資料 ２−２

ライフサイエンス知識の階層化・統合化事業（京都大学）

2007年度成果
ゲノムネット統合DB
2007年7月1日

医薬品・化合物DB（追加事項）

全データベース一括検索機能公開
外部DBを含むLinkDB新バージョン公開
ゲノムネット医薬品DB第1版（JAPIC医療用医薬品）公開

9月1日
10月1日
2008年1月1日

ライフサイエンス辞書（LSD）を用いた日本語支援（和英・英和）ツール公開
LinkDBの新インターフェース公開

1月下旬

講習会開催（３０，３１日）

4月1日

化合物・糖鎖解析システム公開

ゲノムネット医薬品DB第2版（JAPIC一般用医薬品）公開（２８日）

2008年度計画
ゲノムネット統合DB

医薬品・化合物DB

医薬品・化合物に限定して継続
新規検索エンジンの開発

糖鎖・脂質を含む化合物DB
感染症など疾患との関連ライフサイエンス知識の階層化・統合化事業（京都大学）

ゲノムネット統合データベース
カテゴリー

bget bfind blink brite DB数

内訳

1. KEGG

○○○

○

18

BRITE, PATHWAY, MODULE, DISEASE, DRUG, ORTHOLOGY,GENOME, VGENOME, GENES, DGENES, EGENES, VGENES,OGENES, COMPOUND, GLYCAN, ENZYME, REACTION, RPAIR

2. ミラーしているDB○○○×>16

RefSeq, UniProt, PRF, PDB, EPD, Transfac, PROSITE, BLOCKS,ProDom, PRINTS, Pfam, OMIM, PMD, AAindex, CarbBank, LitDB, …

3. 検索・リンクのみのDB ×○○×2

4. リンクのみのDB××○×>500

5. PubMed○×○×1（注1） bget, エントリー取得
bfind, キーワード検索
blink, LinkDB検索
brite, 機能階層（オントロジー）検索

INSDC (DDBJ/GenBank/EMBL の non-redundant database)
InterPro
DB一覧は http://www.genome.jp/dbget/linkdb.html 参照
PubMed はリンクのみのDBであるが、bget で日本語訳が可能（注2）bget, bfind のページには日本語支援ツールが組み込まれている（注3）カテゴリー4のDBのうち主要なものはbfind検索結果画面に表示され実質的にキーワード検索が可能になっている

2007年度事業計画のうち、公開を予定していた計画はすべて達成済み
現在は bfind にかわる新規検索エンジンの開発に着手
2008年度以降の事業計画（当初）カテゴリー3と4のDBを多数追加 → （変更）医薬品・化合物に関するカテゴリー3と4のDBを追加（変更なし）インデクシングを用いた新規検索エンジンを段階的に公開（当初）ランキングシステムの開発 → （変更）医薬品・化合物に限定するのでランキングはデータの階層で対応

ライフサイエンス知識の階層化・統合化事業（京都大学）

全データベース一括検索機能

カテゴリー１〜３のデータベース

ライフサイエンス知識の階層化・統合化事業（京都大学）

リンク情報を用いた外部データベースのキーワード検索

カテゴリー4のデータベース

ライフサイエンス辞書（LSD）を用いた日本語支援ツール

LSD和英辞書ツールの使い方「辞書ツール」をクリックして起動する。
日本語キーワードを入力し、提示された英語のキーワードをクリックして、統合DB検索ボックスへ移す。
LSD英和辞書ツールの使い方
単語または熟語をマウスで選択（ハイライト）表示させ、shift-D を押すと、ポップアップウィンド
ウに和訳が表示される。あとは選択箇所を変更するだけで和訳が表示される。

ライフサイエンス知識の階層化・統合化事業（京都大学）

ゲノムネット医薬品データベース
KEGG DRUG

KEGG DRUG と JAPIC の統合
研究成果・医療現場・一般社会の統合

JAPIC

化学構造
D00109

CAS: 50-78-2
PubChem: 4594
ChEBI: 15365

添付文書番号00051357
…………

研究者
一般名

使用上の注意副作用・相互作用ほか
薬物動態、薬効薬理ほか
医療用医薬品：13,215
一般用医薬品：12,392

Aspirin (JP15/USP)
商品名Aspirin Bayer (TN)…………

薬効標的・パスウェイ
階層分類
…………

Approval number

JAN code (barcode)

YJ code21700AMY00243…………

4987222735865…………

1143001X1228
…………

監督機関

企業

エントリー数：6,836
日本・米国で承認されたすべての医療用医薬品を含む

医師
薬剤師
患者
消費者

薬価後発品フラグライフサイエンス知識の階層化・統合化事業（京都大学）

ゲノムネット医薬品データベース

使用上の注意副作用、相互作用、ほか
薬物動態
臨床成績
薬効薬理
文献情報

KEGG DRUG データベース（日本語版）

化学構造（D番号、解析ツールへのリンク）
薬局方（JP、USP）
一般名（JAN、USAN、INN）
商品名（日本、米国）
添付文書へのリンク（JAPIC、DailyMed）
薬効分類（日本、米国、WHO、KEGG BRITE の一部）
ターゲット情報（KEGG PATHWAY との対応）
薬開発の歴史（KEGG DRUG 構造マップ）

ライフサイエンス知識の階層化・統合化事業（京都大学）

LinkDBライフサイエンス知識の階層化・統合化事業（京都大学）

2007年度成果
ゲノムネット医薬品DB利用統計
2007年7月1日
9月1日
10月1日
2008年1月1日
1月28日
1月30，31日
4月1日

全データベース一括検索機能公開
外部DBを含むLinkDB新バージョン公開
ゲノムネット医薬品DB第1版（JAPIC医療用医薬品）公開
ライフサイエンス辞書（LSD）を用いた日本語支援（和英・英和）ツール公開
LinkDBの新インターフェース公開
ゲノムネット医薬品DB第2版（JAPIC一般用医薬品）公開
ゲノムネット統合DB講習会開催
化合物・糖鎖解析システム公開

2007年10月
2007年11月
2007年12月
2008年1月
2008年2月

アクセス数41,622
55,94357,03595,870393,331

ユニークIP数
699
1,126
2,221
3,614
9,764

アクセスが多いドメイン（2008.2）
bbtec.net
xxx.co.jp
plala.or.jp
kyoto-u.ac.jp
xxx.ne.jp
toyaku.ac.jp
ユニークIP数：ここでは１ヶ月間にアクセスのあったIPアドレス
をユニークにした数、実際の利用者数はこの倍程度と推定

2008年度計画
ゲノムネット統合DB

医薬品・化合物DB

医薬品・化合物に限定して継続
新規検索エンジンの開発

糖鎖・脂質を含む化合物DB
感染症など疾患との関連

LinkDB を用いた統合化
日本語DB
英語DB

補完課題との連携
LipidBank, LIPIDMAPS
生薬データベース
varDB