アプリケーションノート
ゲノミクス

Biobanque de Picardie によるフランスの腎臓病研究のためのゲノム DNA の品質管理
著者

Yves-Edouard Herpe1, Céline
Lange2, Anne-Sophie Bruyer1,
David Berthelot¹, Anne Boland3,
Bertrand Fin3, Stéphanie Guénin4,
Gaelle Mongelard4, Dorothée
Cannet5, Bénédicte Stengel6,
Eva Graf7, and Vera Rykalina7
1

Biobanque de Picardie

2

Agence de la Biomédecine

3

Centre National de Recherche en

Génomique Humaine
4

Centre de Ressources Régionalen Biologie Moléculaire
5

Etablissement Français du Sang

Bourgogne Franche-Comté
6

INSERM U1018

7

Agilent Technologies

概要

バイオバンクは医学研究、特に最近の遺伝学的研究において、特徴付けられ専門的なアノテーショ

ンが付加された、生体試料のコレクションを提供する重要な役割を担っています。科学コミュニティ
において、高品質のサンプルが下流のアプリケーションの全体的な成功に必要なため、バイオバン

クの品質標準は重要な要素です。

専門的な基盤を備えているバイオバンクでは、医療、生物学研究の研究者間の共同研究を推進す

るのに加え、サンプル収集から配布まで効率的な生体試料処理を確実に実現しようとしています。
バイオバンクでは、サンプルの品質に影響する可能性がある原因を特定し、外部や内部のサンプル処理工程を管理することを目指しています。生体試料の採取、短期および長期間の保存、解析中のサンプル処理、他の共同研究施設や研究室への輸送において、生体試料の取扱いには注意が必要です。バイオバンクにおいて、信頼性と再現性のある品質指標を採用し、各サンプルで個別に品質を示すことが重要です。

フランスの慢性腎臓病 – 腎疫学情報ネットワーク（CKD-REIN）プロジェクトは、慢性腎臓病に関連する決定因子、バイオマーカー、および診療パターンを明らかにするために設立されたプロス
ペクティブコホート研究です。CKD-REIN 研究では生体試料、特に将来的にゲノムワイド関連解析（GWAS）に利用できるサンプルの収集および処理が含まれています。コホート研究における全血サンプルは、
Biobanque de Picardie でバフィーコートに処理され、ゲノム DNA（gDNA）を抽出し、品質管理（QC）が実施されました。

本 ア プ リ ケ ー シ ョ ン ノ ー ト で は、Agilent 4200 TapeStation System と Genomic DNA

ScreenTape Assay を最適な QC ツールとして使用し、最大 5 年間冷凍保存されたバフィーコート

から抽出した gDNA の品質を調査する方法を示しています。また、TapeStation System で算出される客観的な品質指標である DNA Integrity Number（DIN）を利用し、血液処理の遅れが gDNAの品質に与える影響を評価する方法についても示しています。さらに、DIN の比較解析を行い、地域のバイオリソースセンター全体の DNA の品質を評価しました。また、Biobanque de Picardie とその共同研究施設間での DIN の測定値の相関を検証しました。DIN を利用した QC ステップにより、

Biobanque de Picardie は生体試料処理のワークフローの安定性を確認し、すべての CKD-REINのサンプルが高品質であり、GWAS に適していると確認することができました。

はじめに

CKD-REIN プロジェクトは、CKD の進行具合

gDNA の品質評価は一般的にアガローススラや治療効果 をより適切 に理解し管理すること

ブゲルでの電気泳動 によるもので、 ほとんどは 臨床 ベースのプロスペクティブコホートで、されてきました。しかし、このような DNA 品

療を受けている CKD ステージ 3 ～ 4 の成人

究 のような 大規模プロジェクトでは 時間と労を目的 とした 進行中 の 研究です。CKD-REIN

2013 年以降フランスで腎臓専門医主導の治患者 3,033 人が登録されています。そのデー

タと研究サンプルは、2016 年 から科学的共同研究のために利用されています。プロスペクティブ観察コホート研究 の初期 の結果 はすでに多くのフランスの研究機関でまとめられており、複数の包括的レビューで詳細に議論さ
れています

1、2、3

。

Biobanque de Picardie は、すべての CKD-REIN サンプルを一元化する責任 を負う、認定 されたバイオリソースセンターです（ISO9001 および NFS 96900）。このプロジェクト

での Biobanque de Picardie の主な役割は、血漿、バフィーコート、血清、尿などの生物学的試料の長期保存、バフィーコートからの核酸抽出、 ゲノムワイド関連解析（GWAS）の委託ラボへの 高品質 な gDNA サンプルの 提供です。

2の研究バイオバンクでは 主 な手法として使用

質評価は評価者の経験に依存し、コホート研
力 の 面で特 に 煩雑 となる可能性 があります。

血液試料 から得られたバフィーコートは 最大

5 年間、長期間保存しました。バフィーコート

から抽出した gDNA の品質 は、保存期間全体にわたって 4200 TapeStation System とGenomic DNA ScreenTape Assay で評価しました。また、共同研究者のバイオリソースセ

ンターによる血液処理 の 遅 れやバフィーコー

4200 TapeStation System と gDNA の品質

ト分離のばらつきなど、gDNA の品質に影響に評価するための自動化されたソリューション

よる品質基準を用いて調査しました。さらに、では 96 ウェルプレートからのサンプルロード

定の再現性に関するデータも得ました。

基準となる DIN は、サンプルの品質を客観的を 提 供 します。4200 TapeStation System
が 自動 で、解析 も自動 で 行 われるためユー

ザーの操作を最小 に抑えられます。DIN による品質指標 は、特定 のアプリケーションに必要 な 品質 の 閾値 を設定するのに 利用 できます。DIN を使用した客観的な QC 結果は、バイオバンクとサンプル 解析 を実施する最終共同研究者と容易に共有することができます。

を与え得るさまざまな条件を客観的な DIN にバイオバンクとエンドユーザー間での DIN 測

本アプリケーションノートでは、多くのバイオバンクでの品質管理業務において、客観的で広く認識されている DIN による品質基準をさ

まざまなレベルでどのように 実施できるかを示しています。また、バイオバンクがサンプルの品質に関して、求 められる信頼性と安心を得ることができるよう、品質保証の重要性も明広範 な CKD-REIN の 研究とその 目標との 関

らかにしています。DIN による品質基準 を用保存とその品質の評価のための独自の戦略を

基準を満たす、または 基準以上であることを連で、Biobanque de Picardie は生体試料の開発しました。

いて、バイオバンクの業務が共同研究機関の保証することができます。

実験方法

プロジェクトにおける物流管理

慢性腎臓病 – 腎疫学情報ネットワーク（CKD-

Biologiques （CRB）（計 13 施設）で実施さで実施されました。すべての 解析前 のデータ

複数の重要な共同研究施設間の協力によっての 抽 出、 品 質 管 理 解 析 は、Biobanque de

データベース、Databiotec に GFI software

ンス全土の腎臓病の診療科や診療所により収gDNA サンプルは、Centre de Ressources

REIN）の大規模なサンプル処理プロトコルは、実現しました（図1）。全血 サンプルは、フラ集、冷蔵されプロジェクト共同研究施設に輸送されました。血液サンプルの処理、バフィー

コートの 作製、短期 の 保管 は、大学病院 や

Etablissement français du Sang （EFS）と 提 携 し て い る Centres de Ressources

40 Nephrology units

Whole blood
sampleれました。バフィーコートの長期保存、gDNA

Picardie で 実 施 し ま し た。QC 解 析 前 の

Régionales en Biologie Moléculaire

は、安全で一元化された専用のバイオバンク

editor を用いて記録されました。

で希釈、標準化しました。ゲノムワイド関連解

析（GWAS）に 必要 な 遺伝子型解析 データの 作成 は、Centre National de Recherche

en Génomique Humaine（CNRGH、CEA）

Centre de Ressources Régionales
en Biologie Moléculaire

Quantification

Centre National deRecherche en
Génomique Humaine(CNRGH)

Dilution

GWAS

13 Centres de Ressources
Biologiques (CRB)*

Buffy coatgeneration

QC of gDNA
gDNA extraction

QC of gDNA

Short-term storageof buffy coats

Quantification
Long-term storageof buffy coats

Storage of gDNA

Biobanque de Picardie* including Biobanque de Picardie

図 1. CKD-REIN 研究における物流管理の概要

3

サンプル調製DNA 解析

DNA 再解析

Vacutainer K2EDTA tubes（BD Biosciences、

multimode flagship microplate reader

National de Recherche en Génomique

PicoGreen dsDNA reagent（Thermo Fisher

再度、定量 と品質評価 を 行 いました。定量

各 CKD-REIN 研究協力者からの全血は 4 本のgDNA サンプルの初期定量は、Infinite M1000

p/n 367873）に全量 24 mL を収集しました。

（Tecan、 p/n 1009007090） とQuant-iT

するため、室温（18 ～ 25 ℃）、2000x g で（520 nm）で実施しScientific 、p/n P7581）

チューブは 末梢血 からバフィ―コートを分離

10 分間遠心しました。血漿および赤血球画分ました。300 ng/µL 以上のサンプルは DIN 推

コートを収集し（全量 500 μL）、長期保存

ワークステーション Freedom EVO150 baseStorage Tube （Thermo Scientific、 p/n

softwareを 使 用 し 希 釈 しました。gDNA 品を含む 2 本の Vacutainer tubes のバフィー

奨範囲になるよう、自動化分注装置とロボット

GWAS の た め、gDNA サンプル は Centre

Humaine （CNRGH、CEA） に 輸 送 さ れ、は、Molecular Device Spectramax plate
reader と Quant-iT Broad Range dsDNA

Assay Kit （Thermo Fisher Scientific、p/n Q331320）を用い、すべてのサンプルで 2unit（Tecan、p/n 1007006958）と EVOware

回実施しました。一方、 サンプルの品質評価3743）に 移しました。抽出 を失敗するリスク

質 解 析 に は、Agilent 4200 TapeStation

しました。選択された gDNA の 品質 は4200

プ用保存チューブを準備しました。サンプルの

ScreenTape （p/n 5067-5365）と Genomic

ScreenTape Assay を 使 用 して 評 価 しまし

体分子スクリーニング協会（SBS）マイクロプ

た。gDNA サンプル 調製 および 電気泳動解析

の た め に Matrix 2D Barcoded ScrewTopを避ける安全対策のため、第 2 のバックアッ

処理とトレーサビリティを最適化するため、生レート寸法規格に適合する Barcoded Latch

Racks （Thermo Scientific 、p/n 4900）を使用しました。バフィーコートチューブは、温度センサおよび年中無休 24 時間の技術者によるサポート対応のアラームシステムを備えた-80 ℃ の機械式フリーザーに長期保存しました。すべての 凍結されたクライオバイアルは、

Biobanque de Picardie に 移し長期保存後、一元化し抽出しました。QIAamp DNA Blood

Midi Kit （Qiagen、p/n 51185）と QIAvac

Connecting System（Qiagen 、p/n 19419）

を用 いバフィーコートから gDNA を抽出し、200 µL AE buffer に溶出しました。1.5 か月

間、1 日 に 96 サンプルを抽出しました（計2,689 サンプル）。

4

System （p/n G2991AA）、Genomic DNA
DNA reagents （p/n 5067-5366）を用いましは、装置マニュアル 4 に従って実施しました。

DNA 解析に使用したサンプル数（n = 2,636）と研究協力者数（n = 3,033）が 異 なる理由

は 以下 の 通りです。
（i）一部 の 研究協力者 から検体採取 はされませんでした。
（ii）一部 のサンプルでは抽出に十分な生体試料が得られませんでした。
（iii）一部のサンプルでは、後の品質評価のための十分な抽出 DNA が得られませんでした。

は、無作為 に 全体 の 約 15 % について 実施

TapeStation Systemと Genomic DNA

た。サンプル 処理中 のあらゆるエラーを排除するため、サンプルの約 20 % について PCR

による追加の施設内試験を実施し、研究協力

者の性別を確認しました。

結果と考察gDNA 品質 のレベルを評価するための 最適

続く解析には時間がかかり多大な労力を必要化された QC ツールとして、DIN 品質基準をコミュニティの両者にとって重要 なステップでREIN サンプルは高い DIN を示し、gDNA がルを特定することは、貴重 な 時間とリソースを節約するだけでなく、研究によって得られた共有データの保全 にも役立ちます。標準化された品質基準による、生物試料処理のワークフローでの 各工程 を経 た gDNA の 安定性 のとして（図 2B）示 されました。TapeStation

Analysis Software のレポート機能を使用し、高品質であることが 確認できました（表 1）。

結果 を文書化しました。簡単 に作成されるレの閾値 の設定 が可能となり、プロジェクト内

速かつ簡便にデータ転送ができました。

DIN を利用したサンプル品質評価により品質で結果をやりとりし再現できるようになりまし

ポートにより、CKD-REIN 共同研究者間で迅た。無作為に選抜した 6 サンプルの Genomic

DNA ScreenTape Assay で の 解 析 結 果 を正確な評価は、サンプル品質に影響を及 ぼす

図 2 に示します。gDNA はゲルイメージ上にす。この方法 は、研究で求 められる品質の閾

表 1. DIN 品質基準を使用したサンプルの品質確認の統計概要

場合にも利用できます。信頼性の高い品質基

DIN

準 により、高品質 のサンプルを下流 のアプリ

ケーションで確実に使用でき、それらのサンプ
せん。

4200 TapeStation System と Genomic

DNA ScreenTape Assay との 使 用 により、

gDNA の迅速かつハイスループットの電気泳動 が 可能 です。Genomic DNA ScreenTape

Assay の品質基準である DIN は、gDNA 品

質 の 客観的 かつ 信頼性 のある評価 を可能 にします。DIN は 1 ～ 10 のスコアで、Agilent

TapeStation Analysis Software によって自動的に計算されます 5。

8.3 ± 0.4

2,636

ルから得られたデータは 積 み重 ねてきた解析

結果 の 信頼性 を損 なうようなことにもなりま

Mean ± SD

Number of samples

A

[bp]

48500
15000
7000
4000
3000
2500
2000
1500
1200
900
600
400
250
100

L5 (L)

C7

D7

E7

F7

G7

H7

MedianMinimum

Maximum

8.4

6.4

9.7

B

DIN DIN DIN DIN DIN DIN
8.5 8.4 8.5 8.8 8.0 8.6

900
800
700
600
500
400
300
200
100
0
100

値 に達していないサンプルを事前 に選定する

Sample Intensity [Normalized FU]

潜在的 な要因を明らかにする強力なツールで

900
1200
1500
2000
2500
3000
4000
7000
15000
48500

す。後の解析で使用する前 に低品質のサンプ

CKD-REIN サンプルに 利用 しました。CKD-600とし、費用もかかるため、バイオバンクと研究

シングルバンドとして（図 2A）、 エレクトロ

フェログラムの 重 ね 合 わせでは 明確 なスメア

400

gDNA スタートサンプルの品質確認 は、次に250

DNA 品質基準

Size
[bp]

図 2. バフィーコートから抽出し、Genomic DNA ScreenTape Assay と Agilent 4200 TapeStation System で解析した 6 サンプルの gDNA 解析例。サンプルは （A）ゲルイメージと（B）エレクトロフェログラムとして表示できます。各ゲルレーンの下に自動計算された DIN が表示されます。高い DIN は分解されていない gDNA を、低い DIN は非常に分解された gDNA を示します。

5

長期保存バフィーコートから抽出された

gDNA の QC

サ ン プ ル は 4200

血 液 試 料 からの 直 接 的 な 抽 出 は、 多くの

CKD-REIN gDNA

ラボでは 一般的に行 われています。他の一般

ScreenTape Assay を用 いて解析しました。

gDNA を得ることができるため、分子生物学

TapeStation System と Genomic DNA

的なアプローチでは、白血球の画分であるバ

バフィーコート保存期間 と gDNA 品質 とのンプルに対して、バフィーコートサンプルから

TapeStation Analysis Software で得られるフィーコートから DNA を精製します。全血サでは相対的に少量となりますが、最新の遺伝

相関 を調 べる客観的 な品質評価基準として、DIN を使用しました。バフィーコート凍結時か子解析 には 十分 な 収量 の DNA が 得られまら gDNA 抽出時までの 経過時間 に対し DIN

り効率的であるため、DNA を収集から数日以

DIN の値は 8 ～ 9 で、バフィーコートから抽す。後者の手法は、コストとスペースの面でよ内に抽出することができない場合は、多くのゲノムおよび疫学研究 において強く推奨されています 6。

CKD-REIN 血液サンプルはバフィーコートを得るために処理され、-80 ℃ で最大 5 年間

冷凍保存されました。このような 生体試料 の保存 は、輸送 や 経済的理由 から推奨 される

サンプル 収集時間内 に gDNA を抽出 できなかったため、大規模な CKD-REIN プロジェク

トにとって 合理的 な 代替手法 でした。すべてのバフィーコートサンプルを Biobanque dePicardie に 集 め、専門 の 技術者 が 専用ラボの 値 をプロットしました（図 3）。ほとんどの出された gDNA が高品質であることを確認できました。CNRGH において、高品質の DNAを必要とするハイスループットシーケンシング

プロジェクトで採用されている DIN の値は 7定されました。しかし、DIN が 6 ～ 7 のサン

プルは、CKD-REIN コレクションと遺伝子型

解析プロジェクトからは除外しませんでした。

より短 い保存期間での DIN の 分布 は、長期保存後の DIN 分布と違いは見られませんでした。バフィーコートの保存期間と gDNA の品

質との関連を調 べるため、データに線形回帰モデルを適用しました。その 結果、gDNA の品質とバフィーコートの保存時間との間 には

大きな 相関 はありませんでした。-80 ℃ で 5
年間保存後、抽出された gDNA は 分解されていない状態でした。

です。この値は Biobanque de Picardie で比較するポイントとして参照としました。保存されたサンプルのうち比較的少数のサンプルが、

閾値の 7 より低い DIN を示しました。DIN が閾値より低いサンプルは、その後の遺伝子型

解析 においてコール率 が低くなるリスクが高い可能性があるサンプルとして、予備的に特で円滑に gDNA 抽出を行いました。バフィー

コートから抽出された gDNA が 保存期間 に関係 なく高品質 であり、GWAS に 適 しているかどうかを調査することが Biobanque dePicardie にとって重要でした。

図 3. -80 ℃ で最長 5 年間保存したバフィーコートから抽出された gDNA の品質（n = 2,636）。青色の横線は、Biobanque de Picardie で gDNA 品質評価に使用される DIN の閾値を表します。

6

バフィーコート作製の遅れがgDNA 品質に与える影響

全血サンプルの収集、保存、処理の条件 は、
直接サンプル品質に重大な影響を与える可能性があります 7。また、これらの条件は血液サンプルから抽出された核酸の品質にも悪影響を与える可能性 があります。CKD-REIN プロ

ジェクトの枠組 みでは、臨床現場で収集した血液試料を該当する地域の CRB に輸送しました。このため、後 のサンプル 処理 までの 冷

凍時間 は 異 なりました。バイオバンクの 標準

プロトコルの閾値である 6 時間以内に大部分の血液試料は処理されましたが（69 %）、サ

ンプルの一部は 12 時間、または 24 時間後に処理されバフィーコートが作製されました。

Biobanque de Picardie では、処理が遅れた

サンプルの品質評価を行い、血液処理のプロ

トコルを十分 に 満 たしたサンプルと比較することが不可欠でした。DIN と採血からバフィー

コート凍結までの時間との関連を図 4 に示します。Biobanque de Picardie では、十分な

gDNA 品質の予備的な QC 閾値として、DINの値 7 を使用しました。6 時間以上経過後バ

フィーコートが作製されたサンプルのうち DINが 7 未満のものは 2 サンプルのみでした。採血からバフィーコート凍結までの時間による、DIN の平均値、中央値、標準偏差に変化はありませんでした（表 2）。12 時間および 24 時

間後 に処理されバフィーコートが作製されたサンプルは、高い品質（DIN > 7）が保持されていました。DIN を比較することにより、最大

32 時間の血液処理の遅れが gDNA 品質に影図 4. バフィーコートを単離し -80 ℃ で保存する前の経過時間と gDNA の品質との関連（n = 2,636）。

青の縦線と横線はそれぞれ Biobankque de Picardie が使用される血液処理までの時間と gDNA の品質評価のための DIN の閾値を示します。

表 2. 血液処理の遅れによる DIN でのサンプル品質評価の統計概要
Delay in blood

samples（%）≤6

1820（69 %）6 ～ 12≥ 12

DIN

Number ofprocessing (hours)

742（28 %）74（3 %）

Mean ± SD
8.3 ± 0.4
8.3 ± 0.4
8.3 ± 0.4

MedianMinimum

Maximum

8.4

6.4

9.7

8.4

6.7

9.6

8.4

7.4

9.4

響を与えないことが確認できました。

7

CRB 共同研究施設間での DIN の比較

CKD-REIN コホート研究では、フランスの各地の最小値は 7 以上でした。gDNA コレクション

たことを示しました。サンプルの 高 い品質 は、の異なる共同研究施設によりバフィーコートがなるサンプルが少数（計 10 サンプル）あった

ンターで一貫しており、gDNA 品質に影響を与域 を代表する Biobanque de Picardie の 13の解析により、複数の CRB でDIN が 7 未満と作 製 さ れ ました。 Centres de Ressources

ことが 明らかになりました（図 5、ドットで表なる可能性を調査する比較解析のため DIN のり低 い DIN の値 はバフィーコートの分離や他による DIN の分布とバフィーコート作製プロト

関連するものと結論づけました。TapeStation

Biologiques （CRB）間で gDNA の 品質 が 異基準を採用しました。Box plot を利用し、地域

コルに関連する各センターの性能を比較しました（図 5）。すべての CRB での DIN の中央値示）。このようなサンプルが少ないことから、よえなかったことが確認できました。

のサンプル処理条件ではなく、サンプル自体とSystem と DIN の 基 準 は、Biobanque dePicardie ではすべてのサンプルを正確 に評価

は 8 ～ 9 の範囲と類似しており、サンプルの高し、より詳細な調査が必要なサンプルを事前に値を 7 に設定しました。すべての CRB で DINての CRB で DIN の分布に有意 な差がなかっい品質 が 確認されました。比較研究 のため 閾

生体試料の処理および輸送 は 13 施設の全セ選択できました。Box plot 解析の結果は、すべ

図 5. CRB の 13 施設間での DIN の比較解析。
Box plot により、すべての CRB で DIN の分布に有意な差がないことが示されました。

8

ラボ間での DIN の一貫性

gDNA の品質評価のため、無作為に選択した

以 前、 ア ジ レ ン ト は 4200 TapeStation

394 の CKD-REIN サンプル（全体の約 15 %）Systemと Genomic DNA ScreenTape Assay により性 を示し、 ユーザーに依存しないことを紹介

は CNRGH で 4200 TapeStation Systemと Genomic DNA ScreenTape

Assay による gDNA 品質 の解析 が高 い再現

再解析されました。この追加の QC ステップは、しました 5。このため、2 つのラボ間の DIN のに 関して実質的 な 品質要件 を満 たしているか

理、または 解析に影響を及 ぼしやすい他の要

初期のサンプル処理、保存体系、その後の輸送を検証するために必要でした。Biobanque dePicardie から得られた DIN と CNRGH から得られた DIN の相関を示す散布図を図 6 に示し差異は、品質の再解析前の追加のサンプル処因によって説明できると推測できます。装置間、分析間、試薬 のロット間 の 違 いすべてがある

程度、分析精度全体に影響を与えます 5、8。例

ます。再解析したうち 32 サンプル （8.1 %）は

えば、アジレントは以前、3 つの異なる 4200

示しましたが、94 サンプル （24 %）は 0 ～ 0.2

置間の違いを評価しました 5。18 のテクニカル

Biobanque de Picardie の報告と同じ DIN を

レプリケートを解析した結果、標準偏差は 0.2

ンプル（15.5 %）では、0.6 ～ 1.0 でした。全

くわずかであることが示されました。

体として、両方のラボでそれぞれ同等の結果がDIN の測定値の変動 が少し大きくなるものと予測されます。対となるデータポイントで計算された DIN の平均差は 0.2 、標準偏差は 0.4でした。DIN の差の平均が小さいことは、ラボ間で gDNA 品質に影響しないよう適切にサンプルの輸送および処理 が実行されたことを示しました。

TapeStation System を 使用 して DIN の 装の差 がありました。197 サンプル （50 %）は、

DIN の差が 0.2 ～ 0.6 でした。同様に、61 サ

2 つの 異 なるラボの 場合、他 の 分析 および

サンプル 条件 の 潜在的 な 影響 を考慮すると、であり、装置が DIN の差異に与える影響はご得られており、DIN の差が 1 を超えたのは 10

サンプル （2.5 %）のみでした。

図 6. Biobanque de Picardie と CNRGH 間での DIN の比較

9

結論

バイオバンクだけでなく、 バイオバンクからのサンプル 供給 を利用する科学コミュニティ
にとっても、生体試料 から抽出 された DNAの 品質評価 は 優先度 が 高 いです。全血 の 収

集、処理、輸送、保存すべてが、gDNA の品質に影響を与える可能性あるため、サンプル

品質 を管理するには 信頼 できる品質基準 が必要です。Biobanque de Picardie は、DNA

Integrity Number （DIN）による客観的 な品質基準を使用し、gDNA 抽出を採血後の数日以内 に実施できない場合 に、バフィーコート

で長期保存することが各研究のための信頼できる手法であることを示しました。また、血液処理の遅れは、gDNA の品質に影響を与えることなく 6 時間から少なくとも 32 時間まで延長することができ、将来のプロジェクトではより柔軟性をもつことができると示されました。
さらに、フランスのさまざまな地域から収集さ

Agilent 4200 TapeStation System

Stengel, B.; Metzger, M.; Combe, C.;
Jacquelinet, C.; Briançon, S.; Ayav,
C.; Fouque, D.; Laville, M.; Frimat,
L.; Pascal, C.; Herpe, Y-E.; Morel, P.;
Deleuze, J-F.; Schanstra, J.; Lange, C.;
Legrand, K.; Speyer, E.; Robinson, B.;
Massy, Z. Risk Profile, Quality of Life
and Care of Patients with Moderateand Advanced CKD: The French
CKD-REIN Cohort Study.Nephrol.
Dial.Transplant.2019, 34(2), 277286.

4.

Agilent Genomic DNA ScreenTape
Quick Guide for TapeStation
Systems, Agilent Technologies,
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5.

Performance Characteristics of the
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Agilent Technologies Technical
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Eckfeldt, J. H.; Tracy, R.; Boerwinkle,
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Retrospective Quality Analysis of
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Application Note, publication number
5994-0811EN, 2019.

8.

Evaluating the Agilent 4200
TapeStation System for HighThroughput Sequencing Quality
Control, Agilent Technologies
Application Note, publication number
5991-6892EN, 2016.

合わせは、Biobanque de Picardie に信頼性

リューションを提供し、大規模 な CKD-REIN

コホート研究 に 十分 なスループットを実現しました。さまざまなバイオバンクでの 品質管理業務に、客観的 な DIN 品質基準 が異 なるレベルで適切 に実施できることが 示されました。DIN に基づく品質管理により、アプリケー

ションに 特化した 閾値 の 定義 が 可能 となり、Biobanque de Picardie では個々のサンプルの 品質 に関して安心感 を得ることができました。すべての CKD-REIN サンプルは高品質であることが立証され、さらにゲノムワイド関連研究のために利用されました。

参考文献
1.

れた 試料 に関して、同様 の DIN の分布 が 示

分解したサンプルはありませんでした。また、

Biobanque de Picardie とその共同研究施設の CNRGH から得られた DIN の比較により、ラボ間の非常に良好な相関関係が明らかになりました。DIN 再解析で、結果の高い再現性

103.

のある gDNA の 品質評価 のための 自動化ソされました。どの地域の CRB でも gDNA がと安定した輸送条件が確認できました。

とGenomic DNA ScreenTape Assay の 組 み2.

Stengel, B.; Combe, C.; Jacquelinet,
C.; Briançon, S.; Fouque, D.; Laville,M.; Frimat, L.; Pascal, C.; Herpe,
Y-E.; Deleuze, J-F.; Schanstra, J.;
Pisoni, R.; Robinson, B.; Massy, Z.
The French Chronic Kidney DiseaseRenal Epidemiology and Information
Network (CKD-REIN) Cohort Study.
Nephrol.Dial.Transplant.2014, 29(8),1500–1507.
Stengel, B.; Combe, C.; Jacquelinet,
C.; Briançon, S.; Fouque, D.; Laville,M.; Frimat, L.; Pascal, C.; Herpe, Y-E.;
Deleuze, J-F.; Schanstra, J.; Pisoni, R.;
Robinson, B.; Massy, Z. The French
Kidney Disease-Renal Epidemiology
and Information Network (CKDREIN) Cohort Study: To Better
Understand Chronic Kidney Disease.
Néphrologie & Thérapeutique.2016,
12(1), 49-56.

謝辞

CKD-REIN プロジェクトに参加していただいた以下のすべてのバイオリソースセンターの各チームに感謝いたします。

Biobanque de Picardie, CRB duCentre Hospitalier Universitaire
Amiens Picardie, 1 Rond-Point du
Pr Christian Cabrol, 80054 Amiens
Cedex 1 (BRIF number: BB-003300017)
NeuroBioTec, CRB des Hospices
Civils de Lyon Groupement
Hospitalier Est, Hôpital
Neurologique, 59 Boulevard Pinel,
69677 Bron Cedex (BRIF number:
BB-0033-00046)
Centre de ressources biologiquesdu Centre Hospitalier Universitairede Nantes Hôtel Dieu, Institut debiologie, 9, quai Moncousu, 44093
Nantes Cedex 1 (BRIF number: BB0033-00040)
Centre de ressources biologiquesdu Centre Hospitalier Universitaire
Grenoble Alpes, Boulevard de laChantourne, CS 10217, 38700 La
Tronche (BRIF number: BB-003300069)
Centre de ressources biologiquesdu Centre Hospitalier Régional
Universitaire de Nancy, Hôpitaux deBrabois, Bâtiment Recherche Rue
du Morvan, 54500 Vandoeuvreles-Nancy (BRIF number: BB-003300035)

Servicer de Néphrologie, Centre
Hospitalier de Perpignan, 20 Avenue
du Languedoc, 66046 Perpignan
Cedex 9Plateforme de Ressources
Biologiques, Hôpital Henri Mondor,
51 avenue du Maréchal de Lattrede Tassigny, 94000 Créteil (BRIF
number: BB-0033-00021)

CIC-1435, Centre d� Investigation
Clinique Plurithématique, Centre
Hospitalier Universitaire de Limoges,
2 Avenue Martin Luther King, 87042
Limoges Cedex

Etablissement Français du sang
Occitanie, Site de Toulouse, 75 rue
de Lisieux, 31300 Toulouse
Etablissement Français du sangGrand-Est, Site de Colmar, 6 rue duHohnack, 68025 Colmar Cedex
Etablissement Français du sangGrand-Est, Site de Metz, 6 rue desDames de Metz, 57000 Metz
Etablissement Français du sang
PACA-Corse, Site de Marseille, 149,
boulevard Baille, 13392 Marseille
Cedex 05

Plateforme de Ressources
Biologiques de l� Hôpital européen
Georges-Pompidou, 20-40 rue
Leblanc, 75015 Paris (BRIF number:
BB-0033-00063)
Etablissement Français du sang
Hauts de France – Normandie, Sitede Bois-Guillaume 609, chemin de laBretèque, 76235 Bois-GuillaumeEtablissement Français du sang
Nouvelle Aquitaine, site Pellegrin,Place Amélie Raba Léon, CS 21010,
33075 Bordeaux Cedex
Etablissement Français du sang
Hauts de France – Normandie, Sitede Loos-Eurasanté, Avenue Pierre
Mauroy, Parc Eurasante Epi-de Soil,
59120 Loos
Etablissement Français du sang Ilede France, Site Avicenne, Hopital
Avicenne porte 8, 125 route deStalingrad, 93009 Bobigny11[お問い合わせ窓口]
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本社 / 〒192-8510 東京都八王子市高倉町9-1●カスタマコンタクトセンタ
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その他の用途にご利用いただくことはできません。
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