日本微生物資源学会第 20 回大会プログラム・要旨

会	
  期：

平成 25 年 6 月 26 日（水）~28 日（金）

会	
  場：

つくば国際会議場（〒305-0032 茨城県つくば市竹園 2-20-3，http://www.epochal.or.jp）
つくば駅（つくばエクスプレス）から徒歩 10 分です．

大会事務局：	
 〒305-0074 茨城県つくば市高野台 3-1-1
独立行政法人理化学研究所 バイオリソースセンター 微生物材料開発室
	 Tel. 029-836-9556	
  Fax. 029-836-9561	
  E-mail: curator [at] jcm.riken.jp

	 大会長：大熊盛也

参加登録および参加費：	
 事前振込み	
  会員：4,000 円	
  非会員：6,000 円	
  学生：1,000 円	
  懇親会費：4,000 円
当日払い	
  	
  会員：6,000 円	
  非会員：8,000 円	
  学生：1,000 円	
  懇親会費：4,000 円
事前の参加費及び懇親会費のお振込みにご協力下さい．
事前振込みの締め切りは平成 25 年 6 月 19 日（水）です．
【ゆうちょ銀行から振り込まれる場合】
記	  号：10600
番	  号：3083143
名義人：ニホンビセイブツシゲンガッカイダイニジュッカイタイカイ【他金融機関から振り込まれる場合】
銀行名：ゆうちょ銀行
店	
  名：〇六八（読み	  ゼロロクハチ）店	
  番：068
預金種目：普通預金
口座番号：3083143
名義人：ニホンビセイブツシゲンガッカイダイニジュッカイタイカイ
事前振込みして頂いた方は，e-mail にて下記事項をご連絡下さい．
題名：JSCC 大会参加費振込確認
本文：ご氏名：	  	  	
  ご所属：
	  	  	
  お振込み日：＜お振込み名義がご本人と異なる場合＞
	
  	
  	
  お振込名義：
プログラム概要：	
 6 月 26 日（水）13:00 ~ 14:30

編集委員会

小会議室 404 室

14:30 ~ 16:00

カルチャーコレクション委員会

小会議室 404 室

16:00 ~ 18:00

理事会

小会議室 404 室

9:30 ~ 9:40

開会の挨拶

中ホール 200

9:40 ~ 11:00

実務ワークショップ

中ホール 200

11:10 ~ 12:10

一般講演（一人 15 分）4 演題

中ホール 200

6 月 27 日（木）1

13:15 ~ 14:30

一般講演（一人 15 分）5 演題

中ホール 200

14:30 ~ 15:30

ポスター発表中ホール 200 外

15:45 ~ 16:45

総会・授賞式

中ホール 200

16:45 ~ 17:45

学会賞受賞講演中ホール 200

18:00 ~ 20:00

懇親会

6 月 28 日（金）9:00 ~ 9:10

シンポジウム開会の挨拶

中ホール 200

9:10 ~ 11:40

シンポジウム 5 演題

中ホール 200

11:40 ~ 11:50

シンポジウムのまとめ及び閉会の挨拶

中ホール 200

口頭発表について：	
 各自のパソコンもしくは会場設置のパソコンをご使用下さい．Macintosh の方はコネクターを忘れずにお持ち下さい．会場設置のパソコンをご使用いただく場合は USB メモリで発表ファイルをご持参いただき，事前の休憩時間までに動作確認を行って下さい．ソフトウェアのバージョンは以下のとおりです．
	  Macintosh：OS10.6 Office 2011	  Windows：Windows 7 Office 2010（Mac 上で Windows 仮想化）
発表時間はプログラムをご参考ください．いずれも質疑応答の時間を含みます．
ポスター発表について：	
 ポスターは A0 サイズ以内で作成して下さい．
固定用のピンは会場に準備致します．
6 月 27 日の 13:00までに発表者自身で掲示して下さい．また，大会終了時までに撤去して下さい．
プログラム：	
 ［実務ワークショップ］（6 月 27 日	
  9:40~11:00）

中ホール 200「カルチャーコレクションの生物多様性条約 (CBD)への取り組み方」
実務ワークショップの前身である実務担当者会議では過去 2 回，CBD をテーマにした会議を行ったが，それから 10 年が過ぎた．この間 2010 年には名古屋議定書が採択され，現在国内では批准に向けた国内措置が検討されている．また EU では名古屋議定書発効後に信任コレクション制度を導入する事も提案されている．本ワークショップでは，CBD や名古屋議定書の概要とコレクション事業や学術研究への影響を紹介し，あわせて今後コレクションが取るべき対応について議論したい．
1. CBD と名古屋議定書の概要

安藤勝彦（NBRC）

2. コレクションにおける CBD・名古屋議定書への対応について 伊藤	  隆（JCM）
3. 学術研究における ABS 対応の課題

鈴木睦昭（NIG）［一般講演］（6 月 27 日	
  11:10~12:10，13:15~14:30）
O-1

中ホール 200（11:10~11:25）
森に酵母資源の宝庫を見つける	 ○遠藤力也 1，升屋勇人 2，大熊盛也 1
1

O-2

理研 BRC-JCM，2 森林総合研究所（11:25~11:40）
らせん状の細胞外構造体を産出する淡水性鉄酸化細菌 OYT1 株の性状解析
2

○加藤真悟，伊藤	  隆，大熊盛也
理研 BRC-JCM
O-3（11:40~11:55）
せんだんごに生息する食物繊維分解微生物

	
 

O-4

○熊谷浩一 1，田中尚人 2，渡辺麻衣子 3，梶川揚申 1，佐藤英一 1，小西良子 3，岡田早苗 1
1

東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科，2 東京農業大学応用生物科学部菌株保存室，

3

国立医薬品食品衛生研究所衛生微生物部（11:55~12:10）
レタス栽培圃場土から分離した Mirafiori lettuce big-vein virus 媒介菌 Olpidium virulentus(Sahtiy.) Karling	 ○野見山孝司 1，笹谷孝英 2，大崎秀樹 1，石川浩一 1，富岡啓介 1，関口博之 1，宮川久義 1，
竹原利明 1
1

農業・食品産業技術総合研究機構 近畿中国四国農業研究センター，2 農業・食品産業技術

総合研究機構 九州沖縄農業研究センター
O-5（13:15~13:30）
微生物資源の保全と持続可能な利用のためのアジア連携の重要性-Asian Consortium for the Conservation and Sustainable Use of Microbial Resources (ACM) 活動-	
 ○川崎浩子，関川智洋，船曳理恵，宮下美香，伏見早百合，安藤勝彦，鈴木健一朗，中川純一
独・製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC）

O-6（13:30~13:45）
培養非依存の手法による土壌細菌集団内におけるプラスミドの宿主域の決定
新谷政己 1, 2，松井一泰 3，井上潤一 1，細山	  哲 4，黄地祥子 4，山副敦司 4，野尻秀昭 3，
金原和秀 2，大熊盛也 1

O-7

1

理研 BRC-JCM，2 静岡大学大学院工学研究科，3 東京大学生物生産工学研究センター，

4

製品評価技術基盤機構（13:45~14:00）
微細緑藻ボルボックスから発見されたリケッチア “MIDORIKO” の共生と痕跡○川舩かおる 1，本郷裕一 2，浜地貴志 3，野崎久義 11

東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻，2 東京工業大学大学院生命理工学研究科生体システム専攻，3 京都大学大学院理学研究科生物科学専攻
O-8（14:00~14:15）
1 細胞レベルで解析するシロアリ腸内微生物叢

	
 

◯雪	
  真弘 1，新谷政己 2,3，大熊盛也 1,3
1

O-9

理研バイオマス工学研究プログラム，2 静岡大学大学院工学研究科，3 理研 BRC-JCM（14:15~14:30）
ハプト藻保存株の凍結保存と生存検査向上の取り組み

	
 

○森	
  史 1，ノエル マリーエレン 2，湯本康盛 1，石本美和 1，河地正伸 2
1

地球・人間環境フォーラム，2 国立環境研究所［ポスター発表］（6 月 27 日	
  14:30~15:30）

中ホール 200 外P-1

Porphyromonas cansulci は Porphyromonas crevioricanis のシノニムである	
 ○坂本光央，大熊盛也
理研 BRC-JCM
3P-2

黒麹菌関連株に関する問い合わせ対応，ならびにそれらの系統分類に関する最近の動向

	
 

○岡田	
  元，飯田敏也，大熊盛也
理研 BRC-JCM

P-3

枯草菌を比較対照とした納豆菌の欠損ファージの分析	
 ○永井利郎，富岡啓介*，一木(植原)珠樹，澤田宏之，青木孝之，佐藤豊三
農業生物資源研究所 遺伝資源センター(*現: 農業・食品産業技術総合研究機構 近畿中国
四国農業研究センター)

P-4

Stenotrophomonas maltophilia の分類学的研究	
 ○黒川祐菜 1，田中尚人 1，飯野隆夫 2，大熊盛也 2，梶川揚申 3，佐藤英一 3，岡田早苗 31

東京農業大学応用生物科学部菌株保存室，2 理研 BRC-JCM，3 東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科
P-5

糠床から分離した新規乳酸菌の分類学的研究○入澤友啓 1，北原真樹 1，坂本光央 1，田中尚人 2，岡田早苗 3，大熊盛也 1
1

理研 BRC-JCM，2 東京農業大学応用生物科学部菌株保存室，3 東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科
P-6

ピーマンの実腐病を引き起こす Fusarium incarnatum / F. equiseti 種複合体の一菌種○富岡啓介 1，青木孝之 2，永井利郎 2，澤田宏之 2，佐藤豊三 21

農業・食品産業技術総合研究機構 近畿中国四国農業研究センター，2 農業生物資源研究所

遺伝資源センター
P-7

Leuconostoc mesenteroides の亜種間の MLSA 解析	
 ○八木裕介 1，田中尚人 2，佐藤英一 1，梶川揚申 1，瀬戸泰幸 3，岡田早苗 1

P-81

東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科，2 東京農業大学応用生物科学部菌株保存室，

3

雪印メグミルク株式会社ミルクサイエンス研究所

メタン発酵液から集積培養した Thermoplasmata 綱の新規メタン生成古細菌 Candidatus
Methanogranum caenicola	
 ○飯野隆夫 1，玉木秀幸 2，玉澤	  聡 2,3，上野嘉之 4，大熊盛也 1，鈴木健一朗 5，五十嵐泰
夫 6，春田	  伸 7
1

理研 BRC-JCM，2 産業技術総合研究所，3 筑波大学，4 鹿島技術研究所，5 製品評価技術基盤機構，6 東京大学，7 首都大学東京P-9

陸上温泉に生息する好熱性微生物の分離試みについて	 ○大西真史 1,2，高品知典 1，伊藤	  隆 2，加藤真悟 2，大熊盛也 2
1

東洋大学大学院，2 理研 BRC-JCM

P-10

マングローブに生息する微生物の特性	 ○荒谷佳佑 1，田中尚人 2，梶川揚申 1，佐藤英一 1，岡田早苗 1
1

東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科，2 東京農業大学応用生物科学部菌株保存室

P-11

Armadillidium vulgare (オカダンゴムシ)排泄物の細菌群集解析	 ◯飯田敏也，大熊盛也
理研 BRC-JCM

P-12NBRC の冬虫夏草コレクション	 ○伴さやか 1，坂根	  健 1，田渕由美子 1，島村具仁子 1，中桐	  昭 2，鈴木健一朗 1
1

独・製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC），2 鳥取大学農学部附属

菌類きのこ遺伝資源研究センター
P-13

国立環境研究所における NBRP 藻類リソースの紹介○志村遥平，河地正伸
4

国立環境研究所
P-14

きのこ類遺伝資源を通したエルサルバドル共和国との研究交流とその成果○早乙女梢 1，前川二太郎 1，Parada Roxana Y.2，白水	  貴 1，Castillo Blanca E.3，牛島秀爾 1，
中桐	
  昭 1
1

鳥取大学農学部附属菌類きのこ遺伝資源研究センター，2 鳥取大学農学部，3National

Research Center for Agricultural and Forestry Technology
P-15

日本植物病名データベース○佐藤豊三 1，山崎福容 1，竹谷	  勝 1，大園麻友 1，埋橋志穂美 2，小林みゆき 1，熊谷みど
り 1，月星隆雄 3，富岡啓介 4，澤田宏之 1，永井利郎 1，一木(植原)珠樹 1，青木孝之 1
1

農業生物資源研究所 遺伝資源センター，2 University of Alberta, Canada，3 農業・食品産業

技術総合研究機構 畜産草地研究所，4 農業・食品産業技術総合研究機構 近畿中国四国農業研究センター
P-16

石巻専修大学（ISU）コレクション：来歴，保存，特徴と利用，東日本大震災後の現状（中
間報告）
○宮嵜	
  厚，山崎達也
石巻専修大学理工学部基礎理学科

P-17

大阪大学工学研究科 OUT における NBRP 酵母事業
○金子嘉信 2，周	  瑩 1，前川裕美 2，原島	  俊 1
大阪大学工学研究科	
  1 生命先端工学専攻，2 酵母リソース工学寄附講座

P-18

NIES 藻類コレクションの 2012 年度の活動と展望

	 ○河地正伸 1，佐藤真由美 1，ノエル マリエーレン 1，森	  史 2，湯本康盛 2，石本美和 2
1

P-19

国立環境研究所，2 地球・人間環境フォーラム

NBRC 平成 24 年度事業報告（微生物株）○﨑山弥生，鎌田	  幸，府川仁恵，中川恭好，与儀重雄，鈴木健一朗，中川純一
独・製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC）

P-20

NBRC・10 年間のユーザーニーズの解析について○府川仁恵，神野浩二，山田隆一，与儀重雄，中川純一
独・製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC）

P-21

玉川大学学術研究所菌学応用研究センターのカルチャーコレクションについて○石崎孝之，奥田	
  徹
玉川大学学術研究所菌学応用研究センターP-22

千葉大学真菌医学研究センターで収集した病原真菌・放線菌の動向（2007-2012 年）○矢口貴志，伊藤純子，田中玲子，亀井克彦
千葉大学真菌医学研究センター

P-23

FMRC の 2012 年度のコレクション活動と TUFC 公開株の特色	 ○牛島秀爾，早乙女梢，前川二太郎，白水	  貴，會見忠則，中桐	
  昭
鳥取大学農学部附属菌類きのこ遺伝資源研究センター

P-24

農業生物資源ジーンバンク事業の微生物部門（MAFF）における 2012 年度の活動と成果

	 ○一木(植原)珠樹，澤田宏之，佐藤豊三，永井利郎，青木孝之，竹谷	  勝，山崎福容，大園麻友，中島比呂美，熊谷みどり，河瀨眞琴	 農業生物資源研究所 遺伝資源センター

P-25

2012 年度の JCM の活動報告	 ○押田祐美，岡田	
  元，高島昌子，工藤卓二，伊藤	
  隆，飯田敏也，大和田勉，坂本光央，
北原真樹，飯野隆夫，遠藤力也，草桶佳代，鈴	  幸二，大熊盛也
5理研 BRC-JCM［学会賞受賞講演］（6 月 27 日	
  16:45~17:45）

中ホール 200

微生物園と菌族館佐藤豊三
農業生物資源研究所 遺伝資源センター 分類評価研究ユニット［シンポジウム］（6 月 28 日	
  9:00~11:40）

中ホール 200	  「微生物ゲノムと研究基盤」	
  コンビーナー：伊藤	  隆，大熊盛也
シークエンス技術の急速な進展とバイオインフォマティクスの発展によりゲノム解析が容易にできるようになって，研究の内容や質，方法が大きく変わってきたことは生物系研究者の誰しもが感じていることと思います．メタゲノム解析や各種オミックス解析も含めたゲノム関連情報と解析技術
が，微生物が関わる幅広い多くの研究分野に大きな影響をもたらし，分類学から基礎生物学，生態学，医学や応用微生物分野に至るまで革新的な成果につながっています．カルチャーコレクション
やバイオリソースセンターにおいても，ゲノム解析微生物やゲノム DNA リソースの整備・提供体制を強化するとともに，ゲノム解析プロジェクトに積極的に参画する例も多く見られるようになってきました．
このような状況のなか，研究基盤微生物がそのゲノム解読情報の利用を通じてどのように研究に役立つのか，ゲノム解析により研究基盤微生物の整備にどのような効果をもたらすのか，さらにゲノム情報で検出・解析されるが未開拓・未利用の微生物資源をどのように整備していくのか，といった問題をあらためて考えることは重要と思い，分類や生態，生物多様性，臨床，応用等の分野で活躍の研究者に，ゲノムと研究基盤微生物という視点から話題提供をいただくことを企画いたしました．
S-1（9:10~9:40）
環境オミックス情報解析時代の未知・未培養微生物の探索と資源化
玉木秀幸
産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門

S-2（9:40~10:10）
リボソームタンパク質群遺伝子配列を利用した MALDI-TOFMS 解析と微生物株の同定
佐藤浩昭
産業技術総合研究所環境管理技術研究部門

S-3（10:10~10:40）
担子菌系酵母のゲノム解析と分類学的考察：ドラフトゲノム解析に基づく Trichosporon 属
および近縁菌株の系統関係○高島昌子 1，杉田	  隆 2，眞鍋理一郎 3，菅原秀明 4，大山	  彰 5，大熊盛也 1
1

理研 BRC-JCM，2 明治薬科大学・微生物学，3 理研オミックス基盤研究領域，4 国立遺伝学研究所，5 インシリコバイオロジー
S-4（10:40~11:10）
Bifidobacterium 属細菌の比較ゲノムとプロバイオティクス
森田英利
麻布大学獣医学部

S-5（11:10~11:40）
病原細菌の比較ゲノム解析によるゲノム多様化機構の解明
中川一路
6

東京医科歯科大学大学院医歯学総合研究科・細菌感染制御学分野	
 7

	
 受賞講演	 	 	 日本微生物資源学会学会賞	
 微生物園と菌族館	
 佐藤豊三	
 独立行政法人農業生物資源研究所	
 遺伝資源センター	
 分類評価研究ユニット	 中学校の夏休みに友達と細菌を培養する自由研

boninense など 3 新種 1 新組合せ 12 日本新産種と究を試みたが，作った培地にかびが生えてしまっ

ともに，46 種の病原菌について延べ 49 種の新宿たのが菌類との出会いであった．それが高じて，主を明らかにした．2010 年，上記の成果を含めて大学・大学院時代には植物の絶対寄生菌であるさ

過去 1 世紀半の間に記録された同諸島の菌類約び病菌を研究し，職を得てからもずっと植物病原1,000 種をリストアップし公表した．
このリストは菌類の研究に携わってきた．その間，農家の方々

世界自然遺産登録の参考資料に活用されたほか，をはじめ様々な立場の多くの方々に大変お世話に収集した約 350 菌株は農業生物資源ジーンバンク

なった．
まずは衷心よりお礼申し上げる．
しかし，のコレクションの中でもきわめて貴重な研究試料

何と言っても菌類のお陰で生きる糧が得られたばとなっている．

かりか，研究の喜びを知り，変幻自在な生き方ま植物病原菌類の分類同定と菌株寄託：1987

で見習えた恩恵は計り知れない．その道程を振り年，農林水産省に移籍して以降，広く植物病原菌

返りつつ，菌類にどんな恩返しができるか考えてを扱う仕事に就き，国内外の 82 新病害・初発生病

みた．

害等の病原菌を同定し，病原性などを解明し診

さび病菌の形と生き方：さび病菌は 1〜5 つの断・防除に貢献した．その中には Adisciso kaki な

胞子世代をもち，形も生活史も様々である．それど 1 新種 2 新組合せ 4 新分化型が含まれる．成果まであまり重視されていなかったさび胞子世代をを論文発表するとともに，収集した 600 以上の菌形態的に詳しく調べ，
4 種類を 14 型に再分類した．

株を同ジーンバンクに寄託し，試験研究用に分譲

また，さび病菌の異種寄生種は遠縁の 2 種植物上している．

で異なる胞子世代を形成するため，接種により生植物炭疽病菌の分子系統解析：分子系統解析

活環調べる必要がある．この研究の中でニリンソの遅れていた植物炭疽病菌の菌株を収集し，2002

ウとアキグミに異種寄生する菌を発見し，

年，rDNA-ITS 領域に基づく本菌の分類体系を世Ceraceopsora 属を創設した．一方，いくつも胞子界に先駆けて公表した．また，β-tubulin-2 遺伝子世代を持つ同種寄生種や冬胞子世代の知られていの塩基配列に基づいて日本産キク科炭疽病菌ない種の生活環を接種や核の行動などを基に調べ

Gloeosporium carthami の約 90 年前の乾燥標本と最た．その結果，Aecidium raphiolepidis などさび胞子近の菌株を分子系統学的に再評価し，新組合せ型夏胞子世代のみで生活する種を見出し，さらに，Colletotrichum carthami として復活させた．この他

2 型の冬胞子世代を持つ Puccinia japonica を発見

マダケ黒色立枯病菌 Colletotrichum hsienjenchang

した．

や 角膜真菌症原因菌の 1 種である Glomerella
septospora など他のアジア産炭疽病菌についても

小笠原諸島の菌類相：1982 年，東京都小笠原
亜熱帯農業センターで土壌肥料担当の職を初めて

分子系統上の位置を初めて明らかにした．

得たが，作物の病原菌や島のさび病菌ときのこも

農業生物資源ジーンバンクの運営：2001 年，

調べた．転勤後も菌類調査に出かけ，現在までに農林水産省研究機関の独立行政法人化に伴って同植物病原菌 90 属 136 種を同定した．そのうち 63

省ジーンバンク事業の大部分は農業生物資源ジー

種は同諸島未報告種であり，また，Colletotrichum

ンバンク事業に衣替えし，農業生物資源研究所に
8

引き継がれた．その微生物部門の立ち上げから現界の重要な一員であるにもかかわらず，残念なが在に至るまで，在庫・品質管理システムや情報管ら世間ではいまだなじみの薄い存在である．2008

理システムの整備・刷新を推し進めた．現在，保〜2009 年，国立科学博物館が東京で「菌類のふし

有微生物株は約 3 万株に達して国内有数の規模とぎ」展を開催し，菌類をキャラクターとした人気なり，分譲実績も年間 1.500 株以上に倍増した．

漫画の飾り付けもあって大盛況であった．翌 2010

また，ICCC-10 では，途上国の関係者を対象にト

年，英国で開かれた第 9 回国際菌学会に合わせて，レーニングコースを実施し，国際的にも微生物保エ ジ ン バ ラ 王 立 植 物 園 内 の 展 示 室 で ‘From

存・品質管理技術の向上に貢献した．少数精鋭のAnother Kingdom –The Amazing World of Fungi–’

正規職員と優秀な契約職員や情報部門とのチームが開催された．人の背丈よりも大きなきのこの模ワークがなければ，今日の発展には至らなかった．

型や壁いっぱいに引き伸ばされた顕微鏡写真など

日本植物病名データベース：植物にも様々なが展示され，小虫になった気分で菌類を実感する

病気がある．それらの病名，病原，出典などは日ことができた．こんな展示館，いわば「菌族館

本植物病理学会がとりまとめ「日本植物病名目録」（Mycorium）」をどこかに常設できないものだろとして刊行している．2007 年，農業生物資源ジーうか？さらに，微生物全般を知り体験できる「微ンバンクはその転載許諾を得て，内容をデータベ

生物園（Microbial garden）」があったら，菌類をはース化し検索機能を付して 2009 年に公開した．
そじめとする多種多様な微生物の姿や生き様を多くの後，数々の更新・改良と検索オプションを追加の人々に紹介できるだろう．きっとそれは彼らがし，さらに同ジーンバンクの微生物株カタログを市民権を得ることにつながり，最高の恩返しにな

はじめとする関連データベースや病害関係サイト

ると思う．総陸地面積の 0.25%に過ぎない日本にとのページ間リンクを張り，飛躍的に利便性を高世界の菌類の16%以上が分布していることを見てめた．現在，約 11,400 病名の最新情報を擁する本も，日本が微生物の宝庫であることは言うまでもデータベースは，昨年出版された上記目録第 2 版

ない．そして，何と言っても日本はカルチャーコの編集に利用され，また，最近のアクセス数は年

レクションと微生物学の先進国．いつか必ずこの間約 300 万件にのぼっている．

夢が実現すると信じている．

微生物園と菌族館：菌類は動植物と並ぶ生物

9	 シンポジウム	 	 S-1 環境オミックス情報解析時代の未知・未培養微生物の探索と資源化
玉木秀幸
産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門
	  地球環境中には膨大かつ多様な微生物が棲息しRNA・タンパク質情報について，その資源化競争ており，実にその 99%以上が未だ分離培養されたが激しくなる可能性も示唆されている．このようことのない機能の未知な微生物であると言われてな環境オミックス情報解析の時代にあって，コッいる．そんな未知微生物の多様性や機能を，培養

ホ・パスツールの時代から 140 年以上も続いてきすることなく明らかにする分子生態解析技術の誕

た培養を介したアプローチは，ややもすると時代

生により，1990 年代，環境微生物学は大きな転換

遅れと見なされ，敬遠されがちであり，環境微生期を迎え，今世紀に入りさらなる飛躍的な発展を物学研究にはもはや培養は必要ないのではないか，

遂げてきている．特に，次世代シークエンス技術という声すら聞かれる．果たしてそうだろうか．

の登場により，「遺伝子を読む」から「ゲノムを読20 年以上も前にゲノムが決定された大腸菌でさむ」時代へと変革し，今や，環境中の DNA，RNA

え，未だ機能の不明な遺伝子が 10%程度あり，新を網羅的に解読し，系統と機能の両面から微生物

門微生物のゲノムに至っては45%もの遺伝子が機生態系を丸ごと解明しようとする環境オミックス

能不明のまま，という事実を鑑みると，シークエ

情報解析研究が欧米を中心に隆盛を極めている．

ンス情報のみからでは決して見えてこない，未知

例えば，Earth Microbiome Project では，世界中の微生物の重要な新機能は少なくなく，培養を介し様々な環境から 20 万種以上の核酸試料を収集し，たアプローチはやはり微生物学の根幹技術であり，その全ゲノム，全 RNA，全 16S rRNA 遺伝子を解

環境オミックス解析技術を相互補完するためにも読することによって，微生物の多様性と潜在機能

重要な基盤技術であり続けるだろう．そもそも，に関するグローバルバイオマップを作ろうとする

培養できないと言われる未知微生物を培養できた

試みがなされている．また米国が主導する Human

時，重要な未利用微生物・遺伝子の資源化が図ら

Microbiome Project では，ヒトに関わる微生物群のれるだけでなく，「なぜ 99%以上もの環境微生物

多様性と機能を環境オミックス解析で徹底的に解が未だ培養できないのか」という微生物学上の最明することを目指している．
さらに最近になって，大の謎に答えを見出すことができるのではないだ

シングルセルゲノミクスの技術がほぼ確立され，
1

ろうか．本発表では，2001 年以降，その歩みは遅細胞の未知微生物からゲノム断片情報を取得し，いものの着実に進展してきている未知微生物探索

その基本的な代謝様式や機能をより精緻に解き明研究について，その現状，課題，展望を概説する

かそうとする試みが始まっている．今後，こうしとともに，環境オミックス技術を活用した新しいた環境オミックス技術により獲得された遺伝子・

未知微生物探索の潮流についてご紹介したい．

10

S-2	
  リボソームタンパク質群遺伝子配列を利用した MALDI-TOFMS 解析と微生物株の同定
佐藤浩昭
産業技術総合研究所環境管理技術研究部門
	  微生物を迅速に分析する技術の開発は，食品・は MALDI-TOFMS で，数十種類のリボソームタ

医療・環境などをはじめとする様々な分野で強くンパク質の分子量を一斉に測定し，基準株のリボ求められている．このニーズにこたえるために，

ソームタンパク質の分子量とどれだけ一致するか

最近，質量分析法を用いた微生物の迅速分析が注を指標して，微生物株を同定・分類する方法を開目されている．この方法は，微生物菌体を構成す発した．

る成分（主にタンパク質や脂質）をマトリックス

	  リボソームタンパク質の分子量は，リボソーム

支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析法

タンパク質遺伝子の DNA 配列を反映しているこ(MALDI-TOFMS)で測定し，観測されるマススペとから，本法による解析結果は遺伝子型の違いにクトルのパターンから微生物種を迅速同定，ある

基づいている．しかもこの方法は，遺伝子解析法

いは菌株の識別を行うもので，多検体試料を数分では苦手な近縁の微生物菌株の識別も，簡単かつ〜数十分で解析することができる．
しかしながら，明瞭に行うことができる．リボソームタンパク質

この方法では，ピーク成分を帰属せずにマススペはわずか数分の簡単な前処理で得ることができ，

クトルライブラリとのマッチングで菌株を同定す

質量分析法は非常に高感度であるので，ごくわずるため，解析結果は遺伝学的な根拠が希薄であっ

かな量の微生物でも迅速に分析できる．
これまで，

た．
そこで演者らは，遺伝情報と関連付けながら，微生物種の分析において，迅速性と正確さを両立

類縁の微生物まで正確かつ迅速に同定・識別できさせることは難しかったが，本分析技術により，る新しい微生物分析法の開発に取り組んできた．

特徴的な機能や病原性をもつ微生物の正確な同定

	  我々は，そのバイオマーカーとして，あらゆるやスクリーニングなどを効率的に進めることがで生物に多量に存在するリボソームに注目した．リ

きる．本講演では，これまで分類が不明確であっボソームの基本的な構造や役割はすべての生物にた Bifidobacterium longum 類縁菌や Lactobacillus

共通しているが，生物種によって微妙に構造が異casei 類縁菌などの解析例を交えながら，本法の特なることを利用して，遺伝子解析法では主に 16S

徴や今後の展望について述べたい．

rRNA 遺伝子をターゲットにしている．一方，我々

11

S-3	
  担子菌系酵母のゲノム解析と分類学的考察：ドラフトゲノム解析に基づく Trichosporon
属および近縁菌株の系統関係○高島昌子 1，杉田隆 2，眞鍋理一郎 3，菅原秀明 4，大山彰 5，大熊盛也 1
1

理研 BRC-JCM，2 明治薬科大学・微生物学，3 理研オミックス基盤研究領域，4 国立遺伝学研究所， 5 インシ
リコバイオロジー	  Trichosporonales 目には 4 属 51 種（Trichosporonillumina シーケンサーによりドラフトゲノム解析

属 37 種，Bullera 属 3 種，Cryptococcus 属 10 種，を行った．De novo assembly の後，自動アノテー

および Cryptotrichosporon 属 1 種）がリストされてションは MiGAP により行った．

いる（The Yeasts, A Taxonomic Study，第 5 版）．

Cryptococcus neoformans およびC. gattii のゲノムデ

Trichosporon 属自身が多系統であり，また上記

ータと比較して，T. asahii のドラフトゲノムからBullera 属 お よ び Cryptococcus 属 の 基 準 種 は59CDS をマーカー遺伝子候補として選択した．相Tremellales 目に位置するなど，本目は分類学的に同性検索により，各ドラフトゲノムから当該領域問題が多い．一方，本目には，健康や環境の研究

を抽出，CDS 毎および concatenate した系統樹を作に重要な種が多く含まれている．たとえば，T.

成した．rRNA 遺伝子に基づく系統樹で bootstrap

asahii は深在性真菌症や夏型過敏性肺炎の起因菌

値の高い clade 内の種は，CDS の系統樹においてであり，T. mycotoxinivorans はオクラトキシン A

も高い割合で系統枝を形成した．また concatenateなどのマイコトキシンを解毒する．いくつかの種により得られた系統樹は高いブートストラップ値

はセルラーゼ活性を有し，また多くの種は芳香族で 13 株の系統関係が明らかになった．

化合物や脂肪族化合物を含む多くの炭素源の資化

本目の分類体系の再構築には，属レベルの識別を能を有する．そこで本目の包括的な理解のため，行う表現型を得ることが必要である．しかしながまた再分類により医学，農学，およびバイオテク

ら糸状菌に比べ形態学的特徴が少ない酵母の場合，ノロジーの分野に貢献するため，我々は菌類にゲ属を識別する形態から表現型を見つけることは困

ノム分類の導入を開始した．

難である．そこで，遺伝子の配列データを表現型

本目に位置する Trichosporon 属および関連種 13として属の定義を行うシステムの構築を行いたい株の菌体から DNA を調製し，FLX もしくはと考えている．

12

S-4	
  Bifidobacterium 属細菌の比較ゲノムとプロバイオティクス
森田英利
麻布大学獣医学部
近年，Bifidobacterium 属の菌新種登録は盛んで，応答，線毛の有無などが注目される．そして，機現在，30 を超える菌種が認知され，宿主となる動能的比較ゲノム解析として，まずは腸管定着性に物種を広げて探索することで，今後も本属の菌種

ゲノム構造がどのように適応しているのか，または増えていくと思われる．2013 年 2 月の時点で，その菌株がどう新しい環境に適応するのか，につゲ ノ ム 情 報 が 公 開 さ れ て い る Bifidobacterium

いて解析が進められてきた（Lee et al., BMC（complete 株数＋draft 株数）は，B. adolescentis（1Genomics, 2008）．一方，口腔内に棲む B. dentium

株＋1 株），B. angulatum（0 株＋1 株），B. animalis

は，消化管で棲息する他の Bifidobacterium 属は異（10 株＋2 株），
B. asteroides（1 株＋0 株），
B. bifidumなる特徴をもつことが示された（Ventura et al.,

（3 株＋3 株），B. breve（2 株＋3 株），B. catenulatum

PLoS Genet., 2009）．

（0 株＋1 株），B. dentium（1 株＋3 株），B. gallicum

腸管出血性大腸菌 O157 感染死を予防できるビ（0 株＋1 株），B. longum（10 株＋7 株），B.

フィズス菌のフルクトーストランスポーターの発

pseudocatenulatum（0 株＋1 株）である．菌種の有見（Fukuda et al., Nature, 2011）は，プロバイオテ

用性や研究者の興味の範囲で，特定の菌種に偏っィクス効果の違いを，全ゲノムの塩基配列を決定てゲノムシークエンスされている状況が伺える．

し，菌種・菌株間での比較ゲノム解析で見つけた

Bifidobacterium 属のゲノムサイズは1.9〜2.8 Mb の典型的な例である．一方で，健常なヒトの腸内細範囲で，同じく生物の消化管を棲み家とする菌叢は強固であるため，Bifidobacterium 属を摂取

Lactobacillus属のゲノムサイズとほぼ同じである．

しても簡単には細菌叢を変化させないという報告

両属は門（phylum）レベルで異なる生物種になる（Kim et al., DNA Res., 2013）がなされ，プロバイが，なるべくゲノムサイズを小さくし，かつ同じ

オティクスは既存の腸内細菌叢を変化（改善？）

環境下で生きているので遺伝子セットが概ね類似させているのではないか？という曖昧であった推していることを物語っている．

察が，どうもそうではない，という方向で科学的	  Bifidobacterium 属のゲノム解析の興味としては，に解明されつつある時期でもある．

一般的なゲノミクス（mobile elements，プロファ

また，“安全（GRAS ）”と考えられているージ，糖代謝，アミノ酸やビタミン合成系など）

Bifidobacterium 属も，菌株レベルでの安全性につのほかに，CRISPR 構造，restriction-modification

いて動物試験の重要性はもちろんであるが，ゲノ

system，ペプチドグリカン合成，EPS 産生，ラン

ム解析の観点から情報提供するのも社会的に必要

チビオティクス産生，ストレス（酸素・温度・酸）になるのかもしれない．

13

S-5	
  病原細菌の比較ゲノム解析によるゲノム多様化機構の解明
中川一路
東京医科歯科大学大学院医歯学総合研究科・細菌感染制御学分野
	  細菌の進化において，ファージやプラスミドといった外来性遺伝子による遺伝子の伝播やゲノム
再構成，種内の菌株間での組換えなどによる多様性制御が重要である．一方で，外来性遺伝子の細胞間移動抑制機構として近年 clustered regularlyinterspaced short palindromic repeat (CRISPR)が注目されている．多数の菌株の比較ゲノム解析が可能となった今，このような進化の痕跡をより詳細に検討することができる．本講演では，そのような観点から，現在の我々の研究を幾つかを紹介した
い．

しない株同士が同じグループになっていること，
そして株特有の遺伝子セットがファージに由来していることから，本菌の CRISPR にはファージを選択的に取込む働きがあると考えられ，CRISPR
により取り込むファージを制御していることが示唆された．
	  また，歯周病原細菌 Porphyromonas gingivalis では，ゲノム再構成と組換えを詳細に調べた．その結果，3 株のドットプロットでゲノム再構成発生
点に insertion sequence (IS)が高頻度に認められた．
また，multilocus sequence typing 解析から 60 株のスプリット系統樹で網目構造が顕著であることか
ら，本菌では菌体間での組換えも頻繁におきていることがわかった．さらに，60 株で同定した全
CRISPR スペーサーのうち 97%は，相同性検索で7 種のデータベース内に相同配列は検出されなかった．一方，残り 3%のうち 6 割以上は本菌のゲノム配列の一部と相同で，その多くが IS 上またはその近傍に位置していた．よって本菌の CRISPR
は，菌体内 IS や他の P. gingivalis 菌体由来の DNAを標的として，IS 移動や外来 DNA 取込みを抑制していると考えられる．

	  A 群レンサ球菌（GAS）は多彩な病態を示し，多くの異なるファージの獲得によって病原性を変化させていると考えられている．一方で，ファージなどの外来性 DNA に対する防御機構である
CRISPR が存在することから，プロファージが多く存在することには矛盾があると考えられる．そこで，GAS 70 株のゲノム情報を用い，多株ゲノ
ム比較解析を行った．その結果，2 種類ある
CRISPR は，排除対象としている外来 DNA の種類が異なっていた．Pan-genome から，特定の遺伝子の有無によりクラスタリングしたところ，同じ
CRISPR スペーサーを持つ株同士と CRISPR を有14	
 一般講演	
 	
 
	
 
O-1
	
 

森に酵母資源の宝庫を見つける	
 ○遠藤力也 1，升屋勇人 2，大熊盛也 1
1

理研 BRC-JCM，2 森林総合研究所

	  植物・動物・微生物に至るまで，森には多種の生物が棲息する．肉眼で見えるもののなかでは節足動物，
特に昆虫の種数は極めて多い．発表者らは森林昆虫嗜好性菌類の生態を明らかにするため，森林昆虫関連基質の菌類群集および虫体の随伴菌類相の解析を行ってきた．その過程で，多様な昆虫種の生態に何らかの形
で酵母類が関係していると考えられるケースが極めて多いことが判ってきた．本発表では，養菌性キクイム
シ（Ambrosia beetles）およびシデムシ（Silphid beetles）の随伴酵母に関するこれまでの研究成果を紹介する．
	  1990 年代以降，劇症型樹木病害の一つであるブナ科樹木萎凋病（ナラ枯れ）の被害拡大に伴って，本病害のベクターであるナガキクイムシ科養菌性キクイムシの生態解明が喫緊の課題となっている．養菌性キクイ
ムシは樹体内に営巣し，その巣壁（坑道，Beetle gallery）で共生菌を育てて餌にするといわれるが，特にナガ
キクイムシ科についてその菌類群集構造や構成菌種に関する知見は乏しかった．ナガキクイムシ科養菌性キクイムシの坑道の菌類群集を解析したところ，未同定の酵母が多数分離された．しかし蛹室を含む坑道奥部の酵母群集は極めて安定しており，特定の酵母（Candida kashinagacola および Candida sp.）が宿主虫の生態に密接に関係していることが疑われた（Endoh et al., 2011）．
	  シデムシは主に死肉食または腐敗物食で，自由生活性または亜社会性の甲虫である．ユニークな生態をもつものが含まれることから，行動生態学的な研究は以前から行われてきた一群だが，菌類との関連に着目した研究はこれまで無かった．近年発表者らはシデムシが特定の分類群の酵母の Natural host であることを発見
し，生態学的・分類学的見地から研究を進めている．
	  上記の他にも，酵母との密接な関係が疑われる森林昆虫は数多く存在する．国土の約 7 割を森林に覆われる我が国において，森林昆虫は未開発の酵母資源の宝庫として注目されるべきである．このような酵母資源の開発を進めることで，酵母生態学の研究シーズを提供することにもつながるだろう．
参考文献
Endoh, R. et al. (2011) Microb. Ecol., 62: 106-120.
O-2らせん状の細胞外構造体を産出する淡水性鉄酸化細菌 OYT1 株の性状解析	 ○加藤真悟，伊藤隆，大熊盛也
理研 BRC-JCM

	  二価鉄を酸化することでエネルギーを得て生育する細菌は一般的に鉄酸化細菌，もしくは鉄酸化菌，鉄酸
化バクテリア，鉄バクテリアなどと呼ばれている．鉄酸化細菌の多くは化学合成独立栄養性であり，光エネ
ルギーに依存しない化学合成生態系の中で一次生産者としての役割を担っている．また，中性 pH かつ微好気環境に生息する鉄酸化細菌には，らせん状のストーク（茎）と呼ばれる特徴的な細胞外構造体を産出する種が含まれる (Emerson et al., 2010)．鉄酸化細菌研究の歴史は古く，例えば Gallionella ferruginea は 150 年以上前に発見され，50 年以上前にはこの種が産出するらせん状の細胞外構造体の電子顕微鏡像が報告されている (Vatter and Wolfe, 1956)．このらせん状の細胞外構造体は多糖類で構成されており，酸化鉄を吸着することがわかっている (Chan et al., 2009)．酸化鉄が付着した細胞外多糖類は BIOS（Biogenic iron oxides）と呼ばれる．この BIOS には鉄以外にもさまざまな金属元素を吸着する作用があり (例えば Langley et al., 2009)，環境
工学的な応用も期待される．しかしながら，微好気性鉄酸化細菌はいわゆる「難培養性微生物」の代表格の一つであり，特にらせん状の細胞外構造体を産出する分離種は極めて少ない．それ故，その生理生態や系統分類の研究はほとんど進んでいないのが現状である．自然界における鉄循環の解明や BIOS を用いた金属回15

収技術の開発には，分離株を用いた基礎研究が必要不可欠である．
	
  本研究において，我々は淡水性の湧水地から鉄酸化独立栄養性細菌 OYT1 株を分離することに成功した．
電子顕微鏡観察の結果，OYT1 株はらせん状の細胞外構造体を産出することがわかった．レクチン染色により，この構造体は多糖類で構成されていることも明らかになった．G. ferruginea の 16S rRNA 遺伝子配列との相同性は 92.9%であり，OYT1 株は属レベルで新規の細菌であることが示唆された．本発表では，OYT1 株の性状解析の結果をもとに，微好気性環境に生育する鉄酸化細菌の生理生態および系統分類について議論する．
O-3

せんだんごに生息する食物繊維分解微生物	 ○熊谷浩一 1，田中尚人 2，渡辺麻衣子 3，梶川揚申 1，佐藤英一 1，小西良子 3，岡田早苗 1	
 

	
 

1

東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科，2 東京農業大学応用生物科学部菌株保存室，3 国立医薬品食品衛生研究所衛生微生物部	 	 	  【目的】長崎県･対馬地方の「せんだんご」は冬季にサツマイモを浸漬させた後，だんご状に成型し約 1カ月の発酵工程を経て製造される．製造の際にはサツマイモに多種多様な微生物が増殖し，デンプンや食物
繊維を分解することで特有な物性が生じる．これまでに一般細菌の Bacillus 属，Paenibacillus 属と，カビのMucor 属，Penicillium 属が発酵工程中の主要なデンプン分解微生物であることを明らかとしてきた 1)．そこで本研究ではせんだんごの製造でもう一つ重要な食物繊維の分解に関与する微生物を明らかとすることを目的とした．
	  【方法･結果】供試菌株には 2008 年〜2011 年に採取したせんだんご製造工程中の試料より分離した一般細菌 491 株，酵母 87 株，カビ 142 株を用いた．
分離株の食物繊維分解能を検討するため，CMC (carboxymethylcellulose)，ペクチン，キシランをそれぞれ含む寒天培地を用い，ハロ形成試験を行った．食物繊維分解能を有した一般細菌については 16S rDNA 塩基配列，酵母は 26S rDNA D1/D2 領域の塩基配列，カビは ITS 領域，または β-チューブリン遺伝子の塩基配列に基づき各々同定した．その結果，一般細菌では 108 株に食物繊維分解能が認められ，その多くは CMC 分解株であり，なかでも毎年の浸漬や発酵工程試料から分離された株は Bacillus 属や Paenibacillus 属，Pseudomonas 属であった．一方，酵母は主に浸漬工程の 21 株がペクチン分解能を有し，その全てがSaccharomyces 属であった．そして，カビでは全株に食物繊維分解能が認められ，毎年の発酵工程から分離された Mucor 属はペクチンの分解能を有し，Penicillium 属は CMC，ペクチン，キシランの分解能を有した．
	  せんだんごの製造工程において，浸漬工程では大きな物性の変化が生じないため，酵母は食物繊維の分解に大きく関与せず，
発酵工程中より分離された食物繊維やデンプンの分解能を有する Bacillus 属，Paenibacillus
属，Mucor 属，Penicillium 属がせんだんご特有な物性変化に主要に関与すると考えられる．
1) 熊谷ら	  日本微生物資源学会第 19 回大会 p. 63.
O-4

レタス栽培圃場土から分離した Mirafiori lettuce big-vein virus 媒介菌 Olpidium virulentus (Sahtiy.)
Karling○野見山孝司 1，笹谷孝英 2，大崎秀樹 1，石川浩一 1，富岡啓介 1，関口博之 1，宮川久義 1，竹原利明
11

農業・食品産業技術総合研究機構	
  近畿中国四国農業研究センター， 2 農業・食品産業技術総合研究機構	  九州沖縄農業研究センター
	  土壌伝染性のウイルス病害であるビッグベイン病が発症したレタスは，葉脈周縁部が白く退色する（葉脈が太く見えるようになる）ために商品価値が低下し，病徴が激しい場合は生育不良で結球せず収量低下に至る．本病は，日本では 1970 年代に和歌山県で初めて確認され，その後，1990 年代中頃から近畿地域と四国
16

地域の一部の冬春レタス産地を中心に発生が顕著となり，現在，中四国地域や関東地域でも被害が認められている．本病の病原は，Ophioviridae 科 Ophiovirus 属の Mirafiori lettuce big-vein virus (MiLBVV) である．
MiLBVV は Olpidiaceae に属する土壌生息菌 Olpidium virulentus (Sahtiy.) Karling の菌体内に存在し，本菌がレタス根に感染する際に媒介される．本菌の耐久器官である休眠胞子は，MiLBVV を保毒したまま土壌中で 10年以上生息できるとの報告がある．O. virulentus は，MiLBVV のほかにも，Lettuce big-vein associated virus，Tulip mild mottle mosaic virus，Tobacco necrosis virus 等の複数種の植物ウイルスを媒介するため，農業生産において警戒度が高いものの，人工培養できない絶対寄生菌であるため，防除策の検討にあたって求められる生理・生態学的な特性の一層の解明ならびに微生物遺伝資源としてのコレクション化が急がれている．
そこで，今回，兵庫県，香川県，徳島県，岡山県および千葉県のレタス栽培圃場土から，常法により，複数の O. virulentus
単遊走子のう分離菌株を得た．MiLBVV を保毒させた各菌株を健全なレタスに接種すると，ビッグベイン病の症状が再現できた．菌株間には MiLBVV を取り込む時期あるいは程度に差があることを示唆するデータを得た．また，兵庫県と香川県由来の菌株について，レタス以外の植物への寄生を調べた結果，既報と同様に，
ササゲ，マクワウリおよびイネへの感染を認めた．今後，今回の分離菌株を用いて，O. virulentus の生理・生態学的な特性の解明やレタスビッグベイン病防除法に係る研究を進める．一部の菌株は微生物遺伝資源として農業生物資源ジーンバンクに新規登録する予定である．
O-5	
 微生物資源の保全と持続可能な利用のためのアジア連携の重要性-Asian Consortium for the Conservation and Sustainable Use of Microbial Resources (ACM)	
 活動○川崎浩子，関川智洋，船曳理恵，宮下美香，伏見早百合，安藤勝彦，鈴木健一朗，中川純一
独・製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC）

	  ACM（微生物資源の保存と持続可能な利用のためのアジア・コンソーシアム）は，アジア各国の生物遺伝資源の研究者や，その利用に係る研究開発政策担当機関との意見交換ならびに交流の緊密化・活発化を通じて，各国関係者間の理解を深め，生物多様性条約（CBD）の枠組みの中でアジアを中心とした生物遺伝資源の保存とその有効利用を図るため，平成 15 年度末に 12 カ国の機関で結成した．発足から 10 年を経て，ACM
はアジア各国との信頼性に基づく連携体制を維持，構築する場となっており，
現在 3 つのタスクフォース（TF）が設けられそれぞれ活動している．現在のメンバーは，中国，カンボジア，インド，インドネシア，日本（JCMと NBRC），韓国，ラオス，マレーシア，モンゴル，ミャンマー，フィリピン，タイ，ベトナムの 13 ヶ国 22機関である．活動内容は，アジア BRC ネットワーク（ABRCN）TF，人材育成（HRD）TF，生物資源移転
管理（MMT）TF，年次会合，シンポジウム開催である．
	  ABRCN—TF では，データベースの整備（http://www.abrcn.net/search.html）を行い，収集した情報の活用の試験的取組み，また WFCC/WDCM への協力を行っている．HRD—TF では，ワークショップの実施，シンポジウム等への若手研究者の派遣を行っている．平成 24 年度は NBRC で「食品安全のための微生物迅速同定法に関する ACM 国際トレーニングワークショップ」を開催した．MMT-TF では，ACM 機関間の材料移転管理のためのガイドラインとスタンダード MTA の作成を行った．現在は，名古屋議定書に則した BRC 運営と生物遺伝資源移転管理のあり方について議論を開始し，新たな移転メカニズムの構築を目指している．
	  名古屋議定書が採択され，さらに生息域外コレクション（微生物保存機関）は重要な役割を担うことが予想される．ヨーロッパ委員会が提案した ABS に関する EU 規制案では“Trusted Collection”という概念が提案されているところである．微生物資源の保全と持続可能な利用のためには，微生物保全機関の活動と連携が必須であり，それは日本，アジア，世界のそれぞれの連携が必要である．多くの方々に ACM 活動にご賛同いただき，アジアの微生物資源の保全と持続可能な利用にご協力いただきたいと切に願っている．
O-6

培養非依存の手法による土壌細菌集団内におけるプラスミドの宿主域の決定○新谷政己 1,2，松井一泰 3，井上潤一 1，細山	  哲 4，黄地祥子 4，山副敦司 4，野尻秀昭 3，金原和秀
2，大熊盛也 1

1

理研 BRC-JCM，2 静岡大学大学院工学研究科，3 東京大学生物生産工学研究センター，4 製品評価

技術基盤機構17	  プラスミドは様々な細菌間を移動可能な遺伝因子であり，微生物はプラスミドを介して抗生物質耐性遺伝
子，病原性遺伝子，物質代謝遺伝子等を獲得することで新たな形質を得る．プラスミドを受け取る細菌の種類（＝宿主域）については，古くより重要な性質として調べられてきた．しかしこれらの宿主域は供与菌・受容菌一種類ずつを選択し，培養を介した接合実験によって決定されており，未培養・難培養性の細菌を多数含む自然環境のプラスミドの宿主域を正確に反映しない可能性が高い．そこで本研究では，培養を介さずにプラスミドの宿主を決定する手法により，土壌細菌集団内におけるプラスミドの「真の」宿主域の決定を試みた．宿主域の異なるとされる 3 種のプラスミド pBP136，NAH7，pCAR1 を解析対象とし，供与菌と土壌微生物集団とを混合した．接合伝達体は緑色蛍光色素を指標としたフローサイトメトリーによって一細胞ずつ検出・分離し，得られた一細胞から phi29 DNA ポリメラーゼによって全ゲノムの増幅を行った．その後，
各プラスミドの有無を PCR で確認し，16S rRNA 遺伝子の部分塩基配列を解読して，接合伝達体を属レベルで同定した．その結果，pBP136 の宿主として Proteobacteria 門に属する様々な細菌の他に，従来得られなかった他の門に属する細菌も検出された．一方 pCAR1 と NAH7 については Gammaproteobacteria 綱のPseudomonas 属細菌が主要な宿主として得られたが，新たに Betaproteobacteria 綱の Delftia 属細菌も宿主として検出された．pCAR1 について，Delftia 属細菌の基準株を用いた接合実験を行ったところ，培養を介する従来法では接合伝達体を得られなかったが，fluosrescence in situ hybridization 法によって，
pCAR1 を有する Delftia
属細菌細胞を検出することに成功した．Delftia 属細菌は pCAR1 の「一過的な」宿主と考えられ，プラスミ
ドの宿主域は既知のものより広いことが示唆された．本研究の手法・成果は，プラスミドを人為的なツールとして利用可能な細菌の範囲を決めるのにも重要であると考えられる．
O-7

微細緑藻ボルボックスから発見されたリケッチア “MIDORIKO” の共生と痕跡○川舩かおる 1，本郷裕一 2，浜地貴志 3，野崎久義 11

東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻，2 東京工業大学大学院生命理工学研究科生体システム専

攻，3 京都大学大学院理学研究科生物科学専攻
	  リケッチア (リケッチア科 Rickettsiaceae) の多くは節足動物の細胞に共生し，ヒトへの感染により重篤な感染症を引き起こすため病理医学的研究が活発に行われている一方，リケッチアは自然状態でのホスト細胞と同時に培養することが困難であるためホスト̶共生体間の遺伝子水平移動に関する研究は立ち遅れている．
我々は先行研究において，植物細胞内に共生するリケッチア “MIDORIKO” を初めて発見した (Kawafune etal. 2012, PLoS ONE 7: e31749)．MIDORIKO のホストは培養が容易である淡水微細緑藻，単細胞のカルテリア
及び群体のプレオドリナ（緑藻ボルボックス目）であり，本材料を用いた今後の研究が期待される．
MIDORIKO はホスト系統上ではごく限られた株のみに存在していたため，ホスト緑藻に対する MIDORIKOの感染は独立に起こったと推測された (Kawafune et al. 2012).
	  我々は，モデル生物である群体性緑藻ボルボックス Volvox carteri について，細胞内バクテリアを同定し，株ごとの有無を調べた．V. carteri の細胞内バクテリアは，UTEX 2180 で存在が報告されて以来 40 年以上性状が不明であった(Kochert & Olson 1970 Trans. Am. Micros. Soc.)．今回，16S rRNA 系統解析及び特異的プロー
ブを用いた蛍光 in situ ハイブリダイゼーションの結果，UTEX 2180 の細胞内バクテリアがリケッチア科に含
まれ，プレオドリナ由来の MIDORIKO と単系統をなす事が判明した (以降，UTEX2180 の細胞内バクテリア
も MIDORIKO と呼ぶ)．また DAPI 染色とゲノム PCR の結果，先行研究と同様に MIDORIKO が検出された株は調査した V. carteri 9 株中 UTEX2180 の 1 株のみであった． 一方，V. carteri の MIDORIKO を保有しない
株 Eve 由来の全ゲノムデータベース検索と，ゲノム PCR の結果，MIDORIKO を保有しない V. carteri 8 株から MIDORIKO 由来と考えられるゲノム DNA 配列断片が確認された．遺伝子配列の断片化の程度は株の系統
18

ごとに異なっていたが，遺伝子の種類はある程度共通していた．これらの結果は MIDORIKO が共生体として保持されるだけでなく共生後に消失しうることを示唆している.
O-8

1 細胞レベルで解析するシロアリ腸内微生物叢	 ◯雪 真弘 1，新谷 政己 2,3，大熊盛也 1,3
1

理研バイオマス工学研究プログラム，2 静岡大学大学院工学研究科，3 理研 BRC-JCM

	  シロアリ腸内には多種多様な微生物が共生している．その多くが難培養性であるため，メタゲノム解析やメタ EST 解析など培養を介さない手法を用いて，シロアリ腸内微生物群全体の解析が進められている．そのため，共生する個々の微生物種がシロアリ腸内においてどのような役割を担っているのかは，一部をのぞきほとんど解明されていないのが現状である．本研究では，原生生物と細菌が混在した腸液から細菌のみを 1細胞毎に単離する手法を確立し，これまで解析されていなかった個々の細菌種の共生系における機能を解明することを目指した．
ヤマトシロアリの腸内共生微生物を蛍光標識試薬で染め，フローサイトメーターで 96 ウェルプレートに 1細胞ずつ分離した．
次に Phi29DNA ポリメラーゼを用いた等温ゲノム増幅法で 1 細胞から全ゲノムを増幅し，これを鋳型にユニバーサルプライマーを用いて PCR により 16S rRNA 遺伝子を増幅した．増幅が確認されたサンプルはダイレクトシークエンスにより配列を決定した．さらにシークエンスの評価で使用される Phred
スコアを指標に，得られた波形データの評価を行い，1 細胞から増幅した可能性が高いサンプルを選択した．
選択したゲノム増幅サンプルを用いて，窒素固定遺伝子 nifH などの機能性遺伝子の増幅を行った．現在までに，588 個の増幅ゲノムサンプルから，16S rRNA 遺伝子の増幅が確認されたのが約 43%にあたる 253 個であった．そのうち 1 細胞からの増幅が確認できたのは 115 個であった．このサンプルを用いて nifH 遺伝子の増幅を行った結果，少なくとも 1 種の細菌種から増幅が確認された．これらの結果から原生生物，細菌が混在した腸液より細菌のみを 1 細胞で取り出す手法を確立することに成功したと考えられる．今回構築した手法を様々な難培養で複雑な微生物群集に対して応用することにより，これまで困難であった個々の細菌種の機能を１細胞レベルで解析することが可能になると同時に難培養の微生物の資源化にも結びつくと期待できる．
O-9

ハプト藻保存株の凍結保存と生存検査向上の取り組み

	
 

○森	
  史 1，ノエル マリーエレン 2，湯本康盛 1，石本美和 1，河地正伸 2
1

地球・人間環境フォーラム，2 国立環境研究所

	  国立環境研究所 微生物系統保存施設 (MCC-NIES)ではこれまで，シアノバクテリア，単細胞性の緑藻や紅藻，絶滅危惧種の淡水産紅藻を中心に凍結保存を進めてきた．これらは凍結・解凍後の生存率が 50％以上と高く，安定的に凍結保存可能な株である．現在は保存株の 3 分の 1 に相当する 1,018 株が凍結保存に移行されている．更に凍結保存への移行を進めるにあたり，今回はハプト藻の凍結保存条件と生存検査の検討を行った．
ハプト藻は，
ハプト植物門に属する微細藻類で，鞭毛に類似するハプトネマと呼ばれる構造を有することや，
有機質燐片や炭酸カルシウムでできた特徴的な円盤状の鱗片で細胞が覆われるといった特徴をもつ．また，海洋を中心に豊富に生息し，炭素循環や硫黄循環に大きく寄与する重要な植物プランクトンとしても知られている．一方，細胞が壊れやすく培養困難な種が多く含まれており，長期の継代培養で細胞ステージの変化や円石形成能の喪失なども認められていることから，
培養法の改善や凍結保存への移行が必要な藻類グループである．
	
  本研究では，ハプト藻の円石藻 2 種，Emiliania huxleyi (NIES-837)と Gephyrocapsa oceanica (NIES-838)を対象として，プログラムフリーザーを用いた二段階凍結法で，まず最適な保護剤（DMSO，メタノール，グリ19セロール）の選定を行い，DMSO が最も有効であることがわかった．そして更に条件検討した結果，DMSO
濃度 5％，塩濃度 32‰，ソルビトール 0.5M の条件において，高い再現性で 2 種の生存を確認することができた．MCC-NIES ではこれまで，生存率測定に FDA 染色法による計数結果を用いてきたが，藻類種によって染色効率が大きく異なること，また数%程度の低生存率株では，培養による復帰の再現性が悪くなる等の問題が認められていた．今回，円石藻 2 種について，希釈培養と MPN（最確数）法で生存率を推定し，凍結
実験結果の評価を行った結果，低生存率であっても再現性良く増殖・復帰することが判明した．細胞密度，
保管・解凍条件等が生存率に与える影響について，今後更に調査・検討を行う必要があるが，低生存率の株であっても，生存検査の精度向上により，凍結保存への移行は十分可能なことが示唆された．
	
 

	
 

20

	
 ポスター発表	 	
 P-1

Porphyromonas cansulci は Porphyromonas crevioricanis のシノニムである	
 ○坂本光央，大熊盛也
理研 BRC-JCM	  【目的】イヌの口腔から分離された Porphyromonas crevioricanis（Hirasawa & Takada, 1994）と Porphyromonas
cansulci（Collins et al., 1994）の 2 種の 16S rRNA 遺伝子の塩基配列の類似度は 99.9%と非常に高く，同種であることが示唆されている 1)．本研究では両菌種についてさらに詳細な系統分類学的検討を行った．
	  【材料および方法】P. crevioricanis JCM 15906T および P. cansulci JCM 13913T について，16S rRNA 遺伝子以外に hsp60 遺伝子（558 bp）を標的として塩基配列を決定し，系統解析を行った．また，これら菌株の化学
分類学的および生理・生化学的性状を調べるとともに DNA-DNA 相同試験を行った．
	  【結果および考察】hsp60 遺伝子の塩基配列を決定した結果，種間の類似度は 100%を示した．両菌種の主要な菌体脂肪酸は iso-C15:0，メナキノンは MK-9 と MK-10 であり，生理・生化学的性状が非常に類似していた．さらに DNA-DNA 相同試験の結果，両菌種は 91%以上の相同値を示した．以上の結果より，P. cansulci
は発表の優先権のある P. crevioricanis の異タイプ異名（heterotypic synonym）であることが明らかになった 2)．
本研究は公益財団法人発酵研究所（IFO）の助成および科学研究費助成事業（23580126）によって行われた.
1) Sakamoto & Ohkuma (2010) J. Med. Microbiol., 59, 1293-1302.
2) Sakamoto & Ohkuma (2013) Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 63, 454-457.
P-2

黒麹菌関連株に関する問い合わせ対応，ならびにそれらの系統分類に関する最近の動向	 ○岡田 元，飯田敏也，大熊盛也
理研 BRC-JCM

	  黒麹菌関連株 (JCM 2261, JCM 2262) の履歴についてユーザーから問い合わせを受けた．
これら 2 株は 1983
年に IAM から入手した株であるが，2007 年に移管された IAM 移管株にも含まれていた．JCM ではこれらの学名，他機関番号，株データなどを整備して今まで公開していたが，他機関における同等株のデータも含め，
学名と他機関番号について不統一や矛盾があることが今回判明した．そこで，JCM の受入記録，文献，リボ
ソーム RNA 遺伝子配列などを調査した結果，以下の様に取り扱うべきであるとの結論に達した．また，黒麹菌の系統分類に関する最近の知見と動向についても併せて紹介する．
Aspergillus awamori Nakazawa 1907
JCM 2261 ← IAM 2112 ← ATU, BL-5-9 ← BATU ← GRIF (R. Nakazawa α).
= IAM 2112, = JCM 22271.
Type: ex-type (Nakazawa 1916).
Former name: Aspergillus niger var. awamori.
Aspergillus usamii Sakaguchi, Iizuka & S. Yamazaki ex Iizuka & Sugiyama 1965
JCM 2262 ← IAM 2185 ← ATU, Kuro-koji-1-1 ← K. Sakaguchi et al. R-0635.
= ATCC 11364, = ATCC 14331, = BCRC 31509, = CBS 139.52, = IAM 14875, = IAM 2185, = IFO 4388,= JCM 22291, = JCM 23176, = NBRC 4388, = QM 8164, = WB 4760.
Type: ex-type (Sakaguchi et al. 1950, Iizuka and Sugiyama 1965).
Former name: Aspergillus awamori, Aspergillus niger var. usamii.
調査の機会と情報をいただいた山田修（酒総研），五味勝也（東北大）の両氏に感謝いたします．
21

P-3
	
 

枯草菌を比較対照とした納豆菌の欠損ファージの分析○永井利郎， 富岡啓介*，一木(植原)珠樹， 澤田宏之，青木孝之，佐藤豊三
農業生物資源研究所 遺伝資源センター(*現: 農業・食品産業技術総合研究機構 近畿中国四国農業研究センター)

	
 【目的】枯草菌(Bacillus subtilis)の１菌株である Marburg は，菌体外に欠損ファージ PBSX を放出する．PBSXの構造や複製に関わる遺伝子は枯草菌の染色体 DNA 上にコードされているが，それらがうまく切りだされて PBSX の頭部に格納されることは無い．その代わりに PBSX は，枯草菌の染色体 DNA から 13.5 kb 長にランダムに切りだした DNA 断片を頭部に格納している．そのため PBSX は宿主細胞に感染したとしても増殖することはできない．欠損ファージは枯草菌 W23 をはじめとする他の枯草菌菌株でも発見されてきた．納豆菌でも IAM 1207 が PBSX に類似の欠損ファージ PBND8 を生産することが報告されている．農業生物資源
ジーンバンクには，3 種類の納豆種菌から分離された，納豆生産能を有する菌株(MAFF 118100，MAFF 118103
及び MAFF 118105)が保存されているが，今回，これら納豆菌，枯草菌 Marburg 及び W23 の欠損ファージを分離し，それらの諸性質を調べたので報告する．
	  【方法】それぞれの菌株を LB 液体培地(10 mM MgSO4 を含む)で培養し，ポリエチレングリコール-NaCl
沈殿法により欠損ファージを回収した．ファージ粒子は，酢酸ウラニウムによるネガティブ染色を行った後に電子顕微鏡で観察した．欠損ファージ粒子に含まれる DNA の分離やその解析は常法に従った．
	  【結果と考察】MAFF の納豆種菌 3 株と枯草菌 W23 は，PBSX に類似の，直径 40 nm の頭部と細長い尾部(18 nm × 270 nm)を有する欠損ファージを生産した．尾部の長さは PBSX の 220 nm に比べ 50 nm 長かった．
PBSX を含めいずれの欠損ファージも 13.5 kb の長さの DNA 断片を有していた． 納豆菌(IAM 1207)欠損ファージは 8 kb の DNA 断片を保有すると報告されていたが，本研究で納豆菌 IAM 1207 から分離した欠損ファージは 13.5 kb の DNA 断片を保有していた．
IAM 1207 は 2 種類の欠損ファージを生産する可能性もあるが，その詳細は今後検討したい．納豆菌 BEST195 (MAFF 118100 と同じ納豆種菌より分離)と枯草菌 Marburg 及びW23 の染色体 DNA の全塩基配列は別の研究グループにより決定されており，それぞれの欠損ファージ関連
遺伝子も特定されている．それら菌株間の欠損ファージ関連遺伝子の相同性を調べたところ，納豆菌
BEST195 の欠損ファージ関連遺伝子の多くは W23 よりも Marburg のものとの相同性が高かった．しかしながら，いくつかの遺伝子に関しては逆に W23 の方が高い相同性を示した． W23 と納豆菌の欠損ファージの尾部の長さが同じであったことから，これら遺伝子が尾部の長さ(もしくは構造)の決定に関与しているのかもしれない．
P-4

Stenotrophomonas maltophilia の分類学的研究	
 ○黒川祐菜 1，田中尚人 1，飯野隆夫 2，大熊盛也 2，梶川揚申 3，佐藤英一 3，岡田早苗 31

東京農業大学応用生物科学部菌株保存室，2 理研 BRC-JCM，3 東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科
	
  【目的】Stenotrophomonas 属は近年多くの種が提案されている．基準種の Stenotrophomonas maltophilia は長年本属唯一の種とされてきた．種の特徴としてメチオニンの要求性や強力なリパーゼ活性などを示すとされているが例外の株も存在し，さらに種内のゲノム構造の違いも報告されている．このことから，本種とされる株にも他種の混在の可能性も考えられる．そこで本研究では，S. maltophilia の分類学的特徴を明確にするために本種内の再分類を行うこととした．
	
 【方法および結果】
供試菌株106 株の系統関係を16S rRNA 遺伝子により調べた結果，
Stenotrophomonas terraeなどに近縁の 7 株 (グループ 1) と Stenotrophomonas rhizophila に近縁の 6 株 (グループ 2) が存在することを確認した．
グループ 1 である 7 株はメチオニン非要求性で，さらに本グループは系統的に 3 つのクラスター (A, B, C)に分かれることが確認された．クラスター A の 3 株は，DNA-DNA 相同性と表現型の結果から S. terrae であると同定した．クラスター B の 1 株は，Stenotrophomonas nitritireducens JCM 13311T を始めとした 16S rRNA
遺伝子で高い相同性を示したすべての近縁種および S. maltophilia 基準株と DNA-DNA 相同性が低く，表現型も一致しなかったことから新種であると考えられた．クラスター C の 3 株の 16S rRNA 遺伝子は S. terrae
22DSM 18941T と最も相同性が高かったが，これらの株は S. terrae および S. maltophilia の各基準株とのDNA-DNA 相同性は低く，表現型も異なることから新種と考えられた．
S. rhizophila JCM 13333T と近縁のグループ 2 については，分離源や系統関係などから 4 株を選抜した．4
株は DNA-DNA 相同性および表現型試験の結果，S. rhizophila であると同定した．ただし，糖類資化能などでどの株とも異なる性質を示す株も存在した．
以上より，S. maltophilia の例外的な性質を持つ株を再分類し，本種の特徴をより明確にした．
P-5

糠床から分離した新規乳酸菌の分類学的研究○入澤友啓 1，北原真樹 1，坂本光央 1，田中尚人 2，岡田早苗 3，大熊盛也 1
1

理研 BRC-JCM，2 東京農業大学応用生物科学部菌株保存室，3 東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科
	
  ぬか漬けは古くから伝わる発酵食品の一つであり，今日まで長く愛されてきた．ぬか漬けをつくるには米糠に食塩と適度な水を加えた糠床が必要であり，この糠床が酵母や乳酸菌の発酵の場となっている．糠床に生息する乳酸菌のほとんどが Lactobacillus 属乳酸菌であるが，その中には既知の乳酸菌とは分類学的に異なる新規乳酸菌も多く生息していることがこれまでの研究から示唆されている．一般的に乳酸菌の分離に用いられる MRS 培地では分離株の多くが既存の乳酸菌となると考え，SI 培地や Kunkee 培地といったエタノールを含む培地にて分離を行った．その結果，分離菌株の中から 5 株の新規乳酸菌の候補株 (Nu-9, Nu-27, Nu-29,
Nu-67, Nu-68) をみいだした.本研究では新規乳酸菌の候補株について詳細な分類学的研究を行い，同定を行うことを目的とした．
	  分離株 5 株はグラム陽性，カタラーゼ陰性の桿菌であった．16S rRNA 遺伝子の塩基配列に基づく系統解
析の結果から Nu-9，Nu-67，Nu-68 は L. buchneri グループに属し，近縁種は L. acidifarinae (98.2%) であった
(Group Ⅰ)．また，Nu-27，Nu-29 は L. alimentarius – L. farciminis グループに属し，近縁種は L. versmoldensis (98.
9%)であった (Group Ⅱ)．さらに phe S および rpo A 遺伝子の塩基配列についても同様に Group Ⅰ，Group Ⅱ
ともに既知の近縁種と低い相同性を示した．DNA-DNA hybridization においても既知種との相同性が 70%以下であった．この他にも GC 含量，菌体脂肪酸組成，表現性状，生理性化学性状試験など種々の試験により近縁種との鑑別性状を明らかにした．以上の結果から本研究で用いた 5 株は 2 種の新規乳酸菌であることが明らかとなった．
P-6

ピーマンの実腐病を引き起こす Fusarium incarnatum / F. equiseti 種複合体の一菌種	 ○富岡啓介 1，青木孝之 2，永井利郎 2，澤田宏之 2，佐藤豊三 21

農業・食品産業技術総合研究機構 近畿中国四国農業研究センター，2 農業生物資源研究所 遺伝資源センター
	
  先にピーマン(Capsicum annuum L. var. grossum Sendtner)の実腐病が報告されたが，その原因菌は当初
Fusarium lateritium Nees と同定されていた(Tomioka et al. 2002; Tomioka and Sato 2004; Tomioka 2005)．しかし，Histone H3，Translation elongation factor 1-α 両遺伝子領域および Ribosomal internal transcribed spacer 領域に基づく分子系統解析を通じ，その病原菌株 MAFF 238882 は F. lateritium ではなく，F. incarnatum (Desmazieres)
Saccardo あるいは F. equiseti (Corda) Saccardo に近縁な F. incarnatum / F. equiseti 種複合体に属する一種として再同定された(Tomioka et al. 2010)．MAFF 238882 は分生子等の形態や培養特性は，F. incarnatum の定義に合致する．本菌株は F. incarnatum と同定された他の MAFF 保存菌株(MAFF 236532, MAFF 240355 および MAFF
240364)と同様に，気中菌糸上の分生子柄上に多隔壁分生子を出芽型に生じる．F. equiseti は気中菌糸上に分生子を形成せず，多隔壁分生子はフィアロ型のみの形成様式である(Leslie and Summerell 2006)ことから，
MAFF 238882 をF. incarnatum と仮に同定したが，F. incarnatum / F. equiseti 種複合体の分類はまだ未完である．
23

ピーマンに病害を引き起こす病原種は数多く報告されているが，F. incarnatum（あるいは F. incarnatum / F.
equiseti 種複合体）による病害については我が国では報告がないことから，本菌は我が国におけるピーマン病
害の病原の 1 つに含められることになる．MAFF 238882 ほか，本研究で用いた菌株は農業生物資源ジーンバ
ンクより公開されている(http://www.gene.affrc.go.jp/index_en.php)．
P-7

Leuconostoc mesenteroides の亜種間の MLSA 解析	
 ○八木裕介 1，田中尚人 2，佐藤英一 1，梶川揚申 1，瀬戸泰幸 3，岡田早苗 1	
 1

東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科，2 東京農業大学応用生物科学部菌株保存室，3 雪印メグミルク株式会社ミルクサイエンス研究所	 	  【目的】Leuconostoc mesenteroides は植物や発酵食品などに生息する乳酸菌である．本種は産業的に有用なデキストラン産生能を含む表現性状に基づき Leu. mesenteroides subsp. mesenteroides, Leu. mesenteroides subsp.
cremoris, Leu. mesenteroides subsp. dextranicum, Leu. mesenteroides subsp. suionicum の 4 亜種に分類されている．
しかし，これら 4 亜種の分別性状は明確でなく，表現性状による分類基準や分類学的位置付けに疑問がもたれている．
そこで本研究では，本菌種の亜種分類について遺伝子解析による分類学的知見が必要であると考え，遺伝型による進化系統に基づく亜種分類の可能性について検討した．
	  【方法･結果】本研究では Leu. mesenteroides の亜種である基準株 4 株と発酵食品，植物，乳関連試料由来の分離株 34 株を用いた．解析には housekeeping 遺伝子 7 つを選抜し，multilocus sequence analysis (MLSA) 法を用いた．各遺伝子の塩基配列を決定後，concatenated 配列を作成し，比較した結果，23 パターンの配列が見られた．そこで，基準株間の進化系統関係を推定するため，基準株の ST を NeighborNet 法と最小全域木法
により解析した．その結果，4 亜種は種内でも進化的に独立した系統である可能性が高いことが推定された．
次に，分離株を加え NeighborNet 法と NJ 法により解析した．その結果，Leu. mesenteroides subsp. suionicum は完全に独立し，この系統群には発酵食品由来株が属した．同様に，Leu. mesenteroides subsp. cremoris も独立し，チーズ由来株が属した．Leu. mesenteroides subsp. dextranicum は，分離株は属さず系統的には独立していた．
また，Leu. mesenteroides subsp. mesenteroides は進化的に多様なネットワークを形成する独立した系統群に含
まれ，3 種の分離源由来株が属した．これらのことから，本菌種は MLSA 法を用いた遺伝子解析により 4 亜種に分類できる可能性が明らかとなった．
P-8

メ タ ン 発 酵 液 か ら 集 積 培 養 し た Thermoplasmata 綱 の 新 規 メ タ ン 生 成 古 細 菌 Candidatus
Methanogranum caenicola○飯野隆夫 1，玉木秀幸 2，玉澤聡 2,3，上野嘉之 4，大熊盛也 1，鈴木健一朗 5，五十嵐泰夫 6，春田伸 7
1

理研 BRC-JCM，2 産業技術総合研究所，3 筑波大学，4 鹿島技術研究所，5 製品評価技術基盤機構，6

東京大学，7 首都大学東京
近年まで，Thermoplasmata 綱は好気性の好酸性硫酸塩還元菌のみで構成されると考えられてきた．それらは酸性環境や温泉環境といった極限環境に棲息するが，群集構造解析などにより，動物腸管や嫌気発酵槽など様々な環境にも Thermoplasmata 綱に属する古細菌が棲息し，巨大な系統群を構成することが徐々に明らかとなってきた．しかし，それら古細菌がどのような性状を有し，生態的役割を果たしているか全く不明である.本研究では，メタン発酵リアクターから Thermoplasmata 綱の未培養系統群に属する新規古細菌を培養することを目的とした．
2004 年 12 月 16 日に，メタン発酵リアクターから発酵液を収集した．本試料をメタノールと酵母エキスを含む液体培地に接種し，30ºC にて嫌気的に集積培養を行った．集積培養を数回繰り返した後，16S rRNA遺伝子と mcrA 遺伝子のクローン解析を行った．また，特異的プライマーなどを用いて培養液の FISH 解析を24

行なった．培養物中の生成ガスを分析するため，ガスクロマトグラフィー分析を行った．
集積培養液中に新規古細菌 Kjm51a の増殖を確認した．本集積培養物は細菌が混在するものの，Kjm51a
株は古細菌レベルで単一であった．16S rRNA 遺伝子に基づく系統解析を行った結果，Kjm51a 株はThermoplasmata 綱の未培養系統群 Group E2 に含まれた．近縁の培養株は Methanomassiliicoccus luminyensis
B10T であったが，相同性は 87.7%であり，属レベルで新規であると考えられた．FISH により Kjm51a 株は球菌であることが明らかとなった．Kjm51a 株は増殖にメタノールと酵母エキスを必須に要求し，集積培養物の気層中に水素とメタンが検出された．2-ブロモエタンスルホン酸の添加によって Kjm51a 株の増殖とメタン生成が阻害され，水素量が増加した．これは，細菌が生成した水素を Kjm51a 株が利用したことを意味する．
これらのことから，Kjm51a はメタノール還元型の水素資化性メタン生成古細菌であると考えられた．以上の結果から，集積培養した Kjm51a 株に対し Candidatus Methanogranum caenicola を提唱する．
P-9

陸上温泉に生息する好熱性微生物の分離試みについて○大西 真史 1,2，高品 知典 1，伊藤 隆 2，加藤 真悟 2，大熊 盛也 2
1

東洋大学大学院，2 理研 BRC-JCM	  【背景・目的】陸上の温泉環境からは，これまで数多くの好熱性微生物が分離されている．近年，培養に依存しない分子生態学的手法の発展に伴い，温泉環境には多種多様な未培養微生物が存在することが明らかにされている．生命の初期進化の解明や耐熱性酵素の産業利用といった，多くの基礎・応用研究の基盤を好熱性微生物の研究が支えている．本研究では，温泉環境から新規の好熱性微生物を分離し，その生理学的特徴を明らかにすることを目的とした．
	  【実験方法】栃木県・塩原温泉(74.3℃ pH 2.2)から温泉水を採取し，この温泉水を試料として集積培養を行った．集積培養は，気相，培養温度，pH，栄養条件を変えて 30 通りの培養条件を設定した．生育が確認できた培養液中の菌叢を確認するため，アーキア及びバクテリアの 16S rRNA 遺伝子を標的とした PCR クローン解析を行った．新規性の高い微生物が確認できた集積培養溶液から，限界希釈法により純化を試みた．
分離した微生物株の 16S rRNA 遺伝子配列を決定し系統解析を行った．
	  【結果・考察】集積培養では，30 通り中 14 の培養条件で微生物の生育が確認できた．クローン解析によって，培養された微生物の大部分は既知種に近縁（16S rRNA 遺伝子相同性 99％以上）であることが判明した．一例として，バクテリアの Desulfurella kamchatkensis は硫黄嫌気，55℃，pH 5.0 にて，アーキアのThermoplasma acidophilum は鉄還元嫌気，55℃，pH 2.0 等の培地条件で確認できた．両種とも他の培地条件でも生育しており，多様な生育能力を示した．一方，これらの集積培養液中には，既知種とは相同性の低い新規バクテリア及びアーキアがそれぞれ混在していた（16S rRNA 遺伝子相同性 82%以下）．系統解析の結果か
ら，新規バクテリア種は Thermotogae 門に含まれ，少なくとも属レベルで新規であることが示唆された．集積培養液中では Desulfurella kamchatkensis 様細菌が混在していたが，限界希釈法を 3 度繰り返すことで，この新規バクテリア種を純粋分離することに成功した．現在，本菌株の系統分類学的研究を継続している．
P-10

マングローブに生息する微生物の特性○荒谷佳佑１，田中尚人２，梶川揚申１，佐藤英一１，岡田早苗１
１

東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科，２東京農業大学応用生物科学部菌株保存室

	  【目的】マングローブは熱帯，亜熱帯に分布し，日本でも沖縄などに存在する．生息地は汽水域であり，豊かな生態系を形成し，特有の生物が数多く生息している．また，微生物の生育阻害物質であるタンニンを15%も有する樹木の存在や潮の干満の影響を受けるなどマングローブは森林と異なる環境である．このような生態系の中で分解者として重要な位置を占めるとされる微生物は資源としての潜在的な価値が高いと考えられる．そこで，本研究では，マングローブに生息する微生物の特性を調べることを目的とした．
25

	  【方法・結果】試料はマングローブ構成種の 4 種の各種の葉，樹皮，土壌から採取したもの及び，土中に埋めたマングローブの葉 4 種，計 34 サンプルを用いた．また，森林との比較を行うために森林の葉，樹皮，
土壌など 10 サンプルを用いた．各試料を用いて一般細菌の生菌数測定と分離を行った．その後，各分離株のタンニン分解能，タンニンの分解産物である没食子酸の分解能，耐塩性，CMC (carboxymethylcellulose) 含有培地を用いたハロ形成試験によりセルロース分解能を確認した．
生菌数測定の結果，マングローブ，森林ともに 103~105CFU/g を示し，また，いずれも土壌が最も生菌数が多かった．各種微生物の分離の結果，マングローブ試料から 162 株，森林試料から 68 株を分離し，どちらもFirmicutes，Actinobacteria，Proteobacteria，Bacteroidetes の各系統群の多種の生息が明らかとなった．各分離株を用いたタンニン分解能は，マングローブ，森林株ともにすべての株が分解能を有したが，没食子酸分解
能試験ではすべての株に分解能がなかった．また，塩耐性試験の結果，塩分 10%においてマングローブ株では 43%，森林株では 22%の株が生育した．セルロース分解能試験の結果は，マングローブ株では 82%，森林株では 22%の株が分解能を有した．さらに，マングローブ株の一部はろ紙崩壊能を有しており，強いセルロ
ース分解能を持つ株がいることが明らかとなった．これらの結果から，マングローブに生息する微生物はその環境に適応するために高い塩耐性やセルロース分解能などを有していると考えられた．
P-11

Armadillidium vulgare（オカダンゴムシ）排泄物の細菌群集解析	 ◯飯田敏也，大熊盛也
理研 BRC-JCM	  【目的】陸上生態系における難分解性の植物遺体分解において，土壌動物は大きな役割を果たしている．
植物遺体は土壌動物の摂食により粉砕され，動物腸管内を通過して排泄されるが，その過程で植物遺体に由来する微生物群集構造は大きく変動すると思われる．また，土壌動物排泄物は，土壌細菌による未消化の植物遺体の分解活動の場として重要と考えられるものの，微生物群集の変動等を解析した報告は少ない．本研
究では，植物遺体食性土壌動物 Armadillidium vulgare (オカダンゴムシ) をモデルとして，その排泄物と周辺環境の細菌群集解析を行い，排泄物を介した土壌動物と土壌細菌の関連性の探索を試みた．
	  【方法】飼育容器内に土壌，洗浄サクラ落葉，コンクリート製ブロックを入れ，約 250 個体の A. vulgare
を 12 日間飼育した．飼育終了前の 2 日間にブロック上に排泄された A. vulgare 排泄物 (以下 Avf と略す) を採取し，約 25 mg 分を 160 µm メッシュのナイロンシートで包み，土壌中またはシャーレ内に静置して，7または 21 日目に回収した．Avf，サクラ落葉及び土壌由来の DNA を鋳型として細菌の 16S rRNA 遺伝子をPCR 増幅し，高速シーケンサーGS Junior (Roche) にて塩基配列を得た．配列解析には Mothur 等のソフトウ
ェアを用いた．
	 【結果・考察】Mothur 処理後の 51245 配列を以後の解析に用いた．3%の差異に基づく OTU 数は，落葉 762，
土壌 1009 に対して，採取直後の Avf は 138 であった．α 及び β 多様性の解析から，A. vulgare による落葉摂食と排泄の過程で大きく低下した細菌の多様性が，土壌埋設処理により増大したことが示された．この処理により，特に Sphingobacteriia，Deltaproteobacteria，Verrucomicrobia の存在比が増大し，Gammaproteobacteriaの存在比が大幅に低下した．また，採取直後の Avf において，A. vulgare の中腸腺共生細菌と推定される 2
菌種 (Candidatus Hepatoplasma 及び Ca. Hepatincola) の配列存在比が 22.8%を占めていた．これらの存在比は時間経過により減少したものの，3 週間後の Avf 検体中にも存在していたことから，これら共生細菌の伝播に糞食行動の介在が示唆された．
P-12

NBRC の冬虫夏草コレクション○伴さやか 1，坂根	  健 1，田渕由美子 1，島村具仁子 1，中桐	  昭 2，鈴木健一朗 1
1

独・製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC），2 鳥取大学農学部附属菌類きのこ

遺伝資源研究センター
26

2013 年 2 月現在，NBRC では 107 種 368 株のいわゆる冬虫夏草と呼ばれる昆虫病原糸状菌を保存・公開している．一部が漢方薬として利用されるように，新規化合物質のスクリーニング源として注目され，近年は微生物防除資材としての利用も広がりを見せている．この仲間は Cordyceps，Ophiocordyceps など 9 属と，関連するアナモルフ 15 属を含む，形態・生態・系統的に多様性の高い一群である．
我々はこれまでに国内から 106 種 443 試料を採取し，うち 99 種 275 株の株化に成功した．
分離に際しては，
菌寄生菌や雑菌が混入する可能性のある組織分離法は避けて，子嚢胞子を顕微鏡下で単離する方法をとった．
これにより，
生育の遅い Ophiocordyceps 属を確実に培養することが可能となった．
重複を省いた菌株は NBRC
から公開することとし，順次，rDNA（18S，ITS1-5.8S-ITS2，28S 領域）と RPB1，RPB2，EF-1a 遺伝子の配列決定を行い，表現形情報を合わせた正確な同定と，この菌群の系統分類学的研究を進めてきた．その結果，これまで正式な発表がない 3 未記載種および 3 新種の存在を明らかにし，現在それらの記載を含めた分類学的研究を進行中である．
Polycephalomyces paracuboidea とその近縁種は筆者ら(Ban et al., 2009)がその系統的位置とアナモルフの形
態から Ophiocordyceps 属に一旦組み込んだが，Kepler ら(in press)により one fungus = one name のルールに基づ
く属名の優先権の検討がなされ，それまでアナモルフ属であった Polycephalomyces 属がこの系統群全ての菌種に適用された．今後もこのような系統群の分割を伴う優先権をもつアナモルフ属の採用が提案され，この菌群の分類学的整理は進むと考えられる．しかし問題は，未だ膨大な数の種がその分類位置が不明のままであることである．この仲間は 130 種近くが日本から報告されているものの，これらのタイプ標本は半分以上が散逸していた（佐藤ら，2010）．今後，このような分類位置不明の菌種を再採取し，培養株を得て NBRC
コレクションの充実を図るとともに，遺伝子と形態の情報にもとづいてこの菌群の系統分類学的研究を進めていく必要がある．
P-13

国立環境研究所における NBRP 藻類リソースの紹介	
 ○志村遥平，河地正伸
国立環境研究所

	  藻類は酸素発生型光合成能という特性でくくられる多系統からなる生物グループで，地球上の様々な環境に適応し，生息している．藻類は細胞内共生によるオルガネラの獲得と進化を考える上で重要で，生命現象の理解に欠くことのできない生物群である．また，近年では，天然有用物質を生産する藻類が注目を集めており，生物資源としての期待も大きい．2002 年より始まった文部科学省ナショナルバイオリソースプロジェ
クト（NBRP）藻類の活動の中で，国内における藻類リソースの集約と提供体制の整備，保存株の高品質化等の整備が行われてきた．その結果，微細藻類株は国立環境研究所に，大型海藻株は神戸大学に集約され，
現在，総計 55 綱 488 属 1017 種 2945 株に達する多様な藻類の保存と提供を行う体制が整備されている．国立環境研究所の藻類リソースの特色としては，赤潮やアオコの原因藻，絶滅危惧種である車軸藻が充実していること，また，藻類と近縁の無色原生生物が含まれていることなどがあげられる．また，同種とされる藻類であっても異なる環境から単離された複数の株が保存されているものもある．2012 年度から第 3 期 NBRP が始まり，NBRP 藻類では，これまでの活動を維持・発展させるとともに，モデル生物や有用物質生産生物等，重要な藻類リソースの拡充と高品質化を図ること，そして生理特性やゲノム情報等の付加情報を整備する体制を構築することなどを計画している．その取組みの一つとして，国立環境研究所では，全保存株の約 24％（706 株）を占めており、生理的にも形態的にも多様な分類群であるシアノバクテリアについて，形質転換能のスクリーニングと培養株の更なる拡充を進めている．国立環境研究所の藻類リソースの現状とシアノバ
クテリアリソースの形質転換能スクリーニングの経過，シアノバクテリア新規培養株について，紹介する．
P-14

きのこ類遺伝資源を通したエルサルバドル共和国との研究交流とその成果
27

○早乙女梢 1，前川二太郎 1，Parada Roxana Y.2，白水	  貴 1，Castillo Blanca E.3，牛島秀爾 1，中桐	  昭1
1

鳥取大学農学部附属菌類きのこ遺伝資源研究センター，2 鳥取大学農学部，3National Research Center for

Agricultural and Forestry Technology
菌類きのこ遺伝資源研究センター（FMRC: Fungus/Mushroom Resource and Research Center）では，文部科学省グローバル COE プログラム「持続性社会構築に向けた菌類きのこ資源活用」（2008–2012 年度）において，アジアや中南米諸国の研究機関と連携して，菌類きのこ遺伝資源の収集・保全と利活用に関する研究を通した現地での人材育成に努めてきた. 研究提携国の一つであるエルサルバドル共和国は，中米の熱帯域に位置
し，多様な生物の生息する生物遺伝資源の宝庫として知られており，きのこ類についてもその多様性が期待されている. しかし，同国では，きのこ類遺伝資源を発掘・分類できる専門家が不足しているために，きのこ類の分類学的研究をはじめとする基礎研究は極めて遅れている. エルサルバドル環境省によれば，2005 年時点の報告菌類種（きのこ類を含む）は 160 種に過ぎない. そこで，FMRC はエルサルバドル国立農牧林業
技術センター（CENTA: National Research Center for Agricultural and Forestry Technology）との共同研究によって，きのこ類遺伝資源の調査収集と分類学的研究，そして，同国におけるきのこ図鑑の作成を目的として取り組んできた.
同国における調査は，2009–2012 年の間に 7 つの国立公園を中心に 12 地点で実施した. 現地では，採集したきのこ類の乾燥標本の作製や組織分離法，多胞子分離法による分離作業を行った. これらの乾燥標本の詳細な形態形質や分離菌株の DNA 塩基配列（ITS 領域）の解析により，正確な種同定および分類学的検証を行った.
これまでに，木材腐朽性の担子菌きのこ類を中心に合計 1240 標本及び 880 の分離菌株を得た. 標本および菌株の属あるいは種レベルの同定を進め，2013 年 3 月には代表的な 86 属 101 種を掲載した図鑑「Mushrooms
of El Salvador」を出版した. 本プログラムにより，エルサルバドルにおけるきのこ類遺伝資源の発掘と利活用に向けた研究基盤が整備できた. 収集した標本と菌株の分類学的研究は継続中であるが，中には，食用きのことして利用可能な種や新規分類群の可能性のある未同定種も含まれていた. 今後も CENTA との協力関係を継続し，分類などの基礎研究だけでなく，きのこ類遺伝資源の活用研究に向けても協力していきたいと考
える.
P-15

日本植物病名データベース○佐藤豊三 1，山崎福容 1，竹谷	  勝 1，大園麻友 1，埋橋志穂美 2，小林みゆき 1，熊谷みどり 1，月星隆雄 3，富岡啓介 4，澤田宏之 1，永井利郎 1，一木(植原)珠樹 1，青木孝之 1
1

農業生物資源研究所 遺伝資源センター，2 University of Alberta, Canada，3 農業・食品産業技術総合研究機構 畜産草地研究所，4 農業・食品産業技術総合研究機構 近畿中国四国農業研究センター
農業生物資源ジーンバンクでは，植物病害の情報をデータベース化し多様な植物病原微生物およびその宿
主植物の配布カタログとリンクして利便性を高めるため，日本植物病名目録初版（日本植物病理学会編，2000
年）のデータをリレーショナルデータベースに再構成するとともに，植物・病名・病原をキーワードとする検索機能を付して 2009 年 8 月，日本植物病名データベース（病名 DB）として公開した．その後，同目録初版以降の追録情報を加え，半年ごとにデータをアップデートしてきた．昨年，病名 DB を利用して上記学会との共著で同目録第 2 版を作成した．その後も改良や検索オプションの追加を経て，現在検索対象病害は約
11,400 件に上り，また，関連リンク先も 8 サイトに及び，最近では年間約 300 万件のアクセスを得ている．
病名 DB の主なフィールドは，宿主植物*（和名，学名），病名 [病名異名] ，病名読み（ローマ字表記），[病名英名] ，病原* [病原異名]，文献*，[備考] である（*は必須，[ ] は任意項目）．公開後，主に以下の改良を加えた．1. データベース：(1) 2 つの植物（作物）群に重複して収録されていた同一病害を統合，(2) 植
28

物ウイルス・細菌・糸状菌の学名を上記学会の決定に基づき更新・統一，(3) 備考の記述を簡潔な語句に統一；2. 検索オプション： (1) 宿主の科名，(2) 宿主の種類（11 の作物・植物群），(3) 病原の種類（11 種類の伝染性微生物等），(4) 発生区分（国内・国外），(5) 遺伝資源とのリンクの有無．また，以下のサイト・
データベースとページレベルでリンクを張った．1. 農業生物資源ジーンバンク内部：(1) 微生物株カタログ（病名 DB→微生物株：約 8,800 株，うち 2,700 株は相互リンク），(2) 植物遺伝資源検索（32,140 件），2. 外部：道府県などが運営する病害診断・防除関連の 8 件．
URL: http://www.gene.affrc.go.jp/databases-micro_pl_diseases_en.php
参考文献：佐藤豊三･山崎福容･竹谷 勝 (2013) 進化を続ける日本植物病名データベース．植物防疫 67:39-43
P-16

石巻専修大学 (ISU) コレクション：来歴，保存，特徴と利用，東日本大震災後の現状（中間報告）○宮嵜	  厚，山崎達也
石巻専修大学理工学部基礎理学科

	  ISU コレクションは，接合菌類［亜門・綱］（現在この分類群は解体されてケカビ亜門が該当）の中でもヒゲカビ(Phycomyces 属)野生株およびその標準株からの変異株やそれらの交配株を保存する稀少なコレクションである．ヒゲカビは，いわゆる“カビ”において特に大型の種として知られ，直径約 100µm，高さ 10 cm 以
上にもなる直立無分枝の胞子嚢柄を形成する．この胞子嚢柄は隔壁のない単細胞性の多核体であるが，光や重力等に敏感に反応して屈性を示すことから，「刺激受容—情報伝達—応答反応」のモデルとして多くの研究に用いられてきた．また，＋と−の性を持ち，一連のダイナミックな形態形成を伴う接合（有性生殖）を行うことでも知られる．
	  宮城県石巻市南境地区の旧北上川沿いに位置している石巻専修大学は，3・11 東日本大震災に見舞われた
ものの蛇行した川の流れが幸いしたのか奇跡的に津波の直接波および浸水を免れた．また，4・7 余震にも耐えたため実験室にある超低温槽に-80℃で凍結保存されていた本コレクションは流失や破損することはなかったが，ライフラインの分断により 11 日間に亘る電源の供給停止の状態を余儀なくされた．大震災および津波被害に際し，公益財団法人発酵研究所が日本微生物資源学会に登録する菌株保存機関への支援を表明し，同学会に申請取りまとめを依頼したところ，本コレクションがその支援を受けることになり，全株（届け出
菌株数 776 株）の培養試験が進行している．
	  本コレクションの保存・管理および分譲事業は，兼任スタッフ 1 名（宮嵜）で運営しているが，今回の支援によりアルバイト 1 名を確保して培養試験を行っているのが現状である．この機会に改めて，ヒゲカビ小史として保存菌株コレクションの誕生・日本に持ち込まれてからの変遷，保存菌株の特徴と利用，震災の被害を受けた保存菌株の培養試験の現状（中間報告）を紹介する．
P-17

大阪大学工学研究科 OUT における NBRP 酵母事業
○金子嘉信 2，周	  瑩 1，前川裕美 2，原島	  俊 1
大阪大学工学研究科	
  1 生命先端工学専攻，2 酵母リソース工学寄附講座

	  大阪大学工学研究科での微生物保存の源をたどれば，大正時代までさかのぼり，大阪高等工業学校醸造科での学生実験用菌株の保存が始まりではないかと言われている．昭和に入り，1929 年に大阪工業大学醸造学科となり南満州鉄道（株）中央試験所の菌株が加わって本格的な保存事業になったと伝えられている．太平洋戦争を経て新制大阪大学工学部醱酵工学科時代になると日本微生物株保存連盟の一員として工業微生物株の保存体制が再構築された．その後，幸いにも事業は引き続き継続されており，2002 年には文部科学省のラ
イフサイエンス研究基盤整備のためのナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）に採択され，保存事業の軸足を酵母の遺伝研究株とその遺伝子クローンの収集・保存・提供に移している．日本微生物資源学
会の事業報告のうち，酵母と細菌の保存数は 2007 年度から NBRP で取り扱っている保存株数を報告してい29

る．また，2011 年 10 月には，継続が危ぶまれていた第３期 NBRP を考慮して応募した公益財団法人発酵研究所の寄付講座助成に採択され，事業基盤を固め，酵母リソース工学寄附講座として現在第 3 期 NBRP 酵母
事業を推進している．2013 年 2 月末での保有数は，酵母 24,534，遺伝子クローン 4,235 である．2012 年度提供数は 2013 年 2 月末で菌株 448，遺伝子クローン 278 で，2011 年度提供実績の 1.1 倍となり微増している．
このうち海外研究者への提供は，それぞれ 21%と 51%の割合を占め，提供国数は 18 カ国であった．第３期
NBRP では，酵母リソース工学寄附講座で進める酵母リソース開発成果を取り入れつつ，ドイツの同様な酵
母リソース事業機関である EUROSCARF との連携についても模索しようと考えている．
P-18

NIES 藻類コレクションの 2012 年度の活動と展望

	 ○河地正伸 1，佐藤真由美 1，ノエル マリエーレン 1，森	  史 2，湯本康盛 2，石本美和 2
1

国立環境研究所，2 地球・人間環境フォーラム	
  国立環境研究所の微生物系統保存施設(MCC-NIES)では，シアノバクテリア，真核性微細藻類，プロティス
ト，
淡水産の絶滅危惧藻類等の保存株3,018 株が系統保存され，そのうち2,339 株が分譲用に公開されている．
MCC-NIES は 1983 年に環境研究推進のための藻類保存施設として設立され，2002 年以降は文科省 NBRP の中核機関として，藻類リソースの集約，高品質化，バックアップ体制の整備，広報・啓蒙活動等を行ってきた．MCC-NIES の約 80%の保存株は国内産で，18 門，46 綱に及ぶ多様な分類群を網羅する一方で，モデル生物系統や環境研究に資する株，シャジクモ等の絶滅危惧種の保存株といった特色ある保存株を保有する．
	  2012 年度の保存株提供数は，347 件 878 株で，環境研究，バイオ燃料や生理活性物質の探索等の応用研究，
光合成や進化・多様性研究等の基礎研究，教育等の様々な目的で利用された．継代培養保存から凍結保存への移行作業も進めており，今年度は凍結時の生存率が低いハプト藻と珪藻保存株，絶滅危惧 I 類のシマチス
ジノリの凍結保存に取り組み，33 種 72 株を凍結保存に移行（合計 1,018 株）した．この他に①フローサイト
メトリーを活用した保存株の単藻化や②付着生物が混在するシャジクモ保存株の単藻化等のリソースの高品
質化，③保存株リスト第 9 版の出版，④クラミドモナス属 53 種 79 株の遺伝子情報の取得と解析に基づく種名改訂等の分類学的整理，⑤国内外の関連学会（8 大会）における事業と活動紹介といった活動を行った．
次年度以降の課題としては，①多様なリソースの整理（研究目的や特性，有用物質，形態的特徴等のカテゴ
リー分け）と各種付加情報の重点的な収集，②頭打ち傾向にある提供件数の拡大，③凍結保存への更なる移行，④省エネ，震災対策等が挙がってきている．
P-19

NBRC 平成 24 年度事業報告（微生物株）○﨑山弥生，鎌田幸，府川仁恵，中川恭好，与儀重雄，鈴木健一朗，中川純一
独・製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC）

NBRC では，微生物を中心とした生物遺伝資源を収集，保存，提供するとともにその利用基盤を整備し，微生物資源の研究，教育，産業への利用促進をはかっている．BSL2 以下のアーキア・放線菌を含む細菌，
酵母，糸状菌，微細藻類，ファージ，DNA リソースなどが対象となっている．平成 24 年度に実施した事業と微生物株の実績について報告する．
1. 新規登録株は 553 株で，総計 28,417 株*あり，そのうち公開株は 18,201 株*であった．
2. 国内分譲 6,367 株，海外 379 株，合計 6,746 株*であった．
東日本大震災で被災した分譲先に対しては，災害で滅失した生物遺伝資源の無償分譲を期間延長して行った．
3. NBRC 開設 10 周年記念国際シンポジウム「バイオリソースセンターの遺伝資源管理に対する名古屋議定書の影響」において，海外の保存機関とその対応についての情報共有を図った．また，タイ BIOTEC と包括的覚書を更新し，TAM（Transfer Agreement of Microbes）を用いたタイ原産株の移転スキームを新た30に確立した．
4. メールマガジンによる微生物の保存・培養方法の紹介を定期的に配信するとともに，微生物実験講習会ではアンプル開封法などの基本技術の講義と実習にて，NBRC 株利用者に適切な微生物の選択と取扱の支援につとめた．また，子ども向けには千葉県夢チャレンジ体験スクールとして微生物実習をおこなった．
*平成 25 年 1 月末現在の数字を掲載した．
P-20

NBRC・10 年間のユーザーニーズの解析について○府川仁恵，神野浩二，山田隆一，与儀重雄，中川純一
独・製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC)NBRC は，2002 年から微生物を中心とした生物遺伝資源の利用環境の整備を推進し提供を行ってきた．今後の微生物の利用促進のため，NBRC の微生物収集戦略や情報提供に役立てるため，2002 年から 10 年間の微生物ごとの分譲先の業種，使用目的についてユーザーニーズの動向を解析した．
1．10 年間の NBRC 株の分譲：21,719 件，68,993 株	  	
  最近は平均 8,000 株程度で推移している．
2．分譲先約 2,900 機関は，公的機関：民間企業＝3：7 であった．
3．民間への分譲のうち，食品業界，医薬品業界への分譲が総分譲株数の約半数を占めた．
4．NBRC 株の使用目的では公的機関と食品業界は「研究開発」，医薬品業界では「殺菌・抗菌・抗カビ等の公定法試験」が多かった．また，全体では「研究開発」，「殺菌・抗菌・抗カビ等の公定法試験」「局方試
験・品質管理」の順であった．
5．分譲数の多い NBRC 株トップ 10 は検定菌であった．
	  	
  Escherichia coli NBRC 3972，Pseudomonas aeruginosa NBRC 13275，etc.
6．業種別利用菌一覧からそれぞれの特徴が読み取れた．
	  	
  医薬品業界にはサルモネラ菌や大腸菌など医薬の性能検査に用いる微生物，食品業界は乳酸菌，酢酸菌など生産に用いる微生物，化粧品業界，繊維や機械業界，検査機関については公定法に指定された微生物の分譲が多かった．
今後も，分譲依頼書やヒアリングを行ってユーザーニーズの把握に努め，微生物資源の充実やユーザーへの利便性の向上をはかっていく．
P-21

玉川大学学術研究所菌学応用研究センターのカルチャーコレクションについて○石崎孝之，奥田	
  徹
玉川大学学術研究所菌学応用研究センター

玉川大学学術研究所では，1999 年に菌学応用研究センターが設立されて以来，主として日本産試料から菌株を分離し，多様性の高い菌類ライブラリーの構築を継続的に行ってきた．2012 年末における菌株保有数は，704 属 1,008 種 15,410 株であり，このうちいわゆる糸状菌は 425 属 539 種 12,104 株，またいわゆるきのこは279 属 469 種 3,306 株であった．特にきのこについては，全ての菌株において対応する凍結乾燥標本を保管している．これまでに，当大学内の研究室や外部の共同研究機関に対して菌株の供与を積極的に行い，新種 10種・日本新産種 12 種や，種々の新規生理活性物質を見出してきた．
これらの菌株利用を促進するため，
当センターは 2012 年に日本微生物資源学会の機関会員としての承認を受け，公的な菌株保存機関としての活動を開始した．現在は，菌株の分譲体制を整備し，またライブラリーの一部について TAMA コレクションとして公開する準備を進めている段階にある．本発表では，この活動の一環として，食品・環境・エネルギー分野への応用が期待されているきのこに着目し，保有菌株の詳細な解析を行ったので報告する．
31

まず，オンラインデータベース Catalogue of Life 記載のデータをもとに，当センターに保管されているきのこ菌株 3,306 株の内訳を詳細に再解析したところ，21 目 76 科 279 属から構成されていることが分かった．このうち，担子菌は 218 属，子嚢菌は 61 属であり，最も保有菌株の多い属は，担子菌ではクヌギタケ（Mycena）
属 151 株，子嚢菌ではハイイロクズチャワンタケ（Mollisia）属 47 株であった．これらの属の菌株数の，保有きのこ菌株数全体に占める割合は，それぞれ 4.6%，1.4%と比較的少ないことから，当センターのきのこ菌
株ライブラリーは多様性に富んでいるものと考えられた．さらに，これらのうち，優秀な食用菌や抗菌活性を有する菌など，産業上有用な種が含まれているにも関わらず，当センター保有菌株の中では種レベルの詳細な解析が比較的進んでいない，担子菌モエギタケ科スギタケ（Pholiota）属に着目して，菌株の生理学的，形態学的，分子系統学的な解析を行い，基礎情報を収集した．この結果を踏まえ菌株を選抜し，TAMA コレクションへの追加を行った．
P-22

千葉大学真菌医学研究センターで収集した病原真菌・放線菌の動向（2007-2012 年）

	 ○矢口貴志，伊藤純子，田中玲子，亀井克彦
千葉大学真菌医学研究センター

	  千葉大学真菌医学研究センターは，国内随一の病原真菌保存機関であり，現在の保存株数は真菌約 17,900
株，放線菌 2,100 株に達している．これら菌株は研究のための収集や同定依頼によって集められている．免疫力の低下した患者にとって真菌や放線菌による感染症は深刻な問題で，その数は増加傾向にある．当セン
ターでは，医療機関などからの依頼で，臨床由来の菌株において寄託を条件に，形態や生化学的性状，遺伝
子解析に基づく同定を行い保存している．新鮮な臨床分離株は真菌症の動向調査，新薬の薬効試験などにおいて重要である．2007 年~2012 年に収集・保存した臨床由来の病原真菌・放線菌の動向についてまとめてみた．
	
  真菌は主に内科領域（血液，気管支洗浄液，喀痰など），皮膚科，耳鼻科，眼科等から分離された．部位別にみた菌分離頻度は，内科領域では Aspergillus 属が最も多く，続いて Candida 属，Scizophullum commune，
Scedosporium 属などであった．Aspergillus 属では A. fumigatus が最も多く，その関連種である A.udagawae やA.viridinutans の分離もここ数年で見られた．皮膚科では Exophiala 属や Trichophyton 属，眼科では角膜真菌症の原因となる Fusarium 属， Beauveria 属が分離された．
	
  放線菌は内科領域，皮膚科，脳中枢神経系等で，部位別の分離頻度は，内科領域では Nocardia farcinica が最も多く，皮膚科では外傷などで感染し易い N. brasiliensis，脳中枢神経系では脳膿瘍などから N. farcinica が分離されていた．
	  今回のまとめで病原真菌・放線菌の過去 5 年間の同定菌種に大きな変動は見られなかったが，分離部位と分離菌種との間には相関が見られた．医療機関からの同定依頼数は年々増加傾向にある．今後も，原因菌の同定や薬剤感受性試験などを通じて医療に貢献するとともに，医療現場との連携を深め，新鮮な臨床分離株の収集・保存に努めていきたいと考える．
P-23

FMRC の 2012 年度のコレクション活動と TUFC 公開株の特色	 ○牛島秀爾，早乙女梢，前川二太郎，白水	  貴，會見忠則，中桐	
  昭
鳥取大学農学部附属菌類きのこ遺伝資源研究センター

	  菌類きのこ遺伝資源研究センター（FMRC）は，2005 年の開設以来，担子菌類のハラタケ類，コウヤクタ
ケ類，多孔菌類，キクラゲ類および子嚢菌類等のきのこ類菌株を収集し，TUFC 菌株として保存を進めてきた．国内外における調査・収集活動の結果，昨年 1 年間で 170 種 1,000 株以上を収集・保存し，2013 年 3 月
現在の保有菌株数は 425 属 1,148 種 7,831 株となった．昨年 6 月には約 220 属 400 株をオンラインカタログに公開し，国内分譲を開始した．その後，保有菌株の形態ならびに分子情報（ITS 領域の塩基配列の解析）に
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基づく正確な種同定を進めた結果，
新たに 167 株を新規公開株として追加し，2013 年 3 月現在の公開株は 170
属 282 種 557 株となった．また，菌株の分離源である乾燥標本を管理するデータベースも構築し，菌株デー
タベースと連携させた．
	
  2013 年 3 月より，FMRC のホームページ（http://muses.muses.tottori-u.ac.jp/facilities/FMRC/inde x.htm）が大幅にリニューアルされた．また，TUFC 菌株カタログのバナーを鳥取大学及び農学部のトップページに設置したことにより，分譲サイト等へのアクセスが容易になった．さらに，菌株の注文は従来よりも簡便な方法に改め，サイトからダウンロードできる分譲依頼書を郵送することで申し込むことができるように改善した．
	  FMRC 公開株の特色としては，他のカルチャーコレクションではあまり扱われていないコウヤクタケ類を約 90 株，多孔菌類を約 200 株含むことがあげられる．また，FMRC での研究に基づき新種として分類学的論文に掲載・使用されたタイプ由来株も含まれている．例えば，コウヤクタケ類の Asterostroma macrosporum
N. Maek. & Suhara（TUFC 10013）や子嚢菌類の Trichoderma mienum C.S. Kim, Nakagiri & N. Maek.（TUFC 61533）があげられる．FMRC は，今後もハラタケ類はもとよりコウヤクタケ類や多孔菌類の多様な菌種を収集・保存し，公開を進めていくとともに，難培養性の菌根性きのこ類の収集や保存方法の検討を進め，多様なきのこ類を保有する TUFC コレクションを充実させていきたい．
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農業生物資源ジーンバンク事業の微生物部門（MAFF）における 2012 年度の活動と成果

	 ○一木(植原)珠樹，澤田宏之，佐藤豊三，永井利郎，青木孝之，竹谷	  勝，山崎福容，大園麻友，中島比呂美，熊谷みどり，河瀨眞琴	 農業生物資源研究所 遺伝資源センター

	  【収集保存・特性評価】農業や食品産業等に係る1,101株の微生物を新規に登録し，2013年1月末日現在の保存株数は29,381株（公開率：77.6%）となった．また，保存株の分類学的性状，病原性，薬剤耐性，物質生産性等の延べ2,039点の特性情報を集積するとともに，分類同定に関するバーコードDNA情報を登録微生物株に網羅的に付加することを目的に，本年度は，植物病原菌を中心とした糸状菌についてrDNA ITS領域を1,056
点，細菌について16S rDNA等を2,194点，計3,250点を解析した．決定した配列はジーンバンクのデータベー
スに格納，順次公開中である．さらに，保存株の学名表記を最新の分類体系に従って更新するための取り組
みとして，以下の5課題を外部委託した：①Cercospora属とその関連属菌類の分類検証（三重大学），②Erwinia
carotovoraアブラナ科およびウリ科系統の分類検証 （静岡大学），③Bradyrhizobium属根粒菌とAzospirillum
属窒素固定菌の分類検証（東京農工大学），④Ralstonia属細菌のsequevar型別（農業環境技術研究所），⑤Bipolaris
およびCurvularia属菌の分類検証（畜産草地究所）．これまで登録用紙で行ってきた微生物株の登録作業を効率化するため，オンライン登録システムを新たに開発した．
	  【ユーザーへの提供】4〜11月の8か月間で，国内外へ1,229株（申込195件）を配布し，分類同定，農薬開発，病害診断等に関わる試験研究・教育に広く活用された．また，日本植物病名目録第2版（2012）の出版に伴い日本植物病名データベースと農業生物資源ジーンバンクの微生物遺伝資源データベース間の相互リンク（植物病名から微生物株へのリンク，および微生物株から植物病名へのリンク）を再構成した．また，保存微生物株の利用促進を図るために，「微生物遺伝資源利用マニュアル」12号改訂第2版「青枯病菌Ralstonia
solanacearum」，31号「植物ウイルスの特性とその保存について」，32号「野菜に病原性を示すSclerotium属菌」の 3 編 を 刊 行 す る と と も に ， 当 ジ ー ン バ ン ク の ウ ェ ブ サ イ ト に そ の PDF 版 を 掲 載 し た(http://www.gene.affrc.go.jp/publications.php) ．
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2012 年度の JCM の活動報告	 ○押田祐美，岡田	
  元，高島昌子，工藤卓二，伊藤	
  隆，飯田敏也，大和田勉，坂本光央，北原真樹，
飯野隆夫，遠藤力也，草桶佳代，鈴	  幸二，大熊盛也
理研BRC-JCM
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  JCM は，信頼・継続・先導性をモットーに「環境と健康の研究に資する微生物」に焦点をあて，学術・研究基盤としての微生物株の収集・保存・品質管理・提供事業を推進している．文科省ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）「一般微生物」の中核拠点機関としても活動し，国内外の研究開発の動向を把握しつつ世界最高水準の微生物リソースを整備して幅広い分野の学術・研究に貢献することを目指している．
対象とする微生物は，細菌，古細菌，菌類（ただし BSL2 以下で扱うもの）で，2013 年 2 月末現在 21,208 株を保有し，うち 13,783 株を一般に公開している．寄託・提供時には，生物遺伝資源寄託・提供同意書（MTA）
を締結して寄託者・利用者の権利と責任の所在を明確にしている．また，品質マネジメントシステムの国際
規格 IS09001:2008 の認証を継続取得し，品質管理の維持・向上のための運営体制を取っている．
	  2012 年 8 月から 9 月にかけて，
和光キャンパスから筑波キャンパスへの移転を行った．
JCM の移転により，
理研 BRC の全ての活動が筑波キャンパスに集約されることとなった．移転作業のため，約 1 ヶ月半の間，
寄託受入等の業務を停止したが，10 月 1 日より業務を再開した．筑波キャンパスにて ISO9001:2008 の特別審査を受け，引き続き認証された．
	
  2012 年度は 2 月末までに 655 株を収集し，2,600 株を提供した．収集の際には，誤った株が保存されることがないよう受入検査を徹底している．2012 年度は収集株の約 9％に，生育しない，コンタミネーション，
異なった菌株が送付される等の不備があった．また，細菌・古細菌の新種等の記載に必要な「寄託及び公開の証明書」を 2 月末までに 239 株について発行した．
	  リソースの普及のため，利用者への啓発活動や関連情報の整備等の活動も行っている．2012 年度は NBRP
ゲノム情報等整備プログラムに採択され，JCM 株約 300 株のドラフトゲノム解析を東大新領域オーミクス情報センターと共同で実施した．3 月末までに解析を終了する予定である．3 月には嫌気性微生物の培養・保存に関する技術研修を行った．その他，JCM 株を利用した成果情報の収集，オンラインカタログの逐次更新と充実，毎月のメールニュースの発信，学会等における広報活動を行った．

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