特別試験研究費の額の認定手続きに関する実施要領
平成２８年４月１５日 平２８要領第４号
平成３０年２月９日 一部改正
令和５年１２月１日 一部改正
（目的）
第１条

本要領は、租税特別措置法施行規則（昭和３２年大蔵省令第１５号。以下「施行規則」という。
）第５条の６第２２項第１号若しくは第２号、第２０条第２５項第１号若しくは第２号の規定により国立研究開発法人国立環境研究所（以下「研究所」という。
）が行う特別試験研究費の額の認定に関し、必要な手続きを定めるものとする。
（定義）
第２条

この要領において、次の各号に掲げる用語の意義は、それぞれ当該各号に定めるところによる。
一

共同研究契約研究所が研究所以外の者と共同して行う研究に関する契約であって、国立研究開発法人国立環境研究所共同研究実施規程（規程第４２号）第５条の規程により別に定める共同研究契約書を標準として締結されるものをいう。
二

受託研究契約研究所が研究所以外の者から受託する研究に関する契約であって、国立研究開発法人国立環境研究所受託業務規程（規程第３１号）第４条の規程により締結されるものをいう。
三

共同研究

共同研究契約に基づいて行われる研究であって、当該共同研究契約において、当該研究に要する費用の分担及びその明細並びに当該研究の成果の帰属及びその公表に関する事項が定められているものをいう。
四

受託研究

受託研究契約に基づいて行われる研究であって、当該受託研究契約において、当該研究に要する費用の額及びその明細並びに当該研究の成果の帰属及びその公表に関する事項が定められているものをいう。
五共同研究に要する費用

共同研究契約の相手方が当該共同研究契約に係る共同研究を行うために要する原材料費、人件費（専門的知識をもって当該共同研究の業務に専ら従事する者に係るものに限る。）及び経費（研究所において当該共同研究を行うために直接に必要となる経費であって、当該共同研究契約に基づいて当該共同研究契約の相手方が負担することとされているものを含む。
）をいう。
六

受託研究に要する費用

受託研究契約の相手方が当該受託研究契約に係る受託研究のために研究所に対して支払う費用をいう。
七

試験研究費 租税特別措置法（昭和３２年法律２６号。以下「法」という。
）第１０

条第８項第１号、第４２条の４第１９項第１号に規定する試験研究費をいう。
（特別試験研究費の額）
第３条

施行規則第５条の６第２２項第１号又は第２号の規定により共同研究契約又は受託研究契約の相手方（個人に限る。以下この項において同じ。）の申請に基づき理事長が認定する法第１０条第８項第７号に規定する特別試験研究費の額は、次の各号に掲げる費用の額とする。
一 当該相手方の各年分の事業所得の金額の計算上必要経費の額に算入される試験研究費の額のうち共同研究に要した費用（当該共同研究に係る共同研究契約において当該共同研究契約の相手方が負担することとされている費用に限る。以下同じ。
）の額
二 当該相手方の各年分の事業所得の金額の計算上必要経費の額に算入される試験研究費の額のうち受託研究に要した費用の額（当該受託研究に係る受託研究契約において定められている金額を限度とする。以下同じ。）
２ 施行規則第２０条第２５項第１号又は第２号の規定により共同研究契約又は受託研究契約の相手方（法人に限る。以下この項において同じ。
）の申請に基づき理事長が認定する法第４２条の４第１９項第１０号に規定する特別試験研究費の額は、次の各号に掲げる費用の額とする。
一 当該相手方の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうち共同研究に要した費用（当該共同研究に係る共同研究契約において当該共同研究契約の相手方が負担することとされている費用に限る。以下同じ。）の額
二 当該相手方の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額のうち受託研究に要した費用の額（当該受託研究に係る受託研究契約において定められている金額を限度とする。以下同じ。）
（申請）
第４条

前条各項に規定する特別試験研究費の額についての認定を申請しようとする共同研究契約又は受託研究契約の相手方は、認定申請書二通を理事長に提出するものとする。
２ 認定申請書の様式は、共同研究契約又は受託研究契約の相手方の種別（個人、法人又は連結法人の区別をいう。
）及び共同研究と受託研究との別に応じ、別記様式第１から第４までとする。
３ 認定申請書一通には、次の各号に掲げる研究の区分に応じ、当該各号に定める書類を添付するものとする。
一 共同研究 次に掲げる書類
イ 当該申請に係る共同研究のために支出した金額の積算内訳を記載した書類
ロ イに規定する金額を確認することができる必要な領収書、研究日誌等の写しハ 当該申請に係る共同研究契約の相手方の当該申請に係る事業年度の所得（当該相手方が連結法人に該当する場合にあっては、その連結事業年度の連結所得をいい、当該相手方が個人に該当する場合にあっては、その年分の事業所得をいう。
）の金額の計算上損金（当該相手方が個人に該当する場合にあっては、その必要経費をいう。）の額に算入される試験研究費の額のうち当該共同研究に要した費用の額（当該費用の額に充てるため他の者から支払を受ける金額がある場合には、当該金額を控除した金額）の積算内訳を記載した書類
ニ 当該申請に係る共同研究契約に係る書類の写し

二 受託研究 次に掲げる書類
イ 研究所から提出された研究終了時における当該申請に係る受託研究の報告書（当該受託研究に要した費用の額及びその明細並びに支出金額が確認できるものに限る。
）の写し
ロ 当該申請に係る受託研究契約に係る書類の写し
４ 第 1 項の規定による認定申請書の提出は、共同研究契約又は受託研究契約の相手方の事
業年度（当該相手方が連結法人に該当する場合にあっては、その連結事業年度をいい、当該相手方が個人に該当する場合にあっては、その年をいう。）の終了の日の翌日から一月を経過する日までに行われるものとする。ただし、理事長は、認定申請書が遅れて提出された場合において、正当な事由があると認めるときは、前項の期間を延長することができる。
（認定）
第５条

理事長は、前条第１項に規定する認定申請書の提出があった場合において、当該申請に係る共同研究に要した費用の額又は受託研究に要した費用の額が当該申請に係る共同研究契約又は受託研究契約に基づき支出されたものとして適正であると認めるときは、当該申請に係る事業年度の所得（連結法人にあっては、連結事業年度の連結所得をいい、個人にあっては、年分の事業所得をいう。
）の計算上損金（個人にあっては、必要経費をいう。
）に算入される特別試験研究費の額を認定するものとする。
２ 理事長は、前項の規定により認定したときは、認定申請書一通に次の各号に掲げる事項を記載し、記名した上で、これを認定書として当該認定申請書を提出した共同研究契約又は受託研究契約の相手方に交付するものとする。
一 認定した日
二 認定番号
三 認定した特別試験研究費の額（変更の届出）第６条

前条第２項の規定により認定書の交付を受けた共同研究契約又は受託研究契約の相手方は、当該認定書に記載された事項又は第４条第３項各号に定める書類の内容に変更があったときは、遅滞なく、その旨を理事長に届け出るものとする。
（変更認定書の交付）
第７条

理事長は、前条の規定による届出があった場合において、第５条第１項に規定する認定に係る事項を変更する必要があると認めるときは、当該認定に係る認定書の返還を求め、所要の変更を行った上で、これを変更認定書として当該届出をした共同研究契約又は受託研究契約の相手方に交付するものとする。
（認定の取り消し）
第８条

理事長は、次の各号に掲げる事実があると認めるときは、第５条第２項又は前条の規定により認定書又は変更認定書の交付を受けた共同研究契約又は受託研究契約の相手方に対し、その交付した認定書又は変更認定書の返還を求めることができる。
一 第４条第１項に規定する認定申請書又は同条第３項に規定する書類に虚偽の記載があること。
二 第６条の規定によりなされた届出に虚偽の記載があること。
三 第６条の規定により届出をすべき共同研究契約又は受託研究契約の相手方において、当該届出がなされなかったこと。

附則１

この要領は、平成２８年４月１５日から施行する。

改正附則（平成３０年２月９日）
この改正は、平成３０年２月９日から施行する。
改正附則（令和５年１２月１日）
この改正は、令和５年１２月１日から施行する。