru destičky v nástroji Plate Editor(Editor destiček)
CFX Maestro Dx SE nabízí vzorové protokoly, které můžete upravovat a ukládat jako vlastní novésoubory. Můžete také vytvořit nový soubor destičky z dříve uloženého souboru destiček.

Otevření souboru destičky
1.

V okně Home (Domů) vyberte položky File > Open > Plate (Soubor > Otevřít > Destička).
Průzkumník Windows otevře složku Systém CFX Opus Dx Sample files (Soubory vzorků).

2.

Otevřete složku Sample files (Soubory vzorků) a potom otevřete složku Plates (Destičky).

3.

Vyberte soubor destičky a klikněte na Open (Otevřít).
Otevře se vzorový soubor destičky v okně Plate Editor (Editor destiček).

4.

Vyberte File > Save As (Soubor > Uložit jako) a uložte soubor destičky s novým názvem nebo do
nové složky.

Otevření předchozího uloženého souboru destičky
1.

V okně Home (Domů) postupujte následovně:n

Vyberte položky File > Open > Plate (Soubor > Otevřít > Destička), přejděte na cílovou destičku
a klikněte na položku Open (Otevřít).

nOtevřete Startup Wizard (Průvodce spuštěním) a postupujte následovně:o

Chcete-li upravit existující soubor destičky, klikněte na tlačítko Select Existing (Vybrat
existující) a přejděte na cílový soubor.

oChcete-li zobrazený soubor destičky upravit, klikněte na tlačítko Edit Selected (Upravit
vybraný).

Otevře se cílová destička v okně Plate Editor (Editor destiček).
2.

Vyberte File > Save As (Soubor > Uložit jako) a uložte soubor destičky s novým názvem nebo do
nové složky.

132 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření souboru destičky pomocí Plate Editor (Editor destiček)

Nastavení nového souboru destičky
Tip: Pokud váš soubor destičky obsahuje požadované parametry (například pokud upravujete
vzorek nebo existující soubor destičky), můžete tuto část přeskočit. Přejděte na část Přiřazení
volitelných parametrů k souboru destičky na straně 140.
Nové soubory destičky vyžadují následující parametry:nPlate size (Velikost destičky),nPlate type (Typ destičky),nrežim skenování,njeden fluorofor (barvivo),njeden typ vzorku.

Výběr velikosti a typu destičkyDůležité: Velikost destičky musíte vybrat během nastavení destičky. V době běhu nebo po němnemůžete velikost destičky měnit.
Software použije v průběhu experimentu velikost a typ destičky pro všechny jamky. Ujistěte se, ževybraná velikost destičky je stejná jako destička, kterou jste zvolili.
CFX Opus Dx Bio-Rad jsou z výroby nakalibrované na mnoho kombinací barviv a destiček. Kalibrace platí
pouze pro daný přístroj, barvivo a typ destičky. Ujistěte se, že fluorofor, který chcete použít, je pro vybraný
typ destičky kalibrován.
Tip: Pokud chcete na přístroji kalibrovat novou kombinaci barviva a typu destičky, vyberte možnost
Tools > Calibration Wizard (Nástroje > Průvodce kalibrací). Informace o kalibraci barviv a typůdestiček jsou uvedeny v části Kalibrace nových barviv na straně 75.

Výběr režimu skenování
Systémy CFX Opus 96 Dx a CFX Opus Deepwell Dx excitují a detekují fluorofory v pěti kanálech (plus
FRET). Systémy CFX Opus 384 Dx excitují a detekují fluorofory ve čtyřech kanálech (plus FRET).
Všechny systémy používají více režimů snímání dat pro sběr dat fluorescence během běhu.
CFX Maestro Dx SE poskytuje tři režimy skenování:n

All Channels (Všechny kanály)oSkenuje kanály 1 až 5 na systémech CFX Opus 96 Dx a CFX Opus Deepwell DxoSkenuje kanály 1 až 4 na systémech CFX Opus 384 Dx

Uživatelská příručka | 133

Kapitola 8 Příprava destičeknn

SYBR®/FAMoSkenuje pouze kanál 1oProvádí rychlé skenování

FRET
oSkenuje pouze kanál FRETo

Provádí rychlé skenováníVýběr fluoroforů
Důležité: Před zahájením běhu systémy CFX ověří, zda jsou vámi uvedené fluorofory na destičcekalibrovány pro daný přístroj. Není možné zpracovat destičku, pokud obsahuje fluorofory, které
nebyly pro příslušný přístroj kalibrovány.
Před během musíte založit alespoň jeden fluorofor. Můžete definovat rovnou všechny potřebné fluorofory,
nicméně pro zahájení běhu musí destička obsahovat alespoň jeden. V nabídce Target Names (Názvy
produktů) se objeví vybrané fluorofory.
Pomocí dialogového okna Select Fluorophores (Vybrat fluorofory) načtete fluorofory (nebo barviva
destičky), které jsou k dispozici v nástroji Plate Editor (Editor destiček). Fluorofory, které se objeví
v dialogovém okně Select Fluorophores (Vybrat fluorofory), závisí na vámi vybraném režimu skenování:n

All Channels (Všechny kanály)
Jsou zobrazeny všechny dostupné fluorofory.
Tip: Můžete přidat více fluoroforů, avšak pouze jeden fluorofor na jeden kanál v každé jamce.

n

SYBR®/FAM
Zobrazí se pouze fluorofory pro kanál 1.

n

FRET
Zobrazí se pouze fluorofor pro kanál 6.
Tip: Fluorofor FRET pro kanál 6 bude zobrazen pouze v případě, že je vybraným režimem
skenování FRET. Tato možnost není k dispozici pro režim skenování All Channels (Všechny
kanály).

Poznámka: Není možné fluorofory přímo přidávat nebo odstraňovat z dialogového okna SelectFluorophore (Vybrat fluorofor). Musíte provést kalibraci nových fluoroforů pro přístroj pomocí nástroje
Dye Calibration Wizard (Průvodce kalibrací barviva). Po kalibraci je nový fluorofor automaticky přidán
do tohoto seznamu. Více informací je uvedeno v části Kalibrace nových barviv na straně 75.

134 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření souboru destičky pomocí Plate Editor (Editor destiček)Výběr typů vzorků
Důležité: Před zahájením běhu je třeba vybrat alespoň jeden typ vzorku na destičce.
CFX Maestro Dx SE nabízí pět typů vzorků:nUnknown (Neznámý)nStandardn

NTC (Kontrola bez templátu)nPositive Control (Pozitivní kontrola)n

Negative Control (Negativní kontrola)n

NRT (Kontrola bez reverzní transkriptázy)

Typy vzorků přiřazujete k jednotlivým jamkám destičky.

Nastavení nové destičky
Nastavení nové destičky
1.

Otevřete novou destičku v okně Plate Editor (Editor destiček).

2.

Chcete-li nastavit velikost destičky, vyberte Settings > Plate Size (Nastavení > Velikost destičky)a vyberte příslušnou velikost destičky z rozevírací nabídky.

3.

Chcete-li nastavit typ desky, vyberte možnost Settings > Plate Type (Nastavení > Typ destičky)a v rozevírací nabídce vyberte možnost buď BR White (BR bílá), nebo BR Clear (BR čirá).

4.

Volitelně můžete v nabídce Settings (Nastavení) změnit konvence čísel a jednotky zobrazení:n

Chcete-li změnit konvenci čísel, vyberte Settings > Number Convention (Nastavení > Konvenceo číslech) a vyberte položku Scientific Notation (Vědecký zápis).
Tip: Ve výchozím nastavení je vybrán Scientific Notation (Vědecký zápis). V tomto případě
výběr Scientific Notation (Vědecký zápis) zruší výchozí nastavení a nastaví konvencio číslech do standardní formy.

n5.

Chcete-li změnit jednotky zobrazení, zvolte Settings > Units (Nastavení > Jednotky) a vyberte
novou hodnotu jednotky.

Chcete-li nastavit režim skenování, vyberte příslušný režim skenování z rozevíracího seznamu Scan
Mode (Režim skenování) na panelu nástrojů okna Plate Editor (Editor destiček) .

Uživatelská příručka | 135

Kapitola 8 Příprava destiček

6.

Vyberte potřebné fluorofory pro destičku:a.

V pravém podokně klikněte na tlačítko Select Fluorophores (Vybrat fluorofory).
Zobrazí se dialogové okno Select Fluorophores (Vybrat fluorofory). Uvidíte fluorofory dostupné
pro zvolený režim skenování v Krok 5, příklad:b.

Chcete-li vybrat fluorofor, klikněte na zaškrtávací políčko Selected (Vybrané).
Tip: Chcete-li odstranit fluorofor ze seznamu, odškrtněte zaškrtávací políčko Selected(Vybrané).

c.

Chcete-li změnit barvu zobrazení fluoroforu, klikněte na jeho pole Color (Barva).
Poznámka: Vybraná barva reprezentuje fluorofor jak v okně Plate Editor (Editor destiček),tak v grafu Data Analysis (Analýza dat).

d.

V dialogovém okně Color (Barva) vyberte požadovanou barvu nebo klikněte na tlačítko Define
Custom Colors (Definovat vlastní barvy) a vytvořte novou barvu, která bude představovat
fluorofor.

e.

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a ukončete dialogové okno Select Fluorophores (Vybrat
fluorofory).

136 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření souboru destičky pomocí Plate Editor (Editor destiček)

7.

Musíte vybrat alespoň jednu jamku, do které chcete načíst typ vzorku. Ve výchozím nastavení jevybrána jamka A1.
V podokně tabulky postupujte následovně:n

Chcete-li načíst více sousedních jamek, klikněte na jamku a táhněte až k cílové jamce.

n

Chcete-li načíst více nesousedících jamek, podržte klávesu Control a klikněte na každou jamku.

nChcete-li načíst celý sloupec se stejným typem vzorku, klikněte na číslo sloupce.

n

Chcete-li načíst celý řádek, klikněte na číslo řádku.

n

Chcete-li načíst celou destičku, klikněte na levý horní roh destičky.

Například:8.

V rozevírací nabídce Sample Type (Typ vzorku) přiřaďte vybrané jamce nebo jamkám typ vzorku.

Uživatelská příručka | 137

Kapitola 8 Příprava destiček

9.

Přiřaďte alespoň jeden fluorofor do všech jamek, které obsahují typ vzorku. Do jamky nebo skupiny
jamek můžete přiřadit více než jeden fluorofor.
Poznámka: Na každý kanál můžete přiřadit pouze jeden fluorofor. Nelze přiřadit více než jeden
fluorofor ze stejného kanálu do stejné jamky.
Tip: Fluoroforu můžete přiřadit produkt nebo můžete přiřadit do jamky v tomto okamžiku pouze
fluorofor a po provedení experimentu přiřadit produkt k fluoroforu.
nChcete-li vybraným jamkám přiřadit pouze fluorofor, v části Target Names (Názvy produktu)
v pravém podokně označte zaškrtávací políčko Load (Načtení) pro konkrétní fluorofor.

n

Chcete-li přiřadit fluoroforu produkt, vyberte v části Target Names (Názvy produktu)z rozevíracího seznamu název produktu pro konkrétní fluorofor. Software automaticky vybere
zaškrtávací políčko Load (Načíst).

10. U jamek, které obsahují typ vzorku Standard, musíte načíst koncentraci. Každá jamka může mít jinou
hodnotu koncentrace. Standardně software CFX Maestro Dx SE načítá koncentraci 1,00E+06 do
všech jamek s typem vzorku Standard. V případě potřeby můžete hodnotu změnit.
a.

V podokně destičky vyberte jamku nebo skupinu jamek Standard.

b.

V části Concentration (Koncentrace) klikněte na Load (Načíst) a načtěte hodnotu do vybrané
jamky nebo vybraných jamek.

c.

(Volitelné) Chcete-li načíst jinou koncentraci, zadejte novou hodnotu do textového pole
Concentration (Koncentrace) a stiskněte klávesu Enter.

d.

Tento krok proveďte pro všechny jamky se vzorkem typu Standard.
Tip: Pro načtení stejné koncentrace do všech jamek Standard se ujistěte, že se zobrazuje
v rozevíracím seznamu pod hodnotou Concentration (Koncentrace) možnost <All>(<Všechny>). Pro načtení stejné hodnoty koncentrace do všech jamek se specifickým
fluoroforem klikněte na rozevírací seznam a vyberte fluorofor.

11. Klepnutím na OK novou destičku uložíte.

138 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření souboru destičky pomocí Plate Editor (Editor destiček)Položky nabídky Plate Editor Tool (Nástroj editoru destiček) po kliknutí pravým
tlačítkem myši
Tabulka 9 uvádí seznam položek nabídky dostupné v nástroji Plate Editor (Editor destiček) poté, kdyžv nástroji kliknete pravým tlačítkem myši na jakoukoliv jamku. Tato nabídka se zobrazuje také v nástroji
Spreadsheet View/Importer (Zobrazení/Import tabulky).
Tabulka 9. Na položky nabídky nástroje Plate Spreadsheet View/Importer(Zobrazení/import tabulky destiček) klikněte pravým tlačítkem myšiPoložka

FunkceCopy (Kopírovat)

Zkopíruje celou tabulku.

Copy as Image

Zkopíruje tabulku jako soubor obrázku.

(Kopírovat jakoobrázek)
Print (Tisk)

Vytiskne tabulku.

Print Selection

Vytiskne pouze vybrané buňky.

(Vytisknout výběr)Export to Excel (Export

Exportuje soubor do tabulky aplikace Excel.

do aplikace Excel)
Export to CSV (Export

Exportuje soubor jako soubor .csv.

do souboru CSV)
Export to Xml (Export

Exportuje soubor jako soubor .xml.

do souboru XML)
Export to Html (Export

Exportuje soubor jako soubor .html.

do souboru HTML)
Find (Najít)

Vyhledá konkrétní text.

Sort (Řazení)Seřadí tabulku na základě výběru až tří sloupců dat v okně Sort
(Řazení).

Uživatelská příručka | 139

Kapitola 8 Příprava destičekPřiřazení volitelných parametrů k souboru destičky
Soubor destičky obsahuje informace o obsahu každé jamky, která obsahuje vzorek v připraveném
experimentu. Po ukončení běhu software CFX Maestro Dx SE propojí obsah jamky s fluorescenčními
daty shromážděnými během protokolu a v okně Data Analysis (Analýza dat) zobrazí příslušnou analýzu.
Pomocí softwaru CFX Maestro Dx SE můžete přiřazovat parametry každé jamce na destičce předprovedením experimentů, během nich nebo i po nich. Parametry můžete přiřadit k existujícímu nebo
novému souboru destičky. Tyto parametry zahrnují:nTarget names (Názvy produktů) – vybraný produkt (geny nebo sekvence) v každé definované
jamce.

n

Sample names (Názvy vzorků) – identifikátor nebo podmínka, která odpovídá vzorku v každé
konkrétní jamce, například myš1, myš2 nebo myš3.

nBiological groups (Biologické skupiny) – identifikátor nebo podmínka, která odpovídá skupině
jamek, například 0hod, 1hod nebo 2hod.
Tip: Názvy produktů, názvy vzorků a biologické skupiny musejí být mezi jamkami stejné, aby
bylo možné srovnávat data na kartě Gene Expression (Genová exprese) v okně Data Analysis(Analýza dat). Každý název musí obsahovat stejná velká písmena, interpunkci a mezery.
Například název „Actin“ není stejný jako „aktin“, „2Hr“ není stejný jako „2 h“ a „Myš 1“ není stejný
jako „myš 1“. Chcete-li zajistit konzistenci pojmenování, zadejte názvy v sekci (Libraries)
Knihovny v části User > User Preferences > Plate (Uživatel > Uživatelské předvolby > Destička),která je k dispozici v okně Home (Domů).

nTechnical replicates (Technické replikáty) – všechny jamky použité k analýze identického
vzorku; tj. qPCR replikáty.

nDilution series (Série ředění) – série ředění pro změnu koncentrace typu vzorku Standard ve
skupině replikátů, zdroj dat pro vytvoření standardní křivky k analýze.

Přiřazení produktu jamkám
Tip: Jedné nebo několika jamkám můžete přiřadit stejný název produktu. Rovněž můžete přiřadit
několik produktů jedné jamce.
Důležité: Kliknutím na OK po přiřazení produktu uložíte změny a deaktivujete možnost Undo (Vrátitzpět) na panelu nástrojů Plate Editor (Editor destiček). Při kliknutí na OK postupujte opatrně.

140 | Software CFX Maestro Dx SEPřiřazení volitelných parametrů k souboru destičky

Jak přiřadit produkt jamce nebo skupině jamek
1.

V nástroji Plate Editor (Editor destiček) se ujistěte, že je jamce nebo skupině jamek přiřazen typvzorku.
Další informace o přiřazení typů vzorku jamkám jsou uvedeny v části Výběr typů vzorků na straně
135.

2.

Na panelu destiček vyberte jamku nebo skupinu jamek:nChcete-li vybrat jednu jamku, klikněte na ni.

nChcete-li vybrat více sousedních jamek, klikněte na jamku a táhněte až k cílové jamce.

n

Chcete-li vybrat více nesousedících jamek, podržte klávesu Control a klikněte na každou jamku.

nChcete-li vybrat celý sloupec se stejným typem vzorku, klikněte na číslo sloupce.

n

Chcete-li vybrat celý řádek, klikněte na číslo řádku.

3.

V pravém podokně vyberte z rozevíracího seznamu Target Name (Název produktu) název pro každý
vybraný fluorofor.

4.

Opakujte Krok 3 pro každou jamku nebo skupinu jamek, kterým musíte přiřadit produkt.
Tip: Každému vybranému fluoroforu můžete přiřadit stejný nebo odlišný název produktu.

5.

Klikněte na tlačítko OK, aby se potvrdily změny a uložila destička.
Poznámka: Pokud jste destičku omylem změnili, klikněte na Undo (Vrátit zpět) na panelu
nástrojů Plate Editor (Editor destiček) , než kliknete pro potvrzení změn na OK.

Jak odstranit název produktuuAbyste odstranili název produktu z vybrané jamky nebo skupiny jamek, odznačte její zaškrtávací
políčko Load (Načíst).
Důležité: Odstraněním názvu produktu z jamky se rovněž odstraní příslušný fluorofor. Při
odstraňování názvu produktu z jamky postupujte opatrně.

Jak přidat název produktu do seznamuu

Chcete-li do rozevíracího seznamu přidat název produktu, postupujte následovně:Uživatelská příručka | 141

Kapitola 8 Příprava destičeknDo rozevíracího seznamu Target Name (Název produktu) zadejte název a stiskněte Enter.
Tip: Názvy produktů, které přidáte do jednoho seznamu, se objeví ve všech ostatních
seznamech produktů.

n

Klikněte na zelený symbol + napravo od rozevíracího seznamu, zadejte název pro produkt astiskněte Enter.

n

Na panelu nástrojů klikněte na položku User Preferences (Uživatelské předvolby) a přidejte
název do knihovny Target Names (Názvy produktů) na kartě Plate (Destička).

Důležité: Názvy produktů, které jste přidali do rozevíracího seznamu, budou dostupné pouze
pro aktuální destičku a pouze v případě, že název přiřadíte k jamce a uložíte rozvržení destičky.
Pokud název nepřiřadíte k jamce a neuložíte rozvržení destičky, název se neuloží a nebude
v budoucnu dostupný. Chcete-li název produktu přidat natrvalo, přidejte jej také do knihovny
Target Names (Názvy produktů) pomocí dialogového okna User Preferences (Uživatelsképředvolby). Názvy, které přidáte do knihovny, jsou k dispozici poté, co znovu otevřete Plate
Editor (Editor destiček). Více informací naleznete v části Nastavení výchozích parametrů
destičky na straně 86.

Jak odstranit název produktu ze seznamu
1.

Na panelu nástrojů klikněte na položku User Preferences (Uživatelské předvolby).
Dialogové okno User Preferences (Uživatelské předvolby) zobrazí kartu Plate (Destička).

2.

V knihovně Target Names (Názvy produktů) na kartě Plate (Destička) vyberte název, který chcete
odstranit, a stiskněte tlačítko Delete (Odstranit).

3.

Klikněte na OK , aby se změny uložily, a opusťte dialogové okno User Preferences (Uživatelsképředvolby).
Důležité: Názvy produktů, které jste uložili se souborem destičky, nelze odstranit. Vlastní názvy,které přidáte do rozevíracího seznamu Target Names (Názvy produktů), nepoužijete je
a neuložíte je s destičkou, jsou ze seznamu automaticky odstraněny. Názvy, které odstraníte
z knihovny Target Names (Názvy produktů), jsou ze softwaru trvale odstraněny a uživatelům již
nejsou k dispozici. Při odstraňování názvů produktů postupujte opatrně.

Přiřazení názvu vzorku jamkám
Poznámka: Pro přiřazení názvu vzorku musíte vybraným jamkám přiřadit alespoň jeden fluorofor.
Pokud vybraným jamkám není přiřazen fluorofor, rozevírací seznam Sample Names (Název vzorku)
bude neaktivní. Další informace o přiřazení fluoroforů naleznete v části Přiřazení produktu jamkám
na straně 140.
Tip: Ke každé jamce nebo skupině jamek můžete přiřadit pouze jeden název vzorku.

142 | Software CFX Maestro Dx SEPřiřazení volitelných parametrů k souboru destičkyPřiřazení názvu vzorku k jamce nebo skupině jamek
1.

V nástroji Plate Editor (Editor destiček) zkontrolujte, zda byl k jamce nebo skupině jamek přiřazen
fluorofor.

2.

V podokně destiček vyberte jamku nebo skupinu jamek.

3.

V pravém podokně vyberte z rozevíracího seznamu název Sample Names (Název vzorku).
Software automaticky vybere zaškrtávací políčko Load (Načíst).

4.

Opakujte Krok 3 pro každou jamku nebo skupinu jamek, kterým musíte přiřadit název vzorku.

5.

Klikněte na tlačítko OK, aby se potvrdily změny a uložila destička.
Poznámka: Pokud jste destičku omylem změnili, klikněte na Undo (Vrátit zpět) na panelu
nástrojů Plate Editor (Editor destiček) , než kliknete pro potvrzení změn na OK.

Odstranění názvu vzorkuu

K odstranění názvu vzorku z vybrané jamky nebo skupiny jamek zrušte zaškrtnutí políčka Load
(Načíst).

Přidání názvu vzorku do seznamuu

Chcete-li do rozevíracího seznamu přidat název vzorku, postupujte následovně:n

Do rozevíracího seznamu Sample Names (Název vzorku) zadejte název a stiskněte Enter.

nKlikněte na zelený symbol + napravo od rozevíracího seznamu a zadejte název pro vzorek.

n

Na panelu nástrojů klikněte na položku User Preferences (Uživatelské předvolby) a přidejte
název do knihovny Sample Names (Název vzorku) na kartě Plate (Destička).

Důležité: Název vzorku, který jste přidali do rozevíracího seznamu, bude dostupný pouze pro
aktuální destičku a pouze v případě, že název přiřadíte k jamce a uložíte rozvržení destičky.
Pokud název nepřiřadíte k jamce a neuložíte rozvržení destičky, název se neuloží a nebude
v budoucnu dostupný. Chcete-li trvale přidat název vzorku, přidejte ho také do knihovny Sample
Names (Název vzorku) pomocí dialogového okna User Preferences (Uživatelské předvolby).
Názvy, které přidáte do knihovny, jsou k dispozici poté, co znovu otevřete Plate Editor (EditorUživatelská příručka | 143

Kapitola 8 Příprava destiček

destiček). Více informací naleznete v části Nastavení výchozích parametrů destičky na straně
86.

Odstranění názvu vzorku ze seznamu
1.

Na panelu nástrojů klikněte na položku User Preferences (Uživatelské předvolby).
Dialogové okno User Preferences (Uživatelské předvolby) zobrazí kartu Plate (Destička).

2.

V knihovně Sample Names (Název vzorku) na kartě Plate (Destička) vyberte název, který chcete
odstranit, a stiskněte tlačítko Delete (Odstranit).

3.

Klikněte na OK , aby se změny uložily, a opusťte dialogové okno User Preferences (Uživatelsképředvolby).
Důležité: Názvy vzorku, které jste uložili se souborem destičky, nelze odstranit. Vlastní názvy,které přidáte do rozevíracího seznamu Sample Names (Název vzorku) a nepoužíváte a uložíte
je s destičkou, jsou automaticky odstraněny ze seznamu. Názvy, které odstraníte z knihovny
Sample Names (Název vzorku), jsou ze softwaru trvale odstraněny a uživatelům již nejsou kdispozici. Při odstraňování názvů vzorku buďte opatrní.

Přiřazení biologických skupin jamkám
Poznámka: Pro přiřazení biologické skupiny musíte vybraným jamkám přiřadit alespoň jeden
fluorofor. Přiřazení fluoroforu umožňuje rozevírací seznam Biological Groups (Biologické skupiny).
Další informace o přiřazení fluoroforů naleznete v části Přiřazení produktu jamkám na straně 140.
Tip: Ke každé jamce nebo skupině jamek můžete přiřadit jednu biologickou skupinu.

Přiřadit biologickou skupinu k jamce nebo skupině jamek
1.

V nástroji Plate Editor (Editor destiček) zkontrolujte, zda byl k jamce nebo skupině jamek přiřazen
fluorofor.

2.

V podokně destiček vyberte jamku nebo skupinu jamek.

3.

V pravém podokně proveďte výběr z rozevíracího seznamu Biological Group (Biologická skupina).
CFX Maestro Dx SE automaticky zaškrtne políčko Load (Načíst).

144 | Software CFX Maestro Dx SEPřiřazení volitelných parametrů k souboru destičky

4.

Opakujte Krok 3 pro každou jamku nebo skupinu jamek, kterým chcete přiřadit biologickou skupinu.

5.

Klikněte na tlačítko OK, aby se potvrdily změny a uložila destička.
Poznámka: Pokud jste destičku omylem změnili, klikněte na Undo (Vrátit zpět) na panelu
nástrojů Plate Editor (Editor destiček) , než kliknete pro potvrzení změn na OK.

Odstranění biologické skupinyu

K odstranění biologické skupiny z vybrané jamky zrušte zaškrtnutí políčka Load (Načíst).

Přidání biologické skupiny do seznamuu

Chcete-li přidat biologickou skupinu do rozevíracího seznamu, proveďte jednu z následujících akcí:nNapište název do rozevíracího políčka Biological Group (Biologická skupina) a stiskněte tlačítko
Enter.

n

Klikněte na zelený symbol + napravo od rozevíracího seznamu a zadejte název biologické
skupiny.

n

Na panelu nástrojů klikněte na položku User Preferences (Uživatelské předvolby) a přidejte
název do knihovny Biological Group Names (Názvy biologických skupin) na kartě Plate(Destička).

Důležité: Názvy produktů, které jste přidali do rozevíracího seznamu, budou dostupné pouze
pro aktuální destičku a pouze v případě, že název přiřadíte k jamce a uložíte rozvržení destičky.
Pokud název nepřiřadíte k jamce a neuložíte rozvržení destičky, název se neuloží a nebude
v budoucnu dostupný. Chcete-li trvale přidat název biologické skupiny, přidejte ho také doknihovny Biological Group Names (Názvy biologických skupin) pomocí dialogového okna User
Preferences (Uživatelské předvolby). Názvy, které přidáte do knihovny, jsou k dispozici poté, coznovu otevřete Plate Editor (Editor destiček). Více informací naleznete v části Nastavenívýchozích parametrů destičky na straně 86.

Odstranění názvu biologické skupiny ze seznamu
1.

Na panelu nástrojů klikněte na položku User Preferences (Uživatelské předvolby).
Dialogové okno User Preferences (Uživatelské předvolby) zobrazí kartu Plate (Destička).

2.

V knihovně Biological Group Names (Názvy biologických skupin) na kartě Plate (Destička) vybertenázev, který chcete odstranit, a stiskněte tlačítko Delete (Odstranit).

3.

Klikněte na OK , aby se změny uložily, a opusťte dialogové okno User Preferences (Uživatelsképředvolby).
Důležité: Názvy biologických skupin, které jste uložili se souborem destičky, nelze odstranit.
Vlastní názvy, které přidáte do rozevíracího seznamu Biological Group Names (Názvy

Uživatelská příručka | 145

Kapitola 8 Příprava destiček

biologických skupin) a nepoužíváte a uložíte je s destičkou, jsou automaticky odstraněny ze
seznamu. Názvy, které odstraníte z knihovny Biological Group Names (Názvy biologických
skupin), jsou ze softwaru trvale odstraněny a uživatelům již nejsou k dispozici. Při odstraňováníbiologických názvů buďte opatrní.

Zobrazit všechny biologické skupiny na destičceuChcete-li zobrazit všechny biologické skupiny na destičce, klikněte na položku Show BiologicalGroups (Zobrazit biologické skupiny).

Každá skupina je identifikována specifickou barvou a tlačítko Show Biological Groups (Zobrazit
biologické skupiny) se změní na Hide Biological Groups (Skrýt biologické skupiny).
Klikněte na položku Hide Biological Groups (Skrýt biologické skupiny), chcete-li odstranit barvu
jamky. Nebo můžete také kliknout na jakoukoli jamku na destičce, abyste skryli biologické skupiny.

Přiřazení čísel technických replikátů jamkámDůležité: Pro přiřazení čísel technických replikátů musí vybrané jamky mít totožný obsah jamky. To
znamená, že vybrané jamky musí mít stejný typ vzorku a fluorofor. Je-li to možné, musí jim býtrovněž přiřazeny stejné názvy produktu a vzorku a stejná biologická skupina. Pokud nejsou stejné,
software CFX Maestro Dx SE tuto možnost nepovolí.

Jak přiřadit čísla technických replikátů skupině jamek
1.

V nástroji Plate Editor (Editor destiček) se ujistěte, že je obsah skupiny jamek totožný.

2.

V podokně destičky vyberte cílovou skupinu jamek.

3.

Abyste přiřadili stejné číslo replikátu všem vybraným jamkám, zadejte do rámečku v části Replicate #(Číslo replikátu) v pravém podokně číslo replikátu a vyberte možnost Load (Načíst).

146 | Software CFX Maestro Dx SEPřiřazení volitelných parametrů k souboru destičky

4.

(Volitelné) Jak použít sérii replikátů pro soubor vybraných jamek:a.

Klikněte na Technical Replicates (Technické replikáty). Část Replicate # (Číslo replikátu) sezmění a zobrazí následující možnosti:nReplicate size (Velikost replikátu) – číslo představující počet jamek v každé skupině
replikátů

nStarting replicate # (První replikát) – první číslo v sérii replikátů pro vybranou skupinu
replikátů

Poznámka: Ve výchozím nastavení zobrazuje software CFX Maestro Dx SE počátečníčíslo replikátu, které je o jedno větší než poslední číslo technického replikátu přiřazené na
destičce. Například jestliže je poslední číslo technického replikátu na destičce pět, příští
počáteční číslo bude šest. Počáteční číslo můžete změnit na libovolné číslo, které zatím
není přiřazeno.
n
b.

5.

Směr založení (vodorovný nebo svislý)Kliknutím na Apply (Použít) použijete parametry na sérii a vrátíte se na obrazovku Replicate #(Číslo replikátu).

Klikněte na tlačítko OK, aby se potvrdily změny a uložila destička.
Poznámka: Pokud jste destičku omylem změnili, klikněte na Undo (Vrátit zpět) na panelu
nástrojů Plate Editor (Editor destiček) , než kliknete pro potvrzení změn na OK.

Jak odstranit jamku ze série replikátů
u

Vyberte jamku nebo skupinu jamek, kterou chcete odstranit, a odznačte zaškrtávací políčko
Replicate # Load (Načíst číslo replikátu).
Případně můžete kliknout na Clear Replicate # (Vymazat číslo replikátu), abyste vymazali číslo
replikátu z vybrané jamky nebo skupiny jamek.

Uživatelská příručka | 147

Kapitola 8 Příprava destiček

Jak zobrazit všechny technické replikáty na destičceu

Kliknutím na Show Technical Replicates (Zobrazit technické replikáty) zobrazíte všechny technické
replikáty na destičce.
Každá skupina je označena konkrétní barvou a tlačítko Show Technical Replicates (Zobrazit
technické replikáty) se změní na Hide Technical Replicates (Skrýt technické replikáty).
Kliknutím na Hide Technical Replicates (Skrýt technické replikáty) zrušíte barvu jamek. Případně
můžete také kliknout na jakoukoliv jamku na destičce, abyste skryli technické replikace.

Přiřazení série ředění ke standardům
Jak bylo uvedeno výše, musí být všem jamkám se vzorkem typu Standard přiřazena hodnota
koncentrace. Série ředění můžete přiřadit více jamkám s typem vzorku Standard.
Poznámka: Pro přiřazení série ředění do skupiny jamek musí být jamky zahrnuty v sériích
technických replikátů. Další informace o přidávání jamek k sériím replikátů naleznete v části
Přiřazení čísel technických replikátů jamkám na straně 146.

Přiřazení série ředění skupině standardů
1.

V nástroji Plate Editor (Editor destiček) zajistěte splnění následujících požadavků:n

Typ vzorku pro skupinu jamek je Standard.

nVšem jamkám ve skupině je přiřazen alespoň jeden fluorofor a všechny obsahují stejné
fluorofory.

n

Všechny jamky ve skupině jsou zahrnuty ve stejné sérii technických replikátů.
Poznámka: CFX Maestro Dx SE aktivuje možnost Dilution Series (Série ředění) pouze,
pokud vybrané jamky splňují tato kritéria.

2.

V podokně destičky vyberte cílovou skupinu jamek.

3.

V části Concentration (Koncentrace) v pravém podokně klikněte na položku Dilution Series (Sérieředění). V části Concentration (Koncentrace) se zobrazí následující možnosti:

148 | Software CFX Maestro Dx SEPřiřazení volitelných parametrů k souboru destičkynStarting concentration (Počáteční koncentrace) – počáteční hodnota koncentracenReplicates from and to (Replikáty od - do) – replikáty v sérii, na kterou se použije faktorředění

nDilution factor (Faktor ředění) – ředicí faktor použitý na změnu koncentrace v každé skupině
replikátů

4.

Nastavte hodnoty možností, nebo potvrďte výchozí hodnoty.

5.

Ve výchozím nastavení se série ředění snižuje o faktor ředění. Pro zvětšení série ředění vybertemožnost Increasing (Zvětšení).

6.

(Nepovinné) Ve výchozím nastavení se faktor ředění vztahuje na všechny fluorofory v sérii replikací.
Pokud vaše série obsahují více než jeden fluorofor a chcete ředění aplikovat na jeden fluorofor,
vyberte jej z rozevíracího seznamu.

7.

Klikněte na Apply (Použít), chcete-li použít série ředění na skupinu jamek a vrátit se na zobrazení
Concentration (Koncentrace).

8.

Klikněte na tlačítko OK, aby se potvrdily změny a uložila destička.

Kopírování obsahu jamky do jiné jamky
Obsah jamky můžete kopírovat a vložit jej do jedné nebo několika jamek. Můžete ale kopírovat pouze
obsah jedné jamky. Není možné vybrat více jamek a kopírovat jejich obsah.

Jak zkopírovat obsah jamky do jiné jamky
1.

V podokně destiček vyberte jamku, kterou chcete kopírovat.

2.

Klikněte pravým tlačítkem myši na jamku a vyberte možnost Copy Well (Kopírovat jamku).

3.

Vyberte jamku nebo jamky, do kterých chcete obsah vložit:4.

n

Chcete-li vybrat jednu jamku, klikněte na jamku.

nChcete-li vybrat více sousedních jamek, klikněte na jamku a táhněte až k cílové jamce.

n

Chcete-li vybrat více nesousedících jamek, podržte klávesu Control a klikněte na každou jamku.

Když jsou cílové jamky vybrány, klikněte pravým tlačítkem myši a vyberte možnost Paste Well (Vložit
do jamky).
Software CFX Maestro Dx SE vloží obsah první jamky do vybraných jamek.

Uživatelská příručka | 149

Kapitola 8 Příprava destičekPřidání poznámky k jamceMůžete k jamce přidávat popisné poznámky. Poznámky k jamce můžete zobrazit na kartě Quantification(Kvantifikace) v okně Data Analysis (Analýza dat).

Jak přidat poznámku k jamce
1.

V podokně destiček vyberte jamku nebo jamky, ke kterém chcete přidat poznámku.

2.

V části View (Zobrazit) v dolním podokně vyberte možnost Well Note (Poznámka k jamce).
V pravém podokně se objeví oblast Well Note (Poznámka k jamce).

3.

Do textového rámečku zadejte obsah poznámky a stiskněte Enter.
Text se objeví ve spodní části vybraných jamek.
Tip: Pokud jste již poznámku k jamce vytvořili, můžete ji vybrat v rozevíracím seznamu a použít
ji pro vybrané jamky.

Vymazání informace k obsahu jamkyMůžete vymazat individuální jamku, skupinu jamek nebo veškerý obsah destičky. Vymazání jamekneodstraňuje data fluorescence shromážděná během čtení destičky.
Důležité: Vymazání jamky trvale odstraní obsah z jamky. Jestliže kliknete na OK a po vymazáníjamky uložíte destičku, nemůžete zrušit akci. Při odstraňování jamek buďte opatrní.

Kompletní vymazání jamky
1.

2.

V editoru Plate Editor (Editor destiček) vyberte jamku nebo skupinu jamek v podokně destičky:nChcete-li vybrat jednu jamku, klikněte na jamku.

nChcete-li vybrat více sousedních jamek, klikněte na jamku a táhněte až k cílové jamce.

n

Chcete-li vybrat více nesousedících jamek, podržte klávesu Control a klikněte na každou jamku.

nChcete-li vybrat celý sloupec se stejným typem vzorku, klikněte na číslo sloupce.

n

Chcete-li vybrat celý řádek, klikněte na číslo řádku.

V pravém podokně klikněte na tlačítko Clear Wells (Vymazat jamky).
CFX Maestro Dx SE vymaže všechna nastavení vybraných jamek.

3.

Postupujte následovně:150 | Software CFX Maestro Dx SEPřiřazení volitelných parametrů k souboru destičkynPokud jste destičku omylem vymazali, klikněte na Undo (Vrátit zpět) na panelu nástrojů Plate
Editor (Editor destiček), a teprve poté klikněte pro potvrzení změn na tlačítko OK.
Důležité: Kliknutí na OK před kliknutím na Undo (Vrátit zpět) uloží změny a deaktivujepříkaz Undo (Vrátit zpět) na panelu nástrojů Plate Editor (Editor destiček).

n

Klikněte na tlačítko OK, aby se potvrdily změny a uložila destička.

Uživatelská příručka | 151

Kapitola 8 Příprava destičekZměna nastavení experimentu
Pomocí dialogového okna Experiment Settings (Nastavení experimentu) můžete zobrazit nebo měnit
seznam produktů, vzorků či biologických skupin, popř. nastavit skupinu vzorků pro analýzu genové
exprese, pokud jste jamkám na destičce přiřadili biologické skupiny.
V dialogovém okně Experiment Settings (Nastavení experimentu) obsahuje karta Targets (Produkty)
seznam názvů produktů pro každou reakci PCR, například cílový gen nebo zájmové sekvence genů.
Karta Samples (Vzorky) a Biological Groups (Biologické skupiny) obsahuje seznam názvů vzorků
a biologických skupin, který uvádí zdroj produktu, například vzorek odebraný po 1 hodině (1 h) nebo od
konkrétního jedince (myš1).

Jak změnit nastavení destiček v dialogovém okně Experiment Settings (Nastavení
experimentu)
1.

Abyste otevřeli dialogové okno Experiment Settings (Nastavení experimentu), postupujtenásledovně:n

V pravém podokně nástroje Plate Editor (Editor destiček) klikněte na položku ExperimentSettings (Nastavení experimentu).

nNa kartě Gene Expression (Genová exprese) v okně Data Analysis (Analýza dat) klikněte napoložku Experiment Settings (Nastavení experimentu).

Otevře se dialogové okno Experiment Settings (Nastavení experimentu) s obsahem karty Targets(Produkty).

152 | Software CFX Maestro Dx SEZměna nastavení experimentu

2.

Abyste přidali nový název produktu, vzorku nebo biologické skupiny, na příslušné kartě zadejte
název do textového rámečku New (Nový) a klikněte na Add (Přidat).

3.

Abyste odstranili jeden nebo několik názvů produktu, vzorku nebo biologické skupiny produktu nebo
vzorku ze seznamu, na příslušné kartě označte zaškrtávací políčko položky v sloupci Select toRemove (Vybrat k odstranění) a klikněte na položku Remove checked item(s) (Odstranit označenépoložky).

4.

CFX Maestro Dx SE vyloučí typ vzorku NTC (kontrola bez templátu) z analýzy genové exprese.
Pro zařazení typu vzorku NTC odznačte jeho zaškrtávací políčko v části Exclude the following
sample types (Vyloučit následující typy vzorků). Pomocí příslušných zaškrtávacích políček můžete
vyloučit následující typy vzorků:5.

n

NRT (Kontrola bez reverzní transkriptázy)n

Negative Control (Negativní kontrola)n

Positive Control (Pozitivní kontrola)nStandard

Na kartě Targets (Produkty):a.

Pokud chcete vybrat produkt jako referenci pro analýzu dat genové exprese, vyberte jej ve
sloupci Reference.

b.

Pokud chcete skrýt nastavení, které bude použito na kartě Gene Expression (Genová exprese)v okně Analysis Settings (Nastavení analýzy), odznačte položku Show Analysis Settings(Zobrazit nastavení analýzy).
Software skryje následující sloupce:nColor (Barva)nShow Chart (Zobrazit graf)nAuto Efficiency (Automatická účinnost)nEfficiency (%) (Účinnost (%))

c.

Chcete-li změnit barvu produktu zaneseného do grafu Gene Expression (Genová exprese),klikněte na jeho buňku ve sloupci Color (Barva), vyberte v otevřeném dialogovém okně Color(Barva) novou barvu a klikněte na OK.

d.

Chcete-li zobrazit produkt vybranou barvou v grafu Gene Expression (Genová exprese),označte jeho zaškrtávací políčko v sloupci Show Chart (Zobrazit graf).

e.

Software CFX Maestro Dx SE ve výchozím nastavení automaticky vypočítá relativní účinnost
pro produkt, pokud jeho data obsahují standardní křivku.

Uživatelská příručka | 153

Kapitola 8 Příprava destiček

Chcete-li použít již stanovenou hodnotu účinnosti, zadejte hodnotu do příslušné buňky v sloupci
Efficiency (%) (Účinnost (%)) a stiskněte klávesu Enter. Software CFX Maestro Dx SE odznačí
zaškrtávací políčko Auto Efficiency (Automatická účinnost).
6.

7.

Na kartě Samples (Vzorky) a Biological Groups (Biologické skupiny):a.

Chcete-li vybrat vzorek nebo biologickou skupinu jako kontrolní vzorek pro analýzu dat genové
exprese, označte její zaškrtávací políčko v sloupci Control (Kontrola).

b.

Chcete-li přiřadit kontrolní podmínku k vzorku nebo biologické skupině pro běh, klikněte na jejízaškrtávací políčko v sloupci Control (Kontrola).

c.

Klikněte na možnost Show Analysis Settings (Zobrazit nastavení analýzy), pokud ještě nenívybrána, abyste zobrazili nebo změnili parametry analýzy, které budou použity na kartě Gene
Expression (Genová exprese). Software skryje sloupce Color (Barva) a Show Chart (Zobrazitgraf).

Kliknutím na OK uložíte parametry v dialogovém okně Experiment Settings (Nastavení experimentu)
a vrátíte se do okna Plate Editor (Editor destiček).

154 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření skupin jamek

Vytvoření skupin jamek
Pomocí funkce „skupiny jamek“ lze vzorky v jamkách rozdělit do skupin, které lze analyzovat nezávisle
v okně Data Analysis (Analýza dat). Po nastavení skupin jamek vyberte v okně Data Analysis (Analýzadat) jednu z nich, abyste mohli data analyzovat jako nezávislou skupinu. Například nastavte skupiny
jamek pro analýzu více experimentů prováděných na jedné destičce nebo pro analýzu každé skupiny
jamek s jinou standardní křivkou.
Poznámka: Výchozí skupina jamek je All Wells (Všechny jamky).

Vytvoření skupin jamek
1.

Chcete-li otevřít sekci Well Groups Manager (Správce skupin jamek), postupujte následovně:n

V panelu nástrojů Plate Editor (Editor destiček) klikněte na položku Well Groups (Skupiny
jamek).

n

V okně Data Analysis (Analýza dat) klikněte na položku Manage Well Groups (Správce skupin
jamek).

Zobrazí se dialogové okno Well Groups Manager (Správce skupin jamek).

2.

Kliknutím na tlačítko Add (Přidat) vytvoříte novou skupinu. Rozevírací nabídka zobrazuje název
skupiny jako Group 1 (Skupina 1) pro první vytvořenou skupinu.

Uživatelská příručka | 155

Kapitola 8 Příprava destiček

3.

Vyberte jamky pro skupinu jamek v zobrazení destičky kliknutím a přetažením přes skupinu jamek.
Vybrané jamky se objeví v okně Manager (Správce) modře.

4.

(Volitelné) Chcete-li změnit název skupiny, vyberte její jméno v rozevírací nabídce a zadejte novýnázev.

5.

(Volitelné) Chcete-li odstranit skupinu jamek, vyberte její název v rozevíracím seznamu a klikněte na
tlačítko Delete (Odstranit).

6.

Kliknutím na tlačítko OK dokončete a zavřete okno nebo kliknutím na tlačítko Cancel (Zrušit) oknozavřete bez provedení změn.

Položky nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši pro dialogové okno Well
Groups Manager (Správce skupin jamek)
Tabulka 10 obsahuje seznam položek dostupných v dialogovém okně Well Groups Manager (Správce
skupin jamek) po kliknutí pravým tlačítkem myši na jakoukoliv jamku.
Tabulka 10. Klepněte pravým tlačítkem na položky nabídky v dialogovém okně Well
Groups Manager (Správce skupin jamek) editoru Plate Editor (Editor destiček)Položka

FunkceCopy (Kopírovat)

Zkopíruje obsah jamky, který pak může být vložen dojiných jamek.

Copy as Image (Kopírovat jako

Zkopíruje zobrazení nástroje pro výběr jamek jakoobrázek)obrázek.

Print (Tisk)

Vytiskne zobrazení nástroje pro výběr jamek.

Print Selection (Vytisknout

Vytiskne pouze vybrané buňky.

výběr)
Export to Excel (Export do

Exportuje data do tabulky Excel.

aplikace Excel)
Export to CSV (Export do

Exportuje data jako dokument oddělený čárkami.

souboru CSV)
Export to Xml (Export do

Exportuje data jako dokument ve formátu .xml.

souboru XML)
Export to Html (Export dosouboru HTML)156 | Software CFX Maestro Dx SE

Exportuje data jako dokument ve formátu .html.

Změna typu zobrazení křivky

Změna typu zobrazení křivky
Během nastavení destičky a během probíhajícího experimentu můžete měnit barvu a typ zobrazení
amplifikačních křivek. Když jsou data shromažďována, můžete snadno zobrazit křivky v stavovém okněv reálném čase.

Změna typu zobrazení křivky
1.

Klikněte na Trace Styles (Možnosti křivek) v panelu nástrojů Plate Editor (Editor destiček).
Zobrazí se dialogové okno Trace Styles (Možnosti křivek) pro otevřenou destičku, například:2.

Chcete-li zobrazit křivku s konkrétním fluoroforem, vyberte jej z rozevíracího seznamu Fluorophores(Fluorofory).

3.

Změna zobrazení křivky:a.

Vyberte typ křivky z rozevíracího seznamu Wells (Jamky).

b.

Klikněte na její barvu ve sloupci Color (Barva).

c.

V zobrazeném dialogovém okně Color (Barva) vyberte jinou barvu křivky a klikněte na tlačítkoOK.
CFX Maestro Dx SE zobrazí změnu barvy pro typ jamky v mřížce.

d.
4.

(Volitelné) V rozevíracím seznamu Symbols (Symboly) vyberte symbol pro konkrétní křivku.

Chcete-li sadu barev rychle změnit, klikněte na příslušnou volbu v části Color Quick Set (Rychlé
nastavení barev).

Uživatelská příručka | 157

Kapitola 8 Příprava destiček

5.

Chcete-li zobrazit popisy v mřížce, vyberte typ popisu v části Well Labels (Popis jamek).

6.

Klepnutím na tlačítko OK uložte změny nebo zrušte změny stisknutím tlačítka Cancel (Zrušit).

158 | Software CFX Maestro Dx SE

Zobrazení, export a import destičky ve formátu tabulky

Zobrazení, export a import destičky ve formátu tabulky
Nástroj Spreadsheet View/Importer (Zobrazení/Import tabulky) zobrazuje obsah destičky ve formátu
tabulkového procesoru. Prohlížeč poskytuje možnost zobrazovat, importovat a exportovat data jamek, jak
je popsáno níže.

Použití prohlížeče tabulek k exportu a importu dat destiček
V prohlížeči tabulek můžete exportovat název produktu, název vzorku, název biologické skupiny
a poznámky k jamce jako šablonu ve formátu odděleném tabulátory do aplikace, jako je Microsoft Excel.
Tato data můžete také importovat z aplikace ve formátu odděleném tabulátory do předem definované
destičky ze souboru s informacemi o experimentu.

Použití nástroje Spreadsheet View/Importer (Zobrazení/Import tabulky)
1.

Vytvořte a uložte soubor destiček (viz Vytvoření souboru destičky pomocí Plate Editor (Editor
destiček)).

2.

Na panelu nástrojů Plate Editor (Editor destiček) klikněte na Spreadsheet View/Importer(Zobrazení/Import tabulky) a otevřete dialogové okno Plate Spreadsheet View (Zobrazit destičku
jako tabulku).

3.

(Nepovinné) Kliknutím na políčka Biological Set Name (Název biologického souboru) a Show Well
Note (Zobrazit poznámku k jamce) zobrazíte tyto sloupce v zobrazení tabulky a v exportovanémsouboru.

4.

Kliknutím na tlačítko Export Template (Exportovat) šablonu vytvoříte prázdnou šablonu v souboru
Excel (formát .csv). Exportovaný soubor bude mít stejné rozvržení jako destička.

Uživatelská příručka | 159

Kapitola 8 Příprava destiček

Tip: Při ukládání souborů destičky použijte název souboru destičky, abyste soubor snadno
identifikovali.
5.

Vyplňte buňky souboru Excel obsahem jamek.
Poznámka: Obsah libovolné buňky můžete upravit pouze ve sloupci, který má vedle názvu
sloupce hvězdičku (*) (*Název produktu, *Název vzorku, *Název biologické skupiny, *Poznámka
k jamce).
Poznámka: Do sloupců Standardní křivka a Množství v exportovaném souboru aplikace Excel
nelze přidávat hodnoty. Chcete-li tyto údaje upravit, vraťte se do nástroje Plate Editor (Editor
destiček) a v pruhu nabídky vyberte možnost Settings (Nastavení) > Units (Jednotky). Po
dokončení běhu destičky se data z těchto standardů zobrazí v grafu Standard Curve (Standardníkřivka) na kartě Quantification (Kvantifikace) v okně Data Analysis (Analýza dat) s vybranými
jednotkami.

6.

Vyplněný soubor aplikace Excel importujte zpět do nástroje Plate Editor (Editor destiček) kliknutím na
tlačítko Import (Importovat). Data importované destičky se zobrazí v okně Plate Spreadsheet View
(Zobrazení tabulky destičky).
Důležité: Pokud máte více fluoroforů, budete muset provést kroky 3–5 pro každý fluorofor
pomocí rozevírací nabídky Flours List (Seznam fluoroforů) v Plate Spreadsheet View (Zobrazenítabulky destičky).

7.

Klikněte na tlačítko OK. V okně Plate Editor (Editor destiček) se nyní zobrazí nová data destičky.

Tip: Můžete zobrazit seznam položek nabídky dostupné v nástroji Spreadsheet View/Importer(Zobrazení/import tabulky) poté, když v nástroji kliknete pravým tlačítkem myši na jakoukoliv jamku
nebo v zobrazení tabulky destičky na libovolné záhlaví tabulky.

160 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření destičky pomocí nástroje Plate Setup Wizard (Průvodce nastavením destičky)

Vytvoření destičky pomocí nástroje Plate Setup Wizard(Průvodce nastavením destičky)
Nástroj Setup Wizard (Průvodce nastavením destičky) můžete použít k zadání informací o nastavení
destičky, které jsou nutné pro analýzu normalizované genové exprese, a to včetně:nnázvů produktů,nnázvů vzorků,numístění produktů a vzorků na destičce,nreferenčních genů,nkontrolního vzorku.

Nástroj Setup Wizard (Průvodce nastavením) můžete použít před během, v jeho průběhu i po něm.

Použití Plate Setup Wizard (Průvodce nastavením destičky)
Tato část vysvětluje, jak vytvořit rozvržení destičky pomocí nástroje Setup Wizard (Průvodce nastavením)
pro destičku. Chcete-li snadněji prohlížet obsah každé jamky na destičce, klikněte na tlačítko Zoom plate(Lupa) v horní části Setup Wizard (Průvodce nastavením) .
Důležité: Pokud se vrátíte na kartu Auto layout (Automatické rozvržení) a nacházíte se na jiné kartě
v Setup Wizard (Průvodce nastavením) , nastavení destičky se resetuje. Při výběru této karty
postupujte opatrně.
Tip: Rozvržení můžete obnovit výběrem položky Tools > Clear Plate (Nástroje > Vymazat destičku)
v Setup Wizard (Průvodce nastavením).

Použití Setup Wizard (Průvodce nastavením) pro destičku
1.

Otevře editor Plate Editor (Editor destiček).

2.

Chcete-li otevřít Průvodce nastavením, proveďte jednu z následujících akcí:nVyberte položky Editing Tools > Setup Wizard (Nástroje pro úpravy > Průvodce nastavením).

nKlikněte na Setup Wizard (Průvodce nastavením) na panelu nástrojů Plate Editor (Editor
destiček).

Zobrazí se okno Setup Wizard (Průvodce nastavením) , které zobrazuje kartu Auto layout(Automatické rozložení).

Uživatelská příručka | 161

Kapitola 8 Příprava destiček

3.

Na kartě Auto layout (Automatické rozložení) postupujte následovně:a.

Klikněte na jamku v mřížce a přetáhněte ji napříč a dolů pro specifikování oblasti na destičce, dokteré chcete načíst vzorek.

b.

Zadejte počet produktů a vzorků, které chcete načíst.
Tip: Počet produktů a vzorků se musí rovnat počtu vybraných buněk. Pokud se zadanáčísla nevejdou do vybrané oblasti, upravte čísla nebo vybranou oblast destičky. Lze určit
orientaci položek na destičce a jejich seskupení.

c.

(Volitelné) Změna orientace destičky. Můžete například nastavit produkty ve sloupcích a vzorkyv řádcích, nebo provést seskupení podle vzorků.

d.

Klikněte na Next (Další) a pokračujte na kartu Target names (Názvy produktů).

Poznámka: Pokud rozvržení destičky nemá pravidelný vzor, použijte kartu Target names(Názvy produktů) pro ruční umístění vašich produktů nebo kartu Sample names (Názvy vzorků)pro ruční umístění vzorků na destičku. Kliknutím a přetažením vyberete více jamek.
4.

Na kartě Target names (Názvy produktů) definujte názvy produktů pro cílové skupiny:a.

Postupujte následovně:n

Chcete-li přejmenovat produkty podle skupiny, nastavte pro parametr Select by (Vybrat
podle) položku Target (Produkt).

162 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření destičky pomocí nástroje Plate Setup Wizard (Průvodce nastavením destičky)nb.

Chcete-li přejmenovat produkty podle jamky, nastavte pro parametr Select by (Vybrat
podle) položku Well (Jamka).

Vyberte cílovou skupinu nebo jamku v mřížce a zadejte název do rozevíracího seznamu Target
Name (Název produktu).
Tip: Stiskněte klávesu Tab pro výběr další skupiny nebo jamky vpravo nebo Enter pro výběr
další skupiny nebo jamky níže. Nebo na kartách Target Name (Název produktu) a Sample
name (Název vzorku) podržte klávesu Control a klikněte na jamku, abyste vybrali více
jamek, které nesousedí.

c.

Klikněte na položku Next (Další) a pokračujte na kartu Sample names (Názvy vzorků).

5.

Na kartě Sample names (Názvy vzorků) definujte názvy vzorků pro cílové skupiny.

6.

Klikněte na položku Next (Další) a pokračujte na kartu Reference targets (Referenční geny).

7.

Na kartě Reference targets (Referenční geny) vyberte jeden nebo více cílů, které se použijí jako
reference pro normalizaci genové exprese, a klikněte na tlačítko Next (Další) a přejděte na kartu
Control sample (Kontrolní vzorek).

8.

Na kartě Control sample (Kontrolní vzorek) vyberte jeden vzorek, který se použije jako kontrola provýpočty relativní genové exprese.

9.

Kliknutím na tlačítko OK uložíte rozvržení destičky a vrátíte se do nástroje Plate Editor (Editor
destiček), ve kterém můžete dále definovat parametry destičky. Více informací naleznete v části
Přiřazení volitelných parametrů k souboru destičky na straně 140.
Případně klikněte na tlačítko Previous (Předchozí), chcete-li se vrátit na předchozí kartu a provéstzměny.
Poznámka: Návrat na kartu Auto layout (Automatické rozvržení) automaticky obnoví destičku.
Dávejte pozor při klepnutí na tlačítko Previous (Předchozí).

Uživatelská příručka | 163

Kapitola 8 Příprava destiček

164 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 9 Provádění experimentů
Tato kapitola vysvětluje, jak spustit vlastní (uživatelem definované) nebo PrimePCR experimenty pomocí
Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice.
Datový soubor obsahuje protokol a informace o nastavení destičky. Soubor také obsahuje analýzu dat,
kterou CFX Maestro Dx SE provádí po dokončení běhu.
Software CFX Maestro Dx SE umožňuje snadné nastavení a spuštění uživatelsky definovaných běhůnebo PrimePCR experimentů. Okno Run Setup (Nastavení běhu) vás provede postupnými kroky
nastavení experimentu, zakončenými otevřením dialogového okna Start Run (Spustit běh), ze kterého
spustíte běh.

Uživatelská příručka | 165

Kapitola 9 Provádění experimentů

Okno Run Setup (Nastavení běhu)Okno Run Setup (Nastavení běhu) poskytuje rychlý přístup k souborům a nastavením potřebným pro
nastavení a spuštění experimentu. Pokud se rozhodnete spustit experiment definovaný uživatelem,otevře se okno Run Setup (Nastavení běhu), které zobrazí kartu Protocol (Protokol). Pokud se
rozhodnete spustit experiment PrimePCR, otevře se okno Run Setup (Nastavení běhu), které zobrazí
kartu Start Run (Spustit běh).
Tip: V části Provádění experimentů PrimePCR na straně 184 naleznete informace o PrimePCR;v části Karta Start Run (Spustit běh) na straně 174 naleznete další informace o kartě Start Run(Spustit běh).

166 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Run Setup (Nastavení běhu)LEGENDA
1.

Karty vás provedou nastavením a spuštěním experimentu:
n Na kartě Protocol (Protokol) – vyberte existující protokol, který chcete spustit
nebo upravit, nebo vytvořte nový protokol v editoru Protocol Editor (Editor
protokolu).
n Na kartě Plate (Destička) – vyberte existující destičku, kterou chcete spustit nebo
upravit, nebo vytvořte novou destičku v nástroji Plate Editor (Editor destičky).
n Karta Start Run (Spustit běh) – zobrazuje nastavení experimentu, vybere jeden
nebo více bloků přístrojů a spouští běh.

2.

Hlavní okno zobrazuje možnosti pro každou variantu, kterou použijete.

3.

Navigační tlačítka vedou na kartu Start Run (Spustit běh).

Otevření okna Run Setup (Nastavení běhu)Otevření okna Run Setup (Nastavení běhu)u

Postupujte následovně:n

Na kartě Run Setup (Nastavení běhu) v nástroji Startup Wizard (Průvodce spuštěním) klikněte
buď na položku User-defined (Možnost zadaná uživatelem), nebo PrimePCR.

n

V okně Home (Domů) klikněte na panelu nástrojů buď na položku User-defined Run Setup(Nastavení běhu definovaného uživatelem), nebo PrimePCR Run Setup (Nastavení PrimePCR
experimentu).

nV okně Home (Domů) klepněte buď na položky Run > User-defined Run (Běh > Běh zadaný
uživatelem) nebo Run > PrimePCR Run (Běh > PrimePCR experiment).

Uživatelská příručka | 167

Kapitola 9 Provádění experimentů

Karta Protocol (Protokol)
Karta Protocol (Protokol) obsahuje náhled souboru protokolu, který chcete spustit. Soubor protokolu
obsahuje pokyny pro jednotlivé teplotní kroky a nastavení hodnot, kterými se řídí rychlostohřevu/ochlazování, objem vzorku a teplota víka.

Ve výchozím nastavení software zobrazuje protokol definovaný v části File Selection for Run Setup(Výběr souboru pro nastavení běhu) karty Files (Soubory) v dialogovém okně User > User Preferences(Uživatel > Uživatelské předvolby). Výchozí protokol můžete v dialogovém okně User Preferences(Uživatelské předvolby) změnit. Více informací naleznete v části Změna výchozího nastavení souboru na
straně 83.
Na kartě Protocol (Protokol) můžete:nvytvořit nový protokol;nvybrat nebo upravit stávající protokol.

Více informací o tvorbě a úpravě protokolů uvádí Kapitola 7, Vytvoření protokolů.

Jak vytvořit nový protokol
1.

Na kartě Protocol (Protokol) klikněte na možnost Create New (Vytvořit nový).
Objeví se okno Protocol Editor (Editor protokolu).

168 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Protocol (Protokol)

2.

Pomocí nástroje Protocol Editor (Editor protokolu) vytvořte nový protokol.

3.

Kliknutím na OK protokol uložíte a vrátíte se na kartu Protocol (Protokol) v nabídce Run Setup(Nastavení běhu).

4.

Zobrazte podrobnosti o protokolu a postupujte následovně:nJe-li protokol v pořádku, kliknutím na položku Next (Další) přejdete na kartu Plate (Destička).

n

Pokud protokol neodpovídá požadavkům, kliknutím na položku Edit Selected (Upravit vybrané)
se vrátíte do nástroje Protocol Editor (Editor protokolu). Upravte protokol, uložte změny a poté
klikněte na položku Next (Další) na kartě Protocol (Protokol) a přejděte na kartu Plate (Destička).

Jak vybrat existující protokol
1.

Na kartě Protocol (Protokol) postupujte následovně:n

Klikněte na položku Select Existing (Vybrat existující) a přejděte na existující protokol.

nKlikněte na položku Express Load (Expresní načtení) a z rozevíracího seznamu protokolů
vyberte protokol.
Tip: Z rozevíracího seznamu Express Load (Expresní načtení) můžete přidávat nebo
odstraňovat protokoly. Více informací je uvedeno v následující části Přidání a odstranění
protokolů pro expresní načtení.

2.

Zobrazte podrobnosti o protokolu a postupujte následovně:nJe-li protokol v pořádku, kliknutím na položku Next (Další) přejdete na kartu Plate (Destička).

n

Pokud protokol neodpovídá požadavkům, kliknutím na položku Edit Selected (Upravit vybrané)otevřete okno Protocol Editor (Editor protokolu). Upravte protokol, uložte změny a poté klikněte
na položku Next (Další) na kartě Protocol (Protokol) a přejděte na kartu Plate (Destička).

Přidání a odstranění protokolů pro expresní načtení
Můžete měnit obsah rozevíracího seznamu Express Load (Expresní načtení), který se zobrazuje v editoru
Protocol Editor (Editor protokolu). Protokoly v tomto seznamu jsou uloženy v následující složce:c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\Změna seznamu Express Load (Expresní načtení) protokolů
1.

Přejděte do složky ExpressLoad (Expresní načtení) a otevřete ji.

2.

Zkontrolujte soubory protokolu (.pcrl) ve složce.

3.

Postupujte následovně:nVymažte protokoly ze složky a odstraňte je z rozevíracího seznamu.

Uživatelská příručka | 169

Kapitola 9 Provádění experimentů

n

Zkopírujte protokoly do složky a přidejte je do rozevíracího seznamu.

170 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Plate (Destička)

Karta Plate (Destička)
Poznámka: Jestliže protokol vybraný na kartě Protocol (Protokol) nezahrnuje krok čtení destičky proanalýzu PCR v reálném čase, je karta Plate (Destička) skrytá. Abyste zobrazili kartu Plate (Destička),přidejte do protokolu alespoň jedno čtení destičky.
Karta Plate (Destička) definuje nastavení destičky, kterou chcete načíst. Při PCR experimentu v reálném
čase obsahuje destička popis obsahu každé jamky včetně jejích fluoroforů, režimu skenování a typu
destičky. CFX Maestro Dx SE používá tyto popisy pro odečet a analýzu dat.

Ve výchozím nastavení software zobrazuje destičku definovanou v části File Selection for Run Setup(Výběr souboru pro nastavení běhu) na kartě Files (Soubory) v dialogovém okně User > User
Preferences (Uživatel > Uživatelské předvolby). Výchozí destičku můžete v dialogovém okně User
Preferences (Uživatelské předvolby) změnit. Více informací naleznete v části Změna výchozího
nastavení souboru na straně 83.
Na kartě Plate (Destička) můžete:nvytvořit novou destičku k načtení

nvybrat existující destičku k načtení nebo úpravám

Více informací o tvorbě a úpravě destiček uvádí Kapitola 8, Příprava destiček.

Uživatelská příručka | 171

Kapitola 9 Provádění experimentů

Jak vytvořit novou destičku
1.

Na kartě Plate (Destička) klikněte na možnost Create New (Vytvořit novou).
Objeví se Plate Editor (Editor destiček).

2.

Pomocí nástroje Plate Editor (Editor destiček) vytvořte novou destičku.

3.

Kliknutím na OK destičku uložíte a vrátíte se na kartu Plate (Destička) v nabídce Run Setup(Nastavení běhu).

4.

Zobrazte podrobnosti o destičce a postupujte následovně:nJe-li popis v pořádku, kliknutím na položku Next (Další) přejdete na kartu Start Run (Spustit běh).

nJe-li potřeba popis upravit, kliknutím na položku Edit Selected (Upravit vybrané) se vrátíte donástroje Plate Editor (Editor destiček). Upravte soubor destičky, uložte změny a poté klikněte napoložku Next (Další) na kartě Plate (Destička). Přejdete tak na kartu Start Run (Spustit běh).

Jak vybrat existující soubor destičky
1.

Na kartě Plate (Destička) postupujte následovně:n

Klikněte na položku Select Existing (Vybrat existující) a přejděte na existující soubor destičky.

n

Klikněte na položku Express Load (Expresní načtení) a z rozevíracího seznamu vyberte soubor
destičky.
Tip: Z rozevíracího seznamu Express Load (Expresní načtení) můžete přidávat nebo
odstraňovat destičky. Více informací je uvedeno v následující části Přidání a odstranění
souborů destiček pro expresní načtení.

2.

Zobrazte podrobnosti o destičce a postupujte následovně:nJe-li popis v pořádku, kliknutím na položku Next (Další) přejdete na kartu Start Run (Spustit běh).

nJe-li potřeba popis upravit, kliknutím na položku Edit Selected (Upravit vybrané) otevřete okno
Plate Editor (Editor destiček). Upravte soubor destičky, uložte změny a poté klikněte na položku
Next (Další). Přejdete tak na kartu Start Run (Spustit běh).

Přidání a odstranění souborů destiček pro expresní načtení
Můžete měnit obsah rozevíracího seznamu Express Load (Expresní načtení), který se zobrazuje v editoru
Plate Editor (Editor destiček). Destičky, které se objeví v tomto seznamu, jsou uloženy v následujícísložce:c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

172 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Plate (Destička)Změna seznamu Express Load (Expresní načtení) souborů destiček
1.

Přejděte do složky ExpressLoad (Expresní načtení) a otevřete ji.

2.

Zkontrolujte soubory destiček (.pltd) ve složce.

3.

Postupujte následovně:nVymažte soubory destičky ze složky, chcete-li je odstranit z rozevíracího seznamu.

nZkopírujte soubory destiček do složky, chcete-li je přidat do rozevíracího seznamu.

Uživatelská příručka | 173

Kapitola 9 Provádění experimentů

Karta Start Run (Spustit běh)Na kartě Start Run (Spustit běh) se zobrazují informace o experimentu, který se má spustit. Zobrazuje
také připojený blok nebo bloky přístroje, na kterých můžete experiment spustit.

Na kartě Start Run (Spustit běh) můžete provést následující:nZobrazit podrobné informace o běhu, včetně vybraného protokolu, destičky a režimu skenování.

nPřidávat poznámky o běhu.

n

Zobrazit podrobnosti o všech připojených přístrojích, včetně jejich provozního stavu (v chodu nebo
nečinný), objemu vzorku v µl, teploty víka, režimu emulace a ID nebo čárového kódu, pokud je
k dispozici.
Poznámka: Můžete upravovat sloupce, které se zobrazují v tabulce Start Run on Selected
Blocks (Spustit běh s vybranými bloky). Další informace naleznete v části Změna údajů v tabulce
Selected Blocks (Vybrané bloky) na straně 175.

n

Vyberte jeden nebo více bloků, které chcete spustit.

nOtevřete nebo zavřete víko každého vybraného přístroje.

nSpusťte běh.

174 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Start Run (Spustit běh)Změna údajů v tabulce Selected Blocks (Vybrané bloky)
Sloupce v tabulce Start Run on Selected Block(s) (Spustit běh s vybranými bloky) můžete měnit. Rovněž
můžete měnit výchozí objem vzorku a teplotu víka v tabulce. Změny nastavení se použijí na běh, který mábýt proveden.

Jak přidat sloupce do tabulky Start Run on Selected Blocks (Spustit běh s vybranými
bloky)uKlikněte na tabulku pravým tlačítkem myši a označte příslušnou možnost v otevřené nabídce.

Jak odstranit sloupce z tabulky Start Run on Selected Blocks (Spustit běh s vybranými
bloky)uKlikněte na tabulku pravým tlačítkem myši a odznačte příslušnou možnost v otevřené nabídce.

Jak upravit objem vzorku nebo teplotu víka pro bloku

Vyberte buňku s objemem vzorku nebo teplotou víka pro cílový blok a zadejte do ní novou hodnotu.

Jak přidat ID běhu nebo čárový kód pro bloku

Vyberte buňku ID/Bar Code (ID/čárový kód) pro cílový blok a zadejte ID nebo naskenujte blok pomocíčtečky čárových kódů.

Zahájení experimentuDůležité: Před zahájením experimentu se ujistěte, že antivirový software vašeho počítače nespustíběhem běhu antivirovou kontrolu. Další informace najdete v části Instalace softwaru CFX Maestro Dx
SE na straně 33 a u vašeho správce systému.

Jak zahájit experiment1.

Na kartě Start Run (Spustit běh) ověřte podrobnosti o destičce a protokolu v části Run Information(Informace o experimentu).

2.

(Volitelné) V textovém rámečku Notes (Poznámky) můžete přidávat poznámky k běhu nebo
experimentu.

3.

Označte zaškrtávací políčko jednoho nebo několika bloků, na kterých chcete běh spustit.
Tip: Abyste provedli experiment na všech blocích, vyberte možnost Select All Blocks (Vybrat
všechny bloky) pod tabulkou Selected Blocks (Vybrané bloky).

4.

(Volitelné) Po kliknutí na možnost Flash Block Indicator (Indikátor Flash Block) začne blikat LED indikátor
na vybraných blocích přístroje.

5.

Vložte připravené destičky do bloku:Uživatelská příručka | 175

Kapitola 9 Provádění experimentů

a.

Klikněte na možnost Open Lid (Otevřít víko). Otevře se motorizované víko vybraného bloku.

b.

Do vybraného bloku vložte destičku.

c.

Klikněte na možnost Close Lid (Zavřít víko).

Tip: Vyberte Systém CFX Opus Dx, klepněte na Open Lid (Otevřít víko) nebo Close Lid (Zavřít
víko) na obrazovce Home (Domů).
6.

Kliknutím na možnost Open Lid (Otevřít víko) nebo Close Lid (Zavřít víko) otevřete a zavřete
motorizované víko vybraného bloku přístroje.

7.

Zobrazte informace o běhu a postupujte následovně:nJsou-li údaje v pořádku, klikněte na Start Run (Spustit běh).

n

Nejsou-li údaje v pořádku:o

Opravte údaje v tabulce Selected Blocks (Vybrané bloky) a klikněte na Start Run (Spustit
běh).

o

Vraťte se na správnou kartu a proveďte příslušné změny, uložte je a poté klikněte napoložku Next (Další) pro návrat na kartu Start Run (Spustit běh) a spusťte běh.

Jak zahájit nový běh z předchozího běhuu

Postupujte následovně:n

Vyberte možnost File > Repeat a Run (Soubor > Opakovat běh) v hlavní nabídce softwaru,přejděte na datový soubor běhu, který chcete opakovat, a dvakrát na něj klikněte.

n

Vyberte kartu Repeat Run (Opakovat běh) v nástroji Startup Wizard (Průvodce spuštěním)a dvakrát klikněte na datový soubor běhu, který chcete opakovat.
Případně můžete na kartě Repeat Run (Opakovat běh) kliknout na možnost Browse(Procházet), přejít na datový soubor běhu, který chcete opakovat, a dvakrát na něj kliknout.

176 | Software CFX Maestro Dx SE

Dialogové okno Run Details (Podrobnosti o běhu)Dialogové okno Run Details (Podrobnosti o běhu)Po kliknutí na tlačítko Start Run (Spustit běh) software CFX Maestro Dx SE vyzve k uložení datového
souboru (. pcrd ), spustí běh a otevře dialogové okno Run Details (Podrobnosti o běhu). Dialogové okno
Run Details (Podrobnosti o běhu) obsahuje tři karty stavu:n

Run Status (Stav běhu) – tato karta slouží k zobrazení aktuálního stavu protokolu, otevření nebozavření víka, pozastavení běhu, přidání opakování, přeskočení kroků nebo zastavení běhu.

n

Real-time Status (Zobrazení v reálném čase) – tato záložka slouží k zobrazení dat fluorescence
PCR v reálném čase při jejich sběru.

nTime Status (Časový údaj) – tato karta slouží k zobrazení odpočítávací časomíry pro protokol na
celé obrazovce.

Tyto karty jsou podrobně vysvětleny v následujících kapitolách.

Karta Run Status (Stav běhu)Karta Run Status (Stav běhu) ukazuje aktuální stav probíhajícího běhu. V tomto náhledu můžete rovněž
ovládat víko a měnit probíhající běh.

Uživatelská příručka | 177

Kapitola 9 Provádění experimentů

LEGENDA
1.

Panel Run Status (Stav běhu) – ukazuje aktuální průběh protokolu.

2.

Ovládací prvky Run Status (Stav běhu) – umožňují vám ovládat přístroj nebopřerušit aktuální protokol.

3.

Panel Run Information (Informace o experimentu) – ukazuje detaily běhu.

Příkazy karty Run Status (Stav běhu)Pomocí příkazů na kartě Run Status (Stav běhu) můžete buď ovládat přístroj ze softwaru, nebo změnit
probíhající běh.
Poznámka: Provádění změn protokolu v průběhu experimentu, například přidávání opakování,nezmění soubor protokolu spojeného s během. Tyto akce jsou zaznamenány do protokolu Run Log(Protokol běhu).

– otevře motorizované víko na vybraném přístroji.
Důležité: Otevření víka v průběhu experimentu pozastaví běh v aktuálním kroku a může změnit
data. Příkazy karty Run Status (Stav běhu) na straně 178.

– zavře motorizované víko na vybraném přístroji.

– Přidá další opakování k aktuálnímu kroku GOTO v protokolu. Tato volba je k dispozici, pouzekdyž je spuštěn krok GOTO.
Poznámka: V průběhu experimentu můžete v cyklu GOTO přidat další opakování. Nicméně,CFX Maestro Dx SE rozpozná jen poslední změnu v počtu opakování. Pokud například v cyklu
GOTO přidáte dalších 10 opakování, software změní celkový počet na n + 10. Pokud potépřidáte dalších pět (5) opakování ve stejném cyklu, CFX Maestro změní celkový počet
opakování na n + 5. První změna (10 opakování) tak bude ignorována. Abyste zajistili, že
software provede cílový počet opakování, zadejte vždy celkový počet (v tomto případě 15
opakování).

– přeskočí aktuální krok v protokolu.
Poznámka: Pokud během kroku GOTO zahájíte přeskočení, systém přeskočí na další cyklus ve
smyčce GOTO. Pokud v době přeskočení probíhal poslední cyklus kroku GOTO, systémpřeskočí na další krok.

178 | Software CFX Maestro Dx SE

Dialogové okno Run Details (Podrobnosti o běhu)– rozsvítí indikátor LED na vybraném přístroji pro identifikaci vybraných bloků.

– pozastaví protokol.
Poznámka: Tato akce je zaznamenána v protokolu Run Log (Protokol běhu).

– obnoví pozastavený protokol.

– zastaví běh před ukončením experimentu.
Poznámka: Zastavení běhu před ukončením experimentu může změnit vaše data.

Otevření víka přístroje během cyklu PCR
Pokud je během cyklu PCR otevřeno víko libovolného přístroje, zobrazí CFX Maestro Dx SE následující
potvrzovací dialogové okno:Když je dialogové okno zobrazení, přístroj pokračuje v běhu protokolu. Tlačítkem OK dojde k pozastavení cyklu
a víko přístroje se uvolní a otevře. Tlačítkem Cancel (Zrušit) dojde k zavření dialogového okna a pokračování
v cyklu.

Uživatelská příručka | 179

Kapitola 9 Provádění experimentů

Karta Real-time Status (Zobrazení v reálném čase)Karta Real-time Status (Zobrazení v reálném čase) zobrazuje data PCR odečtená v reálném časev průběhu experimentu po ukončení prvních dvou odečtů fluorescence.

LEGENDA
1.

Podokno Amplification trace (Amplifikační křivky) – zobrazuje amplifikační datav reálném čase během experimentu.

2.

Well group identifier (Identifikátor skupiny jamek) – pokud byly v nastavení destičky
identifikovány skupiny jamek, mohou uživatelé vybrat konkrétní skupinu jamek pro
zobrazení příslušných křivek, jamek a tabulkových informací.
Step number identifier (Identifikátor čísla kroku) – pokud protokol shromažďuje datave více než jednom kroku (například během amplifikace a křivky tání), mohouuživatelé vybrat konkrétní krok a zobrazit křivky shromážděné v tomto kroku.

3.

Podokno Well selector (Nástroj pro výběr jamky) – zobrazí aktivní, neaktivnía prázdné jamky na destičce.

4.

Podokno Nastavení destičky – zobrazí nastavení destičky v tabulkovém formátu.

180 | Software CFX Maestro Dx SE

Dialogové okno Run Details (Podrobnosti o běhu)5.

Podokno Run Details (Podrobnosti o běhu) – zobrazuje stav běhu v reálném časevčetně těchto položek:n Current step (Stávající krok),n Current repeat (Stávající opakování),n Current temperature (Stávající teplota),n Time remaining (Zbývající čas),n Sample temperature (Teplota vzorku),
n Lid temperature (Teplota víka).

6.

Plate Setup (Nastavení destičky) – otevře dialogové okno Plate Setup (Nastavení
destičky), ve kterém mohou uživatelé upravovat aktuální nastavení destičky během
experimentu.

Na kartě Real-time Status (Zobrazení v reálném čase) můžete:n

Zobrazit nebo skrýt křivky v reálném čase jejich výběrem v podokně nástroje pro výběr jamky nebov tabulce nastavení destičeknZobrazit jednotlivé křivky nebo skupiny křivek tak, že je vyberete v rozevíracím seznamu skupinnUpravit nebo nahradit soubor destičkynPoužít pro experiment PrimePCR formát.

Zobrazení nebo skrytí křivek v reálném časeStandardně jsou všechny naplněné jamky aktivní a zobrazují se v tabulce nastavení destičky. Aktivní
jamky se objeví v podokně nástroje pro výběr jamek modře. V podokně nástroje pro výběr jamek se skryté
jamky zobrazují jako světle šedé a nepoužité jamky se zobrazují jako tmavě šedé.
V průběhu experimentu můžete skrýt křivky z aktivních jamek. CFX Maestro Dx SE nadále shromažďuje
údaje pro všechny jamky; pokud skryjete jamky, jejich data se neobjeví v tabulce nastavení destiček.

Skrytí křivek v reálném časeu

V podokně nástroje pro výběr jamek klikněte na aktivní (modré) jamky, které chcete skrýt.

Zobrazení křivek v reálném časeu

V podokně nástroje pro výběr jamek klikněte na skryté (světle šedé) jamky, které chcete zobrazit.

Další informace o nástroji pro výběr jamky naleznete v části Nástroj pro výběr jamky na straně 201.

Uživatelská příručka | 181

Kapitola 9 Provádění experimentů

Úprava nastavení destičkyÚprava nastavení destičkyuKlikněte na možnost Plate Setup (Nastavení destičky) a potom vyberte položku View/Edit Plate(Zobrazit/Upravit destičku).
Objeví se okno Plate Editor (Editor destiček), ve kterém můžete upravovat destičku během
probíhajícího experimentu. Další informace o úpravách destiček uvádí Kapitola 8, Příprava destiček.
Poznámka: Způsob zobrazení křivek můžete také upravit v okně Plate Editor (Editor destiček).
Změny se objeví v záznamu amplifikačních křivek na kartě Real-time Status (Zobrazenív reálném čase).

Nahrazení souboru destičky
Tip: Nahrazení souboru destičky je obzvláště užitečné, pokud spouštíte běh se souborem Quick
Plate (Rychlá destička) ve složce ExpressLoad (Expresní načtení).

Jak nahradit soubor destičkyuKlikněte na možnost Plate Setup (Nastavení destičky) a vyberte jednu z následujících možností:n

Replace Plate file (Nahradit soubor destičky) – vyberte nový soubor destičky ze seznamu v okněprohlížeče

n

Apply PrimePCR file (Použít soubor PrimePCR) – vyhledejte pomocí chytrého vyhledávání
soubor běhu, ze kterého bude získáno nastavení destičky, nebo klikněte na možnost Browse(Procházet) , abyste našli soubor stažený z internetových stránek společnosti Bio-Rad, který se
nenachází ve složce PrimePCR

Poznámka: Software CFX Maestro Dx SE kontroluje režim skenování a velikost destičkyv každém experimentu. Nastavení musí být totožné jako nastavení běhu, se kterým byl
experiment zahájen.

182 | Software CFX Maestro Dx SE

Dialogové okno Run Details (Podrobnosti o běhu)Karta Time Status (Časový údaj)Karta Time Status (Časový údaj) ukazuje zbývající čas do dokončení aktuálního běhu.

Uživatelská příručka | 183

Kapitola 9 Provádění experimentů

Provádění experimentů PrimePCR
PrimePCR eseje jsou speciálně navrženy pro určité druhy experimentů, jsou BioRadem zoptimalizovány
a zvalidovány v laboratoři a jsou k dispozici v následujících formátech:nPřipravené panely – destičky obsahující testy, které jsou specifické pro určitou biologickou dráhu
nebo onemocnění; zahrnují kontroly a referenční geny PrimePCR.

n

Vlastní konfigurované destičky – destičky, které lze nastavit v uživatelsky definovaném rozloženís možností výběru testů pro požadované produkty, kontroly a referencenIndividuální testy – zkumavky, které obsahují jednotlivé sady primerů pro použití v PCR
experimentech v reálném čase.

Chcete-li zkrátit celkovou dobu běhu, můžete odstranit z protokolu krok křivky tání. Společnost Bio-Raddůrazně doporučuje, abyste neprováděli žádné další úpravy protokolu běhu PrimePCR. Výchozí protokol
je protokol, který byl použit pro validaci testu. Jakékoliv odchylky od tohoto protokolu mohou mít vliv navýsledky. Změny protokolu jsou zaznamenány na kartě Run Information (Informace o experimentu)výsledného datového souboru a ve všech vytvořených sestavách.

Spuštění běhu PrimePCRu

Chcete-li spustit běh PrimePCR, postupujte následovně:n

V nástroji Startup Wizard (Průvodce spuštěním) vyberte PrimePCR na kartě Run Setup(Nastavení běhu) a poté vyberte příslušnou chemii (SYBER® nebo sondu).

n

Vyberte položku PrimePCR, která bude spuštěna ze seznamu Recent Runs (Aktuální běhy) na
kartě Repeat Run (Opakovat běh) v průvodci Startup Wizard (Průvodce spuštěním).

nVyberte položky File > Open > PrimePCR Run (Soubor > Otevřít > Běh PrimePCR) v okněHome (Domů).

nPřetáhněte soubor protokolu běhu PrimePCR do okna Home (Domů).

Po výběru běhu PrimePCR se otevře okno Run Setup (Nastavení běhu) na kartě Start Run (Spustit běh)s výchozím nastavením destičky PrimePCR načteným na základě vybraného přístroje.

Chcete-li zkrátit celkovou dobu běhu, můžete z protokolu odstranit krok křivky tání.
u

Na kartě Protocol (Protokol) zrušte zaškrtnutí políčka vedle Include Melt Step (Zahrnout krok tání).

184 | Software CFX Maestro Dx SE

Provádění experimentů PrimePCR

Import cílových informací pro destičky PrimePCR do nastavení destiček
1.

Postupujte následovně:n

Na kartě Real-time Status (Zobrazení v reálném čase) v dialogovém okně Run Details(Podrobnosti o běhu) vyberte položky Plate Setup > Apply PrimePCR File (Nastavení destičky >Použít soubor PrimePCR).

n

V okně Data Analysis (Analýza dat) vyberte položky Plate Setup > Apply PrimePCR File
(Nastavení destičky > Použít soubor PrimePCR) .

2.

V dialogovém okně spuštění souboru PrimePCR klikněte na položku Browse (Procházet) a přejděte
na příslušný soubor PrimePCR (.csv).

3.

Vyberte cílový soubor PrimePCR a klikněte na Open (Otevřít).

Systém CFX Opus Dx importuje cílové informace do rozvržení destičkyUživatelská příručka | 185

Kapitola 9 Provádění experimentů

Přenos Stand-Alone dat k analýze
Důležité: Při přenosu datových souborů ze Systém CFX Opus Dx na CFX Maestro Dx SE sepřenesou všechny soubory uložené v systému. Ujistěte se, že pro bezpečný přenos dat máte na
disku dostatečný prostor.
Jakmile je běh dokončen, CFX Maestro Dx SE provede analýzu fluorescenčních dat. Je-li běh proveden
v samostatném režimu stand-alone a uložen přímo do Systém CFX Opus Dx, je nutné data k analýze
přenést do počítače CFX Maestro Dx SE.
Systém CFX Opus Dx může uložit až 100 experimentů PCR v reálném čase. Po dokončení běhu můžete
stand-alone datové soubory přenést do počítače se softwarem CFX Maestro Dx SE přes e-mail, USB disk
nebo pomocí samotného softwaru.
Tato část popisuje, jak přenést stand-alone datové soubory do počítače se softwarem CFX Maestro Dx
SE.

Přenos dat prostřednictvím e-mailu
Odeslání datového souboru e-mailem na konci běhu1.

Nastavte e-mailová oznámení pro přístroj.
Viz Nastavení e-mailových oznámení na straně 79 nebo Návod k použití k přístroji PCR CFX Opus
Dx pro práci v reálném čase.

2.

Při nastavování e-mailových oznámení zkontrolujte, zda je vybrána možnost Attach Data File(Připojit datový soubor).
Data běhu se odesílají e-mailem jako soubor .pcrd.

Přenos dat z PCR CFX Opus Dx pro práci v reálném časePomocí funkce File Browser (Prohlížeč souborů) na Systém CFX Opus Dx můžete přenášet datovésoubory na připojenou jednotku USB nebo do sdílené síťové složky. Můžete také převést soubory
protokolu CFX Maestro Dx SE z jednotky USB nebo sdílené síťové jednotky do složky nebo veřejné
složky na serveru Systém CFX Opus Dx a spustit je na přístroji Systém CFX Opus Dx .
Tip: Tato část vysvětluje, jak provádět přenos dat. Informace o nastavení připojení Ethernet
naleznete v návodu k použití pro PCR CFX Opus Dx pro práci v reálném čase v nabídce Help
(Nápověda) CFX Maestro Dx SE.

186 | Software CFX Maestro Dx SEPřenos Stand-Alone dat k analýze

1.

Na obrazovce Home (Domů) Systém CFX Opus Dx klepnutím na Files (Soubory) zobrazíteobrazovku File Browser (Prohlížeč souborů).

2.

Na obrazovce File Browser (Prohlížeč souborů) přejděte na soubor, který chcete zkopírovat, a poté
klepnutím na tento soubor zobrazte podokno podrobností o souboru.

3.

V podokně podrobností o daném souboru klepněte na Options (Možnosti) a potom na Copy
(Kopírovat).

Zobrazí se dialogové okno Select Location (Vybrat umístění).
4.

V dialogovém okně Select Location (Vybrat umístění) proveďte jednu z následujících akcí:nPřejděte do existující složky.

nPřejděte na dané umístění a vytvořte složku, do níž chcete soubor uložit, a potom klepněte na
Create Folder (Vytvořit složku)(5.

) pro vytvoření nové složky v daném umístění.

Klepnutím na Select (Vybrat) zkopírujete soubor do zvoleného umístění nebo se klepnutím na
Cancel (Zrušit) vrátíte na obrazovku File Browser (Prohlížeč souborů).
Poznámka: Pokud ve vybraném umístění existuje soubor se stejným názvem, zobrazí se okno
se zprávou. Klepnutím na Yes (Ano) přepíšete existující soubor nebo klepnutím na No (Ne) se
vrátíte na obrazovku File Browser (Prohlížeč souborů).
Po úspěšném odstranění souboru zobrazí Systém CFX Opus Dx potvrzovací zprávu.

Uživatelská příručka | 187

Kapitola 9 Provádění experimentů

Přenos dat prostřednictvím Software CFX Maestro Dx,
bezpečnostní edice
K přenosu dat prostřednictvím CFX Maestro Dx SE
1.

Na panelu Detected Instruments (Detekované přístroje) v okně Home (Domů) klikněte pravým
tlačítkem myši na cílový přístroj a vyberte možnost Retrieve Data Files (Načíst datové soubory).
Software CFX Maestro Dx SE otevře dialogové okno Browse For Folder (Najít složku).

2.

V dialogovém okně Browse For Folder (Najít složku) přejděte na umístění, do kterého chcete datovésoubory uložit, a klikněte na OK.
Při procesu přenosu se ve vybraném umístění vytvoří složka s názvem Real-Time Data (Datav reálném čase). Data procesu se uloží do složky Real-Time Data (Data v reálném čase) jako standalone soubory .zpcr.

Přenos dat pomocí USB disku
Pokud zasunete USB disk do USB portu přístroje, datový soubor se po dokončení běhu automaticky uloží
do kořenového adresáře USB disku. Rovněž můžete vyhledat již uložené datové soubory a uložit je napřipojený USB disk.

Chcete-li přenést datové soubory na jednotku USB v Systém CFX Opus DxuV dialogovém okně Select Location (Vybrat umístění) klepněte na USB a přejděte do cílové složky,do které chcete soubor zkopírovat, nebo klikněte na Cancel (Zrušit) pro návrat na obrazovku FileBrowser (Prohlížeč souborů).
Poznámka: Pokud ve vybraném umístění existuje soubor se stejným názvem, zobrazí se
dialogové okno. Klepnutím na Yes (Ano) přepíšete existující soubor nebo klepnutím na No (Ne)se vrátíte na obrazovku File Browser (Prohlížeč souborů).

Po úspěšném odstranění souboru zobrazí Systém CFX Opus Dx potvrzovací zprávu.

188 | Software CFX Maestro Dx SEPřenos Stand-Alone dat k analýze

Přenos dat prostřednictvím sdílené síťové jednotky pomocí PCR
CFX Opus Dx pro práci v reálném časeTip: Data můžete přenášet na a ze sdílené síťové jednotky pouze prostřednictvím Systém CFX Opus
Dx.
Systém CFX Opus Dx vám umožňuje připojit se ke sdílené síťové jednotce pomocí sítě Ethernet. Přiúspěšném připojení můžete přenášet datové soubory do a ze složky na sdílené síťové jednotce.

Přenos dat na sdílenou síťovou jednotku a z níu

V dialogovém okně Select Location (Vybrat umístění) klepněte na Network (Síť) a přejděte do cílové
složky, do které chcete soubor zkopírovat, nebo na Cancel (Zrušit) pro návrat na obrazovku FileBrowser (Prohlížeč souborů).
Poznámka: Pokud ve vybraném umístění existuje soubor se stejným názvem, zobrazí se
dialogové okno. Klepnutím na Yes (Ano) přepíšete existující soubor nebo klepnutím na No (Ne)se vrátíte na obrazovku File Browser (Prohlížeč souborů).

Po úspěšném odstranění souboru zobrazí Systém CFX Opus Dx potvrzovací zprávu.

Vytvoření datového souboru
Chcete-li analyzovat data přenesená z přístroje do CFX Maestro Dx SE v počítači, musí se
komprimovaný datový soubor (soubor .zpcr) převést na datový soubor (soubor .pcrd). CFX Maestro Dx
SE převede soubor .zpcr na soubor .pcrd a poté vybere soubor destičky, který má stejný režim skenování
a velikost destičky, a použije jej na soubor .pcrd.

Vytvoření datového souboru ze Stand-Alone datového souboru
1.

V softwaru CFX Maestro Dx SE postupujte následovně:n

Vyhledejte cílový soubor .zpcr a přetáhněte jej do okna CFX Maestro Dx SE Home (Domů).

n

Vyberte File > Open > Stand-alone Run (Soubor > Otevřít > Stand-alone Run) a přejděte na
cílový soubor a vyberte jej.

CFX Maestro Dx SE otevře dialogové okno Save As (Uložit jako).
2.

Přejděte do složky, do které chcete uložit soubor .pcrd, a klikněte na tlačítko Save (Uložit).
Po uložení souboru .pcrd otevře CFX Maestro Dx SE okno Data Analysis (Analýza dat) a zobrazí sevýsledná data.

Uživatelská příručka | 189

Kapitola 9 Provádění experimentů

190 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 10 Analýza dat - přehled
Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice automaticky zpracovává data PCR v reálném čase na
konci každého pracovního běhu a otevře okno Data Analysis (Analýza dat), kde tato data zobrazí (soubor.pcrd).
nPřetáhnout datový soubor (koncovka .pcrd) do okna Home (Domů) a uvolnit jej.

n

Vybrat File > Open > Data File (Soubor > Otevřít > Datový soubor) v okně Home (Domů) a přejít na
cílový soubor .pcrd.

nVybrat File > Recent Data Files (Soubor > Nejnovější datové soubory) v okně Home (Domů), budete
tak mít výběr ze seznamu deseti nejnovějších otevřených datových souborů.

n

Vybrat kartu Analyze (Analyzovat) v nástroji Startup Wizard (Průvodce spuštěním) a poté vybratz nabídky Recent Files (Nové soubory) nebo kliknout na Browse (Procházet) pro vyhledání datového
souboru.

Okno Data Analysis (Analýza dat)
Okno Data Analysis (Analýza dat) zobrazuje více záložek, přičemž každá záložka zobrazuje analyzovaná
data pro konkrétní metodu analýzy nebo informace specifické pro běh. Záložky se zobrazují pouze tehdy,
jsou-li pro tento typ analýzy k dispozici příslušná data.

Tip: Chcete-li vybrat karty, které chcete zobrazit, vyberte je v rozevírací nabídce View (Zobrazit)v okně Data Analysis (Analýza dat). Chcete-li se vrátit k původnímu rozložení karet, vyberte položky
Settings > Restore Default Window Layout (Nastavení > Obnovit výchozí rozvržení okna).

Uživatelská příručka | 191

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

Panel nástrojů pro analýzu dat
Panel nástrojů v okně Data Analysis (Analýza dat) poskytuje rychlý přístup k důležitým funkcím analýzy
dat.

Tabulka 11 uvádí seznam funkcí tlačítek na panelu nástrojů.
Tabulka 11. Panel nástrojů v okně Data Analysis (Analýza dat)

Tlačítko

Název

FunkcePlate Setup

View/Edit pane (Zobrazit/upravit destičku):(NastaveníOtevře Plate Editor (Editor destiček) pro

destičky)zobrazení a úpravy obsahu jamek.
Replace Plate (Nahradit destičku) – Vyberesoubor destičky, který má nahradit nastavení
destičky.
Apply PrimePCR file (Použít soubor PrimePCR)– Vybere soubor běhu, který má nahradit
nastavení destičky pro běh PrimePCR.

Manage Well

Pro tvorbu, úpravu a odstranění skupin jamek

Groups (Spravovat

klikněte na okno Well Groups Manager (Správce

skupiny jamek)skupiny jamek).

Well Group

Vybere existující název skupiny jamek(Skupina jamek)z rozevírací nabídky. Výchozí výběr je All Wells(Všechny jamky). Toto tlačítko se zobrazí pouze
tehdy, když jsou vytvořeny skupiny.

Analysis Mode

Analyzuje data v režimu Fluorophore (Fluorofor)(Režim analýzy)nebo Target (Produkt).

Help (Nápověda)Otevírá softwarovou nápovědu, ve které najdete
online nápovědu a digitální kopii této příručky veformátu Acrobat PDF.

192 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Data Analysis (Analýza dat)

Panel nabídek pro analýzu dat
Tabulka 12 obsahuje seznam položek nabídky v okně Data Analysis (Analýza dat).
Tabulka 12. Seznam položek v okně Data Analysis (Analýza dat)PoložkanabídkyPříkazFunkceFile (Soubor)

Save (Uložit)Uloží soubor.

Save As (Uložit jako)Uloží soubor s novým názvem.

File Passwords (Hesla souborů)Umožňuje uživatelům nastavit ukládání
souborů a otevírat hesla.

Sign (Podepsat)Umožňuje uživatelům podepsat datový
soubor.

Repeat Run (Opakovat běh)Extrahuje protokol a soubor destičkyz aktuálního běhu pro nové spuštění.

View (Zobrazit)

Close (Zavřít)Zavře okno Data Analysis (Analýza dat).

Run Log (Protokol běhu)Otevře okno Run Log (Protokol běhu)a zobrazí protokol běhu aktuálního datového
souboru.

Revizní záznam

Otevře revizní záznam pro soubor.

Quantification (Kvantifikace), Melt

Zobrazuje analyzovaná data na vybraných

Curve (Křivka tání), Genekartách v okně Data Analysis (Analýza dat).

Expression (Genová exprese),Musí být vybrána alespoň jedna karta.

EndPoint (End-point analýza),Custom Data View (Vlastnízobrazení dat), QC (Kontrolakvality), Run Information(Informace o experimentu)Uživatelská příručka | 193

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

Tabulka 12. Seznam položek v okně Data Analysis (Analýza dat), pokračováníPoložkanabídkyPříkazFunkceSettings

Cq Determination Mode (Režim

Vyberte možnost Regression (Regrese) nebo

(Nastavení)určení Cq)

Single Threshold (Jednotný threshold),a určete tak, jak se vypočítávají hodnoty Cq prokaždou křivku.

Baseline Setting (Poloha baseline)Umožňuje vybrat metodu odečítání polohy
baseline pro vybrané skupiny jamek.

Režim analýzy

Umožňuje analyzovat data s použitím
možnosti Fluorophore (Fluorofor), nebo Target(Produkt).

Počet cyklů zahrnutých do analýzy

Umožňuje vybrat běhy, které se budou
analyzovat.

Baseline ThresholdOtevřte okno Baseline Threshold a upravte
hodnotu baseline nebo threshold.

Trace Styles (Možnosti křivek)Otevře okno Trace Styles (Možnosti křivek).

Plate Setup (Nastavení destičky)Otevře Plate Editor (Editor destiček) pro
zobrazení a úpravu destičky; nahradí aktuální
destičku jedním z uživatelsky definovaných
souborů destiček nebo souborem PrimePCR.

Include All Excluded Wells

Zahrne všechny vyloučené jamky v analýze.

(Zahrnout všechny vyloučené
jamky)
Mouse Highlighting (Zvýraznění

Zapíná nebo vypíná současné zvýraznění dat

myší)

ukazatelem myši.
Tip: Pokud je Mouse Highlighting(Zvýraznění myší) vypnuto, stiskněte
klávesu Control (Ctrl) pro dočasné
zapnutí zvýraznění.

Restore Default Window Layout

Obnoví uspořádání oken na výchozí(Obnovit výchozí rozvržení okna)

nastavení.

194 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Data Analysis (Analýza dat)

Tabulka 12. Seznam položek v okně Data Analysis (Analýza dat), pokračováníPoložkanabídkyPříkazFunkceExportExport All Data Sheets (ExportovatUmožňuje vám vybrat, zda chcete exportovat

všechny tabulky)

všechna zobrazení tabulky z každé karty doformátu CSV nebo TXT. Soubor Excel nebo
XML.

Export RDML File (ExportovatUmožňuje vybrat verzi 1.1 nebo 1.0 RDML, dosoubor RDML)

které chcete soubor exportovat.

Custom Export (Vlastní export)Otevře okno Custom Export (Vlastní export),
ve kterém je možné určit pole, která mají být
exportována, a formát souboru.

Export to LIMS (Export do složky

Otevře okno pro uložení dat do předem

LIMS)

určeného formátu do složky LIMS.

Ruční exportOtevře okno pro identifikaci umístění
ukládaných dat ze všech zobrazení tabulky
v souborech aplikace Excel, speciálně
strukturovaných pro použití společností
Seegene, Inc., a Bio-Rad Laboratories.
Tip: Prohlížeč Seegene můžete také
automaticky spustit při exportu. Další
informace najdete v části Příkazy nabídky
Tools (Nástroje) na straně 65.

Tools (Nástroje)

Reports (Reporty)Otevře report pro konkrétní datový soubor.

Well Group Reports (Report oOtevře okno Well Group Report (Report pro

skupinách jamek)skupiny jamek) pro vytvoření reportu pro
určené skupiny jamek.

Import Fluorophore Calibration

Vyberte kalibrační soubor, který se použije pro(Import kalibrace fluoroforu)

aktuální datový soubor.

qbase+

Spouští qbase+ v2.5 přímo z aktuálního
souboru .pcrd, pokud je nainstalován.

Generate LIMS PLRN fileUloží datový soubor jako soubor PLRN ve(Generovat soubor LIMS PLRN)

formátu LIMS.

Uživatelská příručka | 195

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

Karta Details (Podrobnosti)Každá karta v okně Data Analysis (Analýza dat) obsahuje data z grafu a tabulek pro konkrétní metoduanalýzy a zahrnuje nástroj pro výběr jamek, s jehož pomocí lze vybírat data, která chcete zobrazit. Kdyžse otevře, zobrazí okno Data Analysis (Analýza dat) ve výchozím nastavení kartu Quantification(Kvantifikace). Data z grafu Amplification (Amplifikace) na kartě Quantification (Kvantifikace) můžete
použít ke stanovení příslušného nastavení analýzy pro běh.

Poznámka: Software propojuje data v podoknech každé karty Data Analysis (Analýza dat).
Například při zvýraznění jamky tak, že na ni v nástroji pro výběr jamky umístíte kurzor, zvýrazní se idata ve všech ostatních podoknech.

Nástroj pro výběr Step Number (Číslo kroku)
Systémy CFX Opus Dx mohou získávat fluorescenční data ve více krocích protokolu; software uchovává
data získaná v každém kroku samostatně. CFX Maestro Dx SE zobrazí nástroj pro výběr kroku pod
grafem Standardní křivka na kartě Kvantifikace. Pokud protokol obsahuje alespoň jeden krok sběru dat,
software CFX Maestro Dx SE zobrazí data z prvního kroku sběru.
Pokud protokol obsahuje více než jeden krok sběru, můžete z rozevíracího seznamu vybrat další krok.
Například:Když vyberete krok, software použije tento výběr na všechna data, která se zobrazí v okně Data Analysis(Analýza dat).

196 | Software CFX Maestro Dx SE

Okno Data Analysis (Analýza dat)

Zobrazení skupin jamek v analýze dat
Pro účely nezávislé analýzy pomocí skupin jamek lze jamky na destičce sdružovat do dílčích sad. Kdyžvytvoříte skupiny jamek, objeví se názvy skupin v okně Data Analysis (Analýza dat), v rozevíracím
seznamu Well Groups (Skupiny jamek) na panelu nástrojů.
Jestliže jste vytvořili skupiny jamek, zobrazí software po otevření okna Data Analysis (Analýza dat)výchozí skupinu jamek All Wells (Všechny jamky), která uvádí data pro všechny jamky obsažené
v grafech a tabulkách. V nástroji pro výběr jamek se objeví pouze jamky v načtené skupině s příslušným
obsahem a ve výpočtech pro analýzu dat budou zahrnuta pouze data pro tyto jamky.
Tip: Pro tvorbu, úpravu a odstranění skupin jamek klikněte na položku Manage Well Groups(Spravovat skupiny jamek) na panelu nástrojů.
Poznámka: Pokud jste nevytvořili skupiny jamek, rozevírací seznam Well Groups (Skupiny jamek)
se na panelu nástrojů neobjeví.

Změna obsahu jamky po ukončení běhuPokud dojde během analýzy dat ke změnám ve způsobu zobrazení dat nebo popisu jednotlivých jamek,
Plate Editor (Editor destiček) nikdy nezmění fluorescenční data shromážděná z každé jamky v průběhu
experimentu. Naměřené hodnoty fluorescence není možné vymazat, ale lze je vyloučit ze zobrazenía z analýzy.

Jak změnit obsah jamek po ukončení běhuu

V okně Data Analysis (Analýza dat) klikněte na Plate Setup (Nastavení destičky) a vyberte jednu
z následujících možností:n

Edit/View Plate (Editovat/upravit destičku) – otevře nástroj Plate Editor (Editor destiček), ve
kterém můžete provádět manuální změny nastavení.

n

Replace Plate File (Nahradit soubor destičky) – otevře prohlížeč Select Plate (Vybrat
destičku), ve kterém můžete přejít na dříve uložený soubor destičky, jímž chcete nahradit
aktuální nastavení destičky.

nApply PrimePCR file (Použít soubor PrimePCR) – otevře dialogové okno Select PrimePCR
file (Vybrat soubor PrimePCR), ve kterém můžete přejít na spouštěcí soubor PrimePCR a použít
jej pro nastavení destičky.

Tip: Informace o obsahu jamky můžete přidávat nebo upravovat před během PCR, během něj nebo
po jeho ukončení. Před cyklem musíte přiřadit režim skenování a velikost destičky. Tyto parametry užnelze po ukončení běhu změnit.

Uživatelská příručka | 197

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

Nastavení analýzy dat
Data v grafu Amplification (Amplifikace) na kartě Quantification (Kvantifikace) zobrazují relativní
fluorescenci (RFU) pro každou jamku v každém cyklu. Každá křivka v grafu představuje data pro jeden
fluorofor v jedné jamce. Tato data jsou použita pro stanovení hodnot Cq pro každou jamku na základě
jednoho fluoroforu. Software používá k určení hodnot Cq jeden ze dvou režimů:nRegression (Regrese) – aplikuje vícerozměrný, nelineární regresní model pro jednotlivé křivky
a pak tento model používá k výpočtu optimálních hodnot Cq.

nSingle Threshold (Jednotný threshold) – používá jedinou hodnotu threshold pro výpočet hodnot
Cq na základě hodnoty průniku jednotlivých fluorescenční křivek.

Vyberte položky Settings (Nastavení) > Cq Determination Mode (Režim určení) a vyberte režim určení
hodnot Cq.

Nastavení hodnoty Threshold
V režimu Single Threshold (Jednotný threshold) můžete upravit threshold pro fluorofor tak, že kliknete nařádek s hodnotou threshold v grafu Amplification (Amplifikace) a svisle kurzor posunete. Případně můžete
stanovit přesný práh překročení pro vybraný fluorofor.

Nastavení baseline
Software automaticky nastaví hodnotu baseline individuálně pro každou jamku. Nastavení baselineurčuje metodu odečítání baseline pro všechny fluorescenční křivky. Software poskytuje tři možnosti
odečítání polohy baseline:n

No Baseline Subtraction (Bez odečtu baseline) – zobrazí data jako relativní fluorescenční křivky.
Některé analýzy v tomto režimu analýzy nejsou možné, a proto software nezobrazuje karty Gene
Expression (Genová exprese), EndPoint (End-point analýza) a Allelic Discrimination (Alelická
diskriminace).

nBaseline Subtracted (Baseline odečtena) – zobrazí data jako křivky po odečtení hodnoty baseline
pro každý fluorofor v jamce. Software musí od dat odečíst hodnoty baseline pro stanovení cyklů
kvantifikace, vytvoření standardních křivek a určení koncentrace neznámých vzorků. Aby segenerovala data s odečtením baseline hodnoty, software proloží optimální přímku procházející
zaznamenanou fluorescencí každé jamky během baseline cyklů a pak odečte ideálně proložená data
od pozadí odečtených dat v každém cyklu.

nBaseline Subtracted Curve Fit (Úprava odečtené linie baseline) – zobrazí data jako odečtené
hodnoty baseline a software vyhladí odečtenou základní linii pomocí středového filtru. Tento proces
se provádí tak, že všechny hodnoty Cq zůstávají beze změny.

198 | Software CFX Maestro Dx SE

Nastavení analýzy datKromě těchto možností můžete také vybrat možnost Apply Fluorescent Drift Correction (Použít korekci
posunu fluorescence). Pro jamky, které mají abnormálně driftující hodnoty RFU během počátečních několikacyklů běhu, software odvodí odhadovanou baseline ze sousedních jamek, pro které byla úspěšně vytvořena
horizontální baseline.

Změna nastavení odčítání linie baselineuVyberte položky Settings > Baseline Setting (Nastavení > Poloha baseline).

Režim analýzy
Data mohou být seskupena a analyzována podle fluoroforu nebo podle názvu produktu. Při seskupení podle
fluoroforu se zobrazují datové stopy podle fluoroforu, jak je uvedeno v nastavení destičky pro daný běh.
Údaje o individuálních fluoroforech se objevují v grafu amplifikace a standardní křivky (je-li k dispozici),
pokud jsou vybrána příslušná zaškrtávací políčka nástroje pro výběr fluoroforu, nacházející se pod grafem
amplifikace.

Při seskupení podle produktu se zobrazují datové stopy podle názvu produktu zadaného v nastavení
destičky pro daný běh.

Výběr režimu analýzy datu

Postupujte následovně:n

Vyberte Settings > Analysis Mode (Nastavení > Režim analýzy).

n

Vyberte režim z rozbalovací nabídky Analysis Mode (Režim analýzy) na panelu nástrojů.

Uživatelská příručka | 199

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

Počet cyklů zahrnutých do analýzy
Počet cyklů pro analýzu můžete omezit. Můžete rovněž analyzovat data z konkrétních setů zahrnujících
omezený počet cyklů. Maximální počet cyklů, které lze analyzovat, je 50.
Poznámka: Odstranění cyklů na začátku pracovního běhu může mít významný dopad na nastaveníbaseline.

Jak omezit analýzu dat na konkrétní rozsah cyklů
1.

Vyberte položky Settings > Cycles to Analyze (Nastavení > Cykly pro analýzu).
Otevře se dialogové okno Cycles to Analyze (Cykly pro analýzu).

2.

Zadejte počáteční a koncové hodnoty cyklu a klikněte na OK.

Klikněte na možnost Restore Defaults (Obnovit výchozí hodnoty) v dialogovém okně Cycles to Analyze(Cykly pro analýzu) pro návrat k cyklům, které byly pro analýzu původně použity.

200 | Software CFX Maestro Dx SE

Nástroj pro výběr jamky

Nástroj pro výběr jamky
Nástroj pro výběr jamky slouží k zobrazení nebo skrytí dat jamky v grafech nebo tabulkách v okně Data
Analysis (Analýza dat). V nástroji pro výběr jamky lze vybrat pouze jamky naplněné vzorkem. Softwarepoužívá barvy pro označení jamek v nástroji pro výběr jamky:nBlue (Modrá) – označuje vybrané jamky. Data z vybraných jamek se zobrazí v okně Data Analysis(Analýza dat).

nLight gray (Světle šedá) – označuje nevybrané jamky Data z nevybraných jamek se zobrazí v okněData Analysis (Analýza dat).

nDark gray (Tmavě šedá) – označuje prázdné jamky.

Zobrazení nebo skrytí dat o jamceu

V nástroji pro výběr jamky postupujte následovně:n

Chcete-li skrýt jednu jamku, klikněte na konkrétní jamku. Chcete-li tuto jamku zobrazit, klikněte
na ni znovu.

nChcete-li skrýt více jamek, přetáhněte kurzor přes jamky, které chcete vybrat. Chcete-li tyto
jamky zobrazit, znovu kurzor přetáhněte.

n

Kliknutím na levý horní roh destičky skryjete všechny jamky. Pro výběr všech jamek klikněte
znovu na levý horní roh.

n

Kliknutím na začátek sloupce nebo řádku skryjete příslušné jamky. Klepnutím na sloupec nebořádek znovu jamky zobrazíte.

Uživatelská příručka | 201

Kapitola 10 Analýza dat - přehledPoložky nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši
Tabulka 13 obsahuje seznam možností dostupných v zobrazení nástroje pro výběr jamek po kliknutímpravým tlačítkem myši.
Tabulka 13. Položky nabídky pro výběr jamek po kliknutí pravým tlačítkem myšiPoložka

FunkceWell XX (Jamka XX)

Zobrazí pouze tuto jamku, odstraní tuto jamku z náhledu, nastavíbarvu této jamky nebo vyjme tuto jamku z analýzy.

Selected Wells (Vybrané jamky)

Zobrazí pouze tyto jamky, odstraní tyto jamky z náhledu, nastaví barvu(kliknout pravým tlačítkem myšitěchto jamek, nebo vyjme tyto jamky z analýzy.

a přetáhnout)
Copy (Kopírovat)

Zkopíruje obsah jamky do schránky, včetně typu vzorku a volitelnéhočísla replikace.

Copy as Image (Kopírovat jako

Zkopíruje zobrazení nástroje pro výběr jamek jako obrázek.

obrázek)
Print (Tisk)

Vytiskne zobrazení nástroje pro výběr jamek.

Print Selection (Vytisknout

Vytiskne aktuální výběr.

výběr)
Export to Excel (Export do

Exportuje data do tabulky Excel.

aplikace Excel)
Export to CSV (Export do

Exportuje data jako dokument .csv.

souboru CSV)
Export to Xml (Export do

Exportuje data jako dokument ve formátu .xml.

souboru XML)
Well Labels (Popis jamek)Změní popisy jamek na Sample Type (Typ vzorku), Target Name
(Název produktu), nebo Sample Name (Název vzorku).

202 | Software CFX Maestro Dx SE

Nástroj pro výběr jamky

Dočasné vyloučení jamek z analýzy
Jak dočasně vyloučit jamky z analýzy dat
1.

Klikněte pravým tlačítkem myši na nástroj pro výběr jamky, na křivku fluorescence nebo na bod
zanesený na standardní křivku. Pro vyloučení více jamek tyto jamky, křivky nebo body zvýrazněte
tak, že na ně kliknete pravým tlačítkem myši a přetáhnete je.

2.

Z nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši vyberte příslušnou možnost:nWell > Exclude Well (Jamka > Vyloučit jamku)nSelected Wells > Exclude from Analysis (Vybrané jamky > Vyloučit z analýzy)n

Selected Traces > Exclude these wells from Analysis (Vybrané křivky > Vyloučit tyto jamky
z analýzy)Případně pokud chcete trvale odejmout jamky z analýzy, vymažte obsah jamek v nástroji Plate Editor(Editor destiček) tak, že kliknete na tlačítko Clear Wells (Vymazat jamky).
Důležité: Obsah každé vymazané jamky musíte znovu zadat.

Jak zahrnout vyloučenou jamkuuKlikněte pravým tlačítkem myši na příslušnou jamku v nástroji pro výběr jamek a vyberte položky
Well > Include Well in Analysis (Jamka > Zahrnout jamku do analýzy).

Uživatelská příručka | 203

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

GrafyKaždý graf v okně Data Analysis (Analýza dat) zobrazuje data v různých diagramech a zahrnuje možnosti
pro úpravu a export dat nebo grafických prvků grafu.

Nástroje grafu
Tabulka 14 obsahuje seznam možností dostupných po kliknutím pravým tlačítkem myši ve většině grafů.
Tabulka 14. Položky nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši společné ve většině grafů

Položka

FunkceCopy (Kopírovat)

Zkopíruje graf do schránky.

Save Image As... (Uložit

Uloží graf jako soubor obrázku. Nastavte rozlišení a rozměry obrázku

obrázek jako...)a potom vyberte typ souboru (PNG, GIF, JPG, TIF, nebo BMP).

Page Setup... (Nastavení

Vybere nastavení stránky pro tisk.

stránky...)Print... (Tisk...)Vytiskne graf.

Set Scale to Default (Nastavit

Zobrazí všechna data ve sloupcovém grafu. Posuvníky se objeví, kdyžměřítko na výchozí)

je v grafu zobrazeno příliš mnoho datových bodů / vzorků.

Nastavení grafu

Nastavení grafu (Copy to Clipboard) – otevře dialog Chart Settings(Nastavení grafu), ve kterém můžete upravit možnosti zobrazení grafu
včetně těchto položek:n Názvy grafů a os
n Písmo a velikost grafu a osy
n Měřítko osy
n Pozice legendy

Nástroje grafu se zobrazí v každém grafu v okně Data Analysis (Analýza dat). U všech grafů jsou
následující nástroje:
Copy to Clipboard (Kopírovat do schránky) – zkopíruje obsah zobrazení grafu do schránky.
Chart Settings (Nastavení grafu) – otevře dialog Chart Settings (Nastavení grafu), ve kterém můžete
upravit možnosti zobrazení grafu.
Export (Exportovat) – otevře dialog Export Options (Možnosti exportu), ze kterého můžete změnit
rozlišení a velikost grafu a uložit ho na určené místo jako jeden z následujících typů souborů:n.bmp

204 | Software CFX Maestro Dx SE

Grafy

n

.jpg

n

.png

Nástroje sloupcového grafuKromě výše uvedených funkcí zobrazují sloupcové grafy následující nástroje:
Sort (Řazení) – třídí produkty a vzorky abecedně nebo v obráceném pořadí.
Color Settings (Nastavení barvy) – otevře okno Color Settings (Nastavení barvy), kde můžete změnit
barvu produktů nebo vzorků.
Více informací naleznete v části Změna a anotace zobrazení grafu na straně 264.

Nástroje grafu amplifikaceKromě výše uvedených funkcí zobrazují grafy amplifikace následující nástroje:
Trace Styles (Možnosti křivek) – otevře dialogové okno Trace Styles (Možnosti křivek), kde můžete
upravit vzhled křivek a grafu křivek amplifikace.
Baseline Threshold – otevře dialogové okno Baseline Threshold (Výchozí práh), kde můžete upravitvýchozí baseline pro vybrané jamky nebo změnit hodnotu threshold pro každou fluorescenční křivku
v grafu amplifikace.

Kopírování dat z grafů do schránky
Náhled grafu můžete kopírovat a vložit jej do jakékoliv aplikace, která umí pracovat s bitmapovými
obrazovými soubory.

Jak kopírovat data z grafů do schránky
1.

Z nástrojů grafu vyberte ikonu Copy to Clipboard (Kopírovat do schránky).

2.

Otevřete aplikaci, která umí pracovat s bitmapovými obrázky, například Microsoft Word.

3.

Klikněte pravým tlačítkem myši a vyberte možnost Paste (Vložit) pro vložení bitmapového obrázku zeschránky do aplikace.

Změna nastavení zobrazení grafu
V dialogovém okně Chart Settings (Nastavení grafu) můžete měnit názvy, fonty a velikosti, měřítko osa umístění legendy zobrazeného grafu. Provedené změny platí pouze pro zobrazený graf a společně
s grafem se uloží.

Uživatelská příručka | 205

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

Jak změnit nastavení zobrazení grafu
1.

Z nástrojů grafu klikněte na Chart Settings (Nastavení grafu).
Otevře se dialogové okno Chart Settings (Nastavení grafu).

2.

3.

Vyberte kartu Chart And Axes (Graf a osy) pro:nzadání názvu grafu;nzadání nového názvu osy X a stanovení úhlu popisů;nzadání nového názvu osy Y.

Vyberte kartu Fonts (Fonty) pro změnu fontu grafu a jeho velikosti.
Tip: Ve výchozím nastavení se při změně velikosti grafu automaticky mění i velikost fontu.
Vyberte Change Font Size (Změnit velikost fontu) pro nastavení statické velikosti fontu prokaždý typ popisku.

4.

5.

Vyberte kartu Axes Scale (Měřítko os) pro:nzrušení automatické změny měřítka os X a Y a stanovení minimální a maximální hodnotyměřítka;nzobrazení mřížky nebo osových značek v grafu.

Vyberte kartu Legend (Legenda) pro:nskrytí legendy grafu;nzměnu výchozí pozice legendy grafu.

206 | Software CFX Maestro Dx SE

GrafyPoznámka: Pokud se legenda nachází nalevo nebo napravo od grafu, obsahuje pouze prvních
deset fluoroforů v grafu.
6.

Kliknutím na Apply (Použít) můžete kdykoliv zobrazit změny nastavení grafu, aniž byste je uložili.

7.

Pro uložení změn a návrat ke grafu klikněte na OK.

Export grafu
Toto dialogové okno slouží k úpravě šířky, výšky a rozlišení grafu pro jeho export v jednomz následujících formátů souborů:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Exportovaný graf pak můžete použít k zobrazení výsledků v posterových relacích, prezentacích Microsoft
PowerPoint a odborných časopisech.
Poznámka: Při úpravě nastavení zvažte následující:nnMaximální a minimální limity šířky a výškyoPři rozlišení 72 dpi: 0,25–210,82 cmoPři 96 dpi: 0,25–157,48 cmoPři 150 dpi: 0,25–101,6 cmoPři 300 dpi: 0,25–50,8 cmoPři 600 dpi: 0,25–25,4 cmo

Ve všech rozlišeních: 2–6 000 pixelů

Poměr stran odpovídá šířce.

Export grafu
1.

Z nástrojů grafu klikněte na Export.
Zobrazí se dialogové okno Export Preview (Náhled exportu).

Uživatelská příručka | 207

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

2.

Podle potřeby upravte nastavení zobrazení.

3.

Klikněte na položku Export (Exportovat).

4.

V dialogovém okně Export postupujte následovně:5.

a.

(Volitelné) Přejděte do složky, do které chcete uložit graf.

b.

Zadejte název souboru a vyberte typ souboru z rozevíracího seznamu.

Klepnutím na tlačítko Save (Uložit) uložte graf.

Úprava nastavení Baseline Threshold
V režimu Single Threshold (Jednotný threshold) můžete upravit threshold pro fluorofor tak, že kliknete nařádek s hodnotou threshold v grafu Amplification (Amplifikace) a svisle kurzor posunete. Případně můžete
stanovit přesnou hodnotu threshold pro vybraný fluorofor.
Tip: Na kartě Data Analysis (Analýza dat) v nabídce User > User Preferences (Uživatel > Uživatelsképředvolby) můžete určit rozsah cyklu, abyste stanovili baseline pro všechny datové soubory.

Jak nastavit rozsah hodnoty baseline pro každou jamku
1.

Na kartě Quantification (Kvantifikace) vyberte jeden fluorofor pod grafem Amplification (Amplifikace).

2.

Z nástrojů grafu vyberte Baseline Threshold.
Otevře se dialogové okno Baseline Threshold.

208 | Software CFX Maestro Dx SE

Grafy3.

V části Baseline Cycles (Běhy baseline) postupujte následovně:n

Pro výběr jedné jamky klikněte na číslo jejího řádku.

n

Pro výběr několika sousedních jamek klikněte na číslo řádku první jamky a táhněte v sloupcidolů až k poslední jamce.

n

Pro výběr několika jamek, které se nenacházejí vedle sebe, stiskněte klávesu Control a klikněte
postupně na čísla řádků všech cílových jamek.

n4.

Pro výběr všech jamek klikněte na levý horní roh tabulky.

Upravte rozsah hodnoty baseline pro všechny vybrané jamky, popř. změňte číslo počátečního
a koncového cyklu v dolní části tabulky.
Tip: Pro návrat nastavení na poslední uložené hodnoty klikněte na položku Reset All User
Defined Values (Resetovat všechny hodnoty definované uživatelem).

5.

Pro uložení změn a návrat ke grafu klikněte na OK.

Jak stanovit rozsah cyklu pro všechny datové souboryuV okně Home (Domů) nebo Plate Editor (Editor destiček) vyberte User > User Preferences (Uživatel> Uživatelské předvolby) a zvolte kartu Data Analysis (Analýza dat).

Výběr cílových hodnot, dat vzorků a biologických skupin
Poznámka: Tato možnost je k dispozici pouze v grafu genové exprese.
Ve výchozím nastavení se seznamy Targets (Produkty), Samples (Vzorky) a Biological Groups(Biologické skupiny) zobrazují v abecedním pořadí. Dialogové okno Sort (Řazení) slouží k řazenízobrazení v obráceném abecedním pořadí nebo k ručnímu přesunutí výrazu na jinou pozici v seznamu.

Výběr cílových hodnot, dat vzorků a biologických skupin
1.

Z nástrojů grafu klikněte na Export.
Zobrazí se dialogové okno Gene Expression Chart Sorting (Výběr dat grafu genové exprese).

Uživatelská příručka | 209Kapitola 10 Analýza dat - přehled2.

V dialogovém okně klikněte na položku Z-A a seřadíte seznam v obráceném abecedním pořadí.

3.

Chcete-li termín ručně přesunout, vyberte jej a klikněte na příslušné tlačítko mezi grafy:

4.

nKliknutím na šipku nahoru nebo dolů přesunete vybraný termín o jednu pozici.

nKliknutím na šipku nahoru nebo dolů přesunete vybraný výraz na začátek nebo na konec
seznamu.

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a vraťte se na kartu Gene Expression (Genová exprese).

210 | Software CFX Maestro Dx SE

GrafyZměna nastavení barev produktu a vzorku
Poznámka: Tato možnost je k dispozici pouze v grafu genové exprese.
Pomocí dialogového okna Color Settings (Nastavení barev) můžete měnit barvu produktu nebo vzorku,
popř. odstranit položku z grafu.

Jak změnit nastavení barev
1.

Z nástrojů grafu vyberte Color Settings (Nastavení barev).
Zobrazí se dialogové okno Color Settings (Nastavení barev).

2.

Pro změnu barvy zobrazení produktu nebo vzorku klikněte na jeho barvu ve sloupci Color (Barva).

3.

V zobrazeném dialogovém okně Color (Barva) vyberte novou barvu a klikněte na tlačítko OK.

4.

Chcete-li odstranit položku z grafu genové exprese, odznačte příslušné zaškrtávací políčko v sloupciShow Chart (Zobrazit graf).
Tip: Chcete-li odstranit všechny položky z grafu genové exprese, odznačte zaškrtávací políčko
Show Chart (Zobrazit graf) v hlavičce sloupce.

5.

(Volitelné) Ve výchozím nastavení se barva sloupcového grafu zobrazí ve formě gradientu. Pro
zobrazení vyplněné barvy vyberte položku Use Solid Colors (Použít plné barvy).

6.

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a vraťte se na kartu Gene Expression (Genová exprese).

Uživatelská příručka | 211

Kapitola 10 Analýza dat - přehledZvětšení oblasti v grafu
Jak zvětšit oblast v grafuuKlikněte a přetáhněte kurzor přes graf a následně klikněte na položku Zoom (Lupa). Software změní
velikost grafu a vystředí jej na vybranou oblast.
Poznámka: * V případě sloupcového grafu nemusíte na vyskakovací příkaz Zoom (Lupa) klikat.

Jak resetovat graf chart na plný náhled
uKlikněte pravým tlačítkem myši na graf a vyberte položku Set Scale to Default (Nastavit měřítko navýchozí).

Kopírování grafů do souboru Microsoft
Datové grafy můžete kopírovat do dokumentů pro Microsoft Word, Excel nebo PowerPoint. Rozlišení
obrázku odpovídá rozlišení obrazovky, ze které byl obrázek získán.

Jak kopírovat grafy do souboru Microsoft
1.

V okně Analýza dat klikněte na Kopírovat do schránky v pravém horním rohu podokna grafu.

2.

Otevřete prázdný soubor Microsoft a vložte obsah ze schránky.

Společné položky nabídky pro grafy po kliknutí pravým tlačítkem
myši
Tabulka 15 uvádí položky nabídky pravým tlačítkem myši, které jsou k dispozici v grafech. Některépoložky jsou k dispozici pro všechny grafy, včetně položek ke změně zobrazení dat nebo k snadnému
exportu dat z grafu.
Tabulka 15. Položky nabídky pro grafy po kliknutí pravým tlačítkem myšiPoložka

FunkceCopy (Kopírovat)

Zkopíruje graf do schránky.

Save Image AsUloží obrázek v zadané velikosti, rozlišení a typu souboru, včetně PNG (výchozí),(Uložit obrázek

JPG a BMP.

jako)
Page Setup

Zobrazí možnosti nastavení tisku.

(Nastavení
stránky)

212 | Software CFX Maestro Dx SE

GrafyPoložka

FunkcePrint (Tisk)

Vytiskne graf.

Set Scale toPo zvětšení grafu vrátí graf do výchozího zobrazení.

Default (Nastavitměřítko navýchozí)Chart OptionsOtevře okno Chart Options (Možnosti grafu) pro změnu grafu, včetně názvu, výběru

(Možnosti grafu)

limitů pro osy x a y a zobrazení rastrových čar a menších zaškrtnutí v osách.

Poznámka: Položky nabídky, které se vztahují na konkrétní grafy, jsou popsány v Kapitola 11,
Podrobnosti o analýze dat.

Uživatelská příručka | 213

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

Tabulky
Tabulky zobrazené v náhledu Data Analysis (Analýza dat) obsahují možnosti pro řazení a přenos dat.
Můžete sloupce řadit jedním z následujících způsobů:n

Klikněte a přetáhněte sloupec do nové pozice ve vybrané tabulce.

n

Pro řazení dat ve vzestupném nebo sestupném pořadí klikněte na záhlaví sloupce.

Jak seřadit až tři sloupce dat v okně Sort (Řazení)
1.

Klikněte pravým tlačítkem myši do tabulky a vyberte položku Sort (Řazení).

2.

V dialogovém okně Sort (Řazení) vyberte název prvního sloupce, který chcete seřadit. Seřaďte datave vzestupném nebo sestupném pořadí.

3.

Vyberte druhý nebo třetí sloupec k řazení a zvolte možnost Ascending (Vzestupně) nebo Descending(Sestupně).

4.

Klikněte na OK pro řazení dat nebo na Cancel (Zrušit) pro ukončení řazení.

Tip: Zvýrazněte data v příslušných grafech a v nástroji pro výběr jamek tak, že podržíte kurzor nadbuňkou. Klikněte do buňky pro zkopírování a vložení jejího obsahu do jiného softwarového
programu.

Společné položky nabídky pro tabulky po kliknutí pravým
tlačítkem myši
Tabulka 16 zobrazuje položky nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši dostupné v libovolném
zobrazení tabulky.
Tabulka 16. Položky nabídky pro tabulky po kliknutí pravým tlačítkem myšiPoložka

FunkceCopy (Kopírovat)

Zkopíruje obsah vybraných jamek do schránky a vloží obsah dotabulky, jako je Excel.

Copy as Image (Kopírovat jako

Zkopíruje zobrazení tabulky jako soubor obrázku a vloží jej doobrázek)souboru, který akceptuje soubor obrázku. Může jít například
o textové, obrázkové nebo tabulkové soubory.

Print (Tisk)

214 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytiskne aktuální zobrazení.

Tabulky

Tabulka 16. Položky nabídky pro tabulky po kliknutí pravým tlačítkem myši, pokračováníPoložka

FunkcePrint Selection (Vytisknout

Vytiskne aktuální výběr.

výběr)
Export to Excel (Export do

Exportuje data do tabulky Excel.

aplikace Excel)
Export to Text (Export do

Exportuje data do textového souboru.

textového souboru)
Export to CSV (Export do

Exportuje data do souboru .csv.

souboru CSV)
Export to Xml (Export do souboru

Exportuje data do souboru .xml.

XML)
Export to Html (Export do

Exportuje data do souboru .html.

souboru HTML)
Find (Najít)

Vyhledá text.

Sort (Řazení)Seřadí data až do tří sloupců.

Select Columns (Vybrat sloupce)

Vybere sloupce, které budou zobrazeny v tabulce.

Uživatelská příručka | 215

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

Export
CFX Maestro Dx SE obsahuje čtyři možnosti exportu z rozevírací nabídky Export:nExport All Data Sheets (Exportovat všechny tabulky)nExport RDML Files (Export souborů RDML)n

Custom Export (Vlastní export)nExport to LIMS (Export do složky LIMS)n

Ruční export

Export všech tabulek
Všechny náhledy tabulek z každé karty softwaru CFX Maestro Dx SE můžete exportovat do jednotlivých
souborů.

Exportovat všechny tabulkyuVyberte Export > Export All Data Sheets (Exportovat > Exportovat všechny tabulky) a poté vyberte
typ souboru, který chcete:n

CSV (*.csv)

nText (*.txt)

nSešit aplikace Excel (* .xlsx)
Exportované analýzy se ukládají do několika souborů sešitu aplikace Excel s jedním listem
s analytickými daty na každý soubor. Když analýza zahrnuje více fluoroforů, data z každého
fluoroforu se exportují na samostatný list.

nSešit Excel - kombinovaný (* .xlsx)
Exportované analýzy se ukládají do jednoho souboru aplikace Excel, který obsahuje několiklistů, jeden pro každou sadu dat analýzy.

n

Excel 97 - 2003 ( *.xls)
Důležité: Abyste mohli exportovat data do tabulky Microsoft Excel, musí být v počítači
nainstalován program Microsoft Excel.

n

Xml (*.xml)

216 | Software CFX Maestro Dx SE

ExportExport souborů RDML
RDML je strukturovaný a univerzální datový standard pro výměnu kvantitativních dat PCR (qPCR).
Datový standard je textový soubor ve formátu .xml (Extensible Markup Language). Další informace
o formátu výměny dat RDML naleznete na webových stránkách Mezinárodního konsorcia RDML
(www.rdml.org).
Důležité: Exportované soubory RDML obsahují data analýzy s nastavením základní linie, kterépoužijete v okně Data Analysis (Analýza dat). Další informace o nastavení základní linie naleznetev části Nastavení baseline na straně 198.
Poznámka: Pokud používáte verzi softwaru qbase+ 2.3 nebo vyšší, uložte soubor RDML jako verzi
1.1.

Export souboru RDML
1.

Vyberte položky Export > Export RDML Files (Export > Exportovat soubory RDML) a ze zobrazeného
seznamu vyberte RDML v1.1 nebo RDML v1.0.
Otevře se dialogové okno Save As (Uložit jako).

2.

V dialogovém okně Save As (Uložit jako) uveďte název souboru a umístění, do kterého se soubor
RDML uloží.

3.

Klepnutím na OK se exportovaný soubor uloží.

Uživatelská příručka | 217

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

Tvorba vlastního souboru pro export
Vytvoření vlastního souboru pro export
1.

Vyberte položky Export > Custom Export (Exportovat > Vlastní export). Zobrazí se dialogové okno
Custom Export (Vlastní export).

2.

Z rozevíracího seznamu, který se objeví, vyberte formát exportu.

3.

Zaškrtněte políčka u položek, které chcete exportovat.

4.

(Volitelné) Chcete-li změnit názvy sloupců, klikněte na tlačítko Customize Column Name (Upravit
názvy sloupců).

5.

Klikněte na položku Export (Exportovat). Otevře se dialogové okno Save As (Uložit jako).

218 | Software CFX Maestro Dx SE

Export6.

V dialogovém okně Save As (Uložit jako) uveďte název souboru a umístění, do kterého seexportovaný soubor uloží.

7.

Klepnutím na OK se exportovaný soubor uloží.

Uživatelská příručka | 219

Kapitola 10 Analýza dat - přehled

Export do složky LIMS
Můžete data exportovat do souborového formátu kompatibilního s LIMS. Více informací o vytvoření,správě a používání souborů LIMS uvádí Příloha C, Integrace LIMS.

Jak exportovat data ve formátu LIMS
1.

Vyberte položky Export > Export to LIMS Folder (Exportovat > Export do složky LIMS).
Otevře se dialogové okno Save As (Uložit jako).

2.

V dialogovém okně Save As (Uložit jako) uveďte název souboru a umístění, do kterého seexportovaný soubor uloží.

3.

Klepnutím na OK se exportovaný soubor uloží.

Export dat ve formátu Seegene
Data ze všech náhledů tabulek můžete exportovat do souborů aplikace Excel, jejichž struktura je
upravena konkrétně pro použití společností Seegene, Inc.
Tip: Po dokončení exportu můžete také automaticky spustit prohlížeč Seegene. Další informace
najdete v části Příkazy nabídky Tools (Nástroje) na straně 65.

Jak exportovat data ve formátu Seegene
1.

Vyberte možnost Export > Manual Export (Ruční export).
Zobrazí se dialogové okno Browse For Folder (Najít složku).

2.

V dialogovém okně Browse For Folder (Najít složku) uveďte umístění složky, do které seexportované soubory aplikace Excel (.xlsx) ve formátu Seegene uloží.
Analýzy se exportují do více souborů sešitu aplikace Excel s jedním listem s analytickými daty nakaždý soubor.

3.

Kliknutím na OK se exportované soubory uloží.

220 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat
Okno Data Analysis (Analýza dat) Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice obsahuje více karet, zekterých lze zobrazit data. Tato kapitola podrobně vysvětluje tyto záložky.
Tip: V okně Data Analysis (Analýza dat) můžete pomocí nabídky View (Zobrazit) vybrat, které karty
se mají zobrazit. Vlastní rozložení se uloží s datovým souborem.

Uživatelská příručka | 221

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Karta Quantification (Kvantifikace)
Pomocí dat na kartě Quantification (Kvantifikace) nastavíte podmínky analýzy dat, včetně nastavení
hodnoty baseline pro jednotlivé jamky a nastavení threshold. Karta Quantification (Kvantifikace)
zobrazuje data v těchto čtyřech náhledech:nGraf Amplification (Amplifikace) – zobrazuje relativní jednotky fluorescence ( RFU ) pro každou
jamku při každém cyklu. Každá křivka v grafu představuje data pro jeden fluorofor v jedné jamce.

nStandard curve (Standardní křivka) – objeví se pouze v případě, že pracovní běh obsahuje jamkyoznačené jako standardní typ vzorku (Std (Standardní)). Standardní křivka zobrazuje hodnotu Cq
oproti log zobrazení počátečního množství. Legenda ukazuje účinnost reakce (E) pro každý fluoroforv jamkách se standardním typem vzorku.

nNástroj pro výběr jamky – vybere jamky s fluorescenčními daty, které chcete zobrazit.

nTabulka – zobrazí tabulku dat shromážděných ve vybraných jamkách.

Možnosti pro fluorofor
Pro zobrazení dat o fluoroforu v grafech a tabulkách na kartě Quantification (Kvantifikace) vyberte cílové
fluorofory pod grafem Amplification (Amplifikace). Pro skrytí dat o fluoroforu v okně analýze dat odznačtepříslušné zaškrtávací políčko.

222 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Quantification (Kvantifikace)

Dialogové okno Trace Styles (Možnosti křivek)
Pomocí dialogového okna Trace Styles (Možnosti křivek) můžete upravit vzhled křivek při amplifikaci
a grafů křivek tání na kartách Quantification (Kvantifikace) a Melt Curve (Křivka tání). Následně můžete
zobrazit náhled změn v nástroji pro výběr jamek, který naleznete v dialogovém okně Trace Styles(Možnosti křivek).

Jak upravit zobrazení křivky
1.

Na grafu Amplification (Amplifikace) vyberte pouze jeden fluorofor.

2.

Otevřete dialogové okno Trace Styles (Možnosti křivek) jedním z následujících způsobů:n

Klikněte na Trace Styles (Možnosti křivek) v grafu Amplification (Amplifikace).

n

V panelu nabídek Data Analysis (Analýza dat) vyberte položky Settings > Trace Styles(Nastavení > Možnosti křivek).

nKlikněte pravým tlačítkem na křivku a vyberte Trace Styles (Možnosti křivek).

Otevře se dialogové okno Trace Styles (Možnosti křivek).

3.

V nástroji pro výběr jamek v dolním podokně dialogového okna Trace Styles (Možnosti křivek)
vyberte konkrétní sadu jamek. Případně vyberte jamky obsahující jeden typ vzorku v rozevíracím
nabídce ve sloupci Wells (Jamky).

4.

Postupujte následovně:Uživatelská příručka | 223

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze datn

Pro výběr barvy pro vybrané jamky klikněte na políčko ve sloupci Color (Barva).

n

Pro přiřazení symbolu vybraným jamkám vyberte symbol z rozevíracího seznamu Symbol.

n

Pro rychlé vybarvení jamek podle štítku tlačítka klikněte na příslušný rychlý výběr:noRandom by Well (Náhodně podle jamky),oRandom by Replicate (Náhodně podle replikátu),o

Use Fluor Colors (Použít barvy fluoroforu),o

Use Target Colors (Použít barvy produktů),o

Use Sample Colors (Použít barvy vzorků).

Pro přiřazení popisů jamek vyberte možnost Sample Type (Typ vzorku), Target Name (Název
produktu), Sample Name (Název vzorku) nebo Symbol.

Možnost Log Scale (Logaritmické měřítko)Vyberte Log Scale (Logaritmické měřítko) pod grafem Amplification (Amplifikace) pro zobrazení křivek
fluorescence v semilogaritmickém měřítku:Tip: Pro zvětšení jakékoliv oblasti grafu přetáhněte kurzor přes cílovou oblast. Pro návrat na plnýnáhled klikněte pravým tlačítkem myši na graf a vyberte možnost Set Scale to Default (Nastavitměřítko na výchozí).

224 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Quantification (Kvantifikace)

Standard Curve Chart (Graf standardních křivek)
Software vytvoří graf Standard Curve (Graf standardních křivek) na kartě Quantification (Kvantifikace),
jestliže data zahrnují typy vzorků definovaných jako Std alespoň pro jeden fluorofor v experimentu.

Graf Standard Curve (Graf standardních křivek) zobrazuje následující informace:nNázev každé křivky (fluorofor nebo produkt).

n

Barvu každého fluoroforu nebo produktu.

nÚčinnost reakce (E). Pomocí této statistiky můžete optimalizovat multiplexovou reakci a vyvážit data
pro standardní křivku.
Poznámka: Účinnost reakce popisuje, jaká část vašeho produktu vzniká při každém cyklu
protokolu. 100% účinnost znamená, že v každém cyklu dojde ke zdvojnásobení produktu..

nKoeficient stanovení, R2 (zapsaný jako R^2). Pomocí této statistiky můžete určit, jak přesně křivka
popisuje data (její přesnost).

nSlope (Sklon)nÚsek yUživatelská příručka | 225

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze datMožnosti nabídky grafu Amplification (Amplifikace)Kromě společných možností nabídky grafů po kliknutí pravým tlačítkem myši (viz Společné položky
nabídky pro grafy po kliknutí pravým tlačítkem myši na straně 212) obsahuje Tabulka 17 seznammožností nabídky dostupných pouze v grafu Amplification (Amplifikace).
Tabulka 17. Položky nabídky grafu Amplification (Amplifikace) po kliknutí pravým a levým
tlačítkem myšiMožnosti nabídky

FunkceWell XX, Fluor Target

Zobrazí pouze tuto jamku, odstraní tuto jamku z náhledu, nastaví barvu(Jamka XX, produkt fluor)

této křivky nebo vyjme tuto jamku z analýzy.

Selected Traces (Vybrané

Zobrazí pouze tyto jamky, odstraní tyto jamky z náhledu, nastaví barvukřivky)těchto tras nebo vyjme tyto jamky z analýzy.

Show Threshold Values

Zobrazí hodnotu prahu pro každou křivku amplifikace v grafu.

(Zobrazit hodnoty
threshold)Trace Styles (MožnostiOtevře okno Trace Styles (Možnosti křivek) pro změny zobrazení křivky

křivek)na kartách Quantification (Kvantifikace) a Melt Curve (Křivka tání).

Baseline ThresholdsOtevře okno Baseline Thresholds po změnu polohy baseline nebo
threshold pro každý fluorofor (změny se zobrazí v grafu Amplification(Amplifikace) na kartě Quantification (Kvantifikace)).

Tabulka na kartě Quantification (Kvantifikace)
Tabulka 18 definuje data zobrazená v tabulce na kartě Quantification (Kvantifikace).
Tabulka 18. Obsah tabulky na kartě Quantification (Kvantifikace)

Informace

Popis

Well (Jamka)

Pozice jamek na destičce

Fluor (Fluorofor)

Detekovaný fluorofor

Target (Produkt)

Název produktu pro jamky načtené v nástroji Plate Editor (Editor
destiček)Content (Obsah)

Kombinace typu vzorku (povinný) a čísla replikace (volitelné)načtených v nástroji Plate Editor (Editor destiček)

226 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Quantification (Kvantifikace)

Informace

Popis

Sample (Vzorek)

Název vzorku v jamkách načtených v nástroji Plate Editor (Editor
destiček)Cq

Kvantifikační cyklus pro každou křivku

Změna produktu, obsahu nebo dat vzorků
Můžete měnit data ve sloupcích pro produkt, obsah a vzorek tak, že upravíte soubor destičky pomocí
nástroje Plate Editor (Editor destiček) i po provedení experimentu.

Jak změnit data ve sloupcích pro produkt, obsah a vzoreku

Pro otevření nástroje Plate Editor (Editor destiček) klikněte na Plate Setup (Nastavení destičky)a vyberte View/Edit Plate (Zobrazit/upravit destičku).

Uživatelská příručka | 227

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Karta Quantification Data (Kvantifikační data)
Na kartě Kvantifikační data jsou zobrazena kvantifikační data shromážděná v každé jamce. CFX Maestro
Dx SE zobrazí data ve čtyřech různých zobrazeních tabulky:nResults (Výsledky) – zobrazí tabulku dat. Toto je výchozí zobrazení.

nStandard Curve Results (Výsledky standardních křivek) – zobrazí tabulku dat standardní křivky.

nPlate (Destička) – zobrazí data v každé jamce jako mapu destičky.

n

RFU – zobrazuje množství RFU v každé jamce pro každý běh.

Vyberte každou tabulku z rozevíracího seznamu, který se zobrazí pod kartou Quantification Data
(Kvantifikační data).

Tabulka Results (Výsledky)
Tabulka Results (Výsledky) obsahuje data pro každou jamku na destičce.

Poznámka: Všechny výpočty Std. Dev (Směrodatná odchylka) platí pro skupiny replikátů přiřazené
jamkám v okně Plate Editor (Editor destiček). Výpočty zprůměrují hodnotu Cq pro každou jamku veskupině replikátů.
Tabulka 19 definuje data, která se objeví v tabulce Results (Výsledky).
Tabulka 19. Obsah tabulky Results (Výsledky)

Informace

Popis

Well (Jamka)

Pozice jamek na destičce

Fluor (Fluorofor)

Detekovaný fluorofor

228 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Quantification Data (Kvantifikační data)

Tabulka 19. Obsah tabulky Results (Výsledky), pokračování

Informace

Popis

Target (Produkt)

Název produktu amplifikace (genu)

Content (Obsah)

Typ vzorku a číslo replikace

Sample (Vzorek)

Popis vzorku

Biological Set Name (Název

Název biologického souboru

biologického souboru)
Cq

Kvantifikační cyklus

Cq Mean (Průměr Cq)Průměr kvantifikačního cyklu pro skupinu replikátů

Cq Std. Dev (SměrodatnáSměrodatná odchylka kvantifikačního cyklu pro skupinu replikátů

odchylka Cq)
Starting Quantity (SQ)

Odhad počátečního množství produktu(Počáteční množství (SQ))
Log Starting Quantity (Záznam

Záznam počátečního množství produktu

počátečního množství produktu)
SQ Mean (Průměr SQ)Průměr počátečního množství produktu

SQ Std. Dev (SměrodatnáSměrodatná odchylka počátečního množství napříč replikáty

odchylka Cq)Uživatelská příručka | 229

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Tabulka Standard Curve Results (Výsledky standardních křivek)
Tabulka Standard Curve Results (Výsledky standardních křivek) zobrazuje vypočítané parametry
standardní křivky.

Tabulka 20 definuje data, která se zobrazí v tabulce Standard Curve Results (Výsledky standardníchkřivek).
Tabulka 20. Obsah tabulky Standard Curve Results (Výsledky standardních křivek)

Informace

Popis

Fluor (or Target) (Fluorofor

Byl detekován fluorofor (nebo produkt)(nebo produkt))
Efficiency % (Účinnost %)Účinnost reakce

Slope (Sklon)

Sklon standardní křivky

Y-intercept (Úsek y)Bod, ve kterém křivka protíná osu yR^2

Koeficient stanovení

230 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Quantification Data (Kvantifikační data)

Tabulka Plate (Destička)
Tabulka Plate (Destička) obsahuje mapu destiček podle dat vždy pro jeden fluorofor.

Pro zobrazení dat pro konkrétní fluoroforuKlikněte na příslušnou kartu ve spodní části tabulky.

Uživatelská příručka | 231

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Tabulka RFU
Tabulka RFU obsahuje naměřené hodnoty relativních jednotek fluorescence (RFU) pro každou jamku
zjištěné při každém cyklu pracovního běhu. Nahoře se v každém sloupci objeví číslo jamky a vlevo odkaždého řádku je uvedeno číslo cyklu.

232 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Melt Curve (Křivka tání)

Karta Melt Curve (Křivka tání)
Pro barviva vázající DNA a neštěpitelné hybridizační sondy je změna intenzity fluorescence nejvýraznější
při separaci řetězců dvouvláknové DNA. Proto když teplota při tání stoupá (Tm), fluorescence klesá
konstantní rychlostí (konstantní sklon). Při Tm dochází k dramatickému snížení fluorescence se znatelnouzměnou sklonu. Rychlost této změny se stanoví vynesením negativní první regrese fluorescence oproti
teplotě (-d(RFU)/dT). Největší rychlost změny fluorescence má za následek viditelné píky a představuje
hodnotu Tm komplexů dvouvláknové DNA.
Software CFX Maestro Dx SE zobrazuje data RFU naměřená během křivky tání jako funkci teploty. Aby
bylo možné analyzovat data vrcholů tání, přiřazuje software každému vrcholu počáteční a koncovou
teplotu pohybem sloupce threshold. Základna plochy vrcholu je určena nastavením hodnoty threshold
tání. Vrchol musí mít minimální výšku vzhledem ke vzdálenosti mezi hodnotou threshold a výškou
nejvyššího vrcholu.
Karta Melt Curve (Křivka tání) zobrazuje hodnotu Tm (teplota tání) amplifikovaných produktů PCR večtyřech zobrazeních:nMelt Curve (Křivka tání) – zobrazuje data v reálném čase pro každý fluorofor jako hodnoty RFU vždypro teplotu každé jamky.

nMelt Peak (Vrchol tání) – zobrazuje negativní regresi dat RFU vždy pro teplotu každé jamky.

nWell selector (Nástroj pro výběr jamky) – zobrazí jamky pro zobrazení nebo skrytí dat.

nPeak spreadsheet (Tabulka vrcholů) – zobrazí data shromážděná ve vybrané jamce.
Poznámka: Tabulka zobrazuje až dva vrcholy pro každou křivku. Chcete-li zobrazit více
vrcholů, klikněte na tlačítko na kartě Melt Curve Data (Data křivky tání).

Tabulka 21 definuje data, která se objeví v tabulce Melt Curve (Křivka tání).

Uživatelská příručka | 233

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Tabulka 21. Obsah tabulky křivky táníInformace

Popis

Well (Jamka)

Pozice jamek na destičce

Fluor (Fluorofor)

Detekovaný fluorofor

Content (Obsah)

Kombinace typu vzorku a čísla replikátu

Sample (Vzorek)

Název vzorku načtený v nástroji Plate Editor (Editor destiček)

Melt Temp

Teplota vrcholu tání pro každou jamku(Teplota tání)Poznámka: V tabulce se zobrazují pouze dva nejvyšší vrcholy.

234 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Melt Curve (Křivka tání)Úprava dat Melt Curve (Křivka tání)Úprava dat Melt Curve (Křivka tání)u

Postupujte následovně:n

Klikněte a přetáhněte threshold v grafu Melt Peak (Peak tání) a zahrňte nebo vylučte vrcholyv analýze dat.

n

Vyberte Positive (Pozitivní) v rozevírací nabídce, aby se zobrazila data tabulky Peaks (Vrcholy)nad řádkem Melt Threshold (Práh tání), nebo vyberte Negative (Negativní), chcete-li zobrazit
tabulková data peaků pod hranicí limitu tání.

nOtevřete okno Trace Styles (Možnosti křivek) a změňte barvu křivek v grafech Melt Curve(Křivka tání) a Melt Peak (Vrchol tání).

n

Vyberte číslo v nástroji pro výběr Step Number (Číslo kroku) a zobrazte data v křivce Melt Curve(Křivka tání) v dalším kroku protokolu. Seznam obsahuje více než jeden krok, pokud protokol
obsahuje čtení destiček ve více než jednom kroku křivky tání.

n

Vyberte jamky v selektoru jamek a zaměřte se na podmnožiny dat.

n

Vyberte skupinu jamek pro zobrazení a analýzu podmnožiny jamek v destičce. V rozevírací
nabídce Well Group (Skupina destiček) v panelu nástrojů vyberte jednotlivé skupiny podle
názvu.

Uživatelská příručka | 235

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Karta Melt Curve Data (Data křivky tání)
Karta Melt Curve Data (Data křivky tání) zobrazuje data z karty Melt Curve (Křivka tání) ve více tabulkách,které obsahují všechny vrcholy tání pro každou křivku. CFX Maestro Dx SE nabízí čtyři možnosti tabulek,ve kterých lze zobrazit data křivky tání:nMelt Peaks (vrcholy křivky tání) – zobrazí všechna data, včetně všech vrcholů tání, pro každou
křivku. Toto je výchozí zobrazení.

nPlate (Destička) – zobrazí náhled dat a obsah každé jamky na destičce.

n

RFU – zobrazí množství RFU při každé teplotě pro každou jamku.

n-d(RFU)/dT – zobrazí zápornou rychlost změny RFU během změn teploty (T). Toto je první regresnígraf pro každou jamku na destičce.

Vyberte každou tabulku z rozevíracího seznamu pod kartou Melt Curve Data (Data křivky tání).

Tabulka Melt Peaks (vrcholy křivky tání)Tabulka Melt Peaks (vrcholy křivky tání) obsahuje všechna data o křivce tání.

Tabulka 22 na straně 237 definuje data, která se objevují v tabulce Melt Peaks (vrcholy křivky tání).

236 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Melt Curve Data (Data křivky tání)Tabulka 22. Obsah tabulky Melt Peaks (vrcholy křivky tání)Informace

Popis

Well (Jamka)

Pozice jamek na destičce

Fluor (Fluorofor)

Detekovaný fluorofor

Content (Obsah)

Typ vzorku uvedený v okně Plate Editor (Editor destiček)

Target (Produkt)

Produkt amplifikace (gen)Sample (Vzorek)

Název vzorku uvedený v okně Plate Editor (Editor destiček)

Melt Temperature (Teplota tání)

Teplota tání každého produktu, uvedená jako jeden peak (nejvyšší)na řádek tabulky

Peak Height (Výška vrcholu)Výška peaku

Begin Temperature (Počáteční

Teplota na začátku peaku

teplota)
End Temperature (Koncová

Teplota na konci peaku

teplota)

Tabulka Plate (Destička)
Tabulka Plate (Destička) obsahuje data o křivce tání ve formátu destičky.

Poznámka: Pro úpravu vrchol vyvolaného softwarem upravte řádek s prahem v grafu Melt Peak
(Vrchol tání) na kartě Melt Curve (Křivka tání).
Tabulka 23 na straně 238 definuje data, která se objeví v tabulce Plate (Destička).

Uživatelská příručka | 237

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Tabulka 23. Obsah tabulky Plate (Destička)

Informace

Popis

Content (Obsah)

Kombinace typu vzorku (povinný) a čísla replikátu (volitelné)Sample (Vzorek)

Popis vzorku

Peak 1 (Vrchol 1)

První vrchol tání (nejvyšší)

Peak 2 (Vrchol 2)Druhý vrchol tání (nižší)Tabulka RFU
Tabulka RFU obsahuje fluorescenci pro každou jamku v každém běhu získanou v rámci křivky tání.

Tabulka 24 definuje data, která se zobrazí v tabulce RFU.
Tabulka 24. Obsah tabulky RFU

Informace

Popis

Well number (A1, A2, A3, A4, A5) (Číslo

Pozice jamek na destičce pro použité jamky

jamky (A1, A2, A3, A4, A5))
Temperature (Teplota)

Teplota tání amplifikovaného produktu,
zaznamenaná jako jedna jamka na jeden řádek
a několik jamek pro několik produktů ve stejné
jamce

238 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Melt Curve Data (Data křivky tání)Tabulka -d(RFU)/dT
Tabulka - d(RFU)/dT obsahuje zápornou rychlost změny RFU během změn teploty (T).

Tabulka 25 definuje data, která se objeví v tabulce -d(RFU)/dT.
Tabulka 25. Obsah tabulky -d(RFU)/dT

Informace

Popis

Well number (A1, A2, A3, A4, A5) (Číslo

Pozice jamek na destičce pro použité jamky

jamky (A1, A2, A3, A4, A5))
Temperature -d(RFU)/dT (Teplota -dZáporná derivace změny RFU během změn teploty (T)(RFU)/dT)Uživatelská příručka | 239

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Karta EndPoint (End-point analýza)Otevřete kartu EndPoint (End-point analýza) pro analýzu konečných relativních jednotek fluorescence(RFU) pro jamky se vzorkem. Software porovnává úrovně RFU pro jamky s neznámými vzorkys úrovněmi RFU pro jamky s negativními kontrolami a označí neznámý vzorek za pozitivní nebo
negativní. Pozitivní vzorky mají hodnotu RFU vyšší než průměrná hodnota RFU negativních kontrol plus
cut-off hodnota.

Pro analýzu dat end-point musí destička obsahovat negativní kontroly, jinak software nemůže provést
označení.
nSpusťte protokol Quantification (Kvantifikace) – nastavte standardní protokol. Po dokončení běhuotevřete okno Data Analysis (Analýza dat), upravte nastavení analýzy dat na kartě Quantification(Kvantifikace) a poté klikněte na kartu End Point (End-point analýza) pro výběr end-point reakce.

nSpusťte protokol End Point Only (End-Point) – načtěte protokol End Point Only (End-Point) na kartě
Plate (Destička) okna Run Setup (Nastavení běhu), vyberte nebo vytvořte destičku a spusťte běh

Karta EndPoint (End-point analýza) obsahuje průměrné hodnoty RFU, aby bylo možné stanovit, zda byl
produkt posledním (koncovým) během amplifikován. Pomocí těchto dat určete, zda se ve vzorku nachází

240 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta EndPoint (End-point analýza)konkrétní cílová sekvence (pozitivní). Pozitivní výsledky mají vyšší hodnoty RFU než vámi definovaná
cut-off hodnota.
Tip: Abyste vytvořili protokol analýzy end-point, otevřete kartu Protocol (Protokol) (okno Run Setup(Nastavení běhu) ) a vyberte možnosti Run > End Point Only Run (Běh > End-Point reakce).
Po ukončení běhu se datový soubor otevře na kartě EndPoint (End-point analýza) je tvořena těmito
částmi:n

Settings (Nastavení) – upraví nastavení analýzy dat.

nResults (Výsledky) – zobrazí výsledky ihned po úpravě nastavení.

n

Well Selector (Nástroj pro výběr jamky) – vybere jamky s daty end-point, které chcete zobrazit.

n

RFU spreadsheet (Tabulka RFU) – zobrazí koncové RFU shromážděné ve vybraných jamkách.

Data výsledků
Část Results (Výsledky) zobrazuje následující data:nLowest RFU value (Nejnižší hodnota RFU) – nejnižší hodnota RFU v datech

nHighest RFU value (Nejvyšší hodnota RFU) – nejvyšší hodnota RFU v datechn

Negative Control Average (Průměr negativních kontrol) – průměrná RFU pro jamky, které obsahují
negativní kontrolyn

Cut Off Value (Cut Off hodnota) – vypočítá se přidáním tolerance ( RFU nebo Percentage (Procenta)
rozsahu uvedeného v nastavení) a průměru negativních kontrol. Vzorky s hodnotou RFU větší než
mezní hodnota se budou nazývat „pozitivní“. Chcete-li upravit mezní hodnotu, změňte RFU nebo
procento rozsahu

Cut Off Value (Cut Off hodnota) se vypočte pomocí tohoto vzorce:
Cut Off hodnota = Průměr negativních kontrol + tolerance
Vyberte toleranci jednou z těchto metod:n

RFUs (výchozí) – vyberte tuto metodu pro použití absolutní hodnoty RFU pro toleranci. Minimální
hodnota tolerance RFU je 2. Maximální hodnota je absolutní hodnota nejvyšší hodnoty RFU mínus
absolutní hodnota nejnižší hodnoty RFU. Výchozí hodnota tolerance RFU je 10 % celkového rozsahu
RFU.

n

Percent of Range (Procenta rozsahu) – vyberte tuto metodu pro použití procenta rozsahu RFU pro
toleranci. Minimální procento rozsahu je 1 %. Maximální procento rozsahu je 99 %. Výchozí hodnota
rozsahu je 10 %.

Uživatelská příručka | 241

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze datÚprava analýzy dat end-pointÚprava analýzy dat na kartě EndPoint (End-point analýza)u

Postupujte následovně:n

Z rozevíracího seznamu vyberte fluorofor.

n

Vyberte hodnotu End Cycle to Average (End-point pro průměr) , abyste nastavili počet cyklů,pomocí kterých se vypočítá průměrnou hodnotu end-point RFU.

n

Vyberte RFU pro zobrazení dat v jednotkách relativní fluorescence.

n

Vyberte položku Percentage of Range (Procenta rozsahu) pro zobrazení dat jako procenta
rozsahu RFU.

n

Vyberte jamky v selektoru jamek a zaměřte se na podmnožiny dat.

n

Vyberte skupinu jamek pro zobrazení a analýzu podmnožiny jamek v destičce. V rozevírací
nabídce Well Group (Skupina destiček) v panelu nástrojů vyberte jednotlivé skupiny podle
názvu.

Tabulka RFU pro analýzu end-point
Tabulka 26 definuje data, která se objevují v tabulce RFU na kartě EndPoint (End-point analýza).
Tabulka 26. Obsah tabulky RFU EndPoint (End-point analýza)Informace

Popis

Well (Jamka)

Pozice jamek na destičce

Fluor (Fluorofor)

Detekovaný fluorofor

Content (Obsah)

Kombinace typu vzorku a čísla replikátu

End RFU (Koncové RFU)

RFU v cyklu end-point

Call (Označení)Pozitivní nebo negativní, kdy pozitivní vzorky mají hodnotu RFU vyšší nežprůměrná RFU negativních kontrol plus cut-off hodnota

Sample (Vzorek)

Název vzorku načtený v nástroji Plate Editor (Editor destiček)

242 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Allelic Discrimination (Alelická diskriminace)

Karta Allelic Discrimination (Alelická diskriminace)
Karta Allelic Discrimination (Alelická diskriminace) přiřazuje genotypy jamkám s neznámými vzorky.
Použijte tato data k identifikaci vzorků s různými genotypy, včetně alely 1, alely 2, heterozygotu, bezoznačení (žádná amplifikace) nebo neurčené.
Poznámka: Data pro alelickou diskriminaci musí pocházet z multiplexních cyklů s alespoň dvěma
fluorofory. Každý fluorofor identifikuje jednu alelu ve všech vzorcích.

Analýza alelické diskriminace vyžaduje následující minimální obsah jamek:nDva fluorofory v každé jamcenPříklady NTC (no template control; kontrola bez templátu) pro optimalizaci analýzy dat

CFX Maestro Dx SE nabízí čtyři možnosti zobrazení dat alelické diskriminace:nGraf Allelic Discrimination (Alelická diskriminace) – zobrazuje data v grafu RFU pro alelu 1 / alelu 2.
Každý bod grafu představuje data z obou fluoroforů v jedné jamce. Zaškrtnutím a zrušením
zaškrtnutí políčka Polar Coordinates (Polární souřadnice) můžete přepínat mezi kartézskými apolárními souřadnicemi. Kartézské souřadnice představují RFU pro alelu 1 na ose x a RFU pro alelu
2 na ose y. Polární souřadnice představují úhel na ose x a vzdálenost mezi počátkem a RFU na ose y(medián všech NTC).

Uživatelská příručka | 243

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze datnWell spreadsheet (Tabulka jamky) – zobrazuje data pro alelickou diskriminaci shromážděná v každé
jamce destičky.

nWell selector (Nástroj pro výběr jamky) – vybere jamky s alelickými daty, která chcete zobrazit.

nSelected Fluorophores panel (Panel vybraných fluoroforů) – změní popisky os x a y v grafu Allelic
Discrimination (Alelická diskriminace), analyzovaný běh a možnost zobrazovat mapu signálů.

Úprava dat pro alelickou diskriminaci
Software automaticky přiřadí genotyp jamkám s neznámými vzorky na základě pozic NTC a úhlua vzdálenosti neznámých datových bodů z NTC.

Úprava dat alelické diskriminaceu

Postupujte následovně:n

Chcete-li zobrazit polární souřadnice, zaškrtněte políčko v grafu Allelic Discrimination (Alelická
diskriminace).

nChcete-li zobrazit další fluorofor, vyberte ho z rozevíracího seznamu na panelu SelectedFluorophores (Vybrané fluorofory).

nChcete-li změnit signál, přetáhněte ho přes datové body v grafu Allelic Discrimination (Alelická
diskriminace) a vyberte možnost v seznamu vybraných jamek:oAllele 1 (Alela 1),oAllele 2 (Alela 2),oHeterozygote (Heterozygot),oUndetermined (Neurčený),o

No Call (Bez označení),oAuto Call (Automatický signál).

Tip: Chcete-li se vrátit k výchozímu signálu, vyberte možnost Auto Call (Automatický
signál).

244 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Allelic Discrimination (Alelická diskriminace)Možnosti nabídky grafuKromě obecných možností nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši pro grafy (viz část Společnépoložky nabídky pro grafy po kliknutí pravým tlačítkem myši na straně 212) uvádí Tabulka 27 možnosti
nabídky dostupné v grafu Allelic Discrimination (Alelická diskriminace).
Tabulka 27. Graf Allelic Discrimination (Alelická diskriminace) – možnosti nabídky po kliknutípravým nebo levým tlačítkem myšiMožnosti nabídky

FunkceZoom (Lupa)Zaměří zobrazení grafu na zvolenou oblast (kliknutím a přetažením
kurzoru do grafu).
Tip: Pokud chcete obnovit přiblížení na zobrazení všech
datových bodů, klikněte pravým tlačítkem myši a vybertemožnost Set Scale to Default (Nastavit měřítko na výchozí
nastavení).

Well (Jamka)

Pro vybranou jamku jsou k dispozici následující možnosti: zobrazit
pouze tuto jamku, odstranit jamku ze zobrazení, nastavit barvu pro
tuto křivku nebo tuto jamku vyloučit z analýzy.

Selected Wells (Vybrané jamky)

Pro vybrané jamky (vybrané kliknutím a přetažením kurzoru v grafu)
jsou k dispozici následující možnosti: zobrazit pouze tyto jamky,
odstranit jamky ze zobrazení, nastavit barvu pro tyto křivky nebo tyto
jamky vyloučit z analýzy.

Tabulka Allelic Discrimination (Alelická diskriminace)
Tabulka 28 definuje data, která se objevují v tabulce Allelic Discrimination (Alelická diskriminace).
Tabulka 28. Obsah tabulky Allelic Discrimination (Alelická diskriminace)

Informace

Popis

Well (Jamka)

Pozice jamek na destičce

Sample (Vzorek)

Popis názvu vzorku

Call (Signál)

Určení alely, včetně automatické alely 1, alely 2, heterozygotů, bezoznačení nebo neurčenéUživatelská příručka | 245

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Tabulka 28. Obsah tabulky Allelic Discrimination (Alelická diskriminace), pokračování

Informace

Popis

Type (Typ)Auto (Automaticky) nebo manuálně, popisuje, jak byl signál získán.
Automaticky označuje případ, kdy signál vybral software. Manuálně
označuje případ, kdy signál vybral uživatel.

RFU1

RFU pro alelu 1

RFU2

RFU pro alelu 2

246 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Custom Data View (Vlastní zobrazení dat)

Karta Custom Data View (Vlastní zobrazení dat)
Karta Custom Data View (Vlastní zobrazení dat) zobrazuje souběžně několik podoken v přizpůsobitelném
formátu.
Rozevírací seznam Load a Preset View (Načíst přednastavené zobrazení) nabízí výběr šablon formátů
zobrazení. Výchozí zobrazení nezávisí na analyzovaném souboru. Například pokud jsou přítomna data
Melt Curve (Křivka tání), objeví se výchozí zobrazení Amp+Melt (Amplifikace+tání).

Uživatelská příručka | 247

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Vytvoření vlastního zobrazení dat
Jak vytvořit vlastní zobrazení datu

Postupujte následovně:n

Z rozevíracího seznamu vyberte alternativní přednastavené zobrazení.

nVyberte z rozevíracího seznamu nahoře v každém podokně jiný náhled grafu.

nZměňte počet řádků a sloupců na kartě.

nZměňte rozměry jednotlivého podokna. Přetáhněte sloupce na okraj každého podokna.

Pro uložení upravených hodnot jako přednastavené šablony klikněte na položku Save as Preset (Uložit
jako předvolbu). Pro odstranění, přejmenování nebo obnovu existujících přednastavených náhledů
klikněte na položku Manage Presets (Spravovat předvolby).

248 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta QC (Kontrola kvality)

Karta QC (Kontrola kvality)
Karta QC (Kontrola kvality) vám umožňuje rychlý přístup ke kvalitě dat pracovního běhu na základě
pravidel definovaných v okně User Preferences (Uživatelské předvolby) na kartě QC (Kontrola kvality).
CFX Maestro Dx SE nabízí čtyři možnosti zobrazení dat QC (Kontrola kvality):nGraf Amplification (Amplifikace) – zobrazí RFU pro každou jamku při každém běhu. Každá křivka
v grafu představuje data pro jeden fluorofor v jedné jamce.

n

QC rules table (Tabulka pravidel kontroly kvality) – zobrazí dostupná pravidla QC (Kontrolakvality) a nastavení definující každé pravidlo. Použitá pravidla QC (Kontrola kvality) jsou označena
zaškrtnutím.

nWell selector (Nástroj pro výběr jamky) – vybere jamky s fluorescenčními daty, které chcete
zobrazit.

n

QC rule summary pane (Souhrnný panel pravidel QC) – zobrazí vybrané pravidlo QC (Kontrolakvality) a zvýrazní jamky, které pravidlo nesplňují.

Uživatelská příručka | 249

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze datZměna kritérií QC (Kontrola kvality)
Jak změnit kritéria QC (Kontrola kvality)u

Vyberte nebo odznačte zaškrtávací políčko Use (Použít) pro pravidlo, které chcete podle situace
zahrnout nebo odejmout z položky QC (Kontrola kvality).

Vyloučení jamek, které neprojdou QC (Kontrola kvality)
CFX Maestro Dx SE zobrazuje sloupce, které nesplňují kritéria QC (Kontrola kvality), ve sloupci Výsledkyv tabulce zásad QC (Kontrola kvality) a v souhrnném podokně.

Vyloučení jamek, které nesplňují kritéria QC (Kontrola kvality)u

Vyberte možnost Exclude Wells (Vyloučit jamky) pro každou jamku, kterou chcete vyloučit.

250 | Software CFX Maestro Dx SE

Karta Run Information (Informace o experimentu)

Karta Run Information (Informace o experimentu)
Karta Run Information (Informace o experimentu) zobrazuje protokol a další informace o každém běhu.
Tato karta slouží k následujícím akcím:nZobrazení protokolu.

nZadání nebo úprava poznámek o běhu.

n

Zadání nebo úprava ID nebo čárového kódu běhu.

n

Zobrazení událostí, ke kterým došlo během experimentu. Tyto zprávy mohou pomoci při řešení
problému.

Tip: Chcete-li kopírovat, exportovat nebo tisknout protokol, klikněte na něj pravým tlačítkem myši.
Klepněte pravým tlačítkem myši do podoken Notes (Poznámky), ID/Bar Code (ID/Čárový kód) nebo
Other (Jiné), chcete-li vrátit zpět, vyjmout, kopírovat, vložit, odstranit nebo vybrat text.

Uživatelská příručka | 251

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Report z analýzy dat
Dialogové okno Report zobrazí informace o aktuálním datovém souboru v okně Data Analysis (Analýza
dat). Chcete-li otevřít report, zvolte Tools > Reports (Nástroje > Reporty) nebo klikněte v panelu nástrojů
na Reports (Reporty).
Okno Report obsahuje následující části:n

Nabídka a panel nástrojů – poskytuje možnosti formátování, ukládání a tisku reportu nebo šablony.

n

Seznam možností (levá horní strana dialogového okna) – poskytuje možnosti zobrazení v reportu.

nPodokno možností (vlevo dole v dialogovém okně) – zobrazuje textová pole, do kterých můžete
zadat informace o vybrané možnosti.

n

Podokno náhledu (pravá strana dialogového okna) – zobrazuje náhled aktuálního reportu.

252 | Software CFX Maestro Dx SE

Report z analýzy datAnalýza dat - kategorie reportu
Tabulka 29 obsahuje všechny dostupné možnosti pro report z analýzy dat podle typu dat v okně Data
Analysis (Analýza dat).
Tabulka 29. Kategorie reportu z analýzy dat - nabídka možností

KategorieMožnostPopis

ZáhlavíTitul, podtitul a logo pro report
Report Information (Informace o

Datum běhu, uživatelské jméno, název

reportu)

datového souboru, cesta k datovému
souboru a vybraná skupina jamek

Audit Information (Informace pro

Dodatečné informace požadované pro

audit)

audit, včetně podpisů

Notes (Poznámky)Poznámky k datovému reportu

Run Setup (Nastavení běhu)Run Information (Informace o

Datum běhu, uživatelské jméno, název

experimentu)

datového souboru, cesta k datovému
souboru a vybraná skupina jamek

Protocol (Protokol)

Textové zobrazení kroků a možností
protokolu

Plate Display (Zobrazení

Zobrazení informací o destičkách pro

destiček)každou jamku destičky

Quantification (Kvantifikace)
Analysis Settings (NastaveníPříslušný krok sběru dat, režim analýzy

analýzy)a metoda odečtení baseline

Amplification Chart (Graf

Graf amplifikace pro běhy zahrnující

amplifikace)

kvantifikační data

Standard Curve Chart (Graf

Graf standardních křivek

standardních křivek)Uživatelská příručka | 253

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Tabulka 29. Kategorie reportu z analýzy dat - nabídka možností, pokračování

KategorieMožnost

Popis

Data

Tabulka se seznamem dat pro každou
jamku

Gene Expression – Bar Chart (Genová exprese – sloupcový graf)
Analysis Settings (NastaveníRežim analýzy, data grafu, možnost

analýzy)úpravy měřítka a chyba grafu

Chart (Graf)

Kopie sloupcového grafu

Target Names (Názvy produktů)Graf názvů produktů

Sample Names (Názvy vzorků)Graf názvů vzorků

Data

Tabulka se seznamem dat pro každou
jamku

Target Stability (Stabilita

Graf hodnot stability produktu

produktu)
Box-and-Whisker Chart (Box a

Box a Whisker graf

Whisker graf)
Dot Plot Chart (Bodový graf)

Bodový graf

Exprese genů - clustergram a rozptylový graf
Analysis Settings (Nastavení

Nastavení pro každý typ grafuanalýzy)
Chart (Graf)

Kopie grafu

Data

Tabulka se seznamem dat pro každý
produkt

Gene Expression — ANOVA Data (Genová exprese – data pro ANOVA)ANOVA Settings (Nastavení

Práh hodnoty P použitý při analýzeANOVA)ANOVA Results (Výsledky

Tabulka výsledků z ANOVA a post-hoc

ANOVA)

analýzy Tukey's HSD (Tukeyův HSD
test)

254 | Software CFX Maestro Dx SE

Report z analýzy dat

Tabulka 29. Kategorie reportu z analýzy dat - nabídka možností, pokračování

KategorieMožnostPopis

Analysis Settings (Nastavení

Nastavení hodnot krok tání a threshold

Melt Curve (Křivka tání)analýzy)
Melt Curve Chart (Graf křivky

Graf křivky tání

tání)
Melt Peak Chart (Graf vrcholů

Graf vrcholů tání

tání)
Data

Tabulka se seznamem dat pro každou
jamku

Allelic Discrimination (Alelická diskriminace)
Analysis Settings (Nastavení

Zobrazí fluorofory, běh a mapu jamekanalýzy)

podle genotypu

Allelic Discrimination Chart (Graf

Kopie grafu alelické diskriminace

alelické diskriminace)
Data

Tabulka se seznamem dat pro každou
jamku

EndPoint (End-point analýza)Analysis Settings (Nastavení

Fluorofor, průměrná hodnotaanalýzy)ukončených běhů, režim, nejnižší
hodnota RFU, nejvyšší hodnota RFU a
cut-off hodnota

Data

Tabulka se seznamem dat pro každoujamku

QC Parameters(Parametry kontroly
kvality)
Data

Tabulka se seznamem parametrů prokaždé pravidlo QC (Kontrola kvality)Uživatelská příručka | 255

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Vytvoření reportu z analýzy dat
Rozvržení sestavy můžete uložit jako šablonu, kterou můžete znovu použít pro podobné reporty.

Vytvoření reportu o analýze dat tání1.

Před vytvořením reportu proveďte konečné úpravy obsahu jamky, vybraných jamek, grafů a tabulek
v okně Data Analysis (Analýza dat).

2.

Vyberte položky Tools > Reports (Nástroje > Reporty) na panelu nabídek Data Analysis (Analýzadat) a otevřete dialogové okno Report.

3.

Vyberte možnosti, které chcete do reportu zahrnout. Report se otevře s vybranými výchozímimožnostmi. Vyberte nebo odznačte zaškrtávací políčka pro změnu celých kategorií nebo
jednotlivých možností v kategorii.
Tabulka 29 na straně 253 uvádí dostupné možnosti zobrazení.
Poznámka: Data, která se objeví v reportu, závisí na aktuálních výběrech v záložkách Data
Analysis (Analýza dat). Například kvantifikační cyklus nemusí obsahovat standardní křivku, aproto se tato data neobjeví v okně Data Analysis (Analýza dat) nebo v reportu dat.

4.

Změňte pořadí kategorií a položek v reportu. Přetáhněte možnosti do relativní pozice. Položky lzepřenastavit pouze v rámci kategorií, do kterých patří.

5.

(Volitelné) V podokně Report Options (Možnosti reportu) zadejte informace relevantní pro vybranoumožnost:n

Vyberte podmnožinu informací, které se mají zobrazit v reportu.

nZvolte konkrétní nastavení pro vybranou možnost.

nZměňte text, který se má zobrazit pro vybranou možnost.

6.

Klikněte na položku Update Report (Aktualizovat report) pro aktualizaci Report Preview (Náhled
reportu) se zohledněním všech změn.

7.

Report vytiskněte nebo uložte:a.

Pro tisk aktuálního reportu klikněte na tlačítko Print Report (Tisk reportu) na panelu nástrojů.

b.

Vyberte File > Save (Soubor > Uložit) a uložte zprávu ve formátu PDF (soubor Adobe Acrobat
Reader), MHT (dokument Microsoft) nebo MHTML (dokument Microsoft).

c.

Vyberte místo, kam chcete soubor uložit.

d.

Uložte report s novým názvem nebo do nového umístění zvolením položek File > Save As(Soubor > Uložit jako).

256 | Software CFX Maestro Dx SE

Report z analýzy dat

8.

(Volitelné) Vytvořte šablonu zprávy s požadovanými informacemi. Pro uložení aktuálního nastavení
reportu v šabloně vyberte Template > Save (Šablona > Uložit) nebo Save As (Uložit jako). Pokud
chcete vytvořit nový report, načtěte šablonu reportu.

Uživatelská příručka | 257

Kapitola 11 Podrobnosti o analýze dat

Vytvoření reportu pro skupiny jamek
Jak vytvořit report o skupinách jamek
1.

Vyberte Tools > Well Group Reports (Nástroje > Report pro skupiny jamek) v okně Data Analysis(Analýza dat).

2.

V dialogovém okně Well Groups Reports (Report pro skupiny jamek) vyberte skupiny jamek, kroky
amplifikace a kroky tání, které mají být v reportu uvedeny.

3.

Zadejte cestu nebo přejděte do cílové složky, do které má být report uložen.

4.

(Volitelné) Vyberte položku Choose a Report Template (Vybrat šablonu reportu) a přejděte do složky
se souborem šablony.

5.

(Volitelné) Vyberte položku Open Destination Folder (Otevřít cílovou složku), otevře se složka
a zobrazí vygenerované reporty.

6.

Klikněte na položku Create Reports (Vytvořit report).

258 | Software CFX Maestro Dx SE

Kapitola 12 Analýza genové expresePři použití přesně kvalifikovaných kontrol v každé reakci můžete pomocí Software CFX Maestro Dx,
bezpečnostní edice provádět experimenty genové exprese s cílem normalizovat relativní rozdíly cílové
koncentrace mezi vzorky. Obvykle se pro normalizaci exprese cílového genu používá jeden nebo několik
referenčních genů. Referenční geny kompenzují rozdíly v pipetování či jiné odchylky v každém vzorku ajejich exprese by měla být ve studovaném biologickém systému stabilní.
Vyberte kartu Gene Expression (Genová exprese) v okně Data Analysis (Analýza dat) pro hodnocení
relativních rozdílů mezi reakcemi PCR ve dvou nebo více jamkách. Můžete například vyhodnotit relativní
počty virových genomů nebo relativní počty převáděných sekvencí v reakci PCR. Nejběžnějším využitím
pro studii genové exprese je srovnání koncentrace cDNA ve více reakcích pro odhad úrovní mediátorové
RNA ve stabilním stavu.
Software vypočítá úroveň relativní exprese produktu s jedním z těchto scénářů:nÚroveň relativní exprese cílové sekvence (gen 1) vzhledem k jinému cíli (gen 2); například množství
jednoho genu vzhledem k jinému genu ve stejně zpracovaném vzorku.

nRelativní úroveň exprese jedné cílové sekvence ve vzorku ve srovnání se stejným vzorkem zaodlišných podmínek; například relativní množství jednoho genu za různých časových, geografických
nebo vývojových podmínek.

Nastavení destičky pro analýzu genové exprese
Pro provedení analýzy genové exprese musí obsah jamek zahrnovat následující:n

Dva nebo více produktů – dva produkty, které představují různé amplifikované geny nebo sekvence
ve vzorcích.

nJeden nebo více referenčních genů – alespoň jeden produkt musí být referenčním genem pro
normalizovanou expresi. Přiřaďte všechny referenční geny v okně Experiment Settings (Nastavení
experimentu) pro analýzu dat v režimu normalizované exprese (ΔΔCq). Experimenty, které
neobsahují referenční hodnotu, musí být analyzovány pomocí režimu relativní exprese (ΔCq).

nBěžné vzorky – vaše reakce musí obsahovat běžné vzorky (minimálně dva požadované), aby bylomožné zobrazit data zobrazená na kartě Gene Expression (Genová exprese). Tyto vzorky by mělyměly být připraveny odlišným způsobem pro každou z vašich cílových sekvencí. V okně ExperimentUživatelská příručka | 259

Kapitola 12 Analýza genové exprese

Settings (Nastavení experimentu) přiřaďte kontrolní vzorek (volitelné). Pokud není vybrána žádná
kontrola, software použije jako kontrolu nejnižší hodnotu Cq.
Požadavky na nastavení genové exprese v nastavení Gene Expression (Genová exprese) v editoru Plate
Editor (Editor destiček) závisí na tom, zda jsou obsahy reakcí jednorázové PCR s jedním fluoroforem
v reakcích, nebo multiplexní PCR s více než jedním fluoroforem v reakcích.

Průvodce nastavením destičky
Jestliže nastavení destičky v datovém souboru neobsahuje informace nezbytné pro analýzu a je vybrána
karta Gene Expression (Genová exprese), bude prostor, ve kterém je obvykle umístěn sloupcový graf,
obsahovat pokyny pro zadávání těchto informací. Pro normalizovanou expresi genu proveďte následujícíkroky:
1.

2.

Definujte názvy Target (Produkt) a Sample (Vzorek) jedním z následujících postupů:nPlate Setup (Nastavení destičky) – otevře okno Plate Editor (Editor destiček).

n

Replace Plate File (Nahradit soubor destičky) – otevře prohlížeč Select Plate (Vybrat destičku),ve kterém můžete přejít na dříve uložený soubor destičky, jímž chcete nahradit aktuální
nastavení destičky.

n

Replace PrimePCR File (Nahradit soubor PrimePCR) – otevře dialogové okno Select PrimePCR
file (Vybrat soubor PrimePCR) , ve kterém můžete přejít na spouštěcí soubor PrimePCR apoužít jej pro nastavení destičky.

Vyberte jeden nebo několik referenčních genů a kontrolní vzorek v dialogovém okně ExperimentSettings (Nastavení experimentu).
Pokud nastavení destičky již obsahuje informace o produktu a vzorku, je nutný pouze druhý krok,jenž je zvýrazněn oranžově. Tento krok je nutné provést před analýzou normalizované genové
exprese.
Poznámka: Data pro rozptylový graf a graf „clustergram“ jsou zobrazena pouze tehdy, pokud
jsou splněny všechny požadavky na normalizovanou expresi genu uvedené v Plate Setup(Nastavení destičky) pro analýzu genové exprese.

260 | Software CFX Maestro Dx SE

Grafy genové exprese

Grafy genové exprese
Software CFX Maestro Dx SE zobrazí data genové exprese v několika zobrazeních. Tabulka 30 obsahuje
seznam možností grafu, které jsou v softwaru k dispozici.
Tabulka 30. Možnosti grafu genové exprese

Tlačítko

Název

FunkceGraphing (Grafy)

Zobrazí normalizovaná data genové expresev jednom z následujících zobrazení:n Sloupcový graf (výchozí)n Box a Whisker grafn Bodový graf

Graf „clustergram“

Zobrazí data o normalizované expresiv hierarchii podle úrovně podobnosti exprese
pro různé produkty a vzorky.

Rozptylový graf

Zobrazí normalizovanou expresi produktů pro
kontrolu ve srovnání s experimentálním
vzorkem.

ANOVA

Zobrazí výsledky jednofaktorové ANOVA dat
z genové exprese pomocí následujících R
balíčků pro provedení ANOVA a stanovenívýsledků podle Tukeyho:n Průvodce použitou regresí (car)n Metoda nejmenších čtverců (lsmeans)

Nástroj pro výběr referenčního

(K dispozici na kartě Study Analysis (Analýza

genu

studie) v okně Gene Study (Genová studie))Identifikuje testované referenční geny
a kategorizuje je na základě stability jako
ideální, přípustné nebo nestabilní.

Analýza kontrol PrimePCR(K dispozici na kartě Study Analysis (Analýza
studie) v okně Gene Study (Genová studie))
Zobrazí výsledky testovaných vzorků.

Uživatelská příručka | 261

Kapitola 12 Analýza genové exprese

Graphing (Grafy)

Relativní exprese produktů je uvedena v těchto dvou zobrazeních:nGraf genové exprese – zobrazí data PCR v reálném čase jako jednu z následujících možností:o

ΔΔCq – relativní normalizace exprese vypočtena pomocí kontrolních vzorků a referenčních produktů.

o

ΔCq – relativní množství cílového genu ve vzorku vzhledem ke kontrolnímu vzorku.

Více informací o zobrazení dat naleznete v části Změna a anotace zobrazení grafu na straně 264.
n

Tabulka – zobrazí tabulku dat genové exprese.
Tip: Klikněte pravým tlačítkem myši na libovolný graf nebo tabulku možností. Vyberte možnost
View/Edit Plate (Zobrazit/Upravit destičku) z rozevírací nabídky Plate Setup (Nastavení
destičky) , aby se otevřel editor Plate Editor (Editor destiček), a změňte obsah jamky na
destičce.
Tip: Pravým tlačítkem myši vyberte položku Sort (Třídit) , chcete-li uspořádat pořadí názvů
Target (Produkt) a Sample (Vzorek) v grafu.

Normalizace genové exprese
Pro normalizaci dat použijte jako normalizační faktor naměřenou úroveň exprese jednoho nebo několika
referenčních genů. Referenční geny jsou produkty, které nejsou ve studovaném biologickém systému

262 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Grafy)

regulovány, například aktin, GAPDH nebo tubulin.

Jak nastavit analýzu normalizace genové exprese (ΔΔCq)
1.

Otevřete datový soubor (koncovka .pcrd).

2.

Zkontrolujte data na kartě Quantification (Kvantifikace) okna Data Analysis (Analýza dat). Proveďte
úpravy dat, například změnu threshold nebo režimu analýzy.

3.

Vyberte kartu Gene Expression (Genová exprese).

4.

Na kartě Gene Expression (Genová exprese) klikněte na Experiment Settings (Nastavení
experimentu).

5.

V dialogovém okně Experiment Settings (Nastavení experimentu) postupujte následovně:6.

a.

Vyberte kartu Samples (Vzorky) a zvolte kontrolu. Když je kontrola přiřazena, normalizuje software
CFX Maestro Dx SE relativní množství pro všechny geny na množství kontroly, nastavené na 1.

b.

Vyberte kartu Target (Produkt) a zvolte referenční geny. Analýza genové exprese vyžaduje
jeden referenční vzorek mezi vašimi vzorky.

Vyberte možnost Normalized Expression (ΔΔC q (Normalizovaná exprese (ΔΔCq) ), pokud již nenívybrána, a následně zobrazte úrovně exprese na kartě Gene Expression (Genová exprese).
Poznámka: Pro nastavení nastavení destičky pro analýzu normalizace genové exprese můžete
rovněž použít Setup Wizard (Průvodce nastavením).

Relativní množství
Už ze své povahy nejsou data o relativním množství (ΔCq) normalizována. Tato metoda se používá kekvantifikaci vzorků, jež nezahrnují žádné referenční geny (produkty). Při přípravě experimentu je třeba mít
na paměti jeden z následujících předpokladů:nKaždý vzorek obsahuje stejné množství RNA nebo cDNA v každé jamce.

n

Jakékoliv odchylky v množství založeného biologického vzorku budou normalizovány po běhu nějakou
metodou analýzy dat mimo samotný software. Můžete se například rozhodnout, že hodnotu relativníhomnožství vydělíte normalizačním faktorem, případně hmotností nukleové kyseliny založené pro každý
vzorek nebo počtem buněk, ze kterých byla nukleová kyselina izolována.

Jak provést analýzu relativního množství (ΔCq)
u

Na kartě Gene Expression (Genová exprese) vyberte z rozevíracího seznamu Mode (Režim)v pravém podokně možnost Relative Quantity (ΔCq) (Relativní množství (ΔCq)).
Tip: Pro porovnání výsledků s daty z jiných cyklů genové exprese otevřete novou genovou studii
nebo přidejte datový soubor do existující genové studie.

Uživatelská příručka | 263

Kapitola 12 Analýza genové expreseZměna a anotace zobrazení grafu
Pomocí příkazů z nabídky na panelu nástrojů grafu a nástrojů pro analýzu dat můžete změnit zobrazení
grafu, opatřit jednotlivé grafy poznámkami a změnit zobrazení grafu. Panel nástrojů grafů se zobrazí mezi
grafem a tabulkou analýzy dat v dolní části obrazovky.

Nástroje panelu nástrojů grafu
Tip: Informace o nástrojích grafu, které se zobrazují na pravé straně grafů analýzy dat, naleznetev části Grafy na straně 204.
Panel nástrojů pod grafy poskytuje rychlý přístup k nástrojům pro přidávání popisků.

Tabulka 31 uvádí seznam funkcí tlačítek na panelu nástrojů grafů.
Tabulka 31. Panel nástrojů grafu

Tlačítko

Název

FunkceSloupcový graf

Zobrazí relativní expresi produktů.

Box a Whisker graf

Znázorňuje data jako rozsahy kvartilů (Informaceo výpočtu naleznete v části Grafy „Box“ a „Whiskers“ výpočet na straně 301).
Poznámka: Dostupné, pouze když je možnost Analyze
Using (Typ analýzy) nastavena na Biological Groups Only
(Pouze biologické skupiny).

Bodový graf

Znázorňuje jednotlivé datové body vzorku pro každý
produkt.
Poznámka: Dostupné, pouze když je možnost Analyze
Using (Typ analýzy) nastavena na Biological Groups Only
(Pouze biologické skupiny).

Přidat šipku

Nakreslí šipku na aktivní graf.

Přidat kroužek

Nakreslí kroužek na aktivní graf.

Přidat text

Do aktivního grafu vloží textové pole, ve kterém můžete
přidat text, který popisuje zajímavé položky v grafu.

264 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Grafy)

Tabulka 31. Panel nástrojů grafu, pokračování

Tlačítko

Název

FunkceVrátit zpětOdstraní nebo vrátí poslední anotaci provedenou
v aktivním grafu.

Provést znovu

Vrátí poslední akci zpět provedenou v aktivním grafu.

Vymazat všeVymaže všechny anotace provedené v aktivním grafu.

Výběr cílových hodnot, dat vzorků a biologických skupin
Poznámka: Tato možnost je k dispozici pouze v grafu genové exprese.
Ve výchozím nastavení se seznamy Targets (Produkty), Samples (Vzorky) a Biological Groups(Biologické skupiny) zobrazují v abecedním pořadí. Dialogové okno Sort (Řazení) slouží k řazenízobrazení v obráceném abecedním pořadí nebo k ručnímu přesunutí výrazu na jinou pozici v seznamu.

Výběr cílových hodnot, dat vzorků a biologických skupin
1.

Z nástrojů grafu klikněte na Export.
Zobrazí se dialogové okno Gene Expression Chart Sorting (Výběr dat grafu genové exprese).

2.

V dialogovém okně klikněte na položku Z-A a seřadíte seznam v obráceném abecedním pořadí.

3.

Chcete-li termín ručně přesunout, vyberte jej a klikněte na příslušné tlačítko mezi grafy:nKliknutím na šipku nahoru nebo dolů přesunete vybraný termín o jednu pozici.

nKliknutím na šipku nahoru nebo dolů přesunete vybraný výraz na začátek nebo na konec
seznamu.

Uživatelská příručka | 265

Kapitola 12 Analýza genové exprese

4.

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a vraťte se na kartu Gene Expression (Genová exprese).

266 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Grafy)Změna nastavení barvy produktu, vzorku a biologické skupiny
V dialogovém okně Color Settings (Nastavení barev) můžete změnit barvu produktu, vzorku nebo
biologické skupiny nebo odebrat položku z grafu.

Změna nastavení barvy produktu
1.

V pravém podokně v dialogovém okně Gene Expression (Genová exprese) ověřte, zda sev rozevíracím seznamu osy X zobrazí Sample (Vzorek).

2.

V nástrojích grafu vyberte položku Color Settings (Nastavení barev).
Zobrazí se dialogové okno Color Settings (Nastavení barev).

3.

Chcete-li změnit barvu zobrazení pro produkt, klikněte na jeho barvu ve sloupci Color (Barva).

4.

V zobrazeném dialogovém okně Color (Barva) vyberte novou barvu a klikněte na tlačítko OK.

5.

Chcete-li odstranit produkt z grafu genové exprese, odznačte příslušné zaškrtávací políčko ve
sloupci Show Chart (Zobrazit graf).
Tip: Chcete-li vymazat všechny produkty, vymažte položku Show Chart (Zobrazit graf) v záhlavísloupce.

6.

(Volitelné) Ve výchozím nastavení se pruhy zobrazují v plných barvách. Odznačte zaškrtávací
políčko Use Solid Colors (Použít jednobarevné barvy) pro zobrazení pruhů v gradientních barvách.

7.

Kliknutím na tlačítko OK uložte změny a vraťte se na kartu Gene Expression (Genová exprese).

Změna nastavení barvy vzorku nebo biologické skupiny
1.

V pravém podokně v dialogovém okně Gene Expression (Genová exprese) ověřte, zda sev rozevíracím seznamu osy X zobrazí Target (Produkt).

2.

Proveďte kroky uvedené v části Změna nastavení barvy produktu na straně 267.

Změna zobrazení grafuZměna existujícího zobrazení grafuuVyberte příkaz nabídky panelu nástrojů pro zobrazení produktu.

Poznámka: V záložce Gene Expression (Genová exprese) se vždy zobrazí data ve výchozím
zobrazení sloupcového grafu.

Uživatelská příručka | 267

Kapitola 12 Analýza genové exprese

Vyloučení odlehlých datových bodůV bodovém grafu můžete snadno zobrazit odlehlé body a vyloučit je ze své analýzy.

Jak vyloučit odlehlé datové bodyuV bodovém grafu klikněte pravým tlačítkem myši na cílový odlehlý bod a vyberte možnost Exclude
Well from Analysis (Vyloučit jamku z analýzy).

Datový bod bude z bodového grafu odstraněn a jamka v nástroji pro výběr jamek na kartě Quantification(Kvantifikace) zešedne.

Jak zahrnout vyloučený odlehlý datový bodu

Na kartě Quantification (Kvantifikace) klikněte v nástroji pro výběr jamek pravým tlačítkem myši na
jamku a vyberte položky Well > Include in Analysis (Jamka > Zahrnout do analýzy).

Zobrazení podrobností o datových bodech
Jak zobrazit podrobnosti o datových bodechuV grafu Box a Whisker a bodovém grafu zastavte kurzorem na jednom datovém bodu.

Objeví se okénko s názvem vzorku a jeho expresí (relativní množství nebo normalizace exprese,v závislosti na vybraném režimu).

Anotace grafů
Pro jasnou komunikaci dat můžete v každém zobrazení sloupcového grafu přidávat šipky, kroužky a text.
Anotace se ukládají společně se sloupcovým grafem a jsou obsaženy v exportovaném a vytištěném
souboru. Anotace přidané do jednoho zobrazení grafu se ale nepřidají do jiných zobrazení tohoto grafu.

Jak nakreslit šipku nebo kroužek do grafu
1.

Na panelu nástrojů sloupcového grafu klikněte na konkrétní nástroj.

2.

Klikněte na sloupcový graf a podle potřeby přetáhněte kurzor přes graf.

268 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Grafy)

Jak přidat text do grafu
1.

Na panelu nástrojů sloupcového grafu klikněte na Add Text (Přidat text).

2.

Klikněte na sloupcový graf. V příslušném místě se objeví textový rámeček.

3.

Do rámečku doplňte text.

4.

Pro opuštění textového rámečku klikněte kamkoliv na graf.
Tip: Pro přidání několika řádků do textového rámečku stiskněte Enter.

Jak přesunout anotaci
1.

Umístěte kurzor nad anotaci. Ikona se změní na ukazující prst a zvýrazní se okraj anotace.

2.

Klikněte na anotaci a přesuňte ji jinam.

3.

Po uvolnění zůstane anotace na novém místě.

Jak anotaci vrátit zpětuKlikněte na Undo (Vrátit zpět).
Poslední přidaná anotace bude odstraněna.
Tip: Můžete postupně zrušit deset nejnovějších anotací.

Jak obnovit anotaciuKlikněte na Redo (Znovu).
Poslední odstraněná anotace bude obnovena.
Tip: Můžete postupně obnovit deset nejnovějších anotací.

Jak vymazat anotaciuKlikněte na anotaci pravým tlačítkem myši a vyberte Delete (Vymazat).

Uživatelská příručka | 269

Kapitola 12 Analýza genové expreseÚprava dat genové expresePo výběru režimu analýzy – normalizovaná exprese (∆∆Cq) nebo relativní množství (∆Cq), upravte data,
která vidíte na kartě Gene Expression (Genová exprese) změnou možností nastavení na pravé straně
grafu.
Tip: Výchozí možnosti dat Gene Expression (Genová exprese) nastavíte v dialogovém okně User
Preferences (Uživatelské předvolby) (viz Nastavení výchozích parametrů datového souboru genové
exprese na straně 91 ).

Data grafu
Nastavte hodnotu osy y na lineární měřítko, abyste umožnili možnosti dat grafu. Možnosti dat grafu vámumožňují prezentovat data v grafu jednou z těchto možností:n(Relative to control) Relativní ke kontrole – graf dat s osou škálovanou od 0 do 1. Pokud přiřadíte
kontrolu do běhu, vyberte tuto možnost pro rychlou vizualizaci upregulace a downregulace produktu.

nRelative to zero (Relativní k nule) – graf dat s počátkem na nule.

Analyze Using (Typ analýzy)V této rozevírací nabídce můžete vybrat způsob analýzy a zakreslení dat. Dostupné možnosti jsou:nSamples Only (Pouze vzorky) – data se analyzují a zakreslují pro jednotlivé vzorky.

nBiological Groups Only (Pouze biologické skupiny) – data se analyzují a zakreslují pro biologické
skupiny. Exprese zobrazená pro biologickou skupinu představuje geometrický průměr vzorků v danéskupině.

n

Sample Biological Group (Vzorek, biologická skupina) – data se analyzují a zakreslují pro jednotlivé
vzorky, s doplněním biologické skupiny za názvem vzorku. Zobrazené hodnoty P se vypočítají nazákladě biologické skupiny.

nBiological Group Sample (Biologická skupina, vzorek) – data se analyzují a zakreslují pro jednotlivé
vzorky, s doplněním biologické skupiny před název vzorku. Zobrazené hodnoty P se vypočítají nazákladě biologické skupiny.

Pomocí rozevírací nabídky vyberte vzorek, který bude použit k normalizaci relativního množství:

Anotace hodnot P a prahu hodnoty P
Pokud je vybrána možnost Annotate P-Values (Anotace hodnot P), software zobrazí na sloupcovém grafu
nad produktem hvězdičku (*), pokud je jeho hodnota P pod vybranou hodnotou threshold. Software
automaticky vypočítá hodnotu P tak, že porovná úroveň exprese vzorku s úrovní exprese vybraného
kontrolního vzorku prostřednictvím standardního t-testu. Rozsah pro práh hodnoty P je 0,000–1,000.

270 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Grafy)Možnosti osy X
Volba osy x umožňuje vybrat data osy x grafu Gene Expression (Genová exprese):n

Produkt – zobrazuje názvy produktů na ose x.

nVzorek – zobrazuje názvy vzorků na ose x.

Možnosti osy YMožnosti osy Y vám umožňují zobrazit graf Gene Expression (Genová exprese) v jednom z těchto tříměřítek:nLinear (Lineární) – vyberte tuto možnost pro zobrazení lineárního měřítka.
Tip: Po nastavení osy Z na Linear (Lineární) je k dispozici rozevírací seznam Graph Data (Datagrafu), ze kterého lze vybrat sestavení grafu dat vzhledem ke kontrole nebo vzhledem k nule.

n

Log 2 – vyberte tuto možnost pro vyhodnocení vzorků napříč velkým dynamickým rozsahem.

n

Log 10 – vyberte tuto možnost pro vyhodnocení vzorků napříč velmi velkým dynamickým rozsahem.

Možnosti úpravy měřítka
Vyberte Normalized Gene Expression (Normalizovaná genová exprese)(ΔΔC q) a nastavte pro položku
možnost None (Žádná) , aby se povolila možnost škálování v grafu genové exprese. Vyberte jednu ztěchto možností škálování pro výpočet a prezentaci svých dat způsobem, který nejlépe vyhovuje vašemu
návrhu běhu:n

Unscaled (Bez měřítka) – představuje normalizaci genové exprese bez rozsahů.

nHighest (Nejvyšší) – zobrazuje normalizaci genové exprese pro každý produkt vydělením úrovně
exprese každého vzorku nejvyšší hodnotou úrovně exprese ve všech vzorcích.
Tato volba škálování používá vzorec rozsahu na nejvyšší hodnotu.

n

Lowest (Nejnižší) – zobrazuje normalizaci genové exprese pro každý produkt vydělením úrovně
exprese každého vzorku nejnižší hodnotou úrovně exprese ve všech vzorcích.
Tato volba škálování používá vzorec rozsahu na nejnižší hodnotu.

n

Average (Průměrná) – zobrazuje normalizaci genové exprese pro každý produkt vydělením úrovně
exprese každého vzorku geometrickým průměrem hladin exprese pro všechny vzorky.
Tato volba škálování používá vzorec rozsahu na průměrnou hodnotu.

V grafu Gene Expression (Genová exprese) vyberte možnost výpočtu typu chyby (chybové úsečky):Uživatelská příručka | 271

Kapitola 12 Analýza genové exprese

Násobitel chybové úsečky v grafu
V grafu Gene Expression (Genová exprese) vyberte násobitel chybových úseček. Vyberte jedno z těchto
celých čísel:n+/− 1 (default)

n

2

n

3

Typ násobitele se změní, když vyberete chybovou úsečku:n

SEMs (Hodnoty SEM) pro standardní chybu průměru

n

Std Devs (Směrodatné odchylky) pro směrodatné odchylky

Nastavení experimentu
Tip: Toto dialogové okno je také dostupné v nástroji Plate Editor (Editor destiček). Více informací
naleznete v části Změna nastavení experimentu na straně 152.
V dialogovém okně Experiment Settings (Nastavení experimentu) můžete zobrazit nebo změnit seznam
produktů, vzorků nebo biologických skupin, vybrat referenční geny, vybrat kontroly nebo nastavit analýzu
Gene Expression Analysis (Analýza genové exprese) skupiny, kterou chcete analyzovat, pokud do jamek
byly přidány biologické skupiny.

Otevření dialogového okna Experiment Settings (Nastavení experimentu)u

Na kartě Graphing (Grafy) klikněte v dolní části pravého podokna na položku Experiment Settings(Nastavení experimentu).
Zobrazí se dialogové okno Experiment Settings (Nastavení experimentu), které zobrazuje kartu
Targets (Produkty).

Úprava nastavení Targets (Produkty)uNa kartě Targets (Produkty) postupujte následovně:n

Chcete-li vybrat produkt jako referenční gen pro analýzu dat genové exprese, vyberte jeho
název ve sloupci Reference.

n

Chcete-li změnit barvu produktu, klikněte na jeho buňku ve sloupci Color (Barva) a změňte barvu
v zobrazeném dialogovém okně Color (Barva).
Změna barvy se objeví v grafech Gene Expression (Genová exprese).

nChcete-li použít dříve určenou hodnotu účinnosti, zrušte zaškrtnutí políčka produktu ve sloupci
Auto Efficiency (Automatická účinnost) a zadejte číslo pro procento účinnosti produktu.

272 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Grafy)

Software vypočítá relativní účinnost pro produkt pomocí funkce Auto Efficiency (Automatickáúčinnost), pokud data pro produkt obsahují standardní křivku.

Úprava nastavení položky Sample (Vzorek)u

Na kartě Samples (Vzorky) postupujte následovně:n

Chcete-li vybrat vzorek jako kontrolu analýzy dat genové exprese, vyberte jeho název ve sloupci
Control (Kontrola).

n

Chcete-li změnit barvu vzorku skupiny, klikněte na její buňku ve sloupci Color (Barva) a změňte
barvu v zobrazeném dialogovém okně Color (Barva).
Změna barvy se objeví v grafech Gene Expression (Genová exprese).

nChcete-li zobrazit vzorek v grafech Gene Expression (Genová exprese), vyberte příslušnoupoložku ve sloupci Show Chart (Zobrazit graf).

nChcete-li odstranit vzorek z grafů Gene Expression (Genová exprese), odstraňte příslušnoupoložku ve sloupci Show Chart (Zobrazit graf).
Tip: Data vzorku skupiny zůstanou v tabulce Results (Výsledky).

Vyloučení typu vzorku z výpočtů analýzy
uZaškrtněte políčko v dolní části dialogového okna Experiment Settings (Nastavení experimentu).
Poznámka: To vylučuje kontroly nebo standardy z analýzy genové exprese.

Možnosti nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši
Klikněte pravým tlačítkem myši na graf genové exprese v Tabulka 32.
Tabulka 32. Položky nabídky genové exprese po kliknutí pravým tlačítkem myšiPoložka

FunkceCopy (Kopírovat)

Zkopíruje graf do schránky.

Save Image As (Uložit obrázekUloží graf jako soubor obrázku. Nastavte rozlišení a rozměry obrázku

jako)

a potom vyberte typ souboru (PNGnebo BMP).

Page Setup (Nastavení stránky)Vybere nastavení stránky pro tisk.

Print (Tisk)

Vytiskne graf.

Uživatelská příručka | 273

Kapitola 12 Analýza genové exprese

Tabulka 32. Položky nabídky genové exprese po kliknutí pravým tlačítkem myši, pokračováníPoložka

FunkceSet Scale to Default (Nastavit

Show All (Zobrazit vše) zobrazí všechna data v sloupcovém grafu.

měřítko na výchozí)

Scroll Bar (Posuvník) zobrazí posuvník, pokud je v rámečku grafu
zobrazeno příliš mnoho vzorků a zároveň je zachována minimálníšířka pruhu.

Chart Settings (Nastavení grafu)Otevře okno Chart Settings (Nastavení grafu) pro úpravu grafu.

Sort (Řazení)Seřadí vzorky nebo produkty, které se objeví na ose x grafu.

Use Corrected Std Devs (Použít

Vypočítá chybové pruhy pomocí vzorce korigované standardníkorigovanou std. odch.)odchylky.

Use Solid Bar Colors (Použít

Zobrazuje v grafu vyplněné pruhy.

barvou vyplněné pruhy)
X–Axis Labels (Popisky osy x)

Zobrazí popisky na ose x vodorovně nebo šikmo.

Tabulka dat
Tabulka 33 definuje data zobrazená v datové tabulce Gene Expression (Genová exprese).
Poznámka: Hodnoty v tabulce se počítají na základě typu grafu a předvoleb vybraných v panelu
napravo.
Tabulka 33. Popis informací v tabulce na kartě

Informace

Popis

Target (Produkt)

Název produktu (amplifikovaného genu) vybraného v okně ExperimentSettings (Nastavení experimentu).

Biological Group (Biologická

Název vzorku nebo biologické skupiny v okně Experiment Settings

skupina)(Nastavení experimentu).

Sample Biological Group(Biologická skupina vzorků)Biological Group Sample(Vzorek biologické skupiny)

274 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Grafy)

Informace

Popis

Kontrola

Název kontroly v okně Experiment Settings (Nastavení experimentu).
Pokud je možnost Analyze Using (Typ analýzy) nastavena na Samples
Only (Pouze vzorky), Control (Kontrola) označuje vzorek vybraný
v okně Experiment Settings (Nastavení experimentu). Pokud jevybráno Biological Groups Only (Pouze biologické skupiny), Sample
Biological Group (Biologická skupina vzorků) nebo Biological Group
Sample (Vzorek biologické skupiny) , představuje kontrola biologickou
skupinu vybranou v okně Experiment Settings (Nastavení
experimentu).

Relativní množství nebo

Relativní množství (ΔCq) nebo normalizace genové exprese (ΔΔCq),

expresev závislosti na vybraném režimu.

SEM (nebo SD) relativníhoStandardní chyba průměru (SEM) nebo směrodatná odchylka (SD)množství nebo exprese

relativního množství nebo normalizace exprese v závislosti na zvolenémožnosti. Dostupné, pouze když je možnost Analyze Using (Typanalýzy) nastavena na Samples Only (Pouze vzorky), Sample
Biological Group (Biologická skupina vzorků) nebo Biological Group
Sample (Vzorek biologické skupiny).

SEM (nebo SD) opravenéhoVýpočet opravené hodnoty SEM nebo SD relativního množství nebo

relativního množství nebo

normalizace exprese v závislosti na zvolené možnosti. Dostupné,

expresepouze když je možnost Analyze Using (Typ analýzy) nastavena na
Samples Only (Pouze vzorky), Sample Biological Group (Biologická
skupina vzorků) nebo Biological Group Sample (Vzorek biologické
skupiny).

Průměr CqPrůměr kvantifikačního cyklu (nezobrazuje se, pokud je možnost
Analyze Using (Typ analýzy) nastavena na Biological Groups Only
Pouze biologické skupiny).

SEM (nebo SD) Cq

SEM nebo SD kvantifikačního cyklu v závislosti na zvolené možnosti(nezobrazuje se, pokud je možnost Analyze Using (Typ analýzy)nastavena na Biological Groups Only (Pouze biologické skupiny)).

Uživatelská příručka | 275

Kapitola 12 Analýza genové expreseMožnost Show Details (Zobrazit podrobnosti)
Tabulka 34 definuje data zobrazená při výběru možnosti Show Details (Zobrazit podrobnosti) z nabídky
pravého tlačítka tabulky sloupcového grafu.
Tabulka 34. Informace v tabulce sloupcového grafu s vybranými údaji Show Details (Zobrazit
podrobnosti)

Informace

Popis

Datový souborÚdaje o fluorescenci jednoho fluoroforu v datovém souboru

Relativní množství

Vypočtené relativní množství vzorků

SD relativního množství

Výpočet směrodatné odchylky relativního množství

SD korigovaného relativníhoVýpočet směrodatné odchylky korigovaného relativního množství

množství
SEM relativního množství

Standardní chyba průměru výpočtu relativního množství

SEM korigovaného relativního

Vypočtená standardní chyba průměru korigovaného relativníhomnožstvímnožství

Relativní množství (lg)Log2 relativní veličiny, která se používá pro statistickou analýzuSD RQ(lg)Směrodatná odchylka relativního množství (log2)

SEM exprese (lg)Standardní chyba průměru exprese (log2)

Exprese bez měřítka

Vypočtená exprese bez měřítka

SD exprese bez měřítka

Vypočtená směrodatná odchylka exprese bez měřítka

SD korigované exprese bezVýpočet směrodatné odchylky korigované exprese bez měřítka

měřítka
SEM exprese bez měřítka

Vypočtená standardní chyba průměru exprese bez měřítka

SEM korigované exprese bez

Vypočtená standardní chyba průměru korigované exprese bez měřítka

měřítkaExprese bez měřítka (lg)Log2 exprese bez měřítka

SD exprese bez měřítka (lg)Směrodatná odchylka exprese bez měřítka (log2)

SEM exprese bez měřítka (lg)Standardní chyba průměru exprese bez měřítka (log2)

276 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Grafy)

Tabulka 34. Informace v tabulce sloupcového grafu s vybranými údaji Show Details (Zobrazit
podrobnosti), pokračování

Informace

Popis

ExpreseNormalizace genové exprese

SD korigované expreseVýpočet směrodatné odchylky korigované exprese

SEM exprese

Standardní chyba průměru exprese

SEM korigované exprese

Vypočtená standardní chyba průměru korigované exprese

Exprese (lg)Log2 exprese (normalizované exprese), která se používá pro
statistickou analýzu

SD exprese (lg)Směrodatná odchylka exprese (log2)

SEM exprese (lg)Standardní chyba průměru exprese (log2)Průměr CqPrůměr kvantifikačního cyklu

Cq SDSměrodatná odchylka kvantifikačního cyklu

Cq SEM

Standardní chyba průměru kvantifikačního cykluUživatelská příručka | 277

Kapitola 12 Analýza genové exprese

Graf „clustergram“
Graf „clustergram“ zobrazuje data v hierarchii vycházející ze stupně podobnosti exprese pro různé
produkty a vzorky.
Poznámka: Chcete-li zobrazit jiný datový graf než relativní expresi pro sloupcový graf, musíte zvolit
referenční gen.
Obraz grafu „clustergram“ ukazuje relativní expresi vzorku nebo produktu takto:nUpregulace (červeně) – vyšší expresen

Downregulace (zeleně nebo modře) – nižší expresenBez regulace (černě)n

Není vypočítána žádná hodnota (černě s bílým X)

Čím je barevný odstín světlejší, tím je rozdíl relativní exprese větší. Pokud nelze vypočítat žádnou
normalizovanou hodnotu Cq, bude čtverec černý s bílým X.
Na vnějších okrajích datového grafu je dendrogram, který znázorňuje shlukovou hierarchii. Produkty nebo
vzorky s podobnými vzory exprese budou mít napojené linky, zatímco odlišné vzory budou dále od sebe.

Settings (Nastavení)Můžete nastavit následující možnosti:nCluster By (Shluk) – vyberte z Targets (Produkty), Samples (Vzorky), Both (Oba) nebo None(Žádný).

nSize (Velikost) – upraví velikost obrazu a změní stupeň zvětšení grafu .

nSplit Out Replicates (Rozdělit replikáty) – zobrazí hodnoty jednotlivých replikátů.

Tip: Můžete změnit barevné schéma z výchozí červené/zelené na červenou/modrou výběrem tétomožnosti z nabídky pravým tlačítkem myši v z těchto grafů.

Možnosti nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myšiMožnosti nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši pro graf „clustergram“ jsou stejné jako v případě
sloupcového grafu. Dostupné možnosti viz Tabulka 32 na straně 273. Kromě toho vyberte Color Scheme(Barevné schéma), pokud chcete změnit expresi downregulace v grafu z výchozí červené/zelené načervenou/modrou.

Tabulka dat
Tabulka zobrazuje hodnoty cílové, vzorové a normalizované exprese.

278 | Software CFX Maestro Dx SE

Rozptylový graf

Rozptylový graf
Rozptylový graf zobrazí normalizovanou expresi produktů pro kontrolu ve srovnání s experimentálním vzorkem.
Křivky grafu označují násobek změny hodnoty exprese. Datové body mezi křivkami ukazují, že rozdíl v expresi
pro daný produkt (gen) je mezi vzorky zanedbatelný. Datové body mimo křivky překračují násobek změny
hodnoty exprese a mohou být pro daný experiment nepodstatné.
Obrázek grafu ukazuje následující změny v expresi produktu na základě prahu násobku exprese:nUpregulace (červený kroužek) – relativně vyšší expresen

Downregulace (zelený nebo modrý kroužek) – relativně nižší expresenBez změny (černý kroužek)Klikněte a přetáhněte libovolnou křivku threshold pro úpravu hodnoty násobku exprese.

NastaveníMůžete nastavit následující možnosti:nKontrolní vzoreknExperimental Sample (Experimentální vzorek)nFold Change Threshold (Práh násobku exprese) Když budete zvyšovat nebo snižovat hodnotu
násobku exprese hodnotu regulace , budou se podle toho pohybovat křivky threshold v grafu.

Možnosti nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myšiMožnosti nabídky po kliknutí pravým tlačítkem myši pro rozptylový graf jsou stejné jako v případě
sloupcového grafu. Dostupné možnosti viz Tabulka 32 na straně 273. Vedle toho vyberte možnost
Symbol, pokud chcete změnit symbol používaný v grafu z výchozího kroužku na jeden z následujících:n

Trojúhelník

n

Kříž

n

Čtverecn

Kosočtverec

Tabulka dat
Tabulka zobrazuje hodnoty pro produkt a normalizovanou expresi pro kontrolní a experimentální vzorky.
Současně ukazuje, zda jsou produkty regulovány nahoru nebo dolů ve srovnání s regulací produktu
prahem regulace.

Uživatelská příručka | 279

Kapitola 12 Analýza genové exprese

Tabulka Results (Výsledky)
Tabulka Výsledky shrnuje data ze všech grafů. Tabulka 35 definuje data, která se zobrazí v tabulce
Results (Výsledky).
Tabulka 35. Informace na kartě Results (Výsledky)

Informace

Popis

Target (Produkt)

Název produktu (amplifikovaného genu)

Sample (Vzorek)

Název vzorku

Mean Cq (Průměr Cq)Průměr kvantifikačního cyklu

Mean Efficiency Corrected CqPrůměr kvantifikačního cyklu po úpravě účinnosti reakce(Průměr korigované účinnosti
Cq)
Normalizovaná exprese

Exprese produktu normalizovaná na referenční produkt (ΔΔCq)

Relative Normalized Expression

Normalizovaná exprese ve vztahu ke kontrolnímu vzorku; nazývá se(Relativní normalizovaná

také Fold Change (Násobek exprese)

exprese)Regulation (Regulace)Změna exprese ve vztahu k kontrolnímu vzorku

Compared to Regulation

Up nebo downregulace experimentálního vzorku na základě nastavení

Threshold (Porovnání s prahem

prahu

regulace)

Poznámka: Data pro replikáty se nacházejí pouze v tabulkách s kartami analýzy dat, ve kterých byly
vybrány rozdělené replikáty Split Out Replicates (Rozdělit replikáty) (tj. Clustergram (Graf„clustergram“) a ). Může existovat nesoulad mezi daty genové exprese v tabulkách analýzy genové
exprese, pokud vyberete jako kontrolní vzorek v sloupcovém grafu „none (žádný)“.

280 | Software CFX Maestro Dx SE

Genová studie

Genová studie
Vytvořte genovou studii pro porovnání dat genové exprese z jednoho nebo několika PCR experimentů
v reálném čase pomocí kalibrátoru mezi běhy s cílem provést normalizaci mezi experimenty. Genovou
studii vytvoříte tak, že do genové studie přidáte data z jednoho nebo několika datových souborů
(koncovka .pcrd). Software je sdruží do jednoho souboru (koncovka .mgxd).
Poznámka: Maximální počet vzorků, které můžete v genové studii analyzovat, je omezen velikostí
RAM paměti a virtuální paměti počítače.

Kalibrace mezi běhyV každé genové studii se automaticky provádí kalibrace mezi běhy pro každý produkt, aby senormalizovaly nesrovnalosti mezi produkty testovanými v oddělených bězích PCR v reálném čase (tj.
různé .pcrd soubory PCR generované různými destičkami).
Aby software rozpoznal vzorek jako kalibrátor mezi běhy, musí sdílet stejný název produktu, název vzorku
a, je-li použit, název biologického souboru napříč všemi porovnávanými destičkami.
Poznámka: V genové studii musí být přítomen alespoň jeden vzorek kalibrátoru mezi běhy pro
provedení kalibrace mezi běhy. Produkty bez vhodných vzorků kalibrátoru mezi běhy budou
zpracovány bez korekce v genové studii (nedoporučeno).
Kalibrátory mezi běhy lze aplikovat dvěma způsoby:n

Na každý produkt – různé PCR primery mohou mít různé účinnosti. Ve výchozím nastavení jekalibrátor mezi běhy aplikován na všechny jamky na stejné destičce, které mají stejný název
produktu, například Cq vytvořený stejným testem.

nCelá studie – jeden kalibrátor mezi běhy je vybrán uživatelem a aplikován na celou genovou studii.

Uživatelská příručka | 281

Kapitola 12 Analýza genové exprese

Dialogové okno Gene Study (Genová studie)

Dialogové okno Gene Study (Genová studie) obsahuje dvě karty:nKarta Study Setup (Nastavení studie) – spravuje běhy v genové studii.
Důležité: Přidáním nebo odstraněním datových souborů z genové studie se nemění datav původním souboru.

nKarta Study Analysis (Analýza studie) – zobrazí data genové exprese pro kombinované běhy.

Karta Study Setup (Nastavení studie)
Tabulka 36 definuje data, která se objeví na kartě Study Setup (Nastavení studie).
Tabulka 36. Karta Study Setup (Nastavení studie) v dialogovém okně Gene Study (Genovástudie)Název sloupce

Popis

File Name (Název souboru)

Název spouštěcího datového souboru (koncovka .pcrd)

File Folder (Složka souboru)

Adresář, ve kterém je uložen datový soubor pro každý běh genové
studieDate Created (Datum

Datum shromáždění dat běhuvytvoření)282 | Software CFX Maestro Dx SE

Genová studie

Tabulka 36. Karta Study Setup (Nastavení studie) v dialogovém okně Gene Study (Genovástudie), pokračování

Název sloupce

Popis

Well Group Name (Název

Název skupiny jamek vybraných při přidání souboru do genové studieskupiny jamek)

Tip: Pro analýzu jedné skupiny jamek v genové studii musíte
vybrat příslušnou skupinu jamek v okně Data Analysis (Analýzadat) ještě před importem datového souboru do genové studie.

Step (Krok)

Krok protokolu, jenž zahrnuje čtení destičky s cílem shromáždit data
PCR v reálném časeRun Type (Typ běhu)Běh definovaný uživatelem nebo PrimePCR

Protocol Edited (Editovaný

Je-li zvolena tato možnost, znamená to, že protokol použitý pro

protokol)

PrimePCR byl upraven

View Plate (ZobrazitOtevře mapu destiček s destičkou s daty v každém běhu zařazeném

destičku)do genové studiePříprava genové studie
Jak připravit genovou studii
1.

Před importem dat do genové studie postupujte v okně Data Analysis (Analýza dat) následovně:n

Ujistěte se, že vzorky se stejným obsahem mají stejný název. V genové studii softwarepředpokládá, že jamky se stejným názvem produktu nebo vzorku obsahují stejné vzorky.

nUpravte baseline a threshold (Cq) na kartě Quantification (Kvantifikace) pro optimalizaci datv každém běhu.

n

Vyberte skupinu jamek, kterou chcete zařadit do genové studie.
Aby bylo možné v genové studii zobrazit data z jedné skupiny jamek, musí být tato skupina
vybrána před importem datového souboru.

Karta Study Setup (Nastavení studie) obsahuje seznam všech cyklů v genové studii.
2.

V dialogovém okně Gene Study (Genová studie) vyberte kartu Study Setup (Nastavení studie).

3.

Klikněte na položku Add Data Files (Přidat datové soubory) pro výběr souboru z okna prohlížeče.
Tip: Pro rychlé přidání cyklů do genové studie přetáhněte datové soubory (koncovka .pcrd) do
dialogového okna Study Setup (Nastavení studie).

4.

CFX Maestro Dx SE automaticky provádí analýzu genové studie v průběhu přidávání datových
souborů. Vyberte kartu Study Analysis (Analýza studie) pro zobrazení výsledků.

Uživatelská příručka | 283

Kapitola 12 Analýza genové exprese

Jak odstranit běhy z genové studieuVyberte v seznamu jeden nebo více souborů a klikněte na položku Remove (Odstranit).

Jak přidat poznámky do genové studieu

Zadejte poznámky k souborům a analýze do textového rámečku Notes (Poznámky).

Karta Study Analysis (Analýza studie)
Karta Study Analysis (Analýza studie) obsahuje data ze všech cyklů genové studie. Možnosti analýzy dat
genové exprese jsou stejné jako možnosti pro jeden datový soubor, s následující výjimkou:nV případě sloupcových grafů se po kliknutí na možnost Inter-run Calibration (Kalibrace mezi běhy)objeví hodnoty kalibrace mezi běhy (jsou-li vypočítány).
Poznámka: Jako kalibrátor mezi běhy lze použít pouze následující typy vzorků:oUnknown (Neznámý)oStandardoPositive Control (Pozitivní kontrola)

Jako kalibrátor mezi běhy nelze použít tyto typy vzorků: negativní kontrola, kontrola bez templátu(NTC) a kontrola bez reverzní transkriptázy (NRT).
nn

Nástroj Reference Gene Selection (Výběr referenčního genu) identifikuje testované referenční geny
a kategorizuje je na základě stability jako ideální, přípustný či nestabilní:oIdeální referenční geny jsou stabilní a představují minimální odchylky napříč testovanými vzorky.

oPřípustné referenční geny nejsou ideálně stabilní a představují středně velké odchylky napříč
testovanými vzorky. Pokud nejsou k dispozici ideální referenční geny, použijte v analýze tyto
referenční geny.

o

Nestabilní referenční geny představují nadměrné odchylky napříč testovanými vzorky.
Doporučujeme tyto geny z analýz vyloučit.

Nástroj pro kontroly PrimePCR zobrazí výsledky testovaných vzorků v tabulce:oKarta Summary (Souhrn) obsahuje souhrn všech tetovaných vzorků. Vzorky, které prošly všemi
kontrolními analýzami, jsou označeny zeleně. Vzorky, které jednou nebo několika kontrolnímianalýzami neprošly, jsou označeny žlutě.

oKarta PCR obsahuje výsledky analýzy pozitivní kontroly PCR. Tato analýza zjistí inhibici nebo
problémy při experimentu, které ovlivňují genovou expresi.

284 | Software CFX Maestro Dx SE

Genová studieoKarta RT obsahuje výsledky analýzy kontroly s reverzní transkripcí. Tato analýza kvalitativně
vyhodnotí výkonnost RT a identifikuje vzorky, u kterých je pravděpodobné, že výkonnost RT
naruší genovou expresi.

oKarta gDNA obsahuje výsledky analýzy kontroly s kontaminací DNA. Tato analýza určí, zda jeve vzorku přítomna genomová DNA (gDNA) na úrovni, která by mohla narušit výsledky qPCR.

o

Karta RQ obsahuje výsledky analýz kvality RNA (RQ1 a RQ2). Tyto analýzy kvalitativně
posoudí, zda by mohla integrita RNA nepříznivě ovlivnit genovou expresi.

Kategorie reportu o genové studii
Dialogové okno Gene Study Report (Report o genové studii) slouží k uspořádání údajů o genové studii do
sestavy. Tabulka 37 obsahuje všechny dostupné možnosti pro reporty z genové studie.
Tabulka 37. Kategorie reportu pro genovou studii

KategorieMožnostPopis

ZáhlavíTitul, podtitul a logo pro report
Report Information

Datum, jméno uživatele, název datového(Informace o reportu)

souboru, cesta k datovému souboru a vybranáskupina jamek

Gene Study File List

Seznam všech datových souborů v genové studii.

(Seznam souborů genové
studie)Notes (Poznámky)Poznámky k datovému reportu

Study Analysis (Analýza studie): Bar Chart (Sloupcový graf)
Analysis Settings

Seznam vybraných parametrů analýzy

(Nastavení analýzy)Chart (Graf)

Sloupcový graf genové exprese zobrazující data

Target Names (Názvy

Seznam produktů v genové studii.

produktů)Sample Names (Názvy

Seznam vzorků v genové studii.

vzorků)Uživatelská příručka | 285

Kapitola 12 Analýza genové exprese

Tabulka 37. Kategorie reportu pro genovou studii, pokračování

KategorieMožnost

Popis

Data

Tabulka, která zobrazuje data

Target Stability (Stabilita

Data o stabilitě produktu

produktu)
Inter-run Calibration

Data z kalibrace mezi běhy(Kalibrace mezi běhy)Box-and-Whisker Chart

Box a Whisker graf genové exprese(Box a Whisker graf)
Show Chart (Bodový graf)

Bodový graf genové exprese

Study Analysis (Analýza studie): Clustergram and Scatter Plot (Clustergram, rozptylový
graf, vulkánový graf a clustergram a rozptylový graf teplotní mapy)
Analysis Settings

Nastavení pro každý typ grafu(Nastavení analýzy)Chart (Graf)

Graf genové exprese zobrazující data

Data

Tabulka se seznamem dat pro každý produkt

Study Analysis (Analýza studie): ANOVAData
ANOVA Settings

Práh hodnoty P použitý při analýze

(Nastavení ANOVA)ANOVA Results (Výsledky

Tabulka výsledků z ANOVA a post-hoc analýzyANOVA)

Tukey's HSD (Tukeyův HSD test)

Shapiro-Wilk Normality

Biologická skupina, počet, hodnota P a chyby,

Test (Shapirův-Wilkův test

které se vyskytnou pro každý produkt při analýze

normality)
ANOVA Errors (Chyby
ANOVA)

286 | Software CFX Maestro Dx SE

Chyby zjištěné během výpočtů ANOVAGenová studie

Vytvoření reportu o genové studii
Jak vytvořit report o genové studii
1.

Před tvorbou reportu upravte podle potřeby data a grafy reportu o genové studii.

2.

Otevřete dialogové okno Report zvolením položek Tools > Reports (Nástroje > Reporty) v nabídce
Gene Study (Genová studie).

3.

Vyberte možnosti, které chcete do reportu zahrnout. Report se otevře s vybranými výchozímimožnostmi. Vyberte nebo odznačte zaškrtávací políčka pro změnu celých kategorií nebo
jednotlivých možností v kategorii.
Kategorie reportu o genové studii na straně 285 obsahuje seznam dostupných možností zobrazení.

4.

Změňte pořadí kategorií a položek v reportu. Přetáhněte možnosti do požadované pozice. Položky
lze přenastavit pouze v rámci kategorií, do kterých patří.

5.

Klikněte na položku Update Report (Aktualizovat report) pro aktualizaci Report Preview (Náhled
reportu) se zohledněním všech změn.

6.

Report vytiskněte nebo uložte. Pro tisk aktuálního reportu klikněte na tlačítko Print Report (Tisk
reportu) na panelu nástrojů. Vyberte položky File > Save (Soubor > Uložit) pro uložení reportu jako
PDF (Adobe Acrobat Reader file) (PDF (soubor Adobe Acrobat Reader)) a vyberte umístění, dokterého se soubor uloží. Uložte report s novým názvem nebo do nového umístění zvolením položek
File > Save As (Soubor > Uložit jako).

7.

(Volitelné) Vytvořte šablonu zprávy s požadovanými informacemi. Pro uložení aktuálního nastavení
reportu v šabloně vyberte Template > Save (Šablona > Uložit) nebo Save As (Uložit jako). Pokud
chcete vytvořit nový report, načtěte šablonu reportu.

Uživatelská příručka | 287

Kapitola 12 Analýza genové exprese288 | Software CFX Maestro Dx SEPříloha A Výpočty pro analýzu dat
Software Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice automaticky vypočítá vzorce a zobrazí výsledky
na kartách Data Analysis (Analýza dat). Příloha podrobně vysvětluje, jak software CFX Maestro Dx SE
vzorce počítá.

Účinnost reakcePoužití přesného měřítka účinnosti pro každou sadu primeru a sondy vám dá při analýze dat genové
exprese přesnější výsledky. Výchozí hodnota účinnosti použitá ve výpočtech genové exprese je 100 %.
Pro hodnocení účinnosti reakce vygenerujte standardní křivku pomocí série ředění reprezentativního
vzorku napříč příslušným dynamickým rozsahem a poté zaznamenejte účinnost pro následnou analýzu
genové exprese. Jestliže váš běh zahrnuje standardní křivku, pak software automaticky vypočítá účinnosta zobrazí ji pod možností Standard Curve (Standardní křivka) na kartě Quantification (Kvantifikace), kdyžje v okně Experiment Settings (Nastavení experimentu) na kartě Targets (Produkty) zaškrtnuta možnost
Auto Efficiency (Automatická účinnost).
Účinnost (E) ve vzorcích účinnosti odkazuje na „účinnost“ popsanou Pfafflem (2001) a Vandesompelem
a kol. (2002). V těchto publikacích odpovídá hodnota účinnosti 2 (dokonalé zdvojení při každém cyklu)
v tomto softwaru 100% účinnosti. Máte možnost převést své výpočty účinnosti na výpočty použité
softwarem, a to na základě následujících matematických vztahů:n

E = (% účinnosti * 0,01) + 1

n% účinnosti = (E – 1) * 100

Relativní množství
Vzorec pro relativní množství (ΔCq) pro každý vzorek (GOI) je:

Poznámka: Tento vzorec se používá pro výpočet relativního množství, pokud není definován žádný
kontrolní vzorek .
Kde:Uživatelská příručka | 289

Příloha A Výpočty pro analýzu datn

E = účinnost sady primeru a sondy. Tato účinnost se počítá podle vzorce(% Účinnost * 0,01) + 1, kde 100% účinnost = 2nC q (min) = průměr Cq pro vzorek s nejnižší průměrnou hodnotou Cq pro GOInC q (vzorek) = průměr Cq pro vzorekn

GOI = zájmový gen (jeden produkt)

Relativní množství při výběru kontroly
Je-li přiřazen kontrolní vzorek nebo biologická skupina, vypočítá se relativní množství (RQ) pro libovolný
vzorek se zájmovým genem (GOI) tímto vzorcem:

Kde:n

E = účinnost sady primeru a sondy. Tato účinnost se počítá podle vzorce(% Účinnost * 0,01) + 1, kde 100% účinnost = 2nCq (kontrola) = průměr Cq pro kontrolní vzoreknCq (vzorek) = průměr Cq pro všechny vzorky s GOIn

GOI = zájmový gen (jeden produkt)Směrodatná odchylka relativního množství
Důležité: Výpočet se dá použít, pouze pokud je parametr Analyze Using (Typ analýzy) nastaven na
Samples Only (Pouze vzorky), Sample Biological Group (Biologická skupina vzorků) nebo BiologicalGroup Samples (Vzorky biologické skupiny).
Výpočet směrodatné odchylky relativního množství je

Kde:n

SD relativního množství = směrodatná odchylka relativního množstvín

SD CqGOI vzorek = směrodatná odchylka Cq pro vzorek(GOI)n

Relativní množství = relativní množství vzorku

290 | Software CFX Maestro Dx SE

Korigovaná účinnost Cq (CqE)n

E = účinnost sady primeru a sondy. Tato účinnost se počítá podle vzorce(% Účinnost * 0,01) + 1, kde 100% účinnost = 2nGOI = zájmový gen (jeden produkt)

Korigovaná účinnost Cq (CqE)
Vzorec pro korigovanou účinnost Cq je

Kde:n

E = účinnostPrůměrná korigovaná účinnost Cq (MCqE)
Vzorec pro průměrnou korigovanou účinnost Cq je

Kde:n

CqE = korigovaná účinnost Cqnn = počet replikátů

Uživatelská příručka | 291

Příloha A Výpočty pro analýzu dat

Normalizovaná exprese
Normalizovaná exprese (ΔΔCq) je relativní množství vašeho produktu (genu) normalizovaného namnožství referenčních produktů (genů nebo sekvencí) ve vašem biologickém systému. Chcete-li vybrat
referenční produkty, otevřete okno Experiment Settings (Nastavení experimentu) a klikněte na referenční
sloupec pro každý produkt, který slouží jako referenční gen.
Vzorec pro normalizovanou expresi, který používá výpočet relativního množství (RQ), je

Kde:n

RQ = relativní množství vzorkunRef = referenční gen v běhu, který obsahuje jeden nebo více referenčních genů v každém vzorkun

GOI = zájmový gen (jeden produkt)Za předpokladu, že referenční geny v biologickém systému nemění hladinu exprese, bude výpočet
normalizované exprese zohledňovat rozdíly v zátěži nebo změny počtu buněk, které jsou reprezentoványv každém vzorku.

292 | Software CFX Maestro Dx SE

Normalizovaná exprese při výběru kontroly

Exprese a relativní množství pro biologické skupiny
Pokud je volba Analyze Using (Typ analýzy) nastavena na Biological Groups Only (Pouze biologické
skupiny), software zobrazí průměrnou expresi (normalizovaná exprese nebo relativní množství,v závislosti na výběru režimu) vzorků v rámci biologické skupiny. Protože exprese je normálně
distribuována logaritmicky, průměr je tvořen geometrickým průměrem:Kde:nExp1, Exp2, Expn = relativní množství nebo normalizovaná exprese vzorků v biologické skupině

nn = počet vzorků v biologické skupině

Normalizovaná exprese při výběru kontrolyKdyž vyberete kontrolní vzorek v okně Experiment Settings (Nastavení experimentu), software nastavíúroveň exprese kontrolního vzorku na 1. V tomto případě software normalizuje relativní množství veškeré
exprese produktu (genu) podle množství kontroly (hodnota 1). Pokud je zvolena kontrola, odpovídá tato
normalizovaná exprese analýze normalizované exprese bez úpravy měřítka.
Poznámka: Tomu se také říká relativní normalizovaná exprese (RNE) nebo násobek exprese.

Uživatelská příručka | 293Příloha A Výpočty pro analýzu datSměrodatná odchylka pro normalizovanou expresiÚprava rozsahu hodnoty normalizované exprese se provádí tak, že se směrodatná odchylka
normalizované exprese vydělí hodnotou normalizované exprese pro nejvyšší nebo nejnižší úroveň
exprese podle toho, kterou možnost úpravy rozsahu si zvolíte. Vzorec pro směrodatnou odchylku (SD)normalizačního faktoru je

Kde:n

RQ = relativní množství vzorkunSD = směrodatná odchylkan

NF = faktor normalizacen

Ref = referenční gennn = počet referenčních genůPokud je přiřazen kontrolní vzorek, nemusíte tuto funkci úpravy rozsahu směrodatné odchylky provádět,jak je znázorněno v následujícím vzorci:

Kde:n

NE = normalizovaná expresen

RQ = relativní množství vzorkunSD = směrodatná odchylkan

GOI = zájmový gen (jeden produkt)

294 | Software CFX Maestro Dx SE

Normalizovaná exprese upravená podle nejvyšší úroveň exprese

Normalizovaná exprese upravená podle nejvyšší úroveň
expresePokud běh nezahrnuje kontroly, stanovte rozsah normalizované exprese (NE) pro každý produkt (gen)tak, že vydělíte úroveň exprese každého vzorku nejvyšší úrovní exprese ve všech vzorcích. Software
stanoví nejvyšší úroveň exprese na hodnotu 1 a upraví rozsah všech úrovní exprese vzorku. Vzorec pro
nejvyšší rozsah je

Kde:n

GOI = zájmový gen (produkt)

Normalizovaná exprese upravená podle nejnižší úrovně
expresePokud běh nezahrnuje kontroly, stanovte rozsah normalizované exprese (NE) pro každý produkt (gen)tak, že vydělíte úroveň exprese každého vzorku nejnižší úrovní exprese ve všech vzorcích. Software
stanoví nejnižší úroveň exprese na hodnotu 1 a upraví rozsah všech úrovní exprese vzorku. Vzorec pro
nejnižší rozsah je

Kde:n

GOI = zájmový gen (produkt)

Normalizovaná exprese upravená podle průměrné úrovně
expresePokud běh nezahrnuje kontroly, stanovte rozsah normalizované exprese (NE) pro každý cíl (gen) tak, ževydělíte úroveň exprese každého vzorku geometrickým průměrem úrovní exprese ve všech vzorcích.
Software stanoví průměrnou úroveň exprese na hodnotu 1 a upraví rozsah všech úrovní exprese vzorku.
Vzorec pro průměrný rozsah je

Kde:Uživatelská příručka | 295Příloha A Výpočty pro analýzu datn

GOI = zájmový gen (produkt)n

GM = geometrický průměr normalizované exprese všech vzorků

296 | Software CFX Maestro Dx SESměrodatná odchylka pro normalizovanou expresi s upraveným rozsahemSměrodatná odchylka pro normalizovanou expresis upraveným rozsahemOpětovná úprava měřítka hodnoty normalizované exprese (NE), jejíž měřítko již bylo upraveno, seprovádí tak, že se směrodatná odchylka (SD) normalizované exprese vydělí hodnotou normalizované
exprese pro nejvyšší (MAX) nebo nejnižší (MIN) úroveň exprese, podle toho, kterou možnost úpravyměřítka si zvolíte.
Poznámka: Pokud je přiřazen kontrolní vzorek, nemusíte tuto funkci opětovné úpravy měřítka podlesměrodatné odchylky provádět.
Výpočet podle tohoto vzorce je

Kde:n

NE = normalizovaná expresen

SD = směrodatná odchylkan

GOI = zájmový gen (produkt)n

MAX = nejvyšší úroveň expresen

MIN = nejnižší úroveň expreseUživatelská příručka | 297

Příloha A Výpočty pro analýzu dat

Chybové úsečky pro směrodatnou odchylku (lg) a standardníchybu průměru (lg)Kromě použití intervalů spolehlivosti mohou být zobrazeny chybové sloupce pro biologické skupiny nazákladě směrodatné odchylky nebo standardní chyby průměru log2 exprese. Chybové úsečky sevypočítají takto:
Dolní chybová úsečka RQ = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) nebo 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)Horní chybová úsečka RQ = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) nebo 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)Kde:n

RQ(lg) = log2 relativního množství pro biologickou skupinun

SD RQ(lg) = směrodatná odchylka relativního množství (log2)n

SEM RQ(lg) = standardní chyba průměru relativního množství (log2)

Exp. dolní chybová úsečka = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) nebo 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Dolní chybová úsečka horní chybová úsečka = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) nebo 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Kde:nExp.(lg) = log2 exprese (normalizovaná exprese) pro biologickou skupinun

SD RQ(lg) = směrodatná odchylka exprese (log2)n

SEM RQ(lg) = standardní chyba průměru exprese (log2)

298 | Software CFX Maestro Dx SE

Násobek exprese

Násobek exprese
Násobek exprese je měřítkem zvýšení nebo snížení exprese produktu pro experimentální vs. kontrolnívzorek nebo biologickou skupinu a stanoví se následovně:Pokud platí, že exprese (experimentální) > exprese (kontrolní):Pokud platí, že exprese (experimentální) < exprese (kontrolní):Poznámka: Pro Graphing (Grafy) exprese vychází buď z relativního množství, neboz normalizované exprese v závislosti na vybraném režimu (viz Graphing (Grafy) na straně 262). Pro
rozptylový graf, a graf „clustergram“ se násobek exprese vždy vypočítá z normalizované exprese.

Uživatelská příručka | 299

Příloha A Výpočty pro analýzu dat

Vzorce pro korigované hodnotyDůležité: Tyto výpočty se dají použít, pouze pokud je Analyze Using (Typ analýzy) nastaveno na
Samples Only (Pouze vzorky), Sample Biological Group (Biologická skupina vzorků) nebo BiologicalGroup Samples (Vzorky biologické skupiny).
Rozdíl mezi korigovanými a nekorigovanými hodnotami je vidět pouze tehdy, pokud je v rámci běhu PCRv reálném čase vytvořena standardní křivka. Software používá k určení šíření chyb tři rovnice:nStandardní chybanStandardní chyba normalizované expresenStandardní chyba pro normalizovaný sledovaný gen (produkt)

Vzorec pro standardní chybu jeKde:nn = počet referenčních produktů (genů)n

SD = směrodatná odchylka

Standardní chyba pro faktor normalizace ve vzorci normalizované exprese jeKde:nn = počet referenčních genůn

SE = standardní chyban

NF = faktor normalizacen

RQ = relativní množství

Standardní chyba pro vzorec normalizovaného sledovaného genu (GOI) je

Kde:n

SE = standardní chyban

GOI = zájmový gen (jeden produkt)

300 | Software CFX Maestro Dx SEVýpočet intervalu spolehlivosti pro analýzu biologických skupinn

NF = faktor normalizacenn = počet referenčních genůVýpočet intervalu spolehlivosti pro analýzu biologických
skupinPři provádění analýzy biologických skupin (parametr Analyze Using (Typ analýzy) je nastaven na
Biological Groups Only (Pouze biologické skupiny)) jsou intervaly spolehlivosti vypočteny pro relativnímnožství a relativní normalizovanou expresi.
Intervaly spolehlivosti jsou vypočteny v logaritmickém měřítku na základě t-rozdělení pomocí
následujícího vzorce:Kde:n= střední exprese logaritmických hladin exprese vzorků v biologické skupině

n

SD = standardní odchylka logaritmických hladin exprese vzorků v biologické skupině

nn = počet vzorků v biologické skupině

nt = získané z t-rozdělení na základě stupňů volnosti a úrovně alfa
Poznámka: Úroveň alfa lze nastavit pomocí pole hodnoty threshold P na kartě Graphing(Grafy).

Po výpočtu intervalů spolehlivosti se převedou na lineární měřítko a zobrazí se v tabulce Data genové
exprese a v sloupcovém grafu na kartě Graphing (Grafy).

Grafy „Box“ a „Whiskers“ - výpočet
Box a Whisker graf zobrazuje distribuci hodnot exprese v rámci biologické skupiny vynesením dat jako
kvartilů. První (1.) a třetí (3.) kvartil jsou reprezentovány dolní, resp. horní hranicí pole. Medián jezobrazen jako plná čára přes pole. „Vousy“ (Whisker) představují minimální a maximální hodnoty, které
nejsou v datové sadě. Odlehlé hodnoty jsou hodnoty, které překračují 1. a 3. kvartil o 1,5násobek
interkvartilového rozsahu.
Poznámka: Pokud je v biologické skupině pouze jeden vzorek, je zobrazen jako jeden kruh,označující jediný datový bod.
Následující Box a Whisker graf ukazuje, jak jsou tyto údaje znázorněny.

Uživatelská příručka | 301Příloha A Výpočty pro analýzu dat

LEGENDA
1.

Odlehlý bod. Tato hodnota odlehlého bodu je > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Poznámka: Umístěte ukazatel myši na kruh a zobrazte nápovědu, která obsahuje název
vzorku a relativní množství nebo informace normalizované exprese v závislosti na
zvoleném režimu.

2.

Maximální vymezení bez odlehlých bodů3.

Horní/3. kvartil (Q3). 75 % hodnot exprese je menší než Q3.

4.

Medián nebo střední hodnota, hodnoty exprese seřazené podle pořadí

5.

Dolní/1. kvartil (Q1). 25 % hodnot exprese je menší než Q1.

6.

Minimální vymezení bez odlehlých bodů7.

Odlehlý bod. Tato hodnota odlehlého bodu je < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

302 | Software CFX Maestro Dx SEPříloha B Revizní záznamy
Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice vytváří revizní záznamy pro datové soubory a soubory
genových studií (soubory .prcd a .mgxd). Veškeré změny nebo akce provedené na zabezpečených
datových souborech a souborech genových studií jsou při uložení souboru zachyceny v revizním
záznamu souboru.CFX Maestro Dx SE vytvoří pro každý soubor samostatný revizní záznam.
Můžete vybrat položku File > Save as (Soubor > Uložit jako) a uložit zabezpečené podepsané nebo
nepodepsané datové soubory a soubory genových studií do jiné složky nebo pod jiným názvem. Vzniklý
nový soubor zdědí revizní záznam od původního souboru. Revizní záznam pro takový nový souborrovněž zachycuje akce Uložit jako. Změny nebo akce provedené v novém souboru jsou zachyceny v jehovlastním revizním záznamu. Původní soubor si uchová svůj revizní záznam, ve kterém jsou zachyceny
další akce.
Auditovatelné události na straně 305 uvádí auditovatelné události, které software zachytil.

Prohlížení revizních záznamů
Každý revizní záznam zobrazuje následující informace:nnPodrobnosti záhlaví audituoFile version (Verze souboru) – uložená verze souboruoDate (Datum) – datum aktuální auditovatelné událostioUser (Uživatel) – doména Windows a uživatelské jméno přihlášeného uživateleoComment (Komentář) – poslední uložený komentář

o

Signature (Podpis) – elektronický podpis poslední osoby, která soubor podepsalaoSignature reason (Důvod podpisu) – důvod podpisuoApplication (Aplikace) – CFX Maestro Dx SEoApplication version (Verze aplikace) – aktuální verze CFX Maestro Dx SE

oFull name (Celé jméno) – celé jméno přihlášeného uživateleoMachine (Stroj) – počítač, na kterém je nainstalován CFX Maestro Dx SE

Podrobnosti o změně audituUživatelská příručka | 303Příloha B Revizní záznamyoObject (Předmět) – položka, která byla změněna (kontrolovaná položka)o

Old value (Stará hodnota) – předchozí hodnotaoNew value (Nová hodnota) – nová hodnotaoDescription (Popis) – popis změny

Zobrazení revizního záznamuuV souboru otevřených dat nebo genové studie vyberte možnost View > Audit Trail (Zobrazit > Reviznízáznam). Zobrazí se revizní záznam souboru.

Ve výchozím nastavení jsou data tříděna podle data a času a všechny události se zobrazují
v rozbaleném zobrazení. Můžete filtrovat zobrazení podle uživatelského jména a předmětu a sbalit
rozbalené zobrazení, abyste je mohli snadno seřadit podle libovolného pole záhlaví. Revizní záznam
můžete také zobrazit jako zprávu ve formátu html.

Seřadit podle uživatelského jménauVyberte cílového uživatele z rozevíracího seznamu User Name (Uživatelské jméno).

Seřadit podle předmětu
u

Vyberte produkt z rozevíracího seznamu Object (Předmět).

Skrytí úplného popisu událostíu

Klikněte na Collapse All (Sbalit vše).

304 | Software CFX Maestro Dx SE

Auditovatelné událostiŘazení dat v tabulce podrobností o změně
uKliknutím na symbol kosočtverce v záhlaví sloupce dat provedete vzestupné řazení (od A do Z, od
nejmenšího čísla po největší nebo od nejstaršího po nejnovější).

Chcete-li vytisknout revizní záznam
1.

Kliknutím na HTML Report (Zpráva v HTML) zobrazíte revizní záznam ve webovém prohlížeči.

2.

V okně prohlížeče proveďte jednu z následujících akcí:nVyberte File > Print (Soubor > Tisk).

n

Klepněte pravým tlačítkem na zprávu a vyberte položku Print (Tisk).

Auditovatelné události
CFX Maestro Dx SE zachycuje následující auditovatelné události v datových souborech a souborech
genových studií.

Auditovatelné události při běhun

Run Start Time (Čas spuštění běhu)nÚpravy Run Time Plate (Doba běhu destičky)nÚpravy Run Time Protocol (Protokol doby běhu)n

Run End Time (Čas konce běhu)Auditovatelné události při vytvoření datového souborunVytvoření datového souborunInterpolované odečty destiček přidané systémem

Auditovatelné události při uložení datového souborunVšeobecnéoName (Název)oSigning (Podepisování)oPlate Setup (Nastavení destičky)oDisplay Wells (Zobrazit jamky)oAnalyzed fluorophores (Analyzované fluorofory)oÚpravy Plate (Destička)Uživatelská příručka | 305Příloha B Revizní záznamy

n

n

n

n

n

o

Režim Analysis (Analýza)o

PCR Active Well Group (Skupina aktivních jamek PCR)

Karta Quantification (Kvantifikace)oActive step (Aktivní krok)oSettings — Cq Determination mode (Nastavení - C q Režim stanovení)oSettings — Baseline Setting (Nastavení – Poloha baseline)oDrift correction applied (Byla použita korekce posunu)oSettings – Cycles to Analyze (Nastavení – Cykly pro analýzu)o

Settings – Analysis Mode (Nastavení – Režim analýzy)o

Settings — Baseline Threshold (Nastavení – Baseline threshold)

Karta Melt Curve (Křivka tání)oActive step (Aktivní krok)oPeak type displayed (Zobrazený typ vrcholu)oPeak analysis threshold (Práh pro analýzu vrcholu)

Karta EndPoint (End-point analýza)oActive fluorophore/target (Aktivní fluorofor/terč)o

End cycles to average (Počet ukončených cyklů pro výpočet průměru)oTolerance calculation method (Metoda výpočtu tolerance)o

Percentage of range (Procento rozsahu)

Karta Allelic Discrimination (Alelická diskriminace)o

X- and Y-axis fluorophore (Fluorofor v ose X a Y)o

Select cycle number (Číslo vybraného běhu)oView call map (Zobrazení mapy určení)Karta Expression tab — All plots (Genová exprese – Všechny grafy)oExperiment Settings — Target reference (Nastavení experimentu – referenční produkt)oExperiment Settings — Sample control (Nastavení experimentu – Kontrola vzorku)oExperiment Settings — Auto efficiency (Nastavení experimentu – Automatická účinnost)

306 | Software CFX Maestro Dx SE

Auditovatelné události

o
n

n

n

n

Karta Gene Expression — Graphing (Exprese genů – Grafy)oRežim Analysis (Analýza)oGraph Data (Data grafu)oX-axis (Osa X)oY-axis (Osa Y)oScaling option (Možnosti úpravy měřítka)oError bar (Chybová úsečka)oError bar multiplier (Násobitel chybové úsečky)oP-value threshold (Práh hodnoty P)Záložka Gene Expression — Clustergram (Exprese genů – graf „clustergram“)oCluster By (Seskupit podle)oSplit Out Replicates (Rozdělit replikáty)Záložka Gene Expression — Scatter Plot (Exprese genů – Rozptylový graf)oControl biological group (Biologická skupina kontroly)oExperimental biological group (Experimentální biologická skupina)oFold change threshold (Práh násobku exprese)Záložka Gene Expression — ANOVA (Exprese genů — ANOVA)onnExperiment Settings — Efficiency (Nastavení experimentu – Účinnost)

P-value threshold (Práh hodnoty P)

Plate Setup — View/Edit Plate (Nastavení destičky – Zobrazit/upravit destičku)oSettings — PlateType (Nastavení – Typ destičky)oSettings — Units (Nastavení – Jednotky)oEditing Tools — Flip Plate (Nástroje pro úpravy – Obrátit destičku)oWell groups (Skupiny jamek)oPlate fluorophores (Destičkové fluorofory)

Plate Setup — Replace Plate and Apply PrimePCR File (Nastavení destičky – Vyměnit destičku
a použít soubor PrimePCR)oPlate Setup Import (Import nastavení destičky)Uživatelská příručka | 307Příloha B Revizní záznamyZměny auditu pro soubory genových studií
VšeobecnénName (Název)n

Karta Study Setup (Nastavení studie)on

Add/Remove data files (Přidat/odebrat datové soubory)

Karta Study Analysis (Analýza studie)

308 | Software CFX Maestro Dx SEPříloha C Integrace LIMS
Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice můžete nakonfigurovat pro použití se systémem správy
laboratorních informací (LIMS). Pro integraci LIMS vyžaduje software CFX Maestro Dx SE informaceo nastavení destičky generované platformou LIMS (soubor LIMS *.plrn ), soubor protokolu vytvořený
pomocí CFX Maestro Dx SE (*.prcl), definované umístění exportu dat a definovaný formát exportu.
Po dokončení běhu vygeneruje CFX Maestro Dx SE datový soubor (.pcrd) a uloží jej do definovaného
umístění složky pro export dat.CFX Maestro Dx SE může také vytvořit datový soubor kompatibilní s LIMSve formátu .csv a uložit jej na stejné místo.

Vytvoření datových souborů kompatibilních s LIMS
Tato příloha vysvětluje, jak nastavit software CFX Maestro Dx SE pro vytvoření, uložení a export
datových souborů kompatibilních s LIMS.

Nastavení možností složky LIMS a exportu dat
Ve výchozím stavu ukládá CFX Maestro Dx SE protokoly, soubory a soubory exportu dat LIMS do tétosložky:C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMSMůžete CFX Maestro Dx SE nakonfigurovat tak, že uloží soubory do jiné složky, a současně můžete
měnit možnosti exportu pro data LIMS.

Jak nastavit možnosti složky LIMS a exportu dat
1.

V okně Home (Domů) vyberte položky Tools > Options (Nástroje > Možnosti).

2.

V dialogovém okně Options (Možnosti) vyberte položku Data Export Settings (Nastavení exportu
dat).

Uživatelská příručka | 309

Příloha C Integrace LIMS

3.

(Volitelné) Vyberte možnost Automatically export LIMS data at end of run (Automaticky exportovat
data LIMS na konci běhu).
Software automaticky provede export dat LIMS po každém běhu a uloží je do stanoveného umístění.

4.

Chcete-li změnit výchozí možnosti exportu dat LIMS, klikněte na položku LIMS Data Export Settings(Nastavení exportu dat LIMS).
Důležité: Zpět do softwaru CFX Maestro Dx SE lze importovat pouze data LIMS exportovaná
jako soubor .csv.

5.

V dialogovém okně LIMS Data Export Format Settings (Nastavení formátu pro export dat LIMS)
vyberte požadované možnosti exportu a klikněte na OK.

6.

V dialogovém okně Options (Možnosti) najděte a vyberte výchozí složku, do které chcete uložit
datové soubory LIMS. Pro každý typ souboru můžete vybrat jiné umístění:7.

nProtokolnSoubor LIMSnExport dat

Kliknutím na OK uložíte změny a zavřete dialogové okno Options (Možnosti).

310 | Software CFX Maestro Dx SE

Vytvoření datových souborů kompatibilních s LIMS

Vytvoření protokolu LIMS
Chcete-li spustit běh LIMS , vytvořte soubor protokolu CFX Maestro Dx SE (*. prcl) a uložte jej dourčeného umístění složky protokolu LIMS.
Další informace uvádí Kapitola 7, Vytvoření protokolů.

Vytvoření souboru LIMS
Soubor LIMS (*.plrn) obsahuje podrobnosti o nastavení destičky a název souboru protokolu. Tento
soubor je generován vaším interním LIMS.CFX Maestro Dx SE používá soubor LIMS k vytvoření souboru
destičky pro použití se souborem protokolu.
Software CFX Maestro Dx SE obsahuje soubory šablony pro import destiček, které můžete upravovat,
abyste vytvořili vlastní soubory destiček LIMS.
Tip: Tento úkol by měl vykonávat specialista na LIMS.

Jak vytvořit soubor LIMS
1.

V okně Home (Domů) vyberte položky View > Show > LIMS File Folder (Náhled > Zobrazit > Složka
souboru LIMS).

2.

Otevřete složku LIMS Templates (Šablony LIMS) a vyberte soubor .csv pro import do vašeho
interního LIMS.

3.

Pomocí LIMS upravte šablonu tak, že vyplníte požadovaná pole, viz Tabulka 38.

4.

Postupujte následovně:n

Chcete-li uložit změny pro budoucí použití, uložte soubor jako soubor CSV.

n

Chcete-li uložit změny a soubor okamžitě použít, uložte soubor s příponou .plrn.

nUložte šablonu se souborovou koncovkou .plrn do složky pro soubory LIMS.

Důležité: Software CFX Maestro Dx SE otevírá pouze soubory .plrn. Abyste mohli uložit běh
LIMS, musíte soubor .csv uložit jako .plrn.
Tabulka 38. Definice obsahu LIMS souboru .csv

Sloupec

Řádek

Popis

Obsah

Účel

A

1

Záhlaví destičky

NeupravovatPředdefinováno

A,B,C

2

Pole/data/pokyn

NeupravovatPředdefinovánoUživatelská příručka | 311

Příloha C Integrace LIMS

Tabulka 38. Definice obsahu LIMS souboru .csv, pokračování

Sloupec

Řádek

Popis

Obsah

Účel

B

3

Verze

NeupravovatPředdefinováno

B

4

Velikost destičky

NeupravovatPředdefinováno

B

5

Typ destičky

Zadejte „BR White“ („BR

Vyžadováno

bílá“), „BR Clear“ („BR
čirá“) nebo jinýkalibrovaný typ destičkyB

6Režim skenování

Zadejte „SYBR/FAM
Only:“ („Pouze
SYBR/FAM“), „All
Channels“ („Všechny
kanály“) nebo „FRET“

312 | Software CFX Maestro Dx SEVyžadováno

Vytvoření datových souborů kompatibilních s LIMS

Tabulka 38. Definice obsahu LIMS souboru .csv, pokračování

Sloupec
B

Řádek

Popis

Obsah

Účel

7

Jednotky

Zadejte jedno zVyžadováno

následujících: „copy
number“ („číslo kopie“),„fold dilution“ („ředění
násobku“), „micromoles“(„mikromoly“),„nanomoles“(„nanomoly“),„picomoles“(„pikomoly“),„femtomoles“(„femtomoly“),„attomoles“ („attomoly“),„milligrams“(„miligramy“),„micrograms“(„mikrogramy“),„nanograms“(„nanogramy“),„picograms“(„pikogramy“),„femtograms“(„femtogramy“),„attograms“(„attogramy“) nebo
„percent“ („procenta“)B

8ID běhu

Zadejte krátký popis

Volitelnénebo čárový kód
s identifikací tohoto
cyklu (maximálně 30znaků, čárky nejsou
povoleny)
B

9

Poznámky k běhuZadejte popis běhuVolitelné

B

10

Protokol běhuZadejte přesný názevVyžadováno

souboru protokolu.

Uživatelská příručka | 313

Příloha C Integrace LIMS

Tabulka 38. Definice obsahu LIMS souboru .csv, pokračování

Sloupec
A

Řádek
11

Popis

Obsah

Účel

Datový soubor

Zadejte název datového

VolitelnésouboruA

12–15

TBD/prázdné

NeupravovatPředdefinovánoA

16

Data destičky

NeupravovatPředdefinovánoA

17–113

Pozice jamky

NeupravovatPředdefinováno

Barv. kanál1, barv.

Pro každý použitý kanálVyžadováno

kanál2, barv.

zadejte název jednoho

kanál3, barv.

kalibrovaného barviva

kanál4, barv.

(například „FAM“)B–G

kanál5, FRETH

Typ vzorku

Zadejte jeden zVyžadováno

následujících typůvzorku: „Unknown“(„Neznámý“), „Standard“(„Standardní“), „Positive
Control“ („Pozitivní
kontrola“), „Negative
Control“ („Negativní
kontrola“), „NTC“ nebo
„NRT“I

Název vzorku

Zadejte název vzorku

Volitelné

J–O

Produkt kanál1,

Zadejte název produktu

Volitelné

produkt kanál2,

pro každý použitý kanál

produkt kanál3,
produkt kanál4,
produkt kanál5,
produkt FRETP

Název sbírky

Zadejte název
biologického souboru

314 | Software CFX Maestro Dx SE

VolitelnéVytvoření datových souborů kompatibilních s LIMS

Tabulka 38. Definice obsahu LIMS souboru .csv, pokračování

Sloupec
Q

Řádek

Popis

Obsah

Účel

Replikace

Zadejte kladné celé číslo

Volitelné

pro každý soubor
replikace. Hodnota
nesmí být nulová.
R–WMnožství kanál1,

Zadejte hodnotyVyžadováno promnožství kanál2,množství pro každý

všechny standardymnožství kanál3,

standard. Zadejtemnožství kanál4,

koncentraci v decimálnímnožství kanál5,

podobě.

množství FRETUživatelská příručka | 315Příloha C Integrace LIMS

Tabulka 38. Definice obsahu LIMS souboru .csv, pokračování

Sloupec

Řádek

X

Popis

Obsah

Účel

Poznámka k jamce

Zadejte poznámku kVolitelné

jamce (maximálně 20znaků)
Poznámka: Ačkoli
CFX Maestro Dx
SE má při zadávání
poznámek do Well
Note (Poznámky
k jamce) pomocí
softwaru limit 20znaků, pole Well
Note může
obsahovat až 500znaků, pokud jesoučástíimportovaného
souboru .plrn.
Nicméně,CFX Maestro Dx
SE zobrazí pouzeprvních 20 znaků.
Exportovaný
soubor .pcrd bude
obsahovat všechnyznaky v poli Well
Note (Poznámka
k jamce), neztratíse žádná data.
Y–AD

316 | Software CFX Maestro Dx SE

Barva jamky kanál1,

Zadejte uživatelem

barva jamky kanál2,

definovanou barvu

barva jamky kanál3,

zobrazení křivek v

barva jamky kanál4,

decimálním formátu

barva jamky kanál5,

32bitového celého čísla

barva jamky FRET

(argb)

VolitelnéVytvoření datových souborů kompatibilních s LIMS

Spuštění běhu LIMS
Jak spustit běh LIMS
1.

Chcete-li otevřít soubor LIMS .plrn, postupujte následovně:n

V okně Home (Domů) vyberte položky View > Show > LIMS File Folder (Náhled > Zobrazit >Složka souboru LIMS) a otevřete cílový soubor . plrn.

nV okně Home (Domů) vyberte položky File > Open > LIMS File (Soubor > Otevřít > Soubor
LIMS) a otevřete cílový soubor .plrn.

Soubor se otevře na kartě Start Run (Spustit běh) v průvodci Run Setup (Nastavení běhu). Na kartě
Start Run (Spustit běh) se zobrazují informace o experimentu, který se má spustit. Zobrazuje taképřipojený blok nebo bloky přístroje, které jsou k dispozici.
2.

Na kartě Start Run (Spustit běh) vyberte přístroj a klepněte na položku Start Run (Spustit běh).

Export dat do LIMS
Po ukončení běhu software CFX Maestro Dx SE vygeneruje datový soubor (.pcrd) a uloží jej do
definované složky pro export dat.

Uživatelská příručka | 317

Příloha C Integrace LIMS

Jak exportovat datový soubor do LIMSuOtevřete soubor .pcrd a vyberte Export > Export to LIMS Folder (Exportovat > Export do složky
LIMS).

Tip: Pokud v okně LIMS Options (Možnosti LIMS) vyberete možnost Automatically Export Data afterRun (Automaticky exportovat data po běhu), vytvoří software CFX Maestro Dx SE datový soubor
kompatibilní s LIMS ve formátu .csv a uloží jej do stejné složky.

318 | Software CFX Maestro Dx SEPříloha D Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní
edice – poradce při potížích
Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice, se může při upgradu nebo spuštění setkat s problémy.
Tato příloha obsahuje návrhy jejich řešení.

Seznam povolených souborů a složek Software CFX Maestro
Dx, bezpečnostní edice
Je možné, že za účelem ochrany před viry a malwarem vaše oddělení IT implementovalo velmi přísná
softwarová bezpečnostní opatření. Tato opatření mohou mít vliv na dobu potřebnou k upgrade nebo ke
spuštění CFX Maestro Dx SE.
Chcete-li zlepšit výkonCFX Maestro Dx SE, doporučuje Bio-Rad, aby vaše IT oddělení přidalo na seznam
povolených prvků následující soubory a složky v nastavení brány firewall ve vašem antivirovém softwaru
nainstalovaném na serveruCFX Maestro Dx SE:SložkynC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

Souboryn

Všechny soubory .exe umístěné ve složce C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe a Rscript.exe (umístěné ve složce C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\bin)Uživatelská příručka | 319

Příloha D Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice – poradce při potížích

Protokol aplikacíPřed spuštěním nového běhu spustí systém CFX Opus Dx autodiagnostický test, který ověří, zda běžív rámci specifikací. Software zaznamenává výsledky tohoto testu do souboru Run Log (Protokol běhu) a
Application Log (Protokol aplikací). Pokud zaznamenáte problém pro jeden nebo více experimentů,otevřete protokoly běhu a aplikací, abyste zjistili, kdy problém začal.
Software Dx CFX Maestro Dx SE sleduje informace o stavu přístroje během běhu v protokolu aplikací.
Tyto protokoly použijte ke sledování událostí, které se vyskytují na přístrojích a v softwaru a při řešení
problémů.

Otevření protokolu aplikacíu

V okně Home (Domů) vyberte View > Application Log (Zobrazit > Protokol aplikací).

Chcete-li zobrazit protokol aplikace jako soubor HTML, klikněte na tlačítko HTML Report (Zpráva
v HTML).

320 | Software CFX Maestro Dx SE

Poradce při potížích

Načtení souborů protokolů aplikace a firmwaru
Protokoly aplikace a firmwaru obsahují informace o činnostech provedených během používání softwaru
a provádění cyklů. Tyto protokoly také zaznamenávají všechny chyby softwaru nebo firmwaru, které sevyskytnou během provozu softwaru nebo přístroje.

Přístup k souborům protokolů aplikace a firmwaru:
1.

V podokně Detected Instruments (Detekované nástroje) klikněte pravým tlačítkem myši na přístroj.

2.

Vyberte možnost Retrieve Log Files (Načíst soubory protokolů).

3.

V dialogovém okně Browse For Folder (Najít složku) vyberte cílovou složku v síti nebo místním disku,
do kterého chcete soubory protokolu uložit.
Poznámka: Složka má název „Logs“.

4.

Klepnutím na tlačítko OK soubory uložíte.
Důležité: Uložení souboru protokolu se stejným názvem jako existující soubor protokolu přepíše
existující soubor protokolu.

Poradce při potížích
Problémy s komunikací softwaru a přístrojů lze obvykle vyřešit restartováním počítače a systému. Předrestartováním nezapomeňte uložit všechny probíhající operace.
Poznámka: Ověřte, zda má počítač dostatek paměti RAM a volné místo na disku. Minimální velikostpaměti RAM je 4 GB a minimální místo na pevném disku je 128 GB.

Výpadek napájení
Při výpadku napájení se přístroj a počítač vypnou. Pokud je výpadek napájení krátký, přístroj obnoví
provoz protokolu, ale protokol aplikací zaznamená výpadek napájení. V závislosti na nastavení počítače
a době, kdy je napájení přerušeno, se přístroj a software pokusí pokračovat v provozu v závislosti na
kroku protokolu:nPokud je protokol v kroku bez čtení destičky, protokol bude pokračovat, jakmile se znovu obnovínapájení přístroje.

nPokud je protokol v kroku s načtením destičky, přístroj čeká, až se software restartuje a obnovíkomunikaci, aby shromáždil data. V této situaci protokol pokračuje pouze v případě, že počítač nenívypnut. Při opětovném spuštění počítače a softwaru protokol pokračuje.

Uživatelská příručka | 321Příloha D Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice – poradce při potížích

Přenos souborů do počítače CFX Maestro Dx SEMůžete přenášet data a soubory protokolu umístěné v přístroji na pevný disk připojeného počítače sesoftwarem CFX Maestro Dx SE.
Tip: Všechny soubory ve složce s daty shromážděnými v reálném čase v základně přístroje senačtou do počítače.
Poznámka: Z přístrojů CFX Opus Dx můžete přenášet pouze soubory protokolu. Všechny soubory
protokolu v přístroji se přenesou do počítače.

Jak načíst soubory z přístroje
1.

V podokně Detected Instruments (Detekované přístroje) v okně Home (Domů) klikněte pravým
tlačítkem myši na cílový přístroj a vyberte Retrieve Log Files (Načíst soubory protokolů).

2.

Vyberte umístění složky pro uložení načtených souborů.

3.

Klikněte na OK.

Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice – ruční instalace
Jak manuálně nainstalovat software CFX Maestro Dx SE
1.

V případě potřeby odpojte od počítače všechny připojené přístroje.
Najděte a odpojte USB kabel přístroje z počítače se softwarem CFX Maestro Dx SE. Konec zapojený
do přístroje můžete ponechat na místě.

2.

Přihlaste se k počítači se softwarem CFX Maestro Dx SE s oprávněním správce.

3.

Zasuňte USB disk se softwarem CFX Maestro Dx SE do USB portu počítače.

4.

V Průzkumníkovi Windows přejděte na USB jednotku se softwarem CFX Maestro Dx SE a otevřete ji.

5.

Otevřete složku CFX a poklepejte na soubor CFXMaestro Dx Setup.exe, čímž spustíte instalaci
CFX Maestro Dx SE .

6.

Při instalaci softwaru postupujte podle pokynů na obrazovce.
Po dokončení se na obrazovce počítače otevře úvodní obrazovka Bio-Rad Software CFX Maestro
Dx, bezpečnostní edice a na pracovní ploše se objeví ikona Bio-Rad Software CFX Maestro Dx,
bezpečnostní edice.

7.

Bezpečně vyjměte USB disk se softwarem a spusťte CFX Maestro Dx SE.

322 | Software CFX Maestro Dx SE

Poradce při potížích

Přeinstalování ovladačů
Přeinstalování ovladačů přístrojeu

Pro přeinstalování ovladačů vyberte v položky Tools > Reinstall Instrument Drivers (Nástroje > Znovu
instalovat ovladače přístroje).

Poznámka: Pokud máte po přeinstalování ovladačů a kontrole připojení USB problémy sesoftwarem komunikujícím se systémem v reálném čase, obraťte se na technickou podporu
společnosti Bio-Rad.

Uživatelská příručka | 323

Příloha D Software CFX Maestro Dx, bezpečnostní edice – poradce při potížích

324 | Software CFX Maestro Dx SEPříloha E Bio-Rad Free and Open-Source Notices
for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Uživatelská příručka | 325Příloha E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

326 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author'sUživatelská příručka | 327

Příloha E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

328 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Uživatelská příručka | 329

Příloha E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

330 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveon amediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andUživatelská příručka | 331Příloha E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the

332 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:Uživatelská příručka | 333Příloha E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this334 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which isUživatelská příručka | 335

Příloha E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

336 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Uživatelská příručka | 337

Příloha E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products338 | Software CFX Maestro Dx SEPříloha F Literatura
1.

Sugimoto et al. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4501–4505.

2.

Breslauer KJ et al. (1986). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Nat Acad
Sci 83, 3746–3750.

3.

Hellemans J et al. (2007). qBase relative quantification framework and software for management andautomated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome Biol 8, R19.

4.

Livak JL et al. (1995). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nature
Genetics 9, 341–342.

5.

Pfaffl MW (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic
Acids Research 29, 2002–2007.

6.

Vandesompele J et al. (2002). Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 3, 1–12.

7.

Fox J (2008). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. 2. vydání (New York:SAGE Publications, Inc.).

Informace o autorských právech Minpack (1999), University of Chicago. Všechna práva
vyhrazena.
Další distribuce a použití ve zdrojové a binární podobě, s úpravami nebo bez úprav, jsou povoleny zapředpokladu, že jsou splněny následující podmínky:1.

Součástí dále distribuovaného zdrojového kódu musí být výše uvedené informace o autorských
právech, tento seznam podmínek a následující upozornění.

2.

Součástí dále distribuované binární formy musí být výše uvedené informace o autorských právech,
tento seznam podmínek a následující upozornění v dokumentaci a/nebo jiných materiálech
poskytovaných současně s distribucí.

3.

Dokumentace pro koncového uživatele, která součástí případné distribuce, musí obsahovat
následující informaci:„Tento produkt obsahuje software vyvinutý na University of Chicago v partnerství s laboratoří Argonne
National Laboratory.”Uživatelská příručka | 339

Příloha F Literatura

340 | Software CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, FrancieTel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Fax: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

Life ScienceGroup

10000135545 Ver D

US/EG

22-02390422

Sig 0122