バクテリアゲノム配列決定
PacBioロングリードデータを用いた新規ゲノム配列解析
フルアノテーションパッケージ

お手持ちのバクテリアより抽出したゲノムDNAを対象に、PacBioのロングリードシーケンスシステムを利用した新規ゲノム配列決定を行います。
ロングリード情報を用いたアセンブルにより、高確率で1本にまとめられた染色体レベルのゲノム配列情報が得られますので、新規バクテリアのゲノム解読、ラボで保有するオリジナル菌株のリファレンスゲノム配列の決定、遺伝子データベースの構築等、幅広い用途でご利用いただけます。

活用事例）⚫ 新規に分離されたバクテリアのゲノム配列決定⚫ オリジナル保有菌株のリファレンス配列決定⚫ 各種DB登録用データ(ゲノム，アノテーション)の作成⚫ 薬剤耐性・病原性遺伝子の検索

NC_003888.3 source

1..8667507

CDS

827..1123

CDS

1252..3813

解析仕様）
使用機器
作業内容
標準解析
標準解析
標準解析

： PacBio Sequel II / Sequel IIe / Revio ※1： QC, ライブラリ作製, RAWデータ取得, 情報処理
： 1.de novoアセンブル： 2.アノテーション情報付与： 3.薬剤耐性・病原性遺伝子検索

対応ゲノムサイズ： ~10 Mbase
サンプル必要量※2 ロングリード解析は、ご提供いただくゲノムDNAの品質が重要です。
10kb以上の読み取り長に対応するよう、可能な限り分解の無い高分子DNAのご準備をお願いいたします。

Streptomyces coelicolor

ff_definition@@[organism]@@ @@[strain]@@ DNA, complete genome: @@[entry]@@transl_table

11

locus_tag

LOCUS_00010

inference

COORDINATES:ab initio prediction:MetaGeneAnnotator

codon_start1

product

hypothetical proteintransl_table

11

locus_tag

LOCUS_00020

inference

COORDINATES:ab initio prediction:MetaGeneAnnotatorinference

similar to AA sequence:RefSeq:WP_011039435.1

codon_start1producthelicase

Value

COG

Description

JTranslation, ribosomal structure and biogenesis

Organism nameXXXXXAGenome size

2,050,867

GC ratio

34.99

BD

# chromosomes

1

Y

Nuclear structure

VMetrics# plasmids

1# Genes%

163 13.07

RNA processing and modification

10.08

K

Transcription

104

8.34

LReplication, recombination and repair

64

5.13

Chromatin structure and dynamics

10.08

Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning

23

1.84

00.00

Defense mechanisms

55

4.41

T

Signal transduction mechanisms

48

3.85

Cell wall/membrane/envelope biogenesis655.21# contigs

0M
N

Cell motility

70.56# scaffolds

0Z

Cytoskeleton

00.00# rRNA genes

12# tRNA genes

77# ORFs

2,023

W

Extracellular structures

00.00

U

Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport

131.04O

Posttranslational modification, protein turnover, chaperones

483.85

X

Mobilome: prophages, transposons

231.84

C

Energy production and conversion

32

2.57

Carbohydrate transport and metabolism

132 10.59

MethodPacBio Sequel IIe

GEAmino acid transport and metabolism

1028.18

Method reads

17,429F

Nucleotide transport and metabolism

63

5.05

HCoenzyme transport and metabolism

52

4.17

Method coverage

98.38

Lipid transport and metabolism

342.73

Assembler

Canu v2.2

P

Inorganic ion transport and metabolism

47

3.77

Q

Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism

16

1.28

Coverage

98.38

R

General function prediction only

111

8.90

N50

2,041,665

SFunction unknown

43

3.45

Total-

1,247

100

I

ゲノム長、GC含量、カバレッジ情報等の統計情報、および、アノテーション情報の集計結果をまとめた General Report の出力

geneidentity(%)

chromosome1:238810-239065

-rox

78.76

RIFAMPIN

chromosome1:829910-831817

position+otr(A)

98.54

TETRACYCLINETETRACENOMYCIN

chromosome1:2543064-2544540※1 使用するシーケンサーは、解析条件に合わせて上記3機種の中から決定いたします。シーケンサーの指定はできません。

genomic DNAorganism

オートアノテーションパイプラインによるアノテーション情報付与
DDBJ登録形式に対応したファイルの出力： 10 ug以上 (50 ng/ul以上) ※2[要件]- 260/230 ≧ 2.0 ，260/280 ≧ 1.8- 電気泳動で20 kb以上にメインバンド- スメア状のバンドが無い

mol_type

strandresistance

-

tcmA

75.03

chromosome1:3966835-3967929-

vanS-Sc100

chromosome1:6688705-6689961+

mgt100

MACROLIDE

chromosome1:8345074-8346167

+

cmlV

99.75CHLORAMPHENICOL

VANCOMYCIN

ABRicateプログラムを利用した薬剤耐性遺伝子検索結果
使用DB [ NCBI, ARG-ANNOT, ResFinder ]各種オプション作業についても対応しております。詳細は裏面をご確認ください。
（ゲノムDNA抽出、Illuminaショートリードデータの追加、カスタム解析）

北海道システム・サイエンス株式会社

オプションサービス
バクテリアゲノム配列決定サービスに関連して、各種オプションサービスもご用意しております。
ご研究の内容に合わせて、是非ご活用ください。

ロングリード解析用ゲノム抽出
培養済みのバクテリアサンプルをお預かりして、弊社にて高分子DNAの抽出に対応した市販キットを用いたゲノムDNA抽出を行います。
※ ゲノム抽出の菌体必要量の目安は 2 x 109 cell/回 以上です。菌種により収量にバラつきが出る場合もございますので、同等量のチューブを複数本ご提供ください。
（グラム陽性菌は、特に収量が低い傾向がございますので、多めの本数のご準備をお願いいたします。）

Illumnaショートリードデータ取得、データ補正
ロングリードデータの取得と並行して、同じサンプルでIlluminaショートリードデータを取得し、ロングリードのみで生成したコンティグのエラー補正を行います。
アセンブルに最適なロングリードのデータと塩基単位の読み取り精度に優れるショートリードのデータを組み合わせることで、より精度の高いゲノム配列を構築することが可能です。
使用機器：

Illumina NovaSeq

必要サンプル量： PCR-Plusの場合 500 ng以上（10 ng/ul以上）
必要サンプル量： PCR-Freeの場合 4 ug以上（50 ng/ul以上）

カスタムデータ解析
標準解析で取得したゲノム配列情報を利用して、追加のデータ解析も承ります。
公共DBやお手持ちの既知ゲノム配列情報を利用したゲノム配列比較や変異領域解析、二次代謝産物クラスター解析、ANI (Average Nucleotide Identity)、複数のゲノム情報を投入した系統樹の作成 etc...

[ゲノム配列による系統樹の作成事例 ]※ 近縁種のゲノム配列を入手後、配列相同性を算出して系統樹、ヒートマップを出力。ANI値による種同定も可能です。

[ 二次代謝産物クラスター解析事例]※ antiSMASHプログラムを利用した二次代謝クラスター
検索結果

お客様のご希望に合わせたカスタム解析に柔軟に対応いたします。お気軽にお問い合わせください。

代理店

北海道システム・サイエンス株式会社〒001-0932 北海道札幌市北区新川西2条1丁目2-1
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TEL：011-768-5901
FAX：011-768-5951
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S-230703-01※ 本サービスの仕様は、予告なく変更する場合がございます。