令 和 ５ 年 ４ 月 28 日
各府省事務次官
各都道府県知事

殿
殿
内閣官房新型コロナウイルス等感染症対策推進室長「新型インフルエンザ等対策特別措置法及び内閣法の一部を改正する法律」の公布について（通知）「新型インフルエンザ等対策特別措置法及び内閣法の一部を改正する法律」（令和５年法律第 14 号。以下「改正法」という。）については、令和５年２月７日に第 211 回国会（通常国会）に提出され、同年４月 21 日に可決成立し、本日公布されることとなりました。
改正法は、新型コロナウイルス感染症への対応を踏まえ、新型インフルエンザ等対策本部長が指示を行うことができる時期を見直すことや、内閣官房に内閣感染症危機管理統括庁を設置することなどにより、感染症の発生及びまん延の初期段階から効果的に対策を講じ、国民の生命及び健康を保護するとともに国民生活や国民経済への影響が最小となるよう、感染症の発生及びまん延の防止に関する施策の総合調整等に関する機能を強化することを目的とするものです。
これらの改正の趣旨や概要等は下記のとおりですので、関係各位におかれましては、その趣旨を十分御了知の上、所管の独立行政法人等及び指定公共機関等、管内市町村（特別区を含む。）を始め、関係団体等にその周知を図るとともに、その運用に遺漏なきようお願いします。なお、改正法は、関係資料と併せて内閣官房のウェブサイト（https://www.cas.go.jp/jp/houan/211.html）に掲載しておりますので、御参照ください。
また、改正法については、別添１及び別添２のとおり、衆議院内閣委員会及び参議院内閣委員会において、それぞれ附帯決議が付されておりますので、これらの点に十分留意されるよう御配慮願います。
なお、改正法は、一部の規定を除き、公布の日から起算して６月を超えない範囲内において政令で定める日から施行するものであり、施行に必要な政令及び通知等については、今後制定し、その内容等について別途通知する予定ですので、予め御承知おき願います。
記1

第１

改正の趣旨
新型コロナウイルス感染症への対応を踏まえ、感染症の発生及びまん延の防止に関する施策の総合調整等に関する機能を強化するため、感染症の発生及びまん延の初期段階から新型インフルエンザ等対策本部が迅速かつ的確な措置を講ずるための仕組み等を整備するとともに、内閣官房に当該施策の総合調整等に関する事務及び同対策本部等に関する事務を所掌する内閣感染症危機管理統括庁を設置するもの。

第２ 改正の概要
１ 新型インフルエンザ等対策特別措置法の一部改正(１) 新型インフルエンザ等対策本部長の指示の見直し（公布の日から起算して６月を超えない範囲内において政令で定める日から施行）
ア 改正の趣旨
改正法による改正前においては、新型インフルエンザ等対策特別措置法（平成 24 年法律第 31 号。以下「特措法」という。）第 31 条の５又は第 33 条第１項に基づき、第 31 条の４第１項に規定する事態又は第 32 条第１項に規定する新型インフルエンザ等緊急事態においてのみ、第 20 条第１項の総合調整に基づく所要の措置が実施されない場合であって、新型インフルエンザ等対策を的確かつ迅速に実施するため特に必要があると認めるときは、その必要な限度において、新型インフルエンザ等対策本部長（以下「政府対策本部長」という。）は指示を行うことができることとされていた。
この政府対策本部長の指示について、感染症の発生及びまん延の初期段階から新型インフルエンザ等対策本部（以下「政府対策本部」という。）が迅速かつ的確な措置を講ずるための仕組み等を整備するため、第 31 条の４第１項に規定する事態又は新型インフルエンザ等緊急事態に至る前であっても、一定の要件下において、政府対策本部が設置された時から当該政府対策本部が廃止されるまでの間において、指定行政機関の長や都道府県知事等に対し、必要な指示をすることができるよ
うにする。
イ

改正の概要
政府対策本部長は、新型インフルエンザ等のまん延により、国民生活及び国民経済に甚大な影響を及ぼすおそれがあるにもかかわらず、総合調整に基づく所要の措置が実施されない場合であって、新型インフルエンザ等対策を的確かつ迅速に実施するため特に必要があると認2

めるときは、その必要な限度において、指定行政機関の長等及び都道府県の知事その他の執行機関（新型インフルエンザ等緊急事態においては、これらに加えて指定公共機関）に対し、必要な指示をすることができる。（特措法第 20 条第３項及び第 33 条第１項関係）（照会先）
・ 内閣官房新型コロナウイルス等感染症対策推進室（03-6257-3899）(２) 都道府県知事による代行等の見直し（公布の日から起算して６月を超えない範囲内において政令で定める日から施行）
ア 改正の趣旨
改正法による改正前においては、特措法第 38 条から第 44 条までに基づき、新型インフルエンザ等緊急事態においてのみ、また、特措法の規定により実施する措置のみに関して、地方公共団体の事務の代行等（都道府県知事による代行、他の地方公共団体の長等による応援、事務の委託の手続の特例及び職員の派遣をいう。以下同じ。）を要請すること等ができることとされていた。
この代行等について、感染症の発生及びまん延の初期段階から地方公共団体の機能を維持できる仕組み等を整備するため、新型インフルエンザ等緊急事態に至る前であっても、政府対策本部が設置された時から当該政府対策本部が廃止されるまでの間において代行等を行うことができるようにするとともに、特措法の規定により実施する措置に加え、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（平成 10 年法律第 114 号。以下「感染症法」という。）の規定により実施する措置についても代行等ができるよう対象事務を拡大する。
イ 改正の概要(ア) 代行等の対象となる「特定新型インフルエンザ等対策」とは、新型インフルエンザ等対策のうち、地方公共団体が特措法及び感染症法の規定により実施する措置であって、新型インフルエンザ等のまん延を防止するため特に必要があるものとして政令で定めるものとする。（特措法第２条第２号の２関係）(イ) 特定新型インフルエンザ等対策に係る代行等について、特定都道府県知事以外の都道府県知事又は特定市町村長以外の市町村長も行うことができるよう、所要の規定を設ける。（特措法第 26 条の２から第 26 条の８まで、第 38 条、第 66 条及び第 67 条関係）3

（照会先）
・ 内閣官房新型コロナウイルス等感染症対策推進室（03-6257-3899）(３) 感染を防止するための協力要請等の見直し（公布の日から起算して６月を超えない範囲内において政令で定める日から施行）
ア 改正の趣旨
現在、特措法第 31 条の６第３項（新型インフルエンザ等まん延防止等重点措置）又は第 45 条第３項（新型インフルエンザ等緊急事態措置）に基づき、都道府県知事が正当な理由がないのに要請に応じない者に対し、「特に必要があると認めるとき」に限り行うことができる命令について、都道府県知事が個々の事例についての判断をより的確に行えるようにするため、「特に必要があると認めるとき」に当たるかを判断するにあたり、勘案すべき事項を政令に委任する規定を設ける。
イ改正の概要特措法第 31 条の４第１項に規定する事態又は新型インフルエンザ等緊急事態において、都道府県知事が正当な理由がないのに要請に応じない者に対し、政令で定める事項を勘案して特に必要があると認めるときに限り、当該要請に係る措置を講ずべきことを命ずることができる。（特措法第 31 条の６第３項及び第 45 条第３項関係）政令に規定する具体的な内容について、本通知の発出日時点（令和５年４月 28 日）では、関連する国会質問への答弁の趣旨のとおり下記を想定しているが、今後、関係機関との調整を経て政令を制定した後に、改めてその内容等について別途通知する予定である。
(ア) 特措法第 31 条の６第３項の規定に基づく政令➀ 同種の業態における新型インフルエンザ等の患者の発生状況② 対象となる店舗等における新型インフルエンザ等の患者が多数発生する危険の程度③ 新型インフルエンザ等まん延防止等重点措置の継続の見込み④ 対象となる事業者による感染防止対策の実施状況(イ)
特措法第 45 条第３項の規定に基づく政令➀ 同種の施設における新型インフルエンザ等の患者の発生状況② 対象となる店舗等における新型インフルエンザ等の患者が多数発生する危険の程度③ 新型インフルエンザ等緊急事態措置の継続の見込み
4④

対象となる事業者による感染防止対策の実施状況（照会先）
・ 内閣官房新型コロナウイルス等感染症対策推進室（03-6257-3899）(４) 国の財政上の措置等の見直し（令和６年４月１日から施行）
ア 国の負担額算定の基準の見直し(ア) 改正の趣旨
改正法による改正前においては、特措法第 69 条に基づく都道府県が支弁する費用に対する国等の負担について、当該年度の標準税収入に対する当該費用の総額の比率を基準としている。当該年度の標準税収入は普通交付税の決定時（例年７月末頃）まで定まらないところ、地方公共団体における国等の負担に関する予見性を高めるた
め、既に数値が確定している、当該都道府県が当該費用を支弁する会計年度の前年度における当該都道府県の標準税収入に対する当該費用の総額の比率を基準とする。
(イ)

改正の概要
都道府県が支弁する費用に対する国の負担について、当該都道府県が当該費用を支弁する会計年度の前年度における、当該都道府県の標準税収入に対する当該費用の総額の比率を基準とする。
（特措法
第 69 条関係）（照会先）
・ 厚生労働省健康局結核感染症課（03-3595-2257）
イ 特別の交付金の交付(ア) 改正の趣旨
現在、特措法及び感染症法に基づき行われる措置について、その費用負担については、当該措置を実施した者が支弁することとし、その一部を国が負担することとしている。次の感染症危機が生じた際に、地方公共団体の財源の不足により感染症対策に支障が出ないよう、特措法及び感染症法に基づき実施される措置のうち、地方負担が発生する法定の事務について、国庫補助負担率の嵩上げ（特別の交付金の交付）を行うことなどにより、感染症対策のための財源を確実に手当することができるようにする。
5(イ)

改正の概要
国は、新型インフルエンザ等対策に係る次に掲げる費用で都道府県又は市町村がその一部を負担するものについて、当該都道府県又は当該市町村の負担を軽減するため、交付金を交付するものとする。
＜嵩上げの対象とする費用＞① 特措法第 69 条に規定する費用② 感染症法第 36 条の 12、第 61 条第２項若しくは第３項又は第62 条第１項若しくは第３項に規定する費用
交付金の額は、新型インフルエンザ等対策に係る地方負担の合算額に対して、前年度の標準税収入の３％までの部分については 65％、前年度の標準税収入の３％を超える部分について85％を乗じて算定した額を合算した金額とする。
また、交付金は、特措法又は感染症法の規定によるそれぞれの負担金、補助金又は交付金とみなす（すなわち、本来の国庫補助負担率を嵩上げするもの）等所要の規定を設ける。
（特措法第69 条の２関係）（照会先）
・ 厚生労働省健康局結核感染症課（03-3595-2257）
ウ 起債の特例(ア) 改正の趣旨
原則として建設事業債等に限定されている地方債を、新型インフルエンザ等の感染症対策等に要する経費についても発行できるように地方債の発行に関する特例規定を設ける。本特例の対象については、基本的に、感染症法に基づく病床確保等の措置について、特措法第 69 条の２の規定による国費の嵩上げをしてもなお残る地方負担を中心に想定している。
(イ) 改正の概要① 政令で定める地方公共団体は、新型インフルエンザ等の発生時において国民の生命及び健康を保護し、並びに国民生活及び国民経済に及ぼす影響が最小となるようにするために実施する措置で総務省令で定めるものに通常要する費用で当該地方公共団体の負6担に属するものについては、政府対策本部が設置された時から当該政府対策本部が廃止されるまでの期間の属する年度に限り、地方財政法第５条の規定にかかわらず、地方債をもってその財源とすることができる。（特措法第 70 条の２第１項関係）② ①の地方債は、国が、その資金事情の許す限り、財政融資資金をもって引き受ける。（特措法第 70 条の２第２項関係）（照会先）
・ 総務省自治財政局地方債課（03-5253-5629）(５) 内閣官房に内閣感染症危機管理統括庁を置くことに伴う所要の改正（公布の日から起算して６月を超えない範囲内において政令で定める日から施行）
ア 改正の趣旨
現在、政府対策本部の事務は、閣議決定において内閣官房において処理することとされており、新型インフルエンザ等対策推進会議（以下「推進会議」という。）の事務は、特措法第 70 条の７において、内閣官房において処理し、命を受けて内閣官房副長官補が掌理することとされている。
今般、内閣法（昭和 22 年法律第５号。以下「内閣法」という。）を改正して設置する内閣感染症危機管理統括庁は、政府全体の感染症に関する危機管理対応を司令塔として統括する組織であることから、政府対策本部及び推進会議に関する事務も、内閣感染症危機管理統括庁において一元的に処理することとするための規定の整備を行う。
イ改正の概要政府対策本部及び新型インフルエンザ等対策推進会議の事務について、内閣感染症危機管理統括庁が処理するものとする。
（特措法第 17 条第２項及び第 70 条の７関係）（照会先）
・ 内閣官房新型コロナウイルス等感染症対策推進室（03-6257-3899）
２ 内閣法の一部改正（公布の日から起算して６月を超えない範囲内において政令で定める日から施行）(１) 改正の趣旨
7

次の感染症危機に対応する政府の司令塔機能を強化するため、内閣法を改正して内閣官房に内閣感染症危機管理統括庁を設置する。
(２) 改正の概要
ア 内閣官房に内閣感染症危機管理統括庁を置く。
イ 内閣感染症危機管理統括庁は、次に掲げる事務をつかさどる。
① 特措法第６条第１項に規定する政府行動計画の策定及び推進に関する事務② 政府対策本部に関する事務③ 新型インフルエンザ等対策推進会議に関する事務④ ①から③までのほか、内閣法第 12 条第２項第２号から第５号まで及び第 15 号に掲げる事務のうち感染症の発生及びまん延の防止に関するもの（国家安全保障局、内閣広報官及び内閣情報官の所掌に属するものを除く。）
ウ 内閣感染症危機管理統括庁に、内閣感染症危機管理監一人を置く。
（内閣官房長官を助け、命を受けて庁務を掌理するものとし、内閣総理大臣が内閣官房副長官の中から指名する者をもって充てる。
エ 内閣感染症危機管理統括庁に、内閣感染症危機管理監補一人を置く。
（内閣感染症危機管理監を助け、庁務を整理するものとし、内閣総理大臣が内閣官房副長官補の中から指名する者をもって充てる。
）
オ 内閣感染症危機管理統括庁に、内閣感染症危機管理対策官一人を置く。
（内閣感染症危機管理監及び内閣感染症危機管理監補を助け、命を受けて、内閣感染症危機管理統括庁の所掌事務に係る重要な政策に関する事務を総括整理し、及びその所掌事務のうち重要事項に係るものに参画するものとし、厚生労働省の医務技監をもって充てる。）
カ その他必要な規定の整備を行う。
（照会先）
・ 内閣官房新型コロナウイルス等感染症対策推進室（03-6257-3899）
第３

経過措置等
この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
（附則第２条関係）8Page 1 of 1

第211回国会閣法第6号 附帯決議

別添１
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新型インフルエンザ等対策特別措置法及び内閣法の一部を改正する法律案に対する附帯決議
政府は、本法の施行に当たっては、次の事項に留意し、その運用等について遺漏なきを期すべきである。
一 新型コロナウイルス感染症対応に関する有識者会議における「今後とも社会経済財政への影響、財源のあり方、施策の効果などについて多面的に検証が行われ、的確に政策が進められることを求めたい。」との指摘を踏まえ、新型コロナウイルス感染症に対する政府の対応について、飲食業、旅行業、宿泊業等に係る事業者の意見の聴取も含め、更なる検証を行った上で、その結果を公表するとともに、速やかに必要な措置を講ずること。特に予算に関しては、会計検査院の指摘も踏まえ、全体像の把握、使途の精査及び効果検証を行うこと。また、地方公共団体の財政措置をめぐる改正については、地方公共団体の意見を聴取し、国の財政措置の責任を単に地方公共団体に転嫁するものとならないよう、慎重に運用すること。
二 内閣官房及び内閣府の業務の肥大化を防止するため、事務及び組織について不断の見直しを行うこと。また、法律に基づく内閣官房及び内閣府への業務の追加は、平成二十七年一月二十七日の閣議決定「内閣官房及び内閣府の業務見直しについて」等を踏まえ、内閣の司令塔機能など本来の役割を十分発揮するために必要不可欠なものに限るとともに、原則として、あらかじめ当該業務を行う期限を設けること。
三 内閣感染症危機管理統括庁は、医療のみならず、行動経済学、データ分析、心理学、危機管理、広報、デジタルなど多様な専門的知見を活用できる体制を確保すること。
四 内閣感染症危機管理統括庁及び国立健康危機管理研究機構は、常時情報を共有するなど緊密な連携を確保すること。
五 内閣危機管理監については、内閣全体の危機管理という所掌事務の特殊性及び重要性に鑑み、感染症危機管理においても、その役割を十全に果たせるよう、運用上の役割を明確にすること。
六 内閣における危機管理に係る人材の育成に努めるとともに、危機管理人材育成に係る研修プログラムを充実させ、関係職員の資質向上を図ること。
七 感染症対応の初動期において、新型インフルエンザ等対策本部と各府省庁又は都道府県との間の調整が難航した場合には、内閣感染症危機管理統括庁は、新型インフルエンザ等対策本部長の指示権の行使については、慎重な検討に努め、あらかじめ各府省庁又は都道府県の意見を十分に聴き取り、当該意見を尊重しつつ総合調整に努めること。
八 感染を防止するための協力要請等に関し、都道府県知事が事業者等に命令する際に勘案すべき事項を定める政令については、当該都道府県知事による機動的かつ臨機応変な意思決定を阻害することのない内容とすること。
九 新型インフルエンザ等対策の実施に関する計画（以下「政府行動計画」という。）の策定に当たっては、感染症対応に有用な情報を、平時から効率的・統合的に収集・管理するための情報基盤の整備と普及策について検討し、政府行動計画の中に盛り込むこと。
十 感染症対応の初動期において、より機動的かつ効果的に感染拡大を防ぐため、あらかじめ都道府県と協議の上、国の都道府県に対する財政支援の在り方を検討し、政府行動計画の中に盛り込むこと。
十一 起債の特例に関し、地方債の使途を定める総務省令については、未知の感染症の発生にも対応できるよう、感染症対策に係る最新の専門的知見を活かすため、不断の見直しを行うこと。

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別添２四三二一

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