環境負荷低減のクロスコンプライアンス

Q&A
本資料は令和６年３月 12 日時点で作成したものです。
内容については、今後、随時更新することがあります。
あらかじめ御了承ください。

＜目

次＞

【１ 総論】
・・・・・・・・・・・・・・・・・・１
１－１
最低限行うべき環境負荷低減の取組の実践を義務化する「クロスコンプラ
イアンス」とは何ですか。
１－２
クロスコンプライアンスを導入する必要性は何ですか。
１－３
みどりの食料システム法の基本方針に示された「農林漁業に由来する環境
負荷に総合的に配慮するための基本的な取組」とは具体的にどのようなものですか。
１－４
クロスコンプライアンスのチェックシートは、農林水産省の補助事業等を活用する場合には、必ずチェックして提出する必要があるのでしょうか。提出しないとどのようになるのでしょうか。
１－５
令和６年度からの試行実施と令和９年度からの本格実施の違いは何ですか。
１－６
クロスコンプライアンスにおいて求められる取組は、非常に難しい内容となるのでしょうか。誰でも取り組める内容なのでしょうか。
１－７
農林漁業者の経営が苦しい中、クロスコンプライアンスを全事業に義務化することは、さらに現場への打撃になるのではないですか。
１－８
チェックシートを実施する程度で、実効性が確保できるのですか。
１－９
今後、補助事業以外の融資や税制などの政策にもクロスコンプライアンスを適用する可能性はあるのですか。
１－10
クロスコンプライアンスと GAP はどのように異なりますか。
（更問） GAP を取得していれば、チェックシートの提出は免除されますか。
１－11
現在一部事業で実施されている「みどりのチェックシート」とクロスコ
ンプライアンスの違いは何ですか。
１－12
クロスコンプライアンスで求める取組は、義務化ではなく支援対象とすべきではないですか。
１－13
みどり法に基づく認定農業者はチェックシート提出を免除されますか。
１－14
クロスコンプライアンスの取組について、みどり法に基づく農業者認定の要件とする考えはありますか。
【２ 事務手続】・・・・・・・・・・・・・・・・・・９（全般）
２－１
クロスコンプライアンスの導入に当たり、実施すべき事務にはどのようなものがありますか。
２－２
令和６～９年度の試行実施期間中のスケジュールはどのようになっていますか。
２－３
都道府県や市町村において必要となる事務の具体的な内容を教えてください。
２－４
事業実施主体となるＪＡなどにおいて必要となる事務の具体的な内容を教えてください。
1

２－５

申請、報告、確認のいずれの段階においても、国まで、回収した全てのチェックシートを提出する必要はありますか。
２－６
クロスコンプライアンスの取組対象になるのは、事業に関係する取組という認識でよいのでしょうか。
２－７
今後、手続きについては、デジタル化等を検討されているのでしょうか。
（申請時）
２－８
事業申請時のチェックシートの確認方法を教えてください。
２－９
事業申請時点でチェックシートが一つでもチェックされていない場合はどのように対応するのでしょうか。
２－10
経営所得安定対策等、事業申請者が多数に上る場合、申請時の申請書回収の事務負担が増大する場合の軽減策はありますか。
２－11
共同利用施設の整備など、受益者が多数に上る場合、全ての受益者からチェックシートを回収し提出する必要はありますか。
２－12
チェックシートの項目のうち、事業内容上、該当がない項目がある場合はどうすればよいでしょうか。
（報告時）
２－13
令和 6 年度についても事業実施後の報告が必要となるのでしょうか。
（更問）報告時の事務に係る具体的な内容はいつ示されるのでしょうか。
２－14
報告の実施はどのように行うのでしょうか。
２－15
報告時点で、申請時にチェックされていた項目が取り組まれていないことが判明した場合、どのように対応するのでしょうか。
２－16
経営所得安定対策等、事業申請者が多数に上る場合、報告時の報告書回収の事務負担が増大する場合の軽減策はありますか。
２－17
共同利用施設の整備など、受益者が多数に上る場合、全ての受益者から報告書を回収し提出する必要はありますか。
（事後確認）
２－18
令和 6 年度についても事業実施後の確認が必要となるのでしょうか。
（更問）確認時の事務に係る具体的な内容はいつ示されるのでしょうか。
２－19
確認の実施はどのように行うのでしょうか。
（更問）現地確認などが必要となる場合、事務量の大幅な負担や人員不足が生じる可能性がありますが、これに対する支援措置は実施しないのでしょうか。
２－20
確認時点で、申請・報告時にチェックされていた項目が取り組まれていないことが判明した場合、どのように対応するのでしょうか。
２－21
事業申請者が多数に上る場合、全ての受益者に対する確認は現実的に不可能と考えられますが、どのように対応することを考えているのでしょうか。
２－22
事後確認の際には、実際に取り組んだ内容がわかる証拠書類が必要となるのでしょうか。また、どのような書類を保管しておくべきでしょうか。
２－23
取組内容の証明に当たっては、定量的な基準に基づいた資料等を用意しておく必要があるのでしょうか。
（更問）「努める」、「検討する」とされている取組については、どのよう
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な判断のもと取り組まれている状況を確認するのでしょうか。
（遵守されない場合の対応）
２－24
令和６～９年度の試行期間において、クロスコンプライアンスが遵守されない場合の対応はどうなりますか。
２－25
令和 9 年度以降の本格実施開始からは、遵守されない場合にペナルティ措置を課すのでしょうか。
２－26
ペナルティ措置の具体的内容はどうなるのでしょうか。
（公共事業）
２－27
公共事業の場合におけるクロスコンプライアンスの実施方法はどうなるのでしょうか。チェックシートの提出は課すのでしょうか。
２－28
公共事業の場合における報告、事後確認の対応はどのように実施するのでしょうか。
（物品・役務調達、委託事業）
２－29
物品・役務調達、委託事業の場合におけるクロスコンプライアンスの実施方法はどうなるのでしょうか。チェックシートの提出は課すのでしょうか。
２－30
物品・役務調達、委託事業の場合における報告、事後確認の対応はどのように実施するのでしょうか。
（更問）物品調達の場合、納入で事業が完了することとなり、報告と事後確認のタイミングに差がないことが想定されますが、その場合の対応はどのようになるのでしょうか。
【３ チェックシート】
・・・・・・・・・・・・・・・・・・16
３－１
事業申請時にチェックシートで提出することとありますが、具体的なチェックシートの内容を教えてください。
３－２
チェックシートの各項目の選定はどのようにして行ったのですか。
３－３
業種によっては、事業実施上、該当しない項目がありますが、どのように対応することを考えているのでしょうか。
３－４
チェックシートの内容については、試行期間中に取組内容のレベルが上がるなど、変更される可能性はあるのでしょうか。
３－５「努める」、「検討する」という記載が多いが、取組実施については実際に取り組むことを求めるのでしょうか。もしくは記載のとおり「努めた」、「検討した」というレベルで問題はないのでしょうか。
３－６
間接補助事業の場合に、チェックシートを提出するのは誰になるのでしょうか。
３－７
チェックシートの提出については、国費を活用する事業のみが対象でいいのでしょうか。県単独や市単独事業でも実施する必要はあるのでしょうか。
３－８
都道府県や市町村がチェックシートへの記入・提出を行う主体となることはあるのでしょうか。
３－9
協議会やコンソーシアム等、農業者や民間事業者、団体、地方自治体などから構成される実施主体の場合、チェックシートを作成するのは誰になるのでしょうか。
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３－10

これまで実施されていた「みどりのチェックシート」では、講習を行うことを義務付けていましたが、今回のチェックシートでも実施の必要があるのでしょうか。
（更問）環境保全型農業直接支払交付金の「みどりのチェックシート」と今般のクロスコンプライアンスのチェックシートはどちらも提出が必要になるのでしょうか。
３－11
チェックシートの提出に当たっては、複数事業分をまとめて 1 つのシー
ト提出で可とするなど、現場事務の効率化を考えた手続き方法を検討されるのでしょうか。

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【１

総論】

１－１

最低限行うべき環境負荷低減の取組の実践を義務化する「クロスコンプラ
イアンス」とは何ですか。

１ 令和５年 12 月 27 日に食料安定供給・農林水産基盤強化本部において決定された「『食料・農業・農村政策の新たな展開方向』に基づく具体的な施策の内容」において、みどりの食料システム戦略による環境負荷低減に向けた取組強化として、「農
林水産省の全ての補助事業等に対して、最低限行うべき環境負荷低減の取組の実践を義務化する『クロスコンプライアンス』を導入する」こととされました。
２ クロスコンプライアンスとは、農林水産省の補助金等の交付を受ける場合に、みどりの食料システム法の基本方針に示された「農林漁業に由来する環境負荷に総合的に配慮するための基本的な取組」のうち、最低限の内容について、①取り組む内容を事業申請時にチェックシートで提出すること、②実際に取り組んだ内容を事業実施後に報告することを義務化するものです。
３ 今後、令和９年度を目標に全ての事業を対象に本格実施することとし、まず令和６年度は、事業申請時のチェックシートの提出に限定して試行実施を行うこととし
ています。
１－２

クロスコンプライアンスを導入する必要性は何ですか。

１ クロスコンプライアンスを導入し、農林水産・食品関連事業者等に最低限の取組の実践を求めることで、① 農林水産・食品関連事業者等の環境負荷低減の意識向上と取組の底上げを業界全体で図るとともに、② 生産現場等における環境負荷低減の取組を見える化し、消費者に現場の努力を伝えることで、我が国の農林水産・食品関連事業に対する国民的な理解を得ることなどにより、持続可能な食料システムの構築に資するものと考えております。
１－３

みどりの食料システム法の基本方針に示された「農林漁業に由来する環境
負荷に総合的に配慮するための基本的な取組」とは具体的にどのようなものですか。

１

クロスコンプライアンスについては、みどりの食料システム法第 15 条に基づく基本方針に位置付けられた「農林漁業に由来する環境負荷に総合的に配慮する
ための基本的な取組」のうち最低限の内容について、取り組んでいただくこととなります。
2 具体的には、この「基本的な取組」として、①適正な施肥、②適正な防除、③エ
ネルギーの節減、④悪臭及び害虫の発生防止、⑤廃棄物の発生抑制、循環利用・適正処分、⑥生物多様性への悪影響の防止、⑦環境関係法令の遵守等の 7 つの取組が位置付けられています。
３ これら 7 つの取組は、農林水産・食品関連事業者等、食料システムの関係者
が、事業活動を行う中で、新たな環境負荷を生じさせないよう配慮し、環境負荷
5低減と生産性向上の両立を図るために必要な取組と考えております。
１－４

クロスコンプライアンスのチェックシートは、農林水産省の補助事業等を活用する場合には、必ずチェックして提出する必要があるのでしょうか。提出しないとどのようになるのでしょうか。

１

クロスコンプライアンスのチェックシートの記入・提出を行うことは、農林水産省の補助事業や委託事業等の受給要件等となります。
２ もし、記入・提出を行わなかった場合には、補助金等の受給が受けられなくなりますので、必ず実施するようにしてください。
１－５ 令和６年度からの試行実施と令和９年度からの本格実施の違いは何ですか。
１

クロスコンプライアンスについては、令和９年度を目標に農林水産省の全ての事業を対象に本格実施することとし、まず令和６年度は試行実施として、事業申請時のチェックシートの提出に限定して開始し、令和７年度以降、事業実施後の報告や、事後確認を順次開始していくこととしています。
２ また、試行実施期間中に、事務手続きの簡素化や実効性の確保の観点から、必要な改善を行った上で、本格実施につなげていきたいと考えております。
３ また、水田活用の直接支払交付金や農業共済など、対象となる農林漁業者の数が非常に多い等、クロスコンプライアンスの導入について現場への丁寧な説明が必要となる事業もあることから、令和 6 年度からの試行実施期間中にしっかりと説明を行い、順次導入を行います。
４ 令和９年度を目標に行う本格実施については、農林水産省の全ての事業において、① 取り組む内容を事業申請時にチェックシートで提出すること② 実際に取り組んだ内容を事業実施者に報告することを義務化し、また、第三者による報告内容の確認を行うことを検討しています。
１－６

クロスコンプライアンスにおいて求められる取組は、非常に難しい内容となるのでしょうか。誰でも取り組める内容なのでしょうか。

１ クロスコンプライアンスは現場の生産者等の皆さんが意識すれば取り組める内
容としております。
２ チェックシートを用い、点検を行っていただくことで、日ごろの事業活動において、最低限の取組を実践できるようにしているところです。
３ 取組内容については、別途業種ごとに解説書もご用意しておりますので、具体的な内容については、そちらも参考にしてください。
１－７

農林漁業者の経営が苦しい中、クロスコンプライアンスを全事業に義務化することは、さらに現場への打撃になるのではないですか。

１

近年、地球温暖化の影響による気温上昇や降雨量の増大などによる農林水産分野の被害が顕在化しているなど、環境の変化が農林漁業者の経営に影響を及ぼしてお6

り、持続的な食料・農林水産業の確立に向けて、生産現場においても環境負荷低減に向けた取組を行うことが待ったなしの課題となっています。
2 こういった状況を踏まえ、令和５年 12 月 27 日に食料安定供給・農林水産基盤強化本部において公表された「『食料・農業・農村政策の新たな展開方向』に基づく
具体的な施策の内容」において、クロスコンプライアンスの導入が位置付けられたものと認識しています。
３ クロスコンプライアンスの導入に当たっては、日頃の事業活動における最低限行
うべき取組として、より多くの農林漁業者等の皆様が意識すれば取り組めるような内容を整理しているところであり、現場にとって負担を強いるようなものにはならないよう最大限の配慮をして進めてまいります。
１－８

チェックシートを実施する程度で、実効性が確保できるのですか。

１

クロスコンプライアンスの導入については、誰もが取り組みやすい手法とする観点から、農林漁業者等が必要な取組内容を理解し、自らの取組状況を点検することができるチェックシート方式により実施することとしています。
2 一方で、実効性の確保も重要であることから、事業実施後に実際に取り組んだ内
容を報告いただくこと、さらに、事業実施後に国や地方自治体等が、取組が実際に実施されたかどうかを確認する仕組みも併せて導入することを検討しています。
３ チェックシートの事業申請時の提出、事業実施後の報告、確認を組み合わせて行うことにより、クロスコンプライアンスの実効性を確保してまいります。
１－９

今後、補助事業以外の融資や税制などの政策にもクロスコンプライアンスを適用する可能性はあるのですか。

１

令和 6 年度から試行実施を行い、令和 9 年度に本格実施を行う環境負荷低減のクロスコンプライアンスについては、融資への利子助成を含め、農水省の予算で実施している全ての補助事業や委託事業等を対象に実施することとしています。
２ みどりの食料システム戦略においては、政策手法のグリーン化として、補助・投融資・税・制度等の政策誘導の手法を段階的に見直すことが記載されているところです。
３ 現時点では、補助事業等でのクロスコンプライアンスについて、現場の理解も得ながらスムーズに実施することが重要と考えており、ただちに税制等へ適用するものではありませんが、今後、実施状況を踏まえながら、政策手法のグリーン化をより効果的に進める観点から、検討を進めてまいります。
１－10

クロスコンプライアンスと GAP はどのように異なりますか。

１

今般実施するクロスコンプライアンスは、各種の補助事業等において、環境負荷低減に関する要件等を設定することであり、その内容については、みどりの食料シ
ステム法の基本方針に基づく、農林漁業に由来する環境負荷低減に配慮するための基本的な取組について、必要最低限の内容を実践することを要件とするものです。
２ 一方、GAP は、農業生産の各工程の実施、記録、点検及び評価を行う持続的な改善活動として、当省では「食品安全」、「環境保全」、「労働安全」、「人権保護」、「農7

場経営管理」の５分野を含む GAP を国際水準 GAP として普及・推進しているところです。
３ 以上のことから、クロスコンプライアンスは、GAP の基礎的な取組を、より広範な者に対して促すものとなっており、GAP の推進にも貢献すると認識しています。
【（更問）GAP を取得していれば、チェックシートの提出は免除されますか。】
１ 令和 6 年度からの試行実施においては、各事業に紐づける形でクロスコン
プライアンスを実施することとしており、GAP の取得に関わらずチェックシートの提出が必要です。
２ 一方で、試行実施期間中に、事務負担の軽減の観点から、GAP の取得をチェックシート提出に代えられるか否かも含めて検討いたします。
１－11

現在一部事業で実施されている「みどりのチェックシート」とクロスコン
プライアンスの違いは何ですか。

１ 「みどりのチェックシート」は、みどりの食料システム戦略における政策手法のグリーン化の方向性を踏まえて、農産、畜産に関する補助事業におけるクロスコン
プライアンス要件の充実に向けて、先行的に取り組まれてきたものです。
２ 今般導入する、環境負荷低減のクロスコンプライアンスは、これらの先行的な取組の実施状況も参考にしつつ、みどりの食料システム法の基本方針に沿った内容に整理し、また、農産・畜産だけではなく、林業・水産業さらには食品関連産業、その他の民間企業・自治体などが事業実施主体や受益者となる事業も含め、農林水産省の全ての補助事業等を対象として、本格実施を行うこととしています。
３ なお、畜産関連等の一部事業については、令和６年度も現行の「みどりのチェックシート」を継続的に実施することとしており、令和７年度以降に今般検討したチェックシートへの移行を行うことで、導入を円滑に行うこととしております。
1－12

クロスコンプライアンスで求める取組は、義務化ではなく支援対象とすべきではないですか。

１

クロスコンプライアンスは、農林水産省の全ての補助事業等において、新たな環
境負荷を生じさせることのないよう、支援対象者が最低限行うべき環境負荷低減の取組を義務化するものです。
２ また、現場の農林漁業者等、食料システムに関わる者がこれまでにも実施してきた、環境負荷低減の取組を、消費者等にも知っていただけるよう、明確に示すことが可能となるものと考えております。
３ 最低減行うべき取組の内容としては、例えば、農業経営体の場合、① 肥料・農薬の使用状況の記録・保存② 作物の生育や土壌養分に応じた施肥③ 農薬ラベルの確認・遵守、農薬の飛散防止といった、全国の農業者が意識すれば取り組めるような内容としており、これを実践する場合に支援を行うことは想定していません。
8

４

一方、クロスコンプライアンスによる最低限の取組よりも更に進んだ営農活動に対してはしっかり支援を行う必要があると考えており、令和９年度を目標に、みどりの食料システム法に基づき環境負荷低減に取り組む農業者による先進的な取組を後押しする仕組みへの移行を検討してまいります。

1－13

みどり法に基づく認定農業者はチェックシート提出を免除されますか。

１

今般導入することとしている、環境負荷低減のクロスコンプライアンスについて
は、農林水産省が実施する全ての補助事業等に紐づけて実施することとしています。
２ これは、各事業の内容に合わせて、その実施に当たり、新たな環境への負荷を生じさせないための取組を、事業の実施者や受益者に要件として課すものであり、みどり法に基づく認定農業者であっても、各事業でチェックシートを提出いただくことが適切と考えています。
1－14

クロスコンプライアンスの取組について、みどり法に基づく農業者認定の要件とする考えはありますか。

１

みどり法に基づく農業者等の認定に当たっては、今般導入するクロスコンプライ
アンスの取組のベースとしている、みどりの食料システム法の基本方針を踏まえ、「環境負荷低減事業活動の実施に当たっての配慮事項」として、適正な施肥等の７つの取組を、認定申請の際にチェックし提出することとなっております。
２ そのため、一般論として、今般導入するクロスコンプライアンスとほぼ同様の取組が、認定要件として既に求められているものと認識しています。
【２ 事務手続】（全般）
２－１

クロスコンプライアンスの導入に当たり、実施すべき事務にはどのようなものがありますか。

１

環境負荷低減のクロスコンプライアンスは、誰もが取り組みやすい、チェックシート方式で実施することとしています。
２ 実施に当たっては、農林水産省の各種事業で、大きく分けて３つの事務があり、① 事業実施主体が、事業申請時に取り組む内容をチェックして提出② 事業実施主体が、事業報告時に実際に取り組んだ内容をチェックして提出③ 申請や報告を受ける国や自治体等が、完了検査時等に報告内容を確認となります。
３ このうち、令和６年度については、①のみに限定して実施することとし、令和７年度以降、②、③についても順次導入し、令和９年度からは本格実施として、全ての事業で①～③を行うこととします。
４ なお、農林水産省の事業は多種多様であることや、補助事業、公共事業、委託事業等の種別によっても実施方法は異なることから、実際の事務内容について
は、各事業の要綱・要領や仕様書などをご確認願います。

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２－２ 令和６～９年度の試行実施期間中のスケジュールはどのようになっていますか。
１

令和６～９年度の試行実施期間中のスケジュールとして、まず令和６年度は、①
事業申請時に取り組む内容をチェックして提出のみに限定して実施することとし、
令和７年度以降、②事業報告時に実際に取り組んだ内容をチェックして提出、③報
告検査時等に抽出方式で報告内容の確認についても順次導入することとします。
２ なお、事業によっては、事業対象者数が非常に多い場合などもあることから、令和６年度中は、クロスコンプライアンスの実施に係る現場への周知をしっかりと行
った上で、実際に取り組んでいただくなど、段階的に実施していく場合もあります。
２－３ 都道府県や市町村において必要となる事務の具体的な内容を教えてください。

１

環境負荷低減のクロスコンプライアンスの導入に当たり、必要となる事務については、大きく分けて３つあり、① 事業実施主体が、事業申請時に取り組む内容をチェックして提出② 事業実施主体が、事業報告時に実際に取り組んだ内容をチェックして提出③ 申請や報告を受ける国や自治体等が、完了検査時等に報告内容を確認となります。
２ 間接補助事業の場合、都道府県や市町村においては、①、②に関しては、チェックシートが提出され、チェックが付いていることを確認することや、③に関しては、事業終後の完了検査等を行う際などに、チェックシートに記載のある取組について、実際に実施されているかなどの確認事務などを担っていくことになると想定しています。
３ ただし、クロスコンプライアンスの実施に当たって、過大な事務負担が生じないよう、①～③の事務の実施に当たっては、既存の事務作業に溶け込む形で実施することや、悉皆ではなく抽出での確認とするなど、工夫を行ってまいります。
２－４ 事業実施主体となるＪＡなどにおいて必要となる事務の具体的な内容を教えてください。
１

ＪＡなどについては、共同利用施設の整備に係る事業などの事業実施主体となること等が想定されるところです。
２ このような場合、クロスコンプライアンスの実施に当たり、事業申請時、報告時に、受益者となる農業者全員から、チェックシートを回収し、チェックが付いていることを確認した上で、自治体等へ提出する等の事務を実施いただくこととなります。
３ ただし、クロスコンプライアンスの実施に当たって、過大な事務負担が生じない
よう、受益農業者が多数にわたる場合などは、数百枚にわたるチェックシートを提出するのではなく、チェックシート実施者の名簿を作成・提出いただくなど、申請様式を簡素化するなどの工夫をしてまいります。

10

２－５

申請、報告、確認のいずれの段階においても、国まで、回収した全てのチェックシートを提出する必要はありますか。

１

事業の形態にもよりますが、基本的にはチェックシートは申請書や報告書に係る事業実施主体からの直接の提出先まで提出をいただくことを考えております。例えば、事業実施主体が都道府県に直接申請する場合は、チェックシートは都道府県までの提出となり、国への提出は不要です。

２－６

クロスコンプライアンスの取組対象になるのは、事業に関係する取組という認識でよいのでしょうか。

１

クロスコンプライアンスは、事業の実施に当たり、新たな環境負荷が生じないようにすることを目的としていることから、対象となる取組は、事業内で実施される取組として考えていただいて結構です。

２－７

今後、手続きについては、デジタル化等を検討されているのでしょうか。

１

手続きのデジタル化については、令和９年度の本格実施に向けて検討していきたいと考えております。事業申請者の中には高齢等の理由でデジタル化になじめない方もいることから、その点も踏まえて検討してまいります。

（申請時）
２－8 事業申請時のチェックシートの確認方法を教えてください。
１

環境負荷低減のチェックシートについては、事業申請時に各取組項目を読んだ上で、自身の経営における取組状況も踏まえながら、事業実施期間中に取り組む内容を確認した上で、チェックをつけ、事業申請様式や添付資料として提出することとなります。
２ 一方、委託事業や公共事業の場合は、仕様書にクロスコンプライアンスの取組を位置付けており、基本的にはチェックシート提出によらず、その内容を遵守いただ
くという条件で、入札等に参加いただくこととなります。
３ いずれにせよ、事業の要綱・要領や、仕様書により、対応方法が若干異なることが想定されますので、活用を検討する事業の申請等の方法をご確認ください。
２－9

事業申請時点でチェックシートが一つでもチェックされていない場合はどのように対応するのでしょうか。

１

チェックシートに位置付けられる取組は、環境負荷低減のために最低限行っていただくべき取組であり、そもそも該当しない取組を除き、現場において、意識すれば取り組める内容としています。
２ そのため、チェックシートの取組内容へのチェックが１つでも欠けている場合は、書類の不備などの事由から申請ができないことになりますので、ご留意ください。
２－10 経営所得安定対策等、事業申請者が多数に上る場合、申請時の申請書回収の事務負担が増大する場合の軽減策はありますか。
11

１

経営所得安定対策等、事業申請者数が多数に上る場合には、例えば複数事業の申請書をまとめて共通様式や複写式とすることで、1 枚のチェックシートで複数事業の申請を可能としたり、既存様式へ溶け込ませるなどの事務負担の軽減策を講じることとしています。

２－11

共同利用施設の整備など、受益者が多数に上る場合、全ての受益者からチェックシートを回収し提出する必要はありますか。

１

共同利用施設の整備等、JA などの事業実施者のもとに、受益者が多数参画している場合は、チェックシートは、全ての受益者に記入していただく必要があります
が、事業実施者から地方自治体への申請書の提出に当たっては、全てのチェックシートを提出するのではなく、チェックシートを実施した受益者の一覧を添付いただ
き、事務を簡素化していただいて構いません。
２ これについては、各事業の規模や内容により対応が異なりますので、適宜ご確認
ください。
２－12

チェックシートの項目のうち、事業内容上、該当がない項目がある場合はどうすればよいでしょうか。

１

チェックシートについては、各事業の内容により、発生する環境負荷も異なることから、事業に応じてチェックする項目も異なるものとなります。
２ そのため、事業内容上、該当がない項目はチェックの対象外となります。
（その場
合は、当該項目について「該当なし」の欄をチェックしてください。）
（報告時）
２－13

令和 6 年度についても事業実施後の報告が必要となるのでしょうか。

１

令和 6 年度は、事業申請時のチェックシートの提出等に限定して試行実施を行うこととしており、報告は不要です。
（従前から報告を求めていた一部事業は除く。）
２ 一方で、令和 7 年度からは順次実施してまいります。
【（更問）報告時の事務に係る具体的な内容はいつ示されるのでしょうか。】
１ 報告時の具体的な事務については、令和 6 年度からの試行実施の状況や、各事業によって事務的な対応が異なることから、これを踏まえ今後検討していくこととなりますが、現場での対応が円滑に進むよう、令和 6 年度の上半期には、実施方針を示すことができるように検討を進めたいと思います。
２－14

報告の実施はどのように行うのでしょうか。

１

報告の実施については、チェックシートの項目について、申請時に取り組むとした取組について、実際に取り組んだことを事業実施後に報告いただきます。
２ 具体的には、令和 7 年度以降、報告時のチェック欄も記入をしていただいたチェ
ックシートを提出いただくことを想定しています。
３ 事業により、対応方法が若干異なることも想定されますので、導入後、活用を検12討する事業の要綱・要領等をご確認ください。
２－15 報告時点で、申請時にチェックされていた項目が取り組まれていないことが判明した場合、どのように対応するのでしょうか。
１

報告時点で、申請時にチェックされていた項目が取り組まれていないことが判明した場合の対応については、令和 6 年度からの試行実施の状況や、各事業の指導体
制などを踏まえ今後検討していくこととなります。
２ いずれにせよ、報告の他、事後確認の実施とも関連することから、これら 2 つのプロセスについて、具体的な対応内容を検討してまいります。
２－16

経営所得安定対策等、事業申請者が多数に上る場合、報告時の報告書回収の事務負担が増大する場合の軽減策はありますか。

１

経営所得安定対策等、多くの事業実施主体が毎年度申請する事業については、毎
年の事業申請書の提出時に、事業の当該年度に取り組む内容のチェックと、前年度に取り組んだ内容のチェックを同時に提出できる様式とするなどにより、事務負担の軽減を図ることを考えています。

２－17

共同利用施設の整備など、受益者が多数に上る場合、全ての受益者から報告書を回収し提出する必要はありますか。

１

共同利用施設の整備等、JA などの事業実施者のもとに、受益者が多数参画している場合などは、チェックシートの報告自体は全ての受益者に実施いただく必要がありますが、事業実施者から地方自治体への報告書の提出に当たっては、全てのチェックシートを提出するのではなく、報告を行った受益者の一覧を添付いただき、事務を簡素化するなどの措置を検討します。
２ これについては、事業の規模や内容により対応が異なりますので、各事業の要綱・要領等をご確認ください。
（事後確認）
２－18

令和 6 年度についても事業実施後の確認が必要となるのでしょうか。

１

令和 6 年度は、事業申請時のチェックシートの提出等に限定して試行実施を行うこととしており、事後確認は不要です。（従前から事後報告を行っている一部事業は除く。）
２ 一方で、令和 7 年度からは順次実施してまいります。
【（更問）確認時の事務に係る具体的な内容はいつ示されるのでしょうか。
】
１ 事後確認の具体的な事務については、令和 6 年度からの試行実施の状況
や、各事業によって事務的な対応が異なることから、これを踏まえ今後検討していくこととなりますが、現場での対応が円滑に進むよう、令和 6 年度の上半期には、実施方針を示すことができるように検討を進めたいと思います。

13

２－19

確認の実施はどのように行うのでしょうか。

１

事後確認については、チェックシートにある取組が実際に行われたかの報告を受けて、国や自治体等が実施状況の点検を行うことにより、クロスコンプライアンスの実効性を確保することとしています。
２ 具体的な実施方法については、令和 6 年度からの試行実施の状況や、各事業の指導体制などを踏まえ今後検討していくこととなります。
【（更問）現地確認などが必要となる場合、事務量の大幅な負担や人員不足が生じる可能性がありますが、これに対する支援措置は実施しないのでしょうか。】
１ 基本的に、現行の事業において実施されている完了検査等において、受益者に対し、チェックシートの取組を踏まえた聞き取りを行うなど、これまでの事
業実施の範囲内で対応できる方法を検討したいと考えており、支援措置については検討しておりません。
２－20

確認時点で、申請・報告時にチェックされていた項目が取り組まれていないことが判明した場合、どのように対応するのでしょうか。

１

確認時点で、申請時にチェックされていた項目が取り組まれていないことが判明した場合の対応については、令和 6 年度からの試行実施の状況や、各事業の指導体
制などを踏まえ今後検討していくこととなりますが、現時点では、チェックシートに記載された取組を実践していただけるよう、まずは改善指導を行うことを想定しています。

２－21 事業申請者が多数に上る場合、全ての受益者に対する確認は現実的に不可能と考えられますが、どのように対応することを考えているのでしょうか。
１

事後確認については、事業申請者が多い場合、事務負担を考慮すると、悉皆調査を行うことは現実的ではないと考えています。
２ 事務負担の軽減のため、抽出方式で選定した事業実施主体や受益者に対し実施することや、地方自治体等で行われている完了検査等、既存事務の中での実施ができるよう検討してまいります。
２－22

事後確認の際には、実際に取り組んだ内容がわかる証拠書類が必要となるのでしょうか。また、どのような書類を保管しておくべきでしょうか。

１

令和 6 年度に当たっては、申請時のチェックシート提出に限定した試行実施のため、証拠書類の提出は不要です。
２ 一方で、報告時や事後確認の際には、実際に取り組んだ内容を証明できる資料をご用意いただくこととなりますが、保管すべき書類などの例については、今後検討
してまいりますので、確定次第お知らせします。

14

２－23 取組内容の証明に当たっては、定量的な基準に基づいた資料等を用意しておく必要があるのでしょうか。
１

クロスコンプライアンスについては、最低限行うべき取組として、「○割削減」な
ど定量的な基準を設ける考えはありません。
２ なお、農林漁業者等の皆さまがチェックシートの取組内容を理解し、判断する際の取組例を整理した解説書を公表しておりますので、そちらもご覧ください。
【（更問）「努める」、「検討する」とされている取組については、どのような判断のもと取り組まれている状況を確認するのでしょうか。】
１ 「努める」、「検討する」とされている取組については、事後確認の際に、聞き取りにより確認を行うことや、聞き取る内容をマニュアルなどに整備する等も含めて、検討してまいります。
（遵守されない場合の対応）
２－24 令和６～９年度の試行期間において、クロスコンプライアンスが遵守されない場合の対応はどうなりますか。
１

令和６～９年度の試行期間中は、令和 6 年から申請時、令和 7 年度以降報告
時、確認の対応を順次導入することと考えております。
２ そのため、試行実施期間中はチェックシートの提出や取組内容に不備があった
場合においてもペナルティ措置の対象とはしないこととします。（令和５年 12 月
27 日付け環境バイオマス政策課長通知「補助事業及び物品・役務の調達（委託事業を含む）における環境負荷低減のクロスコンプライアンスの試行実施について」において、その旨通知しています。）
３ 併せて、クロスコンプライアンスの各手続き等に改善すべき点が判明した場合には所要の改善を行うことといたします。
２－25

令和 9 年度以降の本格実施開始からは、遵守されない場合にペナルティ措置を課すのでしょうか。

１

クロスコンプライアンスとは各種の補助事業において、環境負荷低減に関する要件等を設定することであり、確認の結果、その取組が実践されていないことが判明
し、改善が見込まれない場合には、何らかのペナルティ措置を課すことも検討して
おります。

２－26

ペナルティ措置の具体的内容はどうなるのでしょうか。

１

現時点では、クロスコンプライアンスが遵守されていない場合、チェックシートに記載された取組を実践していただけるよう、まずは改善指導を行うことを想定していますが、繰り返しの指導にも関わらず改善が見られない場合は、ペナルティ措
置を行うことも検討しております。
２ ペナルティ措置の内容については、令和 6 年度からの試行実施の状況や、各事業の指導体制などを踏まえ今後検討してまいります。
15

（公共事業）２－27 公共事業の場合におけるクロスコンプライアンスの実施方法はどうなるのでしょうか。チェックシートの提出は課すのでしょうか。
１

公共事業については、工事期間における環境負荷が生じることが想定されることから、土木事業者等の施工業者に、環境負荷低減のための最低限の取組を実施いた
だくこととなります。
２ 遵守すべき事項については、「土木工事共通仕様書」等に位置付け、入札に当たり、当該仕様書の内容を遵守いただくことを要件とすることにより、これをチェッ
クシートの提出に代わる手続きとしてクロスコンプライアンスを実施することとしています。
２－28

公共事業の場合における報告、事後確認の対応はどのように実施するのでしょうか。

１

事後確認の対応については、今後検討してまいりますが、基本的には、完了検査
等、既存事務の中で実施する方向で検討したいと考えています。

（物品・役務調達、委託事業）
２－29

物品・役務調達、委託事業の場合におけるクロスコンプライアンスの実施方法はどうなるのでしょうか。チェックシートの提出は課すのでしょうか。

１

物品・役務調達、委託事業については、事業を受託する民間事業者等の皆様に、
クロスコンプライアンスに対応いただくものとなります。
２ 遵守すべき事項については、それぞれの事業の仕様書等に位置付けることとしており、入札や公募に当たり、当該仕様書の内容を遵守いただくことを要件とすることとして、これをチェックシートの提出に代わる手続きとしてクロスコンプライア
ンスを実施することとしています。
２－30

物品・役務調達、委託事業の場合における報告、事後確認の対応はどのように実施するのでしょうか。

１

事後確認の対応については、今後検討してまいりますが、基本的には、完了検査
等、既存事務の中での実施する方向で検討したいと考えています。

【（更問）物品調達の場合、納入で事業が完了することとなり、報告と事後確認のタイミングに差がないことが想定されますが、その場合の対応はどのようになるのでしょうか。】
１ 物品調達については、納入時に取組状況の報告、納入検査時に取組状況の確認も併せて実施することなどを想定しています。
【３

チェックシート】

３－１

事業申請時にチェックシートで提出することとありますが、具体的なチェックシートの内容を教えてください。
16

１

環境負荷低減のクロスコンプライアンスは、生産性向上のための機械導入や施設整備、需要に応じた作物の増産等への各種支援に当たり、環境負荷低減の最低限の取組を要件化するものとなり、各種支援で新たな環境負荷を生じさせないよう配慮するための取組として整理しています。
２ チェックシートには、この最低限行うべき環境負荷低減の取組について、みどり法に基づく基本方針に「農林漁業に由来する環境負荷に総合的に配慮するための基
本的な取組」として位置付けられた７つの取組を基として、記載しているところです。
３ 具体的には、①適正な施肥、②適正な防除、③エネルギーの節減、④悪臭・害虫の発生防止、⑤廃棄物の発生抑制、循環利用・適正処分、⑥生物多様性への悪影響の防止、⑦環境関係法令の遵守等の７つの取組について、各事業の受益者や内容に合わせて、位置付けています。
３－２

チェックシートの各項目の選定はどのようにして行ったのですか。

１

チェックシートの各項目については、みどりの食料システム法第 15 条に基づく基本方針に位置付けられた、「農林漁業に由来する環境負荷に総合的に配慮する
ための基本的な取組」、具体的には、①適正な施肥、② 適正な防除、③エネルギ
ーの節減、④悪臭及び害虫の発生防止、⑤廃棄物の発生抑制、循環利用・適正処
分、⑥生物多様性への悪影響の防止、⑦環境関係法令の遵守等の 7 つの取組について、省内の各部局と検討を重ね、最低限行うべき内容を整理したものです。

３－３

業種によっては、事業実施上、該当しない項目がありますが、どのように対応することを考えているのでしょうか。

１

チェックシートについては、各事業の内容により、発生する環境負荷も異なることから、事業に応じてチェックする項目も異なるものとなります。
２ そのため、事業内容上、該当がない項目はチェックの対象外となります。
（その場
合は、当該項目について「該当なし」の欄をチェックしてください。）
３－４

チェックシートの内容については、試行期間中に取組内容のレベルが上がるなど、変更される可能性はあるのでしょうか。

１

令和６～９年度の試行期間中は、令和 6 年度から申請時、令和 7 年度以降報告
時、確認の対応を順次導入することを考えております。
２ 試行期間中においては、クロスコンプライアンスの各手続き等に改善すべき点が判明した場合には、これを検証し、チェックシートの内容も含めて所要の改善を行う可能性があります。
３ なお、取組レベルの向上については、今後、環境負荷低減の取組が進み、最低限取り組むべき新たな内容が出てくるなど、現場の状況を踏まえて慎重に判断い
たします。

17

３－５ 「努める」、「検討する」という記載が多いが、取組実施については実際に取り組むことを求めるのでしょうか。もしくは記載のとおり「努めた」、「検討した」というレベルで問題はないのでしょうか。
１ クロスコンプライアンスの導入に当たっては、① 農林水産・食品関連事業者等の環境負荷低減の意識向上と取組の底上げを業界全体で図るとともに、② 生産現場等における環境負荷低減の取組を見える化し、消費者に現場の努力を伝えることで、我が国の農林水産・食品関連事業に対する国民的な理解を得ることなどにより、持続可能な食料システムの構築に資するものと考えております。
２ そのため、まずは農林水産・食品関連事業者等の幅広い者に取り組んでいただくべき水準として、「努める」、「検討する」としている項目もあります。
３ これらの項目については、まずは意識づけを進めるため、現段階では、各取組に努めることや、実施を検討することで、当該取組は実施されたものとしますが、今後の実施状況を踏まえ、中長期的には見直しも検討してまいります。
３－６

間接補助事業の場合に、チェックシートを提出するのは誰になるのでしょうか。

１

間接補助事業の場合、間接補助を行う都道府県や市町村ではなく、事業実施主
体または受益者となる農業者等がチェックシートの実施者となります。
２ 例として、強い農業づくり総合支援交付金では、JA 等が事業実施主体の場合、受益者である農業者がチェックシートを作成し、JA 等がとりまとめて提出することとなります。
３－７

チェックシートの提出については、国費を活用する事業のみが対象でいいのでしょうか。県単独や市単独事業でも実施する必要はあるのでしょうか。

１

チェックシートの提出は、国費（農林水産省の予算）を活用する事業が対象となります。
２ 県や市の単独事業は対象としておりせんが、各自治体の判断で国庫事業と同様に実施いただくことは歓迎いたします。
※ 国庫事業であっても、公共事業では共通仕様書の遵守事項とし、工事の施工業者に環境負荷低減の取組を実践していただきます。この場合、チェックシートの提出は不要です。
３－８

都道府県や市町村がチェックシートへの記入・提出を行う主体となることはあるのでしょうか。

１

都道府県や市町村が事業主体となり、直接受益する事業では、都道府県や市町村にチェックシートを提出いただく必要があります。チェックシ—ト作成に当たっては事業を活用される部署を担当としていただいて結構です。
２ 一方、類似事業では申請時の提出をワンストップ化して、複数事業を一枚のチェ18

ックシートの提出で可とするなど簡素化を検討したいと思います。
３－９

協議会やコンソーシアム等、農業者や民間事業者、団体、地方自治体などから構成される実施主体の場合、チェックシートを作成するのは誰になるのでしょうか。

１

協議会やコンソーシアムの中で、最も受益する者に提出していただくこととなります。例えば、協議会の中で農業者向けの機械設備等を導入する場合には、当該機械等を利用する農業者がチェックシートを提出いただくこととなります。
２ 対象者は事業内容より異なるので、各事業の要綱・要領において、作成対象をご確認願います。
３－1０ これまで実施されていた「みどりのチェックシート」では、講習を行う
ことを義務付けていましたが、今回のチェックシートでも実施の必要があるのでしょうか。
１

環境保全型農業直接支払交付金で要件となっていた、「みどりのチェックシート」
については、当該チェックシートの取組に関する指導・研修を受けることを要件としていたところです。
２ 今般、全省的に環境負荷低減のクロスコンプライアンスの取組を行うに当たり、「みどりのチェックシート」の内容については、クロスコンプライアンスのチェックシートの内容と整合性をとりつつ、指導・研修の受講は不要になります。
３ 具体的には、環境保全型農業直接支払交付金の要領等をご確認願います。
【（更問）環境保全型農業直接支払交付金の「みどりのチェックシート」と今般のクロスコンプライアンスのチェックシートはどちらも提出が必要になるのでしょうか。】
１ 「みどりのチェックシート」とクロスコンプライアンスのチェックシートの内容については整合性が取られるため、要綱・要領等で指定されるいずれか一方のシートを提出いただければ結構です。
３－１１ チェックシートの提出に当たっては、複数事業分をまとめて 1 つのシー
ト提出で可とするなど、現場事務の効率化を考えた手続き方法を検討されるのでしょうか。
１
２

事務負担の簡素化については、今後、具体的な方法を検討していきます。
各種事業の申請が異なる場合（市町村、都道府県、国、民間団体等）に共有することは難しいため、似通った事業、関連した事業は共通の様式でワンストップ化すること等をまずは考えていきたいと思います。将来的にはより多くの事業で様式の共通化等を検討してまいります。

19