地球規模生物多様性情報機構（）のご紹介
機構（GBIF）のご紹介
富士通株式会社
国立遺伝学研究所 DDBJ康昌、重元 康昌、菅原 秀明1

GBIFとはとは Global Biodiversity Information Facility 地球規模生物多様性情報機構
 2011年
年までに180万生物種万生物種、億件のまでに万生物種、10億件億件の標本・標本・観察情報を察情報を提供することを提供することを目標
することを目標としている
目標としている 39カ
カ国、282機関
機関から収集し、1億億7000
機関からデータからデータをデータを収集し万件の万件のデータをデータを提供（提供（2009年年2月末時点月末時点）月末時点）

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GBIFでで公開している公開している標本している標本・標本・観察データ
観察データ例
データ例
学名：
学名：Hirundo rustica Linnaeus, 1758 （ツバメ）ツバメ）
 分類情報：分類情報：Kingdom: Animalia, Phylum: Chordata, ...


一般名：一般名：Barn Swallow（（英語）英語）
Hirondelle Rustique（（フランス語フランス語）
Golondrina Tijereta（（スペイン語スペイン語）

標本・標本・観察データ
観察データのデータの画像や画像や分布3ツバメのツバメの季節ごとの季節ごとの分布ごとの分布
１月の分布

7月月の分布4

GBIFにおけるにおける日本遺伝研）の役割
における日本（日本（遺伝研）


国内の国内の標本・標本・観察データ
観察データをデータを集成し集成し、国際ＧＢＩＦ
国際ＧＢＩＦへ
ＧＢＩＦへ公開
東京大学、東京大学、科学博物館、科学博物館、兵庫人と兵庫人と自然の自然の博物館、博物館、理化学研究所などからデータへ公開などからデータをデータを収集し収集し、国際GBIFへ
国際 ネズミ
ネズミや昆虫、植物、乳酸菌のデータ約４１万件万件を遺伝研からや昆虫、植物、乳酸菌のデータ
約４１万件
を遺伝研から公開


国際ＧＢＩＦ
国際ＧＢＩＦデータ
ＧＢＩＦデータのデータの国内での国内での活用での活用を活用を促進
ＧＢＩＦ日本ＧＢＩＦ日本ポータルサイト
日本ポータルサイトのポータルサイトの公開

チュートリアルページのチュートリアルページの日本語訳
生物多様性解析ツール
生物多様性解析ツール
バーコードオブライフデータを
バーコードオブライフデータを用いた生物種同定いた生物種同定システム
生物種同定システム

年１回のシンポジウムをシンポジウムを開催
5

GBIF日本
日本ポータルサイト
日本ポータルサイト
GBIFデータ
データ公開
データ公開の公開の受付

GBIF検索窓口
検索窓口

GBIF検索検索チュートリアルページ
検索チュートリアルページ（チュートリアルページ（和訳）和訳）

http://gbif.ddbj.nig.ac.jp/

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GBIF公開手順
公開手順






お持ちの標本で採用している
ちの標本・標本・観察データ
観察データについてデータについて、について、GBIFで採用している標準している標準フォー
標準フォーマット Darwin Core との関連付との関連付けを関連付けを行けを行う
Darwin Coreにに沿った Excel もしくはタブもしくはタブ区切
タブ区切り
区切り形式ファイル
形式ファイルのごファイルのご提のご提供 （ご相談ください相談ください。）
ください。）
標本・
標本・観察データファイル
観察データファイルのデータファイルのチェック 必須項目に必須項目に漏れが無れが無いか
 規定の規定のフォーマットにフォーマットに合致しているか合致しているか（しているか（数値データ数値データがデータが数字であるか数字であるか）であるか） カタログ番号カタログ番号が番号がユニークであるかユニークであるか（であるか（カタログ番号カタログ番号は番号は唯一でなければな唯一でなければならない）らない）
標本・
標本・観察データ
観察データ全体
データ全体（全体（Abstract, Keywords, 管理者など管理者など）など）情報の情報のご提供
遺伝研の本部との遺伝研のサーバにサーバにデータをデータを登録し登録し、GBIF本部本部との通信との通信ソフトウェア
通信ソフトウェア
DiGIR プロバイダでプロバイダで設定 （遺伝研側で遺伝研側で実施）実施）
GBIF本部
本部へ遺伝研側で実施）
実施）
本部へ連絡 （遺伝研側で7

Darwin Core 48項目項目の項目の例
カタログ番号）
カタログ番号、番号、ユニークＩＤ（ユニークＩＤ（例ＩＤ（例．C1-119467）
 大学や大学や博物館の博物館のコード （例．兵庫県博の兵庫県博の場合：場合：HYO））
 種別
種別（観察／標本／遺伝資源、（観察／標本／遺伝資源、種） 学名や学名や分類（分類（界、門、綱、目、科、属、種、亜種）亜種）
 学名の学名の命名者氏名
 標本または標本または観察資料
または観察資料の観察資料の採集者氏名
 収集もしくは収集もしくは採取もしくは採取した
採取した年月日
した年月日
 採集地（採集地（国、州・県、群・区、緯度・緯度・経度）
経度）
…

8標本・ファイル）
標本・観察データ
観察データ（データ（Excelファイルファイル）例
Darwin Core の48項目
項目
標本 ・・・・
観察データのののの件数分だけたてに並並並並べる
9

標本・
標本・観察データ
観察データのデータのチェック

ファイルをファイルを 定して定して、して、

信 タンをタンをクリック

Darwin Core についての明

標本・
標本・観察データ
観察データのデータの例
チェック内
チェック内 ：
・ 必須項目に必須項目に漏れが無れが無いか・ 規定の規定のフォーマットにフォーマットに合致しているか合致しているか（数値データ数値データがデータが数字であるか数字であるか）であるか）・ カタログ番号
カタログ番号が番号がユニークであるかユニークであるか（カタログ番号カタログ番号は番号は唯一でなければなら唯一でなければなら10ない）ない）標本・
標本・観察全体情報の観察全体情報の例
標本の標本の名
Herbarium Specimens of Museum of Nature and HumanActivities, Hyogo Pref., Japan

関連URL
関連
http://www.nat-museum.sanda.hyogo.jp/english/index.html

標本・標本・観察データ
観察データのデータの管理者（管理者（お名 Abstract、メールアド スなどスなど）など）Plant Specimens deposited in Museum of Nature and Human
Activities, Hyogo Pref., Japan.
Keywords
Angiosperms, Gymnosperms, Pteridphytes11遺伝研（公開遺伝研（プロバイダ）プロバイダ）に るGBIF公開
る
遺伝研
用者

検索・検索・

標準通信規約DiGIRででデータをデータを取 する
GBIF本部
本部

標準フォーマット
標準フォーマットDarwin
フォーマット
Coreにに沿った形されるった形でグローバル
インデックス
遺伝研の博物館や博物館や大学（データプロバイダ282機関機関）
データプロバイダ機関）
DiGIR

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国際GBIF登録
登録
国際の検索
http://data.gbif.org/

学名や学名やカタログ番号
カタログ番号、番号、機関名などに機関名などに る検索
る検索

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国際GBIF登録
国際登録の（兵庫県立博物館の兵庫県立博物館の植物の植物の標本の標本の場合）場合）
データ提供機関名
データ提供機関名（提供機関名（兵庫博物館）兵庫博物館）

データのやデータのGoogle Earthへ
へのリンク

標本データ
標本データとデータと地 の関連付け
関連付け
い部分がたくさ部分がたくさ の標本・標本・観察データ
観察データがデータが登録されていることを す

http://data.gbif.org/datasets/resource/589/ 14

標本・
標本・観察データ
観察データとデータとGoogle Earth15