年末調整電子提出用データ出力
給与支払報告書 および 源泉徴収票の電子的提出一元化について ...................... 1『eLTAX』 を利用するための準備 ........................................................................................ 2
利用届出の提出 ........................................................................................................... 2
電子証明書の取得 ....................................................................................................... 2『PCdesk』のインストール ............................................................................................. 2
電子データファイルを出力するために必要なシステム設定 .......................................... 3
法人マスタ ※支払者が「法人」の場合 .................................................................. 3
施設マスタ ※支払者が「施設」の場合 .................................................................. 4
市町村マスタ .................................................................................................................. 4電子データファイル出力機能を有効にする ............................................................ 5
電子データファイルの出力 .................................................................................................... 6
電子データファイルの出力.......................................................................................... 6「提出区分」および「作成区分」の違いについて ..................................................... 9

Ver8.6.0-00（202111）

年末調整電子提出用データ出力

給与支払報告書 および 源泉徴収票の電子的提出一元化について
従来、給与支払報告書は市区町村へ、源泉徴収票は国税庁へ、それぞれ提出する必要がありましたが、平成 29 年 1 月より、給与支払報告書 および 源泉徴収票の入力様式を統一し、『eLTAX（エルタックス）』 から一元的に送信することができるようになりました。
給与支払報告書の申告データは、『PCdesk』 などのソフトウェアで作成し、『eLTAX』 に送信します。
『eLTAX』 で受付された申告データは、「給与支払報告書（個人別明細書）」、「給与支払報告書（総括表）」として市区町村へ、また、「給与所得の源泉徴収票」、「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」として国税庁へ、それぞれ提出されます。
『PCdesk』 では、給与支払報告書の申告データの作成方法として、「CSV ファイルの取り込みで作成する方法」と「給与支払報告書を 1 件ずつ手入力で作成する方法」の 2 通りがあります。
・手続き別ガイド 給与支払報告書及び源泉徴収票 電子的提出一元化 ガイドブック
https://www.eltax.lta.go.jp/documents/01108「給与計算」は、「CSV ファイルの取り込みで作成する方法」に対応した CSV ファイルの出力に対応しています。

MEMO

1

年末調整電子提出用データ出力『eLTAX』 を利用するための準備『eLTAX』 を利用するためには、主に以下の準備が必要になります。

1

利用届出の提出『eLTAX』 を利用するには、一部の例外を除き、予め利用届出を提出する必要があります。この手続きは、インターネット上で行います。
利用届出の手続きを実施するにはブラウザ等の設定が必要となります。以下のページをご参照の上、設定を済ませた上で手続きを開始してください。
・インターネットブラウザの設定

https://www.eltax.lta.go.jp/eltax/junbi/browser/

・署名用のプラグインをインストール

https://www.eltax.lta.go.jp/eltax/junbi/syomei/『eLTAX』 のホームページの「PCdesk（WEB 版）」より、「利用届出（新規）の手続きを開始する」ボタンをクリックし、届出を開始します。
・地方税ポータルシステム eLTAX 利用届出

2

https://www.eltax.lta.go.jp/riyoutodokede/

電子証明書の取得『eLTAX』 を利用するには、申告データ等の作成者を明らかにし、かつ、データの改ざんのないことを示すため、データに電子署名を行います。このため利用者は、原則として電子証明書を取得する必要があります。
『eLTAX』 で利用できる電子証明書のいずれかを入手してください。
取得には、原則として費用がかかります。詳細につきましては、各電子証明書の発行機関にご確認ください。
・電子証明書の準備3

https://www.eltax.lta.go.jp/eltax/junbi/denshisyoumeisyo/『PCdesk』のインストール『PCdesk』 は WEB 版と DL（ダウンロード）版があり、申告に関する手続き等を行うためには、DL 版をインストールする必要があります。ダウンロード、インストール方法につきましては、以下のページより入手、ご確認ください。
・『PCdesk』 の特徴と取得方法

https://www.eltax.lta.go.jp/eltax/software/『PCdesk』 のインストール方法、操作方法などのご質問は、ヘルプデスクへご連絡ください。
電話番号 0570-081459 （ナビダイヤル） 左記の電話番号でつながらない場合：03-5521-0019
受付時間 9:00～17:00 月曜日～金曜日（土曜日、日曜日、休祝日、年末年始 12/29～1/3 は除く）

2

年末調整電子提出用データ出力

電子データファイルを出力するために必要なシステム設定
次の各マスタが正しく設定されていることを確認します。

重要使用不可文字について

電子データファイルの内容に次の文字は使用できません。「給与計算」側では制限を行っておりませんので、ご注意ください。
「♂」、「♀」、「℃」、「☆」、「★」、「⌒」、「Å」、「♯」、「♭」、「♪」 の 10 文字

1

法人マスタ ※支払者が「法人」の場合初期設定メニュー ⇒ 法人マスタ支払者が「法人」の場合は、赤枠が必須項目となります。正しく設定されていることをご確認ください。

3

年末調整電子提出用データ出力

2

施設マスタ ※支払者が「施設」の場合

初期設定メニュー ⇒ 施設マスタ

支払者が「施設」の場合は、赤枠が必須項目となります。正しく設定されていることをご確認ください。

3

市町村マスタ

初期設定メニュー ⇒ 市町村マスタ［自治体コード］（全国地方公共団体コード）が必須項目となります。
［指定番号］は、前年に給与支払報告書を提出している場合に、市区町村から通知されます。市区町村から送付される「特別徴収税額通知書」に記載されています。ご不明な場合は提出先の市区町村へお問い合わせください。
なお、初めて提出する市区町村の場合は、必要はありません。
それぞれ正しく設定されていることをご確認ください。
総務省 全国地方公共団体コード

https://www.soumu.go.jp/denshijiti/code.html

4

年末調整電子提出用データ出力

4

メインメニュー ⇒ 電子提出用 CSV 出力

電子データファイル出力機能を有効にする

電子データファイルを出力するには、この機能を有効にする必要があります。
1. メインメニューより『電子提出用 CSV 出力』 をクリックします。

2.

整理番号をクリックします。

3. 「年末調整の、給与支払報告書、源泉徴収票を eLTAX PCdesk でデータ送信しますか」を「はい」と選択します。
4. データに出力する各項目を入力します。
支払者（給与支払報告書提出義務者）となっている法人 または 施設について、入力してください。
例えば、支払者（給与支払報告書提出義務者）が法人の場合は、法人名の行に入力します。
なお、これらは空欄のままでも提出することが可能です。
▼ 項目の説明
項目

内容

整理番号 1

税務署から連絡されている「整理番号 1（10 桁の数字）」を入力します。

本支店等区分番号

税務署に連絡した本店 および 支店等の各提出義務者を区分する番号（一連番号、支店番号等）を入力します。

整理番号 2

5.

登録［F1］

税務署から連絡されている「整理番号 2（13 桁の数字）」を入力します。

をクリックします。

5年末調整電子提出用データ出力

電子データファイルの出力年末調整にかかるデータ登録等を全て終えたら、電子データファイルをシステムから出力します。

重要

電子データファイルの取り扱いについて電子データファイルには従業員のマイナンバーが含まれています。
インポート完了後は速やかに削除するなど、電子データファイルの安全管理を適切に行ってください。

1

メインメニュー ⇒ 電子提出用 CSV

電子データファイルの出力

電子データファイルは、提出区分に応じて出力します。ここでは、出力方法の基本操作を解説します。
提出区分の詳細は、「2 「提出区分」および「作成区分」の違いについて」をご確認ください。
1. ［処理年］を入力します。
※令和 2 年/2020 年 以前は、この機能を使用できません。
2. プルダウンメニューより施設を選択します。
支払者（提出義務者）が法人の場合は、「すべて」を選択します。
3. 画面左のリストより対象者を選択します。
4. ［提出区分］プルダウンメニューより、適切な区分を選択します。
5. ［作成区分］プルダウンメニューより、「2.国税分・地方税分」を選択します。
※出力対象者に国税分提出対象外の人がいる場合、該当者は［作成区分］の指定に関わらず、「1.地方税分」でデータを作成します。

補足 「国税」と「地方税」について給与所得および支払において電子的提出の一元化ができる対象帳票は次の通りで、「国税分」と「地方税分」に分類されます。
＜国税＞
（1）

給与所得の源泉徴収票（平成 28 年分以降用）（2）

給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表（平成 28 年分以降用）

＜地方税＞
（1）

給与支払報告書（個人別明細書）（2）

給与支払報告書（総括表）

なお、それぞれの（2）については、システムから出力される CSV ファイルには含まれず、『PCdesk』 に取り込んだ際に自動的に作成されます。

6年末調整電子提出用データ出力

6. 給与総支給額が 30 万円以下の退職者を含めない場合は、チェックボックスを ON にします。

補足 「給与支払報告書」の提出対象者について退職者に対して年内に支払った給与総支給額が 30 万円以下の場合、「給与支払報告書」をその退職者の市区町村に提出する義務はありませんが、提出をお願いしている市区町村が一部存在するようです。不明な場合はチェックボックスを OFF にし、対象者として含めてください。

7. ［市町村］を選択します。
8. ［支払者］を選択します。（「法人」または「各施設」）
9.

確認［F1］をクリックします。

10. 「データ確認」画面が表示されます。内容を確認します。水平スクロールバーを移動すると、全ての項目を確認できます。
11. 「マイナンバーを印字する」チェックボックスを ON にします。
弊社システム「マイナ Lock」と連携している場合は、「「マイナ Lock」と連携している場合」にお進みください。
連携していない場合は、「「マイナ Lock」と連携していない場合」にお進みください。

水平スクロールバーで表示内容を移動できます。

7年末調整電子提出用データ出力「マイナ Lock」と連携している場合
12-1）

ファイル作成をクリックします。

12-2） 「マイナ Lock パスワード入力」画面が表示されます。［マスターパスワード］を入力します。
12-3）

実行［F1］をクリックします。手順 13.にお進みください。

「マイナ Lock」と連携していない場合
12-1）

マイナンバー 入力・作成をクリックします。

12-2） 「個人番号入力」画面が表示されます。「マイナンバー」を入力します。
12-3）

出力［F1］をクリックします。手順 13.にお進みください。

13. 表示された「ファイル名を付けて保存」ダイアログボックスで、電子データファイルの保存場所を選択し、保存をクリックします。

ファイルの保存先を選択します。（任意）8年末調整電子提出用データ出力

2

メインメニュー ⇒ 電子提出用 CSV「提出区分」および「作成区分」の違いについて

ここでは、提出する内容を例にあげ、「提出区分」および「作成区分」の違いを解説します。

【シナリオ 1】

1 月 5 日 11 名分のデータを提出する。

指定した処理年において、初めてデータを提出する場合は、「新規」として提出します。
1. 画面左のリストより対象者を選択します。
2. ［提出区分］プルダウンメニューより、「新規」を選択します。（出力履歴がない場合は、「新規」以外を選択できません。）
3. ［作成区分］プルダウンメニューより、「2.国税分・地方税分」を選択します。

4. 以降は、「1 電子データファイルの出力」の手順 7.～手順 13.の基本操作に沿って、電子データファイルを保存します。
▼ 上記の操作で作成される電子データファイルの内容イメージ
日付

対象者

提出区分

作成される内容

1月5日

11 名

新規

源泉徴収票（国税）、給与支払報告書（地方税）【シナリオ 2】

1 月 5 日 上記で送信した 11 名中 2 名分のデータに不備があった。

不備のあった対象者のみ訂正提出しますが、「源泉徴収票」と「給与支払報告書」では訂正の方法が異なります。
「源泉徴収票」は、提出済みの不備データを取り消し、訂正後の正しい内容を提出します。
「給与支払報告書」は、訂正後の正しい内容を提出します。（取り消す必要はありません。）
1. 画面左のリストより対象者を選択します。
2. ［提出区分］プルダウンメニューより、「取消」を選択します。
3. ［作成区分］プルダウンメニューより、「0.国税分のみ」を選択し、取消指定をクリックします。（※国税＝源泉徴収票）

不備のあった対象者を選択します。
（提出漏れは「東京花子」「神奈川弘子」と仮定します。）

9

年末調整電子提出用データ出力

4. 「取消データ指定」画面が表示されます。（手順 1.で選択した対象者が表示されます。）
5. 「取消対象 CSV 出力日時」プルダウンメニューより、取り消す（不備があった）データの出力日時を選択します。
6.

データ確認をクリックします。
【シナリオ 1】で提出したデータの出力日時を選択します。

7. 「データ確認」画面が表示されます。以降は、「1 電子データファイルの出力」の手順 10.～手順 13.の基本操作に沿って、電子データファイルを保存します。
▼ 上記の操作で作成される電子データファイル（1）の内容イメージ
日付対象者

提出区分1月5日

2名取消

作成される内容
源泉徴収票（国税）

8. 元の画面に戻ります。画面左のリストより対象者を選択します。
9. ［提出区分］プルダウンメニューより、「訂正」を選択します。
10. ［作成区分］プルダウンメニューより、「2.国税分・地方税分」を選択します。

不備のあった対象者を選択します。
（提出漏れは「東京花子」「神奈川弘子」と仮定します。）

11. 以降は、「1 電子データファイルの出力」の手順 7.～手順 13.の基本操作に沿って、電子データファイルを保存します。
▼ 上記の操作で作成される電子データファイル（2）の内容イメージ
日付

対象者

提出区分

1月5日

2名

訂正

12. 引き続き、確認画面が表示されます。

いいえをクリックします。

10

作成される内容
源泉徴収票（国税）、給与支払報告書

年末調整電子提出用データ出力【シナリオ 3】

1 月 6 日 先日 1 月 5 日の提出分で、1 名分の提出漏れに気付いた。

データが漏れていた対象者のみ追加提出します。（※このシナリオの時点で、対象数は 11 名＋1 名＝12 名となります。）
1. 画面左のリストより対象者を選択します。
2. ［提出区分］プルダウンメニューより、「追加」を選択します。
3. ［作成区分］プルダウンメニューより、「2.国税分・地方税分」を選択します。

提出が漏れていた対象者を選択します。
（提出漏れは「札幌一郎」と仮定します。）

4. 以降は、「1 電子データファイルの出力」の手順 7.～手順 13.の基本操作に沿って、電子データファイルを保存します。
▼ 上記の操作で作成される電子データファイルの内容イメージ
日付

対象者

提出区分

作成される内容

1月6日

1名

追加

源泉徴収票（国税）、給与支払報告書（地方税）【シナリオ 4】

1 月 7 日 1 月 6 日時点で送信済み 12 名中 4 名分のデータに不備があった。

【シナリオ 2】と同様の操作で、不備のあった対象者 4 名分のみ訂正提出します。
▼ 電子データファイル（1）の内容イメージ
日付

対象者

提出区分

1月7日

4名取消

作成される内容
源泉徴収票（国税）▼ 電子データファイル（2）の内容イメージ
日付

対象者

提出区分

作成される内容

1月7日

4名

訂正

源泉徴収票（国税）、給与支払報告書（地方税）11年末調整電子提出用データ出力【シナリオ 5】

1 月 7 日 上記 4 名中 1 名分のデータに不備があった。同日に提出したい。

【シナリオ 4】の対象者全てを訂正提出しますが、同日中に複数回「訂正」として提出する場合、「源泉徴収票」と「給与支払報告書」では訂正の方法が異なります。
「源泉徴収票」は、提出済み 4 名中 1 名の不備データを取り消し、訂正後の正しい内容を提出します。
「給与支払報告書」は、同一の提出区分で同日中に複数回提出した場合は、最後に提出した申告書が審査対象となります。そのため、最終的に訂正する 4 人分の正しい内容を提出します。（取り消す必要はありません。）
1. 画面左のリストより対象者を選択します。
2. ［提出区分］プルダウンメニューより、「訂正」を選択します。
3. ［作成区分］プルダウンメニューより、「1.地方税分のみ」を選択します。（※地方税＝給与支払報告書）【シナリオ 4】の対象者全てを選択します。
4 名の不備は「東京花子」から「埼玉陽子」と仮定します。

4. 以降は、「1 電子データファイルの出力」の手順 7.～手順 13.の基本操作に沿って、電子データファイルを保存します。
▼ 上記の操作で作成される電子データファイル（1）の内容イメージ
日付

対象者

提出区分

1月7日

4名

訂正

5. 確認画面が表示されます。

いいえ

作成される内容
給与支払報告書（地方税）をクリックします。

6. 元の画面に戻ります。画面左のリストより対象者を選択します。
7. ［提出区分］プルダウンメニューより、「訂正」を選択します。
8. ［作成区分］プルダウンメニューより、「0.国税分のみ」を選択します。（※国税＝源泉徴収票）

不備のあった対象者を選択します。
4 名中 1 名の不備は「東京花子」と仮定します。

12

年末調整電子提出用データ出力

9. 以降は、「1 電子データファイルの出力」の手順 7.～手順 13.の基本操作に沿って、電子データファイルを保存します。
▼ 上記の操作で作成される電子データファイル（2）の内容イメージ
日付

対象者

提出区分

1月7日

1名

訂正

10. 確認画面が表示されます。

はい作成される内容
源泉徴収票（国税）をクリックします。

11. 「取消データ指定」画面が表示されます。（手順 1.で選択した対象者が表示されます。）
12. 「取消対象 CSV 出力日時」プルダウンメニューより、取り消す（不備があった）データの出力日時を選択します。
13.

データ確認をクリックします。
【シナリオ 4】で提出したデータの出力日時を選択します。

14. 「データ確認」画面が表示されます。以降は、「1 電子データファイルの出力」の手順 10.～手順 13.の基本操作に沿って、電子データファイルを保存します。
▼ 上記の操作で作成される電子データファイル（3）の内容イメージ
日付

対象者

提出区分

1月7日

1名

取消

作成される内容
源泉徴収票（国税）/////// 『PCdesk』 DL 版での CSV ファイル取込方法などの詳細は、ガイドブックをご参照の上、処理をお進めください。///////
・手続き別ガイド 給与支払報告書及び源泉徴収票 電子的提出一元化 ガイドブック
https://www.eltax.lta.go.jp/documents/01108

重要

電子データファイルの取り扱いについて

電子データファイルには従業員のマイナンバーが含まれています。
インポート完了後は速やかに削除するなど、電子データファイルの安全管理を適切に行ってください。

13