生命科学研究におけるプレプリント活用の現状

第 2 回 SPARC Japan セミナー2018

生命科学研究におけるプレプリント活用の現状
坊農 秀雅（情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター）

講演要旨
プレプリントの活用が生命科学系においても急速に広まりつつある。プレプリントサーバーは、査読される前の結果だけでなく、これまで情報が共有されにくかった新型の計測機器によるデータの「癖」や、査読誌ではカバーしづらかった公共データベースやウェブツールに関する詳細な記述（ドキュメント）の置き場としても活用されている。2018 年に入ってから、演者も生命科学系のプレプリントとしてよく使われる BioRxiv（バイオアーカイブ）に公共データベースからのメタ解析の研究論文を一本アップロードしたほか、別の共同研究の論文も査読誌に投稿する前にアップロードしてある。その現状について実例を交えながら紹介しつつ、いかにして情報の質を担保するかについて、演者の考えるところを議論したい。

坊農 秀雅
理化学研究所においてFANTOM(Functional annotation of mouse)プロジェクトの立ち上げに関わった後、埼玉医科大学ゲノム医学研究センターを経て、2007年7月より情報・システム研究機構 ライ
フサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)にて統合データベースプロジェクト(統合DB)に従事。統合DBの広報・普及活動として統合TVや統合データベース講習会AJACSの立ち上げに関わり、現在は国立遺伝学研究所にて日本DNAデータバンク(DDBJ)と連携して大規模塩基配列データ検索技術の開発とそれを活用した生命科学研究を行っている。京都大学博士(理学)。

私の所属は情報・システム研究機構のライフサイエいうことです。生命科学研究者は、『PLOS ONE』やンス統合データベースセンターで、静岡県三島にある『Scientific Reports』といったオープンアクセス誌のこ国立遺伝学研究所の DNA Data Bank of Japan の DNAとは知るようにはなって、自分もそういうところに出データを扱いやすくしたり、実際にそのデータを使っしたいと思うようにはなりました。しかし、グリーンた研究もしたりしています。
私はこの 1 年でプレプリントが身近になったので、これを機会に自分の 1 年をまとめてみたいと思います。

1～2 年でオープンアクセスはどう変わったか
図 1 は、私が 2 年前にこの SPARC Japan セミナーで出した、生命科学研究者の立場から見てオープンアクセスはどのようなものかという雑感を書いたものです。
この 2 年で変わったのは、bioRxiv というものが、新しいことを考えている人には知られるようになったと

National Institute of Informatics（図 1）

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生命科学研究におけるプレプリント活用の現状
OA という言葉はほとんど知られていない、インパクで、生命科学でも普段から実験するのではなく、デートファクターの付いていない雑誌は回避される傾向がタを相手にして、DNA のデータから何か新しいものある、ピアレビューを経た論文のみ業績とみなす伝統を見つけたり、データベースをつくったりしています。

があるという状況はあまり変わっていないのではない

その研究で有名な研究所です。DNA の二重らせんのかと思います。

モデルのブロンズ像が置いてあります。bioRxiv はちょうど昨年の今ぐらいに、『Science』という雑誌がプレプリントに関する特集を組んで、生命科学でもCold Spring Harbor Laboratory Press というここの出版会がやっているものです。

プレプリントがあり、論文が出されているということ

そこで学会があったのですが、その学会に行くとこを紹介してくれました（図 2）。このスライドも去年んなものが置いてあって、たくさん T シャツを配っ出しています。ていました（図 4）。今日はその T シャツを着ています。帰ってベッドで広げて写真も撮りました。自分の私が bioRxiv フリークになった理由
昨年、ここで 10 月最後の月曜日に SPARC Japan セ

ノートパソコンに bioRxiv のシールを貼っているぐらい、bioRxiv フリークになりました。

ミナ ーに出させ ていただいて、 その週の途 中からそれは理由があって、皆さん、学会で発表するからCold Spring Harbor 研究所に出張で参りました（図 3）。

です。口頭発表とポスター発表があり、口頭発表者は私の研究分野はバイオインフォマティクスという分野もちろんなのですが、ポスター発表者でも、全部自分（図 2）

（図 4）

（図 3）

（図 5）

National Institute of Informatics

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生命科学研究におけるプレプリント活用の現状がやっている研究は bioRxiv に論文としてアップロー析）」という題名の論文をプレプリントサーバーにアドしているのです。昔だったら、「まだ論文投稿中で、ップしました。これはなぜ出したかというと、きっかあまり詳しくは話せないのだけれども」と言っていたけがありまして、図 7 も実は『PLOS ONE』に出したのが、bioRxiv の ID、つまり DOI をみんな書いてあのですが、私の共同研究の論文が、2018 年 2 月 21 日るのです。それにショックを受けて、「これは自分もに出たのです。私自身がデータベースから検索して見やらなければいけない」と思いました。

つけてきたことをきっかけに、共同研究者が実験をし「次の論文はプレプリントサーバー（bioRxiv）にて発見があった、それの報告を『PLOS ONE』に出しまず出そう」という決意をして、その決意を証拠に残たのです。その私が見つけてきたというのが、ただ単すために Twitter でもその日につぶやきました。11 月にデータベースを検索したわけではなく、データベー4 日という、去年の今ぐらいですが、証拠が残っていスからいろいろデータを集めてきて、バイオインフォます（図 5）。

マティクスの計算をして、キュレーションをした結果、そ の 雑 感 を さ ら に Twitter に 書 い て 「 月 曜 日 の見つけられました。

SPARC Japan セミナー『プレプリントとオープンアク

その結果も、ただ単にこれを見つければいいというセス』に始まって、水曜日から土曜日まで bioRxiv を一個だけの遺伝子ではなく、たくさんある中から見つホストしている Cold Spring Harbor Laboratory でのけてくださいと共同研究者に遺伝子リストを渡してあGenome Informatics Conference。すごくプレプリントなりました。共同研究者はそれを長らく 2 年ぐらい見て1 週間だったなぁ」と言っていたぐらい、その 1 週間でプレプリントをやりたい、出したいという人になりました。

bioRxiv へのサブミット
帰ってすぐやれたらよかったのですが、いろいろやっていて 2 月になって、出す機会がついにめぐってきました。図 6 は私が出したプレプリントのウェブサイトのスクリーンショットです。
「Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases（公共データベー（図 7）

スの中の低酸素刺激による遺伝子発現データのメタ解（図 6）

National Institute of Informatics（図 8）

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生命科学研究におけるプレプリント活用の現状
いて、その結果見つけてきて論文になったのです。っていて、これは遺伝研にある DNA のデータベース私自身がやった手法を、本論文には詳しくは書けななのですが、その DNA のデータベースを使って、人かったので、それをどこかに残したいからプレプリン間が酸素がうすいところに行ったらどんなことになるトに書こうということで、ずっと前から書いてあったかを調べました。これは人間の実験で、あまりやるとのですが、この論文が出版されたので、それに合わせ死んでしまうので、できないのです。普通の実験で使て bioRxiv に投稿しました。これは日にちが大事なのう酸素濃度はとてもうすいです。私たちがよく使うのですが、先ほどの論文は 2 月 21 日にパブリッシュさは 1％の酸素濃度です。普段皆さんは 21％のところにれ、私はその日のうちに bioRxiv にサブミットしまし住んでいますが、1％の酸素濃度になったときにどうた。

いうふうに状況が変わるかを見るために、いろいろな2 月 23 日にこれは間違いなくオリジナルの論文だと認めていただいて、DOI もめでたく付いて、公開人がおこなった実験からデータを取り出して比較しました。

されることになりました。この日は静岡県民にとってDNA の配列そのものではなく、タンパク質になるは大事な日で、富士山（223）の日です。富士山の日前に出てくるメッセンジャーRNA の数がどれぐらいにめでたく出せたということです。

変わるかを調べました（図 8）。

この研究は実際に何をやっているのかというのを少そういうことをおこなったデータがたくさんデータしだけ紹介させていただくと、公共データベースを使ベースに入っているので、それを計算したデータのフ（図 9）（図 11）（図 10）（図 12）

National Institute of Informatics

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生命科学研究におけるプレプリント活用の現状
ァイルをつくりました。最終的には、論文にするときカ月ぐらいでこれぐらい見られていますということがは可視化するのですが、実際に大事なのはこのような分かりました（図 13）。自分がメインで出した論文を中間データです（図 9）。このあたりのデータは専門

1 本、共同研究でもう 1 本、bioRxiv にこの 1 年で出す家が見るとよく分かるので、中間データを皆さんでシことができました。

ェアしたい、このデータは再利用しがいがあるという生命科学研究者は、アメリカ国立衛生研究所（NIH）ことで、bioRxiv に出しました。ただ単に bioRxiv に出の国立生物工学情報センター（NCBI）が運営していすだけだったら普通の成果なのですが、このようなテる PubMed で論文を検索して、そこに載っていたら、ーブル形式のデータをサブミットしたいということで、みんなが成果と認めるという暗黙の了解があるのです。

テーブル形式の Excel のデータは figshare にアップしPubMed ではまだこのプレプリントは検索できないのました。

ですが、Europe PMC では検索できます（図 14）。

figshare にアップすると、同じようにデータテーブEurope PMC をご存じない方もいるかもしれません

ルに DOI が付与されます（図 10）。ここからダウンが、ヨーロッパでも PubMed 的なアクティビティをしロードできるようにして、この figshare の DOI を先ほていて、PMC は PubMed Central の略で、アメリカのどの論文にたくさん書いて登録しました。

PubMed の全文版が PMC と呼ばれて、利用可能にな

データテーブルの中身は図 11 のように、遺伝子のID と数字がたくさん書いてあります。
bioRxiv の「Metrics」のタブを選択すると、何回見っています。PubMed はご存じのとおり抄録、アブストラクトだけなのですが、PMC は全文が見られるコレクションです。これも数が増えています。

られたかが分かります（図 12）。これは 2 月にアップ

基 本 的 に は 同 じ デ ー タ が あ る の で す が 、 Europeしたばかりですが、おかげさまでトータルで 900 回ぐ

PMC のインターフェースでは、例えば私の名前で検らい見られています。論文全文の PDF がダウンロー索すると、bioRxiv に登録されたようなプレプリントドされた回数も月ごとに出て、よく分かります。これも一緒に検索できます。このようにプレプリントと分も論文をプレプリントにアップした人間としては励みかるように書いてあって、PubMed ID は当然ないのでになります。

すが、検索できるという状況になっています。

実は、こういうことがあるよと私の共同研究者に言うと、共同研究者は私より前に bioRxiv にアップしてプレプリントのメリット・デメリットいたのです。その共同研究者から、一緒に論文をアッ出してみて分かったプレプリントのメリット・デメ

プしようということで、2018 年 7 月にアップして、3リットについてお話しします。メリットは、すぐ公開（図 13）（図 14）

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生命科学研究におけるプレプリント活用の現状できる、DOI で引用可能である、現状は article pro-できるのではないかと思っています。

cessing charge（APC）無料、査読誌への投稿ができる、Europe PMC から検索可能という点です。特に私がメクオリティコントロールリットだと思ったのは、DOI で引用可能なために、最後にクオリティコントロールの話をします。われ研究費申請のときにリファレンスとして引用することわれの生命科学の研究において、今までやってきた査ができるということです。また、私が勧めた友達が良読論文だけを続けられるかということがあります。査かったと言っていたのは、先に論文を出せたというこ

読 に は コ ス ト がか か り ます。 午 前 中 に 、『 Scientificとです。生命科学者の中では、論文を投稿している間Reports』がだいぶ遅くなっているという話がありまにレビュアーがそれを見て、それをまねして実験を始したが、それは私たちも感じています。査読していためて、出し抜くことがあるといわれています。それがだくということだけでは無理ではないかという実感が阻止できる、先取性が担保できるのがいいと思っていあります。

ます。

次の段階として、プレプリントと査読論文の併用に現状で感じているデメリットは、この辺はよく理解移行できないかと考えていますが、プレプリントを出されていないから起きていることなのですが、一度そすというのは、図 16 の分布で言うところの Earlyのように公開すると別のところに論文が出せないかもAdapters ぐらいしかできていないので、まだ様子見のしれないという恐怖です。ほとんどの場合は時代が追レベルではないかと思います。もっと議論が盛り上がい付いてきて、そんなことはなくて、多くの雑誌に論っていけば、プレプリントだけでもっとコミュニケー文を出すことはできるという意識が広まると思います。

ションができるのではないかと思います。

また、今までやってきた査読論文に出すスタイルを海外は分からないですが、日本の Twitter をする人変えたくないとか、査読論文しか評価されない現実がは、研究者と名乗っては言っているものの、匿名でやあるとか、そういう後ろ向きなことですが、このあたりたい人が多くて、議論は盛り上がっているようなのりもできれば変えていけたらと思っています。

ですが、誰か分からないということが多く、そのあた私の共同研究者は、果敢にも今月も、とても注目さりが邪魔するのだろうかと考えています。ぜひ実名でれるようなプレプリントを出しています（図 15）。こ

こういう議論ができるようになればいいのですが、実れは査読論文を出す前にこういうことを出しているの名でやってしまうと、自分のプロモーションなどに影ですが、今月だけで 500 を超えるぐらい見られていて、響するのではないかと考えている人が多いのではない

こういうものをうまく使うと注目される、という形にかと思います。

（図 15）

National Institute of Informatics（図 16）

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生命科学研究におけるプレプリント活用の現状
この研究は、関西医科大学の広田喜一さんと、広島大学の谷本圭司さんという方との共同研究で行ったものです（図 17）。普段こういう研究をする機会を与えていただいているのは、ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）です。DBCLS は図の真ん中の組織で、今回の SPARC Japan セミナー企画ワーキ
ンググループメンバーであるバイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）の八塚さんとは共同研究を普段させていただいています。この国立情報学研究所も情報・システム研究機構（ROIS）の中の研究所であるということを最後に紹介して終わりにしたいと思います。

（図 17）

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