令和６年度税制改正後の海運関係税制一覧
項 目制 度 の 概 要

適 用 期 間

1. トン数標準税制（海上運送法第 38 条に規定する課税の特例）

対象事業者：
対外船舶運航事業者（国交省に届出・報告をしている事業者）のみ※ 対外船舶運航事業者と、その親会社・子会社・関連会社である船舶運航事業者等（日本船舶及び船員の確保を行おうとする船舶運航事業者、船舶貸渡業者、船舶管理会社等）との共同申請可能

法令集

適用（拘束）期間：
5 年間（令和 5(2023)年 4 月 1 日～令和 10(2028)年 3 月 31 日）**令和 5 年 4 月 1 日から 7 年 3 月 31 日までに開始する「日本船舶・船員確保計画」を対象に、計画開始から 5 年間適用。
対象船舶：
日本船舶…
～1,000N/T￥130100N/T 当たり 1 日当たりのみなし利益は※（）内は準日本船舶(￥195)
右表のとおり1,000～10,000N/T￥110
準日本船舶…
(￥165)
100N/T 当たり 1 日当たりのみなし利益は10,000～25,000N/T￥70
日本船舶の 1.5 倍(￥105)※ 対象となるのは日本船舶の増加隻数の25,000N/T～￥401 倍まで（但し日本船舶＋準日本船舶で（￥60）450 隻が上限）
要 件：・ 各事業者が保有または運航する外航船舶に占める日本船舶の割合に応じた倍率（下表）に基づいて、日本船舶を増加*
保有・運航する外航船舶に占める日本船舶の割合
21％超
19％以上 21％以下
19％未満

新計画における増加目標倍率
1.15 倍
1.2 倍
1.4 倍*前「日本船舶・船員確保計画」から引き続き適用を受ける場合の増加目標は、以下計算
式の通り
継続適用事業者の増加目標＝前計画開始時点の外航日本船舶隻数×1.2（前計画目標倍率）
×各社該当の増加目標倍率（上記表参照）※ 不況条項あり：
取戻課税の要件（認定の取消）の前提となる勧告をしない「正当な理由」に歴史的海運不況が発生した場合が含まれる
・日本船舶・準日本船舶ともに 1 隻当たり 1 名以上の日本人船員を養成
・ 毎年度、日本船舶 1 隻当たり 4 人以上の日本人船員を確保（やむを得ないと認められる場合に限り、船員に代えて一定要件を満たす海技士を算入可）
・ 毎年度、準日本船舶 1 隻当たり 2 人以上の日本人海技士を確保
・ 日本人船員を減少させない⇒ 過去の改正経緯については、わが国におけるトン数税制の変遷 ご参照

12023.4.1～

令和６年度税制改正後の海運関係税制一覧
2. 船 舶 の 特 別償却（１）外航環境負荷低減船
特償率：日本船舶 17/100、外国船舶 15/100⇒ 経済安全保障に資する一定の要件を満たす場合、下表のとおり特償率を上乗せ

関係法令

日本オペ運航(＋12%)
日本船舶 29%
外国船舶 27%※ トン数税制適用事業者は利用不可

環境負荷低減船

外国オペ運航(＋10％)
日本船舶 27%
外国船舶 25%（当該特償率の上乗せを受けるための条件は下掲（３）をご参照）要 件：
近年の税制改正による見直しの状況は以下の通り（2015.4.1～）・ 日本船舶・外国船舶共に対象を 1 万 GT 以上に限定
・ EEDI 削減率を海防法関係省令で定める規制値より 2％上乗せ（2015.1.1 以降契約船）
・ バラスト水処理装置の設置（2015.4.1 以降契約船）（2015.9.1～）
・ 2015.9.1 以降に EEDI の規制対象となる船種について、海防法で定める規制値より 2%上乗せ（2015.9.1 以降契約船）（2016.1.1～）
・ NOx3 次規制に伴う NOx 放出量削減型主機関の要件の改定（2017.4.1～）
・ EEDI 削減率を海防法で定める規制値より 5%上乗せ（2017.4.1 以降契約船）（2019.4.1～）
・ 特償率の引下げ（日本船舶 18→17％／外国船舶 16→15％）
・EEDI 削減率を海防法で定める規制値より 10%上乗せ（2019.4.1 以降契約船）（2020.1.1～）
・EEDI 削減率を海防法で定める規制値より 2%上乗せ（2020.1.1 以降契約船）（2021.4.1～）
・「グレイウォータータンク」「ビルジプライマリータンク」の搭載必須化（2021.4.1 以降契約船）
・自動車運搬船について、EEDI 削減率 22％に引き上げ（2021.4.1 以降契約船）
・ガス運搬船（15,000DWT 以上）、コンテナ船、一般貨物船、液化天然ガス運搬船、クルーズ船について、削減率を「IMO Phase3 条約値」より2%上乗せ（2022.4.1 以降契約船）（2023.4.1～）
・匿名組合契約等の目的である船舶貸渡業の用に供される船舶は、海上運送法の規定に基づき認定を受けた先進船舶導入等計画により取得する先進船舶に限定※ 経過措置：2023.3 月末までに締結した契約に基づいて取得する船舶は、2023.4.1 以降も適用可（2025.1.1～）
・EEDI 削減率を海防法で定める規制値より船種により 3.5%又は 1％上乗せ（2025.1.1 以降契約船）（２）特定先進船舶（外航環境負荷低減船であって、認定先進船舶導入等計画により取得する先進船舶のうち一定の船舶）
特償率：日本船舶 20/100、外国船舶 18/100⇒ 経済安全保障に資する一定の要件を満たす場合、下表のとおり特償率を上乗せ
日本オペ運航外国オペ運航(＋12%)(＋10％)
特定先進船舶
日本船舶 32%
日本船舶 30%
外国船舶 30%
外国船舶 28%（当該上乗せをうけるための条件は下掲（３）ご参照）
要件：（a） 外航環境負荷低減船の要件を満たしたうえ、以下の条件に合致するもの
・ 認定先進船舶導入等計画に記載された船舶（認定申請書の提出が必要）
・ 2019.4.1 以後に建造に着手された船舶、あるいは同日以後に建造契約が結ばれた船舶（※「建造に着手」された日とは「起工式又は船台搭載の予定期日」）

2

2023.4.1～
2026.3.31

令和６年度税制改正後の海運関係税制一覧（b） （a）のうえで以下のいずれかに該当する船舶
・ 先進船舶の対象となる技術要件のうち以下の 6 項目のいずれかを満たしていること。
①スマートナビゲーションシステム ②遠隔監視システム③ウエザールーチングシステム ④予防保全システム⑤機関室統合ビルジシステム ⑥高延性鋼※ 2023.4.1 から、「耐食鋼」を対象設備から除外（2023.4.1 以降に締結した契約に基づいて取得する船舶は耐食鋼での特定先進船舶としての税制適用は不可となった）・ 代替燃料（LNG 燃料）船※ 2023.4.1 以降に締結した契約に基づいて取得する船舶が対象（３）経済安全保障に資する一定の要件（特償率の上乗せを受けるための要件）
・船舶要件（a）海事産業強化法に基づく認定造船所で製造（b）海事産業強化法に基づく認定舶用メーカーで製造された主機、音響測深機及びプロペラを使用
・船主要件（c）船主が「外航船舶確保等計画」を作成し、国土交通大臣の認定を受けること
当該計画の認定基準は以下の通り
1. 申請者について、その経営が外国人等により実質的に行われていないこと。
2. 計画期間（5 年間）の終了時点において保有する船舶の隻数について、計画期間の開始時点の隻数を超える計画であること。
3. 日本オペによる輸送に貢献するものとして、①～③のいずれかを満たすこと① 計画期間の開始時点において保有する船舶の隻数の 2 割以上を日本オペが運航していること② 計画期間の開始時点において保有する船舶の隻数のうち 5 隻以上を日本オペが運航していること③ 計画期間において新造する船舶の隻数の 3 割以上を日本オペが運航すること
4. 計画期間に導入する隻数（中古船を含む※）が、計画期間の開始時点に保有する船舶の隻数の 25％以上であること。
※ 1)申請者の子会社等又は関連会社、2)申請者の親会社等又はその子会社等若しくは関連会社から取得する船舶については、新造船のみカウント
5. 計画期間において導入する船舶のうち 1 隻以上は、新造船であること。
6. 計画期間において導入する船舶の新造船のうち 7 割以上が特定外航船舶であること。
なお、特償率の引き上げ対象となるのは、改正海上運送法（2023 年 4 月 28 日法案成立）の施行日以降に締結した契約に基づいて取得する船舶、かつ、引渡日が外航船舶確保等計画の認定日以降の船舶関連情報（制度概要・申請書類等）・詳細はこちら 国土交通省 HP（４）内航環境低負荷船
特償率：高度環境低負荷船 18/100、環境低負荷船 16/100
要 件：H27 年度改正以降の追加要件等は以下の通り（2013.4.1～）
・ LED 照明器具、船舶自動識別装置、加水分解型摩擦抵抗低減塗料を有すること（2015.4.1.～）
・ 航海支援システムを搭載した環境低負荷船の特償率を 18/100 に拡充
・ バルバスバウまたはバルブレス船首船型の採用
・ 熱効率改良装置の搭載（2,000GT 以上の船舶）（2019.4.1～）・船首方位制御装置（2021.4.1～）
・衛星航法装置
・対象から匿名組合契約等の目的である船舶貸渡業の用に供される船舶を除外（2023.4.1～）
・500GT 以上の船舶に限定

3令和６年度税制改正後の海運関係税制一覧項 目
3. 特 定 資 産 の買換特例（圧縮記帳制度）関係法令※ トン数税制適用事業者は利用不可

制 度 の 概 要

適 用 期 間

船舶から船舶（譲渡差益の 80％を圧縮記帳）
要 件 (外航・内航船舶)（2023.4.1～）
・ 譲渡資産と買換資産が同一の事業の用に供される場合に限定（i.e. 外航船舶→内航船舶／内航船舶→外航船舶の買換には適用不可）
・ 譲渡資産を譲渡または買換資産を取得した日のいずれか早い日に応じた
一定の期日までに、一定の事項を記載した届出書を納税地の税務署に提出
要件 （外航船舶）：近年の税制改正による見直しの状況は以下の通り（2014.4.1～）
・ バラスト水処理装置の設置（2015.1.1 以降契約船および中古取得船）（2016.1.1～）
・ NOx3 次規制に伴う NOx 放出量削減型主機関の要件の改定（2017.4.1～）
・ トン数税制適用事業者の利用不可（2020.4.1～）
・ 買換資産の船齢を「法定耐用年数以下」に制限（2023.4.1～）
・ 譲渡資産の船齢要件を 20 年未満に引き下げ
・ 2023 年 4 月以降の建造契約船（1 万 GT 以上の新造船）は船舶特償と同様の環境要件（EEDI 規制値・設備要件）が必須化※ 2023 年 3 月末までに建造契約を締結した船舶は従前の設備要件のみ
・ 2023 年 4 月以降の建造契約船または売買契約船（400 以上 1 万 GT 未満の新造船または中古船）は EEXI 規制値に関する要件等を追加※ 2023 年 3 月末までに建造契約または売買契約を締結した船舶は従前の設備要件のみ（2024.4.1～）
・ 同一年度に譲渡資産の譲渡・買換資産の取得を行った場合、譲渡資産の譲渡日、または買換資産の取得日のいずれか早い日を含む「3 月期間」※の末日の翌日以後 2 か月以内に、所定の項目を記載した「特定の資産の買換えの場合の課税の特例の適用に関する届出書」を所轄の税務署に提出することが必須化

要件 （内航船舶）：H26 年度改正以降の追加要件は以下の通り（2014.4.1～）
・ 一定の主機関または推進装置、LED 照明器具、船舶自動識別装置を有すること・ サイドスラスターの設置（2,000GT 以上の船舶は必須、未満の船舶は選択項目）（2017.4.1～）
・ バルバスバウまたはバルブレス船首船型の採用（2,000GT 以上の船舶）（2020.4.1～）
・ 買換資産の船齢を「法定耐用年数以下」に制限（2023.4.1～）
・譲渡資産の船齢要件を 23 年未満に引き下げ
・ 買換資産の環境要件にて「推進効率改良型プロペラ」が必須化（※ 詳細については令和 5 年 3 月 31 日付「告示」406～407 頁ご参照。）（2024.4.1～）
・ 同一年度に譲渡資産の譲渡・買換資産の取得を行った場合、譲渡資産の譲渡日、または買換資産の取得日のいずれか早い日を含む「3 月期間」※の末日の翌日以後 2 か月以内に、所定の項目を記載した「特定の資産の買換えの場合の課税の特例の適用に関する届出書」を所轄の税務署に提出することが必須化※3 月期間
譲渡又は取得

4～6 月

7～9 月

10～12 月

1～3 月

届出の提出期限

8 月末

11 月末

2 月末

5 月末

42023.4.1～
2026.3.31

令和６年度税制改正後の海運関係税制一覧
項 目制 度 の 概 要

4. 国 際 船 舶 に係る登録免許
税の課税の特例

軽減後の税率（本則 4.0/1000）（1）所有権保存登記
新造船（海上運送法に規定する特定船舶に限る。）又は外国法人から取得をする中古船（国際船舶）の所有権の保存登記・・・船舶価額の 新造船：2.0/1000、中古船：3.5/1000（2）抵当権設定登記
新造船（海上運送法に規定する特定船舶に限る。）の建造又は中古船（国際船舶）を取得のための資金の貸付け、または延払いによる債権の担保として、設定される抵当権の登記・・・債権金額又は極度金額の 新造船：2.0/1000、中古船：3.5/1000

関係法令

適 用 期 間2024.4.1～
2027.3.31※特定船舶関連の情報（海事産業強化法概要・申請書類等）はこちら：国土交通省 HP
要

5. 国 際 船 舶 に係る固定資産税の課税の特例
関係法令

件：H28 年度改正以降の追加要件等は以下の通り（2016.4.1～）
・ 新造船、中古船ともに 10,000G/T 以上
・ 中古船は寄港国検査（ポートステートコントロール）による拘留履歴がないこと
・ 中古船は従来の船齢制限を撤廃(2024.4.1～)
・国際船舶の類型を 5 類型（①近代化船 ②新マルシップ混乗船 ③承認船員配乗船 ④LNG 運搬船、⑤RORO 船）から 2 類型（①承認船員配乗船 ②代替燃料船）に見直し

課税標準
1) 船舶
内航船舶
価格の 1/2
外航船舶
価格の 1/6
国際船舶
価格の 1/18
国際船舶のうち、特定船舶※ 価格の 1/36

2024～
2026 年度分（※）海上運送法に規定する認定特定船舶導入計画に従い導入された船舶をいう。
要件：R6 年度改正以降の追加要件等は以下の通り(2024.4.1～)
・国際船舶の類型を 5 類型（①近代化船 ②新マルシップ混乗船 ③承認船員配乗船 ④LNG 運搬船、⑤RORO 船）から 2 類型（①承認船員配乗船 ②代替燃料船）に見直し

2) 外航用コンテナ

価格の 4/5

恒久化

6. 特別修繕準備金

・修繕費用×事業年度の月数／60 か月×3/4・トン数税制適用事業者の新規積立は不可（2017.4.1～）

7. 中小企業
投資促進
税制対象事業者等：
・ 資本金 1 億円以下の法人。但し、税額控除は資本金 3 千万円以下の法人のみ選択可
・ 2019 年度より、平均所得金額（前 3 事業年度の平均）が年 15 億円を超える事業年度については適用を停止
・ 2021 年度より、対象資産から匿名組合契約等の目的である事業の用に供するものを除外
対象船舶：内航貨物船（特別償却 22.5/100（取得価額の 75%×30/100） or 税額控除）※ 2023 年度より、500GT 以上の船舶にあっては、環境への負荷の低減に資する設備の設置状況等を税の適用を受ける事業年度における確定申告書の提出締め切り約１ヶ月前に国土交通大臣に届け出た船舶に限定

52023.4.1～
2025.3.31

令和６年度税制改正後の海運関係税制一覧
項 目制 度 の 概 要

適 用 期 間8. 地 球 温 暖 化
対策税の還付措置

石油石炭税（2,040 円／KL）に上乗せされている「地球温暖化対策のための税」の還付（原油・石油製品）
（期間）
（税率）
（特例）
2012.10. 1～
2,290 円／1KL250 円/KL の還付
2014. 4. 1～
2,540 円／1KL500 円/KL の還付
2016. 4. 1～
2,800 円／1KL760 円/KL の還付【還付対象】 内航海運、国内旅客船に係る軽油および重油2023.4.1～
2026.3.31

9．軽油引取税
船舶（日本籍船）への免税措置

船舶・自動車などのエンジンの燃料に（動力源に）使用する軽油の購入者などにかかる税金でキロリットル（KL）当り 32,100 円が課される（地方税法附則（第 12 条の 2 の 8））。

2024.4.1～
2027.3.31

船舶に対する課税は、H21 年度改正で道路特定財源（目的税）が廃止されたことに伴い従来からの課税免税根拠が失われたが、激変緩和措置として地方税法附則（第12 条の 2 の 7）に基づき免税措置が講じられている。
〇内貨軽油（船舶の動力源に使用する場合）
外国籍船： 輸出免税
日本籍外航船舶 ： 地方税法附則（第 12 条の 2 の 7）に基づき免税措置
内航用： 地方税法附則（第 12 条の 2 の 7）に基づき免税措置

10. とん税
特別とん税(1) とん税(2) 特別とん税

1 純トン （開港の入港毎） 16 円
1 純トン20 円（開港ごと 1 年分） 48 円
60 円

※ 令和 2 年度税制改正において以下の特例措置が創設
欧州・北米航路に就航するコンテナ貨物定期船が国際戦略港湾（京浜港、阪神港、名古屋港および四日市港）に入港する際に 1 年分を一時に納付する場合の税率(1) とん税(2) 特別とん税＝＝＝＝＝ 通常通り ＝＝＝＝＝ （開港ごと 1 年分） 24 円＝＝＝＝＝ 通常通り ＝＝＝＝＝30 円

62020.10.１～（当分の間）