Technical Review

Chromatography, Vol.27 No.2 (2006)

Technical Review

高精度MSn測定データを用いた組成推定ソフトウェアの開発＊

猪鼻祐介、山口真一、向紀雄、平野一郎

Development of a unique software tool to predict empirical formulae
utilizing accurate mass MSn measurements
Yusuke Inohana＊, Shinichi Yamaguchi, Norio Mukai and Ichiro Hirano
Analytical Applications Department, Analytical & Measuring Instruments Division, Shimadzu Corporation
1, Nishinokyo−kuwabaracho, Nakagyo−ku, Kyoto 604−8511, Japan

Abstract
Since a hybrid quadrupole ion trap TOF system generates MS and MSn spectra, the prediction tool set can use the fragment ion data to reduce
the list of potential candidates and remove invalid formulae. Although the main variables affecting the returned scores for potential candidates
are mass accuracy and isotopic distribution for the MS spectra, results presented will also highlight the importance of fragment ion data. The
fragment ion data helps in filtering candidates by allowing for the ability to remove invalid formulae thus helping to identify the correct empirical formula with a higher degree of confidence without the need for using sub−ppm mass accuracy data. This paper will also show the importance of advanced modeling tools for fitting experimental and theoretical mass accuracy and isotope distribution data applied to empiricalformula prediction using a diverse chemical library as a test system.
Keywords : quadrupole ion trap, TOF, MSn, mass accuracy, isotopic distribution, empirical formula

ツールの応用がなされてきており、MS２のデータを活用する

緒言
高精度質量分 析 法 は、飛 行 時 間 型 質 量 分 析 計（TOF）、手法についてもいくつかの報告例がある[3, 4]。本稿では、今QqTOFやIT−TOFといったTOFベースのハイブリッド質量分回新たに開発した、高精度MS情報だけでなく高精度なMSn析計およびFTMSといった数々の技術基盤の基で達成可能なデータも考慮できる組成式推定ソフトウェアについて述べものとなってきている。これらの技術基盤は、医薬品分野にる。

おける代謝物同定や合成化合物の組成式確認などに大きな役割を果たしている[1, 2]。このような中、測定で得られた精密開発背景・概要

質量データと理論的な同位体分布および化学的ルールを組み本ソフトウェアの開発にあたって、まず高精度なMSnデー合わせて、帰属した実験式の確かさを高めるソフトウェア

タを組成推定に応用する有効性を示す一例として、質量精度〒６０４―８５１１ 京都府京都市中京区西ノ京桑原町１
株式会社島津製作所 分析計測事業部 応用技術部
TEL : 075−823−1089 FAX : 075−841−9326
E−mail : ino−yu@shimadzu.co.jp―７３―

Chromatography, Vol.27 No.2 (2006)と組成候補数の関係について検討した（Figure １）。ここでTable 1. Overview of software functionalities and parameters

は、以下の計算モデルを用いた。元素は、炭素、水素、窒素、

概要Stage

酸素の４元素を用い、Cの数をn、Hの数をn〜２ n＋２、Oおパラメータ詳細

MSスペクトルデータ

よびNをそれぞれ０〜n/５とし、n＝１４０まで計算し、１０，１お１

よび０．
１ppmの質量精度を用いて、整数質量間における識別不可能な組成候補がいくつ存在するかを求めた。

分子イオンもしくは付 正しい組成式を同定する可能性を上げるため
加イオンと質量精度を に、不飽和度、HC比、窒素ルール、アダクト考慮する。
イオン情報、質量精度閾値といった汎用的なフィルタ機能を持つ。
MSnスペクトルデータ

実際に計算すると、１０ppmでは２００付近から一義的に決定することは難しくなり、１ ppmと０．
１ppmでは、５５０付近から、その傾向が見られる。１ ppmと０．
１ppmの始点が同じ理
２

由は、はじめに出てくる質量の近いもの同士の差が非常に小さなものだからである。
（Ex : C３５H４１O５：５５３．
２９５４０、C３５H３５N７ :５５３．
２９５３９ ０．
０１mu/５００u＝０．
０２ppm）若干、乱暴な考察で分子イオンから生成したMSnプロダクトイオンを考慮し、それぞれのプロダクトイオンにお け る 理 論 的 なcomplemention（プ リ カ ーサイオンとプロダクトイオンの差）を計算す
るはあるが、この結果から質量が倍になると候補の数は１０倍程度になり、質量精度が１０倍になると約２倍の質量の組合せが同位体分布データ決定できるようになると考えられる。また、今回の計算モデ可能性のある組成候補の理論的な同位体分布スペクトルを生成する。

ルには、硫黄やリンなどの元素を考慮すると、それぞれの質３量精度での限界質量は低くなり、曲線の立ち上がりは急になることが予想できる。またSunghwanらも、C，H，N，O，Sの元素の組合せでは５００uの質量を持つ分子の組成を唯一にMSnで得られるプロダクトイオン情報を用いて、対応するプリカーサイオンの組成候補から、プロダクトイオン情報に一致しない組成式候補を除外する。この考え方はそれぞれのステージのMSnデータで繰り返し使用される。例
えば、MS４で得られたプロダクトイオンの組成候補を用いて、MS３で選択したプリカーサイオンの組成候補をフィルタリングする。
（MS３イオンは、MS２イオンをフィルタリングし、MS２イオンは、MS１での分子イオンのフィルタリングに用いられる。
）

最小二乗法を用いて、測定データの同位体分布と候補組成式の理論上の同位体分布を比較する。尤度スコアリングアルゴリズムは、①理論的同位体分布への近似度、②質量精度および③MSnデータを用いフィルタした候補リストを考慮している。対数変換した順位スコアにより組成候補を信頼性の順にリストアップする。
（ス００）
コア値：０―１

決定するには、０．
１mu（２００ppb）の精度が必要であると報告している [5]。

り、信頼性が高くなる。３次元イオントラップ−飛行時間型
nFigure ２にAccurate−MS コンセプトを示す。組成推定は目

質量分析計LCMS−IT−TOF（島津製作所）が実現した高精度的成分の質量が小さく、目的成分の元素が特定でき、かつ測でのMSn測定と高精度なMSnデータも考慮できる今回の組成定値の質量精度が高ければ高いほど、その候補数が少なくな推定ソフトウェアでは、MSnで観察される「より質量の小さなプロダクトイオン」および「complement ion（プリカーサイオンとプロダクトイオンの差）」をはじめに組成推定し、その結果を親イオンの推定に反映させることにより、効果的に候補数を絞り込むことができる。本ソフトウェアの概要をTable １に示す。
実験
今回開発した組成推定ソフトウェアの評価には、３次元イオントラップ−飛行時間型質量分析計LCMS−IT−TOF（島津製作所）によって得られた２つの医薬関連化合物データ（化合物AおよびB）を用いた。実験に用いたLCMS−IT−TOF装

Figure 1. Relationship of mass accuracy and the number of thecandidates

置の外観とイオン光学系をFigure ３に示す。
結果と考察
化合物Aの構造とMSnスペクトルをFigure ４に示す。MS１
データのみに依存する場合、質量精度と分解能が正しい組成式を同定する決め手となる。組成式候補の信頼性を向上させるには、測定データと理論的な同位体分布パターンを比較することが重要となる。この場合、測定化合物の組成式は「C２８H３９N５O４」であり、ソフトウェアは同じ組成式を第一候補として予測している（Figure ５）。
Figure ６にMSnデータをもとにした組成推定結果を示した。高質量精度のプロダクトイオン情報を用いることによっnて、これらと一致しない候補を除外することが可能となり、

Figure 2. Accurate−MS concept―７４―Chromatography, Vol.27 No.2 (2006)

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Figure 3. The product overview and ion path of LCMS−IT−TOF

Figure 4. Structure and MSn spectra of compound A―７５―

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Figure 5. Result of empirical formula prediction (using only MS1 data)

Figure 6. Result of empirical formula prediction (using MSn data)

正しい組成式を決定できる。合わせてcomplement ionの同定

ルから、同様に組成推定を行った。MS１データのみの場合、結果をFigure ７に示す。

正しい組成候補である「C１９H２１O３N３S」は第１６位にランキンnグされているが（Figure ９）、MSnデータを用いることによっ

次に、Figure ８に示す構造を持つ化合物BのMS スペクト

―７６―

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Figure 7. Identification result of complement ionsFigure 8. Structure and MSn spectra of compound B
結論て、他の組成候補を除外することが可能となり、正しい組成

精密質量データから組成式を推定するプログラムは、一般候補である「C１９H２１O３N３S」が一義的に同定できている（Fignure１０）。この場合、MS データによって観測された比較的低的に化学ルールや同位体パターンフィッティングを考慮していm/z領域でのプロダクトイオンの情報が第一候補組成式のいるが、我々はそれらに加え、MSnデータの応用が候補数の信頼性を向上させるのに大きな役割を果たしている。

減少と正しい組成式を推定する可能性を向上させることを紹介した。正しい候補を同定する際の蓋然性（確実性の度合い）に、明らかに影響する要因はいくつか存在するが、精密―７７―Chromatography, Vol.27 No.2 (2006)

Figure 9. Result of empirical formula prediction (using only MS1 data)

質量がもっとも重要な要因である。しかしながら、MSnによ

参考文献

るプロダクトイオン情報とcomplement ion（プリカーサイオ[1]ンとプロダクトイオンの差）情報を擬似分子イオン情報に加Michelsen P. ; Karlsson A.A, Rapid Commun. Mass Spectrum. 1999 ; 13 : 2146

えて考慮することを可能とするソフトウェアツールを提供す[2]

ることにより、このアプローチが、ただ単にMS１データのみ

Thurman E.M. ; Ferrer I. ; Parry R., J.Chromatogr. A 2002 ;957 : 3を用いる手法に比べ、より高い蓋然性で正しい候補組成式を[3]同定することが可能であることを証明している。

Grange A.H. ; Osemwengie Li ; Brilis G.M. ; Sovocool G.
W., Envirom. Forensics 2001 ; 2 : 61

[4]
謝辞

Suzuki S., Ishii T. ; Yasuhara A. ; Sakai S., Rapid Commun. Mass Spectrum. 2005 ; 19 : 3500

本研究にあたり試料のご提供をいただいた、アストラゼネ[5]カ（英国）Richard Gallagher博士に深謝いたします。

Sunghwan K. ; Ryan P.R ; Alan G.M., Int. J. Mass Spectrom. 2006 ; 251 : 260―７８―

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Figure 10. Result of empirical formula prediction (using MSn data)―７９―