社団法人

バイオ産業情報化コンソーシアム

2008-APRIL

interview

インタビュー
1

渡辺 公綱 氏
topicsトピックス
6分子シミュレーションシステム「myPresto」公開

7

理事会・総会開催

8「バイオメディシナル情報研究センター」設立

機能性RNAプロジェクト プロジェクトリーダー

渡辺 公綱 氏

p.1-5

−大学を卒業されて以来、RNA一筋に研究を進められてきた構造を円偏光二色性という測定手段を用いて探るといとお聞きしています。RNA研究を始められたきっかけは何うものでした。当時は、タンパク質の全盛時代で、人だったのでしょうか。と違う研究に取り組んでみたいという思いもありました
し、RNAについてはほとんど研究が進んでおらず、

渡辺： 最初のきっかけは、東大教養学部在籍中に今tRNAの二次構造がやっとわかったばかりでした。三堀和友先生（東京大学名誉教授）の研究室へ卒研で次構造は全く未知のものでしたので、そのようなRNA入ったのですが、修士で与えられたテーマがRNAのがどうやって構造を作って機能するのかということに非常に興味が湧いたのです。ひとつのことに熱中しやすい性格ですので、こうしてすぐにRNAに病みつきになって渡辺公綱（わたなべ きみつな） 理学博士しまいました。

1972年東京大学大学院理学系研究科博士課程修了、同年（株）三菱化成生命科学研究所（現：三菱化学生命科学研究所）入社。
75年西独マックス・プランク実験医学研究所留学（ 博士研究員 ）。80年東京大学農学部助教授、84年同工学部助教授、88年東京工業大学大学院総合理工学研究科生命化学専攻教授、91年東京大学工学部工業化学科教授、99年東京大学大学院新領域創成科学研究科先端生命科学専攻教授を経て、03年に産業技術総合研究所生物情報解析研究センター長に就任。
05年「機能性RNAプロジェクト」プロジェクトリーダーに就任。

手前味噌になりますが、RNAは生命の起源に結びついていると考えています。RNAそのもので遺伝情報の鋳型となり、また酵素活性を持つ。ひとつの分子で情報と機能を併せ持つのはRNAだけです。タンパク質は機能はあるけど情報がない。今後、生命のRNA起源説が本格的な研究対象になるのではないかと期待しています。

−この20年の間にRNAに関してRibozyme、RNAi等様々な機能が発見されており、これらの研究業績に対してノーベル

1interview賞が授与されています。研究を始められた当初、このような実際には国立がんセンターへ内地留学し、tRNAの専RNA研究の発展を予想されましたでしょうか。

門家であった西村暹先生のもとで研究をしました。大島先生が、伊豆の温泉で見つけたThermus thermo

渡辺：まったく想像できませんでした。私が研究を始め

phillusという80℃の高温環境でも生きる好熱菌の細胞たのは1966〜7年ですので、遺伝暗号が解読され、膜やタンパク質の耐熱機構を研究されていましたので、セントラルドグマの概念がやっと提出された頃で、その大島先生のテーマで私はtRNAの耐熱機構を研究しま

中でmRNA、tRNA、rRNAの役割は論じられていました。好熱菌の開始メチオニンtRNAの塩基配列を決したが、その実態はまだあまりよくわかっていない、ま定したところ、それは大腸菌の開始tRNAの塩基配列だまだ模索の時代でした。それから遺伝子工学が始とほとんど同じでしたが、大腸菌では54位のリボチミジ

まる1970年初頭までの間に、タンパク質合成のメカニン（rT）という修飾塩基が好熱菌ではさらにその2位がズムが実験的にあらかた検証されるようになりました。

チオ化された2−チオリボチミジン（s2T）で置換されていリボザイムが発見されたのは1980年の初頭ですし、ることを見つけました。そしてこの新規修飾塩基がRNAiに至っては1990年代の末ですから、私が研究をtRNAの耐熱化に決定的な役割を持つことを実験的に始めた頃から見れば隔世の感があります。

証明したわけです。

−東大大学院博士課程を修了され、三菱化成生命科学研究所−その後、西ドイツに留学されていますが、どのような研究を（生命研）（現：三菱化学生命科学研究所）に入社されていますが、されたのですか。

どのような研究をされたのでしょうか。

渡辺： 生命研にいる時に留学の話をいただき、生命研
渡辺： 早く就職したいと思っていましたので、当時東大江上所長のご紹介で西独マックス・プランク実験医学研農学部の助手をされていた大島泰郎先生（東京工業大究所のクラマー先生のもとで約2年間研究しました。最学名誉教授）が生命研へ行かれるということで幸運にも初はクラマー先生から頂いた、特定部位を修飾した便乗させていただきました。所属は生命研でしたが、tRNAを用いてtRNAと酵素の相互作用を調べるというテーマをやっていましたが、そのうち同年代のドイツの研究者が、私が生命研時代に取り組んでいた好熱菌のtRNAのテーマに大変興味をもち、それを一緒にやらないかという話になりました。早速クラマー、大島、西村、各先生の許可を得た後、日本から大島先生に好熱菌の種を送っていただき、それを大量培養して、そこからtRNAやタンパク質合成に必要な酵素類を単離しました。大腸菌からも同様にタンパク質合成に必要な成分を抽出し、好熱菌由来と大腸菌由来のtRNAや酵素の各成分を組み合わせて、色々な温度下でタンパク質合成活性を調べることにより、先に述べた好熱菌ｔRNAの54位のs2Tという修飾塩基がタンパク質合成の最適温度を決定していることが分かりました。

2−日本とドイツの研究体制で異なる点はありましたか。

−現在プロジェクトリーダーをされている「機能性RNAプロジェクト」の概要についてお聞かせ下さい。

渡辺： 本質的に大きな違いはありませんでしたが、私にとって印象深かったことは、ドイツではテクニシャンの地

渡辺： 細胞中にはタンパク質をコードするmRNAとは別位が非常に高く、個室を与えられるなど、研究補助のに、タンパク質をコードしていないにもかかわらず転写さプロフェッショナルとして地位と待遇が上がっていくといれるnon-coding RNAが多数存在します。これらは機う独特のシステムがあることです。日本にはそのような能性RNAとして、発生や細胞分化の過程において重システムはありませんので、非常に驚きました。また、要な役割を果たしており、がんや糖尿病等の疾患にも研究者とテクニシャンの分業が明確で、例えばガラス機深く関わっているものと考えられます。RNAの研究は世器専門のテクニシャンや金属加工のテクニシャンが即座界 的 規 模で急 速に進められていますが 、 日 本にはに希望通りの機器を準備してくれます。日本では、残RNAを専門とする研究者も多く、十分な研究基盤があ念ながらテクニシャンの評価方法が定まっておらず、昔ることから、日本独自の研究開発を目指して平成17年から課題となっているわりには改善されていないような気度に本プロジェクトがスタートしました。

がします。

本プロジェクトは、3つの研究開発項目を軸に進められています。一つは、バイオインフォマティクス技術の開発です。塩基配列情報からバイオインフォマティクスによって−帰国されてから大学を退官されるまでの間はどのような機能性RNAを予測する技術を開発し、さらに機能性研究をされたのですか。

RNAのデータベースを構築することを目指しています。
既にソフトウェアやデータベースを開発していますが、渡辺： tRNAの高温適応はs2Tという新規修飾塩基で達成されていることが分かったので、今度はその反対
機能性RNAプロジェクトの概要は、JBICのホームに低温側で機能しやすいtRNAの特徴を調べる研究にページにてご覧いただけます。

着手しました。試行錯誤の結果、ヒトのミトコンドリアのtRNAは熱不安定であることが分かり、特に1つの腕を欠くtRNAが非常に熱に弱いことを見つけました。さらにその頃、ヒトのミトコンドリアのDNA配列が解読され、変わった遺伝暗号をもつことをはじめ、これまでのシステムには見られない種々のユニークな特徴をもつことが分かってきたので、動物ミトコンドリアの遺伝情報系を調べる研究を集中して行いました。1980年から大学の教官となり、その後研究場所は何箇所か変わるのですが、その間も一貫してミトコンドリアの遺伝情報系に取り組み、異常構造を持つtRNAの機能、遺伝暗号変化と動物の進化との関係、ミトコンドリアの特異なタンパク質合成系の特徴などについて、比較的ユニークな研究ができたのではないかと思っています。
http://www.jbic.or.jp/activity/f_rna_pj/index_rn.html

3interview

構造多重アラインメントは世界的にトップレベルの速さと性基盤的なRNA機能をしっかりとおさえて、新しいパラダ能を達成しました。これらの開発は浅井潔先生（東京イムを確立する事を第一に考えています。そうすれば自大学新領域創成科学研究科、産業技術総合研究所

ずから実用化、産業化の新しい視点が生まれるのでは生命情報工学研究センター併任）をリーダーとして進めないでしょうか。このような未成熟な研究分野では、早られています。

急に応用研究を目指すことはあまり有効ではないと思い

次に、機能性RNAを解析するためのツール開発でます。幸いプロジェクトの前半で既にいくつかの新しいは、鈴木勉先生（東京大学大学院工学系研究科）のRNA機能が明らかになりつつあり、その解析をさらに押もとで、生体から抽出した超微量な機能性RNAそのし進めるようなインフォマティクスや解析ツールも充実してものを解析するRNAマススペクトロメトリー法や機能性きましたので、残りの期間で、これらを結集して、少しRNAを全自動で単離精製するための往復循環クロマト

でも産業化をイメージできるような成果を出したいと思っグラフィー法などの開発が進められています。これらは完ています。

全に日本オリジナルな技術であり、RNAの基礎研究のみならず、将来的には、RNA創薬や再生医療の支援技術として、またRNAを分子マーカーとした診断技術な−再生医療やRNA医薬への応用についての期待感ということどに発展することが期待されています。

でしょうか。

3つめは、これらの技術を用いて機能性RNAそのものの機能を解析し、再生医療やRNA医薬の応用へ繋

渡辺： それもあります。今はまだタンパク質をベースとしげようとするものです。廣瀬哲郎先生（産業技術総合

た医薬品の研究開発がメインですが、今後はRNAを研究所・生物情報解析研究センター）がリーダーとなりベースとした医薬品開発が進んでいくと思います。そのnon-coding RNAにターゲットを絞って機能解析が行わためにも機能性RNAがどのような生理現象や疾患に関れています。non-coding RNAのユニークな細胞内局わっているのかという情報を集めることが重要です。ま在パターンや発現パターンを基にして、独自の機能解たそうしたRNAがどうやって作用しているのか、という析系を駆使し、新しいRNA機能に迫っています。

メカニズムを解明することも重要です。

−RNAそのものを用いた核酸医薬、あるいはRNA研究成果−今話題のiPS細胞ですが、iPS細胞の作製において導入さの創薬への利用に対する期待が高まっています。研究成果のれるがん遺伝子の代わりに機能するマイクロRNAが発見され産業への応用という点で、産業界の反応はいかがですか。

ました。再生医療においてがん化のリスクを回避するような今後のRNA技術の開発についての展望をお聞かせ下さい。

渡辺： こういった分野は目に見える成果というものが出にくいですし、実用化・産業化までの距離がまだ遠いも

渡辺： iPS細胞を開発した山中先生のグループは、本のですから、今は実用化・産業化に向けて照準を合わプロジェクトの機能解析において共同研究を実施していせていくといった努力をしています。現時点では、産業ますので、今後、iPS細胞の更なる開発を進めるにあ界からの反応はそれほど強くありませんが、将来への期たっては、機能性RNAの機能解明が寄与することは間待感というものはひしひしと感じています。なんと言って違いありません。特に特定のマイクロRNAがiPS細胞のもRNAの研究は、これまでのセントラルドグマを主体と出現頻度を著しく上昇させるという発見は、実際にする固定概念を覆すような発見が期待されますから、RNA機能が細胞分化の初期化に関与していることを示

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しています。また最近iPS細胞を作るために、がん遺−「機能性RNAプロジェクト」のプロジェクトリーダーは継続さ

伝子のc-mycの代わりに用いられたLIN28という遺伝れるとのことですが、今後の抱負をお聞かせ下さい。

子が、実はマイクロRNAプロセシングの負の制御因子をコードすることが突き止められました。このことからも、

渡辺： 3つの研究開発項目であるバイオインフォマティクRNAが想像以上にこの現象に関わっていることが推測

ス・ツール開発・機能解析を柱として、相互に連携をとりされます。

ながら三位一体で研究開発に取り組んでいきたいと思います。今後は成果も多数出てきますので、実用化、産業化を視野に入れて進めていきます。さらに私の希望と−ところで、センター長を務められている「生物情報解析センしましては、日本発オリジナルの優れた成果を出すことター」が、この4月から「バイオメディシナル情報研究センター」ができればと思います。幸い3つの研究開発項目ともそに名前が変わるそうですね。の線で有望な業績を挙げつつありますので、大いに期待しています。また、本プロジェクトは平成21年度に終渡辺： そうです。名前も変わりますし、センター長も東了となりますので、その後のプロジェクトをどう続けていく

京大学の嶋田一夫先生に代わります。新センターでは、かということについても目下関係者の間で検討中です。

前センターで開発された研究成果をもとに、創薬、医療に関わる基盤技術の開発を行っていく方針です。また、横の協調をとりながら産学連携、技術移管を積極的に展開し、共通基盤となるデータベースについては、ユニット内外の統合を図り、生命システムの解明に基づく次世代創薬・医療産業創成につながる新規研究領域の提案を行っていくというのが嶋田先生のお考えです。

−5年間ご苦労が多かったと思いますが。

渡辺： そうですね。大学とは違うシステムですし、産業技術総合研究所の中でもここは特に産官学連携の体制が強かったので、最初は戸惑うこともありました。プ
聞き手：世良田（右）ロジェクト毎には団結しているのですが、プロジェクト間をいかに上手く融合させるかということに苦労しました。
それぞれのプロジェクト関係者が進捗状況を発表しディスカッションする等、全体的な交流を行う研究交流会を毎月開催して、センター構成員の研究の融合と一体感の醸成に努めましたが、まだ道半ばの感があり、これは今後の課題でもあります。

5p.6

TOPIC 1分子シミュレーションシステム「myPresto」公開
平成18年度に終了した 「生体高myPrestoは、中村春木教授（大阪大学蛋白質研究所

分子立体構造情報解析」プロジェク附属プロテオミクス総合研究センター）をリーダーとして、トの研究成果のひとつとして、分子産業技術総合研究所、民間企業およびJBICで共同開発シミュレーションシステム「myPresto」されたものです。

を3月18日に公開しました。

仕様や入手方法等の詳細については、JBICホームペー
ｍｙPresto（Medicinally Yielding PRotein Engineering

ジをご覧ください。

SimulaTOr）は、医薬品開発支援のために作成された分

http://ｗｗｗ.jbic.or.jp

子シミュレーション計算のプログラム集であり、化合物の二次元構造を三次元構造に変換し、タンパク質等のモデリン
グ、タンパク質−薬物ドッキング、in silicoスクリーニング等を従来に比べて短時間で高精度・高能率に行うことができます。

3D dataConstruction : 化合物データベース
蛋白質データベース生成ツール

蛋白質等のモデリングtplgene/tplgeneL : 分子（蛋白質、低分子）の準備

構造探索

cosgene :膜蛋白質の計算

構造探索エンジン
ツール

MTS/DSI : スクリーニング

長時間シミュレーション

情報解析

sievgene : ラフなドッキング

tplgene/tplgeneL

トポロジー生成エンジン（蛋白質、低分子）

sievgene

ラフスクリーニングのためのドッキングエンジン

cosgene

MD計算による構造探索エンジン

各種ツール

cosgene の計算結果の解析ツール、etc.

6

薬物ドッキング・
薬物スクリーニング

p.7

TOPIC 2

理事会・総会開催
平成20年3月25日にパレスホテルにて第8期第2回理事会・第2回通常総会が開催されました。
総会後の懇親会では、経済産業省・照井次長、文部科学省・菱山課長、NEDO・多喜田部長よりご挨拶いただきました。また、19年度を以ってJBIC会長を退任される
平田会長より退任のご挨拶がありましたので以下にご紹介します。

「現在JBICで展開しているプロジェクトを見てみますと、先端的テーマに独創的な手法で挑戦しているように思いま

平田会長退任のご挨拶（懇親会にて）す。独自に開発したタンパク質相互作用に基づく創薬スクと研究成果の産業化に向け、会員企業に信頼される存在リーニング、膜タンパク質に特化した構造解析、non-に成長してもらいたいと願っています。

coding RNAに関する研究、バイオインフォマティクスとしてはヒトの遺伝子情報を統合したH-Inv データベースの構

さて、本日の理事会懇談会におきまして、来期からの築、さらには昨年からは3省連携の橋渡し研究にも取り組役員候補について話し合いが行われました。私は、平成んでおります。レベルの高い、まさに国家プロジェクトに相14年4月から今日まで6年間会長を務めて参りましたが、こ応しいテーマだと思います。の3月末をもちまして退任させて頂くこととなりました。

一方、JBICのプロジェクトは単なる研究に留まらず研究三菱化学の古川前会長の後を受けて会長を務めて参り成果を企業に移転することを目的としております。既に知ましたが、平成12年の社団法人化当時には、会員企業的財産権のスムーズな移転に関して検討されているようでは75社でしたが、現在では約100社に至っております。こすが、企業のために整備していただき、新しい産業の創の6年間、会長としてJBICの発展にささやかなりとも寄与出に繋げていかれるように期待しております。

できたとすれば、これはひとえに関係省庁をはじめ、会員各社、多くの関係者の皆様のお力添えの賜物に他なりません。皆様方のご厚情にこの場をお借りしまして、心よりこれからも、 世の中の激しい変 化に対 応しながら、厚く御礼申し上げる次第でございます。
」

JBICの強みである産学官連携のもと、プロジェクトの推進

通常総会の様子7p.8

TOPIC 3

「バイオメディシナル情報研究センター」設立
産業技術総合研究所の改編に伴い、JBICプロジェクトの研究拠点であった生物情報解析研 究 センター（ Biological Information
Research Center）が3月末で終了し、新たにバイオメディシナル情 報 研 究センター（ B i omedicinal Information Research Center）が設立されました。改編に伴い、新センター長には東京大学大学院薬学系研究科嶋田一夫教授（写真右）が就任され、生物情報解析研究センターの発足以来センター長を勤められた渡辺センター長（写真左）は退任されました。
3月28日に開催された生物情報解析研究センターの終了式において

職

員

紹事介

務局

よが発展するよう、少しでもお手伝いができればと思います。セミナー
開催案内アナウンスなど、何かご要望がありましたら是非ご連絡ください。よろしくお願いします。

■自己紹介

JBICで勤務して3年半です。まだまだバイオについての知識は乏し

秋場 朋恵（あきばともえ）

業務推進本部いですが、周りの専門家の方々より色々と教えていただき、この業界のことにも興味が持てるようになりました。
趣味はスキー、スノーボードとピアノを弾くことです。スポーツは板■業務内容

ホームページやメールマガジン制作と、社内システムの運用管理をに乗るものが好きです！ 今度ウィンドサーフィンにもチャレンジしてみ担当しています。昨年から多くの仕事を任されるようになり、勉強しなようと計画中です。このところ運動不足でしたが、最近はスポーツをければならないことも山積みです。広報媒体ではJBICからの発信と共ずっと楽しむために基礎体力がつくよう、毎日ストレッチ体操して頑に、他機関、企業さんからのニュースも掲載しています。バイオ産業

張っています。

社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム（JBIC） 戦略企画本部

JBIC JOURNAL

2008年4月 春号（2008年4月発行）

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り