AdvancedSearchのマニュアル
20231107作成，20240501修正1Advanced Searchについて• https://knowledge.brc.riken.jp/advanced• Advanced Searchの特徴• オントロジーの階層構造（例，疾患）を確認しながら検索キーワードを選択して，関連するバイオリソースの検索が可能• カテゴリー毎の検索が可能．現在，遺伝⼦，⽂献（PubMed ID），ウイルス（ウイルス名，ウイルス感染症名，⽣物学的プロセス，関連分⼦，解剖学的部位，症例）のカテゴリーを指定し，検索キーワードを⼊⼒もしくは選択して検索を⾏う．
• 検索の過程で，ヒットしたバイオリソースの件数を確認しながら，検索を進めることができる．
• 複数の検索条件を組み合わせて（or検索，and検索）検索することができる（⼀部制限あり）．

• 不具合などのお問い合わせ先• E-mail: brcqa@brc.riken.jp• アンケートページ: https://krs2.riken.jp/m/questionnaire_ja• FAX: 029-836-9077

2今後の課題（開発中の機能を含む）• 検索結果の根拠となるデータソース，検索経路などの表⽰• not検索実装の検討• オントロジーデータ（オントロジー検索）の追加．例，Human
Phenotype Ontology

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画⾯の説明キーワード⼊⼒窓(フリーワードで検索する時に有効．例，APOE)

検索条件ボタン（オントロジー⽤語，遺伝⼦名，⽂献，ウイルスの各カテゴリーの⽤語を検索語として検索する時に有効）

図１．Advanced Searchには，⼤きく分けて２つの検索の⽅法があります
1. キーワード⼊⼒窓から検索(フリーワードで検索する時に有効．例，RBRC06342,APOE)
2. 検索条件ボタンを選択して検索（オントロジー⽤語，遺伝⼦名，⽂献，ウイルスの各カテゴリーを絞り込んで検索する時に有効）

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検索⽅法
• 基本操作１（キーワード検索）• 基本操作２（オントロジー検索）• 基本操作３（遺伝⼦検索）• 基本操作４（⽂献検索）• 基本操作５（ウイルス検索）• 応⽤１︓AND/OR検索• 応⽤２︓複数の検索条件を組み合わせて検索する

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基本操作１︓キーワード⼊⼒窓を使った検索例1/5

⼊⼒窓に検索語を⼊⼒する．４⽂字以上の単語を⼊⼒すると候補が表⽰されます．候補を選ぶと検索が実⾏されます．検索語が３⽂字以下の場合は，検索語の最後に半⾓スペース（空⽩）を⼊れることで検索ができます．

図２．キーワード⼊⼒窓に検索語を⼊⼒する．４⽂字以上の単語を⼊⼒すると候補が表⽰されます．候補語を選択するか，選択せずに改⾏キーを押すと検索がスタートします．検索語が３⽂字以下の場合は，検索語の最後に半⾓スペース（空⽩）を⼊れてから，候補語を選択，もしくは改⾏キーを押すことで検索がスタートします． 6

基本操作１︓キーワード⼊⼒窓を使った検索例2/5
検索結果は，実験動物，植物，細胞，遺伝⼦材料，微⽣物別に件数を表⽰

図３a．検索結果がリソースの種類別に件数表⽰されます．⽬的のバイオリソースの番号を選択すると，個々のページが表⽰されます．

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基本操作１︓キーワード⼊⼒窓を使った検索例3/5

ここに検索条件が表⽰されます．検索
条件を変えて新しい検索をする場合は，右上の「×」を押してください．

図３b．新たに検索する場合は， Set Filtersの「x」を押して前の検索語を消してから，検索を⼊⼒して検索をスタートしてください．⼀⽅，前の検索に，検索語を追加する場合は 「x」を押さずに，検索窓に検索キーワードを⼊⼒してください．8

基本操作１︓キーワード⼊⼒窓を使った検索例4/5

複数の検索語でAND検索を実⾏したい場合（例，lung AND cancer）は，最初の検索語（例，lung）を⼊⼒後，改⾏キーを押します．

図４a．現状のアドバンスド検索では，空⽩で挟まれた単語と単語は，連語として取り扱われます（例，lung cancer）．複数の検索語でAND検索を実⾏したい場合（例，lung AND cancer）は，最初の検索語（例，lung）を⼊⼒後，改⾏キーを押します．

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基本操作１︓キーワード⼊⼒窓を使った検索例5/5

次の検索語（例，cancer）を⼊⼒後，改⾏キーを押すことで，AND検索が実⾏されます（例，lungAND cancer）．

AND検索の条件は⼊⼒窓の下の「Set Filter」で確認できます．

図４b．次の検索語（例，cancer）を⼊⼒後，改⾏キーを押すことで，AND検索が実⾏されます（例，lung AND cancer）．AND検索などの条件は⼊⼒窓の下の「Set Filter」で確認できます．なお，OR検索には対応していません．

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基本操作２︓オントロジー検索1/7

Ontologyボタンを選択

図５．Ontologyボタンを選択

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基本操作２︓オントロジー検索2/7

現在，検索に使えるオントロジーは，疾患オントロジー4種類など計9種類

図６．オントロジーボタンを押すと，オントロジー検索のウィンドが開くます．現在，検索対象のオントロジーは9種類です．

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基本操作２︓オントロジー検索3/7
⼊⼒窓に検索語を⼊⼒する．４⽂字以上の単語を⼊⼒すると候補が表⽰されます．
候補を選ぶと検索が実⾏されます．

図７．オントロジー検索のウィンドウの⼊⼒窓に検索語を⼊⼒します．前述の基本操作1と同様に，４⽂字以上の検索語を⼊⼒すると候補が表⽰されるので，候補を選択し検索をスタートします．検索語が３⽂字以下の場合，検索語の最後に空⽩を⼊⼒すること，候補が表⽰されます．なお，オントロジー検索では，
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候補語を選択せずに検索をスタートさせることはできません．

基本操作２︓オントロジー検索4/7

検索したいオントロジー⽤語にチェックを⼊れる．

検索したい⽤語の上位語はここに表⽰されます．
検索したい⽤語の下位語はここに表⽰されます．
OKボタンを押す

図８．検索したいオントロジー⽤語にチェックを⼊れて，画⾯下のOKボタンを押します．

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基本操作２︓オントロジー検索5/7
検索結果は，実験動物，植物，細胞，遺伝⼦材料，微⽣物別に件数を表⽰

ここに検索条件が表⽰されます．検索
条件を変えて新しい検索をする場合は，右上の「×」を押してください．

図９．検索結果が実験動物，植物，細胞，遺伝⼦材料，微⽣物別に表⽰されます15基本操作２︓オントロジー検索6/7上位階層

検索したい⽤語

下位階層

オントロジーの上位および下位の階層を⾒たい場合は，⽮印ボタンを押す

図10．中央のパネルにある⽤語（例， Alzheimer disease）の上位や下位の⽤語（例， familial Alzheimer disease）で検索したい場合は，⽮印ボタンを押して検索したい⽤語を中央のパネルに移動させます．

16基本操作２︓オントロジー検索7/7

この場合，「Alzheimer disease 」の下位語「familial Alzheimer disease」が中央に移動する「familial Alzheimer disease」にチェックを⼊れることで，これに関係するバイオリソースを検索することができます．

図11．検索したい⽤語（例， familial Alzheimer disease）にチェックを⼊れて，画⾯下のOKボタンを押します．

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基本操作３︓遺伝⼦検索1/7

Geneボタンを選択

図12．Geneボタンを選択
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基本操作３︓遺伝⼦検索2/7
遺伝⼦名（ラベル，例，APP, TP53）を⼊⼒
遺伝⼦名（ラベル，例，APP, TP53）を⼊⼒

図13．⼊⼒欄に遺伝⼦（タンパク質）名やIDを⼊⼒
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基本操作３︓遺伝⼦検索3/7
チェックが⼊っていると，バイオリソースと関係がないものが除外される．

チェックを⼊れる．チェックは複数の候補に⼊れることが可能

図14．検索したい遺伝⼦名にチェックを⼊れる．チェックは複数箇所⼊れることが可能．この場合OR検索になります20基本操作３︓遺伝⼦検索4/7
右上のボタンを押すと現在選択されている候補が表⽰される．

OKボタンを押す

図15．OKボタンを押して，検索結果を表⽰
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基本操作３︓遺伝⼦検索5/7
Mouse, Plant, Cell, DNA, Microbeのいずれかを選択

ここに検索条件が表⽰されます．検索
条件を変えて新しい検索をする場合は，右上の「×」を押してください．

図16．表⽰したいリソース(マウス，植物，細胞，遺伝⼦，微⽣物)を選択
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基本操作３︓遺伝⼦検索6/7
ParalogおよびOrthologにチェックを⼊れることで，⼊⼒した遺伝⼦とParalogおよびOrthologの関係にある遺伝⼦を含めた候補が表⽰されます

図17a．⼊⼒欄横のParalogにチェックを⼊れることで，⼊⼒した遺伝⼦とParalogの関係にある遺伝⼦を含めた候補が表⽰されます23基本操作３︓遺伝⼦検索7/7
ParalogおよびOrthologにチェックを⼊れることで，⼊⼒した遺伝⼦とParalogおよびOrthologの関係にある遺伝⼦を含めた候補が表⽰されます

図17b．⼊⼒欄横のOrthologにチェックを⼊れることで，⼊⼒した遺伝⼦とOrthologの関係にある遺伝⼦を含めた候補が表⽰されます．
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基本操作４︓⽂献検索1/3

Articleボタンを選択

図18．Articleボタンを選択して，⽂献検索画⾯を表⽰
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基本操作４︓⽂献検索2/3
検索したい⽤語やPubMed IDを⼊⼒

チェックを⼊れる

OKボタンを押す

図19．⼊⼒欄に検索したいキーワードやPubMedID を⼊⼒，候補リストが表⽰されたら論⽂にチェックを⼊れて，画⾯下のOKボタンを押す

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基本操作４︓⽂献検索3/3
Mouse, Plant, Cell, DNA, Microbeのいずれかを選択

ここに検索条件が表⽰されます．
検索条件を変えて新しい検索をする場合は，右上の「×」を押して，検索条件を削除してください．

図20．リソースを選択して⽂献リストを表⽰

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基本操作５︓ウイルス検索1/3

Virusボタンを選択

図21．Virusボタンを選択して，ウイルス検索画⾯を表⽰
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基本操作５︓ウイルス検索2/3「virion attachment to host cell」を選択．この場合，52件のバイオリソースが関係していることがわかります

OKボタンを押す
関係しているリソースの件数

図22．ウイルス名，ウイルス感染症名，⽣物学的プロセス名（例，virion
attachment to host cell），⽣物学的分⼦，解剖学的部位，症状/表現型/関連疾患のカテゴリを選択

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基本操作５︓ウイルス検索3/3
Mouse, Plant, Cell, DNA, Microbeのいずれかを選択

ここに検索条件が表⽰されます．
検索条件を変えて新しい検索をする場合は，右上の「×」を押して，検索条件を削除してください．

図23．バイオリソースを選択して，検索結果を表⽰

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応⽤１︓AND/OR検索（例，stomach cancer [AND/OR] livercancer）1/10

Ontologyボタンを選択

図24．Ontologyボタンを押してオントロジー検索画⾯を表⽰
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応⽤１︓AND/OR検索（例，stomach cancer [AND/OR] livercancer）2/10

stomach cancerと⼊⼒

図25．⼊⼒欄にstomach cancerと⼊⼒，疾患オントロジーDOIDのstomachcancerを選択

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応⽤１︓AND/OR検索（例，stomach cancer [AND/OR] livercancer）3/10

チェックを⼊れる

OKを押す

図26．stomach cancerにチェックを⼊れ，OKボタンを押し，検索を開始
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応⽤１︓AND/OR検索（例，stomach cancer [AND/OR] livercancer）4/10

32件のマウスが⾒つかる「+」を押して，疾患オント
ロジーDOIDで追加の条件を⼊⼒する

図27．stomach cancerに関係するマウス32件が⾒つかる．続いて，画⾯右のSet
Filtersの「+」ボタンを押して，疾患オントロジーDOIDで追加の条件を⼊⼒

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応⽤１︓AND/OR検索（例，stomach cancer [AND/OR] livercancer）5/10

liver cancerと⼊⼒

OKを押す

図28．続いて，⼊⼒欄にliver cancerと⼊⼒．
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応⽤１︓AND/OR検索（例，stomach cancer [AND/OR] livercancer）6/10

チェックを⼊れる

OKを押す

図29．liver cancerにチェックを⼊れ，OKボタンを押し，結果を表⽰
36応⽤１︓AND/OR検索（例，stomach cancer [AND/OR] livercancer）7/10
stomach cancer OR liver cancerの検索条件で，63件のマウスが⾒つかる

図30．”stomach cancer” OR “liver cancer”の検索条件で，63件のマウスが⾒つかる
37応⽤１︓AND/OR検索（例，stomach cancer [AND/OR] livercancer）8/10
トグルボタンで，検索条件をANDに切り替える．stomach cancer AND
liver cancerの検索の結果が表⽰され，25件のマウスが⾒つかる

図31．トグルボタンで検索条件をANDに切り替えて，”stomach cancer” AND“liver cancer”の検索の結果を表⽰する．

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応⽤１︓AND/OR検索（例，stomach cancer [AND/OR] livercancer）9/10

この時，下の「+」ボタンを押さずに，上のOntologyボタンを押して，「liver cancer」を検索条件に加えた場合．．．

図32．[注意]検索条件を追加する際，Set Filtersの「+」ボタンを押さずに，上のOntologyボタンを押して，”liver cancer”を検索条件に加えた場合は．．．
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応⽤１︓AND/OR検索（例，stomach cancer [AND/OR] livercancer）10/10

AND検索しかできない．同じオントロジー内で，検索条件を追加するときは，「+」を押して検索⽤語を追加することで，ORとAND検索が選択できる．

図33．[注意] AND検索しかできません．同じオントロジー内で検索⽤語を追加するときは，Set Filtersの「+」を押すことで，ORとAND検索が選択できるようにな
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ります．

応⽤２︓複数の検索条件を組み合わせて検索する（例，遺伝⼦と⽂献検索，APP [AND] Alzheimer）1/5

Geneボタンを選択

図34．Geneボタンを押して，遺伝⼦検索画⾯を表⽰
41応⽤２︓複数の検索条件を組み合わせて検索する（例，遺伝⼦と⽂献検索，APP [AND] Alzheimer）2/5

APPと⼊⼒チェックを⼊れる

OKを押す

図35．⼊⼒欄にAPPと⼊⼒，検索したい遺伝⼦名にチェックを⼊れて，OKボタンを押す．

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応⽤２︓複数の検索条件を組み合わせて検索する（例，遺伝⼦と⽂献検索，APP [AND] Alzheimer）3/5
APP遺伝⼦に関係しているマウスが9件⾒つかる

Articleボタンを選択

図36．APP遺伝⼦に関係しているマウス9件が⾒つかる．続いて，Articleボタンを押して，Article検索画⾯を表⽰
43応⽤２︓複数の検索条件を組み合わせて検索する（例，遺伝⼦と⽂献検索，APP [AND] Alzheimer）4/5

Alzheimerと⼊⼒

アイコンを押して，降順に並べ替える

マウスのカラムで1件以上の論⽂にチェックを⼊れる

OKを押す

図37．⼊⼒欄にAlzheimerと⼊⼒，マウスのアイコンを押して降順に並び換え，マウスのカラムで論⽂にチェックを⼊れ，OKボタンを押し，結果を表⽰

44応⽤２︓複数の検索条件を組み合わせて検索する（例，遺伝⼦と⽂献検索，APP [AND] Alzheimer）5/5「APP遺伝⼦に関係している」かつ，各リソースの引⽤論⽂でAlzheimerについて記述のある」マウスが8件⾒つかる

図38．「APP遺伝⼦に関係している」かつ，「Alzheimerについて記述のある論⽂」の条件で，マウスが8件⾒つかりました45