生命科学分野における研究者の投稿先雑誌選択趣向と OA への意味づけ

第 1 回 SPARC Japan セミナー2016

生命科学分野における研究者の投稿先雑誌選択趣向と OA への意味づけ
坊農 秀雅（情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター）

講演要旨
オープンアクセス（OA)誌に掲載された論文は、インターネット検索エンジンの発達に伴い、目に触れる機会が格段に増えることとなり、その結果 PLOS（Public Library of Science）や BMC(BioMedCentral)といったゴールド OA 誌に投稿される論文が増え、古くからある論文誌も OA オプションが選べるようになってきた。その一方、OA 紙で必要となる論文掲載料は、研究費から捻出する状況となっており、実験するのに必要不可欠な試薬代や消耗品代を圧迫し、研究活動を行う上で無視できない存在となっている。OA 紙に論文を載せて広く自分の研究を知ってもらいたいが、それにはお金がかかる、そういった状況となっているのが現状である。本講演では、生命科学研究者の周辺でおこってきた投稿先雑誌選択趣向の変化について実経験に基づいて紹介する。

坊農 秀雅
理化学研究所においてFANTOM（Functional annotation of mouse)プロジェクトの立ち上げに関わった後、埼玉医科大学ゲノム医学研究センターを経て、2007年7月より情報・システム研究機構 ラ
イフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)にて統合データベースプロジェクト(統合DB)に従事。統合DBの広報・普及活動として統合TVや統合データベース講習会AJACSの立ち上げに関わり、現在は国立遺伝学研究所にて日本DNAデータバンク(DDBJ)と連携して大規模塩基配列データ利用環境の構築とそれを利用した生命科学研究を行っている。京都大学博士(理学)。

私は生命科学の研究者で、普段はライフサイエンス

図 2 に書いてあるように、研究分野はゲノム科学、分統合データベースセンター（DBCLS）にいます（図1）。本務は生命科学分野における公共データベース統合利用環境の構築ならびにその利用普及で、利用普及のためのウェブツールを作成したり、講習会を行ったりしています。また、遺伝子配列データを使ったデータ解析もしています。このようなことをずっと 20 年ぐらい続けています。もう一つ、「BMC Genomics」のアソシエートエディターも務めています。
私は生命科学の分野にいますが、それが全てではな
く、researchmap で私のエントリーを見ていただくとNational Institute of Informatics（図 1）

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子生物学などなので、こんなことを言っている人もいネット検索に引っ掛かることは重要です。別に
PubMed に入っていればそれでいいではないかといわると参考程度に受け止めてください。

れますが、PubMed は抄録部分、アブストラクトだけ

生命科学研究者から見たオープンアクセスです。一方、オープンアクセスに出していると全文が私は生命科学の研究者と普段よく話をしたり、学会あるので、検索ワードがどこかにヒットすれば、興味へ行ったりしますが、「オープンアクセス」という言を持って論文を見てもらえるので、やはり全文がイン

葉は知っていても、ゴールド、グリーンという話は誰ターネットで検索されるのが良い点ではないかと思いも知りません。そのような話になったことは一度もあます。

りません。生命科学の研究者がオープンアクセスと言うと、それはゴールドのことを指しています。

悪い点は APC の問題です。今は APC を自分の研究費から出していることがほとんどです。もちろん大学グリーンオープンアクセスへ出すということは、生によっては手当てがあるのかもしれませんが、基本的命科学者から言ってみればインパクトファクターの付には自分が取ってきた少ない研究費の中から出すのがいていない雑誌に出すようなもので、よほど特殊な事普通です。また、オープンアクセス誌は長くても 10情がない限り、まず出さないです。また、特に生命科年ぐらいですから、ジャーナルとして格がないのです。

学がそうなのかもしれませんが、ピアレビューを経た格がある雑誌とは何かというと、インパクトファクタものでないと論文の業績として認めないという伝統がーで測る場合もありますが、「いい雑誌」とみんながあります。ピアレビューを経ずに、誰からでも見られ言うものです。

るようにすることには強い抵抗があります。

DBCLS では、新着論文レビューを行っています。

私が思う研究者から見たオープンアクセスの良い点

これは、一般に生命科学者がプレステージャスジャー

は、誰にでも自分の論文を場所を問わず見てもらえるナル、いいジャーナルと言っている約 20 誌に掲載さことです。インターネットでキーワードを検索されれれた論文について、著者自身にレビューを書いてもらば自分の論文がヒットします。生命科学でもいろいろい、誰でも自由に閲覧・利用できるよう Web 上にてな分野があって、自分の専門誌の人たちが見て、そのいち早く無料で公開するサービスです（図 3）。既に 6

人たちだけで分かっていればいいという時代は終わっ年間やっていて、レビューは 1000 ぐらいあります。ています。他の人に見てもらって広めていかなければこの対象になっている雑誌は飯田啓介という編集長が駄目で、専門誌に出しても見られないのが現実ではな決めたものですが、これが生命科学で言うところのいいかと私は思います。

い雑誌だという意見もあります。

（図 2）

National Institute of Informatics（図 3）

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antigen-presenting cells（抗原提示細胞）や adenomatous

論文の探し方の変化
そのような良い雑誌とは昔からある雑誌がほとんどpolyposis coli（大腸ポリポーシス）の略語としてよくですが、論文と一口に言っても、昔からある雑誌、最使われていることが分かります。ちなみに、article

近になって出てきた雑誌というように、論文の探し方

processing charge の略語としての APC は 19 番目でした。

は私の中でもだいぶ変化しました。私は研究を始めてだいぶ下の方です。

20 年ぐらいですが、研究を始めた当時はまだ PubMed

もう一つは、Colil という、論文の引用情報に関すが試用段階でした。そのころは図書館に来ている雑誌る検索サービスです（図 6）。ある論文が他の論文かを見に行っていて、そのうちに電子メールが普及してら引用されているとき、本文中ではどのような文脈で電子メールでタイトルだけは送られてくるようになり引用されているかについて、効率良く検索します。

ました。

PubMed ID またはキーワードで検索すると、論文がコ

今でも私は古い人間なので、電子メールで来るサー

ンテクスト、イントロダクションなどどこに引用されビスを利用してどんな新しい雑誌が出ているか確認したかが出てきます。これは全文が使えるようになってますが、最近の若い研究者はこんなことをせずに、自います。限定ですが、PubMed Central にあるデータだ

分の研究に関係ありそうなものを PubMed で定点観測

けでこういうものをつくることも DBCLS で行っていして、差分を見てそれで合ったものを見ている、また、ます。

さまざまなサービスを使って、注目している論文を引用した論文を見ているのではないかと思います。
今、PubMed はエントリー数がものすごく多くなり、全文が入っている PubMed Central も、PubMed の 15％ぐらいの割合であるので、昔よりはだいぶ信頼できるリソースになったのではないかと思っています（図4）。
PubMed のデータは全て研究目的で使えるので、DBCLS はそれを使ってサービスを幾つかつくっています。一つは、PubMed の中に出てくる略語が何のことを意味しているのか検索できる Allie というサービ（図 5）スです（図 5）。
「APC」で検索すると、PubMed では（図 4）

National Institute of Informatics（図 6）

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私が周りを見たところ図 7 だったと思います。Cell、論文の投稿先、投稿順序
投稿先雑誌の選択趣向については、生命科学者はイNature、Science に出して駄目だったら、だんだん下にンパクトファクターの高いジャーナルからとなってい行き、最後の受け皿は速報誌や専門誌になるのではなます。先ほどから議論を聞いていて「あれ？」と思っいかと思います。

たのですが、研究者はジャーナルを選ぶ自由を持って私のバイオインフォマティクスという分野でも、専いると思っています。投稿先は、インパクトファクタ

門誌、ゲノムの研究に特化した雑誌などに出していまーの高さと、自分がその雑誌に出したいという思い入した（図 8）。いろいろな道筋をたどっていて、れ、自分の研究している分野でよく見られている雑誌

Bioinformatics という雑誌は、昔は Computer applica-かどうかで決まると考えています。

tions in the biosciences（CABIOS）という変わった名前

論文はピアレビューがあるので、落とされることがだったのですが、バイオインフォマティクスという言ままあります。ほとんどの場合は 1 回では通りません。

葉が 1998 年ぐらいからはやりだした途端に名前が変何回も挑戦しなければいけないので、何種類か論文誌わって、いい雑誌になりました。In Silico Biology といのリストを持っていて、それで投稿していきます。イ

う雑誌は一度、オープンアクセスで誰でも全部読めるンパクトファクターが高いもので PubMed に入っていということを打ち出していたのですがつぶれて、どこないものはないのですが、PubMed に収録されているかの雑誌社に買われた途端に非 OA 化になってしまっことは必須です。PubMed に登録されていないジャーたという非常に悲しい歴史があります。私もここに 2ナルがありますが、それは制約条件になると思います。

本ぐらい論文があるのですが、今は自分も読めなくな

皆さんは就職するときなどに論文リストを書きますが、っています。

PubMed で検索して真偽を確かめることが多いので、ここは必須です。

生命科学には Nature ラブな人が多いのですが、そういう人の場合、Nature に出して通らなくても、いい分野によっては所属学会誌に投稿します。高エネル

レスポンスがあれば Nature 姉妹誌に出します（図 9）。

ギー物理学だとそうなると思うのですが、私がやって太字になっているのはオープンアクセスの雑誌です。

いる分子生物学などの分野は所属学会誌が一応ありま

それでも駄目だったら、Nature Communications、すが、皆さんあまり出したがらないです。こういう分

Scientific Reports です。

野もあります。大体、分野の雑誌にはあまり出さないのではないかと思っています。

私自身は Public Library of Science（PLOS）に出しています。マイクロアレイという、遺伝子の発現を測定

オープンアクセスがはやる前の論文を出す順序は、する実験ツールを開発した人たちが、実験するときに、

（図 7）

（図 8）

National Institute of Informatics

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ゲノム全体から新しい遺伝子が発現した、ある遺伝子Biology、Genome Medicine といういい雑誌があります。

がすごく発現していたといったことを探し当てるのでBMC Genomics など中間層で駄目だったら、最終的にすが、その遺伝子に関して書いてある論文が読めないは BMC Research Notes に出してくださいと言われていことがままありました。そこで、誰でも読めるものをますが、これも今後変わるそうです。どうやって変わ始めようと言って PLOS を始めたのです。

るか見ものです。

私は PLOS の方が好きで、実際に論文を出すときはでは、ジャーナルはどんなところに出したらいいの

図 10 の道筋です。PLOS が一番推している古い機関かとよく皆さんから質問を受けるので、それを解決す

誌は PLOS Biology で、それ以外の PLOS Genetics やるサービスが PubMed のテキストからできないかとい

PLOS Medicine など、割と中間のものもたどってうことでつくったのが Journal Sug-gestion using MedliNe

PLOS ONE に行きます。いきなり PLOS ONE という（JSMN）です（図 12）。これは PubMed のアブストラ

場合ももちろんありますが、やはりいい仕事をしたとクトとの類似度からどの雑誌に投稿するのがよいかサいう場合は、皆さんはより上流からトライするようでジェストするものです。今は動いていないのですが、す。

かつて DBCLS が東大の中にあったとき、統合牧場と私は BMC Genomics のアソシエートエディターをしいう学生アルバイト組織があり、そこの技術開発部がているので BMC 系の場合も出しておきます（図 11）。

JSMN をつくりました。その中で生まれてきたのが統BMC Genomics は多分中間層で、その前には Genome合 TV です。

（図 9）（図 11）（図 10）（図 12）

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今はこのようなサービスを雑誌社や査読を引き受けそういう意味で、オルトメトリクス（altmetrics）のる会社がつくっていて、Edanz Journal Se-lector、Journalツールなどは非常に有効なのではないかと思っていて、Guide、Elsevier Journal Finder などがあります。そこによく使うようにしていますが、それすらも面倒という自分の論文のタイトルとアブストラクトを貼り付けることでやらない人も多いです。と、どんな雑誌がいいかを出してくれますが、自分のところの雑誌ばかり出てなかなか面白いです。
まとめると、生命科学研究者はやはり Cell、Nature、そういうものは研究者サイドからやるのは無理で、ある程度トップダウンで強制にしてしまうしかないのではないかと思います。自発的な動きははっきり言っScience に固執してしまっている感があります。それて期待できません。アメリカ国立衛生研究所（NIH）

が無理なら姉妹誌、それが駄目なら PubMed に収録さのように、「研究費をもらっているからには出せ」とれるオープンアクセス誌にという傾向がかなりあると強制にしなければ無理ではないかと考えています。そ思います。の辺はいろいろな意見があると思いますが、この後でPubMed に収録されるオープンアクセス誌は、大学によらず全文が見てもらえるし、ネットでインデック議論できたらと思います。
2016 年 10 月 29 日に、NII のすぐ近くで「国立遺伝公開講演会 2016 出張!! 遺伝研」が行わスされるので検索したら出てくるようになっています。

学研究所しかし、それを出すときは APC が掛かり、それは自れます。生命科学者の生態が都内で見られますので、分の研究費から出すことがほとんどなので、ますますぜひよろしくお願いします。

減っている研究費からそれを捻出するのは非常に大変になっています。

グリーンオープンアクセスの余地は？
受け皿をつくってオープンアクセスにすることは、やった方がいいと思います。私もデータを使う人間ですから、そういうものを蓄えることで、今後のテキストマイニングに使えるような材料となればと思います。
PubMed 収録、DOI 付与など、サイテーションの手段を強化して、誰がどのようにアクセスしているか、いつも統計を取って見えるようにすれば、インセンティブになって、皆さんもっとやる気が起きるのではないかと思います。しかし、研究者からしてみれば、一回論文を出したからもういいではないかという気持ちが強いです。論文を一回出してしまうと、続きの研究をされる場合もありますが、忘れてしまっている研究者も多いです。それは、今の論文が、掲載前にピアレビューで評価するという昔のシステムを引きずっているからではないかと思っています。評価は後から皆さんがするものだという意識がもっと広まっていくと、変わっていくのではないでしょうか。

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