HPCシステムズ
サイエンスクラウド向け設定
V11.3.1
2022年12月27日

株式会社クロスアビリティ

Copyright 2008-2023 X-Ability Co., Ltd.

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本書について•本書はWinmostar V11の使用例を示すチュートリアルです。

•初めてWinmostar V11をお使いになる方はビギナーズマニュアルを参照してください。

•各機能の詳細を調べたい方はユーザマニュアルを参照してください。

•

本書の内容の実習を希望される方は、講習会を受講ください。
– Winmostar導入講習会：基礎編チュートリアルの操作方法のみ紹介します。
– Winmostar基礎講習会：理論的な背景、結果の解釈の解説、基礎編チュートリアルの操作方法、基礎編以外のチュートリアルの一部の操作方法を紹介します。
– 個別講習会：ご希望に応じて講習内容を自由にカスタマイズして頂けます。

•

本書の内容通りに操作が進まない場合は、まずよくある質問を参照してください。

•

よくある質問で解決しない場合は、情報の蓄積・管理のため、お問合せフォームに、不具合の再現方法とその時に生成されたファイルを添付しご連絡ください。

•本書の著作権は株式会社クロスアビリティが有します。株式会社クロスアビリティの許諾なく、いかなる形態での内容のコピー、複製を禁じます。
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概要
•

本書ではプロジェクトモードでHPCシステムズのサイエンスクラウドを利用してリモートジョブを実行する方法を示します。分子・原子構造の作成方法、計算条件の設定方法、結果の解析方法についてはローカルジョブと変わらないため他のチュートリアルを参照してください。

ローカルジョブ

リモートジョブ

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I. 公開鍵・秘密鍵の生成と登録
すでに何らかの方法で公開鍵・秘密鍵ファイルを生成済みの場合はP. 5に進んでください。
このページではCygwinを使って鍵を生成する方法を示しますが他の方法でも構いません。

1. Winmostarを起動しツール｜CygwinWMをクリックします。
2. 開いた黒いウィンドウ上で「ssh-keygen -m pem -f /tmp/id_rsa_hpcsys」と入力しEnterキーを押します。（WinmostarのSSH機能はPEM形式のみ対応）
3. 「Enter passphrase (empty for no passphrase):」と表示されたら5文字以上の任意のパスフレーズ（メモを取る）を入力してEnterキーを押します。
4. 「Enter same passphrase again:」と表示されたら4で入力したパスフレーズを入力してEnterキーを押し、「Your identification has been saved in /tmp/id_rsa_hpcsys」と表示されることを確認します。
5. CygwinWMのインストールフォルダ（デフォルトではC:¥cygwin_wm）の下のtmpフォルダの下にあるid_rsa_hpcsys（秘密鍵）とid_rsa_hpcsys.pub（公開鍵）の2つのファイルをどこか安全な場所にコピーします。

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I. 公開鍵・秘密鍵の生成と登録•

公開鍵をHPCシステムズに登録済みの場合はP. 6に進んでください。

•これから登録する場合は、公開鍵（P. 4の方法で生成した場合はid_rsa_hpcsys.pub）をHPCシステムズに送り、登録されるまで待ちます。

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II. プロファイルの選択
1. 各ソルバのチュートリアルの基礎編に倣い、計算したい分子・原子構造を作成し、使用したいソルバのワークフロー設定をクリックしWorkflow Setupウィンドウで計算条件を設定した後、OKをクリックしジョブの設定ウィンドウに進みます。
2. リモートマシンでジョブを実行にチェックを入れます。
3. そうでない場合はプロファイルのConfigをクリックします。

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III.プロファイルの新規作成
1. Profile Nameで「pbs_example」を選択してください。
2. DuplicateをクリックしNew Profile Nameに「hpcsys_(ソルバ名)」（例えばGAMESSの場合は「hpcsys_gamess」）と入力しOKをクリックしてください。

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III.プロファイルの新規作成
1. ConnectionのHost Name（IPアドレス、ホスト名）、Port（接続ポート番号）、UserName（ユーザ名）、Password（パスワードではなく秘密鍵のパスフレーズ）に、HPCシステムズから通知のあった情報を入力します。
2. SSH Private Keyの…ボタンをクリックし、秘密鍵を選択します。（P. 4の手順の場合で秘密鍵を生成した場合はid_rsa_hpcsys）秘密鍵がPEM形式以外の場合はこの手順で変換します。
3. 入力後、Test Connectionをクリックし、接続テストのみをクリックします。数秒間テストが流れ、「テストが正常に終了しました」と表示されたら先に進みます。表示されなかった場合は、Connectionの入力内容を再度見直します。

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III.プロファイルの新規作成
1. QueueのOptionsに、qsubコマンドの引数を入力します。なお、「%WM_NUM_PROC%」などのエイリアスを利用すると並列数などに関する設定を簡略化できます。（詳細はこちら）
ひとまず動作確認だけしたいときはデフォルトの設定で先に進みます。
2. Test Connectionをクリックし、接続テストで両方実行をクリックします。最大待ち時間には、ジョブが実際にサブミットされ処理が環境するまでの適当な秒数を入力しOKをクリックします。しばらくテストが流れ、「テストが正常に終了しました。」と表示されたら先に進みます。表示されなかった場合は、Queueの入力内容を再度見直します。

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III.プロファイルの新規作成
1. Remote Server Profilesウィンドウ右下のOKをクリックします。
2. ジョブの設定ウィンドウでプロファイルに先ほど作成したプロファイルが選択されていることを確認します。

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IV.テンプレートスクリプトの選択
1. テンプレートスクリプトのNewをクリックし、Script nameに「hpcsys」と入力しOKをクリックします。

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IV.テンプレートスクリプトの選択
1. テキストエディタでテンプレートスクリプトが開いたら、「# Insert commands here」と「# Do not modify the followings」の間にソルバの起動に必要な設定・コマンドを追記し保存します。設定・コマンドについては https://www.hpc.co.jp/support/ のマニュ
アル・ダウンロード→HPCアプリケーションから確認できます。

例：/usr/local/gaussian16b01_legacyにインストールされているGaussian（g16）を利用したい場合は以下のように追記します。（プログラムのインストー
ル場所は同じプログラムでもユーザによって異なりますので都度確認してください。）…
# Insert commands here
export PATH=$PATH:/usr/local/gaussian16b01_legacy# Do not modify the followings…

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IV.テンプレートスクリプトの選択
1. Test Connectionをクリックし、接続テストで両方実行をクリックします。最大待ち時間には、ジョブが実際にサブミットされ処理が環境するまでの適当な秒数を入力しOKをクリックします。「リモートサーバ上での●●●のテストを実行しますか？」と表示されたらはいをクリックします。しばらくテストが流れ、「テストが正常に終了しました」と表示されたら先に進みます。表示されなかった場合は、P.12の設定内容を再度見直します。

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V. リモートサーバの状態確認
1. リモートサーバのキューの状態などの確認が不要な場合はP. 15に進みます。確認したい場合はControlをクリックします。
2. Control Remote Job/Serverウィンドウ中段のボタンで必要な操作を実行してください。
3. 実行後、Closeをクリックしてください。

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VI.ジョブの実行
1. 接続情報を確認しながら並列数を適宜変更し実行をクリックしてジョブを開始します。
2. 作業フォルダの状態は、正常に計算が進行した場合はNEW→SEND→PEND→RUN→END(Rem)（正常終了し出力ファイルがリモートにある）→RECV→END（正常終了し全出力ファイルがローカルに転送済み）と自動で変化します。
3. ソルバによっては最後にENDの代わりにEND(-)（正常終了しログ等一部ファイルのみローカルに転送済み）となります。その場合、必要に応じてアクションからReceive All Remote
Output Filesをクリックし全ての出力ファイルをローカルに転送します。
4. その後、ローカルジョブと同様に結果の可視化、解析を行います。

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ジョブ実行後エラーが発生した場合の対処作業フォルダの状態がABORT（異常終了）の場合、次の手順でエラー発生個所を推定します。
•

プロジェクト表示エリアで対象の作業フォルダにマウスカーソルを重ね、エラーメッセージを確認します。

•

対象の作業フォルダを右クリックし、Show Command for Job SubmissionとShow
Result of Job Submissionでジョブをサブミットしたときの状況を確認します。

•

対象の作業フォルダをクリックし、アクションでLog (Extracted)またはLogをクリックしログファイルの内容を確認します。

•対象の作業フォルダを右クリックし、Open Remote stdoutまたはstderrからリモートサーバで実行された際の標準出力・エラーを確認します。

•

対象の作業フォルダを右クリックし、Control Remote Job/Serverをクリックし、ls、tail、Get & Open...などでサーバの状態やサーバ上のファイルの状態を確認します。

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最後に
•

各機能の詳細を調べたい方はユーザマニュアルを参照してください。

ユーザマニュアル

Winmostar 講習会の風景•

本書の内容の実習を希望される方は、Winmostar導入講習会、Winmostar基礎講習会、または個別講習会の受講をご検討ください。（詳細はP.2）•

本書の内容通りに操作が進まない場合は、まずよくある質問を参照してください。

•

よくある質問で解決しない場合は、情報の蓄積・管理のため、お問合せフォームに、不具合の再現方法とその時に生成されたファイルを添付しご連絡ください。
以上
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