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jPOST 統合環境の機能深化と連携基盤強化
守屋勇樹 1、河野信 1,2、奥田修二郎 3、渡辺由 3、松本雅記 3,4、高見知代 4、小林大樹 5、
山ノ内祥訓 6、荒木令江 5、吉沢明康 7、田畑剛 7,8、岩崎未央 8、杉山直幸 7、田中聡 9、五斗進 1、石濱泰 7
1 ROIS DBCLS, 2 富山国際大 , 3 新潟大 院医歯 , 4 九州大 生体防御 , 5 熊本大 院生命 , 6 熊本大 病院 , 7 京都大 院薬 , 8 京都大 CiRA, 9 Trans-IT

Abstract

New features and developments

jPOST プロジェクト（https://jpostdb.org/）では質量分析に基づいたプ

ProteomeXchange Consortium

ロテオームデータの集積、及び解析の標準化を目指し、（1）プロテオームデータリポジトリの開発（2）統一した再解析プロトコルの策定（3）再解析

PX の 策 定 に 沿 っ て、ス ペ ク ト ル を 管 理・ア ク セ ス す る た め の Universal

結果を収録、可視化するためのデータベースの開発を行ってきた。一方近Spectrum Identifier (USI) への対応、登録データ情報を検索するための PROXI

年では、メタプロテオミクスやプロテオゲノミクス、グライコプロテオミ

API の提供を開始。

File name
PXD

クスなど、より多様なプロテオームデータが蓄積されており、現在これにScan ID

ChargeType

Sequencehttps://repository.jpostdb.org/spectrum/?USI=mzspec:PXD005175:CRC_iTRAQ_06:scan:11803:VEYTLGEESEAPGQR/3

対応すべく jPOST の機能深化を目的とした開発を進めている。リポジト

GlycoProteomics repository

Raw
data

リではより多様な LC/MS データや電気泳動データ、抗体データに対応した他、再解析プロトコル・データベースではプロテオゲノミクスデータ解糖鎖科学ポータル GlyCosmos とともに、グライコプロテオミクスを対象としたデータリポ

Peaklist析の標準化と可視化を目的とした開発を行っている。また、GlyCosmos、

ジトリ GlycoPOST を開発し、グライコプロテオミクスデータ収集、及び解析において連携

ltsusRe

ChIP-Atlas といった他の統合化推進プロジェクトとの積極的なシステム連携・機能連携も進めている。

を行っている。

Other

Semi-automated curation

DepositCurrent status

メタデータ収集のためリポジトリのインターフェースを工夫しているが、適切なメタデータを収集するためには手作業によるキュレーションが不可欠となっている。
メタデータのキュレーションに利用可能なプロテオームデータジャーナル JPDM

Repository

Repositoryを創刊し、メタデータ登録・収集の半自動化を目指して開発を進めている。

jPOSTrepo (https://repository.jpostdb.org/) は、高速なファイルアッ

UniScoreプロードシステムと、メタデータ入力をより簡便に行うためのインター同一 FDR において既存のソフトウェアによる結果と比較して、多くのペプチドが検出されている。

フェースを備えた、プロテオーム関連実験データを登録・公開するためのFDR (%)

国際標準である ProteomeXchange (PX) に即したデータリポジトリである [1] 。コミュニティ内での認知が進み、順調に登録数を増やしている。
Projects

MascotUniScore

X!Tandem
UniScore

MaxQuant
UniScore

Comet
UniScore

User distribution#PSM (Peptide spectrum match)

OpenedCreatedPublis

ProteoGenome

hedrawdata

Database

Reuse

Registered 476 projects

Lung cnacer cell lines

251 users, 28 countries

Deep proteomics

Personalized DB

Candidates ofproteogenomic peptides
and peptides frommissing proteinsiMPAQT SRM assay
using synthetic standard

jPOSTdb

Enrichment analysis in ChIP-Atlas
Re-analysis

Re-analysis

タ ン パ ク 質 の 発 現 変 動 解 析 結 果 か ら、こ れ ま で 対 応 し て い た GO term、KEGG
Pathway の他に、新たに ChIP-Atlas と連携することで公共 ChIP-seq データをもとピーク検出とデータベース検索において、既存の複数のソフトェア、アルにしたエンリッチメント解析に対応。

ゴリズムを用いることでペプチド同定の網羅性を向上し、また、サーチエ

Variant viewer

ンジンに依存しない独自のスコアリングシステム、UniScore によって信頼度の高い結果を得るための再解析プロトコルを開発している。

jPOSTdb のプロテインブラウザにおいて、プロテオゲノミク
ス解析から得られる変位情報、及び TogoVar に収録されていEfect of multiple spftwareUniScore distribution

Search engine

Discoverer

Mascot6,623

Discoverer
MaxQuant
ProteoWizard

Mascot7,896

Discoverer

1

Discoverer
MaxQuant
ProteoWizard
MaxQuant

33×1

MascotX! Tandem
Comet

る日本人を中心としたゲノム変位情報から得られるアミノ酸変

Assigned peptides

×3

MascotX! Tandem
Comet×3
MaxQuant+1

10,631

13,219

位情報を可視化して表示する。
Frequency

Peack picker

falsew
Ne sltusreVariant peptides
from proteogenomics analysis

true
UniScore

Variants from

Accumulate
Q01518: CAP1_HUMAN

Database

Network analysis tool

Database

jPOSTdb (https://globe.jpostdb.org/) は再解析した結果を収録する

STRING database を用いてタンパク質発現が連続して変化してためのデータベースで、ヒト以外の生物種にも対応し、翻訳後修飾情報やいるパスを抽出し、サンプルごとにタンパク質発現ネットワーク

定量データも収録しており、ユーザが興味のあるサブデータセットを切りを可視化、比較を行う（開発中）。

出して情報を可視化できるシステムを持っている [2]。また、簡易的な解析ツールも提供している。

User data comparison tool

Klebsiella pneumoniae
Bacillus subtilis
Rattus norvegicus

ユーザーデータと jPOST データの比較解析を行う（開発中）。

Breast cancer
Nervous system disease
Brain cancer

Escherichia coli

Other desease

Mus musculus

NormaljPOST dataView

Homo sapiens

SPARQL
endpoint

SPARQLSPARQL
JavaScript

Colorectal cancer

View

…

Accumulated 103 datasets

rUseltsesu

user datauploadRSPARQL
endpoint

SPARQList{ REST API }Referencese[1] Okuda, S. et al. jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes. Nucl. Acids Res. 45 (D1) 2017.
[2] Moriya, Y. et. al. The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database. Nucl. Acids Res. 47 (D1) 2018.

Licensed under CC-BY 4.0 ©2019 Yuki Moriya (DBCLS)

本プロジェクトは、科学技術振興機構 (JST)・バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) の「統合化推進プログラム」の助成により実施しました。