SARS-COV-2

Twist Respiratory Virus Research Panel

新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)などの呼吸器系ウイルスの正確な特定のためのTwist NGSターゲットエンリッチメントパネル
主な利点

高感度のウイルス同定• わずか100コピーのウイルス性物質まで検出可能

1つのサンプルで、多くの呼吸器系病原体を検出• 新型コロナウイルスの症状とその他の呼吸器系疾患を区別

広範な呼吸器系病原体に対応• 6つの主要なウイルス系統のウイルスをカバーする41,047個のプローブ• 種ごとに最低4xのプローブカバレッジでタイリング

環境監視• ウイルス伝播と進化を監視して、公衆衛生の対応を強化

One Codexによる解析• ウイルス種の同定を含むレポートを生成• 公開に対応した可視化が可能

新型コロナウイルス感染症の世界的大流行により、科学界からの迅速かつ協力的な対応が行われています。研究チームはウイルスの重感染を含むサンプルを分析するための信頼できるゲノムツールを必要としています。新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の感染は、被験者の間で幅広く異なる様々な症状を引き起こします。そのため、これが厳密に新型コロナウイルスによるものなのか、異なる呼吸器系病原体なのか、またはその組み合わせの結果であるのかを判断することは困難です。Twist Respiratory Virus Research Panelは、包括的な病原体の検出を可能にし、研究者は被験者の症状の原因を正確に検出するだけでなく、原因となるウイルス病原体を特定することができます。

呼吸器系病原体の包括的な検出

Twist Respiratory Virus Research Panelは、コロナウイルス(CoV)、インフルエンザウイルス、アデノウイルス、ボカウイルス(hBoV)、エンテロウイルス、メタニューモウイルス、パラインフルエンザウイルス(hPIV)、ヒトライノウイルス(HRV)、麻疹ウイルス(MeV)、おたふく風邪ウイルス(MuV)、風疹ウイルス、呼吸器合胞体ウイルス(RSV)など29種類の一般的なヒト呼吸器系ウイルスの参照配列から設計されており（図1、表1）、ウイルス種ごとに最低4xのプローブカバレッジでタイリングされています。追加のプローブは、77種の追加ライノウ
イルス株からの多様性を組み込み、その他にも2009年のH1N1パンデミックの原因であるH1N1pdm09ウイルスを含む、2000年以降の主要なインフルエンザAおよびBの大流行を代表する多様なゲノムをターゲットにするように設計されています。

アデノウイルス

インフルエンザウイルス

タイプ7
タイプ14
タイプE

A/H1N1 A/H3N2
インフルエンザB
ボカウイルス

風疹ウイルスコロナウイルス
229E

エンテロウイルス

OC43
HKU1

メタニューモウイルス
呼吸器合胞体ウイルス
オルトニューモウイルス

はしかNL63

SARS
新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)

ニ ュ ー モウ イル ス

MERS

HRV-C
D68
HRV-B

HRV-A

パ ラミキ ソウ イル ス
おたふく風邪パラインフルエンザ2
パラインフルエンザ4

パラインフルエンザ1
パラインフルエンザ3

図1. 主要な呼吸器系ウイルス系統にまたがるTwist Respiratory Virus Research Panelでカバーされるウイルス系統樹。

SARS COV-2 | TWIST BIOSCIENCEGenBankデータベースのシーケンスを用いて編集されたこのパネルを構成する41,047のユニークなプローブ（表1）により、新型コロナウイルス感染症の症状を引き起こすウイルスを、インフルエンザあるいは非インフルエンザに関連した他の呼吸器系病原体と区別することができます。Twist Respiratory Virus Research Panelは、これらのウイルスシーケンスを高解像度次世代シーケンス(NGS)用に濃縮し、高感度の検出を可能にします。このパネルは難易度の高いサンプル（100コピーの少ないウイルス）でも5000x以上の濃縮を達成し、濃縮後1Xあるいはそれ以上でゲノムの99.9%以上をカバーします。

呼吸器系病原体の信頼性の高いマルチプレックス検出A.

カバーされるウイルス種

株数

ヒトボカウイルス1

1

ヒトアデノウイルス4

ヒトコロナウイルス4

ヒトエンテロウイルス

1

ヒトメタニューモウイルス1

ヒトパラインフルエンザウイルス3

ヒトライノウイルス3

ヒトルブラウイルス1

インフルエンザB

8

インフルエンザH1N1 (2009)8

インフルエンザH3N2

複数の病原体に反応する場合、被験者の呼吸ストレスの原因を特定することは困難です。これらの一般的な重感染には、呼吸器合胞体ウイルスとコロナウイルス(Martin et al. 2012)およびヒトボカウイ
ルスとパラインフルエンザウイルス(Zhang et al. 2012)があります。
Twist Respiratory Virus Research Panelは、1回の反応で複数のウイルスを標的にするように設計されており、一度に複数のウイルスを検出および特定することが可能です。Twist Respiratory Virus Research
Panelを使用した各ウイルスのスパイクイン（添加）で、4種類の異なるウイルスを組み合わせた重感染シミュレーションからは、優れたカバレッジを示しました（図2）。一貫して両方のウイルスを同時に検出でき、25万リードで完全なゲノムカバレッジを達成できました。

8

はしか

1

MERS

1

おたふく風邪

1

呼吸器合胞体ウイルス(A & B)

2

風疹

1

SARS

1

新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)

1

B.
プローブ

18843
18086

411841047

ターゲット

パネル内のすべてのウイルスの参照配列

インフルエンザA & Bに対する追加のプローブ
で、インフルエンザウイルス間の多様性を追加でカバーライノウイルスタイプA、B、Cに対する追加のプローブ
合計

表1：(A) パネルがカバーするウイルス株の数。
(B) ウイルス株の多様性を追加するためにパネルに追加された追加のプローブ。
4種類の異なるウイルスの組み合わせによる重感染
A. HRV & HBOVHRVhBOV

B. SCV-2 & 229E

SCV2229E

H3N2

C. SCV-2 & H3N2

D. SCV-2 & HRV

100.00%75.00%

50.00%

25.00%

0.00%

1X

30X
カバレッジ

100X

1X

30X
カバレッジ

100X

1X

30X
カバレッジ

100X

1X

30X
カバレッジ

100X

図2：4種類の異なるウイルスの組み合わせによる重感染A. ヒトライノウイルス(HRV)とヒトボカウイルス(hBoV)、B. 新型コロナウイルス(SCV-2)とコロナウイルス229E(229E)、C. SCV-2とインフルエンザAウイルス(H3N2)、D. SCV-2とHRV（50ngヒトRNAのバックグウラウンドに10,000コピーをスパイクイン）は、1x、30x、100xのカバレッジで検出された。例外はhBoVの100xであるが、これはhBoVのゲノムが短いためである。

SARS COV-2 | TWIST BIOSCIENCE

低ウイルス量を検出する能力

Twist Respiratory Virus Research Panelはわずか100コピーのウイルスを検出できます。このため、一般的にウイル
ス量が少なすぎてNGSでは検出できない鼻咽頭サンプルから、ウイルスRNAの濃縮が可能になります。16時間のハイブリダイゼーション時間でTwistターゲットエンリッ
チメントプロトコルを使用して、3種類の合成一本鎖RNAウイルスゲノム（インフルエンザAウイルスH3N2、インフルエンザAウイルスH1N1、およびヒトライノウイルス
89 (HRV)）をさまざまな濃度（100、1万、100万コピー/ライブラリ）でキャプチャし、Twist Respiratory Virus
Research Panelの感度を検定しました。このパネルは数桁に及ぶ濃度範囲で、各ウイルス配列を最低5,000x濃縮し、100コピーという低い検出限界を実証しました（表2）。100コピーを使用した反応では、試験したすべてのウイルスで非常に高い20,000xの濃縮がなされました。

ウイルス

100コピー

10,000コピー

1,000,000コピー

H1N128704

38531

5106

H3N22402527631

5640

HRV

190849

34393

8959

表2：Twist Respiratory Virus Research Panelを使用した、異なる濃度の3種類のウイルスの濃縮倍率。

One Codex解析

ハイブリッドキャプチャベースのTwist Respiratory Virus
Research Panelでの解析時に、すべてのユーザーが使いやすいWebベースのOne Codex解析プラットフォームにアクセスできます（図3）。このプラットフォームは、公開に対応した可視化、共有可能なレポート、その他の解析ツールの作成など、研究と臨床の両方のユースケースに最適です。パネルを購入されたお客様には、One Codexプラットフォームでのサンプル分析の登録手順と各反応数相当の解析ライセンスが提供されます。この微生物サンプル解析ソリューションの詳細はonecodex.comをご覧ください。

Twist Respiratory Virus Research Panelは、TwistInfectious Disease ポートフォリオ製品の一部です。
お問合せ先
twistbioscience.com
jsalescustomer@twistbioscience.com

図3：Twist Respiratory Virus Research Panelの解析結果を表示したOne Codexユーザーインターフェイス。

注文情報103066：	Twist Respiratory Virus Research Panel with One Codex
software、2反応分、キット103067：	Twist Respiratory Virus Research Panel with One Codex
software、12反応分、キット103068：	Twist Respiratory Virus Research Panel with One Codex
software、96反応分、キット

Twist Respiratory Virus Research Panelは研究専用であり、Twistの供給規約と条件(www.twistbioscience.com/supply-terms-and-conditions)で規定されている追加の使用制限が適用されます。One Codex解析プラットフォームの利用規約は、app.onecodex.com/tosをご覧ください。

DOC-001175 REV 1.1