令和6年度

税制改正

法人税

～イノベーションボックス税制の創設～

令和6年度税制改正が行われました。
その改正内容のうち、イノベーションボックス税制の創設の概要についてお知らせいたします。
イノベーションボックス税制の創設
企業が国内で自ら研究開発を行った特許権又は AI 分野のソフトウェアに係る著作権から生じる一定の所得について、30％の所得控除を認めるイノベーションボックス税制が創設されます。
イノベーションボックス税制の投資を増加させるインセンティブを強化するために、一部目的が重複する研究開発税制については、試験研究費が減少した場合の控除率が段階的（令和８年度、令和１１年度、令和１３年度の３段階）に引き下げられます。
＜制度の概要＞青色申告書を提出する法人が、令和７年４月１日から令和 14 年３月 31 日までの間に開始する各事業年度において特許権譲渡等取引を行った場合には、その特許権譲渡等取引に係る所得金額を基礎として計算した金額の合計額の 30％に相当する金額の損金算入ができることとされました。
＜特許権譲渡等取引＞
特許権譲渡等取引とは、次のものをいいます。
１ 居住者又は内国法人（関連者（※１）を除きます。）に対する特定特許権等（※２）の譲渡 ２ 他の者（関連者を除きます。）に対する特定特許権等の貸付け（特定特許権等に係る権利の 設定その他他の者に特定特 許権等を使用させる行為を含みます。）※１ 関連者とは、法人で、適用対象法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式等（その他方の法人が有する自己の株式等を除きます。）の総数等の 50％以上の株式等を直 接又は間接に保有する関係その他の一定の特殊の関係のあるものをいいます。
※２ 特定特許権等とは、次のうち我が国の国際競争力の強化に資するものとされる一定のもの（適格特許権等）であって、適用対象法人が令和６年４月１日以後に取得又は製作をしたものをいいます。
⑴ 特許権⑵ 人工知能関連技術を活用したプログラムの著作物＜所得控除額の計算＞
所得控除額は、次の金額のうちいずれか少ない金額の 30％に相当する金額とされています。
（1）
特許権譲渡等取引（※１）に係る特定特許権等の【対象事業年度の特許権等譲渡取引ごとに次の計算式により全てについて、その特定特許権等に直接関連する計算した金額の合計額】
その特許権譲渡等取引に係る所得金額とされる一定の金額

研究開発に係る研究開発費の額とされる一定の金額が、令和７年４ 月１日前に開始した事業年度に×分母の金額に含まれる適格研究開発費の額の合計額

おいて生じていない場合
対象事業年度が令和９年４月１日以後に開始する

対象事業年度及びその対象事業年度前の各事業年度（※２）

事業年度である場合

において生じた研究開発費の額のうち、その特許権譲渡等取引に係る特定特許権等に直接関連する研究開発に係る金額とされる一定の金額の合計額
上記以外の場合

その対象事業年度において行った特許権譲渡等取引に係る所得金額とされる一定の金額の合計額

×

分母の金額に含まれる適格研究開発費の額の合計額

対象事業年度及びその対象事業年度開始の日前２年以内に開始した各事業年度において生じた研究開発費の額の合計額（2）その対象事業年度の所得金額として一定の方法により計算した金額- 1 -※１ 特許権譲渡等取引以外の取引とあわせて行った特許権譲渡等取引（いわゆる、複合ライセンス契約）にあっては、その契約において特許権譲渡等取引の対価の額が明らかにされている場合のものに限ります。
※２ 令和７年４月１日以後に開始する事業年度に限ります。
＜研究開発費の額及び適格研究開発費の額＞
研究開発費の額及び適格研究開発費の額は、次のとおりとされています。
研究開発費の額（※１）
適格研究開発費の額➡ 研究開発費の額のうち、次に掲げる金額以外の金額をいいます。
特許権譲受等取引によって生じた研究開発費の額（※２）
適用対象法人に係る関連者（外国法人に限ります。）に委託する研究開発（※３）に係る研究開発費の額とされる一定の金額
適用対象法人が内国法人である場合のその適用対象法人の国外事業所等（※４）を通じて行う事業に係る研究開発費の額◆ 研究開発に要した費用の額（次の金額を除きます。）のうち各事業年度において研究開発費として損金経理をした金額• 資産の償却費、除却による損失及び譲渡による損失の額• 負債の利子の額その他これに類するものとされる一定の金額◆ 各事業年度において事業の用に供した資産につきその取得をするため及びその事業の用に供するために支出した金額（上記の金額を除きます。）のうち研究開発に関連する部分の金額とされる一定の金額
研究開発✓ 新たな知識の発見を目的とした計画的な調査及び探求✓ 新たな製品若しくは役務若しくは製品の新たな生産の方式についての計画若しくは設計又は既存の製品若しくは役務若しくは製品の既存の生産の方式を著しく改良するための計画若しくは設計として研究の成果その他の知識を具体化する行為※１ 研究開発費の額に充てるために他の者から支払を受ける金額がある場合には、その金額を控除した金額となります。
※２ 特許権譲受等取引以外の取引とあわせて行った特許権譲受等取引（いわゆる、複合ライセンス契約）について、その契約において特許権譲受等取引の対価の額が明らかにされていない場合には、これらの取引によって生じた研究開発費の額となります。
※３ 委任契約その他の一定のものに該当する契約又は協定により委託する研究開発で、その委託に基づき行われる業
務が研究開発に該当するものに限ります。
※４ 国外事業所等とは、我が国が租税条約（恒久的施設に相当するものに関する定めを有するものに限ります。）を締結している条約相手国等（租税条約の我が国以外の締約国又は締約者をいいます。
）についてはその租税条約の条約相手国等内にあるその租税条約に定める恒久的施設に相当するものをいい、その他の国又は地域についてはその国又は地域にある恒久的施設に相当するものをいいます。
＜特許権譲受等取引＞
・特許権譲受等取引とは、次のものをいいます。
１ 他の者からの適格特許権等の譲受け
２ 他の者からの適格特許権等の借受け（※１）
・適用対象法人に係る関連者との間で特許権譲受等取引を行った場合（※２）に、その特許権譲受等取引につきその適用対象法人がその関連者に支払う対価の額が独立企業間価格（※３）に満たないときは、その適用対象法人のその事業年度以後の各事業年度における本制度の適用については、その特許権譲受等取引は、独立企業間価格で行われたものとみなすこととされています。
・また、関連者との間で特許権譲受等取引を行った場合には、所要の書類を作成し、税務当局からの求めがあった場合には遅滞なく提示し、又は提出しなければならないこととされているほか、更正期限を延長する特例、同業者に対する質問検査権、書類の提示又は提出がない場合の推定課税その他所要の措置が講じられています。
※１ 適格特許権等に該当する特許権に係る専用実施権の他の者による設定、特許を受ける権利に基づいて取得すべき適格特許権等に該当する特許権に係る仮専用実施権の他の者による設定その他他の者が適用対象法人に適格特許権等を独占的に使用させる行為を含みます。
※２ その関連者との特許権譲受等取引を非関連者を通じて行う場合とされる一定の場合を含みます。
※３ 独立企業間価格とは、特許権譲受等取引の対価の額について措法第 66 条の４第２項に規定する方法に準じて算定した金額（その特許権譲受等取引が同条第１項に規定する国外関連取引である場合には、同項に規定する独立企業間価格）をいいます。
＜適用時期＞
令和７年４月１日から令和１４年３月３１日までの間に開始する各事業年度に適用されます。

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