事務連絡

令和４年８月 17 日
都道府県・指定都市市民活動担当部長 殿
内閣府政策統括官（経済社会システム担当）付参事官（共助社会づくり推進担当）
電子帳簿保存法の改正による電子取引データの保存方法の見直しについて（通知）
平素より、共助社会づくりの推進に御尽力いただきありがとうございます。
令和３年度税制改正において、「電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律（「電子帳簿保存法」）」が改正され、令和４年１月１日に施行されました。
これにより、帳簿書類を電子的に保存する際の手続等について見直しがなされ、各税法で紙での保存が義務付けられている帳簿書類を電磁的記録（電子データ）により保存するに当たっての要件が緩和されました。また、令和６年１月１日以後に電子的に送付・受領した請求書・領収書・契約書等の取引情報（電子取引データ）については、プリントアウトせずに一定の保存要件に従って電子データのまま保存することが必要とされました。
上記の電子取引データの電子データによる保存の取り扱いについては、ＮＰＯ法第 45 条Ⅰ③ハ及びＮＰＯ法施行規則第 20 条に定めるところにより、法人税法施行規則第 53 条～59 条までの規定（青色申告法人の帳簿書類の保存）に準じて帳簿書類を保存する認定ＮＰＯ法人及び認定（更新）申請予定のＮＰＯ法人をはじめ、法人税法上の帳簿書類の保存義務があるＮＰＯ法人についても対象となり、災害等による事情がなく、電子取引データが一定の保存要件に従って保存されていない場合、青色申告の承認の取消対象となり得ます。
ただし、青色申告の承認の取消しについては、保存要件の違反があったことをもって直ちに必ず行われるものではなく、「個人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」や「法人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」に基づき、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうか等を検討した上で行うこととしています（詳細は別紙「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和４年６月）」及び下記国税庁ＨＰをご参照ください）。
■国税庁ＨＰ【電帳法特設サイト】
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/tokusetsu/index.htm
各所轄庁におかれましては、所管のＮＰＯ法人への周知方、よろしくお願いいたします。
以上（本件連絡先）内閣府政策統括官（経済社会システム担当）付参事官（共助社会づくり推進担当）付 和智永、矢萩、久保井
TEL：03-6257-1517

mail： npo.cv.m6a@cao.go.jp

（別紙）
国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」（令和４年６月）問 57 より抜粋

問 57 電子取引の取引情報に係る電磁的記録について保存要件を満たして保存できないため、全て書面等に出力して保存していますが、これでは保存義務を果たしていることにはならないため青色申告の承認が取り消されてしまうのでしょうか。また、その電磁的記録や書面等は税務調査においてどのように取り扱われるのでしょうか。
【回答】
令和４年１月 1 日から令和５年 12 月 31 日までの間に電子取引を行う場合には、授受した電子データについて要件に従って保存をすることができないことについて、納税地等の所轄税務署長がやむを得ない事情があると認め、かつ、保存義務者が税務調査等の際に、税務職員からの求めに応じ、その電子データを整然とした形式及び明瞭な状態で出力した書面の提示又は提出をすることができる場合には、その保存要件にかかわらず電子データの保存が可能となり、また、その電子データの保存に代えてその電子データを出力することにより作成した書面による保存をすることも認められます（【問 56－３】参照。）。
令和６年１月１日以後に行う電子取引の取引情報に係る電磁的記録については、その電磁的記録を出力した書面等による保存をもって、当該電磁的記録の保存に代えることはできません。したがって、災害等による事情がなく、その電磁的記録が保存要件に従って保存されていない場合は、青色申告の承認の取消対象となり得ます。
なお、青色申告の承認の取消しについては、違反の程度等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうか等を検討した上、その適用を判断しています。
また、その電磁的記録を要件に従って保存していない場合やその電磁的記録を出力した書面等を保存している場合については、その電磁的記録や書面等は、国税関係書類以外の書類とみなされません。
ただし、その申告内容の適正性については、税務調査において、納税者からの追加的な説明や資料提出、取引先の情報等を総合勘案して確認することとなります。
【解説】
電子取引の取引情報に係る電磁的記録については、法第７条の規定により保存義務が課されていることから、その電磁的記録を保存する必要があります。そして、電子取引の取引情報に係る電磁的記録について要件を満たさず保存している場合や、その電磁的記録の保存に代えて書面出力を行っていた場合(※)には、保存すべき電磁的記録の保存がなかったものとして、青色申告の承認の取消の対象となり得ますので注意してください。
※ 令和３年度の税制改正前の電子取引の取引情報に係る電磁的記録を書面等に出力することにより保存を認める取扱いは廃止されています。
なお、青色申告の承認の取消しについては、保存要件の違反があったことをもって直ちに必ず行われるものではなく、「個人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」「法人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」に基づき、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうか等を検討した上で行うこととしています。
また、電磁的記録を要件に従って保存していない場合やその電磁的記録を出力した書面を保存している場合において、その要件に従って保存がされていない電磁的記録や出力した書面等については、他者から受領した電子データとの同一性が担保されないことから国税関係書類以外の書類とみなされません。
ただし、その申告内容の適正性については、税務調査において納税者からの追加的な説明や資料提出、取引先の情報等を総合勘案して確認することとなります。
なお、消費税に係る保存義務者が行う電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存については、その保存の有無が税額計算に影響を及ぼすことなどを勘案して、改正後も引き続き、その電磁的記録を出力した書面による保存が可能とされています。
（注）電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存義務に関する今般の改正を契機として、電子データの一部を保存せずに書面を保存していた場合には、その事実をもって青色申告の承認が取り消され、税務調査においても経費として認められないことになるのではないかと心配している方が見られます。
しかし、これらの取扱いについては、従来と同様に、例えば、その取引が正しく記帳されて申告にも反映されており、保存すべき取引情報の内容が書面を含む電子データ以外から確認できるような場合には、それ以外の特段の事由が無いにもかかわらず、直ちに青色申告の承認が取り消されたり、金銭の支出がなかったものと判断されたりするものではありません。
引用：国税庁ＨＰ
電子帳簿保存法Ｑ&Ａ（一問一答）～令和４年１月１日以後に保存等を開始する方～
電子取引関係：電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】

https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/4-3.htm