「ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業」

参考資料
H18.12.25
研究運営委員会(第 2 回)資料

事業化計画
情報・システム研究機構事務局（１）統合化およびＤＢ利便性向上のための動向調査・戦略立案支援
１）動向調査、及び戦略立案
・ライフサイエンス（医療、農業などの応用も含む）、ＤＢ、情報技術の動向調査
・ライフサイエンスプロジェクトの現状、動向調査
・上記に基づく報告書作成、戦略立案、情報提供(ホームページ、ポータルサイト他にて）
2）事務局、及び連絡調整機能・戦略立案委員会の事務局機能・各省庁および関係機関・団体との連携のための連絡調整機能・ＤＢ利用者、産業界との協議会の事務局機能
・出版社や学会および DB サービス業者との連携のための連絡調整機能・外国の関連機関との連携のための情報提供と連絡調整機能・下記のプロジェクトチームの連絡調整統合機能
3）データ収集と統合化のフィージビリティスタディ（外部機関と連携して）・医療データの収集と統合化のフィージビリティスタディ
・その他の新興分野のデータの収集と統合化のフィージビリティスタディ
（フィージビリティスタディ終了後は、下記の（２）あるいは（3）のチームで統合化実施）（２）ヒト統合ＤＢ開発
1)ヒト統合化のための辞書構築と知識整理
・論文、教科書からの知識抽出システム開発とそれによるヒト知識の整理
・ヒトデータ統合化のためのインデックスや各種辞書の構築
・細胞、組織、器官、個体などの高次レベルの整理棚構築
・知識整理や辞書構築のための専門家（がん、免疫、脳など）集団からの意見集約と事務局機能・文献情報（おもに日本語解説記事や特許情報）との連携による情報提供
2)ヒト統合ＤＢの開発
・（知識、機能を中心とした）ヒト統合ＤＢ構築とその運用・公開・既存の（構造、測定データを中心とした）ヒト統合 DB との連携による相互運用性の向上
・ヒトゲノムブラウザの構築・運用・公開（一部外部委託、外国との連携）・そのための高精度アノテーション実施（一部外部委託）
3)医学、薬学関連情報との連携
・医療、医薬品に関するデータとの連携（将来的にはこれらも統合）
・医療への応用、創薬との連携のためのソフトウェア開発（一部外部委託）（３）モデル生物統合ＤＢ、産業応用生物統合 DB 開発
1)モデル生物統合化、産業応用生物統合化のための辞書構築と知識整理
・論文、教科書からの知識抽出システム開発とそれによる各モデル生物、産業応用生物知識の整理
・これらの生物の遺伝子名や機能の辞書の構築
・比較ゲノム解析、相互運用性向上のための整理棚の構築-1-

「ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業」
・それぞれの生物毎の専門家集団（発生、微生物、植物、など）からの意見集約と事務局機能・文献情報（おもに日本語解説記事や特許情報）との連携による情報提供
2)モデル生物統合ＤＢ、産業応用生物統合ＤＢの開発
・（知識、機能を中心とした）モデル生物、産業応用生物それぞれの統合 DB 構築とその運用・公開
・生物種を横断した比較解析用統合 DB 構築とその運用・公開
・それぞれの生物毎のゲノムブラウザの構築・運用・公開（一部外部委託、外国との連携）・そのための高精度アノテーション実施（一部外部委託）
3)生命研究、及び産業応用との連携・生命研究、及び産業応用との連携のためのソフトウェア開発（一部外部委託）（４）ポータルサイト運用・高度検索サービス提供
1)ポータルサイト、高度検索サービス
・ポータルサイト、高度検索サービスの維持・管理・更新・運用・公開・俯瞰マップの構築
2)ポータルサイト、高度検索サービスのための各種情報収集と自動化技術の開発
・ＤＢサービス・解析サービスサイトに関する最新情報の自動収集エンジンの開発、運用
・上記のサービスのために必要なインデックスや用語の収集とその自動化技術開発
・データベースやソフトウェアの利用法に関する情報の収集・編集・提供およびその自動化技術開発
3)意見集約システムの開発
・ポータルサイト構築のための専門家の意見集約システムの開発、運用
・利用者の意見集約（モニター・ランキングシステム）の開発、運用
4)ポータルサイトのパーソナル化と日本語化
・検索のパーソナル化（利用者の興味、レベルに応じた情報提供）とそのための技術開発・情報提供の日本語化とそのための対訳辞書、技術開発
5)ユーザー、他機関対応
・データベース、ソフトウェアの利用法等に関する相談窓口
・他のポータルサイト、情報提供機関との連携（５）情報技術開発
1)テキストを中心とする知識獲得利用技術の開発
・文献検索・クラスタリング・ランキング・要約技術の開発、高速検索・情報収集エンジンの開発
・オントロジー（辞書、インデックス、専門用語）自動構築技術の開発
・論文、教科書からの知識の表現、抽出、利用に関する技術の開発、オープンアクセス化への対応
・画像、ポンチ絵、図表など文字以外のデータからの知識発見とアノテーション技術の開発
・異種データベースからの知識発見、機械学習技術の開発（一部外部委託）
2)統合 DB 構築技術、DB 標準化技術、DB 相互運用性向上技術の開発
・情報共有、情報交換のためのＷＥＢ技術開発（一部外部委託）
・情報の暗号化、個人情報の保護技術の開発（一部外部委託）
・新開発測定装置から出てくる新規データの解析・格納法の開発（一部外部委託）
・ワークフロー技術、並列処理技術、シミュレーション技術との連携
3)DB の新たな利用法の開発の支援（現在 JSTBIRD）
4)他のプロジェクトチームや DB サービス業者への技術・ソフトウェア提供（６）広報・教育・国際対応・産学連携
1)広報-2-

「ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業」
・センター全体のホームページ（日本語、英語）の構築、運用
・我が国の活動や研究者に関する情報の外国への提供（英語）・ニュース記事、コラムの作成（一部外部委託）
・講習会、シンポジウムの開催
・ニュースレター、パンフレットの発行
2)教育・教育プログラム、教材の開発
・キュレータ・アノテータの養成（一部外部委託）
・ＤＢ管理者、ＤＢ構築者の養成（一部外部委託）
・ＤＢ高度利用者の養成（一部外部委託）
3)国際対応・国際対応の窓口機能
4)産学連携・産学連携の窓口機能（７）支援
1)基盤的ＤＢの支援
・基盤的なＤＢの支援（現在 JSTBIRD）とそれらとの相互運用（一部外部委託）
2)プロジェクトＤＢの受け入れと新規 DB の開発支援
・プロジェクトＤＢの受け入れと相互運用可能ＤＢへの変換と運用・公開
・新規 DB の開発支援（現在 JSTBIRD）とそれらの相互運用（一部外部委託）
3)主要ＤＢの更新維持管理
・国内外の主要ＤＢの更新維持管理（おもに内部利用が目的）
4)契約、知財管理
・知財（著作権や特許等）の管理
・外部ＤＢ受け入れに伴う権利関係などの処理
・民間との共同研究等の契約業務
・ＤＢやライブラリの契約業務
5)インフラ整備と一般事務・計算機やネットワークの導入・維持管理
・一般事務機能（経理、人事、庶務、契約、施設、安全衛生管理など）-3-

情報・システム研究機構事務局●分野俯瞰が可能で、知りたい多様な情●分野俯瞰が可能で、知りたい多様な情報に容易にアクセス可能になる報に容易にアクセス可能になる●網羅性の高い検索が可能●網羅性の高い検索が可能

効果●DB構築者が、本プロジェクト●DB構築者が、本プロジェクトで作成した辞書やツールを利用で作成した辞書やツールを利用することで、後の統合化を促進することで、後の統合化を促進●常に最新のサイト情報が漏れなく得られる●常に最新のサイト情報が漏れなく得られる●個人のレベルや興味に合わせた検索が可能●個人のレベルや興味に合わせた検索が可能●日本語による平易な解説●日本語による平易な解説
優先実施事項サービス●俯瞰マップ表示による検索誘導●俯瞰マップ表示による検索誘導●統合DB検索●統合DB検索●各種ツール、辞●各種ツール、辞書ダウンロード
書ダウンロード●ポータル検索（パーソナ●ポータル検索（パーソナル化、日本語の利用）
ル化、日本語の利用）

●意見収集
●意見収集

●教科書の●教科書のダウンロード
ダウンロード

構築物
統合データベースシステム
統合データベースシステム

各種辞書・ツール
各種辞書・ツール

ヒト統合ＤＢ

各種開発
各種開発
ツール
ツール

調査報告
戦略案

モデル生物統合ＤＢ
産業応用生物統合DB

ヒト辞書
ヒト辞書
モデル生物辞書
モデル生物辞書
産業応用生物辞書
産業応用生物辞書

ポータルサイトポータルサイト
データベース
データベース
ポータル
ポータル
リソース
リソース
ポータル
ポータル
文献情報（日本語文献情報（日本語解説記事や特許情報）
解説記事や特許情報）ユーザー、専門家
ユーザー、専門家
意見集約システム
意見集約システム
知識整理、DB構築にﾌｨｰﾄﾞﾊﾞｯｸ

教育プログラム、教材
教育プログラム、教材
アノテータ教科書
アノテータ教科書
キュレーター教科書
キュレーター教科書
DBマネージャ教科書
DBマネージャ教科書

支援業務
プロジェクトＤＢ
プロジェクトＤＢの受け入れの受け入れ
基盤的ＤＢ
基盤的ＤＢの支援の支援
新規DBの新規DBの開発支援
開発支援

実施事項
ヒト統合ＤＢ開発
ヒト統合ＤＢ開発
モデル生物統合ＤＢ、産業応
モデル生物統合ＤＢ、産業応
用生物統合DB開発
用生物統合DB開発●辞書構築、知識整理、ｱﾉﾃｰｼｮﾝ実施●文献情報（日本語解説記事や特許●動向調査、及びそれに基づく戦略立案 情報）との連携●統合DB構築●医学、薬学関連情報との連携●生命研究、産業応用のソフト開発
課題
統合化およびＤＢ利便統合化およびＤＢ利便性向上のための動向性向上のための動向
調査・戦略立案支援
調査・戦略立案支援

広報・教育・国際対応・産学連携
ポータルサイト運用・高度検
ポータルサイト運用・高度検 広報・教育・国際対応・産学連携
情報技術開発情報技術開発●教育プログラム、教材の開発
索サービス提供
索サービス提供●文献中のテキストとそ●ポータルサイト、高度検索 ●キュレータ・アノテータの養成
れ以外のデータからのサービスのための各種情報 ●ＤＢ管理者、ＤＢ構築者の養成
知識獲得利用技術開発●ＤＢ高度利用者の養成
収集と自動化技術の開発
支援
支援●統合DB構築、DB標●意見集約システムの開発●プロジェクトDBの受け入れ
準化、DB相互運用性向●パーソナル化技術の開発と●基盤的DBの支援
上技術開発
日本語化
●新規DBの開発支援

統合DBの課題
統合DBの課題●多様な実験や文献中の用語の統一性が不十分で、●多様な実験や文献中の用語の統一性が不十分で、DB間連携ができない
DB間連携ができない●多様な情報間関連に関する整理が不十分で、多様●多様な情報間関連に関する整理が不十分で、多様な情報の適切で効率的な利用ができないな情報の適切で効率的な利用ができない●医学、薬学関連情報、産業応用との連携が不十分●医学、薬学関連情報、産業応用との連携が不十分●アノテーションを継続的に行う仕組みがない●アノテーションを継続的に行う仕組みがない●国家的視点に立った整備●国家的視点に立った整備戦略を立案する体制が必要
戦略を立案する体制が必要

ポータルサイトの課題
ポータルサイトの課題●データベースの所在情報や利用法を漏●データベースの所在情報や利用法を漏れなく掲載したポータルサイトが必要れなく掲載したポータルサイトが必要●サイト情報の変化が早くフォロー困難●サイト情報の変化が早くフォロー困難●ユーザーや専門家の意見反映が必要●ユーザーや専門家の意見反映が必要●利用者毎に異なるレベルや興味に対応●利用者毎に異なるレベルや興味に対応したメニューが必要したメニューが必要

情報技術の課題
情報技術の課題●文献中のテキストやそれ以外のデータからの知識獲得利用技術が不十分●文献中のテキストやそれ以外のデータからの知識獲得利用技術が不十分●統合化、標準化、相互運用技術が必要●統合化、標準化、相互運用技術が必要●DBのキュレータ、●DBのキュレータ、アノテータ、システアノテータ、システムエンジニア等のムエンジニア等の人材が不足
人材が不足●プロジェクトＤＢの受け入れ●プロジェクトＤＢの受け入れ先がない
先がない●基盤的ＤＢの支援が必要●基盤的ＤＢの支援が必要●新規DBの開発支援が必要●新規DBの開発支援が必要