令和５年度
酪農経営⽀援総合対策事業（乳⽤⽜改良増殖推進事業：遺伝的能⼒向上対策）に係る勉強会 資料

令和５年５⽉
⼀般社団法⼈ 家畜改良事業団

乳用牛の改良体制
農林水産省
家畜改良増殖目標
乳用牛改良推進協議会

日本ホルスタイン登録協会

・血統登録・体型審査

家畜改良事業団

家畜改良センター

・牛群検定・後代検定
・遺伝子型検査・遺伝能力評価

家畜人工授精事業体
家畜改良事業団
ジェネティクス北海道
十勝家畜人工授精所

各都道府県畜産主務課・農協等都道府県団体

酪 農 家

ゲノミック評価の取り組み
2008年(H20)よりゲノミック評価の取り組みを開始。
2009年、米国でゲノミック評価値の公表を開始。
2010年(H22)候補種雄牛の評価を開始。
 候補種雄牛の事前選抜に利用
2013年(H25)候補種雄牛・未経産牛の評価値を公表。
2017年(H29)検定済種雄牛、経産牛の評価値を公表。
 海外種雄牛ＳＮＰ情報を追加（参照集団の拡大）
1ゲノミック評価の流れ①
SNP検査申込

支部・承認団体⑤牛群遺伝情報(Ｇ評価結果)サンプル採取酪農
家申込書

日本ホルスタイン登録協会

・血統登録
・血統構築
③・血統チェック

SNP情報

SNP情報
血統情報

家畜改良センター

Ｇ評価結果④・遺伝能力評価（ゲノミック評価）

Ｇ評価結果

①
サンプル送付家畜改良事業団

牛群検定組合⑤牛群改良情報(Ｇ評価結果)②・遺伝子解析
検定加入

・牛群検定
・後代検定

①ＳＮＰ検査の申込み（サンプル採取と送付）②ＳＮＰのタイピング(遺伝子解析)③血統構築、血統チェック④ゲノミック評価の計算⑤ゲノミック評価結果の送付→牛群遺伝情報(HCAJ)→牛群改良情報(LIAJ)

遺伝評価の時期
種雄牛
国内種雄牛・・・GEBV
年２回（２、８月）公表

Ｇ評価の迅速化への取り組みが進んでいる

若雄牛(ヤングサイア)・・・GPI
年２回（２、８月）公表
毎月計算※ 公表月以外は、中間評価値として新たに評価された個体のみ所有者に提供

海外種雄牛
国際評価値(ｲﾝﾀｰﾌﾞﾙ)を年３回（４、８、12月）公表・・・EBV
海外ヤングサイアの、日本で計算したＧ評価値を公表・・・GPI

雌牛
経産牛・・・GEBV
年３回（２、８、12月）公表

未経産牛・・・GPI
年３回（２、８、12月）公表
毎月計算※ 公表月以外は、中間評価値として新たに評価された個体のみ所有者に提供

2遺伝評価の形質指数

泌乳形質体型(得点)形質体型(線形)形質

管理形質

●総合指数

●乳量

●体貌と骨格●高さ●前乳房の付着●体細胞スコア

○産乳成分

●乳脂量

●肢蹄

●胸の幅

●後乳房の高さ●在群能力○耐久性成分●乳脂率●乳用強健性●体の深さ●後乳房の幅●泌乳持続性○疾病繁殖成分●乳蛋白質量●乳器●鋭角性●乳房の懸垂●暑熱耐性●長命連産効果●乳蛋白質率

●決定得点

●ＢＣＳ

●乳房の傾斜

●空胎日数

●乳代効果

●無脂固形分量

（5形質）

●尻の角度

●乳房の深さ●娘牛受胎率(初産)（6形質）●無脂固形分率●坐骨幅●前乳頭の配置●気質（7形質）●後肢側望●後乳頭の配置

●搾乳性

●後肢後望

●前乳頭の長さ●蹄の角度（19形質）（8形質）●産子難産率※

新たな評価形質の開発が進んでいる●娘牛難産率※●産子死産率※●娘牛死産率※（4形質）※ まもなく、ゲノミック評価となる形質(独)家畜改良センター 2023-2月評価

ＳＮＰ検査件数とゲノミック評価頭数

ALIC事業 で、11万頭以上のデータが蓄積！

（15,013） （15,106）（13,078）（11,861）（12,950）（14,665） （14,624）（13,330）3乳用牛改良増殖推進事業の成果【わが国のＧ評価の課題】【ALIC事業】

参照集団が⼩さく(種雄⽜のみ)、偏りも⼼配

検定娘⽜等のSNP検査を推進

検定娘牛の情報は、偏りが小さく、同一牛がSNP・泌乳・体型情報を持つため参照集団にも最適【遺伝的能力評価方法の見直し】

現在は種雄牛約13千頭(うち7千頭が北米の情報)

家畜改良センターが、2023年8月評価からの見直しを目指し検討中

Ｇ評価の参照集団に雌⽜(検定娘⽜等)を追加
Ｇ評価：ゲノミック評価

Ｇ評価値(特にヤングサイア)の信頼性向上【ヤングサイアの活用】【考慮すべき課題】

検定済種雄⽜とヤングサイアをバランス良く活⽤することで改良を促進

Ｇ評価の信頼性確保のためには、継続的な娘⽜の情報が不可⽋(特に体型が課題)【後代検定事業の効率化】

SNP・泌乳・体型情報を持つヤングサイアの娘⽜を効率的に確保する仕組みを検討

遺伝的能力の正確な推定
種雄⽜の遺伝的能⼒

種雄牛の遺伝的能力は、直接測定することができない。

娘牛等の乳量・乳成分や体型、繁殖記録から統計的に計算し、遺伝的能力評価値と推定。

間接的な情報から推定するため、誤差が生じる。

娘⽜の泌乳記録や体型、繁殖記録･･･種雄⽜の評価値の信頼性に影響する2つの誤差
情報量による誤差→

信頼度や信頼幅を表示

情報の偏りによる誤差 → 後代検定事業では娘牛のランダム配置により排除

4

真の遺伝的能力と評価値の関係高い
娘牛等の情報が増えると、信頼幅はゼロ(信頼度は100%)に近づきます。

真の遺伝的能力は、中央の評価値◆前後の確率が高く、低い方×・高い方○に外れるほど、その確率は低くなります。

確率真の遺伝的能力は、評価値±信頼幅の範囲に70%の確立で存在します。
信頼幅低い

◆×

○

評価値
低い

高い

遺伝的能力

改良を効果的に進めるには、より正確に遺伝的能力を評価することがカギ！

ゲノミック評価のイメージ

従来、ヤングサイアは両親平均のみ（全きょうだいは同じ値）

評価値＝両親平均（ＰＡ）＋

ＳＮＰ情報＋

娘牛や自身の記録

ヤングサイアや未経産牛
検定済種雄牛や経産牛

5評価値の信頼度の目安従来の評価

ゲノミック評価(ゲノム情報を利用しない評価)(雌牛を参照集団に加えた場合)

ＮＴＰ

ヤングサイア

空胎
日数NTP

空胎
日数

乳量決定
得点

(0.053)(0.50)(0.24)［32］［19］65447459

検定済(娘牛50頭)

865689639283

検定済(娘牛1000頭)

9994

99949998(注) 数値は同じ娘牛数であっても、その情報量で変わるため目安。また、[ ]のヤングサイアの信頼度は、ＰＡ(両親の評価値の平均値)の信頼度の目安であり、父牛がヤングサイアや母牛が未経産牛の場合は、そもそも評価値が得られない。

ゲノミック評価の導入によって、娘牛のいないヤングサイアや自身の記録のない未経産牛あっても、本牛のゲノム情報があれば一定水準の信頼性を有する評価値が得られるようになった。

信頼度のイメージ
種雄牛 Ａ(セカンド･クロップ)

種雄牛 Ｂ(新規検定済)

ヤングサイアはばらつきが大きい？

種雄牛 Ｃ(ヤングサイア)

Ａ 評価値 2801±75, 信頼度 99％, 娘牛 5852頭
Ｂ 評価値 3218±281, 信頼度 86％, 娘牛47頭

Ｃ 評価値 3549±586, 信頼度 54％, 娘牛0頭

6

ヤングサイアの特徴【NTP±信頼幅（信頼度）】
種雄牛Ａ（検定済）
3000±283（85%R）
種雄牛Ｂ（ヤングサイア）
3600±432（65%R）

3000

3600

真の遺伝的能力

例えば、種雄牛Ａ（検定済）と、種雄牛Ｂ（ヤングサイア）がいたとします。
NTPの年当たり改良量は200ポイント程度なので、3年ほど世代が進んでいるヤングサイアは、平均的に600ポイントほど高い評価値と考えられます。
真の遺伝能力は、種雄牛Ｂ（ヤングサイア）が、種雄牛Ａ（検定済）を下回る可能性は低いことがわかります。

Ｇ評価と後代検定結果【29後検前期の例】【参照集団に雌牛を加えた場合のイメージ】

NTPで0.7程度の相関がある

ヤングサイアの評価値の信頼性が高まると、評価値（順位）の変動は小さくなると期待される。
相関が高いことから、候補種雄牛頭数を185頭から100頭にまで減らすことが出来た。
ALIC事業で蓄積された雌牛のSNP情報を参照集団に加えると、ゲノミック評価の精度（相関）は更に向上。

7後代検定の効率化のイメージ■従来の後代検定

０年

１年

調整交配

娘牛誕生

２年

３年

４年

５年

娘牛泌乳開始検定済♂

2nd C.
娘牛誕生

６年

７年

８年

2nd C.
娘牛泌乳開始2nd C.
検定済♂

育成

育成

一般供用開始(娘牛50頭 86%R)(娘牛1,000頭 99%R)■後代検定と同時にヤングサイアとして利用した場合

０年

１年

調整交配

娘牛誕生

２年

３年

５年

６年

７年

８年

娘牛泌乳開始
育成

GYS利用

４年

2nd C.
娘牛誕生

8年かかっていたデータ収集が4年で集まる！

2nd C.と同等の検定済♂

2nd C.
娘牛泌乳開始育成(娘牛1,050頭 99%R)

ゲノミック評価の活用例
販売用子牛生産
通常精液の交配や受卵牛Ｆ１交配や売却など、子孫を残さない確実に後継牛を確保♀選別精液で更新牛の確保

採卵やOPUで子孫を増やそう

8ゲノミック評価の活用例
娘 牛
3400

交配種雄牛

ゲノミック評価

3000

ＰＡ
雌 牛

2750

2500

2900

飛び抜けたＧ評価！
→積極的に後継⽜を⽣産→採卵やOPU-IVFの利⽤

PAよりも高いＧ評価→後継⽜⽣産⽤に保留→性選別精液の利⽤

2600

母牛よりも高いＧ評価

2400

母牛よりも低いＧ評価→⺟⽜より改良されている→付加価値⽣産⽤の受卵⽜など→改良されていない→売却や付加価値⽣産へ※選定の基準は、牧場の改良目標により異なります。
※遺伝病やその他の遺伝子型の保因状況も考慮。

まとめ
ゲノミック評価精度が向上
改良の基本は、遺伝的能力を正確に推定すること
後代検定娘牛(ALIC事業)のSNP情報は、偏りのない良質なデータ
参照集団に雌牛データを追加すると、Ｇ評価精度が大幅に向上
国内の飼養環境を反映した、表型値(検定・体型)の収集も重要

ヤングサイアの活用
ゲノミック評価（ヤングサイア）と後代検定結果との相関は高い
検定済種雄牛とヤングサイアをバランス良く利用して、改良を加速化
後継牛生産のための雌牛（未経産牛）の選定でもＧ評価を活用

Ｇ評価を活用した後代検定事業の効率化
ヤングサイアの活用と継続的なデータの収集が不可欠
SNP、泌乳、体型情報を持つ娘牛を効率的に確保する仕組みを検討
検定済種雄牛とヤングサイアをバランス良く利用して、改良を加速化
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