海外輸入された Ready-to-Eat 食品の薬剤耐性菌調査～カルバペネム耐性腸内細菌科細菌に注目して～

97＜令和元年度助成＞

海外輸入された Ready-to-Eat 食品の薬剤耐性菌調査～カルバペネム耐性腸内細菌科細菌に注目して～

萩谷英大（岡山大学学術研究院医歯薬学域 瀬戸内（まるがめ）総合診療医学講座）中心としたインフラ整備が不十分な地域では、環境

1．はじめに水・食肉・野菜などからも広く検出されることが報薬 剤 耐 性 菌（Antimicrobial Resistance, AMR） は告されている。さらに驚くべきことに、調理され食世界的な規模で医療上および公衆衛生上の脅威とな卓に準備された食事、すなわち Ready-to-Eat な食品。有効な対策が為されない場合、約自体が CRE に汚染されている環境も報告され、日常30 年後の 2050 年には AMR 関連死亡数は世界中で生活の中で食事摂取を通して潜在的に CRE を保菌す

1,000 万人以上に上ると試算されており、主要先進るリスクが広がっていることが推測される。海外か国首脳会議でも AMR 問題が主要議題として取り上ら国内への AMR 持ち込みルートとして、患者・渡げられ、「世界経済・移民問題・テロ対策などと並航者・動物など様々な媒体が考えられているが、我々ぶ世界的な課題として、AMR 問題について各国が協は海外輸入され国内で一般流通している Ready-to-調して取り組んでいく」ことが強調されている。中Eat 食品に注目している。近年、国内では通常検出でも薬剤耐性菌時代における Last-Resort としてのされないような海外型 CRE が渡航歴のない健常者か位置づけであるカルバペネム系抗菌薬に耐性化したら検出されるといった報告が相次いでおり、海外輸

カ ル バ ペ ネ ム 耐 性 腸 内 細 菌 科 細 菌（Carbapenem-入食品、特に追加調理を要さない Ready-to-Eat 食品

Resistant Enterobacteriaceae, CRE）が、世界中の臨を媒介した潜在的な CRE 保菌者が増加しているので床現場に驚異的なスピードで拡散している。

はないかと考えている（図 1）。

りつつある

1, 2)

CRE は、患者臨床検体のみならず、東南アジアを

図1

本研究では、小売・ネット通販されている Ready-One-Health としての薬剤耐性菌調査

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浦上財団研究報告書

to-Eat 食品を回収し、特殊選択培地でスクリーニン

Vol.30（2023）

3．結果グを行う。検出された CRE 株はゲノム解析を行い既存データベースと比較することで、薬剤耐性遺伝子研究期間中に 153 サンプルの海外輸入商品を上述のタイピング・ルーツなどを明らかにすることを目の耐性菌用スクリーニング培地で培養した。輸入元的とした。

国はミャンマー 133 件、パキスタン 9 件、ベトナム6 件、タイ 4 件、バングラディッシュ 1 件であった。

2．方法

図 2 に調査した食品サンプル写真の一例を提示する。
CRE を疑うコロニーは 1 サンプル（ミャンマー由来）【研究計画の概要】

から得られたが、菌種同定の結果、感受性良好な①Vibrio 属であった。また、ESBL 産生大腸菌および対象とした食料サンプル研究対象である Ready-to-Eat 食品は、小売販売・ネット販売の形で一般流通している海外輸入食料品

Acinetobacter baumanii を 1 株ずつ（いずれもミャンマー由来）から得られた。とする。購入後に火を通して食すものは除外し、野スクリーニング対象とした食品からの CRE 検出は菜・果物・加工食品などのうち入手したままの状態なかったが、今後の研究発展のために、研究期間中で摂取することを前提とした食品とした。に対象外サンプルから検出された CRE 株に対してゲノ ム お よ び プ ラ ス ミ ド 解 析 を 実 践 し た。MinION②

薬剤耐性菌のスクリーニング（Oxford Nanopore Technologies）を使用して得られ本研究で対象とするのは、カルバペネム耐性腸内たゲノム配列を in silico DNA-DNA hybridization 解細菌科細菌（CRE）および基質拡張型βラクタマー

析した結果、対象菌株は Enterobacter hormaechei

ゼ（ESBL）産生腸内細菌科細菌とする。この両者をsubsp. xiangfangensis と判明した。MLST タイピン同時スクリーニングするために、メーカー市販のグの結果、米国で CRE として流行したことが報告さESBL・CRE 選択培地を用いた（クロモアガー KPC/れている ST171 と判明した 3)。また、プラスミド解ESBL 分画培地、関東化学）。

析 の 結 果、5 種 の プ ラ ス ミ ド を 搭 載 し て お り、
IncFIB/IncFII/IncQ1 に は ホ ス ホ マ イ シ ン（fosA）、③

菌種・薬剤感受性・タイピング・薬剤耐性アミノグリコシド系（aadA2, aph(3’)-Ⅰa, aph(3”)-Ⅰb,メカニズムの同定
上記手法により得られた薬剤耐性菌を疑う菌株については、菌種同定（質量分析法）、薬剤感受性試験（ドライプレート栄研、栄研化学）、さらに責任遺伝子を同定するためのシークエンス検査を行った。さらに、MinION（Oxford Nanopore Technologies）を用いてゲノム解析を行った。網羅的に薬剤耐性遺伝子を検出するために、得られたシークエンスデータを ResFinder database で解析した。

④

リスク分類

食品ごとの薬剤耐性菌保有リスクを算出するために、輸入元や食品の種類などのカテゴリー別に汚染率を算出した。

図2

スクリーニングした食品サンプルの一例

海外輸入された Ready-to-Eat 食品の薬剤耐性菌調査～カルバペネム耐性腸内細菌科細菌に注目して～

図3

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NDM-1 陽性カルバペネム耐性腸内細菌科細菌のゲノム解析

aph(6)-Ⅰd, aac(3)-Ⅱd）、ニューキノロン系（qnrS2）、ペネマーゼ産生腸内機細菌科細菌であるということ

ST 合剤（sul1, sul2, dfrA12）、テトラサイクリン系が判明した（図 3）。bla NDM-1 保有プラスミドを既存（tet(A)）
、βラクタム系（bla TEM-1B, bla ACT-16）、マクロデータベースのプラスミド情報と比較した結果、本ライド系（mph(A)）、クロラムフェニコール系（floR）

CRE 株は中国から報告されているプラスミドに多数と多種多様な薬剤耐性遺伝子を保有していることが類縁しており、特にミャンマーから報告されたプラ

分 か っ た。 ま た IncX3 タ イ プ の プ ラ ス ミ ド に はスミドにはかなり近似していることが明らかとなっ

bla NDM-1 がコーディングされており、本株はカルバた（図 4）。

図4プラスミド系統樹

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4．総括

Vol.30（2023）

謝辞
本研究の遂行にあたり、研究助成を賜りました公本研究では、海外から輸入された食料品（Readyto-Eat Food）において ESBL 産生菌／ CRE は検出さ益財団法人 浦上食品・食文化振興財団に厚く御礼を申し上げます。

れなかった。しかし、国内に流入されてくる食品サンプルを網羅的にスクリーニングできたわけではな

参考文献

く、その可能性を否定するものではない。菌株の相1) Chen HY, Jean SS, Lee YL, Lu MC, Ko WC, Liu PY, etal. Carbapenem-Resistant Enterobacterales in LongTerm Care Facilities: A Global and Narrative Review.
Front Cell Infect Microbiol 2021.
https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.601968.
2) Jean SS, Harnod D HP. Global Threat of CarbapenemResistant Gram-Negative Bacteria. Front Cell InfectMicrobiol 2022;12:823684.
https://doi.org/doi: 10.3389/fcimb.2022.823684.
3) Annavajhala MK, Gomez-Simmonds A, Uhlemann AC.
Multidrug-resistant Enterobacter cloacae complex
emerging as a global, diversifying threat. Front
Microbiol 2019;10:44.
https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00044.

同性解析・ルーツ探索をする上で、ゲノム・プラスミド解析は必須の技術的アプローチである。本研究過程において、CRE を対象とした詳細な解析手法を研究室内で構築できたことは今後の研究発展に大きく貢献するものである。

Investigation of antimicrobial resistance in Ready-to-Eat foods imported from overseas-Focusing on carbapenem-resistant Enterobacteriaceae

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Investigation of antimicrobial resistancein Ready-to-Eat foods imported from overseas-Focusing on carbapenem-resistant Enterobacteriaceae
Hideharu HAGIYA
Department of General Medicine; Setouchi Division, Okayama University
Graduate School of Medicine, Dentistry and Pharmaceutical Sciences
Abstract
In this age of internationalization, we should be increasingly concerned
about antimicrobial resistance, which has become a global pandemic. In thisstudy, we aimed to screen for carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE)
strains in ready-to-eat food samples imported from abroad. We tested 153 foodsamples (mainly imported from Myanmar) using a CRE screening culture plate.
We isolated ESBL-producing E . coli and Acinetobacter baumanii ; however, noCRE strains were isolated, at all. To develop a platform for a genome analysis
approach in our laboratory, we applied a CRE strain isolated from anothersample for MinION (Oxford Nanopore Technologies) assay. As a result ofthe genome analysis, we successfully identified the isolate as Enterobacterhormaechei , subsp. xiangfangensis and MLST 171, which was previously known
as a pandemic strain in the United States. The isolate harbored a total of 5
plasmids. Among these, the IncFIB/IncFII/IncQ1 plasmid was positive for avariety of antimicrobial resistance genes, and the IncX3-type plasmid possessedbla NDM-1 , exert ing the CRE profile. A phylogenet ic tree analysis suggested
that the IncX3-type plasmid had a sequence similar to those reported from
China, especially those isolated in Myanmar. As globalization progresses, it isbecoming increasingly necessary to be mindful of the spread of antimicrobial
resistance in Japan.