令和元年 8 月 16 日

企業主導型保育事業
助成決定事業者代表者 様
公益財団法人児童育成協会
両立支援事業部
指導監査部

平成 30 年度 消費税及び地方消費税仕入控除額報告書について日ごろから企業主導型保育事業の推進についてご理解、ご支援をいただき、ありがとうございます。
標記に関しては、企業主導型保育事業助成要領の規定に基づき、消費税及び地方消費税仕入控除額の報告をお願いしているところです。
このことについて、別紙を参考として、電子申請システムから報告手続きを行っていただけますようお願いいたします。
また、本件のご質問については、電話での受付はおこなっておりません。消費税の納付について詳しいことは国税庁のホームページでご確認いただくとともに、顧問税理士とご相談の上、ご不明な点がありましたら、企業主導型保育事業ポータルのお問い合わせからメールにてご質問いただけますようお願いいたします。

※消費税の免税事業者等、返還額がない事業者であっても本報告は必要となります。
※平成 28 年度、または平成 29 年度から本事業の補助金を受けている事業者で、まだ平成 28年度分、平成 29 年度分の報告を行っていない場合は，速やかに報告願います。
※平成 30 年度から整備費と運営費を合算し報告することは出来ません。それぞれの申請画面にてご報告願います。

１

（別紙）

企業主導型保育事業（運営費・整備費）に係る消費税及び地方消費税の仕入控除税額（返還額）の報告事務について

公益財団法人児童育成協会

２目 次
１．仕入控除税額報告の概要（１） 消費税の納付と補助金について ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・４（２） 報告の目的について ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・５（３） 報告の時期等について ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・５（４） 自ら消費税等の申告を行わない支部等の場合について・５
２．仕入控除税額の算定について（１） 仕入控除税額フローチャート ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・6（２） 返還額が０円の場合 ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・７（３） 返還額がある場合・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・８～９
３．協会への報告手続きについて ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・１０（１） 返還額が０円の場合（２） 返還額がある場合
４．電子申請システム画面 ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・１6
５．よくある質問 ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・１7（参考）積算内訳様式 ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・18～21※ この資料は企業主導型保育事業助成金を受けた事業者が仕入控除税額の報告を行うためのものです。消費税の申告については，税理士や税務署にご相談ください。

３１．仕入控除税額報告の概要（１） 消費税の納付と補助金について事業者は，課税売上げに係る消費税から，課税仕入れに係る消費税額（以下「仕入控除税額」という。）を控除した金額を，税務署に納付します。

一般課税の場合の例
売上（収入）

課税売上 540万円（消費税額40万円）

非課税売上200万円（納付税額16万円）
仕入（支出）

課税仕入324万円

非課税仕入416万円（仕入控除税額24万円）

一方，補助金は，消費税の負担を目的とした部分があるにも関わらず，制度上，課税対象外取引（不課税）に該当し，結果として，補助金に組み込まれた消費税相当額が，消費税負担（支出）という目的に使用されないことになります。

一般課税で補助金がある場合の例
売上（収入）

課税売上432万円（消費税額32万円）

補助金108万円（消費税額8万円）（納付税額8万円）

仕入（支出）

非課税売上308万円

課税仕入324万円

返還額

非課税仕入416万円（仕入控除税額24万円）

４

（２） 報告の目的について（1）の理由により，助成要領では，交付の条件として事業完了後に，消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）に係る仕入控除税額の報告を定めており，これを行わないと交付条件違反として，補助金返還となる場合があります。
なお，報告された仕入控除税額（返還額）については，後日，公益財団法人児童育成協会（以下，「協会」という。）から納付書（請求書）を発行しますので，事業者は，金融機関で振込手続きを行ってください。

（３） 報告の時期等について事業者の確定申告の時期が異なることから，原則として協会から仕入控除税額報告書の提出について個別の連絡は行いません。指導監査時に報告が適切に行われているかどうかを確認させていただくことがあります。
消費税の確定申告が終わり，消費税等に係る仕入控除税額が確定しましたら，速やかに，報告をお願いします（平成 28 年度、または平成 29 年度から本事業の補助金を受けている事業者
で、まだ平成 28 年度分、平成 29 年度分の報告を行っていない場合は，速やかに報告願います。）。

（４） 自ら消費税等の申告を行わない支部等の場合について助成を受けた事業者が，全国的に事業を展開する組織の一支部（又は一支社，一支所等）であって，自ら消費税等の申告を行わず，本部（又は本社，本所等）で消費税等の申告を行っている場合は，本部の課税売上割合等の申告内容に基づき報告をお願いします。

５

２．仕入控除税額の算定について（１） 仕入控除税額フローチャート

はいいいえ消費税の確定申告義務がある

仕入控除税額０円 ７P へ簡易課税方式で報告している

仕入控除税額０円 ７P へ添付：積算内訳書

添付：積算内訳書 ・簡易課税申告書

仕入控除税額０円 ７P へ

公益法人等であり、特定収入割合が 5％を超える

添付：積算内訳書・消費税申告書
・特定収入割合のわかる書類

仕入控除税額０円 ７P へ

補助対象経費は人件費等の不課税仕入のみである

添付：積算内訳書

個別対応方式で，対象経費に係る消費税等を非課税売上のみに要するものとして申告している

整備費↓

仕入控除税額０円 ７P へ添付：積算内訳書

運営費→2 か年事業の初年度である。
（2 か年事業とは助成金の年度が 2 か年に跨る工事です）

仕入控除税額０円 7P へ

補助対象期間中に到来する決算日より後に補助金を受けている。
（初年度のみ）仕入控除税額あり 8P へ

６

仕入控除税額０円 7P へ（２） 返還額が０円の場合
次のような事業者は，原則返還金はありません。
・ 消費税の申告義務がない。
・ 簡易課税方式で申告している。
・ 公益法人等であり，特定収入割合が５％を超えている。
・ 補助対象経費が人件費等の不課税仕入のみである。
・ 補助対象経費に係る消費税等を，個別対応方式において，「非課税売上のみに要するもの」として計上している。
・ 2 か年事業（助成金の年度が 2 か年に跨る工事）の初年度である（整備費限定）。
・ 補助対象期間中に到来する決算日より後に補助金を受けている（運営費初年度限定）。

※ 返還額が０円の場合でも，＜様式：返還額が 0 円の場合＞の積算内訳（他指定された添付書類）を用いて報告が必要となります。

公益法人等とは？
地方公共団体の特別会計，一般財団法人，一般社団法人，学校法人，公益財団法人，公益社団法人，国民健康保険組合，国立大学法人，社会福祉法人，地方独立法
人，独立行政法人，日本赤十字社等が該当します。
詳しくは消費税法別表第三をご覧ください。

７

（３） 返還額がある場合（２）以外の場合には，消費税等に係る仕入控除税額が発生します。仕入控除税額は以下の方法によって計算を行いますが，協会への報告は企業主導型保育事業ポータルサイト，通知・様式
ダウンロードに掲載されている積算内訳書のエクセルフォーマットにてご報告してください。（返還額は自動計算で算出されます。）

課税売上割合の計算

課税売上割合＝課税売上高（税抜）
総売上高（税抜）※基本的に，仕入控除税額を計算するときは端数処理を行いません。

少数点以下の処理について課税売上割合等，途中の計算処理については少数点以下を切り捨てたり，切り上げたりしないでください（ただし，消費税の申告において端数処理した場合は除く）。
返還額については，円未満を切り捨ててください。

〈（全額控除）課税売上割合が 95％以上，かつ課税売上高 5 億円以下の場合〉

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〈課税売上割合が９５％未満，又は課税売上高 5 億円超の場合〉〇 一括比例配分方式を採用している場合
仕入控除税額（控除する消費税額）

補助対象経費のうち課税仕入等に係る消費税額

返 還 額

課税売上割合で按分控除できない消費税額

＝補助金額

×

補助対象経費のうち課税仕入額
補助対象経費×

課税売上割合×8108〇 個別対応方式を採用している場合

補助対象経費のうち課税仕入等に係る消費税額

Ａ

課税売上のみに対応するもの

Ｂ

ＡとＣに共通するもの
課税売上割合で按分

仕入控除税額（控除する消費税額）控除できない消費税額
Ｃ

非課税売上のみに対応するもの

９３．協会への報告手続きについて電子申請システムの，消費税及び地方消費税仕入控除額報告書画面から①仕入控除税額（要助成金等返還相当額）の報告，②①の金額の積算内訳（様式は 18 頁以降）及び※参考となる書類をアップロードしてください。消費税の確定申告書は税務署の受領印を確認いたします（電子申請の場合は受付番号のある確定申告書，または受信通知にて確認いたします。）。

※参考となる書類（１） 返還額が０円の場合① 簡易課税制度で申告している → 消費税確定申告書 （第 27-(2)号様式）の写し② 特定収入割合が５％を超える → 消費税確定申告書の写し，特定収入割合の計算過程が分かる書類（任意様式）③ 補助対象期間中に到来する決算日より後に補助金を受けている（運営費初年度限定）→消費税確定申告書の写し④ 消費税の申告義務がない場合，補助対象経費が人件費等の不課税仕入のみである場
合，補助対象経費に係る消費税等を個別対応方式において「非課税売上のみに要するもの」として計上している場合，2 か年事業の初年度である場合（整備費限定）→ 添付資料は不要（２） 返還額がある場合①

消費税確定申告書の写し②

付表２ 課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表の写し※様式「積算内訳」（様式は 18 頁以降）は返還のあるなしに関わらず，必ず添付いただく書類となっておりますので，添付漏れのないよう宜しくお願いいたします。

１０

電子申請システムの報告にあたっては下記事項をご確認ください。
① 報告は平成30 年度報告画面よりご報告ください（平成 28 年度分は平成 28 年度報
告画面、平成 29 年度は平成 29 年度報告画面。）。
② 複数の保育施設の補助金を受けている場合には，それぞれの施設毎に計算（按分）した額を報告してください。
③ 添付する申告書の決算期につきましては下記の例をご参考ください。

A 整備費
整備費の決算期は補助対象経費の仕入控除税額を計上した決算期となります。

a 補助金が単年度事業の場合で建物引渡し時に仕入控除税額を計上
例）2 月期決算法人，建物仕入控除税額計上日は平成 31 年 3 月 15 日。
→令和 2 年 2 月期決算の消費税申告書にて平成 30 年整備費を報告。

平成 30 年度補助金
平成 30 年 4 月 1 日

平成 31 年 3 月 31 日

←仕入計上 平成 31 年 3 月 15 日
平成 31 年 3 月 1 日

令和 2 年 2 月 29 日

令和 2 年 2 月期決算

１１

ｂ 補助金が単年度事業の場合で工事進捗割合にて仕入控除税額を計上
例）9 月期決算法人，工事着工が平成 30 年 8 月 1 日，工事完了日は
平成 30 年 12 月 15 日。
→平成 30 年 9 月期決算の消費税申告書及び令和元年 9 月期決算の消費税申告書にて平成 30 年整備費を報告。
平成 30 年度補助金
平成 30 年 4 月 1 日

平成 31 年 3 月 31 日

着工 平成 30 年 8 月 1 日→

←完了 平成 30 年 12 月 15 日平成 30 年 9 月

平成 30 年 10 月

平成 30 年 9 月期決算

令和元年 9 月期決算

ｂ の場合の計算方法（例：一括比例配分方式の場合）
ⅰ）補助金額×（30 年確定額）

ⅱ）補助金額×（30 年確定額）

ⅲ）返還額

補助対象経費のうち課税仕入額（平成 30 年 9 月期）
補助対象経費×

課税売上割合（平成 30 年 9 月期）

× 108

補助対象経費のうち課税仕入額（令和元年 9 月期）
補助対象経費

×課税売上割合（令和元年 9 月期）

× 108

88

ⅰ + ⅱ

C 補助金が 2 か年事業の場合で建物引渡し時に仕入控除税額を計上例）1 月期決算法人，建物仕入控除税額計上日は平成 30 年 5 月 1 日。
→平成 30 年は 0 円で報告。令和元年報告時に令和元年 1 月期決算の消費税申告書にて平成 30 年・令和元年補助金を合算して報告。
平成 30 年度補助金
平成 30 年 4 月

令和元年度補助金

平成 31 年 3 月 平成 31 年 4 月

令和 2 年 3 月

仕入計上 令和元年 5 月 1 日→
平成 31 年 2 月

令和 2 年 1 月
令和 2 年 1 月期決算
１２

ｄ 補助金が 2 か年事業の場合で工事進捗割合にて仕入控除税額を計上
例）9 月期決算法人，工事着工が平成 30 年 8 月 1 日，工事完了日は令和元年 5 月 15 日。
→平成 30 年は 0 円で報告。令和元年報告時に平成 30 年 9 月期決算の消費税申告書及び令和元年 9 月期決算の消費税申告書にて平成 30年・令和元年補助金を合算して報告。

平成 30 年度補助金
平成 30 年 4 月

令和元年度補助金

平成 31 年 3 月 平成 31 年 4 月

着工 平成 30 年 8 月 1 日→

平成 29 年 10 月

←完了 令和元年 5 月 15 日

平成 30 年 9 月 平成 30 年 10 月

平成30年9月期決算

令和 2 年 3 月

令和元年 9 月

令和元年 9 月期決算

ｄ の 2 か年目報告時の計算方法（例：一括比例配分方式の場合）
ⅰ）補助金額×（30・令和元年合算）ⅱ）補助金額×（30・令和元年合算）ⅲ）返還額

補助対象経費のうち課税仕入額（平成 30 年 9 月期）
補助対象経費

×課税売上割合（平成 30 年 9 月期）

× 108

補助対象経費のうち課税仕入額（令和元年 9 月期）
補助対象経費×

課税売上割合（令和元年 9 月期）

× 108

ⅰ + ⅱ

１３88

B 運営費
運営費の決算期は補助対象期間（平成 30 年 4 月 1 日～平成 31 年 3 月 31 日）の末日（平成 31 年 3 月 31 日）以前に到来する直前の決算期となります。
a 3 月決算以外の法人例）2 月期決算法人，平成 30 年 6 月 1 日運営開始。
→平成 31 年 2 月期決算の消費税申告書にて平成 30 年運営費を報告（平成 30 年 6 月～平成31 年 2 月の期間に対応する補助金及び補助対象経費にて報告。）。

平成 30 年度補助金
平成 30 年 4 月

平成 31 年 3 月←運営開始 平成 30 年 6 月 1 日
平成 30 年 3 月

平成 31 年 2 月

平成 31 年 2 月期決算

ｂ 補助対象期間の末日以前に到来する直前の決算期に補助金がない場合例）5 月期決算法人，平成 30 年 7 月 1 日運営開始。
→平成 30 年運営費は 0 円で報告（平成 30 年の補助対象期間の末日は平成 31 年 3 月 31 日。補助対象期間の末日以前に到来する直前の決算期は平成30年5月期となり，まだ運営は開始されていません。
その為平成30年の報告は0 円となります。）。令和元年報告時に平成30 年 7 月～令和元年 5 月に対応する消費税仕入控除税額を報告して頂きます。
平成 30 年度補助金
平成 30 年 4 月

平成 31 年 3 月←運営開始 平成 30 年 7 月 1 日
平成 30 年 5 月

平成 30 年 5 月期決算

１４C

前年度消費税仕入控除税額報告済みの場合
例）1 月期決算法人，平成 29 年 9 月 1 日運営開始。
→平成 31 年 1 月期決算の消費税申告書にて平成 30 年運営費を報告（平成 30 年 2 月～平成 31 年 1 月の期間に対応する補助金及び補助対象経費にて報告。）。

平成 29 年度補助金
平成 29 年 4 月

平成 30 年度補助金

平成 30 年 3 月 平成 30 年 4 月

平成 31 年 3 月←運営開始 平成 29 年 9 月 1 日
平成 30 年 2 月

平成 31 年 1 月

平成31年1月期決算

ⅰ 計算の根拠となる補助金の額＝（平成 29 年度補助金確定額－平成 29 年度消費税仕入控除税額報告の際に使用した補助金の額）+（平成 30 年 4 月～平成31 年 1 月までの補助金の額）
ⅱ 計算の根拠となる補助対象経費＝平成 31 年 1 月期決算の消費税申告書において計上している補助対象経費の額

１５4．電子申請システム画面

本通知に基づき算定した消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額（要国庫補助金等返還相当額）を入力（積算内訳で計算した返還額です）「３．協会への報告手続きについて」で定める「金額の積算内訳」及び参考となる書類

１６

5．よくある質問
Q.1 仕入控除税額の報告後，税務署への消費税にかかる申告内容を修正したため，課売上割合等が変わった場合はどうしたら良いか。
A.1 仕入控除税額が変わる可能性がある場合は，必ず協会まで報告してください。
返還額が減る場合は，協会から事業者に差額を返還し，増える場合は差額の請求を行います。
Q.2 減価償却費は補助対象経費に計上して良いか。
A.2 減価償却費は補助対象経費ではないので除外してください。補助対象経費は運営費・整備費ともに完了報告において補助金の対象となった経費のことです。
Q.3 課税期間短縮の届出を提出している場合はどのように報告すればよいか。
A.3 Ｐ１1 以降を参考にその期間内の申告期間全てにおいて返還額を計算し，最後に返還額を合算して報告してください。
Q.4 整備費と運営費をどちらかで一緒に報告してよいか。
A.4 整備費、運営費はそれぞれの電子申請画面から報告してください。どちらか片方で一緒に報告することはできません。
Q.5 計算式にある「課税売上割合」は保育施設の分だけで算出するのか。
A.5 「課税売上割合」は消費税申告書付表 2 において計算されている課税売上割合を使用してください。

＊ 本件のご質問については，電話での受付はおこなっておりません。消費税について詳しいことは国税庁のホームページ（http://www.nta.go.jp/）でご確認いただくとともに、顧問税理士とご相談の上，ご不明な点がありましたら，企業主導型保育事業ポータルのお問い合わせからメールにてご質問いただけますようお願いいたします。

１７

（参考）積算内訳様式
企業主導型保育事業ポータルサイト，通知・様式ダウンロードにて掲載されております。
エクセルファイルとなっておりますので，ファイル内の「入力例」シートをご参考に入力をお願いいたします。

＜様式 ： 返還額が 0 円の場合＞

１８

＜様式 ： （全額控除）課税売上割合が 95％以上かつ課税売上高が 5 億円以下で、返還がある場合＞

１９

＜様式 ： 一括比例配分方式で、返還がある場合＞

２０

＜様式 ： 個別対応方式で、返還がある場合＞

２１