第5回 難病統合研究
2023年2月6日

国際連携に向けて海外の取り組みの紹介
分担研究者
鎌谷 洋一郎イギリスの事例

Genomics England（GEL）訪問
インタビュー
Matt Brown教授：GEL Chief Scientist Officer
Tim Hubbard教授：GEL Senior Advisor, Scientific and Clinical
キングスカレッジロンドン・バイオインフォマティクス教授• 10万人ゲノム計画を終えた結果、がんと希少疾患のWGSは医療経済メリットがあると判定され、（日本で言う）保険診療になった。
• 30の希少疾患と6のがんが対象*。1年ごとに対象の見直しをする• 保険診療に組み込むかどうかは、医療経済メリットがあるかどうかで判断*インタビュー時の数字だが、現時点での正確な数は次ページURLから元情報を参照のこと

実際に遺伝子検査が保険支払いされる疾患の一部①②③④⑤①

胸部大動脈解離のような複雑な疾患のゲノム検査も保険収載②

多くの致死性不整脈の遺伝検査も容易に可能としている印象③

心筋症等のゲノム検査も可能④

先天性心疾患では、細かいことを言わなくても全例SNPアレイができる、ということか？

⑤

同様に「単一遺伝子疾患を疑う小児」と言う非常にざっくりとした適応症が準備されている。

https://www.england.nhs.uk/publication/national-genomic-test-directories/同意について• WGSを用いたヘルスケアについて同意することで、WGSを実施する。
これを断る人はほとんどいない。
• オプションで、研究同意（National Genome Research
Library; NGRLへの参加）が得られれば研究利用可能となる（’Patientchoice’ consent model）。
• 右図：
www.genomicseducation.hee.nhs.uk/supporting-the-nhs-genomicmedicine-service/GEL組織について• 基本はcontracting company• WGSはIlluminaが実施し、バリアントコール、解釈まで行う。
• データ解析はAWSで行う。このサーバはGELが暗号化している。AWSに管理を委託しているがAWSが中身を確認することはできない。

• DNA抽出はイングランド全土をカバーするように7つのGenomicLaboratory Hubsが行う。

研究プロジェクト・共同研究• GELが現在行う研究プロジェクト
1. がんのロングリード・シークエンス
2. 多様な集団のWGS

3. 新生児WGSスクリーニング• 新生児マススクリーニングの拡張として、医療経済メリットがあるかを確認• 共同研究について• 特にデンマークと強い共同研究（同じシステムを実装）• またEUは各国ゲノム計画を協調的に進めるため頻繁にweb会議を実施している。

• さらにEUでは各国電子カルテシステムを相互参照可能とするように要請している。 GELも取り組みに参加• イギリスはEUではないがこれらに主導的に参加しているユーザへの聞き取り
インタビュー• Henry Houlden教授、UCL Queen Square Institute of Neurology• GeCIP Neurology domainのトップ• GELのWGS対象となる場合、解析資金は全てGELが拠出し、UCLは負担しない。
• ICは全て医師がとり、遺伝カウンセラーはほぼ関与しない。疾患が難解で、医師でないと説明が難しいため。
• GELとの会議では、WGS結果は病院では確認しない、との説明だったが、実際にUCLでは裏を取っている。ゲノム領域にとって必要な検査は異なり、Southernを使うこともある。
• 遺伝子検査を提案して受け入れる人は90-99%、皮膚生検を含む
研究同意は70%程度

フランスの事例

Plan France Médecine Génomique 2025①
インタビュー
Frédérique Nowak博士：PFMG Director
Jean-François Deleuze博士：PFMG Reference Center for Innovation, Expertise and Transfer
国立ジェノタイピングセンター所長
Catherine Boileau博士：Bichat病院遺伝学部門長 PCSK9の発見者の一人（ゲノム創薬に深く貢献）
Pierre Blanc：Bioinformatician, SeQoia Genetic platform
Julian Thevenon：Bioinformatician, Auragen Genetic platformInês Amado：PFMG International Affairs Officer• PFMGは2016年に仏首相マニュエル・ヴァルスの要請で設立• 最新技術を医療現場で利用可能とする• 診療でWGSへのアクセスを、まずは希少疾患とがんに、続いてありふれた疾患に• 現在は60の希少疾患、2の腫瘍遺伝学検査・8のがんが対象Þ Access for all patients in France

Plan France Médecine Génomique 2025②
Þ Integration into the patient’s healthcare pathw• 実施体制として、• 診療：SeqOIA/AURAGENの二つの企業がDNA抽出、WGS実験、解析、分子診断まで全て担当• 研究：CEA（原子力・代替エネルギー庁）傘下の国立ヒトゲノム研究センター（CNRGH）を中心として研究実施
WGS診療のワークフロー I

同意書は仏語のほか四カ国後を準備

NFORMATION NOTICES AND CONSENTS

Two patients information
documents

Consents for each situation

THE 4 PILOT PROJECTS IN RESEARCH SETTING
MULTIPLI
Soft tissues sarcoma

DEFIDIAG
Intellectual disability

Assess the feasability of high throughput
sequencing and whether NGS-guided treatments
improve patient survival.

Compare the % of diagnosis by WGS and by thereference strategy.
- 1.275 trios enrolled (100 % of enrollments)
ü Translation in 4 langages (English, Spanish, Turkish, Arabic)

CAD INFRASTRUCTURE

ü Ongoing project : simplification of the documents according to different levels of understanding- 261 randomised patients- 10 available targeted therapies

診療と研究を一体になって進める体制の整備
CAD - Healthcare
Clinical and genomic
dataPOPGEN
General population

GLUCOGEN
Atypical forms of diabetes

Provide a reference on the frequencies of genetic
variants in the French population.

Evaluate the contribution of WGS and of acoordinated multidisciplinary patient management
on diagnosis and quality of care.

- 10.232 participants of the Constances cohort(100% of enrollments and genotyping)- 4000 participants will be selected for WGS+

Pilot projects
DEFIDIAG
MULTIPLI
POPGENGLUCOGENCAD - Research-In preparation

Plan France Médecine Génomique 2025③
全疾患にフローチャートを完備• PFMGでもGELと同様にさまざまな希少疾患・がん患者のWGSを実施可能な体制を構築。

ACTIVITY REPORT

専門医集団を全国各地に設置

訪問後のメールでの質疑について• 臨床情報の入力について：e-prescription toolを用意しており、臨床医がSeqOIAまたはAURAGENのそれぞれのシステムに直接入力する。
• 検体・データのフローついて：病院で採取した検体を、SeqOIAまたはAURAGENがそれぞれ搬送し、それぞれの施設でWGS、バイオインフォマティクス解析、結果の解釈までを行う。結果の解釈は、それぞれの企業が遺伝専門医と共同で行う。各企業は遺伝的診断を行う資格を有している。
• WGS検査の実施を検討できる医師は、フランス国内の全ての医師だが、あらかじめそれぞれのRCPに登録している必要がある。
登録には専門性が必要である。医師はRCPに患者の病状を説明し、RCPはそれでWGSの実施適応を判定する。

ユーザからの聞き取り
インタビュー• Alexis Brice教授、Institute du Cerveau (ICM)• 以前は診療としてのWGSも自施設持ち出しで行っていたが、現在は適応があればPFMGでWGSを行う。
• PFMGの適応のないWGS/WESは現在でも自施設で行っている。
例えば• パーキンソン病（45歳以下、特定の地域出身、家族歴あり、などの同施設の適応を満たす場合）• てんかん（シングルセル・空間トランスクリプトーム解析を通常同時に実施する）

まとめ（感想）• イギリスGELは中央集権的にWGSやその他の遺伝的検査の保険収載を世界に先駆けて進めている。その目的意識としては、徹頭徹尾、遺伝的検査が医療経済学的に有効かを検討している。
• フランスPFMGは遅れているが、すでに1万人WGSをこえて進めている。イギリスと比べると、地域圏ごとに拠点を設けようとしている。主に診療において、世界の水準から見てフランス国民に不利益のないように頑張って追いかけている様子である。

• GELとは引き続きオンライン会議を実施予定である。また、PFMGからは協力関係の構築を求められている。