生命科学分野のデータベースに関する情報集約に向けて ~カタログ構築の現状
○坂東明日佳1 、河村明子1 、大久保克彦2 、熊谷禎洋2 、川本祥子3
1科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター、2（株）日立ソリューションズ、3情報•システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

ＮＢＤＣのカタログサービスとは？
データベース統合化の段階的進展

ＮＢＤＣが提供するデータベースカタログサービス

（１）データベースのカタログ化
平
成
25
年度
⎱
⎚
⎞
実
施
予
定

生命科学系データベースカタログ (ＤＢカタログ）

ポータルサイトに、各省のデータベースに関する情報を記載・登録し、各省のデータベースに対して、リンクが行われる状態を実現する。

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/
892件公開中 (更新データ916件)*。収録データベース数を重視。

ＷＩＮＧＰｒｏ（２） 横断検索連携

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/
417件*公開中。データベースの使い方を含む項目立て。
SEO対策重視。

各省における適切なサイトに、横断検索サーバーを設置するとともに検索インデックスを統一化し、各省のデータベースに対して 、相互に一括横断検索が可能となる状態を実現する。
＊2011年9月26日現在

（３） アーカイブ構築連携新センターのポータルサイトに、各省のデータベースをガイドラインに沿ってアーカイブ化して保存し、各省のデータベースに対して、統一形式でのデータダウンロードが可能となる状態 を実現する。

平成
以 25降年度

今年度の主な課題
●カタログの項目と内容の整備：カタログ間の情報を集約し、サービスに一体化を持たせる
●各省のデータベース統合事業との連携：各事業の持つカタログ情報の取り込み（４） データベース構築連携新センターのポータルサイトに、各省から譲り受けたデータベースを再編して収容し、各省のデータベースが、統一化したフォーマット で再 構築 された状態 を実現する

カタログの項目と内容の整備

3. メタデータ項目の整備

1. 関連レコードの突き合わせによる、相互リンクの実現

既存のデータベースカタログサービスの項目比較
WINGpro（エントリー)DBカタログWINGPro

公開件数 相互対応あり
916 件
258 件417 件
265 件

WINGPro

DBカタログ

2. ＮＢＤＣ統一データベースＩＤの作成と付与

DBカタログの項目	
electrostatic surfaceof Functional-site	

NBDC00123	 eF-site	

Database for the
Exchangeable Gene
Trap Clones	

NBDC00124	 EGTC	
Caenorhabditis
NBDC00125	
elegans WWW Server	
The MultiNBDC00126	 Dimensional Human
Embryo		WINGproの項目	
URL	

http://ef-site.protein.osakau.ac.jp/eF-site	

http://egtc.jp/action/main/index	

http://elegans.swmed.edu	

ベース便覧

DB名	

URL	

1-1.名称

1.成果物名

1.Database name2.別称

提供サイト *提供サイト*

2.URL

2.ID

1-2.読み⽅方

2.成果物の別名

2.Main resource URL

3.提供機関2.別称

4.提供機関の所在(国)

2.Webページのタイトル

3.概略

3.概要

4.提供機関5.開発機関3.タイトル(⽇日本語) 3.⾔言語
4.タイトル(英語)4.開発機関5.LsdbName(⽇日本語)

1-4.作成者

3.成果物に関する説 3.Contact information
明4.成果物のタイプ

Database for the
Exchangeable Gene Trap
Clones (EGTC)	
エントリーなし	

(e-mail; postal mail)4.Date resource

1-5.連絡先

5.運⽤用機関(Free, or type of語)

6.Scope: data types
6.DB名(long)

1-6.データベース分類

6.機関所在国

captured, curation
7.Standards: MIs, Data

6.国名7.説明(⽇日本語)

7.⽇日本語タイトル

1-7.⽣生物種

7.サイトURL

8.取り扱い⽣生物種

7.型分類

7.型分類

8.説明(英語)

8.概要（⽇日本語）

1-8.説明8.インターフェイス 8.Taxonomic coverage

9.提供様式

8.対象

8.対象

9.分類

9.概要（英語）

9.⽣生物種10.提供様式

10.カタログ

10.PubMed ID

10.上位データベース

1-9.データベースの特11.カタログサイト
掲載数
12.最終アクセス確

13.更新記録認⽇日

14.説明（項⽬目な13.内容し)15.利⽤用⽅方法

14.説明

11.組織

11.下位データベース⻑⾧長•有⽤用性•活⽤用⽅方法
1-10.予算的背景•プロ
ジェクト

1-11.論⽂文等

URL/PubMedID
16.素材となった

17.その他

DB**

10.キーワード

データ総量（Mbyte)¦データ＊：独⽴立立の項⽬目⽴立立てではない。

エントリーなし	

http://embryo.soad.umich.edu/index.html	

エントリーなし	

11.Versioning period
and access to historicalN B D C で採番

2 名称

データベースの正式名称

3 略称

データベースの略称

4 URL

リソース

13.対象

1-13.運⽤用開始年⽉月⽇日

13.主な対象データ 13.User support options

14.和名

1-14.最終更新年⽉月⽇日

14.⽣生物種

16.学名
17.taxID

そのU R Lja,	 e nなどIS O 	 6 39の２文字表記で表す

5 ⾔言語

データベースを記述する言語

1-17.参照先データ

17.最終更新⽇日（調ベース査⽇日）
18.利⽤用できるID
19.IDを使った成果（⼿手動収集）⽂文献）

19.統計情報掲載

20.Reference（サイページト）22.提供機関2-1.データ名23.提供機関（略称）

2-2.データ内容の説明

24.提供機関ID

2-3.データファイル

25.DB開始⽇日

2-4.データ取得⽅方法

26.DB更新⽇日

2-5.解析⽅方法

27.横断検索2-6.データ件数

運用機関が所在する国名

国名は、IS O 	 3 166-1の英語名で表記

当該データベースが他のデータベースの一8 上位データベース部になっている場合は、そのデータベース名を記載扱う生物種が少なければ、その9 ⽣生物種データベースが扱う生物の種名

Taxonom y	 ID とN am eを記載する
生物種が多い場合は、それらを一括したタグ形式で、１つのデータベースに複数10 データの種類

データベースに登録されたデータの種類

付与可能（ゲノム配列、マイクロアレイデータ等） タグはN B D C が管理し、別途管理規則をタグ形式で、１つのデータベースに複数（過去2年間)1-21.ユーザ登録

7 運⽤用機関所在国

15.Relevant

16.データ更新頻度 16.Resource's

21.国

J-G LO B A L収録の研究機関名で表記定める

ウンロードサイト

1-20.Webサービス

現在データベースを運用している機関名

policy1-16.データの⼀一括ダ

1-19.クエリ検索

6 運⽤用機関名

14.Data submission

15.利⽤用条件

19.Reference（その他複数の言語で運用されている場合は、ス
ラッシュ区切り（ja/enなど）で表す

available

1-15.統括サイト

18.Reference(PMID) 1-18.⼀一覧表⽰示にする

呼び名で記載しても良い

12.使っている外部 12.Documentation

最終アクセス⽇日時

略称がなければ、データベース名と同一

データベースをW ebで公開している場合、

files

publications

11 その他のキーワード

生物種、データの種類以外のキーワード付与可能（データベースの表示方法等）

タグはN B D C が管理し、別途管理規則を

Wikipedia URL
17.Tools available

定める
12 説明
13 論⽂文等

データベースの説明
当該データベースに深く関連した論文のPubm edID

物の利⽤用⽅方法

データベースサイトに自動的にアクセス

20.外部リンク14 最終更新⽇日時

21.論⽂文等

拡張情報（データベース自体ではなく、このカタログの利便性向上のための情報）（PubMed ID)

29.プロジェクト⼀一覧

エントリーなし	

N B D C 共通のデータベースID

frequency

28.DBアーカイブ	

1 ID

基本情報

10.Data release

ト12.DB型18.PubMed ID

収集対象

accessibility/output
options

17.データ量20.バンクの場合、

http://egtc.jp/view/index	

formats, terminologies

1-12.オリジナルサイ

12.更新⽇日時

15.⼀一般名

15.参考

16.Tips

備考

9.Data9.⼊入⼒力力例

⼀一括取得⽅方法
12.更新頻度説明

policy, standards used

6.国名

9.⽣生物種

項⽬目名established (year)
5.Conditions of use

5.DB名（short)#license)

6.LsdbName(英

5.情報源

4.URL

1-3.別名

7.提供データ

http://ef-site.hgc.jp/eFsite/	

EF-site	

BioDBCore

1.LSDBID

30.メタデータ更新⽇日12

データベースが最終的に更新された日時

データベースカタログ

生命科学系データベースカタログ（旧）の（旧）へのリンク

TogoD B サイトへのリンクして情報を収集する

WingPro（旧）へのリン W ingPro（旧）のTogoD B サイトへのリンク
ク

3 アーカイブへのリンク
4 MEDALSへのリンク

生命科学系データベースアーカイブへのリンク
M ED A LS へのリンク

31.メタデータ作成者、更新者• アーカイブ、横断検索等サービス間でのデータ交換や相互リンクの促進• 各省とのデータベース情報の共有をスムーズに

4. 各項目の記載内容の整備 (準備中）
ＤＢカタログ、ＷＩＮＧＰｒｏのコンテンツを元に新しく定義した項目の記載仕様に沿って記述内容を整備していく。
DB名	
DBカタログ	 Database for the Exchangeable Gene Trap Clones	

WINGPro	

MEDALS データ

スアーカイブ11.ダウンロード

IDフォーマット： Prefix【NBDC】＋数字5桁 【例】 NBDC00001	
DB名̲Long Name	

⽣生命科学系データベー（更新版）

1.#DBID

10.利⽤用条件

IDの使用目的： NBDC内でのデータベース情報管理のために使用するＩＤDB名̲Short Name	DBカタログ

1.名称

11.データ量

NBDC ID	DBカタログ

分類完全版

1.名称

6.カテゴリ各カタログサイト上で相互に関連するレコード情報を容易に参照可能に。

WINGpro 構築型

1.タイトル

5.URL

相互リンク

WINGpro収録⼀一覧

新カタログ項目案

＜目的＞
ライフサイエンス分野に存在する可能な限り多くのデータベースの所在情報の提供	

＜項目設定基準＞
ØDBの概要を理解できる必要最低限の項目を選定Ø記載項目を絞り、情報収集作業時間を低減Ø データセットの利用/交換のためのメタデータはLSDBアーカイブ (ポスター番号2参照)から提供	

説明	
DBカタログ：熊本大学発生医学研究センター臓器形成分野で作製した可変型遺伝子トラップクローンのデータベースです。トラップした遺伝子に関する情報や5'-RACE法による同定情報、トラップクローンから樹立したマウス系統情報を掲載しています。(後略) 	

Database for the Exchangeable Gene Trap Clones (EGTC)	 遺伝子置換の可変型遺伝子トラップクローンのデータベース	

新ＤＢ名

新説明

今後：コンテンツの充実と新サイト構築l新メタデータ項目に基づいたカタログ内容整備l統一IDを用いてLSDBアーカイブ等他サービスへのリンクづけl新サイト構築

各省のデータベース統合事業との連携
各省のデータベース統合関連事業と連携し、カタログ情報の集約、更新を進める。

今後：連携の深化

ＭＥＤＡＬＳ （経済産業省・産業技術総合研究所）
http://medals.jp/

ＡｇｒｉＴOGO （農林水産省・農業生物資源研究所）
http:/togo.dna.affrc.go.jp/

各事業所管のデータベース情報を受領し、NBDCのカタログデータに取り込む。

l各省のカタログサービスとの相互リンクを追加
l各省とのデータベース情報交換の効率化により更新作業の改善を図る

厚生労働省・医薬基盤研究所
http://www.nibio.go.jp/

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