資料４

令和５年度
乳⽤⽜改良推進ブロック会議

ゲノミック評価とヤングサイアについて

乳⽤⽜改良推進協議会

2023年度乳用牛改良推進実施計画
乳用牛改良推進協議会は、7月14日開催した「乳用牛改良推進会議」において、本年度の実施計画が決定しました。

【2023年度の基本方針】
1. ゲノミック評価（Ｇ評価）の改善
2. ヤングサイアの活用
乳⽤⽜改良推進協議会は、各都道府県の乳⽤⽜改良関係者と3. 調整交配の再構築連携して、わが国の乳⽤⽜改良を推進しています。
4. 後代検定の効率化
5. 雌牛G評価の迅速化
6. 情報の拡充
7. 理解を深めるための取り組み

１．ゲノミック評価の改善
わが国のＧ評価は、2013（H25）年から開始し10年が経過。
Ｇ評価の参照集団が小さく(種雄牛のみ)、偏りも心配だった。
ALIC事業では、約11万頭の雌牛のSNP情報を蓄積！
後代検定娘牛のSNP情報（ALIC事業）は、偏りのない良質なデータ。
参照集団に雌牛データを追加すると、Ｇ評価の精度が大幅に向上！
今後も雌牛のSNP情報とともに、国内の飼養環境を反映した、表型値(牛群検定・体型調査)の収集が重要。
Ｒ5年度の乳用牛改良増殖事業（ALIC事業）では、調整交配協力農家が希望する未経産牛全頭のSNP検査を対象。

1

ＳＮＰ検査件数とゲノミック評価頭数

ALIC事業で、11万頭以上のデータが蓄積！

ゲノミック評価の仕組み
SNP情報

参照集団
（リファレンスデータ）

従来の遺伝評価
推定育種価

ＥＢＶ
日本の飼養環境でデータを集めることが重要！

予測式を利用両親平均（ＰＡ）＋

SNP情報 ＋

ヤングサイアや未経産牛（GPI）
検定済種雄牛や経産牛（GEBV）

2

娘牛や自身の記録

・血統情報
・牛群検定
・後代検定
・体型審査

＝Ｇ評価

評価値の信頼度の目安
従来の評価

ゲノミック評価(ゲノム情報を利用しない評価)

ＮＴＰ

空胎日数(雌牛を参照集団に加えた場合)

NTP

乳量決定
得点

ＳＣＳ

在群能力娘牛
受胎率

空胎日数(0.50)(0.24)(0.100)(0.051)(0.020)(0.053)

ヤングサイア[32][19]65745946443844

検定済(娘牛50頭)

865689928378715463

検定済(娘牛1000頭)

999499999898968694※ ( )は、各形質の遺伝率。
※ [ ]のヤングサイアの信頼度は、ＰＡ(両親の評価値の平均値)の信頼度の⽬安。
⽗⽜がヤングサイアや⺟⽜が未経産⽜の場合は、そもそも評価値が得られない。

(独)家畜改良センター調べ

２．ヤングサイアの活用
Ｇ評価の信頼度の向上により、ヤングサイアを積極的に活用！
2023-8月評価より、ヤングサイア上位100頭を公表。
ヤングサイアの真の遺伝能力は、検定済を下回る可能性は低い。
ヤングサイアのＧ評価と、後代検定結果の相関は高い！
ヤングサイアの一般供用により、後代検定結果判明時には従来より多数の娘牛情報を得た（信頼度の高い）検定済種雄牛となる。
「ヤングサイア」と「より信頼度の高い検定済種雄牛」の活用により、乳用牛改良の加速化を図る。
ヤングサイアと検定済種雄牛をバランス良く活用することが重要。
ヤングサイアのレベルは年々向上！

3検定済種雄牛とヤングサイア

ヤングサイアのレベルの高さは一目瞭然！

乳用種雄牛評価成績 2023-8月

検定済種雄牛とヤングサイア
NTP
検定済種雄牛ヤングサイア1位

ﾌﾞ-ﾃｲ-2773

1位

ﾊｲﾌﾟﾚｼﾔｽ

3460

2位

ﾊﾟﾘｽ

2618

2位

ｾｶﾝﾄﾞ ﾙ-ﾌﾟ

3437

3位

ﾐﾙﾝ

2589

3位

ﾃﾞ-ｳﾞｱ2521

上位10頭の平均

3332 ＋755
3276

上位10頭の平均

ヤングサイア上位10頭のNTPの平均は、検定済種雄牛を755も上回る。
ヤングサイアの100位は、検定済種雄牛の3位相当！

※ 乳⽤種雄⽜評価成績 2023-8⽉

4種雄牛の世代間隔
Ｇ評価利用以降、急激に短縮！

種雄牛のG評価開始

雌牛のG評価公表

信頼度のイメージ
種雄牛 Ａ(セカンド･クロップ)

種雄牛 Ｂ(新規検定済)

ヤングサイアはばらつきが大きい？
種雄牛 Ｃ(ヤングサイア)

Ａ 評価値 2801±75, 信頼度 99％, 娘牛 5852頭
Ｂ 評価値 3218±281, 信頼度 86％, 娘牛47頭

Ｃ 評価値 3549±586, 信頼度 54％, 娘牛0頭

5

ヤングサイアの特徴【NTP±信頼幅（信頼度）】
種雄牛Ａ（検定済）
3000±283（85%R）
種雄牛Ｂ（ヤングサイア）
3600±432（65%R）

3600

3000

真の遺伝的能力

例えば、種雄牛Ａ（検定済）と、種雄牛Ｂ（ヤングサイア）がいたとします。
NTPの年当たり改良量は200ポイント程度なので、3年ほど世代が進んでいるヤングサイアは、平均的に600ポイントほど高い評価値と考えられます。
真の遺伝能力は、種雄牛Ｂ（ヤングサイア）が、種雄牛Ａ（検定済）を下回る可能性は低いことがわかります。

Ｇ評価と後代検定結果【29後検前期の例】【参照集団に雌牛を加えた場合のイメージ】

NTPで0.7程度の相関がある

ヤングサイアの評価値の信頼性が高まると、評価値（順位）の変動はより小さくなると期待される。
相関が高いことから、候補種雄牛頭数を185頭から100頭にまで減らすことが出来た。
ALIC事業で蓄積された雌牛のSNP情報を参照集団に加えると、ゲノミック評価の精度（相関）は更に向上。

6

３．調整交配の再構築
後代検定における調整交配の目的を見直す。
「検定済種雄牛作出のための検定娘牛の確保」から、「Ｇ評価の信頼性の維持・向上のための最新世代のデータ収集」に。
娘牛生産・配置の仕組みは、現行を基本とする。
今後、「候補種雄牛」の用語を用いない。→ヤングサイア
泌乳記録、体型審査、SNP検査の情報をセットで有する娘牛を効率的にデータを収集。
体型調査とSNP検査を推進！
調整交配に供するヤングサイア（候補種雄牛）と一般供用するヤングサイア両方の娘牛データを同時に収集。
ヤングサイアは、調整交配に供する候補種雄牛と、一般供用される若雄牛の２つの意味に

４．後代検定の効率化
Ｇ評価を活用し、調整交配を行うヤングサイアは厳選する。
→2023後検は最大90頭（前期45頭、後期45頭）
調整交配後一般供用するものと、アウトクロスや遺伝率が低い形質等に特徴を持ち、娘牛成績の確認が必要なもの等に絞り込んでいく。
調整交配協力農家のSNP情報の収集を拡大。（ALIC事業を活用）「候補種雄牛の確保及び検定済種雄牛選抜のためのガイドライン」
を廃止する。
検定済種雄牛の国内必要頭数を根拠とした、総合指数トップ40の推奨を廃止。
検定済種雄牛の活用を前提とした、優先配布は今後行わない。
（ただし、2022後検以前の優先配布は可）7

後代検定の効率化のイメージ■従来の後代検定

０年

１年

調整交配

娘牛誕生

２年

３年

４年

５年

娘牛泌乳開始検定済♂

2nd C.
娘牛誕生

６年

７年

８年

2nd C.
娘牛泌乳開始2nd C.
検定済♂

育成育成

一般供用開始(娘牛50頭 86%R)(娘牛1,000頭 99%R)■後代検定と同時にヤングサイアとして利用した場合

０年

１年

調整交配

娘牛誕生

２年

３年

５年

６年

７年

８年

娘牛泌乳開始育成

同時にヤングサイアを一般供用

４年

2nd C.
娘牛誕生

2nd C.と同等の検定済♂

8年かかっていた娘牛データが4年で集まる！

2nd C.
娘牛泌乳開始育成(娘牛1,050頭 99%R)

５．雌牛Ｇ評価の迅速化
家畜改良センター、日本ホルスタイン登録協会、家畜改良事業団等の評価体制を効率化し、Ｇ評価の迅速化に対応。
公式評価（年3回）、中間評価（月１回）に加え、2023-8月評価から「速報値」を週１回提供。
速報値は、公式評価値と非常に高い相関（0.99）。
SNP検査の申し込みから概ね１カ月で、日本ホルスタイン登録協会のホームページで「速報値」や遺伝子解析情報等が検索可能。

8遺伝評価の時期
種雄牛
国内種雄牛・・・GEBV
公式評価・・・年２回（２、８月）公表

若雄牛(ヤングサイア)・・・GPA
公式評価・・・年２回（２、８月）公表
中間評価・・・毎月計算（公式評価後、新たに評価された個体のみ）
（速報値）

海外種雄牛
国際評価値(ｲﾝﾀｰﾌﾞﾙ)を年３回（４、８、12月）公表・・・EBV
海外ヤングサイアの、日本で計算したＧ評価値を公表・・・GPA

雌牛
経産牛・・・GEBV
公式評価・・・年３回（２、８、12月）公表

未経産牛・・・GPA

公式評価、中間評価に加え、「速報値」を毎週提供！

公式評価・・・年３回（２、８、12月）公表
中間評価・・・毎月計算（公式評価後、新たに評価された個体のみ）
速 報 値・・・毎週計算（一部簡略した計算手法により計算、評価値はWeb検索）※ 速報値は公式評価ではないが、SNP検査の申込から概ね１ヶ月で評価値をWeb検索可能。

６．情報の拡充
分娩形質（難産率・死産率）のＧ評価を開始。
これにより、ヤングサイアや未経産牛のＧ評価値が公表される2023年度中に対応予定

SNP検査で得られる、遺伝子解析情報を拡充進める。
Ａ２（βカゼイン２型）、κカゼイン、βラクトグロブリンなど
HCAJの牛群遺伝情報(Web版)等で遺伝子保因情報を表示

SNP情報を持たない雌牛の「在群能力」の評価値を公表
間接的な計算により、在群能力の予測値を2023-8月から公表
NTPの計算にも利用（現在は、便宜的に±0としてNTPを計算）

長命連産効果の見直しを検討中
HCAJの分析結果(JRA事業)を基に、見直しを検討
耐病性や繁殖性、牛の大きさ、歩様等を考慮？

新たな形質の遺伝的能力評価についても開発・検討中
9※ HCAJ：一般社団法人 日本ホルスタイン登録協会

遺伝評価の形質指数

泌乳形質体型(得点)形質体型(線形)形質

管理形質

●総合指数

●乳量

●体貌と骨格●高さ●前乳房の付着●体細胞スコア

○産乳成分

●乳脂量

●肢蹄

●胸の幅

●後乳房の高さ●在群能力○耐久性成分●乳脂率●乳用強健性●体の深さ●後乳房の幅●泌乳持続性○疾病繁殖成分●乳蛋白質量●乳器●肋の構造●乳房の懸垂●暑熱耐性●長命連産効果●乳蛋白質率

●決定得点

●ＢＣＳ

●乳房の傾斜

●空胎日数

●乳代効果

●無脂固形分量●尻の角度●乳房の深さ●娘牛受胎率(初産)●無脂固形分率●坐骨幅●前乳頭の配置●気質（7形質）●後肢側望●後乳頭の配置

●搾乳性

●後肢後望

●前乳頭の長さ●蹄の角度（19形質）（6形質）

新たな評価形質の開発が進んでいます

（5形質）

（8形質）

●産子難産率※●娘牛難産率※2023-8月評価から「鋭角性」が「肋の構造」に変更●産子死産率※●娘牛死産率※（4形質）※ ゲノミック評価に対応中の形質(独)家畜改良センター 2023-8月評価

７．理解を深めるための取り組み
国内Ｇ評価とヤングサイアに対する理解を深めるため、わかりやすい資料の作成や情報発信等を行う。
関係者への説明や意見交換の場なども設定し、関係者への理解醸成の取り組みを行う。
後代検定の目的や国内で乳用牛改良を行う意義など、特に家畜人工授精師等、酪農家に近い技術者の理解を深めるための取り組みを行う。
乳用牛改良推進ブロック会議において、関係者の理解を深めるための説明や意見交換を行う。

10

まとめ
ゲノミック評価精度が向上
後代検定娘牛(ALIC事業)のSNP情報は、偏りのない良質なデータ参照集団に雌牛データを追加し、Ｇ評価の精度が大幅に向上
Ｇ評価結果の提供を迅速化し、新たな情報（評価形質・遺伝子解析）が充実
国内の飼養環境を反映した、表型値(泌乳・体型)のデータ収集も重要

ヤングサイアの活用
Ｇ評価の信頼性の向上により、ヤングサイアを積極的に活用！
ゲノミック評価（ヤングサイア）と後代検定結果との相関は高い
検定済種雄牛とヤングサイアをバランス良く利用して、改良を加速化

Ｇ評価を活用した後代検定の効率化
ヤングサイアの活用と継続的なデータの収集が不可欠
SNP、泌乳、体型情報を持つ娘牛を効率的に確保する仕組みを推進
国内で乳用牛改良を行う意義など、理解を深める取り組みを実施

11