Instructions d’utilisation

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM™ Version 2.4.8®

Cette suite logicielle est fournie avec chaque test LymphoTrack Dx pour les instruments Thermo Fisher Scientific Ion S5™ et Ion PGM afind’analyser des fichiers FASTQ bruts. Le logiciel se compose de trois parties distinctes : l’application d’analyse de données LymphoTrack Dx,
un plugin LymphoTrack Reporter qui est exécuté automatiquement au terme de l’analyse, ainsi qu’une méthode de visualisation
LymphoTrack facultative qui consiste en trois feuilles de calcul Microsoft Excel® XLSM. Le logiciel fonctionne sur les systèmes Microsoft
Windows® pris en charge.
Cette suite logicielle est conçue pour l’analyse de la clonalité d’un seul gène cible (IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK ou TRG), ainsi quepour l’analyse simultanée de plusieurs gènes (IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK et TRG).
Destiné au diagnostic in vitro.

Compatibilité du produit
La suite LymphoTrack Dx Software – S5/PGM (d’Invivoscribe suivants :N° de référence

95000007) a été développée spécifiquement et uniquement pour les tests

Description

91210007

LymphoTrack Dx IGH FR1 Assay – S5/PGM

00850052003777

91210037

LymphoTrack Dx IGH FR2 Assay – S5/PGM

00850052003784

91210047

LymphoTrack Dx IGH FR3 Assay – S5/PGM

00850052003791

91210057

LymphoTrack Dx IGH FR1/2/3 Assay – S5/PGM

00850052003807

91220007

LymphoTrack Dx IGK Assay – S5/PGM

00850052003890

92270007

LymphoTrack Dx TRG Assay – S5/PGM

00850052003951

Utilisation prévue
La suite logicielle LymphoTrack Dx Software – S5/PGM est destinée à être utilisée pour l’analyse des données
bio-informatiques et la visualisation des fichiers FASTQ bruts de l’instrument Thermo Fisher Scientific Ion S5 ou Ion PGM lors de l’analyse conjointede tests LymphoTrack Dx Assays.

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 2 sur15

Configuration minimale requise










Processeur : Intel Core 2 Duo ou processeur plus récent recommandé.
Disque dur : au moins 80 Go d’espace disque disponible sont nécessaires ; 250 Go sont recommandés.
Mémoire RAM : 4 Go nécessaires ; 8 Go ou plus sont recommandés.
Système d’exploitation : Windows 7 (64 bits) est nécessaire.
Java 8 pour les systèmes d’exploitation 64 bits ou supérieur (Java configuré pour les systèmes d’exploitation 32 bits n’est pas compatible avec
le logiciel LymphoTrack Dx Software – S5/PGM). La version la plus récente de Java peut être téléchargée directement du site d’Oracle àl’adresse suivante : http://www.java.com/.
Un lecteur de fichiers PDF, tels qu’Adobe Acrobat Reader, pour visualiser les rapports de données générés par LymphoTrack Reporter.
Microsoft Office Excel 2007, 2010, 2013 ou 2016 avec exécution de macros autorisée est nécessaire pour la visualisation des données
obsolètes.
Un lecteur de CD-ROM.
Le LymphoTrack Dx Software – S5/PGM v2.4.8 a été validé pour une utilisation avec Windows 7 ou Windows 10 configuré avec les paramètres
de langue Anglais (États-Unis) et de taille d’affichage par défaut, ainsi que Microsoft Excel 2007/2010/2013/2016 pour obtenir une
visualisation différente des données. L’utilisation d’autres versions de Microsoft Excel/Windows et/ou paramètres de langue/taille peut nepas être compatible.

Mises en garde et précautions















Version du logiciel. Assurez-vous que la version la plus récente du LymphoTrack Dx Software - S5/PGM est installée et utilisée pour l'analysedes données.
Taille d’écran par défaut. La résolution d’écran optimale pour LymphoTrack Dx Software – S5/PGM est 100 %. L’augmentation de la tailled’écran par défaut du moniteur à plus de 100 % peut affecter l’affichage du texte des champs dans l’interface utilisateur.
Police système. L’interface utilisateur est conçue pour utiliser les paramètres de police par défaut du système sur un ordinateur Windows
utilisant les paramètres régionaux Anglais (É.-U.). Les changements apportés aux paramètres de police du système ou l’utilisation deparamètres régionaux de langue autres que l’anglais (É.-U.) peuvent avoir une incidence sur l’affichage du texte des champs dans l’interface
utilisateur.
Décompression des données. Vos données d’exécution Ion S5 ou Ion PGM sont susceptibles de se trouver dans un dossier compressé (ZIP).
Le cas échéant, il sera nécessaire d’extraire les données dans un dossier en effectuant un clic droit sur le fichier et en sélectionnant Extract All(Extraire tout) dans le menu contextuel.
Ne pas renommer les fichiers S5 ou PGM avant de les analyser avec ce logiciel. La modification des noms attribués par défaut peut générer
des messages d’erreur et entraîner des dysfonctionnements dans le traitement des fichiers de données si l’application ne parvient pas àreconnaître le(s) bon(s) fichier(s) d’entrée.
Fichiers compatibles. LymphoTrack Dx Software – S5/PGM est compatible avec les fichiers fastq.gz générés par le logiciel Ion S5 ou Ion PGM
Reporter.
Paramètres de veille ou de veille prolongée. Penser à désactiver le mode veille et/ou veille prolongée avant d’exécuter le logiciel d’analysede données LymphoTrack Dx Data Analysis Application. Si l’ordinateur entre en mode veille ou veille prolongée, l’exécution du logiciel risqued’être interrompue.
Caractères utilisés pour les noms de chemin et de fichier. 1) Éviter d’inclure des espaces dans le nom du chemin des fichiers à analyser (lesnoms de chemin comprennent les noms de dossier et les noms de fichier) et ne pas utiliser plus d’un espace consécutif. 2) Il est importantque les noms de fichier contiennent uniquement les caractères suivants (A-Z, a-z, 0-9, ., _ (tiret bas), - (tiret)). Si le logiciel rencontre un
caractère non compris dans cet ensemble, son exécution peut échouer. Veillez à suivre cette nomenclature d’affectation de nom pour leséchantillons lors de la configuration de la feuille d’échantillons pour l’instrument Ion S5 ou Ion PGM. 3) Le nom du chemin ne doit pas dépasser
255 caractères. Si, en raison des noms des échantillons, les noms de fichiers générés avoisinent cette limite, ces derniers seront difficiles à
copier vers d’autres emplacements.
Les échantillons en double doivent comporter un nom d’échantillon unique. Attribuer un nom ou un identifiant unique à chaque échantillon lorsque
vous les nommez. En cas d’analyse d’échantillons en double, il est possible d’utiliser un nom similaire (c.-à-d., Échantillon1a et Échantillon1b). Si desnoms uniques ne sont pas attribués aux échantillons analysés ensemble dans la même cartouche, un seul échantillon est analysé par le logiciel aucours du processus.
Cybersécurité des données. Invivoscribe recommande vivement l'installation d'un logiciel antivirus fourni par l'utilisateur afin de protégerl'ordinateur contre les virus. Invivoscribe recommande vivement d'installer le logiciel pour un seul utilisateur et de veiller à ce que les rapports
de sortie soient conservés dans un emplacement sécurisé avec une protection par mot de passe réseau.
Autorisations. Assurez-vous que l'utilisateur dispose des autorisations d'écriture sur le dossier source. Dans les cas où un utilisateur différent
a transféré les données à l'utilisateur actuel, les deux utilisateurs doivent avoir des droits d'accès et d'écriture sur le dossier source. Dans lecas contraire, l'utilisateur actuel devra soit déplacer les données, soit obtenir les autorisations sur le dossier source pour que l'analyse sepoursuive.

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 3 sur15

1.

Installation du logiciel
1.1.

Copiez l’archive LymphoTrackDxS5-PGM_2.4.8.zip du CD du logiciel sur un disque local de votre ordinateur. Installez
uniquement le logiciel sur un disque local et non sur un lecteur réseau. Le logiciel risque de ne pas fonctionnercorrectement s’il est exécuté au moyen d’une connexion réseau.

1.2.

Extrayez le fichier d’archive copié sur l’ordinateur à l’étape précédente. Cette étape est normalement réalisée eneffectuant un clic droit sur le fichier et en choisissant Extract All (Extraire tout) dans le menu contextuel.

2.

Un fichier nommé LymphoTrackDxS5-PGM_2.4.8 est créé une fois l’archive extraite.

Exécution de l’application d’analyse de données
2.1.

Identifiez les fichiers FASTQ.GZ à analyser.


2.2.

Les fichiers nomatch*.fastq (aucunecorrespondance*.fastq) ne sont pas nécessaires pour l’analyse.

Téléchargez ces fichiers à partir du serveur Ion Torrent vers un dossier du disque local ; ces derniers seront utiliséscomme fichiers sources pour l’application d’analyse de données LymphoTrack Dx S5/PGM Data Analysis.






Téléchargez ces fichiers sur le même ordinateur que celui sur lequel le logiciel est installé.
Le disque contenant le dossier avec les fichiers à analyser doit comporter au moins 80 Go d’espace libre.
Assurez-vous de disposer de suffisamment d'espace pour effectuer une analyse complète. Si le disque ne dispose
pas de suffisamment d'espace, veuillez supprimer les fichiers inutiles du disque.
Ce dossier sera nommé <input_folder> (dossier_source) comme expliqué ci-dessous pour le logiciel.

IMPORTANT!

Afin de protéger l'intégrité des données du patient, enregistrez tous les fichiers sur l'ordinateur local
que l'utilisateur est autorisé à utiliser. Lors du transfert du dossier source, assurez-vous que l'analyse
de Ion S5 ou de Ion PGM est terminée. Conservez tous les fichiers de données dans le même dossier;ne séparez pas les données dans plusieurs dossiers.

2.3.

Double-cliquez sur le fichier startLymphoTrackDxS5-PGM (démarrerLymphoTrackDxS5-PGM) situé dans le dossier
LymphoTrackDxPGM_2.4.4 qui a été copié sur l’ordinateur lors de l’installation.

2.4.

Veuillez lire le contrat de licence. Pour accepter les conditions du contrat, cliquez sur le bouton Accept (Accepter) pourcontinuer.

2.5.

Cochez le ou les modes d’analyse souhaités dans les options de la case à cocher Choose analysis mode(s) (Choisir le(s)mode(s) d’analyse). Le mode d’analyse doit correspondre au test utilisé pour générer les données de l’analyse (IGH
FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK et/ou TRG).

2.6.

Sélectionnez le séparateur décimal souhaité parmi les options Choose decimal mark (Choisir un séparateur décimal).
Cette option a des conséquences sur l’utilisation de la macro de visualisation des données dans Microsoft Excel par lasuite et nécessite d’être renseignée. Les choix possibles sont un séparateur décimal sous forme de point (.) ou devirgule (,).

IMPORTANT !

Séparateur décimal. Pour déterminer quelle option choisir, ouvrez une nouvelle feuille de calcul
Excel et saisissez « =10000 » dans la cellule A1. Effectuez un clic droit sur cette cellule et sélectionnez
Format cells (Format de cellule).
 Dans l’onglet Number (Nombre), passez en revue la liste Category (Catégorie) et sélectionnez
Number (Nombre). Sur la droite, la valeur Decimal places (Nombre de décimales) doit êtredéfinie comme « 2 ».
 En dessous se trouve la case à cocher Use 1000 Separator (Utiliser le séparateur de milliers).
Cochez cette case, et le numéro de l’échantillon au-dessus contiendra le nombre original saisi,
dont le format correspondra aux paramètres d’Excel par défaut pour un nombre comprenant unséparateur décimal.
 Si ce nombre apparaît sous la forme « 10,000.00 », sélectionnez l’option « decimal point » (pointcomme séparateur décimal). Si ce nombre apparaît sous la forme « 10.000,00 », sélectionnez
l’option « comma point » (virgule comme séparateur décimal).

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 4 sur15

2.7.

Cliquez sur le bouton Browse (Parcourir) pour choisir un dossier source. Ce dossier est le dossier <input_folder>(dossier_source) mentionné ci-dessus et contient les fichiers à analyser. Lorsque le dossier source est sélectionné, il
semblera vide.
IMPORTANT !

Le <input_folder> (dossier_source) sélectionné ne doit pas contenir de fichiers échantillon portantle même nom que le dossier source. Si le programme a été exécuté avec un échantillon partageantle même nom de fichier que le dossier fourni en entrée de la fonctionnalité d'analyse, le programme
se bloquera et le temps d'exécution de l'analyse augmentera considérablement (c'est-à-dire qu'ilfaudra 30 minutes pour traiter un petit échantillon qui prend quelques secondes à traiternormalement).

Une fois le <input_folder> (dossier_source) et le mode d’analyse sélectionnés, cliquez sur le bouton Launch Program(Démarrer le programme).

2.8.

IMPORTANT !

2.9.

Le <input_folder> (dossier_source) sélectionné doit contenir uniquement des fichiers FASTQ ou
FASTQ.GZ. Si aucun de ces types de fichier n’est présent ou si divers types de fichier sont présents,
le programme affiche un message d’erreur et demande de sélectionner un autre dossier.

État de l’analyse. Après avoir cliqué sur le bouton Launch Program (Démarrer le programme), la fenêtre principale duprogramme affiche l’état du programme. Lorsque le programme a fini d’analyser les fichiers de données sources, lafenêtre principale du programme affiche le message Analysis is complete… (L’analyse est terminée...) et indiquel’emplacement du ou des dossiers de sortie tout en générant une invitation à ouvrir la ou les feuilles de calcul Excel devisualisation des données correspondantes. Une nouvelle analyse peut être effectuée à partir de la fenêtre principale
du programme dès que la précédente est terminée.
IMPORTANT !

Durée de l’analyse. La taille et le nombre d’échantillons à analyser, ainsi que le mode d’analyse et lematériel informatique déterminent la durée nécessaire au programme pour traiter les données. Unetaille d’échantillon type pour une analyse de 12 échantillons est de 500 000 à 3 millions de lectures.
Ces chiffres varient en fonction de la puce et de la chimie utilisées sur les plateformes Ion S5 ou Ion
PGM.
L’analyse d’un échantillon type unique des gènes IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK ou TRG nécessite
environ 1 à 2 minutes. L’analyse type de 12 échantillons des gènes IGH FR1 seul, IGH FR2 seul, IGH
FR3 seul, IGK seul ou TRG seul nécessite environ 8 à 20 minutes. Pour l’analyse type de
12 échantillons combinés des gènes IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK et/ou TRG, la durée d’analyse est
fonction du nombre de cibles à analyser.

2.10.

Dossier(s) de sortie. En fonction du mode d’analyse choisi, un ou plusieurs dossiers de sortie seront créés dans le<input_folder> (dossier_source) contenant les fichiers sources fastq ou fastq.gz. Le Tableau 1 ci-dessous présente larelation entre le mode d’analyse et le nom du ou des dossiers de sortie.
Tableau 1. Noms du dossier de sortie en fonction du mode d’analyse

2.11.

Mode d’analyse

Noms du ou des dossiers de sortie

IGH FR1

IGH_FR1_output

IGH FR2

IGH_FR2_output

IGH FR3

IGH_FR3_output

IGK

IGK_output

TRG

TRG_output

Toute analyse combinée de :IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK et TRG

Deux à cinq dossiers de sortieénumérés ci-dessus.

Lorsque le programme a terminé l’analyse avec succès, le dossier de sortie contient plusieurs fichiers TSV et un fichier
PDF pour chaque échantillon traité. Remarque : dans les tableaux ci-dessous, « * » représente le nom de l’échantillon
tel qu’il est saisi dans la feuille d’échantillons, suivi des informations spécifiques de la plateforme (par exemple, « nomd’échantillon_S1_L001_001_combiné »).
 Pour l’analyse des gènes IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 et IGK, veuillez consulter le Tableau 2 présentant les
descriptions des neuf fichiers fournies pour chaque exemple.

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 5 sur15
Tableau 2. Description des fichiers de sortie IGH et IGK.

Analyse des gènes IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 et IGK
Contient une liste des 200 séquences uniques les plus importantes triées par nombre(nb de lectures) et précisant :À quel événement de recombinaison V-J elle correspond le mieux
La longueurLe % de lectures totales réel
Le % de lectures totales cumulé
Dans quelle mesure la lecture couvre le gène V identifié ciblé par les amorces (%)
La séquence putative CDR3*.fastq_read_summary.tsv(*.fastq_résumé_lecture.tsv)

IGH FR1 précise également :Le taux de mutations du gène V partiel (%)
IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 précise également :Si le réarrangement doit se situer à l’intérieur du cadre (Y/N/n/a [O/N/n.a.]).
Si l’utilisation du segment de gène V ou J ne peut pas être prédite en raison de la qualité del’alignement, le logiciel ne sera pas en mesure de prédire si le gène se situe à l’intérieur ducadre et le résultat sera n/a.

Si le réarrangement ne devrait pas contenir un codon stop (Y/N [O/N]). Si la position àl’intérieur du cadre ne peut pas être prédite, il n’est pas possible de prédire avec exactitude
si un codon stop sera présent.

*.fastq_read_summary_merged_top10_searchtop500.tsv(*.fastq_résumé_lecture_10plus
importantes_fusionnées_recherche500plusimportantes.tsv)

Même format que le fichier read_summary, mais il contient uniquement les 10 premières lecturesdu fichier read_summary fusionnées avec les 500 premières lectures. Une lecture est fusionnée
avec une autre si seulement 1 ou 2 paires de base (pb) les différencient l’une de l’autre ; la lecturecomportant le nombre le plus élevé conserve l’identité de sa séquence et la lecture comportant lenombre le moins élevé est ajoutée à la plus importante.

*.fastq_unique_reads.tsv(*.fastq_lectures_uniques.tsv)

Fichier FASTQ comportant des séquences uniques, triées en fonction de leur nombre.

*.fastq_CDR3_unique_reads.tsv(*.fastq_CDR3_lectures_uniques.tsv)*.fastq_VJ_sequence_frequency _family.tsv(*.fastq_fréquence_séquence__VJ_famille).tsv)*.fastq_read_summary_family.tsv(*.fastq_résumé_lecture_famille.tsv)

Fichier FASTQ de séquences putatives CDR3 figurant dans le fichier *.fastq_unique_reads.
Chaque famille regroupe toutes les recombinaisons possibles que l’on trouve dans une région V ou J
particulière, comme la famille V1 ou la famille J4. On peut trouver n’importe quel nombre derecombinaisons au sein de la famille V1, tels que V1-69 et V1-8. Ce fichier contient une liste detoutes les recombinaisons possibles de la famille V – famille J, chacune comportant une liste delectures triées (du % le plus élevé au plus faible). Ce fichier est parfaitement adapté aux graphiques« empilés » dans Excel.
Contient une liste triée de séquences uniques, par nombre et précisant :À quel événement de recombinaison de la famille V-J elle correspond le mieux
La longueurLe % de lectures totales réel
Le % de lectures totales cumulé
Dans quelle mesure la lecture couvre le gène V identifié ciblé par les amorces (%)
La séquence putative CDR3
IGH FR1 précise également :Le taux de mutation en gène V partiel (%)
IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 précise également :Si le réarrangement doit se situer à l’intérieur du cadre (Y/N/n/a [O/N/n.a.]).

Si le réarrangement ne devrait pas contenir un codon stop (Y/N [O/N]).

*.fastq_VJ_usage.tsv(*.fastq_utilisation_VJ.tsv)

Matrice de numération et matrice de % des différents événements de recombinaison V-J.

*.fastq_VJ_usage_family.tsv(*.fastq_utilisation_VJ_famille.tsv)

Matrice de numération et matrice de % des différents événements de recombinaison famille
V – famille J.

*<timestamp>.pdf (*<horodatage>.pdf)
Remarque :Le rapport PDF généré par LymphoTrack Reporter comporte des informations semblables à celles desfichiers « merged read summary » et « read summary » ou des graphiques « V – J usage » ou « V – J
sequence frequency ». Voir la rubrique 3 : Visualisation des données à l’aide de LymphoTrack Reporter(automatisée et recommandée) pour plus d’informations.

l’analyse d’IGK inclut également des informations sur d’autres éléments du locus IGK impliqués dans les recombinaisons(IGKINTR et IGKDEL).

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 6 sur15

 Pour l’analyse de TRG, veuillez consulter le Tableau 3 présentant les descriptions des sept fichiers fournis pourchaque échantillon.
Tableau 3. Description des fichiers de sortie TRG.

Analyse de TRG*.fastq_read_summary.tsv(*.fastq_résumé_lecture.tsv)

Une liste des séquences uniques triées par nombre et précisant :À quel événement de recombinaison V-J elle correspond le mieux
La longueurLe % de lectures totales réel
Le % de lectures totales cumuléLa séquence putative CDR3*.fastq_read_summary_merged_
top10_searchtop500.tsv(*.fastq_résumé_lecture_
10plusimportantes_fusionnées_recherche500plusimportantes.tsv)

Même format que le fichier read_summary, mais il contient uniquement les 10 premières lectures dufichier read_summary fusionnées avec les 500 premières lectures. Une lecture est fusionnée avec une
autre si seulement 1 ou 2 pb les différencient l’une de l’autre ; la lecture comportant le nombre le plusélevé conserve l’identité de sa séquence et la lecture comportant le nombre le moins élevé est ajoutéeà la plus importante.

*.fastq_unique_reads.tsv(*.fastq_lectures_uniques.tsv)

Fichier .FASTQ comportant des séquences uniques, triées en fonction de leur nombre.

*.fastq_CDR3_unique_reads.tsv(*.fastq_CDR3_lectures_uniques.tsv)

Fichier FASTQ de séquences putatives CDR3 figurant dans le fichier *.fastq_unique_reads.

*.fastq_VJ_sequence_frequency.tsv(*.fastq_fréquence_séquence_VJ.tsv)

Liste de toutes les recombinaisons V-J possibles, chacune comportant une liste de lectures triées (du %le plus élevé au plus faible). Le premier nombre représente le % de lectures totales que la première
lecture unique a comptabilisé sur toutes les lectures de séquences. Ce fichier est parfaitement adapté
aux graphiques « empilés » dans Excel.

*.fastq_VJ_usage.tsv(*.fastq_utilisation_VJ.tsv)*<timestamp>.pdf (*<horodatage>.pdf)
Remarque :Remarque :2.12.

Matrice de numération et matrice de % des différents événements de recombinaison V-J.
Le rapport PDF généré par LymphoTrack Reporter comporte des informations semblables à celles des fichiers« merged read summary » et « read summary » ou des graphiques « V – J usage » ou « V – J sequencefrequency ». Voir la rubrique 3 : Visualisation des données à l’aide de LymphoTrack Reporter(automatisée et recommandée) pour plus d’informations.

la « séquence putative CDR3 » est déterminée par la correspondance d’une définition exacte d’une séquence CDR3. Toute mutation despoints d’ancrage ou perturbation du cadre de lecture entraînera une valeur « not found » (non trouvé).
l’analyse d’IGK inclut également des informations sur d’autres éléments du locus IGK impliqués dans les recombinaisons (IGKINTR et
IGKDEL).

Le(s) dossier(s) de sortie contiennent des rapports PDF et des fichiers de données de sortie TSV. Les fichiers TSV
peuvent être utilisés comme source de données pour la ou les feuilles de calcul de visualisation des données.

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 7 sur15

3.

Visualisation des données à l’aide de LymphoTrack Reporter (automatisée etrecommandée)
3.1.

Un rapport PDF est automatiquement généré pour chaque échantillon à l’issue de l’analyse. Le rapport est nommé en
fonction du nom de l’échantillon présent dans la feuille d’échantillons, suivi des informations spécifiques de laplateforme, et se termine par des informations d’horodatage (JJMMAAhhmmss).

IMPORTANT !

3.2.

Lors de l’enregistrement du rapport PDF : en fonction du programme utilisé pour ouvrir le PDF, il est
possible de modifier une ou plusieurs colonnes. Ne PAS modifier une quelconque partie du PDF. Si
l’utilisateur suspecte qu’une modification a été effectuée, ne PAS enregistrer le PDF. Si l’utilisateur
suspecte qu’une modification a été enregistrée, relancer l’analyse afin de générer un nouveau
rapport PDF.

La première page du rapport PDF comprend un tableau des résultats de « merged read summary », suivi de graphiquesreprésentant les résultats de « V – J Sequence Frequency » et de « V – J Usage ». Les pages restantes contiennent untableau des résultats de « read summary » non fusionnés. Ces résultats sont détaillés dans le Tableau 4.

Tableau 4. Pages incluses dans le fichier de rapport au format PDF.

Rapport PDF de LymphoTrack Reporter
Merged Read Summary(Résumé de lecture fusionné)Même format que la feuille de travail Read Summary (Résumé de lecture), mais uniquement
pour les 10 premières lectures après fusion avec les 500 premières si les lectures ne se
différencient l’une de l’autre que par 1 ou 2 pb.

V – J Sequence Frequency Graph
Graphique de fréquence de la séquence V – J)Un histogramme représentant les 200 fréquences de séquence les plus importantes pourchaque famille V - famille J (pour IGH et IGK) ou recombinaison de gène V - gène J (pour TRG).

V – J Usage Raw Graph(Graphique brut d’utilisation de V – J)

Graphique en barres 3D illustrant l’utilisation de la famille V – famille J des 200 séquences lesplus importantes (pour IGH et IGK) ou l’utilisation du gène V – gène J pour toutes les séquences(pour TRG).
Contient une liste des 200 séquences uniques les plus importantes, triées par nombre etprécisant :À quel événement de recombinaison V – J chaque séquence correspond le mieux
La séquenceLa longueur de la séquenceLe % de lectures totales réel
Le % de lectures totales cumulé sous forme de liste pour les 200 lectures les plus
importantes - dans quelle mesure la lecture couvre le gène V identifié ciblé par lesamorces (%) (IGH/IGK)
La séquence putative CDR3

Read Summary (Résumé de lecture)

Leader et IGH FR1 précisent également :Le taux de mutations du gène V partiel (%)

Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 précisent également :Remarque :Remarque :Si le réarrangement doit se situer à l’intérieur du cadre (Y/N/n/a [O/N/n.a.]). Si
l’utilisation du segment de gène V ou J ne peut pas être prédite en raison de laqualité de l’alignement, le logiciel ne sera pas en mesure de prédire si le gène sesitue à l’intérieur du cadre et le résultat sera n/a.
Si le réarrangement ne devrait pas contenir un codon stop (Y/N [O/N]). Si laposition à l’intérieur du cadre ne peut pas être prédite, il n’est pas possible deprédire avec exactitude si un codon stop sera présent.

la « séquence putative CDR3 » est déterminée par la correspondance d’une définition exacte d’une séquence CDR3. Toute mutation despoints d’ancrage ou perturbation du cadre de lecture entraînera une valeur « not found » (non trouvé).
l’analyse d’IGK inclut également des informations sur d’autres éléments du locus IGK impliqués dans les recombinaisons (IGKINTR et
IGKDEL).

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 8 sur15

4.

Visualisation des données : exécution des feuilles de calcul de visualisation desdonnées (manuelle, déconseillée)
4.1.

Vérifiez les paramètres de sécurité dans Microsoft Excel afin de vous assurer que l’exécution des macros est bien
activée : Excel 2007 : cliquez sur le bouton Office et sélectionnez Excel Options (Options Excel).
 Excel 2010/2013 : cliquez sur le menu File (Fichier) et sélectionnez Options.
 Dans la fenêtre Options, cliquez sur Trust Center (Centre de gestion de la confidentialité), puis sur le bouton
Trust Center Settings... (Paramètres du Centre de gestion de la confidentialité).
 Cliquez sur Macro Settings (Paramètres des macros) et définissez le niveau
de sécurité des macros approprié. L’option Disable all macros with notification (Désactiver toutes les macros
avec notification) est le paramètre recommandé.
 Cliquez sur OK, puis de nouveau sur OK.
 Fermez Excel.

4.2.

Ouvrez la feuille de calcul de visualisation des données appropriée en double-cliquant dessus. Les fichiers devisualisation sont situés dans le dossier LymphoTrackDxS5-PGM_2.4.4 copié précédemment depuis le CD du logicielvers l’ordinateur : LymphoTrackDxIGHVisualization.xlsm (VisualisationLymphoTrackDxIGH.xlsm) pour IGH FR1, IGH FR2 et IGH FR3
 LymphoTrackDxIGKVisualization.xlsm pour IGK LymphoTrackDxTRGVisualization.xlsm pour TRG

4.3.

À l’ouverture du fichier, le message suivant est susceptible de s’afficher : Security Warning - Macros have been disabled(Avertissement de sécurité - Les macros ont été désactivées).
 Excel 2007 : cliquez sur le bouton Options... à droite de l’avertissement et sélectionnez Enable this content(Activer ce contenu), puis cliquez sur OK.
 Excel 2010/2013 : cliquez sur le bouton Enable Content (Activer le contenu).
 La macro de visualisation des données démarre automatiquement.

4.4.

Le contrat de licence s’affiche. Il est nécessaire d’accepter le contrat de licence afin d’utiliser le logiciel.

4.5.

Après avoir accepté le contrat de licence, une boîte de dialogue s’ouvre avec le message suivant : Please select theRead Summary file for the sample you want. (Veuillez sélectionner le fichier de résumé de lecture pourl’échantillon souhaité.).

Remarque :la macro peut uniquement effectuer une visualisation des données sur un seul échantillon à la fois.
Par conséquent, cette procédure devra être répétée pour chaque échantillon à visualiser.

4.6.

Parcourez le fichier de sortie créé par l’application d’analyse des données contenant les données à visualiser
et sélectionnez le fichier *.fastq_read_summary pour l’échantillon à étudier.

4.7.

Cliquez sur le bouton Open (Ouvrir).

4.8.

La macro charge les fichiers de données pour l’échantillon choisi et crée différentes feuilles de calcul ; chaque feuillede calcul présente différentes vues des données en lecture. Cette opération peut prendre quelques instants, enfonction de la taille de l’échantillon et du matériel informatique.
IMPORTANT !

En raison des limites de Microsoft Excel, le logiciel de visualisation ne peut pas afficher plus de
1 048 576 lignes par feuille. Seules les 1 048 576 premières lignes de données seront affichées si l’undes fichiers de sortie d’analyse de données pour l’échantillon en cours contient un nombre de lignes
supérieur à cette limite.
Si cette limite est atteinte, le programme affiche un message indiquant la ou les feuilles concernéespar cette limite. Cliquez sur OK pour continuer.
Même si les données ne sont pas toutes affichées, cela n’a pas de conséquences pour les graphiques
et ceux-ci seront tout de même corrects.

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 9 sur15

IMPORTANT !

Les graphiques sont générés en supposant une orientation d’affichage de gauche à droite. Dans les
pays pour lesquels le sens de lecture habituel est de droite à gauche, les paramètres d’Excel pardéfaut peuvent être incompatibles, et les graphiques ne sont pas générés correctement. Pour yremédier, l’option d’affichage dans Excel doit être changée en « De gauche à droite ». Cette option
peut être configurée en sélectionnant Office > Excel Options (Office > Options Excel) dans Excel 2007
ou File > Options (Fichier > Options) dans Excel 2010/2013. Sélectionnez Advanced (Options
avancées), puis faites défiler vers le bas jusqu’aux paramètres Display (Afficher). Changez l’option
Default direction (Orientation par défaut) en left-to-right (De gauche à droite), puis cliquez sur OK.
La prochaine fois qu’Excel sera ouvert, les feuilles de calcul liront de gauche à droite et le logiciel devisualisation générera les graphiques correctement.
En cas de problème ou pour toute assistance supplémentaire, veuillez contacter le support techniqueInvivoscribe au +1 (858) 224 6600, du lundi au vendredi, de 7 h à 17 h heure du Pacifique, ou àl’adresse e-mail support@invivoscribe.com.

4.9.

Si un message s’affiche concernant l’option Complex Formatting (Mise en forme complexe), cliquez sur Yes (Oui).

4.10.

Enregistrement du fichier de visualisation. Lorsque le traitement est terminé, un message apparaît indiquant quele programme a terminé. Il est vivement recommandé d’enregistrer le fichier à ce stade.

IMPORTANT !

Lors de l’enregistrement du fichier, veillez à sélectionner Save As (Enregistrer sous) et à choisir unclasseur Excel (XLSX ou XLS), car l’action par défaut Save (Enregistrer) ou le fait de cliquer sur l’icône
de disquette remplace la macro XLSM par le classeur actuel. Cela nécessitera de réinstaller la macro
avec une nouvelle copie provenant du CD du logiciel en vue des analyses ultérieures.

4.11.

Si un message d’avertissement s’affiche à propos de l’enregistrement d’un classeur sans macro, cliquez sur le bouton
Yes (Oui).

4.12.

Le classeur terminé pour IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK et TRG comprend les huit feuilles de calcul suivantes décrites
dans le Tableau 5.

Tableau 5. Feuilles de calcul incluses dans le fichier de sortie Excel.

Classeur terminé pour IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK et TRG
Merged Read Summary(Résumé de lecture fusionné)Même format que la feuille de travail Read Summary (Résumé de lecture), mais uniquement
pour les 10 premières lectures après fusion avec les 500 premières si les lectures ne se
différencient l’une de l’autre que par 1 ou 2 pb.

VJ Sequence Frequency Graph(Graphique de fréquence de la séquence VJ)

Un histogramme représentant les 200 fréquences de séquence les plus importantes pourchaque famille V - famille J (pour IGH/IGK) ou recombinaison de gène V - gène J (pour TRG).

VJ Usage (Utilisation de VJ)

Numération et fréquences brutes des 200 recombinaisons les plus importantes pour chaquefamille V - famille J (pour IGH/IGK) ou recombinaisons de gène V - gène J (pour TRG).

VJ Usage Percent Graph (Graphique dupourcentage d’utilisation de VJ)

Un graphique 3D représentant les 200 fréquences de séquence les plus importantes pourchaque famille V - famille J (pour IGH/IGK) ou recombinaison de gène V - gène J (pour TRG).

VJ Usage Raw Graph(Graphique brut d’utilisation de VJ)

Un graphique 3D représentant les 200 numérations brutes les plus importantes pour chaquefamille V - famille J (pour IGH/IGK) ou recombinaison de gène V - gène J (pour TRG).

Read Summary (Résumé de lecture)

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

Contient une liste des 200 séquences uniques les plus importantes, triées par nombre et précisant :À quel événement de recombinaison V-J chaque séquence correspond le mieux
La séquenceLa longueur de la séquenceLe % de lectures totales réel
Le % de lectures totales cumulé sous forme de liste pour toutes les lectures(TRG uniquement)Le % de lectures totales cumulé sous forme de liste pour les 200 lectures les plus
importantes (IGH/IGK)
Dans quelle mesure la lecture couvre le gène V identifié ciblé par les amorces (%)(IGH/IGK)
La séquence putative CDR3
280386 Rév. K | Mars 2023

Page 10 sur15
Tableau 5. Feuilles de calcul incluses dans le fichier de sortie Excel.

Classeur terminé pour IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK et TRG
IGH FR1 précise également :Le taux de mutations du gène V partiel (%)
Read Summary (Résumé de lecture)

IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 précise également :Si le réarrangement doit se situer à l’intérieur du cadre (Y/N/n/a [O/N/n.a.]). Si l’utilisation
du segment de gène V ou J ne peut pas être prédite en raison de la qualité de l’alignement,
le logiciel ne sera pas en mesure de prédire si le gène se situe à l’intérieur du cadre et lerésultat sera n/a.

Si le réarrangement ne devrait pas contenir un codon stop (Y/N [O/N]). Si la position àl’intérieur du cadre ne peut pas être prédite, il n’est pas possible de prédire avec
exactitude si un codon stop sera présent.

La séquence putative CDR3

VJ Sequence Frequency(Fréquence de la séquence VJ)

Une liste « empilée » de toutes les recombinaisons possibles de la famille V - famille J (pourIGH/IGK) ou du gène V - gène J (pour TRG), chacune comportant une liste triée des
200 lectures les plus importantes (du % le plus élevé au plus faible).

Unique Reads (Lectures uniques)

Fichier FASTQ comportant des séquences uniques, triées en fonction de leur nombre.

Remarque :Remarque :Remarque :Remarque :(IGH) figurant dans le tableau ci-dessus fait référence à l’analyse d’IGH FR1, IGH FR2 et IGH FR3. Les graphiques de la fréquence de ces
gènes cibles précisent uniquement IGH dans le titre. Le dossier de sortie des données indique la région charpente (FR) qui a été analyséepar le logiciel, et cette information est incluse dans le champ d’emplacement du fichier de données, en haut de la feuille de calcul Read
Summary (Résumé de lecture).
l’analyse d’IGK inclut également des informations sur d’autres éléments du locus IGK impliqués dans les recombinaisons (IGKINTR et
IGKDEL).
les 200 les plus importantes : lorsque spécifié ci-dessus, les feuilles de calcul affichent les séquences les plus importantes (jusqu’à 200) pour
IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 et IGK. Toutes les séquences sont affichées pour TRG dans le Read Summary (Résumé de lecture).
la « séquence putative CDR3 » est déterminée par la correspondance d’une définition exacte d’une séquence CDR3. Toute mutation despoints d’ancrage ou perturbation du cadre de lecture entraînera une valeur « not found » (non trouvé).

IMPORTANT !

Les assignations des gènes V/J présentées dans le Read Summary (Résumé de lecture) peuvent
parfois être intitulées « none » (aucune). Ces assignations sont basées sur la qualité du meilleuralignement entre la lecture et les gènes de référence. Si le meilleur alignement
a un résultat inférieur à un seuil de qualité, l’assignation du gène ne peut pas être déterminéeavec certitude et est intitulée « none » (aucune).

IMPORTANT !

Le taux de mutation en gène V partiel (%) indiquera « n/a » (N.A) pour IGH FR2 et IGH FR3. La
couverture du gène V est limitée en raison des tailles d’amplicon plus courtes de ces cibles, ce qui
entraîne des erreurs de calcul du taux de mutation.

 La colonne V-coverage (Couverture gène V) est un indicateur important de la confiance d’assignation de la lecture à ungène V. Si la valeur est inférieure à 90 % (à savoir la lecture séquencée recouvre moins de 90 % du gène
de référence), il est très improbable que cette lecture ait été générée à partir d’un événement de recombinaison
V-J réel, et elle peut donc être considérée comme un artefact potentiel.
 Lors de l’analyse du statut d’hypermutation somatique d’échantillons, concentrer l’analyse des données sur les
4 premières lectures (limiter les échantillons monoclonaux et biclonaux aux 2 ou 4 premières lectures, respectivement),
car le taux d’hypermutation somatique (HMS) et les analyses du cadre interne/du codon stop fournissent davantage
d’informations pour ces lectures. En raison de la nature non biaisée des plateformes NGS, de nombreuses lectures audelà des 4 premières sont séquencées et analysées ; la plupart sont des réarrangements de faible abondance ou peuventêtre imputées à des artefacts d’amplification ou de séquençage. Dans ce cas, le taux d’HMS et les analyses du cadreinterne/codon stop ne sont pas utiles dans les lectures non clonales.
 Veuillez noter qu’Invivoscribe utilise GRCh37 pour les séquences de référence, ainsi les résultats peuvent différer
légèrement d’autres bases de données. En outre, un grand nombre de pseudogènes et de gènes non fonctionnels nesont pas inclus dans l’analyse. Il convient d’interpréter avec prudence les réarrangements dont l’état d’hypermutation
somatique est égal à ou proche du seuil de 2 %, en particulier lors de l’exécution du test IGH FR1, qui cible uniquement
une portion de la région IGHV, car la séquence en amont du site de liaison des amorces ne sera pas évaluée.
LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 11 sur15

5.

Support technique et service client
Nous vous sommes reconnaissants de votre fidélité. Nous sommes à votre disposition pour vous aider à comprendre ce
logiciel, et notre support technique est disponible du lundi au vendredi pour vous permettre de réaliser les tests efficacement
dans votre laboratoire.
Coordonnées
Invivoscribe, Inc
10222 Barnes Canyon Road | Building 1 | San Diego | California 92121-2711 | États-Unis
Téléphone: +1 858 224-6600 | Fax: +1 858 224-6601 | Heures d’ouverture: 7 h – 17 h heure du PacifiqueService technique: support@invivoscribe.com | Service client: sales@invivoscribe.com | Site internet: www.invivoscribe.com

6.

SymbolesLes symboles suivants sont utilisés pour l’étiquetage des produits NGS d’Invivoscribe.

7.
Q1 :

Numéro de référence

Date de péremption

Volume du réactif

Représentant agréé dans la
Communauté européenne

Numéro de lot

Consulter les instructions d’utilisation

Conditions de conservation

Destiné au diagnostic in vitro

Identifiant Unique de L'Appareil

FabricanteConformité Britannique Évaluée

Personne responsable au Royaume-Uni

Mandataire Suisse

Conformité Européenne

Foire aux questions concernant le logiciel
Après avoir sélectionné Launch Program (Démarrer le programme), l’erreur suivante(ou une erreur similaire) s’affiche :Application terminated with error: Cannot run program ".\resources\Parse_TRG_PGM.exe": CreateProcess error=2, The system cannot find thefile specified.
For help with this error, please contact Invivoscribe Technical Support. (L’application s’est terminée avec une erreur : Impossible d’exécuter leprogramme .\resources\Parse_TRG_PGM.exe": CreateProcess error=2, le système ne peut trouver le fichier spécifié. Pour obtenir de l’aide
concernant cette erreur, veuillez contacter le support technique d’Invivoscribe.)

R1 :Le fichier du programme compressé a-t-il été décompressé (voir la section 1 : Installation du logiciel) ? Cette erreur survient
fréquemment lors d’une tentative d’exécution du programme sans que le fichier ait été préalablement décompressé. Windows
permet de visualiser le contenu d’un fichier compressé (.zip) en effectuant un simple double-clic sur ce fichier ; son contenu
semble alors complet et fonctionnel, mais il ne peut être exécuté tel quel.

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 12 sur15

Q2 :Pourquoi le Read Summary (Résumé de lecture) de mon analyse IGH et/ou IGK comporte-t-il moins de 200 lectures ?

R2 :Le logiciel LymphoTrack Dx – S5/PGM aligne les 200 lectures les plus importantes pendant l’analyse, mais le résumé delecture contient uniquement les lectures ayant été alignées sur un gène V ou J qui se trouve dans la référence. Si une
lecture ne parvient pas à s’aligner sur la référence, elle est exclue du résumé de lecture.
Diverses raisons peuvent expliquer une absence d’alignement sur la référence. Toutefois, le problème se situe
généralement au niveau de l’échantillon, conduisant à une grande quantité d’amplification non spécifique. Cet événement
peut être dû à une faible numération de cellules cibles dans l’échantillon, à des conditions de PCR incorrectes ou à des typesd’échantillons de faible qualité, tels qu’un FFIP fragmenté. Afin de réduire la probabilité de survenue de ces événements,
veuillez suivre scrupuleusement les instructions d’utilisation.

Q3 :Pourquoi l’assignation du gène V ou l’assignation du gène J indique-t-elle « none » (aucune) dans le tableau de résumé
de lecture ?

R3 :Afin d’assigner une lecture à un gène V et/ou J spécifique, un seuil de qualité minimal doit être atteint pendant l’alignement.
Si l’alignement est de mauvaise qualité, une assignation ne peut être effectuée avec certitude et celle-ci comporte lamention « none » (aucune). Veuillez noter qu’une lecture ne peut être assignée à « none » à la fois pour les gènes V et J,
car elle n’apparaîtrait pas dans le rapport, conformément à la condition exposée à la question 2.

Q4 :Le « VJ Sequence Frequency Graph (Graphique de la fréquence de la séquence VJ) » comporte des valeurs étranges surl’ordonnée. Le « % total reads » (% de lectures totales) est en millions, comment est-ce possible ?

R4 :Cela est certainement dû à une exécution du programme LymphoTrack Dx avec un type de séparateur décimal incorrect
pour votre région. Consultez la section 2 : Exécution de l’application d’analyse de données, en particulier en ce qui concerne
le choix du séparateur décimal.

Q5 :Toutes les feuilles de calcul des graphiques sont vides, mais les feuilles de calcul sans graphique comportent desdonnées. Où les graphiques sont-ils passés ?

R5 :Cela peut être dû à une mauvaise orientation par défaut du programme Excel, à savoir « de droite à gauche » et non « degauche à droite ». Si les en-têtes des colonnes d’une feuille de calcul vide commencent par la lettre « A » sur la droite dela feuille de calcul, vous devez modifier l’orientation en « de gauche à droite » avant d’utiliser la macro de visualisation desdonnées. Pour modifier ce paramètre, cliquez sur le bouton Office dans le coin supérieur gauche, puis sur Excel options(Options Excel), cliquez sur Advanced (Options avancées), puis faites défiler vers le bas jusqu’à la section Display (Afficher).
Une option intitulée Default direction (Orientation par défaut) apparaît ici et le fait de sélectionner Left-to-right (De gaucheà droite) permettra par la suite aux analyses de visualisation de données de fonctionner correctement. Remarque :l’orientation est alors modifiée de façon permanente jusqu’à ce qu’elle soit rétablie. La fermeture d’Excel n’inverse pas
cette modification.

Q6 :Pourquoi les résultats de l’analyse semblent-ils inclure un moins grand nombre de lectures que ce à quoi l’on peuts’attendre ?

R6 :S’il y a très peu de lectures totales analysées, voire aucune, d’après le Read Summary (Résumé de lecture), vérifiez que lebon type d’analyse a été sélectionné (IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK ou TRG) lors de l’exécution du programme
LymphoTrack Dx – S5/PGM. Si le nombre de lectures totales semble être très réduit, comparez la taille des fichiers FASTQ
à analyser avec la taille des fichiers FASTQ présents sur l’instrument Ion S5 ou Ion PGM. Si la taille des fichiers surl’instrument Ion S5 ou Ion PGM est plus importante, il est nécessaire de transférer à nouveau les données de séquence afinde bien analyser l’intégralité des données.
Les outils de séquençage Ion S5 et Ion PGM affichent différents messages lors de la production des données de séquençage.
Un message peut indiquer « Sequencing Complete » (Séquençage terminé), et un autre peut ensuite indiquer « Analysis
Complete » (Analyse terminée). Le transfert des données FASTQ entre ces deux messages peut rendre l’analyse
LymphoTrack Dx incomplète.

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 13 sur15

Q7 :Pourquoi le Read Summary (Résumé de lecture) comprend-il une lecture, figurant parmi les dix premières, qui n’apparaît
pas dans le Merged Read Summary (Résumé de lecture fusionné) ?

R7 :La lecture introuvable a peut-être été fusionnée avec une lecture d’un rang supérieur, ou il est possible que son alignement
soit exceptionnellement médiocre. Lors du processus de fusionnement, les lectures contenues dans le résumé de lecturesont alignées sur celles du fichier de lectures uniques. Cependant, les lectures du résumé de lecture ont été orientées defaçon à ce que l’alignement corresponde à la référence, et il est donc possible qu’elles soient anti-sens par rapport au gène
de référence. Cela se produit uniquement lorsque l’alignement est particulièrement mauvais ou qu’un alignement sens ou
anti-sens serait presque équivalent, mais que l’anti-sens est légèrement meilleur. Dans de ces cas, il est préférable d’ignorer
complètement la lecture.
IMPORTANT :seules les lectures du Merged Read Summary (Résumé de lecture fusionné) peuvent être utiliséespour déterminer la preuve de clonalité.

Q8 :Pourquoi l’analyse prend-elle plus de temps que prévu (plus d’une heure par échantillon) ?

R8 :Consultez le fichier journal pour connaître le temps nécessaire à chaque étape. Sous la ligne « INFO: Decompressing files »(INFO : Décompression des fichiers), une autre ligne indique le nombre de fichiers et le temps utilisé pour la décompression.
Ce nombre est exprimé en millisecondes. Si la décompression prend plusieurs heures, vérifiez que les fichiers cibles setrouvent sur un serveur de fichiers. En général, l’exécution d’un processus E/S intensif, comme c’est le cas de ladécompression, sur un réseau est beaucoup plus longue. Si possible, copiez les fichiers sur un ordinateur local ou
décompressez les fichiers directement avant d’exécuter ce logiciel. Veillez à ce que les fichiers compressés et décompressés
ne se trouvent pas dans le même dossier. Le logiciel ne poursuivra pas l’opération si les fichiers de type FASTQ et FASTQ.GZ
se trouvent ensemble dans le dossier cible.
Si les étapes de parsing et d’analyse subséquentes prennent beaucoup de temps, il est possible que vos fichiers FASTQ
soient très volumineux. Des fichiers FASTQ volumineux peuvent par exemple être générés lorsque moins de 12 index sontcontenus dans une seule analyse Ion S5 ou Ion PGM et que la profondeur de couverture des échantillons séquencés est
donc plus importante. Un second exemple est celui d’une bibliothèque déséquilibrée qui contiendrait une proportion plusélevée d’échantillons d’un même index par rapport à la proportion d’échantillons d’autres index. Le temps d’exécution
estimé dans ces instructions d’utilisation part du principe que l’analyse comporte 12 index et que les bibliothèques sontéquilibrées.

Q9:

Pourquoi manque-t-il les rapports PDF dans le dossier de sortie de l'analyse?

A9:

Le disque de l'ordinateur a peut-être manqué d'espace. Assurez-vous de disposer de suffisamment d'espace sur le disque(au moins 80 Gb) avant de lancer l'analyse. Si cette erreur se reproduit, contactez le Support Technique.

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 14 sur15

Q10:

Comment résoudre un échec lors du lancement du LymphoTrack Dx Software – S5/PGM en double-cliquant sur le fichierstartLymphoTrackDxS5-PGM.jar?

A10 :Ce problème peut se produire lorsqu'il y a un problème avec l'installation actuelle de Java. La version correcte de Java (Java8 64 bits) doit être installée sur le système pour que le logiciel LymphoTrack Dx – S5/PGM puisse s'exécuter. De plus, lefichier startLymphoTrackDxS5-PGM.jar doit être configuré pour être ouvert avec la version correcte de Java.
Les étapes de dépannage suivantes peuvent être suivies pour s'assurer que la bonne version de Java est installée et que le
JAR est ouvert avec la bonne version de Java :1.

Vérifiez que le logiciel Java est installé :1.1. Ouvrez le Windows Menu (Menu Windows) et tapez Settings (Paramètres) dans la barre de recherche, puissélectionnez la première icône qui s'affiche.
1.2. Dans la barre de recherche de la nouvelle fenêtre, tapez Add or remove programs (Ajouter ou supprimer desprogrammes) et sélectionnez la première option qui apparaît.
1.3. Faites défiler la liste des programmes installés.
••2.

Désinstallez les anciennes versions de Java :
2.1.
2.2.

3.

Suivez les étapes 1.1 et 1.2.
Faites défiler la liste des programmes installés. Identifiez tout programme commençant par les lettres Java etcontenant également les lettres Java 8 et 64 bits, cliquez sur l'entrée dans la liste, puis cliquez sur Désinstaller.

Désinstallez Java et réinstallez Java :Si la version correcte de Java est installée et que le logiciel ne s'ouvre toujours pas, désinstallez et réinstallez Java.
3.1.
3.2.
3.3.
3.4.

4.

Si un programme avec un nom commençant par les lettres Java 8 et se terminant par les caractères (64 bits)
est dans la liste, la version correcte de Java est installée.
Sinon, Java 8 64 bits doit être installé ; passez à la section 3.

Suivez les étapes 1.1 et 1.2.
Faites défiler la liste des programmes installés et cliquez sur l'entrée portant le nom Java 8 et se terminant parles caractères 64 bits, puis cliquez sur Uninstall (Désinstaller).
Accédez au site Web Java pour télécharger le logiciel Java 8 64 bits directement à partir d'Oracle à l'adresse
http://www.java.com/.
Suivez les instructions pour installer le logiciel.

Pointez le fichier JAR sur le bon exécutable Java :4.1. Faites un clic droit sur le fichier startLymphoTrackDxS5-PGM.jar, puis sélectionnez Properties (Propriétés).
4.2. Dans la boîte de dialogue qui apparaît, sélectionnez le bouton Change (Modifier) à opens with (côté de s'ouvreavec) du texte.
4.3. Dans la boîte de dialogue suivante qui apparaît, sélectionnez Choose another app (Choisir une autre application).
4.4. Dans la nouvelle fenêtre qui s'ouvre, cliquez sur More apps (Plus d'applications), puis sélectionnez Look for
another app on this PC (Rechercher une autre application sur ce PC).
4.5. Dans la fenêtre de navigation qui apparaît, accédez à l'emplacement du dossier de l'installation de Java 8 64 bits.
•
4.6.
4.7.

Ce sera probablement : Local Disk (C:) > Program Files > Java > jre1.8.0_(version number) > bin (Disquelocal (C:) > Program Files > Java > jre1.8.0_(numéro de version) > bin).

Sélectionnez javaw.exe et cliquez sur Open (Ouvrir).
Une fois l'installation confirmée, répétez les sections 4.1 à 4.3 et cochez la case indiquant Always open .jar files
with this app (Toujours ouvrir les fichiers .jar avec cette application), puis accédez au même fichier javaw.exe àpartir de l'étape 4.6. Cela permettra au LymphoTrack Dx Software de s'ouvrir correctement.

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023

Page 15 sur15

Contrat de Licence Utilisateur Final
CE CONTRAT DE LICENCE UTILISATEUR FINAL DOIT ÊTRE ACCEPTÉ PAR UN REPRÉSENTANT AUTORISÉ DE L’UTILISATEUR FINAL DE CE PRODUIT AVANT D’UTILISER LE LOGICIELLYMPHOTRACK® DX (le « Logiciel »). EN UTILISANT LE LOGICIEL LYMPHOTRACK® DX, VOUS AFFIRMEZ ÊTRE UN REPRÉSENTANT AUTORISÉ DE L’UTILISATEUR FINAL MANDATÉ AYANTREÇU PROCURATION POUR CONCLURE CE CONTRAT. VEUILLEZ LIRE CE CONTRAT ATTENTIVEMENT. EN UTILISANT LE LOGICIEL, VOUS VOUS ENGAGEZ À RESPECTER LES TERMES DE CE
CONTRAT. SI VOUS N’ACCEPTEZ PAS LES CONDITIONS DE CE CONTRAT, VEUILLEZ CESSER D’UTILISER CE PRODUIT. SI VOUS ACCEPTEZ LES CONDITIONS DE CE CONTRAT EN VOTRE NOM
ET/OU AU NOM DE L’ENTITÉ QUE VOUS REPRÉSENTEZ, VOUS POUVEZ CONTINUER DE L’UTILISER.
Ce Contrat de Licence Utilisateur Final (CLUF) est conclu et a valeur entre vous et INVIVOSCRIBE, INC., une société californienne (le « concédant de licence ») et vous, en tant qu’utilisateur
du logiciel (en tant qu’individu ou entité légale), le « titulaire de la licence » pour le contrat de licence et l’utilisation du logiciel du concédant de la licence. Le Titulaire de la licence reconnaît
et accepte que le droit d’utilisation du Logiciel, de quelque manière que ce soit, soit contrôlé par ce CLUF et que cette utilisation soit strictement conforme aux termes et aux conditions dece CLUF.
CONCESSION DE LICENCE. Le Concédant accorde au Titulaire une licence non exclusive, non transférable et limitée, sans droit de sous-licencier, afin d’utiliser le Logiciel et toutedocumentation écrite afférente, ainsi que tout document ou autre contenu présentant des informations contenues dans le Logiciel (regroupés sous le terme « Produit ») uniquement
à des fins d’utilisation interne propre. À l’exception de ce qui a été convenu dans un document signé par le concédant de licence, la licence du logiciel accordée dans la phrase
précédente est limitée à l’utilisation avec les tests LymphoTrack® Dx du concédant de licence achetés auprès du concédant de licence ou d’un distributeur autorisé par le concédant
de licence. Le Concédant se réserve tout droit qui ne serait pas expressément accordé au Titulaire de la licence. La licence limitée accordée par ce CLUF et le paiement du droit delicence par le Titulaire de la licence donne au Titulaire de la licence le droit d’utiliser le Produit uniquement conformément aux termes de ce CLUF. Cette licence ne constitue pas une
vente du logiciel original ou de toute copie de celui-ci.
2. CONFIDENTIALITÉ. Le Titulaire de la licence a été informé que le Produit est détenu par le Concédant et qu’il inclut et relève de la propriété intellectuelle du Concédant, y compris maissans s’y limiter, un ou plusieurs secrets commerciaux, les droits d’auteur, les dépôts de brevet et/ou les brevets délivrés (« Propriété intellectuelle ») du Concédant. La possession etl’utilisation du Produit par le Titulaire de la licence doivent être restreintes aux termes de ce CLUF, et la réception ou la possession ne confèrent aucun droit de divulguer, reproduireou permettre à d’autres d’utiliser le Produit en dehors des termes de ce CLUF sans l’autorisation écrite expresse du Concédant. Le Titulaire de la licence accepte de ne pas divulguer,
publier, traduire, communiquer ou distribuer des copies du Produit ou de toute partie de celui-ci en dehors des termes de ce CLUF. Le Titulaire de la licence n’est pas autorisé à
modifier, adapter, traduire, rétroconcevoir, décompiler, désassembler ou créer des produits dérivés basés sur le Produit ou une partie de celui-ci, y compris tout document ou autre
contenu conçu grâce à l’utilisation du logiciel.
3. PROPRIÉTÉ DU PRODUIT. Le titre, la propriété et tous les droits et intérêts du Produit, toutes les copies de celui-ci et toute « Propriété intellectuelle » afférente demeurent à tout
moment la propriété du Concédant, et ce CLUF ne concède aucun droit de propriété au Titulaire de la licence.
4. RESTRICTIONS RELATIVES À LA REPRODUCTION. Le Produit est protégé par les droits d’auteur. La copie ou la modification non autorisées du Produit, y compris mais sans s’y limiter
du logiciel modifié, fusionné ou inclus dans un autre logiciel, est expressément interdite. Le Titulaire de la licence peut être tenu légalement responsable de toute violation des droitsd’auteur causée ou encourue à la suite du non-respect des termes de ce CLUF par le Titulaire de la licence.
5. RESTRICTIONS RELATIVES AU TRANSFERT. La licence de ce Produit est concédée au Titulaire de la licence et ne peut pas être transférée à qui que ce soit sans l’autorisation écrite
préalable du Concédant. Le Titulaire de la licence ne peut en aucun cas transférer, céder, louer, donner à bail, vendre ou éliminer autrement le produit, ou toute partie de celui-ci, demanière temporaire, sauf si expressément prévu par les présentes.
6. RÉSILIATION. Le présent CLUF sera résilié automatiquement sans préavis en cas de non-respect de toute condition par le Titulaire de la licence.
7. GARANTIE LIMITÉE. LE PRODUIT, Y COMPRIS LE LOGICIEL ET LA DOCUMENTATION ÉCRITE AFFÉRENTE, NOTAMMENT LES INSTRUCTIONS D’UTILISATION, SONT FOURNIS « EN L’ÉTAT »,SANS AUCUNE GARANTIE, ET LE CONCÉDANT REJETTE TOUTE AUTRE GARANTIE, QU’ELLE SOIT EXPLICITE, IMPLICITE OU STATUTAIRE, Y COMPRIS LES GARANTIES IMPLICITES DEQUALITÉ MARCHANDE ET D’ADÉQUATION À UN USAGE PARTICULIER, DE TITRE, D’ABSENCE DE CONTREFAÇON ET TOUTE GARANTIE RÉSULTANT DES PRATIQUES COMMERCIALESÉTABLIES OU DES MODALITÉS D’EXÉCUTION, RELATIVES AU LOGICIEL, À LA DOCUMENTATION OU À TOUT AUTRE MATÉRIEL QUI VOUS EST FOURNI EN VERTU DE CE CLUF. LE
CONCÉDANT NE GARANTIT EN AUCUN CAS QUE LE LOGICIEL FONCTIONNERA DE FAÇON ININTERROMPUE, SERA EXEMPT DE DÉFAUT ET RÉPONDRA (OU EST CONÇU POURRÉPONDRE) À VOS EXIGENCES COMMERCIALES.
8. RESPONSABILITÉ LIMITÉE. DANS LES LIMITES AUTORISÉES PAR LA LOI, LE CONCÉDANT NE DOIT EN AUCUN CAS ÊTRE TENU RESPONSABLE DE TOUT MANQUE À GAGNER OU TOUTEPERTE D’OPPORTUNITÉS COMMERCIALES, D’UTILISATION, DE REVENU OU DE CLIENTÈLE, OU DE TOUTE INTERRUPTION D’ACTIVITÉ OU PERTE DE DONNÉES, OU DE TOUT AUTRE
DOMMAGE INDIRECT, SPÉCIAL, ACCIDENTEL OU CONSÉCUTIF EN VERTU DE TOUTE THÉORIE DE RESPONSABILITÉ, QU’ELLE SOIT FONDÉE SUR UN CONTRAT, UN DÉLIT, UNE
NÉGLIGENCE, LA RESPONSABILITÉ VIS-À-VIS DU PRODUIT OU TOUTE AUTRE RESPONSABILITÉ. DANS LA MESURE OÙ CERTAINES JURIDICTIONS N’AUTORISENT PAS L’EXCLUSION OU
LA LIMITATION DE LA RESPONSABILITÉ POUR DES DOMMAGES CONSÉCUTIFS OU ACCIDENTELS, LES LIMITATIONS SUSMENTIONNÉES PEUVENT NE PAS S’APPLIQUER AU TITULAIRE
DE LA LICENCE. LA RESPONSABILITÉ DU CONCÉDANT EN VERTU DE CE CLUF NE POURRA EN AUCUN CAS, QUE L’ARGUMENT SOIT BASÉ SUR UN CONTRAT, UN DÉLIT, UNE
RESPONSABILITÉ STRICTE OU TOUTE AUTRE RESPONSABILITÉ, DÉPASSER LES FRAIS DE LA LICENCE PAYÉS PAR LE TITULAIRE DE LICENCE POUR LE LOGICIEL, LE CAS ÉCHÉANT. LES
LIMITATIONS SUSMENTIONNÉES S’APPLIQUENT, QUE LE CONCÉDANT AIT ÉTÉ AVISÉ OU NON DE LA POSSIBILITÉ DE TELS DOMMAGES, ET QUE TOUT RECOURS ÉCHOUE OU NON ÀATTEINDRE SON OBJECTIF PRINCIPAL.
9. RECOURS EXCLUSIF. Le recours exclusif du Titulaire de la licence et la seule responsabilité du Concédant en cas de violation de ce CLUF par le Concédant se limitera, à la seule et entière
discrétion du Concédant, au : (i) remplacement de tout Logiciel défectueux ou Documentation connexe ; ou (ii) au remboursement de la contrepartie payée au Concédant pour le
Logiciel.
10. LÉGISLATION APPLICABLE. Ce CLUF est régi par la législation de l’État de Californie, sans égard aux principes de conflits de lois, et le Titulaire de la licence accepte la compétence destribunaux d’État et fédéraux siégeant dans l’État de Californie.
11. ACCORD COMPLET. Ce CLUF constitue l’intégralité de l’accord entre le Concédant et le Titulaire de la licence selon les conditions spécifiques énoncées dans les présentes concernant
la licence et les garanties du Produit et toute autre condition ou obligation incluses. Ce CLUF remplace tous les accords et contrats antérieurs, qu’ils soient écrits ou oraux. Ce CLUF nepeut être modifié à moins que ces modifications soient approuvées par écrit par le Concédant et le Titulaire de la licence.
12. DIVISIBILITÉ. Si, pour une raison quelconque, un tribunal compétent détermine que toute disposition ou partie de toute disposition de ce CLUF est inapplicable, cette partie ou
disposition sera exécutée dans les limites autorisées par la législation afin de respecter les intentions des parties, et le reste du CLUF demeurera en vigueur.
1.

© 2023 Invivoscribe, Inc. Tous droits réservés. Les marques commerciales mentionnées dans ce document sont la propriété d’Invivoscribe, Inc. et/ou de ses filiales, ou (en ce qui concerne les marquescommerciales d’autres détenteurs figurant dans ce document) de leurs propriétaires respectifs. PGM™ et Ion S5™ sont des marques commerciales de Thermo Fisher Scientific et de ses filiales.
MICROSOFT®, WINDOWS® et EXCEL® sont des marques déposées de Microsoft Corporation.

LymphoTrack Dx Software – S5/PGM

280386 Rév. K | Mars 2023