2022.05.16版

R本体は最新のリリース版、Rパッケージは「必要最小限プラスアルファ」の推奨インストール手順を示します。スライドはWindows10環境でのスクリーンショットです。ウェブブラウザによって挙動が多少異なるのでご注意ください。Chrome（推奨）で動作確認しています。

R本体とRStudioとRパッケージのインストール（Windows版）
東京大学・大学院農学生命科学研究科
アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット

1

Contents
事前準備：古いR情報の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ パッケージの依存関係◼ インストール確認◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）◼

2全て自己責任のもとでですが、まずはR関連のものを全てアンインストールして真っ新にします。今見えているPC環境では、①と②と③が該当します。

事前準備1

①

②
③

3

事前準備2

全て自己責任のもとでですが、まずはR関連のものを全てアンインストールして真っ新にします。今見えているPC環境では、①と②と③が該当します。アンインス
トール後の状態。

4

次は、以前にインストール済みのRパッケージ群を削除します。推奨手順でインストールしたヒトは、①ドキュメントの、②Rフォルダにインストール済みのパッケージ群がまだ残っています。②のRフォルダごと削除します。

事前準備3
①

②

5

次は、以前にインストール済みのRパッケージ群を削除します。推奨手順でインストールしたヒトは、①ドキュメントの、②Rフォルダにインストール済みのパッケージ群がまだ残っています。②のRフォルダごと削除します。削除後の状態。

事前準備4
①

②6

Contents
事前準備：古いR情報の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ パッケージの依存関係◼ インストール確認◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）◼

7

R本体のインストール1

R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です。

①8

R本体のインストール2

R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です。②Rのインストーラ。

②9

R本体のインストール3

R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です。②Rのインストーラ。
ダウンロードが完了するとこのように見えるので、③をクリックして実行。④OK。

④③10

R本体のインストール4

R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です。②Rのインストーラ。
ダウンロードが完了するとこのように見えるので、③をクリックして実行。④OK。
⑤次へ。

⑤11

R本体のインストール5

R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です。②Rのインストーラ。
ダウンロードが完了するとこのように見えるので、③をクリックして実行。④OK。
⑤次へ。⑥次へ。

⑥12

R本体のインストール6

R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です。②Rのインストーラ。
ダウンロードが完了するとこのように見えるので、③をクリックして実行。④OK。
⑤次へ。⑥次へ。⑦32ビットのPCを使っているヒトはおそらくいないので、ここのチェックを外す。⑧次へ。

⑦⑧13

R本体のインストール7

R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です。②Rのインストーラ。
ダウンロードが完了するとこのように見えるので、③をクリックして実行。④OK。
⑤次へ。⑥次へ。⑦32ビットのPCを使っているヒトはおそらくいないので、ここのチェックを外す。⑧次へ。⑨次へ。

⑨14

R本体のインストール8

R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です。②Rのインストーラ。
ダウンロードが完了するとこのように見えるので、③をクリックして実行。④OK。
⑤次へ。⑥次へ。⑦32ビットのPCを使っているヒトはおそらくいないので、ここのチェックを外す。⑧次へ。⑨次へ。⑩次へ。

⑩15

R本体のインストール9①にチェックを入れると、デスクトップに②のようなアイコンが作成されます。③次へ。

②①

③16

R本体のインストール10①にチェックを入れると、デスクトップに②のようなアイコンが作成されます。③次へ。④インストール中…、⑤完了。1分程度で終わります。

④⑤17

Contents
事前準備：古いR情報の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ パッケージの依存関係◼ インストール確認◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）◼

18

PC環境設定1①ファイルの拡張子を明示させる作業です。

①19

PC環境設定2①ファイルの拡張子を明示させる作業です。

20

PC環境設定3①ファイルの拡張子を明示させる作業です。②検索窓のところで「拡張子」と打ち込むと、③が見られます。

②

③

21

PC環境設定4①ファイルの拡張子を明示させる作業です。②検索窓のところで「拡張子」と打ち込むと、③が見られます。こんな感じになりますので、④設定の表示。

④22

PC環境設定5①①エクスプローラーのオプションの表示
タブが開きます。②下にスクロールして、③登録されている拡張子は表示しないのチェックが外れていることを確認して、④OK。

②③

④23

Contents
事前準備：古いR情報の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ パッケージの依存関係◼ インストール確認◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）◼

24

①をクリック。

RStudioのインストール1①

25

①をクリック。②をクリック。

RStudioのインストール2②26

RStudioのインストール3①をクリック。②をクリック。ダウンロードが完了するとこのように見えるので、③をクリックして実行。④次へ。

④③27

RStudioのインストール4①をクリック。②をクリック。ダウンロードが完了するとこのように見えるので、③をクリックして実行。④次へ。⑤次へ。

⑤28

RStudioのインストール5①をクリック。②をクリック。ダウンロードが完了するとこのように見えるので、③をクリックして実行。④次へ。⑤次へ。⑥
インストール。

⑥29RStudioのインストール6①をクリック。②をクリック。ダウンロードが完了するとこのように見えるので、③をクリックして実行。④次へ。⑤次へ。⑥
インストール。約1分。⑦完了。

⑦30

Contents
事前準備：古いR情報の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ パッケージの依存関係◼ インストール確認◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）◼

31

RStudioの起動1

この部分の見え方はヒトそれぞれだと思いますが、重要なのは①RStudioを起動するときに「②管理者として実行」することです。これを徹底しないとパッケージのインストール時に不具合に遭遇しやすいためです。

①②

32

起動後の状態。

RStudioの起動233

RStudioの終了

RStudioの終了は、通常のソフトウェアと同様に、①×ボタンを押せばよいです。
①34

Contents
事前準備：古いR情報の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ パッケージの依存関係◼ インストール確認◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）◼

35

画面の説明1

再度起動した状態。①Consoleというタブがアクティブになっていることがわかります。

①36

画面の説明2

再度起動した状態。①Consoleというタブがアクティブになっていることがわかります。①
Consoleタブがアクティブになっている状態の②赤枠部分を「Console画面」といいます。

①②37

画面の説明3

再度起動した状態。①Consoleというタブがアクティブになっていることがわかります。①
Consoleタブがアクティブになっている状態の②赤枠部分を「Console画面」といいます。
③Filesというタブがアクティブになっていることがわかります。④この赤枠内で見えているものはヒトそれぞれです。

③④38

画面の説明4⑤

再度起動した状態。①Consoleというタブがアクティブになっていることがわかります。①
Consoleタブがアクティブになっている状態の②赤枠部分を「Console画面」といいます。
③Filesというタブがアクティブになっていることがわかります。④この赤枠内で見えているものはヒトそれぞれです。正確には、おそらくデフォルトでは⑤ドキュメントフォルダの中身が表示されます。

③④39

画面の説明5

まだよくわからなくても大丈夫ですが…①Historyタブをアクティブにした状態です。

①40

画面の説明6②

まだよくわからなくても大丈夫ですが…①Historyタブをアクティブにした状態です。
ここには②Console画面上で行った作業履歴（つまりHistory）が記録されてゆきます。
①41

画面の説明7②

まだよくわからなくても大丈夫ですが…①Historyタブをアクティブにした状態です。
ここには②Console画面上で行った作業履歴（つまりHistory）が記録されてゆきます。
例えば③1+1を実行すると、④も反映される。
①④③42

画面の説明8⑤は「2+2の実行結果をoutというもの（オブジェクトと呼びます）に格納せよ」という指令です。

⑤43

画面の説明9⑤は「2+2の実行結果をoutというもの（オブジェクトと呼びます）に格納せよ」という指令です。⑥Environmentタブをアクティブにすると、現在利用可能なオブジェクトの名前とその中身の情報が見られることがわかります。
⑥⑤

44

画面の説明10⑤は「2+2の実行結果をoutというもの（オブジェクトと呼びます）に格納せよ」という指令です。⑥Environmentタブをアクティブにすると、現在利用可能なオブジェクトの名前とその中身の情報が見られることがわかります。
もちろん、⑦のように利用可能なオブジェクト名を直接打ち込んで確認してもOK。

⑦45

Contents
事前準備：古いR情報の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ パッケージの依存関係◼ インストール確認◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）◼

46

パッケージ群の…1

ここまでで、①R本体とRStudioのインストールが終わっています。次は、②このサイトやアグリバイオの講義で使用する予定のパッケージ群のインストールを行います。②をクリック。実際には利用しないものも含まれてはいますがご容赦ください。

①②47

パッケージ群の…2

ここまでで、①R本体とRStudioのインストールが終わっています。次は、②このサイトやアグリバイオの講義で使用する予定のパッケージ群のインストールを行います。②をクリック。実際には利用しないものも含まれてはいますがご容赦ください。こんな感じになります。③RStudioの起動。

③48

パッケージ群の…3

ここまでで、①R本体とRStudioのインストー
ルが終わっています。次は、②このサイトやアグリバイオの講義で使用する予定のパッケージ群のインストールを行います。②をクリック。実際には利用しないものも含まれてはいますがご容赦ください。こんな感じになります。③RStudioの起動。起動完了。前回の状態のものでもOKです。

③49

パッケージ群の…4①パッケージ群のインストールを行います。
②赤枠部分を全て反転させてコピー。具体的には…

①②50

パッケージ群の…5①パッケージ群のインストールを行います。
②赤枠部分を全て反転させてコピー。具体的には、こんな感じで③左上から…

③51

パッケージ群の…6①パッケージ群のインストールを行います。
②赤枠部分を全て反転させてコピー。具体的には、こんな感じで③左上から、ず～っと、④最終行の###が連続しているところであればどこでもよいので、選択して（反転させて）…

④52

パッケージ群の…7①パッケージ群のインストールを行います。
②赤枠部分を全て反転させてコピー。具体
的には、こんな感じで③左上から、ず～っと、④最終行の###が連続しているところであればどこでもよいので、選択して（反転させて）、右クリックで、⑤コピー。

⑤53

①パッケージ群のインストールを行います。
②赤枠部分を全て反転させてコピー。具体
的には、こんな感じで③左上から、ず～っと、④最終行の###が連続しているところであればどこでもよいので、選択して（反転させて）、右クリックで、⑤コピー。⑥R Console画面上（つまり赤枠内）で、右クリックで⑦ペースト。

パッケージ群の…8⑥⑦54

パッケージ群の…9①パッケージ群のインストールを行います。
②赤枠部分を全て反転させてコピー。具体
的には、こんな感じで③左上から、ず～っと、④最終行の###が連続しているところであればどこでもよいので、選択して（反転させて）、右クリックで、⑤コピー。⑥R Console画面上（つまり赤枠内）で、右クリックで⑦ペースト。
こんな感じになります。まだコマンドが実行されていない状態ですので、⑧リターン(Enter)キーを押して実行します。

⑧55

パッケージ群の…10①パッケージ群のインストールを行います。
②赤枠部分を全て反転させてコピー。具体
的には、こんな感じで③左上から、ず～っと、④最終行の###が連続しているところであればどこでもよいので、選択して（反転させて）、右クリックで、⑤コピー。⑥R Console画面上（つまり赤枠内）で、右クリックで⑦ペースト。
こんな感じになります。まだコマンドが実行されていない状態ですので、⑧リターン(Enter)
キーを押して実行します。インストールが始まりました。自宅の無線LAN環境で約45分。

56

パッケージ群の…11終了後の状態。①プロンプト（>のことです）が見えて、コマンド入力可能な状態になっていればOKです。

①57

パッケージ群の…12ヒトによってインストールされる場所が異なるようです。私が今回やったときは、①ドキュメントフォルダに自動的に作成された、②Rというフォルダ内の、③win-libraryの、④4.1というフォルダの中に…

①②
③

④58

パッケージ群の…13⑤

ヒトによってインストールされる場所が異なるようです。私が今回やったときは、①ドキュメントフォルダに自動的に作成された、②Rというフォルダ内の、③win-libraryの、④4.1というフォルダの中に、こんな感じでパッケージごとのフォルダが、⑤このときは544個作成されました。ここまでで一区切りなので一旦終了しても大丈夫です。

59

Contents
事前準備：古いR情報の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ パッケージの依存関係◼ インストール確認◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）◼

60このときは①計544個のパッケージがインストールされましたが、コピペ実行したリストにないパッケージ名のものもあります。この理由は、インストールを明示したパッケージ（例：TCC）が内部的に利用しているパッケージ（例：ROC）も同時にインストールされるからです。1つのパッケージのみで完結しているものもあれば、複数の他のパッケージを利用しているものもあります。後者の場
合を、パッケージの依存関係があるといった表現をします。

パッケージの依存関係1①61

予め数多くのパッケージを一気にインストールしておくやり方はあまり一般的でないかもしれません。このようにする主な理由は、かつて大教室で100人以上の規模でノートPCを貸与してアグリバイオインフォマティクス教育研究プログラムの講義を行っていたときの名残りとして、講義中のネットワークの不調や不具合などに対応しやすくするためです（でした）。コロナ禍以降のオンライン講義
でも継続している理由は、パッケージの依存関係に起因するインストールの不具合への遭遇確率をできるだけ減らすためです。依存関係のある複数パッケージを、何らかの理由で数か月後など時期がずれた状態で独立にインストールすると、初心者にとっては対応が難しい場合があるためです。

パッケージの依存関係2①62

Contents
事前準備：古いR情報の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ パッケージの依存関係◼ インストール確認◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）◼

63インストール確認1①パッケージ群が無事インストールできているかを確認します。

①64

インストール確認2①①パッケージ群が無事インストールできているかを確認します。作業自体は、さきほどと同じくコピペです。ここでは（アグリバイオの講義などで）使いそうなパッケージを実際に読み込む（ロードする）作業を行っています。
1回目とか2回目とか書いていますが、中身は同じです。1回目はごちゃごちゃ様々なメッセージが出ます。2回目はエラーが出て読み込めなかったパッケージのみメッセージが出ることを利用しています。

65

赤枠内のコード全体を②コピーして…

インストール確認3②66

赤枠内のコード全体を②コピーして、③Console画面上で、右クリックで④ペースト。
インストール完了直後の状態でも、一旦終了してRStudioを再び起動させたあとの状態
でもどちらでもかまいません。

インストール確認4③④67

インストール確認5

赤枠内のコード全体を②コピーして、③Console画面上で、右クリックで④ペースト。
インストール完了直後の状態でも、一旦終了してRStudioを再び起動させたあとの状態
でもどちらでもかまいません。こんな感じになります。まだコマンドが実行されていない状態ですので、⑤リターン(Enter)キーを押して実行します。

⑤68

インストール確認6

途中経過。こんな感じで画面がどんどん遷移します。1分程度で終了します。

69

インストール確認7①

途中経過。こんな感じで画面がどんどん遷移します。1分程度で終了します。終了後の状態。①Console画面上に見えている範囲のパッケージ群は、エラーなくロード（読み込み）できていると解釈します。②上にスクロールさせていって、エラーメッセージが出ているものがないかを確認します。

②70

インストール確認8

途中経過。こんな感じで画面がどんどん遷移します。1分程度で終了します。終了後の状態。①Console画面上に見えている範囲のパッケージ群は、エラーなくロード（読み込み）できていると解釈します。②上にスクロールさせていって、エラーメッセージが出ているものがないかを確認します。③「#2回目（ここの…）」というコマンドまでで、「’xxx’という名前のパッケージはありません」といったメッセージが出た場合には、「個別パッケージのインストール」で対応します。

③②71

Contents
事前準備：古いR情報の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ パッケージの依存関係◼ インストール確認◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）◼

72

エラーへの対処1「’xxx’という名前のパッケージはありません」となった場合には、「個別パッケージのインストール」で対応しますの具体的なやり方を示します。RStudio内のエディタの使い方説明も兼ねています。このやり方で講義する先生もいらっしゃるので、エラーが出なかったヒトも一通り眺めておくとよいです。

73エラーへの対処2

このスクショは、昔存在していて今は存在しないことが既知の、①rbamtoolsというパッケージのロードを試みて、実際に②「’rbamtools’という名前のパッケージはありません」となることを示した状態です。ここでは、存在しないことが既知のrbamtoolsの個別インストールを行うやり方を解説します。

①②
74

エラーへの対処3

このスクショは、昔存在していて今は存在しないことが既知の、①rbamtoolsというパッケージのロードを試みて、実際に②「’rbamtools’という名前のパッケージはありません」となることを示した状態です。ここでは、存在しないことが既知のrbamtoolsの個別インストールを行うやり方を解説します。
③をクリック。

③75

エラーへの対処4④

このスクショは、昔存在していて今は存在しないことが既知の、①rbamtoolsというパッケージのロードを試みて、実際に②「’rbamtools’という名前のパッケージはありません」となることを示した状態です。ここでは、存在しないことが既知のrbamtoolsの個別インストールを行うやり方を解説します。
③をクリック。④で見えている例題はBsgenome.Drerio.UCSC.danFer7というパッケージをインストールしたい場合のコードです。この例題コードをテンプレートとして、パッケージ名部分のみ変更して利用するやり方を示します。

76エラーへの対処5

RStudio内のエディタを起動すべく、RStudioの、①File、②New File、③R Script。

①②

③

77

エラーへの対処6

RStudio内のエディタを起動すべく、RStudioの、①File、②New File、③R Script。こんな感じになります。

78エラーへの対処7

RStudio内のエディタを起動すべく、RStudioの、①File、②New File、③R Script。こんな感じになります。④赤枠部分にエディターが起動しているので、この中にさきほどの例題コードをコピペします。

④79

エラーへの対処8

RStudio内のエディタを起動すべく、RStudioの、①File、②New File、③R Script。こんな感じになります。④赤枠部分にエディターが起動しているので、この中にさきほどの例題コードをコピペします。⑤赤枠内をコピー。

⑤80

RStudio内のエディタを起動すべく、RStudioの、①File、②New File、③R Script。こんな感じになります。④赤枠部分にエディターが起動しているので、この中にさきほどの例題コードをコピペします。⑤赤枠内をコピー。赤枠内で、⑥ペースト。

エラーへの対処9⑥81

エラーへの対処10

RStudio内のエディタを起動すべく、RStudioの、①File、②New File、③R Script。こんな感じになります。④赤枠部分にエディターが起動しているので、この中にさきほどの例題
コードをコピペします。⑤赤枠内をコピー。赤枠内で、⑥ペースト。こんな感じになります。

82

参考

エラーへの対処11

赤線のあたりを上下させたり、青線のあたりを左右に動かすことで、それぞれの画面の幅を調節することができます。

83

参考

エラーへの対処12

赤線のあたりを上下させたり、青線のあたりを左右に動かすことで、それぞれの画面の幅を調節することができます。例えばこんな感じに動かせます。

84

エラーへの対処13

このテンプレートスクリプトは、①のパッケージをインストールするものなので…

①85

エラーへの対処14

このテンプレートスクリプトは、①のパッケージをインストールするものなので、エラーが出ることがわかっているrbamtoolsにする場合は、②こんな風にすればよいです。

②86

このテンプレートスクリプトは、①のパッケージをインストールするものなので、エラーが出ることがわかっているrbamtoolsにする場
合は、②こんな風にすればよいです。③今は6-8行目のコマンドは無視してよいので、④1-4行目のみ実行させます。

エラーへの対処15④③87

このテンプレートスクリプトは、①のパッケージをインストールするものなので、エラーが出ることがわかっているrbamtoolsにする場
合は、②こんな風にすればよいです。③今は6-8行目のコマンドは無視してよいので、④1-4行目のみ実行させます。④を反転させて、⑤Runボタンを押すと…

エラーへの対処16⑤④88

エラーへの対処17⑤⑥

このテンプレートスクリプトは、①のパッケージをインストールするものなので、エラーが出ることがわかっているrbamtoolsにする場
合は、②こんな風にすればよいです。③今は6-8行目のコマンドは無視してよいので、④1-4行目のみ実行させます。④を反転させて、⑤Runボタンを押すと、⑥Console画面の赤枠部分が実行されます。つまり、RStudio④のエディタを使えば、④と⑤のみでスクリプトのコピペ実行に相当する作業ができるということです。

89エラーへの対処18⑥

このテンプレートスクリプトは、①のパッケージをインストールするものなので、エラーが出ることがわかっているrbamtoolsにする場合は、②こんな風にすればよいです。③今は6-8行目のコマンドは無視してよいので、④1-4行目のみ実行させます。④を反転させ⑤て、⑤Runボタンを押すと、⑥Console画面の赤枠部分が実行されます。つまり、RStudio④のエディタを使えば、④と⑤のみでスクリプトのコピペ実行に相当する作業ができるということです。⑦「rbamtoolsはBioconductor ver.
3.14では利用できない」と書かれていることがわかります。細かいことはすっ飛ばします
が、要するに（この資料作成時の最新版である）⑧R ver. 4.1.3の環境では、rbamtools⑧ はインストールできないということです。

⑦90

⑨rbamtoolsのロードに正しく失敗していることがわかります。

エラーへの対処19

⑧

⑦

⑨91

エラーへの対処20

今の私の環境では、①のパッケージはインストールされていません。②が証拠。それゆえ、③のコードを実行すると①のパッケージが正しくインストールされるはずです。

③①②92