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浦上財団研究報告書

Vol.18（2011）＜平成 16 年度助成＞

乳酸菌バクテリオシン探索のハイスループット化と発酵生産の総合システム化
園

元

謙

二

（九州大学大学院農学研究院）

1.

はじめにツリヌス菌（Clostridium botulinum）、黄色ブドウ球菌（Streptococcus aureus）、セレウス菌（Bacillus

近年、食品の品質に対する消費者の関心は急速

cereus）などに対しても抗菌活性をもつものが多に高まっており、なかでも食品に対する安全志向、く、ボツリヌス菌やセレウス菌の芽胞の発芽を抑自然志向は大きな広がりを見せている。食品の品制するものも報告されている 2, 3）。

質を維持しながら、かつ安全性の高い食品を供給

乳酸菌バクテリオシンは、このような優れた特するための殺菌・保存法の確立が望まれている。

性から、食品保蔵や機能性食品への応用が期待さ

食品保存料の利用は、こうした要求を満たす方法れている。さらに、その用途は食品分野のみにとのひとつであるが、化学的に合成された保存料やどまらず、感染防御などの医療分野にも及んでい抗菌剤の添加は、消費者に避けられる傾向がある。

る。また、乳酸菌バクテリオシンには、さまざまそのような状況の中、我々が安全に食してきた生なタイプのものが存在しており、その抗菌スペク物に由来する保存料（バイオプリザバティブ）を用トルも多様である。このような抗菌スペクトルのいた食品保存には大きな期待が寄せられている 1）。

多様性は、バクテリオシンを利用する上での重要我々に最も馴染み深い微生物の一つである乳酸な指針となる。すなわち、異なる抗菌スペクトル

菌は、さまざまな発酵食品の製造に関わり、乳酸を示すバクテリオシンを適材適所に用いることなどの有機酸をはじめとする様々な抗菌物質、すで、有用菌を生かしつつ有害菌のみを選択的に殺なわちバイオプリザバティブを生産する。そのな菌・静菌することが可能となる。このような高度かでも最も有力なバイオプリザバティブとして期な微生物制御を実現するためには、各対象に応じ待されるのが、タンパク質性の抗菌物質、バクテた多種多様なバクテリオシンを持ち合わせる必要リオシンである。乳酸菌が生産するバクテリオシがある。

ンは、一般に熱や酸に対する安定性に優れ、味やそこで、本研究では、未開拓な分離源からのバ臭いが無く、食品の風味に影響を与えない。また、クテリオシン生産乳酸菌ライブラリー作成、バク乳酸菌が古くから人類の食生活に関わってきた安

テリオシンデータベースの構築、新奇バクテリオ

全な微生物であることや、バクテリオシンがヒトシンのハイスループットスクリーニングを行っの消化酵素によって容易に分解されることから、た。また、乳酸菌の培養工学的手法に基づく独創その安全性は非常に高いと考えられている。乳酸的な生産システムの開発、培養規模の拡大、実用菌バクテリオシンは、一般のタンパク質と同様に規模を指向した設計指針や生産性評価の基礎デー

リボソーム上で合成され、主に生産菌に近縁のグタの取得を試みた。

ラム陽性菌に対して抗菌活性を示す。食中毒菌であるリステリア菌（Listeria monocytogenes）やボ

117

乳酸菌バクテリオシン探索のハイスループット化と発酵生産の総合システム化

52．乳酸菌バクテリオシン探索のハイスループット化4での新奇性の判定方法を確立し、新奇バクテリオ第1主成分

クリーニングの初期段階である培養液上清レベル

3クラスIIa
バクテリオシン

新奇乳酸菌バクテリオシンの獲得にあたり、スシンの獲得に要する時間の大幅な短縮、すなわち

2ナイシン

1-5-4-3-2-10-10

1-2

新奇バクテリオシン探索のハイスループット化を-3試みた。バクテリオシンの評価にはいくつかの指第2主成分

図13

抗菌スペクトルが狭いもの-4

標が考えられるが、培養液上清での新奇性の判定

2

抗菌スペクトルの主成分分析

各点がそれぞれのバクテリオシンを示しており、位置が近いほど抗菌スペクトルが類似している。既知バクテリオシンの位置と比較することで、新たに見出したバクテリオシンの新奇性を判定する。

にあたり、最も差別化しやすい抗菌スペクトルと分子量に着目した。これまでの研究成果から選抜した十数種類のバクテリオシン感受性株を指標菌

100

培養液上清が各指標菌に対して示す抗菌活性を数値化し、多変量解析の一つである主成分分析によって解析した。分子量は高速液体クロマトグラフ

相対強度 (%)

として、培養液上清の抗菌スペクトルを測定した。

ら直接測定した。
り、新規分離株と既存株を合わせた計 82 の試験。
菌株は大きく 3 つのグループに分類された（図 1）
この方法では類似した抗菌スペクトルのものほど近くに位置するため、既知バクテリオシンとの位置関係により新奇性を判定することが可能である。
また、LC/MS による解析では 3 つのナイシン類縁体（A、Z、Q）をはじめとする数種類のバクテリオ

25.99

01020
保持時間（分）[M+3H]3+1111.84100
相対強度 (%)

結果として、抗菌スペクトルの主成分分析によ500ィー質量分析計（LC/MS）を用いて培養液上清か（a）マスクロマトグラム（m/z 1000~3000）

30（b）マススペクトル（25.99分）[M+2H]2+1666.75

5005001000

図215002000質量電荷比（m/z）

2500

LC/MS による分析例

LC/MS によって、培養液上清から直接、バクテリオシンを検出・同定することができる。本例では、25.99 分にナイシン Z に由来するシグナルが検出された。

シンの検出・同定が可能となった（図 2）4）。さらに、検出されるイオンの範囲を限定することで未知のバクテリオシンの分子量を決定することも可能となった。

LC/MS

また、得られた抗菌スペクトルと分子量等のデータを蓄積し、データベースを構築した（ 図 3）。
本データベースは、新奇バクテリオシン探索の際のデータの照合に利用され、ハイスループット化に寄与するだけでなく、バクテリオシンを使用する際の重要な指針ともなる。本データベースに基づいて、状況に応じたバクテリオシンの選択とそ

40

図3

新奇乳酸菌バクテリオシン探索のハイスループット化とデータベースの構築

抗菌スペクトルを指標とした主成分分析と LC/MS による分子量測定によって、培養液上清レベルでバクテリオシンの新奇性を迅速に判定できる。得られた結果はデータベース化され、以降の解析やバクテリオシン使用時の選択指標として利用される。

3000

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浦上財団研究報告書の使用量、あるいは組み合わせを予測することも可能となることが期待される。

Vol.18（2011）（Q α、Q β）と命名した（図 4）5）。
ラクトコッシンQ
1

3．新奇乳酸菌バクテリオシンの構造および特性の解析

S

1

これまでに例のない分離源からは新しい菌株の分離が期待できることから、栄養条件が制限された環境である植物表面に付着し生息する乳酸菌に着目し、新奇バクテリオシン生産乳酸菌の分離を試みた。その結果、様々な分離源から多数のバクテ

I G Q G V G K A A Y W V G K A M G N M S D V
39

H K K K R N

K K W G W L A W V E P A G E F L K G F G K G A

I

R S ANQI KEラクトコッシンQ

バクテリオシン生産乳酸菌は、ヒトを含めた動物の腸管や発酵乳等からの分離例が極めて多い。

I W G D

ラクトコッシンQ

35I

N K W K D K N

GラクティシンQ
153KfMA G F L K V V Q L L A K Y G S K A V Q W A W A N

I G L
fM

I Q K

I K S V V W D

IA Q G A N L W D L

I KKG：ホルミルメチオ
ニン

図 4 新奇バクテリオシン、ラクトコッシン Q とラクティシン Q の構造

ラクトコッシン Q は、Q αと Q βの 2 つのペプチドによって構成される。ラクティシン Q の N 末端のメチオニンはホルミル化されている。

リオシン生産菌を分離することができ、上記のハイスループットスクリーニング法によって、多Lc. lactis QU 5 が生産するバクテリオシンは、くの新奇性の高いバクテリオシンが見いだされ精製物の質量分析の結果、分子量が 5926.50 であた。とくに、トウモロコシから分離された乳酸菌、ることが明らかとなった。しかし、N 末端アミノ

Lactococcus lactis QU 4 と Lc. lactis QU 5 が生産

酸配列解析では反応が進行せず、N 末端アミノ酸するバクテリオシンには高い新奇性が認められたが修飾されていることが予想された。そこで、メため、さらに詳細な精製・構造解析を行った。

チオニンの C 末端を切断する臭化シアン処理を行両株の生産するバクテリオシンは、培養液上清

うとエドマン分解が進行したが、得られた配列のから、アセトン沈殿、陽イオン交換クロマトグ分子量の計算値は測定値よりも小さかった。次に、ラフィー、逆相 HPLC によって精製された。Lc.

得られたアミノ酸配列を元に、本バクテリオシン

lactis QU 4 からは 2 種、Lc. lactis QU 5 からは 1をコードする遺伝子の塩基配列解析を行ったとこ種のバクテリオシンが精製された。各精製物を用ろ、本バクテリオシンは N 末端がメチオニンで、いて、ESI-MS による質量分析、およびエドマン53 アミノ酸残基から構成されることが明らかと分解による N 末端アミノ酸配列解析を行った。

なった。この配列の分子量の計算値と実測値とのLc. lactis QU 4 の 2 つのペプチドは、分子量が間に 28 の差が存在すること、また N 末端がブロそ れ ぞ れ 4260.43、4018.36 で、39、35 ア ミ ノ 酸ックされていたことから、本バクテリオシンの N残基からなる一次構造が明らかとなった。得られ末端メチオニンはホルミル化されていると考えらたアミノ酸配列は、両ペプチドをコードする遺伝れた。相同性検索の結果、本バクテリオシンは新子の塩基配列解析結果と一致し、分子量の計算値奇のものであった。以上より、Lc. lactis QU 5 がは測定値とも一致した。また、相同性検索の結生産する新奇バクテリオシンをラクティシン Q

果、本配列は新奇のものであることが明らかとなと命名した（図 4）6）。

った。さらに、後述するように、両ペプチドは抗ラクトコッシン Q は、2 つのペプチド Qαと Qβか菌活性において高い相乗作用を示した。以上より、ら構成されるが、精製時に互いが混入する恐れが

Lc. lactis QU 4 が生産するバクテリオシンを新奇あり、培養液上清からの精製物では両ペプチド単2 成分バクテリオシンとして、ラクトコッシン Q体の正確な解析が行えない可能性がある。そこで、

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乳酸菌バクテリオシン探索のハイスループット化と発酵生産の総合システム化

化学合成したペプチドを用いて解析を行った。Qα

ラクティシン Q はナイシン A よりも低濃度で、と Qβは、ともに単体ではほとんど抗菌活性を示

短時間にかつ大量の ATP を漏出させることが明さなかったが、両者を混合した場合には相乗的にらかとなった（図 5）6）。以上より、ラクティシン抗菌活性を示し、その最適混合比率は、モル比で 1：

Q は、食品保存料として、また様々な用途への抗1 であった。また、その抗菌スペクトルは非常に菌剤として、非常に優れた性質を有していると考狭く、Lc. lactis 以外には抗菌活性を示さなかった。

えられた。また、その後の研究の発展により、ラ

一方、ラクティシン Q は非常に広い抗菌スペ

クティシン Q はナイシン A とは異なる作用機構をもつことを明らかにした 7 -9）。

クトルを有していた。ラクティシン Q の抗菌ス
ペクトルを最も代表的なバクテリオシンである

10

ATP漏出量 （ 105 RLU）

ナイシン A と比較したところ、両バクテリオシンの抗菌スペクトルは明らかに異なっており、いくつかの検定菌においてラクティシン Q の活性はナイシン A を凌駕していた（ 表 1）。とくにBacillus 属細菌に対して、ラクティシン Q は強い活性を示した。このように、ラクティシン Q はナイシン A とは異なるが、優れた抗菌力を有するバクテリオシンであった。また、ナイシン A

図5をはじめとする一般的なバクテリオシンは酸性領864200100200
時間 （秒）

300

ラクティシン Q とナイシン A による ATP の漏出

15 μ M（○、●）、1.5 μ M（△、▲）、0.75 μ M（□、■）のラクティシン Q あるいはナイシン A 添加による、検定菌
Listeria innocua ATCC 33090T からの細胞内 ATP の漏出量を示す。オープンシンボルはラクティシン Q、クローズド
シンボルはナイシン A を示す。

域で高い安定性を示し、中性からアルカリ性では活性を失うものが多いが、ラクティシン Q はアルカリ性条件下でも高い熱安定性を有していた。

4．乳酸菌バクテリオシンの発酵生産

さらに、ラクティシン Q およびナイシン A 作用
時に、標的細胞膜の孔形成によって起こる細胞内得られた新奇バクテリオシンのうち、とくに今物質の漏出を ATP を指標として測定したところ、後の利用が期待されるラクティシン Q について、

表1

ラクティシン Q とナイシン A の抗菌スペクトル(nM)QABacillus cereus

JCM 2152T

5.325Bacillus coagulans

JCM 2257T

2.79.0

Bacillus subtilis

JCM 1465T

14037

Enterococcus faecalis

JCM 5803T

5488

Enterococcus faecium

JCM 5804

T5647

Enterococcus hirae

ATCC 10541

23047

Lactococcus lactis

ATCC 19435T

3.579

Lactobacillus alimentarius

JCM 1095T

3345

Lactobacillus brevis

JCM 1059

T230180

Lactobacillus coryniformis

JCM 1164T

110450

Leuconostoc mesenteroidesJCM 6124T

5619

Listeria innocua

ATCC 33090

7069

Micrococcus luteus

IFO 12708

79088

Pediococcus pentosaceus

JCM 5885

310110T120

浦上財団研究報告書

Vol.18（2011）

発酵生産の最適化を試みた。まず、ラクティシ得することが可能となるだろう。実際に、本研究

ン Q 生産の最適温度を検討したところ、Lc. lactis

で得られたラクトコッシン Q やラクティシン Q

QU 5 は、37℃では生育するものの、ラクティシに続く、環状のバクテリオシン、ラクトサイクリ

ン Q を全く生産せず、30℃あるいは 25℃で良好

シン Q 10）、などの新奇なバクテリオシンが多数な結果が得られた。ところで、乳酸菌は生育に伴得られつつある。また、乳酸などによる最終生産って乳酸を生産するため、培地の pH を低下させ、物阻害の解除やバクテリオシンの選択的分離を伴自身の生育および生理活性を低下させ、いわゆった発酵生産に必要なデータを蓄積することで、る生産物阻害を生じてしまう。そこで、乳酸菌のバクテリオシンの発酵生産の総合システム化が期

生育に伴ってアルカリを培地中に添加し、生成し待できる。本研究の成果により蓄積されるデータた乳酸を中和して pH を一定に保つことで、乳酸は、バクテリオシンを使用する際の重要な指針とによる生育阻害を回避できる可能性がある。Lc.

もなる。最終的に、最適なバクテリオシンの選択

lactis QU 5 についても同様に、培地の pH を 6.0や、多種のバクテリオシンの併用による抗菌スペに保持する pH 制御培養システムを構築し、ラククトルのデザインにより、対象となる微生物群をティシン Q 生産を試みたところ、良好な結果がより効率的に制御できる。さらには、バクテリオ得られた（図 6）。今後、ラクティシン Q 生産をさシン使用量を低減し、耐性菌出現のリスクを限りらに高効率化するには、連続培養やラクティシンなくゼロに近づけることも可能となるだろう。最Q の選択的分離回収システムの構築が必要と考え

近、最も代表的なバクテリオシンであるナイシンられた。

A が食品保存料として利用され始めたが、本研究5.

を通じて見いだされたラクティシン Q などの利おわりに用により、さらに効果的な微生物制御の実現が期培養液の段階で抗菌スペクトルと分子量を指標待される。に解析を行うことで、新奇乳酸菌バクテリオシン検出のハイスループット化を実現することができ謝

辞本研究を遂行するに当たり、多大なご援助を賜ことで、構造解析に要する時間は加速度的に短縮りました浦上食品・食文化振興財団に厚く御礼申され、結果として多種多様なバクテリオシンを獲し上げます。

抗菌活性（AU ml-1）
生菌数（CFU ml-1）

グルコース・乳酸（g l-1）た。今後、さらに、集積されるデータを参照する

経過時間 （時間）図 6 Lactococcus lactis QU 5 の回分培養によるラクティシン Q の生産の例

温度を 30℃、pH を 6.0 に制御して培養を行った場合を示す。◇はグルコース濃度、□は乳酸濃度、△は生菌数、×は抗菌活性（ラクティシン Q 生産量）を示す。

乳酸菌バクテリオシン探索のハイスループット化と発酵生産の総合システム化
文献1） 森地敏樹、松田敏生 (1999) バイオプリザベーション ― 乳酸菌による食品微生物制御 ―、幸書房

2） Cleveland, J., Montville, T. J., Nes, I. F., and Chikindas, M.
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4） Zendo, T., Nakayama, J., Fujita, K., and Sonomoto, K.
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belonging to a new family of unmodified bacteriocins of121

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7） Yoneyama, F., Imura, Y., Ichimasa, S., Fujita, K., Zendo,
T., Nakayama, J., Matsuzaki, K., and Sonomoto, K. (2009)
Lacticin Q, a lactococcal bacteriocin, causes high-level
membrane permeability in the absence of specific receptors.
Appl. Environ. Microbiol., 75, 538–541.
8） Yoneyama, F., Imura, Y., Ohno, K., Zendo, T., Nakayama, J.,
Matsuzaki, K., and Sonomoto, K. (2009) Peptide-lipid hugetoroidal pore, a new antimicrobial mechanism mediated bya lactococcal bacteriocin, lacticin Q. Antimicrob. Agents
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9） Yoneyama, F., Shioya, K., Zendo, T., Nakayama, J., andSonomoto, K. (2010) Effect of negatively charged lipid
on membrane-lacticin Q interaction and resulting pore
formation. Biosci. Biotechnol. Biochem., 74, 218-221.
10）Sawa, N., Zendo, T., Kiyofuji, J., Fujita, K., Himeno, K.,Nakayama, J., and Sonomoto, K. (2009) Identificationand characterization of lactocyclicin Q, a novel cyclic
bacteriocin produced by Lactococcus sp. strain QU 12. Appl.
Eniviron. Microbiol., 75, 1552–1558.

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浦上財団研究報告書

Vol.18（2011）

Developments of high-throughput screening systemand fermentative production system for bacteriocins
from lactic acid bacteria
Kenji Sonomoto
Faculty of Agriculture, Kyushu University
A wide variety of bacteria including lactic acid bacteria (LAB) are found to produce
bacteriocins. LAB are industrially important bacteria, especially in food industry. LAB
are generally regarded as safe microorganisms, and their bacteriocins are also safe. LAB
bacteriocins have attracted significant interests for their potentials in using as safe natural
food preservatives, namely ‘biopreservatives’. Suitable bacteriocins should be selectedto achieve more effective microbial control and to prevent the emerging bacteriocinresistant strains. Therefore, novel LAB bacteriocins with proper features for target foods
are required. In this study, we attempted to develop bacteriocin-producing LAB library,bacteriocin database, high-throughput screening system, and bacteriocin production system.
A new high-throughput screening system was designed to find out novel bacteriocins
at the early stage of screening. Crude culture supernatants of new LAB isolates wereserved as samples for this system, which comprised antimicrobial spectrum analysis by
the principal component analysis (PCA) and molecular mass determination by liquid
chromatography/mass spectrometry (LC/MS). Combination of PCA and LC/MS could savethe time and provide a high probability for discovering novel bacteriocins. Obtained data ofbacterocins were accumulated in a database, which can be utilized for further applications
to select appropriate bacteriocins to each purpose.
By the new screening system, some novel LAB bacteriocins were discovered. Forinstance, lactococcin Q and lacticin Q were discovered from new corn isolates, Lactococcus
lactis QU 4 and Lc. lactis QU 5, respectively. These novel bacteriocins were purified
through some chromatographic steps, and their structures were determined by amino acidsequence and molecular mass analyses. Lactococcin Q is a novel two-peptide bacteriocinand active only against Lc. lactis strains by the synergistic action of the two peptides. On
the other hand, lacticin Q is an N-terminal formylated peptide and active against a wide
range of bacteria. In addition, the action of lacticin Q was characterized by its high activity
and quick bactericidal action through efflux of cell components.
Lacticin Q production by Lc. lactis QU 5 was also characterized for further
optimization and developments of mass production system. Lc. lactis QU 5 produced
lacticin Q with high yields at 30ºC and pH 6.0 controlled by the fermentation system. Theresults indicated that continuous fermentation system and lacticin Q-selective recovery
system will improve the production.