NBRP・コムギ 第 5 期 第 2 回 運営委員会
日時：2023 年 8 月 29 日（火）13：00〜15：00
場所：京都大学吉田キャンパス 農学・生命科学研究棟 農学専攻セミナー室（１）及びオンライン回線
出席予定者：（1）運営委員
松岡 由浩（委員長）、江花 薫子、川浦 香奈子、川本 祥子、小林 正智、
佐久間 俊、佐藤 和広、佐藤 豊、辻本 壽、土佐 幸雄、半田 裕一、森 直樹（2）実施者
寺内 良平（課題管理者）、那須田 周平、吉田 健太郎、堺 俊之、太田 敦士、
新田 みゆき（3）研究協力者
竹中 祥太朗（4）その他NBRP 事務局 鈴木 智広
文部科学省 中川原 秀樹
文部科学省 坂本 真梨子
文部科学省 前田 絢香
文部科学省 古田 和輝
NBRP プログラムオフィサー／かずさ DNA 研究所 田畑 哲之
NBRP プログラムオフィサー／国立研究開発法人理化学研究所バイオリソース研究セ
ンター 小幡 裕一

議長：松岡
書記：新田

1

報告等：
（1） 第 5 期

NBPR・コムギ

組織確認（松岡）資料 1（2） 2022-2023/2023-2024 年事業計画等の報告
・種子リソース増殖（太田、竹中）

資料 2-１・種子リソース配布（寺内、新田）

資料２-２

・学会等での活動（寺内、新田）

資料２-３

・寄託の状況について（寺内）資料２-４（3） 2023 年度 NBRP ゲノム情報等整備プログラム採択について（寺内）資料３（4） 系統収集関連資料のアーカイブ化について（寺内、太田、川浦、松岡）
資料 4（5） 系統採集地の緯度経度情報整備について（寺内、太田）

資料 5（6） 2022 年度コムギ小委員会（静岡）について（吉田）資料 6（7） 2023 年度 Triticum 属野生種と Aegilops 属の穂の外部形態と分類形質についての講習会について（新田）資料 7（8） KOMUGI ウェブサイトの利用状況等について（川本）資料 8（9） 2023 年度広報活動について（寺内）資料２-３（10）その他
審議：（1） 2024 年の育種学会でのシンポジウム等の企画について（寺内）（2） 次回小委員会の開催について（寺内）（3） その他
その他：

2

資料1
NBRP「コムギ」運営委員会名簿（更新︓2023年7⽉）◆ 運営委員
⽒名
江花 薫⼦
⼤⽥ 正次
バックアップ協⼒機関代表
アーカイブ化ワーキング⻑

委員⻑

所属
農業・⾷品産業技術総合研究機構 基盤技術研究本部 遺伝資源研究センター ジーンバンク事業技術室
元 福井県⽴⼤学 ⽣物資源学部（名誉教授）

川浦 ⾹奈⼦ 横浜市⽴⼤学 ⽊原⽣物学研究所
川本 祥⼦

情報・システム研究機構 国⽴遺伝学研究所 情報研究系

⼩林 正智

理化学研究所 バイオリソース研究センター

佐久間 俊

⿃取⼤学 農学部

佐藤 和広

岡⼭⼤学 資源植物科学研究所

佐藤 豊

情報・システム研究機構 国⽴遺伝学研究所 ゲノム・進化研究系

辻本 壽

⿃取⼤学 乾燥地研究センター

⼟佐 幸雄

神⼾⼤学 ⼤学院農学研究科

半⽥ 裕⼀

京都府⽴⼤学 ⼤学院⽣命環境科学研究科

松岡 由浩

神⼾⼤学 ⼤学院農学研究科

森 直樹

神⼾⼤学 ⼤学院農学研究科◆ 実施担当者
⽒名

代表機関課題管理者

所属

太⽥ 敦⼠

京都⼤学 ⼤学院農学研究科

堺 俊之

京都⼤学 ⼤学院農学研究科

寺内 良平

京都⼤学 ⼤学院農学研究科

那須⽥ 周平 京都⼤学 ⼤学院農学研究科
新⽥ みゆき 京都⼤学 ⼤学院農学研究科
吉⽥ 健太郎 京都⼤学 ⼤学院農学研究科◆ 研究協⼒者
⽒名所属

⽵中 祥太朗 ⿓⾕⼤学 農学部◆ NBRPコムギ事務局
⽒名
池本 和代

所属
京都⼤学⼤学院 農学研究科

新⽥ みゆき 京都⼤学⼤学院 農学研究科
https://nbrp.jp/committee/wheat/3

資料2-12023 年 8 月 29 日

種子リソース増殖（第 5 期 2 年目）
系統保存
1. 業務題目
種子リソースの収集・調査・保存（主として種子更新など）。
2. 業務担当
寺内良平、那須田周平、吉田健太郎、堺俊之、新田みゆき、太田敦士、技術補佐員数名
3. 2023 年度前半の報告
2021-22 年 系統保存

収穫した 476 系統の種むき作業を実施した。現在、在庫管理システム登録と種子貯蔵庫
への入庫作業を進めている。
2022-23 年 系統保存



計 491 系統を収穫した（表 1, 2）。
2023-24 年 系統保存



種子在庫データベースの情報と発芽試験データを踏まえて、種子増殖・更新のために播種する約 500 系統を選抜した（表 1, 2）。
表 1 2022-23 年栽培系統と 2023-24 年播種予定系統の概略。詳細な内訳は表 2 に記載している。

KU
KT
RILWA

在来品種・野生種

2023-24 年

2022-23 年

グループ †

播種

収穫

genus Aegilops

107

97

播種予定
114

genus Triticum

217

167

35
306
42

在来品種・野生種

-

166

68

実験系統

-

12

10

実験系統

-

13

4

GHSL

実験系統

-

5

4

TACBOW

在来品種・野生種

-

3

0

実験系統

-

77

75

在来品種・野生種

-

1

0

実験系統

-

3

3

LPGKU
その他
†

在来品種・野生種

-

63

63

合計

667

491

5

502

KOMUGI ホームページの NBRP group name の表記が野生種または栽培品種・品種であれば「在来品種・野生種」に分類し、実験系統であれば「実験系統」とした。Triticum-Aegilops 以外の属は一律「その他」にした。「要整理系統」は KOMUGI 未登録系統である。

4

資料2-1

4. 2023 年度後半の予定
2021-22 年 系統保存



種むきをした 476 系統の在庫管理システム登録と種子貯蔵庫への入庫をおこなう。
2022-23 年 系統保存

収穫した 491 系統の種むき作業を引き続きおこなう（表 1, 2）。
2023-24 年 系統保存



選抜した約 500 系統の播種・栽培をおこなう（表 1, 2）。
表 2 2022-23 年栽培系統と 2023-24 年播種予定系統の種別内訳。

KU

KT
RILWA
GHSL
TACBOW
LPGKU
その他

在来品種・野生種

在来品種・野生種
実験系統
実験系統
実験系統
在来品種・野生種
実験系統
在来品種・野生種
実験系統
在来品種・野生種

genus Aegilops
section Polyeides
Ae. umbellulata
Ae. triaristata
Ae. columnaris
Ae. biuncialis
Ae. variabilis/Ae. kotschyi
Ae. triuncialis
section Cylindropyrum
Ae. caudata
section Comopyrum
Ae. comosa / Ae. heldreichii
section Sitopsis
Ae. aucheri / speltoides
section VertebrataAe. squarrosa
section Amblyopyrum
Ae. mutica
genus Triticum
Diploid species
T. boeoticum
Tetraploid species
T. araraticum
T. durum
Hexaploid species
T. aestivum
T. spelta
合計52022-23 年
播種

収穫2023-24 年
播種予定

1

1

3

5
51
1

3
48
1

1

10

6

20

6

6
87

30

29

3

3

23

21

4
6

4
2

1
6

184

140

166
12
13
5
3
77
1
3
63
667

68
10
4
4
0
75
0
3
63
491

26
2
306
42

3

5

502

資料2-12023 年 8 月 29 日

種子リソース増殖 / 大規模 RIL 集団の育成
四倍体コムギ大規模 RIL 集団
四倍体コムギの多様性を広くカバーし、将来の基礎研究および育種素材としての利用価値のある RIL 集団作りを目指す。
準備チーム: 森・松岡（神大）、竹中（龍谷大）、寺内・吉田・新田・太田（京大）
集団規模： 集団サイズ: 5-6 集団(計 3,000 系統)
集団構成：
集団① T. durum × T. durum
KU-127（中国）×'Kronos' （USA）

2022-23 年 世代更新（F3 546 系統 → F4 531 系統）
2023-24 年 世代更新（F4 531 系統 → F5）
集団② T. turgidum × T. abyssinicum
KU-148
KU-149×

KU-185（エチオピア）
KU-9541（エチオピア）

2022-23 年 F1 栽培・収穫。現在種むき中2023-24 年 世代更新（F2 約 500 系統→ F3）
集団③ T. pyramidale × T. durum ‘Langdon’KU-146×

LPGKU2272 'Langdon'

2022-23 年 世代更新（F2 500 系統 → F3 500 系統）
2023-24 年 世代更新（F3 500 系統 → F4）集団④ T. dicoccum × T. polonicum
KU-1056（スペイン）
KU-114×

KU-142（中国）
KU-144（パキスタン）

2022-23 年 F1 栽培・収穫。現在種むき中2023-24 年 世代更新（F2 約 500 系統→ F3）
集団⑤ T. paleocolchicum × T. dicoccoides
KU-156
KU-190-2（ジョージア）×

KU-8539（イラク）KU-8810（イラク）または、T. dicoccum × T. dicoccoides
KU-493（インド）
KU-495（インド）×

KU-1974（トルコ）

2022-23 年 F1 栽培・収穫。現在種むき中2023-24 年 世代更新（F2 約 500 系統→ F3）
集団⑥ T. timopheevii × T. araraticum
KU-107-1
KU-107-4（ジョージア）×

KU-15406（トルコ）
KU-8496（イラク）2022-23 年 F1 栽培・収穫。現在種むき中2023-24 年 世代更新（F2 約 500 系統→ F3）

6

資料2-1進捗 2022-23 年の栽培：・集団① KU-127 × Kronos 集団: F3 から F4 への世代更新をした
・集団③ KU-146 × LPGKU2272 集団: F2 から F3 への世代更新をした
・その他の集団については、各組み合わせの F1 世代 1-4 個体を栽培し、F2 世代の種子を得た
今後の予定 2022-23 年の栽培：・集団① KU-127 × Kronos 集団: F4 から F5 への世代更新
・集団③ KU-146 × LPGKU2272 集団: F3 から F4 への世代更新
・その他の集団については、種むき結果を考慮して、RIL 集団化する交配組み合わせを決定する
・合計 3000 系統の内訳を決定する

7

資料2-12023 年 8 月 29 日

Aegilops tauschii 大規模 RIL 集団
Aegilops tauschii で遺伝子単離を狙える大規模な RIL 集団作りを目指す。
準備チーム: 松岡（神大）、西嶋（福井県大）、寺内・吉田・新田・太田（京大）
集団規模： 集団サイズ: 2-3 集団(計 3,000 系統)
集団構成：
集団①

KU-2116 （最晩生）
KU-2131
KU-2132 （葯が最も長い）

×

KU-2025

KU-2144 （耐塩性最も低い）
KU-2149(L1, 東側系統)(L1, 西側系統)
集団③

KU-2103 (L2)×

KU-2025 (L1)

集団③

KU-2832 (L3)×

KU-2025 (L1)

図 1 Aegilops tauschii の種内リネージ。Aegilops tauschii には種内に３つのリネージ（TauL1, L2, L3）がある。
TauL1 は、Ae. tauschii で最もメジャーなリネージで、東西に広く分布する。

2021-22 年の栽培：・各組み合わせの F1 世代 1-4 個体を育てて、F2 世代の種子を得た。
・集団①については、十分な数（1000 粒以上）の F2 世代の種子を得られる見込みである。
・集団②と集団③は、種子稔性が低く、十分な数の F2 世代の種子を得ることができなかった。これらの大規模 RIL 集団化は断念する予定である。
・集団① について、RIL 集団化する交配組み合わせを検討した。KU-2116 は、KU-2025 に比べて開花が遅く、耐塩性や第一葉長についても違いがみられる。これら形質は、Ae. tauschii の東
アジア分布への分布拡大に関わる可能性があり、その遺伝子単離を目指せる。そのため、KU2116 x KU-2025 の集団を今後育成していく予定である。
今後の予定：
・集団① KU-2116 x KU-2025 の F2 世代（約 3000 個体）の栽培をおこなう。

8

資料2-2
令和5年度 実績報告
種子リソース配布

集計

2023年8月29日

担当： 寺内 良平
窓口担当： 新田 みゆき（１）前年度以前受注、当年度配布分（自家使用含む）

受 注
件数
系統数
国内
（うち自家使用分）
国外
合計

発送済み
件数
系統数

3

283

2

261

(2)

(263)

(2)

(261)

0

0

0

0

3

283

2

261

受注データには、配布不可と未発送の数字を含む。

（２）当年度受注・当年度配布分（自家使用含む）

受 注
件数
系統数
国内
（うち自家使用分）
国外
合計

発送済み
件数
系統数

4

43

0

0

(0)

(0)

(0)

(0)

1

55

0

0

5

98

0

0

受注データには、配布不可と未発送の数字を含む。

＜参考＞
前年度受注・前年度配布分（自家使用含む）

国内（うち自家使用分）
国外
合計

受 注
件数
系統数

発送済み
件数
系統数

40

3676

37

3318

(25)

(2927)(23)(2648)

4

41

4

41

44

3717

41

3359

受注データには、配布不可と未発送の数字を含む。

9

資料2-2
前回までは種子の以前のストックセンターである京大北白川、京大物集女、横浜市立大の別に分けて集計していたが第3期で一元化し意味のない区分の集計であったため今回から区分を排した。
（１）で発送できていない国内の1件は、リクエスト元の事務手続きが遅延していたため。

（２）で発送できていないのは新しい受注で手続きが進んでいないため。
前年度は国内で耐病性遺伝子のスクリーニングを行う大型のプロジェクトが進行したため配布の件数と系統数が伸びた。また、第4期に作成した大規模分離集団（NAM）に1件のリクエストがあり1060系統を配布した。
コムギはこれから栽培シーズンを迎えるため秋にかけて多くのリクエストが期待される。

10

資料2-2
集計日：2023/8/25

提供数（配布系統数；系統）
利用者数（重複無し；名）第４期NBRP

目標
実績
実績（内訳）目標
実績
実績（内訳） 学術機関（研究目的）
学術機関（教育･展示目的）
非学術機関･企業等
小計

Ｈ２９年度

Ｈ３０年度

Ｈ３１/Ｒ１年
度

国内
国外
1100
734
684
50
31
22
17
3
0
0
2
0
19
3

国内
国外
1125
410
367
43
32
18
11
5
0
0
2
0
13
5

国内
国外
1150
1572
1471
101
33
34
24
6
0
0
2
2
26
8

11

第５期NBRP
Ｒ２年度

Ｒ３年度

Ｒ４年度

Ｒ５年度

Ｒ６年度

Ｒ７年度

Ｒ８年度

国内
国外
国内 国外 国内 国外 国内 国外 国内 国外
1250
1250
1175
1200
1250
261
4786
5724
3379
4781
5 3346 2378 3331
48
261
0
34
35
35
35
35
21
28
22
1
15
4
19
8
15
6
1
0
0
0
1
0
0
0
0
0
2
0
0
0
1
0
0
0
17
4
20
8
16
6
0
0

国内 国外
1250

国内 国外
1250

35

35

資料2-3

令和 5 年 8 ⽉ 29 ⽇
第 5 期 NBRP・コムギ

令和 5 年度前半 事業報告

学会等での活動
責任者
1.

寺内 良平

前年度後半から今年度前半までの報告(1) 広報活動①

⽇本バイオインフォマティクス学会（IIBMP2022）での NBRP 展⽰（2022/9/13〜15、⼤阪）②

⽇本植物学会第 86 回⼤会での NBRP 展⽰（2022/9/17〜19、京都）③

⽇本育種学会

第 142 回講演会での成果発表および情報収集（2022/9/23〜25、帯広）④

BioJapan 2022 での NBRP 展⽰（2022/10/12〜14、横浜）⑤

第 45 回

⽇本分⼦⽣物学会年会での NBRP 展⽰（2022/11/30〜12/2、千葉）⑥

第 17 回

ムギ類研究会での事業紹介と情報収集（2022/12/16〜17、つくば）⑦

第 64 回

⽇本植物⽣理学会での NBRP 展⽰（2023/3/15〜17、仙台）⑧

⽇本育種学会

第 143 回講演会での成果発表および情報収集（2023/3/17〜18、静岡）⑨

コムギ⼩委員会でのユーザーへの事業説明と要望収集（2023/3/19、静岡）⑩

国際植物の⽇（Fascination Of Plants Day、2023/5/18）の NBRP 広報室動画発
信⽤画像の協⼒(https://twitter.com/nbrp_info/status/1659106295558057984?s=20)⑪

第 33 回

国際シロイヌナズナ研究会議（ICAR2023） 出展ブースへの資料提供（2023/6/5〜9、千葉）(2) 渉外活動2.

①

⽣物遺伝資源委員会委員（寺内）②

WI (Wheat Initiative) の専⾨家作業部会のメンバー（那須⽥）③

Wheat 10+ Genome Project のメンバー（那須⽥）④

NBRP・イネと NBRP・オオムギの運営委員（寺内）

今年度後半の予定(1) 広報活動①

⽇本育種学会

第 144 回講演会での成果発表および情報収集（2023/9/16〜

17、神⼾）②

Triticum 属野⽣種と Aegilops 属の穂の外部形態と分類形質についての講習会
2023 の開催（2023/9/20〜21、京都）③

BioJapan 2023 での NBRP 展⽰（2023/10/11〜13、横浜）④

京都⼤学農学部創⽴ 100 周年記念事業の⼀環としてのシンポジウム「コムギ研究の新展開：100 年の研究史を反映した⽣物遺伝資源とゲノミクス、そして未12

資料2-3

来へ」および関連展⽰「学術探検と遺伝資源 ̶NBRP コムギリソースと⽥中正
武アーカイブズ̶」の開催による NBRP の周知活動（シンポ 2023/10/13、展
⽰ 2023/10/12-14、京都）⑤

第 46 回

⽇本分⼦⽣物学会年会での NBRP 展⽰（2023/12/6〜8、神⼾）⑥

第 18 回

ムギ類研究会での事業紹介と情報収集（2023/12、滋賀）⑦

第 52 回

⽇本免疫学会学術集会での NBRP 展⽰（2024/1/17〜19、千葉）⑧

令和 6 年度 ⽇本植物病理学会⼤会での NBRP 展⽰（2024/3/13〜15、仙台）⑨

⽇本育種学会第 145 回講演会での成果発表および情報収集（2024/3/16〜

17、東京）⑩

第 65 回

⽇本植物⽣理学会年会での NBRP 展⽰（2024/3/17〜19、神⼾）⑪

コムギ⼩委員会でのユーザーへの事業説明と要望収集（2024/3）コムギの染⾊体観察法講習会（時期未定）(2) 渉外活動①

⽣物遺伝資源委員会委員（寺内）②

WI の専⾨家作業部会のメンバー（那須⽥）③

Wheat 10+ Genome Project のメンバー（那須⽥）④

NBRP・イネと NBRP・オオムギの運営委員（寺内）13資料2-4

令和 5 年 8 ⽉ 29 ⽇
第 5 期 NBRP・コムギ

令和 5 年度前半 事業報告

寄託の状況について
責任者
1.

寺内 良平

寄託の流れ
①

寄託者が寄託システムを通じてアップロード

図 KOMUGI トップページの⼀部②

NBRP コムギに⾃動通知メール（次ページ参照）③

寄託受け⼊れの審査に⼊る旨を事務局が寄託者に通知④

那須⽥⽒が窓⼝となり関係者とともに審査して受け⼊れ可否を決定⑤

受⼊れ可の場合、事務局が寄託者に材料移転契約書（「⽣物遺伝資源寄託同意書」）の PDF を送り、2 部作成して材料とともに事務局へ送るよう連絡。受⼊れ不可の場合は審査結果のみを連絡

2.

⑥

事務局が研究推進掛に 材料移転契約書の決済を依頼する⑦

材料受領後に事務局から寄託者へ契約書 1 部を送付

寄託システムの整備状況

国内からの寄託は運⽤できている。
海外からの寄託の整備を知財とともに進めている。
3.

寄託の受け⼊れ状況

14

資料2-4

表. 寄託の実績
第4期
R1
国内
収集数（寄託系統数）

国外

国内

R3
国外

国内

R4
国外

国内

R5（予定）
国外

国内

要検討

国外

-*

100**

100

100

100

-

実績

1

0

1

167***

2

331

1

0

0

0

1

0

167

0

2

0

-

⽬標

-

-

-

1

1

-

実績

1

0

1

2

2

2

実績（内訳）
寄託件数

R2

⽬標

実績（内訳）
寄託者数（重複無し）

第5期

1

0

0

0

1

0

2

0

2

0

-

⽬標

-

-

-

-

-

-

実績

1

0

1

8

2

12

実績（内訳）

1

0

0

0

1

0

*R1 は収集数を更新数と間違えて計上し報告していた（⽬標 500、実績 561）。
**R2 は収集数を更新数と間違えて計上し報告していた（⽬標 100、実績 227）。
***実績報告では 219 としたが、すでに保存している系統と重複があったため修正した。

15

8

0

2

0

-

資料5

2023 年 8 月 29 日
系統採集地の緯度経度情報整備＜現状＞


KOMUGI ポータルにある採集地点地図（2010 年頃に作成; 図 1）。遺伝研・前任者の山崎先生らにより、パスポートデータをもとにマッピングされたもの（Google マップのAPI のようなものを使用）。



現在の採集地点地図は、NBRP コムギ側で十分に検証できておらず、不正確なマッピ
ングデータが含まれている。



実際には、ユーザーが自身でマッピングしたデータを論文や発表で使っている。



NBRP コムギ検証済みのデータセットの整備をユーザーから要望されている。

(http://shigen.nig.ac.jp/wheat/collectionMap/map.html)
図 1 NBRP KOMUGI ポータルサイトにある採集地点地図＜2023 年度前半＞


松岡（神戸大）、新田・太田（京都大）で、情報整備の進め方についての打ち合わせをおこなった（2023/07/12）。
全体的な方針 既存の地点情報（KOMUGI ポータルの採集地点マップのデータや研究者が研究過程でプロットしたデータ）を NBRP コムギで検証していく。
 検証作業は、Google マップに地点情報を落として評価する。
 当面は、検証作業と地点情報の整備のみを進める。地図への表示・公開方法については別途検討する。

20

資料5

 地点情報の管理は、地図アプリを使わずに、使い慣れているエクセルで管理する。データファイル管理は京大栽培植物起原学（物集女）でおこなう。
 古いデータの情報を残しながら作業する。データ更新内容は、データ行をひとつ追加する形で記録する（表 1）。
 検証作業をおこなう人員の確保する
表 1 地点情報管理テーブルのイメージ。シリアルナンバー（S/N）が 1 は古いデータで、2 は検証済みデータ。
S/N 系統 種名

採集番号 採集地点 緯度

経度

取得者 検証1

A1

T. aestivum ...

...

37.15 38.79 aaa

2

A1

T. aestivum ...

...

37.05 38.79 bbb＜2023 年度後半＞


管理テーブルと情報提供シートのフォーマットを準備し、検証作業を開始する



検証作業者の雇用を進める

21

True

資料6

コムギ小委員会
令和 5 年 3 月 19 日 9:30-11:30
静岡労政会館 第 1 会議室
1.

参加者（14 名）【現地】
太田、川浦、川本、那須田、新田、半田、村井、吉田【zoom】
田中、爲重、辻本、松岡、妻鹿、森
2.

議題
１．NBRP・コムギ 事業全体の概要 資料 p. 1：吉田２．遺伝資源の付加価値向上（１）緯度経度情報の付加 資料 p. 4：太田
（２）探検資料のアーカイブ化 資料 p. 5：太田
３．分離集団の作出（１）六倍体について 資料 p. 6：那須田（２）四倍体について 資料 p. 9：太田
（３）タルホコムギ 資料 p. 10：太田
４．ゲノム解析の現状（NBRP 以外の動向も含む） 資料：那須田
５．ポータルサイト KOMUGI について 資料：川本
６．その他

25

資料6

2023 年 3 月 19 日
種子リソースの緯度経度情報の整備＜現状＞
・KOMUGI ポータルに 2010 年頃に作成された採集地点地図がある。
- 遺伝研・前任者の山崎先生らにより、住所・施設名・距離情報をもとにマッピングされたデータ（Google マップの API のようなものを使用）。
- NBRP コムギ側で十分に検証できていない。

(http://shigen.nig.ac.jp/wheat/collectionMap/map.html)
・実際には、ユーザーが自身でマッピングしたデータを論文や発表で使っている。
・NBRP コムギ検証済みのデータセットが求められている。
＜位置情報の検証作業＞
学術探検地図・報告書等をもとに情報の検証作業をおこなう。
2023 年度前半

予備的に作業をおこない、作業手順を確認・整備する2023 年度後半

本格的に作業を開始する

29

資料6

Nested association mapping (NAM) 集団の作成（第 4 期課題）
コムギ小委員会 令和 5 年 3 月 19 日
京都大学大学院農学研究科 那須田 周平
2018 年にパンコムギ品種 Chinese Spring (以下、CS)の参照ゲノム配列が決定されたことにより、コムギ科学は新しい時代を迎えた。CS に続き，国際コムギ 10+ゲノムプロジェク
トの中で日本の農林 61 号 (以下、N61)が解読され、ゲノム配列がトロント合意のもとで公開された。
NBRP 第 3 期で作成した六倍体コムギのコアコレクション(Takenaka et al., 2018)から、N61 を固定の花粉親とし、東アジア(日本～中国～ヒマラヤ地域)由来の 25 系統を母親系統として第４期で東アジアに特化した NAM 集団を作成した。
第５期１年目である令和４年度にはこれらの系統を NBRP コムギポータルサイトから公
開する。
1.

事業担当者
新田みゆき(研究員)、竹中祥太朗(研究協力者)、那須田周平(責任者)
NAM ワーキンググループ
竹中祥太朗(代表、龍谷大学)、太田敦士(京都大学)、寺内良平(京都大学)、那須田周平(京都大学)、新田みゆき(京都大学)、松岡由浩(神戸大学)、松中仁(農研機構・北農研)、吉田健太郎(京都大学)

2.

事業報告

世代促進の状況第 4 期 5 年目の令和 2 年から 3 年の最終シーズンには F8 まで進めた。4,932 系統の F7 を1,060 系統の P 群と 3,872 系統の G 群に分割し、F8 世代への世代促進の栽培で P 群を対象に基本農業形質データを取得した。F8 は P 群 1,060 系統、G 群 3,832 系統、合計 4,892 系統となった。
ジェノタイピング
P 群については清水健太郎氏（チューリッヒ大学）と共同して GRAS-Di を用いたジェノ
タイピングを進めており、基本農業形質ほか表現型データを用いて GWAS 解析中である。
ジェノタイピング情報と解析結果は準備が整い次第、速やかに公表する予定である。

31

資料6

系統の公開
F8 種子を基本的に配布対象とする。ユーザーの個別の要望に応じて令和 3 年度末から配布を開始しており、今年度中には全 4,892 系統を NBRP コムギポータルサイト上で公開する予定である。ジェノタイピングを行った P 群のうち 530 系統については DNA 抽出を行った個体の直接の子孫の F10 を令和 5 年に採種予定であり、希望に応じて配布する。

32

表.

資料6

利⽤可能なNAMの内訳（RILs）

RILs
P
G
Total
#01 (N10)
100
22
122
#02 (CN4)
100
128
228
#03 (FKK)
50
119
169
#04 (PK1)
100
98
198
#05 (PK2)0211211#06 (NP1)
100
167
267
#07 (NP2)503787#08 (NP3)0239
239#09 (BT1)
100
157
257
#10 (CN2)0202
202#11 (CN1)
50
150
200
#12 (CN6)0211
211#13 (CN7)0188
188#14 (CN3)0258
258#15 (CN5)
160
16
176
#16 (K107)
0
216
216
#17 (ZNK)
50
205
255
#18 (NBB)
100
112
212
#19 (MNM)
0225
225#20 (CGW)
0215215#21 (CKG)
0245
245#22 (SRG)
50
179
229
#23 (SNY)50
84134#24 (AKD)
0
148
148
Total
1060
3832
4892
Pは表現型データを取得しGRAS-Diを用いたジェノタイピングを行った。

33

資料6

2023 年 3 月 19 日
四倍体コムギ大規模 RIL 集団
四倍体コムギの多様性を広くカバーし、将来の基礎研究および育種素材としての利用価
値のある RIL 集団作りを目指す。
準備チーム（敬称略）
森・松岡（神大）、竹中（龍谷大）、寺内・那須田・吉田・新田・太田（京大）
集団規模：
集団サイズ: 5-6 集団(計 3,000 系統)
集団構成

育成状況

集団① T. durum × T. durum
KU-127（中国）×'Kronos' （USA）

F3 546 系統を栽培中

KU-3679（シリア）F1 を栽培中

集団② T. turgidum × T. abyssinicum
KU-148
KU-149×

KU-185（エチオピア）
KU-9541（エチオピア）

F1 を栽培中

集団③ T. pyramidale ×T. durum ‘Langdon’KU-146
KU-9882（エチオピア）

×

LPGKU2272 'Langdon'

F2 約 600 系統を栽培中
F1 を栽培中

集団④ T. dicoccum × T. polonicum
KU-1056（スペイン）
KU-114×

KU-142（中国）
KU-144（パキスタン）

F1 を栽培中

集団⑤ T. paleocolchicum ×T. dicoccoides
KU-156
KU-190-2（ジョージア）×

KU-8539（イラク）KU-8810（イラク）F1 を栽培中

または、T. dicoccum ×T. dicoccoides
KU-493（インド）
KU-495（インド）×

KU-1974（トルコ）

F1 を栽培中

集団⑥ T. timopheevii ×T. araraticum
KU-107-1
KU-107-4（ジョージア）×

KU-15406（トルコ）
KU-8496（イラク）34

F1 を栽培中資料62023 年 3 月 19 日
Aegilops tauschii 大規模 RIL 集団
Aegilops tauschii で遺伝子単離を狙える大規模な RIL 集団作りを目指す。
準備チーム（敬称略）
松岡（神大）、西嶋（福井県大）、寺内・吉田・新田・太田（京大）
集団：
集団サイズ: 2-3 集団(計 3,000 系統)
集団構成

育成状況

集団① TauL1 東西系統間の交配
TauL1 西側系統

TauL1 東側系統

KU-2116 （最晩生）
KU-2131
KU-2132 （葯が長い）

x KU-2025

F1 を栽培中

x KU-2025 (TauL1)

F1 を栽培中

x KU-2025 (TauL1)

F1 を栽培中

KU-2144 （耐塩性低い）
KU-2149
集団② TauL2 x TauL1 交配
KU-2103 (TauL2)
集団③ TauL3 x TauL1 交配
KU-2832 (TauL3)(Matsuoka et al., 2015)
図 1 Aegilops tauschii の種内集団構造。種内には 3 つのリネージがある。TauL1 は東西に広域に分布している。TauL2 はトランスコーカサスや中東のカスピ海周辺に分布している。TauL3 はジョージア周辺に局所分布している。

図 2 Aegilops tauschii 大規模 RIL 集団の交配親系統の採集地点。黒色: TauL1 東地域系統、青色: TauL1 西地域系統、オレンジ色: TauL2、緑色: TauL3。

35

資料7

令和 5 年 8 ⽉ 29 ⽇
2023 年度 Triticum 属野⽣種と Aegilops 属の穂の外部形態と分類形質についての講習会
企画

新⽥ みゆき穂の外部形態は、分類だけでなく形態形成や⽣殖の解析の基礎となる重要な表現型でもある。主に⼤学院⽣を対象とし、植物としてのコムギに関⼼を持つ契機となるよう、2015
年から継続的に開催してきた講習会で、今回は 4 年ぶりの開催となる。
⻑年、海外でコムギ野⽣種の探索に携わってこられた⼤⽥正次先⽣（福井県⽴⼤学名誉教授）に講師をお願いしている。
両属を網羅する 60 余りの実際の植物サンプルを使っての 2 ⽇間のコースを予定している。現地での探索収集の様⼦もスライドで紹介する。
⽇時：
9 ⽉ 20 ⽇（⽔）

午後 1 時から 17 時まで

9 ⽉ 21 ⽇（⽊）

午前 10 時から 17 時まで

場所：
京都⼤学北部キャンパス

旧演習林事務室

ラウンジ

講師：
福井県⽴⼤学名誉教授

⼤⽥正次

先⽣

参加者 19 名（予定）

36

資料8

37

資料8

38

資料8

39

資料8

40

資料8

41

資料8

42

資料8

43

資料8

44

資料3
NBRPゲノム情報等整備事業ヒアリング
2023年6月6日

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45

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資料3

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Triticum urartu
AA(2n=2x=14)

T. dicoccum
AABB
T. dicoccoidess
T. durum(2n=4x=28)
)
AABB
AABB
(2n=4x=28)(2n=4x=28)

Aegilops speltoidesBB(2n=2x=14)

T. aestivum
AABBDD(2n=6x=42)

Ae. tauschii
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資料3

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資料3

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資料3

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DiploidD
iploidTetraploid
Tetraploid

Hexaploid
Hexaploid
GigaScience, 2022, 11, 1–18
DOI 10.1093/gigascienc
DOI:
10.1093/gigascience/giac034101093/ i1093/gigasciencie/giac034/ i 034RESEARCH

Lon
Long-read
ong
ng
ng-re
g-rea
-rea
rea
ea
ad andan chromosome-scalechromosome
mosome-sscale
l assembly
assemblymbl
bly off thethhe
LETTERS
he
ex
xa
ap
apl
plo
loi
oiid wwheat
whheat geheanome achieves
achi
hieves highhi h resolution
resolutil https://doi.org/10.1038/s41588-022-01022-1
tion forfhexaploid
genomerresearch
re
ese
es
ea
e
arch
ar
rcch
h and
and breeding
an
bree
breed
br
b eedinggLong-read genome sequencing of bread wheat
facilitates disease resistance gene cloning
3

Corinne Cruaud**,, Stefan Engelen

1, Benjamin Istace, Hélène Rimbert

2, Philippe Leroy

5

David Grimbichler
Frédéric Choulet
1

2,,
2

, Nathan Papon2 , Etienne Paux

2

1

2

2

, Cécile Monat, Sandrine Arribat

2, Pauline Lasserre-Zuber , Caroline Belser
4, Isabelle Dufau4 , Arnaud Bellec, Marion Ranoux2 , Adriana Alberti

1,6
1
,6
6

, Patrick Wincker

4

1

1

,

,

and

*

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#!! " !  

Jean-Marc Aury

1,,
1

Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA,
91057 Evry, France
1,7 CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay,
1,7
2,7
3
GDEC, Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR1095, 63000 Clermont-Ferrand, France
3
4 F-91057 Evry, France
1
1
5
Commissariat à l’Energie Atomique (CEA), Institut
François Jacob, Genoscope,
INRAE, CNRGV French Plant Genomic Resource Center, F-31320, Castanet Tolosan, France
5 7 avenue Blaise Pascal,1,4
5,6
1
Mésocentre Clermont Auvergne, DOSI / Bâtiment Turing,
63178 Aubière, France
Present address: Université Paris-Saclay, CEA, CNRS, Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), 91198, Gif-sur-Yvette, France∗
Correspondence address. Jean-Marc Aury, Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Univ Evry, Université Paris-Saclay, 91057 Evry,France. E-mail: jmaury@genoscope.cns.fr;
jmmaurry
ma
y@
@g
ge
eno
osscoppeee.cns.fr; Frédéric Choulet, GDEC, Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR1095, 63000 Clermont-Ferrand, France. E-mail:Thecloningof agronomicallyimportant genes from large, is conferred by three quantitative trait loci (QTLs): QYr.sgi-2B.1 on
frederic.choulet@inrae.fr
fredfre
derric
c.c
cho
ch
ou
ullett@@inn ae.f
nra
a fr
2
3
4
5

Naveenkumar Athiyannan  , Michael Abrouk  , Willem H. P. Boshoff  , Stéphane Cauet  ,Nathalie Rodde  , David Kudrna  , Nahed Mohammed  , Jan Bettgenhaeuser  , Kirsty S. Botha  ,Shannon S. Derman  , Rod A. Wing  , Renée Prins  ᅒ and Simon G. Krattinger  ᅒ

6

AbstractAAbbss acctt
stracomplex crop genomes remains challenging. Here we generate a 14.7gigabase chromosome-scale assembly of the South
African bread wheat (Triticum aestivum) cultivar Kariega by
combining high-fidelity long reads, optical mapping and chro-chromosome arm 2BS; QYr.sgi-4A.1 on chromosome arm 4AL; andthe durable stripe rust resistance gene Yr18 on chromosome arm
7DS, which encodes an ATP-binding cassette (ABC) transporter1,11.
To facilitate the cloning of the remaining stripe rust resistancemosomeconformation
capture.
resultingassemblyis angenes from Kariega,
we forgenerateda de novo
genomeBackground:
B
Bac
ck
k ou
kgro
un
nd:: Thendsequencingof the wheat(TriticumTheaestivum)genomehas beena methodologicalchallenge
many years
owing
to its assembly. First,
repeatcontent, andmore
hexaploidy.
Many initiatives
aimingwheat
at obtaininga referencePacBio
genomeof cultivar
ChineseSpringlarge size (15.5 Gb),
orderof magnitudecontiguousthan previous
we generated
CCS(HiFi) reads
corresponding
to approxihave been launchedin the past
yearsshows
and itdurable
was achievedin 2018
as devastatthe result of mately
a huge 34-foldeffort tocoverage
combineshort-read sequencing
assemblies.
Kariega
resistanceto the(Supplementary
Table 1) that we assem12
with many otherresources.
Reference-quality
assemblies
were then produced
otheraccessions,but therapid
evolutioning
fungal stripe
rust disease1genome
bled forusing
hifiasm. We identified
the race-specific, resulting
in anassembly
length of 14.66 Gbof sequencing technologies
offers opportunities
to reachhigh-quality
standards at lower
disease resistancegene Yr27, which
encodes
an intracellularwith acost.
contig N50 length of 30.22 megabases (Mb) (Table 1 andRRessuu s: Here, we
ults
based on to
long
reads
produced on
the Oxford Nanopore
PromethION
Results:
report on
an optimized
immunereceptor,
to be aprocedure
major contributor
thisresistance.
Supplementary
Table 2). Technology
For comparison,contig N50s from prethe leaf
Frenchwheat cultivar
Renan.
device to assemble
Yr27theis genome
allelic tooftherustbread
resistancegene Lr13;
the Yr27 vious whole-genome bread wheat assemblies based on short-read

C
Con
nclus
nc
siio
on
ns:
s We
providethe mostshow
contiguouschromosome-scaleof a breadwheat genome
to date.
Coupledlong-readwith an anConclusions:andLr13 proteins
97% sequence
identity2,3assembly. Our resultssequencing
or PacBio
continuous(CLR) sequencing
7,13,14 selection
notation based on
RNA-sequencing
data, thisof
resource
will bevaluable for the crop ranged
community
rapid
demonstrate
the feasibility
generating
chromosome-scalefrom and49 towill
233facilitate
kilobasesthe(kb); thus, the Kariega assemof agronomicallyimportanttraits. We
provideto generate
high-quality
assemblies
of complex genomes
using ONT.
wheat
assemblies
to alsoclone
genes,a frameworkand exemplifythat highly
bly represents
a ~130–600-foldimprovement.
The assembly took

similar alleles of a single-copy gene can confer resistance to

43 h of computing time on 48 central processing unit (CPU) coresneering Yr27 alleles with multiple recognition specificities inerated hybrid scaffolds using a direct label and stain (DLS) optical map (Supplementary Table 3), resulting in the assembly of 324

Keywords: wheat,
hexaploid
genome, long-reads,
nanoporesequencing,genomehaplotype
different
pathogens,which mightprovidea basis forengi-assembly,
and ~550
gigabytescharacterization,of random accessintrogressions
memory (RAM). Next we gen-theIIntroduction
Int
trod
tr
duct
du
ctiio
ion
n future.

to selection. Bread wheat is composed of 3 subgenomes A, B, andCircular consensus sequencing (CCS)4 represents a recent tech- hybrid scaffolds with a combined length of 14.5 Gb and an N50 of
Bread wheat (Triticum aestivum) is among the most important ceD derived from 3 ancestral diploid species that diverged between
nological breakthrough in DNA sequencing that circumventsthe 204.3 Mb. The longest hybrid scaffold was 627.2 Mb and covered
real crops, and ahitherto
better knowledge
in the area of
wheat genomics
2.5accuracy,
and 6 million
years
ago [2].
negative relationshipbetweenread length and99%of chromosome
3D (Supplementary Table 3). The final 14.68 Gb
is needed to face
the mainchallenge ofensuringassemblies
food security
The wheat genome
is one of thelargestsequenced
enabling
the productionof genomewith greatly improved
chromosome-scaleassembly
wasamong
producedby integrating chromomainly composed
repetitive
sequencesof 5,6
to a growing populationin theclimatechange.
Im- (approximately
plant genomes (15.5. However,the large
completenessandcontext
contiguity
someGb),conformation
captureofdata(Omni-C;
Extended Data Fig. 1).
proving productivity
requiresbothrepeat-richthat localgenome
producers
adapt(>85%),and contains
regions
betweenthe 3 21 pseudomol16 gigabase(Gb)),of polyploid
bread
wheat
About many
98.5% homoeologous(14.45 Gb) of theassembly
comprised
their practices remains
to increase
their climate
resilienceand aandbetgenomes(A, B, ecules,
and D).with
Repetitive
sequencesanda challenge
for genome
sequencing
gene cloning
projthe remaining
0.22
Gbpolyploidy
combinedpose
into an unanchoredofAtheter understanding
wheat production
systems.
In this conserious
challenges
in the generationof genome
ects.
comparisonof the genomesof various
bread wheat
cultivars
pseudochromosome(Table1). We assemblies.
validated theThe
concordance of thetext, a better knowledgeof thegenome andits gene structural
adventure
hexaploid
wheat map
genomeindemonstrated
theirwheat
high tolerance
for extensive
rear-of sequencing
assembly bythe
mapping
the optical
ontobegan
the Kariega
pseudomolrangements,
introgressions
from accessions,wild wheat are
relatives2005
and withdiffer-the creation
ecules andno major discrepancies.
We recovered
99.4% ofcontent, but also
the sequencing
of numerous
of foundthe International
Wheat Genome
Segenomic
ences in gene content7,8, highlighting the need to generate
the 4,896
Poales [3].
single-copy
genes(BUSCO v.5.0.0)15 in theessential.
quencing
Consortium(IWGSC)With thecore
adventof sequencspecificwheat lines
to guide theingcloningof Kariega
assembly,with has
96.3%
being
duplicated (Extended
Data Fig.
However, the resources
genome offrom
breadwheat donor
is particularly
charactertechnologies,
the wheatgenomebeen
competitively
seagronomicallygenes.genome
Stripe rust(or reyellow rust),
caused2).times
This underscores
the high
contiguity, completenessand accuracy
ized by its complexity.
Indeedimportant
this hexaploidis thequencedseveral[4–6]. The firstreference-quality
genomeby thehybridization
fungal pathogen
Puccinia
striiformis
f. sp. triticisequence(Pst), is withof aofcomprehensive
the assembly. Comparison
thepublished
Kariega assembly
sult of 2 interspecific
events.
The earliest
cultivatedannotation ofwasby the with previous
9
increasing
concern
for intensified
global wheat
production
chromosome-scale
bread wheat
assemblies
revealed
83 yellow
but humanshavethecultivation. Of thewheat was diploid,
IWGSC
in August2018 [7] for the accession
ChineseSpring (CS),re- high collinearity (Extended Data Fig. 3). We annotated the Kariega assembly withrust resistance (Yr) genes described in the wheat geneferredpool,toonlyof polyploid species. Recent studies show 10that these polyploidhereinafter as CS RefSeq v2.1 or simply CS. This assemblynine have been cloned so far , precluding knowledge-guided global support from transcriptome (Supplementary Table 4) and isoform
species appear to be advantaged by their genomic plasticity [1].
represents a tremendous resource for the scientific community
deployment of Yr genes based on sequences and molecular mecha- (Supplementary Table 5) sequencing from six different tissues, andIndeed, modifications of the gene space and related elements are
and offers the promise of facilitating and accelerating breeding
nisms. Kariega, a South African spring bread wheat cultivar released defined 116,838 high-confidence gene models.
buffered by the polyploid nature of wheat and open a wider field
efforts.

$" ! $

in 1993, shows high levels of adult plant stripe rust resistance (Fig. 1a).
Despite its extensive use in wheat production and as a parent

To explore the phenotype conferred by QYr.sgi-2B.1 in theabsence of the other two stripe rust resistance QTLs, we backcrossedin 27,
breeding
programs,
Kariegaremains
resistant
all Pst races Kariega with the susceptible spring wheat cultivar Avocet S. The
Received: September
2021. Revised:
December17, 2021.
Accepted:
March 15,to2022
resultingbackcrossline,
Avocet+ QYr.sgi-2B.1(herein referred toprevalent
inbySouth
Africa.
ThePress
resistanceof Kariega
toOpenstriperust article

C The Author(s) 2022.
Published
OxfordUniversity
GigaScience.
This is an
Accessdistributed
under thetermsof theSCreative
Commons
Attribution License (https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/),
(htt
h tp
ps://c/crreattiiv
vecommons.org//licenses/by/4.0/), which permits unrestricted reuse, distribution, and reproduction in any medium, provided
the original work is properly cited.
1
Center for Desert Agriculture, Biological and Environmental Science and Engineering Division (BESE), King Abdullah University of Science and Technology(KAUST), Thuwal, Saudi Arabia. 2Department of Plant Sciences, University of the Free State, Bloemfontein, South Africa. 3INRAE-CNRGV French Plant
Genomic Resource Center, Castanet-Tolosan, France. 4Arizona Genomics Institute, School of Plant Sciences, University of Arizona, Tucson, AZ, USA.
5
CenGen (Pty) Ltd, Worcester, South Africa. 6Department of Genetics, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa. 7These authors contributed
equally: Naveenkumar Athiyannan, Michael Abrouk, Willem H. P. Boshoff. ᅒe-mail: cengen@cengen.co.za; simon.krattinger@kaust.edu.sa

NATURE GENETICS | VOL 54 | MARCH 2022 | 227–231 | www.nature.com/naturegenetics

T. urartu

Wild emmer wheat

PI428198 (Ling et al., 2018)

Zavitan (Avni et al, 2017)

Ae. tauschii

Durum wheat

AL8/78 (Luo et al., 2017)‘Svevo’ (Maccaferri et al., 2019)

227

Bread
d wheat (18)‘Chinese Spring’ (IWGSC, 2018)‘Norin 61’ 13
(Walkowiak et al., 2020)‘Fielder’ (Sato et al., 2021)‘Kariega’ (Athiyannan et al., 2021)‘Ranan’ (Aury et al., 2022)

Spelta wheat
PI190962 (Walkowiak et al., 2020)"Y51# # DADiploid

Tetraploid

Hexaploid

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660

2,280

3,500

!!)"(*

160

180

190

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DArTseq

GRAS-Di

DArTseq%'‘KU-2103’*‘KU-2025’*‘KU-8111’**-‘Norin 61’‘Fielder’

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Ae. tauschii
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資料3

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50

BIMONTHLY BULLETIN, VOLUME XVIII, No. 3, JAN.-FEB., 1956

資料3

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資料3

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合成倍数体
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Early prophase

Late prophase

Early metaphase

Late metaphase

Late metaphase(polar view)

Restitutive
nucleus

Late Restitutive
nucleus

Late Restitutive
nucleous

Anaphase

Telophasechromatin (blue), alpha-tubuling (green), histone H3 phosphorylated at Ser 10 (phosphoH3S10) (red)

52

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資料3

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資料3

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19

Langdon x T. pyramidale (KU-146)

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Triticum aestivum
cv. ‘Chinese Spring’

T. aestivum
cv. ‘Mace’
cv. ‘Norin 61’

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BO>
T. dicoccoides,T. dicoccum

54

T. durumT. durumcv. ‘Svevo’
cv. ‘Langdon’ cv. ‘Kronos’%‘Langdon’ 

資料3

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