2016. 9. 17
第59回歯科基礎医学会学術大会
ランチョンセミナー：エルゼビア社主催
若手研究者のためのAuthor Workshop

学術論文作成の基本と効率的なPubMed
文献検索法、EndNoteやMendeleyを活用した文献データ管理法について
大島勇人
Journal of Oral Biosciences 誌編集委員長
新潟大学大学院医歯学総合研究科
histoman@dent.niigata-u.ac.jp

Japanese Association for Oral Biology

Conflict of Interest

Author’s names： Hayato Ohshima

The authors declare no conflicts of interest
associated with this manuscript

Contents• 学術論文作成の基本• 効率的なPubMed文献検索法• EndNoteを活用した文献管理法• Mendeleyを活用した文献管理法

Key Question
私たちは、効率的に学術論文を作成するためには どうしたら良いのでしょうか？

アルフレッド・アドラーの視点で研究を捉える•「課題の分離」– 「これは誰の課題なのか？」という視点から、自分の課題と他者の課題を分離し、他者の課題には踏み込まない。→論文は共著者全員の課題である。
– 「その選択によってもたらされる結末を最終的に引き受けるのは誰か？」を考えると、容易に「課題の分離」はできる。

•「承認欲求」の否定– 「誰かに認めてもらいたい、期待に応えたい、他者から嫌われたくない」と思うことで、「縦の関係」の軸となる。→共著者と「横の関係」を構築する必要がある。
– 「課題の分離」ができておらず、承認欲求にとらわれている人、すなわち「縦の関係」を構築している人は、きわめて自己中心的な人ともいえる。

•「自己受容」– 仮にできないのだとしたら、その「できない自分」をありのままに受け入れ、できるようになるべく、前に進んでいくこと。→失敗を成長の糧にする。

•いまできることを真剣かつ丁寧にやっていく。

•自分が幸福になるには、他者貢献をなし、共同体にコミットし（主体的に関わり）、「わたしは誰かの役にたっている」ことを実感する
こと→他の研究者と研究成果を共有する。人材育成に貢献する。
From 岸見一郎・古賀史健著：「嫌われる勇気」－自己啓発の源流「アドラー」の教え

渋沢栄一の視点で研究を捉える• 「智、情、意（知恵、情愛、意志）」 の三つがそれぞれバランスを保って、均等に成長したものが完全な常識であると考える。
• 「知恵」：何ごとに対しても、その原因と結果を見抜き、今後どうなるかを見通せる。→適切な研究目的と方略、研究の実践が大きな結果を生む。
• 「情愛」：バランスの悪さを調和していく。→研究者仲間と共に成長する。
• 「意思」：動きやすい感情をコントロールするものは、強い意思より他にない。→研究は地道な努力の積み重ねである。
• 強い意思のうえに、聡明な知恵を持ち、これを情愛で調節する。さらに三つをバランスよく配合して、大きく成長させていってこそ、初めて完全な常識となる。→大きな研究成果を生む。
From 渋沢栄一著・守屋 淳翻訳：「現代語訳 論語と算盤」

ジェームス・アレンの視点から研究を捉える• すべての出来事には「原因」があるから「結果」があるのです。だから、結果を冷静に見つめることによって、その原因を理解することができる。→研究結果から真実を理解する。
• 良い考えと行いは、良い結果をもたらし、悪い考えと行いは悪い結果をもたらす。この心理はすべての自然界にあてはまるものである。→適切な研究目的と方略は良い研究結果を生む。
• 自分自身の力強い人生をスタートさせるには、ネガティブな否定的な心をポジティブな前向きの心に変えていくことから始める。
• 利己的なものをすべて放棄してこそ、初めて人を愛し、本当に大事なものを手に入れられるようになる。
• 結果から、本質的な原因を見極められれば、自分の間違いに気づき、自分を変えることができる。その結果、状況や出来事に振り回されないで穏やかな心でいられる。
From 「ジェームス・アレンの自分を幸せに導く方法」

科学とは何か？
@Nagasaki 2017
• 科学とは、自然現象を「観察」して、その現象の機構を「問う」、その回答得るに「仮説」を立て、その正否を「実験」で証明し、その「結果」を「公表」するという過程• 研究の失敗の原因：自然現象に関する情報の取得に由来。多くは不十分な情報検索で、時には既に同一・類似な研究成果が存在し、私の研究は不必要であった。
得た情報の吟味が不十分でその情報の「科学的方法」応用の誤りを指摘できず、誤った仮説を立てそれを追求したりした。→徹底した情報取得と得られた情報の信頼性の評価が「科学的方法」の活用の必要条件• 「仮説」と「実験」との間には密接な相互関係がある：実験的に立証不可能な仮説は空想であると言える。→実験手法の有無が「仮説」の範囲を拡大或いは縮小する。
時には適当な方法が存在せず、既存の手法を適応・改良したり新しい手法を考案する必要性が生じる。「仮説→実験」過程は研究環境が研究成果に大きく影響：共同研究者間の解放された討論や助言は、各々研究者が直面した問題点の解消に貢献→研究計画は共同研究者との討論により徐々に整頓され、その明文化は不明瞭や漠然とした志向を指摘し、その打開策の捻出を強制した（科研費の申請書の作成を共同研究者や教室員との共同作業にすることで熟考された研究計画と同時に意思の通じた研究環境が得られた）。
From Prof. Paul K. Nakane（元California Polytechnic State University教授）：第119回日本解剖学会特別講演より

論文を書く事の重要性• Publish or Perish：「出版せよ、そうでなければ消えてしまいなさい」（アメリカのアカデミズムの格言）– 研究はその成果としての論文や本の出版を伴う。
– 出版することで、社会にそれを還元する義務を負っている。
– 論文や本を出版しない教員は、現場からの「消滅・退場」Perishに値する。

• And then all rubbish prevail：「粗造濫造」– 生産性だけが優先されれば、研究と論文の質の低下を招く（児玉昌己［久留米大学］）。

• Work, Finish, Publish：「はたらき、まとめ、出版せよ」（MichaelFaraday [1971-1867]）

Form http://blog.arjournals.com/2012/07/publishor-perish-current-trend-in.html

良い原稿とは…
• ジャーナルに適していること※候補となりうるすべてのジャーナルについて調べる。
– 目的と範囲（Aims and Scope）– 論文の種類– 読者層– 最近発表された論文の抄録に目を通し、注目されている話題を知る。

• 出版倫理を遵守していること– 他者の論文を盗用しない。
– 同じ研究に関して複数の論文を出版しない、同じ原稿を一度に複数のジャーナルに投稿しない。
– 他者の論文を適切に引用する。
– 大きな貢献をした共著者のみを示す。

• 投稿規定（Guide for Authors）に従うこと– 投稿規定を順守して、原稿を準備する。編集者は完成度の低い原稿に時間を浪費するのを嫌う。
http://jp.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0019/256114/Get-Published_Japanese.pdfを改変

投稿の準備は整いましたか？
• 投稿された原稿の35％は査読前の段階で却下されている。
• 投稿する前に、原稿の内容を必ず見直す。
 あなたの発見は、特定の研究分野における理解に貢献するものですか？
 あなたの論文は、読者の関心を引くものですか？
 原稿は適切な構成に則って作成されていますか？
 達した結論は結果で裏付けられていますか？
 参考文献は地域的な偏りがなく、入手可能ですか？
 図表の形式は適切ですか？
 文法やスペルの誤りをすべて修正しましたか？
http://jp.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0019/256114/Get-Published_Japanese.pdfを改変

論文の構造
原稿はできる限り簡潔に書きましょう•
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1.
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Title（タイトル）→内容を明確に示す。
Authors（著者）→authorshipが分かるようにする。
Abstract（抄録）→何をしたかを簡潔に説明する。
Keywords（キーワード）→論文が抄録・索引サービスで正しく識別されるようにする。
Introduction（緒言）→背景・仮説を説明し、研究の目的を示す。
Materials & Methods（材料と方法）→データの収集方法や実験方法を説明する。
Results（結果）→何を発見したかを説明する。
Discussion（考察）→研究結果の意味を検討する。
Acknowledgements（謝辞）→研究を支援した人が分かるようにする。
Conflict of interest（利益相反）→利益相反の有無を明示する。
Ethical approval（倫理的承認）→ヒトや動物実験についての倫理的承認の有無を明示する。
References（参考文献）→過去に出版された論文が分かるようにする。
Supplementary material（補足資料）→専門家向けの補足資料を提供する。

http://jp.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0019/256114/Get-Published_Japanese.pdfを改変

研究と論文の構成
研究

Introduction
科研費申請

References

論文• 大きな研究テーマを設定する• 自分＆過去の研究をベースに未解決の問題点を整理する• 仮説を提唱する• 具体的な研究目的を設定する

Discussion
References• 本研究で明らかになったこと（新しい所見）を説明する• 研究結果の意味を検討する• 過去の研究結果と比較する

Rationaleが重要

Methods• 研究目的を達成するための有効な研究方略を考える

References

Title• 研究を実施する• 実験結果を検証する

Results

演繹法

Trial and error• 図表の作製

帰納法• 研究内容を適確に伝えるタイト
ルを考える• 何をしたかを簡潔に説明する

Abstract執筆前に論文の骨格を考える
Introduction

Research
objectives

Background•••

何故本研究を実施する必要があるのか？
問題点は何なのか？
仮説を提唱する

それぞれのsection間で内容の重複を避け、各section相互を有機的に関連づけることが、科学的な重要性をつかみ易い論文を作成するコツである•Materials &methods

研究目的を達成する研究方略が立案されていなければならない

Discussion•••

Resultsで示された結果の意味・意義を示す
未解決の問題や臨床的意義など今後の展望も示す
IntroductionとResultsの繰り返しを避ける

Results••

本研究で明らかになった結果（所見）を示す
論文の善し悪しはResultsで決まる

好ましくない研究行為（QRP: QuestionableResearch Practice）
 「好ましくない研究行為とは、研究活動の伝統的な価値を侵害する行為で、研究プロセスに有害な影響を与えうるものです。それらの行為は研究プロセスの誠実さへの信頼を損ない、科学のさまざまな伝統的習慣を脅かし、研究成果に影響を与え、時間・資源を浪費し、若い科学者たちの教育を弱体化させる可能性があります。」（National Academy of Science）• 重要な研究データを、一定期間、保管しないこと• 研究記録の不適切な管理• 論文著者の記載における問題• 研究試料・研究データの提供拒絶• 不十分な研究指導、学生の搾取• 研究成果の不誠実な発表（特にメディアに対して）誠実な研究活動

好ましくない研究行為

研究不正（理想的な行動）（最悪な行動）From 日本学術振興会：科学の健全な発展のために－誠実な科学者の心得

利益相反（conflict of interest）「利益相反とは、具体的には、外部との経済的な利益関係等によって、公的な研究で必要とされる公正かつ適正な判断が損なわれる、又は損なわれるのではないかと第三者から見なされかねない事態をいう。」（厚生労働省）

•利益相反
（広義）

利益相反
（狭義）

個人としての利益相反
大学（組織）としての利益相反

責務相反

•

狭義の利益相反：経済的な利害等に関するもの•

責務違反：兼業活動により複数の職務遂行責任が存在することにより、本務における判断が損なわれたり、本務を怠った状態になっている、又はそのような状態にあると第三者から懸念が表明されかねない状態
From 日本学術振興会：科学の健全な発展のために－誠実な科学者の心得

PubMedとは• 世界の医学関連分野の文献データベース（インターネット版Medline）• 1946年以降の世界の学術雑誌（約5700タイトル）に掲載された医学関連分野の論文を検索できる。
• NLM（米国国立医学図書館）内のNCBI（国立バイオテクノロジー情報センター）が作成しているデータベース「Entrez」の一部として公開されている。
From 新潟大学医歯学図書館（旭町分館）：PubMedガイダンス（入門）を改変

キーワードの入力①• 熟語は「”」（ダブルクォーテーション）で括る。
• 大文字と小文字は区別しない。
Ex. AIDS = aids
• ギリシャ文字は英語綴りにする
Ex. α→alpha, β→beta, γ→gamma• 記号– ハイフン（-）→スペース（ ）– ‘!?%$などの記号は省略– ウムラウトやアクセント記号は省略– ローマ数字はアルファベットで入力
From 新潟大学医歯学図書館（旭町分館）PubMedガイダンス（入門）を改変

キーワードの入力②• ストップワードは検索対象外
Ex. a, and, but, by, can, do, for, if, no, of, on,than, the, what• 前方一致は語尾にアスタリスク「*」をつける。
Ex. 「bacter*」→bacteria, bacterium,
bacteriophageなど• 不適切な用語で検索しても、自動的に正しい語に直して検索される（自動用語マッピング機能）
Ex. 「mouth cancer」で検索→「mouthneoplasms」もヒット
From 新潟大学医歯学図書館（旭町分館）PubMedガイダンス（入門）を改変

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/• 参考文献リストなどで書誌情報が分かっている論文を探す場合は、「Single Citation Matcher」を使う。

Searchウィンドウにテキスト「テキスト＋［フィールド名］」を入力するとサーチできることに気付く。

Advancedをクリックしよう。

［フィールド名］リストがプルダウンメニューに現れる。
MeSH Termsに注目• MeSHとは医学件名種目表のことで、様々なレベルの検索を可能にする階層構造の用語セットである。
• NLMの専門職員が論文毎のMeSHを規定している。

データベースを「PubMed」から「MeSH」に切り替えてみる。

階層構造のMeSHが現れる。

Entry Termsを入力するとMeSHに誘導される。

自分の論文のMeSHを見てみよう。

OTとは、著者が規定したKey words自分の論文のSimilar articlesからライバル研究者情報を得る。

EndNoteを活用した文献データ管理法• 効率よく投稿雑誌のスタイルに対応した参考文献リストを作成したい。
• 投稿雑誌を変更したときに、参考文献リストを素早く他の投稿雑誌のスタイルに変更したい。
• フルテキストPDFの管理を効率的に行いたい。

From http://www2.usaco.co.jp/shop/pages/product_endnote.aspx

EndNoteで何かできるか？：Ver. X5••••

文献情報の収集と管理
全文PDF・各種ファイルの管理
文献情報の同期と共有
論文作成支援PDFから文献情報を取り込む

PubMedから文献情報を取り込む①

PubMedから文献情報を取り込む②• ブラウザでPubMedを開かなくても、EndNoteのOnline Search画面から文献を検索することができる。
• OnlineでPDFファイルを探して、データベースにファイルを追加することができる。
• ファイルを任意のレコードにドラッグ＆ドロップすることで添付することができる。

• 文献をWord文書に引用する• 投稿先のフォーマットに変更

•

EndNoteライブラリの同期•

EndNoteライブラリの共有

ウェブ上のEndNoteアカウントを介して、EndNote X8のライブラリやiPad版EndNoteのデータを同期させることができる。
EndNote X8では、ウェブアカウントを介して最大100名のユーザー間でライブラリ全体を共有できる。

無料の文献管理ツール＆研究者ネットワーク
www.mendeley.com

http://jp.elsevier.com/__data/assets/
pdf_file/0019/265051/mendeley_qrg_japanese.pdf

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ウェブ版DownloadsJournal of Oral Biosciencesの出版論文は世界全域からダウンロードされています。

Source: Elsevier Journal Insights• Journal of Oral Biosciences（JOB）誌は皆様の投稿をお待ちしています！
• JOB誌の発展は歯科基礎医学会の発展に繋がり、学会の発展は歯科医学の発展に繋がる。

参考文献
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日本学術振興会「科学の健全な発展のために」編集委員会 編：科学の健全な発展のために－誠実な科学者の心得－
出版倫理（エルゼビア社）– http://jp.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0019/256114/GetPublished_Japanese.pdf– https://www.publishingcampus.elsevier.com/pages/154/Colleges/College-of-SkillsTraining/Resources-for-Skills-Training/Quick-Guides-and-Downloads.html•Mendeley クイックリファレンスガイド（エルゼビア社）– http://jp.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0019/265051/mendeley_qrg_japanese.pdf•

EndNote X8 クイックレファレンスガイド（ユサコ株式会社）– http://www.usaco.co.jp/lancelot/common_files/images/public/QuickReferenceGuide_X8.pdf•••••

新潟大学医歯学図書館（旭町分館）：PubMedガイダンス（入門）岸見一郎・古賀史健著：「嫌われる勇気」－自己啓発の源流「アドラー」の教え
渋沢栄一著・守屋 淳翻訳：「現代語訳 論語と算盤」「ジェームス・アレンの自分を幸せに導く方法」
第119回日本解剖学会 Prof. Paul K. Nakane 特別講演