資料４
国家戦略特別区域基本方針の一部変更について○

平成26年度税制改正の大綱（平成25年12月24日閣議決定）及び先の通常国会で成立した租税特別措置法・地方税法の一部改正を受け、国家戦略特区に係る課税の特例措置の概要について記載。

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国家戦略特区に係る課税の特例措置の適用を受けるための手続（区域計画への記載事項、認定条件等）を規定。
１．課税の特例措置の概要（１）特別償却・投資税額控除
国家戦略特区の特定事業の実施主体として認定区域計画に定められたものが、国家戦略特区内において機械等を取得した場合の特別償却又は税額控除措置。

特別償却

税額控除

対象資産

措置の内容

機械・装置、開発研究用器具・備品

即時償却（特定中核事業※）
50％（特定中核事業以外）

建物及びその附属設備並びに構築物

25％

機械・装置、開発研究用器具・備品

15％

建物及びその附属設備並びに構築物

８％（※）先端的技術を活用した医療等医療分野が対象。

（２）研究開発税制の特例
上記１．の即時償却の適用を受ける特定中核事業の用に供された開発研究用資産について、即時償却に加え、その減価償却費の12％を税額控除できる措置。

（３）固定資産税の特例
特定中核事業のうち医療分野における一定の研究開発に関する事業の実施主体として区域計画に定められた者が、国家戦略特区内において取得した当該研究開発の用に供する一定の設備に係る固定資産税について、課税標準を最初の３年間価格の１／２とする措置。

（４）国家戦略民間都市再生事業に対する特例（割増償却、登録免許税の軽減等）
２．課税の特例措置の適用手続○ 所定の様式による事業実施計画の作成等及び区域計画への記載事項（事業の内容、事業の実施主体、目標を達成するための位置付け・必要性、適用しようとする課税の特例措置等）を規定。
○ 区域計画を内閣総理大臣が認定することで、課税の特例措置が適用。
※認定においては、基本方針に定める認定条件を満たすことが必要。

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国家戦略特別区域基本方針の一部変更について
平成26年 月 日
閣 議 決 定 案
国家戦略特別区域法（平成25年法律第107号）第５条第６項において準用する同条第３項の規定に基づき、国家戦略特別区域基本方針（平成26年２月25日閣議決定）の一部を次のとおり変更する。
第二の４の②のオ）中、「の活用状況及びその効果」を「及び課税の特例措置の活用状況並びにその効果」に改める。

第二の４の⑥のⅱ）のイ）のｂ）中、「規制の特例措置又は」を「規制の特例措置、」に改め、「金融上の支援措置」の次に「又は課税の特例措置」を加える。
第四の１の①中、ウ）の次に次のように加える。
エ）課税の特例措置
第五の２の②中、「場合には、」の次に「区域計画に、」を、「特定事業ごとに」の次に「、第四の１②イ）に掲げる事項として次のア）に掲げる事項を、第四の１②エ）に掲げる事項として次のイ）及びウ）に掲げる」を加え、「区域計画に以下の」を削る。
第五の２の③を次のように改める。
③区域計画の認定条件
国家戦略特区支援利子補給金に係る区域計画の認定に当たっては、当該特定事業が法第２条第２項第２号の内閣府令に規定する事業に該当することを確認するとともに、第四の２②に定めるところにより、判断するものとする。
第五の２の③の次に次のように加える。
３．税制上の支援措置①国家戦略特区における課税の特例措置の趣旨及び概要
国家戦略特区において、産業の国際競争力を強化するとともに、国際的な経済活動の拠点の形成を図るため、以下の課税の特例措置を講じる。
ア）特別償却・投資税額控除(a)認定区域計画に定められた実施法人が、平成 26 年４月１日から平成 28 年３月 31 日までの期間内に、国家戦略特別区域法施行規則（平成 26 年内閣府令第 20 号。以下「施行規則」という。
）第１条に規定する事業（注１）を行うために設備等を取得等して当該事業の用に供した場合には、租税特別措置法2（昭和 32 年法律第 26 号）第 42 条の 10 又は第 68 条の 14 及び地方税法（昭和 25 年法律第 226 号）に基づき、特別償却又は税額控除（法人住民税及び事業税については特別償却）を認める特例措置を適用できる。
（注１）法第２条第２項第１号に掲げる事業（規制の特例措置の適用を受けるもの）又は同項第２号に掲げる事業（法第 28 条第１項に規定する指定金融機関から当該事業を行うのに必要な資金の貸付けを受けて行われるもの）に限る。
(b)(a)の事業が施行規則第１条第２号に掲げる事業（注２）（以下「特定中核事業」という。）に該当する場合には、当該特定中核事業の用に供される一定の機械及び装置並びに開発研究用器具及び備品については、その普通償却限度額との合計でその取得価額までの特別償却（いわゆる「即時償却」）ができる。
（注２）先端的技術を活用した医療等医療分野が対象。
イ）研究開発税制の特例
ア）(b)の即時償却の適用を受ける特定中核事業の用に供された開発研究用資産の減価償却費は、租税特別措置法第 42 条の 10 第６項又は第 68 条の 14 第６項に基づき、研究開発税制の特例を適用できる。
ウ）固定資産税の課税標準の特例
特定中核事業のうち医療分野における研究開発事業で基礎的なものその他の収益性の低いものを行うために開発研究用資産（ア）(b)の即時償却の適用を受けるものに限る。）を取得等してその事業の用に供した場合には、地方税法附則第 15 条第 39 項に基づき、固定資産税の課税標準の特例を適用できる。
エ）国家戦略民間都市再生事業に対する課税の特例
法第 25 条第１項に規定する国家戦略民間都市再生事業を定めた区域計画について内閣総理大臣の認定を受けたことにより、当該事業の実施主体に対して都市再生特別措置法（平成 14 年法律第 22 号）第 21 条第１項の民間都市再生事業計画の認定があったものとみなされた場合には、租税特別措置法及び地方税法に基づき課税の特例を適用できる。
②事業実施計画への記載事項
上記①のア）(a)、ア）(b)、イ）又はウ）の課税の特例措置を活用しようとする
場合には、区域計画の課税の特例措置に必要な基礎資料として、活用しようとする
課税の特例措置ごとに、事業実施計画を作成するとともに、当該事業実施計画において、施行規則第３条第１項に規定された別記様式第一（別紙）の１から６までの各項目に加えて、「７．その他事業の実施に関する事項」として、活用しようとする課税の特例措置、設備等の取得等に関する計画その他の内閣総理大臣が定める事項が記載されていることが必要である。

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③区域計画への記載事項
課税の特例措置を活用しようとする場合には、区域計画に、活用しようとする課
税の特例措置ごとに、第四の１②イ）に掲げる事項として次のイ）及びオ）に掲げる事項を、第四の１②エ）に掲げる事項として次のア）、ウ）及びエ）に掲げる事項を定めることが必要である。ただし、活用しようとする課税の特例措置の対象となる設備等が一致する場合には、該当する課税の特例措置を列記すれば、活用しようとする課税の特例措置ごとにこれらの記載事項を区域計画に定める必要はない。
ア）活用しようとする課税の特例措置イ）課税の特例措置の対象としようとする事業の内容
ａ）当該事業の概要
ｂ）当該事業が行われる区域ｃ）当該事業の実施期間ｄ）当該事業により取得等される設備等の概要
ウ）課税の特例措置（①のエ）を除く。）の対象としようとする事業が該当する
施行規則第１条第１号又は第２号の条項
エ）課税の特例措置の対象としようとする事業について、法第６条第２項第 1 号の目標を達成するための位置付け及び必要性
オ）課税の特例措置の対象としようとする事業の実施主体④区域計画の認定条件
国家戦略特区における課税の特例措置に係る区域計画は、産業の国際競争力の強化及び国際的な経済活動の拠点の形成を図るという国家戦略特区の目的に沿って、これを戦略的観点から推進するものであって、以下のア）からウ）までの条件及び第四の２②イ）に掲げる認定基準の判断に当たっては以下のエ）を満たすものとする。
ア）課税の特例措置（①のエ）を除く。）の対象としようとする事業が、施行規則第１条に規定する事業に該当すること。
イ）当該事業の用に供する設備等が、区域計画に係る当該国家戦略特区内に新設等されるものであること。
ウ）事業実施計画が、当該事業を行うことについての適切かつ確実な計画であることを、国家戦略特区担当大臣が確認していること。
エ）当該事業が、その事業内容、行われる場所、当該国家戦略特区で行われる他の事業との関係等を考慮して、当該国家戦略特区における目標達成のために相当程度寄与することが認められること。
附 則
この基本方針の変更は閣議決定の日から施行する。

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