NGS 合成コントロール

Twist cfDNA Pan-cancer
Reference Standard
利点

がんバリアントの包括的な検出• 458 の固有の自然発生がんバリアント• 132 の臨床的に関連のあるバリアント• 84 の異なる遺伝子をカバー

実検体に近いバックグラウンド DNA• ヒト cfDNA 検体に由来するバックグラ
ウンド DNA• DNA サイズのプロファイルおよびシーケ
ンシング後のプロファイルはネイティブな cfDNA を模倣
精度と柔軟性を高めた設計• 7 つの個別の VAF パーセンテージから選択可能• VAF パーセンテージのデジタルドロップ
レット PCR による検証• すべての VAF パーセンテージを含む便利なテストセットを用意
バリアント分類表

バリアントの種類
一塩基バリアント挿入
欠失構造バリアント

バリアントの数
228
47168
15

次世代シーケンス（NGS）ベースのリキッドバイオプシーは急速に発展しているアプリケーションであり、正確で精密なリファレンススタンダードを必要とします。
Twist Pan-cancer Reference Standard は、NGS ベースのリキッドバイオプシー
アッセイ研究開発での使用を目的とした、高品質の標準化されたコントロールです。
このリファレンススタンダードは、アッセイの研究開発において、特定のがんバリアントの解析上の検出限界（LoD）を確立し、NGS アッセイワークフローにおける質を管理し、さらにアッセイ手順が忠実に実施されているかを評価するためのコントロールとして理想的です。
従来のリファレンススタンダードは、バリアントの数や範囲が限られ、不要な配列変異や断片長の変動が認められることのある細胞株由来の DNA が使用されてきました。Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard には、研究使用を目的とした広範で多様なバリアントセットが組み込まれています。このリファレンス
スタンダードでは特定のバリアントアレル頻度（VAF）を精密に制御した正確なバリアント DNA 合成により、セルフリー DNA および血中循環腫瘍 DNA のサイズ分布および断片化のプロファイルを厳密に模倣したリファレンススタンダードとなっており、より確実なアッセイ開発を可能にします。
このリファレンススタンダードは、循環腫瘍 DNA（ctDNA）を模倣して合成され設計されたバリアント配列と、ヒト由来セルフリー DNA（cfDNA）に由来する、cfDNA を厳密に模倣しているバックグラウンド DNA から構成されています。ctDNA 配列は約 167 bp の配列のタイル状プールとして設計されており、ネイティブな ctDNA を厳密に模倣し、458 の個々のバリアント（84 のがん関連遺伝子にわたる、臨床的にアクショナブルな 132 のバリアントを含む）を網羅しています。

今回開発された合成 ctDNA リファレンススタンダードは、細胞培養ベースのリファレンススタンダードに代わり、特定の癌遺伝子やバリアントの存在を確認することでリキッドバイオプシーの信頼性を高めるものです。

Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard Set は、300 ng 入りの 7 本のチューブ
0.1%、0.25％、0.5％、から構成され、それぞれ異なる VAF を持っています。0％（WT) 、1％、2％、5％。また、各 VAF を 1 チューブあたり 3 µg の大容量フォーマットでも提供します。

バリアントの全一覧は、こちらから、または twithbioscience.com で閲覧できます。

NGS SYNTHETIC CONTROLS | TWIST BIOSCIENCE

Twist cfDNA Pan-Cancer ReferenceStandard と競合他社のリファレンス
スタンダードの DNA 解析では、Twist 製の方がネイティブなセルフリー DNA を厳密に模倣し、より忠実な検査結果が得られることが分かります。

Native cfDNA

250

Twist

Twist

ベンダー1

Native cfDNA

ベンダー3

200

100

0100

150

200

300
長さ（BP）

400

500

600 700

LIBRARY INSERT SIZE
Native cfDNA
Twist

ベンダー1

ベンダー2

0.02

ベンダー3

読み取り率

シーケンシング後のライブラリサイズ
分布を Twist と競合他社で比較すると、Twist 製のリファレンススタンダードがネイティブな cfDNA 検体をいかに厳密に模倣しているかが分かります（ジグザグ状のピークなど）。

ベンダー35035 50

シーケンシング後のプロファイルの比較

ベンダー1150蛍光強度

Twist のリファレンススタン
ダードと競合他社との比較

0.01

0.00
0100200300
長さ（BP）

PAN-CANCER REFERENCE STANDARD

推奨されるライブラリー調製製品

104549*104176

Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard Set、チューブあたり300 ng

104563

Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard VAF 0%（WT）、3 µg

104564

Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard VAF 0.1%、3 µg

104565

Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard VAF 0.25%、3 µg

104566

Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard VAF 0.5%、3 µg

104567

Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard VAF 1%、3 µg

104568

Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard VAF 2%、3 µg

104569

Twist cfDNA Pan-cancer Reference Standard VAF 5%、3 µg

104177105094105040105041105042105043105044400

Twist Library Preparation Kit with amp mix, Mechanical Fragmentation、16 サンプル
Twist Library Preparation Kit with amp mix, Mechanical Fragmentation、96 サンプル
Twist UMI Adapters - TruSeq Compatible、96 サンプル

Twist UMI Adapter System - TruSeq Compatible、16 サンプル

Twist UMI Adapter System - TruSeq Compatible、96 サンプル プレート A

Twist UMI Adapter System - TruSeq Compatible、96 サンプル プレート B
Twist UMI Adapter System - TruSeq Compatible、96 サンプル プレート C

Twist UMI Adapter System - TruSeq Compatible、96 サンプル プレート D* キットには、それぞれ以下の 7 つの VAF が入っています。0%（ WT）、0.1%、0.25%、0.5%、1%、2%、5%。

詳しくは、twistbioscience.com/ngs をご覧になるか sales@twistbioscience.com までお知らせください。

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DOC-001287 改訂 1.0500