医療機関等における税制のあり方に関する提言−充実した医療・介護提供体制の確立と医療機関等の経営安定化のために−

令和元年（2019 年）10 月 4 日

公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会会長

永 山正 人〔医療機関等における税制のあり方に関する提言〕−充実した医療・介護提供体制の確立と医療機関等の経営安定化のために−【提言の目的】公益社団法人日本医業経営コンサルタント協会では、平成２２年度から平成３０年度にかけて７回にわたり医業経営安定化のために「医療機関等における税制のあり方に関する提言」を行ってきた。
社会保障関係費については「新経済・財政再生計画」において「２０２０年度に向けてその実質的な増加を高齢化による増加分に相当する伸びにおさめること」が方針とされている。２０２０ 年度予算の概算要求基準では社会保障費の自然増は５，３００億円程度とすることが閣議で了解されていたが、これはさらに抑制される可能性がある。
このように厳しい経営環境下に置かれている医療機関等の経営の安定化を図るためには、税制面から経営を支える施策を講ずることが喫緊の課題と考え、前回までの提言を踏まえて改めて「医療機関等における税制についての提言」を行うものである。

- 1 -【提言の趣旨】
１．医師の勤務環境改善支援のための税制措置創設について都道府県に設置された医療勤務環境改善支援センター（勤改センター）の助言を受けて「医師等勤務時間短縮計画」を作成した医療法人等において、医師の勤務時間を短縮するため、給与費等の金額が増加した場合には、増加した給与費等の金額の１５％を税額控除する制度の創設を要望する。
２．認定医療法人制度の延長と医療法人の税制等の整備について持分なし医療法人への移行を促進するために認定医療法人制度を３年間延長するとともに、持分なし医療法人と持分あり医療法人の税制に関する改正、並びに持分あり医療法人に対する適切な承継税制の創設を要望する。
３．医療及び介護に係る控除対象外消費税問題の抜本的解決について社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供に係る控除対象外消費税問題について、抜本的な解決が図られることを要望する。
４．医療機関に対する設備投資減税措置について
介護医療院への転換の際の設備投資について、税額控除など適正な税制措置を講ずることや、中小医療機関に中小企業に対する設備投資減税と同等の設備投資減税が行われるように措置することを要望する。
５．訪日外国人向け医業税制の整備について
２０２０年の東京オリンピック、パラリンピック開催に向けて訪日外国人の数はますます増加すると見込まれる。これにより医療機関では自由診療収入が増加するが、それに関連した医業税制の整備を要望する。

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【提言】
Ⅰ. 医師の勤務環境改善支援のための税制措置創設について「医師は全業種の中で最も長時間労働の実態にある」ことに対応し、地域における安全で質の高い医療を提供するため、平成３１年度税制改正において、２年間の時限措置として、医師・医療従事者の勤務時間短縮に資する一定の設備（勤務時間短縮用設備等）について特別償却制度が創設された。この制度を参考に、医師の勤務環境改善支援のための税制措置創設について提言する。
具体的には、都道府県に設置された医療勤務環境改善支援センター（勤改センター）の助言を受けて「医師等勤務時間短縮計画」を作成した青色申告書を提出する
法人又は個人で医療保健業を営むものにおいて、医師の勤務時間を短縮するため、給与費等の金額が増加した場合には、増加した給与費等の金額の１５%を税額控除する制度を創設すること。なお、短縮計画開始後６か月後に、計画の対象とした医師の労働時間の短縮についての記録を、計画の確認を受けた勤改センターに提出し、確認及び助言を受けることも条件とする。
Ⅱ．認定医療法人制度の延長と医療法人の税制等の整備について
１．認定医療法人制度について、厚生労働大臣が移行計画の認定をする期間を３年間（令和５年９月３０日まで）延長すること。
２．平成２６年度税制改正で創設され、平成２９年度改正により令和２年９月３０日まで３年間延長された医業継続に係る相続税及び贈与税の納税猶予・免除制度について、認定医療法人制度の延長に合わせて３年間（令和５年９月３０日まで）延長すること。
３．持分あり医療法人についても、平成３１年３月３１日現在、医療法人総数の７１．６％を占めるという実態を受容して、医業継続を図るため、持分あり医療法
人に係る新たな相続税及び贈与税の納税猶予・免除制度を早急に創設すべきである。
そのため、医療法人の公益性及び非営利性に鑑み、取引相場のない株式等についての相続税及び贈与税の納税猶予制度と同等以上の措置とすること。
４．現行の「持分あり医療法人」の出資評価方法について、類似業種比準価額方式の出資評価方法を配当のない普通法人の株式評価と同じ方法（評価算式の分母を３とし、分子の配当要素は０とする評価）に改めること。また、純資産価額方式
については、医療法人の社員は各一個の議決権を有するとされており、特定の出資社員が独占的な支配権を有することはできないため、支配割合５０％未満の同族株主同様に純資産価額の８０％評価とすること。
Ⅲ．社会保険医療の給付等に係る控除対象外消費税問題の抜本的解決について
現行の消費税法においては、社会政策的配慮から、社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供は非課税取引とされている。そのため、各事業者が支払った- 3 -消費税について仕入税額控除が認められず、事業者が消費税の負担者になるという多段階課税方式をとる消費税法に沿わない取扱いがされてきた。
社会保険医療の給付等や介護保険サービスの提供はその価格が公定とされており、消費者に消費税相当額の転嫁をすることが出来ず、結果的に控除対象外消費税等が医療機関等のコストとなり、これが経営を圧迫している。そこで、社会保険医療の給付等及び介護保険サービスの提供に係る消費税について、医療機関等の適正な経営が維持されるよう抜本的解決を要望する。
Ⅳ．医療機関に対する設備投資減税措置について
１．介護療養病床又は介護療養型老人保健施設等から介護医療院に転換する際の改修等に係る設備投資について、税額控除など実態に即した適正な税制措置を講ずること。
２．中小医療機関に対する設備投資減税については、イコールフッティングの観点で、中小企業に対する設備投資減税と同等の設備投資減税が行われるように措置すること。
Ⅴ．訪日外国人向け医業税制の整備について
２０２０年の東京オリンピック、パラリンピック開催に向けて訪日外国人数の増加が見込まれ、医療機関では自由診療収入が増加する。これに関連して以下のような医業税制の整備を要望する。
１．社会医療法人、特定医療法人及び認定医療法人の要件に「社会保険診療等に係る収入金額が全収入金額の８０％を超えること」や「自費患者に対し請求する金額が、社会保険診療報酬と同一の基準によること」というものがあるが、訪日外国人向けの自由診療を除外してこれらの要件の判定を行うこと。
２．訪日外国人向けの自由診療に係る医業未収入金について、税法上の貸倒損失の要件を緩和すること。

- 4 -(公社)日本医業経営コンサルタント協会

委

員

氏

名

当協会所属

委員長

青木 惠一

東京都支部

委

石井 孝宜

東京都支部

〃員

笠田 圭介

税制専門分科会 委員名簿
（順不同・敬称略）
事務所名・その他の所属等

税理士法人青木会計 代表社員
税理士・行政書士
石井公認会計士事務所 所長
税理士・公認会計士

調査研究・提言委員会
委員、石川県支部(株)金沢医業経営研究所 常務取締役

財務委員会委員、医業〃

竹田 秀

経営コンサルタント資一般財団法人竹田健康財団

理事長

格認定審査会委員〃船本 智睦

京都府支部

京都紫明税理士法人 代表社員
税理士

（問い合せ先）公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会
事務局 事業第二課 TEL：03-5275-6994- 5 -