経済産業省ライフサイエンス統合データベースプロジェクト：
経済産業省ライフサイエンス統合デタベ スプロジェクト：
スプロジ クト
ポ タルサイトMEDALS
ポータルサイトMEDALS○村上 勝彦（1）、勝彦（1） 松矢 明宏（1）、明宏（1） 間宮 健太郎（1）、山崎千里（1）、原雄一郎（1）、健太郎（1） 山崎千里（1） 原雄一郎（1） 今西 規（1）（1）産総研バイオメディシナル情報研究センタ
産総研バイオメディシナル情報研究センター

経済産業省統合データベースプロジェクトは、経済産業省関連の研究成果物等の整備・統合をすすめるプロジェクトである。経済産業
経済産業省統合デタベ スプロジ
タスプ ジ クトは
クトは、経済産業省関連の研究成果物等の整備経済産業省関連の研究成果物等の整備 統合をすすめるプ
統合をすすめるプロジジ クトである
クトである。経済産業
経済産業省関係で開発されたバイオ デ タベ ス（DB)の情報を収集し ポ タルサイトMEDALS［メダルズ］（METI D
省関係で開発されたバイオ・データベース（DB)の情報を収集し、ポータルサイトMEDALS［メダルズ］（METIDatabaset bportal
p t l ffor LifLifeS ien e）を公開し その後も便覧の追加 更新を続けてDB 解析ソフトの数は130個になった NEDOプロジェクトなどを含めて経産省関Science）を公開し、その後も便覧の追加・更新を続けてDB・解析ソフトの数は130個になった。NEDOプロジェクトなどを含めて経産省関連の成果物で 最新情報が網羅できているのはMEDALSだけである連の成果物で、最新情報が網羅できているのはMEDALSだけである。
MEDALS の主な内容は、DBと解析ソフトなどの便覧、プロジェクト情報、アの主な内容は DBと解析ソフトなどの便覧 プロジェクト情報 アーカイブ
カイブ、「MEDALS横断検索」、および「MEDALS「MEDALS横断検索」 および「MEDALS ツツール」
ル」である。「MEDALS横断検索」ではである。「MEDALS横断検索」では、国内外250個に対して日本後「国内外250個に対して日本後・英語どちらでも検索できるばかりでなく
後 英語どちらでも検索できるばかりでなく、「追加キば「追「追加キーワードの提案機
ワ ドの提案機
ド
能 と「同義語検索能」と能」と「同義語検索」ができる。MEDALSツールには、目的分野の論文を文献リストから定期収集する「文献収集システムPubMedScan」同義語検索」ができる。MEDALSツが きる
ルには、目的分野の論文を文献リストから定期収集するには 目的分野 論文を文献リ トから定期収集する「文献収集シ
文献収集システムPubMedScan」
ム等があり等があり、等があり、ユーザの便宜を図っている。
ザの便宜を図 ているて る。

プロジ クトの実施内容
プロジェクトの実施内容
実

MEDALS横断検索の画面
横断検索 画面

データベースの横断検索
デタベ スの横断検索ポポータルサイトの構築
タ
タルサイトの構築
構築•成果物情報の整理•各種サービスの提供
各種サ ビ
各種提供
 横断検索•他省庁と連携
他省庁と連携ア
アーカイブ構築
カイブ構築•データ公開促進
デ タ公開促進MEDALSは、METI Database•公開維持活動
portal for Life Scienceの略
MEDALSトップ画面
ッ 画面（ポータル＝「入り口」）（ポタル 「入り口」）【成果物の定義】
データベース（データファイル）、
デタベ ス（デ タファイル）、解析ソフト（ツール）
解析ソフト（ツル）、および報告書
および報告書ポータルサイトMEDALS
ポタルサイトMEDALS

経産省関連のプロジェクト・成果物の例

MEDALS横断検索の追加機能(1)•追加キーワードの提案

プロジェクト名称（成果物）

開始

終了

遺伝子多様性 デル解析事業
遺伝子多様性モデル解析事業（遺伝子多様性データベースなど）

2000

2005

ヒトの デル疾患におけるヒトのモデル疾患における遺伝子多型情報の取得と解析

生体高分子立体構造情報解析（（myPresto)
y)

2000

2006

膜タンパク質及び関連複合体の立体構造・機能解明
立体構造機能解明

タンパク質機能解析事業(Human Gene and Protein Database（HGPDなど)）

2000

2002

ヒト完全長cDNAを活用、蛋白質の機能解析

植物の物質生産プロセス制御基盤
技術開発（KaPPA-Viewなど）

2002

2009

ゴム、紙、お茶などの原料を生産する植物の生産プロセスを解析

概要

便覧の内容 デ タベ ス ツ ルの場合
便覧の内容：データベース・ツールの場合

66件

1

データベース便覧

5 統合デ統合データベース
タベ ス

64件

2

ツール便覧

6 検索

52件
件

3

プロジェクト便覧

74

ダウンロ ドペ ジ
ダウンロードページ（データアーカイブ）（デタア カイブ）

説明
入力例
デ タ総量
データ総量
更新頻度
利用ID
論文等

MEDALSツ ル
MEDALSツール

8 リンク集ク集

MEDALS横断検索の追加機能(2)横断検索の追加機能•同義語検索
例えば、キーワード「プロテアーゼ」で検索する→「ペ例えば、キワ ド プ テア ゼ」で検索する→
プチダーゼ」や「タンパク分解酵素」なども検索
プチダゼ」や「タンパク分解酵素」なども検索

ア カイブ内容（2011年10月）
アーカイブ内容（2011年10月）
myPresto：医薬品開発支援用
分子シミュレーション計算ソフト
分子シミュレション計算ソフトおよびデータベースの集合体
およびデタスの集合体

成果物調査作業とステータス
成果物調査作業とステタス
調査
①初期候補

•日本語/英語を内部で変換②（相手事情による）保留21件
③非公開

今年度予定
●保留２１件再調査●公開予定30件を順に
便覧 掲載
便覧へ掲載

PubMedScan：新規関連文献
お知らせツール(local版)
お知らせツル(local版)
PMID-Extractor:
PMID
Extractor: PDFからPubMed IDを取得するツIDを取得するツールル
Grisk:遺伝疾患の遺伝的リス
遺伝疾患の遺伝的リクを算出
算
HapRisk: 遺伝子型から表現型の発現確率を算出

プロジェクト報告書
経産省統合DBプロジェクト （H20‐21）ゲノム情報統合プロジ クト （H17‐H19）
ゲノム情報統合プロジェクト（H17 H19）
遺伝子多様性モデル解析事業 （H13‐H17）バイオインフォマティクス関連データベース
ィ関連整備（H12‐H16)
機能性RNAプロジェクト（H18‐20の中間報告書）
機能性プ ジ クト（の中間報告書）

MEDALS内に記載のDBのマップ

30件④公開可能（公開中･公開予定）④公開可能（公開中公開予定）「検索オプション」をクリックし、「検索オプション」をクリックし展開範囲の変更ができる

新規文献お知らせツール(PubMedScan)
新規文献お知らせツル(PubMedScan)
http://medals jp/pubmedscan/
http://medals.jp/pubmedscan/• PubMedScanの特徴
P bM dS の特徴– キーワードからでなく、手持ちの文献から似たものを探す
キ ワ ドからでなく 手持ちの文献から似たものを探す（キ（キーワードの検討不要、キーワードだけでは漏れがある）
ド 検討 要 キ
ドだけ は漏れがある）
文書間類似度の指標は、PubMed Related Articles

MEDALSへ

便覧公開作業

データ再構築（アーカイブ）作業⑤便覧掲載
横断検索作業

似た文献のリスト＊最新データを含む⑥ダウンロード可能⑦横断検索可能– 新規文献中から手持ちの文献に近いものを毎日レポート
新規文献中から手持ちの文献に近いものを毎日レポ ト– ウェブ・ブラウザ上で利用
ウ ブ ブラウザ上で利用

参考文献「MEDALS 経済産業省ライフサイ ンスデ タベ ス 解析ツ ルのボ タルサイト 実験医学増刊号 Vol.29「MEDALS：経済産業省ライフサイエンスデータベース・解析ツールのボータルサイト」
V l 29 No.15,
N 15 pp. 2388 (2011年9月）
Biomedicinal Information Research Center (BIRC)
N ti
Nationall IInstitutetit t off Ad
Advancedd IIndustrial
d t i lS
Scienceiandd Technology
T h l(AIST)
2 4 7 Aomi
2-4-7
Aomi, Koto-ku,
Koto ku Tokyo 135-0064,
135 0064 Japan.
Japan
URL: http://www.h-invitational.jp/idb/index
http://www.h invitational.jp/idb/index_e.html
e.html

産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
イオ ディシナル情報研究 ンタ〒135-0064 東京都江東区青海2-4-7 産総研 臨海副都心センター別館7階
URL: http://www.h-invitational.jp/idb/index.html