千葉 菌類 談話 会通 信 34 号 ／ 2018 年 3 月

菌類オントロジー構築に向けたマイナーターム・マイニング
中島
近年、自然言語処理の手法の発展とともに、人間の目では到底読み切れない大量の文書を機械的に解析して有効活用に繋げる動きが広がっており、それに関連して様々な学問分野で「オントロジー」の構築が進んでいる。
オントロジーは特定の分野における概念およびその関係性（同義、類義、包含など）が記述されたデータベースと定義できる。例
えば、人間は「鼠色」が「灰色」に近い概念であること、「ドクツルタケ」が「テングタケ属」に含まれ、それがさらに「テングタケ科」に含まれること、「子実体」が「菌糸体」から生じること、「厚膜胞子」が「厚壁胞子」の旧称であること…など、概念の関係性を容易に知りうるが、それらは全て、機械に単に文字列データを与えても「解釈」させることはできない情報である。その実現はオントロジーを利用した「セマンティック技術」によって可能になる。オントロジーに基づく注釈（アノテーション、タグ付け）を施してデータを「構造化」し、概念の関係性を明示することで、データを機械可読な形に変換することが可能になる。
構造化されたデータは、情報検索、関係性抽出、推論、可視化など、様々な場面で威力を発揮する。また、情報処理の速度および量（スループット）が向上することで新たな知見の効率的獲得にも繋がる可能性がある。オントロジーに特化した検索手段もあり、例え22

淳志

ば SPARQL（スパークル）という問い合わせ言語を用いると、概念間の関係を「主語 (S)」「述語 (V)」「目的語 (O)」の要素を任意に指定することで、従来の方法では困難だった柔軟かつ高度な検索が可能になる（※脚注参照）。類似概念の統合により曖昧性が軽減されることも主要な効能の一つであり、これにより異なる学問分野、異なるデータベースとの情報の相互運用が容易になることも期待される。つまり、オントロジーの構築は文書データが持つ潜在的な価値を高め、可能性や選択肢を広げることに繋がるのである。
菌類分類学の分野では「記載文」という、長年に亘り蓄積された、そして今後も学問が存続する限り蓄積されていくであろう、莫大な文章情報が存在する。しかし、それを顧みるのは当該分類群の研究者にほぼ限られ、価値を知られないまま埋もれてしまっているレガシーデータの量は未知数である。その資源を有効活用する上で、オントロジーに基づくアプローチは有望な候補になりうると考える。
オントロジーは生物学分野においては、主に遺伝子の機能を記述する目的で発展してきたが (Gene Ontology, GO)、近年は分類学分野においても、記載文を構造化して自動的に注釈を施す試みがなされている (Cui,2010) 。例えば、植物学分野では Plant
Ontology (PO) 、細菌学分野では MicrO、ク千葉 菌類 談話 会通 信 34 号 ／ 2018 年 3 月

モ学分野では Spider Ontology…など、分野毎にオントロジーによるマッピングを取り入れた先行研究がある (Walls et al., 2012;
Blank et al., 2016; Cui et al., 2016)。
菌類の既存オントロジーとしては Fungal
Gross Anatomy Ontology (FAO) が挙げられるが、用語数は僅か 100 程度である。また、細胞生物学や遺伝学の視点で編纂されており、分類学的視点における重要語はほとんど収載されていない。さらに、オントロジーの不在のみならず、それが一因かどうかは定かでないが、菌類の記載文を対象とした生物多様性情報学的研究すらも、筆者が文献を渉猟した限りでは見出すことができなかった。
オントロジー構築の基盤となるのは体系的・網羅的な語彙集である。理想的には記載文で用いられる全ての語を漏れなく照合することが望まれるが、ゼロベースの作成は現実的ではなく、既製の用語集を活用し「巨人の肩に立つ」方策が最善手と思われる。
日本菌学会編「新菌学用語集」（2014 年）は 1996 年に出版された「菌学用語集」の改訂・増補版であり、菌学全般および関連領域の用語が多数収録されている。そこで本研究
では、テキストマイニングの手法により、「新菌学用語集」を語彙収集のベースラインとして捉えた際の網羅性および利用可能性を検証するとともに、「新菌学用語集」未掲載のマイナーな単語の一斉抽出を試みた。

羅的集合と仮定）を加え、計 666,928 語からなる検索語集合を得た。各記載文に対して検索語集合の全ての語を照合し、照合されなかった単語から「数字を含む語」を除外した。
次に、この集合に含まれる単語を計数して頻度 10 未満の語を除外した 946 語について、筆者が一つずつ精査して採否を検討した。最終的に、以下の 239 語を得た。
抽出された用語一覧
訳語は可能な限り「新菌学用語集」における類似語や信頼性の高い日本語論文などの資料を参考に正確を期したが、あくまで非専門家の一個人による仮の訳であることを留意していただきたい。

A
achlyoid
遊走子嚢が）Achlya 型―〔形〕
acropetally
求頂的に―〔副〕acrophysalidic
頂端膨張菌糸―〔形〕
aculeus (pl. -ei)刺acyanophilic
コットンブルー非染色性,非シアノフィリック―〔形〕
adelophialide
アデロフィアライド（※基部に隔壁を欠くフィアライド）
ampuliform
アンプル形―〔形〕
amyloidity
アミロイド性
anastomosed
吻合した〔形〕
annellated（分生子形成細胞に）アネレーションがある〔形〕
apapillate
乳頭突起でない, 乳頭突起を欠く〔形〕
apedicellate
柄を欠く〔形〕
apotheciate
子器形成性―〔形〕
approx.
およそ
ascal
子嚢―〔形〕
ascomal
子嚢果―〔形〕
ascomatal
子嚢果―〔形〕
assimilated
資化―〔形〕

未掲載語マイニング
筆者が様々な文献や Web サイトなどから蒐集した 17,304 件の記載文を解析に供した。
まず、「新菌学用語集」の内容を人手で編集し、単数形と複数形に分割し、表記揺れを処理するなどの整形を施して 9,509 語を得た。
これに Python の Natural Language Toolkit(NLTK) コーパスの「words」および「wordnet」
から入手した単語集に inflect パッケージを用いて複数形を付与した語集合（一般語の網24千葉 菌類 談話 会通 信 34 号 ／ 2018 年 3 月

attaching
付着する〔形〕
attenuating（柄、細胞などが）先細り―〔形〕

cheilopseudocystidium (pl. -ia)
縁偽シスチジアchlorococcoid（地衣類の共生藻が）緑藻―〔形〕
clamped
クランプを持つ〔形〕
clampless
クランプを欠く〔形〕
cleistothecial
閉子嚢殻―〔形〕
cleistothecioid
閉子嚢殻状―〔形〕
clubshaped
棍棒形―〔形〕
coelomycetous
分生子果不完全菌―〔形〕
collapsed
崩壊した〔形〕collapsing
崩壊する〔形〕, 崩壊性〔形〕
concolourous
同色―〔形〕
congophilous
コンゴーレッド染色性―〔形〕
conidiogenous
分生子形成―〔形〕
conidiomatal
分生子果―〔形〕
cystidial
シスチジア―〔形〕
cystidiate
シスチジア―〔形〕
cystidioid
シスチジア状―〔形〕
Czapek-Dox Agar, Czapek Agar, CzA
ツァペック-ドックス寒天培地

Bbarrel(-)shaped
樽形―〔形〕
basipetally
求基的に―〔副〕biatorine
ビアトラ型―〔形〕
bifusiform
両紡錘形―〔形〕
bilayered
二層―〔形〕
bisporic
2 胞子性―〔形〕
bisterigmate （担子器が）2 胞子性―〔形〕
boletoid
イグチ型―〔形〕
brachybasidium (pl. -ia)
短担子器
bruised
傷ついた〔形〕（※子実体の変色性を表現する時などによく用いられる）

Ccaespituli（cercosporoid fungi の分生子柄の）叢
carbonis(z)ed
炭化―〔形〕
catenescent
鎖生―〔形〕
caulobasidium (pl. -ia)
柄の担子器（※定訳なし？）
caulocystidial
柄シスチジア―〔形〕
caulocystidioid
柄シスチジア状―〔形〕
caulohymenium
柄子実層
cauloparacystidium (pl. -ia)
柄類シスチジア
cephalodium (pl. -ia)
頭状体
charred （殻壁などが）炭化―〔形〕, （発生基質が）焼け焦げた〔形〕
chasmothecium (pl. -a)
閉子嚢殻
cheiloleptocystidium (pl. -ia)
縁薄壁シスチジア
cheilomacrocystidium (pl. -ia)
縁マクロシスチジアDDalmau plate methodDalmau 平板法
decaying
腐朽―〔形〕
deliquescing
液化―〔形〕
dextrinoidity
デキストリノイド性
dimpled小さな窪みのある〔形〕
disarticulating
分節する, 離断する〔形〕
discolo(u)ring
退色する〔形〕
disintegrating
非一体―〔形〕
distoseptum (pl. -ta)
異隔壁Eechinula (pl. -ae)
小刺, 細刺ectomycorrhizal
外生菌根―〔形〕
25

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ectostromatic
外子座―〔形〕
effused平らに広がった, 拡散した〔形〕
eightspored
8 胞子性―〔形〕
elongating
伸長する〔形〕
emarginated
陥入―〔形〕
encrusting（結晶などに）覆われる〔形〕
enteroblastically
内生出芽型―〔副〕enveloped
包まれる〔形〕
epicuticular
表皮上層, 上表皮―〔形〕
epihymenial
子実上層―〔形〕
epinecral layer
ネクラル上層esorediate
粉芽を欠く〔形〕
euamyloid（真の）アミロイド―〔形〕
eucapillitial（真の）弾糸, 細毛体―〔形〕
eucapillitium（真の）弾糸, 細毛体
eustromatic
真の子座―〔形〕
exannulate
つばを欠く〔形〕
exuded浸出（滲出）した〔形〕
exuding
浸出（滲出）する〔形〕

データベース）germinated
発芽した〔形〕
germinating
発芽する〔形〕
germpore
発芽孔
gleoplerous
粘質―〔形〕（※「新菌学用語集」の gloeo-と同じ）

H
hamathecial
子囊果内菌糸系―〔形〕
hemisphaerical
半球形―〔形〕
heterodiametrical
異径―〔形〕（※イッポンシメジ類の胞子の形状を表現する時などによく用いられる）hollowed
中空―〔形〕
HPLC, high-performance liquid chromatography
高速液体クロマトグラフィー
hymenophoral
子実層托―〔形〕
hypocutis
下皮層

IF

I+ / J+ / I- / Jヨウ素陽性/陰性（アミロイド/非アミロイド）
IKI+/IKIヨウ素ヨウ化カリウム陽性/陰性
imbedded
埋生―〔形〕
inaequilateral
左右不等―〔形〕
indel
インデル（塩基配列の挿入および欠失）
indextrinoid
非デキストリノイド
inequilaterally
左右不等―〔形〕
inflating
膨大―〔形〕
inoculated接種した〔形〕
insititious（柄の基部に）菌糸体を欠く〔形〕
inspersed（顆粒、液滴などを）含む, 散在する〔形〕
interascal
子嚢内―〔形〕
intermingled
混在―〔形〕

fanshaped
扇形―〔形〕
fermented
発酵した〔形〕
FeSO4, iron sulfate
硫酸鉄
flared （傘の縁部などが）フレア状―〔形〕
flaskshaped
フラスコ形―〔形〕
fragmenting
断片化する〔形〕
fruitbody (pl. -dies)子実体
furcated
叉状―〔形〕
fusing
融合する, 癒合する〔形〕
gasterocarp（腹菌類の）子実体
GGBIF
地球規模生物多様性情報機構（※日本ノードは JBIF）
gelatinis(z)ed
ゼラチン化―〔形〕
gelatinis(z)ing
ゼラチン化―〔形〕
genbank
ジェンバンク（NCBI の塩基配列26

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interspersedintertwined
interveined

散在―〔形〕
絡み合った〔形〕（ひだが）脈間―〔形〕

non(-)gelatinis(z)ed
非ゼラチン化―〔形〕
non(-)marginate
縁取りを欠く〔形〕
non(-)ostiolate
孔口を欠く〔形〕
non(-)papillate
乳頭突起でない, 乳頭突起を欠く〔形〕
non(-)striate
条線を欠く〔形〕
non(-)stromatic
非子座―〔形〕

L
lichenized
地衣化した〔形〕
Lugol's solution
ルゴール液

MO

macrobasidium (pl. -a)
大担子器
microcharacter
肉眼的形質
micromorphology
肉眼的形態
macroscopy
肉眼的観察
macula (pl. -ae)斑点
manured（生息環境が）施肥―〔形〕
Melzer
メルツァー試薬
metuloidal
メチュロイド, 冠石灰囊体―〔形〕
microbasidium (pl. -a)
小担子器
micromorphology
顕微鏡的形態
MLZ+ / MLZメルツァー液陽性/陰性
monophialide
モノフィアライド（※ポリフィアライドに対して胞子が生じる部位が単一のフィアライド）
multilayered
多層―〔形〕
multispored
多胞子性―〔形〕
mummified（昆虫病原菌の宿主などが）ミイラ状―〔形〕

obovoidal
倒卵状―〔形〕
odontioid
コメバタケ型―〔形〕
oleiferic
油管―〔形〕
omphalinoid
ヒダサカズキタケ型―〔形〕
overhanging
張り出す―〔形〕

P
paracapillitial
細毛様体―〔形〕
paraplectenchymatous
異形菌糸組織―〔形〕
pedicillate
有柄―〔形〕
penetrated
侵入した〔形〕
percurrently（分生子形成細胞が）貫生
伸長―〔副〕
peridiopellis
殻皮表皮
pers. comm., personal communication
私信（※未公表の伝聞情報であることを指す）
phenoloxidase
フェノールオキシダーゼ,フェノール酸化酵素
phloxine
フロキシン
pigmented
有色の，色付いた〔形〕
pileal傘―〔形〕
pileitrama
傘実質（※新菌学用語集に”pileus trama”有）placodioid鱗殼状―〔形〕
pleated（傘縁部などが）扇畳み, プリ

NNaCl, sodium chloride
塩化カルシウム
NaOH, sodium hydroxide
水酸化ナトリウム
nested
入れ子状―〔形〕
nonamyloid
非アミロイド（※新菌学用語集に”non-amyloid”および”inamyloid”
有）non(-)dextrinoid
非デキストリノイド27

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ーツ状〔形〕
plectenchymatous
菌糸組織―〔形〕
pleuroleptocystidium (pl. -ia)
側薄壁シスチジア
pleuromacrocystidium (pl. -ia)側マクロシスチジア
pleuropseudocystidium (pl. -ia)側偽シスチジア
probasidial
前担子器―〔形〕
proliferated（分生子形成細胞などが）伸長する〔形〕
prosoplectenchymatous
繊維菌糸組織―〔形〕
pruina
粉霜, 微粉pseudocollarium
偽襟帯pseudodimitic
偽二菌糸型―〔形〕
pseudoparenchymatic偽柔組織―〔形〕
pseudorhizal
偽根―〔形〕
pseudorrhiza
偽根（※pseudorhiza の別綴り）
pseudostipitate
偽柄―〔形〕
pseudothecial
偽子嚢殻―〔形〕
pycnidioid
分生子殻―〔形〕

rehydrated
吸水―〔形〕
rehydrating
吸水する〔形〕
released（遊走子，子嚢胞子などが）放出した〔形〕
rhizinate
偽根―〔形〕
rupturing
破裂する〔形〕

Ssaprotrophic
腐生―〔形〕
Schaeffer reaction
シェッファー反応（テングタケ類の呈色反応の一種）
sclerocystidium (pl. -ia)
スクレロシスチジア
scleroplectenchymatous
厚壁菌糸組織―〔形〕
semiimmersed
半埋生―〔形〕
sensu （人名）（人名）が言及（定義）するところの～Siccus-type
Siccus 型, ハリガネオチ
バタケ型―〔形〕（※箒状細胞からなる傘表皮）
skeletobinding
骨格結合―〔形〕
spheropedunculate
有柄球形―〔形〕
sporangiate
胞子嚢―〔形〕
sporebearing
胞子を生じる, 胞子を形成する, 胞子を含む〔形〕
sporeprint, spore deposit
胞子紋（※新菌学用語集に”spore print”有）sporulating
胞子形成―〔形〕
stereomicroscope
実体顕微鏡
sterigmal
小柄―〔形〕
stipititrama
柄実質
striatulate
条線を有する〔形〕
stromatal
子座―〔形〕
subtending hypha (pl. -ae)
（グロムス類の）サブテンディング菌糸（※定訳なし？）
sulfovanilin
スルフォバニリン
suprabasal

Q
quaterverticillate
四輪生―〔形〕（※アオカビ類などの分生子柄の表現に用いられる）R
radishダイコンのような〔形〕（※子実体の臭いなどが）Rameales structure
ラメアレス構造（※傘表皮の構造の一種、シロホウライタ
ケ属の節の名称に由来。Ramealis
structure[ラメアリス構造]との表記も見受けられる）
ramifying
分枝する, 分岐する〔形〕
28

千葉 菌類 談話 会通 信 34 号 ／ 2018 年 3 月

基部の上に位置する, 基底上の〔形〕
supramedian（胞子の隔壁などが）真ん
中より上―〔形〕
synasexual
シンアセクシャル―〔形〕（※複数の無性世代を持つ菌の形容に用いる、定訳なし？）

考察
今回のマイニングで得られた用語の中には、「必須」といえるレベルの重要性を持つ菌学用語は見出されなかった。このことから、「新菌学用語集」が菌類の記載文で用いられる専門用語を十分広範に網羅していることが見て取れる。
上の一覧に挙げたのは、既に掲載されている用語の形容詞形や、記載文でよく用いられる一般語が主であるため、「重箱の隅を突いたような一覧」との印象を持つ読者もいるかもしれない。しかし、「人間にとっての実用性」と「機械可読性」は全く別の概念であり、価値観も根本的に異なっている。オントロジー設計という視点に立ち、後者を重視する筆者の立場からは、ごく微妙なスペル、ニュアンスの違いでも可能な限り全ての語を網羅し、将来の用語整理に必要な資源を可能な限り集めることが重要だと考える。
今回の解析手法は単独では決して完全ではなく、単語ベースの収集であるため熟語表現が取得できないほか、必要な専門用語が偶然に一般語と同じ綴りで除外されてしまった可能性、あるいは逆に除外された一般語が特殊な用例で専門性を帯びていた可能性も考えられる。オントロジー構築にあたっては、実作業の過程で検証を重ね、継続的に取捨選択を行う必要があるだろう。

T
terminating
末端生―〔形〕, 末端が～になる〔形〕
terpenoid
テルペノイドtetrasterigmate（担子器が）4 胞子性―〔形〕
tetrasterigmatic（担子器が）4 胞子性―〔形〕
thick(-)walled
厚壁―〔形〕
thin(-)walled
薄壁―〔形〕
thromboplerous
凝血状―〔形〕（凝血状菌糸の）transvenose（ひだが）脈間―〔形〕
trebouxioid（地衣類の共生藻が）トレ
ボウキシア型―〔形〕

U・V・W
uncarbonized
非炭化―〔形〕
volval
つぼ―〔形〕
woodchip
ウッドチップ, おが屑

なお、本解析では個人的に文献や Web サイトから蒐集した記載文を用いたが、本来は再現性の高い公正な解析を行うには公的データベースのデータを用いるのが望ましい。しかし、例えば MycoBank に収載されている記載文は複数の言語が混在しており、用語や概念が異なる古い時代の記載文も多く、ノイズデータも多く含まれることなどから、解析は困難であった。地衣類に関しては BotanischeStaatssammlung München （“ LIAS” ）、
Consortium of North American Lichen※「sub-」は「亜～」「類～」を表す頻出の接頭語であり、「subfusoid」「subcapitate」「sublageniform」など68 語がヒットしたが、この接頭語は任意の形容詞に柔軟に付与可能であることから、上の一覧からは除外した。
※「atranorin」「salazinic acid」「usnic acid」のような地衣成分、あるいは試薬や培地などに用いられる化学物質の名称も「新菌学用語集」には収録されていないものが多いが、上の一覧からは多くを除外した。

29

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Herbaria (CNALH) 等が Web 上で豊富な記載文を公開しており、ある程度の構造化がなされているため、MycoBank よりも解析が容易である。今後、菌類学におけるオントロジーの必要性が周知され、他の菌群でもこのような充実した資源が利用可能になることが望まれる。
オントロジーの構築および適用は分類学に革新的な変化をもたらす可能性があるが、少なくとも菌類については植物、昆虫など他の生物よりも大きく立ち後れているのが現状である。現段階から遺伝子や疾患のような洗練されたオントロジーと同等の質のものを作り上げることは容易ではなく、道のりは果てしなく長いが、今回の解析で得られたデータが僅かでも一助になれば幸いである。

引用文献
Blank, CE. et al., 2016. MicrO: an ontologyof phenotypic and metabolic characters,assays, and culture media found in
pro-karyotic taxonomic descriptions.
Journal of Biomedical Semantics.
DOI:10.1186/s13326-016-0060-6
Cui, H. 2010. Semantic annotation ofmorphological descriptions: an overall
strategy. BMC Bioinfomatics.
DOI:10.1186/1471-2105-11-278
Cui, H. et al. 2016. Introducing Explorerof Taxon Concepts with a case study on
spider measurement matrix building. BMC
Bioinformatics.
DOI:10.1186/s12859-016-1352-7
Walls, R. et al. 2012. Mapping of glossary
terms from the Flora of North America tothe Plant Ontology enhances both resources.
ICBO 2012.
http://ceur-ws.org/Vol-897/poster_6.pdf❐脚注※一例として「＜イグチ (S)＞が＜トビムシ (O)＞に＜食べられる (V)＞」という関係を挙げると、O と V を固定してS を検索することで「トビムシに食べられる菌の一覧」、S とV を固定して O を検索することで「イグチを食べる昆虫や動物の一覧」、S とO を固定して V を検索することで「イグチとトビムシの関係の一覧」を検索することができる。

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