モダンメディア

70 巻 6 号 2024［新型コロナウイルス感染症 Up-to-date］ 173

新型コロナウイルス感染症 Up-to-date 23

POCT型遺伝子検査の進歩と活用について
Progress and utilization of POCT molecular testing for infectious diseases

の

野

たけ

竹

しげ

重

ゆき

幸

Shigeyuki NOTAKE

検査地図が塗り替えられたとも言える。

はじめに

1990 年代中盤に登場した遺伝子検査装置 cobas
Amplicor（ロシュ）は今までの検査の概念を打ち破

2019 年 12 月頃より中国湖北省武漢市を起点としてるもので、結核の診断（抗酸菌検査）においてはター

瞬く間に世界中に広がり、パンデミックとなった新型

ニングポイントになった 。抗酸菌検査における結核

コロナウイルス感染症（COVID-19）は、わが国にお菌の同定は今から 30 年以上前は発育したコロニーをいては 2023 年 5 月 8 日より指定感染症から 5 類感染用いて行っていた。ナイアシン産生試験から DDH 法

症定点把握となった。2020 年 2 月頃より 1 か月程当

（DNA-DNA hybridization）や、アキュプローブ法院に入院していたダイヤモンドプリンセス号の乗組員（DNA-RNA hybridization）へと同定方法が変遷した

1 名の当時の状況を鮮明に記憶している。感染症内科

が、検体から直接結核の診断が可能な遺伝子検査の医が定期的に診察し、採取された検体（鼻咽頭拭い液）

登場は画期的なものであった。しかしながら、当時はは茨城県の衛生研究所に送付していた。当時は、国この解析装置を導入できる施設は検査センター、結立感染症研究所が主体となり各都道府県の衛生研究

核療養所や病床数の多い病院などに限定され、また所が新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の遺伝子検検査に 4 ～ 5 時間を要するため当日に結果を報告す

査を担当し、その後検査センターや病院でも検査がることは厳しい状況で、検査センターに外注しているできるようになっていった。当院の新型コロナウイル

場合には、集荷などを考慮すると、報告が翌日以降

ス遺伝子検査は 2020 年 4 月以降から始まり、現在にになることが多かった。検出感度が高く診断を確定す至っているが、現場で遺伝子検査に従事したわれわ

るものではあるが、抗原検査に比べると時間が掛かれ検査技師にとっては、変異株の変遷も印象深い。

るためリアルタイムでの運用が困難であった。一方、武漢株からアルファ株（英国株）へ、そしてデルタ

現在の感染症遺伝子検査の多くは検査時間が 1 時間

株（インド株）へ、感染力が大幅に拡大し病原性が程度のものが多く、最速のものでは 15 分程で、抗原低下したとされるオミクロン株へと変遷し、それに伴検査並みである。感染症遺伝子検査が POCT（point

い検査件数も陽性者数も増加した。オミクロン株のof care testing）の範疇に入る時代となった。

1)

流行時には当院の 1 日の陽性者が 100 名を超える日

本稿では感染症の診断・治療に活用される遺伝子もあり、現場ではこの先どうなるのか不安を覚えたも検査を感染症遺伝子検査と定義し、当院の新型コロのである。2020 年当初はわが国の検査件数が少ない

ナウイルス遺伝子検査の運用を中心に、他の病原体ことが報道されていたが、現在では病院は元より多くも含めた感染症遺伝子検査の運用も紹介し、今後ののクリニックでも遺伝子検査が実施される状況となっ

感染症遺伝子検査について皆様と一考できれば幸いた。以前のクリニックでは抗原検査が中心であり、新である。

型コロナウイルスの感染拡大によって感染症遺伝子

筑波メディカルセンター病院
診療技術部 臨床検査科〠305-8558 茨城県つくば市天久保1丁目3番地1

Department of Clinical Laboratory,
Tsukuba Medical Center Hospital(1-3-1 Amakubo, Tsukuba, Ibaraki, 305-8558, Japan)

（1）

174

Ⅰ. POCTとPOCT 型遺伝子検査（POCT型感染症遺伝子検査）

一般検査、血算、生化学検査や免疫検査の多くの項
目、検体検査全般が含まれると考えられる。感染症
検査においては、以前はグラム染色や抗原検査が該

POCT または POC（point of care）とは臨床現場当していたが、現在では感染症遺伝子検査の多くが即時検査ともいわれ、日本医療検査科学会（旧日本

POCT の範疇に含まれる。そのため POCT 型遺伝

臨床検査自動化学会）の記述では、「POCT とは、子検査（POCT 型感染症遺伝子検査）と呼称されて被検者の傍らで医療従事者（医師や看護師等）自らいる。迅速に検査結果が判明するため外来患者にもが行う簡便な検査である。医療従事者が検査の必要対応可能で、（感染症）診断支援（diagnostic stew-

性を決定してから、その結果によって行動するまで

ardship, DS）に貢献でき、また主要な薬剤耐性遺の時間の短縮および被験者が検査を身近に感ずると伝子の検出が可能な試薬においては抗菌薬の選択にいう利点を活かして、迅速かつ適切な診療・看護、繋がり、抗菌薬適正使用支援（antimicrobial stew-

疾病の予防、健康増進等に寄与し、ひいては医療のardship, AS）に貢献可能である。

質、被検者の QOL および満足度の向上に資する検感染症遺伝子検査の種類としては、大きく 3 つに査である。
」と定義されている 。患者の傍らで行大別できると考えられる。新型コロナウイルスなど

う簡便な検査ではあるが、迅速かつ適切に診断等にターゲットが単項目のもの、抗酸菌遺伝子検査で行寄与し、更には患者の QOL や満足度の向上に繋がわれている結核菌群と MAC（Mycobacterium avium

らなくてはならない検査といえよう。また ISO にもcomplex）のようにターゲットが 2 ～ 3 項目のもの、

POCT に関する規格があり規格番号は 22870 であっ

主要な病原微生物や薬剤耐性遺伝子など多項目をたが、現在は 2022 年 12 月に発行された 15189 第 4ターゲットにしているマルチプレックスタイプであ版に組み込まれた。その内容は Point-of-Care Testingる（表 1）。

2）(POCT) – Requirements for quality and competence

Ⅱ. 当院および当院微生物検査室の紹介によれば、POCT の同義語として near-patient testing と い う 言 葉 が 示 さ れ て お り、 定 義 と し て は「testing that is performed near or at patient with the

当院は茨城県県南地区における 3 次救急を担保、

result leading to possible change in the care of the pa-

筑波大学附属病院に隣接し救命救急センターを有す

tient.」となっている。患者の近くまたは患者のそばる診療科 27 科、病床数 453 床の急性期病院である。

で行われる検査で、その結果が患者のケアを変更す

屋 上 に は ヘ リ ポ ー ト を 有 す る。 微 生 物 検 査 室 はる可能性に繋がるものとされる。

2016 年 4 月より稼働し、一般細菌検査、抗酸菌検

3 ～ 5）

POCT の具体的な検査としては、尿沈渣を含む尿査（集菌蛍光法、PCR 検査、液体培地 MGIT に接表 1 ターゲット数による感染症遺伝子検査の種類
ターゲット数

ターゲツトまたは検体

1項目（単項目） SARS-CoV-2

GeneXpert + Xpert Xpress SARS-CoV-2「セフィエド」

SARS-CoV-2 + Influenza A/B
2 ～ 3 項目

cobas Liat + cobas Liat SARS-CoV-2 & Flu A/B
GENECUBE + ジーンキューブ HQ SARS-CoV-2 + ジーンキューブ FluA/B

SARS-CoV-2 + Influenza A/B + Gene Xpert + Xpert Xpress CoV-2/Flu/RSV plus「セフィエド」
RSV*1
GENECUBE + ジーンキューブ HQ SARS-CoV-2/RSV + ジーンキューブ FluA/B
結核菌群 + MAC*2
血液培養陽性ボトル

多項目* Respiratory syncytial virus

コバス TaqMan48 + コバス TaqMan MTB + コバス TaqMan MAI
GENECUBE + ジーンキューブ MTB + ジーンキューブ MAI
FilmArray + BCID2 panel
Verigene + BC-GP または BC-GN カートリッジ
FilmArray + GI panel

下痢便
1

遺伝子解析装置および専用試薬（試薬の組み合わせを含む）の例
GENECUBE + ジーンキューブHQ SARS-CoV-2

Verigene + VERIGENE Enteric Pathogens Test
* MAC: Mycobacterium avium complex
2

（2）

175

種までを実施し、培養、同定・感受性試験は検査セ

Verigene システム（日立ハイテク）を使用し血液培

ンターに委託している）、Clostridioides difficile の抗養陽性検体を用いた検査を実施していたが、現在は原・毒度検査、ノロウイルス、ロタウイルスの抗原

FilmArray システム（ビオメリュー・ジャパン）に検査などの特殊検査を実施している。表 2 に検体て実施しているため、現場スペースの関係上倉庫に数 の 推 移 を、 表 3 に 抗 酸 菌 検 査 に お け る 抗 酸 菌

保管されている。FilmArray には 6 つのパネルがラPCR（結核菌群＋ MAC）の検査件数を示す。

インアップされているが、肺炎パネルと関節感染症
パネルを除く、呼吸器パネル 2.1、血液培養パネル 2、

Ⅲ. 当院所有の遺伝子解析装置と使用方法

消化管パネルおよび髄膜炎・脳炎パネルの 4 パネルを所有し、感染症内科医の指示に基づき使用してい当院所有の遺伝子解析装置と使用方法を説明する。血液培養が陽性でグラム染色から酵母様真菌がる。遺伝子解析装置ではないが、新型コロナウイル

推定される際には、全陽性検体を FilmArray 血液培

ス遺伝子検査のための全自動核酸抽出装置

養パネル 2 にて菌種の同定を試みている。このパネ

magLEAD6gC（プレシジョン・システム・サイエン

ルはカンジダ 6 菌種、クリプトコッカス 2 菌種の計

ス）を 4 台所有している。新型コロナウイルス遺伝

8 菌 種 の 酵 母 用 真 菌 の 同 定 が 可 能 で、PK-PD

子検査としては、Light Cycler 96（ロシュ）にて、（pharmacokinetics, pharmacodynamics）からは菌種

当時ゼロコロナ政策を講じていた中国への渡航者により抗真菌薬のレスポンスが異なるため、菌種同（中国政府がリアルタイム R T-PCR 法での検査結果

6）定が要望されている 。その他には、2016 年からでないと認めなかったため）のためにドライブス

GENECUBE を用いて以下の遺伝子検査を実施してルー検査にて対応していたが、途中からは使用されいる。Mycoplasma pneumoniae、抗酸菌（結核菌群＋なくなった。新型コロナウイルス遺伝子検査の主体

MAC）および血液培養陽性時にブドウ球菌が推定

は、magLEAD6gC にて検体から核酸の抽出・精製される場合には Verigene や FilmArray を使用せずにを行い、抽出液を GENECUBE（東洋紡）3 台でのアッ

耐熱性ヌクレアーゼ遺伝子 nuc（黄色ブドウ球菌鑑

セイに移行、再検査や Ct 値（cycle threshold value）

別用）およびメチシリン耐性遺伝子 mecA の有無に

測 定 の た め の バ ッ ク ア ッ プ 用 と し て GeneXpert

ついて血液培養陽性ボトルから直接検査を実施して（ベックマン・コールター）を用いた。cobas Liat（ロいる。

シュ）2 台は検体検査室に設置され、急な手術や画像診断等、急を要する患者のための新型コロナウイ
ルスのスクリーニング検査、緊急検査として運用、

Ⅳ. コロナ禍前の感染症遺伝子検査（2016年～2020年）

24 時間体制、日勤帯は検体検査担当者が、夜間は当直者が、
休日は日直者が対応し現在に至っている。

新型コロナウイルスの遺伝子検査が最大のルーチ

新 型 コ ロ ナ ウ イ ル ス 遺 伝 子 検 査 以 外 で は、ン 業 務 に な る 以 前 の 感 染 症 遺 伝 子 検 査 は、GENECUBE およびジーンキューブ専用試薬を用いた M. pneumoniae、 抗 酸 菌（ 結 核 菌 群 お よ び

表 2 微生物検査室の検体数
Year

2017

2018

2019

2020

2021

2022

MAC）および血液培養陽性時のブドウ球菌が推定

一般

11540

10535

12108

11676

11356

11023

抗酸菌

された際、すべてのブドウ球菌推定検体の nuc と

1143

1235

1288

1041

1015

1040

特殊

519

470

573

544

606

482

mecA の有無についての検査であった。黄色ブドウ

合計

13202

12240

13969

13261

12977

12545

球 菌 の 鑑 別 用 と し て 専 用 試 薬 の ジ ー ンキューブ
MRSA では nuc が採用されているが、GeneXpert では spa（Staphylococcal protein A）遺伝子が採用さ

表 3 抗酸菌検査における抗酸菌 PCR の件数
Year

2017

2018

2019

2020

2021

2022

れている。ターゲットとジーンキューブ専用試薬を

抗酸菌

1143

1235

1288

1041

1015

1040

抗酸菌 PCR

表 4 に示した。また、血液培養陽性検体において、

604

664

692

580

582

669

割合（%）

52.8

53.8

53.7

55.7

57.3

64.3

ブドウ球菌以外の細菌が推定された場合には感染症
内科医からの指示に基づき、グラム陰性菌が検出さ

（3）

176

での月別検査件数、陽性数および陽性率を示した。

表4 当院使用のジーンキューブ専用試薬（新型コロナウイルス以外）

2016 年 7 月から 2017 年 1 月まで高い陽性率を維持

ターゲット

ジーンキューブ専用試薬名

Mycoplasma pneumoniae

ジ ー ン キ ュ ー ブ マ イ コ プ ラ ズ マ・
ニューモニエしている。2017 年では 6 月と 9 月は 2 桁の陽性率を示したが、これ以外の陽性率は 1 桁であった。

ジーンキューブ MTB
抗酸菌（結核菌群＋ MAC*1） ジーンキューブ MAI

2016 年から 2017 年初めにかけては当院のデータか

ジーンキューブ MRSA究所が発行している週報 IDWR Japan 2016 年の 51

nuc and mecA*2

らもマイコプラズマの流行が伺える。国立感染症研*1 Mycobacterium avium complex*2 nuc: 耐熱性ヌクレアーゼ遺伝子 , mecA: メチシリン耐性遺伝子

週および 52 週のマイコプラズマのデータを図 2 に
7）
示した 。

れた際は Verigene BC-GN カートリッジを、グラム

日本を含めたアジア諸国では M. pneumoniae の陽性菌が検出された際は Verigene BC-GP カート

マクロライド耐性が問題となっている。マクロライ

リッジを用いて検査を実施し、主要な細菌と主な薬ドの耐性化には 23S rRNA の構造変化に関与する遺剤耐性遺伝子の検索を行った。

伝子変異が関わることが知られており、主なものと2016 年はリオデジャネイロオリンピックが開催

して 23S rRNA ドメイン V の 1 塩基変異（点変異、された年で、4 年周期で流行が認められる事が多い

point mutation）が知られている。2063 番目の A（アためオリンピック肺炎（病）と呼ばれているマイコデニン）が G（グアニン）に置き換わる変異がほとプラズマがわが国において流行した。表 5 に M.

8）んどで、A2063G と表記される 。Tanaka らは 2008

pneumoniae の遺伝子検査件数の年別推移を、また年から 2015 年までの 8 年間に日本で分離された

表 6 および図 1 に 2016 年 5 月から 2018 年 3 月ま

1,448 株の 23S rRNA ドメイン V の点変異を調査し

表 5 Mycoplasma pneumoniae 遺伝子検査件数
Year

2016*

2017

2018

2019

2020

2021

2022

検査件数

1035

1001

791

851

546

223

197

*5 月～

表 6 Mycoplasma pneumoniae 遺伝子検査の月別検査件数、陽性数および陽性率（2016 - 2018）
Year

2016*

Month

5

6

7

8

12

2017
1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

1

2

3

9

10

11

2018

検査件数

65

97

87

109 129 220 194 134

109

64

76

61

75

84

82

89

79

104

93

85

90

53

66

陽性数

13

15

23

46

26

6

5

5

3

10

9

8

12

5

9

7

4

1

2

陽性率(%)

20

15.5 26.4 42.2 38.8 32.7 42.8 38.8 23.9

9.4

6.6

8.2

4

11.9

11

9

15.2 4.8

9.7

8.2

4.4

1.9

3

50

72

83

52

*5 月～

図1

Mycoplasma pneumoniae 遺伝子検査の月別検査件数、陽性数および陽性率（2016 - 2018）（図 1 は巻末にカラーで掲載しています）

（4）

177

図2

マイコプラズマ肺炎の発生動向

出典 :IDWR (Infectious Diseases Weekly Report Japan) 2016 年第 51 週（12 月 19 日～ 12 月 25 日）、
第 52 週（12 月 26 日～ 1 月 1 日）
：通巻第 18 巻第 51・52 合併号より一部抜粋、転載（図 2 は巻末にカラーで掲載しています）

た。点変異の認められた株は 1,016 株（70.2%）で、た。91 例 の 変 異 株 は シ ー ク エ ン ス 解 析 の 結 果、A2063G が 973 株（95.8%）であったと報告している。

A2063G は 90 例（98.9%）、
A2064G は 1 例（1.1%）であっ

その他の変異は、
A2063C（シトシン）が 3 株（0.3%）、

10）た 。この結果は Tanaka らの報告と一致しており、A2063T（チミン）が 31 株（3.1%）、A2064G が 6 株

わが国を含めた東アジア諸国においては A2063G が（0.6%）、
C2617G が 2 株（0.2%）、
C2617T が 1 株（0.1%）

最も頻度の高い変異といえる。陽性 173 例の内、91であった 。僅かではあるが、2617 番目の変異も存例（52.6%）はマクロライド耐性株であった。ただし、在している。

GENECUBE 検出系に使用されている QProbe の配9）

GENECUBE の検出原理は PCR を行った後、Q列には 2617 位周辺の配列が含まれていないため、（Quenching）プローブを用いた融解曲線解析を行う

2617 位が変異した M. pneumoniae は、GENECUBE

PCR-QProbe 法である。検体中にターゲットが存在では野生型と判定される

すると、放物線の陽性波形が形成されるが、野生株の変異は検出されなかったが、GENECUBE におけに比べると変異株の波形はピーク温度が低温域にシる M. pneumoniae 検出系において、変異株は 23S rR-

フトする。M. pneumoniae の場合は野生株のピーク

NA ドメイン V の変異が認められる株であり、主要温度がおおよそ 57℃であるのに対し、変異株はおおなマクロライド耐性（A2063G、A2064 等）に関わる

よそ 47℃で 10℃程低い。川嶋らが当院のデータを解変異として検出されるが、一部の変異株は野生株と析し報告している。2016 年 9 月 26 日から 2017 年 3

判定されるため注意が必要である。わが国において、

月 31 日までの期間に提出された 832 例の咽頭拭い液

M. pneumoniae の検出と同時に 23S rRNA ドメイン V

を GENECUBE で測定したところ、M. pneumoniaeの点変異の鑑別が可能な試薬は、GENECUBE の他

陽性は 261 例（31.4%）、陰性は 571 例であった。M.

には Smart Gene および専用試薬のスマートジーン

pneumoniae 陽性例の内、検体抽出液の保管が可能でMyco（ミズホメディー）があるが、GENECUBE とあった 217 例を対象にダイレクトシークエンスによ同様 PCR-QProbe 法を採用している。M. pneumoniae

る 23S rRNA 遺伝子の変異解析を行った。シークエの陽性と同時に点変異の有無（変異株）を報告する

ンス解析が可能であった 173 例の内、野生株である

ことによって、抗菌薬の適正使用に繋げることが可と確認された 82 例について GENECUBE で得られ能である。

。当院の検体では 2617

10, 11）た融解曲線の検出ピーク温度は 57.5 ± 1.16℃、一方、

M. pneumoniae の検査所要時間（TAT, turnaround

変異株 91 例の検出ピーク温度は 47.8 ± 1.85℃であっtime）についても調査を行った。調査を行った際の

（5）

178

検査方法はピオキューブ法と言い、フロックスワブ

時に必ずスクリーニングが行われた。近隣クリニッで採取された咽頭拭い液を抽出液に振るい落し、こクや所轄保健所からの要望（濃厚接触者の検査が中れを測定検体とした。遺伝子検査としての検査時間心）もあり、病院屋根付き駐車場を利用したドライは約 50 分である。2016 年 5 月から 2016 年 11 月まブスルー検査を実施した。医療スタッフがガウン・での 901 検体を対象とした TAT は、電子カルテにキャップを着用し、フェイスシールドを付けて待機、おけるオーダリングから結果報告までの時間とし集被検者や患者が車で来院し車に乗ったまま検体を採計、中央値として検査開始までは 41 分、結果報告

取、当日中に事務から結果が届くシステムであった。

までは 93 分であった。現在の GENECUBE での M.

海外渡航目的（陰性証明書）での検査もドライブス

pneumoniae の検査方法はピオキューブ法ではなく、ルー検査に組み込んだ。特に中国は陰性証明書の結e スワブ（コパン）に採取された咽頭拭い液検体（200

果はリアルタイム RT-PCR 法での検査結果でなけれ

μ L）と等量の抽出液をミックスし、
15 秒間ボルテッ

ばならなかったため、中国を含む海外渡航者はすべ

クスミキシングを行って核酸抽出をし、これを測定てリアルタイム RT-PCR 法、Light Cycler 96 にて実検体として検査を行うダイレクト法に変更されてい施した。その後、中国のゼロコロナ政策が終了した

るため検査時間は約 30 分に短縮されている。

ため、Light Cycler 96 は使用しなくなった。結果の2018 年よりいわゆる迅速遺伝子加算 100 点が認集計については、1. cobas List を用いた緊急検査、

められている。D023 に次の記載がある。
「注 6、7、

2. 入院時の患者のスクリーニング、入院患者の発熱

12（百日咳菌核酸検出に限る。）又は 13（結核菌群時の検査、有症状の職員および職員の家族の検査を核酸検出に限る。
）に掲げる検査の結果について、院内検査として、3. ドライブスルー検査の 3 つに分

検査実施日のうちに説明した上で文書により情報をけて集計した。2023 年の結果は 1 月から 4 月まで提供した場合は、迅速微生物核酸同定・定量検査加の 4 か月間の集計とした。図 3 に当院の新型コロ算として、100 点を所定点数に加算する。」具体的

ナウイルスおよび関連項目の遺伝子検査の概要を示には、マイコプラズマ、レジオネラ、百日咳菌およした。

び結核菌群の 4 つの病原体が該当する

。当院も

12）

2018 年より M. pneumoniae の遺伝子検査について

1. 緊急検査の集計結果

加算請求を行っている。

専用試薬は cobas Liat SARS-CoV-2 & Flu A/B、集計結果を表 7 に示した。新型コロナウイルスにつⅤ. 新型コロナウイルス遺伝子検査（2020年～2023年5月7日）

いては年毎に陽性率が増加した。一方、インフルエ
ンザウイルスについては 2021 および 2022 年は陽性者が 1 名もおらず、マスクの着用、外出の控え、手

ここからは 3 年間に渡る新型コロナウイルスの遺洗いやうがいなどの感染対策の効果と思われた。

伝子検査について説明する。当院の遺伝子検査は2023 年は A 型が 26 名、B 型が 1 名の計 27 名が陽2020 年 4 月頃より実施された。国立感染症研究所

性（陽性率：1.7%）となった。

で使用されたプライマーを用いたリアルタイム R TPCR 法で Light Cycler 96 にて実施したのが最初で

2. 院内検査の集計結果ある。その後検査の要望が相次ぎ、各メーカーが試

専用試薬はジーンキューブ HQ SARS-CoV-2、集薬を発売し始めたため、主検査を GENECUBE へ

計結果を表 8 に示した。医療スタッフが検体採取と移行した。材料は鼻咽頭拭い液については UTMを行わなければならない鼻咽頭検体は 2021 年から（Universal Transport Medium、コパン）に、唾液減少し、患者や被検者自らが採取可能な唾液が検査についてはストロー付きの唾液採取容器に採取されの 中 心 と な っ た。 陽 性 率 は 2020、2021 年 よ り はた。提出された唾液検体には SPF（Sample Processing

2022 および 2023 年の方が高かった。一番の高値を

Fluid、日本ジェネティクス）を添加し、ボルテック

示したのは 2022 年の 7% であった。

スミキシングをした後、遠心をして上清を検査に供した。当時は指定感染症であったため、患者は入院

（6）

179

図3

当院の新型コロナウイルスおよび関連項目の遺伝子検査の概要（図 3 は巻末にカラーで掲載しています）

表 7 緊急検査の集計結果
Year

3. ドライブスルー検査の集計結果

2021

2022

2023

検査数

1653

4249

1577

ルスに加え、クリニックからの紹介患者に対して

陽性数

27

377

178

は、主治医が同時検査を希望する場合は 2021 年途

陽性率(%)

1.6

9.1

11.3

中から鼻咽頭検体のみインフルエンザウイルスを

鼻咽頭拭い液および唾液検体の新型コロナウイ

SARS-CoV-2

追加、さらに 2022 年 6 月より RSV（respirator y

Influenza
検査数

1653

4249

1577

陽性数

0

0

27(A:26, B:1)

陽性率(%)

00

1.7 (A:1.6, B:0.1)

syncytial virus）も 追加し、最大で 3 項目の同時アッセイを行った。表 9 にジーンキューブ専用試薬を、
表 10 に集計結果を示した。インフルエンザウイル
スおよび新型コロナウイルスと RSV の同時アッセ

表 8 院内検査の集計結果
Year

イ試薬は、検体としては唾液が検査対象外であり、

2020

2021

2022

2023

検査数

2131

3429

682

31

陽性数

50

91

38

2

陽性率(%)

2.3

2.7

5.6

6.5

クリニックからの紹介患者は有症状患者が多いた

鼻咽頭

め上記の対応とした。患者や被検者の立場からすると、採取 1 回の検体にて複数項目が同時に検査できることは臨床的に有用である。
新型コロナウイルスについては鼻咽頭および唾液検体の 2022 年からの 2 年間の陽性率が高く、特

唾液
検査数

1500

7671

14034

3607

に 2022 年の唾液検体の陽性率が 5 割に迫る勢いで

陽性数

0

3

999

195

陽性率(%)

0

0

7.1

5.4

あった。高値の原因はオミクロン株の流行によるものと考えられた。
インフルエンザウイルスについては、緊急検査で

鼻咽頭＋唾液
検査数

3631

11100

14716

3638

は 2021 年には陽性者が 0 名であったが、ドライブス

陽性数

50

94

1037

197

ルー検査でも同様に陽性者が 0 名であった。2022 年

陽性率(%)

1.4

0.8

7.0

5.4

は陽性率にすると 1% にも満たないが、陽性者は 44

（7）

180

表 9 ドライブスルー検査で使用したジーンキューブ専用試薬
ターゲット
SARS-CoV-2

検体

試薬名

検査対象

鼻咽頭拭い液ジーンキューブ HQ SARS-CoV-2

保健所・クリニック唾液ジーンキューブ HQ SARS-CoV-2

保健所・クリニック

ジーンキューブ HQ SARS-CoV-2/RSV

鼻咽頭拭い液SARS-CoV-2 + RSV* + Influenza

ジーンキューブクリニックのみ

FluA/B*Respiratory syncytial virus

名であった。2023 年の陽性者は 273 名であったが、知のとおり小児が優位に多いが、成人にも陽性者がA 型が優位に多かった。2022 年の 44 名と 2023 年の存在した。表 11 に 2 年間の陽性者 283 名の年齢構

273 名の計 317 名の内、新型コロナウイルスとの同時成を示した。高齢者の範疇に入る 60、70 および 80

陽性者（2 項目陽性者）は 7 名（2.2 %）存在し、電代にも陽性者が存在した。陽性者 283 名の内、新型子カルテによる調査では 6 名は過去に新型コロナウ

コロナウイルスとの同時陽性者は 36 名（12.7 %）でイルスの感染履歴があり、検体中の核酸断片を検出あった。同時陽性者の年齢構成を表 12 に示した。

している可能性が示唆された。残りの 1 名について

10 歳未満 26 名の内、姉妹が 1 組（2 名）あり、家は症状の増悪や罹患歴等については不明であった。

族内感染が疑われた。1 名はドライブスルー検査以RSV については、2022 年は 275 名（3.6 %）、2023

前に RSV に罹患しており、核酸断片を検出してい年は 8 名（0.4 %）が陽性となった。RSV 感染者は周る可能性が示唆された。同時陽性 36 名中 35 名は医師によるメディカルチェックを受けているが、新型
コロナウイルス感染症の重症度分類では全員軽症と表 10 ドライブスルー検査の集計結果
Year

2020

2021

2022

2023

検査数

7829

23397

17488

2143

陽性数

336

1443

7027

699

陽性率(%)

4.3

6.2

40.2

32.6

鼻咽頭

判定された。また、新型コロナウイルス、インフル
エンザウイルスおよび RSV の 3 項目同時陽性者は0 名であった。
表 11 RSV 陽性者の年齢構成

唾液
検査数

21

409

9688

339

陽性数

0

14

4767

161

陽性率(%)

0

3.4

49.2

47.5

年代

陽性者 (283 名 )割合 (%)

10 歳未満

199

70.3

10 代

16

5.7

20代

22

7.8

30代

12

4.2

鼻咽頭＋唾液

40代

8

2.8

検査数

7850

23806

27176

2482

50代

7

2.5

陽性数

336

1457

11794

860

陽性率(%)

4.3

6.1

43.4

34.6

検査数

－

3436

6815

1966

陽性

－

0

44(A:41, B:3) 273 (A: 267, B:6)

年代

陽性者 (36 名 )割合 (%)

陽性率(%)－

0

0.6 (A: 0.6, B: 0) 13.9 (A: 13.6, B: 0.3)

10歳未満

26

72.2

10代

3

8.3

Influenza

60代

9

3.2

70代

8

2.8

80代

2

0.7

表 12 SARS-CoV-2 と RSV 同時陽性者の年齢構成

RSV

20代

4

11.1

1999

30代

0

0

275

8

40代

1

2.8

3.6

0.4

50代

2

5.6

検査数

－

－

7576

陽性

－

－

陽性率(%)

－

－

（8）

181

ドライブスルー検査における検査所要時間（TAT）

スタッフが陽性となった場合に、主治医や感染対策について調査を行った。TAT は微生物検査室への委員会からの指示を受けて GeneXper t にて実施し検体到着から結果報告までの時間として集計した。

ている。この対応は以前（指定感染症時）から変わっ2022 年の 22,990 件、2023 年の 2,482 件を対象としていない。

た集計結果は、平均値および中央値はそれぞれ、

抗酸菌検査は 2023 年 7 月より院内実施に戻した。

2022 年 は 114.5 分、104.3 分、2023 年 は 105 分、

結 核 菌 群 の た め の バ ッ ク ア ッ プ 試 薬 と し て、

97.3 分であった。

GeneXpert 専用試薬の Xpert MTB / RIF「セフィエ緊急検査、院内検査およびドライブスルー検査のド」を導入した。ブドウ球菌が推定される血液培検査件数を合計すると 10 万件を超え、新型コロナ

養陽性ボトルについては、感染症内科医の指示にウイルスの陽性者の合計は 16,000 名を超えた。

従い nuc と mecA の有無について実施しているが、新型コロナウイルス感染症が指定感染症に認定

実施率はかなり高い。マルチプレックスタイプのされていた期間の微生物検査室は、日勤帯は終日

Verigene システムでの対応についてはすでにコメ

新型コロナウイルス遺伝子検査を実施していた。

ントした通りであるが、2024 年 3 月 31 日を持ってそのため、安全キャビネットが空かず抗酸菌検査

機器本体および専用カートリッジの発売が、わが国については院内実施が難しいため、検査センター

において中止されるため Verigene ユーザーは注意に全面外注として委託した。M. pneumoniae の検査が必要である。

については通常通り検査を実施したが、ブドウ球

最後に、海外渡航者下痢症患者の症例を提示する。

菌が推定された血液培養陽性ボトルについては、

30 代男性、中米のグアテマラとアメリカに旅行、グ主治医または感染症内科医から要望された時のみ

アテマラ滞在中より下痢症状出現、帰国後も慢性的の対応とした。新型コロナウイルス遺伝子検査のたに下痢が出現したためクリニックを受診、クリニッ

め 3 台の GENECUBE に余裕がないためであった。

クからの紹介で当院感染症内科を受診した。主治医からの指示で Bristol score 5 の便を FilmArray 消化Ⅵ. 5類感染症移行後の感染症遺伝子検査（2023年5月8日～）

管パネルにて遺伝子検査を実施した。サイクロス
ポーラ（Cyclospora cayetanensis）と腸管凝集性大腸菌（enteroaggregative Escherichia coli , EAEC）

2023 年 5 月 8 日以降のドライブスルー検査は無が検出され、海外渡航によるサイクロスポーラ症

く な っ た が、 新 型 コ ロ ナ ウ イ ル ス 遺 伝 子 検 査 はと診断された。受診当日に ST 合剤が処方されその

cobas Liat および GENECUBE にて実施している。

後軽快した。FilmArray 消化管パネルは腸管病原性

Liat を用いた緊急検査の件数はコロナ禍と同様にの細菌、ウイルスおよび寄生虫の検出が可能で、寄検体が提出されており、減少傾向が認められない。

生虫はサイクロスポーラを含め、クリプトスポリジ

この背景には、一旦陽性患者が院内で発生するとウム（Cryptosporidium）、赤痢アメーバ（Entamoeba

医療スタッフを含めたクラスターが発生し、医療histolytica）およびランブル鞭毛虫（Giardia lamblia）

体制に支障を生じるのを防止するためと思われる。

の 4 種類が検出可能である。主要な腸管寄生虫の検Liat の依頼診療科は救急診療科が圧倒的に多い。

出を 1 時間程度で検査できるのは、正に遺伝子検査

GENECUBE での検査件数は減少したが、365 日体の強み、POCT 型感染症遺伝子検査の活躍の場で制で対応している。オミクロン株流行時の 2022 ～ある。

2023 年 は、GENECUBE で の 検 査 件 数 が 1 日 300

おわりに検体を超える日もあったが、現在は 1 日数十検体で多い時は 70 ～ 80 検体に上る日もある。手術や気管支鏡等の実施日が決定されている患者に対しては、新型コロナウイルス感染症は 5 類感染症へと移行

事前に GENECUBE にてスクリーニング検査を実したが、新たな変異株の出現も少なからず危惧され、施している。また、転院の判断や感染力の指標とさ

今後も抗原検査や遺伝子検査は続くと予想される。

れている Ct 値の測定依頼は、特に入院患者や医療

2024 年 1 月下旬において、現在は第 10 波であると

（9）

182

の一部報道もある。

文

ウイルス感染症は症状が似ているため、濃厚接触者を除けば有症状の患者に対してはターゲットを単項目に絞るよりは、採取 1 回の検体で 2 ～ 3 項目のウイルスを同時に検査することは患者の負担が軽減
13）
し、臨床的に有用であると考えられている 。すでに数社からは新型コロナウイルスとインフルエンザ
ウイルス（A/B）の抗原検査キットが発売されている。中には新型コロナウイルス、インフルエンザウ
イルス（A/B）と RSV の 3 ウイルスが検出可能な抗原検査キットもある。抗原検査よりは検出感度の高い遺伝子検査においてはわれわれがドライブス
ルー検査で実施してきたように、複数の試薬を組み合わせることで可能な場合もあるが、表 1 に示したように GeneXper t では新型コロナウイルス、インフルエンザウイルス（A/B）および RSV の 3 ウ
イルスを 1 つのカートリッジで検出可能な試薬を発売しており、検査時間は約 37 分である。同時アッセイは 1 度で複数項目の検査が可能、病原ウイルスの鑑別ができるメリットがある一方、複数項目が検出された際の解釈・評価には難しい側面も存在していると思われる。
各施設には施設それぞれの規模や使命があり、感染症遺伝子検査が院内実施可能な施設においては費用対効果も考慮しつつ自施設に一番フィットする解析装置・試薬を選択し、POCT 型感染症遺伝子検査の威力を十分に発揮して臨床に貢献できる姿勢を継続したいと考える。

献1 ）DiDomenico N, LINK H, KNOBEL R, et al. COBAS AMPLICOR: fully automated RNA and DNA amplificationand detection system for routine diagnostic PCR. Clinical
Chemistry, 1996; 42（12）: 1915-1923.
2 ）日本医療検査科学会 . POCTガイドライン第4 版 2018年
6 月 1日 . 日本臨床検査自動化学会会誌 .
3 ）POINT-OF-CARE TESTING AND THE NEW ISO
15189:2022,
https://thebiomedicalscientist.net/science/point-caretesting-and-new-iso-151892022（引用 2024/1/28）
4 ）古田耕 . 世界の臨床検査通信シリーズ-79. ISO の活動内
容 . ISO 22870-1. モダンメディア . 2023; 69 表3.
5 ） 古田耕 . 世界の臨床検査通信シリーズ-80. ISO の活動内
容 . ISO 22870-2. モダンメディア . 2023; 69 表3.
6 ） 時松一成. 深在性真菌症に対する抗真菌薬療法. Jpn. J.
Med. Mycol. 2008; 49: 137-141.
7 ） IDWR Infectious Diseases Weekly Report Japan.
https://www.niid.go.jp/niid/images/idsc/idwr/
IDWR2016/idwr2016-51-52.pdf（引用 2024/1/28）
8 ） Chen YC, Hsu WY, Chang TH. Macrolide-Resistant Mycoplasma pneumoniae Infections in Pediatric Community-Acquired Pneumonia. Emerg Infect Dis. 2020; 26（7）:1382-1391.
9 ） Tanaka T, Oishi T, Miyata I, et al. Macrolide-Resistant Mycoplasma pneumoniae Infection, Japan, 2008-2015. Emerg
Infect Dis. 2017; 23（10）: 1703-1706.
10 ）川嶋洋介 , 上倉佳子 , 山下計太 , 他 . 全自動遺伝子解析装置 GENECUBE を利用した Mycoplasma pneumoniae のマクロライド耐性遺伝子変異検出法の構築および評価 .
日本臨床微生物学雑誌 . 2018; 28（2）: 22-29.
11 ）田中裕士. 迅速マクロライド耐性マイコプラズマ遺伝子診断が外来治療に及ぼすインパクト. 日本化学療法学会
雑誌 . 2020; 68（3）: 371-375.
12 ）D023 微生物核酸同定 定量検査 ,https://clinicalsup.jp/jpoc/shinr you.aspx?file=ika_
2_3_1_1_6/d023.html（引用 2024/1/28）
13 ）鈴木広道. SARS-CoV-2・RSウイルス核酸および抗原同時検出について. モダンメディア. 臨床検査アップデー
ト 82. 2023; 69（3）: 73-78.

（ 10 ）

新型コロナウイルス感染症 Up-to-date 23
POCT 型遺伝子検査の進歩と活用について

図1

野竹重幸

Mycoplasma pneumoniae 遺伝子検査の月別検査件数、陽性数および陽性率（2016 - 2018）

図2

マイコプラズマ肺炎の発生動向

出典 :IDWR (Infectious Diseases Weekly Report Japan) 2016 年第 51 週（12 月 19 日〜 12 月 25 日）、
第 52 週（12 月 26 日〜 1 月 1 日）
：通巻第 18 巻第 51・52 合併号より一部抜粋、転載

図3

当院の新型コロナウイルスおよび関連項目の遺伝子検査の概要