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DBRP（生物資源データプラットフォーム）のアップデート○八塚茂1、木村明音1 、北橋優子1 2 、牧山（片野）葉子1 、大塚梨沙1 、稲井田和夫1 、伊藤絵理子1 、阿部純平1 、中谷諒介1 、佐藤元1 、市川夏子1
1. （独）製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NITE-NBRC） 、2.現 三井情報株式会社

DBRP（生物資源データプラットフォーム）

DBRPとは？
生物資源データを一元的に検索できるデータプラットフォームです。
NBRC、企業、地方公共団体保有の微生物に関連したデータを掲載しています。
DBRP Stanzaとは？
DBRPのサブシステムです。
NBRC株と理化学研究所JCM株を統合的に検索できます。
微生物やその関連データを一元的に探すことができます。
微生物利用をお考えの方はぜひ御利用ください！
・外部機関のコレクションを追加登録しました。
・画面やインタフェースの一新、数の多いNBRC株をアルファベッ
ト順に分類、全文検索機能、検索結果の絞り込み機能等を追加しました。

トーゴーの日シンポジウム20221LicensedLicensed
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独立行政法人製品評価技術基盤機構(NITE)©2022 ©2022
独立行政法人製品評価技術基盤機構（NITE）

生物資源関連データを一元的に集約
今までは・・・

微生物株Aで確認されている情報を知るためには、複数のデータベースを個々に検索する必要がありました

･･･

手間だ
な
ぁ

学名に詳しくないから億劫だな。
論文は出てるかな？
ゲノム解析はされているのかな？
分離源は食経験のあるもの？などなど

生物資源データプラットフォームを使うと・・・➢ 微生物株情報を基点に各データが紐付いている➢ 微生物に詳しくないお客様にも使いやすく→日本語検索可能、カテゴリから検索可能➢ 関連するデータが集まるような仕組み→外部機関の情報登録、閲覧制限設定が可能➢ データベース間のデータ連携に対応

微生物のワンストップデータベースの構築
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生物資源＆データの提供者と利用者をつなぎます
オープンイノベーション≫ 共同開発≫ ライセンス契約締結 ⇒ 製品化≫ 地域ブランドのアピール など

乳酸菌の新しい情報（実験や文献）はないかな？
～微生物名から検索～

か微ら生検物索名
GABA生産能のある微生物株はないかな？
～解析データから検索～

欲しい
微生物を検索生物資源データ

公設
試・大デ学
ー・
タ企
登業
録の〇〇生産能のある微生物株を所有しているけど、どこか有効活用してくれるところはないかな～？

（NBRCの生物資源データも収録）

解か析
らデ検ー
索タ

NBRC株
RD株
計52,847株

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閲覧制限公開も可能

味の素株式会社
静岡県
計3,244株
和歌山県
株式会社テクノスルガ・ラボ
鳥取大学 の微生物資源データを公開中 !!

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統計情報の公開
Togo Stanzaを利用

制限公開データの統計情報も公開

提供機関・コレクション別、プロジェクト別、文献・解析情報、情報種別の最新データ収録数を公開
https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/statistics
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DBRPで得られる10種類の情報☆DBRPで得られる情報
特性（乳酸菌、生産能など）
分離源
原産国
4. 微生物属性

学名、異名（シノニムなど）

Taxonomy の上位階層

2.微生物種3.Taxonomy

微生物株についての基本的な情報
1. 微生物株

9.コレクション

コレクションの利用条件、連絡先など◆

6.解析データ

7. 実験

5. 文献

8.プロジェクト

論文
特許
学会要旨

プロジェクト実施機関、プロジェクトの概要など

10.提供機関

情報
コレクション提供機関についての情報◆画像データサンプル調整方法、ゲノムデータ
測定方法などその他解析データ（プロテオームデータなど）

情報間のつながり

データ本体はJSON-LD形式※で、データグループ毎の定型フォーマットで保持※JSON-LD形式：JSONフォーマットを利用した、Linked Data（リンクト・データ）を記述するためのフォーマット。
すべてのデータについて、API（Application Programming Interface）で取得可能

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分離源や原産地など様々な条件で微生物を検索
例：日本で花から分離された酵母を検索

結果の絞り込み

学名、株番号に加え、菌の特性（大分類や機能）、解析データなど、複数条件から微生物の検索が可能。
日本語もOK

結果のリストをダウンロード

株情報ページへリンク
関連データの件数を一覧に表示

https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/top
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微生物の株情報から関連情報をまとめて閲覧
外部のデータベースと連携しRDFデータ＊を用いて株情報を視覚的にわかりすいアイコン（nano stanza）で表示＊「NBDC RDF Portal」からNBRC株、JCM株のデータ、「TEMPURA (Database of growth TEMPeratures of Usualand RAre prokaryotes)」 から生育温度のデータを取得

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画像や解析データなど
微生物株情報に様々な情報がリンク

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BLASTで相同性配列を有する微生物を検索
結果のリストやFASTA配列をダウンロード

NBRC株のゲノム塩基配列やアミノ酸配列、国内由来スクリーニング株（RD株）のリボソームRNA遺伝子配列のデータセット

https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/blast8

機能遺伝子配列や系統解析用の遺伝子配列（リボソームRNA配列）から相同性がある配列、それを有する微生物を検索
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キーワードで全ての情報を一括全文検索

情報の種類を選択して絞り込み

キーワードは日本語でも英語でもOK文献情報ページへリンク

株情報ページへリンク

https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/top
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NITEと外部機関の利用可能なコレクションを掲載
コレクションリスト(カテゴリ画面)

コレクション登録機関
コレクション登録機関
2022年8月現在
企業
企業

情報は適宜更新➢ 味の素株式会社 最終更新2022年5月➢ 株式会社テクノスルガ・ラボ 最終更新2020年9月
地方自治体（公設試験研究機関等）
企業➢ 静岡県 最終更新2021年7月➢ 和歌山県 最終更新2021年8月

企大学➢ 鳥取大学 最終更新2022年3月
コレクションの利用料、利用条件、連絡先を掲載。
利用条件を確認の上、微生物の利用の申し込みが可能。

https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/category
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NITE-NBRC（NBRC株、RD株)
最終更新2021年11月

随時、外部機関の生物資源データを登録・受付中！
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登録コレクションの概要 ～多種多様な有用微生物～
味の素株式会社ライブラリ
味の素株式会社において様々な研究目的のために、社内で独自に分離・育種した微生物コレクション。

Ascomycotaライブラリ

新規医薬品リード化合物を探索するため、収集された子嚢菌門Ascomycotaの分離菌株ライブラリ。

Penicilliumライブラリ

新規医薬品リード化合物を探索するため、収集されたペニシリウム属の分離菌株ライブラリ。

粘液細菌ライブラリ

固有の代謝物を持つことで知られる粘液細菌Myxobacteriaの陸や海洋から分離された粘液細菌株ライブラリ。
固有の代謝物を持つことで知られる水生不完全菌のスクリーニングプロジェクトで分離された菌株ライブラリ。
バイオセルロースを生産する酢酸菌の高生産株やその育種株の菌株ライブラリ。

水生不完全菌ライブラリ
BPRライブラリ

しずおか有用微生物ライブラリー
静岡県の河津桜など自然環境から分離した酵母や乳酸菌などの微生物のうち、特に発酵食品の香味を高めるものを育種・選抜。

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登録コレクションの概要 ～多種多様な有用微生物～和歌山県特許権財産 ユーグレナKishu株
パラミロンを生産する新規のユーグレナ属微細藻類として特許(特許第6019305号)に登録されており、食品に利用可。

和歌山県工業技術センター保有生物資源
リンゴのような香りを有するカプロン酸エチルを生産する株など、主に酒造用酵母。

株式会社テクノスルガ・ラボライブラリ
株式会社テクノスルガ・ラボにおいて、維持・管理・分譲を行っている微生物で、ヒトの健康に関連することが知られているヒト腸内由来の酪酸産生菌。

TUFC菌株（きのこ）コウヤクタケ類やサルノコシカケ類、キクラゲ類などの国産木材腐朽性の野生きのこを中心として、菌根性のハラタケ類も含んでおり、採集日や同定者といった情報が明確な菌株で構成される日本最大級のきのこ菌株コレクション。

NBRCが提供する微生物コレクション
NBRC株とRD株を合わせて約9万株以上ある幅広い種類の微生物を有するコレクション。
日本産業規格（JIS）や日本薬局方などの公的試験方法に規定された菌株の多くを提供。

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国家プロジェクトで得られた生物資源データを集約
NEDOスマートセルプロジェクト「植物等の生物を用いた高機能品生産技術の開発」（NEDO）：2016～2020fy～参考：スマートセルプロジェクトのご紹介ページ：https://www.jba.or.jp/nedo_smartcell/project/～
DBRP登録の１６課題中２課題のデータは一般公開、１４課題のデータは解析を実施した機関の許諾を得た上で閲覧可能です。
詳しくは、DBRP プロジェクト情報ページをご確認いただくか、 bio-dbrp@nite.go.jpまでお問い合わせください。

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DBRP Stanza：NBRC株とJCM株をまとめて検索

DBRP本体と同様に、微生物の学名や分離源、機能から微生物を検索できる。

DBRPのページのヘッダーから、または下記のURLからアクセス
https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/dbrpstanza/top.html

・NBDC RDF Portal からRDFデータを取得し、NBRC株とJCM株を統合的に検索
・DBCLSのTogoStanzaのJavascriptをカスタマイズして画面を作成
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メタゲノム解析結果の微生物に同属のNBRC株一覧表示

例：”marine water”で検索

MicrobeDB.jpの RDFデータを用いてメタゲノム解析結果から特定の環境中に多く検出される微生物をランキング表示

ランキングの微生物と同属のNBRC株を一覧表示

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DBRPへ生物資源データのご登録をおねがいします！
☆登録データの種類
微生物株の基本データ（生物種名、採取地、分離源など）、生産能などの特性データ、解析データ、画像データ、ゲノム配列データ、文献データなど※ データは1種類（微生物株のデータ、解析データなど）から複数種類まで、ご意向に沿ってデータ登録することができます。
※ 登録データは、登録機関の承諾を得たユーザーのみ閲覧可能とする制限公開の設定をすることができます。
※ ご不明な点などは、以下のお問い合わせ先、もしくはDBRPのお問い合わせフォームから遠慮なくお問合せください。

保有する貴重な生物資源の利活用やビジネス機会創出をお考えの方は、DBRPを介した情報提供をぜひご活用ください。
【お問い合わせ先】
独立行政法人 製品評価技術基盤機構
バイオテクノロジーセンター バイオデジタル推進課 DBRP担当
TEL: 03-3481-1972 E-mail: bio-dbrp@nite.go.jp

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