資料 ３−２

個別タスクの実施計画及び成果イメージ（案）１．データベース統合戦略立案および評価
情報・システム研究機構 事務局

1１．データベース統合戦略立案および評価
業務計画書項目名
個別課題名
成果の概要
●ゲノム注釈とデータ
ゲノムアノテーション間の詳細な分析比較による質●統合データベース間のベース間の連携におけ情報およびアノテーションの統合利用の方法に関連携と課題の整理る課題
する報告
主に分子に関する国内外の主要なデータベースの●国内外DBの俯瞰と●国内外DBの俯瞰調査 リストおよびその維持管理状況やデータサイズなど
質的量的比較に関する報告書●ライフサイエンス分野 癌学会・生化学会・分子生物学会を含む国内主要の俯瞰のためのタイトル 学会の過去10年間の要旨に基づく分野研究の俯処理システム瞰マップと閲覧システム●ライフサイエンス分
ライフサイエンスの知識を俯瞰するためのデータや野の研究の俯瞰調査 ●ライフサイエンス分野 知識の整理法を開発する目的で、動物の脳に関すの俯瞰のための連携シスる機能的、形態的、分子的、進化的なデータ・知識テム開発を集め、教科書的な知識と最新の知見をおりまぜて伝えるシステムの構築●検索アルゴリズムを●統合処理技術の動向含めた知識情報技術
調査報告書
調査の動向調査
疾患に関わる各種情報の存在調査と共同利用へ●医療情報の現状調査●臨床情報や医療統の課題調査報告書
計の現状調査●医療統計の現状調査 臨床情報や医療統計に関するアルゴリズムの調査

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「統合データベース間の連携と課題の整理」実施項目（計画）1.

イネならびにシロイヌナズナを対象として、代表的モデル研究植物である両者におけるゲノムアノテーション型のデータベース統合状況に関する詳細な調査を実施する （18年度）•••

2.

調査結果を踏まえ、データベースの更なる統合を目標とした優れたインターフェイス等のプロトタイピングを行い、必要な機能を実証的に検討する （18年度）•3.

各公開データベースの品質とアクセシビリティを検討し生物学と情報学の見地から、インターネット上の利用可能なデータベースに対し網羅的な評価を行う
個々のデータベースの開発者ならびに想定されるユーザに聞き取り調査を行い、開発側とユーザー側との双方からの課題を整理する
上記の調査及び分析結果により、代表的なモデル生物ゲノム解析情報を基盤とした統合型データベース群を対象としたデータ統合と提供における種々の課題を明らかにし、今後のデータベース統合の方策についての調査報告書を作成する

活用可能な公開プログラムについても網羅的な調査を行い、最大限に活用する方策を検討する

引き続き、より高度なDB統合のための課題調査を行い、統合データベースの枠組みとして既存のプログラムでは不足する領域の開発を進める （19年度）
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「統合データベース間の連携と課題の整理」の成果イメージ
Oriza sativa (イネ) 統合型データベース

実施者

統合DB間の連携状況に関する調査報告（18年度）

より進んだDB統合のための課題調査と開発（19年度）

より高度なDB統合のためのプロトタイピング（18年度）

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
統合型データベース
4「国内外DBの俯瞰調査」の実施項目（計画）1. 内閣府の調査とJSTのDB情報を融合するための調査（18年度）[融合対象]
1) 内閣府の調査：ライフサイエンスDBの網羅的収集と多次元的な分類
2) JST：専門家によるライフサイエンスデータベースの解説や分類活動

2. 大型のライフサイエンスデータベースの詳細調査（18年度）[調査内容]
1) データの種類 (内容)2) データ利用のための機能
3) 維持管理状況やデータサイズ

3. データベースカタログの作成
内閣府の調査とJSTのDB情報を融合したデータベースカタログの作成
主に分子に関するデータベースカタログ（18年度）
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「国内外DBの俯瞰調査」の成果イメージ
内閣府調査

ＪＳＴの情報国内4省庁の250DB
世界の主要な83DB

国内の230DB
世界の主要な140DB

DB基本情報大型DBの情報

データベース調査情報の融合
データベース調査情報の融合
調査報告書
調査報告書
データベースカタログ
データベースカタログ

索引情報

日本語解説
新規（18年度）

DB特性値

データベースカタログの更新
データベースカタログの更新
更新（19年度）

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「ライフサイエンス分野の俯瞰のためのタイトル処理システム」の実施項目（計画）1. 学会要旨データベースシステム
1) 学会要旨・索引データ登録・検索・閲覧機能 （18年度）
2) 学会要旨クラスタリング機能 （18年度）

2. 学会要旨情報可視化システム
1) 学会要旨エントリーの情報をリスト表示（18年度）→ タイトル・サマリー・エントリー表示→ リスト、エントリーイメージ、学会イメージ表示
2) グラフ表示（18年度）
3) チャート表示（18年度）

3. 学会要旨情報可視化システムのエンハンス
1) 解析・レポート機能の追加（19年度）
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「ライフサイエンス分野の俯瞰のためのタイトル処理システム」の成果イメージ
学会要旨(10年分)

電子化アブストラクト

学会要旨のタイトル処理システムの応用
分子生物学会要旨への適用（18年度）
学会要旨
データベースシステム

他の学会（生化学会他）への適用（19年度）

新規開（18年度）
学会要旨データベース利用インターフェース
学会要旨データベース利用インターフェース
新規開（18年度）

学会要旨情報可視化システム
学会要旨情報可視化システム
新規開（18年度）

辞書マッピング
辞書マッピング
クラスタリング
クラスタリング
グラフ・チャート生成
グラフ・チャート生成学会要旨の検索・閲覧・分類
学会要旨の検索・閲覧・分類研究領域やトピックスの変遷の可視化研究領域やトピックスの変遷の可視化

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「ライフサイエンス分野の俯瞰のための連携システム開発」の実施項目（計画）1.

1,000個の細胞と約40個の遺伝子情報のマトリクスのデータベースを構築
1) 1000個の細胞と40個の遺伝子情報のデータの集積
2) 該当する細胞単位へのデータの反映及び登録
3)発現する細胞への色付け作業を実施

2.

細胞単位で発現を視覚的に把握することができる（俯瞰できる）ビューワー機能を構築
1)XMLを使用し、3次元に近い、ビューワー機能を構築
2)ユーザー側で、ビューの切り替えとレイヤー別に透明度を変更できる機能を構築
3)ユーザー側で、細胞単位で発現する遺伝子を色づけで把握できる機能を構築

3.

既存サイトと今回拡張する機能も含め、サイトマップを作成する。

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「ライフサイエンス分野の俯瞰のための連携システム開発」の成果イメージ
プラナリアの細胞単位で発現を把握

1000個の細胞と40個の遺伝子のマトリクス
データベース

細胞単位の発現を見る
発現データの3次元モデルへのマッピング
正面｜背面｜上部｜下部｜左側面｜右側面｜内左側面｜内右側面｜■1,000個の細胞と約40の遺伝子情報の数値データ
俯瞰できるビュー
機能（平成18年度）

約40の遺伝子情報から発現細胞検索（遺伝子別に反応する細胞を見ることができます）

各細胞の位置を3次元座標で定義
各細胞の位置を3次元座標で定義

細胞番号検索 ：数値入力【検索】

遺伝子発現検索：プルダウン
プルダウン
プルダウン

する細胞を検索【 約40から選択】 赤【 約40から選択】 紫【 約40から選択】 緑

【見る】
【見る】
【見る】

細胞を階層別に見る
見る階層の透明度の数値をを入れてください。
□1階層 透過度20% □2階層 透過度20% □3階層 透過度20%□4階層 透過度20% □5階層 透過度20% 【見る】

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「統合処理技術の動向調査」の実施項目（計画）
１． 統合処理技術に関する以下の情報技術の調査
１−１．検索システムの調査
・検索システム研究者にインタビューし、検索システムの動向をまとめる（18年度）
１−２． データマイニングの調査
・データマイニング研究者にインタビューし、データマイニングの動向をまとめる（18年度）
１−３． Web2.0の調査
・WWW，書籍を利用して、Web2.0の技術動向をまとめる（18年度）
１−４． その他の情報技術調査・上記三項目に限定せず、統合データベース構築に関わる可能性のある情報技術について調査する（18年度）
２． 調査に基づくライフサイエンスDB統合に関する提案
・上記四項目の成果から、ライフサイエンスDB統合について、さまざまな角度から提案を行う（18年度）
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「統合処理技術の動向調査」の成果イメージ

インタビュー

調査項目
・検索技術・データマイニング
・Web2.0など情報技術の動向・最新技術ＤＢ統合の可能性を提示

WWWによる調査報告書としてまとめ

調査
論文・書籍

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「医療情報と医療統計の現状調査」の実施項目（計画）1. 医療情報の現状調査
1) 目的 臨床データの活用を視野に、本プロジェクトにおける医療情報への取組みに関する方向性を探る。
2) 内容 電子カルテ、臨床データの規格化、医学統制用語等の調査。
医学文献など臨床研究で必要となる情報源の調査。
臨床データ活用の現状と活用上の問題点の洗出し。
3) 方法 専門家インタビューならびに文献、インターネット調査を行う。
2. 医療統計の現状調査
1) 目的 医療統計に関わるデータ産生の現状と解析手法の調査を行い、本プロジェクトにおける取組み指針を得る。
2) 内容 遺伝子多型解析に関わる研究手法の分類と解析アルゴリズムの調査。
遺伝子発現解析に関わる解析手法及び解析アルゴリズムの調査。
現行アルゴリズムの問題点と将来のニーズ、方向性の把握。
3) 方法 関連研究者による会議、専門家インタビュー、ならびに文献、インターネット調査を行う。
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