BLAT、In-Sillico PCRを使って配列を検索する/GeneSorterを使って発現データを解析する
1. UCSC Genome Browserの準備
Genomeのバージョンを確認する
Sessionsを使って設定を保存、共有する

Genomeのバージョンを確認する
UCSC genome browserにアクセスする
https://genome-asia.ucsc.edu/”Genomes”のタブ（もしくはそのタブの中にあるOthers）をクリックする

ゲートウェイページ が表示されます。"Assembly"を変更することで、さまざまなバージョンのゲノムの情報についてUCSC Genome Browser（以後、UCSC GB）が保持しているデータの細かい情報を閲覧することができます。たとえば、そのゲノムバージョンでの大きな変更点をハイライトとして記載してあり、ゲノムバージョン間の違いを理解するのにとても役にたちます。UCSC GBは、GENCODEをはじめとする各種ゲノムプロジェクトが行なったGenome Assemblyのデータを取得して、ブラウザ上で可視化しているので、その元となっている情報が存在することにご留意いただきたいと思います。色々なリンクをクリックしてみてください。方法別のデータのダウンロード、元となっているサイトへのリンク、そしてゲノム地図へのリンクがなされています。

一方で最新ゲノムの一つであるhs1はほとんど情報がまだ整備されていない様子も分かります。

次に、Genomeタブの中にある"Genome Archive GenArk"をクリックすると、UCSC GBが持つ千を超えるゲノムアッセンブリーが種別にリストアップされています。hub gatewayの生物カテゴリーをクリックして各種のゲノムを選ぶとゲノム地図を閲覧できます。登録されているリストで眺めたい時にはこの手段がよいと思います。

Sessionsを使って設定を保存、共有する
UCSC genome browserにはユーザー別にセッションを残す機能が存在します。My DataからMy Sessionをクリックします。

アカウントを作成することで、ゲノム地図上で調べたトラックの情報やセッティングを保存し、さらには共有、非共有にすることができます。再度アカウントを作り試したところ、自動メッセージですぐに到着しましたので、ぜひアカウントを作ってみましょう！

各種情報を入力してsign upするとメールが送られてきますので、メールに記載されたURLでアカウント登録を完了してください。

さ す れ ば そ な たは UCSC GB に 歓 迎 さ れ る で あ ろ う 。

さて、このページは、ユーザーがすでに開いたトラックなどの情報の保存や、復元ができる環境になっています。必要に応じて履歴のセッションを名前をつけてsubmitして保存しておくと、後でもう一度同じ地図を見たい時に便利です。折角なのでこの機能を使ってみたいと思います。今回は例としてブラウザで閲覧した情報を保存、そして読み込んでみたいと思います。赤矢印のPublic Sessionをクリックしてください。

Public Sessionは、他のユーザーが登録した共有セッションを閲覧することができます。好みの順にソートして、ぜひ眺めてみてください。セッティングの参考になるものがあるかもしれません。

この中で今回私が生物学的で面白いと思ったデータを読み込みたいと思います。Searchのboxにhemoglobinを入力してください。

するとyrajat7900さんのヘモグロビン遺伝子の遺伝子座 (hg19)のセッションが現れます。このセッションを例に編集、保存してみます。赤い矢印のサムネイルをクリックしてください。ゲノム地図が表示されます。

表示されたゲノム地図は、HBB遺伝子を中心としたヒトのゲノムh19を表示しています。これは、yarajat7900さんが保存して共有した画面セッティングそのままの状況を閲覧しています。血液とその他の組織のトランスクリプトーム解析を実施したことがある人にとっては非常に馴染みのある知見ですが、HBB (hemoglobin beta)とHBD (hemoglobin delta)は、発現組織に異なる傾向があります。HBBは発現がほぼユビキタスな発現がGTExのデータからよくわかると思います。一方でHBDは他の臓器より血液で多く発現しています。全ヘモグロ
ビンの97%がHbA (alpha x2とbeta x2の4量体)からなり、HbA-2 (alpa x2とdelta x2の4量体)は、HbFとともに残りの3%を占めています。

HBDを見たいので地図のウインドーをドラックしたまま左へずらすことで、HBB遺伝子の全体も地図上に表示されるように調節してください。

上図のようにHBD, HBB両方の遺伝子が１つの画面に入れば両遺伝子の関係がわかりやすいですね。ではこの画面を呼び出せるように、保存してみたいと思います。先ほどユーザー登録をした時と同様にMyData -> My Sessionを選択して次の画面を表示してください。

そして、Save Settingsのcurrent settingsの欄に名前をつけて、submitをすれば先ほどの図（Session）が保存されます。また、web上に残すことが嫌な場合は、Save current settings
to local fileで、ファイル名を指定し、settingをダウンロードすることをお勧めします。実験
ノートに貼り付けておけばいつでも復元できます。

Save current settingsを行なった場合はこのようにMySessionsに保存してもらえます。保存期限はおそらくないと思います。view/editをすれば、メモ書きも残せます。復元してloadする場合は、session nameをクリックしてください。先ほどの地図が復元されています。HBD遺伝子全体も画面にしっかり入っている（ 保存直前の地図である）ことがお分かりいただけたと思います。localに保存した場合のテキストファイルの中身もご覧いただきましょう。
_ 1673597223254
altSeqLiftOverPsl hideavada packc chr11
cartVersion 3
clade mammal
cons100way hidecytoBandIdeo hidedb hg19
dbSnp153Composite hidedbSnp155Composite hide
dinkL 2.0
dinkR 2.0
expOrder_cons100way phyloP100wayAll
expOrder_wgEncodeReg wgEncodeRegMarkH3k27ac wgEncodeRegTxn
fixSeqLiftOverPsl hide
goButton gogtexGeneV8 fullhgFind.matcheshgPS_DataTableState---以下略---

利用していないトラックの情報まで非常に細かく情報が記載されています。このファイルをMySessionsの中にあるRestore SettingsのUse settings from a local fileに読み込ませると同じものが復元できます。これで、ゲノムブラウザのセッションの保存と復元ができるようになりました。また、この機能を利用することでブラウザの可視化セッティングを真似ねて学習することができます。