GBits

no. 35

インフォマティクス

free and open access to biodiversity data

ナショナルノードが新規ポータ
ル公開

新規ツールなど

Jul 2013

22

植物名がわかるスマートフォン用アプリ

新規メンタリング・プロジェクト承認
生物多様性情報の公開や利用の向上を目的として、GBIF加盟8ヶ国を対象として3メンタリング・プロジェクトが実施されます。
2013年度GBIFメンタリング・プロジェクトとして、以下の計画が承認されました。
• コロンビア生物多様性情報システム（SiBコロンビア）
では、ブラジルが昨年10月GBIFに加盟したことを受けて、ブラジル生物多様性情報システム（SiBブラジル）と協力して、国内の生物多様性情報インフラの整備を支援します。
• GBIFベルギーでは、トーゴ及びモーリタニアのGBIFノードに対して、データ公開能力向上に向けた指導を行います。また、モーリタニア及びトーゴが生物多様性情報ウェブサイトを立ち上げる支援も行います。その際に使用するツールの候補として、GBIFが開発した『ノード・ポータル・ツールキット・スタートアップ』も挙げられています。
• 第三のプロジェクトは、スペイン、フランス及びポルトガルのGBIFノードが異なる領域の専門知識を交換し、相互支援を行うものです。GBIFフランスでは、クラウドソーシングを用いウェブサイトを介して植物種のラベルをデジタル化した経験があり、スペイン及びポルトガルが同様のプロジェクトを実施するための支援を提供します。また、フランスでは、新規データ・ポータル用にツールを開発しており、スペイン及びポルトガルがコレクション・データを画像化するツールを開発するための協力を行います。更に、このプロジェクトにおいて、GBIF
スペインは、GBIFフランスがeラーニングシステムを立ち上げる支援の他、GBIFポルトガルがeラーニング教材を開発する支援を行います。

昆虫及び外来雑草の名前を調べるアプリ
アザミウマに関するWikiページが新設

科学と政策

3

『GBits Science Supplement』最新号

GBIFネットワーク内外の活動

3

サハラ以南アフリカ生物多様性データの活用
米国コレクションのディジタル化に助成金
カナダの新ゲノムセンターがDNAバーコードプロジェクトの事務局に新規データ

3

ベルギー
オランダ
フランス
ドイツ
アイルランドスウェーデン
イギリス
カナダ
コロンビア
『ZooKeys』誌

トレーニング・セミナー

5

データペーパー作成に関するeラーニングコース
ラテンアメリカ及びスペインの生物多様性
情報オンライン・フォーラム
南アフリカ地理参照データ作成トレーニングコース

ニュースから6

今後のイベント予定

6

会議とワークショップ

各プロジェクトには、GBIFコアファンドから8000～15000ユーロの援助が行われます。コアファンドの運用には、GBIFの議決権を有する参加国の承認が必要です。
記事は、こちらから読むことができます。

トレーニングセミナー

To subscribe to the newsletter, please contact info@gbif.org

インフォマティクス
ナショナルノードが新規ポータル公開
GBIFに加盟する3ヶ国において、ポータルサイトの新規開設や改訂が行われ、生物多様性に関する情報のアクセスが更に向上しました。
日本、ポルトガル及びコロンビアのナショナルノードでは、GBIFが開発したツール、コードや情報源を元にして、生物多様性情報に関するウェブサイトの新設や更新を行いました。
前号のGBits以降、次のような進展が見られました。
• ポルトガルのGBIFノードは、リスボンにある熱帯研究所（IICT）を拠点としていますが、二カ国語に対応したポータルサイトを開設しました。このポータルサイトでは、当面、ポルトガル語を話す人々に対して、GBIFネッ
トワークを利用した生物多様性データの公表や検索に関する情報を提供します。将来的には、ポルトガルにおける生物種の分布情報や国内機関が所有するデータを公開する他、国内の生物多様性データの検索や利用を促進する機能を備えることとしており、GBIF内で開発されたオープンソース機能やツールが活用される予定です。詳細については、こちらから、英語及びポルトガル語で読むことができます。
• GBIF日本ノードのポータルサイトには、デザインの改訂が行われ、GBIFからデータを公開したい機関がオンライン申請を行えるようにするなど、新たな機能が付け加えられました。また、データがダーウィン・コア標準形式に準拠しているかどうかを確認するテストも新たに追加されました。ダーウィン・コア標準形式は、GBIFが推奨している主要なデータ形式です。
• GBIFコロンビアでは、ポータルを改訂し、利便性を更に向上しました。サイトの見栄えや使い勝手を良くすると共に、表にソート機能を持たせた他、GitHub（ギットハブ）レポジトリの利用により、プロジェクトの共同開発を容易にしました。改善点の全容については、こちらから。

新規ツールなど
植物名がわかるスマートフォン用アプリ
フランスのウェブサイトでは、iPhone（アイフォン）で撮った植物の画像をアップロードすると、専門家が名前を調べ、GBIFネットワークの分布データとして公開されるサービスを開始しました。植物の画像は、「iHerbarium（アイ・ハーバリウム）」へと送られ、専門家がボランティア活動として名前の特定を行います。登録者には、植物に関する情報が電子メールにより送られます。
画像と関連情報は、中央データベースで管理するため、効率的に名前を判定することができます。

2

バリデーションを行ったデータは、セマンティック・ウェ
ブを用いた協力を推進するAgoralogie協会によりGBIFから公開されます。iHerbariumアプリには、フランス語及び英語版があり、当ウェブサイトは、スペイン語及びポルトガル語でも閲覧可能です。アンドロイド版のアプリもまもな
く発表される予定です。

昆虫及び外来雑草の名前を調べるアプリ
アンドロイド・スマートフォン用に、オーストラリアの昆虫や外来植物の名前がわかるアプリが出ました。クィーン
ズランド大学のチームにより開発されたモバイル版Lucid（ルシッド）ソフトウェアは、アンドロイド用ですが、まもなくiPhoneやiPad（アイパッド）用が続いて公開されます。
Googleストアには、昆虫目及びオーストラリアの雑草に関する無料のLucid検索ソフトがアップされています。
昆虫検索リスト（高校生以上向き）では、オーストラリアに棲息する成虫が属する昆虫目を調べることができます。
もう一つの雑草検索ソフトには、1万件以上の画像が使われており、オーストラリアに自生する重要な雑草や増殖中の雑草など1020種類を調べることができます。研究者や雑草管理に携わる人々に有益です。オーストラリアが中心ですが、他の国についても有用なソフトです。

アザミウマに関するWikiページが新設
アザミウマ目の800を超える属に属する6000種近い昆虫を取り扱ったウェブサイトが、昆虫分類学者の国際グループにより立ち上げられました。アザミウマは、英語からスリップス（thrips）とも呼ばれています。このスリップスwiki
は、オーストラリア連邦農林水産省（DAFF）の支援により立ち上げられ、オーストラリア連邦科学産業研究機構（CSIRO）が2005年に作成したチェックリストを元に作成されています。このチェックリストを用いて、フランクフ
ルト、ロンドン及びワシントンDCにある主要なコレクションのデータ確認を行いましたが、この作業にはGBIFも資金援助を行いました。
オーストラリア国立昆虫コレクション（キャンベラ）蔵のLichanothrips pastinus
タイプ標本

no 35 Jul 2013

科学と政策
『GBits Science Supplement』最新号
GBitsの発行に合わせて、GBIFが提供するデータの利用状況を記した『Science Supplement』の最新号も通常通り発行されました。最新号では、侵入種が新しい環境中でニッチを移動させることを示す研究が紹介されている他、『Biodiversity Informatics（バイオダイバーシティー・インフォマティックス）』誌の特集号においてデマンド主導型の生物多様性データ公開方法が取り上げられていることが紹介されています。
『GBits Science Supplement』最新号のダウンロードは、こちらから。

GBIFネットワーク内外の活動
サハラ以南アフリカ生物多様性データの活用
中央アフリカ生物多様性情報ネットワーク（CABIN）は、サハラ以南のアフリカ地域の生物多様性データの活用とオンライン公開に関する提案を募集しています。その目的は、この地域にある研究所が所有するデータの保存を推進し、技術能力を向上すると共に、GBIFを始めとするネットワークをとおしてデータを公表することです。データは、ベルギーにある王立中央アフリカ博物館にあるサーバーに保存されます。このサーバーには、アフリカ人科学者がデータ所有者・管理者の権限により、遠隔アクセスを行います。
応募締切は、2013年8月31日です。詳細は、こちらから。

米国コレクションのディジタル化に助成金
米国国立科学財団（NSF）が運営する生物多様性コレクションディジタル化推進（ADBC）プログラムでは、新たにアメリカの8つのプロジェクトに対する助成金交付を決定しました。今回の助成金は、29の州及び1地域にある65研究機関が対象となります。プロジェクトには、昆虫化
石データの解析により環境変化に対応した種の多様化を調査する共同研究、動物のコミュニケーション信号の中央ディジタル・アーカイブ化事業の他、150年間の藻類標本データから海洋・淡水環境の変化を解明するコンソーシアムなどがあります。
詳細な記事は、こちらから読むことができます。

カナダの新ゲノムセンターがDNAバーコードプロジェ
クトの事務局にカナダ国オンタリオにあるゲルフ大学は、新たに生物多様性ゲノムセンター（CBG）を開設しました。この施設では、DNAバーコード技術を用いて種の発見、特定及び分類を行います。
新センターは、1600万ドルをかけてオンタリオ生物多様性研究所を3倍の規模に拡張したもので、GBIF準参加機関である国際バーコードオブライフ（iBOL）の事務局が入ることになっています。

DNAバーコード技術を用いることにより、特定の遺伝子領域の短い配列に基づいて、動物や植物種を特定することができます。
詳細な記事は、こちらから読むことができます。

新規データ
ベルギー
フランダース政府自然森林研究所（INBO）は、フランダース地域の河川に対する人的影響や水系生息環境を回復する取り組みに関するデータを公開しました。
GBIFから提供されている新規データには、以下のものが含まれています。
• ウナギの分布に関する調査により、イゼール川で捕獲したシラスウナギに関する1100件を超えるデータ• イゼール川沿いの棲息地域における稚魚及び成魚の棲息分布。このサンプリング調査は、堤防工事や船舶の往来などの産業活動により環境破壊が進んだ地域に対する回復事業の効果を評価することを目的として実施されました。
• レイエ川を対象とした類似の魚類サンプリング調査データ。この調査は、人工堤防の影響を評価することを目的として実施されました。
• ムーズ川の土手から採集したオサムシ科昆虫（Carabidae）に関する5800件の分布データ。このデータセットは、Grensmaas地域と呼ばれる、ベルギーとオランダに接するムーズ川（オランダ語ではマース川）の流域におけるモニタリング調査によるものであり、109種の昆虫が含まれています。
これらのデータは、水系生息環境の健全度を測定する研究で用いられたものの一部です。

オランダ
NGOである「オランダは虫類両生類魚類保存協会」は、オランダの自然主義者が19世紀後半から20世紀前半に残した報告から抽出した3700件の魚類観察記録を公開しました。このなかには、1890、1907及び1921年にゾイデル海で確認された魚類や1886～1896年にライン・マース・低域デルタ地帯で確認された魚類の記録が含まれています。
ロッテルダム自然史博物館では、海洋、陸上、淡水環境に棲息する軟体動物のコレクションのうち、カタツムリやナメクジのデータ68,000件を公開しました。また、昆虫コレクションから94,500件の記録も公表しています。

フランス
パリにある国立自然史博物館の自然遺産保護部では、地中海、大西洋及び英仏海峡沿岸に棲息する30,000件を越える海洋生物データを公開しました。

3

その中には、以下のものが含まれています。
• マンボウ、イルカ、ナガスクジラ、マッコウクジ
ラ、サメ、イトマキエイ、ヒレナガゴンドウ、オサガメやウミドリなどの海洋巨型動物類の航空写
真測量データ。
• タツノオトシゴ及びヨウジウオの観察記録190件• ヒトデなど、海洋研究所で観察された海底生物に関する8700件のデータ• EUの自然保護区ネットワーク「ナチュラ2000」の海域を指定するために作成した生物多様性インベ
ントリーのデータ5100件
ストラスブール大学は、南太平洋にある仏領ワリス・フツナ諸島で採集した3780件の植物標本を公開しました。

ドイツ
バ イ エ ル ン 州 立 自 然 史 コレ ク シ ョ ン （ Staatliche
Naturwissenschaftliche Sammlungen Bayerns ） は 、100,000件を超える以下のデータを公開しました。
• イェーナ微生物資源コレクションから20,000件を超える微生物データ• ミュンヘンにある植物博物館所蔵のフランツ・ヨセフ・ヴァインツィール珪藻類コレクションから8000件のデータ• カールスルーエにある州立自然史博物館蔵の菌類コレクションから48,400件のデータ• バイエルン州立動物コレクションから節足類27,000件のデータ
新たにデータ公開を開始したグライスフヴァルト大学では、東部ドイツを対象とした植物調査から、ドイツ北部のメクレンブルク－西ポメラニア州で採集した2500種近い植物に関する50万件を超えるデータを発表しました。一般の方々も、この地域の植物に関する情報をhttp://www.flora-mv.deから追加することができます。

スウェーデンスウェーデン自然史博物館は、昆虫及び古生物学コレクシ
ョンの中から150,000件のデータを公開しました。公表デー
タの中には、マレーズ・トラップ・プロジェクト（SMTP）と呼ばれる全国昆虫調査の観察記録も含まれています。この調査には、スウェーデンの昆虫学者ルネ・マレーズが1930年代に考案した、ネットをテント型に張ったトラップ（わな）が使われています。このようなトラップは、昆虫調査用の標準的採集装置として現在世界中で使われています。

イギリス
GBIFイギリスノードであるイギリス国家生物多様性ネット
ワークは、州レベルの調査から862,000件のデータを公表しました。半数以上は、イギリス中部に位置するバーミンガ
ムやブラック・カントリーを対象とした生態系データベースである「EcoRecord」（エコレコード）によるものです。
その他、次のようなデータセットが含まれています。
• イギリス北西部チェシャー州で捕獲された淡水魚、クジラ類、チョウ及びほ乳類• ダービーシャー州で採集された昆虫15,100件のデータ• ベッドフォードシャー及びルートンにおける侵入種
ヒマラヤ・ホウセンカに関する調査から7800件のデータ• サセックス州で採集されたガに関する 95,000件のデー
タカナダ
ブリティッシュコロンビア大学では、コーワン・テトラポッド・コレクションからほ乳類、は虫類及び両生類のデー
タ20,800件を公開しました。このコレクションには、625種の鳥類の卵7000個を始めとして、1900年代初頭にまで遡る標本が保存されています。このデータセットは、VertNetから公表されています。

アイルランドコロンビア

アイルランドのGBIFナショナルノードである国立生物多様性データセンター（NBDC）は、以下を含む350,000件のデータをネットワークに公開しました。
• ブリテン諸島植物協会（BSBI）の州担当記録者がアイルランド南東部ウェックスフォード州で18世紀以降に採集した植物342,000件のデータ• 1786～2008年にかけてアイルランド海域で漁船や釣り人が捕獲した、絶滅危惧種バルチックチョウザメ（Acipenser sturio）など希少な海洋魚類1100件のデータ• アイルランド北西部の海岸に見られるマーカー（machair）と呼ばれる低草地域で、1985～1996年に行った渉禽類繁殖調査のデータ• アイルランドのトビケラ類に関し現在作成中のデータベースに含まれているデータ、2010年以降実施したアイルランドのイモリ分布調査データ、水生蠕虫のデータ及びアイルランドの湖に棲息する淡水魚のデータ

コロンビアの3研究機関は、GBIFネットワークから新規にデータ公開を行いました。
• オレオドゥクト・ビセンテナリオ（OleoductoBicentenario）社は、独自のパイプラインを運営する石油会社ですが、ランやアナナスなど樹木に着生する着生植物に関するデータを2000件公開しました。これは、コロンビア南部にあるカサナレ県アラグアネイからアラウカ県バナディアまでパイプラインを建設する際に、樹木の移設を行ったことに伴うものです。この工事は、全部で3工期あるパイプライン建設の第一工期であり、パイプラインはコベナス港まで延長されます。
• ブカラマンガ市の環境行政を担当するCorporación
Autónoma Regional Para la Defensa de la Meseta deBucaramanga（ブカラマンガ台地保全地方自治公社）は、サンタンデール県に自生する2300種の植物に関して、6800件のデータを公開しました。

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•コロンビアにおける水生鳥類の調査及び保全を目的として設立されたNGOである Calidris（カリドリス）は、ミズドリ50種類、1700件のデータを公開しました。
このデータセットには、コロンビアの太平洋岸にあるイスクアンデ河口やサンキアンガ国立自然公園において2007年及び2009年に実施した観察調査のデータが含まれています。これらの地域は、コロンビアで最もウミドリが多く見られることで有名です。また、カリドリスは、2006年の6月～12月にゴルゴナ国立自然公園で捕獲されたカツオドリ（Sula leucogaster etesiaca）の胃内容物を分析した結果特定された22種類の被食種に関するデー
タを公開しています。データからは、被食種の種類が多いことや、被食種の構成が示されています。
流木に羽根を休めるカツオドリ（Sula leucogaster）。©Luis Alejandro Bernard Romero

トレーニング・セミナー
データペーパー作成に関するeラーニングコース
GBIFスペインでは、データペーパー作成に関し、スペイン語によるオンライン・コースを作成しました。このコースは、標本採集に携わっている科学者や研究者の他、公開を目的として生物多様性データを集積している行政官にも有益です。
このコースにより、GBIFインテグレーテッド・パブリッシング・ツールキット（IPT）を使って、生物多様性データセット（メタデータ）に基づいたピアレビュー用原稿を作成する方法を学ぶことができます。デー
タペーパーを発表することによって、データ公開を行う機関の学術性が認められるようになります。このオンライン・コースには、3月マドリッドで開催されたデータペーパー作成ワークショップに提供された資料が使われています。
このコースは、いつでも自由に閲覧することができ、無料ですが、全てスペイン語です。登録は、http://elearning.gbif.es/から行うことができます。

ラテンアメリカ及びスペインの生物多様性情報オンライン・フォーラム『ZooKeys』誌
分類学に関する研究が2件『Zookeys』誌に発表され、出版元であるPensoft社が作成したソフトウェアによりGBIFから詳細なデータを閲覧することができます。
最初の論文では、太平洋のソロモン諸島にあるブーゲンビル島で新種のシデムシ（Nicrophorus efferens）が発見されたことが報じられています。アラスカ大学博物館に所属する著者は、1960～70年代にブーゲンビル島で採集され、現在はハワイにある博物館に保管されている6種類の標本を調べました。これらの標本は、新種のタイプ標本（学名の基準となる標本）と認められ、採集年月日や採集場所などの詳細はGBIFから公表されています。
シデムシ（マイソウムシとも言う。）という名称は、小鳥やげっ歯類などの小型脊椎動物の死骸を地中に埋めて、幼虫の餌とする習性があることから来ています。
この新種に関する記事は、こちらから。
『ZooKeys』誌に掲載された第二の論文は、サンディエゴ州立大学の研究者によるもので、クモの親戚であるザトウムシ目Acuclavella属の標本を再吟味しました。ザトウムシは、英語圏では、「あしながおじさん（daddy-long-legs）」とも呼ばれています。著者は、ア
イダホ、モンタナ及びワシントン州の61箇所で採集した284種類の標本を分析し、この属に3種類の新種を発見しました。採集日時や採集場所など、この論文の標本に関する詳細は、GBIFポータルからアクセスできます。

ラテンアメリカとスペインにある研究機関の協力を推進する団体「イベロアメリカ生物多様性情報インフラストラクチャー」（I3B）は、生物多様性インフォマティックスに関するオンライン・フォーラムを立ち上げました。
フォーラムに参加するには、オンライン登録が必要となります。

南アフリカ地理参照データ作成トレーニングコース
南アフリカの専門家に対して「指導者をトレーニングする」方式により、地理参照生物多様性データを作成するための専門技能が伝授され、研究や政策決定に用いるデータの質の向上が図られています。GBIFナショ
ナルノードである南アフリカ国立生物多様性研究所（SANBI）では、6月に大学、研究団体、博物館、鉱山会社やSANBIから17名の参加者を招き、トレーニングコースを開催しました。
講師は、クワズル・ナタル博物館、東ケープ公園・観光局及び農業研究協議会のメンバーが担当しましたが、これらの講師は、カリフォルニア州バークレーにある脊椎動物学博物館の専門家が2011年に指導したワークショップで先にトレーニングを受けた人々です。最初に指導した専門家は、GBIFネットワークで使われているインフォマティックスのツールや標準形式の策定に携わっています。
今回のセミナーでは、データの収集、管理、公表の各段階において、生物多様性に関する位置情報を正確に記述できるように、トレーニングが行われました。

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記事は、こちらから読むことができます。

その他のニュースとしては、ニュースサイト『Daily News』において、タンザニアの侵入種に関する論文が取り上げられています。この論文において、タンザニア生物多様性情報機構（TanBIF）及びGBIFが言及されています。

ニュースから

今後のイベント予定

今回のセミナーは、シリーズの第二回目であり、初回は、2012年11月にクワズル・ナタル博物館で開かれました。

2013年度GBIFエビー・ニールセン賞及び若手研究者賞の発表は、メキシコ、ポルトガル、アメリカ及びデンマークの新聞やニュースサイトで取り上げられました。取り上げた報道機関は、以下のとおりです。
エビー・ニールセン賞受賞者ミゲル・バストス・アラウホ氏：• ポルトガル日刊紙『Jornal de Notícias』の印刷版• ポルトガルの主要な週刊誌『Visão』の印刷版• エヴォラ大学のオンライン広報誌『UEline』• 科学、技術及び事業に関するニュースポータル『Ciência Hoje』• 研究とイノベーションに関するデンマークのニュースポータル『Altinget』
GBIF若手研究者賞の受賞者エマ・ゴメス－ルイス氏：• ニュースウェブサイト『Periódico El Planeta』• ニュースウェブサイト『Mi Ambiente』• テキサスA&M大学の広報誌『AgriLife Today』• メキシコの主要新聞『Reforma』

会議とワークショップ
Biodiversity Informatics Horizons（生物多様性インフォマティックスの地平）2013
2013年9月3～6日、イタリア、ローマ
詳細は、こちら。
第2回生物多様性ナレッジカンファレンス

2013年9月24～26日、ドイツ、ベルリン
詳細は、こちら。
第20回GBIF理事会、新規GBIFポータルの開設及び科学シンポジウム
2013年10月8～10日、ドイツ、ベルリン
詳細は、こちら。
第17回CBD科学技術助言補助機関会合（SBTTA）

2013年10月14～18日、カナダ、モントリオール
詳細は、こちら。
第5回国際バーコード・オブ・ライフ会議

2013年10月27～31日、中国、昆明
GBIFは、6月及び7月のインターネットや印刷版のメディアでも取り上げられました。特に、週間科学雑誌『Nature』に掲載された「農業－将来的な食料確保」と題した提言論文は注目に値します。この論文では、食糧不足を克服するために、多様性のある種子バンクが必要であることを論じつつ、GBIFが「生物多様性に対する取り組みを変化させた」国際的なインフォマティックス・インフラストラクチャーの良い例であるとしています。この論文では、また、GBIFが現在のところ「将来の食を確保する」ために必要となる複雑なゲノムデータを扱っている訳ではないとも述べています。

抄録締切：2013年8月16日
詳細は、こちら。

GBIF の Vision：科学、社会及び持続可能な未来のために、生物多様性情報が全域で自由に利用可能な世界の実現を目指します。

GBIF の Mission：生物多様性情報を提供する世界随一の情報発信源となると共に、環境と人類の福祉に役立つ賢明な解決策を提供することを目指します。

GBIF
6 本部
Universitetsparken 15
DK-2100 Copenhagen ØDenmark
http://www.gbif.org/

電話：+45 35 32 14 70
Fax：+45 35 32 14 80

6トレーニングセミナー
GB20ノードトレーニングコース－
立のために強固なGBIFノード樹

2013年10月4～5日、ドイツ、ベルリン
詳細は、こちら。

E-mail: info@gbif.org
過去の GBits ニュースレター・アーカイブ：
http://www.gbif.org/communications/
resources/newsletters/