Gebrauchsanweisung

LymphoTrack Dx Software – MiSeq Version 2.4.3®

TM

Diese Software wird gemeinsam mit jedem LymphoTrack Dx Assay für das Illumina MiSeq-Instrument zur Analyse von *.fastqRohdateien bereitgestellt. Die Software setzt sich aus drei Teilen zusammen: der LymphoTrack Datenanalyseanwendung und
Reporteranwendung, einem LymphoTrack Reporter-Plugin, das automatisch nach der Analyse ausgeführt wird, sowie einem optionalen
LymphoTrack-Visualisierungsverfahren, das aus vier Microsoft Excel®-Tabellen im Format xlsm besteht. Die Software kann auf allen
unterstützten Microsoft Windows®-Plattformen ausgeführt werden.
Diese Software ermöglicht die Klonalitätsanalyse einzelner oder mehrerer Zieldaten (IGHV Leader („Leader“), IGH FR1, IGH FR2,
IGH FR3, IGK, TRB oder TRG) und stellt außerdem den somatischen Hypermutationsstatus von mit Leader- oder IGH-FR1-Assays
ausgeführten Proben bereit.
Zur Verwendung als In-Vitro-Diagnostikum.

Produktkompatibilität
Diese LymphoTrack Dx Software – MiSeq (95000009) wurde eigens für die folgenden Invivoscribe-Assays entwickelt und ist
ausschließlich mit den folgenden Invivoscribe-Assays kompatibel:
Katalognummer

Beschreibung

91210059

LymphoTrack Dx IGHV Leader Somatic Hypermutation Assay Kit A – MiSeq

00850052003814

91210069

LymphoTrack Dx IGHV Leader Somatic Hypermutation Assay Panel – MiSeq

00850052003821

91210009

LymphoTrack Dx IGH FR1 Assay Kit A – MiSeq

00850052003647

91210039

LymphoTrack Dx IGH FR1 Assay Panel – MiSeq

00850052003654

91210089

LymphoTrack Dx IGH FR2 Assay Kit A – MiSeq

00850052003838

91210099

LymphoTrack Dx IGH FR2 Assay Panel – MiSeq

00850052003845

91210109

LymphoTrack Dx IGH FR3 Assay Kit A – MiSeq

00850052003852

91210119

LymphoTrack Dx IGH FR3 Assay Panel – MiSeq

00850052003869

91210129

LymphoTrack Dx IGH FR1/2/3 Assay Kit A – MiSeq

00850052003876

91210139

LymphoTrack Dx IGH FR1/2/3 Assay Panel – MiSeq

00850052003883

91220009

LymphoTrack Dx IGK Assay Kit A – MiSeq

00850052003906

91220019

LymphoTrack Dx IGK Assay Panel – MiSeq

00850052003913

92270019

LymphoTrack Dx TRG Kit A – MiSeq

00850052003678

92270009

LymphoTrack Dx TRG Panel – MiSeq

00850052003661

92250009

LymphoTrack Dx TRB Kit A – MiSeq

00850052003937

92250019

LymphoTrack Dx TRB Panel – MiSeq

00850052003944

95000009

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

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Verwendungszweck
Die LymphoTrack Dx Software – MiSeq ist für die Analyse von Bioinformatik-Daten sowie die visuelle Darstellung von *.fastq
Rohdateien des Illumina MiSeq Instruments bei der Verwendung mit LymphoTrack Dx Assays vorgesehen.

Mindestsystemanforderungen











Prozessor: Intel Core 2 Duo oder neuere CPU empfohlen.
Festplatte: Mindestens 80 GB freier Speicherplatz auf der Festplatte ist erforderlich; 250 GB wird empfohlen.
RAM: 4 GB ist erforderlich; 8 GB oder mehr wird empfohlen.
Betriebssystem: Windows 10 (64 Bit) ist erforderlich.
Java 8 für 64-Bit-Betriebssysteme (für 32-Bit-Betriebssysteme konfiguriertes Java ist nicht mit der LymphoTrack Dx
Software – MiSeq kompatibel). Die neueste Java-Version kann bei Oracle unter http://www.java.com/de heruntergeladen
werden.
Ein *.pdf-Reader, beispielsweise der Adobe Acrobat Reader, wird für die visuelle Darstellung der von LymphoTrack
Reporter generierten Berichte benötigt.
Microsoft Office Excel 2007, 2010 oder 2013 mit aktivierter Makro-Unterstützung ist für die visuelle Darstellung
erforderlich.
CD-ROM-Laufwerk.
Die LymphoTrack Dx Software – MiSeq v2.4.3 wurde für die Verwendung unter Windows 10, konfiguriert für Englisch(USA) mit Standardanzeigeeinstellungen und Standardbildschirmgröße sowie für Microsoft Excel 2007/2010/2013 als
Alternative für die Datenvisualisierung validiert. Die Verwendung anderer Windows-/Excel-Versionen und/oder Sprach-/Anzeigeeinstellungen kann unter Umständen zu Kompatibilitätsproblemen führen.

Warn- und VorsichtshinweiseStandardbildschirmgröße. Die optimale Bildschirmauflösung für die LymphoTrack Dx Software – MiSeq beträgt 100 %. Das
Einstellen der Standardgröße des Bildschirms auf mehr als 100 % kann die Anzeige des Feldtexts in der Benutzeroberfläche
beeinflussen.



Systemschriftart. Die Benutzeroberfläche wurde so gestaltet, dass die Standardschriftarteinstellungen des Systems auf
einem Windows-Computer mit der Spracheinstellung Englisch (USA) verwendet werden. Eine Änderung derSystemschriftart oder die Nutzung einer anderen Systemsprache als Englisch (USA) kann sich unter Umständen auf denangezeigten Feldtext in der Benutzeroberfläche auswirken.



Kompatible Dateien. Die LymphoTrack Dx Software – MiSeq ist mit *.fastq.gz-Dateien kompatibel, die von der MiSeq
Reporter-Software generiert werden. Die LymphoTrack Dx Software – MiSeq ist nicht mit *.fastq.gz-Dateien kompatibel,
die von der *.Bcl2fastq-Software generiert werden.

Adapter Trimming (Adapter-Trimming). Adapter Trimming (Adapter-Trimming) muss bei der  Erstellung von MiSeqProbenblättern aktiviert sein, damit Adapter-Trimming bei den resultierenden *.fastq.gz-Dateien durchgeführt wird.

Energiesparmodus und Ruhezustand. Ziehen Sie vor der Ausführung der LymphoTrack Dx Datenanalyseanwendung eine
Deaktivierung des Energiesparmodus und/oder des Energiesparmodus oder Ruhezustands in Betracht. Wenn derComputer in den Energiesparmodus oder Ruhezustand wechselt, wird die Software möglicherweise angehalten.



Zeichen im Pfad- und Dateinamen. 1) Vermeiden Sie Leerzeichen im Pfadnamen für Datendateien oder Software(zu diesen Pfadnamen gehören die Namen von Dateiordnern und Dateien) und mehr als ein Leerzeichen in unmittelbarer
Folge ist nicht gestattet. 2) Es ist wichtig, dass Dateinamen lediglich die folgenden Zeichen enthalten: A−Z, a−z, 0−9, ., (Bindestrich). Sollte die Software auf ein Zeichen stoßen, das nicht in dieser Liste aufgeführt wird, wird sie möglicherweise
angehalten. Stellen Sie sicher, dass Sie bei der Erstellung des Probenblatts für MiSeq dieser Proben-Nomenklatur folgen.
3) Pfadnamen dürfen nicht länger als 255 Zeichen sein. Probennamen, für die der Name der Ausgabedatei an diesen
Grenzwert heranreicht, können nur schwer in andere Ordner kopiert werden.

Probenduplikate müssen einen eindeutigen, unverwechselbaren Probennamen aufweisen. Geben Sie jeder Probe bei
deren Benennung einen eindeutigen Namen und eine eindeutige Kennzeichnung. Wenn Proben doppelt ausgeführt
werden, können sie „Probe1a“ und „Probe1b“ benannt werden. Wenn mehrere Proben, die gemeinsam in der gleichen
Flusszelle verarbeitet werden, nicht über eindeutige Namen verfügen, wird nur eine Probe während des Analyseverfahrens
von der Software analysiert.

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

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Softwareinstallation
1.1.
1.2.

Kopieren Sie das Archiv LymphoTrackDxMiSeq2.4.3.zip von der Software-CD auf eine lokale Festplatte desComputers. Die Software darf nur auf einer lokalen Festplatte installiert werden, nicht auf einem Netzlaufwerk. Wird
die Software über eine Netzwerkverbindung ausgeführt, funktioniert sie möglicherweise nicht ordnungsgemäß.
Extrahieren Sie das Archiv, das Sie im vorangegangenen Schritt auf eine lokale Computer-Festplatte kopiert haben.
Hierzu können Sie beispielsweise mit der rechten Maustaste auf die Datei klicken und aus dem sich öffnenden
Kontextmenü die Option Extract All (Alle extrahieren) auswählen.
Nach dem Extrahieren des Archivs wird ein Ordner mit dem Namen LymphoTrackDxMiSeq2.4.3 erstelllt.

Ausführen der Datenanalysesoftware
2.1.

2.2.

2.3.
2.4.
2.5.
2.6.

Identifizieren Sie die zu analysierenden Adapter-Trimming-*.fastq.gz-Dateien mit gepaartem Ende. Diese Dateien
befinden sich im ausgeführten MiSeq-Ordner. Sie sind die *.fastq.gz-Dateien, die als Eingabe für die
LymphoTrackDxMiSeq Datenanalyseanwendung verwendet werden. Die Undetermined_*.fastq.gz-Dateien werden
nicht für die Analyse benötigt.
Kopieren Sie die oben aufgeführten *.fastq.gz-Dateien in einen leeren Ordner auf dem Computer. Laden Sie dieseDateien auf denselben lokalen Computer herunter, auf dem auch die LymphoTrack Dx Software installiert ist.
Die Festplatte, auf der sich der Ordner befindet, muss mindestens 80 GB verfügbaren Speicherplatz aufweisen. Dieser
Ordner wird nun zum <input_folder> (<Eingabeordner>) der Software, auf den wir uns weiter unten beziehen.
Doppelklicken Sie auf die Datei startLymphoTrackDxMiSeq im Ordner LymphoTrackDxMiSeq2.4.3, den Sie während
der Installation auf den Computer kopiert haben.
Lesen Sie die Lizenzvereinbarung. Wenn Sie die Bedingungen akzeptieren möchten, klicken Sie auf Accept(Akzeptieren), um fortzufahren.
Markieren Sie unter Choose analysis mode(s) (Analysemodus wählen) das Kontrollkästchen mit dem gewünschten
Analysemodus. Der Analysemodus muss dem Datentyp im Lauf entsprechen (Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK,TRB und/oder TRG).
Wählen Sie unter Choose decimal mark (Dezimaltrennzeichen wählen) das gewünschte Dezimaltrennzeichen aus.
Hierbei handelt es sich um eine Pflichteingabe, die später Auswirkungen auf die visuelle Darstellung der Daten durch
das Microsoft Excel-Makro hat. Sie können als Dezimaltrennzeichen den Punkt („.“) oder das Komma („,“) auswählen.
ACHTUNG!

Dezimaltrennzeichen. Um zu bestimmen, welche Option Sie auswählen müssen, öffnen Sie eine neue
Excel-Tabelle und geben =10000 in Zelle A1 ein. Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Zelle
und wählen Sie Format Cells (Zellen formatieren).
 Wählen Sie auf der Registerkarte Number (Zahl) in der Liste Category (Kategorie): die Option
Number (Zahl). Rechts befindet sich der Wert für Decimal places (Dezimalstellen), der auf 2
festgelegt ist.
 Unterhalb dieses Werts befindet sich das Kontrollkästchen Use 1000 Separator (1000erTrennzeichen verwenden). Aktivieren Sie dieses Kästchen und betrachten Sie die
Probennummer darüber. Sie enthält die ursprünglich eingegebene Zahl, die nach den ExcelStandardeinstellungen als Zahl mit Dezimaltrennzeichen formatiert wurde.
 Sollte sie das Format ‚10,000.00‘ aufweisen, müssen Sie als Dezimaltrennzeichen die Option decimal
point (Dezimalpunkt) auswählen. Sollte sie das Format „10.000,00“ aufweisen, müssen Sie als
Dezimaltrennzeichen die Option decimal comma (Dezimalkomma) auswählen.

2.7.

Klicken Sie auf die Schaltfläche Browse (Durchsuchen), um einen Eingabeordner auszuwählen. Hierbei handelt es sichum den oben angegebenen <input_folder>, der die zu analysierenden Dateien enthält. Bei Auswahl desEingabeordners sieht es so aus, als sei dieser leer.
ACHTUNG!

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

Der ausgewählte <input_folder> (<Eingabeordner>) darf keine Dateien mit demselben
Namen wie der Eingabeordner enthalten. Wenn das Programm mit einer Probe ausgeführt
wird, die denselben Dateinamen hat wie der Ordner, der als Eingabe für die Analysefunktion
angegeben wurde, kommt es zu einem Fehler und die Analyselaufzeit verlängert sich erheblich(d.h. die Verarbeitung einer kleinen Probe kann anstatt weniger Sekunden bis zu 30 Minuten in
Anspruch nehmen).

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Nachdem Sie den <input_folder> und den Analysemodus ausgewählt haben, klicken Sie auf die Schaltfläche Launch
Program (Programm starten).

2.8.

ACHTUNG!

2.9.

Der ausgewählte <input_folder> darf nur Dateien mit dem Format *.fastq oder *.fastq.gz
enthalten. Sollte weder ein Dateityp noch eine Mischung verschiedener Dateitypen im Ordner
enthalten sein, gibt das Programm eine Fehlermeldung aus und fordert dazu auf, einen
anderen Ordner auszuwählen. Wenn die *.fastq-Dateien von *.Bcl2fastq (die Dateinamen
enthalten die Barcodesequenz anstelle der Nomenklatur „S1, S2, S3“ etc...) generiert wurden,
gibt das Programm eine Fehlermeldung aus und fordert dazu auf, die Daten mit der MiSeq
Reporter-Software erneut zu analysieren.

Analysestatus. Nachdem Sie auf Launch Program (Programm starten) geklickt haben, wird im Hauptfenster der
Programmstatus angezeigt. Wenn das Programm die Analyse der Eingabedatendateien abgeschlossen hat, werden im
Hauptprogrammfenster die Nachricht Analysis is complete… (Analyse abgeschlossen...) und der Speicherpfad desAusgabeordners angezeigt. Außerdem erscheint die Aufforderung, die entsprechende Excel-Tabelle mit der Data
Visualization (Datenvisualisierung) zu öffnen. Über das Hauptfenster des Programms können Sie sofort nach
Abschluss einer Analyse eine neue Analyse starten.
ACHTUNG!

Analysedauer. Die Dauer des Programmdurchlaufs ist abhängig von der Größe und Anzahl der
analysierten Proben, dem Analysemodus und der Computerhardware. Eine typische Verteilung der
Lesevorgänge für einen 24-Proben-Assay beträgt 200.000 bis 1 Million Lesevorgänge pro Probe.
Diese Zahl kann sich bei zukünftigen Versionen der MiSeq-Plattform ändern.
Die Analyse einer typischen mit IGHV Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB oder TRG
untersuchten einzelnen Probe dauert etwa 1 bis 2 Minuten. Die Analyse eines typischen 24Proben-Assays (nur Leader, nur IGH FR1, nur IGH FR2, nur IGH FR3, nur IGK, nur TRB oder nur
TRG) dauert etwa 25 bis 50 Minuten. Werden typische 24-Proben-Assays einer Kombination
aus Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB und/oder TRG untersucht, muss die
Analysedauer mit der Anzahl der zu analysierenden Ziele multipliziert werden.

2.10.

Ausgabeordner. Abhängig vom gewählten Analysemodus werden im <input_folder> ein oder mehrere
Ausgabeordner erstellt, die die *.fastq- oder *.fastq.gz-Dateien enthalten. Tabelle 1 erläutert die Beziehung zwischen
dem Analysemodus und dem Namen der Ausgabeordner.
Tabelle 1. Ausgabeordner-Name gemäß Analysemodus

Analysemodus

2.11.

2.12.

Ausgabeordner-Name(n)LeaderLEADER_output (LEADER_Ausgabe)

IGH FR1

IGH_FR1_output (IGH_FR1_Ausgabe)

IGH FR2

IGH_FR2_output (IGH_FR2_Ausgabe)

IGH FR3

IGH_FR3_output (IGH_FR3_Ausgabe)

TRB

TRB_output (TRB_Ausgabe)

TRG

TRG_output (TRG_Ausgabe)

IGK

IGK_output (IGK_Ausgabe)

Beliebige Kombination aus: Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH
FR3, IGK, TRB und TRG

Zwei bis fünf der oben aufgeführten Ausgabeordner

Nach einer erfolgreichen Analyse durch das Programm enthält der Ausgabeordner pro analysierter Probe mehrere*.tsv-Dateien und eine *.pdf -Datei. Beachten Sie, dass in der unten aufgeführten Tabelle ein “*” für den in das
Probenblatt eingegebenen Probennamen, gefolgt von der plattformspezifischen Nummer, steht(z. B. samplename_S1_L001_001_combined).
Für die Analyse von Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, TRB und IGK finden Sie in Tabelle 2 Beschreibungen der neunfür jede Probe erzeugten Dateien.

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

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Tabelle 2. Beschreibung der IGH-, TRB- und IGK-Ausgabedateien.

Analyse von Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, TRB und IGK
Enthält eine Liste der 200 häufigsten einmaligen Sequenzen, sortiert nach Anzahl (Zahl derLesevorgänge), mit folgenden Angaben:Welches V-J-Rekombinationsereignis am besten mit der Sequenz übereinstimmt

Länge

Tatsächlicher prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Lesevorgänge

Kumulativer prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Lesevorgänge
Wie genau der Lesevorgang das identifizierte V-Zielgen der Primer abdeckt (%) (IGH/IGK
und TRB)
Putative CDR3-Sequenz*.fastq_read_summary.tsv(*.fastq_Lesevorgangszusammenfassung.tsv)

Leader und IGH FR1 umfassen zudem:
Mutationsrate des partiellen V-Gens (%)
Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 umfassen zudem:Ob die Umlagerung voraussichtlich im Leseraster (In-Frame) liegt [Y/N/n/a (Ja/nein/keine
Angabe)]. Wenn die Nutzung des V- oder J-Gensegments infolge der Qualität desAlignments nicht vorhergesagt werden kann, dann kann die Software nicht vorhersagen,ob sich das Gen im Leseraster (In-Frame) befindet, und das Ergebnis lautet n/a (keine
Angabe).

Ob angenommen wird, dass die Umlagerung kein Stoppcodon enthält [Y/N (Ja/nein)].
Wenn eine In-Frame Vorhersage nicht möglich ist, kann nicht abgeschätzt werden, ob ein
Stoppcodon vorhanden ist.

*.fastq_read_summary_merged_top10_
searchtop500.tsv(*.fastq_Lesevorgangszusammenfassung_verknüpft_top10_
top500durchsuchen.tsv)*.fastq_unique_reads.tsv(*.fastq_einmalige_Lesevorgänge.tsv)

Gleiches Format wie die Datei read_summary (Lesevorgangszusammenfassung), enthält jedoch nur die
10 häufigsten Lesevorgänge der Datei read_summary (Lesevorgangszusammenfassung) verknüpft mit den
500 häufigsten Lesevorgängen. Ein Lesevorgang wird mit einem anderen zusammengelegt, wenn sich nur 1oder 2 Nukleotide (nts) voneinander unterscheiden, wobei der Lesevorgang mit der höchsten Anzahl seine
Sequenz-Identität beibehält und der Lesevorgang mit der geringeren Anzahl zu dem mit der höheren
Anzahl addiert wird.
Eine FASTA-Datei einmaliger Sequenzen, sortiert nach deren Anzahl.

*.fastq_CDR3_unique_reads.tsv(*.fastq_CDR3_einmalige_Lesevorgänge.tsv)

Eine FASTA-Datei der putativen CDR3-Sequenzen, die in der Datei *.fastq_unique_reads(*.fastq_einmalige_Lesevorgänge) gefunden wurden.

*.fastq_VJ_sequence_frequency_family. tsv(*.fastq_VJ_Sequenzhäufigkeitsfamilie. tsv)

Bei jeder Familie handelt es sich um eine Gruppe aller möglichen Rekombinationen, die in einer
bestimmten V- oder J-Region gefunden wurden, beispielsweise eine V1-Familie oder eine J4-Familie.
Innerhalb der V1-Familie lässt sich jede Anzahl an Rekombinationen finden, wie beispielsweise V1-69
und V1-8. Diese Datei enthält eine Liste aller möglichen Rekombinationen der V-Familie – J-Familie,von denen jede über eine sortierte Liste der Lesevorgänge (höchster bis geringster prozentualer
Anteil) verfügt. Diese Datei wird am besten in einem „Stapeldiagramm“ in Excel verwendet.

*.fastq_read_summary_family.tsv(*.fastq_
Lesevorgangszusammenfassungsfamilie.tsv)

Enthält eine sortierte Liste einmaliger Sequenzen, geordnet nach Anzahl, die folgende Angaben
enthält:
Welches Rekombinationsereignis der V-J--Familie am besten mit der Sequenzübereinstimmt

Länge

Tatsächlicher prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Lesevorgänge

Kumulativer prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Lesevorgänge
Wie genau der Lesevorgang das identifizierte V-Zielgen der Primer abdeckt (%)(IGH/IGK)
Putative CDR3-Sequenz
Leader und IGH FR1 umfassen zudem:
Mutationsrate des partiellen V-Gens (%)
Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 umfassen zudem:Ob die Umlagerung voraussichtlich im Leseraster (In-Frame) liegt [Y/N/n/a (Ja/nein/keine
Angabe)].

Ob angenommen wird, dass die Umlagerung kein Stoppcodon enthält [Y/N (Ja/nein)].

*.fastq_VJ_usage_family.tsv(*.fastq_VJ_Nutzungsfamilie.tsv)

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

Eine Zählungsmatrix und Matrix der prozentualen Anteile der verschiedenen
Rekombinationsereignisse der V-Familie – J-Familie.

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Tabelle 2. Beschreibung der IGH-, TRB- und IGK-Ausgabedateien.

Analyse von Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, TRB und IGK*<timestamp>.pdf (*<Zeitstempel>.pdf)*.fastq_VJ_usage.tsv(*.fastq_VJ_Nutzung.tsv)
Hinweis:Hinweis:Hinweis:Der von LymphoTrack Reporter generierte *.pdf -Bericht enthält ähnliche Informationen wie die
Datei „Merged Read Summary“ (zusammengelegte Lesevorgangszusammenfassung), die Datei „Read
Summary“ (Lesevorgangszusammenfassung), die Grafik ‚V – J‘ usage‘ (V – J-Nutzung) und die Grafik‚V – J sequence frequency‘ (V – J-Sequenzhäufigkeit). Weitere Informationen hierzu finden Sie inAbschnitt 3 Datenvisualisierung mit dem LymphoTrack Reporter (automatisch, empfohlen).
Eine Zählungsmatrix und Matrix der prozentualen Anteile der verschiedenen
V-J-Rekombinationsereignisse.

Die IGK-Analyse umfasst zusätzliche Informationen zu weiteren Elementen im IGK-Locus, die an Rekombinationen beteiligt sind
(IGKINTR und IGKDEL).
Die TRB-Analyse umfasst zusätzliche Informationen zu weiteren Elementen im TRB-Locus, die an Rekombinationen der
D – J-Region beteiligt sind.
Die ‚Putative CDR3-Sequence‘ (Putative CDR3-Sequenz) wird bestimmt, indem ein Abgleich mit der genauen Definition einer CDR3Sequenz stattfindet. Eine Mutation von Ankerpunkten oder eine Unterbrechung des Leserasters führt zur Ausgabe des Ergebnisses ‚notfound‘ (nicht gefunden).

 Für die TRG-Analyse finden Sie in Tabelle 3 Beschreibungen der sieben für jede Probe erzeugten Dateien.
Tabelle 3. Beschreibung der TRG-Ausgabedateien.
TRG-Analyse*.fastq_read_summary.tsv(*.fastq_Lesevorgangszusammenfassung.
tsv)*.fastq_read_summary_merged_top10_(*.fastq_zusammengelegte_Lesevorgangs
zusammenfassung_top10)
searchtop500.tsv (Suchetop500.tsv)*.fastq_unique_reads.tsv(*.fastq_einmalige_Lesevorgänge.tsv)*.fastq_CDR3_unique_reads.tsv(*.fastq_CDR3_einmalige_
Lesevorgänge.tsv)*.fastq_VJ_sequence_frequency.tsv(*.fastq_VJ_Sequenzhäufigkeit.tsv)*.fastq_VJ_usage.tsv(*.fastq_VJ_Nutzung.tsv)*<timestamp>.pdf (*<Zeitstempel>.pdf)

Hinweis:2.13.

Eine sortierte Liste einmaliger Sequenzen, geordnet nach Anzahl, die folgende Angaben enthält:Welches V-J-Rekombinationsereignis am besten mit der Sequenz übereinstimmt

Länge

Tatsächlicher prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Lesevorgänge

Kumulativer prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Reads

Putative CDR3 sequence (Putative CDR3-Sequenz)
Gleiches Format wie die Datei read_summary (Lesevorgangszusammenfassung), enthält jedoch nur die
10 häufigsten Lesevorgänge der (Lesevorgangszusammenfassung) verknüpft mit den 500 häufigsten
Lesevorgängen. Ein Lesevorgang wird mit einem anderen zusammengelegt, wenn sich nur 1 oder 2 nts
voneinander unterscheiden, wobei der Lesevorgang mit der höheren Anzahl seine Sequenz-Identität
beibehält und der Lesevorgang mit der geringeren Anzahl zu dem mit der höheren Anzahl addiert wird.
Eine FASTA-Datei einmaliger Sequenzen, sortiert nach deren Anzahl.
Eine FASTA-Datei der putativen CDR3-Sequenzen, die in der Datei *.fastq_unique_reads(*.fastq_einmalige_Lesevorgänge) gefunden wurden.
Eine Liste aller möglichen V-J-Rekombinationen, von denen jede über eine sortierte Liste der
Lesevorgänge (höchster bis geringster prozentualer Anteil) verfügt. Die erste Zahl muss dem
Prozentsatz (%) der Gesamtlesevorgänge entsprechen, den der erste einmalige Lesevorgang vonallen sequenzierten Lesevorgängen berücksichtigt hat. Diese Datei wird am besten in einem„Stapeldiagramm“ in Excel verwendet.
Eine Zählungsmatrix und Matrix der prozentualen Anteile der verschiedenen
V-J-Rekombinationsereignisse.
Der vom LymphoTrack Reporter generierte *.pdf -Bericht enthält ähnliche Informationen wie die
Datei „Merged Read Summary“ (zusammengelegte Lesevorgangszusammenfassung), die Datei „Read
Summary“ (Lesevorgangszusammenfassung), die Grafik ‚V – J‘ usage‘ (V – J-Nutzung) und die Grafik ‚V – J
sequence frequency‘ (V – J-Sequenzhäufigkeit). Weitere Informationen hierzu finden Sie inAbschnitt 3 Datenvisualisierung mit dem LymphoTrack Reporter (automatisch, empfohlen).

Die ‚Putative CDR3-Sequence‘ (Putative CDR3-Sequenz) wird bestimmt, indem ein Abgleich mit der genauen Definition einer CDR3Sequenz stattfindet. Eine Mutation von Ankerpunkten oder eine Unterbrechung des Leserasters führt zur Ausgabe des Ergebnisses„not found“ (nicht gefunden).

Die Ausgabeordner enthalten *.pdf -Berichte und *.tsv-Ausgabe-Datendateien. Die *.tsv Dateien können als
Eingabedateien für die Datenvisualisierungstabellen genutzt werden.

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

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Datenvisualisierung mit dem LymphoTrack Reporter (automatisch,
empfohlen)
3.1.

Bei Abschluss der Analyse wird automatisch ein *.pdf -Bericht für jede Probe erstellt. Der Bericht ist nach dem
Probennamen im Probenblatt benannt, gefolgt von plattformspezifischen Daten, und endet mit einem Zeitstempel(TTMMJJhhmmss).

ACHTUNG!

3.2.

3.3.

Beim Speichern des *.pdf -Berichts ist Folgendes zu beachten: Je nach dem zum Öffnen der *.pdf
verwendeten Programm können ein oder mehrere Spalten bearbeitet werden. An der *.pdf dürfen KEINEÄnderungen vorgenommen werden. Wenn der Benutzer vermutet, dass eine Bearbeitung erfolgt ist, darf die*.pdf NICHT gespeichert werden. Wenn der Benutzer vermutet, dass eine geänderte *.pdf-Datei gespeichert
wurde, muss er die Analyse erneut ausführen, um einen neuen *.pdf -Bericht zu erstellen.

Die erste Seite des *.pdf Berichts enthält einen Index Q30-Wert. Dieser Wert wird als der Prozentsatz der Basen
berechnet, die einen Qualitätswert von 30 oder höher aufweisen, jedoch nur von Lesevorgängen, die nach dem
Trimming einem Index zugeordnet wurden. Dieser Wert kann herangezogen werden, um festzustellen, ob der Index
die Standard-Illumina-Spezifikation erfüllt. In manchen Fällen unterschätzt der vom Sequenzer bereitgestellte Q30Wert die Qualität eines Laufs, da unbestimmte Sequenzen und ungetrimmte Regionen auf den Q30-Wert
angerechnet werden. Unbestimmte und ungetrimmte Regionen sind gewöhnlich von geringerer Qualität und tragen
nicht zur weiteren Analyse durch LymphoTrack bei.
Die erste Seite des *.pdf -Berichts enthält eine Tabelle der Ergebnisse der Merged Read Summary (zusammengelegte
Lesevorgangszusammenfassung), gefolgt von den grafischen Darstellungen der Ergebnisse der V – J Sequence
Frequency (V – J-Frequenzhäufigkeit) und V – J Usage (V – J-Nutzung), und die restlichen Seiten enthalten eine Tabelle
der Ergebnisse der nicht zusammengelegten Read Summary (Lesevorgangszusammenfassung). Ihre Inhalte sind inTabelle 4 aufgeführt:Tabelle 4. Beschreibung des Inhalts des *.pdf -Berichts.

*.pdf -Ausgabe für LymphoTrack Reporter
Enthält eine sortierte Liste der 200 häufigsten einzigartigen Sequenzen, geordnet nach Anzahl, diefolgende Angaben enthält:
Welches V-J-Rekombinationsereignis am besten mit der Sequenz übereinstimmt•
Sequenz•
Sequenzlänge•
Tatsächlicher prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Lesevorgänge

Read Summary(Lesevorgangszusammenfassung)

Kumulativer prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Lesevorgänge für die 200 häufigsten
Lesevorgänge•
Wie genau der Lesevorgang das identifizierte V-Zielgen der Primer abdeckt (%). (IGH/IGK)•
Putative CDR3-Sequenz
Leader und IGH FR1 umfassen zudem:
Mutationsrate des partiellen V-Gens (%)
Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 umfassen zudem:•
Ob die Umlagerung voraussichtlich im Leseraster (In-Frame) liegt [Y/N/n/a (Ja/nein/keine
Angabe)]. Wenn die Nutzung des V- oder J-Gensegments infolge der Qualität des Alignments nicht
vorhergesagt werden kann, dann kann die Software nicht vorhersagen, ob sich das Gen imLeseraster (In-Frame) befindet, und das Ergebnis lautet n/a (keine Angabe).
Ob angenommen wird, dass die Umlagerung kein Stoppcodon enthält [Y/N (Ja/nein)]. Wenn eine In-Frame
Vorhersage nicht möglich ist, kann nicht abgeschätzt werden, ob ein Stoppcodon vorhanden ist.

Merged Read Summary(Zusammengelegte
Lesevorgangszusammenfassung)

Gleiches Format wie die Tabelle der Lesevorgangszusammenfassung, umfasst jedoch nur die
10 häufigsten Lesevorgänge nach einer Zusammenlegung mit den 500 häufigsten, wenn die Lesevorgänge
nur 1 oder 2 nts Unterschied aufweisen. Außerdem wird der Index-Q30-Wert unter „Total Read Count(Anzahl der Gesamtlesevorgänge)“ angezeigt.

Grafik „V – J Sequence Frequency“ (V –J-Sequenzhäufigkeit)

Ein Histogramm zeigt die 200 häufigsten Sequenzen jeder Rekombination von V-Familie – J-Familie (für IGH/IGK
und TRB) oder V-Gen – J-Gen (für TRG).

Grafik „V – J Usage“ (V – J-Nutzung)Ein 3D-Balkendiagramm zeigt die Nutzung der V-Familien/J-Familien der 200 häufigsten Sequenzen (fürIGH/IGK und TRB) oder der V-Gen-/J-Gen-Nutzung aller Sequenzen (für TRG).

Hinweis:Hinweis:Hinweis:Die Putative CDR3 sequence (Putative CDR3-Sequenz) wird bestimmt, indem ein Abgleich mit der genauen Definition einer CDR3-Sequenz stattfindet. Eine
Mutation von Ankerpunkten oder eine Unterbrechung des Leserasters führt zur Ausgabe des Ergebnisses „not found“ (nicht gefunden).
Die IGK-Analyse umfasst zusätzliche Informationen zu weiteren Elementen im IGK-Locus, die an Rekombinationen beteiligt sind (IGKINTR und IGKDEL).
Die TRB-Analyse umfasst zusätzliche Informationen zu weiteren Elementen im TRB-Locus, die an Rekombinationen der D – J-Region beteiligt sind.

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Datenvisualisierung (Manuell): Ausführen der Excel
Datenvisualisierungstabellen – nicht empfohlen
4.1.

Prüfen Sie die Sicherheitseinstellungen in Microsoft Excel, um sicherzustellen, dass Makros aktiviert sind: Excel 2007: Klicken Sie auf die Schaltfläche Office und wählen Sie Excel Options (Excel-Optionen) aus.
 Excel 2010/2013: Klicken Sie auf das Menü File (Datei) und wählen Sie Options (Optionen) aus.
 Klicken Sie im Fenster Options (Optionen) auf Trust Center und klicken Sie auf die Schaltfläche Trust Center Settings...
(Trust Center Einstellungen...).
 Klicken Sie auf Macro Settings (Makroeinstellungen) und bestimmen Sie eine geeignete
Makro-Sicherheitseinstellung. Es wird empfohlen, die Option Disable all macros with notification (Alle Makros mit
Benachrichtigung deaktivieren) auszuwählen.
 Klicken Sie auf OK und anschließend erneut auf OK.
 Schließen Sie Excel.

4.2.

Öffnen Sie die gewünschte Datenvisualisierungstabelle, indem Sie darauf doppelklicken. Die Visualisierungsdateien befinden
sich im Ordner LymphoTrackDxMiSeq_2.4.3, den Sie zuvor von der Software-CD auf den Computer kopiert haben:





4.3.

LymphoTrackDxIGHVisualization.xlsm für Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3
LymphoTrackDxIGKVisualization.xlsm für IGK
LymphoTrackDxTRBVisualization.xlsm für TRB
LymphoTrackDxTRGVisualization.xlsm für TRG

Beim Öffnen der Datei erscheint möglicherweise folgende Meldung: Security Warning – Macros have been disabled(Sicherheitswarning – Makros wurden deaktiviert).
 Excel 2007: Klicken Sie auf die Schaltfläche Options... (Optionen...) rechts neben der Warnung und wählen Sie
Enable this content (Diesen Inhalt aktivieren). Klicken Sie anschließend auf OK.
 Excel 2010/2013: Klicken Sie auf die Schaltfläche Enable Content (Inhalt aktivieren).

Das Datenvisualisierungsmakro startet automatisch.
4.4.
4.5.

4.6.
4.7.
4.8.

Die Lizenzvereinbarung wird eingeblendet. Der Lizenzvereinbarung muss zugestimmt werden, um die Software
verwenden zu können.
Nachdem Sie die Lizenzvereinbarung akzeptiert haben, wird ein Dialogfeld mit der folgenden Aufforderung angezeigt:
Please select the Read Summary file for the sample you want. (Bitte die Datei „Lesevorgangszusammenfassung“ fürdie gewünschte Probe wählen). Das Makro kann jeweils nur die Daten einer Probe auf einmal darstellen. Daher muss
dieser Vorgang für alle Proben wiederholt werden, deren Daten visuell dargestellt werden sollen.
Durchsuchen Sie den von der Datenanalyseanwendung erstellten Ausgabeordner, der die darzustellenden Dateien
enthält, und wählen Sie die Datei *.fastq_read_summary (*.fastq_Lesevorgangszusammenfassung) für die Probe aus,
die untersucht werden soll.
Klicken Sie auf die Schaltfläche Open (Öffnen).
Das Makro lädt die Datendateien der ausgewählten Probe und erstellt mehrere Tabellen, die jeweils andere lesbare
Ansichten der Daten enthalten. Dieser Vorgang nimmt einige Augenblicke in Anspruch; die Dauer ist abhängig von derProbengröße und der Computerhardware.
ACHTUNG!

Aufgrund einer Einschränkung in Microsoft Excel kann die Visualisierungssoftware maximal
1.048.576 Datenzeilen pro Tabelle anzeigen. Falls Datenanalyse-Ausgabedateien für die aktuellausgewählte Probe mehr Zeilen aufweisen, werden nur die ersten 1.048.576 Datenzeilenangezeigt.
Wenn diese maximale Anzahl erreicht wird, erscheint eine Warnmeldung, die darauf hinweist,
welche Tabelle/n hiervon betroffen ist/sind. Klicken Sie zum Fortfahren auf OK.
Auch wenn nicht alle Daten angezeigt werden, sind die Grafiken nicht betroffen und sind korrekt.

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ACHTUNG!

Grafische Darstellungen werden für die Anzeigerichtung Left-to-right (Links-nach-rechts)
generiert. In Ländern mit Leserichtung von rechts nach links sind die Excel-Standardeinstellungenmöglicherweise nicht kompatibel und die grafischen Darstellungen werden nicht richtig
generiert. Zur Lösung dieses Problems muss die Excel-Anzeigeoption in Left-to-right (Links-nachrechts geändert werden. Diese Option können Sie entweder über Office > Excel Options (Office >Excel-Optionen) in Excel 2007 oder File > Options (Datei > Optionen) in Excel 2010/2013
festlegen. Wählen Sie Advanced (Erweitert), und scrollen Sie dann zu den Einstellungen fürDisplay (Anzeige). Ändern Sie die Option Default direction (Standardrichtung) in Left-to-right(Links-nach-rechts), und klicken Sie dann auf OK. Beim nächsten Öffnen von Excel werden die
Tabellen von links nach rechts gelesen und die Visualisierungssoftware kann die Diagrammeordnungsgemäß erstellen.
Wenn diese Situation eintritt und Sie Fragen haben, wenden Sie sich unter der Nummer+1 (858) 224-6600 an den Technischen Support von Invivoscribe, der Ihnen montags bis freitags
von 7:00 Uhr bis 17:00 Uhr PST/PDT (15:00 Uhr bis 1:00 Uhr MEZ) zur Verfügung steht.
Alternativ erreichen Sie uns auch unter der E-Mail-Adresse support@invivoscribe.com.

4.9.
4.10.

Wird eine Nachricht über Complex Formatting (Komplexe Formatierung) angezeigt, klicken Sie auf Yes (Ja).
Speichern der Visualisierungsdatei. Wenn die Verarbeitung abgeschlossen ist, weist eine Meldung darauf hin, dassdas Programm abgeschlossen hat. Es wird dringend empfohlen, die Datei jetzt zu speichern.

ACHTUNG!

4.11.
4.12.

Stellen Sie beim Speichern sicher, dass Sie die Option Save as (Speichern unter) undanschließend ein Excel-Arbeitsmappenformat (*.xlsx oder *.xls) auswählen. Wenn sie auf Save
(Speichern) oder das Diskettensymbol klicken, wird das *.xlsm-Makro durch die aktuelle
Arbeitsmappe ersetzt. Dadurch müsste das Makro für nachfolgende Analysen durch eine neue
Kopie von der Software-CD ersetzt und erneut installiert werden.

Wenn eine Warnmeldung bezüglich der Speicherung der Arbeitsmappe als makrofreies Dokument angezeigt wird,
klicken Sie auf die Schaltfläche Yes (Ja).
Für Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB und TRG enthält die fertige Arbeitsmappe die in Tabelle 5beschriebenen, folgenden acht Arbeitsblätter.

Tabelle 5. In der Excel-Ausgabedatei enthaltene Arbeitsblätter.
Vollständige Arbeitsmappe für Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB und TRG

VJ Usage Raw Graph (Grafische
Darstellung VJ-Rohnutzung)Eine 3D-Darstellung der 200 häufigsten Rohzählungen jeder Rekombination von V-Familie – J-Familie(für IGH/IGK und TRB) oder V-Ge – J-Gen (für TRG).

Unique Reads (Einzigartige
Lesevorgänge)Eine FASTA-Datei einmaliger Sequenzen, sortiert nach deren Anzahl.

VJ Sequence Frequency(VJ-Sequenzhäufigkeit)

Eine „Stapelliste“ aller möglichen Rekombinationen von V-Familie – J-Familie (für IGH/IGK und TRB) oder VGen – J-Gen (für TRG), von denen jede über eine sortierte Liste der 200 häufigsten Lesevorgänge(höchster bis geringster prozentualer Anteil) verfügt.

Merged Read Summary(Zusammengelegte
Lesevorgangszusammenfassung)

Gleiches Format wie die Tabelle Read Summary (Lesevorgangszusammenfassung), umfasst jedoch nur
die 10 häufigsten Lesevorgänge nach einer Zusammenlegung mit den 500 häufigsten, wenn die
Lesevorgänge nur 1 oder 2 nts Unterschied aufweisen.

VJ Sequence Frequency Graph (Grafische
Darstellung
VJ-Sequenzhäufigkeit)
VJ Usage (V-J-Nutzung)
VJ Usage Percent Graph (Grafische
Darstellung VJ-Nutzung in Prozent)

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Ein Histogramm zeigt die 200 häufigsten Sequenzen jeder Rekombination von V-Familie –J-Familie (für IGH/IGK und TRB) oder V-Gen – J-Gen (für TRG).
Rohzählungen und Häufigkeiten der 200 häufigsten Rekombinationen von V-Familie – J-Familie (fürIGH/IGK und TRB) oder V-Gen – J-Gen (für TRG).
Eine 3D-Darstellung der 200 häufigsten Sequenzhäufigkeiten jeder Rekombination von
V-Familie – J-Familie (für IGH/IGK und TRB) oder V-Gen – J-Gen (für TRG).

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Tabelle 6. In der Excel-Ausgabedatei enthaltene Arbeitsblätter.
Vollständige Arbeitsmappe für Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB und TRG

Read Summary(Lesevorgangszusammenfassung)

Hinweis:Hinweis:Hinweis:Hinweis:Hinweis:Enthält eine sortierte Liste der 200 häufigsten einzigartigen Sequenzen, geordnet nach Anzahl, diefolgende Angaben enthält:Welches V-J-Rekombinationsereignis am besten mit der Sequenz übereinstimmt
Sequenz
Sequenzlänge

Tatsächlicher prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Reads

Kumulativer prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Lesevorgänge für alle Lesevorgänge(nur TRG)

Kumulativer prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Lesevorgänge für die
200 häufigsten Lesevorgänge (IGH/IGK und TRB)
Wie genau der Lesevorgang das identifizierte V-Zielgen der Primer abdeckt (%) (IGH/IGK)
Putative CDR3-Sequenz
Leader und IGH FR1 umfassen zudem:
Mutationsrate des partiellen V-Gens (%)
Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3 umfassen zudem:Ob die Umlagerung voraussichtlich im Leseraster (In-Frame) liegt [Y/N/n/a (Ja/nein/keine
Angabe)]. Wenn die Nutzung des V- oder J-Gensegments infolge der Qualität desAlignments nicht vorhergesagt werden kann, dann kann die Software nicht vorhersagen, obsich das Gen im Leseraster (In-Frame) befindet, und das Ergebnis lautet n/a (keine Angabel). Ob
angenommen wird, dass die Umlagerung kein Stoppcodon enthält [Y/N (Ja/nein)]. Wenn eine
In-Frame Vorhersage nicht möglich ist, kann nicht abgeschätzt werden, ob ein Stoppcodon
vorhanden ist.
Putative CDR3-Sequenz

Das in der Tabelle oben angeführte IGH bezieht sich auf Leader, IGH FR1, IGH FR2 und IGH FR3-Analyse. Die grafischen Darstellungender Häufigkeit für diese Genziele geben nur IGH im Titel an. Der Datenausgabeordner gibt an, welche der Framework-Regionen (FR)von der Software analysiert wurde. Diese Daten werden im Feld für den Datenspeicherort oben in der Tabelle der
Lesevorgangszusammenfassung angezeigt.
Die IGK-Analyse umfasst zusätzliche Informationen zu weiteren Elementen im IGK-Locus, die an Rekombinationen beteiligt sind
(IGKINTR und IGKDEL).
Die TRB-Analyse umfasst zusätzliche Informationen zu weiteren Elementen im TRB-Locus, die an Rekombinationen der
D – J-Region beteiligt sind.
Häufigste 200: Ist diese Option ausgewählt, werden in den Tabellen die häufigsten Sequenzen (bis zu 200) für Leader, IGH FR1, IGH
FR2, IGH FR3, TRB und IGK angezeigt. In der Lesevorgangszusammenfassung werden für TRG alle Sequenzen angezeigt.
Die ‚Putative CDR3-Sequence‘ (Putative CDR3-Sequenz) wird bestimmt, indem ein Abgleich mit der genauen Definition einer CDR3Sequenz stattfindet. Eine Mutation von Ankerpunkten oder eine Unterbrechung des Leserasters führt zur Ausgabe des Ergebnisses ‚notfound‘ (nicht gefunden).

ACHTUNG!

ACHTUNG!

V-/J-Genzuweisungen, die in der Read Summary (Lesevorgangszusammenfassung) aufgeführt
werden, weisen manchmal den Wert ‚none‘ (keine) auf. Diese Zuweisungen basieren auf derQualität des besten Alignments zwischen dem Lesevorgang und den Referenzgenen. Sollte das
beste Alignment eine qualitative Schwelle nicht erreichen, kann keine zuverlässige Genzuweisung
vorgenommen werden. Somit erhält die Zuweisung den Wert ‚none‘ (keine).
Die Mutationsrate des partiellen V-Gens (%) zeigt ‚n/a‘ (keine Angabe) für IGH FR2 und FR3 an.
Aufgrund der kürzeren Amplikongrößen dieser Ziele fällt die V-Gen-Abdeckung geringer aus, waszu ungenauen Berechnungen der Mutationsrate führt.

 Bei der Analyse des somatischen Hypermutationsstatus der Proben müssen die 4 häufigsten Lesevorgänge im
Mittelpunkt der Analyse stehen (monoklonale oder biklonale Proben müssen auf die häufigsten 2 bzw.
4 Lesevorgänge beschränkt werden), da die somatische Hypermutationsrate (SHM) und die Leseraster-/
Stoppcodon-Analysen bei diesen Lesevorgängen am informativsten sind. Da NGS-Plattformen nicht über eine
Gewichtung verfügen, werden sehr viel mehr als nur die häufigsten 4 Reads sequenziert und analysiert, vondenen die meisten seltene Umlagerungsereignisse sind oder Artefakten bei Amplifikation oder Sequenzierung
zugeordnet werden können. SHM- und Leseraster-/Stoppcodon-Analysen sind in diesem Fall bei nicht-klonalen
Lesevorgängen nicht hilfreich. Beachten Sie, dass Invivoscribe GRCh37 als Referenzsequenzen verwendet, und die
Ergebnisse können leicht von der IMGT-Datenbank abweichen. Zudem werden zahlreiche Pseudogene und nicht
funktionsfähige Gene aus der Analyse ausgeschlossen. Umlagerungen mit somatischem Hypermutationsstatus,
der am oder nahe dem Grenzwert von 2,0 % liegt, müssen vorsichtig interpretiert werden, insbesondere bei
Durchführung eines IGH-FR1-Assays, bei dem nur ein Teil der IGHV-Region analysiert wird, da die Sequenz vor
der Bindungsstelle des Primers nicht berücksichtigt wird.
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Technischer Support und Kundendienst
Wir schätzen Ihre Treue. Wir helfen Ihnen gerne, diese Software zu verstehen, und bieten Ihnen durchgehend von montags
bis freitags technischen Support an, damit Sie die Tests effizient in Ihrem Labor durchführen können.
Kontaktdaten
Invivoscribe, Inc
10222 Barnes Canyon Road | Building 1 | San Diego | California 92121-2711 | USA
Telefon: +1 858 224-6600 | Fax: +1 858 224-6601 | Geschäftszeiten: 7:00 Uhr bis 17:00 Uhr PST/PDT
Technischer Kundendienst: support@invivoscribe.com | Kundenbetreuung: sales@invivoscribe.com | Webseite: www.invivoscribe.com

SymboleAuf den Etiketten der Invivoscribe-NGS-Produkte befinden sich die folgenden Symbole.
Katalognummer

Verfallsdatum

Reagenzvolumen

Autorisierter Vertreter in der Europäischen
Gemeinschaft

Chargennummer

Gebrauchsanweisung Beachten

LagerbedingungenIn-vitro-Diagnostikum

Eindeutige Gerätekennung

Hersteller

UK-Konformität Geprüft

Verantwortliche Person im Vereinigten Königreich

Bevollmächtigter Schweizer Vertreter

Europäische Konformität

Computerprogramm

Software − Häufig gestellte Fragen
F1:

Bei Auswahl von ‚Launch Program‘ (Programm starten) erscheint die folgende (oder eine ähnliche)
Fehlermeldung:
Application terminated with error: Cannot run program „.\resources\Parse_TRG_miseq.exe“: CreateProcesserror=2, the system cannot find the file specified. (Anwendung mit Fehler beendet: Programm„.\Ressourcen\Parsen_TRG_miseq.exe“: Prozessfehler erstellen=2 kann nicht ausgeführt werden, das Systemkann die angegebene Datei nicht finden.)A1:

For help with this error, please contact Invivoscribe Technical Support. (Wenden Sie sich für Hilfe bei diesem
Fehler an den Technischen Support von Invivoscribe.)

Haben Sie die komprimierte Datei entpackt (siehe Abschnitt 1 Softwareinstallation)? Dieser Fehler tritt meist dannauf, wenn versucht wird, das Programm auszuführen, ohne zunächst die Dateien zu entpacken. In Windows können
die Inhalte einer .zip-Datei einfach durch Doppelklicken auf die Datei angezeigt werden; die Inhalte scheinen
vollständig und funktionsfähig zu sein. Tatsächlich lassen sie sich aber in diesem Zustand nicht ordnungsgemäß
ausführen.

F2:

Warum enthält meine Read Summary (Lesevorgangszusammenfassung) der Analyse von IGH, IGK oder TRB
weniger als 200 Lesevorgänge?

A2:

Die LymphoTrack Dx Software – MiSeq führt während der Analyse ein Alignment der 200 häufigsten Lesevorgänge
durch, die Read Summary (Lesevorgangszusammenfassung) enthält jedoch nur Lesevorgänge mit einem Alignment
für ein in der Referenz gefundenes V- oder J-Gen. Kann kein Alignment des Lesevorgangs mit der Referenz
durchgeführt werden kann, wird er von der Lesevorgangszusammenfassung ausgeschlossen.

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Es gibt zahlreiche Gründe dafür, warum das Alignment eines Lesevorgangs mit einer Referenz fehlschlägt. Meist
liegt dies jedoch an Problemen mit der Probe, die zu einer umfangreichen, nicht-spezifischen Amplifikation führen.
Entstehen kann ein solches Ereignis durch eine geringe Anzahl anvisierter Zellen in der Probe, schlechte PCRBedingungen oder Proben geringer Qualität (beispielsweise fragmentierte FFPE-Proben). Folgen Sie derGebrauchsanweisung genau, um die Wahrscheinlichkeit solcher Ereignisse so weit wie möglich zu reduzieren.
F3:

Warum lautet die V-Zuweisung oder J-Zuweisung in der Tabelle „Read Summary“ (Lesevorgangszusammenfassung) ‚none‘(keine)?

A3:

Damit ein Lesevorgang einem bestimmten V- und/oder J-Gen zugewiesen werden kann, muss beim Alignment einebestimmte qualitative Schwelle erfüllt werden. Ist das Alignment schlecht, kann keine sichere Zuweisung
stattfinden. Stattdessen lautet der Wert ‚none‘ (keine). Beachten Sie, dass einem Lesevorgang nicht sowohl für J- alsauch für V-Gene der Wert ‚none‘ (keine) zugewiesen werden kann, da die Lesevorgänge sonst ausgeschlossen
würden (siehe Frage 2).

F4:

Die ‚V–J Sequence Frequency Graph‘ (Grafische Darstellung der V–J-Sequenzhäufigkeit) weist in der Y-Achse
seltsame Werte auf. Der ‚% total reads‘ (prozentualer Anteil an der Gesamtzahl der Lesevorgänge) liegt inMillionenhöhe; wie ist das möglich?

A4:

Wahrscheinlich liegt es daran, dass das LymphoTrack Dx-Programm die falsche Dezimalformatierung für Ihre
Region verwendet. Siehe Abschnitt 2 Ausführen der Datenanalysesoftware, insbesondere die Informationen zum
Auswählen des Dezimaltrennzeichens.

F5:

Alle Grafikarbeitsblätter sind leer, die Arbeitsblätter ohne Grafiken enthalten aber Daten. Was ist mit den
Grafiken passiert?

A5:

Möglicherweise ist die Standard-Leserichtung des Excel-Programms auf Right-to-left (Rechts-nach-links) anstatt
Left-to-right (Links-nach-rechts) eingestellt. Wenn die Spalten einer leeren Tabelle rechts mit Spalte A beginnen,ändern Sie vor Verwendung des Makros für die Datenvisualisierung die Anzeigerichtung in Left-to-right (Links-nachrechts). Zum Ändern dieser Einstellung gehen Sie zu Excel options (Excel-Optionen), und zwar von der Schaltfläche
Office links oben, und klicken auf Advanced (Erweitert), dann scrollen Sie zum Abschnitt Display (Anzeige). Die
Option Default direction (Standardrichtung) ist hier aufgeführt. Wenn Sie Left-to-right (Links-nach-rechts) wählen,
können die Daten bei anschließenden Datenvisualisierungsläufe richtig dargestellt werden. Hinweis: Hierdurch wird
die Anzeigerichtung geändert, bis die Einstellung rückgängig gemacht wird. Beim Schließen von Excel wird dieÄnderung nicht rückgängig gemacht.

F6:

Das Programm hat gestoppt, nachdem auf ‚Launch Program‘ (Programm starten) geklickt wurde, und folgender
Fehler wurde ausgegeben:
Application terminated with error: Filename not compatible. Please use only MiSeq MSR software generated
FASTQ files. (Anwendung mit Fehler beendet: Dateiname nicht kompatibel. Bitte ausschließlich mit MSRSoftware generierte FASTQ-Dateien verwenden.)

A6:

For help with this error, please contact Invivoscribe Technical Support. (Wenden Sie sich für Hilfe bei diesem
Fehler an den Technischen Support von Invivoscribe.)

Die LymphoTrack Dx Software – MiSeq erwartet *.fastq Dateien mit gepaartem Ende, die von der in der MiSeqMaschine enthaltenen MiSeq Reporter (MSR) Software generiert wurden. Wenn die MSR-Software nicht zur
Generierung von Sequenzdateien verwendet wurde, muss der Basen-Aufruf mit der MSR-Software ausgeführt
werden. Weitere Informationen sind dem MiSeq-Benutzerhandbuch zu entnehmen.

Die Ausführung des Basen-Aufrufs mit der MSR-Software ist wichtig, da – obwohl andere Programme sehrvergleichbare Ergebnisse wie die MSR-Software (zum Beispiel Bcl2fastq) generieren können – diese Programmeauch sehr unterschiedliche Ergebnisse generieren können, je nach den spezifischen Parametern. Der LymphoTrack
Dx Assay ist nur gültig, wenn von der MSR-Software generierte *.fastq -Dateien analysiert werden.

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F7:

Warum enthalten die Analysen offenbar weniger Lesevorgänge als erwartet?

A7:

Wenn laut Read Summary (Lesevorgangszusammenfassung) insgesamt null oder nur wenige Lesevorgänge
analysiert wurden, prüfen Sie, ob beim Ausführen der LymphoTrack Dx Software – MiSeq der richtige
Analysemodus (Leader, IGH FR1, IGH FR2, IGH FR3, IGK, TRB oder TRG) gewählt wurde. Sollte die Gesamtzahl derLesevorgänge sehr niedrig ausfallen, vergleichen Sie die Größe der analysierten *.fastq -Dateien mit der Größe der*.fastq -Dateien auf dem MiSeq-Gerät. Sind die Dateien auf dem MiSeq-Gerät größer, müssen die
Sequenzierungsdaten erneut übertragen werden, um sicherzustellen, dass der gesamte Datensatz analysiert wird.
Der MiSeq-Sequenzer zeigt beim Verarbeiten der Sequenzierungsdaten unterschiedliche Meldungen an.
Möglicherweise lautet eine Meldung ‚Sequencing Complete‘ (Sequenzierung abgeschlossen) und eine andere‚Analysis Complete‘ (Analyse abgeschlossen). Werden die *.fastq -Daten zwischen Ausgabe dieser beiden
Meldungen übertragen, kann es zu einer unvollständigen LymphoTrack Dx Analyse kommen.

F8:

Warum enthält die „Read Summary“ (Lesevorgangszusammenfassung) einen Lesevorgang aus den zehn
häufigsten Lesevorgängen, der nicht in der „Merged Read Summary“ (zusammengelegte
Lesevorgangszusammenfassung) zu finden ist?

A8:

Der „verschwundene“ Lesevorgang wurde möglicherweise mit einem Lesevorgang zusammengelegt, der höher
platziert war, oder das Alignment dieses Lesevorgangs war ungewöhnlich schlecht. Während der Zusammenlegung
findet ein Alignment der Lesevorgänge der Lesevorgangszusammenfassung mit denen der einzigartigen
Lesevorgänge statt. Lesevorgänge in der Lesevorgangszusammenfassung wurden jedoch so ausgerichtet, dass sie
dem Alignment zur Referenz entsprechen, und sind möglicherweise Antisense-Versionen des Referenzgens. Diesgeschieht nur, wenn das Alignment schlecht ist und wenn ein Sense- oder Antisense-Alignment fast gleichwertig ist
und das Antisense-Alignment etwas besser war. In einem solchen Fall sollte der Lesevorgang am besten vollständig
ignoriert werden.

ACHTUNG:

Verwenden Sie zur Bestimmung der Klonalität nur Lesevorgänge aus der Merged Read Summary(zusammengelegte Lesevorgangszusammenfassung).

F9:

Warum dauert die Analyse extrem lange (mehr als eine Stunde pro Probe)?

A9:

In der Protokolldatei ist aufgeschlüsselt, wie lange jeder Schritt dauert. Der Zeile ‚INFO: Decompressing files‘ (INFO:
Dateien werden dekomprimiert) folgt eine zweite Zeile, die die Anzahl der Dateien und die Dauer des Entpackens
angibt. Diese Angabe ist in Millisekunden. Sollte das Entpacken mehrere Stunden dauern, prüfen Sie, ob sich die
Zieldateien auf einem Server befinden. Normalerweise dauert das Ausführen eines I/O-intensiven Prozesses wie die
Dekomprimierung über ein Netzwerk wesentlich länger. Kopieren Sie die Dateien nach Möglichkeit auf einen
lokalen Computer, oder dekomprimieren Sie die Dateien direkt vor dem Ausführen dieser Software. Stellen Sie
sicher, dass die komprimierten und dekomprimierten Dateien nicht im gleichen Ordner gespeichert sind. Die
Software fährt nicht fort, wenn der Zielordner sowohl *.fastq- als auch *.fastq.gz-Dateien enthält.
Sollten die nachfolgenden Parsing- und Analyseschritte viel Zeit in Anspruch nehmen, sind die *.fastq -Dateien
möglicherweise sehr groß. Die *.fastq -Dateien sind beispielsweise dann sehr groß, wenn ein MiSeq-Lauf weniger
als 24 Indizes aufweist und die sequenzierten Proben eine größere Lesetiefe aufweisen. Auch wäre es möglich, dassdie Bibliothek unausgeglichen ist und einen höheren Anteil einer Probe mit einem bestimmten Index im Vergleich
zum Anteil der Proben mit anderen Indizes umfasst. Die in dieser Gebrauchsanweisung angegebene Analysedauer
basiert auf der Annahme, dass ein 24-Index-Lauf mit ausgeglichenen Bibliotheken stattfindet.

F10:

Der vom MiSeq-Gerät berichtete Lauf Q30 erfüllt die Illumina-Spezifikation nicht. Wenn die LymphoTrack
Analyse ausgeführt wurde und die Kontrollen dem Anschein nach erwartungsgemäß funktioniert haben, ist derLauf dann wirklich fehlgeschlagen?

A10:

Der Lauf Q30 wird beim Basis-Aufruf-Prozess in Echtzeit berechnet. Zu diesem Zeitpunkt wurde keine sonstige
Datenverarbeitung durchgeführt wie beispielsweise De-Multiplexing und Adapter-Trimming. Dies bedeutet, dassjede Sequenz, die von einem geringwertigen Index stammt oder außerhalb der Adaptersequenz auftritt, zum Q30Wert beiträgt. Eine Sequenz außerhalb der Adaptersequenz ist normalerweise geringwertig, und dieses Szenario
tritt häufig bei Primer-Dimern ein. Wenn eine Bibliothek eine ausreichende Stufe an Primer-Dimern aufweist, kanndies die Qualität von Lauf Q30 herabsetzen. Als zweite Überprüfung zeigt die Ausgabe des LymphoTrack Reporter

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den Index Q30-Wert an, der anhand aller getrimmten Lesevorgänge in diesem Index berechnet wurde. Wenn ein
Index-Q30-Wert die Illumina-Spezifikation auch nicht erfüllt, muss der Index als fehlgeschlagen angesehen werden.
F11:

Was ist die Lösung für einen Fehler beim Starten der LymphoTrack Dx Software – MiSeq durch Doppelklick auf
die Datei startLymphoTrackDxMiSeq.jar?

A11:

Dieses Problem kann auftreten, wenn ein Problem mit der aktuellen Installation von Java auftritt. Die richtige JavaVersion (Java 8 64-Bit) muss auf dem System installiert sein, damit die LymphoTrack Dx Software – MiSeq
ausgeführt werden kann. Außerdem muss die Datei startLymphoTrackDxMiSeq.jar so eingestellt sein, dass sie mit
der richtigen Java-Version geöffnet wird.
Die folgenden Schritte zur Fehlerbehebung können durchgeführt werden, um sicherzustellen, dass die richtige JavaVersion installiert ist und das JAR mit der richtigen Java-Version geöffnet wird:
1.

Überprüfen Sie, ob die Java-Software installiert ist:
1.1.
Öffnen Sie das Windows Menu (Windows-Menü), geben Sie Settings (Einstellungen) in die Suchleiste
ein und wählen Sie dann das erste angezeigte Symbol aus.
1.2.
Geben Sie in der Suchleiste des neuen Fensters Add or remove programs (Programme hinzufügenoder entfernen ein) und wählen Sie die erste angezeigte Option aus.
1.3.
Scrollen Sie durch die Liste der installierten Programme.
••

Befindet sich in der Liste ein Programm, dessen Name mit den Buchstaben Java 8 beginnt und mit
den Zeichen 64-Bit endet, ist die richtige Java-Version installiert.
Falls nicht, muss Java 8 64-Bit installiert werden; fahren Sie mit Abschnitt 3 fort.

2.

Deinstallieren Sie alte Java-Versionen:
2.1.
Folgen Sie den Schritten 1.1 und 1.2.
2.2.
Blättern Sie durch die Liste der installierten Programme. Identifizieren Sie jedes Programm, das mit
den Buchstaben Java beginnt und auch die Buchstaben Java 8 und 64-Bit enthält, klicken Sie auf den
Eintrag in der Liste und dann auf Uninstall (Deinstallieren).

3.

Java deinstallieren und Java neu installieren:
Wenn die richtige Java-Version installiert ist und die Software immer noch nicht geöffnet wird, deinstallieren Sie
Java und installieren Sie es erneut.
3.1.
3.2.
3.3.
3.4.

4.

Folgen Sie den Schritten 1.1 und 1.2.
Scrollen Sie durch die Liste der installierten Programme und klicken Sie auf den Eintrag mit dem
Namen Java 8 und der Endung 64-Bit. Anschließend klicken Sie auf Uninstall (Deinstallieren).
Navigieren Sie zur Java-Website, um die Java 8 64-Bit-Software direkt von Oracle unter
http://www.java.com/ herunterzuladen.
Folgen Sie den Anweisungen, um die Software zu installieren.

Verweisen Sie die JAR-Datei auf die richtige ausführbare Java-Datei:
4.1.
Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Datei startLymphoTrackDxMiSeq.jar und wählen Siedann Properties (Eigenschaften).
4.2.
Wählen Sie im erscheinenden Dialog neben dem Opens with (Öffnen mit) Text die Schaltfläche Change(Ändern) aus.
4.3.
Wählen Sie im nächsten angezeigten Dialogfeld Choose another app (Wählen Sie eine andere App)
aus.
4.4.
Klicken Sie im neuen Fenster, das sich öffnet, auf More Apps (Weitere Apps) und wählen Look for
another app on this PC (Sie Auf diesem PC nach einer anderen App suchen).
4.5.
Navigieren Sie im angezeigten Browserfenster zum Ordnerspeicherort der Java 8 64-Bit-Installation.
• Dies ist wahrscheinlich: Local Disk (C:) > Program Files > Java > jre1.8.0_(version number) >bin (Lokaler Datenträger (C:) > Programme > Java > jre1.8.0_(Versionsnummer) > bin).
4.6.
4.7.

Wählen Sie javaw.exe aus und klicken Sie auf Open (Öffnen).
Sobald die Installation bestätigt ist, wiederholen Sie die Abschnitte 4.1 bis 4.3 und aktivieren Always
open .jar files with this app (Sie das Kontrollkästchen, das immer .jar-Dateien mit dieser App) öffnen
anzeigt, und navigieren Sie dann zu derselben javaw.exe-Datei aus Schritt 4.6. Dadurch kann die
LymphoTrack Dx-Software korrekt geöffnet werden.

LymphoTrack Dx Software – MiSeq

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Endbenutzer-Lizenzvereinbarung
DIESE ENDBENUTZER-LIZENZVEREINBARUNG MUSS VON EINEM AUTORISIERTEN VERTRETER DES ENDBENUTZERS DIESES PRODUKTS VOR VERWENDUNG DER
LYMPHOTRACK® MISEQ SOFTWARE (die „Software“) AKZEPTIERT WERDEN. DURCH VERWENDUNG DER LYMPHOTRACK® MISEQ SOFTWARE BESTÄTIGEN SIE, DASS SIE EIN
AUTORISIERTER VERTRETER DES ENDBENUTZERS UND DAZU BEFUGT SIND, DIESE VEREINBARUNG ABZUSCHLIESSEN. LESEN SIE DIESE VEREINBARUNG SORGFÄLTIG DURCH.
DURCH DIE VERWENDUNG DIESER SOFTWARE STIMMEN SIE ZU, AN DIE BEDINGUNGEN DIESER VEREINBARUNG GEBUNDEN ZU SEIN. WENN SIE DEN BEDINGUNGEN DIESERVEREINBARUNG NICHT ZUSTIMMEN, VERWENDEN SIE DIE SOFTWARE BITTE NICHT MEHR. WENN SIE DEN BESTIMMUNGEN IM EIGENEN NAMEN UND/ODER IM NAMEN DER
VON IHNEN REPRÄSENTIERTEN EINRICHTUNG ZUSTIMMEN, DÜRFEN SIE DIE SOFTWARE WEITER NUTZEN.
Diese Endbenutzer-Lizenzvereinbarung („EULA“) wird von und zwischen INVIVOSCRIBE, INC., einer in Kalifornien eingetragenen Gesellschaft („Lizenzgeber“), und Ihnen als
Benutzer der Software (entweder Sie als Einzelperson oder juristische Person) („Lizenznehmer“) für die Lizenzierung und Nutzung der Software des Lizenzgebers eingegangen
und abgeschlossen. Der Lizenznehmer erkennt an, dass er das Recht hat, die Software gemäß den in dieser EULA aufgeführten Bestimmungen zu verwenden, und dass die
Nutzung der Software streng in Einklang mit den Bestimmungen der vorliegenden EULA erfolgt.

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LIZENZEINRÄUMUNG. Der Lizenzgeber gewährt dem Lizenznehmer eine nicht-exklusive, nicht übertragbare, beschränkte Lizenz, ohne das Recht auf Unterlizenzierung, für dieinterne Nutzung der Software und der zugehörigen schriftlichen Materialien sowie aller Dokumente oder anderen Inhalte, die in der Software enthaltene Informationen
darstellen (gemeinsam bezeichnet als das „Produkt“) durch den Lizenznehmer. Falls nicht anderweitig in einem vom Lizenzgeber unterzeichneten Dokument vereinbart,beschränkt sich die oben beschriebene gewährte Lizenz auf die Nutzung mit LymphoTrack® Assays des Lizenzgebers, die direkt vom Lizenzgeber oder von einem seiner
autorisierten Handelspartner erworben wurden. Der Lizenzgeber behält sich alle Rechte vor, die nicht explizit dem Lizenznehmer oder Unterlizenznehmer gewährt wurden. Die
von dieser EULA eingeräumte beschränkte Lizenz und die Zahlung der Lizenzgebühr durch den Lizenznehmer geben dem Lizenznehmer das Recht auf Nutzung des Produkts,
und zwar ausschließlich im Einklang mit den Bedingungen dieser EULA. Diese Lizenz begründet keinen Verkauf der Originalsoftware oder einer Kopie derselben.
VERTRAULICHKEIT. Der Lizenznehmer erkennt an, dass das Produkt Eigentum des Lizenzgebers ist und auf dem geistigen Eigentum des Lizenzgebers basiert, einschließlich,jedoch nicht beschränkt auf, eines oder mehrerer firmeneigener Handelsgeheimnisse, Urheberrechte, Patentanmeldungen und/oder gewährter Patente („geistiges Eigentum“)
des Lizenzgebers. Besitz und Nutzung des Produkts durch den Lizenznehmer geschehen streng gemäß den Bestimmungen dieser EULA und Empfang und Besitz sind nicht
gleichbedeutend mit Rechten auf Preisgabe, Reproduktion oder Gestattung der Nutzung des Produkts durch andere außerhalb der in dieser EULA dargelegten Bestimmungen,außer der Lizenzgeber stimmt diesen ausdrücklich schriftlich zu. Der Lizenznehmer willigt ein, keine Kopien des Produkts oder Teile hiervon Dritten gegenüber, die nicht vondieser EULA abgedeckt sind, offenzulegen, zu veröffentlichen, zu übersetzen, freizugeben oder zu vertreiben. Der Lizenznehmer darf das Produkt nicht modifizieren, anpassen,übersetzen, zurückentwickeln, dekompilieren oder disassemblieren oder abgeleitete Werke auf der Grundlage des Produkts oder eines Teils davon erstellen, einschließlich aller
Dokumente oder anderer Inhalte, die mit der Software erstellt wurden.
PRODUKTBESITZ. Das Eigentumsrecht an und der Besitz von allen Rechten und Ansprüchen am Produkt, wie unter anderem der Software, Kopien hiervon und dem zugehörigen„geistigen Eigentum“, liegt jederzeit beim Lizenzgeber, und die vorliegende EULA verleiht dem Lizenznehmer keine Eigentumsrechte.
URHEBERRECHTSBESCHRÄNKUNGEN. Das Produkt ist urheberrechtlich geschützt. Das unzulässige Kopieren oder Modifizieren des Produkts, einschließlich Software, die mit
anderer Software modifiziert, zusammengeführt oder darin eingebettet wurde, ist strengstens untersagt. Der Lizenznehmer ist für sämtliche Urheberrechtsverletzungenverantwortlich, die durch seine Nichteinhaltung der vorliegenden EULA entstehen.
ÜBERTRAGUNGSBESCHRÄNKUNGEN. Dieses Produkt wird an den Lizenznehmer lizenzert und darf ohne die vorherige schriftliche Genehmigung des Lizenzgebers an keinen
Dritten übertragen werden. In keinem Fall darf der Lizenznehmer das Produkt oder Teile davon vorübergehend übertragen, abtreten, vermieten, leasen, verkaufen oderanderweitig veräußern, es sei denn, dies ist ausdrücklich hierin vorgesehen.
VERTRAGSKÜNDIGUNG. Diese EULA verliert automatisch und ohne vorherige Ankündigung ihre Gültigkeit, wenn der Lizenznehmer seinen Pflichten nicht nachkommt.
EINGESCHRÄNKTE GARANTIE. DAS PRODUKT, EINSCHLIESSLICH SOFTWARE UND ZUGEHÖRIGER SCHRIFTLICHER MATERIALIEN, DARUNTER GEBRAUCHSANWEISUNGEN, WIRD„WIE BESEHEN“ OHNE GEWÄHR GENEHMIGT, UND DER LIZENZGEBER IST NICHT HAFTBAR FÜR IRGENDWELCHE ANDEREN GEWÄHRLEISTUNGEN, OB AUSDRÜCKLICH,
STILLSCHWEIGEND ODER GESETZLICH, EINSCHLIESSLICH GEWÄHRLEISTUNGEN ZUR MARKTGÄNGIGKEIT UND ZWECKTAUGLICHKEIT, ZU BESITZANSPRUCH UND
RECHTMÄSSIGKEIT UND ANDERE GEWÄHRLEISTUNGEN, DIE AUS DEM UMGANG MIT ODER DER NUTZUNG DES PRODUKTS, AUS DER SOFTWARE, DER DOKUMENTATION ODER
ANDEREN IM RAHMEN DIESER EULA BEREITGESTELLTEN MATERIALIEN ENTSTEHEN ODER HIERMIT IN ZUSAMMENHANG STEHEN. DER LIZENZGEBER GEWÄHRLEISTET NICHT,DASS DIE SOFTWARE UNTERBRECHUNGSFREI FUNKTIONIERT ODER FREI VON DEFEKTEN IST ODER DASS DIE SOFTWARE IHRE GESCHÄFTSANFORDERUNGEN ERFÜLLT (ODER ZUDIESEM ZWECK ENTWICKELT WURDE).
BESCHRÄNKTE HAFTUNG. SOWEIT GESETZLICH ZULÄSSIG HAFTET DER LIZENZGEBER UNTER KEINERLEI UMSTÄNDEN FÜR GEWINNVERLUSTE ODER ENTGANGENEGESCHÄFTSGELEGENHEITEN, NUTZUNGSVERLUSTE, UMSATZVERLUSTE, VERLUSTE VON GESCHÄFTSWERT, UNTERBRECHUNG DER GESCHÄFTSTÄTIGKEIT, DATENVERLUSTEODER ANDERE INDIREKTE, BESONDERE, ZUFÄLLIGE ODER FOLGESCHÄDEN, OHNE RÜCKSICHT AUF IRGENDEINE HAFTUNGSTHEORIE, OB AUF GRUNDLAGE VON VERTRÄGEN,RECHTSVERDREHUNGEN, NACHLÄSSIGKEIT, PRODUKTHAFTUNG ODER ANDEREN GRUNDLAGEN. DA ES IN EINIGEN RECHTSPRECHUNGEN NICHT ZULÄSSIG IST, HAFTBARKEITFÜR ZUFÄLLIGE ODER FOLGESCHÄDEN AUSZUSCHLIESSEN, TRIFFT DIE OBEN BESCHRIEBENE EINSCHRÄNKUNG MÖGLICHERWEISE NICHT FÜR DEN LIZENZNEHMER ZU. DIE
HAFTBARKEIT DES LIZENZGEBERS GEMÄSS DIESER EULA DARF, GANZ GLEICH, OB DER ANSPRUCH IN EINEM VERTRAG, SCHADENSERSATZRECHT, GEFÄHRDUNGSHAFTUNG ODER
ANDERWEITIG BEGRÜNDET IST, UNTER KEINEN UMSTÄNDEN DIE FÜR DIE SOFTWARE BEZAHLTE LIZENZGEBÜHR ÜBERSTEIGEN, FALLS ÜBERHAUPT. DIE OBIGEN
EINSCHRÄNKUNGEN GELTEN UNGEACHTET DESSEN, OB DER LIZENZGEBER ÜBER DIE MÖGLICHKEIT EINES SOLCHEN SCHADENS IN KENNTNIS GESETZT WURDE, UND
UNABHÄNGIG DAVON, OB EIN RECHTSMITTEL VERSAGT.
AUSSCHLIESSLICHES RECHTSMITTEL. Das ausschließliche Rechtsmittel des Lizenznehmers sowie die gesamte Haftbarkeit des Lizenzgebers für einen Bruch der vorliegenden
EULA durch den Lizenzgeber ist nach alleinigem Ermessen des Lizenzgebers beschränkt auf: (i) Austausch defekter Software oder der entsprechenden Dokumentation; oder (ii)
Erstattung der an den Lizenzgeber für die Software gezahlten Beträge.
GELTENDES RECHT. Diese EULA unterliegt den Gesetzen des US-Bundesstaats Kalifornien, ungeachtet seines Kollisionsrechts, und der Lizenznehmer stimmt derGerichtszuständigkeit der staatlichen und bundesstaatlichen Gerichte im US-Bundesstaat Kalifornien zu.
VOLLSTÄNDIGKEIT DER VEREINBARUNG. Diese Vereinbarung EULA stellt die gesamte Vereinbarung zwischen dem Lizenzgeber und Lizenznehmer in Bezug auf die spezifischen
hierin dargelegten Bedingungen in Bezug auf die Lizenz und Garantien für das Produkt sowie alle weiteren einbezogenen Bedingungen und Verpflichtungen dar. Diese EULA
ersetzt alle früheren Übereinkommen und Vereinbarungen, ganz gleich ob in schriftlicher oder mündlicher Form. Diese EULA darf nicht abgeändert werden, es sei denn, derLizenzgeber und Lizenznehmer stimmen beide einer solchen Abänderung schriftlich zu.
SALVATORISCHE KLAUSEL. Falls eine zuständige Gerichtsbarkeit eine der Bestimmungen oder einen Teil einer Bestimmung in dieser EULA aus irgendeinem Grund für nicht
durchsetzbar befindet, so soll dieser Teil bzw. diese Bestimmung im maximal vom Gesetz zulässigen Umfang durchgesetzt werden und den Absichten der Vertragsparteien
auf möglichst wirksame Art entsprechen, und die restliche EULA wird weiterhin in voller Kraft und Wirkung gültig bleiben.

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LymphoTrack Dx Software – MiSeq

280436 Rev. E | Februar 2024