IPT2の基本操作ガイド
導入と個人利用

GBIF日本ノードJBIF
大澤 剛士・戸津 久美子
http://www.gbif.jp/v2/
更新日：2017/4/4

この資料の目的z

オープンデータ化
データペーパー執筆

生物多様性データ
IPT2(データ管理システム)
メタデータ

DwC / DwC-A

IPT2を使って生物多様性データをDarwin Core Arhiveに再整備する

目次• IPT2とは何か• IPT2の導入• 基本的な使い方• Darwin Core Archiveの作り方• データ公開（publish）とデータペーパー化• 付属資料• IPT2とは何か• IPT2の導入• 基本的な使い方• Darwin Core Archiveの作り方• データ公開（publish）とデータペーパー化• 付属資料IPT2とは何か

Integrated Publication Toolkit ver.2
主な機能：‣ 生物多様性データをDarwin Coreに対応させる‣ データとメタデータを一括管理する‣ 世界中のIPT2とデータを共有する ⇒ここでは扱わない‣ データペーパー作成の補助を行う

GBIF公式のデータ管理システム

IPT2とは何か

Integrated Publication Toolkit ver.2
ソフトとしての特長：‣ OS非依存で利用可能‣ オープンソースソフトウェア‣ 様々な拡張機能が用意されている

生物多様性データの標準形式

生物多様性データ
・標本等
・種名リスト・観察情報

Darwin Core（DwC）•テキスト形式•項目が標準化•拡張項目も多数

そのデータの説明（メタデータ）Ecological Metadata
Language (EML)• XML形式•拡張性が極めて高い

生物多様性データの標準形式

生物多様性データ
・標本等
・種名リスト・観察情報

そのデータの説明（メタデータ）Darwin Core Archive

データとメタデータをまとめてzipで圧縮⇒Darwin Core Archive（DwC-A）

IPT2とは何か

Integrated Publication Toolkit ver.2‣ IPT2を使えば、誰でも簡単にDarwin

Core Archiveを作ることができますIPT2とは何か

Integrated Publication Toolkit ver.2
使いどころ：
たとえばエクセル‣ ファイルサイズの大きいデータを管理したい‣ データとメタデータを一体で管理したい（DwC-Aにしたい)
IPT2に移行• IPT2とは何か• IPT2の導入• 基本的な使い方• Darwin Core Archiveの作り方• データ公開（publish）とデータペーパー化• 付属資料IPT2の導入

GBIF webからダウンロード(http://www.gbif.org/ipt)• IPT2の簡単な説明や関連文書が集まっている• 現行バージョンがダウンロードできる• リリース情報と、過去バージョンも入手可
etc…

IPT2の導入
知識のあるあなたはGithubにあるプロジェクトページ(https://github.com/gbif/ipt)• 開発情報が集まっている• 最新版も過去版もβ版もダウンロードできる• オープンソースなので、ソースコードも入手できる• バグ等の報告もできる
etc…

IPT2の導入

PCへ導入する際の要件• ネットへの接続（厳しいファイアウォール等はないほうがいいかも）• 256MB以上のメモリ• 本体20MB＋データ分のディスク容量• Javaプラットフォーム (最新版がよいが、version 5以降なら問題なく動作する)• サーブレットコンテナ (TomcatとかJettyとか)IPT2の導入

1. Java プラットフォームの導入(https://java.com/ja/)• Javaサイト側で利用可能なバージョン、タイプを判定してくれるので、従うのが簡単• あとはガイドに従って導入する

IPT2の導入

2. サーブレット環境の設定（例：Tomcat） (http://tomcat.apache.org/)• バージョン6以降をダウンロード (8.x以上を推奨)• Tomcatをインストール (設定は全てデフォルトで問題なし)• Tomcat serverを立ち上げる

IPT2の導入

Tomcatのインストール画面

Next Next Next…

IPT2の導入

Tomcat Serverの立ち上げ
Tomcatを開始するにはStartボタンをクリック(Configure Tomcat)

Tomcatを停止するにはStopボタンをクリック（IPT2の再インストール・アップグレード時に必要な操作 後述）

IPT2の導入

3. IPT2 のインストール• 先のwebページから最新版をダウンロード
ipt-x.x.war (x.x.はバージョン情報）• ダウンロードしたwar ファイルの名前を変える(例えばipt.warとかが使いやすい)• 名前を変えたwarファイルを Tomcatディレクトリにデプロイする

IPT2の導入

インストール手順• 先のwebページから最新版をダウンロード
ipt-x.x.war (x.x.はバージョン情報）

IPT2の導入

インストール手順• ダウンロードしたwar ファイルの名前を変える(例えばipt.warとかが使いやすい)

ファイル名を適当なものに変更

IPT2の導入

インストール手順• 名前を変えたwarファイルを Tomcatディレクトリにデプロイする

Tomcatの“webapps” ディレクトリに名前を変えたwarファイルをコピーするex) C:/Program Files (x86)/Apache Software Foundation/Tomcat 8.0/webapps

IPT2の導入

インストール手順• 名前を変えたwarファイルを Tomcatディレクトリにデプロイする

Tomcatの“webapps”ディレクトリ内にファイル名と同じディレクトリ（例.ipt）が出来ていれば成功！

IPT2の導入

IPT2の立ち上げ• 適当なブラウザ(firefoxとか)を立ち上げ、URLに次を入れる(http://localhost:8080/ipt)

この画面が出たら無事に動作していますIPT2の導入

IPT2の再インストール/アップグレード手順
1. 入れ替えたいバージョンのiptファイルを入手し、名前を変更する（導入時と同じファイル名）
2. Tomcatを停止する
3. 先ほどデプロイしたwebappsディレクトリからwarファイルとディレクトリを削除する

4. Webappsディレクトリに新しいiptファイルをコピーする（デプロイ）
5. Tomcatを開始する※ ipt2を入れ替えてもデータはそのまま引き継がれますが念のためデータディレクトリのバックアップをとりましょう• IPT2とは何か• IPT2の導入• 基本的な使い方• Darwin Core Archiveの作り方• データ公開（publish）とデータペーパー化• 付属資料基本的な使い方

初期セットアップ

License agreement(チェック必須)

データディレクトリの設定(任意のディレクトリを指定)ex) C:/ipt2data基本的な使い方

初期セットアップ
個人設定を入力(グループ利用なら個人が特定できるように。完全な個人利用なら適当でよい)“Test” モードを選択

Save!

基本的な使い方

初期セットアップ

これでセットアップは完了です。
Continueを選んで利用画面に基本的な使い方

4つの基本画面※ Test modeで設定したので赤いマークが出ていますが、利用上は全く問題ありません。

基本的な使い方

ログイン、ログアウト、言語の選択※ 日本語も選択できますが、全ての画面で翻訳が済んでいるわけではないので、以降の解説も英語画面で行います。

• IPT2とは何か• IPT2の導入• 基本的な使い方• Darwin Core Archiveの作り方• データ公開（publish）とデータペーパー化• 付属資料Darwin Core Archiveの作り方

扱えるデータ• 生物種の在のみデータを想定• csv（テキスト）ファイルになっている• 日本語は含めず、英語で統一• 文字コードはUTF-8で統一• ヘッダの項目は任意

データのイメージDarwin Core Archiveの作り方

Manage Resources画面

DwC-Aの作成は、Manage Resource画面から行う

Darwin Core Archiveの作り方

Shortname(任意で自分がわかるもの)
Type: Occurrence（在データ）

Create!

Darwin Core Archiveの作り方

準備した実験データを選択
Addボタンを押す

Darwin Core Archiveの作り方

データの基本項目をチェック“Character Encoding”は UTF-8

Save!

Darwin Core Archiveの作り方

正しく読み込まれているか確認（レコード数「● rows」）

問題なかったらMappingsへ
Darwin Core Occurrenceを選択して Add

Mappingとは？

Mapping

手元データの項目

Darwin Core項目

Genus namegenus

Family namefamilySpecies namescientificName

手元データの項目をDwCに対応させること

Darwin Core Archiveの作り方

今回のデータは在データなので“occurrence”で問題ない“Save”

Darwin Core Archiveの作り方

ここで手元データの項目を選択し、DwCに対応させる
Darwin Core項目※ 必須項目以外は、全て対応させる必要はない

Darwin Core Archiveの作り方

画面の最下部には、まだMappingされていない項目が表示されている。

事前にデータ項目をDwCと同じにしておくとオートマッピングしてくれるので楽Darwin Core Archiveの作り方

必要な項目のMappingが終わったら “Save” して “Back”

Darwin Core Archiveの作り方

Mappingされた項目数が表示される「● items mapped to…」→間違いないか確認
問題なければ、生物データのDwC化は完了

Darwin Core Archiveの作り方

ここからメタデータ作成
Metadataの“Edit” を押すDarwin Core Archiveの作り方

様々なメタデータ項目
これを順次入力していくDarwin Core Archiveの作り方

例：メタデータ項目の地理情報
地図上で調査地を設定できる
必要なメタデータを全て入力したら上のManage Resourcesボタンを押すDarwin Core Archiveの作り方

Manage Resourceトップ画面で入力したデータセットが表示されるメタデータで入力したデータタイトル

データセットを選択すると再び編集画面に入れるDarwin Core Archiveの作り方

生物データのDwC化とメタデータの作成が完了！

Darwin Core Archiveの作り方

その下にある “Preview”を押す

Darwin Core Archiveの作り方

データセット（生物データ+メタデータ）の全体像を見ることができる※ Downloadというボタンがあるが、この時点では使えない• IPT2とは何か• IPT2の導入• 基本的な使い方•Darwin Core Archiveの作り方• データ公開（publish）とデータペーパー化• 付属資料データ公開（publish）とデータペーパー化Manage Resourcesの編集画面
Metadataの下にあるPublishボタン
これを押すことで、データセットが完成してデータがインターネット上に公開される（注意：今回は個人利用なので、Publishしてもデータはインターネット上に公開されない。データセットの完成だけ）

データ公開（publish）とデータペーパー化

データセットの完成
以後、編集をした場合はバージョン番号が付与され、別バージョン扱いになる

データ公開（publish）とデータペーパー化

完成したデータ（ DwC-Aファイルやメタデータ）はプレビュー画面からダウンロードできるデータ公開（publish）とデータペーパー化

メタデータ（EML) を開いた例

データ公開（publish）とデータペーパー化

RTFというボタンを押すと、メタデータをデータペーパーっぽい形式に整理したRTFファイルが取得できる⇒データペーパーはこれをベースに準備• IPT2とは何か• IPT2の導入• 基本的な使い方• Darwin Core Archiveの作り方
データをDarwin Core & Darwin Core Archiveに整理する• データ公開（Publish）とデータペーパー化• 付属資料付属資料

今回は標本等の「在」データを扱ったが、種名リストや生態学データも扱うことができる

付属資料

ここから様々なDarwin Coreの拡張項目（遺伝子、画像等）を追加できる

付属資料

GBIF日本ノードJBIF

・各種GBIF発行ドキュメントの和訳版
・DwC項目の概説、フォーマットチェッカー
・IPT2マニュアルの和訳版など
http://www.gbif.jp/v2/

付属資料

その他役立ちそうな情報
・GBIF community site, IPT interest group（http://community.gbif.org/pg/groups/3529/gbif-ipt-interest-group/）・Video: How to install the GBIF IPT（https://vimeo.com/116142276）

・Paper from PLOS ONE【The GBIF Integrated Publishing Toolkit:
Facilitating the Efficient Publishing of Biodiversity Data on the Internet】（http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0102623）