監修：日本遺伝カウンセリング学会 遺伝学的検査委員会
2022/7 第 1.0 版

シークエンス解析を用いた遺伝学的検査に関わる用語集（医療者用）

はじめに保険診療下での遺伝学的検査実施件数が増加する一方で，検査を委託する登録衛生検査所は，疾患ごとに様々であり，結果レポートの書式や用語の使用方法も統一されていない。本資料ではシークエンス解
析を用いた遺伝学的検査に関わる事項を用語集としてまとめた。海外の検査会社に依頼した場合も想定し，用語には英語表記を併記している。また，Keyword に重要用語を列挙しているので，そちらから逆引きすることも可能である。

目次
基本的な用語............................................................................................................................ 2
バリアントの表記 .................................................................................................................... 3
バリアントの種類 .................................................................................................................... 4アミノ酸の表記 ........................................................................................................................ 5アミノ酸の 1 文字表記 ............................................................................................................. 6
シークエンス解析の一例 ......................................................................................................... 6
検査結果の解釈 ........................................................................................................................ 6
その他の検査結果（BRACAnalysis®の場合） ..................................................................... 7
バリアントの病的分類（病的意義の評価） ............................................................................ 7
バリアントの機能分類（機能の評価） ................................................................................... 7
代表的な Web 機能予測ツール ................................................................................................ 8
参考資料やサイト .................................................................................................................... 8Keywords ................................................................................................................................ 91

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2022/7 第 1.0 版

基本的な用語lVariant（バリアント）²

参照配列と異なる遺伝子の変化全般を示す。過去には，遺伝子の機能に影響し，疾患発症と関連するものを mutation（変異），遺伝子に変化はあるが，個人差として分類できるものをPolymorphism（多型）と区別していた。⇔ wild type（野生型）
lGermline pathogenic variant（GPV）²l

遺伝性疾患の発症に関わるバリアントを生まれつき持つ場合。生殖細胞系列病的バリアント。

Single nucleotide variant（SNV）²

ゲノム DNA の一塩基が他の塩基に変化したもの。以前は，SNP（Single nucleotidepolymorphism）と呼ばれていた。

lCopy number variation（CNV）²

1 細胞あたりの遺伝子のコピー数が個人間で異なるようなゲノム領域のこと。

²

通常，ヒトの遺伝子は２コピー（父由来と母由来）であるが，個人差として３コピーや１コピーなどに変化する領域を持つことがある。

l

Reference sequence（リファレンス配列）²

バリアント表記などに用いる参照配列のこと。一般的に，ヒトゲノムの配列を表記する場合は，2003 年のヒトゲノムプロジェクトで解読されたゲノム配列（参照配列，リファレンス配列と呼ぶ）を基準とする。有名なものとして，GRCh38/hg38 や GRCh37/hg19 などが知られている。

ll

Accession number（アクセッションナンバー）²

登録された塩基配やアミノ酸の配列データを区別するときに用いる番号。

²

1 つの遺伝子でも配列情報が異なれば，複数のアクセッションナンバーを持つExon（エクソン）²lIntron（イントロン）²l

遺伝情報がコードされている配列。翻訳配列。

遺伝情報がコードされていない配列。介在配列。IVS（intervening sequences）とも呼ぶ。

HGVS 表記²Human Genome Variation Society が 2000 年に定めたバリアントの表記法。
2020 年 5 月に新しいバージョン（v20.05）がリリースされている（2022 年 1 月現在）。

²

詳細はこちら（https://varnomen.hgvs.org/）
参考：遺伝子診療よくわかるガイドマップ 中山智祥 著

2

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バリアントの表記
バリアントを表記する際は，ヒトゲノム配列上のどの位置に起きている変化であるかを特定するために，アクセッションナンバーやリファレンス配列の種類を宣言する必要がある
lll

アクセッションナンバーの種類
配列の種類

意味

NG_

ゲノム領域あるいはクラスター

NC_

染色体

NM_

メッセンジャーRNA（mRNA）

NP_

タンパク質

NT_

ゲノムコンティグ

リファレンス配列の種類配列の種類

意味g.

ゲノム DNA（genomic DNA）

c.

コード DNA（coding DNA）

m.

ミトコンドリア（mitochondrial DNA）

n.

非コード DNA（Non-coding DNA）

r.

RNA（転写産物）

p.

タンパク質（protein）

バリアント表記の一例②③例）NM_000059.4:c.145G>T④①²表記の説明BRCA2 の mRNA 配列① アクセッションナンバー② アクセッションナンバーのバージョン

第4版③ リファレンス配列の種類

コード DNA④ バリアントの位置と変化の詳細

145 番目の塩基が G から T に変化

参考：遺伝子診療よくわかるガイドマップ 中山智祥 著

3

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バリアントの種類
具体例
種類

表記

定義（参照配列との比較）(参照配列：5’-…TACGTC-3’)

Substitution（置換）

Deletion（欠失）

Duplication>

1 つの塩基が他の 1 つの塩基に変化する。

del1 つ以上の塩基が除去される。

dup

(重複)
Insertionins(挿入)Inversion

inv

(逆位)
Deletion-insertion(欠失挿入)

delinsTAGGTC(c.103G>C)
TAGTC(c.103del)

1 つ以上の塩基のコピーがその配列の 3’側にTACCGTC直接挿入される。

(c.103dup)

1 つ以上の塩基が挿入される（5’側塩基のコピTACAGTC(c.103_4insA)ーでない）。
置き換わる 1 つ以上の塩基が元の配列の逆相TACGTC補鎖になっている。

(c.102_5inv)

1 つ以上の塩基が他の 1 つ以上の塩基に取りTAAAGTC

替えられる（置換，逆位，変換でない）。

(c.103delinsAA)

Loss,duplication

エクソン（Exon）やイントロン（Intron）を含(大領域の欠失,むような塩基配列の欠失や重複。

重複)

参考：遺伝子診療よくわかるガイドマップ 中山智祥 著
一部引用：Sequence Variant Nomenclature v20.05 (https://varnomen.hgvs.org/)4

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アミノ酸の表記種類

Nonsense（ナンセンス）

記号

定義

記載例

XTer
*

あるアミノ酸をコードしていたコドンがp.Trp24X

終止コドンに変化することで，タンパク質

p.Trp24Terの伸長が停止する。

p.Trp24*

あるアミノ酸が別のアミノ酸に変化する

Nonsynonymous

こと。以前は，ミスセンス変異と呼ばれて（ノンシノニマス）

Synonymous(シノニマス)

p.Trp24Cys

いた。
塩基は変化するが，コードするアミノ酸が=変わらない。以前は，サイレント変異と呼p.Cys188=ばれていた。
塩基の挿入や欠失などにより，コドンの読

Frameshift(フレームシフト)

fs*
fs

み枠が変更される。塩基の挿入や欠失が 3の倍数でコドンの読み枠がずれないインフレームと，読み枠がずれるアウトフレー

p.Gln151Thrfs*9
p.Q151Tfs

ムがある。
開始コドンとなるアミノ酸（Met）が別のTranslation

アミノ酸に変化し，「①タンパク質が生成initiation codonされない，②予測不能，③新しい開始コド(翻訳開始コドン)ンが生成される」のいずれかの結果とな

p.0
p.Met1?

る。
スプライシングに影響を及ぼす塩基に変
Splice site化が生じること。Exon スキッピングを伴p.?

(スプライスサイト)う場合がある。Exon の前後±1,2 の領域に(c.93+1G>T)

変化が起きる事が多い。
参考：遺伝子診療よくわかるガイドマップ 中山智祥 著
一部引用：Sequence Variant Nomenclature v20.05 (https://varnomen.hgvs.org/)5

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アミノ酸の 1 文字表記
名称３文字略語

１文字略語

名称

３文字略語

１文字略語

アラニン

AlaA

ロイシン

Leu

L

アルギニン

Arg

R

リシン

LysK

アスパラギン

Asn

N

メチオニン

Met

M

アスパラギン酸

AspD

フェニルアラニン

Phe

F

システイン

CysC

プロリン

Pro

P

グルタミン

Gln

Q

セリン

Ser

S

グルタミン酸

Glu

E

トレオニン

Thr

T

グリシン

Gly

G

トリプトファン

Trp

W

ヒスチジン

His

H

チロシン

Tyr

Y

イソロイシン

Ile

I

バリン

Val

V

シークエンス解析の一例
分類

目的原理

全ゲノム解析
次世代シークエンス法（Next generation

sequence: NGS）

（Whole genome sequence: WGS）
全エクソーム解析（Whole exome sequence: WES）
ターゲットシークエンス

Sanger 法

キャプチャせずに全ゲノムを読む

ターゲットシークエンス

標的領域をキャプチャする
PCR で増幅する（アンプリコン）

参考：遺伝子診療よくわかるガイドマップ 中山智祥 著

検査結果の解釈
lPositive（陽性）²「遺伝性疾患に関わる病的バリアントが見つかった」
Point：遺伝性疾患の確定診断となるが，疾患によっては全員が発症するわけではない

lNegative（陰性）²

網羅的解析の場合「今回の検査では，遺伝性疾患に関わる病的バリアントが見つからなかった」
Point：対象疾患の可能性や遺伝の可能性が完全に否定されたわけではない²

既知のバリアントを探索した場合「今回の検査では，特定の遺伝性疾患に罹患している発端者と同じ病的バリアントを認めなかった」
Point：将来的に発端者と同じバリアントを原因とする遺伝性疾患の発症はない

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lVUS, Variant of Uncertain Significance（病的意義が不明なバリアント）²「何らかのバリアントが見つかったが，遺伝性疾患に関わるか現時点では不明」
Point：将来的に結果の解釈が変更となる可能性がある。結果の解釈が変更された場合は，検査会社から追加レポートが発行される可能性があるため，検査対象者と再度連絡を取れる（リコンタクト）体制を整える必要がある。

その他の検査結果（BRACAnalysis®の場合）
lInconclusive²「検査の技術的な限界などが原因で，検査結果や臨床的意義が判断できないバリアント」
Point：解釈は今後変更になる可能性がある。特定の治療薬選択の適応とはならない。

lSpecial Interpretation²「現在の分類基準（ACMG の評価基準など）では，判定が難しいバリアント」
タンパク質の機能には影響を及ぼすが，疾患発症率（浸透率）が低いものを示す。
Point：特定の治療薬選択の適応とはならない。

バリアントの病的分類（病的意義の評価）
分類

似た表現
Deleterious

Pathogenic

Disease causing

意味
病的Likely Pathogenic

Suspected Deleterious

病的の可能性が高い

Variant of Uncertain SignificanceUnknown病的意義が未確定

Likely Benign

Favor Polymorphism

良性の可能性が高い

Polymorphism

BenignNeutral

良性Tolerated

バリアントの機能分類（機能の評価）
分類

意味Affects function

機能に影響を及ぼす

Probably affects function

おそらく機能に影響を及ぼす

Unknown（Effect on function not known）

機能に影響を及ぼすか不明

Probably does not affect function

おそらく機能に影響していない

Does not affect function

機能に影響していない

参考：Sequence Variant Nomenclature v20.05 (https://varnomen.hgvs.org/)7

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代表的な Web 機能予測ツール
役割

名称

ClinVar, MGeND, dbSNP, HGMD, LOVD,

バリアントデータベース

InSiGHT, UMD, BRCA Exchange など
jMorp, TogoVar, gnomAD など

集団頻度データベース

SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, CADD, Align

機能予測ソフトウェア

GVGD, PANTHER, Mutation Taster など

参考資料やサイト【参考図書】•「遺伝子医学 通巻 39 号(復刊 14 号) ゲノム医療におけるデータベース-使い方とコツ」（2022）•「バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ」（2020）坊農秀雅•「医療に役立つ 遺伝子関連 Web 情報検索 第 2 版 手とり足とり教えますガイド」（2020）中山智祥•「遺伝子診療よくわかるガイドマップ 初診から検査そして結果報告まで」（2018）中山智祥【参考文献】•宮下俊之（2018）「遺伝子バリアントの表記法 第 3 回」18 巻 1 号 12-14 家族性腫瘍•宮下俊之（2017）「遺伝子バリアントの表記法 第 2 回」17 巻 2 号 44-45 家族性腫瘍•宮下俊之（2017）「遺伝子バリアントの表記法 第 1 回」17 巻 1 号 18-19 家族性腫瘍•Den Dunnen et al. HGVS Recommendations for the Description of Sequence Variants: 2016
Update. Hum Mutat.2016;37(6):564-9 (PMID:26931183)•

Richards S et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint
consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and theAssociation for Molecular Pathology. Genet Med. 2015;17(5):405–424（PMID:25741868）•Den Dunnen et al. Mutation nomenclature extensions and suggestions to describe complex
mutations: a discussion. Hum Mutat.2000;15(1):7–12 (PMID:10612815)【参考サイト】•Sequence Variant Nomenclature v20.05 (https://varnomen.hgvs.org/)•日本遺伝子診療学会ホームページ（http://www.gene-dt.jp/）

8監修：日本遺伝カウンセリング学会 遺伝学的検査委員会
2022/7 第 1.0 版Keywords
fs

5

ＡＧAccession number

2

Affects function

7g.

3

Align GVGD

8

Germline pathogenic variant

2gnomAD

8GPV

2ＢBenign7

GRCh37/hg19

2

BRCA Exchange

8

GRCh38/hg38

2

ＣＨc.

3

HGMD

8

CADD

8

HGVS 表記

2

ClinVar

8CNV

2Copy number variation

2Ｉ

Ｄ

Inconclusive

7ins

4

Insertion

4dbSNP

8

InSiGHT

8del4

intervening sequences

2

Deleterious7Intron

2Deletion

4inv

4Deletion-insertion

4Inversion

4delins

4IVS

2

Disease causing

7

Does not affect function

7dup

4

Duplication

4ＪjMorp8ＬＥ

Likely Benign

7

Effect on function not known

7

Likely Pathogenic

7

Exon

2Loss

4

LOVD

8Ｆ
Favor Polymorphism

7

Frameshift

5Ｍm.

93

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2022/7 第 1.0 版
MGeND

8

SNV

2

mutation

2Special Interpretation

7

Mutation Taster8

Splice site

5

Substitution

4

Suspected Deleterious

7

Synonymous

5Ｎn.

3

NC_3

Negative

6

Neutral

7Ter

5

Next generation sequence

6TogoVar

8NG_3

Tolerated

7NGS

6Translation initiation codon

5NM_3

Nonsense

5

Nonsynonymous

5UMD

8

NP_3

Unknown

7NT_3

ＴＵＶ
Ｐ

Variant

2p.

3

Variant of Uncertain Significance

7

PANTHER

8VUS

7Pathogenic

7

Polymorphism

2, 7

PolyPhen-2

8

WES

6

Positive

6

WGS

6

Probably affects function

7

Whole exome sequence

6

Probably does not affect function

7

Whole genome sequence

6

PROVEAN8

wild type

2

ＷＲあr.

3

アクセッションナンバー

2

Reference sequence2

アンプリコン

6Ｓ

いSanger 法

6SIFT8Single nucleotide polymorphism

2

Single nucleotide variant

2

2

イントロン

え
エクソン

102

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か2

介在配列

ちき
4

逆位置換

4

重複

4

なけ
欠失

4欠失挿入

4

5

ナンセンスのさ

5

ノンシノニマス

2

参照配列

2

多型

はし

2

バリアント

次世代シークエンス法

6

シノニマス

5

ふ
5

フレームシフトすへ5

スプライスサイト

2

変異

せほ

生殖細胞系列病的バリアント

2

全エクソーム解析

6

全ゲノム解析

6

翻訳配列

2

翻訳開始コドン

5

やそ

2

野生型

4

挿入

りた
ターゲットシークエンス

6

大領域の欠失411

リコンタクト7

リファレンス配列

2