2018年10月5日

トーゴーの日シンポジウム2018
バイオデータベース：つないで使う

誰がためにTogoVarはある
三橋 信孝
バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) 、JST研究員

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2017年トーゴーの日のおさらい✔

統合データベース：「作る」から「使う」へ (高木 利久 2017年10月4日）
https://events.biosciencedbc.jp/images/togo2017/H29-s01_takagi.pdf
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目次

1. TogoVar開発の経緯
2. TogoVar開発の現場
3. まとめ3https:/ / biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際

1.TogoVar開発の経緯

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NBDCヒトデータベース（2013年10月〜）
・倫理的な配慮が必要なヒトに関するデータを収集・公開する枠組み
・2段階のアクセスレベルを設定（制限公開データと非制限公開）
・国立遺伝学研究所DDBJセンターが運営する
Japanese Genotype-phenotype Archive （JGA）と共同運営

基本方針：
・ヒトに関するあらゆるデータが対象
・データ提供／利用に関する審査はNBDCが実施
・データ管理／Accession番号の発行はDDBJセンターが実施
・提供者が公開時期やICに基づく制限事項等を決定
・一般社会の科学データに対する考え方や、関係する法令・倫理指針の改正に対応
公開データ数 (2018/8末）：
・非制限公開（オープン）データ・制限公開データ
・サンプル数（申請中、公開済合計）

20件
72件
約30万サンプル
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NBDCヒトデータベースを使いやすく

データ
提供者

個人別の情報（個人情報）

個人別の情報でない（集計情報）

制限公開（利用審査あり）

非制限公開（利用審査なし）

研究プロジェクトA
NGSデータSNP-Chipデータ

出典元 (© 2016 DBCLS TogoTV)

研究プロジェクトB
NGSデータ研究プロジェクトC

同じ手法で再解析
NGSデータ由来
頻度情報(JGA-NGS)① 概要を把握データ
利用者

SNP-Chipデータ由来
頻度情報(JGA-SNP)

日本人大規模バリアント頻度

出典元 (© 2016 DBCLS TogoTV)②利用申請

SNP-Chipデータ
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バリアント情報のワンストップ検索
バリアントの解釈に必要な情報を収集・整理する作業から研究者を解放
7番染色体

注目するバリアント

ClinVar (NCBI)ExAC (ブロード研究所）

位置：chr7:127254587
関連する疾患：２型糖尿病
疾患感受性： あり位置：chr7:127254587
アレル頻度：0.000304573

研究者・遺伝カウンセラー
iJGVD 3.5KJPN(東北メディカル・メガバンク機構）

位置： chr7:127254587
アレル頻度： 0.0233

HGVD(京都大学）

TogoVarID: tgv30913364
位置： chr7:127254587
関連する疾患：2型糖尿病
疾患感受性：あり
アレル頻度(iJGVD 3.5KJPN)：0.0233
0.0272809
アレル頻度(HGVD)：
0.000304573
アレル頻度(ExAC)：
関連論文：A missense mutation of Pax4 gene ...
https://togovar.biosciencedbc.jp/variant/tgv30913364

ワンストップ検索

位置： chr7:127254587
アレル頻度：0.0272809
出典元 (© 2016 DBCLS TogoTV)

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TogoVar／検索の対象データベース
データベース名 (運営組織)

説明

NBDCヒトデータベース

主に日本の公的資金による研究にて生産された個人別データのリポジトリ

対象人数

125人

（全エクソーム）

183,884人（既知SNP）

Integrative Japanese GenomeVariation Database (iJGVD)（全ゲノム）

ゲノムコホート（滋賀県長浜市を中心）

1,208人（東北メディカル・メガバンク機構）

Human Genetic Variation
Database (HGVD)（京都大学）

Exome Aggregation
Consortium(ExAC)（ブロード研究所）

配列決定プロジェクトの再解析データ（約２０プロジェクト）

ClinVar（NCBI）

バリアントの疾患関連性

PubTator (NCBI)
Colil(DBCLS)

バリアント（rs番号）が出現する文献情報

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3,554人

ゲノムコホート（東北地方中心）（全エクソーム）

60,706人（全エクソーム）

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TogoVar検索例

検索ボックス・rs番号・位置検索
・領域検索
・遺伝子名（あいまい検索）・関連疾患名（あいまい検索）

検索結果

フィルタ機能・データセット・データセット＋頻度・バリアントタイプ
・ClinVarの情報

9https:/ / biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際公開前後に頂いた評価• ExACやToMMoの頻度データがワンストップで閲覧でき、便利• 同じバリアントの表記や位置が異なる時に、togovar IDのようなユニークなIDがあると便利• ExAC/gnomADのように日本人集団でJoint call
したバリアント頻度情報は有用• 日本人集団頻度情報は、希少疾患研究において日本人特有のバリアントの除去に使っている
https:/ / biosciencedbc.jp/© 2018 TogoVar開発チーム Licensed Under CC 表示 4.0 国際公開前後に頂いた要望（一部）• 参照データベースの追加• MGeND、gnomAD、GWAS catalog、HGMD、1000Genomes 、dbSNPなど• 文献情報の充実• システムの改良••••

HGVS表記（例：11:g.112241766G>A）での検索
リファレンスの他バージョンへの対応
表示の工夫、フィルター追加
日本人とその他の集団で頻度に差があるバリアントを明示• 日本人特有の配列への対応• データダウンロードやAPIの整備

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２. TogoVar開発の現場

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DBCLS基盤技術の利活用
RDF化済みデータベース

ExACやClinVar

引用情報

バリアントデータの加工など
TogoVar特有の作業に集中できた

今回RDF化したデータベース

バリアントと文献
日本人バリアントDB

全文検索エンジン

RDFストアSPARQLクエリー

RESTリクエスト

データ可視化
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REST APIとSPARQLのマッピング

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TogoVar開発メンバー
NBDC

DBCLS

川嶋片山

実苗

人類遺伝学、NBDCヒトDB

建石由佳

文献関連技術豊岡理人

人類遺伝学、変異データ統合

三橋俊明

RDF技術、システム構築

川島秀一

RDF技術、システム構築

藤原豊史

文献関連技術

信孝

取りまとめ

宮崎和典

NGSデータ再解析
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TogoVar普及に向けて各種支援
1.

––––

NBDC広報公開時プレスリリース
学会シンポジウム開催（日本人類遺伝学会、日本生化学学会大会）
トーゴーの日（講演、ワークショップ）
AJACS講習会や学会出展等でのユーザーの獲得や意見の収集

２. AMEDバイオバンク課–

臨床ゲノム情報統合データベース整備事業の先生方へのデモ

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３. まとめ16
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2017年トーゴーの日のおさらい✔

→医科学領域に焦点を当て、 TogoVarの開発と公開

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誰がためにTogoVarはある...
1. エンドユーザーが利用し易いサービスの提供○ NBDCヒトDBに登録されているデータの概要をわかり易
く示すことで、利用したいデータにたどり着き易くする○ 散在する様々な集団におけるバリアント情報のワンストッ
プ検索を可能にする2. 基盤技術開発の促進○ TogoVarを通じ、RDFを使った基盤技術の有用性を示すと共に、より良い技術にするための改善点をフィードバックする
3. データの受け皿として○ 日本人ゲノムの理解を促進するため、NBDCヒトDBと共に、国内ゲノムプロジェクトからのデータを効率よく共有するための受け皿となる
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