酪農経営援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実施要領

令和６年６月１０日付け６農畜機第１８１９号承認
令和６年６月５日付け６家改事（分）第２７５号

我が国の酪農は、高齢化等により酪農家戸数や飼養頭数が減少等するなど、生産基盤の弱体化が進行しており、生産コストの増加や国内消費の減退による先行き不安等から、経営収支の悪化や生産意欲の低下が懸念されている。このような中で、酪農家の生産意欲を喚起し、経営の多角化・高度化を実現するためには、生産者団体や生産者集団等が行う地域の創意工夫を生かした取組を支援する必要がある。
このため、一般社団法人家畜改良事業団（以下「改良事業団」という。）は、生産者集団等が行う取組に対し、酪農経営支援総合対策事業実施要綱（平成２８年３月３１日付け２７農畜機第５５７５号。以下「要綱」という。）に基づき補助することとし、もって酪農生産基盤の維持及び強化に資するものとする。
この事業の補助金の交付に関しては、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和３０年法律第１７９号。以下「補助金適正化法」という。）、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律施行令（昭和３０年政令第２５５号）、畜産業振興事業の実施について（平成１５年１０月１日付け１５農畜機第４８号－１）及び畜産業振興事業に係る補助金交付の停止措置について（平成２６年３月３１日付け２５農畜機第５３７６号）に定めるもののほか、要綱及びこの要領に定めるところによる。

第１ 事業の内容
改良事業団は、都道府県の区域を地区とする検定組合（家畜の能力検定に関する国際委員会（International Committee for Animal Recording）が定める方法に則して行われる乳用牛群検定に取り組む組合をいう。以下同じ。
）、農業協同組合、農業協同組合連合会、畜産業の振興に資する事業を行う一般社団法人若しくは一般財団法人若し
くは要綱別添３乳用牛改良増殖推進事業第３の１に規定する検定協議会（以下「取組主体」という。）
が以下の事業を実施するのに要する経費について補助するものとする。

１ 支援金の交付
調整交配用精液（後代検定娘牛の生産に必要な交配に用いられる精液をいう。
以下同じ。）を活用する酪農経営体に対する乳用種雄子牛の出生頭数に応じた支援金の交付
２ 支援金交付事務費
１の事業の円滑な推進を図るための会議の開催、推進指導等

第２ 事業の要件
１ 支援金交付対象者（１）第１の１の支援金の交付対象となる者は、２に規定する乳用種雄子牛を生産する酪農経営体であって、２に規定する支援金交付対象牛に係る牛の個体識別のための情報の管理及び伝達に関する特別措置法（平成 15 年法律第 72 号。
以下「牛トレサ法」という。
）第２条第２項に規定する管理者であり、かつ後代検定娘牛の生産に協力している酪農経営体であることとする。
（２）（１）の酪農経営体が法人の場合にあっては、独立行政法人、学校法人、宗教法人、試験研究機関、地方公共団体並びに農業協同組合及び農業協同組合連合会（農業協同組合法（昭和２２ 年法律第 １３２ 号）第１１条の５１に規定する農業経営規程を定め、農業の経営を行う者を除く。
）は、これに該当しないものとする。
２ 支援金交付対象牛等支援金交付対象牛は、（１）から（３）までの全てを満たす牛とする。
（１）牛トレサ法第３条第１項に規定する牛個体識別台帳において、令和６年２月１日から令和７年１月３１日までに出生した乳用種雄子牛であって、令和７年２月７日までに独立行政法人家畜改良センターに牛の出生の届出がされており、かつ、牛群検定に支援金交付対象牛の出生に関わる記録（支援交付金対象牛の母牛の分娩及び授精）が報告されていること。
（２）乳用種雄子牛は、調整交配用精液の人工授精により生産されていること。
（３）酪農緊急パワーアップ事業実施要綱（令和５年３月３１日付け４農畜機第７３７２号）別添６の第３の３に定める支援金交付対象牛として、支援金の交付を受けていないこと。
３ みどりの食料システム戦略による環境負荷低減に向けた取組強化（１）この事業に参加しようとする酪農経営体は、「畜産における環境負荷低減

のクロスコンプライアンスの試行に係る方針並びに「みどりのチェックシート（畜産）」及びその解説書の一部改正について」に基づき、交付申請時に、「みどりのチェックシート（畜産）」に記載された各取組について、事業実施期間中に実施する旨をチェックした上で、当該チェックシートをその属する取組主体に提出するものとする。
（２）取組主体は、全ての酪農経営体から提出された当該チェックシートを収集し、当該酪農経営体が各取組を実施する旨を酪農経営体の一覧に記載して、当該一覧を改良事業団に提出するとともに、当該チェックシートを保管するものとする。
（３）取組主体は、「補助事業及び物品・役務の調達（委託事業を含む）における環境負荷低減のクロスコンプライアンスの試行実施について」（令和５年１２月２７日付け５環バ第３１１号農林水産省大臣官房環境バイオマス政策課長通知）に基づき、交付申請時に「環境負荷低減のチェックシート」に記載された各取組について、事業実施期間中に実施する旨をチェックした上で、「民間事業者・自治体等向け」のチェックシートを改良事業団に提出するものとする。

第３ 事業の実施期間
この事業の実施期間は令和６年度とする。

第４ 事業の実施
１ 事業の参加申請（１） 事業に参加する酪農経営体は、別添様式第１号により事業参加申込書を作成し、取組主体に提出するものとする。
（２） 取組主体は、事業に参加する酪農経営体から提出のあった事業参加申込書を取りまとめ、事業参加者一覧を作成し、自ら実施する第１の２の事業の計画と併せ、改良事業団に提出するものとする。
（３）改良事業団は、（２）の事業参加者一覧に基づき、支援金交付対象者及び支援金交付対象頭数を取組主体に通知するものとし、併せて取組主体は支援金交付対象者及び支援金交付対象頭数を確認するものとする。
２ 事業の委託
取組主体は、この事業の一部を一般社団法人家畜改良事業団理事長（以下「理事長」という。）が適当と認める団体に委託して行うことができるものとし、この場合、委託契約を締結するものとする。

第５ 改良事業団の補助
改良事業団は、予算の範囲内において、別表に掲げる補助対象経費及び補助額により、取組主体が第１に規定する事業を実施するのに要する経費につき補助するものとする。

第６ 補助金交付の手続等
１ 補助金の交付申請
取組主体は、補助金の交付を受けようとする場合は、理事長が別に定める期日までに、第４の１の（３）による通知を基に、及び自ら実施する第１の２の事業の計画と併せ、別紙様式第１号の酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）補助金交付申請書及び概算払請求書（以下「補助金交付申請書等」という。）を理事長に提出するものとする。
２ 事業の変更承認申請
取組主体は、補助金の交付決定のあった後において、次に掲げる変更をしようとする場合は、あらかじめ別紙様式第２号の酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）補助金交付変更承認申請書及び概算払請求書（以下「補助金交付変更承認申請書等」という。
）を理事長に提出し、その承認を受けるものとする。
（１）事業の中止又は廃止（２）事業費の 30 パーセントを超える増減（３）補助金の交付決定額の増加を伴う事業費の増３ 補助金の概算払（１）理事長は、この事業の円滑な実施を図るために必要があると認めた場合は、交付決定額を限度として補助金の概算払をすることができるものとする。
（２）取組主体は、補助金の概算払請求をしようとする場合は、別紙様式第１号の補助金交付申請書等、別紙様式第２号の補助金交付変更承認申請書等又は別紙様式第３号の酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）補助金概算払請求書を理事長に提出するものとする。

４ 事業の実績報告
取組主体は、改良事業団に対し、事業の実績を取りまとめの上、自らの事業の実績とともに事業の完了した日から起算して１か月を経過した日又は補助金の交付決定通知のあった年度の翌年度の４月１０ 日のいずれか早い期日までに、別紙様式第４号の酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実績報告書（以下「実績報告書」という。）を理事長に提出するものとする。

第７ 事業の推進指導
取組主体及び事業に参加する酪農経営体は、改良事業団指導の 下、関係団体等との連携に努めるとともに、事業の適正かつ円滑な実施を図るものとする。

第８ 消費税及び地方消費税の取扱い
１ 取組主体は、理事長に対して補助金交付申請書等を提出するに当たり、当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額（補助対象経費に含まれる消費税及び地方消費税に相当する額のうち、消費税法（昭和６３年法律第１０８号）に規定する仕入れに係る消費税額として控除できる部分の金額と当該金額に地方税法（昭和２５年法律第２２６ 号）に規定する地方消費税率を乗じて得た金額との合計額に補助率を乗じて得た金額をいう。以下同じ。）がある場合には、これを当該補助金の交付申請額から減額して申請しなければならない。ただし、当該補助金交付申請書等の提出時において当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額が明らかでない場合は、この限りでない。
２ 取組主体は、１のただし書により申請をした場合において、実績報告書を提出するに当たって、当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額が明らかになった場合は、これを補助金額から減額して報告しなければならない。
３ 取組主体は、１のただし書により申請をした場合において、実績報告書を提出した後において、消費税及び地方消費税の申告により当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額が確定した場合には、別紙様式第５号の酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）係る仕入れに係る消費税等相当額報告書を速やかに理事長に提出するとともに、その金額（２の規定に基づき減額した場合は、その減じた金額を上回る部分の金額）について改良事業団を通して機構に返還しなければならない。
また、当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額が明らかにならない場合又は消費税等相当額がない場合であっても、その状況等について、補助金適正化法第 15 条の補助金の額の確定通知のあった日の翌年６月３０日までに、同様式により理事長を通じて独立行政法人農畜産業振興機構理事長に報告しなければならない。

第９ 帳簿等の整備保管等
１ 取組主体は、この事業に係る経理を適正に行うとともに、その内容を明らかにした帳簿及び関係書類を整備して保管するものとし、その保存期間は、事業を完了した年度の翌年度から起算して５年間とする。
２ １に基づき作成、整備及び保管すべき帳簿、台帳及び関係書類のうち、電磁的記録により作成、整備及び保管が可能なものは、電磁的記録によることができる。
３

理事長は、この要領に定めるもののほか、この事業の実施及び実績について、必要に応じ、取組主体に対し調査し、又は報告を求めることができるものとする。

第 10 その他
理事長は、この要領に定めるもののほか、この事業の実施につき必要な事項を定めることができる。

附 則（令和６年６月５日付け６家改事（分）第２７５号
この要領は、独立行政法人農畜産業振興機構理事長の承認のあった日から施行し、令和６年４月１日から適用するものとする。

別表
事業の種類
１ 支援金の交付補助対象経費
取組主体が調整交配用精液を補助額定額活用する乳用種雄子牛の出生頭

ただし、6,000 円/頭数に応じた支援金を交付するの以内に要する経費

２ 支援金交付事務費

取組主体が１の事業を円滑に実施するための会議の開催、支援金の交付に係る振込手数料、現地調査、推進指導等に要する経費

定額

（別添様式１）
年 月 日

酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）参加申込書

提出先：取組主体あて
１ 事業に参加する酪農経営体の概要
酪農経営体名（法人の場合は法人名を記載）【牛の管理者コード ※１】 【】（法人の場合）チェック欄

要領第２の１の（２）に規定する独立行政法人、学校法人、宗教法□

人、試験研究機関、地方公共団体、農業協同組合、農業協同組合連合会のいずれにも該当しません。
代表者の役職、氏名（上記と同じ場合は省略）
酪農経営体が所在する住所〒

酪農経営体の飼養地住所
支援金受取口座の情報 ※２ 金融機関名
支店名
預金種類（普通・当座）
口座番号
口座名義
※１

牛トレーサビリティ制度に基づく牛の管理者コードを記入。

※２

取組主体等において既に支援金受取口座の情報を把握できている場合は、記入を省略することができる。

２ 事業申請する雄子牛①令和６年２月１日以降に生まれ、令和７年１月３１日までに チェック欄
出生した乳用種雄子牛であって、令和７年２月７日までに独立行
政法人家畜改良センターに牛の出生の届出がされており、かつ、□牛群検定データに記録されている乳用種雄子牛であって、調整交配用精液の人工授精により生産された雄子牛を事業対象として申請します。
②上記１に該当する雄子牛の特定にあたり、一般社団法人家畜改良事業団が牛群検定成績を利用することに同意します。

チェック欄
□

③ 上記１に該当する雄子牛の特定にあたり、一般社団法人家畜改良

チェック欄

事業団が独立行政法人家畜改良センターより、牛トレサ法施行規則□第６条に係る私の牛の個体識別情報等を取得することについて同意します。

３ その他
当該事業に支援金交付申請する乳用種雄子牛について、牛の個体チェック欄

識別台帳並びに牛群検定における届出、申請内容について、疑義が□確認された場合、補助金返還を求められる場合があることについて理解しています。

４ 添付書類要領第２の３の（１）のみどりのチェックシート（畜産）別紙様式第１号
令和６年度酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）補助金交付申請書及び概算払請求書

番号

年 月 日

一般社団法人家畜改良事業団
理事長

殿

住所

団体名
代表者氏名

令和６年度において度酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）を下記のとおり実施したいので、酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実施要領の第６の１の規定に基づき、補助金円を交付されたく、関係書類を添えて申請します。
また、申請のとおり交付決定されたときは、概算払により金円を支払われた

く、同要領第６の３の（２）の規定に基づき請求します。

記

１ 事業の目的

２ 事業の内容
別紙様式第１号の別添「令和６年度酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実施計画」のとおり

３ 事業に要する経費及び負担区分（単位：円）
負担区分
区分

事業費

補助金

その他

今回概算払請備考求額

１ 支援金の交付

２ 支援金交付事務費

合計（注）事業の一部を委託して実施する場合は、区分ごとに事業費の欄にその委託費の額を括弧書きで記載するとともに、その委託先を備考の欄に記載すること。
４ 事業実施期間（１）事業着手年月日（２）事業完了予定年月日
５ 振込先金融機関名等
金融機関名
〇○○銀行
預金種類
○○預金
口座番号
口座名義

年年月月日
日

○○〇支店

６ 添付書類（１）定款（２）最近時点の業務報告書及び業務計画（注）添付書類について、申請者のウェブサイトにおいて閲覧が可能な場合は、当該ウェブサイトの URL を記載することにより当該資料の添付を省略することができる。

（３）要領第２の３の（２）のみどりのチェックシート（畜産）の確認の一覧（４）要領第２の３の（２）の環境負荷低減のチェックシート（民間事業者・自治体等向け）

別紙様式第１号の別添
令和６年度酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）
実施計画

１

支援金を交付するのに要する経費
酪農経営体戸数

対象頭数①

支援金
単価 ②

交付金額③（①×②）（単位：頭、円）
負担区分
今回
概算
備考
払請
補助金
その他求額

合計

２

支援金交付事務に要する経費
費目

積算内訳

（単位：円）
事業費

負担区分
補助金
その他

今回概算払請求額

合計
注１：「費目」は、旅費、印刷製本費、通信運搬費、振込手数料等とし、「積算内訳」に詳細を記載すること。
注２：事業の一部を委託して実施する場合は、区分ごとにその委託費の額を（）書きで記載すること。

３

添付書類 総括一覧表

酪農経営体名（法人の場合は法人名を記入）

負担区分
対象頭数①

支援金単価 ②

交付金額③（①×②）

補助金

その他

合計（注）取組主体において事業に参加する酪農経営体をとりまとめ、総括一覧表を作成し、添付すること。
参加申込書は、取組主体が責任をもって保管すること。

（単位：頭、円）
今回
概算
備考
払請
求額

別紙様式第２号
酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）補助金交付変更承認申請書及び概算払請求書

番
年号
月日

一般社団法人家畜改良事業団
理事長

殿

住所

団体名
代表者氏名

令和年

月日付け

第号で補助金交付決定通知のあった酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）の実施について、下記のとおり変更したいので承認されたく、酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実施要領の第６の２の規定に基づき申請します。
また、申請のとおり変更交付決定されたときは、概算払により金円を支払われたく、同要領第６の３の（２）の規定に基づき請求します。

記

１

変更の理由

２

事業の内容
別添「令和６年度酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１
遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実施計画」のとおり（注）別紙様式第１号の別添に準じて作成すること。

３

事業に要する経費の配分及び負担区分
負担区分
区分

事業費①＝②＋③

補助金②

その他③

既概算
払請求
額④

（単位：円）
今回概算払請求額⑤
備考＝②-④

１支援金の交付
２支援金交付事
務（注）２及び３については別紙様式第１号に準じ、変更部分が容易に対照できるよう二段書きにし、変更前を括弧書きで上段に、変更後をその下段に記載すること。

４

振込先金融機関名等
金融機関名

○○〇銀行

預金種類

○○預金

口座番号
口座名義○○〇支店

別紙様式第３号
酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）補助金概算払請求書
番年号
月日

一般社団法人家畜改良事業団
理事長

殿住所

団 体 名
代表者氏名

令和

年月日付け

第号で補助金交付決定通知のあった酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）について、下記のとおり金円を概算払により交付されたく、酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実施要領の第６の３の（２）の規定に基づき申請します。

記
１

概算払請求額（単位：円）
交付決定

事業費遂行状況

既概 今回概（ 年 月 日現在）
区分

年月

残額

算払 算払請 日迄予定

事業費 補助金 事業費 補助金 事業費出 受領

求額

出来高

②－⑤来高額⑥（⑤+⑥）－⑥③/①＝⑤①②③/②④円

合計円円円％円円％円

（注）それぞれの事業項目ごとに記載することとし、請求時点での事業の実施状況が明らかとなる書類を添付すること。

２

振込先金融機関名等
金融機関名

○○○銀行

預金種類

○○預金

口座番号
口座名義

○○○支店

別紙様式第４号
酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実績報告書

番年号
月日

一般社団法人家畜改良事業団
理事長

殿

住所

団体名
代表者氏名

令和

年

月日付け

第号で補助金交付決定通知のあった酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）について、下記のとおり実施したので、酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実施要領の第６の４の規定に基づき、関係書類を添えてその実績を報告します。
なお、併せて精算額円を支払われたく請求します。

記

１

事業の目的

２

事業の内容
別添「令和６年度酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１
遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実績報告書」のとおり。

（注）別紙様式第１号の別添に準じて作成すること。

３

事業に要した経費及び負担区分（注）別紙様式第１号の記の３に準じて作成すること。

４

事業に係る精算額（単位：円）

交付決定額

確定額

５ 事業実施期間（１）事業着手年月日（２）事業完了年月日

年
年

６

振込先金融機関名等
金融機関名
○○○銀行
預金種類
○○預金
口座番号
口座名義

概算払受領額

月
月日
日

○○○支店

精算払請求額別紙様式第５号
酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）に係る仕入れに係る消費等相当額報告書

番
年号
月日

一般社団法人家畜改良事業団
理事長

殿

住所

団体名
代表者氏名

令和

年

月日付け

第号で補助金の交付決定通知のあった令和

年度酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）補助金について、酪農経営支援総合対策事業（乳用牛改良増殖推進事業第２の１遺伝的能力向上対策の（４）の事業）実施要領の第８の３の規定に基づき、下記のとおり報告します。
（なお、併せて補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額円を返還します。（返還がある場合、記載すること））

１

補助金適正化法第１５条の補助金の額の確定額（令和第月日付け号による額の確定通知額）
金

２

年円

補助金の確定時に減額した仕入れに係る消費税等相当額
金円

３ 消費税及び地方消費税の申告により確定した仕入れに係る消費税等相当額

４ 補助金返還相当額（３－２）

金円

金円（注）記載内容の確認のため、以下の資料を添付すること。
なお、取組主体が法人格を有しない組合等の場合は、全ての構成員分を添付すること。
・消費税確定申告書の写し（税務署の収受印等のあるもの）
・付表２「課税売上割・控除対象仕入税額等の計算表」の写し
・３の金額の積算の内訳（人件費に通勤手当を含む場合は、その内訳を確認できる資料も併せて提出すること）
・取組主体が消費税法第 60 条第４項に定める法人等である場合は、同項に規定する特定収入の割合を確認できる資料

５

当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額が明らかにならない場合、その状況（注）消費税及び地方消費税の確定申告が完了していない場合にあっては、申告予定時期も記載すること。

６ 当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額がない場合、その理由（注）記載内容の確認のため、以下の資料を添付すること。
なお、取組主体が法人格を有しない組合等の場合は、全ての構成員分を添付すること。

・免税事業者の場合は、補助事業実施年度の前々年度に係る法人税（個人事業者の場合は所得税）確定申告書の写し（税務署の収受印等のあるもの）及び損益計算書等、売上高を確認できる資料
・簡易課税制度の適用を受ける事業者の場合は、補助事業実施年度における消費税確定申告書（簡易課税用）の写し（税務署の収受印等のあるもの）
・取組主体が消費税法第 60 条第４項に定める法人等である場合は、同項に規定する特定収入の割合を確認できる資料