Integbio データベースカタログ：生命科学系データベースの所在情報を収集して発信する取り組み○坂東明日佳 1）
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、井上圭介 、熊谷禎洋 、川本祥子 、畠中秀樹

1）科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター 2）日立公共システムエンジニアリング株式会社
3）株式会社日立ソリューションズ 4) 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

国内のデータベース情報の網羅と発信を目指す
データベースの所在情報（URL）収集

対象１：JST のさきがけ、CREST、ERATO の成果報告書

カタログ

１.

メタデータスキーマの策定

文科省の研究資金により作成されたデータベース所在調査

各省のデータベースに関する情報を集約し、各省のデータベースにリンクが行われる状態を実現する。

（扱う項目や記載仕様）

横断検索 →★関連ポスター：3 番

２. 各省のデータベースに対して、相互に一括横断検索が可能となる状態を実現する

メタデータ（レコード）作成
レコードの公開と更新

アーカイブ →★関連ポスター：5 番

３.
年度

４.

平成
以降

CC-0 ライセンス

各省のデータベースに対して、統一形式でのデータダウンロードが可能となる状態を実現する。

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再構築各省のデータベースが、統一化したフォーマットで再構築された状態を実現する

データベース統合の第一ステップであり情報基盤

調査方法：＜ステップ１＞ 関連する報告書データの収集
各事業サイトで公開されている報告書を対象に「データベース or database」で検索してヒットした報告書のうち生命科学系の課題のものをマニュアルで選別する。
＜ステップ２＞浅掘り調査
1 で選別された報告書を浅く読み ” データベースの構築 ” に関する記述をもつ課題を絞り込む。
＜ステップ３＞深堀り調査
2 で絞り込まれた課題に対して報告書の記述や関連サイトを深く読みデータベースの URL やカタログへの収録の有無などの基本情報をリスト化する。
経過：

掘り出された８３DB のうち、２２DB がカタログに収録済
２１DB は未収録だった。
４０DB については所在確認中。
※2013 年 4 月時点【文部科学省】 バイオサイエンスデータベースセンター【厚生労働省】 医薬基盤研究所【農林水産省】 農業生物資源研究所【経済産業省】 産業総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター（http://integbio.jp/dbcatalog/）「Integbio データベースカタログ」

四省でデータベースの情報収集を進める。

10 月 4 日現在、1320DB（国内 897DB）収録

英語版公開！：国内データベース情報の国際発信の役割
DOE OSTI 運用の横断検索
WorldWideScience.org (WWS)の検索対象サイトとして登録
http://worldwidescience.org/

2013 年 6 月 17 日に「説明」項目以外の情報を先駆けて公開。 10 月 4 日現在、1065DB 収録

http://biodbcore.org/＜残りの課題＞

運用機関所在国<niaist>rdf:type <http://xmlns.com/foaf/0.1/Organization> ;dc:title “National Institute of Advanced Industrial Science and Technology”@en;<http://dbpedia.org/ontology/country> <http://dbpedia.org/resource/Japan>;

Biohackathon2013「RDFization (minimum descriptions for the dataset)」にて作成(Bio2RDF, Identiﬁers.org, BioDBCore とともに）●多言語化（日英）対応●運用機関所在国の表記●生物種 (NBDC Tax ID/Taxonomy name)の表現

新規データベースの公開状況をプロジェクトサイト等で随時調査、「生命科学系主要プロジェクト一覧」の活用

今後の課題● 研究成果であるデータベース情報をよりシステマティックに集約するためのしくみの構築
研究者に負担の少ないしくみづくりをこころがける。
• NBDC 実施成果報告書をもとに、データベース成果欄の仕様について各研究制度と意見交換• 既存の研究成果情報管理システムとの動向調査• 国際的なデータベース（データ）共有のしくみの動向調査● データベース統合の戦略に生かすための国内データベースの動向解析● 分野ごとのデータベースのレビュー（動向調査やインタビューなどをもとに）
例：ライフサイエンスデータベース統合推進事業に関連するデータベースの関係図（プロトタイプ）

エッジの重みづけ：レコード間の「カテゴリ（対象）」、「カテゴリ（データの種類）」、「生物種」情報の共起関係をもとに類似度（コサイン係数）を算出

例：カタログのレコード「ROUGE」の検索結果

③ʼ①ʼ

④ʼ
②ʼ

Sagace で検索結果にリッチスニペット表示が実現→★関連ポスター：4 番 (NIBIO)
基盤 G●生物分類による絞り込み機能の追加
カタログのファセット追加

動物界 (6)

対象３：生命科学分野の大型プロジェクト（国家基幹研究開発推進事業など）の公開情報※ツールやポータルサイトなどはカタログでは対象外としている●microdata マークアップによるリッチスニペット表示@uri=http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00672@title=ROUGE@db=Integbio̲db̲catalog@BiologicalDatabase̲name=Integbio̲db̲catalog@BiologicalDatabase̲url=http://integbio.jp/dbcatalog@picture=http://integbio.jp/dbcatalog/images/dbcatalog/thumbnail/nbdc00672.png@BiologicalDatabaseEntry̲image=http://integbio.jp/dbcatalog/images/dbcatalog/thumbnail/nbdc00672.png@taxonID=10090@BiologicalDatabaseEntry̲taxon̲BiologicalDatabaseEntry̲name=Mus musculus@BiologicalDatabaseEntry̲taxon̲BiologicalDatabaseEntry̲url=http://www.uniprot.org/taxonomy/10090@BiologicalDatabaseEntry̲taxon̲BiologicalDatabaseEntry̲entryID=10090@BiologicalDatabaseEntry̲entryID=nbdc00672@itemURL=http://www.kazusa.or.jp/rouge/index.html〜〜@BiologicalDatabaseEntry̲dateModiﬁed=2012-10-1

途中経過： 対象とした 3157 課題のうちデータベース構築についての記述がある課題は 552 であった。
それらの課題について順次掘り出し調査を進めており、2013 年 10 月現在掘り出されたデータベース及びツールは 251 件 ( 所在確認中や収録済のものも含まれる）である。

ノード：各研究開発実施報告書の成果欄に記載された国内データベース及び NBDC サービスのうちカタログにレコードが掲載されている※データベース

外部連携によるカタログの情報や機能拡張

カタログデータのクローラーでの取得結果＜ステップ１＞「KAKEN」(https://kaken.nii.ac.jp/) の詳細検索を利用して新規採択年度：”2002-2012”、フリーワード及び報告書 PDF 全文：“ データベース OR database” で研究課題を検索。
→ 15,886 課題ヒット ※2013/3/5 時点
このうち以下のいずれかの条件に当てはまる生命科学系の 3157 課題を優先対象とする。
生命科学系か否かは分野カテゴリや記載情報をもとにマニュアルで判断する。
■【新学術領域】、【特別推進研究】【特定領域研究】種目の課題■キーワードもしくは課題名に ” データベース ” OR“database” の文字列を含む

BioDBCore サイトの「Relevant recources」にリンク<ezcatdb_uri>
Descriptors to specify the database record
rdf:type dct:Dataset .
<ezcat_record_integbio>
dct:title “A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms”@en;名称
カタログ独自の属性情報
a void:DatasetDescription;
dct:alternative “EzCatDB”@en;
URL（カタログ間での情報交換のうえで重要）
dct:title “EzCatDB record”@en;
dct:description “EzCatDB is a database for ----.”@en;
説明dct:description “integbio entry for EZCatDB”@en;レコード ID
dct:creator <niaist> ;URL
dct:identiﬁer “NBDC00061”^^xsd:string;
レコード作成者
foaf:page <http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/> ;dct:creator<NBDC>;
カテゴリ
レコード公開日
dcat:keyword “RNA”@en;
dct:created“2013-06-17T00:00:00Z”^^xsd:dateTime;
言語
dcat:keyword “Protein”@en;
レコード最終更新日
dct:modiﬁed “2013-06-24T10:00:00Z”^^xsd:dateTime;
論文等
dct:license <“url for “unknown” announcement”> ;foaf:primaryTopic <ezcatdb_uri>.
稼動状況
dct:language <http://lexvo.org/id/iso639-3/eng>;
dct:language <http://lexvo.org/id/iso639-3/jpn>;
cito:citesAsAuthority <http://identifers.org/pubmed:17039546>;
例：EzCatDB の RDF サンプル
dct:available “Active”@en :運用機関名③④

調査方法：＜ステップ２、３＞
上述の JST の調査と同様に、課題情報（研究実績報告書、研究報告概要書など）や関連サイトを調べて最終的にデータベースを掘り出す。

RDF 化：カタログ間での情報共有を念頭にスキーマを議論①②

対象２：科学研究費助成事業データベース KAKEN

哺乳類 (6)
ヒト (3)
マウス (3)

メタボローム G
微生物 G●表示用の簡易版ツリーを作成中●年内の公開を予定→★関連ポスター：
2 番 (MEDALS)、52 番 (DBCLS)

ヒトゲノム G
蛋白質構造 G疾患•医薬品•環境物質 G
植物 G
フェノーム G

●データベースリスト（所在情報）の提供 ※各課題からの情報提供歓迎です！
PGDBj の植物リンク集、理研のデータベースレジストリなど→★関連ポスター：13 番 ( かずさ DNA 研究所 )→カタログの情報追加や更新に利用

トーゴーの日シンポジウム 2013

糖鎖 G
生命動態 GNBDC※NBDC パンフレットの課題紹介欄の並び順

ここまできたライフサイエンスデータベースの統合

会期：2013 年 10 月 4 日（金）・5 日（土）於：時事通信ホール

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