平成２２年度厚生労働省税制改正要望
集中審議事項について
平成２１年１１月２６日
厚生労働副大臣 長浜 博行【目次】○ 医業継続に係る相続税・贈与税の納税猶予等の特例措置の創設・・・・・・・・・・１○ 試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除・・・・・・・・・・・・・３○ 周産期医療の連携体制を担う医療機関が取得する分娩施設に係る特例措置の延長・・５○ 社会保険診療報酬等に係る特例措置について・・・・・・・・・・・・・・・・・・７

医業継続に係る相続税・贈与税の納税猶予等の特例措置の創設（相続税・贈与税）①
要望内容
持分あり医療法人については、出資持分に係る相続税により医業の継続が困難となるとの指摘がある。
地域医療を継続しつつ、持分あり医療法人が持分なし医療法人へ円滑に移行できるよう、持分あり医療法人のうち、持分なし医療法人への移行を検討するものについて、出資者の死亡に伴い相続人に発生する相続税の納税を３年間猶予するとともに、３年以内に一定の要件を満たす持分なし医療法人に移行した場合に猶予税額を免除するなどの特例措置を創設する。
［現状］［要望実現後］出資者は退社時に出資持分（出資額に応じた法人資産）の払戻請求が可能

持分なし医療法人への移行計画（３年以内）に関する定款変更
（都道府県知事の認可）

出資者
死亡

出資持分の払戻し

持分あり医療法人

出資持分の払戻請求

持分あり医療法人

医業継続が困難都道府県が移行の進捗状況を確認

移行期間 ３年以内
出資持分の放棄
相続人に発生する出資持分に係る相続税の納税を猶予
出資者が出資持分の一部の払戻しを受けた場合等に残存出資者に発生するみなし贈与の課税の納税を猶予

相続人（出資持分に係る相続税負担)

持分なし医療法人への移行準
備中などに、出資持分に係る相続税が発生すると、医業の継続が困難になるおそれ

医業の継続に支障をきたすことなく持分なし医療法人へ円滑に移行

持分なし医療法人
・出資持分の払戻請求不可
・解散時の残余財産の帰属は国等に限定
相続税法第66条第4項の相続税等の負担を不当に減少させないと認められる要件と同様の要件

猶予税額を免除※移行期間内に持分なし医療法人に移行しなかった場合は、猶予税額及び利子税を納付

地域医療の担い手として、住民に医療を安定的に提供

1

医業継続に係る相続税・贈与税の納税猶予等の特例措置の創設（相続税・贈与税）②
合理性○ 安定的な医業の継続ができるよう、医療法を改正し、平成19年4月以降の持分あり医療法人の設立を禁止したところであり、持分なし医療法人が中心であることを法律体系の中で位置づけ。
○ 平成21年３月末で約43,000の持分あり医療法人が残っており、出資者（理事長）が死亡した場合でも地域医療を継続でき、持分なし医療法人への移行を進めるインセンティブが必要。

有効性○ アンケートによると、持分あり医療法人の約４割が、本要望措置を活用し、持分なし医療法人への移行を検討する意向。
○ 持分あり医療法人から持分なし医療法人への移行には、すべての出資者の出資持分の放棄が必要。本
要望措置においては、出資者も含め、法人全体で、持分なし医療法人への移行を検討する体制を確保することを要件としており、本要望措置を適用した医療法人では、持分なし医療法人への移行が実現。
相当性○ 持分あり医療法人から持分なし医療法人への移行を促進するための補助金はない。(重複なし）○ 本要望措置は、地域医療の継続を図るものであり、多くの方に効果が及ぶ。また、本要望措置は、最終的に出資持分の放棄により、持分なし医療法人への移行を図るものであり、税負担の軽減が個人の受益につながるものではなく、国民の納得が得られるもの。

2

試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除（所得税、法人税）①
要望内容
試験研究費の増加額に係る税額控除又は売上高に占める割合が１０％を超える試験研究費に係る税額控除を選択適用が可能となる措置について、適用期限の延長を行う。

（平成23年度迄の延長要望）（平成23年度迄の延長要望）
控除額＝売上高の10％を超える試験研究費の額 ×控除率

控除額＝試験研究費の増加額×５％
増加額＝前３事業年度の平均試験研究費からの増加額
ただし、前２年度中の多い額より試験研究費が増加していることが条件

選択

○控除率＝
(試験研究費／売上高－0.1)×0.2

10

高水準型利用製薬企業９社（３２億円）
平成２０年度利用実績

控除額＝試験研究費

×８％

～

１０％

中小企業及び産学官連携は、一律１２％

税額控除額は法人税額× ％まで（控除限度額 ）※本 体（恒久化部分）

増加型利用製薬企業５社（６２億円）
平成２０年度利用実績

総額型

税額控除額は、法人税額× ％まで（控除限度額）上乗せ（時限措置部分）

高水準型

増加型

20

※ 控除限度額を超過した場合、超過部分については、翌年度まで繰越し可能。

平成２１年度及び２２年度の超過部分については、平成２４年度まで繰越し可能平成２１年度及び２２年度分については、３０％まで3

試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除（所得税、法人税）②
合理性○ 「革新的医薬品・医療機器創出のための５カ年戦略」（平成２１年２月改定 内閣府・文部科学省・厚生労働省・経済産業省）において、医薬品等の研究開発に係る税制の充実・強化を図るよう検討する旨規定し、政策体系に位置づけ。
○ 医薬品製造業は、売上高に占める研究開発費の割合が製造業一般3.6％に対して12.1％と高い一方で開発の成功率が低く、本税制措置により継続的・安定的な支援が不可欠。
有効性○ 製薬企業の平成２０年度営業利益は概ねマイナスに転じているが、試験研究費は約１６％の増加となっており、本税制措置により試験研究が促進されている。
○ 高水準型における利用企業１８社のうち製薬企業は１１社であり、高水準型についても製薬企業のみを対象とした税制ではない。
○ 国内大手製薬企業２７社のうち高水準型を利用した企業は約３割であり、製薬企業のうちでも試験研究に力を入れている企業のみに適用。

相当性○ 医薬品の研究開発のための補助金は政策目的に沿った研究テーマ等に特化して支援する制度。
一方で、税制は民間の創意工夫を活用した研究開発のインセンティブを高め、底上げするもの。
○ 革新的新薬の研究開発は、開発後に患者へ投薬できるまでの期間（ドラッグラグ）を解消し、世界最高水準の医薬品を患者へ迅速に提供することに資するものであり、国民の納得が得られるもの。
4

周産期医療の連携体制を担う医療機関が取得する分娩施設に係る特例措置の延長（不動産取得税）①
要望内容
周産期医療の連携体制を担う医療機関が分娩の用に供する不動産を取得した場合に、価格の２分の１に相当する額を価格から控除する不動産取得税の特例措置について、その適用期限を延長する。
○ 厚生労働省が本年度中に「周産期医療体制整備指針」を策定し、これに基づき都道府県が「周産期医療体制整備計画」を定め、周産期医療体制の充実・強化を進めることとしている。
○ 「周産期医療体制整備計画」に基づく施設整備を支援するため、不動産取得税の特例措置については、少なくとも同計画期間(概ね22年度～26年度）及び同計画により整備された施設が引き渡される27年度まで存続させることが必要。
○ 文部科学省において「周産期医療環境整備事業（人材養成環境整備）」を５年間（21年度～25年度）の予定で行うこととしている。早産児などを集中管理する部門（NICU等）で働く医師等の養成に併せて施設整備を進める。管理・治療する部門
整備計画
税制（案）

「周産期医療体制整備計画」に基づく都道府県による整備期間½

1/2

診療報酬改定1/2

診療報酬改定1/3

診療報酬改定（現行）H21H22【参考】本税制措置の目標

H23H24

H25

H26H27着工

落成・引渡し(不動産の取得)

・ 各総合周産期母子医療センターで、ＮＩＣＵを９床以上整備
・ 地域周産期母子医療センター（全国で236）を、二次医療圏（全国で350程度）に１か所以上の整備
・ ＮＩＣＵについて、各都道府県において出生１万対２５～３０床の整備 など

H28

診療報酬改定と併せ廃止を含む検討

5周産期医療の連携体制を担う医療機関が取得する分娩施設に係る特例措置の延長（不動産取得税）②
合理性○ 分娩施設の減少、妊婦の救急搬送の受入れ困難事案の発生など、周産期医療は厳しい状況にあり、少子化対策の観点からも適当。
○ 安心して子どもを産み育てることのできるよう、厚生労働省が本年度中に「周産期医療体制整備指針」を策定し、これに基づき都道府県が「周産期医療体制整備計画」(22年度～26年度のおおむね5年間)を定め、政策体系に位置づけ。
○ 本措置は、平成20年度に創設されたばかりであり、引き続き措置が必要。
有効性○ 本措置は、都道府県が周産期医療機関と位置付けた医療機関に限定し、その分娩室、陣痛室、ＮＩＣＵ等の施設整備を支援。
○ 1999年から2005年で、分娩施設は２割減少（3697箇所→2933箇所）し、低出生体重児の増加によってNICUの増床が急務であることから、支援措置が必要。
相当性○ 周産期医療の確保を図るための補助金は、特に整備のための財政支援が必要な施設に対象を限定（他に産科医療機関がない地域における分娩室等の整備など）。また、その補助割合は、１／３に限定。
○ 一方、税制措置は、補助金が対象としていない正常分娩を取り扱う施設を含め、周産期医療全体の底上げを図るためのもの。
○ 産科医不足が叫ばれる中、産科を新たに開設し、又は施設を拡充した場合に適用される税制であり、国民の納得が得られるもの。
6社会保険診療報酬等に係る特例措置について（事業税）①社

社会保険診療報酬に係る所
得
社会保険診療報
酬に係る経費

非課税措置

社会保険診療報酬

１ 社会保険診療報酬に係る非課税措置
・医業、歯科医業に係る個人、医療法人等の社会保険診療報酬については、各年度の所得の算出に当たり、総収入（益金）の額に算入しない。
・当該診療に係る経費は、必要経費（損金）の額（法人）に算入しない。

総 収 入

これらの措置により、社会保険診療報酬については、実質的に非課税。
社会保険診
療報酬に係る経費※ 社会保険診療報酬以外では、それぞれの観点から、林業、鉱物採掘事業、農事組合法人の行う農業も非課税とされている。

２ 医療法人の社会保険診療以外部分に係る軽減措置
軽減税率

その他所得

社会保険診療報酬以外の収入（自費（正常分娩を含む）、労災、自賠責、公害、予防接種、健診等）については、医療法人は特別法人（＊）として税率軽減＊ 特別法人： 医療法人のほか、協同組合、信用金庫が軽減税率対象法人である

400万円
以下400万円超
800万円以下800万円超特別法人【医療法人等】2.7%(約4.9%)

3.6%（約6.5%）

3.6%(約6.5%)

普通法人

2.7%(約4.9%)

4.0%(約7.2%)

5.3%(約9.6%)

社保以外
年間所得

その他
収入

その他経費

個人

社会保険
診療報酬

非課税

5.0%

注：（）内の％は、20年10月以降の事業年度から事業税と分離して課税される「地方法人特別税」（事業税率の81%）を合算した税率

7

社会保険診療報酬等に係る特例措置について（事業税）②～社会保険診療報酬に係る非課税措置
合理性○ 医療法の目的である「良質かつ適切な医療を効率的に提供する体制の確保」を図るための手段の一つとして政策体系に位置づけられた恒久措置。
○ 医師不足などの医療提供体制上の問題が深刻化する中、医療崩壊を食い止め、地域医療の再生を図るためには、引き続き本措置が必要。
有効性○ 社会保険診療報酬から生じた利益は、出資者への配当等に充てられることはなく、医師等の確保や処遇改善、設備投資に充てられる。
○ 本措置が廃止され課税化された場合、その分の５～６％（税率分）の負担が増加し、医師等の確保、設備投資等に充当できなくなるため、医療の質・体制の整備に悪影響が生じる。

相当性○ 社会保険の充実と国民医療の向上のための他の措置として、診療報酬引上げによる対応が考えられるが、医療給付費の増加を伴うため、被保険者（住民、被用者）の保険料上昇及び公費負担（国・都道府県・市町村負担）の上昇を招く。
○ 本措置は、公定価格（社会保険診療報酬）の下で、住民にとって必要な医療を提供する体制の底支えをするためのものであり、個々の医療行為を評価する診療報酬改定による対応と適切な分担。
8

社会保険診療報酬等に係る特例措置について（事業税）③～医療法人の社会保険診療以外部分に係る軽減措置
合理性○ 医療法の目的である「良質かつ適切な医療を効率的に提供する体制の確保」を図るための手段の一つとして政策体系に位置づけられた恒久措置。
○ 危機的な状況となっている産科医療は診療報酬以外部分に当たるものであり、産科医不足が深刻な状
況のなか見直しは不適当。
○ 地域の健康を支える予防接種や健康診査も本税制の対象。
有効性○ 医療法人が得た利益は、出資者への配当等に充てられることはなく、医師等の確保や処遇改善、設備投資に充てられる。
○ 本措置が廃止され医療法人が普通法人と同等に課税された場合、約１～３％（税率の軽減分）の負担が増加し、医師等の確保、設備投資等に充当できなくなるため、医療の質・体制の整備に悪影響。
相当性○ 医師不足などの医療提供体制上の問題が深刻化する中、地域医療、とりわけ産科医療の再生を図ることが喫緊の重要課題となっており、本措置は国民の納得できるもの。
○ 本措置は事実上、社会保険診療報酬以外の収入（正常分娩を含む自費医療等）に係るものであるため、診療報酬上の対応をとることができない（産科入院施設は６割超自費診療に依存）。当該医療に係る事業安定上の支援措置は他に存在しない。
9

国税庁から社団医療法人を設立された皆さまへのお知らせ※税理士の関与がある場合には、税理士の方にも本紙をお渡しください。

基金拠出型の社団医療法人における基金に関する法人税及び消費税の取扱いについて◎ 平成 19 年 4 月１日に施行された医療法の一部を改正する法律において、出資持分のある医療法人は設立できないこととされました。
◎ この改正に伴い、基金への拠出を募集することができることとされましたが、この基金の額については、法人税法及び消費税法上の資本金又は出資金の額には該当しませんのでご注意ください。
◎ このため、所轄税務署長に提出する「法人設立届出書」の「資本金又は出資金の額」欄には、基金の額を記載せず、「０円」と記載するようお願いいたします（裏面参照）。
◎ この取扱いについて詳しくは国税庁ＨＰ（http://www.nta.go.jp）に掲載しています。
［掲載場所：トップページ＞税について調べる＞文書回答事例＞法人税］（参考）
次のとおり、法人税の所得金額の算出や消費税の納税義務の判定の際に、誤って「基金の額」を資本金又は出資金としている事例があります。
１

法人税法第 37 条《寄附金の損金不算入》の規定など、法人の資本金等の額を基礎として損金算入限度額を算出する場合に、当該資本金等の額を誤って基金の額にして損金不算入額を計算している例

２

消費税法第 12 条の２《基準期間がない法人の納税義務の免除の特例》の規定により消費税を納める義務が免除されない新設法人に該当するか「資本金の額又は出資の金額」を基に判定する場合に、誤って基金の額を基に判定している例

この文書に記載されている事項につきまして、お分かりにならない点などがありましたら、最寄りの税務署の法人課税部門にお尋ねください。

さらに便利で使いやすく！ネットでどこでも申告・納税
e-Tax についての詳しい情報は、e-Tax ホームページ
http://www.e-tax.nta.go.jp をご覧ください。

（裏面）

０円と記載
※基金の額は記載しない

記載しない※消費税の課税事業者となることを選択する場合には、別途届出書の提出が必要となります（詳しくは最寄りの税務署にお尋ねください）