課所４－16
課資３－５
課料３－９
査察１－25平成12年７月３日
改正

平成24年10月19日
平成28年12月12日
令和４年10月25日
令和５年６月23日

国税局長

殿

沖縄国税事務所長 殿
国税庁長官
申告所得税及び復興特別所得税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）
標題のことについて、国税通則法（以下「通則法」という。
）第65条及び第66条の規定の適用に関し留意すべき事項等を下記のとおり定めたから、今後処理するものからこれにより取り扱われたい。
（趣旨）
申告所得税及び復興特別所得税の過少申告加算税及び無申告加算税の賦課に関する取扱基準の整備等を図ったものである。
記
第１ 過少申告加算税の取扱い（通則法第65条第１項又は第６項の更正予知）１

通則法第65条第１項又は第６項の規定を適用する場合において、その納税者に対する臨場調査、その納税者の取引先に対する反面調査又はその納税者の申告書の内容を検討した上での非違事項の指摘等により、当該納税者が調査のあったことを了知したと認められた後に修正申告書が提出された場合の当該修正申告書の提出は、原則として、これらの規定に規定する「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当する。
(注) 臨場のための日時の連絡を行った段階で修正申告書が提出された場合には、原則として、「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当しない。
（通則法第65条第４項の加重措置の適用に関する留意事項）
２

通則法第65条第４項の規定の適用については、次の点に留意する。
 通則法第65条第４項に規定する「帳簿」とは、国税通則法施行規則（以下「通則規則」という。）第11条の２第１項第１号から第３号までに掲げる帳簿のうち、通則法第65条第４項第１号に規定する特定事項（以下「特定事項」という。）に関する調査について必要があると認められるものであり、具体的には、特定事項に係る取引の年月日、相手方及び金額を記載したものをいうことに留意する。
ただし、次のイ又はロに掲げる帳簿書類については、当該帳簿書類に特定事項に係る取引の年月日、相手方及び金額が記載されている場合には、通則規則第11条の２第１項第３号に掲げる帳簿として取り扱って差し支えない。
イ

その年において不動産所得、事業所得又は山林所得を生ずべき業務に関して作成したその他の帳簿（日々の特定事項の金額を一覧的に記載又は記録をしているものに限る。）及び特定事項に係る請求書の控えその他の書類
ロ

特定事項に係る取引の年月日で整理して保存する請求書の控えその他帳簿に相当する規則性を有する形式で保存している書類⑵ 通則法第65条第４項の「納税者の責めに帰すべき事由がない場合」とは、災害その他やむを得ない事情により、帳簿の提示若しくは提出ができなかった場合又は特定事項の記載若しくは記録が不十分となった場合をいう。
⑶ 通則法第65条第４項に規定する「帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実」とは、次のような事実をいう。
イ 帳簿に基づき計算されない所得税法第二編第二章第二節第一款に規定する各種所得（以下「各種所得」という。）の申告漏れ
ロ所得税法第二編第二章第四節に規定する所得控除又は同編第三章第二節に規定する税額控除（租税特別措置法その他所得税に関する法令の規定により適用されるものを含む。以下「所得控除等」という。）の適用誤り（帳簿に基づき計算される各種所得に関連する税額控除の適用誤りを除く。）

1

（注） 帳簿に基づき計算される各種所得の申告漏れに伴う所得控除等の異動は、「帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実」に当たらないことに留意する。
⑷ 通則法第65条第４項第１号の「帳簿の提示若しくは提出をしなかつた場合」とは、同項に規定する当該職員から帳簿の提示又は提出を求められた場合に、納税者が遅滞なく帳簿の提示又は提出をしなかった場合をいうことに留意する。
⑸ 通則規則第11条の２第２項に規定する「売上げ（業務に係る収入を含む。）」とは、「商品製品等の売上高」、「役務提供に係る売上高」、「農産物の売上高（年末において有する農産物の収穫した時の価額を含む。）」、「賃貸料」
又は「山林の伐採又は譲渡による売上高」をいい、家事消費高及びその他の収入は含まれないことに留意する。
⑹ 通則法第65条第４項第１号又は第２号の規定の適用に当たって、同項に規定する修正申告等の基因となる事項に係る年分（以下「対象年分」という。）の帳簿に記載し、又は記録すべき特定事項の金額（対象年分の帳簿に記載されていない、又は記録されていないものに限る。）であって次に掲げる金額があるときは、当該金額は、対象年分の帳簿に記載され、又は記録された特定事項の金額と取り扱って差し支えない。
イ

対象年分の帳簿の提示又は提出を求められた際に納税者が遅滞なく提示し、又は提出した対象年分以外の年分の帳簿に記載され、又は記録された特定事項の金額
ロ

納税者の通常の業務処理手順及び対象年分以前の帳簿の記載又は記録の状況等からみて、帳簿の提示又は提出を求められた日の属する年分の帳簿に確実に記載され、又は記録されると認められる特定事項の金額（イに掲げる金額を除く。）（注） 特定事項の金額の記載又は記録が不十分であるかどうかの判定において、納税者が、対象年分の帳簿に記載し、又は記録すべき特定事項の金額について、その総額の２分の１以上の金額を申告し、かつ、当該申告された金額の根拠について特定事項に係る取引関係書類等を用いて明らかとした場合には、今後適正な帳簿の備付け及び保存を行う旨の申出等があるときに限り、本制度の円滑な運用を図る観点からの当面の配慮として、当該申告された特定事項の金額は、対象年分の帳簿に記載され、又は記録された特定事項の金額と取り扱って差し支えない。
（通則法第65条第５項第１号の正当な理由があると認められる事実）
３

通則法第65条の規定の適用に当たり、例えば、納税者の責めに帰すべき事由のない次のような事実は、同条第５項第１号に規定する正当な理由があると認められる事実として取り扱う。
⑴ 税法の解釈に関し、申告書提出後新たに法令解釈が明確化されたため、その法令解釈と納税者の解釈とが異なることとなった場合において、その納税者の解釈について相当の理由があると認められること。
(注) 税法の不知若しくは誤解又は事実誤認に基づくものはこれに当たらない。
⑵ 確定申告の納税相談等において、納税者から十分な資料の提出等があったにもかかわらず、税務職員等が納税者に対して誤った指導を行い、納税者がその指導に従ったことにより過少申告となった場合で、かつ、納税者がその指導を信じたことについてやむを得ないと認められる事情があること。
（通則法第65条第６項の調査通知に関する留意事項）
４ 通則法第65条第６項に規定する調査通知（以下「調査通知」という。）を行う場合の同項の規定の適用については、次の点に留意する。
⑴ 通則法第65条第６項の規定は、納税義務者（通則法第74条の９第５項に規定する場合に該当するときは、納税義務者又は同項に規定する税務代理人）に対して調査通知を行った時点から、適用されない。
(注)１ この場合の税務代理人とは、調査通知を行う前に提出された通則規則第11条の４第１項に規定する税務代理権限証書（同項に規定する納税義務者への調査の通知は税務代理人に対してすれば足りる旨の記載があるものに限る。）に係る税務代理人（以下「同意のある税務代理人」という。）をいう。
(注)２ 同意のある税務代理人が数人ある場合には、いずれかの税務代理人（通則法第74条の９第６項に規定する代表する税務代理人を定めた場合は当該代表する税務代理人）に対して調査通知を行った時点から、通則法第65条第６項の規定は適用されない。
⑵ 調査通知を行った場合において、調査通知後に修正申告書が提出されたときは、当該調査通知に係る調査について、実地の調査が行われたかどうかにかかわらず、通則法第65条第６項の規定の適用はない。
⑶ 調査通知後の修正申告書の提出が、次に掲げる場合には、調査通知がある前に行われたものとして取り扱う。
イ

当該調査通知に係る調査について、通則法第74条の11第１項の通知をした後又は同条第２項の調査結果の内容に基づき納税義務者から修正申告書が提出された後若しくは通則法第29条第１項に規定する更正若しくは通則法第32条第５項に規定する賦課決定をした後に修正申告書が提出された場合
ロ 当該修正申告書が、例えば、消費税及び地方消費税について更正の請求に基づく減額更正が行われたことに伴い提出された場合
ただし、当該修正申告書に当該減額更正に係る部分以外の部分が含まれる場合には、当該減額更正に係る部分以外

2

の部分は、調査通知がある前に行われたものとして取り扱わないものとする。
第２ 無申告加算税の取扱い（通則法第66条第１項の正当な理由があると認められる事実）
１ 通則法第66条の規定を適用する場合において、災害、交通・通信の途絶その他期限内に申告書を提出しなかったことについて真にやむを得ない事由があると認められるときは、期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があるものとして取り扱う。
（通則法第66条第１項、第３項、第６項、第８項又は第９項の更正等予知）
２ 第１の１の取扱いは、通則法第66条第１項、第３項、第６項、第８項又は第９項の規定を適用する場合において、期限後申告書又は修正申告書の提出が決定又は更正があるべきことを予知してされたものである場合の判定について準用する。
（通則法第66条第３項の納税者の責めに帰すべき事由がないと認められる事実等）
３

通則法第66条第１項の規定に該当する場合において、第１の３に掲げるような事実があると認められるときは、同条第３項の「加算後累積納付税額の計算の基礎となった事実のうちに（……）納税者の責めに帰すべき事由がないと認められるものがあるとき」に該当するものとして取り扱う。
（注） 通則法第66条第７項において準用する通則法第65条第５項（第１号に係る部分に限る。）の規定の適用がある場合において、同号に規定する「正当な理由があると認められる事実に基づく税額」は、通則法第66条第２項に規定する加算後累積納付税額には含まれないのであるから、当該事実に基づく税額は同条第３項の「納税者の責めに帰すべき事由がないと認められる事実に基づく税額」に含まれないことに留意する。
（期限後申告書の提出又は決定があった場合における通則法第66条第３項の規定の適用に関する留意事項）
４

通則法第66条第１項第１号に該当する場合には、期限後申告又は決定前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）は存在しないのであるから、その場合には、同条第２項に規定する加算後累積納付税額の計算の基礎となった事実については、その全てが、同条第３項の「申告、更正又は決定前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかったこと」となることに留意する。
（通則法第66条第５項の加重措置の適用に関する留意事項）
５ 第１の２の取扱いは、通則法第66条第５項の規定の適用について準用する。
（通則法第66条第６項の規定の適用に当たっての留意事項）
６

通則法第66条第６項の規定の適用に当たっては、次の点に留意する。


通則法第119条第４項の規定により無申告加算税又は重加算税の全額が切り捨てられた場合には、通則法第66条第６項第１号に規定する無申告加算税等を課されたことがある場合に該当せず、通則法第119条第４項の規定により無申告加算税又は重加算税の全額が切り捨てられた、又は切り捨てられる場合には、特定無申告加算税等（通則法第66条第６項第２号に規定する特定無申告加算税等をいう。以下６において同じ。）を課されたことがあり、又は特定無申告加算税等に係る賦課決定をすべきと認める場合に該当しない。
 源泉徴収に係る所得税及び復興特別所得税とこれ以外の所得税及び復興特別所得税は同一税目として取り扱わない。

（通則法第66条第８項の調査通知に関する留意事項）
７ 第１の４の取扱いは、調査通知を行う場合の通則法第66条第８項の規定の適用について準用する。
（無申告加算税を課す場合の留意事項）
８ 通則法第66条の規定による無申告加算税を課す場合には、次の点に留意する。
⑴ 申告書が期限後に提出され、その期限後に提出されたことについて通則法第66条第１項ただし書に規定する正当な理由があると認められる場合又は同条第９項の規定の適用があった場合において、当該申告について、更に修正申告書の提出があり、又は更正があったときは、当該修正申告又は更正により納付することとなる税額については無申告加算税を課さないで通則法第65条の規定による過少申告加算税を課す。
⑵ 通則法第66条第７項において準用する通則法第65条第５項第１号に定める正当な理由があると認められる事実は、第１の３に掲げるような事実とする。

3

第３ 過少申告加算税等の計算（累積増差税額等に含まれない税額）
１ 通則法第65条第３項第１号に規定する累積増差税額には、同条第６項の規定の適用がある修正申告書の提出により納付すべき税額は含まれないものとし、通則法第66条第４項に規定する累積納付税額には、同条第８項の規定の適用がある期限後申告書又は修正申告書の提出により納付すべき税額は含まれないものとする。
(注)

通則法第65条第６項の規定の適用がある修正申告書又は通則法第66条第８項の規定の適用がある期限後申告書若

しくは修正申告書において、第１の４⑶の取扱いによって、調査通知がある前に行われたものとして取り扱われないものが含まれる場合は、これに対応する納付すべき税額は、それぞれ通則法第65条第３項第１号に規定する累積増差税額又は通則法第66条第４項に規定する累積納付税額に含まれることに留意する。
（過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎となる税額の計算方法）
２ 過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎となる税額を計算する場合において、通則法第65条第５項第１号（通則法第66条第７項において準用する場合を含む。）の規定により控除すべきものとして国税通則法施行令第27条第２項第１号に規定する正当な理由があると認められる事実（以下「正当事実」という。）のみに基づいて更正、決定、修正申告又は期限後申告（以下「更正等」という。）があったものとした場合の税額の基礎となる所得金額は、その更正等があった後の所得金額から正当事実に基づかない部分の所得金額（以下「過少対象所得」という。）を控除して計算する。
（過少対象所得の計算）
３

過少対象所得は、正当事実以外の事実に基づく収入金額及びこれを得るのに必要と認められる必要経費の金額を基礎として計算する。
（通則法第66条第３項の規定の適用の有無を判定するための加算後累積納付税額の計算）
４

通則法第66条第３項の規定により加算後累積納付税額から控除すべきものとして国税通則法施行令第27条第６項に規定する納税者の責めに帰すべき事由がないと認められる事実（以下「帰責性のない事実」という。）のみに基づいて通則法
第66条第１項各号に規定する申告、更正又は決定（以下「申告等」という。）があったものとした場合の税額の計算の基礎となる所得金額は、その申告等があった後の所得金額から帰責性のない事実に基づかない部分の所得金額を控除して計算する。なお、帰責性のない事実に基づかない部分の所得金額は、帰責性のない事実以外の事実に基づく収入金額及びこれを得るのに必要と認められる必要経費の金額を基礎として計算する。
（修正申告書又は期限後申告書の提出が調査通知後に行われた場合の留意事項）
５ 第１の４⑶ロただし書の取扱い（第２の７において準用する場合を含む。）を行う場合において、過少申告加算税又は無申告加算税の計算の基礎となる税額を計算するときは、次の点に留意する。
⑴ 通則法第65条第１項に規定する過少申告加算税の計算の基礎となる税額を計算する場合には、過少対象所得から当該減額更正に係る部分の所得金額を控除して計算する。
⑵

通則法第66条第１項に規定する無申告加算税の計算の基礎となる税額を計算する場合及び同条第３項の加算後累積納付税額を計算する場合には、過少対象所得から当該減額更正に係る部分の所得金額を控除して計算する。
(注)

当該減額更正に係る部分には通則法第66条第８項の規定が適用される。

（重加算税について少額不徴収に該当する場合の過少対象所得の計算）
６

通則法第119条第４項の規定により重加算税を課さない場合には、その課さない部分に対応する所得金額は、過少対象所得に含まれないのであるから留意する。
（通則法第66条第３項の規定による無申告加算税額の計算）

７

通則法第66条第３項各号に掲げる税額は、通則法第118条第３項の「その計算の基礎となる税額」に該当するのであるか
ら、通則法第66条第３項の規定により無申告加算税の額を計算する場合において、同項各号に掲げる税額に区分された加算後累積納付税額若しくは累積納付税額のそれぞれの税額に１万円未満の端数があるとき又はこれらの税額の全額が１万円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てて計算することに留意する。

4