Instrucciones de uso

LymphoTrack® Dx Software – MiSeqTM Versión 2.4.3
Este paquete de software se suministra con todos los ensayos LymphoTrack Dx para el instrumento Illumina MiSeq de análisis
de archivos *.fastq sin formato. El software está compuesto por tres elementos: la aplicación de análisis de datos
LymphoTrack, el complemento LymphoTrack Reporter, que se ejecuta automáticamente después del análisis, y el método devisualización opcional LymphoTrack, que consta de cuatro hojas de cálculo .xlsm de Microsoft Excel®. El software se ejecuta en
plataformas compatibles de Microsoft Windows®.
Este paquete de software permite analizar la clonalidad de datos de dianas únicas o múltiples (IGHV Leader [o “Leader”], IGH
FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB o TRG); además, proporciona el estado de hipermutación somática de las muestras procesadas
con los ensayos Leader o IGH FR1.
Para uso diagnóstico in vitro.

Compatibilidad del producto
Este LymphoTrack Dx Software – MiSeq (los siguientes ensayos de Invivoscribe:
N.º de catálogo

95000009) se ha desarrollado específicamente y es compatible únicamente con

Descripción

91210059

LymphoTrack Dx IGHV Leader Somatic Hypermutation Assay Kit A – MiSeq

00850052003814

91210069

LymphoTrack Dx IGHV Leader Somatic Hypermutation Assay Panel – MiSeq

00850052003821

91210009

LymphoTrack Dx IGH FR1 Assay Kit A – MiSeq

00850052003647

91210039

LymphoTrack Dx IGH FR1 Assay Panel – MiSeq

00850052003654

91210089

LymphoTrack Dx IGH FR2 Assay Kit A – MiSeq

00850052003838

91210099

LymphoTrack Dx IGH FR2 Assay Panel – MiSeq

00850052003845

91210109

LymphoTrack Dx IGH FR3 Assay Kit A – MiSeq

00850052003852

91210119

LymphoTrack Dx IGH FR3 Assay Panel – MiSeq

00850052003869

91210129

LymphoTrack Dx IGH FR1/2/3 Assay Kit A – MiSeq

00850052003876

91210139

LymphoTrack Dx IGH FR1/2/3 Assay Panel – MiSeq

00850052003883

91220009

LymphoTrack Dx IGK Assay Kit A – MiSeq

00850052003906

91220019

LymphoTrack Dx IGK Assay Panel – MiSeq

00850052003913

92270019

LymphoTrack Dx TRG Kit A – MiSeq

00850052003678

92270009

LymphoTrack Dx TRG Panel – MiSeq

00850052003661

92250009

LymphoTrack Dx TRB Kit A – MiSeq

00850052003937

92250019

LymphoTrack Dx TRB Panel – MiSeq

00850052003944

95000009

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

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Uso previsto
El paquete LymphoTrack Dx Software – MiSeq se ha diseñado para el análisis de datos bioinformáticos y la visualización dearchivos *.fastq sin formato procedentes del instrumento Illumina MiSeq cuando este se usa con ensayos LymphoTrack Dx.

Requisitos mínimos del sistemaProcesador: se recomienda una CPU con Intel Core 2 Duo o superior.

Disco duro: se requieren al menos 80 GB de espacio libre en disco; se recomiendan 250 GB.



RAM: se necesitan 4 GB; se recomiendan 8 GB o más.



Sistema operativo: es necesario disponer de Windows 10 (64 bits).

Java 8 para sistemas operativos de 64 bits (si se configura Java para sistemas operativos de 32 bits, no será compatible con
LymphoTrack Dx Software – MiSeq). Puede descargar la versión más reciente de Java directamente de Oracle; para ello,
visite http://www.java.com/.



Lector de archivos *.pdf, como Adobe Acrobat Reader, para visualizar los informes de datos generados por LymphoTrack
Reporter.

Microsoft Office Excel 2007, 2010 o 2013 con la función de macros habilitada para la visualización de datos.

Unidad de CD-ROM.



LymphoTrack Dx Software – MiSeq v2.4.3 está validado para su uso con Windows 10 en inglés (Estados Unidos) con el
tamaño de pantalla predeterminado y con Microsoft Excel 2007/2010/2013 para la visualización de otros datos. El uso deotras versiones de Windows/Excel o de configuraciones de idioma/tamaño de pantalla diferentes podría no sercompatible.

Advertencias y precauciones













Tamaño de pantalla predeterminado. La resolución de pantalla óptima para LymphoTrack Dx Software – MiSeq es del
100 %. Una configuración de tamaño de pantalla superior al 100 % puede afectar a la presentación del texto en la interfaz
de usuario.
Fuente del sistema. La interfaz de usuario se ha diseñado para usar los ajustes predeterminados de fuente del sistema en
un equipo con Windows en inglés (EE. UU.). La modificación de los ajustes de fuente del sistema o el uso de una
configuración regional de idioma distinta del inglés (EE. UU.) pueden afectar a la presentación del texto en la interfaz deusuario.
Archivos compatibles. LymphoTrack Dx Software – MiSeq es compatible con los archivos*.fastq.gz generados por elsoftware MiSeq Reporter. LymphoTrack Dx Software – MiSeq no es compatible con los archivos *.fastq.gz generados por
el software *.Bcl2fastq.
Ajuste del adaptador. Al crear hojas de muestras de MiSeq, es necesario seleccionar  esta opción para que los archivos*.fastq.gz generados se ajusten al adaptador.
Configuración de suspensión o hibernación. Considere deshabilitar las funciones de suspensión e hibernación antes deejecutar la aplicación de análisis de datos de LymphoTrack Dx. Si se activa el modo de suspensión o hibernación, el
software podría dejar de funcionar.
Caracteres en nombres de rutas de acceso y archivos. 1) Evite usar espacios en los nombres de las rutas de acceso a losarchivos de datos o al software (las rutas de acceso incluyen nombres de carpetas y archivos); no se permite más de unespacio consecutivo. 2) Es importante que los nombres de los archivos solo contengan los caracteres siguientes: A-Z, a-z,
0-9, ., y - (guion). El software puede fallar si detecta caracteres distintos a estos. Asegúrese de usar esta nomenclaturapara las muestras al configurar las hojas de muestras de MiSeq. 3) Los nombres de las rutas de acceso no deben tenermás de 255 caracteres. Las muestran que generan nombres de archivo cercanos a este límite son complicadas de copiar
en otras ubicaciones.
Las muestras duplicadas deben tener un nombre exclusivo. Al etiquetar muestras, utilice nombres e identificadoresúnicos. Si se procesan muestras por duplicado, pueden nombrarse “Muestra1a” y “Muestra1b”. Si no utiliza nombres
exclusivos para las muestras analizadas a la vez en una misma celda de flujo, el software solo analizará una de lasmuestras en el proceso de análisis.

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Instalación del software
1.1.
1.2.

Copie el archivo LymphoTrackDxMiSeq2.4.3.zip del CD del software en una unidad local de su equipo. Instale elsoftware únicamente en una unidad local, no en una unidad de red. Si ejecuta el software a través de una conexiónde red, puede que no funcione correctamente.
Descomprima el archivo que copió en la unidad local en el paso anterior. Para ello, haga clic con el botón secundario
en el archivo y seleccione Extract All (Extraer todo) en el menú contextual.
Al descomprimir el archivo, se crea una carpeta denominada LymphoTrackDxMiSeq2.4.3.

Ejecución del software de análisis de datos
2.1.
2.2.

2.3.
2.4.
2.5.
2.6.

Identifique los archivos *.fastq.gz pair end con ajuste de adaptador que desee analizar. Estos archivos se encuentran
en la carpeta de la serie de MiSeq y son los archivos *.fastq.gz que se usan como entrada para la aplicación de análisis
de datos LymphoTrackDxMiSeq. Los archivos Undetermined_*.fastq.gz no son necesarios para el análisis.
Copie los archivos *.fastq.gz indicados arriba en una carpeta vacía del equipo. Descargue estos archivos en el mismo
equipo local en el que ha instalado el software LymphoTrack Dx. La unidad en la que se encuentre esta carpeta debe
tener al menos 80 GB de espacio libre. Esta será la <input_folder> (<carpeta_de_entrada>) a la que se hacereferencia en el software a continuación.
Haga doble clic en el archivo startLymphoTrackDxMiSeq de la carpeta LymphoTrackDxMiSeq2.4.3 copiada en elequipo durante la instalación.
Lea el acuerdo de licencia. Haga clic en el botón Accept (Aceptar) para aceptar los términos de la licencia ycontinuar.
Seleccione el modo de análisis deseado mediante las casillas de verificación Choose analysis mode(s) (Seleccionar
modos de análisis). El modo de análisis debe corresponder al tipo de datos del análisis (Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH
FR3, IGK, TRB o TRG).
Seleccione el separador decimal que desee utilizar en Choose decimal mark (Seleccionar marca decimal). Se trata deun campo obligatorio que afectará a las macros de visualización de datos de Microsoft Excel más adelante.
Las opciones de separación decimal son el punto (“.”) y la coma (“,”).
¡IMPORTANTE!

Separador decimal. Para determinar qué opción debe elegir, abra una hoja de cálculo de Excelnueva y escriba =10000 en la celda A1. Haga clic con el botón derecho en esta celda
y seleccione Format Cells (Formatear celdas).
 Busque en la lista Category (Categoría) de la pestaña Number (Número) el campo Number(Número). A la derecha, ajuste el valor Decimal Places (Separadores decimales) en 2.
 Debajo se encuentra la casilla de verificación Use 1000 Separator (Usar separador demiles). Marque esta casilla y eche un vistazo al número que introdujo a modo de ejemplo.
Podrá ver el número introducido originalmente, pero formateado según los valores
predeterminados de Excel para números con separador decimal.
 Si el número aparece como “10,000.00”, seleccione la opción decimal point (punto
decimal). Si el número aparece como “10.000,00”, seleccione la opción decimal comma(coma decimal).

2.7.

Haga clic en el botón Browse (Examinar) para elegir una carpeta de entrada. Esta es la <input_folder> ya
mencionada y contiene los archivos que se desean analizar. Al seleccionar la carpeta de entrada, esta aparecerá
vacía.
¡IMPORTANTE!

2.8.

La <input_folder> seleccionada no debe contener ningún archivo de muestra con el mismo
nombre que la carpeta de entrada. Si el programa se ejecuta con una muestra que comparta elmismo nombre de archivo que la carpeta que se proporcionó como entrada para la
funcionalidad de análisis, el programa se congelará y el tiempo de ejecución del análisis
aumentará significativamente (es decir, tomará 30 minutos procesar una pequeña muestra que
normalmente tarda unos segundos en procesarse).

Una vez seleccionada la <input_folder> y el modo de análisis, haga clic en el botón Launch Program (Iniciar
programa).

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2.9.

Estado del análisis. Tras hacer clic en el botón Launch Program (Iniciar programa), la ventana principal mostrará elestado del programa. Cuando el programa haya terminado de analizar los archivos de datos de entrada, la ventana
principal mostrará el mensaje Analysis is complete… (Análisis finalizado...) junto a la ubicación de la carpeta de salida.
Además, le pedirá que abra la hoja de cálculo Data Visualization (Visualización de datos) de Excel adecuada. Puede
iniciar un nuevo análisis desde la ventana principal del programa tan pronto como concluya el análisis anterior.
¡IMPORTANTE!

Duración del análisis. El número y tamaño de las muestras analizadas, el modo de análisis y elhardware del equipo determinan el tiempo necesario para ejecutar el programa. Una
distribución de lectura típica para una serie de 24 muestras es de 200 000 a 1 millón de lecturas
por muestra. Estos números pueden cambiar en las futuras versiones de la plataforma MiSeq.
El análisis normal de una sola muestra de IGHV Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB o
TRG requiere 1-2 minutos. Para completar el análisis de una serie de 24 muestras sin combinar
de Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB o TRG son necesarios 25-50 minutos
aproximadamente. Para completar el análisis de una serie de 24 muestras combinadas deLeader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB o TRG se debe multiplicar el tiempo de análisis por
el número de dianas analizadas.

2.10.

Carpetas de salida. En función del modo de análisis seleccionado, se crearán una o más carpetas de salida en la<input_folder> que contiene los archivos originales *.fastq o *.fastq.gz. La Tabla 1 recoge la relación existente
entre el modo de análisis y el nombre de las carpetas de salida.
Tabla 1. Nombre de la carpeta de salida de acuerdo con el modo de análisis

2.11.

2.12.

Modo de análisis

Nombre de la carpeta de salida

LeaderLEADER_output (LEADER_salida)

IGH FR1

IGH_FR1_output (IGH_FR1_salida)

IGH FR2

IGH_FR2_output (IGH_FR2_salida)

IGH FR3

IGH_FR3_output (IGH_FR3_salida)

TRB

TRB_output (TRB_salida)

TRG

TRG_output (TRG_salida)

IGK

IGK_output (IGK_salida)

Cualquier combinación de:
Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB y TRG

De dos a siete carpetas de salida con los nombres
indicados arriba

Si el programa termina su ejecución correctamente, la carpeta de salida contendrá varios archivos *.tsv y un archivo*.pdf por cada muestra procesada. En las tablas que figuran a continuación, el signo “*” representa el nombre de lamuestra, según se ha introducido en la hoja de muestras, seguido de información específica de la plataforma (p.
ej., samplename_S1_L001_001_combined).
En cuanto a los análisis de Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, TRB e IGK, consulte la Tabla 2 para obtener más
información sobre los nueve archivos que se generan para cada muestra.

Tabla 2. Descripción de los archivos de salida de IGH, TRB e IGK

Análisis de Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, TRB e IGK*.fastq_read_summary_merged_top10_
searchtop500.tsv(resumen_lectura_combinada_*.fastq_10_pri
ncipales_ buscar_500_principales.tsv)*.fastq_unique_reads.tsv (.lecturas
individuales_*fastq.tsv)*.fastq_CDR3_unique_reads.tsv(.lecturas_individuales_*fastq_CDR3.tsv)

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

Presenta el mismo formato que el archivo read_summary (resumen_lectura) pero recoge únicamentelas 10 lecturas más comunes del archivo read_summary (resumen_lecturas) combinadas con las 500
lecturas más comunes. Se combinan entre sí solo aquellas lecturas que se diferencian por 1 o 2nucleótidos (nt); la lectura más frecuente mantiene la identidad de la secuencia, mientras que lelectura menos frecuente se añade a la anterior.
Archivo *.fastq con secuencias únicas ordenadas por recuento.
Archivo *.fastq con las secuencias putativas de CDR3 del archivo *.fastq_unique_reads (lecturas
individuales_*.fastq).

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Tabla 2. Descripción de los archivos de salida de IGH, TRB e IGK

Análisis de Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, TRB e IGK*.fastq_VJ_sequence_frequency_family. tsv(frecuencia_secuencia_familia_*.fastq_VJ. tsv)*.fastq_read_summary.tsv(resumen_de_lecturas_de_*.fastq.tsv)

Cada familia es una agrupación de posibles recombinaciones situadas en una región V o J concreta,
como la familia V1 o la familia J4. Dentro de la familia V1 se puede encontrar cualquier número derecombinaciones, como V1-69 y V1-8. Este archivo incluye una lista de todas las posibles
recombinaciones de la familia V-J, cada una de ellas con una lista de lecturas ordenada (del % más
alto al más bajo). Este archivo tiene un mejor uso en un gráfico “apilado” de Excel.
Contiene una lista con las 200 secuencias únicas más comunes ordenadas por recuento (número delecturas) e indica:
En qué recombinación V-J encaja mejor cada una
Tamaño% real de lecturas totales% acumulado de lecturas totales

Hasta qué punto la lectura abarca el gen V identificado como diana por los cebadores (%)(IGH/IGK y TRB)Secuencia putativa de CDR3
Leader e IGH FR1 también contienen:Tasa de mutación para el gen V parcial (%)
Leader, IGH FR1, IGH FR2 e IGH FR3 también contienen:
La predicción de que el reordenamiento se ajuste in-frame (Y/N/n/a) (S/N/N. P.). Si no
puede indicarse el uso del segmento genético V o J debido a la mala calidad de laalineación, el software no podrá predecir si el gen se ajusta in-frame, por lo que elresultado será n/a (N. P.).

La predicción de que el reordenamiento no contenga el codón de parada (Y/N) (S/N). Si no
se puede realizar la predicción de ajuste in-frame, no se podrá indicar con precisión lapresencia del codón de parada.

*.fastq_read_summary_family.tsv(frecuencia_secuencia_familia_*.fastq.tsv)

Contiene una lista de secuencias únicas ordenadas en función del número de lecturas e indica:
En qué recombinación de la familia V-J encaja mejor cada una
Tamaño% real de lecturas totales% acumulado de lecturas totales

Hasta qué punto la lectura abarca el gen V identificado como diana por los cebadores (%)(IGH/IGK)
Secuencia putativa de CDR3
Leader e IGH FR1 también contienen:Tasa de mutación para el gen V parcial (%)
Leader, IGH FR1, IGH FR2 e IGH FR3 también contienen:
La predicción de que el reordenamiento se ajuste in-frame (Y/N/n/a) (S/N/N. P.)
La predicción de que el reordenamiento no contenga el codón de parada (Y/N) (S/N)*.fastq_VJ_usage.tsv (uso_*.fastq_VJ.tsv)*.fastq_VJ_usage_family.tsv(uso_familia_*.fastq_VJ.tsv)*<timestamp>.pdf (*<hora>.pdf)

Nota:
Nota:
Nota:

Matriz de recuento y matriz de % de distintas recombinaciones V-J.
Matriz de recuento y matriz de % de distintas recombinaciones de familias V-J.
Informe en formato *.pdf generado por LymphoTrack Reporter con datos similares a los del archivo“merged read summary” (resumen de lecturas combinadas), el archivo “read summary” (resumen delecturas), el gráfico “V-J usage” (Uso de V-J) y el gráfico “V-J sequence frequency” (Frecuencia de lasecuencia V-J). Consulte el apartado 3Visualización de datos mediante LymphoTrack Reporter(automático, recomendado) para obtener más información.

El análisis de IGK incluye información sobre otros elementos del locus de IGK implicados en las recombinaciones (IGKINTR e IGKDEL).
El análisis de TRB incluye información sobre otros elementos del locus de TRB implicados en las recombinaciones de la región D-J.
La “Putative CDR3 sequence” (Secuencia putativa de CDR3) se determina haciendo coincidir una definición exacta de una secuencia de CDR3.
Cualquier mutación de los puntos de anclaje o alteración del marco de lectura dará lugar a un valor “not found” (no encontrado).

 En cuanto al análisis de TRG, consulte la Tabla 3 para obtener más información sobre los siete archivos que se
generan para cada muestra.

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Tabla 3. Descripción de los archivos de salida de TRG
Análisis de TRG*.fastq_read_summary.tsv(resumen_de_lecturas_de_*.fastq.tsv)*.fastq_read_summary_merged_top10_
searchtop500.tsv(resumen_lectura_combinada_*.fastq_10_
principales_ buscar_500_principales.tsv)*.fastq_unique_reads.tsv(.lecturas individuales_*fastq.tsv)

Contiene una lista de secuencias únicas ordenadas en función del número de lecturas e indica:
En qué recombinación V-J encaja mejor cada una
Tamaño% real de lecturas totales% acumulado de lecturas totales
Secuencia putativa de CDR3
Presenta el mismo formato que el archivo read_summary (resumen_lectura) pero recoge únicamentelas 10 lecturas más comunes del archivo read_summary (resumen_lecturas) combinadas con las 500
lecturas más comunes. Dos lecturas se combinan entre sí solo si se diferencian en 1 o 2 nucleótidos; lalectura más frecuente mantiene su identidad de secuencia, mientras que la lectura menos frecuente se
añade a la más frecuente.
Archivo *.fastq con secuencias únicas ordenadas por recuento.

*.fastq_CDR3_unique_reads.tsv(.lecturas_individuales_*fastq_CDR3.tsv)

Archivo *.fastq con las secuencias putativas de CDR3 del archivo *.fastq_unique_reads (lecturas
individuales_*.fastq).

*.fastq_VJ_sequence_frequency.tsv(frecuencia_secuencias_*.fastq_VJ.tsv)

Una lista de todas las posibles recombinaciones V-J, cada una de ellas con una lista de lecturas ordenada(del % más alto al más bajo). El primer número representa el % del total de lecturas en las que se tiene
en cuenta la primera lectura única de todas las lecturas secuenciadas. Este archivo tiene un mejor uso
en un gráfico “apilado” de Excel.

*.fastq_VJ_usage.tsv (uso_*.fastq_VJ.tsv)

Matriz de recuento y matriz de % de distintas recombinaciones V-J.

*<timestamp>.pdf (*<hora>.pdf)

Informe en formato *.pdf generado por LymphoTrack Reporter con datos similares a los del archivo“merged read summary” (resumen de lecturas combinadas), el archivo “read summary” (resumen delecturas), el gráfico “VJ usage” (Uso de V-J) y el gráfico “VJ sequence frequency” (Frecuencia de lasecuencia V-J). Consulte el apartado 3 Visualización de datos mediante LymphoTrack Reporter(automático, recomendado) para obtener más información.

Nota:

La “Putative CDR3 sequence” (Secuencia putativa de CDR3) se determina haciendo coincidir una definición exacta de una secuencia de CDR3.
Cualquier mutación de los puntos de anclaje o alteración del marco de lectura dará lugar a un valor “not found” (no encontrado).

2.13.

Las carpetas de salida contienen los informes en formato *.pdf y los archivos de datos de salida en formato *.tsv.
Los archivos en formato *.tsv se pueden usar como entradas de las hojas de cálculo de visualización de datos.

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

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Visualización de datos mediante LymphoTrack Reporter (automático,
recomendado)
3.1.

Al finalizar el análisis, se genera de forma automática un informe en *.pdf para cada muestra. El nombre del informe
coincide con el nombre de la muestra en la hoja de muestras y contiene, además, datos específicos de la plataforma
y una marca de tiempo (DDMMAAhhmmss).
¡IMPORTANTE!

3.2.

3.3.

Preste atención al guardar el informe en formato *.pdf: en función del programa que utilicepara abrir archivos *.pdf, podrá editar una o más columnas. NO realice cambios en ninguna
parte del archivo *.pdf. Si sospecha que el archivo *.pdf se ha modificado, NO lo guarde. Si
cree que se ha podido guardar algún cambio, vuelva a ejecutar el análisis y genere un nuevo
informe en formato *.pdf.

La primera página del informe en formato *.pdf incluye un valor Index Q30 (Índice Q30). Este valor se calcula como elporcentaje de las bases que tienen una puntuación de calidad de 30 o superior, pero solo a partir de las lecturas
asignadas a un índice después del ajuste. Este valor se puede usar para determinar si el índice cumple las
especificaciones estándar de Illumina. En algunos casos, la puntuación Q30 proporcionada por el secuenciador para
una serie subestimará la calidad de la serie debido al recuento de secuencias sin determinar y a las regiones sinajustar a Q30. Las regiones sin determinar y sin ajustar suelen ser de menor calidad y no contribuyen al análisis
posterior de LymphoTrack.
La primera página del informe en formato *.pdf recoge la tabla de resultados del merged read summary (resumen delecturas combinadas), así como los gráficos de resultados de V-J Sequence Frequency (Frecuencia de la secuencia V-J)
y V-J Usage (Uso de V-J). Las páginas restantes contienen una tabla con los resultados del read summary (resumen delecturas) sin combinar. La Tabla 4 detalla el contenido de dichas páginas:

Tabla 4. Descripción del contenido del informe en formato *.pdf

Archivo *.pdf generado por LymphoTrack Reporter

Read Summary (Resumen de lecturas)

Contiene una lista con las 200 secuencias únicas más comunes ordenadas por recuento e indica:•
En qué recombinación V-J encaja mejor cada secuenciaoSecuenciaoTamaño de la secuenciao% real de lecturas totales•% acumulado de lecturas totales en las 200 lecturas más comunesoHasta qué punto la lectura abarca el gen V identificado como diana por los cebadores (%)(IGH/IGK)oSecuencia putativa de CDR3
Leader e IGH FR1 también contienen:•
Tasa de mutación para el gen V parcial (%)
Leader, IGH FR1, IGH FR2 e IGH FR3 también contienen:•
La predicción de que el reordenamiento se ajuste in-frame (Y/N/n/a) (S/N/N. P.). Si no puede
indicarse el uso del segmento genético V o J debido a la mala calidad de la alineación, el softwareno podrá predecir si el gen se ajusta in-frame, por lo que el resultado será n/a (N. P.).
La predicción de que el reordenamiento no contenga el codón de parada (Y/N) (S/N). Si no se puede
realizar la predicción de ajuste in-frame, no se podrá indicar con precisión la presencia del codón deparada.

Merged Read Summary (Resumen delecturas combinadas)

Presenta el mismo formato que la hoja de cálculo Read Summary (Resumen de lecturas), pero solo
abarca las 10 lecturas más comunes tras la combinación con las 500 más comunes solo si las lecturas sediferencian en 1 o 2 nucleótidos. Además, la puntuación Q30 del índice se muestra debajo de Total ReadCount (Recuento total de lecturas).

V-J Sequence Frequency Graph (Gráfico
de frecuencia de las secuencias V-J)

Se trata de un histograma que recoge las 200 frecuencias de secuencia más comunes de cadarecombinación de familias V-J (para IGH/IGK y TRB) o de genes V-J (para TRG).

V-J Usage Graph (Gráfico de uso de V-J)

Se trata de un gráfico de barras tridimensional que recoge el uso de familias V-J en las 200 secuencias
más comunes (para IGH/IGK y TRB) o de genes V-J en todas las secuencias (para TRG).

Nota:
Nota:
Nota:

La Putative CDR3 sequence (Secuencia putativa de CDR3) se determina haciendo coincidir una definición exacta de una secuencia de CDR3. Cualquiermutación de los puntos de anclaje o alteración del marco de lectura dará lugar a un valor “not found” (no encontrado).
El análisis de IGK incluye información sobre otros elementos del locus de IGK implicados en las recombinaciones (IGKINTR e IGKDEL).
El análisis de TRB incluye información sobre otros elementos del locus de TRB implicados en las recombinaciones de la región D-J.

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

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Visualización de datos (manual): ejecución de las hojas de cálculo devisualización de datos de Excel (desaconsejado)
4.1.

Revise la configuración de seguridad de Microsoft Excel para asegurarse de que esté habilitado el uso de macros: Excel 2007: haga clic en el botón de Office y seleccione Excel Options (Opciones de Excel).
 Excel 2010/2013: haga clic en File (Archivo) y, a continuación, en Options (Opciones).
 En la ventana Options (Opciones), haga clic en Trust Center (Centro de confianza) y, a continuación, en TrustCenter Settings... (Configuración del Centro de confianza).
 Haga clic en Macro Settings (Configuración de macros) y configure el nivel de seguridad adecuado para las
macros. Se recomienda seleccionar la opción Disable all macros with notification (Deshabilitar todas las macros
con notificación).
 Haga clic en Ok (Aceptar). A continuación, vuelva a hacer clic en Ok (Aceptar).
 Salga de Excel.

4.2.

Abra la hoja de cálculo de visualización de datos. Para ello, haga doble clic en el archivo correspondiente. Encontrará
los archivos de visualización en la carpeta LymphoTrackDxMiSeq_2.4.3, copiada previamente en el equipo desde el
CD del software:





4.3.

LymphoTrackDxIGHVisualization.xlsm para Leader, IGH FR1, IGH FR2 e IGH FR3
LymphoTrackDxIGKVisualization.xlsm para IGK
LymphoTrackDxTRBVisualization.xlsm para TRB
LymphoTrackDxTRGVisualization.xlsm para TRG

Es posible que aparezca el siguiente mensaje al abrir el archivo: Security Warning - Macros have been disabled(Advertencia de seguridad: Las macros se han deshabilitado).
 Excel 2007: haga clic en el botón Options... (Opciones...), situado a la derecha de la advertencia, y seleccione
Enable this content (Habilitar este contenido). A continuación, haga clic en Ok (Aceptar).
 Excel 2010/2013: haga clic en el botón Enable Content (Habilitar contenido).
La macro de visualización de los datos se iniciará de forma automática.

4.4.
4.5.

4.6.
4.7.
4.8.

Aparecerá el contrato de licencia. Debe aceptar el contrato de licencia para poder usar el software.
Después de aceptar el contrato de licencia, se abrirá un cuadro de diálogo con el mensaje: Please select the Read
Summary file for the sample you want (Seleccione el archivo de resumen de lecturas de la muestra que desee).
La macro solo permite visualizar los datos de una muestra cada vez, por lo que este procedimiento deberá repetirsepara cada muestra que se desee visualizar.
Busque la carpeta de salida creada por la aplicación de análisis de datos que contiene los datos para visualizar.
Seleccione el archivo *.fastq_read_summary (resumen_de_lecturas_de_*.fastq) de la muestra que desea examinar.
Haga clic en el botón Open (Abrir).
La macro cargará los archivos de datos de la muestra seleccionada y creará varias hojas de cálculo con distintas vistas
de los datos. El sistema tardará más o menos en cargar los archivos en función del tamaño de la muestra y delhardware del equipo.
¡IMPORTANTE!

El software de visualización no puede mostrar más de 1 048 576 filas de datos por hoja debido
a las limitaciones de Microsoft Excel. Si alguno de los archivos de salida del análisis de datos dela muestra actual contiene más filas, solo se mostrarán las 1 048 576 primeras.
Si se alcanza dicho límite, aparecerá un mensaje para indicar qué hojas están afectadas por
esta limitación. Haga clic en OK (Aceptar) para continuar.
Aunque no se puedan mostrar todos los datos, los gráficos no se verán afectados y seguirán
siendo precisos.

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

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Página 9 de 15¡IMPORTANTE!

Los gráficos se generan dando por hecho que la dirección de visualización se ha configurado en
Left-to-right (Izquierda a derecha). En los países en los que la dirección normal de lectura es
de derecha a izquierda, la configuración predeterminada de Excel puede no ser compatible y es
posible que los gráficos no se generen correctamente. Para solucionar esto, cambie la opciónde visualización de Excel a Left-to-right (Izquierda a derecha). Para ello, seleccione Office >Excel Options (Opciones de Excel) en Excel 2007 o File > Options (Archivo > Opciones) en Excel
2010/2013. Seleccione Advanced (Opciones avanzadas) y desplácese hasta el apartado Display(Mostrar). Cambie la opción Default direction (Dirección predeterminada) a Left-to-right(Izquierda a derecha) y haga clic en OK (Aceptar). La próxima vez que abra Excel, las hojas decálculo se leerán de izquierda a derecha y el software de visualización generará los gráficoscorrectamente.
Si tiene este problema y necesita más ayuda, póngase en contacto con el servicio técnico deInvivoscribe llamando al +1 (858) 224-6600, de lunes a viernes de 07:00 a 17:00 PST/PDT,o enviando un correo electrónico a support@invivoscribe.com.

4.9.
4.10.

Si aparece algún mensaje sobre Complex Formatting (Formato complejo), haga clic en Yes (Sí).
Guardado del archivo de visualización. Cuando termine de procesarse el archivo, aparecerá un mensaje que leindicará que se ha completado el procesamiento. Es muy recomendable guardar el archivo en este punto.

¡IMPORTANTE!

4.11.
4.12.

Al guardar el archivo, asegúrese de seleccionar Save As (Guardar como) y elegir Excel
Workbook (Libro de Excel) (*.xlsx o *.xls), ya que si selecciona Save (Guardar) o hace clic en elbotón del disco, reemplazará la macro *.xlsm por este libro de Excel. En tal caso, tendrá quevolver a instalar la macro desde el CD del software para realizar análisis posteriormente.

Si aparece algún mensaje de advertencia acerca de guardar como libro sin macros, haga clic en Yes (Sí).
El libro de Excel completo para Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB y TRG incluirá las ocho hojas de cálculo
que se describen en la Tabla 5.

Tabla 5. Hojas de cálculo del archivo de salida de Excel

Libro de Excel completo para Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB y TRG

Read Summary (Resumen de lecturas)

Contiene una lista con las 200 secuencias únicas más comunes ordenadas por recuento e indica:
En qué recombinación V-J encaja mejor cada secuencia
Secuencia
Tamaño de la secuencia
% real de lecturas totales% acumulado de lecturas en todas las lecturas (solo TRG)% acumulado de lecturas en las 200 lecturas más comunes (IGH/IGK y TRB)
Hasta qué punto la lectura abarca el gen V identificado como diana por los cebadores(%) (IGH/IGK)Secuencia putativa de CDR3
Leader e IGH FR1 también contienen:Tasa de mutación para el gen V parcial (%)
Leader, IGH FR1, IGH FR2 e IGH FR3 también contienen:
La predicción de que el reordenamiento se ajuste in-frame (Y/N/n/a) (S/N/N. P.). Si no
puede indicarse el uso del segmento genético V o J debido a la mala calidad de laalineación, el software no podrá predecir si el gen se ajusta in-frame, por lo que elresultado será n/a (N. P.). La predicción de que el reordenamiento no contenga el codónde parada (Y/N) (S/N). Si no se puede realizar la predicción de ajuste in-frame, no se podrá
indicar con precisión la presencia del codón de parada.
Secuencia putativa de CDR3

Merged Read Summary (Resumen delecturas combinadas)

Presenta el mismo formato que la hoja de cálculo Read Summary (Resumen de lecturas), pero solo
abarca las 10 lecturas más comunes tras la combinación con las 500 más comunes solo si las lecturas
se diferencian en 1 o 2 nucleótidos.

VJ Sequence Frequency Graph (Gráfico
de frecuencia de las secuencias V-J)

Se trata de un histograma que recoge las 200 frecuencias de secuencia más comunes de cadarecombinación de familias V-J (para IGH/IGK y TRB) o de genes V-J (para TRG).

VJ Usage (Uso de V-J)

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

Se trata de los recuentos sin procesar y las frecuencias de las 200 recombinaciones más comunes delas familias V-J (para IGH/IGK y TRB) o de los genes V-J (para TRG).
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Tabla 5. Hojas de cálculo del archivo de salida de Excel

Libro de Excel completo para Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB y TRG
VJ Usage Percent Graph (Gráfico deporcentaje de uso de V-J)

Se trata de un gráfico tridimensional que recoge las 200 frecuencias de secuencia más comunes decada recombinación de las familias V-J (para IGH/IGK y TRB) o de los genes V-J (para TRG).

VJ Usage Raw Graph (Gráfico bruto de
uso de V-J)

Se trata de un gráfico tridimensional que recoge los 200 recuentos sin procesar más comunes de cadarecombinación de las familias V-J (para IGH/IGK y TRB) o de los genes V-J (para TRG).

VJ Sequence Frequency (Frecuencia de lasecuencia V-J)

Se trata de un gráfico de barras apiladas de todas las posibles recombinaciones de las familias V-J(para IGH/IGK y TRB) o de los genes V-J (para TRG), cada una con una lista ordenada de las 200
lecturas más comunes (de mayor a menor %).

Unique Reads (Lecturas individuales)
Nota:

Nota:
Nota:
Nota:
Nota:

Archivo *.fastq con secuencias únicas ordenadas por recuento.

IGH en la lista de la tabla anterior hace referencia a los análisis de Leader, IGH FR1, IGH FR2 e IGH FR3. Los gráficos de frecuencia de estas
dianas génicas solo especifican IGH en el título. La carpeta de salida de datos indica si el software ha analizado Leader o una de las regiones
marco (FR). Esta información aparece en el campo de ubicación del archivo de datos situado en la parte superior de la hoja de cálculo Read
Summary (Resumen de lecturas).
El análisis de IGK incluye información sobre otros elementos del locus de IGK implicados en las recombinaciones (IGKINTR e IGKDEL).
El análisis de TRB incluye información sobre otros elementos del locus de TRB implicados en las recombinaciones de la región D-J.
Acerca de las 200 más comunes: si se especifica, las hojas de cálculo muestran las secuencias más comunes (hasta 200) para Leader, IGH
FR1, IGH FR2, IGH FR3, TRB e IGK. Read Summary (Resumen de lecturas) recoge todas las secuencias para TRG.
La “Putative CDR3 sequence” (Secuencia putativa de CDR3) se determina haciendo coincidir una definición exacta de una secuencia de CDR3.
Cualquier mutación de los puntos de anclaje o alteración del marco de lectura dará lugar a un valor “not found” (no encontrado).

¡IMPORTANTE!

En ocasiones, las asignaciones de los genes V-J de Read Summary (Resumen de lecturas) pueden
tener el valor “none” (ninguno). Estas asignaciones se basan en la calidad de la mejor alineación
entre la lectura y los genes de referencia. Si la mejor alineación es inferior al límite de calidad, nose podrá establecer una asignación fiable de genes y se asignará el valor “none” (ninguno).

¡IMPORTANTE!

La tasa de mutación del gen V parcial (%) indicará “n/a” (N. P.) para IGH FR2 y FR3. La coberturade los genes V es escasa debido al reducido tamaño de los amplicones de estas dianas, lo que dalugar a un cálculo impreciso de la tasa de mutación.

 Al analizar el estado de hipermutación somática de las muestras, céntrese en las 4 lecturas más comunes (limite
las muestras monoclonales o biclonales a las 2-4 lecturas más comunes, respectivamente), ya que la tasa dehipermutación somática (HS) y los análisis de ajuste in-frame y del codón de parada ofrecen la máxima informaciónpara estas lecturas. Vista la naturaleza imparcial de las plataformas de SNG, se secuencian y analizan muchas máslecturas que las 4 primeras, la mayoría de las cuales son reordenamientos poco abundantes o pueden atribuirse a
artefactos de la amplificación o secuenciación. En estos casos, los análisis de HS, ajuste in-frame y codón de parada
no resultan útiles en las lecturas no clonales. Tenga en cuenta que Invivoscribe usa GRCh37 para hacer referencia
a las secuencias, por lo que los resultados pueden diferir ligeramente de la base de datos IMGT. Además, el análisis
no incluye muchos pseudogenes y genes no funcionales. Interprete con cautela los reordenamientos con un
estado de hipermutación somática cercano al valor de corte del 2,0 %, en particular en el ensayo IGH FR1, que solo
tiene como diana una parte de la región IGHV, ya que no evalúa la secuencia en sentido ascendente desde el puntode fijación del cebador.

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Servicio técnico y atención al cliente
Damos a su negocio el valor que realmente tiene. Será un placer ayudarle a comprender cómo funciona el software.
Proporcionamos asistencia técnica continuada de lunes a viernes para que pueda seguir usando los kits de ensayo en su
laboratorio.
Datos de Contacto
Invivoscribe, Inc
10222 Barnes Canyon Road | Building 1 | San Diego | California 92121-2711 | Estados Unidos
Téléfono: +1 858 224-6600 | Fax: +1 858 224-6601 | Horario comercial: De 07:00 a 17:00 PST/PDT
Servicio técnico: support@invivoscribe.com | Atención al cliente: sales@invivoscribe.com | Sitio web: www.invivoscribe.com

SímbolosLos siguientes símbolos se usan en el etiquetado de los productos SNG de Invivoscribe.
Número de Catálogo

Fecha de Caducidad

Volumen de Reactivo

Representante Autorizado en la
Comunidad Europea

Número de Lote

Consulte las instrucciones de uso

Condiciones de Conservación

Para uso diagnóstico in vitro

Identificador Único de Dispositivo

FabricanteConformidad del Reino Unido Evaluada

Persona Responsable del Reino Unido

Representante Autorizado en Suiza

Conformidad Europea

Aplicación de software

Preguntas frecuentes sobre el software
P1:

Al hacer clic en Launch Program (Iniciar programa), aparece el siguiente error (o uno similar):
Application terminated with error: Cannot run program “.\resources\Parse_TRG_miseq.exe”: CreateProcess error=2, thesystem cannot find the file specified. (Aplicación terminada por error: no se puede ejecutar el programa“.\resources\Parse_TRG_miseq.exe”: CreateProcess error=2. El sistema no puede encontrar el archivo especificado).

For help with this error, please contact Invivoscribe Technical Support. (Para saber más sobre este error, póngase en
contacto con el servicio técnico de Invivoscribe.)

R1:¿Ha descomprimido el archivo de programa comprimido? (consulte el apartado 1 Instalación del software). Este
error se produce cuando se intenta ejecutar el programa antes de descomprimir el archivo de programa. Windows
permite ver el contenido de un archivo comprimido haciendo doble clic en el mismo. Puede parecer que elcontenido está completo y listo para funcionar, pero no se ejecutará correctamente desde este estado.

P2:¿Por qué el Read Summary (Resumen de lecturas) de los análisis IGH, IGK o TRB contiene menos de 200 lecturas?

R2:

LymphoTrack Dx Software – MiSeq alinea las 200 lecturas más comunes durante los análisis, pero Read Summary(Resumen de lecturas) solo recoge las lecturas que se han alineado con un gen V o J encontrado en la referencia.
Las lecturas que no se alinean con la referencia, se excluyen del Read Summary (Resumen de lecturas).
Los motivos por los que puede no producirse la alineación con la referencia son numerosos, pero suelen guardar
relación con una muestra que genera una gran cantidad de amplificación no específica. Esto puede deberse a una
cifra insuficiente de células diana en la muestra, a condiciones inadecuadas para la PCR o a la baja calidad de lamuestra, como ocurre en el caso del FFPE fragmentado. Para reducir la posibilidad de que esto ocurra, siga las
instrucciones de uso con precisión.

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P3:¿Por qué las asignaciones de V o J muestran un valor “none” (ninguno) en la tabla de Read Summary (Resumende lecturas)?

R3:

Para asignar una lectura a un gen V o J específico, se debe alcanzar un umbral mínimo de calidad durante laalineación. Si la alineación es deficiente, es imposible realizar una asignación fiable, por lo que se le atribuye unvalor “none” (ninguno). Como se indica en la pregunta 2, no es posible asignar un valor “none” (ninguno) a una
lectura para ambos genes V y J; en este caso, dichas lecturas no aparecen en el informe.

P4:

El “V-J Sequence Frequency Graph” (Gráfico de frecuencia de las secuencias V-J) presenta valores anómalos en eleje de ordenadas. La cifra correspondiente a “% total reads” (% de lecturas totales) es del orden de millones.
¿Cómo es posible?

R4:

Es probable que haya seleccionado un separador decimal incorrecto para su región en el programa LymphoTrack
Dx. Consulte el apartado 2 Ejecución del software de análisis de datos para saber cómo seleccionar el separador
decimal correcto.

P5:

Las hojas de cálculo con gráficos están vacías, pero las hojas de cálculo sin gráficos contienen datos. ¿Dónde seencuentran los gráficos?

R5:

Esto puede deberse a que la dirección predeterminada de Excel esté configurada como right-to-left (derecha
a izquierda) en lugar de left-to-right (izquierda a derecha). Si las etiquetas de columna de una hoja de cálculo vacíacomienzan en A en el lado derecho de la hoja, cambie la dirección a left-to-right (izquierda a derecha) antes deutilizar la macro de visualización de datos. Para cambiar esta configuración, acceda a Excel Options (Opciones de
Excel) mediante el botón de Office situado en la esquina superior izquierda, haga clic en Advanced (Opciones
avanzadas) y desplácese hasta el apartado Display (Mostrar). Aquí verá la opción Default direction (Dirección
predeterminada). Seleccione Left-to-right (Izquierda a derecha) para visualizar los datos correctamente en las
ejecuciones posteriores. Nota: Esto modificará la dirección permanentemente hasta que vuelva a cambiarla. El
cambio no se revierte con solo cerrar el archivo de Excel.

P6:

El programa se ha detenido después de hacer clic en “Launch Program” (Iniciar programa) y ha generado este
error:
Application terminated with error: Filename not compatible. Please use only MSR software generated FASTQ
files. (La aplicación finalizó con un error: nombre de archivo no compatible. Utilice solo archivos FASTQ
generados por el software MSR de MiSeq.)

R6:

For help with this error, please contact Invivoscribe Technical Support. (Para saber más sobre este error,
póngase en contacto con el servicio técnico de Invivoscribe.)

LymphoTrack Dx Software – MiSeq espera archivos *.fastq pair end generados por el software MiSeq Reporter(MSR) integrado en la máquina de MiSeq. Si no se ha utilizado el software MSR para generar los archivos desecuencia, la llamada de bases debe realizarse mediante el software MSR. Consulte el Manual del usuario de
MiSeq para obtener más información.

Es importante realizar la llamada de bases mediante el software MSR porque, aunque otros programas pueden
ofrecer resultados muy similares (por ejemplo, *.Bcl2fastq), también pueden generar resultados muy diferentes, en
función de los parámetros específicos. El ensayo LymphoTrack Dx solo es válido cuando se analizan archivos*.fastq generados con el software MSR.
P7:

¿Por qué los resultados del análisis parecen abarcar menos lecturas de las esperadas?

R7:

Si el Read Summary (Resumen de lecturas) indica que se han analizado ninguna o muy pocas lecturas totales,
asegúrese de haber seleccionado el tipo de análisis correcto (Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB o TRG) alejecutar LymphoTrack Dx Software – MiSeq. Si el número de lecturas totales parece ser más bajo de lo normal,
compare el tamaño de los archivos *.fastq analizados con el tamaño de los archivos *.fastq presentes en el
instrumento MiSeq. Si el tamaño de los archivos del instrumento MiSeq es mayor, vuelva a transferir los datos dela secuencia para garantizar el análisis del conjunto de datos completo.

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El secuenciador de MiSeq muestra diferentes mensajes al procesar los datos de secuenciación. Uno puede indicar“Sequencing Complete” (Secuenciación completa); otro posterior puede señalar “Analysis Complete” (Análisis finalizado).
Transferir datos *.fastq entre estos dos mensajes puede dar lugar a un análisis incompleto de LymphoTrack Dx.
P8:¿Por qué una de las diez lecturas más comunes del Read Summary (Resumen de lecturas) no aparece en el
Merged Read Summary (Resumen de lecturas combinadas)?

R8:

Es posible que la lectura “desaparecida” se haya combinado con otra con mejor calificación, o que la alineación deesta lectura haya sido excepcionalmente deficiente. Durante el proceso de combinación, las lecturas del resumende lecturas se alinean con las del archivo de lecturas individuales; sin embargo, las lecturas del resumen de lecturas
se han orientado para que coincidan con la alineación de la referencia, y posiblemente estén orientadas en sentido
contrario en comparación con el gen de referencia. Esto solo sucede cuando la alineación es muy deficiente y
cuando las alineaciones en el mismo sentido y en sentido contrario son casi equivalentes pero la segunda es algomejor. En casos como estos, lo mejor es ignorar por completo la lectura.

IMPORTANTE:

Utilice únicamente las lecturas del Merged Read Summary (Resumen de lecturas combinadas)para determinar evidencias de clonalidad.

P9:¿Por qué tarda tanto en finalizar el análisis (más de una hora por muestra)?

R9:

El archivo de registro ofrece un desglose del tiempo empleado en realizar cada paso. Tras la fila “INFO:
Decompressing files” (INFORMACIÓN: Descompresión de archivos), aparece otra que indica cuántos archivos se han
descomprimido y en cuánto tiempo. Esta cifra se expresa en milisegundos. Si el equipo tarda varias horas en
descomprimir, compruebe si los archivos de destino están en un servidor de archivos. Por lo general, ejecutar unproceso intensivo de E/S como la descompresión en una red es mucho más lento. Si es posible, copie los archivos
en el equipo informático local o descomprima los archivos directamente antes de ejecutar el software. Asegúrese
de que los archivos comprimidos y descomprimidos no estén en la misma carpeta. El software no funcionará
correctamente si tanto los archivos *.fastq como los *.fastq.gz están en la carpeta de destino.
Si el software tarda mucho en realizar los siguientes pasos del análisis, es posible que los archivos *.fastq sean muy
grandes. Un ejemplo de archivo *.fastq grande sería aquél que incluye menos de 24 índices en una sola serie de
MiSeq y, como resultado, las muestras secuenciadas presentan una profundidad de cobertura mayor. Un segundo
ejemplo sería si la genoteca está desequilibrada y contiene una mayor proporción de una muestra con un soloíndice frente a la proporción de muestras con otros índices. La duración prevista en estas instrucciones de uso
presupone series de 24 índices con genotecas equilibradas.

P10:

El Q30 de la serie comunicado por el instrumento MiSeq no satisface las especificaciones de Illumina. Si se
ejecuta el análisis LymphoTrack y los controles parecen funcionar de la forma prevista, ¿realmente ha fallado elanálisis?

R10:

El Q30 de la serie se calcula en tiempo real durante el proceso de llamada de bases. En ese momento, no se hallevado a cabo ningún otro procesamiento de los datos, como la desmultiplicación y el ajuste del adaptador. Esto
significa que cualquier secuencia procedente de un índice de baja calidad o que ocurra fuera de la secuencia deladaptador contribuye a la puntuación Q30. La secuencia hallada fuera de la secuencia del adaptador suele ser debaja calidad; esta situación se produce a menudo con dímeros de primers. Las genotecas con un nivel suficiente dedímeros de primers pueden dar lugar a una caída del valor Q30 de la serie. Como comprobación secundaria, la salida
de LymphoTrack Reporter muestra la puntuación Q30 del índice calculada a partir de todas las lecturas ajustadas deese índice. Asimismo, si la puntuación Q30 de un índice no satisface las especificaciones de Illumina, considere eseíndice como fallido.

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P11:¿Cuál es la solución de una falla al iniciar el LymphoTrack Dx Software- MiSeq haciendo doble clic en el archivo
startLymphoTrackDxMiSeq.jar?

R11:

Este problema puede ocurrir cuando hay un problema con la instalación actual de Java. Para que se ejecute el
LymphoTrack Dx Software - MiSeq, se debe instalar la versión correcta de Java (Java 8 de 64 bits) en el sistema.
Además, el archivo startLymphoTrackDxMiSeq.jar debe configurarse para abrirse con la versión correcta de Java.
Se pueden realizar los siguientes pasos de resolución de problemas para garantizar que esté instalada la versión
correcta de Java y que el JAR se abra con la versión correcta de Java:
1.

Verifique que el software de Java esté instalado:
1.1.
1.2.
1.3.

Abra el Windows Menu (menú de Windows) y escriba Settings (Configuración) en la barra debúsqueda, luego seleccione el primer icono que aparece.
En la barra de búsqueda de la nueva ventana, escriba Add or remove programs (Agregar o quitar
programas) y seleccione la primera opción que aparece.
Desplácese por la lista de programas instalados.
••

2.

Desinstale las versiones anteriores de Java:
2.1.
2.2.

3.

Siga los pasos 1.1 y 1.2.
Desplácese por la lista de programas instalados. Identifique cualquier programa que comience con lasletras Java y también contenga las letras Java 8 y 64 bits, haga clic en la entrada de la lista y luego en
Uninstall (Desinstalar).

Desinstale Java y vuelva a instalar Java:Si está instalada la versión correcta de Java y el software aún no se abre, desinstale y vuelva a instalar Java.
3.1.
3.2.
3.3.
3.4.

4.

Si un programa con un nombre que comienza con las letras Java 8 y termina con los caracteres (64bits) está en la lista, se instalará la versión correcta de Java.
Si no es así, es necesario instalar Java 8 de 64 bits; proceda a la sección 3.

Siga los pasos 1.1 y 1.2.
Desplácese por la lista de programas instalados y haga clic en la entrada con el nombre Java 8 yterminando con los caracteres de 64 bits, luego haga clic en Uninstall (Desinstalar).
Vaya al sitio web de Java para descargar el software Java 8 de 64 bits directamente desde Oracle en
http://www.java.com/.
Siga las instrucciones para instalar el software.

Apunte el archivo JAR al ejecutable de Java correcto:
4.1.
4.2.
4.3.
4.4.
4.5.

Haga clic derecho en el archivo startLymphoTrackDxMiSeq.jar, luego seleccione Properties(Propiedades).
En el cuadro de diálogo que aparece, seleccione el botón Change (Cambiar) junto a opens with (abrecon) texto.
En el siguiente cuadro de diálogo que aparece, seleccione Choose another app (Elegir otra aplicación).
En la nueva ventana que se abre, haga clic en More apps (Más aplicaciones), luego seleccione Look
for another app on this PC (Buscar otra aplicación en esta PC).
En la ventana de exploración que aparece, navegue hasta la ubicación de la carpeta de la instalaciónde Java 8 de 64 bits.
•

4.6.
4.7.

Probablemente sea: Local Disk (C:) > Program Files > Java > jre1.8.0_(version number) > bin(Disco local (C :)> Archivos de programa> Java> jre1.8.0_ (número de versión)> bin).

Seleccione javaw.exe y haga clic en Open (Abrir).
Una vez confirmada la instalación, repita las secciones 4.1 a 4.3 y seleccione la casilla de verificación
que indica Always open .jar files with this app (Abrir siempre archivos .jar con esta aplicación), luego
navegue hasta el mismo archivo javaw.exe del paso 4.6. Esto permitirá que el LymphoTrack Dx
Software se abra correctamente.

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Contrato de licencia para el usuario final
ANTES DE USAR EL SOFTWARE LYMPHOTRACK® MISEQ (el “software”), UN REPRESENTANTE AUTORIZADO DEL USUARIO FINAL DE ESTE PRODUCTO DEBE ACEPTARESTE CONTRATO DE LICENCIA PARA EL USUARIO FINAL. AL USAR EL SOFTWARE LYMPHOTRACK® MISEQ, USTED RECONOCE QUE ES UN REPRESENTANTEAUTORIZADO DEL USUARIO FINAL Y QUE TIENE LA AUTORIDAD NECESARIA PARA CELEBRAR ESTE CONTRATO. LEA EL CONTRATO CON DETENIMIENTO. AL
UTILIZAR EL SOFTWARE, USTED ACEPTA SOMETERSE A LOS TÉRMINOS DE ESTE ACUERDO. SI NO ESTÁ DE ACUERDO CON LOS TÉRMINOS DE ESTE ACUERDO, DEJE
DE USAR EL SOFTWARE. SI ACEPTA LAS CONDICIONES DEL CONTRATO, TANTO EN SU NOMBRE COMO EN EL NOMBRE DEL ORGANISMO AL QUE REPRESENTA,
CONTINÚE USANDO EL PRODUCTO.
A fines de licencia y uso del software del licenciador, INVIVOSCRIBE, INC., empresa con sede en California (“licenciador”) y usted, usuario del software (ya sea su
persona física o jurídica) (“licenciatario”) se reúnen para celebrar este contrato de licencia para el usuario final (CLUF). El licenciatario reconoce y acepta que este
CLUF rige su derecho a utilizar el software. Además, reconoce y acepta que hará uso del mismo de conformidad con los términos y condiciones que se recogen eneste CLUF.
CONCESIÓN DE LA LICENCIA. El licenciador concede al licenciatario una licencia limitada, no exclusiva e intransferible de uso del software, así como de cualquiermaterial colateral y documento con información sobre el software (en conjunto, el “producto”) exclusivamente para fines de uso interno del licenciatario. A
menos que se acuerde otra cosa en un documento aparte firmado por el licenciador, la concesión de la licencia solo se aplica al uso con los ensayos LymphoTrack®
del licenciador, siempre que estos se adquieran directamente al licenciador o a través de un distribuidor autorizado del licenciador. El licenciador se reserva
todos los derechos no otorgados expresamente al licenciatario o licenciatarios. La licencia limitada concedida mediante este CLUF y el pago de la tarifa de lalicencia por parte del licenciatario le otorgan el derecho de usar el producto de acuerdo exclusivamente con los términos de este CLUF. Esta licencia no representa
la venta del software original ni ninguna copia del mismo.
2. CONFIDENCIALIDAD. El licenciatario acepta que el producto es propiedad del licenciador y que se basa e incorpora propiedad intelectual del licenciador, pudiendoincluir uno o más secretos comerciales patentados, derechos de autor, solicitudes de patentes o patentes otorgadas (“propiedad intelectual”) del licenciador. El
licenciatario deberá usar el producto de acuerdo con las condiciones de este CLUF y aceptar que la posesión del producto no implica la concesión del derecho a
divulgar, reproducir o permitir que otros utilicen el producto sin ajustarse a las condiciones del CLUF, a menos que disponga de la autorización previa y por escritodel licenciador. De acuerdo con las condiciones del CLUF, el licenciatario acepta no divulgar, publicar, traducir, revelar ni distribuir copias del producto ni de sus
partes a terceros. El licenciatario no podrá modificar, adaptar, traducir, usar técnicas de ingeniería inversa, descompilar, desensamblar ni crear subproductos
derivados del producto o de sus partes, incluidos los documentos y archivos producidos con el software.
3. PROPIEDAD DEL PRODUCTO. La titularidad, la propiedad y todos los derechos e intereses sobre del producto, incluidos, entre otros, el software y todas sus copias
y la “propiedad intelectual” relacionada, serán en todo momento del licenciador; este CLUF no concede ningún derecho de propiedad al licenciatario.
4. RESTRICCIONES DE COPIA. Este producto está sujeto a derechos de autor. Quedan expresamente prohibidas la copia y la modificación no autorizadas delproducto, lo que incluye la modificación del software o su fusión o inclusión en otros programas informáticos. El licenciatario será legalmente responsable decualquier infracción de los derechos de autor derivada de su incumplimiento de las condiciones de este CLUF.
5. RESTRICCIONES DE TRANSFERENCIA. Este producto se otorga bajo licencia al licenciatario y no se puede transferir a ningún tercero sin el consentimiento previo
por escrito del licenciador. El licenciatario no podrá, bajo ninguna circunstancia, transferir, asignar, alquilar, arrendar, vender ni disponer de otro modo delproducto o de cualquier parte del mismo de forma temporal, excepto según lo dispuesto expresamente en este documento.
6. RESOLUCIÓN DEL CONTRATO. El CLUF se resolverá de forma automática y sin previo aviso si el licenciatario no se ajusta a sus disposiciones.
7. GARANTÍA LIMITADA. EL PRODUCTO, INCLUIDO EL SOFTWARE Y EL MATERIAL COLATERAL, COMO LAS INSTRUCCIONES DE USO, SE SUMINISTRAN “TAL CUAL” Y
SIN GARANTÍA DE NINGÚN TIPO. ADEMÁS, EL LICENCIADOR RECHAZA TODAS LAS DEMÁS GARANTÍAS, EXPLÍCITAS, IMPLÍCITAS O ESTATUTARIAS, INCLUIDAS LASGARANTÍAS IMPLÍCITAS DE COMERCIABILIDAD O IDONEIDAD PARA UN FIN CONCRETO, TITULARIDAD, NO INFRACCIÓN Y DERIVADAS DEL CURSO DE UNA
NEGOCIACIÓN O DEL RENDIMIENTO DEL PRODUCTO Y RELACIONADAS CON EL SOFTWARE, LA DOCUMENTACIÓN O CUALQUIER MATERIAL SUMINISTRADO OPROPORCIONADO EN VIRTUD DE ESTE CLUF. EL LICENCIADOR NO GARANTIZA QUE EL SOFTWARE VAYA A FUNCIONAR DE FORMA ININTERRUMPIDA, ESTÉEXENTO DE DEFECTOS O SE AJUSTE (O ESTÉ DISEÑADO PARA AJUSTARSE) A LOS REQUISITOS DE SU NEGOCIO.
8. RESPONSABILIDAD LIMITADA. HASTA DONDE LO PERMITA LA LEGISLACIÓN APLICABLE, EN NINGÚN CASO SE PODRÁ RESPONSABILIZAR AL LICENCIADOR DE
PÉRDIDAS DE GANANCIAS U OPORTUNIDADES COMERCIALES, PÉRDIDAS DE USO, PÉRDIDAS DE INGRESOS, PÉRDIDAS DE FONDOS DE COMERCIO, INTERRUPCIÓN
DEL NEGOCIO, PÉRDIDA DE DATOS U OTROS DAÑOS INDIRECTOS, ESPECIALES, FORTUITOS O DERIVADOS BAJO NINGUNA TEORÍA DE RESPONSABILIDAD, YA SEABASADA EN CONTRATO, AGRAVIO, NEGLIGENCIA, RESPONSABILIDAD DEL PRODUCTO U OTRO TIPO. CIERTAS JURISDICCIONES NO PERMITEN LA EXCLUSIÓN O
LIMITACIÓN DE RESPONSABILIDAD POR DAÑOS DERIVADOS O FORTUITOS, POR LO QUE ES POSIBLE QUE ESTA CLÁUSULA NO SEA APLICABLE AL LICENCIATARIO.
LA RESPONSABILIDAD DEL LICENCIADOR SEGÚN ESTE ACUERDO NO SUPERARÁ EN NINGÚN CASO, INDEPENDIENTEMENTE DE QUE LA RECLAMACIÓN SEACONTRACTUAL, EXTRACONTRACTUAL, POR RESPONSABILIDAD ESTRICTA O DE OTRO TIPO, LAS TARIFAS DE LICENCIA QUE EL LICENCIATARIO PAGÓ POR EL
SOFTWARE, SI PAGÓ ALGUNA. LAS LIMITACIONES ANTERIORES SE APLICARÁN INDEPENDIENTEMENTE DE QUE EL LICENCIADOR HAYA SIDO ADVERTIDO DE LA
POSIBILIDAD DE TALES DAÑOS Y DE QUE CUALQUIER RECURSO NO CUMPLA SU PROPÓSITO ESENCIAL.
9. RECURSO EXCLUSIVO. El recurso exclusivo del licenciatario y la responsabilidad absoluta del licenciador por el incumplimiento de este CLUF se limitarán, única
y exclusivamente, a criterio del licenciador, a: (i) el reemplazo del software o del material colateral, en caso de que presenten algún defecto, o (ii) el reembolsodel precio abonado al licenciador por el software.
10. LEGISLACIÓN APLICABLE. El CLUF se rige por la legislación del Estado de California (EE. UU.), por lo que el licenciatario acepta la jurisdicción de los tribunales
estatales y federales del Estado de California (EE. UU.).
11. CONTRATO COMPLETO. Este CLUF constituye el contrato completo entre el licenciador y el licenciatario en lo que respecta a los términos específicos establecidos
en este documento en relación con la licencia y las garantías del producto y cualquier otra condición u obligación incluidas. Este CLUF reemplaza todos losacuerdos y contratos previos, sean escritos o verbales. Este CLUF no se puede modificar, a menos que el licenciador y el licenciatario acuerden dicha modificación
por escrito.
12. DIVISIBILIDAD. Si por algún motivo, un tribunal competente considera que alguna disposición de este CLUF, ya sea completa o en parte, no se puede hacer
cumplir, dicha disposición o parte se ejecutará en la medida máxima permitida por la ley a fin de dar efecto a su intención. Las demás disposiciones del CLUF
seguirán vigentes en todo momento.
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