目Ⅰ

源泉調査の基礎知識

1234
Ⅱ

源泉調査の流れと事前通知 ......................................................................................................................... 4
調査書類の準備依頼 .......................................................................................................................................... 6
実地調査の実施と終了 ..................................................................................................................................... 8

Ｂ／Ｓ（貸借対照表）科目の精査 ...................................................................................................... 10
Ｐ／Ｌ（損益計算書）科目の精査 ...................................................................................................... 12
給与等の概要の提出依頼 ............................................................................................................................. 14

個別調査項目と留意点

123456789101112131415


源泉調査の実施部署 .......................................................................................................................................... 2

調査官が行う事前準備

123Ⅲ

次

特殊な給与①～宿日直料等 ....................................................................................................................... 16
特殊な給与②～学資金等 ............................................................................................................................. 17
通勤手当等 ............................................................................................................................................................... 18
旅費 ................................................................................................................................................................................ 20
食事、制服の支給 .............................................................................................................................................. 22
社宅等の提供 ......................................................................................................................................................... 24
永年勤続表彰等 . .................................................................................................................................................. 26
値引販売 .................................................................................................................................................................... 28
レクリエーション等 ........................................................................................................................................ 29
金銭貸付制度等 . .................................................................................................................................................. 30
報酬・料金等 ......................................................................................................................................................... 32
非居住者等所得 . .................................................................................................................................................. 34
外国人社員 ............................................................................................................................................................... 36
日本人海外勤務者 .............................................................................................................................................. 38
退職所得 .................................................................................................................................................................... 40＊本冊子の内容は、令和３年９月１日現在の法令等に基づいて作成しています。

Ⅰ

源泉調査の基礎知識

1 源泉調査の実施部署■税務調査の基礎知識⃝源泉調査は、税務署の調査官が、源泉徴収漏れの有無を確認するため、源泉徴収義務者に対して質問検査等を行うものです。

同時調査と源泉単独調査
税務署が所管する法人（税務署所管法人）のうち一般法人や個人事業者に対する税務調

査では、通常、税務署の法人課税部門や個人課税部門の調査官により、法人税と消費税、あるいは所得税と消費税の調査と同時に源泉調査も行われており、これを「同時調査」（法源消同時調査、あるいは所源消同時調査）と呼んでいます。

ただし、海外との取引が多く非居住者等所得の支払いのある法人などに対しては国際税務専門官が、また、ホステス報酬や芸能報酬等の支払いのある人に対しては源泉所得税担当の調査官が、源泉所得税に絞った調査を行っており、これを「源泉単独調査」と呼んでいます。

税務署の調査担当部署
調査対象者
国税局所管法人（大法人）
法人税務署所管法人

公益法人

特別国税
調 査 官

源泉所得税
担
当
源泉単独

源泉単独

一般法人

個人事業者

個人課税部
門

法人課税部門
国際税務
専 門 官

源泉所得税
担
当

源泉単独

源泉単独

非居住者等
所得の支払いのある者

ホステス・芸能報酬等の支払いのある者

調査担当

調査担当

同時調査
同時調査

調査担当部署
源泉調査は、国税局査察部による強制調査（いわゆる“マルサ”）の場合を除いて国税局は所掌せず、すべて税務署が行います。

例えば、国税局所管法人（国税局調査部が所掌する原則として資本金１億円以上の法人）の場合には、法人税と消費税の調査は国税局調査部の調査官が行い、源泉調査は税務署の調査官（通常、特別国税調査官）が行っています。

なお、国税局調査部による法人税と消費税の調査と税務署による源泉調査が、連携されて同じタイミングで行われる場合もあります。

2

Ⅰ

源泉調査の基礎知識

1

源泉調査の実施部署

また、支店、工場等の事業所単位で源泉所得税の納付を行っている場合には、その事業所の所在地を管轄する税務署（本店所在地を管轄する税務署と異なる税務署）により源泉単独調査（法人税や所得税の調査は、主たる事務所を管轄する税務署により行われることから、同時調査にはなりません）が行われます。

❶ 特別国税調査官（源泉所得税調査担当）

国税局所管法人は、大規模徴収義務者であり、特定の税務署に経験豊富な特別国税調査官を配置して、主としてこれらの法人に対する源泉単独調査を行っています。

また、特別国税調査官は、比較的規模の大きい公益法人等を担当することもあります。

❷ 国際税務専門官（源泉所得税担当）

経済の国際化に伴い、国境を越えた経済活動が複雑・多様化してきていることから、非居住者等取引について源泉所得税の観点から調査をする必要性が高まり、国税当局では、特定の税務署に、専門的知識を有する国際税務専門官を配置して対応しており、国際税務専門官（源泉所得税担当）は、非居住者等所得に特化した調査を行っています。

❸ 法人課税部門（源泉所得税担当）

法人課税部門の源泉所得税担当職員は、ホステス報酬や芸能報酬の支払いがある人や、非居住者等所得の支払いのある人のほか、法人税の納税義務がなく同時調査の対象とならない財団・社団法人や学校法人、宗教法人、支店・工場等の事業所などに対しても源泉単独調査を行っています。

チェックポイント「源泉単独調査」が行われる場合には、源泉所得税に関する専門的知識を持った調査官により、源泉所得税のみを目的とした比較的深度のある重点的な調査が行われます。

源泉国際専門官の場合には、非居住者等所得に特化した深度のある調査が行われます。

■源泉所得税の実地調査の状況（国税庁報道発表資料より）
事務年度等

項目

源泉徴収義務者数（給与所得）

平成 30 年

件 数 等

3,532 千件

前年対比

99.9％

令和元年

件 数 等

3,543 千件

前年対比

100.3％

実地調査件数116 千件100.4％

90 千件

77.1％

非違があった件数

36 千件

100.6％

29 千件

80.3％

うち重加算税適用件数調査による追徴税額
うち重加算税適用追徴税額調査１件当たりの追徴税額

4 千件

102.6％

3 千件

81.2％

370 億円

121.8％296 億円

80.1％

73 億円

130.0％

75 億円

102.5％

319 千円

121.3％

331 千円103.8％

3

Ⅰ

源泉調査の基礎知識

2 源泉調査の流れと事前通知■税務調査の基礎知識⃝事前通知によって伝えられる「調査の対象となる税目」により、「源泉単独調査」か「同時調査」かが分かります。
⃝調査官の所属官署により、源泉調査の流れや着目して調査すると考えられるポイントについて、ある程度の推測ができます。

源泉調査の流れ源泉調査は、国税局査察部が裁判所の許可（令状）を得て行う強制調査（いわゆる“マルサ”）とは異なり、源泉徴収義務者の協力を得て行う任意調査です。

また、源泉調査は、申告所得税の納税者に対して行う所得金額や税額の認定のための調査とは異なり、源泉徴収義務の履行状況を調べるためのものであり、調査手続は、概ね、次の流れとなります。
❶事前通知※１※１※２

併せて、資料提出依頼や資料準備依頼が行われる場合があります。
自主納付または税務署長による納税告知処分。

➡

❷

実地調査での質問検査➡

❸

調査結果の説明➡

❹

追徴税額がある場合は納付の勧奨※２❹の追徴税額がない場合は、税務調査で問題がなかったとして「更正決定等（納税告知）をすべきと認められない旨の通知書」が送付されます。

事前通知
調査官は、調査を行う場合は原則として、調査対象者と「税務代理権限証書」を提出した税務代理人（以下「税理士等」といいます）の両者に対して、調査開始日までに相当の時間的余裕をおいて、電話等により、実地の調査により質問検査等を行う旨の事前通知がなされます。

なお、所轄税務署長に提出した税務代理権限証書に、事前通知は税理士等に対して行われることに同意する旨の記載があるときは、これらの通知は税理士等に対してだけに行えばよいことになっています。

また、この同意する旨の記載がない場合でも、調査対象者の了解を得て、事前通知事項について、税理士等を通じて通知することで差し支えないこととされています。

4

Ⅰ

源泉調査の基礎知識

2

源泉調査の流れと事前通知

事前通知が行われない、いわゆる無予告調査の場合もあります。

事前通知の内容❶ 調査をする源泉徴収義務者の氏名（名称 )、住所（所在地）❷ 調査官の氏名および所属官署（身分）

国税組織では「広域運営」という運用上の手法によって、納税地を所轄する税務署以外の税務署に所属する調査官が担当する場合もあります。

❸ 実地調査を開始する日時

調査対象者や税理士等の業務上の都合などが考慮され、その理由が合理的なものである

場合には、日程調整（変更）をすることができます。

❹ 調査を行う場所❺ 調査の目的

法令上の調査の目的（例えば、納付された源泉所得税の内容を確認するためなど）については事前通知されますが、調査対象者に選定した理由（例えば会社の資料に基づいた情報があることなど）について説明されることはありません。

❻ 調査の対象となる税目

源泉単独調査の場合は、源泉所得税のみとなりますが、同時調査の場合には、所得税、法人税、消費税など複数の税目が通知されます。

❼ 調査の対象となる期間

所得税は暦年、法人税は事業年度単位となりますが、源泉所得税は納付期限単位です。

源泉所得税の納付期限は、通常は毎月到来しますので、調査時直前までの期間が調査対象となります。

❽ 調査の対象となる帳簿書類その他の物件

チェックポイント
上記「事前通知の内容」⑥により「源泉単独調査」か「同時調査」かを確認し、②により、源泉所得税担当の特別国税調査官や源泉国際専門官であるかを確認します。
「１源泉調査の実施部署」の「チェックポイント」のとおり「源泉単独調査」が行われる際は、源泉所得税に関する専門的知識を持った調査官によって、源泉所得税のみを目的とした比較的深度のある調査が行われるほか、源泉国際専門官の場合には、非居住者等所得に特化した深度のある調査が行われます。

上記「事前通知の内容」の③の「実地調査を開始する日時」については、業務上の不都合がある場合には、その旨を伝えます。

5

Ⅱ

調査官が行う事前準備

1 B ／ S（貸借対照表）科目の精査■ 調査官の着眼点⃝調査官は、源泉徴収義務者が、法人税や所得税等の確定申告に際して提出する決算書や勘定科目内訳書などに計上されている勘定科目やその内訳から、源泉所得税の納付が必要となるケースを想定し、実際の納付事績等と比較することで調査すべきポイントを絞り込みます。

調査官の着眼点リスト
調査官は、B ／ S を確認しながら、次の表の勘定科目の有無やその内訳から実地調査を想定していきます。

当非居住者

配〇
〇

報酬料金

仮払金

貸付金

職与

勘定科目

退給

該当所得等

〇

調査官の着眼点
役員等への長期未精算、弁護士への仮払い
役員等に対する無利息または低利融資

貸借対照表

繰延資産〇

固定資産

〇

使用料（ソフトウェア）の支払い〇

非居住者からの取得預り金、仮受金〇

未納付の源泉所得税

未払金〇

未払役員賞与・配当のみなし支払い

未払費用

〇

〇

給与・報酬料金該当のもの

借入金
資本金

〇
〇

〇

〇

非居住者からの借入
みなし配当やストックオプション制度調査官のチェックポイント
仮払金

仮払金の相手先が代表者などで、かつ、長期間精算されていない場合には、すでに個人的に費消されているなどとして給与と判断されるほか、実質的に貸付金とみなさて利息相当額の経済的利益を供与していると判断される可能性があります。
また､ 弁護士等に対する仮払金がある場合には､ 着手金として支払われたものであったとしても、通常、源泉徴収が必要です。

10

Ⅱ

調査官が行う事前準備

1

B ／ S（貸借対照表）科目の精査

未払金、未払費用

源泉徴収義務は、原則、その所得の支払いの時に生じます。しかし、例外として、役員賞与や配当については、支払いが確定してから１年を経過した時点で支払ったとみなされることとされているため、その際に源泉徴収が必要です。
なお、法人税の勘定科目内訳明細書の「買掛金（未払金・未払費用）の内訳書」には､ これらの支払確定日等を記載する欄が設けられています。
また、未払金、未払いの費用の相手先が法人組織ではなく、かつ、外注先や業務委託先などである場合には、その役務提供内容によっては、給与に該当すると判断される可能性があります。
資本金

法人が、合併や分割、減資、自己株式の買取りなどを行った際に、みなし配当が発生する場合があり、その場合は源泉徴収の対象となります。
また、ストックオプション制度によって、役員等が新株予約権等の権利行使をした場合には、税制適格である場合を除き、役員等に対する給与として源泉徴収が必要となる場合があります。
このような観点から、資本金の異動に留意が必要です。

ストックオプションと税金の関係株式会社の取締役、執行役または使用人が、その株式会社の付与決議に基づき与えられた新株予約権を行使することにより株式を取得した経済的利益については、給与として課税されます。ただし、いわゆる「税制適格ストックオプション」とされる場合は、この権利行使時の課税はされません。

また、発行法人から与えられた新株予約権等（その権利を行使により経済的利益として課税されるものに限ります）を、その発行法人に譲渡したときは、その譲渡の対価の額からその権利の取得価額を控除した金額は、給与の収入金額とみなされます。

■準備依頼資料項目

ストックオプション制度
譲渡制限付株式の交付

実施有・無有・無基準または支給内容および金額等課税有・無有・無有・無11

Ⅲ

個別調査項目と留意点

1 特殊な給与①～宿日直料等■ 調査準備・対応の留意点⃝宿日直料、交際費、慶弔費等について、課税すべきものがないかチェックが必要です。
⃝宿日直料は、１回の宿日直について支給される金額のうち、原則として 4,000 円までの部分については、課税されません。
⃝正規の勤務時間の一部や全部が深夜（午後 10 時～翌日午前５時）に及ぶいわゆる深夜勤務者に対して夜食の提供ができないため、これに代えて通常の給与に夜食代金を加えて支給している場合、その支給額が勤務１回につき 300 円以下のものについては、課税されません。

税務署からの準備依頼資料
調査に当たって、下表の項目に関係する資料の提出を求められチェックが進められます。
項

目

実施

基準または支給内容および金額等課税

宿日直料有・無有・無

夜間勤務者の食事代有・無有・無

交際費有・無有・無

結婚祝金品等、葬祭料、香典、見舞金

有・無有・無チェックポイント
宿日直料に次のようなものはないか、また、4,000 円を超える支給はないか・留守番等を本来の職務として行う人に対するもの
・通常の勤務時間内の職務として行ったもの
・代休が与えられるもの

・宿日直の勤務をする人の通常の給与の額に比例するようなもの
夜間勤務者の食事代で勤務１回につき、300 円を超えるものはないか

交際費につき、渡し切りのものを含め、業務のために使用したことの事績が明らかでないものはないか

結婚祝金品等、葬祭料、香典、見舞金について慶弔規程等が設けられているか役員に対してのみ支給されるような場合は問題とされることから、慶弔規程等を設けて、支給を受ける役員や従業員の地位などを考慮して社会通念上相当と認められるようにしておくことが大切です。

16

Ⅲ

Ⅲ

個別調査項目と留意点

2

特殊な給与②～学資金等

個別調査項目と留意点

2 特殊な給与②～学資金等■ 調査準備・対応の留意点⃝使用者からの学資金で、通常の給与に加えて給付されるものについては、一定のものを除いて非課税とされます。
⃝使用者が業務遂行で必要とみて、従業員等に技術や知識を習得させたり、免許や資格を取得させるための研修会、講習会等への出席費用や大学等で聴講させる費用として支給する金品については、適正な費用であるものに限って課税されません。

税務署からの準備依頼資料
調査に当たって、下表の項目に関係する資料の提出を求められチェックが進められます。
項

目

実施

学資金

有・無技術等の習得費用

有・無発明報償金等有・無基準または支給内容および金額等

課税有・無有・無提案制度
使用者原始帰属制度

有・無チェックポイント
学資金に次のものはないか・給与その他対価の性質を有するもの（本来受けるべき給与の額を減額し、それに相当する額を学資金として給付を受けるものなどは、非課税とはされません）
・法人である使用者からその法人の役員の学資に充てるため給付する場合
・個人である使用者から個人事業主の親族の学資に充てるため給付する場合
技術等の修得費用は業務遂行上の必要があるか

語学レベルの底上げなどを目的とするものは、一般教養的な知識等の習得として非課税とされない可能性があります。
発明報償金等の支給に通常の職務の範囲内の行為に基づくものがないか

事務や作業の合理化、製品の品質の改善や経費の節約等に寄与する工夫、考案等（特許や実用新案登録、意匠登録を受けるに至らないもの）をした人に支給するものは、その工夫、考案等がその人の通常の職務の範囲内の行為である場合には給与所得、その他の場合には一時所得（継続的な支給は雑所得）とされます。

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