令 和 ６ 年 ５ 月 ２ ７ 日（ 令 和 ６ 年 ６ 月 12日 一 部 修 正 ）文 化 庁 宗 務 課

指定寄附金制度に係る申請の手引（宗教法人が自ら所轄庁に申請して募集する場合）【 目次】
１．指定寄附金制度の概要 ............................................................. 2
２．今回の措置........................................................................... 2
３．能登半島地震復旧寄附金制度の概要 ............................................ 3（１）特に注意しなければならない点 ............................................... 3（２）寄附金募集の主体 .............................................................. 3（３）対象施設等 ....................................................................... 3【建物等の説明】 .................................................................... 4（４） 能登半島地震復旧寄附金の募集の対象となる原状回復事業費及び寄附限度額 ................................................................................. 6（５）募集開始の申請 ................................................................. 6（６）募集期間 .......................................................................... 7４．能登半島地震復旧寄附金の募集のための手続等 .............................. 8（１）事前準備 .......................................................................... 8（２）所轄庁への申請 ................................................................. 8（３）宗教法人による募集の開始.................................................. 11（４）能登半島地震復旧寄附金受領の取扱い ................................... 11（５）情報公開 ........................................................................ 12（６）原状回復事業等の変更 ....................................................... 12（７）報告 ............................................................................. 12
ア 年次報告 ...................................................................... 12
イ 募集終了報告................................................................. 13
ウ 募集終了後事業報告 ........................................................ 13
エ 完了報告 ...................................................................... 13

1１．指定寄附金制度の概要「指定寄附金」とは、公益を目的とする事業を行う法人等に対する寄附金で、公益の増進に寄与し緊急を要する特定の事業に充てられるものとして財務大臣が指定したものをいいます。
指定寄附金でない一般的な寄附金の場合、原則的な税制上の取扱いは、個人の所得税については、何らの優遇措置はなく、企業等の法人税については、一定限度の寄附金が損金に算入できる（すなわち、必要な経費として認められる。）こととなっています。
これに対し、財務大臣が「指定寄附金」として指定した寄附金や国又は地方公共団体に対する寄附金などについては、次のとおり、寄附者は所得税又は法人税の優遇措置を受けることができます。このため、「指定寄附金」は、一般の寄附金に比べ募集が容易となります。
個人の場合・・・所得金額の４０％又は寄附金額のいずれか少ない方の金額から２千円を控除した金額を所得金額から控除できます。
法人の場合・・・寄附金の全額を損金の額に算入できます。

２．今回の措置
通常の場合、宗教法人が募集する寄附金が指定寄附金として指定されるのは、その所有する国宝又は重要文化財保護のための修理、防災施設設置の費用に充てる一定のものだけです。
しかし、令和６年能登半島地震（以下「能登半島地震」という。）は、甚大な被害をもたらし、政府はこの復旧に全力を挙げて対処しておりますが、宗教法人等の公益法人の被害も甚大であるため、通常の災害復旧の場合と異なり、法人の自助努力による復旧にも限度があると考えられます。そこで、特例措置として、被災した建物等の復旧のために募集する寄附金を「指定寄附金」の対象とすることとなりました。
なお、以下では、今回の能登半島地震に係る指定寄附金を「能登半島地震復旧寄附金」といい、その対象となる復旧事業を「原状回復事業」ということにします。

2３．能登半島地震復旧寄附金制度の概要
ほとんどの宗教法人やその所轄庁にとって、指定寄附金を取り扱うのは初めての経験です。したがって、以下の制度の仕組みをよく理解して、間違いのないようにしなければなりません。そのため、能登半島地震により被災された宗教法人において、本制度への申請を検討される際には、まずは所轄庁へ御一報・御相談ください。
（１）特に注意しなければならない点
ア 能登半島地震復旧寄附金は、情報公開の対象となり、適正な管理が必要であること
イ 寄附金の募集自体について、信者等への割当てがなされる等、半強制的に行われているというような批判がなされないようにすること（２）寄附金募集の主体
この能登半島地震復旧寄附金の募集を行うことができるのは、能登半島地震により被災した建物等を所有する宗教法人又はそれを包括する宗教法人です。
ア 単立宗教法人又は包括宗教法人の方・自ら所轄庁へ申請いただきます。
イ 被包括宗教法人の方
・①自ら所轄庁へ申請する方法と、②包括宗教法人を通じて申請する方法の２つの方法があります（①②のいずれかを選択いただきます。併用することはできません。）
・②の包括宗教法人を通じて申請する場合、能登半島地震復旧寄附金は、包括宗教法人の名義で募集し、集めた寄附金を包括宗教法人が被包括宗教法人に対して配分することになります。
・①②のどちらを選択するかは包括宗教法人と相談の上で御判断ください。
なお、本稿では、アの単立宗教法人、包括宗教法人又はイ①の被包括宗教法人が自ら所轄庁へ申請する場合の具体的手続等を説明します。
（３）対象施設等
能登半島地震復旧寄附金の募集の対象となる施設等は、次のⅠ及びⅡに掲げるもの（以下「建物等」という。）です。

3

Ⅰ 宗教法人が事業の用に供していた（個人所有は不可）建物（その附属設備を含む。）
及び構築物並びにこれらの敷地の用に供される土地のうち、以下の(a)、(b)の要件を全て満たすもの
Ⅱ 宗教法人が事業の用に供していたⅠ以外の固定資産（以下「その他固定資産」という。）で、Ⅰに掲げる固定資産が能登半島地震により滅失又は損壊をしたことに伴って滅失又は損壊をしたもののうち、以下の(a)、(b)の要件を全て満たすもの(a) 宗教法人が専ら自己の宗教活動又は公益事業の用に供していた建物等であること(b) 能登半島地震により建物等が滅失又は損壊をし、補修なしには建物等として本来の機能を果たさない、ないしはその利用の継続が困難であること【建物等の説明】①建物
土地の定着物であって、屋根及び周壁又はこれに類するものを有し、その目的とする用途に使用できるものをいいます。
建物として認められるものの具体例は、次のとおりです。
＜神道系＞
社殿、本殿、拝殿、祝詞殿、幣殿、覆殿、境内神社社殿、祖霊社社殿、神具庫、祭器庫、社務所、随神舎、参集殿、宝物殿、神楽殿、神社会館、祈祷殿、神輿庫、授与所、御旅所、参籠所など＜仏教系＞
本堂、客殿、庫裏、観音堂、薬師堂、僧堂、檀信徒会館、仏具庫、内陣、堂内荘厳、納骨堂、位牌堂、書院、教職舎、持仏堂、稲荷堂、土蔵、経蔵など＜キリスト教系＞
礼拝堂、教会、牧師館、会堂、修道院、伝道所、小神学校、神学校、教職舎、信徒育成所、信徒修行所、記念館、会館、納骨堂、事務所など＜諸教系＞上に挙げたものに相当するもの（注）・ 専ら法人税法に規定する収益事業の用に供されていた建物等は対象となりません。
・ 収益事業の用と収益事業以外の用に併用していた建物等については、収益事業の用に4供していた部分を除いたものが対象となります。
・ 通常は一棟ごとに一の建物等としますが、一の建物を区分して利用している場合には、その部分ごとに一の建物等とします。また、この場合において、各部分が組み合わされて一つの機能を有する場合には、機能単位ごとに一の建物等とすることができます。
・ 一の建物を区分して利用している場合で、一の部分又は機能単位でみれば損壊の程度が軽微であっても、他の部分の損壊の状況によって建物の全体を改修しなければ本来の機能を果たさない、ないしはその利用の継続が困難である場合には、当該一の建物（一棟）全体を対象とすることができます。
②その附属設備
暖冷房設備、照明設備、通風設備、昇降機その他建物に附属する設備のことをいいます。
③構築物
土地に定着する土木設備又は工作物をいいます（構築物と一体的に使用されている設備又は工作物を含みます）。構築物として認められるものの具体例は、次のとおりです。
＜神道系＞
手水舎、絵馬堂、鳥居、玉垣、石碑、忠魂碑、透塀、寄付石碑、狛犬、灯籠、社号標、記念碑、随神像など＜仏教系＞
鐘楼、山門、参道、土塀、太鼓楼、灯籠、地蔵、祠、石碑、仁王像など＜キリスト教系＞
塀、門扉、十字架など＜諸教系＞
上に挙げたものに相当するもの④土地
原状回復事業の一環として要する、敷地の盛土などの整地、地盤改良等は対象となります。
⑤その他固定資産
宗教法人が所有していた固定資産であり、神具、仏具・仏像等が対象となります。ただし、動産であることから、当該固定資産が能登半島地震発生時に実在していたこと、及び能登半島地震により滅失又は損壊をした建物・構築物に設置されていたことが確認

5

できることが必要となります。
なお、建物等については、宗教法人ごとにその特性によって対象となるかどうかを判断する必要があるため、個別に所轄庁へ御相談いただく必要があります。
（４） 能登半島地震復旧寄附金の募集の対象となる原状回復事業費及び寄附限度額（３）の建物等を原状回復するために必要な事業費が募集対象限度額となりますが、能登半島地震復旧寄附金の目標額（寄附限度額）は、この額の範囲内で、原状回復にかかる総事業費から自己資金、借入金及び補助金を差し引いたものとなります。
また、銀行等からの借入金について能登半島地震復旧寄附金で返済することは認められません。
なお、「借入金」とは、銀行等から原状回復事業費の財源（復旧計画に位置づけている財源）として、中長期的な返済計画を立てて借入をした資金等のことであり、原状回復事業を行うため一時的に借り入れたもの（一時金、手付け金等）は含まれません。
具体的には、借入金の趣旨等により判断されます。
（５）募集開始の申請
単立宗教法人、包括宗教法人又は被包括宗教法人が自ら所轄庁へ申請するときは、申請様式１から５と添付書類を用意してください。申請書類を提出する前に必ず所轄庁へ相談してください。
所轄庁は、申請内容を精査して、内容が妥当であると判断した場合は、申請内容を確認した旨の確認書（様式６）を交付します（詳細は、後述の４(2)を参照）。
所轄庁による確認期限は、令和９年１２月31日までですので、余裕を持って申請してください。
なお、所轄庁は、被災市街地復興特別措置法に規定する被災市街地復興推進地域内で行われる土地区画整理事業等のために建築行為等の制限がなされるなど、原状回復を行う建物等の所在地において原状回復事業が行えない期間がある場合には、令和10年１月１日から令和11年12月31日までのいずれかの日を確認を受ける期間として定めることができます。この確認を受ける期間として所轄庁が定める日は、例えば当該所在地において１年間の建築制限がなされている場合には、本来の指定期間である令和９年12月31日から１年間延長した令和10年12月31日となります。
原状回復事業実施に関連する法令をあらかじめ確認し、申請に時間を要する場合は事前に所轄庁に御相談ください。

6

（６）募集期間
能登半島地震復旧寄附金の募集を行うことができる期間は、所轄庁が募集開始について確認をした日の翌日から３年以内で、募集要綱で定める日までです。
なお、この期間は寄附金を集める期間ですので、必ずしもこの期間内に原状回復事業や、その費用の支払いを終えなければならないというものではありません。

7

４．能登半島地震復旧寄附金の募集のための手続等（１）事前準備アイ

前記３．（３）の建物等の調査・検討
能登半島地震復旧寄附金の募集をする必要性（財政状況等から、寄附金によらなければ復旧が困難かどうか）の調査・検討
ウ 所轄庁と事前の打合せを行う（ア、イを行うに当たり、必要に応じ、所轄庁へ事前相談等を行う）。
エ 宗教法人内部で次の①から③までについて意思決定①能登半島地震復旧寄附金の募集を行うこと。
②原状回復事業のための特別会計を設定し、金融機関に一の口座を開設すること。
原状回復事業に関する収入及び支出をこの口座以外で取り扱うことは認められませんので、注意してください。
③募集方法
指定寄附金は広く一般に募集するものであるため、ごく少数の特定された寄附者を対象とすることを想定した募集方法は認められませんので、注意してください。
（２）所轄庁への申請
寄附金の募集開始の申請は、次の様式１から様式５までの書類を作成し、後に掲げる「添付書類」を添えて、所轄庁に提出することにより行います。
所轄庁による確認期限は、令和９年12月31日までです。
なお、確認まで所轄庁で審査期間を要しますので、事前に所轄庁へ相談の上、余裕を持って申請してください。ただし、法令等の制限で期限までに確認を受けられない場合は、確認期限の延長が可能なので、その旨も併せて所轄庁へ御相談ください。
様式１様式２様式３様式４様式５「能登半島地震により滅失又は損壊をした公益的な施設等の復旧のために募集する寄附金が指定寄附金として適当である旨の確認申請について」「能登半島地震により滅失又は損壊をした建物等の原状回復のための寄附金の募集要綱」「寄附金に係る事業及び資金概況書」（確認申請）「建物等の概要」「公共・公益法人等の概要」

ア 様式１の記載上の注意
都道府県知事所轄の宗教法人は、知事宛てに提出することになります。文部科学大臣

8

所轄の宗教法人は、文部科学大臣宛てに提出することになります。
イ 様式２の記載上の注意
・ 募集目標額は被害状況、法人の規模等から勘案して現実的な金額としてください。
・ 募集要綱は必ず公開対象としなければなりません。
・ 寄附金の受入れ状況については極力毎月公表することとし、原状回復事業の進捗状況については毎年公表する必要があります。公表手段としては、インターネットその他適切な手段によることとなります（ホームページを備えていない場合には、公告方法に準じた形式で公表するほか、機関紙に実施状況等を掲載し、寄附者からの問い合わせに応じるなど、適切に対応してください。また、包括宗教法人等のホームページに掲載するなどの方法でも差し支えありません）。
・ 経費支出に係る証拠書類（領収書等）は５年以上保存し、寄附者等外部から開示請求があった際は、公開できない正当な理由がある場合を除いて公開する旨を記載してください。
・ 募集に要する経費（パンフレット印刷代、広告掲載料等）を寄附金により賄う場合は「８．募集に要する経費の額」を記載する必要があります。
なお、募集に要する経費には、募集のために直接必要な印刷費等が該当し、寄附金の中から充当することができますが、能登半島地震復旧寄附金の趣旨に鑑み、極力その額を抑えることが望まれます。したがって、その金額は事業規模、事業比率などを勘案して合理的な範囲内としてください。
・ 募集に要する経費は所要額の積み上げにより算出すべきであり、募集総額の按分計算は認められません。
ウ 様式３の記載上の注意
・ ③については、様式４⑩の合計額を記載してください（募集に要する経費がある場合には③の額に含めてください）。
・ ⑥については、様式２の「２．募集方法」を記載してください。
・ ⑦の（）書きには、原状回復対象となる建物等の名称を記載してください。
・ ⑧の「原状回復事業の概要」については、建物等の種類ごとに具体的な建物等の原状回復事業の内容（例：本殿の屋根の修復、庫裏の建替えなど）を記載してください。
・ ⑧の「原状回復費」には、様式４⑩の「原状回復にかかる総事業費」の内訳を種類別に記載してください。⑧の「原状回復費」の合計は③の「原状回復費」と一致します（募集に要する経費の額を除く。）。⑧の「（内募集対象限度）」には様式４⑪の募集対象限度額の内訳を記載してください。
・ ⑧の「事業費の内訳（資金計画）」中の「自己資金」には包括宗教法人等からの原状回復事業費に充てるための援助金を含み、「補助金」とは、国又は地方公共団体等からの公的な補助金を指します。

9

「借入金」とは、銀行等から原状回復事業費の財源（復旧計画に位置づけている財源）として、中長期的な返済計画を立てて借入をした資金等のことであり、一時的に借り入れたもの（一時金、手付け金等）は含まれません。なお、銀行等からの借入金について寄附金で返済することは認められません。
⑧の「事業費の内訳（資金計画）」中の「能登半島地震復旧寄附金」の合計額は、④と同じとし、「（内募集対象限度）」の合計額以下としなければなりません。
エ 様式４の記載上の注意※ 「被災建物等」とは、能登半島地震により滅失又は損壊をした建物等をいい、「原状回復建物等」とは、原状回復する建物等をいいます（被災建物等と変更がない事項は「同左」と記載ください）。
・ ③については、原状回復建物等にあっては取得予定年月日又は建築予定年月日を記載してください。また、被災建物等の取得又は建築年月日が記録にない場合は「不明」と記載してください。
・ ④については、一の建物等を非収益事業と収益事業の両方に利用している場合は、それぞれ使用目的を具体的に記載してください。
・ ⑤については、建物等の総面積を登記簿謄本、財産目録、仕様書、設計図面などで確認して記載してください。また、建物等の規模を総面積以外で算出することがより妥当な場合（附属施設を全長、重量等で記載する）は（）内に尺度を記載するとともに、各欄に数値を記載してください。
・ ⑦については、被災建物等の非収益事業部分と原状回復建物等を比較して機能や構造で変化がある場合はその内容を具体的に記載してください。
・ ⑧については、一の建物等を非収益事業と収益事業の両方に利用している場合は、合理的な基準（面積比や利用時間比などで按分する）により非収益事業の用に供している割合を記載してください。
・ ⑨については、被災建物等に比べて原状回復建物等が大幅に拡張・変更されている場合のみ記載してください。記載する数値は、⑥の原状回復建物等÷被災建物等－１＝超過割合となります。
・ ⑪の計算式に基づいて算出される額が指定寄附金の募集対象限度額となります。
オ 様式５の記載上の注意
・ ②については、登記簿上の主たる事務所の所在地を記載してください。
・ ③については、宗教法人と記載してください。
・ ④については、設立の認証を受けた日を記載してください。
・ ⑦について、書類がなくなった又は作成していない場合は、所轄庁に相談してください。

10カ 様式３から５の全てについて
・ 建物等に国又は地方公共団体が指定した文化財が含まれている場合、様式の左上にその旨を記載してください。
・ 建物等に宗教法人立の幼稚園、各種学校等が含まれている場合、様式の左上にその旨を記載してください。
キ 添付書類・ 申請年度の収支予算書、前年度及び前々年度の収支計算書（収支予算書が作成されていない場合は、過去３年間の収支計算書。被災により消失している場合には、代替書類で構いませんので、事前に所轄庁へ相談してください。）
・ 建物等が能登半島地震により滅失又は損壊をしたことを証明する書類（被災届出証明書など。被災届出証明書だけで被害状況が不明瞭な場合は、追加資料を添付してください。また、対象とする建物等がその他固定資産である場合には、当該その他固定資産が能登半島地震発生時に建物・構築物に設置されていたことを示す資料（建物内の設計図、能登半島地震発生前後の建物内部の写真など）及び当該その他固定資産が設置されていた建物・構築物が能登半島地震により滅失又は損壊したことを示す資料（被災届出証明書など）等が必要になります。）
・ 募集の対象となる原状回復事業費算定の基礎となる見積書等の資料（工事請負契約書又は工事見積書の写しなど）※後述の通り、契約時等において金額が変更するなどの事情が生じれば、事前に所轄庁へ御相談ください。
（３）宗教法人による募集の開始
所轄庁は提出書類を確認して、申請内容が妥当であると判断した場合は、申請内容を確認した旨の確認書（様式６）を交付します。能登半島地震復旧寄附金の募集は、所轄庁が確認をした日の翌日から開始することができます。
なお、所轄庁から確認を受けたら、募集要綱をホームページ等で公開してください。
（４）能登半島地震復旧寄附金受領の取扱い
ア 宗教法人は、寄附者から寄附を受けた場合には、寄附者に確認書の写しと寄附受領書（様式７）を発行してください。また、受領書は、複写式にするなどして、必ず「控え」（写し）を取り、５年間保存してください。
イ 所轄庁が確認した確認申請書類の寄附金の募集目標額（寄附限度額）を超えて受け入れた寄附金については、指定寄附金の対象とはなりませんので、寄附金の受入れ額は、11厳格に管理しなければなりません。特に、寄附金の募集目標額（寄附限度額）に近づいてきたときは、一旦寄附金の募集を打ち切り、申込者の調整を行うなど、慎重に募集を行ってください。
（５）情報公開・宗教法人は、原状回復事業が終了するまで、極力１月ごとに寄附金の募集実績（月ごとの件数、金額等）並びに１年ごとの原状回復事業実績及び支出実績（支出ごとの費目、支出先及び金額）について、その経過をインターネットの利用その他適切な方法により公開するものとしてください。ホームページを備えていない宗教法人においても、公告方法に準じた形式で公表するほか、機関紙に実施状況等を掲載し、寄附者からの問い合わせに応じるなどして、適切に対応してください。また、包括宗教法人等のホームページに掲載するなどの方法でも差し支えありません。
・受け入れた能登半島地震復旧寄附金について、原状回復事業に必要となる費用に充てるために支出する場合には、建築業者などの支出先から領収書の交付を受け、この領収書を５年間保存してください。寄附者等から閲覧の求めがあった場合には、これを開示できないことにつき正当な理由がある場合を除き、閲覧させなければなりません。
（６）原状回復事業等の変更
当初の見積書等の額から、契約時や工事の進展等により金額など原状回復事業の内容を変更せざるを得ないときには、募集開始の申請時の手続きに準じて、所轄庁の確認を受ける必要がありますので、このような場合には、必ず事前に所轄庁に相談をしてください。
具体的には、事業計画の変更の理由及び変更後の原状回復事業の具体的内容を説明するのに必要な書類を添えて所轄庁に申請し、所轄庁から当該変更が適当であることの確認を受けてください（ただし、この場合においても、募集期間を当初の確認を受けた日の翌日から３年を超えて延長することはできません）。
（７）報告
寄附金募集開始後は、次のアからエまでの報告を所轄庁にする必要があります。
また、いずれもホームページ等への掲示その他適切な方法で公表してください。
ア 年次報告募集中、募集主体の毎会計年度終了後４月以内に報告する。

12

様式８ 「能登半島地震復旧寄附金実績報告書（年次報告）」
様式９ 「寄附金に係る事業及び資金概況書（年次報告）」
様式10 「寄附金実績一覧表」 ※寄附実績のホームページ等への掲載は、月ごとの件数、金額等のみで可（個人名・法人名の公表は不要）
添付資料
・収支明細書・通帳の写しイ 募集終了報告
寄附金の目標額（寄附金限度額)に達した場合又は募集期間終了後１月以内に報告する。
様式11 「能登半島地震復旧寄附金実績報告書（募集終了報告）」
様式12 「寄附金に係る事業及び資金概況書（募集終了報告）」
様式10 「寄附金実績一覧表」 ※寄附実績のホームページ等への掲載は、月ごとの件数、金額等のみで可（個人名・法人名の公表は不要）
添付資料（既に提出したものを除く。）
・収支明細書・通帳の写しウ 募集終了後事業報告
募集終了後、原状回復事業が終了するまで、募集主体の毎会計年度終了後４月以内に報告する。
様式13 「能登半島地震復旧寄附金実績報告書（募集終了後事業報告）」様式12 「寄附金に係る事業及び資金概況書（募集終了後事業報告）」添付資料（既に提出したものを除く）
・ 収支明細書・ 通帳の写しエ 完了報告原状回復事業終了後１月以内に報告する。

13

様式14 「能登半島地震復旧寄附金実績報告書（完了報告）」
様式15 「寄附金に係る事業及び資金実績報告書（完了報告）」
様式４ 「建物等の概要」
添付資料（既に提出したものを除く。）
・ 収支明細書・ 通帳の写し14