別添３の５
第１発生飼料生産組織機能継続支援対策事業

事業実施主体
この事業の事業実施主体は、農業協同組合、農業協同組合連合会、中小企業等協同組合法（昭和２４年法律第１８１号）に基づく事業協同組合又は畜産業の振興に資する事業を行う一般社団法人若しくは一般財団法人とする。

第２
１

事業の内容
機能継続支援対策
事業実施主体は、次に掲げる取組を自ら実施し、又は飼料生産組織がその機能の維持を図るために、次に掲げる取組を緊急的に自ら実施するのに要した経費を補助するものとする。また、事業実施主体は、飼料生産組織の機能の維持を図るために、農業協同組合、農業協同組合連合会、中小企業等協同組合法（昭和２４年法律第１８１号）に基づく事業協同組合又は畜産業の振興に資する事業を行う一般社団法人若しくは一般財団法人（以下「農協等」という。）が次に掲げる取組を実施するのに要する経費について補助するとともに、飼料生産組織がその機能の維持を図るために次に掲げる取組を緊急的に自ら実施するのに要した経費について、農協等が補助するのに要する経費を補助するものとする。
（１）代替要員等の派遣支援
実施要綱第１の１の（３）の別表２で定める感染症（以下「対象感染症」という。）の感染者の発生等が確認された飼料生産組織（以下、「発生飼料生産組織」という。
）の機能継続のためのオペレーター等の代替要員の派遣等（２）作業機械等清浄化支援
発生飼料生産組織及び代替要員を派遣した組織における、政府の方針や自治体からの指示等に基づく消毒又は感染拡大防止のための対応に必
要な器具機材等の導入
２ 機能継続支援等の推進（１）地域推進・指導事業
事業実施主体は、農協等が１の事業を円滑に推進するための調整等に要する経費を補助するものとする。
（２）推進指導事業
事業実施主体は、事業を円滑に推進するための指導、書面審査等を行うものとする。

- 1 -

第３
１

事業の要件
飼料生産組織飼料生産組織とは、家畜・家きんの飼料生産に係る作業を行っている、次の（１）から（７）までのいずれかに該当する組織とする。
（１）農業協同組合又は農業協同組合連合会（２）公社（地方公共団体が出資している法人をいう。）（３）農事組合法人（農業協同組合法（昭和22年法律第132号）に定める農事組合法人をいう。以下同じ。）（４）農事組合法人以外の農地所有適格法人（農地法（昭和27年法律第229号）第２条第３項に規定する法人をいう。）（５）株式会社又は持分会社であって、農業（畜産を含む。）を主たる事業として営むもの。ただし、以下のア又はイに該当するものは除く。
ア

資本の額又は出資の総額が３億円を超え、かつ常時使用する従業員の数が300人を超えるもの。

イ

その総株主又は総出資者の議決権（株主総会において決議することができる事項の全部につき議決権を行使することができない株式についての議決権を除き、会社法第879条第３項の規定により議決権を有するとみなされる株式についての議決権を含む。）の２分の１以上がアに掲げるもの（（２）又は（４）に該当するものを除く。）の所有に属しているもの。
（６）農業協同組合又は農業協同組合連合会が株主となっている株式会社であって、農業協同組合、農業協同組合連合会、地方公共団体又は独立行
政法人農畜産業振興機構（以下「機構」という。）がその発行済株式のうち議決権のある株式の総数の過半数を保有しているもの。
（７）飼料生産に係る作業を営む、次のア及びイを満たす組織。
ア 規約又は定款を有しており、飼料生産に係る作業を行うことが記載されていること。
イ 収支計算書及び会計帳簿を作成しているなど、財務及び会計に関し必要な事項を明らかにしていること。
２

第２の１の事業の対象となる飼料生産組織
飼料生産従事者において、対象感染症の感染者の発生等が確認された飼料生産組織とする。
３ 第２の１の（１）の事業の対象となる代替要員
発生飼料生産組織等における代替要員とする。
４

第２の１の（２）の事業の対象となる器具機材等対象となる器具機材等は、消毒液、噴霧器、作業着、手袋、長靴、その他消毒に必要な資材とする。
５ みどりの食料システム戦略による環境負荷低減に向けた取組強化- 2 -（１）飼料生産組織は、「補助事業及び物品・役務の調達（委託事業を含む）における環境負荷低減のクロスコンプライアンスの試行実施について」（令和５年 12 月 27 日付け５環バ第 311 号農林水産省大臣官房環境バイオマス政策課長通知）に基づき、「環境負荷低減のチェックシート」に記載された各取組について、事業実施期間中に実施する旨をチェックした上で、「民間事業者・自治体等向け」のチェックシートを事業実施主体又は農協等に提出するものとする。
（２）事業実施主体は、全ての農協等及び飼料生産組織からチェックシートを収集し、その一覧を第６の１の交付申請時及び第６の２の変更承認申請時に理事長へ提出するものとする。
第４１

事業の実施
事業実施要領の作成等
事業実施主体は、第２の事業により農協等に補助する場合は、あらかじめ事業の趣旨、内容、仕組み、補助金の交付手続、消費税及び地方消費税の取扱い等を定めた事業実施要領を作成し、独立行政法人農畜産業振興機構理事長（以下「理事長」という。）の承認を受けるものとする。これを変更する場合も同様とする。
２ 事業実施計画の作成
農協等は、事業の実施に当たっては、別紙様式第１号の別紙を内容とする事業実施計画を作成し、事業実施主体に提出するものとする。
３ 都道府県知事への報告等
事業実施主体は、農協等から提出された事業実施計画を取りまとめ、事業に参加する飼料生産組織の主たる事務所の所在地を管轄する都道府県知事に提出するものとする。これを変更した場合も同様とする。
４ 事業の委託事業実施主体は、この事業の一部を理事長が適当と認める者に委託して行うことができるものとする。この場合、委託契約を締結するものとする。
第５機構の補助機構は、予算の範囲内において、別表に定める補助対象経費及び補助率により、事業実施主体が第２の事業を実施するのに要する経費につき補助するものとする。

第６１

補助金交付の手続等
補助金の交付申請
事業実施主体は、補助金の交付を受けようとする場合は、農協等から提出された事業実施計画を取りまとめの上、自ら作成する事業実施計画と合- 3 -わせて、理事長が別に定める期日までに、別紙様式第１号の畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）補助金交付申請書（以下「補助金交付申請書」という。）を理事長に提出するものとする。
２ 事業の変更承認申請
事業実施主体は、補助金の交付決定のあった後において、次に掲げる変更をしようとする場合は、あらかじめ別紙様式第２号の畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）補助金交付変更承認申請書を理事長に提出し、その承認を受けるものとする。
（１）事業の中止又は廃止（２）事業費の３０パーセントを超える増減（３）補助金の交付決定額の増加を伴う事業費の増３ 補助金の概算払（１）理事長は、この事業の円滑な実施を図るために必要があると認めた場
合は、交付決定額を限度として補助金の概算払をすることができるものとする。
（２）事業実施主体は、補助金の概算払請求をしようとする場合は、別紙様式第３号の畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）補助金概算払請求書を理事長に提出するものとする。
第７

事業の実績報告
農協等は、遅滞なく事業実施主体に対し、当該年度に実施した事業の実績を報告するものとする。
事業実施主体は、農協等から提出された事業の実績を取りまとめの上、農協等の主たる事務所の所在地を管轄する都道府県知事に提出するとともに、自らの事業の実績と合わせて、事業を完了した日から起算して１か月を経過した日又は補助金の交付決定通知のあった年度の翌年度の４月２０日のいずれか早い期日（事業の完了が交付決定通知のあった年度の翌年度となった場合は、事業の完了した日から起算して１か月を経過した日）までに別紙様式第４号の畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）実績報告書を理事長に提出するものとする。

第８１

消費税及び地方消費税の取扱い
事業実施主体は、理事長に対して補助金交付申請書を提出するに当たり、当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額（補助対象経費に含まれる消費税及び地方消費税に相当する額のうち、消費税法（昭和６３年法律第- 4 -１０８号）に規定する仕入れに係る消費税額として控除できる部分の金額と当該金額に地方税法（昭和２５年法律第２２６号）に規定する地方消費税率を乗じて得た金額との合計額に補助率を乗じて得た金額をいう。以下同じ。）がある場合には、これを当該補助金の交付申請額から減額して申請しなければならない。ただし、当該補助金交付申請書の提出時において当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額が明らかでない場合は、この限りでない。
２

事業実施主体は、１のただし書により申請をした場合において、第７に係る事業実績報告書を提出するに当たって、当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額が明らかになった場合は、これを補助金額から減額して報告しなければならない。
３ 事業実施主体は、１のただし書により申請をした場合において、第７に係る事業実績報告書を提出した後において、消費税及び地方消費税の申告により当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額が確定した場合には、別紙様式第５号の畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）に係る仕入れに係る消費税等相当額報告書を速やかに理事長に提出するとともに、その金額（２の規定に基づき減額した場合は、その減じた金額を上回る部分の金額）を機構に返還しなければならない。
また、当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額が明らかにならない場合又は消費税等相当額がない場合（事業実施主体自ら又はそれぞれの農協等の仕入れに係る消費税等相当額がない場合を含む。）であっても、その状況等について、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和３０年法律第１７９号。以下「補助金適正化法」という。）第１５条の補助金の額の確定通知のあった日の翌年６月３０日までに、同様式により理事長に報告しなければならない。
第９事業の実施期間
この事業の実施期間は、令和６年度とする。

第１０

事業の推進指導１

事業実施主体は、農林水産省及び機構の指導の下、都道府県及び関係団体等との連携に努めるとともに、事業の適正かつ円滑な実施を図るものとする。

２

農協等は、事業実施主体及び都道府県の指導の下、関係団体等との連携に努めるとともに、事業の適正かつ円滑な実施を図るものとする。

３

都道府県知事は、第２の１及び２の事業の適正かつ円滑な実施を図るた
め、この事業の趣旨、内容等の周知徹底、事業実施主体、農協等及び事業- 5 -に参加する飼料生産組織に対する指導その他必要な支援に努めるものとする。
第１１ 帳簿等の整備保管等
１ 帳簿等の整備保管事業実施主体は、この事業に係る経理を適正に行うとともに、その内容を明らかにした帳簿及び関係書類を整備して保管するものとする。ただし、その保存期間は、事業の完了した年度の翌年度から起算して５年間とする。
２ 電磁的記録による整備保管１に基づき作成、整備及び保管をすべき帳簿及び関係書類のうち、電磁的記録により作成、整備及び保管が可能なものは、電磁的記録によることができる。
３

事業実施状況の聴取等
理事長は、この要綱に定めるもののほか、この事業の実施及び実績について必要に応じ、事業実施主体及び農協等に対し調査し、又は報告を求めることができるものとする。

第１２ 電子情報処理組織による申請等
１ 事業実施主体は、第４の１の規定による実施要領の承認申請、第６の１の規定による交付申請、第６の２の規定による変更承認申請、第６の３の（２）の規定による概算払請求、第７の規定による実績報告及び第８の３の規定による仕入れに係る消費税等相当額報告（以下「交付申請等」という。）については、当該各規定の定めにかかわらず、農林水産省共通申請サービス（以下「共通申請サービス」という。）を使用する方法により行うことができる。ただし、 共通申請サービスを使用する方法により交付申請等を行う場合において、この要綱に基づき当該交付申請等に添付すべきとされている書類について、当該書類の一部又は全部を書面により提出することを妨げない。
２ 事業実施主体は、１の規定により交付申請等を行う場合は、この要綱の様式の定めにかかわらず、共通申請サービスにより提供する様式によるものとする。
３ 理事長は、１の規定により交付申請等が行われた事業実施主体に対する通知、承認、指示又は命令については、事業実施主体が書面による通知等を受けることをあらかじめ求めた場合を除き、共通申請サービスを使用する方法によることができる。
４ 事業実施主体が２の規定により共通申請サービスを使用する方法により交付申請等を行う場合は、共通申請サービスのサービス提供者が別に定める共通申請サービスの利用に係る規約に従わなければならない。
- 6 -別表事業の種類
１

補助対象経費

機能継続 （１）代替要員等の派遣支援に要支援対策する経費

補助率又は額
定額
ただし、代替要員１人１日当たり 16,000 円を上限とする。また、１組織当たりでは、発生飼料生産組織等における通常時の業務を実施できなくなった感染者等の人数分までを上限とする。

（２）作業機械等清浄化支援に要する経費

定額
ただし、発生飼料生産組織及び代替要員を派遣した組織１か所あた
り 80,000 円を上限とし、代替が必要となる者が２人以上いる場合は、２人目以降につき１人当たり 60,000 円を上限に追加する。

２機 能 継 続 （１）地域推進・指導事業に要する支援等の推進

定額経費（２）推進指導事業に要する経費

- 7 -

定額

別紙様式第１号
令和
年度畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）補助金交付申請書
番年月号
日

独立行政法人農畜産業振興機構
理事長
殿住 所
団体名
代表者氏名

令和
年度において、下記のとおり事業を実施したいので畜産経営災害等総合対策緊急支援事業実施要綱別添３の５の第６の１の規定に基づき、補助金円を交付されたく、関係書類を添えて申請します。

記- 8 -

１２

３

事業の目的
事業の内容
別紙「令和年度畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）実施計画書」のとおり
事業に要する経費の配分及び負担区分（単位：円）
負 担 区 分
区分

事業費

機構
補助金

その他

備考

１ 機能継続支援対策（１）代替要員等の派遣支援（２）作業機械等清浄化支援
２ 機能継続支援等の推進（１）地域推進・指導事業（２）推進指導事業
計
注：事業を委託して実施する場合は、該当する事業費の欄にその委託費の額を（ ）書きで記載するとともに、その委託先を備考欄に記載すること。
４ 事業実施期間（１）事業着手年月日

令和年月日（２）事業完了予定年月日

令和年月日

５

添付書類

（１）定款
（２）最近時点の業務報告書及び業務計画書（３）環境負荷低減のチェックシート（民間事業者・自治体等向け）の一覧（注）添付書類について、申請者のウェブサイトにおいて閲覧が可能な場合は、当該ウェブサイトのURLを記載することにより当該資料の添付を省略することができる。

- 9 -

別紙様式第１号の別紙
令和
年度畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）実施計画書
１ 機能継続支援対策（１）代替要員等の派遣支援
積算基礎

負担区分
内訳

農協等名

代替要員人
日数

代替要員数

事業費
（円）

日数

機構補助金
（円）

その他
（円）

積算

備考

合計
（２）作業機械等清浄化支援
農協等名

取組内容

事業費

負担区分
機構補助金

合計

10

その他

２ 機能継続支援等の推進（１）地域推進・指導事業
農協等名

実施時期

取組内容

負担区分

事業費

機構補助金

その他

積算

備考

合計

（２）推進指導事業
実施時期

取組内容

負担区分

事業費

機構補助金

合計

11

その他

積算

備考

別紙様式第２号
令和
年度発生畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機
能継続支援対策事業）補助金交付変更承認申請書
番
年月号
日

独立行政法人農畜産業振興機構
理事長
殿
住 所
団体名
代表者氏名

令和 年
月日付け
農畜機第号で補助金交付決定通知のあった畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）の実施について、下記のとおり変更したいので承認されたく、畜産経営災害等総合対策緊急支援事業実施要綱別添３の５の第６の２の規定に基づき申請します。
記
１

変更の理由

２

事業の内容
別紙「令和年度畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）実施計画書」のとおり

３

事業に要する経費の配分及び負担区分

注：別紙様式第１号の記に準じ、変更部分が容易に比較対照できるよう２段書きし、上段に変更前を（ ）書きで記載すること。

12

別紙様式第３号
令和年度畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）補助金概算払請求書番
年月号日

独立行政法人農畜産業振興機構
理事長
殿住 所団体名
代表者氏名
令和 年 月 日 付け 農畜機第号で補助金交付決定通知のあった
畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）について、下記のとおり金円を概算払により交付されたく、畜産経営災害等総合対策緊急支援事業実施要綱別添３の５の第６の３の（２）の規定に基づき請求します。
記
１

補助金概算払請求額
事業遂行状況
交付決定 （令和 年 月 日現在）
区
事 機構
分
事業 機構 事業費
業 補助費 補助 出来高
費
金
③
金
③／①
①②円円円円
％

既概算
払受領額
④

今回概算払請
求額
⑤円円

令和年
残額
月 日まで予定出来高②-④（④+⑤）-⑤／②％

計
注：それぞれの事業項目ごとに記載することとし、請求時点での事業費の支出実績及び支出計画を添付すること。
２

振込先金融機関名等
金融機関名
預金種類
口座番号口座名義
13円

別紙様式第４号
令和年度畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）実績報告書
番年号
月日

独立行政法人農畜産業振興機構
理事長

殿
住所

団体名
代表者氏名

令和年

月日付け

農畜機第号で補助金交付決定通知のあった畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）について、下記のとおり実施したので、畜産経営災害等総合対策緊急支援事業実施要綱別添３の５の第７の規定に基づきその実績を報告します。
なお、併せて精算額円の交付を請求します。
記

１

事業の目的

２

事業の内容
別紙「令和年度畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）実績書」のとおり
３

事業に要した経費の配分及び負担区分
注１：１～３は別紙様式第１号に準じて作成すること。
注２：３は、計画と実績が比較できるように２段書きし、上段に交付決定額を（）書きし、下段に実績を記入すること。

14

４

事業に係る精算額（単位：円）
交付決定額

５

確定額

概算払受領額

事業実施期間（１）

事業着手年月日

令和

年月日

（２）

事業完了年月日

令和

年月日

６

振込先金融機関名等
金融機関名
預金種類
口座番号
口座名義

15

精算払請求額別紙様式第５号
令和

年度畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）に係る仕入れに係る消費税等相当額報告
書
番号

年 月 日
独立行政法人農畜産業振興機構
理事長

殿

住 所
団体名
代表者氏名

令和

年月日付け

農畜機第号で補助金の交付決定通知のあった畜産経営災害等総合対策緊急支援事業（発生飼料生産組織機能継続支援対策事業）
補助金について、畜産経営災害等総合対策緊急支援事業実施要綱別添３の５の第８の３の規定に基づき、下記のとおり報告します。
（なお、併せて補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額金円を返還します。（返還がある場合、記載すること。））
記
１ 補助金適正化法第１５条の補助金の額の確定額（年 月 日 農畜機第 号による補助金額の確定通知額）
金円

金円

２ 補助金の額の確定時に減額した仕入れに係る消費税等相当額
３ 消費税及び地方消費税の申告により確定した仕入れに係る消費税等相当額
金円

金円

４ 補助金返還相当額（３－２）

16

注：記載内容の確認のため、以下の資料を添付すること。
・消費税確定申告書の写し（税務署の収受印等のあるもの）
・付表２「課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表」の写し
・３の金額の積算の内訳（人件費に通勤手当を含む場合は、その内訳を確認できる資料も併せて提出すること。）
・事業実施主体が消費税法第６０条第４項に定める法人等である場合は、同項に規定する特定収入の割合を確認できる資料
５ 当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額が明らかにならない場合、その状
況

注：消費税及び地方消費税の確定申告が完了していない場合にあっては、申告予定時期も記載すること。
６ 当該補助金に係る仕入れに係る消費税等相当額がない場合、その理由

注：記載内容の確認のための、以下の資料を添付すること。
・免税事業者の場合は、補助事業実施年度の前々年度に係る法人税（個人事業者の場合は所得税）確定申告書の写し（税務署の収受印等のあるもの）及び損益計算書等、売上高を確認できる資料
・簡易課税制度の適用を受ける事業者の場合は、補助事業実施年度における消費税確定申告書（簡易課税用）の写し（税務署の収受印等のあるもの）
・事業実施主体が消費税法第６０条第４項に定める法人等である場合は、同項に規定する特定収入の割合を確認できる資料

17