「ライフサイエンス統合データベース基盤整備」プロジェクトの平成18年度成果の位置付け（案）資料 ３−１
情報・システム研究機構事務局

統合化およびＤＢ利便性向上のための統合化およびＤＢ利便性向上のための動向調査・戦略立案支援チーム
動向調査・戦略立案支援チーム

18年度調査報告
18年度調査報告

調査・戦略立案 ・ライフサイエンス（PJ）、ＤＢ、情報技術の動向調査、戦略立案、情報提供
・戦略立案委員会、省庁連携、チーム間連携、ＤＢ利用者との協議会、出版社や学会およびDBサービス業者との連携、外国関連機関との連携、医療データその他新規分野データ統合化のフィージビリティスタディ

・統合DB整備基礎調査
・統合DB整備基礎調査
・ゲノム注釈とデータベース間の連携におけ・る課題調査
・ゲノム注釈とデータベース間の連携におけ・る課題調査
・国内外のDBの俯瞰と質的量的比較
・国内外のDBの俯瞰と質的量的比較
・ライフサイエンス分野の研究の俯瞰調査
・ライフサイエンス分野の研究の俯瞰調査
・検索アルゴリズムを含めた知識情報技術の動向調査
・検索アルゴリズムを含めた知識情報技術の動向調査
・臨床情報や医療統計の現状調査
・臨床情報や医療統計の現状調査

ヒト統合ＤＢ開発チーム
ヒト統合ＤＢ開発チーム
・論文、教科書からの知識抽出システム開発とそれによるヒト知識の整理
・ヒトデータ統合化のためのインデックスや各種辞書の構築
・細胞、組織、器官、個体などの高次レベルの整理棚構築
・知識整理や辞書構築のための専門家（がん、免疫、脳など）集団からの意見集約と事務局機能・文献情報（おもに日本語解説記事や特許情報）との連携による情報提供
・医療、医薬品に関するデータとの連携（将来的にはこれらも統合）・（知識、機能を中心とした）ヒト統合ＤＢ構築とその運用・公開・既存の（構造、測定データを中心とした）ヒト統合DBとの連携による相互運用性の向上
・ヒトゲノムブラウザの構築・運用・公開（一部外部委託、外国との連携）・そのための高精度アノテーション実施（一部外部委託）
・医療への応用、創薬との連携のためのソフトウェア開発（一部外部委託）

癌研究知識
癌研究知識
表現技術開発表現技術開発多型知識表現多型知識表現
技術開発
技術開発

統合データベースシステム

統合DB開発・サービス・施策ＩＤ 研究ＩＤ
・施設ＩＤ 教授ＩＤ・研究型ＩＤとシソーラス
・実験方法ＩＤ シソーラス
・Taxonomy 生物グループ
・ ボクセル解剖辞書
・遺伝子 ファミリーＩＤ シソーラス・疾患 症状 ＩＤ シソーラス
・薬物ＩＤ 薬効ＩＤ シソーラス

標準データ
標準データ構築に利用

基盤知識表現技術開発
基盤知識表現技術開発（以下の辞書のﾌﾟﾛﾄ構築）（以下の辞書のﾌﾟﾛﾄ構築）
・遺伝子・遺伝子・実験方法
・実験方法
・解剖学用語・解剖学用語

キュレーション支援システム
キュレーション支援システム

・遺伝子 ゲノム エピゲノム
・オーソログ ファミリー・遺伝子発現・蛋白間結合
・細胞臓器 形態機能・疾患・ミュータント症候関係
・農産物特徴・化合物細胞関係
・薬物蛋白関係 など

各種データ
DB

外部機関

モデル生物統合ＤＢ、産業応用生物統合DB開発チーム
モデル生物統合ＤＢ、産業応用生物統合DB開発チーム

委託

ｱﾉﾃｰｼｮﾝ

・論文、教科書からの知識抽出システム開発とそれによる各モデル生物、産業応用生物知識の整理
・これらの生物の遺伝子名や機能の辞書の構築
・比較ゲノム解析、相互運用性向上のための整理棚の構築
・それぞれの生物毎の専門家集団（発生、微生物、植物、など）からの意見集約と事務局機能・文献情報（おもに日本語解説記事や特許情報）との連携による情報提供
・（知識、機能を中心とした）モデル生物、産業応用生物それぞれの統合DB構築とその運用・公開
・生物種を横断した比較解析用統合DB構築とその運用・公開
・それぞれの生物毎のゲノムブラウザの構築・運用・公開（一部外部委託、外国との連携）・そのための高精度アノテーション実施（一部外部委託）
・産業応用との連携のためのソフトウェア開発（一部外部委託）

統合ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰ
ｽﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄ

外部DB

外部DB
各種文献
DB

文献からの抽出データ・知識DB俯瞰化のためDB俯瞰化のための索引技術の索引技術
DBﾎﾟｰﾀﾙ基本部
DBﾎﾟｰﾀﾙ基本部
分の連携ｼｽﾃﾑ分の連携ｼｽﾃﾑ

ﾗｲﾌｻｲｴﾝｽ
ﾎﾟｰﾀﾙ

JABION

ポータルサイト運用・高度検索サービス提供チーム
ポータルサイト運用・高度検索サービス提供チーム
データベース
データベースポータル
ポータル

・ポータルサイト、高度検索サービスの維持・管理・更新・運用・公開
・ＤＢｻｰﾋﾞｽ・解析サイト最新情報の自動収集エンジンの開発、運用
ポータル構築・ ・上記のｻｰﾋﾞｽに必要なｲﾝﾃﾞｯｸｽや用語の収集とその自動化技術開発
・ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽやｿﾌﾄ利用法情報の収集・編集・提供および自動化技術開発
サービス
・ポータルサイト構築のための専門家の意見集約システムの開発、運用・利用者の意見集約（モニター・ランキングシステム）の開発、運用
・検索のﾊﾟｰｿﾅﾙ化とそのための技術開発・情報提供の日本語化とそのための対訳辞書、技術開発
・データベース、ソフトウェアの利用法等に関する相談窓口
・他のポータルサイト、情報提供機関との連携

ポータルサイトポータルサイト
連携
連携
リソース
リソース
ポータル
ポータル

外部ﾘｿｰｽ
外部ﾘｿｰｽﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽ
ﾂｰﾙ群

情報技術開発チーム
情報技術開発チーム

技術開発・統合DB構築技術、DB標準化技術、DB相互運用性向上技術の開発
・文献検索・ｸﾗｽﾀﾘﾝｸﾞ・ﾗﾝｷﾝｸﾞ・要約技術開発、高速検索・情報収集エンジン開発
・論文、教科書からの知識処理技術の開発、オープンアクセス化対応
・オントロジー自動構築技術の開発
・文字以外のデータからの知識発見とアノテーション技術の開発
・異種データベースからの知識発見、機械学習技術の開発
・情報共有、情報交換のためのＷＥＢ技術開発
・情報暗号化、個人情報保護技術の開発
・新開発測定装置からのデータ解析・格納法の開発
・ワークフロー技術、並列処理技術、シミュレーション技術との連携
・DBの新たな利用法開発支援
・他チームやDBｻｰﾋﾞｽ業者への技術・ソフト提供

センター事業

広報・教育・国際対応・産学連携チーム
広報・教育・国際対応・産学連携チーム
広報
教育
国際対応
産学連携

・HP構築、運用、・国内情報の外国への提供（英語）・教育プログラム、教材の開発
・ニュース記事等作成・講習会、シンポジウム開催
・ニュースレター、パンフレット発行
・国際対応、産学連携窓口
・キュレータ・アノテータ養成
・ＤＢ管理者、構築者、高度利用者養成

18年度成果ｷｭｰﾚｰﾀｰｷｭｰﾚｰﾀｰｱﾉﾃｰﾀｰ
ｱﾉﾃｰﾀｰ
DBﾏﾈｰｼﾞｬｰ
DBﾏﾈｰｼﾞｬｰ育成のための教材育成のための教材

支援チーム
支援チーム
その他

・基盤的ＤＢ支援とそれらとの相互運用
・ﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄＤＢの受け入れと相互運用可能ＤＢへの変換と運用・公開・新規DB開発支援とそれらの相互運用
・国内外主要ＤＢの更新維持管理（内部利用目的）
・知財管理、・外部ＤＢ受け入れに伴う権利関係処理
・民間との共同研究等の契約業務、・ＤＢやライブラリの契約業務
・計算機やネットワークの導入・維持管理 ・一般事務機能

基盤DB
受け入れ
DB
主要DB