新型インフルエンザ等対策特別措置法及び内閣法の一部を改正する法律

新型インフルエンザ等対策特別措置法（平成二十四年法律第三十一号）の一部を次のように改正す（新型インフルエンザ等対策特別措置法の一部改正）第一条る。

目次中「第七十条）」を「第七十条の二）」に、「第七十条の二」を「第七十条の二の二」に改める。

特定新型インフルエンザ等対策 新型インフルエンザ等対策のうち、地方公共団体がこの法律第二条第二号の次に次の一号を加える。
二の二及び感染症法の規定により実施する措置であって、新型インフルエンザ等のまん延を防止するため特に必要があるものとして政令で定めるものをいう。
第六条第五項中「第七十条の二」を「第七十条の二の二」に改める。
第十六条第三項中「第二十条第三項」を「第二十条第四項」に改める。

第十七条の見出し中「所掌事務」を「所掌事務等」に改め、同条第二号中「、第三十一条の五及び第三十三条第一項」を「及び第三項（第三十三条第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）」に-1-

政府対策本部に関する事務は、内閣感染症危機管理統括庁において処理する。

改め、同条に次の一項を加える。
２

第十八条第四項中「第七十条の二」を「第七十条の二の二」に改める。

第二十条第四項を同条第五項とし、同条第三項中「第一項」の下に「又は前項（第三十三条第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）」を加え、同項を同条第四項とし、同条第二項の次に次の一

政府対策本部長は、新型インフルエンザ等のまん延により、国民生活及び国民経済に甚大な影響を及項を加える。
３

ぼ す お そ れ が あ る に も か か わら ず 、 第一 項 の総 合 調 整に 基 づ く所 要 の措 置 が 実施 さ れ ない 場 合で あ って、新型インフルエンザ等対策を的確かつ迅速に実施するため特に必要があると認めるときは、その必要な限度において、指定行政機関の長及び指定地方行政機関の長並びに前条の規定により権限を委任された当該指定行政機関の職員及び当該指定地方行政機関の職員並びに都道府県知事等に対し、必要な指示をすることができる。
第二十六条の次に次の七条を加える。

-2-

市町村長は、新型インフルエンザ等のまん延により当該市町村がその全部又は大部分の（都道府県知事による代行）
第二十六条の二事務を行うことができなくなったと認めるときは、当該市町村の属する都道府県の知事に対し、当該市町村長が実施すべき当該市町村の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策の全部又は一部の実施を要

都道府県知事は、当該都道府県の区域内の市町村の長から前項の規定による要請を受けたときは、当請することができる。
２

該市町村の長が実施すべき当該市町村の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策の全部又は一部を当都道府県知事は、前項の規定により市町村長の事務の代行を開始し、又は終了したときは、その旨を該市町村の長に代わって実施しなければならない。
３

第二項の規定による都道府県知事の代行に関し必要な事項は、政令で定める。

公示しなければならない。
４

都道府県知事は、当該都道府県の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策を実施する（他の地方公共団体の長に対する応援の要求）
第二十六条の三-3-

市町村長は、当該市町村の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策を実施するため必要があると認ため必要があると認めるときは、他の都道府県知事に対し、応援を求めることができる。
２

前二項の応援に従事する者は、特定新型インフルエンザ等対策の実施については、当該応援を求めた

めるときは、他の市町村長に対し、応援を求めることができる。
３

市町村長は、当該市町村の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策を実施するため必都道府県知事又は市町村長の指揮の下に行動するものとする。
第二十六条の四要があると認めるときは、当該市町村の属する都道府県の知事に対し、応援を求めることができる。この 場 合 に お い て 、 応 援 を 求 めら れ た 都道 府 県知 事 は 、正 当 な 理由 が ない 限 り 、応 援 を 拒ん で はな ら ない。

市町村は、当該市町村の区域に係る特定新型インフルエンザ等対策を実施するため必要（事務の委託の手続の特例）
第二十六条の五があると認めるときは、地方自治法第二百五十二条の十四及び第二百五十二条の十五の規定にかかわらず、政令で定めるところにより、その事務又は市町村長の権限に属する事務の一部を他の地方公共団体-4-

に委託して、当該他の地方公共団体の長にこれを管理し、及び執行させることができる。

都道府県知事又は市町村長は、特定新型インフルエンザ等対策の実施のため必要がある（職員の派遣の要請）
第二十六条の六ときは、政令で定めるところにより、指定行政機関の長又は指定地方行政機関の長に対し、当該指定行市町村長が前項の規定による職員の派遣を要請するときは、当該市町村が属する都道府県の知事を経政機関又は当該指定地方行政機関の職員の派遣を要請することができる。
２

由してするものとする。ただし、人命の保護のために特に緊急を要する場合については、この限りでない。

指定行政機関の長及び指定地方行政機関の長、地方公共団体の長並びに特定指定地方公（職員の派遣義務）
第二十六条の七

共機関（指定地方公共機関である地方独立行政法人法第二条第二項に規定する特定地方独立行政法人をいう。）は、前条第一項の規定による要請又は地方自治法第二百五十二条の十七第一項若しくは地方独立行政法人法第百二十四条第一項の規定による求め（都道府県知事又は市町村長が特定新型インフルエ-5-

ンザ等対策の実施のためにした求めに限る。）があったときは、その所掌事務又は業務の遂行に著しい支障のない限り、適任と認める職員を派遣しなければならない。

災害対策基本法第三十二条の規定は、前条（第三十八条第一項の規定により読み替えて（職員の身分取扱い）第二十六条の八適用する場合を含む。）の規定により特定新型インフルエンザ等対策の実施のため派遣された職員の身分 取 扱 い に つ い て 準 用 す る 。こ の 場 合に お いて 、 同法 第 三 十 二条 第 一項 中 「 災害 派 遣手 当 」と あ る のは、「特定新型インフルエンザ等対策派遣手当」と読み替えるものとする。
第三十一条の二第六項中「同項に規定する」を削る。

削除第三十一条の五を次のように改める。
第三十一条の五

第三十一条の六第一項中「都道府県知事は、第三十一条の四第一項」を「都道府県（その区域の全部又は一部が第三十一条の四第一項第二号に掲げる区域（以下この条において「重点区域」という。）内にある都道府県に限る。）の知事（以下この条において「都道府県知事」という。）は、同項」に、「同項第-6-二号に掲げる区域（以下この条において「重点区域」という。）」を「重点区域」に改め、同条第三項中「ため」の下に「、政令で定める事項を勘案して」を加える。
第三十三条第一項を次のように改める。

新型インフルエンザ等緊急事態における第二十条第三項の規定の適用については、同項中「並びに都道府県知事等」とあるのは、「、都道府県知事等並びに指定公共機関」とする。
第三十八条から第四十四条までを次のように改める。
（他の地方公共団体の長等に対する応援の要求等）

第三十八条 その区域の全部若しくは一部が第三十二条第一項第二号に掲げる区域内にある市町村（以下「特定市町村」という。）又は特定市町村の属する都道府県（以下「特定都道府県」という。）についての第二十六条の三から第二十六条の七までの規定の適用については、第二十六条の三の前の見出し及び第二十六条の五中「他の地方公共団体の長」とあるのは「他の地方公共団体の長等」と、第二十六条の三第一項中「都道府県知事は」とあるのは「第三十八条第一項に規定する特定都道府県の知事その他の執行機関（以下「特定都道府県知事等」という。）は」と、「他の都道府県知事」とあるのは「他の-7-

都道府県知事等」と、同条第二項中「市町村長は」とあるのは「第三十八条第一項に規定する特定市町村 の 長 そ の 他 の 執 行 機 関（ 以 下 「 特定 市 町村 長 等 」と い う 。） は 」と 、 「 他の 市 町 村長 」 とあ る の は「他の市町村の長その他の執行機関」と、同条第三項中「都道府県知事又は市町村長」とあるのは「特定都道府県知事等又は特定市町村長等」と、「とする」とあるのは「とする。この場合において、警察官にあっては、当該応援を求めた特定都道府県の公安委員会の管理の下にその職権を行うものとする」と、第二十六条の四から第二十六条の七までの規定中「市町村長」とあるのは「特定市町村長等」と、第二十六条の四中「知事に」とあるのは「知事その他の執行機関に」と、「都道府県知事」とあるのは「都道府県知事等」と、第二十六条の五中「市町村は」とあるのは「第三十八条第一項に規定する特定市町村は」と、第二十六条の六第一項及び第二十六条の七中「都道府県知事」とあるのは「特定都道府県知事等」と、第二十六条の六第一項中「又は指定地方行政機関の長」とあるのは「若しくは指定地方行政機関の長又は特定指定公共機関（指定公共機関である行政執行法人（独立行政法人通則法第二条第四項に規定する行政執行法人をいう。）をいう。次条において同じ。）」と、「又は当該指定地方行政機関の職員」とあるのは「若しくは当該指定地方行政機関又は当該特定指定公共機関の職員」と、同条-8-

第二項中「知事」とあるのは「知事その他の執行機関」と、第二十六条の七中「地方公共団体の長並びその区域の全部又は一部が第三十二条第一項第二号に掲げる区域内にある地方公共団体の委員会及びに」とあるのは「地方公共団体の長等並びに特定指定公共機関及び」とする。
２

委員は、前項の規定により読み替えて適用する第二十六条の六第一項の規定により職員の派遣を要請しようとするときは、あらかじめ、当該地方公共団体の長に協議しなければならない。
第三十九条から第四十四条まで 削除

第四十五条第一項中「特定都道府県知事は」を「特定都道府県の知事（以下「特定都道府県知事」という。）は」に改め、同条第三項中「ため」の下に「、政令で定める事項を勘案して」を加える。

第五十条中「特定市町村長は」を「特定市町村の長（以下「特定市町村長」という。）は」に改める。

第六十六条中「第三十八条第二項」を「第二十六条の二第二項」に、「新型インフルエンザ等緊急事態措置」を「特定新型インフルエンザ等対策」に改め、「ついては」の下に「、前条又は感染症法第五十七条若しくは第五十八条（感染症法第六十四条第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。次条第一項において同じ。）の規定にかかわらず」を加える。

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第六十七条第一項中「第三十九条第一項若しくは第二項又は第四十条」を「第二十六条の三第一項若しくは第二項又は第二十六条の四（これらの規定を第三十八条第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）」に、「特定都道府県知事等の属する特定都道府県」を「都道府県知事等の属する都道府県」に、「特定市町村長等の属する特定市町村は」を「市町村の長その他の執行機関（次項において「市町村長等」という。）の属する市町村は、第六十五条又は感染症法第五十七条若しくは第五十八条の規定にかかわらず」に改め、同条第二項中「特定都道府県知事等の属する特定都道府県」を「都道府県知事等の属する都道府県」に、「特定市町村長等の属する特定市町村」を「市町村長等の属する市町村」に、「特定都道府県又は当該特定市町村」を「都道府県又は当該市町村」に改める。

第六十九条第一号中「第十五条第一項の規定により政府対策本部が設置された年の四月一日の属する会計年度」を「都道府県が当該費用を支弁する会計年度の前年度」に、「当該年度」を「前会計年度」に、「 。次 号 」 を「 。 次 号及 び 次条 第 二 項各 号 」に 改 め 、同 条 第 二号 中 「当 該 年 度」 を 「 前会 計 年度 」 に 改め、同条の次に次の一条を加える。
（特別の交付金の交付）- 10 -

第六十九条の二

国は、新型インフルエンザ等対策に係る次に掲げる費用で都道府県又は市町村がその一部を負担するものについて、当該都道府県又は当該市町村の負担を軽減するため、交付金を交付するも前条に規定する費用のとする。
一

感染症法第三十六条の十二、第六十一条第二項若しくは第三項又は第六十二条第一項若しくは第三

前項の規定により国が交付する交付金の額の都道府県又は市町村ごとの総額（次項及び第四項におい項に規定する費用二２て「特別交付金交付額」という。）は、政令で定めるところにより算出した前項各号に掲げる費用ごとの当該都道府県又は当該市町村の負担額を合算した額を次の各号に定める額に区分して順次に当該各号前項各号に掲げる費用を負担する会計年度の前年度における当該都道府県又は当該市町村の標準税に定める率を乗じて算定した額を合算した金額とする。
一収入の百分の三（当該市町村にあっては、百分の一・五）までに相当する額については、百分の六十五- 11 -

二３前号に規定する当該都道府県又は当該市町村の標準税収入の百分の三（当該市町村にあっては、百分の一・五）を超える額に相当する額については、百分の八十五

特別交付金交付額は、政令で定めるところにより、第一項各号に掲げる費用ごとの当該都道府県又は当該市町村の負担額に応じ当該各費用ごとに区分して、交付を行うものとする。この場合において、同項各号に掲げる費用に係る交付金は、この法律又は感染症法（これらの法律に基づく命令を含む。以下この項において同じ。）の規定による負担金若しくは補助金又は交付金とみなして、この法律又は感染特別交付金交付額の交付の時期その他第一項の交付金の交付に関し必要な事項は、政令で定める。

症法の規定を適用する。
４

第 七 十 条 第一 項 中 「 前 条 」 を 「 前二 条 」に 改 め 、 同条 第 二項 中 「前 条 」 を「 前 二 条」 に 改 め、 「 ために」の下に「補助金又は交付金の交付その他の」を加える。

第七十条の二を第七十条の二の二とし、第五章中第七十条の次に次の一条を加える。

政令で定める地方公共団体は、新型インフルエンザ等の発生時において国民の生命及び健（起債の特例）
第七十条の二- 12 -康を保護し、並びに国民生活及び国民経済に及ぼす影響が最小となるようにするために実施する措置で総務省令で定めるものに通常要する費用で当該地方公共団体の負担に属するものについては、第十五条

第一項の規定により政府対策本部が設置された時から第二十一条第一項の規定により当該政府対策本部が廃止されるまでの期間の属する年度に限り、地方財政法（昭和二十三年法律第百九号）第五条の規定

２

第一項の地方債を財政融資資金で引き受けた場合における当該地方債の利息の定率、償還の方法その前項の地方債は、国が、その資金事情の許す限り、財政融資資金をもって引き受けるものとする。にかかわらず、地方債をもってその財源とすることができる。

３

他地方債に関し必要な事項は、政令で定める。

第七十条の七中「内閣官房において処理し、命を受けて内閣官房副長官補が掌理する」を「内閣感染症危機管理統括庁において処理する」に改める。

内閣法（昭和二十二年法律第五号）の一部を次のように改正する。

（内閣法の一部改正）
第二条

第十二条第二項に次の一号を加える。

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十五

前各号に掲げるもののほか、法律（法律に基づく命令を含む。）に基づき、内閣官房に属させられた事務

第十四条第三項中「事務（」の下に「内閣感染症危機管理統括庁及び」を加える。

第 十 五 条 第 二 項 中 「 次 条第 二 項 第 一 号」 を 「次 項 、第 十 六 条第 二 項第 一 号 及 び第 十 七条 第 三項 」 に 改め、「防衛に関するもの」の下に「及び内閣感染症危機管理統括庁の所掌に属するもの」を加え、同条中前項に定めるもののほか、内閣危機管理監は、臨時に命を受け、感染症に係る危機管理に関する事務

第五項を第六項とし、第四項を第五項とし、第三項を第四項とし、第二項の次に次の一項を加える。
３について、内閣感染症危機管理統括庁の事務の処理に協力する。
第十五条の次に次の一条を加える。
内閣官房に、内閣感染症危機管理統括庁を置く。

新型インフルエンザ等対策特別措置法（平成二十四年法律第三十一号）第六条第一項に規定する政内閣感染症危機管理統括庁は、次に掲げる事務をつかさどる。

第十五条の二２
一府行動計画の策定及び推進に関する事務- 14 -

二三

新型インフルエンザ等対策特別措置法第十七条第二項の規定により内閣感染症危機管理統括庁が処理することとされた新型インフルエンザ等対策本部に関する事務

新型インフルエンザ等対策特別措置法第七十条の七の規定により内閣感染症危機管理統括庁が処理することとされた新型インフルエンザ等対策推進会議に関する事務

前三号に掲げるもののほか、第十二条第二項第二号から第五号まで及び第十五号に掲げる事務のう

内閣感染症危機管理統括庁に、内閣感染症危機管理監一人を置く。

四ち感染症の発生及びまん延の防止に関するもの（国家安全保障局、内閣広報官及び内閣情報官の所掌

３

内閣感染症危機管理監は、内閣官房長官を助け、命を受けて庁務を掌理するものとし、内閣総理大臣に属するものを除く。）

４

５

内閣感染症危機管理監補は、内閣感染症危機管理監を助け、庁務を整理するものとし、内閣総理大臣

内閣感染症危機管理統括庁に、内閣感染症危機管理監補一人を置く。

が内閣官房副長官の中から指名する者をもつて充てる。

６

が内閣官房副長官補の中から指名する者をもつて充てる。

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８

７

内閣感染症危機管理対策官は、内閣感染症危機管理監及び内閣感染症危機管理監補を助け、命を受け内閣感染症危機管理統括庁に、内閣感染症危機管理対策官一人を置く。て、内閣感染症危機管理統括庁の所掌事務に係る重要な政策に関する事務を総括整理し、及びその所掌事務のうち重要事項に係るものに参画するものとし、厚生労働省の医務技監をもつて充てる。

第十六条第五項中「前条第三項から第五項まで」を「第十五条第四項から第六項まで」に改める。

第十七条第二項中「並びに」の下に「内閣感染症危機管理統括庁、」を加え、同条第三項中「第十五条第三項から第五項まで」を「第十五条第四項から第六項まで」に改め、同項を同条第四項とし、同条第二前項に定めるもののほか、内閣官房副長官補（第十五条の二第六項の規定により内閣総理大臣が指名項の次に次の一項を加える。
３した者を除く。）は、臨時に命を受け、感染症に係る危機管理に関する事務について、内閣感染症危機管理統括庁の事務の処理に協力する。

第十八条第三項及び第十九条第三項中「第十五条第三項から第五項まで」を「第十五条第四項から第六項まで」に改める。

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第 二 十 一 条 第 五 項 中 「 第 十 五 条第 三 項及 び 第 四項 」 を 「第 十 五 条第 四 項及 び 第五 項 」 に 、「 同 条第 五則項」を「同条第六項」に改める。
附

この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。

（施行期日）
第一条

ただし、次条の規定は公布の日から、第一条中新型インフルエンザ等対策特別措置法の目次の改正規定、同法第六条第五項の改正規定、同法第十八条第四項の改正規定、同法第六十九条の改正規定、同条の次に一条を加える改正規定、同法第七十条の改正規定及び同法第七十条の二を同法第七十条の二の二とし、同法第五章中第七十条の次に一条を加える改正規定は令和六年四月一日から施行する。

この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。

（政令への委任）第二条（地方自治法の一部改正）

第三条 地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）の一部を次のように改正する。

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第二百四条第二項中「新型インフルエンザ等緊急事態派遣手当」を「特定新型インフルエンザ等対策派遣手当」に改める。

（感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律等の一部を改正する法律の一部改正）

第四条 感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律等の一部を改正する法律（令和四年法律第九十六号）の一部を次のように改正する。

第十三条のうち、新型インフルエンザ等対策特別措置法第十七条第二号の改正規定を削り、同法第三十一条の六第一項及び第二項の改正規定中「第三十一条の六第一項及び第二項」を「第三十一条の六第一項中「第三十一条の四第一項第二号」を「第三十一条の六第一項第二号」に改め、同条第二項」に改める。

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理由

新型コロナウイルス感染症への対応を踏まえ、感染症の発生及びまん延の防止に関する施策の総合調整等に関する機能を強化するため、感染症の発生及びまん延の初期段階から新型インフルエンザ等対策本部が迅速かつ的確な措置を講ずるための仕組み等を整備するとともに、内閣官房に当該施策の総合調整等に関する事務及び同対策本部等に関する事務を所掌する内閣感染症危機管理統括庁を設置する必要がある。これが、この法律案を提出する理由である。

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