ChIP-seq データをまるわかりにする① どこに何が結合する？

② 標的遺伝子は？

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TF
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TF
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TF

ChIP-Atlas③ 共局在パートナーは？

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④ ユーザデータの解析?

??? List(Avs

List(B

Licensed under a Creative Commons表示2.1日本lisense©2015 沖 真弥（九州大学大学院）

使用データ
ChIP-seq

DNase-seq

H. sapiens

Homo sapiens

M. musculus

Mus musculus

D. melanogaster

Drosophila
ENCODEENCODEC. elegans

RoadMap
Caenorhabditis
Others
Saccharomyces

RoadMap

S. cerevisiae
05000

10000 15000

Others
050010002015 ５月現在

計算処理

① どこに何が結合する？

?

?
?

?

データ作成

データの分類・統合

Coverage

Peak-call
Gene ABC

① どこに何が結合する？

① どこに何が結合するか？
Foxa2

Low

Ezh2 @mESC
Cebpb @LiverCtcf@KidneyHigh② 標的遺伝子は？
TF
?
TF

?
TF
?

使用データ：
全 Peak-call データ

TSS 周辺の結合を探す
Tool: BedTools

±10kb

TF 1
TF 2
TF 3
Gene AB

② 標的遺伝子は？

② POU5F1 の標的遺伝子は？
LoHi

③ 共局在パートナーは？
? ?
TF
? ?

使用データ：
全 Peak-call データ

Similarity analysis
Tool: CoLo (東大・油谷研・仲木氏)
TF 1
TF 2
TF 3
Gene ABC

③ 共局在パートナーは？

③ NANOG の共局在パートナーは？
LoHi

④ ユーザデータの解析
?

?

?
? List(Avs

List(B

使用データ：
全 Peak-call データ

Overlap enrichment を比較
Tool: BedTools

List(Avs

List(B

受け入れ可能なリスト:
Gene symbols, Bed, sequence motif

④ ユーザデータの解析

肝臓特異的遺伝子リスト

その他の遺伝子LSD1 ChIP peaks.bed

ランダム.bed

TCTCGCGAGA motif

TCTCTCGAGA motif

④ ユーザデータの解析
肝臓特異的発現する遺伝子に enrich するタンパク質

C2C12 における LSD1ChIP peaks にenrich するタンパク質4. "7,117      
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43, "    2)6=430*-0)64)1(78 " 43, "   
6,(78  
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97*1, 
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144+  '"
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144+!
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43,!$ 

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0:,6,5
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0:,6,5
0:,6,5
0:,6,5
0:,6,5
0:,6,5
0:,6,5
0:,6,5
0:,6,5
0:,6,5
0:,6,5
0:,6,5# &"  0:,6,5 

4. TCTCGCGAGA モチーフに enrich するタンパク質"74. ,117

 メタデータのクレンジング+ シーケンス 生データ+ メタデータ


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 

抗原：Pou5f1
細胞：Embryonic Stem Cells

メタデータのクレンジング
表記ゆれの統一
抗原名

細胞名

OCT4
Oct4
Oct4(N-19)(sc-8628), Santa Cruz
anti-Oct4 (Abcam, ab19857)
POU5F1_(SC-9081)

ES cell culture
Embryonic Stem Cell
Embryonic Stem Cells (ESCs)
Embryonic Stem cells
Embryonic stem cell
Embryonic stem cells
ESC
V6.5 mES cells
embryonic stem cells
mouse embryonic stem cells

Pou5f1

Embryonic stem cellsメタデータのクレンジング
%-.,%

8:9  ,,

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   

任意の属性値でデータ抽出が可能。