トーゴーの日 シンポジウム2020

35○林DBRP：国内の生物資源情報を一元化し活用するためのデータプラットフォーム
岳夫、北橋優子、牧山（片野）葉子、木村明音、久保寛之、市川夏子

製品評価技術基盤機構（NITE）バイオテクノロジーセンター（NBRC）

生物資源データプラットフォーム

Licensed under a Creative Commons表示4.0国際ライセンス© 2020 独立行政法人 製品評価技術基盤機構（NITE）

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一元的に検索できるデータプラットフォーム
手間だなぁ ･･･

今までは・・・

菌株Aで確認されている情報を知るためには、複数のデータベースを個々に検索する必要がありました
学名に詳しくないから億劫だな。
論文は出てるかな？
ゲノム解析はされているのかな？
分離源は食経験のあるもの？などなど

生物資源データプラットフォームを使うと・・・✔ 微生物に詳しくないお客様にも使いやすく→日本語検索可能、タグリストから検索可能✔ 菌株情報を基点に各データが紐付いている✔ 関連するデータが集まるような仕組み→閲覧制限設定や他機関の情報登録も可能✔ データベース間のデータ連携に対応微生物のワンストップデータベースを目指します
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DBRP (Data and Biological Resource Platform)
令和元年度に生物資源データプラットフォーム DBRPを公開しました！
「DBRP」で検索、または下記のURLからアクセス

生物資源データプラットフォーム

https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/top

生物資源と関連する実験データ・オミクスデータの総合サイト

バイオ

デジタル

・資源（微生物、植物、動物等）
・資源についてのメタ情報（由来、分離源、機能、学会情報等）

・オミックスデータ（ゲノム、メタゲノム、プロテオーム等）
・資源についての計測データとメタ情報（系統分類情報等）

両者を合わせて統合検索
生物資源を探している方

特性, 分離源, データの有無で所望の資源を検索･利用

デジタルデータを探している方

データの種類や条件, 資源の有無でデータを利用

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生物資源データプラットフォームの特徴

タグリストページから検索する
乳酸菌を検索する

日本酒から採取された微生物を検索する

分類群から検索する

NITEの生物資源データプラットフォーム (DBRP)の特徴
日本語で記載生物資源に紐づくデータも公開･共有可「乳酸菌」などわかりやすく探しやす
利用条件等の付帯情報も掲載可能
いキーワードで検索可能
保有する生物資源の産業利用促進や採取地域や分離源からも検索可能
ビジネスマッチングに活用可能です
様々な機関の資源や情報を登録可能
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DBRPのデータベースの仕組み

データ本体はJSON-LD形式※で、データグループ毎の定型フォーマットで保持※JSON-LD形式：JSON (JavaScript Object Notation)は、軽量のデータ交換フォーマットであり、人間にとって読み書きが容易で、マシンにとっても簡単にパースや生成を行なうことができる。JSON-LDは、
JSONフォーマットを利用し、Linked Data（リンクト・データ）を記述するためのフォーマット。
DBRPでは、JSON-LD形式のデータをAPIでダウンロード可能。
画像データ
プロテオーム
塩基配列（ゲノム、16Sなど）
その他実験データ（培養データ、抗菌データなど）

機能分離源
原産国

微生物株についてのメタ情報

4. 微生物属性

1. 微生物株

6.解析データ

7. 実験

2.微生物種9.コレクション

5. 文献

8.プロジェクト

論文
特許
学会要旨

解析プロジェクトなど

学名
異名（シノニムなど）
3.Taxonomy

NBRC, RDなどのコレクション

ゲノム解析等
実験のまとまり10.提供機関
情報

系統分類
Taxonomy DBとの対応

コレクションの提供機関

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情報間のつながり

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微生物株情報に様々な情報がリンクしています
DBRPトップページ

タグリストページ

項目ごとのタグからも検索可能！

検索結果ページ

ページの下方へスクロール

微生物株情報に様々な情報がリンク！
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生物資源とデータを使って貰いたい人と使いたい人をつなぎます
オープンイノベーション≫ 共同開発≫ ライセンス契約締結 ⇒ 製品化≫ 地域ブランドのアピール など

乳酸菌の新しい情報（実験や文献）はないかな？
～微生物名から検索～

欲しい
菌株情報を検索

解析データ
から検索

生物資源データ

公設試・大学・企業のデータ登録

微生物名
から検索

GABA生産能のある菌株はないかな？
～解析データから検索～〇〇生産能のある菌株を所有しているけど、どこか有効活用してくれるところはないかな～？

（NBRCの生物資源データも収録）

NBRC株
21280株

味の素株式会社
計706株
静岡県
和歌山県
株式会社テクノスルガ・ラボ の微生物資源情報を公開中 !!

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他機関データの登録状況
静岡県
和歌山県

令和２年
６月公開

令和２年
９月公開

味の素株式会社
株式会社テクノスルガ・ラボ

各機関のコレクションを示したページ

各機関の所有する菌株利用条件や連絡先を記載したページ

随時、外部機関の生物資源情報を登録・公開中！

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DBRP Stanzaも令和２年度に新たに公開しました！

DBRPと同様に、微生物の学名や分離源、機能から微生物を検索できる。

DBRPのページのフッターから、または下記のURLからアクセス
https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/dbrpstanza/top.html

DBRP Stanzaの特徴
NBRC株と理化学研究所JCM株を統合的に検索可能
NBDC RDF PortalのSPARQL
endpointからデータを取得

生物資源に紐づくデータも公開･共有可能
DBCLSが開発したTogoStanzaのJavascriptをカスタマイズし画面作成

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9DBRP Stanzaの仕組み
NBDC RDF Portal
NBRC株

SPARQL
endpoint
からデータ取得

画面表示

NBRC
理研JCM株

理研JCM

画面は、DBCLSのTogoStanzaのJavascriptをカスタマイズした独自のGUIで表示。

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DBRPへ登録をおねがいします！
☆登録データの種類
菌株の基本情報（生物種名、採取地、分離源など）、実験情報、画像情報、ゲノム配列情報、文献情報、保存機関及びコレクション情報など※ データは1種類（菌株の情報、実験情報など）から複数種類まで、※ ご意向に沿ってデータ登録することができます。
※ 登録データに対する制限公開機能を実装予定です。
※ ご不明な点などは、遠慮なくお問合せください。
【お問い合わせ】
独立行政法人
製品評価技術基盤機構
バイオテクノロジーセンター
計画課バイオデジタル推進室〒151-0066 東京都渋谷区西原2-49-10
TEL: 03-3481-1972, FAX: 03-3481-1962
E-mail: bio-dbrp@nite.go.jp
URL: https://www.nite.go.jp/

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