この動画では、PubMedの使い方をご説明をします。

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PubMedは、アメリカの国立医学図書館が作成しているデータベースで、1946年以降の医学系の文献を無料で検索できます。

ネット環境があれば、どこからでも利用できますし、文献情報が毎日更新されているため、速報性が高くとても便利なデータベースです。
また、本文が公開されている文献情報には、本文へのリンクも付与されています。

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では、PubMedにアクセスしてみましょう。
PubMedは無料でどこからでも利用できますが、図書館Webサイトにある「神大専用」の入り口から利用すると、検索結果に「Find it!」と書かれた赤いアイコンが表示され、本文入手のナビゲートをしてくれて便利です。
「神大専用」入り口から利用するには、神戸大学医学分館のWebサイトにある「固有の資料・データベース」のページを開き、「PubMed神大専用」と書かれた文字のリンクからアクセスして下さい。
また、学内ネットワーク環境下だと、神戸大学が有料で契約している電子ジャーナルへもスムーズにアクセスでき、さらに便利です。
電子ジャーナルを学外から利用するときは、情報基盤センターが提供している
VPN接続サービスを利用して下さい。

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これが、PubMedのトップ画面です。
一番上の検索窓にキーワードを入力することで、簡単に文献を検索できます。
もう少し検索条件を細かく設定したい時は、検索窓の下にある「Advancedsearch」を利用します。
「Advanced search」については、後程説明します。
また、すでに探したい文献の情報が、ある程度特定されている場合には「SingleCitation Matcher」を使うと便利です。

4こちらが、「Single Citation Matcher」の画面です。
例えば巻号と出版年だけしかわからない場合も、それだけを入力して検索するということが可能です。

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では、PubMedの検索ルールをご紹介します。
基本のルールとして、検索キーワードは大文字と小文字で区別はされません。
どちらで検索しても検索結果は同じです。
次に、名詞の単数形と複数形は自動的に両方で検索されます。
そして、冠詞や前置詞などは、ストップワードとして検索キーワードから除外されます。
また、検索は、AND検索、OR検索、NOT検索の論理演算を使って検索できます。
ただし、論理演算子をアルファベットで入力する際は、大文字で入力して下さい。
小文字ですると、 and or notなどの論理演算子も検索キーワードと見なした上で、AND検索されてしまいます。
また、数式と同じで、括弧を使うと論理演算の優先順位を変更でき、複雑な検索式を作れます。
なお、括弧を用いない場合は、左から順番に検索されます。

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その他の便利な記号に、フレーズ検索と前方一致検索があります。
フレーズ検索は、複数の単語を””(ダブルクォーテーション)で囲んで検索をすると、記入した並び順の通り記載されているもののみ、ヒットするというものです。
例にある「stem cell」をダブルクォーテーションで囲まずに入力すると、「stem」と「cell」がバラバラでもどこかに入っていればヒットします。
幹細胞「stem cell」として、検索したいときは、””(ダブルクォーテーション)をつけて検索すると、バラバラに入っている文献情報はヒットしません。
前方一致検索は、*(アスタリスク)より後ろがどんな綴りでもヒットするというものです。
英語は品詞によって語尾が変化するので、それらを一括して検索したいときは前方一致検索をしてください。
但し、フレーズ検索や前方一致検索をすると、名詞の単数複数の自動検索はされません。
例の「Stem cell」をフレーズ検索すると、複数形の「Stem cells」はヒットしません。
「幹細胞」の複数、単数両方検索したい場合は、“Stem cell*”と入力して検索しま
しょう7文献を著者名で検索する場合には、著者の名字、スペース、ファーストネームのイニシャルで検索してください。

著者名は、出版社によって様々な記述がされていますが、ファーストネームやミドルネームは、頭文字だけ入力して検索することで、検索漏れを減らすことができます。
ただ、スミスやウィルソンなどよくある名字の場合、著者名での検索だと大量にヒットする可能性があります。そういった場合は、著者の所属機関などで絞り込むと効果的です。
また、雑誌を検索するときは、正式名称のほか、略名やISSNでも検索できます。
但し、ISSNで検索するときは、4文字目と5文字目の間にー(ハイフン)を入力して下さい。
著者名検索や雑誌検索など検索対象を指定するには、キーワードの後ろにタグをつけて検索します。
タグの一覧は「PubMed User Guide」で確認できますが、検索対象を指定して検索するには、Advanced Search を使うと便利です。

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トップ画面の検索窓下の「Advanced」をクリックすると、AdvancedSearch画面が表示されます

Advanced Searchを使うと、タグを入力しなくても、検索窓左側のプルダウンで検索フィールドを指定できます。検索窓右側のプルダウンを使うと、検索対象をまたいだAND、OR、NOTの論理演算も行えて、より細かい設定ができます。
例えば、著者名で検索したいときは、キーワード入力し、左側のプルダウンで「auther」を選択し、「ADD」ボタンをクリックします。
すると、検索語の後ろにタグがついた検索式がクエリボックスに設定されます。
また、画面の下の方では検索履歴を確認できます。
検索履歴をつかって更に検索するといった、さまざまな検索が行えます。

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履歴を使った検索をするには、検索に利用したい履歴の「Action」項目にある、黒丸が三つ並んだアイコンをクリックし、「Add query」を選択します。
すると、選択した式やキーワードが、クエリボックスにセットされます。
論理演算を使って、2つ以上の履歴を組み合わせた検索や、履歴と新たなキーワードで検索式を作ることが出来ます。
また、一度行った検索を、再度実行したいときは、「Results」項目のヒット件数のリンクをクリックします。
なお、検索履歴は、検索した時間が古い順番に下から並んでいて、直近の検索履歴が、一番上表示されます。

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次に検索結果一覧画面を確認しましょう。
検索結果は、検索条件にマッチした順番に表示されます。
結果の並び順を変更したい時は、右上の「Display options」のソートから変更できます。
また、左側には絞り込みのための項目が表示されていて、文献タイプや出版年などで、さらに絞り込みができます。
画面の下の方にある「Additional filters」を選択すると、左側に表示されている以外の絞り込みも選択できます。
例えば、文献内で扱われている年齢や性別などでの絞り込みも行えます。
なお、一度設定した絞り込みは、「Reset all filiters」をクリックして解除するまで、新たな検索をしても維持されますのでご注意下さい。
文献のタイトルをクリックすると、詳細画面が表示されます。
なお、タイトルが角括弧で囲まれているものは、本文の言語が英語以外の資料です。

11こちらが詳細画面です。
①の箇所には論文タイトルや掲載誌の情報が記載されています。
掲載雑誌の情報は、一番上に表示されています。PubMedでは、雑誌タイトルは省略形で記載されていることが多いです。掲載誌の正式なタイトルは、この略称にカーソルを合わせると表示されます。さらに、掲載誌の詳細な情報は、この略タイトルをクリックして表示されるウィンドウ内から「Search in NLMcatalog」を選択すると確認できます。
その下に論題、著者名と続きます。「expanded」をクリックすると、3名以上著者がいる場合はその他の著者名が確認でき、著者の所属も確認できます。
右側の、②のところには、本文へのリンクや、「Find it!」のアイコンが表示されています。この「Find it!」は、検索した文献の電子ジャーナルへのリンクの可否や、紙媒体での所蔵有無の確認、神戸大学で見られない資料の他大学からの取寄せ申込が、一つのページで行える便利なリンクです。
その下、③の「Cite」からは、引用文献スタイルを選択して表示し、コピー＆ペーストができます。
また、画面の下の方、④のところには、すべてのデータにではありませんが、被引用文献へのリンクも付けられていて、関連文献を辿ることができます。
その下には、MeSHTermsも記載されています。
12ここで、入力したキーワードでどのような検索がPubMed内で行われたか確認してみましょう。

Advanced Search画面の下、History and Search Details で確認します。
Detailsにある矢印をクリックすると、検索キーワードが、どのような検索式で検索されたか確認できます。
ここに「gastric cancer 」について検索した履歴が2つあります。
一つ目は、gastric cancerをそのまま検索した例です。
PubMedでは、検索フィールドを指定したり、前方一致やフレーズ検索等を行わなければ、検索キーワードを適当なMeSH Termへ自動マッピングします。また、個々のキーワードを全ての検索フィールドで検索します。これらの検索でヒットしたデータの合計が検索結果として表示されるので、ノイズが多くなるという傾向にあります。
2つ目は、gastric cancerをフレーズ検索した例です。
前方一致検索やフレーズ検索をすると、自動マッピングは行われません。指定したキーワードのみで検索するので、ノイズは少なくなりますが、検索漏れが起こる可能性があります。
求める文献情報を過不足なく検索する方法の一つとして、シソーラス検索があります。
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最初に、シソーラスとはどういうものか確認しておきましょう。

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シソーラスとは、同義語や類義語をひとつの統制語の下に集め、また、語句の間の上位・下位の関係を定義した辞書のことを言います。

PubMedではMeSHというシソーラスが使われており、統制語はMeSH Termと呼ばれます。MeSHには統制語の他、補足語や限定語などが登録されいて、検索精度を上げる工夫がされています。
シソーラス検索をする利点は、同義語や類義語を持つ文献を網羅的に検索できるので検索漏れを減らせるとともに、ノイズを減らして、検索効率を上げられるということです。
例えば Cancer、Tumor、Neoplasiaなどの類義語は、MeSHで「Neoplasms」を統制語として採用しています。
「Neoplasms」をキーワードに検索すれば、論題や抄録などに「Cancer」「Tumor」が使われていて、「Neoplasms」という単語が含まれていなくても、内容が合致する文献情報はヒットします。

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また、各語句には階層関係が構築されているので、下位の用語を利用するとより詳細な検索ができ、逆に上位語で検索するとより広い範囲での検索が可能です。
このように便利なシソーラス検索ですが、検索にはいくつかの注意点があります。
PubMedに登録された文献データにMeSH Termが付与されるまでに、数週間かかると言われています。文献情報は毎日更新されていますが、最新の情報はシソーラス検索ができません。
また、新しく発見された疾患や治療法などは適当なMeSH Termが無い場合もあります。
シソーラスの特徴を理解してうまく使ってみてください。

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では、「胃がん」を例に、MeSHを使った検索をみてみましょう。
MeSH Termを検索する際は、トップページの下の方にある「MeSH Database」をクリックしてMeSＨ検索画面を開けてください。
そして、「gastric cancer」で検索すると、一番上にMeSH termとして「StomachNeoplasms」がヒットしました。
詳細画面を見てみましょう

17一番上に、用語の定義が書かれています。
その下にはサブヘディングといって、MeSH termと組み合わせることができる用語が並んでいます。サブヘディングは、各用語に共通する概念についてまとめたもので、研究の視点や内容を限定したい時に使います。
例えば、胃癌の看護に関する文献に限定して検索したいときは、「Nursing」にチェックを入れて検索します。
サブヘディングの下の「Entry terms」の項目には、同義語や類義語が、その下には、語句の階層関係が表示されています。
MeSH termで検索する場合には、画面右上の「Add to search builder」をクリックして検索式を作成し、「Search PubMed」でPubMedの検索を実行します。

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次に、データの保存と出力についてご説明します。
検索結果から、出力したい文献タイトルの前にあるボックスにチェックを入れて、画面左上の「Save」から文献情報を出力できます。
出力形式は、Formatのプルダウンから選択します。
例えば、エクセルなどで管理したい場合はCSV形式を選択しておくといいでしょう。
検索結果すべてを出力したい場合は、 Selectionのプルダウンで[All results] を選択してください。 但し、検索結果が 1万件を超える場合は、最初の1万件しか出力できません。
「Send to」の中のClipboardを使って、文献情報を一時的に保存し、それらを後でまとめて出力することができます。
なお、保存したデータは、8時間後に消去されます。
長期保存したい場合は、この後ご説明するMy NCBIを利用すると、長期保存が可能です。

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PubMedは、アカウント登録をすると検索式や検索結果を保存したり、保存した検索式で定期的に自動検索して新規情報をメール連絡するなど、便利な機能が利用できます。
アカウント登録は、トップ画面右上の「ログイン」ボタンの中の一番下、「New here? Sign up」をクリックし、「Create new NCBI Account」から登録します。
username、 E-mail、PWを記入して「Sign up」をクリックすると、記入したメールアドレス宛にNCBIからメールが届きます。
メールに記載されているURLをクリックし、表示された画面からログインすれば登録完了です。

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検索式の保存と検索結果の自動送信の設定は、検索結果一覧の検索窓の下に表示される「create alert」から行えます。
MyNCBIにログインし、自動通知する頻度、レポートのフォーマット、送付件数の上限などを指定し保存します。自動通知が必要ない場合は、“No”にチェックし検索式を保存します。
文献情報は、My NCBIの「Collections」や「My bibliography」で管理できます。
検索結果から保存したい文献情報を選択し、画面左上の「Send to」をクリックします。
「Collections」を選択すると、任意に名称を付与したコレクションごとに分けて、文献情報を管理できます。

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以上が「PubMed」の使い方です。
図書館では、「PubMed」の使い方に関する本も所蔵しています。
更に詳しい利用方法を知りたいかたは、そちらも是非ご利用ください。

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