Plasmid-EZ FAQ

Plasmid-EZ FAQ
Plasmid-EZ FAQ

サンプル調整 Sample Preparation

Q. Plasmid-EZ のサンプル推奨条件は何ですか？

Q. 出発物質を 50 ng/μL に標準化する必要がありますか？

Q. シーケンス用に提出できるプラスミドのサイズ範囲はどれくらいですか？
Q. このサービスを使用して、プラスミドの混合物をシーケンスできますか？
Q. サンプルが出発材料の要件を満たしていない場合はどうなりますか？

サンプル発送・提出 Sample Submission

Q. チューブはどのように準備すればよいですか？

Q. サンプルを梱包する時の注意事項はありますか？
Q. Order Receipt はどのように発行されますか？
Q. サンプルはどのように発送すればよいですか？

Q. サンプルの受付時間はいつからいつまでですか？

ご注文と解析処理 Ordering & Processing

Q. Plasmid-EZ を注文するにはどうすればよいですか？
Q. どの程度の配列 coverage が予想されますか？
Q. 解析に要する時間はどれくらいですか？

Q. Plasmid-EZ プロジェクトの進行状況を確認するにはどうすればよいですか？
Q. Plasmid-EZ サンプルに対して ライブラリー調製前に QC を実施しますか？
Q. GENEWIZ はプラスミド調製サービスを提供していますか？

結果と納品物 Results & Deliverables

Q. Plasmid-EZ の納品はどんな方法を用いていますか？
Q. Plasmid-EZ の納品物は？

Q. データをダウンロードするにはどうすればよいですか？
Q. Plasmid-EZ データは安全ですか？

Q. 追加のバイオインフォマティクスはありますか？

Q. Plasmid-EZ はプラスミドマルチマーを検出できますか？
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Q. Plasmid-EZ の正確性はどの程度？

Q. プラスミドサンプルの配列決定に失敗した場合はどうなりますか？

Q. 解析結果が期待していたものや仮説と一致しない場合はどうすればよいですか？
Q. ダウンロードできません、どうしたらいいでしょうか？
Q. 他の方法でデータを受け取ることはできますか？

2サンプル調整 Sample Preparation

Q. Plasmid-EZ のサンプル推奨条件は何ですか？
A. サンプルタイプ: 精製プラスミド DNA

サイズ: 最大 25 kb。25 kb を超える場合は、弊社までお問い合わせください。

濃度: 50 ng/μL に必ずご調製ください(Qubit TM や PicoGreen TM などの データ信頼性の高い dsDNA 定量アッセイを推奨)。

最小必要量:500 ng (10 μL)

純度 (A260/280): 1.8-2.0

溶液: 水、EB、または Low TE (<0.1 mM EDTA)
プラスミド調製サービスと Plasmid-EZ サービスの両方のサービスを希望する場合は、最低40 μL(総量 2000 ng 以上)のプラスミド DNA を提出してください。

Q. 出発物質を 50 ng/μL に標準化する必要がありますか？

A. はい、アゼンタではライブラリー調製前に濃度調整を行っていないため、標準化は必要です。提出された各サンプルから等量をサンプリングし、ライブラリー調製に使用します。最適な結果を得るには、提出前にサンプル濃度を 50ng/μL に調整してください。Qubit TM や PicoGreen TM などの dsDNA 定量アッセイを使用することをお勧めします。

注: NanoDrop ® は dsDNA と ssDNA (オリゴヌクレオチドと dNTP) を区別できないため、サンプル中の dsDNA の量が過大評価される可能性があります。弊社経験上、80 ng/μL 程度が目安となりますが、得られるデータ品質に影響する可能性がございます。

Q. シーケンス用に提出できるプラスミドのサイズ範囲はどれくらいですか？

A. 最大 25 kb のプラスミドをシーケンスできます。25 kb を超えるシーケンスを行う場合は技術的な相談が必要となるため、当社次世代シークエンス（NGS.Japan@Azenta.com）までご連絡ください。

Plasmid-EZ ではご対応しておりませんが、25 kb 以上のものに関しては、NGS カスタムとして、ご注文ください。納期は 2 週間程度です。

Q. このサービスを使用して、プラスミドの混合物をシーケンスできますか？

A. 本サービスは、プラスミドのクローン集団の解析を対象としています。プラスミドのプールまたは混合物を提出することはできますが、配列決定および解析結果は保証できません。

Q. サンプルが出発材料の要件を満たしていない場合はどうなりますか？

A. 次世代シークエンシング担当（NGS.Japan@Azenta.com）までお問い合わせください。

サンプル発送・提出 Sample Submission

サンプルの提出方法についてはサンプル提出ガイドラインページ（Plasmid-EZ サンプル提出ガイドライン）もあわせてご確認ください。

Q. チューブはどのように準備すればよいですか？

A. ガイドラインに沿って調整したサンプルを一度に提出するサンプル数に応じて対応した容器に分注し、プロジェクト/サンプルが識別可能なよう記載してください。

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・サンプル数 40 以上の場合 [96 ウェルプレートに分注]

プレートに対応した 8 連キャップ、またはプレートシール（圧着式）を使用して密閉し、プレートごとに Tracking#を記載ください。

※プレートはセミスカートタイプを推奨。ノンスカートタイプはサンプル漏れにご注意ください。

・サンプル数 40 未満の場合 [8 連チューブに分注]

8 連チューブキャップで封をし、8 連チューブにサンプルの並びが分かるように Tube ID を記載ください。

・少数のサンプル [1.5mL チューブに分注]
チューブに Tube ID を記載ください。

Q. サンプルを梱包する時の注意事項はありますか？

A. 稀な事故ではありますが、輸送時のトラブルでサンプル容器が破損し解析が出来なくなることがございます。緩衝材等でサンプルを十分保護しご提出をお願い致します。

また、提出サンプルには、Web システムより発行される「Order Receipt (注文書)」を印刷しご同封をお願いしております。

Order Receipt には 60-から始まる Tracking#（追跡番号）とバーコードが印字されています。

Q. Order Receipt はどのように発行されますか？

A. Order Receipt (注文書) は、Web 注文システムでのオーダー完了時に、ポップアップとして PDF 形式で表示されます。

「Order Receipt (注文書)」は以下の手順でも発行する事ができます。

➀ Web 注文システムのホーム下部にある「マイオーダー」より対象となる案件のチェックボックスを選択ください。

➁「マイオーダー」右側にある「注文書の印刷」ボタンを選択ください。

➂ 表示された PDF を印刷し、弊社宛のサンプルに同梱しご送付をお願い致します。

Q. サンプルはどのように発送すればよいですか？

弊社品川ラボ宛にサンプルを着払い発送ください。
【送付先情報】

アゼンタ株式会社〒142-0043 東京都品川区二葉二丁目 9 番 15 号 NF パークビルディング 4F
TEL: 03-6628-2950＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿

弊社までの配送は宅配便 (ヤマト運輸等) などの配達サービスを利用し、常温便にて送付ください。

弊社が提供するドロップボックスが利用可能な施設のお客様は、ドロップボックスをご利用ください。

Q. サンプルの受付時間はいつからいつまでですか？

A. 日曜日および祝日を除く営業時間内（9-18 時）に到着するようにご発送ください。

通常土曜日の受け取りも可能です。その場合は『日付指定』かつ『午前着指定』で ご発送ください。

詳細は弊社日本ラボの営業日カレンダーをご参照ください。
「ラボ営業日」であればお受け取り可能です（ 営業所/営業時間 - 会社 - Azenta (genewiz.com)）。

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ご注文と解析処理 Ordering & Processing

Q. Plasmid-EZ を注文するにはどうすればよいですか？

A. Plasmid-EZ は見積もりなしの簡単なステップですぐに注文できます。Plasmid-EZ オーダーガイドをご覧ください。

15016-M&G 0423 Plasmid-EZ Order Guide.pdf (hubspotusercontent-na1.net)

Q. どの程度の配列 coverage が予想されますか？

A. Coverage は提出いただいたサンプルの品質に大きく依存するため、保証することはできません。

Q. 解析に要する時間はどれくらいですか？

A. 受領時の状況により数日の差がございますが、サンプル受領日から最短2 営業日から納品致します。

Q. Plasmid-EZ プロジェクトの進行状況を確認するにはどうすればよいですか？

A. カスタマーポータルの「注文概要」ページでいつでも確認できます。解析に要する時間が短いため、プロジェクトの詳細な進捗情報の更新（QC、ライブラリー調製、シーケンス解析、データ分析のタイムスタンプ等など）は提供しません。

Q. Plasmid-EZ サンプルに対して ライブラリー調製前に QC を実施しますか？

A. いいえ、サンプルの QC は行っておりません。これにより、プラスミド全長シークエンシングに対して迅速かつコスト効率の高いサービスを提供できます。サンプル提出前に信頼性の高い手法により濃度を測定し（Qubit や PicoGreen などの dsDNA 定量アッセイ）、50 ng/μL に標準化してください。

Q. GENEWIZ はプラスミド調製サービスを提供していますか？

A. はい、プラスミドの調製は、Plasmid-EZ サービスのアドオンとして選択できます。

提出いただいたプラスミド DNA サンプルは、プラスミド調製サービスのために弊社ラボにて保管されます。両方のサービスをご希望の場合には、最低 2 μg のプラスミド DNA が必要です。なお、プラスミド調製サービスは弊社グループ企業である中国アゼンタから提供となります。プラスミド調製サービスの詳細は遺伝子合成サービス担当（Project.Japan@Azenta.com）までお問い合わせください。

結果と納品物 Results & Deliverables

解析結果に関する FAQ について、より詳細には Plasmid-EZ スタートガイド (Plasmid-EZ ス
タートガイド (azenta.com) ) をご参照ください。

Q. Plasmid-EZ の納品はどんな方法を用いていますか？

A. サンガーシーケンシングの結果とは異なり、Plasmid-EZ はサーバー経由での納品をしております。施設のセキュリティ状況によってはダウンロードが制限される場合がございます。
その場合は施設の管理者にご相談ください。

Q. Plasmid-EZ の納品物は？

A. インタラクティブなデータレポート、FASTA 形式のプラスミドのコンセンサス配列、FASTQ 形式の生デー

タ、GenBank ファイル、およびプラスミド マップ画像を含むアノテーション ファイルを納品します。納品物の詳細および見方についてはPlasmid-EZ スタートガイドをご参照ください。

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Q. データをダウンロードするにはどうすればよいですか？

A. データ分析が完了すると、sFTP サーバーからデータをダウンロードするためのリンクをお知らせします。

ログイン資格情報とデータの取得方法については、送信されるデータ配信メールに記載されています。
データの取得に問題がある場合は、お気軽にお問い合わせください。

手 順 と ト ラ ブ ル シ ュ ー テ ィ ン グ は 、 ダ ウ ン ロ ー ド ガ イ ド （ NGS-DataDownloadGuide-sFTP_AzentaJP.pdf）を参照ください。

Q. Plasmid-EZ データは安全ですか？

A. 当社はデータのセキュリティを非常に重視しており、お客様のデータのプライバシーと保護を維持するためにあらゆる試みを行っています。当社が提供するデータ転送は安全です。ただし、別の配送方法をご希望の場合は、ご相談ください。

Q. 追加のバイオインフォマティクスはありますか？

A. すべてのカスタムバイオインフォマティクス分析リクエストは、次世代シーケンシング部門のカスタマーサポートまでお問合せください。ご希望の解析内容を伺います。当社の標準納品物以外のカスタマイズには追加料金と納期が発生します。

Q. Plasmid-EZ はプラスミドマルチマーを検出できますか？

A. 複数のプラスミドのコピーが相同組換えを介して結合し、反復配列を持つ多量体型のプラスミドが生成されることがあります。このプロセスはプラスミドの多量体化と呼ばれます。 Plasmid-EZ は非常に長いリードを生成しますので、個々の FASTAQ はプラスミド内の大きな反復配列の大半の領域を含む可能性が高いと考えられます。ただし、経験上多量の反復配列は De novo アセンブリ不良の原因となる場合がございます。

Q. Plasmid-EZ の正確性はどの程度？

A. 各リードあたりの精度は通常大部分が Q15 前後で、3%のエラー率に相当します。各リードあたりの精度は高くありませんが、数百～数千リードのコンセンサスを得ることで大部分の領域について Q50-60程度の精度を実現しております。詳細には Plasmid-EZ スタートガイドをご参照ください。

Plasmid-EZ スタートガイド (azenta.com)

Q. プラスミドサンプルの配列決定に失敗した場合はどうなりますか？

A. シーケンシングの失敗、つまりサンプルが少なくとも 10ｘ以下の coverage でコンセンサス配列を生成できない場合は、必要な DNA 濃度に調製されていないサンプル、混合プラスミド、または分解/断片化した DNA が含まれていることが原因である可能性があります。最適なシーケンス結果を得るには、サンプル提出ガイドラインの推奨に従ってください。

Q. 解析結果が期待していたものや仮説と一致しない場合はどうすればよいですか？

A. シーケンスデータの結果は保証できません。納品物に不足があると思われる場合は、弊社までご連絡ください。

シークエンサーの特性上、連続塩基等の難読配列は欠損や挿入が起こる可能性があります。

プラスミド配列中に難読配列が含まれる場合では、NGS やサンガー法等複数の方法による追加の検証を推奨いたします。

6また、短いリードが多い場合アセンブル不良によって挿入や欠失、逆鎖などが起こる場合がございます。得られたリード、およびサンプルの純度等の状態をご確認ください。

その他ゲノム DNA 混入がある、サンプルが純粋なクローンではない可能性など、今一度ご確認ください。

Q. ダウンロードできません、どうしたらいいでしょうか？
A. サーバーに接続できない場合、以下をお試しください。

パスワードは正確に、コピー＆ペースト等により入力ください。パスワードは納品のたびに更新されますので、同時期に納品があった場合はすべてのパスワードをお試しください。

接続環境が原因の場合、何度か接続を試みる、または再起動することで状況が改善する場合がございます。クライアントソフトに不具合がある場合、再インストール、および別のものを使用すると接続できることがございます。回線の混雑も接続不良の原因になりますので、混雑しない時間にアクセスいただ

くか、別のネットワーク回線を使用することで回避ください。無線接続をご使用の場合は有線接続をご検討ください。

ご所属先のセキュリティ環境により、ネットワークがファイアウォールなどで制限がされている場合がございます。その場合には施設のネットワーク管理者様までご相談ください。

その他、サーバーにファイルが見つからない、破損等がある場合、弊社で状況を確認いたしますのでお問い合わせください。

Q. 他の方法でデータを受け取ることはできますか？

A. Plasmid-EZ は低価格で迅速に対応している為納品方法を一本化しております。
他の方法では承っておりませんので、ご了承ください。

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あわせてご確認ください

Plasmid-EZ サンプル提出ガイドライン

Plasmid-EZ サンプル提出ガイドライン

Plasmid-EZ ご注文方法 (EN)15016-M&G 0423 Plasmid-EZ Order Guide.pdf (hubspotusercontent-na1.net)

Plasmid-EZ 納品物に関する詳細（JP）

Plasmid-EZ スタートガイド (azenta.com)©2023 Azenta Japan Corp.
本サービスは研究用のみに使用できます。診断目的に使用することはできません。
当印刷物に記載されている会社名および商品名などは、各社の商標または登録商標です。
本印刷物記載の内容は 2023 年 12 月現在のものです。

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