産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター

Active ワークフロー
組み合わせ型
インストールマニュアル

MolProf, AIST
2016/04/25

目次1

はじめに .......................................................................................................... 22

Active ワークフロー組合せ型について ........................................................... 3

3インストール................................................................................................... 4
3.1

Active ワークフローとプログラムのダウンロード ................................... 4

3.2

AIST-knime パッケージの展開と KNIME の起動 ................................... 5

3.2.1

Windows の場合 ................................................................................ 5

3.2.2

Linux の場合 ..................................................................................... 53.2.3

MacOS の場合 ................................................................................... 53.34

KNIME 設定 ............................................................................................ 6

おわりに .......................................................................................................... 81

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はじめに

本書は、産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センターにて運用する統合 DB 情報基盤サイトで公開している解析サービスの「Active ワークフロー」のうち、組み合わせ型について、インストール方法を記述した文書です。
Active ワークフローのご使用方法については別途、ユーザーマニュアルをご参照いた
だき、併せて統合 DB 情報基盤サイト Web サイトをご利用ください。
統合 DB 情報基盤サイト：

http://togo.medals.jp/2

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Active ワークフロー組合せ型について
Active ワークフロー組み合わせ型は、以下のとおり 4 種類あり、AIST-knime package
ファイルには 4 種類すべてが同梱されています。
後述の手順に従いインストールすることで、4 種類すべてが利用可能となります。
2-1 Active ワークフロー組み合わせ型一覧
No.

Active ワークフロー組み合対応 OS説明RNA Structure Prediction

Windows 32bitRNA の構造予測を行うワ

Active Workflow

Linux 64bit

ークフロー

わせ型
1

名称MacOS2

3

4

Protein Structure

Windows 32bit

モデリングやディスオー

Prediction Active

Linux 64bit

ダー予測を行うワークフ

Workflow

MacOSローPhylogeneticTree Active

Windows 32bit

マルチプルアライメント、Workflow

Linux 64bit

系統樹作成を行うワークMacOS

フロー

Protein Ligand Docking

Windows 32bit

タンパク質-リガンドドッ

Workflow

Linux 64bit

キングを行うワークフロ

MacOS

ー3

3

インストール

3.1 Active ワークフローとプログラムのダウンロード
統合 DB 情報基盤サイト(http://togo.medals.jp/) より、Active ワークフロー組み合わせ型の実行に必要なファイルのダウンロードを行います。
インストールに必要なファイルは、AIST-knime package ファイルです。
インストールする OS に合わせて選択し、ダウンロードを行ってください。
対応 OS と AIST-knime package ファイルとの関係は次表のとおりです。

OSダウンロードファイル名説明

Windows 32bit

AIST-knime-[バージョン]-win.zip

ZIP 圧縮ファイル

Linux 64bit

AIST-knime-[バージョン]-linux.tgz

gzipped tar ball ファイル

MacOS

AIST-knime-[バージョン]-mac.tgz

gzipped tar ball

＊ MacOS 版は OS X 10.7 以上で動作します。

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3.2 AIST-knime パッケージの展開と KNIME の起動
ダウンロードした AIST-knime パッケージを展開し、KNIME を起動します。

3.2.1 Windows の場合
1. AIST-knime パッケージをマウスで選択し、右クリックを押下します。
2. 表示されるメニューより、「すべて展開」を選択します。
展開が行われます。
3. knime ディレクトリの中にある knime.exe をダブルクリックします。

3.2-2 KNIME アイコン

3.2.2 Linux の場合
1. ダウンロードファイルを展開します。
$ tar zxvf [ダウンロードファイル名]

2. 展開したディレクトリ以下の knime ディレクトリに移動し、KNIME を起動します。
$ cd knime$ ./knime

3.2.3 MacOS の場合
1. AIST-knime パッケージをマウスで選択し、右クリックを押下します。
2. 表示されるメニューより、「すべて展開」を選択します。
展開が行われます。
3. KNIME 3.X.X.app をダブルクリックします。

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3.3 KNIME 設定
KNIME の起動時に、Workspace の設定画面である「Workspace Launcher」Windowを使用して、Workspace の設定を行います。
Workspace は、インストールした KNIME フォルダー内にある workspace フォルダーへのフルパスを設定します。
1. 「Browse…」ボタンを押下し、インストールした KNIME フォルダー内のworkspace フォルダーを選択し、「OK」ボタンを押下します。Mac OS 版の場合、KNIME 3.X.X.app/Contents/Eclipse/workspace を指定してください。

3.3-1 KNIME Workspace の設定
2. KNIME 起動後の画面より、「Open KNIME workbench」を選択します。

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3.3-2 Open KNIME workbench
3. KNIME 左上の Workflow Projects 欄に、4 種類の Active ワークフロー組み合わせ型が表示されます。
これで、インストールは終了です。
各ワークフローの利用方法はユーザーマニュアルをご参照ください。

3.3-3 Workflow Projects

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おわりにご質問やご意見は下記のメールアドレスにお願いいたします。
workflow@molprof.jp

産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター 情報統合班では、利用者のご要望を積極的に取り入れ、より良いシステムにしていく計画です。

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