難病の遺伝学的検査実施体制整備の歴史と現状
厚生労働省 健康局 難病対策課
令和４年２月26日

難病の医療提供体制の構築に関する経緯○ 難病の医療提供体制については、平成28年10月に、難病対策委員会において「難病の医療提供体制の在り方について」を取りまとめ、その構築に係る手引き・ガイドを都道府県あてに通知した。
○ 平成30年度から、各都道府県において難病診療連携拠点病院を中心とした新たな難病医療提供体制を推進するとともに、国において難病医療支援ネットワークの整備・推進を図っている。
H27.1

難病法の施行

第四条 基本方針は、次に掲げる事項について定めるものとする。
二 難病の患者に対する医療を提供する体制の確保に関する事項
３ 難病の患者に対する医療を提供する体制の確保に関する事項

平成
27年
度

平成
28年
度

平成
29年
度

平成
30年
度

H27.9

難病対策基本方針(告示)H28.10

難病の医療提供体制の在り方について（報告書）

H29.4

難病の医療提供体制の構築に係る手引き(通知)H29.10

H30.4～○できる限り早期に正しい診断ができる体制を構築。
○診断後はより身近な医療機関で適切な医療を受けることのできる体制を確保。
○難病の診断及び治療には、多くの医療機関や診療科等が関係することを踏まえそれぞれの連携を強化。
【目指すべき方向性】
１.できる限り早期に正しい診断ができる体制
２.診断後はより身近な医療機関で適切な医療を受けることができる体制
３.小児慢性特定疾病児童等の移行期医療にあたって、小児科と成人診療科が連携する体制
４.遺伝子診断等の特殊な検査について、倫理的な観点も踏まえつつ幅広く実施できる体制
５.地域で安心して療養しながら暮らしを続けていくことができるよう、治療と就労の両立を支援する体制

都道府県における小児慢性特定疾病の患者に対する移行期医療支援体制の構築に係るガイド（通知）

都道府県において、地域の実情を踏まえた新たな難病医療提供体制の検討※ 既存の難病医療連絡協議会等を活用して検討・調整を行う

国において、難病医療支援ネットワークの整備・推進

都道府県において、難病診療連携拠点病院を中心とした、新たな難病医療提1供体制を推進遺伝子診断体制に関するこれまでの提言○ 遺伝学的検査については、医学的検査を必要とする患者が検査を受けられるよう、各施設の遺伝相談・検査体制に関する調査研究、検査精度や効率性を向上させるための実用化研究を行うこととされている。
難病対策の改革について（提言）（平成25年１月25日 厚生科学審議会疾病対策部会難病対策委員会）
第1 効果的な治療方法の開発と医療の質の向上
1.治療方法の開発に向けた難病研究の推進（新たな研究分野の枠組み）〇 遺伝学的検査は難病の診断、病態解明、治療方法の選択等に重要であることから、遺伝学的検査を必要とする患者が検査を受けられるよう、各施設の遺伝相談・検査体制についての調査研究、検査の精度や効率性を向上させるための実用化研究を行う。

2

遺伝子診断体制の法令上の位置付け○ 難病に関する遺伝子診断体制については、基本方針において、「国は、遺伝子診断等の特殊な検査について、倫理的な観点も踏まえつつ幅広く実施できる体制づくりに努める」こととされている。
○ 難病の患者に対する医療等に関する法律（平成26年法律第50号）
第四条 厚生労働大臣は、難病の患者に対する医療等の総合的な推進を図るための基本的な方針（以下「基本方針」という。）を定めなければならない。
２ 基本方針は、次に掲げる事項について定める。
二 難病に係る医療を提供する体制の確保に関する事項○ 難病の患者に対する医療等の総合的な推進を図るための基本的な方針（平成27年9月15日厚生労働省告示375号）
第３ 難病の患者に対する医療を提供する体制の確保に関する事項（２） 今後の取組の方向性について
カ 国は、難病についてできる限り早期に正しい診断が可能となるよう研究を推進するとともに、遺伝子診断等の特殊な検査について、倫理的な観点も踏まえつつ幅広く実施できる体制づくりに努める。

3

遺伝学的検査に係るこれまでの経緯

中医協 総－３
３． １２． １0○ 遺伝学的検査は、平成18年度診療報酬改定において、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー及び福山型筋ジストロフィーを対象に保険適用され、以降、対象疾患が拡充されてきた。
○ 現行の診療報酬においては、148疾患が対象となっている。
年度

平成18年度

診療報酬上の評価及び対象疾患

D006-4 進行性筋ジストロフィー遺伝子検査

2,000点

デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー及び福山型筋ジストロフィー
平成20年度

D006-4 遺伝病学的検査

2,000点【追加】栄養障害型表皮水疱症、家族性アミロイドーシス、先天性QT延長症候群、脊髄性筋萎縮症、中枢神経白質形成異常症、ムコ多糖症Ⅰ型、ムコ多糖症
Ⅱ型、ゴーシェ病、ファブリ病、ポンペ病
平成22年度

D006-4 遺伝学的検査

4,000点【追加】ハンチントン舞踏病、球脊髄性筋萎縮症
平成24年度

D006-4 遺伝学的検査

4,000点【追加】フェニルケトン尿症、メープルシロップ尿症、ホモシスチン尿症、シトルリン血症（１型）、アルギノコハク酸血症、メチルマロン酸血症、プロピオン酸血症、イソ吉草酸血症、メチルクロトニルグリシン血症、HMG血症、複合カルボキシラーゼ欠損症、グルタル酸血症１型、MCAD欠損症、VLCAD欠損症、MTP(LCHAD)欠損症、CPT1欠損症、筋強直性ジストロフィー、隆起性皮膚線維肉腫、先天性銅代謝異常症、色素性乾皮症、先天性難聴
平成26年度

D006-4 遺伝学的検査

3,880点【追加】なし平成28年度

D006-4 遺伝学的検査

3,880点【追加】神経有棘赤血球症など42疾患
平成30年度

D006-4 遺伝学的検査

3,880点/5,000点/8,000点（評価を細分化）【追加】遺伝性自己炎症疾患、先天異常症候群、エプスタイン症候群
令和２年度D006-4 遺伝学的検査

3,880点/5,000点/8,000点【追加】副腎皮質刺激ホルモン不応症など73疾患

4

未診断疾患イニシアチブ（IRUD※）について※Initiative Rare and Undiagnosed Disease○ 遺伝子異常に関連する難病のうち、症状が非典型な場合や、未発見の疾病は、通常の診療では診断が困難な場合があるため、特に遺伝子異常が疑われる未診断状態の患者に対して、研究的に遺伝学的解析（全エクソーム）を実施。
※平成27年からAMEDの研究プログラムとして実施。現在３期目（R３～R５：研究代表 水澤英洋）。

＜IRUDの主な体制＞
IRUD拠点病院

診断委員会
・網羅的な解析の要否について検討
・解析結果に基づき、診断支援＜IRUDの主な実績＞
IRUDの過去３.５年間の解析実績※2015年7月～2019年3月まで集計

3217症例（家系）(1)診断につながりうるもの

1284症例（家系）①遺伝性指定難病

741症例（家系）②オーファネット収載希少疾患※①との重複660症例を除く

543症例（家系）※全国37カ所の拠点病院、約400の協力病院

IRUD解析センター
・網羅的遺伝学検査の実施
・疾患原因遺伝子の同定
等※全国5カ所：国立成育医療研究センター、慶應義塾大学、横浜市立大学、名古屋大学、大阪大学

IRUDデータセンター
・データベースの構築運営
・国際ネットワークとの連携 等(2) 上記以外
上記の取組の過程で新たに発見した疾患

1933症例（家系）27疾患※希少疾患とオーファンドラッグに関する情報を提供するリファレンスポータル。
約40カ国が加盟するコンソーシアムにより運営され、フランスのINSERM（フランス国立保健医学研究所）チームが統括（AMED HPを参考に作成：https://www.amed.go.jp/program/IRUD/index.html）

5

Genomics England• 運営主体は英国（Genomics
England Limited, 保健・社会福祉省直下の国営企業）• NHSの希少疾患患者とその家族およびがん患者の10万全ゲノムシーケン
ス解析* を行い、患者の治療に還元するとともに、全ゲノム情報データベースを構築しゲノム医療研究を加速させる。
• 同時に産業界へのデータアクセス等の様々な支援を行い、新しい医療の社会実装を推進する。
* 10万は当初目標。2018年10月、英国の総人口約6,600万の1割程度を目安として500万に拡大。目標の数値は患者数ではなく全ゲノムシーケンス解析数。

6

経緯• 2012年12月、キャメロン首相（当時）の宣言により「10万ゲノムプロジェクト」が始動• 2013年7月、保健省（当時）直下にGenomics
Englandを有限会社として設立• 2014年、希少疾患の患者2,000人、続いて3,000人のがん患者を対象にパイロットプログラムを実施• 2014年12月、参加者の特定や登録を担うGenomic
Medicine Centre（GMC）を全国11か所（現在は13か所に拡大）に設置し患者リクルートを開始• 2015年3月、「10万ゲノムプロジェクト」の最初の患者の全ゲノムシーケンスを実施

David Cameron• 2018年10月、ハンコック保健・社会福祉長官により、プロジェクトの目標を上方修正することが発表され、今後5年間で500万全ゲノムまで拡大7

概要• 希少疾患とがんに関する全ゲノムシーケンス解析を行う全国規模の疾患コホート。
• 全国13か所のGenomic Medicine
Centre（GMC）で患者をリクルートし、採取したDNAサンプルを国営の生体試料保管庫に保管。専用のシーケンスセンター（イルミナ社）にて全ゲノムシーケンス解析を行い、臨床データと合わせて専用のデータセンターに保存するとともに基本的な解析が行われ、患者の主治医に返却される。

8

全ゲノム解析等に関する実行計画について○経済財政運営と改革の基本方針2019（令和元年6月21日閣議決定）（抄）
ゲノム情報が国内に蓄積する仕組みを整備し、がんの克服を目指した全ゲノム解析等を活用す
るがんの創薬・個別化医療、全ゲノム解析等による難病の早期診断に向けた研究等を着実に推進するため、10万人の全ゲノム検査を実施し今後100万人の検査を目指す英国等を参考にしつつ、これまでの取組と課題を整理した上で、数値目標や人材育成・体制整備を含めた具体的な実行計画を、2019年中を目途に策定する。また、ゲノム医療の推進に当たっては、国民がゲノム・遺伝子情報により不利益を被ることのない社会を作るため、必要な施策を進める。
全ゲノム解析等実行計画（第１版）（令和元年12月20日厚生労働省）（抄）３．２ 難病領域
難病の全ゲノム解析等を進めるにあたり、まず、先行解析で本格解析の方針決定と体制整備を進める。このため、最大３年程度を目処に当面は、主要な解析拠点 の検体（現在保存されている最大約2.8万症例（約3.6万ゲノム））及び今後提供される新たな検体数α を解析対象とする。＜中略＞
全ゲノム解析等を進めつつ、得られた成果を、遺伝子パネル検査等に導出し、患者の層別化医療につなげるなど、速やかに医療現場の実利用に生かしていく。また、今後提供される新たな検体について、全ゲノム解析等により得られた成果も、提供した患者の医療に適切に活用する。
○経済財政運営と改革の基本方針2020（令和2年7月17日閣議決定） （抄）
全ゲノム解析等実行計画を着実に推進し、治療法のない患者に新たな個別化医療を提供するべく、産官学の関係者が幅広く分析・活用できる体制整備を進める。
9

全ゲノム解析等実行計画（第１版）
全ゲノム解析の目的○

全ゲノム解析等は、一人ひとりの治療精度を格段に向上させ、治療法のない患者に新たな治療を提供するといったがんや難病等の医療の発展や、個別化医療の推進等、がんや難病等患者のより良い医療の推進のために実施する。

具体的な進め方○ がんの全ゲノム解析等を進めるにあたり、まず先行解析で日本人のゲノム変異の特性を明らかにし、本格解析の方針決定と体制整備を進める。このため、最大3年程度を目処に当面は、主要なバイオバンクの検体(現在保存されている最大6.4万症例(13万ゲノム))及び今後提供される新たな検体数αを解析対象とする。
○

がんの先行解析では、そのうち、当面は解析結果の利用等に係る患者同意の取得の有無、保管検体が解析に十分な品質なのか、臨床情報の有無等の条件を満たして研究利用が可能なものを抽出した上で、５年生存率が低い難治性のがんや稀な遺伝子変化が原因となることが多い希少がん（小児がんを含む）、遺伝性のがん（小児がんを含む）（約1.6万症例（3.3万ゲノム））及び今後提供される新たな検体数β）について現行の人材設備等で解析が可能な範囲で全ゲノム解析等を行う。※有識者会議での意見、体制整備や人材育成等の必要性を踏まえ、これらのがん種を優先して全ゲノム解析等を実施○ 難病の全ゲノム解析等を進めるに当たり、まず先行解析で本格解析の方針決定と体制整備を進める。このため、最大３年程度を目処に当面は、ゲノム解析拠点の検体（現在保存されている最大約2.8万症例（約3.6万ゲノム））及び今後提供される新たな検体数αを解析対象とする。

○難病の先行解析では、そのうち、当面は解析結果の利用等に係る患者同意の取得の有無、保管検体が解析に十分な品質なのか、臨床情報の有無等の条件を満たして研究利用が可能なものを抽出した上で、単一遺伝子性疾患、多因子性疾患、診断困難な疾患に分類し、成果が期待できる疾患（約5500症例（6500ゲノム）））及び今後提供される新たな検体数βについて現行の人材設備等で解析が可能な範囲で全ゲノム解析等を行う。※有識者会議での意見、体制整備や人材育成等の必要性を踏まえ、これらの疾患を優先して全ゲノム解析等を実施○

がん・難病の先行解析後の本格解析では、先行解析の結果や国内外の研究動向等を踏まえ、新たな診断・治療等の研究開発が期待される場合等に数値目標を明確にして、新規検体を収集して実施する。数値目標は、必要に応じて随時見直していく。

体制整備・人材育成・今後検討すべき事項○ 本格解析に向けた体制整備・人材育成、倫理的・法的・社会的な課題への対応、産学連携・情報共有の体制構築、知的財産等・費用負担の考え方、先行研究との連携について引き続き検討を進める。

10

全ゲノム解析等の実施体制（令和３年度）○「全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会」は「全ゲノム解析等実行計画」に基づき実施される全ゲノム解析等の実施状況について評価・検証を行い、方針の決定及び必要な指示を行う。
○「厚生労働科学研究班」は専門的事項について検討を行い、専門委員会における検討に供する。
○「全ゲノム解析等に係るAMED研究班」は解析状況等の報告を専門委員会に行い、同委員会の方針に従い、適切な進捗管理のもと研究を行う。
方針の決定

全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会

報
告指示

報
告方針

専門的事項の検討

全ゲノム解析等の実施

厚生労働科学研究

AMED研究がん領域
A:患者還元班（体制整備班）
B:患者還元班（領域別班）
C:解析班
難病領域
○「難病のゲノム医療推進に向けた全ゲノム解析基盤に関する研究開発」班

がん領域○患者還元WG○解析・ﾃﾞｰﾀｾﾝﾀｰWG○ELSI WG等
難病領域○「難病に関するゲノム医療推進にあたっての統合研究」班

11

「全ゲノム解析等実行計画」に係るこれまでの解析実績「全ゲノム解析等実行計画（第1版）」では、がん領域においては、５年生存率が相対的に低い難治性のがんや、稀な遺伝子変化が原因となることが多い希少がん（小児がん含む）、遺伝性のがん（小児がん含む）について、全ゲノム解析等を行うこととされた。また、難病領域においては、単一遺伝子性疾患、多因子疾患、診断困難な疾患を優先して全ゲノム解析等を行うこととされた。それぞれの解析実績と解析予定は以下の通り。
がん領域○難治性のがん（白血病、食道がん、肝臓がん、胆道/膵臓がん、肺がん、卵巣がん）

解析実績（※）（2019年12月以降）

約500症例
・膵臓がん
・白血病
・肉腫

○希少がん（小児がん含む）○遺伝性のがん（小児がん含む）
難病領域○単一遺伝子性疾患○多因子疾患○診断困難な疾患

約3,250症例
解析実績（2019年12月以降）

約2,500症例（※）詳細報告は各研究班の報告（資料３）を参照

解析予定（2021年度）

原則生存しており、解析結果を還元可能な、保存検体を有する約
10,000症例
・血液領域
・消化器領域
・婦人科領域・呼吸器他領域
・希少がん領域
・小児がん領域
この内、新規患者600症例
解析予定（2021年度）

約3,000症例

12「全ゲノム解析を基盤としたがんゲノム医療の実装に向けた患者還元、解析・データセンター、ELSI体制構築についての研究」班（厚労科研中釜班）体制

研究代表者
中釜 斉
（国立研究開発法人 国立がん研究センター）①患者還元WG②解析・データWG○河野 隆志
（国立がん研究センター）・織田 克利（東京大学）
・研究協力者○井元 清哉（東京大学）
・白石 友一（国立がん研究センター）
・研究協力者③ELSI WG
○横野 恵（早稲田大学）
・田代 志門（東北大学）
・研究協力者※各WGは、様々な分野の専門家、関係学会、患者団体、データ利活用団体等と意見交換を行い、取りまとめた上、全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会に報告する。

13令和３年度ＡＭＥＤ研究班の概要（がん領域）
Ａ班：がん患者の臨床解析を行い、レポート作成及びエキスパートパネルによる協議等をへて患者還元を行う。
（新規の患者及び検体保存済みの患者）
Ｂ班：領域別のがん患者について、C班と連携して全ゲノム解析等を行い、患者還元を行う。
（検体保存済みの患者）
Ｃ班：A、B班において解析対象になったがん患者について、臨床情報を収集するとともに統一パイプラインによる解析及び臨床解析を行う。また、解析・データセンターの構築に向け高度な横断的解析、データ共有システムの構築等にも取り組む。
（※）各班は連携し、新規の治療法等の開発に向けた体制構築、臨床情報等の収集及び高度な横断的解析等を行う。
（※）各班は、実施状況について「全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会」に報告し、当該委員会の方針に沿って解析等を行う。
公募の種類
A班：
患者還元班
（体制構築班）

B班：
患者還元班（領域別班）

C班：解析班

がん種

研究代表者

研究代表機関令和３年度の症例数

難治がん等

山本昇

国立がん研究センター

500症例（※）

難治がん等

浦上研一

静岡がんセンター

500症例（※）

難治がん等

上野貴之

がん研有明病院

500症例（※）

消化器がん
血液がん
小児がん
希少がん
婦人科がん
呼吸器がん他

柴田龍弘
南谷泰仁
加藤元博
松田浩一
森誠一
河野隆志

東京大学
京都大学東京大学
東京大学
がん研有明病院
国立がん研究センター

1,400症例
1,400症例
1,400症例
1,400症例
1,400症例
1,400症例

井元清哉

東京大学医科学研究所

Ａ班、 Ｂ班合わせて9,900症例すべての症例の解析

計 9,900症例（※）それぞれ新規の患者200症例を含む。

14

「難病に関するゲノム医療推進にあたっての統合研究」班（厚労科研 水澤班） 体制
水澤班会議
構成員（8名）：○水澤英洋、竹内勤、武藤香織、山野嘉久、徳永勝士、林義治、小杉眞司、鎌谷洋一郎

協力医療機関

同意書

臨床情報

ゲノム基盤

医薬品開発人材育成等⑥人材育成等

検討事項①協力医療機関について（医療機関が具備すべき要件）②同意書の検討、 ③臨床情報の検国民への普及啓討発④ゲノム基盤の運営・管理方法について⑤医薬品開発の促進に向けたゲノムデータ
基盤のあり方

構成員

竹内勤

武藤香織

山野嘉久

徳永勝士

林義治

具体的内容例○診療部門○エキスパート
パネル○臨床情報の収集方法・検体の取扱方法○産業利用・本格解析への移行を想定した
同意書○各種法令・指針等の整理○臨床情報項目及び収集方法（疾患共通及び疾患毎の症例報告書）○ゲノム基盤の運営・管理方
法○検体の保存・管理、シークエンス、デー
タ保存・管理○医薬品開発の促進につながるゲノムデー
タ基盤構築○各国の産業利用の状況

小杉眞司
鎌谷洋一郎
○専門的人材育成の現状把握、育成方法○国外希少疾患
データベースと指定難病の相関関係、国際連携

15

「難病のゲノム医療推進に向けた全ゲノム解析基盤に関する研究開発」班（AMED 國土班）体制

研究代表者
國土 典宏
国立国際医療研究センター(NCGM)
研究副代表
水澤 英洋
国立精神神経医療研究センター(NCNP)
ゲノム基盤
徳永 勝士
国立国際医療研究センター(NCGM)

臨床情報
山野 嘉久
聖マリアンナ医科大学

単一遺伝子疾患

多因子性難病

未診断疾患

オミックス

小崎 健次郎(慶應義塾大学）

岩田 岳（東京医療センター）

朝野 仁裕(大阪大学）

小川 誠司（京都大学）

辻 省次（東京大学）

祖父江 元(名古屋大学）

松原 洋一(国立成育医療研究センター)

荻 朋男（名古屋大学）西野 一三(国立精神神経医療研究センター)

戸田 逹史(東京大学)

松本 直通(横浜市立大学）

松田 文彦(京都大学)

16【「難病のゲノム医療推進に向けた全ゲノム解析基盤に関する研究開発」班提供資料】

難病の全ゲノム解析等実証事業
持続可能な運営主体が、以下に掲げる①ー③の実証を行うことにより、研究・医療両面から、難病患者等のよりよい医療につながるゲノムデータ基盤の構築につなげていくための実証事業について、令和５年度に「難病ゲノム情報管理センター（仮称）」を本格稼働させることを目指し、令和４年度では、100症例の新規検体解析及びデータベース（本格稼働用）の構築・管理を行う。

難病全ゲノム解析

難病ゲノム政策研究班

難病遺伝子パネル検査

拠点医療機関1.協力医療機
関について
検体臨床情報2.同意書の検討、国民への普及啓発

4.ゲノム基盤の運営・管理方法について5.医薬品開発の促進に向けたゲノム
データ基盤のあり方
6.人材育成等③

全ゲノム解析等実証事業（受託法人）
input

3.臨床情報の検討

エキスパート
パネル（専門家会議）

遺伝カウンセリング

シーク
エン
ス

検体保管

①
ゲノム基盤

パ
ネル
検査

全ゲ
ノム

データベース

レ検
ポ査
ー結ト果

17

本格解析

ゲノムデータ

基礎解析

難病ゲノムデータ基盤構築にむけた
先行的な全ゲノム等解析研究（AMED）
令和２年度開始
先行解析を実施（オミックス・IRUD等のAMED研究機関から検体収集）

臨床解釈部門臨床データデータ移行(第３者提供を含む)②①拠点医療機関から新規の検体・臨床情報をゲノム基盤に直接送付し、全ゲノム解析の一連の作業を実証②AMED研究班のゲノム・臨床データを試験的に移行③難病遺伝子パネル検査の運用を実証

17