Newsletter for Chem-Bio Informatics Society Members
情報計算化学生物学会

広報誌

No.3 2008 （2008 年 5 月 30 日発行）

CBI学会計算化学研究会ワークショップ開催報告

蛋白質をターゲットに－フラグメント分子軌道法が開く世界－
入門実習講座CBI学会の計算化学研究会（世話人 上林正巳理事他）
では、5 月 22 日に、「蛋白質をターゲットにプログラム‐フラグメント分子軌道法が開く世界‐」と題する入門実習講座を、茨城県つくば市の産業技術総合研究所で開催した。
このワークショップは、上林理事の協力の下に、フラグメント分子軌道法(FMO)の創始者である北浦和夫先生(京都大学、産総研)、片倉晋一氏（第一三共）、高岡雄司氏

9:30-10:30 (D. Fedorov)

FMO 法の概念と方法開発

応用と計算法の関係、又は精度と基底及び波動関数の影響

10:30-11:30 ( 北浦和夫)

FMO 法の適用

応用可過程・現象とその例（大正製薬）が世話人となって、準備が進められた。ま11:30-12:00 ( 北浦和夫) 方法と応用に関する質疑応答

た、施設の利用、講師役、講演資料や計算ソフトウエア(D. Fedorov) network の設定と可搬計算機の準備の準備も産総研のFedorov博士始め九州大学の末永正彦

12:00-13:00

先生他にお世話になった。受講者は、事前に指定された

13:00-15:00 ( 末永正彦)

サイトに置かれた資料類を無料で入手して、可搬計算機の準備をしておくことが求められた。これらの資料は
CBI学会計算化学研究会の Web pageで公開している。

(http://www.cbi.or.jp/cbi/jigyou/2008.05.22.GAMESS_FMO_workshop.html)
計算対象となる系を分割して、個別に ab initio 計算

昼食

Facio

Facio でのモデリング （一時間）
crambin の PDB を Internet から載せてGAMESS 入力まで処理（半時間）
質疑応答（半時間）

15:00-15:30(D. Fedorov)
15:30-16:00

crambin の実行

休憩を行うことが出来るフラグメント分子軌道法は、
特にペ

16:00-17:30(D. Fedorov)

プチドや蛋白質のような生体分子（あるいはさらに核酸酒精と水の学習例など）を含んだ複合系の結合エネルギーを高い精度で計算できる方法として、Structure-based Drug Design(SBDD)を志向するDrug designerたちにも広く認知されるようになってきた。
この方法をさらに普及させるため

GAMESS

crambin の結果の解析と可視化
並列化計算の特徴（GDDI）
秘術（収束困難等）

17:30-18:00

全体応答には、（１）FMOの基盤となる ab initio 計算ソフトウエ
ア環境をどう整えるか、（２）大規模な計算のための並列計算機環境をどう構築するか、が問題になる。前者に絶賛 発 売 中

関しては、創始者の北浦教授らのグループが、GAMESSを利用するシステムを整備し、国立衛研（戦略ソフト）の中野達也博士らが、ABINIT-MPを基盤としたシステムを薬づくりの真実
臨床から投資まで整備し、それぞれ実用に供している。さらに、実際上、計算を行うためには、（３）できるだけ優れたGraphicalUser Interface 環境の構築、が望まれる。
今回の講習では、実際にGAMESS/FMOや GUI 開発に関わっている主要メンバーが講師となって計算環境を説明するという、大変、貴重な機会であった。そのため、つ神沼二眞
多田 幸雄

訳

堀内正監修

原書：Tamas Bartfai & Graham V.
Lees, Drug Discovery from Bedside
to Wall Street, Elsevier Academic
Press, 2006

くば市での朝からの開催であったにも関わらず、募集をCBI NEWS No.3 20081

開始してすぐに予定した参加者数を越してしまい、応募て、理由を交えた解説をいただいた。

者の多くをお断りしなければならない事態となった。
ち

実習準備と昼食の後は、FMOのGUIとして用いる事

なみに、応募者、約50名のうちわけは、民間企業が半数、ができるFacioの開発者である九州大学の末永先生のご大学30％、残りが国の研究機関となっていた。かなり遠指導の下、その設定や基本的な操作方法を実習し、さら方の参加者や応募者も少なくなかった。このことは、こにクランビンを例に、実際に FMOの入力ファイルを作うした手法に多くの研究者が関心を持っていることを示成する作業を行った。その後、産総研のクラスターマシすものであり、CBI 学会として、普及に向けたさらなるンをお借りしてクランビンの計算を実行、40分程かかる努力を今後も続ける意義を見出せたワークショップで計算の間には、Fedorov 先生から FMO で採用されていあった。

る２段階並列化の説明やその設定の Tips、出力の見方、準備した関係者によれば、会場では、まずFedorov先計算がうまくいかなかった場合の対処方法などについて生から FMO 理論の概要、開発の経緯と今後公開予定のの詳しい説明があった。
最後にクランビンの計算結果を拡張、周辺ツールの紹介があり、さらにフラグメントの読み込んでPIEDAで残基間相互作用エネルギーを解析切り方、波動関数の選択、基底関数の選択や計算時間のし、実習の終了となった。

目安など、実際に使用するにあたって役立つ情報を教え一日をかけたワークショップであったが、非常に具体ていただいた。続いて北浦先生から、タンパク質―リガ的な解説と密度の濃い実習のためか、あっという間に終ンド相互作用の解析を目的として使用する場合に注意すわってしまったように感じられた。
これだけの内容をスべき点について、やはり具体的な説明がなされた。量子ムーズに進行できたのは、北浦先生やFedorov先生、末化学計算を精度良く行うためには、（量子化学のレベル永先生はもちろん、スタッフとしてご協力いただいた産で）きちんとした構造を得ることが重要である。このた総研の方々の事前の準備が行き届いていたおかげである

めに必要な結晶の解像度や水素付加の方法、構造最適化と思われる。改めて感謝の意を表したい。の手法、相互作用様式によって選択すべき波動関数が異なること、水和状態で計算することの重要性などについ情報計算化学生物学会（CBI学会）事務局

今後の研究講演会予定◇第 287 回 CBI 学会研究講演会 (2008 年７月 14 日 )「臨床における薬物間相互作用の予測のための方法論；代謝酵素、トランスポーター」
世話人：杉山雄一（東京大学）、前田和哉（東京大学）◇第 288 回 CBI 学会研究講演会 (2008 年 8 月 22 日 )「バイオインフォマティクスの最近の話題：次世代シークエンサーデータ解析とプロテオミクスによるバイオマーカー探索」（仮題）
世話人：中井謙太（東大医科研）、河合隆利（エーザイ株式会社）◇第 289 回チュートリアル講演会 (2008 年 8 月 25 日 ) （予定）
世話人：飯島洋（日本大学）
8月

RNA研究の進歩と創薬へのインパクト

10 月 6 日

半経験的分子軌道法 ( 仮題)

Stewart 博士 (Seiler 研究所 )、他

世話人：平山令明（東海大学）

CBI学会では、研究講演会の参加者に製品のカタログを配布するサービスを（３種まで）２万円で承っております。希望される場合は、講演会の５日ほど前までに、事務局

cbi-staff@cbi.or.jpにご連絡下さい。

なお、法人会員企業につきましてはこのサービスを無料でいたしております。参加者数とカタログ送付先を事務局までお問い合わせ下さい。

2CBI NEWS No.3 2008

投稿論文募集中！
Chem-Bio Informatics Jouranlに投稿すると：論文投稿から公開まで最短１ヵ月半！
当学会ホームページと J-stage「科学技術情報発信・流通総合システム」の双方で論文公開
論文公開後は ChemPort, PubMed, CrossRef 等を通して海外の様々な論文と相互リンク可能
Chemical Abstracts Service (CAS) で論文要旨収集される
Google Scholar でも論文検索される

この機会に是非本誌への投稿をご検討ください。
CBI ジャーナル刊行委員会
E-mail: editor@cbi.or.jp
http://www.cbi.or.jp/＜ CBI 学会 2008 年大会＞
CB I 学会 200 8 年大会広告 ・ 企業展示 スポンサー募集
テーマ： 「疾病の経路網と創薬－とくに核内受容体とメタボリック症候群および関連疾患に焦点を当てて」< １ > 企業展示
期間：10 月 22 日（水）～ 24 日（金）（3 日間）会場学術総合センター中会議場（4 室一体利用）＊同会場にてポスター発表開催、その外の廊下も使用可能
設備：長机(180cm × 60cm)をパネル(90cm × 210cm)で囲むブース、椅子１脚
費用：30 万円、募集数：25 ブース*予稿集への広告を含みます。
* 電子機器の使用に若干の制限があります。
（設置機器の規模、消費電力等）< ２ > 予稿集への広告掲載 （掲載ページサイズ･印刷費用）① 本文内広告ページ(後付)※ A ４版 / 白黒２ページ(両面 1 枚)5 万円② 裏表紙 A ４版 / カラー 10 万円③ 表紙見返し A ４版 / カラー 8 万円
④ 裏表紙見返し A ４版 / カラー 8 万円①～④ 入稿形式：版下フィルム、または PDF、イラストレーター等の電子ファイル※カラーページ、増ページに関しましては事務局までご相談ください< ３ > 寄付 ・ 賛助金
一口５万円***** お申込みは電子メールにて事務局までご連絡下さい *** **E メール ： cbi-staff@cbi.or .jp
詳しい内容につきましてはＣＢＩ学会ホームページをご覧下さい。

CBI NEWS No.3 2008

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次回研究講演会のお知らせ

第 286 回 CBI 学会研究講演会「実践的パスウェイ解析‐標的探索・メカニズム・安全性研究への応用」
Pathway/Network to Disease and Drug Discovery
開催趣旨：ゲノミクスやプロテオミクス、メタボロミクスなどのオミックスデータの蓄積により、膨大な分子間相互作用情報や相関関係情報がもたらされた。これらの膨大な情報知識からPathologicな情報を抽出し、予測を行う
ことで、多くの相互作用やシグナルパスウェイの情報を推定することができる。これら膨大な分子間情報をデータベースとして体系的に整理し、病態の理解や毒性予測、標的探索などへ活用することが、創薬における研究の潮流の一つとなっている。その方策の一つとして、オミックスデータに対しパスウェイ・ネットワーク情報を利用して医学・生物学的な解釈を行う「パスウェイ解析」が存在する。しかし、パスウェイ解析には定石が無く、解析者個々の環境や工夫に依存するところが大きい。ゆえに今回は、創薬の最前線である製薬企業や、公的研究機関、ＩＴ企業などから、それぞれの現場に応じて実践されているパスウェイ解析を、具体的な手順や使用ツールの紹介をもとに解説してもらうことで「実用的なパスウェイ解析とは何か」という問いに対して、議論を発展させる機会としたい。
日時：2008 年 6 月 25 日（水）13:10-17:45
化学会館 7F ホール

場所：日本化学会

東京都千代田区神田駿河台 1-5(JR お茶の水駅下車、徒歩４分 )世話人：河合隆利（エーザイ株式会社）、勝山マリコ（富士通株式会社 )プログラム
１．13:10-13:20

はじめに

２．13:20-14:10「抗がん剤のメカニズムの理解に向けたパスウェイ解析」
門脇正史（エーザイ株式会社）
３．14:10-15:00「パスウェイソフトを利用したマイクロアレイデータの解析」
中津則之（独立行政法人＜休憩医薬基盤研究所）

15:00-15:20 ＞

４．15:20-16:10「クロスオミックスによる適用拡大と安全性研究」
土井健太郎（富士通株式会社）
５．16:10-17:30

次「病態ネットワーク解析と治療遺伝子探索研究」
田中利男（三重大学大学院医学系研究科）「文献マイニングとソフトウエアによる治療遺伝子探索研究へのアプローチ」
大崎研（株式会社ワールドフュージョン）
６．17:30-17:45

講演会参加費：

総合討論

法人賛助会員： 無料
個人会員（非営利）：無料

個人会員（一般企業）：￥5,000

ビジター（非営利）：￥1,000

ビジター（一般企業）：￥10,000

出席を希望される方は事前に必ず事務局セミナー受付 seminar@cbi-society.orgに連絡してください。
連絡先：CBI 学会事務局 セミナー受付

E-mail： seminar@cbi-society.org〒 158-0097 東京都世田谷区用賀 4-3-16 イイダビル 301
TEL:03-5491-5423

4FAX:03-5491-5462

http://www.cbi.or.jp/

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