R本体は最新のリリース版、Rパッケージは「必要最小限プラスアルファ」の推奨インストール手順を示します。
このスライドはMacOS Monterey Ver.12.3.1環境でのスクリーンショットです。ウェブブラウザによって挙動が多少異なる可能性があるのでご注意ください。この資料ではGoogle Chromeを使っています。我々はWindowsユーザですので間違いはあるかもしれません。

R本体とパッケージのインストール
Macintosh版
東京大学・大学院農学生命科学研究科
アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット

1

Contents
事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ インストール確認◼ エラーへの対処
◼

2

事前準備

全て自己責任のもとでということにはなりますが、現在進行中の論文でバージョンを変更したくない場合などを除き、（たとえ以前インストールしたR本体のバージョンがそれほど古くなくても）R関連のものを全てアンインストールし、真っさらな状態にします。そのため、Mac用のアプリケーションを削除する「appcleaner」を検索します。

3

Mac版のRにはアンインストーラーがありません。そもそもMacではアプリケーションをアンインストールする際にはアプリケーションフォルダから.appファイルを削除するだけでも良いようですが、専用ツールを使用すると便利なようです。ここではそのような専用ツールとしてAppCleanerを使用するため、プログラム①ダウンロードします。

事前準備

①

4

①ダウンロードのリンクをクリックします。

事前準備

①

5

①使用しているOSに合った最新バージョンをクリック。

事前準備

①

6

①使用しているOSに合った最新バージョンをクリック。ダウンロードされる場所を確認し、②保存ボタンをクリックします。

事前準備

②

①

7

事前準備
③

②

①ダウンロードフォルダにダウンロードした②zipファイルをダブルクリック（自動解凍）すると 、③AppCleaner2.appができました。③をダブルクリッ
クすると、アプリケーションを起動してもよいか、確認メッセージが表示されるので、④開くをクリックします。⑤アップデートを自動的に確認するかどうかの確認画面が表示されたら、好みでどちらかを選びます。

①⑤④8

①AppCleanerが起動しました。

事前準備

9

削除したいアプリケーション①R.appを②AppCleanerのウィンドウ内にドラッグ＆ドロップします。

事前準備
②

①10

AppCleanerが削除する候補を自動的にリストアップします。①Removeボタンをクリックします。

事前準備

①11

AppCleanerが削除する候補を自動的にリストアップします。①Removeボタンをクリックします。ユーザー認証されるので、パスワードを入力し、②OKボタンをクリックします。すると即座に選択していたファイルは削除され、AppCleaner起動時の画面に戻ります。Dockに追加されていたショートカットは残されるので、削除しておきます。

事前準備

①

②12

事前準備 ①

パッケージ群の実体はアプリケーションとは別の場所にあります。Finderを表示し、①移動メニューのプルダ
ウンリストから②コンピュータを選んで表示します。③
Macintosh HDをダブルクリック。

②③13

開いた①MacintoshHDの②ライブラリ③Frameworks④R.frameworkの中にパッケージ群はあります。異なるバージョンを共存させる場合、ここでバージョン管理を行うことになります。古いバージョンを削除する場合、この例ではVer.4.0と Ver.4.2がありますが、「/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/」をフォルダごと削除します。

事前準備

①②

③④14

Contents
事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ インストール確認◼ エラーへの対処◼

15

R本体は、最新版（リリース版）のインストールが基本です。
①画面をスクロールダウンし、②インストールについて、の③Mac用をクリックします。

R本体のインストール

①

②
③16

R本体のインストール①Rのウェブページにアクセスします。右下のページ②で、下の方に移動すると、*.pkgが見られます。

①②

17

R本体のインストール最新版の①R-4.X.Y.pkgをクリックします。

①18

R本体のインストール

最新版の①R-4.X.Y.pkgをクリックします。 適当な保存場
所（ここではダウンロード）で②保存をクリック。

①②19

①ダウンロード完了。

R本体のインストール①20

R本体のインストール①

ダウンロードが完了すると、①ダウンロードフォルダにR-4.X.Y.pkgファイルがあります。②Dockからでも良いので、このファイルを起動します。インス
トーラーが起動するので、③続けるをクリックして実行します。

①②

③21

R本体のインストール①、②続けるを選択します。

①②22

R本体のインストール①同意する、②続けるを選択します。

①②23

R本体のインストール

通常はインストール先を変更する必要は無いと思いますので、このまま①インストールを選択します。②認証が必要な場合は指示に従って認証してください。
インストールが開始されます。

①②24

R本体のインストール

インストールが完了したら、①閉じるをクリックします。

①25

R本体のインストールインストーラを残しておきたい場合を除き、①ごみ箱に入れるを選択します。通常は一度インストールしてしまえば不要ですし、必要な場合は再度ダウンロードすることが可能ですが、②のように何らかの理由で削除できない場合があります。気にせずOKをクリックします。

①26

Contents
事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ インストール確認◼ エラーへの対処◼

27

①ファイルの拡張子を明示させる作業です。

Macintosh環境設定①28

Macintosh環境設定①

Macintoshの場合は、こんな感じに見えるので、Finderのプルダウンメニューで①環境設定を選び、②Finder環境設定
画面が起動したら、③詳細タブの④すべてのファイル名拡張子を表示にチェックを入れます。

②③④29

Contents
事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ インストール確認◼ エラーへの対処◼

30

Macintosh環境設定①
defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUE

Finderのアプリケーション→ユーティリティからターミナル.appを起動します。
ターミナルが起動したら、①defaults writecom.apple.finder
AppleShowAllFiles TRUEと（途中で改行を入れずに）入力して、リターンキーを押します。

31

Finderのアプリケーション→ユーティリティからターミナル.appを起動します。ターミナルが起動したら、①defaults writecom.apple.finder AppleShowAllFiles TRUEと（途中で改行を入れずに）入力して、リ①
ターンキーを押します。設定を反映するたdefaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUE めに②killall Finderと入力してリターンキーを押し、「Finder」を終了します。

Macintosh環境設定②killall Finder

32

Macintosh環境設定②①ホームディレクトリを開くと、②ピリオド（.）で始まる隠しファイル（や隠しフォルダ）が薄っすら表示されるようになったことが確認できました。
薄っすら表示されている状態でOKです。
（参考）隠しファイル・フォルダを非表示（デフォルトの設定）に戻す場合は、ターミナルでdefaults write com.apple.finder
AppleShowAllFiles FALSEと入力し、リターンキーを押します。さらにkillall Finderと入力・リターンキーを押して、設定を反映させます。

①33

Contents
事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ インストール確認◼ エラーへの対処◼

34

RStudioインストール

RStudioは、RのGUI強化版のような位置づけです。
①RStudioのダウンロードサイトをクリック。

①35

RStudioインストール①予めR 3.3.0以上をインストールせよとのことですが、これは済んでいるので、②Mac版のインストーラをダウンロード。③Dockまたは④ダウンロードフォルダから、⑤RStudioのdmgファイルをダブルクリックし、展開します。

①③
②

④

⑤36

RStudioインストール①②③

dmgファイルが展開されると、デスクトップに①RStudio-2022.02.2-485フォルダができ、この中に②Applicationsフォルダへのショートカットと③RStudio本体ができています。
③RStudio.appアイコンを②Applicationsフォルダにドラッグし、アプリケーションフォルダのユーティリティにコピーします。既に別のRStudioがある場合、④のようにメッセージが表示されるので、⑤置き換えるを選択します。
デスクトップのRStudioフォルダは削除して構いません。

④⑤37

RStudioインストール

アプリケーションフォルダのRStudioの変更
日が新しくなったことを確認します。

38

RStudioインストール

アプリケーションフォルダのRStudio.appをDockの挿入したい位置にドラッグ＆ドロップします。
（既に古いバージョンのアイコンがあっても気にせずドラッグ）

39

Contents
事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）◼ RStudioのインストール◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ インストール確認◼ エラーへの対処◼

40

①DockのRStudioアイコンをクリックすると、②アプリケーションを開いても良いかという確認メッセー
ジが表示されるので、③開くをクリックします。

RStudioの起動

②

③

①

41

RStudioの起動

RStudioが起動しました。①最新バージョンがインストールできていることが確認できます。

①42

RStudioの終了①

RStudioを終了するには①×をクリックする、②RStudioメニューからQuit RStudioを選択する、③q()と入力し、リターンキーを押す、といった方法があります。

③②43

Contents
事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）◼ RStudioのインストール◼ Macintosh環境設定（Dockへの追加）◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ インストール確認◼ エラーへの対処◼

44

画面の説明①

再度起動した状態。①Consoleというタブがアクティブになっていることがわかります。 ②この赤枠部分を「Console画面」といいます。

②45

画面の説明①Filesというタブがアクティブになっていることがわかります。
②この赤枠内で見えているものはヒトそれぞれです。

①②46

画面の説明①Filesというタブがアクティブになっていることがわかります。
②この赤枠内で見えているものはヒトそれぞれです。正確には、おそらくデフォルトでは③ホームディレクトリの中身が表示されます。

①②③47

画面の説明ここはまだよくわからなくてもよいところですが…①Historyタブがアクティブになっていることがわかります。

①48

画面の説明②

ここはまだよくわからなくてもよいところですが…①Historyタブがアクティブになっていることがわかります。ここには②Console画面上で行った作業履歴（つまりHistory）が記録されていきます。
①49

画面の説明②

ここはまだよくわからなくてもよいところですが…①Historyタブがアクティブになっていることがわかります。ここには②Console画面上で行った作業履歴（つまりHistory）が記録されていきます。 例えば③1+1を実行すると、④も反映されます。
④③50

画面の説明⑤は「2+2の実行結果をoutというもの（オブジェクトと呼びます）に格納せよ」という指令です。

⑤51

画面の説明⑤は「2+2の実行結果をoutというもの（オブジェクトと呼びます）に格納せよ」という指令です。⑥Environmentタブをアクティブにすると、現在利用可能なオブジェクトの名前とその中身の情報を見ることができます。
⑥⑤52

画面の説明⑤は「2+2の実行結果をoutというもの（オブジェクトと呼びます）に格納せよ」という指令です。⑥Environmentタブをアクティブにすると、現在利用可能なオブジェクトの名前とその中身の情報を見ることができます。もちろん、⑦のように利用可能なオブジェクト名を直接コンソールに入力してもOK。
⑥⑦53

画面の説明①作業履歴の内容（Historyタブの内容）は、RStudioを終了
すると、自動的に②.Rhistoryというファイル名で保存されます。

①②54

画面の説明①作業履歴の内容（Historyタブの内容）つまり赤枠部分を真っ新にしたい場合は、②箒マークをクリックし、履歴を消去します。この状態でRStudioを終了後、改めて起動してみると、③.Rhistoryファイルはありますが、その中身は空っぽです。
②①

③③55

Contents
事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）◼ RStudioのインストール◼ Macintosh環境設定（Dockへの追加）◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ インストール確認◼ エラーへの対処◼

56

パッケージ群のインストール

ここまでで、①R本体とRStudioのインストールが終わっています。
次は、②このサイトやアグリバイオの講義で使用するパッケージ群のインストールを行います。実際には利用しないものも含まれてはいますがご容赦ください。

①②57

パッケージ群のインストール①RStudioを起動します。（既に起動していれば、そのままで構いません。）②起動完了。

②①58

パッケージ群のインストール①は、②赤枠部分を全て反転させてコピー。
具体的には…

①②59

パッケージ群のインストール

こんな感じで①左上からポインタでドラッグして・・・①60

パッケージ群のインストール

こんな感じで①左上からポインタでドラッグしてず～っと、②一番下まで選択して（反転させて）…

②61

パッケージ群のインストール

右クリックで、①コピー。（一番下まで全てコピーしていますが、特に一番最後の＃本番3のぶぶん
はゲノムデータなので、サイズも大きく、時間がかかる上にディスクサイズも消費します。必要に応じてインストールすれば良いです。）①62

パッケージ群のインストール

右クリックで、①コピー。②Rコンソール画面上で、右クリックでメニューを表示し、③ペーストします。実行されない場合はEditメニューからPasteを選択。

②

①

③63

パッケージ群のインストール

Rコンソール画面にペースト直後の状態。リターンキーを押すとインストールが開始されます。
（ESCキーを押すと中止できます。）

64パッケージ群のインストール終了後の状態。①プロンプト（＞のことです）が見えて、コマンド入力可能な状態になっていればOKです。

①65

参考程度。パッケージ群のインストールとは、圧縮ファイルをダウンロードし、解凍するという作業を行なっています。ダウンロードした圧縮ファイルの場所は①のようにインストール中及び最後に示されています。この圧縮ファイルはRを終了すると削除されるので、保存しておきたい場合には別の場所に移動させておくことが必要です。①（シングルクォー
テーションの中身）をコピーして、 ②Terminalタブに移動すると、Linuxコマンドを使えます。

パッケージ群のインストール②①66

参考程度。 Terminalタブで、cdコマンド、スペース（半角1個）、先程コピーした圧縮ファイルの場所を1行でペーストし、downloaded packagesディレクトリに移動します。エラーが出なければ・・・（入力間違い等があると、エラーになります）

パッケージ群のインストール

cd /private/var/folders/p3/z016ds2d0bbf78f8nswpgk2m0000gn/T/RtmptryWq0/downloaded_packages

67参考程度。 次に①pwdコマンドを入力（し、リターンキーを押下）で実際に移動できたことを確認。②lsコマンドを実行すると、ダウンロードされた圧縮ファイルがあることを確認できます。
つまりパッケージ群のインストールとは、このように圧縮ファイルをダウンロードし、解凍するという作業を行なっています。
多くのパッケージをインストール終了後の、ダウンロードした一時ファイルのサイズは、１つ１つはさほど大きくなくても、大量のパッケージが蓄積されていけば非常に大きなサイズになります。よほどの理由がない限りは別途保存しておくことはお勧めしません。必要に応じて再ダウンロードすれば良いからです。

パッケージ群のインストール①②68一方、実際にインストールされたパッケージの場所は、事前準備でも示したように、①Macintosh HD ②ライブラリ ③Frameworks ④
R.framework ⑤Versions ⑥4.2 ⑦Resources⑧libraryフォルダの中になります。

パッケージ群のインストール

①②

③

④

⑤⑥⑦⑧69

Contents
事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）◼ RStudioのインストール◼ Macintosh環境設定（Dockへの追加）◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ インストール確認◼ エラーへの対処◼

70

インストール確認①

パッケージ群が無事インストールできているかを確認します。①確認の文字がページ上部に来る程度まで画面をスクロールします。
作業自体は、さきほどと同じくコピペです。こ
こではアグリバイオの講義で使いそうなパッケージを実際に読み込む（ロードする）作業を行っています。1回目とか2回目とか書いていますが、中身は同じです。1回目はごちゃごちゃ様々なメッセージが出ます。2回目はエラーが出て読み込めなかったパッケージのみメッセージが出ることを利用しています。

71

赤枠内のコード全体を①コピーして…

インストール確認①72

インストール確認②

赤枠内のコード全体を①コピーして… ②Rコンソール画面上で、右クリックでペースト。③
まだコマンドが実行されていない状態ですので、return(enter)キーを押して実行します。
インストール完了直後の状態でも、一旦終了してRを再び起動させたあとの状態でもどちらでもかまいません。

③73

インストール確認

途中経過。こんな感じで画面がどんどん遷移します。1分程度で終了します。

74インストール確認

終了後の状態。上にスクロールし、「2回目」の実行でメッセージが出たものを確認。

75

インストール確認

rglの実行に失敗しています。2022年5月12日
現在、rglをインストールするにはXQuartzが必要な場合があることが判っており、ここでもXQuartzsに関するメッセージが表示されていますが、いずれも自身の解析に必要なパッケージである場合に対処すれば良いと思います。対処方法はケースバイケースなので、ここでは省略します。

76

Contents
事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除（任意）◼ R本体のインストール◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）◼ RStudioのインストール◼ Macintosh環境設定（Dockへの追加）◼ RStudioの起動と終了◼ 画面の説明◼ パッケージ群のインストール◼ インストール確認◼ エラーへの対処◼

77

エラーへの対処

この例では、GSVAおよびGSVAdataの実行に失敗し、パッケージが無いというメッセージが表示されています。

78

この例では、GSVAおよびGSVAdataの実行に失敗し、パッケージが無いというメッセージが表示されています。ライブラリがある
Macintosh HD ②ライブラリ ③Frameworks④R.framework ⑤Versions ⑥4.2 ⑦
Resources ⑧libraryフォルダの中を確認してみると、確かにありません。（フォルダはあるが、エラーになる場合もあります。この場合は、インストールの途中で何らかのエラーが生じ、正しくインストールできていない可能性があるので、エラーを起こしているパッケージのフォルダのみ削除します）。

エラーへの対処

①②

③

④

⑤⑥

⑦⑧79

エラーへの対処①RStudioのFileメニューから①New File、②RScriptを開くと、Consoleの上に③エディタが開きます。

②③80

エラーへの対処（Rで）塩基配列解析のトップページにアクセスし、②スクロールダウンして、③個別（2018年11月以降）にアクセスします。

①
②

③81

エラーへの対処

インストール | Rパッケージ | 個別（2018年11月以降）の①赤枠部分のスクリプトを②コピーして、、①②82

エラーへの対処

インストール | Rパッケージ | 個別（2018年11月以降）の①赤枠部分のスクリプトを②コピーして、RStudioのエディタに②ペーストします。しかし、これはBSgenome.***をインストールするスクリプトなので、、②83

エラーへの対処

インストール | Rパッケージ | 個別（2018年11月以降）の①赤枠部分のスクリプトを②コピーして、RStudioのエディタに②ペーストします。しかし、これはBSgenome.***をインストールするスクリプトなので、③パッケージ名を変更（ここではGSVA）、、③84

エラーへの対処⑤④③

インストール | Rパッケージ | 個別（2018年11月以降）の①赤枠部分のスクリプトを②コピーして、RStudioのエディタに②ペーストします。しかし、これはBSgenome.***をインストールするスクリプトなので、③パッケージ名を変更（ここではGSVA）、④実行するスクリプ
ト部分を選択（青色に反転）して、⑤Runボタンをクリックします。

85インストール | Rパッケージ | 個別（2018年11月以降）の①赤枠部分のスクリプトを②コピーして、RStudioのエディタに②ペーストします。しかし、これはBSgenome.***をインストールするスクリプトなので、③パッケージ名を変更（ここではGSVA）、④実行するスクリプト部分を選択（青色に反転）して、⑤Runボタンをクリックします。すると⑥パッケージのインストールが始まり、、エラーへの対処
⑤④

③

⑥86

インストール | Rパッケージ | 個別（2018年11月以降）の①赤枠部分のスクリプトを②コピーして、RStudioのエディタに②ペーストします。しかし、これはBSgenome.***をインストールするスクリプトなので、③パッケージ名を変更（ここではGSVA）、④実行するスクリプト部分を選択（青色に反転）して、⑤Runボタンをクリックします。すると⑥パッケージのインストールが始まり、⑦Yesを入力し、Enter。

エラーへの対処⑦87

エラーへの対処

インストール完了しました。①パッケージを実行してみます。

①88

エラーへの対処インストール完了しました。①パッケージを実行してみます。②エラーなく実行できたので、正しくインストールできたと判断します。

②89

エラーへの対処エラーが出ることがわかっている例を示します。①rbamtoolsパッケージのインストールを実行してみます。②選択部分を③Runしてみると、、

③②

①90

エラーへの対処③②

エラーが出ることがわかっている例を示します。①rbamtoolsパッケージのインストールを実行してみます。②選択部分を③Runしてみると、④rbamtoolsはBioconductor ver. 3.15では利用できない、つまりR ver.4.2.0ではインストールできないということになります。

①④91