微生物有害情報データベースM-RINDA○黄地祥子1)、藤田真澄1)、山本美佳1)、宮澤せいは1)、木村明音1)、牧山（片野）葉子1)、
北橋優子1)、市川夏子1)、川﨑浩子1)、藤田信之2)、加藤愼一郎1)1)製品評価技術基盤機構（NITE）バイオテクノロジーセンター 2)東京農業大学 生命科学部 分子微生物学科

法規制やリスク情報があるか

有害性に関わる遺伝子を持つか

https://www.nite.go.jp/nbrc/mrinda/
2019年3月に新規公開

微生物の機能から法規制まで、有害性に関わる情報の総合サイト

微生物有害情報リスト
微生物有害情報リストとは

MiFuP Safety（ミファップ・セーフティ）とはhttps://www.nite.go.jp/nbrc/mrinda/list/

微生物（細菌、真菌）の危険度／有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化したリスト

微生物有害性遺伝子情報データベース-MiFuP Safety-

2019年9月更新

https://www.nite.go.jp/nbrc/mrinda/mifup_safety/
2019年9月更新

微生物（細菌）のゲノム情報から有害性に関わる遺伝子を検索し、有害性を推定するデータベース➢ ゲノム配列情報から、あらかじめNITEが設定した条件の下、有害性機能の発揮に必要な遺伝子の配列を検索することで、有害性機能の有無を推定することができる。
➢ これまでアノテーションの知識や経験を必要としていた作業を、短時間かつオートマティックに実施できる。

➢ 微生物（細菌・真菌）の危険度分類（BSL）や 法規制に関する情報を確認できる。
➢ 学名（異名を含む）から、各微生物の有害性に関わる情報を検索することができる。
https://www.nite.go.jp/nbrc/mrinda/list/

解析対象の塩基/アミノ酸配列
DL版
GGGTCTGTGGATATCATTTTATCCACAAAAACAGATTTCGACAAGTTTATCTACAGCTTGTACACAAAATATAGGGATGTGAATATGTGG
CAAGCACCAGAAGTTGTGTTTGTGGTAAATGAAGAAGATGTTTATGGCGGTTTTATTTGCATTAGCTTCTGTTAATGCAATGGCGGCGGATTGTGCTAAAGGTAAAATTGAGTTTTCCAAGTATAATGAGGATGACACATTTACAGTGAAGGTTGACGGGAAAGAATACTGGACCTTTGTGGACAGATTCTTTCCTATGTGTATGTCGTTACTCACAGGATTGAGGATAACAGTCTGCTTTTTTTCAC

配列入力

掲載しているリスト
有害性情報をまとめて掲載

学名から検索可能

異名／旧名等【細菌】 細菌有害情報リスト（Web/DL版）

有害性遺伝子検出条件の検討【細菌】 魚介類病原菌リスト（Web/DL版 NEW ! ）細菌Web版

新学名にリンク

BLASTの結果（ii）アミノ酸配列に変換

全CDSs（アミノ酸）（iii）配列解析

分子系統解析

E n try
P ro te in n a m e s
E -va lu e S co re Id e n tityO rg a n ism
L e n g thP 0C 2E 9P erfringolysin O (T heta-toxin)0.(T0;hiol-act
2,565;ivated 100.
cytol00%ysin) C lostridium perfringens (strai500
n 13 /T ype A )B 1V 197
T hiol-activated cytolysin
0.0;2,565; 100.00% C lostridium perfringens D st
500
r.JG S 1721
Q 0P Y 07
T hiol-activated cytolysin
0.0;2,565; 100.00% C lostridium perfringens 500
B 1B K K 5
T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,561; 99.80% C lostridium perfringens C st500
r.JG S 1495
Q 0P Y 08
T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,561; 99.80% C lostridium perfringens 500
B 1B S 33
T hiol-activated cytolysin
0.0;2,560; 99.80% C lostridium perfringens E st500
r.JG S 1987
Q 0T U S 0
P erfringolysin O (T heta-toxin)0.(T0;hiol-act
2,560;ivated cyt
99.ol80%ysin) C lostridium perfringens (strai500
n A T C C 13124 /D S M 756 /JC M 1290 /N C IM B 6125 /N C T C 8237 /T ype A )B 1R 7A 1
T hiol-activated cytolysin0.0;
2,558; 99.60% C lostridium perfringens B st500
r.A T C C 3626
A 1Z 1Z 9T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,558; 99.60% C lostridium perfringens 500
A 0A 174G S Q 8 T hiol-activated cytolysin
0.0;2,557; 99.60% C lostridium perfringens 500
A 0A 127E E J2 T hiol-activated cytolysin
0.0;2,539; 99.00% C lostridium perfringens 500
A 0A 133N B E 8 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,146; 87.50% C lostridium perfringens 525
A 0A 0C 1U F Z 3 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,012; 75.70% C lostridium argentinense C 509
D C 2741
A 0A 0J0T X T 9 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,008; 76.80% P aeniclostridium sordellii8483
500
A 0A 0A 8V U V 3 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,008; 76.80% P aeniclostridium sordellii(C500lostridium sordellii)
A 0A 1C 6G M 59 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,006; 77.60% uncultured C lostridium sp. 500
A 0A 0C 7I6I3 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,000; 76.40% P aeniclostridium sordellii(C500lostridium sordellii)
A 0A 037Z 823 T hiol-activated cytolysin
0.0;
1,991; 74.50% C lostridium tetanom orphum507
D S M 665
T 4V P Q 8
T hiol-activated cytolysin
0.0;
1,970; 74.50% P araclostridium biferm entans
499A T C C 638
A 0A 1X 2JK S 2 T hiol-activated cytolysin
0.0;
1,969; 74.30% P araclostridium biferm entans
499(C lostridium biferm entans)
A 0A 1G 9M 4H 0 T hiol-activated cytolysin
0.0;
1,968; 72.90% R om boutsia lituseburensis 502
D S M 797

MiFuP Safety
データベース

このグループの配列を検出する閾値を設定

有害情報リストに掲載している情報

BLASTP検索
プロファイル検索

有害性遺伝子検出条件の設定

有害性遺伝子セットの検証

法令・規制、BSL、病原体（iv）遺伝子検索

遺伝子検索

文献調査に基づき、有害性の発揮に必要な遺伝子の組合せを遺伝子セットとして定義（v）機能検索gene agene b

遺伝子セットタブによるリスト切替え

対象遺伝子検出結果に基づいて、有害性遺伝子セットがそろっているか検証
有害性機能推定結果推定できる有害性機能

細菌で報告されている有害性機能に関わる遺伝子を文献情報、法令、既存のデータベース等から選定
毒素産生に関連する遺伝子※文献情報等で報告のあるもの
病原性毒素、毒素の分泌装置、毒素の増強因子等

検索結果画面【薬剤耐性】 ２３機能
アミノグリコシド系抗生物質耐性 / クロラムフェニコール耐性 / ストレプトグラミン系抗生物質耐性 / スルホンアミド耐性 / トリメトプ
リム耐性 / バシトラシン耐性 /バンコマイシン耐性 / ブレオマイシン耐性 / ベータラクタム系抗生物質耐性 / ホスホマイシン耐性 /ポリミキシン耐性 / マクロライド系抗生物質耐性【その他】 １０機能
アゾ化合物分解 / ウレアーゼ / III型分泌装置 / シアン化水素生産 / CAMP因子 / チラミン生産 / ヒスタミン生産 / ホスホコリン修飾/ ホップ耐性 / リゾチーム耐性（例） 酢酸菌 Acetobacter aceti NBRC 3281ゲノム配列で検索

検索：配列入力画面

検索画面

検索結果：推定された機能表示画面
１検索５分

75種類の有害機能に関与する遺伝子をゲノム配列から網羅的に検索リストのダウンロード①
ファイルをアップロード

魚介類 DL版

Copy & Paste

調べたい配列を入力（～6MB)

検索結果詳細画面機能に必須な遺伝子

有害性機能検出の有無推定された機能名①バシトラシン耐性②ウレアーゼ薬剤耐性

選択ダウンロードボタンをクリック（タブ形式テキストファイルにて提供）

リスト選択

毒素産生、薬剤耐性等に関連する221種類の遺伝子について検索条件を設定し、有害性に関連する75機能の推定が可能※赤文字：新規追加機能 （2019年9月時点）
RTX毒素ファミリー / α毒素（黄色ブドウ球菌 産生） / 易熱性エンテロトキシン / ε毒素 / ウェルシュ菌二成分毒素（BEC） / エキソトキシンＡ（緑膿菌産生） / エンテロトキシン（ウェルシュ菌 産生） / 嘔吐毒 / γ-ヘモリジンAB / γ-ヘモリジンCB / コリックス毒素 / コレス
テロール依存性細胞溶解毒素ファミリー / コレラ毒素 / 細胞膨化致死毒素 / 細胞溶解毒素（コレラ菌産生） / 殺虫性タンパク質 /CFTR 抑制因子 / 志賀毒素 / ジフテリア毒素 / スーパー抗原（黄色ブドウ球菌・レンサ球菌 産生） / ストレプトリジンO / スフィンゴミ
エリナーゼC / 耐熱性エンテロトキシン / 耐熱性溶血毒素 / 炭疽菌毒素 / テタノリジン / 二成分型アクチン特異的ADP-リボシル化毒素 / 二成分性膜孔形成ロイコシジン / パーフリンゴリジンO / 破傷風毒素 / パントン・バレンタイン型ロイコシジン / 皮膚壊死性毒素 / 百日咳毒素 / 表皮剥脱毒素 / β型膜孔形成毒素 / β毒素（ウェルシュ菌 産生） /ヘモリジン（ビブリオ・バルニフィカス 産生）/ ホスホリパーゼC / ボツリヌス毒素 / リステリオリシンO / ロイコシジンAB / ロイコシジンED / ロイコシジンMF'

国内法令・規制ガイドラインの対象となるもの
ボツリヌス毒素、志賀毒素、黄色ブドウ球菌、サルモネラ菌、薬剤耐性等

表示されているページ
内でのキーワード検索

検索メニュー⇒学名検索⇒キーワード検索

食品の安全管理上重要な有害性機能が充実化【毒素】 ４２機能

その他の有害性に関連する遺伝子
各種薬剤耐性、アレルギー様食中毒の原因物質、食品等の品質を下げるような物質等表示する情報の選択✓を入れた列が表示される遺伝子検出用のReference配列及びプロファイル（HMM）で構成されたMiFuP
Safetyデータベースに対して検出条件を満たす遺伝子を検索

機能定義

MiFuP Safetyで検索できる有害性遺伝子デザインを刷新し、使いやすくなりました

タブメニューによる操作性の向上

遺伝子定義（検出条件）

機能検索

病原菌の取扱いに関する日本の法律・法令等

リスト画面

ドメイン等のプロファイル

遺伝子検索結果➢ 定期的な更新により最新の情報を提供”新”有害情報リストについて

Reference
配列

配列解析結果情報の一元化• 感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律• 家畜伝染病予防法• 遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（カルタヘナ法）
魚介類病原菌（細菌）• 外国為替及び外国貿易法（外為法）• 植物防疫法• 魚病学概論 改訂第2版• 魚介類の感染症・寄生虫病
BSL分類リスト• 選定された魚病名• 国立感染症研究所BSL
植物病原菌（細菌）• 日本細菌学会BSL• 日本植物病名データベース• 【ドイツ】 DSMZ『Prokaryotic Nomenclature Up-to-date
住環境菌（真菌）（原核生物学名リスト）』リスクグループ• 【ドイツ】労働安全衛生研究所TRBA460リスクグループ（真菌） • 住まいとカビと病原性Gene Finding及びアミノ酸変換にはProdigal*を使用* Hyatt D. et al. BMC Bioinformatics 2010

遺伝子領域

有害性遺伝子のオーソログの検出条件を、分子系統解析の結果を考慮し、相同性検索（BLAST）のスコア値（Score）と同一性（Identities）、ドメインやモチーフ等の有無のいずれか、又はその組み合わせで設定【真菌】 真菌有害情報リスト（DL版）
株や血清型別の情報（i）遺伝子領域の推定

遺伝子検出

ピロリ菌病原因子
検出された遺伝子領域

毒素産生能は推定されない②

4種類中1遺伝子のみ検出

真菌 DL版

出典毎のリスクや各情報からの検索クリック

全て検出（揃っている）

細菌 DL版

ダウンロード後に、Excelやテキストエディターなどのソフトで開いてお使いください

M-RINDA 利活用イメージ◆微生物有害情報リスト：細菌/真菌の種(亜種)レベルの最新のリスク情報の一括確認が可能◆MiFuP Safety：ゲノム情報さえあれば、非常に容易かつ迅速に（5分/１検索）、リスクの把握が可能（細菌のみ）

微生物の安全性評価の事前調査(一次スクリーニング)用のツールとしての利用それぞれ別の種類の遺伝子で構成される機能“パターン A”
“パターン B”

今後の開発の予定⚫ 「微生物有害情報リスト」と「MiFuP Safety」間の相互参照により、スムースな情報へのアクセスを実現⚫ 真菌リストのWeb版公開【有害情報リスト】⚫ 真菌の有害性機能（カビ毒産生）についての情報を提供【MiFuP Safety】※カルタヘナ法包括確認制度－供与核酸判定指針「2.1 供与核酸の由来生物における判定基準」の参考文献に微生物有害情報リストが引用されています

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