糖鎖関連データベースの連携強化
37（ACGG-DB）○藤田典昭1, 2)、 新町大輔1, 2)、 富永大介1)、 安形清彦1, 2)、 岡谷千晶1)、 成松久1)、 木下聖子2)、 久野敦1)

1. 産業技術総合研究所、2. 創価大学糖鎖生命システム融合研究所
糖鎖関連遺伝子（GGDB）、レクチン（LfDB）、糖タンパク質（GlycoProtDB) 、糖鎖と感染症（PACDB）や糖鎖疾患遺伝子（GDGDB）といった糖鎖関連データベース（DB）や、レクチンマイクロアレイデータの可視化ツール（LM-GlycomeAtlas）を開発・公開し、各DBの共通言語である糖鎖構造に、共通のID（GlyCosmos GlycansやGlyTouCan ID）を紐づけることにより、DB間の相互連携を促進しています。
今回は、特に以下の改善を実施しましたので紹介いたします。
（１）LfDBとGlycoProtDB間で共通するレクチンによる横断を可能にしました。

（２）GlycoProtDBでは糖鎖構造の多様性を可視化するビューワー(Glycofrom)を新たに搭載し、糖鎖付加部位特異的グライコーム解析法（Glyco-RIDGE法）により取得したデータを表示可能としました。
（３）LM-GlycomeAtlas(ポスターNo.33)ではインターフェースの改良、新規データの追加を実施しました。

トーゴーの日シンポジウム2022

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37 Lectin Frontier DataBase (LfDB)

レクチンと糖鎖間の相互作用グラフ• Lectin Frontier DataBase (LfDB) には、蛍光検出を用いた自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステム(FAC-FD)を用いて取得した各種レクチンと糖鎖間の相互作用データを格納しています。
• 共通する糖鎖構造のIDを表記し、GlyCosmos
Glycan へのリンクも提供しています。

GlyCosmos Glycan

選択された１つの糖鎖との全てのレクチン相互作
用グラフ

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37 GlycoProtein DataBase (GlycoProtDB)

トーゴーの日シンポジウム2022•

GlycoProtein DataBase (GlycoProtDB)に格納されているデータは、糖鎖付加部位を同定できる方法（IGOT法）から得られた実験データです。

•

現在、マウスの各種臓器、ヒトのがん細胞や肝がん患者と健常人のそれぞれの血清の糖タンパク質のN型糖鎖の付加位置情報を可視化しています。

•

糖ペプチドの捕集に使ったレクチンにより、 その部位の持つ糖鎖モチーフが推定できます。

•

人の卵巣や胃などの組織のデータを追加しました。

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37 LfDB,GlycoProtDB連携
・LfDB上のGlycoProtDBで公開しているデータに関係する
レクチンに、GlycoProtDBへのリンク付けを行いました。
・GlycoProtDBではレクチンを指定した検索が出来ます。

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37 Glycoform viewer•••••Glycoform viewer は、糖タンパク質に対して、１つの糖鎖修飾位置の単糖組成の多様性を可視化したツールです。
横軸がヘキソース(Hex)、縦軸がヘキソサミン(HexNAc)の個数を示し、青丸は、実験で得られた単糖組成を示しています。※ ( Hex –HexNAc )例で示す(2 – 4) は、（5 - 6)の単糖組成から N型糖鎖のコア構造の単糖組成（3 - 2）を引いた数を表しています。
付加情報として、フコース(Fuc)、シアル酸(NeuAc、NeuGc)の数や単糖組成に関連したGlyCosmosのリンクを表示します。
Related Glycoproteinsのテーブルでは、GlycoProtDB内で関連のある糖タンパク質を表示しています。

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37 Glycoform viewer
Cadherin 16 の N519のサンプル間のGlycoform 比較
野生型(WT)とノックアウト(KO)のサンプルを比較することで、単糖組成の違いを確認することができます。
Fut9 KO / AAL
WT / AAL
Hex , HexNAc = 7 , 6

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Hex , HexNAc = 7 , 6

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37 LM-GlycomeAtlas V2.1
染色画像

• LM-GlycomeAtlasは、レクチンマイクロアレイ（４５種類のレクチン）データの可視化ツールで、 GlyCosmos にて公開しています。

データセット• データセット単位でマウス組織ごとにデータが区別され、組織画像やレクチンマイクロアレイデータを表示しダウンロードして利用できます。
レクチンを指定• 正常・疾患モデルマウスのレクチンマイクロアレイデータや組織のレクチン染色画像を格納しています。
• 東京都健康長寿医療センターのマウス組織データを公開しました。

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37 Glyco Gene DataBase (GGDB)• Glyco Gene DataBase (GGDB)は、糖鎖関連遺伝子(合成)に関するデータベースです。
• 糖転移酵素の基質特異性、ヒトの遺伝子をベースにした糖鎖関連のオーソログ遺伝子などの情報を表示します。
• 共通した糖鎖構造を元に、GlyCosmos Glycanへのリンクも提供しています。
DiseaseGlyCosmos Glycan• 糖鎖関連遺伝子の変異による遺伝性疾患のデータベース（GDGDB）へのリンクも提供しています。
• 糖鎖遺伝子222件、情報追加： 65件、新規：1件

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Pathogen Adherence to Carbohydrate DataBase（PACDB）
Glyco-Disease Genes DataBase (GDGDB)
PACDB

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PACDB: Pathogen Adherence to Carbohydrate DataBaseには、97の疾患名と127の病原体（370の株）についての情報が214の学術論文から抽出され、約1700件の糖鎖と病原体の相互作用のデータが収録されています。
感染症を引き起こす病原体のタンパク質（レクチン）とそのレクチンが結合する宿主（主にヒト）側の糖タンパク質や糖脂質（糖鎖リガンド）の情報が提供されています。

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GDGDB

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Glyco-Disease Genes DataBase (GDGDB)は、糖鎖関連遺伝子の変異によって引き起こされる疾患の情報と遺伝子の情報を提供します。

•UniProtKB、ENZYME database等から糖転移酵素や糖鎖代謝に関与する酵素などの機能情報を取得できます。

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37

本研究は、科学技術振興機構（JST）、NBDC事業推進部(NBDC)ライフ
サイエンスデータベース統合推進事業「統合化推進プログラム」の助成を受けています。

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