資料 ２−３「ライフサイエンス統合データベース基盤整備」
プロジェクトの概要（案）

情報・システム研究機構 事務局

1

統合データベースシステムの概要
ﾗｲﾌｻｲｴﾝｽ概念辞書を用い、文献からの情報を用いることによって分野毎の標準ﾃﾞｰﾀを作成

分野毎の最適な統合的検索が可能

統合データベースシステム

標準データ

ﾗｲﾌｻｲｴﾝｽ概念辞書
・施策ＩＤ 研究ＩＤ
・施設ＩＤ 教授ＩＤ・研究型ＩＤとシソーラス
・実験方法ＩＤ シソーラス
・Taxonomy 生物グループ
・ ボクセル解剖辞書
・遺伝子 ファミリーＩＤ シソーラス・疾患 症状 ＩＤ シソーラス
・薬物ＩＤ 薬効ＩＤ シソーラス

文献からの抽出データ・知識

外部DB
論文、教科書からの知識抽出

標準データ構築

標準データ
構築に利用

・遺伝子 ゲノム エピゲノム
・オーソログ ファミリー・遺伝子発現・蛋白間結合
・細胞臓器 形態機能・疾患・ミュータント症候関係
・農産物特徴・化合物細胞関係
・薬物蛋白関係 など

DBの受け入れ受け入れDB

アノテーション

アノテーション
DB
データベースポータル

ポータル

・手間が減る・検索の質が高くなる
・網羅性が上がる

各種文献
DB
各種データ
DB

各種ﾎﾟｰﾀﾙ
外部ﾘｿｰｽその他ポータル
リソースポータル

バイオインフォマティクスツール群

技術開発
・統合DB構築技術、知識表現技術の開発・文献からの情報抽出技術の開発
・ｵﾝﾄﾛｼﾞｰ自動構築技術の開発
・DBからの知識抽出技術の開発
・情報共有技術、セキュリティー関連技術の開発
・並列処理技術の開発

世の中の先端的な技術を積極的に取り入れて、継続的な進歩を実現

2

統合データベース事業のサービス内容
利用者へのサービス●研究活動俯瞰
●研究活動俯瞰
●ポータル●ポータル
データベースポータル
データベースポータル
ツール・リソースポータル
ツール・リソースポータル

外部ＤＢ構築者（ﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄDBの構築者等）へのサービス●ライフサイエンス概念辞書の提供●ライフサイエンス概念辞書の提供●データキュレータ支援環境の提供●データキュレータ支援環境の提供●全文利用・情報抽出環境の提供●全文利用・情報抽出環境の提供●4大バンク横断検索●4大バンク横断検索●標準データ（知識データ）検索●標準データ（知識データ）検索
●文献検索
●文献検索

ﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄDBの取り込み
統合化の促進標準化の促進ﾃｷｽﾄ情報利用の促進
3利用者へのサービス例（研究活動検索及び俯瞰）学会要旨

電子化アブストラクト検索クエリー

学会要旨データベースシステム●フリーキーワード●遺伝子名称
●研究領域
●実験方法
●研究目的
●生物種等

学会要旨表示インターフェース
学会要旨表示インターフェース

ユーザー

・学会要旨の検索・閲覧が可能
・学会要旨の検索・閲覧が可能
・研究領域やトピックスの変遷の・研究領域やトピックスの変遷の可視化が可能
可視化が可能学会要旨情報可視化システム
学会要旨情報可視化システム

辞書マッピング
辞書マッピング
クラスタリング
クラスタリング
グラフ・チャート生成
グラフ・チャート生成研究領域の変遷チャート

4

利用者へのサービス例（データベースポータル）
DB 総目次サイト

DB目次自動配信・構造化サマリーを提示
・必要なＤＢに誘導
・予期せぬ発見促進
Ex. 構築型別・対象・生物種別メニュー

利用者のブラウザー

提供分類軸
・ データベース型
・ データ対象
・ 生物種・国・ 提供機関
・ 提供形態・ 利用条件---専用の機能拡張

提供サポート情報
・日本語解説・オリジナルデータベースへのアクセスリンク
・維持管理状況、データサイズ
・関連データベース間の比較情報
・データベースの利用状況
・大型のライフサイエンスデータベースに関する詳細調査情報

・カスタム改変可能・改変情報投稿機能

ＤＢauthorの表現

DB bookmark

画一的表現

選択

・ＤＢ情報利用の負荷軽減
・自動更新

5

利用者へのサービス例（4大バンク横断検索）
4大バンク総合目次
データバンクス
４大バンクデータベース
索引情報データベース

索引項目
俯瞰バンクＩＤ

プロジェクト★ JSNP

研究型・目的ＩＤ
国・施設ＩＤ 著者
施策（研究費）ＩＤ

検索クエリー

文献ＩＤ●遺伝子名称、ｱｸｾｯｼｮﾝ
●データ型
●研究目的
●実験方法
●生物種

公開時期

エントリー
AGCTAATT..

条件表現系
生物ＩＤ
臓器細胞ＩＤ
疾患ＩＤ
修飾ＩＤ

固有記述

４大バンクに共通の索引

・ 研究目的や研究型、プロジェクトで検索可能
・ 総合目次で俯瞰可能

ユーザー

検索結果

4大バンクレコード表示インターフェース
研究目的に合致した４大バンクに横断的なプロジェクトのレコード

レコードリスト

レコード詳細6

利用者へのサービス例（標準データ検索のイメージ）ー機能ゲノム（発現と蛋白間相互作用）に関わる情報の例ー
予め整理された関連する情報を一度に検索可能

遺伝子発現に関わる標準データ
遺伝子発現に関わる標準データ

教科書説明
遺伝子GNに関する情報●分子データ●パスウェイデータ●SNPデータ●ｽﾌﾟﾗｲｽ・ﾊﾞﾘｱﾝﾄﾃﾞｰﾀ●疾患との関連データ●特許データ●教科書情報●遺伝子GNに関する情報●遺伝子GNの発現情報（gene chip）●遺伝子GNの発現情報（定量的PCR）●遺伝子GNの発現情報（配列解析）

標準データの検索キーワード例；ある遺伝子名称（ＧＮ）

標準データ（事象と事象間関連を、文献情報を用いて整理して構築した知識ﾃﾞｰﾀ）

標準データ
検索システム

蛋白間相互作用に関わる標準データ
蛋白間相互作用に関わる標準データ

発現情報詳細●教科書情報●遺伝子GNの蛋白間相互作用情報（質量分析）●遺伝子GNの蛋白間相互作用情報（Y2H）●遺伝子GNの蛋白間相互作用情報（文献）

個別データベースを一つ一つ検索する必要がある

従来の検索
キーワード例；ある遺伝子名称（ＧＮ）

相互作用情報詳細

遺伝子発現、蛋白間相互作用に関わる個別のデータ
遺伝子発現、蛋白間相互作用に関わる個別のデータ
NCBI-Gene
教科書遺伝子GNに関する情報
教科書情報

gene chipによる発現測定DB
定量的PCRによる発現測定DB

発現情報詳細配列解析による発現測定DB
質量分析による蛋白間相互作用情報DB
Y2Hによる蛋白間相互作用情報DB
蛋白間相互作用関連文献

相互作用情報詳細

7

統合データベース事業のロードマップ
外部ＤＢ構築者へのサービス・内部環境

利用者へのサービス

ライフサイエンス概念辞書! 全インターネット検索! ・施策ＩＤ 研究ＩＤ
! ・施設ＩＤ 教授ＩＤ
! ・研究型ＩＤとシソーラス! ・実験方法ＩＤ シソーラス! 研究活動俯瞰・施策から・主要学会要旨
・雑誌抄録

データベースポータル

・Taxonomy 生物グループ! ・ ボクセル解剖辞書

・俯瞰メニュー| 検索! ・自動更新bookmark

・遺伝子 ファミリーＩＤ シソーラス

ツール・リソースポータル・疾患 症状 ＩＤ シソーラス

・俯瞰メニュー｜検索! ・自動更新bookmark

・薬物ＩＤ 薬効ＩＤ シソーラス!データキュレータ支援環境

バンク目次 横断検索

総説型知識モデル型ＤＢ入力者など

・俯瞰メニュー｜検索! 全文利用・情報抽出環境

標準データ作成（知識・データ）
・遺伝子 ゲノム エピゲノム・オーソログ ファミリー! ・遺伝子発現・蛋白間結合! ・細胞臓器 形態機能! ・疾患・ミュータント症候関係
・農産物特徴! ・化合物細胞関係! ・薬物蛋白関係 など
FY

・ 生命科学論文
公開

・ 研究報告書
・ 総説
・ 教科書
・ 特許

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