マイクロアレイ染色体検査（染色体構造変異解析）
報告データに関する説明書➢ 本検査に使用する体外診断用医薬品の概要
1. キット：GenetiSureDxPostnatalAssay「アジレント」
2. 機器：SureScanDxScanner「アジレント」
3. 解析ソフト：CytoDxソフトウェア➢ 本書の構成
1）ゲイン/ロス領域表 ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ Page22）LOH領域表 ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ Page3
参考）ゲイン/ロス領域表およびLOH領域表における最大領域・最小領域のとらえ方について・・・・・・・・・Page43）染色体ビュー（ゲイン/ロス/LOH/CGH/SNP) ・・・・・・・・ Page54）ISCN表記・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ Page9
本検査検出限界・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・Page10

本検査の実施に際して・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・Page11
結果の解釈に有用なURL・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・Page12㈱エスアールエル 2024年2月作成（第5版）

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1） ゲイン/ロス領域表
Gain/Loss Intervals Table
検出されたコピー数変化（ゲイン・ロス）領域の結果を下記情報とともに記載しています。
検出された領域には、疾患関連性のないコピー数変化領域も含まれ得ます。
領域はプローブの配置から考えられる最大領域と最小領域を併記しています。
※最大領域と最小領域のとらえ方については、p.04をご参照下さい。
•染色体（Chr）：
領域の染色体番号•

始点-終点(bp）（Start-Stop (bp)）：
領域の始点と終点•

サイズ (kb)（Size (kb)）：
領域の長さ•サイトバンド（Cytoband）：
領域のサイトバンド•ゲイン/ロス（Gain/Loss）：
青文字の数字はゲイン、赤文字の数字はロスを示しま す。

•アノテーション（Annotation）：
最小領域に重なる遺伝子情報が記載されます。

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2） LOH領域表
LOH Intervals Table
検出されたヘテロ接合性の喪失（LOH）領域の結果を下記情報とともに記載しています。
検出された領域には、疾患関連性のないLOH領域も含まれ得ます。
領域はプローブの配置から考えられる最大領域と最小領域を併記しています。
※最大領域と最小領域のとらえ方については、p.04をご参照下さい。
•染色体（Chr）：
領域の染色体番号•

始点-終点(bp）（Start-Stop (bp)）：
領域の始点と終点•

サイズ (kb)（Size (kb)）：
領域の長さ

•

サイトバンド（Cytoband）：
領域のサイトバンド•アノテーション（Annotation）：
最小領域に重なる遺伝子情報が記載されます。

3参考） ゲイン/ロス領域表およびLOH領域表における最大領域・最小領域のとらえ方について報告書には最大範囲と最小範囲の両方が示されています。
最小範囲とは実際に、コピー数が減少ないし増加しているプローブ群の両端のプローブで決められる範囲を指し、最大範囲とは最小範囲のプローブ群に隣接するプローブで規定される範囲を指します。
アノテーション欄には、最小範囲に含まれる遺伝子名が記載されています。

（イメージ図）最大領域・最小領域のとらえ方
ABC

DE×2
（正常）

×１
（ロス）

×１
（ロス）

×１
（ロス）

×2
（正常）

染色体

最小領域

最大領域

プローブ

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3） 染色体ビュー（ゲイン/ロス/LOH)
Chromosome View (Gain/Loss/LOH)
ゲイン/ロス/LOHが検出された染色体について、コピー数変化（ゲイン・ロス）を検出するためのCGHプローブからのデータと、ヘテロ接合性の喪失（LOH）を検出するためのSNPプローブからのデータを染色体ごとに表示しています。

• Y染色体の偽常染色体領域（PAR）のコピー数変化領域検出を行いません。男性につきましてはX染色体およびY染色体のPARで同定されたコピー数変化領域はすべてX染色体に割り当てられます。女性につきましては、Y染色体のコピー数変化領域については解析されません。

（表示例 ）

染色体番号

左：CGH表示
右：SNP表示53）-1 CGH表示

CGHプローブからのデータを表示しています。縦軸は染色体上の位置を表します（上端は短腕末端、下端は長腕末端を表します）。
マイクロアレイの各CGHプローブからのデータポイントを示しています。
横軸は、参照サンプルに対する患者サンプルのプローブシグナルの比のLog2値を示しています。
（Log2値<0：赤、Log2値>0：青で表示しています。）
コピー数変化が検出された領域を赤色（ロス）・青色（ゲイン）の帯で表示しています。

（Lossの表示例）（Gainの表示例）
コ ピー数変化が検出された領域を表示。
左はロス（赤色）、右はゲイン（青色）の例

マ イクロアレイの各CGHプローブからのデ ータポイント

63）-2 SNP表示 ①
SNPプローブからのデータを表示しています。縦軸は染色体上の位置を表します（上端は短腕末端、下端は長腕末端を表します）。
マイクロアレイの各SNP用プローブからのデータポイントを示して います。
横軸は各SNPプローブが検出しているSNPについて、１つのアレルのコピー数を示しています。

ヘテロ接合性の欠失（LOH）が検出された領域検出された領域を緑色で表示しています。

（Lossの表示例）

LOH が検出された領域を緑色で表示。
マイクロアレイの各SNPプローブからのデ ータポイント

データポイントの分布の例
制限酵素に対する感受性で、SNP プローブがSNPアレルデータを取得します。

各SNPについて１つのアレルのコピー数を算出し、 データポイントとして表示されま す。（制限酵素で切れないアレルの数です。） アレルとは対立遺伝子のことで、通常、父方から1アレル、母方から1アレル受け継いでいますので、SNPごとに下のようなパターンが想定されます。
ヘテロ接合型のアレルが統計的有意に少ない領域をヘテロ接合性の喪失（LOH）の領域として検出します。
Genotype(B が制限酵素で切れないアレルの場合）
2倍体ゲノムの領域

0：AA、1：AB、2：BB

2倍体ゲノムのコピー数変化のないヘテロ接合性の喪失領域

0：AA、2： BB

ヘミ接合（片方のロス）の領域

0：A、1：B

ゲインの領域（例：トリソミー）

0：AAA、1：AAB、2:ABB、3:BBB73）-2 SNP表示 ②
コピー数変化のないヘテロ接合性の喪失（cnLOH※１）の場合は、CGH表示でロスは検出されていま せん。
一番下の例のように、CGH表示でロスが検出されている領域でも、LOHの検出範囲外である場合には、LOHが検出されていないこともありま す。LOHの検出限界につきましては、 p.10の項目5）をご 覧く
ださい 。

（cnLOHの表示例）

コ ピー数変化のないヘテロ接合性の喪失（cnLOH）の例（CGH表示でロスが検出されている領域でも、LOHが検出されていない例）

CGH表示でロスが検出されている領域でも、LOHが検出されていない※１：cnLOH：2021年発行のACMGガイドライン*において、先天異常疾患等のcopy-neutral loss of heterozygosity(cnLOH)はregion of homozygosity (ROH) と定義が提唱され、本検査対象のcnLOHはROHと同義となります。
* Chromosomal microarray analysis, including constitutional and neoplastic disease applications, 2021 revision: atechnical standard of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Lina Shao, Yassmine Akkari,
Linda D. Cooley, David T. Miller, Bryce A. Seifert, Daynna J. Wolff, Fady M. Mikhail, ACMG Laboratory Quality
Assurance Committee, Genetics in Medicine, Volume 23, Issue 10, October 2021, Pages 1818 -1829

84） ISCN表記
ISCN Nomenclature
検出されたすべてのCNV(ゲイン・ロス)・LOHに関するISCN(2016)表記であり、臨床的意義や病原性、およびコピー数は、検証されておりません。参考情報として出力される ISCN表記のゲイン・ ロスのコピー数は、ゲイン/ロス領域表の内容と異なることがありま す。また、LOH領域表のcopy neutral LOH
のみISCN表記に記載されます。

最大・最小の始点・終点については下記の順に記載しております。

最大始点
最小始点 最小終点
最大終点～
arr［GRCh37] 2p11.2 (89301215×2, 89391346 _ 90234023×0 1, 90299637×2）
arr[GRCh37] 15q12q22.2 (27491708×2, 27517679 _ 62435156×2, 62616357×2）hmz
arr[GRCh37] 16p11.2p11.1(34452646×2, 34482042 _ 34743643×3, 34777184×2）
arr[GRCh37] (X)×29

本検査の検出限界 （キット添付文書参考）
1) Y染色体の偽常染色体領域（PAR）のコピー数変化領域検出を行いません。男性につきましてはX染色体およびY染色体のPARで同定されたコピー数変化領域はすべてX染色体に割り当てられます。女性につきましては、Y染色体のコピー数変化領域については解析されません。

2) 50%未満のモザイク現象のCNVは確実には検出されない場合があります。50 %以上の細胞にコピー数変化が存在するモザイクでは、100 以上のCGHプローブを含む コピー数変化は高い信頼性で検出できます。
3) 本アッセイでは、転座や逆位などの均衡型染色体構造変化を同定することはできません。
4) ゲインについては 20 kb 以上であり、5以上のCGHプローブが含まれている領域を検出します。ロスについては 10 kb以上であり、5以上のCGHプローブが含まれている領域を検出します。
5) LOH については 5 Mb以上であり、100以上のSNPプローブが含まれている領域を検出します。
6) プローブカバレッジがない、または低い領域に存在するCNVは、検出されない場合があります。また、アッセイに使用される参照サンプルにCNVが含まれる領域と、一部の超可変領域のコピー数変化は検出されません。

測定原理における特徴•

全ゲノムに渡る解像度の中央値は約 150 kb となります。

•臨床的な意義を持つことが確認された領域の解像度の中央値は約 25 kb です。
（コピー数解析用のプローブの配置密度により解像度は異なります）

GenetiSure Dx Postnatal Assay 「アジレント」添付文書より引用・一部変更

10本検査の実施に際して（キット添付文書参考）

1) 本検査は、発育遅延、知的障害、先天異常、または外表形態異常等に関連するCNVおよびcnLOHの検出を目的としています。アッセイ結果は、医師の実地診療基準に従い、適宜、代替法による確認、親の評価、臨床遺伝的評価、カウンセリングなどから得られるその他の臨床所見および診断所見と組み合わせて使用してください。

2) 検査を実施する際には、関連学会が作成する最新のガイドライン等を参考にしてください。

GenetiSureDxPostnatalAssay「アジレント」添付文書より引用・一部変更「診療において実施するマイクロアレイ染色体検査のガイダンス」（2020年3月30日）

日本小児遺伝学会
日本先天異常学会
日本人類遺伝学会
厚生労働省難治性疾患政策研究事業「先天異常症候群領域の指定難病等のQOLの向上を目指す包括的研究」研究班「染色体微細欠失重複症候群の包括的診療体制の構築」研究班【関連URL】（ガイダンス）https://jshg.jp/wp-content/uploads/2017/08/20200330_microarray_guidance.pdf（注釈一覧）
https://jshg.jp/wpcontent/uploads/2017/08/20200330_microarray_guidance_annotations.pdf
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結果の解釈に有用なURL●日本小児遺伝学会・日本人類遺伝学会・日本先天異常学会「診療において実施するマイクロアレイ染色体検査のガイダンス」
https://plaza.umin.ac.jp/p-genet/microarray/●AmericanCollegeofMedicalGeneticsandGenomics"Technicalstandardsfortheinterpretationandreportingofconstitutionalcopynumbervariants:ajointconsensusrecommendationoftheAmericanCollegeofMedicalGe
neticsandGenomics(ACMG)andtheClinicalGenomeResource(ClinGen)"
https://doi.org/10.1038/s41436-021-01150-9●DECIPHER
DatabasEofgenomiCvarIationandPhenotypeinHumansusingEnsemblResources
https://www.deciphergenomics.org/browser
なおDECIHPERのデフォルト座標はGRCh38です。
本検査結果はGRCh37の座標で示されているので、明示的に示す必要があります。例）grch37:20:62037542-62103993●マイクロアレイ染色体検査の結果解釈の研究用補助ソフトウェアツールが公表されています。
https://plaza.umin.ac.jp/p-genet/microarray/12