バイオサイエンスデータベースセンター統合化推進プログラム「ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース」

ゲノム・疾患・医薬品のネットワーク解析
京都大学化学研究所

金久 實
2016年10月5日

トーゴーの日シンポジウム
Licensed under a Creative Commons表示4.0国際 license(c)2016金久 實（京都大学化学研究所）

KEGG MEDICUS

Molecular
Network

GenomeDiseaseDrug

KEGG Pathway Maps
Category

Type

#maps

Global/overview map

9Regular map

160

Chemical structure map

9Genetic info. processing

Regular map

22

Environmental info.
processing

Regular map

38

Cellular processes

Regular map

24

Organismal systems

Regular map

78

Human diseases

Regular map

81

Drug development

Drug structure map

75

Metabolism

Cancer23
Infect. diseases 24
Other diseases 28
Drug resistance 6

KEGG Pathway Maps

Penicillin and cephalosporin biosynthesis

Carbapenem biosynthesis

Peptidoglycan biosynthesis

Monobactam biosynthesis

Penicillin binding proteinsNon-small cell lung cancer (hsa05223)

Gefitinib (Iressa)
Erlotinib (Tarceva)

Crizotinib (Xalkori)EGFR tyrosine kinase inhibitor resistance (hsa01521)

Osimertinib(Tagrisso)

Tivantinib, etc.

Poster 54

KEGG DISEASE entry
Disease gene
CarcinogenPathogen
Environmental factor

KEGG DRUG entry
Drug–target interaction
Drug metabolism(enzyme/transporter substrate)
Drug–enzyme/transporter interaction(inhibition, induction)
Drug–biomarker relationshipHow to define network nodes
InstanceClass

GenomeGene/protein(sequence ID)

KO (K number)

Drug

Chemical entity Drug group(D number)(DG number)

Disease

Disease (H number)

Poster 53

Tightly defined KOs for antimicrobial resistance signatures

K17836beta-lactamase class A

Signature KOs

Signature modules

K18698(TEM)
K18699(SHV)K18767(CTX-M) K18797(PER)
K19097(VEB)
K19317(BEL)
K18768(KPC)K18970(GES)
K19316(IMI_SME) K18795(CARB-1)
K19218(CARB-5) K19217(CARB-17)

医薬品添付文書記載の適応症に基づく疾患の定義
KEGG DRUG

適応症（添付文書）

D01977

ゲフィチニブ

非小細胞肺癌 (EGFR遺伝子変異陽性) [DS:H00014]

EGFR遺伝子変異陽性*の手術不能又は再発非小細胞肺癌

D04023

エルロチニブ
塩酸塩

非小細胞肺癌 (EGFR遺伝子変異陽性) [DS:H00014]
膵癌 [DS:H00019]

切除不能な再発・進行性で、がん化学療法施行後に増悪した非小細胞肺癌
EGFR遺伝子変異陽性*の切除不能な再発・進行性で、がん化学療法未治療の非小細胞肺癌
治癒切除不能な膵癌D10766

オシメルチニブ
メシル酸塩

非小細胞肺癌 (EGFR遺伝子変異陽性) [DS:H00014]

EGFRチロシンキナーゼ阻害薬に抵抗性のEGFR T790M変異陽性の手術不能又は再発非小細胞肺癌

D09731

クリゾチニブ

非小細胞肺癌 (ALK融合遺伝 ALK融合遺伝子陽性の切除不能な進子陽性) [DS:H00014]
行・再発の非小細胞肺癌

D10551セリチニブ

非小細胞肺癌 (ALK融合遺伝 クリゾチニブに抵抗性又は不耐容の子陽性) [DS:H00014]
ALK融合遺伝子陽性の切除不能な進
行・再発の非小細胞肺癌*Epidermal growth factor receptor (EGFR) exon 19
deletions or exon 21 (L858R) substitution mutations

添付文書からの相互作用情報抽出
00000184 ハルシオン
併用禁忌

イトラコナゾール （イトリゾール）
フルコナゾール （ジフルカン）
ホスフルコナゾール （プロジフ）
ボリコナゾール （ブイフェンド）
ミコナゾール （フロリード）
HIVプロテアーゼ阻害剤
インジナビル （クリキシバン）
リトナビル （ノービア） 等
エファビレンツ （ストックリン）
テラプレビル （テラビック）

D00350D00322
D01429D00578DG00004
DG01647
DG00654
D00427
D00896
D09012併用注意

アルコール
中枢神経抑制剤
フェノチアジン誘導体
バルビツール酸誘導体等

DG00430
N/A
DG01905
DG01837 DG01904

併用注意

エリスロマイシン
クラリスロマイシン
ジョサマイシンシメチジン
ジルチアゼムメシル酸イマチニブ

DG00436
DG00605
DG00604
DG00017
DG00331D01441併用注意

キヌプリスチンダルホプリスチンD00852
D00853併用注意

リファンピシン

DG00639併用注意

モノアミン酸化酵素阻害剤

DG01568

KEGG DGROUP

医薬品相互作用ネット
ワークのノードを定義

Chemical DGROUP• 塩や水和状態のみが異なるほぼ同一の化合物グループ• 製品化されているのはどれかひとつの場合が多い代表的な疾患の治療薬における DGROUP

医薬品クラスの DGROUP

Chemical DGROUP

添付文書から抽出・標準化した相互作用データに基づく医薬品相互作用チェックツール

その他のツール• KEGG Mapper – Search Disease ツール(提供済み)• 新しいデータセットを用いた Pathogen
Checker ツール (提供済み)• KEGG が提供する添付文書ページに医薬品グループ名等に関するポップアップ辞書を導入予定