9. DDBJ サービス李 慶範・青野英雄・大城戸利久・児玉悠一・小菅武英・杉田里江・鈴木紀美子・高木佳苗・
筒井波留・時松敏明・秦千比呂・福田亜沙美・真島 淳・三村公子・横山会美

要約NCBI および EBI と国際塩基配列データベース（INSDC）を協同運営する DDBJ は、遺伝研スーパーコンピュータを基盤として生命科学研究から産み出されるデータの登録・共有・解析サービスを提供している。今年 3 月には遺伝研スパコンを一新し、ゲノム解析環境を強化した Singularity コ
ンテナ、個人ゲノム解析に対応した区画、データサイズの増加に対応する階層ストレージを導入した。DDBJ が運営するサービスには、アノテーションを付与／アセンブルした塩基配列データ：NSSS と MSS、次世代シークエンスデータ：DRA、機能ゲノミクスデータ：GEA、アクセス制限のある個人ゲノムデータ：JGA、研究プロジェクト・サンプルのデータ：BioProject・BioSample がある。国際的には Genomic Standards Consortium（GSC）のメンバーとして様々なタイプのゲノムの記述に関するガイドライン制定にも貢献している。今後はメタボローム情報にも対応予定であり、スパコンに併設された一次データリポジトリとして国内外のデータサイエンス推進に貢献している。

Nucleotide Sequence Submission System
Mass Submission System
アノテーションを付与した/アセンブルした塩基配列+ Assembly+ Annotation

e.g. 16S rRNA, EST etc.

CDS

DDBJ Sequence Read Archive

WGS

次世代シークエンサからの出力データとアライメントデータの登録Interactive nucleotide sequencesubmission system via WWW

ProteinFor large-scale data

DDBJ Nucleotide Sequence
Submission System

CON

Mass Submission System
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/mss_flow-e.html

http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/websub-e.html

TSA

BAM file

BioSample （従来の DRA Sample）

PRJD

BioSample• プロジェクト情報• 研究費情報• 文献情報alignment
data

SAMD
BioSample

SAMD

Completegenome4. Submission files- multi-FASTA format- authenticated submission system based on e-mail- flexible input system- specialized templates such as 16S rRNA, CDS, D-loop etc.

+Annotation file
+Sequence file(+)AGP file(CON)(submitter)- large-scale sequences- multiple nucleotide sequences- complex or many features- FASTA file + Annotation file

1.MSS
Request(submitter)

3.BioProject

DRA• サンプル情報• Taxonomy ID

Sequence Read Archive
Experiment

6.Issue
Accession No.

WGS, CON, EST, TSA, complete genome etc.

SAMD
BioSample

NSSS
MSS

Biological
Feature次世代シークエンス生データとアライメント情報

BioProject （従来の DRA Study）

UME check tool

5. Check byannotators

Raw
reads

Quality value

Fasta
file

NGS

(submitter)- Genome-level data
- Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)

Annotation
file

Run

DRX

2.Introduce how
to use MSS

BioSample

Kosuge,T. et al. Nucl. Acids Res.(2014) 42(D1):D44-D49• ライブラリー情報• シークエンサの機種

DRR

Run

16S rRNATranscriptome

リード

Run

e.g. complete genome

TLS

アライメント

BioProjecte.g. WGS, CON, TSA etc.

DRR

Run

DRR

• データファイル指定

ChIP

データファイル (fastq, BAM)
赤字: アクセッション番号プレフィックス

JGA

Japanese Genotype-phenotype Archive

アクセス制限
SFF
format

GEA

個人レベルの遺伝学的なデータ
匿名化表現型情報を保存・提供
NBDC

遺伝子発現、機能ゲノミクスデータ

OmicsDIepigenetics

Functional
genomics data

metadata index

controlledaccessdatabase

Genomic Expression Archive

Revieweraccess

データ提供を申請

データ利用を申請

承認 、登録アカウント発行

承認、利用アカウント発行

JGA
登録アカウント

概要を公開し、JGA で利用できるデータ一覧を表示

セキュアエリア

利用アカウント

メタデータ＋データ

Tag counting
Peak calling
Gene expression, epigenetics and microarray etc

専用ツールでデータを暗号化し、アップロード

GEA

再暗号化

専用ツールでデータをダウンロードし、復号化# メタデータは専用エクセルファイルで作成

登録者

ArrayExpress

利用者
高速にダウンロード

Microarray experiment submission workflow

Sequencing experiment submission workflow

JVar

Register a BioProject

Register a BioProject

準備中

MetaboBank

Register BioSample(s)Register BioSample(s)スパコンにログイン
専用ツールでダウンロード、復号化

個人ゲノム解析環境

準備中

Japan Variation Database

Register raw sequencing data files to DRA
GEA

GEA

Upload raw and processed data files to GEA

Upload processed data files to GEA

Select a BioProject and BioSample(s)Select a BioProject and DRA submission(s)Prepare IDF and SDRF

Prepare IDF and SDRF

Submit IDF and SDRF

Submit IDF and SDRF

メタボローム情報

BioProject
研究プロジェクト

BioSample

Umbrella BioProject
Genome
BioProjectTranscriptome
BioProject

Epigenome
BioProject

data

data

data

data

data

data

サンプルのデータ
BioSample 1

BioSample 2

 今年 3 月には遺伝研スパコンを一新
 ゲノム解析環境を強化- Singularity コンテナ
- 個人ゲノム解析に対応した区画
 階層ストレージ-データサイズの増加に対応する大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJセンター〒411-8540 静岡県三島市谷田1111 問い合わせ：https://www.ddbj.nig.ac.jp/contact.html
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